Компьютерное моделирование нано-био-селективных полимерных систем на основе гетерофункциональных полиэлектролитов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.06, кандидат химических наук Цветков, Владимир Борисович

• Цветков, Владимир Борисович
• кандидат химических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат химических наук Цветков, Владимир Борисович

СОДЕРЖАНИЕ

стр.

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Полимерные наноструктуры в жизненном цикле клеток и виру- 7 сов

1.2. Биополимерные наномедиаторы проникновения ВИЧ в клетку

1.2.1. Адсорбция вируса на клеточной поверхности

1.2.2. Слияние (фузия) мембран вируса и клетки

1.3. Ингибиторы проникновения ВИЧ-1 в клетку

1.3.1. Низкомолекулярные ингибиторы слияния ВИЧ с клеткой

1.3.2. Поли(олиго)мерные ингибиторы слияния ВИЧ с клеткой

1.3.3. Синтетические полиэлектролитные ингибиторы ВИЧ,

1.4. Состояние проблемы моделирования агентов блокады белковых мишеней

1.4.1. Моделирование агрегации вирусных спиралей СИЯ на поверхности

(ЫНЯ), инициирующей фузию

1.4.2. Моделирование взаимодействий с мишенью НМС

1.4.3. Проблемы моделирования синтетических ВМС

1.5. Выводы и постановка задач собственных исследований

Глава II. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

2.1. Моделирование и анализ белковых структур (1ЧШ1)з и СНЫ

в качестве мишеней воздействия анионных полиэлектролитов

2.1.1. Анализ аминокислотной структуры а-спиралей СНЯ и ИНЯ в качестве потенциальных мишеней анионных полиэлектролитов

2.1.2. Анализ пространственной организации и характеристик (1ЧНЯ)з

2.2. Моделирование сополимеров I и их взаимодействий с (ТЧНК)з методами докинга

2.2.1. Алгоритм моделирования в рамках возможностей программных средств докинга применительно к специфике исследуемых объектов

2.2.2. Результаты докинга

2.2.3. Контрольный докинг модельных лигандов на (ТУНЯ)з мишень мутант-

ного штамма вируса

2.2.4. Промежуточные выводы и экстраполяция результатов докинга к

масштабам материальных цепей сополимеров 1

2.3. Моделирование сополимеров I и их взаимодействий с (NHR)3 методами мо-

лекулярной динамики

2.3.1. Моделирование полимерных цепей более высоких степеней полимеризации, чем допускает процедура докинга (т > 10-^20 ->п)

2.3.2. Моделирование вариаций полимерных цепей различного мономерного состава и оценка их гибкости

2.3.3. Оценка возможной модуляции поведения полимерных цепей, синтезированных методом «живой» радикальной полимеризации по механизму обратимой передачи цепи

2.4. Сравнительный анализ результатов вычислительного (in silico) и биологического (in vitro) экспериментов, оценка перспектив направленного синтеза ингибиторов ВИЧ повышенной эффективности

2.4.1. Анализ экспериментальных данных (НИФ Здоровья и ИНХС РАН) испытаний исследуемых сополимеров на анти-ВИЧ активность

2.4.2. Корреляция эффективности блокады ВИЧ-1 и энергии связывания якорных структур с вирусной мишенью (КЧШ)з по результатам докинга

2.4.3. Полимер-кооперативные эффекты и «нано-био-селективность» как принципиальное отличие ВМС от НМС в реализации блокады вируса

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

3.1. Формирование моделей

3.2. Процедура докинга

3.3. Анализ результатов докинга

3.4. Процедура молекулярной динамики

3.5. Оценка гибкости полимерных остовов

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Список сокращений:

АД Адамантан (трицикло[3.3.1.137]децен)

ВИЧ вирус иммунодефицита человека

ВИЧ-1 ВИЧ первого типа

ВМС высокомолекулярные соединения

ДНБ динорборнен (тетрацикло[4.4.0.12 5171П]додецен)

КК окончание: -КК = -ОМ М+ в составе карбоксикислотных

групп -СОКК

МА малеиновый ангидрид

ММ молекулярная масса

СПИД синдром приобретенного иммунодефицита

СК сульфокислотное окончание боковой группы: -СК = -S03"

НБ норборнан (бицикло[2.2.1]гептан)

НМС низкомолекулярные соединения

ЦГ циклогексан

ЦП циклопентан

AU янтарно-кислотные фрагменты полимерной цепи (рис.2-1)

BU мономеные фрагменты остова полимерной цепи (рис. 2-1)

CHR С- концевой участок повторяющихся гептад аминокислотной

последовательности эктодомена гликопротеина gp41 ВИЧ

FU фуран-производные фрагменты полимерной цепи (рис. 2-1)

NHR N-концевой участок повторяющихся гептад аминокислотной

последовательности эктодомена гликопротеина gp41 ВИЧ

PDB база данных по белковым соединениям (Protein Data Bank)

SG боковые группы полимерных молекул и их моделей

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Компьютерное моделирование нано-био-селективных полимерных систем на основе гетерофункциональных полиэлектролитов»

ВВЕДЕНИЕ

Фундаментальная роль высокомолекулярных соединений (ВМС) в организации живых систем определяет ключевое значение химии ВМС в решении многих актуальных проблем медицины. Так, поиск лекарственных средств на уровне только низкомолекулярных соединений (НМС) вступает в объективное несоответствие с тем обстоятельством, что в подавляющем большинстве случаев (> 90%) мишенями лекарственной терапии являются белки - природно-биологические полимеры, склонные к самоорганизации в нано объекты. "Малая молекула" НМС способна к контакту лишь с локальным участком белковой (нано) мишени, оставляя преобладающую часть макромолекулы свободной от воздействия. Поэтому в результате мутаций болезнетворных микроорганизмов их белковые компоненты быстро выходят из-под лекарственного контроля. Это становится критически актуальной проблемой в случае летально-опасных заболеваний, вызываемых инфекционными агентами повышенной мутационной изменчивости. К их числу относится вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) - возбудитель ВИЧ-инфекции и заболевания СПИД. В этих случаях традиционные НМС-лекарства, а также вакцины, становятся малоэффективными, и возникает острая необходимость создания лекарств нового поколения - на уровне ВМС, адекватно-соразмерных белковым мишеням и искусственно "программируемым" на многоточечную избирательную блокаду таких мишеней. Анализ предшествовавших исследований в этой области позволяет выделить синтетические полиэлектролиты на основе гетерофункционально модифицированных производных чередующихся сополимеров малеинового ангидрида, среди сотен опытных образцов которых выявлены высокоактивные ингибиторы репродукции ВИЧ. Их биологические испытания на экспериментальных моделях инфицирования клеток (in vitro) показали, что блокируется ранний этап проникновения вируса в клетку, предположительно, - слияние (фузия) вирусной оболочки с клеточной мембраной. Однако эксперимент in vitro не дает четкого понимания молекулярных механизмов блокады, что делает актуальным молекулярное моделирование взаимодействий синтетических полимеров с белковыми медиаторами фузии в вычислительном эксперименте (in silico).

Для определения возможных мест связывания лекарства с мишенью широко используется докинг. При этом гибкость структуры лиганда моделируется либо множеством жестких конформаций, либо одной конформацией, которая в процессе докинга подвергается изменениям. Однако в реальном времени вычислительного эксперимента оба подхода практически не применимы к макромолекуле как единому целому в силу ее огромной "конформационной ёмкости"1. Поэтому не менее актуальной являлась задача выработки стратегии рациональной фрагментации моделей макромолекул для реализации докинга и анализа его результатов в целях исследования механизмов взаимодействий полимеров с мишенью.

Цель работы - исследование методами компьютерного моделирования потенциальных механизмов блокирующего воздействия гетерофункционально модифицированных анионных полиэлектролитов в ряду производных сополимеров ма-леинового ангидрида на белковые (нано) медиаторы слияния оболочки ВИЧ с клеточной мембраной.

