Сравнительное протеомное исследование белков человека, участвующих в обеспечении двигательных функций тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат биологических наук Иванов, Алексей Викторович

• Иванов, Алексей Викторович
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Иванов, Алексей Викторович

ОГЛАВЛЕНИЕ

Стр.

СПИСОК СОКРАЩЕНИИ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. Общие характеристики и постгеномные исследования белков человека, обеспечивающих двигательную функцию; биомедицинские аспекты (обзор литературы)

1.1. Общие представления о «мажорных» белках человека с двигательными функциями

1.1.1 Основные белки, участвующие в мышечном сокращении. 1.1.2. Основные белки, обеспечивающие клеточную подвижность

1.2. Протеомные подходы к изучению белков, вовлечённых в обеспечении двигательных функций у человека. 1.2.1. Формирование и основные этапы в развитии протеомики человека 1.2.2. Протеомика мышечных белков человека в постгеномном периоде. 1.2.3. Протеомика белков, обеспечивающих клеточную подвижность

1.3. Основные подходы к поиску белковых биомаркеров, связанных с нарушениями двигательных функций

1.4. Рак простаты - актуальная проблема онкоурологии и поиски белковых биомаркеров рака простаты. 1.4.1. Общие характеристики рака простаты 1.4.2. Простат-специфический анатиген и некоторые потенциальные белковые биомаркеры рака простаты

ГЛАВА 2. Материалы и методы

2.1. Реактивы и биологические материалы

2.2. Методы культивирования клеток человека и получения препаратов клеточной биомассы для дальнейших исследований

2.3. Методы получения препаратов клеточных белков, составляющих ядерный протеом

2.4. Подготовка белковых экстрактов из образцов тканей и культивируемых клеток

2.5. Фракционирование белков двумерным электрофорезом. 2.5.1. Изоэлектрофокусирование и неравновесное фокусирование в полиакрила-мидном геле в градиенте рН, сформированном амфолинами. 2.5.2. Изоэлектрофокусирование в иммобилиновом градиенте рН. 2.5.3. БОБ-электрофорез в пластинах полиакрил амид ного геля. 2.5.4 Детекция белков на гелевых пластинах

2.6. Денситометрия и компьютерный анализ результатов двумерного электрофо-

реза с использованием программ фирмы GE Healthcare.

2.7. Масс-спектрометрическая идентификация белков

2.8. Определение концентрации белков

2.9. Статистическая обработка результатов

ГЛАВА 3. Полученные результаты и их обсуждение

3.1. Протеомное изучение «мажорных» белков из биоптатов и аутоптатов т. vastus lateralis человека, формирование модуля «Белки скелетных мышц» для отечественной базы данных «Протеомика мышечных белков человека». 3.1.1. Результаты двумерного электрофореза белков из биоптатов и аутоптатов т. vastus lateralis человека и построение двумерной белковой карты (обобщенного синтетического изображения). 3.1.2. Результаты масс-спектрометрической идентификации белков скелетных мышц. 3.1.3. Встраивание модуля «Белки скелетных мышц» в отечественную базу данных «Протеомика мышечных белков человека»

3.2. Сравнительное изучение в культивируемых мышечных клетках человека отдельных групп белков, вовлеченных в обеспечение двигательных функций; проте-омная идентификация потенциального биомаркёра - нового белкового продукта гена кальдесмона (CALD1). $8

3.3. Разработка подхода к протеомному анализу средне- и низкокопийных белков человека, вовлеченных в обеспечение двигательной функции. 3.3.1. Протеомный анализ общих ядерных белков, полученных из культивируемых миобластов человека, клеток рабдомиосаркомы и некоторых других клеточных линий. 3.3.2. Протеомный анализ гистонов, полученных из культивируемых миобластов человека, клеток рабдомиосаркомы и некоторых других клеточных линий. 3.3.3. Протеомный анализ постгистоновых ядерных белков, полученных из культивируемых миобластов человека, клеток рабдомиосаркомы и некоторых других клеточных линий

3.4. Сравнительный протеомный анализ потенциального биомаркёра - серпина Н1, в линиях клеток рабдомиосаркомы RD и А-204, а также ряда эпителиоподобных клеточных линий человека

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

АА акриламид

а.о. аминокислотные остатки в белках

АСБ актин-связывающие белки

АТФ аденозинтрифосфат

ДГПЖ доброкачественная гиперплазия предстательной железы

ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота

кДа килодальтон

МБА метиленбисакриламид

ЛЦМ легкая цепь миозина

Мм молекулярная масса

мРНК матричная рибонуклеиновая кислота

ПААГ полиакрил амид ный гель

ПЖ(Ч) предстательная железа (человека)

ПИН простатическая интраэпителиальная неоплазия

ПСА персульфат аммония

ПЦР полимеразная цепная реакция

РНК рибонуклеиновая кислота

РПЖ рак предстательной железы

ТЕМЕ Д N,N,N',N' -тетраметилэтилендиамин

ТМ тропомиозин

ТЦМ тяжелая цепь миозина

2D-DIGE двумерный дифференциальный электрофорез в геле

2D-PAGE двумерный электрофорез (в полиакриамидном геле)

ESI электроспрейная ионизация

ICAT метод изотопно меченных аффинных мишеней

IEF изоэлектрофокусирование

IEF-PAGE электрофорез в градиенте рН, созданном амфолитами

Ig иммуноглобулин

IPG-PAGE электрофорез в иммобилизованном градиенте рН

MALDI(-TOF) опосредованная матрицей (времяпролетная) лазерная десорбция/

ионизация

MS масс-спектрометрия

MS/MS тандемная масс-спектрометрия

Mud-LC многомерная жидкостная хроматография

NCBI национальный центр биотехнологической информации в США

(National Centre for Biotechnology Information)

NEPHGE неравновесный электрофорез в градиенте рН

OMIM компьютерная база данных о менделирующих признаках челове-

ка (On line Mendelian Inheritance of Man), входящая в банк данных NCBI

pi изоэлектрическая точка

PBS Na-фосфатный буфер

RT-PCR полимеразная цепная реакция в реальном времени

SDS додецилсульфат натрия

SELDI(-TOF) усиленная поверхностью (времяпролетная) лазерная десорбция/

ионизация

SILAC метод меченных стабильными изотопами аминокислот в клеточ-

ной культуре

SNP однонуклеотидный полиморфизм

TRIS трис {гидроксиметил} аминометан

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Сравнительное протеомное исследование белков человека, участвующих в обеспечении двигательных функций»

ВВЕДЕНИЕ.

Актуальность темы. Обеспечение различных видов движений у живых организмов является одной из наиболее важных белковых функций - двигательной. Эта функция ярко проявляется сокращением различных видов мышц, а также способностями у подавляющего большинства клеток с другими типами дифференцировки к изменениям своей формы и движению в различных средах, окружающих эти клетки [Зенгбуш П. 1982; Поглазов Б.Ф., Левицкий Д.И. 1982; Schiaffino S„ Reggiani, С. 1996; Шишкин С.С. с соавт 2004; Murphy D.A., Courtneidge S.A. 2011 и др.]. К настоящему времени, благодаря многолетним усилиям биохимиков, а также ученых смежных специальностей накоплен большой объем сведений о белках человека, как непосредственно участвующих в мышечном сокращении, так и о тех белках, которые обеспечивают клеточную подвижность. В частности, в ходе исследований по международному проекту «Геном человека» было установлено, что у человека имеется, как минимум, 376 так называемых моторных генов («motor»), непосредственно обеспечивающих двигательные функции, а также 1453 гена, кодирующих цитоске-летные белки и белки клеточной адгезии, которые имеют прямое отношение к клеточной подвижности [Venter C.J. et al. 2001]. Соответственно, для системного изучения белков указанных групп во многих странах ведутся работы по созданию и поддерживанию специальных информационных ресурсов, предназначенных для обеспечения разнообразных биомедицинских исследований. В этом отношении на фоне информационных ресурсов, созданных, например, в Ирландии (UCD-2DPAGE, http://proteomics-portal.ucd.ie:8082/cgi-bin/2d/2d.cgi) и в Индии («Human Proteinpedia», www.humanproteinpedia.org), достижения отечественных исследователей выглядят пока весьма скромными.

С началом постгеномной эры в биохимии для изучения белков человека, непосредственно участвующих в мышечном сокращении, активно привлекаются протеомные технологии [Шишкин С.С. с соавт 2004; Urbonavicius S. et al. 2009; Gelfi С. et al. 2011 и др.]. Как объекты для протеомного изучения мышечные ткани и органы, содержащие по массе существенную часть белков организма человека, представляют значительный интерес по ряду причин. Известно, что при формировании и функционировании мышечных тканей и органов происходят закономерные изменения генной экспрессии, которые находят отражение в так называемых белковых профилях и протеомный анализ позволяет прецизионно характеризовать эти процессы [Торро S. et al. 2003; Urbich С. et al. 2011]. Существует достаточно много заболеваний мышечных тканей и органов, и протеомные исследования открывают пучь к выяснению патогенеза этих заболеваний, а также способствуют выявлению диагностически значимых молекулярных маркеров [De Palma S. et al. 2006; Celegato

В. et al. 2006; Polkinghorne V.R. et al. 2009; Pilop C. et al. 2009]. В связи с различиями в дифференцировке мышечных клеток и особенностями морфологии мышечных органов, включая отдельные скелетные мышцы, с помощью протеомных технологий создаются условия для поиска ткане- и органо-специфичных белков, среди которых могут находиться новые белковые изоформы или новые белки [Schessl J et al. 2008; Jedrychowski M.P. et al. 2010; Hammer E. et al. 2011].

Протеомные технологии активно применяются также для изучения различных белков человека, обеспечивающих клеточную подвижность, в отношении клеток с различными типами дифференцировки, а также клеток злокачественных опухолей, в связи с тем, что в основе и инвазивности, и метастазирования лежат особые нарушения клеточной подвижности, в которых принимают участие ряд актин-связывающих белков (АСБ), а также цитоскелетные и мембранные белки [Weaver A.M. 2008; Albiges-Rizo С. et al. 2009; Shankar J. et al. 2010]. Выявление таких нарушений, с одной стороны, открывает пути к развитию представлений о молекулярных основах раковой трансформации клеток и роли в этом определенных представителей (изоформ) различных белковых семейств [Giubellino

A. et al. 2007; Albiges-Rizo С. et al. 2009 и др.], а с другой, может расширить список потенциальных биомаркеров опухолевых заболеваний. Например, в качестве биомаркеров рака простаты изучаются некоторые изоформы семейства ß-тимозинов, относящегося с АСБ, и семейства аннексинов, участвующих в обеспечении взаимодействий цитоскелетных и мембранных белков [Hutchinson L.M. et al. 2005; Schostak M. et al. 2009]. Интерес к последним (с учётом того, что простата рассматривается как мышечно-эпителиальный орган) обусловлен весьма интенсивным ростом заболеваемости раком простаты в России (2 место в структуре онкопатологии), и в ряде стран Запада [Wolf A.M. et al. 2010; Чиссов

B.И. с соавт. 2011 и др.]. На особую актуальность подобных исследований указывает целый ряд авторов, подчеркивая существующие потребности в надежных молекулярных маркерах рака простаты [Stamey Т.А. et al. 2004; Lim L.S. et al. 2008; Allioli N. et al. 2011 и

др!

Цель и задачи исследования.

Основной целью данной диссертационной работы стало сравнительное протеомное изучение белков человека, учас твующих в обеспечении двигательных функций, создание предпосылок для формирования отечественной базы данных об этих белках и поиск потенциальных биомаркеров

В соответствии с целью исследования в работе решались следующие задачи: 1. Провести протеомное изучение мажорных белков в образцах скелетной мышцы человека и использовать полученные результаты для создания соответствующего биоинформа-

ционного ресурса, оформленного как отдельный модуль для отечественной базы данных «Протеомика мышечных белков человека».

