Плазмидосодержащие ризосферные бактерии рода Pseudomonas, устойчивые к кобальту/никелю и стимулирующие рост растений тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.06, кандидат биологических наук Сиунова, Татьяна Вячеславовна

• Сиунова, Татьяна Вячеславовна
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Сиунова, Татьяна Вячеславовна

ВВЕДЕНИЕ.

Цель и задачи исследования.

Научная новизна.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Биологическая роль «условно-летальных» тяжелых металлов.

1.2 Токсическое влияние никеля и кобальта на живые организмы.

1.3 Загрязнение почвы никелем и кобальтом.

1.4 Влияние тяжелых металлов на популяцию почвенных микроорганизмов.

1.5 Влияние тяжелых металлов на свойства ризосферных микроорганизмов.

1.6 Поступление тяжелых металлов в клетку.

1.7 Механизмы устойчивости к тяжелым металлам у бактерий.

1.7.1 Связывание катионов тяжелых металлов.

1.7.2 Специфические белки, участвующие в экспорте тяжелых металлов.

1.8 HME-RND системы экспорта катионов тяжелых металлов.

1.8.1 Механизм вывода катионов тяжелых металлов.

1.8.2 Генетический контроль HME-RND систем.

1.8.3 Регуляция HME-RND систем.

1.8.4 Взаимодействие систем экспорта тяжелых металлов.

1.8.5 Распространение HME-RND систем.

1.9 Устойчивость к тяжелым металлам у Pseudomonas.

1.10 Использование генетического потенциала металлоустойчивых бактерий.

1.10.1 Биосенсоры.

1.10.2 Биореакторы.

1.10.3 Растительно-микробные ассоциации в почве, загрязненной тяжелыми металлами1.

1.11 Использование устойчивых бактерий в ремедиации смешанных загрязнений.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1 Штаммы бактерий и плазмиды.

2.2 Среды и материалы'.

2.3 Методы исследования.

2.3.1 Условия выращивания микроорганизмов.

2.3.2 Выделение бактерий, устойчивых к тяжелым металлам.

2.3.3 Физиолого-биохимические тесты.

2.3.4 Определение параметров роста микроорганизмов.

2.3.5 Определение уровня устойчивости бактерий к тяжелым металлам.

2.3.6 Эксперименты по индукции.

2.3.7 Конъюгационный перенос плазмид.

2.3.8 Получение электрокомпетентных клеток.

2.3.9 Электропорация клеток бактерий.

2.3.10 Определение стабильности плазмид.

2.3.11 Выделение плазмидной ДНК.

2.3.12 Выделение тотальной ДНК.

2.3.13 Очистка препаратов ДНК.

2.3.14 Электрофорез ДНК в агарозном геле.

2.3.15 Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции.

2.3.16 Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР).

2.3.17 Препаративное выделение фрагментов ДНК из геля.

2.3.18 Проведение ДНК-ДНК гибридизации.

2.3.19 Секвенирование гена 16S рРНК.

2.3.20 Обработка и анализ последовательности гена16S рРНК.

2.3.21 Электроориентационная спектрометрия (ЭОС) клеток.

2.3.22 Обработка клеток трипсином.

2.3.23 Выделение поверхностных белков бактерий.

2.3.24 Электрофорез в ДСН-ПААГ.

2.3.25 Выделение и идентификация феназин-1-карбоновой кислоты.

2.3.26 Тестирование антагонистической активности PGPR Pseudomonas.

23.27 Определение концентрации индольных соединений.

2.3.28 Количественное определение кобальта в бактериальных клетках.

2.3.29 Электронная микроскопия клеток.ч.

2.3.30 Определение активностей ключевых ферментов биодеградации нафталина.

2.3.31 Определение концентрации нафталина.

2.3.32 Проведение вегетационного эксперимента, моделирующего загрязнение никелем.

2.3.33 Количественное определение никеля в растительных образцах.

2.3.34 Проведение вегетационного эксперимента, моделирующего смешанное загрязнение.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1 Выделение и характеристика бактерий, устойчивых к никелю, кобальту, цинку, кадмию.

3.1.2 Выявление генетических детерминант устойчивости к тяжелым металлам.

3.1.3 Выяснение плазмидной локализации детерминант устойчивости.

3.2 Идентификация штамма Comamonas testosteroni BS501(pBS501).

3.3 Характеристика детерминанты устойчивости плазмиды pBS501.

3.3.1 Гомология с опероном cnrXYHCBATиз Cupriavidus metallidurans СН34.

3.3.2 Устойчивость цитоплазматической мембраны к катионам кобальта и никеля.

3.3.3 Анализ белков клеточной поверхности устойчивых штаммов.

3.3.4 Индукция устойчивости к кобальту/никелю, детерминируемая плазмидой pBS501.

3.4 Характеристика устойчивых к кобальту/никелю штаммов PGPR Pseudomonas.

3.4.1 Создание плазмидосодержащих штаммов.

3.4.2 Уровни устойчивости к тяжелым металлам.

3.4.3 Стабильность плазмиды pBS501 в штаммах Pseudomonas.

3.4.4 Супрессия фитопатогенов устойчивыми штаммами PGPR Pseudomonas в присутствии кобальта и никеля.

3.4.5 Влияние тяжелых.металлов на продукцию индольных соединений.

3.5 Аккумуляция кобальта устойчивыми штаммами.

3.6 Устойчивый ризосферный штамм Р. aureofaciens BS1393(pBS501) в вегетационных экспериментах, моделирующих загрязнение никелем.

3.6.1 Влияние устойчивого штамма Р. aureofaciens BS1393(pBS501) на растения-при загрязнении никелем 2.5 ПДК.

3.6.2 Влияние устойчивого штамма Р. aureofaciens BS1393(pBS501) на растения при загрязнении никелем 5 и 10 ПДК.

3.7 Устойчивые к кобальту/никелю PGPR Pseudomonas-деструкторы нафталина/фенантрена.

3.7.1 Создание устойчивых штаммов-деструкторов.

3.7.2 Влияние плазмидных систем устойчивости и биодеградации на рост рекомбинантных штаммов при двойном селективном давлении.

3.7.3 Стабильность поддержания плазмид в рекомбинантных штаммах.

3.7.4 Биодеградация нафталина устойчивыми штаммами-деструкторами в присутствии никеля.

3.7.5 Штамм Р. aureofaciens BS1393(pBS216,pBS501) в вегетационных экспериментах, моделирующих смешанное загрязнение.

4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Плазмидосодержащие ризосферные бактерии рода Pseudomonas, устойчивые к кобальту/никелю и стимулирующие рост растений»

Актуальность работы

Загрязнение окружающей среды тяжелыми металлами является одной из наиболее актуальных экологических проблем, поскольку затрагивает не только техногенные, но и природные ландшафты. По данным ВОЗ, никель и близкий по свойствам кобальт признаны веществами 2 класса опасности и канцерогенами. Территории, где осуществляется- добыча или обработка металлов- являются зонами чрезвычайной экологической ситуации, для которых характерно образование «биогеохимических провинций» с высоким», содержанием никеля в воздухе, воде, почве и местных продуктах питания. По- данным агрохимической службы Российской Федерации .уровень загрязнения сельскохозяйственных почв никелем является умеренным, однако почвы, загрязненные никелем, по занимаемой площади превосходят почвы,, загрязненные свинцом; кадмием, цинком, и другими высокотоксичными- металлами (Аристархов, Харитонова; 2002). Основными источниками загрязнения сельскохозяйственных почв никелем является неконтролируемое применение минеральных удобрений; а также1 осадков промышленных сточных вод, используемых в качестве мелиорантов (Аристархов, Харитонова, 2002).

