Биохимические и структурные исследования фактора регуляции трансляции SaHPF тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат наук Аюпов Рустам Хасанович

• Аюпов Рустам Хасанович
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Аюпов Рустам Хасанович

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1.1 Структура и функция рибосомы

Глава 1.2 Взаимодействие белковых факторов с рибосомой

Глава 1.3 Staphylococcus aureus

Глава 1.4 SaHPF - фактор инактивации рибосомы

Глава 1.5 Функциональные и структурные гомологи белка SaHPF

Глава 1.6 Предсказание структуры белков методами структурной биоинформатики

Глава 1.7 Определение структуры белка методом ЯМР

Глава 1.8 Крио-электронная микроскопия макромолекулярных комплексов

Заключение

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

Глава 2.1 Оборудование и реагенты

Глава 2.2 Использованные микроорганизмы и плазмиды

2.2.1 Клонирование С-концевого домена SaHPF

Глава 2.3 Использованные в работе буферы

Глава 2.4 Использованные в работе методы

2.4.1 Разрушение клеток

2.4.2 Осаждение клеточных фракций

2.4.3 Хроматографическая очистка белка

2.4.4 Определение степени чистоты и однородности раствора белка

2.4.5 Хранение и концентрирование образца

Глава 2.5 Выделение и очистка белка для эксперимента по ЯМР

Глава 2.6 Выделение, очистка и кристаллизация белка

Глава 2.7 Выделение и очистка белка для димеризации рибосомы

Глава 2.8 Димеризация рибосомы

2.8.1 Получение димеров рибосомы

2.8.2 Проверка стабильности димеров рибосомы

2.8.3 Подготовка фракций димеров рибосомы для криоэлектронной микроскопии

Глава 2.9 Предсказание структуры белка

Глава 2.10 Молекулярно-динамическое моделирование белка

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

Глава 3.1 Получение плазмиды со вставкой гена С-концевого домена БаИРБ

Глава 3.2 Выделение и очистка белка ЗаИРБ для кристаллизации и димеризации рибосом

Глава 3.3 Выделение и очистка белка ЗаИРБ и С-концевого домена БаИРБ для определения структуры методом ЯМР

Глава 3.4 Димеры рибосомы Б.аыгвш

Глава 3.5 Результаты предсказания структуры белка SaHPF и анализ ее молекулярной динамики

Глава 3.6 Структура С-концевого домена белка SaHPF, полученная методом ЯМР

Глава 3.7 Криоэлектронная микроскопия димеров рибосомы

ВЫВОДЫ

Заключение

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ

АТФ - аденозинтрифосфат БФС - бром феноловый синий ГТФ - гуанозинтрифосфат ДСН - додецилсульфат натрия ДТТ - дитиотреитол

ИПТГ - изопропил-Р-0-1-тиогалактопиранозид

мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота

о.е. - оптические единицы

Ос. Ч. - особый чистый

ПААГ - полиакриламидный гель

ПТЦ - пептидил-трансферазный центр

ПЦР - полимеразная цепная реакция

рРНК - рибосомная рибонуклеиновая кислота

РСА - рентгеноструктурный анализ

ТЕМЕД - ^^№,№-Тетраметилэтилендиамин

тРНК - транспортная рибонуклеиновая кислота

ЧДА - чистый для анализа

ХЧ - химически чистый

ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

ЯМР - ядерно-магнитный резонанс

CHAPS - (3-[(3-Cholamidopropyl)dimethylammonio]-1- propanesulfonate)

NCBI - Национальный центр биотехнологической информации (National

Center for Biotechnology Information)

PDB - белковая база данных (Protein Data Bank)

PIC - protease inhibitor cocktail (коктейл ингибиторов протеаз)

PMSF - phenylmethane sulfonyl fluoride

RE - аргинино-глутаминовый буфер

SaHPF - Staphylococcus aureus hibernation-promoting factor

ВВЕДЕНИЕ

Во всем мире ежегодно умирает большое количество людей от болезней, вызываемых патогенным организмом Staphylococcus aureus, но с помощью современных научных технологий есть надежда навсегда победить его. Способность этого микроорганизма противостоять антимикробным соединениям и неблагоприятным условиям среды делают его одним из опаснейших организмов в окружении человека. В данной работе исследован белок SaHPF (Staphylococcus aureus hibernation-promoting factor), который включается в жизнедеятельность бактерии при неблагоприятных условиях среды. Ранее проведенные исследования показали, что белок обнаруживается во фракциях димерных рибосом, которые становятся в таком комплексе функционально неактивными и прекращают энергозатратные процессы синтеза белков, что позволяет бактерии пережить стрессовые условия. Структурные данные SaHPF и о взаимодействиях между белком и рибосомой позволят понять, каким образом происходит связывание между ними, и в дальнейшем разработать подходы для блокирования подобных контактов, что в свою очередь должно привести к истощению бактерии в неблагоприятных условиях и в конечном итоге к гибели патогена.

Целью настоящей работы является изучение структуры и биохимических свойств белка SaHPF Staphylococcus aureus.

Были поставлены следующие задачи:

1. Выделение, очистка и кристаллизация белка SaHPF.

2. Предсказание и анализ структуры белка SaHPF методами структурной биоинформатики.

3. Подбор условий для определения структуры белка методом ЯМР.

4. Получение димеров рибосомы Б.аитвт с помощью SaHPF для определения структуры комплекса рибосома-SaHPF методом криоэлектронной микроскопии.

Научная новизна

Предсказана и определена структура белка SaHPF методами структурной биоинформатики, ЯМР и криоэлектронной микроскопии. Проведен анализ структуры SaHPF, который выявил участки повышенной подвижности в молекуле белка, отвечающие за димеризацию рибосомы. Полученные фракции димеров рибосомы Б.аигвш с SaHPF позволили определить структуру димерной рибосомы и установить особенности взаимодействия между белком и рибосомой. Было показано, что белок SaHPF в растворе находится в димерной форме, связь между молекулами белка образуется за счет взаимодействия С-концевых доменов.

Практическая значимость

Полученные результаты могут быть использованы для разработки соединений, регулирующих работу белок-синтезирующего аппарата Б.аигвш.

Результаты дают представление о структурных особенностях взаимодействия белка с рибосомой в виде димерной частицы.

Разработанные протоколы выделения и очистки белка, получения димеров рибосомы, определения структуры белка могут быть использованы для дальнейших исследований белок-синтезирующего аппарата Б.аитвт и в учебных целях в рамках дисциплин «Структурная биология», «Молекулярная биология» и «ЯМР биологических молекул».

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Биохимические и структурные исследования фактора регуляции трансляции SaHPF»

Апробация работы

Основные положения диссертации представлены на международных и всероссийских конференциях: на ежегодных конференциях Казанского федерального университета - Итоговой научно-практической конференции Казанского Федерального Университета (Казань, Россия, 2016), и I

Международной школе-конференции «Биомедицина, материалы и технологии XXI века» (Казань, Россия, 2015), на Международной школе-семинаре «Computer-Aided Molecular Design» (Казань, Россия, 2016), на Международном молодежном научном форуме «Ломоносов-2016» (Москва, Россия, 2016), на V съезде биохимиков России (Дагомыс, Сочи, Россия, 2016), BIOMEMBRANES 2016: Mechanisms of Aging and Age-Related Diseases International Conference (Долгопрудный, Россия, 2016), Международной конференции «Трансляционная медицина» (Казань, Россия, 2016).

Положения, выносимые на защиту:

1. Структура белка SaHPF представлена двумя доменами и петлей, соединяющей их.

2. Белок в растворе представлен в димерной форме, связь между молекулами образуется за счет С-концевых доменов.

3. Взаимодействие белка с рибосомой происходит в полости 30S субъединицы, при этом белок частично блокирует участки A, P и E, предотвращая связывание ряда антибиотиков с данными участками.

По материалам диссертации опубликовано 3 статьи и 7 тезисов.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1.1 Структура и функция рибосомы

Рибосома - это немембранный органоид клетки, представляющий собой рибонуклеотидный комплекс. Структуры рибосомы разных организмов относительно похожи. Рибосома состоит из двух субъединиц: большой и малой (рис.1). Константа седиментации мономерной формы рибосомы бактерий составляет 70S, большой и малой субъединиц по отдельности - 50S и 30S, соответственно, у эукариот - 80Б, 60Б и 40Б, соответственно. Каждая субъединица содержит полинуклеотидную цепь рибосомной РНК (рРНК), 23Б - у большой и 16S - у малой субъединиц. Так же в структуре большой субъединицы есть низкомолекулярная рРНК - 5S. В структуре бактериальной рибосомы насчитывается более 50 белков, 32 связываются с большой субъединицей и 21 - с малой субъединицей.

Рисунок 1. Структура транслирующей рибосомы (из учебника «Биохимия», 7 изд., W.H. Freeman and Company). На рисунке обозначены: A - аминоацил-тРНК связывающий участок, P - пептидил-тРНК связывающий участок, E - участок выхода тРНК.

