Генетическое разнообразие пород овец, разводимых в России, на основе исследования полных митохондриальных геномов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Кошкина Ольга Андреевна

• Кошкина Ольга Андреевна
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Кошкина Ольга Андреевна

1 ВВЕДЕНИЕ

2 ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

2.1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1.1 Современное состояние овцеводства в Российской 17 Федерации

2.1.2 Молекулярно-генетические маркеры в селекции 23 сельскохозяйственных животных

2.1.2.1 Микросателлиты (STR)

2.1.2.2 Однонуклеотидные полиморфизмы ядерной 27 ДНК

2.1.2.3 Полиморфизм митохондриальной ДНК

2.1.2.4 Вариации числа копий (СКУ)

2.1.3 Применение молекулярно-генетических маркеров в 32 отечественном овцеводстве

2.1.3.1 Исследования однонуклеотидных полиморфизмов 33 (БМР) овец методом ПЦР - ПДРФ

2.1.3.2 Исследования полиморфизма микросателлитных 34 локусов (STR) в овцеводстве

2.1.3.3 Изучение однонуклеотидных полиморфизмов 36 овец с использованием готовых панелей - ДНК-чипов

2.1.3.4 Изучение вариации числа копий (СКУ) в геномах овец

2.1.3.5 Исследование полиморфизма митохондриальной ДНК 40 (mtDNA) в овцеводстве

2.1.4 Митохондриальная ДНК овец

2.1.4.1 Строение митохондриальной ДНК овец

2.1.4.2 Методы исследования митохондриальной ДНК

2.1.5 Исследования митохондриальной ДНК мировых

пород овец

2.2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.2.1 Материалы исследования

2.2.2 Методы исследования

2.3 РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.3.1 Разработка универсальной тест-системы для 67 амплификации полных митохондриальных геномов домашних овец (Ovis апвя)

2.3.2 Характеристика аллелофонда пород овец, разводимых 70 в России, на основе анализа полиморфизма полных последовательностей мтДНК

2.3.2.1 Характеристика генетического разнообразия полных 70 митохондриальных геномов изучаемых групп (по типу шерсти) овец

2.3.2.2 Полиморфизм контрольного региона 77 митохондриальной ДНК у пород овец, разводимых в России

2.3.2.3 Полиморфизм гена Су1Е митохондриальной ДНК у 78 исследуемых групп овец

2.3.3 Изучение аллелофонда пород овец иностранного 84 происхождения, обитающих на территории стран СНГ

2.3.3.1 Характеристика генетического разнообразия пород 84 овец иностранного происхождения, основанная на анализе полиморфизма полных митохондриальных геномов

2.3.3.2 Изменчивость нуклеотидной последовательности Э- 87 петли и гена Су1Е у пород овец иностранного происхождения

2.3.4 Сравнительный анализ генетического разнообразия 88 пород овец, разводимых в России и странах СНГ

2.3.4.1 Характеристика генетического разнообразия полных 88 митохондриальных геномов региональных популяций

овец, разводимых в России, в сравнении с породами овец иностранного происхождения

2.3.4.2 Исследование полиморфизма фрагмента Э-петли 97 мтДНК у пород овец, разводимых в России, и пород иностранного происхождения

2.3.4.3 Полиморфизм гена CytB митохондриальной ДНК 99 пород овец, разводимых в России, в сравнении с породами овец иностранного происхождения

2.3.4.4 Характеристика гаплотипической изменчивости и 104 гаплогрупповой принадлежности пород овец, разводимых в России в сравнении с породами овец иностранного происхождения, основанная на анализе

нуклеотидных последовательностей полных митохондриальных геномов 2.3.4.5 Оценка генетических связей между изучаемыми

региональными популяциями овец 2.3.5 Идентификация признаков отбора в

митохондриальном геноме высокогорных пород овец 3 ЗАКЛЮЧЕНИЕ

3.1 ВЫВОДЫ

3.2 ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

3.3 ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ 116 ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ

ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

ПРИЛОЖЕНИЕ 1. Распределение вариабельных

сайтов последовательности Э-петли мтДНК овец в

идентифицированных гаплотипах у пород овец, разводимых в России

ПРИЛОЖЕНИЕ 2. Распределение вариабельных

сайтов последовательности митохондриального гена Су1Е овец в идентифицированных гаплотипах у пород овец, разводимых в России

ПРИЛОЖЕНИЕ 3. Распределение вариабельных

сайтов последовательности контрольного региона D-петли овец в идентифицированных гаплотипах у пород овец иностранного происхождения ПРИЛОЖЕНИЕ 4. Распределение вариабельных

сайтов последовательности митохондриального гена Су1Е овец в идентифицированных гаплотипах у пород овец иностранного происхождения

ПРИЛОЖЕНИЕ 5. Распределение вариабельных

сайтов последовательности контрольного региона D-петли овец в идентифицированных гаплотипах у региональных популяций овец (экогрупп) ПРИЛОЖЕНИЕ 6. Распределение вариабельных

сайтов последовательности митохондриального гена Су1Е овец в идентифицированных гаплотипах у пород овец, разводимых в России и странах СНГ ПРИЛОЖЕНИЕ 7. Анализ сходства

последовательностей идентифицированных гаплотипов полных митохондриальных геномов в популяциях овец, разводимых в России и странах СНГ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетическое разнообразие пород овец, разводимых в России, на основе исследования полных митохондриальных геномов»

1 ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования. Овцы были одомашнены почти 9000 лет назад [Chessa B. et al, 2009], и с тех пор стали важным сельскохозяйственным животным. Фенотипическая и генетическая изменчивость, существующая между породами овец, обусловлена адаптацией животных и искусственным отбором, направленным на увеличение производства животноводческой продукции (мясо, шерсть и молоко) [Diamond J. et al, 2002]. В последнее время высокопроизводительные платформы параллельного генотипирования множественных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) ядерной ДНК перевели популяционно- генетические исследования на новый уровень, что улучшило наше понимание генетических механизмов, лежащих в основе формирования сложных экономически-значимых и адаптивных признаков у сельскохозяйственных животных [Goddard M. E. et al, 2002; Wang G. D. et al, 2014]. В частности, сгенерированные полногеномные данные позволили проводить более комплексную оценку генетического разнообразия и показателей отбора, а также значительно улучшило понимание истории происхождения пород и популяций животных, и других особенностей в местных и мировых популяциях овец [Wei C. et al, 2015; Wang H. et al, 2015; Fariello M. I. et al, 2014].

С другой стороны, знание о строении генома и его эволюции все еще ограничены ядерными SNP, которые, хотя и широко используются в исследованиях генома сельскохозяйственных животных, являются всего лишь одним типом общих геномных вариаций. На сегодняшний день одним из эффективных подходов оценки генетического разнообразия также является исследование полиморфизма (SNP) митохондриальной ДНК (мтДНК), которая демонстрирует высокий уровень полиморфизма и характеризуется отсутствием рекомбинации, что позволяет исследовать генетические связи между породами и отслеживать как древние, так и относительно недавние эволюционные события [Сулимова Г.Е. и др., 2008].

МтДНК представляет собой кольцевую молекулу ДНК, находящуюся в митохондриях [Rizzi E. et al., 2012]. В сравнении с ядерной ДНК, насчитывающей

у овец более 3 миллиардов п.о., мтДНК имеет размер около 16,6 тысяч п.о. и функционально делится на регуляторный, некодирующий и кодирующий регионы. Кодирующий регион содержит информацию о последовательности тридцати семи генов: 22-х т-РНК, 2-х р-РНК и 13-ти генах продукции внутриклеточной энергии [Fu D. et al, 2019]. Некодирующий регион (D-петля) является наиболее вариабельным участком, содержащим основные промоторы транскрипции и регулирующие репликацию последовательности [Ohtake A. et al, 2014].

Последние достижения в области генетики и использование мтДНК для характеристики генетического разнообразия овец позволяют более глубоко изучать происхождение групп домашних овец и их глобальные миграции, опосредованные человеком [Olivieri C. et al, 2012]. Исследования генетического полиморфизма нуклеотидной последовательности контрольного фрагмента и гена цитохрома в (CytB) мтДНК современных овец из широкого географического диапазона, описывают пять различных гаплогрупп (A, B, C, D и E) [Meadows J.R. et al, 2007], отражающих аспекты происхождения групп и популяций овец.

Например, секвенирование полного митохондриального генома или его фрагментов позволили оценить время расхождения между домашними и дикими овцами, а также между пятью основными материнскими линиями вида Ovis aries [Meadows J.R. et al, 2011, Chen S.Y. et al, 2006]. До сих пор большинство исследований мтДНК овец были сосредоточены только на анализе полиморфизма в одном или двух сегментах в гене CytB и контрольной области (включая гипервариабельную область) [Pedrosa S. et al, 2005]. Тем не менее, высокий уровень повторяющихся мутаций, наблюдаемых в коротком сегменте в контрольной области у многих видов млекопитающих, может искажать оценки молекулярной датировки [Achilli A. et al, 2012]. Более того, предыдущие исследования мтДНК овец включали только породы в региональном [Meadows J.R. et al, 2007] или субконтинентальном масштабе [Tapio M. et al, 2006], в то время как материнские линии домашних овец, особенно для пород в Юго-Западной, Центральной, Восточной и Южной Азии, включая Кавказ, Иран, Пакистан, Непал, Индонезию, Монголию, Китай и Индию, были исключены из комплексного анализа. Кроме

того, сценарии дивергенции также не были полностью оценены на основе полных митогеномов, которые могли бы обеспечить уточненные филогении материнских линий и надежные оценки генетической изменчивости и времени дивергенции у домашних животных [Wang H. et al, 2015]. Хотя проведенные научные работы прояснили историю распространения овец в Евразии, многие аспекты процесса одомашнивания остаются не до конца изученными. Например, филогенетические отношения между дикими и домашними овцами [Meadows J.R. et al, 2007], время расхождения между основными материнскими линиями [Meadows J.R. et al, 2011; Pedrosa S. et al, 2005], демографическая история и реколонизация популяций [Zeder M.A. et al, 2008], происхождение различных линий мтДНК [Meadows J.R. et al, 2007; Tapio M. et al, 2006; Singh S. et al, 2013], а также общеконтинентальные модели потока генов из постулируемого ближневосточного центра одомашнивания в Центральную, Восточную и Южную Азию [Tapio M. et al, 2006; Cai D.W. et al, 2011] остаются спорными.

Кроме того, в последние годы большой интерес у исследователей вызывает генетический механизм, лежащий в основе формирования высотной адаптации животных. Так как белки, кодируемые генами мтДНК, принимают непосредственное участие в дыхательной цепи, полиморфизм митогенома может оказывать влияние на высотную адаптацию животных. Метаболические процессы (например, энергетический метаболизм) были использованы для объяснения высотной адаптации у таких животных, как як [Qiu Q. et al, 2012], тибетская антилопа [Ge R.L. et al, 2013], и овца [Yang J. et al, 2016].

Российское овцеводство представлено значительным породным разнообразием. Большинство заводских локально-полученных пород, в том числе тонкорунные и полутонкорунные, было создано на основе использования аборигенных овцематок в качестве материнской формы, улучшенных баранами-производителями высокопродуктивных иностранных пород [Эрнст Л.К., 1994]. Локальные грубошерстные породы овец создавались на основе генетических ресурсов аборигенных овец, история происхождения которых до сих пор неясна.

Исходя из вышеизложенного, актуальной задачей является изучение полиморфизма полных митохондриальных геномов различных российских пород овец, что позволит использовать полученные данные в сохранении и управлении генетическими ресурсами вида Ovis aries.

Степень разработанности темы. МтДНК овец исследуется во всем мире различными авторами [Muigai A.W.T. et al., 2002; Pedrosa S. et al., 2005; Pereira F. et al., 2006; Pedrosa S. et al., 2007; Zeder M.A. et al., 2008; Chessa B. et al., 2009; Horsburgh K.A. et al., 2010; Pariset L. et al., 2011; Olivieri C. et al., 2012; Mariotti M. et al., 2013; Lv F.-H. et al., 2015; Schröder O. et al., 2016; Dymova M.A. et al., 2017; Mukhametzharova I. et al., 2018; Kunelauri N. et al., 2019; Campos E. et al., 2020; Yang C. et al. 2020; Molaee V. et al., 2020; Gaspardy A. et al., 2021]. На основании анализа высокополиморфного участка мтДНК и гена CytB описаны филогенетические отношения между современными породами овец и историческими образцами. Объясняются процессы миграции и история одомашнивания Ovis aries. Однако породам овец, разводимым в России, уделяется недостаточное внимание. Российскими авторами были предприняты попытки описать филогению российских пород [Мухаметжарова И. Е. и др., 2018; Муханов Н. Б. и др., 2020; Широкова Н. В. и др., 2018], но большинство работ ограничены исследованием отдельных митохондриальных регионов, таких как D-петля или ген CytB. Данные о полиморфизме полных митохондриальных геномов овец, разводимых в России, позволят расшить знания о генетическом разнообразии и филогении этих пород, пролить свет на заселение овец на территорию России, а также возможно определить гены адаптационных способностей (высотная гипоксия). В связи с этим, для оценки генетического разнообразия пород овец, разводимых в России, выявления гаплотипических и гаплогрупповых отношений, поиска механизма адаптационных способностей необходимо проведение исследований аллелофонда пород овец, разводимых в России, основанное на анализе полиморфизма полных митохондриальных геномов.