2. Провести сравнительное изучение отдельных групп белков в различных биоматериалах (биоптатах и аутоптатах некоторых мышечных тканей и органов, а также в культивируемых клетках) и оценить проявления полиморфизма этих белков.

3. Изучить средне- и низкокопийные ядерные белки в культивируемых нормальных мышечных клетках человека с использованием предварительного выделения ядер и с применением протеомных методов.

4. Построить 3D-модели протеомного распределения гистонов и провести сравнительных анализ их микрогетерогенности в культивируемых клетках, включая клетки злокачественных и доброкачественных опухолей простаты.

5. Провести с помощью протеомных методов поиск потенциальных белковых биомаркеров рака простаты в культивируемых клетках человека.

Научная новизна работы.

Сформирован новый биоинформационный модуль в отечественную базу данных «Протеомика мышечных белков человека» на основе протеомного изучения 89 «мажорных» белков из биоптатов и аутоптатов т. vastus lateralis человека.

Установлено, что в культивируемых скелетномышечных миобластах человека присутствует новый белковый продукт гена кальдесмона (CALD1), который по результатам протеомного анализа обладает меньшей молекулярной массой по сравнению с известными изоформами кальдесмона человека.

При сравнительном протеомном анализе трех препаратов ядерных белков (суммарные ядерные белки, гистоны, постгистоновые ядерные белки) полученных из культивируемых мышечных клеток человека, а также из некоторых опухолевых клеток, удалось выявить ряд средне- и низкокопийных белков. Построены новые ЗО-модели протеомного распределения гистонов, которые свидетельствуют о микрогетерогенности этих белков, вероятно, связанной с изменениями пролиферативного потенциала изученных клеток.

Научно-практическая значимость работы.

Созданная двумерная карта белков скелетной мышцы человека стала основой для формирования биоинформационного модуля «Белки скелетных мышц». Подготовлены методические рекомендации по применению компьютерных программ из пакета ImageMaster 2D Platinum, версий 6 и 7 («GE Healthcare») для решения задач, связанных с анализом распределения белковых фракций на двумерных электрофореграммах.

Показано, что серпин HI (белковый продукт гена SERPINH1) можно рассматривать как потенциальный биомаркер опухолей эпителиального генеза по результатам сравнительного протеомного анализа белков клеточных линий, моделирующих рак и гиперплазию простаты.

Основные положения диссертации, выносимые на защиту.

1. На основе протеомного изучения «мажорных» белков из биоптатов и аутоптатов т. vastus lateralis человека сформирован специальный модуль в отечественную базу данных «Протеомика мышечных белков человека», который включает результаты идентификации 89 белковых фракций, являющихся продуктами экспрессии 55 генов. Среди идентифицированных белков выявлены;

а) изоформы миозинов, актинов и других саркомерных белков, обеспечивающих двигательную функцию (26), ряд цитоплазматических ферментов и других цитоплазматических белков (26), а также некоторые митохондриальные белки (17) и белки с другой внутриклеточной локализацией;

б) изоформы тропонинов, Н- и L- р-енолазы и ряд других белков, специфичных для поперечнополосатых мышц, которые могут служить биомаркерами дифференцировки по мышечному типу (19);

в) несколько необычных для 20Е-аиализа белковых фракций, в частности, белки, содержащие PDZ и LIM-домены (pi > 8,70), а также «фрагменты» известных белков и стабильный комплекс ферритиновых цепей.

2. По результатам протеомного анализа культивируемых скелетномышечных миобластов человека установлено, что в этих клетках присутствует новый белковый продукт гена кальдесмона (CALD1).

3. При протеомном анализе белковых препаратов (суммарные ядерные белки, гистоны, постгистоновые белки), полученных из культивируемых мышечных клеток человека выявлен ряд средне- и низкокопийных белков, а также обнаружена микрогетерогенность гистоновых белков, вероятно связанная с изменениями пролиферативного потенциала изученных клеток.

4. Сравнительный протеомный анализ серпина HI в линиях клеток рабдомиосаркомы RD и А-204, а также ряда эпителиоподобных клеточных линий человека простаты (ВРН-1 -доброкачественная гиперплазия, LNCaP, РСЗ и DU145 - рак) показал, что в клетках обеих линий рабдомиосаркомы этот белок присутствовал в количествах, сопоставимых с его содержанием в немалигнизированных клетках простаты, а в раковых клетках содержание серпина HI было резко сниженным.

Апробация работы.

Материалы данной работы докладывались на международных и российских конференциях, в том числе: Конференции молодых ученых с международным участием «Актуальные вопросы лучевой диагностики и онкологии» (Москва, 2008), IV Российском симпозиуме «Белки и пептиды» (Казань, 2009), I международной научно практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Москва, 2010), V Российского симпозиума «Белки и пептиды». (Петрозаводск, 2011) и др.

Публикации по материалам работы.

По теме диссертации опубликовано 15 научных работ, включая 5 статей в профильных рецензируемых российских и международных журналах (из них 1 в зарубежной печати), 2 статьи в сборниках, 1 информационно-методическое письмо и 7 тезисов докладов.

Структура и объем диссертации.

Диссертация изложена на 129 страницах, состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, изложения результатов и их обсуждения, заключения, выводов, списка цитируемой литературы. Работа содержит 12 таблиц и 25 рисунков, а также приложение «Методические разработки по проведению копьютерного анализа изображений двумерных электрофореграмм с помощью специализированного пакета программ ImageMaster 2D Platinum версии 6 и 7 («GE Healthcare»)».

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Иванов, Алексей Викторович

выводы

1. На основе протеомного изучения «мажорных» белков из биоптатов и аутоптатов т. vastus lateralis человека сформирован специальный модуль в отечественную базу данных «Протео-мика мышечных белков человека», который включает результаты идентификации 89 белковых фракций, являющихся продуктами экспрессии 55 генов. Среди идентифицированных белков выявлены: а) изоформы миозинов, актинов и других саркомерных белков, обеспечивающих двигательную функцию (26), ряд цитоплазматических ферментов и других цитоплазматических белков (26), а также некоторые митохондриальные белки (17) и белки с другой внутриклеточной локализацией; б) изоформы тропонинов, Н- и L- р-енолазы и ряд других белков, специфичных для поперечнополосатых мышц, которые могут служить биомаркерами дифференцировки по мышечному типу (19); в) несколько необычных для 2ВЕ-анализа белковых фракций, в частности, белки, содержащие PDZ и LIM-домены (р! > 8,70), а также «фрагменты» известных белков и стабильный комплекс ферритиновых цепей.

2. По результатам протеомного анализа культивируемых скелетномышечных миобластов человека установлено, что в этих клетках присутствует новый белковый продукт гена каль-десмона (CALD1).

3. При протеомном анализе белковых препаратов (суммарные ядерные белки, гистоны, по-стгистоновые белки), полученных из культивируемых мышечных клеток человека выявлен ряд средне- и низкокопийных белков, а также обнаружена микрогетерогенность гистоновых белков, вероятно связанная с изменениями пролиферативного потенциала изученных клеток.

4. Сравнительный протеомный анализ серпина HI в линиях клеток рабдомиосаркомы RD и А-204, а также ряда эпителиоподобных клеточных линий человека простаты (ВРН-1 - доброкачественная гиперплазия, LNCaP, РСЗ и DU145 - рак) показал, что в клетках обеих линий рабдомиосаркомы этот белок присутствовал в количествах, сопоставимых с его содержанием в немалигнизированных клетках простаты, а в раковых клетках содержание серпина HI было резко сниженным.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

Завершение международного проекта «Геном человека» трансформировалось в последние десятилетия в постгеномную эру в развитии биологии. Было установлено, что у человека имеется, не менее 376 так называемых моторных генов («motor»), непосредственно обеспечивающих двигательные функции, 1453 гена - кодирующих цитоскелетные белки и белки клеточной адгезии, также имеющих прямое отношение к клеточной подвижности. Соответственно, для системного изучения белков указанных групп активно ведутся работы по созданию и поддерживанию специальных информационных ресурсов, предназначенных для обеспечения разнообразных биомедицинских исследований. И в частности, с этой целью активно привлекаются проте-омные технологии. На основе этих технологий был сформирован новый биоинформационный модуль в отечественную базу данных «Протеомика мышечных белков человека» на основе про-теомного изучения 89 «мажорных» белков продуктов 55 генов из биоптатов и аутоптатов т. vastus lateralis человека.

В связи с различиями в дифференцировке мышечных клеток и особенностями морфологии мышечных органов, включая отдельные скелетные мышцы, с помощью протеомных технологий создаются условия для поиска ткане- и органо-специфичных белков, среди которых могут находиться новые белковые изоформы или новые белки. Проведенное исследование позволило выявить в культивируемых скелетномышечных миобластах человека новый белковый продукт гена кальдесмона (CALD1), который по результатам протеомного анализа обладает меньшей молекулярной массой по сравнению с известными изоформами кальдесмона человека.

Протеомные технологии активно применяются для изучения различных белков человека, обеспечивающих клеточную подвижность, в отношении клеток с различными типами дифференцировки, а также клеток злокачественных опухолей, в связи с тем, что в основе и инвазивности, и метастазирования лежат особые нарушения клеточной подвижности, в которых принимают участие ряд актин-связывающих белков (АСБ), а также цитоскелетные и мембранные белки, зачастую имеющие средне- и низкокопийную представленность. Выявление таких нарушений может представлять существенный интерес в изучении механизмов метастазирования. Проведенный протеомный анализ трех препаратов ядерных белков (суммарных ядерных, гистонов, постгистоновых ядерных) полученных из культивируемых клеток мышечного и немышечного происхождения человека, позволил выявить ряд средне- и низкокопийных белков, а также охарактеризовать микрогетерогенность гистоновых белков и продуктов гена виментина, вероятно связанных с изменениями пролиферативного потенциала изученных клеток.

Одно из принципиально важных направлений в протеомных исследованиях белков при различных видах патологии связывают с поисками соответствующих биомаркеров. К настоящему времени выполнен целый ряд исследований с определением и использованием биомаркеров, характеризующих нарушения двигательной функции клеток при различных заболеваниях (особенно онкологических), стали по существу особым направлением в биомедицинских исследованиях. Однако многие подобные задачи (и важные в практическом отношении) пока не находят своего решения. В частности, остается нерешенной задача выявления эффективного биомаркера рака простаты. На особую актуальность подобных исследований указывает целый ряд авторов, подчеркивющих тенденцию к росту этого заболевания как в России (2 место в структуре онкопатологии), так и в ряде стран Запада. В связи с этим в рамках данного исследования было проведено сравнительное протеомное исследование эпителиоподобных клеточных линий человека простаты (ВРН-1 - доброкачественная гиперплазия, Ь1МСаР, РСЗ и ВШ45 -рак). По полученным результатам удалось определить, что серпин Н1 (белковый продукт гена ЭЕКРШШ) проявляет максимально выраженные количественные различия между клеточными линиями, моделирующими рак и гиперплазию простаты. Соответственно, указанный белок предлагается рассматривать как потенциальный биомаркер опухолей простаты эпителиального гене-за, который является перспективным для дальнейших исследований.

Таким образом, представляется очевидным, что протеомные подходы позволят обеспечить дальнейшее развитие фундаментальных исследований белков человека. Вместе с тем, можно предполагать, что развитие и внедрение протеомных технологий в биомедицинские исследования проблем онкопатологии человека будут полезны для решения насущных задач медицинской практики.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Иванов, Алексей Викторович, 2012 год

СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Арчаков А.И Что после геномики? Протеомика. // Вопр. Мед. химии. 2000. Т.46. С.335-343.

