Разработка подходов по подавлению экспрессии генов человека для терапии онкологических и наследственных заболеваний на примере меланомы кожи и миодистрофии Ландузи-Дежерина тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Кривошеева Ирина Александровна

• Кривошеева Ирина Александровна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Кривошеева Ирина Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Эндогенная активация экспрессии генов

1.1.1. Активация экспрессии генов при помощи

Zinc-Frnger-подобных белков

1.1.2. Активация экспрессии генов при помощи

семейства белков TALE

1.1.3. Активация экспрессии генов при помощи

системы CRISPR/dCas9

1.2. Эндогенная репрессия экспрессии генов

1.2.1. Эндогенная репрессия экспрессии генов при помощи Zinc-Finger-подобных белков

1.2.2. Эндогенная репрессия экспрессии генов при помощи белков семейства TALE

1.2.3. Эндогенная репрессия экспрессии генов при помощи

системы CRISPR-dCas9

1.2.4. Эндогенная репрессия экспрессии генов при помощи

малых интреферирующих РНК ^РНК)

1.3. Заключение

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы

2.1.1. Реактивы

2.1.2. Клеточные культуры

2.1.3. Среды, условия хранения и культивирования клеток

2.2. Методы

2.2.1. Биоинформатические методы

2.2.2. Молекулярные методы

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1.1. Анализ основных генов для выживания клеток меланомы

1.2. Эксперименты по нокдауну генов 2^x1, ЯИРЫ2, БТК111Р

и ШС45Л

1.3. Обсуждение результатов подавления экспрессии критически важных опухолевых генов для клеток меланомы кожи человека

1.4. Характеристика культур миобластов

1.5. Дизайн siРНК

1.6. Оптимизация трансфекции миобластов

1.7. Экспрессионный анализ модуляции экспрессии гена ииХ4

1.8. Обсуждение результатов подавления экспрессии гена DUX4 в клеточных линиях миобластов, полученных от больных МЛД

ВЫВОДЫ

ПРИМЕНЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ И НАУЧНЫХ ВЫВОДОВ

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ:

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ:

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ASON - Antisense Oligonucleotide, антисмысловой олигонуклеотид BLAST - Basic Local Alignment Search Tool

CRISPR - Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, короткие

палиндромные повторы, расположенные группами

DMEM - Dulbecco's Modified Eagle Medium, ростовая среда для клеток

DM-M - дифференцировочная среда для миобластов

DPBS - Dulbeccos Phosphate-Buffered Saline, буфер для клеток

FANTOM5_SSTAR - Functional Annotation Of The Mammalian Genome, Semantic catalog of Samples, Transcription initiation And Regulators FBS - Fetal Bovine Serum, сыворотка крови телячья

FSHD - Facioscapulohumeral Muscular Dystriphy, миодистрофия Ландузи-Дежерина НЕК293 - human embryonic kidney cell line, клеточная линия человеческой эмбриональной почки

HK - house keeping, гены «домашнего хозяйства»

LITE - Light-Inducible Transcriptional Effectors, светоиндуцируемый транскрипционный фактор

lncRNA (long non-coding RNA) - длинная некодирующая РНК

МТТ - Thiazolyl Blue Tetrazolium Bromide, тетразолиевый краситель 3-(4,5-диметилтиазол-2-ил)-2,5-дифенил-тетразолиум бромид

RISC - RNA interference silencing complex, комплекс подавления экспрессии РНК с помощью РНК-интерференции

siPHK (siRNA) - малая интерферирующая РНК (small interfering RNA)

TALE - Transcription Activator-Like Effector, транскрипционный фактор, подобный

активаторам

ZnF - Zinc Finger domain, домен вида «цинковые пальцы» ГТБ - гуанидин тиоционатный буфер

ДМСО - диметилсульфоксид ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота КВОГ - критически важные опухолевые гены миРНК - микроРНК

МЛД - миодистрофия Ландузи-Дежерина

ММ - культуральная среда для миобластов

нт - нуклеотид, нуклеотиды

п.н. - пара нуклеотидов

ПЦР - полимеразная цепная реакция

ПЦР-РВ - полимеразная цепная реакция в режиме реального времени

РНК - рибонуклеиновая кислота

т.о.м. - тысяча оборотов в минуту

т.п.н. - тысяча пар нуклеотидов

ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка подходов по подавлению экспрессии генов человека для терапии онкологических и наследственных заболеваний на примере меланомы кожи и миодистрофии Ландузи-Дежерина»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность исследования

Метод подавления экспрессии генов с использованием малых интерферирующих РНК (siPHK) является широко распространенным подходом как для исследования функций генов, так и для разработки терапии различных заболеваний. РНК-интерференция задействует внутренние клеточные механизмы разрушения мРНК целевых генов. Воздействие малыми интерферирующими РНК не изменяет последовательность ДНК в ядрах клеток человека, что означает обратимый характер изменений в организме человека. Несмотря на распространённость данного подхода, в литературе не существует единого подробного протокола корректного проведения экспериментов по нокдауну генов с помощью малых интерферирующих РНК.

В основе онкологических заболеваний лежит неконтролируемое деление клеток, миграция их в окружающие ткани и распространение в близлежащие и отдалённые органы - метастазирование [Li X., Wang X. et al., 2016]. Одним из наиболее перспективных подходов к терапии онкологических заболеваний является индивидуальное лечение каждого пациента, основанное на специфической терапии каждого вида опухоли в рамках персонализированной медицины [Tulbah A., Chaudhri N. et al., 2014]. Большинство исследований генетических аспектов опухоли концентрируются на генах, либо мутировавших [Ranzani M., Annunziato S. et al., 2013], либо изменивших экспрессию [Lee H.J., Dang T.C. et al., 2014] в опухолевых клетках по сравнению с нормальными. Одним из подходов анализа при исследовании канцерогенеза является поиск генов, «критически важных» для выживания опухолевых клеток [Pyatnitskiy M., Karpov D. et al., 2015]. Разработка нокдауна генов, критически важных для выживания клеток меланомы человека, является одним из способов создания потенциальной терапии данного заболевания.

Лицеплечелопаточная миодистрофия, или миодистрофия Ландузи-Дежерина (МЛД, OMIM 158900) является третьей по распространенности мышечной дистрофией после миодистрофии Дюшенна и миотонической дистрофии. Её частота в популяции в среднем достигает 1:15000-1:20000 [Mostacciuolo M.L., Pastorello E. et al., 2009]. Заболевание в большинстве случаев не сокращает продолжительность жизни пациентов, поскольку больные приспосабливаются к возникающим проявлениям, и большинство пациентов сами ходят и обслуживают себя вплоть до смерти. При МЛД поражаются мышцы пояса верхней конечности, приводя к появлению крыловидных лопаток, и мышцы лица. Особенностью является отсутствие симптомов поражения других групп мышц и широкий спектр проявления признаков заболевания. Показано, что причиной развития миодистрофии Ландузи-Дежерина (МЛД) является эктопическая экспрессия гена DUX4, расположенного в локусе D4Z4 повторов. Продукт экспрессии гена DUX4 - транскрипционный фактор, содержащий двойной гомеобокс домен, он запускает свой сигнальный механизм, приводящий к фенотипическим проявлениям [Vanderplanck C., Ansseau E. et al., 2011; Geng L.N., Yao Z. et al., 2012]. Разработка методов подавления экспрессии гена DUX4 является одним из способов создания потенциальной терапии миодистрофии Ландузи-Дежерина.

При изучении структуры D4Z4 повторов обнаружено наличие на антисмысловой цепи ДНК кластеров микроРНК (миРНК), которые могли бы регулировать экспрессию DUX4 [Jong-Won Lim L.S., Zizhen Yao, Rabi Tawil,, Silvere M. Van Der Maarel F.R., C. Frank Bennett, et al., 2015]. В результате экспериментов обнаружено, что эти миРНК или аналогичные им искусственные siРНK могут привлекать белки DICER и AGO, модифицирующие структуру повторов и их доступность для активной транскрипции. Этот механизм представляется довольно интересным для разработки возможной терапии, как активатор внутренних механизмов регуляции экспрессии генов в области повторов D4Z4.

Таким образом, разработка подходов по подавлению экспрессии генов человека при помощи малых интерферирующих РНК актуальна как для понимания фундаментальных процессов функционирования генов человека в клетках, так и для практического здравоохранения в области наследственных и онкологических заболеваний.

Степень разработанности темы исследования

Метод подавления экспрессии генов с использованием малых интерферирующих РНК является широко распространенным подходом как для исследования функции генов, так и для разработки терапии различных заболеваний. Несмотря на распространённость данного подхода, в литературе не существует подробного протокола корректного проведения таких экспериментов.

Разработка нокдауна генов, критически важных для выживания клеток меланомы человека, является одним из способов создания потенциальной терапии данного заболевания.

Разработка методов подавления экспрессии гена ииХ4 является одним из способов создания потенциальной терапии миодистрофии Ландузи-Дежерина.

Цель и задачи исследования

Цель исследования: Разработка подходов по подавлению экспрессии генов человека для терапии онкологических и наследственных заболеваний на примере меланомы кожи и миодистрофии Ландузи-Дежерина.

Для осуществления поставленной цели сформулированы следующие задачи:

1. Разработать систему для нокдауна генов БТК111Р, иИС45Л, 2ЫГх1 и ШРШ; провести нокдаун генов БТКШР, ШС45Л, 2№х1 и КИРШ;

2. Оценить роль генов БТКШР, ШС45Л, 2Шх1 и ЯИРН2 в важных для жизнедеятельности клеток меланомы процессах;

3. Проанализировать уровень экспрессии гена DUX4 и его генов-мишеней в линиях миобластов, полученных от здорового донора и больных миодистрофией Ландузи-Дежерина;

4. Оценить возможность модулирования экспрессии гена DUX4; провести анализ результатов экспериментов по модуляции экспрессии гена DUX4 для оценки терапевтического потенциала siРНK при миодистрофии Ландузи-Дежерина;

5. Разработать протокол нокдауна генов человека с использованием малых интерферирующих РНК.

Методология и методы диссертационного исследования Методологической и теоретической основной диссертационного исследования явились научные работы отечественных и зарубежных исследователей в области изучения биологических эффектов малых интерферирующих РНК на экспрессию генов в клеточных линиях человека. В работе использованы следующие методы: ведение и пересев адгезионных клеточных линий человека (меланомной линии A375 и линий миобластов 1080FSHD, 186FSHD и 1190K), трансфекция клеточных линий человека малыми интерферирующими РНК, определение метаболической активности клеток при помощи МТТ-теста, определение скорости миграции клеток при помощи метода «Wound-healing», полимеразная цепная реакция в режиме «реального времени», методы статистической обработки результатов.

Положения, выносимые на защиту

1. Разработана система для нокдауна и проведён успешный нокдаун потенциальных критически важных опухолевых генов человека STK11IP, UNC45A, ZNFxl и RHPN2.

2. Гены ZNFxl, RHPN2, STK11IP и UNC45A в клетках меланомы А375 влияют на скорость миграции этих клеток и не оказывают значимого влияния на их жизнеспособность.

3. Детекция уровня экспрессии гена DUX4 в клеточных линиях 1080FSHD, 186FSHD и 1190K невозможна прямыми методами, однако подтверждена возможность детекции экспрессии гена DUX4 при помощи анализа экспрессии его генов-мишеней. Разработана панель генов-мишеней DUX4, позволяющая оценить экспрессию этого гена в миобластах человека.

4. Клетки линий миобластов 1080FSHD, 186FSHD и 1190K имеют нетолерантность к трансфицирующему агенту METAFECTENE® PRO и к кальций-фосфатной трансфекции (METAFECTENE® PRO ингибирует переход миобластов в миотубы, а кальций-фосфатная трансфекция приводит к гибели клеток). Показано, что реагент Lipofectamine 3000 подходит для проведения экспериментов по нокдауну экспрессии эндогенных генов с последующей дифференцировкой в этих клеточных линиях.

5. Введение siRNA4, направленной на промоторную область гена DUX4, приводит к снижению экспрессии генов-мишеней DUX4 на 10-20% в клеточных линиях миобластов больных миодистрофией Ландузи-Дежерина 1080FSHD и 186FSHD. Введение siRNAl, также направленной на промоторную область гена DUX4, ведёт к повышению экспрессии генов-мишеней DUX4 в линии миобластов 1080FSHD.

6. Разработан протокол нокдауна генов человека с использованием малых интерферирующих РНК.

Научная новизна

Необходимость для выживания клеток меланомы «критически важных» гипомутированных генов ранее экспериментально не исследовалась. При помощи биоинформатических методов и анализа литературы изучен список из 91 гена, потенциально критически важных для клеток меланомы кожи человека. Из этого списка отобраны 8 наиболее перспективных генов, показана относительно низкая экспрессия их мРНК в меланомных клеточных линиях G361, Sk-mel-1, Sk-mel-5 и А375.

Для 4 генов человека, UNC45A, STK11IP, RHPN2 и ZNFx1, впервые проведён успешный нокдаун в клетках меланомной линии А375.

Впервые созданы эффективные siRNA против данных генов, подавляющие их экспрессию не менее, чем на 50%.

Впервые показан эффект подавления экспрессии генов UNC45A, STK11IP, RHPN2 и ZNFx1 на жизнеспособность и скорость миграции клеток меланомной линии А375.

Проведён анализ морфологических и молекулярных характеристик клеточных культур миобластов. Результаты анализа морфологии и скорости дифференцировки согласуются с ранее полученными данными других исследователей. Анализ молекулярных характеристик культур миобластов показал значительное различие в уровне экспрессии генов-мишеней гена DUX4 между линиями, полученными от больных МЛД и линией, полученной от здорового донора, что согласуется с данными литературы. Также анализ показал недостаточную экспрессию самого гена DUX4 для детекции при помощи гнездовой ПЦР или ПЦР в реальном времени.