Объект и предмет исследования. Объектом диссертационного исследования являются породы овец, разводимые в России (горноалтайская,

андийская, буубэй, бурятская, волгоградская, грозненская, дагестанская, забайкальская, калмыцкая курдючная, каракульская, карачаевская, куйбышевская, кулундинская, кучугуровская, лезгинская, манычский меринос, монгольская, романовская, русская длинношерстная, сальская, северокавказская мясошерстная, советский меринос, ставропольская, тувинская короткожирнохвостая, тушинская, цигайская, эдильбаевская), и породы овец инностранного происхождения (алайская полугрубошерстная курдючная, балбас, бозах, гиссарская, мазех, тяньшаньская полутонкорунная), используемые в качестве сравнения. Предметом исследований выступают полиморфизмы в нуклеотидной последовательности полного митохондриального генома овец.

Цель и задачи исследования.

Целью работы является характеристика аллелофонда пород овец, разводимых в России, на основе анализа полиморфизма полных митохондриальных геномов.

Для достижения указанной цели были поставлены следующие задачи:

1. Разработать универсальную тест-систему для секвенирования полных митохондриальных геномов домашних овец различных пород, с помощью которой определить нуклеотидные последовательности полных митогеномов.

2. Изучить генетическое разнообразие пород овец, разводимых в России, в сравнении с породами иностранного происхождения на основании анализа нуклеотидной последовательности полных митохондриальных геномов.

3. Провести филогенетический анализ между гаплотипами, идентифицированными у изучаемых пород овец.

4. Установить принадлежность изучаемых овец к известным гаплогруппам.

5. Провести сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей кодирующей области мтДНК у высокогорных пород овец в сравнении с равнинными.

Научная новизна работы.

Впервые определены нуклеотидные последовательности полных митохондриальных геномов пород овец различного происхождения, разводимых на территории России. На основе полученных данных исследована филогения гаплотипов мтДНК, распространенных среди 27 пород овец, разводимых на территории РФ, в сравнении с породами овец иностранного происхождения. Впервые дана характеристика материнской изменчивости и гаплогрупповой принадлежности изучаемых пород овец. Впервые по данным об изменчивости целых митогеномов проведен анализ межпопуляционной дифференциации пород овец, разводимых в России, а также распределения попарных нуклеотидных различий. По результатам сравнительного анализа полиморфизмов полных митогеномов высокогорных и равнинных пород овец обнаружены следы положительного отбора к высотной адаптации у овец в митохондриальном гене СОХ2. Полученные данные являются ценным ресурсом для понимания происхождения и филогении пород овец, разводимых на территории РФ.

Теоретическая и практическая значимость работы. Разработана универсальная тест-система для секвенирования полных митохондриальных геномов домашних овец различных пород. Получены новые данные о митохондриальной вариабельности пород овец, разводимых в России. Получена информация о нуклеотидных последовательностях полных митохондриальных геномов домашних овец различных пород. Изучено генетическое разнообразие пород овец, разводимых в России, в сравнении с породами иностранного происхождения на основании анализа нуклеотидной последовательности полных митохондриальных геномов. Установлены филогенетические связи между гаплотипами, идентифицированными у изучаемых пород овец. Установлена принадлежность изучаемых овец к известным гаплогруппам. Выявлено наличие полиморфизма нуклеотидных последовательностей кодирующей области мтДНК у высокогорных пород овец в сравнении с равнинными.

Методология и методы исследования. В данном исследовании методологической основой послужили научные положения ученых и результаты ранее проведенных исследований в области молекулярной и популяционной генетики сельскохозяйственных животных.

В процессе выполнения диссертационной работы были использованы общепринятые методы проведения молекулярно-генетических исследований, реализованные на современном оборудовании Центра коллективного пользования «Биоресурсы и биоинженерия сельскохозяйственных животных» ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста. Обработка полученных экспериментальных данных проводилась с использованием статистических методов анализа, реализованных в различных программах, предназначенных для обработки и анализа полиморфизма последовательностей митохондриальной ДНК (MEGA 7.0.26, DnaSP 6.12.01, Arlequin 3.5.2.2, PopART 1.7, SplitsTree 4.14.4, PartitionFinder 2, MrBayes 3.2.6, FigTree 1.4.2, MitoToolPy).

Положения, выносимые на защиту:

1. Предложенная универсальная тест-система секвенирования полных митохондриальных геномов домашней овцы (Ovis aries) позволяет изучить полиморфизмы полной последовательности мтДНК.

2. Изучаемые породы овец, преимущественно, являются носителями ранее не описанных гаплотипов, представленных в общедоступных базах данных.

3. Породы овец, разводимые в России, характеризуются меньшим уровнем генетического разнообразия по сравнению с породами иностранного происхождения.

4. Изучаемые породы овец характеризуются высоким гаплогрупповым разнообразием - на территории РФ были определены 4 гаплогруппы (А, В, С и D).

5. Обнаружены следы положительного отбора к высотной адаптации у овец в митохондриальном гене COX2.

Степень достоверности и апробация результатов.

Достоверность полученных результатов подтверждалась на каждом этапе проделанной работы. Контроль качества выделенной геномной ДНК и результаты

амплификации 6-ти перекрывающихся фрагментов мтДНК проводили с помощью электрофореза. Оценку количества очищенных из геля целевых фрагментов мтДНК проводили путем измерения концентрации на флуориметре Qubit 4.0. Контроль качества полученных библиотек проводился на генетическом анализаторе Нанофор 05. Точность определения единичных нуклеотидных вариантов полных последовательностей митохондриальных геномов домашней овцы обосновывалась выбором адекватного числа покрытий (не менее 30Х) в процессе NGS секвенирования. Биоинформатическая обработка полученных наборов данных проводилась с использованием общедоступных программ, традиционно используемых при анализе результатов секвенирования. Дальнейшая работа с полученными нуклеотидными последовательностями митогеномов выполнялась с использованием специального программного обеспечения (MEGA 7.0.26, DnaSP 6.12.01, Arlequin 3.5.2.2, PopART 1.7, SplitsTree 4.14.4, PartitionFinder 2, MrBayes 3.2.6, FigTree 1.4.2, MitoToolPy).

Основные результаты диссертационной работы были представлены на 8 конференциях:

❖ XV Международной научно-практической конференции «Актуальные проблемы повышения здоровья и продуктивности животных», посвященной 75-летию Краснодарского научно-исследовательского ветеринарного института, г. Краснодар, 15-17 июня 2021 года (устный доклад на тему: «Разработка системы секвенирования полных митохондриальных геномов овец»);

❖ XXI Всероссийской конференции молодых ученых «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии», посвященной памяти академика РАСХН Георгия Сергеевича Муромцева, г. Москва; 19-21 октября 2021 года (Онлайн участие с докладом на тему: «Филогенетический анализ российских пород овец, разводимых в России, основанный на полиморфизме гена цитохрома Б митохондриальной ДНК»);

❖ Международной научно-практической конференции «Генетика, селекция, биотехнология: интеграция науки и практики в животноводстве», г. Санкт-Петербург; 1-3 декабря 2021 года (онлайн участие с докладом на тему: «Гаплотипическое разнообразие тонкорунных пород овец»);

❖ Научно-практической конференции с международным участием «Аграрная наука на современном этапе: состояние, проблемы, перспективы», г. Вологда, 21-25 февраля 2022 года (онлайн участие с докладом на тему: «Филогенетический анализ грубошерстных пород овец, основанный на полиморфизме D-петли митохондриальной ДНК»);

❖ XV Международном Биотехнологическом Форуме «РосБиоТех», г. Москва, 26-28 апреля 2022 года (устный доклад на тему: «Филогенетический анализ российских грубошерстных пород овец, основанный на полиморфизме гена цитохрома Б митохондриальной ДНК»);

❖ Международной научно-практической конференции «Перспективы эффективного развития племенного животноводства и кормопроизводства в РФ», г. Тверь, 16-17 мая 2022 года (устный доклад на тему: «Гаплотипическое и гаплогрупповое разнообразие пород овец, разводимых в России»);

❖ XVI Международной научно-практической конференции «Научные основы повышения продуктивности, здоровья животных и продовольственной безопасности», посвященной 95-летию профессора А.Н. Ульянова, г. Краснодар, 15-17 июня 2022 года (устный доклад на тему: «Гаплотипическое разнообразие российских пород овец»);

❖ Всероссийской школе-конференции «Клеточные и геномные технологии для совершенствования сельскохозяйственных животных», г. Санкт-Петербург, 22-24 июня 2022 (устный доклад на тему: «Филогенетический анализ пород овец, разводимых в России»);

❖ XVI Международном Биотехнологическом Форуме «РосБиоТех», г. Москва, 19-21 апреля 2023 года (устный доклад на тему: «Филогенетический анализ полных митогеномов овец куйбышевской породы»).

Список опубликованных работ по теме диссертации.

Публикации в журналах, рекомендованных ВАК РФ и к ним приравненным.

1. Кошкина О.А., Денискова Т.Е., Доцев А.В., Kunz E., Upadhyay M., Krebs S., Соловьева А.Д., Medugorac I., Зиновьева Н.А. Оценка материнской изменчивости российских пород овец, разводимых в России на основе анализа полиморфизма гена цитохрома B // Сельскохозяйственная Биология. - 2021. - Т. 56. - № 6. - С. 1134-1147. doi:10.15389/agrobiology.2021.6.1134rus

2. Кошкина О.А., Денискова Т.Е., Зиновьева Н.А. Разработка и апробация тест-системы для выделения полных митохондриальных геномов домашних овец // Достижения науки и техники АПК. 2022. Т. 36. № 10. С. 60-65. doi: 10.53859/02352451_2022_36_10_60

3. Кошкина О.А., Денискова Т.Е., Зиновьева Н.А. Филогенетический анализ полных последовательностей митохондриального генома овец куйбышевской породы // Овцы, козы, шерстяное дело. - 2022. - №4. - С. 8-11.

4. Koshkina O., Deniskova T., Dotsev A., Kunz E., Selionova M., Medugorac I., Zinovieva N. Phylogenetic Analasis of Russian Native Sheep Breeds Based on mtDNA Sequences // Genes. - 2023. - №14. - p.1701. doi: 10.3390/genes 14091701.

Публикации в сборниках трудов конференций

1. Кошкина, О.А. Разработка системы секвенирования полных митохондриальных геномов овец // Сб. докладов международной научной конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов 2021», г. Москва, 12 - 23 апреля 2021 - Москва: ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова». - 2021. - C. 1-2.

2. Кошкина, О.А., Денискова, Т.Е., Доцев, А.В., Зиновьева, Н.А. Гаплотипическое разнообразие российских пород овец // Сборник научных трудов КНЦЗВ. - 2022. - Т. 11. - № 1. - С. 296-302. doi:10.48612/sbornik-2022-1-74.

Личное участие. Автором проанализировано современное состояние проблемы и актуальность исследования, благодаря чему определены цели и задачи исследований, разработана программа и определены методы проведения исследования; разработана тест-система анализа полиморфизма полного митохондриального генома, выполнены лабораторные исследования, проведена обработка, обобщение и анализ полученных результатов. Публикации по теме диссертации подготовлены самостоятельно, а также в соавторстве.

Объем и структура диссертации. Диссертация изложена на 181 странице и содержит следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение, выводы, список литературы, включающий в себя 61 отечественный и 167 зарубежных источников, 7 приложений. Работа содержит 25 таблиц и 15 рисунков.

Заключение диссертации по теме «Другие cпециальности», Кошкина Ольга Андреевна

3 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 3.1 Выводы

1. Разработана универсальная тест-система, позволяющая получать набор фрагментов ДНК, покрывающих полный митохондриальный геном домашних овец, и с помощью нее определены нуклеотидные последовательности митохондриальных геномов 33 пород овец (п=208), разводимых в России и странах СНГ.

2. Результаты исследования полиморфизма полных митохондриальных геномов овец свидетельствуют о высоком уровне разнообразия митохондриального генофонда, на что указывают высокие значения гаплотипического разнообразия.

3. Большинство идентифицированных гаплотипов были отнесены к гаплогруппам В (57,6 %) и А (33,3 %), что указывает на европейское и азиатское происхождение изучаемых пород овец. Гаплогруппа В была обнаружена во всех породах кроме тувинской короткожирнохвостой породы. Гаплогруппа А выявлена у 26 пород, при этом чаще встречалась среди грубошерстных пород по сравнению с тонкорунными и полутонкорунными породами. Гаплогруппа С образована представителями 14 пород. Редкая гаплогруппа D идентифицирована у одной особи волгоградской породы.

4. Овцы из стран СНГ превосходили породы овец, разводимые на территории РФ, по гаплотипическому и нуклеотидному разнообразию, несмотря на сравнительно малый объём их выборки.

5. Полутонкорунные породы овец характеризуются более низкими значениями нуклеотидного разнообразия по сравнению с грубошерстными и тонкорунными породами, что может быть следствием развития данной группы пород с использованием небольшого количества основателей.

6. Идентифицировано 203 гаплотипа в 33 породах овец, разводимых в России и странах СНГ, из которых 167 гаплотипов описаны впервые. Установлено отсутствие четко выраженной породоспецифической кластеризации выявленных

7. Установленные достоверные отрицательные значения индексов нейтральности указывают на избыток редких мутаций в исследуемых породах овец.

8. Выявлены следы положительного естественного отбора в митохондриальном гене СОХ2, предположительно связанного с высотной адаптацией, у высокогорных пород овец в сравнении с равнинными.