2. Березов Т.Т., Коровкин Б.Ф. Биохимия. Из-во Медицина, Москва, 1998. С.645-660.

3. Говорун В.М., Арчаков А.И. Протеомные технологии в современной биомедицинской науке. // Биохимия. 2002. Т.67. С. 1341-1359.

4. Гублер Е.В., Генкин А. А., Применение непараметрических критериев статистики в медико-биологических исследованиях.// Из-во «Медицина». 1973. 141с.

5. Гусев КБ. Основы биохимии мышечных тканей. // В кн.: «Мышечные ткани» под. ред. Ю.С. Ченцова. М. Из-во «Медицина». 2001. С.176-267.

6. ЕреминаЛ.С., Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Торопыгин И.Ю., Буракова М.И., Ковалева М.А., Макаров A.A., Дзеранов Н.К., Казаченко A.B., Tompoe К.И., Кононков И.В., Лоран О.Б. Биохимический полиморфизм трансгелинов в простате человека при гиперплазии и раке. // Вопр. биол. мед.фарм. химии. 2007. №3. С.49-52.

7. Зенгбуш П. Молекулярная и клеточная биология. / Из-во «Мир». М.. 1982. т.2. 149211.

8. Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Иволгина Г.Л., Громов П.С., Шандала A.M. Выявление межлинейного полиморфизма белков сердечной мышцы мышей методом двумерного электрофореза. //Биохимия. 1986. Т.51. №6. С.896-908.

9. Ковалева М.А., Ковалев Л.И., Худайдатов А.К, Ефимочкин A.C., Штикин С.С. Сравнительный анализ белкового состава скелетной и сердечной мышцы человека методом двумерного электрофореза. // Биохимия. 1994. т.59, №5, 675-681.

10. Ковалев Л.И., Ковалева М.А., Ковалев П.Л., Серебрякова М.В., Мошковский С.А., Шишкин С.С. Полиморфизм ДЗ,5-А2,4-диеноил-коэнзим А изомеразы (белкового продукта гена ЕСН1) в поперечнополосатой мышечной ткани человека. // Биохимия, 2006, 71, вып. 4, 554 - 560.

11. Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Хасигов П.З., Дзеранов Н.К., Казаченко A.B., Ковалева М.А., Торопыгин И.Ю., Мамыкина С.В. Идентификация белка AGR2 - нового потенциального маркера рака с использованием протеомных технологий. Приклад, биохимия и микробиол. 2006. т.42, №4. С.480-484.

12. Ковалев Л.И., Пуляева Е.В., Ильинский Р.В., Фещенко С.П., Шигикин С.С. Изучение топографических особенностей и изменений в отногенезе легких цепей миозина в миокарде человека. // Онтогенез, 1990, Т.21, №2, 218-222

13. Ковалева М.А., Ковалев Л.И., Торопыгин И.Ю., Шигеев СВ., Иванов A.B., Шишкин С. С. Протеомный анализ белков скелетной мышцы im. vastus lateralis) человека, идентификация 89 белковых продуктов генной экспрессии. // Биохимия, 2009, Т.74 №11, 1524-1538.

14. Лаптев A.B., Шишкин С.С., Егоров Ц.А., Ковалев Л.И., Цветкова М.Н., Галюк М.А., Мусалямов А.Х., Ефимочкин A.C. Поиск новых продуктов генной экспрессии в сердечной мышце человека. Микросеквенирование белков после двумерного электрофореза // Молекуляр. биология, 1994. Т.28, 52-58.

15. Левицкий Д.И. Актиномиозиновые системы биологической подвижности // Биохимия. 2004. Т.69. С. 1447-1462.

16. Макаров A.A. Протеомное исследование белков культивируемых мышечных и эпителиальных клеток человека. / Автореф. канд. дисс. М. 2009. 24с.

17. Марри Р., Греннер Д., Мейес П., Родуэлл В. Биохимия человека. // М. Из-во «Мир». 1993. Том 1 и 2.

18. Моногарова Н.Е., Мороз Т.В., Минаев A.A. Недостаточность альфа-1-антитрипсина. // Гастроэнтерология. 2009.

19. Николаев E.H. Масс-спектрометрия в протеомике. Применение масс-спектрометров с высокой точностью изменений масс в исследованиях молекулярного полиморфизма протеомов. / В кн.: Молекулярный полиморфизм человека, Под ред. С.Д. Варфоломеева. М. Из-во РУДН. 2007. Т.1. С. 1-82.

20. Остерман Л.А. Исследования биологических макромолекул электрофокусированием, иммуноэлектрофорезом и радиоизотопными методами. // Из-во «Наука». 1983. С.45-260.

21. Остерман Л.А. Методы исследования белков и нуклеиновых кислот. // М. Из-во Московского центра непрерывного математического образования. 2002. 247с.

22. Поглазов Б.Ф., Левицкий Д.И. Миозин и биологическая активность. // М. Из-во «Наука». 1982. 160с.

23. Примроуз С., Тваймен Р. Геномика. Роль в медицине. // Из-во «БИНОМ. Лаборатория знаний» М. 2008. 277с.

24. Пуляева Е.В., Ковалев Л.И., Цветкова М.Н., Шишкин С.С., Болдырев НИ. Двумерная карта белков левого желудочка сердца человека. // Биохимия. 1990. Т.55. №3. С.489-498

25. Шамова О.В., Орлов Д.С., ЯлациковаЕ.В., Орлов С.Б., Кокряков ВН. Изучение взаимодействия антимикробных пептидов с белками из семейства ингибиторов се-риновых. //Фундаментальные исследования. 2011. - №9 - С. 344-348

26. Ширинский В.П., Воротников A.B. Клеточная подвижность в сердечно-сосудистой системе. // Природа. 2005. №12. С. 39-44

27. Шишкин С.С. Молекулярно-анатомическое направление в биохимической генетике. // Вестник АМН СССР, 1985, №1. С.78-84.

28. Шишкин С.С., КовалевЛ.И., Громов П.С. Функциональная геномика человека и протеомика, как раздел функциональной геномики // В кн: "Многоликость современной генетики человека" под ред. С.С.Шишкина. Москва-Уфа, Из-во "Гилем". 2000. С. 17-50.'

29. Шишкин С.С. От структурной геномики к функциональной: теоретические и прикладные аспекты. // Вест. РАМН. 2002, №4, С. 11-16.

30. Шишкин С.С., Ковалев Л.И., Ковалева М.А. Протеомные исследования мышечных белков человека и некоторых других позвоночных. // Биохимия 2004. Т.69. С. 15741589.

31. Шишкин С. С., Ковалев Л.И., Крахмалева И.Н. Ковалева М.А. Еремина Л. С. Попов В. О. Биомедицинские аспекты в исследованиях биохимического полиморфизма актинов и некоторых актин-связывающих белков. // В кн.: «Молекулярный полиморфизм человека». Под. ред. С.Д. Варфоломеева. Глава: М. Из-во РУДН. 2007. т.2. с.483-539.

32. Шишкин С.С., Ковалев Л.И., Ковалева М.А., Крахмалева И.Н., Лисицкая КВ., Еремина Л.С., Иванов A.B., Герасимов Е.В., СадыховЭ.Г., УласоваИЮ., Соколова О.С., Торопыгин И.Ю., Попов В.О. База данных «Протеомика рака простаты». // Acta Naturae 2010. Т.2. №4 (7) С.58-68.

33. Шишкин С.С., Ковалев Л.И., Крахмалева И.Н., Ковалева М.А. Полиморфизм мышечных белков человека. // Из-во РУДН. М. 2011. 572 с.

34. Чиссов В.И., Старинский В.В., Петрова Г.В. (ред.) Злокачественные новообразования в России в 2009 году (заболеваемость и смертность). //М.: ФГУ «МНИОИ им. П.А. Герцена Минздравсоцразвития России», 2011. 260 с.

35. AdleyBP., YangXJ. Alpha-methylacyl coenzyme A racemase immunoreactivity in partial atrophy of the prostate.// Am J Clin Pathol. 2006;126(6):849-55.

36. Agrawal P.B.; Strickland C.D.; Midgett C; Morales A.; Newburger D.E.; Poulos M.A.; TomczakK.K.; Ryan M.M.; Iannaccone S.T.; CrawfordT.O.; LaingN.G.; Beggs A.H. Heterogeneity of nemaline myopathy cases with skeletal muscle alpha-actin gene mutations. // Ann. Neurol. 2004. V.56. P.86-96.

37. AlaiyaA., Roblick U., EgevadL., Carlsson A., Franzen B., VolzD,, Huwendiek S., Linder S., Auer G. Polypeptide expression in prostate hyperplasia and prostate adenocarcinoma. //Anal. Cell Pathol. 2000; 21(l):l-9.

38. Alaiya A.A., Oppermann M„ Langridge J. et al. Identification of proteins in human prostate tumor material by two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry. // Cell Mol. Life Sei. 2001; 58(2):307-ll.

39. Anborgh PH., Wilson SM., Tuck AB., WinquistE., Schmidt N., Hart R., Kon S., Maeda M., Uede T., StittLW., Chambers AF. New dual monoclonal ELISA for measuring plasma osteopontin as a biomarker associated with survival in prostate cancer: clinical validation and comparison of multiple E LIS As./7 Clin Chem., 2009; 55(5):895-903.

40. Anderson N.G., Anderson L. Molecular anatomy. // Behring . Inst. Mitt. 1979. V.63. P.169-210.

41. Anderson N.G., Anderson L. The Human protein index. // Clin.Chem., 1982, v.28, 739748.

42. Anderson N.G., Anderson L. Twenty years of two-dimensional electrophoresis: Past, present and future. // Electrophoresis. 1996. V.17. P.443-453.

43. Anderson N.G. Matheson A., Anderson L. Back to the future: the human protein index (HPI) and the agenda for post-proteomic biology. // Proteomics. 2001, V.l. P.3-12.

44. Anderson N.L., Anderson N.G. A two-dimensional gel database of human plasma proteins. // Electrophoresis. 1991. V.12(l 1). P.883-906.

45. Anderson N.L., Polanski M„ Pieper R„ Gatlin T., Tirumalai R.S., Conrads T.P., Veenstra T.D., Adkins J.N., Pounds J.G., Fagan R., LobleyA. The human plasma proteome: a nonredundant list developed by combination of four separate sources. // Mol. Cell Proteomics. 2004. V.3(4). P.311-326.

46. Anderson P.A., GreigA., MarlcT.M., MaloufN.N., Oakeley A.E., Ungerleider R.M., Allen P.D., Kay B.K. Molecular basis of human cardiac troponin T isoforms expressed in the developing, adult, and failing heart. // Circ. Res. 1995. V.76. P.681-686.

47. Alban A., David S.O., Bjorkesten L. Andersson C, Sloge E, Lewis S, Currie 1. . A novel experimental design for comparative two-dimensional gel analysis: two-dimensional difference gel electrophoresis incorporating a pooled internal standard // Proteomics, 2003; v. 3, pp. 36-44.

48. Albiges-Rizo C, Destaing 0„ Fourcade B., Planus E., Block M.R. Actin machinery and mechanosensitivity in invadopodia, podosomes and focal adhesions. // J Cell Sei. 2009. V.122(Pt 17). P.3037-3049.

49. Attanasio F., Caldieri G., Giacchetti G., van Horssen R., Wieringa В., Buccione R. Novel invadopodia components revealed by differential proteomie analysis. // Eur J Cell Biol. 2011. V.90. P.115-127.

