Изучение структуры, свойств и функций нового белка ядрышка SURF-6 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Ползиков, Михаил Александрович

• Ползиков, Михаил Александрович
• кандидат химических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат химических наук Ползиков, Михаил Александрович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

1. ВВЕДЕНИЕ

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1 ЯДРЫШКО - СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ

2.1.1 Ядрышко и его протеом

2.1.2 Биосинтез рибосом

2.2 БЕЛОК ЯДРЫШКА SURF

2.2.1 Локус Surfeit

2.2.2 Строение и экспрессия гена Surf

2.2.3 Экспрессия гена Surf-6 при клеточной дифференцировке и пролиферации

2.2.4 Белок SURF-6 - основные свойства

2.2.5 Взаимодействие белка SURF-6 с нуклеиновыми кислотами in vitro

2.2.6 Внутриклеточная локализация белка SURF

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Выявление нового семейства белков, обладающих консервативным SURF-6 доменом

3.2 Белок RRP14 - гомолог белка SURF-6 мыши

3.3 Ядрышковая локализация белков семейства SURFконсервативна для клеток эукариот

3.4 Определение участков молекулы SURF-6 мыши, важных для ядерной локализации белка и его доставки в ядрышко

3.5 Анализ взаимодействия SURF-6 с РНК и ДНК ядрышка in situ

3.6 Содержание белка SURF-6 в клетках мыши на разных фазах клеточного цикла

3.7 Эффекты нокдауна белка ядрышка SURF-6 в клетках мыши NIH/3T

3.8 Определение белков, взаимодействующих с SURF-6 доменом

3.9 Эффекты суперпродукции белка SURF-6 в клетках мыши линии NIH/3T

4. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

4.1. Приборы и оборудование

4.2 Методы

5. ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение структуры, свойств и функций нового белка ядрышка SURF-6»

Ядрышко - наиболее крупный структурный домен клеточного ядра, основную долю которого составляют белки [I, 2, 3]. Согласно последним данным протеомного анализа, ядрышки клеток человека содержат около 700 белков [2,4]. Значительная часть из них представлена факторами, участвующими в транскрипции рибосомных генов, процессинге новообразованных транскриптов пре-рРНК и сборке пре-рибосомных частиц, т.е. необходима для осуществления основной функции ядрышка - синтеза рибосом. Помимо этих функций некоторые специфические белки ядрышка принимают также участие в регуляции клеточного цикла, программируемой клеточной смерти - апоптоза, течения вирусных инфекций и других биологически важных процессах [1,5,6]. Однако около трети белков, выявляемых в составе выделенных ядрышек, изучены недостаточно, а их роль в клеточном метаболизме до сих пор остается невыясненной. К таким белкам относится, в частности, белок ядрышка SURF-6,

Белок SURF-6 впервые описан в 1996 г. как продукт экспрессии гена Surf-6, являющегося шестым членом локуса Surfeit в геноме мыши [7]. Его ортологи позднее были обнаружены у животных других видов, включая плодовую мушку (D. melanogaster), рыб (F. rubripes), амфибий (X. laevis) и человека [8-10]. Общим свойством известных на сегодняшний день белков SURF-6 является отсутствие в их первичной структуре каких-либо консенсусных последовательностей, которые могли бы косвенно указывать на биологическую роль этих белков в клетках млекопитающих или других организмов. На сегодняшний день наиболее подробно свойства белка SURF-6 описаны в геноме и клетках мыши. У мыши SURF-6 состоит из 355 аминокислотных остатков (а.о.), имеет изоэлектрическую точку pi 10.52 и в денатурирующих условиях проявляет электрофоретическую подвижность в районе с 43 кДа [7,8]. С помощью специфических антител к белку установлено, что в пролиферирующих клетках мыши SURF-6 частично ко-локализуется со специфическими белками ядрышка, участвующими в процессинге рРНК, а in vitro взаимодействует с нуклеиновыми кислотам (преимущественно, с РНК). На основании этих наблюдений высказано предположение, что в клетках млекопитающих SURF-6 участвует в биогенезе рибосом, хотя прямых данных в пользу этой гипотезы представлено не было [ 8 ]. Наблюдения об увеличении транскриптов Surf-б при дифференцировке эмбриональных стволовых клеток мыши по эритроидному пути были расценены как свидетельства в пользу участия SURJF-6 в клеточной дифференцировке [11]. Данные об активации экспрессии гена Surf-б человека и дрозофилы транскрипционным фактором - онкобелком с-Мус косвенно указывают на участие белка SURF-6 в процессах клеточной пролиферации и злокачественной трансформации клеток [12,13].

Однако имеющаяся на сегодняшний день информация не позволяет сделать более определенных выводов о роли SURF-6 в метаболизме клеток высших эукариот, и этот белок до сих пор относится к одним из наименее изученных белков ядрышек у млекопитающих. В связи с этим, основной целью настоящей работы было изучение структурных особенностей и функциональной значимости белка SURF-6 в клетках мыши. Для достижения этой цели в работе использовали совокупность методических подходов, включая анализ наиболее полных баз данных аминокислотных последовательностях белков и пептидов, генно-инженерные методы, классические подходы световой микроскопии и методы белковой химии, направленные на поиск возможных белковых партнеров SURF-6 in vitro.

