Механизмы ингибирования активности белка RecA и бактериального SOS-ответа с помощью альфа-спиральных пептидов с оптимизированной последовательностью тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.02, кандидат наук Якимов Александр Павлович

• Якимов Александр Павлович
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Якимов Александр Павлович

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1 Методы рационального конструирования альфа-спиралей

1.1.1 Теоретические модели для описания переходов спираль клубок в пептидах

1.1.2 Модель Зимма-Брэгга

1.1.3 Модель Лифсона-Роига

1.1.4 Модель AGADIR

1.1.5 Конструирование биологически активных молекул

1.1.6 Факторы, влияющие на конформационную стабильность a-спиралей в коротких пептидах

1.1.7 Химические способы стабилизации a-спиральных структур

1.2 Белок RecA и регуляция его активности

1.3 SOS-ответ у бактерий и его роль в их адаптации к антибиотикам

Глава 2. Метод SeqOPT

2.1 Научное обоснование проблемы

2.2 Программная реализация метода SeqOPT

Глава 3. Исследования ингибитора белка RecA

3.1 Молекулярное моделирование ингибитора белка RecA

3.2 Изучение влияния пептида 4E1 in vitro

3.2.1 Подтверждение свойств пептида 4E1 методом КД

3.2.2 Влияние пептида 4E1 на АТФазную активность белка RecA

3.2.3 Исследование механизма действия пептида 4E1 одномолекулярными методами

3.2.4 Изучение влияния пептида 4E1 на белок RecA в реакции обмена нитей ДНК

3.3 Изучение влияния пептида 4E1 in vivo

Стр.

3.3.1 Изучение влияния пептида 4E1 на выживаемости

бактерий под действием УФ излучения

3.3.2 Измерение величины SOS-ответа при воздействии пептидом 4E1

Заключение

Список сокращений и условных обозначений

Список литературы

Список рисунков

Список таблиц

Приложение А

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы ингибирования активности белка RecA и бактериального SOS-ответа с помощью альфа-спиральных пептидов с оптимизированной последовательностью»

Введение

Широкое введение антибиотиков в 1940-х годах трансформировало медицину, обеспечив эффективные методы лечения наиболее распространённых заболеваний того времени. В последние десятилетия, антибиотики теряли свою активность в отношении некоторых видов патогенных бактерий. Таким образом, требуется найти альтернативную стратегию, чтобы блокировать развитие лекарственно-устойчивых штаммов бактерий и продлить эффективность известных и разрабатываемых антибиотиков. Основные классы современных антибиотиков влияют на очень ограниченное количество белков, участвующих в ключевых клеточных процессах, таких как биосинтез белков и компонентов клеточных мембран, репликации и репарации ДНК. Известно, что бактериальные клетки, адаптируются к воздействию антибиотиков через активацию клеточного механизма реакции SOS-ответа и связано с повышенным мутагенезом и реструктуризацией бактериального генома. Традиционные стратегии, применяемые в настоящее время, как правило, включают химическую модификацию антибиотиков, которая прошла уже три или четыре цикла.

Во многих пептидах и глобулярных белках одним из основных элементов вторичной структуры являются a-спирали. Повышенная конформационная стабильность отдельных a-спиралей во многих случаях является одной из основных особенностей в строении белков из термофильных микроорганизмов. Также a-спирали часто встречаются в структурах белок-белковых интерфейсов, кроме того многие контакты с липидами клеточных мембран, а также с нуклеиновыми кислотами организованы с участием a-спиралей. Именно поэтому в последнее время, при конструировании обладающих высокой специфичностью и активностью ингибиторов белок-белковых и белок-нуклеиновых взаимодействий (в том числе для медицинских применений), обращают пристальное внимание на высокостабильные a-спиральные пептиды.

Актуальность заявленной проблемы определяется тем, что белок RecA является одним из ключевых факторов в процессах жизнедеятельности живой клетки. Они участвуют в важнейших процессах рекомбинационной репарации ДНК, регуляции транскрипции генов SOS оперона, поддержании стабильности генома, биогенезе белков, делении клеток и многих других процессах. В силу того, что уровень понимания функциональных механизмов рекомбиназ и роли

основных регуляторных белков в бактериальных системах далек от желаемого, получение новых фундаментальных данных о механизмах их действия и определяет научную значимость решения этих проблем.

Понимание этих механизмов позволит не только расширить наши фундаментальные знания в области молекулярной и клеточной биологии, но и поможет в разработке новых антибактериальных препаратов, препятствующих возникновению устойчивости бактерий к антибиотикам, что на данный момент является одной из ключевых задач современной медицины и фармацевтики.

Целью данной работы является исследование механизмов ингибирования активности белка RecA и бактериального SOS-ответа с помощью а- спиральных пептидов с оптимизированной последовательностью.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1. Разработать высокоэффективный вычислительный метод для оптимизации аминокислотных последовательностей а-спиралей с использованием современных методов параллельных вычислений.

2. На основе имеющихся структурных данных о природных ингибиторах белка RecA методом SEQOPT сконструировать пептид-ингибитор активности белка RecA.

3. Экспериментально исследовать эффективность действия сконструированного пептида-ингибитора активности белка RecA биофизическими и микробиологическими методами в условиях in vitro и in vivo.

Научная новизна:

1. Разработан метод конструирования высокостабильных а-спиральных пептидов SEQOPT.

2. Впервые создан а-спиральный пептид-ингибитор способный блокировать активность белка RecA и SOS-ответ у бактерий.

Практическая значимость заключается в

1. Создании метода SEQOPT позволяющего рассчитывать высокостабильные а-спиральные пептиды,

2. Создании пептида-ингибитора активности белка RecA и SOS-ответа у бактерий, что открывает новые возможность по созданию нового поколения антибиотиков к которым у бактерий не возникнет резистентности.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Вычислительный метод SEQOPT позволяет получать оптимизированные последовательности коротких a-спиральных пептидов, состоящих только из 20 природных аминокислот и обладающих одновременно как высокой биологической активностью, так и достаточной для этого конформационной стабильностью и растворимостью при заданных температуре, pH и ионной силе раствора.

2. На основе фрагмента белка RecX (природного ингибитора белка RecA) с помощью метода SEQOPT разработан a-спиральный пептид 4E1 обладающий высокой конформационной стабильностью и ингибиторной активностью.

3. Экспериментально оказано, что в присутствии пептида 4E1 in vitro активность белка RecA, центрального элемента системы гомологической рекомбинации у бактерий, полностью ингибируется.

4. Экспериментально показано, что ингибирование in vitro активности RecA пептидом 4E1 происходит по механизму разборки филамента RecA.

5. Экспериментально показано, что пептид 4E1 снижает уровень SOS-ответа у бактерий in vivo до базального уровня.

Достоверность полученных результатов обеспечивается высоким методическим и научным уровнем, подтвержденных квалифицированно проведёнными экспериментами, применяемые методы адекватны поставленной задаче.

Публикации. Основные результаты по теме диссертации изложены в 13 публикациях, из которых 8 — в тезисах докладов.

Апробация работы. Основные результаты работы докладывались на 38 и 41 международном конгрессе Федерации Европейского Биохимического Общества FEBS (Санкт-Петербург, Россия, июнь 2013; Эфес, Турция, сентябрь 2016), XXI Российском национальном конгрессе "Человек и лекарство"(Москва, Россия, апрель 2014), 20 международном симпозиуме "EuroQSAR, Понимание Химико-Биологических Взаимодействий"(Санкт-Петербург, Россия, сентябрь 2014), 11 международной конференции по стабильности белков (Стамбул, Турция, май 2016), симпозиуме по системной биологии и биоинформатике SBBI'2016 (Санкт-Петербург, Россия, июнь 2016), международной конференции по Молекулярному моделированию в материаловедении и биологии MSSMBS-2017 (Санкт-Петербург, Россия, сентябрь 2017), международной конференции "Буду-

щее биомедицины 2017"(Владивосток, Россия, сентябрь 2017), а также получено Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ и патент РФ.

Личный вклад. Автор принимал активное участие в проведении компьютерного моделирования, разработке алгоритма SeqOPT, проведении биофизических экспериментов, в обработке, анализе и интерпретации полученных результатов, а также в подготовке докладов и публикаций.

Объем и структура работы. Диссертация состоит из введения, трёх глав, заключения и двух приложений. Полный объём диссертации составляет 96 страниц, включая 27 рисунков и 4 таблицы. Список литературы содержит 116 наименований.

Глава 1. Обзор литературы 1.1 Методы рационального конструирования альфа-спиралей

1.1.1 Теоретические модели для описания переходов спираль клубок в

пептидах

Многочисленные исследования а-спиральных пептидов и накопленные на последние несколько десятилетий экспериментальные данные, не только позволили лучше понимать механизмы сворачивания белка в биологически активную нативную конформацию, но также представляют значительный интерес в их практическом применении в разработках новых лекарственных препаратов для лечения заболеваний, связанных с нарушениями межбелковых взаимодействий в организме человека [1—3]. Большой массив экспериментальных данных по переходу в нативную конформацию и стабильности а-спиралей в мономерных пептидах был собран в течение 1990-х годов [4—6]. Согласно этим данным, как правило, последовательности белковых а-спиралей не оптимизированы для обеспечения высокой конформационной стабильности. В природных условиях, это может быть одним из способов предотвращения накопления ошибочных интермедиатов в процессе сворачивания глобулярных белков. Таким образом, конструирование коротких а-спиральных пептидов с достаточной конформаци-онной стабильностью при заданных условиях (температура, рН и ионная сила раствора) по-прежнему остается практически важной и значимой научной проблемой белковой инженерии [7].

