"Мостиковые" олигонуклеотиды как перспективные инструменты в антисенс технологии и ДНК-диагностике тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Пышная, Инна Алексеевна

• Пышная, Инна Алексеевна
• кандидат химических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат химических наук Пышная, Инна Алексеевна

ф Список сокращений.

1. Введение.

2. Теоретические и практические аспекты метода молекулярной гибридизации (обзор литературы).

2.1 Типы гибридизационного анализа.

2.1.1. Гомофазная гибридизация в растворе.

2.1.2. Гетерофазная гибридизация.

2.1.2.1. Гибридизация на частицах и иммунологических планшетах.

2.1.2.1.1. Гибридизация на мелкодисперсных частицах.

Ф 2.1.2.1.2. Гибридизация на наночастицах.

2.1.2.1.3. Гибридизация на иммунологических планшетах.

2.1.2.2. Гибридизация в слое геля.

2.1.2.3. Гибридизация на плоских поверхностях.

2.2. Эффективность и кинетика гибридизации (теоретические аспекты).

2.2.1. Гибридизация в растворе.

2.2.2. Гетерофазная гибридизация. ф 2.2.2.1. Носитель - микрочастица.

2.2.2.2. Носитель - слой геля. щ 2.2.2.3. Носитель - плоская поверхность.

2-3. Структура пробы и зонда как фактор, влияющий на эффективность процесса гибри-^ дизации.

2.3.1. Структура пробы в гетерофазной гибридизации.;.

2.3.2. Дизайн и структура зонда в гетерофазной гибридизации.

2.3.2.1. Зонды, содержащие модифицированные основания.

2.3.2.2. Зонды, содержащие модифицированный рибозофосфатный остов.

2.3.2.3. Зонды, содержащие вставки в рибозофосфатном остове.

2.4. Проблемы селективности параллельной гибридизации с набором олигонуклеотидных а зондов.

2.4.1. Буфер.

2.4.2. Модифицированные основания.

2.4.3. Фермент-зависимые реакции, используемые в гибридизационном анализе.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «"Мостиковые" олигонуклеотиды как перспективные инструменты в антисенс технологии и ДНК-диагностике»

Использование олигонуклеотидных конструкций в качестве инструментов для направленного воздействия на нуклеиновые кислоты (НК), например, в антисенс технологии или в медицинской ДНК-диагностике, основано на способности олигонуклеотидов образовывать прочные комплексы с комплементарными им участками НК. Основные требования к олигонуклеотидным конструкциям состоят в обеспечении высокой эффективности, сайт-специфичности и селективности их связывания с комплементарными им участками НК.

Сайт-специфичность, как и эффективность связывания олигонуклеотида с комплементарной НК, определяется его длиной и нуклеотидной последовательностью и зависит от комплексообразующей способности этого олигонуклеотида, т.е. от стабильности формируемых им комплексов. Селективность олигонуклеотидных конструкций отражает их способность различать на уровне связывания ДНК-мишени, содержащие несоответствия в последовательности. Так, высокоэффективное связывание протяженного антисмыслового олигонуклеотида может оказаться неселективным, поскольку наряду с образованием прочного совершенного комплекса при физиологических условиях не исключена возможность формирования частично комплементарных комплексов с мишенями, содержащими нуклеотидные несоответствия в последовательности [1]. Наиболее остро проблема обеспечения селективности комплексообразования встает для GC-богатых олигонуклеотидных конструкций, когда стабильность GC-богатых комплексов, содержащих мисматчи, оказывается близка или даже выше стабильности совершенных АТ-богатых комплексов сопоставимой длины. Зависимость стабильности НК-комплексов от нуклео-тидного состава делает проблематичным использование при гибридизационном анализе НК наборов олигонуклеотидов равных по длине. В этом случае, при одинаковых условиях гибридизации, задаваемых форматом параллельного анализа, возможно появление ложноположительных или ложноотрицательных сигналов [2]. Таким образом, создание олигонуклеотидных конструкций, способных высокоселективно связываться с НК, является важной и пока не решенной задачей как при разработке ген-направленных соединений, так и олигонуклеотидных зондов.

В настоящее время существуют несколько подходов к повышению селективности комплексообразования олигонуклеотидов: введение в состав буфера тетраалкиламмо-ниевых солей [3], которые способны частично нивелировать различия в связывании олигонуклеотидов разного нуклеотидного состава; замена протяженных олигомеров тандемами на основе коротких олигонуклеотидов [4]; применение модифицированных олиго-нуклеотидов с измененными гибридизационными свойствами [5]. В качестве последних широко представлены олигонуклеотидные аналоги с замещенным рибозофосфатным остовом, например, на основе пептидил- (PNA) [6] или замкнутых (locked) (LNA) [7] нуклеиновых кислот, обладающие повышенными гибридизационными свойствами. Однако использование таких олигонуклеотидов ограничивается отсутствием строгого алгоритма для предварительного расчета стабильности образуемых ими комплексов как совершенных, так и содержащих мисматчи. Кроме того, комплексы таких олигонуклеотидов с НК-мишенями не всегда могут выступать в качестве субстратов ферментов, часто используемых в различных молекулярно-биологических исследования.

Олигонуклеотиды, состоящие из нативных нуклеотидных блоков, соединенных ненуклеотидными вставками, и имеющие непрерывный сайт связывания с НК («мости-ковые» олигонуклеотиды), могут быть компромиссным вариантом между протяженными и модифицированными олигонуклеотидами. Гибридизационные свойства таких «мости-ковых» олигонуклеотидов могут поддаваться расчету, т.к. вставки не затрагивают способности оснований образовывать комплементарные пары, не нарушают геометрию спирали комплексов НК, а лишь локально возмущают структуру рибозофосфатного остова. Кроме того, «выпетленная» из двуцепочечной спирали ненуклеотидная вставка не должна существенно влиять на способность модифицированных комплексов выступать в качестве субстратов в ферментативных реакциях. Описаны олигонуклеотиды с различными ненуклеотидными вставками (циклические [8] и шпилечные [9]); известны дуплексы [10], триплексы [11] и более сложные комплексы, олигонуклеотидные компоненты которых соединены вставками. Вставки являются инструментом, с помощью которого би- или трикомпонентные процессы сводятся к монокомпонентным, упрощая исследования нук-леиново-нуклеиновых взаимодействий [10, 11].

Цель и задачи исследования. Целью настоящей работы являлось изучение возможности использования «мостиковых» олигонуклеотидов в качестве инструментов для ДНК-диагностики, основанной на методе молекулярной гибридизации (в качестве олиго-нуклеотидных зондов), и для направленного воздействия на НК мишень (в качестве адресной части алкилирующих производных).

В ходе исследования впервые решались следующие задачи:

- систематическое изучение гибридизационных свойств «мостиковых» олигонуклеотидов, содержащих в сахарофосфатном остове различные ненуклеотидные вставки на основе олигометилендиолов и олигоэтиленгликолей;

- исследование направленного воздействия на ДНК-мишень алкилирующими производными «мостиковых» олигонуклеотидов;

- изучение способности «мостиковых» олигонуклеотидов и их комплексов с ДНК участвовать в реакциях катализируемых ферментами, таким как, фосфодиэстераза змеиного яда и 7ж/-полимераза, Т4 ДНК-лигаза;

- исследование возможности использования иммобилизованных «мостиковых» олигонуклеотидов в качестве зондов для ДНК-диагностики.

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Пышная, Инна Алексеевна

5. ВЫВОДЫ

I. Впервые проведено исследование гибридизационных свойств «мостиковых» олигонуклеотидов 5 Nv(X)jNw3, в которых короткие нативные олигонуклеотидные фрагменты (N) с различным числом звеньев (v и w) связаны разным числом (i) фосфатсодержащих не-нуклеотидных вставок (L) на основе олигоэтиленгликолей (ди-, тетра- и гекса-), олигоме-тилендиолов (пента- и дека) и аналога тетрагидрофурана. Установлено, что:

• значение свободной энергии комплексообразования «мостиковых» олигонуклеотидов с ДНК-матрицей уменьшается на 1.6 + 11.1 ккал/моль в зависимости от природы и длины ненуклеотидной вставки, ее положения в олигонуклеотидной цепи, количества вставок;

• изменяя параметры i, v и w, можно создавать наборы «мостиковых» олигонуклеотидов с заранее заданными гибридизационными свойствами независимо от нуклео-тидной последовательности.

