Инженерия гомотримерных фибриллярных белков тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Мирошников, Константин Анатольевич

• Мирошников, Константин Анатольевич
• кандидат биологических наук
• 1999

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Мирошников, Константин Анатольевич

Список сокращений

Глава I. Введение

1.1. Актуальность проблемы

1.2. Цели и задачи исследования

1.3. Научная новизна и практическая ценность

1.4. Основные положения, выносимые на защиту

1.5. Апробация работы

I.7. Объем и структура работы

Глава П. Обзор литературы

II. 1. Фибриллярные адгезины бактериофага Т4.

II. 1.1. Длинные хвостовые фибриллы (ДХФ)

II. 1.1.1. Функциональная роль 11 II. 1.1.2. Характеристика белкового комплекса длинных хвостовых фибрилл 12 II. 1.1.3. Структурная характеристика белков длинных хвостовых фибрилл

II. 1.2. Короткие хвостовые фибриллы (КХФ)

II. 1.2.1. Функциональная роль

II. 1.2.2. Молекулярная организация

II. 1.3. Фибритин бактериофага Т

II. 2. Хлорамфеникол-ацетилтрансфераза (CAT): модель для изучения фолдинга белка и стабилизации структуры

II. 3. Бета-спиральные белки

II.3.1. Общие сведения о |3-спиральных белках

11.3.2. Свойства ß-спиральной структуры

11.3.3. Факторы стабилизации ß-спиральной структуры

11.3.4. Петли и спирали как минорные элементы ß-спиральных белков. Роль этих участков в функциональной активности белка

11.3.5. Предполагаемые белки с ß-спиральной структурой и их функции

Глава Ш. Материалы и методы

III. 1 Бактериальные штаммы

111.2 Среды для выращивания бактерий

111.3 Векторы для клонирования. Плазмиды 54 III. 4 Ферменты 59 III. 5 Полимеразная цепная реакция 59 III.6 Выделение и очистка ДНК

111.6.1. Очистка амплифицированных фрагментов

111.6.2. Выделение и очистка плазмидной ДНК

111.6.3. Очистка линеаризованной плазмидной ДНК 62 III. 7 Приготовление компетентных клеток Е. coli 63 III. 8 Трансформация компетентных клеток E.coli плазмидной ДНК 63 III. 9 Селекция клонов, содержащих рекомбинантные

Плазмиды

III. 10 Экспрессия клонированных генов в Е. coli 64 III. 11 Проверка экспресии в клетках и растворимости синтезированных белков

III. 12 Выделение и очистка белков

III. 12.1. Выделение растворимых белков

III. 12.2. Очистка белков на основе фибритина ES

III. 12.3. Очистка белков на основе фибритина ТВ 1 67 Ш.12.4.0чистка рекомбинантных белков gpl2N2 и gpl2N3. 67 III. 12.5. Очистка растворимого рекомбинантного белка gpl2N4.

III. 12.6. Выделение и рефолдинг белка gpl2Nl

III. 12.7. Очистка белка gpl2FN 69 III. 12.8. Выделение белков gpAd-FA, gpAd-FB, gpAd-FC

III. 12.9. Выделение и очистка белка CAT-FbrE

III. 13. Определение концентрации белка

III. 14. Определение олигомерности белка

III. 15. Ограниченный протеолиз

III. 16. Спектроскопия кругового дихроизма (КД)

III. 17. Электронная микроскопия

Глава IV. Результаты исследования и их обсуждение

IV. 1. Клонирование и экспрессия фрагментов генов 12 и 37 бактериофага Т

ГУ.2. Выделение, очистка и исследование растворимых делеционных мутантов gpl2M-gpl2N

IV.3. Конструирование химерных белков, содержащих фрагменты gpl2, gp34 и gp37 бактериофага Т4 в качестве С-концевого продолжения фибритина

ГУ.3.1. Выделение, очистка и свойства химер на основе фибритина Е с переходным сайтом НрМ (серия конструкций р\¥Е8)

IV.3.2. Выделение, очистка и свойства химер на основе фибритина В1 с переходным участком, включающим участок атаки протеиназами и сайт ВатШ (серия конструкций pWTBl)

IV.3.3. Свойства химер на основе полноразмерного фибритина J с переходным сайтом ВатШ. (серия конструкций pWJ)

