Опухолевый супрессор ARF и его роль в селективной и неселективной аутофагии тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.03.03, кандидат наук Будина, Анна Павловна

• Будина, Анна Павловна
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Будина, Анна Павловна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Опухолевый супрессор ARF и его значение в канцерогенезе

1.1.1 Строение и биологическая значимость локуса INK4a/ARF

1.1.2 Структурная организация и биохимические особенности белка ARF

1.1.3 Механизмы регуляции экспрессии локуса INK4a/ARF в опухолях человека

1.1.5 р53 - зависимые и р53 - независимые функции опухолевого

супрессора ARF

1.2.1 Типы и механизмы аутофагии

1.2.2 Роль аутофагии в поддержании клеточного гомеостаза

1.2.5 Роль селективной и неселективной аутофагии в канцерогенезе

ГЛАВА II. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Культивирование клеток

2.3 Электрофорез фрагментов ДНК в агарозном геле

2.4 Трансформация компетентных клеток Е. Coli

2.5 Выделение плазмидной ДНК из бактериальных клеток

2.6 Стабильная трансфекция клеток млекопитающих плазмидной ДНК

2.7 Иммуноблоттинг

2.8 Метод сайт-направленного мутагенеза

2.9 Иммуноцитофлюоресцентный анализ

2.10 Флоуцитометрический анализ мембранного потенциала митохондрий

(Guava MitoPotential Assay)

2.11 Трансмиссионная электронная микроскопия

2.12 ГТЦР в реальном времени

2.13 Инфицирование клеток ретровирусами

2.14 Выделение митохондрий

2.15 Методы статистического анализа

ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Определение участка митохондриальной локализации опухолевого супрессора р 19ARF

3.2 Выявление участка белка р 19/ARF, отвечающего за активацию неселективной аутофагии

3.3 Исследование роли С-концевого участка pl4ARF в активации неселективной аутофагии в клетках человека

3.4 Влияние точеченых мутаций гена Ink4a/ARF, индуцируемых в опухолевых клетках человека, на ARF - опосредованную аутофагию

3.5 Изучение роли укороченной формы белка ARF - smARF в процессе митофагии

3.6 Оценка взаимного влияния экспрессии pARF и р53 на регулируемую ими аутофагию в клетке

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

АДФ - аденозиндифосфат

АПК - антиген-презентирующая клетка

АТФ - аденозинтрифосфат

АФК - активные формы кислорода

ОФ - окислительное фосфорилирование

рРНК - рибосомальная рибонуклеиновая кислота

ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

АМРК - AMP-активируемая белковая киназа

ARF - альтернативная рамка считывания (от англ. Alternative Reading Frame)

ATG - гены, связанные с аутофагией (от англ. Autophagy-related genes)

DAPI - 4,6-диамидино-2-фенилиндол

DMEM - среда Игла, модифицированная по способу Дульбекко

FBS - бычья эмбриональная сыворотка

FITC - флуоресцеина изотиоцианат (от англ. Fluorescein isothiocyanate)

GFP - зеленый флуоресцентный белок (от англ. Green Fluorescent Protein)

MEF - мышиные эмбриональные фибробласты

МНС - главный комплекс гистосовместимости

mTOR - «мишень рапамицина млекопитающих» (от англ. Target Of Rapamycin)

NoLS - сигнал ядрышковой локализации

PARK2 - белок Паркин

Rb - белок ретинобластомы

smARF - короткая митохондриальная форма ARF (от англ. Short mitochondrial form of ARF)

shARF - короткая шпилькообразная РНК для ARF

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Опухолевый супрессор ARF и его роль в селективной и неселективной аутофагии»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Несмотря на существенные достижения современной медицины, смертность от злокачественных новообразований имеет тенденцию к постоянному увеличению. Успех в разработке новых методов диагностики и лечения опухолей вряд ли возможен без глубокого изучения молекулярных и клеточных механизмов, лежащих в основе их развития. Как известно, одной из главных особенностей современной патофизиологии является привлечение методов молекулярной биологии и генетики в исследование патогенеза различных заболеваний, что дает возможность определить конкретные клеточные и молекулярные мишени для воздействия на определенные патологические процессы. С полным правом это можно отнести и к изучению механизмов опухолевого роста. По современным представлениям опухолевый процесс развивается вследствие либо активации онкогенов, либо утраты функции генов -супрессоров опухолевого роста [2]. В этой связи изучение функционирования опухолевых супрессоров является необходимой предпосылкой в раскрытии механизмов клеточной онкотрансформации.

К группе онкосупрессоров относится опухолевый супрессор АКР - продукт альтернативной рамки считывания гена ГЫК4а/АКР. Это второй по частоте встречаемости мутаций ген в опухолях человека после гена ТР53, кодирующего опухолевый супрессор р53 [181]. Показано, что потеря функции опухолевого супрессора АИР является необходимым этапом трансформации нормальных

клеток в опухолевые [181, 191]. Несмотря на имеющееся мнение, что АШ7 подавляет развитие опухоли посредством стабилизации р53, накапливается все больше данных, указывающих на существование р53-независимых супрессорных функций белка АИ7 [191].

Внимание исследователей привлекло существование трансляционной модификации белка АКР с митохондриальной локализацией, получившей название - укороченная форма онкосупрессора АЛР (БтАШ7) [174]. Однако данные литературы о роли бшАИР в клетках немногочисленны и противоречивы.

В последние годы активно изучается участие онкосупрессоров в регуляции аутофагии [105]. Аутофагия - механизм лизосомальной деградации собственных компонентов клетки, который направлен на обновление клеточных структур. В то же время аутофагия - это компенсаторный механизм, обеспечивающий питание и снабжение клеток энергией в условиях метаболического голода [160]. Повышенный интерес к изучению аутофагии связана с тем, что она вовлечена во многие патологические процессы, в том числе и канцерогенез [215]. Показано, что эффективная работа некоторых супрессоров зависит от их способности активировать аутофагию, которая, в свою очередь, обладает различными механизмами противоопухолевой защиты [105].

На сегодняшний день роль аутофагии в канцерогенезе рассматривается в зависимости от стадии развития опухоли. На этапе инициации опухолевого процесса аутофагия может подавлять канцерогенез, а на этапе прогрессирования опухоли аутофагия позволяет опухолевым клеткам выжить в условиях метаболического стресса [214].

Аутофагия представляет собой сложный многоступенчатый процесс с большим числом сигнальных путей, которые участвуют в ее регуляции [222]. Несмотря на большое количество публикаций по данной проблеме, до настоящего времени нет ясного понимания как регулируется данный процесс и какую роль в нем играют онкосупрессоры, в частности, опухолевый супрессор АИР.

Необходимость раскрытия этих механизмов регуляции и определила актуальность данного исследования.

Цель исследования - изучить роль опухолевого супрессора АКБ и его укороченной митохондриальной формы в процессах селективной и неселективной аутофагии.

Задачи исследования

1. Определить участки опухолевого супрессора р19АШ% ответственные за его митохондриальную локализацию и активацию аутофагии.

2. Изучить роль укороченной формы белка АКБ - этАШ7 в процессе неселективной и селективной аутофагии в клетках человека.

3. Исследовать роль С - концевого участка опухолевого супрессора рМАШ7 в активации неселективной аутофагии в клетках человека.

4. Изучить влияние точечных мутаций гена ШК^а/АШ7, индуцируемых в опухолевых клетках человека, на АШ7 — опосредованную аутофагию.

5. Оценить взаимное влияние экспрессии АИР и р53 на регулируемую ими аутофагию.

Научная новизна и практическая значимость работы

1. Впервые в работе раскрыт механизм селективной деградации митохондрий (митофагии) с участием укороченной формы АИР -этАЮ7.

2. В результате исследований впервые определены участки онкосупрессора р19АКР, ответственные за его митохондриальную локализацию и активацию аутофагии.

3. Приоритетными являются данные по изучению влияния точечных мутаций гена ШК4а/ЛЯР на способность опухолевого супрессора АИР активировать аутофагию в опухолевых клетках человека.

4. В работе впервые определена физиологическая значимость консервативного С-концевого участка опухолевых супрессоров АЯР мыши и человека. Выяснена роль АЯР как посредника в р53-зависимой аутофагии.

Раскрытие молекулярных механизмов АИР - опосредованной аутофагии, вовлеченной в процесс канцерогенеза, может стать основой для разработки терапии злокачественных новообразований.

Внедрение результатов исследования

Основные положения диссертационной работы используются в научно-исследовательской работе, а также в лекционном курсе и на практических

занятиях на кафедрах патологической физиологии, патологической анатомии и онкологии Смоленской государственной медицинской академии.

Апробация работы

Основные положения диссертации доложены и обсуждены на заседаниях проблемной комиссии «Иммунология, иммунопатофизиология,

иммунопатоморфология» Смоленской государственной медицинской академии (2011-2014); доложены на международных конференциях: «16 Annual Postdoctoral & Graduate Student Conference» (Филадельфия, США, 2011), «Wistar Institute Cancer Center Retreat» (Филадельфия, США, 2012), «Tumor metabolism Keystone symposia on Molecular and Cellular Biology» (Keystone, США, 2013).

Основные положения, выносимые на защиту

1. Последовательность аминокислот в опухолевом супрессоре pl9ARF с 45 по 100 отвечает за его митохондриальную локализацию; активацию неселективной аутофагии контролирует гомологичный консервативный С-концевой участок белков pl4ARF и pl9ARF.

2. Укороченная форма опухолевого супрессора ARF, расположенная в митохондриях, активирует процесс селективной деградации митохондрий -митофагию.

3. Опухоль-ассоциированные точечные мутации гена ШК^а/АШ7, нарушающие структуру С-концевого участка молекулы, блокируют АШ7 -опосредованную аутофагию.

4. Опухолевый супрессор АШ7 выполняет роль посредника в р53-зависимой аутофагии.

