Структура гена новой металлопротеиназы Bacillus intermedius и регуляция его экспрессии тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат биологических наук Сабирова, Альбина Рушановна

• Сабирова, Альбина Рушановна
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Сабирова, Альбина Рушановна

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Механизмы адаптации бацилл

1.1. Системы глобальной регуляции

1.2. Двухкомпонентные системы трансдукции сигнала

2. Секретом бацилл

3. Основы геноинформационного анализа

4. Протеиназы бацилл 39 4.1 Клан метцинкинов 40 4.2. Клан мембраносвязанных металлопротеиназ (ММ) 46 Заключение ' 52 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ 54 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Штаммы бактерий, векторы, плазмиды и среды культивирования

Выделение плазмидной ДНК

Электрофорез

Рестрикционное картирование ДНК

Трансформация клетокВ.БиЫИ'м плазмидной ДНК

Трансформация протопластов В.зиЫШз

Определение протеолитической активности металопротеиназы

Определение активности на синтетических субстратах

Исследование влияния ингибиторов на активность фермента

ДНК секвенирование

Субклонирование ДНК

Геноинформационный анализ последовательности ДНК

Статистическая обработка данных

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

1. Получение и характеристика рекомбинантного штамма 64 В.хиЫШй

2. Секвенирование, построение контига и рестрикционный 67 анализ фрагмента хромосомной ДНК В. ШегтесИш

3. Идентифицкация открытых рамок считывания

4. Субклонирование гена металлопротеиназы

5. Анализ регуляторной области гена тргВг

6. Регуляция экспрессии гена металлопротеиназы В.ШегтесИж

6.1. Влияние углеродной катаболитной репрессии на 79 экспрессиию гена тргЫ

6.2. Влияние фактора транскрипции на экспрессиию гена 80 тргВг

6.3. Влияние азотной катаболитной репрессии на экспрессию 83 гена тргШ

6.4. Экспрессия гена тргВг в регуляторном штамме, дефектном 85 по фактору транскрипции ТпгА

6.5. Экспрессия гена тргВг в штамме В.БиЬНШ, дефектном по 87 белкам С1пК и АпйВ

6.5. Влияние 8р о -р егуляторных белков на экпрессию гена тргВг

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

1. Изоляция гена металлопротеиназы В.ШегтесИш, его идентификация и структура

2. Характеристика экспрессии адамализиноподобной протеиназы В. intermedins ВЫВОДЫ Список литературы Приложение

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

А1а Алании

Аэр Аспарагиновая кислота

Абп Аспарагии

Ьеи Лейцин ть- Треонин в\у Глицин

С1и Глутаминовая кислота

СуБ Цистеин

ЮТР дезоксирибонуклеозидтрифосфаты ааытр дидезоксирибонуклеозиды

Taq Ткегтш сщнаНсш

РНК Рибонуклеиновая кислота

ДНК Дезоксирибонуклеиновая кислота

ПЦР Полимеразная цепная реакция

ББ Область Шайна-Дальгарно кДа Килодальтон

КЬ килобазы

ОРС открытая рамка считывания

Нм нанометры

РМЗБ Фенилметилсульфонилфторид

ОБР Диизопропилфторфосфат

8Б8 Додецилсульфат натрия

Трис 2-амино-2-гидроксиметилпропан-1,3-диол

ЭДТА Этилендиаминтетраацетат

ДМФА Диметилформамид

Еш Эритромицин ьв Среда Лурия-Бертони рЫА Пара-нитроанилид

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структура гена новой металлопротеиназы Bacillus intermedius и регуляция его экспрессии»

Актуальность проблемы. Протеолитические белки вовлечены во все основные физиологические процессы, включая? регуляторный протеолиз, и являются» стратегическими ферментами клеток микроорганизмов. По результатам секвенирования геном Bacillus subtilis содержит 62 гена протеолитических белков, среди которых 34: — цитоплазматические протеиназы, 13: кодируют мембраносвязанные протеазы, 6 - протеазы, локализованные в клеточной стенке, 9 кодируют секретируемые протеазы [Rey et al., 2004]. Многие из белков; соответствующих этим генам, пока не выделены, их физиологические функции не установлены. В международных базах данных содержится обширная информация о фрагментах последовательностей геномных ДНК различных видов бацилл, в том числе В.subtilis, B.cereus, Bdicheniformis и других, что позволяет проводить* геноинформационный анализ по идентификации генов и сравнению фрагментов геномов; Особый научно-практический интерес представляют ранее не идентифицированные белки протеолитического спектра, что обусловлено необходимостью расширения общих представлений об эволюционном развитии этой; группы гидролаз, и выявления новых, практически значимых, ферментов с полезными свойствами.

Бациллы в ходе эволюции, выработали сложную и разветвленную регуляторную систему, в основе которой лежит механизм сигнальной трансдукции, а именно, сеть двухкомпонентных систем регуляции экспрессии генов [Aguilar et al, 2001]. Выяснение регуляторных сетей, управляющих экспрессией поздних генов, к которым относятся гены протеолитических белков, открывает новые перспективы в микробной биотехнологии. Молекулярные механизмы, контролирующие интегрированный ответ микробной клетки на изменения среды, в настоящее время изучены недостаточно. Вклад разных систем регуляции в клеточный ответ можно оценить с помощью мутантных штаммов, дефектных по генам регуляторных белков. Способы регуляции экспрессии поздних генов отражены в структуре промоторов, анализ которых позволяет определить потенциальные механизмы активации транскрипции.

Целью работы явился поиск, изоляция и характеристика гена новой металлоэндопептидазы {mprBi) из фрагмента хромосомной ДНК В. intermedins и изучение его экспрессии.

Основные задачи исследования:

1. Установить последовательность нуклеотидов 6 кб фрагмента хромосомной. ДНК В .intermedins, провести поиск, идентификацию и характеристику открытых рамок считывания генов, включая гены протеолитических белков.

2. Клонировать ген внеклеточной металлопротеиназы В.intermedins и провести анализ его структурной организации.

3. Изучить экспрессию гена mprBi в штамме, мутантном по регуляторным белкам DegS-DegU системы сигнальной трансдукции, контролирующей синтез ферментов деградации.

4. Исследовать влияние фактора транскрипции ТпгА, одного из регуляторов азотного обмена у бацилл, на экспрессию гена металлопротеиназы В. intermedins.

5. Изучить экспрессию гена mprBi в штаммах бацилл, дефектных по

Spo белкам, участвующих в споруляции у бацилл.