Выполненная работа является частью структурно-функциональных исследований ядрышковых белков, и, в частности, белка SURF-6, проводимых в лаборатории структурной биохимии Института биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН.

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Ползиков, Михаил Александрович

5. ВЫВОДЫ

1. Путем анализа аминокислотных последовательностей, присутствующих в базе данных Pfam, впервые обнаружено, что белки различных таксономических групп (от дрожжей до человека) содержат консервативный SURF-6 домен, который позволяет объединить их в новое семейство - семейство SURF-6 белков.

2. Показано, что белки D. melanogaster и S. pombe, входящие в SURF-6 семейство, локализуются в ядрышках клеток мыши. Это предполагает эволюционную консервативность функции белков SURF-6 семейства в метаболизме клеток эукариот.

3. С помощью анализа аминокислотной последовательности in silico и генно-инженерных методов установлено, что в молекуле белка SURF-6 мыши присутствуют множественные сигнальные последовательности, опосредующие его ядерную и ядрышковую локализацию.

4. На основании обработки клеток мыши NIH/3T3 нуклеазами получены свидетельства в пользу взаимодействия белка SURF-6 мыши с ядрышковой РНК in situ.

5. Методом иммуноблоттинга выявлены изменения в содержании белка SURF-6 в клетках мыши линии NIH/3T3 на разных стадиях клеточного цикла. Показано, что уровень белка возрастает при активации клеток к пролиферации и снижается в состоянии пролиферативного покоя, что позволяет рассматривать SURF-6 в качестве маркера пролиферативного статуса клеток.

6. Разработаны условия для индукции нокдауна белка SURF-6 в клетках мыши линии NIH/3T3, основанные на "Tet-On" системе регуляции экспрессии генов. Показано, что нокдаун SURF-6 влияет на динамику клеточного цикла и индуцирует гибель клеток, что свидетельствует о необходимости SURF-6 для клеточного метаболизма.

7. С помощью аффинной хроматографии и масс-спектрометрии описано взаимодействие рекомбинантного SURF-6 домена, слитого с GST, с белком рЮ7, входящим в состав семейства ретинобластомных белков, а также белком Borg4 in vitro, pi07 и Borg4 предложены в качестве первых вероятных белковых партнеров SURF-6 в клетках мыши.

8. Разработан подход для индуцированного повышения уровня белка SURF-6 в клетках мыши линии NIH/3T3, основанный на "Tet-On" системе. Доказано, что суперпродукция SURF-6 in vivo приводит к существенному снижению содержания 18S рРНК.

9. Полученные в работе данные указывают на то, что белок ядрышка SURF-6 в клетках млекопитающих участвует в образовании рибосом и регуляции клеточного цикла.

6. СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Статьи

1. Polzikov М, Zatsepina О, Magoulas С. (2005) Identification of an evolutionary conserved SURF-6 domain in a family of nucleolar proteins extending from human to yeast. Biochem. Biophys. Res. Commun. 327: 143-149.

2. Гурченков В.В., Ползиков М.А., Магоулас К.Б., Романова Л.Г., Зацепина О.В. (2005) Свойства и функции нового белка ядрышка SURF-6 в клетках мыши ЗТЗ. Биоорганическая химия 31: 578-585.

3. Sheval E.V., Polzikov М.А., Olson М.О., Zatsepina O.V. (2005) A higher concentration of an antigen within the nucleolus may prevent its proper recognition by specific antibodies. Eur. J. Histochem. 49: 117-123.

Тезисы конференций

4. Ползиков M.A., Магоулас К.Б., Зацепина О.В. (2004) Функциональная протеомика: анализ аминокислотной последовательности белка ядрышка SURF-6. XVI-ая зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии", 9-12 февраля, Москва, Россия.

5. Ползиков М.А., Магоулас К.Б., Зацепина О.В. (2005) Эффекты нокдауна белка ядрышка SURF-6 в клетках мыши NIH/3T3. XV-oe Всероссийское совещание "Структура и функции клеточного ядра", 18-20 октября, Санкт-Петербург, Россия.

6. Ползиков М.А., Магоулас К.Б., Зацепина О.В. (2005) Использование метода генного нокдауна для изучения функции белка ядрышка SURF-6 в клетках мыши линии NIH/3T3. VI-ая Международная конференция "Молекулярная генетика соматических клеток", 12-16 декабря, Звенигород, Россия.

7. Ползиков М.А., Магоулас К.Б., Зацепина О.В. (2006) Нокдаун белка ядрышка SURF-6 в клетках мыши NIH/3T3. XVTII-ая зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии", 7-10 февраля, Москва, Россия.

8. Ползиков М.А., Прудкогляд А.А., Магоулас К.Б., Зацепина О.В. (2006) SURF-6 - новое семейство эволюционно консервативных ядрышковых белков. Международный симпозиум ЕМВО "Функциональная организация клеточного ядра", 5-8 мая, Прага, Чешская республика.

