Изменение состава сообществ бактерий-деструкторов в условиях загрязнения устойчивыми органическими соединениями тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат биологических наук Панов, Андрей Владимирович

• Панов, Андрей Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Панов, Андрей Владимирович

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Устойчивые органические соединения (УОС) и загрязнение

окружающей среды

1.1. Нефтепродукты и загрязнение окружающей среды

1.2. Полициклические ароматические углеводороды (ПАУ)

1.3. Деградация устойчивых органических соединений

1.3.1. Абиотические механизмы деградации

1.3.2. Микробная деградация УОС

1.3.3. Восстановление загрязненной среды

1.3.4. Исследование микроорганизмов-деструкторов УОС

2. ПОДХОДЫ К ИЗУЧЕНИЮ РАЗНООБРАЗИЯ МИКРООРГАНИЗМОВ-ДЕСТРУКТОРОВ

устойчивых органических соединений и распространения генов

диоксигеназ ароматических соединений

3. Генетический контроль биодеградации УОС

3.1. Плазмиды биодеградации

3.2. Гены биодеградации нафталина псевдомонад

3.3. Биодеградация салицилата

3.3.1. Генетические системы деградации салицилата псевдомонад и

родственных родов

3.4. Регуляция, распространение и эволюция катаболических оперонов

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. Бактериальные штаммы и плазмиды

2. Среды, источники углерода и антибиотики

3.Нефтешлам ы

4. Биореактор (проточная система) и параметры культивирования

5. Почвенный эксперимент

6. Определение содержания нефтепродуктов в нефтешламах

7. Определение концентрации нафталина в почве

8. Выделение микроорганизмов-деструкторов УОС прямым высевом

9. Экзогенная изоляция конъюгативных плазмид

10. Выделение экзополисахаридов

11. Конъюгация

12. Выделение суммарной ДНК из почвы

13. Выделение тотальной ДНК

14. Выделение плазмидной ДНК

15. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

16. Визуализация ДНК и выделение ДНК из геля

17. Денатурирующий градиентный гельэлектрофорез (ДГГЭ)

18. Секвенирование ДНК

19. ДНК-ДНК гибридизация (блот-гибридизация)

20. Рестрикция ДНК

21. Индукция салицилатгидроксилазы

22. Определение активности ферментов

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. Изменение состава сообщества бактерий-деструкторов

ароматических соединений нефтешламов до и после их

обезвреживания в проточном биореакторе

1.1. Выделение и характеристика бактерий из нативных нефтешламов

1.2. Выделение и характеристика бактерий после обработки нефтешламов в ферментёре

1.3. Молекулярно-генетический анализ штаммов, выделенных из нефтешламов

2. Влияние загрязнения устойчивыми органическими соединениями на

состав почвенного микробного сообщества

2.1. Исследование незагрязнённой почвы

2.2. Динамика численности аборигенных штаммов в загрязнённой почве

2.3. Изменение состава почвенного бактериального сообщества в течение

60

эксперимента

2.4. Динамика присутствия генов пакАс и пакНъ загрязненной почве

3. Бактерии, вы деленные из загрязнённой нафталином почвы

3.1. Изоляция и характеристика почвенных бактерий

3.2. Генетический контроль биодеградации нафталина у выделенных штаммов 72 4. SCPA - НОВЫЙ ГЕН САЛИЦИЛАТГИДРОКСИЛАЗЫ, ЛОКАЛИЗОВАННЫЙ НА ПЛАЗМИДАХ ДЕГРАДАЦИИ САЛИЦИЛАТА/КАПРОЛАКТАМА

4.1. Плазмиды биодеградации салицилата

4.2. Идентификация гена салицилатгидроксилазы, локализованного на плазмидах биодеградации салицилата/капролактама

4.3. Филогенетический анализ нового гена салицилат-1-гидроксилазы scpA

4.4. Активность салицилатгидроксилазы ScpA, кодируемой SAL/CAP

плазмидами

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ДГГЭ денатурирующий градиентный гель-электрофорез

ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота

ДОФ диоктилфталат

ДТ дизельное топливо

МГЭ мобильные генетические элементы

НАДН (3-никотинамиддинуклеотидфосфат, восстановленная форма

ПАУ полициклические ароматические углеводороды

ПЦР полимеразная цепная реакция

РНК рибонуклеиновая кислота

РНКаза рибонуклеаза

рДНК рибосомная дезоксирибонуклеиновая кислота

рРНК рибосомная рибонуклеиновая кислота

Трис трис[гидроксиметил]аминометан

т.п.н. тысяча пар нуклеотидов

УОС устойчивые органические соединения

УФ ультрафиолет

ЭДТА этилендиаминтетрауксусная кислота

ARDRA amplified ribosomal DNA restriction analysis

Cap капролактам

DMSO диметилсульфоксид

dNTP дезоксирибонуклеозидтрифосфаты

E среда Эванса

Gfp green fluorescent protein (зелёный флюоресцирующий белок)

Km канамицин

LB среда Лурия-Бертани

Nah нафталин

Phn фенантрен

Rif рифампицин

Sal салициловая кислота

SDS додецилсульфат натрия

Sm стрептомицин

Тс тетрациклин

Тп транспозон

А Т G С

аденин тимин гуанин цитозин

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изменение состава сообществ бактерий-деструкторов в условиях загрязнения устойчивыми органическими соединениями»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

В процессе деятельности человека производится множество устойчивых органических соединений (УОС), которые попадают в окружающую среду вследствие аварийных выбросов, разливов и непосредственно в виде отходов. Одними из основных загрязнителей окружающей среды являются нефть и нефтепродукты [18].

В сточных водах и газовых выбросах нефте-, газо- и коксохимических производств содержатся наиболее трудноразлагаемые соединения: моно- и полициклические ароматические углеводороды (ПАУ), такие как бензол, толуол, нафталин, фенантрен и антрацен. Нафталин производят в огромных масштабах (тысячи тонн в год) для получения фталевого ангидрида, красителей, пластиков, взрывчатых веществ, инсектицидов и фармацевтических препаратов. Однако он является канцерогенным соединением, и загрязнение им окружающей среды опасно для здоровья человека [153]. При очистке сточных вод нефтеперерабатывающих предприятий формируются нефтешламы, содержащие устойчивые органические соединения, в том числе ПАУ и их метилированные производные, многие из которых также канцерогенны [45; 56].

Наиболее распространёнными способами ликвидации загрязнений УОС являются сжигание и различные физико-химические методы. Однако применение этих технологий приводит ко вторичному загрязнению окружающей среды и довольно часто к выводу больших территорий из хозяйственной деятельности. Биоремедиация, как in situ, так и ex situ, более эффективный и щадящий подход, поскольку большая часть химических соединений нефти и нефтепродуктов биодеградируема, а микроорганизмы-нефтедеструкторы весьма разнообразны и адаптированы даже к регионам с холодным климатом [57; 81; 92].

Для разработки технологий биоремедиации большое значение приобретает исследование динамики численности аборигенных почвенных бактерий-деструкторов, поскольку необходимо иметь представление о способности почвы к самовосстановлению и необходимости применения биопрепаратов. Такие исследования должны проводиться на стыке микробиологии и молекулярной биологии, так как в загрязнённых сайтах могут присутствовать некультивируемые микроорганизмы, которые обнаруживаются лишь с использованием молекулярно-генетических методов.

Известно, что гены, контролирующие биодеградацию УОС, часто находятся в составе катаболических конъюгативных плазмид, которые играют существенную роль в адаптации микробных сообществ к загрязнению окружающей среды. Путём изучения состава бактериального сообщества (частоты встречаемости тех или иных видов микроорганизмов) и частоты встречаемости ключевых генов биодеградации УОС и катаболических плазмид можно определить адаптационный потенциал бактериального сообщества конкретного загрязнённого сайта.

В случае, когда биодеградативный потенциал почвы низок, используют биопрепараты, состоящие из клеток как отдельных штаммов углеводородокисляющих микроорганизмов (например, псевдомонад), так и бактериальный консорциум (например, микроорганизмы-нефтедеструкторы родов Pseudomonas и Rhodococcus) [40, 176]. Для разработки биопрепаратов необходимо детальное исследование бактериальных биохимических путей деградации поллютантов и их генетического контроля. Генетические системы биодеградации нафталина, который используется как модельное соединение при исследовании процессов деструкции углеводородов нефти, особенно начальных этапов его окисления до салицилата (nahJ-оперон), у псевдомонад изучены наиболее детально и являются довольно консервативными. Однако гены салицилатгидроксилаз (в составе nah2-oперона) отличаются большим полиморфизмом в пределах рода Pseudomonas, и за последние годы было обнаружено несколько их вариантов [71; 75; 191]. Причём различные варианты этого гена могут находиться в геноме бактерий как в сочетании с полным набором генов «классического» оперона деградации нафталина, так и лишь с яа/гУ-опероном или даже в отсутствие нафталиновых оперонов.

Салицилат, являясь ключевым интермедиатом в бактериальных путях биодеградации ПАУ, в то же время широко распространён в природе как типичный метаболит растений, участвующий в индукции системной устойчивости к фитопатогенам [104; 150]. Обнаружены флюоресцирующие псевдомонады, использующие в качестве источника углерода и энергии салицилат, но не нафталин [46]. В некоторых случаях эта метаболическая активность сочетается со способностью деградировать капролактам [46; 122], который широко используется для производства капрона (нейлона-6) и полиамидных пластмасс и является токсичным ксенобиотиком, вызывающим дерматиты и хромосомные аберрации у млекопитающих [141; 172].

Однако генетические детерминанты биодеградации салицилата и капролактама у таких штаммов не изучены.

Цель и задачи исследования

Цель данной работы заключалась в молекулярно-генетическом анализе изменений состава бактериальных сообществ в условиях загрязнения устойчивыми органическими соединениями и исследовании плазмид биодеградации.

В соответствии с целью работы были определены следующие конкретные задачи:

1. Оценить изменение состава сообщества микроорганизмов-деструкторов нефтешламов при их обезвреживании в проточном биореакторе.

