Морские аэробные гетеротрофные бактерии типа Bacteroidetes тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.16, доктор биологических наук Недашковская, Ольга Ильинична

• Недашковская, Ольга Ильинична
• доктор биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации доктор биологических наук Недашковская, Ольга Ильинична

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. Филогения и таксономическое разнообразие морских гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes

1.1. Таксономия и филогения

1.1.1. Класс Flavobacteria

1.1.1.1. Семейство Flavobacteriaceae

1.1.1.1.1. Род Cellulophaga

1.1.1.1.2. Род Formosa

1.1.1.1.3. Род Gillisia

1.1.1.1.4. Род Polaribacter

1.1.1.1.5. Род Salegentibacter

1.1.1.1.6. Род Zobellia

1.1.1.2. Семейство Cryomorphaceae

1.1.2. Класс '■Sphingobacteria'

1.1.2.1. Род Algoriphagus

1.1.2.2. Род Cyclobacterium

1.1.2.3. Род Hongiella

1.2. Хемотаксономические признаки морских бактерий типа Bacteroidetes

1.2.1. Пигменты

1.2.2. Клеточные жирные кислоты

1.3. Скользящее движение

ГЛАВА 2. Экофизиологические особенности морских бактерий типа

Bacteroidetes

2.1. Приспособляемость к условиям окружающей среды

2.2. Распространение в морских микробных сообществах

2.2.1. Встречаемость в микробных сообществах донных осадков

2.2.2. Распространение в морской воде

2.2.3. Разнообразие бактерий - ассоциантов водорослей и их роль в метаморфозе организма-хозяина

2.2.3.1. Альгицидная активность

2.2.4. Бактерии, ассоциированные с животными

2.2.4.1. Патогенные бактерии

ГЛАВА 3. Биологически активные вещества морских бактерий типа 58 Bacteroidetes

3.1. Первичные метаболиты

3.2. Вторичные метаболиты

ГЛАВА 4. Объекты и методы исследования

4.1. Источники выделения бактерий

4.2. Состав сред для изоляции и культивирования бактерий

4.3. Физиолого-биохимические методы

4.4. Методы изучения морфологии клеток

4.5. Хемотаксономические методы

4.5.1. Пигменты

4.5.2. Изопреноидные хиноны

4.5.3. Липиды

4.5.4. Определение антимикробной активности

4.6. Генетические методы

4.6.1. Выделение ДНК

4.6.2. Определение нуклеотидного состава ДНК

4.6.3. Определение уровня гомологии ДНК

4.6.4. Секвенирование генов 16S рРНК

4.6.5. Филогенетический анализ

4.7. Определение активности ферментов

4.8. Определение биологической активности ацетилтриптаминов 77 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

ГЛАВА 5. Распространение, филогения и таксономический состав 78 морских аэробных бактерий типа Bacteroidetes, изолированных из различных акваторий Тихого океана

5.1. Распространение

5.2. Филогения

5.3. Таксономический состав

5.4. Различия в таксономическом составе в зависимости от 89 источника изоляции

5.5. Новые таксоны бактерий типа Bacteroidetes

5.5.1. Новые таксоны класса Flavobacteria сем. Flavobacteriaceae

5.5.1.1. Бактерии рода Aquimarina

5.5.1.1.1. Aquimarina muelleri gen. nov., sp. nov., и реклассификация 96 [Cytophaga] latercula Lewin 1969 как Stanierella latercula gen. nov., comb. nov.

5.5.1.1.2. Aquimarina intermedia sp. nov., и реклассификация Stanierella 99 latercula как Aquimarina latercula comb. nov.

5.5.1.2. Бактерии рода Arenibacter

5.5.1.3. Cellulophaga pacifica sp. nov.

5.5.1.4. Описание Formosa agariphila sp. nov.

5.5.1.5. Описание Leeuwenhoekiella aequorea gen. nov., sp. nov., и рекласифика- 121 ция [Cytophaga] marinoflava Reichenbach 1989 как Leeuwenhoekiella marinoflava gen. nov., comb. nov.

5.5.1.6. Бактерии рода Maribacter

5.5.1.7. Бактерии рода Salegentibacter

5.5.1.7.1. Salegentibacter holothuriorum sp. nov.

5.5.1.7.2. Salegentibacter mishustinae sp. nov.

5.5.1.7.3. Salegentibacter agarivorans sp. nov.

5.5.1.8. Бактерии рода Winogradskyella

5.5.1.9. Zobellia amurskyensis sp. nov., Zobellia laminariae sp. nov. и Zobellia 152 russellii sp. nov.

5.5.2. Новые таксоны класса Sphingobacteria

5.5.2.1. Виды рода Algoriphagus. Реклассификация родов Hongiella и 158 Chimaereicella в род Algoriphagus и новая редакция рода Algoriphagus

5.5.2.2. Cyclobacterium amurskyensis sp. nov.

5.5.2.3. Бактерии рода Echinicola

5.5.2.3.1. Echinicola pacifica gen. nov., sp. nov.

5.5.2.3.2. Echinicola vietnamensis sp. nov.

5.5.2.4. Бактерии рода Roseivirga

5.5.2.4.1. Roseivirga ehrenbergii gen. nov., sp. nov.

5.5.2.5.2. Roseivirga echinicomitans sp. nov.

ГЛАВА 6. Экофизиологические особенности аэробных гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes, изолированных из акваторий Тихого океана

6.1. Бактерии типа Bacteroidetes - продуценты протеаз, гликаназ, нуклеаз и 192 липолитических ферментов

6.1.1. Бактерии типа Bacteroidetes - продуценты фукоиданаз

6.2. Морские Cytophaga-пояобные бактерии - потенциальный 198 источник гликозидаз

6.2.1. Arenibacter latericius КММ 426т - продуцент уникальной a-Nацетилгалактозаминидазы

6.3. Roseivirga echinicomitans КММ 6058 - продуцент индольных метаболитов 206 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 209 ВЫВОДЫ 212 СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Морские аэробные гетеротрофные бактерии типа Bacteroidetes»

Таксономический состав микробного населения является одной из наиболее важных характеристик естественных морских экосистем. Молекулярно-биологические методы, применяемые для исследования этих сложных биологических образований, существенно обогатили наши знания о видовом разнообразии и структуре микробных сообществ, включая как некультивируемые, так и культивируемые микроорганизмы. Применение методов изоляции и культивирования морских бактерий остается существенным для понимания физиологии и экологии морских организмов.

Тип Bacteroidetes, или тип Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides (CFB), представляет одну из основных филогенетических ветвей домена Bacteria и объединяет гетеротрофных грамотрицательных и палочковидных бактерий, которые способны передвигаться посредством скольжения. Бактерии данного типа являются одним из доминирующих компонентов микробиоты морских экосистем и характеризуются большим видовым разнообразием и широким спектром адаптаций к различным условиям обитания (Bernardet et al., 2006; Abel, Bowman, 2005a, 6; Kirchman, 2002). В настоящее время тип Bacteroidetes включает морских бактерий, которые представлены 61 валидно описанным родом и 110 видами, а также 8 видами с неопределенным таксономическим положением. Следует отметить, что 46 родов, включающих 69 видов, представлены облигатно морскими бактериями. Среди них преобладают члены сем. Flavobacteriaceae, которые отнесены к 40 родам и 78 видам. Бактерии, принадлежащие к 26 родам и 41 виду, встречались только в морской среде. Морские Cytophaga-подобные бактерии обладают широким спектром физиологических адаптаций, что позволяет им осваивать разнообразные экониши Мирового океана, а мультиферментные системы помогают утилизировать любые субстраты в качестве источников углерода и энергии, необходимые для метаболизма (Reichenbach, 1992). Изучение ферментов, гидролизующих природные соединения в океане, актуально, поскольку дает представление о механизмах и скорости трансформации бактериями органического вещества в морских экосистемах.

Несмотря на постоянный интерес микробиологов к поиску и изучению новых бактерий типа Bacteroidetes в различных экосистемах Мирового океана, бактерии данной таксономической группы, обитающие в Тихоокеанском бассейне, почти неизучены с позиции их экофизиологических и таксономических особенностей. Таким образом, фундаментальное значение с точки зрения их биоразнообразия, имеет изучение экофизиологических свойств и таксономического состава морских бактерий типа Bacteroidetes. Исследование метаболического потенциала и особенностей строения Cytophaga-подобных бактерий обогатит наши знания о биологической активности данных микроорганизмов и о занимаемых ими экологических нишах. Совокупность знаний о таксономическом разнообразии, местах обитания и биологическом потенциале позволит оценить роль бактерий типа Bacteroidetes в преобразовании органического вещества в морских экосистемах. Создание коллекций культур является необходимым условием сохранения штаммов новых морских бактерий, а также штаммов-продуцентов ценных биологически-активных веществ.

Цель настоящей работы - охарактеризовать экофизиологические свойства и таксономический состав аэробных гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes, изолированных из морей бассейна Тихого океана.

Для выполнения поставленной цели предстояло решить следующие задачи:

1. Выделить чистые культуры морских аэробных гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes из различных микробных сообществ морей бассейна Тихого океана и культивировать полученные штаммы бактерий.

2. Охарактеризовать изолированные штаммы бактерий на основе метода полифазной таксономии.

3. Установить таксономический статус выделенных штаммов, определить таксономическую структуру и описать новые таксоны морских аэробных гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes.

4. Исследовать экофизиологические свойства изолятов и определить их метаболический потенциал.

5. Провести поиск штаммов-продуцентов гидролитических ферментов и других биологически активных веществ, перспективных для биотехнологии.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Гетеротрофные бактерии типа Bacteroidetes широко распространены и являются постоянным компонентом мезофильных микробных сообществ экосистем морей бассейна Тихого океана.

2. Морские Cytophaga-подобные бактерии характеризуются значительным таксономическим разнообразием. Применение метода полифазной таксономии позволило идентифицировать представителей 32 родов и 49 видов бактерий и описать 45 новых видов в составе 8 известных и 18 новых родов.

3. Метаболически активные бактерии родов Cellulophaga, Maribacter и Zobellia являются доминирующими таксономическими группами среди культивируемых бактерий сем. Flavobacteriaceae и типа Bacteroidetes в целом.

4. Морские бактерии типа Bacteroidetes являются продуцентами уникальных биологически-активных веществ, в том числе ферментов, инактивирующих групповые вещества крови человека.

Научная новизна работы. Впервые детально изучены экологические особенности, распространение, видовой состав и таксономическая структура бактерий типа Bacteroidetes, изолированных из акваторий Тихого океана. Показано, что выделенные бактерии являются таксономически гетерогенной группой и принадлежат к 32 родам и 49 видам в составе типа Bacteroidetes.