9. Ползиков М.А., Корец Р.В., Прудкогляд А.А., Зацепина О.В., Романова Л.Г. (2006) Получение линии клеток мыши NIH/3T3 с повышенным содержанием белка ядрышка SURF-6 Всероссийское совещание "Биология клетки в культуре", 17-19 октября, Санкт-Петербург, Россия.

10. Polzikov М, Magoulas С, Zatsepina О. "The nucleolar protein SURF-6 is essential for viability in mouse NIH/3T3 cells." (2006), Mol Biol Rep. (принято к печати).

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Ползиков, Михаил Александрович, 2006 год

1. М. О. Olson, К. Hingorani, and A. Szebeni, Conventional and nonconventional roles of the nucleolus, Int.Rev.Cytol. 219 (2002) 199-266.

2. J. S. Andersen, Y. W. Lam, A. K. Leung, S. E. Ong, С. E. Lyon, A. I. Lamond, and M. Mann, Nucleolar proteome dynamics, Nature. 433 (2005) 77-83.

3. M. Carmo-Fonseca, L. Mendes-Soares, and I. Campos, To be or not to be in the nucleolus, Nat.Cell Biol. 2 (2000) E107-E112.

4. A. Scherl, Y. Coute, C. Deon, A. Calle, K. Kindbeiter, J. C. Sanchez, A. Greco, D. Hochstrasser, and J. J. Diaz, Functional proteomic analysis of human nucleolus, Mol.Biol.Cell. 13 (2002)4100-4109.

5. M. O. Olson, Sensing cellular stress: another new function for the nucleolus?, Sci.STKE. 2004 (2004) el0-50.

6. R. Bernardi and P. P. Pandolfi, The nucleolus: at the stem of immortality, Nat.Med. 9 (2003) 24-25.

7. C. Magoulas and M. Fried, The Surf-6 gene of the mouse surfeit locus encodes a novel nucleolar protein, DNA Cell Biol. 15 (1996) 305-316.

8. C. Magoulas, О. V. Zatsepina, P. W. Jordan, E. G. Jordan, and M. Fried, The SURF-6 protein is a component of the nucleolar matrix and has a high binding capacity for nucleic acids in vitro, Eur.J.Cell Biol. 75 (1998) 174-183.

9. C. Magoulas and M. Fried, Isolation and genomic analysis of the human surf-6 gene: a member of the Surfeit locus, Gene. 243 (2000) 115-123.

10. С. M. Wolff, V. K. Nguyen, and P. Remy, Cloning and expression of the surfeit locus member Surf-6 during embryogenesis in Xenopus laevis, DNA Seq. 13 (2002) 149-152.

11. I. Schlosser, M. Holzel, M. Murnseer, H. Burtscher, U. H. Weidle, and D. Eick, A role for c-Myc in the regulation of ribosomal RNA processing, Nucleic Acids Res. 31 (2003) 61486156.

12. T. Melese and Z. Xue, The nucleolus: an organelle formed by the act of building a ribosome, Curr.Opin.Cell Biol. 7 (1995) 319-324.

13. M. O. Olson, M. Dundr, and A. Szebeni, The nucleolus: an old factory with unexpected capabilities, Trends Cell Biol. 10 (2000) 189-196.

14. J. S. Andersen, С. E. Lyon, A. H. Fox, A. K. Leung, Y. W. Lam, H. Steen, M. Mann, and A. I. Lamond, Directed proteomic analysis of the human nucleolus, Curr.Biol. 12 (2002) 1-11.

15. A. K. Leung, J. S. Andersen, M. Mann, and A. I. Lamond, Bioinformatic analysis of the nucleolus, Biochem.J. 376 (2003) 553-569.

16. A. K. Leung and A. I. Lamond, The dynamics of the nucleolus, Crit Rev.Eukaryot.Gene Expr. 13 (2003) 39-54.

17. J. W. Brown, P. J. Shaw, P. Shaw, and D. F. Marshall, Arabidopsis nucleolar protein database (AtNoPDB), Nucleic Acids Res. 33 (2005) D633-D636.

18. J. D. Lewis and D. Tollervey, Like attracts like: getting RNA processing together in the nucleus, Science. 288 (2000) 1385-1389.

19. D. J. Leary and S. Huang, Regulation of ribosome biogenesis within the nucleolus, FEBS Lett. 509 (2001) 145-150.

20. M. Fromont-Racine, B. Senger, C. Saveanu, and F. Fasiolo, Ribosome assembly in eukaryotes, Gene. 313 (2003) 17-42.

21. J. Venema and D. Tollervey, Ribosome synthesis in Saccharomyces cerevisiae, Annu.Rev.Genet. 33 (1999) 261-311.

22. P. Milkereit, H. Kuhn, N. Gas, and H. Tschochner, The pre-ribosomal network, Nucleic Acids Res. 31 (2003) 799-804.

23. W. K. Huh, J. V. Falvo, L. C. Gerke, A. S. Carroll, R. W. Howson, J. S. Weissman, and E. K. O'Shea, Global analysis of protein localization in budding yeast, Nature. 425 (2003) 686-691.