Значительный объем экспериментальных данных был накоплен и по физическим взаимодействиям, влияющим на стабильность а-спиралей в белках и мономерных пептидах. Эти взаимодействия включают так называемые «структурные склонности» аминокислот и их зависимость от положения внутри а-спирали, взаимодействия между боковыми цепями аминокислотных остатков, взаимодействия заряженных групп с макродиполем а-спирали, а также с различными вариантами взаимодействия N и С-концевых остатков со свободными ^Н

и С=0 группами первого и последнего витка а-спирали (так называемый N и С-сарр^, см. 1.1) [8—13].

Солевой мостик

Рисунок 1.1 — Структура и факторы, влияющие на конформационную стабильность а-спиралей в белках и мономерных пептидах

1.1.2 Модель Зимма-Брэгга

Переход между неструктурированным состоянием и состоянием а-спирали является одним из важных этапов в процессе сворачивания полипептидных цепей в функциональные белки. В процессе наблюдений кооперативных переходов спиралей в неструктурированные глобулы в полипептидах было разработано семейство простых статистико-механических моделей для описания переходов спираль-клубок. Все эти модели в своей основе то, что полипептидные цепи представлены в виде одномерных последовательностей связанных аминокислотных остатков, где каждый из отдельных остатков может существовать только в одном из двух возможных состояний: спиральном или неструктурированном. Такое простое представление позволяет рассчитать функции распределения и, следовательно, термодинамические параметры для перехода спираль-клубок в

терминах очень небольшого числа параметров, которые можно получить из экспериментальных данных. С открытием аланин богатых олигопептидов, в качестве моделей а-спиралей в белках, переходы спираль-клубок стали интенсивно изучаться и статистическо-механические модели переходов спираль-клубок были расширены, чтобы включить дополнительные взаимодействия.

Модели Зимма-Брэгга и Лифсона-Роига являются лишь первыми двумя в серии аналогичных методов основанных на применении матричного подхода в науке о полимерах, которые также применимы к нуклеиновым кислотам и разветвленным полимерам.

Модель Зимма-Брэгга можно описать с помощью следующих правил, определяющих статистический вес (также см. таблицу 1) [14]

1. 1 для каждого неструктурированного элемента (С)

2. s для каждого элемента находящегося в спиральном состоянии, следующего за спиральным элементом (Н)

3. а в для каждого спирального элемента, следующего за одним или N неструктурированными элементами

4. 0 для каждого спирального элемента, который следует за меньшим чем N неструктурированными элементами

Таблица 1 — Параметры модели Зимма-Брэгга

Димерная последовательность Статистический вес

...СС... 1

...СН... ав

...НС... ав

...НН... ав2

...НСН... а2 в2

...ННН... ав3

Функция разбиения О в теории Зимма-Брэгга выражается как

N—4 тт(к,Ы—к—4)

$ = Е Е 3 а вк

к=1 3=1

где - общее количество способов получения к спиральных сегментов в j различных а-спиральных блоков. Однако, спиральный блок состоит из

последовательных спиральных остатков, а N-4 является максимальным числом а-спиральных водородных связей в полипептидной цепи длиной N. В теории Зимма-Брэгга процессом зарождения является формирование первого а-спирального остатка (первая нативная водородная связь) между неструктурированными блоками и ее константой равновесия являющейся произведением параметра нуклеации на параметр распространения. Процесс размножения, с другой стороны, это образование спиральных остатков, которые являются соседяи из существующих спиральных остатков.

Как только О вычислено, спиральность или отношение количества спиральных остатков в N-4 остатках, 6 среднее значение количество а-спиральных блоков, можно получить как

6 = 1 ЫпЯ

= N - 4 Ыиа

Очевидным ограничением модели Зимма-Брэгга является ограничение модели гомополимером. Предполагается, что стабилизация спирали возникает только из-за амидных водородных связей и считается одинаковой независимо от природы конкретной аминокислоты. Любые специфические электростатические и гидрофобные взаимодействия или эффекты сольватации, которые могут возникнуть в результате гетерополимерной последовательности, игнорируются или, строго говоря, неявно учитываются в параметрах модели. В модели Зимма-Брэгга дальнодействующие взаимодействия учитываются гораздо проще, по существу, следуя правилу 4, который ограничивает а -остатки до того, как первая водородная связь не будет определена, в противном случае взаимодействия не зависят от длины спирального участка.

1.1.3 Модель Лифсона-Роига

Модель Лифсона-Роига представляет собой уточнение модели Зимма-Брэгга, которая признает, что полипептидная а-спираль стабилизируется водородной связью только после того, как три последовательных остатка приняли спиральную конформацию. Для рассмотрения трех последовательных остатков, каждый из которых имеет два состояния (спираль и неупорядоченный), модель Лифсона-Роига использует матрицу переноса 4x4 вместо матрицы переноса 2x2

модели Зимма-Брэгга, которая рассматривает только два последовательных остатка. Однако простой характер состояния белка позволяет свести его к матрице 3x3 для большинства приложений.

Матричный подход особенно элегантен для гомополимеров, поскольку статистическая механика может быть решена точно с помощью простого анализа собственных векторов.

Таблица 2 -- Параметры модели Лифсона-Роига

M hh to Л сс

hh w v 0 0

hc 0 0 л/nc с

ch v v 0 0

сс 0 0 n 1

Модель Лифсона-Роига характеризуется тремя параметрами: статистическим весом для зарождения спирали, весом для распространения спирали и весом для образования водородной связи, которая предоставляется только в том случае, если три последовательных остатка находятся в спиральном состоянии. Веса назначаются в каждом положении в полимере в зависимости от конформации остатка в этом положении и в зависимости от его двух соседей. Статистиче-

л уу уу

ский вес 1 присваивается эталонному состоянию неупорядоченного участка, соседями которого являются неупорядоченные, а блок"зарождения "определяется (несколько произвольно) как две последовательные спиральные единицы, соседствующие с неупорядоченными. Основная модификация оригинальной модели Лифсона-Роига вводит "сарр^"параметры для концов спирали, в которых N - и C-концевые "сарр^"веса могут изменяться независимо. Корреляционная матрица для этой модификации может быть представлена в виде матрицы M, отражающей статистические веса состояния спирали h и неупорядоченного состояния с. Модель Лифсона-Роига может быть решена методом передаточной матрицы с использованием передаточной матрицы M (см. таблицу 2), где w-статистический вес для распространения спирали, v-для инициирования, n-для N-концевого и с-для C-концевого "capping". (В традиционной модели n и с равны 1.)

Функция разбиения для равновесия перехода спираль-клубок определяется как

/N+1 \

Z = V Ц М (г) V

где V это вектор V = [0001], ориентированный по направлению от первого к последнему остатку спирали в полимере.

Эта стратегия параметризации переходов спираль-клубок была первоначально разработана для а-спиралей, водородные связи которых возникают между остатками i и i+4; однако легко расширить модель и до 310 спиралей и п-спиралей, с моделями водородных связей i+3 и i+5 соответственно. Полная матрица для а/310/п включает веса для переходов между типами спирали, а также между состояниями спирали и неупорядоченным. Однако, поскольку 310 спирали являются гораздо более распространенными в третичных структурах белков, чем п спирали, расширение модели Лифсона-Роига для размещения 310 спиралей - в результате чего матрица 9x9 при включении "сарр^"нашла больший диапазон применения[15].

1.1.4 Модель AGADIR

Короткие пептиды не обладают единой стабильной конформацией в типичных условиях окружающей среды.

Объяснение спирального поведения аминокислотных последовательностей в растворе может быть одним из первых шагов в решении проблемы сворачивания белка. Информация о конформационном поведении спиральных пептидов в растворе, а также стабильности а-спиралей в белках, была использована для создания базы данных с энергетическим вкладом для различных взаимодействий, принимающих участие в образовании а-спирали: внутренние спиральные склонности, взаимодействия от одной боковой цепи к другой боковой цепи, водородные связи и эффекты capping. Эта база данных была реализована в алгоритме на основе теория переходов спираль-клубок (AGADIR).

Модель AGADIR создана на основе модели переходов спираль-клубок Лифсона-Роига. Первоначальная модель AGADIR включала параметры спиральной склонности, исключая водородные связи в основной цепи (относящиеся к конформационной энтропии), энтальпию водородных связей в основной цепи, взаимодействия боковых цепей и термы для весовых коэффициентов на конце спиральных последовательностей. Использовалось приближение для одной последовательности. Исходная функция разбиения предполагала, что нескольких спиральных конформаций не существует, так как все конформации, в которых интересующий остаток не является частью спирали, исключены [6; 8].

Модель AGADIR, по сравнению с классическими моделями переходов спираль-клубок имеет следующие приемущества:

1. основной конформационной единицей является аминокислотный остаток с центром на атоме Са, а не пептидная связь. Это также связано с двумя основными параметрами для описания перехода спираль-клубок в AGADIR, которые представляют собой энтропийный вклад фиксации остатка по углам ф, ф (hn = e-AGint/RT) и энтальпийного вклада промежуточных аминокислотных остатков в формирование а-спирали (h =

e H Bond/RT )

2. конформация спирали ограничена N- и C-концами, а не конформацион-ными единицами в состоянии случайного клубка.

