МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ РАЗВИТИЯ УСТОЙЧИВОСТИ МИКОПЛАЗМ К ФТОРХИНОЛОНАМ: ГЕНОМНЫЙ И ПРОТЕОМНЫЙ ПРОФИЛИ У РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ ПО ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ К ЦИПРОФЛОКСАЦИНУ ШТАММОВ ACHOLEPLASMA LAIDLAWII PG8В тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Малыгина Татьяна Юрьевна

• Малыгина Татьяна Юрьевна
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Малыгина Татьяна Юрьевна

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Представители класса Mollicutes: особенности биологии микоплазм и проблема контроля микоплазменных инфекций

1.1.1. Клеточная биология микоплазм и особенности организации клеток А. laidlawii РО8

1.1.2. Молекулярная биология микоплазм: геном, протеом и патогенность А. laidlawii РО8

1.1.3. Микоплазменная контаминация клеточных культур: феноменология, диагностика и подавление

1.2. Механизмы формирования устойчивости к антибиотикам и внеклеточные везикулы бактерий

1.3. Молекулярно-генетические основы адаптации к антибактериальным препаратам и резистом микроорганизмов

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Культивирование А. laidlawii РО8В на искусственных

питательных средах

2 .2. Получение различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов А. laidlawii РО8В

2.3. Определение численности колониеобразующих единиц

А. laidlawii РО8В

2.4. Микроскопический анализ клеток и внеклеточных везикул

2.4.1. Трансмиссивная электронная микроскопия

2.4.2. Атомно-силовая микроскопия

2.4.3. Сканирующая электронная микроскопия

2 .5. Определение эффлюкса ципрофлоксацина

2.6. Определение чувствительности А. laidlawii к антибиотикам

методом серийных разведений (определение МИК)

2 .7. Выделение и очистка внеклеточных везикул из культур

различающихся по чувствительности к АБП штаммов А. laidlawii

2 .8. Определение содержания АБП во внеклеточных везикулах

штаммов А. laidlawii

2 .9. Анализ внеклеточных везикул А. laidlawii на

генотоксичность

2 .10. Протеомный анализ клеток и внеклеточных везикул А. laidlawii Р08Б: электрофоретическое разделение и идентификация белков с

помощью Ш-ЬС-Е81-М8/М8

2 .11. Определение внутриклеточной локализации и функций белков

штаммов А. laidlawii

2 .12. Выделение и очистка нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) из

клеток и внеклеточных везикул А. laidlawii

2 .13. Реакции обратной транскрипции и амплификации

нуклеотидных последовательностей с помощью ПЦР

2 .14. Электрофоретическое разделение фрагментов ДНК в агарозном

геле

2 .15. Количественная ПЦР в "реальном времени"

2 .16. Клонирование и секвенирование нуклеотидных

последовательностей генов А. laidlawii

2 . 17. Полногеномное секвенирование штаммов A.laidlawii

2 .18. Статистическая обработка полученных данных

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Штаммы А. laidlawii, различающиеся по чувствительности к ц ипрофлоксацину: получение и характеристика в отношении везикуляции и эффлюкса антибиотика

3 .2 Сравнительный анализ состава нуклеотидных

последовательностей ДНК А. laidlawii во внеклеточных везикулах у различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов

микоплазмы

3 .3. Сравнительный анализ полных нуклеотидных п оследовательностей ДНК клеток у различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов

A.laidlawii

3.4. Сравнительный анализ протеомов клеток у различающихся по

чувствительности к ципрофлоксацину штаммов А. laidlawii

3 .5. Сравнительный анализ протеомных профилей внеклеточных везикул у различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину

штаммов А. laidlawii

3 .6. Сравнительный анализ генотоксичности внеклеточных везикул у различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину

штаммов A.laidlawii

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ

2 ^ двумерный гель-электрофорез (two-dimensional gel

electrophoresis)

2-D - двумерный (two-dimensional)

3-D - трехмерный (three-dimensional) А - аденин

АБП - антибактериальный препарат

АК - аминокислота

АОЗ - антиоксидантная система

АСМ - атомно-силовая микроскопия

АМП - антимикробный препарат

АТФ - аденозинтрифосфат

АФК - активные формы кислорода

БХШ - белки холодового шока

БТШ - белки теплового шока

ВВ - внеклеточные везикулы

Г - гуанин

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

кДа - килодальтон

КОЕ - колониеобразующие единицы

КРС - крупный рогатый скот

М - моль

мг - миллиграмм

мкг - микрограмм

мкМ - микромоль

мкм - микрометр

МЛСК - макролиды, линкозамиды, стрептограмины и кетолиды

мм - миллиметр

мМ - миллимоль

мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота

МС - масс-спектрометрия

нг - нанограмм

нм - нанометр

НУС - неблагоприятные условия среды

ОРС - открытая рамка считывания

п.о. - пара оснований

ПСЭ - питательная среда Эдварда

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РНК - рибонуклеиновая кислота

рРНК - рибосомная рибонуклеиновая кислота

РУС - различные условия среды

СЭМ - сканирующая электронная микроскопия

тРНК - транспортная рибонуклеиновая кислота

Т - тимин

ТЭМ т.п.о. ЧП

Ц

ABC

Arg Asp CIP

COG

CRISPRs

LB Leu InDels Ile

MATE MDR MFS

- трансмиссивная электронная микроскопия

- тысяч пар оснований

- чашка Петри

- цитозин

АТФ-связывающая кассетная транспортная система (ATP-binding cassette transporters)

- аргинин (arginine)

- аспарагиновая кислота (aspartic acid)

- ципрофлоксацин (ciprofloxacin)

кластеры ортологичных групп белков (clusters of orthologous groups of proteins)

короткие палиндромные повторы, регулярно расположенные группами (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)

- питательная среда LB (Lysogeny broth)

- лейцин (leucine)

- инсерции и делеции (Insertions and Deletions)

- изолейцин (isoleucine)

суперсемейство белков, участвующих в мультилекарственной экструзии (multi-antimicrobial extrusion protein)

- мультилекарственная устойчивость (multidrug resistance) суперсемейство белков, участвующих в эффлюксе антибиотиков (major facilitator superfamily)

NAD NCBI

PhLOPSA

PNPase QRDR

RND Ser SMR SOC SNPs Tyr

(nicotinamide

adenine

никотинамидадениндинуклеотид dinucleotide)

Национальный центр биотехнологической информации (National Center for Biotechnology Information)

группа антибиотиков: фениколы, линкозамины, оксазолидиноны, плевромутилины, стрептограмин А (Phenicol+

Lincosamides+Oxazolidinones+Plevromutilines+Streptogramin A) - полинуклеотид-фосфорилаза (polynucleotide phosphorylase)

регион, определяющий резистентность к хинолонам (Quinolone

Resistance-Determing Region)

суперсемейство белков, участвующих в эффлюксе антибиотиков (resistance-nodulation-cell division superfamily) серин (serin)

суперсемейство белков, участвующих в мультилекарственной устойчивости (small multidrug resistance family) - питательная среда (Super Optimal Broth)

однонуклеотидные полиморфизмы (Single Nucleotide Polymorphisms) тирозин (tyrosine)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ РАЗВИТИЯ УСТОЙЧИВОСТИ МИКОПЛАЗМ К ФТОРХИНОЛОНАМ: ГЕНОМНЫЙ И ПРОТЕОМНЫЙ ПРОФИЛИ У РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ ПО ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ К ЦИПРОФЛОКСАЦИНУ ШТАММОВ ACHOLEPLASMA LAIDLAWII PG8В»

ВВЕДЕНИЕ

Постановка проблемы и ее актуальность. Большой интерес исследователей к микоплазмам (класс Mollicutes) связан с уникальностью организации мельчайших бактерий, лишенных клеточной стенки, и практической необходимостью. Ограниченные биохимические возможности микоплазм не препятствуют широкому распространению в природе этих бактерий, преодолению защитных систем высших организмов и персистенции. Большинство микоплазм - паразиты высших эукариот, некоторые - возбудители социально-значимых инфекций, основные контаминанты клеточных культур и вакцинных препаратов. Контроль микоплазменных инфекций представляет серьезную проблему для здравоохранения и сельского хозяйства, фундаментальных исследований и практических работ, связанных с клеточными технологиями и биотехнологическим производством (Борхсениус с соавт., 2016; Maniloff, 2002; Razin et al., 2006; Rottem et al., 2012). Микоплазмы быстро адаптируются к стрессовым условиям и оперативно развивают устойчивость к антибактериальным препаратам (АБП). Однако антибиотикотерапия, связанная с применением фторхинолонов (главным образом ципрофлоксацина, в том числе в сочетании с тетрациклином и антибиотиками группы макролидов), пока остается единственным рекомендуемым способом подавления микоплазм (Борхсениус с соавт., 2016; Nikfarjam, Farzaneh, 2012; Waites et al., 2014). Предполагается, что решение проблемы контроля микоплазменных инфекций и контаминаций клеточных культур лежит на пути исследований механизмов устойчивости бактерий к АБП, выявления молекулярных основ адаптации микоплазм к стрессорам (Чернов с соавт., 2014; Uphoff, Drexler, 2011a; Nikfarjam, Farzaneh, 2012). Проведение этих исследований предполагает использование комплексного подхода с привлечением как классических методов, так и современных способов анализа биологического материала.

Омикс-технологии открыли новые возможности для выявления бактериальных резистомов - совокупности генов и их продуктов, которые вовлечены в формирование устойчивости микроорганизмов к АБП (D'Costa et al.,

2006; Wright, 2010; Wright, 2012). Сведения по резистомам ряда бактерий, основанные на геномном и протеомном профилировании различающихся по чувствительности к антибиотикам штаммов микроорганизмов, уже появились (Wright, 2010; Peleg et al., 2012; Wright, 2012; Liu et al., 2014). Однако в отношении микоплазм подобные сведения пока отсутствуют.

Уникальным видом микоплазм с точки зрения адаптивности является Acholeplasma laidlawii - широко распространенная в природе микоплазма, обнаруживаемая у человека, животных, растений, являющаяся возбудителем фитомикоплазмозов и основным контаминантом клеточных культур (Чернов с соавт., 2014; Борхсениус с соавт., 2016; Rottem et al., 2012). Относительная простота культивирования, наличие в базах данных полной нуклеотидной последовательности генома, а также протеома в разных условиях роста A.laidlawii (Чернов с соавт., 2010; Демина с соавт., 2011; Lazarev et al., 2011; Chernov et al., 2012) определяют возможность использования этой бактерии в качестве удобного объекта для исследований молекулярных механизмов устойчивости микоплазм к АБП. В последнее время было показано участие в адаптации к АБП у бактерий, в том числе микоплазм, внеклеточных везикул (ВВ) - сферических, окруженных мембраной наноструктур, диаметром менее 0.2 мкм (Чернов с соавт., 2011; Lee et al., 2013; Medvedeva et al., 2014; Kim et al., 2015). Везикулы опосредуют универсальный путь секреции у всех организмов и обеспечивают транспорт широкого спектра соединений, сигналинг, межклеточные взаимодействия и, соответственно, адаптацию к разным условиям среды (Kulp, Kuehn, 2010; Berleman, Auer, 2013; Kim et al., 2015). Это определяет необходимость учета везикулярного трафика в исследованиях механизмов развития устойчивости бактерий к антимикробным препаратам (АМП).

Цель и задачи исследования. Цель настоящего исследования - выявление особенностей геномного профиля, а также клеточного и везикулярного протеомов у штаммов A. laidlawii с дифференциальной чувствительностью к ципрофлоксацину.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Получить штаммы А. laidlawii, различающиеся по чувствительности к ципрофлоксацину - проявляющие повышенную и пониженную устойчивость к АБП, и провести сравнительный анализ их в отношении эффлюкса антибиотика и везикуляции.

2. Провести сравнительный анализ спектра нуклеотидных последовательностей ДНК А. laidlawii в составе внеклеточных везикул у различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов микоплазмы.

3. Провести сравнительный анализ полных нуклеотидных последовательностей ДНК клеток у различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов A.laidlawii.

4. Провести сравнительный анализ протеомов клеток у различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов A.laidlawii.

5. Провести сравнительный анализ протеомов внеклеточных везикул, продуцируемых клетками различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов A.laidlawii.

6. Провести сравнительный анализ генотоксичности внеклеточных везикул, продуцируемых клетками различающихся по чувствительности к ципрофлоксацину штаммов A.laidlawii.

Научная новизна. Впервые показано, что внеклеточные везикулы А. laidlawii участвуют в развитии устойчивости микоплазмы к фторхинолонам -опосредуют перенос ципрофлоксацина и мутантных генов целевых белков. Установлено, что развитие устойчивости микоплазмы к ципрофлоксацину сопровождается изменениями в геномном и протеомном профилях микоплазмы, связанными не только с генами мишеней фторхинолонов и соответствующих целевых белков, но и многими другими генами и белками, которые участвуют в фундаментальных клеточных процессах, универсальном каскаде стрессового ответа бактерий и реализации вирулентности.

Научно-практическая значимость. Результаты работы вносят вклад в понимание молекулярно-генетических основ развития устойчивости А. laidlawii PG8В к антибактериальным препаратам. Данные геномного и протеомного

профилирования, а также анализа генотоксичности внеклеточных везикул штаммов с дифференциальной чувствительностью к ципрофлоксацину могут быть востребованы в фундаментальных и прикладных исследованиях, связанных с разработкой эффективной системы контроля микоплазменных инфекций и контаминаций клеточных культур в здравоохранении, сельском хозяйстве и биотехнологическом производстве. Результаты исследований по определению специфичного набора нуклеотидных последовательностей генов в везикулах штаммов А. laidlawii могут быть использованы при создании диагностических систем для дифференциальной детекции инфектов разного типа.

Связь работы с научными программами и собственный вклад автора в исследование. Работа в 2012-2016 гг. проводилась в соответствии с планом научных исследований КИББ КазНЦ РАН по теме "Взаимодействие микоплазм и эукариот: анализ структуры геномов, протеомов, транскриптомов".

