Анализ трансренальной ДНК как новый подход к диагностике злокачественных новообразований тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.01.12, кандидат биологических наук Ботезату, Ирина Викторовна

• Ботезату, Ирина Викторовна
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Ботезату, Ирина Викторовна

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Генетическая и эпигенетическая составляющие 11 канцерогенеза

1.2. Маркеры - наиболее типичные генетические дефекты

1.3. Белки-маркеры и ДНК-маркеры: сопоставление

1.4. Циркуляция ДНК в организме

1.5. Клинические объекты и цели

1.6. Практические применения и специфические проблемы

1.7. ДНК-маркеры и возможности скрининга

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Эксперименты на лабораторных животных

2.2. Клинические эксперименты

2.3. Молекулярные методы 34 Детекция У-специфических последовательностей 34 (стандартная и «гнездная» ПЦР)

Детекция микросателлитных последовательностей

Детекция мутаций К-МБ методом ЯТЬР («обогащенная»

ПЦР)

Детекция мутаций К-&4Я методом 88СР

Детекция мутаций К-/Ш методом секвенирования по

Сэнгеру

Метод гибридизации-элонгации фрагментов ДНК

Плавление ДНК: «закрытый» и «открытый» формат

Пост-амплификационная оптимизация условий плавления 41 ДНК

Иммобилизация полинуклеотидов на магнитных гранулах

Плавление ДНК в режиме высокого разрешения (Н1ША)

3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

3.1. Обнаружение трансренальной ДНК

3.1.1. ДНК преодолевает почечный барьер грызунов

3.1.2. ДНК преодолевает почечный барьер человека

3.2. Трансренальная ДНК как объект генодиагностики

3.2.1. Анализ микросателлитных последовательностей

3.2.2. Выявление мутаций К -МБ в трансренальной ДНК

3.3. Разработка новых методических приемов

3.3.1. Шаблон-опосредованная ПЦР

3.3.2. Метод гибридизации-элонгации фрагментов ДНК 60 3.3.3 Сканирование мутаций методом плавления ДНК:

применение «открытого формата»

Переменные, влияющие на плавление ДНК

Размер ампликона и позиция неспаренного основания

Сканирование мутаций К-МБ («открытый формат»)

Сопоставление приборов ¡С>5 и СБХ96

3.3.4. Мутации К-ЯАЯ в ДНК клинических образцов: 80 сопоставление методов обнаружения

4. ОБСУЖДЕНИЕ

Трансренальная ДНК как разновидность циркулирующей

Мутации в ДНК опухоли и в циркулирующей ДНК

Методические проблемы и пути их преодоления 97 ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ш

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ:

ГИТЦ - гуанидинизотиоцианат

д^к _ дезоксирибонуклеиновая кислота

кда - килодальтон

кДНК - комплементарная ДНК

дцр - лигазная цепная реакция

миРНК - микроРНК

мкг - микрограмм

мкл - микролитр

мРНК - информационная РНК

нг - нанограмм

ОТ-ПЦР - обратная транскрипция-полимеразная цепная реакция

ПААГ - полиакриламидный гель

п.о. - пара оснований

ПЦР - полимеразная цепная реакция

ПЦр.рВ - ПЦР в реальном времени

РНК - рибонуклеиновая кислота

т.п.о. - тысячи пар оснований

УЗИ - ультразвуковое исследование

уф - ультрафиолет

С - threshold cycle (пороговый цикл в ПЦР в реальном

времени)

dNTP - deoxyribonucleotide triphosphates

(дезоксирибонуклеозидтрифосфаты) HRMA - high resolution melting analysis (анализ плавления ДНК в

режиме высокого разрешения) LOH - Loss of Heterozygocity (потеря гетерозиготности)

MASA - mutant allele specific amplification (специфическая

амплификация мутантного аллеля)

MW

REMS PCR

RFLP

PNA RFU

-d(RFU)/dT

SAP SDS SSCP

Год-полимераза

TdT

Tm

UDG

wt

молекулярный вес

Restriction-endonuclease-mediated selective PCR (ПЦР с

применением рестриктазной обработки)

restriction fragment length polymorphism (полиморфизм

длин рестрикционных фрагментов)

peptide nucleic acids (пептидные нуклеиновые кислоты)

relative fluorescence units (относительные единицы

флуоресценции)

пик плавления (отрицательная первая производная зависимости флуоресценции от температуры) serum amyloid Р component (белок сыворотки крови) sodium dodecyl sulphate (додецилсульфат натрия) single strand conformation polymorphism (конформационный полиморфизм одноцепочечных фрагментов)

термостабильная ДНК-полимераза, выделенная из бактерии Thermus aquaticus

Terminal Deoxynucleotidyl Transferase (терминальная

дезоксинуклеотидилтрансфераза)

температура плавления ДНК

Uracil-DNA Glycosylase (урацил ДНК гликозилаза) wild type (дикий тип)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ трансренальной ДНК как новый подход к диагностике злокачественных новообразований»

ВВЕДЕНИЕ

Канцерогенез - длительный многоступенчатый процесс накопления в клетке дефектов генов, ответственных за деление, репарацию ДНК и апоптоз. Во многих случаях известна функция этих генов как в норме, так и при патологии, возникающей как следствие их повреждения и проявляющейся в «асоциальном» поведении клетки. Прогресс, достигнутый в последние годы в выяснении механизмов канцерогенеза, позволяет рассматривать некоторые из генетических дефектов в прикладном аспекте, - не как факторы патогенеза, а как опухолевые маркеры, - и использовать это обстоятельство в диагностических целях. Так, обнаружение мутантных аллелей в биологических жидкостях организма, т.е. «на удалении» от опухолевого очага, может сигнализировать об онкологическом процессе. Генетические дефекты - новый класс опухолевых маркеров, обладающих большим диагностическим потенциалом. Их отличие от известных и используемых в клинике маркерных белков (альфа-фетопротеин и др.) - онкоспецифичность (т.е., непосредственная, причинно-следственная, а не косвенная связь с канцерогенезом) и универсальность (нет опухолевой клетки без того или иного генетического дефекта). Выявление ДНК-маркеров может служить разным целям: как собственно диагностики, так и мониторинга роста опухоли (т.е., оценки эффективности лечения, своевременного обнаружения рецидива или метастаза), а также, в перспективе, скрининга (выявления процесса на доклинической его стадии, формирования групп риска).

Апоптоз (или программируемая клеточная гибель) - фундаментальный биологический феномен. В результате распада образуются апоптотические тельца, фагоцитируемые макрофагами и окружающими клетками. На ранних этапах апоптоза клеточная ДНК подвергается распаду с формированием нуклеосом и их олигомеров. Принимая во внимание тот факт, что в организме взрослого человека ежесуточно погибает около 1011 клеток, количество высвобождаемой во внеклеточную среду ДНК может достигать 1 г. Большая

часть этой массы распадается до кислоторастворимых продуктов и реутилизируется, а меньшая оказывается в кровотоке.

Присутствие ДНК в сыворотке было продемонстрировано в ряде ранних работ [44,77,103,120]. Концентрация ДНК в сыворотке отражает интенсивность клеточной гибели в организме и существенно повышается при ряде патологических процессов, включая онкологические заболевания [2, 44, 77, 120]. Поскольку опухоли обычно слабо васкуляризированы, то распад входящих в их состав клеток весьма вероятен, чему есть много экспериментальных свидетельств [55,76,120,145]. Принципиально важным является то обстоятельство, что ДНК, выделенная из плазмы или сыворотки крови, пригодна для ПЦР; она сохраняет полимерную форму и матричные функции. Две группы исследователей [55, 145] обнаружили в ДНК крови (сыворотке и плазме) характерные изменения микросателлитных последовательностей (потерю гетерозиготности, LOH), аналогичные тем, что присутствовали в опухолевой ткани (рак легких, головы и шеи) тех же больных. Эти данные свидетельствуют о том, что часть ДНК гибнущих клеток избегает фагоцитоза и циркулирует в кровотоке в полимерной форме, позволяющей проводить ПЦР.