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Опухолевый супрессор ARF и его значение в канцерогенезе 1.1.1 Строение и биологическая значимость локуса INK4a/ARF

Опухолевый супрессор белок ARF (от английского Alternative Reading Frame - альтернативная рамка считывания) кодируется локусом INK4a/ARF, который находится на коротком плече 9 хромосомы у человека (локус 9р21) и в 4 хромосоме у мышей (участок 42.7 сМ) [5, 6, 168]. Уникальность организации и билогическая значимость этого локуса состоит в том, что он кодирует сразу два различных транскрипта, аир, генерирующих опухолевые супрессоры - pl6INfi4a и pl9ARF. Эти два транскрипта кодируются различными первыми экзонами, находящимися под контролем собственных промоторов (экзоном ip гена ARF и экзоиом 1а гена INK4a), но одинаковыми 2 и 3 экзонами (рис. 1). Наличие отдельных промоторов и различных первых экзонов обеспечивает независимую регуляцию и частоту мутаций этих генов в опухолях человека. Кроме того, так как pl6INK4A и pl9/ARF имеют разные рамки считывания в экзоне 2, эти белки не имеют аминокислотного тождества и выполняют различные функции.

С момента обнаружения ARF в 1995 году [131] его структура и роль в канцерогенезе стала активно исследоваться. Было показано, что повышение экспрессии ARF в опухолевых клетках животных и человека приводит к прекращению деления этих клеток, что является неизменной характеристикой любого опухолевого супрессора [121, 167]. ARF подавляет развитие опухоли путем стабилизации важного опухолевого супрессора р53 [181]. В то же время

многочисленнные данные свидетельствуют о том, что АИР может действовать как опухолевый супрессор самостоятельно, независимо от присутствия опухолевого супрессора р53 в клетке [181].

Второй продукт данного локуса, опухолевый супрессор р16|ГМК4а, приводит к остановке клеточного цикла и замедлению роста опухоли путем регуляции активности белка ретинобластомы (Шэ) [191].

Необходимо отметить, что локус 1ЫК4а/АЯР часто подвергается мутациям в опухолях человека [5, 6, 168]. Это свидетельствует, что потеря функции его белков является необходимым этапом трансформации нормальных клеток в опухолевые.

Рис. 1. Строение гена ГЫК4а/А11Р.

1.1.2 Структурная организация и биохимические особенности белка АЯБ

Белок АЯБ у человека (рНАЯР) состоит из 132 аминокислот и имеет молекулярную массу 14 КДа. Этот же белок у мышей (р19А11Р) состоит из 169 амикислот с общей молекулярной массой 19 КДа. Несмотря на эти различия,

последовательности ДНК мышиного и человеческого ARF гомологичны на 50%, чем, вероятно, объясняется консервативность функций данных опухолевых супрессоров [181]. Белок ARF в клетке преимущественно располагается в ядрышках, контролирующих синтез рибосом. В ядрышке выделяют фибриллярный компонент, в котором происходит синтез рибосомальпых рибонуклеиновых кислот (рРНК) и гранулярный компонент, представляющий собой комплексы рРНК и рибосомальпых белков. В гранулярной зоне ядрышка ARF взаимодействует с нуклеофосмином (NPM) и контролирует сборку рибосомных единиц [29, 30, 99]. Данная локализация белка обеспечивается наличием в его первичной структуре специальной аминокислотной последовательности — сигнала ядрышковой локализации (NoLS, от англ. Nucleolus Localization Signal). NoLS, как правило, состоит из одного или нескольких последовательностей аминокислот, содержащих большое количество положительно заряженных аргинина и лизина, которые направляют белок в ядрышки. Так, например, аминокислоты 26-37 обеспечивают ядрышковую локализацию белка pl9ARF [213]. В составе pl4ARF эту функцию осуществляют последовательности аминокислот 2-14 и 82-101 [124, 212, 231]. Исследования последних лет показали, что приблизительно 5% pl9ARF располагается на наружной мембране митохондрий, где ARF принимает участие в активации аутофагии [5, 160]. Однако участок ARF, ответственный за митохондриальную локализацию белка и индукцию аутофагии, до настоящего времени не был изучен. Следует также отметить, что мРНК человеческого и мышиного ARF содержат дополнительный метионин в позициях 42 и 45 соответственно. Это обеспечивает инициацию трансляции с внутреннего метионина с образованием укороченной формы белка ARF - smARF (от англ. Short mitochondrial form of ARF). smARF составляет примерно 5% от общего количества ARF в клетке и располагается в митохондриях, так как не содержит части экзона 10 с последовательностями ядрышковой локализации NoLs. До настоящего времени биологическое значение

и

втАШ7 в клетке оставалось вопросом дискуссий. Так, АсН КлтсЫ показала, что бшАЛР активирует неселективную аутофагию, что приводит к массивной гибели клеток [174]. Однако другая группа ученых опровергла этот факт и сообщила, что только полноразмерный АИР способен активировать аутофагию [10].

Белок АКР отличается выраженными основными свойствами, так как содержит 20% аргинина в аминокислотной последовательности, и имеет изоэлеюрическую точку около 11. Поэтому при физиологических значениях рН АИР легко вступает во взаимодействие с другими белками, вследствие чего происходит нейтрализация его заряда и повышается стабильность. Это объясняет большое количество белков, способных взаимодействовать с АКР [190], а также отсутствие выраженной пронстранственной организации белка (за исключением двух а-спиралей на И-конце белка) [40].

1.1.3 Механизмы регуляции экспрессии локуса INK4a/ARF в опухолях человека

Экспрессия генов локуса INK4a/ARF индуцируется онкогенами MYC, El А, мутантным Ras, ABL и другими. Описан механизм, объясняющий активацию генов этого локуса в ответ на действие пролиферативных сигналов. Промоторы ARF и pl6INK4a содержат сайты связывания транскрипционного фактора E2F1, который индуцирует их экспрессию. Показано, что в мышиных эмбриональных фибробластах линии MEF связывание ингибитора E2F3b с ARF промотором подавляет экспрессию гена, а связывание с ним активирующего E2F1 индуцирует экспрессию ARF. Учитывая, что белок Rb контролирует активность E2F1, регуляция ARF с помощью E2F1 обнаруживает механизм взаимосвязи между путями р 16 - Rb и ARF - р53. Инактивация локуса INK4a/ARF вследствие

метилирования промоторов гена ARJF и INK4a часто встречается в опухолях человека. Промотор ARF содержит CpG-островок, который с раличной частотой гиперметилирован в медуллобластоме, при колоректальном раке, карциноме желчного пузыря, остеосаркоме и раке предстательной железы [67, 97, 220]. Метилирование ARF промотора ассоциировано с повышенным риском метастазирования и неблагоприятным прогнозом у пациентов с раком груди, мочевого пузыря и колоректальном раке [42]. В данном случае экспрессия pl4ARF контролируется независимо oTpl6INK4a [48]. При развитии лейкемии хромосомная транслокация t(8;21) приводит к образованию белка AML1-ETO, который подавляет транскрипцию ARF [122]. Альтернативный путь инактивации ARF — дерегуляция белков, влияющих на его экспрессию. Например, суперэкспрессия Bmi-1 репрессора при колоректальном раке коррелирует с низким уровнем экспрессии ARF [90]. Активация других репрессоров ARF (ТВХЗ, ТВХ2, DMP1) была обнаружена в различных типах новообразований, но их влияние на уровень экспрессии ARF еще не изучено.

1.1.4 Роль нарушений функции ARF в развитии опухолевого процесса в

клетках

Значительные успехи в исследовании роли опухолевого супрессора ARF были достигнуты благодаря экспериментам на животных. Так, например, у трансгенных мышей с гомозиготной делецией локуса INK4a/ARF, приводящей к подавлению экспрессии обоих его белковых продуктов, наблюдается спонтанное развитие фибросарком и лимфом уже через 8 недель после рождения. Это приводит к смерти животных на первом году жизни [82]. Интересно, что подобный фенотип наблюдается и у мышей с делецией экзона ip гена ARF,

приводящей к блокированию экспрессии только белка ARF. Однако у мышей, имеющих сниженную экспрессию pl6INk4a, но сохранивших экспрессию ARF, нет существенного повышения частоты возникновения опухолей, отмечается лишь редкое возникновение меланом [80, 187]. Мышиные эмбриональные фибробласты (MEF), в которых инактивирован ген ARF, демонстрируют признаки иммортализации клеток. В отличие от нормальных MEF, подвергающихся репликативному старению уже на 10-15 пассаже, клетки с инактивированным геном ARF способны к неограниченному размножению in vitro («бессмертные» клеточные линии). Кроме того, указанные клетки легко трансформируются в опухолевые онкогенами семейства Ras, в то время как для трансформации нормальных клеток необходимо дополнительное действие комплементирующих онкогенов El или Мус [167]. Таким образом, потеря функции опухолевого супрессора ARF в некоторых случаях может заменить трансформирующее действие онкогенов и является важным фактором в канцерогенезе. Eischen и Cleveland исследовали роль ARF при развитии лимфомы Беркитта у трансгенных мышей Em-myc, у которых ген с-тус находится под контролем энхансера IgH. Усиленная экспрессия онкогена с-тус вызывает у этих мышей патологию очень сходную с лимфомой Беркитта у людей [102]. Оказалось, что первоначальная дерегуляция протооонкогена с-тус приводит к активации ARF-MDM2-p53 сигнального пути, что обеспечивает активацию апоптоза и предотвращает развитие опухоли на начальных этапах. Активный с-тус повышает селекцию в пользу иммортализованных клеток с спонтанной инактивацией ARF и р53, что приводит к неконтролируемому росту незрелых В-лимфоцитов и образованию лимфом. Потеря обоих аллелей гена ARF предшествовала развитию патологии и определялась в 24% лимфом [45].

Мыши с нокаутом гена ARF более подвержены развитию новообразований при воздействии канцерогенов по сравнению с диким типом мышей, что

свидетельствует о защитной роли опухолевого супрессора ARF в борьбе с трансформацией нормальных клеток в опухолевые [80, 82].

Так как в результате делеции локуса 9р21 происходит потеря и р16 и ARF, предметом дискуссий многих лет остается вопрос: какой опухолевый супрессор данного локуса является ведущим в защите нормальных клеток. Эксперименты на животных показали, что мыши с отсутствием гена р 16 или ARF имеют повышенную предрасположенность к спонтанному развитию опухолей по сравнению с диким типом мышей, в которых эти гены интактны. Однако частота развития опухолей у этих мышей была значительно меньше, чем у животных с одновременным отсутствием р16 и ARF, что говорит о взаимном вкладе этих опухолевых супрессоров в борьбе против канцерогенеза [107, 189]. Значимость р16 и ARF подтвердилась также у мышей с повышенной экспрессией этих генов. В этих условиях животные были в 3 раза устойчивее к развитию опухолей, чем интактные животные [132]. Мутации в экзоне 10, повреждающие функции только ARF, были обнаружены во многих случаях меланомы, глиобластомы, астроцитомьт, аденокарциномы желудка и других типах опухолей [43, 145, 175, 211]. Наличие этих мутаций подтверждает роль ARF в канцерогенезе. Мутации в экзоне 1а, нарушающие только функцию опухолевого супрессора р16, также были найдены во многих опухолях [51]. Однако оказалось, что подавляющее большинство мутаций в локусе INK4a/ARF происходит в экзоне 2, в котором гены р16 и ARF кодируются общей последовательностью ДНК. Это означает, что чаще всего оба гена инактивируются вследствие одного и того же повреждения [59, 82, 233].