II. Продемонстрировано, что степень и направленность модификации ДНК-мишени ал-килирующими {RCI) производными «мостиковых» олигонуклеотидов 5 7?C/-N4(X)N83 (L= гексаметилендиол) в условиях эффективного комплексообразования не отличаются от таковых при использовании немодифицированного олигонуклеотидного реагента RCI-N12.

III. Исследована способность «мостиковых» олигонуклеотидов и их комплексов с ДНК-матрицей участвовать в реакциях, катализируемых ферментами. Показано, что:

• «мостиковые» олигонуклеотиды более устойчивы по сравнению с нативными олигонуклеотидами к гидролизу З'-экзонуклеазой, на примере фосфодиэстеразы змеиного яда. Гидролиз фосфодиэфирной связи перед ненуклеотидной вставкой замедляется в три раза, по сравнению с гидролизом связей в нативном олигонуклеотиде;

• наличие ненуклеотидной вставки в «мостиковом» олигомере в составе совершенного комплекса на расстоянии 7 и менее нуклеотидов от позиции комплекса, подвергающейся ферментативному превращению в присутствии Т4 ДНК-лигазы или Taq-полимеразы, приводит к уменьшению выхода продукта ферментативной реакции в 2-5 раз;

• наличие ненуклеотидной вставки в «мостиковом» олигомере в составе несовершенного комплекса либо значительно уменьшает выход продукта реакции, либо полностью блокирует ферментативные реакции, катализируемые Т4 ДНК-лигазой или Тад-полимеразой;

• максимальный фактор дискриминации (отношение выходов продуктов реакции в совершенном и несовершенном комплексах), рассчитанный для олигонуклеотида

5 pN6(£)N6 в реакциях, катализируемых Тя^-полимера-зой или Т4 ДНК-лигазой, составляет 60 и 23, соответственно.

IV. Иммобилизованные на носителе «мостиковые» олигонуклеотиды впервые предложены в качестве олигонуклеотидных зондов для проведения гетерофазного параллельного анализа ДНК методом молекулярной гибридизации, в том числе с использованием ферментативного мечения гибридизационного комплекса с помощью Т4 ДНК-лигазы и Taq-полимеразы. Показано, что:

• использование в качестве зондов «мостиковых» олигонуклеотидов с близкими гибридизационными свойствами обеспечивает равные сигналы при параллельном гибридизационном анализе ДНК;

• применение зондов на основе «мостиковых» олигонуклеотидов приводит к эффективной дискриминации однонуклеотидных несоответствий в составе анализируемых матриц и обеспечивает высокую достоверность выявляемого правильного сигнала гибридизации.

V. Создана тест-система для генотипирования вируса гепатита С, основанная на использовании в качестве зондов набора иммобилизованных «мостиковых» олигонуклеотидов с заданными гибридизационными свойствами с применением ферментативного мечения гибридизационного комплекса с помощью Га^-полимеразы.

3.5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Результаты, представленные в данной работе, позволяют заключить, что на основе исследованных свойств «мостиковых» олигонуклеотидов стало возможным конструирование олигонуклеотидов с заданными гибридизационными свойствами.

Изученная способность комплексов, образованных с участием «мостиковых» олигонуклеотидов, в реакциях, катализирумых Т4 ДНК-лигазой и Гад-полимеразой, наряду с исследованными гибридизациоными свойствами «мостиковых» олигонуклеотидов, позволила предложить подход для анализа ДНК; практическая значимость которого получила подтверждение в патенте на изобретение, а также позволила разработать тест-систему для генотипирования вируса гепатита С, основанную на введении биотиновой метки с помощью Год-полимеразы в состав гибридизационного комплекса при использовании в качестве зондов набора иммобилизованных «мостиковых» олигонуклеотидов.

Экспериментальная часть 4. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

4.1. Исходные материалы

4.1.1. Реактивы и препараты

В работе были использованы следующие реактивы и растворители: фосфорами-дитные мономерные синтоны (Glen Reseach, США); диэтиленгликоль, тетраэтиленгли-коль, гексаэтиленгликоль, дитиотрейтол, трифенилфосфин, 3-гидрокси-2(гидроксиметил)-тетрагидрофуран, 2,2'-дипиридилдисульфид, 4-N,Nдиметиламинопиридин, DMSO, DMFA, цетавлон, Triton х-100 (Fluka, Швейцария); диме-токситретил (ChemGenes, Англия); Stains'all (Aldrich, США); 1,5-пентандиол, 1,6-гександиол, 1,10-декандиол, мочевина (Merck, Германия); акриламид, яичный альбумин, (ДиаМ, Москва); И^'-метиленбисакриламид (Acros, США); трис-ОН, Tween-20, конъю-гат стрептавидин щелочная фосфатаза, ксиленцианол, бромфеноловый синий, фосфодиэ-стераза змеиного яда (Crotalus atrox) (Sigma, США); гексаметилендиаминтриэтиламин, полинуклеотидкиназа бактериофага Т4, 7ж/-полимераза, dNTP, dUTP-Bio (ИХБФМ СО РАН), мелкодисперсный полимер ДМЭГ-7 (ИОЧП, Санкт-Петербург); хромогенные субстраты BSIP и NBT (Molekular Probes, США); 1Ч,1Ч-диизопропиламмоний тетразолида, 2-цианоэтил-бис(]Ч,Н-диизопропиламинофосфит) и 4(ТЧ-2-хлорэтил-М-метиламино)~ бензилметиламин синтезированы Т.М. Ивановой (ИХБФМ СО РАН); реактивы и растворители квалификации х.ч. и о.с.ч. отечественного производства.

Все использованные органические растворители предварительно были перегнаны над Р2О5 и хранились над молекулярными ситами или гидридом кальция.

4.1.2. ОТ ПЦР-продукт вируса клещевого энцефалита, содержащий на обеих цепях 5'-концевые остатки биотина, был любезно предоставлен Морозовой О.В. (Лаборатория инфекционных заболеваний человека ИХБФМ СО РАН). ОТ ПЦР-продукты ВГС любезно предоставлены Филлипенко М.А. (Группа фармакогенетики ИХБФМ СО РАН), Пичко Н.П. (Лаборатория генной диагностики ИХБФМ СО РАН) и Караваевой Ю. В. (Муниципальная инфекционная клиническая больница № 1 г. Новосибирск).

Стандартная ПЦР-смесь, которую использовали при проведении гибридизационного анализа на твердой фазе, содержала: конечный ПЦР-продукт, и остаточные количества исходных праймеров, 7д#-полимеразы, dNTP, кДНК.

4.1.3. Буферы и растворы

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Пышная, Инна Алексеевна, 2006 год

1. Monia, В.P., Johnston, J.F., Eckers, D.J., Zounesn, М.А., Lima, W.F., Freier, S.M. Selective inhibition of mutant Ha-ras mRNA expression by antisense // J. Biological Chemistry. 1992. V. 267. P. 19954-19962.

2. Marcotte, E.R., Srivastava, L.K., Quirion, R. DNA microarrays in neuropsychopharma-cology // Trends Pharmacol. Sci. 2001. V. 22. P. 426-436.

3. Nguyen, Н.-К., Fournier, О., Asseline, U., Dupret, D., Thuong, N.T. Smoothing of the thermal stability of DNA duplex by using modified nucleosides and chaotropic agents // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 1492-1498.

