Влияние белка SUUR на структуру политенных хромосом Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Колесникова, Татьяна Дмитриевна

• Колесникова, Татьяна Дмитриевна
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Колесникова, Татьяна Дмитриевна

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. Пространственно-временная картина репликации (обзор литературы).

1.1. Ориджины репликации.

1.2. Инициация репликации.

1.3. Программирование времени инициации репликации.

1.3.1. Программирование в клеточном цикле.

1.3.2. Положение в ядре играет важную роль в программировании ориджинов

1.3.3. Статус ацетилирования гистонов ориджинов определяет время инициации репликации.

1.3.4. У S. cerevisiae существует несколько независимых механизмов программирования позднего включения ориджинов.

1.3.5. Участие ORC в определении временной программы репликации.

1.4. Эффективность ориджинов репликации.

1.5. Фокусы репликации.

1.6. Скорость репликации.

1.7. Время репликации отдельных участков генома.

1.8. О связи транскрипции и репликации.

1.9. Значение точной временной последовательности репликации генома.

1.10. Пространственно-временная картина репликации в политенных тканях D. melanogaster.

1.10.1. Эндоцикл.

1.10.2. Репликация политенных хромосом слюнных желез.

1.11. Белок SUUR специфически контролирует недорепликацию в СЖ.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Условия проведения опытов.

2.2. Линии D. melanogaster.

2.3. Приготовление давленых препаратов слюнных желез.

2.4. Приготовление препаратов политенных хромосом для гибридизации in situ

2.5. Процедура гибридизации in situ.

2.6. Приготовление препаратов для иммуноокрашивания политенных хромосом

2.7. Иммуноокрашивание политенных хромосом.

2.8. Анализ препаратов.

2.9. Детекция апоптоза.

2.10. EMS мутагенез.

2.11. Получение трансгенных мух.

2.12. Вестерн-блот анализ.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1.Цитогенетический анализ прицентромерного района политенной Xхромосомы.

3.1.1 .Морфология района 20.

3.1.2.Построение карты района 20 в линиях, несущих мутацию SuUR и цитологический анализ границ инверсий, разрывающих прицентромерный гетерохроматин Х-хромосомы.

3.1.3. Локализация генетических маркеров.

3.2. Фенотипы, вызванные эктопической экспрессией SUUR.

3.2.1. Эктопическая экспрессия SUUR ингибирует политенизацию в слюнных железах.

3.2.2. Повсеместная экспрессия SUUR ингибирует личиночный рост и приводит к летальности.

3.2.3. Влияние эктопической экспрессии SUUR на диплоидные ткани.

3.2.3.2. Экспрессия в крыловом имагинальном диске.

3.2.3.3.Экспрессия в других тканях.

3.3. Создание линий, экспрессирующих укороченные формы белка SUUR.

3.3.1.Мутагенез, направленный на получение мутаций в трансгене \JAS-SuUR

3.3.2. Анализ мутаций в трансгене.

3.3.3. Р-элементные конструкции на основе С-концевой части SUUR.

3.4. Анализ функциональной значимости отдельных участков SUUR.

3.4.1 Фенотипы эктопической экспрессии фрагментов SUUR.

3.4.2. Связывание фрагментов SUUR с хромосомами СЖ.

3.4.3. Фрагменты SUUR специфично узнают районы ИГХ.

3.4.4.Влияние эктопической экспрессии N-концевых фрагментов SUUR на эндогенный SUUR.

3.4.5. Влияние фрагментов SUUR на недорепликацию в политенных хромосомах СЖ.

3.4.6.Фрагменты SUUR вызывают реорганизацию структуры политенных хромосом.

Слипание дисков политенных хромосом.

Влияние на пуфы.

3.4.7.Влияния эктопической экспрессии фрагментов SUUR на распределение НР1 на политенных хромосомах СЖ.

3.4.7.1 .Оверэкспрессия SUUR вызывает перераспределение НР1 на хромосомах

3.4.7.2.Исследование влияния эктопической экспрессии фрагментов SUUR на распределение НР1 на политенных хромосомах СЖ.

3.4.8.Исследование взаимодействия эктопически экспрессированных фрагментов с избыточным полноразмерным SUUR.

Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1. Влияние мутации SuUR на прицентромерный район политенной X-хромосомы.

4.2. Использование системы GAL4-UAS для исследования функционального значения гена SuUR.

4.3. Использование доминантных фенотипов в системе GAL4-UAS, для получения функциональных мутаций в трансгене UAS-SuUR.

4.4. Анализ функциональных участков SUUR.

4.4.1 .Влияние на репликацию.

4.4.2.Связывание с хромосомами.

4.4.3. Самоагрегация.

4.4.4.Влияние на структуру хромосом.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Влияние белка SUUR на структуру политенных хромосом Drosophila melanogaster»

Актуальность проблемы

Исследования последних лет показали, что общим свойством организации геномов эукариот является их разделение на дискретные структурно-функциональные домены. Важнейшей характеристикой таких доменов является стабильное эпигенетичекое состояние, определенное положение в ядре и синхронная репликация в S-фазе. Во многих случаях именно время репликации является определяющим для поддержания эпигенетического состояния домена. Пространственно-временная картина репликации генома, в свою очередь, жестко регулируется в клеточном цикле. Механизмы, лежащие в основе такой регуляции, высоко консервативны у эукариот.