В последнее десятилетие у производителей сельскохозяйственной продукции возрос-интерес к применению биопрепаратов, разрабатываемых на основе ризосферных бактерий группы, PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) для стимуляции роста растений и защиты от фитопатогенов. Имеющиеся- экспериментальные данные свидетельствуют о том, что инокуляция растений ризосферными бактериями увеличивает риск аккумуляции металлов в растениях, выращиваемых на загрязненных почвах (Kamnev and van der Lelie, 2000; Zaidi et al., 2006; Белимов, 2008; Khan et al., 2009; Белимов, Тихонович, 2011). Устойчивые к тяжелым металлам ризосферные бактерии являются основой для разработки нового поколения биопрепаратов, предназначенных для стимуляции роста и защиты растений, а также для биоремедиации загрязненных почв. В связи с этим представляется целесообразным исследовать ризосферные бактерии, обладающие разнообразными механизмами устойчивости к тяжелым металлам, поскольку бактерии способны оказывать различное влияние на аккумуляцию металлов в растениях. Одним из эффективных механизмов, обеспечивающих высокий уровень устойчивости к никелю/кобальту у бактерий, является активный экспорт токсичных катионов из клетки в окружающую среду. Роль данного механизма устойчивости исследовалась только в штаммах эндофитных бактерий в фиторемедиационных экспериментах с субстратами, загрязненными никелем (Lodewyckx et al., 2001) или в комплексе с хлорированными ксенобиотиками (Weyens et al., 2010; 2011). Однако исследованные эндофитные штаммы не обладали свойствами, характерными для бактерий^ группы PGPR. К настоящему времени ремедиационный потенциал аналогичных генетических систем устойчивости в ризосферных бактериях не изучен. В связи с этим актуальным является поиск природных или создание рекомбинантных штаммов ризосферных бактерий, обладающих системами экспорта никеля и других металлов. При этом следует учитывать способность бактерий к биосорбции и иммобилизации металлов, что является важным фактором, регулирующим поступление тяжелых металлов в растения. Исследование ризосферных бактерий, обладающих, различными механизмами устойчивости к тяжелым металлам, позволит понять принципы их взаимодействия с растениями и более эффективно реализовать генетический потенциал бактерий при разработке новых биотехнологий защиты растений и фиторемедиации почв, загрязненных как тяжелыми металлами, так и в комплексе с органическими токсикантами.

Цель и задачи исследования

Целью настоящей работы являлось получение устойчивых к никелю/кобальту штаммов PGPR Pseudomonas и исследование их взаимодействия с растениями в условиях загрязнения тяжелыми металлами.

В соответствии с данной целью решались следующие задачи:

1. Из различных экологических ниш выделить и идентифицировать бактерии, содержащие плазмиды устойчивости- к никелю (кобальту, цинку, кадмию), и определить соответствующие детерминанты устойчивости.

2. Получить на основе различных видов PGPR Pseudomonas и выделенных плазмид новые штаммы, устойчивые к кобальту/никелю. Исследовать физиолого-биохимические особенности трансконьюгантов.

3. Исследовать у полученных ризосферных штаммов; особенности аккумуляции металлов из среды культивирования.

4. Исследовать влияние устойчивых к кобальту/никелю • ризосферных штаммов на аккумуляцию никеля в растениях и на параметры роста растений в вегетационных экспериментах, моделирующих загрязнение никелем.

5. Сконструировать штаммы ризосферных бактерий, содержащие совместимые плазмиды - устойчивости к кобальту/никелю и биодеградации полиароматических углеводородов (ПАУ). Исследовать у полученных штаммов эффективность биодеградации нафталина в присутствии никеля в среде культивирования и способность стимулировать рост растений в условиях, моделирующих смешанное загрязнение ПАУ (включая нафталин и фенантрен) и никелем.

Научная новизна

Впервые у бактерий рода Comamonas обнаружена плазмида устойчивости к тяжелым металлам. Установлено, что плазмида pBS501 содержит детерминанту устойчивости к кобальту/никелю, гомологичную спг оперону плазмиды pMOL28 из Cupriavidus metallidurans GH34 . Впервые показано, что экспрессия системы устойчивости сиг-типа из Comamonas testosteroni в штаммах PGPR Pseudomonas обеспечивает их выживаемость при высоких концентрациях никеля при сохранении комплекса свойств, обеспечивающих стимуляцию роста растений. Сконструированы штаммы PGPR Pseudomonas, содержащие природные- плазмиды биодеградации полиароматических углеводородов (ПАУ) и устойчивости к кобальту/никелю. Показана способность г штаммов к полной утилизации модельного ПАУ в> присутствии 100 мкМ- никеля» при периодическом культивировании.

Научно-практическая значимость работы

Получен устойчивый к кобальту/никелю штамм Pseudomonas aureofaciens BS1393(pBS501), аккумулирующий из. среды до 17%: кобальта при периодическом- культивировании. Полученный штамм может быть использован в биотехнологиях очистки сточных вод от загрязнений« солями кобальта (никеля). Штамм Pseudomonas aureofaciens BS1393(pBS501), стимулирующий рост ячменя и препятствующий аккумуляции металла в растительной биомассе при 2-5 ПДК никеля, можно использовать в качестве биопрепарата для защиты растений, выращиваемых на умеренно загрязненных почвах. Полученные в работе устойчивые ризосферные штаммы-деструкторы нафталина можно рекомендовать для очистки сточных вод, а также фиторемедиации почв со смешанными загрязнениями полиароматическими углеводородами и солями никеля/кобальта.

Апробация материалов работы

Основные результаты диссертации были представлены на 11 конференциях: Международная научно-практическая конференция «Биологизация зашиты растений: состояние и перспективы», 18—22 сентября1 2000 г., Краснодар; «Экобиотехнология: Борьба с нефтяным загрязнением окружающей среды»,

2001, Пущино; «Сельскохозяйственная микробиология в XIX—XXI веках», »

Всероссийская конференция, 14—19 июня 2001, Санкт-Петербург; Всероссийская научно-практическая конференция «Биотехнология 2003», 22-26 сентября , 2003 г., Сочи; 1-я Международная геоэкологическая конференция. Геоэкологические проблемы загрязнения окружающей среды тяжелыми металлами, 30-31 октября 2003 г., Тула; «Биотехнология-2005», 8-й международный семинар-презентация инновационных научно-технических проектов, научно-практическая конференция, 18-19 ноября 2005, Наукоград Пущино; 4th International Phytoremediation Conference, September, 2007, Denver, Colorado; 11 International symposium on Microbial Ecology - ISME-11, Vienna, Austria, August 20-25, 2006; 2nd International Conference «Rhizosphere», August 25-31, 2007, Montpellier, France;, 4th International Phytoremediation Conference, September, 2007, Denver, Colorado; International Symposium on Applied Molecular Microbiology in Oil Systems (ISMOS), September 16-18, 2007, Colchester, England.

Заключение диссертации по теме «Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)», Сиунова, Татьяна Вячеславовна

выводы

1. Из. различных загрязненных источников выделены и охарактеризованы штаммы бактерий, устойчивые к кобальту, никелю, цинку и кадмию. У бактерий рода Comamonas впервые обнаружена плазмида устойчивости к тяжелым металлам. Показано, что конъюгативная плазмида pBS501 в штамме, идентифицированном как Comamonas testosteroni, содержит детерминанту устойчивости к кобальту/никелю, гомологичную оперону спг■ из Cupriavidus metallidurans СН34.

2. Получены трансконъюгантные штаммы ризосферных бактерий Р. aureofaciens, Р. fluorescens, Р. chlororaphis, содержащие плазмиду pBS501, способные к колонизации ризосферы, синтезу индольных соединений и супрессии фитопатогенов в присутствии высоких концентраций никеля/кобальта.