50. Baisden J.M., Qian Y, ZotH.M., Flynn D.C. The actin filament-associated protein AFAP-110 is an adaptor protein that modulates changes in actin filament integrity. // Oncogene. 2001. V.20. P.6435-6447.

51. Barboro, P., Rubagotti, A., Orecchia, P., Spina, B., Truini, M., Repací, E., Carmignani, G., Romagnoli, A., Introini, C„ Boccardo, F., Carnemolla, B., andBalbi, C. Differential proteomie analysis of nuclear matrix in muscle-invasive bladder cancer: potential to improve diagnosis and prognosis. // Cell Oncol. 2008. 30, 13-26.

52. Ballestrem C„ Wehrle-Haller B„ ImhofB.A. Actin dynamics in living mammalian cells. // J. Cell Sci. 1998. V.l 11 (Pt 12). V.1649-1658.

53. Barry, S.P., Jayasinghe, S.N., Pericleous, C., Hubank, M, Latchman, D.S., and Stephanou, A. Gene expression studies on bio-electrosprayed primary cardiac myocytes. // Biotechnol J. 2008. 3(4):530-535.

54. Barton P.J.R.; Buckingham M.E. The myosin alkali light chain proteins and their genes. // Biochem. J. 1985. V.231. P.249-261.

55. Bear J.E., GertlerF.B. Ena/VASP: towards resolving a pointed controversy at the barbed end. // J. Cell Sci. 2009. V.122(Pt 12). P.1947-1953.

56. Beck A.H., Lee C.H., Witten D.M., Gleason B.C., Edris B., Espinosa I., Zhu S., LiR., Montgomery K.D., Marinelli R.J., Tibshirani R., Hastie T., Jablons D.M., Rubin B.P., Fletcher C.D., West R.B., van de Rijn M. Discovery of molecular subtypes in leiomyosarcoma through integrative molecular profiling. // Oncogene. 2010. V.29. P.845-854.

57. BelkinA.M., Ornatsky O.l., Kabakov A.E., Glukhova M.A., Koteliansky V.E. Diversity of vinculin/meta-vinculin in human tissues and cultivated cells. Expression of muscle specific variants of vinculin in human aorta smooth muscle cells. // J. Biol. Chem. 1988. V.263. P.6631-6635.

58. BergJ.S., Powell B.C., Cheney R.E. A millenial myosin census. // Mol. Biol. Cell. 2001. V.12. P.780-794.

59. Billeter, R., Heizmann, C.W., Howald, H., and Jenny, E. Analysis of myosin light and heavy chain types in single human skeletal muscle fibers. // Eur J Biochem. 1981.

116(2) :3 89-395.

60. Blair E., Redwood C., de Jesus Oliveira M., Moolman-Smook J.C., Brink P., Corfield V.A., Ostman-Smith I., Watkins H. Mutations of the light meromyosin domain of the beta-

myosin heavy chain rod in hypertrophic cardiomyopathy. // Circ. Res. 2002. V.90. P.263-269.

61. Bladou F., Gleave M.E., Penault-Llorca F. et ah In vitro and in vivo models developed from human prostatic cancer.//Prog Urol., 1997; 7(3):384-396.

62. BlindtR., Zeiffer U., Krott N.. Filzmaier K., Voss M, Hanrath P., vom Dahl J., Bosserhoff A.K Upregulation of the cytoskeletal-associated protein Moesin in the neointima of coronary arteries after balloon angioplasty: a new marker of smooth muscle cell migration? // Cardiovasc. Res. 2002. V.54. P.630-639.

63. Brown D., Dykes A., Black J., Thatcher S., Fultz M.E., Wright G.L. Differential actin isoform reorganization in the contracting A7r5 cell. // Can. J. Physiol. Pharmacol. 2006. V.84. P.867-875.

64. Bora P.S.; Bora KS.; Wu X.; Kaplan HJ.; Lange L. G. Molecular cloning, sequencing, and characterization of smooth muscle myosin alkali light chain from human eye cDNA: homology with myocardial fatty acid ethyl ester synthase-III cDNA. // Genomics. 1994. V.19. P. 186-188.

65. Borgono CA, Diamandis EP. The emerging roles of human tissue kallikreins in cancer. Nat Rev Cancer. 2004; 4(11):876-90.

66. Bousette N.. Kislinger T., Fong V., Isserlin R„ Hewel J.A., EmilA., Gramolini A.O. Large-scale characterization and analysis of the murine cardiac proteome. // J. Proteome Res. 2009. V.8. P.1887-1901.

67. Burgstaller G., Gimona M. Podosome-mediated matrix resorption and cell motility in vascular smooth muscle cells. // Am. J, Physiol. Heart Circ. Physiol. 2005. Y.288. P.H3001- H3005.

68. Carla A. Borgoho, Iacovos P. Michael andEleftherios P. Diamandis. Human Tissue Kallikreins: Physiologic Roles and Applications in Cancer. // Mol Cancer Res. 2004. 2(5):257-280.

69. Celegato B., Capitanio D., Pescatori M., Romualdi C., Pacchioni B., Cagnin S., Vigano A., Colantoni L., Begum S., Ricci E., WaitR., Lanfranchi G„ Gelfi C. Parallel protein and transcript profiles of FSHD patient muscles correlate to the D4Z4 arrangement and reveal a common impairment of slow to fast fibre differentiation and a general deregulation of MyoD-dependent genes. // Proteomies. 2006. V.6. P.5303-5321.

70. CelisJ.E. Bravo R. (ed.). Two-Dimensional Gel Electrophoresis of Proteins: Methods and Applications. Academic Press, N. Y. 1984.

71. Cells J.E., Madsen P., Rasmussen H.H., Leffers H., Honore B., Gesser B., Dejgaard K, Olsen E„ Magnusson N.. KiilJ., et al. A comprehensive two-dimensional gel protein database of noncultured unfractionated normal human epidermal keratinocytes: towards an integrated approach to the study of cell proliferation, differentiation and skin diseases. II Electrophoresis. 1991. V. 12. P.802-872

72. Cells J.E., Rasmussen H.H., Gromov P.S., Olsen E. Madsen P., Leffers H, Honore B., Dejgaard K., Vorum II., Kirstensen, D.B. et al. The human keratinocyte two-dimensional gel protein database (update 1995): mapping components of signal transduction pathways. // Electrophoresis, 1995. V.16. P.2177-2240.

73. Chadwick B.P.; Mull J.; Helbling L.A.; Gill S.; Leyne M.; Robbins C.M.; Pinkett H. W.; Makalowska I.; Maayan C.; BlumenfeldA.; AxelrodF.B.; Brownstein M.; Gusella J.F.; Slaugenhaupt S.A. Cloning, mapping, and expression of two novel actin genes, actin-like-7 A (ACTL7A) and actin-like-7B (ACTL7B), from the familial dysautonomia candidate region on 9q31. // Genomics. 1999. V.58. P.302-309.

74. Cieniewski-Bernard, C., Acosta, A., Dubois, E., Lamblin, N., Beseme, O., Chwastyniak, M., Amouyel, P., Bauters, C., and Pinet, F. Proteomic analysis in cardiovascular diseases. // Clin Exp Pharmacol Physiol. 2008. 35(4):362-366.

75. Ciocca D.R., CalderwoodS.K. Heat shock proteins in cancer: diagnostic, prognostic, predictive, and treatment implications. // Cell Stress Chaperones. 2005. V.10(2). P. 86103.

76. Cordwell S.J., Wilkins M.R., Cerpa-Poljak A., Gooley A.A., Duncan A.A., Williams K.L., Hamphery-Smith I. Cross-sepcies identification of proteins separated by two-dimensional electrophoresis using matrix-assisted laser desorption time of flight mass spectrometry and amino acid composition. // Electrophoresis. 1995. V.16. P.438-443.

77. Collins C.; Schappert K.; Hayden M.R. The genomic organization of a novel regulatory myosin light chain gene (MYL5) that maps to chromosome 4pl6.3 and shows different patterns of expression between primates. // Hum. Molec. Genet. 1992. V. 1. P.727-733

78. Cummins P. Transitions in human atrial and ventricular myosin light-chain isoenzymes in response to cardiac-pressure-overload-induced hypertrophy. I I Biochem J. 1982. V.205. P. 195-204.

79. Cummings J, Ward T.H., Greystoke A., Ranson M., Dive C. Biomarker method validation in anticancer drug development. // Br J Pharmacol. 2008 V.153(4):646-656.

80. De Palma S., Morandi L., Mariani E., Begum S., Cerretelli P., Wait R., Gelfi C. Proteomic investigation of the molecular pathophysiology of dysferlinopathy. // Proteomics. 2006. V.6. P.379-385.

81. Desai B., Ma T„ Chellaiah M.A. Invadopodia and matrix degradation, a new property of prostate cancer cells during migration and invasion. // J. Biol. Chem. 2008. V.283.

P.13856-13866.

82. Desjardins P.R., Burkman J.M., Shrager J.B., AllmondL.A., Stedman H.H. Evolutionary implications of three novel members of the human sarcomeric myosin heavy chain gene family. // Mol. Biol. Evol. 2002. V.19. P.375-393.

83. Devlin R.B., Emerson C.P. Coordinate regulation of contractile protein synthesis during myoblast differentiation. // Cell. 1978. V.13. P.599-611.

84. Dikovsky D., Bianco-Peled 11., Seliktar D. Defining the role of matrix compliance and proteolysis in three-dimensional cell spreading and remodeling. // Biophys. J. 2008. Y.94. P.2914-2925.

85. Diamandis EP, Yousef GM. Human tissue kallikreins: a family of new cancer biomarkers.//Clin Chem. 2002;48(8):1198-205. Review.

86. Donners M.M., Verluyten M.J., Bouwman F.G., Mariman E.C., Devreese B., Vanrobaeys F., van Beeumen J., van den Akker L.H., Daemen M.J., Heeneman S. Proteomic analysis of differential protein expression in human atherosclerotic plaque progression. // J. Pathol. 2005. V.206. P.39-45.

87. Dorfleutner A., Cho Y„ Vincent D., CunnickJ., LinH., WeedS.A., StehlikC., FlynnD.C, Phosphorylation of AFAP-110 affects podosome lifespan in A7r5 cells. // J. Cell Sci. 2008. V.121(Pt 14). P.2394-2405.

88. Dos Remedios C. G., Chhabra D., Kekic M„ Dedova I. V., Tsubakihara M., Berry D.A., Nosworthy N.J. Actin Binding Proteins: Regulation of Cytoskeletal Microfilaments. Physiol. Rev. 2003. V.83. P.433M73.

89. Downes M.R., Byrne J.C., Dunn M.J. et al. Application of proteomic strategies to the identification of urinary biomarkers for prostate cancer: a review. // Biomarkers. 2006. V.l 1(5). P.406-416

90. Dowsey A.W., English J., Pennington K., Cotter D., StuehlerK., Marcus K., Meyer H.E., Dunn M.J., Yang G.Z. Examination of 2-DE in the Human Proteome Organisation Brain Proteome Project pilot studies with the new RAIN gel matching technique. // Proteomics. 2006. V.6(18):5030-5047.

91. Dunn M.J., HochstrasserD., Pallini V. BiniL. Editoral. //Electrophoresis. 1995. V.16(7). A84-85.

92. Dunn M.J., WelUer C.H., CorbettJ.M. etal., G. Evans, M.H. Yacoub. The Harefield 2-DE Database Server and the Study of Human Heart Disease. // Abst. 2nd Sienna 2D Electrophoresis Meeting "From genome to proteome" (Siena, Italy, 16-18 Sept. 1996). 1996. P. 93

93. Dunn M.J., Corbett J. M., Wheeler C.H. HSC-2DPAGE and the two-dimensional gel electrophoresis database of dog heart proteins. // Electrophoresis. 1997. V. 18(15). P.2795-2802.