IV.3.4. Выделение, очистка и свойства химер на основе фолдона фибритина (фибритина Y) с переходным сайтом ВатШ (серия конструкций pWY)

IV.4. Конструирование и исследование химерных белков, содержащих фрагменты gpl2 и gp37 бактериофага Т4 и белка хвостового шипа аденовируса в качестве N-концевого продолжения фолдона фибритина

IV. 5. Конструирование и исследование химерного белка, содержащего глобулярный и фибриллярный домены, CAT-FbrE

V. Выводы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Инженерия гомотримерных фибриллярных белков»

1.1. Актуальность проблемы

Фибриллярные белки, выполняющие разнообразные биологические функции, являются одними из наиболее интересных и важных объектов современной молекулярной биологии. Так, вирусные белки фибриллярной природы играют первостепенную роль в процессе инфицирования. Узнавание специфических рецепторов на поверхности клетки-хозяина и адсорбция вируса на мембране происходит именно при помощи фибриллярных адгезинов. Поэтому исследование функциональных участков этих белков, определение их структуры и механизма взаимодействия с рецепторами представляют интерес для разработки способов борьбы с вирусными инфекциями.

Фибриллярные белки также являются удобной моделью для исследования процессов упорядоченной укладки (фолдинга) и олигомеризации белка. Недостаточность сведений о механизмах фолдинга существенно сдерживает дизайн белковых молекул de novo в биотехнологии и белковой инженерии [4]. Известно, что процесс пространственной укладки белка регулируется белками-помощниками (шаперонами) [42], которые стабилизируют частично собранные интермедиаты. При создании рекомбинантных биологически активных белков экспрессия генов в гетерологичных системах часто приводит к аберрантной укладке полипептидов и образованию неспецифических агрегатов, называемых «телами включения 67].

Удобными объектами исследования являются фибриллярные гомотримерные адгезины бактериофага Т4, продукты генов 12, 34 и 37. Другой фибриллярный тримерный белок фага Т4, фибритин (белок воротничковых нитей), детально исследован в нашей лаборатории [35, 88, 89], и его структура решена рентгеновскими методами [92, 95]. Выяснено, что карбоксиконцевой домен фибритина, или фолдон в нашем определении, отвечает за правильный фолдинг и олигомеризацию белка. Это свойство является полезным при конструировании химерных белков, в которых фолдон фибритина направляет правильную упаковку и олигомеризацию другого белка в обход шаперонного пути.

1.2. Цель и задачи исследования.

Проведенное исследование - установочная часть в белково-инженерном направлении лаборатории молекулярной биоинженерии. Цель работы - получение в растворимой форме рекомбинантных вирусных адгезинов и их первичное физико-химическое исследование. Первой задачей было конструирование делеционных мутантов белков. Второй - создание химерных белковых конструкций, состоящих из фрагментов фибритина различной длины, содержащих фолдон, и фрагментов вирусных адгезинов - gp 12, gp34 и gp37 бактериофага Т4 или хвостового шипа аденовируса типа V. При этом мы варьировали положение домена, направляющего фолдинг, относительно полипептидной цепи химерного белка.

В настоящей диссертации поставлены следующие задачи:

1. Конструирование экспрессионных векторов, несущих гены делеционных мутантов адгезинов, а также гибридных генов фибритин+адгезин.

2. Экспрессия полученных искусственных генов в системе E.coli, проверка растворимости продуцируемых белков, рефолдинг белков, образующих тела включения.

3. Разработка методов выделения и очистки растворимых делеционных мутантов и химерных белков.

4. Первичное исследование физико-химических параметров полученных белков - числа субъединиц, присутствия структурных элементов по КД-спектру, биологической активности.

5. При возможности - изучение структуры белка с помощью электронной микроскопии и подбор условий для кристаллизации белка.

1.3. Научная новизна и практическая ценность

В настоящем исследовании впервые разработана и экспериментально подтверждена стратегия использования ранее известного зародышевого ядра (фолдона) фибритина для управления сворачиванием и олигомеризацией другого тримерного фибриллярного белка в обход шаперонного пути. В ходе исследования сконструирован ряд векторов, несущих фрагменты гена фибритина. Эти вектора могут служить универсальными матрицами для клонирования различных генов с целью получения химерных белков, в том числе, возможно, и для конструирования белков со встроенными антигенными детерминантами различных вирусов.