Растущий полипептид

Рассмотрим некоторые элементы пространственной структуры рибосомы (см. Спирин А.С.: «Молекулярная биология. Структура рибосомы и биосинтез белка»). Как было уже сказано выше, рибосома состоит из двух субъединиц (большой и малой). Каждая из субъединиц представлена различными долями (рис. 2). Малую субъединицу можно разделить на следующие доли: голова («head» - H), тело («body» - B) и платформа (боковая лопасть, P). Большая субъединица представлена: центральным выступом («central protuberance» - CP), большим пальцеобразным выступом - L7/L12 стержнем («stalk» - ST или P stalk), боковым выступом - L1 лопастью (L или L1 stalk). При ассоциации субъединиц происходит наложение H на CP, P на L, а ST большой субъединицы остается открытым. Чем качественнее электронно-микроскопическое изображение, тем яснее видны и другие элементы субъединиц, такие как: «клюв» («beak»), «шея», «ноги» субъединиц. Важное значение имеет полость между субъединицами находящаяся возле H и CP «шеи» 30S субъединицы, это пространство служит в качестве тРНК-связывающего участка.

субъединица субъединица

Рисунок 2. Морфология прокариотической рибосомы. Большая субъединица: «L» -лопасть L1 , «CP» - центральный выступ, «ST» - L7/L12 стержень. Малая субъединица: «P» - платформа, «H» - голова, «B» - тело.

Каждая субъединица представлена рРНК и белками. Ядром рибосомы служит рРНК, а белки в основном располагаются по периферии. Роль рРНК заключена в организации связывающих центров мРНК и тРНК, в выполнении

каталитической и динамической функции, в то время как белки отвечают за стабилизацию рРНК и формирования функциональных центров рибосомы.

На основании структурного сходства и различий рибосомных белков прокариот, архей и эукариот была предложена новая универсальная классификация (Armache et al., 2013 и Ban et al., 2014) (таблица 1) (рис.3).

Таблица 1. Старая и новая номенклатура рибосомных белков (взята из канд. дис. Митрошина И.В. 2015)

Рибосомные белки малой субчастицы Рибосомные белки большой субчастицы

Новое название* Домены жизни Старое название Новое название* Домены жизни Старое название

Бактерии Археи Эукариоты Бактерии Археи Эукариоты

bS1 Б S1 — — uL1 БАЭ L1 L1 L1/L10AA

eS1 АЭ — S3ae S1/S3AA uL2 БАЭ L2 L2 L2/L8A

uS2 БАЭ S2 S2 S0/SAA uL3 БАЭ L3 L3 L3

uS3 БАЭ S3 S3 S3 uL4 БАЭ L4 L4 L4

uS4 БАЭ S4 S4 S9 uL5 БАЭ L5 L5 L11

eS4 АЭ — S4e S4 uL6 БАЭ L6 L6 L9

uS5 БАЭ S5 S5 S2 eL6 Э — — L6

bS6 Б S6 — — eL8 АЭ — L8e L8/L7AA

eS6 АЭ — S6e S6 bL9 Б L9 — —

uS7 БАЭ S7 S7 S5 uL10 БАЭ L10 P0 P0

eS7 Э — — S7 uL11 БАЭ L11 L11 L12e

uS8 БАЭ S8 S8 S22/S15AA bL12 Б L12 — —

aS8 A — L7ae — uL13 БАЭ L13 L13 L16/L13AA

eS8 АЭ — S8e S8 eL13 АЭ — L13e L13

uS9 БАЭ S9 S9 S16 uL14 БАЭ L14 L14 L23

uS10 БАЭ S10 S10 S20 eL14 АЭ — L14e L14

eS10 Э — — S10 uL15 БАЭ L15 L15 L28/L27AA

uS11 БАЭ S11 S11 S14 eL15 АЭ — L15e L15

uS12 БАЭ S12 S12 S23 uL16 БАЭ L16 L16 L10

eS12 АЭ — S12e S12 bL17 Б L17 — —

uS13 БАЭ S13 S13 S18 uL18 БАЭ L18 L18 L5

uS14 БАЭ S14 S14 S29 eL18 АЭ — L18e L18

uS15 БАЭ S15 S15 S13 bL19 Б L19 — —

bS16 Б S16 — — eL19 АЭ — L19e L19

uS17 БАЭ S17 S17 S11 bL20 Б L20 — —

eS17 АЭ — S17e S17 eL20 АЭ — LX L20/L18AA

bS18 Б S18 — — bL21 Б L21 — —

uS19 БАЭ S19 S19 S15 eL21 АЭ — L21e L21

eS19 АЭ — S19e S19 uL22 БАЭ L22 L22 L17

bS20 Б S20 — — eL22 Э — — L22

bS21 Б S21 — — uL23 БАЭ L23 L23 L25/L23AA

eS21 Э — — S21 uL24 БАЭ L24 L24 L26

eS24 АЭ — S24e S24 eL24 АЭ — L24e L24

eS25 АЭ — S25e S25 bL25 Б L25 — —

е826 Э — — 826 ЬЬ27 Б Ь27 — —

е827 АЭ — 827е 827 еЬ27 Э — — Ь27

е828 АЭ — 828е 828 ЬЬ28 Б Ь28 — —

е830 АЭ — 830е 830 иЬ29 БАЭ Ь29 Ь29 Ь35

е831 АЭ — 827ае 831/827АЛ еЬ29 Э — — Ь29

иЬ30 БАЭ Ь30 Ь30 Ь7

еЬ30 АЭ — Ь30е Ь30

ЬЬ31 Б Ь31 — —

еЬ31 АЭ — Ь31е Ь31

ЬЬ32 Б Ь32 — —

еЬ32 АЭ — Ь32е Ь32

ЬЬ33 Б Ь33 — —

еЬ33 АЭ — Ь33е Ь33/Ь35Л

ЬЬ34 Б Ь34 — —

еЬ34 АЭ — Ь34е Ь34

ЬЬ35 Б Ь35 — —

ЬЬ36 Б Ь36 — —

еЬ36 Э — — Ь36

еЬ37 АЭ — Ь37е Ь37

еЬ38 АЭ — Ь38е Ь38

еЬ39 АЭ — Ь39е Ь39

еЬ40 АЭ — Ь40е Ь40

еЬ41 АЭ — Ь41е Ь41

еЬ42 АЭ — Ь44е Ь42/Ь36АЛ

еЬ43 АЭ — Ь43е Ь43/Ь27АЛ

Р1/Р2 АЭ — Р1 Р1/Р2

# Ь - бактериальный, е - эукариотический, а - архейный, и - универсальный.

* Б - бактерии, А - археи, Э - эукариоты.

Л обозначены дрожжевые/человеческие эукариотические рибосомные белки

Рисунок 3. Структура рибосомы с обозначением белков (взято с изменениями из статьи КЬайег е! а1., 2015). А - малая субъединица: Г - «голова», П - «платформа», К -«клюв», ЛН - «левая нога», ПН - «правая нога», Т - «тело». Б - большая субъединица: ЦВ - «центральный выступ», ПВ - «пальцеобразный выступ», Л - «Ы лопасть». Буквами латинского алфавита обозначены белки из Таб. 1.

Рибосома отвечает за синтез полипептидных цепей, который происходит при участии матричной РНК (мРНК), аминоацилированной транспортной РНК (тРНК), и множества белковых факторов. Синтез полипептидных цепей условно поделен на три этапа: инициация, элонгация, терминация (рис.4).

Рисунок 4. Схематическое изображения бактериального белкового синтеза (взято с изменениями из статьи Agirrezabala and Frank, 2010).

Субъединицы рибосомы находятся в цитоплазме в слабо ассоциированном состоянии, наблюдается динамическое равновесие между связанной и свободной формами субъединиц. Малая субъединица связывается с белками, факторами инициации (initiation factors, IF), которые сопровождают ее до присоединения большой субъединицы. После связывания малой субъединицы с факторами инициации, происходит ее взаимодействие с инициаторной тРНК и мРНК, и образуется инициаторный комплекс. За распознавание участка на мРНК, отвечающего за связывание с

малой субъединицей рибосомы, ответственна последовательность Шайна — Дальгарно (Shine J. and Dalgarno L., 1975). Последовательность Шайна — Дальгарно состоит из шести нуклеотидов, консенсусная последовательность состоит из AGGAGG, для E.coli - AGGAGGU. На 16S рРНК малой субъединицы есть комплементарная последовательность, называемая последовательностью анти-Шайна — Дальгарно, которая и связывается с последовательностью Шайна — Дальгарно и ориентирует мРНК так, чтобы инициаторный кодон оказался в Р-участке рибосомы. В качестве инициирующего кодона в большинстве случаев выступает триплет AUG, который кодирует аминокислоту метионин. В случае необходимости концевой метионин отщепляется в ходе трансляции или после нее, в большинстве случаев при помощи протеаз. После образования инициаторного комплекса происходит присоединение большой субъединицы к комплексу, в ходе которого происходит отщепление инициаторных факторов и образуется полная рибосома. Таким образом, завершается инициация трансляции.

После присоединения большой субъединицы начинается первый этап элонгации - взаимодействие первой тРНК (формил-метионил-тРНК у прокариот, метионил-тРНК у эукариот), которая располагается после присоединения большой субъединицы на P-участке, со следующей тРНК расположенной на A-участке, происходит реакция транспептидации и образование первой пептидной связи.

