Структурно-функциональная характеристика фактора связывания рибосомы А (RbfA) золотистого стафилококка тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Бикмуллин Айдар Галимзанович

• Бикмуллин Айдар Галимзанович
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Бикмуллин Айдар Галимзанович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Цели и задачи исследования

Основные положения, выносимые на защиту

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Белок-синтезирующий аппарат клетки

1.2 Рибосома

1.2.1 Общая информация о рибосоме

1.2.2 Номенклатура рибосомных белков

1.2.3 Структура бактериальной 70S рибосомы

1.2.4 Большая субъединица бактериальной рибосомы (50S)

1.2.5 Малая субъединица бактериальной рибосомы (30S)

1.2.6 Ассоциация 30S и 50S субъединиц

1.3 Сборка 30S субъединицы рибосомы

1.3.1 Общие принципы сборки бактериальной рибосомы

1.3.2 Связывание рибосомных белков с рРНК

1.3.3 Процессинг 16S рРНК

1.3.4 Панорама сборки 30S субъединицы

1.4 Факторы биогенеза 30S субъединиц

1.4.1 Классификация факторов сборки и их вклад в процесс биогенеза

1.4.2 Белок- и РНК-модифицирующие ферменты сборки 30S субъединицы (RsmA, RsmB)

1.4.3 РНК-хеликазы сборки 30S субъединицы (DEAD box белки)

1.4.4 Шапероны сборки 30S субъединицы (DnaK, DnaJ, Hfq)

1.4.5 ГТФазы сборки 30S субъединицы (RsgA, Era)

1.4.6 Дополнительные Rim-факторы сборки 30S субъединицы

1.5 Фактор RbfA

1.5.1 Общая характеристика RbfA

1.5.2 Функциональное взаимодействие между RbfA и другими факторами сборки 30S субъединицы

1.6 KH-доменная организация белков

1.7 Золотистый стафилококк (Staphylococcus aureus)

1.8 Методы определения структуры белковых молекул

2

1.8.1 Спектроскопия ЯМР

1.8.2 Рентгеноструктурный анализ (кристаллография)

1.8.3 Криоэлектронная микроскопия

1.9 Заключение по обзору литературы

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Материалы

2.1.1 Реактивы

2.1.2 Растворы и питательные среды

2.2 Методы, использованные в работе

2.2.1 Измерение концентрации проб

2.2.2 Биоинформатический анализ

2.2.3 Подбор экспрессионной системы

2.2.4 Приготовление компетентных клеток

2.2.5 Клонирование гена rbfA S. aureus

2.2.5.1 Амплификация гена rbfA S. aureus

2.2.5.2 Рестрикция и лигирование ПЦР-фрагмента

2.2.5.3 Трансформация компетентных клеток

2.2.5.4 Выделение плазмидной ДНК

2.2.5.5 Секвенирование ДНК векторов

2.2.6 Получение рекомбинантного белка RbfA S. aureus

2.2.6.1 Получение белка RbfA на богатой питательной среде LB

2.2.6.2 Получение белка RbfA на минимальной среде M9

2.2.7 Разрушение клеток и очистка клеточного лизата

2.2.8 Хроматографическая очистка RbfA S. aureus

2.2.8.1 Металл-хелатная аффинная Ni-NTA хроматография

2.2.8.2 Гель-фильтрация

2.2.9. Анализ степени гомогенности образцов

2.2.9.1 Полиакриламидный гель-электрофорез белковых образцов в денатурирующих условиях с ДСН

2.2.9.2 Электрофорез нуклеиновых кислот в агарозном геле

2.2.10 Структурные исследования фактора RbfA S. aureus методом спектроскопии ЯМР

2.2.11 Структурные исследования фактора RbfA S. aureus методом РСА

2.2.11.1 Кристаллизация белка

2.2.11.2 Подбор условий криопротекции кристаллов

2.2.11.3 Транспортировка кристаллов белка на синхротрон

2.2.11.4 Рентгеноструктурный анализ кристаллов RbfA S. aureus

2.2.12 Структурные исследования фактора RbfA в комплексе с 30S субъединицей S. aureus методом криоЭМ

2.2.12.1 Выделение 30S рибосомных субъединиц S. aureus

2.2.12.2 Оптимизация протокола сборки и очистки комплекса 30S-RbfA S. aureus для криоЭМ

2.2.12.3 Сбор и обработка криоЭМ данных комплекса 30S-RbfA S.aureus

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Теоретические физико-химические свойства RbfA S. aureus

3.2 Особенности строения гомологов RbfA и их взаимодействия с малой субъединицей рибосомы

3.3 Материал для структурных исследований

3.3.1 Образец гомогенного рекомбинантного RbfA S. aureus

3.3.2 Образец очищенных 30S субъединиц рибосом S. aureus

3.3.3 Образец очищенного комплекса 30S-RbfA S. aureus

3.4 Пространственная структура RbfA S. aureus, полученная методом РСА

3.5 Пространственная структура RbfA S. aureus, полученная методом ЯМР-спектроскопии

3.6 Пространственная структура комплекса 30S-RbfA S. aureus, полученная методом криоЭМ

3.7 Лабильная спиралевидная конформация С-конца RbfA S. aureus и его возможная функция

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

ПРИЛОЖЕНИЕ А

Актуальная номенклатура белков малой субъединицы рибосомы

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

аа-тРНК аминоациллированная тРНК

АКО аминокислотный (-е) остаток (-тки)

АДФ аденозиндифосфат

АТФ аденозинтрифосфат

БСА бычий сывороточный альбумин

ГДФ гуанозиндифосфат

ГТФ гуанозинтрифосфат

ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота

ДСН додецилсульфат натрия

ДТТ дитиотреитол

ИПТГ изопропил-Р-О-тио-галактозид

КриоЭМ криоэлектронная микроскопия

мРНК матричная РНК

ПААГ полиакриламидный гель

П.н. пар(ы) нуклеотидов

ПО программное обеспечение

ПСА персульфат аммония

ПТЦ пептидил-трансферазный центр

ПЦР полимеразная цепная реакция

ПЭГ полиэтиленгликоль

РСА рентгеноструктурный анализ

рРНК рибосомальная РНК

РНК рибонуклеиновая кислота

СКО среднеквадратичное отклонение

ТЕМЕД -тетраметилэтилендиамин

Трис трис(гидроксиметил)аминометан

тРНК транспортная РНК

ЦДР центральный декодирующий регион

ЭДТА этилендиаминтетрауксусная кислота

ЯМР ядерный магнитный резонанс

ЯЭО ядерный эффект Оверхаузера

Cm хлорамфеникол

HEPES N-2-гидрокси-этилпиперазин-Ы-

этансульфоновая кислота Km канамицин

NCBI Национальный центр

биотехнологической информации (National Center for Biotechnology Information)

PDB Protein data bank (банк структур

белковых молекул) PIC protease inhibitor cocktail (коктейль

ингибиторов протеаз) PMSF фенилметилсульфонил фторид

r-белки рибосомные белки

RbfA ribosome-binding factor A

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональная характеристика фактора связывания рибосомы А (RbfA) золотистого стафилококка»

Актуальность темы исследования

Резистентность микроорганизмов к антибиотикам является серьёзнейшей проблемой современной медицины. Ежегодно заболевания, вызванные устойчивыми к антибиотикам патогенными бактериальными штаммами, становятся причиной гибели миллионов больных. При сохранении тенденции развития антибиотикорезистентности смертность по этой причине в Мире к 2050 году составит около 10 миллионов. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) предупреждает о том, что к этому же году в Мире от бактерий с множественной устойчивостью к антибиотикам будут погибать больше людей, чем от раковых заболеваний [Antimicrobial Resistance Collaborators, 2022].

Одним из наиболее распространённых и опасных микроорганизмов, отличающимся своей активно прогрессирующей устойчивостью ко всё большему числу антибиотиков, является грамположительная бактерия Staphylococcus aureus (золотистый стафилококк, S. aureus). Этот патоген является причиной многих больничных и внебольничных инфекционных заболеваний кожи и тканей человека. Он поражает людей с ослабленным иммунитетом. Часто это люди, находящиеся на лечении, прошедшие курс химио- или радиотерапии, и т.п. Основным методом борьбы с золотистым стафилококком остаётся антибиотикотерапия. Её временная эффективность и необходимость постоянного поиска новых модификаций антибиотиков требует принципиально нового подхода в борьбе с патогенами [Lee et al., 2018].

Мишенью действия многих антибиотиков в клетке является рибосома.

Специфические мутации в рибосомах могут предотвращать связывание молекул

антибиотиков с ними - это и есть антибиотикорезистентность. Рибосома играет

одну из самых главных ролей в живой клетке - она отвечает за биосинтез

белковых молекул и объединяет вокруг себя все элементы и процессы, в

результате которых осуществляется заключительный этап центральной догмы

молекулярной биологии - трансляция [Wilson, 2014]. Рибосома является

макромолекулярным комплексом, состоящим из большой и малой РНК-белковых

субъединиц. Их сборка происходит по общему механизму и практически

7

независимо друг от друга. Это фундаментальный, строго консервативный и чрезвычайно точный процесс, состоящий из множества этапов, протекающих параллельно. Ошибки на этапах сборки снижают общий уровень метаболизма и могут быть фатальными для клетки [Shajani et al, 2011]. Исследование мало изученного процесса сборки рибосомы, в частности патогенного стафилококка, кроме фундаментальных знаний, может дать подход к решению проблемы его прогрессирующей множественной резистентности к антибиотикам.

Сборка рибосомы регулируется специальными ферментами и белковыми факторами. Некоторые из них работают постоянно, некоторые - активизируются только в условиях стресса. Одним из таких факторов сборки малой субъединицы рибосомы является RbfA (ribosomal binding factor A, досл. - рибосомный связывающий фактор А). Он имеет сродство к малой субъединице рибосомы, содействует правильному сворачиванию её рибосомной РНК и стабилизации функционально важного центрального декодирующего региона. Белки семейства RbfA имеются у большинства эу- и архебактерий, а также в хлоропластах растений и митохондриях эукариот [Schedlbauer et al., 2021; Itoh et al, 2022].

Несмотря на фундаментальное значение фактора RbfA, сведения о его структуре и функциональных особенностях разрознены и имеются у малого количества организмов, а для грамположительных бактерий, к которым относят S. aureus, вообще не известны. Поэтому объектом исследований данной работы стал фактор RbfA S. aureus. Данные о пространственной структуре этого фактора в свободном состоянии и структура его комплекса с малой (30S) рибосомной субъединицей позволят получить больше информации о механизме действия фактора во время сборки 30S субъединицы, а также провести сравнение с гомологичными структурами. Структурные особенности фактора RbfA S. aureus и механизма его действия могут быть экстраполированы на гомологичные белки из других организмов, структуры которых ещё неизвестны. Полученные данные могут стать теоретической основой для моделирования альтернативной стратегии регуляции жизнедеятельности патогенов для эффективной борьбы с ними. Также изучение механизмов сборки рибосомных субъединиц позволит лучше понять формирование других макромолекулярных комплексов в живых системах.

Цели и задачи исследования

Исходя из отмеченной выше актуальности, целью данной работы стало установить пространственные структуры фактора сборки рибосомы RbfA S. aureus и его комплекса с малой субъединицей рибосомы и охарактеризовать их структурно-функциональные особенности. Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Провести анализ гена и аминокислотной последовательности фактора RbfA S. aureus, последовательности нуклеотидов 16S рРНК S. aureus и сравнить их с последовательностями гомологов методом множественного выравнивания;

2. Клонировать ген, провести гетерологическую экспрессию и получить рекомбинантный фактор RbfA S. aureus в электрофоретически гомогенном состоянии в препаративном количестве для структурного анализа;

3. Определить кристаллическую структуру рекомбинантного фактора RbfA S. aureus методом рентгеноструктурного анализа;

4. Определить пространственную структуру рекомбинантного фактора RbfA

5. aureus в растворе методом спектроскопии ядерного магнитного резонанса;

5. Провести сборку и очистку комплекса фактора RbfA и малой субъединицы рибосомы (30S-RbfA) S. aureus, определить пространственную структуру комплекса методом криоэлектронной микроскопии;

6. Определить структурно-функциональные особенности гомологичных факторов RbfA из разных организмов в составе комплекса с малой субъединицей рибосомы.