4. Nielsen, P.E. Applications of peptide nucleic acids // Curr. Opin. Struct. Biol. 1999. V. 10. P. 71-75.

5. Jacobsen, N., Fenger, M., Bentzen, J. Rasmussen, S.L., Jakobsen, M.H., Fensthol, J.t, Skouv, J. Genotyping of the apolipoprotein В R3500Q mutation using immobilized locked nucleic acid capture probes // Clin. Chem. 2002. V. 48. P. 657-660.

6. Gao, K, Chidambaram, N., Chen, B.C., Pelham, D.E., Patel, R., Yang, M., Zhou, L., Cook, A., Cohen, J.S. Double-stranded cyclic oligonucleotides with non-nucleotide bridges //Biocojugate Chem. 1994. V. 5. P. 445-453.

7. Rumney, S. IV, Kool, E. T. Syructural Optimization of non-nucleotide replacements for duplex and triplex DNAs // J. Am. Chem. Soc. 1995. V. 117. P. 5635-5646.

8. Vo, Т., Wang, S., Kool, E.T. Targeting pyrimidine single strands by triplex formation: structural optimization of binding //Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 2937-2944.

9. Drmanac, R., Labat, I., Brukner, I., Crkvenjakov, R. Sequencing of megabase plus DNA by hybridization: theory of the method // Genomics. 1989. V. 4. P. 114-128.

10. Khrapko, K.R., Lysov, Yu.P., Khorlyn, A.A., Shick, V.V., Florentiev, V.L., Mirzabekov, A.D. An oligonucleotide hybridization approach to DNA sequencing // FEBS Lett. 1989. V. 256. P. 118-22.

11. Southern, Е.М. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis // J. Mol. Biol. 1975. V. 98. P. 503-517.

12. Горбунова, B.H., Баранов, B.C. Введение в молекулярную диагностику и генотера-пию наследственных заболеваний // Санкт-Петербург. Специальная литература. 1997.

13. Стент, Г., Кэлиндар, Р. Молекулярная генетика // М. Мир, ред. Алиханян С.И. 1981.

14. Whitcombe. D., Newton. C.R., Little. S. Advances in approaches to DNA-based diagnostics // Curr. Opin. Biotechnol. 1998. V. 9. P. 602-608.

15. Saiki, R.K., Gelfand, D.H., Stoffel, S., Scharf, S.J., Higuchi, R„ Horn, G.T., Mullis, KB., Erlich, H.A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase // Science. 1988. V. 239. P. 487-491.

16. Williams, A.P., Longfellow, C.E., Freier, S.M., Kierzek, R., Turner, D.H. Laser temperature-jump, spectroscopic, and thermodynamic study of salt effects on duplex formation by dGCATGC // Biochemistry. 1989. V. 28. P. 4283-4291.

17. Бадашкеева, А.Г., Кнорре, Д.Г.Олшо- и полинуклеотидные зоды. Метод молекулярной гибридизации // Молекулярн. биол. 1991. Т. 25. Р. 309-324.

18. Котова, Е.Ю., Крейдлин, Э.Я., Барский, В.Е., Мирзабеков, А.Д. Взаимное влияние олигонуклеотидов и флуоресцентной метки на эффективность гибридизации с олигонуклеотидами, иммобилизованными на биологических чипах // Молекулярн. биол. Т. 34. С. 237-245.

19. Horn, Т., Chang, С.-A., TJrdea, M.S. An improved divergent synthesis of combtype branched oligodeoxyribonucleotide (bDNA) containing multiple secondary sequences // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 4835-4841.

20. Daniel, M.-C., Astruc, D. Gold nanoparticles: assembly, supramolecular chemistry, quantumsize-related properties, and applications toward biology, catalysis, and nanotechnology // Chem. Rev. 2004. V. 104. P. 293-346.

21. Schultz, S., Smith, D.R., Mock, J.J., Schultz, D.A. Single-target molecule detection with nonbleaching multicolor optical immunolabels // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000. V. 97. P. 996-1001.

22. Langer, P.R. Waldrop, A.A., Ward, D.C. Enzymatic synthesis of biotin-labeled polynucleotides: novel nucleic acid affinity probs // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981. V. 78. P.6633-6637.

23. Биосенсоры: основы и приложения. //М. Мир, ред. Тернер Э., Карубе И., Уилсон Дж. 1992.

24. SantaLucia, J. A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics //Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998. V. 95. P. 1460-1465.

25. Gamper, H.B., Gimino, G.D., Isaacs, S.T., Ferguson, M., Haerst, I.E. Reverse southern hybridization //Nucleic Acids Res. 1986. V. 14. P. 9943-9954.

26. Cardullo, R.A., Agrawal, S., Flores, C., Zamecnik, P.C., Wolf, D.E. Detection of nucleic acid hyridizaion by nonradiactive fluorescence resonanse energe transfer // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988. V. 85. P. 8790-8794.

27. Tyagi, S., Marra, S.A.E., Kramer, F.R. Wavelength-shifting molecular beacon// Nat. Biotechnol. 2000. V. 18 P. 1191-1197.

28. Marras, S.A.E., Kramer, F.R., Tyagi, S. Genotyping with molecular mo-lecular beacons // In Kwok P.Y. (ed) Single nucleotide polymorphisms: methods and protocols. The Humana Press Inc., Totowa, NJ, V. 212. P. 111-128.

29. Johansson, M.K., Fidder, H, Dick, D., Cook, R.M. Intramolecular dimers: a new strategy to fluorescence quenching in duallabeled oligonucleotide probes // J. Am. Chem. Soc. 2002. V. 124. P. 6950-6956.

30. Nelson, N.C., Hammond, P.W., Matsuda, E., Goud, A.A., Becker, M.M. Detection of all single-base mismatches in solution by chemiluminescence // Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 4998-5003.

31. Elghanian, R., Storhoff, J.J., Mucic, R.C., Letsinger, R.L., Mirkin, C.A. Selective colori-metric detection of polynucleotides based on the distance-dependent optical properties of gold nanoparticles // Science. 1997. V. 277. P. 1078-1081.

32. Storhoff, J.J., Elghanian, R„ Mucic, R.C., Mirkin, C.A., Letsinger, R.L. One-pot colori-metric differentiation of polynucleotides with single base imperfections using gold nanoparticle probes // J. Am. Chem. Soc. 1998. V. 120. P. 1959-1964.

33. Stevens, P.W., Henry, M.R., Kelso, D.M. DNA hybridization on microparticles: determining capture-probe density and equilibrium dissiciation constants // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 1719-1727.

34. Hakala, H, Lonnberg, H. Time-resolved Fluorescence detection of oli-gonucleotie hybridization on a single microparticle: covalent immobilization of oligonucleotides and quantitation of a model system // Bioconjug. Chem. 1997. V. 8. P. 232-237.

35. Penchovsky, R., Birch-Hirschfeld, E., McCaskill, J.S. End-specific covalent photode-pendent immobilisation of synthetic DNA to paramagnetic beads // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. e98.

36. Zammatteo, N., Alexandre, I., Ernest, I, Le, L., Brancart, F.,Remacle, J. Comparison between microwell and bead supports for the detection of human cytomegalovirus ampli-cons by sandwich hybridization // Anal. Biochem. 1997. V. 253. P. 180-189.

37. Henry, M.R., Stevens, P.W., Sun, J., Kelso, DM. Real-time measurements of DNA hy-brydyzation on microparticles with fluorescence resonance energy transfer // Anal. Biochem. 1999. V. 276. P. 204-214.

38. Samiotaki, M., Kwiatkowski, M., Ylitalo, N., Landegren, U. Seven-color time-resolved fluorescence hybridization analysis of human papilloma virus types // Anal. Biochem. 1997. V. 253. P. 156-161.

39. Ivanov, I.G., AbouHaidar, M.G. Thermal stability of oligonucleotide duplexes bound to nitrocellulose filters // Anal. Biochem. 1995. V. 232. P. 249-251.

40. Gingeras, T.R., Kwon, D. Y., Davis, G.R. Hybridization properties of immobilized nucleic acids //Nucleic Acid Res. 1987. V. 15. P. 5373-5390.

