Молекулярно-генетические механизмы эволюции вируса гепатита C тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.02, кандидат наук Калинина, Ольга Викторовна

• Калинина, Ольга Викторовна
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Калинина, Ольга Викторовна

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Организация генома и белки вируса гепатита С

1.1.1. Структурные белки вируса гепатита С

1.1.2. Неструктурные белки вируса гепатита С

1.2. Жизненный цикл вируса гепатита С

1.3. Эволюция вируса гепатита С

1.3.1. Роль мутаций в эволюции вируса гепатита С

1.3.2. Классификация вируса гепатита С

1.3.3. География и эволюция генотипов вируса гепатита С

1.4. Рекомбинация как один из молекулярно-генетических механизмов эволюции РНК-содержащих вирусов

1.4.1. Типы и механизмы РНК рекомбинации

1.4.2. Рекомбинация у представителей семейств Picornaviridae и Coronaviridae

1.4.3. Рекомбинация у представителей семейства Flaviviridae

1.5. Лабораторная диагностика вирусного гепатита С

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. РНК изолятов вируса гепатита С

2.2. Образцы сыворотки и плазмы крови

2.3. Определение соге-антигена ВГС, антител к core и core+1/AFRP белкам

2.4. Выделение тотальной РНК

2.5. Синтез кДНК

2.6. Амплификация 5'UTR/core и NS5B фрагментов генома ВГС методом гнездной ПЦР

2.7. Амплификация больших фрагментов генома ВГС методом гнездной

ПЦР

2.8. Секвенирование ДНК методом лимитированного секвенирования

2.9. Анализ нуклеотидных последовательностей

2.10. Моделирование вторичной структуры РНК

ГЛАВА 3. РЕКОМБИНАЦИЯ -ОДИН ИЗ МЕХАНИЗМОВ ЭВОЛЮЦИИ ВИРУСА ГЕПАТИТА С

3.1. Доказательства наличия природной рекомбинации между геномами изолятов ВГС различных генотипов

3.2. Идентификация сайта рекомбинации

3.3. Организация генома природного рекомбинанта ВГС

3.4. Характеристика вторичной структуры РНК ВГС в области сайта рекомбинации

3.5. Механизм формирования природного рекомбинанта КР1_2к/1Ь

вируса гепатита С

ГЛАВА 4. ПРИРОДНЫЙ РЕКОМБИНАНТ ЯИ_2к/1Ь КАК МОДЕЛЬ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕХАНИЗМОВ РЕЗИСТЕНТНОСТИ ВГС К ИНТЕРФЕРОНУ

4.1. Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей

области Е2 рекомбинантных изолятов ВГС КР1_2к/1Ь

4.2. Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей N85А области рекомбинантных изолятов ВГС КЕ1_2к/1Ь

4.3. Влияние рекомбинантного варианта ВГС КЕ1_2к/1Ь на результат

терапии интерфероном

ГЛАВА 5. ПРИРОДНЫЙ РЕКОМБИНАНТ КИ_2к/1Ь В СТРУКТУРЕ СОВРЕМЕННОЙ ПОПУЛЯЦИИ ВГС

5.1. Молекулярно-генетическая характеристика изолятов ВГС, выделенных от анти-ВГС и РНК ВГС положительных пациентов Санкт-Петербурга, Москвы, Эстонии и Швеции

5.2. Географический и эпидемиологический анализ изолятов природного рекомбинанта КР1_2к/1Ь

ГЛАВА 6. РОЛЬ СИНОНИМИЧЕСКИХ МУТАЦИЙ В ФОРМИРОВАНИИ ИЗОЛЯТОВ ВГС С НОВЫМ БЕЛКОВЫМ

ПРОФИЛЕМ

ГЛАВА 7. ОБСУЖДЕНИЕ

7.1. Рекомбинационный механизм эволюции ВГС

7.2. Мутационный механизм эволюции ВГС и его роль в формировании

изолятов с новым белковым профилем

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

ОТ АВТОРА

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ам. о. - аминокислотный остаток

анти-ВГС - антитела к вирусу гепатита С

ВВН - лица, употреблявшие внутривенно наркотические средства

ВГС - вирус гепатита С

Вирусный ГС - вирусный гепатит С

ВНС - внутривенные наркотические средства

ВОЗ - Всемирная Огрганизация Здравоохранения

ГС - гепатит С

ИФА - иммуноферментный анализ

н. о. - нуклеотидное основание

ОТ-ПЦР - обратно-транскриптазная-полимеразная цепная реакция

ПЦР - полимеразная цепная реакция

BMV - brome mosaic virus (англ. вирус мозаики костра)

HS - hairpin structure (англ. вторичная структура «шпилька»)

1RES - internal ribosomal entry site (англ. внутренний сайт связывания рибосомы)

NS - nonstructural (англ., неструктурные)

RdRp - РНК-зависимая РНК-полимераза

TCV - turnip crinkle virus (англ. вирус скрученности турнепса)

UPGMA - unweighted pair-group method of arithmetic averages (англ. невзвешенный попарный метод арифметических средних)

3'UTR - 3'-untranslated region (англ. З'-нетранслируемый участок)

5'UTR - 5'-untranslated region (англ. 5'-нетранслируемый участок)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетические механизмы эволюции вируса гепатита C»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

По данным Всемирной Организации Здравоохранения (ВОЗ) в мире более 150 млн. человек (около 3% населения планеты) инфицировано вирусом гепатита С (ВГС), ежегодно более 350 тыс. человек умирает от болезней печени, ассоциированных с вирусным гепатитом С (ГС) [470]. За последнее десятилетие число зарегистрированных больных хроническим гепатитом С (ХГС) в Российской Федерации увеличилось вдвое и достигло 40,9°/00оо [3]. По тяжести течения, причиняемому экономическому ущербу ГС занимает одно из ведущих мест в инфекционной патологии человека. Это обусловлено высокой генетической вариабельностью ВГС, которая обеспечивает «ускользание» вируса от факторов иммунной защиты организма человека, что способствует значительной частоте хронизации заболевания (до 70%) и затрудняет разработку эффективных методов специфической профилактики и лечения ГС [3]. В этой связи, учитывая то, что предотвращение распространения возбудителя является основным направлением борьбы с данным заболеванием, исследование природных популяций и эволюции ВГС приобретает особую актуальность в современных условиях.

Вирус гепатита С, один из наиболее динамично эволюционирующих патогенов вирусной природы, был открыт в 1989 г и отнесен к семейству Flaviviridae, род Hepacivirus [80; 394]. Современная классификация ВГС включает 6 генотипов и более 300 субтипов вируса, при этом постоянно появляются сообщения о новых, ранее не выявляемых, вариантах вируса [395]. Долгое время генетическое разнообразие ВГС связывали только с высокой частотой мутаций, аккумулируемых в геноме. Другой фундаментальный механизм изменчивости -рекомбинации, происходящие между геномами вирусов различных генотипов/серотипов, считали несвойственными ВГС или полагали, что образующиеся рекомбинанты являются «нежизнеспособными». Сравнение результатов генотипирования, выполненных на различных участках генома

изолятов ВГС за более чем десятилетний период не выявило генетических рекомбинаций у данного возбудителя [392]. В то же время, в немногочисленных образцах сыворотки крови было обнаружено одновременное присутствие нескольких изолятов ВГС, принадлежавших к различным генотипам [7; 16; 146; 195; 304; 391; 455). Таким образом, вопрос о возможности формирования новых вариантов ВГС за счет рекомбинации между геномами изолятов различных генотипов оставался открытым, поэтому неполными оставались и представления о механизмах эволюции ВГС.

Понимание природных механизмов генотипической изменчивости ВГС является крайне важным как в теоретических, так и прикладных областях исследований: для мониторинга глобальной и локальной популяций ВГС, для прогнозирования развития эпидемического процесса и научно-обоснованного выбора стратегии профилактических, лечебных и противоэпидемических мероприятий.

Изложенное определило цель и задачи настоящей работы.

Цель исследования

Изучить генетические механизмы изменчивости ВГС и оценить их вклад в формировании структуры современной популяции ВГС.

Задачи работы

1. Доказать с использованием молекулярно-генетических методов исследования и филогенетического анализа наличие явления рекомбинации в эволюции вируса гепатита С.

2. Изучить механизм формирования природного рекомбинанта ЯИ_2к/1Ь на основе анализа первичной и вторичной структур генома.

3. Оценить значение природного рекомбинанта КР1_2к/1Ь как модели для изучения молекулярно-генетических механизмов резистентности ВГС к противовирусным препаратам на примере резистентности к интерферону.

4. Оценить значимость природного рекомбинанта RFl_2k/lb в формировании современной структуры популяции ВГС.

5. Изучить роль синонимических мутаций в core области генома ВГС в формировании вариантов вируса с измененным белковым профилем.

Научная новизна

Впервые в мире доказано существование явления природной генетической рекомбинации ВГС и установлена его роль в эволюции ВГС.

Идентифицирован природный рекомбинант ВГС RFl_2k/lb, определена нуклеотидная и аминокислотная последовательность открытой рамки считывания рекомбинантного генома.

Впервые на основе анализа вторичной структуры «родительских» геномов и генома рекомбинанта предложена модель формирования природных рекомбинантов ВГС. Обоснована значимость природного рекомбинанта ВГС RFl_2k/lb для изучения молекулярно-генетических механизмов, обуславливающих формирование резистентности к интерферону.

Получены данные о распространенности природного рекомбинанта ВГС RFl_2k/lb в структуре современной мировой популяции ВГС.

Показано значение синонимических мутаций в core области генома ВГС в эволюции ВГС при формировании вариантов с повышенным уровнем экспрессии core+1/ARFP белка, обуславливающего атипичный профиль антител к ВГС у инфицированных такими изолятами.

Практическая значимость исследования

Нуклеотидные последовательности изученных изолятов ВГС депонированы в международный компьютерный банк данных GenBank, что позволяет участвовать в международных исследованиях распространения природного рекомбинанта RFl_2k/lb и глобальной эпидемиологии ВГС; осуществлять мониторинг структуры популяции ВГС в различных географических зонах; проводить эпидемиологическую диагностику случаев спорадической и вспышечной

заболеваемости вирусным гепатитом С (идентификация источника, путей и факторов передачи, и благодаря этому - принятие адресных мер профилактики); расследование случаев завоза вариантов ВГС из других географических зон мира.

Картирование природного сайта рекомбинации легло в основу последующего создания in vitro успешных химерных рекомбинантов ВГС для изучения значения различных участков генома ВГС в морфогенезе вируса, в том числе для изучения молекулярно-генетических механизмов, обуславливающих формирование резистентности к противовирусным препаратам.

В клинической практике доказательство инфицирования пациента природным рекомбинантом RFl_2k/lb позволит своевременно выбрать стратегию противовирусной терапии.

Полученные результаты могут быть использованы в деятельности клинико-диагностических лабораторий; учреждений Госсанэпиднадзора и здравоохранения, в научных учреждениях; при разработке целевых программ; в учебном процессе в медицинских вузах.

Положения, выносимые на защиту

1. Геном вируса гепатита С подвержен природной рекомбинации. Рекомбинация является одним из механизмов эволюции ВГС.

2. Природный рекомбинант RFl_2k/lb сформировался в результате гомологичной рекомбинации геномов lb и 2к по механизму непроцессивной смены матрицы.

3. Природный рекомбинант RFl_2k/lb обладает селективным преимуществом, обеспечивающим ему значимую роль в эпидемическом процессе, по сравнению с «родительским» изолятом субтипа 2к.

4. Синонимические точечные мутации в core области генома вируса гепатита С могут приводить к формированию изолятов с измененным белковым профилем.

Апробация работы

По теме диссертации опубликованы 43 печатные работы, включая 12 статей в журналах списка, рекомендованного ВАК, 9 из них - в зарубежных изданиях.

Основные результаты исследований доложены и обсуждены на 22 российских

и международных семинарах, конгрессах и конференциях в 2001-2013 гг.:

th

8 International Symposium on Hepatitis С and related Viruses, 2-5 September, Paris, Франция, 2001; VIII Съезд Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов, 26-28 марта, Москва, 2002; 5th Baltic Nordic Congress of Infectious Diseases, 22-25 May, 2002, St.Petersburg, Russia; 9th International Meeting on HCV and Related Viruses, 7-11 July, 2002, San-Diego, USA; XIIth International Congress of Virology, 27 July - 1 August, 2002, Paris, France; 10th International Meeting on HCV and Related Viruses, December, 2003, Kyoto, Japan; Human Hepatitis С Workshop in the frame of New Visby Program of the Swedish Institute Stockholm, 10 March, 2003; 14th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 1-4 May 2004, Praga, Чехия; 6th Nordic-Baltic Congress on Infectious Diseases, 3-6 June, Palanga, Lithuania, 2004; 11th International Meeting on HCV and Related Viruses, October, 2004, Heidelberg, Germany, 2004; 12th International Symposium on Viral Hepatitis and Liver Disease. 1-5 July, Paris, Франция, 2006; 3rd HCV Visby Program Workshop: HCV infection- factors associated with persistence, clearance and protection, 13-14 February, Malmo, Sweden 2006; Международная научная конференция в честь 150-летия со дня рождения С. Н. Виноградского «Биоразнообразие и генетика микроорганизмов», 4-5 сентября, Санкт-Петербург, 2006, 4th Annual New VISBY HCV University Network Meeting, 9-12 February, Stokholm 2007; Confer. Scientif. Internat. Du Reseau Internat. Des Instituts Pasteur, 26-27 June, Paris, Франция, 2008; 5th Annual meeting of the New VISBY University Network on hepatitis C. Moscow, 31 January - 4 February, 2008; Ha заседании лаборатории микробиологии и иммунологии Пекинского Детского Госпиталя, 9 ноября, 2011, Пекин, Китай; The 8th Annual Conference on Hepatitis C, Vilnius, 13-16 February, Lithvenia, 2011; The 9th Annual Conference on Hepatitis C, St Petersburg, 31 March - 04 April 2012; X Съезд Всероссийского научно-

практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов, 12-13 Апреля, Москва, 2012; IV Ежегодный Всероссийский Конгресс по инфекционным болезням, 26-28 Марта, Москва, 2012; 10th Annual Conference of New Visby Network in Hepatitis, 10-13 February, Riga, Latvia, 2013; Международная конференция к 90-летию НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, 5-7 Июня, Санкт-Петербург, 2013.

Внедрение результатов исследований в практику

1. Природный рекомбинант RFl_2k/lb включен в действующую классификацию вируса гепатита С как отдельная номенклатурная единица, названная циркулирующая рекомбинантная форма CRF 01_lb2k (Kuiken С. and Simmonds P., 2009. Nomenclature and Numbering of the Hepatitis С virus. Chapter 4. Hepatitis C: Methods and Protocols, Second Edition, vol. 510, ed. Hengli Tang).

2. 193 нуклеотидные последовательности депонированы в международный компьютерный банк данных GenBank: 48 фрагментов размером около 550 н. о. из core области генома (JF701908.1-JF701913.1), 130 фрагментов из NS5B области размером 253 н. о. и четыре фрагмента размером 1776 н. о. (HQ641453.1-HQ641455.6), три фрагмента размером 1210 н. о. из E2/NS3 области генома, два фрагмента размером 3620 н. о. (AY070214.1) и 3650 н. о. (AY70215.1) из core/NS3 области, две открытые рамки считывания рекомбинантного генома (AY587845.1 - 9357 н. о.) и «родительского» генома субтипа lb (AY587844.1 -9365 н. о.).

Личное участие автора в получении результатов

Основные результаты получены лично автором. Выделение РНК изолятов ВГС из образцов сыворотки крови пациентов с диагнозом ГС, молекулярно-генетические исследования, компьютерный и статистический анализ проведены автором в Шведском институте по контролю за инфекционными заболеваниями (Стокгольм) при участии проф. L.O. Magnius, Н. Norder, Т. Tallo, С. Jern в рамках

совместного научно-исследовательского проекта и в лаборатории молекулярной микробиологии ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера.

Серологические и молекулярно-генетические исследования образцов плазмы крови доноров Королевства Камбоджа, компьютерный и статистический анализ проведены в Парижском Институте Пастера при участии проф. A. Budkowska, Р. Maillard, а также при участии V. Horm и Е. Nerrienet (Институт Пастера, Королевство Камбоджа), A. Kakkanas (Институт Пастера, Греция) в рамках Трансверсального проекта Сети Институтов Пастера (руководитель проекта проф. P. Mavromara, Институт Пастера, Греция), персональных грантов автора от Мэрии Парижа и Национального Исследовательского Агенства по изучению ВИЧ и вирусных гепатитов (ANRS, Франция); и в лаборатории молекулярной микробиологии ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера.

Изучение структуры генотипов ВГС в Санкт-Петербурге в 1999-2003 гг. было проведено совместно с проф. С. JI. Мукомоловым (зав. лаб. вирусных гепатитов ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера). Изучение структуры генотипов ВГС в Москве и молекулярно-генетические исследования, посвященные изучению влияния рекомбинанта RFl_2k/lb на эффективность противовирусной терапии, выполнены при участии д.м.н. О. О. Знойко (МГМСУ им. А.И. Евдокимова, Москва) и к.х.н. М. Г. Исагулянц (ФГБУ «НИИ вирусологии им. Д. И. Ивановского» Минздрава России).

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 228 страницах машинописного текста и состоит из введения, 7 глав (обзор литературы, материалы и методы исследования, 4 главы результатов собственных исследований, обсуждение результатов), выводов и приложений. Иллюстративный материал включает 10 таблиц и 43 рисунка. Список литературы содержит 502 наименования, из них 24 отечественных и 478 иностранных источника.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Благодаря развитию современных методов вирусологии, молекулярной биологии, генной инженерии раскрылись новые горизонты понимания проблемы вирусных гепатитов и дальнейшего ее изучения. Вирусные гепатиты человека, получившие наименование А, В, С, Э, Е, О, - нозологически самостоятельные инфекционные заболевания, характеристика которых весьма разнообразна. Единственным объединяющим началом является гепатотропность возбудителей, определяющая развитие избирательного поражения печени. При этом они существенно различаются по путям передачи возбудителя, патогенезу и иммуногенезу, клиническим проявлениям, тяжести течения и исходам заболеваний, критериям этиологической диагностики, стратегии терапии и специфической профилактики.

Вирусный гепатит С вызывает вирус гепатита С, геном которого впервые был клонирован и секвенирован в 1989 году из образцов сыворотки крови и биоптатов печени шимпанзе, инфицированной сывороткой больного с гепатитом ни-А, ни-В [80]. Согласно организации генома ВГС был отнесен к семейству Паутпёае и классифицирован в новый род НерастгиБ, в состав которого включили только наиболее близкородственный ВГС гепатотропный вирус обезьян вВУ-В. Другие вирусы приматов СВУ-А, вВУ-Б, вВУ-С на основе филогенетических взаимосвязей выделили в отдельный род Pegivirus (Рисунок 1) [361; 402].

