Геномика и протеомика литических бактериофагов Pseudomonas aeruginosa тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, доктор химических наук Мирошников, Константин Анатольевич

• Мирошников, Константин Анатольевич
• доктор химических наук
• 2013

Оглавление диссертации доктор химических наук Мирошников, Константин Анатольевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Общие сведения о морфологии, таксономии, экологи и эволюции фагов.

1.1.1. Жизненный цикл бактериофагов.

1.1.2. Классификация бактериофагов на основе их морфологии.

1.1.3. Гипотезы о происхождении бактериофагов.

1.1.4. Роль бактериофагов в формировании биосферы.

1.1.5. Структура микробных сообществ. «Убить победителя».

1.1.6. Влияние фагов на жизнеспособность бактерий.

1.2. Разнообразие бактериофагов и современные методы их изучения и систематизации.

1.2.1. Культуральные методы и их ограничения.

1.2.2. Изучение разнообразия бактериофагов на основе единого локуса.

1.2.3. Изучение разнообразия бактериофагов метагеномными методами.

1.3. Применение бактериофагов для контроля и лечения инфекций, вызванных патогенными бактериями.

1.4. Пептидогликанлизирующие ферменты (ПЛФ) бактериофагов.

1.5. Pseudomonas aeruginosa - микроорганизм-хозяин исследуемых бактериофагов.

1.5.1. Факторы вирулентности Р. aeruginosa.

1.6. Бактериофаги Р. aeruginosa.

1.6.1. Фаги бактерий рода Pseudomonas sp. Общие сведения.

1.6.2. Фаги Р.aeruginosa семейства Myoviridae.

1.6.3. Фаги Pseudomonas семейства Siphoviridae.

1.6.4. Фаги Pseudomonas семейства Podoviridae.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Геномика и протеомика литических бактериофагов Pseudomonas aeruginosa»

Актуальность проблемы.

Вирусы, инфицирующие бактерии (бактериофаги, или фаги), чрезвычайно широко представлены в биосфере и оказывают критическое регуляторное воздействие на экологию и эволюцию прокариот, а зачастую, и биоценозов в целом (Ackermann, 2007). В последние годы мировым научным сообществом было приложено много усилий в области исследования бактериофагов на уровне их геномов и протеомов. Основные исследования были сосредоточены на фундаментальных биологических вопросах эволюции, генетической динамики и глобальной популяции фагов (Brussow and Hendrix, 2002). Текущее положение и главенствующие концепции и гипотезы популяционной геномики бактериофагов и фаготерапии изложены ниже при обзоре литературы (глава1.1).

Интерес к изучению бактериофагов поддерживается, помимо фундаментальных аспектов, возможностью их применения в качестве медицинских препаратов. В последние 20 лет стремительный рост числа и разнообразия штаммов патогенных микроорганизмов, устойчивых к низкомолекулярным антибиотикам, стимулировал поиск альтернативных методов лечения и контроля бактериальных инфекций. Для максимально эффективного и научно обоснованного применения бактериофагов в медицине, ветеринарии, сельском хозяйстве и аквакультурах требуется глубокое их изучение и систематизация на генном уровне, а также высокая степень очистки применяемых фаговых препаратов. Достаточно перспективным представляется, кроме того, применение энзибиотиков - отдельных белков фагового происхождения (Stone, 2002) (см. обзор литературы главы 1.3-1.4).

В 2000 году лаборатория молекулярной биоинженерии института биоорганической химии РАН в сотрудничестве с лабораторией генных технологий K.U.Leuven (Бельгия) и лабораторией генетики бактериофагов (НИИ Генетики и селекции промышленных микроорганизмов) инициировала комплексную программу определения и анализа геномов фагов, инфицирующих грамотрицательные бактерии Pseudomonas aeruginosa. Эти бактерии считаются умеренно патогенными, тем не менее, синегнойные внутрибольничные инфекции, провоцируемые ими, вызывают серьезное беспокойство у врачей в силу антибиотикоустойчивости псевдомонад (см. обзор литературы глава 1.5).

Целью исследования являлись поиск, выделение и очистка литических бактериофагов Р. aeruginosa, полное определение последовательностей их геномов, расшифровка, углубленный анализ, сочетание с данными протеомов тех же фагов, установление закономерностей строения геномов гомологичных бактериофагов и вариативности в пределах таксономического вида, оценка пригодности данного вида для клинических приложений; определение структурно и функционально важных белков бактериофагов, получение их в рекомбинантной форме, исследования физико-химических свойств и структуры рекомбинантных белков. Практически, проведенная работа позволяет оценивать применимость псевдомонадных фагов, содержащихся в коллекциях и выделенных de novo, для антимикробной терапии, анализировать эволюционные аспекты, а также выделять отдельные белки, полезные для биотехнологии и пищевой промышленности.

Для выполнения поставленной цели необходимо было решить следующие основные задачи: разработать унифицированную схему, позволяющую описывать расшифрованные последовательности геномов, осуществлять поиск в базах данных открытых рамок считывания, регуляторных элементов, гомологии последовательностей генов и транслированных белков, сопоставлять предсказанные гены с протеомами фаговых частиц, трактовать роль тех или иных генов; на основании сравнения геномов близкородственных фагов выяснить пригодность таксономических видов фагов для терапевтических приложений, выявляя наличие и закрепленность в геномах потенциально токсических генов и модулей интеграции вирусного генома в бактериальный. По консерватизму отдельных частей геномов прояснить и эволюционные пути образования таксономических единиц, выбрать структурно и функционально важные белки, кодируемые геномами бактериофагов. Получить эти белки в рекомбинантной, растворимой, биологически активной форме. Исследовать белки физико-химическими и структурными методами.

Научная новизна результатов исследований.

Впервые определены и аннотированы в GenBank полные последовательности ДНК геномов бактериофагов P.aeruginosa РВ1 (NC011810), SN (NC011756), 14-1 (NC 011703), LMA2 (NC011166), LBL3 (NC011165), YuA (NC010116),

Разработаны рекомбинантные системы синтеза, выделения и очистки ряда белков литических бактериофагов P.aeruginosa, в том числе и с помощью оптимизированного белково-инженерного подхода посредством конструирования химерных белков с пептидил-пролилизомеразным доменом SlyD;

Впервые проведены сравнительные протеомные исследования нескольких групп бактериофагов, с помощью криоэлектронной микроскопии построены пространственные модели капсидов бактериофагов KMV, SN и YuA. Иммуноэлектронномикроскопически показана локализация в вирусной частице структурных белков фЮ^»р]31, SNgp22 и gp29, YuAgp57 и gp63, KMVgp47;

В рекомбинантном виде получен закодированный в геноме cpKZ-подобного бактериофага EL первый обнаруженный вирусный шаперонин ELgpl46, с помощью криоэлектронномикроскопической реконструкции построены модели его конформационных состояний, предложена схема его функционирования;

Рентгеноструктурным анализом впервые определены кристаллические структуры пептидогликанлизирующего фермента бактериофага cpKZ (gpl44, разрешение 2,3A, PDB: 3BKV A), С-концевого фрагмента хвостовой фибриллы бактериофага

Автором впервые разработана ПЦР-тестовая система определения таксономической принадлежности бактериофагов P.aeruginosa в контексте возможности использования фагов в терапевтических препаратах

Практическая значимость работы:

Выделены и идентифицированы новые литические бактериофаги P. aeruginosa, относящиеся к различным таксономическим видам. Оптимизирован хроматографический метод, позволяющий получать очищенные препараты бактериофагов из клеточных лизатов и природных источников.

На основе обобщенных геномных данных создана унифицированная ПЦР-система, которая позволяет определять групповую принадлежность бактериофагов P. aeruginosa, выделенных de novo и находящихся в плохо охарактеризованных коллекциях без проведения длительных культуральных работ, электронной микроскопии и полной расшифровки последовательностей геномов.

Работа выполнялась в ИБХ РАН с 2004 по 2013 г в рамках фундаментальных направлений исследований ИБХ РАН «Структура и функции биомолекул и надмолекулярных комплексов» и «Молекулярная генетика, механизмы реализации генетической информации, биоинженерия»; грантов РФФИ №05-04-50829-МФа, 07-04-12224-офи, 09-04-00335а, 12-04-00765а, МНТЦ, Wellcome Trust. На разных этапах

11 выполнения в работе приняли участие Р.Н. Чупров-Неточин, О.В. Чертков, М.Н. Симакова, C.B. Крылов, М.А. Иванова, М.В. Фильчиков, C.B. Шкатула, А.Н. Семенов, М.Р. Цыганова, И.В. Романова, у которых автор являлся научным руководителем курсовых, дипломных и диссертационых работ.

Апробация работы.

Материалы исследований по теме диссертации были представлены на следующих российских и международных конференциях: Российские симпозиумы "Белки и пептиды" III (Пущино, 2007) и IV (Казань, 2009), Phages in Interaction I (2007), II (2008) и III (2009, Левен, Бельгия), Байкальские Микробиологические симпозиумы «Микроорганизмы в экосистемах озер, рек и водохранилищ» II (2007) и III (2011) (Иркутск), XV Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных по фундаментальным наукам «Ломоносов» (Москва, 2008), IV съезд Российского общества биохимиков (Новосибирск, 2008), Phage Biology, Ecology and Therapy Meeting (Тбилиси, Грузия, 2008), конференция "Перспективы фаговой терапии" в рамках Польско-Российских мероприятий, посвященных 50-летию сотрудничества Российской и Польской академий наук (Варшава, Польша, 2008), Conference Jaques Monod «Protein folds in infectious and neurodegenerative diseases» (Оссуа, Франция, 2009), 18th (2009) и 19th (2011) Evergreen International Phage Biology Meeting (Олимпия, США), II симпозиум «Биофарма» (Ереван, Армения, 2010), Viruses of Microbes I (Париж, Франция, 2010) и II (Брюссель, Бельгия, 2012), IV Conference on Bacteriophage Research (Осака, Япония, 2010), конференция «Вакцинология-2010» (Москва, 2010), Всероссийский конгресс «Инфекционные болезни у детей: диагностика, лечение и профилактика» (Санкт-Петербург, 2011), 1st Symposium on Antimicrobial Research (Пекин, Китай, 2011), межинститутский семинар «Проблемы и перспективы исследования протеолитических ферментов» (Москва, 2013).