В ходе элонгации происходит рост полипептидной цепи. После образования первой пептидной связи, первая тРНК покидает P-участок, а ее место занимает следующая тРНК, место которой в свою очередь занимает новая тРНК на A-участке. Распознавание тРНК происходит благодаря кодон-антикодоновому взаимодействию между мРНК и тРНК в рибосоме. В процессе синтеза полипептидов мРНК перемещается от 5'- к 3'- концу цепи, потриплетно. При подобном перемещении по мРНК, рибосоме приходится расплетать все вторичные и третичные элементы ее цепи. Синтез

полипептидов на мРНК у прокариот может происходить одновременно с синтезом самой мРНК, так как данные процессы совмещены в бактериальной клетке. То есть РНК-полимераза синтезирует мРНК с цепи ДНК, а в это время на синтезированных участках мРНК связывается рибосома и синтезирует полипептидную цепь. При этом стоит отметить, что данные процессы синхронизированы не только по положению в пространстве, но и по времени. Так как на одно звено полипептидной цепи требуется три нуклеотида, то и скорость синтеза последнего в три раза выше, то есть пока образуется одна пептидная связь, за это время синтезируются три нуклеотида. При синтезе полипептидной цепи, растущий N-конец выходит из полости рибосомы и начинает формировать свою вторичную и третичную структуру. Если данный белок должен быть транспортирован из клетки или встроен в какой-либо комплекс, то при выходе из полости рибосомы он может взаимодействовать с шаперонами, которые способствуют принятию белком правильной конформации. Рибосомы располагаются в цитоплазме клеток либо свободно, либо на поверхности шероховатой эндоплазматической сети.

Триплет нуклеотидов на мРНК комплементарен антикодону на тРНК, однако не для всех триплетов имеются соответствующие антикодоны и такие триплеты называются стоп-кодоны. Стоп-кодонов три: UAG, UAA и UGA. При перемещении рибосомы на данные триплеты наступает терминация трансляции, которая осуществляется при взаимодействии рибосомы с белками, факторами освобождения (release factors, RF). В результате связывания этих белков с рибосомой происходит гидролиз сложноэфрной связи между полипептидом и тРНК в Р-участке и полипептид выходит в клеточное пространство. Далее происходит диссоциация рибосомы на субъединицы. Малая субъединица может покинуть мРНК или, пропустив стоп-кодон, принять участие в синтезе новой цепи.

У Staphylococcus aureus (S.aureus), грамположительной бактерии, речь о которой пойдет в следующей части данного обзора, имеются некоторые

тонкие отличия в организации транслирующего аппарата (см. обзор Khusainov et al. 2016).

В настоящее время в исследованиях, посвященных рибосоме, рассматриваются множество различных аспектов: уточняются различные участки структуры рибосом из разных организмов, ведётся поиск особенностей структуры и образования комплексов рибосом с белковыми факторами, мРНК и тРНК. Данные исследования, в частности, нацелены на изучение механизмов взаимодействия рибосомы с различными группами антибиотиков, на исследование условий регуляции активности рибосомы при стрессе и др.

Сравнение структур рибосом бактерий и дрожжей показало, что рибосомы имеют сходную основу структуры, или ядро, состоящее из рРНК и 34 консервативных рибосомных белков. Рибосомы прокариот (например, у E. coli или T. thermophilus) содержат дополнительно 21 прокариот-специфичный белок, а рибосомы эукариот (S. cerevisiae) содержат 46 эукариот-специфичных белков, где имеются удлинения и вставки в большинстве белков рибосомы, рРНК эукариот имеет удлинения некоторых консервативных двуспиральных участков структуры (Melnikov et al., 2012). В работе 2011 года Ben-Shem с соавторами определили кристаллическую структуру 80S рибосомы S. cerevisiae (дрожжи) с разрешением 3,0 ангстрема, что включало почти всю рибосомную РНК, боковые цепи всех белков и дополнительный белок Stml. Эта атомная модель показывает архитектуру эукариот-специфических элементов и их взаимодействие с универсальным консервативным ядром, и описывает все эукариот-специфичные связи между двумя субъединицами рибосом.

Исследования, посвященные взаимодействию белковых факторов с рибосомой, рассматривают множество аспектов, например, влияние модификации белкового фактора на синтез белка (Melnikov et al., 2016). В данной работе исследовалась гипузиновая (hypusine) модификация фактора трансляции eIF5A. Эукариотический трансляционный фактор инициации

eIF5A (EF-P у бактерий) является жизненно необходимым для синтеза полипептидов, имеющих в своей последовательности три или четыре пролиновых аминокислотных остатка подряд (Gutierrez et al., 2013; Doerfel et al., 2013; Ude et al., 2013) и, соответственно, препятствует полипролин-индуцированной остановке рибосомы при синтезе подобных полипептидов. Авторы определили кристаллическую структуру рибосомы дрожжей 80S, связанную с eIF5A, с разрешением 3,25 ангстрема. Структура позволила предложить механизм работы фактора eIF5A на рибосоме и объяснить, как исправляются полипролин-индуцированные остановки рибосомы.

Известны работы, посвященные изучению влиянию мутаций, на ферментативные функции рибосомы (Mailliot et al., 2016). Замена W255C в консервативном рибосомном белке uL3 оказывает влияние на разные функции рибосомы (например, сродство тРНК к рибосоме увеличивается, а скорость пептидил-трансферазной реакции снижается). Клетки, несущие эту мутацию оказались устойчивыми к ингибиторам пептидил-трансферазного центра (например, к анисомицину). Авторы получили кристаллографическую структуру рибосомы дрожжей с мутацией W255C в белке uL3, которая свидетельствует о структурных изменениях в обращённой к А-участку области пептидил-трансферазного центра (ПТЦ). Кристаллографическая структура мутантной рибосомы, связанной с анисомицином, показывает, что высокие концентрации этого ингибитора частично возвращают конфигурацию этой области ПТЦ к конфигурации в рибосоме дикого типа. Эти данные позволяют предложить новый механизм устойчивости рибосомы к антибиотикам, основанный на понимании того, что структурные перестройки в ПТЦ вызывают изменение связывания тРНК в А-участке. Рибосомный белок uL3 необходим для обеспечения оптимальной и каталитически эффективной организации ПТЦ, что подтверждает структурную важность белков в РНК-содержащих функциональных центрах рибосомы.

Исследования комплексов рибосом с тРНК показали важность модификаций тРНК в ходе трансляции, что дает новые знания в области вырожденности генетического кода (Rozov et al., 2016). Число и разнообразие модификаций, из которых лишь немногие были описаны до сих пор, предполагают различия в декодировании информационной РНК. Aвторы на базе нескольких кристаллографических структур 70S рибосомых комплексов, изучали различия в «качающихся парах» оснований между родственными кодонами AAA и AAG, а также вблизи родственного стоп-кодона UAA или изолейцинового кодона AyA, с которым тРНК образует пиримидин-пиримидиновые несовпадения. Эти модели обобщают ранее предложенные трансляционные механизмы, где стерическая взаимодополняемость и форма акцептора доминирует в механизме декодирования. Известно около 90 различных модификаций тРНК (Cantara et al., 2011), которые влияют на ее пространственную структуру и определяют ее свойства (Durant et al., 2005; Stuart et al., 2003). Наиболее интересными в аспекте взаимодействия с рибосомой являются модификации тРНК расположенные на антикодоновом участке, среди них наиболее важными являются нуклеотиды в положении 34 и 37. Нуклеотид в положении 34 связывается с третьим кодоном матричной РНК в аминоацил-тРНК участке (A-участок) во время декодирования (Agris et al., 2007; Crick, 1966).

Исследования рибосомы, связанные с антибиотиками, направлены на изучение структурных основ ингибирования рибосомы и поиска новых лекарственных препаратов. В работе Garreau de Loubresse et al., 2014, рассмотрены структурные особенности ингибирования рибосомы с 16 различными ингибиторами. Aвторы получили кристаллографические модели рибосом с данными лигандами и рассмотрели особенности их положения в различных полостях рибосомы. Данные ингибиторы были разделены по участкам связывания с рибосомой: E-участок, туннель мРНК, ПТЦ, акцепторный (decoding) центр (A-участок).

Глава 1.2 Взаимодействие белковых факторов с рибосомой

Еще одним важным направлением в исследовании рибосомы является изучение регуляции ее активности в условиях стресса. На протяжении всего цикла жизнедеятельности клетки, бактерии должны адеквантно реагировать на стресс. Реакции на стресс требуют клеточного перепрограммирования, как на транскрипционном уровне, так и на трансляционном. Значительную роль в регуляции отводится белковым факторам, которые взаимодействуют с бактериальным трансляционным аппаратом (см. обзор Starosta et al, 2014).

Во время голодания, особенно во время дефицита аминокислот, происходят изменения в экспрессии генов, затрагивающие транскрипцию, трансляцию и репликацию. Это процесс, в том числе, инициируется ферментами семейства RelA/SpoT, которые способствуют синтезу гормон-подобных молекул ppGpp (гуанозин 5', 3'-(би)дифосфат) и pppGpp (гуанозин 5'-трифосфат, З'-дифосфат) из АТФ и ГТФ, называемые под общим именем (p)ppGpp (Somerville and Ahmed, 1979; Atkinson et al., 2011). Пентафосфат (pppGpp) в норме является первым продуктом реакции и, под действием 5'-фосфогидролазы, быстро превращается в ppGpp (Somerville and Ahmed, 1979). Оба типа молекул так же называются алармоны (alarmones). Для E.coli было показано, что они накапливаются в клетках в миллимолярных концентрациях в течение минуты и связываются с ß-субъединицей РНК-полимеразы (Chatterji et al., 1998), что вызывает немедленное ингибирование транскрипции компонентов транскрипции и трансляционного аппарата, таких как рРНК, рибосомных белков, синтетаз, тРНК и др. (Dennis and Nomura, 1974). Процесс образования ^)ppGpp индуцируется в ответ на повышение уровня незаряженных (деацетилированных) тРНК в клетке. Эти незаряженные тРНК связываются неферментативно (т.е. без участия EF-Tu) с вакантным А-участком на рибосоме, тем самым блокируя рибосому и подавляя трансляцию. RelA узнает остановленную рибосому и катализирует синтез ^)ppGpp. Во время синтеза ^)ppGpp происходит уменьшение сродства RelA к рибосоме, белок освобождается и может перейти к

очередной блокированной рибосоме для катализа (p)ppGpp (Wendrich и др., 2002).

