Моделирование разветвленных пептидных молекул с гидрофобными фрагментами для доставки биоактивных олигопептидов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Фатуллаев Эмиль Илгамович

• Фатуллаев Эмиль Илгамович
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Фатуллаев Эмиль Илгамович

Оглавление

Реферат

Synopsis

Введение

ГЛАВА 1. Описание методов моделирования

ГЛАВА 2. Исследование лизиновых дендримеров с гидрофобными спейсерами

2.1 Введение

2.2 Модель

2.3 Глобальные характеристики

2.4 Локальная структура

2.5 Вращательная подвижность

2.6 Взаимодействие с олигопептидами

2.7 Выводы

ГЛАВА 3. Исследование лизиновых дендриграфтов в смесях метанола и воды

3.1 Введение

3.2 Равновесные размеры и форма

3.3 Электростатические свойства

3.4 Конформационные свойства

3.5 Взаимодействие с пептидами

3.6 Выводы

ГЛАВА 4. Исследование самоорганизации амфифильных гибридных молекул, состоящих из лизинового дендрона и гидрофобного дендриграфта

4.1 Введение

4.2 Термодинамические характеристики

4.3 Размеры и структура мицелл

4.4 Электростатические свойства

4.5 Выводы

Заключение

Список литературы

Приложение А - тексты публикаций

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Моделирование разветвленных пептидных молекул с гидрофобными фрагментами для доставки биоактивных олигопептидов»

Реферат

Общая характеристика работы Актуальность темы. Линейные и разветвленные пептидные молекулы, а также гибридные амфифильные молекулы сложной архитектуры и состава на их основе широко используются в промышленности и различных биомедицинских приложенях. Поэтому исследование новых пептидных разветвленных структур является важной и актуальной задачей.

В последние годы опубликован ряд работ по синтезу, характеризации и применению новых разветвленных пептидных макромолекул. В то же время большинство таких работ посвящено применению этих молекул в различных биомедицинских приложениях, в то время как их равновесная структура и динамические свойства изучены недостаточно. Недостаточно также работ по математическому моделированию таких молекул.

Наиболее изученными из разветвленных пептидных молекул в настоящее время являются лизиновые дендримеры разных поколений и лизиновые дендримеры с модифицированными терминальными группами. В последнем случае положительно заряженные концевые группы терминальных лизинов часто заменяются либо на положительно заряженные аргининовые аминокислотные остатки, либо на гистидиновые остатки, которые являются нейтральными при нормальных рН, но становятся положительно заряженными при понижении рН.

В первой части данной работы (Главе 2) модификация проводится с помощью гидрофобных линейных дипептидных спейсеров (аланин-аланин (2Ala) или лейцин-лейцин (2Leu)), что напротив должно привести к большей гидрофобности внутреннего объема дендримера. Во второй части работы рассматривается влияние гидрофобности смешанных спиртоводных растворов на размеры и вторичную структуру лизиновых цепей лизинового дендриграфта при изменении доли спирта смести. В третьей части работы рассмотрены блочные разветвленно-разветвленные (дендрон-дендриграфтные) гибридные

макромолекулы сурфактанта, состоящие из лизинового дендрона, играющего роль гидрофильной головки, и нескольких гидрофобных хвостов, имеющих топологию

дендриграфта. Все эти молекулы (в последнем случае мицеллы, состоящие из таких молекул) должны обладать повышенной способностью образовывать комплексы с гидрофобными лекарственными препаратами по сравнению с обычными лизиновыми дендримерами, что является необходимым условием их использования в качестве переносчиков таких препаратов.

Целью диссертационной работы является исследование с помощью компьютерного моделирования поведения лизинсодержащих дендримеров, дендриграфтов и сложных амфифильных молекул с гидрофобными фрагментами на их основе в растворах для установление влияния химической структуры, и топологии и гидрофобности таких молекул на их свойства, включая размеры, форму, конформационную структуру и возможность их комплексообразования с биоактивными олигопептидами.

Для достижения данной цели в рамках диссертации были поставлены и решены следующие задачи:

Задача 1 - Установление влияния гидрофобности спейсеров на свойства лизин-содержащих амфифильных дендримеров с гидрофобными спейсерами в водном растворе.

Задача 2 - Установление влияния объемной доли метанола в смешанном водно-спиртовом растворителе на структурные, электростатические и конформационные свойства лизиновых дендриграфтов.

Задача 3 - Установление влияния числа и доли гидрофобных мономеров в гибридных дендрон-дендриграфтных молекулах, состоящих из гидрофильного лизинового дендрона и дендриграфта с гидрофоными боковыми цепями на процесс мицеллообразования этих молекул, в водном растворе.

Задача 4 - Установление влияния гидрофобности рассмотренных лизинсодержащих разветвленных макромолекул на их комплексообразования с гидрофобными и противоположно заряженными олигопетидами.

Достоверность полученных результатов обеспечивается тем, что в работе были использованы:

Современные методы моделирования, силовые поля и методы учета электростатических взаимодействий, методы обработки результатов моделирования и соответствующие компьютерные программы, которые были проверены ранее на аналогичных моделях для сходных линейных и разветвленных пептидных молекул. Кроме того, достоверность результатов была проверена их сравнением с экспериментальными данными, а также с результатами ранее проведенных численных расчетов с использованием методов молекулярной динамики, броуновской динамики и методов самосогласованного поля, выполненных как на аналогичных, так и на отличающихся моделей для сходных систем.

Методы исследования. Компьютерное моделирование проводилось с помощью метода молекулярной динамики (МД) и метода самосогласованного поля (ССП)). Для моделирования методом МД лизиновых дендриграфтов и дендримеров с гидрофобными спейсерами использовался пакет математического моделирования GROMACS и силовое поле AMBER99SB-ildn, оптимизированное для использованных в работе аминокислотных остатков. Моделирование мицелл, состоящих из гибридных линейно-дендронных молекул с топологией типа дендрон-дендриграфт, поводилось методом самосогласованного поля (ССП) на основе численного алгоритма Схойтенса-Флира.

Научная новизна заключается в том, что в работе:

Научная новизна 1 - Впервые продемострировано влияние гидрофобности спейсеров пептидных дендримеров на основе лизина на их размеры, форму, электростатические и динамические свойства при разных температурах. Методом молекулярно динамического моделирования на полноатомной модели показано, что наиболее гидрофобные дендримеры имеют сухое плотное ядро и компактные размеры. Продемонстрировано хорошее согласие данных моделирования и экспериментальных данных, полученных методом ЯМР.

Научная новизна 2 - Впервые продемонстрировано влияние объемной доли метанола в смешанном растворителе MeOH/H2O на размеры и вторичную структуру лизиновых дендриграфтов DGL1 и DGL2. Методом молекулярно

динамического моделирования на полноатомной модели показано, что увеличение доли метанола приводит к уменьшению размеров DGL1 и DGL2 за счет уменьшения доли вытянутых вторичных структур (бэта-листовых и полипролин-2) лизиновых цепей и увеличения доли компактных спиральных конформаций при больших долях спирта. Эти изменения обусловлены меньшей диэлектрической постоянной спирта, приводящей к уменьшению диэлектрической постоянной смеси, связанным с ним увеличением длины Бьеррума смешанного растворителя и конденсации контрионов при увеличении доли спирта. Полученные результаты согласуются с экспериментальными размерами и вторичной структурой, полученными методом динамического рассеяния света и ИК Фурье спектроскопии, соответственно.

Научная новизна 3 - Впервые с помощью численного метода самосогласованного поля (ССП) продемонстрировано влияние числа гидрофобных хвостов и общего числа гидрофобных мономеров на самоорганизацию гибридных молекул, состоящих из гидрофильного лизинового дендрона с присоединенным к его корню дендриграфтом с гидрофобными боковыми цепями. Получены зависимости изменения размеров и внутренней структуры образующихся мицелл при изменении числа и длины гидрофобных боковых цепей дендриграфта и числа поколений в дендроне.

Практическая значимость работы. Полученные в работе результаты позволят улучшить прогнозирование свойств различных лизиновых и лизинсодержащих дендримеров, дендриграфтов и мицелл на основе дендрон-дендриграфтных гибридных молекул, которые применяются или планируются для применения в доставке лекарственных препаратов и генетического материала в целевые клетки. Используемая в работе методика компьютерного моделирования и методы приготовления начальных конформаций для молекулярных моделей сополимеров сложной архитектуры и состава включена в курсы лекций для бакалавров и магистрантов университета ИТМО. Результаты проведенных в работе исследований используются при синтезе новых разветвленных пептидных молекул с заданными свойствами в совместных научных проектах и научных работах с

экспериментаторами и теоретиками из ИВС РАН, МГУ, СПбГУ, биологами из ИЭФБ РАН им. Сеченова, университета г. Лидс (Великобритания) и университета г. Штутгарт, Германия.

Положения, выносимые на защиту

Положение 1 - Размеры лизинсодежащих дендримеров с гидрофобными развязками, полученные из моделирования, зависят от гидрофобности данных развязок, уменьшаясь с увеличением их гидрофобности. Температурная зависимость размеров дендримера с наиболее гидрофобными спейсерами имеет минимум при температуре около 37°С. Температурная зависимость характерных времен локальной ориентационной подвижности дендримера, полученная из моделирования методом МД, хорошо согласуется с аналогичной зависимостью, полученной методом ЯМР.

Положение 2 - Размеры лизиновых дендриграфтов DGL1 и DGL2 в смешанном растворителе, состоящем из воды и метанола, меняются нелинейно при увеличении объемной доли спирта: практически не меняются при объемной доле спирта от 0.2 до 0.7-0.8, а затем резко уменьшаются за счет уменьшения доли вытянутых вторичных структур (бэта-листовых и полипролин-2) лизиновых цепей и увеличения доли компактных спиральных конформаций при больших долях спирта

Положение 3 - Для гибридной амфифильной молекулы, состоящей из лизинового дендрона с присоединенными к его корню гидрофобным дендриграфтом, число агрегации размер гидрофобного ядра и число заряженных терминальных групп образующихся мицелл растут при изменении общего числа гидрофобных мономеров, а размер короны, наоборот уменьшаются. При этом увеличение числа гидрофобных хвостов приводит к уменьшению всех вышеперечисленных параметров.

Положение 4 - Число гидрофобных олигопептидов, которые может переносить лизиновый дендример с гидрофобными спейсерами, растет с увеличением гидрофобности спейсеров.

Апробация работы. Результаты работы докладывались на всероссийских и международных конференциях: International Conference on Applied Mathematics, Computational Science and Systems Engineering, (Рим, Италия, 2018г), I Коршаковская Всероссийская с международным участием конференция "Поликонденсационные процессы и полимеры"(2019г), International Conference on Mathematical Models & Computational Techniques in Science & Engineering (Лондон, Великобритания, 2019г), 6th International Conference on Mathematics and Computers in Sciences and Industry (Корфу, Греция, 2019), VI и VII Съездах биофизиков России (2019 и 2023 гг , Россия), International Conference on Mathematical Models & Computational Techniques in Science & Engineering (Лондон, Великобритания, 2020), 16, 17, 18, 19 и 20 International Conferences "Magnetic resonance and its applications" (2019, 2020, 2021, 2022 и 2023гг Санкт-Петербург, Россия).

Публикации.