Так как INK4a/ARF локус кодирует опухолевые супрессоры, играющие важнейшую роль в регуляции Rb и р53 сигнальных путей, неудивительно, что генетические аномалии данного локуса встречаются в 40% опухолей человека [79, 148, 179].

Необходимо подчеркнуть, что мутации - не единственный путь нарушения функции белка АИР в опухолевых клетках. Так, инактивация гена вследствие метилирования его промотора было зафиксировано в случаях гепатоцеллюлярной карциномы [15], карциноме нижней губы [193], раке почки [43], а также астроцитомах [211], эпендимомах [13, 178] и олигодендроглиоме [13, 216]. Перечень типов новообразований, в которых нарушена функция опухолевого супрессора АЛБ представлен в таблице 1.

Таблица 1

Частота (в %) встречаемости мутаций гена АЯБ в различных типах опухолей

человека.

Гистологический тип опухоли Мутации гена АКР Частота встречаемости Ссылка на литературный источник

карцинома желчного пузыря/общего желчного протока метилирование 46% [93]

глиобластома делеции метилирование 58% 67% [145] Г561

глиома делеции 41% [106]

гепатоцеллюлярная карцинома делеции мутации метилирование 25% 42% 7% [75] [72] [15]

наследственный неполипозный колоректальный рак метилирование 33% [220]

злокачественная мезотелиома делеции 21% [156]

злокачественные опухоли периферических нервов делеции 50% [101, 159]

медуллобластома метилирование делеции 14% 10% [67] [52]

меланома делеции мутации семейная семейная [108, 170]

злокачественные делеции 22% [188]

опухоли полости рта

неходжкинская делеции 11% [161]

лимфома мутации

олигодендроглиальные метилирование 44% [13,216]

опухоли

опухоли почек метилирование 17% [251

остеосаркома метилирование 47% [150]

делеции 9% [2061

карцинома делеции 13% [97]

предстательной

железы

острая делеции 100% [54]

лимфобластическая

леикемия

переходно-клеточная делеции 25% [182]

карцинома мочевого

пузыря

1.1.5 р53 — зависимые и р53 - независимые функции опухолевого супрессора ARF

Наиболее изученной биологической функцией ARF является его роль в стабилизации опухолевого супрессора р53 [181]. Инактивация опухолевого супрессора р53 встречается в более 50% различных новообразований [74]. В отсутствие стресса низкий уровень р53 в клетке постоянно поддерживается белком MDM2 (HDM2 у человека). ЕЗ убиквитин-лигаза MDM2 взаимодействует с N-концевым трансактивирующим доменом белка р53, что подавляет способность р53 активировать специфические гены-мишени, а также приводит к протеасомной деградации р53. Напротив, повышение экспрессии онкогенов RAS, MYC, El А ведет к увеличению концентрации р53 и повышению его

транскрипционной активности. Было замечено, что это приводит к значительному усилению экспрессии ARF, что обусловлено присутствием в гене INK4a респоисивных элементов для транскрипционного фактора E2F, активируемого многими онкогенами [153]. Роль ARF в регуляции р53 была окончательно установлена после обнаружения непосредственного взаимодействия между ARF и убиквитин лигазой MDM2. Оказалось, что ARF взаимодействует в ядрышках с MDM2, что прекращает перемещение MDM2 из ядрышек в нуклеоплазму и освобождает р53 от его ингибирующего влияния [152, 177, 202, 213]. В этой связи повышение экспрессии белка pl9ARF в ответ на активацию онкогенов приводит к стабилизации р53 путем уменьшения скорости его деградации. Исследователи показали существование зависимости между активностью р53 и присутствием ARF в клетке [181]. Делеция ARF сопровождалась иммортализацией MEF in vitro и в опухолях in vivo и инактивация р53 в данном случае не требовалась [27, 82]. Это свидетельствует, что р53 и ARF функционируют в одном и том же сигнальном пути. pl9ARF препятствовал МОМ2-индуцированной трансформации MEF, но не проявлял никакого эффекта на клетки с отсутствием р53, что указывает на роль ARF в регуляции МОМ2-опосредованной деградации р53 [162]. ARF подавляет все известные функции MDM2: способность ингибировать транскрипционную активность р53 [81, 198], убиквитинировать р53 [64], осуществлять транспорт р53 в цитоплазму для деградации белка протеасомой 26S [202, 213, 231]. Активированный р53 более стабилен и повышает транскрипцию в аномальных клетках генов-мишеней, приводящее к остановке клеточного цикла посредством активации ингибитора циклинзависимых киназы - белка р21 [46] или апоптозу путем репрессии гена анти-апоптотического белка Вс12 и активации генов про-апоптотических белков Вах, Puma и Noxa [210].

Делеция гена ТР53 в клетках сопровождается значительным повышением экспрессии белка ARF. Напротив, внесение р53 обратно в эти клетки возвращает уровень ARF к его нормальным значениям [81, 198]. Было показано, что гены

МЭМ2 и АИР сами являются транскрипционной мишенью р53, который увеличивает экспрессию МОМ2, но подавляет экспрессию АЛБ [18, 217]. В результате устанавливается регуляторная петля, функционирующая по принципу отрицательной обратной связи (рис. 2). Исследования показали, что именно АЮ7-опосредованная активация р53 при воздействии онкогенов приводит к антиопухолевому действию белка [28, 44]. Таким образом, АЮ7 является важнейшим регулятором АИР-р53-МПМ2 сигнального пути, осуществляющего эффективную элиминацию аномальных клеток в борьбе против канцерогенеза. В клетках с нарушенной функцией ЛИР онкогенная стимуляция не сопровождается типичным ответом со стороны р53 и ведет к клеточной трансформации [181].

активация онкогенов повреждение ДНК

1

СусМпР СОК4/6

р1*Ь -

1

р№

Е2Р

фаза—^—»в фаза

ЫРМ

синтез рибосом р53

апоптоз остановка клеточного цикла

Рис. 2. Функции опухолевых супрессоров р 16 и АИР.

Несмотря на общепринятое мнение, что АИР подавляет развитие опухоли посредством стабилизации р53, многие исследования указывают на

существование р53 - независимых супрессивных функций белка АИР [181]. Доказательством такой самостоятельной роли опухолевого супрессора АКР в канцерогенезе стали результаты экспериментов по созданию линий трансгенных мышей, во всех клетках которых были инактивированы АКР, р53 или оба гена одновременно. АЮ7 -/- и р53-/- мыши демонстрировали повышенную предрасположенность к спонтанному образованию опухолей с средней продожительностыо жизни 19 и 32 недели соответственно. При этом спектр обнаруженных опухолей значительно отличался между двумя группами животных. Например, у мышей с отсутствием р53 Т-клеточные лимфомы развивались в 70% случаев, саркомы наблюдались у 30% мышей. У мышей с выключенным геном АИР низкодифференцированные саркомы встречались гораздо чаще лимфом. Кроме того, у 25% животных наблюдались глиомы и карциномы, которые почти никогда не развивались у р53-/- животных. У р53/АКР -/- мышей количество и гистологический тип опухолей был более разнообразным, чем у мышей с отсутствием только одного опухолевого супрессора. Также было показано, что одновременная потеря функции р53 и АКР в клетках приводит к их более быстрой пролиферации и более выраженной устойчивости к апоптозу по сравнению с клетками с делецией только одного из этих генов. Кроме того, восстановление экспрессии АЕР в эмбриональных мышиных фибробластах, полученных от АКР/р53/МОМ2 -/- мышей, индуцирует остановку клеточного цикла [181]. Таким образом, АКР способен подавлять рост клеток посредством взаимодействия с другими белками кроме р53 и МОМ2.

Известно, что АКР в ядрышках взаимодействует с нуклеофосмином (МРМ) - главным регулятором биосинтеза рибосом [20, 68, 99]. Повышение экспрессии КРМ встречается при неходжскинской лимфоме, миелодиспластическом синдроме, острой промиелоцитарной и миелоидной лейкемиях [223]. перемещается между ядром и цитоплазмой и контролирует экспорт через ядерную мембрану рибосомалыюго белка Ь5, способствуя выходу

рибосомных субчастиц из ядра. АЯР иигибирует транспорт рРНК в цитоплазму путем удержания нуклеофосмина в ядрышке, а также контролирует сборку рибосомных единиц [29, 30, 99]. Индукция АИР сопровождается повышением уровня 5Э рРНК в ядре. С помощью метода иммунопреципитации хроматина было показано, что рМАИР связывается с нулеотидной последовательностью промотора рибосомальной РНК, а также с индуктором транскрипции рРНК -белком иВР. Из этого следует, что АЮ7, по-видимому, контролирует образование рибосом на различных этапах их синтеза. Таким образом, нарушение функции АЯБ или супреэкспрессия КРМ в опухолях ускоряет синтез рибосом и способствует пролиферации опухолевых клеток за счет увеличения синтеза белка. Считается, что АШ7 — взаимодействие обеспечивает ядрышковую

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Будина, Анна Павловна, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Зубова, С.Г. ТОЯ-центрическая концепция регуляции митогенных, метаболических и энергетических сигнальных путей в клетке / С.Г. Зубова, Ж.В. Шитикова, Т.В. Поспелова // Цитология - 2012. - Т. 54. - № 8. - С. 589-601.

2. Копнин, Б.П. Мишени действия онкогенов и опухолевых супрессоров: ключ к пониманию базовых механизмов канцерогенеза / Б.П. Копнин // Биохимия. - 2000. -Том 65.-№ 1.-С. 5-33.

3. Манских, В. Н. Пути гибели клетки и их биологическое значение / В. Н. Манских // Цитология - 2007. - Т. 49. - № 11. - С. 909-915.