В политенных тканях D. melanogaster временная картина репликации имеет особенности, свойственные только этим тканям. Гетерохроматиновые районы политенных хромосом слюнных желез реплицируются значительно дольше, чем эухроматиновые, не успевают закончить репликацию до конца S-фазы, и остаются недопредставленными. Было показано, что эти зоны недорепликации в значительной степени совпадают с поздно реплицирующимися районами в культуре клеток дрозофилы. Это указывает на общность организации и контроля репликации в разных тканях.

Ключевым регулятором времени репликации в политенных хромосомах слюнных желез D. melanogaster является ген Suppressor of Underreplication (SuUR). Белок SUUR связывается с районами прицентромерного, интеркалярного гетерохроматина, а также с районами хромосом, подверженными компактизации в результате эффекта положения мозаичного типа. У мутантов SuUR эти районы хромосом заканчивают репликацию раньше в S-фазе. Как следствие, на политенных хромосомах исчезают разломы, и вместо /ff-гетерохроматина в прицентромерных районах наблюдается дисковый рисунок.

В данной работе для выяснения механизмов действия SUUR, мы исследовали влияние мутации гена и избыточной экспрессии белка на структуру эу- и гетерохроматиновых районов политенных хромосом.

Уникальный цитологический фенотип мутации SuUR оказался удобным инструментом для цитогенетического анализа. Поэтому первая часть работы посвящена анализу прицентромерного района Х-хромосомы у мутантов SuUR. Мы исследовали, как соотносятся видимые на морфологическом уровне структуры политенной хромосомы с молекулярно-генетическими маркерами гетерохроматина митотической Х-хромосомы.

Для исследования структуры и функции белка SUUR мы применили новый подход - эктопическую экспрессию в системе GAL4-UAS. При помощи этой системы мы экспрессировали различные фрагменты белка, что позволило выяснить функциональное значение его отдельных доменов.

Цель и задачи исследования

Целью данной работы было изучение влияния белка SUUR на структуру эу- и гетерохроматиновых районов политенных хромосом и выявление функционального значения отдельных его фрагментов.

В связи с этим были поставлены следующие конкретные задачи:

1. Провести цитогенетический анализ /?-гетерохроматина политенной X-хромосомы и исследовать влияние мутации SuUR на его структуру.

2. Проанализировать доминантные фенотипы, возникающие при эктопической экспрессии SUUR в разных тканях в системе GAL4-UAS.

3. Получить мутации в трансгене UAS-SuUR при помощи EMS мутагенеза.

4. Получить трансгенные линии, экспрессирующие С-концевые фрагменты SUUR.

5. Исследовать функциональную значимость отдельных участков SUUR на основании цитогенетического анализа фенотипов, возникающих под влиянием эктопической экспрессии мутантных трансгенов.

Научная новизна

Впервые построена цитологическая карта района 20 политенной X-хромосомы, позволяющая локализовать наиболее проксимальные гены района. Впервые показано, что для района 20 характерны значительные межлинейные различия морфологии, связанные как с транс-модификаторами, так и с цис-факторами. Показано, что в политенной Х-хромосоме значительная доля /?-гетерохроматина относится к митотическому эухроматину. Впервые получены доминантные фенотипы эктопической экспрессии SUUR в системе GAL4-UAS. Впервые показано, что SUUR имеет как минимум два отдельных района связывания с хромосомами, его С-концевая часть контролирует недорепликацию в интеркалярном и прицентромерном гетерохроматине. Эктопическая экспрессия N-концевых фрагментов SUUR удаляет эндогенный SUUR с политенных хромосом, вызывая фенотип SuURT, и индуцирует специфические морфологические изменения в гетерохроматине.

Практическая ценность

Впервые построенная цитологическая карта проксимального района политенной Х-хромосомы вплоть до районов, соответствующих границе митотического гетерохроматина Х-хромосомы, что позволяет производить тонкое картирование многочисленных цитогенетических маркеров, относимых к району 20. Показано, что для этого района характерна высокая межлинейная вариабельность морфологии, что снимает противоречия между литературными данными относительно правильного картирования этого района. Характеристика доминантных фенотипов при эктопической экспрессии SUUR и его фрагментов является базой для дальнейших исследований структуры и функции гена SuUR D. melanogaster.

Апробация работы

Результаты работы представлены на международных конференциях в докладах и стендовых сообщениях: на 5-ой международной конференции по гетерохроматину (Кортона, Италия, 2001), 6-ой международной конференции по гетерохроматину (Равелло, Италия, 2003), 14-ой международной хромосомной конференции (Вюрцбург, Германия 2001), международной конференции «Хроматин и регуляция транскрипции» (Москва, 2003), Лаврентьеве кой конференции молодых ученых (Новосибирск, 2003), 44-ой и 45-ой конференциях по дрозофиле (Нью-Йорк, США, 2003, 2004).

