Роль ризосферных бактерий в стимуляции и в стрессоустойчивости сельскохозяйственных культур тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Лутфуллин Марат Тафкилевич

• Лутфуллин Марат Тафкилевич
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Лутфуллин Марат Тафкилевич

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Микробиота корней и ее роль в физиологии и продуктивности растений

1.1.1 Понятие микробиоты и микробиома растений

1.1.2 Микробиота почвы как источник микроорганизмов - симбионтов 16 корней растений

1.1.3 Микробиота ризопланы

1.1.4 Микробиота ризосферы

1.1.5 Факторы, влияющие на формирование микрофлоры околокорневой 21 зоны

1.1.5.1 Корневые экссудаты

1.1.5.2 Температура почвы

1.1.5.3 Изменение рН почвы

1.1.5.4 Засуха и влажность почвы

1.1.5.5 Плодородие почвы

1.1.5.6 Специфичность растений

1.2 Закономерности формирования бактериальных сообществ корней 28 картофеля

1.2.1 Анализ микробных сообществ с помощью технологии 29 высокопроизводительного секвенирования

1.2.2 Структура и закономерности формирования бактериальной микробиоты 34 корней картофеля

1.2.2.1 Основной микробиом ризосферы картофеля

1.2.2.2 Влияние разных факторов на формирование и разнообразие 36 ризомикробиома картофеля

1.3 Ризосферные бактерии, стимулирующие рост и развитие растений

1.3.1 Прямые механизмы стимуляции роста растений

1.3.1.1 Продукция фитогормонов

1.3.1.2 Фиксация атмосферного азота

1.3.1.3 Мобилизация фосфата

1.3.2 Косвенные механизмы стимуляции роста растений

1.3.2.1 Биологический контроль: продукция антимикробных метаболитов и 48 гидролитических ферментов

1.3.2.2 Синтез сидерофоров 51 1.4 Роль ризосферных бактерий в повышении стрессоустойчивости растений

1.4.1 Повышение устойчивости при абиотических стрессах

1.4.2 Продукция фермента 1-аминоциклопропан-1-карбоксилат дезаминазы 56 (АЦК)

1.4.3 Повышение устойчивости растений к биотическому стрессу 58 Заключение 61 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ 62 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объекты исследования

2.2 Питательные среды и условия культивирования

2.3 Метагеномный анализ бактериальной микробиоты почвы и корней 63 картофеля сорта Жуковский ранний

2.3.1 Описание экспериментальной площадки

2.3.2 Посадка картофеля

2.3.3 Отбор образцов почвы, ризосферы и ризопланы

2.3.4 Выделение, амплификация и секвенирование дезоксирибонуклеиновой 65 кислоты (ДНК)

2.3.5 Биоинформатический анализ

2.4 Выделение бактерий из ризосферной микрофлоры, их идентификация, 66 исследование морфологии

2.4.1 Выделение бактерий из ризосферы картофеля

2.4.2 Идентификация на MALDI ВюТурег

2.4.3 Молекулярно-генетическая идентификация бактерий

2.4.4 Исследование морфологии бактерий

2.5 Исследование продукции ростостимулирующих метаболитов

2.5.1 Определение продукции индолил-3-уксусной кислоты (ИУК)

2.5.2 Исследование способности бактерий продуцировать сидерофоры 68 катехолового типа

2.5.3 Исследование фитатгидролизующей активности бактерий

2.5.4 Исследование способности бактерий продуцировать аммоний

2.5.5 Исследование способности бактерий продуцировать АЦК-дезаминазу

2.5.5.1 Построение калибровочной кривой для определения количества а- 69 кетобутирата

2.5.5.2 Получение ферментного экстракта

2.5.5.3 Анализ активности АЦК-дезаминазы

2.5.6 Исследование галотолерантности ризосферных бактерий

2.6 Секвенирование и анализ геномов бактерий

2.6.1 Секвенирование и сборка генома, депонирование в базу данных

2.6.2 Филогенетический анализ бактерий

2.6.3 Полногеномная идентификация бактерий

2.6.4 Поиск и анализ геномных локусов, ответственных за синтез 72 ростостимулирующих метаболитов

2.6.5 Конструирование праймеров к целевым генам

2.7 Исследование ростостимулирующей активности ризосферных бактерий

2.7.1 Стимуляция роста и развития семян ржи, гороха и пшеницы бактериями 73 Brevibacterium sediminis MG-1 и Pseudomonas putida MG-2

2.7.2 Ростостимулирующая активность бактерии B. sediminis MG-1 в 75 присутствии 1.0% NaCl

2.7.3 Модельный опыт на черенках растений картофеля

2.7.3.1 Получение растений картофеля

2.7.3.2 Подготовка суспензии клеток бактерий и инокуляция растений

2.7.3.3 Влияние ризосферных бактерий на уровень экспрессии LEA генов 76 картофеля в условиях абиотического стресса

2.8 Исследование влияния экссудатов картофеля на ризосферные бактерии

2.8.1 Получение экссудатов картофеля при влиянии стрессовых факторов

2.8.2 Влияние экссудатов картофеля на синтез ростостимулирующих 78 метаболитов бактерий и экспрессию соответствующих генов

2.9 Статистическая обработка данных 79 3 РЕЗУЛЬТАТЫ 80 3.1 Сравнительный анализ бактериальной микробиоты корней картофеля

сорта Жуковский ранний

3.1.1 Альфа- и бета- разнообразие

3.1.2 Таксономическая структура бактериальных сообществ ризосферы и 83 ризопланы картофеля сорта Жуковский ранний

3.1.3 Анализ коровой микробиоты ризосферы и ризопланы картофеля

3.2 Влияние стадии роста растений картофеля на формирование 87 бактериальной микробиоты корней

3.2.1 Альфа- и бета-разнообразие бактериальных сообществ разных 87 компартментов корней

3.2.2 Таксономический состав бактериальных сообществ различных 90 компартментов корней картофеля и почвы в фазах цветения и созревания клубней

3.2.2.1 Сравнительный анализ бактериальных сообществ на уровне филумов 90 и классов

3.2.2.2 Сравнительный анализ бактериальных сообществ на уровне родов

3.2.3 Влияние севооборота на таксономический состав бактериальных 94 сообществ почвы и различных компартментов корней картофеля

3.3 Выделение из ризосферы картофеля сорта Жуковский ранний изолятов 96 бактерий с ростостимулирующими свойствами

3.3.1 Выделение, идентификация изолятов, исследование их морфологии

3.3.2 Характеристика ростостимулирующих свойств ризосферных бактерий

3.3.2.1 Исследование способности бактерий к продукции индолил-3-уксусной 99 кислоты

3.3.2.2 Исследование способности бактерий к продукции сидерофоров

3.3.2.3 Исследование фитатгидролизующей, аммонифицирующей и АЦК- 103 дезаминазной активности бактерий

3.3.2.4 Влияние температуры и рН на рост штамма Бгву^а^впит 8р. МО-1

3.3.2.5 Исследование галотолерантности Бгву^аМвгшт 8р. МО-1 и Р. putida 107 МО-2

3.4 Секвенирование и характеристика геномов Бгву^а^впит 8р. МО-1 и Р. 108 putida МО-2

3.4.1 Молекулярно-генетическая идентификация бактерий

3.4.2 Секвенирование и характеристика геномов Brevibacterium sp. MG-1 и P. 108 putida MG-2

3.4.3 Филогенетический анализ и полногеномная идентификация

Вгеу1Ьас1егшт 8р. МО-1

3.4.4 Аннотация геномов ризосферных штаммов

3.4.4.1 Характеристика и поиск генных локусов в геноме В. sediminis МО-1

3.4.4.2 Характеристика и поиск генных локусов в геноме Р. putida МО-2 114 3.5. Исследование ростостимулирующей активности ризосферных бактерий

3.5.1 Ростостимулирующая активность B. sediminis MG-1 и P. putida MG-2 на 115 семенах ржи, гороха и пшеницы

3.5.2 Ростостимулирующая активность B. sediminis MG-1 на семенах 116 пшеницы в условиях солевого стресса

3.5.3 Ростостимулирующая активность B. sediminis MG-1 и P. putida MG-2 на 118 черенках картофеля

3.6 Взаимодействие растений картофеля и ризосферных бактерий

3.6.1 Исследование влияния ризосферных бактерий на уровень экспрессии 119 LEA генов картофеля в условиях абиотического стресса

3.6.2 Изучение влияния экссудатов корней картофеля на продукцию 120 ростостимулирующих метаболитов, физиологические характеристики и экспрессию генов P. putida MG-2

3.6.2.1 Влияние экссудатов картофеля на динамику роста P. putida MG-2 и 122 продукцию ИУК

3.6.2.2 Влияние корневых экссудатов картофеля на экспрессию генов P

putida МО-2

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль ризосферных бактерий в стимуляции и в стрессоустойчивости сельскохозяйственных культур»

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность темы исследования и степень ее изученности

Картофель (Solanum tuberosum L.) является четвертой по величине продовольственной культурой в мире [Buchholz et al., 2019; Song et al., 2021]. Изменение климата, засуха, высокая температура и другие абиотические стрессы оказывают серьезное негативное влияние на производство картофеля во всем мире [George, 2017; Zinta et al., 2022; Wszelaczynska et al., 2023]. Снижение урожайности при действии неблагоприятных факторов окружающей среды обусловливает необходимость поиска новых стратегий защиты сельскохозяйственных культур.

Растения картофеля ассоциированы со сложными микробными сообществами, включающими бактерии, грибы, простейшие и вирусы, которые играют важную роль в укреплении здоровья и повышении продуктивности картофеля в естественной среде [Buchholz et al., 2019]. Наибольшее внимание уделяется ризосферной микробиоте, доминирующей группой в которой являются бактерии, и в меньшей степени представлены грибы [Philippot et al., 2013; Pfeiffer et al., 2017; Fadiji, Babalola, 2020]. Установлено, что микробиом ризосферы картофеля имеет сложную структуру и представлен основным компонентом, куда входят «вездесущие виды» бактерий на всех стадиях вегетации в значительных количествах, и динамическим компонентом, включающим виды, количество которых меняется в зависимости от стадии роста или других факторов [Pfeiffer et al., 2017]. Однако практически отсутствуют данные о бактериальном сообществе ризопланы картофеля и закономерностях его формирования.

С развитием геномных технологий растет понимание важной роли ассоциированных с растениями микроорганизмов. Показано, что ростостимулирующие ризобактерии (PGPR) улучшают усвоение питательных веществ растениями благодаря способности осуществлять минерализацию и солюбилизацию нерастворимых фосфатов, связывать азот и продуцировать сидерофоры, хелатирующие ионы трехвалентного железа, что делает их доступными для растений [Faist et al., 2023]. PGPR являются продуцентами фитогормонов - регуляторов роста растений, способны вызывать индукцию генов устойчивости, а также способствуют адаптации растений к действию абиотических

стрессов за счет синтеза фермента АЦК-дезаминазы [Dahmani et al., 2020; Faist et al., 2023; Orozco-Mosqueda et al., 2023].

Сорт картофеля Жуковский ранний является одним из наиболее возделываемых сортов на территории РФ и РТ благодаря раннеспелости и высокой продуктивности [Vladimirov et al., 2015]. Однако в настоящее время структура бактериальных сообществ корней картофеля этого сорта не изучена, и отсутствуют данные о закономерностях формирования микробиоты разных корневых компартментов и механизмах молекулярных взаимодействий растений картофеля и его ризосферных бактерий.

В связи с этим для разработки и внедрения новых методов стимуляции роста, защиты от стрессов и повышения продуктивности такой важной культуры как картофель актуальным является исследование механизмов формирования его бактериальных сообществ, влияния на эти процессы различных факторов, а также поиск и характеристика штаммов с высоким ростсостимулирующим потенциалом.

Цель работы - анализ закономерностей формирования бактериальной микробиоты корней картофеля сорта Жуковский ранний и характеристика взаимодействия ризосферных бактерий с растениями картофеля.

Для достижения цели решались следующие задачи:

1. Сравнительный анализ бактериальных сообществ ризосферы и ризопланы картофеля сорта Жуковский ранний.

2. Оценка влияния фазы онтогенеза растений и севооборота на таксономический состав бактериальной микробиоты почвы и разных компартментов корней картофеля.

3. Выделение ризосферных бактерий, идентификация и характеристика их физиолого-биохимических, ростостимулирующих свойств.

4. Полногеномный анализ ризосферных штаммов Brevibacterium sediminis MG-1 и Pseudomonas putida MG-2, идентификация генетических локусов, ответственных за синтез вторичных метаболитов: фитогормонов, сидерофоров и антимикробных соединений.

5. Оценка влияния солевого стресса и ризосферных бактерий на экспрессию LEA генов (StLEA2-1, StLEA2-25, StLEA2-40, StASR-1, StDHN3) растений картофеля.

6. Оценка влияния экссудатов корней картофеля на продукцию индолил-3-уксусной кислоты штаммом P. putida MG-2 и экспрессию генов, ответственных за биопленкообразование, синтез триптофана, сидерофоров, нерибосомальных пептидсинтетаз и АЦК-дезаминазы.

Научная новизна

В работе впервые установлены закономерности формирования и динамики изменения структуры бактериальной микробиоты ризосферы и ризопланы картофеля сорта Жуковский ранний в разных фазах роста (фазы цветения растений и - созревания) при культивировании его на серой лесной почве с разными условиями севооборота. Показаны различия в представленности разных групп бактерий в корневых компартментах картофеля в фазе цветения (июль) и фазе созревания (сентябрь). Установлено, что во всех образцах доминируют бактерии филумов Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria и Firmicutes и присутствуют бактерии, стимулирующие рост и развитие растений: Pseudomonas, Bacillus, Agrobacterium. Установлено, что структура бактериальных сообществ корней растений картофеля разнообразна и сильно отличается от микробиома почвы. Это свидетельствует о влиянии растений картофеля на формирование бактериальной микробиоты корней. В работе впервые исследованы и охарактеризованы физиолого-биохимические и ростостимулирующие свойства бактерий Brevibacterium sediminis MG-1 и Pseudomonas putida MG-2, выделенных из ризосферы картофеля сорта Жуковский ранний. Впервые показано, что в условиях солевого стресса штаммы B. sediminis MG-1 и P. putida MG-2 приводят к повышению уровня экспрессии генов ответа картофеля семейства LEA (StLEA2-1, StLEA2-25, StLEA2-40, StASR-1, StDHN3), которые являются белками позднего эмбриогенеза, ответственными за нормальный рост и развитие растений, а также за защиту растительных клеток от абиотического стресса. Установлено, что экссудаты картофеля, полученные в условиях солевого стресса, в различной степени приводят к индукции экспрессии генов (trpB, trpE, sip, bfr, curlin, lapA, csgG и nrps2) штамма P. putida MG-2.

Теоретическая и практическая значимость

Полученные результаты важны для понимания закономерностей формирования бактериальной микробиоты серых лесных почв и разных

компартментов корней картофеля в зависимости от стадии онтогенеза растений и севооборота. Результаты метагеномных исследований будут способствовать более углубленному и детальному анализу таксономического состава и скрытых взаимодействий между растениями картофеля и микроорганизмами околокорневой зоны. Выявленные ростостимулирующие свойства ризосферных бактерий B. sediminis MG-1 и P. putida MG-2, такие как продукция фитогормонов, сидерофоров, гидролитических ферментов, устойчивость к повышенным концентрациям соли, стимуляция энергии прорастания, всхожести и сухой биомассы корней и проростков ржи, гороха и пшеницы, увеличение сухой биомассы и повышение уровня экспрессии генов ответа в черенках картофеля в нормальных условиях и условиях солевого стресса, делают данные штаммы перспективными агентами для использования в качестве биоудобрений и биопрепаратов в сельском хозяйстве. Результаты, полученные нами, позволят расширить знания о молекулярных механизмах взаимодействия растений с корневой микробиотой и роли ризосферных бактерий в повышении устойчивости картофеля к абиотическим стрессовым факторам. Таким образом, полученные новые данные могут быть использованы для разработки современных биотехнологических подходов для производства экологически чистого и качественного картофеля.

Положения, выносимые на защиту:

1. Структура бактериальной микробиоты ризосферы и ризопланы картофеля сорта Жуковский ранний зависит от стадии онтогенеза и в меньшей степени от применения агротехнических методов севооборота.

2. Выделены и охарактеризованы штаммы Brevibacterium sediminis MG-1 и Pseudomonas putida MG-2 с высокой ростостимулирующей активностью: бактерии продуцируют индолил-3-уксусную кислоту, сидерофоры и фермент АЦК-дезаминазу, стимулируют энергию прорастания и всхожесть семян, а также увеличивают сухую биомассу корней и проростков ржи, гороха и пшеницы.

3. Штаммы ризосферных бактерий Brevibacterium sediminis MG-1 и Pseudomonas putida MG-2 вызывают в растениях картофеля повышение экспрессии генов белков позднего эмбриогенеза (Late embryogenesis-abundant - LEA) в условиях повышенного содержания соли, что может обусловливать толерантность растений картофеля к абиотическому стрессу.

Степень достоверности подтверждается значительным количеством лабораторных экспериментов, проведенных с использованием современного высокоточного оборудования и проанализированных с помощью соответствующих программных обеспечений, а также публикацией полученных данных в рецензируемых научных изданиях.

Апробация работы и публикации

По материалам работы опубликовано 8 статей в рецензируемых журналах, из которых 7 в журналах, индексируемых Web of Science и Scopus, 1 - в отечественных журналах, индексируемых в базе РИНЦ и рекомендованных Высшей аттестационной комиссией при Министерстве науки и высшего образования Российской Федерации (ВАК РФ), 25 тезисов.

Материалы диссертации представлены на Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2016», «Ломоносов-2018», «Ломоносов-2021» (Москва, 2016, 2018, 2021); на 69-ой, 74-ой и 76-й Всероссийских с международным участием школах-конференциях молодых ученых «БИОСИСТЕМЫ: организация, поведение, управление» (Нижний Новгород, 2016; 2021; 2023); на Международной научно-практической конференции «БИОТЕХНОЛОГИИ МИКРООРГАНИЗМОВ» (Минск, 2019); на II и III Международной школе-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Материалы и Технологии XXI века» (Казань, 2016, 2018); на V Международной научно-практической конференции «Биотехнология: наука и практика» (Ялта, 2017); на 10-м Всероссийском форуме студентов, аспирантов и молодых ученых «Наука и инновации в технических университетах» (Санкт-Петербург, 2016); на XIII Международной конференции ученых-биологов «Симбиоз-Россия 2022» (Пермь, 2022) и др.