Научная новизна. Основной научный приоритет работы заключается в идентификации у бацилл нового гена секретируемой металлоэндопептидазы — первого бактериального гомолога эукариотических адамализинов. Установлена последовательность нуклеотидов 6 кб фрагмента хромосомной ДНК В .intermedins, в которой выявлены шесть открытых рамок считывания (AN EU678894). Впервые у микроорганизмов изолирован ген mprBi, кодирующий внеклеточную металлопротеиназу В.intermedins семейства Ml 2 адамализинов/репролизинов клана метцинкинов. Получены приоритетные данные о зависимости экспрессии гена адамализин-подобной металлопротеиназы от DegS-DegU регуляторной системы, контролирующей синтез ферментов биодеградации, ТпгА фактора транскрипции, участвующего в азотном обмене, механизма катаболитной репрессии, а также об отсутствии корреляции экспрессии гена mprBi с процессом спорообразования.

Практическая значимость. Секвенированный фрагмент хромосомной ДНК, содержащий ген металлопротеиназы В.intermedins, занесен в базу данных Международного ГенБанка (AN EU678894) и может быть использован для сравнительного анализа генов и геномов. Результаты секвенирования полного гена mprBi позволили оценить последовательность продукта трансляции, включая сигнальный пептид и пропептидную область белка, а также провести его корректную классификацию. Получен вектор экспрессии pSAl, несущий 1,2 кб вставку с геном mprBi для выделения соответствующего белка и изучения его свойств. Данные о структуре промотора и контроле экспрессии гена mprBi могут быть использованы при конструировании систем экспрессии на основе модификации промотора для практического применения.

Научные положения, выносимые на защиту:

1. Изолированный и охарактеризованный ген В.inter médius кодирует новую металлоэндопептидазу бацилл, которая относится к семейству адамализинов/репролизинов клана метцинкинов и является первым прокариотическим гомологом эукариотических адамализинов.

2. Экспрессия гена mprBi контролируется системой DegS-DegU, которая отвечает за синтез ферментов деградации, фактором транскрипции ТпгА, регулирующим азотный обмен при дефиците этого источника питания, и не зависит от Spo-регуляторных белков, участвующих в контроле споруляции.

Связь работы с научными программами. Работа выполнялась в соответствии с планом НИР Казанского федерального университета (№ гос. регистрации 01:02.00 104982 «Биосинтез, биогенез, классификация, 7 физиологические функции новых микробных ферментов и возможные области их практического применения»). Исследования; выполнены при поддержке грантов РФФИ №05-04-48182 и №09-04-99044, Федеральной: целевой« программы» «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» 2009-2013:гг: РК;№гИ344, ЕК-№ Ш406,.ГК № ГО23; грантом Академии наук Республики Татарстан №14-24/2010 (Г).

Апробация работы: Основные положения, диссертации; были представлены, на международной; научной; конференции! «Ферменты, микроорганизмов: структура, функции, применение» (Казань,, 2005 г.), Международных конференциях для; студентов- аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» (Москва, 2007, 2008 гг.), Международном симпозиуме «Химия; протеолитических. ферментов» (Москва, 2007 г.), Международной научной студенческой конференции «Студент и научно-технический прогресс» (Новосибирск, 2008; г.), Российском симпозиуме «Белки- и пептиды» (Казань, 2009 г.), Российской школе молодых ученых «Актуальные проблемы современной биохимии и: молекулярной биологии» (Казань, 2010 г.),. Всероссийской;« молодежной научной? конференции «Современные биологические аспекты в фундаментальных исследованиях молодых ученых» (Томск, -2010 г.) и Итоговых научных конференциях студентов КФУ (Казань, 2005,. 2007 гг.), Итоговых научных конференциях сотрудников КФУ (Казань, 2008, 2009, 2010 гг.>

Публикации. По теме диссертации опубликовано 20 научных работ, из них 6 статей в центральных отечественных и зарубежных рецензируемых журналах. Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов: и методов, исследований, раздела экспериментальных исследований^ обсуждения результатов;, выводов, и списка литературы. Работа изложена, на 150 страницах машинописного текста, включает 7 таблиц, 38 рисунков: Библиография содержит 208 наименований, в т.ч. 202- зарубежных авторов;

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Сабирова, Альбина Рушановна

выводы

1. Установлена последовательность нуклеотидов 6 кб фрагмента хромосомной ДНК В.ШегтесИш (АЫ Еиб78894), в которой идентифицированы 6 ОРС, включая две металлопротеиназы - внеклеточная МргВ! и мембраносвязанная РтЬВь Гены не имеют гомологии, соответствующие им продукты относятся к разным кланам белков: М12 и М50.

2. Впервые изолирован и охарактеризован бациллярный ген, кодирующий протеолитический фермент - гомолог эукариотических адамализинов. В структурной области гена тргВ1 выявлены функциональные домены, позволяющие отнести белок к клану метцинкинов.

3. Установлено, что DegS-DegU регуляторная система, контролирующая синтез ферментов биодеградации, играет позитивную роль в регуляции экспрессии гена тргВг.

4. Показано, что экспрессия гена металлопротеиназы В.ШегтесИш регулируется азотной катаболитной репрессией с участием фактора транскрипции ТпгА, а также белков в1пК и АгЩВ, обуславливающих транспорт аммония в клетку.

5. Установлено отсутствие регуляторной взаимосвязи между экспрессией гена тргВг и споруляцией.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Секретируемые гидролазы бактерий в последние годы вызывают как практический, так и научный интерес в качестве модельных объектов для исследования регуляторных процессов. Среди микробных протеаз традиционными объектами исследования у бацилл являются сериновые протеиназы и термолизин. С развитием постгеномных технологий приоритетными стали исследования минорных протеолитических белков с целью выяснения их функциональной роли в клетках и популяциях, а также применения этих белков в практике. Особый интерес представляют цинкзависимые металлопротеиназы клана метцинцинов. Эти ферменты участвуют в белковом круговороте, также они вовлечены в регуляцию активности белков. В клетках эукариот метцинкины участвуют в развитии патологических процессов, таких как ревматоидный артрит, онкологические заболевания и обострение хронических заболеваний. Изучение этих белков является приоритетным в связи с физиологическими и патофизиологическими функциями многих адамализинов/репролизинов, которые остаются не установленными. Несомненно, что эти ферменты приобретают значимость как терапевтические мишени. Поэтому, поиск и выделение их прокариотических аналогов вызывает не только теоретический, но и практический интерес.

Экспрессия генов протеаз в клетках прокариот подвергается множественной, сложной регуляции и функционирует под контролем регуляторных белков двухкомпонентных систем трансдукции сигнала. Контроль, осуществляемый различными регуляторными белками, отражается на построении и организации промоторной области генов протеаз. Современные методы биоинформатики на основе структуры гена позволяют установить потенциальные системы регуляции, участвующие в контроле транскрипции гена. В секретоме бацилл идентифицировано много внеклеточных протеолитических белков, расшифровка и изучение которых пополнит фундаментальные знания о физиологии бацилл и расширит арсенал промышленно важных ферментов новыми белками с интересными практическими свойствами.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Штаммы бактерий, векторы, плазмиды и среды культивирования.

