Протеомные базы данных для поиска тканеспецифичных белковых маркеров мышечных органов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, доктор биологических наук Ковалева, Марина Анатольевна

• Ковалева, Марина Анатольевна
• доктор биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации доктор биологических наук Ковалева, Марина Анатольевна

Введение

Глава 1 Протеомика постгеномного периода в разработках некоторых биомедицинских проблем

1 1 Три периода в развитии протеомных исследований белков человека

1 2 Основные протеомные технологии и белковые базы данных, гипотетические (hypothetical), безымянные (unnamed) и некоторые другие малоизученные белки человека

12 1 Появление и развитие основных протеомных технологий

12 2 Компьютерные белковые базы данных и их роль в протеомных исследованиях

12 3 Гипотетические (hypothetical), безымянные (unnamed) и некоторые другие малоизученные белки человека 43 1 3 Исследования белкового полиморфизма и роль протеомных технологий

13 1 Общие представления о молекулярных основах биохимического полиморфизма белков

13 2 Протеомный подход в исследованиях биохимического полиморфизма белков

1 4 Протеомные методы в исследованиях белковых профилей при клеточной дифференцировке, в ходе онтогенеза и при злокачественной трансформации клеток человека

14 1 Протеомные исследования белковых профилей при клеточной дифференцировке на примере миогенеза

14 2 Изучение возрастных изменений белков человека протеомными методами (на примере некоторых мышечных органов) 67 1 4 3 Протеомика и рак (на примере рабдо- и лейомиосарком, а также злокачественных опухолей простаты) 71 1 5 Решение некоторых прикладных биомедицинских задач с помощью протеомных методов исследования

15 1 Поиск белковых биомаркеров отдельных физиологических и патологических процессов, а также белков - потенциальных мишеней для химиотерапевтических воздействий

15 2 Определение тканеспецифичных и других белковых биомаркеров в пищевой мясной) промышленности

Глава 2 Материалы и методы исследований

2 1 Биологические материалы

2 11 Образцы тканей и других биоматериалов человека

2 12 Клеточные культуры

2 13 Образцы тканей лабораторных животных

2 14 Образцы коммерческой мясной продукции и исходного сырья

2 2 Химические реагенты

2 3 Протеомные методы исследования

2 3 1 Подготовка проб

2 3 2 Фракционирование белков двумерным электрофорезом по О Фарреллу 99 2 3 2 1 Фракционирование белков двумерным электрофорезом по О'Фарреллу с использованием изоэлектрофокусирования в амфолиновом градиенте рН (IEF

PAGE) 100 2 3 2 2 Изоэлектрофокусирование в полиакриламидном геле с градиентом рН, сформированном амфолинами

2 3 23 SDS-электрофорез в пластинах полиакриламидного геля 102 2 3 2 4 Фракционирование белков двумерным электрофорезом по О'Фарреллу с использованием изоэлектрофокусирования в иммоблиновом градиенте рН (IPG

PAGE) 103 2 3 3 Детекция белков на гелевых пластинах Денситометрия двумерных электрофореграмм Архивирование гелевых пластин

2 3 4 Компьютерная денситомеггрия электрофореграмм

2 3 5 Масс-спектрометрическая идетификацня белков

2 4 Иммуноферментный анализ

2 5 Иммуноблоттинг 107 2 6 Выделение клеточной ДНК, полимеразная цепная реакция, секвенирование ампликонов 108 2 7 Получение из культивированных клеток линии DU-145 препаратов «Суммарные фосфопротеины» 109 2 8 Методы получения препаратов клеточных белков, составляющих ядерный протеом клеток линии DU

2 9 Статистическая обработка результатов

Результаты исследований и их обсуждение

Глава 3 Протеомное изучение биохимического полиморфизма белков, обусловленного аминокислотными заменами, в некоторых тканях и культивируемых клетках человека Проблема «конфликтов» в аминокислотных последовательностях некоторых белков

3 1 Исследования биохимического полиморфизма белков, обусловленного единичными аминокислотными заменами (single amino acid substitution, SAAS)

3 1 1 Изоформы енолазы человека и их полиморфные варианты

3 12 Полиморфизм ДЗ,5-А2,4-диеноил-коэнзим А изомеразы (SAAS 41Е—>А)

3 13 Новый вариант триозофосфатизомеразы 1 (SAAS 233G—>D)

3 2 Проблема «конфликтов» в аминокислотных последовательностях некоторых белков человека, SNP's и SAAS

Глава 4 Биохимические проявления дифференциальной генной экспрессии в некоторых мышечных органах человека, а также при клеточной дифференцировке и в онтогенезе

4 1 Протеомное изучение белков сердечной мышцы человека, включающее масс-спектрометрическую идентификацию 80 белковых фракций 143 4 2 Изучение полиморфизма некоторых мажорных белков в отдельных мышечных органах, содержащих поперечнополосатые и гладкомышечные ткани 148 4 3 Протеомные технологии в изучении дифференциальной генной экспрессии белков в культивируемых мышечных клетках человека 153 4 4 Онтогенетические изменения белкового профиля в образцах сердечной мышцы человека 155 4 4 1 Протеомное исследование белков миокарда человека в пренатальном онтогенезе

4 2 2 Протеомное исследование белков миокарда человека в постнатальном онтогенезе

Глава 5 Разработка общих принципов построения многомодульных протеомных баз данных и создание базы данных «Протеомика мышечных органов»

5 1 Разработка принципов построения многомодульных протеомных баз данных и общие характеристики базы данных «Протеомика мышечных органов»

5 2 Общая характеристика комплексного модуля «Белки миокарда»

5 3 Модуль «Белки скелетной мышцы» (ш vastus lateralis) человека» и изучение изменений протеомных профилей у пациентов с мышечной патологией

5 3 1 Общая характеристика модуля «Белки скелетной мышцы» (m vastus lateralis) человека»

5 3 2 Изменения белковых профилей в скелетной мышце при боковом амиотрофическом склерозе

5 3 3 Протеомное изучение аутоантигенов у больных БАС и рассеянным склерозом в скелетных мышцах

5 4 Модули органов, содержащих гладкомышечные волокна («Белки миометрия», «Белки средней оболочки аорты», «Белки биоптатов предстательной железы»)

5 4 1 Общая характеристика модуля «Белки миометрия»

5 4 2 Общие характеристики модулей «Белки средней оболочки аорты» и «Белки биоптатов предстательной железы»

5 4 3 Биохимический полиморфизм трансгелинов в трех органах, содержащих гладкомышечные волокна

5 5 Дополнительные модули комплексный модуль «Белки недифференцированных и дифференцированных миобластов человека» и модуль «Белки рабдомиосаркомы»

5 5 1 Комплексный модуль «Белки недифференцированных и дифференцированных миобластов человека»

5 5 2 Дополнительный модуль «Белки рабдомиосаркомы»

6 Специализированная база данных «Протеомика рака простаты» (версия 2012 г ) . 206 6 1 Общие характеристики базы данных «Протеомика рака простаты» . 206 6 2 Построение комплексного модуля для белков линии DU-145 208 6 3 Модуль «Белки клеток OKP-GS» 234 6 4 База данных «ПРП» для изучения белкового полиморфизма

6 5 БД «ПРП» и поиск потенциальных белковых биомаркеров рака простаты

7 Протеомные технологии для выявления гипотетических (hypothetical), безымянных (unnamed) и других малоизученных белков 249 7 1 Выявление гипотетических, безымянных и некоторых других малоизученных белков в образцах тканей и культивируемых клеточных линиях человека

7 2 Использование протеомных технологий для выявления укороченных форм белков

8 Использование протеомных технологий для изучения белковых биомаркеров у некоторых лабораторных животных и в мясных продуктах

8 1 Протеомное выявление аллельных изоформ белков у линейных животных

8 2 Протеомное изучение белков в мясных продуктах поиск ткане- и видоспецифичных биомаркеров, а также белков различных немышечных пищевых добавок

8 2 1 Исследование образцов мышечного сырья

8 2 2 Исследование образцов вареной колбасы сорта «Докторская»

8 2 3 Исследование образцов немышечного происхождения и выявление нерегламентированных ГОСТ белков

8 2 4 Разработка протеомной методики количественного определения тканеспецифичных биомаркеров для оценки содержания мясного сырья в образцах вареных колбас

8 2 5 Апробация протеомной методики для определения количественного соотношения мясного сырья (говядина / свинина) в колбасных продуктах по белковым видоспецифичным биомаркерами

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Протеомные базы данных для поиска тканеспецифичных белковых маркеров мышечных органов»

Актуальность темы

Для развития биохимии белков в начале 21-ого века принципиальное значение приобрело широкое применение протеомных и биоинформационных технологий [Арчаков А.И. 2000, Anderson N.G. et al. 2001; Шишкин С.С. 2002; Примроуз С., Тваймен Р. 2008 и др.]. Накапливающиеся результаты, представляющие собой совокупности взаимосвязанных сведений, подлежащих совместной обработке, рассматриваются как соответствующие информационные массивы, на основе которых формируются различные общие и специализированные базы данных, размещаемые в сети «Интернет». Среди них надо особо отметить в базе данных UniProt информационный ресурс, названный «Complete proteome of Homo sapiens», который к середине 2012 года включал более 70 000 аннотаций, однако из них только 25 000 аннотаций (35,2%) представляли результаты прямых исследований соответствующего белка. Таким образом, очевидно, что большая часть (64,8%) созданных аннотаций нуждается в дополнительных экспериментальных материалах, при получении которых решающую роль могут сыграть протеомные технологии и дальнейшее развитие информационных ресурсов, что свидетельствует о высокой актуальности подобных исследований.

В первой декаде 21-го века также поступательный импульс получили протеомные исследования, направленные на выявление полиморфных вариантов белков в мышечных органах и выяснение роли белкового полиморфизма при различных физиологических и патологических процессах [Yip Y. et al., 2008; Wei Y.J. et al. 2009; Manning A. et al., 2012; Gioli-Pereira L et al. 2013 и др.]. Особое внимание при этом уделялось аллельным изоформам, которые характеризуются единичными аминокислотными заменами в аминокислотных последовательностях, поскольку такие замены могут приводить к изменениям функциональных свойств белка (от незначительных до полной потери функции) или не оказывать подобного влияния (так называемые «нейтральные» замены). Уже собранная обширная информация о белковом полиморфизме в различных базах данных (например, в UniProt) включает и сведения о большом числе спорных определений отдельных аминокислот в ряде позиций первичной структуры многих белков, так называемых «аминокислотных конфликтов в последовательности» (Sequence conflict). Соответственно, при исследованиях любого белка разрешение «аминокислотного конфликта» в пользу одного из вариантов представляет значительный интерес, поскольку итоговая детализация первичной структуры может оказать влияние на формирование представлений о пространственной упаковке его полипептидной цепи и других свойствах, включая функциональные особенности.

Наряду с изучением разных аспектов белкового полиморфизма и других фундаментальных проблем биохимии белков мышечных органов протеомные технологии находят все более широкое применение в разработках биомедицинских проблем, ориентированных на решение многих прикладных задач - от выявления потенциальных диагностических белковых биомаркеров, мишеней фармакологических воздействий [Cummings J. et al. 2008; Principe S. et al. 2012 и др.] до создания методов контроля за качеством различных пищевых продуктов, изготавливаемых из мышечных тканей животных [Zapata I. et al. 2009; de Almeida AM, Bendixen E. 2012; D'Alessandro A et al. 2013 и др.].

Таким образом, направленность данной работы на построение протеомных баз данных, предназначенных для изучения вопросов, относящихся к биохимии белков мышечных органов, а также для решения комплекса прикладных задач, включающих выявление потенциальных белковых биомаркеров различных форм патологии (в частности, рака простаты) в целом, определяет актуальность избранной темы.

Цель и задачи исследования

Основной целью данной диссертационной работы стало построение отечественных биоинформационных ресурсов (баз данных, размещённых в сети «Интернет») о белках ряда мышечных органов для оптимизации поисков новых белковых изоформ и определения тканеспецифичных белковых маркеров.

Для решения этой проблемы были поставлены следующие задачи:

1. Провести изучение протеомных профилей и анализ белкового полиморфизма в различных мышечных органах человека, а также некоторых культивируемых клеточных линиях, направленных на выявление изоформ с единичными аминокислотными заменами.

2. Изучить биохимические проявления дифференциальной генной экспресии при клеточной дифференцировке и в онтогенезе мышечных органов человека.

3. Разработать общие принципы построения многомодульных протеомных баз данных и создать на их основе отечественную базу данных «Протеомика мышечных органов» для определения тканеспецифичных белков и анализа белкового полиморфизма в различных мышечных органах человека.

4. Сформировать новую версию отечественной базы данных «Протеомика рака простаты», включающую комплексные модули, обобщающие результаты протеомного анализа отдельных белковых препаратов, для определения потенциальных биомаркеров этого заболевания

5. Провести с помощью построенных протеомных баз данных поиск так называемых безымянных (unnamed), гипотетических (hypothetical) и других малоизученных белков в образцах тканей и культивируемых клеточных линиях человека.

6. Разработать на основе протеомных исследований метод, пригодный для контроля качества мясной продукции по белковому составу с определением видовой специфичности мышечных белков и выявлением белковых добавок немышечного происхождения.

Научная новизна.

В ходе протеомных исследований в тканях мышечных органов и культивируемых клетках человека выявлены различные варианты биохимического полиморфизма белков, обусловленные единичными аминокислотными заменами (single amino acid substitution, SAAS), включая новый вариант триозофосфатизомеразы 1 (SAAS 233G-»D), определены частоты встречаемости в славянских выборках аллельных вариантов с SAAS 4IE—»A А3,5-А2,4-диеноил-коэнзим А изомеразы и мышечной енолазы с SAAS 71 N—» S, а также разрешены в одну из сторон «конфликтные» определения (по 135 позициям) в аминокислотных последовательностях 59 белков человека.

На основе специально разработанных общих принципов построения многомодульных протеомных баз данных сформирована новая версия отечественной базы данных «Протеомика мышечных белков человека», содержащая новые комплексные модули «Белки миокарда» и «Белки миобластов», а также новая версия (2012 г.) отечественной базы данных «Протеомика рака простаты», содержащая новый комплексный модуль «Белки клеток DU-145», в котором обобщены результаты протеомного анализа суммарных белков этих клеток и отдельных белковых препаратов (ядерные белки, гистоны, фосфопротеины), включая сведения о 78 идентифицированных белках.

Получены новые данные, прямо подтверждающие существование пяти безымянных белков (продуктов локусов ВАС05360, BAG63245, ВАШ 1721, BAG53005, ВАС05009, зарегистрированных в GenBank) в образцах ряда тканей и клеточных линиях человека.

В биоптатах предстательной железы человека, а также в культивируемых клетках линии DU-145 выявлено семь укороченных белковых продуктов, которые соответствуют белкам человека, предсказанным ранее по материалам исследований геномной ДНК и/или соответствующих мРНК; таким образом, впервые обнаружено существование особых укороченных изоформ у некоторых известных белков (тропомиозина 3, поли (А) связывающего белка 1, фосфоглюкомутазы 3 и др.).

Научно-практическая значимость

Сформированные отечественные информационные ресурсы «Протеомика мышечных белков человека» (версия 2012 г., http://mp.inbi.ras.ru) и «Протеомика рака простаты» (версия 2012 г., http://ef.inbi.ras.ru) доступны пользователям сети Интернет и позволяют оптимизировать соответствующие протеомные исследования, направленные на поиски потенциальных белковых биомаркеров тканевой специфичности. База данных «Протеомика рака простаты» включена в Государственный реестр баз данных (регистрационный номер 2012620676 от 13.07.2012). Результаты этой работы использованы в трех информационно-методических письмах, которые нашли применение в учебном процессе при подготовке врачей-урологов (включены в курс последипломного образования по урологии, кафедра урологии РМАПО), а также в обучении студентов и аспирантов кафедры биохимии РУДН (элективный курс «Клиническая биохимия»).

Показано, что исследования и анализ на основе протеомных баз данных позволяет решать широкий круг биомедицинских вопросов, связанных с обнаружением полиморфных белков, а также с выявлением изменений протеомных профилей в ходе клеточной дифференцировки, онтогенеза мышечных тканей и органов. Обнаружен ряд изменений в протеомных профилях при старении и некоторых формах патологии (злокачественные новообразования и др.)

Проведенное изучение потенциальных белковых биомеркеров рака простаты создало научно-методические основы для организации клинических исследований с целью валидации некоторых из этих маркеров (АОИ2, РК02675, В]-1, серпик Н1 и трапсгелик). Получек патент на один из потенциальных биомаркеров рака простаты (№ 2360924, зарегистрированный в Государственном реестре изобретений Российской Федерации 10 июля 2009 г., опубликован 10.07.2009, Бюл., №19. С. 1-7 ).

В ходе биомедицинских исследований, направленных на определение качества мясных продуктов, выявлены видоспецифические изоформы ряда мышечных белков и предложен метод, пригодный для контроля качества мясной продукции по белковому составу и обнаружения белковых добавок немышечного происхождения, включая установление признаков фальсификаций.

Основные положения диссертации, выносимые на защиту

1. Найдены различные варианты биохимического полиморфизма белков человека: а -обусловленные единичными аминокислотными заменами (single amino acid substitution, SAAS), включая новый вариант триозофосфат изомеразы 1 (SAAS 233G—>D), и разрешены в одну из сторон «конфликтные» определения первичной аминокислотной последовательности по 135 позициям 59 белков человека, б - в гладкомышечных тканях и органах, содержащих значительное количество гладкомышечных клеток, показана множественность и органоспецифичность спектра изоформ трансгелина.

2. Сформированы двуязычная база данных «Протеомика мышечных органов», содержащая 7 модулей и информацию по 510 идентифицированным белковым фракциям и новая, расширенная версия (2012 г.) отечественного информационного ресурса - база данных «Протеомика рака простаты», включающая 9 модулей (570 идентифицированных белковых фракций), в том числе комплексный модуль «Белки клеток DU-145», обобщающий результаты протеомного анализа суммарных белков этих клеток, а также отдельных белковых препаратов (ядерные белки, гистоны, фосфопротеины).

3. Выявлено и охарактеризовано несколько безымянных и других малоизученных белков человека.

4. На основе количественной денситометрии из потенциальных белковых онкомаркеров для рака простаты отобрана панель наиболее перспективных белков для дальнейшего использования.

5. Определены видоспецифичные белковые биомаркеры мышечных тканей, а также белки различных немышечных пищевых добавок, позволяющие характеризовать качество мясной продукции, включая выявление нарушений нормативов ГОСТ и ТУ.

Апробация работы

Материалы данной работы на протяжении докладывались на международных и российских конференциях, а также на научных съездах и конгрессах, в том числе: II Моск. междун. конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 2003. Москва; Intern. Confer., «Chemical and Biological Problems of proteomics», 2004. Novosibirsk; IV Съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов, 2008, Новосибирск; 10 ESC Meeting, Leuven, Belgium, 2008; ХХХУП Eur. Muscle Conference, Oxford, England, 2008; VII

Съезд онкологов России 2009, Москва; 25th Anniversary EAU Congress, Barcelona, 2010; П1 межд. научно-практ. конф. «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Казань, 2012; Proc. 58th Congr. Meat Science and Technology, Montreal, Canada 2012 и др.