ВГС передается в основном парентеральным путем при переливании крови или ее препаратов, при проведении различных медицинских вмешательств с нарушением целостности кожных покровов, при использовании контаминированных игл или инструментариев, в том числе, при акупунктуре, мезотерапии или татуировке. Источником инфекции являются больные ХГС и носители ВГС. До введения регламентированной системы скрининга донорской крови основную группу риска составляли больные гемофилией, талассемией, а также пациенты гемодиализа. На территории Российской Федерации первая расшифрованная вспышка ГС в отделении плазмофереза произошла в 1994 году в

Нижнем Новгороде [17]. В настоящее время одной из основных групп риска являются лица, употребляющие внутривенно наркотические средства (ВВН) [3; 21]. Передача вируса ГС от матери к ребенку, как и передача половым путем или при близком бытовом контакте (в семье) встречаются редко. При этом в 30-40% случаев фактор риска инфицирования ВГС установить не удается.

gt4 gte gt3 gt 5

gti gt2 HogCV SorderOV BVDV(2) BVDV(1) BatFlavi WNV DV2 JEV YFV TBEV

GBV-C

GBV-A

gbv-d gbv-b

HCV

Pegivirus

Hepacivirus

Pestivirus Flavivirus

Рисунок 1. Филогенетическое дерево, построенное на основании нуклеотидных последовательностях гена NS5B с использованием алгоритма UPGMA (приведено по Stapleton J. et al., 2011) [402]. Дерево сформировано представителями семейства Flaviviridae, которое включает четыре рода Pegivirus, Hepacivirus, Pestivirus, Flavivirus. Цифры на ветвях представляют бутстрапинг (представлены в процентах), полученный при анализе 2000 репликатов.

1.1. Организация генома и белки вируса гепатита С

Геном ВГС представлен (+)-цепью РНК длиной около 9600 нуклеотидов, на 5'-конце которой отсутствует кэп [233]. Открытая рамка считывания (ORF) кодирует длинный полипротеин, состоящий из 3011-3033 аминокислотных остатков согласно опубликованным последовательностям [80; 81; 148; 197; 233; 315; 316; 418]. Полипротеин в результате посттрансляционного процессинга расщепляется вирусными и клеточными протеазами на 10 вирусных белков (Рисунок 2) [162]. На N-концевой трети полипротеина ВГС располагаются структурные вирусные белки: белок капсида (core) и два гликопротеиновых белка оболочки (El и Е2). После структурного района следует небольшой мембрано-интегральный белок р7. Следующая часть полипротеина ВГС содержит неструктурные белки (NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A и NS5B), которые координируют внутриклеточные процессы жизненного цикла вируса. ORF ограничена на 5'- и 3'-концах короткими нетранслируемыми участками (5'UTR и 3'UTR, соответственно), содержащими ключевые последовательности и структурные элементы, необходимые для репликации вирусного генома и инициации трансляции вирусного полипротеина.

Область 5'-конца (5'UTR) является наиболее консервативным участком генома ВГС. Она состоит из 341 нуклеотида и включает внутренний сайт связывания рибосомы (IRES) [152]. Анализ вторичной структуры 5'UTR области выявил наличие четырех независимых доменов (I, II, III и IV) (Рисунок 2) [170; 243]. Домены I и II необходимы для репликации генома, домены II, III и IV - для инициации трансляции по кэп- независимому механизму [213; 246; 320; 401]. Они обуславливают прямое связывание с 40S субъединицей рибосомы, ее конформационные изменения, вовлечение клеточных инициирующих факторов eIF3 (eukaryotic initiation factor) и Met-tRNA-eIF2-GTP, необходимых для формирования активного трансляционного комплекса, и начало трансляции с кодона AUG в положении 342 [187; 401; 462].

Genome

5'-NCR

Proteins

1

96 kh

l

Polyprotein ^ ^ Ц fyV

1RES mediated translation

tí—s—

NS3

NS4 ß

......... I

: ~ A

■аищ-гмч.

I

Polypnotcin processing

Core

«ООО oeooooooooo

Envelope glycoproteins

3'-NCR

X-PHK

192 384 747 810 ГО27 16581712 5973 2421 зон

ILs 4 Р7 NS3 Я С ш NSSB

Protease benne Helicase protease

Membranous ? web

Serme protease cofactor

RNA-dependent RNA polymerase

Рисунок 2. Организация генома ВГС и процессинг полипротеина (приведена по Moradpour D. et al., 2007 с модификацией) [277]. Сверху представлена (+)-цепь РНК ВГС с изображением вторичной структуры IRES на 5'UTR и стабильных вторичных структур с poly(U) участком на 3'UTR областях. Далее расположен полипротеин ВГС, на котором темными ромбами показаны сайты расщепления клеточной сигнальной пептидазы, белым ромбом - сайт расщепления клеточной сигнальной пептид пептидазой, стрелками - сайты расщепления вирусными протеазами NS2-3 и NS3-4A (подробное описание в тексте). Внизу показаны продукты расщепления полипротеина. Стартовые позиции аминокислотных остатков для каждого белка приведены сверху над белками согласно нумерации таковых изолята Н ВГС субтипа la (GenBank Асс AF009606).

В экспериментах in vitro на четырех клеточных культурах ВНК-21, HeLa-T4M, HuH7 и HepG2 было показано, что, несмотря на высокую консервативность первичной (гомология нуклеотидных последовательностей 5'UTR области между генотипами колеблется в пределах 92-98%, тогда как между изолятами одного

генотипа достигает 98-99%) и вторичной структур 5'UTR области генома ВГС, эффективность IRES трансляции зависит от генотипа вируса [87]. Так, эффективность трансляции 5'UTR области генома субтипа 2Ь была более высокой по сравнению с субтипами la, lb, За, 4а, 5а и 6а и превышала таковую субтипа 6а в три раза. Однако эффективности IRES трансляции у субтипов la, lb, За, 4а и 5а различались незначительно.

Область 3'-конца (3'UTR) состоит из трех участков: сразу за терминальным кодоном вирусного полипротеина располагается вариабельный участок длиной 27-70 нуклеотидов (в зависимости от генотипа ВГС), за которым следует полиуридиновая/полипиримидиновая (polyU/UC) последовательность, а далее -высококонсервативный участок, названный Х-РНК, длиной 98 нуклеотидов [214; 417; 482]. Размер polyU/UC участка коррелирует со способностью вирусной РНК к репликации [489]. Х-РНК участок имеет сложную вторичную структуру, состоящую из трех шпилек (Рисунок 2), которые обеспечивают связывание вирусной РНК-зависимой-РНК-полимеразы, формирование репликативного комплекса и инициацию репликации вирусного генома [108; 330]. Помимо вышеперечисленных функций, 3'UTR область участвует в стабилизации и упаковке вирусного генома [330; 486; 487].

1.1.1. Структурные белки вируса гепатита С

Капсидный белок или core белок (21 кДа) расположен на N-конце полипептида. В результате процессинга под действием сигнальных клеточных пептидаз сначала образуется белок р23 (с 1 по 191 а.к. остаток), который остается ассоциированным с мембраной эндоплазматического ретикулума (ЭР); дальнейший процессинг с участием мембран-ассоциированной протеазы SPP приводит к высвобождению белка р21 (с 1 по 173 а.к. остаток). Именно core белок р21 обнаруживается в образцах сыворотки крови пациентов, инфицированных ВГС [260; 372]. В белке р21 выделяют два домена: гидрофильный (с 1 по 122 а.к. остаток) и гидрофобный (с 123 по 173 а.к. остаток) [286; 372]. Такое строение core

белка характерно для представителей всего семейства Flaviviridae. В core белке расположена аминокислотная последовательность SPXX (99-102 а.к. остатки), характерная для всех белков, связывающихся с ДНК. Помимо классической локализации в цитоплазме, данный белок обнаруживается в ядре, либо в полной форме, либо с усеченным карбоксильным С-концом. В аминокислотной последовательности core белка обнаружено три сигнала ядерной локализации в положениях 38-43, 58-64 и 66-71 а.к. остатки [412].

Основной функцией core белка является формирование нуклеокапсида вирусной частицы, инициация упаковки генома и сборка оболочки вириона [50; 422]. Однако помимо участия в морфогенезе вируса core белок взаимодействует с различными клеточными регуляторными белками и некоторыми структурными элементами клетки. Core белок может взаимодействовать с протеином р53, с сигнальным комплексом TNF-R1-TRADD-TRAF2 и рецептором фактора некроза опухолей TNF-R1, с р38 МАРК (митоген активирующая протеинкиназа), усиливать действие STAT3 (активатор транскрипции), ингибировать активность каспазы-3 [82; 242; 367; 443; 491].

Группа исследователей, используя конфокальный микроскоп, выявила локализацию core белка на внешней мембране митохондрий, что позволило сделать предположение об участии этого белка в запуске апоптоза и в липидном метаболизме клетки [379]. Позднее было показано, что core белок влияет на устойчивое состояние ряда митохондриальных белков, в том числе, обуславливает сверхэкспрессию митохондриального шаперона (прохибитина), что может приводить к нарушению функции дыхательной цепи митохондрий и окислительному стрессу [442].

Недавно обнаружено непосредственное взаимодействие core белка с микротрубочками клетки и показано его влияние на скорость их полимеризации, что свидетельствует в пользу участия core белка в транспорте вирусной частицы как при проникновении в клетку, так и при сборке вириона [364]. В клеточной культуре Huh-7 core белок найден ассоциированным с поверхностью липидных капелек (везикул), где он локализуется вместе с аполипопротеином АН [39; 52;

277; 362]. Последующие эксперименты показали, что core белок «подтягивает» неструктурные вирусные белки и репликативные комплексы к липидным капелька-ассоциированным мембранам (lipid droplet-associated membranes), при этом такое действие является решающим для продукции инфекционных вирионов [260; 267]. Посредством взаимодействия с липидными капельками и вследствие положительной регуляции биосинтеза жирных кислот в клетке core белок играет значительную роль в развитии стеатоза у больных ХГС [102; 362; 442].

Core белок посредством взаимодействия с SOCS-1 (супрессор сигнального цитокина) или инактивации опухолевого супрессора белка промиелоцитарного лейкоза (tumor suppressor PML) может стимулировать развитие первичного рака печени у больных ХГС [123; 161; 268].

Нуклеотидная последовательность, кодирующая core белок, характеризуется высокой гомологией в пределах даже одного генотипа (более 81%), благодаря чему область 5'UTR/core генома используется для генотипирования изолятов ВГС в лабораторной диагностике [313].

Около 10 лет назад несколькими группами исследователей был описан новый белок (17 кДа) ВГС (названный F или core+1/ARFP белок), образующийся в результате -2/+1 сдвига рибосомной рамки считывания или начала синтеза с внутреннего инициирующего кодона (AUG85 или AUG87), расположенного в гене, кодирующем core белок (Рисунок 3) [450; 459; 478]. Данный белок является короткоживущим [449]. В экспериментах in vitro F белок репрессирует экспрессию core белка [44; 447; 450]. До сих пор F белок не обнаружен ни в образцах сыворотки крови, ни в биоптатах пациентов, инфицированных ВГС, тогда как антитела к этому белку выявляются у 25% больных ХГС и более чем у 50% больных ХГС с первичным раков печени [94]. Предполагают, что F белок играет роль в морфогенезе вируса и патогенезе развития гепатокарциномы [449].

ft

Лсс/genotype

AF009606/ la CAGCicKSugaocgtgcai AF139594/ lb CAC^u^Rtogyx^gcacc^q^PqMrg^ai AFJ77036i/ 2a СAGCtctcgM

ABO J1663/2k CACCwtcgt^aargigcaccAt^l

8m cert + IS lu

-l7idD

Saacorc* 136a»

»cacaaKcct

Jfe core Шщ .|4U)

14?*»

генотип 1a

MSTNPKPQKKNKRNTNRR 1 \

ARILNLK4» KKTNVTPTVAH

core белок

191

8-11

F белок

169

Рисунок 3. (Вверху) Альтернативная рамка считывания, расположенная внутри core гена, для четырех субтипов ВГС. (Снизу) Схематическое представление проскальзывания (сдвига) рибосомной рамки считывания и начало синтеза F (core+1/ARFP) белка.

Гликопротеины оболочки Е1 (31 кДа, со 192 по 383 а.к. остатки) и Е2 (70 кДа, с 384 по 746 а.к. остатки) являются трансмембранными белками I типа с МН2-концевыми эктодоменами и гидрофобными (анкерными) доменами на С-концах [73]. Процессинг белков оболочки осуществляют сигнальные клеточные пептидазы, локализованные в ЭР, которые разрезают полипротеин в сайтах С/Е1, Е1/Е2, Е2/р7 и р7ЛЧ82. После этого процессинга белки Е1 и Е2 остаются ассоциированными с мембранами ЭР за счет С-концевых «якорных» участков [107; 147; 259]. Существуют две формы комплексов Е1/Е2: стабильный гетеродимер с нековалентными связями и белковые агрегаты, соединенные дисульфидными мостиками, которые соответствуют аберрантной (неправильной) сборке [85; 98; 259].

Основные функции белков Е1 и Е2 - формирование оболочки вирусной частицы, обеспечение связывания с рецепторами клетки-мишени и проникновение вириона в клетку. В экспериментах in vitro с использованием псевдочастиц (HCVpp) и репликона JFH1 (HCVcc) установлено, что белок Е2 может взаимодействовать с трансмембранными рецепторами: тетраспанином CD81, который присутствует на поверхности большинства клеток; липопротеиновым скавенджер рецептором класса В типа I (SR-BI или CLAI), который обеспечивает селективный «захват» гепатоцитом холестеринового эфира от липопротеинов высокой плотности, содержащих аролипопротеин А [38; 41; 160; 274; 322; 334; 376]. Нековалентные гетеродимеры, образованные белками Е1 и Е2, принимают участие в связывании с лектиновыми рецепторами С-типа (DC-SIGN и L-SIGN), расположенными на поверхности дендритных, эндотелиальных и Т-клеток, которые, как предполагают, захватывают вирусные частицы и способствуют их транспорту к гепатоцитам через эндотелий [89; 134; 238]. Недавно установлена способность гликопротеинов оболочки ВГС взаимодействовать с трансмембранными белками claudin-1 и occludin, которые способствуют образованию плотных контактов межу мембранами эпителиальных клеток, блокируя и контролируя свободное перемещение макромолекул, жидкостей и ионов между клетками [48; 92; 115; 335].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Калинина, Ольга Викторовна, 2013 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Агол, В. И. Рекомбинация между РНК геномами / В. И. Агол, Е. А. Тольская // Молекуляр. биология. - 1988. - Т. 22. - С. 293-302.

2. Вейр, Б. Анализ генетических данных / Б. Вейр. - Москва: Мир, 1995. - 399 с.

3. Вирусные гепатиты в Российской Федерации : справочник / под ред. Онищенко Г. Г., Жебруна А. Б. - СПб: НИИЭМ им. Пастера, 2010. - 204 с.

4. Таври лова, И. В. Распространенность, генотипическое разнообразие и факторы риска гепатита С среди больных с хроническими вирусными гепатитами в Новосибирской области / И. В. Гаврилова, Г. В. Кочнева, Г. Ф. Сиволобова, А. А. Гражданцева, Р. Б. Баяндин, С. В. Нетесов // Инфекционные болезни. -2007. - Т. 5. - № 3. - С. 9-15.

5. Зубкин, М. Л. Распространенность и особенности инфицирования вирусами гепатитов В и С в условиях лечения гемодиализом / М. Л. Зубкин, Н. А. Селиванов, В. М. Стаханова, В. Г. Новоженов, Е. П. Селькова, Т. Е. Кучерова, Ф. С. Баранова, Ю. В. Кожокарь, В. В. Кирхман, Е. Н. Касапова, И. И. Стенина, Д. К. Львов // Вопросы вирусологии. - 2000. - № 1. - С. 10-13.

6. Калинина, О. В. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВГС, циркулирующих в Санкт-Петербурге : автореф. дис. ...канд. биол. наук : 03.00.06 / Калинина Ольга Викторовна. - СПб., 2000. - 23 с.

7. Киселев, О. И. Распространение генотипов вируса гепатита С в Санкт-Петербурге и их клиническая характеристика // О. И. Киселев, А. А. Яковлев, Е. Н. Виноградова с соавт. // В сб.: Вирусные гепатиты и другие актуальные инфекции, СПб, «ССЗ». - 1997. - Т. 1. - С. 53-61.

8. Ковалев, С. Ю. Генетические варианты вирусв гепатита С, циркулирующие в Уральском регионе / С. Ю. Ковалев, О. И. Малиушенко, Н. П. Глинских // Вопросы вирусологии. - 2011. - Т. 48. - № 5. - С. 11-14.

9. Кочнева, Г. В. Этиология острых гепатитов и генотипическое разнообразие вирусов гепатитов А, В, С и Е в трех регионах Сибири / Г. В. Кочнева, А. А. Гражданцева, Г. Ф. Сиволобова, А. В. Шустов, И. В. Гаврилова, Е. В. Чуб, Р. Б. Баяндин, В. А. Терновой, Е. В. Чаусов, Л. А. Акинфеева, В. М. Гранитов, Е. Г.

Сахарова, JI. И. Губанова, В. Г. Орловский, С. В. Нетесов // Инфекционные болезни. - 2005. - Т. 3. - № 1. - С. 26-31.

10. Кузин, С. Н. Распространение гепатита С и отдельных генотипов вируса гепатита С в регионе с умеренной активностью эпидемического процесса / С. Н. Кузин, Е. В. Лисицина, Е. И Самохвалов, И. В. Шахгильдян, Л. Е. Кузина, Т. Н. Манина, Е. А. Лисицин, Д. К. Львов // Вопросы вирусологии. - 1999. - №. 2.

- С. 79-82.

11. Кузин, С. Н. Генотипы вируса гепатита С у больных гемофилией / С. Н. Кузин, Л. А. Мажуль, И. Б. Снегирев с соавт. // Вопросы вирусологии. - 1996. - №. 2. -С. 63-65.

12. Кузин, С. Н. Структура генотипов вируса гепатита у пациентов с хроническим гепатитом С / С. Н. Кузин, Е. И. Самохвалов, Е. Е. Заботина, Е. Н. Кудрявцева, П. Е. Крель, М. И. Корабельникова, П. О. Богомолов, Н. В. Куприянова, Е. С. Коваленко, Н. А. Мамонова, Т. М. Игнатова, Т. Н. Лопаткина, Э. 3. Бурневи, Е.

B. Лисицина, Л. Е. Кузина, В. Ф. Лавров // Журн. микробиол. - 2011. - №. 3. - С. 33-38.

13. Кюрегян, К. К. Молекулярно-биологические основы контроля вирусных гепатитов : автореф. дис. ...докт. биол. наук : 03.02.02 / Кюрегян Карен Каренович. - М., 2012. - 50 с.

14. Лакин, Г. Ф. Биометрия / Г. Ф. Лакин. - Москва: Высшая школа, 1973.- 342 с.

15. Львов, Д. К. Распространение генотипов вируса гепатита С, циркулирующих на территориях Северо-Западной и Центральной частей России / Д. К. Львов,

C. Миширо, Н. А. Селиванов, Е. И. Самохвалов, И. В. Шахгильдян, В. М. Стаханова, С. Н. Кузин, Т. Л. Яшина, Н. В. Дорошенко, О. О. Знойко с соавт. // Вопросы вирусологии. - 1995. - № 6. - С. 251-253.

