Выявление связанных с регуляцией пролиферации генов-мишеней транскрипционных факторов FoxA в геноме мыши тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Брызгалов, Леонид Олегович

• Брызгалов, Леонид Олегович
• кандидат биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Брызгалов, Леонид Олегович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

I. Участие тканеспецифичных транскрипционных факторов в регуляции процессов пролиферации и апоптоза.

1. Транскрипционные факторы MyoD и MRF4.

2. Транскрипционный фактор С/ЕВРа.

II. Семейство транскрипционных факторов winged helix (FOX белки).

1. Номенклатура FOX белков.

2. Участие транскршщионных факторов семейства winged helix в процессах пролиферации и апоптоза.

2а. Пропролиферативные свойства FOX белков.

26. Антипролиферативные свойства FOX белков.

III Подсемейство FoxA.

1. Структура транскрипционных факторов FoxA.

2. Структура сайтов связывания FoxA белков на ДНК.

3. Факторы, влияющие на активность FoxA белков.

3. Роль подсемейства FoxA в эмбриогенезе.

4. Участие FoxA белков в органогенезе.

4а. Развитие печени.

46. Развитие поджелудочной железы.

4в. Развитие легких.

4г. Развитие простаты.

5. Роль FoxA во взрослом организме.

6. Связь FoxA белков с гепатоканцерогенезом.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Выявление связанных с регуляцией пролиферации генов-мишеней транскрипционных факторов FoxA в геноме мыши»

2. Тормоэюение ДНК-зонда в геле GST-слитыми белками.63

3. Торможение ДНК-зонда в геле белками экстрактов ядер.64

IV. Гибридизация со специфическшт антителами.65

V. ПЦР в реальном времени.65

1. Выделение РНК.65

2. Получение кДНК.66

3. ПЦР в реальном времени.66

VI. Иммунопреципитация хроматина.67

1. Иммунопреципитация хроматина.67

2. Выявление фрагментов ДНК содержащих сайты связывания

FoxAl и FoxA2 с помощью ПЦР.69

VII. Компьютерный анализ и обработка данных.69

РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.70

I. Изучение влияния ДЭНА и 4 '-МеДАБ на FoxA ДНК-связывающую активность в печени мышей.70

II. Влияние ОАТи 3'-МеДАБ на ДНК-связывающую активность транскрипционных факторов FoxA у мышей линии ICR разного возраста.74

III. Влияние ОАТ на связывание FoxA с регуляторньгми районами гена TAT in vivo.78

IV. Поиск потенциальных генов-мишеней FoxA, связанных с регуляцией клеточного цикла и апоптоза, с использованием данных массового анализа экспрессии генов.82

V. Поиск потенциальных сайтов связывания FoxA белков, и их возможных генов-мишеней с помогцью метода SITECON.85

VI. Экспериментальная проверка предсказанных сайтов связывания FoxA белков.87

VII. Влияние ОАТ на экспрессию потенциальных генов-мишеней FoxA.94

VIII. Исследование участия FoxA белков в регуляции гена Cul2 in vivo.96

IX. Обсуждение.97

X Заключение.104

ВЫВОДЫ.105

Список литературы.107

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

TAT OAT

3-МеДАБ

4'-МеДАБ

ДЭНА

ПААГ

С/ЕВР

ДДС GAPDH тирозинаминотрансфераза ортоаминоазотолуол

3 -метил-4-диметиламиноазобензол

4 -метил-4-диметиламиноазобензол диэтилнитрозамин полиакриламидный гель

CCAAT-box binding protein, белок, связывающийся с ССААТ-боксом додецилсульфат натрия глицеральдегид-3-фосфат дегидрогеназа

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы

Понимание молекулярных механизмов возникновения и развития злокачественных опухолей является необходимым шагом для разработки эффективных методов лечения и профилактики онкологических заболеваний. Одним из активно развивающихся направлений исследований в этой области является изучение роли различных регуляторных белков (факторов роста, рецепторов, компонент путей передачи сигналов, факторов транскрипции) в процессах канцерогенеза. Так, изменение экспрессии или активности тех или иных транскрипционных факторов под действием канцерогенных соединений может инициировать каскад событий, ведущих к злокачественному перерождению клетки. При этом в зависимости от того, на какие регуляторные белки влияют эти вещества, могут поражаться лишь определенные ткани, а именно те, в которых данные белки играют ключевую роль в поддержании клеточного фенотипа и/или в контроле пролиферации, что может объяснять тропность многих канцерогенных соединений к тому или иному органу. Таким образом, представляется интересным выяснение механизмов опухолесупрессорного или опухолеиндуцирующего действия факторов транскрипции, экспрессирующихся в ограниченном числе тканей и органов, и обеспечивающих дифференцировку различных типов клеток.

Ранее в нашей лаборатории на моделях инбредных линий мышей, устойчивых и чувствительных к действию гепатоканцерогена орто-аминоазотолуола (ОАТ), были получены данные, указывающие на антионкогенные свойства транскрипционных факторов подсемейства FoxA (по старой номенклатуре HNF3), которые играют ведущую роль в становлении и поддержании фенотипа клеток печени и вовлечены в процесс торможения пролиферации гепатоцитов. Было установлено, что ДНКсвязывающая активность FoxA белков под действием ОАТ снижается только у взрослых животных тех линий, у которых он вызывает опухоли печени. Были получены также данные о видовой специфичности влияния 3 -метил-4-диметиламиноазобензола (3'- МеДАБ) гепатоканцерогенного для крыс, но не для взрослых мышей и гепатоканцерогенного только для мышей ОАТ на FoxA ДНК-связывающую активность в печени этих животных. В этой связи большой интерес представляло проведение более систематического исследования, включающего как изучение влияния видоспецифичных ОАТ и 3'- МеДАБ, видонеспецифического гепатоканцерогена диэтилнитрозамина (ДЭНА), а также неканцерогенного 4'-метил-4-диметиламиноазобензола (4-МеДАБ) на активность FoxA белков в печени взрослых мышей и крыс, так и действия ОАТ и 3'- МеДАБ на FoxA ДНК-связывающую активность в печени 12 дневных мышат, для которых оба соединения являются^ гепатоканцерогенами.