Впервые получены химерные белки, имеющие фибриллярную тримерную организацию, а также ряд делеционных мутантов ёр12 бактериофага Т4. Разработаны методы выделения и очистки этих белков. Перевод фрагментов ряда адгезинов в растворимую форму и изучение свойств этих белков позволили получить ряд новых сведений об их структуре и функциях.

1.4. Основные положения, выносимые на защиту

1. Клонирование серии фрагментов генов 12 и 37 бактериофага Т4.

2. Конструирование векторов, экспрессируюгцих гибридные гены, состоящие из фрагмента гена м>ас и фрагментов генов 12, 34, 37 бактериофага Т4 и гена хвостового шипа аденовируса тип V.

3. Разработка методов препаративного выделения и очистки полученных делеционных мутантов и химерных белков.

4. Анализ структурированности полученных растворимых белков методами КД-спектроскопии, ограниченного протеолиза и электронной микроскопии.

1.5. Апробация работы

Материалы диссертации изложены в 2 опубликованных статьях. Результаты исследований были доложены на 4-х конференциях в виде стендовых докладов и в виде пленарного сообщения на IV чтениях памяти Ю.А. Овчинникова (1998). Тезисы исследований, вошедших в диссертацию, удостоены поощрительного гранта Конкурса-экспертизы 1997г. научных проектов молодых ученых РАН по фундаментальным и прикладным исследованиям (постановление президиума РАН №272 от 13.07.98)

1.6. Структура диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора научной литературы, в котором обобщены сведения о белках-объектах исследования, описания методической части, изложения результатов и их обсуждения, выводов, списка литературы и приложений. Общий объем работы составляет Мб страниц машинописного текста, иллюстрированного 9 таблицами и 37 рисунками. Список литературы включает 112 наименований.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Мирошников, Константин Анатольевич

V. выводы

1. Получены и исследованы растворимые делеционные мутанты gp12 бактериофага Т4, имеющие тримернцю организацию. Выявлена закономерность повышения растворимости по мере уменьшения полипептидной цепи в направлении №-конца. Определен участок повышенной устойчивости к трипсину, соответствующий 170 № концевым аминокислотным остаткам.

2. Разработана новая стратегия создания химерных белков на основе фибритина бактериофага Т4, использующих свойства фолдона фибритина для сворачивания и олигомеризации других включенных в химеру фибриллярных тримерных белков.

3. Получен и исследован ряд химерных белков, содержащих фрагменты адгезинов бактериофага Т4 в качестве С-концевого продолжения фибритинов различной длины. Выявлено уменьшение экспрессии и стабильности химерных белков с возрастанием длины фибритина-носителя, вызванное, вероятно, преждевременной инициацией упаковки и олигомеризации.

4. Получены и исследованы химерные белки, содержащие фрагменты адгезинов gpl2 и яр37 бактериофага Т4, или белка хвостового шипа аденовируса, и фолдона фибритина, расположенного на С-конце химерной молекулы. Обнаружена зависимость растворимости и стабильности таких белков от соответствия диаметров стыкуемых фибриллярных белков.

5. Показана принципиальная возможность создания химерных белков, содержащих фибриллярный и глобулярный домены. Сконструированный белок БЬтЕ-САТ обладает как ферментативной устойчивостью к хлорамфениколу, так и устойчивостью к БББ, свойственной фибритину.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Мирошников, Константин Анатольевич, 1999 год

1. Голицына Н.Л., Селиванов H.A., Рустамбеков О.С., Месянжинов В.В. "Выделение биологически активных половинок длинных хвостовых фибрилл и бакенбард бактериофага Т4" // Биол. Науки (1983), 114, с.27-32;

2. Зинченко В.П., Рудик O.JL, Селиванов H.A., Месянжинов В.В. "Функциональная активность коротких фибрилл бактериофага Т4" II Докл. АН СССР, (1982) 267, с. 974-977;

3. Куриц Т.С., Селиванов H.A., Месянжинов В.В., " Особенности молекулярной организации коротких фибрилл бактериофага Т4" II Докл. АН СССР, (1984), 274, с. 448-452;

4. Курочкина Л.П., Месянжинов В.В. «Фолдинг белка в клетке» // Успехи биол.химии (1996), 36, с.49-86;

5. Лондер Ю.Я., Летаров A.B., Орлов В.Н., Месянжинов В.В. «Круговая пермутация фибритина бактериофага Т4 белка структуры coiled coil»// Биохимия (1999) - в печати

6. Марусич E.H., Курочкина Л.П., Месянжинов В.В. Шапероны в сборке бактериофага Т4. IIБиохимия, (1998) 63, 399-406.