Объем работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов, обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в которые входит 212 ссылок. Работа изложена на 136 страницах машинописного текста, содержит 4 таблицы и 35 рисунков.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Колесникова, Татьяна Дмитриевна

Выводы

1. Цитогенетический анализ прицентромерного района политенной X-хромосомы позволил установить, что /?-гетерохроматин политенной X-хромосомы соответствует специфической переходной зоне между эу- и гетерохроматином митотической хромосомы. Построена карта района 20 для восьми линий, несущих мутацию SuUR. Обнаружена межлинейная вариабельность морфологии этого района.

2. Получены доминантные фенотипы при эктопической экспрессии SuUR в системе GAL4-UAS. Показано, что политенные и диплоидные ткани по-разному реагируют на эктопическую экспрессию SUUR. а) Эктопическая экспрессия SUUR значительно ингибирует политенизацию в слюнных железах. б) Повсеместная экспрессия SUUR приводит к гибели личинок. в) Эктопическая экспрессия SUUR в крыловом имагинальном диске вызывает апоптоз, и, как следствие, нарушения развития крыла.

3. Анализ функциональной значимости отдельных участков SUUR показал, что: а) С-концевая часть белка контролирует недорепликацию в интеркалярном и прицентромерном гетерохроматине, а при эктопической экспрессии супрессирует эндорепликацию. б) В белке SUUR есть как минимум два независимых района связывания с хромосомами, способных специфически узнавать интеркалярный и прицентромерный гетерохроматин. в) Эктопическая экспрессия N-терминальных фрагментов SUUR приводит к удалению эндогенного SUUR с политенных хромосом, вызывая фенотип SuUR~ г) Связывание фрагментов SUUR вызывают реорганизацию структуры политенных хромосом. Эктопическая экспрессия N-терминальных фрагментов SUUR индуцирует специфические пузыри в гетерохроматине. д) Эктопическая экспрессия N-терминальных фрагментов SUUR перераспределяет НР1 на политенных хромосомах СЖ.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Колесникова, Татьяна Дмитриевна, 2005 год

1. Abdelilah-Seyfried S., Chan y. m., Zeng C., Justice n. J., Younger-Shepherd S., A gain-of-function screen for genes that affect the development of the Drosophila adult external sensory organ// Genetics. 2000. V. 155. P.733-752.

2. Ahmad K., Henikoff S., Histone H3 variants specify modes of chromatin assembly// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V.99. P.16477-16484.

3. Ahmad K., Henikoff S., Centromeres are specialized replication domains in heterochromatin//J. Cell Biol. 2001. V.153. N.l. P.101-110.

4. Aladjem M. I., Rodewald L. W., Kolman J. L., Wahl G. M. Genetic dissection of a mammalian replicator in the human beta-globin locus// Science. 1998. V.281. N.5379. P. 1005-1009.

5. Alexiadis V., Halmer L., Gruss C. Influence of core histone acetylation on SV40 minichromosomes replication in vitro// Chromosoma. 1997. V.105. P.324—331.

6. Alexiadis V., Varga-Weisz P. D., Bonte E., Becker P. В., Gruss C. In vitro chromatin remodelling by chromatin accessibility complex (CHRAC) at the SV40 origin of DNA replication // EMBO J. 1998. V.17. N.l2. P.3428-3438.

7. Allshire R., Bickmore W., Pausing for Thought on the Boundaries of Imprinting // Cell. 2000. V. 102. P.705-708.

8. Ananiev E.V., gvozdev V.A., Changed pattern of transcription and replication in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster resulting from eu-heterochromatin rearrangement// Chromosoma. 1974. V.45. P. 173 191.

9. Ananiev E. V., Polukarova L. G., Yurov Y. В., Replication of chromosomal DNA in diploid Drosophila melanogaster cells cultured in vitro// Chromosoma. 1977. V.59. N.3. P.259-272.

10. Aparicio J. G., Viggiani C. J., Gibson D. G., Aparicio О. M., The Rpd3-Sin3 histone deacetylase regulates replication timing and enables intra-S origin control in Saccharomyces cerevisiae// Mol. Cell Biol. 2004. V.ll. P.4769-4780.

11. Aparicio О. M., Stout A. M., Bell S. P. Differential assembly of Cdc45p and DNA polymerases at early and late origins of DNA replication// Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1999. V.96. N.16. P.9130-9135.

12. Asano M.,.wharton R. P, E2F mediates developmental and cell cycle regulation of ORC1 in Drosophila!IEMBO J. 1999. V.18. N.9. P.2435-2448.

13. Becker P. В., horz W. ATP-dependent nucleosome remodeling// Ann. Rev. Biochem. 2002. V.71. P.247-273.

14. Berezney R., Dubey D. D., Huberman J. A. Heterogeneity of eukaryotic replicons, replicon clusters,and replication foci// Chromosoma. 2000. V.108. P.471-484.

15. BICKMORE W. A., CAROTHERS A. D. Factors affecting the timing and imprinting of replication on a mammalian chromosome// J. Cell Sci. 1995. V.108. P.2801-2809.

16. Brand A. H., perrimon N. Targeted gene expression as a means of altering cell fates and generating dominant phenotypes// Development. 1993. V.l 18. P.401-415.