16. Львов, Д. К. Закономерности распространения вируса гепатита С и его генотипов в России и странах СНГ // Д. К. Львов, Е. И. Самохвалов, С. Миширо, Ф. Тсуда, Н. А. Селиванов, X. Окамото, В. М. Стаханова, В. Л. Громашевский, В. А. Аристова с соавт. // Вопросы вирусологии. - 1997. - №. 4.

- С. 157-161.

17. Мукомолов, С. JI. Вирусный гепатит С: клинико-эпидемиологическая и лабораторная характеристика : автореф. дис. ...докт. мед. наук : 14.00.30 / Мукомолов Сергей Леонидович. - СПб., 1994. - 34 с.

18. Мукомолов, С. Л. Молекулярная эпидемиология гепатита С / С. Л. Мукомолов, О. В. Калинина // Вирусные гепатиты.- 2000. - № 1. - С. 9-15.

19. Мукомолов, С. Л. Современная эпидемиология гепатита С в России / С. Л. Мукомолов, И. А. Левакова, Л. Г. Сулягина, Е. В. Синайская, Д. Д. Болсун, Н. В. Иванова // Эпидемиол. и инфекц. болезни. Актуал. вопр. - 2012. - № 6. - С. 21-25.

20. Чуб, Е. В. Рекомбинанты вируса гепатита С типа 2k/lb у населения Алтайского края / Е. В. Чуб, Г. В. Кочнева, В. М. Гранитов, С. В. Нетесов // Инфекционные болезни. - 2007. - Т. 5. - № 4. - С. 5-11.

21. Шахгильдян, И. В. Парентеральные вирусные гепатиты / И. В. Шахгильдян, М. И. Михайлов, Г. Г. Онищенко. - Москва: ГОУ ВУНМЦ, 2003. - 383 с.

22. Шустов, А. В. Частоты встречаемости маркёров, распределение генотипов и факторы риска вирусного гепатита С среди некоторых групп населения Новосибирской области / А. В. Шустов, Г. В. Кочнева, Г. Ф. Сиволобова, А. А. Гражданцева, И. В. Гаврилова, Л. А. Акинфеева, И. Г. Ракова, М. В. Алешина, В. Н. Букин, В. Г. Орловский, В. С. Беспалов, А. P. Zelicoff, С. В. Нетесов // Журн. Микробиол. - 2004. - № 5. - С. 20-25.

23. Шустов, А. В. Частота встречаемости маркеров гепатита С и факторы риска у персонала больниц Новосибирской области / А. В. Шустов, Г. В. Кочнева, Г. Ф. Сиволобова, А. А. Гражданцева, И. В. Гаврилова, А. Е. Нестеров, М. А. Стрельцова, А. И. Пальцев, А. В. Локтев, А. 3. Максютов, Л. А. Акинфеева, В. П. Торшин, Т. Е. West, С. В. Нетесов, R. W. Ryder, Г. Г. Онищенко // Журн. микробиол. - 2002. - № 2. - С. 26-32.

24. Ющук, Н. Д. Протокол диагностики и лечения больных вирусными гепатитами В и С / Н. Д. Ющук, Е. А. Климова, О. О. Знойко, Г. Н. Кареткина, С. Л. Максимов, Ю. В. Мартынов, В. С. Шухов, К. Р. Дудина, И. В. Маев, В. Т. Ивашкин, М. В. Маевская, А. О. Буеверов, Е. А. Федосьина, Н. А. Малышев, Н.

П. Блохина, И. Г. Никитин, А. В. Чжао, О. И. Андрейцева, П. О. Богомолов // Росс. Журнал. Гас., Гепат., Колопрокт. - 2010. - Т. 20. - № 6. - С. 4-60.

25. AbuBakar, S. Emergence of dengue virus type 4 genotype IIA in Malaysia / S. AbuBakar, P. F. Wong, Y. F. Chan // J Gen Virol. - 2002. - V. 83. - N. 10. - P. 24372442.

26. Agnello, V. Hepatitis С virus and other flaviviridae viruses enter cells via low density lipoprotein receptor / V. Agnello, G. Abel, M. Elfahal, G. B. Knight, Q. X. Zhang // P.N.A.S. - 1999. - V. 96. - N. 22. - P. 12766-12771.

27. Agol, V. I. Molecular mechanisms of poliovirus variation and evolution / V. I. Agol // Curr. Top. Microbiol. Immunol. - 2006. - V. 299. - P. 211-259.

28. Aizaki, H. Critical role of virion-associated cholesterol and sphingolipid in hepatitis С virus infection / H. Aizaki, K. Morikawa, M. Fukasawa, H. Hara, Y. Inoue, H. Tani, K. Saito, M. Nishijima, K. Hanada, Y. Matsuura, M. M. Lai, T. Miyamura, T. Wakita, T. Suzuki // J. Virol. - 2008. - V. 82. - N. 12. - P. 5715-5724.

29. Akkarathamrongsin, S. Geographic distribution of hepatitis С virus genotype 6 subtypes in Thailand / S. Akkarathamrongsin, K. Praianantathavorn, N. Hacharoen, A. Theamboonlers, P. Tangkijvanich, Y. Tanaka, M. Mizokami, Y. Poovorawan // J. Med. Virol. - 2010. - V. 82. - N. 2. - P. 257-262.

30. Aligo, J. Formation and function of hepatitis С virus replication complexes require residues in the carboxy-terminal domain of NS4B protein / J. Aligo, S. Jia, D. Manna, К. V. Konan // Virology. - 2009. - V. 393. - P. 68-83.

31. Alter, M. J. The prevalence of hepatitis С virus infection in the United States, 1988 through 1994 / M. J. Alter, D. Kruszon-Moran, О. V. Nainan, G. M. McQuillan, F. Gao, L. A. Moyer, R. A. Kaslow, H. S. Margolis // N. Engl. J. Med. - 1999. - V. 341. - N. 8. - P. 556-562.

32. Altuglu, I. Distribution of hepatitis С virus genotypes in patients with chronic hepatitis С infection in Western Turkey / I. Altuglu, I. Soyler, T. Ozacar, S. Erensoy // Int. J. Infect. Dis. - 2008. - V. 12. - N. 3. - P. 239-244.

33. Alvisi, G. Hepatitis С virus and host cell lipids: an intimate connection / G. Alvisi, V. Madan, R. Bartenschlager // RNA Biol. - 2011. - V. 8. - N. 2. - P. 258-269.

34. Amako, Y. Role of oxysterol binding protein in hepatitis C virus infection / Y. Amako, A. Sarkeshik, H. Hotta, J. Yates, A. Siddiqui // J. Virol. - 2009. - V. 83. - N. 18. - P. 9237-9246.

35. André, P. Characterization of low- and very-low-density hepatitis C virus RNA-containing particles / P. André, F. Komurian-Pradel, S. Deforges, M. Perret, J. L. Berland, M. Sodoyer, S. Pol, C. Bréchot, G. Paranhos-Baccalà, V. Lotteau // J. Virol.

- 2002. - V. 76. - N. 14. - P. 6919-6928.

36. André, P. Hepatitis C virus particles and lipoprotein metabolism / P. André, G. Perlemuter, A. Budkowska, C. Bréchot, V. Lotteau // Semin Liver Dis. - 2005. V. 25. - N. 1. - P. 93-104.

37. Aparicio, E. Complexity and catalytic efficiency of hepatitis C virus (HCV) NS3 and NS4A protease quasispecies influence responsiveness to treatment with pegylated interferon plus ribavirin in HCV/HIV-coinfected patients / E. Aparicio, S. Franco, M. Parera, C. Andrés, C. Tural, B. Clotet, M. A. Martínez // J. Virol. - 2011. - V. 85.

- N. 12. - P. 5961-5969.

38. Bankwitz, D. Hepatitis C virus hypervariable region 1 modulates receptor interactions, conceals the CD81 binding site, and protects conserved neutralizing epitopes / D. Bankwitz, E. Steinmann, J. Bitzegeio, S. Ciesek, M. Friesland, E. Herrmann, M. B. Zeisel, T. F. Baumert, Z. Y. Keck, S. K. Foung, E. I. Pécheur, T. Pietschmann // J. Virol. - 2010. - V. 84. - N. 11. - P. 5751-5763.

39. Barba, G. Hepatitis C virus core protein shows a cytoplasmic localization and associates to cellular lipid storage droplets / G. Barba, F. Harper, T. Harada, M. Kohara, S. Goulinet, Y. Matsuura, G. Eder, Z. Schaff, M. J. Chapman, T. Miyamura, C. Bréchot // P. N. A. S. - 1997. - Vol. 94. -N 4. - P. 1200-1205.

40. Baril, M. MAVS dimer is a crucial signaling component of innate immunity and the target of hepatitis C virus NS3/4A protease / M. Baril, M. E. Racine, F. Penin, D. Lamarre // J. Virol. - 2009. - V.83. - N. 3. - P. 1299-1311.

41. Bartosch, B. An interplay between hypervariable region 1 of the hepatitis C virus E2 glycoprotein, the scavenger receptor BI, and high-density lipoprotein promotes both enhancement of infection and protection against neutralizing antibodies / B.

Bartosch, G. Verney, M. Dreux, P. Donot, Y. Morice, F. Penin, J. M. Pawlotsky, D. Lavillette, F. L. Cosset // J. Virol. - 2005. - V. 79. - P. 8217-8229.

42. Bartosch, B. Cell entry of hepatitis C virus requires a set of co-receptors that include the CD81 tetraspanin and the SR-B1 scavenger receptor / B. Bartosch, A. Vitelli, C. Granier, C. Goujon, J. Dubuisson, S. Pascale, E. Scarselli, R. Cortese, A. Nicosia, F. L. Cosset // J. Biol. Chem. - 2003. - V. 278. - N. 43. - P. 41624-41630.

43. Basu, A. Sulfated homologues of heparin inhibit hepatitis C virus entry into mammalian cells / A. Basu, T. Kanda, A. Beyene, K. Saito, K. Meyer, R. Ray // J. Virol. - 2007. - V. 81. - P. 3933-3941.

44. Basu, A. Functional properties of a 16 kDa protein translated from an alternative open reading frame of the core-encoding genomic region of hepatitis C virus / A. Basu, R. Steele, R. Ray, R. B. Ray // J. Gen. Virol. - 2004. - Vol. 85. - P. 2299-2306.

45. Beach, M. J. Temporal relationships of hepatitis C virus RNA and antibody responses following experimental infection of chimpanzees / M. J. Beach, E. L. Meeks, L. T. Mimms, D. Vallari, L. DuCharme, J. Spelbring, S. Taskar, J. B. Schleicher, K. Krawczynski, D. W. Bradley // J. Med. Virol. - 1992. - V. 36. - N. 3. -P. 226-237.

46. Becher, P. RNA recombination between persisting pestivirus and a vaccine strain: generation of cytopathogenic virus and induction of lethal disease / P. Becher, M. Orlich, H. J. Thiel // J. Virol. - 2001. - V. 75. - N. 14. - P. 6256-6264.

47. Behrens, S. E. Identification and properties of the RNA-dependent RNA polymerase of hepatitis C virus / S. E. Behrens, L. Tomei, R. De Francesco // EMBO J. - 1996. -V. 15.-N. l.-P. 12-22.

48. Benedicto, I. Hepatitis C virus envelope components alter localization of hepatocyte tight junction-associated proteins and promote occludin retention in the endoplasmic reticulum /1. Benedicto, F. Molina-Jimenez, O. Barreiro, A. Maldonado-Rodriguez, J. Prieto, R. Moreno-Otero, R. Aldabe, M. Lopez-Cabrera, P. L. Majano // Hepatology. - 2008. - V. 48. - P. 1044-1053.

49. Bhattacharya, D. Naturally occurring genotype 2b/la hepatitis C virus in the United States / D. Bhattacharya, M. A. Accola, I. H. Ansari, R. Striker, W. M. Rehrauer //

Virol. J. - 2011. - V. 8. - N. 458. - doi:10.1186/1743-422X-8-458.

50. Blanchard, E. Hepatitis C virus-like particle budding: role of the core protein and importance of its Asplll / E. Blanchard, C. Hourioux, D. Brand, M. Ait-Goughoulte, A. Moreau, S. Trassard, P. Y. Sizaret, F. Dubois, P. Roingeard // J. Virol. - 2003. - V. 77. - N. 18. - P. 10131-10138.

51. Blatt, L. M. Assessment of hepatitis C virus RNA and genotype from 6807 patients with chronic hepatitis C in the United States / L. M. Blatt, M. G. Mutchnick, M. J. Tong, F. M. Klion, E. Lebovics, B. Freilich, N. Bach, C. Smith, J. Herrera, H. Tobias, A. Conrad, P. Schmid, J. G. McHutchison // J. Viral. Hepat. - 2000. - V. 7. -N. 3. - P. 196-202.

52. Boulant, S. Hepatitis C virus core protein induces lipid droplet redistribution in a microtubule- and dynein-dependent manner / S. Boulant, M. W. Douglas, L. Moody, A. Budkowska, P. Targett-Adams, J. McLauchlan // Traffic. - 2008. - V. 9. - N. 8. -P. 1268-1282.

53. Bouslama, L. Natural recombination event within the capsid genomic region leading to a chimeric strain of human enterovirus B / L. Bouslama, D. Nasri, L. Chollet, K. Belguith, T. Bourlet, M. Aouni, B. Pozzetto, S. Pillet // J. Virol. - 2007. - V. 81. - N. 17. - P. 8944-8952.

54. Bouzgarrou, N. NS5A (ISDR-V3) region genetic variability of Tunisian HCV-lb strains: Correlation with the response to the combined interferon/ribavirin therapy / N. Bouzgarrou, E. Hassen, W. Mahfoudh, S. Gabbouj, E. Schvoerer, A. Ben Yahia, N. Ben Mami, H. Triki, L. Chouchane // J. Med. Virol. - 2009. - V. 81. - N. 12. - P. 2021-2028.

55. Bracho, M. A. A new subtype of hepatitis C virus genotype 1: complete genome and phylogenetic relationships of an Equatorial Guinea isolate / M. A. Bracho, F. Y. Carrillo-Cruz, E. Ortega, A. Moya, F. González-Candelas // J. Gen. Virol. - 2006. -V. 87. - N. 6. - P. 1697-1702.

56. Bradley, D. Hepatitis C virus: buoyant density of the factor VHI-derived isolate in sucrose / D. Bradley, K. McCaustland, K. Krawczynski, J. Spelbring, C. Humphrey, E. H. Cook // J. Med. Virol. - 1991. - V. 34. - N. 3. - P. 206-208.

57. Brahim, I. Morocco underwent a drift of circulating hepatitis C virus subtypes in recent decades /1. Brahim, A. Akil, M. Mtairag, R. Pouillot, A. E. Malki, S. Nadir, R. Alaoui, R. Njouom, P. Pineau, S. Ezzikouri, S. Benjelloun // Arch. Virol. - 2012. -V. 157. - N. 3. - P. 515-520.

58. Brant, L. J. Planning for the healthcare burden of hepatitis C infection: Hepatitis C genotypes identified in England, 2002-2007 / L. J. Brant, M. E. Ramsay, E. Tweed,

A. Hale, M. Hurrelle, P. Klapper, S. L. Ngui, Sentinel Surveillance of Hepatitis Testing Group // J. Clin. Virol. - 2010. - V. 48. - N. 2. - P. 115-119.

59. Brass, V. n amino-terminal amphipathic alpha-helix mediates membrane association of the hepatitis C virus nonstructural protein 5A / V. Brass, E. Bieck, R. Montserret,

B. Wolk, J. A. Hellings, H. E. Blum, F. Penin, D. Moradpour // J. Biol. Chem. -2002. - V. 277. - N. 10. - P. 8130-8139.

60. Brass, V. Hepatitis C virus RNA replication requires a conserved structural motif within the transmembrane domain of the NS5B RNA-dependent RNA polymerase / V. Brass, J. Gouttenoire, A. Wahl, Z. Pal, H. E. Blum, F. Penin, D. Moradpour // J. Virol. - 2010. - V. 84. - N. 21. - P. 11580-11584.

61. Bressanelli, S. Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase of hepatitis C virus / S. Bressanelli, L. Tomei, A. Roussel, I. Incitti, R. L. Vitale, M. Mathieu, R. De Francesco, F. A. Rey // P. N. A. S. - 1999. - V. 96. - N. 23. - P. 13034-13039.

62. Brojer, E. HCV genotypes in Polish blood donors in period 1995-2007 / E. Brojer, P. Grabarczyk, A. Kopacz, A. Potepa, J. Medynska, J. Smolarczyk-Wodzynska, M. Letowska // Przegl. Epidemiol. - 2008. - V. 62. - N. 1. - P. 163-169.

63. Bukh, J. Biology and genetic heterogeneity of hepatitis C virus / J. Bukh, R. H. Miller, R. H. Purcell // Clin. Exp. Rheumatol. - 1995. - V. 13. - P. 3-7.

64. Biirckstummer, T. Raf-1 kinase associates with Hepatitis C virus NS5A and regulates viral replication / T. Biirckstummer, M. Kriegs, J. Lupberger, E. K. Pauli, S. Schmittel, E. Hildt // FEBS Lett. - 2006. - V. 580. - P. 575-580.

65. Cabot, B. Nucleotide and amino acid complexity of hepatitis C virus quasispecies in serum and liver / B. Cabot, M. Martell, J. Esteban, S. Sauleda, T. Otero, R. Esteban, J. Guardia, J. Gomez // J. Virol. - 2000. - V. 74. - N. 2. - P. 805-811.

66. Calado, R. Hepatitis C virus subtypes circulating among intravenous drug users in Lisbon, Portugal / R. Calado, M. Rocha, R. Parreira, J. Piedade, T. Venenno, A. Esteves // J. Med. Virol. - 2011. - V. 83. - N. 4. - P. 608-615.

67. Candotti, D. Frequent recovery and broad genotype 2 diversity characterize hepatitis C virus infection in Ghana, West Africa / D. Candotti, J. Temple, F. Sarkodie, J. P. Allain // J. Virol. - 2003. - V. 77. - N. 14. - P. 7914-7923.

68. Cantaloube, J. Analysis of hepatitis C virus strains circulating in Republic of the Congo / J. Cantaloube, P. Gallian, A. Bokilo, F. Jordier, P. Biagini, H. Attoui, J. Chiaroni, P. de Micco // J. Med. Virol. - 2010. - V. 82. - N. 4. - P. 562-567.

69. Cantaloube, J. Molecular characterization of genotype 2 and 4 hepatitis C virus isolates in French blood donors / J. Cantaloube, P. Gallian, S. Laperche, M. Elghouzzi, Y. Piquet, F. Bouchardeau, F. Jordier, P. Biagini, H. Attoui, P. de Micco // J. Med. Virol. - 2008. - V. 80. - N. 10. - P. 1732-1739.

70. Cha, T. A. At least five related, but distinct, hepatitis C viral genotypes exist / T. A. Cha, E. Beall, B. Irvine, J. Kolberg, D. Chien, G. Kuo, M. S. Urdea // P. N. A. S. -1992. - V. 89. - N. 15. - P. 7144-7148.