Известно, что антионкогенные свойства связанных с дифференцировкой транскрипционных факторов обусловлены их способностью блокировать пролиферацию клеток и/или запускать апоптоз [Timchenko et al., 1996; Wang et al., 2001; Amsterdam et al., 2002]. Поэтому логично предполагать, что среди генов-мишеней факторов FoxA должны находиться гены, продукты которых участвуют в этих процессах. Хотя к настоящему времени выявлено немало генов, контролируемых FoxA белками, круг их ограничен, главным образом, генными сетями метаболизма глюкозы, аминокислот и липидов, а также экспрессирующимися в печени генами, которые кодируют белки плазмы крови [Schrem et al., 2002]. Гены-мишени факторов транскрипции FoxA, связанные с торможением пролиферации и апоптозом, остаются неизвестными. Выявление таких генов внесет существенный вклад в понимание тканеспецифичных механизмов регуляции процессов пролиферации и апоптоза в норме и будет способствовать развитию методов, позволяющих корректировать нарушения этих процессов при злокачественном перерождении клеток.

Цель и задачи исследования.

Целью работы было выяснение роли транскрипционных факторов FoxA в механизмах гепатоканцерогенеза, включающее дальнейшее изучение влияния гепатоканцерогенов на FoxA белки в печени мышей и поиск генов-мишеней этих факторов, связанных с процессами пролиферации и апоптоза.

1. Изучение влияния видонеспецифического гепатоканцерогена ДЭНА и неканцерогенного соединения 4'-МеДАБ на ДНК-связывающую активность FoxA белков в печени мышей линии А/Не.

2. Исследование влияния гепатоканцерогенных аминоазокрасителей ОАТ и 3'- МеДАБ на FoxA ДНК-связывающую активность в печени 12 дневных мышат линии ICR, а также у взрослых мышей этой линии.

3. Изучение влияния гепатоканцерогенов на взаимодействие FoxA с регуляторными районами их генов-мишеней в условиях in vivo на примере глюкокортикоид-индуцибельных энхансеров гена TAT.

4. Поиск потенциальных генов-мишеней FoxA, связанных с контролем пролиферации и апоптоза, с использованием опубликованных данных массового анализа экспресии генов мыши и компьютерных методов распознавания сайтов связывания FoxA.

5. Получение GST-слитых белков, содержащих ДНК-связывающие домены FoxA2 и FoxA3 крысы и мыши соответственно, проверка их активности и специфичности

6. Экспериментальная проверка предсказанных компьютерными методами сайтов связывания FoxA с использованием рекомбинантных белков и белков ядерного экстракта.

7. Определение влияния ОАТ, снижающего FoxA ДНК-связывающую активность в печени мышей, на экспрессию потенциальных геновмишеней FoxA мыши и взаимодействие этих транскрипционных факторов с регуляторными районами таких генов в условиях in vivo.

Новизна и научно- практическая значимость исследования.

Установлено, что ДНК-связывающая активность транскрипционных факторов FoxA в печени мышей снижается под действием видонеспецифического канцерогена ДЭНА, вызывающего опухоли печени как у крыс, так и у мышей. Показано что неканцерогенный для обоих видов животных аминоазокраситель 4'-МеДАБ на активность FoxA белков в печени мышей не влияет. Показано, что у 12 дневных мышат FoxA ДНК-связывающая активность снижается как под действием «мышиного» гепатоканцерогена ОАТ, так и «крысиного» гепатоканцерогена З'-МеДАБ, , вызывающего развитие опухолей печени и у мышей при условии его введения в возрасте 12-и дней. На мышах линии ICR показана прямая связь между активностью FoxA белков и снижением глюкокортикоидной индукции TAT.

Обнаружены два района на расстоянии -2,5 и -6,2 т.п.н. от старта 5 транскрипции гена TAT мыши, высокогомологичные глюкокортикоид-индуцибельным энхансерам гена TAT крысы, и впервые показано взаимодействие с ними FoxA белков (Foxa2 и FoxA3) in vivo. Впервые показано снижение под действием ОАТ связывания FoxA белков с данными регуляторными районами in vivo. Найден новый тип "сильных" сайтов связывания FoxA белков, организованных в виде трех и более повторов тетрануклеотида TTTG. Выявлено два потенциальных гена-мишени FoxA белков - Си12 и Cdc73. Показано, что уровень экспрессии гена Си12 под действием ОАТ, снижающего активность FoxA белков, увеличивается в 10 раз, a Cdc73 в 5 раз, что позволяет предполагать репрессию данных генов этим транскрипционным фактором. Полученные результаты имеют существенное значение для понимания роли тканеспецифичных транскрипционных факторов, в частности FoxA, в механизмах возникновения и формирования опухолей печени под действием гепатоканцерогенов.

Выявленный новый тип сайтов связывания FoxA в виде TTTG повторов позволяет проводить предварительный поиск новых генов-мишеней FoxA белков контекстным анализом. Материалы данной диссертации используются при чтении лекций по ряду спецкурсов на ФЕН НГУ.

Апробация работы. Результаты исследования были представлены на II Съезде общества клеточной биологии совместно юбилейной конференцией, посвященной 50-летию Института цитологии РАН(Санкт-Петербург, 16-19 октября 2007), 34th FEBS Congress (Prague, Czech Republic. 2009) . r

Публикации по теме диссертации. По материалам диссертации опубликовано 4 печатных работ.

Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания использованных материалов и методов, изложения и обсуждения собственных экспериментальных данных, выводов и списка литературы (189 наименований). Работа изложена на 129 страницах машинописного текста, и содержит 6 таблицы и 20 рисунок.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Брызгалов, Леонид Олегович

выводы.

1. Впервые показано, что видонеспецифичный гепатоканцероген ДЭНА снижает FoxA ДНК-связывающую активность в печени мышей, а неканцерогенный 4'-МеДАБ на нее не влияет.

2. Показано, что ДНК-связывающая активность FoxA белков снижается под действием ОАТ как у взрослых, так и у 12 дневных мышей линии ICR. Показано, что З'-МеДАБ, гепатоканцерогенный для мышей в возрасте 12 дней, снижает активность FoxA у мышей линии ICR в этом возрасте, но в меньшей, чем ОАТ, степени.

