Формирование бактериальных сообществ, ассоциированных с растениями салата (Laсtuca sativa L.), при воздействии абиотических факторов (хелатные микроэлементные удобрения, антибиотики) тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Галиева Гульназ Шайхинуровна

• Галиева Гульназ Шайхинуровна
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Галиева Гульназ Шайхинуровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Формирование растительно-микробного взаимодействия

1.1.1 Экологические ниши фитобиома

1.1.2 Основной и дополнительный микробиом; виды-хабы

1.1.3 Ризосферные микроорганизмы

1.1.4 Микроорганизмы поверхности наземных частей растений (эпифиты филлосферы)

1.1.5 Эндосферные микроорганизмы

1.2 Влияние дополнительных факторов (изменение субстрата, внесение удобрений, загрязнение субстрата антибиотиками) на состав микробных сообществ, ассоциированных с растениями

1.2.1 Влияние беспочвенного выращивания на состав микробных сообществ, ассоциированных с растениями

1.2.2 Влияние внесения удобрений на состав микробных сообществ,

ассоциированных с растениями

1.2.2.1 Хелатные удобрения и их влияние на микробиом, ассоциированный с растениями

1.2.3 Влияние загрязнения субстратов антибиотиками на состав микробных

сообществ, ассоциированных с растениями

ГЛАВА 2. МЕТОДЫ И МАТЕРИАЛЫ

2.1 Общая схема вегетационных экспериментов

2.1.1 Вегетационный экспермент по выращиванию салата-латука в почве для оценки вклада эндосферного семенного микробиома в эндосферный микробиом взрослого растения

2.1.2 Вегетационный эксперимент по выращиванию салата-латука на гидропонике и в почве, загрязненных антибиотиком окситетрациклином

2.1.3 Вегетационный эксперимент по выращиванию салата-латука на гидропонике и в почве в присутствии микроэлементного удобрения на основе глутамин-Ы,Ы-

диуксусной кислоты (ГЛДА)

2.2 Методики анализа образцов

2.2.1 Определение физико-химических характеристик почв

2.2.1.1 рН

2.2.1.2 Удельная электрическая проводимость

2.2.1.3 Гранулометрический состав почв

2.2.1.4 Содержание металлов в почве

2.2.1.5 Содержание общего углерода и общего азота в почве

2.2.3 Определение биологических характеристик растений

2.2.3.1 Содержания хлорофилла

2.2.3.2 Биомасса, длины листьев и корня растений

2.4 Методы молекулярно-биологических исследований

2.4.1 Стерилизация семян и растений

2.4.2 Экстракция ДНК

2.4.3 Оценка концентрации ДНК

2.4.4 Количественная ПЦР

2.4.5 Секвенирование Illumina MiSeq

2.4.6 Процессинг данных, полученных при секвенировании

2.5 Статистическая обработка данных

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Оценка вклада состава бактериального эндофитного микробиома семени салата-латука (Lactuca sativa L.) в формирование эндофитного бактериального микробиома взрослого растения

3.1.1 Оценка состава бактериального эндофитного микробиома семени салата-латука (L. sativa L.)

3.1.2 Оценка основного микробиома растений салата-латука (L. sativa L.)

3.1.3 Оценка вклада бактериального эндофитного микробиома семени салата-латука (L. sativa L.) в формирование эндофитного бактериального микробиома взрослого растения

3.2 Оценка влияния антибиотика (окситетрациклина), присутствующего в субстрате (почва, гидропонный раствор), на рост и развитие растений салата-латука (L. sativa L.)

3.2.1 Влияние окситетрациклина на рост салата-латука (L. sativa L.) при выращивании на гидропонике

3.2.2 Оценка влияния окситетрациклина на рост салата-латука (L. sativa L.) при выращивании в почве

3.2.3 Оценка влияния антибиотика (окситетрациклина), присутствующего в субстрате (почва, гидропонный раствор) при выращивании растений салата-латука (L. sativa L.), на состав и антибиотикорезистентные свойства ассоциированных с ними бактериальных сообществ

3.2.3.1 Оценка влияния антибиотика (окситетрациклина) на структуру бактериальных сообществ, ассоциированных с салатом-латуком (L. sativa L.) при выращивании на гидропонике

3.2.3.2 Оценка влияния антибиотика (окситетрациклина) на структуру бактериальных сообществ, ассоциированных с салатом-латуком (L. sativa L.) при выращивании в почве

3.2.3.3 Оценка влияния антибиотика окситетрациклина на состав доминантов бактериальных сообществ, ассоциированных с растениями салата-латука (L. sativa L.) при его выращивании в почве и на гидропонике

3.3 Оценка влияния хелатного микроэлементного удобрения на основе ГЛДА на рост салата-латука (L. sativa L.) и состав ассоциированных с ними бактериальных

сообществ

3.3.1 Оценка способности микроэлементного удобрения на основе хелатирующего агента ГЛДА к деградции

3.3.2 Влияние хелатного микроэлементного удобрения на основе ГЛДА на рост растений салата-латука (L. sativa L.) при выращивании на гидропонике и в почве

3.3.3 Оценка влияния хелатного микроэлементного удобрения на основе ГЛДА, присутствующего в субстрате (почва, гидропонный раствор) при выращивании салата-латука (L. sativa L.), на состав их эндосферных бактериальных сообществ

3.3.3.1 Оценка влияния внесения хелатного микроэлементного удобрения на основе ГЛДА на эндосферные бактериальные сообщества салата-латука (L. sativa

L.), выращенных на гидропонике

3.3.3.2 Оценка влияния хелатного микроэлементного удобрения на основе ГЛДА на эндосферные бактериальные сообщества салата-латука (L. sativa L.), выращенных в почве

3.3.3.3 Оценка альфа- и бета-разнообразия эндосферных бактериальных

сообществ салата-латука

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

MAMPs (microbe-associated molecular patterns) - микробно-ассоциированные

молекулярные паттерны

T3SS и T4SS - системы секреции типа III и IV

QS (quorum sensing) - чувство кворума

PGPB и PGPF (plant growth promoting bacteria and fungi) - бактерии и грибы, способствующие росту растений

DSF (diffusive signal factor) - деградация сигнальных соединений

технологии NFT (Nutrient Film Technique) - метод питательной пленки

МСАР - микробные сообщества, ассоциированные с растениями

ЭДТА - Этилендиаминтетрауксусная кислота

ГЛДА - Глутамин-^^диуксусная кислота

ДТПА - диэтилентриамин пентаацетатной кислоты

ИДЯК - иминодиянтарная кислота

ОТЦ - окситетрациклин

ГР- гидропонный раствор

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Полезные микроорганизмы играют несколько ключевых ролей в поддержке роста, здоровья и устойчивости растений: обеспечение нутриентами, гормонами роста и другими веществами, способствующими развитию растений, супрессии фитопатогенов, индукции системной устойчивости растений, расширению пределов толерантности к абиотическим стрессам [Berg, Cemava, 2022; Bulgarelli et al., 2013]. Микроорганизмы не только приносят пользу растению-хозяину в процессе его жизнедеятельности, они коэволюционируют вместе с ним и передаются по наследству при половом и вегетативном размножении. Система «растение-хозяин» и ассоциированные с ним микроорганизмы настолько тесно связаны между собой (в филосфере (на поверхности надземных частей), ризосфере (в прикорневой зоне почвы) и эндосфере (внутри растения), что рассматриваются в рамках концепции надорганизменного образования, т.н. голобионта [Bulgarelli et al., 2013; Escudero-Martínez, Bulgarelli, 2019; Harrison et al., 2014; Hassani, Durán, Hacquard, 2018; Mészárosová et al., 2024].

Таким образом, повышение урожайности, качества растениеводческой продукции и другие манипуляции с растениями возможны лишь при грамотном управлении микробными сообществами, ассоциированными с растениями (МСАР), их составом и функциями. Методы секвенирования нового поколения позволили сделать качественный скачок в данной области, однако до настоящего времени многие вопросы остаются открытыми для целого ряда растительных видов. Так, недостаточно изучен вопрос о вкладе микробиома семени в микробиом взрослых растений и далее - в микробиом нового семени, изменчивости такого микробиома в процессе роста растений, а также под воздействием биотических и абиотических факторов, о возможности трансфера микроорганизмов из почвы в корни, стебли, листья и другие органы растений, и обратно [Compant, Clément, Sessitsch, 2010; Liu et al., 2017b; Mora-Gamboa et al., 2022]. Интересно, что методы

секвенирования нового поколения стали особенно актуальными для изучения бактериальных (а не грибных) микробных сообществ, ассоциированных с растениями (БСАР), это связано с тем, что доля некультивируемых видов в составе бактериальных сообществ значительно выше, и поэтому они долгое время оставались скрытыми [Trivedi et al., 2020].

Показано, что пулами для формирования МСАР являются материнское растение или семя (вертикальный трансфер), а также окружающая среда (горизонтальный трансфер), причем в последнем случае микроорганизмы либо направленно рекрутируются выделениями растений или уже связанными с ними микроорганизмами, либо секционируются после случайного попадания внутрь (на поверхность) растения [Liu et al., 2017b]. Роль каждого из пулов в формировании МСАР отдельных частей, тканей или органов растений до сих пор остается предметом дискуссий, более того, она достаточно хорошо изучена для одних растений и слабо - для других [Compant, Clément, Sessitsch, 2010; Rochefort et al., 2021].

В связи необходимостью обеспечения растущего населения продовольствием, особое внимание в исследованиях уделяется МСАР сельскохозяйственных растений [Toju et al., 2018]. Для повышения урожайности таких растений применяется целый ряд мер, прежде всего, внесение удобрений и пестицидов [Paungfoo-Lonhienne et al., 2015]. В связи с повышающейся озабоченностью общества качеством окружающей среды и получаемой сельскохозяйственной продукции, в последнее время все чаще практикуется внесение альтернативных экологически безопасных удобрений, в частности, микроудобрений на основе хелатов, или органических удобрений, изготовленных из отходов животноводства [Wang et al., 2024]. Последние зачастую содержат остаточные количества антибиотиков [Kang et al., 2013; Xiao et al., 2023; Zhang et al., 2019c]. Влияние обоих видов удобрений на МСАР сельскохозяйственных растений активно изучается, однако большинство представленных в научной литературе результатов касается ризосферных микроорганизмов (метагеномные данные) или отдельных культивируемых видов [Ekinci et al., 2020; Paungfoo-

Lonhienne et al., 2015; Wang et al., 2024]. Эндосферные сообщества растений, особенно подверженных воздействию альтернативных удобрений, изучены слабо.

Салат-латук (Lactuca sativa L.) является одним из наиболее потребляемых в свежем виде овощей, важным источником клетчатки, витаминов, антиоксидантов и других питательных веществ, положительно влияющих на здоровье человека. Он выращивается на площади около 1,8 млн гектаров в различных условиях, включая гидропонные системы [Ziarovská et al., 2022]. Это растение часто используется в вегетационных экспериментах, поэтому такие его характеристики, как ризосферный, филлосферный микробиом хорошо изучены. Тем не менее, в научной литературе встречаются лишь единичные публикации, касающиеся эндосферного микробиома семян микробиома салата-латука, и отсутствуют -касающиеся вклада такого микробиома в формирование МСАР взрослого растения [Mohamed, Schena, Malacrino, 2024].

Исходя из вышеизложенного, целью настоящего исследования является оценка факторов формирования бактериальных сообществ, ассоциированных со взрослыми растениями салата-латука (Lactuca sativa L.), в условиях абиогенного воздействия.

Задачи исследования:

1. Проанализировать состав бактериального эндосферного микробиома семени салата-латука (L. sativa L.) и оценить его вклад в формирование эндофитного бактериального микробиома взрослого растения.

2. Оценить влияние антибиотика (окситетрациклина) на растения салата-латука (L. sativa L.), выращиваемого в почве и на гидропонике.

3. Определить состав и антибиотикорезистентные свойства эндосферных и ризосферных бактериальных сообществ растений салата-латука (L. sativa L.), выращиваемых в почве и на гидропонике, загрязненных антибиотиком (окситетрациклином).

4. Проанализировать влияние хелатного микроудобрения на основе глутаминовой-Ы,Ы-диуксусной кислоты на растения салата-латука (L. sativa L.) при выращивании на гидропонике и в почве.

5. Определить состав эндосферных бактериальных сообществ растений салата-латука (L. sativa L.), выращиваемых в почве и на гидропонике, при внесении хелатного микроудобрения на основе глутаминовой-Ы,Ы-диуксусной кислоты.

Научная новизна

Впервые определен вклад эндофитного бактериального микробиома семени салата (L. sativa L.) в формирование такового у взрослых растений, свидетельствующий о том, что до половины членов бактериального сообщества взрослого растения имеют семенное происхождение.

Впервые в качестве хелатирующего агента для микроудобрений использована глутамин-Ы,Ы-диуксусная кислота, и показано, что такое удобрение стимулирует рост растений салата-латука (L. sativa L.) при культивировании как в почве, так и на гидропонике и не вызывает значимых изменений в составе эндосферных бактериальных сообществ.

Впервые показано, что при выращивании салата-латука (L. sativa L.) в присутствии антибиотика окситетрациклина, сообщества, ассоциированные с растениями, содержат меньше генов устойчивости при выращивании на гидропонике по сравнению с почвенным выращиванием.

Теоретическая и научно-практическая значимость работы

Полученные данные вносят вклад в развитие направления экологии сообществ, а также экологии в части изменения сообществ при воздействии антропогенных факторов. Полученные результаты и сделанные на их основе обобщения об особенностях влияния таких факторов как удобрения, антибиотики, субстраты выращивания на растения и БСАР, о механизмах возникновения устойчивости бактериальных популяций в изменяющихся условиях, о закономерностях изменений бактериальных сообществ являются значимыми для области экологии микроорганизмов.

Полученные результаты и методы исследования используются при преподавании «Большого биотехнологического практикума», «Органическое земледелие», «Агроэкология», «Антибиотики и технологии их производства» по направлениям «Биотехнология» и «Экология и природопользование». Разработанное в ходе выполнения работ хелатное микроэлементное удобрение в настоящее время проходит апробацию для повышения урожайности овощей в СПК «Омет» в Республике Татарстан.

Основные положения, выносимые на защиту

Бактериальный эндофитный микробиом семени салата-латука (L. sativa L.) вносит значительный вклад в состав эндофитного бактериального микробиома взрослого растения: порядка половины ОТЕ (операционных таксономических единиц) в корне и более половины ОТЕ в листе на 28 сутки роста имеют семенное происхождение.