24. D. Tollervey, H. Lehtonen, M. Carmo-Fonseca, and E. C. Hurt, The small nucleolar RNP protein NOP1 (fibrillarm) is required for pre-rRNA processing in yeast, EMBO J. 10 (1991) 573-583.

25. L. A. Dickinson and T. Kohwi-Shigematsu, Nucleolin is a matrix attachment region DNA-binding protein that specifically recognizes a region with high base-unpairing potential, Mol.Cell Biol. 15 (1995) 456-465.

26. Т. H. Yang, W. H. Tsai, Y. M. Lee, H. Y. Lei, M. Y. Lai, D. S. Chen, N. H. Yeh, and S. C. Lee, Purification and characterization of nucleolin and its identification as a transcription repressor, Mol.Cell Biol. 14 (1994) 6068-6074.

27. R. A. Borer, C. F. Lehner, H. M. Eppenberger, and E. A. Nigg, Major nucleolar proteins shuttle between nucleus and cytoplasm, Cell. 56 (1989) 379-390.

28. S. Khurts, K. Masutomi, L. Delgermaa, K. Arai, N. Oishi, H. Mizuno, N. Hayashi, W. C. Hahn, and S. Murakami, Nucleolin interacts with telomerase, J.Biol.Chem. 279 (2004) 51508-51515.

29. J. E. Herrera, R. Savkur, and M. O. Olson, The ribonuclease activity of nucleolar protein B23, Nucleic Acids Res. 23 (1995) 3974-3979.

30. Т. Williams, J. Yon, С. Huxley, and M. Fried, The mouse surfeit locus contains a very tight cluster of four "housekeeping" genes that is conserved through evolution, Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 85 (1988) 3527-3530.

31. T, Duhig, C. Ruhrberg, О. Мог, and M. Fried, The human Surfeit locus, Genomics. 52 (1998) 72-78.

32. C. Huxley and M. Fried, The mouse surfeit locus contains a cluster of six genes associated with four CpG-rich islands in 32 kilobases of genomic DNA, Mol.Cell Biol. 10 (1990) 605614.

33. J. Gilley, N. Armes, and M. Fried, Fugu genome is not a good mammalian model, Nature. 385 (1997) 305-306.

34. N. Armes, J. Gilley, and M. Fried, The comparative genomic structure and sequence of the surfeit gene homologs in the puffer fish Fugu rubripes and their association with CpG-rich islands, Genome Res. 7 (1997) 1138-1152.

35. P. Colombo, J. Yon, K. Garson, and M. Fried, Conservation of the organization of five tightly clustered genes over 600 million years of divergent evolution, Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 89 (1992) 6358-6362.

36. N. Armes and M. Fried, Surfeit locus gene homologs are widely distributed in invertebrate genomes, Mol.Cell Biol. 16 (1996) 5591-5596.

37. T. Williams and M. Fried, A mouse locus at which transcription from both DNA strands produces mRNAs complementary at their 3' ends, Nature. 322 (1986) 275-279.

38. A. C. Lennard and M. Fried, The bidirectional promoter of the divergently transcribed mouse Surf-1 and Surf-2 genes, Mol.Cell Biol. 11 (1991) 1281-1294.

39. K. Garson, T. Duhig, N. Armes, P. Colombo, and M. Fried, Sur£5: a gene in the tightly clustered mouse surfeit locus is highly conserved and transcribed divergently from the rpL7A (Surfi) gene, Genomics. 30 (1995) 163-170.

40. В. F. Pugh and R. Tjian, Diverse transcriptional functions of the multisubunit eukaryotic TFIID complex, J.Biol.Chem. 267 (1992) 679-682.

41. D. W. Melton, C. McEwan, A. B. McKie, and A. M. Reid, Expression of the mouse HPRT gene: deletional analysis of the promoter region of an X-chromosome linked housekeeping gene, Cell. 44 (1986)319-328.

42. F. Antequera, D. Macleod, and A. P. Bird, Specific protection of methylated CpGs in mammalian nuclei, Cell. 58 (1989) 509-517.

43. H. Cedar, DNA methylation and gene activity, Cell. 53 (1988) 3-4.

44. T. J. Williams and M. Fried, The MES-1 murine enhancer element is closely associated with the heterogeneous 5' ends of two divergent transcription units, Mol.Cell Biol. 6 (1986) 45584569.

45. C. Huxley, T. Williams, and M. Fried, One of the tightly clustered genes of the mouse surfeit locus is a highly expressed member of a multigene family whose other members are predominantly processed pseudogenes, Mol.Cell Biol. 8 (1988) 3898-3905.

46. J. Yon, T. Jones, K. Garson, D. Sheer, and M. Fried, The organization and conservation of the human Surfeit gene cluster and its localization telomeric to the c-abl and can proto-oncogenes at chromosome band 9q34.1, Hum.Mol.Genet. 2 (1993) 237-240.