Бактериальные штаммы и плазмиды, использованные в работе, перечислены в табл.2. Плазмида рСМ4, несущая ген металлопротеиназы сконструирована путем лигирования в шатл-вектор рСВ22 (BamHl) фрагмента хромосомы В.intermedins 3-19 по сайту Sau3A (рис.8). Правая часть двурепликонного вектора рСВ22 представляет собой фрагмент плазмиды pUC19 с геном устойчивости к ампициллину (ApR), фрагмент экспрессионной системы лактозного оперона и полилинкер с уникальными сайтами рестрикции ВатШ и В gill. Вторая половина этой плазмиды обеспечивает репликацию в клетках B.subtilis, содержит экспрессинную единицу EU19035, ген устойчивости к эритромицину (EmR), благодаря чему может использоваться, как вектор экспрессии [Сорокин А.В. и др, 1990]. Плазмида pSAl, полученная в работе на основе вектора рСВ22, содержит изолированный ген металлопротеиназы под собственным промотором. В качестве штамма-реципиента для плазмиды с геном металлопротеиназы В. intermedins использовали модельный штамм B.subtilis JB 2036, в хромосоме которого нокаутированы гены внеклеточных протеиназ.

Культивирование бактерий проводили на следующих средах: Среда LB (%): триптон - 1,0; дрожжевой экстракт - 0,5; NaCl - 0,5; рН 8.5 [Sambrook et al., 1989]. Агаризованная среда LA включала дополнительно 2% агара. Среды для трансформации штаммов B.subtilis включали солевую основу среды Спицайзена, среду Спицайзена I и среду Спицайзена II [Anagnostopolous & Spizizen, 1961]. Синтетическая минимальная среда SMM включала солевую основу, микроэлементы [Saxild and Nygaard., 1987]. Идентификационная агаризированная среда для отбора клонов, способных секретировать протеиназу, включала 30% обезжиренного молока и 2% агара. Среды стерилизовали при 1 атм. в течение 30 мин., pH доводили перед стерилизацией среды 40%-ным раствором NaOH до значения 8,5.

Для создания условий солевого стресса в среду LB дополнительно вносили KCl, NaCl до конечных концентраций 0,25, 0,5, 1,0, 1,5 и 2,0 М и цитрат Na до конечных концентраций 0,25, 0,5, 1 и 1,5 М. Для изучения влияния углеродной катаболитной репрессии в среду SMM вносили 10 мМ глюкозы. Для изучения влияния азотной катаболитной репрессии в среду SMM вносили соли NaNC>3 и NH4C1 в конечной концентрации 20 мМ.

Рис.8. Генетическая карта плазмиды рСМ4, несущая вставку хромосомной ДНК В. intermedins размером в 6 кб.

При выращивании рекомбинантных штаммов в среду вносили антибиотики (конечная концентрация в среде): для штаммов B.subtilis с плазмидами рСВ22, рСМ4, pSAl- эритромицин (20 мкг/мл); для штаммов B.subtilis мутантных по белкам AmtB и ClnK - хлорамфеникол (20 мкг/мл); для штаммов B.subtilis мутантных по белкам DegS и DegU - канамицин (20 мкг/мл).

Pst I (6)

SamHI С5205) BgÜl (5211)

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Сабирова, Альбина Рушановна, 2011 год

1. Дорошчук Н.А. Регуляция азотного метаболизма в грамположительных бактериях Текст. / Hi А. Дорошчук, М. С. Гельфанд, Д. А. Родионов // Мол. Биол. 2006. - Т.40. - №5. - С. 919-26.

2. Каверзнева Е.Д. Стандартный метод определения протеолитической: активности комплексных препаратов протеаз Текст. // Прикладная биохимия и микробиология. — 1971. — Т.7.- №2ю С.225-228.

3. Каюмов А. Р. Биосинтез субтилизиноподобной сериновой протеиназы Bacillus intermedins'в условиях солевого стресса Текст. / А. Р. Каюмов, Н. П. Балабан, А. М. Марданова, С. В. Костров, М. Р. Шарипова // Микробиология. -2006.

4. Сорокин А.В. Экспрессионная единица в области инициации репликации плазмиды pSM19035 стрептококков Текст. / А.В. Сорокин,

5. B.Э. Хазак // Молекулярная биология. 1990. - Т.4. - С.995-999.

6. Хмельков И. Приложения в составе Vector NTI Suite Текст. / И. Хмельков // www.molbiol.ru.- 2006.

7. Шагимарданова Е.И. Гетерологичная экспрессия гена глутамилэндопептидазы Bacillus intermedins штаммами Bacillus subtilis, дефектными по регуляторным белкам Текст. / Е.И.Шагимарданова, И.Б.Частухина, Т.Р.Шамсутдинов, Н.П.Балабан, А.М.Марданова,

8. C.В.Костров, М.Р.Шарипова // Микробиология. 2007. - Т.76. - №.5. -С.645-651.

9. Akiyama Y. RseP (YaeL), an Escherichia coli RIP protease, cleaves transmembrane sequences Text. / Akiyama Y., Kanehara K., Ito K. // EMBO J.-2004. -V.23. P.4434-4442.

10. Alba B.M. DegS and YaeL participate sequentially in the cleavage of RseA to activate the sigma(E)- dependent extracytoplasmic stress response Text.' / B.M. Alba, J.A. Leeds, C. Onufryk, C.Z. Lu, C.A. Gross // Genes Dev. -2002. -V.16. -P.2156-2168.

11. Alba B.M. Regulation of the Escherichia coli sigmadependent envelope stress response Text. / B.M. Alba, C.A. Gross // Mol. Microbiol. -2004. V.52. - P.613-619^

12. Albano M. The Rok protein of Bacillus subtilis represses genes for cell surface and extracellular functions Text. / M.Albano, W.K. Smits, L.T. Ho, B. Kraigher, f. Mandic-Mulec, O.P. Kuipers, D. Dubnau // J. Bacteriol. 2005. -V.187. - P.2010-2019.

13. Alfandari D. Xenopus ADAM 13 is a metalloproteinase required for cranial neural crest-cell migration Text. / D. Alfandari, H. Couin, A. Gaultier, K. Smith, J.M. White, T. Darribere, D.W. DeSimone // Curr. Biol. 2001. - V.l 1. -P.918-930.

14. Altschul S.E. Basic local alignment search tool Text. / S.E. Altschul, W. Gish, W. Miller, E.W. Myers, DJ. Lipman // J. Mol. Biol. 1990. -V. 215. - P.403-410.

15. Amati G. DegU~P represses expression of the motility fla-che operon in Bacillus subtilis Text. / G. Amati, P. Bisicchia, A. Galizzi // J.Bacteriol. 2004. - V.l86. - P.6003-6014.