17. Bridger J. M., Boyle S., Kill I. R., Bickmore W. A. Re-modelling of nuclear architecture in quiescent and senescent human fibroblasts// Curr. Biol. 2000. V.10. N.3. P.149-152.

18. Brinton в. т., Caddle M. S., Heintz N. H. Position and orientation-dependent effects of a eukaryotic Z-triplex DNA motif on episomal DNA replication in Cos-7 cells//J. Biol. Chem. 1991. V.266. P.5153-5161.

19. BURGERS P. M. J. Eukaryotic DNA polymerases in DNA replication and DNA repair// Chromosoma. 1998. V.107. P.218-227.

20. Calvi B. R., Lilly M. A., Spradling A. C. Cell cycle control of chorion gene amplification// Genes Dev. 1998. V.12. P.734-744.

21. Capdevila J., Guerrero I. Targeted expression of the signaling molecule decapentaplegic induces pattern duplications and growth alterations in Drosophila wings// EMBO J. 1994. V.13. P.4459^468.

22. Chatterjee S. N., Mondal S. N., Mukherjee A. S. Interchromosomal asynchrony of DNA replication in polytene chromosomes of Drosophila pseudoobscura// Chromosoma. 1976. V.54. V.2. P.117-25.

23. Cheng L., Kelly T. J. Transcriptional activator nuclear factor I stimulates the replication of SV40 minichromosomes in vivo and in vitro// Cell. 1989. V.59. N.3. P.541-551.

24. Chesnokov I., Gossen M., Remus D., Botchan M. Assembly of functionally active Drosophila origin recognition complex from recombinant proteins// Genes Dev. 1999. V.13. P.1289-1296.

25. Cheutin Т., McNairn A. J., Jenuwein Т., Gilbert D. M., Singh P. В., Misteli T. Maintenance of Stable Heterochromatin Domains by Dynamic HP1 Binding// Science. 2003. V.299. N.5607. P.721-725.

26. Cosgrove A. J., Nieduszynski C. A., Donaldson A. D. Ku complex controls the replication time of DNA in telomere regions// Genes Dev. 2002. V.16. P. 2485-2490.

27. Cowell J. K., Hartmann-Goldstein I. J. Contrasting response of euchromatin and heterochromatin to translocation in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster// Chromosoma. 1980. V. 79. P. 329 340.

28. Dalgaard J. Z., Klar A. J. S. swil and swi3 perform imprinting, pausing, and termination of DNA replication in S. pombe// Cell. 2000. V.102. P.745-751.

29. Delattre M., Spierer A., Tonka C.-H., Spierer P. The genomic silencing of position-effect variegation in Drosophila melanogaster: interaction between the heterochromatin-associated proteins Su(var)3-7 and HP1// J. Cell Sci. 2000. V.113. P.4253-4261.

30. Delgado S., Gomez M., Bird A., Antequera F. Initiation of DNA replication at CpG islands in mammalian chromosomes// EMBO J. 1998. V.17. P.2426-2435.

31. DePamphilis M. L. Replication origins in metazoan chromosomes: fact or fiction?// BioEssays. 1999. V.21. P.5-16.

32. Devlin R.H., Bingham В., Wakimoto B.T. The organization and expression of the light gene, a heterochromatic gene of Drosophila melanogaster I I Genetics. 1990. V. 125. P. 129 140.

33. Diffley J. F., Labib K. The chromosome replication cycle// J. Cell Sci. 2002. V.115. N.5. P. 869-872.

34. Dimitrova D. S., Gilbert D. M. The Spatial Position and Replication Timing of Chromosomal Domains Are Both Established in Early G1 Phase// Mol. Cell. 1999. V. 4. P.983-993.

35. Dimitrova D. S., Gilbert D. M. Temporally coordinated assembly and disassembly of replication factories in the absence of DNA synthesis// Nat. Cell Biol. 2000. V.2. N.10. P.686-694.

36. Donaldson A. D., Raghuraman M. K., Friedman K. L., Cross F. R., Brewer B. J., Fangman W. L. CLB5-dependent activation of late replication origins in S. Cerevisiae!/ Mol. Cell. 1998. V.2. N.2. P. 173-82.

37. Donaldson A. D., Blow J. J. DNA replication: stable driving prevents fatal smashes// Curr. Biol. 2001. V.ll. N.23. P.R979-982.

38. Drouin R., Lemieux N., Richer C-L. Analysis of DNA replication during S-phase by means of dynamic chromosome banding at high resolution// Chromosoma. 1990. V.99. P.273-280.

39. Dyson N. The regulation of E2F by pRB-family proteins// Development. 1998. V.12. P.2245-2262.

40. Edgar B. A., Orr-weaver T. L. Endoreplication Cell Cycles: More for Less// Cell. 2001. V.105. P.297-306.

41. Feger G., Vaessin H., Su Т. Т., Wolff E., Jan L. Y., Jan Y. N. dpa, a member of the MCM family, is required for mitotic DNA replication but not endoreplication in Drosophila// EMBO J. 1995. V.14. P.5387-5398.

