CREA - зависимая углеродная катаболитная репрессия в Penicillium canescens тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Чулкин, Андрей Михайлович

• Чулкин, Андрей Михайлович
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Чулкин, Андрей Михайлович

Введение.

Список сокращений, использованных в работе.

1. Обзор литературы.

1.1. Углеродная катаболитная репрессия в S. cerevisiae.

1.1.1. Miglp и Mig2p.

1.1.2. Киназный комплекс SNF1.

1.1.3. Каталитическая субъединица Snflp.

1.1.4. Бета - субъединицы.

1.1.5. Субъединица Snf4p.

1.1Л. Snflp-активирующие киназы Saklp; Elmlp, and Tos3p.

1.8. Белковая фосфатаза Regíp-Glc7p.

1.1.9. Hxk2p.

1.1.Ш Ssn6p(Gyc8p)-Tuplp.

1.1.11. Механизм углеродной катаболитной репрессии в S. cerevisiae

1;2. Углеродная катаболитная репрессия- в Ai nidülans.28?

1.2.1. CreA.

1.2.2. Ale — система.

1.2.3. СгеВ-и CreC.;.:.

1.2.4¿ CreD и HuIA.

1.2.5. AcrB.

1.3. Углеродная катаболитная репрессия в других мицелиальных грибах.;.

2. Материалы и методы.

2.1. Реактивы, плазмидные вектора, ферменты.

2.2. Бактериальные и грибные штаммы.;.

2.3. Среды.

2.4¿ Культивирование

2.5; Буферные растворы.

2.6. Общие методы.:.

2.7. Измерение активностей ферментов;.

2.81 Качественный анализ экспрессии белков эндо-1-4-бета-ксиланазы и бета-галактозидазы на чашках Петри.

2.9. Мутагенез спор гриба Р. сапеБсепБ.48<

2.10.1 Трансформация гриба .48;

2111».Злектрофоретическое разделение белков.

2.12. Выделение высокомолекулярной ДНК из грибного мицелия.

21131 Выделение ДНК из грибного мицелия;.50«

2.14. Выделение РНК из грибного мицелия.

2.15. Получение а-Р32-меченых.фрагментов ДНК.

2.16. Гибридизация.1.

2.17. Скрининг фаговой библиотеки генов и анализ ДНК рекомбинантныхфагов.

2.18. Приготовление образцов ДНК для ЕМЗА.53^

2:19ЬЕМ8^:.;.

2.20. Обратная транскрипция РНК и ПЦР-РВ.

2121'. Плазмидная,трансформация клеток :/?. соН.

21221 Экст1рессия^гентсгеА}Р:сапе8сеп8В1Клет¥^^Е:со1К.

2123; Жидкостная* хроматография белков.

2.241 Компьютерные программы для анализа нуклеотидных последовательностей ДНК.

2.25. Определение нуклеотиднойшоследовательности ДНК.57'

2.26. Клонирование гена сгеА Р. сапеБсет.

2.27. Клонирование гена ¡*р(1АР. сапеьсепъ.;.

2.281 Конструирование плазмид рЕТСгеА и рЕТ-ХпКСгеА.

2.29. Конструирование плазмиды рХНРН.60^

2130. Конструирование плазмиды р6РО::сгеА::ОЕР.612.311. Использованные в работе синтетические олигонуклеотиды;.

31 Результаты и их обсуждение.

3.1. Клонированиегена сгеА Р. сапеБсет.

3:2: Структура гена сгеА* Р. сапеБсепБ.

3.3. Клонирование гена ¿^¿¿^глицеральдегид 3-фосфат дегидрогеназы

Р. сапеБсет.

3.4. Структура гена gpdA Р. сапеБсет.

3.5. Анализ транскрипции сгеА Р. сапеБсеш при росте на различных источниках углерода методом ПЦР-РВ.

3.6. Анализ локализации СгеА в клетках Р. сапеБсет.

3.7. Определение сайтов связывания СгеА Р. сапеБсет с промоторами генов сгеЛ,ху1А и^аБ.

З.7.Г. Экспрессия гена сгеА Р. сапе8сепБ в клетках Е.соИ.

3;7.2. Анализ взаимодействия промоторов генов ху1А\ bgaS и сгеА"Р. сапеБсет с белком-СгеА Р: сапеБсет методом ЕМвА.80'

3.8: Получение мутантов по^углеродной катаболитной репрессии Р. сапезсет.

3.9: Анализ-продукции эндо-Г-4-бета-ксиланазьгХу1А в>мутантных по* углеродной катаболитной репрессии, штаммах.

3.101 Анализ мутации в^штаммах.

3.11. Анализ транскрипции генов х^/Л/№сг£^4»в^мутантных штаммах.9Ь

31121 Получение мутантов по арабинозной активации в.мутантах поуглероднойзкатаболитной репрессии Р. сапеъсеш.

3.13. Анализ промоторной специфичности! выделенных мутантов на модели промоторовлу/Л'и^а^'.93'

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «CREA - зависимая углеродная катаболитная репрессия в Penicillium canescens»

Углеродная катаболитная репрессия — это механизм, который позволяет организмам осуществлять последовательную утилизацию источников углерода, начиная с более предпочтительных (быстро утилизируемых и более энергетически выгодных). Обычно это достигается блокированием синтеза ферментов, вовлеченных в метаболизм менее предпочтительных источников углерода.