16. Anagnostopolous C. Requirements for transformation in Bacillus subtilis Text. / C. Anagnostopolous, J. Spizizen // Journal of Bacteriology. -1961. V.81. — P.741-746.

17. Ansaldi M. Specific activation of the Bacillus quorum-sensing systems by isoprenylated pheromone variants Text. / M. Ansaldi, D. Marolt, T.

18. Stebe, I. Mandic-Mulec, D. Dubnau // Mol. Microbiol. 2002. - V. 44. - P.1561-1573.

19. Antelmann H. Stabilization of cell wall proteins in Bacillus subtilis: a proteomic approach Text. / H. Antelmann, H. Yamamoto, J. Sekiguchi, M. Hecher // Proteomic. 2002. - V.2. - P.591-602.

20. Babu M.M. General trends in the evolution of prokaryotic transcriptional regulatory networks Text. / M.M. Babu, S. Balaji, L. Aravind // Genome Dyn. 2007. - V.3. - P.66-80.

21. Bacon Schneider K. Characterization of comQ and comX, two genes required for production of ComX pheromone in Bacillus subtilis Text. / K. Bacon Schneider, T.M. Palmer, A.D. Grossman // J.Bacteriol. 2002. - Y.184. -P.410-419:

22. Banse A.V. Parallel pathways of repression and antiperpession governin the transition to stationary phase in Bacillus subtilis Text. / A.V. Banse, A. Chatanet, L. Rahn-Lee, E.C. Hobbs, R. Losick // Microbiol. 2008. -V.105. -No.40. - P.15547-15552.

23. Beck N.A. TcpH influences virulence gene expression in Vibrio cholerae by inhibiting degradation of the transcription activator TcpP Text. / N.A. Beck, E.S. Krukonis, V.J. DiRita // J. Bacteriol. 2004. - V. 186. - P. 83098316.

24. Belitsky B. R. Role of TnrA in nitrogen source-dependent repression of Bacillus subtilis glutamate synthase gene expression Text. / B. R. Belitsky, L. V. Wray, S. H. Fisher, D. E. Bohannon, A.L. Sonenshein // J. Bact. 2000. - V. 182.-P. 5939-5947.

25. Bergara F. CodY is a nutritional repressor of flagellar gene expression in Bacillus subtilis Text. / F. Bergara, C. Ibarra, J. Iwamasa, J. C. PataiToyo, R. Aguilera, L. M. Marquez-Magana // J. Bacteriol. -2003. -V.185. -P.31'18-3126.

26. Bhatt A. Conditional depletion of KasA, a* key enzyme* of mycolic acid biosynthesis, leads to mycobacterial cell lysis Text. / Bhatt A. , L. Kremer, A.Z. Dai,- J.C. Sacchettini, W.R. Jacobs Jr.// J. Bacteriol.-2005. V.187.-P.7596-7606.

27. Blobel C.P. ADAMs and ADAMTs Text. / C.P. Blobel, S.S. Apte // Encaclopedia of Respiratory Nedicine 2006. - P. 19-23.

28. Bobay B.G. Revised structure of the AbrB' N-terminal domain-unifies a diverse superfamily of putative DNA-binding proteins Text. / BtG. Bobay, A. Andreeva, G.A. Mueller, J. Gavanagh, A.G. Murzin // FEBS Lett. -2005. V.579: - P.5669-5674.

29. Bode W. Structure of astacin and implications for activation of astacins and zinc-ligation of collagenases Text. / W. Bode, F.-X. Gomis-Rüth, R. Huber, R. Zwilling, W. Stöcker // Nature. 1992. - V.358, №6382. - P.164-167.

30. Bode W. The metzincins superfamily of zinc-peptidases Text. / W. Bode, F. Grams, P. Reinemer, F-X. Gomis-Rüth, U. Baumann, D.B. Mckay, W. Stöcker // Advan. Exp. Med. Biol. - 1996. - V.389. - P.l-11.

31. Bohn C. Dispensable PDZ domain of Escherichia coli YaeL essential protease Text. / C. Bohn, J. Collier, P. Bouloc, // Mol. Microbiol.-2004.- V.52. -P1427-435.

32. Brandenburg LL. Roles of PucR; GlnR, and' TnrA in regulating expression of the Bacillus subtilis ure P3 promoter Text. / J.L. Brandenburg, L.V. Wray, L. Beier, H. Jarmer, H.H. Saxild, S:H. Fisher. // J Bacteriol. -2002*. -V.184. -P.6060-6064.

33. Brantl S. Characterisation of Bacillus subtilis transcriptional regulators involved in metabolic precesses Text. / S. Brantl, A. Licht // Cutt.Protein Pept. Sei. 2010. - V.l 1. -No.4. - P.274-291.

34. Brocker C.N. Evolutionary divergence and functions of the ADAM and ADAMTS gene families Text. / C.N. Brocker, V. Vasiliou, D. W. Nebert // Human genomics. 2009. - V.4. -No.l. - P.43-55.

35. Brown M.S. Regulated intramembrane proteolysis: a control mechanism conserved from bacteria to humans Text. /M.S. Brown, J. Ye, R.B. Rawson, J.L. Goldstein // Cell. 2000. - V.100. - P.391-398.

36. Brown N.L. The MerR family of transcriptional regulators Text. / N. L. Brown, J. V. Stoyanov, S. P. Kidd, J. L. Hobman // FEMS Microbiol. -2003.-V. 27.-P. 145-163.

37. Bruckner R. Carbon catabolite repression in bacteria: choice of the carbon source and autoregulatory limitation of sugar utilization Text. / R. Bruckner, F. Titgemeyer // FEMS Microbiol. Lett. 2002. - V. 209. - P. 141-148.

38. Camacho L.R. Identification of a virulence gene cluster of Mycobacterium tuberculosis by signature- tagged transposon mutagenesis Text. / L.R. Camacho, D. Ensergueix, E. Perez, B. Gicquel, C. Guilhot // Mol. Microbiol.- 1999. V. 34. - P. 257-267

39. CampbelL E. A. Crystal structure of Escherichia coli sigma E with the cytoplasmic domain of its anti-sigma RseA Text. / E.A. Campbell, J.L. Tupy, T.M. Gruber, S. Wang, MM. Sharp, C.A. Gross, S.A. Darst // Mol. Celh-2003. -V.lh -P.1067-1078.

40. Chang S. High- frequency transformation of Bacillus subtilis protoplasts by plasmid DNA Text. / S. Chang, N. Cohen. // Mol. Gen. Genet. -1979.-V.168.-P.111-115.

41. Chastanet A. Broadly heterogeneous activation' of the1 master regulator for sporulation in Bacillus subtilis Text. / A. Chastanet, D. Vitkup, G.-C. Yuan, T.M. Norman, J.S. Eiu, R.M. Losick // PNAS. 2010. - V.107. -No.18.