пород овец, разводимых в России, рекомендуем использовать полученные в данном исследовании знания о выявленных гаплотипах. Выполненная работа предоставляет овцеводческой отрасли возможность вести селекцию с учетом знаний о генетической отдаленности пород. Полученные в ходе работы результаты послужат основой для выполнения рекомендаций ФАО по сохранению генетического разнообразия пород овец, разводимых в России, в качестве меры адаптивной защиты к изменяющимся условиям среды и поддержки глобальной продовольственной безопасности.

Рекомендуем использовать информацию о нуклеотидных последовательностях полных митохондриальных геномов, полученных в рамках диссертационной работы и размещенных в базе данных NCBI, в качестве групп сравнения для изучения генетического разнообразия и уточнения истории происхождения и расселения овец на Евразийском континенте.

3.3 ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

Перспективным направлением дальнейших исследований является более подробное изучение полиморфизмов отдельных генов митохондриальной ДНК. Целесообразно расширить выборки домашних овец, разводимых в России. Интерес также представляет проведение сравнительных исследований ядерной и митохондриальной изменчивости пород овец, разводимых в России.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Кошкина Ольга Андреевна, 2023 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абонеев, В. В. О проблемах сохранения племенных ресурсов овцеводства России / В.В. Абонеев, Ю.А. Колосов // Овцы, козы, шерстяное дело, 2020. -№1. - С. 43-46.

2. Абонеев, В. В. Стратегия развития овцеводства в Российской Федерации / В.В. Абонеев // Достижения науки и техники в АПК. - 2008. - №10. - С. 3739.

3. Абрамсон Н.И. Молекулярные маркеры, филогеография и поиск критерия разграничения видов / Н.И. Абрамсон // Тр. Зоол: Института РАН. Приложение №1. - 2009. - С. 185 - 198.

4. Абрамсон, Н.И. Филогеография: итоги, проблемы перспективы / Н.И. Абрамсон // Вестник ВОГиС. - 2007. - Т.11. - № 2. - С. 307 - 330.

5. Волкова, В. В. Генетическая характеристика красной горбатовской и суксунской пород крупного рогатого скота по микросателлитным маркерам / В. В. Волкова, Т. Е. Денискова, О. С. Романенкова [и др.] // Молочное и мясное скотоводство. - 2017. - № 6. - С. 6-8.

6. Волкова, В. В. Исследование информативности системы анализа полиморфизма микросателлитов для рутинного тестирования коз / В. В. Волкова, Т. Е. Денискова, А. А. Филипченко, Н. А. Зиновьева // Генетика -фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции : Материалы VIII научно-практической конференции с международным участием, Ростов-на-Дону, 26-29 сентября 2019 года. - Ростов-на-Дону - Таганрог: Издательство Южного федерального университета, 2019. - С. 208-210.

7. Воронкова, В. Н. Гаплотипическое разнообразие монгольских и тувинских пород коз (Сарга Ыгсш) на основе полиморфизма мтДНК и Y-хромосомы / В. Н. Воронкова, А. К. Пискунов, Э. А. Николаева, М. Т. Семина, Е. А. Конорев, Ю. А. Столповский // Генетика. - 2021. - Т. 57. - № 10. - С. 1164-1173. -doi:10.31857/S0016675821100155.

8. Гладырь, Е. А. Характеристика аллелофонда овец юга России / Е. А. Гладырь, Н. А. Зиновьева, С. С. Бурылова, М. И. Селионова, Л. Г. Моисейкина, Л. К.

9. Государственная программа развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия. URL: http://gov.garantru/document?id=70110644&byPara=1 (доступно на 14.07.2023).

10.Григорян, Л. Н. Племенная база овцеводства России / Л.Н. Григорян, С.А. Хататаев // Овцы, козы, шерстяное дело. - 2016. - №1. - С. 2-4.

11.Денискова, Т. Е. Геномная оценка и фенотипическая характеристика F2 ресурсной популяции овец / Т. Е. Денискова, А. В. Доцев, С. Н. Петров, М. С.Форнара, Х. Рейер, К. Виммерс, В. А. Багиров, Г. Брем, Н. А. Зиновьева // Аграрная наука Евро-Северо-Востока. - 2019. - Т. 20. - № 5. - С. 498-507. -DOI 10.30766/2072-9081.2019.20.5.498-507.

12. Денискова, Т. Е. Динамика аллелофонда овец романовской породы на основании анализа микросателлитов / Т. Е. Денискова, А. Д. Соловьева, О. В. Костюнина, Н. А. Зиновьева // Овцы, козы, шерстяное дело. - 2017. - № 3. -С. 5-6.

13. Денискова, Т. Е. Изменчивость микросателлитов в породах овец, разводимых в России / Т. Е. Денискова, М. И. Селионова, Е. А. Гладырь А. В. Доцев, Г. Т. Бобрышова, О. В. Костюнина, Г. Брем, Н. А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. - 2016(б). - Т. 51. - № 6. - С. 801-810. - DOI 10.15389/agrobiology.2016.6.801rus.

14. Денискова, Т. Е. Оценка биоразнообразия у межвидовых гибридов рода Ovis с использованием STR- и SNP-маркеров / Т. Е. Денискова, А. В. Доцев, В. А. Багиров [и др.] // Сельскохозяйственная биология. - 2017. - Т. 52. - № 2. - С. 251-260. - doi 10.15389/agrobiology.2017.2.251rus. / // . - . - Vol. . - No . - pp.

15. Денискова, Т. Е. Оценка биоразнообразия у межвидовых гибридов рода Ovis с использованием STR- и SNP-маркеров / Т. Е. Денискова, А. В. Доцев, В. А. Багиров, К. Виммерс, Х. Рейер, Г. Брем, Н. А. Зиновьева //

Сельскохозяйственная биология. - 2017. - Т. 52. - № 2. - С. 251-260. - DOI 10.15389/agrobiology.2017.2.251rus.

16.Денискова, Т. Е. Поиск геномных вариантов, ассоциированных с живой массой у овец, на основе анализа высокоплотных SNP генотипов / Т. Е. Денискова, С. Н. Петров, А. А. Сермягин, А. В. Доцев, М. С. Форнара, H. Reyer, K. Wimmers, В. А. Багиров, G. Brem, Н. А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. - 2021. - Т. 56. - № 2. - С. 279-291. - DOI 10.15389/agrobiology.2021.2.279rus.

17. Денискова, Т. Е. Полиморфизм микросателлитных локусов ДНК овец разных пород, разводимых в Кыргызстане / Т. Е. Денискова // Известия Национальной Академии наук Кыргызской Республики. - 2017. - № 3. - С. 111-117.

18.Денискова, Т. Е. Применение микросателлитных маркеров для идентификации представителей рода Ovis / Т. Е. Денискова, О. В. Костюнина, В. В. Волкова, Н. А. Зиновьева // Генетика и разведение животных. - 2018а. -№ 3. - С. 3-10. - DOI 10.31043/2410-2733-2018-3-3-10.

19. Денискова, Т. Е. Характеристика генетической структуры снежного барана (Ovis nivicola lydekkeri) Верхоянской горной страны / Т. Е. Денискова, А. В. Доцев, И. М. Охлопков, В.А. Багиров, А.С. Крамаренко, Г. Брем, Н.А. Зиновьева // Генетика. - 2018(б). - Т. 54. - № 3. - С. 342-348. -doi: 10.7868/S0016675818030074.

20.Денискова, Т. Е. Характеристика некоторых российских пород овец по микросателлитным маркерам / Т. Е. Денискова, Е. А. Гладырь, Н. А. Зиновьева // Актуальные проблемы гуманитарных и естественных наук. -2016а. - № 9-1. - С. 24-29.

21. Донгак, М. И. Исследование полиморфизма гена GH0 у овец тувинской короткожирнохвостой породы / М. И. Донгак, Л. А. Калашникова, К. А. Куликова, С. А. Хататаев, Ю. А. Юлдашбаев // Вестник ИрГСХА. - 2018. -№ 87. - С. 139-148.

22.Ерохин, А. И. Состояние, динамка и тенденции в развитии овцеводства в мире и в России / А.И. Ерохин, Е.А. Карасев, С.А. Ерохин // Овцы, козы, шерстяное дело, 2019. - №3. - С.3-6.

23. Зиновьева Н. А. Генетические ресурсы животных: развитие исследований аллелофонда российских пород крупного рогатого скота - миниобзор / Н. А. Зиновьева, А. А. Сермягин, А. В. Доцев // Сельскохозяйственная биология. -2019. - Т. 54. - № 4. - с. 631-641. - doi:10.15389/agrobiology.2019.4.631rus.

24.Колосов, Ю. А Биотехнологические методы изучения полиморфизма гена гормона роста / Ю. А. Колосов, П. С. Кобыляцкий, Н. В. Широкова, Л. В. Гетманцева, Н. Ф. Бакоев // Дальневосточный аграрный вестник. - 2017. - № 2(42). - С. 82-86.

25.Колосова М. А. Изучение гена СОХ2 мтДНК свиней различного происхождения / М. А. Колосова, Н. Ф. Бакоев, А. Ю. Колосов, Л.В. Гетманцева // Международный научно-исследовательский журнал. - 2019. -№1 (79). - С. 10-13. - doi:10.23670/IRJ.2019.79.1.030.

26.Коренев, М.М. Ценный мировой генофонд овец - романовская порода / М.М. Коренев, Н.С. Фураева, В.И. Храсталева, С.И. Соколова, Л.Н. Григорян, Н. С. Марзанов // Овцы, козы, шерстяное дело, 2017. - №3. - С. 2-4.

27.Кошкина О. А. Оценка материнской изменчивости российских пород овец, разводимых в России на основе анализа полиморфизма гена цитохрома b / О. А. Кошкина, Т. Е. Денискова, А. В. Доцев, E. Kunz, M. Upadhyay, S. Krebs, А. Д. Соловьева, I. Medugorac, Н. А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. - 2021. - Т. 56. - № 6. - С. 1134-1147. - DOI 10.15389/agrobiology.2021.6.1134rus.

28.Криворучко, А. Ю. Генетические маркеры овец карачаевской породы, выявленные методом полногеномного поиска ассоциаций / А. Ю. Криворучко, О. А. Яцык, А. В. Скокова, А. А. Каниболоцкая // Генетика. -2022. - Т. 58. - № 2. - С. 169-176. - DOI 10.31857/S0016675822020096.

29. Криворучко, А. Ю. Поиск генов-кандидатов, ассоциированных с высотой в холке у овец породы джалгинский меринос / А. Ю. Криворучко, Т. Ю.

Саприкина, О. А. Яцык, А. А. Каниболоцкая // Сельскохозяйственный журнал. - 2021. - № 1(14). - С. 72-78. - DOI 10.25930/26871254/010.1.14.2021.

30. Кузьмин, В. Н. Опыт промышленного овцеводства в России / В. Н. Кузьмин, Т. Е. Маринченко, Т. Н. Кузьмина // Техника и технологии в животноводстве.

- 2021. - № 4(44). - С. 119-126. - doi; 10.51794/27132064-2021-4-119.

31. Кузьмин, В. Н. Опыт промышленного овцеводства в России / В. Н. Кузьмин, Т. Е. Маринченко, Т. Н. Кузьмина // Техника и технологии в животноводстве.

- 2021. - № 4(44). - С. 119-126. - DOI 10.51794/27132064-2021-4-119.

32.Куликов, Л. В. История и методология зоотехнической науки / Л.В. Куликов.

- М.: Российский Университет Дружбы Народов, 2000. - 175 с.

33.Лушников, В. П. Полиморфизм гена CAST у овец татарстанской и эдильбаевской пород / В. П. Лушников, Т. О. Фетисова, А. А. Стрильчук // Овцы, козы, шерстяное дело. - 2020(а). - № 2. - С. 9-11.

34. Лушников, В. П. Полиморфизм гена KRT1.2 у отечественных пород овец / В. П. Лушников, М. Б. Павлов, Л. А. Калашникова, Р. Ю. Сенина // Овцы, козы, шерстяное дело. - 2018. - № 3. - С. 20-23.

35. Лушников, В. П. Полиморфизм генов соматотропина (GH), кальпастатина (CAST), дифференциального фактора роста (GDF 9) у овец татарстанской породы / В. П. Лушников, Т. О. Фетисова, М. И. Селионова, Л. Н. Чижова, Е. С. Суржикова // Овцы, козы, шерстяное дело. - 2020(б). - № 1. - С.2-3.

36. Матюков В. С. Развитие овцеводства на Крайнем Севере России (информационно-аналитический обзор) / В. С. Матюков, Л. А. Канева, Т. В. Тарабукина, Я. А. Жариков // Актуальные вопросы развития сельского хозяйства : Материалы: Круглого стола с международным участием; Научного совещания; Межрегиональной научно-практической конференции; V Межрегионального интеллектуального форума, Сыктывкар - с. Усть-Цильма, 13-15 июля 2021 года. - Сыктывкар: Коми республиканская академия государственной службы и управления, 2021. - С. 174-186. - DOI 10.19110/93206-022-34.

37.Мильчевский, В.Д. Некоторые соображения о выведении в РФ новых пород и типов овец / В.Д. Мильчевский. - Овцы, козы, шерстяное дело, 2020. - №1. -С. 40-43.

38.Мухаметжарова, И. Е. Генетическое разнообразие и филогенетический анализ пород овец разных генотипов на основе анализа митохондриальной ДНК / И. Е. Мухаметжарова, Е. И. Исламов, П. В. Тарлыков // Новости науки в АПК. - 2018. - № 2-1(11). - С. 415-418. - doi: 10.25930/f3rv-5m08.