Публикации

По теме диссертации опубликовано 79 научных работ, среди которых одна монография, одна глава в коллективной монографии, 24 статьи в рецензируемых российских и международных журналах, 5 статей в тематических сборниках, один патент, три информационно-методических письма, 44 тезисов докладов на различных конференциях.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 292 страницах, состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, изложения результатов и их обсуждения, заключения, выводов, списка цитируемой литературы (760 наименований), приложений. Работа содержит 56 таблиц и 109 рисунков.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Ковалева, Марина Анатольевна

290 ВЫВОДЫ

1. В результате протеомных исследований в тканях мышечных органов и культивируемых клетках человека выявлены различные варианты биохимического полиморфизма белков, обусловленные единичными аминокислотными заменами (single amino acid substitution, SAAS), включая новый вариант триозофосфатизомеразы 1 (SAAS 233G—>D) и разрешены в одну из сторон «конфликтные» определения (по 135 позициям) в аминокислотных последовательностях 59 белков человека.

2. В органах человека, содержащих поперечнополосатые мышечные волокна, охарактеризован ряд других проявлений биохимического полиморфизма: в миокарде выявлены потенциальные белковые маркеры пренатальных и постнатальных стадий онтогенеза, в скелетных мышцах в норме и при патологии показаны проявления мультилокусного полиморфизма; в модельных клеточных культурах выявлены изменения в продукции ß-тропомиозина и белка S100A11, связанные с клеточной дифференцировкой.

3. Создана отечественная многомодульная база данных «Протеомика мышечных органов», включающая результаты изучения белкового полиморфизма в различных мышечных органах человека, при этом установлено, что в трех органах человека, содержащих гладкомышечные волокна (миометрий, аорта и простата) имеется множественность изоформ трансгелина, которые могут рассматриваться как потенциальные тканеспецифичные биомаркеры.

4. Сформирована новая версия специализированной (2012 г.) базы данных «Протеомика рака простаты», в состав которой включен комплексный модуль, «Белки клеток DU-145», обобщающий результаты протеомного анализа суммарных белковых экстрактов, а также специально полученных белковых препаратов (фосфопротеинов и ядерных белков); с помощью базы данных «Протеомика рака простаты» определены перспективные потенциальные биомаркеры указанного заболевания.

5. Обнаружено несколько безымянных, гипотетических и других малоизученных белков б образцах тканей и культивируемых клеточных линиях человека, в том числе пять безымянных белков (продукты локусов ВАС05360, BAG63245, ВАН11721, BAG53005, ВАС05009, зарегистрированных в GenBank), и семь укороченных белковых продуктов, предсказанных ранее по материалам исследований геномной ДНК и/или соответствующих мРНК; таким образом, впервые доказано существование у некоторых известных белков (тропомиозина 3, поли (А) связывающего белка 1, фосфоглюкомутазы 3 и др.) особых укороченных изоформ.

6. Построенная база данных ««Протеомика мышечных органов» способствовала выявлению видоспецифических изоформ ряда мышечных белков, которые могут найти применение для создания методов контроля качества пищевой продукции по белковому составу.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Одной из существенных черт развития биохимии белков в последние два-три десятилетия стало активное использование стратегии, ориентированной на параллельное изучение сотен и даже тысяч белков. Реализация этой стратегии оказалось возможной сначала благодаря использованию высокоразрешающего двумерного электрофореза в полиакриламидном геле и комплекса сопутствующих методов [O'Farrell Р.Н. 1975; Anderson N.G., Anderson L. 1982; Celis J.E. Bravo R. 1984; Klose J. 1989; Celis J E. et al. 1991; Anderson N.G. et al. 2001 и др.]. Как следствие, началось применение системного подхода к описаниям наборов белков, присутствующих в различных органах, тканях, клетках и биологических жидкостях человека. Результаты выполненных исследований стали научным фундаментом для формирования протеомики - новой научной дисциплины, получившей значительное развитие в геномный и постгеномный периодах. При этом надо отметить, что мечта о создании полного каталога белков человека, высказанная ещё в 1982 г. [Anderson N.G., Anderson L. 1982], стала близка к осуществлению. По крайней мере, недавно в базе данных UniProt в разделе законченные протеомы (Complete proteome) появился сайт «Homo sapience», на котором уже размещено около 25 тысяч записей о белках человека, включающие, в частности, различные сведения об их биохимическом полиморфизме.

Хотя двумерный электрофорез по О'Фарреллу и его многочисленные модификации продолжают сохранять важное место в различных протеомных исследованиях, к настоящему времени список протеомных технологий существенно расширился. В него вошли различные сочетания электрофоретического и хроматографического (включая многомерную жидкостную хроматографию) фракционирования белковых экстрактов с масс-спектрометрическими методами, обеспечивающими уникальные аналитические возможности [Gao M. et al. 2008; Wang F. et al. 2008; Примроуз С., Тваймен P. 2008; Zhang X. et al. 2010 и др.].

В арсенале протеомных технологий существуют также различные высокочувствительные методы детекции белковых фракций (например, использование флуоресцентных красителей SYPRO Orange, SYPRO Red и «усиленного хемилюминесцентного» детектирования белков {Enhanced Chemiluminescence}), компьютерная денситометрия с последующим анализом полученных синтетических изображений ДЭ и ряд других [Golaz О. et al. 1995; Shetty J. et al. 1999; Громов П.С., Целис Х.Э. 2000; Говорун В.М., Арчаков А.И. 2002, Ziebart T. et al 2011 и др.].

С началом постгеномного периода в протеомных исследованиях белков человека принципиально важное значение приобрели также методы биоинформатики и использование различных баз данных, содержащих разнообразную биомедицинскую информацию. Как явное следствие развития компьютерных технологий и компьютерных баз данных с протеомной информацией, в

1998 г. произошло создание специализированного Швейцарского института биоинформатики. (The Swiss Institute of Bioinformatics). Этот институт стал одним из ведущих мировых центров развития протеомных исследований; его сотрудники до настоящего времени поддерживают и постоянно обновляют целый ряд крупных биоинформационных ресурсов (Swiss-PROT, Prosite, EPD, Swiss-2DPAGE и др.).

В целом, взаимоотношения между различными протеомными технологиями, решаемыми с их помощью научными задачами можно представить в виде следующей схемы (Рисунок 3-1).

Рисунок 3-1. Схема общих взаимоотношения между различными протеомными технологиями и некоторыми решаемыми с их помощью научными задачами.

Практически в соответствии с такой схемой проводились исследования, составляющие данную диссертационную работу. Общую её направленность можно определить как выяснение возможностей протеомных технологий в изучении ряда актуальных вопросов в биохимии мышечных белков человека, а также в решении комплекса прикладных задач, включающих выявление потенциальных белковых биомаркеров тканеспецифичности и различных форм патологии, в частности рака простаты.

Итоги проведенных исследований включают новые данные, прямо подтверждающие существование шести безымянных белков (продуктов локусов ВАС05360, ВА063245, ВАШ 1721, ВА053005, ВАС05009 и ВАС62290 зарегистрированных в ОепВапк) в образцах ряда тканей и клеточных линиях человека, а также разработку общих принципов построения многомодульных протеомных базы данных и формирование на этой основе новых версий отечественных баз данных «Протеомика рака простаты» и «Протеомика мышечных белков человека. При этом выполненное изучение потенциальных белковых биомаркеров рака простаты создало научно-методические основы для организации клинических исследований с целью валидации некоторых из отобранных маркеров из отобранных маркеров. (АОЯ2, РЯ02675, Ц]-1, серпин Н1 и трансгелин)

Очевидно, что дальнейшие шаги, необходимые для валидации обнаруженных потенциальных биомаркеров, требуют проведения комплексных научно-исследовательских работ в сочетании с усилиями, направленными на оптимизацию методов тестирования биомаркеров, а также с разнообразными клинико-биохимическим исследованиями, что предусматривается сложившейся международной практикой [например, Ситтн^ I ег а1. 2008]. Более того, накопленный опыт исследований, направленных на решение проблем ранней и эффективной диагностики он-коурологических заболеваний, свидетельствует о том, что для достижения конечной цели требуется объединение усилий ряда клинических и научно-исследовательских учреждений, а также весьма значительные финансовые средства.

Весьма перспективными представляются также выполненные с помощью протеомных технологий разработки, направленные на определение качества мясных продуктов с определением видовой специфичности мышечных белков, а также выявлением белковых добавок немышечного происхождения, включая установление некоторых признаков фальсификаций.

Таким образом, совокупность полученных результатов и разработанных теоретических положений можно квалифицировать как научное достижение, свидетельствующее о высокой значимости применения протеомных технологий в различных биомедицинских исследованиях.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Ковалева, Марина Анатольевна, 2013 год

1. Арчаков А И Что после геномики? Протеомика И Вопр мед химии 2000 - Т 46 -С 335-343

2. Баев А А Программа «Геном человека» ее возникновение, содержание и развитие ZZ Итоги науки и техники ZCep Геном человека, 1990 -Т 1 С 4-33

3. Березов Т Т , Коровкин Б Ф Биохимия М Медицина, 1998 - 660 с

4. Биологический энциклопедический словарь Z Под ред М С Гилярова М Изд-во «Советская энциклопедия», 1986 - 832 с

5. ВудсР Биохимическая генетика Z Р Вудс -М Мир, 1983 127 с

6. Газарян К Г , Тарантул В 3 Геном эукариот М Изд-во Московского Университета, 1983 -267 с

7. Гланц С Медико-биологическая статистика М Практика, 1999 - 459 с

8. Говорун В М, Арчаков А И Протеомные технологии в современной биомедицинской науке ZZ Биохимия -2002 -Т67 С 1341-1359

9. Грант В Эволюционный процесс -М Мир, 1991 -488 с

10. Громов ПС, Целис X Э От геномики к протеомике ZZ Мол биол 2000 - Т 34 -С 597-611

11. Гумерова А А, Титова М А, Киясов А П Экспрессия маркеров различных типов клеток печени на ранних этапах пренатального развития человека ZZ Цитология 2007 - Т 49- №2 С 133-141

12. Дейчман AM Редактирование РНК Z АМ Дейчман- М Русаки, 2001 131 с

13. Завалишин И А Боковой амиотрофический склероз Под ред И А Завалишина М ГЭОТАР-Медиа, 2009 272 с

14. Зенгбуш П Молекулярная и клеточная биология -М Мир, 1982 1,2,3 т

15. Иванов А В Сравнительное протеомное исследование белков человека, участвующих в обеспечении двигательных функций автореф дисс канд биол наук 03 01 04 Z Иванов Алексей Владимирович М , 2012 - 25 с

16. Ковалев ЛИ, Шишкин С С, Иволгина Г Л, Громов ПС, Шандала AM Выявление межлинейного полиморфизма белков сердечной мышцы мышей методом двумерного электрофореза ZZ Биохимия 1986 -Т51 - №6 - С 896-908

17. Ковалев Л И, Пуляева Е В , Шишкин С С , Кириллова А И , Фещенко С П Белки сердечной мышцы человека двумерный электрофоретический анализ у эмбрионов ZZ Молек генет микробиол и вирусол 1988 - №8 -С 28-32

18. Ковалев Л И., Пуляева Е.В., Ильинский Р.В., Фещенко С П., Шишкин С.С. Изучение топографических особенностей и изменений в онтогенезе легких цепей миозина в миокарде человека // Онтогенез. 1990. - Т.21. - № 2. - С.218-222.

19. Ковалев Л.И, Шишкин С.С., Хасигов П.З., Дзеранов Н.К., Казаченко А.В., Ковалева М.А., Торопыгин И.Ю., Еремина Л.С., Грачев С.В. Новые подходы к молекулярной диагностике рака простаты // Урология. 2006. - № 5. - С. 16-19.

20. Ковалева М.А., Ковалев Л И., Худайдатов А.И., Ефимочкин А.С., Шишкин С.С. Сравнительный анализ белкового состава скелетной и сердечной мышцы человека методом двумерного электрофореза // Биохимия. 1994. - Т.59. - С. 675-681.

21. Ковалева М.А., Ковалев Л.И. Шишкин С.С., Егоров Ц.А., Мусолямов А.Х. Новый пред-сердноспецифичный белок человека//Биохимия. 1999. -Т.64. -№ 10. - С.1314-1317.

22. Ковалева М.А., Ковалев Л И., Серебрякова М.В., Мошковский С.А., Шишкин С.С. (2007) Возрастные изменения альбумина и актина миокарда человека // Биомедицинская химия.- 2007. Т. 53. - №. 6. - С. 644 - 653.

23. ОПЛО X ал \rn А п /IIП Л1Липиш^дпцгш^аал лпшмл. — ¿vv/u. — х.;-г. — л- -т. — —гл.

24. Ковалева М.А., Иванов A.B., Ковалев Л.И, Шишкин С.С., Хряпова Е.В., Лисицын А.Б., Чернуха ИМ., Вострикова Н.Л. Протеомные технологии в исследованиях белкового состава вареных колбасных изделий // Все о мясе. 2012. - № 2. - С.48-53.

25. Коган М.И., Лоран О Б., Петров С.Б. Радикальная хирургия рака предстательной железы. М.: Гэотар-Медиа, 2006. - 352 с.

26. Кушлинский Н Е, Соловьев Ю Н , Трапезникова М Ф Рак предстательной железы М Изд-во РАМН, 2002 - 432 с

27. Льюин Б Ген М Мир, 1987 - 544 с

28. Макаров А А , Ковалев Л И, Ковалева М А, Торопыгин И Ю , Шишкин С С Изучение изменений белкового профиля в дифференцирующихся миобластах человека ZZ Онтогенез 2009 -Т 39 - №2 - С 112-119

29. Малашенко А М , Бескова Т Б Изучение межлинейных различий у мышей по чувствительности ктиоТЭФ Опыте рекомбинантными линиямиZZГенетика-1995 Т 31 -№7 - С 965-970

30. Марри Р , Греннер Д, Мейес П, Родуэлл В Биохимия человека М Мир, 1993 - Том 1 и 2

31. МецлерД Биохимия ZД Мецлер -М Мир, 1980 ТЗ -315 С

32. Остерман Л А Исследования биологических макромолекул электрофокусированием, иммуно-электрофорезом и радиоизотопными методами -М Наука, 1983 260 с

33. Остерман Л А Методы исследования белков и нуклеиновых кислот М Изд-во Московского центра непрерывного математического образования, 2002 - 247 с

34. Поглазов Б Ф , Левицкий Д И Миозин и биологическая активность М Наука, 1982 - 160 с

35. Примроуз С , Тваймен Р Геномика Роль в медицине М Из-во «БИНОМ Лаборатория знаний», 2008 -277 с

36. Ратнер В А Молекулярная генетика принципы и механизм Новосибирск Наука, 1983 -256 с

37. Ригетти П Изоэлектрическое фокусирование Теория, методы и применение -М Мир, 1986 -398 с

38. О лп»\1 ТПТ1Т1 ТТ ТГ Т)л» я О ЧА Т» А Л ТЛ ^иотшимо ТПАГГЛиииЛО (Л О ЛИОШ/'О лнл^о и пплгилоо ллтиплгл\^Ш1рои Ш1 ¿д, и , х иша^ши хтх IV/ ^ии 1|/и1шис111ии х у и ицСШчС *1 Ир'О! "О^и икоронарного синдрома ZZ Лаб мед -2002 №5 - С14-18

39. Суркова Н И, Малашенко А М Мутагенный эффект тиоТЭФ у лабораторных мышей ZZ Генетика 1975 - Т 11 - № 1- С 66-72

40. Фогель Ф , Мотульски А Генетика человека М Мир, 1989 -Т 1 -С 152-180

41. Цветкова МН, Ковалев ЛИ, Фещенко СП, Шишкин С С Изучение "мажорных" белков миокарда человека в онтогенезе ZZ Онтогенез 1992 - Т 23 - №4 - С 351-363

42. Честков В В , Ковалев Л И, Шишкин С С , Анненков Г А Олигомеризация фенилалнингидрок-силазы при ее активации фенилаланином ZZBonp мед химии- 1985 Т31-№4 - С 60-65

43. Чиссов В И, Старинский В В , Петрова Г В (ред ) Злокачественные новообразования в России в 2011 году (заболеваемость и смертность) M ФГУ МНИОИ им ПА Герцена Минздравсоцразвития России, 2013 - 289 с

44. Шаров В Г, Иргашев Ш Б , Мавриди Д И, Павлович Е Р Ультраструктура сердца Ташкент Медицина, 1988 - 207 с

45. Шишкин С С Изучение белковых продуктов генной экспрессии как подход в исследовании генома человека // Тез докл Первая Всесоюзн конф "Геном человека-90" (8-12 окт 1990 г, Переславль-Залесский) M 1990 - С 33-34

46. Шишкин С С От структурной геномики к функциональной теоретические и прикладные аспекты //Вест РАМН -2002 -№4 С 11-16

47. Шишкин С С Калинин В H Медицинские аспекты биохимической и молекулярной генетики / M Изд-во ВИНИТИ, 1992 216 с

48. Шишкин С С , Ковалев Л И Использование двумерного электрофореза для анализа изменений в белковом спектре сердечной мышцы во время развития мышей // Биохимия 1987 - Т 52 -№ 3 - С 423-429

49. Шишкин С С , Ковалев Л И, Громов П С Функциональная геномика человека и протеомика, как раздел функциональной геномики // В кн "Многоликость современной генетики человека" под ред С С Шишкина Москва-Уфа Изд-во "Гилем", 2000 - С 17-50

50. Шишкин С С , Ковалев Л И, Ковалева M А Протеомные исследования мышечных белков человека и некоторых других позвоночных //Биохимия -2004 -Т69 С 1574-1589

51. Шишкин С С , Ковалев Л И , Крахмалева И H , Ковалева M А Полиморфизм мышечных белков человека M Изд-во РУДН, 2011 - 572 с

52. Шишкин С С , Ковалев Л И , Крахмалева И H , Еремина Л С , Лисицкая К В , Иванов А В , Лоран А Б , Велиев Е И, Охриц В Е Протеомные и другие постгеномные технологии в онко-урологии / /М ООО «Оригинальная компания», 2012 38 с

53. ТТТ\7П1.ТТ Т ТТТыПИ«»П Р ГТг\1ДиТТиГ71^1 ^ТПЛ7Ь"Г\7Г|ИГ\Ы ППгаитОНИИ f^ATT^AD \/Г ЛДиг* 1 QftO Г О

54. A bUJ^U/1, * , «—■—■ ' ■ . I ■ W ^ ■ • Л '111 1111 и 1 J l^l'VT» и 1 U1 1 < 1.J И ЦI 11 1 WVJ11VUU 1 Т ■ llUl^j 1 у w v■ и и ■292

55. Adam В L Vlahou A, Semmes О J , Wright G L Jr Proteomic approaches to biomarker discovery in prostate and bladder cancers // Proteomics 2001 - V 1 - P 1264-1270

56. Adams T E Differential expression of growth hormone receptor messenger RNA from a second promoter//Mol Cell Endocrinol 1995 - V 108 -P 23-33

57. Alaiya A, Roblick U , Egevad L , Carlsson A, Franzén В , Volz D , Huwendiek S , binder S , Auer G Polypeptide expression in prostate hyperplasia and prostate adenocarcinoma // Anal Cell Pathol -2000 V 21 -P 1-9

58. Alimirah F., Chen J., Basrawala Z., Xin H., Choubey D. DU-145 and PC-3 human prostate cancer cell lines express androgen receptor: implications for the androgen receptor functions and regulation. // FEBS Lett. 2006. - V.580. - P.2294-2300.

59. Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., Lipman D.J. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs // Nucleic Acids Res.- 1997. V. 25(17). - P.3389 - 3402.

60. Anderson L, Anderson N.G. High resolution two-dimensional electrophoresis of human plasma proteins // Proc. Nat. Acad. Sci. 1977. - V.74. -P.5421-5425.

61. Anderson N.G., Anderson L. Molecular anatomy. // Behring . Inst. Mitt. 1979. - V.63. - P. 169-210.

62. Anderson N.G., Anderson L. The Human protein index // Clin.Chem. 1982. - V.28. - P.739-748.

63. Anderson N.G., Anderson L. Twenty years of two-dimensional electrophoresis: Past, present and future//Electrophoresis. 1996. - V.17. -P.443-453.

64. Anderson NG, Matheson A, Anderson NL. Back to the future: the human protein index (HPI) and the agenda for post-proteomic biology. // Proteomics. 2001.- V. 1(1). - P.3-12.

65. Anderson N.L., Anderson N.G. The human plasma proteome: history, character, and diagnostic prospects. //Mol. Cell Proteomics. 2002. - V. 1(11). -P.845-867.

66. Ando T., Nagai K., Chikada M., Okamoto K., Kurokawa M., Kobayashi T., Kato T., Makuuchi H. Proteomic analyses of aortic wall in patients with abdominal aortic aneurysm.//J Cardiovasc Surg (Torino). 2011. - V.52(4). - P.545-555.

67. Armbruster DA. (1993) Prostate-specific antigen: biochemistry, analytical methods, and clinical application. //ClinChem. 1993. -V. 39(2). - P. 181-95.

68. Arrell DK, Zlatkovic Lindor J, Yamada S, Terzic A. K(ATP) channel-dependent metaboproteome decoded: systems approaches to heart failure prediction, diagnosis, and therapy. // Cardiovasc Res. -2011. -V. 90(2). P. 258-266.

69. Assinder S.J., Stanton J.A., Prasad P.D. Transgelin: an actin-binding protein and tumour suppressor.// Int J Biochem Cell Biol. 2009. - V.41(3). -P.482-486.

70. Asumda F.Z., Chase P.B. Nuclear cardiac troponin and tropomyosin are expressed early in cardiac differentiation of rat mesenchymal stem cells. // Differentiation. 2012 - V.83(3). - P. 106-115.

71. Attanasio F , Caldieri G, Giacchetti G, van Horssen R, Wieringa B , Buccione R (2011) Novel invadopodia components revealed by differential proteomic analysis // Eur J Cell Biol 20111. V 90 -P 115-127

72. Aukerman M J, Schmidt R J , Burr B , Burr FA (1991)An arginine to lysine substitution in the bZIP domain of an opaque-2 mutant in maize abolishes specific DNA binding // Genes Dev 19911. V 5(2) -P 310-320

73. Banh A, Zhang J, Cao H , Bouley D M , Kwok S , Kong C , Giaccia A J , Koong A C , Le Q T Tumor galectin-1 mediates tumor growth and metastasis through regulation of T-cell apoptosis // Cancer Res -2011 -V 71(13) -P 4423-4431

74. Bahk Y Y , Mohamed B , Kim Y J Biomedical application of phosphoproteomics in neurodegenerative diseases //J Microbiol Biotechnol -2013 -V 23(3) -P 279-288

75. Banyard J , Barrows C , Zetter B R Differential regulation of human thymosin beta 15 isoforms by transforming growth factor beta 1 // Genes Chromosomes Cancer 2009 - V 48 - P 502-509

76. Bao L , Loda M, Janme P A, Stewart R, Anand-Apte B , Zetter B R Thymosin beta-15 a novel regulator of tumor cell motility upregulated in metastatic prostate cancer // Nature Med 1996 -V2 -P 1322-1328

77. Bao L, Loda M, Zetter BR Thymosin betal5 expression in tumor cell lines with varying metastatic potential //Clin Exp Metastasis 1998 -V16 -P 227-233

78. Barton P J R , Buckingham M E The myosin alkali light chain proteins and their genes // Biochem J 1985 - V231 - P 249-261

79. Bauer H, Schindler S , Charron Y, Willert J, Kusecek B , Herrmann B G The nucleoside diphosphate kinase gene Nme3 acts as quantitative trait locus promoting non-Mendelian inheritance // PLoS Genet 2012 - 8(3) el002567

80. Baumann G Growth hormone heterogeneity genes, isohormones, variants, and binding proteins // Endocrine Reviews -1991 -V12 -P 424-449

81. Baxevanis A, Ouellette B F F Bioinformatics A Practical Guide to analysis of genes and proteins

82. WV Tr.Vir>n Wi^l^i/ anH Cnno Tr>/> Mo™ 1 QQS mf\ n

83. J-1J- tl T * 1W1WJ U11U vilj 111V J. IV »T A 1V} 1 ^ >> W I \J yj

84. Benjamin IJ , McMillan D R Stress (heat shock) proteins molecular chaperones in cardiovascular biology and disease //CircRes 1998 -V 83(2) -P 117-132

85. Benson D A, Boguski M S , Lipman D J , Ostell J, Ouellette B F , Rapp B A, Wheeler D L GenBank //Nucl Acid Res 1999 - V27 - № 1 - P 12-17

86. Berg J S , Powell B C , Cheney RE (2001) A millenial myosin census // Mol Biol Cell 20011. V 12 -P 780-794

87. Berman H.M. «The Protein Data Bank: a historical perspective». Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (January 2008). (1): 88-95. DOI: 10.1107/S0108767307035623

88. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. The Protein Data Bank. // Nucleic Acids Res. 2000. - V.28(l). - P. 235-242.

89. Bertram HC., Hoppe C., Petersen B.O., Duus J.0., M0lgaard C., Michaelsen K.F. An NMR-based metabonomic investigation on effects of milk and meat protein diets given to 8-year-old boys. // Br J Nutr. 2007. - V.97(4). - P.758-763.

90. Billeter R., Heizmann C.W., Howald H., Jenny E. Analysis of myosin light and heavy chain types in single human skeletal muscle fibers. // Eur. J. Biochem. 1981. - V. 116. - P.389-395.

91. Bjarnadöttir SG, Hollung K, Htoy M, Veiseth-Kent E. Proteome changes in the insoluble protein fraction of bovine Longissimus dorsi muscle as a result of low-voltage electrical stimulation. // Meat Sei. 2011. - V.89(2). - P. 143-149.

92. Bjellqvist B., Ek K., Righetti P.G., Gianazza E., Görg A., Westermeier R, Postel W. Isoelectric focusing in immobilized pH gradients: principle, methodology and some applications. // J Biochem Biophys Methods. 1982. - V.6(4). -P.317-339.

93. Bladou F., Gleave M.E., Penault-Llorca F., Serment G., Lange PH., Vessella R.L. In vitro and in vivo models developed from human prostatic cancer. // Prog Urol. 1997. - V.7. - P.384-396

94. Boise L H., Gonzalez-Garcia M., Postema C.E., Ding L., Lindsten T., Turka L A., Mao X., Nunez G., Thompson C.B. bcl-x, a bcl-2-related gene that functions as a dominant regulator of apoptotic cell death. // Cell. 1993. - V.74. - P.597-608.

95. Brannon A R., Rathmell W.K. Renal cell carcinoma: where will the state-of-the-art lead us? // Curr Oncol Rep. -2010. V.12(3)-P.193-201.

96. Braun R.J., Kinkl N., Beer M., UefFing M. Two-dimensional electrophoresis of membrane proteins. // Anal. Bioanal. Chem. -2007. V.389(4). - P. 1033-1045.

97. Bray M S., Hagberg J.M., Perusse L., Rankinen T., Roth S M., Wolfarth B., Bouchard C. The human gene map for performance and health-related fitness phenotypes: the 2006-2007 update. // Med. Sei. Sports Exerc. 2009. - V.41. - P.35-73.

98. Breitbart R.E., Andreadis A., Nadal Ginard B. Alternative splicing: a ubiquitous mechanism for the generation of multiple protein isoforms from single genes. // Ann. Rev. Biochem. - 1987. - V.56. -P.467-495.

99. Breuiller-Fouche M , Germain G Gene and protein expression in the myometrium in pregnancy and labor //Reproduction -2006 V 131(5) -P 837-850

100. Brocca L , Cannavino J , Coletto L , Biolo G, Sandri M, Bottinelli R, Pellegrino M A The time course of the adaptations of human muscle proteome to bed rest and the underlying mechanisms // J Physiol -2012 Aug 6 Epub ahead of print. PMID 22848045

101. Brook M, Smith JW, Gray NK The DAZL and PABP families RNA-binding proteins with interrelated roles in translational control in oocytes // Reproduction 2009 - V 137(4) -P 595-617

102. Brotz-Oesterhelt H, Sass P Postgenomic strategies in antibacterial drug discovery // Future Microbiol -2010 V 5 -P 1553-1579

103. Brychtova V, Vojtesek B , Hrstka R Anterior gradient 2 a novel player in tumor cell biology // Cancer Lett -2011 -V 304(1) -Pl-7

104. Burkard T R, Planyavsky M , Kaupe I, Breitwieser F P , Burckstummer T , Bennett K L , Superti-Furga G, Colinge J Initial characterization of the human central proteome // BMC Syst Biol 2011 - V 5(17) - P 1-13

105. Burnett A K , Hills R K Who should be transplanted in first remission of acute myeloid leukaemia"?// Curr Treat Options Oncol -2011 V 12(4) -P 329-340

106. Cann KL, Dellaire G Heterochromatin and the DNA damage response the need to relax // Biochem Cell Biol -2011 V 89(1) -P 45-60

107. Carafoli E Biogenesis plasma membrane calcium ATPase 15 years of work on the purified enzyme // FASEB J 1994 -V8(13) -P 993-1002

108. Carberry S, Zweyer M, Swandulla D, Ohlendieck K Proteomics reveals drastic increase of extracellular matrix proteins collagen and dermatopontin in the aged mdx diaphragm model of Duchenne muscular dystrophy // Int J Mol Med -2012 V 30(2) -P 229-234

109. Carmeli E , Coleman R, Reznick A Z The biochemistry of aging muscle //Exp Gerontol -2002 -V 37 -P 477-489

110. Castilla C , Congregado B, Chinchón D, Torrubia F J, Japón M A, Sáez C Bcl-xL is overex-pressed in hormone-resistant prostate cancer and promotes survival of LNCaP cells via interaction with proapoptoticBak //Endocrinology -2006 -V147 -P 4960-4967

111. CelisJE Bravo R (ed ) Two-Dimensional Gel Electrophoresis of Proteins Methods and Applications /NY Academic Press, 1984 -487p

112. Celis J E , Rasmussen H H, Vorum H, Madsen P , Honoré B , Wolf H, Orntoft T F Bladder squamous cell carcinomas express psoriasin and externalize it to the urine // J Urol 1996 - V 155(6) -P 2105-2112

113. Chaudhury A, Chander P, Howe PH Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs) in cellular processes Focus on hnRNP El's multifunctional regulatory roles // RNA 2010 - V 16(8) P 1449-1462

114. Chen S-H Habib G, Yang C Y, Gu Z W, Lee B R, Weng SA, Silberman SR, Cai SJ, Deslypere J P , Rosseneu M Apolipoprotein B-48 is the product of a messenger RNA with an organ-specific in-frame stop codon // Science, 1987 -V 238 - P 363-366

115. Chen YW, Zhao P, Borup R, Hoffman EP Expression profiling in the muscular dystrophies identification of novel aspects of molecular pathophysiology //J Cell Biol -2000 -V151 -P1321-1336

116. Chen Z , Wang L , Wang Q , Li W Histone modifications and chromatin organization in prostate cancer //Epigenomics -2010 -V2(4) -P 551-560

117. Choi YM, Ryu YC, Kirn BC Influence of myosin heavy- and iignt chain isoforms on early postmortem glycolytic rate and pork quality //Meat Sci 2007 - V 76(2) - P 281-288

118. Choi H S , Yim S H , Xu H D , Jung S H , Shin S H, Hu H J , Jung C K , Choi J Y , Chung Y J Tropomyosin 3 overexpression and a potential link to epithelial-mesenchymal transition in human hepatocellular carcinoma //BMC Cancer -2010 -V 10(122) -P 1-11

119. Choudhary C , Kumar C , Gnad F , Nielsen M L , Rehman M, Walther T C , Olsen J V , Mann M Lysine acetylation targets protein complexes and co-regulates major cellular functions // Science -2009 V 325 -P 834-840

120. Ciocca D R, Calderwood S K Heat shock proteins in cancer diagnostic, prognostic, predictive, and treatment implications //Cell Stress Chaperones -2005 -V10(2) -P 86-103

121. Ciocca D R, Cuello-Carrion F D , Natoli AL , Restall C , Anderson RL Absence of caveolin-1 alters heat shock protein expression in spontaneous mammary tumors driven by Her-2Zneu expression ZZ Histochem Cell Biol -2012 -V 137(2) -P 187-194

122. Claas F H J, van Steenbrugge G J Expression of HLA-likes structures on a permanent human tumor line PC-93 ZZ Tissue Antigens 1983 -V21 -P 227-232

123. Clark W A, Everett A W, Chizzonite R A, Eisenberg B R, Zak R Classification and characterization of cardiac isomyosins ZZ Eur Heart J 1984 - V 5 Suppl F P 69-75

124. Clarke M S Proteomic analysis of skeletal muscle tissue using SELDI-TOF MS application to disuse atrophy ZZ Methods Mol Biol -2012 -V818 -P 131-141

125. Clarke NW, Hart C A, Brown MD Molecular mechanisms of metastasis in prostate cancer ZZ Asian J Androl -2009- Vll -P 57-67

126. Collins HL , Sparks C E , Sparks JD B48 is preferentially translated over B100 in cells with increased endogenous apo B mRNA /ZBiochem Biophys Res Commun 2000 - V 273(3) -P 11561160

127. CooksonMM Prostate cancer screening and early detection ZZ Cancer Control -2001 V 8(2) -P 133-140

128. Coumans J V , dos Remedios C G Actin-binding proteins in mouse C2 myoblasts and myotubes a combination of affinity chromatography and two-dimensional gel electrophoresis ZZ Electrophoresis -1998 -V 19 -P 826-833

129. Couratier P , Yi F H, Preud'homme J L , Clavelou P , White A, Sindou P , Vallat J M , Jauberteau M O Serum autoantibodies to neurofilament proteins in sporadic amyotrophic lateral sclerosis ZZ J Neurol Sci 1998 -V 154(2) -P 137-145

130. Craven R A , Stanley A J , Hanrahan S , Dods J , Unwin R, Totty N , Harnden P , Eardley I, Selby P J , Banks R E Proteomic analysis of primary cell lines identifies protein changes present in renal cell carcinoma ZZProteomics -2006 -V6 -P 2853-2864

131. Culig Z, Bartsch G Androgen axis in prostate cancer ZZ J Cell Biochem 2006 - V 99 - P 373381

132. Cumings D Two-dimensional gel electrophoresis of human brain proteins ZZ Clin Chem 1982 -V 28 -P 782-789

133. Cummings J, Ward TH, Greystoke A, Ranson M, Dive C Biomarker method validation in anticancer drug development ZZ Br J Pharmacol -2008 -V 153(4) -P 646-656

134. D'Alessandro A, Zolla L Meat science From proteomics to integrated omics towards system biology ZZ J Proteomics -2013 V 78 -P 558-577

135. D^bros W, Adamczyk A, Ciurkot K, Kordowiak AM Vanadium compounds affect growth and morphology of human rhabdomyosarcoma cell line ZZ Pol J Pathol -2011 -V62(4) -P 262-628

136. Danos O , Svinartchouk F Dialysis-assisted two-dimensional gel electrophoresis ZZ Electrophoresis -2006 V 27 -P 3475-3479

137. Dashevsky O, Varon D, Brill A Platelet-derived microparticles promote invasiveness of prostate cancer cells via upregulation of MMP-2 production ZZInt J Cancer -2009 -V124 -P 1773-1777

138. De Palma S., Morandi L., Mariani E., Begum S., Cerretelli P., Wait R., Gelfi C. Proteomic investigation of the molecular pathophysiology of dysferlinopathy. // Proteomics. 2006. - V.6. - P.379-385.

139. De Raeve H., Jeuris W., Wyndaele J.J., Van Marck E. Cystosarcoma phyllodes of the prostate with rhabdomyoblastic differentiation. //Pathol. Res. Pract. 2001. - V. 197(10). -P.657-662.

140. DeCerbo J., Carmichael G.G. SINEs point to abundant editing in the human genome. // Genome Biol. 2005. -V.6(4) - P. 1-4.

141. Dephoure N., Zhou C, Villen J., Beausoleil S.A., Bakalarski C.E., Elledge S.J., Gygi S.P. A quantitative atlas of mitotic phosphorylation. // Proc Natl Acad Sci USA 2008. - V. 105(31). -P. 1076210767.

142. Delort L., Perrier S., Dubois V., Billard H., Mracek T., Bing C., Vasson M P., Caldefie-Chezet F. Zinc-a2-glycoprotein: A proliferative factor for breast cancer? In vitro study and molecular mechanisms. // Oncol Rep. 2013. - V.29(5). - P.2025-2029.

143. Deng Z, Bu S, Wang ZY. Quantitative analysis of protein phosphorylation using two-dimensional difference gel electrophoresis. // Methods Mol Biol. 2012. - № 876. - P.47-66.

144. Desai B., Ma T., Chellaiah M.A. Invadopodia and matrix degradation, a new property of prostate cancer cells during migration and invasion. // J. Biol. Chem. 2008. - V.283. - P. 13856-13866.

145. Desler C., Durhuus J.A., Rasmussen L.J. Genome-wide screens for expressed hypothetical proteins. // Methods Mol Biol. 2012. - V.815. - P.25-38.

146. Desvignes T, Pontarotti P, Bobe J. Nme gene family evolutionary history reveals pre-metazoan origins and high conservation between humans and the sea anemone, Nematostella vectensis. // PLoS One. 2010. - V.5(ll):el5506.

147. Didangelos A, Yin X, Mandal K, Baumert M, Jahangiri M, Mayr M. Proteomics characterization of extracellular space components in the human aorta. // Mol Cell Proteomics. 2010. - V.9(9). -P.2048-2062.