47. E. G. Cole and K. Gaston, A functional YY1 binding site is necessary and sufficient to activate Surf-1 promoter activity in response to serum growth factors, Nucleic Acids Res. 25 (1997) 3705-3711.

48. E. Seto, B. Lewis, and T. Shenk, Interaction between transcription factors Spl and YY1, Nature. 365 (1993) 462-464.

49. A. Shrivastava, S. Saleque, G. V. Kalpana, S. Artandi, S. P. Goff, and K. Calame, Inhibition of transcriptional regulator Yin-Yang-1 by association with c-Myc, Science. 262 (1993) 1889-1892.

50. К. В. Marcu, S. A. Bossone, and A. J. Patel, myc function and regulation, Annu.Rev.Biochem. 61 (1992) 809-860.

51. E. G. Vernon and K. Gaston, Мус and YY1 mediate activation of the Surf-1 promoter in response to serum growth factors, Biochim.Biophys.Acta. 1492 (2000) 172-179.

52. S. Gupta and R. J. Davis, MAP kinase binds to the NH2-terminal activation domain of c-Myc, FEBS Lett. 353 (1994) 281-285.

53. A. Giallongo, J. Yon, and M. Fried, Ribosomal protein L7a is encoded by a gene (Surf-3) within the tightly clustered mouse surfeit locus, Mol.Cell Biol. 9 (1989) 224-231.

54. J. E. Reeves and M. Fried, The surf-4 gene encodes a novel 30 kDa integral membrane protein, Mol.Membr.Biol. 12 (1995) 201-208.

55. A. Angiolillo, G. Russo, A. Porcellini, S. Smaldone, F. D'Alessandro, and C. Pietropaolo, The human homologue of the mouse Surf5 gene encodes multiple alternatively spliced transcripts, Gene. 284 (2002) 169-178.

56. S. T. Smale and D. Baltimore, The "initiator" as a transcription control element, Cell. 57 (1989)103-113.

57. K. Gaston and M. Fried, YY1 is involved in the regulation of the bi-directional promoter of the Surf-1 and Surf-2 genes, FEBS Lett. 347 (1994) 289-294.

58. S. K. Oster, C. S. Ho, E. L. Soucie, and L. Z. Penn, The myc oncogene: MarvelouslY Complex, Adv.Cancer Res. 84 (2002) 81-154.

59. С. Grandori, N. Gomez-Roman, Z. A. Felton-Edkins, C. Ngouenet, D. A. Galloway, R. N. Eisenman, and R. J. White, c-Myc binds to human ribosomal DNA and stimulates transcription of rRNA genes by RNA polymerase I, Nat.Cell Biol. 7 (2005) 311-318.

60. S. S. Grewal, L. Li, A. Orian, R. N. Eisenman, and B. A. Edgar, Мус-dependent regulation of ribosomal RNA synthesis during Drosophila development, Nat.Cell Biol. 7 (2005) 295-302.

61. T. Oskarsson and A. Trumpp, The Мус trilogy: lord of RNA polymerases, Nat.Cell Biol. 7 (2005) 215-217.

62. M. N. Arbeitman, E. E. Furlong, F. Imam, E. Johnson, В. H. Null, B. S. Baker, M. A. Krasnow, M. P. Scott, R. W. Davis, and K. P. White, Gene expression during the life cycle of Drosophila melanogaster, Science. 297 (2002) 2270-2275.

63. R. L. Trott, M. Kalive, U. Karandikar, R. Rummer, C. P. Bishop, and A. P. Bidwai, Identification and characterization of proteins that interact with Drosophila melanogaster protein kinase CK2, Mol.Cell Biochem. 227 (2001) 91-98.

64. M. S. Schmidt-Zachmann and E. A. Nigg, Protein localization to the nucleolus: a search for targeting domains in nucleolin, J.Cell Sci. 105 ( Pt 3) (1993) 799-806.

65. S. Snaar, K. Wiesmeijer, A. G. Jochemsen, H. J. Tanke, and R. W. Dirks, Mutational analysis of fibrillarin and its mobility in living human cells, J.Cell Biol. 151 (2000) 653-662.

66. Y. Nishimura, T. Ohkubo, Y. Furuichi, and H. Umekawa, Tryptophans 286 and 288 in the C-terminal region of protein B23.1 are important for its nucleolar localization, Biosci.Biotechnol.Biochem. 66 (2002) 2239-2242.

67. В. С. Valdez, L. Perlaky, D. Henning, Y. Saijo, P. K. Chan, and H. Busch, Identification of the nuclear and nucleolar localization signals of the protein pl20. Interaction with translocation protein B23, J.Biol.Chem. 269 (1994) 23776-23783.

68. H. Meisner and M. P. Czech, Phosphorylation of transcriptional factors and cell-cycle-dependent proteins by casein kinase II, Curr.Opin.Cell Biol. 3 (1991) 474-483.

69. A. G. Murzin, S. E. Brenner, T. Hubbard, and C. Chothia, SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures, J.Mol.Biol. 247 (1995) 536-540.