Конформационная емкость - количество (множество) возможных конформеров молекулы.

Заключение диссертации по теме «Высокомолекулярные соединения», Цветков, Владимир Борисович

ВЫВОДЫ

1. Впервые методами докиига и молекулярной динамики выполнено компьютерное моделирование синтетических гетерогенно-модифицированных чередующихся сополимеров малеиновой кислоты, в качестве агентов блокады ключевого нано-медиатора (5,1^2,5 нм) проникновения ВИЧ в клетки человека - триспирального комплекса (NHR)3 трех белковых молекул gp41 оболочки вируса.

2. С учетом специфики процедуры докинга и параметров исследуемых объектов разработан и реализован 7-уровневый алгоритм моделирования по принципу последовательных приближений от частных компонент химической структуры синтетических полимеров к целостным полимерным цепям. При этом показана целесообразность применения "гибкого докинга" для моделирования олигомер-ных лигандов, а на завершающих этапах моделирования - дополнительно молекулярной динамики.

3. Разработанная методология апробирована на выборке полимерных соединений, синтезированных в лаборатории и прошедших экспериментальное тестирование in vitro на анти-ВИЧ активность (-170 опытных образцов). Выявлена корреляция данных вычислительного {in silico) и биологического (in vitro) экспериментов, позволяющая интерпретировать молекулярные механизмы блокады вирусной мишени в зависимости от структуры полимерного остова, степени его полимеризации, природы и состава боковых групп и дистанций между ними. Получен также прогноз модуляции блокады мишени при введении в цепь остатков три-тиокарбонатного агента "живой" полимеризации.

4. Впервые сформулированы параметры "химического программирования" макромолекул на эффективную блокаду вирусного нанокомплекса (NHR)3. Показана возможность "переключения" способа блокирующего воздействия полимера на мишень с аксиального на более эффективный опоясывающий или комбинированный. Заданная "нано-био-селективностъ" предполагает: 1) степень полимеризации (п=30-50), соразмерную вирусной нано-мишени; 2) наличие нацеленных на "карманы" мишени эффективно-якорных алициклов; 3) оптимизацию мостиков для прививки "якорей" к полимерному остову и дистанций между местами прививки - через каждые 3-4 звена.

5. Ввиду невозможности аналогичной настройки химических параметров на заданную нано-селективность на уровне НМС, проведенные исследования подтверждают принципиальные преимущества ВМС для создания лекарств нового поколения. Полученные результаты имеют важную прикладную перспективу проектирования и направленного синтеза ВМС-лекарств против ВИЧ и других инфекционных агентов, проникающих в клетки человека посредством белковых медиаторов слияния (1 и 3 классов).

Основное содержание диссертационной работы изложено в публикаг^иях [192-205]

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Цветков, Владимир Борисович, 2012 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ *

1. Овчинников Ю.А. Биоорганическая химия. - М.: Просвещение, 1987. -815 с.

2. Зинченко А.И. Основы молекулярной биологии вирусов и антивирусной терапии. - Минск: Высшейшая школа, 2005. - 214 с.

3. Букринская А.Г. Вирусология. - М.: Медицина, 1986. - 336 с.

4. Alberts В., Johnson A., Lewis J., Raff М., Roberts К., Walter P. Molecular Biology of the Cell / 5th edition - New York: Garland Science, 2007. - 1725 p.

5. Геннис P. Биомембраны. Молекулярная структура и функции. - М.: Мир, 1997. -624 с.

6. Чизмаджев Ю.А. Мембранная биология: от липидных бислоев до молекулярных машин // Соросовский образовательный журнал. - 2000. - Т. 6, № 8. -С. 12-17.

7. Сербии А.В. Пути создания биоселективных полимерных систем комбинированного противовирусного действия // Дисс. ... д.х.н.: 02.00.06 - М., 2005. -333 С.

8. Атлас по медицинской микробиологии, вирусологии и иммунологии / Ред. Воробьев А.А., Быков А.С. - М.: МИА, 2003 - 232 с.

9. The Springer Index of Viruses / Ed. by Tidona C., Darai G. 2nd edition. - Springer Sci, Business Media, 2011.-2088 p.

10. Field's Virology / Ed. by Knipe D. M., Howley P. M. 5th Edition. - Philadelphia: Lippincott-Raven Publishers, 2007. - 2950 p.

11. Virus taxonomy. Ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses - International Union of microbiological Societies, Virology Division / Ed. by King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. - London- Washington-San-Diego: Elsevier Inc, 2012-P. 1326.

12. Mori Y., Matsuura Y. Structure of hepatitis E viral particle // Virus Research -2011. Vol. 161. № LP. 59-64.

13. Dong J., Dong L., Méndez E., Tao Y. Crystal structure of the human astrovirus capsid spike//PNAS. 2011. Vol. 108. №31. P. 12681.

14. Cotmore S.F., Tattersall P. Parvoviral Host Range and Cell Entry Mechanisms // Advances in Virus Research. 2007. Vol. 70. P. 183-232.

15. Lindenbach B.D., Thiel H.-J., Rice C.M. The Flaviviridae: Viruses and Their Replication // Field's Virology / Ed. by Knipe D. M., Howley P. M. 5th Edition. -Philadelphia: Lippincott-Raven Publishers, 2007. - P. 1101-1152.

* Авто библиографический список работ диссертанта, опубликованных по теме диссертации, представлен в конце перечня цитированных работ других авторов и отмечен индексом «А».

16. Tupanceska D., Zaid A., Rulli N.E., Thomas S., Lidbury B.A., Matthaei K.I., Ramirez R., Mahalingam S. Ross River Virus: An Arthritogenic Alphavirus of Significant Importance in the Asia Pacific // Emerging Viral Diseases of Southeast Asia. Issues Infection Disease. / Ed. by Lai S.K. - Basel: Karger, 2007. Vol 4. P. 94-111

17. Carter G.R., Wise D.J. Coronaviridae // A Concise Review of Veterinary Virology / Carter G.R., Wise D.J. and Flores E.F. International Veterinary Information Service, Ithaca NY (URL: www.ivis.org), Last updated: 14-Dec-2005; A3424.1205

18. Neuman B.W., Adair B.D., Yoshioka C., Quispe J.D., Orca G., Kuhn P., Milligan R.A., Yeager M., Buchmeier M.J. Supramolecular Architecture of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Revealed by Electron Cryomicroscopy // Journal of Virology. 2006. Vol. 80. № 16. P. 7918-7928.

19. Zhu P., Winkler H., Chertova E., Taylor K.A., Roux K.H.Cryoelectron Tomography of HIV-1 Envelope Spikes: Further Evidence for Tripod-Like Legs // PLoS Pathogens. 2008. Vol. 4. № 11. 9 p. URL: http://www.plospathogens.org/

20. Hu G., Liu J., Taylor K.A., Roux K.H. Structural Comparison of HIV-1 Envelope Spikes with and without the VI/V2 Loop // Journal of Virology. 2011. Vol. 85. № 6. P. 2741-2750

21. ViPR - Virus Pathogen Resource. URL: http://www.viprbrc.org

22. Bishop D.H., Calisher C.H., Casals J., Chumakov M.P., Gaidamovich S.Y., Hannoun C., Lvov D.K., Marshall I.D., Oker-Blom N., Pettersson R.F., Porterfield J.S., Russell P.K., Shope R.E., Westaway E.G. Bunyaviridae // Intervirology. 1980. Vol. 14. № 3-4. P. 125-143.

23. Overby A.K., Pettersson R.F., Grunewald K., Huiskonen J.T. Insights into bunyavirus architecture from electron cryotomography of Uukuniemi virus // PNAS. 2008. Vol. 105. № 7. P. 2375-2379.

24. Southern P.J. Arenaviridae: The viruses and their replication // Field's Virology. Vol. 1 / Ed. by Knipe D. M., Howley P. M. 3d Edition. - Philadelphia: LippincottRaven Publishers, 1996-P. 1505-1519.