Место выполнения работы и личный вклад соискателя

Работа реализована на базе кафедры микробиологии и НИЛ «Агробиоинженерия» Казанского (Приволжского) федерального университета (К(П)ФУ) в рамках государственной программы повышения конкурентоспособности К(П)ФУ среди ведущих мировых научно-исследовательских центров и соответствует целям стратегического проекта 1 (Геномные и постгеномные технологии здоровьесбережения и повышение

биологической грамотности для устойчивого развития общества) в рамках проекта Приоритет 2030. Полевые эксперименты проведены на опытных полях ТатНИИСХ ФИЦ КазНЦ РАН - обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Казанский научный центр Российской академии наук» (Республика Татарстан, Лаишевский район, Большекабанское сельское поселение). Исследования проводились при поддержке грантов РФФИ № 20-316-90047, АН РТ № 10-45-яГ. Личный вклад автора работы заключается в анализе данных отечественной и зарубежной литературы по теме диссертации, разработке основной проблемы исследования, планировании, организации и реализации экспериментов, а также интерпретации полученных результатов.

Объем и структура диссертации

Материалы диссертации изложены на 196 страницах машинописного текста. Работа содержит 31 рисунок и 14 таблиц. Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов исследований, обсуждения результатов, заключения, выводов, списка литературы и приложения. Библиография включает 412 источника, среди которых 6 российских и 406 зарубежных источников.

Благодарности

Автор выражает благодарность научному руководителю д.б.н., профессору кафедры микробиологии КФУ А.М. Мардановой за душевное руководство и полную поддержку; д.б.н., профессору кафедры микробиологии К(П)ФУ М.Р. Шариповой и д.б.н., профессору, заведующему кафедрой микробиологии КФУ О.Н. Ильинской за замечания и важные комментарии при обсуждении работы; заведующему отделом сельскохозяйственной биотехнологии (ТатНИИСХ ФИЦ КазНЦ РАН), к.б.н. З. Сташевски и заведующему лабораторией селекции картофеля, к.б.н., с.н.с. С.Г. Вологину за предоставленные образцы почвы, ризосферы и ризопланы картофеля; к.б.н., доценту, директору МДЦ АМ КФУ В.Г. Евтюгину за проведение сканирующей электронной микроскопии (СЭМ); в.н.с, к.б.н. НИЛ «Молекулярная вирусология» Е.И. Шагимардановой и в.н.с., к.б.н. НИЛ «Экологическая метагеномика» Н.Е. Гоголевой за помощь в проведении секвенирования геномов бактерий и за проведение метагеномного секвенирования

образцов почвы, ризосферы и ризопланы картофеля; к.б.н Й.А. Акосах, м.н.с. Д.С. Пудовой за помощь в биоинформатическом анализе полученных данных; аспиранту, м.н.с. А.А. Николаевой, инженеру кафедры микробиологии КФУ Н.К. Мочаловой за помощь в организации экспериментов. Автор выражает признательность всем сотрудникам кафедры микробиологии и НИЛ «Агробиоинженерии» К(П)ФУ за полезные советы и благожелательную атмосферу.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Микробиота корней и ее роль в физиологии и продуктивности растений

1.1.1 Понятие микробиоты и микробиома растений

Растения невозможно рассматривать в отрыве от микроорганизмов, населяющих их поверхность, внутренние ткани, а также ризосферу. Симбиотические отношения растений и микроорганизмов сложились на самых ранних этапах эволюции и способствовали широкому распространению растительной флоры на планете [Berg et al., 2014; Smith et al., 2015]. Микроорганизмы, населяющие различные биотопы растений и в большинстве своем относящиеся к бактериям и микромицетам, играют важную роль в их жизни, участвуя в питании и устойчивости к биотическим и абиотическим факторам стресса и, таким образом, влияя на рост, продуктивность и выживание растений [Wang et al., 2015].

В настоящее время растение и его микрофлора (микробиота) рассматриваются как единое целое, для чего предложен термин холобионт (holobiont), а также принято считать, что геномы представителей микрофлоры (микробиом) формируют второй геном растений [Berg et al., 2014; Vandenkoornhuyse et al., 2015; Babalola et al., 2020]. Термин микробиом впервые использован в 1988 году Уиппсом, который занимался экологией ризосферных бактерий и описал «микробиом» как характерное микробное сообщество в определенной среде обитания, которое имеет определенные физико-химические свойства и включает в себя не только сообщество микроорганизмов, но и их «театр активности». Последний включает весь спектр молекул, продуцируемых микроорганизмами, включая их структурные элементы (нуклеиновые кислоты, белки, липиды, полисахариды), метаболиты (сигнальные молекулы, токсины, органические и неорганические молекулы), а также молекулы, продуцируемые сосуществующими хозяевами и структурированными молекулами [Berg et al., 2020]. Однако в настоящее время под термином «микробиом», как правило, понимают только совокупность геномов микроорганизмов данного сообщества. Микробиоту определяют как совокупность живых микроорганизмов, присутствующих в определенной среде и образующих метагеном [Marchesi, Ravel,

2015]. Концепция холобионта, таким образом, рассматривает растение в совокупности с ее микробиотой как дискретную экологическую единицу, сформировавшуюся в процессе их совместной эволюции [Choi, et al., 2021]. Все больше данных о том, что гомеостаз микробиоты часто связан со здоровьем растений [Paasch et al., 2021], однако микробиота здоровых растений может меняться, например, в зависимости от времени года или стадии развития [Chaparro et al., 2014; Grady et al, 2019].

Структура микробного сообщества очень сложна и его роль в физиологии растений многогранна. Состав и функции растительной микробиоты активно изучаются уже на протяжении десятилетий, однако многие аспекты остаются до сих пор малоизученными [Qu et al., 2020; Rai et al., 2022]. Исследования, посвященные взаимодействиям между микроорганизмами и растениями, важны не только для понимания фундаментальных аспектов физиологии растений и закономерностей развития в экосистеме растительной микробиоты, но и могут обеспечить устойчивое производство сельскохозяйственных культур в меняющихся условиях земледелия за счет развития новых стратегий, основанных на экологически чистых технологиях использования полезных микроорганизмов и инженерии растительной микробиоты [Chialva et al., 2022; Kim et al., 2022; Omae et al, 2022].

Микробиота растений объединяет в себя микробные сообщества ризосферы, ризопланы, филлосферы и эндосферной зоны растений [Schlaeppi et al., 2014; Zhang et al., 2017], и микроорганизмы, ассоциированные с растениями, часто называют фитомикробиомом [Smith et al., 2017]. Микробные сообщества разных биотопов значительно различаются количественно и качественно [Hacquard, 2016; Trivedi et al., 2020]. Например, количество микроорганизмов в зоне филлосферы растений может составлять до 105-106 КОЕ/см2 листа, в то время как в корневой зоне может

8 9

достигать до 10-109 КОЕ/г почвы. Общепринято, что наиболее разнообразна и функционально важна для роста и развития растений микробиота корневой зоны растений, хотя филосфера и эндосфера вносят важный вклад в физиологию растений [Gong et al., 2021; Xu et al., 2022; Li et al., 2023].

Далее более подробно будет рассмотрена роль и закономерности формирования микрофлоры прикорневой зоны растений.

1.1.2 Микробиота почвы как источник микроорганизмов - симбионтов корней растений

Большинство представителей микробных сообществ разных биотопов растений и, в частности, корней приобретаются растениями горизонтально из окружающей среды, где почва является главным резервуаром микроорганизмов [Bulgarelli et al., 2013; Wagner et al., 2016; Sánchez-Cañizares et al., 2017]. Почва является естественной средой обитания для множества бактерий, миуромицетов и простейших, а микробное разнообразие и активность сообществ, в свою очередь, связаны с качеством почвы [Chialva et al., 2022; Giovannetti et al., 2023]. Более того, почва считается самой разнообразной средой обитания на планете, поскольку даже в суровых почвенных условиях бактерии способны размножаться и расти [Alawiye, Babalola, 2019]. Высокопроизводительное секвенирование за последние два десятилетия позволило выявить ключевые микробные типы, хорошо представленные в почве. Среди бактерий это представители фил Proteobacteria, Bacteroidetes, Acidobacteria и Actinobacteria, а среди грибов - Ascomycetes и Basidiomycetes [Edwards et al., 2015; Trivedi et al., 2020; Giovannetti et al., 2023]. Многочисленные исследования демонстрируют градиент микробного разнообразия между почвой, ризосферой и корневой эндосферой. При этом микробиом внутри корней гораздо менее разнообразный по сравнению с ризосферой и почвой, что свидетельствует о том, что растения могут оказывать влияние на сборку окружающей их бактериальной и грибковой микробиоты [Edwards et al., 2015; Trivedi et al., 2020].

Почва оказывает большое влияние на растения и бактерии. Так, плотность почвы влияет на рост корней и свойства побегов, а рН почвы играет ключевую роль в поглощении корнями питательных веществ [Long et al., 2017; Correa et al., 2019; Giovannetti et al., 2023]. Взаимосвязаны также микробиота и качество почвы. Микробы могут напрямую влиять на качество почвы благодаря своей способности выделять внеклеточные полимерные вещества (ВПВ), которые в основном состоят из полисахаридов, белков и ДНК. Эти вещества улучшают агрегацию частиц почвы и помогают удерживать влагу [Costa et al., 2018]. Растения влияют на почву через корневые экссудаты, воду, растительный опад, газ и обмен питательных веществ [Fanin, Bertrand, 2016]. Там, где присутствуют корневые экссудаты, количество и

разнообразие бактерий увеличивается, в сравнении с внешней средой, которую называют насыпной почвой [Babalola, 2010]. Итак, растения, являясь основным источником органического углерода в почве, могут быть движущей силой микробного роста и активности. Следовательно, растения могут влиять на структуру бактериального сообщества в почве и в конечном итоге и на качество почвы [Lange et al., 2015]. С другой стороны, взаимодействие корней растения с почвой и микроорганизмами оказывает ключевое влияние на динамику растительного сообщества и круговорот питательных веществ [Zhang et al., 2017].

Таким образом, микробное сообщество почвы является не только резервуаром для формирования растительной микробиоты, но также влияет на качество и плодородие почвы и само, в свою очередь, зависит как от физико-химических характеристик почв, так и растений.

1.1.3 Микробиота ризопланы

Микроорганизмы околокорневой зоны разделяют на две группы: населяющие саму поверхность корня - микрофлора ризопланы, и обитающие в почве, непосредственно прилегающие к корню - микрофлора ризосферы. Микрофлора ризопланы формируется под непосредственным воздействием самого растения и отличается по количественному и качественному составу от микрофлоры ризосферы, разнообразие которой в большей мере зависит от типа почвы, рН и питательных веществ растений - хозяев [Lopes et al., 2016; Zhang et al., 2017]. Исследования тонкой структуры эпителиального слоя корней растений после инокуляции бактериями показали, что бактерии закрепляются на поверхности корня с помощью слизистого внешнего слоя «муцигеля», присутствующего на активно растущей корневой системе [Edwards et al., 2015].

Сравнительный анализ микробных сообществ в почве, ризосфере и ризоплане разных видов растений показал уменьшение альфа-разнообразия в ризоплане в сравнении с другими ризокомпартментами [Fang et al., 2017; Xiao et al., 2017]. При этом доминирующим типом бактерий в ризоплане, как правило, является Proteobacteria [Niu et al., 2017; Yang et al., 2017]. Однако в ризоплане разных видов растений протеобактерии могут быть представлены разными семействами. Например, в ризоплане кукурузы доминируют бактерии семейств Xanthomonadaceae и Methylobacteriaceae, а в ризоплане клевера - Coxiellaceae и

Comamonadaceae [Lang et al., 2019]. Кроме того, ризопланы разных видов растений различается представленностью бактерий других типов. Установлено, что Verrucomicrobia, Actinobacteria и Chloroflexi более распространены в ризоплане клевера в сравнении с кукурузой [Lang et al., 2019]. Многочисленные исследования микробиот корней разных видов растений показывают заметные различия между сообществами в ризосфере и ризоплане [Silva et al., 2017; Xiao et al., 2017]. Так, показано, что в ризоплане Arabidopsis thaliana и риса преобладает видовое разнообразие бактерий рода Pseudomonas, но слабо представлены бактерии рода Azotobacter и целлюлозоразлагающие микроорганизмы, которых значительно больше в ризосфере этих растений [Edwards et al., 2015; Wagner et al., 2016]. Все это свидетельствует о том, что разные виды растений рекрутируют в ризоплану определенные таксоны бактерий.

Грибные сообщества ризопланы также значительно отличаются количественно и качественно от грибных сообществ почвы и ризосферы [Edwards et al., 2015]. Интересно отметить, что тип почвы не влияет на грибные сообщества ризопланы в отличие от ризосферы, что, по-видимому, обусловлено тем, что ризоплана содержит достаточно питательных веществ для грибов [Li et al., 2022]. Известно, что некоторые грибы родов Mortierella, Cephalosporium, Trichoderma, Penicillium, Fusarium, Botrytis, Mucor и Aspergillus обитают на поверхности корней в мицелиальном состоянии. Кроме того, в сборке грибных сообществ в ризоплане возможно участвуют мутуалистические ассоциации между некоторыми грибами и корнями растений [Cruz-Paredes et al., 2021]. Установлено, что в ризоплане происходит более эффективное взаимодействие между таксонами грибов, которые вносят вклад в эффекты микрофлоры, связанные как с функциональными особенностями, так и с характеристиками растения - хозяина [Li et al., 2022]. Можно заключить, что в целом сборка сообщества грибов в прикорневых компартментах определяется в большей степени растением - хозяином, а не типом почвы или ее характеристиками.

Полагают, что ризоплана выполняет важную роль ворот; из микробов, которых привлекает ризосфера, только часть может связываться с ризопланой, и часть из них может далее проникать и размножаться в эндосфере [Zhang et al., 2017; Pascale et al., 2020]. Итак, ризоплана является специализированной нишей для

некоторых таксонов бактерий и грибов, количественный и качественный состав которых определяется видом растения.

1.1.4 Микробиота ризосферы

Ризосфера является одной из самых сложных экосистем на Земле [Venturi, Keel, 2016; Compant et al., 2019; Xun et al., 2021]. Определение понятия ризосферы как почвы, на которую влияют корни растений, в 1904 году предложено немецким ученым Л. Хильтнером. В настоящее время ризосфера рассматривается как небольшой объем почвы, прилипшей к коротким корневым сегментам, толщиной от долей миллиметра до 2-3 мм [Gregory et al., 2006; York et al., 2016; Afridi et al., 2022]. Ризосфера является компартментом вблизи корней, в котором происходит максимальный рост и активность микроорганизмов, так как корни выделяют широкий спектр метаболитов, включая различные спирты, сахара, этилен, аминокислоты и органические кислоты, витамины, нуклеотиды, полисахариды и ферменты, которые создают уникальную среду для почвенных микроорганизмов. Интенсивность микробного роста и активности зависит от расстояния, на которое могут мигрировать корневые экссудаты [Alawiye, Babalola, 2019]. Почвенные микроорганизмы притягиваются к экссудатам корней растений за счет хемотаксиса и размножаются в этой богатой углеродом среде. При этом ризосферные микроорганизмы не только увеличивают свою численность в присутствии корневых экссудатов, но и изменяют свой состав и функции [Lugtenberg, Kamilova 2009; Sun et al., 2021]. Ризосферу колонизирует широкий спектр микроорганизмов: бактерии, грибы, актинобактерии, простейшие и водоросли. При этом доминирующей группой в микробиоте ризосферы являются бактерии [Qu et al., 2020; Kumawat et al, 2022].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Лутфуллин Марат Тафкилевич, 2023 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Замалиева, Ф. Ф. Фузариозное увядание картофеля и рекомендации по защите [Текст] / Ф. Ф. Замалиева, Т. В. Зайцева, Л. Ю. Рыжих, З. З. Салихова // Защита картофеля. - 2015. - №2. - С. 3-9.

2. Мельникова, Н. Н. Ризосферные микроорганизмы как фактор регулирования формирования бобово-ризобиального симбиоза [Текст] / Н. Н. Мельникова, Л. М. Михалкив, С. В. Омельчук, С. К. Береговенко // Физиология растений и генетика. - 2018. - Т. 50, №. 4. - С. 299-321.

3. Соболева, О. М. Роль ризосферных бактерий в повышении экологизации агроценозов [Текст] / О. М. Соболева // Достижения науки и техники АПК. - 2018.

- Т. 32, №. 5. - С. 19-22.

4. Феоктистова, Н. В. Ризосферные бактерии [Текст] / Н. В. Феоктистова, А. М. Марданова, Г. Ф. Хадиева, М. Р. Шарипова // Учен. зап. Казан. ун-та. Сер. Естеств. науки. - 2016. - Т. 158, кн. 2. - С. 207-224.

5. Хадиева, Г. Ф. Анализ микромицетов рода Fusarium, изолированных из инфицированных клубней картофеля, выращенных в Республике Татарстан [Текст] / Г. Ф. Хадиева, М. Т. Лутфуллин, Й. А. Акосах, А. В. Малова, Н. К. Мочалова, С. Г. Вологин, З. Сташевский, А. М. Марданова // Достижения науки и техники АПК.

- 2018. - Т. 32, №. 3. - С. 34-39.

6. Чернов, Т. И. Полнопрофильный анализ микробиома целинного светлого солонца Джаныбекского стационара [Текст] / Т. И. Чернов, А. К. Тхакахова, М. П. Лебедева, О. В. Кутовая // Бюллетень Почвенного института им. В. В. Докучаева. -2015. - Вып. 77. - С. 66-77.

7. Aasfar, A. Nitrogen fixing Azotobacter species as potential soil biological enhancers for crop nutrition and yield stability [Text] / A. Aasfar, A. Bargaz, K. Yaakoubi, A. Hilali, I. Bennis, Y. Zeroual, I. Meftah Kadmiri // Front. Microbiol. - 2021.