Однако механизмы действия не всех белков, отвечающих за стрессовый ответ, хорошо изучены. Среди них белок BipA, фактор, впервые описанный у Salmonella typhimurium, отвечает за устойчивость к катионным антимикробным пептидам BPI (bactericidal/permeability-inducing), которые вырабатываются в нейтрофилах человека (Qi et al., 1995). BipA высококонсервативен среди бактерий и в хлоропластах, относится к надсемейству ГТФаз (Leipe et al., 2002; Margus et al., 2007). Известно, что белок в нормальных условиях роста клеток осаждается с 70S рибосомой, в то время как в условиях аминокислотного голодания, холодного или теплового шока, он находится на 30S субъединице (de Livron and Robinson, 2008). BipA обладает рибосом-зависимой ГТФазной активностью, которую, как и EF-G и EF4, можно ингибировать тиострептоном (thiostrepton) (Starosta et al., 2009; Mikolajka et al., 2012).

Еще одним типом стресса является подавление процесса трансляции в том случае, если на 3' конце мРНК отсутствует стоп-кодон. Иногда данный процесс клетка использует для регуляции уровня экспрессии гена (Kobayashi et al., 2008; Ito et al., 2010; Wilson and Beckmann, 2011). Но чаще подобное приводит к нерациональному расходованию ресурсов и оказывает негативное воздействие на бактериальную клетку (Doma and Parker, 2007; Janssen and Hayes, 2012). Для освобождения блокированной рибосомы от подобных неполных комплексов и возвращению к процессам трансляции, клетки используют комплекс из двух молекул: транс-мессенджер РНК (тмРНК) и небольшой основный белок B (SmpB). тмРНК представляет собой гибридную молекулу тРНК-мРНК, содержащую аланин-заряженный тРНК-подобный домен и короткий внутренний мРНК-подобный домен. тмРНК участвует в процессе мечения неполноценных белков, меткой для дальнейшей деградации (Tu et al., 1995; Keiler et al., 1996). SmpB, небольшой белок массой 20 кДа, связывается с тРНК-подобной частью тмРНК и иницирует

процесс тран-трансляции (трансляции с заменой мРНК), стабилизируя тмРНК блокированной рибосоме (Hallier et al., 2004, Hallier et al., 2006). Предложена следующая модель транс-трансляции. EF-Tu доставляет SmpB и тмРНК в А-участок рибосомы. SmpB связывается с декодирующим центром и полипептидная цепь переносится на аланин тРНК-подобной части тмРНК.

Еще один класс регуляторных белков, освобождающих рибосому от укороченных мРНК, называются alternative rescue factors (альтернативные освобождающие факторы), выделяют два типа белка: ArfA (YhdL) (Chadani et al., 2010) и ArfB (YaeJ) (Chadani et al., 2011; Handa et al., 2011). Их наличие было предположено, после проведения экспериментов по делеции гена белка SmpB, которая не явилась летальной для бактерии E.coli (см. обзор Giudice and Gillet, 2013).

Среди изученных регуляторных белков наибольшее количество занимают факторы, регулирующие трансляцию во время стационарной фазы роста: HPF (YrfH), MazF, Obg, pY (YfiA, RaiA), RelE, RMF, SRA (S22), YqjD и др. При этом стоит отметить, что почти все белки регулируют трансляцию по-своему, в последующих главах некоторые из перечисленных белков будут более подробно рассмотрены.

Понимание механизма того, как бактериальная клетка реагирует на стресс, не только обеспечит фундаментальное понимание регуляции трансляции, но и станет важным шагом на пути к выявлению новых мишеней для разработки новых противомикробных препаратов.

Глава 1.3 Staphylococcus aureus

Стафилококки являются граммположительными бактериями, диаметром 0,5 - 1,5 мкм, представленью шарообразными клетками, которые образуют колонии в виде «виноградной лозы» (Harris et al., 2002). На сегодняшний день известно около 40 видов и 11 подвидов рода Staphylococcus, многие из которых распространяются преимущественно в организме человека. S. aureus и S. epidermidis являются двумя наиболее охарактеризованными и изученными микроорганизмами из-за их патогенности. Стафилококки неподвижны и не образуют споры, являются факультативными анаэробами, хемоорганотрофами с окислительным и ферментативным типом метаболизма. Патогенные виды обычно идентифицируют по их способности производить фермент коагулазу, и, таким образом, образовывать сгусток крови. Виды из рода Staphylococcus являются каталаза-положительными и оксидаза-отрицательными, отличающие их от рода стрептококков, которые являются каталаза-отрицательными, и имеют другой состав клеточной стенки.

S. aureus является одним из основных патогенов, который приобретает все большее значение из-за высокой устойчивости к антибиотикам (Lowy, 1998). Название вида S.aureus связано с тем, что колонии часто имеют золотистый цвет при выращивании на твердых средах. Клеточная стенка золотистого стафилококка представляет собой жесткое защитное покрытие, толщиной около 20 - 40 нм (Shockman and Barrett, 1983). Около 50% от массы клеточной стенки представлено пептидогликаном. Другой компонентой клеточной стенки являются фосфатсодержащие полимеры, называемые тейхоевыми кислотами, которые составляют примерно 40% от массы клеточной стенки (Knox and Wicken, 1973). Тейхоевые кислоты придают отрицательный заряд поверхности клеток бактерии и играют роль в локализации ионов металлов, в частности двухвалентных катионов, а также в деятельности автолитических ферментов (Wilkinson, 1997). Пептидогликан и тейхоевая кислота составляют около 90% от массы клеточной стенки,

остальные 10% составляют поверхностные белки. Некоторые из этих компонентов участвуют в прикрепления бактерий к поверхности и являются вирулентными детерминантами.

S.aureus является причиной множества заболеваний (пневмония, менингит, эндокардит и др.), в том числе нозокомиальных инфекций (Murray et al., 2002; Le Loir et al., 2003; Fridkin et al., 2005). Некоторые штаммы S.aureus производят суперантиген ЦСТ-1, отвечающий за синдром токсического шока (Murray et al., 2002), который может являться причиной смерти в течение быстрого времени (Chen et al., 2007). S.aureus может вызывать очень серьезные заболевания, в том числе перитонит, остеомиелит, септический артрит, инфекции костей, суставов и органов (Murray et al., 2002; Fridkin et al., 2005).

S.aureus является стойким патогеном благодаря комбинации различных бактериальных иммунных стратегий (Kluytmans et al., 1997; Cole et al., 2001). S.aureus могут расти в диапазоне рН от 4,2 до 9,3 и концентрации соли до 15% (Le Loir et al., 2003). Бактерии могут выживать до 46 часов на стекле, после воздействия 17 или 7 часов солнечного света или ультрафиолетового излучения, соответственно; в течение 60 дней на мясных продуктах; до 7 дней на монетах, или от 30 мин до 38 дней на коже (Cimolai, 2008). S.aureus выработал ряд регуляторных механизмов, чтобы контролировать синтез своих многочисленных факторов вирулентности в зависимости от хозяина, стресса и изменения окружающей среды (Lowy, 1998).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Аюпов Рустам Хасанович, 2017 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Митрошин, И.В. Исследование структуры белков р-выступа большой субчастицы архейной рибосомы: Дис. на соискание ученой степени канд. биол. наук. - Москва, 2015. - 113 с.

2. Спирин, А.С. Молекулярная биология: рибосомы и биосинтез белка. М.: Академия, 2011. 496 с.

3. Agirrezabala, X. From DNA to proteins via the ribosome: Structural insights into the workings of the translation machinery / X. Agirrezabala, J. Frank // Hum.Genomics. - 2010. - Vol. 4(4). - pp. 226-237.

4. Agris, P.F. tRNA's wobble decoding of the genome: 40 years of modification / P.F. Agris, F.A. Vendeix, W.D. Graham // J. Mol. Biol. -2007. - Vol. 366 (1). - pp. 1-13.

5. Aiso, T. Modulation of mRNA stability participates in stationary-phase-specific expression of ribosome modulation factor / T. Aiso, H. Yoshida, A. Wada, R. Ohki // J. Bacteriol. - 2005. - Vol. 187 (6). - pp. 1951-1958.

6. Armache, J.P. Promiscuous behaviour of archaeal ribosomal proteins: implications for eukaryotic ribosome evolution / J.P. Armache, A.M. Anger, V. Márquez, S. Franckenberg, T. Fröhlich, E. Villa, O. Berninghausen, M. Thomm, G.J. Arnold, R. Beckmann, D.N. Wilson // Nucleic Acids Res. -2013. - Vol. 41(2). - pp. 1284-1293.

7. Atkinson, G.C. The RelA/SpoT homolog (RSH) superfamily: distribution and functional evolution of ppGpp synthetases and hydrolases across the tree of life / G.C. Atkinson, T. Tenson, V. Hauryliuk // PLoS One. - 2011. - Vol. 6. - p. e23479.

8. Ayupov, R. The fluctuation analysis of conformational mobility for pyridoxine derivatives in the active site of acetylcholinesterase / R. Ayupov, N.I. Akberova // International Journal of Pharmacy and Technology. -2016. - Vol.8 (2). - pp.14539-14547.

