Исследование роли внеклеточной ДНК в развитии адаптивного ответа раковых клеток линии MCF7 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Кожина Екатерина Анатольевна

• Кожина Екатерина Анатольевна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Кожина Екатерина Анатольевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Внеклеточная ДНК

1.1.1. ВкДНК в биологических жидкостях человека

1.1.2. Формы вкДНК в кровотоке

1.1.3. ВкДНК при патологии

1.1.4. ВкДНК в крови онкобольных

1.1.5. ГЦ-обогащенность вкДНК

1.1.6. ВкДНК как DAMPs

1.2. ДНК-сенсоры

1.2.1. ^П-подобные рецепторы

1.2.1.1. TLR9

1.2.1.2. TLR9 в контексте онкологических заболеваний

1.2.1.3. NF-kB как стимулируемый TLR9 ядерный фактор

1.2.2. AIM2-подобные рецепторы

1.2.2.1. AIM2

1.2.2.2. AIM2 в раковой клетке

1.3. Методы подавления активности генов изучаемых ДНК-сенсоров

1.3.1. CRISPR/Cas9

1.3.1.1. Механизм CRISPR/Cas9

1.3.1.2. Использование технологии CRISPR / Cas9 в исследованиях биологии раковой клетки и ДНК-сенсоров AIM2 и TLR9

1.3.2. РНК-интерференция

1.3.2.1. Биологическая роль РНК-интерференции в живых организмах

1.3.2.2. РНК-интерференция как метод целенаправленного подавления активности конкретных генов

1.3.2.3. Механизм РНК-интерференции

1.3.2.4. РНК-интерференция применительно к раковым клеткам

1.4. Заключение по данным литературы

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Сбор образцов крови и выделение гДНК и вкДНК

2.2. Нерадиоактивная количественная гибридизация

2.3. Культивирование клеток MCF7

2.4. Модельные вкДНК

2.4.1. Получение ГЦ-богатых вставок и модификация исходных плазмид

2.5. Флуоресцентная микроскопия

2.6. ПЦР в реальном времени

2.7. РНК-интерференция

2.8. Экспериментальный нокаут генов при помощи технологии CRISPR/Cas9 ... 58 2.8.1. Нокаутирование клеток MCF7 по гену ТЬЯЯ

2.8.1.1. Подготовка плазмид

2.8.1.2. Трансфекция в клетки MCF7 и отбор клонов

2.8.2. Нокаутирование клеток MCF7 по гену А1М2

2.8.2.1. Подготовка плазмид

2.8.2.2. Выбор наиболее эффективной направляющей РНК

2.8.2.3. Трансфекция в клетки MCF7 и отбор клонов

2.9. Определение уровня 8-оходО

2.10. Определение уровня АФК

2.11. Метод ДНК-комет

2.12. Проточная цитофлуориметрия

2.13. Статистическая обработка

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Сравнение уровня вкДНК и содержания в ней рДНК у больных РМЖ и у здоровой контрольной группы

3.2. Проникновение ГЦ-богатых модельных вкДНК в клетку MCF7

3.2.1. Способность ГЦ-богатых последовательностей вкДНК проникать в клетки MCF7

3.2.2. Проникновение вкДНК в клетки MCF7 в условиях дополнительного окислительного стресса

3.2.3. Оценка уровня АФК в MCF7 после внесения модельных ГЦ-богатых вкДНК

3.2.4. Оценка уровня экспрессии N0X4

3.2.5 Уровень и локализация 8-oxodG в клетках MCF7 после воздействия вкДНК87

3.2.6. Изменение биогенеза рибосом в клетках MCF7 после внесения ГЦ-богатых модельных вкДНК, содержащих в своем составе рДНК

3.2.7. Оценка уровня 8-oxodG в используемых модельных вкДНК

3.3. Формирование адаптивного ответа и повышение выживаемости клеток MCF7 под воздействием ГЦ-богатых модельных вкДНК

3.3.1. Повреждение ДНК в клетках MCF7 и последующая репарация ДНК при внесении

вкДНК в среду

3.3.1.1. Оценка уровня повреждений ДНК в клетках MCF7 после повторного внесения модельных вкДНК

3.3.2. Остановка клеточного цикла в MCF7 при внесении ГЦ-богатой вкДНК в среду

3.3.3. Изменение экспрессии генов, участвующих в репарации клетки, про - и антиапоптотических генов и генов, влияющих на выживаемость клеток MCF7 при действии ГЦ-богатой вкДНК

3.3.4. Активация транскрипционного фактора NF-kB при внесении модельных ГЦ-богатых вкДНК

3.3.5. Активация фактора транскрипции STAT3 при взаимодействии клеток MCF7 с ГЦ-богатой вкДНК

3.4. Изучение роли ДНК-сенсоров TLR9 и А1М2 в реализации биологической активности вкДНК в отношении клеток MCF7

3.4.1. Исследование взаимозависимости ДНК-сенсоров TLR9 и А1М2

3.4.2. Изменение уровня экспрессии ДНК-сенсоров при внесении ГЦ-богатой модельной вкДНК

3.4.3. Исследование взаимозависимости экспрессии ДНК-сенсоров TLR9 и А1М2 с использованием метода РНК-интерференции

3.4.4. Исследование роли ДНК-сенсоров TLR9 и А1М2 в реализации действия вкДНК на клетки MCF7 при экспериментальном нокауте с применением технологии CRISPR/Cas9

3.4.4.1. Изменения уровня транскрипционной активности генов ТЬЯЯ иА1М2 и экспрессии белков ДНК-сенсоров в культурах MCF7, нокаутированных по ТЬЯЯ и А1М2

3.4.4.2. Изменения уровня транскрипционной активности некоторых онкогенов и генов репарации в культурах MCF7, нокаутированных по ТЬЯЯ и А1М2

3.4.4.3. Изменения транскрипционной активности про- и анти-апоптотических генов и экспрессий соответствующих белков в клетках, нокаутированных по ТЬЯЯ и А1М2

3.4.4.4. Изменения транскрипционной активности генов нуклеарных факторов NF-kB, STAT3 и STAT6, а также гена адаптерного белка MyD88 и экспрессии соответствующих белков в клетках, нокаутированных по ТЬЯЯ и А1М2

3.4.4.5. Изменения транскрипционной активности генов маркеров оксидативного стресса и гипоксии, а также уровень экспрессии соответствующих белков в клетках,

нокаутированных по ТЬЯЯ и А1М2

3.4.4.6 Изменения транскрипционной активности генов провоспалительных цитокинов и металлопротеиназ в клетках, нокаутированных по ТЬЯЯ и А1М2

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Применение научных результатов и выводов

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ АВТОРОМ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Список сокращений и условных обозначений

АФК - активные формы кислорода

вкДНК (cfDNA) - внеклеточная ДНК

вк-рДНК - рибосомная ДНК в составе внеклеточной

гДНК (gDNA) - геномная ДНК

г-рДНК - рибосомная ДНК в составе геномной

ГЦ - гуанин-цитозин

дцДНК - двуцепочечная ДНК

миРНК (siRNA) - малая интерферирующая РНК

мРНК - матричная РНК

МЯ - микроядра

ПЦР-РВ - полимеразно-цепная реакция в реальном времени

рДНК (rDNA) - рибосомная ДНК

РМЖ - рак молочной железы

ЭПР - эндоплазматический ретикулум

ALR (AIM2-like receptors) - AIM2-подобные рецепторы

CRISPR - короткие палиндромные повторы, регулярно расположенные кластерами (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) ctDNA - циркулирующая опухолевая ДНК

DAMP - молекулярный фрагмент, ассоциированный с повреждениями (damage-associated molecular pattern)

DDR - ответ на повреждения ДНК (DNA damage response) NETs - внеклеточные ловушки нейтрофилов (Neutrophil extracellular traps) PAMP - патоген-ассоциированный молекулярный фрагмент (Pathogen-associated molecular pattern)

PRR - рецепторы распознавания образов (Pattern recognition receptors)

RICS - комплекс сайленсинга, индуцированный РНК (RNA-induced silencing complex)

RLR - RIG-I-подобные рецепторы (RIG-I-like receptors)

shRNA - короткая шпилечная РНК (small hairpin RNA, short hairpin RNA)

TLRs - Toll-подобные рецепторы (Toll-like receptors)

TNBC - трижды негативный рак молочной железы (Triple-negative breast cancer) NLR - Nod-подобные рецепторы (Nod-like receptors)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование роли внеклеточной ДНК в развитии адаптивного ответа раковых клеток линии MCF7»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность исследования

Интерес мировой науки к исследованиям внеклеточной ДНК (вкДНК) при патологии продолжает расти. Несмотря на изученность вкДНК, в том числе, в контексте онкологических заболеваний (главным образом, как диагностического маркера), до сих пор в полной мере не яото, как проявляется ее биологическая активность в отношении раковых клеток. Концентрацию и состав вкДНК в крови рассматривают как один из маркеров опухолевой прогрессии, а также для оценки эффективности противоопухолевой терапии.

ВкДНК имеет другой состав, чем ядерная ДНК. Она содержит больший процент пар гуанин-цитозин. С учетом того, что ГЦ-богатая вкДНК легко поддается окислению, и это упрощает ее взаимодействие с раковой клеткой [Kostyuk S.V., Konkova M.S. et al., 2013]. Крайне важно понимать роль окисления вкДНК при взаимодействии вкДНК с клетками. ГЦ-богатые участки вкДНК более устойчивы к воздействию нуклеаз и способны накапливаться в кровотоке и межклеточном пространстве. ГЦ-богатые участки входят в промоторы примерно 40% генов человека (содержащих островки CpG), имеющих такой же процент ГЦ, как и повторяющаяся последовательность рибосомной ДНК, которой уделено большое внимание в данной работе.

Тот факт, что в пуле циркулирующей в крови вкДНК присутствует часть генов с промоторами, мотивирует изучение возможности экспрессии генов в составе вкДНК в раковой клетке. Кроме того, при проникновении в клетку фрагменты вкДНК могут вступить во взаимодействие с некоторыми важными факторами, регулирующими транскрипционную активность специфических генов. Таким образом, результатом биологической активности вкДНК в отношении раковой клетки может стать изменение паттернов экспрессии генов, важных с точки зрения терапии опухолей.

Взаимодействие вкДНК с клеткой непосредственно связано с работой ДНК-сенсоров. Данная работа сфокусирована на роли ДНК-сенсоров TLR9 и AIM2. Клетка MCF7 экспрессирует и тот, и другой ДНК-сенсор. Взаимодействие сигнальных путей, активируемых этими ДНК-сенсорами, также представляет научный интерес. Уже выявленная связь TLR9 с формированием адаптивного ответа, метастазированием, пролиферацией и повышением резистентности раковых клеток указывает на TLR9 как на перспективную мишень для терапии. Еще больше обостряет интерес к этому ДНК-

сенсору тот факт, что экспрессия TLR9 в раковых клетках повышена относительно нераковых клеток. ДНК-сенсор AIM2 изучен в меньшей степени, но есть основания полагать, что он также влияет на выживаемость раковых клеток.

В данной работе продемонстрирована не только связь двух этих ДНК-сенсоров, но и обозначена их роль в биологической активности вкДНК применительно к раковой клетке. Более прицельно изучить роль TLR9 и AIM2 позволило применение технологии CRISPR/Cas9 для экспериментального нокаута соответствующих генов и метода РНК-интерференции для подавления их транскрипционной активности. Ставилась цель выявить таким образом сенсор, который в дальнейшем может служить мишенью для целенаправленного снижения адаптивного ответа в раковой клетке, что имеет очевидные практические приложения при терапии опухолей.

В рамках данной работы рассмотрена гипотеза о возможности ГЦ-богатой вкДНК способствовать развитию устойчивости раковых клеток к противоопухолевой терапии через TLR9, AIM2 и активируемые ими сигнальные пути.

Полученные данные ценны не только с позиции фундаментальной науки, но и в перспективе могут найти применение в разработке новых подходов в клинике.

Степень разработанности темы исследования

Известно, что циркулирующая вкДНК имеет довольно высокий процент ГЦ-богатых фрагментов [Li J.Z., Steinman C.R. et al., 1989; Sano H., Morimoto C., 1982], причем ее состав изменяется при патологии, сопровождающейся обильной гибелью клеток [Veiko N.N., Bulycheva N.V. et al., 2008; Veiko N.N., Shubaeva N.O. et al., 2006; Veiko N.N., Konorova I.L., Neverova M.E., 2010]. Существуют данные об отличии уровня вкДНК в биологических жидкостях онкобольных относительно здоровых контрольных групп [Fleischhacker M., Schmidt B., 2007; Leon S. et al., 1997, Anunobi R. et al., 2018; Mouliere F. et al., 2014; Mouliere F. et al., 2011]. Также отмечается отличие ее качественного состава [Mouliere F., Thierry A.R., 2012; D'Souza-Schorey C., Clancy J.W., 2012; Bettegowda C. et al., 2014; Bettegowda C. et al., 2014; Zill O.A. et al., 2018].

Известно, что молекулы вкДНК способны влиять на экспрессию генов провоспалительного ответа, антиокислительной системы, регуляции апоптоза в клетках различных человеческих линий (эндотелиоциты, эмбриональные фибробласты, мезенхимные стволовые клетки, фибробласты кожи), проявляя себя как молекулы стресс-сигнализации [Konkova M.S. et al., 2019]. Существуют данные об изменении

транскрипционной активности различных генов в ответ на присутствие вкДНК для раковых клеток. Предполагается, что вкДНК может влиять на процессы метастазирования [Yoneyama M., Fujita T., 2008; Volik S. et al., 2016; Bendich A. et al. 1965, Garcia-Olmo D. et al., 2000; Garcia-Olmo D. et al., 2011, Garcia-Olmo D. et al., 2010], пролиферации раковых клеток [Niu Z. et al., 2018]. Есть данные о роли вкДНК в развитии резистентности к терапии [Ermakov A.V. et al., 2011; Kostyuk S.V., Ermakov A.V. et al., 2012; Glebova K. et al., 2015].