148. Didangelos A., Yin X., Mandal K., Saje A, Smith A., Xu Q., Jahangiri M., Mayr M. Extracellular matrix composition and remodeling in human abdominal aortic aneurysms: a proteomics approach. // Mol Cell Proteomics. -2011. V.10(8):M111.008128.

149. Dietz K.N., Miller P.J., Hollenbach A.D. Phosphorylation of serine 205 by the protein kinase CK2 persists on Pax3-F0X01, but not Pax3, throughout early myogenic differentiation. // Biochemistry.2009. V.48. - P. 11786-11795.

150. Ding T, Yang L, Wang Y, Yuan J, Chen T, Cai X. Down-regulation of annexin II in prostate cancer is associated with Gleason score, recurrence, metastasis and poor prognosis. // Mol Med Report.2010. V.3. - P.781-787.

151. Dingova H., Fukalova J., Maninova M., Philimonenko V.V., Hozak P. Ultrastructural localization of actin and actin-binding proteins in the nucleus. // Histochem. Cell Biol. 2009. - V. 131(3). - P.425-434.

152. Doran P, Donoghue P, O'Connell K, Gannon J, Ohlendieck K. Proteomic profiling of pathological and aged skeletal muscle fibres by peptide mass fingerprinting (Review). // Int J Mol Med. 2007. -V. 19(4).-P.547-564.

153. Doran P, Donoghue P, O'Connell K, Gannon J, Ohlendieck K. Proteomics of skeletal muscle aging. // Proteomics. 2009. - V.9(4). - P.989-1003.

154. Doran P, Gannon J, O'Connell K, Ohlendieck K. Aging skeletal muscle shows a drastic increase in the small heat shock proteins alphaB-crystallin/HspB5 and cvHsp/HspB7. // Eur J Cell Biol. 2007. -V.86(10). - P.629-640.

155. Dos Remedios C. G., Chhabra D., Kekic M., Dedova I.V., Tsubakihara M., Berry D.A., Nosworthy N.J. Actin Binding Proteins: Regulation of Cytoskeletal Microfilaments. Physiol. Rev. 2003. - V.83. - P.433—473.

156. Dunn M.J., Hochstrasser D., Pallini V. Bini L. Editoral. // Electrophoresis. 1995. - V. 16(7). - P.84-85.

157. Dunn M.J., Welller C.H., Corbett J.M., Evans G, Yacoub M. The Harefield 2-DE Database Server and the Study of Human Heart Disease. // Abst. 2nd Sienna 2D Electrophoresis Meeting "From genome to proteome" (Siena, Italy, 16-18 Sept. 1996). P. 93

158. Eckert R.L., Broome A.M., Ruse M., Robinson N., Ryan D., Lee K. S100 proteins in the epidermis. // J Invest Dermatol. 2004 - V. 123(1). -P.23-33.

159. Eilbeck K., Moore B., Holt C., Yandell M. Quantitative measures for the management and comparison of annotated genomes. // BMC Bioinformatics. 2009. - V.10(67). - P.l-15.

160. Emberley E.D., Murphy L.C., Watson P.H. S100A7 and the progression of breast cancer. // Breast Cancer Res. -2004. V.6. - P. 153-159.

161. Epstein J.I. Diagnosis and reporting of limited adenocarcinoma of the prostate on needle biopsy. // Mod. Pathol. -2004 -V. 17. -P.307-315.

162. Estevez A.M., Simpson L. Uridine insertion/deletion RNA editing in trypanosome mitochondria—a review. // Gene. 1999. - V.240. - P.247-260.

163. Eyden B. Pleomorphic rhabdomyosarcoma showing smooth-muscle and fibrohistiocytic differentiation: a single case report. // Ultrastruct. Pathol. 2010. - V.34. -P.42-47.

164. Fairbanks G., Steele T.L., Wallach D.F. Electrophoretic analysis of the major polypeptides of the human erythrocyte membrane.// Biochemistry. 1971. - V.10(13). - P.2606-2617.

165. Fawcett J S Vicchio D Chrambach A The adsorbtion of large proteins in electrofocusing on immobilized pH gradients II Dependence of the oligomeric state of Immobiline //Electrophoresis -1988 V9 -P469-474

166. Fedorov A N , Rasulov E M, Bocharova T N, Smirnova E A, Limborska S A The T->A mutation at position -30 of the beta-globin gene found in a Karachai patient with beta-thalassemia intermedia // Hemoglobin 1992 -V 16 -P 521-523

167. Feit H, Cook J D, Domke R Heterogeneity of tropomyosin and actin in normal and diseased muscle //J Neurogenet 1983 - VI -P 91-103

168. Feng JT, Shang S, Beretta L Proteomics for the early detection and treatment of hepatocellular carcinoma //Oncogene -2006 -V25(27) -P 3810-3817

169. Fenn J B , Mann M, Meng C K, Wong S F , Whitehouse C M Electrospray Ionozation for Mass Spectrometry of large Biomolecules //Science 1989 -V246 -P 64-71

170. Fermin D , Allen B B , Blackwell T W , Menon R, Adamski M, Xu Y, Ulintz P , Omenn G S , States D J Novel gene and gene model detection using a whole genome open reading frame analysis in proteomics //GenomeBiol -2006 -V7(4) -PR35

171. Fialova L , Svarcova J , Bartos A, Ridzon P , Malbohan I, Keller O , Rusina R Cerebrospinal fluid and serum antibodies against neurofilaments in patients with amyotrophic lateral sclerosis // Eur J Neurol -2010 -V 17(4) -P 562-566

172. Filppula S A, Yagi AI, Kilpelainen SH, Novikov D, FitzPatrick DR, Vihinen M, Valle D, Hiltunen J K Delta3,5-delta2,4-dienoyl-CoA isomerase from rat liver Molecular characterization // J Biol Chem 1998 V 273, P 349-355

173. FitzPatrick D R, Germain-Lee, E , Valle D Isolation and characterization of rat and human cDNAs encoding a novel putative peroxisomal enoyl-CoA hydratase // Genomic 1995 - V 27 - P 457466

174. Fizazi K, Navone NM Preclinical models of prostate cancer // Bull Cancer 2005 - V 92 -P 129-141

175. Fligge TA, Kast J, Bruns K, Przybylski M Direct monitoring of protein-chemical reactions utilising nanoelectrospray mass spectrometry // J Am Soc Mass Spectrom 1999 - V 10(2) -P 112-118

176. FloreaL Bioinformatics of alternative splicing and its regulation //Brief Bioinform 2006 -V7 -P 55-69

177. Folgueras AR, Pendas AM, Sanchez LM, Lopez-Otin C Matrix metalloproteinases in cancer from new functions to improved inhibition strategies //Int J Dev Biol -2004 -V48 -P 411-424

178. Ford L P , Wright W E , Shay J W A model for heterogeneous nuclear ribonucleoproteins in telomere and telomerase regulation // Oncogene — 2002 — V 21(4) — P 580-583

179. Frank E D , Warren L Aortic smooth muscle cells contain vimentin instead of desmin //Proc Natl Acad Sci U S A 1981 - V 78(5) - P 3020-3024

180. Frezal J Munnich A, Mitchell G One gene, several messages From multifunctional proteins to endogenous opiates // Hum Genet 1983 - V 64 - P 311-314

181. Frohlich T , Helmstetter D , Zobawa M, Crecelius A C , Arzberger T , Kretzschmar H A, Arnold G J Analysis of the HUPO Brain Proteome reference samples using 2-D DIGE and 2-D LC-MS/MS // Proteomics -2006 -V6(18) -P 4950-4966

182. Fung K L , Gottesman M M A synonymous polymorphism in a common MDR1 (ABCB1) haplotype shapes protein function //Biochim Biophys Acta -2009 -V 1794 -P 860-871

183. Gagnon A, Shi Q, Ye B Surface-Enhanced Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry for Protein and Peptide Profiling of Body Fluids //Methods Mol Biol -2008 -V441 -P 41-56

184. Galperin MY Conserved 'hypothetical' proteins new hints and new puzzles // Comp Funct Genomics -2001 -V 2(1) -P 14-18

185. Galperin M Y , Koonin E V 'Conserved hypothetical' proteins prioritization of targets for experimental study //Nucleic Acids Res -2004 -V 32(18) -P 5452-5463

186. Gao M, Deng C , Yu W, Zhang Y, Yang P, Zhang X Large scale depletion of the high-abundance proteins and analysis of middle- and low-abundance proteins in human liver proteome by multidimensional liquid chromatography //Proteomics -2008 -V8 -P 939-947

187. Gelfi C, De Palma S , Cerretelli P, Begum S , Wait R Two-dimensional protein map of human vastus lateralis muscle //Electrophoresis 2003 -V24 -P 286-295

188. Gelfi C , Vigano A, Ripamonti M, Pontoglio A, Begum S , Pellegrino M A, Grassi B , Bottinelli R, Wait R, Cerretelli P The human muscle proteome in aging // J Proteome Res 2006 - V 5 -P 1344-1353

189. Gelfi C, Vasso M, Cerretelli P Diversity of human skeletal muscle in health and disease contribution of proteomics //J Proteomics -2011-V 74(6) -P 774-795

190. Gharibyan AL, Raveh D, Morozova-Roche LA S100A8/A9 amyloidosis in the ageing prostate relating ex vivo and in vitro studies // Methods Mol Biol 2012 - V 849 - P 387-401

191. Ghosh G, Adams JA Phosphorylation mechanism and structure of serine-arginine protein kinases // FEBSJ -2011 -V 278(4) -P 587-597

192. Gianazza E, Osio L, Grazioli G, Astrua-Testori S, Righetti PG, Accinni R, Renoldi I, Repossini A An examination of heart proteins by two-dimensional electrophoresis // Clin Chem 19871. V 33(11) -P 2011-2018

193. Giometti C S , Anderson N G Anderson N L Muscle protein analysis I High resolution two-dimensional electrophoresis of skeletal muscle proteins for anaysis of small biopsy samples // Clin Chem 1979 - V 25. - P 1877-1884

194. Giometti C S , Anderson N L Tropomyosin heterogeneity in human cells //J Biol Chem 19841. V 259 -P 14113-14120

195. Giometti C S , Danon M J Heterogeneity of human skeletal muscle tropomyosin // Ann Neurol -1985 -V 18 -P 234-243

196. Glei D A, Goldman N , Lin Y H, Weinstein M Age-Related Changes in Biomarkers Longitudinal Data from a Population-Based Sample //Res Aging -2011 -V33(3) -P 312-326

197. Gnanasekar M, Thirugnanam S , Ramaswamy K Short hairpin RNA (shRNA) constructs targeting high mobility group box-1 (HMGB1) expression leads to inhibition of prostate cancer cell survival and apoptosis //Int J Oncol -2009 -V34(2) -P 425-431

198. Goel H L , Li J , Kogan S , Languino L R Integrins in prostate cancer progression // Endocr Relat1. Pan^Ar Onn« V 1 T>1. WllVVl VU r -Lw' A I WW I

199. Golaz O , Sanchez J C , James R W, Hochstrasser D F Phenotyping of apolipoprotein E using immobilized pH gradient gels for one-dimensional and two-dimensional separations // Electrophoresis 1995 -V 16(7) -P 1184-1186

200. Gold J S , Bao L , Ghoussoub R A, Zetter B R, Rimm D L Localization and quantitation of expression of the cell motility-related protein thymosin betal5 in human breast tissue Mod Pathol 19971. V 10 -P 1106-1112

201. Goldman D , Merril C Two-dimensional gel electrophoresis for studies of inborn errors of metabolism In «Two-Dimensional Gel Electrophoresis of Proteins Methods and Applications» //NY Academic Press, 1984 -258 p

202. Gomes A V , Zong C , Edmondson R D , Li X, Stefani E , Zhang J , Jones R C , Thyparambil S , Wang G W, Qiao X, Bardag-Gorce F , Ping P Mapping the murine cardiac 26S proteasome complexes // Circ Res 2006 - V 99 - P 362-371

203. González M M., Yoshizaki L., Wolfenstein-Todel C, Fink N.E. Isolation of galectin-1 from human platelets: its interaction with actin. // Protein J. 2012/- V.31(l). - P.8-14.

204. Gonzalez-Diaz H., Gonzalez-Diaz Y, Santana L, Ubeira F.M., Uriarte E. Proteomics, networks and connectivity indices. // Proteomics. 2008. - V.8(4). - P.750-778.

205. Gorg A., Obermaier C, Boguth G., Harder A., Scheibe B., Wildgruber R., Weiss W. The current state of two-dimensional electrophoresis with immobilized pH gradients. // Electrophoresis. 2000. -V.21(6). - P.1037-1053.

206. Gottlieb B., Beitel L.K., Wu J.H., Trifiro M. The androgen receptor gene mutations database (ARDB): 2004 update. // Hum. Mutat. 2004. - V.23. - P.527-533.

207. Goujon M., McWilliam H., Li W., Valentin F., Squizzato S, Paern J., Lopez R. A new bioinformat-ics analysis tools framework at EMBL-EBI. // Nucleic Acids Res. 2010. - V.38. (Web Server issue). - P.W695- W699.

208. Graham C.A., Hughes A.E., Nevin N.C. Differences in proteins secreted by human fibroblasts and muscle cells in culture. //Exp. Cell Res. 1984. - V. 154. -P.320-325.

209. Green G.R., Do D.P. Purification and analysis of variant and modified histones using 2D PAGE. // Methods Mol Biol. 2009. - V.464. - P.285-302.

210. Greenberg S.A., Salajegheh M, Judge DP, Feldman M.W., Kuncl R.W., Waldon Z, Steen H., Wagner K.R. Etiology of limb girdle muscular dystrophy ID/IE determined by laser capture microdissection proteomics. // Ann Neurol. 2012. - V.71(l). - P. 141-145.

211. Gróttrup B, Marcus K, Grinberg L.T., Lee S.K., Meyer HE, Park Y.M. Creating a human brain proteome atlas—14th HUPO BPP workshop September 20-21, 2010, Sydney, Australia. // Proteomics. -2011,- V. 11(16). -P.3269-3272.

212. Guo W, Bharmal S.J, Esbona K, Greaser M L. Titin diversity—alternative splicing gone wild. // J.jjivjuicaj. uivji^v^iiinJi. ¿VJIVJ. — 'JJC/J.

213. Gustincich S, Sandelin A, Plessy C, Katayama S, Simone R, Lazarevic D, Hayashizaki Y, Carninci P. The complexity of the mammalian transcriptome. // J. Physiol. 2006. - V.575(Pt 2). -P.321-332.

214. Haga A, Ogawara Y, Kubota D, Kitabayashi I, Murakami Y, Kondo T. Interactomic approach for evaluating nucleophosmin-binding proteins as biomarkers for Ewing's sarcoma.//Electrophoresis. -2013- Mar 11. doi: 10.1002/elps.201200661.

215. Hamacher M, Marcus K, Stephan C, Klose J, Park Y.M, Meyer H E. HUPO Brain Proteome Project: toward a code of conduct. // Mol. Cell Proteomics. 2008. - V.7. - P.457.

216. Han M, Liu Q, Yu J,. Zheng S. Detection and significance of serum protein markers of small-cell lung cancer. // J Clin Lab Anal. 2008. - V.22. - P. 131-137.

217. Hanash S. HUPO initiatives relevant to clinical proteomics. // Mol. Cell Proteomics. 2004. -V.3(4). - P.298-301.

218. Hao J, Wang K, Yue Y , Tian T , Xu A, Hao J, Xiao X, He D Selective expression of S100A11 in lung cancer and its role in regulating proliferation of adenocarcinomas cells // Mol Cell Biochem2012 -V 359(1-2) -P 323-332

219. Hara T , Honda K , Ono M , Naito K , Hirohashi S , Yamada T Identification of 2 serum biomarkers of renal cell carcinoma by surface enhanced laser desorption/ionization mass spectrometry // J Urol -2005 -V 174(4 Pt 1) -P 1213-1217

220. Harris H, Hopkinson D A Handbook of enzyme electrophoresis in human genetics / Amsterdam 1976

221. Harris M , Hartley A L , Blair V , Birch J M , Banerjee S S , Freemont A J, McClure J , McWilliam L J Sarcomas in north west England I Histopathological peer review // Br J Cancer 19911. V 64(2) -P 315-320

222. Harsha H C , Pandey A Phosphoproteomics in cancer //Mol Oncol -2010 -V4(6) -P 482-495

223. Hartinger J, Stenius K, Hogemann D, Jahn R 16-BAC/SDS-PAGE a two-dimensional gel electrophoresis system suitable for the separation of integral membrane proteins // Anal Biochem 19961. V 240(1) -P 126-133

224. Hasegawa Y , Murph M, Yu S , Tigyi G, Mills G В Lysophosphatidic acid (LPA)-induced vasodilator-stimulated phosphoprotein mediates lamellipodia formation to initiate motility in PC-3 prostate cancer cells // Mol Oncol 2008 - V 2 - P 54-69

225. Hayward S W , Dahiya R , Cunha G R, Bartek J , Deshpande N , Narayan P Establishment and characterization of an immortalized but non-transformed human prostate epithelial cell line BPH-1 // In Vitro Cell Dev Biol Anim 1994 -V31 -P 14-24

226. Heal W P , Wickramasinghe S R, Tate E W Activity based chemical proteomics profiling proteases as drug targets //Curr Drug Discov Technol -2008 -V5(3) -P 200-212

227. Heeg S , Doebele M, von Werder A, Opitz O G In vitro transformation models modeling human cancer // Cell Cycle 2006 - V5 - P 630-634

228. Hernandez S , Gomez A, Cedano J, Querol E Bioinformatics annotation of the hypothetical proteins found by omics techniques can help to disclose additional virulence factors // Curr Microbiol -2009 V 59(4) -P 451-456

229. Hessels D, Schalken J A Urinary biomarkers for prostate cancer a review // Asian J Androl2013 -Mar25 doi 10 1038/aja2013 6

230. Hittel D S , Hathout Y, Hoffman E P , Houmard J A Proteome analysis of skeletal muscle from obese and morbidly obese women //Diabetes -2005 -V54(5) -P 1283-1288

231. Ho CC, Huang PH, Huang HY, Chen YH, Yang PC, Hsu SM Up-regulated caveolin-1 accentuates the metastasis capability of lung adenocarcinoma by inducing filopodia formation // Am J Pathol -2002 -V161 -P 1647-1656

232. Hoang V M , Foulk R , Clauser K , Burlingame A , Gibson В W , Fisher S J Functional proteomics examining the effects of hypoxia on the cytotrophoblast protein repertoire //Biochemistry -20011. V 40(13) -P 4077-4086

233. Hoimes C.J., Kelly W.K. Redefining hormone resistance in prostate cancer. // Ther. Adv. Med. Oncol. -2010. -V.2. P. 107-123.

234. Hofmann W.A. Cell and molecular biology of nuclear actin. //Int. Rev. Cell Mol. Biol. 2009. -V.273. - P. 219-263.

235. Holaska J.M. Emerin and the nuclear lamina in muscle and cardiac disease. // Circ Res. 2008. -V. 103(1).-P. 16-23.

236. Honoré B., Baandrup U., Vorum H. Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins F and H/H' show differential expression in normal and selected cancer tissues. // Exp. Cell Res. 2004. - V.294(l). -P. 199-209.