К аналогичным выводам пришли и другие авторы, которые, сопоставляя ДНК опухоли с циркулирующей в плазме ДНК, использовали иные опухолевые маркеры, в частности, мутации К-RAS при раке толстой кишки и поджелудочной железы [113, 162, 174, 202], мутации ТР53 при многих формах рака [1,109], изменения микросателлитных локусов при немелкоклеточном раке легких [168], последовательности вируса Эпштейна-Барр при раке носоглотки [12 9, 130], аберрантное гиперметилирование промоторов генов-супрессоров при раке легких, печени, простаты, молочной железы и других локализаций [3,9,13-18,73,132,200]. О появлении в плазме крови ДНК гибнущих клеток можно судить также по обнаружению специфических последовательностей плода в циркулирующей ДНК

беременных женщин [121,128,131].

Возникает вопрос относительно дальнейшей судьбы внеклеточной ДНК в кровеносном русле. По всей видимости, она подвергается дальнейшей деградации и экскретируется с мочой. В этом случае особое значение имеют размеры экскретируемых продуктов (основания, моно- или олигонуклеотиды, полинуклеотиды). Имеется в виду возможность использования мочи в качестве источника ДНК, происходящей из внутренней среды организма. Благодаря неинвазивности и легкодоступности такая «трансренальная» (т.е., преодолевшая почечный барьер) ДНК могла бы оказаться предпочтительной альтернативой циркулирующей ДНК плазмы при выявлении генетических опухолевых маркеров.

Цель работы: исследование возможности использования трансренальной ДНК как неинвазивного способа генодиагностики рака; разработка новых методов выявления мутантных аллелей «раково-ассоциированных» генов. Задачи работы:

1. На модели экспериментальных животных исследовать:

а) метаболическую судьбу ДНК гибнущих клеток;

б) возможность использования трансренальной ДНК для ПНР-анализа.

2. На модели женщин-«химер» (женщин, вынашивающих мужской плод, и женщин-реципиентов мужской донорской крови) оценить:

а) проницаемость почечного барьера человека для циркулирующих полимерных фрагментов ДНК;

б) пригодность трансренальной ДНК человека для ПЦР.

3. У онкологических больных определить возможность выявления в трансренальной ДНК опухолевых генетических маркеров.

4. В методических исследованиях:

а) исследовать различные возможности повышения чувствительности ДЕК-диагностики;

б) разработать метод гибридизации-элонгации полинуклеотидов для вовлечения в ПЦР сверхмалых фрагментов циркулирующей ДНК;

в) оптимизировать метод плавления ДНК для сканирования мутаций в

коротких ампликонах.

Научная новизна. В экспериментах на животных с использованием радиоактивно меченных молекул прослежена судьба ДНК гибнущих клеток. Продолжение этих исследований на клиническом материале, - на модели женщин, в кровеносном русле которых циркулируют «мужские» последовательности (беременные, вынашивающие мужской плод, реципиенты крови от доноров-мужчин), - обнаружило их присутствие в ДНК мочи. Тем самым, впервые в мировой литературе показана проницаемость почечного барьера экспериментальных животных и человека по отношению к ДНК, достаточно полимерной для ее использования в качестве матрицы для полимеразной цепной реакции. Продемонстрирована возможность использовать «трансренальную» ДНК для генетического анализа. Практическое значение: разработан метод генодиагностики рака посредством анализа «трансренальной» ДНК. Его премущества по сравнению с анализом ДНК плазмы крови: неинвазивный характер, меньший риск инфицирования медицинского персонала, большая доступность получения биопробы, отсутствие сильных ингибиторов ПЦР. Разработан способ выделения ДНК из мочи и определены условия ее ПЦР-анализа. В ДНК мочи онкологических больных обнаружены мутантные последовательности К-ЯАБ. Разработан оригинальный метод гибридизации-элонгации фрагментированных ДНК, составляющих основную массу циркулирующей ДНК. По данным ПЦР в реальном времени, этот метод существенно повышает чувствительность генодиагностического анализа. Посредством предложенного нами «открытого формата» плавления ДНК удалось, во-первых, ввести в круг пригодных для мутационного сканирования оборудование относительно «низкого» уровня, менее дорогостоящее и более широко распространенное, и, во-вторых,

значительно повысить чувствительность детекции мутантного К-ЯА8, чаете обнаруживаемого в опухолевой ткани. Выявление мутаций этого онкогена имеет большое значение, поскольку определяет прогноз заболевания и стратегию лечения больных колоректальным раком и немелкоклеточным раком легких. Поскольку чувствительность нашего метода превышает таковую секвенирования по Сэнгеру, его применение должно способствовать снижению ложноотрицательных результатов тестирования мутантного К-&4&

Заключение диссертации по теме «Онкология», Ботезату, Ирина Викторовна

выводы

1. Впервые показано, что фрагменты циркулирующей ДНК мононуклеоеомного размера способны преодолевать почечный барьер экспериментальных животных и человека.

2. Впервые показано, что трансренальная ДНК пригодна для неинвазивного генетического анализа методом ПЦР.

3. Впервые в трансренальной ДНК онкологических больных обнаружены опухолевые генетические маркеры.

4. Разработан метод «шаблон»-опосредованной ПЦР, позволяющий избирательно расщеплять аллели дикого типа в клинических пробах ДНК для обогащения мутантного аллеля гена К -RAS. Показано, что предварительная рестриктазная обработка высокополимерной ДНК повышает эффективность ПЦР-амплификации и дискриминации нормальных и мутантных аллелей.

5. Разработан метод гибридизации-элонгации фрагментов циркулирующей ДНК, позволяющий вовлекать в ПЦР-анализ короткие последовательности-мишени, что повышает чувствительность ДНК-диагностики опухолевого роста.

6. Разработан «открытый формат» плавления ампликонов для сканирования мутаций гена К-7Ш. Метод позволяет повысить чувствительность выявления мутантных аллелей, а также использовать для плавления в режиме высокого разрешения (High Resolution Melting Analysis, HRMA) как дорогостоящие приборы с модулем HRMA, так и стандартные приборы ПЦР-РВ.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Ботезату, Ирина Викторовна, 2012 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Бартновский, А.Е. Методические особенности ПЦР-анализа гена р53 в ДНК плазмы и клеток крови онкологических больных / А.Е.Бартновский, А.С.Белохвостов, А.А.Абрамов // Клин. лаб. диагн. — 2003.—Т. 11. —С. 19-23.

2. Белохвостов, А.С. Роль молекулярно-генетических исследований в диагностике солидных опухолей / А.С.Белохвостов, А.А.Новик // Вопросы онкологии. — 1999. — Т. 45, № 6._С. 599-606.

3. Брызгунова, О.Е. Methylation-specific sequencing of GSTP1 gene promoter in circulating/extracellular DNA from blood and urine of healthy donors and prostate cancer patients / О.Е.Брызгунова, Е.С.Морозкин, С.В.Ярмощук // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2008. — Vol. 1137. — P. 222-225.

4. Брызгунова, О.Е. Isolation and comparative study of cell-free nucleic acids from human urine / О.Е.Брызгунова, Т.Э.Скворцова, Е.В.Колесникова // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2006. — Vol. 1075. — P. 334-340.

5. Черепанова, A.B. Deoxyribonuclease activity and circulating DNA concentration in blood plasma of patients with prostate tumors / А.В.Черепанова, С.Н.Тамкович, О.Е. Брызгунова // Ann. N. Y. Acad. Sci.

— 2008. — Vol. 1137. — P. 218-221.

6. Янов, Ю.К. Молекулярно-генетические маркеры опухоли и их анализ для диагностики и терапии онкологических больных / Ю.К.Янов, А.А.Новик, А.С.Белохвостов // Клиническая медицина. — 1999._Т. 11.

— С. 4-9.

7. Лактионов, П.П. Extracellular circulating nucleic acids in human plasma in health and disease / П.П.Лактионов, С.Н.Тамкович, Е.Ю.Рыкова // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. — 2004. — Vol. 23._P. 879-883.

8. Лактионов, П.П. Cell-surface-bound nucleic acids: Free and cell-surface-bound nucleic acids in blood of healthy donors and breast cancer patients /

П.П.Лактионов, С.Н.Тамкович, Е.Ю.Рыкова // Ann. N. Y. Acad. Sci. _

2004. — Vol. 1022. — P. 221-227.