Антибиотик окситетрациклин, присутствующий в субстрате (почве или гидропонике) при выращивании салата-латука (L. sativa L.), значительно снижает его размеры и биомассу. Ассоциированные с растением бактериальные сообщества приобретают свойства антибиотикорезистентности при выращивании на обоих субстратах, при этом при выращивании на гидропонике происходит смена доминирующих бактериальных ОТЕ (операционных таксономических единиц).

Глутамин-Ы,Ы-диуксусная кислота является перспективным хелатирующим агентом для производства микроэлементных удобрений, т.к. хелаты на ее основе обладают высокой степенью биодеградации, приводят к увеличению длины и биомассы листьев и корней салата-латука при выращивании на гидропонике и в почве, а также не вызывают значимых изменений в составе эндосферных бактериальных сообществ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Формирование бактериальных сообществ, ассоциированных с растениями салата (Laсtuca sativa L.), при воздействии абиотических факторов (хелатные микроэлементные удобрения, антибиотики)»

Апробация работы

Материалы диссертации изложены на III Международной конференции «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов» (Санкт-Петербург, 2024), I Международной научно-практической конференции «Инновационные биотехнологии для охраны окружающей среды: от теории к практике» (Минск, 2024), VII Международной научной конференции «Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений» PlantGen (Казань, 2023), Международной научно-практической конференция II International Conference on Agriculture, Earth Remote Sensing and Environment E3S Web of Conférences (Душанбе, 2023), Всероссийской научной конференции с международным участием «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата» в рамках X Съезда Общества физиологов растений России (Уфа, 2023), III Международной научной конференции PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» (Санкт-Петербург 2022), Международных конференциях наук о Земле SGEM 2022, SGEM 2023, SGEM 2024 (Болгария, Албена, 2022, 2023, 2024).

Публикации

По материалам диссертации опубликовано 7 работ, в том числе 4 в рецензируемых научных журналах, включенных в БД РИНЦ, Web of Science и Scopus.

Место выполнения и личный вклад соискателя

Основные экспериментальные работы выполнены в УНЛ «Центр агро- и экобиотехнологий». Автор принимал участие в планировании и осуществлении экспериментальной части работы, проведении анализа и интерпретации полученных результатов. Соавторами публикаций являются научный руководитель д.б.н. Галицкая П.Ю., д.б.н. профессор Селивановская С.Ю., к.б.н.

Курынцева П.А., к.б.н. Данилова Н.В., участвовавшие в обсуждении результатов. Статистическая обработка полученных данных осуществлялась совместно с д.б.н., профессором кафедры моделирования экологических систем Савельевым А.А. Метагеномные исследования с применением оборудования Illumina, выполнены на базе Междисциплинарного центра протеомных исследований Казанского (Приволжского) федерального университета.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 172 страницах, состоит из обзора литературы, описания материалов и методов исследований, раздела результатов и их обсуждения, выводов и списка литературы. Работа содержит 21 рисунок, 20 таблиц. Список литературы содержит 298 источников.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Формирование растительно-микробного взаимодействия

Согласно современным представлениям, растения рассматриваются как голобионты - метаорганизмы, состоящие из собственно растения и связанных с ним микроорганизмов, протист, простейших и некоторых других видов, в эволюционном отборе которых растение участвует с целью получения выгоды и достижения общей стабильности системы [Compant et al., 2019].

Организмы, обитающие в большом количестве в зоне влияния, на и внутри растений, составляют фитобиом растений, основной составляющей которого являются микроорганизмы - прежде всего бактерии, а также микроскопические грибы. Кроме того, растительный фитобиом включает таксоны вирусов, архей, которые являются постоянными членами сообщества и способны влиять на структуру фитобиомов, однако на данный момент их функция в растительной среде до конца не изучена [Leach et al., 2017]. Представители фитобиома коммуницируют, влияют друг на друга посредством круговорота питательных веществ, химического антагонизма или прямого хищничества. Взаимодействия устанавливаются, регулируются, подавляются посредством производства и восприятия физических и химических сигналов [Compant et al., 2019; Leach et al., 2017].

Бактерии и микроскопические грибы, позволяющие растению увеличивать интенсивность своего роста, бороться с патогенами или противостоять им, объединены в группы PGPB и PGPF соответственно (plant growth promoting bacteria and fungi) [Gray, Smith, 2005; Souza de, Ambrosini, Passaglia, 2015; Zhang et al., 2017]. Поскольку фитобиом напрямую влияет на функционирование растений, в частности их урожайность, вопросы, связанные с его составом и свойствами, активно изучаются учеными в течение десятилетий. Однако появление методов молекулярной биологии позволило значительно углубить и скорректировать имеющийся пул знаний [Bulgarelli et al., 2013].

Именно управление фитобиомом растений, основанное на понимании сложных эволюционных и экологических механизмов его функционирования и взаимодействия с растениями, рассматривается в настоящее время как перспективный и практически безальтернативный способ повышения урожайности в сельском хозяйстве, требуемого в связи с недостатком площадей пахотных почв и значительным ростом народонаселения [Hassani, Duran, Hacquard, 2018] [Trivedi et al., 2020].

Рисунок 1.1 - Схема голобионта растения, с указанием основных аспектов

взаимодействия

1.1.1 Экологические ниши фитобиома

Разные органы и ткани растений представляют собой отдельные ниши для фитобиома. Более всего по своим физико-химическим и биологическим характеристикам различаются подземные и надземные ниши. Внутри каждой из них выделяются зоны, более или менее подверженные влиянию выделений растений (в частности, корневых экссудатов), более или менее освещенные, насыщенные влагой и пр. [Hassani, Duran, Hacquard, 2018].

Подземная часть растения представлена корнем, и микроорганизмы могут обитать как непосредственно на нем (ризоплана), так и в тончайшем слое почвы, непосредственно примыкающем к нему и связанном с ним обменом химическими соединениями (экссудатами и продуктами микробной жизнедеятельности) (ризосфера). Надземная ниша (филлосфера) подразделяется на ряд подниш в зависимости от частей и органов растений - стеблей, листьев, цветов, плодов -каулосферу, филлоплану, антосферу и капросферу соответственно. Как в наземной, так и в подземной нишах микроорганизмы могут обитать снаружи (эпифиты) и внутри (эндофиты) растительных тканей [Compant et al., 2019].

В результате сложных взаимодействий между хозяином, микроорганизмами и окружающей средой в указанных нишах формируются разные по составу и функциям микробные сообщества, объединяемые в ризосферную (ризоплановую и, собственно, ризосферную), филлосферную (филлоплановую и, собственно, филлосферную) и эндосферную (внутрикорневую, внутрилистовую, внутристеблевую, внутрисеменную и пр.) микрофлору. Интересную группу представляют собой симбионтные микроскопические грибы, формирующие с корнем растения систему - микоризу, позволяющие ему улучшить обеспечение водой, элементами питания, противостоять патогенам и экстремальным факторам среды (засуха, засоленность, загрязненность). Микоризные грибы могут обитать как снаружи, так и внутри корня (экто- и эндомикориза), а также одновременно и там, и там [Begum et al., 2019; Bulgarelli et al., 2013; Leach et al., 2017].

Наибольшим количеством и разнообразием микроорганизмов обладают ризосфера и ризоплана (Таблица 1.1). В 1 г ризосферной почвы содержится 107-109 бактериальных и 104-105 грибных КОЕ, или 106-1012 копий генов бактериальных 16S рРНК и 103-108 копий генов грибных 18S рРНК, а индекс разнообразия Шеннона изменяется в диапазоне 2,5-6,8 и 3,1-3,7 соответственно [Afzal et al., 2019; Dong et al., 2021; Hamonts et al., 2018; Leach et al., 2017; Lopez-Echartea et al., 2020; Semenov et al., 2019; Trivedi et al., 2020]. Бактерии представлены широким разнообразием таксонов - Protebacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, Cyanobacteria, Planctomycetes, Verrucomicrobia, Gemmatimonadetes, Acidobacteria,

среди микромицетов преобладают Ascomycetes (порядка 75%) и Basidiomycetes (порядка 20%), имеются представители других таксонов (порядка 5%) [Trivedi et al., 2020].

Филлосфера растений более подвержена влияниям окружающей среды, чаще всего обогащена Proteobacteria, а также Firmicutes, Bacteroidetes и Actinobacteria [Rastogi et al., 2012; Ruppel, Krumbein, Schreiner, 2008]. В филлосфере количество бактерий составляет 102-105 КОЭ/г свежего листа или 102-107 16S рРНК копий ген/г свежего листа [Leach et al., 2017; Rastogi et a!., 2012] в зависимости от климатических условий произрастания растений. Индекс разнообразия Шеннона может изменяться в диапазоне 2,2-4,1 [Hamonts et al., 2018; Steven, Huntley, Zeng, 2018]. В грибном филлосферном сообществе увеличивается доля Ascomycetes до 95% [Trivedi et al., 2020]. Количество грибов определяется на уровне 101 КОЭ*см2 листа или 101-103 18S рРНК копий ген/г свежего листа [Leach et al., 2017; Preto et al., 2017], при этом индекс разнообразия Шеннона может изменяться в диапазоне 1,5-2,2 [Dong et al., 2021; Hamonts et al., 2018].

В корневой эндосфере численность эндофитных бактерий и грибов изменяется в диапазоне 105-107 и 101 КОЕ/г свежих корневых тканей соответственно [Afzal et al., 2019; Rivas-Franco et al., 2020], индекс разнообразия Шеннона может составлять при этом 3,5 и от 0,25 до 2,2 соответственно [Dong et al., 2021; Ma et al., 2013; Zuo et al., 2022]. Отмечается, что количество бактериальных генов составляет от 105 до 107 16S рРНК копий/г свежей корневой ткани [Afzal et al., 2019; Rivas-Franco et al., 2020]. Данные о количестве грибных копий генов в эндосфере корней растений практически отсутствуют в научной литературе [Dong et al., 2021; Ma et al., 2013; Zuo et al., 2022]. Среди бактерий доминируют Protebacteria (до 50%), однако представлены и Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Acidobacteria, определены и другие типы бактерий -Chloroflexi, Cyanobacteria, Armatimonadetes, Verrucomicrobia, Planctomycetes и Nitrospirae, которые представляют меньшую часть сообщества [Afzal et al., 2019; Chebotar et al., 2015; Duran, San Emeterio, Canals, 2021; Liu et al., 2017a, 2017b]. У микромицетов распределение таксонов сходно с таковым в ризосфере, за

исключением того, что суммарно на долю Ascomycota и Basidiomycota приходится более 98% организмов. Важнейшие для функционирования растений арбускулярные микоризные грибы, в основном относящиеся к подтипу Glomeromycotina, крайне немногочисленны (менее 2%) [Тпуе& е1 а1., 2020].

Таблица 1.1 - Количественные данные о бактериальных и грибных сообществах, ассоциированных с растениями

Бактерии Грибы

Количество Индекс разнообра зия Шеннона Количество

Микробные сообщества КОЕ 16S рРНК копий ген КОЕ 18S рРНК копий ген Индекс разнообразия Шеннона

2.5-6.8

Ризосфера 107-109 г-1 ризосферной почвы [Afzal et al., 2019] 1061012 г-1 почвы [Leach et al., 2017] [Lopez-Echartea et al., 2020] [Trivedi et al., 2020] 104-105 г-1 ризосферн ой почвы [Afzal et al., 2019] 103-108 г-1 свежего листа [Leach et al., 2017] 3.1-3.7 [Dong et al., 2021] [Hamonts et al., 2018]

102-107

г-1 2.2-4.1

Филлосфера 102-105 г-1 свежего листа [Rastogi et al., 2012] свежег о листа [Leach et al., 2017; Rastogi et al., 2012] [Hamonts et al., 2018; Steven, Huntley, Zeng, 2018] 101 см2 листа [Preto et al., 2017] 101-103 г-1 свежего листа [Leach et al., 2017] 1.5-2.2 [Dong et al., 2021] [Hamonts et al., 2018]

Эндофиты корня 105-107 г-1 свежей массы корня [Afzal et al., до 109 г-1 свежей массы корня [Duan et al., 2017] 3.5 [Ma et al., 2013] 101 г-1 свежей массы корня [Rivas- 101 [Dong et al., 2021] 0.25-2.2 [Dong et al., 2021] [Zuo et al.,

2019] Franco et al., 2020] 2022]

Эндофиты листа 103-104 г-1 свежей массы листа [Afzal et al., до 108 г-1 свежей массы листа [Duan et al., 2017] 1.8-3.6 [Lopez-Echartea et al., 2020] [Ma et al., 10-2 см2 листа [Preto et al., 2017] 101 [Dong et al., 2021] 0.1-1.8 [Dong et al., 2021] [Zuo et al.,

2019] 2013] 2022]

В листовой эндосфере численность бактерий и грибов колеблется в пределах 103104 КОЕ/г свежей массы листа и 10-2 КОЕ/см2 листа соответственно [Afzal et al., 2019; Preto et al., 2017], а индекс разнообразия Шеннона может изменяться от 1,8 до 3,6 и от 0,1 до 1,8 соответственно [Dong et al., 2021; Lopez-Echartea et al., 2020; Ma et al., 2013; Zuo et al., 2022]. При этом в целом в эндосфере преобладают таксоны бактерий Protebacteria (50% и более), при этом суммарная доля Ascomycota и Basidiomycotaв грибном эндофитном микробиоме увеличивается до 99% [Trivedi et al., 2020].

Следует отметить, что кроме физико-химических и биотических факторов экологических ниш на фитобиом влияют генетические особенности и стадия развития растения, а также географическое положение, климат, тип и свойства почвы, на которой оно произрастает [Liu et al., 2017b].

1.1.2 Основной и дополнительный микробиом; виды-хабы

Использование методов молекулярной биологии для изучения растительных микробиомов позволило не только получить представление об их видовом и генетическом разнообразии, но и выявить ряд закономерностей. В частности, было установлено, что в микробиомах растений одного вида вне зависимости от условий их произрастания присутствует ряд одних и тех же микроорганизмов, на долю которых приходится до 75% от общего количества видов в фитобиоме [Taye et al., 2020]. Указанные постоянно ассоциированные с растением микроорганизмы были объединены в понятие «основной микробиом растений» (core plant microbiome) (Рисунок. 1.2).