42. Chen J.C. A membrane metalloprotease participates in the sequential* degradation of a Caulobacter polarity determinant Text. / J.C. Chen, P.H. Viollier, L. Shapiro // Mol. Microbiol. 2005. - V.55. - P.1085-1103.

43. Dartois V. Characterization of a novel member of the DegS-DegU regulon affected by salt stress in Bacillus subtilis Text. / V. Dartois, M.

44. Debarbouille, F. Kunst, G. Rapoport // J. Bacteriol. 1998. - V.180: - №7. -P.1855-1861.

45. Dervyn E. The bacterial condensin/cohesion-like protein complex acts in DNA repair and regulation of gene expression / E. Dervyn, M.F. Noirot-Gros, P. Mervelet, S. McGovern, S.D. Polard, P.P.&Noirot // Mol.Microbiol.-2004.-V.51.-P. 1629-1640.«

46. Detsch C. Ammonium utilization in Bacillus subtilis: transport and1 regulatory functions of NrgA and NrgB Text. / C. Detsch, J. Stulke // Microbiology. -2003. -V.149. -P.3289-3297.

47. Dineen S.S. Represión of Clostridium difficile toxin gene expression by CodY Text. / S.S. Dineen, A.C. Villapakkam, J.T. Nordman, A.L. Sonenshein // Mol. Microbiol. 2007. - V.66. - P.206-219.

48. Dubnau D. Genetic competence in Bacillus subtilis Text. / D. Dubnau, C.M.Lovett // D.Dubnau, L.A. Sonenshein, J.A. Hoch, R. Losick // In Bacillus subtilis and its closest relatives: from genes to cells. 2002. - P.453-471.

49. Eder S. A Bacillus subtilis secreted phosphodiesterase/alkaline phosphatase is the product of a Pho regulon gene, phoD Text. / S. Eder, L. Shi, K. Jensen, K. Yamane, F.M. Hulett // Microbiology. 1996. - V. 142. - P. 20412047.

50. Ehrmann M. Proteolysis as a regulatory mechanism Text. / M. Ehrmann, T. Clausen// Annu. Rev. Genet. -2004. -V.38.-P.709-724.

51. Engelberg-Kulka H. Bacterial programmed cell death and multicellular behavior in bacteria / H. Engelberg-Kulka, S. Amitai, I. Kolodkin-Gal, R. Hazan // PLoS Genet. 2006. - V.2. - №10. - P. 1518-1526.

52. Erickson R.J. Industrial applications of the bacilli: a review and prospectus Text. / R.J. Erickon // Microbiology. 1976. -P. 406-419.

53. Fabret C. Two-component signal transduction in Bacillus subtilis: how one organism sees its world Text. / C. Fabret, V.A. Feher, J.A. Hoch // J. Bacteriol. 1999. - V. 181. - P. 1975-1983.

54. Feklistov A. Promoter recognition by bacterial alternative sigma factors: the price of hight selectivity? Text. / A. Feklistov, S.A. Darst // Genes Dev. 2009. - V.23. - P.2371-2375.

55. Fisher S H. Mutations in Bacillus subtilis glutamine synthetase that block its interaction with transcription factor TnrA Text. / S.H. Fisher, J.L. Brandenburg, L.V. Wray // Mol Microbiol. -V.2002. -V.45. -P.627-35.

56. Fisher S.H. Novel trans-acting Bacillus subtilis glnA mutations that derepress glnRA expression Text. / S. H. Fisher, L. V. Wray // J Bacteriol. -2009.-V. 191.-P. 2485-2492.

57. Fujita M. The master regulator for entry into sporulation in Bacillus subtilis becomes a cell-specific transcription factor after assymetric division Text. / M.Fujita, R.Losick // Genes Dev. 2003. - V.17. - P.l 166-1174.

58. Fujita M. High- and low-threshold genes in the SpoOA regulon of Bacillus subtilis Text. / M. Fujita, J.E. Gonzalez-Pastor, R. Losick. // J Bacteriol. -2005. -V.187. -P11357-1368.

59. Fujita Y. Carbon catabolite control of the metabolic network in Bacillus subtilis Text. IY. Fujita // Biosci. Biotechnol.Biochem. — 2009. V.74. - No.2. - P.245-259.

60. Ghosh T. Mechanisms for activating bacterial RNA- polymerase Text. / T. Ghosh, D.Bose, X.Zhang // FEMS Microbiol.Rev. 2010. - V.34. -P.611-627.

61. Gohar M. Two-dimensional electrophoresis analysis of the extracellular proteome of Bacillus cereus reveals the importance of the PlcR regulon / M. Gohar, O.A. Okstad, N. Gilois, V. Sanchis, A.B. Kolsto, D.Lereclus //Proteomics.- 2002. V.2. -P.784-791.

62. Gomis-Rüth F.X. Structural aspects of the metzincin clan of metalloendopeptidases Text. // Mol. Biotechnology. 2003. - V.24, №2. -P. 157-202.

63. Gonzalez-Pastor J JE. Cannibalism by sporulating bacteria Text.;/ J.E. Gonzalez-Pastor, E.C. Hobbs, R. Losick // Science. 2003. - V.301. -P.510-513. '••'•!

64. Görke B. Carbon catabolic repression in bacteria: many ways to make the most out of nutrients Text. / B. Görke, J- Stülke // Nat. Rev. Microbiol. -2008. V.6. -P.613-624. ,

65. Guedon E. Overall' control of nitrogen metabolism in Lactococcns lactis by CodY, and possible models for CodY regulation in Firmicutes Text. / E. Guedon, B. Sperandiö, N. Pons, S.D. Ehrlich, P: Renault // Microbiol; 2005. -V.151.-P. 3895-3909.

66. Hamoen L.W. The pleiotropic response regulator DegU functions as priming protein in competence development in Bacillus subtilis Text. / L.M. Hamoen, A.F Van Werkhoven, G.Venema, D.Dubnau // Proc.Natl.Acad:Sci. -2000. V.97. - P.9246-925T.

67. Hamoen B.W. Controlling competence in Bacillus subtilis: shared use of regulators Text. / L.W. Hamoen, G. Venema, O.P. Kuipers // Microbiology 2003. V.- 149. - P19-17.

68. Hamon M.A. Identification of AbrB-regulated genes involved in biofilm formation by Bacillus subtilis Text. / M.A. Hamon, N.R. Stanley, R.A. Britton, A.D. Grossman, B.A. Lazazzera // Mol Microbiol. 2004. - V.-53. -№3.-P. 847-860.

69. Hayashi K. Bacillus subtilis RghR (YvaN) represses rapG and rapH, which encode inhibitors of expression of the srfA operon Text. / K. Hayashi, T. Kensuke, K. Kobayashi, N, Ogasawara, M. Ogura // Mol.Mocrobiol. 2006. -V.59.-1714-1729.