9. Лихтенштейн, A.B. Метилирование ДНК и канцерогенез /

A.В.Лихтенштейн, Н.П.Киселева // Биохимия. — 2001. — Т. 66, № 3._

С. 293-317.

10. Лихтенштейн, А.В. Генетические дефекты как маркеры опухолевого

роста / А.В.Лихтенштейн, Г.И.Потапова // Молекулярная биология._

2003. — Т. 37, № 2. — С. 181-193.

11. Морозкин, Е.С. Внеклеточная ДНК в культуре первичных и трансформированных клеток, инфицированных и не инфицированных микоплазмой / Е.С.Морозкин, В.Н.Сильников, Е.Ю.Рыкова // Бюллетень эксп. биол.мед. — 2009. — Т. 147, №1. — С. 63-65.

12. Шелепова, В.М. Молекулярные маркеры злокачественных опухолей /

B.М.Шелепова, З.Г.Кадагидзе, В.Е.Шевченко // Патологическая физиология и экспериментальная терапия. — 2008. — Т. 4._С. 2-5.

13. Пономарева, А.А. Анализ уровня метилирования гена RARp2 в циркулирующих ДНК крови у больных раком легкого как потенциального прогностического маркера / А.А.Пономарева, Е.Ю.Рыкова, Н.В.Чердынцева // Вопросы онкологии. — 2011. — Т. 57, №3. —С. 302-307.

14. Пономарева, A.A. RARbeta2 gene methylation level in the circulating DNA from blood of patients with lung cancer / А.А.Пономарева, Е.Ю.Рыкова, Н.В.Чердынцева // Eur. J. Cancer Prev. — 2011. — Vol. 20._P. 453-455.

15. Рыкова, Е.Ю. Циркулирующие внеклеточные ДНК и РНК крови в диагностике опухолей молочной железы / Е.Ю.Рыкова, Т.Э.Скворцова, А.Л.Хоффман // Биомед. химия. — 2008. — Т. 54, № 1. — С. 94-103.

16. Рыкова, Е.Ю. Investigation of tumor-derived extracellular DNA in blood of cancer patients by methylation-specific PCR / Е.Ю.Рыкова, Т.Э.Скворцова,

П.П.Лактионов // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids._2004. — Vol.

23,—P. 855-859.

17. Рыкова, Е.Ю. Methylation-based analysis of circulating DNA for breast tumor screening / Е.Ю.Рыкова, Г.А.Цветовская, Г.И.Сергеева // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2008. — Vol. 1137. — P. 232-235.

18. Скворцова, Т.Э. Cell-free and cell-bound circulating DNA in breast tumours: DNA quantification and analysis of tumour-related gene methylation / Т.Э.Скворцова, Е.Ю.Рыкова, С.Н.Тамкович // Br. J. Cancer. — 2006. — Vol. 94. —P. 1492-1495.

19. Тамкович, C.H. Активность дезоксирибонуклеаз в биологических жидкостях здоровых доноров и онкологических больных / С.Н.Тамкович, А.В.Черепанова, О.Е.Брызгунова // Бюллетень эксп. биол. мед. — 2008. —Т. 146, № 7. — С. 97-101.

20. Тамкович, C.H. Cell-surface-bound circulating DNA as a prognostic factor in lung cancer / С.Н.Тамкович, Н.В.Литвяков, О.Е.Брызгунова // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2008. — Vol. 1137. — P. 214-217.

21. Тамкович, C.H. Циркулирующие дезоксирибонуклеиновые кислоты крови и их использование в медицинской диагностике / С.Н.Тамкович, В.В.Власов, П.П.Лактионов // Молекулярная биология. — 2008,— Т. 42, № 1. —С. 12-23.

22. Власов, В.В. Extracellular nucleic acids / В.В.Власов, П.П.Лактионов, Е.Ю.Рыкова // Bioessays. — 2007. — Vol. 29, № 7. _ p. 654-667.

23. Власов, В.В. Circulating nucleic acids as a potential source for cancer biomarkers / В.В.Власов, П.П.Лактионов, Е.Ю.Рыкова // Curr. Mol. Med.

— 2010. —Vol. 10, №2. —P. 142-165.

24. Abelev, G.I. Production of embryonal serum alpha-globulin by hepatomas: review of experimental and clinical data / G.I.Abelev // Cancer Res. — 1968.

— Vol. 28. —P. 1344-1350.

25. Abelev, G.I. Cellular aspects of alpha-fetoprotein reexpression in tumors / G.I.Abelev, T.L.Eraiser // Semin. Cancer Biol. — 1999. — Vol. 9. — P. 95107.

26. Abelev, G.I. Tumor markers. Introduction / G.I.Abelev, S.Sell // Semin. Cancer Biol. — 1999. — Vol. 9. — P. 61-65.

27. Ahrendt, S.A. Molecular detection of tumor cells in bronchoalveolar lavage fluid from patients with early stage lung cancer / S.A.Ahrendt, J.T.Chow, L.H.Xu // J. Natl. Cancer Inst. — 1999. — Vol. 91._P. 332-339.

28. A1 Yatama, M.K. Detection of Y chromosome-specific DNA in the plasma and urine of pregnant women using nested polymerase chain reaction / M.K.A1 Yatama, A.S.Mustafa, S.Ali // Prenat. Diagn. — 2001. — Vol. 21. — P. 399-402.

29. Anker, P. Quantitative aspects of plasma/serum DNA in cancer patients / P.Anker // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2000. — Vol. 906. — P. 5-7.

30. Anker, P. Circulating nucleic acids in plasma and serum as a noninvasive investigation for cancer: time for large-scale clinical studies? / P.Anker, H.Mulcahy, M.Stroun // Int. J. Cancer. — 2003. — Vol. 103. — P. 149-152.

31. Baranwal, S. miRNA control of tumor cell invasion and metastasis / S.Baranwal, S.K.Alahari // Int. J Cancer. — 2009. — Vol. 126. — P. 12831290.

32. Barany, F. The ligase chain reaction in a PCR world / F.Barany // PCR Methods Appl. — 1991. — Vol. 1. — P. 5-16.

33. Baylin, S.B. Alterations in DNA methylation: a fundamental aspect of neoplasia / S.B.Baylin, J.G.Herman, J.R.Graff// Adv. Cancer Res. — 1998. — Vol. 72. —P. 141-196.

34. Behn, M. Sensitive detection of p53 gene mutations by a 'mutant enriched' PCR-SSCP technique / M.Behn, M.Schuermann // Nucleic Acids Res. — 1998. —Vol. 26, —P. 1356-1358.

35. Bevilacqua, R.A. The use of genetic instability as a clinical tool for cancer diagnosis / R.A.Bevilacqua, D.N.Nunes, M.Stroun // Semin. Cancer Biol. — 1998. — Vol. 8. — P. 447-453.

36. Bianchi, D.W. Isolation of fetal DNA from nucleated erythrocytes in maternal blood / D.W.Bianchi, A.F.Flint, M.F.Pizzimenti // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. — 1990. — Vol. 87. — P. 3279-3283.

37. Bianchi, D.W. Male fetal progenitor cells persist in maternal blood for as long as 27 years postpartum / D.W.Bianchi, G.K.Zickwolf, G.J.Weil // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. — 1996. — Vol. 93. — P. 705-708.

38. Bickerstaff, M.C. Serum amyloid P component controls chromatin degradation and prevents antinuclear autoimmunity / M.C.Bickerstaff, M.Botto, W.L.Hutchinson // Nat Med. — 1999. — Vol. 5._P. 694-697.

39. Bird, A. Perceptions of epigenetics / A.Bird // Nature. — 2007. — Vol. 447. — P. 396-398.

40. Bird, A.P. Methylation-induced repression-belts, braces, and chromatin / A.P.Bird, A.P.Wolffe // Cell. — 1999. — Vol. 99. — P. 451-454.

41. Bonner, T.I. Reduction in the rate of DNA reassociation by sequence divergence / T.I.Bonner, D.J.Brenner, B.R.Neufeld // J Mol Biol. — 1973. — Vol. 81. —P. 123-135.