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Обзор:

1. Мирошников К.А., Чертков О.В., Назаров П.А., Месянжинов В.В. Пептидогликанлизирующие ферменты бактериофагов как потенциальные противобактериальные препараты. //Успехи биологической химии. 2006. Т.46. С. 65-96

Статьи в научных журналах:

2. Sycheva L.V., Shneider М.М., Sykilinda N.N., Ivanova M.A., Miroshnikov K.A., Leiman P.G. Crystal structure and location of gpl31 in the bacteriophage phiKZ virion// Virology., 2012, V.434, p.257-265

3. Molugu S.K., Hildenbrand Z.L., Tafoya D., Herrera N., Morgan D., Sherman M., He L., Kurochkina L.P, Mesyanzhinov V.V., Miroshnikov K.A., Bernal R.A. Unique bacteriophage-encoded chaperonin has evolved a novel protein folding mechanism // Life Science, 2013 (in press)

4. Крылов C.B., Плетенева E.A., Буркальцева M.B., Шабурова О.В., Мирошников К.А., Лавинь Р., Корнелиссен А., Крылов В.Н. Нестабильность генома фагов вида EL Pseudomonas aeruginosa: Исследование мутантов, проявляющих вирулентность. //Генетика 2011, Т. 47. № 2. С. 183-189

5. Chuprov-Netochin R.N., Amarantov S.V., Shneider M.M., Sykilinda N.N., Filchikov M.V., Ivanova M.A., Mesyanzhinov V.V., Miroshnikov K.A. Peptidyl-prolyl isomerase SLyD controls the recombinant folding of bacteriophage T4 long tail fibers// Biopharmaceutical J., 2011, V. 3.№1, p.30-36

6. Чертков O.B., Чупров-Неточин P.H., Легоцкий C.B., Сыкилинда H.H., Шнейдер М.М., Иванова М.А., Плетенева Е.А., Шабурова О.В., Буркальцева М.Б., Кострюкова Е.С., Лазарев В.Н., Клячко Н.Л., Мирошников К.А. Свойства пептидогликанлизирующего фермента бактериофага cpPMGl Pseudomonas aeruginosa II Биоорганическая химия. 2011, Т.37, № 6, с. 1-8,

7. Крылов В.Н., Мирошников К.А., Крылов С.В., Вейко В.П., Плетенева Е.А., Шабурова О.В., Буркальцева М.В. Межвидовая миграция и эволюция бактериофагов рода (pKZ - цель и критерии поиска новых (pKZ-подобных бактериофагов // Генетика. 2010, Т. 46. № 2. С. 159-167.

8. Плетенева Е.А., Крылов С.В., Шабурова О.В., Буркальцева М.В., Мирошников К.А., Крылов В.Н. Псевдолизогения бактерий Pseudomonas aeruginosa, инфицированных (рKZ-подобными фагами // Генетика.2010, Т. 46. № 1. С. 26-32.

9. Фильчиков М.В., Осмаков Д.И., Логовская Л.В., Сыкилинда H.H., Кадыков В.А., Курочкина Л.П., Месянжинов В.В., Бернал P.A., Мирошников К.А. Пространственная реконструкция капсида и идентификация поверхностных белков бактериофага SN Pseudomonas aeruginosa электронно-микроскопическими методами.// Биоорганическая химия. 2009, Т. 35. № 6. С. 808-815.

13

10. Шабурова О.В., Крылов С.В., Вейко В.П., Плетенева Е.А., Буркальцева М.В., Мирошников К.А., Корнелиссен А., Лавинь Р., Сыкилинда H.H., Кадыков В.А., Месянжинов В.В., Волкарт Г., Крылов В.Н. Поиск факторов разрушения бактериальных биофильмов: Сравнение свойств группы бактериофагов Pseudomonas putida и специфичности их продуктов, образующих ореол. // Генетика. 2009, Т. 45. № 2. С. 185-195.

11.Lecoutere Е., Ceyssens P.J., Miroshnikov К.A., Mesyanzhinov V.V., Krylov V.N., Noben J.P., Robben J., Hertveldt К., Volckaert G., Lavigne R. Identification and comparative analysis of the structural proteomes of cpKZ and EL, two giant Pseudomonas aeruginosa bacteriophages.// Proteomics. 2009,V. 9.№.11. p.3215-3219.

12. Ceyssens P.J., Miroshnikov K., Mattheus W., Krylov V., Robben J., Noben J.P., Vanderschraeghe S., Sykilinda N., Kropinski A.M., Volckaert G., Mesyanzhinov V., Lavigne R. Comparative analysis of the widespread and conserved PBl-like viruses infecting Pseudomonas aeruginosa. //Environ Microbiol. 2009. V.ll. №.11. p.2874-2883.

13. Briers Y., Volckaert G., Lavigne R., Miroshnikov K., Chertkov O., Nekrasov A., Mesyanzhinov V. The structural peptidoglycan hydrolase gpl81 of bacteriophage (pKZ. // Biochemical and Biophysical Research Communications. 2008, V. 374. № 4. p. 747-751.

14. Плетенева E.A., Шабурова О.В., Сыкилинда H.H., Мирошников К.А., Кадыков В.А., Крылов С.В., Месянжинов В.В., Крылов В.Н. Изучение разнообразия в группе фагов вида РВ1 (Myoviridae) Pseudomonas aeruginosa и их поведение на адсорбционно-устойчивых мутантах бактерий.// Генетика. 2008. Т. 44. № 2. С. 185194.

15. Ceyssens P.J., Mesyanzhinov V., Sykilinda N., Briers Y., Roucourt В., Lavigne R., Robben J., Domashin A., Miroshnikov K., Volckaert G., Hertveldt K.The genome and structural proteome of YuA, a new Pseudomonas aeruginosa phage resembling M6.// J Bacteriol. 2008. V.190. №4. P.1429-1435.

16. Fokine A, Miroshnikov K.A., Shneider M.M., Mesyanzhinov V.V., Rossmann M.G. Structure of the bacteriophage cpKZ lytic transglycosylase gpl44.// J. Biol. Chem. 2008, V. 283.№ 11. P.7242-7250.

17. Мирошников К.А., Файзуллина H.M., Сыкилинда H.H., Месянжинов B.B. Свойства эндолитической трансгликозилазы бактериофага cpKZ Pseudomonas aeruginosa, кодируемой геном 144 //Биохимия. 2006, Т. 71. № 3. С. 379-385.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Мирошников, Константин Анатольевич

ВЫВОДЫ:

1. Впервые определены и аннотированы в GenBank полные последовательности ДНК-геномов бактериофагов P.aeruginosa РВ1 (NC011810), SN (NC 011756), 14-1 (NC011703), LMA2 (NC011166), LBL3 (NC011165), YuA (NC010116), cpPMGl (NC 016765.1). На базе проведенного сравнения геномов родственных фагов предложено обоснование новых таксономических родов РВ1-подобных (рассмотрено и ратифицировано ICTV в 2011 г.) и YuA-подобных (рассмотрено ICTV в 2012 г., ожидает ратификации) бактериофагов;

2. На основе реконструкции крио-ЭМ изображений впервые построены пространственные модели капсидов бактериофагов KMV, SN (РВ1-подобный), YuA. По результатам анализа протеомов фагов иммуно-ЭМ методами показана локализация в вирусной частице белков

3. Закодированный в геноме (pKZ-подобного бактериофага EL первый обнаруженный вирусный шаперонин ELgpl46 получен в рекомбинантном виде, с помощью крио-ЭМ реконструкции построены модели его конформационных состояний, предложена схема его функционирования.

4. Методом рентгеновской кристаллографии впервые определены структура белков cpKZgpl44 (трансгликозилаза, разрешение 2.3А), С-концевого домена cpKZgpl31 (хвостовая фибрилла, разрешение 1.9А), SNgp43 (центральный шип базальной пластинки, разрешение 1.8А). Для первого обнаруженного многодоменного ПЛФ бактериофагов грамотрицательных бактерий cpKZgpl44 экспериментально подтверждено наличие неканонического активного центра.

5. Впервые разработана ПЦР-тестовая система определения таксономической принадлежности бактериофагов P.aeruginosa в контексте использования в терапевтических препаратах.

БЛАГОДАРНОСТИ:

Автор выражает искреннюю благодарность и признательность научному консультанту, учителю и наставнику проф. Месянжинову В.В.; сотрудникам и аспирантам лаборатории молекулярной биоинженерии ИБХ: Шнейдеру М.М., Сыкилинде H.H., Курочкиной Л.П., Файзуллиной Н.М. Чупрову-Неточину Р.Н., Фильчикову М.В., Черткову О.В., Ивановой М.А.; соисполнителям и коллабораторам: Крылову В.Н., Летарову A.B., Куликову Е.Е., Клячко Н.Л., Лейману П.Г., Дарбеевой О.С., Лыско К.А., Соколовой О.С., Кадыкову В.А., Lavigne R., Ceyssens P.-J., Bemal R.A., van Raaij M.J., Rossmann M.G., Steven A.C., Thomas J., всем коллегам, друзьям и семье за помощь и поддержку в научной работе

1.7. Заключение.

Главной целью диссертации является изучение глобального разнообразия вирулентных бактериофагов, инфицирующих умеренный патоген P. aeruginosa, на современном молекулярно-генетическом уровне. Бактерии вида P. aeruginosa повсеместно встречаются в биосфере, имеют гибкий метаболизм и высокую геномную и приобретаемую устойчивость к противомикробным препаратам. Псевдомонады можно обнаружить в широком диапазоне природных сообществ - от пресной и соленой воды до ризосфер, где они колонизируют эндемичную фауну (напр. нематод), флору и грибы (напр. Pythium sp.) (Goldberg, 2000). Вследствие этого, натуральные паразиты- бактериофаги Pseudomonas, также широко распространены, и их легко выделить из практически любой пробы почвы или воды. Несмотря на то, что количество описанных фагов Р. aeruginosa постоянно растет (так, с помощью электронной микроскопии охарактеризовано

63 около 500 фагов (Ackermann et al., 2007), подавляющее число фагов, хранящихся в коллекциях по всему миру, остаются ^охарактеризованными. На момент начала диссертационной работы было определено только 6 родов фагов, инфицирующих Р. aeruginosa (Раздел 1.6). Помимо общебиологического значения, детальное изучение бактериофагов P. aeruginosa важно для научно обоснованной селекции и разработки фаговых препаратов для диагностических и лечебно-профилактических целей.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Использованные в работе материалы.

2.1.1. Реактивы и растворы.

Использованные в исследовании реактивы и ферменты приобретали у различных компаний-производителей, указанных в тексте. Буферные растворы и растворы веществ готовили по стандартным методикам, предложенным фирмами-производителями, или приведенным в руководствах к методу. Составы и ссылки приведены в тексте.

2.1.2. Штаммы бактерий.

Для размножения бактериофагов использовали штамм P. aeruginosa PAOl из коллекции проф. В.Н. Крылова (ГНИИ Генетики и селекции промышленных микроорганизмов, Москва). Для определения штаммовой специфичности бактериофагов применяли набор из 32 клинических изолятов P. aeruginosa из коллекции Лаборатории бактериологического анализа ММА им. Сеченова (Москва, д-р А.Н.Круглов) и 72 генотипированных клинических штамма из коллекции д-ра J.P. Pirnay (Гент, Бельгия).