39.Муханов, Н. Б. Полиморфизм ДНК-маркеров мясосальных пород овец Казахстана по генам гормона роста (GH2) и инсулиноподобного фактора роста 1(IGF-1)/ Н. Б. Муханов, Ю. А. Юлдашбаев, Б. Б. Траисов, Р. И. Кудияров, Н. Ж. Кожамуратов, О .С. Султанов // Вестник науки Казахского агротехнического университета им. С. Сейфуллина. - 2020. - № 2(105). - С. 52-58.

40. Национальный доклад о ходе и результатах реализации в 2022 г. Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия. URL: https://mcx.gov.ru/upload/iblock/8b5/yvt18slkd24xjlxudr56sy9nvxnrrfuu.pdf (доступно на 14.

07.2023).

41.Оздемиров, А. А. Полиморфизм генов CAST, GH, GDF9 овец дагестанской горной породы / А. А. Оздемиров, Л. Н. Чижова, А. А. Хожоков, Е. С. Суржикова, Г. Д. Догеев, С. Ш. Абдулмагомедов // Юг России: экология, развитие. - 2021. - Т. 16. - № 2(59). - С. 39-44. - doi; 10.18470/1992-1098-2021 -2-39-44.

42.Петухова, Д. Д. Характеристика аллельного спектра генов GDF9, PRL, ß-LG овец породы лакон / Д. Д. Петухова // Сельскохозяйственный журнал. - 2020. - № 5(13). - С. 73-79. - doi:10.25930/2687-1254/012.5.13.2020.

43.Племяшов, К. Геномная селекция - будущее животноводства / К. Племяшов // Животноводство России. - 2014. - № 5. - С. 2-4.

44. Пушкарев, М. Г. Состояние породного овцеводства и козоводства России / М. Г. Пушкарев // Научные разработки и инновации в решении стратегических

задач агропромышленного комплекса: Материалы Международной научно-практической конференции. В 2-х томах, Ижевск, 15-18 февраля 2022 года. Том II. - Ижевск: Ижевская государственная сельскохозяйственная академия, 2022. - С. 85-87.

45. Самусенко, Л. Д. Стратегические направления в развитии продукции овцеводства / Л. Д. Самусенко // Вестник сельского развития и социальной политики. - 2021. - № 1(29). - С. 6-8.

46.Селионова, М. И. Полиморфизм гена GDF9 и его связь с молочной продуктивностью овец породы лакон / М. И. Селионова, Д. Д. Евлагина, С. И. Светличный // Материалы 3-й Международной научно-практической конференции «Молекулярно-генетические технологии анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных», Москва, 30 сентября 2021 года / Под общей редакцией С.В. Позябина, И.И. Кочиша, М.Н. Романова; Министерство сельского хозяйства Российской Федерации; Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии - МВА имени К.И. Скрябина». - Москва: Сельскохозяйственные технологии, 2021. - С. 396-403.

47. Селионова, М. И. Полиморфизм генов PRL, B-LG у овец породы лакон / М. И. Селионова, Л. Н. Чижова, Е. С. Суржикова, Д. Д. Петухова, С. И. Светличный // Сборник научных трудов Краснодарского научного центра по зоотехнии и ветеринарии. - 2020. - Т. 9. - №2 1. - С. 54-57. - doi:10.34617/e8nh-z971.

48. Селионова, М. И. Сохранение и рациональное использование генетических ресурсов овец и коз / М. И. Селионова // Животноводство и кормопроизводство. - 2019. - Т. 102, № 4. - С. 272-277. - doi: 10.33284/26583135-102-4-272.

49. Сервер CGView: инструмент сравнительной геномики для круговых геномов // URL: http://stothard.afns.ualberta.ca/cgview server/ (дата обращения: 03.11.2022).

50.Серебровский А. С. Генетический анализ. -М.: Наука, 1970. 342 с.

51.Сулимова, Г.Е., Мониторинг генофондов популяций животных в связи с задачами селекции и изучения филогении / Г.Е. Сулимова, Ю.А. Столповский, М.Н. Рузина, И.А. Захаров-Гезехус // Биоразнообразия и динамика генофондов, Москва. - 2008. - С. 211-214.

52.Ульянов, А. Н. Состояние и резервы породного генофонда овцеводства России / А.Н. Ульянов, А.Я. Куликова // Овцы, козы, шерстяное дело, 2012. -№1. - С.4-11

53. Федеральная служба государственной статистики (Росстат) // URL: https://rosstat.gov.ru / (дата обращения: 14.05.2022).

54. Фириченков В. Е. К совершенствованию направлений развития машинных технологий овцеводства в России / В. Е. Фириченков, Е. Е. Орлова, Ю. А. Мирзоянц, И. Е. Кольчик // Техника и технологии в животноводстве. - 2021. - № 1(41). - С. 115-124. - DOI 10.51794/27132064-2021-1-115

55. Харзинова В. Р. Популяционно-генетическая характеристика некоторых пород коз на основе анализа микросателлитов / В. Р. Харзинова, С. Н. Петров, А. В. Доцев, Н. А. Безбородова, Н. А. Зиновьева // Овцы, козы, шерстяное дело. - 2019. - № 3. - С. 7-11.

56.Харзинова, В. Р. Популяционно-генетическая характеристика домашнего Северного оленя в Республике Якутия на основании полногеномного SNP анализа / В. Р. Харзинова, А. В. Доцев, А. Д. Соловьева [и др.] // Сельскохозяйственная биология. - 2017. - Т. 52. - № 4. - С. 669-678. -doi: 10.15389/agrobiology.2017.4.669rus.

57.Хлесткина, Е. К. Молекулярные маркеры в генетических исследованиях и в селекции / Е. К. Хлесткина // Вавиловский журнал генетики и селекции. -2013. - Т. 17. - № 4-2. - С. 1044-1054.

58. Широкова, Н. В. Исследование нуклеотидной последовательности d-петли МТДНК у овец мериносовых пород РФ / Н. В. Широкова, Н. Ф. Бакоев, М. А. Колосова, Л. В. Гетманцева, Ю. А.Колосов // Международный научно-исследовательский журнал. - 2018. - № 11-2(77). - С. 21-25. - DOI 10.23670/IRJ.2018.77.11.039.

59.Широкова, Н. В. Оптимизация техники проведения ПЦР-ПДРФ для генотипирования овец / Н. В. Широкова, Ю. А. Колосов, Л. В. Гетманцева, А. В. Радюк, Н. Ф. Бакоев // Научный журнал КубГАУ - Scientific Journal of KubSAU. - 2015. - № 113. - С. 1473-1481. 60.Эрнст Л.К., Дмитриев Н.Г., Паронян И.А. (Ред.) Генетические ресурсы сельскохозяйственных животных в России и сопредельных странах. СПб.: Изд-во ВНИИГРЖ, 1994.

61.Юлдашбаев, Ю. А. Методы ПЦР-ПДРФ генов cast, IGFBP-3 и GDF9 в исследовании овец тувинской короткожирнохвостой породы / Ю. А. Юлдашбаев, К. А. Куликова, М. И. Донгак, С. А. Хататаев, Л. А. Калашникова, Я. А. Хабибрахманова, И. Ю. Павлова // Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. - 2018. - № 2. - С. 153-163.

- DOI 10.26897/0021-342X-2018-2-153-163.

62. Abbas, G. Mitochondrial Cytochrome-b, Cytochrome-c and d-loop Region Based Phylogenetic and Diversity Analysis in Blackbuck (Antilope cervicapra) / G. Abbas, A. Nadeem, M. Javed, M. M. Ali, M. Aqeel, M. E. Babar, M. S. Tahir, S. Tabassum, W. Shehzad // Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi. - 2019.

- Vol. 26. - No 1. - pp. 25-31. - doi: 10.9775/kvfd.2019.22108.

63.Abecia, J. A. Ewes giving birth to female lambs produce more milk than ewes giving birth to male lambs / J.A. Abecia, C. Palacios // Italian Journal of Animal Science. - 2018. - Vol. 17. - No 3. - pp. 736-739. - doi: 10.1080/1828051X.2017. 1415705.

64.Achilli, A. Mitochondrial genomes from modern horses reveal the major haplogroups that underwent domestication / A. Achilli, A. Olivieri, P. Soares, H. Lancioni, B.H. Kashani, U.A. Perego, S.G. Nergadze, V. Carossa, M. Santagostino, S. Capomaccio, et al. // Proc Natl Acad Sci USA. - 2012. - Vol. 109. - P. 24492454.

65.Akaike, H. A new look at the statistical model identification / H. Akaike // IEEE Transactions on Automatic Control. - 1974. - Vol. 19. - No 6. - pp. 716-723. -doi: 10.1109/TAC.1974.1100705.

óó.Alexandrino, J. Nested clade analysis and the genetic evidence for population expansion in the phylogeography of the golden-striped salamander, Chioglossa lusitanica (Amphibia: Urodela)/ J. Alexandrino, J. W. Arntzen, N. Ferrand // Heredity. - 2002. - Vol. 88. - No 1. - pp. 66-74. - doi:10.1038/sj.hdy. 6800010.

67. Alonso, R. A. Mitochondrial DNA sequence analysis of the Mexican Creole sheep (Ovis aries) reveals a narrow Iberian maternal origin / R. A. Alonso, R. Ulloa-Arvizu, A. Gayosso-Vázquez // Mitochondrial DNA. Part A, DNA mapping, sequencing, and analysis. - 2017. - Vol. 28. - No 6. - pp. 793-800. -doi:10.1080/24701394.2016.1192613.

68.Álvarez, I. Mitochondrial analysis sheds light on the origin of hair sheep / I. Álvarez, J. Capote, A. Traoré, N. Fonseca, K. Pérez, M. Cuervo, I. Fernández, F. Goyache, // Animal genetics. - 2013. - Vol. 44. - No 3. - pp. 344-347. -doi:10.1111/j.1365-2052.2012.02398.x.

69. Avise, J.C. Phylogeograpraphy: The History and Formation of Species. Ingland. Cambbridge./ J.C. Avise. - MA.: Harvard University Press, 2000. - 447 p. Available online: https://diss.rsl.ru/datadocs/doc 291ta.pdf (доступно на 5 января 2023).

70. Bandelt, H. J. Median joining networks for inferring intraspecific phylogenies / H. J. Bandelt, P. Forster, A. Röhl // Molecular biology and evolution. - 1999. - Vol. 16. - No 1. - pp. 37 - 48. - doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036.

71.Barbato, M. Islands as Time Capsules for Genetic Diversity Conservation: The Case of the Giglio Island Mouflon / M. Barbato, M. Masseti, M. Pirastru, N. Columbano, M. Scali, R. Vignani, P. Mereu // Diversity. - 2022. - Vol. 14. - No 8. - pp. 609. - doi:10.3390/d14080609.

72.Baumung, R. Genetic characterisation and breed assignment in Austrian sheep breeds using microsatellite marker information / R. Baumung, V. Cubric-Curik, K. Schwend, R. Achmann, J. Sölkner // Journal of animal breeding and genetics = Zeitschrift fur Tierzuchtung und Zuchtungsbiologie. - 2006. - Vol. 123. - No 4. -pp. 265-271. - doi: 10.1111/j.1439-0388.2006.00583.x.

73. Bell, A. Success rates of commercial SNP based parentage assignment in sheep. Proc. 20th Biennial Conference of the Association for the Advancement of Animal Breeding and Genetics 2013 / A. Bell, J. Henshall, S. Gill, K. Gore, J. Kijas // Napier, New Zealand. - 2013. - Vol. 20.- pp. 278-282.

74.Beynon, S. E. Population structure and history of the Welsh sheep breeds determined by whole genome genotyping / S. E. Beynon, G. T. Slavov, M. Farre, B. Sunduimijid, K. Waddams, B. Davies, W. Haresign, J. Kijas, I. M. MacLeod, C. J. Newbold, L. Davies, D. M. Larkin // BMC genetics. - 2015. - Vol. 16. - pp. 65. - doi:10.1186/s12863-015-0216-x.

75.Bhaskar, R. DNA barcode approaches to reveal interspecies genetic variation of Indian ungulates / R. Bhaskar, P. Kanaparthi, R. Sakthivel // Mitochondrial DNA. Part B, Resources. - 2020. - Vol. 5. - No 1. - pp. 938-944. -doi:10.1080/23802359.2020.1719912.

76. Bradley, D.G. Mitochondrial diversity and the origins of African and European cattle / D.G. Bradley, D.E. MacHugh, P. Cunningham, R.T. Loftus // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1996. -Vol. 93. - No 10. - pp. 5131-5135. - doi:10.1073/pnas.93.10.5131.

77. Brake, M. H. Complete mitochondrial genome sequence of Awassi-Jo sheep breed (Ovis aries) in Jordan / M. H. Brake, H. M. M. T. Migdadi, Sadder, S. Awabdeh, K. Jawasreh, W. Obeidat, R. Al Omari, N. J. Haddad // Mitochondrial DNA. Part B, Resources. - 2021. - Vol. 6. - No 3. - pp. 1263-1264. -doi:10.1080/23802359.2021.1906179.

78. Brito L. F. Genetic diversity of a New Zealand multi-breed sheep population and composite breeds' history revealed by a high-density SNP chip / L. F. Brito, J. C. McEwan, S. P. Miller, N. K. Pickering, W. E. Bain, K. G. Dodds, S.M. Clarke // BMC genetics. - 2017. - Vol. 18. - No 1. - P. 25. - doi:10.1186/s12863-017-0492-8.