42. Botezatu, I. Genetic analysis of DNA excreted in urine: a new approach for detecting specific genomic DNA sequences from cells dying in an organism / I.Botezatu, O.Serdyuk, G.Potapova // Clin. Chem. — 2000. — Vol. 46. — P. 1078-1084.

43. Boyle, J.O. Gene mutations in saliva as molecular markers for head and neck squamous cell carcinomas / J.O.Boyle, L.Mao, J.A.Brennan // Am. J. Surg. — 1994. —Vol. 168. —P. 429-432.

44. Bret, L. Quantitation of blood plasma DNA as an index of in vivo cytotoxicity / L.Bret, J.Lule, C.Alary // Toxicology. — 1990. — Vol. 61. — P. 283-292.

45. Britten, R.J. Analysis of repeating DNA sequences by reassociation / R.J.Britten, D.E.Graham, B.R.Neufeld // Methods Enzymol. — 1974. — Vol. 29. —P. 363-418.

46. Britten, R.J. Repeated sequences in DNA. Hundreds of thousands of copies of DNA sequences have been incorporated into the genomes of higher organisms / R.J.Britten, D.E.Kohne // Science. — 1968. — Vol. 161. — P. 529-540.

47. Burchill, S.A. Molecular detection of low-level disease in patients with cancer / S.A.Burchill, P.J.Selby // J Pathol. — 2000. — Vol. 190. — P. 6-14.

48. Butler, P.J. Pentraxin-chromatin interactions: serum amyloid P component specifically displaces Hl-type histones and solubilizes native long chromatin / P.J.Butler, G.A.Tennent, M.B.Pepys // J Exp. Med. — 1990. — Vol. 172. — P. 13-18.

49. Capon, D.J. Activation of Ki-ras2 gene in human colon and lung carcinomas by two different point mutations / D.J.Capon, P.H.Seeburg, J.P.McGrath // Nature. — 1983.-—Vol. 304. —P. 507-513.

50. Carthew, R.W. Origins and Mechanisms of miRNAs and siRNAs / R.W.Carthew, E.J.Sontheimer// Cell. — 2009. — Vol. 136. — P. 642-655.

51. Chan, A.K. Cell-free nucleic acids in plasma, serum and urine: a new tool in molecular diagnosis / A.K.Chan, R.W.Chiu, Y.M.Lo // Ann. Clin. Biochem. — 2003. — Vol. 40. — P. 122-130.

52. Chan, K.C.A. Molecular Characterization of Circulating EBV DNA in the Plasma of Nasopharyngeal Carcinoma and Lymphoma Patients / K.C.A. Chan, J.Zhang, A.T.C.Chan // Cancer Res. — 2003. — Vol. 63. — P. 2028.

53. Chen, X. Detecting tumor-related alterations in plasma or serum DNA of patients diagnosed with breast cancer / X.Chen, H.Bonnefoi, S.Diebold-Berger // Clin. Cancer Res. — 1999. — Vol. 5._P. 2297-2303.

54. Chen, X.Q. Telomerase RNA as a detection marker in the serum of breast cancer patients / X.Q.Chen, H.Bonnefoi, M.F.Pelte // Clin. Cancer Res. — 2000. — Vol. 6. — P. 3823-3826.

55. Chen, X.Q. Microsatellite alterations in plasma DNA of small cell lung cancer patients / X.Q.Chen, M.Stroun, J.L.Magnenat // Nat. Med. — 1996. — Vol. 2. —P. 1033-1035.

56. Chen, Z. Analysis of cancer mutation signatures in blood by a novel ultrasensitive assay: monitoring of therapy or recurrence in non-metastatic breast cancer / Z.Chen, J.Feng, C.H.Buzin // PLoS. One. — 2009. — Vol. 4. — P. e7220.

57. Chiu, R.W. Quantitative analysis of circulating mitochondrial DNA in plasma

/ R.W.Chiu, L.Y.Chan, N.Y.Lam // Clin Chem. — 2003. — Vol. 49. — P. 719-726.

58. Chiu, R.W. Effects of blood-processing protocols on fetal and total DNA quantification in maternal plasma / R.W.Chiu, L.L.Poon, T.K.Lau // Clin. Chem. — 2001. — Vol. 47. — P. 1607-1613.

59. Cortez, M.A. MicroRNA identification in plasma and serum: a new tool to diagnose and monitor diseases / M.A.Cortez, G.A.Calin // Expert. Opin. Biol. Ther. — 2009. — Vol. 9. — P. 703-711.

60. Costello, J.F. Aberrant CpG-island methylation has non-random and tumour-type-specific patterns / J.F.Costello, M.C.Fruhwald, D.J.Smiraglia // Nat. Genet. — 2000. — Vol. 24. — P. 132-138.

61. Croce , C.M. Causes and consequences of microRNA dysregulation in cancer / C.M.Croce // Nat Rev Genet. — 2009. — Vol. 10._P. 704-714.

62. Dabritz, J.Detection of Ki-ras mutations in tissue and plasma samples of patients with pancreatic cancer using PNA-mediated PCR clamping and hybridisation probes / J.Dabritz, J.Hanfler, R.Preston // Br. J. Cancer. — 2005. — Vol. 92. — P. 405-412.

63. Dasi, F. Real-time quantification in plasma of human telomerase reverse transcriptase (hTERT) mRNA: a simple blood test to monitor disease in cancer patients / F.Dasi, S.Lledo, E.Garcia—Granero // Lab Invest. — 2001.

— Vol. 81.—P. 767-769.

64. de Kok, J.B. Detection of tumour DNA in serum of colorectal cancer patients / J.B.de Kok, W.W.van Solinge, T.J.Ruers // Scand. J. Clin. Lab Invest. — 1997. — Vol. 57. — P. 601-604.

65. DePinho, R.A. The age of cancer / R.A.DePinho // Nature. — 2000. — Vol. 408. —P. 248-254.

66. Deschoolmeester, V. KRAS mutation detection and prognostic potential in sporadic colorectal cancer using high-resolution melting analysis / V.Deschoolmeester, C.Boeckx, M.Baay // Br J Cancer. — 2010. — Vol. 103.

— P. 1627-1636.

67. Diehl, F. Circulating mutant DNA to assess tumor dynamics / F.Diehl, K.Schmidt, M.A.Choti //Nat Med. — 2008. — Vol. 14. — P. 985-990.

68. Dominguez, G. pl4ARF promoter hypermethylation in plasma DNA as an indicator of disease recurrence in bladder cancer patients / G.Dominguez, J.Carballido, J.Silva // Clin Cancer Res. — 2002. — Vol. 8. — P. 980-985.

69. Edwards, P.A. Metastasis: the role of chance in malignancy / P.A.Edwards // Nature. — 2002. — Vol. 419. — P. 559-560.

70. Eisenberger, C.F. Diagnosis of renal cancer by molecular urinalysis / C.F.Eisenberger, M.Schoenberg, C.Enger // J. Natl. Cancer Inst. — 1999. — Vol. 91. —P. 2028-2032.

71. Erali, M. High resolution melting analysis for gene scanning / M.Erali, C.T.Wittwer//Methods. — 2010. — Vol. 50. —P. 250-261.

72. Esteller, M. Cancer epigenetics and methylation / M.Esteller, M.F.Fraga, M.F.Paz // Science. — 2002. — Vol. 297. — P. 1807-1808.

73. Esteller, M. Detection of aberrant promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in serum DNA from non-small cell lung cancer patients /

M.Esteller, M.Sanchez-Cespedes, R.Rosell // Cancer Res. — 1999. — Vol. 59.—P. 67-70.

74. Esteller, M. A Gene Hypermethylation Profile of Human Cancer / M.Esteller, P.G.Corn, S.B.Baylin // Cancer Res. — 2001. — Vol. 61. — P. 3225-3229.

75. Fiegl, H. Circulating Tumor-Specific DNA: A Marker for Monitoring Efficacy of Adjuvant Therapy in Cancer Patients / H.Fiegl, S.Millinger, E.Mueller-Holzner // Cancer Res. — 2005. — Vol. 65. — P. 1141-1145.

76. Fournie, G.J. Plasma DNA as a marker of cancerous cell death. Investigations in patients suffering from lung cancer and in nude mice bearing human tumours / G.J.Fournie, J.P.Courtin, F.Laval // Cancer Lett. — 1995. — Vol. 91. —P. 221-227.