94. Edwards J.J., Anderson N.G., Tollaksen S.L. et al Proteins of human urine.

II.Identification by two-dimensional electrophoresis of a new candidate marker for prostatic cancer. // Clin. Chem. 1982. V.28(l). P.160-163.

95. Eves R„ Webb B.A., Zhou S., MakA.S, Caldesmon is an integral component of podosomes in smooth muscle cells. // J. Cell Sci. 2006. V.119(Pt 9). P. 1691-1702.

96. Fachler O. T., Grosse R. Cell motility through plasma membrane blebbing. // J. Cell Biol. 2008. V.181. P.879-884.

97. Faulkner, G., Pallavicini, A., Formentin, E., Comelli, A.Jevolella, C., Trevisan, S., Bortoletto, G., Scannapieco, P., Salamon, M„ Mouly, V., Valle, G., and Lanfranchi, G. ZASP: anew Z-band alternatively spliced PDZ-motifprotein. // J Cell Biol. 1999. 146(2):465-475.

98. Fermin D., Allen B.B., Blackwell T. W., Menon R„ Adamski M„ Xu Y., Ulintz P., Omenn G.S., States D.J. Novel gene and gene model detection using a whole genome open reading frame analysis in proteomics. // Genome Biol. 2006. V.7(4). P.R35.

99. Figeys D., Aebersold R. High sensitivity identification of proteins by electrospray ionization tandem mass spectrometry: initial comparison between an ion trap mass spectrometer and a triple quadrupole mass spectrometer. // Electrophoresis. 1997. V. 18(3-4). P.360-368

100. Frank E.D., Warren L. Aortic smooth muscle cells contain vimentin instead of desmin. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1981. Y.78. P.3020-3024.

101. Fletcher O., Johnson N., OrrN., Hosking F.J., Gibson L.J., Walker K., Zelenika D., Gut I., Heath S., Palles C., Coupland B., Broderick P., Schoemaker M., Jones M., Williamson J.,

102. Fleshner N.E., Lawrentschuk N. Risk of developing prostate cancer in the future: overview of prognostic biomarkers. // Urology. 2009. V.73 (5 Suppl). S21-27.

103. Chilcott-Burns S., TomczykK., Simpson G„ Jacobs K.B., Chanock S.J., Hunter D.J., Tomlinson I.P., Swerdlow A., Ashworth A., Ross G., Dos Santos Silval., Lathrop M., Houlston R.S., Peto J. Novel breast cancer susceptibility locus at 9q31.2: results of a genome-wide association study. // J. Natl. Cancer Inst. 2011. V. 103. P.425-435.

104. Fodor W.L.; Darras B.; Seharaseyon J.; Falkenthal S.; Francke U.; Vanin E.F. Human ventricular/slow twitch myosin alkali light chain gene characterization, sequence, and chromosomal location. // J. Biol. Chem. 1989. Y.264. P.2143-2149.

105. Frohlich T., Helmstetter D., Zobawa M., Crecelius A.C., Arzberger T., Kretzschmar H.A., Arnold G.J. Analysis of the HUPO Brain Proteome reference samples using 2-D DIGE and 2-D LC-MS/MS. // Proteomics. 2006. V.6(18). P.4950-4966.

106. Fujita K., Ewing C.M., Chan D. Y. et al. Endoglin (CD105) as a urinary and serum marker of prostate cancer. //Int. J. Cancer. 2009. V. 124(3). P.664-669.

107. Furmaniak-Kazmierczak E., Crawley S.W., Carter R.L., Maurice D.H., Cote G.P. Formation of extracellular matrix-digesting invadopodia by primary aortic smooth muscle cells. // Circ Res. 2007. V.100. P.1328-1336.

108. Gabbiani G., SchmidE., Winter S., Chaponnier C., de Ckhastonay C, Vandekerckhove J., Weber K., Franke W. W. Vascular smooth muscle cells differ from other smooth muscle cells: predominance of vimentin filaments and a specific alpha-type actin. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1981. V.78. P.298-302.

109. Garrett S. C., Varney K.M., Weber D.J., Bresnick A.R. S100A4, a mediator of metastasis. II J. Biol. Chem. 2006. V.281. P.677-680.

110. Gary A. SilvermantOaFNb, Phillip I. BirdtOc, Robin W. CarrelltOd, Frank C. ChurchtOe, Paul B. CoughlintOf, Peter G. W. GettinstOg, James A IrvingtOc, David A. LomastOd, Cliff J. LuketOa, Richard W. MoyertOh, Philip A. Pembertoni, Eileen Remold-ODonnelltOj, Guy S. SalvesentOk, James TravistOl and James C. WhisstocktOc. The Serpins Are an Expanding Superfamily of Structurally Similar but Functionally Diverse Proteins Evolution, mechanism of ingibition, novel functions, and a revised nomenclature. // The Journal of Biological Chemistry. 2001. 276(36): 3329333296.

111. Gao M., Deng C., Yu W., Zhang Y, Yang P., ZhangX. Large scale depletion of the high-abundance proteins and analysis of middle- and low-abundance proteins in human liver proteome by multidimensional liquid chromatography. // Proteomics. 2008. V.8. P.939-947. Gelfi, C., De Palma, S„ Cerretelli, P., Begum, Sh„ and Wait, R. (2003) Electrophoresis, 24, 286-295.

112. Gavazzi I., Nermut M. V., Marchisio P.C. Ultrastructure and gold-immunolabelling of cell-substratum adhesions (podosomes) in RSV-transformed BHK cells. // J. Cell Sci. 1989. V.94(Ptl). P.85-99.

113. Gelfi C., De Palma S., Cerretelli P., Begum Sh, Wait R. Two-dimensional protein map of human vastus lateralis muscle. // Electrophoresis, 2003. Y.24 P. 286 - 295.

114. Gelfi C., De Palma S., Ripamonti M., Eberini I., Wait R., Bajracharya A., Marconi C, Schneider A., Hoppeler H., Cerretelli P. New aspects of altitude adaptation in Tibetans: aproteomic approach. // FASEB J. 2004. V.18. P.612-614.

115. Gelfi C., Vasso M., Cerretelli P. Diversity of human skeletal muscle in health and disease: contribution of proteomics. // J. Proteomics. 2011. V.74. P.774-795.

116. Gerthojfer W.T. Migration of airway smooth muscle cells. // Proc Am Thorac Soc. 2008. V.5. P.97-105.

117. Gimona M., Kaverina I., Resch G.P., Vignal E., Burgstaller G. Calponin repeats regulate actin filament stability and formation of podosomes in smooth muscle cells. // Mol. Biol. Cell. 2003. V.14. P.2482-2491.

118. Giometti C.S., Anderson N.G. Anderson N.L. Muscle protein analysis I. High resolution two-dimensional electrophoresis of skeletal muscle proteins for anaysis of small biopsy samples. // Clin. Chem. 1979. V.25. P. 1877-1884.

119. Giometti C.S., Barany M., Danon M.J., Anderson N.G. Muscle protein analysis. II. Two-dimensional electrophoresis of normal and diseased human skeletal muscle. // Clin Chem. 1980. V.26. P. 1152-1155.

120. Giometti C.S., Anderson, N.G. Muscle protein analysis III. Analysis of solubilized frozen-tissue sections by two-dimensional electrophoresis. // Clin. Chem., 1981. V.27.

P.1918-1921.

121. Giulivi C, Ross-Inta C, Omanska-Klusek A, Napoli E, Sakaguchi D, Barrientos G, Allen PD, Pessah IN. Basal bioenergetic abnormalities in skeletal muscle from ryanodine receptor malignant hyperthermia-susceptible R163C knock-in mice. // J Biol Chem. 2011. 286(1):99-113.

122. Goettiga Peter, Viktor Magdolenb, and Hans Brandstettera. Natural and synthetic inhibitors of kallikrein-related peptidas (KLKs). // Biochimie. 2010. 92(11): 1546-1567.

123. Goo Y.A., Goodlett D.R. Advances in proteomic prostate cancer biomarker discovery. // J Proteomics. 2010. V.73. P.1839-1850

124. Golomb E„ MaX., Jana S.S., Preston Y.A., Kawamoto S„ Shoham N.G., Goldin E., Conti M.A., Sellers J.R., Adelstein R.S. Identification and characterization of nonmuscle myosin II-C, a new member of the myosin II family. // J. Biol. Chem. 2004. V.279. P.2800-2808.

125. GorgA., Boguth G., Obermaier C„ Posch A. Weiss W. Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis with immobilized pH gradients in the first dimension (IPG-Dalt): the state of the art and the controversy of vertical versus horizontal systems. //Electrophoresis. 1995. V.16. P.1079-1086.

126. GorgA., Obermaier C., Boguth G„ Harder A., ScheibeB., Wildgruber R., Weiss W. The current state of two-dimensional electrophoresis with immobilized pH gradients. //Electrophoresis. 2000. V.21(6). P.1037-1053.

127. Graham C.A., Hughes A.E., Nevin N.C. Differences in proteins secreted by human fibroblasts and muscle cells in culture. // Exp. Cell Res. 1984. V.154. P.320-325.

128. Grabarek Z. Structural basis for diversity of the EF-hand calcium-binding proteins. // J. Mol. Biol. 2006. V.359(3). P.509-525.

129. Grant J. W.; Zhong R.Q.; McEwen P.M.; Church S.L. Human nonsarcomerie 20,000 Da myosin regulatory light chain cDNA. //Nucleic Acids Res. 1990. V.18. P.5892.

130. Gromov P., Moreira JM., Gromova I., Celis JE. Proteomic strategies in bladder cancer: From tissue to fluid and back.// Proteomics Clin Appl. 2008; 2(7-8):974-88.

131. Guo D.C., Papke C.L., Tran-Fadulu V., Regalado E.S., Avidan N., Johnson R.J., Kim D.H., Pannu H„ Willing M.C., Sparks E., Pyeritz R.E., Singh M.N., Dalman R.L., Grotta J.C., Marian A.J., Boerwinkle E.A., Frazier L.Q., LeMaire S.A., Coselli J.S., Estrera A.L., Safi H.J., Veeraraghavan S.} Muzny D.M., Wheeler D.A., Willerson J.T., Yu R.K., Shete S.S., Scherer S.E., Raman C.S., Buja L.M., Milewicz D.M. Mutations in smooth muscle alpha-actin (ACTA2) cause coronary artery disease, stroke, and Moyamoya disease, along with thoracic aortic disease. // Am. J. Hum. Genet. 2009. V.84. P.617-27.

132. Guillet, C., Boirie, Y., and Walrand, S. An integrative approach to in-vivo protein synthesis measurement: from whole tissue to specific proteins. //Curr. Opin. Clin. Nutr. Metab. Care. 2004. 7(5):531-538.

133. Gunning P.P. Ponte II, Blau II, Kedes L. a-Skeletal and a-cardiac actin genes are coexpressed in adult human skeletal muscle and heart. // Mol. Cell. Biol. 1983. V.3. P.1985-1995.

134. Grottrup B., Stephan C, Marcus K., Grinberg L.T., WiltfangJ., Lee S.K., Kim I.E., Meyer H.E., Park Y.M. Creating a Human Brain Proteome Atlas - 13th HUPO BPP Workshop March 30-31, 2010, Ochang, Korea. // Proteomics. 2011. V.l 1. V.2759-2762.

135. Hailstones DL„ Gunning PW. Characterization of human myosin light chains lsa and 3nm: implications for isoform evolution and function.// Mol Cell Biol. 1990;10(3): 1095-104.