3. минимальная длина спирали составляет четыре остатка в углах спирали (пять пептидных связей) и два конца.

4. кооперативность спираль-клубок моделируется, предполагая, что первые четыре остатка в спиральной конформации не имеют энтальпийного вклада средних остатков по сравнению с моделями Зимма-Брэгга и Лифсона-Роига, в которых уже третий остаток его имеет благодаря водородной связи i, i+ 4

Указанные выше различия предназначены для описания образования а-спирали в соответствии с современными представлениями о стабильности а-спиралей [16].

В дальнейшем была разработана усовершенствованная модель AGADIRls, которая учитывает вклады свободной энергии от всех возможных сегментов в рассматриваемом пептиде следующим образом: разность свободной энергии между случайным витком и спиральным состоянием для данного сегмента (AGhelical-.segment) рассчитывается следующим образом:

AG helical—segment AGint + AGhb + AGsc + AG el + AGnonH + AG macrodipol

где AGint - суммирование собственных склонностей всех остатки в данном сегменте спирали, включая наблюдаемые позиционные зависимостями [11—13]; AGhb - сумма основной цепи: основная цепь энтальпийные вклады, которые включают образование i, i + 4 водородных связей; AGsc суммирует чистые вклады с учетом к тенденции образования случайной глобулы, всех боковых цепей: взаимодействия боковой цепи расположенных в положениях i, i + 3 и i, i + 4 в спиральной области; AGel включает все электростатические взаимодействия между двумя заряженными остатками внутри и снаружи спирального сегмента; AGnonH представляет собой сумму всех вкладов в устойчивость спирали данного сегмента от остатков которые не имеют спиральной конформации; и AGmacrodipole представляет взаимодействие заряженных групп со спиральным макродиполем. Все вклады в свободную энергию включая их зависимости от температуры, рН, и ионной силы, как описано в [9].

Электростатические взаимодействия в модели AGADIR рассчитываются согласно уравнению Кулона. Дипольные взаимодействия спиралей представляются электростатическими взаимодействиями между спиральным диполем или свободными N- и С-концами и группами в спирали. Также включены параметры для расчета взаимодействия диполя спирали с заряженными группами, расположенными вне спирального сегмента. В расчетах зависимости pH используется

разные наборы параметров для заряженных и незаряженных боковых цепей и их значения pKa [6].

В модели AGADIR содержание спиральной конформации (HC) рассматриваемого пептида рассчитывается как

\ Л e AGhelical-segment/RT

HC = ^

1 -+— ^ ^ e helical-segment/ RT

где сумма включает все возможные а-спиральные отрезки. К первоначальному набору энергетических параметров AGADIRls [10], впоследствии также добавлено несколько модификаций набора параметров [11; 17] и метод получи наименование AGADIR1s-2. В настоящее время AGADIR является единственной моделью, которая может дать прогноз содержания а-спирали для любой пептидной последовательности, что делает ее очень полезной. AGADIR также может прогнозировать химические сдвиги ЯМР и константы спин-спинового взаимодействия.

1.1.5 Конструирование биологически активных молекул

Стабилизация а-спиралей неоднократно использовалась при разработке важных для биотехнологической промышленности ферментов, надежно работающих при необходимых в тех или иных технологических процессах температурах [18]. Находят свое применение также и различные способы повышения стабильности глобулярных белков, например используя различные молекулярные механизмы, например: изменение аминокислотного состава белков, с целью образования дополнительных водородных связей и(или) ионных пар, замены на аминокислоты обладающие повышенной склонностью к а-спиральной конфор-мации, образования дополнительных дисульфидных связей, усиления гидрофобных взаимодействий, замены в петлях на аминокислотные остатки пролина, усиление связывания с ионами металлов, усиление третичных взаимодействий и др.

Большинство методологий, направленных на стабилизацию пептидных спиралей, применяются, либо по отдельности, либо в комбинации, для разработки биологически активных миметиков белок/пептидных спиралей. Из этого следует, что стабилизированные пептидные спирали и связанные с ними искусственные имеющие спиральную конформацию олигомеры полезны и уникальны не только в качестве инструментов для изучения биологических процессов, но и, насколько это возможно, могут быть важными для клинических применений. Известные применения включают [1]:

1. разработку новых антибактериальных средств на основе миметиков защитных пептидов;

2. стабилизация спиральных пептидных эпитопов для улучшения иммуно-генных свойств вакцин;

3. использование стабильных спиралей в качестве каркасов для представления нескольких эпитопов;

4. стабилизация спиральных пептидных гормонов;

5. конструирование и оптимизация спиральных пептидов как ингибиторов межбелковых взаимодействий;

Хотя а,а-диалкилированные аминокислоты, такие как АШ, широко и успешно использовались для стабилизации биологически активных спиральных конформаций и повышения эффективности пептидов, самые последние

и перспективные разработки сосредоточены на пептидах, сшитых углеводородами, подход, который включает как а,а-диалкилированные аминокислоты и поперечные сшивки боковых цепей по углерод-углеродным связям, а также пептидомиметические спиральные олигомеры [1].

С целью предсказания ожидаемой конформационной стабильности белков для последующего конструирования их модификаций с необходимыми свойствами, было предложено некоторое количество теоретических моделей и компьютерных алгоритмов, основанных на физических и химических принципах [19—21]. Полученные в этих работах результаты показывают, что указанные методы могут стать надежным инструментом белковой инженерии и найдут широкое применение в ближайшем будущем [22].

Методы, основанные на применении расчета траекторий молекулярной динамики, являются одними из основных, широко используемых на практике вычислительных подходов для моделирования конформационной подвижности белков, изучения сворачивания их в биологически-активную конформацию и инструментом для рационального дизайна мутантных белков с измененными свойствами [23]. Основным недостатком этого подхода является высокая трудоемкость, а также вычислительные ограничения, связанные с необходимостью рассчитывать слишком продолжительные молекулярно-динамические траектории. Для того чтобы обойти эти ограничения, была разработана теоретическая модель и реализующее её программное обеспечение, которое позволяет определять стабильные и подвижные области в белках с полученной ранее пространственной структурой без МД траектории этого белка [24].

Неоднократный расчет траектории МД изучаемого белка, при идентичных условиях, позволяет определить последовательность его промежуточных состояний и структуру при термическом разворачивании [25]. Эти сведения помогают определить возможные механизмы, как ферменты начинают терять свое нативное состояние и какие их участки могут быть пригодны для дополнительной стабилизации [26]. Непрерывные усовершенствования математического обеспечения и ускорение работы компьютеров расширяют область применения МД к все более крупным белкам и все более адекватным их компьютерным моделям [22]. Помимо МД используют другие методы, основанные на современных способах перебора и оптимизации энергии конформеров боковых цепей аминокислотных остатков исследуемых белков [27].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Якимов Александр Павлович, 2019 год

Список литературы

1. Estieu-Gionnet, K. Stabilized helical peptides: overview of the technologies and therapeutic promises/K. Estieu-Gionnet, G. Guichard//Expert Opinion on Drug Discovery. - 2011. - Vol. 6, no. 9. - P. 937-963.

2. Jeong, W. Helix Stabilized, Thermostable, and Protease-Resistant Self-Assembled Peptide Nanostructures as Potential Inhibitors of Protein-Protein Interactions / W. Jeong, M. S. Lee, Y. Lim//Biomacromolecules. — 2013. — Vol. 14, no. 8. - P. 2684-2689.

3. Jamieson, A. Regulation of protein-protein interactions using stapled peptides / A. Jamieson, N. Robertson//Reports in Organic Chemistry. — 2015. — P. 65—74.

4. Finkelstein, A. V. Physical reasons for secondary structure stability: a-Helices in short peptides / A. V. Finkelstein, A. Y. Badretdinov, O. B. Ptitsyn// Proteins: Structure, Function, and Genetics. - 1991. - Vol. 10, no. 4. - P. 287-299.

5. Muñoz, V. Helix design, prediction and stability/V. Muñoz, L. Serrano // Current Opinion in Biotechnology. - 1995. - Vol. 6, no. 4. - P. 382-386.

6. Doig, A. J. Recent advances in helix-coil theory / A. J. Doig // Biophysical Chemistry. - 2002. - Vol. 101/102. - P. 281-293.

7. Protein Design/ed. by V. Köhler. — Springer New York, 2014.

8. Muñoz, V. Elucidating the folding problem of helical peptides using empirical parameters/V. Muñoz, L. Serrano//Nature Structural Biology. — 1994. — Vol. 1, no. 6. - P. 399-409.

9. Muñoz, V. Elucidating the Folding Problem of Helical Peptides using Empirical Parameters. II: Helix Macrodipole Effects and Rational Modification of the Helical Content of Natural Peptides / V. Muñoz, L. Serrano // Journal of Molecular Biology. - 1995. - Vol. 245, no. 3. - P. 275-296.

10. Muñoz, V. Elucidating the Folding Problem of Helical Peptides using Empirical Parameters. III: Temperature and pH Dependence/ V. Muñoz, L. Serrano// Journal of Molecular Biology. - 1995. - Vol. 245, no. 3. - P. 297-308.