В международных изданиях, индексируемых в базе данных Scopus:

1. Fatullaev E.I., Shavykin O.V., Neelov I.M. Molecular Dynamics of Lysine Dendrigrafts in Methanol-Water Mixtures // International Journal of Molecular Sciences - 2023, Vol. 24, No. 4, pp. 3063

2. Fatullaev E.I., Bezrodnyi V.V., Neelov I.M. MD Simulation of AEDG Peptide Complexes with New K2R Dendrimer and Dendrigraft // International Journal of Biology and Biomedical Engineering - 2022, Vol. 16, pp. 73-81

3. Shavykin O.V., Mikhtaniuk S.E., Fatullaev E.I., Neelov I.M., Leermarkers F., Brito M., Holm C., Borisov O.V., Darinskii A.A. Hybrid Molecules Consisting of Lysine Dendrons with Several Hydrophobic Tails: A SCF Study of Self-Assembling // International Journal of Molecular Sciences - 2023, Vol. 24, No. 3, 2078

4. Tarabukina E., Fatullaev E.I., Krasova A., Kurlykin M., Tenkovtsev A., Sheiko S.S., Filippov A.P. Synthesis, structure, hydrodynamics and thermoresponsiveness of graft copolymer with aromatic polyester backbone at poly(2-isopropyl-2-oxazoline) side chains // Polymers - 2020, Vol. 12, No. 11, pp. 2643

5. Neelov, I.M. Application of High Performance Computing for Comparison of Two Highly Branched Lysine Molecules of Different Topology / I.M. Neelov, O.V.

Shavykin, E.I. Fatullaev, A.A. Darinskii, F.A. Leermakers // Supercomputing Frontiers and Innovations. - 2018. - Vol. 5. - № 3.-pp. 60-64

В изданиях из перечня ВАК РФ:

6. Фатуллаев Э.И., Безродный В.В., Неелов И.М. Моделирование комплекса дендримера с пептидом // Chemical Bulletin - 2021.-Т. 4. - № 2. - С. 37-47

В иных изданиях:

7. Shavykin O.V., Bezrodnyi V.V., Fatullaev E.I., Mikhtaniuk S.E., Darinskii A.A., Neelov I.M., Sheveleva N.N., Markelov D.A. The local orientational mobility of collapsed and swollen lysine based dendrimer with double histidine insertions // Magnetic Resonance and its Applications. SPINUS-2022: Proceedings 19th International School-Conference (Saint Petersburg, 28 марта - 1 апреля 2022 г.) - 2022, pp. 149-151

8. Bezrodnyi V.V., Fatullaev E.I., Mikhtaniuk S.E., Shavykin O.V., Neelov I.M., Darinskii A.A., Sheveleva N.N., Markelov D.A. Histidine-rich lysine-based dendrimer and its interaction with molecules of therapeutic tetrapeptide at two different pH // Magnetic Resonance and its Applications. SPINUS-2022: Proceedings 19th International School-Conference (Saint Petersburg, 28 марта - 1 апреля 2022 г.) - 2022, pp. 186-188

9. Fatullaev E.I., Shavykin O.V., Darinskii A.A., Neelov I.M. The Brownian dynamics and numerical self-consistent field simulations of the dendrigraft nanocontainers // Magnetic Resonance and its Applications. SPINUS-2021: Proceedings 18th International School-Conference - 2021, pp. 196-198

10. Фатуллаев Э.И., Михтанюк С.Е., Неелов И.М. Молекулы AED-пептида образуют стабильный комплекс с лизиновым дендриграфтом // Новые научные исследования: сборник статей III Международной научно-практической конференции (Пенза, 17июня 2021г.) - 2021. - С. 18-23

11. Mikhtaniuk S.E., Fatullaev E.I., Shavykin O.V., Darinskii A.A., Holm C., Neelov I.M. The self-assembly of the amphiphilic molecules consisting of polylysine dendrons with the single and double hydrophobic tails // Magnetic Resonance and its Applications. SPINUS-2021: Proceedings 18th International School-Conference - 2021, pp. 234-236

12. Bezrodniy V.V., Fatullaev E.I., Shavykin O.V., Neelov I.M. Molecular dynamics simulation of global and local dynamics in lysine-based dendrimers with double argenine and double histidine // Magnetic Resonance and its Applications. SPINUS-2020: Proceedings 17th International Youth School-Conference (Saint Petersburg, 29March-3April, 2020) [сборник трудов] - 2020, pp. 152-154

13. Mikhtaniuk S.E., Bezrodniy V.V., Fatullaev E.I., Neelov I.M. Computer simulation of interaction of lysine dendrimer with molecules of Gly-Glu-Asp peptide // Magnetic Resonance and its Applications. SPINUS-2020: Proceedings 17th International Youth School-Conference (Saint Petersburg, 29March-3April, 2020) [сборник трудов] - 2020, pp. 217-220

Структура и объем диссертации. Диссертация содержит 157 страниц, 46 рисунков, 7 таблиц и список литературы из 100 наименований.

Диссертация состоит из реферата (на русском языке), synopsis (на английском языке), введения, содержащего обзор литературы по теме диссертации, Главы 1, посвященной описанию использованных в работе методов моделирования. Результаты работы содержатся в главах 2 - 4. В Главе 2 содержится описание полученных в работе результатов по лизиновым дендримерам с гидрофобными спейсерами. В Главы 3 содержится описание результатов исследования размеров и внутренней конформационной структуры лизинового дендриграфта в смешанных водно-спиртовых растворах при разной объемной доле спирта. В Главе 4 содержится результаты исследования, мицелл, образованных гибридными дендронно-дендриграфтными молекулами, на основе лизинового дендрона и дендриграфта с лизиновой основной цепью и линейными гидрофобными боковыми цепями.

Заключение диссертации по теме «Другие cпециальности», Фатуллаев Эмиль Илгамович

Заключение

В данной работе были впервые проведены исследования структуры ряда новых разветвленных лизинсодержащих дендримеров, дендриграфтов и гибридных дендронно-дендриграфтных молекул, содержащих гидрофобные фрагменты. В частности, в работе было:

1. Впервые проведено исследование поведения лизин-содержащих дендримеров с умеренно и сильно гидрофобными вставками (спейсерами) методом МД и показано, что такие вставки приводят к существенному уменьшению размеров дендримера по сравнению с ранее исследованными дендримерами с заряженными спейсерами. Продемонстрировано наличие минимума на температурной зависимости размеров дендримера с наиболее гидрофобными вставками в окрестности температуры 310К. Показано, что глобальная ориентационная и локальная подвижность изученных дендримеров сходна с подвижностью ранее изученного дендримера Lys2Gly со слабогидрофобными вставками.

2. Впервые проведено исследование поведения лизиновых дендриграфтов первого и второго поколений в смешанном водно-спиртовом растворителе при разных объемных долях метанола. Методом МД показано, что увеличение доли метанола приводит к уменьшению размера DGL2 за счет уменьшения доли вытянутых вторичных структур (бэта-листовых и полипролин-2) лизиновых цепей и увеличения доли компактных спиральных конформаций при больших долях спирта.

3. Впервые проведено исследование мицеллообразования лизинового дендрона с присоединенными к его корню несколькими линейными гидрофобными хвостами, имеющими топологию дендриграфта. Получены зависимости изменения размеров и внутренней структуры образующихся мицелл при изменении числа поколений в дендроне и числа и длины гидрофобных хвостов.

4. Впервые проведено исследование взаимодействия рассмотренных в работе новых разветвленных пептидных структур с биоактивными и модельными

олигопептидами и продемонстрировано образование устойчивых комплексов между ними.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Фатуллаев Эмиль Илгамович, 2023 год

Список литературы

Литература к главе 2

[1] Е. Buhleier, Е. Welmer. and F. Vogtle.4 cascade" and "nonskid-chain-like" syntheses of molecular cavity topologies. Synthesis. 78(2): 155-158. 1978.

[2] M. J. Frecliet and D. A. Tomalia. editors. Dendrimers and other Dendritic polymer. Wiley. England, 1 edition. 2001.

[3] H. N. Patel and P. M. Patel. Dendrimer applications - a review. lilt J Pharm Bio Sci, 4:454-463. 2013.

[4] E. Abbasi. S. Aval. A. Akbarzadeh. M. Milani. H. Nasrabadi. S. Joo. Y. Hanifehpour, K. Nejati-Koshki. andR. Pashaei-Asl. Dendrimers: synthesis, applications, and properties. Nanoscale Research Letters. 9:247. 2014.

[5] K. Madaan. S. Kiunar. N. Poonia, V. Lather, and D. Pandita. Dendrimers in drug delivery and targeting: Drug-dendrimer interactions and toxicity issues. J Phann Bioallied Sci., 6(3): 139-150. 2014.

[6] A. P. Sheije. M. Jadhav, B. R Dravyakar. and D. Kadam. Dendrimers: A versatile nanocarrier for drug dehvery and targeting. Int J Phann., 548(l):707-720. 2018.

[7] N. Rabiee. S. Ahmadvand. S. Alimadi. Y. Fatalii. R. Dinarvand. M. Bagherzadeh. and M. R. Hamblin. Carbosilane dendrimers: Drug and gene delivery applications. Journal of Drug Delivery Science and Technology, page 101879. 2020.

[8] C. Dufes, I.F. Uchegbu, and A. G. Schatzlein. Dendiimers in gene delivery. Adv. Drug Delivery Rev., 57:2177-2202. 2005.

[9] J. Zhou, J. Wu. N. Hafdi. J. P. Belir. P. Erbacher. and L. Peng. Pamam dendrimers for efficient sima delivery and potent gene silencing. Chem. Commim.. 22:2362-2364.2006.

[10] S. Biswas and V. Torchilin. Dendrimers for sima delivery. Pharmaceuticals, 6:161-183, 2013.

[11] N. N. Sheveleva. D. A. Markelov. M. A. Vovk. M. E. Mikliailova. 1.1. Tarasenko. I. M. Neelov. and E. Lalideranta. NMR studies of excluded volume interactions in peptide dendrimers. Scientific Reports, 8(8916):l-7. 2018.

[12] Naclezlida N. Sheveleva, Denis A. Markelov, Mikhail A. Vovk, Mariya E. Mikliailova. Irina I. Tarasenko. Peter M. Tolstoy. Igor M. Neelov. and Erkki Lalideranta.

Lysiiie-based dendrimer with double argiiiiiie residues. RSC Advances. 9(31): 18018-18026. 2019.

[13] Nadezhda N. Sheveleva. Denis A. Markelov, Mikhail A. Vovk. Irina I. Taraseiiko. Mariya E. Mikhailova, Maxim Yu Ilyash. Igor M. Neelov. and Erkki Lahderaiita. Stable deuterium labeling of histidine-rich lysine-based dendiimers. Molecules. 24(13):2481, 2019.

[14] M. Gorzkiewicz. M. Konopka. A. Janaszewska. 1.1. Tarasenko. N. N. Sheveleva. A. Gajek. I. M. Neelov. and B. Klajnert-Maculewicz. Application of new lysine-based peptide dendiimers D3K2 and D3G2 for gene delivery: Specific cytotoxicity to cancer cells and transfection in vitro. Bioorg. Chem., 95:103504. 2020.

[15] M. Gorzkiewicz. O. Kopec. A. Janaszewska. M. Konopka. E. Pedziwiatr-Werbicka. 1.1. Tarasenko. V. V. Bezrodnyi. I. M. Neelov, and B. Klajnert- Maculewicz. Poly(lysine) dendiimers form complexes with sima and provide its efficient uptake by myeloid cells: Model studies for therapeutic nucleic acid delivery. Int. J. Mol. Sci., 21(9):3138, 2020.

[16] S. M. Aliaroni. C. R. Crosby IE, and E. K. Walsh. Size and solution properties of globular teit-butyloxycarbonyl-poly(a.e-l-lysine). Macromolecules. 15:1093-1098. 1982.

[17] S.M. Aliaroni and M.S. Muithy. Spherical non-draining boc-poly-( a.e-l-lysine) macromolecules sax and viscous study. Polym. Commiui.. 24:132. 1983.