3. Методом иммунопреципитации хроматина показано связывание FoxA2 и FoxA3 in vivo с районами, расположенными на расстоянии -6,2 и -2,5 т.п.н. от старта транскрипции гена TAT мыши. Показано, что под действием ОАТ уменьшается занятость этих районов FoxA белками in vivo.

4. На модели 12-дневных и взрослых мышей линии ICR показано, что уровень ДНК-связывающей активности белков FoxA соответствует уровню глюкокортикоидной индукции гена TAT мыши

5. С использованием опубликованных данных о профилях экспрессии генов мыши и компьютерного метода SITECON с выборочной экспериментальной проверкой предсказанных этим методом сайтов связывания FoxA найдены 12 потенциальных генов-мишеней этих транскрипционных факторов.

6. Методом ПЦР в реальном времени изучено влияние ОАТ, снижающего активность факторов FoxA, на экспрессию 6 потенциальных генов-мишеней: Creb3l3, Ppp2r5d, Cdc73, Cul2, Ptk2b и PdcdS. Показано, что ОАТ увеличивает экспрессию Cul2 в 10 раз, a Cdc73 — в 5 раз; уровень экспрессии остальных генов изменялся недостоверно.

7. Обнаружен новый тип "сильных" сайтов связывания транскрипционных факторов БохА, организованный в виде 3 и более повторов тетрануклеотида ТТГС.

X. Заключение.

Полученные в работе результаты дополняют данные о связи между подавлением активности FoxA белков гепатоканцерогенами и последующим развитием опухолей печени. На примере мышей линии ICR, показано, что для развития опухолей печени достаточно всего однократного введения гепатоканцерогена в возрасте 12 дней, при этом оно приводит к резкому снижению активности FoxA белков in vitro и как следствие снижению занятости их сайтов связывания в регуляторных районах генов in vivo.

Несмотря на то, что опухоли печени появляются только через год после введения гепатоканцерогенов, снижение активности FoxA факторов, благодаря их способности изменять состояние хроматина [Lee et al., 2005; Lisa et al., 2007; Cirillo et al., 2002] может приводить к патологическому функционированию генов в тех или иных условиях в дальнейшем, что и может являться возможной причиной развития опухолей. Проведенные нами теоретический анализ и экспериментальные исследования с целью поиска потенциальных генов-мишеней FoxA белков, которые могут участвовать в процессах, связанных с опухолеобразованием, таких как клеточное деление й апоптоз, выявили несколько возможных кандидатов. Дальнейшее изучение влияния гепатоканцерогенов на их экспрессию позволяет сделать предположение о возможном участии FoxA белков в регуляции таких генов, как Си12 и Cdc73.

В целом, полученные данные свидетельствуют о возможном участии белков FoxA в регуляции процессов клеточного деления. Возможно, что подавление активности этих белков под действием гепатоканцерогенов может приводить к нарушению регуляции клеточного цикла, тем самым, способствуя образованию опухолей в печени.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Брызгалов, Леонид Олегович, 2010 год

1. Ильницкая С.И., Васильева Е.Д., Каледин В.И., Различия в глюкокортикоидной индукции тирозин-, аланин- и аспартатаминотрансфераз и во влиянии на нее гепатоканцерогенов у мышей и крыс. Бюллетень СО РАМН, 3-4(93-94), 25-28, 1999.

2. Каледин В.И., Серова И.А., Целлариус Ю.Г., Семенова JI.A. и Алексеева Г.В., Межленейные различия по частоте спонтанных и индуцированных орто-аминоазотолуолом опухолей у мышей. Под ред. Грунтенко Е.В. Новосибирск, 98-123., 1984.

3. Каледин В.И., Захарова Н.П., Исследования по индукции и метастазированию злокачественных опухолей у экспериментальных животных, под ред. Грунтенко Е.В. Новосибирск: ИцИГ, 146-185, 1984.

4. Каледин В.И., Глазко Т.Т., Захарова Н.П., Нарушение индукции тирозинаминотрансферазы в печени мышей, получавших о-аминоазотолуол. Докл. Акад. Наук СССР, 224, 233-237, 1979.

5. Каледин В.И., Багинская Н.В., Влияние N-диэтилнитрозамина на индукцию гидрокортизоном активности тирозинаминотрансферазы впечени крыс линии Spraque-Dawley и мышей линии DD. Эксп. Онкология, 15(3), 17-20, 1993.

6. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д., Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. Изд. Мир, 480, 1984.

7. Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Митина P.JL, Механизмы глюкокортикоидной регуляции и регуляторные зоны генов, контролируемых глюкокортикоидами. Мол. биол., 4, 714-725, 1997.

8. Миллер Дж., Миллер Е., Канцерогенные азосоединения. В сб. Успехи^ изучения рака. Москва, изд-во иностранной литературы, под ред. Шабада Л.М., 1, 7-71,1955.

9. Позднякова Л.Д., Дашкевич B.C., Каледин В.И:, Мертвецов Н.П., Изучение ранних эффектов гепатоканцерогенов в печени животных, чувствительных и резистентных к индукции опухолей. Доклады РАН., 340; 119-122, 1995.

10. Albanese V., Biguet N. F., Kiefer H., Bayard E., Mallet J., Meloni R., Quantitative effects on gene silencing by allelic variation at a tetranucleotide microsatellite. Hum. Mol. Genet., 10, 1785- 1792, 2001.

11. Amsterdam A., Tajima K., Sasson R., Cell-specific regulation of apoptosis by glucocorticoids: implication to their anti-inflammatory action. Biochem. Pharmacol., 64(5-6), 843-50, 2002.

12. Anderson R.A., Raina P.N., Milholland R.J., Altered responses to cortisole in precancerous liver. Oncología, 20, 153-166, 1966.

13. Ashizawa S., Brunicardi F. C. and Wang X. P., PDX-1 and the pancreas. Pancreas, 28, 109-120, 2004.

14. Behr R., Brestelli J., Fulmer J.T., Miyawaki N., Kleyman T.R. and Kaestner K.H. Mild nephrogenic diabetes insipidus caused by FoxAl deficiency. J. Biol. Chem., 279, 41936^11941, 2004.

15. Besnard V., Wert S.E., Hull W.M. and Whitsett J.A., Immunohistochemical localization of FoxAl and FoxA2 in mouse embryos and adult tissues. Gene Expr. Patterns, 5, 193-208, 2004.