Исследования автора, как исполнителя данной темы, поддержаны грантами РФФИ 12-04-31396 мол_а "Механизмы формирования устойчивости микоплазм к антибиотикам: секреция внеклеточных мембранных везикул и эффлюкс ципрофлоксацина у А. laidlawii" 2012-2013 гг, РФФИ 14-04-00883 А "Секретом и межклеточная коммуникация бактерий: протеомный анализ внеклеточных везикул, продуцируемых микоплазмами в микробных сообществах" 2014-2016 гг, РФФИ 15-44-02594 р_поволжье_а "Молекулярные основы устойчивости микоплазм к антимикробным пептидам" 2015-2017 гг, РФФИ 16-34-00660 мол-а "Молекулярные основы формирования устойчивости микоплазм к тетрациклину: резистом Acholeplasma laidlawii" 2016-2017 гг и Грантом Президента РФ № МК-3823.2013.4.

Научные положения диссертации и выводы базируются на результатах собственных исследований автора. АСМ проводили на базе кафедры оптики и нанофотоники Физического института КФУ; СЭМ проводили на базе междисциплинарного центра "Аналитическая микроскопия" КФУ, секвенирование геномов и идентификацию полипептидов проводили в НОЦ "Междисциплинарный центр протеомных исследований", КФУ. Анализ

генотоксичности был выполнен в ООО "Клиника Нуриевых". Выражаю искреннюю благодарность сотрудникам НОЦ "Междисциплинарный центр протеомных исследований" М.Н. Синягиной, Е.А. Булыгиной, А.С. Лайкову, сотруднику КФУ к.б.н. М.В. Трушину, сотрудникам Аналитического центра микроскопии КФУ Ю.Н.Осипову и В.В.Сальникову, а также врачу-генетику ООО "Клиника Нуриевых" Л.Р. Самойловой за возможность проведения совместных работ и помощь в экспериментах.

Положения, выносимые на защиту:

1. Внеклеточные везикулы A. laidlawii участвуют в развитии устойчивости микоплазмы к фторхинолонам - опосредуют перенос ципрофлоксацина и мутантных генов целевых белков.

2. Развитие устойчивости к ципрофлоксацину у A. laidlawii сопровождается изменениями в геномном и протеомном профилях микоплазмы, связанными не только с генами мишеней фторхинолонов и соответствующими целевыми белками, но и многими другими генами и белками, которые участвуют в фундаментальных клеточных процессах, универсальном каскаде стрессового ответа бактерий и реализации вирулентности.

Апробация работы. Результаты диссертационной работы доложены на III международной научно-практической конференции "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине" (Казань, 2012), IV Всероссийском конгрессе молодых ученых-биологов с международным участием "Симбиоз-Россия" (Иркутск, 2013), Всероссийском симпозиуме и Школе-конференции для молодых учёных "Биология клетки в культуре" (C-Петербург, 2013), Международной конференции молодых ученых "Young Researches in Life Sciences" (Париж, Франция, 2014), 12-м конгрессе Американского общества анаэробов, 37 конгрессе общества микробной экологии и болезней "Анаэробы 2014" (Чикаго, США, 2014), 50-й конференции FEBS EMBO 2014 (Париж, Франция, 2014), 19 Международной Пущинской школе-конференции "Биология-наука XXI века" (Пущино, 2015), 6 конгрессе микробиологов Европы "FEMS

2015" (Маастрих, Нидерланды, 2015), 18 симпозиуме студентов-биологов в Европе "Симбиоз 2015" (Александруполис, Греция, 2015).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 15 научных работ, в том числе 5 статей в рецензируемых журналах, рекомендуемых ВАК.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 217 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследований, результатов собственных исследований и их обсуждения, заключения, выводов, списка использованной литературы, а также приложения. В работе представлено 22 таблицы и 21 рисунок. Список цитируемой литературы содержит 219 источников, из них 17 - в отечественных изданиях.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Представители класса Mollicutes: особенности биологии микоплазм и проблема контроля микоплазменных инфекций

В класс Mollicutes выделены лишенные клеточной стенки бактерии, некоторые из которых ассоциируют с мельчайшими из способных к самостоятельному воспроизведению прокариотами. Согласно результатам сравнительного анализа первичной структуры филогенетических маркеров - 16S рРНК (Brawn, Bradburry, 2014), эти организмы входят в домен Eubacteria, отдел Firmicutes и их классифицируют следующим образом: Порядок I: Mycoplasmatales

Семейство I: Mycoplasmataceae (представители требуют для роста холестерол, хемоорганотрофы) Род I: Mycoplasma (117 видов, а также 14 видов 'Candidatus' комменсалы или патогены животных и человека, не гидролизуют мочевину, оптимум роста при 37°С, размер генома - 564-1350 т.п.о.) Род II: Ureaplasma (7 видов, комменсалы или условные патогены животных и человека, оптимальный pH роста 6,0- 6,5, размер генома - 760-1170 т.п.о., гидролизуют мочевину) Семейство II: Incertae sedis (облигатные паразиты крови млекопитающих, не культивируются in vitro) Род I: Eperythrozoon (5 видов) Род II: Haemobartonella (3 вида) Порядок II: Entomoplasmatales

Семейство I: Entomoplasmataceae (факультативные анаэробы, хемоорганотрофы) Род I: Entomoplasma (6 видов, размер генома - 870-900 т.п.о., холестерол-зависимые, оптимум роста при 30°С, )

Род II: Mesoplasma (11 видов, размер генома - 825-930 т.п.о., рост в бессывороточной среде с 0,04% PES, не требуют для роста холестерол, оптимум роста - 30°С) Семейство II: Spiroplasmataceae (спиралевидные формы, отличаются вращательной подвижностью) Род I: Spiroplasma (37 видов, размер генома - 780-2220 т.п.о., оптимум роста - 30 - 37°С, хемоорганотрофы) Порядок III: Acholeplasmatales

Семейство I: Acholeplasmataceae

Род I: Acholeplasma (18 видов, размер генома - 1500-2100 т.п.о., оптимум роста - 30-37°С, холестеролнезависимые)

Вид: Acholeplasma laidlawii (размер генома - 1496992 п.о. у штамма PG-8A) Семейство II: Incertae sedis

Род II: "Candidatus Phytoplasma" gen. nov (30 видов, размер

генома - 530-1350 т.п.о, фитопатогены, не все культивируются in vitro)

Порядок IV: Anaeroplasmatales

Семейство I: Anaeroplasmataceae

Род I: Anaeroplasma (4 вида, размер генома - 1500-1600 т.п.о., строгие анаэробы, оптимум роста - 37°С, холестеролзависимые) Род II: Asteroplasma (1 вид, размер генома - 1500 т.п.о.,

строгие анаэробы, оптимум роста - 37°С, холестеролнезависимые)

Для обозначения всех представителей таксона используются термины молликуты, а также микоплазмы. При этом термин микоплазмы является наиболее употребительным, хотя канонически, согласно классификации, он относится лишь к представителям рода Mycoplasma.

Существующая классификация, опирающаяся на морфологические и биохимические свойства, а также на молекулярно-генетические данные микоплазм, лишь отчасти совпадает с современными представлениями о родстве и происхождении микроорганизмов. Однако преобразование системы таксономии Mollicutes откладывается до выяснения причины феномена высокой гетерогенности этих бактерий (Razin 2006; Citti, Blanchard, 2013).

Результаты определения особенностей структурной организации филогенетических маркеров привели исследователей к заключению, что микоплазмы являются тахителичными - быстро эволюционирующими бактериями, у которых повышен темп мутационных изменений. Предполагается, что процессы видообразования у микоплазм могут происходить в очень короткие отрезки времени, не привычные для представления об эволюционных темпах изменчивости и видообразования (Борхсениус с соавт., 2016; Fox et al., 1980; Maniloff, 2002). Этому могут способствовать резкие изменения условий окружающей среды, режима взаимоотношений в системах "паразит-хозяин" (Citti, Blanchard, 2013). В этой связи решение вопросов филогении и таксономии микоплазм оказывается связанным с выяснением механизмов адаптации этих бактерий к различным условиям среды.

Предполагается, что представители таксона Mollicutes возникли 605 млн лет назад (Maniloff, 2002; Razin et al., 2006). Они произошли от бактерий клостридиальной ветви в результате серий геномных редукций. Компактизация генома, вероятно, была связана с паразитическим образом жизни предков Mollicutes - микоплазмы сформировались в период существования высших эукариот и на протяжении всей своей истории пребывали в тесной связи с этими организмами. В процессе коэволюции с эукариотами бактерии утратили гены ферментов синтеза клеточной стенки, аминокислот, нуклеотидов и липидов. Это привело к уменьшению как размера генома, так и клеток соответствующих микроорганизмов - размер генома этих организмов варьирует от 580 до 2200 т.п.о, а диаметр клеток в большинстве случаев составляет 0.2-0.8 мкм (Razin, Hayflick, 2010). К настоящему времени описано более 200 представителей класса

Mollicutes. Большинство представителей таксона считаются симбионтами; некоторые являются паразитами высших эукариот, возбудителями заболеваний человека, животных, рыб, растений, основными контаминантами клеточных культур и вакцинных препаратов. Таким образом, миниатюрность генома и ограниченность биосинтетических возможностей не препятствуют широкому распространению молликут в природе, успешному преодолению защитных систем высших организмов и выживанию в экстремальных условиях. В этой связи микоплазмы рассматривают сегодня не как простейшие бактерии, а как наиболее развитые прокариоты, у которых на основании усеченных генетических, биохимических и метаболических элементов сформирована эффективная система жизнеобеспечения, определяющая возможность оперативного реагирования на вызовы окружающей среды, адаптации к различным условиям среды (РУС) и заселения разнообразных экониш (Grosjean et al., 2014). Молекулярные основы быстрой адаптации микоплазм к разным условиям среды представляют значительный интерес как с точки зрения фундаментальных механизмов выживания мельчайших прокариот в стрессовых условиях, так и прикладных разработок контроля инфектов.

1.1.1. Клеточная биология микоплазм и особенности организации клеток A. laidlawii PG8

Ограниченные биосинтетические возможности микоплазм, зависимость их от клеток эукариот обусловливают трудности выращивания этих микроорганизмов на искусственных питательных средах. Результаты расшифровки геномов микоплазм способствовали выяснению особенностей редукции метаболических путей этих бактерий, однако существенных сдвигов в определении условий культивирования их на бесклеточных средах пока не произошло. Трудности культивирования микоплазм in vitro, сложный состав сред для их выращивания остаются существенным препятствием для исследований клеточной биологии этих бактерий.

Для культивирования микоплазм используют весьма сложные сывороточные питательные среды, включающие такие компоненты, как дрожжевой экстракт, пептон и мясные бульоны, состав которых нельзя назвать вполне определенными (Борхсениус с соавт., 2016). Сыворотка является источником жирных кислот и холестерола, необходимых для синтеза компонентов клеточной мембраны. Для выращивания некоторых микоплазм разработаны бессывороточные среды, однако плохой рост микоплазм на них вынуждает исследователей все-таки применять сыворотку. Наиболее употребительной является среда Эдварда и ее модификации (питательная среда Эдварда, ПСЭ), в состав которой обычно входят сыворотка крови лошади, КРС или кроликов, дрожжевой экстракт, а также глюкоза в качестве источника энергии. Отсутствие у микоплазм клеточной стенки определяет возможность включения в состав ростовой среды пенициллина для предотвращения размножения других микроорганизмов на столь богатых питательных средах.

Малые размеры клеток микоплазм не позволяют исследовать эти бактерии с помощью обычного светового микроскопа. Имеющиеся данные по морфологии и ультраструктуре клеток микоплазм получены в результате применения различных вариантов трансмиссивной и сканирующей электронной, а также атомно-силовой микроскопии (Борхсениус с соавт., 2016; Яагт, ИауШск, 2010). Размеры и структура клеток зависят от возраста культуры, условий и сред культивирования. В лабораторных условиях при выращивании на ПСЭ клетки большинства микоплазм имеют сферическую или овальную форму (диаметр ~ 0.3-0.8 мкм) и ограничены трехслойной плазматической мембраной, состоящей из двух плотных слоев, разделенных менее плотной областью. Мембрана микоплазм является более стабильной, эластичной и полифункциональной по сравнению с таковой у других бактерий и принципиально не отличается по структурной организации от плазматической мембраны эукариот. Состав мембраны микоплазм может изменяться в зависимости от условий культивирования. С мембраной связывают особенности адаптации микоплазм и реализации патогенности - мембрана бактерий вовлекается непосредственно в контакты с мембраной эукариотической

клетки-хозяина, что может приводить к слиянию двух мембран и обмену компонентами между ними.

Помимо одиночных округлых форм в клеточной культуре, выращенной на полноценной питательной среде, нередко наблюдаются тяжи, которые после прохождения фазы коккоидных структур разделяются на одиночные клетки. Подобные преобразования считают следствием отставания цитокинеза от репликации генома, возникающим при культивировании микоплазм in vitro (Razin, 2006).

Клетки некоторых микоплазм имеют полярные структуры и обладают подвижностью. Важное участие в этом принадлежит сложному цитоскелету, формирующему высоко упорядоченные концевые структуры - терминальные органеллы (Calisto et al., 2012). Эти клеточные образования принимают участие не только в подвижности и направлении движения клеток, но также являются ключевыми компонентами взаимодействия микоплазм с клетками эукариот. Некоторые представители класса Mollicutes обладают способностью к сократительным и вращательным движениям, а также скольжению, что коррелирует с их высокой патогенностью (Борхсениус с соавт., 2016; Duret et al., 2003; Razin, 2006). Большинство же описанных видов микоплазм подвижностью не обладают и клеточных полярных структур не имеют.

Наименее привередливой в отношении питательных сред и условий роста является A. laidlawii. Эта микоплазма обладает удивительно высоким уровнем приспособляемости к разнообразным условиям среды, вследствие чего получила название вездесущей микоплазмы. Впервые эта микоплазма была выделена в 1936 году из сточных вод (Laidlaw, Elford, 1936). A. laidlawii обнаруживается в разных эконишах, в том числе почве, компосте, тканях растений, насекомых, птиц, рептилий, рыб, млекопитающих, включая человека (респираторный и урогенитальный тракты) (Борхсениус с соавт., 2016; Drexler, Uphoff, 2002; Rottem et al., 2012).

В состав мембран микоплазм входят стеролы, которые не могут синтезироваться у этих бактерий de novo, но могут извлекаться из окружающей

среды и включаться в мембрану (Abu-Amero et al., 2005). A. laidlawii может быть выращена на бессывороточной среде, в которой сывороточный компонент заменен на смесь бычьего сывороточного альбумина и жирных кислот, но на питательных средах с сывороткой эта микоплазма растет значительно лучше, поэтому обычно для ее выращивания используют ПСЭ (Bates et al., 2008).