70. E. S. Maxwell and M. J. Fournier, The small nucleolar RNAs, Annu.Rev.Biochem. 64 (1995) 897-934.

71. U. Scheer and D. Weisenberger, The nucleolus, Curr.Opin.Cell Biol. 6 (1994) 354-359.

72. P. J. Shaw and E. G. Jordan, The nucleolus, Annu.Rev.Cell Dev.Biol. 11 (1995) 93-121.

73. Y. H. Chou and B. Y. Yung, Cell cycle phase-dependent changes of localization and oligomerization states of nucleophosmin / B23, Biochem.Biophys.Res.Commun. 217 (1995) 313-325.

74. P. Loidl and A. Eberharter, Nuclear matrix and the cell cycle, Int.Rev.Cytol. 162B (1995) 377-403.

75. Т. M. Savino, J. Gebrane-Younes, J. De Mey, J. B. Sibarita, and D. Hernandez-Verdun, Nucleolar assembly of the rRNA processing machinery in living cells, J.Cell Biol. 153 (2001) 1097-1110.

76. F. J. Medina, A. Cerdido, and M. E. Fernandez-Gomez, Components of the nucleolar processing complex (Pre-rRNA, fibrillarin, and nucleolin) colocalize during mitosis and are incorporated to daughter cell nucleoli, Exp.Cell Res. 221 (1995) 111-125.

77. P. Roussel, C. Andre, C. Masson, G. Geraud, and D. Hernandez-Verdun, Localization of the RNA polymerase I transcription factor hUBF during the cell cycle, J.Cell Sci. 104 ( Pt 2) (1993) 327-337.

78. U. Scheer and К. M. Rose, Localization of RNA polymerase I in interphase cells and mitotic chromosomes by light and electron microscopic immunocytochemistry, Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 81 (1984) 1431-1435.

79. D. Weisenberger and U. Scheer, A possible mechanism for the inhibition of ribosomal RNA gene transcription during mitosis, J.Cell Biol. 129 (1995) 561-575.

80. R. Ochs, M. Lischwe, P. O'Leary, and H. Busch, Localization of nucleolar phosphoproteins B23 and C23 during mitosis, Exp.Cell Res. 146 (1983) 139-149.

81. P. J. Greasley, C. Bonnard, and B. Amati, Мус induces the nucleolin and BN51 genes: possible implications in ribosome biogenesis, Nucleic Acids Res, 28 (2000) 446-453.

82. S. R. Eddy, Hidden Markov models, Cuir.Opin.Struct.Biol. 6 (1996) 361-365.

83. N. M. Luscombe and J. M. Thornton, Protein-DNA interactions: amino acid conservation and the effects of mutations on binding specificity, J.Mol.Biol. 320 (2002) 991-1009.

84. R. Sathyapriya and S. Vishveshwara, Interaction of DNA with clusters of amino acids in proteins, Nucleic Acids Res. 32 (2004) 4109-4118.

85. D. T. Jones, Protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices, J.Mol.Biol. 292 (1999) 195-202.

86. D. A. Benson, I. Karsch-Mizrachi, D. J. Lipman, J. Ostell, and D. L. Wheeler, GenBank, Nucleic Acids Res. 33 (2005) D34-D38.

87. J. M. Cherry, C. Ball, S. Weng, G. Juvik, R. Schmidt, C. Adler, B. Dunn, S. Dwight, L. Riles, R. K. Mortimer, and D. Botstein, Genetic and physical maps of Saccharomyces cerevisiae, Nature. 387 (1997) 67-73.

88. G. Drubin, A protein interaction map for cell polarity development, J.Cell Biol. 154 (2001) 549-571.

89. A. Fatica, A. D. Cronshaw, M, Dlakic, and D. Tollervey, Ssflp prevents premature processing of an early pre-60S ribosomal particle, Mol.Cell. 9 (2002) 341-351.

90. E. W. Horsey, J. Jakovljevic, T. D. Miles, P. Harnpicharnchai, and J. L. Woolford, Jr., Role of the yeast Rrpl protein in the dynamics of pre-ribosome maturation, RNA. 10 (2004) 813827.

91. N. Roy and K. W. Runge, The ZDS1 and ZDS2 proteins require the Sir3p component of yeast silent chromatin to enhance the stability of short linear centromeric plasmids, Chromosoma. 108 (1999) 146-161.

92. S. Mukherjee, M. F. Berger, G. Jona, X. S. Wang, D. Muzzey, M. Snyder, R. A. Young, and M. L. Bulyk, Rapid analysis of the DNA-binding specificities of transcription factors with DNA microarrays, Nat.Genet. 36 (2004) 1331-1339.

93. R. J. Planta, Regulation of ribosome synthesis in yeast, Yeast. 13 (1997) 1505-1518.

94. С Dez and D. Tollervey, Ribosome synthesis meets the cell cycle, Curr.Opin.Microbiol. 7 (2004)631-637.

95. B. J. Breitkreutz, C. Stark, and M. Tyers, Osprey: a network visualization system, Genome Biol. 4 (2003) R22

96. С J. Sigrist, L. Cerutti, N. Hulo, A. Gattiker, L. Falquet, M. Pagni, A. Bairoch, and P. Bucher, PROSITE: a documented database using patterns and profiles as motif descriptors, Brief.Bioinform. 3 (2002) 265-274.