136. Hammond G L, CL Smith, IS Goping, DA Underbill, MJHarley, JReventos, N A Musto, GL Gunsalus, and C WBardin. Primary structure of human corticosteroid binding globulin, deduced from hepatic and pulmonary cDNAs, exhibits homology with serine protease inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA. 1987 August; 84(15): 5153-5157. PMCID: PMC298812

137. Ho B„ Bendeck M.P. Integrin linked kinase (ILK) expression and function in vascular smooth muscle cells. // Cell Adh Migr. 2009. V.3. P.174-176.

138. Hoang V.M., FoulkR., Clauser K„ Burlingame A., Gibson B. W., Fisher S.J. Functional proteomics: examining the effects of hypoxia on the cytotrophoblast protein repertoire. // Biochemistry. 2001. V.40(13). P.4077-4086.

139. Han M., Liu Q., Yu J,. Zheng S. Detection and significance of serum protein markers of small-cell lung cancer. // J Clin Lab Anal. 2008. V.22(2). P. 131-137.

140. Hanash S. HUPO initiatives relevant to clinical proteomics. // Mol. Cell Proteomics. 2004. V.3(4). P.298-301.

141. Harata M; Nishimori K.; Hatta S. Identification of two cDNAs for human actin-related proteins (Arps) that have remarkable similarity to conventional actin. // Biochim. Biophys. Acta 2001. V.1522. V.130-133.

142. Hilenski L.L., Terracio L., Borg T.K. Myofibrillar and cytoskeletal assembly in neonatal rat cardiac myocytes cultured on laminin and collagen. // Cell Tissue Res. 1991. V.264. P.577-587.

143. Huntington J. A. Serpin structure, function and dysfunction. //J Thromb Haemost. 2011; 9 Suppl 1:26-34

144. Holloway K. V., O'Gorman M., Woods P., Morton J.P., Evans L., Cable N. T., GoldspinkD.F., Burniston J.G. Proteomic investigation of changes in human vastus lateralis muscle in response to interval-exercise training. // Proteomics. 2009. V.9. P.5155-5174.

145. HoodB.L., Darfler M.M., Guiel T.G., Furusato B., Lucas D.A., Ringeisen B.R., Sesterhenn LA., Conrads TP., Veenstra T.D., Krizman D.B. Proteomic Analysis of Formalin-fixed Prostate Cancer Tissue.// Molecular & Cellular Proteomics, 2005; 4(11), P.1741-1753.

146. Inge S. van Houdt, Sanne Hijlkema, C. Erik Hack and J. Alain Kummer, Merel C. M. Strik, Angela Wolbink, Dorine Wouters, Bellinda A. Bladergroen, Angelique R. Verlaan. Intracellular serpin SERPINB6 (PI6) is abundantly expressed by human mast cells

147. and forms complexes with -tryptase monomers. // Blood. 2004;103:2710-2717

148. Iwasaki T.; Murata-Hori M.; Ishitobi S.; Hosoya H. Diphosphorylated MRLC is required for organization of stress fibers in interphase cells and the contractile ring in dividing cells. // Cell. Struct. Func. 2001. V.26. P.677-683.

149. Jacobs I.J., Menon U. Progress and challenges in screening for early detection of ovarian cancer. // Mol. Cell Proteomics. 2004. V.3(4). P.355-366.

150. Jemal A, Siegel R, Ward E, Murray T, XuJ, ThunMJ. Cancer statistics, 2007. CA Cancer J Clin. 2007;57(l):43-66.

151. Jones P., Côté R.G., Cho S.Y., KlieS., Martens L., QuinnA.F., Thorneycroft D., Hermjakob H. PRIDE: new developments and new datasets. 11 Nucleic Acids Res. 2008. V.36(Database issue). P.D878-883.

152. JungblutP., Otto A., Regitz V., Fleck E„ Wittmann-LieboldB. Identification of human myocard proteins separated by two-dimensional electrophoresis. // Electrophoresis. 1992. V.13. P.739-741.

153. Jungblut P., Otto A., Zeindl-EberhartE., Pleihner K.P., Kreckt M., Regitz-Zagrosek V., Fleck E., Wittman-Liebold B. Protein composition of human heart: The constraction of a myocardial two-dimensional electrophoresis database. // Electrophoresis. 1994 V.15. P.685-707.

154. Kabaeva Z.T.; PerrotA.; WolterB.; DietzR.; Cardim N.; Correia J.M.; Schulte H.D.; Aldashev A.A.; Mirrakhimov M.M.; Osterziel K.J. Systematic analysis of the regulatory and essential myosin light chain genes: genetic variants and mutations in hypertrophic cardiomyopathy, it Europ. J. Hum. Genet. 2002. V.10 V.741-748.

155. Kaverina I., Stradal T.E., Gimona M. Podosome formation in cultured A7r5 vascular smooth muscle cells requires Arp2/3-dependent de-novo actin polymerization at discrete microdomains. // J. Cell Sci. 2003. V.l 16(Pt 24). P.4915-4924.

156. Kehinde EO., Maghrebi MA., Anim JT. The importance of determining the aggressiveness of prostate cancer using serum and tissue molecular markers.// Can J Urol. 2008; 15(2):3967-74.

157. Kidane, T.Z., Sauble, E., and hinder, M.C. Release of iron from ferritin requires lysosomal activity. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2006. 291(3): C445-C455.

158. Kim K.-Y.; Kovacs M.; Kawamoto S.; Sellers JR.; Adelstein R.S. Disease-associated mutations and alternative splicing alter the enzymatic and motile activity of nonmuscle myosins II-B and II-C. // J. Biol. Chem. 2005. V.280. P. 22769-22775.

159. Klose J. Systematic analysis of the total proteins of a mammalian organism: principles, problems and implications for sequencing the human genome. // Electrophoresis. 1989. V.10. P. 140-152.

160. Kurlender L, Borgono C, Michael IP, Obiezu C, Elliott MB, Yousef GM, Diamandis EP.A survey of alternative transcripts of human tissue kallikrein genes.// Biochim Biophys Acta. 2005;1755(1):1-14.

161. Kovalyov, L.I., Shishkin, S.S., Efimochkin, A.S.,Kovalyova, M.A., Ershova, E.S., Egorov, T.A., and Musalyamov, A.K. (1995) Electrophoresis, 16, 1160-1169

162. Kovalyov L.I., Naamov V. G., Pidyayeva H. V., Samko A.M., Tsvetkova M.N., Shishkin S.S., Mukharlyamov N.M. Two-dimensional electrophoresis of heart muscle proteins in human cardiomyopathies. // Electrophoresis. 1990. V.l 1. P.333-336.

163. Kovalyov L.I, Shishkin S.S., Efimochkin A.S., Kovalyova M.A., Ershova E.S., Egorov T.A., Musalyamov A.K The mayor protein expression profile and two-dimensional protein database ofhumanheart. //Electrophoresis. 1995. V.16(7). P.1160-1169.

164. Kozlovskis P.L., Claflin A. J., Fletcher M.A., McKinney E. C., Rubin R. W. Two-dimensional gel electrophoresis of membrane proteins from the R3327 prostate adenocarcinoma. // Cancer Res. 1982 V.42(7). P.2748-2756.

165. Kreipke C. W., Morgan R., Roberts G., Bagchi M., Rafols J.A. Calponin phosphorylation in cerebral cortex microvessels mediates sustained vasoconstriction after brain trauma. //Neurol. Res. 2007. V.29(4). P.369-374.

166. Laptev, A. V., Shishkin, S.S., Kovalyov, L.I. Galyuk, M.A., Musalyamov, A.Ch., and Egorov, Ts.A. Identification of an allelic variant of isoform MLCl-V/sB (human myosin light chain).// Biochem. Genet., 1993; 253-258.

167. Laurent-Winter C., Soussi-Yanicostas N., Butler-Browne G.S. Biphasic expression of slow myosin light chains and slow tropomyosin isoforms during the development of the human quadriceps muscle. // FEBS Lett. 1991. V.280. P.292-296.

168. Lawrence MG., Lai J, Clements JAKallikreins on steroids: structure, function, and hormonal regulation of prostate-specific antigen and the extended kallikrein locus. Endocr Rev. 2010; 31(4):407-46.

169. Le Bihan MC., Tarelli E., Coulton GR. Evaluation of an integrated strategy for proteomic profiling of skeletal muscle.// Proteomics. 2004; 4(9):2739-53.

170. Le Clainche C„ Carlier M.F. Regulation of actin assembly associated with protrusion and adhesion in cell migration. // Physiol. Rev. 2008. V.88. P.489-513.

171. Leman E.S., Getzenberg R.H. Biomarkers for prostate cancer. // J. Cell Biochem. 2009. V.108.№l.P.3-9.

172. Leonoudakis, D., Conti, L.R., Anderson, S., Radeke, C.M., McGuire, L.M., Adams, M.E., Froehner, S.C., Yates, J.R. 3rd, and Vandenberg, C.A. Protein trafficking and anchoring complexes revealed by proteomic analysis of inward rectifier potassium channel (Kir2.x)-associated proteins.// J. Biol. Chem. 2004. 279(21): 22331-22346.

173. Li Z.B., Lehar M., Braga N.. Westra W., Liu L.H., Flint P. W. Study ofhuman laryngeal muscle protein using two-dimensional electrophoresis and mass spectrometry. //Proteomics. 2003. V.3. P.1325-1334.

174. Lim L.S., Sherin K; ACPM Prevention Practice Committee. Screening for prostate cancer in U.S. men ACPM position statement on preventive practice. Am. J. Prev. Med. 2008. V.34. №2. P.164-170.

175. Lin J.F., Xu J., Tian H. Y., Gao X, et al. Identification of candidate prostate cancer biomarkers in prostate needle biopsy specimens using proteomic analysis. // Int. J. Cancer. 2007. V. 121(12). P.2596-2605.

176. Linder S. The matrix corroded: podosomes and invadopodia in extracellular matrix degradation. // Trends Cell Biol. 2007. V.17. P.107-117.

177. Ludwig J.A., Weinstein J.N. Biomarkers in cancer staging, prognosis and treatment selection. // Nat. Rev. Cancer 2005. V.5. P.845-856

178. Malm C., HadreviJ., Bergstrom SA„ Pedrosa-DomellofF., AnttiH., Svensson M., Frangsmyr L. Evaluation of 2-D DIGE for skeletal muscle: protocol and repeatability.//Scand J Clin Lab Invest. 2008; 68(8):793-800.

179. Marchisio P.C., Bergui L., Corbascio G.C., Cremona 0„ D'Urso N.. Schena M„ Tesio L., Caligaris-Cappio F. Vinculin, talin, and integrins are localized at specific adhesion sites of malignant B lymphocytes. // Blood. 1988. V.72. P.830-833.

180. Matsson II, Eason J., Bookwalter C.S., Klar J., Gustavsson P., Sunnegardh J., EnellH., JonzonA., VikkulaM., Gutierrez I., Granados-Riveron J., Pope M., Bu'LockF., Cox J., Robinson T.E., Song F., Brook D. J., Marston S., Trybus K.M., Dahl N. Alpha-cardiac actin mutations produce atrial septal defects. // Hum. Mol. Genet. 2008. V.17.

P.256-265.

181. Meehan K.L., Holland J. W, Dawkins H.J. Proteomic analysis of normal and malignant prostate tissue to identify novel proteins lost in cancer. // Prostate. 2002; 50(l):54-63.

182. McGregorE., KempsterL., Wait R., Welson S.Y., Gosling M., Dunn M.J., Powel J.T. Identification and mapping of human saphenous vein medial smooth muscle proteins by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. //Proteomics. 2001. V.l.