77. Fournie, G.J. Plasma DNA as cell death marker in elderly patients / G.J.Fournie, F.Martres, J.P.Pourrat // Gerontology. — 1993. — Vol. 39. — P. 215-221.

78. Garcia, J.M. Heterogeneous tumor clones as an explanation of discordance between plasma DNA and tumor DNA alterations / J.M.Garcia, J.M.Silva, G.Dominguez // Genes Chromosomes. Cancer. — 2001. — Vol. 31. — P. 300-301.

79. Gautschi, O. Circulating deoxyribonucleic Acid as prognostic marker in non-small-cell lung cancer patients undergoing chemotherapy / O.Gautschi, C.Bigosch, B.Huegli // J Clin. Oncol. — 2004. — Vol. 22. — P. 4157-4164.

80. Giacona, M.B. Cell-free DNA in human blood plasma: length measurements in patients with pancreatic cancer and healthy controls / M.B.Giacona, G.C.Ruben, K.A.Iczkowski // Pancreas. — 1998. — Vol. 17. — P. 89-97.

81. Gifford, G. The acquisition of hMLHl methylation in plasma DNA after chemotherapy predicts poor survival for ovarian cancer patients / G.Gifford, J.Paul, P.A.Vasey // Clin. Cancer Res. — 2004. — Vol. 10. — P. 4420-4426.

82. Gocke, C.D. p53 and APC mutations are detectable in the plasma and serum of patients with colorectal cancer (CRC) or adenomas / C.D.Gocke,

F.A.Benko, M.S.Kopreski // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2000. — Vol. 906. — P. 44-50.

83. Goessl, C. DNA alterations in body fluids as molecular tumor markers for urological malignancies / C.Goessl, M.Muller, B.Straub // Eur. Urol. — 2002.

— Vol. 41.—P. 668-676.

84. Gonzalez, R. Microsatellite alterations and TP53 mutations in plasma DNA of small-cell lung cancer patients: follow-up study and prognostic significance /

R.Gonzalez, J.M.Silva, A.Sanchez // Ann. Oncol. — 2000. — Vol. 11._P.

1097-1104.

85. Gormally, E. TP53 and KRAS2 Mutations in Plasma DNA of Healthy Subjects and Subsequent Cancer Occurrence: A Prospective Study / E.Gormally, P.Vineis, G.Matullo // Cancer Res. — 2006. — Vol. 66. — P. 6871-6876.

86. Gundry, C.N. Amplicon melting analysis with labeled primers: a closed-tube method for differentiating homozygotes and heterozygotes / C.N.Gundry, J.G.Vandersteen, G.H.Reed // Clin. Chem. — 2003. — Vol. 49._P. 396406.

87. Hahn, W.C. Modelling the molecular circuitry of cancer / W.C.Hahn, R.A.Weinberg // Nat. Rev. Cancer. — 2002. — Vol. 2. — P. 331-341.

88. Haliassos, A. Modification of enzymatically amplified DNA for the detection of point mutations / A.Haliassos, J.C.Chomel, L.Tesson // Nucleic Acids Res.

— 1989. — Vol. 17. — P. 3606.

89. Halicka, H.D. Segregation of RNA and separate packaging of DNA and RNA in apoptotic bodies during apoptosis / H.D.Halicka, E.Bedner, Z.Darzynkiewicz // Exp. Cell Res. — 2000. — Vol. 260. — P. 248-256.

90. Hanahan, D. The hallmarks of cancer / D.Hanahan, R.A.Weinberg // Cell. — 2000. — Vol. 100. — P. 57-70.

91. Hasselmann, D.O. Detection of tumor-associated circulating mRNA in serum, plasma and blood cells from patients with disseminated malignant melanoma

/ D.O.Hasselmann, G.Rappl, M.Rossler // Oncol. Rep. — 2001. — Vol. 8. — P. 115-118.

92. Hasselmann, D.O. Extracellular tyrosinase mRNA within apoptotic bodies is protected from degradation in human serum / D.O.Hasselmann, G.Rappl, W.Tilgen//Clin. Chem. —2001. —Vol. 47.— P. 1488-1489.

93. Herman, J.G. Incidence and functional consequences of hMLHl promoter hypermethylation in colorectal carcinoma / J.G.Herman, A.Umar, K.Polyak // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. — 1998. — Vol. 95. — P. 6870-6875.

94. Herrera, L.J. Quantitative analysis of circulating plasma DNA as a tumor marker in thoracic malignancies / L.J.Herrera, S.Raja, W.E.Gooding // Clin Chem. — 2005. — Vol. 51. — P. 113-118.

95. Herrmann, M.G. Amplicon DNA melting analysis for mutation scanning and genotyping: cross-platform comparison of instruments and dyes / M.G.Herrmann, J.D.Durtschi, L.K.Bromley // Clin. Chem. — 2006. — Vol. 52. —P. 494-503.

96. Holcik, M. Deadly revenge: uptake of oncogenes from apoptotic bodies / M.Holcik // Trends Genet. — 2001. — Vol. 17. — P. 491.

97. Holdenrieder, S. Nucleosomes in serum of patients with benign and malignant diseases / S.Holdenrieder, P.Stieber, H.Bodenmuller // Int. J. Cancer. — 2001. — Vol. 95. — P. 114-120.

98. Holdenrieder, S. Circulating nucleosomes in serum / S.Holdenrieder,

P.Stieber, H.Bodenmuller // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2001._Vol. 945._

P. 93-102.

99. Holdenrieder, S. Nucleosomes in serum as a marker for cell death / S.Holdenrieder, P.Stieber, H.Bodenmuller // Clin. Chem. Lab. Med. — 2001. — Vol. 39. —P. 596-605.

100. Holliday, R. Mutations and epimutations in mammalian cells / R.Holliday // Mutat. Res. — 1991. — Vol. 250. — P. 351-363.

101. Holmgren, L. Horizontal transfer of DNA by the uptake of apoptotic bodies /

L.Holmgren, A.Szeles, E.Rajnavolgyi // Blood. — 1999. — Vol. 93. _P.

3956-3963.

102. Hurst, D.R. Metastamir: The Field of Metastasis-Regulatory microRNA Is Spreading / D.R.Hurst, M.D.Edmonds, D.R.Welch // Cancer Res. — 2009. — Vol. 69. — P. 7495-7498.

103. Ishizawa, M. Simple procedure of DNA isolation from human serum / M.Ishizawa, Y.Kobayashi, T.Miyamura // Nucleic Acids Res. — 1991. — Vol. 19.—P. 5792.

104. Jacobs, G. Enrichment polymerase chain reaction for the detection of Ki-ras mutations: relevance of Taq polymerase error rate, initial DNA copy number, and reaction conditions on the emergence of false-positive mutant bands /

G.Jacobs, E.Tscholl, A.Sek // J. Cancer Res. Clin. Oncol. — 1999. — Vol. 125. —P. 395-401.

105. Jahr, S. DNA fragments in the blood plasma of cancer patients: quantitations and evidence for their origin from apoptotic and necrotic cells / S.Jahr,

H.Hentze, S.Englisch//Cancer Res. — 2001. — Vol. 61.—P. 1659-1665.

106. Johnson, P.J. Plasma nucleic acids in the diagnosis and management of malignant disease / P.J.Johnson, Y.M.Lo // Clin. Chem. — 2002. — Vol. 48. — P. 1186-1193.

107. Jones, P.A. The fundamental role of epigenetic events in cancer / P.A.Jones, S.B.Baylin //Nat. Rev. Genet. — 2002. — Vol. 3. — P. 415—428.

108. Kahn, S.M. Rapid and sensitive nonradioactive detection of mutant K-ras genes via 'enriched' PCR amplification / S.M.Kahn, W.Jiang, T.A.Culbertson //Oncogene. — 1991. —Vol. 6. —P. 1079-1083.

109. Kirk, G.D. Ser-249 p53 mutations in plasma DNA of patients with hepatocellular carcinoma from The Gambia / G.D.Kirk, A.M.Camus-Randon, M.Mendy // J. Natl. Cancer Inst. — 2000. — Vol. 92. — P. 148-153.