Изучаемый ДНК-сенсор TLR9 экспрессируется во многих линиях раковых клеток человека и в клинических образцах [Sandholm J. et al., 2012; Berger R. et al., 2010; Droemann D. et al., 2005; Ren T. et al., 2009; Schmausser B. et al., 2005; Gonzalez-Reyes S. et al., 2010; Brignole C. et al., 2010; Nojiri K. et al., 2013], включая РМЖ [Merrell M.A. et al.; 2006, Berger R. et al., 2010; Ilvesaro J.M. et al., 2008; Sandholm J., Selander K.S., 2014]. Он вовлечен в процессы пролиферации, повышения выживаемости раковых клеток, процессы метастазирования, снижение цитотоксичности некоторых противоопухолевых препаратов [Niu Z. et al., 2018, Pisani L.P. et al., 2017; Efremov D.G. et al., 2013; Chandler M.R. et al., 2017; Kang T.H. et al., 2019]. Рецептор AIM2 изучен в меньшей степени, но также показана его роль в биологии раковой клетки, поскольку активация AIM2 индуцирует апоптотические процессы и ингибирует пролиферацию клеток [Fernandes-Alnemri T. et al., 2009; Asefa B. et al., 2004; Chen I.F. et al., 2006].

Также есть данные о влиянии окисленной геномной ДНК на выживаемость клеток MCF7, изучаемых в данной работе. Окисленная ДНК увеличивает нестабильность генома и подавляет процессы гибели клеток [Kostyuk S.V., Konkova M.S. et al., 2013].

Однако, многие вопросы, касающиеся исследования роли конкретных последовательностей в составе вкДНК в реализации ее биологической активности, а также молекулярные механизмы воздействия вкДНК на раковые клетки, остаются недостаточно изученными. В данной работе исследуется биологическая активность вкДНК в отношении транскрипционной активности генов в клетках MCF7 и с использованием модельных вкДНК, содержащих известное количество ГЦ, исследуется роль ДНК-сенсоров TLR9 и AIM2 в реализации действия вкДНК на раковые клетки MCF7.

Цель и задачи исследования

Цель исследования: установление молекулярного механизма формирования адаптивного ответа опухолевых клеток посредством изменения функциональной активности генома под воздействием внеклеточной ДНК.

Задачи исследования:

1. Проанализировать характеристики вкДНК больных раком молочной железы и выявить различие в количестве ГЦ-богатых фрагментов, значимых с точки зрения биологической активности вкДНК, относительно здоровой контрольной группы.

2. Изучить механизмы проникновения вкДНК на примере искусственно сконструированных ГЦ-обогащенных плазмид в опухолевые клетки линии MCF7. Исследовать значение АФК в этом процессе, а также роль активации гена N0X4 в окислении ранее неокисленной вкДНК вблизи поверхности клетки.

3. С применением модельных фрагментов вкДНК оценить повреждающее действие ГЦ-богатых фрагментов и выявить, какие последовательности вызывают адаптивный ответ.

4. Исследовать изменение транскрипционной активности генов, отвечающих за про-и антиапоптотические эффекты, за репарацию, генов-супрессоров опухолей и других генов, активность которых влияет на выживаемость опухолевых клеток.

5. Исследовать, через какие рецепторы реализуется действие вкДНК. Изучить активацию AIM2 - и TLR9 - сигнальных путей в клетках MCF7 при действии модельных вкДНК.

6. Изучить изменения транскрипционной активности про- и антиапоптотических генов, генов антиокислительного ответа и других генов, влияющих на жизнеспособность раковых клеток MCF7 при действии вкДНК после экспериментального нокаута ТЬЯЯ и А1М2 в клетках.

Методология и методы диссертационного исследования

В качестве методологической основы приняты исследования характеристик вкДНК в биологических жидкостях и среде, а также исследования вкДНК как биологически активной молекулы в отношении различных культур клеток, описанные как у отечественных, так и у зарубежных авторов.

Работа сфокусирована на изучении механизма и условий проникновения вкДНК в клетки аденокарциномы молочной железы (линии MCF7), изучении изменения

транскрипционной активности генов в клетках под воздействием ГЦ-богатых модельных фрагментов, в том числе и при подавленной активности ДНК-сенсоров TLR9 и AIM2. Исследование проводилось in vitro на ER/PR-положительной клеточной линии аденокарциномы молочной железы MCF7.

В качестве модельных вкДНК использованы искусственные ГЦ-богатые конструкции с известным содержанием ГЦ (pBR322-rDNA, pEGFP-rDNA, pEGFP-Gn). В качестве контроля использовались коммерчески доступные векторы pEGFP и pBR322.

Для характеристики количества и состава вкДНК в крови больных РМЖ и здоровых доноров проведен забор крови в асептических условиях и с соблюдением всех этических норм. Определение содержания последовательности рДНК (рРНК-кодирующей ДНК) осуществляли методом нерадиоактивной количественной гибридизации. Для визуализации расположения в клетке модельных вкДНК и некоторых белков использована флуоресцентная микроскопия. Для оценки изменений транскрипционной активности генов использован метод ПЦР в реальном времени. Оценка уровня белков в клетках проводилась с помощью проточной цитофлуориметрии. Для оценки количества двунитевых разрывов ядерной ДНК использовался метод ДНК-комет. Подавление экспрессии генов TLR9 и AIM2 проводилось методом РНК-интерференции. Экспериментальный нокаут генов TLR9 и AIM2 осуществлялся при помощи технологии CRISPR/Cas9.

Научные положения, выносимые за на защиту

1. Во внеклеточной ДНК больных раком молочной железы накапливаются фрагменты рибосомного повтора (рДНК) и окисленные фрагменты.

2. Окислительная модификация ГЦ-богатой внеклеточной ДНК в составе плазмид способствует ее проникновению в клетки MCF7. Окисленные и ГЦ-богатые фрагменты вкДНК индуцируют синтез свободных радикалов в клетках за счет активации транскрипции NOX4.

3. ГЦ-богатая вкДНК (рДНК) стимулирует появление репарируемых двухнитевых разрывов ядерной ДНК и активирует ответ генов на повреждение ДНК, что приводит к развитию адаптивного ответа в клетках MCF7 при повторном воздействии ГЦ-богатой ДНК.

4. При воздействии ГЦ-богатой вкДНК (рДНК) происходит рост экспрессии генов, отвечающих за репарацию, и антиапоптотических генов, снижение уровня экспрессии

супрессоров опухолей и проапоптотических генов. Под влиянием ГЦ-богатой вкДНК (рДНК) происходит активация пути NF-kB, усиление экспрессии факторов транскрипции БТАТ3 и БТАТб, а также генов подконтрольных им металлопротеиназ.

5. При возрастании экспрессии TLR9, отвечающего за запуск механизмов выживания клетки, снижается транскрипционная активность AIM2, активирующего механизмы клеточной гибели.

6. При действии вкДНК после экспериментального нокаута ТЬЯЯ или А1М2 меняется профиль транскрипционной активности про- и антиапоптотических генов, генов-маркеров оксидативного стресса и гипоксии, транскрипционных факторов NF-kB, STAT3, адаптерного белка MyD88, онкогенов и супрессоров опухолей, генов репарации. Это приводит к изменению механизмов ответа на воздействие вкДНК и снижению жизнеспособности раковых клеток MCF7.

Научная новизна результатов исследования

В работе полностью выявлена цепочка событий от контакта вкДНК с клеткой MCF7 до изменения транскрипционной активности генов, отвечающих за ее выживание. В рамках этой цепочки проиллюстрирован процесс окисления вкДНК, роль АФК и NOX4 в этом процессе, зависимость степени проникновения и локализации от ГЦ-обогащенности и от уровня окисления вкДНК. Впервые обнаружена способность вкДНК влиять на биогенез рибосом. Также показана способность вкДНК экспрессироваться при наличии промотора.

Поскольку в работе использовали не выделенную геномную ДНК, а искусственные конструкции с уже известным содержанием ГЦ, данное исследование дает более четкую информацию о влиянии уровня ГЦ и определённых последовательностей в составе вкДНК на ее взаимодействие с клеткой и биологическую активность.

Впервые показана взаимозависимость экспрессии ДНК-сенсоров TLR9 и AIM2. Подтверждена роль этих ДНК-сенсоров в акцепции вкДНК при помощи таких методов, как РНК-интерференция и CRISPR/Cas9, и проиллюстрированы механизмы понижения/повышения выживаемости клетки MCF7 при «отключении» одного их этих сенсоров.

Теоретическая и практическая значимость

Полученные результаты вносят ценный вклад в массив знаний о характеристиках вкДНК при онкологической патологии. С точки зрения фундаментальной науки имеют

неоспоримую значимость полученные данные о механизмах и условиях проникновения модельных вкДНК с известным ГЦ-составом, а также о вызываемых ими эффектах в раковой клетке. Полученные данные могут быть экстраполированы на реальную вкДНК, циркулирующую в крови больных РМЖ, что позволяет делать некоторые выводы о потенциальном влиянии вкДНК на клетки опухоли в условиях организма.

Продемонстрированный в ходе исследования факт, что ГЦ-богатые вкДНК вызывают DDR, повышающий резистентность раковой клетки к дальнейшему воздействию, может прояснить некоторые вопросы клинической онкологии, связанные с повышением устойчивости опухоли в процессе терапии.

Полученные результаты еще больше проясняют роль ДНК-сенсоров TLR9 и AIM2 во взаимодействии вкДНК с раковой клеткой. Показанная связь между экспрессией рецепторов TLR9 и AIM2 может играть важную роль в дальнейшем изучении сигнальных путей, активируемых ими, на других клеточных линиях.

Намечен ДНК-сенсор, «отключение» которого ведет к снижению выживаемости клеток и активации апоптотического сценария вместо механизмов, направленных на выживание раковых клеток. Этим сенсором оказался TLR9, что делает его перспективной мишенью для дальнейших исследований и разработок в области противоопухолевой терапии.

Степень достоверности результатов

Экспериментальные данные работы получены на большом фактическом материале. В исследовании вкДНК в крови задействованы 68 больных РМЖ и 76 человек без онкологической патологии. Все эксперименты с клеточной культурой проведены не менее, чем в 3-х повторах. Достоверность полученных в исследовании результатов, научных положений и выводов подтверждается статистическими методами. Нулевую гипотезу об отсутствии различий между выборками проверяли при помощи U-критерия Манна Уитни. Различия между выборками считали достоверными при p<0,05. Оценка распределений осуществлялась при помощи теста Колмогорова-Смирнова. Использованы следующие программы: Statistica 6.0, Excel (Microsoft), StatGraph.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Диссертация соответствует формуле специальности 1.5.7. (03.02.07) - Генетика (биологические науки), охватывая проблемы процессов репарации (пункт 3 паспорта

специальности), методы генетического анализа у прокариот и эукариот (пункт 5), реализация генетической информации (пункт 7), механизмы регуляции экспрессии генов (пункт 7), апоптоз (пункт 8), генетическая и клеточная инженерия (пункт 10), генетические основы биотехнологии (пункт 11).

Апробация результатов исследования

Результаты исследования доложены на конференции 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Краков, Польша, 2019; Structural and molecular biology of the DNA damage response, Мадрид, Испания, 2019; 11th International Symposium on Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum (CNAPS), Иерусалим, Израиль; II Объединенном научном форуме, VI съезде физиологов СНГ, VI съезде биохимиков России, IX Российском симпозиуме «Белки и пептиды», Сочи, Россия, 2019; Конференция молодых ученых ФГБНУ «МГНЦ», Москва, Россия, 2019.

Работа одобрена этическим комитетом и прошла экспертную комиссию, рекомендована к защите на заседании Диссертационного совета 24.1.168.01 при ФБГНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова».

Личный вклад автора в проведенное исследование

Автор принимал участие в планировании исследования, обзоре уже имеющихся данных по данной тематике, экспериментальной работе, обработке полученных данных и формулировке выводов. Автор представил результаты работы лично на 3 зарубежных и 2 отечественных конференциях.

Публикации

Материалы диссертационной работы представлены в 12 печатных работах, в том числе в 6 статьях (3 из них в WoS и Scopus), опубликованных в журналах, рекомендованных ВАК МОН РФ для соискателей ученой степени кандидата биологических наук.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа имеет следующую структуру: список сокращений, введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение, заключение, выводы, практические рекомендации, список цитируемой литературы. Работа представлена на 167 страницах машинописного текста, содержит 17 таблиц и 70 рисунков. Список литературы включает 322 наименования, из них 11 отечественных и 311 зарубежных источника.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Внеклеточная ДНК 1.1.1. ВкДНК в биологических жидкостях человека

Термин «внеклеточная ДНК» относится как к ядерной, так и к митохондриальной ДНК, выделившейся из клетки. Начало исследованиям внеклеточной ДНК млекопитающих положено еще в 1940-х годах [Aucamp J. et al., 2016]. В 1948 году Mandel и Métais опубликовали работу, в которой рассказывалось о наличии нуклеиновых кислот в крови человека на примере пациентов с системной красной волчанкой [Mandel P., Métais P., 1948; Kustanovich A. et al., 2019].

На данный момент известно, что внеклеточная ДНК содержится не только в плазме крови, но и в ликворе, мокроте, асцитической жидкости, желудочном соке, моче, аспирате костного мозга, образцах кала, молоке, лимфатической жидкости, спинномозговой жидкости, желчи, секрете предстательной железы, околоплодных водах [Gahan P.B. et al., 2008; Peters D.L. et al., 2011; Thierry A.R. et al, 2016]. Молекулы вкДНК также присутствуют в супернатантах клеточных культур [Fleischhacker M. et al., 2007].