[18] G.P. Vlasov. V.I. Korol'kov, G.A. Pankova. I.I. Tarasenko. A.N. Baranov. P.V. Glazkov, A.V. Kiselev. O.V. Ostapenko. E.A. Lesin. and V.S. Baranov. Lysine dendiimers and their starburst polymer derivatives: Possible application for DNA compaction and in vitro delivery of genetic constructs. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 30:15-24. 2004.

[19] G.P. Vlasov, G.M. Pavlov, N.V. Bayanova, E.V. Komeeva. C. Ebel. M.A. Kliodorkovskii, and T.O. Artamonova. Dendiimers based on a-amino acids: Synthesis and hydrodynamic characteristics. Doklady Physical Chemistry. 399:366-368, 2004.

[20] D. A. Markelov. S. G. Falkovich. I. M. Neelov. M. Y. Ilyash. V. V. Matveev. E. Lahderaiita. P. Ingman. and A. A. Daiinskii. Molecular dynamics simulation of spin-lattice NMR relaxation in poly-l-lysine dendiimers: manifestation of the semiflexibility effect. Phys. Chem. Chem. Pliys., 17(5):3214^-3226. 2015.

[21] B. P. Roberts. M. J. Scanlon. G. Y. Krippner, and D. K. Chalmers. Molecular dynamics of poly(l-lysine) dendrimers with naphthalene disulfonate caps. Macromolecules. 42:2775-2783, 2009.

[22] I. Neelov. S. Falkovich. D. Markelov. E. Paci. A. Darinskii. and H. Tenliu. Molecular Dynamics of Lysine Dendiimers. Computer Simulation and NMR. pages 99-114. Royal Society of Chemistry. 2013.

[23] I.M. Neelov. D.A. Markelov, S.G. Falkovich. M.Yu. Ilyash., B.M. Okrugin. and A.A. Darinskii. Mathematical simulation of lysine dendrimers. temperature dependencies. Polymer Science, Ser. C. 55:154-161, 2013.

[24] S. Falkovich. D. Markelov. I. Neelov, and A. Darinskii. Are structural properties of dendiimers sensitive to the symmetry of brandling? Computer simulation of lysine dendiimers. J. Chem. Phys., 139(6):064903. 2013.

[25] Sofia E. Miklitaniuk, Valeriy V. Bezrodnyi, Oleg V. Shavykin. Igor M. Neelov, Nadezhda N. Sheveleva. A. V. Penkova. and Denis A. Markelov. Comparison of structure and local dynamics of two peptide dendrimers with the same backbone but with different side groups in then spacers. Polymers. 12:1657. 2020.

[26] Valeriy V. Bezrodnyi, Oleg V. Shavykin, Sofia E. Miklitaniuk. Igor M. Neelov. Nadezhda N. Sheveleva. and Denis A. Markelov. Why the orientational mobility in arginine and lysine spacers of peptide dendrimers designed for gene delivery is different? Int. J. Mol. Sci., 2020.

[27] Ana Santos. Francisco Veiga. and Ana Figueiras. Dendiimers as pharmaceutical excipients: Synthesis, properties, toxicity and biomedical applications. Materials. 13(1):65. 2020.

[28] Ngoc Tliuy Trang Le. Thi Nliu Quynh Nguyen. Van Du Cao. Due Tliuan Hoang, Van Cuong Ngo, and Thai Thanh Hoang Thi. Recent progress and advances of multi-stimuli-responsive dendrimers in ding delivery for cancer treatment. Pharmaceutics, 11(11):591, 2019.

[29] M. J. Abraham. T. Miutola. R. Schulz. S. Pall. J. C. Smith. B. Hess, and E. Lindahl. Groniacs: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. Software X. 1-2:19-25. 2015.

[30] Kresten Lindorff-Larsen, Stefaiio Piaiia, Kirn Palino. Paul Maragakis, John L. Klepeis. Ron O. Dior, and David E. Shaw. Improved side-chain torsion potentials for the amber ££99sb protein force field. Proteins. 78:1950-1958, 2010.

[31] D.J. Evans and B. L. Holian. The nose-hoover thermostat. J. Chem. Phys.. 83:4069, 1985.

[32] M. Parrinello and A. Rahman. Polymorphic transitions in single crystals: A new molecular dynamics method. J. Appl. Phys.. 52(12):7182. 1982.

[33] G. S. Kell. Isothermal compressibility of liquid water at 1 atm. Journal of Chemical and Engineering Data. 15(1): 119-122. 1970.

[34] J.S. Klos and J.U. Sommer. Properties of dendiimers with flexible spacer- chains: A monte carlo study. Macromolecules. 42:4878-4886. 2009.

[35] D. N. Theodorou and U. W. Suter. Shape of unperturbed linear polymers: polypropylene. Macromolecules, 18:1206-1214. 1985.

[36] G. Rudnick and G. Gaspari. The aspherity of random walks. J. Phys. A. 4:L191,1986.

[37] Ravin Narain. editor. Polymers and Nanomaterials for Gene Hierapy. Woodliead Publishing. 1 edition. 2016.

[38] George A. Jeffrey and Wolfram Saenger. editors. Hydrogen Bonding in Biological Structures. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 1 edition. 1991.

[39] E. N. Baker. Hydrogen bonding in biological macromolecules. pages 546-552. Springer Netherlands. Dordrecht, 2006.

[40] Nuno Martinho, Liana Silva, Helena Floiindo, Steve Brocchini. Mire Zloh. and Teresa Barata. Rational design of novel, fluorescent, tagged glutamic acid dendiimers with different terminal groups and in silico analysis of their properties. International Journal of Nanomedicine, 112:7053-7073, 2017.

[41] Sundaram Balasubramanian. Subrata Pal. and Birnan Bagclii. Hydrogen-bond dynamics near a micellar surface: Origin of the universal slow relaxation at complex aqueous interfaces. Physical Review Letters. 89(11):115505. 2002.

[42] Alenka Luzar. Resolving the hydrogen bond dynamics conundrum. J. Chem. Phys.. 113(23): 10663. 2000.

[43] D. van der Spoel. P. J. van Maaren. P. Larsson. and N. Tinmeanu. Tliennodynainics of hydrogen bonding in hydropliihc and hydrophobic media. J. Pliys. Chem. В. 110:4393-4398. 2006.

[44] H. Ohshima. Tlieory of Colloid and Interfacial Electric Phenomena, hiterface Science and Technology (Volume 12). Academic Press. 2006.

[45] A. V. Delgado. F. Gonzalez-Caballero. R. J. Hunter. L. K. Koopal. and J. Lyklema. Measurement and interpretation of electrokinetic phenomena. Pure Appl. Chem.. 77:1753-1805. 2005.

[46] J. K. Wolterink. F. A.M. Leermakers, G. J. Fleer, L. K. Koopal. E. B. Zhulina. and

0. V. Borisov. Screening in solutions of star-branched polyelectrolytes Macromolecules 1999. 32. 7. 2365-2377

Литература к главе 3

1. Bulileier. E.;Wehner. W.; Vogtle, F. Cascade and Nonskid-Chain-Like Syntheses of Molecular Cavity Topologies. Synthesis 1978, 2, 155-158. https://doi.org/10.1055/s-1978-24702.

2. Tomalia. D. A.; Baker. H.; Dewald. J.; Hall. M.; Kallos, G.; Martin. S.; Roeck. J.R.J.S.P. A New Class of Polymers: Starburst-Dendritic Macromolecules. Polym. J. 1985, 17, 117-132. https://doi.org/10.1295/polyinj.17.117.

3. Hawker. C.J.; Frechet, J.M.J. Control of surface functionality in the synthesis of dendritic macromolecules using the convergentgrowth approach. Macromolecules 1990, 23. 4726-4729. https://doi.org/10.1021mia00223a036.

4. Yemul. O.; Imae. T. Synthesis and characterization of poly(ethyleneimine) dendrimers. Colloid Polym. Sci. 2008, 286, 747-752. https://doi.org/10.1007/s00396-007-1830-6.

5. Schlenk, C.; Frey. H. Carbosilane Dendiimers—Synthesis. Functionalization. Application. Silicon Chem. 1999. 3-14. https://doi.org/10.1007/978-3-7091-6357-3_l.

6. Abbasi. E.; Aval. S.; Akbarzadeh. A.; Milani. M.; Nasrabadi. H.; Joo. S.; Hanifehpour, Y.; Nejati-Kosliki. K.; Pashaei-Asl. R.

Dendiimers: Synthesis, applications, and properties. Nanoscale Res. Lett. 2014. 9. 247. https://doi.org/10.1186/1556-276x-9-247.

7. Yamamoto. K.; Imaoka. T.; Tanabe. M.; Kainbe. T. New Horizon of Nanoparticle and Cluster Catalysis with Dendiimers. Chem. Rev. 2020. 120. 1397-1437. https://doi.org/10.102 l/acs.chemrev.9b00188.

8. Sherje. A.: Jadhav. M.; Dravyakar. B.: Kadam D. Dendiimers: A versatile nanocamer for drug delivery and targeting. Int. J. Phaiin. 2018, 548, 707-720. https://doi.Org/10.1016/j.ijphaim.2018.07.030.

9. Madaan. K.; Kumar. S.: Poonia. N.; Lather. V.; Pandita. D. Dendiimers in dmg delivery and targeting: Drug-dendrimer interactions and toxicity issues. J. Pharm. Bioallied Sci. 2014. 6, 139-150. https://doi.org/10.4103/0975-7406.130965.

10. Dutta. T.; Jain. N.; McMillan. N.; Parekli. H. Dendiimer nanocaniers as versatile vectors in gene delivery. Nanomedicine 2010.6. 815-815. https://doi.Org/10.1016/j.nano.2009.05.005.

11. Ionov. M.: Lazniewska, J.; Dzimtmk. V.; Halets. I.: Loznikova, S.:Novopasliina. D.: Apailsin. E.; Krasheninina, O.; Venyaminova, A.: Milowska, K.; et al.. Anticancer siRNA cocktails as a novel tool to treat cancer cells. Part (A). Mechanisms of interaction. Int. J. Pharm. 2015. 485. 261-269. https://doi.Org/10.1016/j.ijpliann.2015.03.024.

12. Rabiee. N.: Alimadvand. S.; AlimaclL S.; Fatalii. Y.; Dinaivand. R.; Baglierzadeh. M.; Hamblin. M.R. Carbosilane Dendiimers: Ding and Gene Delivery Applications. J. Dmg Deliv. Sci. Technol. 2020. 59, 101879. https://doi.org/'10.1016/j.jddst.2020.101879.

13. Yin. H.; Kanasty, R.L.; Eltoukhy. A.A.; Vegas. A.J.; Dorkin. J.R.: Anderson. D.G. Non-viral vectors for gene-based therapy. Nat. Rev. Genet. 2014, 15. 541-555. https://doi.org/10.1038/nrg3763.

14. Jiang. D.; Wang. M.; Wang. T.; Zhang, B.; Liu. C.; Zhang. N. Multifiinctionalized polyethyleneimine-based nanocamers for gene and cliemotherapeutic dmg combination therapy through one-step assembly strategy, hit. J. Nanomed. 2017, 12, 8681-8698 https://doi.org/10.2147/ijn.sl42966.

15. Biswas. S.; Torcliilin. V. Dendiimeis for siRNA delivery. Pharmaceuticals 2013. 6. 161-183. https://doi.org/!0.3390/ph6020161.

16. Denkewalter, R.G.; Kolc. J.; Liikasavage. W.J. Macromolecular Higlily Branched Homogeneous Compound Based 011 Lysine Units. U.S. Patent 4289872A. 15 September 1981.