110. Koch, W.M. p53 gene mutations as markers of tumor spread in synchronous oral cancers / W.M.Koch, J.O.Boyle, L.Mao // Arch. Otolaryngol. Head Neck Surg. — 1994. — Vol. 120. — P. 943-947.

111. Kopreski, M.S. Somatic mutation screening: identification of individuals harboring K-ras mutations with the use of plasma DNA / M.S.Kopreski, F.A.Benko, D.J.Borys // J. Natl. Cancer Inst. — 2000. — Vol. 92. — P. 918923.

112. Kopreski, M.S. Detection of tumor messenger RNA in the serum of patients with malignant melanoma / M.S.Kopreski, F.A.Benko, L.W.Kwak // Clin. Cancer Res. — 1999. — Vol. 5. — P. 1961-1965.

113. Kopreski, M.S. Detection of mutant K-ras DNA in plasma or serum of patients with colorectal cancer / M.S.Kopreski, F.A.Benko, C.Kwee // Br. J. Cancer. — 1997. — Vol. 76. — P. 1293-1299.

114. Kroh, E.M. Analysis of circulating microRNA biomarkers in plasma and serum using quantitative reverse transcription-PCR (qRT-PCR) / E.M.Kroh, R.K.Parkin, P.S.Mitchell // Methods. — 2010. — Vol. 50. — P. 298-301.

115. Krypuy, M. High resolution melting analysis for the rapid and sensitive detection of mutations in clinical samples: K-RAS codon 12 and 13 mutations in non-small cell lung cancer / M.Krypuy, G.M.Newnham, D.M.Thomas // BMC. Cancer. — 2006. — Vol. 6. — P. 295.

116. Kuhn, H. Artificial Site-Specific DNA-Nicking System Based on Common Restriction Enzymes Assisted by PNA Openers / H.Kuhn, Y.Hu, M.D.Frank-Kamenetskii // Biochemistry. — 2003. — Vol. 42. — P. 4985-4992.

117. Lakhani, S.R. Molecular genetics of solid tumours: translating research into clinical practice. What we could do now: breast cancer / S.R.Lakhani // Mol. Pathol. — 2001. — Vol. 54. — P. 281 -284.

118. Lakhani, S.R. Microarray and histopathological analysis of tumours: the future and the past? / S.R.Lakhani, A.Ashworth // Nat. Rev. Cancer. — 2001. — Vol. 1. —P. 151-157.

119. Lawrie, C.H. Detection of elevated levels of tumour-associated microRNAs in serum of patients with diffuse large B-cell lymphoma / C.H.Lawrie, S.Gal, H.M.Dunlop // Br. J. Haematol. — 2008. — Vol. 141._P. 672-675.

120. Leon, S.A. Free DNA in the serum of cancer patients and the effect of therapy / S.A.Leon, B.Shapiro, D.M.Sklaroff// Cancer Res. — 1977. — Vol. 37. — P. 646-650.

121. Leung, T.N. Increased maternal plasma fetal DNA concentrations in women who eventually develop preeclampsia / T.N.Leung, J.Zhang, T.K.Lau // Clin. Chem. — 2001. — Vol. 47. —P. 137-139.

122. Li, A. Pancreatic Cancers Epigenetically Silence SIP1 and Hypomethylate and Overexpress miR-200a/200b in Association with Elevated Circulating miR-200a and miR-200b Levels / A.Li, N.Omura, S.M.Hong // Cancer Res.

— 2010. — Vol. 70. — P. 5226-5237.

123. Lichtenstein, A.V. DNA methylation and carcinogenesis / A.V.Lichtenstein, N.P.Kisseljova // Biochemistry (Mosc.) — 2001. — Vol. 66. — P. 235-255.

124. Lichtenstein, A.V. Circulating nucleic acids and apoptosis / A.V.Lichtenstein, H.S.Melkonyan, L.D.Tomei // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2001. — Vol. 945.

— P. 239-249.

125. Lichtenstein, A.V. Selective 'stencil'-aided pre-PCR cleavage of wild-type sequences as a novel approach to detection of mutant K-RAS / A.V.Lichtenstein, O.I.Serdjuk, T.I.Sukhova // Nucleic Acids Res. — 2001. — Vol. 29. — P. E90-E90.

126. Lipsky, R.H. DNA melting analysis for detection of single nucleotide polymorphisms / R.H.Lipsky, C.M.Mazzanti, J.G.Rudolph // Clin. Chem. — 2001. — Vol. 47. — P. 635-644.

127. Lizardi, P.M. Mutation detection and single-molecule counting using isothermal rolling-circle amplification / P.M.Lizardi, X.Huang, Z.Zhu // Nature Genetics. — 1998. — Vol. 19. — P. 225-232.

128. Lo, Y.M.D. Fetal DNA in Maternal Plasma: Biology and Diagnostic Applications / Lo Y.M.D. // Clinical Chemistry. — 2000. — Vol. 46:12. — P. 1903-1906.

129. Lo, Y.M. Quantitative and temporal correlation between circulating cell-free Epstein-Barr virus DNA and tumor recurrence in nasopharyngeal carcinoma / Y.M.Lo, L.Y.Chan, A.T.Chan // Cancer Res. — 1999. — Vol. 59. — P. 5452-5455.

130. Lo, Y.M. Quantitative analysis of cell-free Epstein-Barr virus DNA in plasma of patients with nasopharyngeal carcinoma / Y.M.Lo, L.Y.Chan, K.W.Lo // Cancer Res. — 1999. — Vol. 59. — P. 1188-1191.

131. Lo, Y.M. Quantitative analysis of fetal DNA in maternal plasma and serum: implications for noninvasive prenatal diagnosis / Y.M.Lo, M.S.Tein, T.K.Lau // Am. J. Hum. Genet. — 1998. — Vol. 62. — P. 768-775.

132. Lo, Y.M. Quantitative analysis of aberrant pl6 methylation using real-time quantitative methylation-specific polymerase chain reaction / Y.M.Lo, I.H.Wong, J.Zhang // Cancer Res. — 1999. — Vol. 59. — P. 3899-3903.

133. Lo, Y.M. Rapid clearance of fetal DNA from maternal plasma / Y.M.Lo, J.Zhang, T.N.Leung // Am. J. Hum. Genet. — 1999. — Vol. 64. — P. 218224.

134. Loeb, L.A. Human cancers express mutator phenotypes: origin, consequences and targeting / L.A.Loeb // Nat. Rev. Cancer. — 2011.

135. Loeb, L.A. A Mutator Phenotype in Cancer / L.A.Loeb // Cancer Res. — 2001. — Vol. 61. — P. 3230-3239.

136. Ma, L. MicroRNAs in malignant progression / L.Ma, R.A.Weinberg // Cell Cycle. — 2008. — Vol. 7. — P. 570-572.

137. Ma, X.J. Gene expression profiles of human breast cancer progression / X.J .Ma, R.Salunga, J.T.Tuggle // PNAS. — 2003. — P. 0931261100.

138. Mao, F. Characterization of EvaGreen and the implication of its physicochemical properties for qPCR applications / F.Mao, W.Y.Leung, X.Xin // BMC. Biotechnol. — 2007. — Vol. 7. — P. 76.

139. Minamoto, T. Combined analysis of microsatellite instability and K-ras mutation increases detection incidence of normal samples from colorectal cancer patients / T.Minamoto, H.Esumi, A.Ochiai // Clin. Cancer Res. — 1997. — Vol. 3. — P. 1413-1417.

140. Montgomery, J. Simultaneous mutation scanning and genotyping by highresolution DNA melting analysis / J.Montgomery, C.T.Wittwer, R.Palais // Nat. Protoc. — 2007. — Vol. 2. — P. 59-66.

141. Mulcahy, H.E. Plasma DNA K-ras mutations in patients with gastrointestinal malignancies / H.E.Mulcahy, J.Lyautey, C.Lederrey // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2000. — Vol. 906. — P. 25-28.

142. Mulcahy, H.E. A prospective study of K-ras mutations in the plasma of pancreatic cancer patients / H.E.Mulcahy, J.Lyautey, C.Lederrey // Clin. Cancer Res. — 1998. — Vol. 4. — P. 271-275.