Основными источниками вкДНК в биологических жидкостях считаются некроз, апоптоз, а также бактериальная и вирусная ДНК [Thierry A.R. et al, 2016; Jahr S. et al., 2001]. Также показано существование механизмов активного высвобождения циркулирующей вкДНК из клеток [Anker P. et al., 1975; Borenstein S., Ephrati-Elizur E., 1969; Stroun M., Anker P., 1972; Stroun M. et al., 1977; Stroun M. et al., 1978]. Механизм активного выделения вкДНК продемонстрирован Гаханом (Gahan) и Анкером (Anker), что привело к открытию виртосомы - циркулирующего комплекса ДНК-РНК-липопротеин, высвобожденного из живых клеток [Gahan P.B. et al., 2010]. Существование механизмов активного высвобождения вкДНК подтверждается также и работой Аболассани (Abolhassani) и его коллег на клеточной линии HL60 [Abolhassani M. et al., 1994]. Строуном (Stroun) и его коллегами установлено, что фрагменты циркулирующей вкДНК у онкологических больных содержат последовательности hTERT и hTr, которые отсутствовали в генетическом материале апоптотических клеток. Это продемонстрировало, что не только апоптоз вносил вклад в пул циркулирующей вкДНК [Stroun M. et al., 2001]. Также известно, что происхождение циркулирующей вкДНК может быть связано с онкозом, фагоцитозом и экзоцитозом [Thierry A.R. et al, 2016]. Показано, что активное высвобождение и поглощение нуклеиновых кислот характерно

для всех организмов и типов клеток [Peters D.L., Pretorius P.J., 2012]. В литературе также встречаются предположения, что одним из процессов, высвобождающих вкДНК в кровоток, служит энуклеация эритробластов в процессе формирования эритроцитов [Grabuschnig S. et al., 2020; Tug S., 2015].

Еще одним механизмом высвобождения вкДНК, который открыт относительно недавно, является нетоз - высвобождение ДНК из внеклеточных ловушек (neutrophil extracellular traps, NETs). Образование NETs является задачей нейтрофилов с функцией улавливания и уничтожения микроорганизмов [Brinkmann V., 2004]. NETs состоят из дезинтегрированного хроматина, в котором микроорганизмы убиваются при помощи антимикробных белков, находящихся в этой же «ловушке» [Yipp B.G., Kubes P., 2013; Grabuschnig S. et al., 2020]. Это явление имеет место только дня нейтрофилов.

В качестве процесса, пополняющего пул вкДНК, рассматривается еще один из способов самоуничтожения клеток, который зависит не от проапоптотических каспаз, а от каспазы-1 [Bergsbaken T. et al., 2009]. Пироптоз сопровождается разрывом плазматической мембраны, проникновением избытка воды в клетку, ее набуханием, осмотическим лизисом и высвобождением клеточного содержимого [Fink S.L., Cookson B.T., 2006].

В относительно недавних сообщениях [Bronkhorst A.J., 2018] в качестве источника вкДНК рассматривается геномная, вышедшая из клетки вследствие эффектов хромосомной нестабильности. К ним относятся фундаментальные ошибки при митозе, потеря теломер в ходе митоза и др. [Grabuschnig S. et al., 2020].

Различные предполагаемые и подтвержденные механизмы выхода вкДНК в кровоток предложены на рисунке 1.

Концентрация вкДНК в циркулирующей крови зависит от ее образования и накопления в тканях, ее выведения из организма почками и печенью, а также активности гидролизующих ДНК ферментов в крови и тканях [Kustanovich A. et al., 2019; Thierry A.R. et al., 2016]. Устойчивость, позволяющая вкДНК циркулировать в кровотоке в течение длительного времени, во многом обусловлена высоким уровнем метилирования. ВкДНК имеет устойчивость к действию протеиназы К и РНКзы [Stroun M. et al., 1987]. ДНКза I способна гидролизовать вкДНК [Velders M. et al., 2014].

Рисунок 1. Различные формы вкДНК в кровотоке человека и их механизмы происхождения [по Grabuschnig S. et al., 2020].

1.1.2. Формы вкДНК в кровотоке ВкДНК может циркулировать как в форме одноцепочечных [Koffler D. et al., 1973] фрагментов, так и двуцепочечных [Tan E. et al., 1966]. Размеры фрагментов вкДНК варьируют от 100 до 21 тысяч п.н. [Stroun M. et al., 1987; Jahr S. et al., 2001; Spisak S. et al., 2013]. Однако длина большинства фрагментов составляет примерно 150 п.н. [Volik S. et al., 2016]. Более длинные фрагменты образовываются при некрозе клеток в то время, как более короткие связаны с апоптозом [Spisak S. et al., 2013]. При том, что большая часть вкДНК высвобождается при апоптозе, фрагменты большей длины (>10 т.п.н.) являются следствием некротической гибели [Kustanovich A. et al., 2019]. Такие фрагмент, например, могут образоваться вследствие некроза клеток опухоли [Muhanna N. et al., 2017].

Как известно, ДНК является очень электростатической молекулой, способной к образованию комплексов с другими молекулами или структурами [Mouliere F., Thierry A.R., 2012]. Так циркулирующая вкДНК находится либо в молекулярных/макромолекулярных комплексах, либо содержатся внутри везикул

[Rykova E.Y. et al., 2012; Laktionov P.P. et al., 2004]. При этом вкДНК может быть прикреплена к внешней стороне клеточной мембраны, от которой она может отделиться и высвободиться в кровоток [Rykova E.Y. et al., 2012; Laktionov P.P. et al., 2004].

Упаковка вкДНК в различные структуры и комплексы способствует защите ее от нуклеаз, содержащихся в крови, а также снижает узнаваемость иммунной системой [Mittra I. et al., 2012].

Существует несколько возможных форм циркулирующей вкДНК в зависимости от механизма высвобождения. Так вкДНК может входить в структуры в виде частиц (экзосомы, микрочастицы, апоптотические тельца) или макромолекулярные структуры (комплексы нуклеосом, виртосом/протеолипидонуклеиновых кислот, NETs, комплексы с белками сыворотки) [Aucamp J. et al., 2016, Thierry A.R. et al., 2016; Anunobi R. et al. 2018]. Большая часть вкДНК, происходящая из ядра, циркулирует в виде моно- или олигонуклеосом [Holdenrieder S. et al., 2008]. Также будучи очень электростатической молекулой, ДНК способна связываться с белками, присутствующими в кровеносной системе (например, с иммуноглобулинами, альбумином), с образованием комплексов [Thierry A.R. et al, 2016]. Известно, что колебание количества этих белков в плазме крови может приводить к изменению содержания вкДНК [Thierry A.R. et al, 2016].

ВкДНК преимущественно циркулирует, будучи заключенной во внеклеточные везикулы (экзосомы, микровезикулы (эктовезикулы), апоптотические тельца). Некоторые исследования показали, что более 90% вкДНК связано с экзосомами [Kustanovich A. et al., 2019; Fernando M.R. et al., 2017].

Существует предположение, что эти везикулы обладают трансформирующей способностью [Lee Y. et al., 2012; Turturici G. et al., 2014]. Также существует мнение, что вкДНК может транспортироваться в организмe и в виде мобильных белковых комплексов [Aucamp J. et al., 2016]. Так, например, уже показано существование ДНК-содержащих виртосом, а также способность ДНК из этих виртосом проникать в клетку и проникать в ядерную ДНК [Gahan P.B., Stroun M., 2010].

ВкДНК обнаруживается на поверхности лейкоцитов и эритроцитов [Rykova E.Y. et al., 2012; Laktionov P.P. et al., 2004; Tobar N. et al., 2010]. Эта ДНК может быть связана с везикулами или с макромолекулами, а также быть в свободном виде [Thierry A.R. et al, 2016]. Причем расположившаяся таким образом вкДНК может иметь довольно большие размеры (до 20 т.п.н.) [Thierry A.R. et al, 2016; Morozkin E.S. et al., 2004], что может быть

объяснено как механизмом ее высвобождения из клеток, так и тем, что нуклеазы крови имеют к ней ограниченный доступ [Thierry A.R. et al, 2016].

1.1.3. ВкДНК при патологии У людей без патологии наблюдаются более низкие уровни циркулирующей вкДНК. Видимо, это связано не только с обильной гибелью клеток при некоторых патологиях, но и с тем, что в здоровом состоянии организм быстро выводит (при помощи почек, печени, селезенки) вкДНК, а при злокачественных новообразованиях, хронических воспалениях и при других патологиях, сопровождающихся обильной гибелью клеток, скорость выведения оказывается недостаточной [Kustanovich A. et al., 2019].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Кожина Екатерина Анатольевна, 2022 год

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Abolhassani M., Tillotson J., Chiao J. Characterization of the release of DNA by a human leukemia-cell line HL-60 // International Journal of Oncology. - 1994. - Vol. 4(2). - P. 417-421.

2. Akashi S., Saitoh S., Wakabayashi Y. et al. Lipopolysaccharide interaction with cell surface Toll-like receptor 4-MD-2: higher affinity than that with MD-2 or CD14 // J Exp Med.

- 2003. - Vol. 198(7) - P. 1035-1042.

3. Akira S., Takeda K. Toll-like receptor signalling // Nat Rev Immunol. - 2004. - Vol. 4(7). - P. 499-511.

4. Akira S., Uematsu S., Takeuchi O. Pathogen recognition and innate immunity // Cell.

- 2006. - Vol. 124(4). - P. 783-801.

5. Alcazar-Leyva S., Ceron E., Masso F. et al. Incubation with DNase I inhibits tumor cell proliferation // Med Sci Monit. - 2009. - Vol. 15. - CR. 51-55.

6. Anker P., Stroun M., Maurice P.A. Spontaneous release of DNA by human blood lymphocytes as shown in an in vitro system. // Cancer Res. - 1975. - Vol. 35. - P. 2375-2382.

7. Anunobi R., Boone B.A., Cheh N. et al. Extracellular DNA promotes colorectal tumor cell survival after cytotoxic chemotherapy // J Surg Res. - 2018. - Vol.226. - P. 181-191.

8. Armogida S.A., Yannaras N.M., Melton A.L., Srivastava M.D. Identification and quantification of innate immune system mediators in human breast milk // Allergy Asthma Proc.

- 2004. - Vol. 25(5). - P. 297-304.

9. Asefa B., Klarmann K.D., Copeland N.G. et al. The interferon-inducible p200 family of proteins: a perspective on their roles in cell cycle regulation and differentiation // Blood Cells Mol Dis. - 2004.—Vol. 32. - P. 155-167.

10. Aucamp J., Bronkhorst A.J., Badenhorst C.P., Pretorius P.J. A historical and evolutionary perspective on the biological significance of circulating DNA and extracellular vesicles // Cell Mol Life Sci. - 2016. - Vol. 73(23). - P. 4355-4381.

11. Barrangou R., Fremaux C., Deveau H. et al. CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes // Science. - 2007. - Vol. 315(5819). - P. 1709-1712.

12. Barrat F.J., Meeker T., Gregorio J. et al. Nucleic acids of mammalian origin can act as endogenous ligands for Toll-like receptors and may promote systemic lupus erythematosus // J Exp Med. - 2005. - Vol. 202(8). - P. 1131-1139.

13. Barton G.M., Kagan J.C. A cell biological view of Toll-like receptor function: regulation through compartmentalization // Nat Rev Immunol. - 2009. - Vol. 9(8). - P. 535-542.

14. Bayo J., Castano M.A., Rivera F., Navarro F. Analysis of blood markers for early breast cancer diagnosis // Clin Transl Oncol. - 2018. - Vol. 20. - P. 467-475.

15. Beaver J.A., Jelovac D., Balukrishna S. et al. Detection of cancer DNA in plasma of patients with early-stage breast cancer // Clin Cancer Res. - 2014. - Vol. 20. - P. 2643-2650.

16. Bedi D., Musacchio T., Fagbohun O.A. et al. Delivery of siRNA into breast cancer cells via phage fusion proteintargeted liposomes // Nanomedicine. - 2011. - Vol. 7(3) - P. 315323.

17. Bendich A., Wilczok T., Borenfreund E. Circulating DNA as a possible factor in oncogenesis // Science. - 1965. - Vol. 148. - P. 374-376.

18. Berger R., Fiegl H., Goebel G. et al. Toll-like receptor 9 expression in breast and ovarian cancer is associated with poorly differentiated tumors // Cancer Sci. - 2010. - Vol. 101(4). - P. 1059-1066.

19. Bergsbaken T., Fink S.L., Cookson B.T. Pyroptosis: host cell death and inflammation // Nat. Rev. Microbiol. - 2009. - Vol. 7. - P. 99-109

20. Bernstein E., Allis C.D. RNA meets chromatin // Genes Dev. - 2005. - Vol. 19(14).

- P. 1635-1655.

21. Bettegowda C., Sausen M., Leary R.J. et al. Detection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies // Science Translational Medicine. - 2014. - Vol. 6(224). - P. 224ra24.

22. Bolotin A., Quinquis B., Sorokin A., Ehrlich S.D. Clustered regularly interspaced short palindrome repeats (CRISPRs) have spacers of extrachromosomal origin // Microbiology

- 2005. — Vol. 151(8). - P. 2551-2561.

23. Bonham K.S., Orzalli M.H., Hayashi K. et al. A promiscuous lipid-binding protein diversifies the subcellular sites of toll-like receptor signal transduction // Cell. - 2014. - Vol. 156. - P. 705-716.