- V. 12. - E. 628379.

8. Abdalla, A. K. Exopolysaccharides as Antimicrobial Agents: Mechanism and Spectrum of Activity [Text] / A. K. Abdalla, M. M. Ayyash, A. N. Olaimat, T. M. Osaili, A. A. Al-Nabulsi, N. P. Shah, et al // Front. Microbiol. - 2021. - V. 12. - E. 664395.

9. Abdelmoteleb, A. New Bacillus subtilis Strains Isolated from Prosopis glandulosa Rhizosphere for Suppressing Fusarium Spp. and Enhancing Growth of

Gossypium hirsutum L. [Text] / A. Abdelmoteleb, L. Moreno-Ramírez, B. Valdez-Salas, M. F. Seleiman, S. El-Hendawy, K. J. Aldhuwaib, M. Alotaibi, D. González-Mendoza // Biology. - 2022. - V. 12, No. 1. - E. 73.

10. Adeniji, A. A. Selecting lipopeptide-producing, Fusarium-suppressing Bacillus spp.: Metabolomic and genomic probing of Bacillus velezensis NWUMFkBS10.5 [Text] / A. A. Adeniji, O. S. Aremu, O. O. Babalola // Microbiologyopen. - 2019. - V. 8. - E. 00742.

11. Adesemoye, A. O. Plant growth-promoting rhizobacteria allow reduced application rates of chemical fertilizers [Text] / A. O. Adesemoye, H. A. Torbert, J. W. Kloepper // Microb. Ecol. - 2009. - V. 58. - P. 921-929.

12. Afridi, M. S. Plant Microbiome Engineering: Hopes or Hypes [Text] / M. S. Afridi, S. Ali, A. Salam, W. César Terra, A. Hafeez, Sumaira, B. S. Ali, M. AlTami, F. Ameen, S. Ercisli, et al // Biology. - 2022. - V. 11 - E. 1782.

13. Ahmad, F. Screening of free-living rhizospheric bacteria for their multiple plant growth promoting activities [Text] / F. Ahmad, I. Ahmad, M. S. Khan // Microbiol Res. -2008. - V. 163. - P. 173-181.

14. Ahmad, N. Insights on Phytohormonal Crosstalk in Plant Response to Nitrogen Stress: A Focus on Plant Root Growth and Development [Text] / International journal of molecular sciences. - 2023. - V. 24, No. 4. - E. 3631.

15. Akosah, Y. The potato rhizoplane actively recruits Fusarium taxa during flowering [Text] / Y. Akosah, M. Lutfullin, G. Lutfullina, D. Pudova, E. Shagimardanova, S. Vologin, N. Gogoleva, Z. Stasevski, M. Sharipova, A. Mardanova // Rhizosphere. - 2021. - V. 20. - E. 100449.

16. Akosah, Y. A. Induced expression of CYP51a and HK1 genes associated with penconazole and fludioxonil resistance in the potato pathogen Fusarium oxysporum / Y.A. Akosah, Z.S. Kostennikova, M.T. Lutfullin, G.F. Lutfullina, D.M. Afordoanyi, S.G. Vologin, A.M. Mardanova // Microorganisms. - 2023. - V.11, No. 5. - E. 1257.

17. Alawiye, T. T. Bacterial Diversity and Community Structure in Typical Plant Rhizosphere [Text] / T. T. Alawiye, O. O. Babalola // Diversity. - 2019. - V. 11, No. 179. - E. 11100179.

18. Alaylar, B. Integration of molecular tools in microbial phosphate solubilization research in agriculture perspective [Text] / B. Alaylar, D. Egamberdieva, M. Gulluce, M.

Karadayi, N. K. Arora // World journal of microbiology & biotechnology. - 2020. - V. 36, No. 7. - P. 93.

19. Aleti, G. Secondary metabolite genes encoded by potato rhizosphere microbiomes in the Andean highlands are diverse and vary with sampling site and vegetation stage [Text] / G. Aleti, B. Nikolic, G. Brader, R. V. Pandey, L. Antonielli, S. Pfeiffer, A. Oswald, A. Sessitsch // Sci Rep. - 2017. - V. 7, No. 1. - E. 2330.

20. Ali, S. Z. Effect of inoculation with a thermotolerant plant growth promoting Pseudomonas putida strain AKMP7 on growth of wheat (Triticum spp.) under heat stress. [Text] / S. Z. Ali, V. Sandhya, M. Grover, V. R. Linga, V. Bandi // J. Plant Interactions. - 2011. - V. 6. - P. 239-246.

21. Alori, E. T. Microbial phosphorus solubilization and its potential for use in sustainable agriculture. [Text] / E. T. Alori, B. R. Glick, O. O. Babalola // Front. Microbiol. - 2017. - V. 8. - E. 971.

22. Alzubaidy, H. Rhizosphere microbiome metagenomics of gray mangroves (Avicennia marina) in the Red Sea [Text] / H. Alzubaidy, M. Essack, T. B. Malas, A. Bokhari, O. Motwalli, F. K. Kamanu et al. // Gene. - 2016. - V. 576. - P. 626-636.

23. Anast, J. M. Brevibacterium from Austrian hard cheese harbor a putative histamine catabolism pathway and a plasmid for adaptation to the cheese environment [Text] / J. M. Anast, M. Dzieciol, D. L. Schultz, M. Wagner, E. Mann, S. Schmitz-Esser // Sci Rep. - 2019. - V. 9. - P. 1-12.

24. Anderson, C. R. Rapid increase in soil pH solubilises organic matter, dramatically increases denitrification potential and strongly stimulates microorganisms from the Firmicutes phylum [Text] / C. R. Anderson, M. E. Peterson, R. A. Frampton, S. R. Bulman, S. Keenan, D. Curtin // PeerJ. - 2018. - V. 6. - P. 1-31.

25. Angiuoli, S. V. Toward an online repository of standard operating procedures (SOPs) for (meta)genomic annotation [Text] / S. V. Angiuoli, A. Gussman, W. Klimke, G. Cochrane, D. Field, G. Garrity // OMICS. - 2008. - V. 12. - P. 137-141.

26. Antoun, H. Ecology of plant growth promoting rhizobacteria, in PGPR: Biocontrol and Biofertilization [Text] / H. Antoun, D. Prévost // Dordrecht: Springer. -2005. - P. 1-38.

27. Arif, I. Plant Microbiome Engineering: Expected Benefits for Improved Crop Growth and Resilience [Text] / I. Arif, M. Batool, P. M. Schenk // Trends in biotechnology. - V. 12. - P. 1385-1396.

28. Arndt, D. PHASTER: a better, faster version of the PHAST phage search tool [Text] / D. Arndt, J. R. Grant, A. Marcu, T. Sajed, A. Pon, Y. Liang, et al. // Nucleic Acids Res. - 2016. - V. 44. - P. 16-21.

29. Aziz, R. K. The RAST server: rapid annotations using subsystems technology [Text] / R. K. Aziz, D. Bartels, A. A. Best, M. DeJongh, T. Disz, R. A. Edwards // BMC Genomics. - 2008. - E. 2164-9-75.

30. Babalola, O. O. Beneficial bacteria of agricultural importance [Text] / O. O. Babalola // Biotechnol. Lett. - 2010. - V. 32. - P. 1559-1570.

31. Babalola, O. O. The Nexus Between Plant and Plant Microbiome: Revelation of the Networking Strategies [Text] / O. O. Babalola, A. E. Fadiji, B. J. Enagbonma, E. T. Alori, M. S. Ayilara, A. S. Ayangbenro // Front. Microbiol. - 2020. - V. 11. - E.548037.

32. Backer, R. Plant Growth-Promoting Rhizobacteria: Context, Mechanisms of Action, and Roadmap to Commercialization of Biostimulants for Sustainable Agriculture [Text] / R. Backer, J. S. Rokem, G. Ilangumaran, J. Lamont, D. Praslickova, E. Ricci, S. Subramanian, D. L. Smith // Front. Plant Sci. - 2018. - V. 9. - E. 1473.

33. Bai, Y. Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota. [Text] / Y. Bai, D. B. Müller, G. Srinivas, R. Garrido-Oter, E. Potthoff, M. Rott, N. Dombrowski, P. C. Münch, S. Spaepen, M. Remus-Emsermann, B. Hüttel, A. C. McHardy, J. A. Vorholt, P. Schulze-Lefert // Nature. - 2015. - V. 528. - P. 364-369.

34. Bais, H. P. Biocontrol of Bacillus subtilis against Infection of Arabidopsis roots by Pseudomonas syringae is facilitated by biofilm formation and surfactin production [Text] / H. P. Bais, R. Fall, J. M. Vivanco // Plant Physiol. - 2004. - V. 134. - P. 307319.

35. Balendres, M. A. Metabolomes of Potato Root Exudates: Compounds That Stimulate Resting Spore Germination of the Soil-Borne Pathogen Spongospora subterranea [Text] / M. A. Balendres, D. S. Nichols, R. S. Tegg, C. R. Wilson // J. Agric. Food Chem. - 2016. - V. 64, No. 40. - P.7466-7474.

36. Bankevich, A. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing [Text] / A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov, A.

A. Gurevich, M. Dvorkin, A. S. Kulikov, V. M Lesin, S. I. Nikolenko, S. Pham, A. D. Prjibelski, A. V. Pyshkin, A. V. Sirotkin, N. Vyahhi, G. Tesler, M. A. Alekseyev, P. A. Pevzner // J Comput Biol. - 2012. - V. 19, No. 5. - E. 0021.

37. Barbosa, M. S. Root exudate supplemented inoculant of Azospirillum brasilense Ab-V5 is more effective in enhancing rhizosphere colonization and growth of maize [Text] / M. S. Barbosa, E. P. Rodrigues, R. Stolf-Moreira, C. A. Tischer, A. L. M. de Oliveira // Environ. Sustain. - 2020. - V. 3. - P. 187-197.

38. Barroso-Bergada, D. Metagenomic Next-Generation Sequencing (mNGS) Data Reveal the Phyllosphere Microbiome of Wheat Plants Infected by the Fungal Pathogen Zymoseptoria tritici [Text] / D. Barroso-Bergada, M. Massot, N. Vignolles, J. d'Arcier, E. Chancerel, E. Guichoux, A. Walker, C. Vacher, D. Bohan, V. Laval, F. Suffert // Phytobiomes Journal. - 2022. - V. 10. - E. 1094.

39. Beauregard, M. S. Long-term phosphorus fertilization impacts soil fungal and bacterial diversity but not AM fungal community in alfalfa [Text] / M. S. Beauregard, C. Hamel, S. A. M. Atul-Nayyar // Microb Ecol. - 2010. - V. 59. - P. 379-389.

40. Becker, M. Comparative genomics reveal a flagellar system, a type VI secretion system and plant growth-promoting gene clusters unique to the endophytic bacterium Kosakonia radicincitans [Text] / M. Becker, S. Patz, Y. Becker, B. Berger, M. Drungowski, B. Bunk, J. Overmann, C. Sproer, J. Reetz, G. V. T. Tchakounte, et al. // Front. Microbiol. - 2018. - V. 9. - E. 1997.

41. Beneduzi, A. Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR): Their potential as antagonists and biocontrol agents [Text] / A. Beneduzi, A. Ambrosini, L. M. P. Passaglia // Genet. Mol. Biol. - 2012. - V. 35, No. 4. - P. 1044-1051.

42. Bennett, A. J. Meeting the demand for crop production: the challenge of yield decline in crops grown in short rotations [Text] / A. J. Bennett, G. D. Bending, D. Chandler, S. Hilton, P. Mills // Biol Rev. - 2012. - V. 87. - P. 52-71.

43. Berendsen, R. L. The rhizosphere microbiome and plant health [Text] / R. L. Berendsen, C. M. J. Pieterse, P. A. H. M. Bakker // Trends in Plant Science. - 2012. - V. 17, No. 8. - P. 478-486.

44. Berg, G. Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges [Text] / G. Berg, D. Rybakova, D. Fischer, T. Cernava, M. C. C. Verges, T. Charles, et al. // Microbiome. - 2020. - V. 8, No.1. - P. 1-22.

45. Berg, G. The rhizosphere as a reservoir for opportunistic human pathogenic bacteria [Text] / G. Berg, L. Eberl, A. Hartmann // Environmental microbiology. - 2005. - V. 7, No. 11. - P. 1673-1685.

46. Berg, G. Unraveling the plant microbiome: looking back and future perspectives [Text] / G. Berg, M. Grube, M. Schloter, K. Smalla // Front. Microbiolo. - 2014. - V. 5, No 148. - E. 00148.

47. Bergsma-Valmi, M. Influence of plant species on population dynamics, genotypic diversity and antibiotic production in the rhizosphere by indigenous Pseudomonas spp. [Text] / M. Bergsma-Valmi, M. E. Prins, J. M. Raaijmakers // FEMS Microbiol Ecol. -2005. - V. 52. - P. 59-69.

48. Bhagwat, A. Selective antimicrobial activity of cell lytic enzymes in a bacterial consortium [Text] / A. Bhagwat, C. H. Collins, J. S. Dordick // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2019. - V. 103. - P. 7041-7054.

49. Bhattacharyya, P. N. Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR): emergence in agriculture [Text] / P. N. Bhattacharyya, D. K. Jha // World J. Microbiol. Biotechnol. -2012. - V. 28. - P. 1327-1350.

50. Bhattarai, A. Variation of soil microbial population in different soil horizons [Text] / A. Bhattarai, B. Bhattarai, S. J. Pandey // Microbiol. Exp. - 2015. - V. 2. - E. 00044.

51. Bonfante, P. Plants, mycorrhizal fungi, and bacteria: A network of interactions. [Text] / P. Bonfante, I.A. Anca // Annu Rev Microbiol. - 2009. - V. 63. - P. 363-383.

52. Booth, I. R. Sensing and adapting to acid stress [Text] / I. R. Booth, P. Cash, C. O'byrne // Antonie Van Leeuwenhoek. - 2002. - V. 81. - P. 33-42.

53. Bouchet, A. S. Nitrogen use efficiency in rapeseed. A review [Text] / A. S. Bouchet, A. Laperche, C. Bissuel-Belaygue, R. Snowdon, N. Nesi, A. Stahl // Agronomy for Sustain. - 2016. - V. 36. - E. 0371-0.

54. Breidenbach, B. Microbial community structure in the rhizosphere of rice plants. [Text] / B. Breidenbach, J. Pump, M. G. Dumont // Front. Microbiol. - 2016. - V. 6. - E. 1537.

55. Buchholz, F. 16S rRNA gene-based microbiome analysis identifies candidate bacterial strains that increase the storage time of potato tuber [Text] / F. Buchholz, R.

Junker, A. Samad, L. Antonielli, N. Saric, T. Kostic, A. Sessitsch, B. Mitter // Sci Rep. -2021. - V. 11, No. 1. - E. 3146.

56. Buchholz, F. The bacterial community in potato is recruited from soil and partly inherited across generations [Text] / F. Buchholz, L. Antonielli, T. Kostic, A. Sessitsch, B. Mitter // PLoS ONE. - 2019. - V. 14, No. 11. - E. 0223691.

57. Buddhi, C. W. Prospectus of phosphate solubilizing microorganisms and phosphorus availability in agricultural soils: A review [Text] / C. W. Buddhi, Y. Min-Ho // African Journal of Microbiology Research. - 2012. - V. 6, No. 37. - P. 6600-6605.

58. Bulgarelli, D. Structure and function of the bacterial root microbiota in wild and domesticated barley [Text] / D. Bulgarelli, R. Garrido-Oter, P. C. Münch, A. Weiman, J. Dröge, Y. Pan, A. C. McHardy, P. Schulze-Lefert // Cell Host Microbe. - 2015. - V. 17, No. 3. - P. 392-403.

59. Bulgarelli, D. Structure and functions of the bacterial microbiota of plants [Text] / D. Bulgarelli, K. Schlaeppi, S. Spaepen, E. Ver Loren van Themaat, P. Schulze-Lefert // Annual review of plant biology. - 2013. - V. 64. - P. 807-838.

60. Bustin. «Standardization of QPCR and RT-QPCR» [Text] / Bustin, Sa, J. Vandesompele, M. Pfaffl // Omics. - 2009. - E. 0111.

61. Cabello, R. M. Comparison of yield based drought tolerance indices in improved varieties, genetic stocks and landraces of potato (Solanum tuberosum L.) [Text] / R. Cabello, P. Monneveux, F. Mendiburu, M. Bonierbale // Euphytica. - 2013. - V. 193. -P. 147-156.

62. Cangioli, L. Effect of Site and Phenological Status on the Potato Bacterial Rhizomicrobiota [Text] / L. Cangioli, M. Mancini, A. Baldi, C. Fagorzi, S. Orlandini, F. Vaccaro, A. Mengoni // Microorganisms. - 2022. - V. 10. - E. 1743.

63. Cao, J. Identification and phylogenetic analysis of late embryogenesis abundant proteins family in tomato (Solanum lycopersicum L.) [Text] / J. Cao, X. Li // Planta. -2015. - V. 241. - P. 757-772.

64. Cao, X. L. Spatial distribution of vanadium and microbial community responses in surface soil of Panzhihua mining and smelting area, China [Text] / X. L. Cao, M. H. Diao, B. G. Zhang, H. Liu, S. Wang, M. Yang // Chemosphere. - 2017. - V. 183. - P. 917.

65. Cao, Y. Antagonism of Two Plant-Growth Promoting Bacillus velezensis Isolates Against Ralstonia solanacearum and Fusarium oxysporum [Text] / Y. Cao, H. Pi, P. Chandrangsu, Y. Li, Y. Wang, H. Zhou, H. Xiong, J. D. Helmann, Y. Cai // Sci. Rep. -2018. - V. 8. - P. 1-14.

66. Chagas, F. O. Chemical signaling involved in plant-microbe interactions [Text] / F. O. Chagas, R. De Cassia Pessotti, A. M. Caraballo-Rodriguez, M. T. Pupo. // Chem. Soc. Rev. - 2018. - V. 47. - P. 1652-1704.