70. Helmann J.D. Compilation and analysis of Bacillus subtilis ctA-dependent promoter sequences: evidence for extended contact between RNA polymerase and upstream promoter DNA / J.D. Helmann // Nucleic Acids Res. -1995.-V.23.-P. 2351-2360.

71. Helmann J.D. RNA polymerase and sigma factors Text./ J.D. Helmann, C.P. Moran // In A.L.Sonenshein, J.A. Hoch, R.Losick Bacillus subtilis and its closest relatives: from genes to cells. 2001. - P.289-312.

72. Hobman J.L. MerR family transcription activators: similar designs, different specificities Text. / J. L. Hobman // Mol. Microbiol. 2007. - V. 63. -P. 1275-1278.

73. Hoch J.A. Two-component and phosphorelay signal transduction Text. // Curr.Op.in Microb. 2000. - V.3. - P.165-170.

74. Hoch J.A. Keeping signals straight in phosphorelay signal transduction Text. / J.A. Hoch, K.I. Varughese // J. Bacteriol. 2001. - V.183. -№17. - P.4941-4949.

75. Ikeda T.P. Salmonella typhimurium apparently perceives external nitrogen limitation as internal glutamine limitation Text. / T.P. Ikeda, A.E. Shauger, S. Kustu // J.Mol.Biol. 1996. - V.259. - P. 589- 607.

76. Ingmer Hi Proteases Abacterial pathogenesis Text.' / H. Ingmer, L. Brondsted // Res Microbiol. 2009. - V.160.- P.704-710.

77. Javelle A. Ammonium* sensing- in Escherichia, coli. Role of the' ammonium- transporter AmtB and AmtB-GlnK complex formation1 Text. / A. Javelle, E. Severi, J. Thornton, M. Merrick // J Biol Chem.- 20041 V.279. -№10. -P.8530-8538.

78. Jiang W. Families of metalloendopeptidases and their relationships-Text. / W. Jiang, J.S. Bond // FEBS Lett. 1992. - V.312, №2-3. - P. 110-114.

79. Jiang M. Differential processing of propeptide inhibitors of Rap' phosphatases in Bacillus subtilis Text. / M. Jiang, R. Grau, M. Perego // J.Bacteriol. 2000. - V. 1*82. - P.303-310.

80. Joseph P. A region of Bacillus subtilis CodY protein required for interaction with DNA Text. / P. Joseph, M. Ratnayake-Lecamwasam, A.L. Sonenshein // J Bacteriol.-2005. -V.187. -P.4127-4139.

81. Kanamaru K. Overexpression of the PepF oligopeptidase inhibits sporulation initiation in Bacillus subtilis Text. / K. Kanamaru, S. Stephenson, M. Perego // J.Bacteriol. 2002. - V.184. - 43-50.

82. Kayumov A. Inactivation of the general transcription factor TnrA in Bacillus subtilis by proteolisis Text. / A. Kayumov, A. Heinrich, M. Sharipova, O. Iljinskaya, K. Forchhammer // Microbiology. 2008. - V. 154. - P. 23482355.

83. Kliademi S. The Amt/MEP/Rh family: Structure of AmtB and the mechanism of ammonia gas conduction Text. / S. Khademi, R.M. Stroud // Physiology (Bethesda). 2006. - V.21. - P.419-429.

84. Kim H. J. Complex regulation of the Bacillus subtilis aconitase gene Text. IH. J. Kim, S. I. Kim, M. Ratnayake-Lecamwasam, K. Tachikawa, A. L. Sonenshein, M. Strauch. // J. Bacteriol. -2003. -V.185. -P. 1672-1680.

85. Kinch L.N. Site-2 protease regulated intramembrane proteolysis: sequence homologs suggest an ancient signaling cascade Text./ L.N. Kinch, K. Ginalski, N.V. Grishin// Protein Sei. -2005.

86. Klein T. Active Metalloproteases of the A Disintegrin And Metalloprotease (ADAM) Family: Biological Function and Structure Text. / T. Klein, R. Bischoff// J. Proteome Res., Article ASAP.-2010.

87. Kobayashi K. Comprehensive DNA microarray analysis of Bacillus subtilis two-component regulatory systems Text. / K. Kobayashi, M. Ogura, H. Yamaguchi, K. Yoshida, N. Ogasawara, T. Tanaka, Y. Fujita. // J. Bacteriol., 2001. -V.183. -P.7365-7370.

88. Kobayashi K. Gradual activation of the response regulator DegU controls serial expression of genes for flagellum formation and biofilm formation in Bacillus subtilis Text. II Mol. Microbiol. 2007. - V.69. - P.395-409.

89. Kodgire P. ScoC and SinR Negatively Regulate epr by Corepression in Bacillus subtilis Text. / P. Kodgire, M. Dixit, K.K. Rao // J.Bacteriol. 2006.- V. 188. No. 17. - P.6425-6428.

90. Kunst F. Salt stress is an environmental signal affecting degradative enzyme synthesis in Bacillus subtilis Text. / F. Kunst, G. Rapoport // J.Bacteriol.- 1995. -V.177. -P.2403-3407.

91. Larseni R. GlnR-mediated regulation^ of nitrogen metabolism in, Lactococcus lactis Text. / R. Larsen, T. G. Kloosterman, J; Kok, O. P. Kuipers // Bacteriol. 2006. - V. 188. - P. 4978-4982.

92. Lewis A.P. A novel clan of zinc metallopeptidases with possible intramembrane cleavage properties! Text. / A.P. Lewis, P.J. Thomas // Peorwin Science. 1999. - V.8. - P.439-442.

93. Louise T. Cloning and expression of a'novel protease gene encoding an extracellular neutral protease from Bacillus subtilis Text. / T. Louise, X.-C. Wu, S.-L. Wong // J.Bacteriol. 1991. - V.173. - №20. - P. 6364-6372.

94. Lövgren A. Molecular characterization of immune inhibitor A, a secreted virulence protease from Bacillus thuringiensis Text. / A. Lövgren, M.

95. Zhang, A. Engstrom, G. Dalhammar, R. Landen // Mol. Microbiol. 1990. - V.4, №12. -P.2137-2146.

96. Ludwig H. The Bacillus subtilis catabolite control protein CcpA exerts all its regulatory functions by DNA-binding Text. / H. Ludwig, J. Stülke // FEMS Microbiol. Lett. -2001. -V.203. -Pi 125-129.

97. Maeda H. Serralysin and related bacterial proteases Text. / H. Maeda, K. Morichara // Methods Enzymol. 1995. - V.248. - P.395-413.