11. Position dependence of non-polar amino acid intrinsic helical propensities / M. Petukhov [et al.] // Journal of Molecular Biology. - 1998. - Vol. 278, no. 1.-P. 279-289.

12. Position dependence of amino acid intrinsic helical propensities II: Non-charged polar residues: Ser, Thr, Asn, and Gln/M. Petukhov [et al.] //Protein Science. — 1999. - Vol. 8, no. 10. - P. 2144-2150.

13. Petukhov, M. Amino acid intrinsic alpha-helical propensities III: Positional dependence at several positions of C terminus/M. Petukhov//Protein Science. — 2002. - Vol. 11, no. 4. - P. 766-777.

14. Zimm, B. H. Theory of the Phase Transition between Helix and Random Coil in Polypeptide Chains / B. H. Zimm, J. K. Bragg // The Journal of Chemical Physics. - 1959. - Vol. 31, no. 2. - P. 526-535.

15. Lifson, S. On the Theory of Helix—Coil Transition in Polypeptides / S. Lif-son, A. Roig//The Journal of Chemical Physics. — 1961. — Vol. 34, no. 6. — P. 1963-1974.

16. Muñoz, V. Development of the multiple sequence approximation within the AGADIR model of alpha-helix formation: comparison with Zimm-Bragg and Lifson-Roig formalisms / V. Muñoz, L. Serrano // Biopolymers. — 1997. — Vol. 41, no. 5. - P. 495-509.

17. Lacroix, E. Elucidating the folding problem of a-helices: local motifs, longrange electrostatics, ionic-strength dependence and prediction of NMR parameters / E. Lacroix, A. R. Viguera, L. Serrano // Journal of Molecular Biology. — 1998. - Vol. 284, no. 1. - P. 173-191.

18. Stabilization of proteins by rational design of alpha-helix stability using helix/coil transition theory / V. Villegas [et al.] // Folding and Design. — 1996. — Vol. 1,no. 1. - P. 29-34.

19. Lippow, S. M. Progress in computational protein design / S. M. Lippow, B. Tidor // Current Opinion in Biotechnology. — 2007. — Vol. 18, no. 4. — P. 305-311.

20. Kang, S.-g. Computational protein design: structure, function and combinatorial diversity / S.-g. Kang, J. G. Saven// Current Opinion in Chemical Biology. — 2007. - Vol. 11, no. 3. - P. 329-334.

21. Computational design of biological catalysts / S. Marti [et al.] // Chemical Society Reviews. - 2008. - Vol. 37, no. 12. - P. 2634.

22. Дизайн стабильных а-спиральных пептидов и термостабильных белков в биотехнологии и биомедицине / А. П. Якимов [и др.] // Acta Naturae. — 2016. - Т. 8, № 4. - С. 77-88.

23. Morra, G. Molecular dynamics simulations of proteins and peptides: from folding to drug design / G. Morra, M. Meli, G. Colombo // Current Protein and Peptide Science. - 2008. - Vol. 9, no. 2. - P. 181-196.

24. Protein flexibility predictions using graph theory/D. J. Jacobs [et al.] //Proteins: Structure, Function, and Genetics. — 2001. — Vol. 44, no. 2. — P. 150—165.

25. Lazaridis, T. "New view" of protein folding reconciled with the old through multiple unfolding simulations / T. Lazaridis, M. Karplus // Science. — 1997. — Vol. 278, no. 5345. - P. 1928-1931.

26. Lazaridis, T. Dynamics and unfolding pathways of a hyperthermophilic and a mesophilic rubredoxin / T. Lazaridis, I. Lee, M. Karplus // Protein Science. — 2008. - Vol. 6, no. 12. - P. 2589-2605.

27. Galzitskaya, O. V. Alpha-helix and beta-hairpin Folding from experiment, analytical theory and molecular dynamics simulations / O. V. Galzitskaya, J. Higo, A. V. Finkelstein // Current Protein and Peptide Science. — 2002. — Vol. 3, no. 2. - P. 191-200.

28. Inhibition of а-helix-mediated protein-protein interactions using designed molecules /V. Azzarito [et al.] // Nature Chemistry. — 2013. — Vol. 5, no. 3. — P. 161-173.

29. Moon, H. Synthesis and screening of small-molecule а-helix mimetic libraries targeting protein-protein interactions / H. Moon, H.-S. Lim // Current Opinion in Chemical Biology. - 2015. - Vol. 24. - P. 38-47.

30. Wilson, A. J. Helix mimetics: Recent developments / A. J. Wilson// Progress in Biophysics and Molecular biology. - 2015. - Vol. 119, no. 1. - P. 33-40.

31. Multivalent helix mimetics for PPI-inhibition/ A. Barnard [et al.] // Organic and Biomolecular Chemistry. - 2015. - Vol. 13, no. 1. - P. 258-264.

32. Nature of the charged-group effect on the stability of the C-peptide helix. / K. R. Shoemaker [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 1985. - Vol. 82, no. 8. - P. 2349-2353.

33. Finkelstein, A. V. Theory of protein molecule self-organization. I. Thermody-namic parameters of local secondary structures in the unfolded protein chain / A. V. Finkelstein, O. B. Ptitsyn// Biopolymers. — 1977. — Vol. 16, no. 3. — P. 469-495.

34. Finkelstein, A. V. Theory of protein molecule self-organization. II. A comparison of calculated thermodynamic parameters of local secondary structures with experiments/ A. V. Finkelstein, O. B. Ptitsyn, S. A. Kozitsyn//Biopolymers. — 1977. - Vol. 16, no. 3. - P. 497-524.

35. Finkelstein, A. V. Theory of protein molecule self-organization. III. A calculating method for the probabilities of the secondary structure formation in an unfolded polypeptide chain/A. V. Finkelstein//Biopolymers. — 1977. — Vol. 16, no. 3. — P. 525-529.

36. Finkelstein, A.V. A theory of protein molecule self-organization. IV. Helical and irregular local structures of unfolded protein chains/ A. V. Finkelstein, O. B. Ptitsyn// Journal of Molecular Biology. - 1976. - Vol. 103, no. 1. - P. 15-24.

37. Финкельштейн, А. В. Электростатические взаимодействия заряженных групп в водной среде и их влияние на образование вторичных структур полипептидной цепи / А. В. Финкельштейн // Молекулярная биология. — 1977. - Т. 11. - С. 811-819.

38. Bierzynski, A. A salt bridge stabilizes the helix formed by isolated C-peptide of RNase A/A. Bierzynski, P. S. Kim, R. L. Baldwin//Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1982. - Vol. 79, no. 8. - P. 2470-2474.

39. Kim, P. S. A helix stop signal in the isolated S-peptide of ribonuclease A / P. S. Kim, R. L. Baldwin//Nature. - 1984. - Vol. 307, no. 5949. - P. 329-334.

40. Финкельштейн, А. Физика белка: курс лекций с цв. стереоскоп. ил. и задачами : учеб. пособие для студентов вузов, обучающихся по биол. специальностям / А. Финкельштейн, О. Птицын. — 5-е изд, перераб. и доп. — М. : Книжный дом Университет, 2014. — 524 с.

41. Scholtz, J. M. The Mechanism of alpha-Helix Formation by Peptides / J. M. Scholtz, R. L. Baldwin // Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. - 1992. - Vol. 21, no. 1. - P. 95-118.

42. Creamer, T. P. a-Helix-forming propensities in peptides and proteins / T. P. Creamer, G. D. Rose // Proteins: Structure, Function, and Genetics. — 1994. - Vol. 19, no. 2. - P. 85-97.

43. Seale, J. W. Sequence determinants of the capping box, a stabilizing motif at the N-termini of a-helices / J. W. Seale, R. Srinivasan, G. D. Rose // Protein Science. - 1994. - Vol. 3, no. 10. - P. 1741-1745.

44. Doig, A. J. N- and C-capping preferences for all 20 amino acids in a-helical peptides/A. J. Doig, R. L. Baldwin//Protein Science. — 1995. — Vol. 4, no. 7. — P. 1325-1336.

45. Muñoz, V. The hydrophobic-staple motif and a role for loop-residues in alpha-helix stability and protein folding/V. Muñoz, F. J. Blanco, L. Serrano//Nature Structural Biology. - 1995. - Vol. 2, no. 5. - P. 380-385.

46. Prieto, J. C-capping and helix stability: the pro C-capping motif / J. Prieto, L. Serrano // Journal of Molecular Biology. — 1997. — Vol. 274, no. 2. — P. 276-288.

47. Viguera, A. Stable proline box motif at the N-terminal end of a-helices /

A. Viguera, L. Serrano // Protein Science. — 1999. — Vol. 8, no. 9. — P. 1733-1742.

48. Periodicity in a-helix lengths and C-capping preferences / S. Penel [et al.] // Journal of Molecular Biology. - 1999. - Vol. 293, no. 5. - P. 1211-1219.

49. Stapley, B. J. Addition of side chain interactions to modified Lifson-Roig helix-coil theory: Application to energetics of Phenylalanine-Methionine interactions /

B. J. Stapley, C. A. Rohl, A. J. Doig // Protein Science. - 1995. - Vol. 4, no. 11. - P. 2383-2391.

50. McGregor, M. J. Analysis of the relationship between side-chain conformation and secondary structure in globular proteins / M. J. McGregor, S. A. Islam, M. J. Sternberg// Journal of Molecular Biology. - 1987. - Vol. 198, no. 2. -P. 295-310.