42. Fitzpatrick C. a. , sharkov N. v., Ramsay G., Katzen A. L. Drosophila myb exerts opposing effects on s phase, promoting proliferation and suppressing endoreduplication//Development. 2002. V.129. P.4497-4507.

43. Follette p. J., Duronio R. J., O'Farrell P. H. Fluctuations in cyclin E levels are required for multiple rounds of endocycle S // Curr. Biol. 1998. V.8. N.4. P.235-238.

44. Gall J. G., Cohen E. H., Polan M. L. Repetitive DNA sequences in Drosophila// Chromosoma. 1971. V.33. P.319-344.

45. Gilbert D. M. Nuclear Position Leaves its Mark on Replication Timing// J. Cell Biol. 2001. V.152. N.2. P.F11-15.

46. Gilbert D. M. Replication timing and metazoan evolution// Nat. Genet. 2002. V.32. P.336-337.

47. Goldman M. A., Holmquist G. P., Gray M. C., Caston L. A., Nag A. Replication timing of genes and middle repetitive sequences// Science. 1984. V.224. P.686-692.

48. Hammond M., Laird C. Chromosome structure and DNA replication in nurse and follicle cells of Drosophila melanogaster 11 Chromosoma. 1985. V.91. P.267-278.

49. Havas K., Whitehouse I., Owen-Hughes T. ATP-dependent chromatin remodeling activities// Cell. Mol. Life Sci. 2001. V.58. P.673-682.

50. Healy M. J., Russell R. J., MlKLOS G. L. G. Molecular studies on interspersed repetitiv and unique sequences in the X chromosome of Drosophila melanogasterII Mol. Gen. Genet. 1988. V.213. P.63 71.

51. Heino T.I. Polytene chromosomes from ovarian pseudonurse cells of the Drosophila melanogaster otu mutant. I.Photographic map of chromosome 3// Chromosoma. 1989. V.97. p.363 373.

52. Henderson D. S., Banga S. S., Grigliatti T. A., boyd J. B. Mutagen sensitivity and suppression of position-effect variegation result from mutations in mus209, the Drosophila gene encoding PCNA// EMBO J. 1994. V.13. P.1450-1459.

53. Heun P., Laroche т., Raghuraman M. K., Gasser S. M. The positioning and dynamics of origins of replication in the budding yeast nucleus// J. Cell Biol. 2001. V.152. P.385-400.

54. Holmquist G. P. Chromosome bands, their chromatin flavors, and their functional features// Am. J. Hum. Genet. 1992. V.51. N.l. P.17-37.

55. Jaquet Y., Delattre M., Spierer A., Spierer p. Functional dissection of the Drosophila modifier of variegation Su(var)3-7// Development. 2002. V.129. Р.3975-3982.

56. Karpen G.H., Spradling A.C., Reduced DNA polytenization of a minichromosome region undergoing position-effect variegation in Drosophila// Cell. 1990. V.63. Р.97-107.

57. Katou Y., Kanoh Y., Bando M., Noguchi H., Tanaka H., Ashikari Т., Sugimoto K., Shirahige K. S-phase checkpoint proteins Tofl and Mrcl form a stable replication-pausing complex// Nature. 2003. V.424. N.6952. Р.1078-83.

58. Kim S. M., Dubey D. D., Huberman j. A. Early-replicating heterochromatin// Genes Dev. 2003. V.17. Р.330-335.

59. Koryakov D. E., Alekseenko A. A., Zhimulev I. F. Dynamic organization of the /?-heterochromatin in the Drosophila melanogaster politene X chromosome// Mol. Gen. Genet. 1999. V.260. P.503-509.

60. Kornher J. S., Kauffman S. A. Variegated expression of the Sgs-4 locus in Drosophila melanogaster// Chromosoma. 1986. V.94. P.205-216.

61. Koryakov D. е., Belyaeva E. S., Alekseyenko A. A., Zhimulev I. F. Alpha and beta heterochromatin in polytene chromosome 2 of Drosophila melanogaster/У Chromosoma. 1996. V.105. P.310-319.

62. Koryakov D. E., Alekseyenko A. A., Zhimulev I. F. Dynamic organization of the beta-heterochromatin in the Drosophila melanogaster polytene X chromosome// Mol. Gen. Genet. 1999. V.260. P.503-509.

63. Koryakov D. е., Zhimulev I. F., Dimitri P. Cytogenetic Analysis of the Third Chromosome Heterochromatin of Drosophila melanogaster// Genetics. 2002. V.160. N.2. P.509-517.

64. Koryakov D. E., Domanitskaya E. v., Belyakin S. N., Zhimulev i. f. Abnormal tissue-dependent polytenization of a block of chromosome 3 pericentric heterochromatin in Drosophila melanogaster// J. Cell Sci. 2003. V.116. Pt.6. P.1035-44.

65. Kraut R., Menon К. Zinn K. A gain-of-function screen for genes controlling motor axon guidance and synaptogenesis in Drosophila// Curr. Biol. 2001. V.ll. P. 417-430.

66. Lakhotia S. С., Roy J. K. The hyperactive X chromosome is not early replicating in mitotically active somatic cells of Drosophila nasuta males// Genome. 1995. V.38. N.l. P.148-152.