97. D. Chelsky, R. Ralph, and G. Jonak, Sequence requirements for synthetic peptide-mediated translocation to the nucleus, Mol Cell Biol. 9 (1989) 2487-2492.

98. J. Robbins, S. M. Dilworth, R. A. Laskey, and C. Dingwall, Two interdependent basic domains in nucleoplasmin nuclear targeting sequence: identification of a class of bipartite nuclear targeting sequence, Cell. 64 (1991) 615-623.

99. C. Dingwall and R. A. Laskey, Nuclear targeting sequences-a consensus?, Trends Biochem.Sci. 16(1991)478-481.

100. M. Hatanaka, Discovery of the nucleolar targeting signal, Bioessays. 12 (1990) 143-148.

101. J. D. Weber, M. L. Kuo, B. Bothner, E. L. DiGiammarino, R. W. Kriwacki, M. F. Roussel, and C. J. Sherr, Cooperative signals governing ARF-mdm2 interaction and nucleolar localization of the complex, Mol.Cell Biol. 20 (2000) 2517-2528.

102. K. T. Etheridge, S. S. Banik, B. N. Armbruster, Y. Zhu, R. M. Terns, M. P. Terns, and С. M. Counter, The nucleolar localization domain of the catalytic subunit of human telomerase, J.Biol.Chem. 277 (2002) 24764-24770.

103. Е. С. LaCasse and Y. A. Lefebvre, Nuclear localization signals overlap DNA- or RNA-binding domains in nucleic acid-binding proteins, Nucleic Acids Res. 23 (1995) 1647-1656.

104. E. Staub, P. Fiziev, A. Rosenthal, and B. Hinzmann, Insights into the evolution of the nucleolus by an analysis of its protein domain repertoire, Bioessays. 26 (2004) 567-581.

105. A. C. Messias and M. Sattler, Structural basis of single-stranded RNA recognition, Acc.Chem.Res. 37 (2004) 279-287.

106. J. M. Perez-Canadillas and G. Varani, Recent advances in RNA-protein recognition, Curr.Opin.Struct.Biol. 11 (2001) 53-58.

107. A. N. Prusov and О. V. Zatsepina, Isolation of the chromocenter fraction from mouse liver nuclei, Biochemistry (Mosc.). 67 (2002) 423-431.

108. R. E. Uzbekov, Analysis of the cell cycle and a method employing synchronized cells for study of protein expression at various stages of the cell cycle, Biochemistry (Mosc.). 69 (2004) 485-496.

109. Епифанова О.И., Лекции о клеточном цикле, Москва, (2003), КМК scientific press.

110. J, P. Kalala, J. Caemaert, and L. De Ridder, Primary resected meningiomas: relapses and proliferation markers, In Vivo. 18 (2004) 411-416.

111. V. Sirri, P. Roussel, and D. Hernandez-Verdun, The AgNOR proteins: qualitative and quantitative changes during the cell cycle, Micron. 31 (2000) 121-126.

112. J. Wang, E. Tekle, H. Oubrahim, J. J. Mieyal, E. R. Stadtman, and P. B. Chock, Stable and controllable RNA interference: Investigating the physiological function of glutathionylated actin, Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 100 (2003) 5103-5106.

113. G. Sui, C. Soohoo, el B. Affar, F. Gay, Y. Shi, W. C. Forrester, and Y. Shi, A DNA vector-based RNAi technology to suppress gene expression in mammalian cells, Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 99 (2002) 5515-5520.

114. J. Y. Yu, S. L. DeRuiter, and D. L. Turner, RNA interference by expression of short-interfering RNAs and hairpin RNAs in mammalian cells, Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 99 (2002) 6047-6052.

115. S. P. Rockman, S. A. Currie, M. Ciavarella, E. Vincan, C. Dow, R. J. Thomas, and W. A. Phillips, .Id2 is a target of the beta-catenin/T cell factor pathway in colon carcinoma, J.Biol.Chem. 276 (2001) 45113-45119.

116. H. Lottmann, J. Vanselow, В. Hessabi, and R. Walther, The Tet-On system in transgenic mice: inhibition of the mouse pdx-1 gene activity by antisense RNA expression in pancreatic beta-cells, J.Mol.Med. 79 (2001) 321-328.

117. U. K. Laemmli, Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4, Nature. 227 (1970) 680-685.

118. F. Piano, A. J. Schetter, D. G. Morton, К. C. Gunsalus, V. Reinke, S. K. Kim, and K. J. Kemphues, Gene clustering based on RNAi phenotypes of ovary-enriched genes in C. elegans, Curr.Biol. 12 (2002) 1959-1964.

119. F. Zeng, D. A. Baldwin, and R. M. Schultz, Transcript profiling during preimplantation mouse development, Dev.Biol. 272 (2004) 483-496.