71. Chamberlain, R. W. Complete nucleotide sequence of a type 4 hepatitis C virus variant, the predominant genotype in the Middle East / R. W. Chamberlain, N. Adams, A. A. Saeed, P. Simmonds, R. M. Elliott // J. Gen. Virol. - 1997. - V. 78. -N. 6. - P. 1341-1347.

72. Chan, S. W. Analysis of a new hepatitis C virus type and its phylogenetic relationship to existing variants / S. W. Chan, F. McOmish, E. C. Holmes, B. Dow, J. F. Peutherer, E. Follett, P. L. Yap, P. Simmonds // J. Gen. Virol. - 1992. - V. 73. -N. 5.-P. 1131-1141.

73. Charloteaux, B. Analysis of the C-terminal membrane anchor domains of hepatitis C virus glycoproteins El and E2: toward a topological model / B. Charloteaux, L. Lins, H. Moereels, R. Brasseur // J. Virol. - 2002. - V. 76. - N 4. - P. 1944-1958.

74. Chary, A. Impact of interferon-ribavirin treatment on hepatitis C virus (HCV) protease quasispecies diversity in HIV- and HCV-coinfected patients / A. Chary, M. A. Winters, S. Kottilil, A. A. Murphy, M. A. Polis, M. Holodniy // J. Infect. Dis. -

2010. - V. 202. - N. 6. - P. 889-893.

75. Chaudhary, R. Distribution of hepatitis C virus genotypes in Canada: Results from the LCDC Sentinel Health Unit Surveillance System / R. Chaudhary, M. Tepper, S. Eisaadany, P. R. Gully // Can. J. Infect. Dis. - 1999. - V. 10. - N. 1. - P. 53-56.

76. Chaudhuri, S. Molecular epidemiology of HCV infection among acute and chronic liver disease patients in Kolkata, India / S. Chaudhuri, S. Das, A. Chowdhury, A. Santra, S. K. Bhattacharya, T. N. Naik // J. Clin. Virol. - 2005. - V. 32. - N. 1. - P. 38-46.

77. Chen, X. Recombination and natural selection in hepatitis E virus genotypes / X. Chen, Q. Zhang, C. He, L. Zhang, J. Li, W. Zhang, W. Cao, Y. G. Lv, Z. Liu, J. X. Zhang, Z. J. Shao // J. Med. Virol. - 2012. - V. 84. - N. 9. - P. 1396-1407.

78. Chetverin, A. B. The puzzle of RNA recombination / A. B. Chetverin // FEBS Lett. -1999. - V. 460. - N. 1. - P. 1-5.

79. Chlabicz, S. Changing HCV genotypes distribution in Poland—relation to source and time of infection / S. Chlabicz, R. Flisiak, O. Kowalczuk, A. Grzeszczuk, B. Pytel-Krolczuk, D. Prokopowicz, L. Chyczewski // J. Clin. Virol. - 2008. - V. 42. - N. 2. -P. 156-159.

80. Choo, Q. L. Isolation of a cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genome / Q. L. Choo, G. Kuo, A. J. Weiner, L. R. Overby, D. W. Bradley, M. Houghton // Science. - 1989. - V. 244. - N. 4902. - P. 359-362.

81. Choo, Q. L. Genetic organization and diversity of the hepatitis C virus / Q. L. Choo, K. H. Richman, J. H. Han, K. Berger, C. Lee, C. Dong, C. Gallegos, D. Coit, R. Medina-Selby, P. J. Barr // P. N. A. S. - 1991. - V. 88. - N. 6. - P. 2451-2455.

82. Chung, Y. M. Hepatitis C virus core protein potentiates TNF-alpha-induced NF-kappaB activation through TRAF2-IKKbeta-dependent pathway / Y. M. Chung, K. J. Park, S. Y. Choi, S. B. Hwang, S. Y. Lee // Biochem. Biophys. Res. Commun. -2001. - V. 284.-N. 1. - P. 15-19.

83. Ciccozzi, M. Reconstruction of the evolutionary dynamics of the hepatitis C virus lb epidemic in Turkey / M. Ciccozzi, A. R. Ciccaglione, A. Lo Presti, T. Yalcinkaya, Z. P. Taskan, M. Equestre, A. Costantino, R. Bruni, E. Ebranati, M. Salemi, R. Gray, G.

Rezza, M. Galli, G. Zehender // Infect. Genet. Evol. - 2011. - V. 11. - N. 5. - P. 863868.

84. Ciccozzi, M. Hepatitis C virus genotype 4d in Southern Italy: Reconstruction of its origin and spread by a phylodynamic analysis / M. Ciccozzi, M. Equestre, A. Costantino, N. Marascio, A. Quirino, A. Lo Presti, E. Cella, R. Bruni, M. C. Liberto, A. Focà, G. Pisani, G. Zehender, A. R. Ciccaglione // J. Med. Virol. - 2012. - V. 84. -N. 10. - P. 1613-1619.

85. Ciczora, Y. Transmembrane domains of hepatitis C virus envelope glycoproteins: residues involved in E1E2 heterodimerization and involvement of these domains in virus entry / Y. Ciczora, N. Callens, F. Penin, E. I. Pécheur, J. Dubuisson // J. Virol.

- 2007. - V. 81. - N.5. - P. 2372-2381.

86. Colin, C. Sensitivity and specificity of third-generation hepatitis C virus antibody detection assays: an analysis of the literature / C. Colin, D. Lanoir, S. Touzet, L. Meyaud-Kraemer, F. Bailly, C, Trepo, HEPATITIS Group // J. Viral. Hepat. - 2001.

- V. 8. - N. 2. - P. 87-95.

87. Collier, A. J. Translation efficiencies of the 5« untranslated region from representatives of the six major genotypes of hepatitis C virus using a novel bicistronic reporter assay system / A. J. Collier, S. Tang, R. M. Elliott // J. Gen. Virol. - 1998. - V. 79. - P. 2359-2366.

88. Copper, P. D. On the nature of poliovirus genetic recombinants / P. D. Copper, A. Steiner-Pryor, P. D. Scotti, D. Delong // J. Gen. Virol. - 1974. - V. 23. - N. 1. - P. 4149.

89. Cormier, E. G. L-SIGN (CD209L) and DC-SIGN (CD209) mediate transinfection of liver cells by hepatitis C virus / E. G. Cormier, R. J. Durso, F. Tsamis, L. Boussemart, C. Manix, W. C. Olson, J. P. Gardner, T. Dragic // P. N. A. S. - 2004. -V. 101. - P. 14067-14072.

90. Cormier, E. G. CD81 is an entry coreceptor for hepatitis C virus / E. G. Cormier, F. Tsamis, F. Kajumo, R. J. Durso, J. P. Gardner, T. Dragic // P. N. A. S. - 2004. - V. 101. - N. 19. - P. 7270-7274.

91. Cornberg, M. A systematic review of hepatitis C virus epidemiology in Europe,

Canada and Israel / M. Cornberg, H. Razavi, A. Alberti, E. Bernasconi, M. Buti, C. Cooper, O. Dalgard, J. F. Dillion, R. Flisiak, X. Forns, S. Frankova, A. Goldis, I. Goulis, W. Halota, B. Hunyady, M. Lagging, A. Largen, M. Makara, S. Manolakopoulos, P. Marcellin, R. T. Marinho, S. Pol, T. Poynard // Liver Int. - 2011. - V. 31. - Suppl. 2. - P. 30-60.

92. Cukierman, L. Residues in a highly conserved claudin-1 motif are required for hepatitis C virus entry and mediate the formation of cell-cell contacts / L. Cukierman, L. Meertens, C. Bertaux, F. Kajumo, T. Dragic // J. Virol. - 2009. - V. -83. - P. 5477-5484.

93. Dahourou, G. Genetic recombination in wild-type poliovirus / G. Dahourou, S. Guillot, O. Le Gall, R. Crainic // J. Gen. Virol. - 2002. - V. 83. - N. 12. - P. 31033110.

94. Dalagiorgou, G. High levels of HCV core+1 antibodies in HCV patients with hepatocellular carcinoma / G. Dalagiorgou, N. Vassilaki, P. Foka, A. Boumlic, A. Kakkanas, E. Kochlios, S. Khalili, E. Aslanoglou, S. Veletza, G. Orfanoudakis, D. Vassilopoulos, S. J. Hadziyannis, J. Koskinas, P. Mavromara // J. Gen. Virol. - 2011. -V. 92.-P. 1343-1351.

95. Dalgard, O. Hepatitis C in the general adult population of Oslo: prevalence and clinical spectrum / O. Dalgard, S. Jeansson, K. Skaug, N. Raknerud, H. Bell // Scand. J. Gastroenterol. - 2003. - V. 38. - N. 8. - P. 864-870.

96. Davidson, F. Survey of major genotypes and subtypes of hepatitis C virus using RFLP of sequences amplified from the 5' non-coding region / F. Davidson, P. Simmonds, J. C. Ferguson, L. M. Jarvis, B. C. Dow, E. A. Follett, C. R. Seed, T. Krusius, C. Lin, G. A. Medgyesi // J. Gen. Virol. - 1995. - V. 76. - N. 5. - P. 11971204.

97. de Bruijne, J. Dynamic changes in HCV RNA levels and viral quasispecies in a patient with chronic hepatitis C after telaprevir-based treatment / J. de Bruijne, J. C. Sullivan, T. L. Kieffer, M. Botfield, B. Shames, J. Schinkel, R. Molenkamp, C. Weegink, H. Reesink // J. Clin. Virol. - 2012. - V. 53. - N. 2. - P. 174-177.

98. Deleersnyder, V. Formation of native hepatitis C virus glycoprotein complexes / V.

Deleersnyder, A. Pillez, C. Wychowski, K. Blight, J. Xu, Y. S. Hahn, C. M. Rice, J. Dubuisson // J. Virol. - 1997. - V. 71. - N.l. - P. 697-704. 99. Demetriou, V. L. Near-full genome characterization of unclassified hepatitis C virus strains relating to genotypes 1 and 4 / V. L. Demetriou, L. G. Kostrikis // J. Med. Virol. - 2011. - V. 83. - N. 12. - P. 2119-2127.

100. Demetriou, V. L. Near-full genome characterization of two natural intergenotypic 2k/lb recombinant hepatitis C virus isolates / V. L. Demetriou, E. Kyriakou, L. G. Kostrikis // Advances in Virology. - 2011. - doi:10.115/2011/710438.

101. Demetriou, V. L. Molecular epidemiology of hepatitis C infection in Cyprus: evidence of polyphyletic infection / V. L. Demetriou, D. A. van de Vijver, Cyprus HCV Network, L. G. Kostrikis, S. Chimonides, A. Evgeniou, E. Hadjigeorgiou-Vounou, M. Koliou-Mazeri, P. Papakyriakou, L. Petsas, G. Potamitis // J. Med. Virol. - 2009. - V. 81. - N. 2. - P. 238-248.

102. Depla, M. Ultrastructural and quantitative analysis of the lipid droplet clustering induced by hepatitis C virus core protein / M. Depla, R. Uzbekov, C. Hourioux, E. Blanchard, A. Le Gouge, L. Gillet, P. Roingeard // Cell Mol. Life. Sci. - 2010. - V. 67.-N 18.-P. 3151-3161.

103. Di Lello, F. Diversity of hepatitis C virus genotype lb in Buenos Aires, Argentina: description of a new cluster associated with response to treatment / F. Di Lello, G. Garcia, V. Kott, S. Sookoian, R. Campos // J. Med. Virol. - 2008. - V. 80. - N. 4. - P. 619-627.

104. Dias, P. T. Temporal changes in HCV genotype distribution in three different high risk populations in San Francisco, California / P. T. Dias, J. A. Hahn, E. Delwart, B. Edlin, J. Martin, P. Lum, J. Evans, A. Krai, S. Deeks, M. P. Busch, K. Page // BMC Infect. Dis. - 2011. - V. 11. - P. 208.

105. Drake, J. W. Rates of spontaneous mutation / J. W. Drake, B. Charlesworth, D. Charlesworth, J. F. Crow // Genetics. - 1998. - V. 148. - N. 4. - P. 1667-1686.

106. Dreux, M. High density lipoprotein inhibits hepatitis C virus-neutralizing antibodies by stimulating cell entry via activation of the scavenger receptor BI / M. Dreux, T. Pietschmann, C. Granier, C. Voisset, S. Ricard-Blum, P. E. Mangeot, Z. Keck, S.

Foung, N. Vu-Dac, J. Dubuisson, R. Bartenschlager, D. Lavillette, F. L. Cosset // J. Biol. Chem. - 2006. - V. 281. - N. 27. - P. 18285-18295.

107. Dubuisson, J. Formation and intracellular localization of hepatitis C virus envelope glycoprotein complexes expressed by recombinant vaccinia and Sindbis viruses / J. Dubuisson, H. H. Hsu, R. C. Cheung, H. B. Greenberg, D. G. Russell, C. M. Rice // J. Virol. - 1994. - V. 68. - N.10. - P. 6147-6160.

108. Dutkiewicz, M. Structural characterization of the highly conserved 98-base sequence at the 3' end of HCV RNA genome and the complementary sequence located at the 5' end of the replicative viral strand / M. Dutkiewicz, J. Ciesioka // N. A. R. - 2005. -V. 33. - P.693-703.

109. Echevarría, J. M. Follow-up of the prevalence of hepatitis C virus genotypes in Spain during a nine-year period (1996-2004) / J. M. Echevarría, P. León, F. Pozo, A. Avellón // Enferm Infecc. Microbiol. Clin. - 2006. - V. 24. - N. 1. - P. 20-25.

110. Einav, S. The nucleotide binding motif of hepatitis C virus NS4B can mediate cellular transformation and tumor formation without Ha-ras co-transfection / S. Einav, E. H. Sklan, H. M. Moon, E. Gehrig, P. Liu, Y. Hao, A. W. Lowe, J. S. Glenn // Hepatology. - 2008. - V. 47. - N. 3. - P. 827-835.

111. Enomoto, N. There are two major types of hepatitis C virus in Japan / N. Enomoto, A. Takada, T. Nakao, T. Date // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1990. - V. 170. - N. 3. - P. 1021-1025.

112. Enomoto, N. Mutations in the nonstructural protein 5A gene and response to interferon in patients with chronic hepatitis C virus lb infection / N. Enomoto, I. Sakuma, Y. Asahina, M. Kurosaki, T. Murakami, C. Yamamoto, Y. Ogura, N. Izumi, F. Marumo, C. Sato // New Eng. J. Med. - 1996. - V. 334. - P. 77-81.

113. Eriksen, M. B. Molecular and epidemiological profiles of hepatitis C virus genotype 4 in Denmark / M. B. Eriksen, L. B. J0rgensen, H. Krarup, A. L. Laursen, P. B. Christensen, A. M0ller, P. Schlichting, C. Kuiken, J. Bukh, N. Weis, DANHEP Group // J. Med. Virol. - 2010. - V. 82. - N. 11. - P. 1869-1877.

114. Evans, M. J. Phosphorylation of hepatitis C virus nonstructural protein 5A modulates its protein interactions and viral RNA replication / M. J. Evans, C. M. Rice, S. P.

Goff// P. N. A. S. - 2004. - V. 101. - N.35. - P. 10038-10043.

115. Evans, M. J. Claudin-1 is a hepatitis С virus co-receptor required for a late step in entry / M. J. Evans, T. von Hahn, D.M. Tscherne, A. J. Syder, M. Pañis, B. Wolk, T. Hatziioannou, J. A. McKeating, P. D. Bieniasz, С. M. Rice // Nature. - 2007. - V. 446. - P. 801-805.

116. Fan, X. High diversity of hepatitis С viral quasispecies is associated with early virological response in patients undergoing antiviral therapy / X. Fan, Q. Mao, D. Zhou, Y. Lu, J. Xing, Y. Xu, S. C. Ray, A. M. Di Bisceglie // Hepatology. - 2009. -V. 50. - N. 6. - P. 1765-1772.

117. Farci, P. Prevention of hepatitis С virus infection in chimpanzees after antibody-mediated in vitro neutralization / P. Farci, H. J. Alter, D. C. Wong, R. H. Miller, S. Govindarajan, R. Engle, M. Shapiro, R. H. Purcell // P. N. A. S. - 1994. - V. 91. - N. 16. - P. 7792-7796.

118. Farci, P. The outcome of acute hepatitis С predicted by the evolution of the viral quasispecies / P. Farci, A. Shimoda, A. Coiana, G. Diaz, G. Peddis, J. C. Melpolder, A. Strazzera, D. Y. Chien, S. J. Muñoz, A. Balestrieri, R. H. Purcell, H. J. Alter // Science. - 2000. - V. 288. - N. 5464. - P. 339-344.

119. Farci, P. Early changes in hepatitis С viral quasispecies during interferon therapy predict the therapeutic outcome / P. Farci, R. Strazzera, H. J. Alter, S. Farci, D. Degioannis, A. Coiana, G. Peddis, F. Usai, G. Serra, L. Chessa, G. Diaz, A. Balestrieri, R. H. Purcell // P. N. A. S. - 2002. - V. 99. - N.5. - P. 3081-3086.

120. Farquhar, M. J. Hepatitis С virus induces CD81 and claudin-1 endocytosis / M. J. Farquhar, К. Ни, H. J. Harris, C. Davis, C. L. Brimacombe, S. J. Fletcher, T. F. Baumert, J. Z. Rappoport, P. Balfe, J. A. McKeating // J. Virol. - 2012. - V. 86. - N. 8. - P. 4305-4316.

121. Fernández-Areas, N. High prevalence of hepatitis С virus subtypes 4c and 4d in Malaga (Spain): phylogenetic and epidemiological analyses / N. Fernández-Arcás, J. López-Siles, S. Trapero, A. Ferrara, A. Ibáñez, F. Orihuela, J. Maldonado, A. Alonso // J. Med. Virol. - 2006. - V. 78. - N. 11. - P. 1429-1435.

122. Felsenstein, J. PHYLIP [Электронный ресурс] / J. Felsenstein // Phylogeny

Inference Package, version 3.5. - 1993. - Режим доступа: http : //cmgm. Stanford .edu/phy lip/.

123. Fishman, S. L. Mutations in the hepatitis С virus core gene are associated with advanced liver disease and hepatocellular carcinoma / S. L. Fishman, S. H. Factor, C. Balestrieri, X. Fan, A. M. Dibisceglie, S. M. Desai, G. Benson, A. D. Branch // Clin. Cancer Res. - 2009. - V. 15. - N 9. - P. 3205-3213.

124. Fishman, S. L. Molecular and bioinformatic evidence of hepatitis С virus evolution in brain / S. L. Fishman, J. M. Murray, F. J. Eng, J. L. Walewski, S. Morgello, A. D. Branch // J. Infect. Dis. - 2008. - V. 197. - N. 4. - P. 597-607.

125. Forton, D. M. Identification of unique hepatitis С virus quasispecies in the central nervous system and comparative analysis of internal translational efficiency of brain, liver, and serum variants / D. M. Forton, P. Karayiannis, N. Mahmud, S. D. TaylorRobinson, H. C. Thomas // J. Virol. - 2004. - V. 78. - N. 10. - P. 5170-5183.