67. Lakhotia s. C., slnha P. Replication in Drosophila chromosomes. X. Two kinds of active replicons in salivary gland polytene nuclei and their relation to chromosomal replication patterns//Chromosoma. 1983. V.88. N.4. P.265-276.

68. Lamb M. M., Laird C. D. Three euchromatic DNA sequences underreplicated in polytene chromosomes of Drosophila and localized in constrictions and ectopic fibers// Chromosoma. 1987. V.95. P.227-235.

69. Lefevre G. A photographic representation and interpretation of the polytene chromosomes of Drosophila melanogaster salivary glands// Eds. M. Ashburner, E. Novitski. London; New York. Academic Press. 1976. V.la. P.31-66.

70. Liang C, Gerbi S. A. Analysis of an origin of DNA amplification in Sciara coprophila by a novel three-dimensional gel method// Mol. Cell Biol. 1994. V.14. N.2. P. 1520-1529.

71. Lilly M. A., Spradling A. C. The Drosophila endocycle is controlled by Cyclin E and lacks a checkpoint ensuring S-phase completion// Genes Dev. 1996. V.10. P.2514—2526.

72. Lima-DE-Faria a., Jaworska H. Late DNA synthesis in heterochromatin// Nature. 1968. V.217. P.138-142.

73. LlNDSLEY D.L., ZlMM G.G. The genome of Drosophila melanogaster// Academic Press. 1992.

74. Loupart M.-L., Krause S. A., Heck M. M. S. Aberrant replication timing induces defective chromosome condensation in Drosophila ORC2 mutants// Curr. Biol. 2000. V.10. P.1547-1556.

75. Lu L., zhang h., tower J. Functionally distinct, sequence-specific replicator and origin elements are required for Drosophila chorion gene amplification// Genes Dev. 2001. v.15. n.2. p.134-146.

76. Lunde K., biehs В., Nauber U., Bier E. The knirps and knirpsrelated genes organize development of the second wing vein in Drosophilall Development. 1998. V.125. P.4145—4154.

77. Ma H., Samarabandu J., Devdhar R. S., Acharya R., Cheng P. C., Meng C., Berezney R. Spatial and temporal dynamics of DNA replication sites in mammalian cells//J. Cell Biol. 1998. V.143. N.6. P.1415-1425.

78. MacAlpine D. M., Rodriguez H. K., Bell S. P. Coordination of replication and transcription along a Drosophila chromosome// Genes Dev. 2004. V.18. N.24. P.3094-3105.

79. Maison C., Almouzni G. HP1 and the dynamics of heterochromatin maintenance// Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2004. V.5. N.4. P.296-304.

80. Makunin I. V., Volkova E. I., Belyaeva E. S., Nabirochkina E. N., Pirrotta V., zhimulev I. F. The Drosophila Suppressor of Underreplication Protein Binds to Late-Replicating Regions of Polytene Chromosomes// Genetics. 2002. V.160. P. 1023-1034.

81. MAL'ceva N. I., zhimulev I. F. Extent of politeny in the pericentric heterochromatin of politen chromosomes of psevdonurse cells of otu (ovarian tumor) mutants of Drosophila melanogaster// Mol. Gen. Genet. 1993. V.240. P.273-276.

82. Marahrens y., stillman в. Replicator dominance in a eukaryotic chromosome// ЕМВО J. 1994. v.13. n.14. P.3395-3400.

83. Marheineke K., Hyrien O. Aphidicolin triggers a block to replication origin firing in Xenopus egg extracts//J. Biol. Chem. 2001. V.276. N.20. P. 17092-17100.

84. MARIC C, Levacher В., Hyrien O. Developmental regulation of replication fork pausing in Xenopus laevis ribosomal RNA genes// J. Mol. Biol. 1999. V.291. N.4. P.775-788.

85. McNairn A. J., Gilbert D. M. Epigenomic replication: linking epigenetics to DNA replication// BioEssays. 2003. V.25. P.647-656.

86. MlAO H., SEILER J. A., BuRHANS W. C. Regulation of cellular and SV40 virus origins of replication by Chkl-dependent intrinsic and UVC radiation-induced checkpoints// J. Biol. Chem. 2003. V.278. N.6. P.4295-4304.

87. Miklos G. L. G., Cotsell J. N. Chromosome structure at interfaces between major chromatin types: a and P-heterochromatin// Bio Essays. 1990. V.12. P.l-9.

88. Miklos G. L., Rubin G. M. The role of the genome project in determining gene function: insights from model organisms// Cell. 1996. V.86. P.521-529.

89. Milan M. Cell cycle control in the Drosophila wing// Bioessays. 1998. V.20. P.969-971.

90. Mishra A., Lakhotia S. C. Replication in Drosophila chromosomes. VII. Influence of prolonged larval life on patterns of replication in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster// Chromosoma. 1982. V.85. N.2. P.221-236.

91. Nakayasu Н., Berezney R. Mapping replicational sites in the eucaryotic cell nucleus//J. Cell Biol. 1989. V.108. P.l-11.