9. Ayupov, R. The Ligand Behavior on the Surface of Acetylcholinesterase / R. Ayupov, N.I. Akberova // Research Journal of Pharmaceutical, Biological and Chemical Sciences. - 2015. - Vol.6 (4). - pp. 2202-2206.

10.Bai, X.C. Ribosome structures to near-atomic resolution from thirty thousand cryo-EM particles / X.C. Bai, I.S. Fernandez, G. McMullan, S.H. Scheres // Elife. - 2013. - Vol. 2. - e00461.

11.Ban, N. A new system for naming ribosomal proteins / N. Ban, R. Beckmann, J.H. Cate, J.D. Dinman, F. Dragon, S.R. Ellis, D.L. Lafontaine, L. Lindahl, A. Liljas, J.M. Lipton, M.A. McAlear, P.B. Moore, H.F. Noller, J. Ortega, V.G. Panse, V. Ramakrishnan, C.M. Spahn, T.A. Steitz, M. Tchorzewski, D. Tollervey, A.J. Warren, J.R. Williamson, D. Wilson, A. Yonath, M. Yusupov // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2014. - Vol. 24. - pp. 165-169.

12.Banerjee, S. 2.3 Â resolution cryo-EM structure of human p97 and mechanism of allosteric inhibition / S. Banerjee, A. Bartesaghi, A. Merk, P. Rao, S.L. Bulfer, Y. Yan, N. Green, B. Mroczkowski, R.J. Neitz, P. Wipf, V. Falconieri, R.J. Deshaies, J.L. Milne, D. Huryn, M. Arkin, S. Subramaniam // Science. - 2016. - Vol. 351 (6275) - pp. 871-875.

13.Benkert, P. QMEAN: A comprehensive scoring function for model quality assessment / P. Benkert, S.C.E. Tosatto, D. Schomburg // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. - 2008. - Vol. 71(1) - pp. 261-277.

14.Benkert, P. Toward the estimation of the absolute quality of individual protein structure models / P. Benkert, M. Biasini, T. Schwede // Bioinformatics. - 2011. - Vol. 27 (3) - pp. 343-50.

15.Ben-Shem, A. The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Â resolution / A. Ben-Shem, N. Garreau de Loubresse, S. Melnikov, L. Jenner, G. Yusupova, M. Yusupov // Science. - 2011. - Vol. 334(6062). - pp. 15241539.

16.Berman, H. M. The Protein Data Bank / H.M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T.N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P.E. Bourne // Nucleic Acids Research. - 2010. - Vol. 28(1) - pp. 235-242.

17.Best, R.B. Optimization of the additive CHARMM all-atom protein force field targeting improved sampling of the backbone phi, psi and side-chain chi1 and chi2 dihedral angles / R.B. Best, X. Zhu, J. Shim, P.E.M. Lopes, J. Mittal, M. Feig, Jr.A.D. MacKerell // Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012. - Vol. 8 - pp. 3257-3273.

18.Biasini, M. SWISS-MODEL: modelling protein tertiary and quaternary structure using evolutionary information / M. Biasini, S. Bienert, A. Waterhouse, K. Arnold, G. Studer, T. Schmidt, F. Kiefer, T.G. Cassarino, M. Bertoni, L. Bordoli, T. Schwede // Nucleic Acids Research. - 2014. -Vol. 42 - pp. W252-W258.

19.Binshtein, E. Cryo-electron microscopy and the amazing race to atomic resolution / E. Binshtein, M.D. Ohi // Biochemistry. - 2015. - Vol. 54 (20) -pp. 3133-3141.

20.Borovinskaya, M.A. Structural basis for hygromycin B inhibition of protein biosynthesis / M.A. Borovinskaya, S. Shoji, K. Fredrick, J.H. Cate // RNA. -2008. - Vol. 14. - pp. 1590-1599.

21.Brilot, A.F. Beam-induced motion of vitrified specimen on holey carbon film / A.F. Brilot, J.Z. Chen, A. Cheng, J. Pan, S.C. Harrison, C.S. Potter, B. Carragher, R. Henderson, N. Grigorieff // J. Struct. Biol. - 2012. - Vol. 177 (3) - pp. 630-637.

22.Brodersen, D.E. The structural basis for the action of the antibiotics tetracycline, pactamycin, and hygromycin B on the 30S ribosomal subunit / D.E. Brodersen, W.M. Clemons, Jr. A.P. Carter, R.J. Morgan-Warren, B.T. Wimberly, V. Ramakrishnan // Cell. - 2000. - Vol. 103. - pp. 1143-1154.

23.Campbell, M.G. Movies of ice-embedded particles enhance resolution in electron cryo-microscopy / M.G. Campbell, A. Cheng, A.F. Brilot, A. Moeller, D. Lyumkis, D. Veesler, J. Pan, S.C. Harrison, C.S. Potter, B.

Carragher, N. Grigorieff // Structure. - 2012. - Vol. 20 (11). - pp. 18231828.

24.Cantara, W.A. The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update // W.A. Cantara, P.F. Crain, J. Rozenski, J.A. McCloskey, K.A. Harris, X. Zhang, F.A. Vendeix, D. Fabris, P.F. Agris // Nucleic Acids Res. - 2011. -Vol. 39 (Database issue). - pp. 195-201.

25.CASP. Режим доступа: http://predictioncenter.org/, свободный. -Проверено 15.11.2016.

26.Chadani, Y. Ribosome rescue by Escherichia coli ArfA (YhdL) in the absence of trans-translation system / Y. Chadani, K. Ono, S. Ozawa, Y. Takahashi, H. Nanamiya, Y. Tozawa, K. Kutsukake, T. Abo // Mol. Microbiol. - 2010. - Vol. 78. - pp. 796-808.

27.Chadani, Y. Escherichia coli YaeJ protein mediates a novel ribosome-rescue pathway distinct from SsrA- and ArfA-mediated pathways / Y. Chadani, K. Ono, K. Kutsukake, T. Abo // Mol. Microbiol. - 2011. - Vol. 80. - pp. 772785.

28.Chatterji, D. The mediator for stringent control, ppGpp, binds to the beta-subunit of Escherichia coli RNA polymerase / D. Chatterji, N. Fujita, A. Ishihama // Genes Cells. - 1998. - Vol. 3. - pp. 279-287.

29.Chen, C. A. glimpse of streptococcal toxic shock syndrome from comparative genomics of S. suis 2 chinese isolates / C.A. Chen, J. Tang, W. Dong, C. Wang, Y. Feng, J. Wang, F. Zheng, X. Pan, D. Liu, M. Li, Y. Song, X. Zhu, H. Sun, T. Feng, Z. Guo, A. Ju, J. Ge, Y. Dong, W. Sun, Y. Jiang, J. Wang, J. Yan, H. Yang, X. Wang, G.F. Gao, R. Yang, J. Wang, J. Yu // PLoS One. - 2007. - Vol. 2 (3) - p. e315.

30.Chen, J. Understand protein functions by comparing the similarity of local structural environments / J. Chem, Z.R. Xie, Y. Wu // Biochim. Biophys. Acta. - 2016. - Vol. 1865 (2) - pp. 142-152.

31.Chen, M. Protein Folding and Structure Prediction from the Ground Up II: AAWSEM for a/p Proteins / M. Chen, X. Lin, W. Lu, J.N. Onuchic, P.G. Wolynes // J. Phys. Chem. B. - 2016. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b09347

32.Cheng, Y. A primer to single-particle cryo-electron microscopy // Y. Cheng, N. Grigorieff, P.A. Penczek, T. Walz // Cell. - 2015. - Vol. 161 (3) - pp. 438-449.

33.Chivian, D. Prediction of CASP6 structures using automated Robetta protocols / D. Chivian, D.E. Kim, L. Malmstrom, J. Schonbrun, C.A. Rohl, D. Baker // Proteins. - 2005. - Vol. 61. - Suppl 7. - pp. 157-66.

34.Cimolai, N. MRSA and the environment: Implications for comprehensive control measures / N. Cimolai // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2008.

- Vol. 27 - pp. 481-493.

35.Clowes, R.T. A 4dDHCC(CO)NNH experiment for the correlation of aliphatic side-chain and backbone resonances in 13C/15N labeled proteins / R.T. Clowes, W. Boucher, C.H. Hardman, P.J. Domaille, E.D. Laue // J. Biomol. Nmr. - 1993. - Vol. 3 - pp. 349-354.

36.Cole, A.M. Determinants of Staphylococcus aureus nasal carriage / A.M. Cole, S. Tahk, A. Oren, D. Yoshioka, Y.H. Kim, A. Park, T. Ganz, // Clin. Diagn. Lab. Immunol. - 2001. - Vol. 8 - pp. 1064-1069.

37.Collazo, M. Improving the crystallization process for optimal drug development / M. Collazo, S. Vaezeslami, S. Burl // Am Lab. 2014.

38.Copie, G. On the ability of molecular dynamics simulation and continuum electrostatics to treat interfacial water molecules in protein-protein complexes / G. Copie, F. Cleri, R. Blossey, M.F. Lensink // Sci Rep. - 2016.

- Vol. 6 (38259) - pp. 1-10.

39.Cornilescu, G. Protein backbone angle restraints from searching a database for chemical shift and sequence homology / G. Cornilescu, F. Delaglio, A. Bax // J. Biomol. Nmr. - 1999. - Vol. 13 - pp. 289-302.