Микроорганизмы основного растительного микробном (core plant microb ome]

Ш О 0 Ключевой растительный микробиом (hub microorganisms)

Функциональный растительный микробиом (например, микроорганизмы обеспечивающие N или Р)

ф Функциональный растительный микробном (например, микроорганизмы супрессоры нематод)

ф Функциональный растительный микробном (например, микроорганизмы вырабатывающие биосурфактант)

0 Патогены различного типа

Другие микроорганизмы

Рисунок 1.2 - Члены микробных сообществ, ассоциированных с растениями: основные, дополнительные, виды-хабы, виды-сателлиты

Микроорганизмы основного микробиома являются критически важными для питания, защиты и благополучия растений в целом, причем они могут выполнять функции как непосредственно, так и путем формирования связей с микроорганизмами неосновного (дополнительного) микробиома. Механизмы формирования и стабильности основного микробиома растений не изучены

полностью, однако предполагаются как минимум два из них: передача части важных для растений микроорганизмов внутри семени, эволюционно сформированная селекция и обогащение из окружающей среды (почвы или воздуха) [Toju et al., 2018; Trivedi et al., 2020]. Источниками формирования дополнительного микробиома являются пулы в окружающей среде (почве, воде, воздухе), при этом заселение и/или проникновение микроорганизмов в растение может быть как направленным (привлечение сигнальными молекулами, выработка специфичных ферментов бактериями, способствующими разрушению клеточной стенки растений, использование эндофитами систем секреции белков, отличных от патогенных микроорганизмов), так и случайным (через микротрещины и раны) [Afzal et al., 2019; Liu et al., 2017b].

Наряду с понятием основного растительного микробиома в публикациях последних лет часто используется понятие ключевых видов, или видов-хабов. И хотя множества микроорганизмов основного микробиома и видов-хабов зачастую пересекаются, понятия эти принципиально различны, поскольку принадлежность к основному микробиому определяется количеством и присутствием видов, а принадлежность к хабам - их функциями. Так, виды-хабы - это микроорганизмы, которые могут присутствовать в фитобиоме как в минорных, так и в доминирующих количествах, но основной их характеристикой является способность формировать консорциумы с другими видами (сателлитами), влияя на их обилие и функции. Alexandre Jousset с соавторами [Jousset et al., 2017] в своем обзоре показал, что некоторые редкие виды микробиома могут играть сверхпропорциональную роль в биогеохимических циклах и могут быть двигателями функционирования микробиома - такие редкие виды тоже относятся к хабам. Виды-хабы могут присутствовать как в дополнительном, так и в основном микробиоме растений, при этом их доля в основном, как правило, выше [Chambers et al., 2016; Hanski, 1982; Jousset et al., 2017].

С точки зрения видов межпопуляционных взаимодействий фитобиом состоит из полезных, нейтральных и вредных (патогенных) для растения микроорганизмов. Преимущества, получаемые растением-хозяином от полезных микроорганизмов,

могут быть прямыми, включая преобразование и перемещение основных питательных элементов в почве, синтез фитогормонов или защиту от патогенов, а также опосредованными, такими как, например, усиление реакций устойчивости (иммунитета) растений или смягчение экологических стрессов, например засухи, воздействия тяжелых металлов [Afzal et al., 2019].

В целом представление об основном микробиоме растений и ключевых для его функционирования видах-хабах является крайне важным для понимания экологии растений, а также управления растительными метаорганизмами, в частности при разработке удобрений и биопрепаратов для сельского хозяйства [Compant et al., 2019; Gera Hol et al., 2015; Jousset et al., 2017; Lemanceau et al., 2017].

1.1.3 Ризосферные микроорганизмы

Ризосферу определяют как область почвы, где процессы, опосредованные микроорганизмами, находятся под особым влиянием корневой системы, в частности корневых экссудатов - аминокислот, жирных кислот, фенолов, регуляторов роста, формирующих так называемый ризосферный эффект, привлекающий микроорганизмы из почвы [Mendes, Garbeva, Raaijmakers, 2013] [Zhang et al., 2019a]. Сама почва, являясь уникальной нишей для развития и сосуществования аэробных и анаэробных микроорганизмов, представляет собой самый большой «банк-хранилище» микробиологического разнообразия на планете [Gans, Wolinsky, Dunbar, 2005; Liu et al., 2017b]. Таким образом, множество микроорганизмов ризосферы является подмножеством микроорганизмов почвы, в которой произрастает растение. Действительно, показано, что к основным бактериальным таксонам почвы относятся Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Bacteriodetes, Verrucomicrobia, Firmicutes, Cyanobacteria, а ризосферы - Proteobacteria. К основным грибным типам почвы относятся Ascomycetes и Basidiomycetes, а ризосферы - Basidiomycetes [Coleman-Derr et al., 2016; Hassani, Duran, Hacquard, 2018; Souza De et al., 2016; Zarraonaindia et al., 2015].

При этом состав сообществ на уровне операционных таксономических единиц в почве и ризосфере сходен [Coleman-Derr et al., 2016; Souza De et al., 2016].

Ризосферные микроорганизмы и растения-хозяева взаимодействуют благодаря сложному набору выделяемых ими химических соединений. К важным корневым экссудатам растений, вызывающим хемотаксис бактерий, относятся стриголактоны и флавоноиды, распространенные, в частности, у бобовых. Растения также способны вырабатывать биомолекулы для привлечения полезного грибного сообщества. В исследовании Rozpadek et al. (2018) показано, что стриголактоны, секретируемые корнями Arabidopsis thaliana, действует как сигнальная молекула для их колонизации грибами вида Mucor [Rozpadek et al., 2018].

Микроорганизмы, например, бактерии родов Azospirillum, Bacillus, Beijerinckia, Bradyrhizobium, Erwinia, Enterobacter, Herbaspirillum и Gluconoacetobacter, осуществляют окисление, растворение или хелатирование минералов, превращение их в доступные для растений соединения фосфора, азота, калия, микроэлементов, фиксируют атмосферный азот (Таблица. 1.2) [Souza De et al., 2016; Trivedi et al., 2020]. Для повышения эффективности колонизации корней бактерии (ризобии, псевдомонады и др.) способны вырабатывать экзополисахариды и олигосахариды, способствующие образованию клубеньков и созданию биопленок [Arora, Mishra, 2016; Oldroyd, 2013].

Таблица 1.2 - Функции ассоциированных с растениями микробных сообществ, занимающих различные экологические ниши

Функции фитобиома Растительный микробиом

Ризосфера Филлосфер а Эндосфера (надземной и подземной частей растений)

в том числе микориза

Обеспечение азотом ++ +++ +

Обеспечение фосфором ++ +++ +

Хелатирование минералов ++ + +

Подавление фитопатогенов (выработка антибиотиков, фунгицидов, инсектицидов) + +++ + ++

Выделение биосурфактантов ++ + ++ +

Улучшение структуры почвы + +++

Снижение стрессовых факторов окружающей среды растения (засуха, засоление, холод) + + + +++

Производство фитогормонов + ++ +++

Отпугивание травоядных + + +

Ризосферные микроорганизмы также вырабатывают специфические амфифильные (гиброфильно-гидрофобные) вещества - биосурфактанты, которым в последнее время уделяется значительное внимание исследователей в связи с возможностью их использования в различных биотехнологиях - от добычи нефти до кондитерского дела [Adebajo et al., 2020; Goswami, Deka, 2019]. Цели синтеза биосурфактантов у микроорганизмов ризосферы различны - это формирование биопленок, нарушение мембран и угнетение подвижности видов-конкурентов и видов-хищников, взаимодействие с растением-хозяином и др. [Pessione, Garcia-Contreras, 2021; Wang et al., 2021a, 2021b]. Биосурфактанты, способны защитить растение-хозяина от широкого спектра фитопатогенов, поскольку они являются структурно разнообразными активными противомикробными соединениями [Malfanova et al., 2012].

Помимо антимикробной активности биосурфактанты известны своей способностью усиливать разложение химических инсектицидов и пестицидов, существующих или накапливающихся в сельскохозяйственных почвах [Adebajo et al., 2020]. Исследование [Awasthi et al., 1999] продемонстрировало, что биосурфактант, синтезируемый Bacillus subtilis MTCC1427, значительно увеличивает разложение эндосульфана в почве. Показана значительная противогрибковая активность ризосферного бактериального изолята Bacillus

altitudinis MS16 в отношении Colletotrichum gloeosporioides и Sclerotinia sclerotiorum, что открывает возможность использования штамма в биофунгицидах [Goswami, Deka, 2019].

Сообщества ризосферных микроорганизмов распределены неоднородно как во времени, так и в пространстве. На различных стадиях роста растение выделяет различные количества экссудатов, поэтому состав сообществ, находящихся под влиянием этих экссудатов, меняется. Так, например, показано, что в корневой зоне молодых растений доминируют грамотрицательные бактерии родов Pseudomonas, Flavobacterium, Azotobacter, которые по мере старения растений сменяются грамположительными - бактериями рода Bacillus и актинобактериями родов Mycobacterium, Streptomyces. Таким образом, бактерии, питающиеся корневыми экссудатами, заменяются на бактерии-гидролитики, разлагающие корневой опад, отмершие корешки, микробную биомассу. Ризосферный эффект увеличивается после прорастания семени и достигает максимума в период цветения и плодоношения растений [Феоктистова, Н.В Марданова, А.М. Хадиева, Г.Ф. Шарипова, 2016].

Колонизация бактериями корневых зон зависит от подвижности бактерий, наличия биохимических процессов, способствующих метаболизму экссудатов корней растений, а также скорости роста самих бактерий [Matilla et al., 2007]. Кроме того, бактерии с различной успешностью колонизируют те или иные участки корня (корневые волоски, главный или боковые корни). Обилие нарастает в области молодых верхушечных корней, где происходит максимальное выделение растворимых органических соединений [Compant, Clément, Sessitsch, 2010; Gamalero et al., 2009]. Установлено, что гены, кодирующие белки, участвующие в бактериальном хемотаксисе, сборке жгутиков, бактериальной подвижности, образовании биопленок, бактериальной секреции и двухкомпонентных регуляторных системах, широко распространены в микроорганизмах и микробных сообществах, обнаруживаемых в ризосфере [Trivedi et al., 2020]. Наличие генов устойчивости к антибиотикам является еще одной из характерных особенностей ризосферных бактерий [Jiménez-Bremont et al., 2014].

Ризосферные грибы дополнительно к описанным выше общим для всех ризосферных микроорганизмов функциям играют следующие роли: а) своеобразных «дополнительных корней» и б) средообразователей (Таблица 1.2) [Hamonts et al., 2018]. Наиболее важными ризосферными грибами являются грибы микоризы, образующие сложную систему симбиотических связей с корнями растений [Labutova, 2009]. Микоризные грибы могут образовывать структуры либо снаружи (эктомикориза), либо внутри (эндомикориза) корней, кроме того, описано много случаев, когда часть грибного организма находится внутри клеток корней растений, тогда как другая часть прорастает наружу. Таким образом, в случае микоризных грибов провести жесткое разделение между ризосферными и эндосферными корневыми организмами сложно. Как «дополнительные корни» гифы микоризных грибов позволяют корням контактировать с большим объемом почвы по сравнению с тем, который охватывают собственно корневые волоски. Они помогают растению увеличить поглощение питательных веществ в целом, способствуют селективному поглощению ряда ионов, при этом выполнение данных функций осуществляется и в экстремальных для растения условиях окружающей среды, тем самым позволяя ему противостоять стрессу [Pattnaik et al., 2019]. Как средообразователи наружные гифы микоризных грибов способны выделять гломалин и гликопротеин, которые агрегируют частицы почвы, увеличивая влагостойкость почвенных агрегатов и улучшая структуру почвы [Kennedy, Luna de, 2005]. Некоторые виды микоризных грибов увеличивают солюбилизацию питательных веществ, таких как фосфор, участвуют в доставке азота из почвенного органического вещества растениям-хозяевам [Poveda et al., 2021]. Интересно, что характер экссудации растений может измениться после колонизации микоризными грибами, что повлияет на микробные и макрофаунистические сообщества ризосферы [Kennedy, Luna de, 2005].

Необходимо выделить особых представителей эндомикоризных ризосферных грибов - арбускулярные грибы, которые присутствуют в корнях большинства наземных, пастбищных и мангровых растений [Rajkumar, Seema, Kumar, 2012]. Арбускулярные микоризные грибы способны повышать доступность

питательных веществ за счет транспорта через мицелий и специализированные структуры, называемые арбускулами, непосредственно в цитоплазму хозяина, а также превращать аргинин в мочевину и далее в NH4+, увеличивая тем самым доступность азота для растений [Oldroyd, 2013; Pattnaik et al., 2019; Trivedi et al., 2020].

1.1.4 Микроорганизмы поверхности наземных частей растений (эпифиты

филлосферы)

Микробиом поверхности листьев и других наземных частей растений разнообразен и включает множество родов бактерий, мицеллярных грибов, дрожжей, реже водорослей, простейших. Эпифиты сталкиваются с экстремальной и нестабильной средой, которая оказывает непосредственное влияние на их разнообразие и обилие. Основными абиотическими факторами, оказывающими воздействие на эпифитные сообщества, являются ультрафиолетовое излучение и относительная влажность воздуха, возраст и положение листьев, к основным же биотическим факторам относится наличие патогенов и вредителей [Coutinho, Bophela, 2021]. В качестве питательных субстратов микроорганизмы филлосферы используют простые сахара, например глюкозу, фруктозу, сахарозу, выщелачиваемые из внутренних частей растений. Именно поэтому сообщества этих микроорганизмов сосредоточены в местах локализации питательных субстратов - трихом, устьиц и пр. [Lindow, Brandl, 2003].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Галиева Гульназ Шайхинуровна, 2024 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Ecology and Function of the Transmissible Locus of Stress Tolerance in Escherichia coli and Plant-Associated Enterobacteriaceae / Z. Wang, H. Hu, T. Zhu [et al.] - Text: electronic // mSystems. - 2021a. - Vol. 6. - № 4. - P. 378-399. - URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/msystems.00378-21 (date accessed: 11.08.2024).

2. A Comprehensive Review on Aminochelates: Advances and Applications in Plant Nutrition / K. Ram, A. R. Ninama, R. Choudhary, B. P. Solanki // International Journal of Environment and Climate Change. - 2024. - Vol. 14. - № 1. - P. 120-127.

3. A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabits the xylem sap in maize plants / L. Zhang, M. Zhang, S. Huang [et al.] - Text: electronic // Nature Communications 2022 13:1. - 2022a. - Vol. 13. - № 1. - P. 1-13. -URL: https://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w (date accessed: 11.08.2024).

4. A modified aeroponic system for growing small-seeded legumes and other plants to study root systems / J. Cai, V. Veerappan, K. Arildsen [et al.] - Text: electronic // Plant Methods. - 2023. - Vol. 19. - № 1. - P. 1-11. - URL: https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-023-01000-6 (date accessed: 10.08.2024).