Фундаментальное значение имеет детальная характеристика и описание новых эволюционных линий бактерий, отнесенных к 18 новым родам и 45 новым видам. В результате проведенного таксономического исследования впервые идентифицированы и описаны бактерии новых родов Algibacter, Aquimarina, Arenibacter, Bizionia, Echinicola, Fulvivirga, Gramella, Leeuwenhoekiella, Maribacter, Mariniflexile, Mesonia, Pibocella, Pontibacter, Reichenbachiella, Roseivirga, Ulvibacter, Vitellibacter и Winogradskyella. Описаны также новые виды в составе известных родов Algoriphagus, Cellulophaga, Cyclobacterium, Formosa, Gillisia, Polaribacter, Salegentibacter и Zobellia. В данном исследовании уточнен и дополнен диагноз рода Formosa, члена сем. Flavobacteriaceae класса Flavobacteria на основании вновь полученных результатов. Род и вид Gaetbulimicrobium brevivitae реклассифицирован как Aquimarina brevivitae comb. nov. на основании филогенетического анализа и сходства в составе клеточных жирных кислот. Два вида с неопределенным таксономическим положением [Cytophaga] latercula и [Cytophaga] marinoflava реклассифицированы в новые роды Aquimarina и Leeuwenhoekiella, соответственно. Роды Hongiella и Chimaereicella, принадлежащие к классу Sphingobacteria, реклассифицированы в род Algoriphagus на основании близкого филогенетического родства, генотипических и фенотипических характеристик.

Установлено, что члены сем. Flavobacteriaceae являются доминирующей таксономической группой среди бактерий типа Bacteroidetes, изолированных из микробных сообществ морей Тихого океана, и впервые показано, что бактерии этого семейства, принадлежащие к родам Cellulophaga, Maribacter и Zobellia, существенно численно превосходят другие культивируемые бактерии типа Bacteroidetes. Полученные новые знания значительно расширили наши представления о биологии, экологии и таксономическом разнообразии, видовом составе и филогенетических взаимосвязях морских Cytophaga-подобных бактерий.

При изучении морфологии клеток штамма нового вида бактерий Formosa agariphila КММ 3901 впервые обнаружен неизвестный ранее для Cytophaga-подобных бактерий тип размножения - почкование.

Практическое значение. Изучены экофизиологические особенности, распространение и таксономическая структура аэробных морских бактерий типа Bacteroidetes, изолированных из различных микробных сообществ Тихого океана на основе применения современных молекулярно-биологических методов; показано, что Cytophaga-подобные бактерии бассейна Тихого океана являются таксономически разнообразной группой, включающей членов 32 родов и 49 видов.

В результате исследования метаболической активности выявлено присутствие протеаз, гликозидгидролаз, липаз и ДНК-аз у более чем 50% исследованных штаммов и проведен отбор перспективных для биотехнологии штаммов бактерий; обнаружен и запатентован штамм новой морской бактерии т

Arenibacter latericius КММ 426 - продуцент a-iV-ацетилгалактозаминидазы, способной конвертировать вещества группы крови человека А в группу О в физиологических условиях, что может найти применение в трансфузионной медицине; полученные и охарактеризованные гликозилгидролазы могут использоваться в структурных и биохимических исследованиях и быть основой для биотехнологического производства ферментов с заданной субстратной специфичностью. Выявление особенностей распространения бактериальных продуцентов гликозидаз может способствовать более успешному поиску данных ферментов.

Создана, поддерживается и постоянно пополняется коллекция штаммов морских бактерий типа Bacteroidetes в составе Коллекции морских микроорганизмов ТИБОХ ДВО РАН, которая содержит типовые штаммы, штаммы-продуценты биологически активных веществ и микроорганизмы, идентификация которых продолжается в настоящее время;

Изучение таксономической структуры морских микроорганизмов, как свободноживущих, так и ассоциированных с макрогидробионтами и их способности синтезировать физиологически активные вещества служит источником новых знаний о роли ассоциативной микрофлоры в жизнедеятельности населяющих океан организмов и, в конечном счете, функционировании морских экосистем, которые могут быть использованы для обучения экологов и морских микробиологов.

Место проведения работы. Работа выполнялась в лаборатории микробиологии ТИБОХ ДВО РАН с 1989 по 2007 гг.

Благодарности. Автор выражает глубокую благодарность директору ТИБОХ ДВО РАН академику В.А. Стонику и чл.-корр. РАН В.В. Михайлову за всестороннюю поддержку в проведении работы, искреннюю признательность Prof. Dr. H.-Y. Park, Dr. K.-S. Bae, Dr. M. Suzuki, Dr. S.B. Kim, Prof. Dr. J. Swings, Dr. M. Vancanneyt, Prof. Dr. Stackebrandt, Dr. M. Rohde и другим коллегам за помощь в работе. Автор признателен своим соавторам -сотрудникам лаборатории микробиологии, химии ферментов, химии углеводов и химии микробных метаболитов ТИБОХ ДВО РАН, Института микробиологии им. С.Н. Виноградского РАН и лаборатории сравнительной биохимии Института биологии моря ДВО РАН за участие в работе и дружескую помощь.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на International Science Conference "Bridges of Science between North America and the Russian Far East", Anchorage, USA -Vladivostok, Russia, 1994; International Conference of North Pacific Marine Science Organization (PICES) «Workshop on the Okhotsk Sea and adjancent Areas». Vladivostok, Russia, 1995; Conference Oceanology International 97 Pacific Rim., Singapore, 1997; 8-th International Symposium on Microbial Ecology (ISME-8), Halifax, Canada, 1998; II Дальневосточной региональной конференции "Новые медицинские технологии на Дальнем Востоке", Владивосток, Россия, 1998; 2-м

12

Международном симпозиуме «Химия и химическое образование», Владивосток, Россия, 2000; региональной научной конференции ТИБОХ ДВО РАН «Биоактивные вещества из морских макро- и микроорганизмов и наземных растений Дальнего Востока», Владивосток, Россия, 2001; Meeting of the Microbial Society of Korea, Cheonan, Korea, 2004; International Meeting of the Federation of Korean Microbiological Societies, Seoul, Korea, 2004", Региональной научной конференции "Исследования в области физико-химической биологии и биотехнологии", Владивосток, Россия, 2004; "Isolation and identification of the novel flexibacteria using polyphasic approach", International Union of Microbiological Societies (IUMS) Congress, San-Francisco, USA, 2005; II Региональной научной конференции "Исследования в области физико-химической биологии и биотехнологии", Владивосток, Россия, 2006.

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 72 печатные работы: 51 экспериментальная статья, 20 тезисов докладов и 1 патент.

Объем и структура диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы (главы 1-3), экспериментальной части: объектов и методов исследования (глава 4), результатов и обсуждения (главы 5-6), заключения и выводов, изложенных на 240 страницах, включая 40 таблиц, 25 рисунков и списка цитируемой литературы из 361 наименования, из них 25 - на русском и 336 - на иностранных языках.

Заключение диссертации по теме «Экология», Недашковская, Ольга Ильинична

212 ВЫВОДЫ

1. Исследование неизученных ранее аэробных гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes бассейна Тихого океана показало, что они широко распространены в морских экосистемах и являются постоянным компонентом мезофильных микробных сообществ. Новые знания о биологических и экологических особенностях культивируемых морских бактерий классов Flavobacteria и 'Sphingobacteria' существенно расширили представления о таксономическом составе, филогении, экологических и физиологических особенностях морских Cytophaga-noRoftrnxx. бактерий.

2. На основании применения полифазного метода выявлено значительное таксономическое разнообразие аэробных бактерий типа Bacteroidetes, изолированных из различных микробных сообществ. Идентифицированы бактерии, принадлежащие к 32 родам и 49 видам, из которых 45 таксонов представителяют новые эволюционные линии: 15 новых видов описано в составе известных родов Algoriphagus, Cellulophaga, Cyclobacterium, Formosa, Gillisia, Polaribacter, Salegentibacter и Zobellia, 30 видов - в составе 18 новых родов Algibacter, Aquimarina, Arenibacter, Bizionia, Echinicola, Fulvivirga, Gramella, Leeuwenhoekiella, Maribacter, Mar inifl exile, Mesonia, Pibocella, Pontibacter, Reichenbachiella, Roseivirga, Ulvibacter, Vitellibacter и Winogradskyella.

3. Впервые определена таксономическая структура культивируемых аэробных морских гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes, которая характеризуется доминированием представителей семейства Flavobacteriaceae класса Flavobacteria. Бактерии класса 'Sphingobacteria', вероятно, являются минорным компонентом изученных микробных сообществ. Показано, что члены родов Cellulophaga, Maribacter и Zobellia являются наиболее многочисленными таксономическими группами среди морских бактерий сем. Flavobacteriaceae и аэробных бактерий типа Bacteroidetes.

213

4. Обнаружен неизвестный ранее для бактерий типа Bacteroidetes способ размножения клеток - почкование.

5. Морские аэробные бактерии типа Bacteroidetes обладают высоким уровнем нитратредуктазной и гидролитической активности, включая фосфатазную, протеолитическую, гликаназную, липолитическую и нуклеазную. Отобраны штаммы-продуценты гликозид-гидролаз, перспективные для биотехнологии.

6. Идентифицирован и детально охарактеризован штамм Arenibacter latericius КММ 426т-продуцент уникальной a-N-ацетилгалактозаминидазы, инактивирующей А-эритроциты крови человека в физиологических условиях.

7. Создана коллекция морских бактерий типа Bacteroidetes в составе Коллекции морских микроорганизмов ТИБОХ ДВО РАН, которая содержит типовые штаммы, штаммы-продуценты биологически активных веществ и микроорганизмы, представляющие новые эволюционные линии, и является фундаментальным базисом для изучения таксономического разнообразия, экологического потенциала, биологической активности и поиска продуцентов метаболитов, имеющих биотехнологическое значение.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В результате проведенных исследований показано, что аэробные гетеротрофные бактерии типа Bacteroidetes широко распространены в различных биотопах морей бассейна Тихого океана и являются постоянным и таксономически разнооборазным компонентом микробных сообществ. В настоящей работе изучены Cytophaga-uojxo6nbiQ бактерии, выделенные из различных источников морской среды: морской воды, донных осадков, водорослей и беспозвоночных животных. Из 447 штаммов бактерий типа Bacteroidetes, изолированных и идентифицированных в данном исследовании, большая часть (190 штаммов или 42.5%) была ассоциирована с водорослями, а наименьшее число штаммов (24 штаммов или 5.4%) получено из проб грунта. Применение метода секвенирования гена 16S рРНК к изучению разнообразия морских культивируемых Cytophaga-подобных бактерий позволило нам идентифицировать изоляты, принадлежащие к 32 родам и 49 видам классов Flavobacteria и 'Sphingobacteria'. Следует отметить, что только 4 филотипа были идентичны ранее опубликованным. В результате дальнейшего исследования таксономического статуса изолятов при помощи полифазного метода были достоверно идентифицированы и описаны 45 новых видов бактерий в составе 8 известных и 18 новых родов. В данном исследовании были также уточнены и дополнены диагнозы родов Algoriphagus и Formosa на основании вновь полученных данных. Роды Hongiella и Chimaereicella реклассифицированы в род Algoriphagus. Род и вид Gaetbulimicrobium brevivitae реклассифицирован как Aquimarina brevivitae comb. nov. Молекулярные и фенотипические свойства изолированных нами бактерий послужили основанием для реклассификации видов с неопределенным таксономическим положением [Cytophaga] latercula и [Cytophaga] marinoflava в новые роды Aquimarina и Leeuwenhoekiella, соответственно. Полученные новые знания значительно расширили наши представления о биологии, экологии, видовом составе и филогенетических взаимосвязях морских аэробных гетеротрофных бактерий типа Bacteroidetes.