25. Roseman A.M., Berriman J.A., Wynne S.A., Butler P.J.G., Crowther R.A. A structural model for maturation of the hepatitis В virus core // PNAS. 2005. Vol. 102. № 44 - P. 15821-15826.

26. Human Herpesviruses: Biology, Therapy, and Immunoprophylaxis // Ed. by Arvin A., Campadelli-Fiume G., Mocarski E. - Cambridge: Cambridge University Press, 2007,- 1388 p.

27. Cyrklaff M., Risco C., Fernandez J.J., Jimenez M.V., Esteban M., Baumeister W., Carrascosa J.L. Cryo-electron tomography of vaccinia virus // PNAS. 2005. Vol. 102. № 8. P. 2772-2777

28. Levy, J. А. Патогенез ВИЧ-инфекции: 25 лет открытий и загадок // AIDS (русское издание International AIDS Society). - 2009 - Т. 2, № 2. - С. 99-112.

29. Gelderblom H.R., Hausmann E.H.S., Ozel M., Pauli G. Morphogenesis and morphology of HIV Structure-function relations // Archives of Virology. 1989. Vol. 106. P. 1-13.

30. Gelderblom H.R., Boller K. Human Immunodeficiency Virus: From Virus Structure to Pathogenesis // Structure-Function Relationships of Human Pathogenic Viruses / Ed. by Holzenburg and Bogner - Kluwer Academic Plenum Publishers. -NY, 2002-P. 295-330.

31. Hedestam G.B. K., Fouchier R.A.M., Phogat S., Burton D.R., Sodroski J., Wyatt R.T. The challenges of eliciting neutralizing antibodies to HIV-1 and to influenza virus //Nature Reviews Microbiology. 2008. Vol. 6. P. 143-155.

32. Hertje M., Zhou M., Dietrich U. Inhibition of HIV-1 Entry: Multiple Keys to Close the Door // ChemMedChem (Wiley-VCH Verlag GmbH& Co.). 2010. Vol. 5. № 11. P. 1825-1835.

33. Ohshiro Y., Murakami Т., Matsuda K., Nishioka K., Yoshida K., Yamamoto N. Role of cell surface glycosaminoglycans of human T cells in human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) infection // Microbiology & Immunology. 1996. Vol. 40. № 11. P. 827-835.

34. Zhang Y.J., Hatziioannou Т., Zang Т., Braaten D., Luban J., Goff S.P., Bieniasz P.D. Envelope-dependent, cyclophilin-independent effects of glycosaminoglycans on human immunodeficiency virus type 1 attachment and infection // Journal of Virology. 2002. Vol. 76. № 12. P. 6332-6343.

35. Ibrahim J., Griffin P., Coombe D.R., Rider C.C., James W. Cell-surface heparan sulfate facilitates human immunodeficiency virus Type 1 entry into some cell lines but not primary lymphocytes // Virus Research. 1999. Vol. 60. № 2. P. 159-169.

36. De Clercq E. Strategies in the design of antiviral drugs // Nature Reviews. Drug Discovery. 2002. Vol. 1. P. 13-25.

37. Kwang P.D., Wyatt R., Sattentau Q.J., Sodroski J., Hendrickson A. Oligomeric modeling and electrostatic analysis of the gp 120 envelope glycoprotein of human immunodeficiency virus. // Journal of Virology. 2000. Vol. 74. № 4. P.1961-1972

38. Moulard M., Lortat-Jacob H., Mondor I., Roca G., Wyatt R., Sodroski J., Zhao L., Olson W., Kwong P.D., Sattentau Q.J. Selective interactions of poly anions with basic surfaces on human immunodeficiency virus type 1 gpl20 // Journal of Virology. 2000. Vol. 74. № 4. P. 1948-1960.

39. Zwick M.B., Saphire E.O., Burton D.R. Gp41: HIV's shy protein // Nature Medicine. 2004. Vol. 10. P. 133-134.

40. Tsibris A. Update on CCR5 inhibitors: scientific rationale, clinical evidence, and anticipated uses // The PRN Notebook (URL: www.prn.org). 2007. Vol. 12. P. 1-9.

41. Хаитов P.M., Игнатьева Г.А. СПИД. - M.: Народная академия культуры и общечеловеческих ценностей, 1992. - 352 с.

42. Тимофеев И. В., Бакулина А. Ю., Сербии А. В., Тимофеев Д. И., Киселева Я. Ю., Пермииова Н. Г. Биотехнологические аспекты анализа функции хемокинового рецептора CCR5, его пространственной организации и роли в патогенезе ВИЧ-инфекции // Биотехнология. - 2002. - № 4. - С. 1531.

43. Тимофеев И.В., Сербии А.В., Тимофеев Д.И., Бакулина А.Ю., Киселева Я.Ю., Перминова Н.Г. Анализ структурно-функциональной организации хемокинового рецептора CXCR4 и поиск новых подходов к терапии ВИЧ-инфекции // Биотехнология. - 2003. - № 4. - С. 3-21.

44. Montano М., Williamson С. The Molecular Virology of HIV-1 // AIDS in Africa - Springer Link, 2002 - P. 11-34

45. Mc Manus C.M., Doms R.W. Fusion Mediated by the HIV-1 Envelope Protein // Subcellular Biochemistry. 2002. Vol. 34. P. 457-482

46. Follis K.E. Genetic Evidence that Interhelical Packing Interactions in the gp41 Core Are Critical for Transition of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Envelope Glycoprotein to the Fusion-Active State // Journal of Virology. 2002. Vol. 76. № 14. P. 7356-7362.

47. Peisajovich S.G., Shai Y. HIV gp41: A Viral Membrane Fusion Machine // Viral Membrane Proteins: Structure, Function, and Drug Design, ed. by Fischer W. -NY: Kluwer Academic / Plenum Publishers, 2005. - P.35-47

48. Garg H., Blumenthal R. Role of HIV Gp41 mediated fusion/hemifusion in bystander apoptosis // Cellular and Molecular Life Sciences. 2008. Vol. 65. № 20. P. 3134-3144.

49. Tan K., Liu J.-H., Wang J.-H., Shen S., Lu, M. Atomic structure of a thermostable subdomain of HIV-1 gp41 // Proceedings of the National Academy of Sciences. USA. 1997. Vol. 94. P.12303-12308.

50. Chan D.C., Fass D., Berger J.M., Kim P.S. Core structure of gp41 from the HIV envelope glycoprotein // Cell. 1997. Vol. 89. P. 263-273.

51. Koshiba Т., Chan D.C. The prefusogenic intermediate of HIV-1 gp41 contains exposed C-peptide regions // Journal of Biological Chemistry. 2003. Vol. 278. № 9. P. 7573-7579.

52. Taylor В., Olender S., Wilkin T.J., Hammer S.M. Advances in Antiretroviral Therapy // Topics in Antiviral Medicine (IAS-USA). 2011. Vol. 19. № 2. P. 69-97.

53. Тимофеев Д.И.., Перминова Н.Г., Сербии A.B., Тимофеев И.В. Мембрано-тропные соединения и препараты, воздействующие на ранние стадии ВИЧ-инфекции // Антибиотики и химиотерапия. - 2003. - Т. 48, № 2. - С. 29-41.

54. Lobritz М.А., Ratcliff A.N., Arts E.J. HIV-1 Entry, Inhibitors, and Resistance // Viruses. 2010. Vol. 2. P. 1069-1105.

55. Johnson V.A., Calvez V., Gunthard H.F., Paredes R., Pillay D., Shafer R., Wensing A.M., Richman D.D. 2011 Update of the Drug Resistance Mutations in

HIV-1 // Topics in Antiviral Medicine (IAS-USA). 2011. Vol. 19. № 4. P. 156-164

56. Cai L., Jiang S. Development of Peptide and Small-Molecule HIV-1 Fusion Inhibitors that Target gp41 // ChemMedChem. 2010. Vol. 5. № 11. P. 1813-1824.