98. Makinoshima H. Regulation of Mycobacterium tuberculosis cell envelope composition and virulence by intramembrane proteolysis Text. / H. Makinoshima, M.S. Glickman // Nature 2005. ~ V.436. -P.406-409.

99. Makinoshima H. Site-2 proteases in prokaryotes: regulated intramembrane proteolysis expands to microbial pathogenesis Text. / H. Makinoshima, M.S. Glickman // Microbes and infection. 2006. - V.8. -P.1822 - 1888.

100. Malke H. CodY-affected transcriptional gene expression of Streptococcus pyogenes during growth in human blood Text. / H. Malke, J.J.Ferretti I I J.Med.Microbiol. 2007. - V.56. - P.707-714.

101. Matson J.S. Degradation of the membrane-localized virulence activator TcpP by the YaeL protease in Vibrio cholera Text. /J.S. Matson, V.J. DiRita // Proc. Natl. Acad. Sei. -2005. V.102. -P.16403-16408.

102. Matthews B.W. Structural basis of the action of thermolysin and related zinc peptidases Text. // Accounts Chem. Res. 1988. - V.21. - P.333-340.

103. McQuade R.S. Control of a^ family of phosphatase regulatory genes (phr) by the alternate sigma factor sigma-H of Bacillus subtilis Text. / R.S. McQuade, N. Cornelia, A.D.Grossman // J.Bacteriol. 2001. - V. 183. - P.4905-49091

104. Miwa Y. Evaluation« and characterization' of catabolite-responsive elements icre) of Bacillus subtilis Text. / Y. Miwa, A. Nakata, A. Ogiwara, M. Yamamoto, Y. Fujita // Nucleic Acids Re. 2000. - V.28. - P. 1206-1210.

105. Molle V. The SpoOA regulon of Bacillus subtilis Text. / V. Molle, M. Fujita, S. T. Jensen, P. Eichenberger, J. E. Gonzalez-Pastor, J. S. Liu, R. Losick // Mol. Microbiol. 2003a. - V. 50.-P. 1683-1701.

106. Msadek T. When the going gets tough: survival strategies and environmental signaling networks in Bacillus subtilis Text. / T. Msadek // Trends Microbiol. -1999. -V.l. -P.201-207.

107. Olmos J. Effects of the sinR and degU32 (Hy) mutations on. the regulation of the aprE gene in Bacillus subtilis Text. / J. Olmos, R. De Anda, E. Ferrari, F. Bolivar, F. Valle. //Mol. Gen. Genet. -1997. -V.253. -P:562-567.

108. Perego M. A new family of aspatryl-phosphate phosphatases targeting the sporulation transcription factor SpoOA of Bacillus subtilis Text. / Mol. Microbiol. 2001. - V.42. - P.133-144.

109. Petrsohn A. Global analysis ofthe general stress response oiBacillus subtilis Text. / A. Petrsohn, M. Brigulla, S.Haas, J;D. Hoheisel, U. Volker, M.Hecker // J.Bacteriol. 2001. - V. 183. - P.5617-5631.

110. Piggot P.J. Sporulation of Bacillus subtilis Text. / P.J. Piggot, D.W. Hilbert// CunOpim Microbioli 20041—Y.7. -P;579 - 586.

111. Porter S. The AD AMTS metalloproteinases Text. / S. Porter, I.M. Clark, L. Kevorkian, D.R. Edwards //Biochem. J. 2005. - Y.386. - P. 15-27.

112. Pottathil M. The extracellular Phr peptide-Rap phosphatase signaling circuit of Bacillus subtilis Text. / M.Pottathil, B.A. Lazazzera // Front Biosci. -2003.- -V.8. -P.32-45.

113. Pruitt K. R'efSeq and LocusLink: NCBI gene-centered resources Text. / K. Pruitt, D. Maglott // Nucleic Acids Res.- 2001. N.29. - P. 137-140.

114. Ratnayake-Lecamwasam M'. Bacillus subtilis CodY represses early-stationary-phase genes by sensing GTP levels Text. / M. Ratnayake-Lecamwasam, P. Serror, K. W. Wong, A. L. Sonenshein // Genes Dev. 2001. -V. 15.-P. 1093-1103.

115. Rawlings N.D. Evolutionary families of peptidases Text. / N.D. Rawlings, A.J. Barrett // Biochem J. 1993. - V.290. - P.205-218.

116. Rawlings N.D. Evolutionary families of metallopeptidases Text. / N.D. Rawlings, A.J. Barrett // Methods Enzymol. 1995. - V.248; - P.183-228.

117. Rawlings N.D. MEROPS: the peptidase database Text. / N.D: Rawlings, F.R. Morton, A.J. Barrett// Nucleic Acid Research. 2006. - V.34. -P.270-272.

118. Rey M.W. Complete genome sequence of the industrial bacterium Bacillus licheniformis and comparisons with closely related Bacillus species Text. / M.W*. Rey, P. Ramaiya, B.A. Nelson, S:D: Brody-Karpin, EJ. Zaretsky,

119. M. Tang, A.L. de Leon, H. Xiang, V. Gusti, I.G. Clausen, P.B. Olsen, M.D.j

120. Rudner D.Z. A family of membrane-embedded metalloproteases involved in regulated proteolysis of membrane-associated transcription factors Text. / D.Z. Rudner, P. Fawcett, R. Losick // Proc. Natl. Acad. Sei.- 1996. V. 96. -P. 14765-14770.

121. Rudner D.Z. A sporulation membrane protein tethers the prosigmaK processing enzyme to its inhibitor and dictates its subcellular localization Text.,/ D.Z. Rudner, R. Losick // Genes Dev. 2002. - V.16/ - P. 1007-1018.

122. Saile E. Control of anthrax toxin gene expression by the transition^ state regulator abrB Text. / E. Saile, T.M. Koehler // J.Bacteriol. 2002. -V. 184.-P.370-380.

123. Sambrook J. Molecular Cloning: a laboratory manual—second edition Text. / J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis // Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1989.-V. 1,2,3.

124. Saxild H.H. Genetic and physiological characterization of Bacillus$subtilis mutants resistant to purine analogs Text./ H.H. Saxild, P. Nygaard // J Bacteriol. 1987. - V.169. - P. 2977-2983.

125. Schumacher M.A. Structural basis for allosteric control of the transcription regulator CcpA by the phosphoprotein HPr-Scr46-P Text. / M.A. Schumacher, G.S. Allen, M. Diel, G. Seidel, W. Hillen, R.G. Brcnnan // Cell. -2004. V. 118.-P.731-741.

126. Seals D.F. The ADAMS family of metalloproteases: multidomain protein with multiple functions Text. / D.F. Seals, S. Courtneidge // Gene. -2003. V.17,№1. - P.7-30.

127. Shafikhani S. H. Postexponential; regulation of .sw operon expression in Bacillus subtilis Text. / S. H. Shafikhani, I. Mandic-Mulec, M. A. Strauch, Ii. Smith, T. Leighton // J. Bacterid. -2002. V. 184. - P.564-571.