2. Проанализировать изменение состава почвенного микробного сообщества после загрязнения почвы различными поллютантами.

3. Исследовать динамику присутствия ключевых генов биодеградации нафталина (.nahAc и nahH) в ДНК почвы, загрязнённой модельным соединением (нафталином).

4. Выделить и охарактеризовать штаммы-деструкторы нафталина из образцов загрязнённой почвы и нефтешламов.

5. Выделить и охарактеризовать плазмиды биодеградации нафталина, салицилата и капролактама и провести поиск новых генов салицилатгидроксилазы.

Научная новизна

Метод Box-PCR выявил изменение состава популяции бактерий-деструкторов нефтешламов при их детоксикации в проточном биореакторе. С применением ДГГЭ показано, что в результате загрязнения нефтью, дизельным топливом и диоктилфталатом в почве чаще всего доминируют протеобактерии (в частности, рода Pseudomonas), а при загрязнении нафталином - актинобактерии (в частности, рода Arthrobacter), постепенно замещающие протеобактерий.

Из загрязнённой нафталином почвы впервые выделены две природные ассоциации бактерий родов Paenibacillus и Pseudomonas, в которых псевдомонады являются деструкторами нафталина и содержат NAH-плазмиды P-9-группы несовместимости, а пенибациллы продуцируют естественные носители - экзополисахариды (ЭПС), улучшающие выживаемость псевдомонад в неблагоприятных условиях среды.

Впервые описаны плазмиды биодеградации салицилата, поддерживаемые в бактериях рода Pseudomonas, не обладающие яд/г2-опероном и несущие только «неклассический» ген салицилат-1-гидроксилазы nahU.

Впервые установлено, что генетические детерминанты биодеградации капролактама и салицилата у штаммов псевдомонад, способных деградировать оба эти соединения, находятся в составе крупных конъюгативных SAL/CAP-плазмид, часть из которых относится к P-7-группе несовместимости.

В составе SAL/CAP-плазмид обнаружен и частично секвенирован новый ген салицилат-1-гидроксилазы - scpA, который идентичен известным последовательностям не более чем на 72-74% и филогенетически примерно равноудален от ближайших гомологов - генов nahG (NAH7), salA (P. reinekei MT1) и nahU (pND6-l).

Научно-практическая значимость работы

Полученные результаты позволяют расширить знания об адаптационном потенциале незагрязнённых почв и помогают установить закономерности ответа природных сообществ на специфические загрязнения.

Составление лабораторных микрокосмов в комплексе с ДГГЭ-анализом генов 16 S рРНК и ПЦР-анализом тотальной ДНК почвы на наличие ключевых генов биодеградации ароматических углеводородов может быть перспективным методом для моделирования природных загрязнённых экосистем и исследования изменений их бактериальных сообществ. Эти подходы вместе со стандартными микробиологическими методами существенно облегчают изучение динамики активной популяции бактерий-деструкторов во время процесса биоремедиации in situ и мониторинг их маркерных метаболических генов, связанных с процессом деградации углеводородов нефти.

Факт существования в природе ассоциаций бактерий родов Paenibacillus и Pseudomonas даёт возможность их изучения на предмет использования пенибацилл в составе биопрепаратов для биоремедиации загрязнённых ароматическими соединениями почв.

Специфические праймеры для детекции генов салицилатгидроксилазы salA и scpA, подобранные в ходе исследования, могут быть использованы для обнаружения и характеристики штаммов-деструкторов УОС, для мониторинга популяций деструкторов

в загрязнённой почве, а также для дальнейшего изучения структуры ла/-оперона плазмид деградации салицилата/капролактама.

Публикации и апробация работы

По материалам диссертации опубликовано 10 работ, в том числе 3 статьи и 7 публикаций в сборниках трудов конференций. Результаты были представлены на 8-й, 13-й и 15-й международных школах-конференциях молодых ученых «Биология - наука 21-го века» (Пущино, 2004, 2009 и 2011 гг.), семинаре-презентации инновационных научно-технических проектов «Биотехнология-2003» (Пущино, 2003 г.), международной экологической школе-семинаре «Экология 2004: эстафета поколений» (Пущино, 2004 г.), всероссийской конференции с элементами научной школы для молодежи «Экотоксикология-2010» (Тула, 2010 г.) и всероссийской молодёжной школе-конференции «Актуальные проблемы биологии и химии» (Пущино, 2012 г.).

Диссертационная работа была апробирована на совместном семинаре лабораторий молекулярной микробиологии и биологии плазмид ФГБУН Института биохимии и физиологии микроорганизмов имени Г.К. Скрябина РАН.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 115 страницах машинописного текста и состоит из разделов «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты и обсуждение», «Заключение», «Выводы», «Список литературы» и «Приложение». Библиография насчитывает 195 наименований. Работа включает 15 таблиц и 21 рисунок.

Благодарности

Выражаю глубокую благодарность моему научному руководителю к.б.н. Ирине Адольфовне Кошелевой, а также заведующему лабораторией биологии плазмид чл,-корр. РАН, д.б.н. Александру Михайловичу Воронин}', за помощь и конструктивные замечания при обсуждении результатов. Благодарю сотрудников лаборатории за помощь в постановке некоторых экспериментов. Также признателен оппонентам и рецензентам за критические замечания и обсуждение работы.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Панов, Андрей Владимирович

ВЫВОДЫ

1. В предложенной модельной системе с использованием проточного биореактора достигнута 30%-ая очистка от нефтепродуктов. Обезвреживание нефтешламов сопровождалось полным изменением состава сообщества бактерий-деструкторов нафталина и БТЭК (смеси бензола, толуола, этилбензола и ксилолов).

2. Загрязнение почв дизельным топливом, диоктилфталатом, нефтью и нафталином вызывало увеличение численности бактериальной популяции. ДГГЭ-анализ генов 16S рРНК из тотальной почвенной ДНК выявил снижение видового разнообразия бактерий после внесения в почву поллютантов. В результате загрязнения нефтью, дизельным топливом и диоктилфталатом в почве доминировали протеобактерии (в частности, рода Pseudomonas), а при загрязнении нафталином - актинобактерии (в частности, рода Arthrobacter), постепенно замещающие протеобактерий.

3. В ответ на загрязнение нафталином в почве увеличивалось содержание ключевых генов его биодеградации - nahAc (большая субъединица нафталин-1,2-диоксигеназы) и nahH (катехол-2,3-диоксигеназа) - одновременно с увеличением количества плазмидосодержащих бактерий, утилизирующих нафталин.

4. Из почвы, загрязнённой нафталином в лабораторных условиях, выделены два штамма-деструктора нафталина Р. fluorescens (NZ3.1 и NZ3.2) и две природные ассоциации бактерий рода Paenibacillus и бактерий-деструкторов Р.fluorescens (N01-N02 и N03-N04). Штаммы пенибацилл N01 и N03 продуцируют экзополисахариды, улучшающие выживаемость псевдомонад в неблагоприятных условиях среды. Выделенные бактерии-деструкторы нафталина содержат плазмиды группы несовместимости Р-9, несущие все необходимые для утилизации нафталина «классические» гены {nahAc, nahG, nahH и nahR), причём три плазмиды из четырёх (pN02, pN04 и pNZ3.2) идентичны.

5. Выделенные из почвы новые плазмиды pSl, pS2 и pS3 относятся к немногочисленной группе SAL-плазмид. не несут гены «классического» nah2-оперона, но содержат ген салицилат-1-гидроксилазы nahUтипа pND6-l.

6. Впервые описан новый тип плазмид биодеградации - SAL/CAP, в составе которых обнаружен новый ген салицилат-1-гидроксилазы - scpA, идентичный известным последовательностям не более чем на 72-74%. Синтез ScpA не индуцируется салицилатом, фермент имеет широкую субстратную специфичность и наибольшую активность проявляет по отношению к 4-метилсалицилату и незамещенному салицилату.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Представление о биоразнообразии микроорганизмов-деструкторов и их способности к биодеградации УОС - одна из предпосылок повышения эффективности биоремедиации экосистем, загрязненных нефтью и нефтепродуктами. Такие исследования должны проводиться на стыке микробиологии и молекулярной биологии, так как в загрязнённых сайтах могут присутствовать некультивируемые микроорганизмы, которые обнаруживаются лишь с применением молекулярно-генетических методов.

В данной работе с применением методов классической и молекулярной микробиологии проведен анализ изменения состава бактериального сообщества нефтешламов после их обезвреживания в проточном биореакторе, а также исследована динамика микробных популяций почвы при её загрязнении дизельным топливом, диоктилфталатом, нефтью или нафталином. В первом случае методом Box-PCR показано значительное изменение состава микробного сообщества, поскольку не было выделено ни одного штамма, который бы присутствовал в нефтешламах до и после их обезвреживания.

ДГГЭ-анализ выявил, что в образцах почв, загрязнённых нефтью, дизельным топливом и диоктилфталатом, уже с третьего дня и до завершения эксперимента доминировали бактерии рода Pseudomonas. В микрокосмах, загрязнённых нафталином, на третий день в популяции доминировали два рода бактерий - грамотрицательные Pseudomonas и грамположительные Paenibacillus. К 21-му дню эксперимента в составе сообщества произошли кардинальные изменения: доминирующим таксоном являлся актинобактериальный род Arthrobacter, который, однако, к тому моменту ещё не полностью заместил в популяции протеобактерий. Показано также, что в ответ на загрязнение нафталином в почве увеличивалось содержание генов nahAc (большая субъединица нафталин-1,2-диоксигеназы) и nahH (катехол-2,3-диоксигеназа) вместе с увеличением количества утилизирующих нафталин бактерий.

ДГГЭ-анализ генов 16S рРНК в сочетании с ПЦР-анализом тотальной ДНК почвы на наличие основных генов биодеградации ароматических углеводородов позволил установить, что бактериальные сообщества в местах загрязнения менее разнообразны, их состав и степень разнообразия зависят от вида загрязнителя и от длительности его воздействия. Проведённое нами исследование микробных сообществ загрязнённых экосистем выявило тенденцию к доминированию микроорганизмов, способных к утилизации токсических загрязнителей (Pseudomonas sp., Arthrobacter sp.) или, как минимум, к выживанию в их присутствии (.Paenibacillus sp.).