При изучении выделенных мезофильных штаммов впервые были обнаружены новые бактерии, принадлежащие к родам Algoriphagus, Gillisia, Polaribacter и Salegentibacter, представители которых были выделены ранее только из полярных мест обитания и отличались психрофильными свойствами. Более того, в настоящем исследовании описан новый род и вид бактерий Leeuwenhoekiella aequorea, штаммы которого были изолированы из антарктической морской воды и из морского ежа Strongylocentrotus intermedius, обычного представителя фауны Японского моря.

В процессе изучения морфологии клеток нового вида бактерий Formosa agariphila, ассоциированной с зеленой водорослью Acrosiphonia zonderi, впервые обнаружен неизвестный ранее для Cytophaga-подобных бактерий тип размножения - почкование.

Исследование таксономической структуры культивируемых морских бактерий типа Bacteroidetes изученных нами микробных сообществ выявило доминирование членов сем. Flavobacteriaceae (428 штаммов или 94.1%). Показано, что бактерии родов Zobellia, Maribacter и Cellulophaga, насчитывающие 75, 75 и 72 штамма, соответственно, являются наиболее многочисленными как среди представителей сем. Flavobacteriaceae, так и среди членов типа Bacteroidetes.

Анализ метаболического потенциала показал, что морские аэробные бактерии типа Bacteroidetes активно участвуют в круговороте фосфора, азота и углерода. Все тестируемые бактерии продуцировали щелочные фосфатазы и 176 (38.8%>) редуцировали нитраты до нитритов. Большинство изолятов продуцировали широкий спектр гидролитических ферментов, включая протеазы (желатиназы и казеиназы), полисахаразы (агаразы и амилазы), липазы и ДНК-азы. Кроме того, изученные штаммы показали высокий уровень гликозидазной активности.

В результате проведенного скрининга впервые получен и детально охарактеризован штамм новой морской бактерии Arenibacter latericius КММ 426 , продуцирующий фермент oc-iV-ацетилгалактозаминидазу, обладающий

211 специфичностью к групповым веществам А эритроцитов человека в физиологических условиях и удовлетворяющий требованиям биотехнологии.

В процессе настоящего исследования была создана коллекция морских бактерий типа Bacteroidetes в составе Коллекции морских микроорганизмов ТИБОХ ДВО РАН, которая содержит типовые штаммы, штаммы-продуценты биологически активных веществ и микроорганизмы, идентификация которых продолжается в настоящее время.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Недашковская, Ольга Ильинична, 2007 год

1. Бакунина И.Ю., Недашковская О.И., Алексеева С.А., Иванова Е.П., Романенко JI.A., Горшкова

2. Н.М., Исаков В.В., Звягинцева Т.Н., Михайлов В.В. Особенности деградации фукоидана морскими протеобактериями Pseudoalteromonas citrea // Микробиология. 2002. Т. 71. № I. С. 49-55.

3. Беленева И.А., Жукова H.B. Бактериальные сообщества некоторых бурых и красных водорослейзалива Петра Великого Японского моря // Биология моря. 2006. Т. 75. № 3. С. 410-419.

4. Беленева И.А., Жукова Н.В., Масленникова Э.Ф. Сравнительное изучение структуры микробных сообществ мидии Mytilus trossulus из культивируемых и природных популяций залива Петра Великого II Микробиология. 2003. Т. 72. № 4. С. 528-534.

5. Варбанец Л.Д., Иваница В.А., Броварская О.С., Винарская Н.В., Зимаковская, Л.А. Выделение ихарактеристика липополисахарида Cytophaga lytica //MiKpo6ioji. журн. 2001.Т. 63. № 5. С. 1020.

6. Горбенко Ю.А. О наиболее благоприятном количестве «сухого питательного агара» в средахдля культивирования морских гетеротрофных микроорганизмов // Микробиология. 1961. Т. 25. № 1. С. 168-172.

7. Громов Б.В. Новая бактерия родаMicrocyclus // Докл АН СССР. 1963. Т. 1526. С. 733-734.

8. Дворникова Т.А. Микробиологический синтез и превращение индольных соединений. Кишинев:1. Штиинца". 1980. 64 с.

9. Заварзин Г.А. С.Н. Виноградский и современная микробиология // Микробиология. 2006. Т. 75.5. С. 581-592.

10. Запрометова С.М., Улезло И.В., Кульман Р.А., Лихошерстов Л.М., Мартынова М.Д. // Субстратная специфичность а-галактозидазы // Биохимия. 1990. Т. 55. № 12. С. 2281-2285; 1992. Т. 57. № 7. С. 797.

11. Иванова Е.П., Бакунина И.Ю., Горшкова Н.М., Романенко Л.А., Михайлов В.В., Елякова Л.А., Парфенова В.В. Распространение хитинразлагающих ферментов у морских и пресноводных микроорганизмов // Биология моря. 1992а. № 3-4. С. 69-75.

12. Иванова Е.П., Киприанова Е.А., Аминин Д.Л., Михайлов В.В., Агафонова И.Ю. Биологическая активность микроорганизмов-ассоциантов мидии Crenomytilus grayanus II Биотехнология и биотехника. Сер. А. 19926. № 1. С. 25-30.

13. Иванова Е.П., Михайлов В.В. Микроорганизмы-ассоцианты мидии Crenomytilus grayanus и их гидролитическая активность // Микробиология. 1992. Т. 61. Вып. 3. С. 514-519.

14. Кузнецова Т.А., Шевченко Н.М., Звягинцева Т.Н., Беседнова Н.Н. Биологическая активность фукоиданов из бурых водорослей и перспективы их применения в медицине // Антибиотики и химиотерапия. 2004. Т. 49. № 5. С. 24-30.

15. Куриленко В.В., Иванова Е.П., Михайлов В.В. Зональное распространение эпифитных микроорганизмов на морской траве Zostera marina II Микробиология. 2001. Т. 70. № 3. С. 427428.

16. Методы общей бактериологии // Под ред. Ф. Герхардта. М.: Мир. 1984. Т. 1 535 с. Т. 3 - 263 с.

17. Михайлов В.В., Кузнецова Т.А., Еляков Г.Б. Морские микроорганизмы и их вторичные метаболиты. Владивосток: Дальнаука. 1999. 132 с.

18. Михайлов В.В., Терентьев JI.JI., Терентьева Н.А. Морские микроорганизмы и их ферменты. Владивосток: Дальнаука. 2004. 229 с.

19. Олейникова Т.К., Ивчук О.И., Денисенко В.А., Чайкина Е.Л. Мензорова Н.И., Недашковская О.И., Кузнецова Т.А. Индольные метаболиты из новой морской бактерии Roseivirga echinicomitans КММ 6058т // Химия природн. соедин. Т. 42. № 6. С. 713-717.

20. Романенко Л.А., Калиновская Н.И., Михайлов В.В. Таксономический состав и биологическая активность микроорганизмов, ассоциированных с асцидией Halocynthia aurantium // Биология моря. 2001. Т. 27. № 5. С. 334-339.

21. Урванцева A.M., Бакунина И.Ю., Ким Н.Ю., Исаков В.В., Глазунов В.П., Звягинцева Т.Н. Выделение очищенного фукоидана из природного комплекса с полифенолами и его характеристика // Химия растит, сырья. 2004. № 3. С. 15-24.

22. Фрайкин Г.Я., Страховская М.Г., Рубин А.Б. Индукционные светом процессы защиты клеток от фотоповреждений // Биохимия. 2000. Т. 65. Вып. 6. С. 865-875.

23. Фролова Г.М., Павель К. Г., Шпартеева А.А., Недашковская О.И., Горшкова Н.М., Иванова Е.П., Михайлов В.В. Липидный состав новых видов рода Shewanella, изолированных из дальневосточных морей // Микробиология. 2005. Т. 74. Вып. 6. С. 766-771.

24. Христофорова Н.К. Основы экологии. Владивосток. Дальнаука. 1999 г. 515 с.

25. Aasen A.J., Liaaen Jensen S. The carotenoids of flexibacteria II. A new xanthophyll from Saprospira grandis II Acta Chem. Scand. 1966a. V. 20. P. 811-819.

26. Aasen A.J., Liaaen Jensen S. Carotenoids of flexibacteria IV. The carotenoids of two further pigment types // Acta Chem. Scand. 1966b. T. 20. C. 2322-2324.

27. Abell G.C.J., Bowman J.P. Ecological and biogeographic relationships of class Flavobacteria in the Southern Ocean // FEMS Microbiol. Ecol. 2005a. V. 51. № 2. P. 265-277.

28. Abell G.C.J., Bowman J.P. Colonization and community dynamics of class Flavobacteria on diatom detritus in experimental mesocosms based on Southern Ocean seawater // FEMS Microbiol. Ecol. 20056. V. 53. №3. P. 379-391.

29. Adachi M., Fukami K., Kondo R., Nishijima T. Identification of marine algicidal Flavobacterium sp. 5 N-3 using multiple probes and whole-cell hybridization // Fish. Sci. 2002. V. 68. № 4. P. 713-720.

30. Agogue H., Casamayor E.O., Bourrain M., Obernosterer I., Joux F., Herndl G.J., Lebaron P. A survey on bacteria inhabiting the sea surface microlayer of cotal ecosystems // FEMS Microbiol. Ecol. 2005. V. 54. № 2. P. 269-280.

31. Ahmed I., Yokota A., Fujiwara T. Chimaereicella boritolerans sp. nov., a boron-tolerant and alkaliphilic bacterium of the family Flavobacteriaceae isolated from soil // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 986-992.

32. Akagawa-Matsushita M., Itoh Т., Katayama Y., Kuraishi H., Yamasato K. Isoprenoid quinone composition of some marine Alteromonas, Marinomonas, Deleya, Pseudomonas and Shewanella species // J. Gen. Microbiol. 1992. V. 138. P. 2275-2281.

33. Alderkamp A.-C., Sintes E., Herndl G.J. Abundance and activity of major groups of prokaryotic plankton in the coastal North Sea during spring and summer // Aquat. Microb. Ecol. 2006. V. 45. № 3. P. 237-246.

34. Alfredsson G.A., Kristjansson J.K., Hjorleifsdottir S., Steller K.O. Rhodothermus marinus gen. nov., a thermophilic, halophilic bacterium from submarine hot springs in Iceland // J. Gen. Microbiol. 1988. V. 134. P. 299-306.

35. Allison D.G., Sutherland I.W. The role of exopolysaccharides in adhesion of freshwater bacteria // J. Gen. Microbiol. 1987. V. 133. P. 1319-1327.