Впервые показано, что миобласты линий 186 FSHD, 1080 FSHD и 1190К замедляют дифференцировку при обработке реагентом METAFECTENE® PRO.

Впервые показано, что миобласты линий 186 FSHD, 1080 FSHD и 1190К погибают при воздействии кальций-фосфата в концентрациях 250 ммоль/мл и 50 ммоль/мл.

Показано, что трансфекция миобластов линий 186 FSHD, 1080 FSHD и 1190К при помощи реагента Lipofectamine 3000 не влияет на дифференцировку и жизнеспособность этих клеток, обеспечивая при этом в среднем 95% эффективности трансфекции.

Впервые получены результаты модуляции экспрессии гена DUX4 с помощью малых интерферирующих РНК, разработанных в ходе данной работы: siРНK1, siРНK2, siРНK3, и подтверждён подавляющий эффект siРНK4.

Показано, что siPHK4 подавляет экспрессию генов-мишеней DUX4 на 10-20%, а siPHKl приводит к активации экспрессии генов-мишеней DUX4 в линии клеток 1080FSHD на 40-60%.

Впервые разработан подробный протокол нокдауна генов в клеточных линиях человека с использованием малых интерферирующих РНК.

Теоретическая и практическая значимость работы

Показано, что подавление экспрессии генов UNC45A, STK11IP, RHPN2 и ZNFxl в меланомной клеточной линии А375 не влияет на жизнеспособность и скорость миграции данных клеток, что является свидетельством не подтверждения гипотезы о критической значимости данных генов для выживания клеток меланомы.

Показано, как миобласты человека линий 186 FSHD, 1080 FSHD и 1190К отвечают на трансфекцию реагентами METAFECTENE® PRO, Lipofectamine 3000 и кальций-фосфатную трансфекцию. Эти результаты могут быть использованы другими исследователями при работе с данными культурами клеток.

Найдена малая интерферирующая РНК ^РНК1), направленная на промоторную область гена DUX4, активирующий эффект которой может быть использован для создания линии миобластов с увеличенной продукцией гена DUX4, что позволит лучше изучить транскрипционные формы и варианты белка гена DUX4. Высокий уровень понимания механизма патогенеза МЛД может привести к созданию эффективной и специфичной терапии.

В результате диссертационной работы разработан подробный протокол нокдауна генов в клеточных линиях человека с использованием малых интерферирующих РНК. Этот протокол опубликован и введён в практику лаборатории функциональной геномики ФГБНУ «Медико-генетический научный центр им. академика Н.П. Бочкова».

Степень достоверности результатов

Экспериментальные данные работы получены на большом экспериментальном материале. Для достижения высокого уровня достоверности работа проводилась с использованием современных методов статистической оценки полученных результатов и с высоким количеством повторов в экспериментах. Работа базируется на современной литературе и теоретически продолжает исследования в области молекулярной биологии, биотехнологии и генетики. Все экспериментальные работы проводились в соответствии с современными литературными данными о молекулярно-биологических и генетических методах проведения исследований. Поставленные в работе цели полностью выполнены, и их результаты полностью отражены в выводах.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности Диссертация соответствует формуле специальности 1.5.7. (03.02.07) - Генетика (биологические науки), охватывая проблемы реализация генетической информации (транскрипция, трансляция) на молекулярном и клеточном уровне, механизмы регуляции экспрессии генов и области исследований, описанных в пунктах 5 (Методы генетического анализа у прокариот и эукариот); 7 (Реализация генетической информации (транскрипция, трансляция). Механизмы регуляции экспрессии генов. Роль геномных перестроек в реализации генного действия); 11 (Генетические основы биотехнологии) и 17 (Генетика человека. Медицинская генетика. Наследственные болезни. Генотоксикология. Генотерапия) паспорта научной специальности.

Апробация результатов исследования Материалы диссертации доложены на III Всероссийской конференции по молекулярной онкологии (6-8 декабря 2017 г., Москва, Россия); Международном семинаре с элементами молодёжной школы «Life of Genomes - 2018» (22-24 мая 2018 г., Казань, Россия) и First Sino-Russian Workshop (22-23 Aug. 2018, Novosibirsk, Russia).

Работа одобрена этическим комитетом и прошла экспертную комиссию, рекомендована к защите на заседании Диссертационного совета 24.1.168.01 при Федеральном государственном бюджетном научном учреждении «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова» (ФГБНУ «МГНЦ»)

Личный вклад автора в проведение исследования Автор исследовательской работы принимал непосредственное участие в проведении работы на всех её этапах: изучение литературы, формулирование целей и задач, работа над экспериментальной частью, обработка и интерпретация полученных результатов, формулирование выводов. Автором проанализирована и проработана отечественная и зарубежная литература по теме диссертации, обработаны полученные результаты, сформулированы выводы и написана рукопись. Материалы исследования подготовлены автором к публикации в рецензируемых отечественных и зарубежных журналах. Результаты работы представлены автором лично на 2 международных и 1 всероссийской конференциях.

Публикации

Материалы диссертационной работы представлены в 6 печатных работах, в том числе в 4 статьях (3 в WoS и Scopus), опубликованных в журналах, рекомендованных ВАК МОН РФ для соискателей ученой степени кандидата биологических наук. В опубликованных научных работах и автореферате полностью отражены основные результаты диссертации, положения и выводы.

Структура и объем диссертации Диссертационная работа имеет следующую структуру: список сокращений, введение, обзор литературы, материалы и методы исследования, результаты и обсуждение, заключение, выводы, список научных трудов по теме диссертации, список цитируемой литературы. Работа представлена на 118 страницах машинописного текста, содержит 5 таблиц и 9 рисунков. Библиографический

указатель включает 229 наименований, из них 1 отечественный и 228 зарубежных источников.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

В последние десятилетия появились и активно развиваются технологии управления экспрессией генов. Сегодня мы можем обратимо увеличить или уменьшить экспрессию отдельно взятого гена на транскрипционном или трансляционном уровне, ввести в его последовательность изменения или вырезать его целиком. Такой беспрецедентный уровень контроля над геномом стал возможен благодаря развивающимся методам генной инженерии. Постоянно появляются новые технологии, они совершенствуются, распространяются и устаревают, а им на смену приходят всё более эффективные и точные методы.

Хорошим примером таких технологий является открытие программируемых ДНК-связывающих белков (Рис. 1).

CRISPR-Cas9 TALEs ZFs

Рисунок 1. Молекулярная структура ДНК-связывающих белков, обсуждаемых в данном обзоре. По Heiderscheit et al. [Heiderscheit E.A., Eguchi A. et al., 2018].

Первыми среди них появились ZNF-белки, и вскоре после открытия исследователи адаптировали их для различных манипуляций с генами животных и растений (активация, репрессия, нокаут). Со временем ZNF-основанные искусственные транскрипционные факторы оказались практически полностью вытеснены производными белка TALEN, благодаря его преимуществам, связанным с простотой разработки и специфичностью. В последние несколько лет и ZNF, и TALEN заменены ещё более прогрессивной технологией - CRISPR-Cas9. Эта система не

требует построения нового белка для каждого нового гена-мишени, может воздействовать одновременно на несколько геномных локусов, а также обладает ещё целым рядом преимуществ, которые обсуждаются в этом обзоре.

Таким образом, развивающиеся методы управления экспрессией генов уже подошли к такому уровню точности и эффективности, что могут быть использованы в персонализованной медицине.

1.1. Эндогенная активация экспрессии генов.

При эндогенной активации экспрессии используется существующая в геноме последовательность гена для того, чтобы увеличить количество его продукта. Так называемые искусственные транскрипционные факторы - белки, обладающие активационной или иной активностью, а также сродством к определённой последовательности в геноме, - направляются на промоторную область целевого гена и привлекают транскрипционный аппарат клетки, который далее работает так же, как и обычно. Это позволяет уменьшить стресс клетки от использования чужеродных молекул (кольцевых ДНК, двуцепочечных РНК, и т.д.).

Эндогенная активация имеет ряд важных преимуществ: позволяет увеличить количество сразу всех сплайс-вариантов транскриптов в правильном соотношении [Urnov F.D. and Rebar E.J., 2002], а также длинных транскриптов (таких, которые невозможно клонировать в вектор из-за ограничений его длины); может контролируемо увеличить транскрипцию генов, которые при оверэкспрессии с помощью плазмид приводят к токсическому эффекту [Ozawa C.R., Banfi A. et al., 2004]; не нарушает работу интронных регуляторных участков и транскриптов. Кроме того, искусственные транскрипционные активаторы могут быть направлены на регуляторные, нетранслируемые и некодирующие области ДНК, и даже на участки гетерохроматина, где они включают «молчащие» гены [Maeder M.L., Angstman J.F. et al., 2013]. Общий принцип строения искусственного транскрипционного фактора достаточно прост: его основа состоит из ДНК-связывающего домена и

активирующего домена фактора транскрипции, соединённых вместе. Помимо этого, в состав таких конструкций часто вводят различные пептиды: сигналы ядерной локализации, антигенные или светящиеся метки, а также линкеры, связывающие все эти части между собой [Thakore P.I., Black J.B. et al., 2016].

1.1.1. Активация экспрессии генов при помощи Zinc-Finger-подобных белков

В 1985 году стала известна структура домена типа «цинковый палец» и раскрыт принцип его взаимодействия с ДНК [Miller J., Mclachlan A.D. et al., 1985]. Авторы работы обнаружили, что, в отличие от ранее известных ДНК-связывающих белков (эндонуклеаз рестрикции и т.п.), каждый «цинковый палец» такого белка связывается с определённой трёхнуклеотидной последовательностью ДНК или РНК. Аминокислотный состав цинкового пальца предопределяет ту последовательность нуклеиновой кислоты, с которой он будет взаимодействовать. В 1994 году расшифрован «код» ZnF-белков, в соответствии с которым происходит узнавание между «цинковыми пальцами» и тринуклеотидами ДНК [Choo Y. and Klug A., 1994; Choo Y. and Klug A., 1994]. Оказалось, что «цинковые пальцы» разного типа можно располагать в любой последовательности друг за другом, что позволяет создать ZnF-белок, способный узнавать заданную последовательность тринуклеотидов. При этом для любого тринуклеотида можно подобрать по крайней мере по одному «пальцу». Соединив несколько различных доменов цинковых пальцев в линейный пептид («полидактильный белок»), можно добиться распознавания любой последовательности ДНК или РНК почти любой длины и, кроме того, направить к ней любой функциональный домен («эффектор») [Klug A., 2010]. Так, активирующий домен (AD) белка вируса простого герпеса (VP16) и его вариации, например, тетрамер VP64, являются наиболее используемым в таких работах. ZnF являлся первым из белков, которые подверглись перепрограммированию для нужд молекулярной биологии, и очень скоро его стали активно использовать для генной инженерии [Choo Y., Sanchez-Garcia I. et al., 1994].

Для нацеливания ZnF белков на заданные нуклеотидные последовательности разработаны специальные программы по подбору аминокислотного состава цинковых пальцев [Mandell J.G. and Barbas C.F., 3rd, 2006]. Для определения сайтов эффективного связывания ZnF-белков с последовательностью ДНК целевого гена также разработаны он-лайн инструменты [Sander J.D., Zaback P. et al., 2007; Sander J.D., Maeder M.L. et al., 2010]. ZnF-^полидактильный» белок, направленный на целевую последовательность в геноме, может нести на себе один или несколько эффекторных доменов, как-либо воздействующих на мишень: активирующих [Beerli R.R., Segal D.J. et al., 1998; Beerli R.R., Schopfer U. et al., 2000; Liu P.Q., Rebar E.J. et al., 2001; Pollock R., Giel M. et al., 2002; Dent C.L., Lau G. et al., 2007; Magnenat L., Schwimmer L.J. et al., 2008; Schwimmer L.J., Gonzalez B. et al., 2012; Onori A., Pisani C. et al., 2013; Ji Q., Fischer A.L. et al., 2014; Strimpakos G., Corbi N. et al., 2014; Garcia-Bloj B., Moses C. et al., 2016], репрессирующих [Choo Y., Sanchez-Garcia I. et al., 1994; Beerli R.R., Segal D.J. et al., 1998; Li F., Papworth M. et al., 2007; Garriga-Canut M., Agustin-Pavon C. et al., 2012; Rivenbark A.G., Stolzenburg S. et al., 2012; Zhang H.S., Liu D. et al., 2012; Agustin-Pavon C., Mielcarek M. et al., 2016], разрезающих, метилирующих и т.п. Контроль работы эффекторных доменов также можно регулировать: созданы многочисленные системы для активации и деактивации работы эффекторов. Так, Magnenat и соавторы [Magnenat L., Schwimmer L.J. et al., 2008] использовали систему индуцированной активации генов, основанную на работе рецептора эстрогена (ER). В присутствии эстрогена две субъединицы рецептора эстрогена димеризуются с образованием прочного комплекса, что позволяет использовать их для объединения функциональных частей других белков, в том числе ZnF и VP64. Таким образом, при добавлении индуктора (эстрогена) две части активатора, ZnF-ER и VP64-ER, соединяются и становятся рабочим транскрипционным фактором.