3. Трансконъюгантный штамм Р. aureofaciens BS 1393(pBS501), растущий в присутствии 0.5 мМ хлорида кобальта, способен* аккумулировать, из среды до 17% кобальта, который локализуется на поверхности клеток в виде гранул.

4. В»вегетационных экспериментах, моделирующих загрязнение никелем (235 мг/кг субстрата), устойчивый к кобальту/никелю ризосферный штамм Р. aureofaciens BS1393(pBS501) обеспечивает значительный прирост биомассы ячменя (до 40%) и двукратное.снижение аккумуляции никеля в растениях, по сравнению с- исходным чувствительным штаммом Р. aureofaciens BS1393.

5. Сконструированы ризосферные штаммы Р. aureofaciens, Р. fluorescens, Р. chlororaphis, содержащие две плазмиды — устойчивости к кобальту/никелю и биодеградации ПАУ, способные полностью окислять нафталин в присутствии 100 мкМ никеля. Инокуляция семян ячменя и сорго штаммом Р. aureofaciens BS1393(pBS216,pBS501) обеспечивает увеличение биомассы растений на 50-70% в условиях смешанного загрязнения почвы ПАУ и никелем.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В настоящее время применение биопрепаратов на основе ризосферных бактерий приобретает все большую актуальность и, являясь одним из основных звеньев экологизации сельского хозяйства, позволяет получать высокие урожаи, обеспечивая при этом восстановление плодородия почвы. В условиях загрязнения почв тяжелыми металлами и органическими токсикантами, одним из перспективных решений этих проблем является внедрение экологически безопасных систем земледелия, основанных на применении микробиологических препаратов комплексного действия.

Среди бактерий группы PGPR привлекательным объектом для создания биопрепаратов являются представители рода Pseudomonas, обладающие широким спектром используемых субстратов, высокой скоростью роста и способностью к колонизации ризосферы растений. Однако ризосферные псевдомонады, выделенные нами из антропогенно-загрязненных источников, не обладали высоким уровнем устойчивости к тяжелым металлам, таким как никель, кобальт, цинк и кадмий. В неризосферном штамме Comamonas testosteroni обнаружена конъюгативная плазмида pBS501, несущая детерминанту устойчивости к кобальту/никелю, гомологичную, но не идентичную слг-оперону плазмиды pMOL28 из Cupriavidus metallidurans. До настоящего времени известна только одна плазмида pMOL28, содержащая оперон устойчивости к кобальту/никелю. Обнаруженная нами плазмида pBS501, экспрессируется в различных видах PGPR Pseudomonas: Р. aureofaciens, P.fluorescens и P. chlororaphis. На основе известных ризосферных штаммов Р. aureofaciens BS 1393, P.fluorescens 38а и Р. chlororaphis PCL1391 получены устойчивые к кобальту/никелю трансконъюганты и их двухплазмидные варианты, несущие природную плазмиду биодеградацию ПАУ. В естественных условиях бактерии, содержащие подобные функционально-различные плазмидные системы к настоящему времени не обнаружены. Конструирование таких рекомбинантных штаммов проводилось только на основе не ризосферного штамма Alcaligenes eutrophus и эндофитного штамма Burkholderia cepacia, колонизирующего ткани корней растений: Однако эти рекомбинантные штаммы не обладали способностью к стимуляции роста растений.

Полученные нами устойчивые к кобальту/никелю варианты PGPR Pseudomonas способны супрессировать широкий круг фитопатогенов и значительно увеличивать урожайность растений в условиях загрязнения не только тяжелыми металлами, но и в комплексе с органическими токсикантами (ПАУ). В условиях, моделирующих смешанное загрязнение ПАУ и никелем, двухплазмидные штаммы, эффективно деградируют нафталин в процессе роста: Способность устойчивого к кобальту/никелю штамма- Р: aureofaciens BS1393(pBS501) аккумулировать кобальт из среды культивирования- может быть использована в биотехнологиях очистки промышленных сточных вод. В вегетационных экспериментах получены результаты; показывающие, что* инокуляция; семян-. ячменя этим штаммом препятствует накоплению никеля^ в растительной биомассе при загрязнении, почвы никелем до 5 ПДК. Поэтому штамм Р. aureofaciens BS1393(pBS50l) может быть использован также в качестве биопрепарата; для защиты, растений? от тяжелых металлов и для; увеличения урожайности растений; выращиваемых на загрязненных почвах. Полученные в работе устойчивые ризосферные штаммы-деструкторы ПАУ могут быть рекомендованы для разработки нового поколения биопрепаратов, предназначенных для стимуляции роста и защиты растений; а также для биоремедиации. почв при смешанных загрязнениях ПАУ и тяжелыми металлами.

Благодарности. Автор искренне признателен сотрудникам, способствовавшим выполнению данной диссертационной работы: к.б.н. A.B. Сиунову, к.х.н. М.Г. Шляпникову, к.б.н. Н.Е. Сузиной, к.б:н. A.B. Лисову, вед. инж. ИБК А.Ю. Иванову, м.н.с. Т.О. Анохиной. Особую благодарность автор выражает своему руководителю к.б.н. В.В. Кочеткову и заведующему лаборатории биологии плазмид чл.-корр. РАН проф. А.М. Воронину.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Сиунова, Татьяна Вячеславовна, 2011 год

1. Алексеев Ю.В. Тяжелые металлы в почвах и растениях. Л.: Агропромиздат, 1987. 142 с.

2. Алимарин И.П., Иванов В.М. Практическое руководство по физико-химическим методам анализа. М.: Изд-во МГУ, 1987. 156 с.

3. Андреева И.В., Говорила В.В., Ягодин Б.А., Досимова О.Т. Динамика накопления'и распределения никеля в*растениях овса // Агрохимия. 2000. №4. С. 68-71.

4. Аристархов, А.Н., Харитонова' А.Ф. Состояние: и методология прогнозирования загрязнения' почв1 тяжелыми металлами // А.Н. Аристархов, А.Ф. Харитонова//Плодородие. 2002. №3. Вып. 6. С. 22-24.

5. Балашов C.B. Деструкция сульфоароматических соединений- бактериями родов Pseudomonas и Comamonas. Дисс. . канд. биол. наук. Пущино,• 2007. 168 с.

6. Белимов A.A. Взаимодействие ассоциативных бактерий и растений в зависимости от биотических и абиотических факторов. Дисс. . докт. биол. наук. С.-Петербург, 2008. 320 с.

7. Белимов A.A., Кулакова A.M., Сафронова В.И., Степанок В.В., Юдкин Л.Ю., Алексеев Ю.В., Кожемяков А.П. Использование ассоциативных бактерий для инокуляции ячменя в условиях загрязнения почвы свинцом и кадмием//Микробиология. 2004. Т. 73. С. 118-125.

8. Белимов A.A., Тихонович И.А. Микробиологические аспекты устойчивости и аккумуляции тяжелых металлов у растений (обзор) // Сельскохозяйственная биология. 2011. №3. С. 10-15.

9. Ю.Бергквист П., Харди К., Оудега Б., Панайотатос Н., Пагсли Э:, Томас К., Янгмен Ф. Плазмиды / под ред. К. Харди. М.: Мир, 1989. 267 с.

10. Беспамятное Т.П., Кротов Ю.А. Предельно допустимые концентрации химических веществ в окружающей среде, Справочник. JI.: Химия, 1985. 528 с.

11. Бинтам Ф.Т. Некоторые вопросы токсичности ионов металлов: Пер. с англ. / под ред. Ф.Т. Бинтам, М. Коста, Э. Эйхенбергер и др. М.: Мир, 1993. 368 с.