67. Chaparro, J. M. Rhizosphere microbiome assemblage is affected by plant development [Text] / J. M. Chaparro, D. V. Badri, J. M. Vivanco // The ISME journal. -

2014. - V. 8, No. 4. - P. 790-803.

68. Charfeddine, S. Genome-wide identification and expression profiling of the late embryogenesis abundant genes in potato with emphasis on dehydrins [Text] / S. Charfeddine, M. N. Saldi, M. Charfeddine, R. Gargouri-Bouzid // Mol. Biol. Rep. -

2015. - V. 42. - P. 1163-1174.

69. Chauhan, H. Novel plant growth promoting rhizobacteria prospects and potential [Text] / H. Chauhan, D. Bagyaraj, G. Selvakumar, S. Sundaram // Appl. Soil Ecol. -2015. - V. 95. - P. 38-53.

70. Chen, P. Brevibacterium sediminis sp. nov., isolated from deep-sea sediments from the Carlsberg and Southwest Indian Ridges [Text] / P. Chen, L. Zhang, J. Wang, J. Ruan, X. Han, Y. Huang // Int J Syst Evol Microbiol. - 2016. - V. 66. - P. 5268-5274.

71. Chen, Y. The Role of the Late Embryogenesis-Abundant (LEA) Protein Family in Development and the Abiotic Stress Response: A Comprehensive Expression Analysis of Potato (Solanum tuberosum L.) [Text] / Y. Chen, C. Li, B. Zhang, J. Yi, Y. Yang, C. Kong, C. Lei, M Gong // Genes (Basel). - 2019. - V. 148. - E. 10020148.

72. Cheng, H. Influence of phosphorus fertilization patterns on the bacterial community in upland farmland [Text] / H. Cheng, M. Yuan, Q. Duan, R. Sun, Y, Shen, Q Yu, et al. // Industrial Crops and Products. - 2020. - V. 155. - E. 112761.

73. Cheng, Y. T. Plant-Microbe Interactions Facing Environmental Challenge [Text] / Y. T. Cheng, L. Zhang, S. Y. He // Cell Host Microbe. - 2019. - V. 26, No. 2. - P. 183192.

74. Chialva, M. The plant microbiota: composition, functions, and engineering [Text] / M. Chialva, L. Lanfranco, P. Bonfante // Curr. Opin. Biotechnol. - 2022. - V. 73. - P. 135-142.

75. Chodak, M. Soil chemical properties affect the reaction of forest soil bacteria to drought and rewetting stress [Text] / M. Chodak, M. Gol^biewski, J. Morawska-Ploskonka, K. Kuduk, M. Niklinska // Annal. Microbiol. - 2015. - V. 65. - P. 16271637.

76. Choi, B. S. Y. Feeding diversified protein sources exacerbates hepatic insulin resistance via increased gut microbial branched-chain fatty acids and mTORC1 signaling in obese mice [Text] / B. S. Y. Choi, N. Daniel, V. P. Houde, A. Ouellette, B. Marcotte, T. V. Varin, C. Vors, P. Feutry, O. Ilkayeva, M. Stahlman, et al. // Nat. Commun. - 2021.

- V. 12. - E. 3377.

77. Choi, J. Strategies to improve reference databases for soil microbiomes [Text] / J. Choi, F. Yang, R. Stepanauskas, E. Cardenas, A. Garoutte, R. Williams, et al. // ISME J.

- 2017. - V. 11. - P. 829-834.

78. Choi, K. Brevibacterium hankyongi sp. nov., isolated from compost [Text] / K. Choi, M. Z. Siddiqi, Q. Liu, M. Shafi, Y. Durrani, S. Lee, M. Kang, W. Im // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2018. - V. 68. - E. 002886.

79. Chopra, A. Plant growth promoting potential of Brevibacterium sediminis A6 isolated from the tea rhizosphere of Assam, India [Text] / A. Chopra, V. U. Kumar, P. Rahi, S. K. Satpute, P. B. Mazumder // Biocatalysis and agricultural biotechnology. -2020. - V. 27. - E. 101610.

80. Combes-Meynet, E. The Pseudomonas secondary metabolite 2,4-diacetylphloroglucinol is a signal inducing rhizoplane expression of Azospirillum genes involved in plant growth promotion [Text] / E. Combes-Meynet, J. F. Pothier, Y. Moenne-Loccoz, C. Prigent-Combaret // Mol. Plant-Microbe Interact. - 2011. - V. 24. -P. 271-284.

81. Compant, S. A review on the plant microbiome: ecology, functions, and emerging trends in microbial application [Text] / S. Compant, A. Samad, H. Faist, A. Sessitsch // J. Adv. Res. - 2019. - V. 19. - P. 29-37.

82. Correa, J. Soil compaction and the architectural plasticity of root systems [Text] / J. Correa, J. A. Postma, M. Watt, T. Wojciechowski // J. Exp. Bot. - 2019. - V. 70, No. 21. - P. 6019 -6034.

83. Costa, O. Y. A. Microbial extracellular polymeric substances: Ecological function and impact on soil aggregation [Text] / O. Y. A. Costa, J. M. Raaijmakers, E. E. Kuramae // Front. Microbiol. - 2018. - V. 9. - E. 01636.

84. Cotta, S. R. The diversity and abundance of phytase genes (ß-propeller phytases) in bacterial communities of the maize rhizosphere [Text] / S. R. Cotta, F. D. A. Cavalcante, L. Seldin, F. D. Andreote, J. D. Elsas // Lett. Appl. Microbiol. - 2016. - V. 62, No. 3. - P. 264-268.

85. Cruz-Morales, P. Actinobacteria phylogenomics, selective isolation from an iron oligotrophic environment and siderophore functional characterization, unveil new desferrioxamine traits [Text] / P. Cruz-Morales, H. Ramos-Aboites, C. Licona-Cassani, N. Selem, P. Mejia-Ponce, V. Souza, F. Barona-Gómez // FEMS Microbiol Ecol. - 2017.

- E. 086.

86. Cruz-Paredes, C. Disentangling the abiotic and biotic components of AMF suppressive soils [Text] / C. Cruz-Paredes, T. Diera, M. Davey, M. M. Rieckmann, P. Christensen, M. D. Cruz, K. H. Laursen, et al. // Soil biology & biochemistry. - 2021. -V. 159. - E. 108305.

87. Cui, Y. Brevibacterium daeguense sp nov., a nitrate-reducing bacterium isolated from a 4-chlorophenol enrichment culture [Text] / Y. Cui, M. Kang, S. Woo, L. Jin, K. Kim, J. Park, M. Lee, S. Lee // I. J. of systematic and evolutionary microbiology. - 2013.

- V. 63. - P. 0381410.

88. Dahmani, M. A. Unearthing the Plant Growth-Promoting Traits of Bacillus megaterium RmBm31, an Endophytic Bacterium Isolated From Root Nodules of Retamamonosperma [Text] / M. A. Dahmani, A. Desrut, B. Moumen, J. Verdon, L. Mermouri, M. Kacem, P. Coutos-Thévenot, M. Kaid-Harche, T. Berges, C. Vriet // Front Plant Sci. - 2020. - V.11. - P. 1-15.

89. De Rybel, B. Plant vascular development: from early specification to differentiation [Text] / B. De Rybel, A. P. Mähönen, Y. Helariutta, D. Weijers // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. - 2016. - V. 17. - P. 30-32.

90. De Vleesschauwer, D. Pseudomonas fluorescens WCS374r-induced systemic resistance in rice against Magnaporthe oryzae is based on pseudobactin-mediated priming for a salicylic acid-repressible multifaceted defense response [Text] / D. De Vleesschauwer, M. Djavaheri, P. A. Bakker, M. Höfte // Plant. Physiol. - 2008. - V. 148, No. 4. - P. 1996-2012.

91. Deepika, S. HCN-producing Pseudomonas protegens CHA0 affects intraradical viability of Rhizophagus irregularis in Sorghum vulgare roots [Text] / S. Deepika, A. Mittal, D. Kothamasi // J. Basic Microbiology. - 2019. - V. 59, No. 12. - P. 1229-1237.

92. Degrave, A. The AvrE superfamily: ancestral type III effectors involved in suppression of pathogen-associated molecular pattern-triggered immunity [Text] / A. Degrave, S. Siamer, T. Boureau, M. A. Barny // Mol. Plant Pathol. - 2015. - V. 16. - P. 899-905.

93. Deka, H. Plant-growth-promoting rhizobacteria (PGPR) and medicinal plants [Text] / H. Deka, S. Deka, C. Baruah // SOILBIOL. - 2015. - V. 26. - P. 305-321.

94. Diallo, S. Mechanisms and recent advances in biological control mediated through the potato rhizosphere [Text] / S. Diallo, A. Crepin, C. Barbey, N. Orange, J. F. Burini, X. Latour // FEMS Microbiology Ecology. - 2011. - V. 75, No. 3. - P. 351-364.

95. Djami-Tchatchou, A. T. Identification of Indole-3-Acetic Acid-Regulated Genes in Pseudomonas syringae pv. tomato Strain DC3000 [Text] / A. T. Djami-Tchatchou, Z. A. Li, P. Stodghill, M. J. Filiatrault, B. N. Kunkel // J. Bacteriol. - 2022. - V. 204, No. 1. - E. 0038021.

96. Dombrowski, N. Root microbiota dynamics of perennial Arabis alpina are dependent on soil residence time but independent of flowering time [Text] / N. Dombrowski, K. Schlaeppi, M. T. Agler, S. Hacquard, E. Kemen, R. Garrido-Oter, et al. ISME J. - 2017. - V. 11. - P. 43-55.

97. Dumack, K. What Drives the Assembly of Plant-associated Protist Microbiomes? Investigating the Effects of Crop Species, Soil Type and Bacterial Microbiomes [Text] / K. Dumack, K. Feng, S. Flues, M. Sapp, S. Schreiter, R. Grosch, L. E. Rose, Y. Deng, K. Smalla, M. Bonkowski // Protist. - 2022. - V. 173, No. 6. - E. 125913.

98. Duran, D. Pseudomonas fluorescens F113 type VI secretion systems mediate bacterial killing and adaption to the rhizosphere microbiome [Text] / D. Duran, P. Bernal,

D. V. Arias, E. B. Romero, D. G. Sanz, M. R. Nieto, R. Rivilla, M. Martin // Sci. Rep. -2021. - V. 11. - E. 5772.

99. Edwards, J. Extraction and 16S rRNA sequence analysis of microbiomes associated with rice roots [Text] / J. Edwards, C. Santos-Medellin, V. Sundaresan // Bio Protocol. - 2018. - V. 8, No. 12. - E. 2884.

100. Edwards, J. Structure, variation, and assembly of the root-associated microbiomes of rice [Text] / J. Edwards, C. Johnson, C. Santos-Medellin, E. Lurie, N. K. Podishetty, S. Bhatnagar, J. A. Eisen, V. Sundaresan // PNAS - 2015. - V. 112, No. 8. -P. 911-920.

101. Ezrari, S. Potential Role of Rhizobacteria Isolated from Citrus Rhizosphere for Biological Control of Citrus Dry Root Rot [Text] / S. Ezrari, O. Mhidra, N. Radouane, A. Tahiri, G. Polizzi, A. Lazraq, R. Lahlali // Plants. - 2021. - V. 10, No. 5. - E. 872.

102. Fadiji, A. E. Metagenomics methods for the study of plant-associated microbial communities: A review [Text] / A. E. Fadiji, O. O. Babalola // J Microbiol Methods. - 2020. - V. 170. - E. 105860.

103. Fahad, S. Potential role of phytohormones and plant growth-promoting rhizobacteria in abiotic stresses: consequences for changing environment [Text] / S. Fahad, S. Hussain, A. Bano, S. Saud, S. Hassan, D. Shan, F. A. Khan, F. Khan, Y. Chen, C. Wu, M. A. Tabassum, M. X. Chun, M. Afzal, A. Jan, M. T. Jan, J. Huang // Environmental science and pollution research international. - 2015. - V. 22, No. 7. - P. 4907-4921.

104. Faisal, M. Plant Growth Promotion by Brevibacterium under Chromium Stress [Text] / M. Faisal, S. Hasnain // Research Journal of Botany. - 2006. - V. 1. - P. 24-29.

105. Faist, H. Potato root-associated microbiomes adapt to combined water and nutrient limitation and have a plant genotype-specific role for plant stress mitigation [Text] / H. Faist, F. Trognitz, L. Antonielli, et al. // Environmental Microbiome. - 2023. - V. 18, No. 18. - E. 00469.

106. Fan, B. dRNA-Seq reveals genomewide TSSs and noncoding RNAs of plant beneficial rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens FZB42 [Text] / B. Fan, L. Li,

Y. Chao, K. Forstner, J. Vogel, R. Borriss, et al. // PLoS One. - 2015. - V. 10. - E. 0142002.

107. Fang, C. Seasonal responses of soil respiration to warming and nitrogen addition in a semi-arid alfalfa-pasture of the Loess Plateau [Text] / C. Fang, J. S. Ye, Y. Gong, J. Pei, Z. Yuan, C. Xie, Y. Yu // China. Science of the Total Environment. - 2017. - V. 590-591. - P. 729-738.

108. Fanin, N. Aboveground litter quality is a better predictor than belowground microbial communities when estimating carbon mineralization along a land-use gradient [Text] / N. Fanin, I. Bertrand // Soil Biol. Biochem. - 2016. - V. 94. -P. 48-60.

109. Fasusi, O. A. Harnessing of plant growth-promoting rhizobacteria and arbuscular mycorrhizal fungi in agroecosystem sustainability [Text] / O. A. Fasusi, O. O. Babalola, T. O. Adejumo // Agric Biosci. - 2023. - V. 4, No. 26. - E. 001680.

110. Finkel, O. M. Understanding and exploiting plant beneficial microbes [Text] / O. M. Finkel, G. Castrillo, S. H. Paredes, I. S. González, J. L. Dangl // Curr Opin Plant Biol. - 2017. - V. 38. - P. 155-163.

111. Fox, S. Fire as a driver of fungal diversity — a synthesis of current knowledge [Text] / S. Fox, B. A. Sikes, S. P. Brown, C. L. Cripps, S. I. Glassman, K. Hughes, et al. // Mycologia. - 2022. - V. 114. - P. 215-241.

112. Galaviz, C. Root growth improvement of mesquite seedlings and bacterial rhizosphere and soil community changes are induced by inoculation with plant growth-promoting bacteria and promote restoration of eroded desert soil [Text] / C. Galaviz, R. Blanca Lopez, E. L. de-Bashan, M. A. Hirsch, M. Maymon, Y. Bashan // Land Degr. -2018. - V. 29. - P. 1453-1466.

113. Gao, J. Functional characterization of the late embryogenesis abundant (LEA) protein gene family from Pinus tabuliformis (Pinaceae) in Escherichia coli [Text] / J. Gao, T. Lan // Sci. Rep. - 2016. - V. 6. - E. 19467.

114. Gavira, J. A. Emergence of an Auxin Sensing Domain in Plant-Associated Bacteria [Text] / J. A. Gavira, M. Rico-Jiménez, Á. Ortega, N. V. Petukhova, D. S. Bug, A. Castellví, Y. B. Porozov, I. B. Zhulin, T. Krell, M. A. Matilla // mBio. -2023. - V. 14, No. 1. - E. 0336322.

115. George, T. S. Climate change and consequences for potato production: A review of tolerance to emerging abiotic stress [Text] / T. S. George, M. A. Taylor, I. C. Dodd, P. J. White // Potato Res. - 2017. - V. 60. - P. 239-268.

116. Gessler, N. N. Phytases and the prospects for their application [Text] / N. N. Gessler, E. G. Serdyuk, E. P. Isakova, Y. I. Deryabina // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2018. - V. 54, No. 4. - P. 352-360.

117. Ghantasala, S. Nod factor perception: an integrative view of molecular communication during legume symbiosis [Text] / S. Ghantasala, S. Roy Choudhury // Plant molecular biology. - 2022. - V. 110, No. 6. - P. 485-509.

118. Ghorbanpour, A. Effect of Trichoderma harzianum in mitigating low temperature stress in tomato (Solanum lycopersicum L.) plants [Text] / A. Ghorbanpour, A. Salimi, M. T. Ghanbary, H. Pirdashti, A. Dehestani // Sci. Hortic. - 2018. - V. 230. -P. 134-141.

119. Giovannetti, M. Unearthing soil-plant-microbiota crosstalk: Looking back to move forward [Text] / M. Giovannetti, A. Salvioli di Fossalunga, I. A. Stringlis, S. Proietti, V. Fiorilli // Front. Plant Sci. - 2023. - V. 13. - E. 1082752.

120. Glick, B. R. Plant growth-promoting bacteria: mechanisms and applications [Text] / B. R. Glick // Scientifica. - 2012. - V. 10. - E. 963401.

121. Gokdemir, F. S. Metagenomics Next Generation Sequencing (mNGS): An Exciting Tool for Early and Accurate Diagnosing Plant Fungal Pathogens [Text] / F. S. Gokdemir, O. D. I§eri, A. Sharma, P. Achar, F. Eyidogan // Preprints. - 2022. - V. 1. -E. 080457.

122. Gong, A. Antagonistic mechanism of iturin A and plipastatin A from Bacillus amyloliquefaciens S76-3 from wheat spikes against Fusarium graminearum [Text] / A. Gong, H. Li, Q. Yuan, X. Song, W. Yao, W. He, et al. // PLoS One. - 2015. - V. 10. - E. 0116871.

123. Gong, T. Phyllosphere microbiota: Community dynamics and its interaction with plant hosts [Text] / T. Gong, X. F. Xin // J. Integr Plant Biol. - 2021. -V. 63, No. 2. - P. 297-304.

124. Gopalakrishnan, S. Evaluation of bacteria isolated from rice rhizosphere for biological control of charcoal rot of sorghum caused by Macrophomina phaseolina (Tassi) [Text] / S. Gopalakrishnan, P. Humayun, B. K. Kiran, I. G. Kannan, M. S. Vidiy,

K. Deepthi, O. Rupela // Gold World J. Microbiol Biotechnol. - 2011. - V. 27. - P. 13131321.

125. Gordon, S. A. Colorimetric estimation of indoleacetic acid [Text] / S. A. Gordon, R. P. Weber // Plant Physiol. - 1951. - V. 26. - P. 192-195.