57. Frey G., Rits-Volloch S., Zhang X.Q., Schooley R.T., Chen B., Harrison S.C. Small molecules that bind the inner core of gp41 and inhibit HIV envelope-mediated fusion // Proceedings of the National Academy of Sciences. USA. 2006. Vol. 103. № 38. P. 13938-13943.

58. Zhou G., Wu D., Snyder B., Ptak R.G., Kaur H., Gochin M. Development of indole compounds as small molecule fusion inhibitors targeting HIV-1 glycoprotein^ // Journal of Medicinal Chemistry. 2011. Vol. 54. № 20. P. 7220-723.

59. Liu K., Lu H., Hou L., Qi Z., Teixeira C., Barbault F., Fan B-T., Liu S., Jiang S., Xie L. Design, Synthesis, and Biological Evaluation of N-Carboxyphenylpyrrole Derivatives as Potent HIV Fusion Inhibitors Targeting gp41 // Journal of Medicinal Chemistry. 2008. Vol. 51. № 24. P. 7843-7854.

60. Wild C.T., Shugars D.C., Greenwell T.K., McDanal C.B., Matthews T.J. Peptides corresponding to a predictive a-helical domain of human immunodeficiency virus type 1 gp41 are potent inhibitors of virus infection // Proceedings of the National Academy of Sciences. USA. 1994. Vol. 91. P. 9770-9774.

61. Judice J.K., et al. Inhibition of HIV type 1 infectivity by constrained a-helical peptides: implications for the viral fusion mechanism. // Proceedings of the National Academy of Sciences. USA. 1997. Vol. 94. P. 13426-13430.

62. Wang W., Weiss C.D. Inhibitors that target fusion // Entry Inhibitors in HIV Therapy (ed. By Reeves J.D., Derdeyn C.A.). - Birkhuser Verlag/Switzerland, 2007 -P. 79-97.

63. Kilby J.M., Eron J.J. Novel Therapies Based on Mechanisms of HIV-1 Cell Entry //New England Journal of Medicine. 2003. Vol. 348. P. 2228-2238.

64. Colman P.M. New Antivirals and Drug Resistance /7 Annual Review of Biochemistry. 2009. 78:95-118

65. Cunico W., Gomes C.R.B., Vellasco Junior W.T. HIV - recentes avancos na esquisa de farmacos //Quimica Nova. 2008. Vol. 31. № 8. P. 2111-2117.

66. Frey G., Peng H., Rits-Volloch S., Morelli M., Cheng Y., Chen B. A fusion-intermediate state of HIV-1 gp41 targeted by broadly neutralizing antibodies // Journal of the National Academy of Sciences. USA. 2008. Vol. 105. № 10. P. 3739-3744.

67. Sabin C., Corti D., Buzon V., Seaman M.S., Hulsik D.L., Hinz A., Vanzetta F., Agatic G., Silacci C., Mainetti L., Scarlatti G., Sallusto F., Weiss R., Lanzavecchia A., Weissenhorn W. Crystal Structure and Size-Dependent Neutralization Properties of HK20, a Human Monoclonal Antibody Binding to the Highly Conserved Heptad Repeat 1 of gp41 // PLoS Pathogens. 2010. Vol. 6. № 11. - elOOl 195 (URL: http://www.plospathogens.org/).

68. Nelson J.D., Kinkead H., Brunei F.M., Leaman D., Jensen R., Louis J.M., Maruyama T., Bewley C.A., Bowdish K., Clore G.M., Dawson P.E., Frederickson S., Mage R.G., Richman D.D., Burton D.R., Zwick M.B. Antibody elicited against the gp41 N-heptad repeat (NHR) coiled-coil can neutralize HIV-l with modest potency but non-neutralizing antibodies also bind to NHR mimetics // Virology. 2008. Vol. 377. P. 170-183.

69. Yuan W., Li X., Kasterka M., Gorny M.K., Zolla-Pazner S., Sodroski J. Oligo-mer-Specific Conformations of the Human Immunodeficiency Virus (HIV-l) gp41 Envelope Glycoprotein Ectodomain Recognized by Human Monoclonal Antibodies // AIDS Research and Human Retroviruses. 2009. Vol. 25. № 3. P. 319-328.

70. Welch BD, Francis JN, Redman JS, Paul S, Weinstock MT. Design of a Potent D-Peptide HIV-l Entry Inhibitor with a Strong Barrier to Resistance // Journal of Virology. 2010. Vol. 84. № 21. P.l 1235-11244.

71. Baron A., Kreuz С., Gosselin G., Lamaty F., Martinez J., Surleraux D., Pierra C., Clayette P. Synthesis and Anti-HIV Activity of d-peptide Analogs as HIV Fusion Inhibitors // Antiviral Research. 2011. Vol. 90. № 2. P. A28-29.

72. Gaston F. Développement d'inhibiteurs d'entrée du virus VIH-1 // These Présentée pour obtenir le titre de Docteur de L'Universite de Provence Aix-Marseillei: Bioinformatique, Biochimie structurale et génomique - Toulouse, 2008. - 250 p.

73. Hörne W.S., Cellman S.H. Foldamers with Heterogeneous Backbones // Accounts of Chemical Research. 2008. Vol. 41. № 10. P. 1399-1408.

74. Hörne W.S., Johnson L.M., Ketas T.J., Klasse P.J., Lu M., Moore J.P., Gellman S.H. Structural and biological mimicry of protein surface recognition by a/ß-peptide foldamers // Proceedings of the National Academy of Sciences. USA. 2009. Vol. 106. № 35. P. 14751-14756.

75. Neurath A.R., Strick N., Li Y.Y., Debnath A.K. Cellulose acetate phthalate, a common pharmaceutical excipient, inactivates HIV-l and blocks the coreceptor binding site on the virus envelope glycoprotein gpl20 // BMC Infectious Diseases. 2001. Vol. 1. URL: http://www.biomedcentral.eom/1471-2334/l/17

76. Neurath A.R., Strick N., Jiang S., Li Y.Y., Debnath A.K. Anti-HIV-1 activity of cellulose acetate phthalate: Synergy with soluble CD4 and induction of "dead-end" gp41 six-helix bundles // BMC Infectious Diseases. 2002. Vol. 2. URL: http://www.biomedcentral.eom/1471-2334/2/6

77. Давыдова А.Г., Стоцкая JI.JI., Березина JI.K., Осипова Л.В., Баринский И.Ф., Кренцель Б.А., Кнороз М.Ю., Микули С.А., Попова О.М., Сербии A.B. Противовирусный и иммуностимулирующий эффект сополимеров малеинового ангидрида при экспериментальных нейровирусных инфекциях // Вопросы вирусологии. - 1986. - № 5. - С.595-598.

78. Сербии A.B. Биологически активные сополимеры на основе фурана и малеинового ангидрида//Дисс. ..к.х.н.: 02.00.06-М., 1987. - 150 с.

79. Сербии А.В., Стоцкая JI.JL, Крендель Б.А., Грибенча С.В., Давыдова А.А., Лазоренко А.А., Березина Л.К., Баринский И.Ф. Сополимеры на основе фу-рана и малеинового ангидрида и перспективы их использования в медицине // Полимеры медицинского назначения (под ред. Платэ Н.А.). - М.: «Наука», 1988 -С. 127-152.

80. Barinsky I.F., Krentsel В.А., Gribencha S.V., Serbin A.V., Davydova A.A., Stotskaya L.L., Lazarenko A.A. and Berezina L.K. Furan-maleic anhydride copolymers and their potential uses in the chemotherapy of viral infections // Soviet Medicine Reviews, Series E: Virology Reviews. 1991. № 4. P.79-102.