Научная новизна полученных результатов

Впервые определена пространственная структура белкового фактора RbfA Staphylococcus aureus методами спектроскопии ядерного магнитного резонанса и рентгеноструктурного анализа. Комплекс малой субъединицы рибосомы и фактора RbfA (30S-RbfA) S. aureus исследован методом криоэлектронной микроскопии. Впервые для грамположительных бактерий определена пространственная структура фактора в связанном с субъединицей состоянии, а

также локализация и ориентация RbfA относительно субъединицы с возможными

9

молекулярными контактами между ними. Функциональное ядро молекулы RbfA образует КН-домен (тип II), характерный для других гомологичных белков, а неупорядоченный С-конец молекулы при связывании с головой малой субъединицы образует дополнительную а-спираль, ранее не описанную у бактерий. Связывая 3 -конец рРНК и занимая канал мРНК, КН-домен ЯМА стабилизирует центральный декодирующий регион 30Б и защищает субъединицу от преждевременного входа в цикл трансляции, а С-конец молекулы содействует этому, фиксируя КН-домен и более полно занимая канал мРНК. Связывание ЯМА с 30 Б приводит к смещению головы субъединицы относительно тела, указывая на незрелую конформацию 30Б. Гомологичные белки ЯЬ£А в бактериях и митохондриях эукариот, несмотря на принадлежность к разным доменам живых организмов, имеют общий механизм действия, что подчёркивает функциональную важность и консервативность фактора в сложном процессе сборки рибосомы. Впервые предложена модель избирательного ингибирования сборки рибосомы патогенных клеток, основанная на различной длине и низкой консервативности С-концов гомологичных ЯМА, структурно и функционально идентичных в прокариотах и митохондриях эукариот.

Методология и методы исследования

Экспериментальное решение задач исследования осуществлено с

применением биохимических, молекулярно-биологических, молекулярно-

генетических, физико-химических, структурно-биологических и

биоинформатических методов. Для гетерологической экспрессии

рекомбинантных генов белков в клетках кишечной палочки использовали

современные приёмы создания генетических конструкций и трансформации

бактериальных штаммов. Для получения гомогенных стабильных белков или

РНК-белковых комплексов для структурных исследований использовали методы

металл-хелатной аффинной хроматографии и гель-фильтрации. Получение

очищенного образца малых рибосомных субъединиц проводили с помощью

осаждения в полиэтиленгликоле и ультрацентрифугирования в градиенте

концентрации сахарозы. На каждом этапе выделения и очистки белков или

10

РНК-белковых комплексов проводили электрофоретическую оценку качества. Для определения пространственной структуры белков и РНК-белковых комплексов использовали методы кристаллографии и рентгеноструктурного анализа, спектроскопии ядерного магнитного резонанса и криоэлектронной микроскопии. Предварительное планирование экспериментов и сравнительный структурный анализ проводили с помощью биоинформатических методов множественного выравнивания последовательностей или сравнения пространственных структур гомологичных белков или РНК.

Достоверность результатов

Описанные в диссертационной работе результаты являются воспроизводимыми, получены с использованием современных биохимических, молекулярно-биологических, молекулярно-генетических, физико-химических, структурно-биологических и биоинформатических методов. Представленные в работе результаты экспериментов являются достоверными, что подтверждается соответствующим статистическим анализом. Результаты диссертации опубликованы в журналах, индексируемых WoS, Scopus и РИНЦ, и доложены на всероссийских и международных научных конференциях.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные данные о структуре и механизме действия RbfA S. aureus

подтверждают консервативность процессов сборки рибосом, в частности в

прокариотах и митохондриях эукариот, и дают фундаментальные знания о

понимании этих процессов. Кроме этого, результаты могут стать основой для

разработки систем регуляции биосинтеза белка путём контроля общей

рибосомной активности в клетке. RbfA можно использовать в качестве прямой

или косвенной мишени при дизайне синтетических соединений для

принудительного введения патогена в условия стресса с последующим

применением этих соединений в качестве новых антибиотиков или в комбинации

с уже используемыми. Структурные особенности гомологичных белков RbfA, в

частности лабильной С-концевой спирали, позволят разработать стратегии

селективной борьбы с патогенами. Разработанные в ходе научно-

11

исследовательской работы протоколы экспрессии гена и очистки белка, сборки стабильных комплексов фактора и малой рибосомной субъединицы, подготовки образцов и определения пространственной структуры белка могут быть использованы для дальнейших исследований бактериального трансляционного аппарата и в учебных целях в рамках дисциплин «Структурная биология», «Современные методы молекулярной биологии» и др.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Фактор сборки рибосомы RbfA S. aureus имеет пространственную структуру КН-домена (тип II), характерную для гомологичных белков семейства.

2. КН-домен молекулы RbfA S. aureus фиксирует 3Л-конец 16S рРНК в канале мРНК на стороне выхода, смещает положение спиралей h28 и h44 16S рРНК и отклоняет голову субъединицы относительно её тела на 10-15 Ä. C-конец молекулы представляет собой лабильную а-спираль, которая формируется при связывании с белком uS7 головы субъединицы.

3. С-концы гомологичных RbfA прокариот и митохондрий эукариот имеют общие структурную организацию и функциональную роль: С-концевая а-спираль фиксирует КН-домен на субъединице, а блокирование канала мРНК препятствует преждевременному входу субъединицы в цикл трансляции. Различная длина и низкая консервативность делают С-концы молекул перспективными мишенями для потенциальных ингибиторов, избирательно препятствующих сборке рибосомы в патогенных микроорганизмах.

Апробация работы и публикации

Материалы диссертационной работы представлены на 8 международных и

всероссийских конференциях, таких как: международный молодёжный научный

форум МГУ «Ломоносов-2018» (Москва, Россия, 2018), международная

молодёжная конференция зимней школы ПИЯФ по биофизике (Гатчина, Россия,

2018), международная конференция «The ribosomes and translation» (Санкт-

Петербург, Россия, 2018), V международная конференция «П0СТГЕН0МЛ2018»

(Казань, Россия, 2018), XVII международная конференция «Magnetic resonance

and its applications» (Санкт-Петербург, Россия, 2020), III, IV международная

12

конференция «Russian International Conference on Cryo-electron Microscopy (RICCEM-2021, 2023)» (Москва, Россия, 2021, 2023), VIII всероссийская молодёжная школа-конференция по молекулярной биологии и генетическим технологиям Института Цитологии РАН (Санкт-Петербург, Россия, 2022).

Место выполнения работы и личный вклад автора

Работа выполнена в научно-исследовательской лаборатории «Структурная биология» Института фундаментальной медицины и биологии Казанского (Приволжского) федерального университета. Автором диссертации совместно с научным руководителем разработаны главные направления научного исследования, сформулирована цель и поставлены задачи исследовательской работы. Экспериментальные исследования выполнены диссертантом либо лично, либо при его непосредственном участии с коллективом коллег. Обработку и интерпретацию полученных данных, сравнительный анализ с данными, представленными в научной литературе, описание и обсуждение результатов автор проводил самостоятельно. Обсуждение и подготовка научных публикаций (написание и редактирование) проводились совместно с научным руководителем и соавторами.

Связь работы с научными программами

Работа выполнена при финансовой поддержке грантов РФФИ 18-34-00375 мол_а «Структурный анализ рибосомного связывающего фактора А - RbfA бактерии Staphylococcus aureus» (2017-2020), РФФИ 20-54-15001 Нцни_а «Структурные аспекты механизма действия фактора холодового шока RbfA на регуляцию трансляции бактерии Staphylococcus aureus» (2020-2022) и Программы повышения конкурентоспособности К(П)ФУ.

Публикация результатов исследования

По материалам диссертации опубликовано 11 работ, в том числе 3 научные статьи в журналах, индексируемых в базах данных Web of Science, Scopus и РИНЦ. Полученные пространственные структуры депонированы в международный банк структур белковых молекул PDB (ID: 6YE5, 8BXA, 8BYV) и банк электронно-микроскопических данных (EMD-16334).

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Белок-синтезирующий аппарат клетки

Синтез белков является одним из самых важных клеточных процессов, так как белки формируют все структурные компоненты клетки. Кроме того, многие из белков являются ферментами, которые катализируют синтез других биомолекул, необходимых для жизни. Другими словами, генотип, заключённый в последовательности нуклеотидов ДНК, выражается в фенотипе организма посредством белков и других соединений, синтезированных с помощью белков. Центральная универсальная догма молекулярной биологии включает в себя процессы репликации ДНК, транскрипции ДНК в мРНК и трансляции мРНК в полипептидную цепь [Crick, 1970]. Совокупность всех молекул и молекулярных комплексов, участвующих в последовательных этапах трансляции, называется белок-синтезирующим аппаратом клетки [Gupta, 2008].

Для синтеза белка требуются:

- мРНК, синтезированная с молекулы ДНК в результате транскрипции и несущая информацию о структуре белка;

- набор 20 аминокислот, входящих в состав белка;

- набор минимум 20 различных ферментов - аминоацил-тРНК-синтетаз, обладающих двойной специфичностью: к одной аминокислоте и тРНК;

- минимум 20 разных тРНК, соответствующих определённой аминоацил-тРНК-синтетазе и кодону определенной аминокислоты;

- рибосома (точнее, полисома, состоящая из нескольких монорибосом, одновременно транслирующих полипептид на мРНК);

- белковые факторы, обеспечивающие корректную работу и взаимодействие элементов аппарата друг с другом;

- ионы Mg2+, K+, NH+, Cl- и др.;

- молекулярные источники энергии АТФ и ГТФ.

Ключевые элементы и принцип работы белок-синтезирующего аппарата универсальны для всех живых организмов, компоненты могут лишь

незначительно различаться по составу. Центральным элементом аппарата, объединяющим все остальные в единую систему, является рибосома [Спирин, 2019; Voet et al., 2006; Agirrezabala et al., 2010].

1.2 Рибосома

1.2.1 Общая информация о рибосоме

Если бы множеству компонентов, участвующих в процессе трансляции, приходилось взаимодействовать друг с другом в свободном растворе внутриклеточного пространства, вероятность их сближения была бы предельно низкой, а скорость сборки полипептидной цепи была очень медленной. Эффективность трансляции многократно увеличивается за счёт связывания мРНК и аа-тРНК внутри рибосомы.

Рибосома является наиболее представленным РНК-белковым комплексом в клетке. Главной и единственной её функцией является синтез полипептидной цепи с матрицы мРНК. Наряду с рибосомой есть ряд других молекул, которые необходимы для процесса трансляции на различных этапах. К ним относят мРНК, набор тРНК и ферментов, факторы инициации и элонгации трансляции, факторы выпуска полипептида и перезапуска трансляции [Спирин, 2019; Voet et al., 2006].

Рибосома двигается вдоль мРНК от 5Л-конца к 3Л-концу прерывисто с шагом в один кодон, добавляя по одному аминокислотному остатку (АКО) к растущей полипептидной цепи со скоростью 3-5 АКО в секунду. Каждый новый АКО добавляется к карбоксильному С-концу пептидной цепи, т.е. С-конец является растущим. Небольшие белки размером 100-200 АКО синтезируются за минуту и менее, а на сборку самого большого белка из известных - титина, который содержится в мышцах и состоит из 30 тысяч АКО - уходит 2-4 часа [Wilson et al., 2015]. Работа биомолекулярной машины, выполняющей столь сложные и важные задачи, должна быть особенно отлаженной и точной. Рибосому относят к рибозимам (сокращение от «рибонуклеиновая кислота» и «энзим») - РНК, обладающей ферментативной активностью [Cech, 2000].

В клетках бактерий рибосомы дисперсно распределены в цитоплазме и составляют около 30% (а иногда и до 50%) их массы. В клетке E. coli количество рибосом варьирует от 10 до 60 тысяч в зависимости от условий роста. На синтез белка бактериальная клетка может затрачивать до 40% своей энергии [Wilson et al., 2007]. Относительное содержание рибосом в клетках эукариот меньше; здесь количество рибосом может значительно варьировать в зависимости от белок-синтезирующей активности отдельных клеток соответствующих тканей. У эукариот основная часть рибосом обнаруживается в цитоплазме, однако в клетках с активной секрецией белка и развитой сетью эндоплазматического ретикулума значительная часть рибосом цитоплазмы локализуется на поверхности мембраны ретикулума, обращённой в цитоплазматический матрикс [Спирин, 2019]. Рибосомы также есть в митохондриях и хлоропластах эукариот.