Magnenat и соавторы не единственные, кто использовал модификации системы, основанные на ZnF-домене, для увеличения эффективности, специфичности и, в особенности, контролируемости процесса изменения экспрессии целевого гена [Beerli R.R., Schopfer U. et al., 2000; Pollock R., Giel M. et al., 2002; Dent C.L., Lau G. et al., 2007; Magnenat L., Schwimmer L.J. et al., 2008; Schwimmer L.J., Gonzalez B. et al., 2012]. Другие авторы, пользуясь тем же принципом, что и Magnenat, использовали в качестве индукторов стероиды [No D., Yao T.P. et al., 1996], антибиотики [Fussenegger M., Morris R.P. et al., 2000; Weber W., Fux C. et al., 2002], метаболиты [Gitzinger M., Kemmer C. et al., 2009] и другие вещества, а в качестве димеризующих доменов -соответствующие им рецепторы. Преимущества таких систем - в возможности «включать» и «выключать» экспрессию целевого гена в любое время, а также контролировать интенсивность активации экспрессии за счёт дозо-зависимого эффекта.

В качестве индуктора искусственных факторов транскрипции в настоящее время всё чаще используют не молекулы, а свет определённой длины волны. Для ZnF-AD тоже существуют подобные работы. Так, Lauren R. Polstein и Charles A. Gersbach [Polstein L.R. and Gersbach C.A., 2012] использовали гетеродимер, состоящий из белка GIGANTEA (GI) и LOV-домена белка FKF1, полученных из Arabidopsis thaliana. Эти белки при помощи рибофлавина образуют гетеродимер в ответ на облучение синим светом с длиной волны 450 нм. Синий свет индуцирует гетеродимеризацию между LOV и GI, благодаря этому транскрипционный фактор собирается в единый комплекс, и VP16 активирует экспрессию целевого гена.

Однако, со временем стали появляться новые методы регуляции экспрессии генов, и стало известно, что система ZnF уступает им в эффективности и специфичности.

Так, низкая специфичность ZnF-основанных транскрипционных факторов продемонстрирована в работе, которую опубликовали Lim с соавторами [Lim W.F.,

Burdach J. et al., 2016]. В другой статье [Grimmer M.R., Stolzenburg S. et al., 2014] исследователи проводили анализ сайтов неспецифического связывания для ZnF-доменов, нацеленных на два 18-нуклеотидных участка промотора гена SOX2. Обе эти работы показали низкую специфичность связывания ZnF-домена, а также уменьшение специфичности в несколько раз при использовании гибридных белков, состоящих из эффекторного и ZnF-доменов.

Таким образом, система ZnF-TF оказалась первой технологией управления экспрессией эндогенными генами, она стала глубоко изучена и широко использовалась для самых различных приложений. Однако, из-за низкой специфичности и эффективности, а также после открытия новых систем ДНК-нацеливания (TALE и CRISPR) использование этого метода стало ограничено, причём не только в области активации экспрессии генов, но и в репрессии, и в редактировании генома.

1.1.2. Активация экспрессии генов при помощи семейства белков TALE

Во время работы с бактериальными патогенами растений Brian Staskawicz и соавторы [Bonas U., Stall R.E. et al., 1989] обнаружили факторы вирулентности, гены которых содержали нетипичные для прокариот последовательности - фактор клеточной локализации (NLS) и активационный домен (AD). Кроме того, эти гены (названные AvrBs3 и AvrBs4) имели немного различные повторы и активировали некоторые гены растений-хозяев. Позднее оказалось, что найденные белки-факторы вирулентности связывают последовательности ДНК активируемых растительных генов in vitro и in vivo. Более того, повторяющийся участок осуществлял специфичное связывание в отсутствие активирующего домена, что означало открытие нового ДНК-связывающего мотива.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Кривошеева Ирина Александровна, 2022 год

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ:

1. Кривошеева И., Вяхирева Ю., Табаков В. и Скоблов М. Разработка подхода подавления экспрессии гена DUX4 с помощью siРНК в миобластах больных миодистрофией Ландузи-Дежерина // Медицинская генетика. - 2021. - Vol. 20(3). - P. 47-56. DOI: 10.25557/2073-7998.2021.03.47-56

2. Chen J.C.J., King O.D., Zhang Y.F., Clayton N.P., Spencer C., Wentworth B.M., Emerson C.P. and Wagner K.R. Morpholino-mediated Knockdown of DUX4 Toward Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy Therapeutics // Molecular Therapy. - 2016. - Vol. 24(8). - P. 1405-1411. DOI: 10.1038/mt.2016.111

3. Sacconi S., Lemmers R.J.L.F., Balog J., Van Der Vliet P.J., Lahaut P., Van Nieuwenhuizen M.P., Straasheijm K.R., Debipersad R.D., Vos-Versteeg M., Salviati L., Casarin A., Pegoraro E., Tawil R., Bakker E., Tapscott S.J., Desnuelle C. and Van Der Maarel S.M. The FSHD2 Gene SMCHD1 Is a Modifier of Disease Severity in Families Affected by FSHD1 // American Journal of Human Genetics. - 2013. - Vol. 93(4). - P. 744751. DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.08.004

4. Snider L., Geng L.N., Lemmers R.J.L.F., Kyba M., Ware C.B., Nelson A.M., Tawil R., Filippova G.N., Van Der Maarel S.M., Tapscott S.J. and Miller D.G. Facioscapulohumeral Dystrophy: Incomplete Suppression of a Retrotransposed Gene // Plos Genetics. - 2010. - Vol. 6(10). - P. DOI: ARTN e1001181 10.1371/journal.pgen.1001181

5. Van Der Maarel S.M., Deidda G., Lemmers R.J.L.F., Van Overveld P.G.M., Van Der Wielen M., Hewitt J.E., Sandkuijl L., Bakker B., Van Ommen G.J.B., Padberg G.W. and Frants R.R. De novo facioscapulohumeral muscular dystrophy: Frequent somatic mosaicism, sex-dependent phenotype, and the role of mitotic transchromosomal repeat interaction between chromosomes 4 and 10 // American Journal of Human Genetics. - 2000. - Vol. 66(1). - P. 26-35. DOI: Doi 10.1086/302730

6. Wallace L.M., Saad N.Y., Pyne N.K., Fowler A.M., Eidahl J.O., Domire J.S., Griffin D.A., Herman A.C., Sahenk Z., Rodino-Klapac L.R. and Harper S.Q. Pre-clinical Safety and Off-Target Studies to Support Translation of AAV-Mediated RNAi Therapy for FSHD // Molecular Therapy-Methods & Clinical Development. - 2018. - Vol. 8. - P. 121-130. DOI: 10.1016/j.omtm.2017.12.005

7. Wang L.H. and Tawil R. Facioscapulohumeral Dystrophy // Current Neurology and Neuroscience Reports. - 2016. - Vol. 16(7). - P. DOI: ARTN 66 10.1007/s11910-016-0667-0

8. Agrawal N., Dasaradhi P.V., Mohmmed A., Malhotra P., Bhatnagar R.K. and Mukherjee S.K. RNA interference: biology, mechanism, and applications // Microbiol Mol Biol Rev. - 2003. - Vol. 67(4). - P. 657-685. DOI: 10.1128/mmbr.67.4.657-685.2003

9. Agustin-Pavon C., Mielcarek M., Garriga-Canut M. and Isalan M. Deimmunization for gene therapy: host matching of synthetic zinc finger constructs enables long-term mutant Huntingtin repression in mice // Mol Neurodegener. - 2016. - Vol. 11(1). - P. 64. DOI: 10.1186/s13024-016-0128-x

10. Alexopoulou L., Holt A.C., Medzhitov R. and Flavell R.A. Recognition of double-stranded RNA and activation of NF-kappaB by Toll-like receptor 3 // Nature. - 2001. - Vol. 413(6857). - P. 732-738. DOI: 10.1038/35099560

11. Amarzguioui M. and Prydz H. An algorithm for selection of functional siRNA sequences // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - Vol. 316(4). - P. 1050-1058. DOI: 10.1016/j.bbrc.2004.02.157

12. Anne-Charlotte Marsollier L.C., Virginie Mariot, Linda and Popplewell T.V., George Dickson and Julie Dumonceaux Antisense targeting of 30 end elements involved in DUX4 mRNA processing is an efficient therapeutic strategy for facioscapulohumeral dystrophy: a new gene-silencing approach // Human Molecular Genetics. - 2016. - Vol. 25(8). - P. 14681478. DOI: 10.1093/hmg/ddw015

13. Anthony K., More A. and Zhang X. Activation of silenced cytokine gene promoters by the synergistic effect of TBP-TALE and VP64-TALE activators // PLoS One. - 2014. -Vol. 9(4). - P. e95790. DOI: 10.1371/journal.pone.0095790

14. Barrangou R. Diversity of CRISPR-Cas immune systems and molecular machines // Genome Biol. - 2015. - Vol. 16. - P. 247. DOI: 10.1186/s13059-015-0816-9

15. Barro M., Carnac G., Flavier S., Mercier J., Vassetzky Y. and Laoudj-Chenivesse D. Myoblasts from affected and non-affected FSHD muscles exhibit morphological differentiation defects // J Cell Mol Med. - 2010. - Vol. 14(1-2). - P. 275-289. DOI: 10.1111/j.1582-4934.2008.00368.x

16. Beerli R.R., Schopfer U., Dreier B. and Barbas C.F., 3rd Chemically regulated zinc finger transcription factors // J Biol Chem. - 2000. - Vol. 275(42). - P. 32617-32627. DOI: 10.1074/jbc.M005108200

17. Beerli R.R., Segal D.J., Dreier B. and Barbas C.F., 3rd Toward controlling gene expression at will: specific regulation of the erbB-2/HER-2 promoter by using polydactyl zinc finger proteins constructed from modular building blocks // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1998. - Vol. 95(25). - P. 14628-14633. DOI: 10.1073/pnas.95.25.14628

18. Bielas J.H., Loeb K.R., Rubin B.P., True L.D. and Loeb L.A. Human cancers express a mutator phenotype // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2006. - Vol. 103(48). - P. 18238-18242. DOI: 10.1073/pnas.0607057103

19. Bikard D., Jiang W., Samai P., Hochschild A., Zhang F. and Marraffini L.A. Programmable repression and activation of bacterial gene expression using an engineered CRISPR-Cas system // Nucleic Acids Res. - 2013. - Vol. 41(15). - P. 7429-7437. DOI: 10.1093/nar/gkt520

20. Birmingham A., Anderson E.M., Reynolds A., Ilsley-Tyree D., Leake D., Fedorov Y., Baskerville S., Maksimova E., Robinson K., Karpilow J., Marshall W.S. and Khvorova A. 3' UTR seed matches, but not overall identity, are associated with RNAi off-targets // Nat Methods. - 2006. - Vol. 3(3). - P. 199-204. DOI: 10.1038/nmeth854

21. Boch J. and Bonas U. Xanthomonas AvrBs3 family-type III effectors: discovery and function // Annu Rev Phytopathol. - 2010. - Vol. 48. - P. 419-436. DOI: 10.1146/annurev-phyto-080508-081936

22. Boch J., Scholze H., Schornack S., Landgraf A., Hahn S., Kay S., Lahaye T., Nickstadt A. and Bonas U. Breaking the code of DNA binding specificity of TAL-type III effectors // Science. - 2009. - Vol. 326(5959). - P. 1509-1512. DOI: 10.1126/science.1178811

23. Boettcher M. and Mcmanus M.T. Choosing the Right Tool for the Job: RNAi, TALEN, or CRISPR // Mol Cell. - 2015. - Vol. 58(4). - P. 575-585. DOI: 10.1016/j.molcel.2015.04.028

24. Bonas U., Stall R.E. and Staskawicz B. Genetic and structural characterization of the avirulence gene avrBs3 from Xanthomonas campestris pv. vesicatoria // Mol Gen Genet. -1989. - Vol. 218(1). - P. 127-136. DOI: 10.1007/BF00330575

25. Bortolanza S., Nonis A., Sanvito F., Maciotta S., Sitia G., Wei J., Torrente Y., Di Serio C., Chamberlain J.R. and Gabellini D. AAV6-mediated systemic shRNA delivery reverses disease in a mouse model of facioscapulohumeral muscular dystrophy // Mol Ther. - 2011. - Vol. 19(11). - P. 2055-2064. DOI: 10.1038/mt.2011.153

26. Bultmann S., Morbitzer R., Schmidt C.S., Thanisch K., Spada F., Elsaesser J., Lahaye T. and Leonhardt H. Targeted transcriptional activation of silent oct4 pluripotency gene by combining designer TALEs and inhibition of epigenetic modifiers // Nucleic Acids Res. -2012. - Vol. 40(12). - P. 5368-5377. DOI: 10.1093/nar/gks199

27. Burdach J., Funnell A.P., Mak K.S., Artuz C.M., Wienert B., Lim W.F., Tan L.Y., Pearson R.C. and Crossley M. Regions outside the DNA-binding domain are critical for proper in vivo specificity of an archetypal zinc finger transcription factor // Nucleic Acids Res. - 2014. - Vol. 42(1). - P. 276-289. DOI: 10.1093/nar/gkt895

28. Bustin S.A., Benes V., Garson J.A., Hellemans J., Huggett J., Kubista M., Mueller R., Nolan T., Pfaffl M.W., Shipley G.L., Vandesompele J. and Wittwer C.T. The MIQE

guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments // Clin Chem. - 2009. - Vol. 55(4). - P. 611-622. DOI: 10.1373/clinchem.2008.112797

29. Caplen N.J., Parrish S., Imani F., Fire A. and Morgan R.A. Specific inhibition of gene expression by small double-stranded RNAs in invertebrate and vertebrate systems // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2001. - Vol. 98(17). - P. 9742-9747. DOI: 10.1073/pnas.171251798