12. Благодатская Е.В., Пампура Т.В., Богомолова И.Н. Влияние загрязнения соединениями свинца на микробиологическую активность серой лесной, почвы под сеяным лугом // Агрохимия. 2003. №4. С. 74-78.

13. Вронский В.А. Прикладная экология. Ростов-на-Дону, 1996. 512 с.

14. Гигиенические нормативы ГН 2.1.7.2041-06. Почва, очистка населенных мест, отходы производства и потребления, санитарная охрана почвы. Предельно допустимые концентрации (ПДК) химических веществ в почве (2006 г).

15. Госкомприрода СССР, №02-2333 от 10.12.90. Дополнение №1 к перечню ОДК и ПДК №6229-91 (1991).

16. Григорян К.В. Влияние загрязненных промышленными отходами -оросительных вод на физические, физико-химические свойства и биологическую активность почв. Автореф. дисс. . канд. биол. наук. М., 1980. 25 с.

17. Гузев B.C., Левин C.B. Перспективы эколого-микробиологической экспертизы состояния, почв при антропогенных воздействиях // Почвоведение. 1991. № 9. С. 50-62.

18. Дополнение №1 к перечню ОДК и ПДК №6229-91.

19. Иванов A.JI. Проблемы техногенеза в земледелии.Российской Федерации и системы мероприятий по реабилитации техногенно-нарушенных территорий // Вестник Российской академии сельскохозяйственных наук. 2003. №1. С. 8-11.

20. Иванов А. Ю., Фомченков В. М. Электрофизический анализ повреждения бактериальных клеток Escherichia coli ионами-серебра // Микробиология. 1991. Т. 61. Вып. 3. С. 464-471.

21. Ильин В.Б., Сысо А.И. Микроэлементы и тяжелые металлы в почвах и растениях Новосибирской области. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2001. 229 с.

22. Кабата-Пендиас А., Пендиас X. Микроэлементы в почвах и растениях. М.: Мир, 1989. 439 с.

23. Колесников С.И. Изменение микробиологической активности чернозема обыкновенного под влиянием загрязнения тяжелыми металлами // Мат. междунар. науч.-практ. конф. «Экология и современность». Ростов-на-Дону, 1995. С. 145.

24. Кочетков В.В., Балакшина В.В., Мордухова Е.А., Воронин A.M. Плазмиды биодеградации нафталина в ризосферных бактериях рода Pseudomonas // Микробиология. 1997. Т. 66. №2. С. 211-216.

25. Кулакова А.Н., Воронин A.M., Мутанты плазмид биодеградации нафталина, детерминирующие окисление катехола по метапути // Микробиология. 1989. Т. 58. №2. С. 298-304.

26. Макарова В.Г. Экологические и медико-социальные аспекты охраны природной среды и здоровья населения / В.Г. Макарова, А.Р. Цыганов,

27. B.А. Кирюшин. Минск: Хата, 2002. 284 с.

28. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. 1984. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 479 с.

29. Методические указания по проведению комплексного мониторинга плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения / Под ред. JIM. Державина, Д.С. Булгакова. Mi: ФГНУ «Росинформагротех», 2003. 240 с.

30. Мирошников А.И., Фомченков В.М., Иванов А.Ю. Электрофизический анализ ^разделение клеток. М.: Наука, 1986. 184, с.

31. Назаров A.B., Иларионов С.А. 2005. Потенциал использования микробно-растительного взаимодействия для биоремедиации // Биотехнология. Т. 5.1. C. 54-62.

32. Национальный перечень канцерогенов (перечень» веществ, продуктов, производственных и бытовых факторов, канцерогенных для человека. Москва СССР. №6054-91 от 19:11.1991.

33. Никольский H.H. / Общие механизмы клеточных реакций на повреждающие воздействия. Вып. 17. JI. 1977, С. 23.

34. Оценка степени загрязнения почв химическими веществами. 4.1. Тяжелые металлы и пестициды. М.: Минприроды РФ, 1982.

35. Перт С.Дж. Основы культивирования микроорганизмов и клеток. 1978. М.: Мир, С. 14-33.

36. Псевдобактерин-2 5 лет на рынке. Пущино: ООО Изд-во «Агрорус», 2003.44:СанПиН 42-128-4433-87.

37. Смирнов В.В. Киприанова Е.А. Бактерии,рода Pseudomonas. Киев: Наук. Думка, 1990. 264 с.

38. Тихонович И.А., Проворов Н.А. Симбиозы растений и микроорганизмов: молекулярная генетика агросистем будущего. С.-Петербург, 2009.

39. Черников В.А., Милащенко Н.З., Соколов О.А., Экологическая безопасность и устойчивое развитие // Книга 3. Устойчивость почв к антропогенному воздействию. Пущино: ОНТИ ПНЦ РАН, 2001, 203 с.

40. Alam M.Z., Ahmad S., Malik A. Prevalence of heavy metal resistance in bacteria isolated from tannery effluents and affected soil / Environ. Monit. Assess. 2010. Sep 8. Epub ahead of print.

41. Andersen C. Channel-tunnels: outer membrane components of type I secretion systems and multidrug efflux pumps of Gram-negative bacteria // Rev. Physiol. Biochem. Pharm. 2003. Vol. 147. P. 122-165.

42. Anokhina T.O., Volkova O.V., Puntus I.F., Filonov A.E., Kochetkov V.V., ,Boronin A.M. Plant growth-promoting Pseudomonas bearing catabolic plasmids: naphthalene degradation and effect on plants // Process Biochemistry. 2006. Vol. 41. P. 2417-2423.

43. Anton A., Grobe C., Reibman J., Pribyl T., Nies D.H. CzcD is a heavy metal ion transporter involved in regulation of heavy metal resistance in Ralstonia sp. strain CH34//J. Bacteriol. 1999. Vol. 181. P: 6876-6881.

44. Azcón R., Perálvarez Mdel C., Roldán A., Barea J.M. Arbuscular mycorrhizal fungi, Bacillus cereus, and Candida parapsilosis from, a multicontaminated soil alleviate metal'toxicity inplants I I Microb. Ecol. 2010. Vol. 59. №4. P. 68-77.

45. Belimov A.A., Dietz K.-J. Effect of associative bacteria on element composition of barley seedlings grown in solution culture at toxic cadmium concentration//Microbiol. Res. 2000. Vol. 155. P. 113-121.

46. Birnboim H.C. and Doly J.A rapid alkaline extraction procedure of screening recombinant plasmid DNA //Nucleic Acids Res. 1979. Vol. 7. P. 1513.

47. Bose S. and Bhattacharyya'A.K. Heavy metal accumulation in wheat plant grown in soil amended with industrial sludge // Chemosphere. 2008. Vol. 70. №7. P. 1264-1272.

48. Bowen H.J. M. Environmental chemistry of the elements. London: Acad. Press, 1979, 333 p.

49. Bozhkov A., Padalko V., Dlubovskaya V., Menzianova N. Resistance to heavy metal toxicity in organisms under chronic exposure // Indian J. Exp. Biol. 2010. Vol. 48. №7. P. 679-696.

50. Bradley M.J., Chivers P.T., Baker N.A. Molecular dynamics simulation of the Escherichia coli NikR protein: equilibrium conformational fluctuations reveal interdomain allosteric communication pathways // J. Mol. Biol. 2008. Vol. 378. №5. P. 1155-1173.

51. Bruick R.K. Oxygen sensing in the hypoxic response pathway: regulation of the hypoxia-inducible transcription factor // Genes Dev. 2003. Vol. 17. P. 26142623.

52. Bruins M.R., Kapil S., Oehme F.W. Microbial resistance to metals in invironment //Ecotoxicology and Environmental Safety. 2000. Vol. 45. P. 198— 207.