Впервые рибосомы были обнаружены в цитоплазме клеток с высоким уровнем наработки белка, однако роль этих небольших дискретных частиц, содержащих большое количество РНК, была определена только после их очистки. В in vitro экспериментах было показано, что в присутствии фракции очищенных рибосом радиоактивно меченые АКО включались в состав растущих полипептидных цепей [Palade, 1955]. Первые изображения рибосом с низким разрешением и реконструкции структур молекул 16S и 23S рРНК E. coli были получены с помощью электронного микроскопа в 1970-х годах, спустя около 20 лет со времени их открытия [Lake, 1976; Brosius et al., 1978, 1980].

Хотя существуют различия между рибосомами бактерий, архей и эукариот,

существенные структурные и функциональные сходства между рибосомами всех

организмов указывают на их общее эволюционное происхождение [Lake, 1983;

Fox, 2000]. Рибосома состоит из трёх (в бактериях и археях) или четырёх (в

эукариотах) различных молекул рРНК и нескольких десятков рибосомных белков

(r-белков), организованных в большую и малую субъединицы. Рибосома, её

субъединицы и молекулы рРНК обозначаются в сведбергах (S) - единицах

скорости седиментации (оседания) макромолекул в жидкости при

ультрацентрифугировании в стандартных условиях. Сведберг - логарифмическая

16

единица, выражающая размер молекул [Kratz, 2009]. Бактериальная рибосома 70S состоит из большой 50S и малой 30S субъединиц, эукариотическая 80S - из 60S и 40S, соответственно. Соотношение масс большой и малой субъединиц составляет примерно 2 : 1, соответственно.

В ходе экспериментов было отмечено, что диссоциация рибосомы на субъединицы или, наоборот, ассоциация субъединиц зависит от концентрации ионов Mg2+, К+, NH4+ и др. Например, при низких концентрациях ионов Mg2+ (2-3 мМ) рибосома диссоциирует, тогда как при повышении концентрации до 8-10 мМ сила связывания субъединиц растёт, стабильность рибосомы повышается. Диссоциация может быть запущена повышением концентраций одновалентных катионов, таких как K+ или NH4+ (катионы вытесняют ионы Mg2+ из рРНК, обрывая контакты между субъединицами). Обратной сборке рибосомы содействуют ионы Ca2+, диамины и полиамины (спермидин, путресцин, кадаверин, спермин и др.), а также низкомолекулярные спирты, например, метанол и этанол. Ионы и полиамины могут составлять более 2% от общей сухой массы рибосомы [Спирин, 2019; Rozov et al., 2015; Nierhaus, 2014; Weiss, Morris, 1983; Dever et al., 2018].

1.2.2 Номенклатура рибосомных белков

Номенклатура r-белков из организмов разных видов долгое время активно обсуждалась и совершенствовалась. Начиная с 1980-х годов, широкое распространение получила классификация, основанная на E. coli [Hardesty et al., 1986]. Полный набор белков рибосомы именно этого организма был впервые идентифицирован. Белки, составляющие 50S субъединицу, имели в своём названии первую букву L (large subunit - большая субъединица), белки 30S субъединицы - букву S (small subunit - малая субъединица). Далее все белки имели свой порядковый номер в зависимости от расположения на геле двумерного полиакриламидного электрофореза - сверху вниз. Такое обозначение стало применяться и к рибосомам других организмов.

Так многие рибосомные белки разных видов стали иметь одинаковые названия, хотя часто были не связаны между собой по структуре и функциям, что приводило к путанице. После анализа структурных и функциональных сходств, определения различий рибосомных белков прокариот, архей и эукариот была предложена новая классификация, которая стала универсальной и, по возможности, учитывала исторические названия [Ben-Shem et al., 2011; Rabl et al., 2011; Klinge et al., 2011; Ban et al., 2014; Armache et al., 2013]. После определения пространственных атомарных структур эукариотических рибосом митохондрий и хлоропластов стало возможным однозначно отнести каждый белок к семейству на основе структурной гомологии с бактериальными и архейными белками [Amunts et al., 2015; Bieri et al., 2016; Desai et al., 2017; Ban et al., 2014; Bieri et al., 2016; Desai et al., 2017]. В настоящее время специалисты в области изучения рибосом используют эту обновлённую систему классификации, унифицирующую исторически сложившиеся названия белков рибосом бактерий, грибов, хлоропластов и митохондрий.

Наша работа посвящена бактериальной малой субъединице рибосомы и, отчасти, будет касаться некоторых её белков, а также их гомологов в других организмах. Поэтому для удобства навигации в приложении к работе представлена актуальная классификация рибосомных белков малой субъединицы рибосомы (Приложение А).

1.2.3 Структура бактериальной 70S рибосомы

В начале 2000-х годов независимо двумя научными группами под

руководством А. Йонат [Schluenzen et al., 2000] и В. Рамакришна [Wimberly et al.,

2000] была получена структура малой субъединицы. Структура большой

субъединицы была получена под руководством Т. Штайца [Ban et al., 2000]. Эти

структуры с атомарным разрешением прояснили многие детали архитектуры

рибосомы и были удостоены Нобелевской премии по химии в 2009 году [Rodnina

et al, 2010]. И наконец, структура 70S рибосомы была получена научной группой

М. Юсупова и Х. Ноллера [Yusupov et al., 2001]. В последующие годы было

18

представлено множество структур рибосом и их комплексов, полученных с помощью РСА и криоэлектронной микроскопии (криоЭМ). Эти структуры обеспечили прорыв в вопросе понимания механики трансляции, топологии функциональных сайтов, действия антибиотиков, сборки рибосомы и др. [МеШкоу ег а!., 2012; ег а!., 2018; КИаЯег ег а!., 2015; ^сИак ег а!., 2017;

Агеш ег а!., 2016; Shimokawa-Chiba ег а!., 2019; Вау1Б ег а!., 2017; КИшатоу ег а!., 2017; Ы ег а!., 2015; Mishra ег а!., 2018].

Рибосомы 70S представляют собой компактные округлые частицы со средним диаметром 200-250 А (10-10 м) и молекулярной массой ~ 2,5 МДа. Соотношение масс РНК и белка составляет примерно 2 : 1. Методы структурной биологии позволили определить сложный рельеф поверхности бактериальной рибосомы, была обнаружена характерная бороздка, которая делит рибосому на две неравные части, названные в дальнейшем большой и малой субъединицами (Рисунок 1). Спирали рРНК малой субъединицы обозначаются буквой ^ большой - Н, нумерация спиралей ведётся по порядку от 5Л-конца к 3Л-концу.

ЗОБ субъединица 505 субъединица

Рисунок 1 - Структурная организация бактериальной 70S рибосомы и её субъединиц (S. aureus, PDB ID: 5ND8) [Khusainov et al.,2016]. Малая (30S) субъединица обозначена жёлтым цветом, большая (50S) субъединица - синим

1.2.4 Большая субъединица бактериальной рибосомы (50S)

Большая субъединица 50S имеет линейные размеры 20-23 нм во всех направлениях, а её молекулярный вес составляет в среднем 1,8 МДа. Субъединица содержит две молекулы рРНК (23S и 5S) и до 34 белков uL1-bL36. Размеры рРНК варьируют, 23S рРНК имеет средний размер 3 тысячи п.н., а 5S ~ 120 п.н. Большая

Голова

Центральный протуберанец

Н *

субъединица - это компактная, жёсткая и конформационно малоподвижная структура. Причиной является то, что элементы вторичной структуры рРНК тесно связаны нековалентными контактами и, буквально, взаимопроникают друг в друга. Нуклеотиды 3Л- и 5Л-концов 23S рРНК комплементарно связаны и образуют спираль H1, придающую жёсткость всей рРНК.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Бикмуллин Айдар Галимзанович, 2024 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Спирин, А. С. Молекулярная биология. Рибосомы и биосинтез белка: Учебное пособие / А. С. Спирин. - Москва: Лаборатория знаний. - 2019. - 594 С.

- ISBN 978-5-00101-623-6.

2. Сергеева, О.В. Рибосома: уроки строительства молекулярной фабрики / О. В. Сергеева, П.В. Сергиев, А.А. Богданов, О.А. Донцова // Молекулярная биология. - 2014. - Т. 48. - С. 543-560.

3. Adilakshmi, T., Hydroxyl radical footprinting in vivo: mapping macromolecular structures with synchrotron radiation / T. Adilakshmi, R. A. Lease, S. A. Woodson // Nucleic Acids Res. - 2006, - V. 34. - e. 64.

4. Adilakshmi, T., Concurrent nucleation of 16S folding and induced fit in 30S ribosome assembly / T. Adilakshmi, D. L. Bellur, S. A. Woodson / Nature. - 2008. - V. 455. - P.1268-1272.

5. Afonine, P.V. Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography / P.V. Afonine, B.K. Poon, R.J. Read, O.V. Sobolev, T.C. Terwilliger, A. Urzhumtsev, P.D. Adams // Acta Crystallogr. Sect. D Struct. Biol. -2018. - V. 74. -P. 531-544.

6. Agalarov, S.C. In vitro assembly of a ribonucleoprotein particle corresponding to the platform domain of the 30S ribosomal subunit / S. C. Agalarov, E. N. Zheleznyakova, O. M. Selivanova, L. A. Zheleznaya, N. I. Matvienko, V. D. Vasiliev, A. S. Spirin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1998. - V. 95. - P. 999-1003.

7. Agirrezabala, X. From DNA to proteins via the ribosome: Structural insights into the workings of the translation machinery / X. Agirrezabala, J. Frank // Hum.Genomics.

- 2010. - V. 4(4). - P. 226-237.

8. Adilakshmi, T., Protein-independent folding pathway of the 16S rRNA 5' domain / T. Adilakshmi, P. Ramaswamy, S. A. Woodson // J. Mol. Biol. - 2005. - V. 351. - P. 508-519.

9. Ameismeier, M. Visualizing late states of human 40S ribosomal subunit maturation / M. Ameismeier, J. Cheng, O. Berninghausen, R. Beckmann // Nature. -2018. - V. 558. - P. 249-253.

10. Andrade, J. M. The RNA-binding protein Hfq is important for ribosome biogenesis and affects translation fidelity / J. M. Andrade, R. F. dos Santos, I. Chelysheva, Z. Ignatova C. Arraiano // EMBO J. -2018. -V. 37(11). -P. e97631.

11. Angles, F. Multilevel interaction of the DnaK/DnaJ (HSP70/HSP40) stress-responsive chaperone machine with the central metabolism / F. Angles, M.-P. Castanié-Cornet, N. Slama, M. Dinclaux, A.-M. Cirinesi, J.-C. Portais, F. Létisse & P. Genevaux // Scientific Reports. -2017. -V. 7, -N. 41341.

12. Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis / Antimicrobial Resistance Collaborators // The Lancet. - 2022. -V. 399(10325). -P. 629-655.

13. Arenz, S. Structures of the Orthosomycin Antibiotics Avilamycin and Evernimicin in Complex With the Bacterial 70S Ribosome / S. Arenz, M., F. Juette, M. Graf, F. Nguen, P. Huter, Y. S. Polikanov, S. C. Blanchard, D. N. Wilson // Proc Natl Acad Sci USA. - 2016. - 113(27). - P. 7527-7532.

14. Armache, J. Promiscuous Behaviour of Archaeal Ribosomal Proteins: Implications for Eukaryotic Ribosome Evolution / J. Armache, A. M. Anger, V. Márquez, S. Franckenberg, Th. Fröhlich, E. Villa, O. Berninghausen, M. Thomm, G. J. Arnold, R. Beckmann, D. N. Wilson // Nucleic Acids Res. - 2013. - V. 41(2). - P. 1284-1293.

15. Arnold, R.J. Observation of Escherichia coli ribosomal proteins and their posttranslational modifications by mass spectrometry / R. J. Arnold, J. P. Reilly // Anal. Biochem. - 1999. - V. 269. - P. 105-112.

16. Ashmore, J. A resolution record for cryoEM / J. Ashmore, B. Carragher, P. B Rosenthal, W. Weis // Fac Rev. - 2021. -V. 10. -N. 64. -P. 1-5.

17. Bai, X.C. Ribosome structures to near-atomic resolution from thirty thousand cryo-EM particles / X.C. Bai, I.S. Fernandez, G. McMullan, S.H. Scheres // Elife. -2013. - V. 2. - e00461.

18. Ban, N. The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution / P. Nissen, J. Hansen, P. B. Moore, T. A. Steitz, T.A. // Science. -2000. -V.80. - 289. - P. 905-920.