Углеродная катаболитная репрессия - хорошо изученный пример регулирования транскрипции генов. Она также известна как «глюкозная репрессия», поскольку глюкоза — наиболее выгодный источник энергии и самый' репрессирующий источник углерода. Углеродная катаболитная репрессия осуществляется и в прокариотах, и в эукариотах. В' бактериях, прокариотах, углеродная катаболитная! репрессия помогает оптимизировать их рост на естественных средах, представляющих собой сложные смеси питательных веществ. В эукариотах углеродная катаболитная репрессия приводит к точному регулированию транскрипции, генов для оптимального метаболизма простых и сложных источников углерода. Показано; что в дрожжах Saccharomyces cerevisiae большое количество1 генов вовлечено в механизм репрессии [92]. Углеродная катаболитная репрессия была также изучена в различных мицелиальных грибах, включая Aspergillus nidulans, Trichoderma reesei и Sclerotinia sclerotiorum. Исследования углеродной катаболитной репрессии в S. cerevisiae и в мицелиальных грибах показали, что они имеют отличный от бактерий механизм глюкозной репрессии.

Штамм P. canescens F178 (ВКПМ) — природный почвенный изолят, который был выделен как продуцент (3- галактозидазы. Этот штамм характеризуется большой продукцией внеклеточного белка (до 5 г/л), высокой скоростью роста и низким количеством секретируемых протеиназ. Все эти свойства делают его перспективным биотехнологическим объектом.

Кроме того, исследования свойств этого организма, показали, что культуральная жидкость, полученная при его росте в жидкой среде со свекловичным жомом в качестве источника углерода, кроме ß-галактозидазной, обладает значительной a-L-арабинофуранозидазной и эндо-ксиланазной активностью, и что синтез всех трех ферментов индуцируется арабинозой и подвержена.углеродной катаболитной репрессии [7].

Также было показано, что в пути катаболизма арабинозы у P. canescens Fl78 имеется дефект на уровне фермента арабитол- дегидрогеназы, приводящий к нарушению катаболизма арабинозы и внутриклеточному накоплению L-арабитола [3]. По-видимому, именно внутриклеточное накопление L-арабитола-. вызывает повышенный- синтез ферментов, индуцируемых арабинозой, прежде всего ß-галактозидазы, ксиланазы и a-L-арабинофуранозидазы.

Гены bgaS и xylA, кодирующие секретируемую ß- галактозидазу (BgaS) и эндо-1,4-бета-ксиланазу (XylA), ранее были клонированы и секвенированы [8, 9]: Штаммы, полученные введением дополнительных копий этих генов, показывали увеличенную в 8-12 раз. продукцию ферментов* [6, 9], кодируемых этими генами.

Сильные промоторы генов bgaS и xylA также- использовались, для экспрессии^ генов фитазы phyA [10]; эндоглюканаз egl2 и egl3 [11, 12] Р. canescens, и гена лакказы lad Trametes hirsuta [2].

Актуальность темы исследования связана, с непрерывно возрастающими, потребностями в больших количествах ферментных препаратов, используемых в пищевой и целлюлозно-бумажной промышленности, в* производстве кормов и биотоплива, и продуцируемых мицелиальными грибами. Продуктами этих ферментов8 являются'моно- , ди-и олиго- сахариды, которые, при их избытке, вызывают репрессию транскрипции этих ферментов, используя механизм углеродной катаболитной репрессии. Таким образом, изучение регуляции углеродной катаболитной репрессии в мицелиальных грибах является ключевым моментом для использования их как промышленных продуцентов ферментов и других белковых молекул.

Исходя из этого, было решено изучить молекулярно- генетические механизмы углеродной катаболитной репрессии в мицелиальном грибе Р. сапеБсет. Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:

Клонировать ген сгеА Р.сапеясет, кодирующий репрессор транскрипции генов, подверженных углеродной катаболитной репрессии;

Изучить его регуляцию на уровне транскрипции и локализацию белкового продукта;

Определить сайты связывания репрессора СгеА с промоторами генов — мишеней;

Получить и охарактеризовать мутантные по углеродной катаболитной репрессии штаммы Р. сапеясет.

Список сокращений, использованных в работе

КФ - классификация ферментов по рекомендациям Международного

Биохимического Союза [1] ПЦР - полимеразно-цепная реакция ПЦР-РВ, ПЦР во времени п.н. - пара нуклеотидов т.п.н. - тысяча пар нуклеотидов ПААГ - полиакриламидный гель SDS - додецилсульфат натрия

EMSA - Electrophoretic Mobility Shift Assay (метод анализа ДНК- белкового взаимодействия, основанный на смещении электрофоретической подвижности меченой ДНК, связавшейся с белком) ОНФГ- о-нитрофенил-р-О-галактопиранозид DTT- dithiothreitol (дитиотриэтол) ИПТГ- изопропил-p-D-1 -тиогалактопиранозид

1*. Обзор литературы

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Чулкин, Андрей Михайлович

Выводы

1. Клонирован и секвенирован ген сгеА Р. сапеБсет, кодирующий центральный регулятор углеродной катаболитной репрессии генов репрессор СгеА.

2. Транскрипция гена сгеА авторегулирована и уменьшается в присутствии проверенных источников углерода, однако увеличение транскрипта в отсутствии источников углерода не приводит к репрессии транскрипции генов - мишеней.

3. Гибридный белок CreA::GFP имеет внутриядерную локализацию, независимо от источника углерода и от концентрации глюкозы в среде, и, таким образом, локализация СгеА в клетке не является ключевым механизмом в осуществлении CCR в P. canescens.

4. В промоторах генов bgaS, xylA и creA идентифицированы сайты связывания с белком СгеА.

5. Получены мутантные по углеродной катаболитной репрессии штаммы мицелиального гриба Р. canescens. Показано, что они содержат мутации в гене ere А, приводящие к дерепрессии гена xylA и, собственно, creА на уровне транскрипции.

6. На основе cre А мутанта получены штаммы с арабинозо — независимой экспрессией генов bgaS и xylA, перспективные для создания на их основе штаммов-продуцентов белков

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Чулкин, Андрей Михайлович, 2011 год

1. Номенклатура ферментов: Рекомендации Международного Биохимического Союза: М.: ВИНИТИ, 1979. - 312 с.