53. Burdon K. Fatty material in bacteria and fungi revealed by staining dried, fixed slide preparations //J. Bacteriology. 1946. Vol. 52. P. 665-668.

54. Cánovas D., Cases I., de Lorenzo V. Heavy metal tolerance and metal homeostasis in Pseudomonas putida as revealed by complete genome analysis I I Environ. Microbiol. 2003, Vol. 5. №12. P. 1242-1256.

55. Cavallo J. D., Plesiat P., Couetdic G., Leblanc F., Fabre R. Mechanisms of b-lactam resistance in Pseudomonas aeruginosa: prevalence of OprM-overproducing strains in- a? French multicentre study // J. Antimicrob. Chemother. 1997. Vol. 50. P. 1039-1043.

56. Chen X.C., Wang Y.P., Lin Q>, Shi J.Y., Wu< W.X., Chen Y.X. Biosorption of copper(II) and.zinc(II) from aqueous solution» by Pseudomonas putida CZ1 // Colloids Surf. Biointerfaces. 2005. Vol. 46. №2 P. 101-107.

57. Chin-A-Woeng T.F., Bloemberg G.V., Mulders I.H., Dekkers L.C., Lugtenberg B.J. //Mol. Plant Microbe Interact. 2000. Vol. 13. №12. P. 1340-1345.

58. Chin-A-Woeng T.F.C., Bloemberg G.V., van der Bij A.J., van der Drift K.M.G.M., Scheffer J., Keel Ch., Bakker P.A.H.M., Tichy H.-V., de Bruijn

59. Davis R.D., Beckett P.H.T., Wollan E. Critical levels of twenty potentially toxic elements injoung spring barley //Plant Soil. 1978. Vol: 49. P. 395.

60. De Boeck M., Kirsch-Volders M., Lison D. Cobalt and antimony: genotoxicity and carcinogenicity//Mutat. Res. 2003. Vol. 533. P. 135-152.73:de Souza M.P., Huang C.P., Chee N., Terry N. // Planta. 1999. Vol. 209. №2. P. 259-263.

61. Diels L., Dong Q., van der Lelie D., Baeyens W., Mergeay M: The czc operon of Alcaligenes eutrophus* CH34: from resistance mechanism to the removal of heavy metals // J. Ind. Microbiol. 1995. Vol! 14. №2. P. 142-153.

62. Dressier C., Kues U., Nies D.H., and Friedrich B. Determinants encoding resistance to several heavy metals in newly isolated copper-resistant bacteria // Appl. Environ. Microbiol: 1991. Vol: 57, №11. P. 3079-3085.

63. Dua D. and Meera S. Purification and characterization' of naphthalene oxygenase from Corynebacterium^ renale II Eur. J. Biochem. 1981. Vol. 120. №3. P." 461-465:

64. Duffus J.Hi "Heavy metals" ^meaningless term? // (IUPAC Technical Report), Pure and Applied Chemistry. 2002. Vol. 74. P. 793-807.

65. Duffy BK, DefagO' G. Environmental- factors modulating antibiotic and siderophore biosynthesis by Pseudomonas jluorescens biocontrol strains // Appl. Environ. Microbiol. 1999. Vol. 65. №6. P. 2429-2438.

66. Dunn< N.W., Gunsalus I.C. Trasmissible plasmids coding early enzymes of naphthalene oxidation in Pseudomonas putida I I J. Bacteriol. 1973. Vol. 114. P. 974-979.

67. Edel J., Pozzi G., Sabbioni E. et al. Metabolic and toxicological studies on cobalt // Sci. Total Environ. 1994. - Vol. 150: - P. 233 - 244.

68. Everhart J.L., McNear D.Jr., Peltier E., van der Lelie D., Chaney R. L., Sparks D.L. Assessing nickel bioavailability in smelter-contaminated soils // Science of the Total Environment. 2006. Vol. 367. P. 732-744.

69. Fagan M.J., Saier M.HJr. P-type ATPases of eukaryotes and bacteria: sequence comparisons and construction of phylogenetic trees // J. Mol. Evol. 1994. Vol. 38. P. 57-99.

70. Fan B. and Rosen B.P. Biochemical characterization of CopA, the Escherichia coli Cu(I)-translocating P-type ATPase // J. Biol. Chem. 2002. Vol. 277. P. 46987-46992.

71. Feist C.F., Hegeman G.D. Phenol and benzoate metabolism by Pseudomonas putida of tangential pathways // J. Bacterid. 1969. Vol. 100. №2. P. 869-877.

72. Gilis A., Corbisier P., Baeyens W., Taghavi S., Mergeay M., van der Eelie D.J. Effect of the siderophore alcaligin E on the bioavailability of Cd to Alcaligenes eutrophus CH34 // Ind. Microbiol. Biotechnol. 1998. Vol: 20. №1. P. 61-68.

73. Glick B.R., Todorovic B.3 Crazny J., et al., Promotion of plant growth by bacterial4ACC deaminase // Crit. Rev. Plant Sci. 2007. Vol. 27. P. 227-242.

74. Goldberg* M.', Pribyl T., Juhnke S. and Nies D.H. Energetics and1 topology of CzcA, a cation/proton antiporter of the KND protein family // J. Biol. Chem. 1999:Vol. 274. P. 26065-26070.

75. Goldoni M., Catalani S., De Palma G. et al. Exhaled breath condensate as a suitable matrix to assess lung dose and* effects in-workers exposed to cobalt and tungsten//Environ. HealthPerspect. 2004. Vol. 112. P. 1293-1298.

76. Gorbisier P. Bacterial metal-lux biosensors for a rapid determination of the heavy metal bioavailability and toxicity in soil samples //Res. Microbiol. 1997. Vol. 148. P. 534-536.

77. Grass G., Große C., and Nies D.l-I. Regulation of the cnr cobalt and nickel resistancedeteirninantfrom strainîÇH34fi// J. Bàcterioli 2000: Vol: 182. P. 1390-1398.

78. Grass G., Fan Bl, RosenBl P., Lemke K.,.SchlegelH.-G., and Rensing;C. NreB from« Achromobacter xylosoxidans• 31A is a nickel-induced transporter conferring nickel resistance // J. BacterioL 2001. V. 183. №9: P. 2803-2807.

79. Grass G., Fricke B:, Nies D.H. Control of expression of a periplasmic nickel efflux pump by pcriplasmic nickel concentrations // Biometals. 2005. Vol. 18.p. 437-448. ■■. . ■ .'■.■',■•.:.

80. Gupta A., Kumar M., Goel R. Bioaccumulation properties of nickel-, cadmium-, and chromium-resistant mutants of Pseudomonas aeruginosa NBRI 4014 at alkaline pH //Biol. Trace Elem. Res. 2004. Vol: 99. №1-3. P. 269-77.

81. Gustin J.L., Zanis M.J., Salt D.E. Structure and evolution of the plant cation diffusion facilitator family of ion transporters // BMC Evol. Biol. 2011. Vol. 11. P. 76.

82. Hambuckers-Berhin F., Remacle J. Cadmium sequestration in cells of two strains of Alcaligenes eutrophus II FEMS Microbiol. Ecol. 1990. Vol. 73. P. 309-316.

83. Hassan M.T., van der Lelie D., Springael D., Romling U., Ahmed N. and Mergeay M. Identification-of a gene cluster, czr, involved in cadmium and zinc resistance in Pseudomonas aeruginosa II Gene. 1999. Vol. 238.' №2. P. 417-425.

84. Hegeman G.D. Synthesis of the enzymes of the mandelate pathway by Pseudomonas putida. Synthesis of enzymes by the wild type // J. Bacteriol. 1966. Vol. 91. P. 1140-1154.