Для размножения плазмид (см. табл.3) использовали штаммы Е. coli XLl-Blue MRF cells (Stratagene, США), NovaBlue (Novagen, США) и ToplO (Invitrogen, США). Экспрессию генов и выделение рекомбинантных белков осуществляли на штаммах Е. coli В834, BL21(DE3) и AD494(DE3) (Novagen, США). Активность ПЛФ определяли, используя протопласты, приготовленные из штамма Е. coli WK6 (Corvas International, Бельгия). Для определения активности рекомбинантного шаперонина ELgpl46 использовали штамм MGM100 (Sun et al., 2003).

2.1.3. Плазмиды.

Список литературы диссертационного исследования доктор химических наук Мирошников, Константин Анатольевич, 2013 год

1. Ackermann, H.W., 1987. Bacteriophage taxonomy in 1987. Microbiol Sci 4, 214-218.

2. Ackermann, H.W., 2007. 5500 Phages examined in the electron microscope. Archives of virology 152, 227-243.

3. Adriaenssens, E.M., Mattheus, W., Cornelissen, A., Shaburova, O., Krylov, V.N., Kropinski, A.M., Lavigne, R., 2012. Complete genome sequence of the giant Pseudomonas phage Lul 1. Journal of virology 86, 6369-6370.

4. Aksyuk, A.A., Kurochkina, L.P., Fokine, A., Forouhar, F., Mesyanzhinov, V.V., Tong, L., Rossmann, M.G., 2011. Structural conservation of the myoviridae phage tail sheath protein fold. Structure 19, 18851894.

5. Altschul, S.F., Madden, T.L., Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W., Lipman, D.J., 1997. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic acids research 25, 3389-3402.

6. Amann, R.I., Ludwig, W., Schleifer, K.H., 1995. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation. Microbiol Rev 59, 143-169.

7. Anspach, F.B., Curbelo, D., Hartmann, R., Garke, G., Deckwer, W.D., 1999. Expanded-bed chromatography in primary protein purification. J Chromatogr A 865, 129-144.

8. Ashelford, K.E., Day, M.J., Fry, J.C., 2003. Elevated abundance of bacteriophage infecting bacteria in soil. Applied and environmental microbiology 69, 285-289.

9. Bachali, S., Bailly, X., Jolles, J., Jolles, P., Deutsch, J.S., 2004. The lysozyme of the starfish Asterias rubens. A paradygmatic type i lysozyme. Eur J Biochem 271, 237-242.

10. Bachrach, U., Friedmann, A., 1971. Practical procedures for the purification of bacterial viruses. Appl Microbiol 22, 706-715.

11. Bailey, T.L., Elkan, C., 1994. Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol 2, 28-36.

12. Bailey, T.L., Gribskov, M., 1998. Methods and statistics for combining motif match scores. J Comput Biol 5, 211-221.

13. Baker, M.L., Jiang, W., Rixon, F.J., Chiu, W., 2005. Common ancestry of herpesviruses and tailed DNA bacteriophages. Journal of virology 79, 14967-14970.

14. Baker, N.A., Sept, D., Joseph, S., Hoist, M.J., McCammon, J.A., 2001. Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome. Proc Natl Acad Sci U S A 98, 10037-10041.

15. Balch, W.E., Morimoto, R.I., Dillin, A., Kelly, J.W., 2008. Adapting proteostasis for disease intervention. Science 319, 916-919.

16. Baltch, A.L., Smith, R.P., Franke, M., Ritz, W., Michelsen, P., Bopp, L., Lutz, F., 1994. Pseudomonas aeruginosa cytotoxin as a pathogenicity factor in a systemic infection of leukopenic mice. Toxicon 32, 27-34.

17. Bendtsen, J.D., Nielsen, H., von Heijne, G., Brunak, S., 2004. Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0. Journal of molecular biology 340, 783-795.

18. Berendsen, H.J.C., van der Spoel, D., van Drunen, R., 1995. GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation. Computer Physics Communications 91, 43-56.

19. Bergan, T., 1972. Bacteriophage typing and serogrouping of Pseudomonas aeruginosa from animals. Acta Pathol Microbiol Scand B Microbiol Immunol 80, 351-361.

20. Bergh, O., Borsheim, K.Y., Bratbak, G., Heldal, M., 1989. High abundance of viruses found in aquatic environments. Nature 340,467-468.

21. Berry, J., Summer, E.J., Struck, D.K., Young, R., 2008. The final step in the phage infection cycle: the Rz and Rzl lysis proteins link the inner and outer membranes. Molecular microbiology 70, 341-351.

22. Booth, C.R., Meyer, A.S., Cong, Y., Topf, M., Sali, A., Ludtke, S.J., Chiu, W., Frydman, J., 2008. Mechanism of lid closure in the eukaryotic chaperonin TRiC/CCT. Nat Struct Mol Biol 15, 746-753.

23. Borysowski, J., Gorski, A., 2008. Is phage therapy acceptable in the immunocompromised host? Int J Infect Dis 12, 466-471.

24. Botstein, D., Herskowitz, I., 1974. Properties of hybrids between Salmonella phage P22 and coliphage lambda. Nature 251, 584-589.

25. Boyd, E.F., Brussow, H., 2002. Common themes among bacteriophage-encoded virulence factors and diversity among the bacteriophages involved. Trends Microbiol 10, 521-529.

26. Braid, M.D., Silhavy, J.L., Kitts, C.L., Cano, R.J., Howe, M.M., 2004. Complete genomic sequence of bacteriophage B3, a Mu-like phage of Pseudomonas aeruginosa. Journal of bacteriology 186, 6560-6574.

27. Braig, K., Otwinowski, Z., Hegde, R., Boisvert, D.C., Joachimiak, A., Horwich, A.L., Sigler, P.B., 1994. The Crystal-Structure of the Bacterial Chaperonin Groel at 2.8-Angstrom. Nature 371, 578-586.

28. Bramucci, M.G., Keggins, K.M., Lovett, P.S., 1977. Bacteriophage PMB12 conversion of the sporulation defect in RNA polymerase mutants of Bacillus subtilis. Journal of virology 24, 194-200.211

29. Branda, S.S., Vik, S., Friedman, L., Kolter, R., 2005. Biofllms: the matrix revisited. Trends Microbiol 13, 20-26.

30. Breitbart, M., Felts, В., Kelley, S., Mahaffy, J.M., Nulton, J., Salamon, P., Rohwer, F., 2004. Diversity and population structure of a near-shore marine-sediment viral community. Proc Biol Sci 271, 565-574.

31. Bresler, S., Katushkina, N., Kolikov, V., Chumakov, M., Pervikov, J., Zhdanov, S., 1974. Adsorption chromatography of polio viruses on porous glass. Virology 59, 36-39.

32. Briers, Y., Lavigne, R., Volckaert, G., Hertveldt, K., 2007a. A standardized approach for accurate quantification of murein hydrolase activity in high-throughput assays. Journal of biochemical and biophysical methods 70, 531-533.

33. Briers, Y., Miroshnikov, K., Chertkov, O., Nekrasov, A., Mesyanzhinov, V., Volckaert, G., Lavigne, R., 2008. The structural peptidoglycan hydrolase gpl81 of bacteriophage phiKZ. Biochemical and biophysical research communications 374, 747-751.

34. Brorson, K., Shen, H., Lute, S., Perez, J.S., Frey, D.D., 2008. Characterization and purification of bacteriophages using chromatofocusing. J Chromatogr A 1207, 110-121.

35. Brunger, A.T., Adams, P.D., Rice, L.M., 1998. Recent developments for the efficient crystallographic refinement of macromolecular structures. Curr Opin Struct Biol 8, 606-611.

36. Brussow, H., Hendrix, R.W., 2002. Phage genomics: small is beautifiil. Cell 108, 13-16.

37. Bryan, L.E., O'Hara, K., Wong, S., 1984. Lipopolysaccharide changes in impermeability-type aminoglycoside resistance in Pseudomonas aeruginosa. Antimicrobial agents and chemotherapy 26, 250255.

38. Budzik, J.M., Rosche, W.A., Rietsch, A., O'Toole, G.A., 2004. Isolation and characterization of a generalized transducing phage for Pseudomonas aeruginosa strains PAOl and PA14. Journal of bacteriology 186, 3270-3273.

39. Byrne, M., Kropinski, A.M., 2005. The genome of the Pseudomonas aeruginosa generalized transducing bacteriophage F116. Gene 346, 187-194.

40. Campbell, A., 2002. DNA binding and bending to initiate packaging of phage lambda DNA. Molecular cell 9, 928-929.

41. Canchaya, C., Proux, C., Fournous, G., Bruttin, A., Brussow, H., 2003. Prophage genomics. Microbiol Mol Biol Rev 67, 238-276, table of contents.

42. Carey-Smith, G.V., Billington, C., Cornelius, A.J., Hudson, J.A., Heinemann, J.A., 2006. Isolation and characterization of bacteriophages infecting Salmonella spp. FEMS microbiology letters 258, 182-186.

43. Caruso, M., Shapiro, J. A., 1982. Interactions of Tn7 and temperate phage F116L of Pseudomonas aeruginosa. Molecular & general genetics : MGG 188,292-298.л,

44. Casjens, S.R., 2005. Comparative genomics and evolution of the tailed-bacteriophages. Curr Opin Microbiol 8, 451-458.

45. Ceyssens, P.J., Hertveldt, K., Ackermann, H.W., Noben, J.P., Demeke, M., Volckaert, G., Lavigne, R., 2008a. The intron-containing genome of the lytic Pseudomonas phage LUZ24 resembles the temperate phage PaP3. Virology 377, 233-238.

46. Ceyssens, P.J., Lavigne, R., 2009. The global spread of lytic phage groups infecting Pseudomonas aeruginosa. Communications in agricultural and applied biological sciences 74, 63-66.

47. Chang, H.C., Chen, C.R., Lin, J.W., Shen, G.H., Chang, K.M., Tseng, Y.H., Weng, S.F., 2005. Isolation and characterization of novel giant Stenotrophomonas maltophilia phage phiSMA5. Applied and environmental microbiology 71, 1387-1393.

48. Chang, P.L., Yen, T.F., 1985. Interaction of Pseudomonas putida ATCC 12633 and Bacteriophage gh-1 in Berea Sandstone Rock. Applied and environmental microbiology 50, 1545-1547.

49. Cheng, Q., Nelson, D., Zhu, S., Fischetti, V.A., 2005. Removal of group B streptococci colonizing the vagina and oropharynx of mice with a bacteriophage lytic enzyme. Antimicrobial agents and chemotherapy 49, 111-117.