На твердой питательной среде A. laidlawii образует колонии с утолщенной центральной зоной, проникающей вглубь агара, и более светлой периферией, размеры которых составляют не более 1 мм (Борхсениус с соавт., 2016). В литературе соответствующие колонии называют яичницей-глазуньей ("fried-eggs"). Продолжительность фаз роста микоплазм зависит от состава сред. Так, культура A. laidlawii в течение одного пассажа на жидкой среде без сыворотки проходит обычные для бактерий фазы роста: лаг-фазу (до 18 ч), фазу экспоненциального роста (до 14 ч) и стационарную фазу (Борхсениус с соавт., 2016). По мере старения культуры в мембране микоплазмы накапливается холестерин и повышается микровязкость мембраны (Kapitanov et al., 1990).

Культивирование А. laidlawii на среде с ограничением субстрата приводит к появлению большего количества наноструктур - сферических, окруженных мембраной образований диаметром менее 0.2 мкм. Значительная часть этих структур представляет секретируемые бактериальной клеткой внеклеточные везикулы (ВВ) (Chernov et al., 2011a). ВВ продуцируются клетками эукариот (Deatherage et al., 2012; MacDonald, Kuehn, 2012), грамположительных (Lee et al., 2009; Olaya-Abril et al., 2014) и грамотрицательных бактерий (Lee et al., 2007; Kwon et al., 2009; Choi et al., 2011), а также архей (Ellen et al., 2007; Gaudin et al., 2013) и обеспечивают транспорт широкого спектра соединений, сигналинг и межклеточные взаимодействия, опосредуя у всех организмов универсальный путь секреции (Kulp, Kuehn, 2010; Chernov et al., 2011a; Chernov et al., 2011b; Berleman, Auer, 2013; Schertzer et al., 2013; Bonnington, Kuehn, 2014; Kim et al., 2015). В самое последнее время появились сообщения, что ВВ могут вносить существенный вклад в адаптацию бактерий к различным стрессорам, в том числе антибактериальным препаратам (Kulp, Kuehn, 2010; Deatherage et al., 2012;

Medvedeva et al., 2014). В этой связи молекулярно-генетические механизмы секреции и сортинга везикул представляют значительный интерес для фундаментальных исследований и практических разработок контроля инфектов.

1.1.2. Молекулярная биология микоплазм: геном, протеом и патогенность A. laidlawii PG8

Согласно размерам геномов, микоплазмы ассоциируют с самыми крошечными бактериями, способными к самостоятельному воспроизведению. Внедрение технологий секвенирования в рутинную практику молекулярно-биологических исследований определило возможность получения информации о геномах разных представителей класса Mollicutes. К настоящему времени в базе данных GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/) представлены сведения о полных нуклеотидных последовательностях ДНК 148 видов и штаммов микоплазм.

Нуклеоид микоплазм, как и у большинства других бактерий, представляет собой двунитевую кольцевую молекулу ДНК. Размер геномов у молликут колеблется от 564 т.п.о. для M. parvum до более чем 2000 т.п.о. для некоторых представителей Spiroplasma ssp (Razin, Hayflick, 2010; Nascimento et al., 2013). Представители таксонов Acholeplasma и Spiroplasma, которых считают наиболее древними микоплазмами, обладают более крупными геномами, по сравнению с Mycoplasma и Ureaplasma. Как уже отмечалось, существующие представители класса Mollicutes сформировались в результате совместной эволюции с организмом-хозяином, в процессе которой редуцировалась часть генетической информации, связанная с рядом метаболических путей. По данным биоинформационного анализа геномов, метаболизм микоплазм направлен главным образом на получение энергии и ряда компонентов извне, а не на самостоятельный биосинтез. Все известные на сегодняшний день микоплазмы имеют усеченные дыхательные пути (Борхсениус с соавт., 2016). Они лишены полного цикла трикарбоновых кислот и не имеют хинонов и цитохромов, что

ограничивает использование окислительного фосфорилирования в качестве механизма получения АТФ. В целом энергетический потенциал микоплазм достаточно низок. При этом в процессе жизненного цикла микоплазм образуется большое количество конечных продуктов, токсичных для клетки хозяина (Razin, Hayflick, 2010). Несмотря на редукцию значительного количества генетической информации, связанной с биосинтетическими путями, в геноме микоплазм имеется достаточно информации как для паразитического образа жизни, так и выживания в экстремальных условиях среды (Liu et al., 2012). Поскольку A. laidlawii является уникальной микоплазмой с точки зрения адаптивности, исследования генома этой бактерии представляют особый интерес.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Малыгина Татьяна Юрьевна, 2017 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абрамычева, Н.Ю. Участие транспортно-барьерных функций плазматической мембраны в развитии резистентности к антибиотикам у микоплазм / Н.Ю. Абрамычева, М.В. Малахова, В.М. Говорун // Физико-химическая медицина. Организация, поведение, управление: материалы международной конференции "Антибиотики и антибиотикорезистентность на пороге 21 века", Москва, 6-7 июля 2000 г. - С. 6-7.

2. Борхсениус, С.Н. Микоплазмы в биологии и медицине XXI века: монография / С.Н. Борхсениус, О.А. Чернова, В.М. Чернов, И.Я. Вишняков; под общ. ред. С.Н. Борхсениуса. - СПб: Наука, 2016. - С. 400 (в печати).

3. Бочков, Н.П. Клиническая генетика [Электронный ресурс]: Учебник / Н.П. Бочков - 3-е изд., испр. и доп. // М.: ГЭОТАР-Медиа. - 2004. - Режим доступа: http://www.studmedlib.ru/book/ISBN5923104539.html.

4. Гланц, С. Медико-биологическая статистика: Пер. с англ. / С. Гланц; под ред. Н.И. Бузикашвили, Д.В. Самойлова. - М.: Практика, 1999. - 460 с.

5. Говорун, В.М. О формировании резистентности к фторхинолонам у M. hominis и A. laidlawii / В.М. Говорун, А.Е. Гущин, В.Г. Ладыгина, Н.Ю. Абрамычева, Ю.Ю. Тополь // Молекул. генет. микробиол. вирусол. - 1998. N. 3. -С. 16-19.

6. Говорун, В.М. Молекулярные механизмы формирования резистентности к тетрациклинам и фторхинолонам у молликут: дис. ... д-ра биол. наук: 03.00.04, 03.00.03 / Говорун Вадим Маркович. - М., 2000. - 287 с.

7. Демина, И.А. Сравнительная протеомная характеристика микоплазм (молликут) / И.А. Демина, М.В. Серебрякова, В.Г. Ладыгина, М.А. Галямина, Н.А. Жукова, Д.Г. Алексеев, Г.Ю. Фисунов, В.М. Говорун // Биоорганическая химия. -2011. -Т. 37. - №1. - С. 70-80.

8. Животовский, Л.А. Популяционная биометрия / Л.А. Животовский. -М.: Наука, 1991. - 271 с.

9. Маниатис, Т. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук. - М.: Мир, 1984. - 480 с.

10. Музыкантов, А.А. Экспортируемые белки микоплазм: протеом внеклеточных мембранных везикул Acholeplasma laidlawii PG8 / А.А. Музыкантов, Н.Б. Баранова, Е.С. Медведева, Т.Ю. Григорьева, О.А. Чернова,

B.М. Чернов // Докл. РАН. - 2014. Т. - 455. - № 1. - С. 99-104.

11. Перт, С. Дж. Основы культивирования микроорганизмов и клеток /

C.Дж. Перт // Мир. - 1978. - С. 331.

12. Пименова, М.Н. Руководство к практическим занятиям по микробиологии: Практическое пособие / М.Н. Пименова, Н.Н. Гречушкина, Л.Г. Азова и др. / Под ред. Н.С. Егорова. - 2-е изд. - М.: Изд-во Моск. ун-та, 1983. -215 с.

13. Прохорова, И.М. Оценка митотоксического и мутагенного действия факторов окружающей среды / И.М., Прохорова, П.Н.Фомичёва, М.И Ковалёва. -ЯрГУ : Методические указания. — Ярославль: ЯрГУ, 2003. — С. 23,26.

14. Таганов, К.Д. Роль мутаций в А-субъединице топоизомеразы IV Acholeplasma laidlavii PG8 в формировании резистентности к фторхинолонам / К.Д. Таганов, А.Е. Гущин, Н.Ю. Абрамычева, В.М. Говорун // Молекуляр. генетика, микробиология и вирусология. - 2000. - Т.2. - C. 30-33.

15. Чернов, В.М. Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям роста: морфология, ультраструктура и экспрессия генома клеток Mycoplasma galisepticum S6 / В.М. Чернов, В.М. Говорун, И.А. Демина, О.В. Горшков, А.А. Музыкантов, Г.Ф. Шаймарданова, О.А. Чернова // Докл. РАН. - 2008. - Т. 421. -№ 5. - С. 701-704.

16. Чернов, В.М. Ответные реакции клеток Acholeplasma laidlawii PG8 на холодовой шок и окислительный стресс: протеомный анализ и стресс-реактивные белки микоплазмы / В.М. Чернов, О.А. Чернова, Е.С. Медведева, А.И. Сорвина, М.Н. Давыдова, М.А. Рогова, М.В. Серебрякова // Докл. РАН. - 2010. - Т. 432. -№ 5. - С. 708-711.

17. Чернов, В.М. Микоплазменные контаминации клеточных культур: везикулярный трафик у бактерий и проблема контроля инфектогенов / В.М. Чернов, О.А. Чернова, Х.Т. Санчес-Вега, А.И. Колпаков, О.Н. Ильинская // Acta Naturae. - 2014. - Т. 6. - № 3. - С. 43-53

18. Abu-Amero, K.K. Cholesterol protects Acholeplasma laidlawii against oxidative damage caused by hydrogen peroxide / K.K. Abu-Amero, R.J. Miles, M.A. Halablab // Vet. Res. Commun. - 2005. - Vol. 29. - P. 373-380.

19. Akhova, A.V. Lysine decarboxylase activity as a factor of fluoroquinolone resistance in Escherichia coli / A.V. Akhova, A.G. Tkachenko // Microbiology. - 2009. - Vol. 78. - N. 5. - P. 575-579.

20. Alekshun, M.N. Molecular Mechanisms of Antibacterial Multidrug Resistance / M.N. Aleksun, S.B. Levy // Cell. - 2007. - Vol. 128. - N. 6. - P. 10371050.

21. Alvarez-Ordonez, A. The adaptive response of bacterial food-borne pathogens in the environment, host and food: implications for food safety / A. Alvarez-Ordonez, V. Broussolle, P. Colin, C. Nguyen-The, M. Prieto // Int J Food Microbiol. -2015. - Vol. 213. - P. 99-109.

22. Andersson, D.I. Antibiotic resistance and its cost: is it possible to reverse resistance? / D.I. Andersson, D. Hughes // Nat Rev Microbiol. - 2010. -Vol. 8. - N. 4. -P. 260-271.

23. Antunes, N.T. Mechanisms involved in quinolone resistance in Mycoplasma mycoides subsp. capri / N.T. Antunes, P. Assunfäo, J.B. Poveda, M.M. Tavio // The Veterinary Journal. - 2015. - Vol. 204. - P. 327-332.

24. Bambeke, F. Antibiotic Efflux Pumps / F. Bambeke, E. Balzi, P.M. Tulkens // Biochemical Pharmacology. - 2000. - Vol. 60. P. 457-470.

25. Bates, S. Development of serum-free media for the cultivation and recovery of Acholeplasma laidlawii used for challenge testing sterilizing-grade filters in biopharmaceutical applications / S. Bates, N. Nguyen, K.R. Lentine // PDA J. Pharm. Sci. Technol. - 2008. - Vol. 62. - P. 402-420.

26. Bebear, C.M. Antimicrobial therapy and antimicrobial resistance. In: Mycoplasmas: molecular biology pathogenicity and strategies for control / C.M. Bebear, I. Kempf //UK: Horizon Bioscience. - 2005. - P. 535-569.

27. Bébéar, C.M. Mycoplasma pneumoniae: susceptibility and resistance to antibiotics / C.M. Bébéar, S. Pereyre, O. Peuchant // Future Microbiol. - 2011. Vol. - 6.

- N. 4. - P. 423-431.

28. Beceiro, A. Antimicrobial resistance and virulence: a successful or deleterious association in the bacterial world? / A. Beceiro, M. Tomás, G. Bou // Clin Microbiol Rev. - 2013. - Vol. 26. - N. 2. - P. 185-230.

29. Berleman, J. The role of bacterial outer membrane vesicles for intra- and interspecies delivery / J. Berleman, M. Auer // Environmental Microbiology. - 2013. Vol. - 15. - N.2. P. 347-354.

30. Biller, S.J. Bacterial vesicles in marine ecosystems / S.J. Biller, F. Schubotz, S.E. Roggensack , A.W. Thompson, R.E. Summons, S.W. Chisholm SW // Science. - 2014. - Vol. 343. - N. 6167. - P. 183-186.

31. Blair, J.M.A. Molecular mechanisms of antibiotic resistance / J.M.A. Blair, M.A. Webber, A.J. Baylay, D.O. Ogbolu, L.J.V. Piddock // Nature Reviews Microbiology. - 2014. doi:10.1038/nrmicro3380.

32. Bonnington, K.E. Protein selection and export via outer membrane vesicles / K.E. Bonnington, M.J. Kuehn // Biochim Biophys Acta. - 2014. - Vol. 183. -P. 1612-1619.

33. Braga, P.C. Imaging bacterial shape, surface, and appendages before and after treatments with antibiotics / P.C. Braga, D. Ricci // Methods Mol. Biol. - 2004. -V. 242. - P. 179-188.

34. Breidenstein, E.B. Complex ciprofloxacin resistome revealed by screening a Pseudomonas aeruginosa mutant library for altered susceptibility / E.B. Breidenstein, B.K. Khaira, I. Wiegand, J. Overhage, R.E. Hancock // Antimicrob. Agents Chemother.

- 2008. - Vol. 52. - P. 4486-4491.

35. Brown, D.R. The Contentious Taxonomy of Mollicutes / D.R. Brown, J.M. Bradbury // In Mollicutes: Molecular Biology and Pathogenesis (Ed. G.F. Browning, C. Citti) // Caister Academic Press, Norfolk, UK. - 2014. - P. 1-14.