Что касается динамики бактериальных сообществ, то на основании данных, полученных нами и другими исследователями [99; 102; 109] можно предположить, что при загрязнении среды (вода, почва, ил и др.) нефтью, дизельным топливом, БТЭК, бензином, диоктилфталатом чаще всего доминируют протеобактерии, а в местах, где основными поллютантами являются нафталин и его производные - актинобактерии, постепенно замещающие протеобактерий. При этом в утилизации нафталина существенную роль могут играть плазмиды, содержащие гены биодеградации этого соединения.

Из почвы, загрязнённой нафталином, методом прямого высева на минеральную среду с нафталином в качестве единственного источника углерода и энергии были выделены два отдельных штамма бактерий-деструкторов нафталина Р. ßuorescens (NZ3.1 и NZ3.2), а также две ассоциации, включающие бактерий рода Paenibacillus и бактерий-деструкторов Р. ßuorescens (N01-N02 и N03-N04), причем штаммы Р. ßuorescens N02 и N04 оказались идентичными. Одной из особенностей пенибацилл является синтез экзополисахаридов [58; 106; 120], которые в качестве природного носителя для псевдомонад позволяют последним лучше переносить неблагоприятные условия среды [120]. Выделенные бактерии-деструкторы нафталина содержали плазмиды группы несовместимости Р-9, несущие все необходимые для утилизации нафталина гены (nahAc, nahG, nahH и nahR), причём три плазмиды из четырёх (pN02, pN04 и pNZ3.2) оказались идентичными.

Генетические системы биодеградации нафталина, который используется как модельное соединение при исследовании процессов деструкции углеводородов нефти, особенно начальных этапов его окисления до салицилата (яа/гУ-оперон), у псевдомонад изучены наиболее детально и являются довольно консервативными [162; 186; 187; 195]. Однако гены салицилатгидроксилаз (в составе nah2-oперона) отличаются большим полиморфизмом в пределах рода Pseudomonas, и за последние годы было обнаружено несколько их вариантов [71; 75; 191]. Причём, различные варианты этого гена могут находиться в геноме бактерий как в сочетании с полным набором генов «классического» оперона деградации нафталина, так и лишь с яд/гУ-опероном или даже в отсутствие нафталиновых оперонов.

Выделенные из загрязнённой нафталином почвы методом экзогенной изоляции SAL-плазмиды pSl, pS2, pS3 не принадлежали к Р-7/Р-9-группам несовместимости и не несли гены «классического» па/г2-оперона, но содержали ген салицилатгидроксилазы nahU типа pND6-l. Плазмиды биодеградации салицилата, содержащие только «неклассический» ген салицилат-1-гидроксилазы nahU при отсутствии па/г2-оперона, описаны нами впервые.

В некоторых случаях метаболическая активность бактерий по отношению к салицилату сочетается со способностью деградировать капролактам [46; 122], который широко используется для производства капрона (нейлона-6) и полиамидных пластмасс и является токсичным ксенобиотиком, вызывающим дерматиты и хромосомные аберрации у млекопитающих [141; 172]. Однако генетические детерминанты биодеградации салицилата и капролактама у таких штаммов не изучены.

Вместе с SAL-плазмидами, методом экзогенной изоляции нами выделены SAL/CAP-плазмиды pScpl и pScp2. В работе были также проанализированы три SAL/CAP-плазмиды (рЕх4, pNP6, pNP7), выделенные ещё из нескольких образцов загрязнённых нефтепродуктами почв, и две плазмиды из коллекции ЛБП ИБФМ РАН (поддерживаемые в лабораторном штамме КТ2442), кодирующие утилизацию салицилата/капролактама: pBS270, pS6f. Известно, что плазмиды биодеградации капролактама как правило принадлежат к 1псР-9 или 1псР-2 [13]. Нами впервые установлено, что признаки биодеградации капролактама и салицилата у штаммов псевдомонад, способных деградировать эти соединения, кодируются крупными конъюгативными плазмидами (SAL/CAP), часть из которых (pBS270, pS6f, рЕх4) относится к Р-7-группе несовместимости. Плазмиды (pScpl, pScp2, pNP6, pNP7) классифицировать не удалось.

В составе SAL/CAP-плазмид обнаружен и частично секвенирован новый ген салицилат-1-гидроксилазы - scpA, который идентичен известным последовательностям не более чем на 72-74% и филогенетически примерно равноудален от ближайших гомологов - генов nahG (NAH7), salA {Р. reinekei МТ1) и nahU (pND6-l). Синтез ScpA не индуцируется салицилатом, фермент имеет широкую субстратную специфичность и наибольшую активность проявляет по отношению к 4-метилсалицилату и незамещенному салицилату.

Составление лабораторных микрокосмов в комплексе с ДГГЭ-анализом генов 16S рРНК и ПЦР-анализом тотальной ДНК почвы на наличие основных генов биодеградации ароматических углеводородов может быть перспективным методом для моделирования природных загрязнённых УОС экосистем и исследования изменений их бактериальных сообществ. Эти подходы существенно облегчают изучение динамики активной популяции бактерий-деструкторов во время процесса биоремедиации in situ и мониторинг их маркерных метаболических генов, связанных с процессом деградации УОС.

Впервые выделенные нами природные ассоциации бактерий родов Paenibacillus и Pseudomonas могут стать основой биопрепаратов для биоремедиации загрязнённых ароматическими соединениями почв.

Специфические праймеры для детекции генов салицилатгидроксилазы salA и scpA, подобранные в ходе исследования, могут быть использованы для обнаружения и характеристики штаммов-деструкторов УОС, для мониторинга популяций деструкторов в загрязнённой почве, а также для дальнейшего изучения структуры за/-оперона плазмид деградации салицилата/капролактама.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Панов, Андрей Владимирович, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Бест, Д. Окружающая среда и биотехнология / Д. Бест, Дж. Джонс, Д. Стаффорд // Биотехнология. Принципы и применение; под ред. И. Хиггинса, Д. Беста, Дж. Джонса.

- М.: Мир, 1988. - С. 246-295.

2. Воронин, A.M. Биология плазмид / A.M. Воронин // Успехи микробиологии. -1983. - Вып. 18. - С.143-163.

3. Бельков, В.В. Биоремедиация: принципы, проблемы, подходы / В.В. Бельков // Биотехнология. - 1995. - № 3-4. - С. 20-27.

4. Волкова, О.В. Структура области инициации репликации плазмиды Rmsl48 (IncP-7), детерминирующей резистентность бактерий рода Pseudomonas к стрептомицину / О.В. Волкова, И.А. Кошелева, A.M. Воронин // Молек. биол. - 2012. - Т. 46.-№4.-С. 605-611.

5. Габбасова, И.М. Изменение свойств почв и состава грунтовых вод при загрязнении нефтью и нефтепромысловыми сточными водами в Башкирии / И.М. Габбасова, Р.Ф. Абдурахманов, И.К. Хабиров, Ф.Х. Хазиев // Почвоведение. - 1997. - № 11. - С. 1362-1372.

6. Геннадиев, А.Н. Геохимия полициклических ароматических углеводородов в горных породах и почвах / А.Н. Геннадиев, Ю.М. Пиковский, В.Н. Флоровская, Т.А. Алексеева, И.С. Козин, А.И. Оглоблина, М.Е. Раменская, Т.А. Теплицка, Е.И. Шурубор.

- М.: Изд-во МГУ, 1996. - 196 с.

7. Гирич, И.Е. Отбор штаммов микроорганизмов, способность к утилизации тяжелых фракций углеводородов / И.Е. Гирич, Т.Ю. Нечитайло, A.A. Худокормов, Д.А. Мельников // Экология 2000: Эстафета поколений: I Международная школа-семинар по экологии. - М.: МГУЛ, 2000. - С. 12 - 13.

8. Головлёва, Л.А.. Микробная детоксикация сточных вод коксохимического производства / Л.А. Головлёва, З.И. Финкельштейн, Б.П. Баскунов, P.M. Алиева, Л.Г. Шустова. // Микробиология. - 1995. - Т. 64. - № 2. - С. 197 - 200.

9. Демиденко, А .Я.. Пути восстановления нефтезагрязненных почв черноземной зоны Украины / А.Я. Демиденко, В.М. Демурджан. // Восстановление нефтезагрязненных почвенных экосистем. - М.: Наука, 1988. - С. 197-206.

10. Добровольская, Т.Г. Бактериальное разнообразие почв: Оценка методов, возможностей, перспектив / Т.Г. Добровольская, JT.B. Лысак, Г.М. Зенова, Д.Г. Здяшницев // Микробиология. - 2001. - Т.70. - №2. - С. 149-167.

11. Егоров, Н.С. Руководство к практическим занятиям по микробиологии: учебное пособие / Н.С. Егоров. - М.: Изд-во МГУ, 1995. - 224 с.

12. Есикова, Т.З. Плазмиды биодеградации е-капролактама / Т.З. Есикова, В.Г. Грищенков, А.М. Воронин // Микробиология. - 1990. Т. 59. - № 4. - С. 547-552.

13. Есикова, Т.З. Группы несовместимости плазмид биодеградации е-капролактама бактерий рода Pseudomonas / Т.З. Есикова, В.Г. Грищенков, Л.А. Кулаков, М.А. Моренкова, А.М. Воронин // Молек. генетика, микробиол. и вирусол. - 1990. - № 4. - С. 25-28.

14. Зякун, А.М. Отношение [13С]/[12С], как показатель для экспресс-оценки углеводородокисляющего потенциала микробиоты в почве, загрязненной сырой нефтью / А.М. Зякун, А.М. Воронин, В.В. Кочетков, Б.П. Баскунов, К.С. Лауринавичюс, В.Н. Захарченко, В.П. Пешенко, Т.О, Анохина, Т.В. Сиунова // Прикл. биохим. и микробиол. - 2012. - Т. 48. - № 2. - С. 232-242.