30. Chakraborty S., Ji H., Kabadi A.M., Gersbach C.A., Christoforou N. and Leong K.W. A CRISPR/Cas9-based system for reprogramming cell lineage specification // Stem Cell Reports. - 2014. - Vol. 3(6). - P. 940-947. DOI: 10.1016/j.stemcr.2014.09.013

31. Chalk A.M., Wahlestedt C. and Sonnhammer E.L. Improved and automated prediction of effective siRNA // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - Vol. 319(1). - P. 264-274. DOI: 10.1016/j.bbrc.2004.04.181

32. Charis L Himeda T.I.J.a.P.L.J. CRISPR/dCas9-mediated Transcriptional Inhibition Ameliorates the Epigenetic Dysregulation at D4Z4 and Represses DUX4-fl in FSH Muscular Dystrophy // Molecular Therapy. - 2016. - Vol. 24(3). - P. 527-535. DOI: 10.1038/mt.2015.200

33. Chavez A., Scheiman J., Vora S., Pruitt B.W., Tuttle M., E P.R.I., Lin S., Kiani S., Guzman C.D., Wiegand D.J., Ter-Ovanesyan D., Braff J.L., Davidsohn N., Housden B.E., Perrimon N., Weiss R., Aach J., Collins J.J. and Church G.M. Highly efficient Cas9-mediated transcriptional programming // Nat Methods. - 2015. - Vol. 12(4). - P. 326-328. DOI: 10.1038/nmeth.3312

34. Chen Z., Krishnamachary B., Pachecho-Torres J., Penet M.F. and Bhujwalla Z.M. Theranostic small interfering RNA nanoparticles in cancer precision nanomedicine // Wiley Interdiscip Rev Nanomed Nanobiotechnol. - 2020. - Vol. 12(2). - P. e1595. DOI: 10.1002/wnan.1595

35. Cheng A.W., Wang H., Yang H., Shi L., Katz Y., Theunissen T.W., Rangarajan S., Shivalila C.S., Dadon D.B. and Jaenisch R. Multiplexed activation of endogenous genes by

CRISPR-on, an RNA-guided transcriptional activator system // Cell Res. - 2013. - Vol. 23(10). - P. 1163-1171. DOI: 10.1038/cr.2013.122

36. Cho H.S., Kang J.G., Lee J.H., Lee J.J., Jeon S.K., Ko J.H., Kim D.S., Park K.H., Kim Y.S. and Kim N.S. Direct regulation of E-cadherin by targeted histone methylation of TALE-SET fusion protein in cancer cells // Oncotarget. - 2015. - Vol. 6(27). - P. 23837-23844. DOI: 10.18632/oncotarget.4340

37. Choo Y. and Klug A. Selection of DNA binding sites for zinc fingers using rationally randomized DNA reveals coded interactions // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1994. - Vol. 91(23). - P. 11168-11172. DOI: 10.1073/pnas.91.23.11168

38. Choo Y. and Klug A. Toward a code for the interactions of zinc fingers with DNA: selection of randomized fingers displayed on phage // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1994. -Vol. 91(23). - P. 11163-11167. DOI: 10.1073/pnas.91.23.11163

39. Choo Y., Sanchez-Garcia I. and Klug A. In vivo repression by a site-specific DNA-binding protein designed against an oncogenic sequence // Nature. - 1994. - Vol. 372(6507). - P. 642-645. DOI: 10.1038/372642a0

40. Clemens J.C., Worby C.A., Simonson-Leff N., Muda M., Maehama T., Hemmings B.A. and Dixon J.E. Use of double-stranded RNA interference in Drosophila cell lines to dissect signal transduction pathways // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2000. - Vol. 97(12). - P. 6499-6503. DOI: 10.1073/pnas.110149597

41. Cong L., Zhou R., Kuo Y.C., Cunniff M. and Zhang F. Comprehensive interrogation of natural TALE DNA-binding modules and transcriptional repressor domains // Nat Commun. - 2012. - Vol. 3. - P. 968. DOI: 10.1038/ncomms1962

42. Consortium I.T.P.-C.a.O.W.G. Pan-cancer analysis of whole genomes // Nature. -2020. - Vol. 578(7793). - P. 82-93. DOI: 10.1038/s41586-020-1969-6

43. Danussi C., Akavia U.D., Niola F., Jovic A., Lasorella A., Pe'er D. and Iavarone A. RHPN2 drives mesenchymal transformation in malignant glioma by triggering RhoA

activation // Cancer Res. - 2013. - Vol. 73(16). - P. 5140-5150. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-13-1168-T

44. Dar S.A., Thakur A., Qureshi A. and Kumar M. siRNAmod: A database of experimentally validated chemically modified siRNAs // Sci Rep. - 2016. - Vol. 6. - P. 20031. DOI: 10.103 8/srep20031

45. Dent C.L., Lau G., Drake E.A., Yoon A., Case C.C. and Gregory P.D. Regulation of endogenous gene expression using small molecule-controlled engineered zinc-finger protein transcription factors // Gene Ther. - 2007. - Vol. 14(18). - P. 1362-1369. DOI: 10.1038/sj.gt.3302985

46. Di Gioia S. and Conese M. Polyethylenimine-mediated gene delivery to the lung and therapeutic applications // Drug Des Devel Ther. - 2009. - Vol. 2. - P. 163-188. DOI: 10.2147/dddt.s2708

47. Di Gioia S., Rejman J., Carrabino S., De Fino I., Rudolph C., Doherty A., Hyndman L., Di Cicco M., Copreni E., Bragonzi A., Colombo C., Boyd A.C. and Conese M. Role of biophysical parameters on ex vivo and in vivo gene transfer to the airway epithelium by polyethylenimine/albumin complexes // Biomacromolecules. - 2008. - Vol. 9(3). - P. 859866. DOI: 10.1021/bm701190p

48. Ding Y., Chan C.Y. and Lawrence C.E. Sfold web server for statistical folding and rational design of nucleic acids // Nucleic Acids Res. - 2004. - Vol. 32(Web Server issue). -P. W135-141. DOI: 10.1093/nar/gkh449

49. Eisa N.H., Jilani Y., Kainth K., Redd P., Lu S., Bougrine O., Abdul Sater H., Patwardhan C.A., Shull A., Shi H., Liu K., Elsherbiny N.M., Eissa L.A., El-Shishtawy M.M., Horuzsko A., Bollag R., Maihle N., Roig J., Korkaya H., Cowell J.K. and Chadli A. The co-chaperone UNC45A is essential for the expression of mitotic kinase NEK7 and tumorigenesis // J Biol Chem. - 2019. - Vol. 294(14). - P. 5246-5260. DOI: 10.1074/jbc.RA118.006597

50. Elbashir S.M., Harborth J., Lendeckel W., Yalcin A., Weber K. and Tuschl T. Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells // Nature. - 2001. - Vol. 411(6836). - P. 494-498. DOI: 10.1038/35078107

51. Elbashir S.M., Lendeckel W. and Tuschl T. RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs // Genes Dev. - 2001. - Vol. 15(2). - P. 188-200. DOI: 10.1101/gad.862301

52. Elwood J.M. and Koh H.K. Etiology, epidemiology, risk factors, and public health issues of melanoma // Curr Opin Oncol. - 1994. - Vol. 6(2). - P. 179-187. DOI: 10.1097/00001622-199403000-00011

53. Enriquez P. CRISPR-Mediated Epigenome Editing // Yale J Biol Med. - 2016. - Vol. 89(4). - P. 471-486. DOI:

54. Fan M., Zhang Y., Huang Z., Liu J., Guo X., Zhang H. and Luo H. Optimizations of siRNA design for the activation of gene transcription by targeting the TATA-box motif // PLoS One. - 2014. - Vol. 9(9). - P. e108253. DOI: 10.1371/journal.pone.0108253

55. Fire A., Xu S., Montgomery M.K., Kostas S.A., Driver S.E. and Mello C.C. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans // Nature. - 1998. - Vol. 391(6669). - P. 806-811. DOI: 10.1038/35888

56. Foster D.J., Brown C.R., Shaikh S., Trapp C., Schlegel M.K., Qian K., Sehgal A., Rajeev K.G., Jadhav V., Manoharan M., Kuchimanchi S., Maier M.A. and Milstein S. Advanced siRNA Designs Further Improve In Vivo Performance of GalNAc-siRNA Conjugates // Mol Ther. - 2018. - Vol. 26(3). - P. 708-717. DOI: 10.1016/j.ymthe.2017.12.021

57. Fussenegger M., Morris R.P., Fux C., Rimann M., Von Stockar B., Thompson C.J. and Bailey J.E. Streptogramin-based gene regulation systems for mammalian cells // Nat Biotechnol. - 2000. - Vol. 18(11). - P. 1203-1208. DOI: 10.1038/81208

58. Gao X., Tsang J.C., Gaba F., Wu D., Lu L. and Liu P. Comparison of TALE designer transcription factors and the CRISPR/dCas9 in regulation of gene expression by targeting enhancers // Nucleic Acids Res. - 2014. - Vol. 42(20). - P. e155. DOI: 10.1093/nar/gku836

59. Garcia-Bloj B., Moses C., Sgro A., Plani-Lam J., Arooj M., Duffy C., Thiruvengadam S., Sorolla A., Rashwan R., Mancera R.L., Leisewitz A., Swift-Scanlan T., Corvalan A.H. and Blancafort P. Waking up dormant tumor suppressor genes with zinc fingers, TALEs and the CRISPR/dCas9 system // Oncotarget. - 2016. - Vol. 7(37). - P. 60535-60554. DOI: 10.18632/oncotarget. 11142

60. Garriga-Canut M., Agustin-Pavon C., Herrmann F., Sanchez A., Dierssen M., Fillat C. and Isalan M. Synthetic zinc finger repressors reduce mutant huntingtin expression in the brain of R6/2 mice // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2012. - Vol. 109(45). - P. E3136-3145. DOI: 10.1073/pnas.1206506109

61. Geissler R., Scholze H., Hahn S., Streubel J., Bonas U., Behrens S.E. and Boch J. Transcriptional activators of human genes with programmable DNA-specificity // PLoS One. - 2011. - Vol. 6(5). - P. e19509. DOI: 10.1371/journal.pone.0019509

62. Geng L.N., Yao Z., Snider L., Fong A.P., Cech J.N., Young J.M., Van Der Maarel S.M., Ruzzo W.L., Gentleman R.C., Tawil R. and Tapscott S.J. DUX4 activates germline genes, retroelements, and immune mediators: implications for facioscapulohumeral dystrophy // Dev Cell. - 2012. - Vol. 22(1). - P. 38-51. DOI: 10.1016/j.devcel.2011.11.013

63. Gersbach C.A. and Perez-Pinera P. Activating human genes with zinc finger proteins, transcription activator-like effectors and CRISPR/Cas9 for gene therapy and regenerative medicine // Expert Opin Ther Targets. - 2014. - Vol. 18(8). - P. 835-839. DOI: 10.1517/14728222.2014.913572

64. Gilbert L.A., Horlbeck M.A., Adamson B., Villalta J.E., Chen Y., Whitehead E.H., Guimaraes C., Panning B., Ploegh H.L., Bassik M.C., Qi L.S., Kampmann M. and Weissman J.S. Genome-Scale CRISPR-Mediated Control of Gene Repression and Activation // Cell. -2014. - Vol. 159(3). - P. 647-661. DOI: 10.1016/j.cell.2014.09.029

65. Gilbert L.A., Larson M.H., Morsut L., Liu Z., Brar G.A., Torres S.E., Stern-Ginossar N., Brandman O., Whitehead E.H., Doudna J.A., Lim W.A., Weissman J.S. and Qi L.S. CRISPR-mediated modular RNA-guided regulation of transcription in eukaryotes // Cell. -2013. - Vol. 154(2). - P. 442-451. DOI: 10.1016/j .cell.2013.06.044

66. Gitzinger M., Kemmer C., El-Baba M.D., Weber W. and Fussenegger M. Controlling transgene expression in subcutaneous implants using a skin lotion containing the apple metabolite phloretin // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2009. - Vol. 106(26). - P. 10638-10643. DOI: 10.1073/pnas.0901501106

67. Gorantla V.C. and Kirkwood J.M. State of melanoma: an historic overview of a field in transition // Hematol Oncol Clin North Am. - 2014. - Vol. 28(3). - P. 415-435. DOI: 10.1016/j.hoc.2014.02.010

68. Grimmer M.R., Stolzenburg S., Ford E., Lister R., Blancafort P. and Farnham P.J. Analysis of an artificial zinc finger epigenetic modulator: widespread binding but limited regulation // Nucleic Acids Res. - 2014. - Vol. 42(16). - P. 10856-10868. DOI: 10.1093/nar/gku708

69. Haraszti R.A., Roux L., Coles A.H., Turanov A.A., Alterman J.F., Echeverria D., Godinho B., Aronin N. and Khvorova A. 5-Vinylphosphonate improves tissue accumulation and efficacy of conjugated siRNAs in vivo // Nucleic Acids Res. - 2017. - Vol. 45(13). - P. 7581-7592. DOI: 10.1093/nar/gkx507

70. Heiderscheit E.A., Eguchi A., Spurgat M.C. and Ansari A.Z. Reprogramming cell fate with artificial transcription factors // FEBS Lett. - 2018. - Vol. 592(6). - P. 888-900. DOI: 10.1002/1873-3468.12993

71. Herrera V.L., Colby A.H., Ruiz-Opazo N., Coleman D.G. and Grinstaff M.W. Nucleic acid nanomedicines in Phase II/III clinical trials: translation of nucleic acid therapies for reprogramming cells // Nanomedicine (Lond). - 2018. - Vol. 13(16). - P. 2083-2098. DOI: 10.2217/nnm-2018-0122