79. Brown, W. M. Sheep Mitochondrial DNA Variation in European, Caucasian, and Central Asian Areas / W. M. Brown, M. George, Jr, A. C. Wilson // Proceedings of

the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1979. - Vol. 76. - No 4. - pp. 1967-1971. - doi:10.1073/pnas.76.4.1967.

80. Cai, D. Early history of Chinese domestic sheep indicated by ancient DNA analysis of Bronze Age individuals / D. Cai, Z. Tang, H. Yu, L. Han, X. Ren, X. Zhao, H. Zhu, H. Zhou // Journal of Archaeological Science. - 2011. - Vol. 38. -No 4. - pp. 896-902. - doi:10.1016/j.jas.2010.11.019.

81. Campos, E. The genetic diversity and phylogeography of Mexican domestic sheep / E. Campos, J. Cuellar, O. Salvador, E. Garcia, F. Pereira, // Small Ruminant Research. - 2020. - Vol. 187. - pp. 106109. - doi: 10.1016/j.smallrumres.2020.106109.

82. Chen, M. H. Cross-amplification of microsatellites from the codling moth Cydia pomonella to three other species of the tribe Grapholitini (Lepidoptera: Tortricidae) / Chen, M. H. & Dorn, S. // Molecular ecology resources. - 2010. - Vol. 10. - No 6. - pp. 1034-1037. - doi:10.1111/j.1755-0998.2010.02837.x.

83. Chen, S.Y Origin, genetic diversity, and population structure of Chinese domestic sheep / S.Y Chen, Z.Y. Duan, T. Sha, J. Xiangyu, S.F. Wu, Y.P. Zhang. - Gene. -2006. - Vol. 376. - P. 216-223.

84.Chessa, B. Revealing the history of sheep domestication using retrovirus integrations / Chessa, B. Pereira, F. Arnaud, F. Amorim, A. Goyache, F. Mainland, I. Kao, R. R. Pemberton, J. M. Beraldi, D. Stear, M. J. Alberti, A. Pittau, M. Iannuzzi, L. Banabazi, M. H. Kazwala, R. R. Zhang, Y P. Arranz, J. J. Ali, B. A. Wang, Z. Uzun, M. ... Palmarini, M. // Science (New York, N.Y.) . - 2009. -Vol. 324. - No 5926. - pp. 532-536. - doi:10.1126/science. 1170587.

85. Clarke, S. M. A high throughput single nucleotide polymorphism multiplex assay for parentage assignment in New Zealand sheep / Clarke, S. M. Henry, H. M. Dodds, K. G. Jowett, T. W. Manley, T. R. Anderson, R. M. & McEwan, J. C. // PloS one. - 2014. - Vol. 9. - No 4. - pp. e93392. - doi:10.1371/journal.pone.0093392.

86.Collingbourne, S. J. Conservation genetics of traditional and commercial pig breeds, and evaluation of their crossbreeding potential for productivity

improvement: a thesis submitted for the degree of Doctor of Philosophy / Stephanie Jade Collingbourne. - University of Essex, 2019. - P. 260.

87.Consortium ISG. ISGC SNP Loci for Parentage Assignment, 2013. Available online: (http: //www.sheephapmap .org/news/parentage_page. php; http://sheephapmap.org/news/89 CorePanel.pdf (доступно на 28 августа 2022).

88.Cox, A. J. Colonization, extinction, and phylogeographic patterning in a freshwater crustacean / A. J. Cox, P. D. Hebert // Molecular ecology. - 2001. - Vol. 10. - No 2. - pp. 371-386. - doi:10.1046/j.1365-294x.2001.01188.x.

89. Crawford, A. M. Mutations in sheep microsatellites / A. M. Crawford, R. P. Cuthbertson, // Genome research. - 1996. - Vol. 6. - No 9. - pp. 876-879. -doi:10.1101/gr.6.9.876.

90. Cummins, J. Mitochondrial DNA in mammalian reproduction / J. Cummins // Reviews of reproduction. - 1998. - Vol. 3. - No 3. - pp. 172-182. -doi: 10.1530/ror.0.0030172.

91. Dallas, J. F. Estimation of microsatellite mutation rates in recombinant inbred strains of mouse / J. F. Dallas // Mammalian genome: official journal of the International Mammalian Genome Society. - 1992. - Vol. 3. - No 8. - pp. 452456. - doi: 10.1007/BF00356155.

92. Decker, J. E. Origins of cattle on Chirikof Island, Alaska, elucidated from genome-wide SNP genotypes / J. E. Decker, J. F. Taylor, J. Kantanen, A. Millbrooke, R. D. Schnabel, L. J. Alexander, M. D. MacNeil // Heredity. - 2016. - Vol. 116. - No 6.

- pp. 502-505. - doi: 10.1038/hdy.2016.7.

93.Demirci, S. Mitochondrial DNA diversity of modern, ancient and wild sheep(Ovis gmelinii anatolica) from Turkey: new insights on the evolutionary history of sheep / S. Demirci, E. Koban Ba§tanlar, N. D. Dagta§, E. Pi§kin, A. Engin, F. Ozer, E. Yüncü, S. A. Dogan, I. Togan // PloS one. - 2013. - Vol. 8. - No 12. - pp. e81952.

- doi:10.1371/journal.pone.0081952.

94. Deniskova, T. E. Validation of the SNP panel for parentage assignment in local Russian sheep breeds / T. E. Deniskova, A. V. Dotsev, E. A. Gladyr', A.A. Sermyagin, V.A. Bagirov, U.V. Hompodoeva, A.N. Il'in, G. Brem, N.A. Zinovieva

// Agricultural Biology. - 2015. - Vol. 50. - No. 6. - P. 746-755. - DOI 10.15389/agrobiology.2015.6.746rus

95. Diamond, J. Evolution, consequences and future of plant and animal domestication / J. Diamond // Nature. - 2002. - V. 418. - p. 700-707

96. Diao S. Genetic diversity of indigenous pigs from South China area revealed by SNP array / S. Diao, S. Huang, Z. Xu, S. Ye, X. Yuan, Z. Chen, J. Li // Animals. -2019. - Vol. 9. - No 6. - P. 361. - doi:10.3390/ani9060361

97. Dotsev, A.V. Mitochondrial DNA Analysis Clarifies Taxonomic Status of the Northernmost Snow Sheep (Ovis nivicola) Population / A. V. Dotsev, E. Kunz, V. R. Kharzinova, I. M. Okhlopkov, F. H. Lv, M. H. Li, A. N. Rodionov, A. V. Shakhin, T. P. Sipko, D. G. Medvedev, E. A. Gladyr, V. A. Bagirov, G. Brem, I. Medugorac, N. A. Zinovieva // Life. - 2021. - Vol. 11. - No 3. - P. 252. -doi:10.3390/life11030252.

98. Doyle, J. J. Evolution of genes and taxa: a primer / J. J. Doyle, B. S. Gaut, // Plant molecular biology. - 2000. - Vol. 42. - No 1. - pp. 1-23.

99. Dymova, M. A. Mitochondrial DNA analysis of ancient sheep from Altai / M. A. Dymova, A. V. Zadorozhny, O. V. Mishukova, E. A. Khrapov, A. S. Druzhkova, V. A. Trifonov, I. G. Kichigin, A. A. Tishkin, S. P. Grushin, M. L. Filipenko // Animal genetics. - 2017. - Vol. 48. - No 5. - pp. 615-618. - doi:10.1111/age.12569.

100. Edgar, R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. / R.C. Edgar // Nucleic Acids Research. - 2004. - Vol. 32. - No 5. - pp. 1792-1797. - doi:10.1093/nar/gkh340.

101. Ellegren, H. Mutation rates at porcine microsatellite loci / H. Ellegren // Mammalian genome: official journal of the International Mammalian Genome Society. - 1995. - Vol. 6. - No 5. - pp. 376-377. - doi:10.1007/BF00364807.

102. Estrada-Reyes, Z. M. Copy number variant-based genome wide association study reveals immune-related genes associated with parasite resistance in a heritage sheep breed from the United States / Z. M. Estrada-Reyes, I. M. Ogunade, A. A. Pech-Cervantes, T. H. Terrill // Parasite immunology. - 2022. - Vol. 44. - No 11. - pp. e12943. - doi: 10.1111/pim. 12943.

103. Excoffier, L. Arlequín suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows / L. Excoffíer, H.E. Lischer // Molecular Ecology Resources. - 2010. - Vol. 10. - No 3. - pp. 564-567. - doi: 10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x.

104. FAO. The state of food and agriculture: Climate change, agriculture, and food security. Published by the Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, Italy, 2016; pp. 17-41. Available online: https://www.fao.org/3/a-i6030e.pdf (доступно на 14.07.2023).

105. Fariello, M. I. Selection signatures in worldwide sheep populations / M.I. Fariello, B. Servin, G. Tosser-Klopp, R. Rupp, C. Moreno, M. San Cristobal, S. Boitard // PLoS One. - 2014. - V. 9. - No 8.

106. Fernandez, H. Divergent mtDNA lineages of goats in an Early Neolithic site, far from the initial domestication areas / H. Fernández, S. Hughes, J. D. Vigne, D. Helmer, G. Hodgins, C. Miquel, C. Hanni, G. Luikart, P. Taberlet // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, PNAS. - 2006.

- Vol. 103. - No 42. - pp. 15375-15379. - doi: 10.1073/pnas. 0602753103.

107. Feuk, L. Structural variation in the human genome / L. Feuk, A. R. Carson, S. W. Scherer, // Nature reviews. Genetics. - 2006. - Vol. 7. - No 2. - pp. 85-97.

- doi:10.1038/nrg1767.

108. Fowler, K. E. Genome wide analysis reveals single nucleotide polymorphisms associated with fatness and putative novel copy number variants in three pig breeds / K. E. Fowler, R. Pong-Wong, J. Bauer, E. J. Clemente, C. P. Reitter, N. A. Affara, S. Waite, G. A. Walling, D. K. Griffin // BMC Genomics. -2013. - Vol. 14. - P. 784. - doi:10.1186/1471-2164-14-784.

109. Fu, D. Characterization of the complete mitochondrial genome sequence of Jialuo sheep (Ovis aries) /. D. Fu, X. Ma, C. Jia, Q. Lei, X. Wu, M. Chu, X. Ding, P. Bao, J. Pei, X. Guo, P. Yan, L. Chunnian // Mitochondrial DNA B Resour. - 2019.

- Vol.4. - №2. - P.2116-2117.

110. Fu, Y.-X. Statistical tests of neutrality of mutations / Y.-X. Fu, W.-H. Li // Genetics. - 1993. - Vol. 133. - No 3. - P. 693-709. -doi:10.1093/genetics/133.3.693.

111. Ganbold, O. Mitochondrial DNA variation and phylogeography of native Mongolian goats / O. Ganbold, S. H. Lee, W. K. Paek, M. Munkhbayar, D. Seo, P. Manjula, T. Khujuu, E. Purevee, J. H. Lee // Asian-Australasian journal of animal sciences. - 2020. - Vol. 33. - No 6. - pp. 902-912. - doi:10.5713/ajas.19.0396.

112. Gao, F. EasyCodeML: A visual tool for analysis of selection using CodeML / F. Gao, C. Chen, D. A. Arab, Z. Du, Y He, S.YW. Ho // Ecology and evolution. - 2019. - Vol. 9. - No 7. - pp. 3891-3898. - doi:10.1002/ece3.5015.

113. Gaspardy, A. Comparison of mtDNA control region among descendant breeds of the extinct Zaupel sheep revealed haplogroup C and D in Central Europe / A. Gaspardy, B. Berger, J. Zabavnik-Piano, E. Kovacs, K. Annus, P. Zenke, L. Safar, A. Maroti-Agots // Veterinary medicine and science. - 2021. - Vol. 7. - No 6. - pp. 2330-2338. - doi:10.1002/vms3.585.

114. Gaspardy, A. Evaluation of Maternal Genetic Background of Two Hungarian Autochthonous Sheep Breeds Coming from Different Geographical Directions / A. Gaspardy, P. Zenke, E. Kovacs, K. Annus, J. Posta, L. Safar, A. Maroti-Agots // Animals. - 2022. - Vol. 12. - No 3. - pp. 218. -doi: 10.3390/ani12030218.

115. Ge, R.L. Draft genome sequence of the Tibetan antelope / R.L. Ge, Q. Cai, Y Y Shen, A. San, L. Ma, Y Zhang, X. Yi, Y Chen, L. Yang, Y. Huang, et al. // Nat Commun. - 2013. - Vol. 4. - P. 1858.

116. Girish, P. S. Meat species identification by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) of mitochondrial 12S rRNA gene / P. S. Girish, A. S. Anjaneyulu, K. N. Viswas, B. M. Shivakumar, M. Anand, M. Patel, B. Sharma // Meat science. - 2005. - Vol. 70. - No 1. - pp. 107112. - doi:10.1016/j.meatsci.2004.12.004.

117. Gissi, C. Evolution of the mitochondrial genome of Metazoa as exemplified by comparison of congeneric species / C. Gissi, F. Iannelli, G. Pesole // Heredity. -2008. - Vol. 101. - No 4. - pp. 301-320. - doi:10.1038/hdy.2008.62.

118. Goddard, M. E. Mapping genes for complex traits in domestic animals and their use in breeding programmes / M. E. Goddard, B. J. Hayes // Nat. Rev. Genet.