36. Alonso C., Warnecke F., Amann R., Pernthaler J. High local and global diversity of Flavobacteria in marine plankton // Environ. Microbiol. 2007. V. 9. № 5. P. 1253-1266.

37. Austin B. Marine microbioloogy. Cambridge Univers. Press. 1988. 222 p.

38. Bano N., Holibaugh J. Phylogenetic composition of bacterioplankton assemblages from the Arctic Ocean // Appl. Environ. Microbiol. 2002. V. 68. № 2. P. 505-518.

39. Barbeyron Т., Michel G., Potin P., Henrissat В., Kloareg B. i-Carrageenases constitute a novel family of glycosidase hydrolases, unrelated to that of к-carrageenases // J. Biol. Chem. 2000. V. 275. № 45. P. 35499-35505.

40. Bardy S.L., Ng S.Y.M., Jarell K.F. Prokaryotic motility structures //Microbiology. 2003. V. 149. № 2. P. 295-304.

41. Bernardet J.-F., Kerouault В., Michel C. Comparative study on Flexibacter maritimus strains isolated from farmed sea bass (Dicentrarchus labrax) in France // Fish Pathol. 1994. V. 29. № 2. P. 105-111.

42. Bernardet, J.-F., Nakagawa Y. An introduction to the family Flavobacteriaceae // The Prokaryotes // Eds. Dworkin, Falkow, Rosenberg, Schleifer and Stackebrandt. New York: Springer-Verlag, 2006. V. 7. P.455-480.

43. Bernardet J.-F., Nakagawa Y., Holmes B. Proposed minimal standards for describing new taxa of the family Flavobacteriaceae and emended description of the family // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. P. 1049-1070.

44. Berteau O., Mulloy B. Sulfated fucans, fresh perspectives: structures, functions, and biological properties of sulfated fucans and an overview of enzymes active toward this class of polysaccharide // Glycobiology. 2003. V. 13. № 1. P. 29-40.

45. Bisset A., Bowman J., Burke C. Bacterial diversity in organically-enriched fish farm sediments // FEMS Microbiol. Ecol. 2006. V. 55. № 1. P. 48-56.

46. Bligh E.G., Dyer W.J. A rapid method of total lipid extraction and purification // Can. J. Biochem. Physiol. 1959. V. 37. P. 911-917.

47. Bolinches J., Lemos M.L., Barja J.L. Population dynamics of heterotrophic bacterial communities associated with Fucus vesiculosis and Ulva rigida in an estuary // Microb. Ecol. 1988. V. 15. № 3. P. 345-357.

48. Borrall R., Larkin J.M. Flectobacillus marinus (Raj) comb, nov., a marine bacterium previously assigned to Microcyclus // Int. J. Syst. Bacteriol. 1978. V. 28. P. 341-343.

49. Bowman J.P., Brown J.L., Nichols D.S. Biodiversity and ecophysiology of bacteria associated with Antarctic sea-ice // Antarct. Sci. 1997a. V. 9. № 2. P. 134-142.

50. Bowman J.P., McCammon S.A., Brown J.L., Nichols P.D., McMeekin T.A. Diversity and association of psychrophilic bacteria in Antarctic sea ice // Appl. Environ. Microbiol. 19976. V. 63. № 8. P. 3068-3078.

51. Bowman J.P., McCuaig R.M. Diversity and biogeography of prokaryotes dwelling in Antarctic continental shelf sediment// Appl. Environ. Microbiol. 2003. V. 69. № 5. P. 2463-2484.

52. Bowman J.P., Nichols D.S. Aequorivita gen. nov., a member of the family Flavobacteriaceae isolated from terrestrial and marine Antarctic habitats // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. P. 15331541.

53. Bowman J.P., Nowak B. Salmonid gill bacteria and their relationship to amoebic gill disease // J. Fish Dis. 2004. V. 27. № 8. P. 483-492.

54. Brambilla E., Hippe H., Hagelstein A., Tindall B. J., Stackebrandt E. 16S rDNA diversity of cultured and uncultured prokaryotes of a mat sample from Lake Fryxell, McMurdo Dry Valleys, Antarctica // Extremophiles. 2001. V. 5. № 1. P. 23-33.

55. Brinkmeyer R., Knittel K., Jiirgen J., Weyland H., Amann R., Helmke E. Diversity and structure of bacterial communities in Arctic versus Antarctic pack ice // Appl. Environ. Microbiol. 2003. V. 69. № 11. P. 660-6619.

56. Britschgi T.B., Giovannoni S.J. Phylogenetic analysis of a natural marine bacterioplankton population by rRNA gene cloning and sequencing // Appl. Environ. Microbiol. 1991. V. 57. № 6. P. 1707-1713.

57. Brown M.V., Bowman J.P. A molecular phylogenetic survey of sea-ice microbial communities (SIMCO) // FEMS Microbiol. Ecol. 2001. V. 35. № 2. P. 267-275.

58. Bruns A., Rohde M., Berthe-Corti L. Muricauda ruestringensis gen. nov., sp. nov., a facultatively anaerobic, appendaged bacterium from German North Sea intertidal sediment // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. P. 1997-2006.

59. Burchard R.P. (1999). (3-Lactam antibiotic selection of non-swarming mutants of Flexibacter maritimus //Can. J. Microbiol. V. 45. № 9. P. 786-790.

60. Burchard R.P., Sorongon M. A gliding bacreium strain inhibits adhesion and motility of another gliding bacterium strain in a marine biofllms // Appl. Environ. Microbiol. 1998. V. 64. № 10. P. 4079-4083.

61. Campbell L.L., Williams O.B. A study of chitin-decomposing micro-organisms of marine origin // J. Gen. Microbiol. 1951. V. 5. P. 94-95.

62. Chan E.C.S., McManus E.A. Distribution, characterization, and nutrition of marine microorganisms from the algae Polysiphonia lanosa and Ascophyllum nodosum // Can. J. Microbiol. 1969. V. 15. № 7. P. 409-420.

63. Chiura H., Noro Y., Kanayama S., Ueda Y., Simidu U., Takagi J. Site specific deoxyribonuclease produced by a marine bacterium, Flavobacterium I 16-04 // Agric. Biol. Chem. 1988. V. 52. № 8. P. 2107-2109.

64. Chizhov A.O., Dell A., Morris H.R., Haslam S.M., McDowell R.A., Shashkov A.S., Nifant'ev N.E., Khatuntseva E.A., Usov A.I. A study of fucoidan from the brown seaweed Chorda filum // Carbohydr. Res. 1999. V. 320. № 1-2. P. 108 119.

65. Cho J.-C., Giovannoni S.J. Croceibacter atlanticus ge. nov., sp. nov., a novel marine bacterium in the family Flavobacteriaceae //Syst. Appl. Microbiol. 2003. Y. 26. № 1. P. 76-83.

66. Cho J.-C., Giovannoni S.J. Robiginitalea biformata gen nov., sp. nov., a new marine bacterium in the family Flavobacteriaceae that contains higher G + С composition // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. P. 1101-1106.

67. Choi D.H., Cho B.C. Lutibacter litoralis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium of the family Flavobacteriaceae isolated from tidal flat sediment // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. V. 56. P. 771-776.

68. Choi D.H., Khim Y.-G., Hwang C.Y., Yi H., Chun J., Cho B.C. Tenacibaculum litoreum sp. nov., isolated from tidal flat sediment // Int. J. Syst. Bacterid. 2006. Y. 56. P. 635-640.

69. Chun J., Goodfellow M. A phylogenetic analysis of the genus Nocardia with 16S rRNA gene sequences // Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. Y. 45. P. 240-245.

70. Cleenwerck 1., Vandemeulebroecke K., Janssens D., Swings J. Re-examination of the genus Acetobacter, with descriptions of Acetobacter cerevisiae sp. nov. and Acetobacter malorum sp. nov. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. Y. 52. P. 1551-1558.

71. Cole J.J., Findlay, S., Pace M.L. Bacterial production in fresh and saltwater: a cross-system overview //Mar. Ecol. Prog. Ser. 1988. V. 43. P. 1-10.

72. Colwell R.R. Polyphasic taxonomy of the genus Vibrio: numerical taxonomy of Vibrio cholerae, Vibrioparahaemolyticus, and related Vibrio species// J. Bacteriol. 1970. V. 104. № 2. P. 410-433.

73. Cottrell M.T., Kirchman D.L. Natural assemblages of marine Proteobacteria and members of the Cytophaga-Flavobacter cluster consuming low- and high-molecular-weight dissolved organic matter // Appl. Environ. Microbiol. 2000. V. 66. № 4. P 1692-1697.

74. Davey K.E., Kirby R.R., Turley C.M., Weightman A.J., Fry J.C. Depth variation of bacterial extracellular enzyme activity and population diversity in the northeastern North Atlantic Ocean // Deep-Sea Research II. 2001. V. 48. № 4-5. P. 1003-1017.

75. De Beer H., Hugo C.J., Jooste P.J., Vancanneyt M., Coenye Т., Vandamme P. Chryseobacterium piscium sp. nov., isolated from fish of the South Atlantic Ocean off South Africa // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. v. 56. P. 1317-1322.

76. Decho A.W. Microbial exopolymer secretions in ocean environments: their role(s) in food webs and marine processes // Oceanogr. Mar. Biol. 1990. V. 28. № 1. P. 73-153.

77. De Ley J., Cattoir H., Reynaerts, A. The quantitative measurement of DNA hybridization from renaturation rates//Eur. J. Biochem. 1970.V. 12. № l.P. 133-142.

78. DeLong E.F., Franks D.G., Alldredge A.L. Phylogenetic diversity of aggregate-attached vs free-living marine bacterial assemblages // Limnol. Oceanogr. 1993. V. 38. № 5. P. 924-934.

79. Deming J.W. Psychrophiles and polar regions // Biofutur. 2003. V. 229. № 1. P. 43-50.

80. Desai J.D., Banat I.M. Microbial production of surfactants and their commercial potential // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1997. V. 61. № 1. P. 47-64.

81. Descamps V., Colin S., Lahaye M., Jam M., Richard C., Potin P., Barbeyron Т., Yvin J.-C., Kloareg B. Isolation and culture of a marine bacterium degrading the sulfated fucans from marine brown algae // Mar. Biotechnol. 2006. V. 8. № 1. P. 27-39.

82. Dobson S.J., Colwell R.R., McMeekin T.A., Franzmann P.D. Direct sequencing of the polymerase chain reaction-amplified 16S rRNA gene of Flavobacterium gondwanense sp. nov. and

83. Du H., Jiao N., Hu Y., Zeng Y. Diversity and distribution of pigmented heterotrophic bacteria in marine environments // FEMS Microbiol. Ecol. 2006. V. 57. № 1. P. 92-105.

84. Eddy S.D., Jones S. H. Microbiology of summer flounder Paralichthys dentatus finderling production at a marine fish hatchery// Aquaculture. 2002. V. 211. № 1. P. 9-28.

