Разработка системы функциональных молекулярно-генетических маркеров на основе инсерций ALU-ретроэлементов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.06, кандидат химических наук Комков, Александр Юрьевич

• Комков, Александр Юрьевич
• кандидат химических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат химических наук Комков, Александр Юрьевич

Оглавление

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Молекулярные и клеточные особенности онкологических заболеваний

1.1.1. Клеточные особенности канцерогенеза

1.1.1.1. Моноклональная эволюция

1.1.1.2. Поликлональная эволюция

1.1.1.3. «Самораспространение» («самозасеивание»)

1.1.1.4. «Мутаторный фенотип»

1.1.1.5. Раковые стволовые клетки

1.1.2. Реконструкция истории прогрессии опухоли

1.1.3. Системные нарушения

1.1.3.1. Нестабильность генома

1.1.3.2. Митогенное стимулирование

1.1.3.3. Уклонение от апоптоза

1.1.3.4. Репликативное бессмертие

1.1.3.5. Неоангиогенез

1.1.3.6. Метастазирование как неслучайный процесс

1.1.3.7. Уклонение от разрушения иммунной системой

1.1.3.8. Опухоль-стимулирующее воспаление

1.1.3.9. Репрограммирование схемы метаболизма

1.1.4. Ключевые гены канцерогенеза (онкогены и онкосупрессоры)

1.1.5. МикроРНК

1.1.6. Соматические мутации в онкогенах и онкосупрессорах

1.1.6.1. Единичные замены нуклеотидов

1.1.6.2. Хромосомные аномалии

1.1.6.3. Copy number variations (CNV)

1.1.7. Эпигенетические модификации

1.1.8. Заключение. Спектр альтернативных сценариев канцерогенеза

1.2. Л/м-ретроэлементы как потенциальные онкомаркеры

1.2.1. Структура Alu-ретроэлементов

1.2.2. Распространение Alu в геноме

1.2.3. Ретропозиционно активные Alu-элементы

1.2.4. Системы защиты генома от распространения Alu

1.2.5. Функциональная значимость Alu элементов

1.2.5.1. Alu-опосредованные делеции

1.2.5.2. Влияние на транскрипцию генов

1.2.6. Заключение. Инсерции Alu как потенциальные онкомаркеры

ГЛАВА 2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

2.1 Разработка алгоритма идентификации ретропозиционно активных ^4/м-элементов

2.1.1. Признаки «мастер-генов»

2.1.2. Появление структурно новых инсерций Alu

2.1.3. Алгоритм для идентификации инсерций «мастер-генов»

\

2.1.4. Анализ транскрипции «мастер-генов»

2.2. Разработка функциональных молекулярно-генетических маркеров

2.2.1. Особенности подхода к функциональному анализу

2.2.2. Разработка системы молекулярно-генетических маркеров

2.2.3. Определение аллельного состояния генов

2.2.4. Аллель-специфический анализ транскрипции

2.2.5. Сравнительный анализ количеств первичных и зрелых транскриптов

2.3. Анализ эффекта «смены матрицы» при обратной транскрипции in vitro

2.3.1. Участие инсерций Alu-элементов в процесс «смены матрицы»

2.3.2. Смена матрицы при синтезе кДНК первичных транскриптов

2.3.3. Стабильность Alu-Alu вторичных структур РНК и «смена матрицы»

2.3.4. Разработка тест-системы для мониторинга эффекта «смены матрицы»

2.3.4.1. Дизайн РНК-матрицы для тестирования обратных транскриптаз

2.3.4.2. Анализ эффекта «смены матрицы» in vitro

2.3.4.3. Анализ эффективности процесса «смены матрицы» in vitro

2.3.5. Заключение

ГЛАВА 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

3.1. Материалы

3.1.1. Оборудование

3.1.2. Расходные материалы

3.1.3. Реактивы

3.1.4. Ферменты

3.1.5. Буферные и другие растворы

3.1.6. Клеточные материалы

3.1.7. Последовательности олигонуклеотидных праймеров

3.1.8. Программное обеспечение и web-pecypcbi

3.2. Методы

3.2.1. Фракционирование крови

3.2.2. Выделение геномной ДНК и тотальной фракции РНК

3.2.3. Выделение ядер клеток

3.2.4. Выделение ядерной РНК

3.2.5. Синтез кДНК

3.2.6. ПЦР амплификация геномной ДНК

3.2.7. ОТ-ПЦР амплификация

3.2.8. Поиск диморфных инсерций Alu и дизайн праймеров

3.2.9. Статистический анализ

3.2.10. Подготовка ДНК-матрицы для транскрипции in vitro

3.2.11. Транскрипция in vitro

3.2.12. Расчет вторичных структур РНК

Выводы

Публикации по теме диссертации

Список литературы

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

OJIJI - острый лимфобластный лейкоз;

ОТ - обратная транскрипция;

ПЦР - полимеразная цепная реакция;

ОТ-ПЦР - полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией; гя-РНК - гетерогенная ядерная РНК; пре-мРНК - предшественник матричной РНК; мРНК - матричная РНК/

гя-кДНК - кДНК-копии гетерогенной ядерной РНК; НТО - нетранслируемая область мРНК; МГМ - молекулярно-генетический маркер; ПК - периферическая кровь;

ОКПК - одноядерные клетки периферической крови;

КМ - костный мозг;

п.о. - пара оснований;

т.п.о. - тысяча пар оснований;

SNP - single-nucleotide polymorphism (однонуклеотидная полиморфная замена); CNV - copy number variations (вариабельность числа копий); SINE - Short INterspersed Elements (короткие диспергированные элементы); LINE - Long INterspersed Elements (длинные диспергированные элементы); ORF - open reading frame (открытая рамка считывания).

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка системы функциональных молекулярно-генетических маркеров на основе инсерций ALU-ретроэлементов»

ВВЕДЕНИЕ.

Одной из важнейших задач, стоящих перед современной функциональной геномикой, является поиск молекулярно-генетических факторов, вовлеченных в формирование различных комплексных фенотипов, проявляющихся при нормальных и особенно при патологичных состояниях организма. Наиболее остро стоит вопрос о молекулярных механизмах и факторах, лежащих в основе возникновения и развития социально значимых многофакторных и мультигенных заболеваний. Типичными представителями таковых являются патологии онкологического профиля.

По данным Американского онкологического общества рак по уровню смертности среди пациентов продолжает занимать одну из лидирующих позиций среди всех болезней человека (http://www.cancer.org/), оставаясь одним из самых опасных на настоящий момент заболеваний. Однако во многих случаях негативное воздействие на организм способно оказывать не только само заболевание, но и терапевтические подходы, обладающие значительными побочными эффектами. Особого внимания заслуживает терапия детских онкологических заболеваний, поскольку отдельные методы лечения могут приводить к необратимым нарушениям развития молодого организма (рис.1). Успехи последнего времени в области качества терапии рака во многом обязаны повышению понимания молекулярных и клеточных механизмов канцерогенеза, а также прогрессу в сфере разработки систем диагностики и прогноза развития рака.

Рисунок 1. Однояйцевые близнецы в возрасте 26 лет. Сестра, стоящая справа, перенесла в 4-х летнем возрасте острый лимфобластный лейкоз, прошла несколько этапов терапии, включая облучение. Дано по (.ЫИег, 2011).

Согласно современным представлениям, опухолевая трансформация клеток происходит в результате ступенчатого процесса накопления и отбора соматических мутаций. Часть мутаций, не являющихся нейтральными, приводит к активации генов позитивного контроля клеточного деления (онкогенов) и инактивации генов негативного контроля (онкосупрессоров). Такие мутации дают опухолевому клону пролиферативное преимущество

перед клетками-предшественниками и соседними здоровыми клетками. В результате происходит бесконтрольный рост и формирование опухолевой ткани, имеющей нередко гетерогенную структуру с одним или несколькими доминирующими клонами. Несмотря на то, что ведущая роль в малигнизации клеток принадлежит соматическим мутациям, некоторые существующие в популяции аллели онкозначимых генов и их сочетания могут являться факторами предрасположенности к развитию новообразования и иметь прогностическое значение, оказывая влияние на различные стадии канцерогенеза и определяя, таким образом, путь дальнейшего развития опухоли.

Инсерции ретроэлементов, благодаря сохраняющейся ретропозиционной активности, являются богатым источником новых аллелей генов и одновременно одной из причин возникновения соматического мозаицизма. Вместе с тем, инсерционный полиморфизм ретроэлементов считается одним из важнейших факторов вариабельности генома. Соматические инсерции ретроэлементов можно рассматривать в качестве селективных молекулярно-генетических маркеров опухолевых клонов, а некоторые полиморфные в популяциях человека инсерции как факторы предрасположенности к развитию онкологических заболеваний.

Наиболее многочисленной группой ретроэлементов в геноме человека является семейство Alu-повторов. Из более миллиона копий /¿/¿/-элементов около 2000 представляют собой полиморфные инсерции. Известно 25 de novo-инсерций Alu, участвующих в развитии различных генетических заболеваний. Интеграции в кодирующие области генов разрушают экзоны и приводят к сдвигу рамки считывания. Подобные инсерции являются причинами возникновения болезни Дента, гемофилии А, наблюдаются при некоторых семейных случаях рака яичников и рака молочной железы. Ряд интронных инсерций может при созревании транскрипта вызывать пропуск близлежащего экзона, в том числе со сдвигом рамки считывания. С этим явлением связана причина возникновения синдрома Аперта и нейрофиброматоза. Последовательности Л/и-элементов являются сайтами гомологичных рекомбинаций, которые нередко приводят к появлению протяженных делеций, способных захватывать один или несколько экзонов, нарушая целостность генов. Подобные делеции наблюдаются при таких заболеваниях, как наследственная копропорфирия и дефицит фактора V свертывания крови. Инсерции в интроны и З'-нетранслируемые области способны менять профили экспрессии соответствующих генов.

Имеются косвенные данные в пользу участия J/w-элементов в опухолевом патогенезе. Показано, что плотность инсерций Alu в известных онкосупрессорах значительно выше, чем в протоонкогенах. Кроме того, при многих онкологических заболеваниях инсерции Alu-элементов оказываются деметилированы. В некоторых случаях это приводит к повышению

уровня транскрипции J/и-элементов, что, в свою очередь, может способствовать увеличению частоты соматических ретропозиций Alu.

Ретропозиционная активность, способность модулировать экспрессию генов, а также вовлеченность в процесс опухолевого патогенеза, делает «мастер-гены» и некоторые полиморфные инсерции Л/м-элементов подходящими объектами для создания на их основе тест-систем для диагностики предрасположенности к онкологическим заболеваниям, прогноза их развития и выбора адекватной терапии. Кроме того, возможности полиморфных у4/м-маркеров в области идентификации личности позволяют в перспективе создать представительный набор функциональных молекулярно-генетических маркеров, одновременно являющийся генетическим паспортом пациента. Это является важным шагом в направлении развития персонифицированной медицины.