126. Freeman, A. J. Hepatitis С prevalence among Australian injecting drug users in the 1970s and profiles of virus genotypes in the 1970s and 1990s / A. J. Freeman, A. Zekry, L. R. Whybin, С. E. Harvey, I. A. van Beek, S. L. de Kantzow, W. D. Rawlinson, C. R. Boughton, P. W. Robertson, G. Marinos, A. R. Lloyd // Med. J. Aust. - 2000. - V. 172. - N. 12. - P. 588-591.

127. Fretz, C. HCV infection in a rural population of the Central African Republic (CAR): evidence for three additional subtypes of genotype 4 / C. Fretz, D. Jeannel, L. Stuyver, V. Hervé, F. Lunel, A. Boudifa, C. Mathiot, G. de Thé, J. J. Fournel // J. Med. Virol. - 1995. - V. 47. - N. 4. - P. 435-437.

128. Fu, Y. HCV 6a prevalence in Guangdong province had the origin from Vietnam and recent dissemination to other regions of China: phylogeographic analyses / Y. Fu, W. Qin, H. Cao, R. Xu, Y. Tan, T. Lu, H. Wang, W. Tong, X. Rong, G. Li, M. Yuan, C. Li, K. Abe, L. Lu, G. Chen // PLoS One. - 2012. - V. 7. - N. 1. - e28006.

129. Furione, M. Polioviruses with natural recombinant genomes isolated from vaccine-associated paralytic poliomyelitis / M. Furione, S. Guillot, D. Otelea, J. Balanant, A. Candrea, R. Crainic // Virology. - 1993. - V. 12. - N. 6. - P. 199-208.

130. Furuya, T. Natural evolution of coronavirus defective-interfering RNA involves

RNA recombination / T. Furuya, T. B. Macnaughton, N. La Monica, M. M. Lai // Virology. - 1993. - V. 194. - N. 1. - P. 408-413.

131. Gale, M Jr. Control of PKR protein kinase by hepatitis C virus nonstructural 5A protein: molecular mechanisms of kinase regulation / M Jr. Gale, C. M. Blakely, B. Kwieciszewski, S. L. Tan, M. Dossett, N. M. Tang, M.J. Korth, S. J. Polyak, D. R. Gretch, M. G. Katze // Mol. Cell Biol. - 1998. - V. 18. - N. 9. - P. 5208-5218.

132. Gale, M Jr. Evasion of intracellular host defence by hepatitis C virus / M. Jr. Gale, E. M. Foy // Nature. - 2005. - V. 436. - P. 1385-1395.

133. Gao, L. Interactions between viral nonstructural proteins and host protein hVAP-33 mediate the formation of hepatitis C virus RNA replication complex on lipid raft / L. Gao, H. Aizaki, J. W. He, M.M. Lai // J. Virol. - 2004. - V. 78. - N. 7. - P. 34803488.

134. Gardner, J. P. L-SIGN (CD 209L) is a liver-specific capture receptor for hepatitis C virus / J. P. Gardner, R. J. Durso, R. R. Arrigale, G. P. Donovan, P. J. Maddon, T. Dragic, W. C. Olson // P. N. A. S. - 2003. - V. 100. - P. 4498-4503.

135. Garson, J. A. Detection of hepatitis C viral sequences in blood donations by "nested" polymerase chain reaction and prediction of infectivity / J. A. Garson, R. S. Tedder, M. Briggs, P. Tuke, J. A. Glazebrook, A. Trute, D. Parker, J. A. Barbara, M. Contreras, S. Aloysius // Lancet. - 1990. - V. 335. - N. 8703. - P. 1419-1422.

136. Gastaldi, M. Detection by in situ hybridization of hepatitis C virus positive and negative RNA strands using digoxigenin-labeled cRNA probes in human liver cells / M. Gastaldi, A. Massacrier, R. Planells, A. Robaglia-Schlupp, I. Portal-Bartolomei, M. Bourliere, F. Quilici, J. Fiteni, E. Mazzella, P. Cau // J. Hepatol. - 1995. - V. 23. -N. 5. - P. 509-518.

137. Gastaminza, P. Cellular determinants of hepatitis C virus assembly, maturation, degradation, and secretion / P. Gastaminza, G. Cheng, S. Wieland, J. Zhong, W. Liao, F. V. Chisari // J. Virol. - 2008. - V. 82. - N. 5. - P. 2120-2129.

138. Gededzha, M. P. Introduction of new subtypes and variants of hepatitis C virus genotype 4 in South Africa / M. P. Gededzha, S. G. Selabe, T. Kyaw, J. N. Rakgole, J. T. Blackard, M. J. Mphahlele // J. Med. Virol. - 2012. - V. 84. - N. 4. - P. 601-607.

139. Georgescu, M. M. Tripartite genome organization of a natural type 2 vaccine/nonvaccine recombinant poliovirus / M. M. Georgescu, F. Delpeyroux, R. Crainic // J. Gen. Virol. - 1995. - V. 76. - N. 9. - P. 2343-2348.

140. Germi, R. Cellular glycosaminoglycans and low density lipoprotein receptor are involved in hepatitis C virus adsorption / R. Germi, J. M. Crance, D. Garin, J. Guimet, H. Lortat-Jacob, R. W. Ruigrok, J. P. Zarski, E. Drouet // J. Med. Virol. -2002. - V. 68. - N. 2. - P. 206-215.

141. Gervain, J. Determination of the type and subtype of the hepatitis C virus in chronic viral hepatitis patients in Hungary / J. Gervain, G. Jr. Simon, I. Papp, B. K. Szabone // Orv. He til. - 2001. - V. 142. - N. 25. - P. 1315-1319.

142. Gmyl, A. P. Nonreplicative RNA recombination in poliovirus / A. P. Gmyl, E. V. Belousov, S. V. Maslova, E. V. Khitrina, A. B. Chetverin, V. I. Agol // J. Virol. -1999. - V. 73. - N. 11. - P. 8958-8965.

143. Gmyl, A. P. Nonreplicative homologous RNA recombination: promiscuous joining of RNA pieces? / A. P. Gmyl, S. A. Korshenko, E. V. Belousov, E. V. Khitrina, V. I. Agol // RNA. - 2003. -V. 9. - N. 10. - P. 1221-1231.

144. Gosert, R. Identification of the hepatitis C virus RNA replication complex in Huh-7 cells harboring subgenomic replicons / R. Gosert, D. Egger, V. Lohmann, R. Bartenschlager, H. E. Blum, K. Bienz, D. Moradpour // J. Virol. - 2003. - V. 77. - N. 9. - P. 5487-5492.

145. Gottwein, J. M. Development and characterization of hepatitis C virus genotype 1-7 cell culture systems: role of CD81 and scavenger receptor class B type I and effect of antiviral drugs / J. M. Gottwein, T. K. Scheel, T. B. Jensen, J. B. Lademann, J. C. Prentoe, M. L. Knudsen, A. M. Hoegh, J. Bukh // Hepatology. - 2008. - V. 198. - N. 12. - P. 1756-1765.

146. Gournay, J. Hepatitis C virus genotypes in French blood donors / J. Gournay, P. Marcellin , M. Martinot-Peignoux , C. Degott, F. Gabriel, F. Courtois , M. Branger, A. M. Wild , S. Erlinger , J. P. Benhamou // J. Med. Virol. - 1995. - V. 45. - N.4. - P. 399-404.

147. Grakoui, A. Characterization of the hepatitis C virus-encoded serine proteinase:

determination of proteinase-dependent polyprotein cleavage sites / A. Grakoui, D. W. McCourt, C. Wychowski, S. M. Feinstone, C. M. Rice // J. Virol. - 1993. - V. 67. - N.5. - P. 2832-2843.

148. Grakoui, A. Expression and identification of hepatitis C virus polyprotein cleavage products / A. Grakoui, C. Wychowski, C. Lin, S. M. Feinstone, C. M. Rice // J. Virol. - 1993. - V. 67. - N.3. - P. 1385-1395.

149. Grebely, J. Hepatitis C virus reinfection and superinfection among treated and untreated participants with recent infection / J. Grebely, S. T. Pham, G. V. Matthews, K. Petoumenos, R. A. Bull, B. Yeung, W. Rawlinson, J. Kaldor, A. Lloyd, M. Hellard, G. J. Dore, P. A. White; ATAHC Study Group // Hepatology. - 2012. - V. 55. - N. 4. - P. 1058-1069.

150. Guillot, S. Natural genetic exchanges between vaccine and wild poliovirus strains in humans / S. Guillot, V. Caro, N. Cuervo, E. Korotkova, M. Combiescu, A. Persu, A. Aubert-Combiescu, F. Delpeyroux, R. Crainic // J. Virol. - 2000. - V. 74. - N. 18. - P. 8434-8443.

151. Hamamoto, I. Human VAP-B is involved in hepatitis C virus replication through interaction with NS5A and NS5B / I. Hamamoto, Y. Nishimura, T. Okamoto, H. Aizaki, M. Liu, Y. Mori, T. Abe, T. Suzuki, M. M. Lai, T. Miyamura, K. Moriishi, Y. Matsuura // J. Virol. - 2005. - V. 79. - N. 21. - P. 13473-13482.

152. Han, J. H. Characterization of the terminal regions of hepatitis C viral RNA: identification of conserved sequences in the 5' untranslated region and poly(A) tails at the 3' end / J. H. Han, V. Shyamala, K. H. Richman, M. J. Brauer, B. Irvine, M. S. Urdea, P. Tekamp-Olson, G. Kuo, Q. L. Choo, M. Houghton // P. N. A. S. - 1991. -V. 88.-N. 5.-P. 1711-1715.

153. Hannoun, C. An aberrant genotype revealed in recombinant hepatitis B virus strains from Vietnam / C. Hannoun, H. Norder, M. Lindh // J. Gen. Virol. - 2000. - V. 81. -N. 9. - P. 2267-2272.

154. Hayashi, K. Prevalence and characterization of hepatitis C virus genotype 4 in Japanese hepatitis C carriers / K. Hayashi, Y. Fukuda, I. Nakano, Y. Katano, H. Toyoda, S. Yokozaki, T. Hayakawa, K. Morita, D. Nishimura, K. Kato, F. Urano, J.

Takamatsu // Hepatol. Res. - 2003. - V. 25. - N. 4. - P. 409-414.

155. He, C. Q. Evidence of natural recombination in classical swine fever virus / C. Q. He, N. Z. Ding, J. G. Chen, Y. L. Li // Virus Res. - 2007. - V. 126. - P. 179-185.

156. Heck, J. A. Cyclophilin B stimulates RNA synthesis by the HCV RNA dependent RNA polymerase / J. A. Heck, X. Meng, D. N. Frick // Biochem. Pharmacol. - 2009. - V. 77. - N. 7. - P. 1173-1180.

157. Helle, F. The neutralizing activity of anti-hepatitis C virus antibodies is modulated by specific glycans on the E2 envelope protein / F. Helle, A. Goffard, V. Morel, G. Duverlie, J. McKeating, Z. Y. Keck, S. Foung, F. Penin, J. Dubuisson, C. Voisset // J. Virol. - 2007. - V. 81. - N. 15. - P. 8101-8111.

158. Henquell, C. High prevalence of hepatitis C virus type 5 in central France evidenced by a prospective study from 1996 to 2002 / C. Henquell, C. Cartau, A. Abergel, H. Laurichesse, C. Regagnon, C. De Champs, J. L. Bailly, H. Peigue-Lafeuille // J. Clin. Microbiol. - 2004. - V. 42. - N. 7. - P. 3030-3035.

159. Henquell, C. Evolutionary history of hepatitis C virus genotype 5a in France, a multicenter ANRS study / C. Henquell, J. Guglielmini, J. Verbeeck, A. Mahul, V. Thibault, P. Lebray, S. Laperche, P. Trimoulet, J. Foucher, H. Le Guillou-Guillemette, I. Fouchard-Hubert, F. Legrand-Abravanel, S. Metivier, C. Gaudy, L. D'Alteroche, A. R. Rosenberg, P. Podevin, J. C. Plantier, G. Riachi // Infect. Genet. Evol. - 2011. - V. 11. - N. 2. - P. 496-503.

160. Heo, T. H. Hepatitis C virus E2 links soluble human CD81 and SR-B1 protein / T. H. Heo, S. M. Lee, B. Bartosch, F. L. Cosset, C. Y. Kang // Virus Res. - 2006. - V. 121. -N.l. - P. 58-64.

161. Herzer, K. Hepatitis C virus core protein inhibits tumor suppressor protein promyelocytic leukemia function in human hepatoma cells / K. Herzer, S. Weyer, P. H. Krammer, P. R. Galle, T. G. Hofmann // Cancer Res. - 2005. - V. 65. - N. 23. - P. 10830-10837.

162. Hijikata, M. Two distinct proteinase activities required for the processing of a putative nonstructural precursor protein of hepatitis C virus / M. Hijikata, H. Mizushima, T. Akagi, S. Mori, N. Kakiuchi, N. Kato, T. Tanaka, K. Kimura, K.

Shimotohno // J. Virol. - 1993. - V. 67. - N.8. - P. 4665-4675.

163. Himmelsbach, K. New aspects of an anti-tumour drug: sorafenib efficiently inhibits HCV replication / K. Himmelsbach, D. Sauter, T. F. Baumert, L. Ludwig, H. E. Blum, E. Hildt // Gut. - 2009. - V. 58. - N. 12. - P. 1644-1653.

164. Hirst, G. K. Genetic recombination with Newcastle disease virus, polioviruses, and influenza / G. K. Hirst // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. - 1962. - V. 27. - P. 303-309.

165. Holmes, E. C. RNA virus genomics: A world of possibilities / E. C. Holmes // J. Clin. Invest. - 2009. - V. 119. - P. 271-273.

166. Holmes, E. C. The evolutionary genetics of viral emergence / E. C. Holmes, A. J. Drummond // Curr. Top. Microbiol. Immunol. - 2007. - V. 315. - P. 51-66.

167. Holmes, E. C. Viral evolution and the emergence of SARS coronavirus / E. C. Holmes, A. Rambaut // Philos Trans R. Soc. Lond. B Biol Sci. - 2004. - V. 359. - N. 1447. - P. 1059-1065.

168. Holmes, E. C. The origin, emergence and evolutionary genetics of dengue virus / E. C. Holmes, S. S. Twiddy // Infect. Genet. Evol. - 2003. - V. 3. - N. 1. - P. 19-28.

169. Holmes, E. C. Phylogenetic evidence for recombination in dengue virus / E. C. Holmes, M. Worobey, A. Rambaut // Mol. Biol. Evol. - 1999. - V. 16. - N. 3. - P. 405-409.

170. Honda, M. A phylogenetically conserved stem-loop structure at the 59 border of the internal ribosome entry site of Hepatitis C virus is required for capindependent viral translation / M. Honda, M. R. Beard, L-H. Ping, S. M.Lemon // J. Virol. - 1999. - V. 73. -P.l 165-1174.

171. Hong, Z. A novel mechanism to ensure terminal initiation by hepatitis C virus NS5B polymerase / Z. Hong, C. E. Cameron, M. P. Walker, C. Castro, N. Yao, J. Y. Lau, W. Zhong // Virology. - 2001. - V. 285. - N. 1. - P. 6-11.

172. Horner, S. M. Control of innate immune signaling and membrane targeting by the Hepatitis C virus NS3/4A protease are governed by the NS3 helix a0 / S. M. Horner, H. S. Park, M. Jr. Gale // J. Virol. - 2012. - V. 86. - N. 6. - P. 3112-3120.

173. Huang, H. Hepatitis C virus production by human hepatocytes dependent on

assembly and secretion of very low-density lipoproteins / H. Huang, F. Sun, D. M. Owen, W. Li, Y. Chen, M. Jr. Gale, J. Ye // P. N. A. S. - 2007. - V. 104. - N. 14. - P. 5848-5853.

174. Huang, T. Evidence of recombination and genetic diversity in human rhinoviruses in children with acute respiratory infection / T. Huang, W. Wang, M. Bessaud, P. Ren, J. Sheng, H. Yan, J. Zhang, X. Lin, Y. Wang, F. Delpeyroux, V. Deubel // PLoS One. - 2009. - V. 4. - N. 7. - e.6355. doi: 10.1371.

175. Hudson, R. R. Properties of a neutral allele model with intragenic recombination / R. R. Hudson // Theor. Popul. Biol. - 1983. - V. 23. - N. 2. - P. 183-201.

176. Hughes, M. Domain III of NS5A contributes to both RNA replication and assembly of hepatitis C virus particles / M. Hughes, S. Griffin, M. Harris // J. Gen. Virol. -2009. - V. 90. - P. 1329-1334.

177. Hughes, P. J. The nucleotide sequence of a type 3 poliovirus isolated during a recent outbreak of poliomyelitis in Finland / P. J. Hughes, D. M. Evans, P. D. Minor, G. C. Schild, J. W. Almond, G. Stanway // J. Gen. Virol. - 1986. - V. 67. - N. 10. - P. 2093-2102.

178. Humphreys, I. Full-length characterization of hepatitis C virus subtype 3a reveals novel hypervariable regions under positive selection during acute infection / I. Humphreys, V. Fleming, P. Fabris, J. Parker, B. Schulenberg, A. Brown, C. Demetriou, S. Gaudieri, K. Pfafferott, M. Lucas, J. Collier, K. H. Huang, O. G. Pybus, P. Klenerman, E. Barnes // J. Virol. - 2009. - V. 83. - P. 11456-11466.

179. Hiippe, D. Epidemiology of chronic hepatitis C in Germany—an analysis of 10,326 patients in hepatitis centres and outpatient units / D. Hiippe, E. Zehnter, S. Mauss, K. Boker, T. Lutz, S. Racky, W. Schmidt, J. Ullrich, I. Sbrijer, R. Heyne, A. Schober, C. John, K. H. Hey, B. Bokemeyer, B. Kallinowski, B. Moller, S. Pape, M. Gutmann, U. Alshuth, C. Niederau // Z. Gastroenterol. - 2008. - V. 46. - N. 1. - P. 34-44.

180. Inoue, Y. Genotypic analysis of hepatitis C virus in blood donors in Indonesia / Y. Inoue, H. A. Sulaiman, K. Matsubayashi, Julitasari, K. Iinuma, A. Ansari, K. Laras, A. L. Corwin // Am. J. Trop. Med. Hyg. - 2000. - V. 62. - N. 1. - P. 92-98.

181. McLauchlan, J. Lipid droplets and hepatitis C virus infection / J. McLauchlan // Biochim. Biophys. Acta. - 2009. - V. 1791. - P. 552-559.

182. Jackowiak, P. Evolution of hepatitis C virus hypervariable region 1 in chronically infected children / P. Jackowiak, A. Kowala-Piaskowska, M. Figlerowicz, M. Alejska, N. Malinowska, M. Figlerowicz // Virus Res. - 2012. - V. 167. - N. 2. - P. 380-384.

183. Jackwood, M. W. Emergence of a group 3 coronavirus through recombination / M. W. Jackwood, T. O. Boynton, D. A. Hilt, E. T. McKinley, J. C. Kissinger, A. H. Paterson, J. Robertson, C. Lemke, A. W. McCall, S. M. Williams, J. W. Jackwood, L. A. Byrd // Virology. - 2010. - V. 398. - N. 1. - P. 98-108.