50. Chibani-Chennoufi, S., Bruttin, A., Dillmann, M.L., Brussow, H., 2004a. Phage-host interaction: an ecological perspective. Journal of bacteriology 186, 3677-3686.

51. Chibani-Chennoufi, S., Sidoti, J., Bruttin, A., Kutter, E., Sarker, S., Brussow, H., 2004b. In vitro and in vivo bacteriolytic activities of Escherichia coli phages: implications for phage therapy. Antimicrobial agents and chemotherapy 48, 2558-2569.

52. Choi, K.H., McPartland, J., Kaganman, I., Bowman, V.D., Rothman-Denes, L.B., Rossmann, M.G., 2008. Insight into DNA and protein transport in double-stranded DNA viruses: the structure of bacteriophage N4. Journal of molecular biology 378, 726-736.

53. Chu, F.K., Maley, G.F., West, D.K., Belfort, M., Maley, F., 1986. Characterization of the intron in the phage T4 thymidylate synthase gene and evidence for its self-excision from the primary transcript. Cell 45, 157-166.

54. Chung, I.Y., Cho, Y.H., 2012. Complete genome sequences of two Pseudomonas aeruginosa temperate phages, MP29 and MP42, which lack the phage-host CRISPR interaction. Journal of virology 86, 8336.

55. Clark, J.R., March, J.B., 2006. Bacteriophages and biotechnology: vaccines, gene therapy and antibacterials. Trends Biotechnol 24, 212-218.

56. Clark, S., Losick, R., Pero, J., 1974. New RNA polymerase from Bacillus subtilis infected with phage PBS2. Nature 252, 21-24.

57. Claverie, J.M., Ogata, H., 2009. Ten good reasons not to exclude giruses from the evolutionary picture. Nat Rev Microbiol 7, 615; author reply 615.

58. Coghlin, C., Carpenter, B., Dundas, S.R., Lawrie, L.C., Telfer, C., Murray, G.I., 2006. Characterization and over-expression of chaperonin t-complex proteins in colorectal cancer. J Pathol 210, 351-357.

59. Comeau, A.M., Bertrand, C., Letarov, A., Tetart, F., Krisch, H.M., 2007. Modular architecture of the T4 phage superfamily: a conserved core genome and a plastic periphery. Virology 362, 384-396.

60. Crucitti, P., Abril, A.M., Salas, M., 2003. Bacteriophage phi 29 early protein pl7. Self-association and hetero-association with the viral histone-like protein p6. The Journal of biological chemistry 278, 49064911.

61. Culley, A.I., Lang, A.S., Suttle, C.A., 2006. Metagenomic analysis of coastal RNA virus communities. Science 312, 1795-1798.

62. Dalphin, M.E., Stockwell, P.A., Tate, W.P., Brown, C.M., 1999. TransTerm, the translational signal database, extended to include full coding sequences and untranslated regions. Nucleic acids research 27, 293-294.

63. Darzins, A., Casadaban, M.J., 1989. In vivo cloning of Pseudomonas aeruginosa genes with mini-D3112 transposable bacteriophage. Journal of bacteriology 171, 3917-3925.

64. Dasgupta, N., Arora, S.K., Ramphal, R., 2000. fleN, a gene that regulates flagellar number in Pseudomonas aeruginosa. Journal of bacteriology 182, 357-364.

65. Delbruck, M., 1940. The Growth of Bacteriophage and Lysis of the Host. J Gen Physiol 23, 643-660.

66. DePaul, A.J., Thompson, E.J., Patel, S.S., Haldeman, K., Sorin, E.J., 2010. Equilibrium conformational dynamics in an RNA tetraloop from massively parallel molecular dynamics. Nucleic Acids Research 38, 4856-4867.

67. Deresinski, S., 2009. Bacteriophage therapy: exploiting smaller fleas. Clin Infect Dis 48, 1096-1101.

68. Desiere, F., Lucchini, S., Brussow, H., 1998. Evolution of Streptococcus thermophilus bacteriophage genomes by modular exchanges followed by point mutations and small deletions and insertions. Virology 241, 345-356.

69. Diaz, E., Lopez, R., Garcia, J.L., 1990. Chimeric phage-bacterial enzymes: a clue to the modular evolution of genes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 87, 8125-8129.

70. Ditzel, L., Lowe, J., Stock, D., Stetter, K.O., Huber, H., Huber, R., Steinbacher, S., 1998. Crystal structure of the thermosome, the archaeal chaperonin and homolog of CCT. Cell 93, 125-138.

71. Dobson, C.M., 2004. Principles of protein folding, misfolding and aggregation. Semin Cell Dev Biol 15, 3-16.

72. Doermann, A.H., 1948. Lysis and lysis inhibition with escherichia coli bacteriophage. Journal of bacteriology 55, 257-276.

73. Dolinsky, T.J., Czodrowski, P., Li, H., Nielsen, J.E., Jensen, J.H., Klebe, G., Baker, N.A., 2007. PDB2PQR: expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. Nucleic Acids Res 35, W522-525.

74. Dolinsky, T.J., Nielsen, J.E., McCammon, J.A., Baker, N.A., 2004. PDB2PQR: an automated pipeline for the setup of Poisson-Boltzmann electrostatics calculations. Nucleic Acids Res 32, W665-667.

75. Doubell, M.J., Seuront, L., Seymour, J.R., Patten, N.L., Mitchell, J.G., 2006. High-resolution fluorometer for mapping microscale phytoplankton distributions. Applied and environmental microbiology 72, 44754478.

76. Eargle, J., Wright, D., Luthey-Schulten, Z., 2006. Multiple Alignment of protein structures and sequences for VMD. Bioinformatics 22, 504-506.

77. Earnshaw, W.C., Harrison, S.C., 1977. DNA arrangement in isometric phage heads. Nature 268, 598-602.

78. Edwards, R.A., Rohwer, F., 2005. Viral metagenomics. Nat Rev Microbiol 3, 504-510.

79. Ermolaeva, M.D., Khalak, H.G., White, O., Smith, H.O., Salzberg, S.L., 2000. Prediction of transcriptionterminators in bacterial genomes. Journal of molecular biology 301, 27-33.

80. Evrard, C., Fastrez, J., Declercq, J.P., 1998. Crystal structure of the lysozyme from bacteriophage lambda and its relationship with V and C-type lysozymes. Journal of molecular biology 276, 151-164.

81. Farr, G.W., Scharl, E.C., Schumacher, R.J., Sondek, S., Horwich, A.L., 1997. Chaperonin-mediated folding in the eukaryotic cytosol proceeds through rounds of release of native and nonnative forms. Cell 89, 927-937.

82. Fastrez, J., 1996. Phage lysozymes. EXS 75, 35-64.

83. Filee, J., Bapteste, E., Susko, E., Krisch, H.M., 2006. A selective barrier to horizontal gene transfer in the T4-type bacteriophages that has preserved a core genome with the viral replication and structural genes. Mol Biol Evol 23, 1688-1696.

84. Finlay, B.B., Falkow, S., 1997. Common themes in microbial pathogenicity revisited. Microbiol Mol Biol Rev 61, 136-169.

85. Finn, R.D., Tate, J., Mistry, J., Coggill, P.C., Sammut, S.J., Hotz, H.R., Ceric, G., Forslund, K., Eddy, S.R., Sonnhammer, E.L., Bateman, A., 2008. The Pfam protein families database. Nucleic acids research 36, D281-288.

86. Fischetti, V.A., 2005. Bacteriophage lytic enzymes: novel anti-infectives. Trends Microbiol 13, 491-496.

87. Fokine, A., Battisti, A.J., Bowman, V.D., Efimov, A.V., Kurochkina, L.P., Chipman, P.R., Mesyanzhinov, V.V., Rossmann, M.G., 2007. Cryo-EM study of the Pseudomonas bacteriophage phiKZ. Structure 15, 1099-1104.

88. Fokine, A., Chipman, P.R., Leiman, P.G., Mesyanzhinov, V.V., Rao, V.B., Rossmann, M.G., 2004. Molecular architecture of the prolate head of bacteriophage T4. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 101, 6003-6008.

89. Fokine, A., Miroshnikov, K.A., Shneider, M.M., Mesyanzhinov, V.V., Rossmann, M.G., 2008. Structure of the bacteriophage phi KZ lytic transglycosylase gpl44. The Journal of biological chemistry 283, 72427250.

90. Fortier, L.C., Bransi, A., Moineau, S., 2006. Genome sequence and global gene expression of Q54, a new phage species linking the 936 and c2 phage species of Lactococcus lactis. Journal of bacteriology 188, 6101-6114.

91. Frederickson, C.M., Short, S.M., Suttle, C.A., 2003. The physical environment affects cyanophage communities in British Columbia inlets. Microb Ecol 46, 348-357.

92. Frishman, D., Argos, P., 1995. Knowledge-based secondary structure assignment. Proteins: structure, function and genetics 23, 566-579.

93. Frydman, J., Nimmesgern, E., Erdjumentbromage, H., Wall, J.S., Tempst, P., Hartl, F.U., 1992. Function in Protein Folding of Trie, a Cytosolic Ring Complex Containing Tcp-1 and Structurally Related Subunits. Embo Journal 11, 4767-4778.

94. Fu, X.T., Pan, C.H., Lin, H., Kim, S.M., 2009. Gene cloning, expression, and characterization of a beta-agarase, agaB34,from Agarivorans albus YKW-34. Journal of microbiology and biotechnology 19, 257264.

95. Fukami, T.A., Yohda, M., Taguchi, H., Yoshida, M., Miki, K., 2001. Crystal structure of chaperonin-60 from Paracoccus denitrijlcans. J Mol Biol 312, 501-509.

96. Gao, Y.J., Thomas, J.O., Chow, R.L., Lee, G.H., Cowan, N.J., 1992. A Cytoplasmic Chaperonin That Catalyzes Beta-Actin Folding. Cell 69, 1043-1050.

97. Georgopo.Cp, Hendrix, R.W., Casjens, S.R., Kaiser, A.D., 1973. Host Participation in Bacteriophage-Lambda Head Assembly. J Mol Biol 76, 45-&.

98. Gherardini, P.F., Wass, M.N., Helmer-Citterich, M., Sternberg, M.J., 2007. Convergent evolution of enzyme active sites is not a rare phenomenon. Journal of molecular biology 372, 817-845.

99. Glonti, T., Chanishvili, N., Taylor, P.W., 2010. Bacteriophage-derived enzyme that depolymerizes the alginic acid capsule associated with cystic fibrosis isolates of Pseudomonas aeruginosa. Journal of applied microbiology 108, 695-702.

100. Goldberg, J.B., 2000. Pseudomonas: global bacteria. Trends Microbiol 8, 55-57.

101. Gordon, L., Chervonenkis, A.Y., Gammerman, A.J., Shahmuradov, I.A., Solovyev, V.V., 2003. Sequence alignment kernel for recognition of promoter regions. Bioinformatics 19, 1964-1971.