92. Noma К., alus С. D., GrewalS. I. Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries// Science. 2001. V.293. N.5532. P.1150-1155.

93. O'Keefe R. Т., Henderson S. C., Spector D. L. Dynamic organization of DNA replication in mammalian cell nuclei: spatially and temporally defined replication of chromosome-specific a-satellite DNA sequences// J. Cell Biol. 1992. V.116. P.1095-1110.

94. PFLUMM M. F., Botchan M. R. Ore mutants arrest in metaphase with abnormally condensed chromosomes// Development. 2001. V.128. Р.1697-1707.

95. Рак D. Т., Pflumm M., Chesnokov I., Huang D. W., Kellum R., Marr J., Romanowski P., Botchan M. R. Association of the origin recognition complex with heterochromatin and HP1 in higher eukaryotes// Cell. 1997. V.91. N.3. Р.311-323.

96. Pasero P., Bensimon A., Schwob E. Single-molecule analysis reveals clustering and epigenetic regulation of replication origins at the yeast rDNA locus// Genes Dev. 2002. V.l6. P.2479-2484.

97. Pazin M. J., Kadonaga J. T. SWI2/SNF2 and related proteins: ATP-driven motors that disrupt protein-DNA interactions?// Cell. 1997. V.88. P.737-740.

98. Pemov A., Bavykin S., Hamlin J. L. Attachment to the nuclear matrix mediates specific alterations in chromatin structure// Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998. V.95. P.14757-14762.

99. Pokholkova G. V., Makunin I. V., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Observations on the induction of position effect variegation of euchromatic genes in Drosophila melanogaster// Genetics. 1993. V.134. P.231-242.

100. Raghuraman М. K., Brewer В. J., Fangman W. L. Cell Cycle-Dependent Establishment of a Late Replication Program// Science. 1997. V.276. P.806-809.

101. Raghuraman M. К., Winzeler E. A., Collingwood D., Hunt S., Wodicka L., Conway A., Lockhart D. J., Davis R. W., Brewer B. J., Fangman W.L. Replication dynamics of the yeast genome// Science. 2001. V.294. N.5540. P. 115121.

102. Rastelli L., Chan C. S., Pirrotta V. Related chromosome binding sites for Zeste, suppressor of zeste and Polycomb group proteins in Drosophila and their dependence on Enhancer of zeste function// EMBO J. 1993. V.12. P.1513-1522.

103. Reeves R., Nissen M. S. The A«T-DNA-binding domain of mammalian high mobility group I chromosomal proteins// J. Biol. Chem. 1990. V.265. P.8573-8582.

104. Remus D., Beall E. L., Botchan M. R., DNA topology, not DNA sequence, is a critical determinant for Drosophila ORC-DNA binding// EMBO J. 2004. V.23. N.4. P.897-907.

105. RORTH P. A modular misexpression screen in Drosophila detecting tissue-specific phenotypes// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V.93. 12418-12422.

106. Rorth P., Szabo K., Bailey A., Laverty Т., Rehm J. et al. Systematic gain-of-function genetics in Drosophilall Development. 1998. V.125. P.1049-1057.

107. Royzman I., Orr-Weaver T. L. S phase and differential DNA replication during Drosophila oogenesis// Genes to Cells. 1998. V.3. P.767-776.

108. Rusche L. N., Kirchmaier A. L., Rine J. The establishment, inheritance, and function of silenced chromatin in Saccharomyces cerevisiaell Ann. Rev. Biochem. 2003. У.12. P.481-516.

109. Santocanale C, dlffley J. F. A Mecl- and Rad53-dependent checkpoint controls late-firing origins of DNA replication// Nature. 1998. V.395. P.615-618.

110. Sauer K., Knoblich J. A., Richardson H., Lehner C. F. Distinct modes of cyclin E/cdc2c kinase regulation and S-phase control in mitotic and endoreduplication cycles of Drosophila embryogenesis// Genes Dev. 1995. V.9. N.ll. P.1327-1339.

111. Schalet A. P., Lefevre G. The proximal region of the X chromosome// Eds. M. Ashburner, E. Novitski. London; New York. Academic Press. 1976. V.lb. P.847-902.

112. Schubeler D., Scalzo D., Kooperberg C., van Steensel В., Delrow J., Groudine M. Genome-wide DNA replication profile for Drosophila melanogaster. a link between transcription and replication timing// Nat. Genet. 2002. V.32. N.3. P.438-442.

113. Shirahige К., Hori Y., Shiraishi K., Yamashita M., Takahashi K., Obuse C., Tsurimoto т., Yoshikawa H. Regulation of DNA-replication origins during cell-cycle progression// Nature. 1998. V.395. N.6702. P.618-621.

114. Simpson R.T. Nucleosome positioning can affect the function of a cis-acting DNA element in vivo// Nature. 1990. V.343. P.387-389.

115. Smith A.V., Orr-Weaver t. L. The regulation of the cell cycle during Drosophila embryogenesis: the transition to polyteny// Development. 1991. V.112. P.997-1008.

116. Smith J. S., Caputo е., Boeke J. D. A genetic screen for ribosomal DNA silencing defects identifies multiple DNA replication and chromatin-modulating factors// Mol. Cell Biol. 1999. V.19. N.4. P.3184-3197.