126. Grady, K. L. Assembly and seasonality of core phyllosphere microbiota on perennial biofuel crops [Text] / K. L. Grady, J. W. Sorensen, N. Stopnisek, J. Guittar, A. Shade // Nat. Commun. - 2019. - V. 10. - E. 4135.

127. Granada, S. D. Serratia marcescens metabolites are promising candidates for biocontrol of avocado pathogens [Text] / S. D. Granada, J. C. Bedoya-Perez, K. Scherlach, C. Hertweck // Planta Med. - 2016. - V. 82. - E. 598.

128. Gregory, P. J. Roots, rhizosphere and soil: the route to a better understanding of soil science? [Text] / P. J. Gregory // Eur. J. Soil. Sci. - 2006. - 57. - P. 2-12.

129. Grosskinsky, D. K. Cytokinin production by Pseudomonas fluorescens G20-18 determines biocontrol activity against Pseudomonas syringae in Arabidopsis [Text] / D. K. Grosskinsky, R. Tafner, M. V. Moreno, S. A. Stenglein, I. E. Garcia de Salamone, L. M. Nelson, O. Novak, M. Strnad, et al. // Scientific Reports. - 2016. - V. 6. - E. 23310.

130. Grover, M. PGPR Mediated Alterations in Root Traits: Way Toward Sustainable Crop Production [Text] / M. Grover, S. Bodhankar, A. Sharma, P. Sharma, J. Singh, L. Nain // Front. Sustain. Food Syst. - 2021. - V. 4. - E. 618230.

131. Gu, S. Competition for iron drives phytopathogen control by natural rhizosphere microbiomes [Text] / S. Gu, Z. Wei, Z. Shao, V. P. Friman, K. Cao, T. Yang, J. Kramer, X. Wang, M. Li, X. Mei, Y. Xu, Q. Shen, et al.// Nat Microbiol. - 2020. - V. 5. - P. 1002-1010.

132. Guinet, M. Comparative effect of inorganic N on plant growth and N 2 fixation of ten legume crops: towards a better understanding of the differential response among species [Text] / M. Guinet, B. Nicolardot, C. Revellin, V. Durey, G. Carlsson, A. S. Voisin // Plant Soil. - 2018. - V. 432. - P. 207-227.

133. Guo, B. Extract from maize (Zea mays L.): Antibacterial activity of DIMBOA and its derivatives against Ralstonia solanacearum [Text] / B. Guo, Y. Zhang, S. Li, T. Lai, L. Yang, J. Chen, W. Ding // Molecules. - 2016. - V. 21. - E. 1397.

134. Gupta, G. Plant growth promoting rhizobacteria (PGPR): current and future prospects for development of sustainable agriculture [Text] / G. Gupta, S. S. Parihar, N. K. Ahirwar, S. K. Snehi, V. Singh // J. Microb. Biochem. Technol. - 2015. -V. 7. - P. 096-102.

135. Gupta, S. Plant growth-promoting rhizobacteria play a role as phytostimulators for sustainable agriculture [Text] / S. Gupta, R. Seth, A. Sharma // An Approach to Sustainable Agriculture. - 2016. - V. 20. - P. 475-493.

136. Gurevich, A. QUAST: Quality Assessment Tool for Genome Assemblies [Text] / A. Gurevich, V. Saveliev, N. Vyahhi, G. Tesler // Bioinformatics. - 2013. - V. 15, No. 29. - E. 086.

137. Gururani, M. A. Plant Growth-Promoting Rhizobacteria Enhance Abiotic Stress Tolerance in Solanum tuberosum Through Inducing Changes in the Expression of ROS-Scavenging Enzymes and Improved Photosynthetic Performance [Text] / M. A. Gururani, C. P. Upadhyaya, V. Baskar, J. Venkatesh, A. Nookaraju, S. W. Park // J. of Plant Growth Regulation. - 2012. - V. 32. - P. 245-258.

138. Guyomarch, F. Characterization of Brevibacterium linens pigmentation using spectrocolorimetry [Text] / F. Guyomarch, A. Binet, L. Dufossé // Int. J. Food Microbiol. - 2000. - V. 57. - P. 201-210.

139. Haas, D. Biological control of soil-borne phatogens by fluorescent pseudomonads [Text] / D. Haas, G. Defago // Nat. Rev. Microbiol. - 2005. - V. 3. - P. 307-319.

140. Hacquard S. Disentangling the factors shaping microbiota composition across the plant holobiont [Text] / S. Hacquard // New phytol. - 2016. - V. 209, No. 2. -P. 454-457.

141. Hacquard, S. Interplay between innate immunity and the plant microbiota [Text] / S. Hacquard, S. Spaepen, R. Garrido-Oter, P. Schulze-Lefert // Annu. Rev. Phytopathol. - 2017. - V. 55. - P. 565-589.

142. Hacquard, S. Microbiota and Host Nutrition across Plant and Animal Kingdoms [Text] / S. Hacquard, R. Garrido-Oter, A. González, S. Spaepen, G. Ackermann, S. Lebeis, A. C. McHardy, J. L. Dangl, R. Knight, R. Ley, P. Schulze-Lefert // Cell Host & Microbe. - 2015. - V. 17, No. 5. - P. 603-616.

143. Hamid, B. Bacterial plant biostimulants: a sustainable way towards improving growth, productivity, and health of crops [Text] / B. Hamid, M. Zaman, S. Farooq, S. Fatima, R. Z. Sayyed, Z. A. Baba, et al. // Sustainability. - 2021. - V. 13. - E. 2856.

144. Hanif K. Isolation and characterization of a ß-propeller gene containing phosphobacterium Bacillus subtilis strain KPS-11 for growth promotion of potato (Solanum tuberosum L.) [Text] / K. Hanif, S. Hameed, A. Imran, T. Naqqash, M. Shahid, J. D. Van Elsas // Front. Microbiol. - 2015. - V. 6. - E. 583.

145. Hassan, M. K. The interactions of rhizodeposits with plant growth-promoting rhizobacteria in the rhizosphere [Text] / M. K. Hassan, J. A. McInroy, J. W. Kloepper // Agriculture. - 2019. - V. 9, No. 142. - E. 9070142.

146. Hedden, P. Gibberellin biosynthesis and its regulation [ Text ] / P. Hedden, S. G. Thomas // [Text] / Biochem J. - 2012. - V. 44. - P. 11-25.

147. Heel, A. BAGEL3: automated identification of genes encoding bacteriocins and (non-) bactericidal posttranslationally modified peptides [Text] / A. Heel, A. Jong, M. Montalban-Lopez, K. Jan, O. Kuipers // Nucleic Acids Res. - 2013. -E. 391.

148. Hernández-Salmerón, J. E. Draft Genome Sequence of the Biocontrol and Plant Growth-Promoting Rhizobacterium Pseudomonas fluorescens strain UM270 [Text] / J. E. Hernández-Salmerón, R. Hernández-León, M. C. Orozco-Mosqueda, E. Valencia-Cantero, G. Moreno-Hagelsieb, G. Santoyo // Standards in genomic sciences. - 2016. - V. 11, No. 5. - E. 01239.

149. Hida, A. Characterization of methyl-accepting chemotaxis proteins (MCPs) for amino acids in plant-growth-promoting rhizobacterium Pseudomonas protegens CHA0 and enhancement of amino acid chemotaxis by MCP genes overexpression [Text] / A. Hida, S. Oku, M. Miura, H. Matsuda, T. Tajima, J. Kato // Bioscience, biotechnology, and biochemistry. - 2020. - V. 84, No. 9. - P. 1948-1957.

150. Hiltunen, L. H. Soil bacterial community in potato tuberosphere following repeated applications of a common scab suppressive antagonist [Text] / L. H. Hiltunen, O. Tarvainen, J. Kelloniemi, J. Tanskanen, J. Karhu, J. P. T. Valkonen // Appl. Soil Ecol. - 2021. - V. 167. - E. 104096.

151. Horii, S. Isolation and identification of phytate-degrading bacteria and their contribution to phytatemineralization in soil [Text] / S. Horii, T. Matsuno, J. Tagomori, M. Mukai, D. Adhikari, M. Kubo // J. Gen. Appl. Microbiol. - 2013. - V. 59, No. 5. - P. 353-360.

152. Hou, Q. Rhizosphere microbial diversity and community dynamics during potato cultivation [Text] / Q. Hou, W. Wang, Y. Yang, J. Hu, C. Bian, L. Jin, G. Li, X. Xiong // Eur. J. Soil Biol. - 2020. - V. 98. - E. 103176.

153. Humphreys, J. Methane emissions from rice across a soil organic matter gradient in Alfisols of Arkansas, USA [Text] / J. Humphreys, K. R. Brye, C. Rector, E. E. Gbur // Geoderma Reg. - 2018. - V. 15. - E. 00200.

154. Hundertmark, M. LEA (Late Embryogenesis Abundant) proteins and their encoding genes in Arabidopsis thaliana [Text] / M. Hundertmark, D. K. Hincha // BMC Genom. - 2008. - V. 9, No. 118. - E. 118.

155. Idrees, A. Protein baits, volatile compounds and irradiation influence the expression profiles of odorant-binding protein genes in Bactrocera dorsalis (Diptera: Tephritidae) [Text] / A. Idrees, H. Zhang, M. Luo, et al. // Appl Ecol Environ Res. -2017. - V. 15. - P. 1883-1899.

156. Igalavithana, A. D. Assessment of soil health in urban agriculture: soil enzymes and microbial properties [Text] / A. D. Igalavithana, S. S. Lee, N. K. Niazi, et al. // Sustain. - 2017. - V. 9. - E. 9020310.

157. Imam, N. Local Network Properties of Soil and Rhizosphere Microbial Communities in Potato Plantations Treated with a Biological Product Are Important Predictors of Crop Yield [Text] / N. Imam, I. Belda, B. García-Jiménez, A. J. Duehl, J. R. Doroghazi, D. E. Almonacid, V. P. Thomas, A. Acedo // mSphere. - 2021. - V. 6, No. 4.

- E. 0013021.

158. Inceoglu, Ö. Comparative analysis of bacterial communities in a potato field as determined by pyrosequencing [Text] / Ö. Inceoglu, W. A. Al-Soud, J. F. Salles, A. V. Semenov, J. D. van Elsas // PLoS ONE. - 2011. - V. 6. - E. 0023321.

159. inceoglu, Ö. Soil and Cultivar Type Shape the Bacterial Community in the Potato Rhizosphere [Text] / Ö. Inceoglu, J. Falcao Salles, J. D. van Elsas // Microb Ecol.

- 2012. - V. 63. - P. 460-470.

160. Jalil, S. M. Current View on Chitinase for Plant Defence. [Text] / S. M. Jalil, A. Maneesh, I. Mohammad // Trend in Biosciences. - 2015. - V. 8. - P. 6733-6743.

161. Jang, J. H. Effects of increased soil fertility and plant growth-promoting rhizobacteria inoculation on biomass yield, energy value, and physiological response of poplar in short-rotation coppices in a reclaimed tideland: a case study in the Saemangeum area of Korea [Text] / J. H. Jang, S. Y. Woo, S. H. Kim, et al. // Biomass Bioenergy. -2017. - V. 107. - P. 29-38.

162. Jeanbille, M. Soil parameters drive the structure, diversity and metabolic potentials of the bacterial communities across temperate beech forest soil sequences [Text] / M. Jeanbille, M. Buée, C. Bach, A. Cébron, P. Frey-Klett, et al. // Microb. Ecol. - 2016. - V. 71. - P. 482-493.

163. Jiao, X. Plant associated rhizobacteria for biocontrol and plant growth enhancement [Text] / X. Jiao, Y. Takishita, G. Zhou, D. L. Smith // Front. Plant Sci. -2021. - V. 12. - E. 634796.

164. Jones, R. T. A comprehensive survey of soil acidobacterial diversity using pyrosequencing and clone library analyses [Text] / R. T. Jones, M. S. Robeson, C. L. Lauber, M. Hamady, R. Knight, N. Fierer // ISME J. - 2009. - V. 3. - P. 442-453.

165. Kan, J. Interkingdom signaling in plant-microbe interactions [Text] / J. Kan, R. Fang, Y. Jia // Sci. China Life Sci. - 2017. - V. 60. - P. 785-796.

166. Kavamura, V. N. Defining the wheat microbiome: towards microbiome-facilitated crop production [Text] / V. N. Kavamura, R. Mendes, A. Bargaz, T. H. Mauchline // Comput. Struct. Biotechnol. J. - 2021. - V. 19. - E. 1200.

167. Ke, X. Effect of inoculation with nitrogen-fixing bacterium Pseudomonas stutzeri A1501 on maize plant growth and the microbiome indigenous to the rhizosphere [Text] / X. Ke, S. Feng, J. Wang, W. Lu, W. Zhang, M. Chen, M. Lin // Systematic and Applied Microbiology. - 2019. - V. 42, No. 2. - P. 248-260.

168. Kering, K. K. Biocontrol of phytobacteria with bacteriophage cocktails [Text] / K. K. Kering, B. J. Kibii, H. Wei // Pest Manag. Sci. - 2019. - V. 75. - P. 17751781.

169. Keswani, C. Biosynthesis and beneficial effects of microbial gibberellins on crops for sustainable agriculture [Text] / C. Keswani, S. P. Singh, C. García-Estrada,

S. Mezaache-Aichour, T. R. Glare, R. Borriss, V. D. Rajput, T. M. Minkina, A. Ortiz, E. Sansinenea // J. Ap. Microbiol. - 2022. - V. 132, No. 3. - P. 1597-1615.

170. Khan, A. L. Phytohormones enabled endophytic fungal symbiosis improve aluminum phytoextraction in tolerant Solanum lycopersicum: an examples of Penicillium janthinellum LK5 and comparison with exogenous GA 3 [Text] / A. L. Khan, M. Waqas, J. Hussain, A. Al-Harrasi, M. Hamayun, I. J. Lee // J. Hazard Mater. - 2015. - V. 295. -P. 70-78.

171. Khan, M. S. Role of phosphate-solubilizing microorganisms in sustainable agriculture - a review [Text] / M. S. Khan, A. Zaidi, P. A. Wani // Agron. Sustain. Dev. -2006. - V. 27. - P. 29-43.

172. Khan, M. S. Role of plant growth promoting rhizobacteria in the remediation of metal contaminated soils [Text] / M. S. Khan, A. Zaidi, P. A. Wani, M. Oves // Environ. Chem. Lett. - 2009. - V. 7. - P. 1-19.

173. Khan, N. Impacts of plant growth promoters and plant growth regulators on rainfed agriculture [Text] / N. Khan, A. M. D. Bano, A. Babar // PLoS One. - 2020. -V. 15. - P. 1-32.

174. Khatoon, Z. Unlocking the potential of plant growth-promoting rhizobacteria on soil health and the sustainability of agricultural systems [Text] / Z. Khatoon, S. Huang, M. Rafique, A. Fakhar, M. A. Kamran, G. Santoyo // J. Environ. Manag. - 2020. - V. 273. - P. 111-118.

175. Khezri, M. Fusarium culmorum affects expression of biofilm formation key genes in Bacillus subtilis [Text] / M. Khezri, G. Jouzani, M. Ahmadzadehb // Braz J Microbiol. - 2016. - V. 47. - P. 47-54.

176. Khoshru, B. Decrypting the multi-functional biological activators and inducers of defense responses against biotic stresses in plants [Text] / B. Khoshru, D. Mitra, K. Joshi, P. Adhikari, M. S. I. Rion, A. E. Fadiji, M. Alizadeh, A. Priyadarshini, A. Senapati, M. R. Sarikhani, P. Panneerselvam, P. K. D. Mohapatra, S. Sushkova, T. Minkina, C. Keswani // Heliyon. - 2023. - V. 9, No. 3. - E. 13825.

177. Kielak, A. Differences in vegetation composition and plant species identity lead to only minor changes in soil-borne microbial communities in a former arable field [Text] / A. Kielak, A. S. Pijl, J. A. Van Veen, G. A. Kowalchuk // FEMS Microbiol Ecol. - 2008. - V. 63. - P. 372-382.

178. Kim, D. R. Roads to Construct and Re-build Plant Microbiota Community [Text] / D. R. Kim, Y. S. Kwak // Plant Pathol J. - 2022. - V. 38, No. 5. - P. 425-431.

179. Kim, J. Brevibacterium ammoniilyticum sp. nov., an ammonia-degrading bacterium isolated from sludge of a wastewater treatment plant [Text] / J. Kim, S. Srinivasan, T. You, J. J. Bang, S. Park, S. S. Lee // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2013. -V. 63. - P. 1111-1118.

180. Kim, J. Nitrogenase and biological nitrogen fixation [Text] / J. Kim, D. C. Rees // Biochemistry. - 1994. - V. 33. - P. 389-397.

181. Klingler, J. M. Evaluation of the Biolog automated microbialidentification system [Text] / J. M. Klingler, R. P. Stowe, D. C. Obenhuber, T. O. Groves, S. K. Mishra, D. L. Pierson // Appl. Environ Microbiol. - 1992. - V. 58. - P. 2089-2092.

182. Kloepper, J. Enhanced plant growth by siderophores produced by plant growth-promoting rhizobacteria [Text] / J. Kloepper, J. Leong, M. Teintze, et al. // Nature. -1980. - V. 286. - P. 885-886.

183. Kobayashi, A. Community Analysis of Root- and Tuber-Associated Bacteria in Field-Grown Potato Plants Harboring Different Resistance Levels against Common Scab. [Text] / A. Kobayashi, Y. O. Kobayashi, N. Someya, S. Ikeda // Microbes Environ. - 2015. - V. 30. - P. 301-309.

184. Köiv, V. Endophytic bacterial communities in peels and pulp of five root vegetables [Text] / V. Köiv, K. Arbo, Ü. Maiväli, V. Kisand, M. Roosaare, M. Remm, T. Tenson // PloS one. - 2019. - V. 14, No. 1. - E. 0210542.

185. Köiv, V. Microbial population dynamics in response to Pectobacterium atrosepticum infection in potato tubers [Text] / V. Köiv, M. Roosaare, E. Vedler, P. Ann Kivistik, K. Toppi, D. Schryer, et al. // Sci Rep. - 2015. - V. 5. - P. 11606.