- 2009. - V. 10 - No 6. - p. 381-391

119. Gorlov, I.F. Association of the growth hormonegenepolymorphism with growth raits in Salsksheep breed / I. F. Gorlov, Yu. A. Kolosov, N. V. Shirokova, L. V. Getmantseva, M. I. Slozhenkina, N. I. Mosolova, N. F. Bakoev, M. A. Leonova, A. Yu. Kolosov, E. Yu. Zlobina // Small Ruminant Research. - 2017. - Vol. 150.

- pp. 11-14. - doi: 10.1016/j.smallrumres.2017.02.019.

120. Gornas, N. Genetic characterization of local Sudanese sheep breeds using DNA markers / N. Gornas, C. Weimann, A. El Hussien, G. Erhardt // Small Ruminant Research. - 2011. - Vol. 95. - pp. 27-33. - doi: 10.1016/j.smallrumres.2010.08.009.

121. Guo, J. A novel maternal lineage revealed in sheep (Ovis aries) / J. Guo, L. X. Du, Y H. Ma, W. J. Guan, H. B. Li, Q. J. Zhao, X. Li, S. Q. Rao // Animal genetics. - 2005. - Vol. 36. - No 4. - pp. 331-336. - doi:10.1111/j.1365-2052.2005.01310.x.

122. Gupta, A.K. Origin of agriculture and domestication of plants and animals linked to early Holocene climate amelioration / A.K. Gupta // Current Science. -2004. -Vol. 87. - pp.54-59.

123. Heaton, M. P. SNPs for parentage testing and traceability in globally diverse breeds of sheep / M. P. Heaton, K. A. Leymaster, T. S. Kalbfleisch, J. W. Kijas, S. M. Clarke, J. McEwan, J. F. Maddox, V. Basnayake, D. T. Petrik, B. Simpson, T. P. Smith, C. G. Chitko-McKown, International Sheep Genomics Consortium // PloS.

- 2014. - Vol. 9. - No 4. - pp. e94851. - doi:10.1371/journal.pone.0094851.

124. Hiendleder, S. Analysis of mitochondrial DNA indicates that domestic sheep are derived from two different ancestral maternal sources: no evidence for contributions from urial and argali sheep / S. Hiendleder, K. Mainz, Y. Plante, H.

Lewalski // The Journal of heredity. - 1998. - Vol. 89. - No 2. - pp. 113-120. -doi:10.1093/jhered/89.2.113.

125. Horsburgh, K. Genetic characterization of an archaeological sheep assemblage from South Africa's Western Cape / K. Horsburgh, A. Rhines // Journal of Archaeological Science. - 2010. - Vol. 11. - pp. 2906-2910. -doi: 10.1016/j.jas.2010.06.035.

126. Huson, D.H. Beyond Galled Trees - Decomposition and Computation of Galled Networks / D.H. Huson, T.H. Klopper // Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. - 2007. - D0I:10.1007/978-3-540-71681-5_15.

127. Igoshin, A. V. Copy number variants in genomes of local sheep breeds from Russia / A. V. Igoshin, T. E. Deniskova, A. A. Yurchenko, N. S. Yudin, A. V. Dotsev, M. I. Selionova, N. A. Zinovieva, D. M. Larkin // Animal genetics. - 2022. - Vol. 53. - No 1. - pp. 119-132. - doi:10.1111/age.13163.

128. ISAG, conference: Applied Genetcs in Sheep and Goats, Cairns, Australia, 2012. Available online: http://www.isag.us/Docs/AppGenSheepGoat2012.pdf (доступно на 28 августа 2022).

129. Iso-Touru, T. Genetic diversity and genomic signatures of selection among cattle breeds from Siberia, eastern and northern Europe / T. Iso-Touru, M. Tapio, J. Vilkki, T. Kiseleva, I. Ammosov, Z. Ivanova, R. Popov, M. Ozerov, J. Kantanen // Animal genetics. - 2016. - Vol. 47. - No 6. - pp. 647-657. -doi: 10.1111/age. 12473.

130. Jeffreys, A. J. Complex gene conversion events in germline mutation at human minisatellites / A. J. Jeffreys, K. Tamaki, A. MacLeod, D. G. Monckton, D. L. Neil, J. A. Armour // Nature genetics. - 1994. - Vol. 6. - No 2. - pp. 136-145.

- doi:10.1038/ng0294-136.

131. Ji, Y. T. Adaptive evolution characteristics of mitochondrial genomes in genus Aparapotamon (Brachyura, Potamidae) of freshwater crabs / Y.T. Ji, X.J. Zhou, Q. Yang, Y.B. Lu, J. Wang, J.X. Zou // BMC genomics. - 2023. - Vol. 24.

- No 1. - p. 193. - doi: 10.1186/s12864-023-09290-9

132. Joshi, M. B. Phylogeography and origin of Indian domestic goats / M. B. Joshi, P. K. Rout, A. K. Mandal, C. Tyler-Smith, L. Singh, K. Thangaraj // Molecular biology and evolution. - 2004. - Vol. 21. - No 3. - pp. 454-462. -doi: 10.1093/molbev/msh038.

133. Just, R. S. Full mtGenome reference data: development and characterization of 588 forensic-quality haplotypes representing three U.S. populations / R. S. Just, M. K. Scheible, S. A. Fast, K. Sturk-Andreaggi, A. W. Rock, J. M. Bush, J. L. Higginbotham, M. A. Peck, J. D. Ring, G. E. Huber, C. Xavier, C. Strobl, E. A. Lyons, T. M. Diegoli, M. Bodner, L. Fendt, P. Kralj, S. Nagl, D. Niederwieser, B. Zimmermann, ... J. A. Irwin // Forensic science international. Genetics. - 2015. -Vol. 14. - pp. 141-155. - doi:10.1016/j.fsigen.2014.09.021.

134. Kijas, J. W. Genome-wide analysis of the world's sheep breeds reveals high levels of historic mixture and strong recent selection / J. W. Kijas, J. A. Lenstra, B. Hayes, S. Boitard, L. R. Porto Neto, M. San Cristobal, B. Servin, R. McCulloch, V. Whan, K. Gietzen, S. Paiva, W. Barendse, E. Ciani, H. Raadsma, J. McEwan, B. Dalrymple, International Sheep Genomics Consortium Members // PLoS biology. - 2012. - Vol. 10. - No 2. - pp. e1001258. - doi:10.1371/journal.pbio.1001258.

135. Knowlton, N. New dates and new rates for divergence across the Isthmus of Panama / N. Knowlton, L.A. Weigt // Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences. - 1998. - Vol. 265. - pp. 2257 - 2263. -doi: 10.1098/rspb. 1998.0568.

136. Kolosov, Yu. A. Investigation of the D-loop sequence of mitochondrial DNA of the Volgograd sheep breed / Yu. A. Kolosov, V. Kh. Fedorov, N. V. Shirokova N. G. Chamurliev, E. S. Vorontsova // IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, Krasnoyarsk, 18-20 ноября 2020 года / Krasnoyarsk Science and Technology City Hall. - Krasnoyarsk, Russian Federation: IOP Publishing Ltd, 2021. - P. 52111. - DOI 10.1088/1755-1315/677/5/052111.

137. Koshkina, O. Phylogenetic Analasis of Russian Native Sheep Breeds Based on mtDNA Sequences / O. Koshkina, T. Deniskova, A. Dotsev, E. Kunz, M.

Selionova, I. Medugorac, N. Zinovieva // Genes. - 2023. - №14. - p.1701. doi: 10.3390/genes14091701.

138. Kumar, S. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets / S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura // Molecular Biology and Evolution. - 2016. - Vol. 33. - No 7. - pp. 1870-1874. - doi: 10.1093/molbev/msw054.

139. Kunelauri, N. Georgian cattle, sheep, goats: are they of Near-Eastern origins? / N. Kunelauri, M. Gogniashvili, V. Tabidze, G. Basiladze, T. Beridze // Mitochondrial DNA Part B. - 2019. - Vol. 4. - No 2. - pp. 4006-4009. -doi: 10.1080/23802359.2019.1688695.

140. Lanfear, R. PartitionFinder 2: New methods for selecting partitioned models of evolution for molecular and morphological phylogenetic analyses / R. Lanfear, P.B. Frandsen, A.M. Wright, T. Senfeld, B. Calcott // Molecular Biology and Evolution. - 2017. - Vol. 34. - No 3. - pp. 772-773. - doi: 10.1093/molbev/msw260.

141. Larson, G. Worldwide phylogeography of wild boar reveals multiple centers of pig domestication / G. Larson, K. Dobney, U. Albarella, M. Fang, E. Matisoo-Smith, J. Robins, S. Lowden, H. Finlayson, T. Brand, E. Willerslev, P. Rowley-Conwy, L. Andersson, A. Cooper // Science. - 2005. - V. 307. - P. 1618 - 1621. -doi:10.1126/science.1106927.

142. Leigh, J.W. Popart: Full-feature software for haplotype network construction / J.W. Leigh, D. Bryant // Methods in Ecology and Evolution. - 2015. - Vol. 6. -No 9. - pp. 1110-1116. doi: 10.1111/2041-210X.12410.

143. Levinson, G. High frequencies of short frameshifts in poly-CA/TG tandem repeats borne by bacteriophage M13 in Escherichia coli K-12/ G. Levinson, G. A. Gutman // Nucleic acids research. - 1987. - Vol. 15. - No 13. - pp. 5323-5338. -doi:10.1093/nar/15.13.5323.

144. Li, M. Detecting mitochondrial signatures of selection in wild Tibetan pigs and domesticated pigs / M. Li, L. Jin, J. Ma, S. Tian, R. Li, X. Li // Mitochondrial

DNA. Part A, DNA mapping, sequencing, and analysis. - 2016. - Vol. 27. - No 1. - pp. 747-752. - doi:10.3109/19401736.2014.913169.

145. Liu, J. Analysis of copy number variations in the sheep genome using 50K SNP BeadChip array / J. Liu, L. Zhang, L. Xu, H. Ren, J. Lu, X. Zhang, S. Zhang, X. Zhou, C. Wei, F. Zhao, L. Du // BMC genomics. - 2013. - Vol. 14. - pp. 229. - doi:10.1186/1471-2164-14-229.

146. Liu, J. Phylogeography and Phylogenetic Evolution in Tibetan Sheep Based on MT-CYB Sequences / J. Liu, Z. Lu, C. Yuan, F. Wang, B. Yang, // Animals: an open access journal from MDPI. - 2020. - Vol. 10. - No 7. - pp. 1177. -doi:10.3390/ani10071177.

147. Liu, J. Genetic Diversity and Phylogenetic Evolution of Tibetan Sheep Based on mtDNA D-Loop Sequences / J. Liu, X. Ding, Y Zeng, Y Yue, X. Guo, T. Guo, M. Chu, F. Wang, J. Han, R. Feng, X. Sun, C. Niu, B. Yang, J. Guo, C. Yuan // PloS one. - 2016. - Vol. 11. - No 7. - pp. e0159308. -doi:10.1371/journal.pone.0159308.

148. Liu, M. Diversity of copy number variation in the worldwide goat population / M. Liu, Y. Zhou, B. D. Rosen, C. P. Van Tassell, A. Stella, G. Tosser-Klopp, R. Rupp, I. Palhiere, L. Colli, B. Sayre, P. Crepaldi, L. Fang, G. Mészáros, H. Chen, G. E. Liu, ADAPTmap Consortium // Heredity. - 2019. - Vol. 122. - No 5. - pp. 636-646. - doi:10.1038/s41437-018-0150-6.

149. Loftus R.T. Evidence for two independent domestications of cattle / R.T. Loftus, D.E. MacHugh, D.G. Bradley, P.M. Sharp, E.P. Cunningham // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1994. -Vol. 91. - No 7. - pp. 2757-2761. - doi: 10.1073/pnas.91.7.2757.

150. Luigi-Sierra, M. G. Comparing the diversity of the casein genes in the Asian mouflon and domestic sheep / M. G. Luigi-Sierra, E. Mármol-Sánchez, M. Amills // Animal genetics. - 2020. - Vol. 51. - No 3. - pp. 470-475. -doi: 10.1111/age. 12937.

151. Luikart, G. Multiple maternal origins and weak phylogeographic structure in domestic goats / G. Luikart, L. Gielly, L. Excoffier, J. D. Vigne, J. Bouvet,

P. Taberlet // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2001. - Vol. 98. - No 10. - pp. 5927-5932. - doi: 10.1073/pnas. 091591198.

152. Lv, F. H. Adaptations to climate-mediated selective pressures in sheep / F. H. Lv, S. Agha, J. Kantanen, L. Colli, S. Stucki, J. W. Kijas, S. Joost, M. H. Li, P. Ajmone Marsan // Molecular biology and evolution. - 2014. - Vol. 31. - No 12. -pp. 3324-3343. - doi:10.1093/molbev/msu264.

153. Lv, F.-H. Mitogenomic meta-analysis identifies two phases of migration in the history of eastern Eurasian sheep / F.-H. Lv, W.-F. Peng, J. Yang, Y.-X. Zhao, W.-R. Li, M.-J. Liu, Y-H. Ma, Q.-J. Zhao, G.-L. Yang, F. Wang, J.-Q. Li, Y.-G. Liu, Z.-Q. Shen, S.-G. Zhao, E. Hehua, N.A. Gorkhali, S.M. Farhad Vahidi, M. Muladno, A.N. Naqvi, J. Tabell, T. Iso-Touru, M.-W. Bruford, J. Kantanen, J.-L. Han, M.-H. Li // Molecular Biology and Evolution. - 2015. - Vol. 32. - No 10. -pp. 2515-2533. - doi: 10.1093/molbev/msv139.