72. Hilton I.B., D'ippolito A.M., Vockley C.M., Thakore P.I., Crawford G.E., Reddy T.E. and Gersbach C.A. Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers // Nat Biotechnol. - 2015. - Vol. 33(5). - P. 510-517. DOI: 10.1038/nbt.3199

73. Hodis E., Watson I.R., Kryukov G.V., Arold S.T., Imielinski M., Theurillat J.P., Nickerson E., Auclair D., Li L., Place C., Dicara D., Ramos A.H., Lawrence M.S., Cibulskis K., Sivachenko A., Voet D., Saksena G., Stransky N., Onofrio R.C., Winckler W., Ardlie K., Wagle N., Wargo J., Chong K., Morton D.L., Stemke-Hale K., Chen G., Noble M., Meyerson M., Ladbury J.E., Davies M.A., Gershenwald J.E., Wagner S.N., Hoon D.S., Schadendorf D., Lander E.S., Gabriel S.B., Getz G., Garraway L.A. and Chin L. A landscape of driver mutations in melanoma // Cell. - 2012. - Vol. 150(2). - P. 251-263. DOI: 10.1016/j.cell.2012.06.024

74. Hossen M.N., Wang L., Chinthalapally H.R., Robertson J.D., Fung K.M., Wilhelm S., Bieniasz M., Bhattacharya R. and Mukherjee P. Switching the intracellular pathway and enhancing the therapeutic efficacy of small interfering RNA by auroliposome // Sci Adv. -2020. - Vol. 6(30). - P. eaba5379. DOI: 10.1126/sciadv.aba5379

75. Hsu P.D., Lander E.S. and Zhang F. Development and applications of CRISPR-Cas9 for genome engineering // Cell. - 2014. - Vol. 157(6). - P. 1262-1278. DOI: 10.1016/j.cell.2014.05.010

76. Hu B., Zhong L., Weng Y., Peng L., Huang Y., Zhao Y. and Liang X.J. Therapeutic siRNA: state of the art // Signal Transduct Target Ther. - 2020. - Vol. 5(1). - P. 101. DOI: 10.1038/s41392-020-0207-x

77. Jackson A.L., Bartz S.R., Schelter J., Kobayashi S.V., Burchard J., Mao M., Li B., Cavet G. and Linsley P.S. Expression profiling reveals off-target gene regulation by RNAi // Nat Biotechnol. - 2003. - Vol. 21(6). - P. 635-637. DOI: 10.1038/nbt831

78. Jackson A.L., Burchard J., Schelter J., Chau B.N., Cleary M., Lim L. and Linsley P.S. Widespread siRNA "off-target" transcript silencing mediated by seed region sequence complementarity // RNA. - 2006. - Vol. 12(7). - P. 1179-1187. DOI: 10.1261/rna.25706

79. Jackson S.P. and Bartek J. The DNA-damage response in human biology and disease // Nature. - 2009. - Vol. 461(7267). - P. 1071-1078. DOI: 10.1038/nature08467

80. Janas M.M., Jiang Y., Schlegel M.K., Waldron S., Kuchimanchi S. and Barros S.A. Impact of Oligonucleotide Structure, Chemistry, and Delivery Method on In Vitro Cytotoxicity // Nucleic Acid Ther. - 2017. - Vol. 27(1). - P. 11-22. DOI: 10.1089/nat.2016.0639

81. Janas M.M., Schlegel M.K., Harbison C.E., Yilmaz V.O., Jiang Y., Parmar R., Zlatev I., Castoreno A., Xu H., Shulga-Morskaya S., Rajeev K.G., Manoharan M., Keirstead N.D., Maier M.A. and Jadhav V. Selection of GalNAc-conjugated siRNAs with limited off-target-driven rat hepatotoxicity // Nat Commun. - 2018. - Vol. 9(1). - P. 723. DOI: 10.1038/s41467-018-02989-4

82. Ji H., Jiang Z., Lu P., Ma L., Li C., Pan H., Fu Z., Qu X., Wang P., Deng J., Yang X., Wang J. and Zhu H. Specific Reactivation of Latent HIV-1 by dCas9-SunTag-VP64-mediated Guide RNA Targeting the HIV-1 Promoter // Mol Ther. - 2016. - Vol. 24(3). - P. 508-521. DOI: 10.1038/mt.2016.7

83. Ji Q., Fischer A.L., Brown C.R., Eastlund E.R., Dvash T., Zhong B., Gerber M.A., Lyons I., Knight S.W. and Kreader C.A. Engineered zinc-finger transcription factors activate OCT4 (POU5F1), SOX2, KLF4, c-MYC (MYC) and miR302/367 // Nucleic Acids Res. -2014. - Vol. 42(10). - P. 6158-6167. DOI: 10.1093/nar/gku243

84. Jiang P., Wu H., Da Y., Sang F., Wei J., Sun X. and Lu Z. RFRCDB-siRNA: improved design of siRNAs by random forest regression model coupled with database searching // Comput Methods Programs Biomed. - 2007. - Vol. 87(3). - P. 230-238. DOI: 10.1016/j.cmpb.2007.06.001

85. Jones T. and Jones P.L. A cre-inducible DUX4 transgenic mouse model for investigating facioscapulohumeral muscular dystrophy // PLoS One. - 2018. - Vol. 13(2). -P. e0192657. DOI: 10.1371/journal.pone.0192657

86. Jong-Won Lim L.S., Zizhen Yao, Rabi Tawil,, Silvere M. Van Der Maarel F.R., C. Frank Bennett, and Tapscott G.N.F.a.S.J. DICER/AGO-dependent epigenetic silencing of D4Z4

repeats enhanced by exogenous siRNA suggests

mechanisms and therapies for FSHD // Human Molecular Genetics. - 2015. - Vol. 24(17). -P. 4817-4828. DOI: 10.1093/hmg/ddv206

87. Judge A.D., Bola G., Lee A.C. and Maclachlan I. Design of noninflammatory synthetic siRNA mediating potent gene silencing in vivo // Mol Ther. - 2006. - Vol. 13(3). -P. 494-505. DOI: 10.1016/j.ymthe.2005.11.002

88. Kabadi A.M., Ousterout D.G., Hilton I.B. and Gersbach C.A. Multiplex CRISPR/Cas9-based genome engineering from a single lentiviral vector // Nucleic Acids Res. - 2014. - Vol. 42(19). - P. e147. DOI: 10.1093/nar/gku749

89. Kampmann M., Horlbeck M.A., Chen Y., Tsai J.C., Bassik M.C., Gilbert L.A., Villalta J.E., Kwon S.C., Chang H., Kim V.N. and Weissman J.S. Next-generation libraries for robust RNA interference-based genome-wide screens // Proc Natl Acad Sci U S A. -2015. - Vol. 112(26). - P. E3384-3391. DOI: 10.1073/pnas.1508821112

90. Kearns N.A., Genga R.M., Enuameh M.S., Garber M., Wolfe S.A. and Maehr R. Cas9 effector-mediated regulation of transcription and differentiation in human pluripotent stem cells // Development. - 2014. - Vol. 141(1). - P. 219-223. DOI: 10.1242/dev.103341

91. Kearns N.A., Pham H., Tabak B., Genga R.M., Silverstein N.J., Garber M. and Maehr R. Functional annotation of native enhancers with a Cas9-histone demethylase fusion // Nat Methods. - 2015. - Vol. 12(5). - P. 401-403. DOI: 10.1038/nmeth.3325

92. Khvorova A., Reynolds A. and Jayasena S.D. Functional siRNAs and miRNAs exhibit strand bias // Cell. - 2003. - Vol. 115(2). - P. 209-216. DOI: 10.1016/s0092-8674(03)00801-8

93. Kim R., Emi M. and Tanabe K. Cancer immunoediting from immune surveillance to immune escape // Immunology. - 2007. - Vol. 121(1). - P. 1-14. DOI: 10.1111/j.1365-2567.2007.02587.x

94. Klingelhoefer J.W., Moutsianas L. and Holmes C. Approximate Bayesian feature selection on a large meta-dataset offers novel insights on factors that effect siRNA potency // Bioinformatics. - 2009. - Vol. 25(13). - P. 1594-1601. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp284

95. Klug A. The discovery of zinc fingers and their development for practical applications in gene regulation and genome manipulation // Q Rev Biophys. - 2010. - Vol. 43(1). - P. 121. DOI: 10.1017/S0033583510000089

96. Konermann S., Brigham M.D., Trevino A., Hsu P.D., Heidenreich M., Cong L., Platt R.J., Scott D.A., Church G.M. and Zhang F. Optical control of mammalian endogenous transcription and epigenetic states // Nature. - 2013. - Vol. 500(7463). - P. 472-476. DOI: 10.103 8/nature 12466

97. Konermann S., Brigham M.D., Trevino A.E., Joung J., Abudayyeh O.O., Barcena C., Hsu P.D., Habib N., Gootenberg J.S., Nishimasu H., Nureki O. and Zhang F. Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex // Nature. - 2015. - Vol. 517(7536). - P. 583-588. DOI: 10.1038/nature14136

98. Lagana A., Acunzo M., Romano G., Pulvirenti A., Veneziano D., Cascione L., Giugno R., Gasparini P., Shasha D., Ferro A. and Croce C.M. miR-Synth: a computational resource for the design of multi-site multi-target synthetic miRNAs // Nucleic Acids Res. - 2014. -Vol. 42(9). - P. 5416-5425. DOI: 10.1093/nar/gku202

99. Lagana A., Shasha D. and Croce C.M. Synthetic RNAs for Gene Regulation: Design Principles and Computational Tools // Front Bioeng Biotechnol. - 2014. - Vol. 2. - P. 65. DOI: 10.3389/fbioe.2014.00065

100. Lagana A., Veneziano D., Russo F., Pulvirenti A., Giugno R., Croce C.M. and Ferro A. Computational design of artificial RNA molecules for gene regulation // Methods Mol Biol. - 2015. - Vol. 1269. - P. 393-412. DOI: 10.1007/978-1-4939-2291-8_25

101. Lakshman D.K., Jian J. and Tavantzis S.M. A double-stranded RNA element from a hypovirulent strain of Rhizoctonia solani occurs in DNA form and is genetically related to the pentafunctional AROM protein of the shikimate pathway // Proc Natl Acad Sci U S A. -1998. - Vol. 95(11). - P. 6425-6429. DOI: 10.1073/pnas.95.11.6425

102. Lander E.S. The Heroes of CRISPR // Cell. - 2016. - Vol. 164(1-2). - P. 18-28. DOI: 10.1016/j.cell.2015.12.041

103. Larson M.H., Gilbert L.A., Wang X., Lim W.A., Weissman J.S. and Qi L.S. CRISPR interference (CRISPRi) for sequence-specific control of gene expression // Nat Protoc. -2013. - Vol. 8(11). - P. 2180-2196. DOI: 10.1038/nprot.2013.132

104. Laufer B.I. and Singh S.M. Strategies for precision modulation of gene expression by epigenome editing: an overview // Epigenetics Chromatin. - 2015. - Vol. 8. - P. 34. DOI: 10.1186/s13072-015-0023-7

105. Lawrence M.S., Stojanov P., Mermel C.H., Robinson J.T., Garraway L.A., Golub T.R., Meyerson M., Gabriel S.B., Lander E.S. and Getz G. Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types // Nature. - 2014. - Vol. 505(7484). - P. 495-501. DOI: 10.1038/nature 12912

106. Lawrence M.S., Stojanov P., Polak P., Kryukov G.V., Cibulskis K., Sivachenko A., Carter S.L., Stewart C., Mermel C.H., Roberts S.A., Kiezun A., Hammerman P.S., Mckenna A., Drier Y., Zou L., Ramos A.H., Pugh T.J., Stransky N., Helman E., Kim J., Sougnez C., Ambrogio L., Nickerson E., Shefler E., Cortes M.L., Auclair D., Saksena G., Voet D., Noble M., Dicara D., Lin P., Lichtenstein L., Heiman D.I., Fennell T., Imielinski M., Hernandez

B., Hodis E., Baca S., Dulak A.M., Lohr J., Landau D.A., Wu C.J., Melendez-Zajgla J., Hidalgo-Miranda A., Koren A., Mccarroll S.A., Mora J., Crompton B., Onofrio R., Parkin M., Winckler W., Ardlie K., Gabriel S.B., Roberts C.W.M., Biegel J.A., Stegmaier K., Bass A.J., Garraway L.A., Meyerson M., Golub T.R., Gordenin D.A., Sunyaev S., Lander E.S. and Getz G. Mutational heterogeneity in cancer and the search for new cancer-associated genes // Nature. - 2013. - Vol. 499(7457). - P. 214-218. DOI: 10.1038/nature12213

107. Lee H.B., Sundberg B.N., Sigafoos A.N. and Clark K.J. Genome Engineering with TALE and CRISPR Systems in Neuroscience // Front Genet. - 2016. - Vol. 7. - P. 47. DOI: 10.3389/fgene.2016.00047

108. Lee H.J., Dang T.C., Lee H. and Park J.C. OncoSearch: cancer gene search engine with literature evidence // Nucleic Acids Res. - 2014. - Vol. 42(Web Server issue). - P. W416-421. DOI: 10.1093/nar/gku368

109. Lee S.K., Law B. and Tung C.H. Versatile Nanodelivery Platform to Maximize siRNA Combination Therapy // Macromol Biosci. - 2017. - Vol. 17(2). - P. DOI: 10.1002/mabi.201600294

110. Leiter U. and Garbe C. Epidemiology of melanoma and nonmelanoma skin cancer-the role of sunlight // Adv Exp Med Biol. - 2008. - Vol. 624. - P. 89-103. DOI: 10.1007/978-0-387-77574-6_8