41. Weiler, J., Gausepohl, H., Hauser, N., Jensen, O.N., Hoheisel, J.D. Hybridisation based DNA screening on peptide nucleic acid (PNA) oligomer arrays // Nucleic Acid Res. 1997. V. 25. P. 2792-2799.

42. Beier, M., Hoheisel, J.D. Versatile derivatisation of solid support media for covalent bonding on DNA-microchips // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 1970-1977.

43. Weiler, J., Hoheisel, J.D. Combining the preparation of oligonucleotide arrays and synthesis of highquality primers // Anal. Biochem. 1996. V. 243. P. 218-227.

44. Shchepinov, M.S., Case-Green, S.C., Fell, T.S., Southern, E.M. Hybridisation of nucleic acids to oligonucleotide arrays //Nucleic Acids Symp. Ser. 1996. P. 27-28.

45. Shchepinov, M.S., Case-Green, S.C., Southern, E. M. Steric factors influencing hybridisation of nucleic acids to oligonucleotide arrays // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 1155-1161.

46. Case-Green, S.C., Mir, K.U., Pritchard, C.E., Southern, E.M. Analysing genetic information with DNA arrays // Curr. Opin. Struct. Biol. 1998. V. 2. P. 404-410.

47. Case-Green, S.C., Southern, E. M. Studies on the base pairing properties of deoxyi-nosine by solid phase hybridisation to oligonucleotides // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 131-136.

48. Southern, E.M., Case-Green, S.C., Elder, J.K., Johnson, M., Mir, K.U., Wang, L., Williams, J.C. Array of complementary oligonucleotides for analysing the hybridization behaiour of nucleic acids //Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 1368-1373.

49. Maskos, U., Southern, E.M. A study of oligonucleotide reassociation using large arrays of oligonucleotides synthesised on a glass support // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 4663-4669.

50. Kane, M.D., Jatkoe, T.A., Stumpf, C.R., Lu, J., Thomas, J.D., Madore, S.J. Assessment of the sensitivity and specificity of oligonucleotide (50-mer) microarrays // Nucleic Acids Rec. 2000. V. 28. P. 4552-4557.

51. Umek, R.M., Lin, S.W., Vielmetter, J., Terbrueggen, R.H., Irvine, В., Yu, C.J., Kayyem, J.F., Yowanto, H, Blackburn, G.F., Farkas, D.H., Chen, Y.-P. Electronic detection of nucleic acids //J. Mol. Diagn. 2001. V. 3. P. 74-84.

52. Der, S.D., Zhou, A., Williams, B.R.G., Silverman, R.H. Identification of genes differentially regulated by interferon a, b, or g using oligonucleotide arrays // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998. V. 95. P. 15623-15628.

53. Williams, J.C., Case-Green, S.C., Mir, K.U., Southern, E.M. Studies of oligonucleotide interactions by hybridisation to arrays: the influence of dangling ends on duplex yield // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 1365-1367.

54. Mir, K. U., Southern, E.M. Determining the influence of structure on hybridization using oligonucleotide array //Nat. Biotechnol. 1999. V. 17. P. 788-792.

55. Sabanayagam, C.R., Smith, C.L., Cantor, C.R. Oligonucleotide immobilization on mi-cropatterned streptavidin surfaces //Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. e33.

56. Guo, Z., Guifoyle, R.A., Thiel, A.J., Wang, R., Smith, L.M. Direct fluorescence analysis of genetic polymorphisms by hybridization with oligonucleotide arrays on glass supports //Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 5456-5465.

57. McGall, G., Labadie, J., Brock, P., Wallraff, G., Nguyen, Т., Hinsberg, W. Light-directed synthesis of high-density oligonucleotide arrays using semiconductor photoresists // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996. V. 93. P. 13555-13560.

58. Maskos, U., Southern, E.M. A novel method for the analysis of multiple sequence variants by hybridisation to oligonucleotides // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 22672268.

59. Heme, T.M., Tarlov, M.J. Characterization of DNA probes immobilized on gold surfaces. // J. Am. Chem. Soc. 1997. V. 119. P. 8916-8920.

60. Beier, M., Hoheisel, J.D. Production by quantitative photolithographic synthesis of individually quality checked DNA microarrays // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. el 1.

61. Kelley, S.O., Boon, E.M., Barton, J.K., Jackson, N.M., Hill, M.G. Single-base mismatch detection based on charge transduction through DNA // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 4830-4837.

62. Adessi, C., Matton, G., Ayala, G., Turcatti, G., Mermod, J.-J., Mayer, P., Kawashima, E. Solid phase DNA amplification: characterisation of primer attachment and amplification mechanisms //Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. e87.

63. Zammatteo, N., Jeanmart, L., Hamels, S., Courtois, S., Louette, P., Hevesi, L., Remacle, J. Comparison between different strategies of covalent attachment of DNA to glass surfaces to build DNA microarrays // Anal. Biochem. 2000. V. 280. P. 143-150.

64. Gentalen, Е., Chee, М. A novel method for determining linkage between DNA sequences: hybridization to paired probe arrays // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 1485-1491.

65. Shoffner, M.A., Cheng, J., Hvichia, G., Kricka, L.L., Wilding, P. Chip PCR. I. Surface passivation of microfabricated silicon-glass chips for PCR // Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 375-379.

66. Maskos, U., Southern, E.M. Parallel analysis of oligodeoxyribonucleotide (oligonucleotide) interaction. I. Analysis of factors influencing oligonucleotide duplex formation // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. P. 1675-1678.

67. Southern, E.M., Maskos, U., Elder J.K. Analysing and comparing nucleic acid sequences by hybridisation to arrays of oligonucleotides: evaluation using experimental models // Genomics. 1992. V. 13. P. 1008-1017.

68. Maskos, U., Southern, E.M. Oligonucleotide hybridisations on glass supports: a novel linker for oligonucleotide synthesis and hybridisation properties of oligonucleotide syn-thesised in situ//Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. P. 1679-1684.

69. Maldonado-Rodriguez, R., Espinosa-Lara, M., Loyola-Abitia, R., Beattie, W.G., Beattie, K.L. Mutation detection by stacking hybridization on genosensor arrays // Mol. Biotechnol. 1999. V. 11. P. 13-25.

70. Belosludtsev, Y., Iverson, В., Lemeshko, S., Eggers, R., Wiese, R., Lee, S., Powdrill, Т., Hogan M. DNA microarrays based on noncovalent oligonucleotide attachment and hybridization in two dimensions // Anal. Biochem. 2001. V. 292. P. 250-256.

71. Zhao, X., Nampalli, S., Serino, A.J., Kumar, S. Immobilization of oligodeoxyribonucleo-tides with multiple anchors to microchips //Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. P. 955-959.

72. Stillman, B.A., Tonkinson, J.L. Expression microarray hybridization kinetics depend on length of the immobilized DNA but are independent of immobilization substrate // Anal. Biochem. 2001. V. 295. P. 149-157.

73. Chan, V., McKenzie, S.E., Surrey, S., Fortina, P., Graves, D.J. Effect of hydrophobicity and electrostatic on adsorbtion and surface diffusion of DNA oligonucleotide at liquid/solid interfaces // J. Colloid. Interface Sci. 1998. V. 203. P. 197-207.

74. Steel, А.В., Levicky, R.L., Heme, T.M., Tarlov M.J. Immobilization of nucleic acids at solid surface: effect of oligonucleotide length on layer assembly // Biophys. J. 2000. V. 79. P. 975-981.

75. Peterson, A.W., Heaton, R.J., Georgiadis, R. Kinetic control of hybridization in surface immobilized DNA monolayer films// J. Am. Chem. Soc. 2000. V. 122. P. 7837-7838.

76. Zhong, X., Reynolds, R., Kidd, J.R. Single-nucleotide polymorphism genotyping on optical thin-film biosensor chip // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003. V. 100. P. 1155911564.

77. Шишкина, И.Г., Левина, А.С., Зарытова, В.Ф. Аффинные сорбенты, содержащие нуклеиновые кислоты и их сорбенты // Успехи химии. 2001. Т. 70. С. 581-607.