5. A new optical leaf-clip meter for simultaneous non-destructive assessment of leaf chlorophyll and epidermal flavonoids / Z. G. Cerovic, G. Masdoumier, N. Ben Ghozlen, G. Latouche. - Text: electronic // Physiologia Plantarum. - 2012. - Vol. 146. - № 3. - P. 251. - URL: /pmc/articles/PMC3666089/ (date accessed: 09.01.2024).

6. A phloem-feeding insect transfers bacterial endophytic communities between grapevine plants / S. Lopez-Fernandez, V. Mazzoni, F. Pedrazzoli [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2017. - Vol. 8. - № MAY. - P. 834.

7. A review on the plant microbiome: Ecology, functions, and emerging trends in microbial application / S. Compant, A. Samad, H. Faist, A. Sessitsch // Journal of Advanced Research. - 2019. - Vol. 19. - P. 29-37.

8. Abdel-Azeem, A. M. Endophytic Fungi as a New Source of Antirheumatoid Metabolites / A. M. Abdel-Azeem, M. A. Abdel-Azeem, W. F. Khalil // Bioactive Food as Dietary Interventions for Arthritis and Related Inflammatory Diseases. - 2019. - P. 355-384.

9. Abundance and persistence of antibiotic resistance genes in livestock farms: A comprehensive investigation in eastern China / W. Cheng, H. Chen, C. Su, S. Yan // Environment International. - 2013. - Vol. 61. - P. 1-7.

10. Adaptation of Rhizosphere Microbial Communities to Continuous Exposure to Multiple Residual Antibiotics in Vegetable Farms / J. Qiu, Y. Chen, Y. Feng [et al.] -Text: electronic // International Journal of Environmental Research and Public Health. -2023. - Vol. 20. - № 4. - P. 3137. - URL: https://www.mdpi.com/1660-4601/20/4/3137/htm (date accessed: 11.08.2024).

11. Adeleke, B. S. The endosphere microbial communities, a great promise in agriculture / B. S. Adeleke, O. O. Babalola. - Text: electronic // International Microbiology. - 2021. - Vol. 24. - № 1. - P. 1-17. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s10123-020-00140-2 (date accessed: 11.08.2024).

12. Agricultural intensification reduces microbial network complexity and the abundance of keystone taxa in roots / S. Banerjee, F. Walder, L. Büchi [et al.] - Text: electronic // The ISME Journal. - 2019. - Vol. 13. - № 7. - P. 1722-1736. - URL: https://dx.doi.org/10.1038/s41396-019-0383-2 (date accessed: 11.08.2024).

13. Akkermansia glycaniphila sp. nov., an anaerobic mucin-degrading bacterium isolated from reticulated python faeces / J. P. Ouwerkerk, S. Aalvink, C. Belzer, W. M. de Vos. - Text: electronic // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2016. - Vol. 66. - № 11. - P. 4614-4620. - URL: https: //www.microbiologyresearch.org/content/j ournal/ij sem/10.1099/ij sem.0.001399 (date accessed: 11.08.2024).

14. Alternative chelating agents: Evaluation of the ready biodegradability and complexation properties / J. G. Martins, I. F. F. Neto, I. S. S. Pinto [et al.] - Text: electronic // Journal of Environmental Science and Health, Part A. - 2014. - Vol. 49. -

№ 3. - P. 344-354. - URL:

https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/10934529.2014.846706 (date accessed: 11.09.2024).

15. An overview of plasmid transfer in the plant microbiome / A. M. Sanchez-Salazar, T. Taparia, A. K. Olesen [et al.] // Plasmid. - 2023. - Vol. 127. - P. 102695.

16. Antibiotic resistance in soil-plant systems: A review of the source, dissemination, influence factors, and potential exposure risks / R. Xiao, D. Huang, L. Du [et al.] // Science of The Total Environment. - 2023. - Vol. 869. - P. 161855.

17. Antibiotic resistance in the soil ecosystem: A One Health perspective / F. Wang, Y. H. Fu, H. J. Sheng [et al.] // Current Opinion in Environmental Science & Health. - 2021b. - Vol. 20. - P. 100230.

18. Antibiotic Resistomes in Plant Microbiomes / Q. L. Chen, H. L. Cui, J. Q. Su [et al.] - Text: electronic // Trends in Plant Science. - 2019. - Vol. 24. - № 6. - P. 530-541. - URL: http://www.cell.com/article/S1360138519300524/fulltext (date accessed: 11.08.2024).

19. Antibiotic Uptake by Plants from Soil Fertilized with Animal Manure / K. Kumar, S. C. Gupta, S. K. Baidoo [et al.] - Text: electronic // Journal of Environmental Quality. - 2005. - Vol. 34. - № 6. - P. 2082-2085. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.2134/jeq2005.0026 (date accessed: 11.08.2024).

20. Antibiotic uptake by vegetable crops from manure-applied soils / D. H. Kang, S. Gupta, C. Rosen [et al.] // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2013. - Vol. 61. - № 42. - P. 9992-10001.

21. Antibiotics impact plant traits, even at small concentrations / V. Minden, A. Deloy, A. M. Volkert [et al.] - Text: electronic // AoB PLANTS. - 2017. - Vol. 9. - № 2. - URL: https://dx.doi.org/10.1093/aobpla/plx010 (date accessed: 11.08.2024).

22. Arora, N. K. Prospecting the roles of metabolites and additives in future bioformulations for sustainable agriculture / N. K. Arora, J. Mishra // Applied Soil Ecology. - 2016. - Vol. 107. - P. 405-407.

23. Assessing antibiotic sorption in soil: A literature review and new case studies on sulfonamides and macrolides / S. R. Wegst-Uhrich, D. A. G. Navarro, L. Zimmerman, D. S. Aga. - Text: electronic // Chemistry Central Journal. - 2014. - Vol. 8. - № 1. - P. 1-12. - URL: https://bmcchem.biomedcentral.com/articles/10.1186/1752-153X-8-5 (date accessed: 11.08.2024).

24. Autogenic succession and deterministic recovery following disturbance in soil bacterial communities / S. D. Jurburg, I. Nunes, J. C. Stegen [et al.] - Text: electronic // Scientific Reports 2017 7:1. - 2017. - Vol. 7. - № 1. - P. 1-11. - URL: https://www.nature.com/articles/srep45691 (date accessed: 16.08.2024).

25. Bacterial communities in soybean rhizosphere in response to soil type, soybean genotype, and their growth stage / Y. Xu, G. Wang, J. Jin [et al.] // Soil Biology and Biochemistry. - 2009. - Vol. 41. - № 5. - P. 919-925.

26. Bacterial disease resistance in Arabidopsis through flagellin perception / C. Zipfel, S. Robatzek, L. Navarro [et al.] - Text: electronic // Nature. - 2004. - Vol. 428.

- № 6984. - P. 764-767. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15085136/ (date accessed: 26.04.2022).

27. Bacterial endophyte Sphingomonas sp. LK11 produces gibberellins and IAA and promotes tomato plant growth / A. L. Khan, M. Waqas, S. M. Kang [et al.] - Text: electronic // Journal of Microbiology 2014 52:8. - 2014. - Vol. 52. - № 8. - P. 689-695.

- URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s12275-014-4002-7 (date accessed: 19.04.2022).

28. Bacterial endophytes enhance competition by invasive plants / M. E. Rout, T. H. Chrzanowski, T. K. Westlie [et al.] - Text: electronic // American Journal of Botany. - 2013. - Vol. 100. - № 9. - P. 1726-1737. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.3732/ajb.1200577 (date accessed: 19.04.2022).

29. Bacterial seed endophytes: genera, vertical transmission and interaction with plants / S. Truyens, N. Weyens, A. Cuypers, J. Vangronsveld. - Text: electronic // Environmental Microbiology Reports. - 2015. - Vol. 7. - № 1. - P. 40-50. - URL:

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1758-2229.12181 (date accessed: 19.04.2022).

30. Bacterial succession in oil-contaminated soil under phytoremediation with poplars / E. Lopez-Echartea, M. Strejcek, S. Mukherjee [et al.] // Chemosphere. - 2020.

- Vol. 243. - P. 125242.

31. Bacterially enhanced plant-growing media for controlled environment agriculture / T. Van Gerrewey, O. Navarrete, M. Vandecruys [et al.] - Text: electronic // Microbial Biotechnology. - 2024. - Vol. 17. - № 2. - URL: /pmc/articles/PMC10880579/ (date accessed: 10.08.2024).

32. Barahona, F. Sphingobacterium multivorum: case report and literature review / F. Barahona, J. Slim // New Microbes and New Infections. - 2015. - Vol. 7. - P. 33-36.

33. Beneficial role of bacterial endophytes in heavy metal phytoremediation / Y. Ma, M. Rajkumar, C. Zhang, H. Freitas // Journal of Environmental Management. - 2016.

- Vol. 174. - P. 14-25.

34. Berg, G. The plant microbiota signature of the Anthropocene as a challenge for microbiome research / G. Berg, T. Cernava. - Text: electronic // Microbiome. - 2022.

- Vol. 10. - № 1. - P. 1-12. - URL: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-021-01224-5 (date accessed: 10.08.2024).

35. Berg, G. Saving seed microbiomes. / G. Berg, J. M. Raaijmakers // The ISME journal. - 2018. - Vol. 12. - № 5. - P. 1167-1170.

36. Berkelmann, B. CHARACTERIZATION OF THE BACTERIAL FLORA IN CIRCULATING NUTRIENT SOLUTIONS OF A HYDROPONIC SYSTEM WITH ROCKWOOL / B. Berkelmann, W. Wohanka, G. A. Wolf // Acta Horticulturae. - 1994.

- № 361. - P. 372-381.

37. Besaury, L. Sphingobacterium prati sp. Nov., isolated from agricultural soil and involved in lignocellulose deconstruction / L. Besaury, J. Floret, C. Rémond. - Text: electronic // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2021.

- Vol. 71. - № 8. - P. 004963. - URL:

https://www.microbiologyresearch.org/content/j ournal/ij sem/10.1099/ij sem.0.004963 (date accessed: 11.08.2024).

38. Bhore, S. J. Screening of endophytic bacteria isolated from leaves of Sambung Nyawa [Gynura procumbens (Lour.) Merr.] for cytokinin-like compounds / S. J. Bhore, R. Nithya, C. Y. Loh. - Text: electronic // Bioinformation. - 2010. - Vol. 5. -№ 5. - P. 191-197. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21364796/ (date accessed: 05.04.2022).

39. Biodegradation of antibiotics: The new resistance determinants - part I / A. C. Reis, B. A. Kolvenbach, O. C. Nunes, P. F. X. Corvini // New Biotechnology. - 2020.

- Vol. 54. - P. 34-51.

40. Biodegradation of soil-applied endosulfan in the presence of a biosurfactant / N. Awasthi, A. Kumar, R. Makkar, S. S. Cameotra // Journal of Environmental Science and Health - Part B Pesticides, Food Contaminants, and Agricultural Wastes. - 1999. -Vol. 34. - № 5. - P. 793-803.

41. Biodegradation rate of EDTA and IDS and their metal complexes / M. Beltyukova, P. Kuryntseva, P. Galitskaya [et al.] - Text: electronic // Horticulturae 2023, Vol. 9, Page 623. - 2023. - Vol. 9. - № 6. - P. 623. - URL: https://www.mdpi.com/2311-7524/9/6/623/htm (date accessed: 09.01.2024).

42. Biodiversity of endophytic bacteria as a promising biotechological resource / V. K. Chebotar, A. V. Shcherbakov, E. N. Shcherbakova [et al.] // Agricultural biology.

- 2015. - Vol. 50. - № 5. - P. 648-654.

43. Bloom of resident antibiotic-resistant bacteria in soil following manure fertilization / N. Udikovic-Kolic, F. Wichmann, N. A. Broderick, J. Handelsman // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2014. - Vol. 111. - № 42. - P. 15202-15207.

44. Bradel, B. G. Remission of the Free-branching Pattern of Euphorbia pulcherrima by Tetracycline TreatmentAbnahme des Verzweigungsgrades von Euphorbia pulcherrima durch Tetracyclin-Behandlung / B. G. Bradel, W. Preil, H. Jeske.

- Text: electronic // Journal of Phytopathology. - 2000. - Vol. 148. - № 11-12. - P. 587-

590. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1439-0434.2000.00562.x (date accessed: 11.08.2024).

45. Broad-host-range IncW plasmid harbouring tet(X) in Escherichia coli isolated from pigs in Japan / M. Usui, A. Fukuda, Y. Suzuki [et al.] // Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2022. - Vol. 28. - P. 97-101.

46. Bucheli-Witschel, M. Environmental fate and microbial degradation of aminopolycarboxylic acids / M. Bucheli-Witschel, T. Egli. - Text: electronic // FEMS Microbiology Reviews. - 2001. - Vol. 25. - № 1. - P. 69-106. - URL: https://dx.doi.org/10.1111/j.1574-6976.2001.tb00572.x (date accessed: 09.01.2024).

47. Bunster, L. Effect of surface-active Pseudomonas spp. on leaf wettability / L. Bunster, H. . Fokkema, B. Schippers. - Text: electronic // Appl. Environ. Microbiol.

- 1989. - P. 1340-1345. - URL: https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=US9011420 (date accessed: 05.04.2022).

48. Burkholderia phytofirmans PsJN primes Vitis vinifera L. and confers a better tolerance to low nonfreezing temperatures / A. Theocharis, S. Bordiec, O. Fernandez [et al.] - Text: electronic // Molecular plant-microbe interactions : MPMI. - 2012. - Vol. 25.

- № 2. - P. 241-249. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21942451/ (date accessed: 08.06.2022).

49. Burkholderia phytofirmans PsJN reduces impact of freezing temperatures on photosynthesis in arabidopsis thaliana / F. Su, C. Jacquard, S. Villaume [et al.] // Frontiers in Plant Science. - 2015. - Vol. 6. - P. 810.

50. Burkholderia Phytofirmans PsJN Stimulate Growth and Yield of Quinoa under Salinity Stress / A. Yang, S. S. Akhtar, Q. Fu [et al.] - Text: electronic // Plants 2020, Vol. 9, Page 672. - 2020. - Vol. 9. - № 6. - P. 672. - URL: https://www.mdpi.com/2223-7747/9/6/672/htm (date accessed: 13.04.2022).

51. Caceres, M. De. Associations between species and groups of sites: Indices and statistical inference / M. De Caceres, P. Legendre // Ecology. - 2009. - Vol. 90. - № 12. - P. 3566-3574.

52. Challenges in microbially and chelate-assisted phytoextraction of cadmium and lead - A review / I. Gul, M. Manzoor, N. Hashim [et al.] // Environmental Pollution.

- 2021. - Vol. 287. - P. 117667.