184. Jeannel, D. Evidence for high genetic diversity and long-term endemicity of hepatitis C virus genotypes 1 and 2 in West Africa / D. Jeannel, C. Fretz, Y. Traore, N. Kohdjo, A. Bigot, E. Pe Gamy, G. Jourdan, K. Kourouma, G. Maertens, F. Fumoux, J. J. Fournel, L. Stuyver // J. Med. Virol. - 1998. - V. 55. - N. 2. - P. 92-97.

185. Jenkins, G. M. Rates of molecular evolution in RNA viruses: a quantitative phylogenetic analysis / G. M. Jenkins, A. Rambaut, O. G. Pybus, E. C. Holmes // J. Mol. Evol. - 2002. - V. 54. - N. 2. - P. 156-165.

186. Jennings, T. A. RNA unwinding activity of the hepatitis C virus NS3 helicase is modulated by the NS5B polymerase / T. A. Jennings, Y. Chen, D. Sikora, M. K. Harrison, B. Sikora, L. Huang, E. Jankowsky, M. E. Fairman, C. E. Cameron, K. D. Raney // Biochemistry. - 2008. - V. 47. - N. 4. - P. 1126-1135.

187. Ji, H. Coordinated assembly of human translation initiation complexes by the hepatitis C virus internal ribosome entry site RNA / H. Ji, C. S. Fraser, Y. Yu, J. Leary, J. A. Doudna // P. N. A. S. - 2004. - N. 101. P. 16990-16995.

188. Jiang, J. Hepatitis C virus attachment mediated by apolipoprotein E binding to cell surface heparan sulfate / J. Jiang, W. Cun, X. Wu, Q. Shi, H. Tang, G. Luo // J. Virol. - 2012. - V. 86. - N. 13. - P. 7256-7267.

189. Jiang, J. Apolipoprotein E but not B is required for the formation of infectious hepatitis C virus particles / J. Jiang, G. Luo // J. Virol. - 2009. - V. 83. - P. 1268012691.

190. Jiao, P. Complete genomic sequence of a novel natural recombinant H6N2 influenza virus from chickens in Guangdong, Southern China / P. Jiao, R. Yuan, L. Wei, B. Jia, L. Cao, Y. Song, L. Gong, C. Xu, T. Ren, M.Liao // J. Virol. - 2012. - V. 86. - N. 14. - P. 7717-7718.

191. Jimenez-Mendez, R. Distribution of HCV genotypes and HCV RNA viral load in different regions of Mexico / R. Jimenez-Mendez, F. Uribe-Salas, P. Lopez-Guillen, L. Cisneros-Garza, G.Castaneda-Hernandez // Ann. Hepatol. - 2010. - V. 9. - N. 1. -P. 33-39.

192. Jones, C. T. Hepatitis C virus p7 and NS2 proteins are essential for production of infectious virus / C. T. Jones, C. L. Murray, D. K. Eastman, J. Tassello, C. M. Rice // J. Virol. - 2007. - V. 81. - P. 8374-8383.

193. Kaito, M. Morphology of hepatitis C and hepatitis B virus particles as detected by immunogold electron microscopy / M. Kaito, S. Ishida, H. Tanaka, S. Horiike, N. Fujita, Y. Adachi, M. Kohara, M. Konishi, S. Watanabe // Med. Mol. Morphol. // -2006. - V. 39. - N. 2. - P. 63-71.

194. Kalinina, O. Shift in predominating subtype of HCV from lb to 3a in St. Petersburg mediated by increase in injecting drug use / O. Kalinina, H. Norder, T. Vetrov, K. Zhdanov, M. Barzunova, V. Plotnikova, S. Mukomolov, L. O. Magnius // J. Med. Virol. - 2001. - V. 65. - N. 3. - P. 517-524.

195. Kao, J. H. Superinfection by homotypic virus in hepatitis C virus carriers: studies on patients with post-transfusion hepatitis / J. H. Kao, P. J. Chen, J. T. Wang, P. M. Yang, M. Y. Lai, T. H. Wang, D. S. Chen // J. Med. Virol. - 1996. - V. 50. - N. 4. -P. 303-308.

196. Karatapanis, S. Hepatitis C virus genotyping in Greece: unexpected high prevalence of genotype 5a in a Greek island / S. Karatapanis, P. Tsoplou, V. Papastergiou, A. Vasiageorgi, M. Stampori, I. Saitis, E. Tsitsopoulos, P. Lisgos, L. Skorda, I. Ketikoglou, I. Goulis // J. Med. Virol. - 2012. - V. 84. - N. 2. - P. 223-228.

197. Kato, N. Molecular cloning of the human hepatitis C virus genome from Japanese patients with non-A, non-B hepatitis / N. Kato, M. Hijikata, Y. Ootsuyama, M. Nakagawa, S. Ohkoshi, T. Sugimura, K. Shimotohno // P. N. A. S. - 1990. - V. 87. -

N. 24. - P. 9524-9528.

198. Kato, N. Genetic drift in hypervariable region 1 of the viral genome in persistent hepatitis C virus infection / N. Kato, Y. Ootsuyama, H. Sekiya, S. Ohkoshi, T. Nakazawa, M. Hijikata, K. Shimotohno // J. Virol. - 1994. - V. 68. - N. 8. - P. 47764784.

199. Kato, N. Marked sequence diversity in the putative envelope proteins of hepatitis C virus / N. Kato, Y. Ootsuyama, T. Tanaka, M. Nakagawa, T. Nakazawa, K. Muraiso, S. Ohkoshi, M. Hijikata, K. Shimotohno // Virus Res. - 1992. - V. 22. - P. 107-123.

200. Katsoulidou, A. Molecular epidemiology of hepatitis C virus (HCV) in Greece: temporal trends in HCV genotype-specific incidence and molecular characterization of genotype 4 isolates / A. Katsoulidou, V. Sypsa, N. C. Tassopoulos, J. Boletis, A. Karafoulidou, I. Ketikoglou, D. Tsantoulas, I. Vafiadi, G. Hatzis, A. Skoutelis, E. Akriviadis, T. Vasiliadis, G. Kitis, G. Magiorkinis, A. Hatzakis // J. Viral. Hepat. -2006. - V. 13. - N. 1. - P. 19-27.

201. Keck, J. G. In vivo RNA-RNA recombination of coronavirus in mouse brain / J. G. Keck, G. K. Matsushima, S. Makino, J. O. Fleming, D. M. Vannier, S. A. Stohlman, M. M. Lai // J. Virol. - 1988. - V. 62. - N. 5. - P. 1810-1813.

202. Kew, O. M. Evolution of the oral polio vaccine strains in humans occurs by both mutation and intermolecular recombination / O. M. Kew, B. K. Nottay // In Modern Approaches to Vaccines: Molecular and Chemical Basis of Virus Virulence and Immunogenicity. - Edited by R. M. Chanock & R. A. Lerner. New York: Cold Spring Harbor Laboratory. - 1984. - P. 357-362.

203. Kew, O. M. Molecular epidemiology of polioviruses / O. M. Kew, B. K. Nottay // Rev. Infect. Dis. - 1984. - V. 6. - Suppl. 2. - P. 499-504.

204. Khan, A. Epidemic spread of hepatitis C virus genotype 3a and relation to high incidence of hepatocellular carcinoma in Pakistan / A. Khan, Y. Tanaka, Z. Azam, Z. Abbas, F. Kurbanov, U. Saleem, S. Hamid, W. Jafri, M. Mizokami // J. Med. Virol. -2009. - V. 81. - N. 7. - P. 1189-1197.

205. Kim, M. Template requirements for de novo RNA synthesis by hepatitis C virus nonstructural protein 5B polymerase on the viral X RNA / M. Kim, H. Kim, S. P.

Cho, M. K. Min // J. Virol. - 2002. - V. 76. - N. 14. - P. 6944-6956.

206. Kimchi-Sarfaty, C. A "silent" polymorphism in the MDR1 gene changes substrate specificity / C. Kimchi-Sarfaty, J. M. Oh, I. W. Kim, Z. E. Sauna, A. M. Calcagno, S. V. Ambudkar, M. M. Gottesman // Science. - 2007. - N. 315. - P. 525-528.

207. Kimura, M. Preponderance of synonymous changes as evidence for the neutral theory of molecular evolution / M. Kimura // Nature. - 1977. - V. 267. - N. 5608. - P. 275-276.

208. Kimura, M. The neutral theory of molecular evolution / M. Kimura // Sci. Am. -1979. - V. 241. - V. 5. - P. 98-100.

209. Kingman, J. On the genealogy of large populations / J. F. Kingman // J. Appl. Probab. - 1982. - V. 19. - P. 27-43.

210. Kingman, J. Origins of the coalescent: 1974-1982 / J. Kingman // Genetics. - 2000. -V. 156. - P. 1461-1463.

211. Kirkegaard, K. The mechanism of RNA recombination in polio virus / K. Kirkegaard, D. Baltimore // Cell. - 1986. - V. 47. - N. 3. - P. 433-443.

212. Koch, J. O. In vitro studies on the activation of the hepatitis C virus NS3 proteinase by the NS4A cofactor / J. O. Koch, V. Lohmann, U. Herian, R. Bartenschlager // Virology. - 1996. - V. 221. - N. 1. - P. 54-66.

213. Kolupaeva, V. G. An enzymatic footprinting analysis of the interaction of 40S ribosomal subunits with the internal ribosomal entry site of hepatitis C virus / V. G. Kolupaeva, T. V. Pestova, C. U. Hellen // J. Virol. - 2000. - V. 74. - P. 6242-6250.

214. Kolykhalov, A. A. Transmission of hepatitis C by intrahepatic inoculation with transcribed RNA / A. A. Kolykhalov, E. V. Agapov, K. J. Blight, K. Mihalik, S. M. Feinstone, C. M. Rice // Science. - 1997. - V. 277. - P. 570-574.

215. Konan, K. V. Nonstructural protein precursor NS4A/B from hepatitis C virus alters function and ultrastructure of host secretory apparatus / K. V. Konan, T. H. Giddings, M. Ikeda, K. Li, S. M. Lemon, K. Kirkegaard // J. Virol. - 2003. - V. 77. -N. 14. - P. 7843-7855.

216. Krekulova, L. Current situation and trends in the hepatitis C virus genotype distribution among injecting drug users in the Czech Republic / L. Krekulova, V.

Rehak, O. Strunecky, V. Nemecek // Epidemiol. Mikrobiol. Imunol. - 2009. - V. 58.

- N. 2. - P. 84-89.

217. Kuiken, C. Nomenclature and numbering of the hepatitis C virus / C. Kuiken, P. Simmonds // Methods Mol. Biol. - 2009. - V. 510. - P. 33-53.

218. Kumthip, K. Correlation between mutations in the core and NS5A genes of hepatitis C virus genotypes la, lb, 3a, 3b, 6f and the response to pegylated interferon and ribavirin combination therapy / K. Kumthip, C. Pantip, P. Chusri, S. Thongsawat, A. O'Brien, K. E. Nelson, N. Maneekarn // J. Viral. Hepat. - 2011. - V. 18. - N. 4. - P. 117-125.

219. Kurbanov, F. Detection of hepatitis C virus natural recombinant RFl_2k/lb strain among intravenous drug users in Uzbekistan / F. Kurbanov, Y. Tanaka, D. Avazova, A. Khan, F. Sugauchi, N. Kan, D. Kurbanova-Khudayberganova, A. Khikmatullaeva, E. Musabaev, M. Mizokami // Hepatol. Res. - 2008. - V. 38. - N. 5.

- P. 457-464.

220. Kurbanov, F. Molecular epidemiology and interferon susceptibility of the natural recombinant hepatitis C virus strain RFl_2k/lb / F. Kurbanov, Y. Tanaka, E. Chub, I. Maruyama, A. Azlarova, H. Kamitsukasa, T. Ohno, S. Bonetto, I. Moreau, L. J. Fanning, F. Legrand-Abravanel, J. Izopet, N. Naoumov, T. Shimada, S. Netesov, M. Mizokami // J. Infect. Dis. - 2008. - V. 198. - N. 10. - P. 1448-1456.

221. Kurbanov, F. Hepatitis C virus molecular epidemiology in Uzbekistan / F. Kurbanov, Y. Tanaka, F. Sugauchi, H. Kato, R. Ruzibakiev, M. Zalyalieva, Z. Yunusova, M. Mizokami // J Med Virol. - 2003. - V. 69. - N. 3. - P. 367-375.

222. Lai, M. M. RNA recombination in animal and plant viruses / M. M. Lai // Microbiol. Rev. - 1992. - V. 56. - N. 1. - P. 61-79.

223. Lai, M. M. Recombination between nonsegmented RNA genomes of murine coronaviruses / M. M. Lai, R. S. Baric, S. Makino, J. G. Keck, J. Egbert, J. L. Leibowitz, S. A. Stohlman // J. Virol. - 1985. - V. 56. - N. 2. - P. 449-456.

224. Laskus, T. Detection and analysis of hepatitis C virus sequences in cerebrospinal fluid / T. Laskus, M. Radkowski, A. Bednarska, J. Wilkinson, D. Adair, M. Nowicki, G. B. Nikolopoulou, H. Vargas, J. Rakela // J. Virol. - 2002. - V. 76. - N. 19. - P.

10064-10068.

225. Le Pogam, S. Characterization of HCV quasispecies dynamics upon short term dual-therapy with the HCV NS5B nucleoside polymerase inhibitor mericitabine and the NS3/4 protease inhibitor danoprevir / S. Le Pogam, J. Yan, M. Chhabra, M. Ilnicka, H. Kang, A. Kosaka, S. Ali, D. Chin, N. Shulman, P. Smith, K. Klumpp, I. Näjera // Antimicrob Agents Chemother. - 2012. - V. 56. - N. 11. - P. 5494-5502.

226. Ledinko, N. Genetic recombination with poliovirus type 1. Studies of crosses between a normal horse serum-resistant mutant and several guanidine-resistant mutants of the same strain / N. Ledinko // Virology. - 1963. - V. 20. - P. 107-119.

227. Lee, Y. M. Molecular epidemiology of HCV genotypes among injection drug users in Taiwan: Full-length sequences of two new subtype 6w strains and a recombinant form_2b/6w / Y. M. Lee, H. J. Lin, Y. J. Chen, C. M. Lee, S. F. Wang, K. Y. Chang, T. L. Chen, H. F. Liu, Y. M. Chen // J. Med. Virol. - 2009. - V. 82. - P. 57-68.

228. Legrand-Abravanel, F. New natural intergenotypic (2/5) recombinant of hepatitis C virus / F. Legrand-Abravanel, J. Claudinon, F. Nicot, M. Dubois, S. Chapuy-Regaud, K. Sandres-Saune, C. Pasquier, J. Izopet // J. Virol. - 2007. - V. 81. - N. 8. - P. 43574362.

229. Li, C. Full-length sequences of 11 hepatitis C virus genotype 2 isolates representing five subtypes and six unclassified lineages with unique geographical distributions and genetic variation patterns / C. Li, H. Cao, L. Lu, D. Murphy // J. Gen. Virol. -2012. - V. 93. - N. 6. - P. 1173-1184.

230. Li, Y. Hepatitis C virus activates Bcl-2 and MMP-2 expression through multiple cellular signaling pathways / Y. Li, Q. Zhang, Y. Liu, Z. Luo, L. Kang, J. Qu, W. Liu, X. Xia, Y. Liu, K. Wu, J. Wu // J. Virol. - 2012. - V. 86. - N. 23. - P. 1253112543.

231. Liao, K. F. Diversity of hepatitis C virus genotypes among intravenous heroin users in Taiwan / K. F. Liao, S. W. Lai, C. Y. Lin, C. H. Huang, Y. Y. Lin // Am. J. Med. Sei. - 2011. - V. 341. - N. 2. - P. 110-112.

232. Lindenbach, B. D. Complete replication of hepatitis C virus in cell culture / B. D. Lindenbach, M. J. Evans, A. J. Syder, B. Wölk, T. L. Tellinghuisen, C. C. Liu, T.

Maruyama, R. O. Hynes, D. R. Burton, J. A. McKeating, C. M. Rice // Science. -2005. - V. 309. - N. 5734. - P. 623-626.

233. Lindenbach, B. D. Unrevalling hepatitis C virus replication from genome to function / B. D. Lindenbach, C. M. Rice // Nature. - 2005. - V. 436. - N. 18. - P. 933-938.

234. Lindh, M. Genotyping of hepatitis C virus by Taqman real-time PCR / M. Lindh, C. Hannoun // J. Clin. Virol. - 2005. - V. 34. - N. 2. - P. 108-114.

235. Liu, L. Spontaneous clearance of primary acute hepatitis C virus infection correlated with high initial viral RNA level and rapid HVR1 evolution / L. Liu, B. E. Fisher, D. L. Thomas, A. L. Cox, S. C. Ray // Hepatology. - 2012. - V. 55. - P. 1684-1691.

236. Liu, Z. Critical role of cyclophilin A and its prolyl-peptidyl isomerase activity in the structure and function of the hepatitis C virus replication complex / Z. Liu, F. Yang, J. M. Robotham, H. Tang // J. Virol. - 2009. - V. 83. - N. 13. - P. 6554-6565.

237. Lole, K. S. Full-length human immunodeficiency virus type 1 genomes from subtype C-infected seroconverters in India, with evidence of intersubtype recombination / K. S. Lole, R. C. Bollinger, R. S. Paranjape, D. Gadkari, S. S. Kulkarni, N. G. Novak, R. Ingersoll, H. W. Sheppard, S. C. Ray // J. Virol. - 1999. - V. 73. - N. 1. - P. 152-160.

238. Lozach, P. Y. C-type lectins L-SIGN and DC-SIGN capture and transmit infectious hepatitis C virus pseudotype particles / P. Y. Lozach, A. Amara, B. Bartosch, J. L. Virelizier, F. Arenzana-Seisdedos, F. L. Cosset, R. Altmeyer // J. Biol. Chem. -2004. - V. 279. - P. 32035-32045.

239. Lu, L. Complete genomes of hepatitis C virus (HCV) subtypes 6c, 61, 6o, 6p and 6q: completion of a full panel of genomes for HCV genotype 6 / L. Lu, C. Li, Y. Fu, F. Gao, O. G. Pybus, K. Abe, H. Okamoto, C. H. Hagedorn, D. Murphy // J. Gen. Virol. - 2007. - V. 88. - N. 5. - P. 1519-1525.

240. Lu, L. Complete genomes for hepatitis C virus subtypes 6f, 6i, 6j and 6m: viral genetic diversity among Thai blood donors and infected spouses. / L. Lu, C. Li, Y. Fu, L. Thaikruea, S. Thongswat, N. Maneekarn, C. Apichartpiyakul, H. Hotta, H. Okamoto, D. Netski, O. G. Pybus, D. Murphy, C. H. Hagedorn, K. E. Nelson // J. Gen. Virol. - 2007. - V. 88. - N. 5. - P. 1505-1518.

241. Lu, L. Complete genomes of three subtype 6t isolates and analysis of many novel

hepatitis C virus variants within genotype 6 / L. Lu, D. Murphy, C. Li, S. Liu, X. Xia, P. H. Pham, Y. Jin, C. H. Hagedorn, K. Abe // J. Gen. Virol. - 2008. - V. 89. -N. 2. - P. 444-452.