40.Crick, F.H. Codon-anticodon pairing: the wobble hypothesis / F. H. Crick // J. Mol. Biol. - 1966. - Vol. 19 (2). - pp. 548-555.

41.deLivron, M.A. Salmonella enterica serovar Typhimurium BipA exhibits two distinct ribosome binding modes / M.A. deLivron, V.L. Robinson // J. Bacteriol. - 2008. - Vol. 190. - pp. 5944-5952.

42.Dennis, P.P. Stringent control of ribosomal protein gene expression in Escherichia coli / P.P. Dennis, M. Nomura // P. Natl. Acad. Sci. USA. -1974. - Vol. 71. - pp. 3819-3823.

43.Doerfel, L.K. EF-P is essential for rapid synthesis of proteins containing consecutive proline residues / L.K. Doerfel, I. Wohlgemuth, C. Kothe, F. Peske, H. Urlaub, M.V. Rodnina // Science. - 2013. - Vol. 339 (6115). - pp. 85-88.

44.Doma, M.K. RNA quality control in eukaryotes / M.K. Doma, R. Parker // Cell. - 2007. - Vol. 131. - pp. 660-668.

45.Dong, X. Homology modeling and molecular dynamics simulation of the HIF2a degradation-related HIF2a-VHL complex / X. Dong, X. Su, J. Yu, J. Liu, X. Shi, Q. Pan, J. Yang, J. Chen, L. Li, H. Cao // J. Mol. Graph. Model.

- 2016. - Vol. 71. - pp. 116-123.

46.Durant, P.C. Structural effects of hypermodified nucleosides in the Escherichia coli and human tRNALys anticodon loop: the effect of nucleosides s2U, mcm5U, mcm5s2U, mnm5s2U, t6A, and ms2t6A / P.C. Durant, A.C. Bajji, M. Sundaram, R.K. Kumar, D.R. Davis // Biochemistry.

- 2005. - Vol. 44 (22). - pp. 8078-8089.

47.Fazio, V.J. A drunken search in Crystallization Space / V.J. Fazio, T.S. Peat, J. Newman // ActaCryst, 2014.- Vol. 70. - p. 1303.

48.Faruqi, A.R. Electronic detectors for electron microscopy / A.R. Faruqi, G. McMullan // Q. Rev. Biophys. - 2011. - Vol. 44 (3) - pp. 357-390.

49.Fridkin, S.K. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus disease in three communities / S.K. Fridkin, J.C. Hageman, M. Morrison, L.T. Sanza, K. Como-Sabetti, J.A. Jernigan, K. Harriman, L.H. Harrison, R. Lynfield, M.M. Farley // N. Engl. J. Med. - 2005. - Vol. 352 - pp. 1436-1444.

50.Garreau de Loubresse, N. Structural basis for the inhibition of the eukaryotic ribosome / N. Garreau de Loubresse, I. Prokhorova, W. Holtkamp, M.V. Rodnina, G. Yusupova, M. Yusupov // Nature. - 2014. - Vol. 513 (7519). -pp. 517-522.

51.Giudice, E. The task force that rescues stalled ribosomes in bacteria / E. Giudice, R. Gillet // Trends Biochem. Sci. - 2013. - Vol. 38. - pp. 403-411.

52.Glaeser, R.M. Precise beam-tilt alignment and collimation are required to minimize the phase error associated with coma in high-resolution cryo-EM / R.M. Glaeser, D. Typke, P.C. Tiemeijer, J. Pulokas, A. Cheng // J. Struct. Biol. - 2011. - Vol. 174 - pp. 1-10.

53.Golovanov, A.P. A Simple Method for Improving Protein Solubility and Long-Term Stability / A.P. Golovanov, G.M. Hautbergue, S.A. Wilson, Lu-Yun Lian // J. AM. CHEM. SOC. - 2004. - Vol. 126 - pp. 8933-8939.

54.Grant. Bio3D: An R package for the comparative analysis of protein structures / Grant, Rodrigues, ElSawy, McCammon, Caves // Bioinformatics. - 2006. - Vol. 22 - pp. 2695-2696.

55.Gromiha, M.M. Protein-protein interactions: scoring schemes and binding affinity / M.M. Gromiha, K. Yugandhar, S. Jemimah // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2016. - Vol. 44 - pp. 31-38.

56.Guan, J. The U4 Antibody Epitope on Human Papillomavirus 16 Identified by Cryo-electron Microscopy / J. Guan, S.M. Bywaters, S.A. Brendle, H. Lee, R.E. Ashley, N.D. Christensen, S. Hafenstein // J. Virol. - 2015. - Vol. 89 (23) - pp. 12108-12117.

57.Gutierrez, E. eIF5A promotes translation of polyproline motifs / E. Gutierrez, B.S. Shin, C.J. Woolstenhulme, J.R. Kim, P. Saini, A.R. Buskirk, T.E. Dever // Mol. Cell. - 2013. - Vol. 51 (1). - pp. 35-45.

58.Hallier, M. Pre-binding of small protein B to a stalled ribosome triggers trans-translation / M. Hallier, N. Ivanova, A. Rametti, M. Pavlov, M.N. Ehrenberg, B. Felden // J. Biol. Chem. - 2004. - Vol. 279. - pp. 2597825985.

59.Hallier, M. Small protein B interacts with the large and the small subunits of a stalled ribosome during trans-translation / M. Hallier, J. Desreac, B. Felden // Nucleic Acids Res. - 2006. - Vol. 34. - pp. 1935-1943.

60.Handa, Y. YaeJ is a novel ribosome-associated protein in Escherichia coli that can hydrolyze peptidyl-tRNA on stalled ribosomes / Y. Handa, N, Inaho, N. Nameki // Nucleic Acids Res. - 2011. - Vol. 39. - pp. 1739-1748.

61.Harris, L.G. An introduction to Staphylococcus aureus, and techniques for identifyingand quantifying S. aureus adhesins in relation to adhesion to biomaterials:Review / L.G. Harris, S.J. Foster, R.G. Richards, P. Lambert, D. Stickler, A. Eley // Eur. Cells Mater. - 2002. - Vol. 4. - pp. 39-60.

62.Hu, X. Protein ligand-specific binding residue predictions by an ensemble classifier / X. Hu, K. Wanq, Q. Donq // BMC Bioinformatics. - 2016. - Vol. 17 (1). - p. 470.

63.Humphrey, W. VMD - Visual Molecular Dynamics / W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten // Journal of Molecular Graphics. - 1996. - Vol. 14. -pp. 33-38.

64.Ito, K. Divergent stalling sequences sense and control cellular physiology / K. Ito, S. Chiba, K. Pogliano // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2010. -Vol. 393. - pp. 1-5.

65.Janssen, B.D. The tmRNA ribosome-rescue system / B.D. Janssen, C.S. Hayes // Adv. Protein Chem. Struct. Biol. - 2012. - Vol. 86. - pp. 151-191.

66.Jenner, L. Structural basis for potent inhibitory activity of the antibiotic tigecycline during protein synthesis / L. Jenner, A.L. Starosta, D.S. Terry, A. Mikolajka, L. Filonava, M. Yusupov, S.C. Blanchard, D.N. Wilson, G. Yusupova // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A - 2013. - Vol. 110. - pp. 38123816.

67.Johnson, C.H. Identification of a plastid-specific ribosomal protein in the 30 S subunit of chloroplast ribosomes and isolation of the cDNA clone encoding its cytoplasmic precursor / C.H. Johnson, V. Kruft, A.R. Subramanian // J. Biol. Chem. - 1990. - Vol. 265 (22). - pp. 12790-12795.

68.Kato, T. Structure of the 100S ribosome in the hibernation stage revealed by electron cryomicroscopy / T. Kato, H. Yoshida, T. Miyata, Y. Maki, A. Wada, K. Namba // Structure. - 2010. - Vol. 18 (6). - pp. 719-724.

69.Keiler, K.C. Role of a peptide tagging system in degradation of proteins synthesized from damaged messenger RNA / K.C. Keiler, P.R. Waller, R.T. Sauer // Science. - 1996. - Vol. 271. - pp. 990-993.

70.Kelley, L.A. The Phyre2 web portal for protein modeling, prediction and analysis / L.A. Kelley, S. Mezulis, Ch.M. Yates, M.N. Wass, M.J.E. Sternberg // Nature Protocols. - 2015. - Vol. 10. - pp. 845-858.

71.Khatter, H. Structure of the human 80S ribosome / H. Khatter, A.G. Myasnikov, S.K. Natchiar, B.P. Klaholz // Nature. - 2015. - Vol. 520. - pp. 640-645.

72.Khor, B.Y. General overview on structure prediction of twilight-zone proteins / B.Y. Khor, G.J. Tye, T.S. Lim, Y.S. Choong // Theor. Biol. Med. Model. - 2015. - Vol. 4 - pp. 12:15.

73.Khusainov, I. A glimpse on Staphylococcus aureus translation machinery and its control / I. Khusainov, A. Marenna, M. Cerciat, P. Fechter, Y. Hashem, S. Marzi, P. Romby, G. Yusupova, M. Yusupov // Molecular Biology. - 2016. - Vol. 50 (4) - pp. 477-488.

74.Khusainov, I. Structure of the 70S ribosome from human pathogen Staphylococcus aureus / I. Khusainov, Q. Vicens, A. Bochler, F. Grosse, A. Myasnikov, J.F. Ménétret, J. Chicher, S. Marzi, P. Romby, G. Yusupova, M. Yusupov, Y. Hashem // Nucleic Acids Res. - 2016. - Vol. 44 (21) - pp. 10491-10504.