7. Месянжинов В.В. Фибриллярные белки бактериофага Т4 как модели для изучения фолдинга. //Молек. биология (1997) 31, 389-397.

8. Мирошников К. А., Лейман П.Г. «Бета-спиральные белки» /У Успехи биол. химии (1998), 38, с. 95-113

9. Мирошников К. А., Марусич Е.И., Месянжинов В.В. «Белковая инженерия на основе фибритина бактериофага Т4» // Тезисы стендовых сообщений II съезда биохимического общества РАН (1997) Москва, 19-23 мая, с. 127-128.

10. Селиванов H.A., Беньяминов С.Ю., ГолицинаН.Л., Николаева Л.И., Месянжинов В.В. "Структура и регуляция сборки фибриллярных белков бактериофага Т4. Выделение и спектральные свойства длинных хвостовых фибрил IIМолек. биология (1987), 21, с. 1258 1267;

11. Bairoch A., Boeckman В. "The SWISS-PROT protein sequence data bank. Recent developments." I I Nucleic Acids Res. (1993), 21, p.3093-3096;

12. Baumann U., Bauer M., Lutoffu S., Delepelaire P.,Wandersman C "Crystal structure of a complex between Serratia marcescens metallo-protease and an inhibitor from Erwinia chrysanthemi" // J.Mol.Biol. (1995). 248. p. 653-661.

13. Baumann U., Wu S., Flaherty K M., McKay D.B. "Three -dimensional structure of the alkaline protease of Pseudomonas aeruginosa: a two-domain protein with a calcium binding parallel beta roll motif." // EMBO J. (1993), 12. p. 3357-3364;

14. Beaman T.W., Binder D.A., Blanchard J.S, Roderick S.L. "Three-dimensional structure of tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase." // Biochemistry. (1997), 36, p. 489-494;

15. Beaman T.W., Sugantino M., Roderick S.L. "Structure of the hexapeptide xenobiotic acetyltransferase from Pseudomonas aeruginosa" // Biochemistry (1998), 37, p.6689-6696;

16. Beckendorf S.K. "Structure of bacteriophage T4 genes 37 and 38" // JMol.Biol. (1973), 73, p.17 35;

17. Benedetti E., DiBlasio B., Pedone C., Lorenzi G.P., Tomasic L., Gramlich V. "A double-stranded beta-helix with antiparallel chains in a crystalline oligo-L-D-peptide." II Nature (1979), 282, p. 630;

18. Bowie J.D., Luthy R., Eisenberg D. " A method to identify protein sequences that fold into a known three-dimensional structure." // Science (1991) 253, p. 164-170;

19. Brenner F., Stuisiunger G., Hoene R.W. " Structural components of bacteriophage T4" II J.Mol.Biol. (1959), 1, p.281-292;

20. Cerritelli M.E., Wall J.S., Simon M.N., Conway J.F., Steven A.C. " Stoichiometry and domainal organization of the long tail-fiber of bacteriophage T4: a hinged viral adhesin" II J. Mol Biol. (1996), 260. p. 767-780;

21. Chen B, King J "Thermal unfolding pathway for the thermostable P22 tailspike endorhamnosidase" //Biochemistry{\99\), 30, p.6260-6269.

22. Chothia C., Murzin A."New folds for all-beta proteins" // Structure. (1993), 1, p. 217-222;

23. Cohen F.E. "The parallel beta helix of pectate lyase C: something to sneeze at" // Science. (1993), 260, p. 1444-1445.