51. Control of peptide conformation by the Thorpe-Ingold effect (Ca-tetrasubstitution) / C. Toniolo [et al.] // Biopolymers. — 2001. — Vol. 60, no. 6. - P. 396-419.

52. Ravi, A. Cyclic peptide disulfides. Solution and solid-state conformation of Boc-Cys-Pro-Aib-Cys-NHMe with a disulfide bridge from Cys to Cys, a disulfide-bridged peptide helix / A. Ravi, B. V. V. Prasad, P. Balaram // Journal of the American Chemical Society. - 1983. - Vol. 105, no. 1. - P. 105-109.

53. Taylor, J. W. The synthesis and study of side-chain lactam-bridged peptides / J. W. Taylor//Biopolymers. - 2002. - Vol. 66, no. 1. - P. 49-75.

54. Nucleation and stability of hydrogen-bond surrogate-based a-helices / D. Wang [et al.] // Organic and Biomolecular Chemistry. — 2006. — Vol. 4, no. 22. — P. 4074-4081.

55. Chapman, R. N. A Highly Stable Short a-Helix Constrained by a Main-Chain Hydrogen-Bond Surrogate / R. N. Chapman, G. Dimartino, P. S. Arora // Journal of the American Chemical Society. — 2004. — Vol. 126, no. 39. — P. 12252-12253.

56. Walensky, L. D. Activation of Apoptosis in Vivo by a Hydrocarbon-Stapled BH3 Helix / L. D. Walensky // Science. - 2004. - Vol. 305, no. 5689. -P. 1466-1470.

57. Towards understanding cell penetration by stapled peptides / Q. Chu [et al.] // Medicinal Chemistry Communications. — 2015. — Vol. 6, no. 1. — P. 111—119.

58. Structure of RecX protein complex with the presynaptic RecA filament: Molecular dynamics simulations and small angle neutron scattering / A. V. Shvetsov [et al.] // FEBS Letters. - 2014. - Vol. 588, no. 6. - P. 948-955.

59. Cahoon, L. A. Focusing homologous recombination: pilin antigenic variation in the pathogenic Neisseria / L. A. Cahoon, H. S. Seifert// Molecular Microbiology. - 2011. - Vol. 81, no. 5. - P. 1136-1143.

60. Inhibition of Mutation and Combating the Evolution of Antibiotic Resistance / R. T. Cirz [et al.] //PLoS Biology/ed. by M. Waldor. - 2005. - Vol. 3, no. 6. -e176.

61. Smith, P. A. Combating bacteria and drug resistance by inhibiting mechanisms of persistence and adaptation / P. A. Smith, F. E. Romesberg // Nature Chemical Biology. - 2007. - Vol. 3, no. 9. - P. 549-556.

62. The SOS response regulates adaptive mutation / G. J. McKenzie [et al.] //Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2000. — Vol. 97, no. 12. — P. 6646-6651.

63. Nautiyal, A. Suramin is a potent and selective inhibitor of Mycobacterium tuberculosis RecA protein and the SOS response: RecA as a potential target for antibacterial drug discovery/ A. Nautiyal, K. N. Patil, K. Muniyappa// Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2014. - Vol. 69, no. 7. - P. 1834-1843.

64. A new model for SOS-induced mutagenesis: how RecA protein activates DNA polymerase V/M. Patel [et al.] // Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. - 2010. - Vol. 45, no. 3. - P. 171-184.

65. Story, R. M. The structure of the E. coli recA protein monomer and polymer / R. M. Story, I. T. Weber, T. A. Steitz//Nature. - 1992. - Vol. 355, no. 6358. -P. 318-325.

66. Story, R. M. Structure of the recA protein-ADP complex / R. M. Story, T. A. Steitz//Nature. - 1992. - Vol. 355, no. 6358. - P. 374-376.

67. Chen, Z. Mechanism of homologous recombination from the RecA-ssDNA/dsDNA structures / Z. Chen, H. Yang, N. P. Pavletich // Nature. — 2008. - Vol. 453, no. 7194. - P. 489-494.

68. Drees, J. C. Inhibition of RecA Protein by the Escherichia coli RecX Protein: modulation by the RecA C terminus and filament functional state / J. C. Drees, S. L. Lusetti, M. M. Cox//Journal of Biological Chemistry. - 2004. - Vol. 279, no. 51.-P. 52991-52997.

69. Baitin, D. M. SSB Antagonizes RecX-RecA Interaction / D. M. Baitin, M. C. Gruenig, M. M. Cox // Journal of Biological Chemistry. — 2008. — Vol. 283, no. 21. - P. 14198-14204.

70. Escherichia coli RecX Inhibits RecA Recombinase and Coprotease Activities In Vitro and In Vivo / E. A. Stohl [et al.] // Journal of Biological Chemistry. — 2003. - Vol. 278, no. 4. - P. 2278-2285.

71. Structural basis for inhibition of homologous recombination by the RecX protein / S. Ragone [et al.] // The EMBO Journal. - 2008. - Vol. 27, no. 16. -P. 2259--2269.

72. The DinI and RecX Proteins Are Competing Modulators of RecA Function / S. L. Lusetti [et al.] // Journal of Biological Chemistry. - 2004. - Vol. 279, no. 53. - P. 55073-55079.

73. The RecF Protein Antagonizes RecX Function via Direct Interaction / S. L. Lusetti [et al.] //Molecular Cell. - 2006. - Vol. 21, no. 1. - P. 41-50.

74. DNA Metabolism in Balance: Rapid Loss of a RecA-Based Hyperrec Pheno-type/I. V. Bakhlanova [et al.] //PLOS ONE/ed. by F. Leng. - 2016. - Vol. 11, no. 4. — e0154137.

75. A RecA Filament Capping Mechanism for RecX Protein / J. C. Drees [et al.] // Molecular Cell. - 2004. - Vol. 15, no. 5. - P. 789-798.

76. Crystal structure of RecX: A potent regulatory protein of RecA from Xan-thomonas campestris / C.-Y. Yang [et al.] // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. - 2009. - Vol. 74, no. 2. - P. 530-537.

77. Blocking the RecA activity and SOS-response in bacteria with a short a-helical peptide / A. Yakimov [et al.] // Nucleic Acids Research. — 2017. — Vol. 45, no. 16. - P. 9788-9796.

78. Curcumin inhibits the SOS response induced by levofloxacin in Escherichia coli/ P. Bellio [et al.] //Phytomedicine. - 2014. - Vol. 21, no. 4. - P. 430-434.

79. Lee, A. M. Inhibition of the Escherichia coli RecA protein: zinc(II), copper(II) and mercury(II) trap RecA as inactive aggregates / A. M. Lee, S. F. Singleton// Journal of Inorganic Biochemistry. - 2004. - Vol. 98, no. 11. - P. 1981-1986.

80. Novel Inhibitors of E. coli RecA ATPase Activity / J. Z. Sexton [et al.] // Current Chemical Genomics. - 2010. - Vol. 4. - P. 34-42.

81. Wigle, T. J. Directed molecular screening for RecA ATPase inhibitors / T. J. Wigle, S. F. Singleton // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. — 2007. - Vol. 17, no. 12. - P. 3249-3253.

82. RecA Inhibitors Potentiate Antibiotic Activity and Block Evolution of Antibiotic Resistance / M. Alam [et al.] // Cell Chemical Biology. — 2016. — Vol. 23, no. 3.-P. 381-391.

83. Cline, D. J. Inhibition of Escherichia coli RecA by rationally redesigned N-terminal helix/D. J. Cline, S. L. Holt, S. F. Singleton//Organic & Biomolecular Chemistry. - 2007. - Vol. 5, no. 10. - P. 1525-1528.

84. Radman, M. SOS repair hypothesis: phenomenology of an inducible DNA repair which is accompanied by mutagenesis/M. Radman//Basic Life Sci. — 1975. — Vol. 5A. - P. 355-367.

85. Bridges, B. SOS Repair / B. Bridges // Encyclopedia of Genetics. — Elsevier, 2001.-P. 1853-1855.

86. Polosina, Y. DNA Repair / Y. Polosina // Reference Module in Biomedical Sciences. — Elsevier, 2014.

87. Michel, B. After 30 Years of Study, the Bacterial SOS Response Still Surprises Us / B. Michel // PLoS Biology. - 2005. - Vol. 3, no. 7. - e255.

88. Weigle, J. J. Induction of Mutations in a Bacterial Virus / J. J. Weigle // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 1953. — Vol. 39, no. 7. — P. 628--636.

89. Yakimov, A. De Novo Design of Stable a-Helices / A. Yakimov, G. Rychkov, M. Petukhov//Methods in Molecular Biology. Vol. 1216. — Springer Nature, 2014. - P. 1-14.

90. Huyghues-Despointes, B. M. Helical peptides with three pairs of Asp-Arg and Glu-Arg residues in different orientations and spacings / B. M. Huyghues-Despointes, J. M. Scholtz, R. L. Baldwin//Protein Science. — 2008. — Vol. 2, no. 1.-P. 80-85.

91. Padmanabhan, S. Tests for helix-stabilizing interactions between various nonpolar side chains in alanine-based peptides / S. Padmanabhan, R. L. Baldwin // Protein Science. - 1994. - Vol. 3, no. 11. - P. 1992-1997.