237. Hopkinson D A. Genetically determined polymorphisms of erythrocyte enzymes in man. // Adv. Clin. Chem. 1968. - V. 11. -P.21-79.

238. Horak I, Schiffmann D. Acidic phosphoproteins of the 60-S ribosomal subunits from HeLa cells. // Eur J Biochem. 1977. - V.79(2). - P.375-380.

239. Howald H. Training-induced morphological and functional changes in skeletal muscle. // Int. J. Sports Med. 1982. - V.3. - P. 1-12.

240. Huff T., Muller C.S., Otto A.M., Netzker R, Hannappel E. beta-Thymosins, small acidic peptides with multiple functions. // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2001. - V.33. - P.205-220.

241. Hutchens T.W., YipT.-T. New desorption strategies for the mass spectrometric analysis of macro-molecules. //Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993. - V.7. - P.576-580.

242. Hutchinson L.M., Chang E.L., Becker C.M., Shih M.C., Brice M., DeWolf W.C., Gaston S.M., Zetter B.R. Use of thymosin betal5 as a urinary biomarker in human prostate cancer. Prostate. 2005.1. T /C/I/'IX 15 1 1 < 1 n

243. V . j. — i . 1 1

244. Ilzecka J, Stelmasiak Z. Creatine kinase activity in amyotrophic lateral sclerosis patients. // Neurol Sci. 2003. - V.24(4). - P.286-287.

245. Inagaki M., Takahara H., Nishi Y., Sugawara K., Sato C. Ca2+-dependent deimination-induced disassembly of intermediate filaments involves specific modification of the amino-terminal head domain. J. Biol. Chem. 1989. - V.264 (30). - P. 18119-18127.

246. Inokuchi J., Narula N., Yee D.S., Skarecky D.W., Lau A., Ornstein D.K., Tyson D R. Annexin A2 positively contributes to the malignant phenotype and secretion of IL-6 in DU 145 prostate cancer cells. // Int J Cancer. 2009. - V.124. - P.68-74.

247. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. // Nature. 2001. - V.409. - P.860-921.

248. Isensee J , Witt H, Pregla R, Hetzer R, Regitz-Zagrosek V , Noppinger P R Sexually dimorphic gene expression in the heart of mice and men // J Mol Med (Berl) 2008 - V 86(1) -P 61-74

249. Ishihara K, Kondo S , Nakamura K, Nakajima N Protein sequences of two keto ester reductases possible identity as hypothetical proteins //Biosci Biotechnol Biochem 1996 - V 60(9) -P 15381589

250. Ishiura S , Takagi A, Nonaka I, Sugita H Heterogeneous expression of myosin light chain 1 in a human slow-twitch muscle fiber //J Biochem -1981 -V90 -P 279-282

251. Ito K Clinical and pathological investigation of endometrial mixed mesodermal tumor // Tohoku J Exp Med 1993 - V 170 -P 25-34

252. Ito K Prostate-specific antigen-based screening for prostate cancer evidence, controversies and future perspectives // Int J Urol 2009 - V 16(5) - P 458-464

253. Ito M, Iguchi K, Usui S, Hirano K Overexpression of thymosin beta4 increases pseudopodia formation inLNCaP prostate cancer cells //Biol Pharm Bull -2009 -V32 -P 1101-1104

254. Izbicka E , Campos D , Marty J , Marty J , Carrizales G, Mangold G, Tolcher A Molecular determinants of differential sensitivity to docetaxel and paclitaxel in human pediatric cancer models // Anticancer Res -2006 V 26(3 A) -P 1983-1988

255. Jacobs IJ , Menon U Progress and challenges in screening for early detection of ovarian cancer // Mol Cell Proteomics -2004 -V3(4) -P 355-366

256. Jager D , Seliger C , Redpath N T , Friedrich I, Silber R E , Ponicke K, Werdan K, Muller-Werdan U Heterogeneity of cardiac rat and human elongation factor 2 //Electrophoresis -2000 V21 -P 2729-2736

257. Jain S , Xu R, Prieto V G, Lee P Molecular classification of soft tissue sarcomas and its clinical applications //Int J Clin Exp Pathol -2010 -V3 -P416-428

258. Jemal A, Siegel R, Ward E , Murray T , Xu J, Smigal C , Thun M J Cancer statistics, 2007 // CA Cancer J Clin 2007 - V 57 - № 1 - P 43-66

259. Janech MG, Raymond JR, Arthur J M Proteomics in renal research // Am J Physiol Renal Physiol -2007 V 292 -PF501-F512

260. Jeffery E , Peters L R, Raghavan M The polypeptide binding conformation of calreticuhn facilitates its cell-surface expression under conditions of endoplasmic reticulum stress // J Biol Chem 20111. V P 2402-2415

261. Jia X, Hollung K, Therkildsen M, Hildrum Kl, Bendixen E Proteome analysis of early postmortem changes in two bovine muscle types M longissimus dorsi and M semitendinosis // Proteomics 2006 - V 6(3) - P 936-944

262. Jia X , Veiseth-Kent E , Grove H , Kuziora P , Aass L , Hildrum K I, Hollung K Peroxiredoxin-6~a potential protein marker for meat tenderness in bovine longissimus thoracis muscle // J Anim Sci -2009 V 87(7) -P 2391-2399

263. Jin T , Hu L S , Chang M, Wu J , Winblad B , Zhu J Proteomic identification of potential protein markers in cerebrospinal fluid of GBS patients //Eur J Neurol -2007 V 14(5) -P 563-568

264. Jitendra S , Narula R, Agnihotri S , Singh M Annotation of hypothetical proteins orthologous in Pongo abelii and Sus scrofa // Bioinformation 2011 -V 6(8) -P 297-299

265. Jones P , Côté R G, Cho S Y , Klie S , Martens L , Quinn A F , Thorneycroft D , Hermjakob H PRIDE new developments and new datasets // Nucleic Acids Res 2008 - V 36(Database issue) -P D878-883

266. Joseph P , Suman S P , Rentfrow G, Li S , Beach C M Proteomics of muscle-specific beef color stability //J Agric Food Chem -2012 -V 60(12) -P 3196-3203

267. Kaighn M E , Narayan K S , Ohnuki Y , Lechner J F , Jones L W Establishment and characterization of a human prostatic carcinoma cell line (PC-3) // Invest Urol. 1979 - V 77 - P 16-23

268. Kamoto T Management for bone metastasis of prostate cancer // Gan To Kagaku Ryoho 20121. V 39(8) -P 1178-1182

269. Kanamori T , Takakura K , Mandai M, Kariya M , Fukuhara K , Sakaguchi M , Huh N H , Saito K , Sakurai T , Fujita J et al Increased expression of calcium-binding protein SI00 in human uterine smooth muscle tumours Mol Hum Reprod -2004 V 10 -P 735-742

270. Kandasamy K, Kraft AS Proteasome inhibitor PS-341 (VELCADE) induces stabilization of the TRAIL receptor DR5 mRNA through the 3'-untranslated region // Mol Cancer Ther 20081. V 7(5) -P 1091-1100

271. Kang J H , Kim H T , Choi M S , Lee W H, Huh T L , Park Y B , Moon B J , Kwon O S Proteome analysis of human monocytic THP-1 cells primed with oxidized low-density lipoproteins // Proteomics -2006 V 6(4) -P 1261-1273

272. Kang J S , Krauss R S Muscle stem cells in developmental and regenerative myogenesis // Curr Opin Clin Nutr Metab Care -2010 -V13(3) -P 243-248

273. Kawai A, Kondo T , Suehara Y, Kikuta K , Hirohashi S Global protein-expression analysis of bonenM/j paA ficcno cor/>nmic // nln DJnf Drtn OAAO \T /1S- i- T1 infin 11 C\£.ana son tissue sarcomas a l-nn «jrcnop Keiat kcs — zwo — v tuu — r i uu

274. Kawamoto S , Adelstein R S Characterization of myosin heavy chains in cultured aorta smooth muscle cells A comparative study//J Biol Chem 1987 -V 262(15) -P 7282-7288

275. Kawooya J K , Emmons T L , Gonzalez-DeWhitt P A, Camp M C , D'Andrea S C Electrophoretic mobility of Alzheimer's amyloid-beta peptides in urea-sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis //Anal Biochem -2003 -V 323(1) -P 103-113

276. Khan A S., Sane D C., Wannenburg T., Sonntag W.E. Growth hormone, insulin-like growth factor-1 and the aging cardiovascular system. // Cardiovasc Res. 2002. - V.54(l). - P.25-35.

277. Khattak M.A., Bakr F., Krzystanek M., Szallasi Z., Gerlinger M., Santos C., Swanton C., Pickering L.M., Gore M.E., Larkin J.M. Prognostic and predictive markers in metastatic renal cell carcinoma. // J Clin Oncol. 2013. - V.31(7). -P.971-972.

278. Kim J.H., In Y.J., Kim W.K., Bae K.H., Kang S., Lee S C. Differential signatures of protein glyco-sylation and phosphorylation in human Chang liver cells induced by TCDD treatment. // Toxicol. Lett. 2008. - V. 178(1). - P.20-28.

279. Kim N.K., Joh J.H., Park H.R., Kim O.H., Park BY., Lee C.S. Differential expression profiling of the proteomes and their mRNAs in porcine white and red skeletal muscles. //Proteomics. 2004. - V. 4(11). - P.3422-3428.

280. Kimura Y., Monta T., Hayashi K., Miki T., Sobue K. Myocardin functions as an effective inducer of growth arrest and differentiation in human uterine leiomyosarcoma cells. // Cancer Res. 2010. -V.70. - P.501-511.

281. Kislinger T., Gramolini A.O., Pan Y., Rahman K., MacLennan D.H., Emili A. Proteome dynamics during C2C12 myoblast differentiation. // Mol. Cell Proteomics. 2005. - V.4. - P.887-901.

282. Kleman J.P., Hartmann D.J., Ramirez F., van der Rest M. The human rhabdomyosarcoma cell line A204 lays down a highly insoluble matrix composed mainly of alpha 1 type-XI and alpha 2 type-V collagen chains. //Eur. J. Biochem. 1992. - V.210. -P.329-335.

283. Klie S., Martens L., Vizcaino J.A., Cote R., Jones P., Apweiler R., Hinneburg A., Hermjakob H. Analyzing large-scale proteomics projects with latent semantic indexing. // J. Proteome Res. 2008. -V.7(l). - P.182-191.

284. Klose J. Systematic analysis of the total proteins of a mammalian organism: principles, problems and implications for sequencing the human genome. // Electrophoresis. 1989. - V. 10. - P. 140-152.

285. Kopec KO, Alva V, Lupas AN. Bioinformatics of the TULIP domain superfamily. // Biochem Soc Trans. -2011. V.39(4). - P. 1033-1038.

286. Kosako H., Nagano K. Quantitative phosphoproteomics strategies for understanding protein kinase-mediated signal transduction pathways. // Expert Rev. Proteomics. 2011. - V.8. - P.81-94.

287. Kovalyov L.I., Naumov V.G., Pulyayeva H.V., Samko A.M., Tsvetkova M.N., Shishkin S.S., Mukharlyamov N.M. Two-dimensional electrophoresis of heart muscle proteins in human cardiomyopathies. //Electrophoresis. 1990. - V.ll. -P.333-336.

288. Kovalyov L.I., Shishkin S.S., Efimochkin A S., Kovalyova M A., Ershova E.S., Egorov T.A., Musalyamov A.K. The mayor protein expression profile and two-dimensional protein database of human heart. //Electrophoresis. 1995. - V.16. -№7. - P. 1160-1169.

289. Krane R.J. Urinary incontinence after treatment for localized prostate cancer. // Mol Urol. 2000. -V.4(3). - P.279-286.

290. Kulathingal J , Ko L W , Cusack B , Yen S H Proteomic profiling of phosphoproteins and glycoproteins responsive to wild-type alpha-synuclein accumulation and aggregation // Biochim Biophys Acta- 2009 V 1794(2) - P 211-224

291. Kumar A, Sharma N, Panwar P , Gupta A K Use of SSR, RAPD markers and protein profiles based analysis to differentiate Eleusine coracana genotypes differing in their protein content // Mol Biol Rep -2012 -V 39(4) -P 4949-4960

292. Kumper S , Ridley A J pl20ctn and P-cadherin but not E-cadherin regulate cell motility and invasion of DU145 prostate cancer cells // PLoS One 2010 - V 5(7) el 1801

293. Labugger R, McDonough G L, Neverova I, Van Eyk J E Solubilization, two-dimensional separation and detection of cardiac myofilament protein troponin T // Proteomics 2002 - V 2 - P 673678

294. Laimer M , Kocher T , Chiocchetti A, Trost A, Lottspeich F , Richter K, Hintner H, Bauer J W , Onder K Proteomic profiling reveals a catalogue of new candidate proteins for human skin aging // Exp Dermatol -2010 -V 19(10) -P 912-918

295. Langbein S Identification of Disease Biomarkers by Profiling of Serum Proteins Using SELDI-TOF Mass Spectrometry //MethodsMol Biol -2008 -V439 -P 191-197

296. Laptev A V, Shishkin S S , Kovalyov L I, Musolyamov A Kh, Egorov T A Identification of two allelic variant of isoformMLCl-V/sB (human myosin light chain) //Biochem Genet 1993 - V31- P 253-258

297. Larriba M J , Casado-Vela J, Pendas-Franco N , Pena R, Garcia de Herreros A, Berciano M T , Lafarga M , Casal JI, Muiioz A Novel snail 1 target proteins in human colon cancer identified by proteomic analysis // PLoS One 2010 - V 5(4) el0221

298. Latz S, Ellinger J, Goltz D, Marx C, Leuschner I, Muller SC, Fechner G Spindle cell rhabdomyosarcoma of the prostate // Int J Urol 2013 - Jan 16

299. Lau A T , He Q Y, Chiu J F Proteomic technology and its biomedical applications // Sheng Wu Hua Xue Yu Sheng Wu Wu Li Xue Bao (Shanghai) (ACTA BIOCHIMICA et BIOPHYSICA SINICA 2003 -V 35(11) -P 965-975

300. Laurent-Winter C , Soussi-Yanicostas N, Butler-Browne G S Biphasic expression of slow myosin light chains and slow tropomyosin isoforms during the development of the human quadriceps muscle //FEBSLett -1991 V 280 -P 292-296

301. LawrieRA Meat science 3rd ed / Pergamon Press 1979 -451p

302. Lawson D , Harrison M , Shapland C Fibroblast transgelin and smooth muscle SM22-alpha are the same protein, the expression of which is down-regulated in many cell lines Cell Motil Cytoskeleton 1997 -V38 -P 250-257

303. Lee C , Wang Q Bioinformatics analysis of alternative splicing //Brief Bioinform -2005 -V6 -P 23-33

304. Lee H H , Chien C L , Liao H K , Chen Y J , Chang Z F Nuclear efflux of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C1/C2 in apoptotic cells a novel nuclear export dependent on Rho-associated kinase activation //J Cell Sci -2004 -V117(Pt23) -P 5579-5589

305. Leiblich A., Cross S.S., Catto J.W., Pesce G., Hamdy F.C., Rehman I. Human prostate cancer cells express neuroendocrine cell markers PGP 9.5 and chromogranin A. // Prostate. 2007. - V. 67(16). -P.:1761-1769.

306. Leitner A., Sturm M., Lindner W. Tools for analyzing the phosphoproteome and other phosphory-lated biomolecules: a review. // Anal Chim Acta. 2011. - V.703(1). - P. 19-30.

307. Leman E.S., Getzenberg R.H. Biomarkers for prostate cancer. // J. Cell Biochem. 2009. - V. 108(1). - p. 3-9.

308. Leman E.S., Madigan M.C., Brunagel G., Takaha N., Coffey D.S., Getzenberg R.H. Nuclear matrix localization of high mobility group protein I(Y) in a transgenic mouse model for prostate cancer. // J. Cell Biochem. 2003. - V.88(3). - P.599-608

309. Lemay J.F., D'Amours A., Lemieux C., Lackner D.H., St-Sauveur V.G., Bahler J., Bachand F. The nuclear poly(A)-binding protein interacts with the exosome to promote synthesis of noncoding small nucleolar RNAs.// Mol Cell. 2010. - V.37(l). -P.34-45.

310. Lemkin P.F. Comparing two-dimensional electrophoretic gel images across the Internet. // Electrophoresis. 1997. - V. 18(3-4). -P.461-470.

311. Lemkin P.F., Thornwall G. Flicker image comparison of 2-D gel images for putative protein identification using the 2DWG meta-database. // Mol. Biotechnol. 1999. - V.12(2). -P.159-172.

312. Leong S., McKay M.J., Christopherson R.I., Baxter R.C. Biomarkers of breast cancer apoptosis induced by chemotherapy and TRAIL. // J Proteome Res. 2012. - V. 11(2). - P. 1240-1250.

313. Leong W.F., Chow V.T. Transcriptomic and proteomic analyses of rhabdomyosarcoma cells reveal differential cellular gene expression in response to enterovirus 71 infection. // Cell Microbiol. 2006. -V.8.-P.565-580.

314. Lewis B P., Green R.E., Brenner S.E. Evidence for the widespread coupling of alternative splicing and nonsense-mediated mRNA decay in humans. // Proc. Natl. Acad. Sci. 2003. - V.100. - P. 189192.

315. Lezhenko G, Gladun E. The role of osteopontin and adiponectin in the development of insulin resistance and hypertension in obesed adolescents., // Georgian Med News. 2013. - V.214. - P.43-48.

316. Li A., Ponten F., dos Remedios C.G. The interactome of LIM domain proteins: the contributions of LIM domain proteins to heart failure and heart development. // Proteomics. 2012. - V.12(2). -P.203-225.

317. Li L., Chen S.H., Yu C.H., Li Y.M., Wang S.Q. Identification of hepatocellular-carcinoma-associated antigens and autoantibodies by serological proteome analysis combined with protein microarray. //J Proteome Res. 2008. - V.7(2). - P.611-620.

318. Li Z.B., Lehar M., Braga N., et al. Study of human laryngeal muscle protein using two-dimensional electrophoresis and mass spectrometry. // Proteomics. 2003. - V.3. - P. 1325-1334.

319. Light J.K., Rapoll E., Wheeler T.M. The striated urethral sphincter: muscle fibre types and distribution in the prostatic capsule. // Br J Urol. 1997. - V.79(4). - P.539-542.

320. Lim L.S., Sherin K.; ACPM Prevention Practice Committee. Screening for prostate cancer in U.S. men ACPM position statement on preventive practice. Am. J. Prev. Med. 2008. - V.34(2). - P.164-170.