78. Balladur, V., Theretz, A., Mandrand, В. Determination of the main forces driving DNA oligonucleotide adsorption onto aminated silica wafers // J. Colloid. Interface Sci. 1997. V. 194. P.408-418.

79. Fotin, A.V., Drobyshev, A.L., Proudnikov, D.Y., Perov, A.N., Mirzabekov, A.D. Parallel thermodynamic analysis of duplexes on oligodeoxyribonucleotide microchips // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 1515-1521.

80. Belotserkovskii, B.P., Johnston, B.H. Polypropylene tube surfaces may induce denatura-tion and multimerization of DNA // Science. 1996. V. 271. P. 222-223.

81. Diehl, F., Grahlmann, S., Beier, M., Hoheisel, J. Manufactoring DNA microarrays of high spot homogeneity and reduced background signal // Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. e38.

82. Blohm, D.H., Guiseppi-Elie, A. New developments in microarray technology // Curr. Opin. Biotechnol. 2001. V. 12.P. 41-47.

83. Patolosky, F., Ranjit, K.T., Lichtenstein, A, Willner, I. Dentritic amplification of DNA analysis by oligonucleotide-fimctionalized Au-nanoparticles // Chem. Commun. 2000. V. 10. P. 1025-1026.

84. Letsinger, R.L., Elghanian, R., Viswanadham, G., Mirkin, C.A. Use of a steroid cyclic disulfide anchor in constructing gold nanoparticle-oligonucleotide conjugates // Biocon-jug. Chem. 2000. V. 11. P. 289-291.

85. OMeara, D., Yun, Z., Sonnerborg, A., Lundeberg, J. Cooperative oligonucleotides mediating direct capture of hepatitis С virus RNA from serum I I J. Clin. Microbiol. 1998. V. 36. P.2454-2459.

86. Nanthakumar, A., Pon, R.T., Mazumber, A., Yu, S., Watson, A. Solid-phase oligonucleotide synthesis and flow cytometric analysis with microspheres encoded with covalently attached fluorophores // Bioconjug. Chem. 2000. V. 11. P. 282-288.

87. Watson, K.J., Zhu, J., Nguyen, S.T., Mirkin, C.A. Redox-active polymernanoparticle hybrid materials // Pure Appl. Chem. 2000. V. 72. P. 67-72.

88. Hussain, I., Brust, M., Papworth, A.J., Cooper, A.I. Preparation of acrylate-stabilized gold and silver hydrosols and gold-polymer composite films // Langmuir. 2003. V. 19. P. 4831.-4835.

89. Liu, F.-K., Hsieh, S.-Y., Ко, F.-H., Chu, T.-C., Dai, B.-T: Synthesis of nanometersized poly(methyl methacrylate) polymer network by gold nanoparticle template // Jpn. J. Appl. Phys. 2003. V. 42. P. 4147-4151.

90. Sato, К, Hosokawa, К, Maeda, М. Non-cross-linking gold nanoparticle aggregation as a detection method for single-base substitutions // Nucleic Acids Res. 2005. V. 33. e4.

91. Maxwell, D.J., Taylor, J.R., Nie, S. Self-assembled nanoparticle probes for recognition and detection of biomolecules // J. Am. Chem. Soc. 2002. V. 124. P. 9606-9612.

92. Kiang, C.-H. Phase transition of DNA-linked gold nanoparticles // Physica A. 2003. V. 321. P. 164-169.

93. Murphy, D., Eritja, R., Redmond, G. Monitoring denaturation behaviour and comparative stability of DNA triple helices using oligonucleotide gold nanoparticle conjugates // Nucleic Acids Res. 2004. V. 32. e65.

94. Guschin, D., Yershov, G., Zaslavsky, A., Gemmell, A., Shick, V., Proudnikov, D., Arenkov, P., Mirzabekov, A. Manual manufacturing of oligonucleotide, DNA and protein microchips // Anal. Biochem. 1997. V. 250. P. 203-211.

95. Proudnikov, D., Timofeev, E., Mirzabekov, A. Immobilization of DNA in polyacrylamide gel for the manufacture of DNA and DNA-oligonucleotide microchips // Anal. Biochem. 1998. V. 259. P. 34-41.

96. Лившиц, M.A., Мирзабеков, А.Д. Расчет кинетики гибридизации ДНК с олигонук-леотидами, фиксированными в слое геля // Молекулярн. биол. 1996. Т. 30. С. 11581166.

97. Dubiley, S., Kirillov, Е., Lysov, Y., Mirzabekov, A. Fractionation, phosphorylation and ligation on oligonucleotide microchips to enhance sequencing by hybridization // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 2259-2265.

98. Drobyshev, A.L., Zasedatelev, A.S., Yershov, G.M., Mirzabekov, A.D. Massive parallel analysis of DNA-Hoechst 33258 binding specificity with a generic oligodeoxyribonu-cleotide microchip // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 4100-4105.

99. Timofeev, Е., Mirabekov, A. Binding specificity and stability of du-plexes formed by modified oligonucleotides with a 4096-hexanucleotide microarray // Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. P. 2626-2634.

100. Komoea, Е.Ю., Крейдлин, Э.Я., Барский, B.E., Мирзабеков, А.Д. Изучение оптических свойств флуорохромов, перспективных для использования в биологических чипах // Молекулярн. биол. 2000. Т. 34. С. 304-309.

101. Vasiliskov, V.A., Prokopenko, D.V., Mirzabekov, A.D. Parallel multiplex thermodynamic analysis of coaxial base stacking in DNA duplexes by oligodeoxyribonucleotide microchips //Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. P. 2300-2313.

102. Kolchinsky, A., Mirzabekov, A. Analysis of SNPs and other genomic variations using gel-based chips // Hum. Mutat. 2002. V. 19. P. 343-360.

103. Nguyen, H.-IC, Southern, E.M. Minimising the secondary structure of DNA targets by incorporation of a modified deoxynucleotide: implications for nucleic acid analysis by hybridisation //Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 3904-3909.

104. Maertens, G., Stuyver, S., Rossau, R., van Heuverswyn, H. Process for typing HCV isolates // United States Patent. 2003. No 6,548,244 B2.

105. Graber, J.H., O'Donnell, M.J., Smith, C.L., Cantor, C.R. Advances in DNA diagnostic // Curr. Opin. Biotechnol. 1998. V. 9. P. 14-18.

106. Marshall, E. Getting the noise out of gene arrays // Science. 2004. V. 306. P. 603-631.

107. Yuen, Т., Wurmbach, E., Pfeffer, R.L., Ebersole, B.J., Sealfon, S.C. Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays // Nucleic Acids Res. 2002. V. 30. e. 48.

108. Эмануэль, H.M., Кнорре, Д.Г. Курс химической кинетики // Москва. Высш. шк. 1984.

109. Келлети, Т. Основы ферментативной кинетики // Москва. Мир. ред. Курганов Б.И. 1990.

110. Пышный, Д.В. Новый подход к повышению селективности взаимодействия олигонуклеотидов и их производных с нуклеотивыми кислотами // Диссертация. К. X. Н. Новосибирск. НИБХ СО РАН. 1998.

111. Кантор, Ч., Шиммел, П. Биофизическая химия // Москва. Мир. 1985. Т. 3.

112. Craig, М.Е., Crothers, D.M., Doty, P. Relaxation kinetics of dimer formation by self complementary oligonucleotides // J. Mol. Biol. 1971. V. 62. P. 383-401.

113. Chan, V., Graves, D.J., McKenzie, S.E. The biophysics of DNA hybridization with oligonucleotide probes // Biophys. J. 1995. V. 69. P. 2243-2255.

114. Porschke, D. Model calculation on the kinetics of oligonucleotide double helix coil transitions. Evidence for a fast chain sliding reaction // Biophys. J. 1994. V. 2. P. 83-96.

115. Варфоломеев, С.Д., Гуревич, КГ. Биокинетика//Москва, Фаир-Пресс, 1998.