85. Herrmann L., Schwan D., Garner R., Mobley H.L.T., Haas R., Schäfer K.P. and Melchers K. Helicobacter pylori cadA encodes an essential Cd(II)/Zn(H)/Go(II) resistance factor influencing urease activity // Mol. Microbiol. 1999. Vol: 33. P. 524-536.

86. Hong J.W., Fomina M., Gadd G:M. F-RISA fungal clones as potential bioindicators of organic and metal contamination in« soil // J. Appl". Microbiol: 2010. Vol. 109. №2. P. 415-430.

87. Ivanov A., Khassanova L., Collery P., Khassanova Z., Choisy C., Etienne J.C. Microorganisms as a tooB of studying copper metal ions-induced changes in electrophysical cell properties // Gcll Mol. Biol. 1996. Vol. 42; №6. P. 825-831.

88. Johnson J.M; and Church G.M: Alignment and structure predictions of divergent protein families' periplasmic and outer membrane proteins of bacterial efflux pumps //J. Mol. Biol. 1999: Vol. 287. P: 695-715.

89. Junker F., Cook A.M. Conjugative plasmids and the degradation of arylsulfonates in Gomamonas testosterone II Appl. Environ. Microbiol. 1997. Vol. 63. №6. P. 2403-2410. '

90. Kachur. A.V., Koch C!J., Biaglow J.E. Mechanism of copper-catalyzed oxidation of glutathione // Free Radic. Res. 1998. Vol. 28: №3: P. 259-269:

91. KalbfV.F., Bernlohr R.W. Anew spectrophotometric assay for proteinein;cell; extract^/ Anal; Biochem: 1977: Vol? 821 P! 362-367. ;

92. Kaluarachchi H:, Chan Chung K.C., Zamble D.B. Microbial: nickel proteins // Nat. Prod. Rep. 2010. Vol. 27. №5. P: 681-694.

93. Kamashwaran S R. and Crawfbrdi DiE. Mechanisms of cadmium resistance in anaerobic bacterial enrichments degrading pentachlorophenol // Can. J. Microbiol. 2003. Vol. 49. №7. P. 418-424).

94. Kamnev A. A.,.van der Lelie D. Chemical and biological parameters as tools to evaluate and1 improve heavy metal phytoremediation // Biosci. Reports. 2000: Vol: 20. P. 239-258. •

95. Karak T., Bhattacharyya P. Heavy metal accumulation in soil amended with roadside pond sediment and uptake by winter wheat (Triticum aestivum L. cv. PBW 343) I I Scientific WorldJournal. 2010. Vol. 14. №10. P. 2314-2329.

96. Khan M.S., Zaidi A., Wani P.A., et al., Role of plant growth promoting rhizobacteria in the remediation of metal contaminated soils // Environ. Chem. Lett. 2009. Vol. 7. P. 1-19.

97. King E.O., Ward M.K., Raney D.E. 1954. Two simple media for the demonstration of pyocyanin and fluorescin // Ji Lab. Clin. Med. Vol. 44. P. 301-307.

98. Kloke A. Content of arsenic, cadmium chromium, fluorine, lead; mercury and nickel in plants grown on contaminated soil / United Nations-EGE Symp. on-Effects of Air-borne Pollution on Vegetation Warsaw, August 20, 1979, P. 192.

99. Koch Di, NieSi D.H. and' Grass G. The RcnRA (YohLM) system of Escherichia colt A connection between nickel, cobalt and iron homeostasis // Biometals. 2007. Vol'. 20. №5. P. 759-771.

100. Koronakis V., Sharff A., Koronakis E., Luisi B. and Hughes C. Crystal structure of the bacterial membrane protein TolC central to. multidrug efflux and protein efflux // Nature. 2000. Vol. 405. P: 914-915:

101. Koronakis V., Sharff A., Koronakis E., Luisi B., Hughes C. Crystal structure of the bacterial membrane proteiniTolC central to multidrug efflux and protein export //Nature. 2000. Vol: 405. Pi 914-919.

102. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of the bacteriophage T4 //Nature. 1970. Vol. 227. P. 680.

103. Lai H.Y., Juang K.W., Chen Z.S. Large-area experiment on uptake of metals by twelve plants growing in soils contaminated with multiple metals // Int. J. Phytoremediation. 2010. Vol. 12. №8. P.1 785-797.

104. Lane D.J. 16S/23S rRNA sequencing / Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics. Stackebrandt E., and Goodfellow M. (eds.). Chichester: Wiley Press, 1991. P. 130-141.

105. Lee* S.W., Glickmann E. and Cooksey D.A. Chromosomal locus for cadmium resistance in Pseudomonas putida consisting of a cadmiumtransporting ATPase and a MerR family response regulator // Appl. Environ. Microbiol. 2001. Vol. 67. P. 1437-1444.

106. Lee Y-K., Chang H-H., Lee H-J., Park H., Lee K. H. and Joe M-H. Isolation,of a-novel plasmid, p№15, from Enterobacter sp. Nil5 containing a nickel resistance gene // FEMS Microbiol. Lett. 2006. Vol. 257. №2: P. 177.

107. Legatzki A., Grass G., Anton A., Rensing C., Nies G.H. Interplay of the Czc system and two P-type ATPases in conferring metal resistance to Ralstonia metallidurans //Biodégradation. 2003. Vole 14. P. 153-168:

108. Liesegang H.K. Lemke R.A. Siddiqui, Schlegel H.-G. Characterization of the inducible nickel and cobalt resistance, determinant- cnr from pMOL28 of Alcaligenes eutrophus CH34 // J. Bacteriol; 1993: Voh 175. P. 767-778

109. Lison D., De Boeck M., Verougstraete V., Kirsch-Volders M. Update on the genotoxicity and carcinogenicity of cobalt compounds // Occup. Environ. Med. 200lr. Vol. 58. P. 619-625.

110. Lortal S., van Heijenoort J., Grubek K., Sleytr B. S-layer of Lactobacillus helveticus ATCC12046: isolation, chemical characterization and reformation after extraction with lithium chloride. J. Gen. Microbiol. 1992. V. 138. №3. P. 611-618.

111. Lowry O.H., Rosebrough N.J., Farr A.L., Randall R.J. Protein-measurement with Folin phenol reagent // J. Biol.- Chem: 1957. Vol. 193. P. 265-275.

112. Ma Y., Rajkumar M., Freitas H. Improvement of plant growth and nickel uptake by nickel resistant-plant-growth promoting bacteria' // J. Hazard Mater. 2009. Vol. 166. №2-3. P. 1154-1161.

113. Malik A. Metal bioremediation through growing cells // Environ. Int. 2004. Vol. 30. №2. P. 261-278.

114. Marrero J., Auling G., Coto O. and Nies D. H. High-level resistance to cobalt and nickel but probably no transenvelope efflux: metal resistance in the Cuban Serratia marcescens strain C-l // Microb. Ecol. 2007. Vol! 53. №1. P. 123-133.

115. McEldowney S. The impact of surface attachment on* cadmium accumulation by Pseudomonas fluorescens H2 // FEMS Microbiol, Ecol. 2000. Vol. 33. №2. p'. 121-128.

116. McGrath S.P., Chaudri A.M., Giller K.E. Long-term effects of metals in sewage sludge on soils, microorganisms and plants // J. Ind. Microbiol. 1995. Vol. 14. №2. P. 94-104.

117. Mengoni A., Barzanti R., Gonnelli: C., Gabbrielli R. and Bazzicalupo M. Characterization of nickel-resistant bacteria isolated from serpentine soil // Environ. Microb. 2001. Vol. 3. №11. P. 69L

118. Mergeay M., Houba C., and Gerits J. Extrachromosomal inheritance controlling resistance to cadmium, cobalt, and zinc ions: evidence from curing in a Pseudomonas II Arch. Int. Physiol.' Biochim. 1978. Vol. 86. №2. P. 440-441.