4. Пимкина, Ю.С. Роль опухолевого супрессора АКБ в канцерогенезе и молекулярных механизмах активации аутофагии: автореф. дис.... канд. мед. наук 14.00.16 / Пимкина Юлия Сергеевна. - СПб., 2009.-22 с.

5. Пимкина, Ю.С. Роль опухолевого супрессора АКБ в канцерогенезе и молекулярных механизмах активации аутофагии: дис....канд. мед. наук: 14.00.16 / Пимкина Юлия Сергеевна. - СПб., 2009.-82 с.

6. Пупышев, А.Б. Лизосомы человека: библиометрическая оценка актуальных направлений исследований / А.Б. Пупышев // Бюллетень СО РАМН - 2006. - Т. 1 -С. 106-116.

7. Пупышев, А.Б. Репаративная аутофагия и аутофаговая гибель клетки. Функциональные и регуляторные аспекты / А.Б Пупышев // Цитология - 2014. - Т. 56.-№3.-С. 179-195.

8. Черников, В.П. Морфологические и биохимические критерии клеточной гибели / В.П. Черников, Т.А. Белоусова, Л.В. Кактурский // Архив патологии - 2010. - Т. 72.-№3.-С. 48-54.

9. Чехун В. Воспаление и рак / В. Чехун // Онкология - 2009. - Т. 11. - № 4. - С. 244-245.

10. p53-Dependent and p53-independent activation of autophagy by ARF / W. M. Abida, W. Gu // Cancer Res - 2008. - Vol. 68. - Pt. 2. - P. 352-357.

11. Cloning and genomic organization of beclin 1, a candidate tumor suppressor gene on chromosome 17q21 /V. M. Aita [et al.] // Genomics - 1999. - Vol. 59. - Pt. 1. - P. 59-65.

12. Postfertilization autophagy of sperm organelles prevents paternal mitochondrial DNA transmission / S. Al Rawi [et al.] // Science - 2011. - Vol. 334. - Pt. 6059. - P. 1144-1147.

13. Aberrant promoter methylation of multiple genes in oligodendrogliomas and ependymomas / M. E. Alonso [et al.] // Cancer Genet Cytogenet - 2003. - Vol. 144. - Pt. 2.-P. 134-142.

14. Autophagy inhibition enhances therapy-induced apoptosis in a Myc-induced model of lymphoma / R. K. Amaravadi [et al.] // J Clin Invest - 2007. - Vol. 117. - Pt. 2. - P. 326-336.

15. P14ARF gene alterations in human hepatocellular carcinoma / M. Anzola [et al.] // Eur J Gastroenterol I-Iepatol - 2004. - Vol. 16. - Pt. 1. - P. 19-26.

16. Blocked autophagy sensitizes resistant carcinoma cells to radiation therapy / A. Apel [et al.] // Cancer Res - 2008. - Vol. 68. - Pt. 5. - P. 1485-1494.

17. Metabolic stress induces the lysosomal degradation of neuropilin-1 but not neuropilin-2 / D. Bae [et al.] // J Biol Chem - 2008. - Vol. 283. - Pt. 42. - P. 2807428080.

18. mdm2 expression is induced by wild type p53 activity / Y. Barak [et al.] // EMBO J -1993. - Vol. 12. - Pt. 2. - P. 461-468.

19. Berry, D. L., Growth arrest and autophagy are required for salivary gland cell degradation in Drosophila / D. L. Berry, E. II. Baehrecke // Cell - 2007. - Vol. 131. - Pt. 6.-P. 1137-1148.

20. Physical and functional interactions of the Arf tumor suppressor protein with nucleophosmin/B23 / D. Bertwistle ,M. Sugimoto, C. J. Sherr // Mol Cell Biol - 2004. -Vol.24.-Pt.3.-P. 985-996.

21. The phosphatidylinositol 3-kinase inhibitors wortmannin and LY294002 inhibit autophagy in isolated rat hepatocytes / E. F. Blommaart [et al.] // Eur J Biochem - 1997. - Vol. 243. - Pt. 1-2. - P. 240-246.

22. ARF impedes NPM/B23 shuttling in an Mdm2-sensitive tumor suppressor pathway / S. N. Brady [et al.] // Mol Cell Biol - 2004. - Vol. 24. - Pt. 21. - P. 9327-9338.

23. Active cell death induced by the anti-estrogens tamoxifen and ICI 164 384 in human mammary carcinoma cells (MCF-7) in culture: the role of autophagy / W. Bursch [et al.] //Carcinogenesis - 1996. - Vol. 17. - Pt. 8. - P. 1595-1607.

24. A key role for autophagy and the autophagy gene Atgl611 in mouse and human intestinal Paneth cells / K. Cadwell [et al.] // Nature - 2008. - Vol. 456. - Pt. 7219. - P. 259-263.

25. Cairns, P., Detection of promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in urine from kidney cancer patients / P. Cairns // Ann N Y Acad Sci - 2004. - Vol. 1022. -Pt.-P. 40-43.

26. Targeting autophagy augments the anticancer activity of the histone deacetylase inhibitor SAIIA to overcome Bcr-Abl-mediated drug resistance / J. S. Carew [et al.] // Blood - 2007. - Vol. 110.-Pt. 1. - P. 313-322.

27. Cooperative effects of INK4a and ras in melanoma susceptibility in vivo / L. Chin [et al.] // Genes Dev - 1997. - Vol. 11. - Pt. 21. - P. 2822-2834.

28. The pathological response to DNA damage does not contribute to p53-mediated tumour suppression / M. A. Christophorou [et al.] // Nature - 2006. - Vol. 443. - Pt. 7108.-P. 214-217.

29. Nucleophosmin is required for DNA integrity and pl9Arf protein stability / E. Colombo [et al.] // Mol Cell Biol - 2005. - Vol. 25. - Pt. 20. - P. 8874-8886.

30. Derealization and destabilization of the Arf tumor suppressor by the leukemia-associated NPM mutant / E. Colombo [et al.] // Cancer Res - 2006. - Vol. 66. - Pt. 6. - P. 3044-3050.

31. Secondary coenzyme Q10 deficiency triggers mitochondria degradation by mitophagy in MELAS fibroblasts / D. Cotan [et al.] // FASEB J - 2011. - Vol. 25. - Pt. 8. - P. 2669-2687.

32. DRAM, a p53-induced modulator of autophagy, is critical for apoptosis / D. Crighton [et al.] //Cell - 2006. - Vol. 126. - Pt. 1. - P. 121-134.

33. Myc-ARF (alternate reading frame) interaction inhibits the functions of Myc / A. Datta [et al.] // J Biol Chem - 2004. - Vol. 279. - Pt. 35. - P. 36698-36707.

34. ARF directly binds DPI: interaction with DPI coincides with the G1 arrest function of ARF / A. Datta [et al.] // Mol Cell Biol - 2005. - Vol. 25. - Pt. 18. - P. 8024-8036.

35. De Duve, C., Functions of lysosomes / C. De Duve, R. Wattiaux // Annu Rev Physiol - 1966. - Vol. 28. - Pt. - P. 435-492.

36. Autophagy promotes tumor cell survival and restricts necrosis, inflammation, and tumorigenesis / K. Degenhardt [et al.] // Cancer Cell - 2006. - Vol. 10. - Pt. 1. - P. 51-64.

37. Ageing-related changes in the in vivo function of rat liver macroautophagy and proteolysis / A. Del Roso [et al.] // Exp Gerontol - 2003. - Vol. 38. - Pt. 5. - P. 519-527.

38. Myeloid leukemia-associated nucleophosmin mutants perturb p53-dependent and independent activities of the Arf tumor suppressor protein / W. den Besten [et al.] // Cell Cycle - 2005. - Vol. 4. - Pt. 11.-P. 1593-1598.

39. Autophagy promotes MI IC class II presentation of peptides from intracellular source proteins / J. Dengjel [et al.] // Proc Natl Acad Sci US A - 2005. - Vol. 102. - Pt. 22. - P. 7922-7927.

40. Solution structure of the p53 regulatory domain of the pl9Arf tumor suppressor protein / E. L. DiGiammarino [et al.] // Biochemistry - 2001. - Vol. 40. - Pt. 8. - P. 23792386.

41. Nix is critical to two distinct phases of mitophagy, reactive oxygen species-mediated autophagy induction and Parkin-ubiquitin-p62-mediated mitochondrial priming / W. X. Ding [et al.] // J Biol Chem - 2010. - Vol. 285. - Pt. 36. - P. 27879-27890.

42. Prevalence of aberrant methylation of pl4ARF over pl6INK4a in some human primary tumors / G. Domínguez [et al.] // Mutat Res - 2003. - Vol. 530. - Pt. 1-2. - P. 917.

43. Promoter hypermethylation profile of kidney cancer / E. Dulaimi [et al.] // Clin Cancer Res - 2004. - Vol. 10.-Pt. 12 Pt 1. - P. 3972-3979.

44. Tumour biology: Policing of oncogene activity by p53 / A. Efeyan [et al.] // Nature -2006. - Vol. 443. - Pt. 7108. - P. 159.

45. Disruption of the ARF-Mdm2-p53 tumor suppressor pathway in Myc-induced lymphomagenesis / C. M. Eischen [et al.] // Genes Dev - 1999. - Vol. 13. - Pt. 20. - P. 2658-2669.

46. WAF1, a potential mediator of p53 tumor suppression / W. S. el-Deiry [et al.] // Cell

- 1993. - Vol. 75. - Pt. 4. - P. 817-825.

47. Autophagy enhances the presentation of endogenous viral antigens on MIIC class I molecules during HSV-1 infection / L. English [et al.] //Nat Immunol - 2009. - Vol. 10.

- Pt. 5. - P. 480-487.

48. Ilypermethylation-associated inactivation of pl4(ARF) is independent of pl6(INK4a) methylation and p53 mutational status / M. Esteller [et al.] // Cancer Res -2000. - Vol. 60. - Pt. 1. - P. 129-133.

49. The pl4ARF tumor suppressor protein facilitates nucleolar sequestration of hypoxia-inducible factor-1 alpha (IIIF-1 alpha ) and inhibits HIF-1-mediated transcription / K. Fatyol, A. A. Szalay//J Biol Chem - 2001. - Vol. 276. - Pt. 30. - P. 28421-28429.

50. The coordinate regulation of the p53 and mTOR pathways in cells / Z. Feng [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A - 2005. - Vol. 102. - Pt. 23. - P. 8204-8209.