81. Иорданская Л.И., Сербии А.В., Стоцкая Л.Л., Улогова Ю.В., Алексеева С.Д., Гурашев В.Н., Губайдулин Л.Ю., Логунов Е.И., Козловский М.М., Виноград И.А. Сополимеры малеинового ангидрида с 1,4-ди-изо-пропоксибутеном-2 и их производные, обладающие противовирусными свойствами / Авторское свидетельство СССР № 1684290. 1991.

82. Иорданская Л.И., Стоцкая Л.Л., Улогова Ю.В., Сербии А.В., Кренцель Б.А., Старшинова И.В., Щитков К.Г., Русаков И.Г., Чиссов В.И., Козлов A.M., Су-хин Г.М., Печерских Е.В., Саранцева О.С., Наточин Ю.В., Резник Л.В., Воронина З.Д. Комплексное соединение цис-диаминоплатины (II) с сополимером Na-соли малеиновой кислоты и фурана, обладающее иммуностимулирующей и противоопухолевой активностью, с широким интервалом терапевтических доз при низкой нефротоксичности // Патент РФ №2033998.1995.

83. Serbin А. V. New anti-viral drug design for ecological security of people // Ecological Congress International Journal. 1997. Vol. 1. № 2. P. 31-34.

84. Тимофеев Д.И., Перминова Н.Г., Сербии A.B., Киселева Я.Ю., Неклюдов В.В., Ватолин Г.Ю., Касьян Л.И., Гребиник Т.С., Тимофеев И.В. ВИЧ-ингибирующая активность поликарбоксилатных матриц и соединений на их основе, содержащих адамантановые и норборненовые фармакофоры // Антибиотики и химиотерапия. - 2003. - Т. 48, № 5. - С. 7-15.

85. Serbin А.V., Kasyan L.I., Bourcteine М.Е., Boukrinskaya A.G. Norbornene containing antivirals: synthesis and evaluation of new poly anionic derivatives // Antiviral Research. 1999. Vol. 41. № 2. P. 46.

86. Киселева Я.Ю., Перминова Н.Г., Плясунова O.A., Тимофеев Д.И., Сербии А.В., Касьян Л.И., Егоров Ю.А., Гребиник Т.С., Тимофеев И.В. Противовирусная активность мембранотропных соединений, модифицированных ада-мантановыми и норборненовыми фармакофорами в отношении различных штаммов ВИЧ-1 // Молекулярная генетика, эпидемиология и вирусология. -2005,-№2.-С. 33-36.

87. Bukrinskaya A.G., Serbin A.V., Bogdan О.Р., Stotskaya L.L., Alimova I.V., Klimochkin Yu.N. Adamantane Analogues Block Early Steps of HIV Infection // Antiviral Research. 1993. Vol. 20. № 1. P. 63.

88. Boukrinskaia A.G., Serbin A.V., Bogdan O.P., Stotskaya L.L., Alymova I.V., Klimoehkin Yu.N. Polymerie Adamantane Analogues // US Patent № US005880154A. 1999.

89. Burshtein M.E. Serbin A.V., Khakhulina T.V., Alymova I.V., Stotskaya L.L., Bogdan O.P., Manukchina E.E., Jdanov V.V., Sharova N.K., Bukrinskaya A.G. Inhibition of HIV-1 replication by newly developed adamantane-containing polyanionic agents // Antiviral Research. 1999. Vol. 41. № 3. P. 135-144.

90. Букринская А.Г. Бурштейн M.E., Алиханова О. JI., Ермаков И.В., Касьян Л.И., А.О. Касьян, A.B. Сербии, Тарабара И.Н. Полианионные производные норборнана, способ получения и ингибиторы репродукции вируса иммунодефицита человека на их основе // Патент РФ № 2281297. 2006.

91. Egorov Y., Serbin A., Alikhanova О., Burshtein М., Lupandin S., Bukrinskaya A. Raft-tropic antivirals: 1. Synthesis and anti-HIV-l evaluation of cholesten-containing polyanions // Antiviral Research. 2007. Vol. 74. № 3. P. 49.

92. Егоров Ю.А. Модификация структуры и биоселективности полимерных кар-бокси- и сульфокислот функциональными производными алициклического ряда // Дисс.. .K.X.H.: 02.00.06 - М., 2006. - 128 с.

93. Egorov Y., Serbin A., Kasyan L., Tarabara I., Alikhanova О. Intramolecular ali-cyclic synergists for polyanionic antivirals // Antiviral Research. 2006. Vol. 70. №

1.P. 42.

94. Serbin A., Karaseva E., Egorov Y., Dunaeva I., Pavlova M., Kushch A. A macromolecular basis for microbicides dual protecting against HIV and cytomegalovirus infection// Antiviral Research. 2009. Vol. 82. № 2. P. 66.

95. Карасева E.H. синтез и свойства анионных полиэлектролитов, содержащих фрагменты аминокислот и наноструктурирующих белков капсида ВИЧ // Дисс.. .к.х.н.: 02.00.06-М, 2010- 135 с.

96. Перминова Н.Г., Сербии A.B., Тимофеев Д.И., Плясунова O.A., Киселева Я.Ю., Карпышев H.H., Ватолин Г.Ю., Неклюдов В.В., Бакулина А.Ю., Тимофеев И.В. Экспериментальная оценка анти-ВИЧ эффективности комплексных мембранотропных соединений с включением пептидных псевдолигандов // Биотехнология. - 2003. - № 5. - С. 26-36. (Biotechnology in Russia. 2003. № 5. P. 25-35).

97. Тимофеев И.В., Перминова Н.Г., Сербии A.B., Тимофеев Д.И., Плясунова O.A. Комплекс мембранотропных соединений для профилактики и лечения ВИЧ-инфекции//Патент РФ 2315617. 2005.

98. Serbin A.V., Timofeyev I.V., Alikhanova O.L., Perminova N.G., Semerikov V.N., Karpyshev N.N., Ermakov I.V., Timofeyev D.I., Grebinic T.S., Bakulina A.Y., Margolis L., Kiseleva Y.Y. Synthetic polymeric antagonists for receptors of HIV-1 entry into human cells // Antiviral Research. 2004.Vol. 62. №

2. P. 35.

99. Karaseva E., Serbin A., Rodionov I., Vasiliev A., Abramov V., Alikhanova O. HIV-1 Gag matrix protein fragments and polyaeid conjugates designed for the HIV inhibition // Antiviral Research. 2009. Vol. 82. № 2. P. 59.

100. Serbin A., Egorov Y., Alikhanova O. Poly-cooperation of ionic and non-ionic antiviral vectors // Antiviral Research. 2007. Vol. 74. № 3. P. 51.

101. Stotskaya L.L., Serbin A.V. Antiviral Macromolecular Therapeutic Systems: Principles and Methods of Design // Antiviral Research. 1993. Vol. 20. № 1. P. 183.

102. Stotskaya L.L., Serbin A.V., Munshi K., Kozeletskaya K.N., Somnina A.A., Kiselev O.I., Zaitseva K.V., Natochin Y.V. The efficacy of new adamantane-containing polymers against the influenza virus and their effect on membrane ion transport // Pharmaceutical Chemistry Journal. 1995. Vol. 29 № 3. P. 171-174.

103. Serbin A.V., Klimochkin Yu.N., Boukrinskaya A.G., Stotskaya L.L., Kasyan L.I., Kozeletskaya K.N. Polymeric redesign of adamantane, norbornane and azidothymidine related antiviral drug // Antiviral Research. 2002. Vol. 53. № 3. P. A50.

104. Serbin A., Egorov Y., Tykvinski S., Alikhanova O. Nano-responsible multifunctional antivirals // Antiviral Research. 2006. Vol. 70. № 1. P. 86.

105. Burshtein M., Serbin A., Bukrinskaya A. Effect of different adamantane and norbornene derivatives on HIV-1 infection in vitro. // Antiviral Research. 2006. Vol. 70. № l.P. 45.