85. Eilers H., Pernthaler J., Peplies J., GlcJckner F.O., Gerdts G., Amann R. Isolation of novel pelagic bacteria from the German Bight and their seasonal contributions to surface picoplankton // Appl. Environ. Microbiol. 2001. V. 67. № 11. P. 5134-5142.

86. Einen J., 0vreas L. Flaviramulus basaltis gen. nov., sp. nov., a novel member of the family Flavobacteriaceae isolated from seafloor basalt// Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. V. 56. P. 24552461.

87. Eriksson K.E.L., Blanchette R.A., Ander P. Microbial and Enzymatic Degradation of Wood and Wood Components. Springer-Verlag, Berlin. 1990, pp. 181-224.

88. Fautz E., Reichenbach H. A simple test for flexirubin-type pigments // FEMS Microbiol. Lett. 1980. V. 8. №2. P. 87-91.

89. Felsenstein J. PHYLIP (phylogenetic inference package), version 3.5c. Department of Genetic, University of Washington, 1993. Seattle, USA.

90. Felsenstein J. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) Version 3.57c. 1995. Seattle: University of Washington.

91. Fitch W.M., Margoliash E. Construction of phylogenetic trees: a method based on mutation distances as estimated from cytochrome с sequences is of general applicability // Science. 1967. V. 155. P. 279-284.

92. Franzmann P.D., Deprez P.P., McGuire A.J., McMeekin T.A., Burton H.R. The heterotrophic, bacterial microbiota of Burton Lake, Antarctica // Polar. Biol. 1990. V. 10. № 4. P. 261-264.

93. Frette L., Jergensen N.O.G., Irming H., Kroer,N. Tenacibaculum skagerrakense sp. nov., a marine bacterium isolated from the pelagic zone in Skagerrak, Denmark //Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. №2. P. 519-524.

94. Fuhrman J.A., McCallum K., Davis A.A. Phylogenetic diversity of subsurface marine microbial communities from the Atlantic and Pacific Oceans // Appl. Environ. Microbiol. 1993. V. 59. № 5. P. 1294-1302.

95. Fujihara M., Iisima N., Yamamoto I., Nagumo T. Purification and chemical and physical characterization of an antitumor polysaccharide from the brown seaweed Sargassum fulvellum // Carbohydr. Res. 1984. V. 125. № 1. P. 97-106.

96. Furusawa G., Yoshikawa Т., Takano Y., Mise K., Furusawa I., Okuno Т., Sakata T. Characterization of cytoplasmic fibril structures found in gliding cells of Saprospira sp. // Can. J. Microbiol. 2005. V. 51. № 10. P. 875-880.

97. Furusawa G., Yoshikawa Т., Yasuda A., Sakata T. Algicidal activity and gliding motility of Saprospira sp. SS98-5 // Can. J. Microbiol. 2003. V. 49. № 2. P. 92-100.

98. Garneau M.-E., Vincent W. F., Alonso-Saez L., Gratton Y., Lovejoy C. Prokaryotic community structure and heterotrophic production in a river-influenced coastal arctic ecosystem // Aquat. Microbiol. Ecol. 2005. V. 42. № 1. P. 27-40.

99. Garrity G.M., Bell J.A., Lilburn T.G. Taxonomic outline of the Prokaryotes // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed, release 5.0. New York: Springer-Verlag, 2004. DOl: 10.1007/bergyesoutline200405.

100. Georgiou G., Lin S.C., Sharma M.M. Surface active compounds from microorganisms // BioTechnology. 1990. V. 10. № 1. P. 60-65.

101. Gillan D.C., Cadёe G.C. Iron-encrusted diatoms and bacteria epibiotic on Hydrobia ulvae (iGastropoda: Prosobranchia) //J. Sea Res. 2000. V. 43. № 1. P. 83-91.

102. Glockner F.O., Fuchs B.M., Amann R. Bacterioplankton compositions of lakes and oceans: a first comparison based on fluorescence in situ hybridization // Appl. Environ. Microbiol. 1999. V. 65. № 8. P. 3721-3726.

103. Goris J., Suzuki K., De Vos P., Nakase Т., Kersters, K. Evaluation of a microplate DNA DNA hybridization method compared with the initial renaturation method // Canadian J. Microbiol. 1998. V. 44. P. 1148-1153.

104. Gosink J.J., Woese C.R., Staley J.T. Polaribacter gen nov., with three new species, P. irgensii sp. nov., P. franzmannii sp. nov. and P. filamentus sp. nov., gas vacuolate polar marine bacteria of the

105. Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides group and reclassification of 'Flectobacillus glomeratus' as Polaribacter glomeratus comb. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 223-235.

106. Gross J. Uber freilebende Spironemaceen // Mitteilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel. 1911. V. 20. P. 188-203.

107. Grossart H.P., Levold F., Allgaier M., Simon M., Brinkhoff T. Marine diatom species harbour distinct bacterial species //Environ. Microbiol. 2005. V. 7. № 6. P. 860-873.

108. Grossart H.P., Schlingloff A., Bernhard M., Simon M., Brinkhoff T. Antagonistic activity of bacteria isolated from organic aggregates of the German Wadden Sea // FEMS Microbiol. Ecol. 2004. V. 47. № 3. P. 387-396.

109. Grossart H.P., Simon M. Bacterial coloization and microbial decomposition of limnetic organic aggregates (lake snow) // Aquat. Microb. Ecol. 1998. V. 15. № 2. P. 127-140.

110. Groudieva Т., Kambourova M., Yusef H., Royter M., Grote R., Trinks H., Antranikian G. Diversity and cold-active hydrolytic enzymes of culturable bacteria associated with Arctic sea ice, Spitzbergen // Extremophiles. 2004. V. 8. № 6. p. 475-488.

111. Gupta R. The natural evolutionary relationships among Prokaryotes // Crit. Rev. Microbiol. 2000. V. 26. №2. P. 111-131.

112. Gupta R. The phylogeny and signature sequences characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes//Crit. Rev. Microbiol. 2004. V. 30. № 2. P. 123-143.

113. Hamana K., Nakagawa Y. Polyamine distribution profiles in the eighteen genera phylogenetically located within the Flavobacterium-Flexibacter-Cytophaga complex // Microbios. 2001. V. 106. № 1. P. 7-17.

114. Hansen G.H., Bergh 0., Michaelsen J., Knappskog D. Flexibacter ovolyticus sp. nov., a pathogen of eggs and larvae of atlantic halibut, Hippoglossus hippoglossus L. // Int. I. Syst. Bacteriol. 1992. V. 42. №3. P. 451-458.

115. Hanzawa N., Nakanishi K., Nishijima M., Saga N. 16S rDNA-based phylogenetic analysis of marine flavobacteria that induce algal morphogenesis //J. Mar. Biotechnol. 1998. V. 6. № 1. P. 80-82.

116. Hanzawa N., Singleton F.L., Hamada E., Colwell R.R., Miyachi S. Isolation and characterization of a marine bacterium producing a seed-germination inhibitor // J. Mar. Biotechnol. 1993. V. 1. № 3. P. 105-108.

117. Heissenberger A., Herndl G.J. Formation of high molecular weight material by free-living marine bacteria//Mar. Ecol. Prog. Ser. 1994. V. 111. P. 129-135.

118. Hiraishi A. Direct automated sequencing of 16S rDNA amplified by polymerase chain reaction from bacterial cultures without DNA purification//Lett. Appl. Microbiol. 1992. V. 15. № 3. P. 210-213.

119. Hosoya S., Yokota A. Reclassification of Flexibacter aggregans (Lewin 1969) Leadbetter 1974 as a later heterotypic synonym of Flexithrix dorotheae Lewin 1970 // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 1086-1088.

120. Humphry D.R., George A., Black G.W., Cummings S.P. Flavobacterium frigidarium sp. nov., an aerobic, psychrophilic, xylanolytic and laminarinolytic bacterium from Antarctica// Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. P. 1235-1243.

121. Hunnicutt D.W., Kempf M.J., McBride M.J. Mutations in Flavobacterium johnsoniae gldF and gldG disrupt gliding motility and interfere with membrane localization of GLDA U J. Bacterid. 2002. V. 184. JVo 9. P. 2370-2378.

122. Imai I., Ishida Y., Hata Y. Killing of marine phytoplankton by a gliding bacterium Cytophaga sp., isolated from the coastal sea of Japan // Mar. Biol. 1993. V. 116. JV» 4. P. 527-532.

123. Ivanova E.P., Bowman J.P., Christen R., Zhukova N.V., Lysenko A.M., Gorshkova N.M., Mitik-Dineva N., Sergeev A.F., Mikhailov V.V. Salegentibacter flavus sp. nov. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. V. 56. P. 583-586.

124. Johns R.B., Perry G.J. Lipids of the bacterium Flexibacter polymorphus // Arch. Microbiol. 1977. V. 114. №3. P. 267-271.

125. Johnson E.A., An G.H. Astaxanthin from microbial sources // Crit. Rev. Biothechnol. 1999. V. 11. P. 297-326.

126. Jooste P.J. The taxonomy and significance of Flavobacterium-Cytophaga strains from dairy sources. 1985. PhD thesis, University of the Orange Free State.

127. Jukes Т.Н., Cantor, C.R. Evolution of protein molecules // Mammalian Protein Metabolism / Ed. Munro H.N. New York: Academic Press, 1969. V. 3. P. 21-132.

128. Junge K., Eicken H., Deming J.W. Bacterial activity at -2 to -20 °C in Arctic wintertime sea ice // Appl. Environ. Microbiol. 2004. V. 70. №1.P. 550-557.

129. Junge K., Imhoff F., Staiey Т., Deming J.W. Phylogenetic diversity of numerically important arctic sea-ice bacteria cultured at subzero temperature // Microb. Ecol. 2002. V. 43. № 3. P. 315-328.

130. Kaneda T. Iso- and anteiso-fatty acids in bacteria: biosynthesis, function and taxonomic significance //Microbiol. Rev. 1991. V. 55. №2. P. 288-302.

131. Kawamura Y., Suzuki S., Gasa S., Kusuda R. Partial purification of a pathogenic substance from Flavobacterium species which causes Suminori diseases in nori Porphyra species // Microbios. 1997. V. 92. P. 139-145.

132. Kelly K.M., Chistoserdov A.Y. Phylogenetic analysis of the succesion of bacterial communities in the Great South Bay (Long Island) // FEMS Microbiol. Ecol. 2001. V. 35. № 1. P. 85-95.

133. Khan S.T., Nakagawa Y., Harayama S. Krokinobacter gen. nov., sp. nov., with three novel species, in the family Flavobacteriaceae //Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006a. V. 56. P. 323-328.

134. Khan S.T., Nakagawa Y., Harayama S. Sandarakinotalea sediminis gen. nov., sp. nov., a novel member of the family Flavobacteriaceae //Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 20066. V. 56. P. 959-963.

135. Khan S.T., Nakagawa Y., Harayama S. Sediminibacter furfurosus gen. nov., sp. nov. and Gilvibacter sediminis gen. nov., sp. nov., novel members of the family Flavobacteriaceae // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 265-269.