102. Gottlieb, P., Potgieter, C., Wei, H., Toporovsky, I., 2002. Characterization of phil2, a bacteriophage related to phi6: nucleotide sequence of the large double-stranded RNA. Virology 295, 266-271.

103. Grosdidier, A., Zoete, V., Michielin, O., 201 la. Fast docking using the CHARMM force field with EADock DSS. J Comput Chem.

104. Grosdidier, A., Zoete, V., Michielin, O., 201 lb. SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS. Nucleic Acids Res 39, W270-277.

105. Guagliardi, A., Cerchia, L., Bartolucci, S., Rossi, M., 1994. The Chaperonin from the Archaeon Sulfolobus-Solfataricus Promotes Correct Refolding and Prevents Thermal-Denaturation in-Vitro. Protein Sci 3, 1436-1443.

106. Gutsche, I., Essen, L.O., Baumeister, F., 1999. Group II chaperonins: New TRiC(k)s and turns of a protein folding machine. J Mol Biol 293, 295-312.

107. Hafkemeyer, P., Brinkmann, U., Gottesman, M.M., Pastan, I., 1999. Apoptosis induced by Pseudomonas exotoxin: a sensitive and rapid marker for gene delivery in vivo. Hum Gene Ther 10, 923-934.

108. Hambly, E., Suttle, C.A., 2005. The viriosphere, diversity, and genetic exchange within phage communities. Curr Opin Microbiol 8, 444-450.

109. Hanwell, M.D., Curtis, D.E., Lonie, D.C., Vandermeersch, T., Zurek, E., Hutchison, G.R., 2012. Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. J Cheminform 4, 17.

110. Hardalo, C., Edberg, S.C., 1997. Pseudomonas aeruginosa: assessment of risk from drinking water. Crit Rev Microbiol 23, 47-75.

111. Harshman, S., Sugg, N., Cassidy, P., 1988. Preparation and Purification of Staphylococcal Alpha Toxin. Methods Enzymol 165, 3-7.

112. Hartl, F.U., 1996. Molecular chaperones in cellular protein folding. Nature 381, 571-580.

113. Hawk, G.L., Cameron, J.A., Dufault, L.B., 1972. Chromatography of biological materials on polyethyleneglycol-treated controlled-pore glass. Prep Biochem 2, 193-203.

114. Hayashi, T., Baba, T., Matsumoto, H., Terawaki, Y., 1990. Phage-conversion of cytotoxin production in Pseudomonas aeruginosa. Molecular microbiology 4, 1703-1709.

115. Hemmingsen, S.M., Woolford, C., Vandervies, S.M., Tilly, K., Dennis, D.T., Georgopoulos, C.P., Hendrix, R.W., Ellis, R.J., 1988. Homologous Plant and Bacterial Proteins Chaperone Oligomeric Protein Assembly. Nature 333, 330-334.

116. Hennes, K.P., Suttle, C.A., Chan, A.M., 1995. Fluorescently Labeled Virus Probes Show that Natural Virus Populations Can Control the Structure of Marine Microbial Communities. Applied and environmental microbiology 61, 3623-3627.

117. Henrissat, B., Bairoch, A., 1996. Updating the sequence-based classification of glycosyl hydrolases. The Biochemical journal 316 ( Pt 2), 695-696.

118. Hentzer, M., Teitzel, G.M., Balzer, G.J., Heydorn, A., Molin, S., Givskov, M., Parsek, M.R., 2001. Alginate overproduction affects Pseudomonas aeruginosa biofilm structure and function. Journal of bacteriology 183, 5395-5401.

119. Hermoso, J.A., Garcia, J.L., Garcia, P., 2007. Taking aim on bacterial pathogens: from phage therapy to enzybiotics. Curr Opin Microbiol 10, 461-472.

120. Hertveldt, K., Lavigne, R., Pleteneva, E., Sernova, N., Kurochkina, L., Korchevskii, R., Robben, J., Mesyanzhinov, V., Krylov, V.N., Volckaert, G., 2005. Genome comparison of Pseudomonas aeruginosa large phages. J Mol Biol 354, 536-545.

121. Hess, B., Kutzner, C., van der Spoel, D., Lindahl, E., 2008. GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. Journal of Chemical Theory and Computation 4, 435-447.

122. Hildebrand, A., Remmert, M., Biegert, A., Soding, J., 2009. Fast and accurate automatic structure prediction with HHpred. Proteins 77 Suppl 9, 128-132.

123. Hill, D.F., Short, N.J., Perham, R.N., Petersen, G.B., 1991. DNA sequence of the filamentous bacteriophage Pfl. Journal of molecular biology 218, 349-364.

124. Hoang, T.T., Kutchma, A.J., Becher, A., Schweizer, H.P., 2000. Integration-proficient plasmids for Pseudomonas aeruginosa: site-specific integration and use for engineering of reporter and expression strains. Plasmid 43, 59-72.

125. Holloway, B.W., Romling, U., Tümmler, B., 1994. Genomic mapping of Pseudomonas aeruginosa PAO. Microbiology 140 (Pt 11), 2907-2929.

126. Holm, L., Rosenstrom, P., 2010. Dali server: conservation mapping in 3D. Nucleic acids research 38, W545-549.

127. Holtje, J.V., Mirelman, D., Sharon, N., Schwarz, U., 1975. Novel type of murein transglycosylase in Escherichia coli. Journal of bacteriology 124, 1067-1076.

128. Hoogstraten, D., Qiao, X., Sun, Y., Hu, A., Onodera, S., Mindich, L., 2000. Characterization of phi8, a bacteriophage containing three double-stranded RNA genomic segments and distantly related to Phi6. Virology 272, 218-224.

129. Huiskonen, J.T., de Haas, F., Bubeck, D., Bamford, D.H., Fuller, S.D., Butcher, S.J., 2006. Structure of the bacteriophage phi6 nucleocapsid suggests a mechanism for sequential RNA packaging. Structure 14, 1039-1048.

130. Jado, I., Lopez, R., Garcia, E., Fenoll, A., Casal, J., Garcia, P., 2003. Phage lytic enzymes as therapy for antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae infection in a murine sepsis model. The Journal of antimicrobial chemotherapy 52, 967-973.

131. Jaeger, T., Arsic, M., Mayer, C., 2005. Scission of the lactyl ether bond of N-acetylmuramic acid by Escherichia coli "etherase". The Journal of biological chemistry 280, 30100-30106.

132. Jarrell, K., Kropinski, A.M., 1977. Identification of the cell wall receptor for bacteriophage E79 in Pseudomonas aeruginosa strain PAO. Journal of virology 23, 461-466.

133. Jensen, H.B., Kleppe, K., 1972. Effect of ionic strength, pH, amines and divalent cations on the lytic activity of T4 lysozyme. Eur J Biochem 28, 116-122.

134. Jiang, W., Chang, J., Jakana, J., Weigele, P., King, J., Chiu, W., 2006. Structure of epsilonl 5 bacteriophage reveals genome organization and DNA packaging/injection apparatus. Nature 439, 612616.

135. Jiang, W., Li, Z., Zhang, Z., Baker, M.L., Prevelige, P.E., Jr., Chiu, W., 2003. Coat protein fold and maturation transition ofbacteriophage P22 seen at subnanometer resolutions. Nat Struct Biol 10, 131-135.

136. Kanamaru, S., Leiman, P.G., Kostyuchenko, V.A., Chipman, P.R., Mesyanzhinov, V.V., Arisaka, F., Rossmann, M.G., 2002. Structure of the cell-puncturing device ofbacteriophage T4. Nature 415, 553557.

137. Karam, J.D., Königsberg, W.H., 2000. DNA polymerase of the T4-related bacteriophages. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol 64, 65-96.

138. Karlin, S., Brocchieri, L., 2000. Conservation among HSP60 sequences in relation to structure, function, and evolution. Protein Sei 9, 476-486.

139. Kawasaki, T., Shimizu, M., Satsuma, H., Fujiwara, A., Fujie, M., Usami, S., Yamada, T., 2009. Genomic characterization of Ralstonia solanacearum phage phiRSBl, a T7-like wide-host-range phage. Journal of bacteriology 191, 422-427.

140. Kay, M.K., Erwin, T.C., McLean, R.J., Aron, G.M., 2011. Bacteriophage ecology in Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa mixed-biofllm communities. Applied and environmental microbiology 77, 821829.

141. Kessler, C., Manta, V., 1990. Specificity of restriction endonucleases and DNA modification methyltransferases a review (Edition 3). Gene 92, 1-248.

142. Klimuk, E., Akulenko, N., Makarova, K.S., Ceyssens, P.J., Volchenkov, I., Lavigne, R., Severinov, K., 2013. Host RNA polymerase inhibitors encoded by varphiKMV-like phages of Pseudomonas. Virology 436, 67-74.

143. Koonin, E.V., 2005. Virology: Gulliver among the Lilliputians. Curr Biol 15, R167-169.

144. Koonin, E.V., Senkevich, T.G., Dolja, V.V., 2009. Compelling reasons why viruses are relevant for the origin of cells. Nat Rev Microbiol 7, 615; author reply 615.

145. Kostyuchenko, V.A., Chipman, P.R., Leiman, P.G., Arisaka, F., Mesyanzhinov, V.V., Rossmann, M.G., 2005. The tail structure ofbacteriophage T4 and its mechanism of contraction. Nat Struct Mol Biol 12, 810-813.

146. Kovalyova, I.V., Kropinski, A.M., 2003. The complete genomic sequence of lytic bacteriophage gh-1 infecting Pseudomonas putida-evidence for close relationship to the T7 group. Virology 311, 305-315.

147. Kramberger, P., Honour, R.C., Herman, R.E., Smrekar, F., Peterka, M., 2010. Purification of the Staphylococcus aureus bacteriophages VDX-10 on methacrylate monoliths. J Virol Methods 166, 60-64.

148. Krasilnikov, I.V., Elbert, L.B., Borisova, V.N., Nakhapetyan, L.A., 1985. Purification of tick-borne encephalitis virus in tris-modified porous glasses. Acta virologica 29, 273-278.

149. Kropinski, A.M., 2000. Sequence of the genome of the temperate, serotype-converting, Pseudomonas aeruginosa bacteriophage D3. Journal of bacteriology 182, 6066-6074.

150. Kropinski, A.M., Prangishvili, D., Lavigne, R., 2009. Position paper: the creation of a rational scheme for the nomenclature of viruses of Bacteria and Archaea. Environmental microbiology 11, 2775-2777.

151. Krupovic, M., Bamford, D.H., 2008. Virus evolution: how far does the double beta-barrel viral lineage extend? Nat Rev Microbiol 6, 941-948.