51. Cosmic 2005 / S. Forbes [et al.] // Br J Cancer - 2006. - Vol. 94. - Pt. 2. - P. 318-322.

52. The TP53-ARF tumor suppressor pathway is frequently disrupted in large/cell anaplastic medulloblastoma / A. J. Frank [et al.] // Brain Res Mol Brain Res - 2004. -Vol. 121.-Pt. 1-2.-P. 137-140.

53. The evolutionarily conserved domain of Beclin 1 is required for Vps34 binding, autophagy and tumor suppressor function / N. Furuya [et al.] // Autophagy - 2005. - Vol. l.-Pt. 1.-P. 46-52.

54. Genomic alterations of the pl9ARF encoding exons in T-cell acute lymphoblastic leukemia / B. Gardie [et al.] // Blood - 1998. - Vol. 91. - Pt. 3. - P. 1016-1020.

55. Effect of a malaria suppression program on the incidence of African Burkitt's lymphoma / A. Geser ,G. Brubaker, C. C. Draper // Am J Epidemiol - 1989. - Vol. 129. -Pt. 4. - P. 740-752.

56. Deregulation of the pl4ARF/Mdm2/p53 pathway and Gl/S transition in two glioblastoma sets / C. Ghimenti [et al.] // J Neurooncol - 2003. - Vol. 61. - Pt. 2. - P. 95102.

57. Glick, D., Autophagy: cellular and molecular mechanisms / D. Glick ,S. Barth, K. F. Macleod // J Pathol - 2010. - Vol. 221. - Pt. 1. - P. 3-12.

58. Sequestration of mutated alpha 1-antitrypsin into inclusion bodies is a cell-protective mechanism to maintain endoplasmic reticulum function / S. Granell [et al.] // Mol Biol Cell - 2008. - Vol. 19. - Pt. 2. - P. 572-586.

59. Oncogenic Ras induces pl9ARF and growth arrest in mouse embryo fibroblasts lacking p21Cipl and p27Kipl without activating cyclin D-dependent kinases / A. Groth [et al.] //J Biol Chem - 2000. - Vol. 275. - Pt. 35. - P. 27473-27480.

60. Activated Ras requires autophagy to maintain oxidative metabolism and tumorigenesis / J. Y. Guo [et al.] // Genes Dev - 2011. - Vol. 25. - Pt. 5. - P. 460-470.

61. Autophagy is a defense mechanism inhibiting BCG and Mycobacterium tuberculosis survival in infected macrophages / M. G. Gutierrez [et al.] // Cell - 2004. - Vol. 119. - Pt. 6. - P. 753-766.

62. Mitochondria supply membranes for autophagosome biogenesis during starvation / D. W. Iiailey [et al.] // Cell - 2010. - Vol. 141. - Pt. 4. - P. 656-667.

63. Suppression of basal autophagy in neural cells causes neurodegenerative disease in mice / T. Ilara [et al.] // Nature - 2006. - Vol. 441. - Pt. 7095. - P. 885-889.

64. Honda, R., Association of pl9(ARF) with Mdm2 inhibits ubiquitin ligase activity of Mdm2 for tumor suppressor p53 / R. Honda, H. Yasuda // EMBO J - 1999. - Vol. 18. -Pt. l.-P. 22-27.

65. Nutrient-dependent mTORCl association with the ULKl-Atgl3-FIP200 complex required for autophagy / N. Hosokawa [et al.] // Mol Biol Cell - 2009. - Vol. 20. - Pt. 7. -P. 1981-1991.

66. The ARF tumor suppressor can promote the progression of some tumors / O. I-Iumbey [et al.] // Cancer Res - 2008. - Vol. 68. - Pt. 23. - P. 9608-9613.

67. High promoter hypermethylation frequency of pl4/ARF in supratentorial PNET but not in medulloblastoma / M. M. Inda [et al.] // Histopathology - 2006. - Vol. 48. - Pt. 5. -P. 579-587.

68. Tumor suppressor ARF degrades B23, a nucleolar protein involved in ribosome biogenesis and cell proliferation / K. Itahana [et al.] // Mol Cell - 2003. - Vol. 12. - Pt. 5. -P. 1151-1164.

69. Itahana, K., Mitochondrial p32 is a critical mediator of ARF-induced apoptosis / K. Itahana, Y. Zhang// Cancer Cell - 2008. - Vol. 13. - Pt. 6. - P. 542-553.

70. Beclin 1 forms two distinct phosphatidylinositol 3-kinase complexes with mammalian Atgl4 and UVRAG / E. Itakura [et al.] // Mol Biol Cell - 2008. - Vol. 19. -Pt. 12.-P. 5360-5372.

71. Structures containing Atg9A and the ULK1 complex independently target depolarized mitochondria at initial stages of Parkin-mediated mitophagy / E. Itakura [et al.] // J Cell Sci - 2012. - Vol. 125. - Pt. Pt 6. - P. 1488-1499.

72. Alteration of the pl4(ARF) gene and p53 status in human hepatocellular carcinomas / T. I to [et al.] // J Gastroenterol - 2004. - Vol. 39. - Pt. 4. - P. 355-361.

73. Jahrciss, L., The itinerary of autophagosomes: from peripheral formation to kiss-and-run fusion with lysosomes / L. Jahreiss ,F. M. Menzies, D. C. Rubinsztein // Traffic -2008. - Vol. 9. - Pt. 4. - P. 574-587.

74. p53 and regulation of tumor metabolism / P. Jiang ,W. Du, X. Yang // J Carcinog -2013.-Vol. 12. -Pt. -P. 21.

75. pl6 is a major inactivation target in hepatocellular carcinoma / M. Jin [et al.] // Cancer - 2000. - Vol. 89. - Pt. 1. - P. 60-68.

76. Johri, A., Mitochondrial dysfunction in neurodegenerative diseases / A. Johri, M. F. Beal // J Pharmacol Exp Ther - 2012. - Vol. 342. - Pt. 3. - P. 619-630.

77. ULK-Atgl3-FIP200 complexes mediate mTOR signaling to the autophagy machinery / C. H. Jung [et al.] // Mol Biol Cell - 2009. - Vol. 20. - Pt. 7. - P. 1992-2003.

78. Tor-mediated induction of autophagy via an Apgl protein kinase complex / Y. Kamada [et al.] //J Cell Biol - 2000. - Vol. 150. - Pt. 6. - P. 1507-1513.

79. A cell cycle regulator potentially involved in genesis of many tumor types / A. Kamb [et al.] // Science - 1994. - Vol. 264. - Pt. 5157. - P. 436-440.

80. Tumor spectrum in ARF-deficient mice / T. Kamijo [et al.] // Cancer Res - 1999. -Vol. 59.-Pt. 9. -P. 2217-2222.

81. Functional and physical interactions of the ARF tumor suppressor with p53 and Mdm2 / T. Kamijo [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A - 1998. - Vol. 95. - Pt. 14. - P. 8292-8297.

82. Tumor suppression at the mouse INK4a locus mediated by the alternative reading frame product pl9ARF / T. Kamijo [et al.] // Cell - 1997. - Vol. 91. - Pt. 5. - P. 649-659.

83. Frameshifit mutations of autophagy-related genes ATG2B, ATG5, ATG9B and ATG12 in gastric and colorectal cancers with microsatellite instability / M. R. Kang [et al.] // J Pathol - 2009. - Vol. 217. - Pt. 5. - P. 702-706.

84. Role of autophagy in temozolomide-induced cytotoxicity for malignant glioma cells / T. Kanzawa [et al.] // Cell Death Differ - 2004. - Vol. 11. - Pt. 4. - P. 448-457.

85. Autophagy mitigates metabolic stress and genome damage in mammary tumorigenesis / V. Karantza-Wadsworth [et al.] // Genes Dev - 2007. - Vol. 21. - Pt. 13. -P. 1621-1635.

86. Human ARF protein interacts with topoisomerase I and stimulates its activity / L. Karayan [et al.] // Oncogene - 2001. - Vol. 20. - Pt. 7. - P. 836-848.

87. Kaushik, S., Chaperone-mediated autophagy: a unique way to enter the lysosome world / S. Kaushik, A. M. Cuervo // Trends Cell Biol - 2012. - Vol. 22. - Pt. 8. - P. 407417.

88. Beclin-phosphatidylinositol 3-kinase complex functions at the trans-Golgi network / A. Kihara [et al.] // EMBO Rep - 2001. - Vol. 2. - Pt. 4. - P. 330-335.

89. AMPK and mTOR regulate autophagy through direct phosphorylation of Ulkl / J. Kim [et al.] //Nat Cell Biol - 2011. - Vol. 13. - Pt. 2. - P. 132-141.

90. The Bmi-1 oncoprotein is overexpressed in human colorectal cancer and correlates with the reduced pl6INK4a/pl4ARF proteins / J. H. Kim [et al.] // Cancer Lett - 2004. -Vol. 203.-Pt. 2. -P. 217-224.

91. Autophagy upregulation by inhibitors of caspase-3 and mTOR enhances radiotherapy in a mouse model of lung cancer / K. W. Kim [et al.] // Autophagy - 2008. -Vol. 4. - Pt. 5. - P. 659-668.

92. A unified nomenclature for yeast autophagy-related genes / D. J. Klionsky [et al.] // Dev Cell - 2003. - Vol. 5. - Pt. 4. - P. 539-545.

93. Promoter methylation of INK4a/ARF as detected in bile-significance for the differential diagnosis in biliary disease / B. Klump [et al.] // Clin Cancer Res - 2003. -Vol. 9.-Pt. 5.-P. 1773-1778.

94. Loss of autophagy in the central nervous system causes neurodegeneration in mice / M. Komatsu [et al.] //Nature - 2006. - Vol. 441. - Pt. 7095. - P. 880-884.

95. Impairment of starvation-induced and constitutive autophagy in Atg7-deficient mice / M. Komatsu [et al.] // J Cell Biol - 2005. - Vol. 169. - Pt. 3. - P. 425-434.

96. The role of autophagy in cancer development and response to therapy / Y. Kondo [et al.] // Nat Rev Cancer - 2005. - Vol. 5. - Pt. 9. - P. 726-734.

97. Heterogeneous methylation and deletion patterns of the INK4a/ARF locus within prostate carcinomas / N. Konishi [et al.] // Am J Pathol - 2002. - Vol. 160. - Pt. 4. - P. 1207-1214.