111. Lemmers R.J., Tawil R., Petek L.M., Balog J., Block G.J., Santen G.W., Amell A.M., Van Der Vliet P.J., Almomani R., Straasheijm K.R., Krom Y.D., Klooster R., Sun Y., Den Dunnen J.T., Helmer Q., Donlin-Smith C.M., Padberg G.W., Van Engelen B.G., De Greef J.C., Aartsma-Rus A.M., Frants R.R., De Visser M., Desnuelle C., Sacconi S., Filippova G.N., Bakker B., Bamshad M.J., Tapscott S.J., Miller D.G. and Van Der Maarel S.M. Digenic inheritance of an SMCHD1 mutation and an FSHD-permissive D4Z4 allele causes facioscapulohumeral muscular dystrophy type 2 // Nat Genet. - 2012. - Vol. 44(12). - P. 1370-1374. DOI: 10.1038/ng.2454

112. Li F., Papworth M., Minczuk M., Rohde C., Zhang Y., Ragozin S. and Jeltsch A. Chimeric DNA methyltransferases target DNA methylation to specific DNA sequences and repress expression of target genes // Nucleic Acids Res. - 2007. - Vol. 35(1). - P. 100-112. DOI: 10.1093/nar/gkl 1035

113. Li S.D. and Huang L. Targeted delivery of siRNA by nonviral vectors: lessons learned from recent advances // Curr Opin Investig Drugs. - 2008. - Vol. 9(12). - P. 1317-1323. DOI:

114. Li X., Wang X., Tan Z., Chen S. and Guan F. Role of Glycans in Cancer Cells Undergoing Epithelial-Mesenchymal Transition // Front Oncol. - 2016. - Vol. 6. - P. 33. DOI: 10.3389/fonc.2016.00033

115. Li Y., Moore R., Guinn M. and Bleris L. Transcription activator-like effector hybrids for conditional control and rewiring of chromosomal transgene expression // Sci Rep. - 2012. - Vol. 2. - P. 897. DOI: 10.1038/srep00897

116. Liang L., Zhang Z., Qin X., Gao Y., Zhao P., Liu J. and Zeng W. Long noncoding RNA ZFAS1 promotes tumorigenesis through regulation of miR-150-5p/RAB9A in melanoma // Melanoma Res. - 2019. - Vol. 29(6). - P. 569-581. DOI: 10.1097/CMR.0000000000000595

117. Lim J.W., Snider L., Yao Z., Tawil R., Van Der Maarel S.M., Rigo F., Bennett C.F., Filippova G.N. and Tapscott S.J. DICER/AGO-dependent epigenetic silencing of D4Z4 repeats enhanced by exogenous siRNA suggests mechanisms and therapies for FSHD // Hum Mol Genet. - 2015. - Vol. 24(17). - P. 4817-4828. DOI: 10.1093/hmg/ddv206

118. Lim W.F., Burdach J., Funnell A.P., Pearson R.C., Quinlan K.G. and Crossley M. Directing an artificial zinc finger protein to new targets by fusion to a non-DNA-binding domain // Nucleic Acids Res. - 2016. - Vol. 44(7). - P. 3118-3130. DOI: 10.1093/nar/gkv1380

119. Lin Z., Bao M., Yu Z., Xue L., Ju C. and Zhang C. The development of tertiary amine cationic lipids for safe and efficient siRNA delivery // Biomater Sci. - 2019. - Vol. 7(7). - P. 2777-2792. DOI: 10.1039/c9bm00494g

120. Liu H., Wei Z., Dominguez A., Li Y., Wang X. and Qi L.S. CRISPR-ERA: a comprehensive design tool for CRISPR-mediated gene editing, repression and activation // Bioinformatics. - 2015. - Vol. 31(22). - P. 3676-3678. DOI: 10.1093/bioinformatics/btv423

121. Liu P.Q., Rebar E.J., Zhang L., Liu Q., Jamieson A.C., Liang Y., Qi H., Li P.X., Chen B., Mendel M.C., Zhong X., Lee Y.L., Eisenberg S.P., Spratt S.K., Case C.C. and Wolffe A.P. Regulation of an endogenous locus using a panel of designed zinc finger proteins targeted to accessible chromatin regions. Activation of vascular endothelial growth factor A // J Biol Chem. - 2001. - Vol. 276(14). - P. 11323-11334. DOI: 10.1074/jbc.M011172200

122. Liu P.Q., Tan S., Mendel M.C., Murrills R.J., Bhat B.M., Schlag B., Samuel R., Matteo J.J., De La Rosa R., Howes K., Reik A., Case C.C., Bex F.J., Young K. and Gregory P.D. Isogenic human cell lines for drug discovery: regulation of target gene expression by engineered zinc-finger protein transcription factors // J Biomol Screen. - 2005. - Vol. 10(4).

- P. 304-313. DOI: 10.1177/1087057104272663

123. Liu Q., Zhou H., Cui J., Cao Z. and Xu Y. Reconsideration of in-silico siRNA design based on feature selection: a cross-platform data integration perspective // PLoS One. - 2012.

- Vol. 7(5). - P. e37879. DOI: 10.1371/journal.pone.0037879

124. Liu Q., Zhou H., Zhu R., Xu Y. and Cao Z. Reconsideration of in silico siRNA design from a perspective of heterogeneous data integration: problems and solutions // Brief Bioinform. - 2014. - Vol. 15(2). - P. 292-305. DOI: 10.1093/bib/bbs073

125. Liu Z., Jiao Y., Wang Y., Zhou C. and Zhang Z. Polysaccharides-based nanoparticles as drug delivery systems // Adv Drug Deliv Rev. - 2008. - Vol. 60(15). - P. 1650-1662. DOI: 10.1016/j.addr.2008.09.001

126. Livak K.J. and Schmittgen T.D. Analysis of relative gene expression data using realtime quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method // Methods. - 2001. - Vol. 25(4).

- P. 402-408. DOI: 10.1006/meth.2001.1262

127. Lizio M., Harshbarger J., Shimoji H., Severin J., Kasukawa T., Sahin S., Abugessaisa I., Fukuda S., Hori F., Ishikawa-Kato S., Mungall C.J., Arner E., Baillie J.K., Bertin N.,

Bono H., De Hoon M., Diehl A.D., Dimont E., Freeman T.C., Fujieda K., Hide W., Kaliyaperumal R., Katayama T., Lassmann T., Meehan T.F., Nishikata K., Ono H., Rehli M., Sandelin A., Schultes E.A., T Hoen P.A., Tatum Z., Thompson M., Toyoda T., Wright D.W., Daub C.O., Itoh M., Carninci P., Hayashizaki Y., Forrest A.R., Kawaji H. and Consortium F. Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas // Genome Biol. - 2015. - Vol. 16. - P. 22. DOI: 10.1186/s13059-014-0560-6

128. Lo A. and Qi L. Genetic and epigenetic control of gene expression by CRISPR-Cas systems // F1000Res. - 2017. - Vol. 6. - P. DOI: 10.12688/f1000research.11113.1

129. Lohmueller J.J., Armel T.Z. and Silver P.A. A tunable zinc finger-based framework for Boolean logic computation in mammalian cells // Nucleic Acids Res. - 2012. - Vol. 40(11). - P. 5180-5187. DOI: 10.1093/nar/gks142

130. Macrae I.J., Zhou K., Li F., Repic A., Brooks A.N., Cande W.Z., Adams P.D. and Doudna J.A. Structural basis for double-stranded RNA processing by Dicer // Science. -2006. - Vol. 311(5758). - P. 195-198. DOI: 10.1126/science.1121638

131. Maeder M.L., Angstman J.F., Richardson M.E., Linder S.J., Cascio V.M., Tsai S.Q., Ho Q.H., Sander J.D., Reyon D., Bernstein B.E., Costello J.F., Wilkinson M.F. and Joung J.K. Targeted DNA demethylation and activation of endogenous genes using programmable TALE-TET1 fusion proteins // Nat Biotechnol. - 2013. - Vol. 31(12). - P. 1137-1142. DOI: 10.1038/nbt.2726

132. Maeder M.L., Linder S.J., Reyon D., Angstman J.F., Fu Y., Sander J.D. and Joung J.K. Robust, synergistic regulation of human gene expression using TALE activators // Nat Methods. - 2013. - Vol. 10(3). - P. 243-245. DOI: 10.1038/nmeth.2366

133. Magnenat L., Schwimmer L.J. and Barbas C.F., 3rd Drug-inducible and simultaneous regulation of endogenous genes by single-chain nuclear receptor-based zinc-finger transcription factor gene switches // Gene Ther. - 2008. - Vol. 15(17). - P. 1223-1232. DOI: 10.1038/gt.2008.96

134. Makarova K.S. and Koonin E.V. Annotation and Classification of CRISPR-Cas Systems // Methods Mol Biol. - 2015. - Vol. 1311. - P. 47-75. DOI: 10.1007/978-1-4939-2687-9_4

135. Mali P., Aach J., Stranges P.B., Esvelt K.M., Moosburner M., Kosuri S., Yang L. and Church G.M. CAS9 transcriptional activators for target specificity screening and paired nickases for cooperative genome engineering // Nat Biotechnol. - 2013. - Vol. 31(9). - P. 833-838. DOI: 10.1038/nbt.2675

136. MamchaouiK., Trollet C., Bigot A., Negroni E., Chaouch S., Wolff A., Kandalla P.K., Marie S., Di Santo J., St Guily J.L., Muntoni F., Kim J., Philippi S., Spuler S., Levy N., Blumen S.C., Voit T., Wright W.E., Aamiri A., Butler-Browne G. and Mouly V. Immortalized pathological human myoblasts: towards a universal tool for the study of neuromuscular disorders // Skelet Muscle. - 2011. - Vol. 1. - P. 34. DOI: 10.1186/20445040-1-34

137. Mandell J.G. and Barbas C.F., 3rd Zinc Finger Tools: custom DNA-binding domains for transcription factors and nucleases // Nucleic Acids Res. - 2006. - Vol. 34(Web Server issue). - P. W516-523. DOI: 10.1093/nar/gkl209

138. Masui K., Gini B., Wykosky J., Zanca C., Mischel P.S., Furnari F.B. and Cavenee W.K. A tale of two approaches: complementary mechanisms of cytotoxic and targeted therapy resistance may inform next-generation cancer treatments // Carcinogenesis. - 2013. - Vol. 34(4). - P. 725-738. DOI: 10.1093/carcin/bgt086

139. Mcfarland C.D., Korolev K.S., Kryukov G.V., Sunyaev S.R. and Mirny L.A. Impact of deleterious passenger mutations on cancer progression // Proc Natl Acad Sci U S A. -2013. - Vol. 110(8). - P. 2910-2915. DOI: 10.1073/pnas.1213968110

140. Mendenhall E.M., Williamson K.E., Reyon D., Zou J.Y., Ram O., Joung J.K. and Bernstein B.E. Locus-specific editing of histone modifications at endogenous enhancers // Nat Biotechnol. - 2013. - Vol. 31(12). - P. 1133-1136. DOI: 10.1038/nbt.2701

141. Mercer A.C., Gaj T., Sirk S.J., Lamb B.M. and Barbas C.F., 3rd Regulation of endogenous human gene expression by ligand-inducible TALE transcription factors // ACS Synth Biol. - 2014. - Vol. 3(10). - P. 723-730. DOI: 10.1021/sb400114p

142. Migawa M.T., Shen W., Wan W.B., Vasquez G., Oestergaard M.E., Low A., De Hoyos C.L., Gupta R., Murray S., Tanowitz M., Bell M., Nichols J.G., Gaus H., Liang X.H., Swayze E.E., Crooke S.T. and Seth P.P. Site-specific replacement of phosphorothioate with alkyl phosphonate linkages enhances the therapeutic profile of gapmer ASOs by modulating interactions with cellular proteins // Nucleic Acids Res. - 2019. - Vol. 47(11). - P. 54655479. DOI: 10.1093/nar/gkz247

143. Miller A.J. and Mihm M.C., Jr. Melanoma // N Engl J Med. - 2006. - Vol. 355(1). - P. 51-65. DOI: 10.1056/NEJMra052166

144. Miller J., Mclachlan A.D. and Klug A. Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes // EMBO J. - 1985. - Vol. 4(6). - P. 16091614. DOI:

145. Miller J.C., Tan S., Qiao G., Barlow K.A., Wang J., Xia D.F., Meng X., Paschon D.E., Leung E., Hinkley S.J., Dulay G.P., Hua K.L., Ankoudinova I., Cost G.J., Urnov F.D., Zhang H.S., Holmes M.C., Zhang L., Gregory P.D. and Rebar E.J. A TALE nuclease architecture for efficient genome editing // Nat Biotechnol. - 2011. - Vol. 29(2). - P. 143-148. DOI: 10.1038/nbt.1755

146. Mooneyham A., Iizuka Y., Yang Q., Coombes C., Mcclellan M., Shridhar V., Emmings E., Shetty M., Chen L., Ai T., Meints J., Lee M.K., Gardner M. and Bazzaro M. UNC-45A Is a Novel Microtubule-Associated Protein and Regulator of Paclitaxel Sensitivity in Ovarian Cancer Cells // Mol Cancer Res. - 2019. - Vol. 17(2). - P. 370-383. DOI: 10.1158/1541-7786.MCR-18-0670

147. Moscou M.J. and Bogdanove A.J. A simple cipher governs DNA recognition by TAL effectors // Science. - 2009. - Vol. 326(5959). - P. 1501. DOI: 10.1126/science.1178817