152. Krylov, V.N., Dela Cruz, D.M., Hertveldt, K., Ackermann, H.W., 2007. "phiKZ-like viruses", a proposed new genus of myovirus bacteriophages. Archives of virology 152, 1955-1959.

153. Krylov, V.N., Smirnova, T.A., Minenkova, I.B., Plotnikova, T.G., Zhazikov, I.Z., Khrenova, E.A., 1984. Pseudomonas bacteriophage phi KZ contains an inner body in its capsid. Canadian journal of microbiology 30, 758-762.

154. Krylov, V.N., Tolmachova, T.O., Akhverdian, V.Z., 1993. DNA homology in species of bacteriophages active on Pseudomonas aeruginosa. Archives of virology 131, 141-151.

155. Kwan, T., Liu, J., Dubow, M., Gros, P., Pelletier, J., 2006. Comparative genomic analysis of 18 Pseudomonas aeruginosa bacteriophages. Journal of bacteriology 188, 1184-1187.

156. Maniloff, J., Ackermann, H.W., 1998. Taxonomy of bacterial viruses: establishment of tailed virus genera and the order Caudovirales. Archives of virology 143, 2051-2063. Mann, N.H., 2005. The third age of phage. PLoS Biol 3, el82.

157. Marcinka, K., 1972. Application of permeation chromatography on controlled-pore glass in the purification of plant viruses. Acta virologica 16, 53-62.

158. Marco, S., Urena, D., Carrascosa, J.L., Waldmann, T., Peters, J., Hegerl, R., Pfeifer, G., Sackkongehl, H., Baumeister, W., 1994. The Molecular Chaperone Tf55 Assessment of Symmetry. Febs Letters 341, 152155.

159. McLennan, N., Masters, M., 1998. GroE is vital for cell-wall synthesis. Nature 392, 139-139. McNeill, G.P., Donnelly, W.J., 1987. Optimization of porous glass chromatography for size-fractionation of bovine casein micelles. J Dairy Res 54, 19-28.

160. McRee, D.E., 2004. Differential evolution for protein crystallographic optimizations. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 60, 2276-2279.

161. Merril, C.R., Scholl, D., Adhya, S.L., 2003. The prospect for bacteriophage therapy in Western medicine. Nat Rev Drug Discov 2, 489-497.

162. Mesyanzhinov, V.V., 2004. Bacteriophage T4: structure, assembly, and initiation infection studied in three dimensions. Adv Virus Res 63, 287-352.

163. Mesyanzhinov, V.V., Robben, J., Grymonprez, B., Kostyuchenko, V.A., Bourkaltseva, M.V., Sykilinda, N.N., Krylov, V.N., Volckaert, G., 2002. The genome of bacteriophage phiKZ of Pseudomonas aeruginosa. Journal of molecular biology 317, 1-19.

164. Meyer, J.M., 2000. Pyoverdines: pigments, siderophores and potential taxonomic markers of fluorescent Pseudomonas species. Archives of microbiology 174, 135-142.

165. Miller, E.S., Kutter, E., Mosig, G., Arisaka, F., Kunisawa, T., Ruger, W., 2003. Bacteriophage T4 genome. Microbiol Mol Biol Rev 67, 86-156, table of contents.

166. Mindell, J. A., Grigorieff, N., 2003. Accurate determination of local defocus and specimen tilt in electron microscopy. J Struct Biol 142, 334-347.

167. Mindich, L., 1988. Bacteriophage phi 6: a unique virus having a lipid-containing membrane and a genome composed of three dsRNA segments. Adv Virus Res 35, 137-176.

168. Miroshnikov, K.A., Faizullina, N.M., Sykilinda, N.N., Mesyanzhinov, V.V., 2006. Properties of the endolytic transglycosylase encoded by gene 144 of Pseudomonas aeruginosa bacteriophage phiKZ. Biochemistry (Mosc) 71, 300-305.

169. Moak, M., Molineux, I.J., 2004. Peptidoglycan hydrolytic activities associated with bacteriophage virions. Molecular microbiology 51, 1169-1183.

170. Molineux, I. J., 2001. No syringes please, ejection of phage T7 DNA from the virion is enzyme driven. Molecular microbiology 40, 1-8.

171. Moran, N.A., 2002. Microbial minimalism: genome reduction in bacterial pathogens. Cell 108, 583-586.

172. Moreira, D., Lopez-Garcia, P., 2009. Ten reasons to exclude viruses from the tree of life. Nat Rev Microbiol 7, 306-311.

173. Morello, E., Saussereau, E., Maura, D., Huerre, M., Touqui, L., Debarbieux, L., 2011. Pulmonary bacteriophage therapy on Pseudomonas aeruginosa cystic fibrosis strains: first steps towards treatment and prevention. PloS one 6, el6963.

174. Morett, E., Segovia, L., 1993. The sigma 54 bacterial enhancer-binding protein family: mechanism of action and phylogenetic relationship of their functional domains. Journal of bacteriology 175, 6067-6074.

175. Morgan, G.J., Hatfull, G.F., Casjens, S., Hendrix, R.W., 2002. Bacteriophage Mu genome sequence: analysis and comparison with Mu-like prophages in Haemophilus, Neisseria and Deinoeoecus. Journal of molecular biology 317, 337-359.

176. Morita, M., Tanji, Y., Orito, Y., Mizoguchi, K., Soejima, A., Unno, H., 2001. Functional analysis of antibacterial activity of Bacillus amyloliquefaciens phage endolysin against Gram-negative bacteria. FEBS letters 500, 56-59.

177. Morozova, O., Marra, M.A., 2008. Applications of next-generation sequencing technologies in functional genomics. Genomics 92, 255-264.

178. Morris, P., Marinelli, L.J., Jacobs-Sera, D., Hendrix, R.W., Hatfull, G.F., 2008. Genomic characterization of mycobacteriophage Giles: evidence for phage acquisition of host DNA by illegitimate recombination. Journal of bacteriology 190, 2172-2182.

179. Muller, C., Plesiat, P., Jeannot, K., 2011. A two-component regulatory system interconnects resistance to polymyxins, aminoglycosides, fluoroquinolones, and beta-lactams in Pseudomonas aeruginosa. Antimicrobial agents and chemotherapy 55, 1211-1221.

180. Murshudov, G.N., Vagin, A.A., Dodson, E.J., 1997. Refinement of macromolecular structures by the maximum-likelihood method. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 53, 240-255.

181. Navarre, W.W., Schneewind, O., 1999. Surface proteins of gram-positive bacteria and mechanisms of their targeting to the cell wall envelope. Microbiol Mol Biol Rev 63, 174-229.

182. Nekrasov, A.N., 2004. Analysis of the information structure of protein sequences: a new method for analyzing the domain organization of proteins. J Biomol Struct Dyn 21, 615-624.

183. Newton, G.J., Daniels, C., Burrows, L.L., Kropinski, A.M., Clarke, A.J., Lam, J.S., 2001. Three-component-mediated serotype conversion in Pseudomonas aeruginosa by bacteriophage D3. Molecular microbiology 39, 1237-1247.

184. Nielsen, K.L., Cowan, N.J., 1998. A single ring is sufficient for productive chaperonin-mediated folding in vivo. Mol Cell 2, 93-99.

185. Nielsen, K.L., McLennan, N., Masters, M., Cowan, N.J., 1999. A single-ring mitochondrial chaperonin (Hsp60-Hspl0) can substitute for GroEL-GroES in vivo. J Bacterid 181, 5871-5875.

186. Nonet, M., Sweetser, D., Young, R.A., 1987. Functional redundancy and structural polymorphism in the large subunit of RNA polymerase II. Cell 50, 909-915.

187. Olsthoorn, R.C., Garde, G., Dayhuff, T., Atkins, J.F., Van Duin, J., 1995. Nucleotide sequence of a single-stranded RNA phage from Pseudomonas aeruginosa: kinship to coliphages and conservation of regulatory RNA structures. Virology 206, 611-625.

188. Oren, A., Bratbak, G., Heldal, M., 1997. Occurrence of virus-like particles in the Dead Sea. Extremophiles 1, 143-149.

189. Pajunen, M.I., Elizondo, M.R., Skurnik, M., Kieleczawa, J., Molineux, I.J., 2002. Complete nucleotide sequence and likely recombinatorial origin of bacteriophage T3. Journal of molecular biology 319, 11151132.

190. Pal, C., Macia, M.D., Oliver, A., Schachar, I., Buckling, A., 2007. Coevolution with viruses drives the evolution of bacterial mutation rates. Nature 450, 1079-1081.

191. Parisien, A., Allain, B., Zhang, J., Mandeville, R., Lan, C.Q., 2008. Novel alternatives to antibiotics: bacteriophages, bacterial cell wall hydrolases, and antimicrobial peptides. Journal of applied microbiology 104, 1-13.

192. Park, S.C., Shimamura, I., Fukunaga, M., Mori, K.I., Nakai, T., 2000. Isolation of bacteriophages specific to a fish pathogen, Pseudomonas plecoglossicida, as a candidate for disease control. Applied and environmental microbiology 66, 1416-1422.

193. Paul, J.H., Sullivan, M.B., 2005. Marine phage genomics: what have we learned? Current opinion in biotechnology 16, 299-307.

194. Paul, J.H., Sullivan, M.B., Segall, A.M., Rohwer, F., 2002. Marine phage genomics. Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology 133, 463-476.

195. Payne, R.J., Jansen, V.A., 2003. Pharmacokinetic principles of bacteriophage therapy. Clin Pharmacokinet 42, 315-325.

196. Phipps, B.M., Hoffmann, A., Stetter, K.O., Baumeister, W., 1991. A Novel Atpase Complex Selectively Accumulated Upon Heat-Shock Is a Major Cellular-Component of Thermophilic Archaebacteria. Embo Journal 10, 1711-1722.

197. Pirnay, J.P., Bilocq, F., Pot, B., Cornelis, P., Zizi, M., Van Eldere, J., Deschaght, P., Vaneechoutte, M., Jennes, S., Pitt, T., De Vos, D., 2009. Pseudomonas aeruginosa population structure revisited. PloS one 4, e7740.

198. Pirnay, J.P., Matthijs, S., Colak, H., Chablain, P., Bilocq, F., Van Eldere, J., De Vos, D., Zizi, M., Triest, L., Cornelis, P., 2005. Global Pseudomonas aeruginosa biodiversity as reflected in a Belgian river. Environmental microbiology 7, 969-980.

199. Poglazov, B.F., Efimov, A.V., Marco, S., Carrascosa, J., Kuznetsova, T.A., Aijrich, L.G., Kurochkina, L.P., Mesyanzhinov, V.V., 1999. Polymerization of bacteriophage T4 tail sheath protein mutants truncated at the C-termini. J Struct Biol 127, 224-230.