98. Nonselective autophagy of cytosolic enzymes by isolated rat hepatocytcs / J. Kopitz [et al.] // J Cell Biol - 1990. - Vol. 111. - Pt. 3. - P. 941-953.

99. Nucleophosmin (B23) targets ARF to nucleoli and inhibits its function / C. Korgaonkar [et al.] // Mol Cell Biol - 2005. - Vol. 25. - Pt. 4. - P. 1258-1271.

100. Autophagy inhibition compromises degradation of ubiquitin-proteasome pathway substrates / V. I. Korolchuk [et al.] // Mol Cell - 2009. - Vol. 33. - Pt. 4. - P. 517-527.

101. Deletions of the INK4A gene occur in malignant peripheral nerve sheath tumors but not in neurofibromas / II. P. Kourea [et al.] // Am J Pathol - 1999. - Vol. 155. - Pt. 6. -P. 1855-1860.

102. Burkitt lymphoma in the mouse / A. L. Kovalchuk [et al.] // J Exp Med - 2000. -Vol. 192.-Pt. 8.-P. 1183-1190.

103. Kudchodkar, S. B., Viruses and autophagy / S. B. Kudchodkar, B. Levine // Rev Med Virol - 2009. - Vol. 19. - Pt. 6. - P. 359-378.

104. The role of autophagy during the early neonatal starvation period / A. Kuma [et al.] //Nature - 2004. - Vol. 432. - Pt. 7020. - P. 1032-1036.

105. Autophagy in tumor suppression and cancer therapy / C. P. Kung [et al.] // Crit Rev Eukaiyot Gene Expr- 2011. - Vol. 21. - Pt. 1. - P. 71-100.

106. Quantitative real-time PCR does not show selective targeting of pl4(ARF) but concomitant inactivation of both pl6(INK4A) and pl4(ARF) in 105 human primary gliomas / M. Labuhn [et al.] // Oncogene - 2001. - Vol. 20. - Pt. 9. - P. 1103-1109.

107. Limited overlapping roles of P15(INK4b) and P18(INK4c) cell cycle inhibitors in proliferation and tumorigencsis / E. Latres [et al.] // EMBO J - 2000. - Vol. 19. - Pt. 13. -P. 3496-3506.

108. Comprehensive analysis of CDKN2A (pl6INK4A/pl4ARF) and CDKN2B genes in 53 melanoma index cases considered to be at heightened risk of melanoma / K. Laud [et al.] // J Med Genet - 2006. - Vol. 43. - Pt. 1. - P. 39-47.

109. Lysosomal proteolysis and autophagy require presenilin 1 and are disrupted by Alzheimer-related PS1 mutations / J. II. Lee [et al.] // Cell - 2010. - Vol. 141. - Pt. 7. - P. 1146-1158.

110. Lemasters, J. J., Selective mitochondrial autophagy, or mitophagy, as a targeted defense against oxidative stress, mitochondrial dysfunction, and aging / J. J. Lemasters // Rejuvenation Res - 2005. - Vol. 8. - Pt. 1. - P. 3-5.

111. Levine, B., p53: The Janus of autophagy? / B. Levine, J. Abrams // Nat Cell Biol -2008. - Vol. 10. - Pt. 6. - P. 637-639.

112. Levine, B., Development by self-digestion: molecular mechanisms and biological functions of autophagy / B. Levine, D. J. Klionsky // Dev Cell - 2004. - Vol. 6. - Pt. 4. -P. 463-477.

113. Levine, B., Bcl-2 family members: dual regulators of apoptosis and autophagy / B. Levine ,S. Sinha, G. Kroemer // Autophagy - 2008. - Vol. 4. - Pt. 5. - P. 600-606.

114. Levine, B., Autophagy in cell death: an innocent convict? / B. Levine, J. Yuan // J Clin Invest - 2005. - Vol. 115. - Pt. 10. - P. 2679-2688.

115. Li, W., Chaperone-mediated autophagy: machinery, regulation and biological consequences / W. Li ,Q. Yang, Z. Mao // Cell Mol Life Sci - 2011. - Vol. 68. - Pt. 5. -P. 749-763.

116. Tumor-derived autophagosome vaccine: mechanism of cross-presentation and therapeutic efficacy / Y. Li [et al.] // Clin Cancer Res - 2011. - Vol. 17. - Pt. 22. - P. 7047-7057.

117. Efficient cross-presentation depends on autophagy in tumor cells / Y. Li [et al.] // Cancer Res - 2008. - Vol. 68. - Pt. 17. - P. 6889-6895.

118. Autophagic and tumour suppressor activity of a novel Beclinl-binding protein UVRAG / C. Liang [et al.] //Nat Cell Biol - 2006. - Vol. 8. - Pt. 7. - P. 688-699.

119. Induction of autophagy and inhibition of tumorigenesis by beclin 1 / X. II. Liang [et al.] //Nature - 1999. - Vol. 402. - Pt. 6762. - P. 672-676.

120. Protection against fatal Sindbis virus encephalitis by beclin, a novel Bcl-2-interacting protein / X. II. Liang [et al.] // J Virol - 1998. - Vol. 72. - Pt. 11. - P. 85868596.

121. pl6 and pl6 beta are potent growth suppressors of head and neck squamous carcinoma cells in vitro / W. II. Liggett, Jr. [et al.] // Cancer Res - 1996. - Vol. 56. - Pt. 18. - P. 4119-4123.

122. The t(8;21) fusion protein, AML1 ETO, specifically represses the transcription of the pl4(ARF) tumor suppressor in acute myeloid leukemia/B. Linggi [et al.] //Nat Med - 2002. - Vol. 8. - Pt. 7. - P. 743-750.

123. Autophagy facilitates glycolysis during Ras-mediated oncogenic transformation / R. Lock [et al.] // Mol Biol Cell - 2011. - Vol. 22. - Pt. 2. - P. 165-178.

124. Contribution of two independent MDM2-binding domains in pl4(ARF) to p53 stabilization / M. A. Lohrum [et al.] // Curr Biol - 2000. - Vol. 10. - Pt. 9. - P. 539-542.

125. Regulation and function of mitophagy in development and cancer / II. Lu [et al.] // Autophagy - 2013. - Vol. 9. - Pt. 11. - P. 1720-1736.

126. Growth factor regulation of autophagy and cell survival in the absence of apoptosis / J. J. Lum [et al.] // Cell - 2005. - Vol. 120. - Pt. 2. - P. 237-248.

127. Macintosh, G. C., The connection between ribophagy, autophagy and ribosomal RNA decay / G. C. Macintosh, D. C. Bassham // Autophagy - 2011. - Vol. 7. - Pt. 6. - P. 662-663.

128. Maiuri, M. C., Crosstalk between apoptosis and autophagy within the Beclin 1 interactome / M. C. Maiuri ,A. Criollo, G. Kroemer // EMBO J - 2010. - Vol. 29. - Pt. 3. -P. 515-516.

129. Functional and physical interaction between Bcl-X(L) and a BH3-like domain in Beclin-1 / M. C. Maiuri [et al.] // EMBO J - 2007. - Vol. 26. - Pt. 10. - P. 2527-2539.

130. Molecular mechanism and physiological role of pexophagy / R. Manjithaya [et al.] //FEBS Lett - 2010. - Vol. 584. - Pt. 7. - P. 1367-1373.

131. A novel pl6INK4A transcript / L. Mao [et al.] // Cancer Res - 1995. - Vol. 55. - Pt. 14. - P. 2995-2997.

132. Increased gene dosage ofInk4a/Arf results in cancer resistance and normal aging / A. Matheu [el al.] // Genes Dev - 2004. - Vol. 18. - Pt. 22. - P. 2736-2746.

133. Autophagy suppresses tumorigenesis through elimination of p62 / R. Mathew [et al.] // Cell - 2009. - Vol. 137. - Pt. 6. - P. 1062-1075.

134. Autophagy suppresses tumor progression by limiting chromosomal instability / R. Mathew [et al.]//Genes Dev - 2007. - Vol. 21. - Pt. 11.-P. 1367-1381.

135. Two Beclin 1-binding proteins, Atgl4L and Rubicon, reciprocally regulate autophagy at different stages / K. Matsunaga [et al.] // Nat Cell Biol - 2009. - Vol. 11.-Pt. 4. - P. 385-396.

136. Autophagy inhibitor Lys05 has single-agent antitumor activity and reproduces the phenotype of a genetic autophagy deficiency / Q. McAfee [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A - 2012. - Vol. 109. - Pt. 21. - P. 8253-8258.

137. The Arf tumor suppressor gene promotes hyaloid vascular regression during mouse eye development / R. N. McKeller [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A - 2002. - Vol. 99. -Pt. 6.-P. 3848-3853.

138. Mijaljica, D., Microautophagy in mammalian cells: revisiting a 40-year-old conundrum / D. Mijaljica ,M. Prescott, R. J. Devenish // Autophagy - 2011. - Vol. 7. -Pt. 7. - P. 673-682.

139. Protein and mRNA expression of autophagy gene Beclin 1 in human brain tumours / C. Miracco [et al.] // Int J Oncol - 2007. - Vol. 30. - Pt. 2. - P. 429-436.

140. Mouse Apgl6L, a novel WD-repeat protein, targets to the autophagic isolation membrane with the Apgl2-Apg5 conjugate / N. Mizushima [et al.] // J Cell Sci - 2003. -Vol. 116. - Pt. Pt 9. - P. 1679-1688.

141. Mizushima, N., Autophagy in mammalian development and differentiation / N. Mizushima, B. Levine // Nat Cell Biol - 2010. - Vol. 12. - Pt. 9. - P. 823-830.

142. A protein conjugation system essential for autophagy / N. Mizushima [et al.] // Nature - 1998. - Vol. 395. - Pt. 6700. - P. 395-398.

143. Mutant p53 protein localized in the cytoplasm inhibits autophagy / E. Morselli [et al.] // Cell Cycle - 2008. - Vol. 7. - Pt. 19. - P. 3056-3061.

144. Autophagy defends cells against invading group A Streptococcus / I. Nakagawa [et al.] // Science - 2004. - Vol. 306. - Pt. 5698. - P. 1037-1040.

145. pl4ARF deletion and methylation in genetic pathways to glioblastomas / M. Nakamura [et al.] //Brain Pathol - 2001. - Vol. 11. - Pt. 2. - P. 159-168.