24. Borenstein S., Ephrati-Elizur E. Spontaneous release of DNA in sequential genetic order by Bacillus subtilis // J Mol Biol. - 1969. - Vol. 45. - P. 137-152.

25. Bracci M., Ciarapica V., Zabaleta M.E. et al. BRCA1 and BRCA2 Gene Expression: Diurnal Variability and Influence of Shift Work // Cancers (Basel). - 2019. - Vol. 11(8). - P. 1146.

26. Breitbach S., Tug S., Helmig S. et al. Direct quantification of cell-free, circulating DNA from unpurified plasma // PLoS One. - 2014. - Vol. 9(3) - P. e87838.

27. Brennan J.J., Gilmore T.D. Evolutionary Origins of Toll-like Receptor Signaling // Mol Biol Evol. - 2018. - Vol. 35(7). - P. 1576-1587.

28. Brignole C., Marimpietri D., Di Paolo D., et al. Therapeutic targeting of TLR9 inhibits cell growth and induces apoptosis in neuroblastoma // Cancer Res. - 2010. - Vol. 70. -P.9816-9826.

29. Brinkmann V., Reichard U., Goosmann C. et al. Neutrophil extracellular traps kill bacteria // Science. - 2004. - Vol. 303(5663). - P. 1532-1535.

30. Bronkhorst A.J., Wentzel J.F., Ungerer V. et al. Sequence analysis of cell-free DNA derived from cultured human bone osteosarcoma (143B) cells // Tumour Biol. - 2018. - Vol. 40(9). - 1010428318801190.

31. Brown K.K., Toker A. The phosphoinositide 3-kinase pathway and therapy resistance in cancer // F1000Prime Rep. - 2015. - Vol. 7. - P. 13.

32. Bryzgunova O.E., Tamkovich S.N., Cherepanova A.V. et al. Redistribution of Free-and Cell-Surface-Bound DNA in Blood of Benign and Malignant Prostate Tumor Patients // Acta Naturae. - 2015. - Vol. 7(2). - P. 115-118.

33. Bulicheva N., Fidelina O., Mkrtumova N. et al. Effect of cell-free DNA of patients with cardiomyopathy and rDNA on the frequency of contraction of electrically paced neonatal rat ventricular myocytes in culture // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - Vol. 1137. - P. 273-277.

34. Bürckstümmer T., Baumann C., Blüml S. et al. An orthogonal proteomic-genomic screen identifies AIM2 as a cytoplasmic DNA sensor for the inflammasome // Nat Immunol. -2009. - Vol. 10. - P. 266-272.

35. Cao X., Tang Q., Holland-Letz T. et al. Evaluation of promoter methylation of RASSF1A and ATM in peripheral blood of breast cancer patients and healthy control individuals // Int J Mol Sci. - 2018. - Vol. 19. - P. 900.

36. Castruccio Castracani C., Longhitano L., Distefano A. et al. Heme Oxygenase-1 and Carbon Monoxide Regulate Growth and Progression in Glioblastoma Cells // Mol Neurobiol. -2020. - Vol. 57(5). - P. 2436-2446.

37. Chai D., Shan H., Wang G. et al. AIM2 is a potential therapeutic target in human renal carcinoma and suppresses its invasion and metastasis via enhancing autophagy induction // Exp Cell Res. - 2018. - Vol. 370. P. 561-570.

38. Chalk A.M., Wahlestedt C., Sonnhammer E.L. Improved and automated prediction of effective siRNA // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - Vol. 319(1). - P. 264-74.

39. Chandler M.R., Keene K.S., Tuomela J.M. et al. Lower frequency of TLR9 variant associated with protection from breast cancer among African Americans // PLoS One. - 2017. -Vol. 8;12(9). - P. e0183832.

40. Chen I.F., Ou-Yang F., Hung J.Y. et al. AIM2 suppresses human breast cancer cell proliferation in vitro and mammary tumor growth in a mouse model // Mol Cancer Ther. - 2006. - Vol. 5(1). - P. 1-7.

41. Chen J., Wang Z., Yu S. AIM2 regulates viability and apoptosis in human colorectal cancer cells via the PI3K/Akt pathway // Onco Targets Ther. - 2017. - Vol. 10. - P. 811-817.

42. Chen S., Sanjana N.E., Zheng K. et al. Genome-wide CRISPR screen in a mouse model of tumor growth and metastasis // Cell. - 2015. - Vol. 160(6). - P. 1246-1260.

43. Chen S.L., Liu L.L., Lu S.X. et al. HBx-mediated decrease of AIM2 contributes to hepatocellular carcinoma metastasis // Mol Oncol. - 2017. - Vol.11. - P.1225-1240.

44. Chen Y., Guo W., Fan J. et al. The applications of liquid biopsy in resistance surveillance of anaplastic lymphoma kinase inhibitor // Cancer Manag Res. - 2017. - Vol. 9. -P. 801-811.

45. Chevrier N., Mertins P., Artyomov M.N. et al. Systematic discovery of TLR signaling components delineates viral-sensing circuits // Cell. - 2011. - Vol. 147(4). - P. 853867.

46. Choudhury A., Charo J., Parapuram S.K. et al. Small interfering RNA (siRNA) inhibits the expression of the Her2/neu gene, upregulates HLA class I and induces apoptosis of Her2/neu positive tumor cell lines // Int J Cancer. - 2004. - Vol. 108. - P. 71-77.

47. Coban C., Igari Y., Yagi M., et al. Immunogenicity of whole-parasite vaccines against Plasmodium falciparum involves malarial hemozoin and host TLR9 // Cell Host Microbe. - 2010. - Vol. 7(1). - P. 50-61.

48. Coban C., Ishii K.J., Kawai T. et al. Toll-like receptor 9 mediates innate immune activation by the malaria pigment hemozoin // J Exp Med. - 2005. - Vol. 201(1). - P. 19-25.

49. Compagno M, Lim WK, Grunn A, et al. Mutations of multiple genes cause deregulation of NF-kappaB in diffuse large B-cell lymphoma // Nature. - 2009. - Vol. 459. - P. 717-721.

50. Cong L., Ran F.A., Cox D. et al. Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems // Science. - 2013. - Vol. 339(6121). - P. 819-823.

51. Cresswell K.S., Clarke C.J., Jackson J.T., Darcy P.K., Trapani J.A., Johnstone R.W. Biochemical and growth regulatory activities of the HIN-200 family member and putative tumor suppressor protein, AIM2 // Biochem Biophys Res Commun. - 2005. - Vol. 326(2). - P. 417424.

52. Crowley E., Di Nicolantonio F., Loupakis F., Bardelli A. Liquid biopsy: monitoring cancer-genetics in the blood // Nature Reviews Clinical Oncology. - 2013. - Vol. 10(8). - P. 472-484.

53. Cui J., Chen Y., Wang H.Y., Wang R.F. Mechanisms and pathways of innate immune activation and regulation in health and cancer // Hum Vaccin Immunother. - 2014. - Vol. 10. -3270-3285.

54. D'Souza-Schorey C., Clancy J.W. Tumor-derived microvesicles: shedding light on novel microenvironment modulators and prospective cancer biomarkers // Genes & Development. - 2012. - Vol. 26(12). - P. 1287-1299.

55. Dana H., Chalbatani G.M., Mahmoodzadeh H. et al. Molecular Mechanisms and Biological Functions of siRNA // Int J Biomed Sci. - 2017. - Vol. 13(2). - P. 48-57.

56. Carthew R.W., Sontheimer E.J. Origins and Mechanisms of miRNAs and siRNAs // Cell. - 2009. - Vol. 136(4). - P. 642-655.

57. DeYoung K.L., Ray M.E., Su Y.A. et al. Cloning a novel member of the human interferon-inducible gene family associated with control of tumorigenicity in a model of human melanoma // Oncogene. - 1997. - Vol. 15(4). - P. 453-457.

58. Diaz L.A. Jr., Bardelli A. Liquid biopsies: genotyping circulating tumor DNA // J Clin Oncol. - 2014. - Vol. 32. - P. 579-586.

59. Dittmar M., Bischofs C., Matheis N. et al. A novel mutation in the DNASE1 gene is related with protein instability and decreased enzyme activity in thyroid autoimmunity // J Autoimmun. - 2009. - Vol. 32. - P. 7-13.

60. Dolcet X., Llobet D., Pallares J., Matias-Guiu X. NF-kB in development and progression of human cancer // Virchows Arch. - 2005. - Vol. 446(5). - P. 475-482.

61. Dong Xda E., Ito N., Lotze M.T. et al. High mobility group box I (HMGB1) release from tumor cells after treatment: implications for development of targeted chemoimmunotherapy // J Immunother. - 2007. - Vol. 30. - P. 596-606.

62. Droemann D., Albrecht D., Gerdes J. et al. Human lung cancer cells express functionally active Toll-like receptor 9 // Respir Res. - 2005. - Vol. 6(1). - P. 1.

63. Du X., Poltorak A. Wei Y., Beutler B. Three novel mammalian toll-like receptors: gene structure, expression, and evolution // Eur Cytokine Netw. - 2000. - Vol. 11(3). - P. 362371.

64. Efremov D.G., Bomben R., Gobessi S., Gattei V. TLR9 signaling defines distinct prognostic subsets in CLL // Front Biosci (Landmark Ed). - 2013. - Vol. 1(18). - P. 371-386.

65. Elbashir S.M., Harborth J., Lendeckel W. et al. Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells // Nature. - 2001. - Vol. 411. - P. 494498.

66. Erb M.A., Scott T.G., Li B.E. et al. Transcription control by the ENL YEATS domain in acute leukaemia // Nature. - 2017. - Vol. 543(7644). - P. 270-274.

67. Ermakov A.V., Konkova M.S., Kostyuk S.V. et al. An extracellular DNA mediated bystander effect produced from low dose irradiated endothelial cells // Mutat Res Fund Mol Mech. - 2011. - Vol. 712. - P. 1-10.

68. Ermakov A.V., Konkova M.S., Kostyuk S.V. et al. Oxidative stress as a significant factor for development of an adaptive response in irradiated and nonirradiated human lymphocytes after inducing the bystander effect by low-dose X-radiation // Mutat Res Fund Mol Mech. - 2009. - Vol. 669. - P. 155-161.

69. Ermakov A.V., Konkova M.S., Kostyuk S.V., Izevskaya V.L., Baranova A., Veiko N.N. Oxidized extracellular DNA as a stress signal in human cells // Oxid Med Cell Longev -2013. - 649747.

70. Ershova E.S., Jestkova E.M., Chestkov I.V. et al. Quantification of cell-free DNA in blood plasma and DNA damage degree in lymphocytes to evaluate dysregulation of apoptosis in schizophrenia patients // J Psychiatr Res. - 2017. - Vol. 87. - P. 15-22.

71. Escamilla-Tilch M., Filio-Rodriguez G., Garcia-Rocha R. et al. The interplay between pathogen-associated and danger-associated molecular patterns: an inflammatory code in cancer? // Immunol Cell Biol. - 2013. - Vol. 91. - P. 601-610.

72. Esposito A., Bardelli A., Criscitiello C. Monitoring tumor-derived cell-free DNA in patients with solid tumors: Clinical perspectives and research opportunities // Cancer Treatment Reviews. - 2014. - Vol. 40(5). - P. 648-655.

73. Evers B., Jastrzebski K., Heijmans J.P., Grernrum W., Beijersbergen R.L., Bernards R. CRISPR knockout screening outperforms shRNA and CRISPRi in identifying essential genes // Nat Biotechnol. - 2016. - Vol. 34(6). - P. 631-633.

74. Ewald S.E., Engel A., Lee J., Wang M., Bogyo M., Barton G.M. Nucleic acid recognition by Toll-like receptors is coupled to stepwise processing by cathepsins and asparagine endopeptidase // J Exp Med. - 2011. - Vol. 208(4). - P. 643-651.

75. Ewald S.E., Lee B.L., Lau L. et al. The ectodomain of Toll-like receptor 9 is cleaved to generate a functional receptor // Nature. - 2008. - Vol. 456(7222). - P. 658-662.

76. Farina A., Sekizawa A., Sugito Y. et al. Fetal DNA in maternal plasma as a screening variable for preeclampsia. A preliminary nonparametric analysis of detection rate in low-risk nonsymptomatic patients // Prenatal Diag. - 2004. - Vol. 24. - P. 83-86.

77. Fehri E., Ennaifer E., Bel Haj Rhouma R., et al. The role of Toll-like receptor 9 in gynecologic cancer // Curr Res Transl Med. - 2016. - Vol. 64. - P. 155-159.

78. Felgner P.L., Gadek T.R., Holm M. et al. Lipofection: a highly efficient, lipid-mediated DNA-transfection procedure // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1987. - Vol. 84. - P. 7413.

79. Fernandes J., Michel V., Camorlinga-Ponce M. et al. Circulating mitochondrial DNA level, a noninvasive biomarker for the early detection of gastric cancer // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. - 2014. - Vol. 23(11). - P. 2430-2438.

80. Fernandes-Alnemri T., Yu J.W., Datta P., Wu J., Alnemri E.S. AIM2 activates the inflammasome and cell death in response to cytoplasmic DNA // Nature. - 2009. - Vol. 458. -P.509-513.

81. Fernando M.R., Jiang C., Krzyzanowski G.D., Ryan W.L. New evidence that a large proportion of human blood plasma cell-free DNA is localized in exosomes // PLoS One. - 2017. - Vol. 12(8). - P. 1-15.

82. Fiegl H., Millinger S., Mueller-Holzner E. et al. Circulating tumor-specific DNA: a marker for monitoring efficacy of adjuvant therapy in cancer patients // Cancer Res. - 2005. -Vol. 65(4). - P. 1141-1145.