106. Стоцкая JI.JI., Сербии A.B., Муиши К., Козелецкая К.Н., Сомиииа А.А., Киселев О.И., Зайцева К.В., Наточин Ю.В. Эффективность новых адамантансо-держащих полимерных соединений против вируса гриппа и их влияние на мембранный транспорт ионов // Химико-фармацевтический журнал. - 1995. -Т. 29, №3.-С. 19-21.

107. Козелецкая К.Н., Стоцкая Л.Л., Сербии А.В., Мунши К., Соминина А.А., Киселев О.И.. Структура и антивирусная активность адамантансодержащих препаратов // Вопросы вирусологии. - 2003. - Т. 48, № 5. - С. 19-26.

108. Павлова М.В., Федорова Н.Е., Сербии А.В., Климова Е.В., Карасева Е.Н., Голышев С.А., Поляков В.Ю., Кущ А.А. Влияние мембраноактивных полианионных соединений на различные стадии жизненного цикла цитомегало-вируса человека в клетках in vitro // Антибиотики и химиотерапия. - 2008. -Т. 53, № 11-12.-С. 3-10.

109. Bourcteine М.Е., Serbin A.V., Khakhulina T.V., Kasyan L.I., Kasyan A.O., and Boukrinskaya A.G. Newly developed polyanionic derivative of norbornene inhibits HIV-1 replication // Antiviral Research. 1999. Vol. 41. № 2. P.45.

110. Huang SY, Zou X (2010) Advances and challenges in protein-ligand docking // International Journal of Molecular Sciences. Vol. 11. P. 3016-3034.

111. Mohan V., Gibbs A.C., Cummings M.D., Jaeger E.P., DesJarlais R.L. Docking: successes and challenges // Current Pharmaceutical Design. 2005. Vol. 11. P. 323-333

112. Taylor R.D., Jewsbury P.J., Essex J.W. A review of protein-small molecule docking methods // Journal of Computer-Aided Molecular Design. 2002. Vol. 16. P. 151-166.

113. PDB 1AIK-HIV gp41 core structure. URL: htip :/7www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureld::::: 1 AI К

114. Ramirez C.G.G. Desino, sintesis y estructura de dominios helicoidales influencia la introducción de aminoácidos D // Doctoral tesis - Barcelona, 2007. - 60 p.

115. Katritzky A.R., Tala S.R., Lu H., Vakulenko A.V., Chen Q.Y., Sivapackiam J., Pandya K., Jiang S., Debnath A.K. Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship of a Novel Series of 2-Aryl 5-(4-Oxo-3-phenethyl-2-thioxothiazolidinylidenemethyl)furans as HIV-1 Entry Inhibitors // Journal of Medicinal Chemistry. 2009. Vol. 52. № 23. P. 7631-7639.

116. Jiang S., Lu H., He Y., Debnath A.K. N-Substituted Pyrrole Derivatives as Novel Human Immunodeficiency Virus Type 1 Entry Inhibitors That Interfere with the gp41 Six-Helix Bundle Formation and Block Virus Fusion // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2004. Vol. 48. № 11. P. 4349-4359.

117. Cong X.J., Tan J.J., Liu M., Chen W.Z., Wang C.X. Computational Study of Binding Mode for N-substituted Pyrrole Derivatives to HIV-1 gp41 // Progress in Biochemistry and Biophysics. 2010. Vol. 37. № 8. P. 904-915.

118. Teixeira C., Barbault F., Rebehmed J., Liu K., Xie L., Lu H., Jiang S., Fana B.T., Maurel F. Molecular modeling studies of N-substituted pyrrole derivatives— Potential HIV-1 gp41 inhibitors // Bioorganic & Medicinal Chemistry. 2008. Vol. 16. P. 3039-3048.

119. Index Nominum: International Drug Directory. 20th Edition - MedPharm, 2011. -2889 p. - ISBN: 978-3-8047-5053-1

120. Killian MS, Levy J.A. HIV/AIDS: 30 years of progress and future challenges // European Journal of Immunology. 2011. Vol. 41. № 12. P. 3401-3411.

121. HIV drug resistance. WHO information (2011) -URL: In tp ://www.who.int/hiv/topics/drugresistance/en/index.html

122. Maeda H. Recollections of 45 years in research: from protein chemistry to polymeric drugs to the EPR effect in cancer therapy. - N.Y.: Nova Science PUBLISHER, 2012. - 580 p. - ISBN: 978-1-61761-101-8

123. Kelly CG, Shattock RJ (2011) Specific microbicides in the prevention of HIV infection // Journal of Internal Medicine. Vol. 270. P. 509-519.

124. Платэ H.A., Васильев A.E. Физиологически активные полимеры. - М.: Химия, 1986.-296 с.

125. Rosenfeld R., Vajda S., DeLisi С. Flexible docking and design // Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 1995. Vol. 24. P. 677-700.

126. Dias R., Filgueira de Azevedo Jr. W. Molecular Docking Algorithms // Current Drug Targets. 2008. Vol. 9. P. 1040-1047.

127. Nikolaienko Г Ли., Bulavin L.A., Govorun D.M .(2011) The S'-deoxyadenylic acid molecule conformational capacity: quantum-mechanical investigation using density functional theory (DFT) // Ukr.Biokhim.Zh. 2011. Vol. 83. № 4. P. 16-28.

128. Ponomar'ova A.H., Iurenko LP., Zhurakivs'kyi R.O., Hovorun D.M. (2011) Conformational capacity of 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxyadenosine as a key to understanding its biological activity: results of quantum chemical modeling // Ukr.Biokhim.Zh. 2011. Vol. 83. № 2. P.74-84.

129. Балашова О.А. Компьютерное моделирование разбавленных растворов по-лиамфолитов // Дисс. к.х.н. - Тверь, 2007 - 112 с. URL: http://www.dissercat.com/content/kompyuternoe-modelirovanie-razbavlennykh-rastvorov-poliamfolitov

130. Li J. Basic molecular dynamics // Handbook of Materials Modeling (ed. by Yip S.) - New York: Springer, 2005. - P. 565-588. URL: http://li.mit.edn/Archive/Papers/05/Li05-2.8.pdf

131. Lu M., Ji H., Shen S. Subdomain folding and biological activity of the core structure from human immunodeficiency virus type 1 gp41: implications for viral membrane fusion // Journal of Virology. 1999. Vol. 73. № 5. P. 4433-4438.

132. Lu M., Stoller M.O., Wang S., Liu J., Fagan M.B. Structural and functional analysis of interhelical interactions in the human immunodeficiency virus type 1 gp41 envelope glycoprotein by alanine-scanning mutagenesis // Journal of Virology. 2001. Vol. 75. №22. P. 11146-11156.

133. Markosyan R.M., Ma X., Lu M., Nunberg J.H. The mechanism of inhibition of HIV-1 Env-mediated cell-cell fusion by recombinant cores of gp41 ectodomain // Virology. 2002. Vol. 302. № 1. P. 174-184.

134. Qadir M.I., Malik S.A. Genetic variation in the HR region of the env gene of HIV: a perspective for resistance to HIV fusion inhibitors // AIDS Research and Human Retroviruses. 2010. Vol. 26. № 11. P. 1-7.

135. Muegge I.A., Martin Y.C. General and fast scoring function for protein-ligand interactions: a simplified potential approach // Journal of Medicinal Chemistry. 1999. Vol. 42. №5. P. 791-804.

136. Liu J., Shu W., Fagan M.B., Nunberg J.H., Lu M. Structural and functional analysis of the HIV gp41 core containing an Ile573 to Thr substitution: implications for membrane fusion // Biochemistry. 2001. Vol. 40. P. 2797-2807.

137. Gallo S.A., Puri A., Blumenthal R. HIV-1 gp41 six-helix bundle formation occurs rapidly after the engagement of gpl20 by CXCR4 in the HIV-1 Env-mediated fusion process //Biochemistry. 2001. Vol. 40. № 41. P. 12231-12236.