P.1405-1414.

183. McGregor E., Kempster I., Wait R., Gosling M„ Dunn M.J., Powell J. T. F-actin capping (CapZ) and other contractile saphenous vein smooth muscle proteins are altered by hemodynamic stress: a proteonomic approach. // Mol. Cell. Proteomics. 2004. V.3.P.115-124.

184. Michael IP, Kurlender L, MemariN, Yousef GM, DuD, Grass L, Stephan C, Jung K, Diamandis EP. Intron retention: a common splicing event within the human kallikrein gene family.//

185. Clin Chem. 2005; 51(3):506-15.

186. Murphy D.A., Courtneidge S.A. The 'ins' and 'outs' of podosomes and invadopodia: characteristics, formation and function. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2011. V.12. P.413-426.

187. Mogensen J.; Klausen I.C.; Pedersen A.K; EgebladH; Bross P.; Kruse T.A.; Gregersen N.; Hansen P.S.; Baandrup U.; Borglum A.D. Alpha-cardiac actin is a novel disease gene in familial hypertrophic cardiomyopathy. // J. Clin. Invest. 1999. V.103. P.39-R.43.

188. Morgan KG., Gangopadhyay S.S. Invited Review: Cross-bridge regulation by thin filament-associated proteins. // J. Appl Physiol. 2001. V.91. P.953-962.

189. Morin M, Bryan K.E., Mayo-Merino F., Goodyear R., MenciaA., Modamio-H0ybjor S., del Castillo I., Cabalka J.M., Richardson G., Moreno F., Rubenstein P.A., Moreno-Pelayo M.A. In vivo and in vitro effects of two novel gamma-actin (ACTG1) mutations that cause DFNA20/26 hearing impairment. // Hum. Mol. Genet. 2009. V.18. P.3075-3089

190. Muller-Esterl W. Biochemie. Eine Einfurung fur Mediziner und Naturwissenschaftler. // ELSEVIER. Spektrum Academischer Verlag. 2004. 620p.

191. Mykkanen O.M., Gronholm M., Ronty M., Lalowski M., Salmikangas P., Suila IL, Carpen O. Characterization of human palladin, a microfilament-associated protein. // Mol. Biol. Cell. 2001 V.12. P.3060-3073.

192. Nagata K. Expression and function of heat shock protein 47: a collagenspecific molecular chaperone in the endoplasmic reticulum. // Matrix Biol. 1998;16:379 -386

193. Nomura T, Katunuma N. Involvement of cathepsins in the invasion, metastasis and proliferation of cancer cells.//J Med Invest. 2005; 52(1-2): 1-9. Review.

194. O'Connell K.L., Stults J. T. Identification of mouse liver proteins on two-dimensional electrophoresis gels by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of in situ enzymatic digests.// Electrophoresis. 1997. V. 18(3-4). P.349-359.

195. OTarrell PH. High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins // J.Biol.Chem. 1975. V.250. P.4007-4021.

196. Okano T., Kondo T., Kakisaka 7'., Fujii K, Yamada M., Kato IL, Nishimura T„ Gemma A., Kudoh S„ Hirohashi S. Plasma proteomics of lung cancer by a linkage of multi-dimensional liquid chromatography and two-dimensional difference gel electrophoresis. //Proteomics. 2006. V.6(13). P.3938-3948.

197. Olson T.M.; Michels V. V.; Thibodeau S.N.; Tai Y.-S; KeatingM.T. Actin mutations in dilated cardiomyopathy, a heritable form of heart failure. // Science. 1998. V.280. P.750-752.

198. Olson ST, RichardB, Izaguirre G, Schedin-Weiss S, Gettins PG. Molecular mechanisms of antithrombin-heparin regulation of blood clotting proteinases. A paradigm for understanding proteinase regulation by serpin family protein proteinase inhibitors.//Biochimie. 2010; 92(11): 1587-96

199. Ornstein D.K., Tyson D.R. Proteomics for the identification of new prostate cancer biomarkers. // Urol. Oncol. 2006. V.24(3). P.231-236

200. Otterbein LR, Graceffa P, Dominguez R. The crystal structure of uncomplexed actin in the ADP state.// Science. 2001; 293(5530):708-ll.

201. Ozaki K, Nagata M, Suzuki M, Fujiwara T, Miyoshi Y, Ishikawa O, Ohigashi H, Imaoka S, Takahashi E, Nakamura Y. Isolation and characterization of a novel human pancreas-specific gene, pancpin, that is down-regulated in pancreatic cancer cells. Genes Chromosomes Cancer. 1998 Jul;22(3): 179-185.

202. Panyutich A V, PS Hiemstra, S van Wetering and T Ganz . Human neutrophil defensin and serpins form complexes and inactivate each other.// Cell Mol. Biol. Vol 12. 1995; 351-357.

203. Parekh DJ„ Ankerst DP., Baillargeon J., Higgins B., Platz EA., Troyer D., Hernandez J., Leach RJ., Lokshin A., Thompson IM. Assessment of 54 biomarkers for biopsy-detectable prostate cancer.// Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007; 16(10):1966-72.

204. Parmacek M.S., Solaro R.J. Biology of the troponin complex in cardiac myocytes. //Prog. Cardiovasc. Dis. 2004. V.47(3). P.159-176.

205. Patel K., Dunn M.J., Gunther S„ Postel W., GorgA. Dual-label autoradiographic analysis of human skin fibroblast and myoblast proteins by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis using immobilised pH gradients in the first dimension. // Electrophoresis. 1988. V.9. P.547-554.

206. Perry, S. V. Vertebrate tropomyosin: distribution, properties and function. // J. Muscle Res. Cell Motil. 2001. 5-49

207. Peitsch M.C., Wilkins M.R., TonellaL., Sanchez J.C., AppelR.D., Hochstrasser D.F. Large-scale protein modelling and integration with the SWISS-PROT and SW1SS-2DPAGE databases: the example of Escherichia coli. // Electrophoresis. 1997. V. 18(3-4). P.498-501.

208. Price K.M., Littler W.A., Cummins P. Human atrial and ventricular myosin light-chains subunits in the adult and during development, // Biochem J. 1980. V.191. P.571-580.

209. Poetter K., Jiang II., Hassanzadeh S. Master SR, Chang A, Dalakas MC, Rayment I, Sellers JR, Fananapazir L, Epstein ND. Mutations in either the essential or regulatory light chains of myosin are associated with a rare myopathy in human heart and skeletal muscle. //Nat. Genet. 1996. Vol.13. P.63-69.

210. Procaccio V.; Salazar G.; Ono S.; Styers M. L.; Gearing M.; DavilaA.; Jimenez R.; Juncos J.; Gutekiinst C.-A.; Meroni G.; Fontanella B.; SontagE.; Sontag J.M.; Faundez V.; Wainer B.H. A mutation of beta-actin that alters depolymerization dynamics is associated with autosomal dominant developmental malformations, deafness, and dystonia. // Am. J. Hum. Genet. 2006. V.78. P.947-960.

211. Redowicz M.J. Myosins and pathology: genetics and biology. // Acta Biochim. Polonica. 2002. V. 49. P. 789-804.

212. Ronty M.J., Leivonen S.K., HinzB., Rachlin A., Otey C.A., Kahari V.M., Carpen O.M. Isoform-specific regulation of the actin-organizing protein palladin during TGF-betal-induced myofibroblast differentiation. // J. Invest. Dermatol. 2006. V.126. P.2387-2396.

213. Sachdev, S., Raychowdhury, M.K., Human fast skeletal myosin light chain 2 cDNA: isolation, tissue specific expression of the single copy gene, comparative sequence analysis of isoforms and evolutionary relationships.// 2003. DNA Seq., 14, 339-350.

214. Saltel F., Daubon T., JuinA., Ganuza I.E., Veillat V., GenotE. Invadosomes: Intriguing structures with promise. // Eur. J. Cell Biol. 2011. V.90. P.100-107.

215. Sardana G., Dowell B., Diamandis E.P. Emerging bio markers for the diagnosis and prognosis of prostate cancer. // Clin Chem. 2008. V.54(12). P.1951-1960.

216. Seidel U.; Bober E.; Winter B.; Lenz S.; Lohse P.; Goedde H. W.; Grzeschik K.H.; ArnoldH.H. Alkali myosin light chains in man are encoded by a multigene family that includes the adult skeletal muscle, the embryonic or atrial, and nonsarcomeric isoforms. // Gene. 1988. V.66.P. 135-146.

217. Seharaseyon J.; Bober E.; Hsieh C.-L.; Fodor W.L.; Francke U.; ArnoldII.-II.; Vanin E.F. Human embryonic/atrial myosin alkali light chain gene: characterization, sequence and chromosomal location. // Genomics. 1990. V.7. P.289-293.

218. ShankarJ., Messenberg A., Chan J., Underbill TM., Foster LJ., NabilR. Pseudopodial actin dynamics control epithelial-mesenchymal transition in metastatic cancer cells.// Cancer Res. 2010;70(9):3780-90.

219. Schiaffmo S., Reggiani C. Molecular Diversity of myofibrillar proteins: gene regulation and functional significance // Physiol. Reviews. 1996. V.76. P.371-423.

220. Schijfer E. Biomarkers for prostate cancer. // World J. Urol. 2007. V.25(6). P.557-562.

221. Schick C., Pemberton PA., Shi GP., Kamachi Y, Cataltepe S., Bartuski AJ., Gomstein ER., Brömme D„ Chapman HA., Silverman GA. Cross-class inhibition of the cysteine proteinases cathepsins K, L, and S by the serpin squamous cell carcinoma antigen 1: akinetic analysis. //Biochemistry. 1998;37(15):5258-66.

222. Schostak M., Schwall GP, Poznanovic S, Groebe K, Muller M, Messinger D, Miller K, Krause H, Pelzer A, Horninger W, Klocker H, Hennenlotter J, Feyerabend S, Stenzl A, Schrattenholz A. Annexin A3 in urine: a highly specific noninvasive marker for prostate cancer early detection. // J. Urol. 2009. V.181. №1. P.343-353.

223. Shariat S.F., Karam J.A., Roehrborn C.G. Blood biomarkers for prostate cancer detection and prognosis. // Future Oncol. 2007. V.3. №4. P.449-461

224. Sotiropoulou G, Pampalakis G, Diamandis EP. Functional roles of human kallikrein-related peptidases.// J Biol Chem. 2009;284(48):32989-94.

225. Soussi-Yanicostas N., Barbet J.P., Laurent-Winter C„ Barton P., Butler-Browne G.S. Transition of myosin isozymes during development of human masseter muscle. Persistence of developmental isoforms during postnatal stage. // Development. 1990. V.108. P.239-249.

226. Spiekerkoetter E., Guignabert C., de Jesus Perez V., Alastalo T.P., Powers J.M., WangL., LawrieA., Ambartsumian N., Schmidt A.M., Berryman M., Ashley R.H., Rabinovitch M. S100A4 and bone morphogenetic protein-2 codependently induce vascular smooth muscle cell migration via phospho-extracellular signal-regulated kinase and chloride intracellular channel 4. // Circ Res. 2009. V.105. P.639-647.

227. Stamey T.A., Caldwell M., McNeal J.E., Nolley R., Hemenez M., Downs J. The prostate specific antigen era in the United States is over for prostate cancer: what happened in the last 20 years? // J. Urol. 2004. V.172. P.1297-1301

228. Strausberg, R.L., Feingold, E.A., Grouse, L.H., Derge, JG., Klausner, R.D., Collins, F.S., Wagner, L., Shenmen, C.M., Schuler, G.D., Altschul, S.F., et. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences.//Proc. Natl. Acad. Sei. 2002, 16899-16903

229. Sturgis CD., Box M„ D'Costa R., Forgue B., McGuire MS., Dieterich M. Ancillary alpha-methylacyl-CoA racemase immunocytochemistry in the diagnosis of adenocarcinoma of the prostate in urinary cytology: a case report.// Acta Cytol. 2006; 50(3):335-8.