321. Lin C Y , Jeng Y M, Chou H Y, Hsu H C , Yuan R H, Chiang C P , Kuo M Y Nuclear localization of annexin A1 is a prognostic factor in oral squamous cell carcinoma //J Surg Oncol 20081. V 97(6) -P 544-550

322. Lin J F , Xu J , Tian H Y , Gao X, Chen Q X , Gu Q , Xu G J , Song J D , Zhao F K Identification of candidate prostate cancer biomarkers in prostate needle biopsy specimens using proteomic analysis //Int J Cancer -2007 -V 121(12) -P 2596-2605

323. Lindberg MR, Fisher C , Thway K , Cao D , Cheville J C , Folpe AL Leiomyosarcoma of the urinary bladder a clinicopathological study of 34 cases //J Clin Pathol -2010 V63 - P 708713

324. Liu N, Gong K Z, Cai Y B , Li Z Identification of proteins responding to adrenergic receptor subtype-specific hypertrophy in cardiomyocytes by proteomic approaches Biochemistry (Mosc) -2011 V 76(10) -P 1140-1146

325. Liu C The application of SELDI-TOF-MS in clinical diagnosis of cancers // J Biomed Biotechnol -2011 -P 245821

326. Lomnytska MI, Becker S , Hellman K , Hellstrom A C , Souchelnytskyi S , Mints M , Hellman U , Andersson S , Auer G Diagnostic protein marker patterns in squamous cervical cancer // Proteomics Clin Appl -2010 V 4(1) -P 17-31

327. Lawson D , Harrison M, Shapland C Fibroblast transgelin and smooth muscle SM22-alpha are the same protein, the expression of which is down-regulated in many cell lines // Cell Motil Cytoskeleton 1997 -V 38 - P 250-257

328. Lu W , Seeholzer S H , Han M , Arnold A S , Serrano M, Garita B , Philp N J , Farthing C , Steele P , Chen J , Linask K K Cellular nonmuscle myosins NMHC-IIA and NMHC-IIB and vertebrate heart looping //DevDyn -2008 -V 237(12) -P 3577-3590

329. Lubec G, Afjehi-Sadat L, Yang J W, John J P Searching for hypothetical proteins theory and practice based upon original data and literature //Prog Neurobiol -2005 V 77(1-2) -P 90-127

330. Ludwig J A, Weinstein J N Biomarkers in cancer staging, prognosis and treatment selection // Nat Rev Cancer 2005 - V 5 - P 845-856

331. Mahrus S , Trinidad J C , Barkan D T , Sali A, Burlingame A L , Wells J A Global sequencing of proteolytic cleavage sites in apoptosis by specific labeling of protein N termini // Cell 20081. V 134 -P 866-876

332. Malm C , Hadrevi J, Bergstrom S A, Pedrosa-Domellof F , Antti H, Svensson M, Frangsmyr L Evaluation of 2-D DIGE for skeletal muscle protocol and repeatability // Scand J Clin Lab Invest2008 V 68(8) - P 793-800

333. Maddams J , Brewster D , Gavin A, Steward J , Elliott J , Utley M, Muller H // Br J Cancer2009 V 101 - №3 -P 541-547

334. Marci J, McGee B , Thomas J N, et al Cardiac sarcoplasmic reticulum and sarcolemmal proteins separated by two-dimensional electrophoresis surfactant effects on membrane solubilization // Electrophoresis -2000 -V21 -P 1685-1693

335. Martinez A., Traverso J.A., Valot B., Ferro M., Espagne C., Ephritikhine G., Zivy M., Giglione C., Meinnel T. Extent of N-terminal modifications in cytosolic proteins from eukaryotes. // Proteomics. -2008. V.8(14). - P.2809-2831.

336. Martinez H.D., Jasavala R.J., Hinkson I., Fitzgerald L.D., Trimmer J.S., Kung H.J., Wright M.E. RNA editing of androgen receptor gene transcripts in prostate cancer cells. // J Bio.l Chem. 2008. -V.283(44). - P.29938-29949.

337. Martoglio B., Golde T.E. Intramembrane-cleaving aspartic proteases and disease: presenilins, signal peptide peptidase and their homologs. // Hum Mol Genet. 2003. - V. 12. Spec. No 2. - P.R201-R206.

338. Masola V., Maran C., Tassone E., Zin A., Rosolen A., Onisto M. Heparanase activity in alveolar and embryonal rhabdomyosarcoma: implications for tumor invasion. // BMC Cancer. 2009. - V.9(304). -P.l-10.

339. Matt P., Fu Z., Fu Q., Van Eyk J.E. Biomarker discovery: proteome fractionation and separation in biological samples. // Physiol Genomics. 2008. - V.33(l). - P. 12-17.

340. Mazzoletti M., Bortolin F., Brunelli L., Pastorelli R., Di Giandomenico S., Erba E., Ubezio P., Broggini M. Combination of PI3K/mTOR inhibitors: antitumor activity and molecular correlates. // Cancer Res. -2011. V.71(13). -P.4573-4584.

341. Meehan K.L., Holland J.W., Dawkins H.J. Proteomic analysis of normal and malignant prostate tissue to identify novel proteins lost in cancer. //Prostate. 2002. - V.50(l). -P.54-63.

342. Meinnel T., Giglione C. Tools for analyzing and predicting N-terminal protein modifications. // Proteomics. 2008. - V.8. - P.626-649.

343. Mehta-D'souza P. Detection of glycoproteins in polyacrylamide gels using Pro-Q Emerald 300 dye, a fluorescent periodate Schiff-base stain. // Methods Mol Biol. 2012. - V.869. - P.561-566.

344. Messina A., Reina S., Guarino F., De Pinto V. VDAC isoforms in mammals. // Biochim Biophys Acta. 2012. - V. 1818(6). - P. 1466-1476.

345. Minamida S., Iwamura M., Kodera Y., Kawashima Y., Ikeda M., Okusa H., Fujita T., Maeda T., Baba S. Profilin 1 overexpression in renal cell carcinoma. // Int J Urol. 2011. - V. 18(1). - P.63-71.

346. Mironov A. A., Fickett J.W., Gelfand M.S. Frequent alternative splicing of human genes. // Genome

347. TJ^O lonn \r n p loss TOO"? IxcS. — VJyzr. — v . — r. 1 ¿oo- j ¿yj.

348. Modrek B., Resch A., Grasso C., Lee C. Genomevwide detection of alternative splicing in expressed sequences of human genes. // Nucleic Acids Res. 2001. - V.29. - P.2850-2859.

349. Mohiti J., Caswell A M., Walker J.H. The nuclear location of annexin V in the human osteosarcoma cell line MG-63 depends on serum factors and tyrosine kinase signaling pathways. //Exp Cell Res. -1997. V.234(l). - P.98-104.

350. Molina H., Horn D M., Tang N, Mathivanan S., Pandey A. Global proteomic profiling of phosphopeptides using electron transfer dissociation tandem mass spectrometry. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2007. V.104. - P.2199-2204.

351. Moll U.M., Slade N. p63 and p73: roles in development and tumor formation. // Mol. Cancer Res. -2004. V.2. - P.371-386.

352. Monfort J., Tardif G., Reboul P., et al. Degradation of small leucine-rich repeat proteoglycans by matrix metalloprotease-13: identification of a new biglycan cleavage site. // Arthritis Res. Ther. -2006. V.8. - R26. - P. 1-9.

353. Monteoliva L, Albar J.P. Differential proteomics: an overview of gel and nongel based approaches // Briefings in functional genomics and proteomics. 2004. - V.3. - P.220-239.

354. Moore J.B, Weeks M.E. Proteomics and systems biology: current and future applications in the nutritional sciences. // Adv Nutr. -2011. V.2(4). -P.355-364.

355. Moretti R.M, Mai S, Montagnani Marelli M, Rizzi F, Bettuzzi S, Limonta P. Molecular mechanisms of the antimetastatic activity of nuclear clusterin in prostate cancer cells. // Int J Oncol. — 2011 — V.39(l). P.225-234.

356. Morrissey C, Gallis B, Solazzi J.W, Kim B.J, Gulati R, Vakar-Lopez F, Goodlett D.R, Vessella R.L, Sasaki T.Effect of artemisinin derivatives on apoptosis and cell cycle in prostate cancer cells. // Anticancer Drugs. 2010. - V.21. -P.423-432.

357. Morzel M, Chambon C, Hamelin M, Sante-Lhoutellier V, Sayd T, Monin G. Proteome changes during pork meat ageing following use of two different pre-slaughter handling procedures. Meat Sci. -2004. V.67(4). - P.689-696.

358. Mullen E, Ohlendieck K. Proteomic profiling of non-obese type 2 diabetic skeletal muscle. // Int J Mol Med. 2010. - V.25(3). - P.445-458.

359. Muller-Esterl W. Biochemie. Eine Einfurung fur Mediziner und Naturwissenschaftler. // ELSEVIER. Spektrum Academischer Verlag. 2004. - 620 p.

360. Myung J.K, Afjehi-Sadat L, Felizardo-Cabatic M, Slave I, Lubec G. Expressional patterns of chaperones in ten human tumor cell lines. // Proteome Sci. 2004. - V.2(l). - P. 1-12.

361. Myung J.K, Afjehi-Sadat L, Felizardo-Cabatic M, Slave I, Lubec G. Expressional patterns of chaperones in ten human tumor cell lines. // Proteome Sci. 2004. - V.2(l). - P.8.

362. Nabha S.M, dos Santos E.B, Yamamoto H.A, et al. Bone marrow stromal cells enhance prostate cancer cell invasion through type I collagen in an MMP-12 dependent manner. // Int. J. Cancer.0f>r>8 100 D O/IQO O/IOn

363. Nabi G, Dinda A.K, Dogra P.N. Primary embryonal rhabdomyosarcoma of prostate in adults: diagnosis and management. // Int. Urol. Nephrol. 2002-2003. - V.34(4). - P.531-534.

364. Nakamura M, Imai H, Hirabayashi T. Coordinate accumulation of troponin subunits in chicken breast muscle. // Dev Biol. 1989. - V.132(2). - P.389-397.

365. Nam H.W, Simpson R, Kim Y.S. N-terminal isotope tagging with propionic anhydride: proteomic analysis of myogenic differentiation of C2C12 cells. // J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 2005. - V.826(l-2). - P.91-107.

366. Nauseef W M , McCormick S J , Clark R A Calreticulin functions as a molecular chaperone in the biosynthesis of myeloperoxidase //J Biol Chem 1995 -V 270(9) -P 4741-4747

367. Netto G J , Cheng L Emerging critical role of molecular testing in diagnostic genitourinary pathology //Arch Pathol Lab Med -2012 -V 136(4) -P 372-390

368. Neveol A, Wilbur W J, Lu Z Improving links between literature and biological data with text mining a case study with GEO, PDB and MEDLINE // Database (Oxford) 20121. V 2012(0) bas026

369. Newcom D W , Stalder K J , Baas T J , Goodwin R N , Parrish F C , Wiegand В R Breed differences and genetic parameters of myoglobin concentration in porcine longissimus muscle //J Anim Sci -2004 V 82(8) -P 2264-2268

370. Niimi K, Hashimoto Y, Kurokawa S, Okada A, Tozawa K, Kohri K Embryonal rhabdomyosarcoma of the prostate ІІШ J Clin Oncol -2010 -V15 -P 93-96

371. O'Connell K L , Stults J T Identification of mouse liver proteins on two-dimensional electrophoresis gels by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of in situ enzymatic digests // Electrophoresis 1997 -V 18(3-4) -P 349-359

372. O'Connell K , Gannon J, Doran P , Ohlendieck K Proteomic profiling reveals a severely perturbed protein expression pattern in aged skeletal muscle //Int J Мої Med -2007 -V20 -P 145-153

373. Ohlendieck K Proteomics of skeletal muscle differentiation, neuromuscular disorders and fiber aging // Expert Rev Proteomics 2010 - V 7(2) - P 283-296

374. Ohlendieck K Proteomic Profiling of Fast-To-Slow Muscle Transitions during Aging // Front Physiol -2011 -V 2 -P 105

375. Ohlendieck K Proteomic identification of biomarkers of skeletal muscle disorders //BiomarkMed -2013 V 7(1) -P 169-186

376. O'FarrellPH High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins//J Biol Chem 19751. V 250 -P 4007-4021

377. Olave I A, Reek-Peterson S L , Crabtree G R Nuclear actin and actin-related proteins in chromatin remodeling // Annu Rev Biochem -2002 -V71 -P 755-781

378. Oliver SS, Denu JM Dynamic interplay between histone H3 modifications and protein interpreters emerging evidence for a "histone language" // Chembiochem 2011 - V 12(2) - P 299-307

379. O'Mahoney J V , Guven K L , Lin J , Joya J E , Robinson C S , Wade R P , Hardeman E C Identification of a novel slow-muscle-fiber enhancer binding protein, MusTRDl //Мої Cell Biol 19981. V 18 -P 6641-6652

380. Oma Y , Harata M Actin-related proteins localized in the nucleus from discovery to novel roles in nuclear organization // Nucleus 2011 - V 2(1) - P 38-46

381. HUPO Plasma Proteome Project: results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database. // Proteomics. 2005. - V.5. - P.3226-3245.

382. Ono S., Minami N., Abe H., Obinata T. Characterization of a novel cofilin isoform that is predominantly expressed in mammalian skeletal muscle. // J Biol Chem. 1994. - V.269(21). -P.15280-15286.

383. Oosterwijk E., Rathmell W.K., Junker K., Brannon A.R., Pouliot F., Finley D.S., Mulders P.F., Kirkali Z., Uemura H., Belldegrun A. Basic research in kidney cancer. // Eur Urol. 2011. - V.60. -P.622-633.

384. O'Riordan E., Goligorsky M.S. Emerging studies of the urinary proteome: the end of the beginning? // CurrOpin Nephrol Hypertens. -2005. V. 14. -P.579-585.

385. Orchard S., Martens L., Tasman J., Binz P.A., Albar J.P., Hermjakob H. 6(th) HUPO Annual World Congress Proteomics Standards Initiative Workshop 6-10 October 2007, Seoul, Korea. // Proteomics. -2008.-V.8.-P.1331-1333.

386. Pan S., Chen R, Aebersold R, Brentnall T.A. Mass spectrometry based glycoproteomics—from a proteomics perspective. //Mol Cell Proteomics. -2011. -V.10(l). -R110.003251.

387. Paredi G., Raboni S., Bendixen E., de Almeida AM., Mozzarelli A. "Muscle to meat" molecular events and technological transformations: The proteomics insight. // J Proteomics. 2012. - V.75(14). - P.4275-4289.

388. Parekh D.J., Ankerst D P., Troyer D., Srivastava S., Thompson I.M. Biomarkers for prostate cancer detection. // J. Urol. 2007. - V. 178(6). - P.2252-2259.

389. Parham D.M. Pathologic classification of rhabdomyosarcomas and correlations with molecular studies. //Mod. Pathol. -2001. -V.14. -P.506-514.

390. Patterson S.D. Matrix-assisted laser-desorption/ionization mass spectrometric approaches for the identification of gel-separated proteins in the 5-50 pmol range. // Electrophoresis. 1995. - V.16(7).1. D 1in/l111/l1. A . A A \J~T~ 1 1 IT.

391. Patterson S.D., Thomas D., Bradshaw R.A. Application of combined mass spectrometry and partial amino acid sequence to the identification of gel-separated proteins. // Electrophoresis. 1996 -V. 17(5). - P.877-891.

392. Paupard M-C., O'Connell M.A., Gerber A.P., Zukin R.S. Patterns of developmental expression of the RNA editing enzyme rADAR2. // Neuroscience. 2000. - V.95. - P.869-879.

393. Pawlowski K. Uncharacterized/hypothetical proteins in biomedical 'omics' experiments: is novelty being swept under the carpet? // Brief Funct Genomic Proteomic. 2008. - V.7(4). - P.283-290.

394. Pedersen S., Celis J.E., Nielsen J., Christiansen J., Nielsen F.C. Distinct repression of translation by wortmannin and rapamycin. // Eur. J. Biochem. 1997. - V.247. - P.449-456.

395. Peehl D M Primary cell cultures as models of prostate cancer development ZZ Endocr Relat Cancer -2005 V 12 -P 19-47

396. Peitsch M C , Wilkins M R, Tonella L , Sanchez J C , Appel R D , Hochstrasser D F Large-scale protein modelling and integration with the SWISS-PROT and SWISS-2DPAGE databases the example of Escherichia coli ZZ Electrophoresis 1997 -V18 - P 498-501

397. Pernelle J J, Righetti PG, Wahrmann JP 2-D analysis of human skeletal muscle myosin light chains with immobilized pH gradients ZZ J Biochem Biophys Methods 1988 - V 16(2-3) - P 227236

398. Pernelle J J, Righetti PG, Wahrmann JP, Herve B Human skeletal muscle myosin light chains analyzed by immobilized pH gradients during ontogenesis identification of new phosphorylatable isoforms of light chain 2 ZZ Electrophoresis 1990 -Vll -P 325-332

399. Perry S V Troponin T genetics, properties and function ZZ J Muscle Res Cell Motil 19981. V 19 P 575-602

400. Perry SV Vertebrate tropomyosin distribution, properties and function ZZ J Muscle Res Cell Motil- 2001 V 22 -P 5-49

401. Perusse L , Rankinen T , Rauramaa R, Rivera M A, Wolfarth B , Bouchard C The Human Gene Map for Performance and Health-Related Fitness Phenotypes The 2002 Update ZZ Med Sci Sports Exerc -2003 V 35 -P 1248-1264

402. Photopoulou A, Patargias T, Aleporou-Marinou V PI, a high mobility group-like protein is depressed in human breast adenocarcinoma ZZ Comp Biochem Physiol B Biochem Mol Biol 2001 —130(2) -P 271-278

403. Pin E , Fredolini C , Petricoin E F 3rd The role of proteomics in prostate cancer research Biomarker discovery and validation //Clin Biochem -2013 -V46(6) -P 524-538

404. Pioselli B , Paredi G, Mozzarelli A Proteomic analysis of pork meat in the production of cooked ham //Mol Biosyst -2011 -V7 -P2252-2260

405. Pisitkun T , Johnstone R , Knepper M A Discovery of urinary biomarkers // Mol Cell Proteomics -2006 V 5(10) -P 1760-1771

406. Pons F, Damadei A, Leger J J Expression of myosin light chains during fetal development of human skeletal muscle //Biochem J 1987 -V243 -P 425-430

407. Rosman I S , Lloyd В M, Hayashi R J, Bayliss S J Cutaneous effects of thiotepa in pediatric patients receiving high-dose chemotherapy with autologous stem cell transplantation//J Am Acad Dermatol -2008 -V58(4) -P 575-578

408. Postel-Vinay M C , Finidori J Growth hormone receptor structure and signal transduction //Eur J Endocrinol 1995 -V133 -P 654-659

409. Potter C P , Harris A L Diagnostic, prognostic and therapeutic implications of carbonic anhydrases in cancer //Br J Cancer -2003 -V89(l) -P2-7

410. Powell S R The ubiquitin-proteasome system in cardiac physiology and pathology // Am J Physiol Heart Circ Physiol -2006 -V 291(1) -H1-H19

411. Prabhakaran V M Early detection of prostate cancer Role of prostate-specific antigen // Can Fam Physician 1996 -V42 -P 709-712

412. Prassas I, Chrystoja C C , Makawita S , Diamandis E P Bioinformatic identification of proteins with tissue-specific expression forbiomarker discovery //BMC Med -2012 -V10(l) -P39

413. Pressey J G, Pressey C S , Robinson G, Herring R , Wilson L , Kelly D R, Kim H 2D-difference gel electrophoretic proteomic analysis of a cell culture model of alveolar rhabdomyosarcoma //J Pro-teome Res 2011 - V 10(2) - P 624-636

414. Price K M, Littler W A, Cummins P Human atrial and ventricular myosin light-chains subunits in the adult and during development //Biochem J 1980 - V 191 -P 571-580

415. Puntmann V О , Taylor P C , Mayr M Coupling vascular and myocardial inflammatory injury into a common phenotype of cardiovascular dysfunction systemic inflammation and aging a mini-review // Gerontology - 2011 - V 57(4) - P 295-303

416. Puri E C , Caravatti M, Perriard J C , et al Anchorage-independent muscle cell differentiation // Proc Natl Acad Sci U S A 1980 - V 77 - P 5297-5301

417. Raggiaschi R, Gotta S , Terstappen G C Phosphoproteome analysis // Biosci Rep 2005 -V 25(1-2) -P 33-44

418. Rabilloud T Use of thiourea to increase the solubility of membrane proteins in two-dimensional electrophoresis //Electrophoresis 1998 -V19(5) -P 758-760

419. Rabilloud T , Adessi C , Giraudel A, Lunardi J Improvement of the solubilization of proteins in two-dimensional electrophoresis with immobilized pH gradients //Electrophoresis 1997 -V18(3-4) - P 307-316

420. Rabilloud T , Strub J M , Carte N, Luche S , Van Dorsselaer A, Lunardi J, Giege R, Florentz C Comparative proteomics as a new tool for exploring human mitochondrial tRNA disorders // Biochemistry -2002 V 41(1) -P 144-150

421. Ramos R.R, Swanson A.J., Bass J. Calreticulin and Hsp90 stabilize the human insulin receptor and promote its mobility in the endoplasmic reticulum. // Proc. Natl. Acad. Sci USA.- 2007. -V. 104(25). P. 10470-10475.