16. Besnard V., Wert S.E., Kaestner K.H. and Whitsett J.A., Stage-specific regulation of respiratory epithelial cell differentiation by FoxAl. Am. J. Physiol. Lung Cell Mol. Physiol., 289, 750-759, 2005.

17. Bocchetta M., Carbone M., Epidemiology and molecular pathology at crossroads to establish causation: molecular mechanisms of malignant transformation. Oncogene, 23, 6484-6491, 2004.

18. Carlsson P. and Mahlapuu M., Forkhead transcription factors: key players in development and metabolism., Dev. Biol., 250, 1-23, 2002.

19. Choi H.K., Waxman D.J., Growth hormone, but not prolactin, maintains, low-level activation of STAT5a and STAT5b in female rat liver. Endocrinology, 140(11), 5126-5135, 1999.

20. Christ B., Brand-Saberi B., Limb muscle development. The International journal of developmental biology, 46, 905-914, 2002.

21. Chumakov P.M., Versatile functions of p53 protein in multicellular organisms. Biochemistry, 72(13), 1399-421, 2007.

22. Cirillo L.A., Lin F.R., Cuesta I., Friedman D., Jarnik M. and Zaret K.S., Opening of compacted chromatin by early developmental transcription factors FoxA (FoxA) and GATA-4. Mol. Cell, 9, 279-289, 2002.

23. Clark K.L., Halay E.D., Lai, E., Burley K., Co-crystal structure of the FoxA/fork head DNA-recognition motif resembles histone H5. Nature, 364, 412-420, 1993.

24. Contente A., Dittmer A., Koch M.C., Roth J., Dobbelstein M.,A polymorphic microsatellite that mediates induction of PIG3 by p53. Nat. Genet., 30, 315-320, 2002.

25. Costa R.H., Grayson D.R., Darnell J:E., Multiple hepatocyte-enriched nuclear factors function in the regulation of transthyretin and alpha 1-antitiypsin genes. Mol. Cell. Biol., 9(4), 1415-1425, 1989.

26. Crescenzi M., Fleming T.P., Lassar A.B., Weintraub H., and Aaronson S.A. MyoD induces growth arrest independent of differentiation in normal and transformed cells. Proc. Natl. Acad. Sci., 21, 8442-8446, 1990.

27. DeRenzo C., Reese K.J., Seydoux G., Exclusion of germ plasm proteins from somatic lineages by cullin-dependent degradation. Nature, 424(6949), 685-689, 2003.

28. Eeckhoute J., Carroll J.S., Geistlinger T.R., Torres-Arzayus M.I., Brown M., A cell-type-specific transcriptional network required for estrogen regulation of cyclin D1 and cell cycle progression in breast cancer. Genes Dev., 20(18), 2513-2526, 2006.

29. Espinas M.L., Roux J., Ghysdael J., Pictet R., Grange T., Participation of Ets transcription factors in the glucocorticoid response of the rat tyrosine aminotransferase gene. Mol.Cell.Biol.; 14(6), 4116-4125, 1994.

30. Feng H., Zhong W., Punkosdy G., Gu S., Zhou L., Seabolt E.K., Kipreos, E.T. CUL-2 is required for the Gl-to-S-phase transition and mitotic chromosome condensation in Caenorhabditis elegans. Nat. Cell. Biol., 1(8), 486-492, 1999.

31. Figliola R., Maione R., MyoD induces the expression of p57Kip2 in cells lacking p21Cipl/Wafl: overlapping and distinct functions of the two cdk inhibitors. J Cell Physiol., 200(3), 468-75, 2004.

32. Filosa S., Rivera-Perez J.A., Gomez A.P., Gansmuller A., Sasaki H., Behringer R.R. and Ang S.L., Goosecoid and HNF-3beta genetically interact to regulate neural tube patterning during mouse embryogenesis. Development, 124, 2843-2854, 1997.

33. Flodby P., Barlow C., Kylefjord H., Ahrlund-Richter L., Xanthopoulos K. G., Increased hepatic cell proliferation and lung abnormalities in mice deficient in CCAAT/enhancer binding protein alpha. J. Biol. Chem., 271(40), 24753-60, 1996.

34. Gajiwala K.S., and Burley S.K., Winged helix proteins. Curr. Opin. Struct. Biol., 10, 110-116, 2000.

35. Gery S., Tanosaki S., Bose S., Bose N., Vadgama J., Koeffler H.P. Down-regulation and'growth inhibitory role of C/EBPalpha in breast cancer. Clin. Cancer Res., 11, 3184-3190, 2005.

36. Gorski K., Carneiro M., Schibler U., Tissue-specific in vitro transcription from the mouse albumin promoter. Cell, 47, 767-776, 1986.

37. Grandori C., Cowley S.M., James L.P., Eisenman R.N., The Myc/Max/Mad network and the transcriptional control of cell* behavior. Annu. Rev. Cell Dev. Biol., 16, 653-699, 2000.

38. Halmos B., Huettner C.S., Kocher O., Ferensci K., Karp D.D:, Tenen^D.G., Down-regulation and antiproliferative role of C/EBPalpha in lung cancer. Cancer Res., 62, 528-534, 2002 .

39. Hanashima C., Shen L., Li S. C., Lai E., Brain factor-1 controls the proliferation and differentiation of neocortical progenitor cells through independent mechanisms. J. Neurosci., 22(15), 6526-36, 2006.

40. Hanausek-Walaszes M., Schumm D.E., Webb T.E., The repression and derepression of hepatic tyrosine aminotransferase by carcinogens. Chem. Biol. Interactions, 12(3-4), 391-401, 1976.

41. Hendricks-Taylor L.R., Darlington G.J., Inhibition of cell proliferation by C/EBP a occurs in many cell types, does not require the presence of p53 or Rb, and is not affected by large T-antigen. Nucleic Acids Res., 23, 426-433, 1995.

42. Hewitt J., Lu X., Gilbert L., Nanes M.S., The Muscle Transcription Factor MyoD Promotes Osteoblast Differentiation by Stimulation of the Osterix Promoter. Endocrinology, 149(7), 3698-707, 2008.