242. Lu, W. Activation of p53 tumor suppressor by hepatitis C virus core protein / W. Lu, S. Y. Lo, M. Chen, K. Wu, Y. K. Fung, J. H. Ou // Virology. - 1999. - V. 264. - N. l.-P. 134-141.

243. Lukavsky, P. J. Structures of two RNA domains essential for hepatitis C virus internal ribosome entry site function / P. J. Lukavsky, G. A. Otto, A. M. Lancaster, P. Sarnow, J. D. Puglisi // Nat. Struct. Biol. - 2000. - V. 7. - P. 1105-1110.

244. Luo, G. De novo initiation of RNA synthesis by the RNA-dependent RNA polymerase (NS5B) of hepatitis C virus / G. Luo, R. K. Hamatake, D. M. Mathis, J. Racela, K. L. Rigat, J. Lemm, R. J. Colonno // J. Virol. - 2000. - V. 74. - N. 2. - P. 851-863.

245. Lwin, A. A. Hepatitis C virus genotype distribution in Myanmar: Predominance of genotype 6 and existence of new genotype 6 subtype / A. A. Lwin, T. Shinji, M. Khin, N. Win, M. Obika, S. Okada, N. Koide // Hepatol. Res. - 2007. - V. 37. - N. 5. -P. 337-345.

246. Lytle, J. R. Domains on the hepatitis C virus internal ribosome entry site for 40s subunit binding / J. R. Lytle, L. Wu, H. D. Robertson // RNA. - 2002. - V. 8. - N. 8. -P. 1045-1055.

247. Ma, Y. Hepatitis C virus NS2 protein serves as a scaffold for virus assembly by interacting with both structural and nonstructural proteins / Y. Ma, M. Anantpadma, J. M. Timpe, S. Shanmugam, S. M. Singh, S. M. Lemon, M. Yi // J. Virol. - 2011. -V. 85.-N. l.-P. 86-97.

248. Maggi, F. Detection and quasispecies analysis of hepatitis C virus in the cerebrospinal fluid of infected patients / F. Maggi, M. Giorgi, C. Fornai, A. Morrica, M. L. Vatteroni, M. Pistello, G. Siciliano, A. Nuccorini, M. Bendinelli // J. Neurovirol. - 1999. - V. 5. - N. 3. - P. 319-323.

249. Maillard, P. The interaction of natural hepatitis C virus with human scavenger receptor SR-BI/Clal is mediated by ApoB-containing lipoproteins / P. Maillard, T.

Huby, U. Andreo, M. Moreau, J. Chapman, A. Budkowska // FASEB J. - 2006. - V. 20. - N. 6. - P. 735-737.

250. Maillard, P. Nonenveloped nucleocapsids of hepatitis C virus in the serum of infected patients / P. Maillard, K. Krawczynski, J. Nitkiewicz, C. Bronnert, M. Sidorkiewicz, P. Gounon, J. Dubuisson, G. Faure, R. Crainic, A. Budkowska // J. Virol. - 2001. - V. 75. - N. 17. - P. 8240-8250.

251. Makino, S. RNA recombination of coronaviruses: localization of neutralizing epitopes and neuropathogenic determinants on the carboxyl terminus of peplomers /. Makino, J. O. Fleming, J. G. Keck, S. A. Stohlman, M. M. Lai // P. N. A. S. - 1987. -V. 84. - N. 18. - P. 6567-6571.

252. Marascio, N. Eleven-year distribution pattern of hepatitis C virus in southern Italy / N. Marascio, G. Matera, A. Quirino, A. Giancotti, G. S. Barreca, A. G. Lamberti, B. Caroleo, M. C. Liberto, A. Foca // J. Pathog. - 2012. -e:631095.

253. Mardani, K. Naturally occurring recombination between distant strains of infectious bronchitis virus / K. Mardani, A. H. Noormohammadi, J. Ignjatovic, G. F. Browning // Arch. Virol. - 2010. - V. 155. - N. 10. - P. 1581-1586.

254. Markov, P. V. Phylogeography and molecular epidemiology of hepatitis C virus genotype 2 in Africa / P. V. Markov, J. Pepin, E. Frost, S. Deslandes, A. C. Labbe, O. G. Pybus // J. Gen. Virol. - 2009. - V. 90. - N. 9. - P. 2086-2096.

255. Martell, M. Hepatitis C virus (HCV) circulates as a population of different but closely related genomes: quasispecies nature of HCV genome distribution / M. Martell, J. I. Esteban, J. Quer, J. Genesca, A. Weiner, R. Esteban, J. Guardia, J. Gomez // J. Virol. - 1992. - V. 66. - N. 5. - P. 3225-3229.

256. Martin, C. Binding of liver derived, low density hepatitis C virus to human hepatoma cells / C. Martin, S. U. Nielsen, S. Ibrahim, M. F. Bassendine, G. L. Toms // J. Med. Virol. - 2008. - V. 80. - N. 5. - P. 816-823.

257. Masaki, T. Interaction of hepatitis C virus nonstructural protein 5A with core protein is critical for the production of infectious virus particles / T. Masaki, R. Suzuki, K. Murakami, H. Aizaki, K. Ishii, A. Murayama, T. Date, Y. Matsuura, T. Miyamura, T. Wakita, T. Suzuki // J. Virol. - 2008. - V. 82. - N. 16. - P. 7964-7976.

258. Mathews, D. H. Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure / D. H. Mathews, J. Sabina, M. Zuker, D. H. Turner // J. Mol. Biol. - 1999. - V. 288. - P. 911-940.

259. Matsuura, Y. Characterization of HCV structural proteins expressed in various animal cells / Y. Matsuura, T. Harada, M. Makimura, M. Sato, H. Aizaki, T. Suzuki, T. Miyamura // Intervirology. - 1994. - V. 37. - N. 2. - P. 114-118.

260. McLauchlan, J. Intramembrane proteolysis promotes trafficking of hepatitis C virus core protein to lipid droplets / J. McLauchlan, M. K. Lemberg, G. Hope, B. Martoglio // EMBO J. - 2002. - V. 21. - P. 3980-3988.

261. Meertens, L. The tight junction proteins claudin-1, -6, and -9 are entry cofactors for hepatitis C virus / L. Meertens, C. Bertaux, L. Cukierman, E. Cormier, D. Lavillette, F. L. Cosset, T. Dragic // J. Virol. - 2008. - V. 82. - N. 7. - P. 3555-3560.

262. Meertens, L. Hepatitis C virus entry requires a critical postinternalization step and delivery to early endosomes via clathrin-coated vesicles / L. Meertens, C. Bertaux, T. Dragic // J. Virol. - 2006. - V. 80. - N. 23. - P. 11571-11578.

263. Mellor, J. Investigation of the pattern of hepatitis C virus sequence diversity in different geographical regions: implications for virus classification. The International HCV Collaborative Study Group / J. Mellor, E. C. Holmes, L. M. Jarvis, P. L. Yap, P. Simmonds // J. Gen. Virol. - 1995. - V. 76. - N. 10. - P.2493-2507.

264. Meunier, J. C. Apolipoprotein cl association with hepatitis C virus / J. C. Meunier, R. S. Russell, R. E. Engle, K. N. Faulk, R. H. Purcell, S. U. Emerson // J. Virol. -2008. - V. 82. - N. 19. - P. 9647-9656.

265. Meylan, E. Cardif is an adaptor protein in the RIG-I antiviral pathway and is targeted by hepatitis C virus / E. Meylan, J. Curran, K. Hofmann, D. Moradpour, M. Binder, R. Bartenschlager, J. Tschopp // Nature. - 2005. - V. 437. - N. 7062. - P. 1167-1172.

266. Minor, P. D. Antigenic and molecular evolution of the vaccine strain of type 3 poliovirus during the period of excretion by a primary vaccinee / P. D. Minor, A. John, M. Ferguson, J. P. Icenogle // J. Gen. Virol. - 1986. - V. 67. - N. 4. - P. 693706.

267. Miyanari, Y. The lipid droplet is an important organelle for hepatitis C virus

production / Y. Miyanari, K. Atsuzawa, N. Usuda, K. Watashi, T. Hishiki, M. Zayas, R. Bartenschlager, T. Wakita, M. Hijikata, K. Shimotohno // Nat. Cell Biol. - 2007. -V. 9. - P. 1089-1097.

268. Miyoshi, H. Hepatitis C virus core protein exerts an inhibitory effect on suppressor of cytokine signaling (SOCS)-l gene expression / H. Miyoshi, H. Fujie, Y. Shintani, T. Tsutsumi, S. Shinzawa, M. Makuuchi, N. Kokudo, Y. Matsuura, T. Suzuki, T. Miyamura, K. Moriya, K. Koike // J. Hepatol. - 2005. - V. 43. - N. 5. - P. 757-763.

269. Mizokami, M. Hepatitis C virus types 7, 8 and 9 should be classified as type 6 subtypes / M. Mizokami, T. Gojobori, K. Ohba, K. Ikeo, X. M. Ge, T. Ohno, E. Orito, J. Y. Lau // J. Hepatol. - 1996. - V. 24. - N. 5. - P. 622-624.

270. Mizokami, M. Tracing the evolution of hepatitis C virus in the United States, Japan, and Egypt by using the molecular clock / M. Mizokami, Y. Tanaka // Clin. Gastroenterol. Hepatol. - 2005. - V. 3. - N. 10. - P. 82-85.

271. Mizokami, M. Spread times of hepatitis C virus estimated by the molecular clock differ among Japan, the United States and Egypt in reflection of their distinct socioeconomic backgrounds / M. Mizokami, Y. Tanaka, Y. Miyakawa // Intervirology. - 2006. - V. 49. - N. 1. - P. 28-36.

272. Mizushima, H. Analysis of N-terminal processing of hepatitis C virus nonstructural protein 2 / H. Mizushima, M. Hijikata, Y. Tanji, K. Kimura, K. Shimotohno // J. Virol. - 1994. - V. 68. - N. 4. - P. 2731-2734.

273. Molina, S. The low-density lipoprotein receptor plays a role in the infection of primary human hepatocytes by hepatitis C virus / S. Molina, V. Castet, C. Fournier-Wirth, L. Pichard-Garcia, R. Avner, D. Harats, J. Roitelman, R. Barbaras, P. Graber, P. Ghersa, M. Smolarsky, A. Funaro, F. Malavasi, D. Larrey, J. Coste, J. M. Fabre, A. Sa-Cunha, P. Maurel // J. Hepatol. - 2007. - V. 46. - N. 3. - P. 411-419.

274. Molina, S. Serum-derived hepatitis C virus infection of primary human hepatocytes is tetraspanin CD81 dependent / S. Molina, V. Castet, L. Pichard-Garcia, C. Wychowski, E. Meurs, J. M. Pascussi, C. Sureau, J. M. Fabre, A. Sacunha, D. Larrey, J. Dubuisson, J. Coste, J. McKeating, P. Maurel, C. Fournier-Wirth // J. Virol. - 2008. - V. 82. - N. 1. - P. 569-574.

275. Mora, M. V. Molecular characterization, distribution, and dynamics of hepatitis C virus genotypes in blood donors in Colombia / M. V. Mora, C. M. Romano, M. S. Gomes-Gouvêa, M. F. Gutiérrez, F. J. Carrilho, J. R. Pinho // J. Med. Virol. - 2010. -V. 82.-N. 11.-P. 1889-1898.

276. Moradpour, D. Membrane association of the RNA-dependent RNA polymerase is essential for hepatitis C virus RNA replication / D. Moradpour, V. Brass, E. Bieck, P. Friebe, R. Gosert, H. E. Blum, R. Bartenschlager, F. Penin, V. Lohmann // J. Virol. - 2004. - V. 78. - N. 23. - P. 13278-13284.

277. Moradpour, D. Characterization of cell lines allowing tightly regulated expression of hepatitis C virus core protein / D. Moradpour, C. Englert, T. Wakita, J. R. Wands // Virology. - 1996. - V. 222. - P. 51-63.

278. Moradpour, D. Replication of hepatitis C virus / D. Moradpour, F. Penin, C. M. Rice // Nat. Rev. Microbiol. - 2007. - V. 5. - P.453-463.

279. Moreau, I. Serendipitous identification of natural intergenotypicrecombinants of hepatitis C in Ireland / I. Moreau, S. Hegarty, J. Levis, P. Sheehy, O. Crosbie, E. Kenny-Walsh, L. J. Fanning // Virol. J. - 2006. - V. 3. - N. 95. - P. 1-7.

280. Morel, V. Emergence of a genomic variant of the recombinant 2k/lb strain during a mixed hepatitis C infection: a case report / V. Morel, V. Descamps, C. François, C. Fournier, E. Brochot, D. Capron, G. Duverlie, S. Castelain // J. Clin. Virol. - 2010. -V. 47. - P. 382-386.

281. Morozov, V. Homologous recombination between different genotypes of hepatitis B virus / V. Morozov, M. Pisareva, M. Groudinin // Gene. - 2000. - V. 260. - N. 1-2. -P. 55-65.

282. Müller, H. M. B-lymphocytes are predominantly involved in viral propagation of hepatitis C virus (HCV) / H. M. Müller, B. Kallinowski, C. Solbach, L. Theilmann, T. Goeser, E. Pfaff// Arch. Virol. - 1994. - V. 9. - P. 307-316.

283. Müller, H. M. Peripheral blood leukocytes serve as a possible extrahepatic site for hepatitis C virus replication / H. M. Müller, E. Pfaff, T. Goeser, B. Kallinowski, C. Solbach, L. Theilmann // J. Gen. Virol. - 1993. - V. 74. - P. 669-676.

284. Muñoz de Rueda, P. Mutations in E2-PePHD, NS5A-PKRBD, NS5A-ISDR, and

NS5A-V3 of hepatitis C virus genotype 1 and their relationships to pegylated interferon-ribavirin treatment responses / P. Muñoz de Rueda, J. Casado, R. Patón,

D. Quintero, A. Palacios, A. Gila, R. Quiles, J. León, A. Ruiz-Extremera, J. Salmerón // J. Virol. - 2008. - V. 82. - N. 13. - P. 6644-6653.

285. Murashima, S. Sequence variation of the hypervariable region in HCV carriers with normal ALT levels: a comparison with symptomatic carriers / S. Murashima, M. Sata, H. Suzuki, S. Noguchi, K. Tanikawa // Microbiol. Immunol. - 1996. - V. 40. -N. 12. - P. 941-947.

286. Murray, C. L. Alanine scanning of the hepatitis C virus core protein reveals numerous residues essential for production of infectious virus / C. L. Murray, C. T. Jones, J. Tassello, C. M. Rice // J. Virol. - 2007. - V. 81. - N. 19. - P. 10220-10231.

287. Nadin-Davis, S. A. Molecular phylogenetics of the lyssaviruses—insights from a coalescent approach / S. A. Nadin-Davis, L. A. Real // Adv. Virus Res. - 2011. - V. 79. - P. 203-238.

288. Nagasaka, A. Nucleotide sequences of the hepatitis C virus core region in patients without anti-core antibody / A. Nagasaka, S. Hige, M. Kurosawa, J. Yoshida, Y. Karino, J. Toyota, T. Matsushima, M. Asaka // J. Med. Virol. - 1996. - V. 49. - N. 2. - P. 91-94.

289. Nagy, P. D. Mapping sequences active in homologous RNA recombination in brome mosaic virus: prediction of recombination hot spots / P. D. Nagy, C. Ogiela, J. J. Bujarski // Virology. - 1999. - V. 254. - N. 1. - P. 92-104.

290. Nagy, P. D. RNA elements required for RNA recombination function as replication enhancers in vitro and in vivo in a plus-strand RNA virus / P. D. Nagy, J. Pogany, A.

E. Simon // EMBO J. - 1999. - V. 18. - N. 20. - P. 5653-5665.

291. Nagy, P. D. In vitro characterization of late steps of RNA recombination in turnip crinkle virus. I. Role of motifl-hairpin structure / P. D. Nagy, A. E. Simon // Virology. - 1998. - V. 249. - N. 2. - P. 379-392.

292. Nagy, P. D. In vitro characterization of late steps of RNA recombination in turnip crinkle virus.II. The role of the priming stem and flanking sequences / P. D. Nagy, A. E. Simon // Virology. - 1998. - V. 249. - N. 2. - P. 393-405.

293. Nagy, P. D. Dissecting RNA recombination in vitro: role of RNA sequences and the viral replicase / P. D. Nagy, C. Zhang, A. E. Simon // EMBO J. - 1998. - V. 17. - N. 8. - P. 2392-2403.

294. Nainan, O. V. Hepatitis C virus genotypes and viral concentrations in participants of a general population survey in the United States / O. V. Nainan, M. J. Alter, D. Kruszon-Moran, F. X. Gao, G. Xia, G. McQuillan, H. S. Margolis // Gastroenterology. - 2006. - V. 131. - N. 2. - P. 478-484.

295. Nakao, H. Mutation rate of GB virus C/hepatitis G virus over the entire genome and in subgenomic regions / H. Nakao, H. Okamoto, M. Fukuda, F. Tsuda, T. Mitsui, K. Masuko, H. Iizuka, Y. Miyakawa, M. Mayumi // Virology. - 1997. - V. 233. - N. 1. -P. 43-50.

296. Nakao, T. Typing of hepatitis C virus genomes by restriction fragment length polymorphism / T. Nakao, N. Enomoto, N. Takada, A. Takada, T. Date // J. Gen. Virol. -1991. - V. 72. - N. 9. - P. 2105-2112.

297. Narahari, S. Prevalence and geographic distribution of Hepatitis C Virus genotypes in Indian patient cohort / S. Narahari, A. Juwle, S. Basak, D. Saranath // Infect. Genet. Evol. - 2009. - V. 9. - N. 4. - P. 643-645.

298. Ndjomou, J. Phylogenetic analysis of hepatitis C virus isolates indicates a unique pattern of endemic infection in Cameroon / J. Ndjomou, O. G. Pybus, B. Matz // J. Gen. Virol. - 2003. - V. 84. - N. 9. - P. 2333-2341.

299. Nemecek, V. Genotypic heterogeneity of hepatitis C virus (HCV) from blood donors in the Czech Republic / V. Nemecek, O. Strunecky // Epidemiol. Mikrobiol. Imunol. - 2009. - V. 58. - N. 2. - P. 63-72.

300. Nevo-Yassaf, I. Role for TBC1D20 and Rabl in hepatitis C virus replication via interaction with lipid droplet-bound nonstructural protein 5A / I. Nevo-Yassaf, Y. Yaffe, M. Asher, O. Ravid, S. Eizenberg, Y. I. Henis, Y. Nahmias, K. Hirschberg, E. H. Sklan // J. Virol. - 2012. - V. 86. - N. 12. - P. 6491-6502.

301. Newman, R. M. Whole Genome Pyrosequencing of Rare Hepatitis C Virus Genotypes Enhances Subtype Classification and Identification of Naturally Occurring Drug Resistance Variants / R. M. Newman, T. Kuntzen, B. Weiner, A.