15. Измалкова, Т.Ю. Разнообразие генетических систем катаболизма нафталина штаммов флуоресцирующих псевдомонад: дисс. ...канд. биол. наук: 03.01.03 / Измалкова Татьяна Юрьевна. - Пущино, 2005. - 129 с.

16. Измалкова, Т.Ю. Разнообразие генетических систем биодеградации нафталина у штаммов Pseudomonas fluorescens / Т.Ю. Измалкова, О.И. Сазонова, С.Л. Соколов, И.А. Кошелева, А.М. Воронин // Микробиология. - 2005. - Т. 74. - С. 70-78

17. Измалкова, Т.Ю. Плазмиды биодеградации нафталина и салицилата Р-7 группы несовместимости в штаммах флюоресцирующих псевдомонад / Т.Ю. Измалкова, О.И. Сазонова, С.Л. Соколов, И.А. Кошелева, А.М. Воронин // Микробиология. - 2005. - Т. 74. -№ 3. - С. 342-348.

18. Израэль, Ю.А. Комплексный глобальный мониторинг состояния биосферы / Ю.А. Израэль, Ф.Я. Ровинский // Труды 3-го Межд.Симп. Ташкент. - 1986. - Т.1. - С. 89105.

19. Изъюрова, А.И. Скорость распада нефтепродуктов в воде и почве / А.И. Изъюрова // Гигиена и санитария. - 1950. - № 9. - С. 9-15.

20. Капотина, J1.H. Биологическая деструкция нефти и нефтепродуктов, загрязняющих почву и воду / JT.H. Капотина, Г.Н. Морщакова // Биотехнология. - 1998. -№ 1.- С. 85-92.

21. Квасников, Е.И. Микроорганизмы-деструкторы нефти в водных бассейнах / Е.И. Квасников, Т.М. Клюшникова. - Киев: Наук, думка, 1981. - 131 с.

22. Киреева, H.A. Активность карбогидраз в нефтезагрязненных почвах / H.A. Киреева, Е.М. Новоселова, Ф.Х. Хазиев //Почвоведение. 1998. № 12. С. 1444-1448.

23. Клар, Э. Полициклические ароматические углеводороды / Э. Клар. - М.: Химия, 1971.-Т. 1.- 225 с.

24. Коронелли, Т.В. Микробиологическая деградация углеводородов и её экологические последствия / Т.В. Коронелли // Биологические науки. - 1982. - № 3. - С. 5-12.

25. Коронелли, Т.В. Углеводородокисляющая микрофлора акваторий Балтийского моря и Куршского залива, загрязненных при разливе мазута / Т.В. Коронелли, В.В. Ильинский, В.А. Янушка, Т.И. Красникова // Микробиология. - 1987. - Т. 56. - № 3. - С. 472-478.

26. Коронелли, Т.В. Принципы и методы интенсификации биологического разрушения углеводородов в окружающей среде / Т.В. Коронелли // Прикл. биохим. и микробиол. - 1996. - Т. 32. - № 6. - С. 579 - 585.

27. Коронелли, Т.В. Интродукция бактерий рода Rhodococcus в тундровую почву, загрязненную нефтью / Т.В. Коронелли, Т.И. Комарова, В.В. Ильинский, Ю.И. Кузьмин, Н.Б. Кирсанов, A.C. Яненко // Прикл. биохим. и микробиол. - 1997. - Т. 33. - № 2. - С. 198-201.

28. Кочетков, В.В. Сравнительное изучение плазмид, контролирующих биодеградацию нафталина культурой Pseudomonas / B.B. Кочетков, A.M. Воронин // Микробиология. - 1984. - Т. 53. - № 4. - С. 639-644.

29. Кошелева, И. А. Сравнительный анализ организации плазмиды NPL-1, контролирующей окисление нафталина клетками Pseudomonas putida и её производных / И.А. Кошелева, Т.В. Цой, А.Н. Кулакова, A.M. Воронин // Генетика. - 1986. - Т. 22. - № 10. - С. 2389-2397.

30. Кошелева, И.А. Структурная и функциональная вариабельность генетических систем катаболизма полициклических ароматических углеводородов у штаммов

Pseudomonas putida / И.А. Кошелева, Т.Ю. Измалкова, C.J1. Соколов, О.И. Сазонова, A.M. Воронин // Генетика. - 2003. - Т. 39. - № 9. - С. 1185-1192.

31. Малахов, A.A. Роль нефтеокисляющей микрофлоры в биоремедиации почв и почвогрунтов, загрязненных нефтью / A.A. Малахов, И.Е. Гирич, Т.Ю. Нечитайло, Э.В. Карасева // Экология 2000: Эстафета поколений. I Международная школа-семинар по экологии. - 2000. - С. 23-24.

32. Маркарова, М.Ю. Характеристика некоторых представителей углеводородокисляющей микрофлоры Усинского нефтяного месторождения / М.Ю. Маркарова // Вестник института биологии Коми НЦ УрО РАН. - 2000. - № 34. - С. 44-49.

33. Маркарова, М.Ю. Скорость очищения почв от нефти в условиях Севера / М.Ю. Маркарова // Вестник института биологии Коми НЦ УрО РАН. - 2000. - № 32. - С. 25-28.

34. Микроорганизмы и охрана почв / под ред. Д.Г. Звягинцева. - М.: Изд. МГУ, 1989. - 304 с.

35. Никитина, Е.В. Особенности распределения и физиологического состояния микроорганизмов нефтешлама - отхода нефтехимического производства / Е.В. Никитина, О.И. Якушева, С.А. Зарипов, P.A. Галиев, A.B. Гарусов, Р.П. Наумова // Микробиология. - 2003. - Т. 72. - № 5. - С. 699-706.

36. Оборин, A.A. Самоочищение и рекультивация нефтезагрязненных почв Предуралья и Западной Сибири / A.A. Оборин, И.Г. Калачникова, Т.А. Масливец, Е.И. Базенкова, О.В. Плещева, А.И. Оглоблина // Восстановление нефтезагрязненных почвенных экосистем. - М.: Наука, 1988. - С. 140-159.

37. Паничкина, И.В. Способы рекультивации нефтезагрязненных почв / И.В. Паничкина // Материалы II научной конференции молодых ученых. - 1997. - С. 182-183.

38. Панченко, Л.В. Опыт проведения биорекультивации нефтешламонакопителей in situ / Л.В. Панченко, О.В. Турковская, А.Ю. Муратова, Е.В. Дубровская, Е.В. Плешакова, H.H. Позднякова // Тезисы семинара-презентации инновационных научно-технических проектов «Биотехнология - 2003». - Пущино: ИБФМ РАН, 2003. - С. 100101.

39. Петрикевич, С.Б. Оценка углеводородокисляющей активности микроорганизмов / С.Б. Петрикевич, E.H. Кобзев, А.Н. Шкидченко // Прикл. биохим. и микробиол. - 2003. - Т. 39. - № 1. - С. 25-30.

40. Петриков, K.B. Получение сухой формы биопрепарата для очистки от нефтяных загрязнений и изучение его свойств при долговременном хранении / К.В. Петриков, Е.П. Власова, A.A. Ветрова, A.A. Овчинникова, О.Н. Понаморёва, В.А. Алфёров, И.Ф. Пунтус, А.Е. Филонов // Известия ТулГУ. Естественные науки. - 2010. - Вып. 1. - С. 186195.

41. Пиковский, Ю.И. Природные и техногенные потоки углеводородов в окружающей среде / Ю.И. Пиковский. - М.: Изд-во МГУ, 1993. - 208 с.

42. Пономарёва, Л.В. Биоремедиация нефтезагрязненной почвы с использованием биопрепарата «БИОСЭТ» и пероксида кальция / Л.В. Пономарёва, В.Г. Крунчак, В.А. Торгованова, Н.П. Цветкова, А.И. Осипов //Биотехнология. - 1998. - № 1. - С. 79-84.

43. Пунтус, И. Ф. Выделение и характеристика микроорганизмов-деструкторов полициклических ароматических углеводородов / И.Ф. Пунтус, А.Е. Филонов, И.А. Кошелева, P.P. Гаязов, A.B. Карпов, A.M. Воронин // Микробиология. - 1997. - Т. 66. - № 2. - С. 269-272.

44. Ровинский, Ф.Я. Фоновый мониторинг полициклических ароматических углеводородов / Ф.Я. Ровинский, Т.А. Теплицкая, Т.А. Алексеева. - Л.: Гидрометеоиздат, 1988. - 224 с.

45. Русанова, Г. Загрязнение природной среды Арктики / Г. Русанова // Вестник Института биологии. - 1999. - № 16. - Режим доступа: http://ib.komisc.rU/add/old/t/ru/ir/vt/99-16/12-16.html

46. Сазонова, О.И. Деградация салицилата штаммами Pseudomonas putida без участия «классического» nah2-оперона / О.И. Сазонова, Т.Ю. Измалкова, И.А. Кошелева, A.M. Воронин // Микробиология. - 2008. - Т. 77. - № 6. - С. 1-7.

47. Стабникова, Е.В. Применение препарата «Лестран» для очистки почвы от углеводородов нефти / Е.В. Стабникова, М.В. Селезнева, А.Н. Дульгенов, В.М. Иванов // Прикл. биохим. и микробиол. - 1996. - Т. 32. - № 2. - С. 219-223.

48. Старовойтов, И.И. Гентизиновая кислота - продукт микробного окисления нафталина / И.И. Старовойтов, М.Ю. Нефедова, Г.И. Яковлев, A.M. Зякун, В.М. Аданин // Изв. Акад. Наук. Сер. Хим. - 1975. - № 9. - С. 2091-2092.

49. Хоменков, В.Г. Генетические механизмы биодеградации ксенобиотиков у микроорганизмов (обзор) / В.Г. Хоменков, A.B. Шевелёв, В.Г. Жуков, H.A. Загустина,

A.M. Безбородов, В.О. Попов // Прикл. биохим. и миробиол. - 2008. - Т. 44. - № 2. - С. 133-152.