186. Koo, S. Y. Isolation and characterization of a plant growth-promoting rhizobacterium, Serratia sp. SY5 [Text] / S. Y. Koo, K. S. Cho // J Microbiol Biotechnol. - 2009. - V. 19. - P. 1431-1438.

187. Kracmarova, M. Soil microbial communities following 20 years of fertilization and crop rotation practices in the Czech Republic [Text] / M. Kracmarova, O. Uhlik, M. Strejcek, et al. // Environ. Microbiome. - 2022. - V. 17, No. 13. - E. 004064.

188. Kumar, A. Isolation and characterization of PGPR and their effect on growth, yield and nutrient content in wheat (Triticum aestivum L.) [Text] / A. Kumar, B. R. Maurya, R. Raghuwanshi // ISBAB. - 2014. - V. 3, No. 4. - P. 121-128.

189. Kumar, R. Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR): Approaches to Alleviate Abiotic Stresses for Enhancement of Growth and Development of Medicinal Plants [Text] / R. Kumar, P. Swapnil, M. Meena, S. Selpair, B. G. Yadav // Sustainability. - 2022. - V. 14. - E. 15514.

190. Kumawat, K. C. Rhizospheric microbiome: Bio-based emerging strategies for sustainable agriculture development and future perspectives [Text] / K. C. Kumawat, N. Razdan, K. Saharan // Microbiol. Research. - 2022. - V. 254. - E. 126901.

191. Kunkel, B. N. Auxin Plays Multiple Roles during Plant-Pathogen Interactions [Text] / B. N. Kunkel, J. M. B. Johnson // Cold Spring Harbor Perspec. Biol. - 2021. - V. 13, No. 9. - E. 040022.

192. Kunkel, B. N. The roles of auxin during interactions between bacterial plant pathogens and their hosts[Text] / B. N. Kunkel, C. P. Harper // J. Experimental Botany. - 2018. - V. 69, No. 2. - P. 245-254.

193. Lakshmanan, V. Functional soil microbiome: belowground solutions to an aboveground problem [Text] / V. Lakshmanan, G. Selvaraj, H. P. Bais // Plant Physiol. -2014. - V. 166. - P. 689-700.

194. Lally, R. D. Application of endophytic Pseudomonas fluorescens and a bacterial consortium to Brassica napus can increase plant height and biomass under greenhouse and field conditions [Text] / R. D. Lally, P. Galbally, A. S. Moreira, J. Spink, D. Ryan, K. J. Germaine, D. N. Dowling // Front. Plant Sci. - 2017. - V. 8. - E. 2193.

195. Lang, M. Rhizoplane Bacteria and Plant Species Co-determine Phosphorus-Mediated Microbial Legacy Effect [Text] / M. Lang, S. Bei, X. Li, T. W. Kuyper, J. Zhang // Front Microbiol. - 2019. - V. 10, No.10. - E. 2856.

196. Lange, M. Plant diversity increases soil microbial activity and soil carbon storage [Text] / M. Lange, N. Eisenhauer, C. Sierra, H. Bessler, C. Engels, R. Griffiths, P. Mellado-Vázquez, A. Malik, J. Roy, S. Scheu // Nat. Commun. - 2015. - V. 6. - E. 6707.

197. Leach, J. E. Communication in the phytobiome [Text] / J. E. Leach, L. R. Triplett, C. T. Argueso, P. Trivedi // Cell. - 2017. - V. 169. - P. 587-596.

198. Lei, X. G. Phytase, a new life for an "old" enzyme [Text] / X. G. Lei, J. D. Weaver, E. Mullaney, A. H. Ullah, M. J. Azain // Annu Rev Anim Biosci. - 2013. - V. 1. - P. 283-309.

199. Levesque, S. Mobilome of Brevibacterium aurantiacum Sheds Light on Its Genetic Diversity and Its Adaptation to Smear-Ripened Cheeses [Text] / S. Levesque, A. G. Melo, S. J. Labrie, S. Moineau // Front. Microbiol. - 2019. - V. 10. - E. 01270.

200. Li, F. Host Plant Selection Imprints Structure and Assembly of Fungal Community along the Soil-Root Continuum [Text] / F. Li, Z. Jin, Z. Wang, Y. Liao, L. Yu, X. Li // mSystems. - 2022. - V. 7, No. 4. - E. 0036122.

201. Li, H. The sequence alignment/map format and SAMtools [Text] / H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, et al. // Bioinformatics. -2009. - V. 25. - E. 20789.

202. Li, R. Whole-Genome Sequencing of Bradyrhizobium diazoefficiens 1132 and Comparative Genomic Analysis Provide Molecular Insights Into Species Specificity and Host Specificity [Text] / R. Li, Y. Feng, H. Chen, C. Zhang, Y. Huang, L. Chen, et al // Front Microbiol. - 2020. - V. 11. - P. 1-17.

203. Li, Z. Functional Endophytes Regulating Plant Secondary Metabolism: Current Status, Prospects and Applications [Text] / Z. Li, K. Xiong, W. Wen, L. Li, D. Xu // Int. J. Mol. Sci. - 2023. - V. 24, No. 2. - E. 1153.

204. Liu, B. 14 year applications of chemical fertilizers and crop straw effects on soil labile organic carbon fractions, enzyme activities and microbial community in rice-wheat rotation of middle China [Text] / B. Liu, H. Xia, C. Jiang, M. Riaz, L. Yang, Y. Chen, X. Fan, X. Xia // The Sci Total Environ. - 2022. - V. 841. - E. 156608.

205. Liu, F. Cytokinin-producing, plant growth-promoting rhizobacteria that confer resistance to drought stress in Platycladus orientalis container seedlings [Text] / F. Liu, S. Xing, H. Ma, et al. // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2013. - V. 97. - P. 91559164.

206. Liu, H. Inner Plant Values: Diversity, Colonization and Benefits from Endophytic Bacteria [Text] / H. Liu, L. C. Carvalhais, M. Crawford, E. Singh, P. G. Dennis, C. M. J. Pieterse, P. M. Schenk // Front. Microbiol. - 2017. - V. 8. - E. 2552.

207. Liu, W. Isolation and characterization of plant growth-promoting rhizobacteria and their effects on phytoremediation of petroleum-contaminated saline-

alkali soil [Text] / W. Liu, J. Hou, Q. Wang, L. Ding, Y. Luo // Chemosphere. - 2014. -V. 303. - E. 026.

208. Liu, X. M. Physiological responses of the two blueberry cultivars to inoculation with an arbuscular mycorrhizal fungus under low-temperature stress [Text] / X. M. Liu, Q. L. Xu, Q. Q. Li, H. Zhang, J. X. Xiao // J. Plant Nutr. - 2017. - V. 40. -P. 2562-2570.

209. Llorente, B. E. Biofertilization with Azospirillum brasilense improves in vitro culture of Handroanthus ochraceus, a forestry, ornamental and medicinal plant [Text] / B. E. Llorente, M. A. Alasia, E. E. Larraburu // N. Biotechnol. - 2016. - V. 33. - P. 32-40.

210. Long, A. Effects of low pH on photosynthesis, related physiological parameters, and nutrient profiles of citrus [Text] / A. Long, J. Zhang, L. T. Yang, X. Ye, N. W. Lai, L. L. Tan, et al. // Front. Plant Sci. - 2017. - V. 8. - E. 00185.

211. Lopes, L. D. Bacterial Abilities and Adaptation Toward the Rhizosphere Colonization [Text] / L. D. Lopes, M. C. Pereira e Silva, F. D. Andreote // Front. Microbiol. - 2016. - V. 7. - E. 1341.

212. Lopez-Gomez, M. Interplay of flg22-induced defence responses and nodulation in Lotus japonicas [Text] / M. Lopez-Gomez, N. Sandal, J. Stougaard, T. Boller // J. Exp Bot. - 2012. - V. 63. - P. 393-401.

213. Lugtenberg, B. Plant-growth-promoting rhizobacteria [Text] / B. Lugtenberg, F. Kamilova // Annu. Rev. Microbiol. - 2009. - V. 63. - P. 541-556.

214. Lutfullin, M. Characterization of bacterial communities of rhizosphere and rhizoplane of Early Zhukovsky potato [Text] / M. T. Lutfullin, D. Zaripova, O. Moiseeva, S. G. Vologin, A. M. Mardanova // E3S Web of Conferences. - 2020. - V. 222. - E. 02050.

215. Lutfullin, M. T. Characterization of growth-promoting activity of Pseudomonas putida strain MG-2 [Text] / M. T. Lutfullin, G. F. Hadieva, M. R. Sharipova, A. M. Mardanova // Res. J. Pharm. Biol. Chem. Sci. - 2016. - V. 7. - P. 1538-1542.

216. Lutfullin, M. T. Identification, characterization, and genome sequencing of Brevibacterium sediminis MG-1 isolate with growth-promoting properties [Text] / M. T. Lutfullin, G. F. Lutfullina, D. S. Pudova, et al. // 3 Biotech. - 2022. - V. 12. - E. 326.

217. Lv, H. Zinc application promotes nitrogen transformation in rice rhizosphere soil by modifying microbial communities and gene expression levels [Text] / H. Lv, C. Ji, L. Zhang, C. Jiang, H. Cai // The Science of the total environment. - 2022. - V. 849. - E. 157858.

218. Ma, J. Transcriptome analysis of cucumber roots reveals key cold-resistance genes induced by AM fungi [Text] / J. Ma, C. Sun, L. Bai, R. Dong, Y. Yan, X. Yu, et al. // Plant Mol. Biol. Rep. - 2018. - V. 36. - P. 135-148.

219. Magwanga, R. Characterization of the late embryogenesis abundant (LEA) proteins family and their role in drought stress tolerance in upland cotton [Text] / R. O. Magwanga, P. Lu, J. N. Kirungu, H. Lu, X. Wang, X. Cai, Z. Zhou, Z. Zhang, H. Salih, K.Wang // BMC Genet. - 2018. - V. 19, No. 6. - E. 0596-1.

220. Mapelli, F. Potential for Plant Growth Promotion of Rhizobacteria Associated with Salicornia Growing in Tunisian Hypersaline Soils [Text] / F. Mapelli, R. Marasco, E. Rolli, M. Barbato, H. Cherif, A. Guesmi, I. Ouzari, D. Daffonchio, S. Borin // BioMed Research International - 2013. - V. 13. - P. 1-13.

221. Marchesi, J. R. The vocabulary of microbiome research: a proposal [Text]/ J. R. Marchesi, J. Ravel // Microbiome. - 2015. - V. 3, No 31. - E. 40168-0150094-5.

222. Mardanova, A. Structure and variation of root-associated microbiomes of potato grown in alfisol [Text] / A. Mardanova, M. Lutfullin, G. Hadieva, Y. Akosah, D. Pudova, D. Kabanov, E. Shagimardanova, P. Vankov, S. Vologin, N. Gogoleva, Z. Stasevski, M. Sharipova // World J. Microbiol. Biotech. - 2019. - V. 35. - E. 27613.

223. Mark, G. L. Transcriptome profiling of bacterial responses to root exudates identifies genes involved in microbe-plant interactions [Text] / G. L. Mark, J. M. Dow, P. D. Kiely, H. Higgins, J. Haynes, C. Baysse // Proc Natl Acad Sci USA. -2005. - V. 102. - P. 17454-17459.

224. Marroquí S. Enhanced symbiotic performance by Rhizobium tropici glycogen synthase mutants [Text] / S. Marroquí, A. Zorreguieta, A. C. Santamarí, F. Temprano, M. Soberón, M. Megías et al. // J. Bacteriol. - 2001. - V. 183. - P. 854864.

225. Martínez-Cámara, R. The volatile organic compound dimethylhexadecylamine affects bacterial growth and swarming motility of

bacteria [Text] / R. Martínez-Cámara, V. Montejano-Ramírez, G. Moreno-Hagelsieb, G. Santoyo, E. Valencia-Cantero // Folia Microbiologica. - 2020. - V. 65, No. 3. - P. 523532.

226. Martynenko, E. Effects of Phytohormone-Producing Rhizobacteria on Casparian Band Formation, Ion Homeostasis and Salt Tolerance of Durum Wheat [Text] / E. Martynenko, T. Arkhipova, V. Safronova, O. Seldimirova, I. Galin, Z. Akhtyamova, D. Veselov, R. Ivanov, G. Kudoyarova // Biomolecules. - 2022. - V. 12, No. 2. - E. 230.

227. Massalha, H. Small molecules below-ground: the role of specialized metabolites in the rhizosphere [Text] / H. Massalha, E. Korenblum, D. Tholl, A. Aharoni // Plant J. - 2017. - V. 90. - P. 788-807.

228. Mavrodi, D. V. Phenazine compounds in fluorescent Pseudomonas spp.: biosynthesis and regulation [Text] / D. V. Mavrodi, W. Blankenfeldt, L. S. Thomashow // Annu. Rev. Phytopathol. - 2006. - V. 44. - P. 417-445.

229. McDaniel, M. D. Crop rotation complexity regulates the decomposition of high and low quality residues [Text] / M. D. McDaniel, A. S. Grandy, L. K. Tiemann, M. N. Weintraub // Soil Biol. Biochem. - 2014. - V. 78. - P. 243-254.

230. Meena, M. PGPR-mediated induction of systemic resistance and physiochemical alterations in plants against the pathogens: Current perspectives [Text] / M. Meena, P. Swapnil, K. Divyanshu, S. Kumar, Harish, Y. N. Tripathi, A. Zehra, A. Marwal, R. S. Upadhyay // Journal of basic microbiology. - 2020. - V. 60, No. 10. - P. 828-861.

231. Mehmood, N. Multifaceted Impacts of Plant-Beneficial Pseudomonas spp. in Managing Various Plant Diseases and Crop Yield Improvement [Text] / N. Mehmood, M. Saeed, S. Zafarullah, S. Hyder, Z. F. Rizvi, A. S. Gondal, N. Jamil, R. Iqbal, B. Ali, S. Ercisli, M. Kupe // ACS Omega. - 2023. - V. 8, No. 25. - P. 22296-22315.

232. Mezzasalma, V. Geographical and cultivar features differentiate grape microbiota in Northern Italy and Spain vineyards [Text] / V. Mezzasalma, A. Sandionigi, L. Guzzetti, A. Galimberti, M. S. Grando, J. Tardaguila, et al. // Front. Microbiol. - 2018. - V. 9. - E. 946.

233. Micallef, S. A. Plant age and genotype impact the progression of bacterial community succession in the Arabidopsis rhizosphere [Text] / S. A. Micallef, S.

Channer, M. P. Shiaris, A. Colon-Carmona // Plant Signal. Behav. - 2009. - V. 4. - P. 777-780.

234. Miller, C. O. Structure and synthesis of kinetin1 [Text] / C. O. Miller, F. Skoog, F. S. Okumura, M. H. Von Saltza, F. Strong // J Ame Chem Soc. - 1955. - V. 77. - P. 2662-2663.

235. Mimura, H. Growth enhancement of the halotolerant Brevibacterium sp. JCM 6894 by methionine externally added to a chemically defined medium [Text] / H. Mimura // Biocontrol Sci. - 2014. - V. 19. - P. 151-155.

236. Mishra, J. 2,4-Diacetylphloroglucinol producing Pseudomonas fluorescens JM-1 for management of ear rot disease caused by Fusarium moniliforme in Zea mays L. 3 [Text] / J. Mishra, I. Mishra, N. K. Arora // Biotech. -2022. - V. 12, No. 6. - E. 138.

237. Mora, J. Montesinos. Cyclic lipopeptide biosynthetic genes and products, and inhibitory activity of plant-associated Bacillus against phytopathogenic bacteria [Text] / J. Mora, E. Cabrefiga // PLoS One. - 2015. - V. 10. - E. 0127738.

238. Motta, A. S. Characterization of an antibacterial peptide produced by Brevibacterium linens [Text] / A. S. Motta, A. Brandelli // J Appl Microbiol. - 2002. - V. 92. - P. 63-70.

239. Motyka-Pomagruk A. The occurrence of bacteria from different species of Pectobacteriaceae on seed potato plantations in Poland [Text] / A. Motyka-Pomagruk, S. Zoledowska, W. Sledz, E. Lojkowska // Eur. J. Plant Pathol. - 2021. - V. 159. -P. 309-325.

240. Mousa, S. Microbial Profiling of Potato-Associated Rhizosphere Bacteria under Bacteriophage Therapy [Text] / S. Mousa, M. Magdy, D. Xiong, R. Nyaruabaa, S. M. Rizk, J. Yu, H. Wei // Antibiotics. - 2022. - V. 11, No. 8. - E. 1117.

241. Mullis, K. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction [Text] / K. B. Mullis, F. A. Faloona // Methods Enzymol. - 1987. - V. 155. - P. 335-350.

242. Naamala, J. Microsymbiont diversity and phylogeny of native bradyrhizobia associated with soybean (Glycine max L. Merr.) nodulation in South African soils [Text] / J. Naamala, S. K. Jaiswal, F. D. Dakora // Syst. Appl. Microbiol. -2016. - V. 39. - P. 336-344.

243. Nadeem, S. M. Relationship between in vitro characterization and comparative efficacy of plant growth-promoting rhizobacteria for improving cucumber salt tolerance [Text] / S. M. Nadeem, M. Ahmad, M. Naveed, M. Imran, Z. A. Zahir, D. E. Crowley // Archives of microbiology. - 2016. - V. 198, No. 4. - P. 379-387.

244. Nag, P. Microbiological strategies for enhancing biological nitrogen fixation in nonlegumes [Text] / P. Nag, S. Shriti, S. Das // Journal of Applied Microbiology. - 2020. - V. 129, No. 2. - P. 186-198.

245. Nagarajkumar, M. Involvement of secondary metabolites and extracellular lytic enzymes produced by Pseudomonas fluorescens in inhibition of Rhizoctonia solani, the rice sheath blight pathogen [Text] / M. Nagarajkumar, R. Bhaskaran, R. Velazhahan // Microbiol. Res. - 2004. - V. 159. - P. 73-81.