24. Colloc'h H., Cohen F.E "Beta-breakers. An aperiodic secondary structure" II J. MolBiol. (1991), 221, p.603 613;

25. Cramar W. A., Dankert J.R., Uratani U "The membrane channel forming bacteriocidal protein, colicin El" //Biochim.etBiophys Acta, (1983) 737, p. 173-193;

26. Crawford J.T., Goldberg E.B. " The effect of baseplate mutation on the requirement for tail-fiber binding for irreversible adsorption on bacteriophage T4" // J. Mol. Biol (1977), 111, p. 305 313;

27. Crowther R.A., Zenk E.V., Kikushi Y., King J. "Molecular reorganization in the hexagon to star transition of the baseplate of bacteriophage T4" // J. Mol. Biol. (1977), 116, p.489-523;

28. Dawes J. "Characterization of bacteriophage T4 receptor site" II Nature (1975), 256, p.332-338;

29. Dewey M.J., Wiberg J.S., Frankel F.R. "Genetic control of whisker antigen of bacteriophage T4D" II J. Mol. Biol. (1974), 84, p.625-634.

30. Dickson R.C. "Assembly of bacteriophage T4" II J.Mol. Biol (191G), 53, p.633-647;

31. Dykes C.W., Bookless A.B., Coomber B. A., Noble S.A., Humber DC., Hobden A.N. :Expression of atrial natriuretic factor as a cleavable fusion protein with chloramphenicol acetyltransferase in Escherichia coli" II Eur. J. Biochem. (1988), 174, p.411-416;

32. Earnshaw W.G., Goldberg E.B., Crowther E.A "The distal half of the tail fiber of the bacteriophage T4. Rigidly linked domains and cross P - structure" // J. Mol. Biol. (1979), 132, p. 101 - 131;

33. Edgar R.S., Wood W.B. "Morphogenesis of bacteriophage T4 in extracts of mutant-infected cells' II Proc.Natl.Acad.Sci. USA (1966), 55, p. 498-505;

34. Eiserling F.A., Black L.W. "Pathways in T4 morhpogenesis". In Molecular biology of bacteriophage T4 (Karam J., ed.), (1994) pp. 209-212. American Society for Microbiology. Washington, D.C.

35. Ellis J., Bagshaw C.R., Shaw W. V. "Substrate binding to chloramphenicol acetyltransferase: evidence for negative cooperativity from equilibrium and kinetic constants for binary and tertiary complexes" // Biochemistry (1991), 30, p. 1080610813;

36. Emsley P., Charles I.G., Fairweather N.F., Isaacs N.W."Structure of Bordetellapertussis virulence factor P69 pertactin" // Nature.(1996), 381, p. 9092.

37. Engel J., Prockop D.J. "The zipper-like folding of collagen triple helices and the effects of mutations that disrupt the zipper" // Annu. Rev. Biophys. Chem. (1991), 20, p.137- 152;

38. Follansbee S.E., Vanderslice R.W., Chavez L.G., Yegian C.D. "A new set of adsorption mutants of bacteriophage T4D: identification of a new gene" // Virology (1974), 58, 180-199.

39. Fraser R.D., MacRae T.P. in "Conformation of fibrous proteins" (1973) Academic press, New York, p. 13-31;

40. Georgeopulos C.P., Hendrix R.W., Casjens S.R., Kaiser A.D. "Host participation in bacteriophage lambda head assembly. Host participation in bacteriophage lambda head assembly" // J.Mol.Biol. (1973), 76, p.45-60;

41. Gilmore R, Coffey M.C., Leone G., McLure K., Lee P.W. "Co-translational trimerization of the reovirus cell attachment protein"// EMBO J. (1996), 15, p.2651-2658;

42. Goldberg E., Grinius, L., Letellier, L. "Recognition, attachment and injection" in Bacteriophage T4 (Karam J.D., ed.) American society for microbiology, Washington D.C. (1994), pp.347-356;

43. Hadfield C., Cashmore A.M., MeacockP.A. "An efficient chloramphenicol-resistance marker for Saccaromyces cerevisae and Escherichia coif' // Gene (1986), 45, p. 149-158;

44. Heiskanen T, Tollersrud OK, Zhao M, Peltonen L. "Large-scale purification of human aspartylglucosaminidase: utilization of exceptional sodium dodecyl sulfate resistance" II Protein Expr Purif {1994), 5, p.205-210.