116. Erickson, D., Li, D., Krull, U.J. Modeling of DNA hybridization kinetics for spatially resolved biochips // Anal. Biochem. 2003. V. 317. P. 186-200.

117. Hendolin, P.H., Paulin, L., Ylikoski, J. Clinically applicable multiplex PCR for middle ear pathogens // J. Clin. Microbiol. 2000. V. 38. P. 125-132.

118. Sanchez, J.A., Pierce, K.E., Rice, J.E., Wangh, L.J. Linear-after-the-exponential (LATE)-PCR: an advanced method of asymmetric PCR and its uses in quantitative realtime analysis //Proc Natl Acad Sci U.S.A. 2004. V. 101. P. 1933-1938.

119. Tong, A.K., Ju, J. Single nucleotide polymorphism detection by combinatorial fluorescence energy transfer tags and biotinylated dideoxynucleotides // Nucleic Acids Res. 2002. V. 30. el9.

120. Demidov, D.D., Yavnilovich, M.V., Belotsrkovskii, B.P., Frank-Kamenetskii, M.D., Nielson, P.E. Kinetics and mechanism of polyamide ("peptide") nucleic acid binding to duplex DNA //Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1995. V. 92. P. 2637-2641.

121. Leijon, M., Sehlstedt, I J., Nielsen, P.E., Graslund, A. Unique base-pair reathing dynamics in PNA-DNA hybrids //J. Mol. Biol. 1997. V. 271. P. 438-455.

122. Kushon, S.A., Jordan, J.P., Seifert, J.L., Nielsen, H., Nielsen, P.E., Armitage, B.A. Effect of secondary structure on the thermodynamics and kinetics of PNA hybridization to DNA hairpins//J. Am. Chem. Soc. 2001. V. 123. P. 10805-10813.

123. Петюк, B.A. Взаимодействие олигонуклеотидов со структурированными участками РНК // Диссертация. К. X. Н. Новосибирск. НИБХ СО РАН. 2000.

124. Reynaldo, L.P., Vologodskii, А. К, Neri, В.P., Lyamichev, V.I The kinetic of oligonucleotide replacements // J. Mol. Biol. 2000. V. 297. P. 511-520.

125. Sigman, D.S Chemical nucleases // Biochemistry. 1990. V. 29. P. 9097-9105.

126. Proudnikov, D., Mirzabekov, A. Chemical methods of DNA and RNA fluorescent labeling//Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 4535-4542.

127. Sigman, D.S. Chemical nucleases // Biochemistry. 1990. V. 29. P. 9097-9105.

128. Pogozelski, W.K., Tullius, T.D. Oxidative strand scission of nucleic acids: routes initiated by hydrogen abstraction from the sugar moiety // Chem. Rev. 1998. V. 98. P. 10891107.

129. Barone, A.D., McGall, G.H., Chen, C. Methods for fragmenting DNA // United States Patent. 2005. No US 2005/0191682 Al.

130. Blume, J.E., Cao, Y., McGall, G.H., Cole, K.B., Christians, F.C., Wu, K., Hsie, L„ Mi-yada, C.G., Barone, A.D., Truong, V. Methods for modifying DNA for microarray analysis //United States Patent. 2005. No 2005/0123956 Al.

131. Okahata, Y., Kawase, M., Niikura, K., Ohtake, F., Furusawa, II., Ebara, Y. Kinetic measurements of DNA hybridization on an oligonucleotide-immobilized 27-MHz quartz crystal microbalance //Anal. Chem. 1998. V. 70. P. 1288-1296.

132. Levinsky, R., Ilerne, T.M., Tarlov, M.J., Satija, S.K. Using self-assembly to control the structure of DNA monolayers on gold: a neutron reflectivity study // J. Am. Chem. Soc. 1998. V. 120. P. 9787-9792.

133. Lucas, S.W., Harding, M.M. Detection of DNA via an ion channel switch biosensor // Anal. Biochem. 2000. V. 282. P. 70-79.

134. Rouillard, J.M., Zuker, M., Gulari, E. OligoArray 2.0: design of oligonucleotide probes for DNA microarrays using a thermodynamic approach // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 3057-3062.

135. Herwig, R., Schmitt, A.O., Steinfath, M., O'Brien, J., Seidel, H., Meier-Ewert, S., Le-hrach, H., Radelof, U. Information theoretical probe selection for hybridization experiments // Bioinformatics. 2000. V. 16. P. 890-898.

136. Broude, N.E., Woodward, K., Cavallo, R, Cantor, C.R., Englert, D. DNA microarrays with stem-loop DNA probes: preparation and applications // Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. e92.

137. Nguyen, Н.-К., Auffray, P., Asseline, U., Dupret, D., Thuong,N.T. Modification of DNA duplexes to smooth theirthermal stability independently of their base content for DNA sequencing by hybridization // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 3059-3065.

138. Gutierrez, A.J., Matteucci, M.D., Grant, D., Matsumura, S., Wagner, R.W., Froehler, B.C. Antisense gene inhibition by С-5-substituted deoxyuridine-containing oligode-oxynucleotides//Biochemistry. 1997. V. 36. P. 743-8.

139. Seela, F., Becher, G. PyrazoIo3,4-d.pyrimidine nucleic acids: adjustment of dA-dT to dG-dC base pair stability //Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. P. 2069-2078.

140. Berger, M., Wu, Y., Ogawa, A.K., McMinn, D.L., Schultz, P.G. Romesberg F.E. Universal base for hybridization, replication and chain termination // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 2911-2914.

141. Berger, M., Luzzi, S.D., Henry, A.A., Romesberg, F.E. Stability and selectivity of unnatural DNA with five-memberedring nucleobase analogues // J. Am. Chem. Soc. 2002. V. 124. P. 1222-1226.

142. Nielsen, P.E. Peptide nucleic acid: a versatile tool in genetic diagnostics and molecular biology// Curr. Opin. Biotechnol. 2001. V. 12. P. 16-20.

143. Kurakin, A., Larsen, H.J., Nielsen, P.E. Cooperative strand displace-ment by peptide nucleic acid (PNA) I I Chem. Biol. 1998. V. 5. P. 81-89.

144. Lomakin, A., Frank-Kamenetskii, M.D. A theoretical analysis of speci-ficity of nucleic acid interaction with oligonucleotides and Peptide Nucleic Acids (PNAs) // J. Mol. Biol. 1998. V. 276. P. 57-70.

145. Giesen, U., Kleider, W., Berding, C., Geiger, A., Orum, H, Nielsen, P.E. A formula for thermal stability (Tm) prediction of PNA/DNA duplexes // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 5004-5006.

146. Armitage, B.A. The impact of nucleic acid secondary structure on PNA hybridization // Drug Discov. Today. 2003. V. 8. P. 222-228.

147. Wang, J., Palecek, E., Nielsen, P.E., Rivas, G., Cai, X., Shiraishi, H, Dontha, N., Luo, D., Farias, P.A.M. Peptide nucleic acid probes for sequence-specific DNA biosensors // J. Am. Chem. Soc. 1996. V. 118. P. 7667-7670.

148. Perry-O 'Keefe, Н., Yao, X.-W., Coull, J.M., Fuchs, M., Egholm, M. Peptide nucleic acid pregel hybridization: An alternative to Southern hybridization // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996. V. 93. P. 14670-14675.

149. Gaylord, B.S., Heeger, A.J., Bazan, G.S. DNA detection using water-soluble conjugated polymers and peptide nucleic acid probes // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002. V. 99. P. 10954-10957.

150. Jacobsen, N. Bentzen, J., Meldgaard, M., Jakobsen, M.H., Fenger, M., Kauppinen, S., Skouv, J. LNA-enhanced detection of single nucleotide polymorphisms in the apolipo-protein E //Nucleic Acids Res. 2002. V. 30. elOO.

151. Finn, P.J., Gibson, N.J., Fallon, R., Hamilton, A., Brown, T. Synthesis and properties of DNA-PNA chimeric oligomers //Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 3357-3363.