92. Armstrong, K. M. The (i, i + 4) Phe-His Interaction Studied in an Alanine-based a-Helix/K. M. Armstrong, R. Fairman, R. L. Baldwin//Journal of Molecular Biology. - 1993. - Vol. 230, no. 1. - P. 284-291.

93. Huyghues-Despointes, B. M. P. Ion-Pair and Charged Hydrogen-Bond Interactions between Histidine and Aspartate in a Peptide Helix / B. M. P. Huyghues-Despointes, R. L. Baldwin // Biochemistry. — 1997. — Vol. 36, no. 8. — P. 1965-1970.

94. Lockhart, D. Internal stark effect measurement of the electric field at the amino terminus of an alpha helix/D. Lockhart, P. Kim// Science. — 1992. — Vol. 257, no. 5072.-P. 947-951.

95. Lockhart, D. Electrostatic screening of charge and dipole interactions with the helix backbone/D. Lockhart, P. Kim//Science. - 1993. - Vol. 260, no. 5105. -P. 198-202.

96. Harper, E. T. Helix stop signals in proteins and peptides: The capping box / E. T. Harper, G. D. Rose // Biochemistry. - 1993. - Vol. 32, no. 30. -P. 7605--7609.

97. Aurora, R. Rules for alpha-helix termination by glycine / R. Aurora, R. Srini-vasan, G. Rose// Science. - 1994. - Vol. 264, no. 5162. - P. 1126-1130.

98. Factors That Affect the Stabilization of a-Helices in Short Peptides by a Capping Box / M. Petukhov [et al.] // Biochemistry. — 1996. — Vol. 35, no. 2. — P. 387-397.

99. Levy, A. V. The Tunneling Algorithm for the Global Minimization of Functions / A. V. Levy, A. Montalvo // SIAM Journal on Scientific and Statistical Computing. - 1985. - Vol. 6, no. 1. - P. 15-29.

100. Himmelblau, D. M. Applied nonlinear programming / D. M. Himmelblau. — New York: McGraw-Hill, 1972.

101. Abagyan, R. ICM - A new method for protein modeling and design: Applications to docking and structure prediction from the distorted native conformation / R. Abagyan, M. Totrov, D. Kuznetsov// Journal of Computational Chemistry. — 1994. - Vol. 15, no. 5. - P. 488-506.

102. Loop L1 governs the DNA-binding specificity and order for RecA-catalyzed reactions in homologous recombination and DNA repair / T. Shinohara [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2015. - Vol. 43, no. 2. - P. 973-986.

103. Crooks, G. E. WebLogo: A Sequence Logo Generator/G. E. Crooks//Genome Research. - 2004. - Vol. 14, no. 6. - P. 1188-1190.

104. Consortium, U. UniProt: a hub for protein information/U. Consortium//Nucleic Acids Research. - 2014. - Vol. 43, no. D1. - P. D204-D212.

105. Cox, M. M. A simple and rapid procedure for the large scale purification of the recA protein of Escherichia coli/M. M. Cox, K. McEntee, I. R. Lehman// Journal of Biological Chemistry. - 1981. - Vol. 256, no. 9. - P. 4676-4678.

106. Craig, N. L. Function of nucleoside triphosphate and polynucleotide in Escherichia coli recA protein-directed cleavage of phage lambda repressor / N. L. Craig, J. W. Roberts // Journal of Biological Chemistry. — 1981. — Vol. 256, no. 15. - P. 8039-8044.

107. Lohman, T. M. Large-scale overproduction and rapid purification of the Escherichia coli ssb gene product. Expression of the ssb gene under A PL control / T. M. Lohman, J. M. Green, R. S. Beyer// Biochemistry. - 1986. - Vol. 25, no. 1.-P. 21-25.

108. Design of stable a-helices using global sequence optimization / M. Petukhov [et al.] // Journal of Peptide Science. - 2009. - Vol. 15, no. 5. - P. 359-365.

109. Deinococcus radiodurans RecA nucleoprotein filaments characterized at the single-molecule level with optical tweezers / G. Pobegalov [et al.] // Biochemical and Biophysical Research Communications. — 2015. — Vol. 466, no. 3. — P. 426-430.

110. RecX protein abrogates ATP hydrolysis and strand exchange promoted by RecA: Insights into negative regulation of homologous recombination / R. Venkatesh [et al.] //Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2002. — Vol. 99, no. 19. - P. 12091-12096.

111. Dynamics and Regulation of RecA Polymerization and De-Polymerization on Double-Stranded DNA / H. Fu [et al.] // PLoS ONE / ed. by F. Leng. - 2013. -Vol. 8, no. 6.-e66712.

112. Stasiak, A. Structure and function of RecA-DNA complexes / A. Stasiak, E. H. Egelman // Experientia. - 1994. - Vol. 50, no. 3. - P. 192-203.

113. Кассандрова, О. Обработка результатов наблюдений / О. Кассандрова, В. Лебедев. - М. : Наука, 1979.

114. Миллер, Д. Эксперименты в молекулярной генетике / Д. Миллер. — Мир, 1976. - 440 с.

115. Bakhlanova, I. V. Recombinogenic activity of chimeric recA genes (Pseudomonas aeruginosa/Escherichia coli): a search for RecA protein regions responsible for this activity /1. V. Bakhlanova, T. Ogawa, V. A. Lanzov // Genetics. — 2001. - Vol. 159, no. 1. - P. 7-15.

116. Mutations in the N-terminal region of RecA that disrupt the stability of free protein oligomers but not RecA-DNA complexes / S. Eldin [et al.] // Journal of Molecular Biology. - 2000. - Vol. 299, no. 1. - P. 91-101.

Список рисунков

1.1 Структура и факторы, влияющие на информационную стабильность а-спиралей в белках и мономерных пептидах...............

1.2 Основные способы химических модификаций для увеличения конформационной стабильности а-спиральных структур........23

1.3 Схематическое представление кристаллической структуры мономера белка RecA E. coli. Изображение из [65]..................25

1.4 Схематическое представление кристаллической структуры

филамента RecA6-(ADP — AlF4 — Mg)6-(dT)18. Изображение из [67]. 26

1.5 Схематическое представление кристаллической структуры мономера белка RecX E. coli. Изображение из [71]..................27

1.6 Молекулярная модель филамента RecA: онДНК: RecX, на основе данных [58]..................................29

1.7 Химическая структура ингибитора RecA сурамина. Изображение из

[63].......................................30

1.8 Химическая структура ингибиторов RecA на основе производных тетрасульфоната цианина. Изображение из [82]..............30

1.9 Межмнономерный интерфейс филамента RecA. Изображение из [83].

1.10 Модель SOS-ответ зависимой эволюции устойчивости к антибиотикам. Изображение адаптировано из [87].............34

2.1 Распределение заселенностей всех возможных сегментов в коротких пептидах длиной 13 аминокислотных остатков (согласно AGADIR). . . 40

2.2 Распределение заселенностей всех возможных сегментов в коротких пептидах с оптимизированной последовательностью длиной 13 аминокислотных остатков (согласно AGADIR). ............. 41

2.3 Изображение интерфейса программы SEQOPT для задания таких параметров, как pH, температура, ионная сила, начальная последовательность для оптимизации и фиксируемые положения аминокислотных остатков, требования по минимальной растворимости, время расчета ....................... 42

2.4 Изображение интерфейса результатов расчета программы SEQOPT. . . 45

2.5 Сравнительная производительность алгоритма SEQOPT для расчета a-спиралей длиной 13-18 аминокислотных остатков с использованием различных библиотек интерполяции и количества задействованных процессоров........................46

3.1 Крупномасштабный фрагмент полноатомной модели комплекса RecA:онДНК:RecX..............................48

3.2 Графическое представление консенсусного мотива фрагмента белка RecX. Изображение получено при помощи программы WebLogo [103]

3.3 Спектры КД в дальнем УФ диапазоне для пептидов 4E1 и Pep2-4. ... 53

3.4 Влияние a-спирального пептида 4E1 на АТФ'азную активность

белка RecA in vitro..............................55

3.5 Влияние a-спирального пептида 4E1 на АТФ'азную активность

белка RecA in vitro..............................56

3.6 Влияние a-спирального пептида 4E1 на АТФ'азную активность

белка RecA in vitro..............................57

3.7 Влияние a-спирального пептида 4E1 на АТФ'азную активность

белка RecA in vitro..............................58

3.8 Влияние пептида 4E1 и RecX на АТФ'азную активность комплекса

RecA + DinI in vitro..............................59

3.9 Влияние a-спиральных пептидов 4E1 и pep2-4 на динамику длины

ДНК в присутствии RecA...........................60

3.10 Влияние a-спиральных пептидов 4E1 и pep2 на реакцию, связанную

с RecA-опосредованным обменом нитей ДНК...............63

3.11 Влияние a-спирального пептида 4E1 на выживаемость E. coli, в зависимости от дозы УФ-облучения в отсутствие и наличии экспрессии белка RecX или пептида 4E1..................65

3.12 Влияние a-спирального пептида на бактериальный SOS-ответ in vivo. . 67

Список таблиц

1 Параметры модели Зимма-Брэгга .....................10

2 Параметры модели Лифсона-Роига.....................12

3 Аминокислотные последовательности пептидов, предназначенные для ингибирования белка RecA. Теоретические и экспериментальные оценки их стабильности...........................47