45. Henrissat B., Heffron S.E., Yoder M.D., Lietzke S.E., Jumak F. "Functional implications of structure-based sequence alignment of proteins in the extracellular pectate lyase superfamily" // Plant Physiol. (1995), 107, p.963-976;

46. Jenkins J., Mayans O., Pickersgill Restructure and evolution of parallel beta-helix proteins"///. Struct .Biol. (1998),122, p. 236-246;

47. Kells S.S., Haselkorn R. "Bacteriophage T4 short tail fibers are the product of gene 12" // J.Mol.Biol, (1974), 83, p.473-485;

48. Kells S.S., Ohtsuki M., Haselkorn R. "The structural properties of bacteriophage T4 gene 12 protein" II J. Mol. Biol., (1975), 99, p.349-351;

49. King J., Laemmli U.K. "Polypeptide of the tail fibres of bacteriophage T4" II J. Mol Biol. (1971), 62, p.465 -477;

50. Kisker C., Schindelin H., Alber B.E., Ferry J.G., Rees D.C. "A left-handed beta-helix revealed by the crystal structure of a carbonic anhydrase from the archaeon Methanosarcina thermophilia" //EMBO J. (1996), 15, p. 2323-2330;

51. Kleanthous C., Cullis P.M., Shaw W.V. "3-(Bromoacetyl)chloramphenicol, an active site directed inhibitor for chloramphenicol acetyltransferase" // Biochemistry (1985), 24, p.5307-5313;

52. Laemmli U.K. "Cleavage of structural protein during the assembly of the head of bacteriophage T4" II Nature (1970), 227, p.680 685;

53. Langs D.A "Three-dimensional structure at 0.84A of the uncomplexed form of the transmembrane ion channel peptide gramicidin A" // Science (1988), 241, p. 188-191;

54. Lazo N.D., Downing D.T. "Beta-helical fibrils from a model peptide" // Biochem BiophysRes Commun. (1997), 235, p.675-679;

55. Leslie A.G.W., Moody P.C.E., Shaw W.V. "Structure of chloramphenicol acetyltransferase at 1.74A resolution" IIProc. Natl. Acad Sci. USA (1988), 85, p.283-285;

56. Levitt M., Chothia C."Structural patterns in globular proteins" // Nature. (1976), 261, p.552-558;

57. Lupas A. "Coiled coils: New structures and new functions" // Trends in Biochemcal Science (TIBS), (1996),.21, p.375-382;

58. Makhov A.M., Trus B.L., Conway J.F., Simon M.N., Zurabishvili T.G., Mesyanzhinov V. V., Steven A.C. "The short tail fiber of bacteriophage T4: Molecular structure and a mechanism for its conformational transition" // Virology (1993), 194, p. 117- 127;

59. Martenez M.C., Lasdunski C., Pattus F "Isolation, molecular and functional properties of the C-terminal domain of colicin A" EMBO J., (1983) 2, p.1501-1508;

60. Mason V.S., Haselkorn R. "Product of bacteriophage T4 gene 12" // JMol.Biol., (1972), 66, p.445-469;

61. Michel C.J., Jacq B., Arques D.G., Bickle T.A. "A remarkable amino acid sequence homology between a phage T4 tail fibre protein and ORF314 of phage lambda located in the tail operon" // Gene, (1986), 44, p. 147 150;

62. Miroshnikov K.A., Marusich E.I., Cerritelli M.E., Cheng N, Hyde C.C., Steven A.C., Mesyanzhinov V.V. "Engineering trimeric proteins based on bacteriophage T4 adhesins"// Protein Engineering (1998), 11, p.97-104;

63. Mitraki A., Fane B., Haase-Pettingell C., Sturtevaht J., King J." Global suppression of protein folding defects and inclusion body formation" // Science (1991), 253, p.54-58;

64. Montag D., Schwarz H., Henning U. "Receptor-recognizing proteins T-even type bacteriophages. Constant and hypervariable regions and an unusual case of evolution" // J. Mol. Biol (1987), 196, p. 165 174;

65. Murray I. A., Hawkins A.R., Keyte J.W., Shaw W.V. "Nucleotide sequence of the chloramphenicol acteyltransferase" // Biochem. J. (1988), 252, p. 173-179;

66. Oliver D.B., Crowther R.A. "DNA sequence of the tail fibre genes 36 and 37 of bacteriophage T4" IIJ. Mol. Biol (1989), 153, p. 545 568;