17. Aharoni. S.M.: Crosby. C.R.. IH; Walsh, E.K. Size and solution properties of globular teit-butyloxycaibonyl-poly(a.e-L-lysine). Macromolecules 1982. 15, 1093-1098. https://doi.org/10.1021/ma00232a026.

18. Aliaroni, S.; Murthy, M. Spherical non-draining BOC-poly-(a.e-L-lysine) macromolecules SAX and viscous study. Polym. Commun. 1983. 24. 132.

19. Vlasov, G.: Pavlov, G.; Bayanova, N.; Komeeva. E.; Ebel, C.: Khodorkovskii, M.; Artamonova, T. Dendiimers Based 011 a-Arnino Acids: Synthesis and Hydrodynamic Characteristics. Dokl. Pliys. Chem. 2004, 399, 366-368. https://doi.Org/10.1023/b:dopc.0000048077.59631.b9.

20. Roberts. B.P.; Scanlon. M.J.; Krippner. G.Y.; Chalmers, D.K. Molecular Dynamics of Poly(l-lysine) Dendiimers with Naphthalene Disulfonate Caps. Macromolecules 2009, 42. 2775-2783. https://doi.org/10.1021/ma802154e.

21. Neelov. I.; Falkovich. S.; Markelov, D.: Paci. E.: Darinskii. A.; Tenliu, H., Molecular Dynamics of Lysine Dendrimers. Computer Simulation and NMR. In Dendiimers in Biomedical Applications: Royal Society of Chemistry: Cambridge. UK. 2013; pp. 99-114. https://doi.org/10.1039/9781849737296-00099.

22. Neelov. I.; Markelov, D.; Falkovich. S.; Ilyash., M.; Okrugin, B.: Darinskii, A. Mathematical simulation of lysine dendrimers. Temperature dependencies. Polym. Sci. Ser. C 2013. 55. 154—161. https://doi.org/10.1134/S1811238213050032.

23. Darinskii et al. Are structural properties of dendiimers sensitive to the symmetry of brandling? Computer simulation of lysine dendrimers. J. Chem. Pliys. 2013.139.064903. https://doi.org/10.1063/L4817337.

24. Markelov, D.A.; Falkovich. S.G.; Neelov, I.M.; Ilyash. M.Y.; Matveev, V.V.; Lalideranta. E.; Ingman. P.: Darinskii. A. A. Molecular dynamics simulation of spin lattice NMR relaxation in poly-l-lysine dendiimers: Manifestation of the semiflexibility effect. Pliys. Chem. Chem. Pliys. 2015. 17. 3214-3226. https://doi.org/10.1039/C4CP04825C.

25. Rao. C.; Tarn. J. Synthesis of peptide dendrimer. J. Am. Chem. Soc. 1994.116. 6975-6976. https://doi.org/10.1021/ja00094a078.

26. Tain. J. Synthetic peptide vaccine design: Synthesis and properties of a high-density multiple antigenic peptide system. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1988. 85. 5409-5413. https://d0i.0rg/l 0.1073/pnas.85.15.5409.

27. Vlasov. G.: Korolkov. V.; Pankova. G.; Tarasenko. I.; Baranov, A.; Glazkov. P.; Kiselev, A.; Ostapenko. O.; Lesin, E ; Baranov. V. Lysine Dendrimers and Then Starburst Polymer Derivatives: Possible Application for DNA Compaction and in vitro Delivery of Genetic Constructs. Russ. J. Bioorg. Chem. 2004, 30. 15-24. https://doi.org/10.1023/1xnibi.0000015768.32255.la.

28. Maillard. N.: Clouet. A.: Darbre. T.; Redmond. J.L. Combinatorial libraries of peptide dendrimers: Design, synthesis, on-bead highthroughput screening, bead decoding and characterization. Nat. Protoc. 2009. 4, 132-142. https://doi.org//10.1038/nprot.2008.241.

29. Luo. K.; Li, C.; Wang. G.; Nie. Y.; He. B.; Wu, Y.; Gu. Z. Peptide dendrimers as efficient and biocompatible gene deliver/ vectors: Synthesis and in vitro characterization. J. Control. Release 2011. 155. 77-87. https://doi.Org/10.1016/j.jconiel.2010.10.006.

30. Kwok. A.; Eggimann. G.A.: Reymond. J.L.; Darbre. T.; Hollfelder. F. Peptide dendrimer/lipid hybrid systems are efficient DNA transfection reagents: Structure— Activity relationships highlight the role of charge distribution across dendrimer generations. ACS Nano 2013, 7, 4668-4682. https://doi.org/10.1021/mi400343z.

31. Filipe. L.C.S.; Machuqueiro. M.: Darbre. T.; Baptista. A.M. Exploring the Structural Properties of Positively Charged Peptide Dendrimers. J. Pliys. Chem. B 2016. 120. 11323-11330. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b09156.

32. Rewatkar, P.V.: Sester. D.P.; Parekli. H.S.; Parat. M.O. Express in Vitro Plasmid Transfection Achieved with 16+ Asymmetric Peptide Dendrimers. ACS Biomater. Sei. Eng. 2016. 2. 438^45. https://doi.org/10.1021/acsbiomaterials.6b00033.

33. Heitz. M.: Kwok. A.: Eggimann. G.A.; Hollfelder, F.: Darbre. T.; Reymond. J.L. Peptide Dendrimer-Lipid Conjugates as DNA and siRNA Transfection Reagents: Role of Charge Distribution Across Generations. Chimia 2017, 71. 220-225. https://doi.org/10.2533/cliimia.2017.220.

34. Santos. S.: Gonzaga, R.; Silva. J.; Savino. D.: Prieto. D.; Shikay. J.; Silva. R.: Paulo. L.; Ferreira. E.: Giarolla. J. Peptide dendrimers: Drug/gene delivery and other approaches. Can. J. Chan. 2017, 95. 907-916. https://doi.org/10.1139/cjc-2017-0242.

35. Sheveleva, N.N.; Markelov. D.A.; Vovk. M.A.; Mikliailova. M.E.; Tarasenko, I.I.; Neelov. I.M.; Lahderanta. E. N1VIR studies of excluded volume interactions in peptide dendrimers. Sci. Rep. 2018. 8. 8916. https://doi.org/10.1038/s41598-018-27063-3.

36. Sheveleva, N.N.; Markelov, D.A.; Vovk. M.A.: Mikliailova. M.E.: Tarasenko. I.I.; Tolstoy. P.M.; Neelov. I.M.: Lahderanta. E. Lysine-based dendrimer with double arginine residues. RSC Adv. 2019, 9. 18018-18026. https://doi.org/10.1039/c9ra02461a.

37. Sheveleva, N.N.;Markelov, D.A.; Vovk.M.A.; Tarasenko, I.I.;Mikhailova.M.E.; Ilyash.M.Y.: Neelov. I.M.; Lahderanta. E. Stable Deuterium Labeling of Histidine-Ricli Lysine-Based Dendrimers. Molecules 2019, 24. 2481. https://doi.org/10.3390/molecules24132481.

38. Gorzkiewicz. M.: Konopka, M.; Janaszewska, A.; Tarasenko. I.I.; Sheveleva. N.N.; Gajek. A.; Neelov, I.M.; Klajnert-Maculewicz, B. Application of new lysine-based peptide dendrimers D3K2 and D3G2 for gene delivery: Specific cytotoxicity to cancer cells and transfection in vitro. Bioorg. Chem. 2020. 95, 103504. https://doi.Org/10.1016/j.bioorg.2019.103504.

39. Gorzkiewicz. M.; Kopec. O.; Janaszewska. A.: Konopka. M.; Pedziwiatr-Werbicka, E.; Tarasenko. I.I.; Bezrodnyi, V.V.; Neelov, I.M.; Klajnert-Maculewicz, B. Poly(lysine) Dendrimers Form Complexes with siRNA and Provide Its Efficient Uptake by Myeloid Cells: Model Studies for Therapeutic Nucleic Acid Delivery. Int. J. Mol. Sci. 2020. 21. 3138. https://doi.org/10.3390/ijms21093138.

40. Mikhtaniuk. S.E.: Bezrodnyi, V.V.; Shavykin. O.V.; Neelov. I.M.; Sheveleva. N.N.: Penkova, A.V.; Markelov. D.A. Comparison of Structure and Local Dynamics of Two Peptide Dendrimers with the Same Backbone but with Different Side Groups in Then-Spacers. Polymers 2020, 12. 1657. https://doi.org//10.3390/polyml2081657.

41. Bezrodnyi. V.V.; Shavykin, O.V.: Mikhtaniuk. S.E.: Neelov. I.M.; Sheveleva, N.N.; Markelov. D.A. Why the orientational mobility in arginine and lysine spacers of peptide

dendrimers designed for gene delivery is different? Int. J. Mol. Sei. 2020, 21, 9749. https://doi.org/10.3390/ijms21249749.

42. Bezrodnyi. V.; Mikhtaniuk. S.; Shavykin, O.: Neelov, I.; Sheveleva, N.; Markelov, D. Size and Structure of Empty and Filled Nanocontainer Based on Peptide Dendrimer with Histidine Spacers at Different pH. Molecules 2021. 26. 6552. https://doi.org/10.3390/molecules26216552.

43. Shavykin. O.: Neelov., I.; Darinskii. A. Is the Manifestation of the Local Dynamics in the Spin-Lattice NMR Relaxation

in Dendrimers Sensitive to Excluded Volume Interactions. Pliys. Chem. Chem. Pliys. 2016. 18. 24307-24317. https://doi.org/10.1039/c6cp01520d.

44. Shavykin. O.; Mikhailov, I.; Darinskii. A.; Neelov. I.; Leennakers. F. Effect of an asymmetry of brandling on structural characteristics of dendrimers revealed by Brownian dynamics simulations. Polymer 2018. 146. 256-266. https://doi.Org/10.1016/j.polymer.2018.04.055.

45. Okrugin. B.; Neelov, I.; Leennakers. F.M.; Borisov. O. Structure of asymmetucal peptide dendrimers: Insights given by selfconsistent field theory. Polymer 2017. 125, 292-302. https://doi.Org/10.1016/j.polymer.2017.07.060.

46. Shavykin. O.V.; Leennakers. F.A.; Neelov, I.M.; Darinskii, A.A. Self-Assembly of Lysine-Based Dendritic Surfactants Modeled by the Self-Consistent Field Approach. Langmuir 2018, 34. 1613-1626. https://doi.org/10.1021/acs.laiigmuk.7b03825.

47. Shavykin. O.; Neelov, I.; Borisov. O.; Darinskii. A.; Leennakers. F. SCF Theory of Unifonnly Charged Denclrmiers: Impact of Asymmetry of Brandling. Generation Number, and Salt Concentration. Macromolecules 2020. 53. 7298-7311. https://doi.org/10.102 l/acs.macromol.0c00429.

48. Okuda, T.; Sugiyama. A.; Niidome, T.; Aoyagi. H. Characters of dendritic poly(L-lysine) analogues with the teiininal lysines replaced with arginines and histidines as gene earners in vitro. Biomaterials 2004, 25. 537-544. https://doi.org/10.1016/s0142-9612(03)00542-8.

49. Lee. H.; Choi. J.S. Larson R.G. Molecular Dynamics Studies of the Size and Internal Structure of the PAMAM Dendrimer Grafted with Arginine and Histidine. Macromolecules 2011, 44. 8681-8686. https://doi.org/10.1021/ma2019396.

50. Rodriguez-Hernandez, J.; Gatti. M.; Klok. H.A. Higlily Branched Poly(L-lysine). Biomacromolecules 2003. 4. 249-258. https://doi.org/10.1021/bm020096k.