422. Ray A., Dhar S., Ray B.K. Transforming growth factor-beta 1-mediated activation of NF-kappaB contributes to enhanced ADAM-12 expression in mammary carcinoma cells. // Mol Cancer Res. -2010. V.8(9). - P.1261-1270.

423. Reed P.W., Densmore A., Bloch R.J. Optimization of large gel 2D electrophoresis for proteomic studies of skeletal muscle. // Electrophoresis. 2012. - V.33(8). - P.1263-1270.

424. Rehman I., Azzouzi A.R., Catto J.W., Allen S., Cross S.S., Feeley K, Meuth M., Hamdy F.C Proteomic analysis of voided urine after prostatic massage from patients with prostate cancer: a pilot study. // Urology. 2004. - V.64(6). - P. 1238-1243.

425. Ren F Y., Lu J.P., Wang J., Ye J.J., Shao C.W., Wang M.J. Adult prostate sarcoma: radiological-clinical correlation. // Clin. Radiol. 2009. - V.64(2). - P. 171-177.

426. Rhim J.S. In vitro human cell culture models for the study of prostate cancer. // Prostate Cancer Prostatic Dis. 2000. - V.3. - P.229-235.

427. Rho J.H., Roehrl M.H., Wang J.Y. Tissue proteomics reveals differential and compartment-specific expression of the homologs transgelin and transgelin-2 in lung adenocarcinoma and its stroma. // J. Proteome Res. 2009. - V.8. - P.5610-5618.

428. Riuzzi F., Sorci G., Beccafico S., Donato R. S100B engages RAGE or bFGF/FGFRl in myoblasts depending on its own concentration and myoblast density. Implications for muscle regeneration. // PLoS One. 2012. -V.7(l):e28700.

429. Ro-Choi T.S., Choi Y.C. Chemical approaches for structure and function of RNA in postgenomic era. // J Nucleic Acids. 2012. - 2012:369058.

430. Rosalki S B., Roberts R., Katus H.A., Giannitsis E., Ladenson J.H., Apple F.S. Cardiac biomarkers for detection of myocardial infarction: perspectives from past to present. // Clin. Chem. 2004. -V.50. -P.2205-2213.

431. Rosenberg A.R., Skapek S.X., Hawkins D.S. The inconvenience of convenience cohorts: rhabdomyosarcoma and the PAX-FOXOl bio marker. // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2012/-V.21(7). -P.1012-1018.

432. Ruan W., Wang Y., Ma Y., Xing X., Lin J., Cui J., Lai M. HSP60, a protein downregulated by IGFBP7 in colorectal carcinoma. // J Exp Clin Cancer Res. 2010. - V.29(l). - P.41.

433. Ruiz J.L., Fox S R. There's The Beef: Select Research on Global Beef Production and Trade. // Nova publishers, Series: Agriculture Issues and Policies Food Science and Technology. 2012. - 179p.

434. Rump R., Buhlmann C., Borchers T., Spener F. Differentiation-dependent expression of heart type fatty acid-binding protein in C2C12 muscle cells. // Eur J Cell Biol. 1996. - V.69(2). - P. 135-142.

435. Safer D., Nachmias V.T. Beta thymosins as actin binding peptides. // Bioessays. 1994. - V.16. -P.473-479.

436. Sahota V.K., Grau B.F., Mansilla A., Ferrus A. Troponin I and Tropomyosin regulate chromosomal stability and cell polarity. // J. Cell Sci. 2009. - V.122(Pt 15). - P.2623-2631.

437. Saidak Z., Mentaverri R., Brown E.M. The role of the calcium-sensing receptor in the development and progression of cancer. // Endocr. Rev. 2009. - V.30. - P. 178-195.

438. Salama I., Malone P.S., Mihaimeed F., Jones J.L. A review of the S100 proteins in cancer. // Eur J Surg Oncol. 2008. - V.34(4). -P.357-364. Gharibyan

439. Sangster T.A., Lindquist S., Queitsch C. Under cover: causes, effects and implications of Hsp90-mediated genetic capacitance. // Bioessays. 2004. - V.26. - P.348-362

440. Sardana G., Dowell B., Diamandis E.P. Emerging biomarkers for the diagnosis and prognosis of prostate cancer. // Clin. Chem. 2008. - V.54. - P. 1951-1960.

441. Sasse S., Brand N.J., Kyprianou P., Dhoot G.K., Wade R., Arai M., Periasamy M., Yacoub M.H., Barton P.J. Troponin I gene expression during human cardiac development and in end-stage heart failure.// Circ. Res. 1993. - V.72 (5). - P. 932-938.

442. Saveanu A., Jaquet P., Brue T., Barlier A. Relevance of coexpression of somatostatin and dopamine D2 receptors in pituitary adenomas. // Mol Cell Endocrinol. 2008. - V.286(l-2). -206-213.

443. Schagger H., Ohm T.G. Human diseases with defects in oxidative phosphorylation. 2. FIFO ATP-synthase defects in Alzheimer disease revealed by blue native polyacrylamide gel electrophoresis. // Eur J Biochem. 1995. - V.227(3). - P.916-921.

444. Schiff T. A., Freedberg I.M. Ultrasensitive polychromatic silver staining of sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gels with the Gelcode system using the PhastSystem Development Unit. // Electrophoresis. 1989. - V. 10(7). -P.535-536.

445. Schiaffmo S., Reggiani C. Molecular Diversity of myofibrillar proteins: gene regulation and functional significance //Physiol. Reviews. 1996. - V.76. -P.371-423.

446. Schurch W., Skalli O., Seemayer T.A., Gabbiani G. Intermediate filament proteins and actin isoforms as markers for soft tissue tumor differentiation and origin. I. Smooth muscle tumors. // Am. J. Pathol. -1987. V.128. -P.91-103.

447. Seibert V, Ebert MP Buschmann T. Advances m clinical cancer proteomics SELDI-ToF-mass spectrometry and biomarker discovery. // Brief Funct Genomic Proteomic. 2005. - V.4. - P. 16-26.

448. Seliger B., Lichtenfels R., Kellner R. Detection of renal cell carcinoma-associated markers via proteome- and other 'ome'-based analyses. // Brief Funct. Genomic Proteomic. 2003. - V.2. - P. 194212.

449. Selley S., Donovan J., Faulkner A., Coast J., Gillatt D. Diagnosis, management and screening of early localised prostate cancer. // Health Technol Assess. 1997. - V. 1(2). - P. 1-96.

450. Senis Y., Garcia A. Platelet proteomics. state of the art and future perspective. // Methods Mol Biol. 2012. - V.788. - P.367-399.

451. Sentandreu M.A., Sentandreu E. Peptide biomarkers as a way to determine meat authenticity. // Meat Sci. 2011. - V.89(3). - P.280-285.

452. Shell W.E., Kjekshus J.K., Sobel B E. Quantitative assessment of the extent of myocardial infarction in the conscious dog by means of analysis of serial changes in serum creatine phosphokinase activity. //J. Clin. Invest. 1971. - V.50. -P.2614-2617.

453. Shetty J., Naaby-Hansen S., Shibahara H., Bronson R, Flickinger C.J., Herr J.C. Human sperm proteome: immunodominant sperm surface antigens identified with sera from infertile men and women. //Biol. Reprod. 1999. - V.61(l). -P.61-69.

454. Shevchenko A., Wilm M., Vorm O. Mann M. Mass spectrometric sequencing of proteins silver-stained polyacrylamide gels. // Anal. Chem. 1996. - V.68. -P.850-858.

455. Shibata M., Matsumoto K., Oe M., Ohnishi-Kameyama M., Ojima K., Nakajima I., Muroya S., Chikuni K. Differential expression of the skeletal muscle proteome in grazed cattle. // J Anim Sci. -2009. V. 87(8). - P.2700-2708.

456. Shishkin S.S., Pulyaeva E.V., Kovalyov L.I. Characterization of topographical peculiarities and ontogenetic changes of human heart proteins. Proc. Int. Conf.,"Two-dimensional electrophoresis", Vienna, Austria, 1988, -P.236-240.

457. Shoshan-Barmatz V., Zakar M., Rosenthal K., Abu-Hamad S. Key regions of VDAC1 functioning in apoptosis induction and regulation by hexokinase. // Biochim. Biophys. Acta. 2009. - V. 1787(5). -P.421-430.

458. Shoshan-Barmatz V., Golan M. Mitochondrial VDAC1: function in cell life and death and a target for cancer therapy. //CurrMed Chem. 2012. - V. 19(5). -P.714-735.

459. Siddiqui J.F., Van Mater D., Sowden MP., Smith H.C. Disproportionate relationship between APOBEC-1 expression and apolipoprotein B mRNA editing activity. // Exp Cell Res. 1999. -V.252(l). - P. 154-164.

460. Siddique T, Ajroud-Driss S. Familial amyotrophic lateral sclerosis, a historical perspective. // Acta Myol. -2011. V.30(2). - P. 117-120.

461. Simamura E., Shimada H., Hatta T., Hirai K. Mitochondrial voltage-dependent anion channels (VDACs) as novel pharmacological targets for anti-cancer agents. // J. Bioenerg. Biomembr. 2008. -V.40(3). - P.213-217.

462. Simon J.H., Paulino AC., Ritchie J.M., Mayr N. A., Buatti J.M. Presentation, prognostic factors and patterns of failure in adult rhabdomyosarcoma. // Sarcoma. 2003. - V.7. - P. 1-7.

463. Singer M., Berg P. Genes and Genomes. / Univ. Sci. Book Millvalley, Calif. 1991.

464. Siu A, Virtanen C, Jongstra J. PIM kinase isoform specific regulation of MIG6 expression and EGFR signaling in prostate cancer cells. // Oncotarget. -2011. V.2(12). - P. 1134-1144.

465. Smith L A, Peixoto A A, Hall J С RNA editing in the Drosophila DMCA1A calcium-channel alpha 1 subunit transcript ZZJ Neurogenet 1998 -V 12 -P 227-240

466. Sowden J , Leigh S , Talbot I, Delhanty J, Edwards Y Expression from the proximal promoter of the carbonic anhydrase 1 gene as a marker for differentiation in colon epithelia ZZ Differentiation -1993 -V 3(2) -P 67-74

467. Sowden J, Smith H, Morrison К , Edwards Y Sequence comparisons and functional studies of the proximal promoter of the carbonic anhydrase З (CA3) gene ZZ Gene 1998 - V 214 (1-2) - P 157165

468. Sroka 1С, Anderson ТА, McDaniel KM, Nagle RB, Gretzer MB, Cress AE The laminin binding integrin alpha6betal in prostate cancer perineural invasion ZZ J Cell Physiol 2010 - V 224 - P 283-288

469. Srihari T , Tuchschmid С R, Hirzel H О , Schaub M С Electrophoretic analyses of atrial and ventricular cardiac myosins from foetal and adult rabbits ZZ Comp Biochem Physiol В 1982 - V 72 -P353-357

470. Storch S , Kubler В , Honing S , Ackmann M, Zapf J, Blum W, Braulke T Transferrin binds insulin-like growth factors and affects binding properties of insulin-like growth factor binding protein-3 FEBSLett -2001 -V 509(3) -P 395-398

471. Stamey T A, Caldwell M, McNeal J E , Nolley R, Hemenez M , Downs J The prostate specific antigen era in the United States is over for prostate cancer what happened in the last 20 years'? ZZ J Urol -2004 V 172 -P 1297-1301

472. Stein T P , Wade С E Protein turnover in atrophying muscle from nutritional intervention to micro-array expression analysis ZZ Curr Opin Clin Nutr Metab Care -2003 -V6(l) -P 95-102

473. Steinmann С , Reber P , Jungo M , Lammle В , Heinemann G, Wermuth В , Furlan M Fibrinogen Bern I substitution gamma 337 Asn—>Lys is responsible for defective fibrin monomer polymerization ZZ Blood 1993 - V 82(7) -P 2104-2108

474. Stone К R, Mickey D D , Wunderli H , Mickey G H , Paulson D F Isolation of a human prostate carcinoma cell line (DU 145) ZZ Int J Cancer 1978 - V 21 - P 274-281

475. Sun С Y , Zang Y С , San Y X , Sun W , Zhang L Proteomic analysis of clear cell renal cell carcinoma Identification of potential tumor markers ZZ Saudi Med J -2010 -V31(5) -P 525-532

476. Suehara Y, Kondo T , Fujii K, et al Proteomic signatures corresponding to histological classification and grading of soft-tissue sarcomas // Proteomics 2006 V 6 P 4402-4409

477. Suravajhala P Hypo, hype and 'hyp' human proteins // Bioinformation 2007 - V10 -P31-33

478. Takagi A, Ishiura S , Nonaka I, Sugita H Myosin light chain components in single muscle fibers of Duchenne muscular dystrophy //Muscle Nerve 1982 - V5 -P 399-404

479. Tan В Z , Huang H, Lam R, Soong T W Dynamic regulation of RNA editing of ion channels and receptors in the mammalian nervous system //Мої Brain -2009 V2(l) -P 13

480. Tang D, Kang R, Zeh H J 3rd, Lotze M T High-mobility group box 1 and cancer // Biochim Biophys Acta -2010 -V 1799(1-2) -P 131-140

481. Teng Y, Ngoka L , Mei Y , Lesoon L , Cowell J K HSP90 and HSP70 proteins are essential for stabilization and activation of WASF3 metastasis-promoting protein // J Biol Chem 20121. V 287(13) -P 10051-10059

482. Teoh S S , Whisstock J C , Bird P I Maspin (SERPINB5) is an obligate intracellular serpin // J Biol Chem -2010 -V 285(14) -P 10862-10869

483. Tiveron R C , de Freitas L C , Figueiredo D L , Serafini L N , Mamede R C , Zago M A Expression of calcium binding protein SI00 A7 (psoriasin) in laryngeal carcinoma //Braz J Otorhinolaryngol -2012 V 78(4) -P 59-65

484. Thongboonkerd V Proteomics // Forum Nutr 2007 - V 60 - P 80-90

485. Tokunaka S , Okamura K, Fujii H, Yachiku S The proportions of fiber types in human external urethral sphincter electrophoretic analysis of myosin // Urol Res 1990 - V 18 - P 341-344

486. Tollaksen S L , Edwards J J , Anderson N G The use of carbamylated charge standards for testing batches of ampholytes used in two-dimensional electrophoresis // Electrophoresis 1981 - V2 -P 155-160

487. Tonin PN, Scrable H, Shimada H, Cavenee WK Muscle-specific gene expression in rhabdomyosarcomas and stages of human fetal skeletal muscle development //Cancer Res -19911. V 51 -P 5100-5106

488. Towbin H, Gordon J Immunoblotting and dot immunobinding—current status and outlook // J Immunol Methods 1984 -V 72(2) -P 313-340

489. Truong L D , Shen S S Immunohistochemical diagnosis of renal neoplasms // Arch Pathol Lab Med -2011 -V 135 -P 92-109

490. Tsvetkova M N , Kovalyov L I, Leptev A V, Shishkin S S Production of high purity proteins by elution of individual fractions from two-dimensional gels // Electrophoresis 1991 - V 12(7-8) -P 576-578

491. Tsui K.H., Tang P., Lin C.Y., Chang P.L., Chang C.H., Yung B.Y. Bikunin loss in urine as useful marker for bladder carcinoma. // J Urol. 2010. - V.183. -P.339-344.

492. Tyson D R., Ornstein D.K. Proteomics of cancer of hormone-dependent tissues. // Adv. Exp. Med. Biol. 2008. - V.630. - P. 133-147.

493. Tzu J., Marinkovich M P. Bridging structure with function: structural, regulatory, and developmental role of laminins. // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2008. - V.40. - P. 199-214.

494. Ugalde A.P., Ordonez G.R., Quiros P.M., et al. Metalloproteases and the degradóme. // Methods Mol. Biol. 2010. - V.622. - P.3-29.

495. UniProt Consortium. The Universal Protein Resource (UniProt). // Nucleic Acids Res. 2007. -V.35(Database issue). -P.D193-D197.

496. UniProt Consortium. The universal protein resource (UniProt). // Nucleic Acids Res. 2008 -V.36(Database issue). - P.D190-D195.

497. UniProt Consortium. The Universal Protein Resource (UniProt) 2009. // Nucleic Acids Res. 2009.- V.37(Database issue). -P.D169-D174.

498. UniProt Consortium. The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010. // Nucleic Acids Res.2010. V.38(Database issue). -P.D142-D148.

499. Unlu M., Morgan M.E., Minden J.S. Difference gel electrophoresis: a single gel method for detecting changes in protein extracts // Electrophoresis. 1997. - V. 18. - P.2071-2077.

500. Uttamchandani M., Li J., Sun H., Yao S.Q. Activity-based protein profiling: new developments and directions in functional proteomics. // Chembiochem. 2008. - V.9(5). - P.667-675.