19. Ban, N. A new system for naming ribosomal proteins / N. Ban, R. Beckmann, J. HD Cate, J. D. Dinman, F. Dragon, S. R. Ellis, D. LJ Lafontaine, L. Lindahl, A. Liljas, J. M Lipton, M. A. McAlear, P. B. Moore, H. F. Noller, J. Ortega, V. Govind Panse, V. Ramakrishnan, Ch. MT Spahn, Th. A. Steitz, M. Tchorzewski, D. Tollervey, A. J. Warren, J. R Williamson, D. Wilson, A. Yonath, M. Yusupov // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2014, - V. 24. - P. 165-169.

20. Bange, G. SIMIBI twins in protein targeting and localization / G. Bange, I. Sinning // Nature Structural & Molecular Biology. -2013. -V. 20. -P. 776-780.

21. Bartesaghi, A. 2.2 Ä resolution cryo-EM structure of ß-galactosidase in complex With a cell-permeant inhibitor / A. Bartesaghi, A. Merk, S. Banerjee, D. Matthies, X. Wu, J. L. S. Milne, S. Subramaniam // Science. - 2015. - V. 348(6239). - P. 1147-1151.

22. Belinite, M. Stabilization of Ribosomal RNA of the Small Subunit by Spermidine in Staphylococcus aureus / M. Belinite, I. Khusainov, S. Marzi, P. Romby, M. Yusupov, Y. Hashem // Front. Mol. Biosci. - 2021. - V. 8. P. 738752.

23. Belinite, M. Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit purification and its biochemical and cryo-EM analysis / M. Belenite, I. Khusainiv, S. Marzi // Bio-Protoc. J. - 2022. - V. 12 (20), e4532.

24. Bellur, D.L. A minimized rRNA-binding site for ribosomal protein S4 and its implications for 30S assembly / D. L. Bellur, S. A. Woodson // Nucleic Acids Res. -2009. - V. 37. - P. 1886-1896.

25. Bennison D. J. The Impact of the Stringent Response on TRAFAC GTPases and Prokaryotic Ribosome Assembly / D. J. Bennison, S. E. Irving, R.M. Corrigan // Cells. -2019. -V. 8(11). -P. 1313.

26. Bennison, D. J. The Stringent Response Inhibits 70S Ribosome Formation in Staphylococcus aureus by Impeding GTPase-Ribosome Interactions / D. J. Bennison, J. A. Nakamoto, T. D. Craggs, P. Milon, J. B. Rafferty, R. M. Corrigan // mBio. - 2021. -V. 12(6). -P. e02679-21.

27. Berg, J. M. Biochemistry, Fifth Edition / J. M. Berg, J. L. Tymoczko, L. Stryer // WH Freeman, NY. - 2002. - ISBN-10: 0-7167-3051-0

28. Berg. J.M. Biochemistry 8th edition / J. M. Berg, J. L. Tymoczko, G. J. Gatto (Jr), L. Strayer // W. H. Freeman and Co. - 2015. -ISBN - 13:978-1-4641-26-10-9; ISBN - 10:14641-2610-0.

29. Bijelic, A. Polyoxometalates: more than a phasing tool in protein crystallography / A. Bijelic & A.Rompel // Chem.Texts. - 2018. - V. 4. Art. N. 10.

30. Bikmullin, A. G. In vitro reconstitution of the S. aureus 30S ribosomal subunit and RbfA factor complex for structural studies / A.G. Bikmullin, L.I. Nurullina, N.S. Garaeva, E.A. Klochkova, D.S. Blokhin, A.A. Golubev, S.Z. Validov, I.S. Khusainov, K.S. Usachev, M.M. Yusupov // Biochemistry. - 2020. - V. 85. - P. 545-552.

31. Bisiak F. Structural variations between small alarmone hydrolase dimers support different modes of regulation of the stringent response / F. Bisiak 1, A. Chrenkova, Sh. Zhang, J.N. Pedersen, D. E. Otzen, Y. E. Zhang, D. E. Brodersen // JBC. - 2022. -V.298(7). - P. 102142.

32. Blokhin, D. Backbone and side chain NMR assignments for the ribosome binding factor A (RbfA) from Staphylococcus aureus / D.S. Blokhin, A.G. Bikmullin, L.I. Nurullina, N.S. Garaeva, S.Z. Validov, V.V. Klochkov, A.V. Aganov, I.S. Khusainov, M.M. Yusupov, K.S. Usachev // Biomol. NMR Assign. - 2019. V. 13. - P. 27-30.

33. Blundell, T. L. The resolution revolution in X-ray diffraction, Cryo-EM and other Technologies / T. L. Blundell, A. K. Chaplin // Progress in Biophysics and Molecular Biology. - 2021. - V. 160. - P. 2-4.

34. Boehringer, D. Structural insights into methyltransferase ksgA function in 30S ribosomal subunit biogenesis / D. Boehringer, H. C. O'Farrell, J. P. Rife, N. Ban // J. Biol. Chem. - 2012. - V. 287(13). - P. 10453-9.

35. Britton, R.A. Role of GTPases in bacterial ribosome assembly / R. A. Britton // Annu. Rev. Microbiol. - 2009. - V. 63. - P. 155-176.

36. Brosious, J. Complete nucleotide sequence of a 16S ribosomal RNA gene from Escherichia coli / J. Brosius, M.L. Palmer, P.J. Kennedy, H.F. Noller // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1978. - V.75. - P. 4801-4805.

37. Brosious, J. Complete nucleotide sequence of a 23S ribosomal RNA gene from Escherichia coli / J. Brosius, T.J. Dull, H.F. Noller // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1980. - V. 77. - P. 201-204.

38. Brown A., Ribosomes and cryo-EM: a duet / A. Brown, S. Shao // Current Opinion in Structural Biology. - 2018. - V. 52. - P. 1-7.

39. Bunner, A.E., The effect of ribosome assembly cofactors on in vitro 30S subunit reconstitution / A. E. Bunner, S. Nord, P. M. Wikstrom, J. R. Williamson // J. Mol. Biol.

- 2010. - V. 398. - P. 1-7.

40. Bylund, G.O., RimM and RbfA are essential for efficient processing of 16S rRNA in Escherichia coli / G. O. Bylund, L. C. Wipemo, L. A. Lundberg, P. M. Wikstrom // J. Bacteriol. - 1998. - V. 180. - P. 73-82.

41. Campbell, M.G. Movies of ice-embedded particles enhance resolution in electron cryo-microscopy / M.G. Campbell, A. Cheng, A.F. Brilot, A. Moeller, D. Lyumkis, D. Veesler, J. Pan, S.C. Harrison, C.S. Potter, B. Carragher, N. Grigorieff // Structure. -

2012. - V. 20 (11). - P. 1823-1828.

42. Castells-Graells, R. Rigidified Scaffolds for 3 Angstrom Resolution Cryo-EM of Small Therapeutic Protein Targets / R. Castells-Graells, K. Meador, M. A.Arbing, M. R. Sawaya, M. Gee, D. Cascio, E. Gleave, J.t E. Debreczeni, J. Breed, Ch. Phillips, T. O. Yeates // bioRxiv. - 2022. - doi: 10.1101/2022.09.18.508009

43. Cech, T.R. The ribosome is a ribozyme / T.R. Cech // Science. - 2000. - V. 289.

- I. 5481. - P. 878-879.

44. Chen, S.S. Characterization of the Ribosome Biogenesis Landscape in E. Coli Using Quantitative Mass Spectrometry / S. S. Chen, J. R. Williamson // J. Mol. Biol. -

2013. - 425(4). - P. 767-779.

45. Choi, E. The GTPase BipA expressed at low temperature in Escherichia coli assists ribosome assembly and has chaperone-like activity / E. Choi, J. Hwang // J Biol. Chem. -2018. -Vol. 293(47). -P. 18404-18419

46. Clatterbuck Soper, S.F., In vivo X-ray footprinting of pre-30S ribosomes reveals chaperone-dependent remodeling of late assembly intermediates / S. F. Clatterbuck

Soper, R. P. Dator, P. A. Limbach, S. A. Woodson // Mol. Cell. - 2013. - V. 52. - P. 506-516.

47. Connoly, K. Overexpression of RbfA in the absence of the KsgA checkpoint results in impaired translation initiation / K. Connolly, G. Culver // Mol. Microbiol. -2013. - V. 87(5). - P. 968-981

48. Costa, T. R. D. Structural Analysis of Protein Complexes by Cryo Electron Microscopy / T. R. D. Costa, A. Ignatiou, E. V. Orlova // Bacterial Protein Secretion Systems. -2017. - V. 1615. - P. 377-413.

49. Coudert, E. UniProt Con-sortium. Annotation of biologically relevant ligands in UniProtKB using ChEBI. / E. Coudert, S. Gehant, E. de Castro, M. Pozzato, D. Baratin, T. Neto, C.J.A. Sigrist, N. Redaschi, A. Bridge // Bioinformatics. -2023 -V. 39. -P.793.

50. Crick, F. Central dogma of molecular biology / F. Crick // Nature. - 1979. - V. 227 (8). - P.561-563.

51. Culver, G.M. Assembly of the 30S ribosomal subunit / G.M. Culver // Biopolymers. - 2003. - V. 68. - P. 234-249.

52. Dammel, C.S. Suppression of a cold-sensitive mutation in 16S rRNA by overexpression of a novel ribosome-binding factor, RbfA / C. S. Dammel, H. F. Noller // Genes Dev. - 1995. - V. 9. - P. 626-637.

53. Datta, P. Structural aspects of RbfA action during small ribosomal subunit assembly / P. P. Datta, D. N. Wilson, M. Kawazoe, N. K. Swami, T. Kaminishi, M. R. Sharma, T. M. Booth, C. Takemoto, P. Fucini, Sh. Yokoyama, R. K. Agrawal // Mol. Cell. - 2007. - V. 28(3). - P. 434-445.

54. Davies, B.W., Role of Escherichia coli YbeY, a highly conserved protein, in rRNA processing / B. W. Davies, C. Kohrer, A. I. Jacob, L. A. Simmons, J. Zhu, L. M. Aleman, U. L. Rajbhandary, G. C. Walker // Mol. Microbiol. - 2010. - V. 78. - P. 506518.

55. Davis, J. Structure and dynamics of bacterial ribosome biogenesis / J. Davis, J. R. Willliamson / Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. - 2017. - V. 372 (1716). - P.

56. Decatur, W.A. rRNA modifications and ribosome function / W. A. Decatur, M J.

Fournier // Trends. Biochem. Sci. - 2002. - V.27. - P. 344-351.

164

57. Delvillani, F. S1 ribosomal protein and the interplay between translation and mRNA decay / F. Delvillani, G. Papiani, F. Briani // Nucleic Acids Res. - 2011. - V. 39. - P. 7702-7715.

58. Dever, T. E. Roles of polyamines in translation / T. E. Dever, I. P. Ivanov // Journal of biological chemistry. - 2018. - V. 293, - P. 18719-18729.

59. Dillard, R. S. Biological Applications at the Cutting Edge of Cryo-Electron Microscopy / R. S. Dillard, C. M. Hampton, J. D. Strauss, Z. Ke, D. Altomara, R. C. Guerrero-Ferreira, G. Kiss, E. R. Wright // Microsc. Microanal. - 2018. V. 24(4). - P. 406-419.

60. Dinman, J. D. 5S rRNA: Structure and Function from Head to Toe / J. D. Dinman // Int. J. Biomed. Sci. - 2005. - 1(1). - P. 2-7.

61. Dohme, F. Total reconstitution and assembly of 50S subunits from Escherichia coli Ribosomes in vitro / F. Dohme, K. H. Nierhaus // J. Mol. Biol. - 1976. - V. 107. -P. 585-599.

62. Earnest, T. M. Toward a Whole-Cell Model of Ribosome Biogenesis: Kinetic Modeling of SSU Assembly / T. M. Earnest, J. Lai, K. Chen, M. K. Hallock, J. R. Williamson, Z. Luthey // Biophys J. - 2015. - V. 109. - P. 1117-1135.

63. El Hage, A. The chaperonin GroEL and other heat-shock proteins, besides DnaK, participate in ribosome biogenesis in Escherichia coli / A. El Hage, M. Sbai, J. H. Alix. // Mol. Gen. Genet. - 2001. - V. 264. - P. 796-808.

64. Emsley, P. Coot: Model-building tools for molecular graphics / P. Emsley, K. Cowtan // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. - 2004. - V. 60. - P. 2126-2132.

65. Faruqi, A.R. Electronic detectors for electron microscopy / A.R. Faruqi, G. McMullan // Q. Rev. Biophys. - 2011. - V. 44 (3) - P. 357-390.