Актуальной задачей молекулярной биотехнологии в таком контексте становится создание надежной, информативной и методически доступной системы функциональных молекулярно-генетических маркеров, способной найти применение в медицинской практике.

Целью данной работы является разработка системы функциональных молекулярно-генетических маркеров на основе полиморфных инсерций А /м-ретроэлемснтов для диагностики риска развития острого лимфобластного лейкоза.

Для достижения поставленной цели решались следующие экспериментальные задачи:

разработка биоинформатического алгоритма для идентификации ретропозиционно активных инсерций А /м-ретроэлементов в геноме человека;

биоинформатический поиск полиморфных инсерций ^4/и-ретроэлементов в интронах генов человека, продукты которых могут являться потенциальными участниками малигнизации кроветворных клеток;

создание системы ПЦР-адаптированных молекулярно-генетических маркеров на основе выбранных инсерций Л/ы-элементов и сравнительное генотипирование образцов геномной ДНК здоровых доноров и пациентов с острым лимфобластным лейкозом;

проведение сравнительного анализа транскрипции аллельных пар генов в образцах, гетерозиготных по инсерциям/4/м-ретроэлементов на уровне первичных транскриптов;

изучение эффектов, затрудняющих интерпретацию результатов функционального анализа Alu, и поиск путей совершенствования подхода для осуществления функционального анализа инсерций Alu-элементов.

Заключение диссертации по теме «Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)», Комков, Александр Юрьевич

выводы

1. Разработан алгоритм для биоинформатической идентификации инсерций Älu-ретроэлементов, обладающих ретропозиционной активностью («мастер-генов»). С помощью предложенного алгоритма впервые идентифицировано 12 инсерций «мастер-генов» в семействах AluYa5 и AluYbS.

2. Проведен полногеномный биоинформатический поиск полиморфных инсерций Alu-ретроэлементов в интронах генов, продукты которых являются потенциальными участниками малигнизации кроветворных клеток. Создана серия ПЦР-адаптированных молекулярно-генетических маркеров, включающая 53 пары уникальных праймеров, фланкирующих сайты интеграции выявленных инсерций.

3. Проведено исчерпывающее генотипирование геномных ДНК здоровых доноров и пациентов с OJIJI по 53 Л/и-маркерам. Впервые определены частоты встречаемости 53 инсерций Alu у городского населения московского региона, 10 инсерций - в четырех этнических группах населения России.

4. Впервые показаны достоверные различия частот встречаемости 5 инсерций Alu-ретроэлементов у пациентов с острым лимфобластным лейкозом и здоровых доноров.

5. Осуществлен массированный функциональный анализ 31 полиморфной инсерции Alu-ретроэлементов в лимфоидных клетках здоровых доноров и пациентов с OJUI. Показано выраженное снижение количества транскриптов Alu-содержащих аллелей 22 генов.

6. Предложены пути совершенствования подхода для функционального анализа полиморфных инсерций Alu; разработана тест-система для мониторинга эффекта «смены матрицы» при обратной транскрипции in vitro.

ПУБЛИКАЦИИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Амосова А. Л., Комков А. Ю., Устюгова С. В., Мамедов И. 3., Лебедев Ю. Б. Ретропозоны в эволюции генома современного человека. Биоорганическая химия. 2009. Т.35. №6. С.779-788.

2. Комков А. Ю., Лебедев Ю. Б., Швец В. И. Разработка тест-системы для анализа эффекта «смены матрицы» при обратной транскрипции in vitro. Вестник МИТХТ. 2011. Т.6. №6. С.77-83.

3. Комков А. Ю., Масчан М. А., Швец В. И., Лебедев Ю. Б. Функциональный анализ полиморфных инсерций ^/м-ретроэлементов при остром лимфобластном лейкозе. Биоорганическая химия. 2012. Т.38. №3. С.282-289.

4. Комков А. Ю., Амосова А. Л., Лебедев Ю. Б. Влияние полиморфных инсерций Alu-элементов на экспрессию генов человека. «Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина» и «V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров». Москва, 21-28 июня 2009 (Тезисы докладов, часть II, стр. 62).

5. Лебедев Ю. Б., Комков А. Ю., Устюгова С. В., Амосова А. Л., Мамедов И. 3. Разработка систем функциональных маркеров для прогнозирования и индивидуальной терапии онкологических заболеваний крови. «Фундаментальные науки - медицине». Тезисы докладов на конференциях и семинарах по научным направлениям Программы в 2009 году. М.: Фирма «Слово», 2009, стр.56.

6. Лебедев Ю. Б., Комков А. Ю., Мамедов И. 3., Амосова А. Л., Устюгова С. В., Разработка систем функциональных маркеров для прогнозирования и индивидуальной терапии онкологических заболеваний крови. «Фундаментальные науки - медицине». Тезисы докладов на конференциях и семинарах по научным направлениям Программы в 2010 году. М.: Фирма «Слово», 2010, стр. 66.

7. Комков А. Ю., Швец В. И., Лебедев Ю. Б. Создание молекулярно-генетических маркеров на основе полиморфных инсерций А /и-ретроэлементов. Московская международная научно-практическая конференция «Биотехнология: экология крупных городов». Москва, 15-17 марта 2010 (Материалы конференции, стр. 461-462).

8. Комков А. Ю., Лебедев Ю. Б. Функциональный анализ полиморфных инсерций Alu ретроэлементов в геноме человека. Международная конференция «Проблемы популяционной и общей генетики». Москва, 14-16 ноября 2011 (Сборник тезисов, стр. 140-141).

9. Лебедев Ю. Б., Комков А. Ю., Масчан М. А., Курносов А. А., Мамедов И. 3. Функциональный анализ полиморфных Alu-ретроэлементов при остром лимфобластном лейкозе. «Фундаментальные науки - медицине». Тезисы докладов на конференциях и семинарах по научным направлениям Программы в 2011 году. М.: Фирма «Слово», 2011, стр. 77.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Автор выражает благодарность Инюшкиной Е. В. (МООД, Балашиха), Мальцевой М. А (МДГКБ, Москва), Масчану М. А. (РДЬСБ, Москва) за помощь в создании выборки образцов лимфоидных клеток пациентов с ОЛЛ и Артамоновой И. И. (ИППИ РАН, Москва) за помощь при биоинформатическом анализе кластеров молодых Л/м-элементов.

Работа выполнена при финансовой поддержке грантов Программы Президиума РАН «Фундаментальные науки - медицине» и РФФИ 11-04-01159а.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Комков, Александр Юрьевич, 2012 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Adams J.M., Cory S. The Bcl-2 apoptotie switch in cancer development and therapy// Oncogene.

2007. V. 26. № 9. P. 1324-37.

2. Albano F., Anelli L., Zagaria A., Coccaro N., Casieri P., Rossi A.R., Vicari L., Liso V., Rocchi M.,

Specchia G. Non random distribution of genomic features in breakpoint regions involved in chronic myeloid leukemia cases with variant t(9;22) or additional chromosomal rearrangements// Mol Cancer. 2010. V. 9. P. 120.

3. Alemán С., Roy-Engel A.M., Shaikh Т.Н., Deininger P.L. Cis-acting influences on Alu RNA

levels// Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. № 23. P. 4755-61.

4. Al-Hajj M., Wicha M.S., Benito-Hernandez A., Morrison S.J., Clarke M.F. Prospective

identification of tumorigenic breast cancer cells// Proc Natl Acad Sci USA. 2003. V. 100. № 7. P. 3983-8.

5. Allred D.C., Wu Y., Mao S., Nagtegaal I.D., Lee S., Perou C.M., Mohsin S.K., O'Connell P.,

Tsimelzon A., Medina D. Ductal carcinoma in situ and the emergence of diversity during breast cancer evolution// Clin Cancer Res. 2008. V. 14. № 2. P. 370-8.

6. Athanasiadis A., Rich A., Maas S. Widespread A-to-I RNA editing of Alu-containing mRNAs in

the human transcriptome// PLoS Biol. 2004. V. 2. № 12. P. e391.

7. Bachrati C.Z., Hickson I.D. RecQ helicases: suppressors of tumorigenesis and premature aging//

Biochem J. 2003. V. 374. № 3. P. 577-606.

8. Bachtiary В., Boutros P.C., Pintilie M., Shi W., Bastianutto C., Li J.H., Schwock J., Zhang W.,

Penn L.Z., Jurisica I., Fyles A., Liu F.F. Gene expression profiling in cervical cancer: an exploration of intratumor heterogeneity// Clin Cancer Res. 2006. V. 12. № 19. P. 5632-40.

9. Bae J.M., Shin S.H., Kwon H.J., Park S.Y., Kook M.C., Kim Y.W., Cho N.Y., Kim N., Kim T.Y.,

Kim D., Kang G.H. ALU and LINE-1 hypomethylations in multistep gastric carcinogenesis and their prognostic implications// Int J Cancer. 2011.

10. Baillie J.K., Barnett M.W., Upton K.R., Gerhardt D.J., Richmond T.A., De Sapio F., Brennan P.M., Rizzu P., Smith S., Fell M., Talbot R.T., Gustincich S., Freeman T.C., Mattick J.S., Hume D.A., Heutink P., Carninci P., Jeddeloh J.A., Faulkner G.J. Somatic retrotransposition alters the genetic landscape of the human brain// Nature. 2011. V. 479. № 7374. P. 534-7.

11. Baltimore D., Boldin M.P., O'Connell R.M., Rao D.S., Taganov K.D. MicroRNAs: new regulators of immune cell development and function// Nat Immunol. 2008. V. 9. № 8. P. 839-45.

12. Batzer M.A., Deininger P.L. Alu repeats and human genomic diversity// Nat Rev Genet. 2002. V. 3. № 5. P. 370-9.

13. Baylin S., Bestor Т.Н. Altered methylation patterns in cancer cell genomes: cause or consequence?// Cancer Cell. 2002. V. 1. № 4. P. 299-305.

14

15

16

17,

18,

19,

20.

21,

22.

23.

24.

25.

26.

27.

28.

Belair C.D., Yeager T.R., Lopez P.M., Reznikoff C.A. Telomerase activity: a biomarker of cell proliferation, not malignant transformation// Proc Natl Acad Sci USA. 1997. V. 94. № 25. P. 13677-82.

Belver L., de Yebenes V.G., Ramiro A.R. MicroRNAs prevent the generation of autoreactive antibodies// Immunity. 2010. V. 33. № 5. P. 713-22.

Bennett E.A., Keller H., Mills R.E., Schmidt S., Moran J.V., Weichenrieder O., Devine S.E. Active Alu retrotransposons in the human genome// Genome Res. 2008. V. 18. № 12. P. 187583.

Berdasco M., Esteller M. Aberrant epigenetic landscape in cancer: how cellular identity goes awry// Dev Cell. 2010. V. 19. № 5. P. 698-711.