138. Карасева E.H., Сербии A.B., Коротков С.Г., Дунаева И.В., Талызенков Ю.А., Бондаренко Т.Н., Филатова М.П., Черникова Е.В. Использование различных передатчиков цепи в синтезе сополимеров малеинового ангидрида и дивинилового эфира // Пластмассы со специальными свойствами. (под ред. Лаврова Н.А.) - СПб.: ЦОП «Профессия», 2011 -С. 64-67.-ISBN 978-5-91884-032-0.

139. Сербии А.В., Карасева Е.Н., Дунаева И.В., Крутько Е.Б., Талызенков Ю.А., Филатова М.П., Черникова Е.В. // Контролируемая радикальная сополимери-зация малеинового ангидрида и дивинилового эфира в присутствии агентов обратимой передачи цепи // Высокомолекулярные соединения. - 2011. - Т. 53, №3,-С. 465-474.

140. Serbin А. V., Karaseva Е. N., Dunaeva I. V., Krut'ko Е. В., Talyzenkov Yu. А., Filatova М. P., and Chernikova Е. V. Controlled Free-Radical Copolymerization of Maleic Anhydride and Divinyl Ether in the Presence of Reversible Addition-Fragmentation Chain-Transfer Agents // Polymer Science, Series B. 2011. Vol. 53. №3-4. P. 116-124.

141. Serbin A., Karaseva E., Chernikova E., Dunaeva I., Krutko E., Filatova M., Zezin A. Graft and RAFT Reactive Macro Reagents: 3. Bis-[copoly-(divinyl ether-alt-maleic anhydride)]-trithiocarbonate // Macromolecular Symposia. 2010. Vol. 296. № l.P. 80-91.

142. Kuntz I.D., Blaney J.M., Oatley S.J., Langridge R., Ferrin Т.Е. A geometric approach to macromolecule-ligand interactions // Journal of Molecular Biology. 1982. Vol. 161. № 2. P. 269-288.

143. Jones G.P., Willett P., Glen R., Leach A.R., Taylor R. Development and validation of a genetic algorithm for flexible docking // Journal of Molecular Biology. 1997. Vol. 267. №3. P. 727-748.

144. DOCK 6.5 Users Manual. URL: http://d()ck.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#ZouGBSA

145. Eldridge M. D. Murray C.W., Auton T.R., Paolini G.V., Mee R.P. Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes // Journal of Computer-Aided Molecular Design. 1997. Vol. 11. № 5. P. 425-445.

146. Palfreyman M. Т., Jorgensen E.M. In vivo analysis of membrane fusion // Encyclopedia Life Sci. - Chihester : Wiley, 2009. - P. 1-14.

147. LeDuc D. L., Shin Y.K. Insights into a structure-based mechanism of viral membrane fusion // Bioscience Reports. 2000. Vol. 20. № 6. P. 557-570.

148. Dutch R.E., Jardetzky T.S., Lamb R.A. Virus membrane fusion proteins: biological machines that undergo a metamorphosis // Bioscience Reports. 2000. Vol. 20. № 6. P. 597-612.

149. Porotto M., Doctor L., Carta P., Fornabaio M., Greengard O., Kellogg G.E., Moscona A. Inhibition of Hendra virus fusion // Journal of Virology. 2006. Vol. 80. № 19. P. 9837-9849.

150. Weissenhorn W., Carfi A., Lee K.H., Skehel J.J., Wiley D.C. Crystal structure of the Ebola virus membrane fusion subunit, GP2, from the envelope glycoprotein ectodomain // Molecular Cell. 1998. Vol. 2. P. 605-616

151. YuM, Wang E, Liu Y, Cao D., Jin N., Zhang C.W.H., Bartlam M., Rao Z., Tien P., Gao G.F. Six-helix bundle assembly and characterization of heptad repeat re-

152

153

154

155

156

157

158

159

160,

161,

162.

163.

164.

165.

166.

167.

168.

169.

170.

gions from the F protein of Newcastle disease virus // Journal of General Virology. 2002. Vol. 83. № 3. P. 623-629.

Rahaman A., Srinivasan N., Shamala N., Shaila M.S. The fusion core complex of the Peste des Petits Ruminants virus is a six-helix bundle assembly // Biochemistry. 2003. Vol. 42. № 4. P. 922-931.

Douglas J.L., Panis M.L., Ho E., Lin K.Y., Krawczyk S.H., Grant D.M., Cai R., Swaminathan S., Chen X., Cihlar T. Small molecules VP-14637 and JNJ-2408068 inhibit respiratory syncytial virus fusion by similar mechanisms // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2005. Vol. 49. № 6. P. 2460-2466. Perera R., Khaliq M., Kuhn R.J. Closing the door on flaviviruses: Entry as a target for antiviral drug design // Antiviral Research. 2008. Vol. 80. № 1. P. 11-22. Masignani V., Rappuoli R., Capecchi В., Savino S., Arico M.B. Inhibitors based on fusion, Hrl and Hr2 sequences in bacterial adhesin / US Patent. №20090176699. 2009.

Serbin A.V. New anti-viral drug design for ecological security of people // Ecological Congress International Journal. 1997. Vol. 1. № 2. P. 31-34. Иванская H. В., Трохимчук Т.Ю. Проблемы изменчивости вируса иммунодефицита человека // Biopolymers and cell. (пред. назв. Биополимеры и клетка, Бюгюлзмери i клггина). - 2004. - Т. 20, № 3. - С. 171-181. Nijhuis М. , van Maarseveen N.M., Boucher C.F.B. Antiviral resistance and impact on viral replication capacity: evolution of viruses under antiviral pressure occurs in three phases // Pharmacology. 2009. Vol. 189. P. 299-320. Tripos Inc.: 1699 South Hanley Rd., St. Louis, MO 63144-2917. 2007. URL: http://tripos.com

Deep View - Swiss-Pdb Viewer. URL: http://spdbv.vital-it.ch/ Gasteiger J., Marsili M., A new model for calculating atomic charges in molecules. // Tetrahedron Letters. 1978. Vol. 19. № 34. P. 3181-3184. Stewart J.J.P. Semiempirical Molecular Orbital Methods // Reviews in Computational Chemistry (ed. by Lipkowitz K.B., Boyd D.B.). 2007. Vol 1. P. 45 - 82. MOP AC (Molecular Orbital PACkage). URL: http://openmopac.net/ VEGA ZZ Molecular Modeling Toolkit. URL: http://www.vegazz.net/ Powell M.J.D. Restart Procedures for the Conjugate Gradient Method // Mathematical Programming. 1977. Vol. 12. P. 241-254.

Clark M., Cramer III R. D., Van Opdenbosch N. Validation of the General Purpose Tripos 5.2 Force Field // Journal of Computational Chemistry. 1989. Vol. 10. P. 982- 1012.

DOCK 6. URL: http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm Connolly M. Solvent-accessible surfaces of proteins and nucleic acids // Science. 1983. Vol. 221. P. 709-713.

DMS. URL: http://www.cgl.ucsf.edU/Overview/software.html#dms Nelder, J.A. and Mead, R., A Simplex-Method for Function Minimization // Computer Journal. 1964. Vol. 7. P. 308-313.

171. Hawkins G.D., Cramer C.J., Truhlar D.G. Pairwise Solute Desereening of Solute Charges from a Dielectric Medium // Chemical Physics Letters. 1995. Vol. 246. P. 122-129.

172. Hawkins D., Cramer C., Truhlar D. Parametrized models of aqueous free energies of solvation based on pairwise desereening of solute atomic charges from a dielectric medium // Journal of Physical Chemistry. 1996. Vol. 100. № 51. P. 19824-19839.

173. Verdonk M.L., Cole J.C., Hartshorn M.J., Murray C.W., Taylor R.D. Improved Protein-Ligand Docking Using GOLD // PROTEINS: Structure, Function, and Genetics. 2003. Vol. 52. P. 609-623

174. Clark R.D., Strizhev A., Leonard J.M., Blake J.F., Matthew J.B., Consensus scoring for ligand/protein interactions // Journal of Molecular Graphics and Modelling. 2002. Vol. 20. P. 281-295.