200. Portelli, R., Dodd, I.B., Xue, Q., Egan, J.B., 1998. The late-expressed region of the temperate coliphage 186 genome. Virology 248, 117-130.

201. Projan, S.J., Shlaes, D.M., 2004. Antibacterial drug discovery: is it all downhill from here? Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases 10 Suppl 4, 18-22.

202. Provencher, S.W., Glockner, J., 1981. Estimation of globular protein secondary structure from circular dichroism. Biochemistry 20, 33-37.

203. Qiao, X., Sun, Y., Qiao, J., Di Sanzo, F., Mindich, L., 2010. Characterization of Phi2954, a newly isolated bacteriophage containing three dsRNA genomic segments. BMC microbiology 10, 55.

204. Ranea, J.A., Sillero, A., Thornton, J.M., Orengo, C.A., 2006. Protein superfamily evolution and the last universal common ancestor (LUCA). J Mol Evol 63, 513-525.

205. Raoult, D., Forterre, P., 2008. Redefining viruses: lessons from Mimivirus. Nat Rev Microbiol 6, 315319.

206. Reese, M.G., 2001. Application of a time-delay neural network to promoter annotation in the Drosophila melanogaster genome. Comput Chem 26, 51-56.

207. Richardson, A., Georgopoulos, C., 1999. Genetic analysis of the bacteriophage T4-encoded cochaperonin Gp31. Genetics 152, 1449-1457.

208. Richardson, A., van der Vies, S.M., Keppel, F., Taher, A., Landry, S.J., Georgopoulos, C., 1999. Compensatory changes in GroEL/Gp31 affinity as a mechanism for Allele-specific genetic interaction. Journal of Biological Chemistry 274, 52-58.

209. Rohwer, F., Edwards, R., 2002. The Phage Proteomic Tree: a genome-based taxonomy for phage. Journal of bacteriology 184, 4529-4535.

210. Rohwer, F., Thurber, R.V., 2009. Viruses manipulate the marine environment. Nature 459, 207-212.

211. Roncero, C., Darzins, A., Casadaban, M.J., 1990. Pseudomonas aeruginosa transposable bacteriophages D3112 and B3 require pili and surface growth for adsorption. Journal of bacteriology 172, 1899-1904.

212. Rosario, K., Nilsson, C., Lim, Y.W., Ruan, Y., Breitbart, M., 2009. Metagenomic analysis of viruses in reclaimed water. Environmental microbiology 11, 2806-2820.

213. Roseman, A.M., Chen, S.X., White, H., Braig, K., Saibil, H.R., 1996. The chaperonin ATPase cycle: Mechanism of allosteric switching and movements of substrate-binding domains in GroEL. Cell 87, 241251.

214. Roucourt, B., Chibeu, A., Lecoutere, E., Lavigne, R., Volckaert, G., Hertveldt, K., 2007. Homotypic interactions among bacteriophage phiKMV early proteins. Archives of virology 152, 1467-1475.

215. Salmon, K.A., Freedman, O., Ritchings, B.W., DuBow, M.S., 2000. Characterization of the lysogenic repressor (c) gene of the Pseudomonas aeruginosa transposable bacteriophage D3112. Virology 272, 8597.

216. Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., 1989. Molecular Cloning. A Laboratory manual. 2nd edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

217. Sanner, M., Olsen, A., Spehner, J.-C., 1995. Fast and Robust Computation of Molecular Surfaces, Proceedings of the 11th ACM Symposium on Computational Geometry. ACM, New York, pp. C6-C7.

218. Sano, E., Carlson, S., Wegley, L., Rohwer, F., 2004. Movement of viruses between biomes. Applied and environmental microbiology 70, 5842-5846.

219. Schellenberger, U., Livi, L.L., Santi, D.V., 1995. Cloning, expression, purification, and characterization of 2'-deoxyuridylate hydroxymethylase from phage SPOl. Protein Expr Purif 6, 423-430.

220. Scheurwater, E., Reid, C.W., Clarke, A.J., 2008. Lytic transglycosylases: bacterial space-making autolysins. The international journal of biochemistry & cell biology 40, 586-591.

221. Schoehn, G., Hayes, M., Cliff, M., Clarke, A.R., Saibil, H.R., 2000. Domain rotations between open, closed and bullet-shaped forms of the thermosome, an archaeal chaperonin. J Mol Biol 301, 323-332.

222. Scholl, D., Merril, C., 2005. The genome of bacteriophage K1F, a T7-like phage that has acquired the ability to replicate on K1 strains of Escherichia coli. Journal of bacteriology 187, 8499-8503.

223. Schuch, R., Nelson, D., Fischetti, V.A., 2002. A bacteriolytic agent that detects and kills Bacillus anthracis. Nature 418, 884-889.

224. Schweizer, H.P., Chuanchuen, R., 2001. Small broad-host-range lacZ operon fusion vector with low background activity. Biotechniques 31, 1258, 1260, 1262.

225. Serwer, P., Hayes, S.J., Zaman, S., Lieman, K., Rolando, M., Hardies, S.C., 2004. Improved isolation of undersampled bacteriophages: finding of distant terminase genes. Virology 329, 412-424.

226. Sharma, R., Zeller, M., Pavlovic, V.I., Huang, T.S., Lo, Z., Chu, S., Zhao, Y., Phillips, J.C., Schulten, K., 2000. Speech/Gesture Interface to a Visual-Computing Environment. 20, 29-37.

227. Sharp, R., Jansons, I.S., Gertman, E., Kropinski, A.M., 1996. Genetic and sequence analysis of the cos region of the temperate Pseudomonas aeruginosa bacteriophage, D3. Gene 177, 47-53.

228. Sheehan, M.M., Garcia, J.L., Lopez, R., Garcia, P., 1997. The lytic enzyme of the pneumococcal phage Dp-1: a chimeric lysin of intergeneric origin. Molecular microbiology 25, 717-725.

229. Shevchenko, A., Loboda, A., Ens, W., Schraven, B., Standing, K.G., 2001. Archived polyacrylamide gels as a resource for proteome characterization by mass spectrometry. Electrophoresis 22, 1194-1203.

230. Sigler, P.B., Xu, Z.H., Rye, H.S., Burston, S.G., Fenton, W.A., Horwich, A.L., 1998. Structure and function in GroEL-mediated protein folding. Annual Review of Biochemistry 67, 581-608.

231. Sillankorva, S., Oliveira, R., Vieira, M.J., Sutherland, I., Azeredo, J., 2004. Pseudomonas fluorescent infection by bacteriophage PhiSl: the influence of temperature, host growth phase and media. FEMS microbiology letters 241, 13-20.

232. Simpson, A.A., Tao, Y., Leiman, P.G., Badasso, M.O., He, Y., Jardine, P.J., Olson, N.H., Moráis, M.C., Grimes, S., Anderson, D.L., Baker, T.S., Rossmann, M.G., 2000. Structure of the bacteriophage phi29 DNA packaging motor. Nature 408, 745-750.

233. Skurnik, M., Pajunen, M., Kiljunen, S., 2007. Biotechnological challenges of phage therapy. Biotechnology letters 29, 995-1003.

234. Smrekar, F., Ciringer, M., Strancar, A., Podgornik, A., 2011. Characterisation of methacrylate monoliths for bacteriophage purification. J Chromatogr A 1218, 2438-2444.

235. Soothill, J.S., 1992. Treatment of experimental infections of mice with bacteriophages. Journal of medical microbiology 37, 258-261.

236. Soothill, J.S., 1994. Bacteriophage prevents destruction of skin grafts by Pseudomonas aeruginosa. Burns 20, 209-211.

237. Sorin, E.J., Pande, V.S., 2005. Exploring the Helix-Coil Transition via All-Atom Equilibrium Ensemble Simulations. Biophysical journal 88, 2472-2493.

238. Souli, M., Galani, I., Giamarellou, H., 2008. Emergence of extensively drug-resistant and pandrug-resistant Gram-negative bacilli in Europe. Euro Surveill 13.

239. Sreerama, N., Woody, R.W., 1993. A self-consistent method for the analysis of protein secondary structure from circular dichroism. Analytical biochemistry 209, 32-44.

240. Srinivasiah, S., Bhavsar, J., Thapar, K., Liles, M., Schoenfeld, T., Wommack, K.E., 2008. Phages across the biosphere: contrasts of viruses in soil and aquatic environments. Research in microbiology 159, 349357.

241. Stone, J., 1998. \em An Efficient Library for Parallel Ray Tracing and Animation. Computer Science Department, University of Missouri-Rolla.

242. Stone, R., 2002. Bacteriophage therapy. Stalin's forgotten cure. Science 298, 728-731.

243. Sullivan, M.B., Coleman, M.L., Quinlivan, V., Rosenkrantz, J.E., Defrancesco, A.S., Tan, G., Fu, R., Lee, J.A., Waterbury, J.B., Bielawski, J.P., Chisholm, S.W., 2008. Portal protein diversity and phage ecology. Environmental microbiology 10, 2810-2823.

244. Sullivan, M.B., Lindell, D., Lee, J.A., Thompson, L.R., Bielawski, J.P., Chisholm, S.W., 2006. Prevalence and evolution of core photosystem II genes in marine cyanobacterial viruses and their hosts. PLoS Biol 4, e234.

245. Summers, W.C., 2001. Bacteriophage therapy. Annu Rev Microbiol 55, 437-451.

246. Sun, Z., Scott, D.J., Lund, P.A., 2003. Isolation and characterisation of mutants of GroEL that are fully functional as single rings. Journal of molecular biology 332, 715-728.

247. Suttle, C.A., 2005. Viruses in the sea. Nature 437, 356-361.

248. Suttle, C.A., 2007. Marine viruses—major players in the global ecosystem. Nat Rev Microbiol 5, 801-812.

249. Suzuki, H., Suzuki, K., Inoue, A., Ojima, T., 2006. A novel oligoalginate lyase from abalone, Haliotis discus hannai, that releases disaccharide from alginate polymer in an exolytic manner. Carbohydr Res 341, 1809-1819.

250. Sycheva, L.V., Shneider, M.M., Sykilinda, N.N., Ivanova, M.A., Miroshnikov, K.A., Leiman, P.G., 2012. Crystal structure and location of gpl31 in the bacteriophage phiKZ virion. Virology 434, 257-264.

251. Tang, L., Marion, W.R., Cingolani, G., Prevelige, P.E., Johnson, J.E., 2005. Three-dimensional structure of the bacteriophage P22 tail machine. The EMBO journal 24, 2087-2095.

252. Tenover, F.C., 2006. Mechanisms of antimicrobial resistance in bacteria. Am J Med 119, S3-10; discussion S62-70.

253. Terwilliger, T.C., 2000. Maximum-likelihood density modification. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56, 965-972.