246. Nahar K. Diversity of Soil Bacterial Community Is Influenced by Spatial Location and Time but Not Potato Cultivar [Text] / K. Nahar, J. B. Floc'h, C. Goyer, J. B. Zebarth, S. Whitney // Phytobiomes journal. - 2020. - V. 4. - P. 225-228.

247. Naveed, M. L-Tryptophan-dependent biosynthesis of indole-3-acetic acid (IAA) improves plant growth and colonization of maize by Burkholderia phytofirmans PsJN [Text] / M. Naveed, M. A. Qureshi, Z. A. Zahir, et al. // Ann Microbiol. - 2015. - V. 65. - P. 1381-1389.

248. Neina, D. The role of soil pH in plant nutrition and soil remediation [Text] / D. Neina // Appl. Environ. Soil Sci. - 2019. - E. 5794869.

249. Nelson, M. S. Secretion systems and signal exchange between nitrogen-fixing rhizobia and legumes [Text] / M. S. Nelson, M. J. Sadowsky // Front. Plant Sci. -2015. -V. 6, No. 491. - E. 00491.

250. Nett, R. S. Elucidation of gibberellin biosynthesis in bacteria reveals convergent evolution [Text] / R. S. Nett, M. Montanares, A. Marcassa, X. Lu, R. Nagel, T. C. Charles, P. Hedden, M. C. Rojas, R. J. Peters // Nature chemical biology. - 2017. -V. 13, No. 1. - P. 69-74.

251. Niu, B. Simplified and representative bacterial community of maize roots [Text] / B. Niu, J. N. Paulson, X. Zheng, R. Kolter // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2017. - V. 114, No. 12. - E. 2450-2459.

252. Nkongolo, K. K. Advances in monitoring soil microbial community dynamic and function [Text] / K. K. Nkongolo, R. Narendrula-Kotha // J Appl Genet. -2020. - V. 61, No. 2. - P. 249-263.

253. Noordman, W. H. Growth stimulation of Brevibacterium sp. by siderophores [Text] / W. H. Noordman, R. Reissbrodt, R. S. Bongers, J. L. W. Rademaker, W. Bockelmann, G. Smit // Appl. Microbiol. - 2006. - V. 101, No. 3. - P. 637-646.

254. Nunes da Rocha, U. The rhizosphere selects for particular groups of Acidobacteria and Verrucomicrobia [Text] / U. Nunes da Rocha, C. M. Plugge, I. George, J. D. van Elsas, L. S. van Overbeek // PLoS ONE. - 2013. - V. 8. - E. 82443.

255. Olayemi, O. P. Screening of endophytic plant growth-promoting bacteria isolated from two Nigerian rice varieties [Text] / O. P. Olayemi, O. O. Odedara // Niger J. Biotechnol. - 2017. - V. 33. - P. 1-10.

256. Omae, N. Plant-Microbiota Interactions in Abiotic Stress Environments [Text] / N. Omae, K. Tsuda // MPMI. - 2022. - V. 35, No 7. - P. 511-526.

257. Orozco-Mosqueda, M. D. C. Recent Advances in the Bacterial Phytohormone Modulation of Plant Growth [Text] / M. D. C. Orozco-Mosqueda, G. Santoyo, B. R. Glick // Plants. - 2023. - V. 12, No. 3. - E. 606.

258. Ortiz-Castro, R. Plant growth promotion by Platycladus orientalis involves cytokinin signaling [Text] / R. Ortiz-Castro, E. Valencia-Cantero, J. Lopez-Bucio, Z. Du, B. Ma // Plant Signaling & Behavior. - 2008. - V. 3. - P. 263-265.

259. Paasch, B. C. Toward understanding microbiota homeostasis in the plant kingdom [Text] / B. C. Paasch, S. Y. He // PLoS Pathog. - 2021. - V. 17, No 4. - E. 1009472.

260. Pallai, R. Phytohormone production and colonization of canola (Brassica napus L.) roots by Pseudomonas fluorescens 6-8 under gnotobiotic conditions [Text] / R. Pallai, R. K. Hynes, B. Verma, L. M. Nelson // Can. J. Microbiol. - 2012. - V. 58. - P. 170-178.

261. Pankova, E. I. Analysis of information about the alkaline soil areas in Russia at the end of the XX and beginning of the XXI centuries [Text] / E. I. Pankova, I. N. Gorokhova // Dokuchaev Soil Bulletin. - 2020. - V. 103. - P. 5-33.

262. Pantigoso, H. A. The rhizosphere microbiome: Plant-microbial interactions for resource acquisition [Text] / H. A. Pantigoso, D. Newberger, J. M. Vivanco // Appl. Microbiol. - 2022. - V. 133, No. 5. 2022. - P. 2864-2876.

263. Pascale, A. Modulation of the Root Microbiome by Plant Molecules: The Basis for Targeted Disease Suppression and Plant Growth Promotion [Text] / A. Pascale, S. Proietti, I. S. Pantelides, I. A. Stringlis // Front. Plant Sci. - 2020. - V. 10. - E. 1741.

264. Patten, C. L. Bacterial biosynthesis of indole-3-acetic acid [Text] / C. L. Patten, B. R. Glick // Can. J. Microbiol. - 1996. - V. 42. - P. 207-220.

265. Payne, S. Detection, isolation, and characterization of siderophores [Text] / S. Payne // Methods in enzymology. -1994. - V. 235. - P. 329-344.

266. Pedranzani, H. Arbuscular mycorrhizal symbiosis regulates physiology and performance of Digitaria eriantha plants subjected to abiotic stresses by modulating antioxidant and jasmonate levels [Text] / H. Pedranzani, M. Rodríguez-Rivera, Gutiérrez, M. R. Porcel, B. Hause, J. M. Ruiz-Lozano // Mycorrhiza. - 2016. - V. 26. - P. 141-152.

267. Penrose, D. M. Level of 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid (ACC) in exudates and extracts of canola seeds treated with plant growth promoting bacteria [Text] / D. M. Penrose, B. R. Glick // Can J.Microbiol. - 2001. - V. 47. - P. 368-372.

268. Peralta, A. L. Crop rotational diversity increases disease suppressive capacity of soil microbiomes [Text] / A. L. Peralta, Y. Sun, M. D. McDaniel, J. T. Lennon // Ecosphere. - 2018. - V. 9, No. 16. - E. 02235.

269. Perez-Garcia, A. Plant protection and growth stimulation by microorganisms: biotechnological applications of Bacilli in agriculture [Text] / A. Perez-Garcia, D. Romero, A. de Vicente // Curr. Opin. Biotechnol. - 2011. - V. 22. - P. 187193.

270. Pérez-Jaramillo, J. E. Impact of plant domestication on rhizosphere microbiome assembly and functions [Text] / J. E. Pérez-Jaramillo, R. Mendes, J. M. Raaijmakers // Plant Mol Biol. - 2016. - V. 90. - P. 635-644.

271. Pérez-Montaño, F. Plant growth promotion in cereal and leguminous agricultural important plants: from microorganism capacities to crop production [Text] / F. Pérez-Montaño, C. Alías-Villegas, R. Bellogín, P. Del Cerro, M. Espuny, I. Jiménez-Guerrero, et al. // Microbiol. Res. - 2014. - V. 169. - P. 325-336.

272. Pfeiffer, S. Rhizosphere microbiomes of potato cultivated in the High Andes show stable and dynamic core microbiomes with different responses to plant development [Text] / S. Pfeiffer, B. Mitter, A. Oswald, B. Schloter-Hai, M. Schloter, S. Declerck, A. Sessitsch // FEMS Microbiol. Ecol. - 2017. - V. 93, No. 2. - E. 242.

273. Pham, N. P. Comparative genomic analysis of Brevibacterium strains: insights into key genetic determinants involved in adaptation to the cheese habitat [Text] / N. P. Pham, S. Layec, E. Dugat-Bony, M. Vidal, F. Irlinger, C. Monnet // BMC Genom.

- 2017. - V. 18. - P. 1-17.

274. Philippot, L. Going back to the roots: the microbial ecology of the rhizosphere [Text] / L. Philippot, J. M. Raaijmakers, P. Lemanceau, W. H. van der Putten // Nat Rev Micro. - 2013. - V. 11. - P. 789-799.

275. Plociniczak, T. Rhizospheric bacterial strain Brevibacterium casei NH8a colonized plant tissues and enhances Cd, Zn., Cu phytoextraction by White Mustard [Text] / T. Plociniczak, A. Sinkkonen, M. Romantschuk, S. Sulowicz, Z. Piotrowska-Seget // Front. Plant. Sci. - 2016. - V. 7. - E. 00101.

276. Poirier, Y. Phosphate acquisition and metabolism in plants [Text] / Y. Poirier, A. Jaskolowski, J. Clúa // Current biology : CB. - 2022. - V. 32, No. 12. - P. 623-629.

277. Poole, P. Rhizobia: from saprophytes to endosymbionts [Text] / P. Poole, V. Ramachandran, J. Terpolilli // Nat. Rev. Microbiol. - 2018. - V. 16, No. 5. - P. 291303.

278. Poonguzhali, S. Isolation and identification of phosphate solubilizing bacteria from chinese cabbage and their effect on growth and phosphorus utilization of plants [Text] / S. Poonguzhali, M. Madhaiyan, T. Sa // J. Microbiol. Biotechnol. - 2008.

- V. 18. - P. 773-777.

279. Poveda, J. Bacillus as a source of phytohormones for use in agriculture [Text] / J. Poveda, F. González-Andrés // Appl. Microbiol. Biotech. - 2021. - V. 105, No. 23. - P. 8629-8645.

280. Prasad, A. A. Compatibility of Azospirillum brasilense and Pseudomonas fluorescens in growth promotion of groundnut (Arachis hypogea L.) [Text] / A. A. Prasad, S. Babu // Acad. Bras. Cienc. - 2017. - V. 89. - P. 1027-1040.

281. Puissant, J. The pH optimum of soil exoenzymes adapt to long term changes in soil pH [Text] / J. Puissant, B. Jones, T. Goodall, D. Mang, A. Blaud, H. S. Gweon, et al. // Soil Biol. Biochem. - 2019. - V. 138. - E. 107601.

282. Qessaoui, R. Pseudomonas isolates as potential biofungicides of green mold (Penicillium digitatum) on orange fruit [Text] / R. Qessaoui, M. Zanzan, A. Ajerrar, H. Lahmyed, A. Boumair, R. Tahzima, M. Alouani, E. H. Mayad, B. Chebli, S. A. Walters, et al. // Int. J. Fruit Sci. - 2022. - V. 22, No. 1. - P. 142-150.

283. Qu, Q. Rhizosphere Microbiome Assembly and Its Impact on Plant Growth Q. Qu, Z. Zhang, W. J. G. M. Peijnenburg, W. Liu, T. Lu, B. Hu, J. Chen, J. Chen, Z. Lin, H. Qian // J. Agricult. Food Chem. - 2020. - V. 68, No. 18. - P. 50245038.

284. Raaijmakers, J. M. The rhizosphere: a playground and battlefield for soilborne pathogens and beneficial microorganisms [Text] / J. M. Raaijmakers, T. C. Paulitz, C. Steinberg, C. Alabouvette, Y. Moenne-Loccoz // Plant Soil. - 2009. - V. 321. - P. 341-361.

285. Raho, R. In-situ photo-assisted deposition of silver particles on hydrogel fibers for antibacterial applications [Text] / R. Raho, F. Paladini, F. A. Lombardi, S. Boccarella, B. Zunino, M. Pollini // Mater. Sci. Eng. C. Mater. Biol. Appl. - 2015. - V. 55. - P. 42-49.

286. Rai, S. Crop microbiome: their role and advances in molecular and omic techniques for the sustenance of agriculture [Text] / S. Rai, A. F. Omar, M. Rehan, A. Al-Turki, A. Sagar, N. Ilyas, R. Z. Sayyed, M. Hasanuzzaman // Planta. - 2022. - V. 257, No. 2. - E. 04052-5.

287. Rasche, F. Rhizosphere bacteria affected by transgenic potatoes with antibacterial activities compared with the effects of soil, wild-type potatoes, vegetation stage and pathogen exposure [Text] / F. Rasche, V. Hödl, C. Poll, E. Kandeler, M. H. Gerzabek, J. D. van Elsas, et al. // FEMS Microbiol. Ecol. - 2006. - V. 56. - P. 219-235.

288. Ratnaningsih, H. R. IAA and ACC deaminase producing-bacteria isolated from the rhizosphere of pineapple plants grown under different abiotic and biotic stresses [Text] / H. R. Ratnaningsih, Z. Noviana, T. K. Dewi, S. Loekito, S. Wiyono, A. Gafur, S. Antonius // Heliyon. - 2023. - V. 9, No. 6. - E. 16306.

289. Raymond, J. The natural history of nitrogen fixation [Text] / J. Raymond, J. L. Siefert, C. R. Staples, R. E. Blankenship // Mol. Biol. Evol. - 2004. - V. 21. - P. 541-554.

290. Reddy, E. Hydrolytic Enzyme Producing Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR) in Plant Growth Promotion and Biocontrol [Text] / E. Reddy, G. Reddy, G. Vedavati, A. Sriramula, G. Swarnalatha, A. R. Al Tawaha, R. Sayyed // Secondary Metabolites and Volatiles of PGPR in Plant-Growth Promotion. - 2022. - V. 142. - P. 303-312.

291. Reiter, B. Response of Endophytic Bacterial Communities in Potato Plants to Infection with Erwinia carotovora subsp. atroseptica [Text] / B. Reiter, U. Pfeifer, H. Schwab, A. Sessitsch // Appl. Environ Microbiol. - 2002. - V. 68. - E. 2261-8.

292. Renoud, S. Effect of inoculation level on the impact of the PGPR Azospirillum lipoferum CRT1 on selected microbial functional groups in the rhizosphere of field maize [Text] / S. Renoud, D. Abrouk, C. Prigent-Combaret, F. Wisniewski-Dye, L. Legendre, Y. Moenne-Loccoz, D. Muller // Microorganisms. - 2022. - V. 10, No. 2. -E. 325.

293. Riaz, U. "Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) as biofertilizers and biopesticides," in Microbiota and Biofertilizers [Text] / U. Riaz, G. Murtaza, W. Anum, T. Samreen, M. Sarfraz, M. Z. Nazir // Microbiota and Biofertilizers. - 2021. - P. 181-196.

294. Rodriguez, P. A. Systems Biology of Plant-Microbiome Interactions [Text] / P. A. Rodriguez, M. Rothballer, S. P. Chowdhury, T. Nussbaumer, C. Gutjahr, P. Falter-Braun // Mol Plant. - 2019. - V. 12. - P. 804-821.

295. Rohrbacher, F. Root Exudation: The Ecological Driver of Hydrocarbon Rhizoremediation [Text] / F. Rohrbacher, M. St-Arnaud // Agronomy. - 2016. - V. 6, No. 19. - E. 6010019.

296. Romanyä, J. Biological nitrogen fixation response to soil fertility is species-dependent in annual legumes [Text] / J. Romanya, P. Casals // J. Soil Sci. Plant Nutr. - 2019. - V. 20. - P. 546-556.

297. Romero, D. The iturin and fengycin families of lipopeptides are key factors in antagonism of Bacillus subtilis toward Podosphaera fusca [Text] / D. Romero,

A. De Vicente, R. H. Rakotoaly, S. E. Dufour, J. W. Veening, E. Arrebola, F. M. Cazorla, O. P. Kuipers, M. Paquot, A. Pérez-García // Mol. Plant Microbe Interact. -2007. - V. 20. - P. 430-440.

298. Roychoudhry, S. Auxin in Root Development [Text] / S. Roychoudhry, S. Kepinski // Cold Spring Harbor perspectives in biology. - 2022. - V. 14, No. 4. - E. 039933.

299. Rubio, L. M. Biosynthesis of the iron-molybdenum cofactor of nitrogenase [Text] / L. M. Rubio, P. W. Ludden // Annu. Rev. Microbiol. - 2008. - V. 62. - P. 93-111.

300. Ruzzi, M. Plant growth-promoting rhizobacteria act as biostimulants in horticulture [Text] / M. Ruzzi, R. Aroca // Sci. Hort. - 2015. - V. 196. - P. 124-134.

301. Rykaczewska, K. Impact of heat and drought stresses on size and quality of the potato yield [Text] / K. Rykaczewska // Plant Soil Environ. - 2017. - V. 63 - P. 40-46.

302. Sah, S. Pseudomonas mediated nutritional and growth promotional activities for sustainable food security [Text] / S. Sah, S. Krishnani, R. Singh // Curr Res Microb Sci. - 2021. - V. 2. - E. 100084.

303. Sakakibara, H. Cytokinins: activity, biosynthesis, and translocation [Text] / H. Sakakibara // Annu Rev Plant Biol. - 2006. - V. 57. - P. 431-449.

304. Sambrook, J. Molecular cloning: a laboratory manual [Text] / J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis // - NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989.

305. Sánchez-Cañizares, C. Understanding the holobiont: the interdependence of plants and their microbiome [Text] / C. Sánchez-Cañizares, B. Jorrín, P. S. Poole, A. Tkacz // Current Opinion in Microbiology. - 2017. - V. 38. - P. 188-196.

306. Sanders, R. Improving the standardization of mRNA measurement by RT-qPCR [Text] / R. Sanders, S. Bustin, J. Huggett, D. Mason // Biomol. Detect. Quantif. -2018. - V. 15. - P. 13-17.

307. Santos-Medellín, C. Drought Stress Results in a Compartment-Specific Restructuring of the Rice Root-Associated Microbiomes [Text] / C. Santos-Medellín, J. Edwards, Z. Liechty, B. Nguyen, V. Sundaresan // mBio. - 2017. - V. 8, No. 4. - E. 00764-17.

308. Santoyo, G. How plants recruit their microbiome? New insights into beneficial interactions [Text] / G. Santoyo // J. Advanc. Res. - 2022. - V. 40. - P. 45-58.

309. Santoyo, G. Rhizosphere Colonization Determinants by Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR) [Text] / G. Santoyo, C. A. Urtis-Flores, P. D. Loeza-Lara, M. D. C. Orozco-Mosqueda, B. R. Glick // Biology (Basel). - 2021. - V. 10, No. 6.

- E. 10060475.