66. Fox, G.E. Origin and evolution of the ribosome / G.E. Fox // CHS Persp. biology. - 2010. - V. 4(5).

67. Frank, J. Toward an understanding of the structural basis of translation / J. Frank // Genome Biol. - 2003. - V. 4. - N. 237.

68. Fristedt, R. RBF1, a Plant Homologue of the Bacterial Ribosome-binding Factor

RbfA, Acts in Processing of the Chloroplast 16S rRNA / R. Fristedt, L. B. Scharff, C.

165

A. Clarke, Q. Wang, C. Lin, S. Merchant, R. Bock / Plant Physiology. -2013. - V. 164(1).

69. Gasteiger, E. Protein Identification and Analysis Tools on the Expasy Server / E. Gasteiger, C. Hoogland, A. Gattiker., S. Duvaud, M.R. Wilkins, R.D. Appel, A. Bairoch, J. M. Walker (ed) // The Proteomics Protocols Handbook, Humana Press. -2005. -P. 571-607.

70. Gibson, T. J. The KH Domain Occurs in a Diverse Set of RNA-binding Proteins That Include the Antiterminator NusA and Is Probably Involved in Binding to Nucleic Acid / T. J. Gibson, J. D. Thompson, J. Heringa // FEBS Lett. - 1993. - V. 324(3). - P. 361-366.

71. Ginsburg, D., Steitz, J.A. The 30S ribosomal precursor RNA from Escherichia coli. A primary transcript containing 23 S, 16 S, and 5 S sequences / D. Ginsburg, J. A. Steitz / J. Biol. Chem. - 1975. - V. 250. - P. 5647-5654.

72. Giudice, E. Purification and characterization of authentic 30S ribosomal precursors induced by heat shock / E. Guidice, S. Georgeault, R. Lavigne, C. Pineau, A. Trautwetter, G. Ermel, C. Blanco, R. Gillet // Int J Mol Sci. - 2023. - V. 24(4). - P. 3491.

73. Glaeser, R.M. Precise beam-tilt alignment and collimation are required to minimize the phase error associated with coma in high-resolution cryo-EM / R.M. Glaeser, D. Typke, P.C. Tiemeijer, J. Pulokas, A. Cheng // J. Struct. Biol. - 2011. - V. 174 - P. 1-10.

74. Glaser, G., Functional interrelationship between two tandem E. coli ribosomal RNA promoters / G. Glaser, P. Sarmientos, M. Cashel // Nature. - 1983. - V. 302. - P. 74-76.

75. Golovina, A. Y. The last rRNA methyltransferase of E. coli revealed: The yhiR gene encodes adenine-N6 methyltransferase specific for modification of A2030 of 23S ribosomal RNA / A. Y. Golovina, M. M. Dzama, I. A. Osterman, P. V. Sergiev, M. V. Serebryakova, A. A. Bogdanov, O. A. Dontsova // RNA. - 2012/ - V. 18. - P. 17251734.

76. Gor, K. Emerging quantitative biochemical, structural, and biophysical methods for studying ribosome and protein-RNA complex assembly / K. Gor, O. Duss // Biomolecules. - 2023. - V 13(5). - P. 866.

77. Goto, S. RsgA releases RbfA from 30S ribosome during a late stage of ribosome biosynthesis / S. Goto, S. Kato, T. Kimura, A. Muto, H. Himeno // The EMBO Journal. - 2011. - V. 30. P. 104-114.

78. Gourse, R. L. rRNA Transcription and growth rate-dependent regulation of ribosome synthesis in Escherichia Coli / R. L. Gourse, T. Gaal, M. S. Bartlett, J. A. Appleman, W. Ross // Annu. Rev. Microbiol. - 2002. - V. 50. - P. 645-677

79. Grishin, N. V. KH domain: one motif, two folds Nick V. Grishina / N. V. Grishin // Nucleic acid research. - 2001. - V. 29. - N. 3. - P. 638-643.

80. Grondek, J.F. Assembly of the 30S ribosomal subunit: positioning ribosomal protein S13 in the S7 assembly branch / J. F. Grondek, G. M. Culver // RNA. - 2004. -V. 10. - P. 1861-1866.

81. Guo, Q. Structural basis for the function of a small GTPase RsgA on the 30S ribosomal subunit maturation revealed by cryoelectron microscopy. Q. Guo, Y. Yuan, Y. Xu, B. Feng, L. Liu, K. Chen, M. Sun, Z. Yang, J. Lei, N. Gao / Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2011. - V. 108. - P. 13100-13105.

82. Guo, Q. Dissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reveals the role of RimM and general features of the assembly process / Q. Guo, S. Goto, Y. Chen, B. Feng, Y. Xu, A. Muto, H. Himeno, H. Deng, J. Lei, N. Gao // Nucleic Acids Res. -2013. - V. 41. - P. 2609-2620.

83. Gupta, P.K. Molecular Biology and Genetic Engineering / P.K. Gupta // Capital offset press. Dehli. - 2008. - P. 141-142.

84. Hardesty, B. Structure, Function, and Genetics of Ribosomes / B. Hardesty, G. Kramer // Springer-Verlag NY inc. - 1986. - ISBN 978-1-4612-4884-2.

85. Hauryliuk, V. Recent functional insights into the role of (p)ppGpp in bacterial physiology / V. Hauryliuk, G. C. Atkinson, K. S. Murakami, T. Tenson & K. Gerdes // Nature Reviews Microbiology. - 2015. - V. 13. - P. 298-309.

86. Hayes, F. Biosynthesis of ribosomes in E. coli: I. — Properties of ribosomal precursor particles and their RNA components / F. Hayes, D. H. Hayes // Biochimie. -1971. - V. 53. - I. 3. - P. 369-382.

87. Held, W. A. Assembly mapping of 30 S ribosomal proteins from Escherichia coli. Further studies / W. A. Held, B. Balou, S. Mizushima, M, Nomura // J Biol Chem. -1974. - V. 249. - P. 3103-3111.

88. Herold, M. Incorporation of six additional proteins to complete the assembly map of the 50 S subunit from Escherichia coli ribosomes / M. Herold, K. H. Nierhaus // J. Biol. Chem. - 1987. - V. 262. - P. 8826-8833.

89. Holmes, K.L. Analysis of conformational changes in 16S rRNA during the course of 30 S subunit assembly / K. L. Holmes, G.M . Culver // J. Mol. Biol. - 2005. - V. 354. - P. 340-357.

90. Hu, Y. NMR-based methods forpProtein analysis / Y. Hu, K. Cheng, L. He, X. Zhang, B. Jiang, L. Jiang, C. Li, G. Wang, Y. Yang, M. Liu // Anal Chem. - 2021. - V. 93(4). - P. 1866-1879.

91. Huang, J. Y. Solution NMR Structure of Ribosome-Binding Factor A (RbfA), a Cold-Shock Adaptation Protein From Escherichia Coli / J. Y. Huang, Y. J. Huang, G. V. T. Swapna, P. K. Rajan, H. Ke, B. Xia, K. Shukla, M. Inouye, G. T Montelione / J. Mol. Biol. - 2003. - V. 327(2). - P. 521-536.

92. Ikai, A.J. Thermostability and aliphatic index of globular proteins / A.J. Ikai // J. Biochem. -1980. -V. 88. -P. 1895-1898.

93. Itoh, Y. Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation / Y. Itoh, A. Khawaja, I. Laptev, M. Cipullo, I. Atanassov, P. Sergiev, J. Rorbach, A. Amunts // Nature. - 2022. - V. 606. - P. 603-608.

94. Jacob, A.I., Conserved bacterial RNase YbeY plays key roles in 70S ribosome quality control and 16S rRNA maturation / A. I. Jacob, C. Kohrer, B. W. Davies, U. L. RajBhandary, G. C. Walker //Mol. Cell. - 2013. - V. 49. - P. 427-438.

95. Jankowsky, E., Active disruption of an RNA-protein interaction by a DExH/D RNA helicase / E. Jankovsky, C. H. Gross, S. Shuman, A. M. Pyle / Science. - 2001. -V. 291. - P. 121-125.

96. Jiang, M. The Escherichia coli GTPase CgtAE is involved in late steps of large ribosome assembly / M. Jiang, K. Datta, A. Walker, J. Strahler, P. Bagamasbad, P. C. Andrews, J. R. Maddock // J. Bacteriol. - 2006. - V. 188. - P. 6757-6770.

97. Jomaa, A. Understanding ribosome assembly: the structure of in vivo assembled immature 30S subunits revealed by cryo-electron microscopy / A. Jomaa, G. Stewart, J. Martin-Benito, R. Zielke, T. L. Campbell, J. R. Maddock, E. D. Brown, J. Ortega, J. // RNA. - 2011. - V. 17. - P. 697-709.

98. Jones, P.G. RbfA, a 30S ribosomal binding factor, is a coldshock protein whose absence triggers the cold-shock response / P. G. Jones, M. Inouye // Mol. Microbiol. -1996. - V. 21. - P. 1207- 1218.

99. Jumper, J. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold / J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, T. Green, M. Figurnov, O. Ronneberger, K. Tunyasuvunakool, R. Bates, A. Zidek, A. Potapenko // Nature. - 2021. - V. 596. - P. 583-589.

100. Kabsch, W. XDS program package / W. Kabsch // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. - 2010. -V. 66. - P. 125-132.

101. Kaczanowska, M. Ribosome biogenesis and the translation process in Escherichia coli / M. Kaczanowska, M. Ryden-Aulin // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2007. - V. 71. - p. 477-494.

102. Kadariya, J. Staphylococcus aureus and Staphylococcal Food-Borne Disease: An Ongoing Challenge in Public Health / J. Kadariya, T. C. Smith, D. Thapaliya // Biomed. Res. Int. - 2014. - 827965.

103. Kenerley, M.E., Characterization of hybrid plasmids carrying individual ribosomal ribonucleic acid transcription units of Escherichia coli / M. E. Kenerley. E. A. Morgan, L. Post, L. Lindahl, M. Nomura // J. Bacteriol. - 1977. - V. 132. - P. 931-949.

104. Khatter, H. Structure of the Human 80S Ribosome // H. Khatter, A. G. Myasnikov, S. K. Natchair, B. P. Klaholz // Nature. -2015. -V.520(7549), -P. 640-645.

105. Khawaja, A. Insights into mitoribosomal biogenesis from recent structural studies / A. Khawaja, M. Cipullo, A. Krüger, J. Rorbach // Trends in biochemical sciences. -2023. - V. 48 (7) - P. 629-641.

106. Khusainov, I. Structure of the 70S ribosome from human pathogen Staphylococcus aureus / I. Khusainov, Q. Vicens, A. Bochler, F. Grosse, A. Myasnikov, J.F. Ménétret, J. Chicher, S. Marzi, P. Romby, G. Yusupova, M. Yusupov, Y. Hashem // Nucleic Acids Res. - 2016. - V. 44 (21) - P. 10491-10504.

107. Khusainov, I. Structures and dynamics of hibernating ribosomes from Staphylococcus aureus mediated by intermolecular interactions of HPF. I. Khusainov, Q. Vicens, R. Ayupov, K. Usachev, A. Myasnikov, A. Simonetti, Sh. Validov, B. Kieffer, G. Yusupova, M. Yusupov, Y. Hashem. EMBO J. - 2017. - V. 36. - P. 20732087. doi: 10.15252/embj.201696105.

108. Kibbe, W.A. OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator / W.A. Kibbe // Nucleic Acids Res. -2007. -V. 35.

109. Kim, S. Structural changes during cysteine desulfurase CsdA and sulfur acceptor CsdE interactions provide insight into the trans-persulfuration / S. Kim, S.Y. Park // J Biol Chem. -2013. -V. 288(38). -P. 27172-27180.

110. Kim, H., Protein-guided RNA dynamics during early ribosome assembly / H. Kim, S. C. Abeysirigunawarden, K. Chen, M. Mayerle, K. Ragunathan, Z. Luthey-Schulten, T. Ha, S. A. Woodson // Nature. - 2014. - V. 506. - P. 334-338.

111. Kiss, A.,The number of rRNA genes in Escherichia coli / A. Kiss., B. Sain, P. Venetianer // FEBS Lett - 1977. - V. 79. - P. 77-79.

112. Kowalak, J.A. Beta-methylthio-aspartic acid: identification of a novel posttranslational modification in ribosomal protein S12 from Escherichia coli / J. A. Kowalak, K. A. Walsh // Protein Sci. - 1996. - V. 5. - P. 1625-1632.