2. Абянова А.Р., Чулкин А.М., Вавилова Е.А., и др. Гетерологичная продукция лакказы Trametes hirsuta в грибах Pénicillium canescens // Прикладная биохимия и микробиология. 2010. - Т. 46. - № 3. - С. 342347.

3. Вавилова Е.А., Антонова C.B., Барсуков Е.Д., и др. Механизм суперпродукции секретируемых ферментов у мицелиального гриба Pénicillium canescens II Прикладная биохимия и микробиология. 2003. - Т. 39. - № 3. - С. 284-292.

4. Вавилова Е.А., Винецкий Ю.П. Индукция синтеза эндо-1,4-р ксиланазы и Р-галактозидазы в исходных и рекомбинантных штаммах гриба Pénicillium canescens // Прикладная биохимия и микробиология. 2003. -Т. 39.-№2.-С. 133-159.

5. Маниатис Т., Фрич Э., Сембрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: М.: Мир, 1984. - 480 с.

6. Николаев И.В., Беккер О.Б., Серебряный В.А., и др. Суперпродукция секретируемой бета-галактозидазы мицелиальным грибом Pénicillium canescens: структура гена и конструкция мультикопийного продуцента //Биотехнология. 1999. - Т. - № 3. - С. 3-13.

7. Николаев И.В., Винецкий Ю.П. L-арабиноза индуцирует синтез секретируемой р-галактозидазы у мицелиального гриба Pénicillium canescens//Биохимия. 1998. - Т. 63. -№ 11. - С. 1523-1528.

8. Николаев И.В., Епишин С.М., Захарова Е.С., и др. Молекулярное клонирование гена секретируемой Р-галактозидазы мицелиального гриба Pénicillium canescens // Молекулярная биология. 1992. - Т. 26. -№ 4. - С. 869-875.

9. Серебряный; В.А., Вавилова Е.А., Чулкин A.M., и др. Клонирование гена эндо-1,4-Р-ксиланазы Pénicillium canescens и получение мультикопийных штаммов // Прикладная биохимия и микробиология. -2002. Т. 38.-№ 5.- С. 495-501.

10. Синицына O.A., Федорова Е.А., Семенова М.В., и др. Выделение и свойства внеклеточной'пектинлиазы Pénicillium canescens//Биохимия.- 2007. Т. 72. - № 5. - С. 699 - 706. .

11. Чулкин A.M., Логинов Д.С., Вавилова Е.А., и др. Энзимологические свойства эндо-(1-4)-Р-глюканазы Egl2p Pénicillium; canescens и характеристика структурного гена egl2 // Биохимия. 2009. - Т. 74; - № 6.-С. 805-813.

12. Чулкин A.M., Логинов: Д.С., Вавилова Е.А.,и др. Клонирование гена egl3 эндо-(1-4)-Р-глюканазы Pénicillium canescens и характеристика рекомбинантного фермента // Прикладная биохимия и: микробиология.- 2009. Т. 45. - № 2. - С. 163-170. ' ;

13. Adams J., ChenZ.P.,Van DenderenB.J., Morton C.J:, Parker M.W., Witters L.A., Stapleton D., Kèmp B.E. Intrasteric control of AMPK via the gamma 1 subunit AMP allosteric regulatory site // Protein Sci. 2004. - Voh. 13. - № 1.-P. 155-165.

14. Ahuatzi D.,. Herrero P., de la Cera T., Moreno F. The glucose-regulated nuclear localization of hexokinase 2 in Saccharomyces cerevisiae is Migldependent// J Biol Chem. 2004: - Vol: 279.-№ 14.-P. 14440-14446.

15. Ahuatzi D;, Riera A., Pelaez R., Flerrero P., Moreno F. Ыхк2 regulates the phosphorylation state of Migl and therefore its nucleocytoplasmic distribution // J Biol Chem. 2007. - Vol. 282. - №7. - P. 4485-4493.

16. Aleksenko A.Y., Makarova N.A., Nikolaev I.V., Clutterbuck A.J. Integrative and replicative transformation of Pénicillium canescens with a heterologous.nitrate-reductase gene // Curr.Genet. 1995. - Vol. 28:. - P. 474-477.

17. Alepuz P.M., Cunningham K.W., Estruch F. Glucose repression affects ion homeostasis in yeast through the regulation of the stress-activated ENA1 gene // Mol Microbiol. 1997. - Vol. 26. - № 1. - P. 91-98.

18. Amerik A.Y., Hochstrasser M. Mechanism and function of deubiquitinating enzymes // Biochim Biophys Acta. 2004. - Vol. 1695. - № 1-3. - P. 189207.

19. Andoh T., Hirata Y., Kikuchi A. PY motifs of Rodl are required for binding to Rsp5 and for drug resistance // FEBS Lett. 2002. - Vol. 525. - № 1-3. -P. 131-134.

20. Arst H.N., Jr., Cove D.J. Nitrogen metabolite repression in Aspergillus nidulans // Mol Gen Genet. 1973. - Vol. 126. - № 2. - P. 111-141.

21. Arst H.N., Jr., Tollervey D., Dowzer C.E., Kelly J.M. An. inversion* truncating the creA gene of Aspergillus nidulans results in carbon catabolite derepression // Mol Microbiol. 1990. - Vol. 4. - № 5. - P. 851-854.

22. Ashrafi K., Lin S.S., Manchester J.K., Gordon J.I. Sip2p and its partner snflp kinase affect aging in S. cerevisiae // Genes .Dev. 2000. - Vol. 14. -№ 15.-P. 1872-1885.

23. Bailey C., Arst H.N., Jr. Carbon catabolite repression in Aspergillos nidulans // Eur J Biochem. 1975. - Vol. 51. - № 2. - P. 573-577.

24. Basrai M.A., Velculescu V.E., Kinzler K.W., Hieter P. NORF5/HUG1 is a component of the MEC1-mediated checkpoint response to DNA damage and replication arrest in Saccharomyces cerevisiae // Mol Cell Biol. 1999. -Vol. 19. - № 10. - P. 7041-7049.