43. Holmqvist P.H., Belikov S., Zaret K.S. and Wrange O., FoxAl binding to the MMTV LTR modulates chromatin structure and transcription. Exp. Cell Res., 304, 593-603, 2005

44. Horikoshi N., Tashiro F., Tanaka N., Ueno Y., Modulation of hormonal induction of tyrosine aminotransferase and glucocorticoid receptors by aflatoxin B1 and sterigmatocystin in Reuber hepatoma cells. Cancer Res. 48, 5188-5192, 1988.

45. Hromas R., Costa R. H., The hepatocyte nuclear factor 3/fork head transcription regulatory family in development, inflammation and neoplasia. CritRev. in Oncology/Hematology, 20, 129-140, 1995.

46. Iglesias A.R., Kindlund E., Tammi M., Wadelius C., Some microsatellites may act as novel polymorphic cis-regulatory elements through transcription factor binding. Gene, 341, 149-165, 2004.

47. Iwata T., Mizusawa N., Taketani Y., Itakura M., Yoshimoto K., Parafibromin tumor suppressor enhances cell growth in the cells expressing SV40 large T antigen, Oncogene, 26(42), 6176-83, 2007.

48. Jiang K., Hein N., Eckert K., Luscher-Firzlaff J., Liischer B., Regulation of the MAD1 promoter by G-CSF. Nucleic Acids Res., 36(5), 1517-31, 2008.

49. Johansen L.M., Iwama, A., Lodie T.A., Sasaki K., Felsher D.W., Golub T. R., Tenen D.G., c-Myc is a critical target for C/EBPa in granulopoiesis. Mol. Cell. Biol., 21, 389-3806, 2001.

50. Johnson P.F., Molecular stop signs: regulation of cell cycle arrest by C/EBP transcription factors. J. Cell Sci., 118, 2545-2555, 2005.

51. Juhlin C., Larsson C., Yakoleva T., Leibiger I., Leibiger B., Alimov A., Weber G., Hoog A., Villablanca A., Loss of parafibromin expression in a subset of parathyroid adenomas. Endocr. Relat. Cancer, 13(2), 509-523, 2006.

52. Kaestner K.H., Katz J., Liu Y., Drucker D.J. and Schutz G., Inactivation of the winged helix transcription factor HNF3alpha affects glucose homeostasis and islet glucagon gene expression in vivo., Genes Dev., 13, 495-504, 1999.

53. Kaestner K. H., Knochel W. and Martinez D. E., Unified nomenclature for the winged helix/forkhead transcription factors. Genes Dev., 14, 142—146, 2000.

54. Kaestner K.H., Hiemisch H., Lucow B., Schutz G., The HNF-3 gene family of transcription factors in mice: gene structure, cDNA sequence, and mRNA distribution. Genomics, 20, 377-385, 1994.

55. Kalin T.V., Wang I.C., Ackerson T.J., Major M.L., Detrisac C.J., Kalinichenko V.V., Lyubimov A., Costa R.H., Increased levels of the

56. FoxMl transcription factor accelerate development and progression of prostate carcinomas in both TRAMP and LADY transgenic mice. Cancer Res., 66(3), 1712-20; 2006.

57. Kaufmann E., Knochel W., Five years on* wings of fork head. Mech. Dev., 57, 3-20, 1996.

58. Krajnak K., Waugh S., Miller R., Baker B., Geronilla K., Alway S.E., Cutlip RG Proapoptotic factor Bax is increased in satellite cells in the tibialis anterior muscles of old rats. Muscle Nerve, 34(6), 720-30, 2006.

59. Kuznetsov V.A., Orlov Y.L., Wei C.L., Ruan Y., Computational analysis and modeling of genome-scale avidity distribution of transcription factor binding sites in chip-pet experiments.Genome Inform., 19, 83-94, 2007.

60. Lai E., Prezioso V.R., Smith, E., Litvin O., Costa R.H. and Darnell J.E., HNF-3A, a hepatocyte-enriched transcription factor of novel structure is regulated transcriptionally. Jr. Genes Dev., 4, 1427-1436, 1990.

61. Lai E., Prezioso V.R., Tao W.F., Chen W.S., Darnell J.E. Hepatocyte nuclear factor 3 belongs to a gene family in mammals that is homologous to the Drosophila homeotic gene forkhead. Jr. Genes Dev., 5(3), 416-42, 1991.

62. Lai E., Prezioso V.R., Tao W.F., Chen W.S., Darnell, J.E., Hepatocyte nuclear factor 3 belongs to a gene family in mammals that is homologous to the Drosophila homeotic gene fork head. Jr. Genes Dev, 5(3), 416-427, 1991.

63. Latchman D.S., Eukaiyotic transcription factors. ELSEVIER Academic Press. 299-330, 2004

64. Lee C.S., Friedman-. J.R., Fulmer J.T. and Kaestner K.H., The initiation of liver development is dependent on FoxA transcription factors. Nature 435, 944-947, 2005.

65. Lee C.S., Sund N.J., Behr R., Herrera P.L. and Kaestner K.H., FoxA2 is required for the differentiation of pancreatic alpha-cells. Dev. Biol., 278, 484-495, 2005.

66. Lee H.J., Hwang M., Chattopadhyay S., Choi H.S., Lee K., Hepatocyte nuclear factor-3 alpha (HNF-3 alpha) negatively regulates androgen receptortransactivation in prostate cancer cells. Biochem. Biophys. Res. Commun., 367(2), 481-6, 2008.

67. Lehner F., Kulik U., Klempnauer J., Borlak J., The hepatocyte nuclear factor 6 (HNF6) andf FoxA2 are key regulators in colorectal liver metastases. FASEB J., 21(7), 1445-62, 2007.

68. Lin L., Czapiga M., Nini L., Zhang J.H., Simonds W.F. Nuclear localization of the parafibromin tumor suppressor protein implicated in the hyperparathyroidism-jaw tumor syndrome enhances its proapoptotic function. Mol. Cancer Res., 5(2), 183-193, 2007.

69. Lisa A. Cirillo and Kenneth S. Zaret., Specific Interactions of the Wing Domains of FoxAl Transcription Factor with DNA J. Mol. Biol., 366(3), 720-724, 2007.