154. Ma, Y L. Copy number variation (CNV) in the IGF1R gene across four cattle breeds and its association with economic traits / Y. L. Ma, Y. F. Wen, X. K. Cao, J. Cheng, Y. Z. Huang, Y. Ma, L. Y. Hu, C. Z. Lei, X. L. Qi, H. Cao, H. Chen // Archives animal breeding. - 2019. - Vol. 62. - No 1. - pp. 171-179. -doi: 10.5194/aab-62-171-2019.

155. Macneil, M. D. Potential emigration of Siberian cattle germplasm on Chirikof Island, Alaska / M. D. Macneil, L. J. Alexander, J. Kantanen, I. A. Ammosov, Z. I. Ivanova, R. G. Popov, M. Ozerov, A. Millbrooke, M. A. Cronin // Journal of genetics. - 2017. - Vol. 96. - No 1. - pp. 47-51. - doi:10.1007/s12041-016-0739-6

156. Mariotti, M. Mitochondrial DNA of seven Italian sheep breeds shows faint signatures of domestication and suggests recent breed formation / M. Mariotti, A. Valentini, P. A. Marsan, L. Pariset // Mitochondrial DNA. - 2013. - Vol. 24. - No 5. - pp. 577-583. - doi:10.3109/19401736.2013.770493.

157. Meadows, J. R. Five ovine mitochondrial lineages identified from sheep breeds of the near East / J. R. Meadows, I. Cemal, O. Karaca, E. Gootwine, J. W.

Kijas // Genetics. - 2007. - Vol. 175. - No 3. - pp. 1371-1379. -doi:10.1534/genetics.106.068353.

158. Meadows, J.R. Haplogroup relationships between domestic and wild sheep resolved using a mitogenome panel / J.R. Meadows, S. Hiendleder, J.W. Kijas // Heredity. - 2011. - Vol. 106. - P. 700-706.

159. Molaee, V. Phylogenetic analysis of small ruminant lentiviruses in Germany and Iran suggests their expansion with domestic sheep / V. Molaee, M. Bazzucchi, G. M. De Mia, V. Otarod, D. Abdollahi, S. Rosati, G. Lühken // Scientific reports.

- 2020. - Vol. 10. - No 1. - pp. 2243. - doi:10.1038/s41598-020-58990-9.

160. Molecular evolution, phylogenetics and epidemiology. Режим доступа: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree. Дата обращения: 30.06.2023.

161. Muigai, A. W. T. Genetic diversity and relationships of hair sheep breeds of the Americas: First results / A. W. T. Muigai, J. Hirbo, S. Sharkey, E. Rege, H. Blackburn, O. Hanotte // 7th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (Montpellier, FR). - 2002. - Vol. 33. - pp. 573-576.

162. Muigai, A.W.T. The Origin of African Sheep: Archaeological and Genetic Perspectives / A.W.T. Muigai, O. Hanotte // African Archaeological Review. -2013. - Vol. 30. - pp. 39-50. - doi:10.1007/s10437-013-9129-0.

163. Mukhametzharova, I. Genetic Characterization of Kazakh Native Sheep Breeds Using Mitochondrial DNA / I. Mukhametzharova, Y Islamov, S. Shauyenov, D. Ibrayev, S. Atavliyeva, P. Tarlykov // Journal of Biological Sciences.

- 2018. - Vol. 18. - pp. 341-348. - DOI: 10.3844/ojbsci.2018.341.348.

164. National Center for Biotechnology Information NCBI. Available online: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ipg/ADI57605.1 (Дата посещения: 17 августа 2022).

165. Niemi, M. Mitochondrial DNA and Y-chromosomal diversity in ancient populations of domestic sheep (Ovis aries) in Finland: comparison with contemporary sheep breeds / M. Niemi, A. Bläuer, T. Iso-Touru, V. Nyström, J. Harjula, J. P. Taavitsainen, J. Storä, K. Liden, J. Kantanen // Genetics, selection,

166. Ning, T. Adaptive evolution of the mitochondrial ND6 gene in the domestic horse / T. Ning, H. Xiao, J. Li, S. Hua, Y. P. Zhang // Genetics and molecular research: GMR. - 2010. - Vol. 9. - No 1. - pp. 144-150. - doi:10.4238/vol9-1gmr705.

167. Ohtake, A. Diagnosis and molecular basis of mitochondrial respiratory chain disorders: Exome sequencing for disease gene identification / A. Ohtake, K. Murayama, M. Mori, H. Harashima, T. Yamazaki, S. Tamaru, Y. Yamashita, Y Kishita, Y Nakachi, M. Kohda, Y. Tokuzawa, Y Mizuno, Y. Moriyama, H. Kato, Y Okazaki // Biochimica et Biophysica Acta. — 2014. — Vol. 1840. —№4. — P. 1355-1359.

168. Olivieri, C. Phylogenetic position of a copper age sheep (Ovis aries) mitochondrial DNA / C. Olivieri, L. Ermini, E. Rizzi, G. Corti, S. Luciani, I. Marota, G. De Bellis, F. Rollo // PloS one. - 2012. - Vol. 7. - No 3. - pp. e33792.

- doi:10.1371/journal.pone.0033792.

169. Othman, O. E. Genetic characterization of Egyptian and Italian sheep breeds using mitochondrial DNA / O. E. Othman, L. Pariset, E. A. Balabel, M. Marioti // Journal, genetic engineering & biotechnology. - 2015. - Vol. 13. - No 1. - pp. 7986. - doi:10.1016/j.jgeb.2014.12.005.

170. Panetto J. C. D. C. Parentage assignment using SNP markers, inbreeding and population size for the Brazilian Red Sindhi cattle / J. C. D. C. Panetto M. A. Machado, M. V. G. da Silva, R. S. Barbosa, G. G. dos Santos, R. de MH Leite, M. G. C. Peixoto // Livestock Science. - 2017. - Vol. 204. - pp. 33-38. - doi: 10.1016/j.livsci.2017.08.008.

171. Pardeshi, V. C. Mitochondrial haplotypes reveal a strong genetic structure for three Indian sheep breeds / Pardeshi, V. C. Kadoo, N. Y. Sainani, M. N. Meadows, J. R. Kijas, J. W. & Gupta, V. S. // Animal genetics. - 2007. - Vol. 38.

- No 5. - pp. 460-466. - doi:10.1111/j.1365-2052.2007.01636.x.

172. Pariset, L. Genetic diversity of sheep breeds from Albania, Greece, and Italy assessed by mitochondrial DNA and nuclear polymorphisms (SNPs) / L. Pariset, M. Mariotti, M. Gargani, S. Joost, R. Negrini, T. Perez, M. Bruford, P. Ajmone Marsan, A. Valentini // The Scientific World Journal. - 2011. - Vol. 11. - pp. 1641-1659. - doi: 10.1100/2011/186342.

173. Pedrosa, S. Evidence of three maternal lineages in Near Eastern sheep supporting multiple domestication events / S. Pedrosa, M. Uzun, J. J. Arranz, B. Gutiérrez-Gil, F. San Primitivo, Y Bayón // Proceedings. Biological sciences. -2005. - Vol. 272. - No 1577. - pp. 2211-2217. - doi:10.1098/rspb.2005.3204.

174. Peng, M. S. DomeTree: a canonical toolkit for mitochondrial DNA analyses in domesticated animals / M. S. Peng, L. Fan, N. N. Shi, T. Ning, Y G. Yao, R. W. Murphy, W. Z. Wang, Y. P. Zhang // Molecular ecology resources. - 2015. -Vol. 15. - No 5. - pp. 1238-1242. - doi:10.1111/1755-0998.12386.

175. Pereira, F. Genetic signatures of a Mediterranean influence in Iberian Peninsula sheep husbandry / F. Pereira, S. J. Davis, L. Pereira, B. McEvoy, D. G. Bradley, A. Amorim // Molecular biology and evolution. - 2006. - Vol. 23. - No 7. - pp. 1420-1426. - doi: 10.1093/molbev/msl007.

176. Qiu, Q. The yak genome and adaptation to life at high altitude / Q. Qiu, G. Zhang, T. Ma, W. Qian, J. Wang, Z. Ye, C. Cao, Q. Hu, J. Kim, D.M. Larkin, et al. // Nat Genet. - 2012. - Vol.44. - №8. - P. 946-949.

177. Rafia, P. Sequence variations of mitochondrial DNA displacement-loop in Iranian indigenous sheep breeds / P. Rafia, A. Tarang // Iranian Journal of Applied Animal Science. - 2016. - Vol. 6. - pp. 363-368.

178. Ray N. Intra-deme molecular diversity in spatially expanding populations / N. Ray, M. Currat, L. Excoffier // Molecular biology and evolution. - 2003. - Vol. 20. - No 1. - pp. 76-86. - doi: 10.1093/molbev/msg009.

179. Rendel, J. Relationships between blood groups and the fat percentage of the milk in cattle / J. Rendel // Nature. - 1961. - Vol. 189. - pp. 408-409. -doi: 10.1038/189408a0

180. Resende, A. Mitochondrial DNA variation of domestic sheep (Ovis aries) in Kenya / A. Resende, J. Gonfalves, A. W. Muigai, F. Pereira // Animal genetics. -

2016. - Vol. 47. - No 3. - pp. 377-381. - doi:10.1111/age.12412.

181. Rezaei, H. R. Evolution and taxonomy of the wild species of the genus Ovis (Mammalia, Artiodactyla, Bovidae) / H. R. Rezaei, S. Naderi, I. C. Chintauan-Marquier, S. Jordan, P. Taberlet, A. T. Virk, H. R. Naghash, D. Rioux, M. Kaboli, G. Luikart, F. Pompanon // Molecular phylogenetics and evolution. - 2010. - Vol. 54. - No 2. - pp. 315-326. - doi:10.1016/j.ympev.2009.10.037.

182. Rizzi, E. Ancient DNA studies: new perspectives on old samples / E. Rizzi, M. Lari, E. Gigli, G. De Bellis, D. Caramelli // Genetics Selection Evolution. — 2012. — Vol. 44. — №1. — P. 21.

183. Rochus, C. M. Revealing the selection history of adaptive loci using genome-wide scans for selection: an example from domestic sheep / C. M. Rochus, F. Tortereau, F. Plisson-Petit, G. Restoux, C. Moreno-Romieux, G. Tosser-Klopp, B. Servin // BMC genomics. - 2018. - Vol. 19. - No 1. - pp. 71. -doi: 10.1186/s 12864-018-4447-x.

184. Rogers, A. R. Population growth makes waves in the distribution of pairwise genetic differences / A. R. Rogers, H. Harpending // Molecular biology and evolution. - 1992. - Vol. 9. - No 3. - pp. 552-569. -doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040727.

185. Ronquist, F. MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space / F. Ronquist, M. Teslenko, P. van der Mark, D.L. Ayres, A. Darling, S. Höhna, B. Larget, L. Liu, M.A. Suchard, J.P. Huelsenbeck // Systematic Biology. - 2012. - Vol. 61. - No 3. - pp. 539-542. -doi: 10.1093/sysbio/sys029.

186. Rozas, J. DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets / J. Rozas, A. Ferrer-Mata, J.C. Sanchez-DelBarrio, S. Guirao-Rico, P. Librado, S.E. Ramos-Onsins, A. Sanchez-Gracia // Molecular Biology and Evolution. -

2017. - Vol. 34. - No 12. - pp. 3299-3302. - doi: 10.1093/molbev/msx248.

187. Sabatini, S. Approaching sheep herds origins and the emergence of the wool economy in continental Europe during the Bronze Age / S. Sabatini, S. Bergerbrant, L.0. Brandt, A. Margaryan, M.E. Allentoft // Archaeological and Anthropological Sciences. - 2019. - Vol. 11. - pp. 4909-4925. - doi:10.1007/s12520-019-00856-x.

188. Salces-Ortiz, J. Differences in the ovine HSP90AA1 gene expression rates caused by two linked polymorphisms at its promoter affect rams sperm DNA fragmentation under environmental heat stress conditions / J. Salces-Ortiz, M. Ramón, C. González, M. D. Pérez-Guzmán, J. J. Garde, O. García-Álvarez, A. Maroto-Morales, J. H. Calvo, M. M. Serrano // PloS one. - 2015. - Vol. 10. - No 2. - pp. e0116360. - doi: 10.1371/journal.pone.0116360.

189. Sanna, D. The First Mitogenome of the Cyprus Mouflon (Ovis gmelini ophion): New Insights into the Phylogeny of the Genus Ovis / D. Sanna, M. Barbato, E. Hadjisterkotis, P. Cossu, L. Decandia, S. Trova, M. Pirastru, G. G. Leoni, S. Naitana, P. Francalacci, B. Masala, L. Manca, P. Mereu // PloS one. -2015. - Vol. 10. - No 12. - pp. e0144257. - doi:10.1371/journal.pone.0144257.

190. Schröder, O. Limited hybridization between domestic sheep and the European mouflon in Western Germany / O. Schröder, D. Lieckfeldt, W. Lutz, C.F. Rudloff, K. Frölich, A. Ludwig // European Journal of Wildlife Research. - 2016.

- Vol. 62. - No . - pp. 307 - 314. - doi:10.1007/s10344-016-1003-3.

191. Schroeder, O. Endogenous Retroviral Insertions Indicate a Secondary Introduction of Domestic Sheep Lineages to the Caucasus and Central Asia between the Bronze and Iron Age / O. Schroeder, N. Benecke, K. Frölich, Z. Peng, K. Kaniuth, L. Sverchkov, S. Reinhold, A. Belinskiy, A. Ludwig, // Genes. - 2017.