53. Changes in antibiotic concentrations and antibiotic resistome during commercial composting of animal manures / W. Y. Xie, X. P. Yang, Q. Li [et al.] // Environmental Pollution. - 2016. - Vol. 219. - P. 182-190.

54. Chen, P. The dynamics and transmission of antibiotic resistance associated with plant microbiomes / P. Chen, K. Yu, Y. He // Environment International. - 2023. -Vol. 176. - P. 107986.

55. Chitin Mixed in Potting Soil Alters Lettuce Growth, the Survival of Zoonotic Bacteria on the Leaves and Associated Rhizosphere Microbiology. / J. Debode, C. De Tender, S. Soltaninejad [et al.] - Text: electronic // Frontiers in Microbiology. - 2016. -Vol. 7. - № APR. - P. 565-565. - URL: https://europepmc.org/articles/PMC4838818 (date accessed: 11.08.2024).

56. Chowdhury, F. Studies on uptake and distribution of antibiotics in red cabbage / F. Chowdhury, G. Langenkämper, M. Grote. - Text: electronic // Journal fur Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit. - 2016. - Vol. 11. - № 1. - P. 61-69. -URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00003-015-1008-y (date accessed: 13.08.2024).

57. Clostridium species as probiotics: Potentials and challenges / P. Guo, K. Zhang, X. Ma, P. He. - Text: electronic // Journal of Animal Science and Biotechnology.

- 2020. - Vol. 11. - № 1. - P. 1-10. - URL: https://jasbsci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40104-019-0402-1 (date accessed: 11.08.2024).

58. Combination of biochar and immobilized bacteria in cypermethrin-contaminated soil remediation / J. Liu, Y. Ding, L. Ma [et al.] - Text: electronic // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2017a. - Vol. 120. - P. 15-20. - URL: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0964830516304425 (date accessed: 26.12.2018).

59. Communication in the phytobiome / J. E. Leach, L. R. Triplett, C. T. Argueso, P. Trivedi // Cell. - 2017. - Vol. 169. - № 4. - P. 587-596.

60. Community structure of bacteria associated with drifting sargassum horneri, the causative species of golden tide in the yellow sea / X. Mei, C. Wu, J. Zhao [et al.] -Text : electronic // Frontiers in Microbiology. - 2019. - Vol. 10. - № MAY. - P. 1192. -URL: /pmc/articles/PMC6546727/ (date accessed: 11.08.2024).

61. Compant, S. Plant growth-promoting bacteria in the rhizo- and endosphere of plants: Their role, colonization, mechanisms involved and prospects for utilization / S. Compant, C. Clément, A. Sessitsch // Soil Biology and Biochemistry. - 2010. - Vol. 42. - № 5. - P. 669-678.

62. Comparative Effect of Fertilization Practices on Soil Microbial Diversity and Activity: An Overview / M. S. Sabir, F. Shahzadi, F. Ali [et al.] - Text : electronic // Current Microbiology 2021 78:10. - 2021. - Vol. 78. - № 10. - P. 3644-3655. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00284-021-02634-2 (date accessed: 11.08.2024).

63. Complete genome of the mutualistic, N2-fixing grass endophyte Azoarcus sp. strain BH72 / A. Krause, A. Ramakumar, D. Bartels [et al.] - Text : electronic // Nature Biotechnology 2006 24:11. - 2006. - Vol. 24. - № 11. - P. 1384-1390. - URL: https://www.nature.com/articles/nbt1243 (date accessed: 07.04.2022).

64. Consistent associations with beneficial bacteria in the seed endosphere of barley (Hordeum vulgare L.) / M. M. Rahman, E. Flory, H. W. Koyro [et al.] // Systematic and Applied Microbiology. - 2018. - Vol. 41. - № 4. - P. 386-398.

65. Consistent responses of soil microbial communities to elevated nutrient inputs in grasslands across the globe / J. W. Leff, S. E. Jones, S. M. Prober [et al.] - Text : electronic // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2015. - Vol. 112. - № 35. - P. 10967-10972. - URL: https://www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.1508382112 (date accessed: 09.01.2024).

66. Context dependency and saturating effects of loss of rare soil microbes on plant productivity / W. H. Gera Hol, W. de Boer, M. de Hollander [et al.] // Frontiers in Plant Science. - 2015. - Vol. 6. - № JUNE. - P. 485.

67. Continuous application of inorganic and organic fertilizers over 47 years in paddy soil alters the bacterial community structure and its influence on rice production / U. Kumar, A. Kumar Nayak, M. Shahid [et al.] // Agriculture, Ecosystems & Environment. - 2018. - Vol. 262. - P. 65-75.

68. Core and Differentially Abundant Bacterial Taxa in the Rhizosphere of Field Grown Brassica napus Genotypes: Implications for Canola Breeding / Z. M. Taye, B. L. Helgason, J. K. Bell [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2020. - Vol. 10. - P. 3007.

69. Core microbiomes for sustainable agroecosystems / H. Toju, K. G. Peay, M. Yamamichi [et al.] - Text: electronic // Nature Plants 2018 4:5. - 2018. - Vol. 4. - № 5. - P. 247-257. - URL: https://www.nature.com/articles/s41477-018-0139-4 (date accessed: 01.04.2022).

70. Coutinho, T. A. Tree leaves as a habitat for phyllobacteria / T. A. Coutinho, K. N. Bophela // Forest Microbiology. - 2021. - P. 133-144.

71. Cyclic lipopeptide profile of the plant-beneficial endophytic bacterium Bacillus subtilis HC8 / N. Malfanova, L. Franzil, B. Lugtenberg [et al.] // Archives of Microbiology. - 2012. - Vol. 194. - № 11. - P. 893-899.

72. Defining the Rhizobium leguminosarum Species Complex / J. P. W. Young, S. Moeskj^r, A. Afonin [et al.] - Text: electronic // Genes 2021, Vol. 12, Page 111. -2021. - Vol. 12. - № 1. - P. 111. - URL: https://www.mdpi.com/2073-4425/12/1/111/htm (date accessed: 11.08.2024).

73. Distribution of antibiotic resistance genes in the environment / M. Zhuang, Y. Achmon, Y. Cao [et al.] // Environmental Pollution. - 2021. - Vol. 285. - P. 117402.

74. Diversity and abundance of antibiotic resistance genes in rhizosphere soil and endophytes of leafy vegetables: Focusing on the effect of the vegetable species / Y. Guo, T. Qiu, M. Gao [et al.] // Journal of Hazardous Materials. - 2021. - Vol. 415. - P. 125595.

75. Diversity and taxonomic distribution of endophytic bacterial community in the rice plant and its prospective / M. Ali, Q. Ali, M. A. Sohail [et al.] - Text: electronic // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. - Vol. 22. - № 18. - P. 10165. -URL: https://www.mdpi.com/1422-0067/22/18/10165/htm (date accessed: 09.01.2024).

76. Does organically produced lettuce harbor higher abundance of antibiotic resistance genes than conventionally produced? / B. Zhu, Q. Chen, S. Chen, Y. G. Zhu // Environment International. - 2017. - Vol. 98. - P. 152-159.

77. Dong, M. Microbial Community Analysis and Food Safety Practice Survey-Based Hazard Identification and Risk Assessment for Controlled Environment Hydroponic/Aquaponic Farming Systems / M. Dong, H. Feng. - Text: electronic // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Vol. 13. - P. 879260. - URL: www.frontiersin.org (date accessed: 10.08.2024).

78. Draft Genome Sequence of the Plant Growth-Promoting Pseudomonas punonensis Strain D1-6 Isolated from the Desert Plant Erodium hirtum in Jordan / F. F. Lafi, M. L. AlBladi, N. M. Salem [et al.] - Text: electronic // Genome Announcements.

- 2017. - Vol. 5. - № 2. - URL: https://journals.asm.org/doi/full/10.! 128/genomeA.01437-16 (date accessed: 20.04.2022).

79. Duran, M. Comparison of Culturing and Metabarcoding Methods to Describe the Fungal Endophytic Assemblage of Brachypodium rupestre Growing in a Range of Anthropized Disturbance Regimes / M. Duran, L. San Emeterio, R. M. Canals.

- Text: electronic // Biology 2021, Vol. 10, Page 1246. - 2021. - Vol. 10. - № 12. - P. 1246. - URL: https://www.mdpi.com/2079-7737/10/12/1246/htm (date accessed: 08.06.2022).

80. Dynamic root microbiome sustains soybean productivity under unbalanced fertilization / M. Wang, A. H. Ge, X. Ma [et al.] - Text: electronic // Nature Communications 2024 15:1. - 2024. - Vol. 15. - № 1. - P. 1-15. - URL: https://www.nature.com/articles/s41467-024-45925-5 (date accessed: 11.08.2024).

81. Dynamics of rice microbiomes reveal core vertically transmitted seed endophytes / X. Zhang, Y. N. Ma, X. Wang [et al.] - Text: electronic // Microbiome. -2022b. - Vol. 10. - № 1. - P. 1-19. - URL: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-022-01422-9 (date accessed: 11.08.2024).

82. Early succession of bacterial communities associated as biofilm-like structures in the rhizosphere of alfalfa / F. Nievas, E. Primo, E. Foresto [et al.] // Applied Soil Ecology. - 2021. - Vol. 157. - P. 103755.

83. Effect of feedstock and pyrolysis temperature on properties of biochar governing end use efficacy / H. Zhang, C. Chen, E. M. Gray, S. E. Boyd // Biomass and Bioenergy. - 2017.

84. Effect of long-term fertilization on bacterial communities in wheat endosphere / Y. MA, P. WEISENHORN, X. GUO [et al.] // Pedosphere. - 2021. - Vol. 31. - № 4. - P. 538-548.

85. Effect of trace tetracycline concentrations on the structure of a microbial community and the development of tetracycline resistance genes in sequencing batch reactors / W. Zhang, M. hong Huang, F. fang Qi [et al.] // Bioresource Technology. -2013. - Vol. 150. - P. 9-14.

86. Effects of a maize root pest and fungal pathogen on entomopathogenic fungal rhizosphere colonization, endophytism and induction of plant hormones / F. Rivas-Franco, J. G. Hampton, J. Narciso [et al.] // Biological Control. - 2020. - Vol. 150. - P. 104347.

87. Effects of biochar on reducing the abundance of oxytetracycline, antibiotic resistance genes, and human pathogenic bacteria in soil and lettuce / M. Duan, H. Li, J. Gu [et al.] // Environmental Pollution. - 2017. - Vol. 224. - P. 787-795.

88. Effects of chelates on plants and soil microbial community: comparison of EDTA and EDDS for lead phytoextraction / L. Epelde, J. Hernandez-Allica, J. M. Becerril [et al.] - Text: electronic // The Science of the total environment. - 2008. - Vol. 401. -№ 1-3. - P. 21-28. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18499230/ (date accessed: 09.01.2024).

89. Effects of fertilizer reduction coupled with straw returning on soil fertility, wheat root endophytic bacteria, and the occurrence of wheat crown rot / Y. Wang, Y. Wu, C. Cao [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2023. - Vol. 14. - P. 1143480.

90. Effects of Foliar Fertilization: a Review of Current Status and Future Perspectives / J. Niu, C. Liu, M. Huang [et al.] - Text: electronic // Journal of Soil Science

and Plant Nutrition 2020 21:1. - 2020. - Vol. 21. - № 1. - P. 104-118. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s42729-020-00346-3 (date accessed: 11.08.2024).

91. Effects of micro/nano-ozone bubble nutrient solutions on growth promotion and rhizosphere microbial community diversity in soilless cultivated lettuces / Q. Zhao, J. Dong, S. Li [et al.] // Frontiers in Plant Science. - 2024. - Vol. 15. - P. 1393905.

92. Effects of organic fertilizers on plant growth, yield and mineral content of lettuce (Lactuca sativa L.) / M. Ekinci, R. Kul, M. Turan [et al.] // Journal of Erciyes Agriculture and Animal Science. - 2020.

93. Effects of oxytetracycline on plant growth, phosphorus uptake, and carboxylates in the rhizosheath of alfalfa / Z. Zhang, R. Su, C. Chang [et al.] - Text: electronic // Plant and Soil. - 2021. - Vol. 461. - № 1-2. - P. 501-515. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-021-04840-0 (date accessed: 11.08.2024).

94. Effects of plant growth regulator and chelating agent on the phytoextraction of heavy metals by Pfaffia glomerata and on the soil microbial community / R. Huang, X. Cui, X. Luo [et al.] // Environmental Pollution. - 2021. - Vol. 283. - P. 117159.

95. Effects of Salinity and Inundation on Microbial Community Structure and Function in a Mangrove Peat Soil / L. G. Chambers, R. Guevara, J. N. Boyer [et al.] -Text: electronic // Wetlands. - 2016. - Vol. 36. - № 2. - P. 361-371. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s13157-016-0745-8 (date accessed: 05.04.2022).

96. Effects of six selected antibiotics on plant growth and soil microbial and enzymatic activities / F. Liu, G. G. Ying, R. Tao [et al.] // Environmental Pollution. -2009. - Vol. 157. - № 5. - P. 1636-1642.

97. Effects of Vermicompost Leachate versus Inorganic Fertilizer on Morphology and Microbial Traits in the Early Development Growth Stage in Mint (Mentha spicata L.) And Rosemary (Rosmarinus officinalis L.) Plants under Closed Hydroponic System / A. Loera-Muro, E. Troyo-Dieguez, B. Murillo-Amador [et al.] -Text: electronic // Horticulturae 2021, Vol. 7, Page 100. - 2021. - Vol. 7. - № 5. - P.

100. - URL: https://www.mdpi.eom/2311-7524/7/5/100/htm (date accessed: 10.08.2024).

98. Emergence Shapes the Structure of the Seed Microbiota / M. Barret, M. Briand, S. Bonneau [et al.] - Text: electronic // Applied and Environmental Microbiology. - 2015. - Vol. 81. - № 4. - P. 1257. - URL: /pmc/articles/PMC4309697/ (date accessed: 15.04.2022).

99. Enantioselectivity and mechanisms of chiral herbicide biodegradation in hydroponic systems / Z. Sun, M. Dzakpasu, D. Zhang [et al.] // Chemosphere. - 2022. -Vol. 307. - P. 135701.

100. Endophytic bacteria in Miscanthus seed: implications for germination, vertical inheritance of endophytes, plant evolution and breeding / N. Cope-Selby, A. Cookson, M. Squance [et al.] - Text: electronic // GCB Bioenergy. - 2017. - Vol. 9. -№ 1. - P. 57-77. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/gcbb.12364 (date accessed: 15.04.2022).