136. Khan S.T., Nakagawa Y., Harayama S. Sediminicola luteus gen. nov., sp. nov., a novel member of the family Flavobacteriaceae //Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006в. V. 56. P. 841-845.

137. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences // J. Mol. Evol. 1980. V. 16. P. 111-120.

138. Kirchman D.L. The ecology of Cytophaga-Flavobacteria in aquatic environments // FEMS Microbiol. Ecol. 2002. V. 39. № 2. P. 91-100.

139. Kirchman D.L., Yu L., Cottrell M.T. Diversity and abundance of uncultered Cytophaga-like bacteria in the Delaware Estuary // Appl. Environ. Microbiol. 2003. V. 69. № 11. P. 6587-6596.

140. Kisand V., Cuadros R., Wilkner J. Phylogeny of culturable estuarine bacteria catabolizing riverine organic matter in the Northern Baltic Sea // Appl. Environ. Microbiol. 2002. V. 68. № 1. P. 379-388.

141. Kondo R, Imai I, Fukami K., Minami K., Hiroishi A. Phylogenetic analysis of algicidal bacteria (family Flavobacteriaceae) and selective detection by PCR using a specific primer set // Fisheries Sci. 1999. V. 65. № 3. P. 432-435.

142. Kwon К. K., Lee Y. K., Lee H. K. Costertonia aggregata gen. nov., sp. nov., a mesophilic marine bacterium of the family Flavobacteriaceae, isolated from a mature biofilm // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 20066. V. 56. P. 1349-1353.

143. Labrentz M., Collins M.D., Lawson P.A., Tindall B.J., Braker G., Hirsch P. Antarctobacter heliothermus gen. nov., sp. nov., a budding bacterium from hypersaline and heliothermal Ekho Lake //Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 1363-1372.

144. Lapage S.P., Sneath P.H.A., Lessel E.F., Skerman V.B.D., Seeliger H.P.R., Clark W.A. (Eds). International Code of Nomenclature of bacteria (1990 Revision). Washington, DC: American Society for Microbiology Press, 1992, 189 p.

145. Larkin J. M., Borrall R. Family I. Spirosomaceae Larkin and Borrall 1978, 595AL // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / Eds. Krieg N.R., Holt J.G. Baltimore: Williams & Wilkins. 1984. V. l.P. 125-132.

146. Lau K.W.K., Ng C.Y.M., Ren J., Lau S.C.L., Qian P.Y., Wong P.K., Lau T.C., Wu M. Owenweeksia hongkongensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium of the phylum 'Bacteroidetes' И Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005a. V. 55. P. 1051-1057.

147. Lau K.W.K., Ren J., Wai N.L.M., Qian P.Y., Wong P.K., Wu M. Lishizhenia caseinilytica gen. nov., sp. nov., a marine bacterium of the phylum Bacteroidetes II Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006a. V. 56. P. 2317-2322.

148. Lee S.D. Tamlana crocina gen. nov., sp. nov., a marine bacterium of the family Flavobacteriaceae, isolated from beach sediment in Korea // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 764-769.

149. Lemos M.L., Toranzo A.E., Barja J.L. Modified medium for oxidation-fermentation test in the identification of marine bacteria // Appl. Environ. Microbiol. 1985. V. 40. № 6. P. 1541-1 543.

150. Lewin R.A. A classification of flexibacteria//J. Gen. Microbiol. 1969. V. 58. P. 189-206.

151. Lewin R.A. Flexithrix dorotheae gen. et sp. nov. (Flexibacterales); and suggestions for reclassifying sheathed bacteria//Can. J. Microbiol. 1970. V. 16. №6. P. 511-515.

152. Lewin R.A. Saprospira grandis: a flexibacterium that can catch bacterial prey by "ixotrophy" // Microbial. Ecol. 1997. V. 34. № 3. P. 232-236.

153. Lewin R.A. Bacteria that catch other bacteria // Int. Forum on Mar. Sci. & Technol. Econom. Develop.'2000. 2000. P. 32-36.

154. Lewin R.A., Lounsbery D.M. Isolation, cultivation, and characterization of flexibacteria // J. Gen. Microbiol. 1969. V. 58. P. 145-170.

155. Li L., Kato C., Horikoshi K. Microbial diversity in sediments collected from the deepest cold-seep area, the Japan Trench // Mar. Biotechnol. 1999. V. 1. № 4. P. 391-400.

156. Li Z., Hu Y., Liu Y., Huang Y., He L., Miao X. 16S rDNA clone library-based bacterial phylogenetic diversity associated with three South China Sea sponges // World J. Microbiol. Biotechnol. 2007. V. 23. № 9. P. 1265-1272.

157. Li Z.-Y., Liu Y. Marine sponge Craniella austrialiensis-assoclated bacterial diversity revelation based on 16S rDNA library and biologically active Actinomycetes screening, phylogenetic analysis // Lett. Appl. Microbiol. 2006. V. 43. № 4. P. 410-416.

158. Liu Z.-P., Wang B.-J., Dai X., Liu X.-Y., Liu S.-J. Zhouia amylolytica gen. nov., sp. nov., a novel member of the family Flavobacteriaceae isolated from sediment of the South China Sea // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. V. 56. P. 2825-2829

159. Llobet-Brossa E., Rossello-Mora R., Amann R. Microbial community composition of Wadden Sea sediments as revealed by fluorescence in situ hybridization // Appl. Environ. Microbiol. 1998. V. 64. №7. P. 2691-2696.

160. Long R.A., Azam F. Antagonistic interactions among marine pelagic bacteria // Appl. Envir. Microbiol. 2001. V. 67. № 11. P. 4975-4983.

161. Lopez-Garci'a P., Gaill F., Moreira D. Wide bacterial diversity associated with tubes of the vent worm Riftiapachyptila И Environ. Microbiol. 2002. V. 4. № 4. P. 204-215.

162. Lowry O., Rosenbrogh N., Farr A., Randall R. Protein measurement with the Folin reagent // J. Biol. Chem. 1951. V. 193. № 1. P. 265-275.

163. Ludwig W, Klenk H.-P. Overview: a phylogenetic backbone and taxonomic framework for procaryotic systematics // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / Eds. Boone D.R., Castenholz R.W., Garrity G.M. New York: Springer, 2001. V. 1. P. 49-65.

164. Lutnaes B.F., Strand A., Petursdottir S.K., Liaaen-Jensen S. Carotenoids of thermophilic bacteria Rhodothermus marinus from submarine icelandic hot springs // Biochem. Syst. Ecol. 2004. V. 32. № 5. P. 455-468.

165. Lydell C., Dowell L., Sikaroodi M., Gillevet P., Emerson D. A population survey of members of the phylum Bacteroidetes isolated from salt marsh sediments along the East coast of the United States // Microbiol. Ecol. 2004. V. 48. № 2. P. 263-273.

166. Macian M.C., Pujalte M.J., Marquez M.C., Ludwig W., Ventosa A., Garay E., Schleifer K.H. Gelidibacter mesophilus sp. nov., a novel marine bacterium in the family Flavobacteriaceae // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. P. 1325-1329.

167. Maeda Т., Sasaki M., Ohsugi S.-Y., Mitsutani A., Furushita M., Shiba T. 5'-Nuclease PCR assay of gliding bacteria that kill Skeletoma costatum in seawater // Microbes Environ. 2003. V. 18. № 4. P. 188-195.

168. Maki Т., Yoshinaga I., Katanozaka N., Imai I. Phylogenetic analysis of intracellular bacteria of harmful marine microalga, Heterocapsa circularisquama (Dinophyceae) // Aquat. Microbiol. Ecol. 2004. V. 36. №2. P. 123-125.

169. Maneerat S., Bamba Т., Harada K., Kobayashi A., Yamada H., Kawai F. A novel crude oil emulsifer excreted in the culture supernatant of a marine bcterium, Myroides sp. SMI // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2006. V. 70. № 2. P. 254-259.

170. Maneerat S., Nitoda Т., Kanzaki H., Kawai F. Bile acids are new products of a marine bacterium, Myroides sp. strain SMI // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005. V. 67. № 5. P. 679-683.

171. Manelius A., Dahlberg L., Hoist O. Some properties of a thermostable 3-xylosidase from Rhodothermus marinus //Appl. Biochem. Biotech. 1994. V. 44. № 1. P. 39-48.

172. Marmur J. A procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from microorganisms // J. Mol. Biol. 1961. №3. P. 208-218.

173. Marmur J., Doty P. Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature // J. Mol. Biol. 1962. V. 5. P. 109-118.

174. Marti'nez-Garcia M., Diaz-Valdes M., Wanner G., Ramos-Espla A., Anton J. Microbial community associated with the colonial ascidian Cystodytes dellechiajei // Environ. Microbiol. 2007. V. 9. № 2. P. 521-534.

175. Matsuo Y., Suzuki M., Kasai H., Shizuri Y., Harayama S. Isolation and phylogenetic characterization of bacteria capable of inducing differentiation in the green alga Monostroma oxypermum II Environ. Microbiol. 2003. V. 5. № 1. P. 25-35.

176. McBride M.J. Bacterial gliding motility: multiple mechanisms for cell movement over surfaces // Ann. Rev. Microbiol. 2001. V. 55. № 1. P. 49-75.

177. McGuire A.J., Franzmann P.D., McMeekin T.A. Fleetobacillus glomeratus sp. nov., a curved, nonmotile, pigmented bacterium isolated from antarctic marine environment // System. Appl. Microbiol. 1987. V. 9. № 4. P. 265-272.

178. Mesbah M., Premachandran U., Whitman, W.B. Precise measurement of the G + С content of deoxyribonucleic acid by high-performance liquid chromatography // Int. J. Syst. Bacteriol. 1989. V. 38. P. 159-167.

179. Mergaert J., Verhelst A., Cnockaert M.C., Tan T.-L., Swings J. Characterization of facultative oligotrophic bacteria from polar seas by analysis of their fatty acids and 16S rDNA sequences // Syst. Appl. Microbiol. 2001. V. 24. № 1. p. 98-107.

180. Michel G., Nival-Collen P., Barbeyron Т., Czjzek M., Helbert W. Bioconversion of red seqweed galactans: focus on bacterial agarases and carrageenases // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2006. V. 71. № 1. P. 23-33.

181. Mitsutani A., Takesue K., Kirita M., Ishida Y. Lysis of Skeletonema costatum by Cytophaga sp. isolated from the coastal water of the Ariake Sea // Nippon Suisan Gakkaishi. 1992. V. 58. № 1 1. P. 2059-2167.

182. Mudarris M., Austin В., Segers P., Vancanneyt M., Hoste В., Bernardet J.-F. Flavobacterium scophthalmum sp. nov., a pathogen of turbot (Scophthalmus maximus L.) // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. P. 447-453.

183. Naganuma Т., Coury D.A., Polne-Fuller M., Gibor A., Harikoshi K. Characterization of agarolytic Microscilla isolates and their extracellular agarases // Syst. Appl. Microbiol. 1993. V. 16. № 3. P. 183-190.