120. L. Dagnino, L. Zhu, K. L. Skorecki, and H. L. Moses, E2F-independent transcriptional repression by pi07, a member of the retinoblastoma family of proteins, Cell Growth Differ. 6 (1995) 191-198.

121. M. E. Ewen, Y. G. Xing, J. B. Lawrence, and D. M. Livingston, Molecular cloning, chromosomal mapping, and expression of the cDNA for pi 07, a retinoblastoma gene product-related protein, Cell. 66 (1991) 1155-1164.

122. S. Ishida, E. Huang, H. Zuzan, R. Spang, G. Leone, M. West, and J. R. Nevins, Role for E2F in control of both DNA replication and mitotic functions as revealed from DNA microarray analysis, Mol.Cell Biol. 21 (2001) 4684-4699.

123. S. Polager, Y. Kalma, E. Berkovich, and D. Ginsberg, E2Fs up-regulate expression of genes involved in DNA replication, DNA repair and mitosis, Oncogene. 21 (2002) 437-446.

124. B. Ren, H. Cam, Y. Takahashi, T. Volkert, J. Terragni, R. A. Young, and B. D. Dynlacht, E2F integrates cell cycle progression with DNA repair, replication, and G(2)/M checkpoints, Genes Dev. 16 (2002) 245-256.

125. A. S. Weinmann, P. S. Yan, M. J. Oberley, Т. H. Huang, and P. J. Farnham, Isolating human transcription factor targets by coupling chromatin immunoprecipitation and CpG island microarray analysis, Genes Dev. 16 (2002) 235-244.

126. D. K. Dimova, O. Stevaux, M. V. Frolov, and N. J. Dyson, Cell cycle-dependent and cell cycle-independent control of transcription by the Drosophila E2F/RB pathway, Genes Dev. 17 (2003) 2308-2320.

127. M. Derenzini, D. Trere, A. Pession, M. Govoni, V. Sirri, and P. Chieco, Nucleolar size indicates the rapidity of cell proliferation in cancer tissues, J.Pathol. 191 (2000) 181-186.

128. К. M. Hannan, R. D. Hannan, S. D. Smith, L. S. Jefferson, M. Lun, and L. I. Rothblum, Rb and pi30 regulate RNA polymerase I transcription: Rb disrupts the interaction between UBF and SL-1, Oncogene. 19 (2000) 4988-4999.

129. D. Cobrinik, Pocket proteins and cell cycle control, Oncogene. 24 (2005) 2796-2809.

130. C. Green, R. Chatterjee, H. H. McGarrigle, F. Ahmed, and N. S. Thomas, p 107 is active in the nucleolus in non-dividing human granulosa lutein cells, J.Mol.Endocrinol. 25 (2000) 275286.

131. G. Joberty, R. R. Perlungher, and I. G. Macara, The Borgs, a new family of Cdc42 and TC10 GTPase-interacting proteins, Mol.Cell Biol. 19 (1999) 6585-6597.

132. G. Joberty, R. R. Perlungher, P. J. Sheffield, M. Kinoshita, M. Noda, T. Haystead, and I. G. Macara, Borg proteins control septin organization and are negatively regulated by Cdc42, Nat.Cell Biol. 3 (2001) 861-866.

133. R. E. Lamson, M. J. Winters, and P. M. Pryciak, Cdc42 regulation of kinase activity and signaling by the yeast p21-activated kinase Ste20, Mol Cell Biol. 22 (2002) 2939-2951.

134. K. L. King, С. M. Jewell, C. D. Bortner, and J. A. Cidlowski, 28S ribosome degradation in lymphoid cell apoptosis: evidence for caspase and Bcl-2-dependent and -independent pathways, Cell Death.Differ. 7 (2000) 994-1001.

135. D. Nadano and T. A. Sato, Caspase-3-dependent and -independent degradation of 28 S ribosomal RNA may be involved in the inhibition of protein synthesis during apoptosis initiated by death receptor engagement, J.Biol.Chem. 275 (2000) 13967-13973.

136. С. K. Tsang, P. G. Bertram, W. Ai, R. Drenan, and X. F. Zheng, Chromatin-mediated regulation of nucleolar structure and RNA Pol I localization by TOR, EMBO J. 22 (2003) 6045-6056,

137. J. Li, R. Santoro, K. Koberna, and I. Grummt, The chromatin remodeling complex NoRC controls replication timing of rRNA genes, EMBO J. 24 (2005) 120-127.

138. P. Jordan, M. Mannervik, L. Tora, and M. Carmo-Fonseca, In vivo evidence that TATA-binding protein/SLl colocalizes with UBF and RNA polymerase I when rRNA synthesis is either active or inactive, J.Cell Biol. 133 (1996) 225-234.

139. K. Tyc and J. A. Steitz, U3, U8 and U13 comprise a new class of mammalian snRNPs localized in the cell nucleolus, EMBO J. 8 (1989) 3113-3119.8. БЛАГОДАРНОСТИ

140. Отдельную благодарность выражаю моей семье родителям Александру Павловичу и Вере Павловне Ползиковым за то, что они верили в меня и всесторонне поддерживали на научном пути.