75.Kim, D.E. Protein structure prediction and analysis using the Robetta server / D.E. Kim, D. Chivian, D. Baker // Nucleic Acids Res. - 2004. - Vol. 32(Web Server issue). - pp. W526-31.

76.Kluytmans, J. Nasal carriage of Staphylococcus aureus: Epidemiology, underlying mechanisms, and associated risks / J. Kluytmans, A. Van

Belkum, H. Verbrugh // Clin. Microbiol. Rev. - 1997. - Vol. 10 - pp. 505520.

77.Knox, K.W. Immunological properties of teichoic acids / K.W. Knox, A.J. Wicken // Bacteriol. Rev. - 1973. - Vol. 37 - pp. 215-257.

78.Kobayashi, K. kinA mRNA is missing a stop codon in the undomesticated Bacillus subtilis strain ATCC 6051 / K. Kobayashi, R. Kuwana, H. Takamatsu //. Microbiology. - 2008. - Vol. 154 - pp. 54-63.

79.Le Loir, Y. Staphylococcus aureus and food poisoning / Y. Le Loir, F. Baron, M. Gautier // Genet. Mol. Res. - 2003. - Vol. 2 - pp. 63-76.

80.Leipe, D.D. Classification and evolution of P-loop GTPases and related ATPases / D.D. Leipe, Y.I. Wolf, E.V. Koonin, L. Araving // J. Mol. Biol. -2002. - Vol. 317. - pp. 41-72.

81.Li, X. Electron counting and beam-induced motion correction enable near-atomic-resolution single-particle cryo-EM / X. Li, P. Mooney, S. Zheng, C.R. Booth, M.B. Braunfeld, S. Gubbens, D.A. Agard, Y. Cheng // Nat. Methods. - 2013. - Vol. 10 - pp. 584-590.

82.Lowy, F.D. Medical progress - Staphylococcus aureus infections / F.D. Lowy // N. Engl. J. Med. - 1998. - Vol. 339 - pp. 520-532.

83.Lyumkis, D. Automation in Single-Particle Electron Microscopy. Connecting the Pieces / D. Lyumkis, A. Moeller, A. Cheng, A. Herold, E. Hou, C. Irving, E.L. Jacovetty, P.W. Lau, A.M. Mulder, J. Pulokas, J.D. Quispe, N.R. Voss, C.S. Potter, B. Carragher // Methods Enzymol. - 2010. -Vol. 483. - pp. 291-338.

84.Mailliot, J. Crystal Structures of the uL3 Mutant Ribosome: Illustration of the Importance of Ribosomal Proteins for Translation Efficiency / J. Mailliot, N. Garreau de Loubresse, G. Yusupova, A. Meskauskas, J.D. Dinman, M. Yusupov // J. Mol. Biol. - 2016. - Vol. 428 (10, Pt B). - pp. 2195-2202.

85.Maki, Y. Two proteins, YfiA and YhbH, associated with resting ribosomes in stationary phase Escherichia coli / Y. Maki, H. Yoshida, A. Wada // Genes Cells. - 2000. - Vol. 5 (12). - pp. 965-974.

86.Margus, T. Phylogenetic distribution of translational GTPases in bacteria / T. Margus, M. Remm, T. Tenson // BMC Genomics. - 2007. - Vol. 8. - pp. 15.

87.Melnikov, S. One core, two shells: Bacterial and eukaryotic ribosomes / S. Melnikov, A. Ben-Shem, N. Garreau de Loubresse, L. Jenner, G. Yusupova, M. Yusupov // Nat Struct Mol Biol. - 2012. - Vol. 19(6). - pp. 560-567.

88.Melnikov, S. Crystal structure of hypusine-containing translation factor eif5a bound to a rotated eukaryotic ribosome / S. Melnikov, J. Mailliot, B.S. Shin, L. Rigger, G. Yusupova, R. Micura, T.E. Dever, M. Yusupov // J. Mol. Biol. - 2016. - Vol. 428 (18). - pp. 3570-3576.

89.Merino, F. Cryo-EM as a tool for structure-based drug development / F. Merino, S. Raunser // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. -2016. DOI: 10.1002/anie.201608432

90.Mikolajka, A. Target- and resistance-based mechanistic studies with TP-434, a novel fluorocycline antibiotic / A. Mikolajka, D.N. Wilson, J.A. Sutcliffe // Antimicrob. Agents Chemother. - 2012. - Vol. 56. - pp. 25592564.

91.Milazzo, A.C. Initial evaluation of a direct detection device detector for single particle cryo-electron microscopy / A.C. Milazzo, A. Cheng, A. Moeller, D. Lyumkis, E. Jacovetty, J. Polukas, M.H. Ellisman, N.H. Xuong, B. Carragher, C.S. Potter // J. Struct. Biol. - 2011. - Vol. 176 (3). - pp. 404408.

92.Murray, S.J. Fusobacterium osteomyelitis in a child with sickle cell disease / S.J. Murray, J.M. Lieberman // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2002. - Vol. 21 (10). - pp. 979-981.

93.Nandi, P.K. Hydrogen-bond dynamics at the bio-water interface in hydrated proteins: a molecular-dynamics study / P.K. Nandi, N.J. English, Z. Futera, A. Benedetto // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2016. DOI: 10.1039/c6cp05601f

94.NCBI. Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, свободный. -Проверено 15.11.2016.

95.Newman, J. Towards rationalization of crystallization screening for small- to medium-sized academic laboratories: the PACT/JCSG+ strategy / J. Newman, D. Egan, Th. Walter, R. Meged, I. Berry, M. Jellout, J. Sussman, D. Stuart, A. Perrakis // Acta.Cryst, - 2005. - Vol. 61. - p. 1426.

96.Okimoto, N. Evaluation of protein-ligand affinity prediction using steered molecular dynamics simulations / N. Okimoto, A. Suenaga, M. Taiji // J. Biomol. Struct. Dyn. - 2016. - Vol. 7. - pp. 1-11. 97.Ortiz, J.O. Structure of hibernating ribosomes studied by cryoelectron tomography in vitro and in situ / J.O. Ortiz, F. Brandt, V.R. Matias, L. Sennels, J. Rappsilber, S.H. Scheres, M. Eibauer, F.U. Hartl, W. Baumeister // J. Cell Biol. - 2010. - Vol. 190 (4). - pp. 613-621.

98.Parsons, L. Solution structure of HI0257, a bacterial ribosome binding protein / L. Parsons, E. Eisenstein, J. Orban // Biochemistry. - 2001. - Vol. 40. - pp. 10979-10986

99.Pason, L.P. Empirical Scoring Functions for Affinity Prediction of Protein-ligand Complexes / L.P. Pason, C.A. Sotriffer // Mol. Inform. - 2016. - Vol. 35. - pp. 541-548.

100. Pawlowski, M. MetaMQAP: a meta-server for the quality assessment of protein models / M. Pawlowski, M.J. Gajda, R. Matlak, J.M. Bujnicki // BMC Bioinformatics. - 2008. - Vol. 9 (1). - pp. 403-423.

101. Phillips, J.C. Scalable Molecular Dynamics with NAMD / J.C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, Ch. Chipot, R.D. Skeel, L. Kale, K. Schulten // J. Comput .Chem. - 2005. - Vol. 26. - pp. 1781-1802.

102. Pioletti, M. Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3 / M. Pioletti, F. Schlunzen, J. Harms, R. Zarivach, M. Gluhmann, H. Avila, A. Bashan, H. Bartels, T. Auerbach, C. Jacobi, T. Hartsch, A. Yonath, F. Franceschi // EMBO J. -2001. - Vol. 20. - pp. 1829-1839.

103. Polikanov, Y.S. How hibernation factors RMF, HPF, and YfiA turn off protein synthesis / Y.S. Polikanov, G.M. Blaha, T.A. Steitz // Science. -2012. - Vol. 336 (6083). - pp. 915-918.

104. Qi, S.Y. Salmonella typhimurium responses to a bactericidal protein from human neutrophils / S.Y. Qi, Y. Li, A. Szyroki, I.G. Giles, A. Moir, C.D. O'Connor // Mol. Microbiol. - 1995. - Vol. 17. - pp. 523-531.

105. Raka, A. Solution structure of the ribosome-associated cold shock response protein Yfia of Escherichia coli /A. Raka, A. Kalininb, D. Shcherbakovb, P. Bayer // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 2002. - Vol. 299 (5) - pp. 710-714.

106. Raman, S. Structure prediction for CASP8 with all-atom refinement using Rosetta / S. Raman, R. Vernon, J. Thompson, M. Tyka, R. Sadreyev, J. Pei, D. Kim, E. Kellogg, F. DiMaio, O. Lange, L. Kinch, W. Sheffler, B-H. Kim, R. Das, N.V. Grishin, D. Baker // Proteins. - 2009. - Vol. 77. -Suppl. 9. - pp. 89-99.

107. Rozov, A. New Structural Insights into Translational Miscoding / A. Rozov, N. Demeshkina, E. Westhof, M. Yusupov, G. Yusupova // Trends Biochem Sci. - 2016. - Vol. 41 (9). - pp. 798-814.

108. Sattler, M. Heteronuclear multidimensional NMR experiments for the structure determination of proteins in solution employing pulsed field gradients / M. Satter, J. Schleucher, C. Griesinger // Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. - 1999. - Vol. 34. - pp. 93-158.