25. Bateman A. The structure of a domain common to archaebacteria and the homocystinuria disease protein // Trends Biochem Sci. 1997. - Vol. 22. -№ l.-P. 12-13.

26. Bjorklund S., Gustafsson C.M. The yeast Mediator complex and its regulation // Trends Biochem Sci. 2005. - Vol. 30. - № 5. - P. 240-244.

27. Boase N.A., Kelly J.M. A role for creD, a carbon catabolite repression gene from Aspergillus nidulans, in ubiquitination // Mol Microbiol. 2004. - Vol. 53. - № 3. - P. 929-940.

28. Bohley P., Seglen P.O. Proteases and proteolysis in the lysosome // Experientia. 1992. - Vol-. 48. - № 2. - P. 151-157.

29. Bonifacino J.S., Weissman A.M. Ubiquitin and the control of protein fate in the secretory and endocytic pathways // Annu Rev Cell Dev Biol. 1998. -Vol. 14. -P. 19-57.

30. Bouquin N., Barral Y., Courbeyrette R., Blondel M., Snyder M., Mann C. Regulation' of cytokinesis by the Elml protein kinase in Saccharomyces cerevisiae // J Cell Scii 2000. - Vol. 113 ( Pt 8). - P. 1435-1445.

31. Carlson M. Glucose repression in yeast // Curr Opin Microbiol. 1999. -Vol. 2. - № 2. - P. 202-207.

32. Carlson M., Osmond B.C., Botstein D. Mutants of yeast defective in sucrose utilization // Genetics. 1981. - Vol. 98. - № 1. - P. 25-40.

33. Celenza J.L., Carlson M. Cloning and genetic mapping of SNF1, a gene required for expression of glucose-repressible genes in Saccharomyces cerevisiae // Mol Cell Biol. 1984. - Vol. 4. - № 1. - P. 49-53.

34. Celenza1 J.L., Carlson M. Mutational analysis of the Saccharomyces cerevisiae SNF1 protein kinase and evidence for functional interaction with the SNF4 protein // Mol Cell Biol. 1989. - Vol. 9. - № 11. - P. 5034-5044.

35. Celenza J.L., Carlson M. Structure and expression of the SNF1 gene of Saccharomyces cerevisiae // Mol Cell Biol. 1984. - Vol. 4. - № 1. - P. 5460.

36. Celenza J.L., Carlson M. A yeast gene that is essential for release from glucose repression encodes a protein kinase // Science. 1986. - Vol. 233. -№4769.-P. 1175-1180.

37. Celenza J.L., Eng F J., Carlson M. Molecular analysis of the SNF4 gene of Saccharomyces cerevisiae: evidence for physical association of the SNF4 protein with the SNF1 protein kinase // Mol Cell Biol. 1989. - Vol. 9. - № 11.-P. 5045-5054.

38. Chalmers J.H. Chromogenic and fluorogenic substrates for assaying xylanases of Neurospora // Fungal Genetics Newsletter. 1990. - Vol. 37. -P. 25-31.

39. Chung C.H., Baek S.H. Deubiquitinating enzymes: their diversity and-emerging roles // Biochem Biophys Res Commun. 1999. - Vol. 266. - № 3. -P. 633-640.

40. Chung C.T., Niemela S.L., Miller R.H. One-step preparation of competent Escherichia coli: transformation and storage of bacterial cells in the same solution // Proc Natl Acad Sci USA.- 1989. Vol. 86. - № 7. - P.2172-2175.

41. Ciechanover A., Iwai K. The ubiquitin system: from basic mechanisms to the patient bed // IUBMB Life. 2004. - Vol. 56. - № 4. - P. 193-201.

42. Cubero B., Scazzocchio C. Two different, adjacent and divergent zinc finger binding sites are necessary for CREA-mediated carbon catabolite repression in the proline gene cluster of Aspergillus nidulans // EMBO J. 1994. - Vol. 13. -№2.-P. 407-415.

43. Cullen P.J., Sprague G.F., Jr. Glucose depletion causes haploid invasive growth in yeast // Proc Natl Acad Sci USA.- 2000. Vol. 97. - № 25. - P. 13619-13624.

44. Davie J.K., Edmondson D.G., Coco C.B., Dent S.Y. Tupl-Ssn6 interacts with multiple class I histone deacetylases in vivo // J Biol Chem. 2003. -Vol. 278. - № 50. - P. 50158-50162.

45. Davie J.K., Trumbly R.J., Dent S.Y. Histone-dependent association of Tupl-Ssn6 with repressed genes in vivo // Mol Cell Biol. 2002. - Vol. 22. - № 3. -P. 693-703.

46. De Vit M.J., Waddle J.A., Johnston M. Regulated nuclear translocation of the Migl glucose repressor // Mol Biol Cell. 1997. - Vol. 8. - № 8. - P. 1603-1618.

47. DeVit M.J., Johnston M. The nuclear exportin Msn5 is required for nuclear export of the Migl glucose repressor of Saccharomyces cerevisiae // Curr Biol. 1999. - Vol. 9.-№21.-P. 1231-1241.

48. Dowzer C.E., Kelly J.M. Analysis of the creA gene, a regulator of carbon catabolite repression in Aspergillus nidulans // Mol Cell Biol. 1991. - Vol. 11. -№11. -P. 5701-5709.

49. Dowzer C.E., Kelly J.M. Cloning of the creA gene from Aspergillus nidulans: a gene involved in carbon catabolite repression // Curr Genet. -1989. Vol. 15. - № 6. - P. 457-459.

50. Dubacq C., Chevalier A., Mann C. The protein kinase Snfl is required for tolerance to the ribonucleotide reductase inhibitor hydroxyurea // Mol Cell Biol. 2004. - Vol. 24. - № 6. - P. 2560-2572.