119. Mergeay M., Nies D:, Schlegel H.G., Gerits J., Charles P. and Van Gijsegem F. Alcaligenes eutrophus CH34 is a facultative chemolithotroph with plasmid-bound resistance to heavy metals //J. Bacteriol: 1985. Vol. 162'. P. 328-334.

120. Mikolay A., Nies D.FI. The ABC-transporter AtmA is involved in nickel and cobalt resistance of Cupriavidus metallidurans strain CH34 // Antonie Van Leeuwenhoek. 2009. Vol. 96. №2. P. 183-191.

121. Mitra B. and Sharma R. The cysteine-rich amino-terminal domain of ZntA, a Pb(II)/Zn(II)/Cd(II)-translocating ATPase from Escherichia coli, is not essential for its function // Biochemisrty. Vol. 40. P. 7694-7699.

122. Moller V. Simplified tests for some amino acid decarboxylases and for arginine dihydrolase system // Acta Pathologica et Microbiological Scandinavica. 1955. Vol. 36. P. 158-172.

123. Nies D.ll. Bacterial transition metal homeostasis / Nies D.H., Silver S. (eds) Molecular microbiology of heavy metals / Springer, Berlin, 2007. P. 118-142.

124. Nies D.H. Biochemistry. How cells control zinc homeostasis // Science. 2007. Vol. 317. P. 1695-1696.

125. Nies D.H. Efflux-mediated heavy metal resistance in prokaryotes // FEMS Microbiol. Rev. 2003. Vol. 27. P. 313-339.

126. Nies D:H. Microbial heavy-metal resistance // Appl. Microbiol. Biotechnol. 1999. Vol: 51. №6. P. 730-750.

127. Nies D.H., Nies A., Chu L., Silver S. Expression and nucleotide sequence of a plasmid-determined divalent cation efflux system from Alcaligenes eutrophus //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989a. Vol. 86. №19. P. 7351-7355.

128. Nies DH. Heavy metal-resistant bacteria as extremophiles: molecular physiology and biotechnological use of Ralstonia sp. CH34 // Extremophiles. 2000. Vol. 4. №2. P. 77-82.

129. Nwachukwu O.I., Pulford I.D. Microbial respiration as an indication of metal toxicity in contaminated organic materials and soil // J. Hazard Mater. 2011. Vol. 185. №2-3. P. 1140-1147.

130. Ownley B.H., Weller D.M., Tomashow L.S. Influence of in situ and in vitro pH on suppression of Gaeumannomyces graminis var. tritci by Pseudomonasfluorescens 2-79 //Phytopathology. 1992. Vol: 82. P: 178-184.

131. Pastor N., Carlier, E., Andrés J., Rosas S.B., Rovera M. Characterization of rhizosphere bacterial for control of phytopathogenic fungi of tomato // J. Environ. Manage. 2011. Apr 19. Epub ahead of print.

132. Patel J.S., Patel P.C., Kalia K. Isolation and characterization of nickel uptake by nickel resistant bacterial isolate (NiRBI) // Biomed. Environ. Sci. 2006. Vol: \9l №4. P. 297-301.

133. Paulseni I.T., Saier M.H.Jr. A novel family of ubiquitous heavy metal ion transport proteins //J. Membr. Biol: 1997. Vol. 156: P. 99-103.

134. Pereira S.I., Lima A.I., Figueira E.M. Screening possible mechanisms mediating cadmium resistance in Rhizobium leguminosarum bv. viciae isolated from contaminated Portuguese soils // Microb. Ecol. 2006. Vol. 52. №2. P. 176-186.

135. Pulido M.D., Parrish A.R. Metal-induced apoptosis: mechanisms // Mutat. Res. 2003. Vol. 533. №1-2. P. 227-241.

136. Rajkumar M., Vara- Prasad M.N., Freitas H.5 Ae N. Biotechnological applications of serpentine soil bacteria for phytoremediation of trace metals // Crit. Rev. Biotechnol. 2009. Vol. 29. №2. P. 120-130.

137. Rensing C., Pribyl T., Nies D.H. New functions for the three subunits of the CzcCBA cation-proton antiporter // J. Bacteriol. 1997. Vol. 179. P. 6871-6879.

138. Roane T.M., Josephson K.L., Pepper I.L. Dual-bioaugmentation strategy to enhance remediation of cocontaminated soil // Appl. Environ. Microbiol. 2001. Vol. 67. №7. P. 3208-3215.

139. Rosen B.P. Transport and detoxification systems for transition metals, heavy metals ands metalloids in eukaryotic and* prokaryotic microbes // Comp. Biochem. Physiol. A Molt Integr. Physiol. 2002: Vol. 133. №3. P. 689-693.

140. Rossbach S., Kukuk M.L., Wilson T.L., Feng S.F., Pearson M:M. and Fisher M.A. Cadmium-regulated gene fusions in Pseudomonas fluorescens II Environ. Microbiol: 2000: Vol; 2. P. 373-382.

141. Rubikas J., Matulis D., Leipus A., Urbaitiene D. Nickel* resistance in Escherichia coli V38 is dependent on the concentration used for induction // FEMS Microbiol. Lett. 1997. Vol. 155. P: 193-198.

142. Rutherford J.C., Cavet J.S., Robinson N.J. Cobalt-dependent transcriptional switching by a dual-effector MerR-like protein regulates a cobalt-exporting variant CPx-type ATPase // J. Biol. Chem: 1999. Vol. 274. №6. P. 25827-25832.

143. Saeki K., Kunito T., Oyaizu H., Matsumoto S. Relationships between bacterial1 tolerance levels and forms of copper and zinc in soils // J. Environ. Qua!. 2002. Vol. 31. №5. P. 1570-1575.

144. Sambrook J., Russell D.W. Molecular Cloning. New York: Cold: Spring Harbor Lab. Press, 2001. Vol, 1-3.

145. Sandrin T.R., Maier KM! Impact of metalsionithe biodegradation of organic pollutants//Environ. HealthPerspect. 2003 Vol. 111. №8; P. 1093-1101.

146. Schlegel H.G., Cosson J.-P., Baker A.J.M. Nickel-hyperaccumulating plants provide a niche for nickel-resistant bacteria // Bot. Acta: 1991. Vol. 104. P. 18-25.

147. Schmidt T., Schlegel H.G. Combined nickel-cobalt-cadmium resistance encoded by the ncc locus of Alcaligenes xylosoxidancs 31A // J. Bacteriol. 1994. Vol. 176. P. 7045-7054.

148. Schmidt T., Schlegel H.G. Nickel and cobalt resistance of various bacteria isolated from soil and highly polluted domestic and industrial wastes // FEMS Microbiol. Ecol. 1989. Vol. 62. P. 315-328

149. Schmidt T., Stoppel R.D., Schlegel H.G. High-level nickel resistance in Alcaligenes xylosoxydans 31A and Alcaligenes eutrophus KT02 // Appl. Environ. Microbiol. 1991. Vol. 57. №11. P. 3301-3309.

150. Scott J.A., Palmer S.J. Sites of cadmium uptake in bacteria used for biosorption//Appl. Inviron. Microbiol. 1990. Vol. 33. P. 221-225.

151. Shamsuzzaman K.M., Barnsley E.A. The regulation of naphthalene catabolism in pseudomonads // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1974. Vol. 60. P. 582-587.

152. Sharma P.K., Balkwill D.L., Frenkel A., Vairavamurthy M.A. A new Klebsiella planticola strain (Od-1) grows anaerobically at high cadmium concentrations and* precipitates cadmium sulfide // Appl. Environ. Microbiol. 2000. Vol.- 66. №7. P. 3083-3087.