36. Burd, EM. Development of oxacillin resistance in a patient with recurrent Staphylococcus aureus bacteremia / E.M. Burd, M.T. Alam, K.D. Passalacqua, A.S. Kalokhe, M.E. Eaton, S.W. Satola, C.S. Kraft, T.D. Read // J Clin Microbiol. - 2014. -Vol. 52. - N. 8. - P. 3114-3117.

37. Butaye, P. Mobile genes coding for efflux-mediated antimicrobial resistance in Gram-positive and Gram-negative bacteria / P. Butaye, A. Cloeckaert, S. Schwarz // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2003. - Vol. 22. - P. 205210.

38. Calisto, B. M. The EAGR box structure: a motif involved in mycoplasma motility / B. M. Calisto, A. Broto, L. Martmelli, E. Querol, J. Pinol, I. Fita // Molecular Microbiology. - 2012. - Vol. 86. - N. 2. - P. 382-393.

39. Carpousis, A.J. The Escherichia coli RNA degradosome: structure, function and relationship in other ribonucleolytic multienzyme complexes / A.J. Carpousis // Biochem. Soc. Trans. - 2002. - Vol. 30. - P. 150-155.

40. Chapman, J.S. Fluorometric assay for fleroxacin uptake by bacterial cells / J.S. Chapman, N.H. Georgopapadakou // Antimicrob Agents Chemother. - 1989. - Vol. 33. - N. 1. P. 27-29.

41. Chattopadhyay, M.K. Vesicles-mediated resistance to antibiotics in bacteria / M.K. Chattopadhyay, M.V. Jagannadham // Front Microbiol. - 2015. - Vol. 6. - P 758-760.

42. Cheng, H. Double-stranded DNA bacteriophage prohead protease is homologous to herpesvirus protease / H. Cheng, N. Shen, J. Pei, N.V. Grishin // Protein Sci. - 2004. - Vol. 13. - N. 8. - P. 2260-2269.

43. Chernov, V.M. Extracellular vesicles derived from Acholeplasma laidlawii PG8 / V. M. Chernov, O. A. Chernova, A. A. Mouzykantov, et al. // Sci. World J. - 2011a. - Vol. 11 - P. 1120-1130.

44. Chernov, V.M. Unadapted and adapted to starvation Acholeplasma laidlawii cells induce different responses of Oryza sativa, as determined by proteome analysis / V.M. Chernov, O.A. Chernova , E.S. Medvedeva, A.A. Mouzykantov, A.A. Ponomareva, G.F. Shaymardanova, O.V. Gorshkov, M.V. Trushin // J Proteomics. -2011b. - Vol. 74. N. 12. - P. 2920-2936.

45. Chernov, V.M. Extracellular Membrane Vesicles and Phytopathogenicity of Acholeplasma laidlawii PG8 / V.M. Chernov, O.A. Chernova, A.A. Mouzykantov, N.B. Baranova, O.V. Gorshkov, M.V. Trushin, T.N. Nesterova, A.A. Ponomareva // ScientificWorldJournal. - 2012. - Article ID 315474. - P. 6.

46. Chernov, V.M. Extracellular membrane vesicles secreted by mycoplasma Acholeplasma laidlawii PG8 are enriched in virulence proteins / V.M. Chernov, A.A. Mouzykantov, N.B. Baranova, et al. // J. Proteomics. - 2014. -Vol. 110. - P. 117-128.

47. Choi, D.S. Proteomic analysis of microvesicles derived from human colorectal cancer cells / D. S. Choi, J. M. Lee, G. W. Park et al // J. Proteome Res. -2011. - Vol. 6. - P. 4646-4655.

48. Chong, P.M. Proteomic analysis of a NAP1 Clostridium difficile clinical isolate resistant to metronidazole / P.M. Chong, T. Lynch, S. McCorrister, P. Kibsey, M. Miller, D. Gravel, G.R. Westmacott, M.R. Mulvey // PLoS One. -2014. - Vol. 9. -N. 1. - e82622. doi: 10.1371/journal.pone.0082622.

49. Chopra, I. Tetracycline Antibiotics: Mode of Action, Applications, Molecular Biology, and Epidemiology of Bacterial Resistance / I. Chopra, M. Roberts // Microbiol Mol Biol Rev. - 2001. - Vol. 65. - N. 2. - P. 232-260.

50. Cirz, R.T. Defining the Pseudomonas aeruginosa SOS Response and Its Role in the Global Response to the Antibiotic Ciprofloxacin / R.T. Cirz, B.M. O'Neill, J.A. Hammond, S. R. Head, F.E. Romesberg // J Bacteriol. - 2006. - Vol. 188. - N. 2. -P. 7101-7110.

51. Citti, C. Mycoplasmas and their host: emerging and re-emerging minimal pathogens / C. Citti, A. Blanchard // Trends Microbiol. - 2013. - Vol. 21. - N. 4. - P. 196-203.

52. Clements, M.O. Polynucleotide phosphorylase is a global regulator of virulence and persistency in Salmonella enterica / M. O. Clements, S. Eriksson, A. Thompson, S. Lucchini, J. C. Hinton, S. Normark, M. Rhen // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2002. - Vol. 99. - P. 8784-8789.

53. Coelho, A.C. Multiple mutations in heterogeneous miltefosine-resistant Leishmania major population as determined by whole genome sequencing / A.C. Coelho, S. Boisvert, A. Mukherjee, P. Leprohon, J. Corbeil, M. Ouellette // PLoS Negl Trop Dis. - 2012. - Vol. 6. - N. 2. - e1512.

54. Cole, R.M. Transmission electron microscopy. Basic techniques / Sh. Razin, J.G. Tully // In: Methods in Mycoplasmology. NY: Academic Press. - Vol. 1. -1983. - P. 43-50.

55. Comas, I. Whole-genome sequencing of rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains identifies compensatory mutations in RNA polymerase genes / I. Comas, S. Borrell, A. Roetzer, G. Rose, B. Malla, M. Kato-Maeda, J. Galagan, S. Niemann, S. Gagneux // Nat Genet. - 2011. - Vol. 44. - N. 1. -P. 106-110.

56. Couldwell, D.L. Failure of moxifloxacin treatment in Mycoplasma genitalium infections due to macrolide and fluoroquinolone resistance / D.L. Couldwell, K.A. Tagg, N.J. Jeoffreys, G.L. Gilbert // Int J STD AIDS. - 2013. - Vol. 24. - N. 10. -P. 822-828.

57. Darmon, E. Bacterial genome instability / E. Darmon, D.R. Leach // Microbiol Mol Biol Rev. - 2014. - Vol. 78. - N. 1. - P. 1-39.

58. D'Costa, V.M. Sampling the antibiotic resistome / V.M. D'Costa, K.M. McGrann, D.W. Hughes, G.D. Wright // Science. 2006. - Vol. 311. - N. 5759. - P. 374-377.

59. De Rycke, J. Bacterial cyclostatin, or how do bacteria manipulate the eukaryotic cell cycle / J. De Rycke, B. Ducommun // Med Sci (Paris). - 2003. - Vol. 19. - N. 11. - P. 1128-1136.

60. Deatherage, B.L. Membrane vesicle release in Bacteria, Eukaryotes and Archaea: a conserved yet underappreciated aspect of microbial life / B.L. Deatherage, B.T. Cookson // Infection and Immunity. - 2012. - Vol. 80. - P. 1948-1957.

61. Debabov, D. Antibiotic Resistance: Origins, Mechanisms, Approaches to Counter / D. Debabov // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2013. - Vol. 49. -N.8. - P. 665-671.

62. Delcour, A.H. Outer Membrane Permeability and Antibiotic Resistance / A.H. Delcour // Biochim Biophys Acta. - 2009. - Vol. 1794. - N. 5. - P. 808-816.

63. Dorward, D.W. Export and intercellular transfer of DNA via membrane blebs of Neisseria gonorrhoeae / D.W. Dorward, C.F. Garon, R.C. Judd // J Bacteriol. -1989. - Vol. 171. - N. 5. - P. 2499-2505.

64. Douglas, C.W. Physiological adaptations of key oral bacteria / C.W. Douglas, K. Naylor, C. Phansopa, A.M. Frey, T. Farmilo,G.P. Stafford // Adv Microb Physiol. - 2014. - Vol. 65. - P. 257-335.

65. Drexler, H.G. Mycoplasma contamination of cell cultures: Incidence, sources, effects, detection, elimination, prevention / H.G. Drexler, C. C. Uphoff // Cytotechnology. - 2002. - Vol. 39. - N. 2. - P. 75-90.

66. Duret, S. Spiralin is not essential for helicity, motility, or pathogenicity but is required for efficient transmission of Spiroplasma citri by its leafhopper vector Circulifer haematoceps / S. Duret, N. Berho, J.L. Danet et al. // Appl. Environ. Microbiol. - 2003. - Vol. 69. - P. 6225-6234.

67. Dwyer, D.J. Gyrase inhibitors induce an oxidative damage cellular death pathway in Escherichia coli / D.J. Dwyer, M.A. Kohanski, B. Hayete, J.J. Collins // Mol Syst Biol.- 2007. - Vol.3. - N. 91. - doi:10.1038/msb4100135.

68. Ellen, A.F. Proteomic analysis of secreted membrane vesicles of archaeal Sulfolobus species revcals the presence of endosome sorting complex components / A. F. Ellen, S. V. Albers, W. Huibers, et al. // Extremophiles. - 2007. - Vol. 13. - P. 6779.

69. Ellis, T.N. Virulence and immunomodulatory roles of bacterial outer membrane vesicles / T. N. Ellis, M. J. Kuehn // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2010. -Vol. 74. - P. 81-94.

70. Fisunov, G.Y. Core Proteome of the Minimal Cell: Comparative Proteomics of Three Mollicute Species / G.Y. Fisunov, D.G. Alexeev, N.A. Bazaleev, V.G. Ladygina, M.A. Galyamina, I.G. Kondratov, N.A. Zhukova, M.V. Serebryakova, I.A. Demina, V.M. Govorun // PLoS One. - 2011. - Vol. 6. - N. 7. - doi: 10.1371/journal.pone.0021964

71. Fox, G.E. The phylogeny of prokaryotes / G.E. Fox, E. Stackebrandt, R.B. Hespell et al. // Science. - 1980. - Vol. 209. - P. 457-463.

72. Franceschi, F. Macrolide Resistance from the Ribosome Perspective / F. Franceschi, Z. Kanyo, E.C. Sherer, J. Sutcliffe // Current Drug Targets - Infectious Disorders. - 2004. - V. 4. - N.3. - P. 177-191.

73. Friedrich, A. Natural transformation in mesophilic and thermophilic bacteria: identification and characterization of novel, closely related competence genes in Acinetobacter sp. strain BD413 and Thermus thermophilus HB27 / A. Friedrich, T. Hartsch, B. Averhoff // Appl Environ Microbiol. - 2001. - Vol. 67. - N. 7. - P. 31403148.

74. Gaudin, M. Hyperthermophilic archaea produce membrane vesicles that can transfer DNA / M. Gaudin, E. Gauliard, S. Schouten, L. Houel-Renault, P. Lenormand, E. Marguet, P. Forterre // Environ Microbiol Rep. - 2013. - Vol. 5. - N. 1. - P. 109-16.

75. Gerrits, M.M. 16S rRNA Mutation-Mediated Tetracycline Resistance in Helicobacter pylori / M.M. Gerrits, M.R. de Zoete, N.L.A. Arents, E.J. Kuipers, J.G. Kusters // Antimicrob Agents Chemother. - 2002. - Vol. 46. - N. 9. - P. 2996-3000.

76. Giedraitiene, A. Antibiotic Resistance Mechanisms of Clinically Important Bacteria / A. Giedraitiene, A. Vitkauskiene, R. Naginiene, A. Pavilonis // Medicina (Kaunas). - 2011. - Vol. 47. - N. 3. - P. 137-46.

77. Gillespie, S.H. Genomic Investigations unmask Mycoplasma amphoriforme, a new respiratory pathogen / S.H. Gillespie, C.L. Ling, K. Oravcova, M.

Pinheiro, L .Wells, J.M. Bryant, T.D. McHugh, C. Bébéar, D. Webster, S.R. Harris, H.M. Seth-Smith, N.R. Thomson // Clin Infect Dis. - 2015. - Vol. 60. - P. 381-388.

78. Giraud, E. Evidence for Active Efflux as the Primary Mechanism of Resistance to Ciprofloxacin in Salmonella enteric Serovar Typhimurium / E. Giraud, A. Cloeckaert, D. Kerboeuf, E. Chaslus-Dancla // Antimicrob Agents Chemother. - 2000.

- Vol. 44. - N. 5. - P. 1223-1228.

79. Goulhen, F. Subcellular Localization and Cytotoxic Activity of the GroEL-Like Protein Isolated from Actinobacillus actinomycetemcomitans / F. Goulhen, A. Hafezi, V.J. Uitto, D. Hinode, R. Nakamura, D. Grenier, D. Mayrand // Infect Immun.

- 1998. - Vol. 66. - N. 11. - P. 5307-5313.

80. Grande, R. Helicobacter pylori ATCC 43629/NCTC 11639 Outer Membrane Vesicles (OMVs) from Biofilm and Planktonic Phase Associated with Extracellular DNA (eDNA) / R. Grande, M.C Di Marcantonio, I. Robuffo, A. Pompilio,

C. Celia, L. Di Marzio, D. Paolino, M. Codagnone, R. Muraro, P. Stoodley, L. Hall-Stoodley, G. Mincione // Front Microbiol. - 2015. - Vol. 6. doi: 10.3389/fmicb.2015.01369.

81. Gries, C.M. Potassium Uptake Modulates Staphylococcus aureus Metabolism / C.M. Gries, M.R. Sadykov, L.L. Bulock, S.S. Chaudhari, V.C. Thomas, J.L. Bose, K.W. Bayles // mSphere. - 2016. doi: 10.1128/mSphere.00125-16.

82. Grosjean, H. Predicting the minimal translation apparatus: lessons from the reductive evolution of mollicutes / H. Grosjean, M. Breton, P. Sirand-Pugnet, F. Tardy, F. Thiaucourt, C. Citti, A. Barré, S. Yoshizawa, D. Fourmy, V. de Crécy-Lagard, A. Blanchard // PLoS Genet. - 2014. - Vol. 10. - N. 5. doi: 10.1371/journal.pgen.1004363.