Bernards R., Weinberg R.A. A progression puzzle// Nature. 2002. V. 418. № 6900. P. 823. Bhowmick N.A., Neilson E.G., Moses H.L. Stromal fibroblasts in cancer initiation and progression//Nature. 2004. V. 432. № 7015. P. 332-7.

Bielas J.H., Loeb K.R., Rubin B.P., True L.D., Loeb L.A. Human cancers express a mutator phenotype// Proc Natl Acad Sci USA. 2006. V. 103. № 48. P. 18238-42. Bindea G., Mlecnik B., Fridman W.H., Pages F., Galon J. Natural immunity to cancer in humans// Curr Opin Immunol. 2010. V. 22. № 2. P. 215-22.

Bizarro S., CerveiraN., Correia C., Lisboa S., Peixoto A., Norton L., Teixeira M.R. Molecular characterization of a rare MLL-AF4 (MLL-AFF1) fusion rearrangement in infant leukemia// Cancer Genet Cytogenet. 2007. V. 178. № 1. P. 61-4.

Blackburn E.H. Structure and function of telomeres// Nature. 1991. V. 350. № 6319. P. 569-73. Bogerd H.P., Wiegand H.L., Hulme A.E., Garcia-Perez J.L., O'Shea K.S., Moran J.V., Cullen B.R. Cellular inhibitors of long interspersed element 1 and Alu retrotransposition// Proc Natl Acad Sci USA. 2006. V. 103. № 23. P. 8780-5.

Borchert G.M., Lanier W., Davidson B.L. RNA polymerase III transcribes human microRNAs// Nat Struct MolBiol. 2006. V. 13. № 12. P. 1097-101.

Brooks E.M., Branda R.F., Nicklas J.A., O'Neill J.P. Molecular description of three macro-deletions and an Alu-Alu recombination-mediated duplication in the HPRT gene in four patients with Lesch-Nyhan disease// Mutat Res. 2001. V. 476. № 1-2. P. 43-54.

Bryan T.M., Englezou A., Dalla-Pozza L., Dunham M.A., Reddel R.R. Evidence for an alternative mechanism for maintaining telomere length in human tumors and tumor-derived cell lines//Nat Med. 1997. V. 3. № 11. P. 1271-4.

Bulliard Y., Turelli P., Rohrig U.F., Zoete V., Mangeat B., Michielin O., Trono D. Functional analysis and structural modeling of human APOBEC3G reveal the role of evolutionarily

conserved elements in the inhibition of human immunodeficiency virus type 1 infection and Alu transposition//J Virol. 2009. V. 83. № 23. P. 12611-21.

29. Calin G.A., Croce C.M. MicroRNA signatures in human cancers// Nat Rev Cancer. 2006. V. 6. № 11. P. 857-66.

30. Callinan P. A., Batzer M.A. Retrotransposable elements and human disease// Genome Dyn. 2006. V. l.P. 104-15.

31. Castor A., Nilsson L., Astrand-Grundstrom I., Buitenhuis M., Ramirez C., Anderson K., Strombeck B., Garwicz S., Bekassy A.N., Schmiegelow K., Lausen B., Hokland P., Lehmann S., Juliusson G., Johansson B., Jacobsen S.E. Distinct patterns of hematopoietic stem cell involvement in acute lymphoblastic leukemia// Nat Med. 2005. V. 11. № 6. P. 630-7.

32. Chambers A.F., Groom A.C., MacDonald I.C. Dissemination and growth of cancer cells in metastatic sites// Nat Rev Cancer. 2002. V. 2. № 8. P. 563-72.

33. Chen L.L., Blumm N., Christakis N.A., Barabasi A.L., Deisboeck T.S. Cancer metastasis networks and the prediction of progression patterns// Br J Cancer. 2009. V. 101. № 5. P. 749-58.

34. Chen L.L., Carmichael G.G. Altered nuclear retention of mRNAs containing inverted repeats in human embryonic stem cells: functional role of a nuclear noncoding RNA// Mol Cell. 2009. V. 35. № 4. P. 467-78.

35. Chen L.L., DeCerbo J.N., Carmichael G.G. Alu element-mediated gene silencing// Embo J. 2008. V. 27. № 12. P. 1694-705.

36. Cheng N., Chytil A., Shyr Y., Joly A., Moses H.L. Transforming growth factor-beta signaling-deficient fibroblasts enhance hepatocyte growth factor signaling in mammary carcinoma cells to promote scattering and invasion// Mol Cancer Res. 2008. V. 6. № 10. P. 1521-33.

37. Cheung A.L., Deng W. Telomere dysfunction, genome instability and cancer// Front Biosci. 2008. V. 13. P. 2075-90.

38. Chiang A.C., Massague J. Molecular basis of metastasis// N Engl J Med. 2008. V. 359. № 26. P. 2814-23.

39. Chiu Y.L., Witkowska H.E., Hall S.C., Santiago M., Soros V.B., Esnault C„ Heidmann T., Greene W.C. High-molecular-mass APOBEC3G complexes restrict Alu retrotransposition// Proc Natl Acad Sci USA. 2006. V. 103. № 42. P. 15588-93.

40. Ciccia A., Elledge S.J. The DNA damage response: making it safe to play with knives// Mol Cell. 2010. V. 40. № 2. P. 179-204.

41. Clarke M.F., Dick J.E., Dirks P.B., Eaves C.J., Jamieson C.H., Jones D.L., Visvader J., Weissman I.L., Wahl G.M. Cancer stem cells—perspectives on current status and future directions: AACR Workshop on cancer stem cells// Cancer Res. 2006. V. 66. № 19. P. 9339-44.

42. Claverie-Martin F., Flores C., Anton-Gamero M., Gonzalez-Acosta H., Gareia-Nieto V. The Alu insertion in the CLCN5 gene of a patient with Dent's disease leads to exon 11 skipping// J Hum Genet. 2005. V. 50. № 7. P. 370-4.

43. Claverie-Martin F., Gonzalez-Acosta H., Flores C., Anton-Gamero M., Garcia-Nieto V. De novo insertion of an Alu sequence in the coding region of the CLCN5 gene results in Dent's disease// Hum Genet. 2003. V. 113. № 6. P. 480-5.

44. Cocquet J., Chong A., Zhang G., Veitia R.A. Reverse transcriptase template switching and false alternative transcripts// Genomics. 2006. V. 88. № 1. P. 127-31.

45. Coghlin C., Murray G.I. Current and emerging concepts in tumour metastasis// J Pathol. 2010. V. 222. № l.P. 1-15.

46. Colotta F., Allavena P., Sica A., Garlanda C., Mantovani A. Cancer-related inflammation, the seventh hallmark of cancer: links to genetic instability// Carcinogenesis. 2009. V. 30. № 7. P. 1073-81.

47. Comeaux M.S., Roy-Engel A.M., Hedges D.J., Deininger P.L. Diverse cis factors controlling Alu retrotransposition: what causes Alu elements to die?// Genome Res. 2009. V. 19. № 4. P. 545-55.

48. Conrad D.F., Pinto D., Redon R., Feuk L., Gokcumen O., Zhang Y., Aerts J., Andrews T.D., Barnes C., Campbell P., Fitzgerald Т., Ни M., Ihm C.H., Kristiansson K., Macarthur D.G., Macdonald J.R., Onyiah I., Pang A.W., Robson S., Stirrups K., Valsesia A., Walter K., Wei J., Tyler-Smith C., Carter N.P., Lee C., Scherer S.W., Hurles M.E. Origins and functional impact of copy number variation in the human genome// Nature. 2009. V. 464. № 7289. P. 704-12.

49. Cox C.V., Evely R.S., Oakhill A., Pamphilon D.H., Goulden N.J., Blair A. Characterization of acute lymphoblastic leukemia progenitor cells// Blood. 2004. V. 104. № 9. P. 2919-25.

50. Cox C.V., Martin H.M., Kearns P.R., Virgo P., Evely R.S., Blair A. Characterization of a progenitor cell population in childhood T-cell acute lymphoblastic leukemia// Blood. 2007. V. 109. № 2. P. 674-82.

51. Dalerba P., Dylla S.J., Park I.K., Liu R., Wang X., Cho R.W., Hoey Т., Gurney A., Huang E.H., Simeone D.M., Shelton A.A., Parmiani G., Castelli C., Clarke M.F. Phenotypic characterization of human colorectal cancer stem cells// Proc Natl Acad Sci USA. 2007. V. 104. № 24. P. 10158-63.

52. Dalgliesh G.L., Furge K., Greenman C., Chen L., Bignell G., Butler A., Davies H., Edkins S., Hardy C., Latimer C., Teague J., Andrews J., Barthorpe S., Beare D., Buck G., Campbell P.J., Forbes S., Jia M., Jones D., Knott H., Kok C.Y., Lau K.W., Leroy C., Lin M.L., McBride D.J., Maddison M., Maguire S., McLay K., Menzies A., Mironenko Т., Mulderrig L., Mudie L., O'Meara S., Pleasance E., Rajasingham A., Shepherd R., Smith R., Stebbings L., Stephens P.,

53

54

55

56

57,

58.

59,

60.

61.

62.

63.

64.

65.

66.

67.

Tang G., Tarpey P.S., Turrell K., Dykema K.J., Khoo S.K., Petillo D., Wondergem B., Anema J., Kahnoski R.J., Teh B.T., Stratton M.R., Futreal P. A. Systematic sequencing of renal carcinoma reveals inactivation of histone modifying genes// Nature. 2010. V. 463. № 7279. P. 360-3. Daskalova E., Baev V., Rusinov V., Minkov I. 3'UTR-located ALU elements: donors of potential miRNA target sites and mediators of network miRNA-based regulatory interactions// EvolBioinform Online. 2006. V. 2. P. 103-20.

de Visser K.E., Eichten A., Coussens L.M. Paradoxical roles of the immune system during cancer development// Nat Rev Cancer. 2006. V. 6. № 1. P. 24-37.

DeBerardinis R.J., Lum J.J., Hatzivassiliou G., Thompson C.B. The biology of cancer: metabolic reprogramming fuels cell growth and proliferation// Cell Metab. 2008. V. 7. № 1. P. 11-20. DeNardo D.G., Andreu P., Coussens L.M. Interactions between lymphocytes and myeloid cells regulate pro- versus anti-tumor immunity// Cancer Metastasis Rev. 2010. V. 29. № 2. P. 309-16. DePinho R.A. The age of cancer//Nature. 2000. V. 408. № 6809. P. 248-54. Dewannieux M., Esnault C., Heidmann T. LINE-mediated retrotransposition of marked Alu sequences//Nat Genet. 2003. V. 35. № 1. P. 41-8.

Dewannieux M., Heidmann T. Role of poly(A) tail length in Alu retrotransposition// Genomics. 2005. V. 86. №3. P. 378-81.

Dick J.E. Stem cell concepts renew cancer research// Blood. 2008. V. 112. № 13. P. 4793-807. Diller L. Clinical practice. Adult primary care after childhood acute lymphoblastic leukemia// N Engl J Med. 2011. V. 365. № 15. P. 1417-24.