148. Mostacciuolo M.L., Pastorello E., Vazza G., Miorin M., Angelini C., Tomelleri G., Galluzzi G. and Trevisan C.P. Facioscapulohumeral muscular dystrophy: epidemiological and molecular study in a north-east Italian population sample // Clin Genet. - 2009. - Vol. 75(6). - P. 550-555. DOI: 10.1111/j .1399-0004.2009.01158.x

149. Nair J.K., Attarwala H., Sehgal A., Wang Q., Aluri K., Zhang X., Gao M., Liu J., Indrakanti R., Schofield S., Kretschmer P., Brown C.R., Gupta S., Willoughby J.L.S., Boshar J.A., Jadhav V., Charisse K., Zimmermann T., Fitzgerald K., Manoharan M., Rajeev K.G., Akinc A., Hutabarat R. and Maier M.A. Impact of enhanced metabolic stability on pharmacokinetics and pharmacodynamics of GalNAc-siRNA conjugates // Nucleic Acids Res. - 2017. - Vol. 45(19). - P. 10969-10977. DOI: 10.1093/nar/gkx818

150. Naito Y., Yoshimura J., Morishita S. and Ui-Tei K. siDirect 2.0: updated software for designing functional siRNA with reduced seed-dependent off-target effect // BMC Bioinformatics. - 2009. - Vol. 10. - P. 392. DOI: 10.1186/1471-2105-10-392

151. No D., Yao T.P. and Evans R.M. Ecdysone-inducible gene expression in mammalian cells and transgenic mice // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1996. - Vol. 93(8). - P. 3346-3351. DOI: 10.1073/pnas.93.8.3346

152. Oh Y.K. and Park T.G. siRNA delivery systems for cancer treatment // Adv Drug Deliv Rev. - 2009. - Vol. 61(10). - P. 850-862. DOI: 10.1016/j.addr.2009.04.018

153. Onori A., Pisani C., Strimpakos G., Monaco L., Mattei E., Passananti C. and Corbi N. UtroUp is a novel six zinc finger artificial transcription factor that recognises 18 base pairs of the utrophin promoter and efficiently drives utrophin upregulation // BMC Mol Biol. -2013. - Vol. 14. - P. 3. DOI: 10.1186/1471-2199-14-3

154. Ozawa C.R., Banfi A., Glazer N.L., Thurston G., Springer M.L., Kraft P.E., Mcdonald D.M. and Blau H.M. Microenvironmental VEGF concentration, not total dose, determines a threshold between normal and aberrant angiogenesis // J Clin Invest. - 2004. - Vol. 113(4). -P. 516-527. DOI: 10.1172/JCI18420

155. Pandey S.N., Lee Y.C., Yokota T. and Chen Y.W. Morpholino treatment improves muscle function and pathology of Pitxl transgenic mice // Mol Ther. - 2014. - Vol. 22(2). -P. 390-396. DOI: 10.1038/mt.2013.263

156. Park J., Park J., Pei Y., Xu J. and Yeo Y. Pharmacokinetics and biodistribution of recently-developed siRNA nanomedicines // Adv Drug Deliv Rev. - 2016. - Vol. 104. - P. 93-109. DOI: 10.1016/j.addr.2015.12.004

157. Peck J.W., Oberst M., Bouker K.B., Bowden E. and Burbelo P.D. The RhoA-binding protein, rhophilin-2, regulates actin cytoskeleton organization // J Biol Chem. - 2002. - Vol. 277(46). - P. 43924-43932. DOI: 10.1074/jbc.M203569200

158. Pelechano V. and Steinmetz L.M. Gene regulation by antisense transcription // Nat Rev Genet. - 2013. - Vol. 14(12). - P. 880-893. DOI: 10.1038/nrg3594

159. Pelgrom L.R., Patente T.A., Sergushichev A., Esaulova E., Otto F., Ozir-Fazalalikhan

A., Van Der Zande H.J.P., Van Der Ham A.J., Van Der Stel S., Artyomov M.N. and Everts

B. LKB1 expressed in dendritic cells governs the development and expansion of thymus-derived regulatory T cells // Cell Res. - 2019. - Vol. 29(5). - P. 406-419. DOI: 10.1038/s41422-019-0161-8

160. Perez-Pinera P., Kocak D.D., Vockley C.M., Adler A.F., Kabadi A.M., Polstein L.R., Thakore P.I., Glass K.A., Ousterout D.G., Leong K.W., Guilak F., Crawford G.E., Reddy T.E. and Gersbach C.A. RNA-guided gene activation by CRISPR-Cas9-based transcription factors // Nat Methods. - 2013. - Vol. 10(10). - P. 973-976. DOI: 10.103 8/nmeth.2600

161. Perez-Pinera P., Ousterout D.G., Brunger J.M., Farin A.M., Glass K.A., Guilak F., Crawford G.E., Hartemink A.J. and Gersbach C.A. Synergistic and tunable human gene activation by combinations of synthetic transcription factors // Nat Methods. - 2013. - Vol. 10(3). - P. 239-242. DOI: 10.1038/nmeth.2361

162. Pollock R., Giel M., Linher K. and Clackson T. Regulation of endogenous gene expression with a small-molecule dimerizer // Nat Biotechnol. - 2002. - Vol. 20(7). - P. 729733. DOI: 10.1038/nbt0702-729

163. Polstein L.R. and Gersbach C.A. Light-inducible spatiotemporal control of gene activation by customizable zinc finger transcription factors // J Am Chem Soc. - 2012. - Vol. 134(40). - P. 16480-16483. DOI: 10.1021/ja3065667

164. Pyatnitskiy M., Karpov D., Poverennaya E., Lisitsa A. and Moshkovskii S. Bringing Down Cancer Aircraft: Searching for Essential Hypomutated Proteins in Skin Melanoma // PLoS One. - 2015. - Vol. 10(11). - P. e0142819. DOI: 10.1371/journal.pone.0142819

165. Pyatnitskiy M.A., Karpov D.S. and Moshkovskii S.A. [Searching for essential genes in cancer genomes] // Biomed Khim. - 2018. - Vol. 64(4). - P. 303-314. DOI: 10.18097/PBMC20186404303

166. Qi L.S., Larson M.H., Gilbert L.A., Doudna J.A., Weissman J.S., Arkin A.P. and Lim W.A. Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression // Cell. - 2013. - Vol. 152(5). - P. 1173-1183. DOI: 10.1016/j.cell.2013.02.022

167. Ranzani M., Annunziato S., Adams D.J. and Montini E. Cancer gene discovery: exploiting insertional mutagenesis // Mol Cancer Res. - 2013. - Vol. 11(10). - P. 1141-1158. DOI: 10.1158/1541-7786.MCR-13-0244

168. Reik A., Zhou Y., Collingwood T.N., Warfe L., Bartsevich V., Kong Y., Henning K.A., Fallentine B.K., Zhang L., Zhong X., Jouvenot Y., Jamieson A.C., Rebar E.J., Case C.C., Korman A., Li X.Y., Black A., King D.J. and Gregory P.D. Enhanced protein production by engineered zinc finger proteins // Biotechnol Bioeng. - 2007. - Vol. 97(5). -P. 1180-1189. DOI: 10.1002/bit.21304

169. Reynolds A., Leake D., Boese Q., Scaringe S., Marshall W.S. and Khvorova A. Rational siRNA design for RNA interference // Nat Biotechnol. - 2004. - Vol. 22(3). - P. 326-330. DOI: 10.1038/nbt936

170. Rivenbark A.G., Stolzenburg S., Beltran A.S., Yuan X., Rots M.G., Strahl B.D. and Blancafort P. Epigenetic reprogramming of cancer cells via targeted DNA methylation // Epigenetics. - 2012. - Vol. 7(4). - P. 350-360. DOI: 10.4161/epi.19507

171. Rozema D.B., Lewis D.L., Wakefield D.H., Wong S.C., Klein J.J., Roesch P.L., Bertin S.L., Reppen T.W., Chu Q., Blokhin A.V., Hagstrom J.E. and Wolff J.A. Dynamic PolyConjugates for targeted in vivo delivery of siRNA to hepatocytes // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2007. - Vol. 104(32). - P. 12982-12987. DOI: 10.1073/pnas.0703778104

172. Ruess J., Parise F., Milias-Argeitis A., Khammash M. and Lygeros J. Iterative experiment design guides the characterization of a light-inducible gene expression circuit // Proc Natl Acad Sci USA.- 2015. - Vol. 112(26). - P. 8148-8153. DOI: 10.1073/pnas.1423947112

173. Saayman S.M., Lazar D.C., Scott T.A., Hart J.R., Takahashi M., Burnett J.C., Planelles V., Morris K.V. and Weinberg M.S. Potent and Targeted Activation of Latent HIV-1 Using the CRISPR/dCas9 Activator Complex // Mol Ther. - 2016. - Vol. 24(3). - P. 488498. DOI: 10.1038/mt.2015.202

174. Sander J.D. and Joung J.K. CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes // Nat Biotechnol. - 2014. - Vol. 32(4). - P. 347-355. DOI: 10.1038/nbt.2842

175. Sander J.D., Maeder M.L., Reyon D., Voytas D.F., Joung J.K. and Dobbs D. ZiFiT (Zinc Finger Targeter): an updated zinc finger engineering tool // Nucleic Acids Res. - 2010. - Vol. 38(Web Server issue). - P. W462-468. DOI: 10.1093/nar/gkq319

176. Sander J.D., Zaback P., Joung J.K., Voytas D.F. and Dobbs D. Zinc Finger Targeter (ZiFiT): an engineered zinc finger/target site design tool // Nucleic Acids Res. - 2007. - Vol. 35(Web Server issue). - P. W599-605. DOI: 10.1093/nar/gkm349

177. Schwarz D.S., Hutvagner G., Du T., Xu Z., Aronin N. and Zamore P.D. Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex // Cell. - 2003. - Vol. 115(2). - P. 199-208. DOI: 10.1016/s0092-8674(03)00759-1

178. Schwarz D.S., Hutvagner G., Haley B. and Zamore P.D. Evidence that siRNAs function as guides, not primers, in the Drosophila and human RNAi pathways // Mol Cell. -2002. - Vol. 10(3). - P. 537-548. DOI: 10.1016/s1097-2765(02)00651-2

179. Schwimmer L.J., Gonzalez B. and Barbas C.F., 3rd Benzoate X receptor zinc-finger gene switches for drug-inducible regulation of transcription // Gene Ther. - 2012. - Vol. 19(4). - p. 458-462. DOI: 10.1038/gt.2011.112

180. Scott J.N., Kupinski A.P. and Boyes J. Targeted genome regulation and modification using transcription activator-like effectors // FEBS J. - 2014. - Vol. 281(20). - P. 4583-4597. DOI: 10.1111/febs.12973

181. Scott J.N., Kupinski A.P., Kirkham C.M., Tuma R. and Boyes J. TALE proteins bind to both active and inactive chromatin // Biochem J. - 2014. - Vol. 458(1). - P. 153-158. DOI: 10.1042/BJ20131327

182. Sepp-Lorenzino L. and Ruddy M. Challenges and opportunities for local and systemic delivery of siRNA and antisense oligonucleotides // Clin Pharmacol Ther. - 2008. - Vol. 84(5). - P. 628-632. DOI: 10.1038/clpt.2008.174

183. Shabalina S.A., Spiridonov A.N. and Ogurtsov A.Y. Computational models with thermodynamic and composition features improve siRNA design // BMC Bioinformatics. -2006. - Vol. 7. - P. 65. DOI: 10.1186/1471-2105-7-65

184. Shen W., De Hoyos C.L., Migawa M.T., Vickers T.A., Sun H., Low A., Bell T.A., 3rd, Rahdar M., Mukhopadhyay S., Hart C.E., Bell M., Riney S., Murray S.F., Greenlee S., Crooke R.M., Liang X.H., Seth P.P. and Crooke S.T. Chemical modification of PS-ASO therapeutics reduces cellular protein-binding and improves the therapeutic index // Nat Biotechnol. - 2019. - Vol. 37(6). - P. 640-650. DOI: 10.1038/s41587-019-0106-2

185. Shi B. and Abrams M. Technologies for investigating the physiological barriers to efficient lipid nanoparticle-siRNA delivery // J Histochem Cytochem. - 2013. - Vol. 61(6). -P. 407-420. DOI: 10.1369/0022155413484152

186. Smith D.P., Rayter S.I., Niederlander C., Spicer J., Jones C.M. and Ashworth A. LIP1, a cytoplasmic protein functionally linked to the Peutz-Jeghers syndrome kinase LKB1 // Hum Mol Genet. - 2001. - Vol. 10(25). - P. 2869-2877. DOI: 10.1093/hmg/10.25.2869

187. Song X., Wang X., Ma Y., Liang Z., Yang Z. and Cao H. Site-Specific Modification Using the 2'-Methoxyethyl Group Improves the Specificity and Activity of siRNAs // Mol Ther Nucleic Acids. - 2017. - Vol. 9. - P. 242-250. DOI: 10.1016/j.omtn.2017.10.003

188. Sontheimer E.J. and Barrangou R. The Bacterial Origins of the CRISPR Genome-Editing Revolution // Hum Gene Ther. - 2015. - Vol. 26(7). - P. 413-424. DOI: 10.1089/hum.2015.091

189. Soutschek J., Akinc A., Bramlage B., Charisse K., Constien R., Donoghue M., Elbashir S., Geick A., Hadwiger P., Harborth J., John M., Kesavan V., Lavine G., Pandey R.K., Racie T., Rajeev K.G., Rohl I., Toudjarska I., Wang G., Wuschko S., Bumcrot D., Koteliansky V., Limmer S., Manoharan M. and Vornlocher H.P. Therapeutic silencing of an endogenous gene by systemic administration of modified siRNAs // Nature. - 2004. - Vol. 432(7014). - P. 173-178. DOI: 10.1038/nature03121