51. Dupre S., Urban-Grimal D., Haguenauer-Tsapis R. Ubiquitin and endocytic internalization in yeast and animal cells // Biochim Biophys Acta. 2004. -Vol. 1695.-№ 1-3.-P. 89-111.

52. Edmondson D.G., Smith M.M., Roth S.Y. Repression domain of the yeast global repressor Tupl interacts directly with histones H3 and H4 // Genes Dev. 1996. - Vol. 10. - № 10. - P. 1247-1259.

53. Elbing K., Rubenstein E.M., McCartney R.R., Schmidt M.C. Subunits of the Snfl kinase heterotrimer show interdependence for association and activity //J Biol Chem. 2006. - Vol. 281. - № 36. - P. 26170-26180.

54. Elledge S.J., Zhou Z., Allen J.B., Navas T.A. DNA damage and cell cycle regulation of ribonucleotide reductase // Bioessays. 1993. - Vol. 15. - № 5. -P. 333-339.

55. Estruch F., Treitel M.A., Yang X., Carlson M. N-terminal mutations modulate yeast SNF1 protein kinase function // Genetics. 1992. - Vol. 132. - № 3. - P. 639-650.

56. Felenbok B. The ethanol utilization regulon of Aspergillus» nidulans: the alcA-alcR system as a tool for the expression of recombinant proteins // J' Biotechnol.- 1991.-Vol. 17. -№ l.-P. 11-17.

57. Felenbok B., Flipphi M., Nikolaev I. Ethanol catabolism in Aspergillus nidulans: a model system for studying gene regulation // Prog Nucleic Acid Res Mol Biol; 2001. - Vol. 69. - P. 149-204.

58. Felenbok B., Sealy-Lewis H. M., in "Aspergillus: 50 Years On" / ed. by Martinelli S.D., Kinghorn J. R. // Progress in Industrial Microbiology -Amsterdam-London-New York-Tokyo: Elsevier. 1994. Vol. 29. - P. 141179.

59. Felenbok B., Sequeval D., Mathieu M., Sibley S., Gwynne D.I., Davies R.W. The ethanol regulon in Aspergillus nidulans: characterization and sequence of the positive regulatory gene alcR // Gene. 1988. - Vol. 73. - № 2.-P. 385-396.

60. Gancedo J.M. Yeast carbon catabolite repression // Microbiol Mol Biol Rev. 1998. - Vol. 62. - № 2. - P. 334-361.

61. Gavin I.M., Kladde M.P., Simpson R.T. Tuplp represses Mcmlp transcriptional activation and chromatin remodeling of an a-cell-specific gene//EMBO J. 2000. - Vol. 19.-№21.-P. 5875-5883.

62. Ghaemmaghami S., Huh W.K., Bower K., Howson R.W., Belle A., Dephoure N., O'Shea E.K., Weissman J.S. Global analysis of protein expression in yeast // Nature. 2003. - Vol. 425. - № 6959. - P. 737-741.

63. Goebl M., Yanagida M. The TPR snap helix: a novel protein repeat motif , from mitosis to transcription»// Trends Biochem Sci. 1991. - Vol; 16. - № 5.-P. 173-177.

64. Haber D.A., Buckler A.J:, Glaser T., Call K.M., Pelletier J., Sohn R.L., Douglass E.C., Housman D.E. An internal deletion within an l'lpl3 zinc finger gene contributes to the development of Wilms' tumor // Cell. 1990. -Vol. 61.-№7.-P. 1257-1269.

65. Hardie D.G. AMP-activated/SNFl protein kinases: conserved guardians of cellular energy- // Nat Rev Mol Cell Biol. 2007. - Vol. 8. - № 10. - P. 774785.

66. Hedbacker K., Carlson M. Regulation of the nucleocytoplasmic distribution of Snfl-Gal83 protein kinase // Eukaryot Cell. 2006. - Vol. 5. - № 12. - P. 1950-1956.

67. Hedbacker K., Carlson M. SNF1/AMPK pathways in yeast // Front Biosci. -2008. Vol. 13. - P. 2408-2420.

68. Hedbacker K., Hong S.P., Carlson M. Pakl protein kinase regulates activation and nuclear localization of Snfl-Gal83 protein kinase // Mol Cell Biol. 2004. - Vol. 24. - № 18. - P. 8255-8263.

69. Hedbacker K., Townley R., Carlson M. Cyclic AMP-dependent protein kinase regulates the subcellular localization of Snfl-Sipl protein kinase // Mol Cell Biol. 2004. - Vol. 24. - № 5. - P. 1836-1843.

70. Hong S.P., Carlson M. Regulation of snfl protein kinase in response to environmental stress // J Biol Chem. 2007. - Vol: 282. - № 23. - P. 1683816845.

71. Hong S.P., Leiper F.C., Woods A., Carling D., Carlson M. Activation of yeast Snfl and mammalian AMP-activated protein kinase by upstream kinases // Proc Natl Acad Sei USA. - 2003. - Vol. 100. - № 15. - P. 88398843.

72. Hong S.P., Momcilovic M., Carlson M. Function of mammalian LKB1 and Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase kinase alpha as Snfl-activating kinases in yeast // J Biol Chem. 2005. - Vol. 280. - № 23. - P. 2180421809.

73. Huang L., Zhang W., Roth S.Y. Amino termini'of histones H3 and H4 are required for al-alpha2 repression in yeast // Mol Cell Biol. 1997. - Vol. 17. -№ 11.-P. 6555-6562.

74. Huang M., Zhou Z., Elledge SJ. The DNA replication and damage checkpoint pathways induce transcription by inhibition of the Crtl repressor // Cell. 1998. - Vol. 94. - № 5. - P. 595-605.

75. Hubbard E.J., Yang X.L., Carlson M. Relationship of the cAMP-dependent protein kinase pathway to the SNF1 protein kinase and invertase expression in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1992. - Vol. 130. - № 1. - P. 7180.