83. Gruson, D. In Vitro Development of Resistance to Six and Four Fluoroquinolones in Mycoplasma pneumonia and Mycoplasma hominis, Respectively //

D. Gruson, S. Pereyre, H. Renaudin, A. Charron, C. Bebear // Antimicrob Agents Chemother. - 2005. Vol. 49. - N.3. - P. 1190-1193.

84. Haddad, N. Polynucleotide phosphorylase has an impact on cell biology of Campylobacter jejuni / N. Haddad, O. Tresse, K. Rivoal, D. Chevret, Q. Nonglaton,

C.M. Burns, H. Prévost, J.M. Cappelier // Front Cell Infect Microbiol. - 2012. . - Vol. 2. - N. 30. - P. 1-13.

85. Händel, N. Compensation of the metabolic costs of antibiotic resistance by physiological adaptation in Escherichia coli / N. Händel, J.M. Schuurmans, S. Brul, B.H. ter Kuile // Antimicrob Agents Chemother. - 2013. - Vol. 57. - N. 8. - P. 37523762.

86. Hao, H. Mutational and transcriptomic changes involved in the development of macrolide resistance in Campylobacter jejuni / H. Hao, Z. Yuan, Z. Shen, J. Han, O. Sahin, P. Liu, Q. Zhang // Antimicrob Agents Chemother. - 2013. -Vol. 57. - N.3. - P. 1369-1378.

87. Haurat, M.F. Prokaryotic membrane vesicles: new insights on biogenesis and biological roles / M.F. Haurat , W. Elhenawy , M.F. Feldman // Biol Chem. - 2015. Vol. 396. - N. 2. - P. 95-109.

88. Henderson, B. Bacterial moonlighting proteins and bacterial virulence / B. Henderson, A. Martin // Curr Top Microbiol Immunol. - 2013. - Vol. 358. - P. 155213.

89. Ho, M.H. Functional advantages of Porphyromonas gingivalis vesicles / M.H. Ho, C.H. Chen, J.S. Goodwin, B.Y. Wang, H. Xie // PLoS One.- 2015. - Vol. 10. - N. 4. - e0123448.

90. Hoff, K.J. The effect of sequencing errors on metagenomic gene prediction / K.J. Hoff // BMC Genomics. - 2009. - Vol.10. - N. 520. - doi: 10.1186/1471-216410-520.

91. Huddleston J, R. Horizontal gene transfer in the human astrointestinal tract: potential spread of antibiotic resistance genes / J.R. Huddleston // Infect Drug Resist. - 2014. - Vol. 7. - P. 167-176.

92. Hyytiäinen, H. Effect of ciprofloxacin exposure on DNA repair mechanisms in Campylobacter jejuni / H. Hyytiäinen, P. Juntunen, T. Scott, L. Kytömäki, R. Venho, A. Laiho, S. Junttila, A. Gyenesei, J. Revez, M.L. Hänninen // Microbiology. - 2013. - Vol. 159. - N. 12. - P. 2513-2523.

93. Jacoby, G.A. Mechanisms of Resistance to Quinolones / G.A. Jacoby // Clinical Infectious Diseases. - 2005. - Vol. 41. - P. 120-126.

94. Jia, L. Pharmacoproteomic effects of isoniazid, ethambutol, and N-geranyl-N'-(2-adamantyl)ethane-1,2-diamine(SQ109) on Mycobacterium tuberculosis H37Rv / L. Jia, L. Coward, G.S. Gorman, P.E. Noker, J.E. Tomaszewski // J Pharmacol Exp Ther. - 2005. - Vol. 315. - N. 2. - P. 905-911.

95. Jiang, Y. Membrane vesicles of Clostridium perfringens type A strains induce innate and adaptive immunity / Y. Jiang, Q. Kong, K.L. Roland, R. Curtiss // Int J Med Microbiol. - 2014. - Vol. 304. - N. 3-4. - P. 431-443.

96. Kapitanov, A.B. Cholesterol accumulation in plasma membrane and changes of membrane enzyme activity of Acholeplasma laidlawii cells during culture ageing / A.B. Kapitanov, V.F. Ivanova, V.G. Ladygina // Mech. Ageing Dev. - 1990. -Vol. 55. - P. 161-169.

97. Kim, J.H. EVpedia: A community web resource for prokaryotic and eukaryotic extracellular vesicles research / J.H. Kim, J. Lee, J. Park, Y.S. Gho // Semin Cell Dev Biol. - 2015. - Vol. 40. - P. 97-104.

98. Klieve, A.V. Naturally occurring DNA transfer system associated with membrane vesicles in cellulolytic Ruminococcus spp. of ruminal origin / A.V. Klieve, M.T. Yokoyama, R.J. Forster, D. Ouwerkerk, P.A. Bain, E.L. Mawhinney // Appl Environ Microbiol. - 2005. Vol. 71. - N. 8. - P. 4248-4253.

99. Kobayashi, H. Novel toluene elimination system in a toluene-tolerant microorganism / H. Kobayashi, K. Uematsu, H. Hirayama, K. Horikoshi // J Bacteriol. -2000. - Vol. 182. - N. 22. - P. 6451-6455.

100. Kohanski, M.A. Common Mechanism of Cellular Death Induced by Bactericidal Antibiotics / M.A. Kohanski, D.J. Dwyer, B. Hayete, C.A. Lawrence, J.J. Collins // Cell. 2007. - Vol. 130. - P. 797-810.

101. Kohanski, M.A. How antibiotics kill bacteria: from targets to networks / M.A. Kohanski, D.J. Dwyer, J.J Collins // Nat Rev Microbiol. - 2010. - Vol. 8. - N. 6. - P. 423-435.

102. Koga, V.L. Comparison of Antibiotic Resistance and Virulence Factors among Escherichia coli Isolated from Conventional and Free-Range Poultry / V.L. Koga, S. Scandorieiro, E.C. Vespero, A. Oba, B.G. de Brito, K.C. de Brito, G. Nakazato, R.K. Kobayashi // Biomed Res Int. - 2015. - doi: 10.1155/2015/618752.

103. Kong, L.-C. Fluoroquinolone resistance mechanism of clinical isolates and selected mutants of Pasteurella multocida from bovine respiratory disease in China / L.-C. Kong, D. Gao, Y.-H. Gao, S.-M. Liu, H.-X. Ma // J Vet Med Sci. - 2014. - Vol. 76. - N. 12. - P. 1655-1657.

104. Kube, M. Analysis of the complete genomes of Acholeplasma brassicae, A. palmae and A. laidlawii and their comparison to the obligate parasites from 'Candidates Phytoplasma' / M. Kube, C. Siewert, A.M. Migdoll, B. Duduk, S. Holz, R. Rabus, E. Seemüller, J. Mitrovic, I. Müller, C. Büttner, R. Reinhardt // J Mol Microbiol Biotechnol. - 2014. - Vol. 24. - N. 1. - P. 19-36.

105. Kulp, A. Biological functions and biogenesis of secreted bacterial outer membrane vesicles / A. Kulp, M. J. Kuehn // Rev. Microbiol. - 2010. - Vol. 64. - P. 163-84.

106. Kwon, D. Enhancer-promoter communication at the Drosophila engrailed locus / D. Kwon, K. K. Langlais, D. Mucci, J. L. Americo, S. K. Devido, Y. Cheng, J. A. Kassis // Genes and Development. - 2009. - Vol. 136. - P.3067-3075.

107. Laemmli, U. K. Cleavage of Structural Proteins during the Assembly of the Head of Bacteriophage T4 / U.K. Laemmli, E. Molbert, , M. Showe, E. Kellenberger // Journal Microbiol. Mol. Biol. - 1970. - P. 49-99.

108. Laidlaw, P. P. A new group of filterable organisms / P. P. Laidlaw, W. J. Elford // Proc. Roy. Soc. (London) B. - 1936. - Vol. 120. - P. 292-303.

109. Lazarev, V.N. Complete Genome and Proteome of Acholeplasma laidlawii / V. N. Lazarev, S. A. Levitskii, Y. I. Basovskii, M. M. Chukin, T. A. Akopian, V. V. Vereshchagin, E. S. Kostrjukova, G. Y. Kovaleva, M. D. Kazanov // Journal of Bacteriology. - 2011. - Vol. 193. - P. 4943-4953

110. Lee, E.Y. Global proteomic profiling of native outer membrane vesicles derived from Escherichia coli / E. Y. Lee, J. Y. Bang, G. W. Park, D. S. Choi, J. S.

Kang, H. J. Kim, K. S. Park, J. O. Lee, Y. K. Kim, K. H. Kwon, K. P. Kim, Y. S. Gho // Proteomics. - 2007. - Vol. 7. - P. 3143-3153.

111. Lee, E.Y. Gram-positive bacteria produce membrane vesicles: proteomics-based characterization of Staphylococcus aureus-derived membrane vesicles / E. Y. Lee, D. Y. Choi, D. K. Kim // Proteomics. - 2009. - Vol. 9. - P. 5425-5436.

112. Lee, E.Y. Staphylococcus aureus extracellular vesicles carry biologically active ß-lactamase / E. Y. Lee, S. H. Kim, D. K. Kim, K. S. Park, K. P. Kim, Y. K. Kim, T. Y. Roh, Y. S. Gho // Antimicrob Agents Chemother. - 2013. - Vol. 57. - P. 2589-2595.

113. Lee, J. Proteomic analysis of extracellular vesicles derived from Mycobacterium tuberculosis / J. Lee, S.H. Kim, D.S. Choi, J.S. Lee, D.K. Kim, G. Go, S.M. Park, S.H. Kim, J.H. Shin, C.L. Chang, Y.S. Gho // Proteomics. - 2015. - V. 15. -N.19. - P. 3331-3337.

114. Liu, X. Label-free quantitative proteomics analysis of antibiotic response in Staphylococcus aureus to oxacillin / X. Liu, Y. Hu, P.J. Pai, D. Chen, H. Lam // J Proteome Res. - 2014. - Vol. 13. - N. 3. - P. 1223-1233.

115. Liu, W. Comparative genomics of Mycoplasma: analysis of conserved essential genes and diversity of the pan-genome / W. Liu, L. Fang , M. Li , S. Li , S. Guo , R.Luo , Z. Feng , B. Li ,Z. Zhou , G. Shao , H. Chen , S. Xiao // PLoS One. -2012. Vol. - 7. N.4. - e35698.

116. Lluch-Senar, M. Comprehensive Methylome Characterization of Mycoplasma genitalium and Mycoplasma pneumoniae at Single-Base Resolution / M. Lluch-Senar, K. Luong, V. Llorens-Rico, J. Delgado, G. Fang, K. Spittle, T.A. Clark, E. Schadt, S. W. Turner, J. Korlach, L. Serrano // PLoS Genet. - 2013. - Vol. 9. - N. 1. -doi: 10.1371/journal.pgen.1003191.

117. MacDonald, I.A. Offense and defense: microbial membrane vesicles play both ways / I.A. MacDonald, M.J. Kuehn // Res Microbiol. - 2012. - Vol. 163. - N. 910. - P. 607-618.

118. Malfatti, F. High-resolution imaging of pelagic bacteria by atomic force microscopy and implications for carbon cycling / F. Malfatti, T.J. Samo, F. Azam // ISME J. - 2010. - V. 4. - P. 427-439.

119. Maniloff, J. Phylogeny and Evolution / J. Maniloff // In: Molecular biology and pathogenicity of Mycoplasmas (Ed. Sh. Razin, R. Herrman) // Kluwer Academic/Plenum Publishers, NY. - 2002. - P. 572.

120. Manning, A.J. Contribution of bacterial outer membrane vesicles to innate bacterial defense / A. J. Manning, M. J. Kuehn // Microbiol. - 2011. - Vol. 11. - P. 258.

121. Maredia, M. Vesiculation from Pseudomonas aeruginosa under SOS / R. Maredia, N. Devineni, P. Lentz // The Scientific World Journal. - 2012. -doi:10.1100/2012/402919.

122. Mariam, DH. Effect of rpoB mutations conferring rifampin resistance on fitness of Mycobacterium tuberculosis / D.H. Mariam, Y. Mengistu, S.E. Hoffner, D.I. Andersson // Antimicrob Agents Chemother. - 2004. - Vol. 48. - N. 4. - P. 1289-1294.

123. Marinus, M.G. Roles of DNA adenine methylation in host-pathogen interactions: mismatch repair, transcriptional regulation, and more / M.G. Marinus, J. Casadesus // FEMS Microbiol Rev. - 2009. - Vol. 33. - N. 3. - P. 488-503.

124. Mariotti, E. Mollicutes contamination: a new strategy for an effective rescue of cancer cell lines / E. Mariotti, F. D'Alessio, P. Mirabelli, R. Di Noto, G. Fortunato, L. Del Vecchio // Biologicals. - 2012. - Vol. 40. - N. 1. - P. 88-91.

125. Martinez, J.L. Interactions among strategies associated with bacterial infection: pathogenicity, epidemicity, and antibiotic resistance / J.L. Martinez, F. Baquero // Clin Microbiol Rev. - 2002. - Vol. 15. - N. 4. - P. 647-679.

126. Mashburn-Warren, L.M. Structural requirements ot the Pseudomonas quinolone signal tor membrane vesicle stimulation / L.M. Mashburn-Warren, J. Howe, K. Brandernburg, M. Whiteley // Mol. Microbiol. - 2009. - Vol. 191. - P. 3411-3414.

127. Mathieu, A. Discovery and Function of a General Core Hormetic Stress Response in E. coli Induced by Sublethal Concentrations of Antibiotics / A. Mathieu, S. Fleurier, A. Frenoy, J. Dairou, M.F. Bredeche, P. Sanchez-Vizuete, X. Song, I. Matic // Cell Rep. - 2016. - Vol. 17. - N. 1. - P. 46-57.

128. McBroom A.J. Bacterial nanoparticles: genetic, biochemical, and functional characterization of outer membrane vesicle production by gram-negative bacteria. Doctoral dissertation. Duke University, USA, 2006.

129. Medvedeva, E.S. Extracellular vesicles of mycoplasmas and development of resistance to quinolones in bacteria / E.S. Medvedeva, N.B. Baranova, A.A. Mouzykantov, T.Y. Grigoreva, M.N. Davydova, O.A. Chernova, V.M. Chernov // Dokl Biochem Biophys. -2014. - Vol. 454. - N.1. - P. 34-37.