Diskin S.J., Hou C., Glessner J.T., Attiyeh E.F., Laudenslager M., Bosse K., Cole K., Mosse Y.P., Wood A., Lynch J.E., Pecor K., Diamond M., Winter C., Wang K., Kim C., Geiger E.A., McGrady P.W., Blakemore A.I., London W.B., Shaikh T.H., Bradfield J., Grant S.F., Li H., Devoto M., Rappaport E.R., Hakonarson H., Maris J.M. Copy number variation at 1 q21.1 associated with neuroblastoma// Nature. 2009. V. 459. № 7249. P. 987-91. Duffy M.J., McGowan P.M., Gallagher W.M. Cancer invasion and metastasis: changing views// J Pathol. 2008. V. 214. № 3. P. 283-93.

Dunham M.A., Neumann A.A., Fasching C.L., Reddel R.R. Telomere maintenance by recombination in human cells// Nat Genet. 2000. V. 26. № 4. P. 447-50.

Eccles S.A., Welch D.R. Metastasis: recent discoveries and novel treatment strategies// Lancet. 2007. V. 369. № 9574. P. 1742-57.

Ellis C.A., Clark G. The importance of being K-Ras// Cell Signal. 2000. V. 12. № 7. P. 425-34. Feron O. Pyruvate into lactate and back: from the Warburg effect to symbiotic energy fuel exchange in cancer cells// Radiother Oncol. 2009. V. 92. № 3. P. 329-33.

68. Ferrone C., Dranoff G. Dual roles for immunity in gastrointestinal cancers// J Clin Oncol. 2010. V. 28. №26. P. 4045-51.

69. Fidler I.J. The pathogenesis of cancer metastasis: the 'seed and soil' hypothesis revisited// Nat Rev Cancer. 2003. V. 3. № 6. P. 453-8.

70. Fidler I.J., Singh R.K., Yoneda J., Kumar R., Xu L., Dong Z., Bielenberg D.R., McCarty M., Ellis L.M. Critical determinants of neoplastic angiogenesis// Cancer J. 2000. V. 6 Suppl 3. P. S225-36.

71. Folkman J. The role of angiogenesis in tumor growth// Semin Cancer Biol. 1992. V. 3. № 2. P. 65-71.

72. Fox E.J., Salk J.J., Loeb L.A. Cancer genome sequencing—an interim analysis// Cancer Res. 2009. V. 69. № 12. P. 4948-50.

73. Friedberg E.C., Aguilera A., Gellert M., Hanawalt P.C., Hays J.B., Lehmann A.R., Lindahl T., Lowndes N., Sarasin A., Wood R.D. DNA repair: from molecular mechanism to human disease// DNA Repair (Amst). 2006. V. 5. № 8. P. 986-96.

74. Frohling S., Dohner H. Chromosomal abnormalities in cancer// N Engl J Med. 2008. V. 359. № 7. P. 722-34.

75. Gal-Mark N., Schwartz S., Ast G. Alternative splicing of Alu exons—two arms are better than one// Nucleic Acids Res. 2008. V. 36. № 6. P. 2012-23.

76. Goering W., Ribarska T., Schulz W.A. Selective changes of retroelement expression in human prostate cancer// Carcinogenesis. 2011. V. 32. № 10. P. 1484-92.

77. Gong C., Maquat L.E. IncRNAs transactivate STAU1-mediated mRNA decay by duplexing with 3' UTRs via Alu elements// Nature. 2011. V. 470. № 7333. P. 284-8.

78. Greenman C., Stephens P., Smith R., Dalgliesh G.L., Hunter C., Bignell G., Davies H., Teague J., Butler A., Stevens C., Edkins S., O'Meara S., Vastrik I., Schmidt E.E., Avis T., Barthorpe S., Bhamra G., Buck G., Choudhury B., Clements J., Cole J., Dicks E., Forbes S., Gray K., Halliday K., Harrison R., Hills K., Hinton J., Jenkinson A., Jones D., Menzies A., Mironenko T., Perry J., Raine K., Richardson D., Shepherd R., Small A., Tofts C., Varian J., Webb T., West S., Widaa S., Yates A., Cahill D.P., Louis D.N., Goldstraw P., Nicholson A.G., Brasseur F., Looijenga L., Weber B.L., Chiew Y.E., DeFazio A., Greaves M.F., Green A.R., Campbell P., Birney E., Easton D.F., Chenevix-Trench G., Tan M.H., Khoo S.K., Teh B.T., Yuen S.T., Leung S.Y., Wooster R., Futreal P.A., Stratton M.R. Patterns of somatic mutation in human cancer genomes// Nature. 2007. V. 446. № 7132. P. 153-8.

79. Grivennikov S.I., Greten F.R., Karin M. Immunity, inflammation, and cancer// Cell. 2010. V. 140. № 6. P. 883-99.

80

81

82

83

84

85

86

87

88,

89,

90,

91.

92.

93.

94.

95.

Grover D., Mukerji M., Bhatnagar P., Kannan K., Brahmachari S.K. Alu repeat analysis in the complete human genome: trends and variations with respect to genomic composition// Bioinformatics. 2004. V. 20. № 6. P. 813-7.

Gu T.J., Yi X., Zhao X.W., Zhao Y., Yin J.Q. Alu-directed transcriptional regulation of some novel miRNAs// BMC Genomics. 2009. V. 10. P. 563.

Hache G., Liddament M.T., Harris R.S. The retroviral hypermutation specificity of APOBEC3F and APOBEC3G is governed by the C-terminal DNA cytosine deaminase domain// J Biol Chem. 2005. V. 280. № 12. P. 10920-4.

Hahn W.C., Meyerson M. Telomerase activation, cellular immortalization and cancer// Ann Med. 2001. V. 33. № 2. P. 123-9.

Hahn W.C., Weinberg R.A. Rules for making human tumor cells// N Engl J Med. 2002. V. 347. №20. P. 1593-603.

Hanahan D., Folkman J. Patterns and emerging mechanisms of the angiogenic switch during tumorigenesis// Cell. 1996. V. 86. № 3. P. 353-64.

Hanahan D., Weinberg R.A. The hallmarks of cancer// Cell. 2000. V. 100. № 1. P. 57-70. Hanahan D., Weinberg R.A. Hallmarks of cancer: the next generation// Cell. 2011. V. 144. № 5. P. 646-74.

Harley C.B., Futcher A.B., Greider C.W. Telomeres shorten during ageing of human fibroblasts// Nature. 1990. V. 345. № 6274. P. 458-60.

Hasler J., Samuelsson T., Strub K. Useful 'junk': Alu RNAs in the human transcriptome// Cell Mol Life Sci. 2007. V. 64. № 14. P. 1793-800.

Hasler J., Strub K. Alu elements as regulators of gene expression// Nucleic Acids Res. 2006. V. 34. № 19. P. 5491-7.

Hastings P.J., Ira G., Lupski J.R. A microhomology-mediated break-induced replication model for the origin of human copy number variation// PLoS Genet. 2009. V. 5. № 1. P. el000327. Hastings P.J., Lupski J.R., Rosenberg S.M., Ira G. Mechanisms of change in gene copy number// Nat Rev Genet. 2009. V. 10. № 8. P. 551-64.

Hedges D.J., Callinan P.A., Cordaux R., Xing J., Barnes E., Batzer M.A. Differential alu mobilization and polymorphism among the human and chimpanzee lineages// Genome Res. 2004. V. 14. № 6. P. 1068-75.

Henrichsen C.N., Chaignat E., Reymond A. Copy number variants, diseases and gene expression// Hum Mol Genet. 2009. V. 18. № Rl. P. Rl-8.

Hermann P.C., Huber S.L., Herrler T., Aicher A., Ellwart J.W., Guba M., Bruns C.J., Heeschen C. Distinct populations of cancer stem cells determine tumor growth and metastatic activity in human pancreatic cancer// Cell Stem Cell. 2007. V. 1. № 3. P. 313-23.

96. Hernando E. mieroRNAs and cancer: role in tumorigenesis, patient classification and therapy// Clin Transl Oncol. 2007. V. 9. № 3. P. 155-60.

97. Ho G.H., Calvano J.E., Bisogna M., Abouezzi Z., Borgen P.I., Cordon-Cardo C., van Zee K.J. Genetic alterations of the pl4ARF -hdm2-p53 regulatory pathway in breast carcinoma// Breast Cancer Res Treat. 2001. V. 65. № 3. P. 225-32.

98. Hogg M., Paro S., Keegan L.P., O'Connell M.A. RNA editing by mammalian ADARs// Adv Genet. 2011. V. 73. P. 87-120.

99. Hong Y.J., Marjoram P., Shibata D., Siegmund K.D. Using DNA methylation patterns to infer tumor ancestry// PLoS One. 2010. V. 5. № 8. P. e 12002.

100. Hormozdiari F., Alkan C., Ventura M., Hajirasouliha I., Malig M., Hach F., Yorukoglu D., Dao P., Bakhshi M., Sahinalp S.C., Eichler E.E. Alu repeat discovery and characterization within human genomes// Genome Res. 2011. V. 21. № 6. P. 840-9.

101. Houseley J., Tollervey D. Apparent non-canonical trans-splicing is generated by reverse transcriptase in vitro// PLoS One. 2010. V. 5. № 8. P. el2271.

102. Hsu P.P., Sabatini D.M. Cancer cell metabolism: Warburg and beyond// Cell. 2008. V. 134. № 5. P. 703-7.

103. Hulme A.E., Bogerd H.P., Cullen B.R., Moran J.V. Selective inhibition of Alu retrotransposition by APOBEC3G// Gene. 2007. V. 390. № 1-2. P. 199-205.

104. Hunter T. Cooperation between oncogenes// Cell. 1991. V. 64. № 2. P. 249-70.

105. Iafrate A.J., Feuk L., Rivera M.N., Listewnik M.L., Donahoe P.K., Qi Y., Scherer S.W., Lee C. Detection of large-scale variation in the human genome// Nat Genet. 2004. V. 36. № 9. P. 94951.

106. lorio M.V., Ferracin M., Liu C.G., Veronese A., Spizzo R., Sabbioni S., Magri E., Pedriali M., Fabbri M., Campiglio M., Menard S., Palazzo J.P., Rosenberg A., Musiani P., Volinia S., Nenci

I., Calin G.A., Querzoli P., Negrini M., Croce C.M. MicroRNA gene expression deregulation in human breast cancer// Cancer Res. 2005. V. 65. № 16. P. 7065-70.