254. Terwilliger, T.C., Berendzen, J., 1999. Automated MAD and MIR structure solution. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 55, 849-861.

255. Tetart, F., Repoila, F., Monod, C., Krisch, H.M., 1996. Bacteriophage T4 host range is expanded by duplications of a small domain of the tail fiber adhesin. Journal of molecular biology 258, 726-731.

256. Thiel, K., 2004. Old dogma, new tricks~21st Century phage therapy. Nat Biotechnol 22, 31-36.

257. Thomas, J.A., Weintraub, S.T., Hakala, K., Serwer, P., Hardies, S.C., 2010. Proteome of the large Pseudomonas myovirus 201 phi 2-1: delineation of proteolytically processed virion proteins. Mol Cell Proteomics 9, 940-951.

258. Thomas, J.A., Weintraub, S.T., Wu, W„ Winkler, D.C., Cheng, N. Steven, A.C., Black, L.W., 2012. Extensive proteolysis of head and inner body proteins by a morphogenetic protease in the giant Pseudomonas aeruginosa phage phiKZ. Molecular microbiology.

259. Thomas, P.D., Mi, H., Lewis, S., 2007. Ontology annotation: mapping genomic regions to biological function. Current opinion in chemical biology 11,4-11.

260. Tilly, K., Murialdo, H., Georgopoulos, C., 1981. Identification of a second Escherichia coli groE gene whose product is necessary for bacteriophage morphogenesis. Proc Natl Acad Sci U S A 78, 1629-1633.

261. Tipton, K.F., 1994. Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Enzyme nomenclature. Recommendations 1992. Supplement: corrections and additions. European journal of biochemistry / FEBS 223, 1-5.

262. Torrella, F., Morita, R.Y., 1979. Evidence by electron micrographs for a high incidence of bacteriophage particles in the waters of Yaquina Bay, oregon: ecological and taxonomical implications. Applied and environmental microbiology 37, 774-778.

263. Trent, J.D., Nimmesgern, E., Wall, J.S., Hartl, F.U., Horwich, A.L., 1991. A Molecular Chaperone from a Thermophilic Archaebacterium Is Related to the Eukaryotic Protein T-Complex Polypeptide-1. Nature 354,490-493.

264. Trilisky, E.I., Lenhoff, A.M., 2007. Sorption processes in ion-exchange chromatography of viruses. J Chromatogr A 1142, 2-12.

265. Tung, W.L., Chow, K.C., 1995. A modified medium for efficient electrotransformation of E. coli. Trends Genet 11, 128-129.

266. Uchiyama, J., Rashel, M., Matsumoto, T., Sumiyama, Y., Wakiguchi, H., Matsuzaki, S., 2009. Characteristics of a novel Pseudomonas aeruginosa bacteriophage, PAJU2, which is genetically related to bacteriophage D3. Virus research 139, 131-134.

267. Valpuesta, J.M., Sousa, N., Barthelemy, I., Fernandez, J.J., Fujisawa, H., Ibarra, B., Carrascosa, J.L., 2000. Structural analysis of the bacteriophage T3 head-to-tail connector. J Struct Biol 131, 146-155.

268. Van Delden, C., Iglewski, B.H., 1998. Cell-to-cell signaling and Pseudomonas aeruginosa infections. Emerg Infect Dis 4, 551-560.

269. Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A.E., Berendsen, H.J.C., 2005. GROMACS: Fast, flexible, and free. Journal of Computational Chemistry 26, 1701-1718.

270. Varshney, A., Brooks, F.P., Wright, W.V., 1994. Linearly Scalable Computation of Smooth Molecular Surfaces. IEEE Computer Graphics and Applications 14, 19-25.

271. Venyaminov, S., Baikalov, I.A., Shen, Z.M., Wu, C.S., Yang, J.T., 1993. Circular dichroic analysis of denatured proteins: inclusion of denatured proteins in the reference set. Analytical biochemistry 214, 1724.

272. Vitiello, C.L., Merril, C.R., Adhya, S., 2005. An amino acid substitution in a capsid protein enhances phage survival in mouse circulatory system more than a 1000-fold. Virus research 114, 101-103.

273. Waldor, M.K., Mekalanos, J.J., 1996. Lysogenic conversion by a filamentous phage encoding cholera toxin. Science 272, 1910-1914.

274. Wang, P.W., Chu, L., Guttman, D.S., 2004. Complete sequence and evolutionary genomic analysis of the Pseudomonas aeruginosa transposable bacteriophage D3112. Journal of bacteriology 186, 400-410.

275. Weigel, C., Seitz, H., 2006. Bacteriophage replication modules. FEMS Microbiol Rev 30, 321-381.

276. Wikoff, W.R., Liljas, L., Duda, R.L., Tsuruta, H., Hendrix, R.W., Johnson, J.E., 2000. Topologically linked protein rings in the bacteriophage HK97 capsid. Science 289, 2129-2133.

277. Williamson, K.E., Wommack, K.E., Radosevich, M., 2003. Sampling natural viral communities from soil for culture-independent analyses. Applied and environmental microbiology 69, 6628-6633.

278. Williamson, S.J., Cary, S.C., Williamson, K.E., Helton, R.R., Bench, S.R., Winget, D., Wommack, K.E., 2008. Lysogenic virus-host interactions predominate at deep-sea diffuse-flow hydrothermal vents. The ISME journal 2, 1112-1121.

279. Wommack, K.E., Colwell, R.R., 2000. Virioplankton: viruses in aquatic ecosystems. Microbiol Mol Biol Rev 64, 69-114.

280. Wong, P., Houry, W.A., 2004. Chaperone networks in bacteria: analysis of protein homeostasis in minimal cells. J Struct Biol 146, 79-89.

281. Wu, W., Thomas, J.A., Cheng, N., Black, L.W., Steven, A.C., 2012. Bubblegrams reveal the inner body of bacteriophage phiKZ. Science 335, 182.

282. Xie, W.Q., Jager, K., Potts, M., 1989. Cyanobacterial RNA polymerase genes rpoCl and rpoC2 correspond to rpoC of Escherichia coli. Journal of bacteriology 171, 1967-1973.

283. Xu, M., Struck, D.K., Deaton, J., Wang, I.N., Young, R., 2004. A signal-arrest-release sequence mediates export and control of the phage PI endolysin. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 101, 6415-6420.

284. Xu, Z., Sigler, P.B., 1998. GroEL/GroES: structure and function of a two-stroke folding machine. J Struct Biol 124, 129-141.

285. Xu, Z.H., Horwich, A.L., Sigler, P.B., 1997. The crystal structure of the asymmetric GroEL-GroES-(ADP)(7) chaperonin complex. Nature 388, 741-750.

286. Yaffe, M.B., Farr, G.W., Miklos, D., Horwich, A.L., Sternlicht, M.L., Sternlicht, H., 1992. Tcpl Complex Is a Molecular Chaperone in Tubulin Biogenesis. Nature 358, 245-248.

287. Yokota, S., Hayashi, T., Matsumoto, H., 1994. Identification of the lipopolysaccharide core region as the receptor site for a cytotoxin-converting phage, phi CTX, of Pseudomonas aeruginosa. Journal of bacteriology 176, 5262-5269.

288. Young, I., Wang, I., Roof, W.D., 2000. Phages will out: strategies of host cell lysis. Trends Microbiol 8, 120-128.

289. Zaychikov, E., Martin, E., Denissova, L., Kozlov, M., Markovtsov, V., Kashlev, M., Heumann, H., Nikiforov, V., Goldfarb, A., Mustaev, A., 1996. Mapping of catalytic residues in the RNA polymerase active center. Science 273, 107-109.

290. Zegans, M.E., Wagner, J.C., Cady, K.C., Murphy, D.M., Hammond, J.H., O'Toole, G.A., 2009. Interaction between bacteriophage DMS3 and host CRISPR region inhibits group behaviors of Pseudomonas aeruginosa. Journal of bacteriology 191, 210-219.

291. Zhang, J.J., Baker, M.L., Schroder, G.F., Douglas, N.R., Reissmann, S., Jakana, J., Dougherty, M., Fu, C.J., Levitt, M., Ludtke, S.J., Frydman, J., Chiu, W., 2010. Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin. Nature 463, 379-U130.

292. Zweig, M., Cummings, D.J., 1973. Cleavage of Head and Tail Proteins during Bacteriophage T5 Assembly Selective Host Involvement in Cleavage of a Tail Protein. J Mol Biol 80, 505-&.

293. Ахвердян, В.З., Хренова, Е.А., Богуш, В.Г., Герасимова, Т.В., Кирсанов, Н.Б., 1984. Широкая распространенность транспозонных фагов в природных популяциях Pseudomonas aeruginosa. Генетика 20, 1612-1619.

294. Балаян, М.С., Беспалова, Г.И., Бреслер, С.Е., Катушкина, Н.В., Колико, В.М., 1971. Использование сорбционных свойств широкопористого стекла для хроматографической очистки вируса полиомиелита Вопр. Вирусол. 16, 478-481.

295. Беспалова, Г.И., Бреслер, С.Е., Катушкина, Н.В., Коликов, В.М., 1971. Простой метод очистки бактериофага лямбда на широкопористом стекле. Вопр. Вирусол. 16, 112-116.

296. Буркальцева, М.В., Плетенева, Е.А., Шабурова, О.В., Кадыков, В.А., Крылов, В.Н., 2006. Консерватизм геномов phiKMV-подобных бактериофагов (супергруппа Т7), активных против Pseudomonas aeruginosa. Генетика 42, 33-38.

297. Крылов, В.Н., 2001. Фаготерапия в контексте генетики бактериофагов: Надежды, перспективы, ограничения, безопасность, Генетика, pp. 869-887.

298. Крылов, В.Н., Буркальцева, М.В., Сыкилинда, H.H., Плетенева, Е.А., Шабурова, О.В., Кадыков, В.А., Миллер, С., Библ, М., 2004. Сравнение геномов новых гигантских фагов Pseudomonas aeruginosa из природных популяций разных регионов. Genetika 40, 462-468.

299. Крылов, В.Н., Жазыков, И.Ж., 1978. Бактериофаг фКЕ Pseudomonas aeruginosa возможная модель для изучения генетического контроля морфогенеза. Генетика 14, 678-685.

300. Мирошников, К.А., Сернова, Н.В., Шнейдер, М.М., Месянжинов, В.В., 2000. Трансформация фрагмента бета-структурного адгезина бактериофага Т4 в стабильный альфа-спиральный тример. . Биохимия 65, 1346-1351.

301. Плетенева, Е.А., Буркальцева, М.В., Шабурова, О.В., Крылов, C.B., Печникова, Е.В., Соколова, О.С., Крылов, В.Н., 2011. Бактериофаг TL Pseudomonas aeruginosa и его применение для поиска бактериофагов, образующих ореолы. Генетика 47, 5-9.