50. Худокормов, А.А. Физиологические особенности микроорганизмов, разрушающих мазут / А.А. Худокормов // Экология 2000: Эстафета поколений. I Международная школа-семинар по экологии. - М.: МГУЛ, 2000. - С. 40-41.

51. Чернянский, С.С. Органопрофиль дерново-глеевой почвы с высоким уровнем загрязнения полициклическими ароматическими углеводородами / С.С. Чернянский, Т.А. Алексеева, А.Н. Геннадиев, Ю.И. Пиковский // Почвоведение. - 2001. - № 11. - С. 1312-1322.

52. Чугунов, В.А. Создание и применение жидкого препарата на основе ассоциации нефтеокисляющих бактерий / В.А. Чугунов, З.М. Ермоленко, С.К. Жиглецова, И.И. Мартовецкая, Р.И. Миронова, Н.А. Жиркова, В.П. Холоденко, Н.Н. Ураков // Прикл. биохим. и микробиол. - 2000. - Т. 36. - № 6. - С. 666-671.

53. Шкидченко, А.Н. Изучение нефтедеструктивной активности микрофлоры прибрежной зоны Каспийского моря / А.Н. Шкидченко, М.У.Аринбасаров // Прикл. биохим. и микробиол. - 2002. - Т. 38. - № 5. - С. 509-512.

54. Шлегель, Г. Общая микробиология / Г. Шлегель. - М.: Мир, 1987. - 564 с.

55. Штина, Э.А.Водоросли загрязненных нефтью почв: состояние вопроса и задачи исследования / Э.А. Штина, К.А. Некрасова // Восст. нефтезагрязненных. почв, экосистем. - М.: Наука, 1988. - С. 57-81.

56. Якушева, О.И. Особенности химического состава нефтешлама - отхода нефтехимического производства / О.И. Якушева, В.Н. Никонорова, Е.Г. Кияненко, О.В. Качалина, Р.А. Алиулова, В.В. Абузярова, Е.В. Никитина, Р.П. Наумова // Материалы VI Международной конференции «Нефтехимия-2002». - Нижнекамск, 2002. - С. 271-276.

57. Aeckersberg, F. Growth, natural relationships, cellular fatty acids and metabolic adaptation of sulfate-reducing bacteria that utilize long-chain alkanes under anoxic conditions / F. Aeckersberg, F. Rainey, F. Widdel //Arch. Microbiol. - 1998. - V. 170. - P. 361-369.

58. Aguilera, M. Paenibacillus jamilae sp. nov., an exopolysaccharide-producing bacterium able to grow in olive-mill wastewater / M. Aguilera, M. Monteoliva-Sanchez, A. Suarez, V. Guerra, C. Lizama, A. Bennasar, A. Ramos-Cormenzana // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2001. -V. 51. - P. 1687-1692.

59. Alexander, V. Biodégradation of organic chemicals / V. Alexander // Environ. Sci. and Technol. - 1985,- V. 19.-№ 18.-P. 106-111.

60. Ames, B.N. An improved bacterial test system for the detection and classification of mutagens and carcinogens / B.N. Ames, F. Lee, W. Durston // Proc. Natiol. Acad. Sci. USA. -1973.-V. 70.-P. 782-786.

61. Ames, B.N. Methods for detecting carcinogens and mutagens with Salmonella mammalian-microsome mutagenicity test / B.N. Ames, J. Mclann, E. Yamashaki // Mutat. Res. - 1975.-V. 31.-P. 347-364.

62. Atlas, R.M. Microbial degradation of petrolium hydrocarbons: an enviromental perspective / R.M. Atlas // Microbiol Rev. - 1981. - V. 45. - № 1. - P. 180-209.

63. Atlas, R.M. Fate of petrolium pollutans in arctic ecosystems / R.M. Atlas // Water Sci. and Technol. - 1986. - V. 18. - № 2. - P. 59-67.

64. Barnsley, E.A. The induction of the enzymes of naphthalene metabolism in pseudomonads by salicylate and 2-aminobenzoate / E.A. Barnsley // Gen. Microbiol. - 1975. -V. 88.-№ l.-P. 193-196.

65. Bates, S. IncP plasmids are unusually effective in mediating conjugation of Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae: involvement of the tra2 mating system / S. Bates, A.M. Cashmore, B.M. Wilkins // J. Bacteriol. - 1998. - V. 180. - № 24. - P. 6538-6543.

66. Beller, H.R. A real-time polymerase chain reaction method for monitoring anaerobic, hydrocarbondegrading bacteria based on a catabolic gene / H.R. Beller, S. Kane, T.C. Legler, P.J.J. Alvarez // Environ. Sci. Technol. - 2002. - V. 36. - P. 3977-3984.

67. Berge, O. Paenibacillus graminis sp. nov. and Paenibacillus odorifer sp. nov., isolated from plant roots, soil and food / O. Berge, M.N. Guinebretiere, W. Achouak, P. Normand, T. Heulin // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2002. - V. 52. - P. 607-616.

68. Blasco, R.From xenobiotic to antibiotic, formation of protoanemonin from 4-chlorocatechol by enzymes of the 3-oxoadipate pathway / R. Blasco, R.-M. Wittich, M. Mallavarapu, K.M. Timmis, D.H. Pieper // J. Biol. Chem. - 1995. - V. 49. - P. 29229-29235.

69. Boonchan, S. Degradation and mineralization of high-molecular-weight polycyclic aromatic hydrocarbons by defined fungal-bacterial cocultures / S. Boonchan, M.L. Britz, G.A. Stanley // Appl. Environ. Microbiol. - 2000. - V. 66. - № 3. - P. 1007-1019.

70. Bosch, R. NahW, a novel, inducible salicylate hydroxylase involved in mineralization of naphthalene by Pseudomonas stutzeri AN 10 / R. Bosch, E.R.B. Moore, E. Garcia-Valdes, D.H. Pieper//J.Bacteriol. - 1999. -V. 181. - P. 2315-2322.

71. Bosch, R. Complete nucleotide sequence and evolutionary significance of a chromosomally encoded naphthalene-degradation lower pathway from Pseudomonas stutzeri AN10 / R. Bosch, E. Garcia-Valdes, E.R.B. Moore // Gene. - 2000. - V. 245. - P. 65-74.

72. Bredford, M.M. Rapid and sensitive method for the quantitationof microgram quantity of protein utilizing the principle of proteindyq, binding / M.M. Bredford // Ann. Biochem. - 1976. - V. 72. - P. 248-254.

73. Brezna, B. Molecular characterization of dioxygenases from poly cyclic aromatic hydrocarbon-degrading Mycobacterium spp. / B. Brezna, A.A. Khan, C.E. Cerniglia // FEMS Microbiology Letters. - 2003. - V. 223. - P. 177-183.

74. Brusetti, L. Fluorescent-BOX-PCR for resolving bacterial genetic diversity, endemism and biogeography / L. Brusetti, I. Malkhazova, M. Gtari, I. Tamagnini, S. Borin, M. Merabishvili, N. Chanishvili, D. Mora, F. Cappitelli, D. Daffonchio // BMC Microbiol. -2008. -V. 8. - P. 220-232.

75. Camara, B. A gene cluster involved in degradation of substituted salicylates via ortho cleavage in Pseudomonas sp. strain MT1 encodes enzymes specifically adapted for transformation of 4-methylcatechol and 3-methylmuconate / B. Camara, P. Bielecki, F. Kaminski, V.M. dos Santos, I. Plumeier, P. Nikodem, D.H. Pieper // J. Bacteriol. - 2007. - V. 189.-№5.-P. 1664-1674.

76. Cane, P.A. The plasmid-coded metabolism of naphthalene and 2-methylnaphthalene in Pseudomonas strains: phenotypic changes correlated with structural modification of the Plasmid pWW60-l / P.A. Cane, P.A.Williams // J. Gen. Microbiol. - 1982. - V. 128. - P. 22812290.

77. Carberry, J.B. Peroxide preoxidation of recalcitrant toxic waste to enhance biodégradation / J.B. Carberry, T.M. Benzing // Water Sei. and Technol. - 1991. - V. 23. - № 1-3.-P. 367 - 376.

78. Carhart, G. Improved method of selection for mutants of Pseudomonas putida / G. Carhart, G. Hegeman // Appl. Microbiol. - 1975. - V. 30. - № 6. - P. 1046-1047.

79. Castle, D.M. Effect of naphthalene on microbial community composition in the Delaware estuary / D.M. Castle, M.T. Montgomery, D.L. Kirchman // FEMS Micobiol. Ecol. -2006. - V.56. -№ 1. -P.55-63

80. Cerniglia, C.E. Biodégradation of polycyclic aromatic hydrocarbons / C.E.Cerniglia // Curr. Opin. Biotechnol. - 1993. - V. 4. - P. 331-338.

81. Chaineau, C.H. Bioremediation of a crude oil-polluted clay soil in a temperate zone / C.H. Chaineau, J.F. Vidalie, P. Geneste, J. Ducreux, D. Ballerini // Proceedings of the SPE International Conference on Health, Safety, and the Environment in Oil and Gas Exploration and Production. - Houston, Texas: Society of Petroleum Engineers, 2000. - P. 1-12.

82. Chakrabarty, A.M. Genetic basis of the biodégradation of salicylate in Pseudomonas / A.M. Chakrabarty // J Bacteriol. - 1972. - V. 112. - № 2. - P. 815-823.

83. Chang, Y.J. Phylogenetic analysis of aerobic freshwater and marine enrichment cultures efficient in hydrocarbone degradation: effect of profiling method / Y.J. Chang, J.R. Stephen, A.P. Richter, A.D. Venosa, J. Bruggemann, S.J. Macnaughton, G.A. Kowalchuk, J.R. Haines, E. Kline, D.C. White // J. Microbiol. Methods. - 2000. - V.40. - P. 19-31.

84. Cremonesi, L. Double-gradient DGGE for optimized detection of DNA point mutations / L. Cremonesi, S. Firpo, M. Ferrari, P.G. Righetti, C. Gelfi // Biotechniques. - 1997. - V. 22. - P. 326-330.