51. Collet. H.; Souaid. E.; Cottet. H.; Deratani, A.; Boiteau. L.; Dessalces. G.; Rossi. J.C.; Commeyras, A.; Pascal. R. Expeditious, multigram scale synthesis of lysine dendrigraft (DGL) polymers by aqueous N-carboxyanhydride poly condensation. Chem. Eur. J. 2010, 16, 2309. https://doi.org/10.1002/chem.200901734.

52. Rossi. J.C.; Boiteau. L.; Collet. H.; Tsamba. B.M.; Larcher, N.; Pascal. R. Functionalisation of free amino groups of lysine dendrigraft (DGL) polymers. Tetrahedron Lett. 2012, 53. 2976-2979. https://doi.Org/10.1016/j.tetlet.2012.03.082.

53. Cottet, H.; Martin. M.; Papillaud. A.; Souaid. E.; Collet, H.; Commeyras, A. Determination of dendrigraft poly-L-lysine diffusion coefficients by Taylor dispersion analysis. Biomacromolecules 2007. 8. 3235.

54.1.Tsogas.: Theodossiou. T.; Sideratou. Z.; Paleos. C.; Collet. H.; Rossi. J.: Romestand. B.; Commeyras, A. Interaction and Transport of Poly(L-lysine) Dendrigrafts througli Liposomal and Cellular Membranes: Hie Role of Generation and Surface Functionalization. Biomacromolecules 2007, 8, 3263-3270.

https://doi.org/10.1021/BM700668W.

55. Johannessen. C.; Kapitan. J.; Collet, H.; Commeyras. A.; Heclit. L.; Baiion. L.D. Poly(L-proline) II Helix Propensities in Poly(L-lysine) Dendrigraft Generations from Vibrational Raman Optical Activity. Biomacromolecules 2009. 10, 1662-1664. https://doi.org/10.1021/1)1119002249.

56. Zou. T.; Oukacine. F.; Saux. T.L.; Cottet, H. Neutral Coatings for the Study of Polycation Multicharged Anion Interactions by Capillary Electrophoresis: Application to Dendrigraft Poly-L-lysines with Negatively Multicharged Molecules. Anal. Chem. 2010. 82, 7362-7368. https://doi.org/10.1021/acl01473g.

57. Yevlampieva. N.; Dobrodmnov, A.; Nazarova. O.; Okatova. O.; Cottet. H. Hydrodynamic Behavior of Dendrigraft Polylysiiies ill Water and Dimethylfonnaniide. Polymers 2012, 4. 20-31. https://doi.org/10.3390/polym4010020.

58. Herzog, G.; Flynn, S.; Johnson, C.: Arrigan. D.W. Electroanalytical Behavior of Poly-L-Lysine Dendiigrafts at the Interface between Two Immiscible Electrolyte Solutions. Anal. Chem. 2012. 84. 5693-5699. https://doi.org/10.1021/ac300856w.

59. Sisavath, N.: Leclercq. L.; Saux. T.L.: Oukacine. F.; Cottet, H. Study of interactions between oppositely charged dendrigraft poly-l-lysine and human serum albumin by continuous frontal analysis capillary electrophoresis and fluorescence spectroscopy. J. Chromatogr. A 2013. 1289. 127-132. https://doi.Org/10.1016/j.clnoma.2013.03.016.

60. Ibrahim. A.; Koval. D.; Kasicka. V.; Faye, C.; Cottet. H. Effective Charge Determination of Dendrigraft Poly-l-lysine by Capillary Isotachophoresis. Macromolecules 2012, 46. 533-540. https://doi.org/'10.1021/ma302125f.

61. Liu. T.; Oukacine. F.; H.Collet.; Commeyras, A.: Vial. L.; Cottet. H. Monitoiing surface fiinctionalization of dendrigraft polyl- lysines via click chemistry by capillary electrophoresis and Taylor dispersion analysis. J. Chromatogr. A 2013. 1273. 111-116. https://doi.org/10.1016/j .chroma.2012.11.074.

62. Maret, B.: Crepet. A.: Faye, C.; Garrelly, L.; Ladaviere. C. Molar-Mass Analysis of Dendrigraft Poly(L-lysine) (DGL) Polyelectrolytes by SEC-MALLS: The "Cornerstone" Refractive Index Increment. Macromol. Chem. Phys 2015. 216. 95-105. https://doi.org/'' 10.1002/macp.201400400.

63. Loiuiis. F.M.; Chamieh, J.; Leclercq. L.; Gonzalez. P.; Rossi. J.C.: Cottet. H. Effect of Dendrigraft Generation on the Interaction between Anionic Polyelectrolytes and Dendrigraft Poly(L-Lysine). Polymers 2018. 10, 45. https://doi.org/10.3390/polym10010045.

64. Carranca. M.; Griveau. L.; Remoue. N.; Lorion. C.; Weiss. P.; Orea. V.; Sigaudo-Roussel. D.: Faye, C.; Fem-Angulo. D.; Debret, R.: et al. Versatile lysine dendiigiafts and polyethylene glycol hydrogels with inherent biological properties: In vitro cell behavior modulation and in vivo biocompatibility. J. Biomed. Mater. Res. 2021, 109, 926-937. littps://doi.org/''10.1002/jbm.a.37083.

65. Francoia, J.P.; Rossi. J.C.; Monard. G.; Vial. L. Digitizing Poly-L-lysine Dendiigrafts: From Experimental Data to Molecular

Dynamics Simulations. J. Chem Inf. Model. 2017, 57. 2173-2180. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.7b00258.

66. Okrugin. B.; Hyash. M.; Markelov. D.; Neelov. I. Lysine Dendrigraft Nanocontainers. Influence of Topology on Their Size and Internal Structure. Pharmaceutics 2018. 10. 129. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics 10030129.

67. Sideratou. Z.; Sterioti. N.; Tsiouivas. D.; Tziveleka. L.A.; Thanassoulas. A.; Noimesis. G.; Paleos. C.M. Arginine end-functionalized poly(L-lysine) dendiigrafts for the stabilization and controlled release of insulin. J. Colloid Interface Sci. 2010. 351, 433-441. https://doi.Org/10.1016/j.jcis.2010.07.072.

68. Romestand. B.; Rolland. J.L.; Commeyras. A.: Coussot. G.; Desvignes, I.; Pascal. R.; Vandenabeele-Trambouze, O. Dendrigraft poly-L-lysine: A non-immiuiogenic synthetic canier for antibody production. Biomacromolecules 2010. 11, 1169-1173. https://doi.org/10.102 l/bm9012056.

69. Hofinan. J.; Buncek. M.; Haluza. R.; Streinz. L.; Ledvina. M.; Cigler. P. hi Vitro Transfection Mediated by Dendrigraft Poly(Llysines): Tlie Effect of Structure and Molecule Size. Macromol. Biosci. 2012. 13. 167-176. https://doi.org/10.1002/mabi.201200303.

70. Sisavath. N.; Saux. T.L.; Leclercq. L.; Cottet, H. Effect of Dendrimer Generation on the Interactions between Human Serum Albumin and Dendrigraft Polylysines. Langmuir 2014. 30. 4450-4457. https://doi.org/10.1021/la5002144.

71. Hu. G.;Wang, Y.; He. Q.; Gao. H. Multistage dnig delivery system based on microenvironment-responsive dendrimer-gelatin nanoparticles for deep tumor penetration. RSC Adv. 2015, 5. 85933. https://doi.org/10.1039/c5ral8833d.

72. Chen. H.; Tian. J.; Liu. D.; Hea.W; Guo, Z. Dual Aptamer Modified Dendrigraft Poly-L-lysines Nanoparticle for Overcoming Multi-drug Resistance through Mitochondrial Targeting. J. Mater. Chem. B 2017, 5, 972-979. https://doi.org/10.1039/C6TB02714H.

73. Agazzi. M.L.; Herrera, S.E.; Cortez, M.L.; Marmisolle, W.A.; Azzaroni. O. Self-assembled peptide dendrigraft suprapariicles with potential application in pH/enzyme-triggered multistage ding release. Colloids Surf. Biointerfaces 2020. 190, 110895. https://doi.Org/10.1016/j.colsiufb.2020.110895.

74. Huang, R.; Liu. S.; Shao, K.; Han. L.; Ke.W.; Liu. Y.; Li, J.; Huang. S.; Jiang. C. Evaluation and mechanism studies of PEGylated dendri graft poly-L-lysines as novel gene delivery vectors. Nanotechnology 2010. 21. 265101. https://doi.org/10.1088/0957-4484/21/26/265101.

75. Liu. Y.; Li. J.; Shao. K.: Huang, R.. Ye. L.; Lou. J.; Jiang. C. A leptin derived 30-amino-acid peptide modified pegylated poly-L-lysine dendiigiaft for brain targeted gene delivery. Biomaterials 2010, 31, 5246-5257. https://doi.org/' 10.1016/j .biomaterials.2010.03.011.

76. Huang. R; Ma. H.; Guo. Y.; Liu. S.; Kuang. Y.; Shao. K.; Li, J.; Liu. Y.; Han. L.; Huang. S.; et al. Angiopep-Conjugated Nanopaiticles for Targeted Long-Term Gene Therapy of Parkinson's Disease. Phann. Res. 2013, 30. 2549-59. https://d0i.0rg/l 0.1007/s 11095-013-1005-8.

77. Liu. Y.: He. X.: Kuang, Y.; A11. S.: Wang. C; Guo. Y.; Ma. H.; Lou. J.; Jiang, C. A Bacteria Deriving Peptide Modified Dendiigiaft Poly L lysines (DGL) Self-Assembling Nanoplatfonn for Targeted Gene Delivery. Mol. Phaim. 2014, 11. 3330-3341. https://doi.org/10.102 l/mp500084s.

78. Kodama. Y.: Nakamura. T.; Kiuosaki. T.: Egashira, K.: Mine. T.; Nakagawa. H.; Muro. T.; Kitahara. T.: Higuclii. N.: Sasaki. H. Biodegradable nanoparticles composed of dendiigiaft poly-L-lysine for gene delivery. Eur. J. Phann. Biophann. 2014. 87,472—479. https://doi.Org/10.1016/j.ejpb.2014.04.013.

79. Tang. M.; Dong, H.; Lib, Y.; Ren. T. Harnessing the PEG-cleavable strategy to balance cytotoxicity, intracellular release and the therapeutic effect of dendiigiaft poly-L-lysine for cancer gene therapy. J. Mater. Cheni. B 2016. 4. 1284-1295. https://doi.org/10.1039/C5TB02224J.

80. Kodama. Y.; Kuramoto. H.; Mieda. Y.; Muro. T.; Nakagawa, H.; Kiuosaki. T.: Sakaguchi. M.; Nakannua, T.; Kitahara. T.; Sasaki. H. Application of biodegradable

dendrigraft poly-L-lysine to a small interfering RNA delivery system. J. Ding Target. 2016. 25. 49-57. https://doi.Org/10.1080/1061186X.2016.l 184670.

81. Xue, X.; Shi, X.: Dong. H.: You. S.; Cao. H.; Wang. K.; Wen. Y.; Slii. D.; He. B.; Li, Y. Delivery of microRNA-1 inhibitor by dendrimer-based nanovector: An early targeting therapy for myocardial infarction in mice. Nanomed. Nanoteclinol. Biol. Med. 2018. 14. 619-631. https://d0i.0rg/l 0.1016/j.nano.2017.12.004.

82. Slien. J.: Chen. J.; Ma. J.: Fan. L.; Zhang, X.: Yue, T.; Yan. Y.: Zhang, Y. Enhanced lysosome escape mediated by 1.2-dicarboxyliccyclohexene anhydride-modified poly-L-lysine dendrimer as a gene delivery system. Asian J. Pharm. Sei. 2020, 16, 759-776. https://doi.org/'' 10.1016/j .ajps.2019.12.001.