152. Valoczi, A., Hornyik, C., Varga, N., Burgyan, J., Kauppinen, S., Havelda, Z. Sensitive and specific detection of microRNAs by northern blot analysis using LNA-modified oligonucleotide probes // Nucleic Acids Res. 2004. V. 32. el75.

153. Pompizi, I., Haberli, A., Leumann, C.J. Oligodeoxynucleotides containing conforma-tionally constrained abasic sites: a UV and fluorescence spectroscopic investigation on duplex stability and structure //Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 2702-2708.

154. Борисова, О.Ф., Щелкина, A.K., Тимофеев, Э.Н., Флорентьев, B.JI. Димеры трип-лексов ДНК // Молекулярн. биол. 1995. Т. 29. С. 1076-1085.

155. Ma, M.Y.-X., McCallum, К, Climie, S.C., Kuperman, R., Lin, W.C., Sumner-Smith M., Barnet R. W. Design and synthesis of RNA miniduplexes via a synthetic linker approach.

156. Generation of covalently closed, double-stranded cyclic HIV-1 TAR RNA analogs with high Tat-binding affinity // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 2585-2589.

157. Козлов, И.А., Ивановская, М.Г., Кубарева, E.A., Волков, Е.М., Шабарова, З.А. Синтез и свойства ковалентносвязанного ДНК-дуплекса, содержащего участок узнавания фактора транскрипции NF-kB //Молекулярн. биол. 1996. Т. 30. С. 854-863.

158. Amaratunga, М., Lohman, Т. М. Escherichia coli Rep helicase unwinds DNA by an active mechanism // Biochemistry. 1993. V 32. P. 6815-6820.

159. Pasman, Z., Garcia-Blanco, M. The 5' and 3' splice sites come together via a three dimensional diffusion mechanism // Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 1638-1645.

160. Tian, L., Sayer, J.M., Jerina, D.M., Shuman, S. Individual nucleotide bases? Not base pairs, are critical for triggering site-specific DNA cleavage by vaccinia topoisomarase // J. of Biologycal Chemistry. 2004. V. 279. P. 3718-39726.

161. Thomson, J.В., Tuschl, Т., Eckstein, F. Activity of hammerhead ri-bozymes containing nonnucleotidic linkers //Nucleic Acids Research. 1993. V. 21. P. 5600-5603.

162. Benser, F., Fu, D.-J., Liidwig, J., McLaughlin, L.W. Hammerhead-lilce molecoles containing non-nucleoside linkers are active RNA catalysts // J. Am. Chem. Soc. 1993. V. 115. P. 8483-8484.

163. Okamoto, A., Ichiba, Т., Saito, I. Pyrene-labeled oligodeoxynucleotide orobe for detecting base insertion by excimer fluorescence emission // J. Am. Chem. Soc. 2004. V. 126. P. 8364-8365.

164. Hawkins, M.E., Balis, F.M. Use of pteridine nucleoside analogs as hy-bridization probes //Nucleic Acids Res. 2004. V. 32. e62.

165. Vo, Т., Wang, S., Kool, E.T. Targeting pyrimidine single strands by triplex formation: structural optimization of binding //Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 2937-2944.

166. Kool, E.T., Rochester, N.V. Stem-loop and circular oligonucleotide and method of using // United States Parent. 1997. № 5,674,683.

167. Giancola, C., Petraccone, L., Pieri, M. Barone, G, Thermodynamic and computational studies of DNA triple helices containing a nucleotide or a non-nucleotide linker in the third strand//Biophys. Chem. 2001. V. 94. P. 23-31.

168. Hearst, J.E. Background hybridization associate with the use of photo-crosslinkable oligonucleotide hybridization probes of identification of unique sequences in human genome // Photobiochem. Photobiophys. (suppl). 1987. P. 23-32.

169. Persson, В., Stenhag, K, Nilsson, P., Larsson, A., JJhlen, M., Nygren, P.-A. Analysis of oligonucleotide probe affinities using surface plasmon resonance: a means for mutational scanning // Anal. Biochem. 1997. V. 246. P. 34-44.

170. Li, С., Wong, Н. Model-based analysis of oligonucleotide arrays: ex-pression index computation and outlier detection// Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001. V. 98. 1. P. 3136.

171. Zang, L., Miles, M.F., Aldape, K.D. A model of molecular interactions on short oligonucleotide microarrays //Nat. Biotechnol. 2003. V. 21. P. 818-821.

172. Melchior, W.B., Jr. Von Hippel ,P.H. Alteration of the relative stability of dA/dT and dG/dC base pairs in DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S A. 1973. V. 70. P. 298-302.

173. Riccelli, P. V, Benight, A.S. Tetramethylammonium does not universally neutralize sequence dependent DNA stability // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 3785-3788.

174. Woo, J., Meyer, R.B., Gamper, KB. G/C-modified oligodeoxynucleotides with selective complementarity: synthesis and hybridization properties // Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 2470-2475.

175. Loakes, D., Hill, F., Brown, D.M., Salisbury, S.A. Stability and structure of DNA oligonucleotides containing non-specific base analogues // J. Mol. Biol. 1997. V. 270. P. 426-435.

176. Carlson, C.S., Newman, T.L., Nickerson, D.A. SNPing in the human genome // Current Opinion in Chemical Biology. 2001. V. 5. P. 78-85.

177. Landegren, U., Kaiser, R., Sanders, J., Hood, L. A ligase-mediated gene detection technique // Science. 1988. V. 241. P. 1077-1080.

178. James, K.D., Boles, A.R., Henckel, D., Ellington, A.D. The fidelity of template-directed oligonucleotide ligation and its relevance to DNA computation // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 5203-5211.

179. Deng, J.-Y., Zhang, X.-E., Mang, Y., Zhang, Z.-P., Zhou, Y.-F., Liu, O., Lu, H.-B., Fu, Z-J. Oligonucleotide ligation assay-based DNA chip for multiplex detection of single nucleotide polymorphism //Biosens. Bioelectron. 2004. V. 19. P. 1277-1283.

180. Gunderson, K.L., Huang, X.C., Morris, M.S., Lipshutz, R.J., Lockhart, D.J., Chee, M.S. Mutation detection by ligation to complete n-mer DNA arrays // Genome Res. 1998. V. 8. P. 1142-1153.

181. Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977. V. 74. P. 5463-5467.

182. Щелкунов, C.H. Генетическая инженерия // Новосибирск. Сибирское Университетское Издательство. 2004. С. 42.

183. Nyren, P., Lundin, A. Enzymatic method for continuous monitoring of inorganic pyrophosphatase synthesis // Anal. Biochem. 1985. V. 151. P. 504-509.

184. Ronaghi, M., Uhlen, M., Nyren, P. A sequencing method based on real-time pyrophosphate // Science. 1998. V. 281. P. 363-365.

185. Ayyadevara, S., Thaden, A.A., Reis, R.J.S. Discrimination of primer З'-nucleotide mismatch by Taq DNA polymerase during polymerase chain reaction // Anal. Biochem. 2000. V. 284. P. 11-18.

186. Патрушев, Л.И., Зыкова, Е.С., Каюшин, А.Л., Коростелева, М.Д., Мирошников, А.И. Новая система ДНК-диагностики, позволяющая обнаруживать и идентифицировать гомозиготные и гетерозиготные точковые мутации // Биоорган, химия. 1998. Т. 24. С. 194-200.

187. Nordstrom, Т., Ronaghi, M., Forsberg, L., de Faire, U., Morgenstern, R., Nyren, P. Direct analysis of single-nucleotide polymorphism on double-stranded DNA by pyrose-quencing // Biotechnol. Appl. Biochem. 2000. V. 31. P. 107-112.

188. Pastinen, Т., Kurg, A., Metspalu, A., Peltonen, L., Syvanen, A.-C. Minisequencing: a specific tool for DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide arrays // Genome Res. 1997. V. 7. P. 606-614.