109. Schluenzen, F. The antibiotic kasugamycin mimics mRNA nucleotides to destabilize tRNA binding and inhibit canonical translation initiation / F. Schluenzen, C. Takemoto, D.N. Wilson, T. Kaminishi, J.M.

Harms, K. Hanawa-Suetsugu, W. Szaflarski, M. Kawazoe, M. Shirouzu, K.H. Nierhaus, S. Yokoyama, P. Fucini // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2006. -Vol. 13. - pp. 871-878.

110. Schwieters, C.D. The Xplor-NIH NMR molecular structure determination package / C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra, G.M. Clore // J. Magn. Reson. - 2003. - Vol. 160. - pp. 65-73.

111. Shine, J. Determinant of cistron specificity in bacterial ribosomes / J. Shine, L. Dalgarno // Nature. — 1975. — Vol. 254 (5495). — pp. 34-38.

112. Shockman, G.D. Structure, function, and assembly of cell walls of gram-positive bacteria / G.D. Shockman, J.F. Barren // Annu. Rev. Microbiol. — 1983. — Vol. 37. — pp. 501-527.

113. Skj^rven. Integrating protein structural dynamics and evolutionary analysis with Bio3D / Skj^rven, Yao, Scarabelli, Grant // BMC Bioinformatics. - 2014. - Vol. 15. - p. 399.

114. Somerville, C.R. Mutants of Escherichia coli defective in the degradation of guanosine 5'-triphosphate, 3'-diphosphate (pppGpp) / C.R. Somerville, A. Ahmed // Mol. Gen. Genet. - 1979. - Vol. 169. - pp. 315323.

115. Starosta, A.L. Identification of distinct thiopeptide-antibiotic precursor lead compounds using translation machinery assays / A.L. Starosta, H. Qin,

A. Mikolajka, G.Y. Leung, K. Schwinghammer, K.C. Nicolaou, D.Y. Chen,

B.S. Cooperman, D.N. Wilson // Chem. Biol. - 2009. - Vol. 16. - pp. 10871096.

116. Starosta, A.L. The bacterial translation stress response / A.L. Starosta, J. Lassak, K. Jung, D.N. Wilson // Federation of Europen Microbiological Societes (FEMS). - 2014. - Vol. 38. - pp. 1172-1201.

117. Stuart, J.W. Naturally-occurring modification restricts the anticodon domain conformational space of tRNA(Phe) / J.W. Stuart, K.M. Koshlap, R. Guenther, P.F. Agris // J. Mol. Biol. - 2003. - Vol. 334 (5). - pp. 901-918.

118. Tu, G.F. C-terminal extension of truncated recombinant proteins in Escherichia coli with a 10Sa RNA decapeptide / G.F. Tu, G.E. Reid, J.G. Zhang, R.L. Moritz, R.J. Simpson // J. Biol. Chem. - 1995. - Vol. 270. - pp. 9322-9326.

119. Ude, S. Translation elongation factor EF-P alleviates ribosome stalling at polyproline stretches / S. Ude, J. Lassak, A.L. Starosta, T. Kraxenberger, D.N. Wilson, K. Jung // Science. - 2013. - Vol. 339 (6115). - pp. 82-85.

120. Ueta, M. Formation of 100S ribosomes in Staphylococcus aureus by the hibernation promoting factor homolog SaHPF / M. Ueta, C. Wada, A. Wada // Genes Cells. - 2010. - Vol. 15 (1). - pp. 43-58.

121. Ueta, M. Conservation of two distinct types of 100S ribosome in bacteria / M. Ueta, C. Wada, T. Daifuku, Y. Sako, Y. Bessho, A. Kitamura, R.L. Ohniwa, K. Morikawa, H. Yoshida, T. Kato, T. Miyata, K. Namba, A. Wada // Genes Cells. - 2013. - Vol. 18 (7). - pp. 554-574.

122. Ueta, M Role of HPF (hibernation promoting factor) in translational activity in Escherichia coli / M. Ueta, R.L. Ohniwa, H. Yoshida, Y. Maki, C. Wada, A. Wada // J. Biochem. - 2008. - Vol. 143 (3). - pp. 425-433.

123. Ueta, M. Ribosome binding proteins YhbH and YfiA have opposite functions during 100S formation in the stationary phase of Escherichia coli / M. Ueta, H. Yoshida, C. Wada, T. Baba, H. Mori, A. Wada // Genes Cells. -2005. - Vol. 10 (12). - pp. 1103-12.

124. Uniprot. Режим доступа: http://www.uniprot.org/, свободный. -Проверено 15.11.2016.

125. Volpato V. Accurate Ab Initio and Template-Based Prediction of Short ntrinsically-Disordered Regions by Bidirectional Recurrent Neural Networks Trained on Large-Scale Datasets / V. Volpato, B. Alshomrani, G. Pollastri // Int. J. Mol. Sci. - 2015. - Vol. 16. - pp. 19868-19885.

126. Vranken ,W.F. The CCPN data model for NMR spectroscopy: development of a software pipeline / W.F. Vranken, W. Boucher, T.J.

Stevens, R.H. Fogh, A. Pajon, M. Llinas, E.L. Ulrich, J.L. Markley, J. Ionides, E.D. Laue // Proteins. - 2005. - Vol. 59. - pp. 687-696.

127. Wada, A. Growth phase coupled modulation of Escherichia coli ribosomes / A. Wada // Genes Cells. - 1998. - Vol. 3 (4). - pp. 203-208.

128. Wang C. FALCON@home: a high-throughput protein structure prediction server based on remote homologue recognition / C. Wang, H. Zhang, W.M. Zheng, D. Xu, J. Zhu, B. Wang, K. Ning, S. Sun, S.C. Li, D. Bu // Bioinformatics. - 2016. - Vol. 32 (3). - pp. 462-464.

129. Weitzner B.D. Accurate Structure Prediction of CDR H3 Loops Enabled by a Novel Structure-Based C-Terminal Constraint / B.D. Weitzner, J.J. Gray // J. Immunol. - 2016. - pii 1601137.

130. Wendrich, T.M. Dissection of the mechanism for the stringent factor RelA / T.M. Wendrich, G. Blaha, D.N. Wilson, M.A. Marahiel, K.H. Nierhaus // Mol. Cell. - 2002. - Vol. 10. - pp. 779-788.

131. Wiegand, T. Monitoring ssDNA Binding to the DnaB Helicase from Helicobacter pylori by Solid-State NMR Spectroscopy / T. Wiegand, R. Cadalbert, C. Gardiennet, J. Timmins, L. Terradot, A. Böckmann, B.H. Meier // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. - 2016. - Vol. 55 (45). - pp. 1416414168.

132. Wilkinson, B.J. The staphylococci in human disease / Biology. -1997.

133. Wilson, D.N. The ribosomal tunnel as a functional environment for nascent polypeptide folding and translational stalling / D.N. Wilson, R. Beckmann // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2016. - Vol. 21. - pp. 274-282.

134. Wong, W.C. Solid state NMR of isotope labelled murine fur: a powerful tool to study atomic level keratin structure and treatment effects / W.C. Wong, A. Narkevicius, W.Y. Chow, D.G. Reid, R. Rajan, R.A. Brooks, M. Green, M.J. Duer // J. Biomol. NMR. - 2016. - Vol. 66 (2). -pp. 93-98.

135. Xu D. Ab initio protein structure assembly using continuous structure fragments and optimized knowledge-based force field / D. Xu, Y. Zhang // Proteins. - 2012. - Vol. 80. - pp. 1715-1735.

136. Yadav, D.K. NMR solution structure determination of large RNA-protein complexes / D.K. Yadav, P.J. Lukavsky // Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. - 2016. - Vol. 97. - pp. 57-81.

137. Yamaguchi, K. Proteomic identification of all plastid-specific ribosomal proteins in higher plant chloroplast 30S ribosomal subunit // K. Yamaguchi, A.R. Subramanian // Eur. J. Biochem. - 2003. - Vol. 270 (2). -pp. 190-205.

138. Yang J. The I-TASSER Suite: Protein structure and function prediction / J. Yang, R. Yan, A. Roy, D. Xu, J. Poisson, Y. Zhang // Nature Methods. - 2015. - Vol. 12. - pp. 7-8.

139. Ye, K. Ribosome-associated factor y adopts a fold resembling a double-stranded RNA binding domain scaffold / K. Ye, A. Serganov, W. Hu, M. Garber, D.J. Patel // Eur.J.Biochem. - 2002. - Vol. 269 - p. 5182.

140. Zaman A. A computational prediction of structure and function of novel homologue of Arabidopsis thaliana Vps51/Vps67 subunit in Corchorus olitorius / A. Zaman, N.N. Fancy // Interdiscip Sci. - 2012. - Vol. 4 (4). - pp. 256-267.

141. Znang, J. Cryo-EM structure of a group II chaperonin in the prehydrolysis ATP-bound state leading to lid closure / J. Zhang, B. Ma, F. DiMaio, N.R. Douglas, L.A. Joachimiak, D. Baker, J. Frydman, M. Levitt, W. Chiu // Structure. - 2011. - Vol. 19 (5). - pp. 633-639.

142. Znang, W. Visualization of membrane protein domains by cryo-electron microscopy of dengue virus / W. Zhang, P.R. Chipman, J. Corver, P.R. Johnson, Y. Zhang, S. Mukhopadhyay, T.S. Baker, J.H. Strauss, M.G. Rossmann, R.J. Kuhn // Nat. Struct. Biol. - 2003. - Vol. 10 (11). - pp. 907912.