146. Dynamics and diversity in autophagy mechanisms: lessons from yeast / H. Nakatogawa [et al.] //Nat Rev Mol Cell Biol - 2009. - Vol. 10. - Pt. 7. - P. 458-467.

147. p62/SQSTMl is required for Parkin-induced mitochondrial clustering but not mitophagy; VDAC1 is dispensable for both / D. Narendra [et al.] //Autophagy - 2010. -Vol. 6. - Pt. 8.-P. 1090-1106.

148. Deletions of the cyclin-dependent kinase-4 inhibitor gene in multiple human cancers /T. Nobori [et al.] //Nature - 1994. - Vol. 368. - Pt. 6473. - P. 753-756.

149. Novikoff, A. B., Electron microscopy of lysosomerich fractions from rat liver / A. B. Novikoff,II. Beaufay, C. De Duve // J Biophys Biochem Cytol - 1956. - Vol. 2. - Pt. 4 Suppl. - P. 179-184.

150. Aberrant methylation of pl4ARF gene correlates with poor survival in osteosarcoma / J. II. Oh [et al.] // Clin Orthop Relat Res - 2006. - Vol. 442. - Pt. - P. 216-222.

151. Oku, M., Pexophagy in Pichia pastoris / M. Oku, Y. Sakai // Methods Enzymol -2008. - Vol. 451. - Pt. - P. 217-228.

152. Nuclcophosmin/B23 is a target of CDK2/cyclin E in centrosome duplication / M. Okuda [et al.] // Cell - 2000. -Vol. 103.-Pt. l.-P. 127-140.

153. The ARF tumor suppressor: structure, functions and status in cancer / P. Ozenne [et al.] // Int J Cancer - 2010. - Vol. 127. - Pt. 10. - P. 2239-2247.

154. A novel response of cancer cells to radiation involves autophagy and formation of acidic vesicles / S. Paglin [et al.] // Cancer Res - 2001. - Vol. 61. - Pt. 2. - P. 439-444.

155. Endogenous MI IC class II processing of a viral nuclear antigen after autophagy / C. Paludan [et al.] // Science - 2005. - Vol. 307. - Pt. 5709. - P. 593-596.

156. Mutational analysis ofN-ras, p53, pl6INK4a, pl4ARF and CDK4 genes in primary human malignant mesotheliomas / T. Papp [et al.] // Int J Oncol - 2001. - Vol. 18. - Pt. 2. -P. 425-433.

157. Bcl-2 antiapoptotic proteins inhibit Beclin 1-dependent autophagy / S. Pattingre [et al.] // Cell - 2005. - Vol. 122. - Pt. 6. - P. 927-939.

158. Perlmutter, D. I I., Autophagic disposal of the aggregation-prone protein that causes liver inflammation and carcinogenesis in alpha-1-antitrypsin deficiency / D. II. Perlmutter // Cell Death Differ - 2009. - Vol. 16. - Pt. 1. - P. 39-45.

159. pl5INK4b, pl4ARF, and pl6INK4a inactivation in sporadic and neurofibromatosis type 1-related malignant peripheral nerve sheath tumors / F. Perrone [et al.] // Clin Cancer Res - 2003. - Vol. 9. - Pt. 11. - P. 4132-4138.

160. ARF induces autophagy by virtue of interaction with Bcl-xl / J. Pimkina [et al.] // J Biol Chem - 2009. - Vol. 284. - Pt. 5. - P. 2803-2810.

161. INK4a/ARF locus alterations in human non-Hodgkin's lymphomas mainly occur in tumors with wild-type p53 gene / M. Pinyol [et al.] // Am J Pathol - 2000. - Vol. 156. -Pt. 6.-P. 1987-1996.

162. The Ink4a tumor suppressor gene product, pl9Arf, interacts with MDM2 and neutralizes MDM2's inhibition of p53 / J. Pomerantz [et al.] // Cell - 1998. - Vol. 92. -Pt. 6.-P. 713-723.

163. Autophagy is essential for mitochondrial clearance in mature T lymphocytes / II. H. Pua [et al.] // J Immunol - 2009. - Vol. 182. - Pt. 7. - P. 4046-4055.

164. Pua, II. II., Mitophagy in the little lymphocytes: an essential role for autophagy in mitochondrial clearance in T lymphocytes / H. H. Pua, Y. W. He // Autophagy - 2009. -Vol. 5.-Pt. 5.-P. 745-746.

165. Puleston, D. J., Autophagy in the immune system / D. J. Puleston, A. K. Simon // Immunology - 2014. - Vol. 141. - Pt. 1. - P. 1-8.

166. Promotion of tumorigenesis by heterozygous disruption of the beclin 1 autophagy gene / X. Qu [et al.] // J Clin Invest - 2003. - Vol. 112. - Pt. 12. - P. 1809-1820.

167. Cancer-associated mutations at the INK4a locus cancel cell cycle arrest by pl6INK4a but not by the alternative reading frame protein pl9ARF / D. E. Quelle [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A - 1997. - Vol. 94. - Pt. 2. - P. 669-673.

168. Alternative reading frames of the INK4a tumor suppressor gene encode two unrelated proteins capable of inducing cell cycle arrest / D. E. Quelle [et al.] // Cell -1995. - Vol. 83. - Pt. 6. - P. 993-1000.

169. Rambold, A. S., Starved cells use mitochondria for autophagosome biogenesis / A. S. Rambold, J. Lippincott-Schwartz // Cell Cycle - 2010. - Vol. 9. - Pt. 18. - P. 36333634.

170. A germline deletion of pl4(ARF) but not CDKN2A in a melanoma-neural system tumour syndrome family / J. A. Randerson-Moor [et al.] // Hum Mol Genet - 2001. -Vol. 10.-Pt. l.-P. 55-62.

171. Ravikumar, B., Aggregate-prone proteins with polyglutamine and polyalanine expansions are degraded by autophagy / B. Ravikumar ,R. Duden, D. C. Rubinsztein // Hum Mol Genet - 2002. - Vol. 11. -Pt. 9. - P. 1107-1117.

172. Plasma membrane contributes to the formation of pre-autophagosomal structures / B. Ravikumar [et al.] //Nat Cell Biol - 2010. - Vol. 12. - Pt. 8. - P. 747-757.

173. Inhibition of mTOR induces autophagy and reduces toxicity of polyglutamine expansions in fly and mouse models of Huntington disease / B. Ravikumar [et al.] // Nat Genet - 2004. - Vol. 36. - Pt. 6. - P. 585-595.

174. A short mitochondrial form of pl9ARF induces autophagy and caspase-indcpendent cell death / S. Reef [et al.] // Mol Cell - 2006. - Vol. 22. - Pt. 4. - P. 463475.

175. A melanoma-associated germline mutation in exon lbeta inactivates pl4ARF / II. Rizos [et al.] // Oncogene - 2001. - Vol. 20. - Pt. 39. - P. 5543-5547.

176. The pancreatitis-induced vacuole membrane protein 1 triggers autophagy in mammalian cells / A. Ropolo [et al.] // J Biol Chem - 2007. - Vol. 282. - Pt. 51. - P. 37124-37133.

177. Nucleo-cytoplasmic shuttling of the hdm2 oncoprotein regulates the levels of the p53 protein via a pathway used by the human immunodeficiency virus rev protein / J. Roth [et al.] // EMBO J - 1998. - Vol. 17. - Pt. 2. - P. 554-564.

178. CDKN2A, CDKN2B and pl4ARF are frequently and differentially methylated in ependymal tumours / E. Rousseau [et al.] // Neuropathol Appl Neurobiol - 2003. - Vol. 29. - Pt. 6. - P. 574-583.

179. Ruas, M., The pl6INK4a/CDKN2A tumor suppressor and its relatives / M. Ruas, G. Peters // Biochim Biophys Acta - 1998. - Vol. 1378. - Pt. 2. - P. F115-177.

180. Essential role for Nix in autophagic maturation of erythroid cells / H. Sandoval [et al.] //Nature - 2008. - Vol. 454. - Pt. 7201. - P. 232-235.

181. Therapeutic targets in the ARF tumor suppressor pathway / A. J. Saporita [et al.] // CurrMed Chem - 2007. - Vol. 14. - Pt. 17.-P. 1815-1827.

182. Different combinations of genetic/epigenetic alterations inactivate the p53 and pRb pathways in invasive human bladder cancers / S. Sarkar [et al.] // Cancer Res - 2000. -Vol. 60.-Pt. 14.-P. 3862-3871.

183. Autophagy mediates the process of cellular senescence characterizing bile duct damages in primary biliary cirrhosis / M. Sasaki [et al.] // Lab Invest - 2010. - Vol. 90. -Pt. 6.-P. 835-843.

184. Sato, M., Degradation of paternal mitochondria by fertilization-triggered autophagy in C. elegans embiyos / M. Sato, K. Sato // Science - 2011. - Vol. 334. - Pt. 6059. - P. 1141-1144.

185. NIX is required for programmed mitochondrial clearance during reticulocyte maturation / R. L. Schweers [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A - 2007. - Vol. 104. - Pt. 49. - P. 19500-19505.

186. Apgl3p and Vac8p are part of a complex of phosphoproteins that are required for cytoplasm to vacuole targeting / S. V. Scott [et al.] // J Biol Chem - 2000. - Vol. 275. -Pt. 33. - P. 25840-25849.

187. Role of the INK4a locus in tumor suppression and cell mortality / M. Serrano [et al.] // Cell - 1996. - Vol. 85. - Pt. 1. - P. 27-37.

188. Patterns of CDKN2A gene loss in sequential oral epithelial dysplasias and carcinomas / S. A. Shahnavaz [et al.] // Cancer Res - 2001. - Vol. 61. - Pt. 6. - P. 23712375.

189. The differential impact of pl6(INK4a) or pl9(ARF) deficiency on cell growth and tumorigenesis / N. E. Sharpless [et al.] // Oncogene - 2004. - Vol. 23. - Pt. 2. - P. 379385.

190. Sherr, C. J., Divorcing ARF and p53: an unsettled case / C. J. Sherr // Nat Rev Cancer - 2006. - Vol. 6. - Pt. 9. - P. 663-673.

191. p53-Dependent and -independent functions of the Arf tumor suppressor / C. J. Sherr [et al.] // Cold Spring Harb Symp Quant Biol - 2005. - Vol. 70. - Pt. - P. 129-137.