130. Medvedeva, E.S. Genomic and proteomic profiles of Acholeplasma laidlawii strains differing in sensitivity to ciprofloxacin / E.S. Medvedeva, M.N. Davydova, A.A. Mouzykantov, Baranova, T.Y. Grigoreva, M.N. Siniagina, E.A. Boulygina, O.A. Chernova, V.M. Chernov // Dokl Biochem Biophys. - 2016. - Vol. 466. - N.2. - P. 228-232.

131. Meng, D.-Y. Molecular mechanism of fluoroquinolones resistance in Mycoplasma hominis clinical isolates / D.-Y. Meng, C.-J. Sun, J.-B. Yu, J. Ma, W.-C. Xue // Braz J Microbiol. - 2014. - Vol. 45. - P. 239-242.

132. Minarini, L. Mutations in the quinolone resistance-determining regions of gyrA and parC in Enterobacteriaceae isolates from Brazil / L. Minarini, A.L. Darini // Braz J Microbiol. - 2012. - Vol. 43. - N. 4. - P. 1309-1314.

133. Mu, D. Physiological and transcriptomic analyses reveal mechanistic insight into the adaption of marine Bacillus subtilis C01 to alumina nanoparticles / D. Mu, X. Yu, Z. Xu, Z. Du, G. Chen // Sci Rep. - 2016. doi: 10.1038/srep29953.

134. Muela, A. Changes in Escherichia coli outer membrane subproteome under environmental conditions inducing the viable but nonculturable state / A. Muela, C. Seco, E. Camafeita, I. Arana, M. Orruño, J.A. López, I. Barcina // FEMS Microbiol Ecol. - 2008. - Vol. 64. - N. 1. - P. 28-36.

135. Nascimento, N.C. Genome Sequence of Mycoplasma parvum (Formerly Eperythrozoon parvum), a Diminutive Hemoplasma of the Pig / N.C. Nascimento, A.P. dos Santos, Yuefeng Chu, A.M. Guimaraes, A. Pagliaro, J. Messick // Genome Announc. -2013. Vol. 1. - N.6. e00986-13.

136. Neri, A. Neisseria meningitidis rifampicin resistant strains: analysis of protein differentially expressed / A. Neri, G. Mignogna, C. Fazio, A. Giorgi, M.E. Schininá, P. Stefanelli // BMC Microbiology. - 2010. - Vol. 10. - N. 246. - doi: 10.1186/1471-2180-10-246.

137. Nicolas, M. ABC transporters in Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma synoviae: insights into evolution and pathogenicity /M.F. Nicolas, F.G. Barcellos, P.N. Hess, M. Hungria // Genet. Mol. Biol. - 2007. - Vol.30. - N.1. doi.org/10.1590/S1415-47572007000200006.

138. Nikfarjam, L. Prevention and Detection of Mycoplasma Contamination in Cell Culture / L. Nikfarjam, P. Farzaneh // Cell J. (Yakhteh). - 2012. - Vol. 13. - P. 203-212.

139. Nguyen, C.T. Stress responses in Streptococcus species and their effects on the host / C.T. Nguyen, S.S. Park, D.K. Rhee // J Microbiol. - 2015. - Vol. 53. - N. 11. - P. 741-749.

140. Olaitan, AO. Genomic Plasticity of Multidrug-Resistant NDM-1 Positive Clinical Isolate of Providencia rettgeri / A.O. Olaitan, S.M. Diene, M.V. Assous, J.M. Rolain // Genome Biol Evol. - 2016. - Vol. 8. - N. 3. - P. 723-728.

141. Olaya-Abril, A. Characterization of protective extracellular membrane-derived vesicles produced by Streptococcus pneumonia / A. Olaya-Abril, R. Prados-Rosales, M.J. McConnell, R. Martín-Peña, J.A. González-Reyes, I. Jiménez-Munguía, L. Gómez-Gascón, J. Fernández, J.L. Luque-García, C. García-Lidón, H. Estévez, J. Pachón, I. Obando, A. Casadevall, L.A. Pirofski, M.J. Rodríguez-Ortega // J Proteomics. - 2014. - Vol. 106. - P. 46-60.

142. O'Regan, E. Fitness costs and stability of a high-level ciprofloxacin resistance phenotype in Salmonella enterica serotype enteritidis: reduced infectivity associated with decreased expression of Salmonella pathogenicity island 1 genes / E. O'Regan, T. Quinn, J.G. Frye, J.M. Pages, S. Porwollik, P.J. Fedorka-Cray, M. McClelland, S. Fanning // Antimicrob Agents Chemother. - 2010. - Vol. 54. - N. 1. -P. 367-374.

143. Park, A. J. Antimicrobial targets localize to the extracellular vesicle-associated proteome of Pseudomonas aeruginosa grown in a biofilm / A. J. Park, D. S. Matthew, C. M. Khursigara // Front. Microbiol . - 2014. - Vol. 38. - P. 464.

144. Peleg, A.Y. Whole genome characterization of the mechanisms of daptomycin resistance in clinical and laboratory derived isolates of Staphylococcus aureus / A.Y. Peleg, S. Miyakis, D.V. Ward, A.M. Earl, A. Rubio, D.R. Cameron, S. Pillai, Jr. R.C. Moellering, G.M. Eliopoulos // PLoS ONE. - 2012. - Vol. 7. - N. 1. -e28316.

145. Pereyre, S. Mutations in 23S rRNA account for intrinsic resistance to macrolides in Mycoplasma hominis and Mycoplasma fermentans and for acquired resistance to macrolides in M. hominis / S. Pereyre, P. Gonzalez, B. De Barbeyrac, A. Darnige, H. Renaudin, A. Charron, S. Raherison, C. Bébéar, C.M. Bébéar // Antimicrob Agents Chemother. - 2002. - Vol. 46. - P. 3142-3150.

146. Pérez-Cruz, C. New type of outer membrane vesicle produced by the Gram-negative bacterium Shewanella vesiculosa M7T: implications for DNA content / C. Pérez-Cruz, O. Carrión, L. Delgado, G. Martinez, C. López-Iglesias, E. Mercade // Appl Environ Microbiol. - 2013. Vol. 79. - N.6. - P. 1874-1881.

147. Perry, J.A. The antibiotic resistome: what's new? / J.A. Perry, E.L. Westman, G.D. Wright // Curr. Opin. Microbiol. - 2014. - Vol. 21. - P. 45-50.

148. Pettit, R.K. The interaction of naturally elaborated blebs from serum-susceptible and serum-resistant strains of Neisseria gonorrhoeae with normal human serum / R.K. Pettit, R.C. Judd // Mol Microbiol. - 1992. - Vol. 6. - N. 6. - P. 729-734.

149. Pfaffl, M.W. A new mathematical model for relative quantification in realtime RT-PCR / M.W. Pfaffl // Nucleic Acids Res. - 2001. - Vol. 29. - N. 9.- e45.

150. Phadtare, S. Cold-shock proteins / S. Phadtare, M. Inouye // In: Psychrophiles: from biodiversity to biotechnology (Ed. R. Margesin, F. Schinner, J.-C. Marx, C. Gerday // Springer-Verlag Berlin Heidelberg, Innsbruck, Austria. - 2008. - P. 191-209.

151. Pich, O.Q. Role of Mycoplasma genitalium MG218 and MG317 cytoskeletal proteins in terminal organelle organization, gliding motility and

cytadherence / O.Q. Pich, R. Burgos, M. Ferrer-Navarro, E. Querol, J. Pinol // Microbiology. - 2008. - Vol. 154. - N. 10. - P. 3188-3198.

152. Piddock, L.J. Multidrug-resistance efflux pumps - not just for resistance / L.J. Piddock // Nat Rev Microbiol. - 2006. - Vol. 4. - N. 8. - P. 629-36.

153. Piddock, L.J. Understanding the basis of antibiotic resistance: a platform for drug discovery / L.J. Piddock // Microbiology. - 2014. - Vol. 160. Pt.11. - P. 23667233.

154. Poole, K. Efflux-Mediated Resistance to Fluoroquinolones in GramNegative Bacteria / K. Poole // Antimicrob Agents Chemother. - 2000. - Vol. 44. - N. 9. - P. 2233-2241.

155. Qin, T.T. SOS response and its regulation on the fluoroquinolone resistance / T.T. Qin, H.Q. Kang, P. Ma, P.P. Li, L.Y.Huang, B. Gu // Ann Transl Med. - 2015. - Vol. 3. - N. 22. - P. 358-375.

156. Rafii, F. Alterations in DNA gyrase and topoisomerase IV in resistant mutants of Clostridium perfringens found after in vitro treatment with fluoroquinolones / F. Rafii, M. Park, J.S. Novak // Antimicrob Agents Chemother. - 2005. - Vol. 49. - N. 2. - P. 488-492.

157. Raherison, S. Evidence of active efflux in resistance to ciprofloxacin and to ethidium bromide by Mycoplasma hominis / S. Raherison, P. Gonzalez, H. Renaudin, A. Charron, C. Bebear, C.M. Bebear // Antimicrob Agents Chemother. - 2002. - Vol. 46. - P. 672-679.

158. Raherison, S. Increased expression of two multidrug transporter-like genes is associated with ethidium bromide and ciprofloxacin resistance in Mycoplasma hominis / S. Raherison, P. Gonzalez, H. Renaudin, A. Charron, C. Bebear, C.M. Bebear // Antimicrob Agents Chemother. - 2005. - V. 49. - P. 421-424.

159. Rao, T. Structure of Est3 reveals a bimodal surface with differential roles in telomere replication / T. Rao // Proc Natl Acad Sci. - 2014. - V.111. - P. 214-218.

160. Razin, A. Methylated bases in mycoplasmal DNA / A. Razin, Sh. Razin // Nucleic Acids Res. - 1980. - Vol. 8. - P. 1383-1390.

161. Razin, Sh. The Genus Mycoplasma and Related Genera (Class Mollicutes) / Sh. Razin // Prokaryotes. - 2006. - V.4. - P. 836-904.

162. Razin, Sh. Highlights of mycoplasma research - An historical perspective / Sh. Razin, L. Hayflick // Biologicals. - 2010. - Vol. 38. - P. 183-190.

163. Redgrave, L. S. Fluoroquinolone resistance: mechanisms, impact on bacteria, and role in evolutionary success / L. S. Redgrave, S. B. Sutton, M. A. Webber, L. J. V. Piddock // Trends Microbiol. - 2014. - V. 22. - N. 8. - P. 438-445.

164. Renzone, G. Differential proteomic analysis in the study of prokaryotes stress resistance / G. Renzone, C. D'Ambrosio, S. Arena et al. // Ann. Ist. Super Sanita.

- 2005. - Vol. 41. - P. 459-468.

165. Robicsek, A. Fluoroquinolone-modifying enzyme: a new adaptation of a common aminoglycoside acetyltransferase / A. Robicsek, J. Strahilevitz, G.A. Jacoby, M. Macielag, D. Abbanat, C.H. Park, K. Bush, D.C..Hooper // Nat Med. - 2006. - Vol. 12. - N. 1. - P. 83-88.

166. Rosenzweig, J.A. The exoribonuclease Polynucleotide Phosphorylase influences the virulence and stress responses of yersiniae and many other pathogens / J.A. Rosenzweig, A.K. Chopra // Front Cell Infect Microbiol. - 2013. - Vol. 3. - N. 81.

- P. 1-8.

167. Rottem, S. Interaction of mycoplasmas with host cells / S. Rottem // Physiol Rev. - 2003. - Vol. 83. - N. 2. - P. 417-432.

168. Rottem, S. Contamination of Tissue Cultures by Mycoplasmas, Biomedical Tissue Culture / S. Rottem, N.S.L. Kosower., J.D. Kornspan // Ceccherini-Nelli - 2012 - P. 953-978.

169. Rumbo, C. Horizontal transfer of the OXA-24 carbapenemase gene via outer membrane vesicles: a new mechanism of dissemination of carbapenem resistance genes in Acinetobacter baumannii / C. Rumbo, Fernandez-Moreira E., Merino M., Poza M., Mendez J.A., Soares N.C., Mosquera A., Chaves F., Bou G. // Antimicrob. Agents Chemother. - 2011. - V. 55. - P. 3084-3090.

170. Sánchez-Romero, M.A. DNA methylation in bacteria: from the methyl group to the methylome / M.A. Sánchez-Romero, I. Cota, J. Casadesús // Curr Opin Microbiol. - 2015. - Vol. 25. - P. 9-16.

171. Schaar, V. Moraxella catarrhalis outer membrane vesicles carry ß-lactamase and promote survival of Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae by inactivating amoxicillin / V. Schaar, T. Nordström, M. Mörgelin, K. Riesbeck // Antimicrob Agents Chemother. - 2011. - V. 55. - N. 8. - P. 3845-3853.

172. Schertzer, J.W. Bacterial outer membrane vesicles in trafficking, communication and the host-pathogen interaction / J.W. Schertzer, M. Whiteley // J Mol Microbiol Biotechnol. - 2013. - Vol. 23. - P. 118-30.

173. Shigemura, K. Association of overexpression of efflux pump genes with antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosastrains clinically isolated from urinary tract infection patients / K. Shigemura, K. Osawa, A. Kato, I. Tokimatsu, S. Arakawa, T. Shirakawa, M. Fujisawa // J Antibiot (Tokyo). - 2015. - Vol. 68. - N. 9. - P. 568572.

174. Siewert, C. Complete genome determination and analysis of Acholeplasma oculi strain 19L, highlighting the loss of basic genetic features in the Acholeplasmataceae / C. Siewert, W.R. Hess, B. Duduk, B. Huettel, R. Reinhardt, C. Büttner, M. Kube // BMC Genomics. - 2014. - Vol. 15. - P. 931.

175. Sladek, T.L. Endonuclease from Acholeplasma laidlawii strain JA1 associated with in vivo restriction of DNA containing 5-methylcytosine / T.L. Sladek, J. Maniloff // Isr. J. Med. Sci. - 1987. - Vol. 23. - P. 423-426.

176. Smitherman, L.S. Bartonella bacilliformis GroEL: effect on growth of human vascular endothelial cells in infected cocultures / L.S. Smitherman, M.F. Minnick // Ann N Y Acad Sci. - 2005. - Vol. 1063. - P. 286-298.