83. Zhao. K.; G.Rong.; Q.Teng.; Li. X.; Lan, H.; Yu, L.; Yu. S.; Jin. Z. Dendrigraft poly-L-lysines delivery of DNA vaccine effectively enhances the immunogenic responses against H9N2 avian influenza virus infection in chickens. Nanomed. Nanoteclinol. Biol. Med. 2020. 27, 102209. https://doi.Org/10.1016/j.nano.2020.102209.

84. Kodama. Y.; Tokunaga, A.: Hashizume, J.: Nakagawa. H.; Harasawa, H.; Kurosaki, T.; Nakamura, T.; Nisliida. K.; Nakashima, M.; Hashida. M.: et al. Evaluation of transgene expression characteristics and DNA vaccination against melanoma metastasis of an intravenously injected ternary complex with biodegradable dendrigraft poly-L-lysine in mic. Drug Deliv. 2021, 28, 542-549. https://doi.org/10.1080/10717544.2021.1895904.

85. Ye. L.; Liu. H.; Fei. X.: Ma. D.: He. X.; Tang. Q.; Zhao. X.: Zou. H.; Chen. X.; Kong. X.; et al. Enhanced endosomal escape of dendrigraft poly-L-lysine polymers for the efficient gene therapy of breast cancer. Nano Res. 2022, 15. 1135-1144. https://doi.org/10.1007/s 12274-021 -3616-4.

86. Couturaud, B.; Bondia, A.M.; Faye. C.; Garrelly, L.; Mas. A.; Robin. J.J. Grafting of poly-L-lysine dendiigrafts onto polypropylene surface using plasma activation for ATP immobilization - Nanomaterial for potential applications in biotechnology. J. Colloid Interface Sei. 2013. 408. 242-251. https://doi.org/10.1016/jjcis.2013.06.065.

87. Ogawa. M.; Regino, C.A.S.; Marcelino. B.; Williams. M.; Kosaka. N.; Bryant-Jr., L.H.; Choyke. P.L.: Kobayaslii. H. New Nanosized Biocompatible MR Contrast Agents

Based on Lysine Dendiigiaft Macromolecules. Bioconjug. Cliem. 2010, 21. 955-960. https://doi.org/10.1021/bc9005442.

88. Fioretti. F.; Mendoza-Palomares, C.; Helms. M.; Alain. D.A.; Richert, L.; Amtz. Y.; Rinckenbach, S.; Gamier, F.; Haikel, Y.; Gangloff. S.C.; et al. Nanostructured Assemblies for Dental Application. ACS Nano 2010. 4. 3277-3287. https://doi.org/! 0.1021/nnl 00713m.

89. Kojima. C.; Turkbey. B.; Ogawa. M.: Bernardo. M.; Regino. C.A.S.; Bryant-Jr., L.H.; Choyke. P.L.; Kono, K.; Kobayaslii. H. Dendrimer-based MRI contrast agents: Tlie effects of PEGylation on relaxivity and pharmacokinetics. Nanomedicine 2011.

7. 1001-1008. https://doi.Org/10.1016/j.nano.2011.03.007.

90. Cadiere, A.: Couturaud. B.; Boismard. J.: Cann. P.L.: Gerard. A.: Mas. A.: Faye. C.: Garrelly. L.: Roig. B. Assessment of poiy- L-lysine dendrigrafts for virus concentration in water: Use of MS2 bacteriophage as proof of concept. J. Appl. Microbiol. 2013, 115, 290-297. https://doi.org/10.1111/jam. 12209.

91. Rossi. J.C.; Maret. B.; Vidot. K.; Francoia. J.P.; Cangiotti. M.; Lucclii, S.; Coppola, C.; Ottaviani. M.F. Multi-Technique Characterization of Poly-L-Lysine Dendiigrafts-Cu(II) Complexes for Biocatalysis. Macromol. Biosci. 2015, 15. 275-290. https://doi.org/10.1002/mabi.201400341.

92. Francoia. J.P.; Pascal, R.; Vial. L. Monitoring Clinical Levels of Heparin in Human Blood Samples with an Indicator-Displacement Assay. Cliem. Commun. 2015. 51,1953-1956. https://doi.org//10.1039/c4cc08563a.

93. Ourri. B.; Francoia. J.P.; Monard. G.; Giis. J.C.: Leclaire. J.; Vial. L. Dendiigraft of Poly-L-lysine as a Promising Candidate To Reverse Hepaiin-based Anticoagulants in Clinical Setting. ACS Med. Cliem. Lett. 2019, 10. 917-922. https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.9b00090.

94. Kojima. C; Fusaoka-Nishioka. E.; Imai. T.; Nakahira. A.; Onodera. H. Dendiigiaft polylysine coated-poly(glycolic acid) fibrous scaffolds for hippocampal neurons. J. Biomed. Mater. Res. A 2016. 104. 2744-2750. https://doi.org/,10.1002/jbm.a.35807.

95. Cieslik-Boczula. K. Alpha-helix to beta-sheet transition in long-chain poly-L-lysine: Formation of alpha-helical fibrils by poly-L-lysine. Biochimie 2017. 137. 106-114. https://doi.Org/10.1016/j.biochi.2017.03.006.

96. Cieslik-Boczula. K. The PPII-to-a-helix transition of poly-l-lysine in metlianol/water solvent mixtures accompanied by fibrillar selfaggregation: An influence of fluphenazine molecules. Biophys. Chem. 2017.227.14-20. https://doi.org/'10.1016/j.bpc.2017.05.012.

97. Dzwolak. W.; Muraki. T.; Kato. M.; Taniguchi. Y. Chain-Length Dependence of a-Helix to b-Sheet Transition in Polylysme: Model of Protein Aggregation Studied by Temperature-Tuned FTIR Spectroscopy. Biopolymers 2004, 73, 463-469. https://d0i.0rg/l 0.1002/bip. 10582.

98. Shavykin. O.; Miklitaniuk. S.; Fatullaev, E.; Neelov, I.: Leermakers. F.; Brito. M.: Holm C.; Borisov. O.; Daiinskii. A. Hybrid Molecules Consisting of Lysine Dendrons with Several Hydrophobic Tails: A SCF Study of Self-Assembling, hit. J. Mol. Sei. 2023, 24. 2078. https://doi.org/10.3390/ijms24032078.

99. Rudnick. G.; Gaspari, G. The aspherity of random walks. J. Phys. A 1986. 4. L191. https://doi.org/10.1088/0305-4470/19/4/004.

100. Klos. J.: Sommer. J. Properties of Dendrimers with Flexible Spacer-Chains: A Monte Carlo Study. Macromolecules 2009, 42, 4878-4886. https://doi.org/10.1021/ma900479y.

101. Theodorou. D.N.; Suter, U.W. Shape of unperturbed linear polymers: Polypropylene. Macromolecules 1985. 18. 1206-1214. https://doi.org/10.1021/ina00148a028.

102. Nygaard. M.: Kragelund. B.B.: Papaleo, E.: Lindorff-Larsen. K. A11 Efficient Method for Estimating the Hydrodynamic Radius of Disordered Protein Conformations. Biophys. J. 2017, 113. 550-557. https://doi.Org/10.1016/j.bpj.2017.06.042.

103. Kirkwood. J.G. The general theory of irreversible processes in solutions of macromolecules. J. Polym. Sei. Polym. Phys. Ed. 1954. 12. 1-14. https://doi.org/10.1002/pol.1954.120120102.

104. Burchard.W. Solution Properties of Branched Macromolecules. hi Advances in Polymer Science: Springer: New York. NY. USA. 1999: Volume 143. pp. 113-194. https://doi.org/10.1007/3-540-49780-3_3.

105. Kollman. P.A.; Allen. L.C. Theory of the hydrogen bond. Chem. Rev. 1972, 72, 283-303. https://doi.org/10.1021/cr60277a004.

106. Jeffrey. G.A.: Saenger, W.. Eds. Hydrogen Bonding in Biological Structures, 1st ed.: Springer: Berlin/Heidelberg, Germany, 1991; p. 569. https://doi.org/10.1007/978-3-642-85135-3.

Литература к главе 4

1. Nace. V. Nonionic Surfactants: Polyoxyalkylene Block Copolymers; CRC Press: Boca Raton. FL. USA. 1996; p. 284.

2. Alexandridis. P.; Lindman. B. Amphiphilic Block Copolymers. Self-Assembly and Applications: Elsevier: Amsterdam. The Netherlands. 2000; p. 436.

3. Hamley. I.W. Developments in Block Copolymer Science and Technology: John Wiley & Sons: Hoboken, NJ. USA. 2004: p. 367.

4. Frechet, M.; Tomalia. D. Dendrimers and Other Dendritic Polymer; Wiley: Hoboken. NJ. USA. 2001: p. 647.

5. Cheng, Y.; Tomalia. D. Dendrimer-Based Drug Delivery Systems: From Theory to Practice: Wiley: Hoboken. NJ. USA. 2012: p. 542.

6. Klajnert, В.; Peng, L.; Cena, V. Dendrimers in Biomedical Applications; RSC Publishing: Cambridge, UK. 2013: p. 204.

7. Narain, R. Polymers and Nanomaterials for Gene Therapy; Woodhead PubUshing: Cambridge, UK. 2016; p. 279.

8. Denkewalter, R.G.; Kolc. J.: Lukasavage. W.J. Macromolecular Higlily Branched Homogeneous Compound Based on Lysine Units. U.S. Patent 4289872. 15 September 1981.

9. Mirsharghi, S.: Knudsen. K.D.; Bagherifam, S.; Nystrom, В.; Boas. U. Preparation and self-assembly of amphiphilic poly lysine dendrons. New J. Chem. 2016. 40, 3597-3611. [CrossRef]

10. Bayele. H.K.; Ramaswamy. C.: Wilderspin. A.F.; Srai, K.S.; Totli, I.; Florence. A.T. Protein transduction by lipidic peptide dendrimers. J. Pharrn. Sci. 2006. 95. 1227-1237. [CrossRef] [PubMed]

11. Rosati. M.; Acocella. A.; Pizzi, A.: Turtii. G.; Neri. G.; Deniitii. N.; Nonappa: Raffaini. G.: Domiio. B.; Zerbetto. F.: et al. Azobeiizene-contaiiiiiig liiiear-dendritic block copolymers prepared by sequential ATRP and click chemistry. Macromolecules 2022.55, 2486-2496. [CrossRef]

12. Liu. X.; Monzavi. T.; Gitsov, I Controlled ATRP synthesis of novel linear-dendritic block copolymers and their directed selfassembly in breath figure arrays. Polymers 2019, 11. 539. [CrossRef]

13. Kosakowska. K.; Casey. B.; Kurtz. S.; Lawson. L.; Grayson. S. Evaluation of Amphiphilic Star/Linear-Dendritic Polymer Reverse Micelles for Transdermal Ding Delivery: Directing Carrier Properties by Tailoring Core versus Peripheral Brandling. Biomacromolecules 2018. 19. 3163-3176. [CrossRef] [PubMed]

14. Hua. C.; Peng. S.; Dong. C. Synthesis and characterization of linear-dendron-like poly(e-caprolactone)-b-poly(ethyleneoxide) copolymers via the combination of ring-opening polymerization and click chemistry. Macromolecules 2008. 41. 6686-6695. [CrossRef].