101. Endophytic bacterial communities associated with roots and leaves of plants growing in chilean extreme environments / Q. Zhang, J. J. Acuña, N. G. Inostroza [et al.] - Text: electronic // Scientific Reports 2019 9:1. - 2019a. - Vol. 9. - № 1. - P. 1-12. -URL: https://www.nature.com/articles/s41598-019-41160-x (date accessed: 09.01.2024).

102. Endophytic bacterial communities in ungerminated and germinated seeds of commercial vegetables / J. J. Acuña, J. Hu, N. G. Inostroza [et al.] - Text: electronic // Scientific Reports 2023 13:1. - 2023. - Vol. 13. - № 1. - P. 1-19. - URL: https://www.nature.com/articles/s41598-023-47099-4 (date accessed: 11.08.2024).

103. Endophytic Fungi: From Symbiosis to Secondary Metabolite Communications or Vice Versa? / B. Alam, J. Li, Q. Ge [et al.] // Frontiers in Plant Science. - 2021. - Vol. 12. - P. 3060.

104. Endophytic fungi as direct plant growth promoters for sustainable agricultural production / J. Poveda, D. Eugui, P. Abril-Urías, P. Velasco. - Text: electronic // Symbiosis 2021 85:1. - 2021. - Vol. 85. - № 1. - P. 1-19. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s13199-021-00789-x (date accessed: 22.04.2022).

105. Endophytic Microbiome Variation Among Single Plant Seeds / A. F. Bintarti, A. Sulesky-Grieb, N. Stopnisek, A. Shade. - Text: electronic // Phytobiomes Journal. - 2022. - Vol. 6. - № 1. - P. 45-55. - URL: https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/PBI0MES-04-21-0030-R (date accessed: 11.08.2024).

106. Enhanced removal of ciprofloxacin and reduction of antibiotic resistance genes by earthworm Metaphire vulgaris in soil / Q. Pu, H. T. Wang, T. Pan [et al.] // Science of The Total Environment. - 2020. - Vol. 742. - P. 140409.

107. Epiphytic and Endophytic Fungal Communities of Tomato Plants / C. Dong, L. Wang, Q. Li, Q. Shang // Horticultural Plant Journal. - 2021. - Vol. 7. - № 1. - P. 3848.

108. Escudero-Martinez, C. Tracing the evolutionary routes of plant-microbiota interactions / C. Escudero-Martinez, D. Bulgarelli // Current 0pinion in Microbiology. -2019. - Vol. 49. - P. 34-40.

109. Evaluating the use of diversity indices to distinguish between microbial communities with different traits / S. Feranchuk, N. Belkova, U. Potapova [et al.] // Research in Microbiology. - 2018. - Vol. 169. - № 4-5. - P. 254-261.

110. Evangelou, M. W. H. Chelate assisted phytoextraction of heavy metals from soil. Effect, mechanism, toxicity, and fate of chelating agents / M. W. H. Evangelou, M. Ebel, A. Schaeffer // Chemosphere. - 2007. - Vol. 68. - № 6. - P. 989-1003.

111. Evidence for foliar endophytic nitrogen fixation in a widely distributed subalpine conifer / A. B. Moyes, L. M. Kueppers, J. Pett-Ridge [et al.] - Text: electronic // New Phytologist. - 2016. - Vol. 210. - № 2. - P. 657-668. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/nph.13850 (date accessed: 20.04.2022).

112. Experimental evolution of Bacillus subtilis on Arabidopsis thaliana roots reveals fast adaptation and improved root colonization / M. Nordgaard, C. Blake, G. Maroti [et al.] - Text: electronic // iScience. - 2022. - Vol. 25. - № 6. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35663012/ (date accessed: 10.08.2024).

113. Faith, D. P. Compositional dissimilarity as a robust measure of ecological distance / D. P. Faith, P. R. Minchin, L. Belbin // Vegetatio. - 1987. - Vol. 69. - № 1-3.

- P. 57-68.

114. Fate and effects of veterinary antibiotics in soil / S. Jechalke, H. Heuer, J. Siemens [et al.] // Trends in Microbiology. - 2014. - Vol. 22. - № 9. - P. 536-545.

115. Fate of sulfadiazine administered to pigs and its quantitative effect on the dynamics of bacterial resistance genes in manure and manured soil / H. Heuer, A. Focks, M. Lamshöft [et al.] // Soil Biology and Biochemistry. - 2008. - Vol. 40. - № 7. - P. 1892-1900.

116. Fertilizers have a greater impact on the soil bacterial community than on the fungal community in a sandy farmland ecosystem, Inner Mongolia / R. Zhang, Y. Li, X. Zhao [et al.] // Ecological Indicators. - 2022c. - Vol. 140. - P. 108972.

117. Field study reveals core plant microbiota and relative importance of their drivers / K. Hamonts, P. Trivedi, A. Garg [et al.] - Text: electronic // Environmental Microbiology. - 2018. - Vol. 20. - № 1. - P. 124-140. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1462-2920.14031 (date accessed: 05.04.2022).

118. Finnegan, S. EDTA: An antimicrobial and antibiofilm agent for use in wound care / S. Finnegan, S. L. Percival. - Text: electronic // Advances in Wound Care.

- 2015. - Vol. 4. - № 7. - P. 415. - URL: /pmc/articles/PMC4486448/ (date accessed: 09.01.2024).

119. First Detection of the Staphylococcal Trimethoprim Resistance Gene dfrK and the dfrK-Carrying Transposon Tn559 in Enterococci / M. López, K. Kadlec, S. Schwarz, C. Torres. - Text: electronic // https://home.liebertpub.com/mdr. - 2012. - Vol. 18. - № 1. - P. 13-18. - URL: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/mdr.2011.0073 (date accessed: 11.08.2024).

120. Flagella Mediate Endophytic Competence Rather Than Act as MAMPS in Rice-Azoarcus sp. Strain BH72 Interactions / A. Buschart, S. Sachs, X. Chen [et al.] -Text: electronic // http://dx.doi.org/10.1094/MPMI-05-11-0138. - 2012. - Vol. 25. - №

2. - P. 191-199. - URL: https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/MPMI-05-11-0138 (date accessed: 08.06.2022).

121. Foliar heavy metal uptake, toxicity and detoxification in plants: A comparison of foliar and root metal uptake / M. Shahid, C. Dumat, S. Khalid [et al.] // Journal of Hazardous Materials. - 2017. - Vol. 325. - P. 36-58.

122. Frank, A. Transmission of Bacterial Endophytes / A. Frank, J. Saldierna Guzman, J. Shay // Microorganisms. - 2017. - Vol. 5. - № 4. - P. 70.

123. From initial treatment design to final disposal of chelating agents: a review of corrosion and degradation mechanisms / T. Almubarak, J. H. Ng, R. Ramanathan, H. A. Nasr-El-Din. - Text: electronic // RSC Advances. - 2022. - Vol. 12. - № 3. - P. 1813. - URL: /pmc/articles/PMC8979120/ (date accessed: 09.01.2024).

124. Functional characteristics of an endophyte community colonizing rice roots as revealed by metagenomic analysis / A. Sessitsch, P. Hardoim, J. Döring [et al.] - Text: electronic // Molecular plant-microbe interactions: MPMI. - 2012. - Vol. 25. - № 1. - P. 28-36. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21970692/ (date accessed: 05.04.2022).

125. Fungal community in olive fruits of cultivars with different susceptibilities to anthracnose and selection of isolates to be used as biocontrol agents / G. Preto, F. Martins, J. A. Pereira, P. Baptista // Biological Control. - 2017. - Vol. 110. - P. 1-9.

126. Fungal endophytes from higher plants: a prolific source of phytochemicals and other bioactive natural products / A. H. Aly, A. Debbab, J. Kjer, P. Proksch. - Text: electronic // Fungal Diversity 2010 41:1. - 2010. - Vol. 41. - № 1. - P. 1-16. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s13225-010-0034-4 (date accessed: 07.04.2022).

127. Gans, J. Computational improvements reveal great bacterial diversity and high metal toxicity in soil / J. Gans, M. Wolinsky, J. Dunbar. - Text: electronic // Science (New York, N.Y.). - 2005. - Vol. 309. - № 5739. - P. 1387-1390. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16123304/ (date accessed: 05.04.2022).

128. Genomic analysis reveals the major driving forces of bacterial life in the rhizosphere / M. A. Matilla, M. Espinosa-Urgel, J. J. Rodriguez-Herva [et al.] - Text:

electronic // Genome biology. - 2007. - Vol. 8. - № 9. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17784941/ (date accessed: 05.04.2022).

129. Good and bad lettuce leaf microbes? Unravelling the genetic architecture of the microbiome to inform plant breeding for enhanced food safety and reduced food waste / A. Damerum, E. Arnold, V. Bernard [et al.] - Text: electronic // bioRxiv. - 2021. - P. 2021.08.06.455490. - URL: https: //www.biorxiv. org/content/10.1101/2021.08.06.455490v1 (date accessed: 11.08.2024).

130. Goswami, M. Biosurfactant production by a rhizosphere bacteria Bacillus altitudinis MS16 and its promising emulsification and antifungal activity / M. Goswami, S. Deka // Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. - 2019. - Vol. 178. - P. 285-296.

131. Gray, E. J. Intracellular and extracellular PGPR: commonalities and distinctions in the plant-bacterium signaling processes / E. J. Gray, D. L. Smith // Soil Biology and Biochemistry. - 2005. - Vol. 37. - № 3. - P. 395-412.

132. Grothjan, J. J. Bacterial Recruitment to Carnivorous Pitcher Plant Communities: Identifying Sources Influencing Plant Microbiome Composition and Function / J. J. Grothjan, E. B. Young. - Text: electronic // Frontiers in Microbiology. -2022. - Vol. 13. - P. 791079. - URL: www.frontiersin.org (date accessed: 11.08.2024).

133. Gut microbiota: A magical multifunctional target regulated by medicine food homology species / W. F. Zuo, Q. Pang, L. P. Yao [et al.] // Journal of Advanced Research. - 2023. - Vol. 52. - P. 151-170.

134. Hanski, I. Dynamics of Regional Distribution: The Core and Satellite Species Hypothesis / I. Hanski // Oikos. - 1982. - Vol. 38. - № 2. - P. 210.

135. Hassani, M. A. Microbial interactions within the plant holobiont / M. A. Hassani, P. Duran, S. Hacquard. - Text: electronic // Microbiome 2018 6:1. - 2018. -Vol. 6. - № 1. - P. 1-17. - URL: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-018-0445-0 (date accessed: 14.03.2022).

136. Henneken, L. Influence of physiological conditions on EDTA degradation / L. Henneken, B. Nortemann, D. C. Hempel. - Text: electronic // Applied Microbiology

and Biotechnology. - 1995. - Vol. 44. - № 1-2. - P. 190-197. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/BF00164501 (date accessed: 09.01.2024).

137. Host and Tissue Affiliations of Culturable Endophytic Fungi Associated with Xerophytic Plants in the Desert Region of Northwest China / Y. Zuo, Q. Hu, K. Zhang, X. He. - Text: electronic // Agronomy. - 2022. - Vol. 12. - № 3. - P. 727. -URL: https://www.mdpi.com/2073-4395/12/3Z727 (date accessed: 04.04.2022).

138. Hund-Rinke, K. Effects of tetracycline on the soil microflora: Function, diversity, resistance / K. Hund-Rinke, M. Simon, T. Lukow. - Text: electronic // Journal of Soils and Sediments. - 2004. - Vol. 4. - № 1. - P. 11-16. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/BF02990823 (date accessed: 11.08.2024).

139. Hydrolysis and photolysis of oxytetracycline in aqueous solution / R. Xuan, L. Arisi, Q. Wang [et al.] - Text: electronic // Journal of Environmental Science and Health Part B. - 2009. - Vol. 45. - № 1. - P. 73-81. - URL: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/03601230903404556 (date accessed: 11.08.2024).

140. Identification and characterization of the core rice seed microbiome / A. W. Eyre, M. Wang, Y. Oh, R. A. Dean. - Text: electronic // Phytobiomes Journal. - 2019. -Vol. 3. - № 2. - P. 148-157. - URL: https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/PBI0MES-01-19-0009-R (date accessed: 11.08.2024).

141. Impact of Antibiotics as Waste, Physical, Chemical, and Enzymatical Degradation: Use of Laccases / M. P. C. Mora-Gamboa, S. M. Rincón-Gamboa, L. D. Ardila-Leal [et al.] - Text: electronic // Molecules. - 2022. - Vol. 27. - № 14. - URL: /pmc/articles/PMC9319608/ (date accessed: 11.08.2024).

142. Impact of dairy manure pre-application treatment on manure composition, soil dynamics of antibiotic resistance genes, and abundance of antibiotic-resistance genes on vegetables at harvest / Y. C. Tien, B. Li, T. Zhang [et al.] // Science of the Total Environment. - 2017. - Vols. 581-582. - P. 32-39.

143. Individualised antibiotic dosing for patients who are critically ill: challenges and potential solutions / J. A. Roberts, M. H. Abdul-Aziz, J. Lipman [et al.] - Text:

electronic // The Lancet. Infectious diseases. - 2014. - Vol. 14. - № 6. - P. 498-509. -URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24768475/ (date accessed: 11.08.2024).

144. Influence of 34-years of fertilization on bacterial communities in an intensively cultivated black soil in northeast China / J. Zhou, D. Guan, B. Zhou [et al.] // Soil Biology and Biochemistry. - 2015. - Vol. 90. - P. 42-51.

145. Influence of Agricultural Practices on Bacterial Community of Cultivated Soils / L. E. Khmelevtsova, I. S. Sazykin, T. N. Azhogina, M. A. Sazykina. - Text: electronic // Agriculture 2022, Vol. 12, Page 371. - 2022. - Vol. 12. - № 3. - P. 371. -URL: https://www.mdpi.com/2077-0472/12/3/371/htm (date accessed: 10.08.2024).

146. Influence of chelating ligands on bioavailability and mobility of iron in plant growth media and their effect on radish growth / H. Hasegawa, M. A. Rahman, K. Saitou [et al.] // Environmental and Experimental Botany. - 2011. - Vol. 71. - № 3. - P. 345351.

147. Influence of high and low levels of plant-beneficial heavy metal ions on plant growth and development / N. Arif, V. Yadav, S. Singh [et al.] // Frontiers in Environmental Science. - 2016. - Vol. 4. - № NOV. - P. 217521.

148. Influence of tetracycline exposure on the growth of wheat seedlings and the rhizosphere microbial community structure in hydroponic culture / Q. Yang, J. Zhang, W. Zhang [et al.] - Text: electronic // Journal of Environmental Science and Health Part B. - 2010. - Vol. 45. - № 3. - P. 190-197. - URL: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/03601231003613492 (date accessed: 11.08.2024).