113. Kratz, R.F. Molecular and cell biology for dummies / R.F. Kratz // John Wiley and sons inc. New Jersey. - 2009. - P. 20.

114. Kumari, R. Computational investigation of potent inhibitors against YsxC: structure-based pharmacophore modeling, molecular docking, molecular dynamics, and binding free energy / R. Kumari, R. Rathi, S. R. Pathak, V. Dalal // J. Biomol Struct Dyn. - 2023. - V. 41(3). - P. 930-941.

115. Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head

of bacteriophage T4 / U.K. Laemmli // Nature. - 1970. - V. 227. - P. 68-685.

170

116. Lahry, K. Alternative Role of RluD in the Fidelity of Translation Initiation in Escherichia coli / K. Lahry, A. Gopal, A.K. Sahu, C.N. Marbaniang, R.A. Shah, A. Mehta, U. Varshney // J. Mol. Biol. -2022. -V. 434. -P. 501-526

117. Lake, J.A. Ribosome structure determined by electron microscopy of Escherichia coli small subunits, large subunits and monomeric ribosomes / J.A. Lake // J Mol Biol. -1976. - V. 105. - P. 131-139.

118. Lake, J. A. Ribosome Evolution: The Structural Bases of Protein Synthesis in Archaebacteria, Eubacteria, and Eukaryotes / J.A. Lake // Prog. in Nucl. Ac. Res.and Mol. Biology. - 1983. - V. 30. - P. 163-194.

119. Lakhundi, S. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus: molecular characterization, evolution, and epidemiology / S. Lakhundi, K. Zhang // Clin. Microbiol. Rev. - 2018. - V. 31(4). - e00020-18.

120. Lansky, S. Crystallization and preliminary crystallographic analysis of Axe2, an acetylxylan esterase from Geobacillus stearothermophilus // Sh. Lansky, O. Alalouf, V. Solomon, A. Alhassid, L. Govada, N. E. Chayan, H. Belrhali, Y. Shohamb, G. Shohama // Strusctural Biology Communications. -2013. -V. 69. -P. 4. -P. 430-434.

121. Laurents, D. AlphaFold 2 and NMR spectroscopy: partners to understand protein structure, dynamics and function / D. Laurents // Front Mol Biosci . - 2022. - V. 9. - P. 906437

122. Lee, A. S. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus / A. S. Lee, H. de Lencastre, J. Garau, J. Kluytmans, S. Malhotra-Kumar, A. Peschel, S. Harbarth // Nat. Rev. Dis. Primers. - 2018. - V.4. - P. 18033.

123. Lejars, M. RNase III, Ribosome Biogenesis and Beyond / M. Lejars, A. Kobayashi, E. Hajnsdorf // Microorganisms. - 2021. - V. 9(12). - P. 2608.

124. Li. J. Ribosome assembly factor PNO1 is associated with progression and promotes tumorigenesis in triple-negative breast cancer / J. Li., L. Liu, Y. Chen, M. Wu, X. Lin, Zh. Shen, Y. Cheng, X. Chen, N. Weygant, X. Wu, L. Wei, T. J Sferra, Y. Han, X. Chen, A. Shen, A. Shen, J. Peng // Oncol Rep. - 2022. - V. 47(6). - P. 108.

125. Li, X. Electron counting and beam-induced motion correction enable near-

atomic-resolution single-particle cryo-EM / X. Li, P. Mooney, S. Zheng, C.R. Booth,

171

M.B. Braunfeld, S. Gubbens, D.A. Agard, Y. Cheng // Nat. Methods. - 2013. - V. 10 -P. 584-590.

126. Li, X. Structure of ribosomal silencing factor bound to Mycobacterium tuberculosis ribosome / X. Li, Q. Sun, C. Jiang, K. Yang, L. Hung, J. Zhang, J.C. Sacchettini // Structure. - 2015. -V. 23. -P. 1858-1865.

127. Li, Z. RNase G (CafA protein) and RNase E are both required for the 5' maturation of 16S ribosomal RNA / Z. Li, S. Pandit, M. P. Deutscher // EMBO J. -1999. -V. 18. - P. 2878-2885.

128. Lindahl, L. Two New Ribosomal Precursor Particles in E. coli / L. Lindahl // Nature New Biology. - 1973. - V. 243. - P. 170-172.

129. Linder, P. Dead-box proteins: A family affair - Active and passive players in RNP-remodeling / P. Linder // Nucleic Acids Res. - 2006. - V. 34. - P. 4168-4180.

130. Liu, Y. Near-atomic cryo-EM imaging of a small protein displayed on a designed scaffolding system / Y. Liu, Sh. Gonen, T. Gonen, T.O. Yeates // PNAS. - 2018. - V. 115 (13). - P. 3362-3367.

131. Lopez-Alonso, J. P. RsgA couples the maturation state of the 30S ribosomal decoding center to activation of its GTPase pocket / J. P. Lopez-Alonso, T. Kaminishi1, T. Kikuchi, Y. Hirata, I. Iturrioz, N. Dhimole, A. Schedlbauer, Y. Hase, S. Goto, D. Kurita, A. Muto, S Zhou, Ch. Naoe, D. J. Mills, D. Gil-Carton, Ch. Takemoto, H. Himeno, P. Fucini, S. R. Connell // Nucleic Acids Research. - 2017. - V. 45. - No. 11. -6945-6959.

132. Lovell, S.C. Structure validation by Ca geometry: y and Cß deviation / S.C. Lovell, I.W. Davis, W.B. Arendall III, P.I.W. de Bakker, Y.M. Word, V.G. Prisant, J.S. Richardson, D.C. Richardson // Proteins. - 2003. V. 50(3). P. 437-50.

133. Lost, I. A DEAD-box protein regulates ribosome assembly through control of ribosomal protein synthesis / I. Lost, C. // Nucleic Acids Res. -2019. -V. 47(15). -P.8193-8206.

134. Machnicka, M.A., MODOMICS: A database of RNA modification pathways / M. A. Machnicka, K. Milanowska, O. O. Oglou, E. Purta, M. Kurkowska, A. Olchowik, W.

Januszewski, S. Kalinowski, S. Dunin-Horkawicz, K. M. Rother, et al. // Nucleic Acids Res. - 2013. - V. 41, - D262-D267.

135. Maksimova, E. Protein assistants of small ribosomal subunit biogenesis in bacteria / E. Maksimova, O. Kravchenko, A.Korepanov, E. Stolboushkina // Microorganisms. -2022. -V. 10(4). -P. 747.

136. Martinez, K. A. Cytoplasmic pH response to acid stress in individual cells of Escherichia coli and Bacillus subtilis observed by fluorescence ratio imaging microscopy / K. A. Martinez, R. D. Kitko, J. P. Mershon, H. E. Adcox, K. A. Malek, M. B. Berkmen, J. L. Slonczewski // Appl Environ Microbiol. - 2012. - V. 78(10). - P. 3706-3714.

137. Mayer, M. P. The Hsp70-Chaperone Machines in Bacteria / M.p. Mayer // Front. Mol. Biosci. Sec. Protein Folding, Misfolding and Degradation. -2021. -V. 8.

138. McPherson, A. Part of Protein crystallization / A. McPherson, J.A. Gavira // Acta Cryst. -2014. -F. 70. -P. 2-20.

139. Mehraj, J Epidemiology of Staphylococcus aureus nasal carriage patterns in the community / J. Mehraj, W. Witte, M. K. Akmatov, F. Layer, G. Werner, G. Krause // Curr. Top. Microbiol. Immunol. - 2016. - V. 398. - P. 55-87

140. Melnikov, S. One core, two shells: bacterial and eukaryotic ribosomes / S. Melnikov, A. Ben-Shem, N. Garreau de Loubresse, L. Jenner, G. Yusupova & M. Yusupov // Nature Structural & Molecular Biology. - 2012. - V. 19. - P. 560-567.

141. Milazzo, A.C. Initial evaluation of a direct detection device detector for single particle cryo-electron microscopy / A.C. Milazzo, A. Cheng, A. Moeller, D. Lyumkis, E. Jacovetty, J. Polukas, M.H. Ellisman, N.H. Xuong, B. Carragher, C.S. Potter // J. Struct. Biol. - 2011. - V. 176 (3). - P. 404-408.

142. Mishra, S. Structures of Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in complex with HPF, tmRNA, and P-tRNA / S. Mishra, T. Ahmed, A. Tyagi, J. Shi, S. Bhushan // Nature, Scientific Reports. - 2018. - V. 8. - P. 13587.

143. Moore, P. B. The structural basis of large ribosomal subunit function / P. B. Moore, T.A. Steitz // Annu. Rev. Biochem. - 2003. - V. 72. - P. 813-850.

144. Moran, J. C. Mitoribosome Biogenesis / J. C. Moran, S. Del'Olio, A. Choi, H. Zhong, A. Barrientos // Protocol First Online. - 2023. - V. 12.

145. Mizushima, S. Assembly mapping of 30S ribosomal proteins from E. coli // S. Mizushima, M. Nomura // Nature. - 1970. V. - 226. - P. 1214-1218.

146. Mulder, A.M., Visualizing ribosome biogenesis: parallel assembly pathways for the 30S subunit / A. M. Mulder, C. Yoshioka, A. H. Beck, A. E. Bunner, R. A. Milligan, C. S. Potter, B. Carragher, J. R. Williamson // Science. - 2010. - V. 80 (330). - P. 673677.

147. Murata, K. Cryo-electron microscopy for structural analysis of dynamic biological macromolecules / K. Murata, M.Wolf // BBA General subjects. - 2018. - V. 1862. - P. 324-334.

148. Musco, G. Three-dimensional Structure and Stability of the KH Domain: Molecular Insights Into the Fragile X Syndrome / G. Musco, G. Stier, C. Joseph, M. A. Castiglione Morelli, M. Nilges, T. J. Gibson, A. Pastore // Cell. - 1996. - V. 85(2). - P. 237-245.

149. Nakane, T. Single-particle cryo-EM at atomic resolution / T.Nakane, A. Kotecha, A. Sente, G. McMullan, S. Masiulis, P. M. G. E. Brown, I. T. Grigoras, L. Malinauskaite, T. Malinauskas, J. Miehling, T. Uchanski, L. Yu, D. Karia, E. V. Pechnikova, E. de Jong, J. Keizer, M. Bischoff, J. McCormack, P. Tiemeijer, S. W. Hardwick, D. Y. Chirgadze, G. Murshudov, A. Radu Aricescu & S. H. W. Scheres // Nature. -2020. -V. 587. -P. 152-156.

150. Natchair, S. K. Visualization of Chemical Modifications in the Human 80S Ribosome Structure / S. K. Natchair, A. G. Myasnikov, H. Kratzat, I. Hazemann, B. P. Klaholz // Nature. - 2017. - V. 551 (7681), - P. 472-477.

151. Nesterchuk, M. V. Posttranslational modifications of ribosomal proteins in Escherichia coli / M. V. Nesterchuk, P. V. Sergiev, O. A. Dontsova // Acta Naturae. -2011. - V. 3. - P. 22-33.

152. Nierhaus, K. Total reconstitution of functionally active 50S ribosomal subunits from Escherichia coli / K. Nierhaus, F. Dohme // Proc. Natl.Acad. Sci. USA. - 1974. -71(12). - P. 4713-4717.

153. Nierhaus, K. H. The Assembly of the Prokaryotic Ribosome / K. H. Nierhaus // Biosystems. - 1980. - V. 12(3-4). - P. 273-282.

154. Nierhaus, K. H. Mg2+, K+, and the Ribosome / K.H. Nierhaus // J. of Bacteriology. - 2014, - V. 196. - P. 3817-3819.

155. Noller, H.F. Ribosomal RNA and translation / H. F. Noller // Annu. Rev. Biochem. - 1991. - V. 60. - P. 191-227.

156. Nomura, M. The assembly of ribosomes / M. Nomura, P. Traub, C. Guthrie, H. Nashimoto // J. Cell Physiol. - 1969. - V. 74. Suppl. 1. - P. 241.

157. Nonomura, Y. Structure of liver ribosomes studied by negative staining / Y. Nonomura, G. Blobel, D. Sabatini // JMB. - 1971. - V. 60(2). - P. 303-308.

158. Nord, S. The RimP protein is important for maturation of the 30S ribosomal subunit / S. Nord, G. O. Bylund, J. M. Lövgren, P. M. Wikström // J. Mol Biol. - 2009. - V. 386. - P. 742-753.