184. Nagasaki K., Yamaguchi M., Imai I. Algicidal activity of a killer bacterium against the harmful red tide dinoflagellate Heterocapsa circularisquma isolated from Ago Bay, Japan // Nippon Suisan Gakkaishi. 2000. V. 66. № 4. P. 666-673.

185. Nair S., Chandramohan D., Bharathi P.A.L. Differential sensivity of pigmented and non-pigmented marine bacteria to metals and antibiotics // Water Res. 1992. V. 26. № 4. P. 431-434.

186. Nakagawa Y., Sakane Т., Suzuki M., Hatano K. Phylogenetic structure of the genera Flexibacter, Flexithrix, an Microscilla deduced from 16S rRNA sequence analysis // J. Gen. Appl. Microbiol. 2002. V. 48. №3. P. 155-165.

187. Nakagawa Y., Yamasato K. Emendation of the genus Cytophaga and transfer of Cytophaga salmonicolor to Marinilabilia gen. nov.: phylogenetic analysis of the Flavobacterium-Cytophaga complex//Int. J. Syst. Bacteriol. 1996. V. 46. P. 599-603.

188. Nakagawa, Y., Yamasato, K. Phylogenetic diversity of the genus Cytophaga revealed by 16S rRNA sequencing and menaquinone analysis//J. Gen. Microbiol. 1993. V. 139. P. 1155-1161.

189. Nakanishi K., Nishijima M., Nishimura M., Kuwano M., Saga N. Bacteria that induce morphogenesis in Ulva pertusa (Chlorophyta) grown under axenic conditions // J. Phycol. 1996. V. 32. № 3. P. 479-482.

190. Nelson N. A photometric adaptation of the Somogyi method for the determination of glucose // J. Biol. Chem. 1944. V. 153. № . 2. P. 375-381.

191. Nikolaeva E.V., Usov A.I., Tambiev A.H. Study on the marine agarolytic bacterium-infusorium association//Mar. Biol. 1999. V. 135. № 3. P. 407-410.

192. Nogi Y., Soda K., Oikawa T. Flavobacterium frigidimaris sp. nov., isolated from Antarctic seawater // Syst. Appl. Microbiol. 2005. V. 28. № 4. P. 310-315.

193. Nold S.C., Zwart G. Patterns and governing forces in aquatic microbial communities // Aquat. Ecol. 1998. V. 32. № l.P. 17-35.

194. Nordberg Karlsson E., Abou-Hachem M., Hoist O., Danson M.J., Hough D.W. Rhodothermus marinus-. a thermophilic bacterium producing dimeric and hexameric citrate synthase isoenzymes // Extremophiles. 2002. V. 6. № 1. P. 51-56.

195. Nordberg Karlsson E., Bartonek-Roxa E., Hoist O. Evidence for substrate binding of a recombinant thermostable xylanase originating from Rhodothermus marinus //FEMS Microbiol. Lett. 1998. V. 168. № l.P. 1-7.

196. O'Brien M., Colwell R.R. A rapid test for chitinase activity that uses 4-methylumbelliferyl-A^-acetyl-beta-D-glucosaminide // Appl. Environ. Microbiol. 1987. V. 53. № 7. P. 1718-1720.

197. Okita T.W., Raymond L., Rodriguez L., Preiss, J. Biosynthesis of bacterial glycogen. Cloning of the glycogen biosynthetic enzyme structural genes of Escherichia coli // J. Biol. Chem. 1981. V. 256. № 13. P. 6944-6552.

198. Pinhassi J., Zweifel U.L., Hagstrom A. Dominant marine bacterioplankton species found among colony-forming bacteria // Appl. Environ. Microbiol. 1997. V. 63. № 9. P. 3359-3366.

199. Politz O., Krah M., Thomsen K.K., Borriss R. A highly thermostable endo-(I,4)-(i-mannanase from the marine bacterium Rhodothermus marinus // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2000. V. 53. № 6. P. 715-721.

200. PolzM.F., Harbison С., Cavanaugh С. Diversity and heterogenety of epibiotic bacterial communities on the marine nematode Eubostrichus dianae //Appl. Environ. Microbiol. 1999. V. 65. №9. P.4271-4275.

201. Potin P., Sanseau A., Le Gall Y., Rochas C., Kloareg B. Purification and characterization of a new к-carraggenase from a marine Cytophaga-like bacterium // Eur. J. Biochem. 1991. V. 201. № I. P. 241 -247.

202. Pringsheim E.G. The Vitreoscillaceae: a family of colourless, gliding, filamentous organisms // J. Gen. Microbiol. 1951. V. 5. P. 124-149.

203. Raj H.D. A new species Microcyclus flavus // Int. J. Syst. Bacteriol. 1970. V. 20. P. 61-81.

204. Raj H.D. A new species Microcyclus marinus // Int. J. Syst. Bacteriol. 1976. V. 26. P. 528-544.

205. Raj H.D. Proposal of Ancylobacter gen. nov. as a substitute for the bacterial genus Microcyclus 0rskov 1928 // Int. J. Syst. Bacteriol. 1983. V. 33. P. 397-398.

206. Raj H.D., Maloy S.R. Proposal of Cyclobacterium marinus gen nov., comb, nov., for a marine bacterium previously assigned to the genus Flectobacillus // Int. J. Syst. Bacteriol. 1990. V. 40. P. 337-347.

207. Reichenbach H. The order Cytophagales Leadbetter 1974, 99ALI/ Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / Eds. Staley J.Т., Bryant M.P., Pfennig N., Holt J.C. Baltimore: Williams & Wilkins, 1989. V. 3. P. 2011-2073.

208. Reichenbach H. The order Cytophagales //The Procaryotes / Eds. Balows A., Truper H.G., Dworkin M., Harder W., Schleifer K.-H. New York: Springer, 1992. V. 4. P. 3631-3675.

209. Reichenbach H., Kleinig H. The pigments of Flexibacter elegans II Arch. Microbiol. 1974. V. 101. № l.P. 131-144.

210. Rochas C., Potin P., Kloareg B. NMR spectroscopic investigation of agarose oligomers produced by an a-agarase // Carbohydr. Res. 1994. V. 253. № 1. P. 69-77.

211. Romanenko L.A., Uchino M., Frolova G.M., Mikhailov V.V. Marixanthomonas ophiurae gen. nov., sp. nov., a marine bacterium of the family Flavobacteriaceae isolated from a deep-sea brittle star // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 457-462.

212. Rooney-Varga J.N., Giewat M.W., Savin M.C., Sood S., LeGresley M., Martin J.L. Links between phytoplankton and bacterial community dynamics in a coastal marine environment // Microb. Ecol. 2005. V. 49. № l.P. 163-175.

213. Rotman В., Papermaster B.W. Membrane properties of living mammalian cells as studied by enzymatic hydrolysis of fluorogenic esters // Proc. Nath. Acad. Sci. USA, 1966. V. 55. P. 134-141.

214. Ruperez P., Anrazem O., Antonio Leal J. Potencial antioxidant capacity of sulfated polysacchrides from the edible marine brown saeweed Fucus vesiculosus // J. Agric. Food Chem. 2002. V. 50. № 4. P. 840-845.

215. Russell N.J., Nichols D.S. Polyunsaturated fatty acids in marine bacteria a dogma rewritten // Microbiology (UK). 1999. V. 145. № 4. P. 767-779.

216. Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol. 1987. V. 4. P. 406-425.

217. Sakai Т., Kimura H., Kato I. A marine strain of Flavobacteriaceae utilizes brown seaweed fucoidan II Mar. Biotechnol. 2002. V. 4. № 4. P. 399-405.

218. Sakai Т., Kimura H., Kato I. Purification of sulfated fucoglucuronomannan lyase from bacterial strain of Fucobacter marina and study of appropriate conditions for its enzyme digestion // Mar. Biotechnol. 2003. V. 5. № 4. P. 380-387.

219. Sana В., Ghosh D., Saha M., Mukherjee J. Purification and characterization of an extracellular, uracil specific ribonuclease from a Bizionia species isolated from the marine environment of the Sundarbans // Microbiol. Res. 2007. in press.

220. Sarwar G., Matayoshi S., Oda H. Purification of к-carrageenase from marine Cytophaga species // Microbiol. Immunol. 1987. V. 31. № 9. P. 869-877.

221. Sass A.M., Sass H., Coolen M., Cypionka H., Overmann J. Microbial communities in the chemocline of a hypersaline deep-sea basin (Urania basin, Mediterranean Sea) // Appl. Environ. Microbiol. 2001. V. 67. № 12. P. 5392-5402.

222. Sasser M. Identification of bacteria by gas chromatography of cellular fatty acids II USFCC Newsl. 1990. V. 20. № 1. P. 1-6.

223. Sfanos K., Harmody D., Dang P., Ledger A., Pomponi S., McCarthy P., Lopez J. A molecular systematic survey of cultured microbial associates of deep-water marine invertebrates // Syst. Appl. Microbiol. 2005. V. 28. № 3. P. 242-264.

224. Shiba Т., Taga N. Heterotrophic bacteria attached to seaweeds // J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 1980. V. 47. № 3. P. 251-258.

225. Shinohara M.L., Ihara M., Abo M., Hashida M., Takagi S., Beck T. A novel thermostable branching enzyme from an extremely thermophilic bacterial species, Rhodothermus obamensis // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001. V. 57. № 5-6. P. 653-659.

226. Shaaban M., Maskey R.P., Wagner-Dobler I., Laatsch H. Pharacine, a natural p-cyclophane and other indole derivatives from Cytophaga sp. strain AM 13.11 // J. Nat. Prod. 2002. V. 65, № 11. P. 1660-1663.

227. Shu-Wei Y., Cordell G.A. Metabolism studies of indole derivates using a staurosporine producer, Streptomyces staurosporeus II J. Nat. Prod. 1997. V. 60. № 1. P. 44-48.

228. Sjoling S., Cowan D.A. High 16S rDNA bacterial diversity in glacial meltwater lake sediment, Bratina Island, Antarctica // Extremophiles. 2003. V. 7. № 4. P. 275-282.

229. Smith D.C., Steward G.F., Long R.A., Azam F. Bacterial mediation of carbon fluxes during a diatom bloom in a mesocosm // Deep-Sea Res. II. 1995. V. 42. № I. P. 75-97.

230. Smith M.C., Bowman J.P., Scott F.J., Line M.A. Sublithic bacteria associated wih Antarctic quartz stones // Antarc. Sci. 2000. V. 12. № 2. P. 177-184.

231. Sohn J.H., Lee J-H., Yi. H., Chun J., Bae K.S., Ahn T.-Y., Kim S.-J. Kordia algicida gen. nov., sp. nov., an algicidal bacterium isolated from red tide// Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. P. 675680.

232. Spiegelman D., Whissell G., Greer C.W. A survey of the methods for the characterization of microbial consorthia and communities // Can. J. Microbiol. 2005. V. 51. № 5. P. 355-386.

233. Spyere A., Rowley D., Jensen P.R., Fenical W. New neoverrucosane diterpenoids produced by the marine gliding bacterium Saprospira grandis // J. Nat. Prod. 2003. V. 66. № 6. P. 818-822.