149. Influence of the antibiotic oxytetracycline on the morphometric characteristics and endophytic bacterial community of lettuce (Lactuca sativa L.) / N. Danilova, G. Galieva, P. Kuryntseva [et al.] - Text: electronic // Microorganisms. - 2023. - Vol. 11. - № 12. - P. 2828. - URL: https://www.mdpi.com/2076-2607/11/12/2828/htm (date accessed: 09.01.2024).

150. Inner Plant Values: Diversity, Colonization and Benefits from Endophytic Bacteria / H. Liu, L. C. Carvalhais, M. Crawford [et al.] // Frontiers in Microbiology. -2017b. - Vol. 0. - № DEC. - P. 2552.

151. Insights into Endophytic Bacterial Community Structures of Seeds Among Various Oryza sativa L. Rice Genotypes / J. Zhang, C. Zhang, J. Yang [et al.] - Text: electronic // Journal of Plant Growth Regulation. - 2019b. - Vol. 38. - № 1. - P. 93-102. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00344-018-9812-0 (date accessed: 11.08.2024).

152. Involvement of Burkholderiaceae and sulfurous volatiles in disease-suppressive soils / V. J. Carrion, V. Cordovez, O. Tyc [et al.] - Text: electronic // The ISME Journal 2018 12:9. - 2018. - Vol. 12. - № 9. - P. 2307-2321. - URL: https://www.nature.com/articles/s41396-018-0186-x (date accessed: 21.04.2022).

153. Iodine biofortification of sweet basil and lettuce grown in two hydroponic systems / M. Puccinelli, M. Landi, R. Maggini [et al.] // Scientia Horticulturae. - 2021. -Vol. 276. - P. 109783.

154. Iron nutrition in agriculture: From synthetic chelates to biochelates / M. Y. A. Zuluaga, M. Cardarelli, Y. Rouphael [et al.] // Scientia Horticulturae. - 2023. - Vol. 312. - P. 111833.

155. ISO 17601:2016 - Soil quality — Estimation of abundance of selected microbial gene sequences by quantitative PCR from DNA directly extracted from soil. -URL: https://www.iso.org/standard/60106.html (date accessed: 25.08.2024). - Text: electronic.

156. Isolation of ACC deaminase-producing habitat-adapted symbiotic bacteria associated with halophyte Limonium sinense (Girard) Kuntze and evaluating their plant growth-promoting activity under salt stress / S. Qin, Y. J. Zhang, B. Yuan [et al.] - Text: electronic // Plant and Soil 2013 374:1. - 2013. - Vol. 374. - № 1. - P. 753-766. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-013-1918-3 (date accessed: 05.04.2022).

157. Januszkiewicz, R. Foliar fertilization of crop plants in polish agriculture / R. Januszkiewicz, G. Kulczycki, M. Samoraj. - Text: electronic // Agriculture 2023, Vol. 13, Page 1715. - 2023. - Vol. 13. - № 9. - P. 1715. - URL: https://www.mdpi.com/2077-0472/13/9/1715/htm (date accessed: 09.01.2024).

158. Johnston-Monje, D. Seed-Transmitted Bacteria and Fungi Dominate Juvenile Plant Microbiomes / D. Johnston-Monje, J. P. Gutiérrez, L. A. B. Lopez-Lavalle // Frontiers in Microbiology. - 2021. - Vol. 12. - P. 737616.

159. Jones, P. W. Chemical speciation used to assess [S,S']-ethylenediaminedisuccinic acid (EDDS) as a readily-biodegradable replacement for EDTA in radiochemical decontamination formulations / P. W. Jones, D. R. Williams // Applied Radiation and Isotopes. - 2001. - Vol. 54. - № 4. - P. 587-593.

160. Kennedy, A. C. Rhizosphere / A. C. Kennedy, L. Z. de Luna // Encyclopedia of Soils in the Environment. - 2005. - Vol. 4. - Rhizosphere. - P. 399-406.

161. Khare, E. Multifaceted Interactions Between Endophytes and Plant: Developments and Prospects / E. Khare, J. Mishra, N. K. Arora // Frontiers in Microbiology. - 2018. - Vol. 0. - № NOV. - P. 2732.

162. Kolodynska, D. Application of a new generation of complexing agents in removal of heavy metal ions from different wastes / D. Kolodynska. - Text: electronic // Environmental Science and Pollution Research International. - 2013. - Vol. 20. - №2 9. -P. 5939. - URL: /pmc/articles/PMC3720993/ (date accessed: 09.01.2024).

163. Kovács, A. Bonding interactions in EDTA complexes / A. Kovács, D. S. Nemcsok, T. Kocsis // Journal of Molecular Structure: THEOCHEM. - 2010. - Vol. 950.

- № 1-3. - P. 93-97.

164. Labutova, N. M. Interactions between endomycorrhizal fungy and rhizosphere microorganisms / N. M. Labutova. - Text: electronic // Mycology and Phytopathology. - 2009. - Vol. 43. - № 1. - P. 3-20. - URL: https://www.binran.ru/files/journals/MiF/2009_43/MiF_2009_43_1_Labutova.pdf (date accessed: 05.04.2022).

165. Leaf microbiota in an agroecosystem: spatiotemporal variation in bacterial community composition on field-grown lettuce / G. Rastogi, A. Sbodio, J. J. Tech [et al.]

- Text: electronic // The ISME Journal 2012 6:10. - 2012. - Vol. 6. - № 10. - P. 18121822. - URL: https://www.nature.com/articles/ismej201232 (date accessed: 28.02.2022).

166. Lee, J. Effects of chelates on soil microbial properties, plant growth and heavy metal accumulation in plants / J. Lee, K. Sung // Ecological Engineering. - 2014.

- Vol. 73. - P. 386-394.

167. Lei, C. Comparison of growth characteristics, functional qualities, and texture of hydroponically grown and soil-grown lettuce / C. Lei, N. J. Engeseth // LWT.

- 2021. - Vol. 150. - P. 111931.

168. Leipe, D. D. STAND, a Class of P-Loop NTPases Including Animal and Plant Regulators of Programmed Cell Death: Multiple, Complex Domain Architectures, Unusual Phyletic Patterns, and Evolution by Horizontal Gene Transfer / D. D. Leipe, E. V. Koonin, L. Aravind // Journal of Molecular Biology. - 2004. - Vol. 343. - № 1. - P. 1-28.

169. Let the Core Microbiota Be Functional / P. Lemanceau, M. Blouin, D. Muller, Y. Moenne-Loccoz. - Text: electronic // Trends in plant science. - 2017. - Vol. 22. - № 7. - P. 583-595. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28549621/ (date accessed: 05.04.2022).

170. Leveraging microbiome rediversification for the ecological rescue of soil function / W. L. King, S. C. Richards, L. M. Kaminsky [et al.] - Text: electronic // Environmental Microbiome. - 2023. - Vol. 18. - № 1. - P. 1-13. - URL: https://environmentalmicrobiome.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40793-023-00462-4 (date accessed: 12.10.2023).

171. Lindow, S. E. Microbiology of the Phyllosphere / S. E. Lindow, M. T. Brandl. - Text: electronic // Applied and Environmental Microbiology. - 2003. - Vol. 69. - № 4. - P. 1875. - URL: /pmc/articles/PMC154815/ (date accessed: 05.04.2022).

172. Linkages between biodiversity attributes and ecosystem services: a systematic review / P. A. Harrison, P. M. Berry, G. Simpson [et al.] // Ecosyst Serv. -

2014. - Vol. 9. - P. 191-203.

173. Linkages between the soil organic matter fractions and the microbial metabolic functional diversity within a broad-leaved Korean pine forest / J. Tian, L. McCormack, J. Wang [et al.] - Text: electronic // European Journal of Soil Biology. -

2015. - Vol. 66. - P. 57-64. - URL:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1164556314001162 (date accessed: 26.12.2018).

174. Liphadzi, M. S. Availability and plant uptake of heavy metals in EDTA-assisted phytoremediation of soil and composted biosolids / M. S. Liphadzi, M. B. Kirkham // South African Journal of Botany. - 2006. - Vol. 72. - № 3. - P. 391-397.

175. Liu, W. Growth and nutrient element content of hydroponic lettuce are modified by LED continuous lighting of sifferent intensities and spectral qualities / W. Liu, L. Zha, Y. Zhang. - Text : electronic // Agronomy 2020, Vol. 10, Page 1678. - 2020.

- Vol. 10. - №№ 11. - P. 1678. - URL: https://www.mdpi.com/2073-4395/10/11/1678/htm (date accessed: 09.01.2024).

176. Lobanov, V. Plants Dictate Root Microbial Composition in Hydroponics and Aquaponics / V. Lobanov, K. J. Keesman, A. Joyce. - Text : electronic // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Vol. 13. - P. 848057. - URL: www.frontiersin.org (date accessed: 24.06.2024).

177. Long-term fertilization rather than plant species shapes rhizosphere and bulk soil prokaryotic communities in agroecosystems / M. V. Semenov, G. S. Krasnov, V. M. Semenov, A. H. C. van Bruggen // Applied Soil Ecology. - 2020. - Vol. 154. - P. 103641.

178. Lopez-Rayo, S. Reactivity and effectiveness of traditional and novel ligands for multi-micronutrient fertilization in a calcareous soil / S. Lopez-Rayo, P. Nadal, J. J. Lucena. - Text : electronic // Frontiers in Plant Science. - 2015. - Vol. 6. - №2 September.

- P. 161168. - URL: www.frontiersin.org (date accessed: 11.08.2024).

179. Lovering, A. L. Microbe profile: Bdellovibrio bacteriovorus: A specialized bacterial predator of bacteria / A. L. Lovering, R. E. Sockett. - Text : electronic // Microbiology (United Kingdom). - 2021. - Vol. 167. - № 4. - P. 001043. - URL: https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/micro/10.1099/mic.0.001043 (date accessed: 11.09.2024).

180. Madhaiyan, M. Metal tolerating methylotrophic bacteria reduces nickel and cadmium toxicity and promotes plant growth of tomato (Lycopersicon esculentum L.) / M. Madhaiyan, S. Poonguzhali, T. Sa // Chemosphere. - 2007. - Vol. 69. - № 2. - P. 220-228.

181. Mandic-Mulec, I. Ecology of Bacillaceae / I. Mandic-Mulec, P. Stefanie, J. D. van Elsas. - Text: electronic // The Bacterial Spore: From Molecules to Systems. -2016. - P. 59-85. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1128/9781555819323.ch3 (date accessed: 11.08.2024).

182. Mendes, R. The rhizosphere microbiome: significance of plant beneficial, plant pathogenic, and human pathogenic microorganisms / R. Mendes, P. Garbeva, J. M. Raaijmakers. - Text: electronic // FEMS Microbiology Reviews. - 2013. - Vol. 37. - № 5. - P. 634-663. - URL: https://academic.oup.com/femsre/article/37/5/634/540803 (date accessed: 05.04.2022).

183. Methods for studying root colonization by introduced beneficial bacteria / E. Gamalero, G. Lingua, G. Berta, P. Lemanceau. - Text: electronic // Sustainable Agriculture. - 2009. - P. 601-615. - URL: https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-90-481-2666-8_37 (date accessed: 05.04.2022).

184. Microbial communities in crop phyllosphere and root endosphere are more resistant than soil microbiota to fertilization / A. Sun, X. Y. Jiao, Q. Chen [et al.] // Soil Biology and Biochemistry. - 2021. - Vol. 153. - P. 108113.

185. Microbial Communities in Soils and Endosphere of Solanum tuberosum L. and their Response to Long-Term Fertilization / M. Kracmarova, J. Karpiskova, O. Uhlik [et al.] - Text: electronic // Microorganisms 2020, Vol. 8, Page 1377. - 2020. - Vol. 8. -№ 9. - P. 1377. - URL: https://www.mdpi.com/2076-2607/8/9/1377/htm (date accessed: 23.05.2024).

186. Microbial enhancement of plant nutrient acquisition / S. K. Singh, X. Wu, C. Shao, H. Zhang. - Text: electronic // Stress Biology 2022 2:1. - 2022. - Vol. 2. - № 1. -P. 1-14. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s44154-021-00027-w (date accessed: 11.08.2024).

187. Microbially produced fertilizer provides rhizobacteria to hydroponic tomato roots by forming beneficial biofilms / Y. Sato, T. Miwa, T. Inaba [et al.] - Text: electronic // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2023. - Vol. 107. - № 23. - P. 7365-7374.

- URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-023-12794-9 (date accessed: 10.08.2024).

188. Microbiome signature and diversity regulates the level of energy production under anaerobic condition / M. S. Rahman, M. N. Hoque, J. A. Puspo [et al.] - Text: electronic // Scientific Reports 2021 11:1. - 2021. - Vol. 11. - № 1. - P. 1-23. - URL: https://www.nature.com/articles/s41598-021-99104-3 (date accessed: 09.01.2024).

189. Microbiome Signature of Endophytes in Wheat Seed Response to Wheat Dwarf Bunt Caused by Tilletia controversa Kühn / Z. Ren, A. J. Chen, Q. Zong [et al.] -Text: electronic // Microbiology Spectrum. - 2023. - Vol. 11. - № 1. - URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.00390-22 (date accessed: 11.08.2024).

190. Microbiota and Antibiotic Resistome of Lettuce Leaves and Radishes Grown in Soils Receiving Manure-Based Amendments Derived From Antibiotic-Treated Cows / K. Fogler, G. K. P. Guron, L. L. Wind [et al.] // Frontiers in Sustainable Food Systems.

- 2019. - Vol. 3. - P. 22.

191. Mohamed, N. Z. Lettuce seedlings rapidly assemble their microbiome from the environment through deterministic processes / N. Z. Mohamed, L. Schena, A. Malacrino // Rhizosphere. - 2024. - Vol. 30. - P. 100896.

192. Multidrug efflux pumps from enterobacteriaceae, Vibrio cholerae and Staphylococcus aureus bacterial food pathogens / J. L. Andersen, G. X. He, P. Kakarla [et al.] // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2015. -Vol. 12. - № 2. - P. 1487-1547.

193. Navya, B. Comparative metataxonamic analyses of seeds and leaves of traditional varieties and hybrids of cucumber (Cucumis sativus L.) reveals distinct and core microbiome / B. Navya, S. Babu // Heliyon. - 2023. - Vol. 9. - № 9. - P. e20216.

194. Negative Effects of Oxytetracycline on Wheat (Triticum aestivum L.) Growth, Root Activity, Photosynthesis, and Chlorophyll Contents / Z. jun Li, X. yu Xie, S. qing Zhang, Y. chao Liang // Agricultural Sciences in China. - 2011a. - Vol. 10. - № 10. - P. 1545-1553.