76. Hynes M.J., Kelly J.M. Pleiotropic mutants of Aspergillus nidulans altered in carbon metabolism // Mol Gen Genet. 1977. - Vol. 150. - № 2. - P. 193204.

77. Ilmen M., Thrane C., Penttila M. The glucose repressor gene crel of Trichoderma: isolation and expression of a full-length and a truncated mutant form //Mol Gen Genet. 1996. - Vol. 251. - № 4. - P. 451-460.

78. Jekosch K., Kuck U. Glucose dependent transcriptional expression of the crel gene in Acremonium chrysogenum strains showing different levels of cephalosporin C production // Curr Genet. 2000. - Vol. 37. - № 6. - P. 388395.

79. Jekosch K., Kuck U. Loss of glucose repression in an Acremonium chrysogenum beta-lactam producer strain and its restoration by multiple copies of the crel gene // Appl Microbiol Biotechnol. 2000. - Vol. 54. - № 4.-P. 556-563.

80. Jiang R., Carlson M. Glucose regulates protein interactions within the yeast SNF1 protein kinase complex // Genes Dev. 1996. - Vol. 10. - № 24. - P. 3105-311*5.

81. Jiang R., Carlson M. The Snfl protein kinase and its activatingsubunit, Snf4, interact with distinct domains of the Sipl/Sip2/Gal83 component in the kinase complex // Mol Cell Biol. 1997. - Vol. 17. - № 4. - P. 20992106.

82. Kamlangdee T. Identifying targets proteins of the CreB deubiquitinating enzyme in the fungus Aspergillus nidulans. Thesis (Ph.D.) // Adelaide: University of Adelaide. 2008.

83. Keleher C.A., Redd M.J., Schultz J., Carlson M., Johnson A.D. Ssn6-Tupl is a general repressor of transcription in yeast // Cell. 1992. - Vol. 68. - № 4. - P. 709-719.

84. Kelly J.M., The regulation of carbon metabolism in filamentous fungi / ed. by Brambl R, Marzulf G.A. // In Mycota 111 Berlin-Heidelberg: SpringerVerlag. 2004. - Vol. - P. 385-401.

85. Kelly J.M., Hynes M.J. Increased and decreased sensitivity to carbon catabolite repression of enzymes of acetate metabolism in mutants of Aspergillus nidulans // Mol Gen Genet. 1977. - Vol. 156. - № 1. - P. 87-92.

86. Vol. 144(Pt 1). -P. 13-24.

87. Kloetzel P.M. The proteasome and MHC class I antigen processing' // Biochim Biophys Acta. 2004. - Vol. 1695. - № 1-3. - P. 225-233.

88. Komachi K., Redd M.J., Johnson A.D. The WD repeats of Tup 1 interact with the homeo domain protein alpha 2 // Genes Dev. 1994. - Vol. 8. - № 23.-P. 2857-2867.

89. Li B., Reese J.C. Ssn6-Tupl regulates RNR3 by positioning nucleosomes and affecting the chromatin structure at the upstream repression sequence // J Biol Chem. 2001. - Vol. 276. - № 36. - P. 33788-33797.

90. Li D., Roberts R. WD-repeat proteins: structure characteristics, biological function, and their involvement in human diseases // Cell Mol Life Sci. -2001. Vol. 58. - № 14. - P. 2085-2097.

91. Lin S.S., Manchester J.K., Gordon J.I. Enhanced gluconeogenesis and increased energy storage as hallmarks of aging in Saccharomyces cerevisiae //J Biol Chem. 2001. - Vol. 276. - № 38. - P. 36000-36007.

92. Lockington R., Scazzocchio C., Sequeval D., Mathieu M., Felenbok B. Regulation of alcR, the positive regulatory gene of the ethanol utilization regulon of Aspergillus nidulans // Mol Microbiol. 1987. - Vol. 1. - № 3. -P. 275-281.

93. Lockington R.A., Kelly J:M. Carbon catabolite repression in Aspergillus nidulans involves deubiquitination // Mol Microbiol. 2001. - Vol. 40. - № 6.-P. 1311-1321.

94. Lockington R.A., Kelly J.M. The WD40-repeat protein CreC interacts with and stabilizes the deubiquitinating enzyme CreB in> vivo in Aspergillus nidulans // Mol Microbiol. 2002. - Vol. 43. - № 5. - P: 1173-1182.

95. Lockington R.A., Sealy-Lewis H.M., Scazzocchio C., Davies R.W. Cloning and characterization of the ethanol utilization regulon in Aspergillus nidulans // Gene. 1985. - Vol. 33. - № 2. - P. 137-149.

96. Ludin K., Jiang R., Carlson M. Glucose-regulated interaction of a regulatory subunit of protein phosphatase 1 with the Snfl protein kinase in Saccharomyces cerevisiae // Proc Natl Acad Sci USA.- 1998. Vol. 95. -№ 11.-P. 6245-6250.

97. Lundin M., Nehlin J.O., Ronne H. Importance of a flanking AT-rich region in target site recognition by the GC box-binding zinc finger protein MIG1 // Mol Cell Biol. 1994. - Vol. 14. - № 3. - P. 1979-1985.

98. Lutfiyya L.L., Iyer V.R., DeRisi J., DeVit M.J., Brown P.O., Johnston M. Characterization of three related glucose repressors and genes they regulate in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1998. - Vol. 150. - № 4. - P. 1377-1391.«

99. Lutfiyya L.L., Johnston M. Two zinc-finger-containing repressors are responsible for glucose repression of SUC2 expression // Mol Cell Biol. -1996. Vol. 16. - № 9. - P. 4790-4797.

100. Mach R.L., Strauss J., Zeilinger S., Schindler M., Kubicek C.P. Carbon catabolite repression of xylanase I (xynl) gene expression in Trichoderma reesei // Mol Microbiol. 1996. - Vol. 21. - № 6. - P. 1273-1281.