128. Shivers R. Pi Activation of the Bacillus subtilis global regulator CodY by direct interaction with branched-chain amino acids Text. / R. P. Shivers, A. L. Sonenshein // Mol. Microbiol. -2004. -V.53. -P.599-611.

129. Shivers R. P. Positive regulation of Bacillus subtilis ackA by« CodY and CcpA: establishing a potentional hierarchy in carbon flow Text. / R. P. Shivers, S.S. Dineen, A. L. Sonenshein // Mol. Microbiol. -2006. -V.62. -P.811-822.

130. Sleator R.D. Bacterial osmoadaptation: the role of osmolytes in bacterial stress and virulence Text. / R.D. Sleator, C. Hill // FEMS Microbiol. -2002. Rev.26. - P.49-71.

131. Smits W.K. Temporal separation of distinct differentiation pathways by a dual specificity Rap-Phr system in Bacillus- subtilis Text. / W.K. Smits // Mol. Microbiol. 2007. - V.65. - P. 103-120.

132. Smits W.K. The Transcriptional1 Regulator Rok Binds A+T-Rich DNA and Is Involved in Repression of a Mobile Genetic Element in Bacillus subtilis / W.K. Smits, A.D. Grossman // PLoS Genet.- 2010. V.6. - №11. -el001207.

133. Sonenshein A.L. CodY, a global regulator of stationary phase and virulence in Gram-positive bacteria Text. / A.L.Sonenshein // Curr. Opin.Microbiol. 2005. - V.8. - P.203-207.

134. Stöcker W. Structural features of a; superfamily of zinc-endopeptidases: the metzincins Text. / W. Stöker, W. Bode // Gurr, Opin Struct Biol. 1995. V.5. - P.383-390.

135. Stulke J. Garbon catabolite repression in bacteria Text. / J. Stulke; W. Hillen // Gurr. Opin. Microbiol. 2000. - V. 2. - P. 195-201.

136. Sullivan D.M. Insights into the nature of DNA binding of AbrB-like transcription factors Text. / D.M. Sullivan,1 B.G. Bobay, D.J. Kojetin, R.J. Thompson, M. Ranee, M.A. Strauch, J: Cavanagh // Structure.,- 2008. V.16. -No.l 1. - P. 1702-1713. '

137. Tjalsma H; Signal peptide-dependent protein transport in Bacillus subtilis: a genome-based survey of the secretome Text. / H; Tjalsma, J.D. Bolhuis, D.H. Jongbloed, S. Bron, J.M. van Dijl // Microbil.Mol.Biol.Rev. -2000.-V.64.-P.515-547.

138. Thomason P.'Eukaryotic signal transduction via, histidine- aspartate phosphorelay Text. / P. Thomason, R. Kay // J. Gell Sei. 2000. - V. 1.13. - P. 3141-3150.

139. Tsukahara K. Promoter selectivity of the Bacillus subtilis response regulator DegU, a positive regulator of the fla/che operon and sacB Text. / K. Tsukahara, M. Ogura //BMC Microbiology. 2008. - V. 8. - №8. - P.

140. Veening J.-W. Transient heterogeneity in extracellular protease production by Bacillus subtilis Text. / J.-W. Veening, Igoshin O.A., Eijlander R.T., Nijland R., Hamoen L.W., Kulpers O.P. // Molecular Systems Biology. -2008. V.4.-P.

141. Weicket M.J. Site-directed mutagenesis ' of a catabolite repression operator sequense in Bacillus subtilis Text. / M.J. Weicket, G.H. Chambliss // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1990. - V. 78. - P. 6238-6242.

142. Weihofen A.' Intramembrane-cleaving proteases: controlled liberation of proteins and bioactive peptides Text. / A. Weihofe, B. Martoglio // Trends Cell Biol. 2003. - V. 13. - P.71-78.

143. White J.M. ADAMs: modulators of cell-cell and cell-matrix interaction Text. // Curr. Opin. Cell Biol. 2003. - V.15. - P.598-606.

144. Wray L. V. Bacillus subtilis glutamine synthetase controls gene expression through a protein-protein interaction with transcription factor TnrA Text. / L. V. Wray, J'. M. Zalieckas, S. №. Fisher // Cell.- 2001. - V. 107. - PI 427-435.

145. Wray L.V. Functional" analysis, of the carboxy-terminal region of Bacillus subtilis TnrA, a MerR family protein-Text. / L.V. Wray, S: H. Fisher // J. Bacteriol. 2007. - V. 189. - P.20-27

146. Yao F. Independent and interchangeable multimerization domain of the AbrB, Abh and SpoVT flobal regulatory proteins Text., / F. Yao, M.A. Strauch // L. Bacteriol. -2005. V. 187. - No. 18. -P.6354-6362.

147. Yiallouros I. The roles of G1Û93 and Tyrl49 in astacin-like zinc peptidases Text. /1. Yiallouros, E.G. Berklioff, W. Stocker // FEBS Lett. 2000. - V.484,№3. - P.224-228.

148. Yoshida K.I. Combined transcriptome and' proteome analysis as a powerful approach to study genes under glucose repression in Bacillus subtilis Text. / K.I.Yoshida, K. Kobayashi, Y. Miwa. // Nucleic Acids Res. -2001. -V.29. -P.6683-6692.

149. Yoshida K. Identification of additional TnrA-regulated genes of Bacillus subtilis associated with a TnrA box Text. / K. Yoshida, H. Yamaguchi, M. Kinehara, Y. H. Ohki, Y. Nakaura, Y. Fujita // Mol. Microbiol. 2003. - V. 49.-P. 157-165.

150. Yu Y.-T. N. Evidence that SpoIVFB is a novel type of membrane metalloprotease governing intercompartmental communication during Bacillus subtilis sporulation Text. / Y.-T. N. Yu, L. Kroos // J. BacterioL-2000. V.182. -P.3305-3309.

151. Zhang Z. A greedy algorithm for aligning DNA sequences Text. / Z. Zhang, S. Schwartz, L. Wagner, W. Miller // J. Comp. Biol. 2000. - N.7. -P.203-214.

152. Zhou R. BofA protein inhibits intramembrane proteolysis of pro-sigmaK in an intercorapartmental signaling pathway during Bacillus subtilis sporulation Text. / R. Zhou, L. Kroos / Proc. Natl. Acad. Sei. 2004. - V.101. -P.6385-6390.

153. Zhu G.Z. Testase 1 (ADAM 24) a sperm surface metalloprotease is required for normal fertility in mice Text. / G.Z.Zhu, S.Gupta, D.G.Myles, P.Primakoff // Mol.Reprod.Dev. 2009. - V.76. - №.11.-P.l 106-1114.