159. Ogle, J.M. and Ramakrishnan, V. Structural insights into translational fidelity / Annu. Rev. Biochem. - 2005. - V. 74. - P. 129-177.

160. Onyango, L. A. Adaptive metabolism in Staphylococci: survival and persistence in environmental and clinical settings / L. A. Onyango, M. M. Alreshidi // J Pathog. -2018. - 1092632.

161. Palade, G. A small particulate component of the cytoplasm / G.A. Palade // J. Biophys. Biochem. Cytol. - 1955. - V. 1, - P. 59-68.

162. Paul, B.J., rRNA transcription in Escherichia coli / B. J. Paul., W. Ross, T. Gaal, R. L. Gourse / Annu. Rev. Genet. - 2004. - V. 38. - P. 749-770.

163. Petrov, A. S. Secondary structure and domain architecture of the 23 S and 5S rRNAs / A.S. Petrov, C.R. Bernier, E. Hershkovits, Y. Xue, Ch.C. Waterbury, Ch. Hsiao, V. G. Stepanov, E. A. Gaucher, M. A. Grover, S.C. Harvey, N.V. Hud, R.M. Wartell, G.E. Fox, L.D.Williams // Nucleic Acids Research. -2013. -V. 41(15), -P. 7522-7535.

164. Pettersen, E.F. UCSF Chimera—A visualization system for exploratory research

and analysis / E.F. Pettersen, T.D. Goddard, C.C. Huang, G.S. Couch, D.M. Greenblatt,

E.C. Meng, T.E. Ferrin // J. Comput. Chem. - 2004. - V. 25. -P. 1605-1612.

175

165. Pietras, Z. Potential regulatory interactions of Escherichia coli RraA protein with DEAD-box helicases / Z. Pietras, S.W. Hardwick, S. Swiezewski, B.F. Luisi // J Biol Chem. - 2013. - V. 288(44). - P. 31919-29.

166. Pillet, B. Hold on to your friends: dedicated chaperones of ribosomal proteins / B. Pillet, V. Mitterer, D. Kressler, B. Pertschy // BioEssays. - 2016.

167. Pletnev, P. Comprehensive functional analysis of Escherichia coli ribosomal RNA methyltransferases / P. Pletnev, E. Guseva, A. Zanina, S. Evfratov, M. Dzama, V. Treshin, A. PogoreFskaya, I. Osterman, A. Golovina, M. Rubtsova, M. Serebryakova, O. V. Pobeguts, V. M. Govorun, A. A. Bogdanov, O. A. Dontsova, P. V. Sergiev // Front. Genet. Sec. RNA. - 2020. - V. 11.

168. Pletnev, P.I. Ribosomal protein S18 acetyltransferase RimI is responsible for the acetylation of elongation factor Tu / P. I. Pletnev, O. Shulenina, S. Evfratov, V. Treshin, M. F. Subach, M. V. Serebryakova, I. A. Osterman, A. Paleskava, A.A. Bogdanov, O.A. Dontsova, A. L. Konevega, P.V. Sergiev // JBC. -2022. -V. 298(5). -P. 101914.

169. Popova, A.M. Quantitative analysis of rRNA modifications using stable isotope labeling and mass spectrometry / A. M. Popova, J. R. Williamson // J. Am. Chem. Soc.

- 2014. - V. 136. V P. 2058-2069.

170. Powers, T. Dynamics of in vitro assembly of 16S rRNA into 30 S ribosomal subunits / T. Powers, G. Daubresse, H. F. Noller, H.F. // J. Mol. Biol. - 1993. - V. 232.

- P. 362-374.

171. Punjani, A. CryoSPARC: Algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination / A. Punjani, J.L. Rubinstein, D.J. Fleet, M.A. Brubaker // Nat. Methods.

- 2017. - V. 14. - P. 290-296.

172. Qin, B. Cryo-EM captures early ribosome assembly in action / B. Qin, S. M. Lauer, A. Balke, C. H. Vieira-Vieira, J. Bürger, T. Mielke, M. Selbach, P. Scheerer, C. M. T. Spahn, R. Nikolay // Nat. Commun. - 2023. - V. 14(1). - P. 898.

173. Ramakrishnan, V. Ribosome structure and the mechanism of translation / V. Ramakrishnan // Cell. - 2002. - V. 108. - P. 557-572.

174. Razi, A. The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly / A. Razi, A. Razia, A. Guarnéa, J. Ortega // PNAS. - 2017. - V. 114 (17). - E3396-E3403.

175. Rene, O. Late steps of ribosome assembly in E. coli are sensitive to a severe heat stress but are assisted by the HSP70 chaperone machine / O. René, J.-H. Alix // Nucleic Acids Res. -2011. -V. 39(5). -P. 1855-1867.

176. Rivera-Calzada, A. Editorial: Technical Advances in Cryo-Electron Microscopy / A. Rivera-Calzada, M. Carroni // Front. Mol. Biosci. - 2019. - V. 6. - N. 72.

177. Rodgers, M. L. A roadmap for rRNA folding and assembly during transcription / M. L. Rodgers, S. A. Woodson // Trends Biochem Sci. - 2021. -P. 46(11). - P.889-901.

178. Rodnina, M. V. The ribosome goes Nobel / M. V. Rodnina, W. Wintermeyer // Trends in Biochemical Sciences. Cell Press. - 2010. - V. 35. - I. 1. - P. 1-5.

179. Rohl, R. Assembly map of the large subunit (50S) of Escherichia coli ribosomes / R. Rohl, K. H. Nierhaus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1982. - V. 79. - P. 729-733.

180. Roy-Chaudhuri, B. Suppression of a cold-sensitive mutation in ribosomal protein S5 reveals a role for RimJ in ribosome biogenesis / B. Roy-Chaudhuri, N. Kirthi, T. Kelley, G. M. Culver // Mol. Microbiol. - 2008. - V. 68. - P. 1547- 59.

181. Rozanska, X.A. The human rna-binding protein rbfa promotes the maturation of the mitochondrial ribosome / X.A. Rozanska, R. Richter-Dennerlein, J. Rorbach, F. Gao, R. J. Lewis, Z. M. Chrzanowska-Lightowlers, R. N. Lightowlers // Biochem J. -2017. - V. 474(13). - P. 2145-2158. ISSN 1470-8728. doi: 10.1042/BCJ20170256

182. Rozov, A. Metal ions in the 70S ribosome structure: implications for the structure and structure solution / A. Rozov, K. El Omari, I. Khusainov, M. Yusupov, A. Wagner, G. Yusupova // Acta Cryst. - 2017 - A.73. - a.136.

183. Rubin, S. M. Solution Structure of a Putative Ribosome Binding Protein From Mycoplasma Pneumoniae and Comparison to a Distant Homolog / S. M. Rubin, J. G. Pelton, H. Yokota, R. Kim, D.E. Wemmer / J. Struct. Funct. Genomics. - 2003. - V. 4(4). - P. 235-43.

184. Saguy, M. Ribosomal protein S1 influences trans-translation in vitro and in vivo / M. Saguy, R. Gilet, P. Skorski, S. Hermann-Le Denmat, B. Felden // Nucleic Acids Res.

- 2007. - V. 35. - P. 2368-2376.

185. Samaha, R.R. Independent in vitro assembly of a ribonucleoprotein particle containing the 3' domain of 16S rRNA / R. R. Samaha, B. O'Brien, T. W. O'Brien, H. F. Noller // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1994. - V. 91. - P. 7884-7888.

186. Schedlbauer. A. A conserved rRNA switch is central to decoding site maturation on the small ribosomal subunit / A. Schedlbauer, I. Iturrioz , B. Ochoa-Lizarralde, T. Diercks, J. P. Lopez-Alonso, J. L. Lavin, T. Kaminishia, R. Capunia , N. Dhimole, E. de Astigarraga, D. Gil-Carton, P. Fucini, S. R. Connell // Sci. Adv. - 2021. - V. 7(23). - P. 1-10 (eabf7547).

187. Schluenzen, F. Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 angstroms resolution. / F. Schluenzen, A. Tocilj, R. Zarivach, J. Harms, M. Gluehmann, D. Janell, A. Bashan, H. Bartels, I. Agmon, F. Franceschi, et al. // Cell. - 2000. - V. 102. - P. 615-623.

188. Schrodinger, L.L.C. The PyMOL Molecular Graphics System. Version 1.8; PyMOL: Mannheim, Germany. - 2015.

189. Schumacher, M. A. Structures of the pleiotropic translational regulator Hfq and an Hfq-RNA complex: a bacterial Sm-like protein / M. A. Schumacher, R. F. Pearson, T M0ller, P. Valentin-Hansen, R. G Brennan // The EMBO Journal. -2002. -V. 21. -P.3546-3556.

190. Sergeeva, O.V. Ribosome: lessons of a molecular factory construction / O. V. Sergeeva, P. V. Sergiev, A. A. Bogdanov, O. A. Dontsova // Molecular biology. - 2014.

- V. 48. - N. 4. - P. 468-484.

191. Shajani, Z. Assembly of bacterial ribosomes / Z. Shajani, M. T. Sykes, J. R. Williamson // Annu Rev Biochem. - 2011. - V. 80. - P. 501-526.

192. Sharma, M.R., Interaction of Era with the 30S ribosomal subunit implications for 30S subunit assembly / M. R. Sharma, C. Barat, D. N. Wilson, T. M. Booth, M. Kawazoe, C. Hori-Takemoto, M. Shirouzu, S. Yokoyama, P. Fucini, R. K. Agrawal // Mol. Cell. - 2005 - V. 18. - P. 319 - 329.

193. Sharma, I. M. RbfA and IF3 couple ribosome biogenesis and translation initiation to increase stress tolerance / I. M. Sharma, S. A. Woodson // Nucleic Acids Research. -2020. - V. - 48. -N. 1. - P. 359-372.

194. Shen, Y. TALOS+: A hybrid method for predicting protein backbone torsion angles from NMR chemical shifts / Y. Shen, F. Delaglio, G. Cornilescu, B. Bax // J. Biomol. NMR. - 2009. - V. 44. - P. 213-223.

195. Shimokawa-Chiba, N. ResQ, a release factor-dependent ribosome rescue factor in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis / N. Shimokawa-Chiba, C. Muller, K. Fujiwara, B. Beckert, K. Ito, D. N. Wilson, S. Chiba // CHS Persp. biology. - 2019. -V. 8. - P. 1-14.

196. Sieber, G. Kinetic and Thermodynamic Parameters of the Assembly in Vitro of the Large Subunit From Escherichia Coli Ribosomes / G. Sieber, K. H. Nierhaus // Biochemistry. - 1978. - V. 17(17). - P. 3505-3511.

197. Sievers, F. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. / F. Sievers, A. Wilm, D. Dineen, T.J. Gibson, K. Karplus, W. Li, R. Lopez, H. McWilliam, M. Remmert, J. Söding // Mol. Syst. Biol. -2011. -V. 7. -P. 539.

198. Singh, J. Decoding the mechanism of specific RNA targeting by ribosomal methyltransferases / J. Singh, R. Raina, K.R. Vinothkumar, R. Anand // ACS Chem. Biol. -2022. -V. 17(4). -P. 829-839.

199. Steitz, T.A. A structural understanding of the dynamic ribosome machine / T. A. Steitz // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. - 2008. - V. 9. - P. 242-253.

200. Stephan, N. C. Structural basis of successive adenosine modifications by the conserved ribosomal methyltransferase KsgA / N.C. Stephan, A.B. Ries, D. Boehringer, N. Ban // Nucleic Acids Research. - 2021. - V. 49. - I. 11. - P. 6389-6398,

201. Strader, M. B. A coordinated proteomic approach for identifying proteins that interact with the E. coli ribosomal protein S12 / M. B. Strader, W. Judson Hervey 4th, N. Costantino, S. Fujigaki, C.Y. Chen, A. Akal-Strader, C.A Ihunnah, A. J Makusky, D. L Court, S. P Markey, J. A Kowalak // J Proteome Res. -2013. -V. 12(3). -P.1289-99.

202. Sulthana, S. Multiple exoribonucleases catalyze maturation of the 3' terminus of 16S ribosomal RNA (rRNA) / S. Sulthana, M. P. Deuther // J. Biol. Chem. - 2013. - V. 288. - P. 12574-12579.

203. Talkington, M. W. An assembly landscape for the 30S ribosomal subunit / M. W. Talkington, G. Siuzdak, J. R. Williamson // Nature. - 2005. - V. 438. - P. 628-632.