70. Liu J.K., DiPersio C.M., Zaret K.S., Extracellular signals that regulate liver transcription factors during hepatic differentiation in vitro. Mol. Cell Biol., 11,773-784, 1991.

71. Liu J., Vasudevan S., Kipreos E.T. CUL-2 and ZYG-11 promote meiotic anaphase II and the proper placement of the anterior-posterior axis in C. elegans. Development, 131 (15), 3513-3525, 2004.

72. Liu P., Kao T.P., Huang H., CDK1 promotes cell proliferation and survival via phosphorylation and inhibition of FOXOl transcription factor. Oncogene, 27(34), 4733-4744, 2008.

73. Martelli F., Cenciarelli C., Santarelli G., Polikar B., Felsani A., Caruso M., MyoD induces retinoblastoma gene expression during myogenic differentiation Oncogene., 9(12), 3579-90, 1994.

74. Martynoga B., Morrison H., Price D.J., Mason J.O., Foxgl is required'for specification of ventral telencephalon and region-specific regulation ofdorsal telencephalic precursor proliferation and apoptosis Dev. Biol., 283(1), 113-127,2005.

75. R. R., Jamrich M., Severe defects in proliferation and differentiation of lens cells in Foxe3 null mice. Mol. Cell Biol., 25(20), 8854-8863, 2005.

76. Miller M.S., Buzard G.S., McDowell A.E., In vivo, inhibition of glucocorticoid-inducible gene expression by dimethylnitrosamine in rat liver. Biochem. Pharmacol., 45, 1465-1470, 1993.

77. Millevoi S., Thion L., Joseph G., Vossen C., Ghisolfi-Nieto L., Erard M.,V

78. Atypical binding of the neuronal POU protein N-Oct3 to noncanonical DNA targets. Implications for heterodimerization with HNF-3 beta. Eur. J. Biochem., 268(3), 781-91, 2001.

79. Mirosevich J., Gao N. and Matusik R. J., Expression of FoxA transcription factors in'the developing and adult murine prostate. Prostate 62, 339-352, 2005.

80. Muller C., Alunni-Fabbroni M., Kowenz-Leutz E., Mo X., Tommasino M., Leutz A., Separation of C/EBPa-mediated proliferation arrest and differentiation pathways. Proc. Natl. Acad. Sei., 96, 7276-7281, 1999.

81. Muller C., Calkhoven C. F., Sha X., Leutz A., The CCAAT enhancer-binding protein a (C/EBPa) requires a SWI/SNF complex for proliferation arrest. J: Biol. Chem., 279, 7353-7358, 2004.

82. Muller C., Calkhoven C.F., Sha, X., Leutz A., The CCAAT enhancer-binding protein a C/EBPa. requires a SWI/SNF complex for proliferation arrest. J. Biol. Chem., 279, 7353-7358, 2004.

83. Nakamura T., Mura T., Saito K., Ohsawa T., Akiyoshi H., and Sato K., Adenovirus-transferred HNF-3 gamma conserves some liver functions in primary cultured hepatocytes of adult rats. Biochem. Biophys. Res. Commun, 253, 352-357, 1998.

84. Nerlov C. C/EBPalpha mutations in acute myeloid leukaemias. Nat. Rev. Cancer., 4, 394-400, 2004.

85. Nitsch D., Boshart M., Schutz G., Activation of the tyrosine aminotransferase gene is dependent on synergy between liver-specific and hormone-responsive elements. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 90, 5479-5483, 1993.

86. Nitsch D., Boshart M., Schütz G., Extinction of tyrosine aminotransferase gene activity in somatic cell hybrids involves modification and loss of several essential transcriptional activators. Genes Dev., 7(2), 308-19, 1993.

87. Guillon N., Tirode F., Boeva V., Zynovyev A., Barillot E., Delattre O., The oncogenic EWS-FLI1 protein binds in-vivo GGAA microsatellite sequences with potential transcriptional activation function. PLoS ONE., 4(3), 4932, 2009.

88. O.J. Schoneveld, I.C. Gaemers, W.H. Lamers, Mechanisms of glucocorticoid signaling, Biochem. Biophys. Acta 1680, 114-128, 2004

89. O'Hagan R.C., Ohh M., David G., Moreno I., Alt F.W., Kaelin W.G., DePinho R.A., Myc-enhanced expression of Cull promotes ubiquitin-dependent proteolysis and cell cycle progression. Genes & Dev., 14, 21852191,2000.

90. Oshima H., Szapary D., Simons S.S. The factor binding to the glucocorticoid modulatory element of the tyrosine aminotransferase gene is a novel and ubiquitous heteromeric complex. J. Biol. Chem., 270(37), 21893-21901, 1995.

91. Overdier D.G., Porcella A., Costa R.H., The DNA-binding specificity of the hepatocyte nuclear factor 3/forkhead domain is influenced by amino-acid residues adjacent to the recognition helix. Mol. Cell Biol., 14(4), 2755-2766, 1994.

92. Park S.H., Waxman D.J., Inhibitory cross-talk between STAT5b and liver nuclear factor HNF3b. Impact on the regulation of growth hormone pulsestimulated, male-specific liver cytochrome P-450 gene expression. J. Biol. Chem., 276, 43031-43039, 2001.

93. Pedersen T.A., Kowenz-Leutz E., Leutz A., Nerlov C., Cooperation between C/EBPa, TBP/TFIIB and SWI/SNF recruiting domains is required for adipocyte differentiation. Genes Dev., 15, 3208-3216, 2001.

94. Perry R, Rudnick M., Molecular mechanisms regulating myogenicdetermination and differentiation. Front Biosci., 5, 750-767, 2000.

95. Peters D, Barash I. A., Burdi M, Yuan P.S., Mathew L, Friden J, Lieber R. L., Asynchronous functional, cellular and transcriptional changes after a bout of eccentric exercise in the rat. J Physiol., 553, 947-957, 2003.

96. Peterson R.S., Clevidence D.E., Ye H. and Costa R.H. Hepatocyte nuclear factor-3 alpha promoter regulation involves recognition by cell-specific factors, thyroid transcription factor-1, and autoactivation. Cell Growth Differ., 8, 69-82, 1997

97. Philippe J., Hepatocyte-nuclear factor 3 gene transcripts generate protein isoforms with different transactivation properties on the glucagon gene. Mol. Endocrinol., 9, 368-374, 1995.