83. Fink S.L., Cookson B.T. Caspase-1-dependent pore formation during pyroptosis leads to osmotic lysis of infected host macrophages // Cell. Microbiol. - 2006. - Vol. 8. - P. 1812-1825.

84. Fire A., Xu S., Montgomery M.K. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans // Nature. - 1998. - Vol. 391. -P. 806-811.

85. Fleischhacker M., Schmidt B. Circulating nucleic acids (CNAs) and cancer — a survey. // Biochim Biophys Acta. - 2007. - Vol. 1775(1). - P. 181-232.

86. Fu Y., Foden J.A., Khayter C. et al. High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells // Nat Biotechnol. - 2013. - Vol. 31(9). - P. 822-826.

87. Gahan P.B., Stroun M. The virtosome—a novel cytosolic informative entity and intercellular messenger // Cell Biochem Funct. - 2010. - Vol. 28. - P. 529-538.

88. Gahan P.B., Swaminathan R. Circulating nucleic acids in plasma and serum // Ann NY Acad Sci. - 2008. - Vol. 1137. - P. 1-6.

89. Garcia-Olmo D., Garcia-Olmo D.C., Ontanon J., Martinez E. Horizontal transfer of DNA and the «genometastasis hypothesis» // Blood. - 2000. - Vol. 95(2). - P. 724-725.

90. García-Olmo D.C., Domínguez C., García-Arranz M. et al. Cell-free nucleic acids circulating in the plasma of colorectal cancer patients induce the oncogenic transformation of susceptible cultured cells // Cancer Res. - 2010. - Vol. 70. - P. 560-567.

91. García-Olmo D.C., Guadalajara H. et al. Functionality of CNAPS in cancer: The theory of genometastasis. In: Gahan PB (ed) Circulating nucleic acids in plasma and serum: proceedings of the 6th international conference on circulating nucleic acids in plasma and serum held on 9-11 November 2009 in Hong Kong // Springer, Netherlands. - 2011. - P. 105-108.

92. Garg A.D., Dudek A.M., Agostinis P. Cancer immunogenicity, danger signals, and DAMPs: what, when, and how? // Biofactors. - 2013. - Vol. 39. - P. 355-367.

93. Gayle S., Landrette S., Beeharry N. et al. Identification of apilimod as a first-in-class PIKfyve kinase inhibitor for treatment of B-cell non-Hodgkin lymphoma // Blood. - 2017. -Vol. 129(13). - P. 1768-1778.

94. Glebova K., Veiko N., Kostyuk S., Izhevskaya V., Baranova A. Oxidized extracellular DNA as a stress signal that may modify response to anticancer therapy // Cancer Lett. - 2015. - Vol. 356. - P. 22-33.

95. Glebova K.V., Veiko N.N., Nikonov A.A., Porokhovnik L.N., Kostuyk S.V. Cellfree DNA as a biomarker in stroke: Current status, problems and perspectives // Crit Rev Clin Lab Sci. - 2018. - Vol. 55(1). - P. 55-70.

96. Gonzalez-Reyes S., Marin L., Gonzalez L. et al. Study of TLR3, TLR4 and TLR9 in breast carcinomas and their association with metastasis // BMC Cancer. - 2010. - Vol. 10. - P. 665.

97. Grabuschnig S., Bronkhorst A.J., Holdenrieder S. et al. Putative Origins of Cell-Free DNA in Humans: A Review of Active and Passive Nucleic Acid Release Mechanisms // Int J Mol Sci. - 2020. - Vol. 21(21). - 8062.

98. Gravina S., Sedivy J.M., Vijg J. The dark side of circulating nucleic acids // Aging Cell. - 2016. - Vol. 15. - P. 398-399.

99. Grazioli S., Pugin J. Mitochondrial Damage-Associated Molecular Patterns: From Inflammatory Signaling to Human Diseases // Front Immunol. - 2018. - Vol. 9 - P. 832.

100. Grishok A., Tabara H., Mello C.C. Genetic requirements for inheritance of RNAi in C. elegans // Science. - 2000. - Vol. 287. - P. 2494-2497.

101. Grivennikov S.I., Karin M. Dangerous liaisons: STAT3 and NF-kappaB collaboration and crosstalk in cancer // Cytokine Growth Factor Rev. - 2010. - Vol. 21. - P. 1119.

102. Guo S., Kemphues K.J. Par-1, a gene required for establishing polarity in C. elegans embryos, encodes a putative Ser/Thr kinase that is asymmetrically distributed // Cell. - 1995. -Vol. 81(4). - P. 611-620.

103. Hacker H., Mischak H., Miethke T., et al. CpG-DNA-specific activation of antigen-presenting cells requires stress kinase activity and is preceded by non-specific endocytosis and endosomal maturation // EMBO J. - 1998. - Vol. 17(21). - P. 6230-6240.

104. Hamilton A.J., Baulcombe D.C. A species of small antisense RNA in posttranscriptional gene silencing in plants // Science. - 1999. - Vol. 286(5441). - P. 950-952.

105. Hart T., Chandrashekhar M., Aregger M. et al. High-Resolution CRISPR Screens Reveal Fitness Genes and Genotype-Specific Cancer Liabilities // Cell. - 2015. - Vol. 163(6). -P. 1515-1526.

106. He G., Karin M. NF-kB and STAT3 - key players in liver inflammation and cancer // Cell Res. - 2011. - Vol. 21. - P. 159-168.

107. He L., Chen Y., Wu Y., Xu Y., Zhang Z., Liu Z. Nucleic acid sensing pattern recognition receptors in the development of colorectal cancer and colitis // Cell Mol Life Sci. -2017. - Vol. 74. - P. 2395-2411

108. He L., Liu Y., Lai W., Tian H., Chen L., Xie L., Liu Z. DNA sensors, crucial receptors to resist pathogens, are deregulated in colorectal cancer and associated with initiation and progression of the disease // J Cancer. - 2020. - Vol. 11(4). - P. 893-905.

109. Hogrefe R.I., Lebedev A.V., Zon G. et al. Chemically modified short interfering hybrids (siHYBRIDS): nanoimmunoliposome delivery in vitro and in vivo for RNAi of HER-2 // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. - 2006. - Vol. 25. P. 889-907.

110. Holdenrieder S., Nagel D., Schalhorn A. et al. Clinical relevance of circulating nucleosomes in cancer // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - Vol. 1137. - P. 180-189.

111. Horng T., Barton G.M., Flavell R.A., Medzhitov R. The adaptor molecule TIRAP provides signalling specificity for Toll-like receptors // Nature. - 2002. - Vol. 420(6913). - P. 329-333.

112. Hornung V., Ablasser A., Charrel-Dennis M. et al. AIM2 recognizes cytosolic dsDNA and forms a caspase-1-activating inflammasome with ASC // Nature. - 2009. - Vol. 458.

- P. 514-518.

113. Hou W., Zhang Q., Yan Z., et al. Strange attractors: DAMPs and autophagy link tumor cell death and immunity // Cell Death Dis. - 2013. - Vol. 4. - P. e966.

114. Huang H., Evankovich J., Yan W. et al. Endogenous histones function as alarmins in sterile inflammatory liver injury through toll-like receptor 9 in mice // Hepatology. - 2011. -Vol. 54. - P. 999-1008.

115. Hu-Lieskovan S., Heidel J.D., Bartlett D.W., Davis M.E., Triche T.J. Sequence-specific knockdown of EWS-FLI1 by targeted, nonviral delivery of small interfering RNA inhibits tumor growth in a murine model of metastatic Ewing's sarcoma // Cancer Res. - 2005.

- Vol. 65. - P. 8984-8992.

116. Ilvesaro J.M., Merrell M.A., Li L. et al. Toll-like receptor 9 mediates CpG oligonucleotide-induced cellular invasion // Mol Cancer Res. - 2008. - Vol. 6(10). - P. 15341543.

117. Ilvesaro J.M., Merrell M.A., Swain T.M. et al. Toll like receptor-9 agonists stimulate prostate cancer invasion in vitro // Prostate. - 2007. - Vol. 67(7). - P. 774-781.

118. Ishino Y., Shinagawa H., Makino K., Amemura M., Nakata A. Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion in Escherichia coli, and identification of the gene product // J Bacteriol. - 1987. - Vol. 169(12). - P. 5429-5433.

119. Ito N., DeMarco R.A., Mailliard R.B. et al. Cytolytic cells induce HMGB1 release from melanoma cell lines // J Leukoc Biol. - 2007. - Vol. 81. - P. 75-83.

120. Iwasa Y., Nowak M.A., Michor F. Evolution of resistance during clonal expansion // Genetics. - 2006. - Vol. 172. - P. 2557-2566.

121. Jackson A.L., Linsley P.S. Noise amidst the silence: off-target effects of siRNAs? // Trends Genet. - 2004. - Vol. 20. - P. 521-524.

122. Jackson S., Bartek J. The DNA-damage response in human biology and disease // Nature. - 2009. - Vol. 461(7267). - P. 1071-1078.

123. Jahr S., Hentze H., Englisch S. et al. DNA fragments in the blood plasma of cancer patients: quantitations and evidence for their origin from apoptotic and necrotic cells // Cancer Res. - 2001. - Vol. 61(4). - P. 1659-1665.

124. Jiang W., Bikard D., Cox D., Zhang F., Marraffini L.A. RNA-guided editing of bacterial genomes using CRISPR-Cas systems // Nat Biotechnol. - 2013. - Vol. 31(3). - P. 233239.

125. Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J.A., Charpentier E. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity // Science.

- 2012. - Vol. 337(6096). - P. 816-821.

126. Johnston P.A., Grandis J.R. STAT3 signaling: anticancer strategies and challenges // Mol Interv. - 2011. - Vol. 11(1). - P. 18-26.

127. Jordi M., Marty J., Mordasini V. et al. IRAK4 is essential for TLR9-induced suppression of Epstein-Barr virus BZLF1 transcription in Akata Burkitt's lymphoma cells // PLoS One. -2017. - Vol. 12(10). - P. e0186614.

128. Jukkola-Vuorinen A., Rahko E., Vuopala K.S. et al. Toll-like receptor-9 expression is inversely correlated with estrogen receptor status in breast cancer // J Innate Immun. - 2008.

- Vol. 1. - P. 59-68

129. Jylhävä J., Kotipelto T., Raitala A. et al. Aging is associated with quantitative and qualitative changes in circulating cell-free DNA: the vitality 90 study // Mech Ageing Dev. -2011. - Vol. 132. - P. 20-26.

130. Kagan J.C., Medzhitov R. Phosphoinositide-mediated adaptor recruitment controls Toll-like receptor signaling // Cell. - 2006. - Vol. 125(5). - P. 943-955.

131. Kang J.S., Nam L.B., Yoo O.K., Keum Y.S. Molecular mechanisms and systemic targeting of NRF2 dysregulation in cancer // Biochem Pharmacol. - 2020. - Vol. 177. - 114002.

132. Kang R., Tang D., Schapiro N.E. et al. The receptor for advanced glycation end products (RAGE) sustains autophagy and limits apoptosis, promoting pancreatic tumor cell survival // Cell Death Differ. - 2010. - Vol. 17. - P. 666-676.

133. Kang T.H., Mao C.P., Kim Y.S. et al. TLR9 acts as a sensor for tumor-released DNA to modulate anti-tumor immunity after chemotherapy // J Immunother Cancer. - 2019. -Vol. 16;7(1). - P. 260.

134. Karin M., Greten F.R. NF-kappaB: linking inflammation and immunity to cancer development and progression // Nat Rev Immunol. - 2005. - Vol. 5(10). - P. 749-759.

135. Kawai T., Akira S. TLR signaling // Cell Death Differ. - 2006. - Vol. 13(5). - P. 816-825.

136. Kawasaki T., Kawai T. Toll-like receptor signaling pathways // Front Immunol. -2014. - Vol. 5. - P. 461.

137. Khier S., Lohan L. Kinetics of circulating cell-free DNA for biomedical applications: critical appraisal of the literature // Future Sci OA. - 2018. - Vol. 4. - FSO295.

138. Kim Y.M., Brinkmann M.M., Paquet M.E., Ploegh H.L. UNC93B1 delivers nucleotide-sensing toll-like receptors to endolysosomes // Nature. - 2008. - Vol. 452(7184). -P. 234-238.

139. Kindrachuk J., Potter J., Wilson H.L. et al. Activation and regulation of toll-like receptor 9: CpGs and beyond // Mini Rev Med Chem. - 2008. - Vol. 8. - P. 590-600.

140. Knockout™ RNAi Systems User Manual. Protocol No. PT3739-1 // Clontech Laboratories Inc., - Version No. 080913. - www.clontech.com

141. Koffler D., Agnello V., Winchester R., Kunkel H.G. The occurrence of single-stranded DNA in the serum of patients with systemic lupus erythematosus and other diseases // J Clin Invest. - 1973. - Vol. 52(1). - P. 198-204.

142. Konkova M.S., Kaliyanov A.A., Sergeeva V.A., Abramova M.S., Kostyuk S.V. Oxidized Cell-Free DNA Is a Factor of Stress Signaling in Radiation-Induced Bystander Effects in Different Types of Human Cells // Int J Genomics. - 2019. - 9467029.

143. Korzeneva I.B., Kostuyk S.V., Ershova E.S. et al. Human circulating ribosomal DNA content significantly increases while circulating satellite III (1q12) content decreases under chronic occupational exposure to low-dose gamma- neutron and tritium betaradiatio // Mutat Res. - 2016. - Vol. 791-792. - P. 49-60.

144. Koseoglu S., Lu Z., Kumar C., Kirschmeier P., Zou J. AKT1, AKT2 and AKT3-dependent cell survival is cell line-specific and knockdown of all three isoforms selectively induces apoptosis in 20 human tumor cell lines // Cancer Biol Ther. - 2007. - Vol. 6(5). - P. 755-62.