101. Mathieu Ml, Felenbok B. The Aspergillus nidulans CREA protein mediates glucose repression of the ethanol regulon at various levels through competition with the ALCR-specific transactivator // EMBO J: 19941 -Vol. 13. -№ 17. - P. 4022-4027.

102. Mathieu M., Fillinger S., Felenbok B. In vivo studies of upstream-regulatory cis-acting elements of the alcR gene encoding the transactivator of the ethanol regulon in Aspergillus nidulans // Mol Microbiol. 20001 - Vol. 36. -№ h-p. 123-131.

103. McCartney R.R., Rubenstein E.M., Schmidt M.C. Snfl kinase complexes with different beta subunits display stress-dependent preferences for the three Snfl-activating kinases // Curr Genet. 2005. - Vol. 47. - № 6. - P. 335-344.

104. McCartney R.R., Schmidt M.C. Regulation of Snfl kinase. Activation requires phosphorylation of threonine 210 by an upstream kinase as well as adistinct step mediated by the Snf4 subunit I IJ Biol Chem. 2001. - Vol. 276. - № 39. - P. 36460-36466.

105. Moreno F., Ahuatzi D., Riera A., Palomino C.A., Herrero P. Glucose sensing through the Hxk2-dependent signalling pathway // Biochem Soc Trans. 2005. - Vol. 33. - № Pt 1. - P. 265-268.

106. Murray A.W. Recycling the cell cycle: cyclins revisited // Cell. 2004. -Vol. 116:-№2.-P. 221-234.

107. Nandi D., Tahiliani P., Kumar A., Chandu D. The ubiquitin-proteasome. system //JBiosci. 2006. - Vol. 3k - № 1. - P. 137-155.

108. Nardelli J., Gibson T.J., Vesque C., Charnay P. Base sequence^ discrimination by zinc-finger DNA-binding domains // Nature. 1991. - Vol. 349.-№6305.-P. 175-178.

109. Nath N., McCartney R.R., Schmidt M.C. Purification and-characterization of • Snfl kinase complexesv containing a defined- Beta subunit composition // J . Biol Chem. 2002. - Vol. 277. - № 52. - P. 50403-50408.

110. Nath N;, McCartney R.R., Schmidt M.C. Yeast Pakl kinase associates with and activates Snfl // Mol Cell Biol. 2003. - Vol. 23. - № 11. - P. 39093917.

111. Nehlin J.O., Carlberg M., Ronne H. Control of yeast GAL genes by MIG1 repressor: a transcriptional cascade in the glucose response // EMBO J. -1991. Vol. 10. - № 11. - P. 3373-3377.

112. Nehlin JO., Ronne H. Yeast MIG1 repressor is related to the mammalian, early growth response and Wilms' tumour finger proteins // EMBO J. 1990. - Vol. 9.- № 9. - P. 2891-2898.

113. Nelson? N. A photometric adaptation of somogyi method for—the determination of glucose // J. Biol. Chem. 1944. - Vol. 153. - P. 375-3 80.

114. Nikolaev I., Lenouvel F., Felenbok B. Unique DNA. binding specificity of the binuclear zinc AlcR activator of the ethanol utilization; pathway in;

115. Aspergillus nidulans // J Biol Chem. 1999. - Vol. 274. - №14. - P. 97959802.

116. Papamichos-Chronakis; Mi, Gligoris: T., Tzamarias D.-; The- Srifl, kinase controls glucose repression in yeast by modulating interactions between the Migl repressor and the Cyc8-Tupl co-repressor // EMBO Rep.;- 2004- -Vol. 5;-№4:-P. 368-372. ■

117. Pelaez R., Herrero P., Moreno F. Functional domains of yeast hexokinase 2 // Biochem J 2010; - Voli 432.- № 1. - P^ 181-190.

118. Sakai A., Shimizu Y., Flishinuma F. Isolation and: characterization:, of ; mutants which show an oversecretion phenotype in Saccharomyces.cerevisiae//Genetics. 1988. - VoE 119i - № 3. - P: 499-506.

119. Sanders M:Ji, Grondin P.0., Hegarty B.D., Snowden M.A., Carling D: Investigating the mechanism for AMP activation of the AMP-activated protein kinase cascade //Biochem J. 2007. - Vol. 403. - № 1. - P. 139-148.

120. Sanz P., Alms G.R., Hay stead- T.A., Carlson M. Regulatory interactions ' between;the!Regl-Glc7, protein:phosphatase and-the Snfl protein kinase // Mol Cell Biol. 2000; - Vol.,20. - № 4. - P: 1321-1328. ::

121. SchmidfeM-C., McCartney R.R. beta-subunits:of Snflikinase are required for kinasefunction^andsubstrate definitions// EMBO! J:. 2000L- Voli: 19: - № 18.-P. 4936-4943. ,

122. Scott J.W., Ross F.A.,. Liu J.K., Hardie D.G. Regulation of AMP-activated protein kinase by. a pseudosubstrate sequence on the gamma subunit //

123. EMBO J. 2007. - Vol. 26. - № 3. - P. 806-815.

124. Siebert P.D., Chenchik A., Kellogg D.E., Lukyanov K.A., Lukyanov S.A. An improved PCR method for walking in uncloned genomic DNA // Nucleic Acids Res. 1995. - Vol. 23. - № 6. - P. 1087-1088.

125. Smith R.L.Johnson; A.D. Turning genes off by Ssn6-Tupl: a conserved: system of transcriptional repression in eukaryotes // Trends Biochem Sei.2000.- Vol. 25.-№ 7.-P. 325-330:

126. Somogyi M: Notes on. sugar determination// J Biol Ghem:, 1952. - Vol. 195.-№ 1.-P. 19-23. .;■■.'

127. Sprague E;R.,.Redd M.J., Johnson A.D., Wolberger C. Structure of the G-terminal'domain of Tup 1', a corepressor of transcription in yeast //.EMBOJi -2000.-Vol. 19.-№12.-P. 3016-3027.