85. Daane, L.L. PAH-degradation by Paenibacillus spp. and description of Paenibacillus naphtalenovorans sp. nov., a naphthalene-degrading bacterium from the rhizosphere of salt marsh plants / L.L. Daane, I. Harjon, S.M. Barns, L.A. Launen, N.J. Palleroni, M.M. Haggblom // Int. J. Syst. Bacteriol. - 2002. - V. 52. - P. 131-139.

86. Dagley, S. New pathways in the oxidative metabolism of aromatic compounds by microorganisms / S. Dagley, W.C. Evans, D.W. Ribbone //Nature. - 1960. - P. 188-560.

87. Del Panno, M.T. Effect of petrochemical sludge concentrations on microbial communities during soil bioremediation / M.T. del Panno, I.S. Morelli, B. Engelen, L. Berthe-Corti // FEMS Microbiol. Ecol. - 2005. - V. 53. - P. 305-316.

88. Dennis, J. Complete sequence and genetic organization of pDTGl, the 83 kilobase naphthalene degradation plasmid from Pseudomonas putida strain NCIB 9816-4 / J. Dennis, G. Zylstra // J. Mol. Biology. - 2004. - V. 341. - № 3. - P. 753-768.

89. Dombek, P.E. Use of repetitive DNA sequences and the PCR to differentiate Escherichia coli isolates from human and animal sources / P.E. Dombek, L.K. Johnson, S.T. Zimmerley, M.J. Sadowsky // Appl. Environ. Microbiol. - 2000. - V. 66. - P. 2572-2577.

90. Dunn, N.W. Transmissible plasmid coding early enzymes of naphthalene oxidation in Pseudomonas putida / N.W. Dunn, I.C. Gunsalus // J. Bacteriol. - 1973. - V. 114. - № 3. - P. 974-979.

91. Evans, W.C. Oxidative metabolism of phenantrene and anthracene by soil pseudomonads: the ring-fission mechanism / W.C. Evans, H.N. Fernley, E. Griffiths // J Biochem. - 1965. - V. 95. - P. 819-831.

92. Fayad, N.M. A unique biodégradation pattern of the oil spilled during the 1991 Gulf War / N.M. Fayad, E. Overton // Mar. Poll. Bull. - 1995. - V. 30. - P. 239-246.

93. Feist, C.F. Phenol and benzoate metabolism by Pseudomonas putida: regulation of tangential pathways / C.F. Feist, G.D. Hegeman // J. Bacteriol. - 1978. - V. 100. - № 2. - P. 869-877.

94. Feris, K.P. A shallow BTEX and MTBE contaminated aquifer supports a diverse microbial community / K.P. Feris, K. Hristova, B. Gebreyesus, D. Mackay, K.M. Scow // FEMS Microb. Ecol. - 2004. - V. 48. - P. 589-600.

95. Ferrero, M. Coexistence of two distinct copies of naphthalene degradation genes in Pseudomonas strains isolated from the western Mediterranean region / M. Ferrero, E. Llobet-Brossa, J. Lalucat, E. Garcia-Valdes, R. Rosselo-Mora, R. Bosch // Appl. Environ. Microbiol. -2002. - V. 68. - P. 957-962.

96. Fuenmayor, S.L. A gene cluster encoding steps in conversion of naphthalene to gentisatc in Pseudomonas sp. strain U2 / S.L. Fuenmayor, M. Wild, A.L. Boyles, P.A. Williams // J. Bacteriol. - 1998. - V. 180. - P. 2522-2530.

97. Garbeva, P. Analysis of endophytic bacterial communities of potato by planting and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of 16S rDNA based PCR fragments / P. Garbeva, L.S. van Overbeek, J.W.L. van Vuurde, J.D. van Elsas // Microb. Ecol. - 2001. - V. 41. - P. 369-383.

98. Goethals, K. Conserved motifs in a divergent nod box of Azorhizobium caulinodans ORS571 reveal a common structure in promoters regulated by LysR-type proteins / K. Goethals, M. van Montagu, M. Holsters // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 1992. - V. 89. - № 5. -P. 1646-1650.

99. Gomes, N.C.M. Effect of the inoculant strain Pseudomonas putida KT2442 (pNF142) and of naphthalene contamination on the soil bacterial community / N.C.M. Gomes, I.A. Kosheleva, A. Wolf-Rainer, K. Smalla // FEMS Microbiol. Ecol. - 2005. - V. 54. - P. 21-33.

100. Greated, A. A pair of PCR primers for IncP-9 plasmids / A. Greated, C.M. Thomas // Microbiology (UK). - 1999. - V. 145. - P. 3003-3004.

101. Greated, A. Complete sequence of the IncP-9 TOL plasmid pWWO from Pseudomonas putida / A. Greated, L. Lambertsen, P.A. Williams, C.M. Thomas // Environ. Microbiol. - 2002. - V. 2. - P. 856-871.

102. Greene, E.A. Composition of soil microbial communities enriched on a mixture of aromatic hydrocarbons / E.A. Greene, J.G. Kay, K. Jaber, L.G. Stehmeier, G. Voordouw // Appl. Environ. Microbiol. - 2000. - V. 66. - P. 5282-5289.

103. Grund, E. Naphthalene degradation via salicylate and gentisate by Rodococcus sp. strain B4 / E. Grund, D. Denecke, R. Eichenlaub // Appl. Environm. Microbiol. - 1992. - V. 58. - P. 1874-1877.

104. Habe, H.Genetics of poly cyclic aromatic hydrocarbon metabolism in diverse aerobic bacteria / H. Habe, T. Omori // Biosci. Biotechnol. Biochem. - 2003. - V. 67. - P.225-243.

105. Harvey, R. Polycyclic aromatic hydrocarbons: chemistry and carcinogenicity / R. Harvey // Cambridge Monographs on Cancer Research; eds. M.M. Coombs, J. Ashby, M. Hicks, H. Baxter. - Cambridge: Cambridge University Press, 1991. - P. 396-444.

106. Hebbar, K.P. Characterization of exopolysaccharides produced by rhizobacteria / K.P. Hebbar, B. Gueniot, A. Heyraud, P. Colin-Morel, T. Heulin, J. Balandreau, M. Rinaudo // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 1992. - V. 38. - P. 248-253.

107. Hedlund, B.P. Polycyclic aromatic hydrocarbon degradation by a new marine bacterium, Neptunomonas naphthovorans gen. nov., sp. nov / B.P. Hedlund, A.D. Geiselbrecht, T.J. Bair, J.T. Staley // Applied and Environmental Microbiology. - 1999. - V. 65. - P. 251-259.

108. Heinemann, J.A. Bacterial conjugative plasmids mobilize DNA transfer between bacteria and yeast / J.A. Heinemann, G.F.J. Sprague // Nature. - 1989. - V. 340. - № 6230. - P. 205-209.

109. Hendrickx, B. Dynamics of an oligotrophic bacterial aquifer community during contact with a groundwater plume contaminated with benzene, toluene, ethylbenzene and xylenes: an in situ mesocosm study / B. Hendrickx, W. Dejonghe, W. Boenne, M. Brennerova,

M. Cernik, T. Lederer, M. Bucheli-Witschel, L. Bastiaens, W. Verstraete, E.M. Top, L. Diels, D. Springael // Appl. Environ. Microbiol. - 2005. - V. 71. - P. 3815-3825.

110. Herrick, J.B. Natural horizontal transfer of a naphthalene dioxygenase gene between bacteria native to a coal tar-contaminated field site / J.B. Herrick, K.G. Stuart-Keil, W.C. Ghiorse, E.L. Madsen // Appl. Environm. Microbiol. - 1997. - V. 63. - P. 2330-2337.

111. Heuer, H. Enveronmental Molecular Microbiology: Protocols and Applacations; ed. P. Rouchelle / H. Heuer, G. Wieland, J. Schonfeld, S. Shonwalder, N.C.M. Gomes, K. Smalla. - UK, Wymondham: Horizone scientific Press, 2001. - P. 177-190.

112. Izmalkova, T.Yu. Molecular classification of IncP-9 naphthalene degradation plasmids / T.Yu. Izmalkova, D.V. Mavrodi, S.L. Sokolov, I.A. Kosheleva, K. Smalla, C.M. Thomas, A.M. Boronin // Plasmid. - 2006. - V. 56. - P. 1-10.

113. Janikowski, T.B. Use of a two-phase partitioning bioreactor for degrading polycyclic aromatic hydrocarbons by a Sphingomonas sp. / T.B. Janikowski, D. Velicogna, M. Punt, A.J. Daugulis // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2002. - V. 59. - P. 368-376.

114. Jones, K.C. Contaminant trends in soils and crops / K.C. Jones // Environ. Pollut. -1991.-V. 69. - №4.-P. 311-325.

115. Ka, J.O. Integration and excision of a 2,4-dichlorophenoxyacetic acid-degradative plasmid in Alcaligenes paradoxus and evidence of its natural intergeneric transfer / J.O. Ka, J.M. Tiedje // J. Bacteriol. - 1994. - V. 176. - P. 5284-5289.

116. Kasai, Y. Molecular detection of marine bacterial populations on beaches contaminated by the Nakhodka tanker oil-spill accident / Y. Kasai, H. Kichir, K. Syutsubo, S. Harayama // Environ. Microbiol. - 2001. - V. 3. - P. 246-255.

117. Katagiri, M. Flavin adenine dinucleotide requirement for the enzymic hydroxylation and decarboxylation of salicylic acid / M. Katagiri, S. Yamamoto, O. Hayaishi // J. Biol. Chem. - 1962. - V. 237. - № 7. - P. 2413-2414.

118. Kipopoulou, A.M. Bioconcentration of polycyclic aromatic hydrocarbons in vegetables in an industrial area / A.M. Kipopoulou, E. Manoli, C. Samara // Environ. Pollut. -1999. - V. 106. - № 3. - P. 369-380.

119. Kiyohara, H. The catabolism of phenanthrene and naphthalene by bacteria / H. Kiyohara, K. Nagao // J. Gen. Microbiol. - 1978. - V. 105. - P. 69-75.