145. Kostyuk S., Smirnova T., Kameneva L. et al. GC-Rich Extracellular DNA Induces Oxidative Stress, Double-Strand DNA Breaks, and DNA Damage Response in Human Adipose-Derived Mesenchymal Stem Cells // Oxid Med Cell Longev. - 2015. - 782123.

146. Kostyuk S.V., Ermakov A.V., Alekseeva A.Y. et al. Role of extracellular DNA oxidative modification in radiation induced bystander effects in human endotheliocytes // Mutat Res Fund Mol Mech. - 2012. - Vol. 729. - P. 52-60.

147. Kostyuk S.V., Konkova M.S., Ershova E.S. et al. An exposure to the oxidized DNA enhances both instability of genome and survival in cancer cells // PLoS One. - 2013. - Vol. 8(10). - P. e77469.

148. Kostyuk S.V., Tabakov V.J., Chestkov V.V., et al. Oxidized DNA induces an adaptive response in human fibroblasts // Mutat Res. - 2013. - Vol. 747-748. - P. 6-18.

149. Kouranova E., Forbes K., Zhao G. et al. CRISPRs for Optimal Targeting: Delivery of CRISPR Components as DNA, RNA, and Protein into Cultured Cells and Single-Cell Embryos // Hum Gene Ther. - 2016. - Vol. 27(6). - P. 464-475.

150. Kozhina E.A., Ershova E.S., Okorokova N.A. et al. Extracellular DNA Containing (dG)n Motifs Penetrates into MCF7 Breast Cancer Cells, Induces the Adaptive Response, and Can Be Expressed // Oxid Med Cell Longev. - 2019. - 7853492.

151. Kumagai Y., Takeuchi O., Akira S. TLR9 as a key receptor for the recognition of DNA // Adv Drug Deliv Rev. - 2008. - Vol. 60(7). - P. 795-804.

152. Kustanovich A., Schwartz R., Peretz T., Grinshpun A. Life and death of circulating cell-free DNA // Cancer Biology & Therapy. - 2019. - Vol. 20(8). - P. 1057-1067.

153. Laktionov P.P., Tamkovich S.N., Rykova E.Y. et al. Cell-surface-bound nucleic acids: Free and cell-surface-bound nucleic acids in blood of healthy donors and breast cancer patients // Annals of the New York Academy of Sciences. - 2004. - Vol. 1022. - P. 221-227.

154. Lander E.S., Linton L.M., Birren B. et al. Initial sequencing and analysis of the human genome // Nature. - 2001. - Vol. 409(6822). - P. 860-921.

155. Latz E., Schoenemeyer A., Visintin A. et al. TLR9 signals after translocating from the ER to CpG DNA in the lysosome // Nat Immunol. - 2004. - Vol .5. - P. 190-198

156. Latz E., Verma A., Visintin A. et al. Ligand-induced conformational changes allosterically activate Toll-like receptor 9 // Nat Immunol. - 2007. - Vol. 8(7). -P. 772-779.

157. LeBel C.P., Ischiropoulos H., Bondy S.C. Evaluation of the probe 2',7'-dichlorofluorescin as an indicator of reactive oxygen species formation and oxidative stress // Chem Res Toxicol. - 1992. - Vol. 5. - P. 227-231.

158. Lee Y., El Andaloussi S., Wood M.J.A. Exosomes and microvesicles: extracellular vesicles for genetic information transfer and gene therapy // Human Molecular Genetics. - 2012.

- Vol. 21(R1). - R 125-134.

159. Leifer C.A., Kennedy M.N., Mazzoni A., Lee C., Kruhlak M.J., Segal D.M. TLR9 is localized in the endoplasmic reticulum prior to stimulation // J Immunol. - 2004. - Vol. 173.

- P. 1179-1183

160. Leon S., Shapiro B., Sklaroff D., Yaros M. Free DNA in the serum of cancer patients and the effect of therapy // Cancer Res. - 1977. - Vol. 37. - P. 646-650.

161. Li J.Z., Steinman C.R. Plasma DNA in systemic lupus erythematosus. Characterization of cloned base sequences //Arthritis Rheum. - 1989. - Vol. 32(6). - P. 726733.

162. Liu F., Niu Q., Fan X. et al. Priming and Activation of Inflammasome by Canarypox Virus Vector ALVAC via the cGAS/IFI16-STING-Type I IFN Pathway and AIM2 Sensor // J Immunol. - 2017. - Vol. 199(9). - P. 3293-3305.

163. Loseva P., Kostyuk S., Malinovskaya E. et al. Extracellular DNA oxidation stimulates activation of NRF2 and reduces the production of ROS in human mesenchymal stem cells // Expert Opin Biol Ther. - 2012. - Vol. 12 (Suppl 1). - S 85-97.

164. Ma X., Guo P., Qiu Y. et al. Loss of AIM2 expression promotes hepatocarcinoma progression through activation of mTOR-S6K1 pathway // Oncotarget. - 2017. - Vol. 7. - P. 36185-36197.

165. Macher H., Egea-Guerrero J.J., Revuelto-Rey J. et al. Role of early cell-free DNA levels decrease as a predictive marker of fatal outcome after severe traumatic brain injury // Clin Chim Acta. - 2012. - Vol. 414 - P. 12-17.

166. Madhavan D., Wallwiener M., Bents K. et al. Plasma DNA integrity as a biomarker for primary and metastatic breast cancer and potential marker for early diagnosis // Breast Cancer Res Treat. - 2014. - Vol. 146. - P. 163-174.

167. Mali P., Yang L., Esvelt K.M. et al. RNA-guided human genome engineering via Cas9 // Science. - 2013. - Vol. 339(6121). - P. 823-826.

168. Mandel P., Métais P. Les acides nucléiques du plasma sanguin chez l'homme [The nucleic acids of blood plasma in humans] // CR Acad. Sci. Paris. - 1948. - Vol. 142. - P. 241243.

169. Marongiu L., Gornati L., Artuso I., Zanoni I., Granucci F. Below the surface: The inner lives of TLR4 and TLR9 // J Leukoc Biol. - 2019. - Vol. 106. - P. 147-160.

170. Marshak-Rothstein A., Rifkin I.R. Immunologically active autoantigens: the role of toll-like receptors in the development of chronic inflammatory disease // Annu Rev Immunol. -2007. - Vol. 25. - P. 419-441.

171. Meitzler J.L., Makhlouf H.R., Antony S. et al. Decoding NADPH oxidase 4 expression in human tumors // Redox Biol. - 2017. - Vol. 13. - P. 182-195.

172. Mello C.C., Conte D. Jr. Revealing the world of RNA interference // Nature. - 2004. - Vol. 431(7006). - P. 338-342.

173. Melo S.A., Sugimoto H., O'Connell J.T. et al. Cancer exosomes perform cell-independent microRNA biogenesis and promote tumorigenesis // Cancer Cell. - 2014. - Vol. 26. - P. 707-721.

174. Merrell M.A., Ilvesaro J.M., Lehtonen N. et al. Toll-like receptor 9 agonists promote cellular invasion by increasing matrix metalloproteinase activity // Mol Cancer Res. - 2006. -Vol. 4(7). - P. 437-447.

175. Meylan E., Tschopp J., Karin M. Intracellular pattern recognition receptors in the host response // Nature. - 2006. - Vol. 442. - P. 39-44

176. Mittra I., Nair N.K., Mishra P.K. Nucleic acids in circulation: are they harmful to the host? // Journal of Biosciences. - 2012. - Vol. 37(2). - P. 301-312.

177. Mojica F.J., Díez-Villaseñor C., García-Martínez J., Soria E. Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements // J Mol Evol. -2005. - Vol. 60(2). - P. 174-182.

178. Mojica F.J.M., Garrett R.A. Discovery and Seminal Developments in the CRISPR Field. In: Barrangou R., van der Oost J. (eds) CRISPR-Cas Systems. // Springer, Berlin, Heidelberg. - 2013

179. Morozkin E.S., Laktionov P.P., Rykova E.Y., Vlassov V.V. Extracellular nucleic acids in cultures of long-term cultivated eukaryotic cells // Annals of the New York Academy of Sciences. - 2004. - Vol. 1022. - P. 244-249.

180. Mouliere F., El Messaoudi S., Gongora C. Circulating Cell-Free DNA from Colorectal Cancer Patients May Reveal High KRAS or BRAF Mutation Load // Translational Oncology. - 2013. - Vol. 6(3). - P. 319-328.

181. Mouliere F., El Messaoudi S., Pang D., Dritschilo A., Thierry A.R. Multi-marker analysis of circulating cell-free DNA toward personalized medicine for colorectal cancer // Molecular Oncology. - 2014. - Vol. 8(5). - P. 927-941.

182. Mouliere F., Robert B., Peyrotte E.A. et al. High fragmentation characterizes tumour-derived circulating DNA // PLoS One. - 2011. - Vol. 6(9). - P. e23418.

183. Mouliere F., Thierry A.R. The importance of examining the proportion of circulating DNA originating from tumor, microenvironment and normal cells in colorectal cancer patients. // Expert Opinion on Biological Therapy. - 2012. Vol. 12(S1). - S 209-215.

184. Muhanna N., Di Grappa M.A., Chan H.H.L. et al. Cell-free DNA kinetics in a preclinical model of head and neck cancer // Sci Rep. - 2017. - Vol. 7(1). - P. 16723.

185. Mukae N., Enari M., Sakahira H. et al. Molecular cloning and characterization of human caspase-activated DNase // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1998. - Vol. 95. - P. 9123-9128.

186. Mullenders L.H.F. Solar UV damage to cellular DNA: from mechanisms to biological effects // Photochem Photobiol Sci. - 2018. - Vol. 17(12). - P. 1842-1852.

187. Murtaza M., Dawson S.J., Pogrebniak K. et al. Multifocal clonal evolution characterized using circulating tumour DNA in a case of metastatic breast cancer // Nat Commun. - 2015. - Vol. 6. - P. 1-6.

188. Myint N.N.M., Verma A.M., Fernandez-Garcia D. et al. Circulating tumor DNA in patients with colorectal adenomas: assessment of detectability and genetic heterogeneity // Cell Death Dis. - 2018. - Vol. 9(9) - P. 894.

189. Nassar F.J., Chamandi G., Tfaily M.A., Zgheib N.K., Nasr R. Peripheral Blood-Based Biopsy for Breast Cancer Risk Prediction and Early Detection // Front Med (Lausanne). - 2020. - Vol. 7. - P. 28.

190. Negishi H., Fujita Y., Yanai H. et al. Evidence for licensing of IFN-gamma-induced IFN regulatory factor 1 transcription factor by MyD88 in Toll-like receptor-dependent gene induction program // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2006. - Vol. 103(41). - P. 15136-15141.

191. Neumann M.H.D., Bender S., Krahn T., Schlange T. CtDNA and CTCs in liquid biopsy - current status and where we need to progress // Comput Struct Biotechnol J. - 2018. -Vol. 16. - P. 190-195.

192. Niu Z., Tang W., Liu T. et al. Cell-free DNA derived from cancer cells facilitates tumor malignancy through Toll-like receptor 9 signaling-triggered interleukin-8 secretion in colorectal cancer // Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). - 2018. - Vol. 50(10). - P. 10071017.

193. Nojiri K., Sugimoto K., Shiraki K. et al. The expression and function of Toll-like receptors 3 and 9 in human colon carcinoma // Oncol Rep. - 2013. - Vol. 29. - P. 1737-1743.

194. O'Neill L.A., Bowie A.G. The family of five: TIR-domain-containing adaptors in Toll-like receptor signalling // Nat Rev Immunol. - 2007. - Vol. 7. - P. 353-364.

195. Pai S.I., Lin Y.Y., Macaes B. et al. Prospects of RNA interference therapy for cancer // Gene Ther. - 2006. - Vol. 13(6). - P. 464-477.

196. Palsson-McDermott E.M., Doyle S.L., McGettrick A.F. et al. TAG, a splice variant of the adaptor TRAM, negatively regulates the adaptor MyD88-independent TLR4 pathway // Nat Immunol. - 2009. - Vol. 10(6). - P. 579-586.

197. Paludan S.R., Bowie A.G.. Immune sensing of DNA // Immunity. - 2013. - Vol. 38.

- P. 870-880

198. Park B., Brinkmann M.M., Spooner E., Lee C.C., Kim Y.M., Ploegh H.L. Proteolytic cleavage in an endolysosomal compartment is required for activation of Toll-like receptor 9 // Nat Immunol. - 2008. - Vol. 9(12). - P. 1407-1414.

199. Parlato M., Yeretssian G. NOD-like receptors in intestinal homeostasis and epithelial tissue repair. // Int J Mol Sci. - 2014. - Vol. 15. - P. 9594-9627

200. Parroche P., Lauw F.N., Goutagny N. et al. Malaria hemozoin is immunologically inert but radically enhances innate responses by presenting malaria DNA to Toll-like receptor 9 // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2007. - Vol. 104(6). - P. 1919-1924.

201. Patsos G., Germann A., Gebert J., Dihlmann S. Restoration of absent in melanoma 2 (AIM2) induces G2/M cell cycle arrest and promotes invasion of colorectal cancer cells // Int J Cancer. - 2010. - Vol. 126. - P. 1838-1849.

202. Pedruzzi L.M., Stockler-Pinto M.B., Leite M. Jr., Mafra D. Nrf2-keap1 system versus NF-kB: the good and the evil in chronic kidney disease? // Biochimie. - 2012. - Vol. 94.

- P. 2461-2366.

203. Peter M.E., Kubarenko A.V., Weber A.N., Dalpke A.H. Identification of an N-terminal recognition site in TLR9 that contributes to CpG-DNA-mediated receptor activation // J Immunol. - 2009. - Vol. 182(12). - P. 7690-7697.