128. Strauss J., Mach R.L., Zeilinger S., Ilartler G., Stoffler G., Wolschek M., Kubicek. C.P. Crel, the carbon catabolite repressor protein from Trichoderma reesei//FEBS Lett. 1995. - Vol. 376. - № 1-2. - P. 103-107. : .

129. Sutton RB;, Vishnivetskiy S.A., Robert J., Hanson S.M., Raman D., Knox B;E., Kono M., Navarro J., Gurevich V.V. Crystal structure of cone arrestin at 2.3 A: evolution of receptor specificity // J Mol Biol. 2005 . - Vol. 354.: №5.-P. 1069-1080.

130. Todd R.B:, Lockington R.A., Kelly JM: The Aspergillus nidulans creC gene involved in carbon catabolite, repression encodes a WD40 repeat protein // Mol Gen Genet. 2000. - Vol. 263. - № 4. - P. 561-570.

131. Toth-Petroczy A., Oldfield C.J., Simon I., Takagi Y., Dunker A.K., Uversky V.N., Fuxreiter M. Malleable machines in transcription regulation: the mediator complex // PLoS Comput Biol. 2008. - Vol. 4. - № 12. - P. el000243.

132. Treitel M.A., Carlson M. Repression by SSN6-TUP1 is directed by MIG1, a repressor/activator protein // Proc Natl Acad Sei USA.- 1995. Vol. 92. -№8.-P. 3132-3136.

133. Trumbly RJ. Glucose repression in* the yeast Saccharomyces cerevisiae // Mol Microbiol. 1992. - Vol. 6. - № 1. - P. 15-21.

134. Tu J., Carlson- M. The GLC7 type 1 protein phosphatase is required for glucose repression in Saccharomyces cerevisiae // Mol Cell Biol. 1994. -Vol: 14. - № 10. - P. 6789-6796.

135. Tu J., Carlson M. REG1 binds to protein phosphatase type 1 and regulates glucose repression in Saccharomyces cerevisiae // EMBO J.»- 1995. Vol. 14.-№23.-P. 5939-5946.

136. Tzamarias D., Struhl K. Distinct TPR motifs of Cyc8 are involved- in recruiting the Cyc8-Tupl corepressor complex to differentially- regulated promoters // Genes Dev. 1995. - Vol. 9. - № 7. - P. 821-831.

137. Vallier L.G., Carlson* M-. Synergistic release from glucose repression by migl and ssn mutations in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1994. -Vol. 137.-№ l.-P. 49-54.

138. Vautard-Mey G., Cotton P., Fevre M. Expression and compartmentation of the glucose repressor CRE1 from the phytopathogenic fungus Sclerotinia sclerotiorum // Eur J Biochem. 1999. - Vol. 266. - № 1. - P. 252-259.

139. Vautard-Mey G., Fevre M. Mutation of a putative AMPK phosphorylation site abolishes the repressor activity but not the nuclear targeting of thefungal glucose regulator CRE1 // Curr Genet. 2000. - Vol. 37. - № 5. - P. 328-332.

140. Vincent O., Carlson M. Gal83 mediates the interaction of the Snfl kinase complex with the transcription activator Sip4 // EMBO J. 1999. - Vol. 18. -№23.-P. 6672-6681.

141. Vincent O., Townley R., Kuchin S., Carlson M. Subcellular localization of the Snfl kinase is regulated by specific beta subunits and a novel glucose signaling mechanism // Genes Dev. 2001. - Vol. 15. - № 9. - P. 1104-1114.

142. Vyas V.K., Kuchin S., Berkey C.D., Carlson M. Snfl kinases with different beta-subunit isoforms play distinct roles in- regulating haploid invasive growth // Mol Cell Biol. 2003. - Vol. 23. - № 4. - P. 1341-1348.

143. Watson A.D., Edmondson D.G., Bone J.R., Mukai Y., Yu Y., Du W., Stillman D.J., Roth S.Y. Ssn6-Tupl interacts with class.,I histone deacetylases required for repression // Genes Dev. 2000. - Vol. 14. - № 21. - P. 2737-2744.

144. Woelk T., Sigismund S., Penengo L., Polo S. The ubiquitination code: a signalling problem // Cell Div. 2007. - Vol. 2. - P. 11.

145. Woods A., Munday M.R., Scott J., Yang X., Carlson M., Carling D. Yeast SNF1 is functionally related to mammalian AMP-activated protein kinase and regulates acetyl-CoA carboxylase in vivo // J Biol Chem. 1994. - Vol. 269.-№30.-P. 19509-19515.

146. Wu J., Suka N., Carlson M., Grunstein M. TUP1 utilizes histone H3/H2B-specific HDA1 deacetylase to repress gene activity in yeast // Mol Cell. -2001.-Vol. 7. -№ 1. P. 117-126.

147. Yang X., Hubbard E.J., Carlson M. A protein kinase substrate identified by the two-hybrid system // Science. 1992. - Vol. 257. - № 5070. - P. 680-682.

148. Yang X., Jiang R., Carlson M. A family of proteins containing a conserved domain that mediates interaction with the yeast SNF1 protein kinase complex // EMBO J. 1994. - Vol. 13. - № 24. - P. 5878-5886.

149. Zhang Z., Reese J.C. Redundant mechanisms are used by Ssn6-Tupl in repressing chromosomal gene transcription in Saccharomyces cerevisiae // J f Biol Chem. 2004. - Vol. 279. - № 38. - P. 39240-39250.

150. Zhou Z., Elledge S.J. Isolation of crt mutants constitutive for transcription of the DNA damage inducible gene RNR3 in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1992. - Vol. 131. - № 4. - P. 851-866.

151. Zitomer R.S., Lowry C.V. Regulation of gene expression by oxygen in Saccharomyces cerevisiae // Microbiol Rev. 1992. - Vol. 56. - № 1. - P. 111.