98. Philippe J., Morel C., Prezioso V. Glucagon gene expression is negatively regulated by hepatocyte nuclear factor 3. Mol. Cell. Biol., 14, 3514-3523, 1994.

99. Philippoul A., Halapas M., Maridaki M., Koutsilieris J., Type I insulin-like growth factor receptor signaling in skeletal muscle regeneration and hypertrophy Musculoskelet Neuronal Interact., 7(3), 208-218, 2007

100. Pintard L., Willems A., Peter M., Cullin-based ubiquitin ligases: Cul3-BTB complexes join the family. EMBO J., 23(8), 1681-1687, 2004.

101. Psilander N., Damsgaard R., Pilegaard H., Resistance exercise alters MRF and IGF-I mRNA content in human skeletal muscle. J. Appl. Physiol., 95, 1038-1044, 2003.

102. Sueyoshi T., Yokomori N., Korach, K.S., Negishi M., Developmental action of estrogen receptor-alpha feminizes the growth hormone-Stat5b pathway and expression of Cyp2a4 and Cyp2d9 genes in mouse liver. Mol. Pharmacol., 56(3), 473-477, 1999.

103. Qian X., Costa R.H., Analysis of hepatocyte nuclear factor 3 beta protein domains required for transcriptional activation and nuclear targeting. Nucleic Acids Res., 23, 1184-1191, 1995.

104. R. Kumar, E.B. Thompson, Gene regulation by glucocorticoid receptor: Structure:function relationship, J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 94, 310-319. 2005.

105. Ramji D.P., Foka P., CCAAT/enhancer-binding proteins: structure, function and regulation. Biochem. J., 365, 561-575, 2002.

106. Rausa F.M., Tan Y., Costa R.H., Association between hepatocyte nuclear factor 6 (HNF-6) and FoxA2 DNA binding domains stimulates FoxA2 transcriptional activity but inhibits HNF-6 DNA binding. Mol. Cell Biol., 23(2), 437-49, 2003.

107. Reichardt H.M., Schutz G., Glucocorticoid signalling—multiple variations of a common theme. Mol. Cell Endocrinol., 146, 1-6, 1998.

108. Roux J., Pictet R., Grange T., Hepatocyte nuclear factor 3 determines the amplitude of the glucocorticoid response of the rat tyrosine aminotransferase gene. DNA Cell Biol., 14(5), 385-396, 1995.

109. Rozenblatt-Rosen O., Hughes C.M., Nannepaga S.J., Shanmugam K.S., Copeland T.D., Guszczynski T., Resau J.H., Meyerson M., The parafibromin tumor suppressor protein is part of a human Pafl complex. Mol. Cell. Biol., 25(2), 612-620, 2005.

110. Samadani U., Qian X., Costa R.H., Idetification of a transthyretin enhancer site that selectively binds the hepatocyte nuclear factor 3 isoform. Gene expression. 6, 23-33, 1996.

111. Scassa M.E., Guberman A.S., Ceruti J.M., Canepa E.T. Hepatic nuclear factor 3 and nuclear factor 1 regulate 5-aminolevulinate synthase gene expression and are involved in insulin repression. J. Biol. Chem., 279, 28082-28092, 2004.

112. Schindl M., Gnant M., Schoppmann S.F., Horvat R., Birner P., Overexpression of the human homologue for Caenorhabditis elegans cul-4 gene is associated with poor outcome in node-negative breast cancer. Anticancer Res., 27(2), 949-952, 2007.

113. Schmid J. A., Birbach A., Ik'appaB kinase beta (IKKbeta/IKK2/IKBKB)~a key molecule in signaling to the transcription factor NF-kappaB. Cytokine Growth Factor Rev., 19(2), 157-65, 2008.

114. Schoneveld O.J., Gaemers I.C., Das A.T., Hoogenkamp M., Renes J., Ruijter J. M., Lamers W.H., Structural requirements of the glucocorticoid-response unit of the carbamoyl-phosphate synthase gene. Biochem. J., 382, 463-470, 2004.

115. Schoneveld O.J., Gaemers I.C., Lamers W.H., Mechanisms of glucocorticoid signaling. Biochim. Biophys., 1680(2), 114-128, 2004.

116. Schoneveld O.J., Gaemers I.C., Lamers W.H., Mechanisms of glucocorticoid signaling. Biochim. Biophys., 1680(2), 114-128, 2004.

117. Schrem H., Klempnauer J., Borlak J., Liver-enriched transcription factors in liver function and development. Part I: the hepatocyte nuclear factor network and liver-specific gene expression. Pharmacol Rev., 54(1), 129-58, 2002.

118. Schuster M.B., Porse, B.T., C/EBPa: a tumour suppressor in multiple tissues? Biochim. Biophys., 1766, 88-103, 2006.

119. Seo S., Kume T., Forkhead transcription factors, Foxcl and Foxc2, are required for the morphogenesis of the cardiac outflow tract. Dev Biol., 296(2), 421-36, 2006.

120. Shapiro D.J., Sharp P.A., Wahli W.W., Keller M.J., A high-efficiency HeLa cell nuclear transcription extract. DNA, 7, 47-55, 1988.

121. Shih D.Q., Navas M.A., Kuwajima S., Duncan S.A. and Stoffel M., Impaired glucose homeostasis and neonatal mortality in hepatocyte nuclear factor 3alpha-deficient mice. Proc. Natl. Acad. Sci., 96, 10152-10157, 1999.

122. Sonneville R., Gonczy P., Zyg-11 and cul-2 regulate progression through meiosis II and polarity establishment in C. elegans. Development, 131(15), 3527-3543, 2004.

123. Sund N.J., Ang S.L., Sackett S.D., Shen W., Daigle N., Magnuson M.A. and Kaestner K.H., Hepatocyte nuclear factor 3beta (FoxA2) is dispensable for maintaining the differentiated state of the adult hepatocyte. Mol. Cell Biol., 20,5175-5183,2000.

124. Suzuki K., Yu X., Chaurand P., Araki Y., Lareyre J.J., Caprioli R.M., Orgebin-Crist M.C., Matusik R.J., Epididymis-specific lipocalin promoters. Asian J. Androl., 9(4), 515-21, 2007.