120. Kozyrovska, N.O. Paenibacillus sp., as a promising candidate for development of a novel technology of inoculant production / N.O. Kozyrovska, V.V. Negrutska, M.V. Kovalchuk, T.N. Voznyuk // Biopolymers and cell. - 2005. - V. 21. - P. 312-318.

121. Krasowiak, R. PCR primers for detection and characterization of IncP-9 plasmids / R. Krasowiak, K. Smalla, S. Sokolov, I. Kosheleva, Y. Sevastyanovich, M. Titok, C.M. Thomas // FEMS Microbiol. Ecol. - 2002. - V. 42. - P. 217-225.

122. Kulkarni, R.S. Effects of some curing agents on phenotypic stability in Pseudomonas putida degrading e-caprolactam / R.S. Kulkarni, P.P. Kanekar // World J. Microbiol. Biotechnol. - 1998. - V. 14. - P. 255-257.

123. Kulkarni, R.S. Bioremediation of e-caprolactam from nylon-6 waste water by use of Pseudomonas aeruginosa MCM B-407 / R.S. Kulkarni, P.P. Kanekar // Cur. Microbiol. -1998. -V. 37. - P. 191-194.

124. Lack, L. The enzymic oxidation of gentisic acid / L. Lack // Biochim. Biophys. Acta. - 1959. - V. 34. - P. 117-123.

125. Lebuhn, M. Production of auxin and other indolic and phenolic compounds by Paenibacillus polymyxa strains isolated from different proximity to plant roots / M. Lebuhn, T. Heulin, A. Hartmann // FEMS Microbiol. Ecol. - 1997. - V. 22. - P. 325-334.

126. Lepo, J.E. Aerobic degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons in crude oilis preferable to that of n-alkanes / J.E. Lepo, S. Zhang, G. Norton // Abstr. Gen. Meet. Am. Soc. Microbiol. - 1996. - P. 445.

127. Li, W. Complete nucleotide sequence and organization of the naphthalene catabolic plasmid pND6-l from Pseudomonas sp. strain ND6 / W. Li, J. Shi, X. Wang, Y. Han, W. Tong, L. Ma, B. Liu, B. Cai // Gene. - 2004. - V. 336. - P. 231-240.

128. Lloyd-Jones, G. Analysis of catabolic genes for naphthalene and phenanthrene degradation in contaminated New Zealand soils / G. Lloyd-Jones, A.D. Laurie, D.W.F. Hunter, R. Fraser // FEMS Microbiol. Ecol. - 1999. - V. 29. - P. 69-79

129. Lode, A. Changes in the bacterial community after application of oily sludge to soil / A. Lode // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 1986. - V. 25. - № 3. - P. 295-299.

130. Macnaughton, S.J. Microbial population changes during bioremediation of an experimental oil spill / S.J. Macnaughton, J.R. Stephen, A.D. Venosa, G.A. Davis, Y.J. Chang, D.C. White //Appl. Environ. Microbiol. - 1999. - V. 65. - P. 3566-3574.

131. Magot, M. Microbiology of petroleum reservoirs / M. Magot, B. Ollivier, B. K. C. Patel // Antonie van Leeuwenhoek. - 2000. - V. 77. - P. 103-116.

132. Marlowe, E.M. Application of a reverse transcription-PCR assay to monitor regulation of the catabolic nahAc gene during phenanthrene degradation / E.M. Marlowe, J.M. Wang, I.L. Pepper, R.M. Maier // Biodégradation. - 2002. - V. 13. - P. 251-260.

133. Martin-Laurent, F. DNA extraction from soils: old bias for new microbiol diversity analysis methods / F. Martin-Laurent, L. Philippot, S. Hallet, R. Chaussod, J.C. German, G. Soulas, G. Gatroux // Appl. Environ. Microbiol. - 2001. - V. 67. - № 5. - P. 2354-2359.

134. Meyer, S. Differental detection of key enzymes of polyaromatic-hydrocarbone-degrading bacteria using PCR and gene probes / S. Meyer, R. Moser, A. Neef, U. Stah, P. Kampfer//Mycrobiology. - 1999.-V. 145.-P. 1731-1741.

135. Michaelsen, M. Hexadecane mineralization in oxygen-controlled sediment seawater cultivations with autochtonous microorganisms / M. Michaelsen, R. Hulsch, T. Hopner, L. Berthecorti // Appl. Environ. Microbiol. - 1992. - V. 58. - № 9. - P. 3072-3077.

136. Molina, L. Survival of Pseudomonas putida KT2440 in soil and in the rhizosphere of plants under greenhouse and environmental conditions / L. Molina, C. Ramos, E. Duque, M.C. Ronchel, J.M. Garcia, L. Wyke, J.L. Ramos // Soil Biol. Biochem. - 2000. - V. 32. - P. 315-321.

137. Muyzer, G. Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA / G. Muyzer, E.C. de Waal, A.G. Uitterlinden // Appl. Environ. Microbiol. - 1993. - V. 59. - P. 695-700.

138. Nelson, K. Complete genome sequence and comparative analysis of the metabolically versatile Pseudomonas putida KT2440 / K. Nelson, I. Paulsen, C. Weinel, R. Dodson, H. Hilbert, D. Fouts, S. Gill, M. Pop, V. Martins Dos Santos, M. Holmes, L. Brinkac, M. Beanan, R. DeBoy, S. Daugherty, J. Kolonay, R. Madupu, W. Nelson, O. White, J. Peterson, H. Khouri, I. Hance, P. Lee, E. Holtzapple, D. Scanlan, K. Tran, A. Moazzez, T. Utterback, M. Rizzo, K. Lee, D. Kosack, D. Moestl, H. Wedler, J. Lauber, J. Hoheisel, M. Straetz, S. Heim, C. Kiewitz, J. Eisen, K. Timmis, A. Duesterhoft, B. Tummler, C. Fraser // Environ. Microbiol. - 2002. - V. 4. - № 12. - P. 799-808.

139. Ni Chadhain, S.M. Microbial dioxygenase gene population shifts during polycyclic aromatic hydrocarbon degradation / S.M. Ni Chadhain, R.S. Norman, K.V. Pesce, J.J. Kukor, G.J. Zylstra // Appl. Environm. Microbiol. - 2006. - V. 79. - № 6. - P. 4078-4087.

140. Norman, A. Conjugative plasmids: vessels of the communal gene pool / A. Norman, L.H. Hansen, S.J. Sorensen // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. - 2009. - V. 364. - № 1527.-P. 2275-2289.

141. Norppa, H. Induction of chromosome aberrations and sister-chromatid exchange by caprolactam in vitro / H. Norppa, H. Jarventaus // Mutat. Res. - 1989. - V. 224. - P. 333-337.

142. Nyman, J.A. Effect of crude oil and chemical additives on metabolic activity of mixed microbial populations in fresh marsh soils / J.A. Nyman // Microb. Ecol. - 1999. - V. 37. -P. 152-162.

143. Ogino, A. Succession in microbial communities during a biostimulation process as evaluated by DGGE and clone library analyses / A. Ogino, H. Koshikawa, T. Nakahara, H. Uchiyama // J. Appl. Microbiol. - 2001. - V. 91. - P. 625-635.

144. Ornston, L.N. The conversion of catechol and protocatechuate to beta-ketoadipate by Pseudomonas putida: enzymes of catechol pathway / L.N. Ornston // J. Biol. Chein. - 1966. - V. 166.-P. 9-14.

145. Pannu, J.K. Influence of peanut oil on microbial degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons / J.K. Pannu, A. Singh, O.P. Ward // Can. J. Microbiol. - 2003. - V. 49. - № 8. -P. 508-513.

146. Park, J-W. Dynamic changes in nahAc gene copy number during degradation of naphthalene in PAH-contaminated soils / J-W. Park, D.E. Crowley // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2006. - V. 72. - P. 1322-1329.

147. Parodi, S. DNA damage in mouse and rat liver by caprolactam and benzoin, evaluated with three different methods / S. Parodi, M.L. Abelmoschi, C. Balbi, M.T. DeAngeli, M. Pala, P. Russo, M. Taningher, L. Santi // Mutat. Res. - 1989. - V. 224. - P. 379384.

148. Premraj, R. Biodégradation of polymers / R. Premraj, D. Mukesh // Indian Jour. Biotech. - 2005. - V. 4. - 186-193.

149. Ragan, M.A. Lateral genetic transfer: open issues / M.A. Ragan, R.G. Beiko // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. - 2009. -V. 364. - № 1527. - P. 2241-2251.

150. Raskin, I. Role of salicylic acid in plants / I. Raskin // Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. - 1990. - V. 2. - P. 439-463.

151. Rawlings, D.E. Comparative biology of IncQ and IncQ-like plasmids / D.E. Rawlings, E. Tietze //Mol. Microbiol. - 2001. - V. 65. - № 4. - P. 481-496.

152. Regenhardt, D.Pedigree and taxonomic credentials of Pseudomonas putida strain KT2440 / D. Regenhardt, H. Heuer, S. Heim, D.U. Fernandez, C. Strompl, E.R.B. Moore, K.N. Timmis //Environ. Microbiol. - 2002. - V. 4. - P. 912-915.

153. Report on Carcinogens (12 ed.). - Research Triangle Park, NC: U.S. Department of Health and Human Services, Public Health Service, National Toxicology Program, 2011. -499 pp.

154. Reynaldi, F.J. Inhibition of the growth of Ascosphaera apis by Bacillus and Paenibacillus strains isolated from honey / F.J. Reynaldi, M.R. de Giusti, A.M. Alippi // Rev. Argent. Microbiol. - 2004. - V. 36. - P. 52-55.

155. Rosado, A.S. Production of a potentially novel anti-microbial substance by Bacillus polymyxa / A.S. Rosado, L. Seldin // World J. Microbiol. Biotechnol. - 1993. - V. 9. - P. 521528.

156. Samanta, S.K. Polycylic aromatic hydrocarbons: environmental pollution and bioremediation / S.K. Samanta, O.V. Singh, R.K. Jain // Trends Biotechnol. - 2002. - V. 20. -№ 6. - P. 243-248.

157. Sambrook, J. Molecular cloning: a laboratory manual (3 ed.) / J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis. - Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. - 2344 pp.