- Vol. 8. - No 6. - pp. 165. - doi:10.3390/genes8060165.

192. Sharma, R. Microsatellite and mitochondrial DNA analyses unveil the genetic structure of native sheep breeds from three major agro-ecological regions of India / R. Sharma, S. Ahlawat, H. Sharma, P. Sharma, P. Panchal, R. Arora, M. S. Tantia // Scientific reports. - 2020. - Vol. 10. - No 1. - pp. 20422. -doi:10.1038/s41598-020-77480-6.

193. Shen, R. High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays / R. Shen, J. B. Fan, D. Campbell, W. Chang, J. Chen, D. Doucet, J. Yeakley, M. Bibikova, E. Wickham Garcia, C. McBride, F. Steemers, F. Garcia, B. G. Kermani, K. Gunderson, A. Oliphant // Mutation research. - 2005. -Vol. 573. - No 1-2. - pp 70-82. - doi:10.1016/j.mrfmmm.2004.07.022.

194. Shi, S. Y. Copy number variation of MYLK4 gene and its growth traits of Capra hircus (goat) / S. Y. Shi, L. J. Li, Z. J. Zhang, E.-Y Wang, J. Wang, J.-W. Xu, H.-B. Liu, Y-F. Wen, H. He, C.-Z. Lei, H. Chen, Y-Z. Huang // Animal biotechnology. - 2019. - Vol. 31. - No 6. - pp. 532-537. - doi: 10.1080/10495398.2019.1635137.

195. Singh, S. Extensive variation and sub-structuring in lineage A mtDNA in Indian sheep: genetic evidence for domestication of sheep in India / S. Singh, S. Jr, Kumar, A. P. Kolte, S. Kumar // PloS one. - 2013. - Vol. 8. - No 11. - pp. e77858.

- doi:10.1371/journal.pone.0077858.

196. Spangler, G. L. Whole genome structural analysis of Caribbean hair sheep reveals quantitative link to West African ancestry / G. L. Spangler, B. D. Rosen, M. B. Ilori, O. Hanotte, E. S. Kim, T. S. Sonstegard, J. M. Burke, J. L. M. Morgan, D. R. Notter, C. P. Van Tassell // PloS one. - 2017. - Vol. 12. - No 6. - pp. e0179021.

- doi:10.1371/journal.pone.0179021.

197. Sultana, S. Mitochondrial DNA diversity of Pakistani goats / S. Sultana, H. Mannen, S. Tsuji // Animal genetics. - 2003. - Vol. 34. - No 6. - pp. 417-421. -doi: 10.1046/j.0268-9146.2003.01040.x.

198. Tabata, R. The Eurasian Steppe is an important goat propagation route: A phylogeographic analysis using mitochondrial DNA and Y-chromosome sequences of Kazakhstani goats Kawaguchi / R. Tabata, F. Kawaguchi, S. Sasazaki, Y. Yamamoto, M. Bakhtin, P. Kazymbet, A. Meldevekob, M. Z. Suleimenov, M. Nishibori, H. Mannen // Animal Science Journal. - 2019. - Vol. 90. - pp. 317322. - doi: 10.1111/asj.13144

199. Tajima, F. Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism / F. Tajima // Genetics. - 1989. - Vol. 123. - No 3. - pp. 585-595. - doi:10.1093/genetics/123.3.585.

200. Tapio, M. Sheep mitochondrial DNA variation in European, Caucasian, and Central Asian areas / M. Tapio, N. Marzanov, M. Ozerov, M. Cinkulov, G. Gonzarenko, T. Kiselyova, M. Murawski, H. Viinalass, J. Kantanen // Molecular biology and evolution. - 2006. - Vol. 23. - No 9. - pp. 1776-1783. -doi: 10.1093/molbev/msl043.

201. Tarlykov, P. Mitochondrial DNA analysis of ancient sheep from Kazakhstan: evidence for early sheep introduction / P. Tarlykov, S. Atavliyeva, D. Auganova, I. Akhmetollayev, T. Loshakova, V. Varfolomeev, Y. Ramankulov, // Heliyon. -2021. - Vol. 7. - No 9. - pp. e08011. - doi:10.1016/j.heliyon.2021.e08011.

202. Tautz, D. Notes on the definition and nomenclature of tandemly repetitive DNA sequences / D. Tautz // EXS. - 1993. - Vol. 67. - pp. 21-28. -doi: 10.1007/978-3-0348-8583-6_2

203. Taylor, W. T. T. Evidence for early dispersal of domestic sheep into Central Asia / W. T. T. Taylor, M. Pruvost, C. Posth, W. Rendu, M. T. Krajcarz, A. Abdykanova, G. Brancaleoni, R. Spengler, T. Hermes, S. Schiavinato, G. Hodgins, R. Stahl, J. Min, S. Alisher Kyzy, S. Fedorowicz, L. Orlando, K. Douka, A. Krivoshapkin, C. Jeong, C. Warinner, ... S. Shnaider // Nature human behaviour. -2021. - Vol. 5. - No 9. - pp. 1169-1179. - doi:10.1038/s41562-021 -01083-y.

204. Torres, T. E. Molecular identification of Diptera of forensic importance with the gene (COI Barcode), La Paz Bolivia / T. E. Torres, V. P. Castillo, A. B. Calderón // Medicina Legal de Costa Rica. - 2020. - Vol. 37. - No 2. - pp. 93-101.

205. Vaiman, D. Conservation of a syntenic group of microsatellite loci between cattle and sheep / D. Vaiman, M. Imam-Ghali, K. Moazami-Goudarzi, G. Guérin, C. Grohs, H. Levéziel, N. Saïdi-Mehtar // Mammalian genome: official journal of the International Mammalian Genome Society. - 1994. - Vol. 5. - No 5. - pp. 310314. - doi:10.1007/BF00389547.

206. Vignal, A. A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics / A. Vignal, D. Milan, M. SanCristobal, A. Eggen // Genetics, Selection, Evolution. - 2002. - Vol. 34. - No 3. - pp. 275-305. - DOI: 10.1051/gse:2002009

207. Vogt, P. Potential genetic functions of tandem repeated DNA sequence blocks in the human genome are based on a highly conserved "chromatin folding code" / P. Vogt // Human genetics. - 1990. - Vol. 84. - No 4. - pp. 301-336. -doi:10.1007/BF00196228.

208. Vretemark, M. Subsistence Strategies. Organizing Bronze Age Societies / M. Vretemark, H.-P. Stika, B. Berzsenyi, P. S. Henriksen // Cambridge: Cambridge University Press. - 2010. - pp. 155-184. - doi:10.1017/CBO978Q511779282.007.

209. Wang, G. D. Domestication genomics: evidence from animals / G. D. Wang, H. B. Xie, M. S. Peng, D. Irwin, Y. P. Zhang // Annu. Rev. Anim. Biosci. - 2014. -V. 2. - p. 65-84

210. Wang, H. Genome-wide specific selection in three domestic sheep breeds / H. Wang, L. Zhang, J. Cao, M. Wu, X. Ma, Z. Liu, R. Liu, F. Zhao, C. Wei, L. Du // PLoS One. - 2015. - V. 10. - No 6.

211. Wang, X. High-altitude adaptation in vertebrates as revealed by mitochondrial genome analyses / X. Wang, S. Zhou, X. Wu, Q. Wei, Y. Shang, G. Sun, X. Mei, Y Dong, W. Sha, H. Zhang // Ecology and evolution. - 2021. - V. 11. - No 21. - p.15077-15084. - doi:10.1002/ece3.8189.

212. Wares, J. P. Phylogeography and historical ecology of the North Atlantic intertidal / J. P. Wares, C. W. Cunningham // Evolution; international journal of organic evolution. - 2001. - Vol. 55. - No 12. - pp. 2455-2469. -doi:10.1111/j.0014-3820.2001.tb00760.x.

213. Weber, J. L. Informativeness of human (dC-dA)n(dG-dT)n polymorphisms / J. L. Weber // Genomics. - 1990. - Vol. 7. - No 4. - pp. 524-530. -doi: 10.1016/0888-7543(90)90195-z.

214. Wei, C. Genome-wide analysis reveals population structure and selection in Chinese indigenous sheep breeds / C. Wei, H. Wang, G. Liu, M. Wu, J. Cao, Z. Liu, R. Liu, F. Zhao, L. Zhang, J. Lu, et al. // BMC Genomics. - 2015. - V. 16. - p. 194

215. Winter0, A. K. Variable (dG-dT)n.(dC-dA)n sequences in the porcine genome / A. K. Wintere, M. Fredholm, P. D. Thomsen // Genomics. - 1992. - Vol. 12. - No 2. - pp. 281-288. - doi:10.1016/0888-7543(92)90375-3.

216. Wood, N. J. Variation in the control region sequence of the sheep mitochondrial genome / N. J. Wood, S. H. Phua // Animal genetics. - 1996. - Vol. 27. - No 1. - pp. 25-33. - doi: 10.1111/j.1365-2052.1996.tb01173.x.

217. Wu, G.S. Population phylogenomic analysis of mitochondrial DNA in wild boars and domestic pigs revealed multiple domestication events in East Asia / Yao YG., Qu K.X., Ding Z.L., Li H., Palanichamy M.G., Duan Z.Y, Li N., Chen YS., Zhang Y.P // Genome biology. - 2007. - Vol. 8. - No 11. - pp. R245. -doi:10.1186/gb-2007-8-11 -r245.

218. Xu, S. High altitude adaptation and phylogenetic analysis of Tibetan horse based on the mitochondrial genome / S. Xu, J. Luosang, S. Hua, J. He, A. Ciren, W. Wang, X. Tong, Y Liang, J. Wang, X. Zheng // Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao. - 2007. - Vol. 34. - No 8. - pp. 720-729. -doi:10.1016/S1673-8527(07)60081-2.

219. Xu, Y. Associations of MYH3 gene copy number variations with transcriptional expression and growth traits in Chinese cattle / Y Xu, T. Shi, H. Cai, Y Zhou, X. Lan, C. Zhang, C. Lei, X. Qi, H. Chen // Gene. - 2014. - Vol. 535. -No 2. - pp. 106-111. - doi: 10.1016/j.gene.2013.11.057.

220. Yang, C. Sixteen Years of DNA Barcoding in China: What Has Been Done? What Can Be Done? / C. Yang, Q. Lv, A. Zhang // Frontiers in Ecology and Evolution. - 2020. - Vol. 8. - 57p. - doi:10.3389/fevo.2020.00057.

221. Yang, J. Whole-genome sequencing of native sheep provides insights into rapid adaptations to extreme environments / J. Yang, W.R. Li, F.H. Lv, S.G. He, S.L. Tian, W.F. Peng, Y.W. Sun, YX. Zhao, X.L. Tu, M. Zhang, et al. // Mol Biol Evol. - 2016. - Vol. 33. - №10. - P. 2576-2592.

222. Yang, Z. Novel copy number variation of the BAG4 gene is associated with growth traits in three Chinese sheep populations / Z. Yang, X. Cao, Y. Ma, J. Cheng, C. Song, R. Jiang, X. Wang, Y. Huang, C. Buren, X. Lan, E. E. Ibrahim, L. Hu, H. Chen // Animal biotechnology. - 2021. - Vol. 32. - No 4. - pp. 461-469. -doi: 10.1080/10495398.2020.1719124.

223. Zeder M. A. Domestication and early agriculture in the Mediterranean Basin: Origins, diffusion, and impact / M. A. Zeder // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2008. - Vol. 105. - No 33. - pp. 11597-11604. - doi:10.1073/pnas.0801317105.

224. Zeder M. A. Domestication as a model system for the extended evolutionary synthesis / M. A. Zeder // Interface focus. - 2017. - Vol. 7. - No 5. - pp. 20160133. - doi:10.1098/rsfs.2016.0133 .

225. Zenke, P. Wildlife protection: Demonstrability of wildlife crime with forensic DNA analysis Casework applications / P. Zenke, B. Egyed, Z. Padar // Magyar Allatorvosok Lapja. - 2017. - Vol. 139 - pp. 631-639.

226. Zhao, X. High-altitude adaptation of Tibetan chicken from MT-COI and ATP-6 perspective / X. Zhao, N. Wu, Q. Zhu, U. Gaur, T. Gu, D. Li // Mitochondrial DNA. Part A, DNA mapping, sequencing, and analysis. - 2016. - Vol. 27. - No 5. - p. 3280-3288. - doi:10.3109/19401736.2015.1015006.

227. Zhong, Y. Genetic diversity of Procambarus clarkii populations based on mitochondrial DNA and microsatellite markers in different areas of Guangxi, China / Y Zhong, Z. Tang, L. Huang, D. Wang, Z. Lu // Mitochondrial DNA. Part A, DNA mapping, sequencing, and analysis. - 2020. - Vol. 31. - No 2. - p. 4856. - doi: 10.1080/24701394.2020.1721484

228. Zinovieva N.A. Study of genetic diversity and population structure of five Russian cattle breeds using whole genome SNP analysis / N.A. Zinovieva, A.V. Dotsev, A.A. Sermyagin, K. Wimmers, H. Reyer, J. Sölkner, T.E. Deniskova, G. Brem // Sel'skokhozyaistvennaya biologiya. - 2016. - Vol. 51. - No 6. - pp. 788800. - doi: 10.15389/agrobiology.2016.6.788eng.