107. Ishikawa F., Yoshida S., Saito Y., Hijikata A., Kitamura H., Tanaka S., Nakamura R., Tanaka T., Tomiyama H., Saito N., Fukata M., Miyamoto T., Lyons B., Ohshima K., Uchida N., Taniguchi S., Ohara O., Akashi K., Harada M., Shultz L.D. Chemotherapy-resistant human AML stem cells home to and engraft within the bone-marrow endosteal region// Nat Biotechnol. 2007. V. 25. №

II. P. 1315-21.

108. Iwakawa R., Kohno T., Kato M., Shiraishi K., Tsuta K., Noguchi M., Ogawa S., Yokota J. MYC amplification as a prognostic marker of early-stage lung adenocarcinoma identified by whole genome copy number analysis// Clin Cancer Res. 2011. V. 17. № 6. P. 1481-9.

109. Iwatani Y., Takeuchi H., Strebel K., Levin J.G. Biochemical activities of highly purified, catalytically active human APOBEC3G: correlation with antiviral effect// J Virol. 2006. V. 80. № 12. P. 5992-6002.

110. Jackson S.P., Bartek J. The DNA-damage response in human biology and disease// Nature. 2009. V. 461. №7267. P. 1071-8.

111. Jiang B.H., Liu L.Z. PI3K/PTEN signaling in angiogenesis and tumorigenesis// Adv Cancer Res. 2009. V. 102. P. 19-65.

112. Johann D.J., Rodriguez-Canales J., Mukherjee S., Prieto D.A., Hanson J.C., Emmert-Buck M., Blonder J. Approaching solid tumor heterogeneity on a cellular basis by tissue proteomics using laser capture microdissection and biological mass spectrometry// J Proteome Res. 2009. V. 8. № 5. P. 2310-8.

113. Jones P.A., Baylin S.B. The epigenomics of cancer// Cell. 2007. V. 128. № 4. P. 683-92.

114. Jones R.G., Thompson C.B. Tumor suppressors and cell metabolism: a recipe for cancer growth// Genes Dev. 2009. V. 23. № 5. P. 537-48.

115. Jones S., Zhang X., Parsons D.W., Lin J.C., Leary R.J., Angenendt P., Mankoo P., Carter H., Kamiyama H., Jimeno A., Hong S.M., Fu B., Lin M.T., Calhoun E.S., Kamiyama M., Walter K., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Hartigan J., Smith D.R., Hidalgo M., Leach S.D., Klein A.P., Jaffee E.M., Goggins M., Maitra A., Iacobuzio-Donahue C., Eshleman J.R., Kern S.E., Hruban R.H., Karchin R., Papadopoulos N., Parmigiani G., Vogelstein B., Velculescu V.E., Kinzler K.W. Core signaling pathways in human pancreatic cancers revealed by global genomic analyses// Science. 2008. V. 321. № 5897. P. 1801-6.

116. Jordan C.T., Guzman M.L., Noble M. Cancer stem cells// N Engl J Med. 2006. V. 355. № 12. P. 1253-61.

117. Junttila M.R., Evan G.I. p53—a Jack of all trades but master of none// Nat Rev Cancer. 2009. V. 9. № 11. P. 821-9.

118. Kaneko H., Dridi S., Tarallo V., Gelfand B.D., Fowler B.J., Cho W.G., Kleinman M.E., Ponicsan S.L., Hauswirth W.W., Chiodo V.A., Kariko K., Yoo J.W., Lee D.K., Hadziahmetovic M., Song Y., Misra S., Chaudhuri G., Buaas F.W., Braun R.E., Hinton D.R., Zhang Q., Grossniklaus H.E., Provis J.M., Madigan M.C., Milam A.H., Justice N.L., Albuquerque R.J., Blandford A.D., Bogdanovich S., Hirano Y., Witta J., Fuchs E., Littman D.R., Ambati B.K., Rudin C.M., Chong M.M., Provost P., Kugel J.F., Goodrich J.A., Dunaief J.L., Baffi J.Z., Ambati J. DICER1 deficit induces Alu RNA toxicity in age-related macular degeneration// Nature. 2011. V. 471. № 7338. P. 325-30.

119. Kaplan R.N., Psaila B., Lyden D. Bone marrow cells in the 'pre-metastatic niche': within bone and beyond// Cancer Metastasis Rev. 2006. V. 25. № 4. P. 521-9.

120. Kaplan R.N., Rafii S., Lyden D. Preparing the "soil": the premetastatic niche// Cancer Res. 2006. V. 66. №23. P. 11089-93.

121. Kaplan R.N., Riba R.D., Zacharoulis S., Bramley A.H., Vincent L., Costa C., MacDonald D.D., Jin D.K., Shido K., Kerns S.A., Zhu Z., Hicklin D., Wu Y., Port J.L., Altorki N., Port E.R., Ruggero D., Shmelkov S.V., Jensen K.K., Rafii S., Lyden D. VEGFR1-positive haematopoietic bone marrow progenitors initiate the pre-metastatic niche// Nature. 2005. V. 438. № 7069. P. 820-7.

122. Kennedy K.M., Dewhirst M.W. Tumor metabolism of lactate: the influence and therapeutic potential for MCT and CD 147 regulation// Future Oncol. 2010. V. 6. № 1. P. 127-48.

123. Kennedy R.D., DAndrea A.D. DNA repair pathways in clinical practice: lessons from pediatric cancer susceptibility syndromes// J Clin Oncol. 2006. V. 24. № 23. P. 3799-808.

124. Khalique L., Ayhan A., Weale M.E., Jacobs I.J., Ramus S.J., Gayther S.A. Genetic intra-tumour heterogeneity in epithelial ovarian cancer and its implications for molecular diagnosis of tumours// J Pathol. 2007. V. 211. № 3. P. 286-95.

125. Khatua A.K., Taylor H.E., Hildreth J.E., Popik W. Inhibition of LINE-1 and Alu retrotransposition by exosomes encapsidating APOBEC3G and APOBEC3F// Virology. 2010. V. 400. № l.P. 68-75.

126. Khayat A.S., Guimaraes A.C., Calcagno D.Q., Seabra A.D., Lima E.M., Leal M.F., Faria M.H., Rabenhorst S.H., Assumpcao P.P., Demachki S., Smith M.A., Burbano R.R. Interrelationship between TP53 gene deletion, protein expression and chromosome 17 aneusomy in gastric adenocarcinoma// BMC Gastroenterol. 2009. V. 9. P. 55.

127. Kim D.D., Kim T.T., Walsh T., Kobayashi Y., Matise T.C., Buyske S., Gabriel A. Widespread RNA editing of embedded alu elements in the human transcriptome// Genome Res. 2004. V. 14. № 9. P. 1719-25.

128. Kim M.Y., Oskarsson T., Acharyya S., Nguyen D.X., Zhang X.H., Norton L., Massague J. Tumor self-seeding by circulating cancer cells// Cell. 2009. V. 139. № 7. P. 1315-26.

129. Kim N.W., Piatyszek M.A., Prowse K.R., Harley C.B., West M.D., Ho P.L., Coviello G.M., Wright W.E., Weinrich S.L., Shay J.W. Specific association of human telomerase activity with immortal cells and cancer// Science. 1994. V. 266. № 5193. P. 2011-5.

130. Kreahling J., Graveley B.R. The origins and implications of Aluternative splicing// Trends Genet. 2004. V. 20. № 1. P. 1-4.

131. Laird P.W., Jaenisch R. The role of DNA methylation in cancer genetic and epigenetics// Annu Rev Genet. 1996. V. 30. P. 441-64.

132. Lander E.S., Linton L.M., Birren B., et al. Initial sequencing and analysis of the human genome// Nature. 2001. V. 409. № 6822. P. 860-921.

133. Lebedev Y.B., Amosova A.L., Mamedov I.Z., Fisunov G.Y., Sverdlov E.D. Most recent AluY insertions in human gene introns reduce the content of the primary transcripts in a cell type specific manner// Gene. 2007. V. 390. № 1-2. P. 122-9.

134. Lee E.J., Gusev Y., Jiang J., Nuovo G.J., Lerner M.R., Frankel W.L., Morgan D.L., Postier R.G., Brackett D.J., Schmittgen T.D. Expression profiling identifies microRNA signature in pancreatic cancer// Int J Cancer. 2007. V. 120. № 5. P. 1046-54.

135. Lee E.Y., Muller W.J. Oncogenes and tumor suppressor genes// Cold Spring Harb Perspect Biol. 2010. V. 2. № 10. P. a003236.

136. Lee J. A., Carvalho C.M., Lupski J.R. A DNA replication mechanism for generating nonrecurrent rearrangements associated with genomic disorders// Cell. 2007. V. 131. № 7. P. 1235-47.

137. Lehnert S., Van Loo P., Thilakarathne P.J., Marynen P., Verbeke G., Schuit F.C. Evidence for co-evolution between human microRNAs and Alu-repeats// PLoS One. 2009. V. 4. № 2. P. e4456.

138. Levanon E.Y., Eisenberg E., Yelin R., Nemzcr S., Hallegger M., Shemesh R., Fligelman Z.Y., Shoshan A., Pollock S.R., Sztybel D., Olshansky M., Rechavi G., Jantsch M.F. Systematic identification of abundant A-to-I editing sites in the human transcriptome// Nat Biotechnol. 2004. V. 22. № 8. P. 1001-5.

139. Levine A.J. p53, the cellular gatekeeper for growth and division// Cell. 1997. V. 88. № 3. P. 32331.

140. Lev-Maor G., Ram O., Kim E., SelaN., Goren A., Levanon E.Y., Ast G. Intronic Alus influence alternative splicing// PLoS Genet. 2008. V. 4. № 9. P. el000204.

141. Lev-Maor G., Sorek R., Shomron N., Ast G. The birth of an alternatively spliced exon: 3' splice-site selection in Alu exons// Science. 2003. V. 300. № 5623. P. 1288-91.

142. Li C., Heidt D.G., Dalerba P., Burant C.F., Zhang L., Adsay V., Wicha M., Clarke M.F., Simeone D.M. Identification of pancreatic cancer stem cells// Cancer Res. 2007. V. 67. № 3. P. 1030-7.

143. Li L., McVety S., Younan R., Liang P., Du Sart D., Gordon P.H., Hutter P., Hogervorst F.B., Chong G., Foulkes W.D. Distinct patterns of germ-line deletions in MLH1 and MSH2: the implication of Alu repetitive element in the genetic etiology of Lynch syndrome (HNPCC)// Hum Mutat. 2006. V. 27. № 4. P. 388.

144. Li T.H., Kim C., Rubin C.M., Schmid C.W. K562 cells implicate increased chromatin accessibility in Alu transcriptional activation// Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. № 16. P. 3031-9.

145. Linardic C.M. PAX3-F0X01 fusion gene in rhabdomyosarcoma// Cancer Lett. 2008. V. 270. № l.P. 10-8.

146

147

148

149

150

151

152.

153.

154.

155.

156.

157.

158.

159.

Lips E.H., van Eijk R., de Graaf E.J., Doornebosch P.G., de Miranda N.F., Oosting J., Karsten

T., Eilers P.H., Tollenaar R.A., van Wezel T., Morreau H. Progression and tumor heterogeneity

analysis in early rectal cancer// Clin Cancer Res. 2008. V. 14. № 3. P. 772-81.