177. Song, Y. Additional Routes to Staphylococcus aureus Daptomycin Resistance as Revealed by Comparative Genome Sequencing, Transcriptional Profiling, and Phenotypic Studies / Y. Song, A. Rubio, R. K. Jayaswa, J. A. Silverman, B. J. Wilkinson // PLoS One. - 2013. - V. 8. - N. 3. - e58469.

178. Staats, C.C. Comparative genome analysis of proteases, oligopeptide uptake and secretion systems in Mycoplasma spp / C. C. Staats, J. Boldo, L. Broetto // GeneticsAndMolecularBiology. - 2007. - Vol. 30. - P. 225-229.

179. Su, H.C. The development of ciprofloxacin resistance in Pseudomonas aeruginosa involves multiple response stages and multiple proteins / H.C. Su, K. Ramkissoon, J. Doolittle, M. Clark, J. Khatun, A. Secrest, M.C. Wolfgang, M.C. Giddings // Antimicrob Agents Chemother. - 2010. - Vol. 54. - N. 11. - P. 4626-4635.

180. Su, H. S. Comparative Genome Analysis of Ciprofloxacin-Resistant Pseudomonas aeruginosa Reveals Genes Within Newly Identified High Variability Regions Associated With Drug Resistance Development / H. S. Su, J. Khatun, D. Kanavy // Microbial drug resistance. - 2013 - Vol. 24. - P. 1019.

181. Sukumaran, D. Antibiotic resistance and virulence genes of extraintestinal pathogenic Escherichia coli from tropical estuary, South India / D. Sukumaran, M. Hatha // J Infect Dev Ctries. - 2015. - Vol. 9. - N. 5. - P. 496-504.

182. Sun, S. Evolution of broad spectrum ß-lactam resistance in an engineered metallo-ß-lactamase / S. Sun, W. Zhang, B. Mannervik, D.I. Andersson // J Biol Chem. - 2013. - Vol. 288. - N. 4. - P. 2314-2324.

183. Sutcliffe, J.A. Mechanisms of resistance to macrolides, Iincosamides, and ketolides / J.A. Sutcliffe, R. Leclercq // In Macrolide Antibiotics (Ed. W. Schonfeld, H. A. Kirst) // BirkMuser Verlag, Basel, Switzerland. - 2002. - P. 281-317.

184. Swick, M.C. Expression of multidrug efflux pump genes acrAB-tolC, mdfA, and norE in Escherichia coli clinical isolates as afunction of fluoroquinolone and multidrug resistance / M.C. Swick, S.K. Morgan-Linnell, K.M. Carlson, L. Zechiedrich // Antimicrob Agents Chemother. - 2011. - Vol. 55. - N. 2. - P. 921-924.

185. Taneja, N. Enhanced resistance to fluoroquinolones in laboratory-grown mutants & clinical isolates of Shigella due to synergism between efflux pump expression & mutations in quinolone resistance determining region / N. Taneja, A. Mishra, A. Kumar, G. Verma, M. Sharma // Indian J Med Res. - 2015. - Vol. 141. - N. 1. - P. 81-89.

186. Taraskina, A.E. Drift of tetM determinant in urogenital microbiocenosis containing mycoplasmas during treatment with a tetracycline antibiotic / A.E. Taraskina, A.M. Savicheva, T.A. Akopian, A.E. Soroka, K.T. Momynaliev, V.M. Govorun // Bull Exp Biol Med. - 2002. - Vol. 134. - N. 1. - P. 60-63.

187. Tagg, K.A. Fluoroquinolone and macrolide resistance-associated mutations in Mycoplasma genitalium / K.A. Tagg, N.J. Jeoffreys, D.L. Couldwell, J.A. Donald, G.L. Gilbert // J Clin Microbiol. - 2013. - Vol. 51. - N. 7. - P. 2245-2249.

188. Tani, K. Roles of extracellular DNA in bacterial ecosystem / K. Tani, M. Nasu // In Extracellular Nucleic Acids (Ed. Y. Kikuchi, E.Y. Rykova) // Springer Science & Business Media, Berlin, Heidelberg. - 2010. - P. 25-39.

189. Tan, S.Y. Comparative Genomic Analysis of Rapid Evolution of an Extreme-Drug-Resistant Acinetobacter baumannii Clone / S.Y. Tan, S.L. Chua, Y. Liu, N. H0iby, L.P. Andersen, M. Givskov, Z. Song, L. Yang // Genome Biol Evol. - 2013. Vol. 5. - P. 807-818.

190. Tao, J. Mycobacterium fluoroquinolone resistance protein B, a novel small GTPase, is involved in the regulation of DNA gyrase and drug resistance / J. Tao, J. Han, H. Wu, X. Hu, J. Deng, J. Fleming, A. Maxwell, L. Bi, K. Mi // Nucleic Acids Res. - 2013. - Vol. 41. - N. 4. - P. 2370-2381.

191. Tashiro, Y. Pseudomonas quinolone signal affects membrane vesicle production in not only gram-negative but also gram-positive bacteria / Y. Tashiro, S. Ichikawa, T. Nakajima-Kambe, H. Uchiyama, N. Nomura // Microbes Environ. - 2010. - Vol. 25. - N. 2. - P. 120-125.

192. Thaker, M. The tetracycline resistome / M. Thaker, P. Spanogiannopoulos, G. D. Wright // Cell Mol Life Sci. - 2010. - Vol. 67. - P. 419-431.

193. Thomas, C.M. Resistance to and synthesis of the antibiotic mupirocin / C.M. Thomas, J. Hothersall , C.L. Willis ,T.J. Simpson // Nat Rev Microbiol. - 2010. -Vol. 8. - N. 4. - P. 281-289.

194. Thomas, C.M. Characterization of pyruvate dehydrogenase subunit B and enolase as plasminogen-binding proteins in Mycoplasma pneumoniae / C.M. Thomas, E. Jacobs, R. Dumke // Microbiology. - 2013. - Vol. 159. - P. 352-365.

195. Torres-Barcelo, C. The SOS response increases bacterial fitness, but not evolvability, under a sublethal dose of antibiotic / C. Torres-Barcelo, M. Kojadinovic, R. Moxon , R.C. MacLean // Proc Biol Sci. - 2015. - Vol. 272. - doi: 10.1098/rspb.2015.0885.

196. Traglia, G.M. Whole-genome sequence analysis of the naturally competent Acinetobacter baumannii clinical isolate A118 / G.M. Traglia, K, Chua, D. Centron, M.E. Tolmasky, M.S. Ramirez // Genome Biol Evol. - 2014. - Vol. 6. - N. 9.

- P. 2235-2239.

197. Turkmani, A. Uptake of ciprofloxacin and ofloxacin by 2 Brucella strains and their fluoroquinolone-resistant variants under different conditions. An in vitro study / A. Turkmani, A. Psaroulaki, A. Christidou, G. Samoilis, T.A. Mourad, D. Tabaa, Y. Tselentis // Diagn Microbiol Infect Dis. - 2007. - Vol. 59. - N. 4. - P. 447-451.

198. Uphoff, C.C. Detecting mycoplasma contamination in cell cultures by polymerase chain reaction / C. C. Uphoff, H.G. Drexler // Methods Mol. Biol. - 2011a.

- Vol. 731. - P. 93-103.

199. Uphoff, C.C. Elimination of mycoplasmas from infected cell lines using antibiotics / C .Uphoff, H. Drexler // Methods Mol. Biol. - 2011b. - Vol. 731. - P. 105114.

200. Uphoff C.C. Detection of mycoplasma contaminations / C.C. Uphoff, H.G. Drexler // Meth. Mol. Biol. 2013. - Vol. 946. - P. 1-13.

201. Uphoff C.C. Detection of Mycoplasma contamination in cell cultures / C.C. Uphoff, H.G. Drexler // Curr Protoc Mol Biol. - 2014a. - Vol. 106. - e28.4.1-28.4.14.

202. Uphoff, C.C. Eradication of Mycoplasma contaminations from cell cultures / C.C. Uphoff, Drexler H.G. // Curr Protoc Mol Biol. - 2014b. - Vol. 106. -e28.5.1-28.5.12.

203. Vidakovic, M.L. B cell activation by outer membrane vesicles-a novel virulence mechanism / M.L. Vidakovics, J. Jendholm, M. Mörgelin, A. Mänsson, C Larsson., L.O. Cardell, K. Riesbeck // PLoS Pathog. - 2010. - Vol. 6. - e1000724.

204. Vishnyakov, I.E. The identification and characterization of IbpA, a novel a-crystallin-type heat shock protein from mycoplasma / I.E. Vishnyakov, S.A. Levitskii, V.A. Manuvera, V.N. Lazarev, J.A. Ayala, V.A. Ivanov, E.S. Snigirevskaya, Y.Y. Komissarchik, S.N. Borchsenius // Cell Stress Chaperones.- 2012.- Vol. 17. - N.2. - P. 171-180.

205. Völker, U. From genomics via proteomics to cellular physiology of the Gram-positive model organism Bacillus subtilis / U. Völker, M. Hecker // Cell. Microbiol. - 2005. - Vol. 7. - P. 1077-1085.

206. Waites, K. B. Emerging antimicrobial resistance in mycoplasmas of humans and animals / K. B. Waites, I. Lysnyansky, C. M. Bebear // In Mollicutes: molecular biology and pathogenesis. UK: Caister Academic Press. - 2014. - P. 350.

207. Wang, W. The relationship between biofilm and outer membrane vesicles: a novel therapy overview / W. Wang, W. Chanda, M. Zhong // FEMS Microbiol Lett. -2015. doi: 10.1093/femsle/fnv117.

208. Webber, M.A. The importance of efflux pumps in bacterial antibiotic resistance / M.A. Webber, L.J. Piddock // J Antimicrob Chemother. - 2003. - Vol. 51. -N. 1. - P. 9-11.

209. Wright, G.D. Bacterial resistance to antibiotics: enzymatic degradation and modification / G.D. Wright // Adv Drug Deliv Rev. - 2005. - Vol. 57. - N. 10. - P. 1451-1470.

210. Wright, G.D. The antibiotic resistome / G.D. Wright // Expert Opin Drug Discov. - 2010. - Vol. 5. - N. 8. - P. 779-788.

211. Wright, G.D. The origins of antibiotic resistance / G.D. Wright // Handb Exp Pharmacol. - 2012. - Vol. 211. - P. 13-30.

212. Wu, Z. Comparative proteome analysis of secreted proteins of Streptococcus suis serotype 9 isolates from diseased and healthy pigs / Z. Wu, W. Zhang, C. Lu // Microb Pathog. - 2008. - Vol. 45. - N. 3. - P. 159-166.

213. Xiao, L. Comparative genome analysis of Mycoplasma pneumonia / L. Xiao, T. Ptacek, J.D. Osborne, D.M. Crabb, W.L. Simmons, E.J. Lefkowitz, K.B. Waites, T.P. Atkinson, K. Dybvig // BMC Genomics. - 2015. - Vol. 16. - P. 610.

214. Xin, D. Molecular mechanisms of macrolide resistance in clinical isolates of Mycoplasma pneumoniae from China / D. Xin, Z. Mi, X. Han, L. Qin, J. Li, T. Wei, X. Chen, S. Ma, A. Hou, G. Li, D. Shi // Antimicrob Agents Chemother. - 2009. - Vol. 53. - N. 5. - P. 2158-2159.

215. Yamaguchi, T. Glutamate neurons in the substantia nigra compacta and retrorubral field / T. Yamaguchi, H. L. Wang, M. Morales //Eur. J. Neurosci. - 2013. Vol. 38. - P. 3602-3610.

216. Yang, H. The AcrAB-TolC pump is involved in multidrug resistance in clinical Shigella flexneri isolates / H. Yang, G.Duan, J. Zhu, R. Lv, Y. Xi , W. Zhang, Q. Fan, M. Zhang // Microb Drug Resist. - 2008. - Vol. 14. - N. 4. - P. 245-249.

217. Yaron, S. Vesicle-mediated transfer of virulence genes from Escherichia coli O157:H7 to other enteric bacteria / S. Yaron, G. L. Kolling, L. Simon et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2000. - Vol. 66. - P. 4414-4420.

218. Zhang, D.F. Functional characterisation of altered outer membrane proteins for tetracycline resistance in Escherichia coli / D.F. Zhang, B. Jiang, Z.M Xiang, S.Y. Wang // Int J Antimicrob Agents. - 2008. - Vol. 32. - N. 4. - P. 315-319.

219. Zhou, Z. Macrolide-Resistant Mycoplasma pneumoniae in Adults in Zhejiang, China / Z. Zhou, X. Li, X. Chen, F. Luo, C. Pan, X. Zheng, F. Tana // Antimicrob Agents Chemother. - 2015. - Vol. 59. - N. 2. - P.1048-1051.

ПРИЛОЖЕНИЕ

Приложение 1. Основные характеристики штаммов А. laidlawii с

дифференциальной чувствительностью к ципрофлоксацину

Характеристика А. 1агй1ашг

PG8BCIP- PG8BCIP+ PG8R10CIP+ PG8RloCIP- PG8SCIP-

МИКс1р, мкг/мл 0.5 20 0.2

Параметры роста: -удельная скорость роста (ц), ч-1;

0.106 0.05 0.094 0.065 0.107

-время генерации (§), ч 6.57 13.87 7.38 10.7 6.46

Морфология и везикуляция:

-размеры клеток, %

• < 120 нм 18 14 8 7 13

• > 120>800 нм 72 80 82 83 46

• > 800 нм 10 6 18 10 41

-форма клеток

(правильные неправильные формы), % -количество ВВ/клетку 82:18 1/4 44:56 1/6 54:46 1/11 79:21 1/13 73:27 1/6

Накопление и эффлюкс С1Р:

-максимальное накопление, мин 2 30 15

-максимальное накопление АБП, 9.37 10.52 23.15

нг/10 клеток

-эффлюкс АБП, мин 30 45 30

-остаточное количество АБП в 5.7 0.72 0.35

клетке через 60 мин

Геномный профиль:

-размер, п.о 1490934 1487042 1490262

-количество генов 1514 1469 1496

-гены, кодирующие белки 1466 1421 1448

-количество мутаций: 182 200

• БКРБ 178 193

• ¡пБе^ 4 7

Протеомный профиль клеток:

-количество идентифицированных 213/14.5 477/32.5 220/15.4 488/34.3 510/35.2

белков/ % от теоретического

протеома (см. гл. 3.4).