143. Nakahori, Y. A human Y-chromosome specific repeated DNA family (DYZ1) consists of a tandem array of pentanucleotides / Y.Nakahori, K.Mitani, M.Yamada // Nucleic Acids Res. — 1986. — Vol. 14. — P. 75697580.

144. Nakamura, T. Analysis of loss of heterozygosity in circulating DNA / T.Nakamura, E.Sunami, T.Nguyen // Methods Mol. Biol. — 2009. — Vol. 520. —P. 221-229.

145. Nawroz, H. Microsatellite alterations in serum DNA of head and neck cancer patients / H.Nawroz, W.Koch, P.Anker // Nat. Med. — 1996. — Vol. 2. — P. 1035-1037.

146. Neilan, B.A. Microsatellite genome screening: rapid non-denaturing, non-isotopic dinucleotide repeat analysis / B.A.Neilan, D.A.Leigh, E.Rapley // Biotechniques. — 1994. — Vol. 17. — P. 708, 710, 712.

147. Ng, E.K. Differential expression of microRNAs in plasma of colorectal cancer patients: A potential marker for colorectal cancer screening / E.K.Ng, W.W.Chong, HJin // Gut. — 2009.

148. Ng, E.K. Presence of filterable and nonfilterable mRNA in the plasma of cancer patients and healthy individuals / E.K.Ng, N.B.Tsui, N.Y.Lam // Clin. Chem. — 2002. — Vol. 48. — P. 1212-1217.

149. Nilbert, M. Microsatellite instability is rare in rectal carcinomas and signifies hereditary cancer / M.Nilbert, M.Planck, E.Fernebro // Eur. J. Cancer. — 1999. — Vol. 35. — P. 942-945.

150. Nomoto, S. Mitochondrial D-loop mutations as clonal markers in multicentric hepatocellular carcinoma and plasma / S. Nomoto, K.Yamashita, K.Koshikawa // Clin. Cancer Res. — 2002. — Vol. 8. — P. 481-487.

151. Okada, H. Pathways of apoptotic and non-apoptotic death in tumour cells / H.Okada, T.W.Mak // Nat. Rev. Cancer. — 2004. — Vol. 4. — P. 592-603.

152. Orum, H. Single base pair mutation analysis by PNA directed PCR clamping / H.Orum, P.E.Nielsen, M.Egholm // Nucleic Acids Res. — 1993. — Vol. 21. — P. 5332-5336.

153. Palais, R. Mathematical algorithms for high-resolution DNA melting analysis

/ R.Palais, C.T.Wittwer // Methods Enzymol. — 2009. — Vol. 454._P.

323-343.

154. Park, N.J. Salivary microRNA: Discovery, Characterization, and Clinical Utility for Oral Cancer Detection / N.J.Park, H.Zhou, D.Elashoff // Clin. Cancer Res. — 2009. — P. 1078-0432.

155. Planck, M. hMLHl, hMSH2 and hMSH6 mutations in hereditary non-polyposis colorectal cancer families from southern Sweden / M.Planck, A.Koul, E.Fernebro // Int. J. Cancer. — 1999. — Vol. 83. — P. 197-202.

156. Podhajska, A.J. Conferring new specificities on restriction enzymes: cleavage at any predetermined site by combining adapter oligodeoxynucleotide and

class-IIS enzyme / A.J.Podhajska, S.C.Kim, W.Szybalski // Methods Enzymol. — 1992. — Vol. 216. — P. 303-309.

157. Querings, S. Benchmarking of mutation diagnostics in clinical lung cancer specimens / S.Querings, J.Altmuller, S.Ansen // PLoS. One. — 2011. — Vol. 6. —P. el9601.

158. Rappl, G. Detection of tumor-associated circulating mRNA in patients with disseminated malignant melanoma / G.Rappl, D.O.Hasselmann, M.Rossler // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2001. — Vol. 945. — P. 189-191.

159. Reed, G.H. High-resolution DNA melting analysis for simple and efficient molecular diagnostics / G.H.Reed, J.O.Kent, C.T.Wittwer // Pharmacogenomics. — 2007. — Vol. 8. — P. 597-608.

160. Reed, G.H. Sensitivity and specificity of single-nucleotide polymorphism scanning by high-resolution melting analysis / G.H.Reed, C.T.Wittwer // Clin. Chem. — 2004. — Vol. 50. — P. 1748-1754.

161. Ronai, Z. Quantitative enriched PCR (QEPCR), a highly sensitive method for detection of K-ras oncogene mutation / Z.Ronai, T.Minamoto // Hum. Mutat.

— 1997. —Vol. 10. —P. 322-325.

162. Ronai, Z. Sampling method as a key factor in identifying K-ras oncogene mutations in preneoplastic colorectal lesions / Z.Ronai, T.Minamoto, R.Butler // Cancer Detect. Prev. — 1995. — Vol. 19. — P. 512-517.

163. Ronai, Z. K-ras mutation in sputum of patients with or without lung cancer / Z.Ronai, M.S.Yakubovskaya, E.Zhang // J. Cell Biochem. Suppl. — 1996. — Vol. 25. —P. 172-176.

164. Ruepp, A. PhenomiR: a knowledgebase for microRNA expression in diseases and biological processes / A.Ruepp, A.Kowarsch, D.Schmidl // Genome Biol.

— 2010. —Vol. 11. —P.R6.

165. Ryan, B.M. A prospective study of circulating mutant KRAS2 in the serum of patients with colorectal neoplasia: strong prognostic indicator in postoperative

follow up / B.M.Ryan, F.Lefort, R.McManus // Gut. — 2003. — Vol. 52. — P. 101-108.

166. Ryan, B.M. Genetic variation in microRNA networks: the implications for cancer research / B.M.Ryan, A.I.Robles, C.C.Harris // Nat. Rev. Cancer. — 2010. —Vol. 10. —P. 389-402.

167. Sambrook, J. Molecular cloning. / J.Sambrook, E.F.Fritsch, T.Maniatis // A laboratory manual. — 1989. — Vol. Second Edition.

168. Sanchez-Cespedes, M. Detection of chromosome 3p alterations in serum DNA of non-small-cell lung cancer patients / M. Sanchez-Cespedes, M.Monzo, R.Rosell // Ann. Oncol. — 1998. — Vol. 9. — P. 113-116.

169. Seipp, M.T. Unlabeled oligonucleotides as internal temperature controls for genotyping by amplicon melting / M.T.Seipp, J.D.Durtschi, M.A.Liew // J. Mol. Diagn. — 2007. — Vol. 9. — P. 284-289.

170. Shaw, P.C. Xcml as a universal restriction enzyme for single-stranded DNA / P.C.Shaw, Y.K.Mok // Gene. — 1993. — Vol. 133(1). — P. 85-89.

171. Sidransky, D. Emerging molecular markers of cancer / D.Sidransky // Nat. Rev. Cancer. — 2002. — Vol. 2. — P. 210-219.

172. Sidransky, D. Identification of ras oncogene mutations in the stool of patients with curable colorectal tumors / D.Sidransky, T.Tokino, S.R.Hamilton // Science. — 1992. — Vol. 256. — P. 102-105.

173. Skvortsova, T.E. Cell-free and cell-bound circulating DNA in breast tumours: DNA quantification and analysis of tumour-related gene methylation / T.E.Skvortsova, E.Y.Rykova, S.N.Tamkovich // Br. J. Cancer. — 2006. — Vol. 94. —P. 1492-1495.

174. Smith, G. Activating K-Ras mutations outwith Ahotspot'/ codons in sporadic colorectal tumours - implications for personalised cancer medicine / G.Smith, R.Bounds, H.Wolf // Br. J. Cancer. — 2010. — Vol. 102. — P. 693-703.

175. Smith, J. Removal of polymerase-produced mutant sequences from PCR products / J.Smith, P.Modrich // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. — 1997. — Vol. 94. —P. 6847-6850.

176. Sozzi, G. Quantification of free circulating DNA as a diagnostic marker in lung cancer / G.Sozzi, D.Conte, M.Leon // J. Clin. Oncol. — 2003. — Vol. 21. —P. 3902-3908.

177. Steiner, G. Detection of bladder cancer recurrence by microsatellite analysis of urine / G.Steiner, M.P.Schoenberg, J.F.Linn // Nat. Med. — 1997. — Vol. 3. —P. 621-624.