501. Váanánen H.K, Autio-Harmainen H. Carbonic anhydrase Ш: a new histochemical marker for myoepithelial cells. // J Histochem Cytochem. 1987. - - .35(6). - P.683-686.

502. Vaarala M.H., Porvari K., Kyllónen A., Vihko P. Differentially expressed genes in two LNCaP prostate cancer cell lines reflecting changes during prostate cancer progression. // Cancer Res. 2011.- V.71(13).-P.4423-4431.

503. Via A., Diella F., Gibson T.J., Helmer-Citterich M. From sequence to structural analysis in protein phosphorylation motifs. // Front Biosci. 2011. - V.16. - P.1261-1275.

504. Vaidya H.C., Maynard Y., Dietzler D.N., Ladenson J.H. Direct measurement of creatine kinase-MB activity in serum after extraction with a monoclonal antibody specific to the MB isoenzyme. // Clin. Chem. 1986. - V.32. -P.657-662.

505. Valenzuela H.F., Pace K.E., Cabrera P.V., White R, Porvari K., Kaija H., Vihko P., Baum L.G. O-glycosylation regulates LNCaP prostate cancer cell susceptibility to apoptosis induced by gaiectin-1 // Cancer Res. 2007. - V.67. - P.6155-6162.

506. Van der Poel H.G., Zevenhoven J., Bergman A.M. Piml regulates androgen-dependent survival signaling in prostate cancer cells. // Urol Int. 2010. -V.84. - P.212-220 .

507. Van der Veen K.J., Willebrands A.F. Isoenzymes of creatine phosphokinase in tissue extracts and in normal and pathological sera. // Clin. Chim. Acta. 1966. - V.13. -P.312-317.

508. Vandoros GP, Manolidis T, Karamouzis MV, Gkermpesi M, Lambropoulou M, Papatsoris AG, Zachos I, Konstantinopoulos PA. Leiomyosarcoma of the prostate: case report and review of 54 previously published cases. // Sarcoma. 2008. - 458709. РМШ: 19043598.

509. Vasudev N S , Selby P J , Banks R E Renal cancer biomarkers the promise of personalized care // BMC Med -2012 -V10 -P 112

510. Venter C J , Adams M D , Myers E W , et al The Sequence of the Human Genome // Science -2001 V291 -P 1304-1351

511. Veugelers M , Bressan M, McDermott D A, et al Mutation of perinatal myosin heavy chain associated with a Carney complex variant //NewEng J Med -2004 -V351 -P 460-469

512. Via A, Diella F , Gibson T J , Helmer-Citterich M From sequence to structural analysis in protein phosphorylation motifs //Front Biosci -2011 -V16 -P 1261-1275

513. Vilain E CYPs, SNPs, and molecular diagnosis in the postgenomic era // Clin Chem 19981. V 44 -P 2403-2404

514. Vindrieux D , Escobar P , Lazennec G Emerging roles of chemokines in prostate cancer // Endocr Relat Cancer -2009 -V16 -P 663-673

515. Visa N , Percipalle P Nuclear Functions of Actin // Cold Spring Harb Perspect Biol 2010 - 2 a000620

516. Vizcaino J A , Cote R, Reisinger F , Barsnes H , Foster J M, Rameseder J , Hermjakob H , Martens L The Proteomics Identifications database 2010 update // Nucleic Acids Res 2010a

517. V 38(Database issue) P D736-D742

518. Vizcaino J A, Foster J M, Martens L Proteomics data repositories providing a safe haven for your data and acting as a springboard for further research // J Proteomics -20106-V73(11) P 21362146

519. Volpe P , Biral D , Damiani E , Margreth A Characterization of human muscle myosins with respect to the light chains //Biochem J -1981 -V195 -P 251-258

520. Vydra J , Vytasek R, Sainerova H, Mandys V , Sovova V , Hejnar J , Sloncova E , Pouckova P , Bubenik J, Novaak J //A new cell line, GS, derived from a human renal cell carcinoma Folia Biol (Praha) 1988 -V34(5) -P 308-315

521. Wallace R A, Carnevali О , Hollinger T G Preparation and rapid resolution of Xenopus phosvitins and phosvettes by high-performance liquid chromatography J Chromatogr 1990 -V 519(1) P 7586

522. Wang F, Song C, Cheng K, Jiang X, Ye M, Zou H Perspectives of comprehensive phosphoproteome analysis using shotgun strategy //Anal Chem -2011 -V 83(21) -P 8078-8085

523. Wang J , Gu Y , Wang L , Hang X , Gao Y , Wang H , Zhang C HUPO BPP pilot study a proteomics analysis of the mouse brain of different developmental stages // Proteomics 2007 - V 7(21) -P 4008-4015

524. Wang L, Liu HL, Li Y, Yuan P Proteomic analysis of pancreatic intraepithelial neoplasia and pancreatic carcinoma in rat models // World J Gastroenterol 2011 - V 7(11) - P 1434-1441

525. Wang Q , O'Brien P J , Chen C X, Cho D S , Murray J M , Nishikura K Altered G protein-coupling functions of RNA editing isoform and splicing variant serotonin2C receptors // J Neurochem -2000 V74 -P 1290-1300

526. Wang Q , Fang W H , Krupinski J, Kumar S , Slevin M , Kumar P Pax genes in embryogenesis and oncogenesis //J Cell Мої Med -2008 -V12(6A) -P 2281-2294

527. Wang X, Hwang S Y, Cong WT, Jin L T, Choi J К Alternative visualization of SDS-PAGE separated phosphoproteins by alizarin red S-aluminum (Ill)-appended complex // Electrophoresis -2013 V 34(2) -P 235-243

528. Wasinger V С , Cordwell S J, Cerpa-Poljak A, Yan J X, Gooley A A, Wilkins M R, Duncan M W , Harris R, Williams К L , Humphery-Smith I Progress with gene-product mapping of the Mollicutes Mycoplasma genitalium Electrophoresis 1995 -V16 -P 1090-1094

529. Watt К W К, Lee P J , M'Timkulu T , Chan W P , Loor R Human prostate-specific antigen structural and functional similarity with serine proteases // Proc Natl Acad Sci U S A 1986 - V 83 -P 3166-3170

530. Wayner E A, Quek S I, Ahmad R, Ho M E, Loprieno M A, Zhou Y, Ellis W J, True L D, Liu A Y Development of an ELIS A to detect the secreted prostate cancer biomarker AGR2 in voided urine //Prostate -2012 -V72(9) -P 1023-1034

531. Weckwerth W Metabolomics an integral technique in systems biology // Bioanalysis 20101. V 2 P 829-836

532. Weekes J , Morrison К, Mullen A, Wait R, Barton P , Dunn M J Hyperubiquitination of proteins in dilated cardiomyopathy //Proteomics -2003 -V3 -P208-216

533. Wei Q , Paterson В M Regulation of MyoDfanction in the dividing myoblast FEB S Lett -20011. V 490(3) -P 171-178

534. Wei X, Li L Comparative glycoproteomics approaches and applications // Brief Funct Genomic Proteomic -2009 -V8(2) -P 104-113

535. Wei Y , Puzhko S , Wabitsch M, Goodyer С G Structure and activity of the human growth hormone receptor (hGHR) gene V2 promoter // Mol Endocrinol 2009 - V 23 - P 360-372

536. Weihofen A, Martoglio В Intramembrane-cleaving proteases controlled liberation of proteins and bioactive peptides //Trends Cell Biol 2003 V 13 P 71-78

537. Weinzimer S A, Gibson T B, Collett-Solberg P F, Khare A, Liu В, Cohen P Transferrin is an insulin-like growth factor-binding protein-3 binding protein J Clin Endocrinol Matab 20011. V «А ГЛЛ D 1 8ПА 1 о 14,1. T uu у TJ 1 1 UW- iO i J

538. Weiss S W , Goldblum J R Enzinger and Weiss's soft tissue tumors 4th ed // St Louis, MO Mosby, 2001

539. Wen J J , Zago MP , Nunez S , Gupta S , Burgos F N, Garg N J Serum proteomic signature of human chagasic patients for the identification of novel potential protein biomarkers of disease // Mol Cell Proteomics -2012 -Vll(8) -P 435-452

540. Westbrook J A, Yan J X ,Wait R, Dunn M J A combined radiolabelling and silver staining technique for improved visualisation, localisation, and identification of proteins separated by two-dimensional gel electrophoresis//Proteomics -2001 VI -P 370-376

541. Westbrook J A, Wheeler J X , Wait R, Welson S Y , Dunn M J The human heart proteome Two-dimensional maps using narrow-range immobilised pH gradients // Electrophoresis 2006 - V 27 -P 1547-1555

542. Wiggan O, Fadel M P, Hamel P A Pax3 induces cell aggregation and regulates phenotypic mesenchymal-epithelial interconversion ZZJ Cell Sci -2002 -V115(Pt3) -P 517-529

543. Wigmore P M, Dunglison G F The generation of fiber diversity during myogenesis ZZ Int J Dev Biol 1998 - V42(2) -P 117-25

544. Wilkins M R , Williams K L , Appel R D , Hochstrasser D F Proteomic research new frontiers in functional genomics (principle and practice) ZZ Springer Verlag Berlin 1997 -464p

545. Winder S J , Ayscough K R Actin-binding proteins ZZ J Cell Sci 2005 - V 118 - P 651-654

546. Wolfarth B, Bray MS, Hagberg JM, Perusse L , Rauramaa R, Rivera M A, Roth S M, Rankinen T , Bouchard C The Human Gene Map for Performance and Health-Related Fitness Phenotypes The 2004 Update ZZMed Sci Sports Exerc -2005 -V 37 -P 881-903

547. Wong Y C , Wang XH, Ling MT Prostate development and carcinogenesis ZZ Int Rev Cytol -2003 -V 227 P 65-130

548. Woychik R P , Klebig M L, Justice M J , et al Functional genomics in the post-genome era ZZ Mutat Res 1998 - V400 -P3-14

549. Wu C H, Apweiler R, Bairoch A, et al The Universal Protein Resource (UniProt) an expanding universe of protein information ZZ Nucleic Acids Res -2006 V 34(Database issue) -D187-D191

550. Wu C , Luo Z , Chen X , Wu C , Yao D , Zhao P , Liu L , Shi B , Zhu L Two-dimensional differential in-gel electrophoresis for identification of gastric cancer-specific protein markers ZZ Oncol Rep -2009 V 21(6) -P 1429-1437

551. Wu Q , Dhir R, Wells A Altered CXCR3 isoform expression regulates prostate cancer cell migration and invasion ZZ Mol Cancer -2012 Vll -P3

552. Wuhrer M Glycosylation profiling in clinical proteomics heading for glycan bio markers ZZ Expert Review of Proteomics -2007 -V 4(2) P 135-136

553. Wunsch AM, Lough J Histones synthesized at different stages of myogenesis are differentially degraded in myotube cells ZZJ Cell Physiol 1989 -V141 -P 97-102

554. Wunsch AM, Reinhardt K, Lough J Normal transitions in synthesis of replacement histones H2A Z and H3 3 during differentiation of dystrophic myotube cells A brief note ZZ Mech Ageingnmr 1 QQ1 \r <;0 T> TOO ir\Z

555. Xu D , McKee C M, Cao Y , Ding Y , Kessler B M , Muschel R J Matrix metalloproteinase-9 regulates tumor cell invasion through cleavage of protease nexin-1 ZZ Cancer Res -2010 -V 70(17) P 6988-6998

556. Xu G, Shin S B , Jaffrey S R Global profiling of protease cleavage sites by chemoselective labeling of protein N-termini ZZ Proc Natl Acad Sci U S A 2009 - V 106(46) - P 19310-19315

557. Xu Y, Karlsson A, Johansson M Identification of genes associated to 2',2'-difluorodeoxycytidine resistance in HeLa cells with a lentiviral short-hairpin RNA library ZZ Biochem Pharmacol 20111. V 82(3) -P 210-215

558. Xu M, Tao G, Kang M , Gao Y , Zhu H, Gong W , Wang M, Wu D , Zhang Z , Zhao Q A Polymorphism (rs2295080) in mTOR Promoter Region and Its Association with Gastric Cancer in a Chinese Population ZZ PLoS One -2013 V 8(3) P 60080

559. Yamaguchi Y, Miyagi Y, Baba H Two-dimensional electrophoresis with cationic detergents, a powerful tool for the proteomic analysis of myelin proteins Part 1 technical aspects of electrophoresis ZZ J Neurosci Res -2008 -V86(4) -P 755-765

560. Yamazaki T., Suzuki M., Irie T., Watanabe T., Mikami H., Ono S. Amyotrophic lateral sclerosis associated with IgG anti-GalNAc-GDla antibodies. // Clin Neurol Neurosurg. 2008. - V. 110(7). -P.722-724.

561. Yang MX, Liu ZX, Zhang S, Jing Y, Zhang SJ, Xie WP, Ma L, Zhu CL, Wang H. Proteomic analysis of the effect of iptakalim on human pulmonary arterial smooth muscle cell proliferation. // Acta Pharmacol Sin. 2009,- V.30(2). - P. 175-183.

562. Yang N, MacArthur D.G., Gulbin J.P., Hahn A.G., Beggs A.H., Easteal S., North K. ACTN3 Genotype Is Associated with Human Elite Athletic Performance. // Am. J. Hum. Genet. 2003. -V.73. - P.627-631.

563. Yasunaga Y., Nakamura K., Ko D., Srivastava S., Moul J.W., Sesterhenn I.A., McLeod D.G., Rhim J.S. A novel human cancer culture model for the study of prostate cancer. // Oncogene. 2001. - V.20. - P.8036-8041.

564. Ye L., Sun P.H., Martin T.A., Sanders A.J., Mason M.D., Jiang W.G. Psoriasin (S100A7) is a positive regulator of survival and invasion of prostate cancer cells.// Urol Oncol. 2012. - Jun. 11. Epub ahead of print.

565. Yi X., Long X., Xiao D., Zai H., Li Y. Rhabdomyosarcoma in adrenal region of a child with hypertension and fever: A case report and literature review. // J Pediatr Surg. 2013. - V.48(3). - P.5-8.

566. Yip Y.L., Famiglietti M., Gos A., Duek P.D., David F.P., Gateau A., Bairoch A. Annotating single amino acid polymorphisms in the UniProt/Swiss-Prot knowledgebase. // Hum Mutat. 2008. -V.29(3). - P.361-366.

567. Yoneda M., Hirokawa Y.S., Ohashi A., Uchida K., Kami D, Watanabe M., Yokoi T., Shiraishi T., Wakusawa S. RhoB enhances migration and MMP1 expression of prostate cancer DU145. // Exp Mol Pathol. 2010. - V.88(l). -P.90-95.

568. Yusenko M.V., Ruppert T., Kovacs G. Analysis of differentially expressed mitochondrial proteins in chromophobe renal cell carcinomas and renal oncocytomas by 2-D gel electrophoresis. // Int J Biol Sci. 2010. - V.6. - P.213-224.

569. Zapata I., Zerby H.N., Wick M. Functional proteomic analysis predicts beef tenderness and the tenderness differential. // J Agric Food Chem. 2009. - V.57(l 1). - P.4956-4963.

570. Zheng J, Hou ZB, Jiao NL. Effects of osteopontin downregulation on the growth of prostate cancer PC-3 cells. // Mol Med Rep. -2011. V.4(6). - P. 1225-12131.

571. Zhang C.C., Kast J. Applications of current proteomics techniques in modern drug design. // Curr Comput Aided Drug Des. 2010. - V.6(3). - P. 147-164.

572. Zhang J.S., Gong A., Cheville J.C., Smith D.I., Young C.Y. AGR2, an androgen-inducible secretory protein overexpressed in prostate cancer. // Genes Chromosomes Cancer. 2005. - V.43(3). - P.249-259.

573. Zhang J., Xu X., Gao M., Yang P., Zhang X. Comparison of 2-D LC and 3-D LC with post- and pre-tryptic-digestion SEC fractionation for proteome analysis of normal human liver tissue. // Proteomics. -2007. V.7(4). -P.500-512.

574. Zhang H, Wang Y, Chen Y, Sun S, Li N, Lv D, Liu C, Huang L, He D, Xiao X. Identification and validation of S100A7 associated with lung squamous cell carcinoma metastasis to brain. // Lung Cancer. 2007. - V.57. - P.37-45.

575. Zhang L, Shi J, Feng J, Klocker H, Lee C, Zhang J. Type IV collagenase (matrix metalloprotein-ase-2 and -9) in prostate cancer. // Prostate Cancer Prostatic Dis. 2004. - V.7. - P.327-332.

576. Zhang X, Fang A, Riley C P, Wang M, Regnier F.E, Buck C. Multi-dimensional liquid chromatography in proteomics~a review. // Anal. Chim. Acta. -2010. V.664. -P.101-113.

577. Zhang X, He F. The 12th Human Liver Proteome Project (HLPP) Workshop, September 2010, Sydney, Australia. //Proteomics. -2011. V.ll. -P.2575-2579.

578. Zhang Y, Gong L.H, Zhang H Q, Du Q, You J.F, Tian X X, Fang W.G.Extracellular ATP enhances in vitro invasion of prostate cancer cells by activating Rho GTPase and upregulating MMPs expression. //Cancer Lett. -2010. -V.293. -P.189-197.

579. Zhao F.Q, Keating A.F. Functional properties and genomics of glucose transporters. // Curr. Genomics. 2007. - V.8. - P. 113-128.

580. Zhao Y.G, Xiao A.Z, Ni J, Man Y.G, Sang Q.X. Expression of matrix metalloproteinase-26 in multiple human cancer tissues and smooth muscle cells. // Ai Zheng. 2009. - V.28. - P. 1168-1175.

581. Zhong Z, Wilson K.L, Dahl K.N. Beyond lamins other structural components of the nucleoskeleton. // Methods Cell Biol. 2010. - V.98. - P.97-119.

582. Zhou M.Y, Clark S.E, Gomez-Sanchez C.E. Universal cloning method by TA strategy. // Biotechniques. 1995. - V.19(l). - P.34-35.

583. Zhu N, Wang Z. Calreticulin expression is associated with androgen regulation of the sensitivity to calcium ionophore-induced apoptosis in LNCaP prostate cancer cells. // Cancer Res. 1999. -V.59(8). - P. 1896-1902

584. Ziebart T, Walenta S, Kunkel M, R.eichert T.E, Wagner W, Muellcr-Klieser W. Metabolic and proteomic differentials in head and neck squamous cell carcinomas and normal gingival tissue. // J Cancer Res Clin Oncol. -2011. -V. 137(2). P. 193-199.

585. Zitvogel L, Kepp O, Senovilla L, Menger L, Chaput N, Kroemer G. Immunogenic tumor cell death for optimal anticancer therapy: the calreticulin exposure pathway. // Clin. Cancer Res. 2010. -V. 16(12). -P.3100-3104.

586. Zou J, Yu X.F, Bao Z.J, Dong J. Proteome of human colon cancer stem cells: a comparative analysis. //World J Gastroenterol. 2011. - V. 17(10). -P. 1276-1285.