15. Del Barrio. J.; Oriol. L.; Alcalá. R.; Sánchez. C. Azobenzene-Containing linear-Dendritic diblock copolymers by click chemistry: Synthesis, characterization, morphological study, and photoinduction of optical anisotropy. Macromolecules 2009. 42. 5752-5760. [CrossRef]

16. Blasco. E.; Del Barrio. J.; Piñol, M.; Oriol. L.; Berges. C; Sánchez, C.; Alcalá, R Azobenzene-containing linear-dendritic block copolymers prepared by sequential ATRP and click chemistry. Polymer 2012. 53, 4604-4613. [CrossRef]

17. Qian. Y.: You. D.; Lin. F.: Wei. J.; Wang. Y.; Bi. Y. Enzyme triggered disassembly of ampliipliilic linear-dendritic block copolymer micelles based on poly[N-(2-hydroxyethyl-L-glutamine)]. Polym. Chem. 2019. 10. 94-105. [CrossRef]

18. Liu. X.; Gitsov, I. Nonionic ampliipliilic linear dendritic block copolymers, solvent-induced self-assembly and morphology timing. Macromolecules 2019. 52. 5563-5573. [CrossRef]

19. Wei. J.; Lin. F.; You. D.; Qian. Y.; Wang, Y.; Bi. Y. Self-assembly and enzyme responsiveness of ampliipliilic linear-dendritic block copolymers based on poly(N-

vinylpyrrolidone) and dendritic phenylalanyl-lysine dipeptides. Polymers 2019. 11. 625. [CrossRef] [PubMed]

20. Blasco. E.; Piñol, M.; Oriol, L. Responsive Linear-Dendritic Block Copolymers. Macromol. Rapid Commun. 2014. 35, 1090-1115. [CrossRef] [PubMed]

21. Van Hest. J.; Delnoye. D.; Baars. M.; Van Genderen. M.; Meijer. E. Polystyrene-dendrimer ampliiphilic block copolymers with a generation-dependent aggregation. Science 1995. 268. 1592-1595. [CrossRef] [PubMed]

22. Lin. Y.; Chang. H.; Sheng. Y.; Tsao. H. Photoresponsive polymersomes formed by amphipliilic linear-dendritic block copolymers: Generation-dependent aggregation behavior. Macromolecules 2012. 45. 7143-7156. [CrossRef]

23. Blasco. E.; Del Barrio. J.; Sánchez-Somolinos, C.; Piñol. M.; Oriol. L. Liglit induced molecular release from vesicles based on ampliiphilic linear-dendritic block copolymers. Polym. Chem. 2013. 4. 2246-2254. [CrossRef]

24. Whitton. G.; Gillies, E. Functional aqueous assemblies of linear-dendron hybrids. J. Polym. Sci. Part A Polym. Chem. 2015. 53. 148-172. [CrossRef]

25. Mongkliontreerat. S.; Walter. M.: Cai. Y.; Brismar, H.; Hult, A.; Malkoch. M. Functional porous membranes from amorphous linear dendritic polyester hybrids. Polym. Chem. 2015. 6. 2390-2395. [CrossRef]

26. Mongkliontreerat. S.; Walter. M.; Andrén. O.; Cai, Y.: Malkoch, M. Beyond State of the Art Honeycomb Membranes: High Perfor- manee Ordered Arrays from Multiprogrammable Linear-Dendritic Block Copolymers. Adv. Fiuict. Mater. 2015, 25, 4837-4843 . [CrossRef]

27. Del Barrio, J.: Oriol. L.; Sánchez. C; Serrano. J.; Di Cicco. A.; Keller. P.: Li. M. Self-assembly of linear-dendntic diblock copolymers: From nanofibers to polymersomes. J. Am. Chem. Soc. 2010. 132, 3762-3769. [CrossRef]

28. Dong, C.; Liu. G. Linear-dendritic biodegradable block copolymers: From synthesis to application in bionanotechnology. Polym. Chem. 2013.4.46-52. [CrossRef]

29. Kalva. N.: Parekli. N.; Ambade. A. Controlled micellar disassembly of photo- and pH-cleavable linear-dendritic block copolymers. Polym. Chem. 2015. 6, 6826-6835. [CrossRef]

30. Zhou. K.; Johnson, L.: Xiong. H.; Banios, S.: Minnig, J.; Yan. Y.; Abram B.; Yu. X.; Siegwart. D. Hydrophobic Domain Structure of Linear-Dendritic Polyethylene glycol) Lipids Affects RNA Delivery of Lipid Nanopaiticles. Mol. Pharm 2020, 17, 1575-1585. [CrossRef]

31. Fedeli. E.; Lancelot. A.; Dominguez. J.; Serrano. J.; Calvo. P.; Siena. T. Self-assembling hybrid linear-dendritic blockcopolymers: The design of nano-carriers for lipophilic antitumoral dnigs. Nanomaterials 2019. 9, 161. [CrossRef] [PubMed]

32. Kosakowska. K.; Casey, B.; Albeit. J.; Wang. Y.; Ashbaugli. H.; Grayson. S. Synthesis and Self-Assembly of Ampliipliilic Star/Linear-Dendritic Polymers: Effect of Core versus Peripheral Branching on Reverse Micelle Aggregation. Biomacromolecules 2018. 19. 3177-3189. [CrossRef] [PubMed]

33. Fan. X.; Zhao. Y.; Xu. W.; Li. L. Linear-dendritic block copolymer for dnig and gene delivery. Mater. Sei. Eng. C 2016. 62, 943-959. [CrossRef]

34. Andren. O.; Zhang. Y.; Lundberg, P.; Hawker, C: Nyström A.; Malkoch. M. Therapeutic Nanocaniers via Cholesterol Directed Self-Assembly of Well-Defined Linear-Dendritic Polymelie Amplnphiles. Chem. Mater. 2017.29.3891-3898. [CrossRef]

35. Najafi. F.: Salami-Kalajalii. M.; Rogliani-Mamaqani, H. Janus-type dendrimers: Synthesis, properties, and applications. J. Mol. Liq. 2021. 347. 118396. [CrossRef]

36. Lancelot. A.; Claveria-Gimeno. R; Velazquez-Campoy. A.; Abian. O.: Serrano. J.; Siena, T. Nanostmctures based on ammonium- tenninated ampliipliilic Janus dendrimers as camptothecin earners with antiviral activity. Eur. Polym. J. 2017. 90. 136-149. [CrossRef]

37. Xiao. Q.; Rivera-Martinez, N.; Raab, C; Bennudez. J.; Good. M.; Klein, M.; Percec, V. Co-assembly of liposomes. Dendrimersomes. and Polymersomes with ampliipliilic Janus dendiimers conjugated to Mono- and Tris-Nitrilotriacetic Acid (NTA. TrisNTA) enliances protein recniitment. Giant 2021, 9. 100089. [CrossRef]

38. Wagner. A.: Eto. H.; Joseph. A.: Kohyama. S.; Haraszti. T.: Zamora. R.A.: Vorobii. M.: Giamiotti. M.: Schwille. P.; Rodiiguez-Enunenegger. C. Dendiiniersome Synthetic Cells Harbor Cell Division Machinery of Bacteria. Adv. Mater. 2022. 34, 703-709. [CrossRef]

39. Potter. M.; Najer. A.; Kloekiier. A.: Zhang, S.; Hohne. M.N.; Nele. V.; Che, J.; Massi. L.; Penders. J.; Saunders, C.; et al. Controlled Dendrimersome Nanoreactor System for Localized Hypoclilorite-hiduced Killing of Bacteria. ACS Nano 2020, 14. 17333-17353. [CrossRef]

40. Tone, P.; Xiao. Q.; Buzzacchera, I.; Shennan. S.; Rahimi. K.; Kostina. N.; Rodriguez-Emmenegger. C.; Möller. M; Wilson, C.; Klein. M.; et al. Encapsulation of hydrophobic components in dendiimersomes and decoration of then surface with proteins and nucleic acids. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 2019, 116, 15378-15385. [CrossRef]

41. Xiao. Q.; Rubien. J.: Wang. Z.; Reed. E.; Hammer. D.; Sahoo, D.; Heiney. P.; Yadavalli. S.; Goulian. M.: Wilner, S.; et al. Self-Soiting and Co-Assembly of Fluorinated. Hydrogenated. and Hybrid Janus Dendrimers into Dendiimersomes. J. Am. Chem. Soc. 2016. 138, 12655-12663. [CrossRef]

42. Wang. L.; Shi. C.; Wang. X.; Guo. D.; Drnican. T.M.; Luo. J. Zwitterionic Janus Dendiimer with Distinct Functional Disparity for Enhanced Protein Delivery. Biomaterials 2019. 215, 119233. [CrossRef]

43. Israelachvili. J.N.; Mitchell. D.J.; Ninliam B.W. Theory of Self-Assembly of Hydrocarbon Ampliipliiles into Micelles and Bilayers. Soc. Faraday Trans. 2 1976. 72. 1525-1568. [CrossRef]

44. Nagarajan. R.: Ganesh. K. Block copolymer selfassembly in selective solvents: Spherical micelles with segregated cores. J. Chem. Phys. 1989,90. 5843-5856. [CrossRef]

45. Nagarajan. R. Molecular Packing Parameter and Surfactant Self-Assembly: The Neglected Role of the Surfactant Tail. Langmuir 2002, 18. 31-38. [CrossRef]

46. Lebedeva. I.O.; Zhulina. E.B.; Borisov, O.V. Theory of Linear-Dendritic Block Copolymer Micelles. ACS Macro Lett. 2018, 7. 42-46. [CrossRef]

47. Zhang, Q.: Lin. J.: Wang. L.; Xu. Z. Theoretical modeling and simulations of self-assembly of copolymers in solution. Prog. Polym. Sei. 2017. 75. 1-30. [CrossRef]

48. Morris. K.F.: Billiot. E.J.; Billiot. F.H.; Lipkowitz. K.B.; Southerland. W.M.; Fan. Y. A Molecular Dynamics Simulation Study of Two Dipeptide Based Molecular Micelles: Effect of Amino Acid Order. Open J. Phys. Chem. 2013, 3. 20-29. [CrossRef]

49. Colherinhas. G.; Fileti. E. Molecular Dynamics Study of Surfactant-Like Peptide Based Nanostructures. J. Phys. Chem. B 2014, 118. 12215-12222. [CrossRef] [PubMed]

50. Tan. H.; Wang. W.; Yu. C; Zhou. Y.; Lu. Z.; Yan. D. Dissipative Pailicle Dynamics Simulation Study on Self-Assembly of Amphipliilic Hyperbranched Multiann Copolymers with Different Degrees of Brandling. Soft Matter 2015. 11. 8460-8470. [CrossRef]

51. Yu. C; Ma. L.; Li, K.; Li. S.; Liu, Y.; Liu. L.; Zhou. Y.; Yan. D. Computer Shnulation Studies on the pH-Responsive Self-assembly of Ampliipliilic Carboxy-Temiinated Polyester Dendiimers in Aqueous Solution. Langmuir 2017, 33, 388-399. [CrossRef] [PubMed]

52. Tan. H.; Yu. C.; Lu. Z.; Zliou. Y.; Yan. D. A dissipative particle dynamics simulation study on phase diagrams for the self-assembly of ampliipliilic hyperbranched multiann copolymers in various solvents. Soft Matter 2017, 13. 6178-6188. [CrossRef]

53. Gruen, D.W. A statistical mechanical model of the lipid bilayer above its phase transition. Biochim. Et Biophys. Acta 1980. 595. 161-183. [CrossRef]

54. Gruen, D.W. The packing of amphiphile chains in a small spherical micelle. J. Colloid Inferface Sei. 1981. 84. 281-283. [CrossRef]

55. Ben-Shaul. A.; Szleifer. I.: Gelbart. W.M. Cham organization and theniiodynamics in micelles and bilayers. I. Theory. J. Chem. Phys. 1985, 83. 3597-3611. [CrossRef]

56. Szleifer. I.; Ben-Shaul, A.; Gelbart. W.M. Chain organization and theniiodynamics in micelles and bilayers. II. Model calculations. J. Chem. Phys. 1985. 83. 3612-3620. [CrossRef]