204. Peters D.L., Pretorius P.J. Continuous adaptation through genetic communication -a putative role for cell-free DNA. // Expert Opin Biol Ther. - 2012. - Vol. 12 (Suppl 1). - S 127132.

205. Peters D.L., Pretorius P.J. Origin, translocation and destination of extracellular occurring DNA - a new paradigm in genetic behaviour // Clin Chim Acta. - 2011. - Vol. 412. -P. 806-811.

206. Piao W., Shirey K.A., Ru L.W. et al. A decoy peptide that disrupts TIRAP recruitment to TLRs is protective in a murine model of influenza // Cell Rep. - 2015. - Vol. 11. - P. 1941-1952.

207. Pille J.Y., Li H., Blot E., Bertrand J.R. et al. Intravenous delivery of anti-RhoA small interfering RNA loaded in nanoparticles of chitosan in mice: safety and efficacy in xenografted aggressive breast cancer // Hum Gene Ther. - 2006. - Vol. 17(10). - P. 1019-1026.

208. Pirollo K.F., Chang E.H. Targeted delivery of small interfering RNA: approaching effective cancer therapies // Cancer Res. - 2008. - Vol. 68(5). - P. 1247-1250.

209. Pirollo K.F., Rait A., Zhou Q. et al. Materializing the potential of small interfering RNA via a tumor-targeting nanodelivery system // Cancer Res. - 2007. - Vol. 67(7). - P. 29382943.

210. Pisani L.P., Estadella D., Ribeiro D.A. The Role of Toll Like Receptors (TLRs) in Oral Carcinogenesis // Anticancer Res. - 2017. - Vol. 37(10) - P. 5389-5394.

211. Porokhovnik L.N., Passekov V.P., Gorbachevskaya N.L., Sorokin A.B., Veiko N.N., Lyapunova N.A. Active ribosomal genes, translational homeostasis and oxidative stress in the pathogenesis of schizophrenia and autism // Psychiatr Genet. - 2015. - Vol. 25(2). - P. 79-87.

212. Pourcel C., Salvignol G., Vergnaud G. CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies // Microbiology. - 2005. - Vol. 151. - P. 653-663.

213. Qiu J., Wang X., Guo X., Zhao C., Wu X., Zhang Y. Toll-like receptor 9 agonist inhibits ERalpha-mediated transactivation by activating NF-kappaB in breast cancer cell lines // Oncol Rep. - 2009. - Vol. 22. - P. 935-941.

214. Rakoff-Nahoum S., Medzhitov R. Toll-like receptors and cancer // Nat Rev Cancer. - 2009. - Vol. 9(1). - P. 57-63.

215. Rakoff-Nahoum S., Paglino J., Eslami-Varzaneh F., Edberg S., Medzhitov R. Recognition of commensal microflora by toll-like receptors is required for intestinal homeostasis // Cell. - 2004. - Vol. 118(2). - P. 229-241.

216. Ran F., Hsu P., Wright J. et al. Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system // Nat Protoc. - 2013. - Vol. 8. - P. 2281-2308.

217. Ren T., Xu L., Jiao S. et al. TLR9 signaling promotes tumor progression of human lung cancer cell in vivo // Pathol Oncol Res. - 2009. - Vol. 15(4). - P. 623-630.

218. Riggio M., Perrone M.C., Polo M.L. et al. AKT1 and AKT2 isoforms play distinct roles during breast cancer progression through the regulation of specific downstream proteins // Sci Rep. - 2017. - Vol.7. - 44244.

219. Robson M., Im S.A., Senkus E., et al. Olaparib for Metastatic Breast Cancer in Patients with a Germline BRCA Mutation // N Engl J Med. - 2017. - Vol. 377(6). - P. 523-533.

220. Rutz M., Metzger J., Gellert T. et al. Toll-like receptor 9 binds single-stranded CpG-DNA in a sequence- and pH-dependent manner // Eur J Immunol. - 2004. - Vol. 34(9). - P. 2541-2550.

221. Rykova E.Y., Morozkin E.S., Ponomaryova A.A. et al. Cell-free and cell-bound circulating nucleic acid complexes: mechanisms of generation, concentration and content. // Expert Opinion on Biological Therapy. - 2012. - Vol. 12(Suppl 1). - S 141-153.

222. Sandholm J., Kauppila J.H., Pressey C. et al. Estrogen receptor-a and sex steroid hormones regulate Toll-like receptor-9 expression and invasive function in human breast cancer cells // Breast Cancer Res Treat. - 2012. - Vol. 132(2). - P. 411-419.

223. Sandholm J., Selander K.S. Toll-like receptor 9 in breast cancer // Front Immunol. -2014. -Vol. 5. - P. 330.

224. Sandholm J., Tuomela J., Kauppila J.H., Harris K.W., Graves D., Selander K.S. Hypoxia regulates toll-like receptor-9 expression and invasive function in human brain cancer cells in vitro // Oncol Lett. - 2014. - Vol. 8(1). - P. 266-74

225. Sano H., Morimoto C. DNA isolated from DNA/anti-DNA antibody immune complexes in systemic lupus erythematosus is rich in guanine-cytosine content // J Immunol. -1982. - Vol. 128(3). - P. 1341-1345.

226. Sasai M., Linehan M.M., Iwasaki A. Bifurcation of Toll-like receptor 9 signaling by adaptor protein 3 // Science. - 2010. - Vol. 329. - P. 1530-1534.

227. Sato A., Linehan M.M., Iwasaki A. Dual recognition of herpes simplex viruses by TLR2 and TLR9 in dendritic cells // Proc Natl Acad Sci USA. - 2006. - Vol. 103. - P. 1734317348.

228. Schiffelers R.M., Ansari A., Xu J. et al. Cancer siRNA therapy by tumor selective delivery with ligand-targeted sterically stabilized nanoparticle // Nucleic Acids Res. - 2004. -Vol. 32. - P. e149.

229. Schmausser B., Andrulis M., Endrich S., Müller-Hermelink H.K., Eck M. Toll-like receptors TLR4, TLR5 and TLR9 on gastric carcinoma cells: an implication for interaction with Helicobacter pylori // Int J Med Microbiol. - 2005. - Vol. 295(3). - P. 179-185.

230. Schroder K., Tschopp J. The inflammasomes // Cell. - 2010. - Vol. 140(6). - P. 821832.

231. Schwarzenbach H., Hoon D.S.B., Pantel K. Cell-free nucleic acids as biomarkers in cancer patients // Nat Rev Cancer. - 2011. - Vol. 11(6) - P. 426-437.

232. Seitz N., Böttcher M., Keiter S. et al. A novel statistical approach for the evaluation of comet assay data // Mutat Res. - 2008. - Vol. 652(1). - P. 38-45.

233. Seki E., Brenner D.A. Toll-like receptors and adaptor molecules in liver disease: update // Hepatology. - 2008. - Vol. 48(1). - P. 322-335.

234. Semenza G.L. Targeting HIF-1 for cancer therapy // Nat Rev Cancer. - 2003. - Vol. 3(10). - P. 721-732.

235. Shahriari S., Rezaeifard S., Moghimi H.R., Khorramizadeh M.R., Faghih Z. Cell membrane and intracellular expression of toll-like receptor 9 (TLR9) in colorectal cancer and breast cancer cell-lines // Cancer Biomark. - 2017. - Vol. 183. - P. 75-80.

236. Shalem O., Sanjana N.E., Hartenian E. et al. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells // Science. - 2014. - Vol. 343(6166). - P. 84-87.

237. Shanmugasundaram K., Nayak B.K., Friedrichs W.E., Kaushik D., Rodriguez R., Block K. NOX4 functions as a mitochondrial energetic sensor coupling cancer metabolic reprogramming to drug resistance // Nat Commun. - 2017. - Vol. 8(1). - P. 997.

238. Shatz M., Menendez D., Resnick M.A. The human TLR innate immune gene family is differentially influenced by DNA stress and p53 status in cancer cells // Cancer Res. - 2012. - Vol. 72. - P. 3948-3957.

239. Snyder M.W., Kircher M., Hill A.J., Daza R.M., Shendure J. Cell-free DNA Comprises an In Vivo Nucleosome Footprint that Informs Its Tissues-Of-Origin // Cell. - 2016.

- Vol. 164(1-2). - P. 57-68.

240. Sorenson G.D., Pribish D.M., Valone F.H. et al. Soluble normal and mutated DNA sequences from single-copy genes in human blood // Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention. - 1994. - Vol. 3(1). - P. 67-71.

241. Spindler K.-L.G., Pallisgaard N., Vogelius I., Jakobsen A. Quantitative cell-free DNA, KRAS, and BRAF mutations in plasma from patients with metastatic colorectal cancer during treatment with cetuximab and irinotecan // Clinical Cancer Research. - 2012. - Vol. 18(4). - P. 1177-1185.

242. Spisak S., Solymosi N., Ittzes P. et al. Complete genes may pass from food to human blood // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - P. e69805.

243. Steinhart Z., Pavlovic Z., Chandrashekhar M. et al. Genome-wide CRISPR screens reveal a Wnt-FZD5 signaling circuit as a druggable vulnerability of RNF43-mutant pancreatic tumors. // Nat Med. - 2017. - Vol. 23(1). - P. 60-68.

244. Stewart C.M., Kothari P.D., Mouliere F., et al. The value of cell-free DNA for molecular pathology // J Pathol. - 2018. - Vol. 244. - P. 616-627.

245. Strickler J.H., Loree J.M., Ahronian L.G. et al. Genomic landscape of cell-free DNA in patients with colorectal cancer // Cancer Discov. - 2018. - Vol. 8. - P. 164-173.

246. Stroun M., Anker P., Beljanski M., Henri J., Lederrey C., Ojha M., Maurice P.A. Presence of RNA in the nucleoprotein complex spontaneously released by human lymphocytes and frog auricles in culture // Cancer Res. - 1978. - Vol. 38. - P. 3546-3554.

247. Stroun M., Anker P., Gahan P., Henri J. Spontaneous release of newly synthesized DNA from frog auricles // Arch Sci. - 1977. - Vol. 30. - P. 229-241.

248. Stroun M., Anker P., Lyautey J., Lederrey C., Maurice P.A. Isolation and characterization of DNA from the plasma of cancer patients // Eur J Cancer Clin Oncol. - 1987.

- Vol. 23. - P. 707-712.

249. Stroun M., Anker P., Maurice P. et al. Neoplastic characteristics of the DNA found in the plasma of cancer patients // Oncology. - 1989. - Vol. 46(5). - P. 318-322.

250. Stroun M., Anker P. In vitro synthesis of DNA spontaneously released by bacteria or frog auricles // Biochimie. - 1972. - Vol. 54(11). - P. 1443-1452.

251. Stroun M., Anker P. Nucleic acids spontaneously released by living frog auricles // Biochem J - 1972. - Vol. 128(3). - P. 100-101.

252. Stroun M., Lyautey J., Lederrey C., Olson-Sand A., Anker P. About the possible origin and mechanism of circulating DNA: Apoptosis and active DNA release // Clinica Chimica Acta. - 2001. - Vol. 313(1-2). - P. 139-142.

253. Suzuki N., Kamataki A., Yamaki J., Homma Y. Characterization of circulating DNA in healthy human plasma // Clin Chim Acta. - 2008. - Vol. 387(1-2). - P. 55-58.

254. Swamp V., Rajeswari M.R. Circulating (cell-free) nucleic acids--a promising, noninvasive tool for early detection of several human diseases // FEBS Letters. - 2007. - Vol. 581(5). - P. 795-799.

255. Szatrowski T.P., Nathan C.F. Production of large amounts of hydrogen peroxide by human tumor cells // Cancer Res. - 1991. - Vol. 51. - P. 794-798.

256. Tabeta K., Hoebe K., Janssen E.M. et al. The Unc93b1 mutation 3d disrupts exogenous antigen presentation and signaling via Toll-like receptors 3, 7 and 9 // Nat Immunol.

- 2006. - Vol. 7(2). - P. 156-164.

257. Takaoka A., Yanai H., Kondo S., et al. Integral role of IRF-5 in the gene induction programme activated by Toll-like receptors // Nature. - 2005. - Vol. 434(7030). - P. 243-249.

258. Takeshita F., Gursel I., Ishii K.J., Suzuki K., Gursel M., Klinman D.M. Signal transduction pathways mediated by the interaction of CpG DNA with Toll-like receptor 9 // Semin Immunol. - 2004. - Vol. 16(1). - P. 17-22.

259. Takeuchi O., Akira S. Innate immunity to virus infection // Immunol Rev. - 2009. -Vol. 227(1). - P.75-86.

260. Takeuchi O., Akira S. Pattern recognition receptors and inflammation // Cell. - 2010.

- Vol. 140. - P. 805-820

261. Tan E., Schur P., Carr R., Kunkel H. Deoxyribonucleic acid (DNA) and antibodies to DNA in the serum of patients with systemic lupus erythematosus // J Clin Invest. - 1966. -Vol. 45(11). - P. 1732.

262. Tang Z., Li L., Shen L., Shen X., Ju S., Cong H. Diagnostic value of serum concentration and integrity of circulating cell-free DNA in breast cancer: a comparative study with CEA and CA15-3 // Lab Med. - 2018. - Vol. 49. - P. 323-8.

263. Taniguchi K., Karin M. NF-kB, inflammation, immunity and cancer: coming of age // Nat Rev Immunol. - 2018. - Vol. 18(5). -P. 309-324.

264. Thakur B.K., Zhang H., Becker A. et al. Double-stranded DNA in exosomes: a novel biomarker in cancer detection // Cell Res. - 2014. - Vol. 24(6). - P. 766-769.