67. Petersen T.N., Kaupinen S., Larsen S. "The crystal structure of rhamnogalactouronase A from Aspergillus aculeatus. A right-handed parallel beta-helix" // Structure (1997), 5, p.533-544;

68. Pickersgill R., Jenkins J., Harris G., Nasser W., Robert-Baudony J. "The structure of Bacillus subtilis pectate lyase in complex with calcium" // Nature Structural Biology, (1994),1, p. 717-723;

69. Pickersgill R., Smith D., Worboys K., Jenkins J. "Crystal structure of polygalactouronase from Erwinia carovotora ssp. Carovotora" // J. Biol Chem. (1998), 273, p.24660-24664;

70. Prilipov A.G., Selivanov N.A., Nikolaeva L.I., Mesyanzhinov V. V. "Nucleotide and deduced amino acid sequence of bacteriophage T4 gene wac" // Nucleic Acids Res. (1988), 16, 10361.

71. Provencher, S. W., Glockner, J. "Estimation of globular protein secondary structure from circular dichroism" // Biochemistry, (1981), 20, 33-37.

72. Raetz C., Roderick S. "A left-handed parallel beta-helix in the structure of UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase" // Science, (1995), 270, p. 997-1000;

73. Richardson D.S. "The anatomy and taxonomy of protein structure" // Adv. Protein Chem. (1981), 34, p. 167-339;

74. Robben J., Massie G., Bosmans E., Wellens B., Volckaert G. "An Escherichia coli plasmid vector system for high-level production and purification of heterologous peptides fused to active chloramphenicol acetyltransferase" // Gene (1993), 126, p.109-113;

75. Robben J., Van der Schueren J., Verhasselt P., Aert R, Volckaert G. "Insertional reactivation of chloramphenicol acetyltransferase misfolding mutant protein" II Protein Eng. (1995), 8, p.159-165;

76. Robben J., Van der Schueren J., Volckaert G. "Carboxyl terminus is essential for intracellular folding of chloramphenicol acetyltransferase" // J. Biol. Chem. (1993), 268, p.24555-24558;

77. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T "Molecular cloning: a laboratory manual" Cold Spr. Harb. Press. - Second ed. (1989)

78. Selivanov N. A., Prilipov A.G., Efimov V.P., Marusich E.I., Mesyanzhinov V.V. "Cascade of overlapping late genes in bacteriophage T4" // Biomedical Science (1990), 1, p. 55 62;

79. Shaw W.V. "The enzymatic acetylation of chloramphenicol by extracts of R-factor resistant Escherichia coir II J. Biol. Chem. (1967), 242, p.687-693;

80. Shaw W. V., Leslie A.G.W. "Chloramphenicol acetyltransferase"// Annn. Rev. Biophys. Chem. (1991), 20, p.363-386;

81. Simon L.D., Anderson T.F. "The infection of Escherichia coli by T2 and T4 bacteriophages as seen in electron microscope. I. Attachment and generation" // Virology (1967), 32, p.279-297;

82. Simon L.D., Swan J.G., Flatgaart J.E. 'Functional defects in T4 bacteriophage lacking the gene 11 and 12 products" // Virology (1970), 41, p. 77-90;

83. Sobolev B.N., Mesyanzhinov V.V "The wac gene product of bacteriophage T4 contains coiled-coil structural patterns" // J. Biom. Str. Dynamics. (1991), 8,953-965.

84. Speed M.A., Morshead T., Wang D.I.C., King J. "Conformation of P22 tailspike folding and aggregation intermediates probed by monoclonal antibodies" // Protein Science (1997). 6, p.99-108.

85. Steinbacher S., Seckler R., Miller S., Steipe B., Huber R, Reinemer P." Crystal structure of P22 tailspike protein: interdigitated subunits in a thermostable trimer" // Science (1994), 265, p.383-386.

86. Stouten P.F.W., Sander C., Ruigrok R.W.H., Cusack C. "New triple-helical model for the shaft of the adenovirus fibre" II J. Mol. Biol. (1992), 226, p.1073-1084;

87. Strelkov S.V., Tao Y., Shneider M.M., Mesyanzhinov V.V., Rossmann M.G. "Structure of bacteriophage T4 fibritin M: a troublesome packing arrangement" II Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. (1998), 54, p.805-816.