Lowe S.W. Activation of p53 by oncogenes// Endocr Relat Cancer. 1999. V. 6. № 1. P. 45-8.

Lowe S.W., Cepero E., Evan G. Intrinsic tumour suppression// Nature. 2004. V. 432. № 7015. P.

307-15.

Lukic S., Chen K. Human piKNAs are under selection in Africans and repress transposable elements// Mol Biol Evol. 2011. V. 28. № 11. P. 3061-7.

Ly H., Blackburn E.H., Parslow T.G. Comprehensive structure-function analysis of the core domain of human telomerase RNA// Mol Cell Biol. 2003. V. 23. № 19. P. 6849-56. Lynam-Lennon N., Maher S.G., Reynolds J.V. The roles of microRNA in cancer and apoptosis// Biol Rev Camb Philos Soc. 2009. V. 84. № 1. P. 55-71.

Maley C.C., Galipeau P.C., Finley J.C., Wongsurawat V.J., Li X., Sanchez C.A., Paulson T.G., Blount P.L., Risques R.A., Rabinovitch P.S., Reid B.J. Genetic clonal diversity predicts progression to esophageal adenocarcinoma// Nat Genet. 2006. V. 38. № 4. P. 468-73. Matsui W., Huff C.A., Wang Q., Malehorn M.T., Barber J., Tanhehco Y., Smith B.D., Civin C.I., Jones R.J. Characterization of clonogenic multiple myeloma cells// Blood. 2004. V. 103. № 6. P. 2332-6.

Matsumoto T., Fujii H., Arakawa A., Yamasaki S., Sonoue H., Hattori K., Kajiyama Y., Hirose S., Tsurumaru M. Loss of heterozygosity analysis shows monoclonal evolution with frequent genetic progression and divergence in esophageal carcinosarcoma// Hum Pathol. 2004. V. 35. № 3. P. 322-7.

Mazzocca A., Carloni V. The metastatic process: methodological advances and pharmacological challenges// Curr Med Chem. 2009. V. 16. № 14. P. 1704-17.

McCormick F. GTP-binding proteins as oncogenes in human tumors// Environ Health Perspect. 1991. V. 93. P. 17-8.

McGrath M., Wong J.Y., Michaud D., Hunter D.J., De Vivo I. Telomere length, cigarette smoking, and bladder cancer risk in men and women// Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007. V. 16. №4. P. 815-9.

Miller B.H., Wahlestedt C. MicroRNA dysregulation in psychiatric disease// Brain Res. 2010. V. 1338. P. 89-99.

Mills R.E., Bennett E.A., Iskow R.C., Devine S.E. Which transposable elements are active in the human genome?// Trends Genet. 2007. V. 23. № 4. P. 183-91.

160. Mills R.E., Bennett E.A., Iskow R.C., Luttig C.T., Tsui C., Pittard W.S., Devine S.E. Recently mobilized transposons in the human and chimpanzee genomes// Am J Hum Genet 2006. V. 78. №4. P. 671-9.

161. Mitchell M., Dai L., Savidge G., Alhaq A. An Alu-mediated 31.5-kb deletion as the cause of factor XI deficiency in 2 unrelated patients// Blood. 2004. V. 104. № 8. P. 2394-6.

162. Mochizuki J., Saitsu H., Mizuguchi T., Nishimura A., Visser R., Kurotaki N., Miyake N., Unno N., Matsumoto N. Alu-related 5q35 microdeletions in Sotos syndrome// Clin Genet. 2008. V. 74. №4. P. 384-91.

163. Mohl A., Marschalek R., Masszi T., Nagy E., Obser T., Oyen F., Sallai K„ Bodo I., Schneppenheim R. An Alu-mediated novel large deletion is the most frequent cause of type 3 von Willebrand disease in Hungary// J Thromb Haemost. 2008. V. 6. № 10. P. 1729-35.

164. Moolhuijzen P., Kulski J.K., Dunn D.S., Schibeci D., Barrero R., Gojobori T„ Bellgard M. The transcript repeat element: the human Alu sequence as a component of gene networks influencing cancer// Funct Integr Genomics. 2010.

165. Mougiakakos D., Choudhury A., Lladser A., Kiessling R., Johansson C.C. Regulatory T cells in cancer// Adv Cancer Res. 2010. V. 107. P. 57-117.

166. Navin N., Kendall J., Troge J., Andrews P., Rodgers L., Mclndoo J., Cook K., Stepansky A., Levy D., Esposito D., Muthuswamy L., Krasnitz A., McCombie W.R., Hicks J., Wigler M. Tumour evolution inferred by single-cell sequencing// Nature. 2011. V. 472. № 7341. P. 90-4.

167. Navin N., Krasnitz A., Rodgers L., Cook K., Meth J., Kendall J., Riggs M., Eberling Y., Troge J., Grubor V., Levy D., Lundin P., Maner S., Zetterberg A., Hicks J., Wigler M. Inferring tumor progression from genomic heterogeneity// Genome Res. 2010. V. 20. № l.P. 68-80.

168. Navin N.E., Hicks J. Tracing the tumor lineage// Mol Oncol. 2010. V. 4. № 3. P. 267-83.

169. Negrini S., Gorgoulis V.G., Halazonetis T.D. Genomic instability—an evolving hallmark of cancer// Nat Rev Mol Cell Biol. 2010. V. 11. № 3. P. 220-8.

170. Nelson B.H. The impact of T-cell immunity on ovarian cancer outcomes// Immunol Rev. 2008. V. 222. P. 101-16.

171. Norton L. Cancer stem cells, self-seeding, and decremented exponential growth: theoretical and clinical implications// Breast Dis. 2008. V. 29. P. 27-36.

172. Norton L., Massague J. Is cancer a disease of self-seeding?// Nat Med. 2006. V. 12. № 8. P. 8758.

173. Nowell P.C. The clonal evolution of tumor cell populations// Science. 1976. V. 194. № 4260. P. 23-8.

174. O'Brien C.A., Pollett A., Gallinger S., Dick J.E. A human colon cancer cell capable of initiating tumour growth in immunodeficient mice// Nature. 2007. V. 445. № 7123. P. 106-10.

175. O'Connell R.M., Rao D.S., Chaudhuri A.A., Baltimore D. Physiological and pathological roles for microRNAs in the immune system// Nat Rev Immunol. 2010. V. 10. № 2. P. 111-22.

176. O'Donnell K.A., Boeke J.D. Mighty Piwis defend the germline against genome intruders// Cell. 2007. V. 129. № l.P. 37-44.

177. O'Neill L.A., Sheedy F.J., McCoy C.E. MicroRNAs: the fine-tuners of Toll-like receptor signalling//Nat Rev Immunol. 2011. V. 11. № 3. P. 163-75.

178. Osaki M., Takeshita F., Ochiya T. MicroRNAs as biomarkers and therapeutic drugs in human cancer// Biomarkers. 2008. V. 13. № 7. P. 658-70.

179. Ostrand-Rosenberg S., Sinha P. Myeloid-derived suppressor cells: linking inflammation and cancer// J Immunol. 2009. V. 182. № 8. P. 4499-506.

180. Pages F., Galon J., Dieu-Nosjean M.C., Tartour E., Sautes-Fridman C., Fridman W.H. Immune infiltration in human tumors: a prognostic factor that should not be ignored// Oncogene. 2010. V. 29. № 8. P. 1093-102.

181. Pallante P., Visone R., Croce C.M., Fusco A. Deregulation of microRNA expression in follicular-cell-derived human thyroid carcinomas// Endocr Relat Cancer. 2010. V. 17. № 1. P. F91-104.

182. Pantou D., Rizou H., Tsarouha H., Pouli A., Papanastasiou K., Stamatellou M., Trangas T., Pandis N., Bardi G. Cytogenetic manifestations of multiple myeloma heterogeneity// Genes Chromosomes Cancer. 2005. V. 42. № 1. p. 44-57.

183. Parsons D.W., Jones S., Zhang X., Lin J.C., Leary R.J., Angenendt P., Mankoo P., Carter H., Siu I.M., Gallia G.L., Olivi A., McLendon R., Rasheed B.A., Keir S., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Busam D.A., Tekleab H., Diaz L.A., Jr., Hartigan J., Smith D.R., Strausberg R.L., Marie S.K., Shinjo S.M., Yan H., Riggins G.J., Bigner D.D., Karchin R., Papadopoulos N., Parmigiani G., Vogelstein B., Velculescu V.E., Kinzler K.W. An integrated genomic analysis of human glioblastoma multiforme// Science. 2008. V. 321. № 5897. P. 1807-12.

184. Pastor T., Talotti G., Lewandowska M.A., Pagani F. An Alu-derived intronic splicing enhancer facilitates intronic processing and modulates aberrant splicing in ATM// Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. №21. P. 7258-67.

185. Piotrowski A., Bruder C.E., Andersson R., Diaz de Stahl T., Menzel U., Sandgren J., Poplawski A., von Tell D., Crasto C., Bogdan A., Bartoszewski R., Bebok Z., Krzyzanowski M., Jankowski Z., Partridge E.C., Komorowski J., Dumanski J.P. Somatic mosaicism for copy number variation in differentiated human tissues// Hum Mutat. 2008. V. 29. № 9. P. 1118-24.

186. Pleasance E.D., Cheetham R.K., Stephens P.J., McBride D.J., Humphray S.J., Greenman C.D., Varela I., Lin M.L., Ordonez G.R., Bignell G.R., Ye K., Alipaz J., Bauer M.J., Beare D., Butler A., Carter R.J., Chen L., Cox A.J., Edkins S., Kokko-Gonzales P.I., Gormley N.A., Grocock

R.J., Haudenschild C.D., Hims M.M., James T., Jia M., Kingsbury Z., Leroy C., Marshall J., Menzies A., Mudie L.J., Ning Z., Royce T., Schulz-Trieglaff O.B., Spiridou A., Stebbings L.A., Szajkowski L., Teague J., Williamson D., Chin L., Ross M.T., Campbell P.J., Bentley D.R., Futreal P.A., Stratton M.R. A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome// Nature. 2010. V. 463. № 7278. P. 191-6.

187. Polak P., Domany E. Alu elements contain many binding sites for transcription factors and may play a role in regulation of developmental processes// BMC Genomics. 2006. V. 7. P. 133.

188. Polsky D., Bastian B.C., Hazan C., Melzer K., Pack J., Houghton A., Busam K., Cordon-Cardo C., Osman I. HDM2 protein overexpression, but not gene amplification, is related to tumorigenesis of cutaneous melanoma// Cancer Res. 2001. V. 61. № 20. P. 7642-6.

189. Press M.F., Jones L.A., Godolphin W., Edwards C.L., Slamon D.J. HER-2/neu oncogene amplification and expression in breast and ovarian cancers// Prog Clin Biol Res. 1990. V. 354A. P. 209-21.