204. Tamaru, D. Reconstitution of 30S Ribosomal Subunits in Vitro Using Ribosome Biogenesis Factors / D. Tamaru, K. Amikura, Y. Shimizu, K. H. Nierhaus, T. Ueda // RNA. - 2018. - 24(11). - P. 1512-1519.

205. Tanner, N.K., The Q motif:a newly identified motif in DEAD box helicases may regulate ATP binding and hydrolysis / N. K. Tanner, O. Cordin, J. Banroques, M. Doere, P. Linder / Mol. Cell. - 2003. - V. 11. - P. 127-138.

206. Thomas, D. Diversity in Staphylococcus aureus enterotoxins / D. Thomas, S. Chou, O. Dauwalder, G. Lina // Chem. Immunol. Allergy. - 2007. - V. 93. - P. 24-41.

207. Thurlow, B.T. The role of assembly factors in 30S subunit biogenesis / B.T. Thrulow // PhD Thesis. McMaster University. - 2016a.

208. Thurlow, B. Binding properties of YjeQ (RsgA), RbfA, RimM and Era to assembly intermediates of the 30S subunit / B. Thurlow, J. H. Davis, V. Leong, T. F. Moraes, J. R. Williamson, J. Ortega // Nucleic Acids Res. - 2016b. - V. 44(20). - P. 9918-9932.

209. Treiber, D. Exposing the kinetic traps in RNA folding / D. Treiber, J. Williamson // Curr. Opin. Struct. Biol. - 1999. - V. 9. - P. 339-345.

210. Valente, R.S. The Trk Potassium Transporter Is Required for RsmB-Mediated Activation of Virulence in the Phytopathogen Pectobacterium wasabiae / R. S. Valente, K. B. Xavier // J Bacteriol. - 2015. - V. 198(2). - P. 248-55.

211. Valverde, R. Structure and function of KH domains / R. Valverde, L. Edwards, L. Regan // FEBS J. - 2008. - V. 275. - P. 2712-2726.

212. Varadi, M. AlphaFold Protein Structure Database: Massively expanding the

structural coverage of protein-sequence space with high-accuracy models / M. Varadi,

S. Anyango, M. Deshpande, S. Nair, C. Natassia, G. Yordanova, D. Yuan, O. Stroe, G.

Wood, A. Laydon, et al. // Nucleic Acids Res. - 2021. - V. 50. - P. 439-444.

180

213. Voet, D. Fundamentals of Biochemistry: Life at the Molecular Level / D. Voet, J. Voet, C. Pratt // John Wiley & Sons, Inc. - 2006.

214. Vranken, W.F. The CCPN data model for NMR spectroscopy: Development of a software pipeline / W.F. Wrabken, W. Boucher, T.J. Stevens, R.H. Fogh, A. Pajon, M. Llinas, E.L. Ulrich, J.L. Markley, J. Ionides, E.D. Laue // Proteins. - 2005. - V. 59. -P. 687-696.

215. Warner, B. R. Roles of the leader-trailer helix and antitermination complex in biogenesis of the 30S ribosomal subunit / B. R. Warner, R. Bundschuh, K. Fredrick // Nucleic Acids Res. - 2023. - V. 51(10). - P. 5242-5254.

216. Weiss, R. L. Cations and ribosome structure. I. Effects of the 30S subunit of substituting polyamines for magnesium ion / R. L. Weiss, D. R. Morris // Biochemistry.

- 1973. - V. 12(3). - P. 435-441.

217. Weitzmann, C.J. Chemical evidence for domain assembly of the Escherichia coli 30S ribosome // C. J. Weitzmann, P. R. Cunningham, K. Nurse, J. Ofengand // FASEB.

- 1993. - J. 7. - P. 177-180.

218. Williams, C.J. MolProbity: More and better reference data for improved all-atom structure validation / C.J. Williams, J.J. Headd, N.W. Moriarty, M.G. Prisant, L.L. Videau, L.N. Deis, V. Verma, D.A. Keedy, B.J. Hintze, V.B. Chen, et al. // Protein Sci.

- 2018. - V. 27. - P. 293-315.

219. Wilson, D.N. The weird and wonderful world of bacterial ribosome regulation / D.N. Wilson, K.H. Nierhaus // Crit Rev Biochem Mol Biol. - 2007. - V. 42. - P. 187219.

220. Wilson, D.N. Ribosome-targeting antibiotics and mechanisms of bacterial resistance / D.N. Wilson // Nat Rev Microbiol. -2014. - V. 12(1). -P. 35-48.

221. Wilson, J. Molecular biology of the cell. Sixth edition. The problems book / J. Wilson, T. Hint // Garland science. Taylor and Francis group. - 2015. - P.556.

222. Wimberly, B.T. Structure of the 30S ribosomal subunit / B. T. Wimberly, D. E. Brodersen, W.M Clemons Jr., R. J. Morgan-Warren, A. P. Carter, C. Vonrhein, T. Hartsch, V. Ramakrishnan // Nature. - 2000. - V. 407. - P. 327-339.

223. Woodson, S.A. RNA folding pathways and the self-assembly of ribosomes / S. A. Woodson // Acc. Chem. Res. - 2011. - V. 44, - P. 1312-1319.

224. Wu, X. Cryo-EM structure determination of small proteins by nanobody-binding scaffolds (Legobodies) / X. Wu, T. A. Rapoport // Biochemistry. - 2021. - V. 118(41). - P. e2115001118.

225. Wurm, J. P. Structural basis for the activation of the DEAD-box RNA helicase DbpA by the nascent ribosome / J. P. Wurm, K-A. Glowacz, R. Sprangers // Biophysics and computational biology. - 2021. -V. 118(35). -P. e2105961118.

226. Xia, B., The role of RbfA in 16S rRNA processing and cell growth at low temperature in Escherichia coli / B. Xia, H. Ke, U. Shinde, M. Inouye. J. Mol Biol. -2003. - V. 332. -P. 575-584.

227. Xu, L. Insights into the structure of dimeric RNA helicase CsdA and indispensable Role of its C-terminal regions / L. Xu, L. Wang, J. Peng, F. Li, L. Wu, B. Zhang, M. Lv, J. Zhang, Q. Gong, R. Zhang, X. Zuo, Zh. Zhang, J. Wu, Y. Tang, Y. Shi // Structure. -2017. -V. 25(12). -P. 1795-1808.

228. Yadav, M. The KH domain facilitates the substrate specificity and unwinding processivity of DDX43 helicase / M. Yadav, R.S.Singh, D. Hogan, V. Vidhyasagar, Sh. Yang, I. Y. W. Chung, A. Kusalik, O.Y. Dmitriev, M. Cygler, Y. Wu // JBC. - 2021. -V. 296. -100085.

229. Yang, Z. Structural insights into the assembly of the 30S ribosomal subunit in vivo: functional role of S5 and location of the 17S rRNA precursor sequence / Z. Yang, Q. Guo, S. Goto, Y. Chen, N. Li, K. Yan, Y. Zhang, A. Muto, H. Deng, H. Himeno et al / Protein Cell. - 2014. - V. 5. - P. 394-407.

230. Yip, K. M. Atomic-resolution protein structure determination by cryo-EM / K. M. Yip, N. Fischer, E. Paknia, A. Chari & H. Stark // Nature. - 2020. - V. 587. - P. 157161.

231. Yusupov, M.M. Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution / M.M. Yusupov, G.Z. Yusupova, A. Baucom, K. Lieberman, T. N. Earnest, J.H. Cate and H.F. Noller / Science. - 2001. - V. 292. - P. 883-896.

232. Zengel, J.M. Diverse mechanisms for regulating ribosomal protein synthesis in Escherichia coli / J. M. Zengel, L. Lindahl / Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. - 1994. - V. 47. - P. 331-370.

233. Zhu, K. Applications and prospects of cryo-EM in drug discovery / K. Zhu, Ch. Yuan, Y. Du, K. Sun, X. Zhang, H. Vogel, X. Jia, Y. Gao, Q. Zhang, D. Wang & H. Zhang // Military Medical Research. - 2023. -V. 10. -N. 10

ПРИЛОЖЕНИЕ А

Актуальная номенклатура белков малой субъединицы рибосомы

Названия белков малой субъединицы рибосомы

Цитопл, рибосома Нов. название** Распад ож-е * Старо Бактерии е н а з Дрожжи а н и е Человек Митох. риб. Нов. нэзв-е" Старое Млекоп. название дрожжи Рибосома хлоропл. Нов. иаз-е# Стар, нзз-е

bSI В m с S1 bSÍBI MRP528 MRP51 bSIc PPS)

US2 BAE m с S2 30 ЗА uS2m MRPS2 MRP4 U32c RP32

uS3 BAEmc S3 S3 S3 uS3m MRP524 VAR1 uS3c RPS3

uS4 BAE m с S4 S9 0 uS4m NAM0 uSte RPS4

uS5 BAEmc S5 63 S3 uS8n, MRPS5 WRPS5 uS5c RPS5

ш В me S6 — - l)36-n МЧР36 MRP17 ЬЗЁс RPSe

uS7 BAE me S7 S5 S5 u37m MRPS7 RSM7 uS7c RPS7

uS8 BAEmc SS S22 S1SA uSSm MRPS3 uS8c RPSa

uS9 BAE m с S9 S16 £16 uS9rr URPS9 WRP33 uS9c RPS9

uSIO BAEmc S10 320 S20 uSlüm MRPS1Ü RSM1C uSlöc RPS1D

US11 BAEmc S11 S14 SM uS11m MRPS11 MRP3T8 US11C RPS11

US12 BAEmc S12 S23 S23 US12111 MRPS12 MRPS12 US12I RPS12

uS13 BAEmc 513 S1B 513 uS13m - SW52 uS13c RPS13

US 14 BAE m с S14 5за 529 uSI4m MRPS14 MRP2 US14C RPS14

US15 BAEmc S1S 313 813 uS15m MRPS15 MRPS2B uSISc RPS15

bS1S В m с S16 - üsiem MRPS16 MRP51E csitc RPSIS

US17 BAEmc S17 S11 Sil uS1?m MRPS17 MRPS17 U317C RPS17

bS19 В m с S18 - - 6SlSm MRPsiac RSM18 bSiac RPS18

uS19 BAEmc S19 sis S1S uS19m RSM19 uS19û RPS19

bS20 Bc $20 - ■■ — bS20t RPS2D

bS2l В m с S21 m § bS21m MRPS21 MRP21 Ь32Тс RP321

ЬТНХ Bc ТНХ - - - ЬТН*С PSRP4

eS1 AE ST 33ft - -

eS4 AE S4 S4

e$6 AE se se - -

eS7 E Б7 57 -

eSB AE - sa se - -

eS10 E S TÚ S10 I » -

ftS12 E atî 312 - -

&S17 AE - 517 S17 - - - -

eSt9 AE sra S19 - -

eS21 E 331 S21 —

eS24 AE 324 524 -

eS25 AE S3E S25

eS26 E S25 S26 -

eS27 AE S27 S27

eS28 AE L 32a S2S ¡-t. -

eS30 AE 330 330

eS31 AE - S31 S27A - -

RACK1 E - Aecl RACK1 - - -

- m m m m m m m m m m ni m m m m m m m - - -- (П522 m 323 m 825 m 526 mS27 m329 IDAP3)' m 531 mS33 mS34 mS35 mS37 m 533 №339 IT1S40 mS4t mS42 mS43 mS44 mS45 mSM mS47 MRPS22 MRPS23 MRP525 MRP525 MRPS27 MRPS29. DAP3 MRP531 MRPS33 MRPS34 МЯР335 MRPS37. CHCHD1 MRPS38. AURKAI PI MRPS39. PTCQ3 URPS1SB R5M25 PET123 RSM23 RSM27 HSW34 MRP1D CÜX24 FYV4 RSM26 HRP1 MRP13 MRPS35 RSM2S EHD3 -

с - CS22 PSRP2

с CS23 PSRP3

Рисунок А.1 - Актуальная номенклатура белков малой субъединицы рибосомы. Буквами обозначены: B - бактерии, A - археи, E - эукариоты, b - бактериальный,

e - эукариотический, u - универсальный, m - митохондриальный, с - хлоропластный. # - b, e, u, m, c. * - B, A, E, m, c. Альтернативные названия в скобках могут оставаться в употреблении, поскольку белок выполняет установленную внерибосомную функцию [адаптировано из Ban et al., 2014,

с изменениями] 184