192. Enhanced radiation damage of tumor vasculature by mTOR inhibitors / E. T. Shinohara [et al.] // Oncogene - 2005. - Vol. 24. - Pt. 35. - P. 5414-5422.

193. Inactivation of the pl4(ARF), pl5(INK4B) and pl6(INK4A) genes is a frequent event in human oral squamous cell carcinomas / S. Shintani [et al.] // Oral Oncol - 2001. - Vol. 37. - Pt. 6. - P. 498-504.

194. ApglOp, a novel protein-conjugating enzyme essential for autophagy in yeast / T. Shintani [et al.]//EMBO J - 1999.-Vol. 18.-Pt. 19.-P. 5234-5241.

195. Arf-dependent regulation of Pdgf signaling in perivascular cells in the developing mouse eye / R. L. Silva [et al.] // EMBO J - 2005. - Vol. 24. - Pt. 15. - P. 2803-2814.

196. Promoting basal levels of autophagy in the nervous system enhances longevity and oxidant resistance in adult Drosophila / A. Simonsen [et al.] // Autophagy - 2008. - Vol. 4.-Pt. 2.-P. 176-184.

197. Sotelo, J., Adding chloroquine to conventional treatment for glioblastoma multiforme: a randomized, double-blind, placebo-controlled trial / J. Sotelo ,E. Briceno, M. A. Lopez-Gonzalez // Ann Intern Med - 2006. - Vol. 144. - Pt. 5. - P. 337-343.

198. The alternative product from the human CDKN2A locus, pl4(ARF), participates in a regulatory feedback loop with p53 and MDM2 / F. J. Stott [et al.] // EMBO J - 1998. -Vol. 17.-Pt. 17.-P. 5001-5014.

199. Identification of Barkor as a mammalian autophagy-specific factor for Beclin 1 and class III phosphatidylinositol 3-kinase / Q. Sun [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A -2008. - Vol. 105. - Pt. 49. - P. 19211-19216.

200. Bif-1 interacts with Beclin 1 through UVRAG and regulates autophagy and tumorigenesis / Y. Takahashi [et al.] // Nat Cell Biol - 2007. - Vol. 9. - Pt. 10. - P. 11421151.

201. Apg7p/Cvt2p: A novel protein-activating enzyme essential for autophagy / I. Tanida [et al.] //Mol Biol Cell - 1999. - Vol. 10. - Pt. 5. - P. 1367-1379.

202. Tao, W., P19(ARF) stabilizes p53 by blocking nucleo-cytoplasmic shuttling of Mdm2 / W. Tao, A. J. Levine // Proc Natl Acad Sci U S A - 1999. - Vol. 96. - Pt. 12. - P. 6937-6941.

203. Regulation of autophagy by cytoplasmic p53 / E. Tasdemir [et al.] //Nat Cell Biol -2008. - Vol. 10. - Pt. 6. - P. 676-687.

204. Thompson, W. E., Ubiquitination of prohibitin in mammalian sperm mitochondria: possible roles in the regulation of mitochondrial inheritance and sperm quality control / W. E. Thompson ,J. Ramalho-Santos, P. Sutovsky // Biol Reprod - 2003. - Vol. 69. - Pt. l.-P. 254-260.

205. The TBK1 adaptor and autophagy receptor NDP52 restricts the proliferation of ubiquitin-coated bacteria / T. L. Thurston [et al.] // Nat Immunol - 2009. - Vol. 10. - Pt. 11.-P. 1215-1221.

206. Analysis of the pl6INK4, pl4ARF, pl5, TP53, and MDM2 genes and their prognostic implications in osteosarcoma and Ewing sarcoma / T. Tsuchiya [et al.] // Cancer Genet Cytogenet - 2000. - Vol. 120. - Pt. 2. - P. 91-98.

207. Tsukada, M., Isolation and characterization of autophagy-defective mutants of Saccharomyces cerevisiae / M. Tsukada, Y. Ohsumi // FEBS Lett - 1993. - Vol. 333. -Pt. 1-2. - P. 169-174.

208. Parkin interacts with Ambral to induce mitophagy / C. Van Humbeeck [et al.] // J Neurosci - 2011. - Vol. 31. - Pt. 28. - P. 10249-10261.

209. The human tumor suppressor arf interacts with spinophilin/neurabin II, a type 1 protein-phosphatase-binding protein / M. Vivo [et al.] // J Biol Chem - 2001. - Vol. 276. -Pt. 17.-P. 14161-14169.

210. Vousden, K. H., Live or let die: the cell's response to p53 / K. H. Vousden, X. Lu // Nat Rev Cancer - 2002. - Vol. 2. - Pt. 8. - P. 594-604.

211. Deregulation of the TP53/pl4ARF tumor suppressor pathway in low-grade diffuse astrocytomas and its influence on clinical course / T. Watanabe [et al.] // Clin Cancer Res - 2003. - Vol. 9. - Pt. 13. - P. 4884-4890.

212. Cooperative signals governing ARF-mdm2 interaction and nucleolar localization of the complex / J. D. Weber [et al.] // Mol Cell Biol - 2000. - Vol. 20. - Pt. 7. - P. 25172528.

213. Nucleolar Arf sequesters Mdm2 and activates p53 / J. D. Weber [et al.] // Nat Cell Biol - 1999. - Vol. 1. - Pt. 1. - P. 20-26.

214. JNKl-mediated phosphorylation of Bcl-2 regulates starvation-induced autophagy / Y. Wei [et al.] // Mol Cell - 2008. - Vol. 30. - Pt. 6. - P. 678-688.

215. White, E., Deconvoluting the context-dependent role for autophagy in cancer / E. White // Nat Rev Cancer - 2012. - Vol. 12. - Pt. 6. - P. 401-410.

216. Oligodendroglial tumors frequently demonstrate hypermethylation of the CDKN2A (MTS1, pl6INK4a), pl4ARF, and CDKN2B (MTS2, pl5INK4b) tumor suppressor genes / M. Wolter [et al.] // J Neuropathol Exp Neurol - 2001. - Vol. 60. - Pt. 12. - P. 1170-1180.

217. The p53-mdm-2 autoregulatory feedback loop / X. Wu [et al.] // Genes Dev - 1993. -Vol. 7. - Pt. 7A.-P. 1126-1132.

218. Xiao, S., The Arabidopsis thaliana ACBP3 regulates leaf senescence by modulating phospholipid metabolism and ATG8 stability / S. Xiao, M. L. Chye // Autophagy - 2010. - Vol. 6. - Pt. 6. - P. 802-804.

219. Autophagy contributes to caspase-independent macrophage cell death / Y. Xu [et al.] // J Biol Chem - 2006. - Vol. 281. - Pt. 28. - P. 19179-19187.

220. Differential involvement of the hypermethylator phenotype in hereditary and sporadic colorectal cancers with high-frequency microsatellite instability / II. Yamamoto [et al.] // Genes Chromosomes Cancer - 2002. - Vol. 33. - Pt. 3. - P. 322-325.

221. Pancreatic cancers require autophagy for tumor growth / S. Yang [et al.] // Genes Dev - 2011. - Vol. 25. - Pt. 7. - P. 717-729.

222. Yang, Z., An overview of the molecular mechanism of autophagy / Z. Yang, D. J. Klionsky // Curr Top Microbiol Immunol - 2009. - Vol. 335. - Pt. - P. 1-32.

223. Nucleophosmin/B23, a multifunctional protein that can regulate apoptosis / K. Ye // Cancer Biol Ther - 2005. - Vol. 4. - Pt. 9. - P. 918-923.

224. Yen, W. L., How to live long and prosper: autophagy, mitochondria, and aging / W. L. Yen, D. J. Klionsky // Physiology (Bethesda) - 2008. - Vol. 23. - Pt. - P. 248-262.

225. Youle, R. J., Mechanisms of mitophagy / R. J. Youle, D. P. Narendra // Nat Rev Mol Cell Biol - 2011. - Vol. 12. - Pt. 1. - P. 9-14.

226. Starvation and ULK1-dependent cycling of mammalian Atg9 between the TGN and endosomes / A. R. Young [et al.] // J Cell Sci - 2006. - Vol. 119. - Pt. Pt 18. - P. 38883900.

227. Autophagy mediates the mitotic senescence transition/7 A. R. Young [et al.] // Genes Dev - 2009. - Vol. 23. - Pt. 7. - P. 798-803.

228. Beclin 1, an autophagy gene essential for early embryonic development, is a haploinsufficient tumor suppressor / Z. Yue [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A - 2003. -Vol. 100. - Pt. 25. - P. 15077-15082.

229. DAP-kinase-mediated phosphorylation on the BH3 domain of beclin 1 promotes dissociation of beclin 1 from Bcl-XL and induction of autophagy / E. Zalckvar [et al.] // EMBO Rep - 2009. - Vol. 10. - Pt. 3. - P. 285-292.

230. From Mallory to Mallory-Denk bodies: what, how and why? / K. Zatloukal [et al.] //Exp Cell Res - 2007. - Vol. 313. - Pt. 10. - P. 2033-2049.

231. Zhang, Y., Mutations in human ARF exon 2 disrupt its nucleolar localization and impair its ability to block nuclear export of MDM2 and p53 / Y. Zhang, Y. Xiong // Mol Cell - 1999. - Vol. 3. - Pt. 5. - P. 579-591.

232. A role for mitochondria in NLRP3 inflammasome activation / R. Zhou [et al.] // Nature - 2011. - Vol. 469. - Pt. 7329. - P. 221-225.

233. Myc signaling via the ARF tumor suppressor regulates p53-dependent apoptosis and immortalization / F. Zindy [et al.] // Genes Dev - 1998. - Vol. 12. - Pt. 15. - P. 24242433.

234. Ziviani, E., Drosophila parkin requires PINK1 for mitochondrial translocation and ubiquitinates mitofusin / E. Ziviani ,R. N. Tao, A. J. Whitworth // Proc Natl Acad Sci U S A- 2010. -Vol. 107.-Pt. 11.-P. 5018-5023.

235. Zungu, M., All the little pieces. -Regulation of mitochondrial fusion and fission by ubiquitin and small ubiquitin-like modifer and their potential relevance in the heart / M. Zungu ,J. Schisler, M. S. Willis//Circ J - 2011. - Vol. 75. - Pt. 11. - P. 2513-2521.