125. Taylor S., Peters J. M., Polo and Aurora kinases: lessons derived from chemical biology. Curr. Opin Cell Biol., 20(1), 77-84, 2008.

126. Terenzi H., Petropoulas I., Ellouze C., Takahashi M., Zakin M.M., Interaction of DNA binding domain of HNF-3P with its transferrin enhancer DNA specific site. FEBS Letters, 369, 277-282, 1995.

127. Timchenko N.A., Harris T.E., Wilde M., Bilyeu T.A., Burgess-Beusse B. L., Finegold M. J., Darlington G. J. CCAAT/enhancer-binding protein a regulates p21 protein and hepatocyte proliferation in newborn mice. Mol. Cell. Biol., 17, 7353-7361, 1997.

128. Timchenko N.A., Wilde M., Darlington G.J., C/EBPa regulates formation of S-phase -specific E2F-pl07 complexes in livers of newborn mice. Mol. Cell. Biol., 19, 2966-2945, 1999.

129. Timchenko N.A., Wilde M., Nakanishi M., Smith J. R., Darlington G.J., CCAAT/enhancer-binding protein alpha (C/EBP alpha) inhibits cell proliferation through the p21 (WAF-l/CIP-l/SDI-1) protein. Genes Dev., 10(7), 804-15, 1996.

130. Vaccarello G., Figliola R., Cramerotti S., Novelli F., and Maione R.J., p57Kip2 is induced by MyoD through a p73-dependent pathway. Mol. Biol., 356, 578-588, 2006.

131. Wan H., Dingle S., Xu Y., Besnard V., Kaestner K.H., Ang S.L., Wert S., Stahlman M. . and Whitsett, J. A., Compensatory roles of FoxAl and FoxA2 during lung morphogenesis. J. Biol. Chem., 280, 13809-13816, 2005.

132. Wan H., Kaestner K.H., Ang S. L., Ikegami, M., Finkelman F.D., Stahlman M.T., Fulkerson P.C., Rothenberg M.E. and Whitsett J.A., FoxA2 regulates alveolarization and goblet cell hyperplasia. Development, 131, 953-964, 2004.

133. Wang G.L., Iakova P., Wilde M., Awad S., Timchenko N.A., Liver tumors escape negative control of proliferation via PI3K/Akt-mediated block of C/EBP alpha growth inhibitory activity. Genes Dev., 18, 912-925, 2004.

134. Wang H., Iakova P., Wilde M., Welm A., Goode T., Roesler W. J., Timchenko N. A. C/EBPa arrests cell proliferation through direct inhibition of Cdk2 and Cdk4. Mol. Cell, 8, 817-828, 2001.

135. Wang H., Larris B., Peiris T.H., Zhang L., Le Lay J, Gao Y., Greenbaum L. E., C/EBPbeta activates E2F-regulated genes in vivo via recruitment of the coactivator CREB-binding protein/P300 J. Biol. Chem., 282(34), 24679-882007.

136. Wang I. C., Meliton L., Tretiakova M., Costa R.H., Kalinichenko V.V., Kalin T.V., Transgenic expression of the forkhead box Ml transcription factor induces formation of lung tumors. Oncogene, 27(30), 4137-4149,2008.

137. Wang, J.C., Waltner-Law, M., Yamada, K., Osawa, H., Stifani, S., Granner, D.K., Transducin-like enhancer of split proteins, the human homologs of

138. Drosophila groucho, interact with hepatic nuclear factor 3 beta. J. Biol. Chem., 275(24), 18418-18423, 2000

139. Weigel D., Jurgens G., Kuttner F., Seifert E. and Jackie H., The homeotic gene fork head encodes a nuclear protein and is expressed in the terminal regions of the Drosophila embryo.Cell, 57, 645-658, 1989.

140. Weinstein D.C., Ruiz i Altaba A., Chen W.S., Hoodless P., Prezioso V.R., Jessell T.M. and Darnell J.E., The winged-helix transcription factor HNF-3 beta is required for notochord development in the mouse embryo. Cell, 78, 575-588, 1994.

141. Wierstra I., Alves J., The c-myc promoter: still MysterY and challenge. Adv Cancer Res., 99, 113-333, 2008.

142. Wolfrum C., Besser D., Luca E. and Stoffel M. Insulin regulates the activity of forkhead transcription factor Hnf-3beta/FoxA-2 by Akt-mediated phosphorylation and nuclear/cytosolic localization. Proc. Natl. Acad. Sci., 100,11624-11629, 2003.

143. Yart A., Gstaiger M., Wirbelauer C., Pecnik M., Anastasiou D., Hess D., Krek W., The HRPT2 tumor suppressor gene product parafibromin associates with human PAF1 and RNA polymerase II. Mol. Cell. Biol., 25(12), 5052-5060, 2005.

144. Yeoh G.C., The effect of 3'-methyl-4-demethyl-aminoazobenzene of foetal rat hepatocytes in culture. Eur J Cancer Clin Oncol. 17(7), 743-52, 1981

145. Yoshida Y., Wang I. C., Yoder H.M., Davidson N.O., Costa R.H., Theforkhead box Ml transcription factor contributes to the development andgrowth of mouse colorectal cancer Gastroenterology, 132(4), 1420-31, 2007.

146. Yu X., Suzuki K., Wang Y., Gupta A., Jin R., Orgebin-Crist M.C., Matusik R., The role of forkhead box A2 to restrict androgen-regulated gene expression of lipocalin 5 in the mouse epididymis. Mol. Endocrinol., 20(10), 2418-2431,2006.

147. Yu X., Gupta A., Wang Y., Suzuki K., Mirosevich J., Orgebin-Crist M.C., Matusik R.J., FoxAl and FoxA2 interact with the androgen receptor to regulate prostate and epididymal genes differentially. Acad Sci., 1061, 7793, 2005.

148. Zada A.A., Pulikkan J.A., Bararia D., Geletu M., Trivedi A.K., Balkhi M. Y., Hiddemann W.D., Tenen D.G., Behre H.M., Behre G. Proteomic discovery of Max as a novel interacting partner of С/ЕВРа: а Мус/Мах/ Mad link. Leukemia, 20, 2137-2146, 2006.