57. Szleifer. I.; Ben-Shaul. A.; Gelbart W.M. Statistical themiodynamics of molecular organization in mixed micelles and bilayers. J. Chem. Phys. 1987, 86. 7094-7109. [CrossRef]

58. Leennakers. F.; Lyklema. J. On the self-consistent field theory of surfactant micelles. Colloids Surfaces 1992. 67, 239-255. [CrossRef]

59. Meijer. L.; Leennakers. F.; Nelson. A. Modelling of the electrolyte ion-phospholipid layer interaction. Langmuir 1994. 10. 1199-1206. [CrossRef]

60. Shusharina. N.P.; Linse, P.; Khokhlov, A.R. Lattice Mean-Field Modeling of Charged Polymeric Micelles. Macromolecules 2000, 33. 8488-8496. [CrossRef]

61. Al-Anber, Z.A.; Avalos, J.B.; Mackie. A.D. Prediction of the critical micelle concentration in a lattice model for ampliipliiles using a single-chain mean-field theory. J. Chem. Phys. 2005. 122. 104910. [CrossRef]

62. Dafirl, A.G.: Baulin. V.A.; Avalos. J.B.: Mackie. A.D. Accurate Critical Micelle Concentrations from a Microscopic Surfactant Model. J. Phys. Chem. B 2011.115. 3434-3443. [CrossRef]

63. Muller, M.; Sclimid, F. Incorporating Fluctuations and Dynamics in Self-consistent Field Theories for Polymer Blends. Adv. Polym. Sci. 2005. 185. 1-58. [CrossRef]

64. Zhang. L.; Sevink. A.; Schmid. F. Hybrid Lattice Boltzmann/Dynamic Self-Consistent Field Simulations of Microphase Separation and Vesicle Formation in Block Copolymer Systems. Macromolecules 2011. 44. 9434-9447. [CrossRef]

65. Shavykin. O.V.: Leeimakers. F.A.; Neelov, I.M.: Darinskii. A.A. Self-Assembly of Lysine-Based Dendritic Surfactants Modeled by the Self-Consistent Field Approach. Langmuir 2018. 34. 1613-1626. [CrossRef]

66. Shavykin. O.V.: Neelov. I.M.: Borisov. O.V.; Darinskii. A.A.: Leemiakers. F.A.M. SCF Theory of Uniformly Charged Dendrimers: Impact of Asymmetry of Brandling, Generation Number, and Salt Concentration. Macromolecules 2020, 53. 7298-7311. [CrossRef]

67. Okrugin. B.M.; Richter. R.P.; Leemiakers, F.A.M.: Neelov. I.M.: Borisov. O.V.; Zhulina. E.B. Structure and properties of poly disperse poly electrolyte brushes studied by self-consistent field theory. Soft Matter. 2018. 14, 6230-6242. [CrossRef]

68. Lebedeva. I.O.; Shavykin. O.V.; Neelov. I.M.: Zhulina. E.B.: Leemiakers. F.A.M.; Borisov, O.V. Non-linear elasticity effects and stratification in brushes of branched poly electrolytes. J. Chem. Phys. 2019, 151, 214902. [CrossRef]

69. Shavykin. O.: Mikhailov. I.; Darinskii. A.; Neelov. I.; Leemiakers. F. Effect of an asymmetry of brandling on structural char acteristics of dendrimers revealed by Brownian dynamics simulations. Polymer 2018. 146. 256-266. [CrossRef]

70. Moorefield. C.N.: Newkome. G.R. Unimolecular micelles: Supramolecular use of dendritic constructs to create versatile molecular containers. C. R. Chim. 2003. 6. 715-724. [CrossRef]

71. Cao. W.: Zliu. L. Synthesis and Unimolecular Micelles of Ampliipliilic Dendrimer-like Star Polymer with Various Functional Surface Groups. Macromolecules 2011. 44. 1500-1512. [CrossRef]

72. De Gennes. P.; Hervet, H. Statistics of starburst polymers. J. Phys. Lett. 1983, 44. 351-360. [CrossRef]

73. Lescanec. R.; Muthukumar. M. Density profiles of simulated comburst molecules. Macromolecules 1991. 24. 4892-4897. [CrossRef]

74. Boris, D.; Rubinstein. M. A Self-Consistent Mean Field Model of a Starburst Dendrimer: Dense Core vs Dense Shell. Macromolecules 1996. 29, 7251-7260. [CrossRef]

75. Murat. M.; Grest, G. Molecular Dynamics Study of Dendrimer Molecules in Solvents of Varying Quality. Macromolecules 1996. 29. 1278-1285. [CrossRef]

76. Neelov, I.; Falkovich. S.; Markelov, D.; Paci. E.; Darinskii. A.; Tenliu. H. Molecular Dynamics of Lysine Dendrimers. Computer Simulation and NMR. hi Dendrimers in Biomedical Applications: Royal Society of Chemistry: Cambridge, UK. 2013; pp. 99-114. [CrossRef]

77. Okrugin. B.; Neelov, I.; Borisov. O.; Leennakers. F. Stmcture of asymmetrical peptide dendrimers: Insights given by self-consistent field theory. Polymer 2017. 125. 292-302. [CrossRef]

78. Sommerfeld. N.; Hejl. M.; Klose. M.; Schreiber-Brynzak. E.: Bileck. A.; Meier. S.; Gemer. C.; Jakupec. M.; Galanski. M.: Keppler. B. Low-Generation Polyamidoamine Dendiimers as Dnig Carriers for Platinum(IV) Complexes. Eur. J. hiorg. Chem. 2017, 2017. 1713-1720. [CrossRef]

79. Shall. N.: Steptoe. R.: Parekli. H. Low-generation asymmetric dendiimers exhibit minimal toxicity and effectively complex DNA. J. Pept. Sci. 2011, 17, 470—478. [CrossRef]

80. Gorzkiewicz, M.; Konopka, M.; Janaszewska. A.; Taraseiiko. I.; Sheveleva. N.; Gajek. A.; Neelov. I.; Klajnert-Maculewicz, B. Application of new lysine-based peptide dendiimers D3K2 and D3G2 for gene delivery: Specific cytotoxicity to cancer cells and transfection in vitro. Bioorg. Chem. 2020. 95. 103504. [CrossRef] [PubMed]

81. Gorzkiewicz. M.; Kopec. O.; Janaszewska. A.; Konopka. M.; Pedziwiatr-Werbicka. E.; Tarasenko. I.; Bezrodnyi. V.; Neelov. I.; Klajnert-Maculewicz. B. Poly (lysine) Dendrimers Form Complexes with siRNA and Provide Its Efficient Uptake by Myeloid Cells: Model Studies for Therapeutic Nucleic Acid Delivery, hit. J. Mol. Sci. 2020. 21. 3138. [CrossRef] [PubMed]

82. Shi. X.; Lesniak. W.; Islam M.; MuNiz. M.; Balogli. L.: Baker. J. Comprehensive characterization of siuface-functionalized poly(amidoamine) dendiimers with acetamide, hydroxyl. and carboxyl groups. Colloids Surfaces A Physicochem. Eng. Asp. 2006. 272, 139-150. [CrossRef]

83. Trinchi, A.; Muster, T. A Review of Surface Functionalized Amine Terminated Dendiimers for Application in Biological and Molecular Sensing. Supramol. Chem. 2007, 19. 431-445. [CrossRef]

84. Caminade. A.: Turrin. C. Dendiimers for ding delivery. J. Mater. Chem. B 2014, 2. 4055-4066. [CrossRef]

85. Sheveleva. N.: Markelov. D.; Vovk. M.: Mikliailova. M.; Tarasenko. I.; Neelov. I.: Lalideranta. E. NMR studies of excluded volmne interactions in peptide dendiimers. Sci. Rep. 2018. 8. 8916. [CrossRef]

86. Sheveleva. N.; Markelov. D.; Vovk. M.; Taiasenko. I.; Mikliailova. M.: Ilyash. M.: Neelov, I.; Lalideranta, E. Stable Deuterium Labeling of Histidine-Rich Lysine-Based Dendiimers. Molecules 2019. 24. 2481. [CrossRef]

87. Sheveleva. N.; Markelov, D.; Vovk, M.; Mikliailova. M.; Tarasenko. I.; Tolstoy, P.; Neelov. I.; Lalideranta, E. Lysine-based dendiimer with double arginine residues. RSC Adv. 2019. 9. 18018-18026. [CrossRef]

88. Yang, H.; Lopina. S. Penicillin V-conjugated PEG-PAMAM star polymers. J. Biomater. Sci. Polym. Ed. 2003. 14, 1043-1056. [CrossRef]

89. Luong, D.; Kesharwani. P.; Deshmukh. R.; Molid Amin. M.; Gupta. U.: Greish, K.; Iyer. A. PEGylated РАМАМ dendiimers: Enhancing efficacy and mitigating toxicity for effective anticancer drug and gene delivery. Acta Biomater. 2016. 43, 14-29. [CrossRef]

90. Suek, N.; Lamm. M. Computer Simulation of Architectural and Molecular Weight Effects on the Assembly of Ampliiphilic Linear-Dendritic Block Copolymers in Solution. Langmuir 2008. 24. 3030-3036. [CrossRef] [PubMed]

91. Márquez-Miranda, V.; Araya-Durán. I.; С amara da. M.; Comer. J.; Valencia-Gallegos, J.; González-Nilo. F. Self-Assembly of Ampliipliilic Dendiimers: The Role of Generation and Alkyl Chain Length in siRNA Interaction. Sci. Rep. 2016. 6. 29436. [CrossRef] [PubMed]

92. Wunn. F.; Frey. H. Linear-dendritic block copolymers: The state of the ait and exciting perspectives. Prog. Polym. Sci. 2011. 36. 1-52. [CrossRef]

93. Pera. H.; Kleijn, J.; Leennakers, F. Linking lipid architecture to bilayer structure and mechanics using self-consistent field modelling. J. Chem. Phys. 2014. 140. 065102. [CrossRef] [PubMed]

94. Tanford, C. The Hydrophobic Effect: Formation of Micelles and Biological Membranes. 2nd ed.; Wiley: New York. NY. USA. 1980.

95. Gowdy. J.; Batchelor, M.; Neelov, I.: Paci. E. Non-Exponential Kinetics of Loop Formation in Proteins and Peptides: A Signature of Rugged Free Energy Landscapes? J. Phys. Chem. В 2017. 121. 9518-9525. [CrossRef]

96. Darinskii. A.; Gotlib. Y.; Lyulin, A.; Neelov. I. Computer simulation of local dynamics of polymer chain in the orienting field of the LC type. Vysok. Soedin. Seriya A 1991.33. 1211-1220.

97. Shavykin. O.V.; Neelov, I.M.: Daiinskii, A.A. Is the manifestation of the local dynamics in the spin-lattice NMR relaxation in dendiimers sensitive to excluded volume interactions? Phys. Chem. Chem. Phys. 2016. 18. 24307-24317. [CrossRef]

98. Neelov. I.: Adolf. D.; McLeish, Т.: Paci. E. Molecular dynamics simulation of dextran extension by constant force in single molecule AFM. Biophys. J. 2006.91. 3579-3588. [CrossRef]

99. Ennari, J.; Neelov. I.; Sundholm. F. Simulation of a PEO based solid polyelecttolyte, comparison of the CMM and the Ewald summation method. Polymer 2000. 41. 2149-2155. [CrossRef]

100. Okrugin. B.; Ilyash. M.; Markelov, D.; Neelov, I. Lysine dendrigraft nanocontainers. Influence of topology 5on their size and internal structure. Phaimaceutics 2018. 10, 129. [CrossRef]