4 Репрезентативный набор фрагментов белка RecX ............88

Приложение А

Таблица 4 — Репрезентативный набор фрагментов белка RecX

Код Организм: вид, штамм Фрагмент RecX

B7N6S8 Escherichia coli O17:K52:H18 SEKVKIQRFLLYRGYL

B7MYZ5 Escherichia coli O81 SEKVKIQRFLLYRGYL

B7MKG7 Escherichia coli O45:K1 SEKVKIQRFLLYRGYL

B7M9D5 Escherichia coli O8 SEKVKIQRFLLYRGYL

B2U048 Shigella boydii serotype 18 SEKVKIQRFLLYRGYL

A1AEN8 Escherichia coli O1:K1 / APEC SEKVKIQRFLLYRGYL

A7ZQC7 Escherichia coli O139:H28 SEKVKIQRFLLYRGYL

Q1R802 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

B7UHB6 Escherichia coli O127:H6 SEKVKIQRFLLYRGYL

B7NSH8 Escherichia coli O7:K1 SEKVKIQRFLLYRGYL

P66000 Escherichia coli O157:H7 SEKVKIQRFLLYRGYL

Q3YYG5 Shigella sonnei SEKVKIQRFLLYRGYL

P66001 Shigella flexneri SEKVKIQRFLLYRGYL

P65999 Escherichia coli O6:H1 SEKVKIQRFLLYRGYL

Q0TEI2 Escherichia coli O6:K15:H31 SEKVKIQRFLLYRGYL

Q0T1C4 Shigella flexneri serotype 5b SEKVKIQRFLLYRGYL

B7LEB0 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

Q31X63 Shigella boydii serotype 4 SEKVKIQRFLLYRGYL

Q32CN0 Shigella dysenteriae serotype 1 SEKVKIQRFLLYRGYL

B6I684 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

B1LQ16 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

B5Z2A9 Escherichia coli O157:H7 SEKVKIQRFLLYRGYL

C4ZYU3 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

P33596 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

B1XCM6 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

B1IUY1 Escherichia coli SEKVKIQRFLLYRGYL

A8A3H5 Escherichia coli O9:H4 SEKVKIQRFLLYRGYL

B7LW31 Escherichia fergusonii SEKVKIQRFLLYRGYL

B5BEN6 Salmonella paratyphi A SEKVKVQRFLLYRGYL

Код Вид, штамм Фрагмент RecX

Q5PF16 Salmonella paratyphi A SEKVKVQRFLLYRGYL

Q8Z4D4 Salmonella typhi SEKVKVQRFLLYRGYL

Q8ZMK5 Salmonella typhimurium SEKVKVQRFLLYRGYL

B5F351 Salmonella agona SEKVKVQRFLLYRGYL

B5RDF3 Salmonella gallinarum SEKVKVQRFLLYRGYL

B4TF12 Salmonella heidelberg SEKVKVQRFLLYRGYL

Q57KU5 Salmonella choleraesuis SEKVKVQRFLLYRGYL

C0PWM1 Salmonella paratyphi C SEKVKVQRFLLYRGYL

B4T399 Salmonella newport SEKVKVQRFLLYRGYL

B4TT05 Salmonella schwarzengrund SEKVKVQRFLLYRGYL

B5FSX9 Salmonella dublin SEKVKVQRFLLYRGYL

B5QV77 Salmonella enteritidis PT4 SEKVKVQRFLLYRGYL

A9N0C4 Salmonella paratyphi B SEKVKVQRFLLYRGYL

A9MFY9 Salmonella arizonae SEKVKVQRFLLYRGYL

A4WDQ7 Enterobacter sp. SEKVKIQRFLLYRGYL

B5XVB7 Klebsiella pneumoniae TEKVKVQRFLLYRGYL

A6TCW0 Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae TEKVKVQRFLLYRGYL

A7MJ39 Cronobacter sakazakii PEKAKVQRFLLYRGYY

Q1C421 Yersinia pestis bv. Antiqua KEKAKVQRYLLYRGFF

P37867 Yersinia pestis KEKAKVQRYLLYRGFF

Q1CLL0 Yersinia pestis bv. Antiqua KEKAKVQRYLLYRGFF

A4TQ51 Yersinia pestis KEKAKVQRYLLYRGFF

A7FLR8 Yersinia pseudotuberculosis serotype O:1b KEKAKVQRYLLYRGFF

Q66E69 Yersinia pseudotuberculosis serotype I KEKAKVQRYLLYRGFF

A1JK08 Yersinia enterocolitica serotype O:8 KEKVKVQRYLLYRGFF

A8GA08 Serratia proteamaculans KEKAKVQRYLLYRGFF

Q6D1S9 Pectobacterium atrosepticum KDKVKHQRYLLYRGFF

P37861 Pseudomonas fluorescens RERAKQGRFLSYRGFS

Q9RDT9 Pseudomonas tolaasii KERAKQGRFLSYRGFS

C3KDG1 Pseudomonas fluorescens RERAKQGRFLSYRGFS

Q4KHC0 Pseudomonas fluorescens RERAKQGRFLSYRGYS

Q4ZWP2 Pseudomonas syringae pv. syringae RERAKQGRFLSYRGYP

Q48F95 Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola RERARQGRFLSYRGYP

Код Вид, штамм Фрагмент RecX

Q87XY8 Pseudomonas syringae pv. tomato RERARQGRFLSYRGYP

A4XWQ3 Pseudomonas mendocina RERAQQGRFLAYRGYS

A5W7V1 Pseudomonas putida RSRAQQTRFLAYRGFP

Q88ME3 Pseudomonas putida RSRAQQTRFLAYRGFP

B0KT21 Pseudomonas putida RSRAQQTRFLAYRGFP

Q1I6B8 Pseudomonas entomophila RSRAQQTRFLAYRGFS

B1JDA1 Pseudomonas putida RSRAQQTRFLAYRGFP

P37862 Pseudomonas putida AAVPSRPDFSLTGASP

B7V8D2 Pseudomonas aeruginosa REKAQQGRFLAYRGYS

P37860 Pseudomonas aeruginosa REKAQQGRFLAYRGYS

Q02R88 Pseudomonas aeruginosa REKAQQGRFLAYRGYS

A6V1H3 Pseudomonas aeruginosa REKAQQGRFLAYRGYS

Q7MHR5 Vibrio vulnificus KEYAKQVRFLQYRGFS

Q8DC50 Vibrio vulnificus KEYAKQVRFLQYRGFS

Q87LR2 Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 KEYAKQVRFLQYRGYS

A7MYT6 Vibrio campbellii KEYAKQVRFLQYRGYS

C3LS34 Vibrio cholerae serotype O1 SQYAKQVRYLQYRGFN

Q56647 Vibrio cholerae serotype O1 SQYAKQVRYLQYRGFN

A5F9B6 Vibrio cholerae serotype O1 SQYAKQVRYLQYRGFN

P59207 Shewanella oneidensis KEKAKRVRFLLSQGFS

A5UEC2 Haemophilus influenzae KMKQKIWQYMLSHGFR

P43706 Haemophilus influenzae KMKQKIWQYMLSHGFR

A5UHA0 Haemophilus influenzae KMKQKIWQYMLSHGFR

Q4QMV1 Haemophilus influenzae KMKQKIWQYMLSHGFR

Q65QB1 Mannheimia succiniciproducens KNKQKIWRYMLSHGFF

Q9CK20 Pasteurella multocida KLKQKVWRYMLSHGFK

B3GY30 Actinobacillus pleuropneumoniae 7 KAKQKMWRFMLSRGFY

A3N1E6 Actinobacillus pleuropneumoniae 5b KAKQKMWRFMLSRGFY

Q7VNS6 Haemophilus ducreyi KVKQKMWRFMLSRGFY

Q5X4B6 Legionella pneumophila EIQKQQ-RFLLYRGFD

P37864 Legionella pneumophila EIQKQQ-RFLLYRGFD

A5ICV7 Legionella pneumophila EIQKQQ-RFLLYRGFD

Q5WVQ1 Legionella pneumophila EMQKQH-RFLLYRGFD

Код Вид, штамм Фрагмент RecX

B2SUC9 Xanthomonas oryzae pv. oryzae PQRRKAADWLARRGFD

Q9AP31 Xanthomonas oryzae pv. oryzae PQRRKAADWLARRGFD

Q2P1N0 Xanthomonas oryzae pv. oryzae PQRRKAADWLARRGFD

P0A0W7 Xanthomonas citri PQRRKAADLLARRGFE

P0A0W6 Xanthomonas axonopodis pv. citri PQRRKAADLLARRGFE

Q3BUQ8 Xanthomonas campestris pv. vesicatoria PQRRKAADLLARRGFD

Q4UTR5 Xanthomonas campestris pv. campestris AQRRKAADLLARRGFD

Q8P9X1 Xanthomonas campestris pv. campestris AQRRKAADLLARRGFD

B0RTY2 Xanthomonas campestris pv. campestris AQRRKAADLLARRGFD

B4SRB1 Stenotrophomonas maltophilia AQRRKAADLLARRGFD

B2FL32 Stenotrophomonas maltophilia TQRRKAADLLARRGFD

B5EQ48 Acidithiobacillus ferrooxidans RDYARRARFLAGRGFT

B7J7B0 Acidithiobacillus ferrooxidans RDYARRARFLAGRGFT

P37866 Acidithiobacillus ferrooxidans RDYARRARFLAGRGFT

A1WXK6 Halorhodospira halophila REALRQAQFLQRRGFT

Q1QZX2 Chromohalobacter salexigens RERAKRERFLASRGFD

Q6FCG1 Acinetobacter baylyi KLKAKQIRFLQYRGFD

B4RKR9 Neisseria gonorrhoeae KEKQKQARFLAYRGFD

Q5F7W3 Neisseria gonorrhoeae KEKQKQARFLAYRGFD

Q9JTP4 Neisseria meningitidis serogroup A KEKQKQARFLAYRGFD