190. Sparber P., Filatova A., Anisimova I., Markova T., Voinova V., Chuhrova A., Tabakov V. and Skoblov M. Various haploinsufficiency mechanisms in Pitt-Hopkins syndrome // Eur J Med Genet. - 2020. - Vol. 63(12). - P. 104088. DOI: 10.1016/j.ejmg.2020.104088

191. Sparber P., Filatova A., Khantemirova M. and Skoblov M. The role of long non-coding RNAs in the pathogenesis of hereditary diseases // BMC Med Genomics. - 2019. -Vol. 12(Suppl 2). - P. 42. DOI: 10.1186/s12920-019-0487-6

192. Strapps W.R., Pickering V., Muiru G.T., Rice J., Orsborn S., Polisky B.A., Sachs A. and Bartz S.R. The siRNA sequence and guide strand overhangs are determinants of in vivo duration of silencing // Nucleic Acids Res. - 2010. - Vol. 38(14). - P. 4788-4797. DOI: 10.1093/nar/gkq206

193. Strimpakos G., Corbi N., Pisani C., Di Certo M.G., Onori A., Luvisetto S., Severini C., Gabanella F., Monaco L., Mattei E. and Passananti C. Novel adeno-associated viral vector delivering the utrophin gene regulator jazz counteracts dystrophic pathology in mdx mice // J Cell Physiol. - 2014. - Vol. 229(9). - P. 1283-1291. DOI: 10.1002/jcp.24567

194. Tan S.J., Kiatwuthinon P., Roh Y.H., Kahn J.S. and Luo D. Engineering Nanocarriers for siRNA Delivery // Small. - 2011. - Vol. 7(7). - P. 841-856. DOI: 10.1002/smll.201001389

195. Tanenbaum M.E., Gilbert L.A., Qi L.S., Weissman J.S. and Vale R.D. A protein-tagging system for signal amplification in gene expression and fluorescence imaging // Cell.

- 2014. - Vol. 159(3). - P. 635-646. DOI: 10.1016/j.cell.2014.09.039

196. Tang Y., Durand S., Dalle S. and Caramel J. EMT-Inducing Transcription Factors, Drivers of Melanoma Phenotype Switching, and Resistance to Treatment // Cancers (Basel).

- 2020. - Vol. 12(8). - P. DOI: 10.3390/cancers12082154

197. Tassin A., Laoudj-Chenivesse D., Vanderplanck C., Barro M., Charron S., Ansseau E., Chen Y.W., Mercier J., Coppee F. and Belayew A. DUX4 expression in FSHD muscle cells: how could such a rare protein cause a myopathy? // J Cell Mol Med. - 2013. - Vol. 17(1). - P. 76-89. DOI: 10.1111/j.1582-4934.2012.01647.x

198. Thakore P.I., Black J.B., Hilton I.B. and Gersbach C.A. Editing the epigenome: technologies for programmable transcription and epigenetic modulation // Nat Methods. -2016. - Vol. 13(2). - P. 127-137. DOI: 10.1038/nmeth.3733

199. Thakore P.I., D'ippolito A.M., Song L., Safi A., Shivakumar N.K., Kabadi A.M., Reddy T.E., Crawford G.E. and Gersbach C.A. Highly specific epigenome editing by CRISPR-Cas9 repressors for silencing of distal regulatory elements // Nat Methods. - 2015.

- Vol. 12(12). - P. 1143-1149. DOI: 10.1038/nmeth.3630

200. Toro C.A., Wright H., Aylwin C.F., Ojeda S.R. and Lomniczi A. Trithorax dependent changes in chromatin landscape at enhancer and promoter regions drive female puberty // Nat Commun. - 2018. - Vol. 9(1). - P. 57. DOI: 10.1038/s41467-017-02512-1

201. Tsumagari K., Chang S.C., Lacey M., Baribault C., Chittur S.V., Sowden J., Tawil R., Crawford G.E. and Ehrlich M. Gene expression during normal and FSHD myogenesis // BMC Med Genomics. - 2011. - Vol. 4. - P. 67. DOI: 10.1186/1755-8794-4-67

202. Tulbah A., Chaudhri N., Al Dayel F. and Akhtar M. The journey toward personalized cancer therapy // Adv Anat Pathol. - 2014. - Vol. 21(1). - P. 36-43. DOI: 10.1097/PAP.0000000000000006

203. Turner J.J., Jones S.W., Moschos S.A., Lindsay M.A. and Gait M.J. MALDI-TOF mass spectral analysis of siRNA degradation in serum confirms an RNAse A-like activity // Mol Biosyst. - 2007. - Vol. 3(1). - P. 43-50. DOI: 10.1039/b611612d

204. Urnov F.D. and Rebar E.J. Designed transcription factors as tools for therapeutics and functional genomics // Biochem Pharmacol. - 2002. - Vol. 64(5-6). - P. 919-923. DOI: 10.1016/s0006-2952(02)01150-4

205. Vanderplanck C., Ansseau E., Charron S., Stricwant N., Tassin A., Laoudj-Chenivesse D., Wilton S.D., Coppee F. and Belayew A. The FSHD atrophic myotube phenotype is caused by DUX4 expression // PLoS One. - 2011. - Vol. 6(10). - P. e26820. DOI: 10.1371/journal.pone.0026820

206. Vanderplanck C., Tassin A., Ansseau E., Charron S., Wauters A., Lancelot C., Vancutsem K., Laoudj-Chenivesse D., Belayew A. and Coppee F. Overexpression of the double homeodomain protein DUX4c interferes with myofibrillogenesis and induces clustering of myonuclei // Skelet Muscle. - 2018. - Vol. 8(1). - P. 2. DOI: 10.1186/s13395-017-0148-4

207. Vandesompele J., De Preter K., Pattyn F., Poppe B., Van Roy N., De Paepe A. and Speleman F. Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes // Genome Biol. - 2002. - Vol. 3(7). - P. RESEARCH0034. DOI: 10.1186/gb-2002-3-7-research0034

208. Vermeulen A., Behlen L., Reynolds A., Wolfson A., Marshall W.S., Karpilow J. and Khvorova A. The contributions of dsRNA structure to Dicer specificity and efficiency // RNA. - 2005. - Vol. 11(5). - P. 674-682. DOI: 10.1261/rna.7272305

209. Vert J.P., Foveau N., Lajaunie C. and Vandenbrouck Y. An accurate and interpretable model for siRNA efficacy prediction // BMC Bioinformatics. - 2006. - Vol. 7. - P. 520. DOI: 10.1186/1471-2105-7-520

210. Wang J., Lu Z., Wientjes M.G. and Au J.L. Delivery of siRNA therapeutics: barriers and carriers // AAPS J. - 2010. - Vol. 12(4). - P. 492-503. DOI: 10.1208/s12248-010-9210-4

211. Wang L., Wang X., Bhirde A., Cao J., Zeng Y., Huang X., Sun Y., Liu G. and Chen X. Carbon-dot-based two-photon visible nanocarriers for safe and highly efficient delivery of siRNA and DNA // Adv Healthc Mater. - 2014. - Vol. 3(8). - P. 1203-1209. DOI: 10.1002/adhm.201300611

212. Wang R., Degirmenci V., Xin H., Li Y., Wang L., Chen J., Hu X. and Zhang D. PEI-Coated Fe(3)O(4) Nanoparticles Enable Efficient Delivery of Therapeutic siRNA Targeting REST into Glioblastoma Cells // Int J Mol Sci. - 2018. - Vol. 19(8). - P. DOI: 10.3390/ijms19082230

213. Wang Y., Yuan S., Jia X., Ge Y., Ling T., Nie M., Lan X., Chen S. and Xu A. Mitochondria-localised ZNFX1 functions as a dsRNA sensor to initiate antiviral responses through MAVS // Nat Cell Biol. - 2019. - Vol. 21(11). - P. 1346-1356. DOI: 10.1038/s41556-019-0416-0

214. Waterhouse P.M., Graham M.W. and Wang M.B. Virus resistance and gene silencing in plants can be induced by simultaneous expression of sense and antisense RNA // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1998. - Vol. 95(23). - P. 13959-13964. DOI: 10.1073/pnas.95.23.13959

215. Weber W., Fux C., Daoud-El Baba M., Keller B., Weber C.C., Kramer B.P., Heinzen C., Aubel D., Bailey J.E. and Fussenegger M. Macrolide-based transgene control in mammalian cells and mice // Nat Biotechnol. - 2002. - Vol. 20(9). - P. 901-907. DOI: 10.1038/nbt731

216. Wei S., Zou Q., Lai S., Zhang Q., Li L., Yan Q., Zhou X., Zhong H. and Lai L. Conversion of embryonic stem cells into extraembryonic lineages by CRISPR-mediated activators // Sci Rep. - 2016. - Vol. 6. - P. 19648. DOI: 10.1038/srep19648

217. Weng Y., Xiao H., Zhang J., Liang X.J. and Huang Y. RNAi therapeutic and its innovative biotechnological evolution // Biotechnol Adv. - 2019. - Vol. 37(5). - P. 801-825. DOI: 10.1016/j .biotechadv.2019.04.012

218. Xu W., Beeharry M.K., Liu W., Yan M. and Zhu Z. Preoperative Chemotherapy for Gastric Cancer: Personal Interventions and Precision Medicine // Biomed Res Int. - 2016. -Vol. 2016. - P. 3923585. DOI: 10.1155/2016/3923585

219. Yeang C.H., Mccormick F. and Levine A. Combinatorial patterns of somatic gene mutations in cancer // FASEB J. - 2008. - Vol. 22(8). - P. 2605-2622. DOI: 10.1096/fj.08-108985

220. Yin F., Hu K., Chen Y., Yu M., Wang D., Wang Q., Yong K.T., Lu F., Liang Y. and Li Z. SiRNA Delivery with PEGylated Graphene Oxide Nanosheets for Combined Photothermal and Genetherapy for Pancreatic Cancer // Theranostics. - 2017. - Vol. 7(5). -P. 1133-1148. DOI: 10.7150/thno.17841

221. Zalatan J.G., Lee M.E., Almeida R., Gilbert L.A., Whitehead E.H., La Russa M., Tsai J.C., Weissman J.S., Dueber J.E., Qi L.S. and Lim W.A. Engineering complex synthetic transcriptional programs with CRISPR RNA scaffolds // Cell. - 2015. - Vol. 160(1-2). - P. 339-350. DOI: 10.1016/j.cell.2014.11.052

222. Zhang F., Cong L., Lodato S., Kosuri S., Church G.M. and Arlotta P. Efficient construction of sequence-specific TAL effectors for modulating mammalian transcription // Nat Biotechnol. - 2011. - Vol. 29(2). - P. 149-153. DOI: 10.1038/nbt.1775

223. Zhang H.S., Liu D., Huang Y., Schmidt S., Hickey R., Guschin D., Su H., Jovin I.S., Kunis M., Hinkley S., Liang Y., Hinh L., Spratt S.K., Case C.C., Rebar E.J., Ehrlich B.E., Ehrlich B., Gregory P.D. and Giordano F.J. A designed zinc-finger transcriptional repressor

of phospholamban improves function of the failing heart // Mol Ther. - 2012. - Vol. 20(8). -P. 1508-1515. DOI: 10.1038/mt.2012.80

224. Zhang M., Wang F., Li S., Wang Y., Bai Y. and Xu X. TALE: a tale of genome editing // Prog Biophys Mol Biol. - 2014. - Vol. 114(1). - P. 25-32. DOI: 10.1016/j .pbiomolbio.2013.11.006

225. Zhang W., Yin L., Song G., Han X., Yin Z. and Luo D. LKB1 loss cooperating with BRAF V600E promotes melanoma cell invasion and migration by up-regulation MMP-2 via PI3K/Akt/mTOR pathway // Oncotarget. - 2017. - Vol. 8(69). - P. 113847-113857. DOI: 10.18632/oncotarget.22943

226. Zhang Z., Wu E., Qian Z. and Wu W.S. A multicolor panel of TALE-KRAB based transcriptional repressor vectors enabling knockdown of multiple gene targets // Sci Rep. -2014. - Vol. 4. - P. 7338. DOI: 10.1038/srep07338

227. Zhang Z., Xiang D., Heriyanto F., Gao Y., Qian Z. and Wu W.S. Dissecting the roles of miR-302/367 cluster in cellular reprogramming using TALE-based repressor and TALEN // Stem Cell Reports. - 2013. - Vol. 1(3). - P. 218-225. DOI: 10.1016/j.stemcr.2013.07.002

228. Zhu C.H., Mouly V., Cooper R.N., Mamchaoui K., Bigot A., Shay J.W., Di Santo J.P., Butler-Browne G.S. and Wright W.E. Cellular senescence in human myoblasts is overcome by human telomerase reverse transcriptase and cyclin-dependent kinase 4: consequences in aging muscle and therapeutic strategies for muscular dystrophies // Aging Cell. - 2007. - Vol. 6(4). - P. 515-523. DOI: 10.1111/j.1474-9726.2007.00306.x

229. Zhu Y., Meng Y., Zhao Y., Zhu J., Xu H., Zhang E., Shi L., Du L., Liu G., Zhang C., Xu X., Kang X., Zhen Y. and Zhang S. Toxicological exploration of peptide-based cationic liposomes in siRNA delivery // Colloids Surf B Biointerfaces. - 2019. - Vol. 179. - P. 66-76. DOI: 10.1016/j.colsurfb.2019.03.052