190. Prince M.E., Sivanandan R., Kaczorowski A., Wolf G.T., Kaplan M.J., Dalerba P., Weissman I.L., Clarke M.F., Ailles L.E. Identification of a subpopulation of cells with cancer stem cell properties in head and neck squamous cell carcinoma// Proc Natl Acad Sci USA. 2007. V. 104. № 3. P. 973-8.

191. Qian B.Z., Pollard J.W. Macrophage diversity enhances tumor progression and metastasis// Cell. 2010. V. 141. № l.P. 39-51.

192. Ram O., Schwartz S., Ast G. Multifactorial interplay controls the splicing profile of Alu-derived exons// Mol Cell Biol. 2008. V. 28. № 10. P. 3513-25.

193. Redon R., Ishikawa S., Fitch K.R., Feuk L., Perry G.H., Andrews T.D., Fiegler H., Shapero M.H., Carson A.R., Chen W., Cho E.K., Dallaire S., Freeman J.L., Gonzalez J.R., Gratacos M., Huang J., Kalaitzopoulos D., Komura D., MacDonald J.R., Marshall C.R., Mei R., Montgomery L., Nishimura K., Okamura K., Shen F., Somerville M.J., Tchinda J., Valsesia A., Woodwark C., Yang F., Zhang J., Zerjal T., Zhang J., Armengol L., Conrad D.F., Estivill X., Tyler-Smith C., Carter N.P., Aburatani H., Lee C., Jones K.W., Scherer S.W., Hurles M.E. Global variation in copy number in the human genome// Nature. 2006. V. 444. № 7118. P. 444-54.

194. Resta N., Giorda R., Bagnulo R., Beri S., Delia Mina E., Stella A., Piglionica M., Susca F.C., Guanti G., Zuffardi O., Ciccone R. Breakpoint determination of 15 large deletions in Peutz-Jeghers subjects// Hum Genet. 2010. V. 128. № 4. P. 373-82.

195. Reya T., Morrison S.J., Clarke M.F., Weissman I.L. Stem cells, cancer, and cancer stem cells// Nature. 2001. V. 414. № 6859. P. 105-11.

196. Ricci V., Regis S., Di Duca M., Filocamo M. An Alu-mediated rearrangement as cause of exon skipping in Hunter disease// Hum Genet. 2003. V. 112. № 4. P. 419-25.

197. Ricci-Vitiani L., Lombardi D.G., Pilozzi E., Biffoni M., Todaro M., Peschle C., De Maria R. Identification and expansion of human colon-cancer-initiating cells// Nature. 2007. V. 445. № 7123. P. 111-5.

198. Ripperger T., Gadzicki D., Meindl A., Schlegelberger B. Breast cancer susceptibility: current knowledge and implications for genetic counselling// Eur J Hum Genet. 2009. V. 17. № 6. P. 722-31.

199. Rosen J.M., Jordan C.T. The increasing complexity of the cancer stem cell paradigm// Science. 2009. V. 324. № 5935. P. 1670-3.

200. Ross J.S., Fletcher J.A. HER-2/neu (c-erb-B2) gene and protein in breast cancer// Am J Clin Pathol. 1999. V. 112. № 1 Suppl 1. P. S53-67.

201. Rossetti L.C., Goodeve A., Larripa I.B., De Brasi C.D. Homeologous recombination between AluSx-sequences as a cause of hemophilia// Hum Mutat. 2004. V. 24. № 5. P. 440.

202. Rowley J.D. The critical role of chromosome translocations in human leukemias// Annu Rev Genet. 1998. V. 32. P. 495-519.

203. Roy A.M., West N.C., Rao A., Adhikari P., Aleman C., Barnes A.P., Deininger P.L. Upstream flanking sequences and transcription of SINEs// J Mol Biol. 2000. V. 302. № 1. P. 17-25.

204. Roy P.G., Pratt N., Purdie C.A., Baker L., Ashfield A., Quinlan P., Thompson A.M. High CCND1 amplification identifies a group of poor prognosis women with estrogen receptor positive breast cancer// Int J Cancer. 2010. V. 127. № 2. P. 355-60.

205. Roy S.W., Irimia M. When good transcripts go bad: artifactual RT-PCR 'splicing' and genome analysis// Bioessays. 2008. V. 30. № 6. P. 601-5.

206. Roy-Engel A.M., Salem A.H., Oyeniran O.O., Deininger L., Hedges D.J., Kilroy G.E., Batzer M.A., Deininger P.L. Active Alu element "A-tails": size does matter// Genome Res. 2002. V. 12. № 9. P. 1333-44.

207. Salk J.J., Fox E.J., Loeb L.A. Mutational heterogeneity in human cancers: origin and consequences// Annu Rev Pathol. 2010. V. 5. P. 51-75.

208. Salk J.J., Horwitz M.S. Passenger mutations as a marker of clonal cell lineages in emerging neoplasia// Semin Cancer Biol. 2010. V. 20. № 5. P. 294-303.

209. Schatton T., Frank M.H. Cancer stem cells and human malignant melanoma// Pigment Cell Melanoma Res. 2008. V. 21. № 1. P. 39-55.

210. Schatton T., Murphy G.F., Frank N.Y., Yamaura K., Waaga-Gasser A.M., Gasser M., Zhan Q., Jordan S., Duncan L.M., Weishaupt C., Fuhlbrigge R.C., Kupper T.S., Sayegh M.H., Frank M.H. Identification of cells initiating human melanomas// Nature. 2008. V. 451. № 7176. P. 345-9.

211. Schetter A.J., Heegaard N.H., Harris C.C. Inflammation and cancer: interweaving microRNA, free radical, cytokine and p53 pathways// Carcinogenesis. 2010. V. 31. № 1. P. 37-49.

212. Semenza G.L. Tumor metabolism: cancer cells give and take lactate// J Clin Invest. 2008. V. 118. № 12. P. 3835-7.

213. Sen S.K., Han K., Wang J., Lee J., Wang H., Callinan P.A., Dyer M., Cordaux R., Liang P., Batzer M.A. Human genomic deletions mediated by recombination between Alu elements// Am J Hum Genet. 2006. V. 79. № 1. P. 41-53.

214. Shaffer L.G., Lupski J.R. Molecular mechanisms for constitutional chromosomal rearrangements in humans// Annu Rev Genet. 2000. V. 34. P. 297-329.

215. Shaikh T.H., Gai X., Perin J.C., Glessner J.T., Xie H., Murphy K., O'Hara R., Casalunovo T., Conlin L.K., D'Arcy M., Frackelton E.C., Geiger E.A., Haldeman-Englert C., Imielinski M., Kim C.E., Medne L., Annaiah K., Bradfield J.P., Dabaghyan E., Eckert A., Onyiah C.C., Ostapenko S., Otieno F.G., Santa E., Shaner J.L., Skraban R., Smith R.M., E.lia J., Goldmuntz E., Spinner N.B., Zackai E.H., Chiavacci R.M., Grundmeier R., Rappaport E.F., Grant S.F., White P.S., Hakonarson H. High-resolution mapping and analysis of copy number variations in the human genome: a data resource for clinical and research applications// Genome Res. 2009. V. 19. №9. P. 1682-90.

216. Sharp A.J., Cheng Z., Eichler E.E. Structural variation of the human genome// Annu Rev Genomics Hum Genet. 2006. V. 7. P. 407-42.

217. Shaw C.J., Lupski J.R. Implications of human genome architecture for rearrangement-based disorders: the genomic basis of disease// Hum Mol Genet. 2004. V. 13 Spec No l.P. R57-64.

218. Shen S., Lin L., Cai J.J., Jiang P., Kenkel E.J., Stroik M.R., Sato S., Davidson B.L., Xing Y. Widespread establishment and regulatory impact of Alu exons in human genes// Proc Natl Acad Sci U S A. 2011. V. 108. № 7. p. 2837-42.

219. Shields J.D., Kourtis I.C., Tomei A.A., Roberts J.M., Swartz M.A. Induction of lymphoidlike stroma and immune escape by tumors that express the chemokine CCL21// Science. 2010. V. 328. № 5979. P. 749-52.

220. Shipitsin M., Campbell L.L., Argani P., Weremowicz S., Bloushtain-Qimron N., Yao J., Nikolskaya T., Serebryiskaya T., Beroukhim R., Hu M., Halushka M.K., Sukumar S., Parker L.M., Anderson K.S., Harris L.N., Garber J.E., Richardson A.L., Schnitt S.J., Nikolsky Y., Gelman R.S., Polyak K. Molecular definition of breast tumor heterogeneity// Cancer Cell. 2007. V. 11. №3. P. 259-73.

221. Shlien A., Malkin D. Copy number variations and cancer// Genome Med. 2009. V. 1. № 6. P. 62.

222. Siegmund K.D., Marjoram P., Shibata D. Modeling DNA methylation in a population of cancer cells// Stat Appl Genet Mol Biol. 2008. V. 7. № 1. P. Article 18.

223. Siegmund K.D., Marjoram P., Woo Y.J., Tavare S., Shibata D. Inferring clonal expansion and cancer stem cell dynamics from DNA methylation patterns in colorectal cancers// Proc Natl Acad Sci USA. 2009. V. 106. № 12. P. 4828-33.

224. Singh S.K., Hawkins C., Clarke I.D., Squire J.A., Bayani J., Hide T., Henkelman R.M., Cusimano M.D., Dirks P.B. Identification of human brain tumour initiating cells// Nature. 2004. V. 432. №7015. P. 396-401.

225. Sircoulomb F., Bekhouche I., Finetti P., Adelaide J., Ben Hamida A., Bonansea J., Raynaud S., Innocenti C., Charafe-Jauffret E., Tarpin C., Ben Ayed F., Viens P., Jacquemier J., Bertucci F., Birnbaum D., Chaffanet M. Genome profiling of ERBB2-amplified breast cancers// BMC Cancer. 2010. V. 10. P. 539.

226. Sjoblom T., Jones S., Wood L.D., Parsons D.W., Lin J., Barber T.D., Mandelker D., Leary R.J., Ptak J., Silliman N., Szabo S., Buckhaults P., Farrell C., Meeh P., Markowitz S.D., Willis J., Dawson D., Willson J.K., Gazdar A.F., Hartigan J., Wu L., Liu C., Parmigiani G., Park B.H., Bachman K.E., Papadopoulos N., Vogelstein B., Kinzler K.W., Yelculescu V.E. The consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers// Science. 2006. V. 314. № 5797. P. 268-74.

227. Slaby O., Svoboda M., Michalek J., Vyzula R. MicroRNAs in colorectal cancer: translation of molecular biology into clinical application// Mol Cancer. 2009. V. 8. P. 102.

228. Smalheiser N.R., Torvik V.I. Alu elements within human mRNAs are probable microRNA targets// Trends Genet. 2006. V. 22. № 10. P. 532-6.

229. Small E.M., Olson E.N. Pervasive roles of microRNAs in cardiovascular biology// Nature. 2011. V. 469. № 7330. P. 336-42.