265. Thierry A.R., El Messaoudi S., Gahan P.B., Anker P., Stroun M. Origins, structures, and functions of circulating DNA in oncology // Cancer Metastasis Rev. - 2016. - Vol. 35(3). -P. 347-376.

266. Thierry A.R., Mouliere F., Gongora C. Origin and quantification of circulating DNA in mice with human colorectal cancer xenografts // Nucleic Acids Research. - 2010. - Vol. 38(18). - P. 6159-6175.

267. Tian J., Avalos A.M., Mao S.Y., Chen B., Senthil K., Wu H. Toll-like receptor 9-dependent activation by DNA-containing immune complexes is mediated by HMGB1 and RAGE // Nat Immunol. - 2007. - Vol. 8. - P. 487-496.

268. Tie J., Wang Y., Tomasetti C. et al. Circulating tumor DNA analysis detects minimal residual disease and predicts recurrence in patients with stage II colon cancer // Sci Transl Med.

- 2016. - Vol. 8(346). - 346ra92.

269. Tobar N., Guerrero J., Smith P.C., Martínez J. NOX4-dependent ROS production by stromal mammary cells modulates epithelial MCF-7 cell migration // Br J Cancer. - 2010. -Vol. 103(7). - P. 1040-1047.

270. Toker A. Achieving specificity in Akt signaling in cancer// Adv Biol Regul. - 2012.

- Vol. 52. - P. 78-87.

271. Tomari Y., Zamore P.D. Perspective: machines for RNAi // Genes Dev. - 2005. -Vol. 19(5). - P. 517-529.

272. Torralba D., Baixauli F., Villarroya-Beltri C. et al. Priming of dendritic cells by DNA-containing extracellular vesicles from activated T cells through antigen-driven contacts // Nat Commun. - 2018. - Vol. 9(1). - P.1-17.

273. Toyokuni S., Okamoto K., Yodoi J., Hiai H. Persistant oxidative stress in cancer // FEBS Lett/ - 1995. - Vol. 358. - P. 1-3.

274. Trejo-Becerril C., Pérez-Cárdenas E. et al. Cancer progression mediated by horizontal gene transfer in an in vivo model // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - P. e52754.

275. Tug S., Helmig S., Deichmann E.R. et al. Exercise-induced increases in cell free DNA in human plasma originate predominantly from cells of the haematopoietic lineage // Exerc Immunol Rev. - 2015. - Vol. 21(27). - P. 164-173.

276. Tuomela J., Sandholm J., Karihtala P. et al. Low TLR9 expression defines an aggressive subtype of triple-negative breast cancer // Breast Cancer Res Treat. - 2012. - Vol. 135. - P. 481-93

277. Turturici G., Tinnirello R., Sconzo G., Geraci F. Extracellular membrane vesicles as a mechanism of cell-to-cell communication: advantages and disadvantages // American Journal of Physiology. Cellular Physiology. - 2014. - Vol. 306(7). - P. 621-633.

278. Underhill D.M., Ozinsky A., Hajjar A.M. et al. The Toll-like receptor 2 is recruited to macrophage phagosomes and discriminates between pathogens // Nature. - 1999. - Vol. 401(6755). - P. 811-815.

279. Vagner T., Spinelli C., Minciacchi V.R. et al. Large extracellular vesicles carry most of the tumour DNA circulating in prostate cancer patient plasma // J Extracell Vesicles. - 2018. - Vol. 7(1). - P. 1505403.

280. Valpione S., Gremel G., Mundra P. et al. Plasma total cell-free DNA (cfDNA) is a surrogate biomarker for tumour burden and a prognostic biomarker for survival in metastatic melanoma patients // Eur J Cancer. - 2018. - Vol. 88. - P. 1-9.

281. Vasioukhin V., Anker P., Maurice P. et al. Point mutations of the N-ras gene in the blood plasma DNA of patients with myelodysplastic syndrome or acute myelogenous leukaemia // British Journal of Haematology. - 1994. - Vol. 86(4) - P. 774-779.

282. Vaupel P., Mayer A. Hypoxia in cancer: significance and impact on clinical outcome // Cancer Metastasis Rev. - 2007. - Vol. 26(2). - P. 225-239.

283. Veiko N.N., Bulycheva N.A., Roginko O.A. et al., Ribosomal repeat in cell free DNA as a marker for cell death // Biomed Khim. - 2008. - Vol. 54(1). - P. 78-93.

284. Veiko N.N., Bulycheva N.V., Roginko O.A et al. Ribosomal repeat in the cell free DNA as a marker for cell death // Biomed Khim. - 2008. - Vol. 54(1). - P. 78-93.

285. Veiko N.N., Konorova I.L., Neverova M.E. Delayed appearance of hypertension in spontaneously hypertensive rat (SHR) injected with CpG-rich DNA early in ontogenesis // Biomed Khim. - 2010. - Vol. 56(6). - P. 686-99.

286. Veiko N.N., Shubaeva N.O., Ivanova S.M. et al. Blood serum DNA in patients with rheumatoid arthritis is considerably enriched with fragments of ribosomal repeats containing immunostimulatory CpG-motifs // Bull Exp Biol Med. - 2006. - Vol. 142(3). P. 313-316.

287. Velders M., Treff G., Machus K. et al. Exercise is a potent stimulus for enhancing circulating DNase activity // Clin Biochem. - 2014. - Vol. 47. - P. 471-474.

288. Vera-Ramirez L., Ramirez-Tortosa M., Perez-Lopez P. et al. Long-term effects of systemic cancer treatment on DNA oxidative damage: the potential for targeted therapies // Cancer Lett. - 2012. - Vol. 327. - P. 134-141.

289. Vlassov V.V., Laktionov P.P., Rykova E.Y. Circulating nucleic acids as a potential source for cancer biomarkers // Curr Mol Med. - 2010. Vol.10(2). - P.142-65.

290. Vlassov V.V., Laktionov P.P., Rykova E.Y. Extracellular nucleic acids // BioEssays.

- 2007. - Vol. 29(7). - P. 654-667.

291. Volik S., Alcaide M., Morin R.D., Collins C. Cell-free DNA (cfDNA): clinical significance and utility in cancer shaped by emerging technologies // Mol Cancer Res. - 2016. -Vol. 14. - P. 898-908.

292. Von Sonntag C. Free-Radical-Induced DNA Damage and its Repair. A Chemical Perspective. Book // Springer. - 2006.

293. Wang B.G., Huang H.-Y., Chen Y.-C. et al. Increased plasma DNA integrity in cancer patients // Cancer Res. - 2003. - Vol. 63. - P. 3966-3968.

294. Wang G.H., Zhao C.M., Huang Y. et al. BRCA1 and BRCA2 expression patterns and prognostic significance in digestive system cancers // Hum Pathol. - 2018. - Vol. 71. - P. 135-144.

295. Wang T., Wei J.J., Sabatini D.M., Lander E.S. Genetic screens in human cells using the CRISPR-Cas9 system // Science. - 2014. - Vol. 343(6166). - P. 80-84.

296. Wang W., Kong P., Ma G. et al. Characterization of the release and biological significance of cell-free DNA from breast cancer cell lines. // Oncotarget. - 2017. - Vol. 8(26).

- P.43180-43191.

297. West N.P., Dattani M., McShane P. The proportion of tumour cells is an independent predictor for survival in colorectal cancer patients // British Journal of Cancer. - 2010. - Vol. 102(10). - P. 1519-1523.

298. Woerner S.M., Kloor M., Schwitalle Y., et al. The putative tumor suppressor AIM2 is frequently affected by different genetic alterations in microsatellite unstable colon cancers // Genes Chromosomes Cancer. - 2007. - Vol. 46(12). - P. 1080-1089.

299. Wong S.Q., Raleigh J.M., Callahan J., et al. Circulating tumor DNA analysis and functional imaging provide complementary approaches for comprehensive disease monitoring in metastatic melanoma // JCO Precis Oncol. - 2017. - Vol. (1). - P. 1-14.

300. Xia L., Li Z., Zhou B. et al. Statistical analysis of mutant allele frequency level of circulating cell-free DNA and blood cells in healthy individual // Sci Rep. - 2017. - Vol. 7(1). -P. 1-7.

301. Xia Y., Shen S., Verma I.M. NF-kB, an active player in human cancers // Cancer Immunol Res. - 2014. - Vol. 2(9). - P. 823-830.

302. Xu L., Wang C., Wen Z. et al. Selective up-regulation of CDK2 is critical for TLR9 signaling stimulated proliferation of human lung cancer cell // Immunol Lett. - 2010. - Vol. 127. - P. 93-99.

303. Yang G., Cai K.Q., Thompson-Lanza J.A., Bast Jr. R. C., Liu J. Inhibition of breast and ovarian tumor growth through multiple signaling pathways by using retrovirus-mediated small interfering RNA against Her-2/neu gene expression // J Biol Chem. - 2004. - Vol. 279. -P.4339-4345.

304. Yasuda K., Richez C., Uccellini M.B. et al. Requirement for DNA CpG content in TLR9-dependent dendritic cell activation induced by DNA-containing immune complexes // J Immunol. - 2009. - Vol. 183. - P. 3109-3117.

305. Yipp B.G., Kubes P. NETosis: how vital is it? // Blood. - 2013. - Vol. 122(16). - P. 2784-2794.

306. Yoneyama M., Fujita T. Structural mechanism of RNA recognition by the RIG-I-like receptors // Immunity. - 2008. - Vol. 29(2). - P. 178-181.

307. Zeh 3rd H.J., Lotze M.T. Addicted to death: invasive cancer and the immune response to unscheduled cell death // J Immunother. - 2005. - Vol. 28. - P. 1-9.

308. Zhan T., Rindtorff N., Betge J., Ebert M.P., Boutros M. CRISPR/Cas9 for cancer research and therapy // Semin Cancer Biol. - 2019. - Vol. 55. - P. 106-119.

309. Zhang L., Nguyen M.V., Lardy B. et al. New insight into the Nox4 subcellular localization in HEK293 cells: first monoclonal antibodies against Nox4 // Biochimie. - 2011. -Vol. 93(3). - P. 457-468.

310. Zhang Z., Schluesener H.J. Mammalian toll-like receptors: from endogenous ligands to tissue regeneration // Cell Mol Life Sci. - 2006. - Vol. 63(24). - P. 2901-2907.

311. Zill O.A., Banks K.C., Fairclough S.R. et al. The landscape of actionable genomic alterations in cell-free circulating tumor DNA from 21,807 advanced cancer patients // Clinical Cancer Res. - 2018. - Vol. 24. - P. 3528-3538.

312. Вейко Н.Н., Еголина Н.А., Радзивил Г.Г. и др. Количественное определение повторяющихся последовательностей в геномной ДНК человека. Обнаружение увеличенного количества рибосомных повторов в геномах больных шизофренией (результаты молекулярного и цитогенетического анализа) // Молекулярная биология. -2003. - Т. 37. - № 3. - С. 409-419.

313. Вейко Н.Н., Шубаева Н.О., Иванова С.М., Сперанский А.И., Ляпунова Н.А., Спитковский Д.М. ДНК сыворотки крови больных ревматоидным артритом значительно обогащена фрагментами рибосомных повторов, содержащих иммуностимулирующие CpG-мотивы // Бюлл. Экспер. Биол. Мед. - 2006. - № 9. - С. 313-316

314. Дурнев А.Д., Жанатаев А.К., Анисина Е.А. и др. Применение метода щелочного гель-электрофореза изолированных клеток для оценки генотоксических свойств природных и синтетических соединений: Методические рекомендации // М. -2006.

315. Ермаков А.В., Конькова М.С., Костюк С.В., Вейко Н.Н. ДНК-сигнальный путь, обеспечивающий развитие радиационного эффекта свидетеля в клетках человека // Радиац. биология. Радиоэкология. - 2011, - Т. 51. - № 6. - С. 651-659.

316. Костюк С.В., Алексеева А.Ю., Конькова М.С., Смирнова Т.Д., Ермаков А.В., Ефремова Л.В., Конорова И.Л., Вейко Н.Н. Внеклеточная ДНК влияет на функциональную активность клеток эндотелия // Медицинская генетика. - 2010. - Т. 1. -С. 38-46.

317. Макарова Ю.А., Крамеров Д.А. Некодирующие РНК // Биохимия. - 2007. - Т. 72, вып. 11. - С. 1427-1448.

318. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. // М.: Мир - 1984.

319. Мензоров А.Г. Лукьянчикова В.А., Кораблев А.Н., Серова И.А., Фишман В.С. Практическое руководство по редактированию геномов системой CRISPR/Cas9 // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2016. - Т.20. - №6 - С. 930-944

320. Никитенко Н.А., Прасолов В. С. Невирусные методы доставки и терапевтическое применение малых интерферирующих РНК // Acta Naturae (русскоязычная версия). - 2013. - №3 (48). - С. 36-52.

321. Сперанский А.И., Костюк С.В, Калашникова Е.А., Вейко Н.Н. Обогащение внеклеточной ДНК среды культивирования мононуклеаров периферической крови

человека CpG-богатыми фрагментами генома приводит к увеличению продукции клетками IL-6 и TNF-a путем активации сигнального пути NF-kB. // Биомедицинская химия. - 2016. - T. 62. - Выпуск 3. - С. 331-340.

322. Честков И.В., Вейко Н.Н., Ершова Е.С., Сергеева В.А., Вейко Р.В., Ижевская В.Л., Костюк С.В. Метод анализа числа копий GC-богатых повторяющихся последовательностей генома в составе поврежденной ДНК. Определение увеличенного содержания рибосомных генов в циркулирующей внеклеточной ДНК лиц с длительным стажем курения табака // Медицинская генетика. - 2016. - Т. 15(1). - С. 43-50.