Протеомный профиль ВВ:

-количество идентифицированных 97/6.6 62/4.2 17/1.2 19/1.3 78/5.4

белков/ % от теоретического

протеома (см. гл. 3.4).

Приложение 2. Нуклеотидные различия, зарегистрированные в геноме A. laidlawii Р08Я|0относительно A. laidlawii Р08Б_

№ Название продукта2 Название 3 локуса № NCBI4 Позиция5 К6 З7 Тип зам.8 Эф.9

Репл шкация, репарация, рекомбинация Г1 СЫР иро

2 ДНК-гираза, субъединица А Белок, содержащий домен эндонуклеазы I АСЬ_0155 162447025 139754а и С А йИР 8№ НСЗ НСЗ

3 4 ДНК полимераза III, субъединица а Рибонуклеаза НИ АСЬ_0247 АСЬ 0338 162447117 162447204 244573 350318 т т в в 8№ 8№ НСЗ НСЗ

5 6 ДНК топоизомераза !А Белок инициации репликации DnaB АСЬ_0339 АСЬ_0352 162447205 162447218 351880 370640 т т в С 8№ 8№ НСЗ НСЗ

7 Белок репарации ДНК АСЬ_0360 162447226 379874а С А 8№ НСЗ

8 ДНК-хеликаза RuvB структуры Холлидея АСЬ_0370 162447236 389845а в т 8№ НСЗ

9 ДНК топоизомераза IV, субъединица А АСЬ_0380 162447246 398859а С т 8№ НСЗ

10 ДНК-репарирующий белок АТФазы АСЬ_0479 162447342 502360 в т 8№ НСЗ

11 Хеликаза АСЬ_0522 162447384 555043 т в 8№ НСЗ

12 Гипотетический белок АСЬ_0592 162447453 627755а А в 8№ НСЗ

13 Сайт-специфическая тирозиновая рекомбиназа АСЬ_0679 162447539 713724 С А 8№ СЗ

14 Белок мисмэтч-репарации ДНК МШ:82 АСЬ_0814 162447672 849417а С А 8№ НСЗ

15 Белок мисмэтч-репарации ДНК МШ:83 АСЬ_0814 162447672 850739а С т 8№ НСЗ

16 Белок мисмэтч-репарации ДНК АСЬ_0882 162447739 911557 А С 8№ НСЗ

17 Белок мисмэтч-репарации ДНК АСЬ_0883 162447740 912312 А С 8№ НСЗ

Транспорт и метаболизм аминокислот

18 Трансаминаза ароматических аминокислот АСЬ_0022 162446909 28081 в т 8№ НСЗ

19 ДАГФ-синтаза АСЬ_0215 162447085 207943 А С 8№ СЫР НСЗ иро

21 22 3 -дегидроквинат синтаза Транспортная система АВС-типа, АТФ-связывающий белок АСЬ_0499 АГТ 0562 162447361 162447424 522915 599607 С А в А С 81Ч-Р 8№ 8№ НСЗ СЗ НСЗ

23 Триптофансинтаза, субъединица в АСЬ_0777 162447636 813913 А С 8№ НСЗ

24 Аспартат-полуальдегид-дегидрогеназа АСЬ_0788 162447647 823681 А С 8№ НСЗ

25 Диаминопимелинатдекарбоксилаза АСЬ_0790 162447649 826555 А С 8№ НСЗ

26 2и-зависимая карбоксипептидаза АСЬ_0961 162447815 985118 А С 8№ НСЗ

27 Транспортная система АВС-типа, АТФаза АСЬ_1219 162448062 1268468 т в 8№ НСЗ

28 Транспортная система АВС-типа, пермеазный белок АСЬ_1221 162448064 1270592 в т 8№ НСЗ

29 Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок АСЬ_1223 162448066 1273155 С т 8№ СЗ

30 Транспортная система АВС-типа, АТФаза АСЬ_1250 162448093 1301116 А С 8№ НСЗ

31 Транспортная система АВС-типа, пермеаза АСЬ_1284 162448123 1342703 А в 8№ НСЗ

32 Предполагаемая агматиназа АСЬ_1316 162448155 1373811 А С 8№ НСЗ

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Эне ргообразование

33 34 Пируват-формиат-лиаза БЛО-связанная дегидроненаза АС.Ь ЛСЬ 0028 0422 162446915 162447287 32551 443196а О в 1 т 81ЧР 8№ НСЗ НСЗ

35 Флавин-монооксигеназа ЛСЬ 0527 162447389 558485 т в 8№ ПСК

36 Белок семейства нитроредуктаз ЛСЬ 0710 162447570 741899 Л С 8№ СЗ

37 Изопентелилпирофосфат-изомераза ЛСЬ 0797 162447656 834103 т в 8№ НСЗ

38 Н+-транспортирующая АТФаза V-типа, субъединица I ЛСЬ 0978 162447832 1002284а в т 8№ НСЗ

39 Н+-транспортирующая АТФаза F-типа, субъединица эпсилон ЛСЬ 0981 162447835 1005071 С Л 8№ НСЗ

40 Н+-транспортирующая АТФаза F-типа, субъединица В ЛСЬ 0986 162447840 1009621 т Л 8№ НСЗ

41 Н+-транспортирующая АТФаза F-типа, субъединица С ЛСЬ 0987 162447841 1010313а в т 8№ НСЗ

42 Н+-транспортирующая АТФаза F-типа, субъединица А ЛСЬ 0988 162447842 1010666а т в 8№ НСЗ

43 Поверхностная альдокеторедуктаза ЛСЬ 0999 162447853 1021023а С Л 8№ НСЗ

44 Н+-транспортирующая АТФаза V-типа, субъединица I ЛСЬ 1173 162448016 1227501 в т 8№ НСЗ

45 Н+-транспортирующая АТФаза V-типа, субъединица С ЛСЬ 1174 162448017 1227784 т в 8№ СЗ

46 Пируватдегидрогеназа Е1, а-субъединица ЛСЬ 1312 162448151 1371067а С Л 8№ НСЗ

Тра нспорт и метаболизм углеводов

47 Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок ЛСЬ 0271 162447140 278811 Л С 8№ НСЗ

48 Фосфоенолпируватпротеинкиназа ЛСЬ 0436 162447301 458127а С Л 8№ НСЗ

49 Транспортная система АВС-типа, пермеаза ЛСЬ Д РТ 0659 162447519 687746а в т 8№ СЫР НСЗ иро

51 а-амилаза Интегральный мембранный белок ЛСЬ 0721 162447581 759750 в в т 8М-Г 8№ НСЗ НСЗ

52 Интегральный мембранный белок ЛСЬ 0721 162447581 760185 Л в 8№ НСЗ

53 Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок ЛСЬ 0724 162447584 763897 С Л 8№ ВСК

54 Гипотетический белок ЛСЬ Д РТ 1061 162447915 1090829 в С 8№ СЫР НСЗ иро

56 Фосфоглюкомутаза Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок ЛСЬ 1410 162448245 1472472 т в в 8М-Г 8№ НСЗ НСЗ

57 Транспортная система АВС-типа, пермеаза ЛСЬ 1412 162448247 1474804 Л в 8№ НСЗ

Трансляция

58 50S рибосомный белок L14 ЛСЬ 0097 162446967 89296а С Л 8№ НСЗ

59 16S рРНК метилтрансфераза С (RsmC) ЛСЬ Д РТ 0170 162447040 154279 Л д в 8№ СЫР ПСК иро

61 Треонил-тРНК-синтетаза ЛСЬ 0354 162447220 373834а в С т 8М-Г 8№ НСЗ НСЗ

62 Изолейцинаминоацил-тРНК-синтетаза ЛСЬ 0702 162447562 733733а в т 8№ НСЗ

63 тРНК-псевдоуридин-синтаза В ЛСЬ 0812 162447670 848182а С Л 8№ НСЗ

64 тРНК-псевдоуридин-синтаза В ЛСЬ 0812 162447670 848214а в т 8№ НСЗ

65 РНК-связывающий белок, содержащий домен S1 ЛСЬ 1359 162448195 1425072 Л С 8№ НСС

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Защитные механизмы

66 Транспортная система АВС-типа, пермеазный/АТФ-связывающий белок ACL_ 0417 162447282 436448a C A SNP НСЗ

67 Транспортная система АВС-типа, пермеазный/АТФ-связывающий белок ACL_ 0417 162447282 437243a G T SNP ВСК

68 McrBC 5-метилцитозиновый компонент системы рестрикции ACL_ 0634 162447494 660915 T G SNP НСЗ

69 Транспортная система АВС-типа, АТФ-связывающая/пермеазная субъединицы ACL_ 0712 162447572 745856 C A SNP ВСК

70 Транспортная система ABC-типа, АТФаза ACL_ 0888 162447745 921555a C A SNP НСЗ

71 Транспортная система ABC-типа, пермеазная/АТФазная субъединицы ACL_ 1237 162448080 1287920 C A SNP НСЗ

72 Белок рестрикционной системы I типа, субъединица R ACL 1269 162448112 1327286 C A SNP ВСК

Белок рестрикционной системы I типа, субъединица M

73 ACL 1272 162448115 1330894a C A SNP НСЗ

Транспорт и метаболизм неорганических ионов

74 Катион-транспортная АТФаза, Р-типа ACL_ 0145 162447015 131390a G T SNP НСЗ

75 Гипотетический белок ACL_ 0574 162447435 610932a G T SNP ВСК

76 К+/Н+ антипортер, -активируемый ACL_ 0686 162447546 721439 A C SNP ПСК

77 Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок ACL_ 0720 162447580 756736a G T SNP СЗ

78 Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок ACL_ 0720 162447580 757351 A C SNP НСЗ

79 Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок ACL_ 1003 162447857 1024740 A C SNP СЗ

80 Транспортная система АВС-типа, субстрат-связывающий белок ACL_ 1003 162447857 1025288a C A SNP НСЗ

Метаболизм липидов

81 Фосфатидилсерин/фосфатидилглицерофосфат синтаза ACL_ 0025 162446912 30323 C A SNP НСЗ

82 Ацетил-СоА-карбоксилаза, субъединица в ACL_ 0459 162447322 485246a C A SNP НСЗ

83 Гипотетический белок ACL_ 0505 162447367 529849 T G SNP НСЗ

84 Предполагаемая ацил-ацилнесущий белок тиоэстераза ACL_ APT 0794 1 1 OQ 162447653 1 f/)AAHQf/\ 832013 1 1 A.f¿\ СП A Д C с SNP CXTP НСЗ ПРО

Тра нскрипция

86 Транскрипционный регулятор семейства LacI ACL_ 0035 162446921 41824 T G SNP НСЗ

87 ДНК-зависимая РНК-полимераза, в-субъединица ACL_ 0171 162447041 154955 C A SNP НСЗ

88 ДНК-зависимая РНК-полимераза, в'-субъединица ACL_ 0172 162447042 159557 G T SNP НСЗ

89 Фактор элонгации транскрипции МЫшА ACL_ 0317 162447183 327625 A C SNP НСЗ

90 Предполагаемый транскрипционный регулятор семейства XRE ACL_ 0582 162447443 617069a G T SNP СЗ

Транспорт и метаболизм нуклеотидов

91 Рибозофосфат-пирофосфокиназа ACL_ 0018 162446905 21669 C A SNP НСЗ

92 2-деоксирибоза-5-фосфат альдолаза ACL 0699 162447559 730999 T G SNP НСЗ

93 5'-нуклеазо-подобный поверхностный белок ACL_ 0791 162447650 828039 T G SNP ПСК

94 Дезоксицитидиндезаминаза ACL_ 0821 162447679 855558a G T SNP НСЗ

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Посттрансляционная модификация белков, шапероны

95 96 Сериновая протеаза, трипсин-подобная Тиоредоксин АСЬ_0191 АСЬ_0813 162447061 162447671 184968а 849109а С в А А 8№ 8№ НСЗ СЗ

97 98 Тиоредоксинредуктаза Мембранносвязанная АТФ-зависимая металло пептидаза АСЬ_1204 АСЬ_1386 162448047 162448221 1255245 1448527 т т в в 8№ 8№ НСЗ СЗ

Транспорт и метаболизм коэнзимов

99 Биотин-(ацетил-СоА-карбоксилаза)-лигаза АСЬ_0466 162447329 491236 т в 8№ НСЗ

100 8-аденозилметионин синтетаза АСЬ_0600 162447461 631968 А С 8№ СЗ

101 Бифункциональная диаминогидроксифосфо -рибозиламинопиримидиндеаминаза / 5-амино-6-(5-фосфорибозиламино)-урацил редуктаза АСЬ_1106 162447960 1143219 т в 8№ НСЗ

Биогенез клеточной стенки, мембраны

102 Гипотетический белок АСЬ_0041 162446927 49861 С А 8№ НСЗ

103 Гипотетический белок АСЬ_0041 162446927 50868 в т 8№ НСЗ

104 Мембраносвязанная внеклеточная сульфатаза АСЬ_1231 162448074 1281698 в т 8№ НСЗ

Контроль клеточного цикла и деления

105 тРНК уридин 5-карбоксиметиламинометил-модифицирующий белок GidA АСЬ_0063 162446948 71560 т д в 8№ СЫР НСЗ

Мех анизмы сигнальной трансдукции С 8МР НСЗ

10/ 108 Тирозинфосфатаза Гипотетический белок АС.Ь 0490 АСЬ_0866 16244 1352 162447723 513281 894986 А т С в 81ЧР 8№ НСЗ НСЗ

Биосинтез, транспорт и катаболизм вторичных метаболитов

109 Белок, подобный индигоидину синтазы А АСЬ_0802 162447661 838951 т в 8№ НСЗ

Предсказана только общая функция

110 Белок семейства Ж фосфогидролаз АСЬ_0014 162446901 18548 в С 8№ НСЗ

111 Гидролаза р-лактамазного семейства АСЬ_0211 162447081 204397 А С 8№ НСЗ

112 Гипотетический белок АСЬ_0322 162447188 332206 А С 8№ НСЗ

113 Гипотетический белок АСЬ_0322 162447188 332419а С А 8№ ВСК

114 Пептидаза, содержащая домен М16 АСЬ_0697 162447557 729065 А С 8№ ПСК

115 Предполагаемая кислая фосфатаза АСЬ_0701 162447561 732190 * +А тт Ат ¡N8 СРС

116 Интегральный мембранный белок АСЬ_0826 162447684 860253 * +С тА СА Ав тв ¡N8 ПСК