Q9JYQ3 Neisseria meningitidis serogroup B KEKQKQARFLAYRGFD

A1KUS7 Neisseria meningitidis serogroup C KEKQKQARFLAYRGFD

Q7NXM0 Chromobacterium violaceum AEKARQYRFLAQRGFP

A4G8B2 Herminiimonas arsenicoxydans NGRAKQMRFLLQRGFS

A6T203 Janthinobacterium sp. EERAKQMRFLMQRGFS

086082 Herbaspirillum seropedicae ETRAKQMRFLQQRGFS

B2UGE0 Ralstonia pickettii AERAKQVRYMMARGFS

Q8Y1Y5 Ralstonia solanacearum AERAKQVRFMVARGFS

B1XY02 Leptothrix cholodnii REAARQNRFLMSRGFS

Q72K66 Thermus thermophilus EDKARAVRFLEGRGFP

Q9AJ99 Thermus thermophilus EDKARAVRFLEGRGFP

P9WHI0 Mycobacterium tuberculosis RVSRRLVAMLARRGYG

P9WHI1 Mycobacterium tuberculosis RVSRRLVAMLARRGYG

Код Вид, штамм Фрагмент RecX

A5U688 Mycobacterium tuberculosis RVSRRLVAMLARRGYG

A1KM74 Mycobacterium bovis RVSRRLVAMLARRGYG

P0A5U9 Mycobacterium bovis RVSRRLVAMLARRGYG

C1AFJ5 Mycobacterium bovis RVSRRLVAMLARRGYG

A0PT88 Mycobacterium ulcerans RVTRRLVAMLARRGYS

B2HL07 Mycobacterium marinum RVTRRLVAMLARRGYS

A0QIR5 Mycobacterium avium RVTRRLVGMLARRGYS

B8ZQT6 Mycobacterium leprae RVSRRLMAMLARRGYS

P37859 Mycobacterium leprae RVSRRLMAMLARRGYS

Q1BA28 Mycobacterium sp. KVKRRLAGMLARRGYS

A1UEY4 Mycobacterium sp. KVKRRLAGMLARRGYS

A3PYE4 Mycobacterium sp. KVKRRMAGMLARRGYS

A1T7T4 Mycobacterium vanbaalenii KVARRLVGMLARRGYN

P94965 Mycobacterium smegmatis KVTRRLVGMLARRGYN

B1MD16 Mycobacterium abscessus KAARRLVAMLARRGYG

P59211 Streptomyces lividans ---RRLAGMLARKGYS

050488 Streptomyces coelicolor ---RRLAGMLARKGYS

Q47RS5 Thermobifida fusca ---RRLMGMLARRGYS

Q9REV5 Amycolatopsis mediterranei ---RRLLGFLARKGYP

Q8FPD4 Corynebacterium efficiens KALRRVVGALARRGFP

Q8NP66 Corynebacterium glutamicum KALRRVVGALARRGFP

Q6NGQ9 Corynebacterium diphtheriae KVLRRTVGVLARRGFS

B2S4R0 Treponema pallidum subsp. pallidum ---------LQRRQFS

083986 Treponema pallidum ---------LQRRQFS

Q3A1W1 Pelobacter carbinolicus RSRRRVFNYLRRRGFA

B3E9Z0 Geobacter lovleyi RQLRRVAGFLQRRGYR

B4S427 Prosthecochloris aestuarii ---KKLHTHLVNRGFD

B3EMI1 Chlorobium phaeobacteroides ---KKLYAFLANRGFD

B3EFY7 Chlorobium limicola ---KKLEVFLRNRGFD

B4SEC4 Pelodictyon phaeoclathratiforme ---RKLEVFLSNRGFE

Q8KBK8 Chlorobium tepidum ---KKLITFLKNRGFD

Q9RUS2 Deinococcus radiodurans ---ASAYAFLARRGFG

Q04IQ7 Streptococcus pneumoniae serotype 2 ALQDKIIQNLTNKGFS

Код Вид, штамм Фрагмент RecX

P59212 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

C1CTD1 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

B8ZNK7 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

C1CGD2 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

C1C9H2 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

B1I8A9 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

B5E216 Streptococcus pneumoniae serotype 19F ALQDKIIQNLTNKGFS

Q97NV7 Streptococcus pneumoniae serotype 4 ALQDKIIQNLTNKGFS

C1CML5 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

B2ILZ1 Streptococcus pneumoniae ALQDKIIQNLTNKGFS

A8AVW9 Streptococcus gordonii ALQDKLLQSLINKGFS

A3CPV8 Streptococcus sanguinis ALQDKILQSLINKGFS

Q5M191 Streptococcus thermophilus SLKDKLIQNLINKGFS

Q5M5S8 Streptococcus thermophilus SLKDKLIQNLINKGFS

Q03M62 Streptococcus thermophilus SLKDKLIQNLINKGFS

Q8DSK2 Streptococcus mutans serotype c ALKDKLKQALTTKGFS

Q3K2X2 Streptococcus agalactiae serotype Ia ALKDKLMQSLTTKGFD

P59209 Streptococcus agalactiae serotype III ALKDKLMQSLTTKGFD

P59210 Streptococcus agalactiae serotype V ALKDKLMQSLTTKGFD

P0DD93 Streptococcus pyogenes serotype M3 ALKDKITQALLTKGFS

P0DD92 Streptococcus pyogenes serotype M3 ALKDKITQALLTKGFS

Q48S39 Streptococcus pyogenes serotype M28 ALKDKITQALLTKGFS

Q1JFQ8 Streptococcus pyogenes serotype M2 ALKDKITQALLTKGFS

Q99YP2 Streptococcus pyogenes serotype M1 ALKDKITQALLTKGFS

B5XMG6 Streptococcus pyogenes serotype M49 ALKDKITQALLTKGFS

Q1J5K7 Streptococcus pyogenes serotype M4 ALKDKITQALLTKGFS

Q1JKR8 Streptococcus pyogenes serotype M12 ALKDKITQALLTKGFS

Q1JAL5 Streptococcus pyogenes serotype M12 ALKDKITQALLTKGFS

Q8P016 Streptococcus pyogenes serotype M18 ALKDKITQALLTKGFS

A2RD87 Streptococcus pyogenes serotype M5 ALKDKITQALLTKGFS

B4U4F7 Streptococcus equi subsp. zooepidemicus ALTDKIIQGLLNKGFS

C0MH46 Streptococcus equi subsp. zooepidemicus ALTDKIIQGLLNKGFS

C0M6F3 Streptococcus equi subsp. equi ALTDKIIQGLLNKGFS

Код Вид, штамм Фрагмент RecX

B9DV29 Streptococcus uberis ALQDKLTQLLINKGFS

Q02VU7 Lactococcus lactis subsp. cremoris QLKDKIIQNLMNKGFS

A2RNY5 Lactococcus lactis subsp. cremoris QLKDKIIQNLMNKGFS

Q9CDN7 Lactococcus lactis subsp. lactis QLKDKIIQNLMNKGFT

Q8NVU3 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

Q5HEQ1 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

Q6G861 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

Q2G2G9 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

A6QI55 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

Q2FFM2 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

A8YY45 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

Q6GFI4 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

P66002 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

A7X3Z1 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

A5IU39 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

Q2YU14 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

P66003 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

A6U2X7 Staphylococcus aureus KVKEKVMQSLIQKGFE

Q5HN61 Staphylococcus epidermidis KVKQKVTQSLLQKGYK

Q8CRV9 Staphylococcus epidermidis KVKQKVTQSLLQKGYK

Q4L7H9 Staphylococcus haemolyticus KIRQKVLQSLIQKGYS

Q49YR8 Staphylococcus saprophyticus KRKEKLSQALMQKGYS

B9DMW2 Staphylococcus carnosus KRIDKVKQSLLQKGYS

Q73DY9 Bacillus cereus QMKLKLDEMLVRKGYS

Q63GC6 Bacillus cereus QMKLKLDEMLVRKGYS

A0R9F4 Bacillus thuringiensis QMKLKLDEMLVRKGYS

B9J2U7 Bacillus cereus QMKLKLDEMLVRKGYS

B7HU51 Bacillus cereus QMKLKLDEMLVRKGYS

C1EWF1 Bacillus cereus QMKLKLDEMLVRKGYS

C3PCX7 Bacillus anthracis QMKLKLDEMLVRKGYS

C3LHB6 Bacillus anthracis QMKLKLDEMLVRKGYS

B7JNE9 Bacillus cereus QMKLKLDEMLVRKGYS

Q6HNU0 Bacillus thuringiensis subsp. konkukian QMKLKLDEMLVRKGYS

Код Вид, штамм Фрагмент RecX

Q81YW4 Bacillus anthracis QMKLKLDEMLVRKGYS

B7H9Q9 Bacillus cereus QMKLKLDEMLVRKGYS