175. Case D.A., Darden T.A., Cheatham I Т.Е., Simmerling C.L., Wang J. AMBER 8. - San Francisco: University of California, 2004.

176. Wang, J., Wolf, R.M., Caldwell, J.W., Kollman, P.A., Case, D.A. Development and Testing of a General Amber Force Field // Journal of Computational Chemistry. 2004. Vol. 25. P. 1157-1173.

177. Duan Y., Wu C., Chowdhury S. et al. A point-charge force field for molecular mechanics simulations of proteins based on condensed-phase quantum mechanical calculations // Journal of Computational Chemistry. 2003. V. 24. P. 1999-2012.

178. Lee M.C., Duan Y. Distinguish protein decoys by using a scoring function based on a new Amber force field, short molecular dynamics simulations, and the generalized Born solvent model // Proteins. 2004. Vol. 55. P. 620-634.

179. Onufriev A., Bashford D., Case D.A. Exploring protein native states and large-scale conformational changes with a modified generalized born model // Proteins. 2004. Vol. 55. P. 383-394.

180. Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D. Comparison of simple potential functions for simulating liquid water // Journal of Chemical Physics. 1983. Vol. 79. P. 926-935.

181. Холмуродов X.T., Алтайский M.B., Пузынин И.В., Методы молекулярной динамики для моделирования физических и биологических процессов // Физика элементарных частиц и атомного ядра. - 2003. - Т. 34, № 2. -С. 474-515.

182. VMD, Visual Molecular Dynamics. URL: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

183. Kuhn W. Über die Gestalt fadenförmiger Moleküle in Losungen" (On the shape of filform molecules in solutions) // Kolloidzeitschrift. 1934. Vol. 68. P. 2.

184. Guth E., Mark H., Zur Innermolekularen Statistik, Insbesondere Bei, Kettenmolekülen I // Monatshefte Fur Chemie. 1934. Vol. 65. № 93. P. 93-121.

185. Eyring H., The Resultant Electric Moment' of Complex Molecules // Physical Review. 1932. Vol. 39. № 4. P. 746-748.

186. Oka S., Proc. // Phys.-Math. Soc. Japan 24 (1942) 657

187. Цветков B.H. Жёсткоцепные полимерные молекулы - Ленинград: Наука, 1986.-380 с.

188. Ullner М., Woodward С.Е. Orientational Correlation Function and Persistence Lengths of Flexible Polyelectrolytes // Macromolecules. 2002. Vol. 35. P. 1437-1445

189. Гросберг А.Ю., Хохлов А.П. Статистическая физика макромолекул. - М.: Наука, 1989.-344 с.

190. Cifra P., Bleha Т., Simulation of Chain Organization in Encapsulated Polymers // Macromolecular Symposia. 2010. Vol. 296. P. 336-341.

191. Кантор Ч., Шиммел П. Биофизическая химия. Т. 3. - М.: Мир, 1985. -536 с.

Автобиблиографический список работ диссертанта,

опубликованных по теме диссертации:

192а. Сербии А. В., Веселовский А. В., Цветков В. Б. Исследование in vitro и in silico интерфероногенных аналогов нуклеиновых кислот, искусственно программируемых на блокаду начальных этапов ВИЧ-инфицирования клеток // Биотехнология.-2012. -Vol. 48, № l.-C. 72-89.

193а. Serbin A.V., Karaseva E.N., Tsvetkov V.B., Alikhanova O.L., Rodionov I.L. Hybrid Polymeric Systems for Nano-Selective Counter Intervention in Virus Life Cycle // Macromolecular Symposia. 2010. Vol. 296, № 1. P. 466-477.

194A. Tsvetkov V., Veselovski A., Serbin A. Polymer-Coupled Systems for Blocking the Viral Fusion 1. Modeling in silico the in vitro HIV-1 Entry Inhibitors // Antiviral Research. 2011. Vol. 90, № 2. P. 46.

195A. Serbin A., Karaseva E., Alikhanova O., Tsvetkov V. Polymer-Cooperative Approach to multi-Blocking the Viruses // Antiviral Research. 2011. Vol. 90, № 2. P. 76.

196д. Цветков В.Б., Карасева E.H., Веселовский A.B., Сербии А.В. Искусственно-полимерные агенты блокады биополимерных наномедиаторов слияния мембран вирусов и клеток 1. Ингибиторы ВИЧ-инфекции // Пластмассы со специальными свойствами (под ред. Лаврова Н.А.) - СПб.: ЦОП «Профессия», 2011.-С. 261-266.

197а. Сербии А.В., Карасева Е.Н., Цветков В.Б. Макрореагенты для двухвекторно-го (графт+«11АРТ») направленного синтеза // Научная конференция ИНХС РАН (Москва, 6-8 апреля 2009). - Сб. тез. - С. 54.

198А Serbin А. V., Tsvetkov V. В., Veselovsky A.V., Karaseva Е. N., Alikhanova О. L. Macromolecular intervention in viral biopolymers hierarchical assembly for antiviral protection. // EUPOC 2010 - Europolymer Conference 2010 - Hierarchical-

ly Structured Polymers (Gargnano - Italy, 30 May - June 4, 2010). - Abstract Book-P. 33.

199a. Tsvetkov V., Serbin A., Veselovsky A. Computational modeling for development of multiblocking antivirals. HIV-1 entry inhibitors based on graft-variable alternating polymers // Joint NIAID-ISTC Conference: Bioinformatics. Tools and Techniques for Allergy and Infectious Disease Research (Moscow, June 7-9, 2010). -Abstract Book - P. 34. URL:

littps:/7conferences.niaid.nih.gov^iomfomiatics/Pages/ConferenceProceedings.asp x

200a. Serbin A.V., Karaseva E.N., Alikhanova O.L., Tsvetkov V.B. Polymer-cooperative blocking the viruses - strategy, synthesis, and effectiveness // European Polymer Congress 2011 (EPF'l 1). (Granada - Spain, June 26 - July 1, 2011). -Abstract Book-P. 558.

201a. Tsvetkov V.B., Veselovski A.V., Serbin A.V. Polymer-cooperative blocking the viruses: in silico modeling the in vitro HIV-1 entry inhibitors // European Polymer Congress 2011 (EPF'll) (Granada - Spain, June 26 - July 1, 2011). - Abstract Book-P. 1337.

202a Serbin A.V., Egorov Y.A., Karaseva E.N., Alikhanova O.L., Tsvetkov V.B. Polymer-Cooperative Blocking the Viruses: Cholesten Modified Polyanions for Raft-tropic Antivirals // European Polymer Congress 2011 (EPF'll) (Granada - Spain, June 26-July 1, 2011).-Abstract Book-P. 1360.

203a. Serbin A., Tsvetkov V. Biomedical Polyomics as tool and pipeline for drug-capable polymeric structures prediction // 2nd Joint NIAID-ISTC Workshop on Bioinformatics Tools and Innovations through Collaboration (Moscow, August 29 - September 2, 2011). URL: https://respond.niaid.nih.gov/conferences/ISTC201 l'R/Presentations/Serbin_Polyo mics_30082011.pdf

204л. Сербии A.B., Цветков В.Б., Карасева E.H. Искусственно-молекулярные системы поиска и нейтрализации вирусных нанообъектов // 2-ая Международная школа «Наноматериалы и нанотехнологии в живых системах. Безопасность и наномедицина» (Пансионат «Заря» - Московская обл., 19-24 Сентября 2011). - Сб. тез.- С. 99-100; С. 193-194.

205А. Сербии A.B., Карасева E.H., Цветков В.Б. Синтез и моделирование «молекулярных роботов» поиска-нейтрализации вирусных нанообъектов // 19-й Менделеевский съезд по общей и прикладной химии (Волгоград, 25-30 сентября 2011). - Сб. тез. Т. 2 - С. 567; Abstr. Book V. 2 - P. 530.