117. STREHL S., LaSalle J. M,. Lalande M. High-resolution analysis of DNA replication domain organization across an R/G-band boundary// Mol. Cell Biol. 1997. V.17. N.10. P.6157-6166.

118. Su Т. Т., O'Farrell P. H., Chromosome Association of Minichromosome Maintenance Proteins in Drosophila Endoreplication Cycles// J. Cell Biol. 1998. V. 140. N. 3. P.451-460.

119. Sudarsanam P., Winston F., The Swi/Snf family nucleosome-remodeling complexes and transcriptional control// Trends. Genet. 2000. V.16. P.345-351.

120. Taddei A., Roche D., Sibarita J. В., Turner В. M., Almouzni G. Duplication and maintenance of heterochromatin domains// J. Cell Biol. 1999. V.147. N.6. P.1153-1166.

121. Tanaka Т., Nasmyth К. Association of RPA with chromosomal replication origins requires an Mem protein, and is regulated by Rad53, and cyclin- and Dbf4-dependent kinases// EMBO J. 1998. V.17. N.17. P.5182-5191.

122. Tautz D., Hancock J.M., Webb D.A., Tautz с., Dover G.A. Complete sequences of the rRNA genes of Drosophila melanogaster/'/ Mol. Biol. Evol. 1988. V.5. P.366-376.

123. The FlyBase database of the Drosophila genome projects and community literature// Nucleic Acids Research. 2003. V.31. P.172-175. http://www.flvbase.org/

124. Traverse K. L., Pardue M. L. Studies of He-T DNA sequences in the pericentric regions of Drosophila chromosomes// Chromosoma. 1989. V.97. P.261 271.

125. Urnov F. D.,- Liang C., Blitzblau H. G., Smith H. S., Gerbi S. A. A DNase I hypersensitive site flanks an origin of DNA replication and amplification in Sciarall Mol. Cell Biol. 2002. V.22. N.24. P.8426-8437.

126. Vogelauer M., Rubbi L., Lucas I., Brewer B. J., Grunstein M. Histone acetylation regulates the time of replication origin firing// Mol. Cell. 2002. V.10. P. 1223-1233.

127. Watanabe Y., Tenzen Т., Nagasaka Y., Inoko H., Ikemura T. Replication timing of the human X-inactivation center (XIC) region: correlation with chromosome bands// Gene. 2000. V.252. N.l-2. P.163-172.

128. Weinreich М., palacios M. A., DeBeer, Fox C. A. The activities of eukaryotic replication origins in chromatin//Biochimica et Biophysica Acta. 2004. V.1677. P.142- 157.

129. Weiss A., Herzig A., jacobs H., Lehner C.F. Continuous Cyclin E expression inhibits progression through endoreduplication cycles in Drosophila// Curr. Biol. 1998. V.8. P.239-242.

130. Wodarz A., Hinz U., Engelbert M., Knust E. Expression of crumbs confers apical character on plasma membrane domains of ectodermal epithelia of Drosophila// Cell. 1995. V.82. P.67-76.

131. Yabuki N., Terashima H., Kitada k. Mapping of early firing origins on a replication profile of budding yeast// Genes Cells. 2002. V.7. N.8. P.781-789.

132. Yompakdee C., Huberman J. A., Enforcement of late replication origin firing by clusters of short G-rich DNA sequences// j. Biol. Chem. 2004. V.279. N.40. P.42337-42344.

133. Zhang P., Spradling A. C. The Drosophila salivary gland chromocenter contains highly polytenized subdomains of mitotic heterochromatin// Genetics. 1995. V.139. P.659-670.

134. Zhimulev I. F. Polytene chromosomes, heterochromatin and position effect variegation//Adv. Genet. 1998. V.37. P.l-566.

135. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S., Bolshakov V. N., Mal'ceva N. I. Position effect variegation and intercalary heterochromatin: a comparative study// Chromosoma. 1989. V.98. P.378-387.

136. Беляева E. С., Алексеенко А. А., Мошкин Ю. M., Коряков Д. E., Жимулев И. Ф. Генетический фактор, супрессирующий недорепликацию ДНК в политенных хромосомах Drosophila melanogaster!I Генетика. 1998. Т.34. С. 1-9.

137. Жимулев И. Ф. Гетерохроматин и эффект положения гена// Новосибирск. Наука. 1993.491 С.

138. Жимулев И. Ф. Хромомерная организация политенных хромосом// Новосибирск. Наука. 1994.

139. Лавров С. А., Толчков Е. В., Крамерова И. А., Гвоздев В. А. Нарушение политенизации ДНК эухроматинового района Х-хромосомы Drosophila melanogaster, вызванное эугетерохроматиновой перестройкой// Мол. Биол. 1998. Т.32. С.992-997.

140. Прокофьева-Бельговская А. А. Гетерохроматизация как изменение цикла хромосомы// Журн. общ. Биол. 1945. T.VI. С.93-124.

141. Прокофьева-Бельговская А. А. Гетерохроматические районы хромосом// Москва. Наука. 1986. 432 С.