88. Studier F.W., Moffat B.A. "Use of bacteriophage T7 RNA polymerase for direct selective high-level expression of cloned genes" // J.Mol.Biol. (1986), 189,p.113-130;

89. Studier F.W., Rosenberg A.N., Dunn A.H., DubendorffJ.W. :Use of T7 RNA polymerase for direct expression of cloned genes" // Meth. Enzymol. (1990), 185, p.60-69;

90. Tao Y., Strelkov S.V., Mesyanzhinov V.V., Rossmann M.G. "Structure of bacteriophage T4 fibritin: a segmented coiled coil and the role of the C-terminal domain"// Structure (1997), 5, p.789-798.

91. Tetart F., Repoila F., Monod C., Krisch H.M. "Bacteriophage T4 host range is expanded by duplications of a small domain of the tail fiber adhesin" // J. Mol. Biol (1996), 258, p. 726 731;

92. Van Dael H " Chimeras of human lysozyme and alpha-lactalbumin: an interesting tool for studying partially folded states during protein folding"// Cell Mol Life Sci (1998), 54, p. 1217-30

93. Vitali J., Schick B., Kester H.C., Visser J., Jurnak F. "The tree-dimensional structure of aspergillus niger pectin lyase B at 1.7-A resolution"II Plant Physiol. (1998), 116, p.69-80.

94. Wang J., Giacomini K.M. "Characterization of a Bioengineered Chimeric Na+-Nucleoside Transporter " 11 Mol Pharmacol (1999), 55, p.234-240

95. Ward S., Dickson R.C. "Assembly of bacteriophage T4 tail fibers. Genetic control of the major tail fiber polypeptides" // J. Mol. Biol. (1971), 62, p. 479-492;

96. Wilmot C.M., Thornton J.M. "Beta-turns and their distortions: a proposed new nomenclature" // Protein Eng. (1990), 3, p.479 493.

97. Wood W.B., Conley M.P. "Attachment of tail fibers in bacteriophage T4 assembly. Role of the phage whiskers" II J. Mol. Biol. (1979), 127, p. 15-29;

98. Wood W.B., Eiserling F.A., Crowther R.A. "Long tail fibers: genes, proteins, structure, and assembly" in Bacteriophage T4 (Karam J.D., ed.) American society for microbiology, Washington D.C. (1994), pp. 282-290;

99. Yamamoto M., Uchida H " Organizaton and function of the tail of bacteriophage T4. Structural control of the tail contraction" II J. Mol. Biol. (1973), 92, p.207 223;

100. Yamamoto M., Uchida H. "Organization and function of bacteriophage T4 tail. Isolation of heat-sensitive mutations" // Virology (1973), 52, p. 234-245;

101. Yoder M.D., Jurnak F." Protein motifs. 3. The parallel beta helix and other coiled folds. " // FASEB J. (1995),9, p.335-342.

102. Yoder M.D, Keen N.T., Jurnak F. "New domain motif: the structure of pectate lyase C, a secreted plant virulence factor " // Science. (1993), 260, p. 15031507.

103. Yoder M.D., Lietzke S.E., Jurnak F." Unusual structural features in the parallel beta-helix in pectate lyases" // Structure. (1993), 1. p.241-251.

104. Zandmeier H., Iida S., Arber W. "DNA inversion regions Min of plasmid pl5B and Cin of bacteriophage PI: evolution of bacteriophage tail fibers genes" // J. Bacteriol. (1992), 174, p.3936-3944;

105. Zell R., Fritz H.-J. "DNA mismatch-repair in Escherichia coli counteracting the hydrolytic deamination of 5-methyl cytosine residues" // EMBO J. (1987), 6, p.1809-1815;

106. Zorzopulos J., Kozloff L.M. "Identification of T4 bacteriophage gene 12 product as the baseplate zinc metalloprotein" II J. Biol. Chem., (1978), 253, p.5543-5547;

107. Zorzopulos J., KozlofFL.M., Chapman V., DeLong X. "Bacteriophage T4 receptors and Escherichia coli cell wall structure: role of spherical partiles and protein wall in bacteriophage infection" // J. Bacteriol. (1979), 137, p.545-555;