153. Siddiqui R.A. and Schlegel H.G. Plasmid pMOL28-mediated inducible nickel resistance in Alcaligenes eutrophus strain CH34 // FEMS Microbiol. Lett. 1987. Vol. 43. P. 9-13.

154. Siddiqui R.A. Benthin K. Shlegel H.G. Cloning of pMOL28-encoded nickel resistance genes end expression of the genes in* Alcaligenes eutrophus and Pseudomonas sp. //J. Bacteriol. 1989. Vol. 171. P. 5071-5078.

155. Sierra G. A simple method for the detection) of lipolytic activity of microorganisms and some observations on the influence of the contact between cells and fatty substrates //Antonie van Leeuwenhoek. 1957. Vol1. 23. P. 15-22.

156. Silver S. and Walderhaug M. Gene regulation of plasmid- and chromosome-determined inorganic ion transport in bacteria // Microbiol. Rev. 1992. Vol. 56. №1. P. 195-228.

157. Silver S. Plasmid-determined metal resistance mechanisms to heavy metals II Plasmid. 1992. Vol 27. P. 1-3.

158. Silver S., Phung le T. A bacterial: view of the periodic table: genes and proteins for toxic inorganic ions//J: Ind. Microbiol. Biotechnol. 2005: Vol. 32. №11-12. P. 587-605.

159. Slininger P.J. and: Jackson M.A. Nutritional factors regulating growth and accumulation' of phenazine-l-carboxylic acid by Pseudomonas fluorescens 279 //Appl: Microbiol: Biotechnol: 1992. Vol: 37. P: 388^3921

160. Smith D:L., Tao T., andtMaguire M.E. Membrane topology of a P-type ATPase. The MgtB magnesium transport protein of Salmonella typhimurium II J. Biol: Chem. 1993; Vol. 268; Issue 30. P. 22469-22479:

161. Stanier R.Y., Palleroni N.J., and Doudoroff M. The aerobic, pseudomonads: A taxonomic study // J. Gen. Microbiol. //1966; Vol: 43. P. 159-271.

162. Stefanowicz A.M., Niklinska M., Kapusta P., Szarek-Lukaszewska G. Pine forest and grassland differently influence the response of soil microbial communities to metal contamination // Sei. Total Environ. 2010. Vol. 408. №24. P. 6134-6141.

163. Stoppel R.-D., Schlegel H.G. Nickel-resistant bacteria from antropogenically nickel-polluted and naturally nickel-percolated ecosystems // Appl: Environ. Microbiol. 1995. Vol. 61. №6. P. 2276-2285.

164. Taghavi S., Delanghe H., Lodewyckx C., Mergeay M., van der Lelie D. Nickel-resistance-based minitransposons: new tools for genetic manipulation ofenvironmental bacteria // Appl. Environ. Microbiol. 2001. Vol. 67. №2. P. 1015-1019.

165. Tibazarwa C., Wuertz S., Mergeay M., Wyns L. Regulation of the cnr cobalt and nickel resistance determinant of Ralstonia eutropha (Alcaligenes eutrophus) CH34 // J. Bacteriol. 2000. Vol. 182. P. 1399-1409.

166. Tikhonovich I.F., Provorov N.A. From plant-microbe interactions to symbiogenetics: an universal paradigm for the interspecies genetic integration // Ann. Appl. Biol. 2009.4 Vol. 154. P. 341-350.

167. Timmusk S., Paalme V., Pavlicek T., Bergquist J., Vangala A., Danilas T., Nevo E. Bacterial distribution, in the rhizosphere of wild barley under contrasting microclimates //PLoS One. 2011. Vol. 6. №3. P. el7968!

168. Timotius K. Schlegel H.G. Microbial megaplasmids. Nickel-resistant bacteria isolated from sewage / Nachrichten der Academie der Wissenschaften in- Gottingen. II Mathematisch-Physikalische Klasse. Schwartz E. ed. 1987. Vol. 3. P. 1-9.

169. Tralau T., Cook A.M., Ruff J. Map of the IncPlbeta plasmid pTSA encoding the widespread genes (tsa) for p-toluenesulfonate degradation in Comamonas testosteroni T-2 // Appl: Environ; Microbiol. 2001 Vol. 67. №4. P. 1508-1516.

170. Tripathi V.N., Srivastava S. Extracytoplasmic storage as the nickel resistance mechanism in a natural isolate of Pseudomonas putida S4 // Can. J. Microbiol. 2006. Vol. 52. №4. P. 287-292.

171. Turgay O.C., Görmez A., Bilen S. Isolation and characterization of metal resistant-tolerant rhizosphere bacteria from the serpentine soils in Turkey //

172. Environ. Moni.t Assess. 2011 Mar 16. Epub ahead of print.

173. Udo E.E., Jacob L.E., Mathew B. A cadmium resistance plasmid, pXU5, in Staphylococcus aureus, strain ATCC25923 // FEMS Microbiol. Lett. 2000. Vol. 189. №1. P. 79-80.

174. Vahrenkamp H. Metalle in Lebensprozessen // Chemie in Unserer Zeit. 1979. Vol. 7. P. 97-105.

175. Werle E., Schneider C., Renner M., Volker M. and FiehnW. Convenient single-step; one tube purification of PCRproducts for direct sequencing //Nucl. Acids Res. 1994. Vol. 22. №20: P: 4354-4355.

176. Weyens N., Croes S., Dupae J., Newman L., van der Lelie D., Carleer R., Vangronsveld J. Endophytic bacteria improve phytoremediation of Ni andTCE co-contamination // Environ; Pollut. 2010. Vol. 158. №7. P. 2422-2427.

177. Whiting S.N., de Souza M.P., Terry N. Rhizosphere bacteria mobilize Zn for hyperaccumulation by Thlaspi caerulescens II Environ. Sci. Technol. 2001. Vol. 35. №15. P. 3144-3150.

178. Wu J., Jiang Ch., Wang B., Ma Y., Liu Zh., and Liu Sh. Novel partial reductive pathway for 4-chloronitrobenzene and nitrobenzene degradation in Comamonas sp. strain-CNB-1 // Appl. Environ. Microbiol; 2006. Vol. 72. №3. P. 1759-1765.

179. YamagamiK., Nishimura S., Sorimachi M. Cd2+ and Co2+ at micromolar concentrations mobilize intracellular Ca2+ via the generation of inositol 1,4,5-triphosphate in bovine chromaffin cells // Brain Res. 1998. Vol. 798: №1—2. P. 316-319.

180. Zaidi S., Usmani S., Singh B.R., Musarrat J. Significance of Bacillus subtilis strain SJ-101 as a bioinoculant for concurrent plant growth promotion andnickel accumulation in Brassica jimcea // Chemosphere. 2006. Vol. 64. №6. P. 991-997.

181. Zgurskaya H.I., Nikaido H. Bypassing the periplasm: reconstitution of the AcrAB multidrug efflux pump of Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. Vol. 96. №13. P. 7190-7195.

182. Zhan J., Sun Q. Diversity of free-living nitrogen-fixing microorganisms in wastelands of copper mine tailings during the process of natural ecological restoration II J. Environ. Sci. (China). 2011. Vol. 23. №3. P. 476-487.

183. Zhang Y., Ma Y.F., Qi S.W., Meng B., Chaudhry M.T., Liu S.Q., Liu S.J. Responses to arsenate stress by Comamonas sp. strain CNB-1 at genetic and proteomic levels // Microbiology. 2007. Vol. 153. Pt. 11. P. 3713-3721.

184. Zhuang X., Chen J., Shim 1L, Bai Z. New advances in plant growth-promoting rhizobacteria for biorcmcdiation // Environ. Int. 2007. Vol. 33. №3. P. 406-413.