158. Schell, M.A. Use of saturation mutagenesis to localize probable functional domains in the NahR protein, a LysR-type transcription activator / M.A. Schell, P.H. Brown, S. Raju // J. Biol. Chem. - 1990. - V. 265. - № 7. - P. 3844-3850.

159. Seldin, L. Comparison of Paenibacillus azotofixans strains isolated from rhizoplane, rhizosphere and non-rhizosphere soil from maize planted in two different Brazilian soils / L. Seldin, A.S. Rosado, D.W. Cruz, A. Nobrega. J.D. van Elsas, E. Paiva // Appl. Environ. Microbiol. - 1998. - V. 64. - P. 3860-3868.

160. Shukla, O.P. Biodégradation for environmental management / O.P. Shukla // Everyman's Science. - 1990. - V. 25. - № 2. - P. 46-50.

161. Smalla, K. Bulk and rhizosphere soil bacterial communities studied by denaturing gradient gel electrophoresis: plant-dependent enrichment and seasonal shifts revealed / K. Smalla, G. Wieland, A. Buchner, A. Zock, J. Parzy, S. Kaiser, N. Roskot, H. Heuer, G. Berg // Appl. Environ. Microbiol. - 2001. - V. 67. - P. 4742-4751.

162. Sota, M. Genomic and functional analysis of the IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and it's transposon Tn4655 suggests catabolic gene spread by a tyrosine recombinase / M. Sota, H. Yano, A. Ono, R. Miyazaki, H. Ishii, H. Genka, E.M. Top, M. Tsuda // J. Bacteriol. - 2006. - V. 188. - P. 4057-4067.

163. Stach, J.E.M. Enrichment versus biofilm culture: a functional and phylogenetic comparison of polycyclic aromatic hydrocarbon-degrading microbial communities / J.E.M. Stach, R.G. Burns // Environ. Microbiol. - 2002. - V. 4. - P. 169-182.

164. Strawinski, R.J. Conditions governing the oxidation of naphthalene and the chemical analysis of its products / R.J. Strawinski, R.W. Stone // J.Bacteriol. - 1943. - V. 45. - P. 16-24.

165. Sutherland, J.B. Mechanisms of polycyclic aromatic hydrocarbon degradation / J.B. Sutherland, F. Rafll, A.A. Khan, C.E. Cerniglia // Microbial transformation and degradation of toxic organic chemicals. - Wiley-Liss: John Wiley & Sons Inc., 1995. - P. 269-306.

166. Tan, H.-M. Bacterial catabolic transposons / H.-M. Tan // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 1999. -V. 51. - P. 1-12.

167. Thomas, C.M. Paradigms of plasmid organization / C.M. Thomas // Mol. Microbiol.

- 2000.-V. 37.-№3.-P. 485-491.

168. Top, E.M. Phenotypic traits conferred by plasmids / E.M. Top, Y. Moenne-Loccoz, T. Pembroke, C.M. Thomas // The horizontal gene pool. - Amsterdam: Harwood Academic Publishers, 2000. - P. 249-285.

169. Top, E.M. Catabolic mobile genetic elements and their potential use in bioaugmentation of polluted sols and waters / E.M. Top, D. Springael, N. Boon // FEMS Microbiology Ecology. - 2002. - V. 42. - P. 199-208.

170. Tropel, D. Bacterial transcriptional regulators for degradation pathways of aromatic compounds / D. Tropel, J.R. van der Meer // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2004. - V. 68. - № 3.

- P. 474-500.

171. Tsuda, M. Naphthalene degrading genes on plasmid NAH7 are on a defective transposon / M. Tsuda, T. lino // Mol. Gen. Genet. - 1990. - V. 223. - P. 33-39.

172. Tuma, S.N. Seizures and dermatitis after exposure to caprolactam / S.N. Tuma, F. Orson, F.V. Fossella, W. Waidhofer // Arch. Intern. Med. - 1981. - V. 141. - P. 1544-1545.

173. Tuomi, P.M. The abundance of nahAc genes correlates with the 14C-naphthalene mineralization potential in petroleum hydrocarbon-contaminated oxic soil layers / P.M. Tuomi, J.M. Salminen, K.S. Jorgensen // FEMS Micribiology Ecology. - 2004. - V. 51. - P. 99-107.

174. Van de Peer, Y. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment / Y. van de Peer, R. de Wächter // Comput. Applic. Biosci. - 1994. - V. 10. - P. 569-570.

175. Van Elsas, J.D. Ecology of plasmid transfer and spread / J.D. van Elsas, J. Fry, P. Hirsch, S. Molin // The horizontal gene pool. - Amsterdam: Harwood Academic Publishers, 2000. - P. 175-206.

176. Van Hamme, J.D. Recent Advances in Petroleum Microbiology / J.D. van Hamme,

A. Singh, O.P. Ward // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2003 - V. 67. - № 4. - P. 503-549.

177. Walker, R. Bacillus isolates from the spermosphere of peas and dwarf french beans with antifungal activity against Botrytis cinerea and Pythium species / R. Walker, A.A. Powell,

B. Seddon // J. Appl. Microbiol. - 1998. - V. 84. - P. 791-801.

178. Weisburg, W.G. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study / W.G. Weisburg, S.M. Barnes, D.A. Pelletier, D.J. Lane // J. Bacteriol. - 1991. - V. 73. - P. 697-703.

179. White, R. An overview of immunotoxicology and carcinogenic polycyclic aromatic hydrocarbons / R. White // Environ. Carcine. Revs. - 1986. - V. 4. - P. 163-202.

180. Widada, J. Molecular detection and diversity of polycyclic aromatic hydrocarbon-degrading bacteria isolated from geographically diverse sites / J. Widada, H. Nojiri, K. Kasuga, T. Yoshida, H. Habe, T. Omori // Appl. Microbiol.Biotechnol. - 2002. - V. 58. - P. 202-209.

181. Wilkstrom, P. DNA recovery and PCR quantification of catechol-2,3-dioxygenase genes from different soil types / P. Wilkstrom, A. Wilklund, A.C. Anderson, M. Forman // J. Biotechnol. - 1996. - V. 52. - P. 107-120.

182. Williams, P.A. The evolution of pathway for aromatic hydrocarbons oxidation in Pseudomonas /P.A. Williams, J.R. Sayers //Biodegradation. - 1994. - V. 5. - P. 195-217.

183. Wilson, M.S. In situ, real-time catabolic gene expression: extraction and characterization of naphthalene dioxygenase mRNA transcripts from groundwater / M.S. Wilson, C. Bakermans, E.L. Madsen //Appl. Environ. Microbiol. - 1999. - V. 65. - P. 80-87.

184. Wilson, M.S. Horizontal transfer of phnAc dioxygenäse genes within one of two phenotypically and genotypically distinctive naphtalene-degrading guilds from adjacent soil environments / M.S. Wilson, J.B. Herrick, C.O. Jeon, D.E. Hinman, E.L. Madsen // Appl. Environm. Microbiol. - 2003. - V. 69. - P. 2172-2181.

185. Yamamoto, S. Salicylate hydroxylase, monooxygenase requiring flavin adenine dinucleotide. 1. Purification and general properties / S. Yamamoto, M. Katagiri, H. Maeno, O. Hayaishi // J. Biol. Chem. - 1965. - V. 230. - P. 3408-3413.

186. Yen, K.M. Plasmid gene organization: naphthalene/salicylate oxidation / K.M. Yen, I.C. Gunsalus // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 1982. - V. 79. - P. 874-878.

187. Yen, K.M. Regulation of naphthalene catabolic genes of plasmid NAH7 / K.M. Yen, I.C. Gunsalus // J. Bacteriol. - 1985. - V. 162. - P. 1008-1013.

188. Yen, K.M. Genetics of naphthalene catabolism in Pseudomonads / K.M. Yen, C.M. Serdar // CRC Crit. Rev. Microbiol. - 1988. - V. 15. - P. 247-268.

189. Yuan, S.Y. Biodegradation of phenanthrene in river sediment / S.Y. Yuan, J.S. Chang, J.H. Yen, B.V. Chang // Chemosphere. - 2001. - V. 43. - № 3. - P. 273-278.

190. Zehner, E.L. Conjugative-DNA transfer processes. Phenotypic traits conferred by Plasmids / E.L. Zehner, F. de la Cruz, R. Eisenbrandt, A.M. Grahn, G. Koraimann, E. Lanka, G. Muth, W. Pansegrau, C.M. Thomas, B.M. Wilkins, M. Zatyka // The horizontal gene pool. -Amsterdam: Harwood Academic Publishers. 2000. - P. 87-174.

191. Zhao, H. Overexpression, purification and characterization of a new salicylate hydroxylase from naphthalene-degrading Pseudomonas sp. strain ND6 / H. Zhao, D. Chen, Y. Li, B. Cai // Microbiol. Res. - 2005. - V. 160. - № 3. - P. 307-313.

192. Zheng, Z. Oxidation of poly cyclic aromatic hydrocarbons by fungal isolates from an oil contaminated refinery soil / Z. Zheng, J.P. Obbard // Environ. Sei. Pollut. Res. Int. - 2003. -V. 10.-№3.-P. 173-176.

193. Zhou, H.W. Genetic diversity of oxygenase genes in poly cyclic aromatic hydrocarbone-degradig bacteria isolated from mangrove sediments / H.W. Zhou, C.L. Guo, Y.S. Wong, N.F.E. Tam // FEMS Microbiology Letters. - 2006. - V. 262. - № 2. - P. 148-157.

194. Zhou, N.Y. nag genes of Ralstonia (formerly Pseudomonas) sp. strain U2 encoding enzymes for gentisate catabolism / N.Y. Zhou, S.L. Fuenmayor, P.A. Williams // J. Bacteriol. -2001. -V. 183. - P. 700-708.

195. Zylstra, G.J. Comparative molecular analysis of genes for polycyclic aromatic hydrocarbon degradation / G.J. Zylstra, E. Kim, A.K. Goyal // Genetic Engineering. - 1997. -V. 19.-P. 257-269.