178. Stroun, M. Neoplastic characteristics of the DNA found in the plasma of cancer patients / M.Stroun, P.Anker, P.Maurice // Oncology. — 1989. — Vol. 46. —P. 318-322.

179. Stroun, M. The origin and mechanism of circulating DNA / M.Stroun, P.Maurice, V.Vasioukhin // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2000. — Vol. 906. — P. 161-168.

180. Sun, X. Detection of tumor mutations in the presence of excess amounts of normal DNA / X.Sun, K.Hung, L.Wu // Nat. Biotechnol. — 2002. — Vol. 20. — P. 186-189.

181. Taback, B. Quantification of circulating DNA in the plasma and serum of cancer patients / B.Taback, S.J.O'Day, D.S.Hoon // Ann. N. Y. Acad. Sci. — 2004. — Vol. 1022. — P. 17-24.

182. Tada, M. Detection of ras gene mutations in pancreatic juice and peripheral blood of patients with pancreatic adenocarcinoma / M.Tada, M.Omata, S.Kawai // Cancer Res. — 1993. — Vol. 53. — P. 2472-2474.

183. Takayama, T. Aberrant crypt foci of the colon as precursors of adenoma and cancer / T.Takayama, S.Katsuki, Y.Takahashi // N. Engl. J. Med. — 1998. — Vol. 339. —P. 1277-1284.

184. Takeda, S. Detection of K-ras mutation in sputum by mutant-allele-specific amplification (MASA) / S.Takeda, S.Ichii, Y.Nakamura // Hum. Mutat. — 1993. —Vol. 2.—P. 112-117.

185. Tang, N.L. Detection of fetal-derived paternally inherited X-chromosome polymorphisms in maternal plasma / N.L.Tang, T.N.Leung, J.Zhang // Clin. Chem. — 1999. — Vol. 45. — P. 2033-2035.

186. Tombline, G. Heterogeneity of primer extension products in asymmetric PCR is due both to cleavage by a structure-specific exo/endonuclease activity of DNA polymerases and to premature stops / G.Tombline, D.Bellizzi,

V.Sgaramella // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. — 1996. — Vol. 93._P.

2724-2728.

187. Toyota, M. CpG island methylator phenotypes in aging and cancer / M.Toyota, J.P.Issa // Semin. Cancer Biol. — 1999. — Vol. 9. — P. 349-357.

188. Toyota, M. Distinct genetic profiles in colorectal tumors with or without the CpG island methylator phenotype / M.Toyota, M.Ohe-Toyota, N.Ahuja // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. — 2000. — Vol. 97. — P. 710-715.

189. Tsujiura, M. Circulating microRNAs in plasma of patients with gastric cancers / M.Tsujiura, D.Ichikawa, S.Komatsu // Br. J. Cancer. — 2010. — Vol. 102. —P. 1174-1179.

190. Tsumita, T. Fate of Injected Deoxyribonucleic Acid in Mice / T.Tsumita, M.Iwanaga // Nature. — 1963. — Vol. 198. — P. 70-71.

191. van der Vaart, M. Is the role of circulating DNA as a biomarker of cancer being prematurely overrated? / M.van der Vaart, P.J.Pretorius // Clin. Biochem. — 2010. — Vol. 43. — P. 26-36.

192. van Eijk, R. Sensitive and specific KRAS somatic mutation analysis on whole-genome amplified DNA from archival tissues / van Eijk R., P.M.van, A.R.Chhatta // J. Mol. Diagn. — 2010. — Vol. 12. — P. 27-34.

193. van Rhijn, B.W. Microsatellite analysis-DNA test in urine competes with cystoscopy in follow-up of superficial bladder carcinoma: a phase II trial /

B.W.van Rhijn, I.Lurkin, WJ.Kirkels // Cancer. — 2001. — Vol. 92._P.

768-775.

194. van Wijk, I.J. Detection of apoptotic fetal cells in plasma of pregnant women / I.J.van Wijk, A.C.de Hoon, R.Jurhawan // Clin. Chem. — 2000. — Vol. 46. — P. 729-731.

195. Volinia, S. Reprogramming of miRNA networks in cancer and leukemia /

S.Volinia, M.Galasso, S.Costinean // Genome Res. — 2010._Vol. 20._P.

589-599.

196. Vossen, R.H. High-resolution melting analysis (HRMA): more than just sequence variant screening / R.H.Vossen, E.Aten, A.Roos // Hum. Mutat. — 2009. — Vol. 30. — P. 860-866.

197. Wang, J. MicroRNAs in Plasma of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Patients as Novel Blood-Based Biomarkers of Disease / J.Wang, J.Chen, P.Chang // Cancer Prev. Res. — 2009. — P. 1940-6207.

198. Ward, R. Restriction endonuclease-mediated selective polymerase chain reaction: a novel assay for the detection of K-ras mutations in clinical samples / R.Ward, N.Hawkins, R.O'Grady // Am. J. Pathol. — 1998. — Vol. 153. — P. 373-379.

199. Wong, B.C. Cell-free DNA and RNA in plasma as new tools for molecular diagnostics / B.C.Wong, Y.M.Lo // Expert. Rev. Mol. Diagn. — 2003. — Vol. 3. —P. 785-797.

200. Wong, I.H. Detection of aberrant pi6 methylation in the plasma and serum of liver cancer patients / I.H.Wong, Y.M.Lo, J.Zhang // Cancer Res. — 1999. — Vol. 59. —P. 71-73.

201. Yakubovskaya, M.S. High frequency of K-ras mutations in normal appearing lung tissues and sputum of patients with lung cancer / M.S.Yakubovskaya, V.Spiegelman, F.C.Luo // Int. J. Cancer. — 1995. — Vol. 63. — P. 810-814.

202. Yamada, T. Detection of K-ras gene mutations in plasma DNA of patients with pancreatic adenocarcinoma: correlation with clinicopathological features

/ T.Yamada, S.Nakamori, H.Ohzato // Clin. Cancer Res. — 1998. — Vol. 4.

— P. 1527-1532.

203. Zhou, L. Snapback primer genotyping with saturating DNA dye and melting analysis / L.Zhou, R.J.Errigo, H.Lu // Clin. Chem. — 2008. — Vol. 54. — P. 1648-1656.

204. Zhou, L. Closed-tube genotyping with unlabeled oligonucleotide probes and a saturating DNA dye / L.Zhou, A.N.Myers, J.G.Vandersteen // Clin. Chem. — 2004. — Vol. 50. — P. 1328-1335.

205. Zhou, L. Enrichment and detection of rare alleles by means of snapback primers and rapid-cycle PCR / L.Zhou, R.A.Palais, G.D.Smith // Clin. Chem.

— 2010. — Vol. 56. — P. 814-822.

206. Zhou, L. High-resolution DNA melting analysis for simultaneous mutation scanning and genotyping in solution / L.Zhou, L.Wang, R.Palais // Clin. Chem. — 2005. — Vol. 51. — P. 1770-1777.

207. Zhu, J.Y. Identification of novel Epstein-Barr virus microRNA genes from nasopharyngeal carcinomas / J.Y.Zhu, T.Pfuhl, N.Motsch // J. Virol. — 2009.

— Vol. 83.—P. 3333-3341.

208. Zietkiewicz, E. Linkage mapping by simultaneous screening of multiple polymorphic loci using Alu oligonucleotide-directed PCR / E.Zietkiewicz, M.Labuda, D.Sinnett // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. — 1992. — Vol. 89.

— P. 8448-8451.

209. Zimmermann, K. Technical aspects of quantitative competitive PCR / K.Zimmermann, J.W.Mannhalter // Biotechniques. — 1996. — Vol. 21. — P. 268-279.

210. Zipper, H. Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications / H.Zipper, H.Brunner, J.Bernhagen // Nucleic Acids Res. — 2004. — Vol. 32.

— P. el03.

211. Zou, H.Z. Detection of Aberrant pi 6 Methylation in the Serum of Colorectal Cancer Patients / H.Z.Zou, B.M.Yu, Z.W.Wang // Clin. Cancer Res. — 2002. — Vol. 8. —P. 188-191.