310. Saranraj, P. Plant Growth-Promoting and Biocontrol Metabolites Produced by Endophytic Pseudomonas fluorescence. In Secondary Metabolites and Volatiles of PGPR in Plant-Growth Promotion [Text] / P. Saranraj, R. Sayyed, M. Kokila, A. Sudha, P. Sivasakthivelan, M. D. Devi, R. Naz, H. Yasmin, R. Z. Sayyed, V. G. Uarrota // Secondary Metabolites and Volatiles of PGPR in Plant-Growth Promotion.

- 2022. - V. 6. - P. 349-381.

311. Saravanakumar, D. ACC deaminase from Pseudomonas fluorescens mediated saline resistance in groundnut (Arachis hypogea) plants [Text] / D. Saravanakumar, R. Samiyappan // J. Appl. Microbiol. - 2007. - V. 102, No. 5. - P. 12831292.

312. Sasse, J. Feed Your Friends: Do Plant Exudates Shape the Root Microbiome? [Text] / J. Sasse, E. Martinoia, T. Northen // Trends Plant Sci. - 2018. - V. 23. - P. 25-41.

313. Sayyed, R. Z. Siderophore producing PGPR for crop nutrition and phytopathogen suppression [Text] / R. Z. Sayyed, S. B. Chincholkar, M. S. Reddy, N. S. Gangurde, P. R. Patel // In: Bacteria in agrobiology. Springer, Berlin, Heidelberg. - 2012.

- P. 449-471.

314. Schäfer, M. The role of cis-zeatin-type cytokinins in plant growth regulation and mediating responses to environmental interactions [Text] / M. Schäfer, C. Brütting, I. D. Meza-Canales, D. K. Großkinsky, R. Vankova, I. T. Baldwin, S. Meldau // J. Exp. Bot. - 2015. - V. 66. - P. 4873-4884.

315. Schindlbacher, A. Experimental warming effects on the microbial community of a temperate mountain forest soil [Text] / A. Schindlbacher, A. Rodler, M. Kuffner, B. Kitzler, A. Sessitsch, S. Zechmeister-Boltenstern // Soil Biol. Biochem. -2011. - V. 43. - P. 1417-1425.

316. Schlaeppi, K. Quantitative divergence of the bacterial root microbiota in Arabidopsis thaliana relatives [Text] / K. Schlaeppi, N. Dombrowski, R. G. Oter, E. Ver Loren van Themaat, P. Schulze-Lefert // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2014. - V. 111. - P. 585-592.

317. Schröder, P. Relaunch cropping on marginal soils by incorporating amendments and beneficial trace elements in an interdisciplinary approach [Text] / P. Schröder, M. Mench, V. Povilaitis, F. Rineau, B. Rutkowska, M. Schloter, W. Szulc, R. Zydelis, E. Loit // The Science of the total environment. - 2022. - V. 803. - E. 149844.

318. Schwartz, A. R. TALE-induced bHLH transcription factors that activate a pectate lyase contribute to water soaking in bacterial spot of tomato [Text] / A. R. Schwartz, R. Morbitzer, T. Lahaye, B. J. Staskawicz // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2017. - V. 114. P. 897-903.

319. Sessitsch, A. Endophytic bacterial communities of field-grown potato plants and their plant-growth-promoting and antagonistic abilities [Text] / A. Sessitsch, B. Reiter, G. Berg // Can. J. Microbiol. - 2004. - V. 50. - P. 239-249.

320. Shah, A. PGPR in Agriculture: A Sustainable Approach to Increasing Climate Change Resilience [Text] / A. Shah, M. Nazari, M. Antar, L. A. Msimbira, J. Naamala, D. Lyu, M. Rabileh, J. Zajonc, D. L. Smith // Front. Sustain. Food Syst. - 2021. - V. 5. - E. 667546.

321. Shao, J. Analysis and cloning of the synthetic pathway of the phytohormone indole-3-acetic acid in the plant-beneficial Bacillus amyloliquefaciens SQR9 [Text] / J. Shao, S. Li, N. Zhang, X. Cui, X. Zhou, G. Zhang, Q. Shen, R. Zhang // Microb. Cell Fact. - 2015. - V. 14. - E. 130.

322. Sharma, S. B. Phosphate solubilizing microbes: sustainable approach for managing phosphorus deficiency in agricultural soils [Text] / S. B. Sharma, R. Z. Sayyed, M. H. Trivedi, T. A. Gobi // SpringerPlus. - 2013. - V. 2. - E. 587.

323. Sharma, S. Halotolerant rhizobacteria promote growth and enhance salinity tolerance in peanut [Text] / S. Sharma, J. Kulkarni, B. Jha // Frontiers in Microbiology. - 2016. - V. 7. - E. 01600.

324. Shen, C. Soil pH drives the spatial distribution of bacterial communities along elevation on Changbai Mountain [Text] / C. Shen, J. Xiong, H. Zhang, Y. Feng, X. Lin, X. Li, et al. // Soil Biol. Biochem. - 2013. - 57. - P. 204-211.

325. Shi, W. The occurrence of potato common scab correlates with the community composition and function of the geocaulosphere soil microbiome [Text] / W. Shi, M. Li, G. Wei, R. Tian, C. Li, B. Wang, R. Lin, C. Shi, X. Chi, B. Zhou, Z. Gao // Microbiome. - 2019. - V. 7, No. 1. - E. 0629-2.

326. Shokri, D. Indole-3-acetic acid (IAA) production in symbiotic and non-symbiotic nitrogen-fixing bacteria and its optimization by Taguchi design [Text] / D. Shokri, G. Emtiazi // Curr. Microbiol. - 2010. - V. 61. - P. 217-225.

327. Siddikee, M. A. Enhancement of growth and salt tolerance of red pepper seedlings (Capsicum annuum L.) by regulating stress ethylene synthesis with halotolerant bacteria containing 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid deaminase activity [Text] / M. A. Siddikee, B. R. Glick, P. S. Chauhan, W. Yim, T. Sa // Plant Physiol Biochem. -2011. - V. 49. - P. 427-434.

328. Siddikee, M. A. Isolation, characterization, and use for plant growth promotion under salt stress, of ACC deaminase-producing halotolerant bacteria derived from coastal soil [Text] / M. A. Siddikee, P. S. Chauhan, R. Anandham, G. H. Han, T. Sa // J. Microbiol. Biotechnol. - 2010. - V. 20. - P. 1577-1584.

329. Silva U. C. Long-term rock phosphate fertilization impacts the microbial communities of maize rhizosphere [Text] / U. C. Silva, J. D. Medeiros, L. R. Leite, D. K. Morais, S. Cuadros-Orellana, C. A. Oliveira, et al. // Front. Microbiol. - 2017. - V. 8. -E. 1266.

330. Singh, A. Enhancing plant growth promoting rhizobacterial activities through consortium exposure: A review [Text] / A. Singh, V. K. Yadav, R. S. Chundawat, R. Soltane, N. S. Awwad, H. A. Ibrahium, K. K. Yadav, S. I. Vicas // Front. Bioeng. Biotechnol. - 2023. - V. 11. - E. 1099999.

331. Singh, B. Contribution of microbial phytases to the improvement of plant growth and nutrition: A review [Text] / B. Singh, I. Boukhris, V. Kumar, Y. An, A. Farhat-Khemakhem, A. Kumar, et al. // Pedosphere. - 2020. - V. 30, No. 3. - P. 295313.

332. Singh, P. Nitrogen fixation and phytohormone stimulation of sugarcane plant through plant growth promoting diazotrophic Pseudomonas [Text] / P. Singh, R. K. Singh, H. B. Li, D. J. Guo, A. Sharma, K. K. Verma, M. K. Solanki, S. K. Upadhyay, P.

Lakshmanan, L. T. Yang, et al. // Biotechnol. Genet. Eng. Rev. - 2023. - V. 10. - E. 2177814.

333. Smith, D. L. Signaling in the phytomicrobiome: breadth and potential [Text] / D. L. Smith, S. Subramanian, J. R. Lamont, M. Bywater-Ekegard // Front. Plant Sci. - 2015. - V. 6, No. 709. - E. 00709

334. Smith, O. Potato research at Cornell University [Text] / O. Smith // Am. J. Potato Res. - 1940. - V. 17. - P. 27-37.

335. Soman, C. Long-term fertilizer and crop-rotation treatments differentially affect soil bacterial community structure [Text] / C. Soman, D. Li, M. M. Wander, A. D. Kent // Plant Soil. - 2017. - V. 413. - P. 145-159.

336. Somers, E. Rhizosphere bacterial signalling: a love parade beneath our feet [Text] / E. Somers, J. Vanderleyden, M. Srinivasan // Crit. Rev. Microbiol. - 2004. - V. 30. - P. 205-240.

337. Someya, N. Molecular Characterization of the Bacterial Community in a Potato Phytosphere [Text] / N. Someya, Y. O. Kobayashi, S. Tsuda, S. Ikeda // Microbes Environ. - 2013. - V. 28. - P. 295-305.

338. Song, J. Rhizosphere Microbiomes of Potato Cultivated under Bacillus subtilis Treatment Influence the Quality of Potato Tubers [Text] / J. Song, Z. Q. Kong, D. D. Zhang, J. Y. Chen, X. F. Dai, R. Li // Int. J. Mol. Sci. - 2021. - V. 22. - E. 12065.

339. Sood, G. Effect of conjoint application of indigenous PGPR and chemical fertilizers on productivity of maize (Zea mays L.) under mid hills of Himachal Pradesh [Text] / G. Sood, R. Kaushal, A. Chauhan, S. Gupta // J. Plant Nutr. - 2018. - V. 41. - P. 297-303.

340. Spaepen, S. Auxin and plant-microbe interactions [Text] / S. Spaepen, J. Vanderleyden // Cold Spring Harb Perspect Biol. - 2011. - V. 3, No. 4. - E. 001438.

341. Spaepen, S. Indole-3-acetic acid in microbial and microorganism-plant signaling [Text] / S. Spaepen, J. Vanderleyden, R. Remans // FEMS Microb. Rev. -2007. - V. 31, No. 4. - P. 425-448.

342. Spaepen, S. Phenotypical and molecular responses of Arabidopsis thaliana roots as a result of inoculation with the auxin-producing bacterium Azospirillum brasilense [Text] / S. Spaepen, S. Bossuyt, K. Engelen, K. Marchal, J. Vanderleyden // The New phytologist. - 2014. - V. 201, No. 3. - P. 850-861.

343. Srivastava, S. Prescience of endogenous regulation in Arabidopsis thaliana by Pseudomonas putida MTCC 5279 under phosphate straved salinity stress condition [Text] / S. Srivastava, S. Srivastava // Scientific Reports. - 2020. - V. 10, No.1.

- P. 55-58.

344. Stokes, J. M. Bacterial metabolism and antibiotic efficacy [Text] / J. M. Stokes, A. J. Lopatkin, M. A. Lobritz, J. J. Collins // Cell Metab. - 2019. - V. 30. - P. 251-259.

345. Stringlis, I. A. MYB72-dependent coumarin exudation shapes root microbiome assembly to promote plant health [Text] / I. A. Stringlis, K. Yu, K. Feussner, R. De Jonge, S. Van Bentum, M. C. Van Verk, et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. -2018b. - V. 115. - P. 5213-5222.

346. Sturz, A. V. Endophytic bacterial communities in the periderm of potato tubers and their potential to improve resistance to soil-borne plant pathogens [Text] / A. V. Sturz, B. R. Christie, B. G. Matheson, W. J. Arsenault, N. A. Buchanan // Plant Pathol. -1999. - V. 48. - P. 360-369.

347. Sturz, A. V. Variation in antibiosis ability, against potato pathogens, of bacterial communities recovered from the endo- and exoroots of potato crops produced under conventional versus minimum tillage systems [Text] / A. V. Sturz, R. D. Peters, M. R. Carter, J. B. Sanderson, B. G. Matheson, B. R. Christie // Can. J. Microbiol. - 2005. -V. 51. - P. 643-654.

348. Sulochana, M. B. Siderophore as a potential plant growth-promoting agent produced by Pseudomonas aeruginosa JAS-25 [Text] / M. B. Sulochana, S. Y. Jayachandra, S. A. Kumar, A. B. Parameshwar, K. M. Reddy, A. Dayanand // Appl. Biochem. Biotech. - 2014. - V. 174, No. 1. - P. 297-308.

349. Sun, X. Root-associated (rhizosphere and endosphere) microbiomes of the Miscanthus sinensis and their response to the heavy metal contamination [Text] / X. Sun, B. Song, R. Xu, M. Zhang, P. Gao, H. Lin, W. Sun // J. Environmental Sciences. - 2021.

- V. 104. - P. 387-398.

350. Tang, S. K. Brevibacterium album sp. nov., a novel actinobacterium isolated from a saline soil in China [Text] / S. K. Tang, Y. Wang, P. Schumann, E. Stackebrandt, K. Lou, C. L. Jiang, L. H. Xu, W. J. Li // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. -2008. - V. 58. - P. 574-577.

351. Tarhriz, V. Tabrizicola aquatica gen. nov. sp. nov., a novel alphaproteobacterium isolated from Qurugöl Lake nearby Tabriz city, Iran [Text] / V. Tarhriz, V. Thiel, G. Nematzadeh, M. A. Hejazi, J. F. Imhoff, M. S. Hejazi // Antonie van Leeuwenhoek. - 2013. - V. 104, No. 6. - P. 1205-1215.

352. Tatsukami, Y. Rhizobial gibberellin negatively regulates host nodule number [Text] / Y. Tatsukami, M. Ueda // Scientific reports. - 2016. - V. 6. - E. 27998.

353. Thawai, C. Micromonospora soli sp. nov., isolated from rice rhizosphere soil [Text] / C. Thawai, C. Kittiwongwattana, D. Thanaboripat, C. Laosinwattana, P. Koohakan, N. Parinthawong // Antonie Van Leeuwenhoek. - 2016. - V. 109. - P. 449456.

354. Tiemann, L. K. Crop rotational diversity enhances belowground communities and functions in an agroecosystem [Text] / L. K. Tiemann, A. S. Grandy, E. E. Atkinson, et al. // Ecol Lett. - 2015. - V. 18. - P. 761-771.

355. Tiwari, M. Auxin-cytokinin interplay shapes root functionality under low-temperature stress [Text] / M. Tiwari, R. Kumar, S. Subramanian, C. J. Doherty, S. V. K. Jagadish // Trends in Plant Science. - 2023. - V. 28, No. 4. - P. 447-459.

356. Trivedi, P. In vitro evaluation of antagonistic properties of Pseudomonas corrugate [Text] / P. Trivedi, A. Pandey, L. M. S. Palni // Microbiol. Research. - 2008. -V. 163. - P. 329-336.

357. Trivedi, P. Plant-microbiome interactions: from community assembly to plant health [Text] / P. Trivedi, J. E. Leach, S. G. Tringe, T. Sa, B. K. Singh // Nat. Rev. Microbiol. - 2020. - V. 18. - P. 607-621.

358. Tsukanova, K. A. Effect of plant growth-promoting Rhizobacteria on plant hormone homeostasis [Text] / K. A. Tsukanova, V. K. Chebotar, J. J. M. Meyer, T. N. Bibikova // South African Journal of Botany. - 2017. - V. 113. - P. 91-102.

359. Turan, M. Making soil more accessible to plants: the case of plant growth promoting rhizobacteria [Text] / M. Turan, N. Kitir, Ü. Alkaya, A. Günes, S. Tüfenk^i, E. Yildirim, et al. // IntechOpen. - 2016. - V. 5. - P. 61-69.

360. Vandenkoornhuyse, P. The importance of the microbiome of the plant holobiont [Text] / P. Vandenkoornhuyse, A. Quaiser, M. Duhamel, A. Le Van, A. Dufresne // New Phytol. - 2015. - V. 206. - P. 1196-1206.

361. Velivelli, L. S. The induction of Ethylene response factor 3 (ERF3) in potato as a result of co-inoculation with Pseudomonas sp. R41805 and Rhizophagus irregularis MUCL 41833 - a possible role in plant defense Siva [Text] / L. S. Velivelli, P. Lojan, S. Cranenbrouck, H. D. de Boulois, J. P. Suarez, S. Declerck, J. Franco,B. D. Prestwich // Plant Signaling & Behavior. - 2015. - V. 10. - E. 988076.

362. Venter, Z. S. The impact of crop rotation on soil microbial diversity: a meta-analysis [Text] / Z. S. Venter, K. Jacobs, H. J. Hawkins // Pedobiologia. - 2016. -V. 59. - P. 215-223.

363. Venturi, V. Signaling in the Rhizosphere [Text] / V. Venturi, C. Keel // Trends in Plant Science. - 2016. - V. 21, No. 3. - P. 187-198.

364. Verma, P. Molecular diversity and multifarious plant growth promoting attributes of Bacilli associated with wheat (Triticum aestivum L.) rhizosphere from six diverse agro-ecological zones of India [Text] / P. Verma, A. N. Yadav, K. S. Khannam, S. Kumar, A. K. Saxena, A. Suman // J. Basic Microbiol. - 2016. - V. 56. - P. 44-58.

365. Vessey, J. K. Plant growth promoting rhizobacteria as biofertilizers [Text] / J. K. Vessey // Plant Soil. - 2003. - V. 255. - P. 571-586.

366. Vikram, A. Effect of phosphate solubilizing bacteria on nodulation and growth parameters of greengram (Vigna radiate L. Wilczec) [Text] / A. Vikram, H. Hamzehzarghani // Res. J. Microbiol. - 2008. - V. 3. - P. 62-72.

367. Vilela, W. F. Production and properties of a surface-active lipopeptide produced by a new marine Brevibacterium luteolum strain [Text] / W. F. Vilela, S. G. Fonseca, F. Fantinatti-Garboggini, V. M. Oliveira, M. Nitschke // Appl. Biochem. Biotechnol. - 2014. - V. 174. - P. 2245-2256.

368. Vives-Peris, V. Root exudates: from plant to rhizosphere and beyond [Text] / V. Vives-Peris, C. de Ollas, A. Gómez-Cadenas, R. M. Pérez-Clemente // Plant Cell Reports. - 2020. - V. 39, No. 1. - P. 3-17.