Berical, P. Charlebois, C. Kuiken, D. G. Murphy, P. Simmonds, P. Bennett, N. J. Lennon, B. W. Birren, M. C. Zody, T. M. Allen, M. R. Henn // J. Infect. Dis. - 2013. - V. 208.-N. l.-P. 17-31.

302. Nicot, F. Heterogeneity of hepatitis C virus genotype 4 strains circulating in southwestern France / F. Nicot, F. Legrand-Abravanel, K. Sandres-Saune, A. Boulestin, M. Dubois, L. Alric, J. P. Vinel, C. Pasquier, J. Izopet // J. Gen. Virol. - 2005. - V. 86. - N. 1. - P. 107-114.

303. Nielsen, S. U. Association between hepatitis Cvirus and very-low-density lipoprotein (VLDL)/LDL analyzed in iodixanoldensitygradients / S. U. Nielsen, M. F. Bassendine, A. D. Burt, C. Martin, W. Pumee-chockchai, G. L. Toms // J. Virol. -2006. - V. 80. - P. 2418-2428.

304. Nishizono, A. Genotyping of hepatitis C virus in the Dominican Republic / A. Nishizono, H. Terao, R. Shutoh, M. Nasu, K. Mifune, B. J. Wun, B. Montas, F. S. Fernandez // Am. J. Trop. Med. Hyg. - 1997. - V. 57. - N. 6. - P. 719-722.

305. Nitta, S. Hepatitis C virus NS4B protein targets STING and abrogates RIG-I-mediated type-I interferon-dependent innate immunity / S. Nitta, N. Sakamoto, M. Nakagawa, S. Kakinuma, K. Mishima, A. Kusano-Kitazume, K. Kiyohashi, M. Murakawa, Y. Nishimura-Sakurai, S. Azuma, M. Tasaka-Fujita, Y. Asahina, M. Yoneyama, T. Fujita, M. Watanabe // Hepatology. - 2013. - V. 57. - N. 1. - P. 4658.

306. Njouom, R. Phylogeography, risk factors and genetic history of hepatitis C virus in Gabon, central Africa / R. Njouom, M. Caron, G. Besson, G. R. Ndong-Atome, M. Makuwa, R. Pouillot, D. Nkoghe, E. Leroy, M. Kazanji // PLoS One. - 2012. - V. 7. -N. 8. - e42002.

307. Noah, A. R. Genealogical trees, coalescent theory and the analysis of genetic polymorphisms / A. R. Noah, M. Nordborg // Nature Rev. - 2002. - V. 3. - P. 380390.

308. Noppornpanth, S. Identification of a Naturally Occurring Recombinant Genotype 2/6 Hepatitis C Virus / S. Noppornpanth, T. X. Lien, Y. Poovorawan, S. L. Smits, A. D. Osterhaus, B. L. Haagmans // J. Virol. - 2006. - V. 80. - N. 15. - P. 7569-7577.

309. Noppornpanth, S. Genotyping hepatitis C viruses from Southeast Asia by a novel line probe assay that simultaneously detects core and 5' untranslated regions / S. Noppornpanth, E. Sablon, K. De Nys, X. L. Truong, J. Brouwer, M. Van Brussel, S. L. Smits, Y. Poovorawan, A. D. Osterhaus, B. L. Haagmans // J. Clin. Microbiol. -2006. - V. 44. - N. 11. - P. 3969-3974.

310. Norder, H. Confirmation of nosocomial transmission of hepatitis C vims by phylogenetic analysis of the NS5-B region / H. Norder, A. Bergstrom, I. Uhnoo, J. Alden, L. Weiss, J. Czajkowski, L. Magnius // J. Clin. Microbiol. - 1998. - V. 36. -N. 10. -P. 3066-3069.

311. Ogata, N. Nucleotide sequence and mutation rate of the H strain of hepatitis C virus / N. Ogata, H. J. Alter, R. H. Miller, R. H. Purcell // P. N. A. S. - 1991. - V. 88. - N. 8.

- P. 3392-3396.

312. Oh, D. J. Prevalence of hepatitis C virus infections and distribution of hepatitis C virus genotypes among Korean blood donors / D. J. Oh, Y. M. Park, Y. I. Seo, J. S. Lee, J. Y. Lee // Ann. Lab. Med. - 2012. - V. 32. - N. 3. - P. 210-215.

313. Okamoto, H. A second-generation method of genotyping hepatitis C virus by the polymerase chain reaction with sense and antisense primers deduced from the core gene / H. Okamoto, S. Kobata, H. Tokita, T. Inoue, G. D. Woodfield, P. V. Holland, B. A. Al-Knawy, O. Uzunalimoglu, Y. Miyakawa, M. Mayumi // J. Virol. Methods.

- 1996. - V. 57. - N. 1. - P. 31-45.

314. Okamoto, H. The entire nucleotide sequence and classification of a hepatitis C virus isolate of a novel genotype from an Indonesian patient with chronic liver disease / H. Okamoto, M. Kojima, M. Sakamoto, H. Iizuka, S. Hadiwandowo, S. Suwignyo, Y. Miyakawa, M. Mayumi // J. Gen. Virol. - 1994. - V. 75. - N. 3. - P.629-635.

315. Okamoto, H. Full-length sequence of a hepatitis C virus genome having poor homology to reported isolates: comparative study of four distinct genotypes / H. Okamoto, K. Kurai, S. Okada, K. Yamamoto, H. Lizuka, T. Tanaka, S. Fukuda, F. Tsuda, S. Mishiro // Virology. - 1992. - V. 188. - P. 331-341.

316. Okamoto, H. Nucleotide sequence of the genomic RNA of hepatitis C virus isolated from a human carrier: comparison with reported isolates for conserved and divergent

regions / H. Okamoto, S. Okada, Y. Sugiyama, K. Kurai, H. Iizuka, A. Machida, Y. Miyakawa, M. Mayumi // J. Gen. Virol. -1991. - V. 72. - N. 11. - P. 2697-2704.

317. Okamoto, H. Typing hepatitis C virus by polymerase chain reaction with type-specific primers: application to clinical surveys and tracing infectious sources / H. Okamoto, Y. Sugiyama, S. Okada, K. Kurai, Y. Akahane, Y. Sugai, T. Tanaka, K. Sato, F. Tsuda, Y. Miyakawa, M. Mayum // J. Gen. Virol. - 1992. - V. 73. - P. 673679.

318. Oliveira, M. L. Epidemiological and genetic analyses of Hepatitis C virus transmission among young/short- and long-term injecting drug users from Rio de Janeiro, Brazil / M. L. Oliveira, F. I. Bastos, P. R. Telles, M. A. Hacker, S. A. Oliveira, J. C. Miguel, C. F. Yoshida // J. Clin. Virol. - 2009. - V. 44. - N. 3. - P. 200-206.

319. Oprisan, G. Natural genetic recombination between co-circulating heterotypic enteroviruses / G. Oprisan, M. Combiescu, S. Guillot, V. Caro, A. Combiescu, F. Delpeyroux, R. Crainic // J. Gen. Virol. - 2002. - V. 83. - N. 9. - P. 2193-2200.

320. Otto, G. A. The pathway of HCV IRES-mediated translation initiation / G. A. Otto, J. D. Puglisi // Cell. - 2004. - V. 119. - P. 369-380.

321. Owen, D. M. Apolipoprotein E on hepatitis C virion facilitates infection through interaction with low-density lipoprotein receptor / D. M. Owen, H. Huang, J. Ye, M Jr. Gale // Virology. - 2009. - V. 394. - N. 1. - P. 99-108.

322. Owsianka, A. M. Identification of conserved residues in the E2 envelope glycoprotein of the hepatitis C virus that are critical for CD81 binding / A. M. Owsianka, J. M. Timms, A. W. Tarr, R. J. Brown, T. P. Hickling, A. Szwejk, K. Bienkowska-Szewczyk, B. J. Thomson, A. H. Patel, J. K. Ball // J. Virol. - 2006. - V. 80. - N. 17. - P. 8695-8704.

323. Paintsil, E. Hepatitis C virus infection among drug injectors in St Petersburg, Russia: social and molecular epidemiology of an endemic infection / E. Paintsil, S. V. Verevochkin, E. Dukhovlinova, L. Niccolai, R. Barbour, E. White, O. V. Toussova, L. Alexander, A. P. Kozlov, R. Heimer // Addiction. - 2009. - V. 104. - N. 11. - P. 1881-1890.

324. Panduro, A. Molecular epidemiology of hepatitis C virus genotypes in west Mexico / A. Panduro, S. Roman, A. Khan, Y. Tanaka, F. Kurbanov, E. Martinez-Lopez, O. Campollo, Z. Hernandez-Nazara, M. Mizokami // Virus Res. - 2010. - V. 151. - N. 1. - P. 19-25.

325. Park, Y. S. Distribution of genotypes in the 5' untranslated region of hepatitis C virus in Korea / Y. S. Park, K. O. Lee, M. J. Oh, Y. G. Chai // J. Med. Microbiol. - 1998. -V. 47. - N. 7. - P. 643-647.

326. Paul, D. NS4B self-interaction through conserved C-terminal elements is required for the establishment of functional hepatitis C virus replication complexes / D. Paul, I. Romero-Brey, J. Gouttenoire, S. Stoitsova, J. Krijnse-Locker, D. Moradpour, R. Bartenschlager // J. Virol. - 2011. - V. 85. - N. 14. - P. 6963-6976.

327. Pavio, N. Detection of a novel unglycosylated form of hepatitis C virus E2 envelope protein that is located in the cytosol and interacts with PKR / N. Pavio, D. R. Taylor, M. M. Lai // J. Virol. - 2002. - V. 76. - N. 3. - P. 1265-1272.

328. Payan, C. Changing of hepatitis C virus genotype patterns in France at the beginning of the third millenium: The GEMHEP GenoCII Study / C. Payan, F. Roudot-Thoraval, P. Marcellin, N. Bled, G. Duverlie, I. Fouchard-Hubert, P. Trimoulet, P. Couzigou, D. Cointe, C. Chaput, C. Henquell, A. Abergel, J. M. Pawlotsky, C. Hezode, M. Coudé, A. Blanchi, S. Alain, V. Loustaud-Ratti, P. Chevallier, C. Trepo, V. P. Gerolami // J. Viral. Hepat. - 2005. - V. 12. - N. 4. - P. 405-413.

329. Penin, F. Structure and function of the membrane anchor domain of hepatitis C virus nonstructural protein 5A / F. Penin, V. Brass, N. Appel, S. Ramboarina, R. Montserret, D. Ficheux, H. E. Blum, R. Bartenschlager, D. Moradpour // J. Biol. Chem. - 2004. - V. 279. - N. 39. - P. 40835-40843.

330. Penin, F. Structural biology of hepatitis C virus / F. Penin, J. Dubuisson, F. A. Rey, D. Moradpour, J. M. Pawlotsky // Hepatology. - 2004. - V. 39. - N. 1. - P. 5-19.

331. Pham, D. A. High prevalence of Hepatitis C virus genotype 6 in Vietnam / D. A. Pham, P. Leuangwutiwong, A. Jittmittraphap, N. Luplertlop, H. K. Bach, S. Akkarathamrongsin, A. Theamboonlers, Y. Poovorawan // Asian Pac. J. Allergy Immunol. - 2009. - V. 27. - N. 2. - P. 153-160.

332. Pieroni, L. In vitro study of the NS2-3 protease of hepatitis C virus / L. Pieroni, E. Santolini, C. Fipaldini, L. Pacini, G. Migliaccio, N. La Monica // J. Virol. - 1997. -V. 71. - N. 9. - P. 6373-6380.

333. Pietschmann, T. Construction and characterization of infectious intragenotypic and intergenotypic hepatitis C virus chimeras / T. Pietschmann, A. Kaul, G. Koutsoudakis, A. Shavinskaya, S. Kallis, E. Steinmann, K. Abid, F. Negro, M. Dreux, F. L. Cosset, R. Bartenschlager // P. N. A. S. - 2006. - V. 103. - N. 19. - P. 7408-7413.

334. Pileri, P. Binding of hepatitis C virus to CD81 / P. Pileri, Y. Uematsu, S. Campagnoli, G. Galli, F. Falugi, R. Petracca, A. J. Weiner, M. Houghton, D. Rosa, G. Grandi, S. Abrignani // Science. - 1998. - V. 282. - N. 5390. - P. 938-941.

335. Ploss, A. Human occludin is a hepatitis C virus entry factor required for infection of mouse cells / A. Ploss, M. J. Evans, V. A. Gaysinskaya, M. Panis, H. You, Y. P. de Jong, C. M. Rice // Nature. - 2009. - V. 457. - P. 882-886.

336. Popescu, C. I. NS2 protein of hepatitis C virus interacts with structural and nonstructural proteins towards virus assembl / C. I. Popescu, N. Callens, D. Trinel, P. Roingeard, D. Moradpour, V. Descamps, G. Duverlie, F. Penin, L. Héliot, Y. Rouillé, J. Dubuisson // PLoS Pathog. - 2011. - V. 7. -:el001278.

337. Popescu, C. I. Hepatitis C Virus Assembly Imaging / C. I. Popescu, Y. Rouillé, J. Dubuisson // Viruses. - 2011. - V. 3. - P. 2238-2254.

338. Pouillot, R. Variable epidemic histories of hepatitis C virus genotype 2 infection in West Africa and Cameroon // R. Pouillot, G. Lachenal, O. G. Pybus, D. Rousset, R. Njouom // Infect. Genet. Evol. - 2008. - V. 8. - N. 5. - P. 676-681.

339. Poynard, T. Peginterferon alfa-2b and ribavirin: effective in patients with hepatitis C who failed interferon alfa/ribavirin therapy / T. Poynard, M. Colombo, J. Bruix, E. Schiff, R. Terg, S. Flamm, R. Moreno-Otero, F. Carrilho, W. Schmidt, T. Berg, T. McGarrity, E. J. Heathcote, F. Gonçales, M. Diago, A. Craxi, M. Silva, P. Bedossa, P. Mukhopadhyay, L. Griffel, M. Burroughs, C. Brass, J. Albrecht, Epic. Study Group // Gastroenterology. - 2009. - V. 136. - N. 5. - P. 1618-1628.

340. Power, J. P. Molecular epidemiology of an outbreak of infection with hepatitis C

virus in recipients of anti-D immunoglobulin / J. P. Power, E. Lawlor, F. Davidson, E. C. Holmes, P. L. Yap, P. Simmonds // Lancet. - 1995. - V. 345. - N. 8959. - P. 1211-1213.

341. Pujol, F. H. Replacement of hepatitis C virus genotype lb by genotype 2 over a 10-year period in Venezuela / F. H. Pujol, C. L. Loureiro // J. Clin. Gastroenterol. -2007. - V. 41. - N. 5. - P. 518-520.

342. Puntoriero, G. Towards a solution for hepatitis C virus hypervariability: mimotopes of the hypervariable region 1 can induce antibodies cross-reacting with a large number of viral variants / G. Puntoriero, A. Meola, A. Lahm, S. Zucchelli, B. B. Ercole, R. Tafi, M. Pezzanera, M. U. Mondelli, R. Cortese, A. Tramontano, G. Galfre', A. Nicosia // EMBO J. - 1998. - V. 17. - N.13. - P. 3521-3533.

343. Pybus, O. G. Genetic history of hepatitis C virus in East Asia / O. G. Pybus, E. Barnes, R. Taggart, P. Lemey, P. V. Markov, B. Rasachak, B. Syhavong, R. Phetsouvanah, I. Sheridan, I. S. Humphreys, L. Lu, P. N. Newton, P. Klenerman // J. Virol. - 2009. - V. 83. - N. 2. - P. 1071-1082.

344. Pybus, O. G. The epidemic behavior of the hepatitis C virus / O. G. Pybus, M. A. Charleston, S. Gupta, A. Rambaut, E. C. Holmes, P. H. Harvey // Science. - 2001. -V. 292. - N. 5525. - P. 2323-2325.

345. Pybus, O. G. The hepatitis C virus epidemic among injecting drug users / O. G. Pybus, A. Cochrane, E. C. Holmes, P. Simmonds // Infect. Genet. Evol. - 2005. - V. 5.-N. 2.-P. 131-139.

346. Pybus, O. G. Investigating the endemic transmission of the hepatitis C virus / O. G. Pybus, P. V. Markov, A. Wu, A. J. Tatem // Int. J. Parasitol. - 2007. - V. 37. - N. 8. -P. 839-849.

347. Radkowski, M. Search for hepatitis C virus negative-strand RNA sequences and analysis of viral sequences in the central nervous system: evidence of replication / M. Radkowski, J. Wilkinson, M. Nowicki, D. Adair, H. Vargas, C. Ingui, J. Rakela, T. Laskus // J. Virol. - 2002. - V. 76. - N. 2. - P. 600-608.

348. Raghwani, J. Origin and evolution of the unique hepatitis C virus circulating recombinant form 2k/lb / J. Raghwani, X. V. Thomas, S. M. Koekkoek, J. Schinkel,

R. Molenkamp, T. van de Laar, Y. Takebe, Y. Tanaka, M. Mizokami, A. Rambaut, O. G. Pybus // J. Virol. - 2012. - V. 86. - N. 4. - P. 2212-2220.

349. Ranjith-Kumar, C. T. Requirements for de novo initiation of RNA synthesis by recombinant flaviviral RNA-dependent RNA polymerases / C. T. Ranjith-Kumar, L. Gutshall, M. J. Kim, R. T. Sarisky, C. C. Kao // J. Virol. - 2002. - V. 76. - N. 24. - P. 12526-12536.

350. Ranjith-Kumar, C. T. Multiple interactions within the hepatitis C virus RNA polymerase repress primer-dependent RNA synthesis / C. T. Ranjith-Kumar, L. Gutshall, R. T. Sarisky, C. C. Kao // J. Mol. Biol. - 2003. - V. 330. - N. 4. - P. 675685.

351. Rapicetta, M. Molecular heterogeneity and new subtypes of HCV genotype 4 / M. Rapicetta, C. Argentini, S. Dettori, E. Spada, G. Pellizzer, C. Gandin // Res. Virol. -1998. - V. 149. - N. 5. - P. 293-297.

352. Raptopoulou, M. Significant epidemiological changes in chronic hepatitis C infection: results of the nationwide HEPNET-GREECE cohort study / M. Raptopoulou, G. Touloumi, D. Tzourmakliotis, G. Nikolopoulou, M. Dimopoulou,

G. Giannoulis, T. Vasiliadis, A. Skoutelis, O. Anagnostou, G. Hatzis, S. Manolakopoulos // Hippokratia. - 2011. - V. 15. - N. 1. - P. 26-31.

353. Ray, S. C. Acute hepatitis C virus structural gene sequences as predictors of persistent viremia: hypervariable region 1 as a decoy / S. C. Ray, Y. M. Wang, O. Laeyendecker, J. R. Ticehurst, S. A. Villano, D. L. Thomas // J. Virol. - 1999. - V. 73. - P. 2938-2946.

354. Razafindratsimandresy, R. Hepatitis C virus infection and genotypes in Antananarivo, Madagascar / R. Razafindratsimandresy, A. Dubot, C. E. Ramarokoto, C. Iehle, J. L. Soares, D. Rousset // J. Med. Virol. - 2007. - V. 79. - N. 8. - P. 10821088.