230. Smith J.S., Alderete B., Minn Y., Borell T.J., Perry A., Mohapatra G., Hosek S.M., Kimmel D., O'Fallon J., Yates A., Feuerstein B.G., Burger P.C., Scheithauer B.W., Jenkins R.B. Localization of common deletion regions on lp and 19q in human gliomas and their association with histological subtype// Oncogene. 1999. V. 18. № 28. P. 4144-52.

231. Soifer H.S., Rossi J.J., Saetrom P. MicroRNAs in disease and potential therapeutic applications// MolTher. 2007. V. 15. № 12. P. 2070-9.

232. Sorek R., Ast G., Graur D. Alu-containing exons are alternatively spliced// Genome Res. 2002. V. 12. № 7. P. 1060-7.

233. Sorek R., Lev-Maor G., Reznik M., Dagan T., Belinky F., Graur D., Ast G. Minimal conditions for exonization of intronic sequences: 5' splice site formation in alu exons// Mol Cell. 2004. V. 14. №2. P. 221-31.

234. Soussi T. TP53 mutations in human cancer: database reassessment and prospects for the next decade// Adv Cancer Res. 2011. V. 110. P. 107-39.

235. Srikanta D., Sen S.K., Conlin E.M., Batzer M.A. Internal priming: an opportunistic pathway for LI and Alu retrotransposition in hominins// Gene. 2009. V. 448. № 2. P. 233-41.

236. Srikanta D., Sen S.K., Huang C.T., Conlin E.M., Rhodes R.M., Batzer M.A. An alternative pathway for Alu retrotransposition suggests a role in DNA double-strand break repair// Genomics. 2009. V. 93. № 3. P. 205-12.

237. Stranger B.E., Forrest M.S., Dunning M., Ingle C.E., Beazley C., Thome N., Redon R., Bird C.P., de Grassi A., Lee C., Tyler-Smith C., Carter N., Scherer S.W., Tavare S., Deloukas P., Hurles M.E., Dermitzakis E.T. Relative impact of nucleotide and copy number variation on gene expression phenotypes// Science. 2007. V. 315. № 5813. P. 848-53.

238. Stratton M.R., Campbell P.J., Futreal P.A. The cancer genome// Nature. 2009. V. 458. № 7239. P. 719-24.

239. Sukarova E., Dimovski A.J., Tchacarova P., Petkov G.H., Efremov G.D. An Alu insert as the cause of a severe form of hemophilia A// Acta Haematol. 2001. V. 106. № 3. P. 126-9.

240. Sulong S., Moorman A.V., Irving J.A., Strefford J.C., Komi Z.J., Case M.C., Minto L., Barber K.E., Parker H., Wright S.L., Stewart A.R., Bailey S., Bown N.P., Hall A.G., Harrison C.J. A comprehensive analysis of the CDKN2A gene in childhood acute lymphoblastic leukemia reveals genomic deletion, copy number neutral loss of heterozygosity, and association with specific cytogenetic subgroups// Blood. 2009. V. 113. № 1. P. 100-7.

241. Suva M.L., Riggi N., Stehle J.C., Baumer K., Tercier S., Joseph J.M., Suva D„ Clement V., Provero P., Cironi L., Osterheld M.C., Guillou L., Stamenkovic I. Identification of cancer stem cells in Ewing's sarcoma// Cancer Res. 2009. V. 69. № 5. P. 1776-81.

242. Tang R.B., Wang H.Y., Lu H.Y., Xiong J., Li H.H., Qiu X.H., Liu H.Q. Increased level of polymerase III transcribed Alu RNA in hepatocellular carcinoma tissue// Mol Carcinog. 2005. V. 42. № 2. P. 93-6.

243. Teitell M.A., Pandolfi P.P. Molecular genetics of acute lymphoblastic leukemia// Annu Rev Pathol. 2009. V. 4. P. 175-98.

244. Temin H.M. Retrovirus variation and reverse transcription: abnormal strand transfers result in retrovirus genetic variation// Proc Natl Acad Sci USA. 1993. V. 90. № 15. P. 6900-3.

245. Tili E., Michaille J.J., Calin G.A. Expression and function of micro-RNAs in immune cells during normal or disease state// Int J Med Sci. 2008. V. 5. № 2. P. 73-9.

246. Torres L., Ribeiro F.R., Pandis N., Andersen J.A., Heim S., Teixeira M.R. Intratumor genomic heterogeneity in breast cancer with clonal divergence between primary carcinomas and lymph node metastases// Breast Cancer Res Treat. 2007. V. 102. № 2. P. 143-55.

247. Tyson J., Majerus T.M., Walker S., Armour J.A. Screening for common copy-number variants in cancer genes// Cancer Genet Cytogenet. 2010. V. 203. № 2. P. 316-23.

248. Urrutia A.O., Ocana L.B., Hurst L.D. Do Alu repeats drive the evolution of the primate transcriptome?// Genome Biol. 2008. V. 9. № 2. P. R25.

249. van Haaften G., Dalgliesh G.L., Davies H., Chen L., Bignell G. et al. Somatic mutations of the histone H3K27 demethylase gene UTX in human cancer// Nat Genet. 2009. V. 41. № 5. P. 5213.

250. Vander Heiden M.G., Cantley L.C., Thompson C.B. Understanding the Warburg effect: the metabolic requirements of cell proliferation// Science. 2009. V. 324. № 5930. P. 1029-33.

251. Visvader J.E., Lindeman G.J. Cancer stem cells in solid tumours: accumulating evidence and unresolved questions// Nat Rev Cancer. 2008. V. 8. № 10. P. 755-68.

252. Volinia S., Calin G.A., Liu C.G., Ambs S., Cimmino A., Petrocca F., Visone R., Iorio M., Roldo C., Ferracin M., Prueitt R.L., Yanaihara N., Lanza G., Scarpa A., Vecchione A., Negrini M., Harris C.C., Croce C.M. A microRNA expression signature of human solid tumors defines cancer gene targets// Proc Natl Acad Sci USA. 2006. V. 103. № 7. P. 2257-61.

253. Wallace N., Wagstaff B.J., Deininger P.L., Roy-Engel A.M. LINE-1 ORF1 protein enhances Alu SINE retrotransposition// Gene. 2008. V. 419. № 1-2. P. 1-6.

254. Wang G.K., Zhu J.Q., Zhang J.T., Li Q., Li Y., He J., Qin Y.W., Jing Q. Circulating microRNA: a novel potential biomarker for early diagnosis of acute myocardial infarction in humans// Em-Heart J. 2010. V. 31. № 6. P. 659-66.

255. Warburg O. On respiratory impairment in cancer cells// Science. 1956. V. 124. № 3215. P. 26970.

256. Weinberg R.A. Leaving home early: reexamination of the canonical models of tumor progression// Cancer Cell. 2008. V. 14. № 4. P. 283-4.

257. Witherspoon D.J., Watkins W.S., Zhang Y., Xing J., Tolpinrud W.L., Hedges D.J., Batzer M.A., Jorde L.B. Alu repeats increase local recombination rates// BMC Genomics. 2009. V. 10. P. 530.

258. Wood L.D., Parsons D.W., Jones S., Lin J., Sjoblom T., Leary R.J., Shen D., Boca S.M., Barber T., Ptak J., Silliman N., Szabo S., Dezso Z., Ustyanksky V., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Karchin R., Wilson P.A., Kaminker J.S., Zhang Z., Croshaw R., Willis J., Dawson D., Shipitsin M., Willson J.K., Sukumar S., Polyak K., Park B.H., Pethiyagoda C.L., Pant P.V., Ballinger D.G., Sparks A.B., Hartigan J., Smith D.R., Suh E., Papadopoulos N., Buckhaults P., Markowitz S.D., Parmigiani G., Kinzler K.W., Velculescu V.E., Vogelstein B. The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers// Science. 2007. V. 318. № 5853. P. 1108-13.

259. Xiang S., Liu Z., Zhang B., Zhou J., Zhu B.D., Ji J., Deng D. Methylation status of individual CpG sites within Alu elements in the human genome and Alu hypomethylation in gastric carcinomas// BMC Cancer. 2010. V. 10. P. 44.

260. Xing J., Zhang Y., Han K., Salem A.H., Sen S.K., Huff C.D., Zhou Q., Kirkness E.F., Levy S., Batzer M.A., Jorde L.B. Mobile elements create structural variation: analysis of a complete human genome// Genome Res. 2009. V. 19. № 9. P. 1516-26.

261. Yang L., Pang Y., Moses H.L. TGF-beta and immune cells: an important regulatory axis in the tumor microenvironment and progression// Trends Immunol. 2010. V. 31. № 6. P. 220-7.

262. Yang Z.F., Ho D.W., Ng M.N., Lau C.K., Yu W.C., Ngai P., Chu P.W., Lam C.T., Poon R.T., Fan S.T. Significance of CD90+ cancer stem cells in human liver cancer// Cancer Cell. 2008. V. 13. №2. P. 153-66.

263. Yoshimoto M., Ludkovski O., Degrace D., Williams J.L., Evans A., Sircar K., Bismar T.A., Nuin P., Squire J.A. PTEN genomic deletions that characterize aggressive prostate cancer originate close to segmental duplications// Genes Chromosomes Cancer. 2012. V. 51. № 2. P. 149-60.

264. Yuan T.L., Cantley L.C. PI3K pathway alterations in cancer: variations on a theme// Oncogene. 2008. V. 27. № 41. P. 5497-510.

265. Zhang B., Pan X., Cobb G.P., Anderson T.A. microRNAs as oncogenes and tumor suppressors// Dev Biol. 2007. V. 302. № 1. P. 1-12.

266. Zhang G., Beck B.B., Luo W., Wu F., Kingsmore S.F., Dai D. Development of a phylogenetic tree model to investigate the role of genetic mutations in endometrial tumors// Oncol Rep. 2011. V. 25. № 5. P. 1447-54.

267. Zhang S., Balch C., Chan M.W., Lai H.C., Matei D., Schilder J.M., Yan P.S., Huang T.H., Nephew K.P. Identification and characterization of ovarian cancer-initiating cells from primary human tumors// Cancer Res. 2008. V. 68. № 11. P. 4311-20.

268. Zhang W., Edwards A., Fan W., Deininger P., Zhang K. Alu distribution and mutation types of cancer genes//BMC Genomics. 2011. V. 12. P. 157.

269. Zhang Y., Zeleznik-Le N., Emmanuel N., Jayathilaka N., Chen J., Strissel P., Strick R., Li L., Neilly M.B., Taki T., Hayashi Y., Kaneko Y., Schlegelberger B., Rowley J.D. Characterization of genomic breakpoints in MLL and CBP in leukemia patients with t(ll;16)// Genes Chromosomes Cancer. 2004. V. 41. № 3. P. 257-65.

270. Zinshteyn B., Nishikura K. Adenosine-to-inosine RNA editing// Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. 2009. V. 1. № 2. P. 202-9.