234. Stackebrandt E., Goebel B.M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. P. 846-849.

235. Staley J.T., Gosink J.J. Poles apart: biodiversity and biogeography of sea ice bacteria // Annu. Rev. Microbiol. 1999. V. 53. № 10. P. 189-215

236. Stevens H., Stiibner M., Simon M., Brinkhoff T. Phylogeny of Proteobacteria and Bacteroidetes from oxic habitats of tidal flat ecosystem // FEMS Microbiol. Ecol. 2005. V. 54. № 3. P. 351-365.

237. Stewart J.R., Brown R.M. Cytophaga that kills or lyses algae // Science. 1969. V. 164. P. 152-154.

238. Sugano Y., Matsumoto Т., Noma M. Sequence analysis of the agaB gene encoding a new beta-agarase from Vibrio sp. strain JT0107 // Biochim. Biophys. Acta. 1994. V. 1218. №1. P. 105-108.

239. Svetashev V.I., Vaskovsky V.E. A simple technique for thin-layer microchromatography of lipids // J. Chromatogr. 1972. V. 67. P. 376-378.

240. Svetashev V. I., Vysotskii M. V., Ivanova E. P., Mikhailov, V. V. Cellular fatty acid of Alteromonas species // Syst. Appl. Microbiol. 1995. V. 18. № 1. P. 37-43.

241. Tako M., Nakada Т., Hongou F. Chemical characterization of fucoidan from commercially cultured Nemacystus decipiens (Itomozuku) // Biosci. Biotech. Biochem. 1999. V. 63. № 10. P. 1813-1815.

242. Tan, T.L. Biolog metabolic fingerprints for clustering marine oligotrophic bacteria from polar regions // Microbial communities functional versus structural approaches / Eds. Insam H., Rangger A. Berlin: Springer-Verlag, 1997. P. 161-170.

243. Tan T.L., Joiris C.R., Glansdorff N., Rtiger H.-J. Dominance of oligotrophic bacteria in surface waters above Gunnerus and Astrid Ridges, Antarctic Ocean // Arch. Hydrobiol. Spec. Issues. Advanc. Limnol. 1999. V. 54. P. 237-253.

244. Taniuchi Y., Tajima K., Shimono I., Ezura, Y. Survival of Flexibacter sp. strain F-2, the causative bacterium of spotting disease of sea urchin Strongylocentrotus intermedins at low temperatures // Nippon Suisan Gakkaishi. 2002. V. 68. № 1. P. 46-51.

245. Tenreiro S., Nobre M.F., Rayney F.A., Miguel C., Da Costa M.S. Thermonema rossianum sp. nov., a new thermophilic and slightly halophilic species from saline hot springs in Naples, Italy // Int. J. Syst. Bacteriol. 1997. V. 47. P. 122-126.

246. Teramoto M., Takaichi S., Inomata Y., Ikenaga H., Misawa N. Structural and functional analysis of a lycopene p-monocyclase gene isolated from a unique marine bacterium that produces myxol // FEBS Lett. 2003. V. 545. № 2-3. P. 120-126.

247. Thorseth I.H., Torsvik Т., Torsvik V., Daae F.L., Pedersen R.B. Keldysh-98 Scientific Party Diversity of life in ocean floor basalt// Earth Planetar. Sci. Lett. 2001. V. 194. № 1-2. P. 31-37.

248. Tiago I., Mendes V., Pires C., Morais P.V., Verissimo A. Chimaereicella alkaliphila gen. nov., sp. nov., a Gram-negative alkaliphilic bacterium isolated from a nonsaline alkaline groundwater // Syst. Appl. Microbiol. 2006. V. 29. № 2. P. 100-108.

249. Topping J.N., Heywood J.L., Ward P., ZubkovM.V. Bacterioplankton composition in the Scotia Sea, Antarctica, during the austral summer of 2003 // Aquat. Microb. Ecol. 2006. V. 45. № 3. P. 229-235.

250. Umezawa H., Okami S., Ohnuki Т., Ishizuka M., Takeuchi Т., Shiio Т., Yugari Y. Marinactan, antitumor polysaccharide produced by marine bacteria //J. Antibiot. (Tokyo). 1983. V. 36. № 5. P. 471-477.

251. Urios L., Agogue H., Lesongeur F., Stackebrandt E., Lebaron P. Balneola vulgaris gen. nov., sp. nov., a member of the phylum Bacteroidetes from the north-western Mediterranean Sea // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. V. 56. P. 1883-1887.

252. Validation List № 41 // Int. J. Syst. Bacteriol. 1992. V. 42. P. 327-328.

253. Vandamme P., Pot В., Gillis M., De Vos P., Kesters K., Swings J. Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics// Microbiol. Rev. 1996. V. 60. № 2. P. 407-438.

254. Van de Peer Y„ De Rijk P., Wuyts J., Winkelmans Т., De Wachter R. The European Small Subunit Ribosomal RNA database // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 175-176

255. Van Trappen S., Mergaert J., Swings J. Flavobacterium gelidilacus sp. nov., isolated from microbial mats in Antarctic lakes // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003. V. 53. P. 1241-1245.

256. Van Trappen S., Mergaert J., Van Eygen S., Dawyndt P., Cnokaert M.C., Swings J. Diversity of 746 heterotrophic bacteria isolated from microbial mats from ten Antarctic lakes // Syst. Appl. Microbiol. 2002. V. 25. №4. P. 603-610.

257. Van Trappen S., Vandecandelaere I., Mergaert J., Swings J. Algoriphagus antarcticus sp. nov., a novel psychrophile from microbial mats in Antarctic lakes // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004в. V. 54. P. 1969-1973.

258. Vaskovsky V.E., Kostetsky E.Y., Vasendin I.M. A universal reagent for phospholipids analysis Hi. Cromatogr. 1975. V. 114. P. 129-141.

259. Vinogradov E., MacLean L., Crump E.M., Perry M.B., Kay W.W. Structure of the polysaccharide chain of the lipopolysaccharide from Flexibacter maritimus II Eur. J. Biochem. 2003. V. 270. № 8. P. 1810-1815.

260. Wakabayashi H., Hikida M., Masumura K. Flexibacter maritimus sp. nov., a pathogen of marine fishes//Int. J. Syst. Bacteriol. 1986. V. 36. P. 396-398.

261. Ward-Rainey N., Rainey F.A., Stackebrandt E. A study of the bacterial flora associated with Holothuria atra II J. Exp. Mar. Biol. 1996. V. 203. № 1. P. 11-26.

262. Webster N.S., Bourne D. Bacterial community structure associated with the Antarctic soft coral, Alcyonium antarcticum IIFEMS Microbiol. Ecol. 2007. V. 59. № 1. P. 81 -84.

263. Webster N.S., Negri A.P., Munro M.M.H.G., Battershill C. Diverse microbial communities inhabit Antarctic sponges // Environ. Microbiol. 2004. V. 6. № 3. P. 288-300.

264. Weiner R.M., Melick M., Quintero E. Hyphomonas adhaerens sp. nov., Hyphomonas johnsonii sp. nov. and Hyphomonas rosenbergii sp. nov., marine budding and prostecate bacteria // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. P. 459-469.

265. Willet W.C., Trichopoulos D. Nutrition and cancer:a summary of evidence // Cancer Causes Control. 1996. V. 7. № l.P. 178-180.

266. Wilson В., Danilowicz B.S., Meijer W.G. The diversity of bacterial communities associated with Atlantic cod Gadus morhua II Microb. Ecol. (в печати).

267. Winogradsky S. Etudes sur la microbiologie du sol. Sur la degradation de la cellulose dans le sol // Ann. 'Inst. Pasteur. 1929. V. 43. P. 549-633.

268. Woese C.R. Bacterial evolution // Microbial. Rev. 1987. V. 51. №2. P. 221-271.

269. Woese C.R., Kandler O., Wheelis M.L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya// Proc. Natl. Acad. Sci. 1990. V. 87. № 12. P. 4586-4579.

270. Yi H., Chun J. Hongiella mannitolivorans gen. nov., sp. nov., Hongiella halophila sp. nov. and Hongiella ornithinivorans sp. nov., isolated from tidal flat sediment // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. P. 157-162.

271. Yoon J., Maneerat S., Kawai F., Yokota A. Myroides pelagicus sp. nov., isolated from seawater in Thailand // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006a. V. 56. P. 1917-1920.

272. Yoon J.-H., Kang S.-J., Jung S.-Y., Lee C.-H., Oh T.-K. Algoriphagus yeomjeoni sp. nov., isolated from a marine solar saltern in the Yellow Sea, Korea // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005a. V. 55. P. 865-870.

273. Yoon J.-H., Kang S.J., Lee C.H., Oh Т.К. Dokdonia donghaensis gen. nov., sp. nov., isolated from sea water // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 20056. V. 55. P. 2323-2328.

274. Yoon J.H., Kang S.J., Lee C.H., Oh Т.К. Donghaeana dokdonensis gen. nov., sp. nov., isolated from sea water//Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006в. V. 56. P. 187-191.

275. Yoon J.-H., Kang S.-J., Lee C.-H., Oh T.-K. Marinicola seohaensis gen. nov., sp. nov., isolated from sea water of the Yellow Sea, Korea // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005в. V. 55. P. 859-863.

276. Yoon J.-H., Kang S.J., Oh T.K Algoriphagus locisalis sp. nov., isolated from a marine solar saltern // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005г. V. 55. P.1635-1639.

277. Yoon J.-H., Kang S.-J., Oh T.-K. Polaribacter dokdonehsis sp. nov., isolated from seawater // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006г. Y. 56. P. 1251-1255.

278. Yoon J.H., Kang S.J., Oh Т.К. Tenacibaculum lutimaris sp. nov., isolated from a tidal flat in the Yellow Sea, Korea// Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005д. V. 55. P. 793-798.

279. Yoon J.H., Lee M.H., Kang, S.J., Oh Т.К. Algoriphagus terrigena sp. nov., isolated from soil // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006д. V. 56. P. 777-780.

280. Yoon J.-H., Yeo S.H., Oh T.-K. Hongiella marincola sp. nov., isolated from sea water of the East Sea in Korea//Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. P. 1845-1848.

281. Youschimizu M., Kimura T. Study on intestinal microfloraof salmonids // Fish Pathol. I976.V. 10. № 2. P. 243-259.

282. Zhang Y., Jiao N., Cottrell M.T., Kirchman D.L. Contribution of major bacterial groups to bacterial biomass production along a salinity gradient in the South China Sea // Aquat. Microb. Ecol. 2006. V. 43. №3. P. 233-241.

283. Zhou Y., Wang X., Liu H., Zhang K.Y., Zhang Y.Q., Lai R., Li W.J. Pontibacter akesuensis sp. nov., isolated from a desert soil in China// Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 321-325.

284. ZoBell C.E., Upham H.C. A list of marine bacteria including descriptions of sixty new species // Bull. Scripps Inst. Oceanogr. Univ. Calif. 1944. V. 5. P. 239-292.