189. Gemignani, F., Perra, C., Landi, S., Canzian, F., Kurg, A., To~nisson, N., Galanello, R., Cao, A., Metspalu, A., Romeo, G. Reliable detection of p-thalassemia and G6PD mutations by a DNA microarray // Clinical Chemistry. 2002. V. 48. P. 2051-2054.

190. Lindroos, K., Liljedahl, U., Raitio, M., Syvanen, A.-C. Minisequencing on oligonucleotide microarrays: comparison of immobilisation chemistries // Nucleic Acida Res. 2001. V. 29. e69.

191. Giusto, D.A.D., King, G.C. Strong positional preference in the interaction of LNA oligonucleotides with DNA polymerase and proofreading exonuclease activities: implications for genotyping assays //Nucleic Acids Res. 2004. V. 32. e32.

192. Strerath, М„ Gaster, J., Summerer, D., Marx, A. Increased single-nucleotide discrimination of PCR by primer probes bearing hydrophobic 4'C modifications // Chem. Bio. Chem. 2004. V. 5. P. 333-339.

193. Gallo, M., Montserrat, J.M., Iribarre, A.M. Design and applications of modified oligonucleotides//Braz. J. Med. Biol. Res. 2003. V. 36. P. 143-151.

194. Freier, S M., Altmann, K.-H. The ups and downs of nucleic acid duplex stability: structure-stability studies on chemically-modified DNA:RNA duplexes // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 4429-4443.

195. Breslauer, K.J. Extracting thermodynamic data from equilibrium melting curves for oligonucleotide order-disorder transition // In: Methods in molecular Biology. V. 26. Ed. Agrawal, S. Totowa, New Jersey: Humana Press. 1994. P. 347-372.

196. Petersheim, M., Turner, D.H. Base-stacking and base-pairing contribu-tions to helix stability: thermodynamics of double-helix formation with CCGG, CCGGp, CCGGAp, ACCGGp, CCGGUp, and ACCGGUp //Biochemistry. 1983. V. 22. P. 256-263.

197. Lokhov, S.G., Pyshnyi, D.V. Thermodynamic and spectral properties of DNA minidu-plexes with the G*A mispairs and 3'- or 5'-dangling bases // FEBS Lett. 1997. V. 420. P. 134-138.

198. Breslauer, K.J. Methods for obtaining thermodynamic data on oligonu-cleotide transitions. In: Thermodymamic data for biochemistry and biotechnology // Ed. Hinz H-J. Berlin. Heidelberg. New York. Tokyo: Springer-Verlag. 1986. P. 402-427.

199. Tanaka, F., Kameda, A., Yamamoto, M., Ohuchi, A. Thermodynamic parameters based on a nearest-neighbor model for DNA sequences with single-buldge loop // Biochemistry. 2004. V. 43. P. 7143-7150.

200. Gryaznov, S.M., Lloyd, D.H Modulation of oligonucleotide duplex and triplex stability via hydrophobic interactions //Nucleic Acids Res.1993. V. 21. P. 5909-5915.

201. Kaumop, Ч., Шиммел, П. Биофизическая химия II Москва. Мир. 1985. Т. 3. С. 329.

202. Махат, A.M., Gilbert, W. Sequencing end-labeled DNA with base-specific chemical cleavage // Methods Enzymol. 1980. V. 65. P. 499-560.

203. Toulmd, J.-J. Artificial regulation of gene expression by complemen-tary oligonucleotides // An overview. In: Antisense RNA and DNA. J.A.H. Murray. Ed. Wiley-Liss. New York P. 175-194.

204. Wu, D.Y., Wallace, R.B. Specificity of the nick-closing activity of bacteriophage T4 DNA ligase // Gene. 1989. V. 76. P. 245-254.

205. Doherty, A.J., Dafforn, T.R. Nick recognition by DNA ligases // J. Mol. Biol. 2000. V. 296. P. 43-56.

206. Odell, M., Shuman, S. Footprinting of chlorella virus DNA ligase bound at a nick in duplex DNA // J. Biol. Chem. 1999. V. 274. P. 14032-14039.

207. Друца, В.Л., Беднарек, П.З., Королева, O.H. Особенности репликации синтетических олигонуклеотидов с неприродными звеньями // Биоорган, химия. 1994. Т. 20. С. 1206-1217.

208. Королева, О.П., Друца, В.Л. Исследование транскрипции ДНК-матриц с пирофос-фатными межнуклеотидными связями // Вестн. Моск. Ун-та. Сер. 2. Химия. 2003. Т. 44. С. 203-207.

209. Liu, J., Doetsch, P.W. Escherichia coli RNA and DNA polymerase bypass of dihy-drouracil: mutagenic potential via transcription and replication // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 1707-1712.

210. Viswanathan, A., Doetsch, P. W. Effects of nonbulky DNA base damages on Escherichia coli RNA polymerase-mediated elongation and promoter clearance // J. Biol. Chem. 998. V. 273. P. 21276-21281.

211. Eom, S.H., Wang, J., Steitz, T.A. Structure of Taq polymerase with DNA at the polymerase active site // Nature. 1996. V. 382. P. 278-281.

212. Clark, J.M. Novel non-template nucleotide addition reactions catalyzed by prokaryotic and eulcaryotic DNA polymerases // Nucleic Acids Res. 1988. V. 16. P. 9677-9686.251252253254255256257258,259.260,261.262.

213. Takeshita, М., Chang, C.-N., Johnson, F„ Will, S., Grollmann, A.P. Oligodeoxynucleo-tides containing synthetic abasic sites model substrates for DNA polymerases and apurinic/apyrimidinic endonucleases // J. Biol. Chem. 1987. V. 262. P. 10171-10179.

214. Takeshita, M., Eisenberg, W. Mechanism of mutation on DNA templates containing synthetic abasic sites: study with a double strand vector // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 1897-1902.

215. Nazarkina,Zh.K., Pyshnyi, D.V., Pyshnaya, I.A., Lavrik, O.I., Khodyreva, S.N. Use of modified flap structures for study of excision repair proteins // Biochemistry (Moscow). In press.

216. Дегтярев, C.X., Белавин, П.А., Шишкина, И.Г., Зарытова, В.Ф., Гаврю-ченкова, Л.П., Морозов, С.Н. Иммобилизованные олигонуклеотиды как аффинные сорбенты для эндонуклеаз рестриции // Биоорган, химия. 1989. Т. 15. С. 358-362.

217. Handbook of biochemistry and molecular biology: Nucleic Acids // Ed. G.D. Fasman. -Cleveland.: CRC Pressio 1975. V. 1. P. 589.

218. Berkner, K.L., Folk, W.R. Polynucleotide kinase exchange reaction. Quantative assay for restriction endonuclease-generated 5'-phosphoryl ter-mini in DNAs // Biol. Chem. 1977. V. 252. P. 3176-3184.

219. Гороо/санкин, A.B., Иванова, E.M., Кобец, Н.Д. Синтез олигодезоксириботимидила-та, содержащего алкилирующую группу и остаток биотина, для направленной модификации хроматина//Биоорган. химия. 1993. Т. 19. С. 81-85.

220. Барам, Г.И., Бунева, B.H., Добрикова, Е.Ю., Петров, В.Н. Множествен-ность аф-финой модификации РНКазы при алкилировании ее реакционноспособным аналогом 5'дезоксирибонуклеотида//Биоорган. Химия. 1986. Т. 12. С. 613-620.

221. Коробко, В.Г., Грачев, С.А. Определение нуклеотидной последовательности в ДНК модифицированным химическим методом // Биоорган. Химия. 1977. Т. 3. С. 14201422.

222. Xu, Y., Kool, Е.Т. Chemical and enzymatic properties of bridging 54- S-phosphorothioester linkages in DNA //Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 3159-3164.

223. Dafforn, A., Kirakossian, H., Lao, К Miniaturization of the lumines-cent oxygen channeling immunoassay (LOCITM) for use in multiplex array formats and other biochips // Clin. Chem. 2000. V. 46. P. 1495-1497.

224. New England Biolabs. 1990-1991. Catalog. P. 51.