230. Sutcliffe P., Hummel S., Simpson E., Young T., Rees A., Wilkinson A., Hamdy F., Clarke N, Staffurth J. Use of classical and novel biomarkers as prognostic risk factors for localized prostate cancer: a systematic review. // Health Technology Assessment 2009; V. 13(5). P. 1-242

231. Taher T.E., Derksen P. W., de Boer O.J., Spaargaren M., TeelingP., van der Wal A.C., Pals S.T. Hepatocyte growth factor triggers signaling cascades mediating vascular smooth muscle cell migration. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002. V.298. P.80-86.

232. Tian M., Cui Y.Z., Song GH. et al Proteomic analysis identifies MMP-9, DJ-1 and A1BG as overexpressed proteins in pancreatic juice from pancreatic ductal adenocarcinoma patients. // BMC Cancer. 2008. V.8. P.241 (1-11).

233. Thiede B., Otto A., Zimny-Arndt U., Muller E.C., Jungblut P. Identification of human myocardial proteins separated by two-dimensional electrophoresis with matrixassisted laser desorption/ionization mass spectrometry. // Electrophoresis. 1996. V.17. P.588-599.

234. Thompson O., Kleino I., Crimaldi L., GimonaM., SakselaK., Winder S J. Dystroglycan, Tks5 and Src mediated assembly of podosomes in myoblasts. // PLoS One. 2008. V.3(ll):e3638 (P. 1-14).

235. Tripathi LP, Sowdhamini R. Genome-wide survey of prokaryotic serine proteases: analysis of distribution and domain architectures of five serine protease families in prokaryotes.//BMC Genomics. 2008. 9:549.

236. Tyson D.R., Ornstein D.K. Proteomics of cancer of hormone-dependent tissues. // Adv. Exp. Med. Biol. 2008. V.630. P. 133-147.

237. Toydemir R.M.; Rutherford A.; Whitby F. G.; Jorde L.B.; Carey J. C; Bamshad M.J. Mutations in embryonic myosin heavy chain (MYH3) cause Freeman-Sheldon syndrome and Sheldon-Hall syndrome. //Nature Genet. 2006. V.38. P,561-565.

238. Ueyama LI.; Bruns G.; Kanda N. Assignment of the vascular smooth muscle actin gene ACTSA to human chromosome 10. // Jpn. J. Hum. Genet. 1990. V.35. P. 145-150.

239. Unlu M., Morgan M.E., Minden J.S. Difference gel electrophoresis: a single gel method for detecting changes in protein extracts //Electrophoresis, 1997. V.18. P.2071-2077.

240. Urbonavicius S., Wiggers II, BotkerH.E., Nielsen T.T., Kimose H.H., Ostergaard M., Lindholt J.S., Vorum H., Honoré B. Proteomic analysis identifies mitochondrial metabolic enzymes as major discriminators between different stages of the failing human myocardium. // Acta Cardiol. 2009. P.64. P.511-522.

241. Van EerdJ.P., Takahashi K. The amino acid sequence of bovine cardiac troponin-C. Comparison with rabbit skeletal troponin-C. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1975.V.64(1). P. 122-127.

242. Vandekerckhove J., Weber K. At least six different actins are expressed in a higher mammal: an analysis based on the amino acid sequence of the amino-terminal tryptic peptide. // J. Mol. Biol. 1978. V.126. P.783-802.

243. Vasiliev J.M. Cytoskeletal mechanisms responsible for invasive migration of neoplastic cells. // Int. J. Dev. Biol. 2004. V.48. P.425-439.

244. Venter C.J., Adams M.D., Myers E. W., Li P. W, Mural R.J., Sutton G. G., Smith H.O., YandellM„ Evans C.A., HoltR.A., Gocayne J.D., AmanatidesP., BallewR.M., Huson D.H., Wortman J.R., Zhang Q., Korida C.D., Zheng X.H., Chen L., Skupski M. et al The Sequence of the Human Genome. // Science. 2001. V.291. P. 1304-1351.

245. Van Rooij E„ Quiat D., Johnson B.A., SutherlandL.B., Qi X., Richardson J.A., Kelm R.J. Jr, Olson E.N. A family of microRNAs encoded by myosin genes governs myosin expression and muscle performance. // Dev. Cell. 2009. V.17. P.662-673.

246. Veugelers M.; Bressan M.; McDermott D.A.; Weremowicz S.; Morton C.C.; Mabry C.C.; Lefaivre J.-F.; Zunamon A.; DestreeA.; Chaudron J.-M.; Basson C.T. Mutation of perinatal myosin heavy chain associated with a Carney complex variant. // New Eng. J. Med. 2004. V.351. P.460-469.

247. Vorum, II, Ostergaard, M., Rice, G.E., Honore, B„ andBek, T. Identification of differentially regulated proteins in a patient with Leber's Congenital Amaurosis~a proteomic study.// Proteome Sci, 2007, 5-14.

248. WangF., Dong J., Ye M., Jiang X., Wu R„ Zou H. Online multidimensional separation with biphasic monolithic capillary column for shotgun proteome analysis. // J. Proteome Res. 2008. V.7(l). P.306-310.

249. Wang H, Parry S, Macones G, Sammel MD, Kuivaniemi H, Tromp G, Argyropoulos G, Haider 1, hriver MD, Romero R, Strauss JF 3rd. A functional SNP in the promoter of the SERPINH1 gene increases risk of preterm premature rupture of membranes in African Americans. // Proc Natl Acad Sci. 2006. 103(36): 13463-13467.

250. Wang H.H., Nakamura A., Matsumoto A., Yoshiyama S., Qin X, Ye L.H., Xie C., Zhang Y., Gao Y, Ishikawa R., Kohama K. Nonkinase activity of MLCK in elongated filopodia formation and chemotaxis of vascular smooth muscle cells toward sphingosylphosphorylcholine. // Am. J. Physio.1 Heart Circ. Physiol. 2009. V.296. P.H1683-H1693.

251. Watanabe N. Inside view of cell locomotion through single-molecule: fast F-/G-actin cycle and G-actin regulation of polymer restoration. // Proc. Jpn. Acad Ser В Phys Biol Sci. 2010. V.86. P.62-83.

252. Weaver A.M. Cortactin in tumor invasiveness. // Cancer Lett. 2008. V.265. P. 157166

253. Webb B.A., Eves R., Crawley S. W., Zhou S., Cote G.P., MakA.S. PAK1 induces podosome formation in A7r5 vascular smooth muscle cells in a PAK-interacting exchange factor-dependent manner. //Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2005. Y.289. P.C898-C907.

254. Westbrook J.A., Wheeler J.X., Wait R., Welson S. Y, Dunn M.J. The human heart proteome: Two-dimensional maps using narrow-range immobilised pH gradients. // Electrophoresis. 2006. V.27. P. 1547-1555.

255. Wilkins M.R., Williams K.L., AppelR.D., Hochstrasser D.F. Proteomic research: new frontiers in functional genomics (principle and practice). // Springer Verlag. Berlin. 1997. 464p

256. Wilkinson M.J., Grand R.J. A. The amino acid sequence of Troponin I from rabbit skeletal muscle.//Biochem. 1975. 149,493-496

257. Winder S.J, Ayscough K.R. Actin-binding proteins. // J. Cell Sci. 2005. V. 118. P.651-654.

258. Woodward JK, Holen I, Coleman RE, Buttle DJ. The roles of proteolytic enzymes in the development of tumour-induced bone disease in breast and prostate cancer.//Bone. 2007. 41(6):912-27.

259. Xu WM, Gorman PA, Rider SH, Hedge PJ, Moore G, Prichard C, Sheer D, Solomon E. Construction of a genetic map of human chromosome 17 by use of chromosome-mediated gene transfer. // Proc Natl Acad Sci 1988. 85(22):8563-7.

260. Yang Т., Pfister M., Blin N.. Zenner HP., Pusch C.M., Smith R.J.H. Genetic heterogeneity of deafness phenotypes linked to DFNA4. // Am. J. Med. Genet. 2005. V.139. P.9-12.

261. Yanagiuchi A, Miyake H, Nomi M, Такепака A, Fujisawa M. Modulation of the microenvironment by growth factors regulates the in vivo growth of skeletal myoblasts.// BJUInt. 2009; 103(11):1569-73.

262. Yoon S„ Molloy M.J., Wu M.P., Cowan D.B., Gussoni E. C60RF32 is upregulated during muscle cell differentiation and induces the formation of cellular filopodia. // Dev. Biol. 2007. V.301. P.70-81.

263. Zhang J., XuX, Gao M„ YangP., Zhang X Comparison of 2-D LC and 3-D LC with post- and pre-tryptic-digestion SEC fractionation for proteome analysis of normal human liver tissue. // Proteomics. 2007. V.7(4). P.500-512.

264. Zhang J., ParkS.I., Artime M.C., SummyJ.M., Shah A.N., Bomser J.A., Dorfleutner A„ Flynn D.C., Gallick G.E. AFAP-110 is overexpressed in prostate cancer and contributes to tumorigenic growth by regulating focal contacts. // J Clin Invest. 2007a. V.117. P.2962-2973.

265. Zhang J. S., Gong A., Cheville J.C., Smith D.I., Young C.Y. AGR2, an androgen-inducible secretory protein overexpressed in prostate cancer. // Genes Chromosomes Cancer. 2005. V.43(3). P.249-259.

266. Zhou S., Webb B.A., Eves R., MakA.S. Effects of tyrosine phosphorylation of cortactin on podosome formation in A7r5 vascular smooth muscle cells. // Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2006. V. 290. P.C463-C471.

267. Zhu M.; Yang T.; Wei S.; DeWan A. T.; MorelIR, J.; Elfenbein J. L.; Fisher R. A.; Leal S. M.; Smith R. J. II.; Friderici K. H. Mutations in the gamma-actin gene (ACTG1) are associated with dominant progressive deafness (DFNA20/26). // Am. J. Hum. Genet. 2003. V.73. P. 1082-1091.

268. Zhu L.; Vranckx R.; Khau Van Kien P.; Lalande A.; Boisset N.; Mathieu F.; Wegman M.; GlancyL.; Gasc J.-M.; Brunotte F.; Bruneval P.; Wolf J,-E.; Michel J.-B.; Jeunemaitre X. Mutations in myosin heavy chain 11 cause a syndrome associating thoracic aortic aneurysm/aortic dissection and patent ductus arteriosus. // Nature Genet. 2006 V.38. P.343-349.

269. Zou Z, Anisowicz A, Hendrix MJ, Thor A, Neveu M, Sheng S, Rafidi K, Seftor E, SagerR. Maspin, a serpin with tumor-suppressing activity in human mammary epithelial cells. Science. 1994 Jan28;263(5146):526-9.

БЛАГОДАРНОСТИ

Выражаю свою искреннюю благодарность сотрудникам кафедры урологии РМА-ПО (Городская клиническая больница им. С.П. Боткина) член-корр. РАМН Лорану О.Б., и Охриц В.Е., за благожелательное отношение, сотрудничество и предоставление биоматериалов.

Огромная благодарность научному руководителю д.б.н. Л.И. Ковалеву и проф. С.С. Шишкину за терпение и неоценимую помощь при выполнении данной работы.

Благодарю также всех сотрудников Института биохимии им. А.Н. Баха РАН за моральную и техническую поддержку.