195. Neu, A. T. Defining and quantifying the core microbiome: Challenges and prospects / A. T. Neu, E. E. Allen, K. Roy. - Text: electronic // Proceedings of the

National Academy of Sciences of the United States of America. - 2021. - Vol. 118. - № 51. - P. e2104429118. - URL: https://www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.2104429118 (date accessed: 11.08.2024).

196. Nitrogen fertilization and stress factors drive shifts in microbial diversity in soils and plants / M. J. Beltran-Garcia, A. Martínez-Rodríguez, I. Olmos-Arriaga [et al.]

- Text: electronic // Symbiosis 2021 84:3. - 2021. - Vol. 84. - № 3. - P. 379-390. -URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s13199-021-00787-z (date accessed: 11.08.2024).

197. Nitrogen fertilizer dose alters fungal communities in sugarcane soil and rhizosphere / C. Paungfoo-Lonhienne, Y. K. Yeoh, N. R. P. Kasinadhuni [et al.] - Text: electronic // Scientific Reports 2015 5:1. - 2015. - Vol. 5. - № 1. - P. 1-6. - URL: https://www.nature.com/articles/srep08678 (date accessed: 11.08.2024).

198. Nitrogen Regulates the Distribution of Antibiotic Resistance Genes in the Soil-Vegetable System / T. Wang, S. Sun, Y. Xu [et al.] - Text: electronic // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Vol. 13. - P. 848750. - URL: www.frontiersin.org (date accessed: 11.08.2024).

199. Non-pathogenic Rhizobium radiobacter F4 deploys plant beneficial activity independent of its host Piriformospora indica / S. P. Glaeser, J. Imani, I. Alabid [et al.] -Text: electronic // The ISME Journal 2016 10:4. - 2015. - Vol. 10. - № 4. - P. 871-884.

- URL: https://www.nature.com/articles/ismej2015163 (date accessed: 21.04.2022).

200. Novel biodegradable chelating agents for micronutrient fertilization / V. Brusko, B. Garifullin, G. Geniyatullina [et al.] - Text: electronic // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2023. - Vol. 71. - P. 14979-14988. - URL: https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jafc.3c03500 (date accessed: 09.01.2024).

201. Occurrence, fate and effects of pharmaceutical substances in the environment- A review / B. Halling-S0rensen, S. Nors Nielsen, P. F. Lanzky [et al.] // Chemosphere. - 1998. - Vol. 36. - № 2. - P. 357-393.

202. Occurrence and elimination of antibiotic resistance genes in a long-term operation integrated surface flow constructed wetland / H. Fang, Q. Zhang, X. Nie [et al.] // Chemosphere. - 2017. - Vol. 173. - P. 99-106.

203. Oldroyd, G. E. D. Speak, friend, and enter: signalling systems that promote beneficial symbiotic associations in plants / G. E. D. Oldroyd. - Text: electronic // Nature Reviews Microbiology 2013 11:4. - 2013. - Vol. 11. - № 4. - P. 252-263. - URL: https://www.nature.com/articles/nrmicro2990 (date accessed: 05.04.2022).

204. Organic Acids, Sugars, and l-Tryptophane in Exudates of Vegetables Growing on Stonewool and Their Effects on Activities of Rhizosphere Bacteria / F. Kamilova, L. V. Kravchenko, A. I. Shaposhnikov [et al.] - Text: electronic // https://doi.org/10.1094/MPMI-19-0250. - 2007. - Vol. 19. - № 3. - P. 250-256. - URL: https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/MPMI-19-0250 (date accessed: 10.08.2024).

205. Organicfertilizer sources distinctively modulate productivity, quality, mineral composition, and soil enzyme activity of greenhouse lettuce grown in degraded soil / M. Cardarelli, A. El Chami, P. Iovieno [et al.] - Text: electronic // Agronomy 2023, Vol. 13, Page 194. - 2023. - Vol. 13. - № 1. - P. 194. - URL: https://www.mdpi.com/2073-4395/13/1/194/htm (date accessed: 09.01.2024).

206. Pessione, E. Non-Conventional Antimicrobial Agents / E. Pessione, R. Garcia-Contreras // Reference Module in Biomedical Sciences. - 2021.

207. Petunia- And Arabidopsis-specific root microbiota responses to phosphate supplementation / N. Bodenhausen, V. Somerville, A. Desiro [et al.] - Text: electronic // Phytobiomes Journal. - 2019. - Vol. 3. - № 2. - P. 112-124. - URL: https://apsjournals.apsnet.org/doi/full/10.1094/PBIOMES-12-18-0057-R (date accessed: 14.04.2022).

208. Phyllosphere epiphytic and endophytic fungal community and network structures differ in a tropical mangrove ecosystem / H. Yao, X. Sun, C. He [et al.] - Text: electronic // Microbiome. - 2019. - Vol. 7. - № 1. - P. 1-15. - URL: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-019-0671-0 (date accessed: 05.04.2022).

209. Physiological and molecular implications of plant polyamine metabolism during biotic interactions / J. F. Jiménez-Bremont, M. Marina, M. de la L. Guerrero-González [et al.] - Text: electronic // Frontiers in Plant Science. - 2014. - Vol. 5. - № MAR. - URL: /pmc/articles/PMC3957736/ (date accessed: 05.04.2022).

210. Phytotoxic Antibiotic Sulfadimethoxine Elicits a Complex Hormetic Response in the Weed Lythrum Salicaria L / L. Migliore, A. Rotini, N. L. Cerioli [et al.]

- Text: electronic // Dose-Response. - 2010. - Vol. 8. - № 4. - P. 414. - URL: / pmc/articles/PMC2990061/ (date accessed: 11.08.2024).

211. Phytotoxicity of Sulfamethazine Soil Pollutant to Six Legume Plant Species / A. I. Piotrowicz-Cieslak, B. Adomas, G. Nala^cz-Jawecki, D. J. Michalczyk. - Text: electronic // Journal of Toxicology and Environmental Health, Part A. - 2010. - Vol. 73.

- № 17-18. - P. 1220-1229. - URL: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/15287394.2010.492006 (date accessed: 11.08.2024).

212. Pinto, I. S. S. Biodegradable chelating agents for industrial, domestic, and agricultural applications—a review / I. S. S. Pinto, I. F. F. Neto, H. M. V. M. Soares. -Text: electronic // Environmental Science and Pollution Research. - 2014. - Vol. 21. -№ 20. - P. 11893-11906. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s11356-014-2592-6 (date accessed: 11.08.2024).

213. Plant-microbiome interactions: from community assembly to plant health / P. Trivedi, J. E. Leach, S. G. Tringe [et al.] - Text: electronic // Nature Reviews Microbiology 2020 18:11. - 2020. - Vol. 18. - № 11. - P. 607-621. - URL: https://www.nature.com/articles/s41579-020-0412-1 (date accessed: 04.02.2022).

214. Plant beneficial endophytic bacteria: Mechanisms, diversity, host range and genetic determinants / I. Afzal, Z. K. Shinwari, S. Sikandar, S. Shahzad // Microbiological Research. - 2019. - Vol. 221. - P. 36-49.

215. Plant compartment and biogeography affect microbiome composition in cultivated and native Agave species / D. Coleman-Derr, D. Desgarennes, C. Fonseca-Garcia [et al.] - Text: electronic // New Phytologist. - 2016. - Vol. 209. - № 2. - P. 798811. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/nph.13697 (date accessed: 05.04.2022).

216. Plant effects on microbiome composition are constrained by environmental conditions in a successional grassland / L. Meszarosova, E. Kut'akova, P. Kohout [et al.]

- Text: electronic // Environmental Microbiome. - 2024. - Vol. 19. - № 1. - URL: /pmc/articles/PMC10809484/ (date accessed: 10.08.2024).

217. Plant growth promotion induced by phosphate solubilizing endophytic Pseudomonas isolates / N. Oteino, R. D. Lally, S. Kiwanuka [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2015. - Vol. 6. - P. 745.

218. Plant specialized metabolites in the rhizosphere of tomatoes: secretion and effects on microorganisms / M. Nakayasu, K. Takamatsu, K. Yazaki, A. Sugiyama. -Text: electronic // Bioscience, biotechnology, and biochemistry. - 2022. - Vol. 87. - № 1. - P. 13-20. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36373409/ (date accessed: 10.08.2024).

219. Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) enriching antibiotic resistance genes (ARGs) in the soils / B. Chen, R. He, K. Yuan [et al.] // Environmental Pollution.

- 2017. - Vol. 220. - P. 1005-1013.

220. Production of hydroponic solution from human urine using adsorption-desorption method with coconut shell-derived activated carbon / V. Q. Nguyen, H. T. Van, S. H. Le [et al.] // Environmental Technology & Innovation. - 2021. - Vol. 23. - P. 101708.

221. Psychrotolerant endophytic pseudomonas sp. strains OB155 and OS261 induced chilling resistance in tomato plants (Solanum lycopersicum Mill.) by activation of their antioxidant capacity / P. Subramanian, A. Mageswari, K. Kim [et al.] - Text: electronic // Molecular Plant-Microbe Interactions. - 2015. - Vol. 28. - № 10. - P. 10731081. - URL: https://apsjournals.apsnet.org/doi/full/10.1094/MPMI-01-15-0021-R (date accessed: 19.04.2022).

222. Puente, M. E. Endophytic bacteria in cacti seeds can improve the development of cactus seedlings / M. E. Puente, C. Y. Li, Y. Bashan // Environmental and Experimental Botany. - 2009. - Vol. 66. - № 3. - P. 402-408.

223. Puri, A. Seedling growth promotion and nitrogen fixation by a bacterial endophyte Paenibacillus polymyxa P2b-2R and its GFP derivative in corn in a long-term trial / A. Puri, K. P. Padda, C. P. Chanway. - Text: electronic // Symbiosis. - 2016. -

Vol. 69. - № 2. - P. 123-129. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s13199-016-0385-z (date accessed: 25.02.2022).

224. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data / J. G. Caporaso, J. Kuczynski, J. Stombaugh [et al.] - Text: electronic // Nature methods. -2010. - Vol. 7. - № 5. - P. 335-336. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20383131/ (date accessed: 13.06.2024).

225. Quorum quenching is an antivirulence strategy employed by endophytic bacteria / P. Kusari, S. Kusari, M. Lamshöft [et al.] - Text: electronic // Applied Microbiology and Biotechnology 2014 98:16. - 2014. - Vol. 98. - № 16. - P. 7173-7183. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-014-5807-3 (date accessed: 21.04.2022).

226. Quorum Sensing in Gram-Negative Plant Pathogenic Bacteria / S. Sibanda, L. N. Moleleki, D. YufetarShyntum, T. A. Coutinho. - Text: electronic // Advances in Plant Pathology. - 2018. - URL: https://www.intechopen.com/chapters/61617 (date accessed: 21.04.2022).

227. Rabus, R. The Prokaryotes: An Evolving Electronic Resource for the Mircobiological Community. / R. Rabus, T. Hansen, F. Widdel. - Text: electronic. -2004. - P. 122-131. - URL: https://link.springer.com/book/9780387142548 (date accessed: 11.08.2024).

228. Rajkumar, H. . Diversity of arbuscular mycorrhizal fungi associated with some medicinal plants in Western Ghats of Karnataka region, India / H. . Rajkumar, H. . Seema, C. . Kumar. - Text: electronic // World Journal of Nuclear Science and Technology. - 2012. - Vol. 2. - № 1. - P. 13-20. - URL: https://www.researchgate.net/publication/234006728_Diversity_of_arbuscular_mycorrh izal_fungi_associated_with_some_medicinal_plants_in_Western_Ghats_of_Karnataka_ region_India (date accessed: 26.04.2022).

229. Recognizing Plant Defense Priming / A. Martinez-Medina, V. Flors, M. Heil [et al.] // Trends in Plant Science. - 2016. - Vol. 21. - № 10. - P. 818-822.

230. Recovery of Biosurfactant Using Different Extraction Solvent by Rhizospheric Bacteria Isolated from Rice-husk and Poultry Waste Biochar Amended Soil

/ S. O. Adebajo, P. O. Akintokun, A. E. Ojo [et al.] - Text: electronic // https://doi.org/10.1080/2314808X.2020.1797377. - 2020. - Vol. 7. - № 1. - P. 252-266. - URL: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/2314808X.2020.1797377 (date accessed: 05.04.2022).

231. Relation between tetR and tetA expression in tetracycline resistant Escherichia coli / T. S. B. M0ller, M. Overgaard, S. S. Nielsen [et al.] - Text: electronic // BMC Microbiology. - 2016. - Vol. 16. - № 1. - P. 1-8. - URL: https://bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12866-016-0649-z (date accessed: 11.08.2024).

232. Relationship between Plant Roots, Rhizosphere Microorganisms, and Nitrogen and Its Special Focus on Rice / Q. Xiong, J. Hu, H. Wei [et al.] - Text: electronic // Agriculture 2021, Vol. 11, Page 234. - 2021. - Vol. 11. - № 3. - P. 234. - URL: https://www.mdpi.com/2077-0472/11/3/234/htm (date accessed: 11.08.2024).

233. Research and application of eco-friendly chelating agents in plugging removal systems: A review / N. Li, Y. Hu, G. Xiong [et al.] // Geoenergy Science and Engineering. - 2023. - Vol. 229. - P. 212135.

234. Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota / D. Bulgarelli, M. Rott, K. Schlaeppi [et al.] - Text: electronic // Nature 2012 488:7409. - 2012. - Vol. 488. - № 7409. - P. 91-95. - URL: https://www.nature.com/articles/nature11336 (date accessed: 12.08.2024).

235. Rhizobium-legume symbioses: the crucial role of plant immunity / B. Gourion, F. Berrabah, P. Ratet, G. Stacey // Trends in Plant Science. - 2015. - Vol. 20. -№ 3. - P. 186-194.

236. Rhizospheric Fungi: Diversity and Potential Biotechnological Applications / S. S. Pattnaik, S. Busi, S. S. Pattnaik, ■ S Busi. - Text: electronic. - 2019. - P. 63-84. -URL: https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-10480-1_2 (date accessed: 05.04.2022).

237. Roberts, E. Loline alkaloid production by fungal endophytes of Fescue species select for particular epiphytic bacterial microflora / E. Roberts, S. Lindow. -

Text: electronic // The ISME Journal 2014 8:2. - 2013. - Vol. 8. - № 2. - P. 359-368. -URL: https://www.nature.com/articles/ismej2013170 (date accessed: 21.04.2022).

238. Role of Arbuscular Mycorrhizal Fungi in Plant Growth Regulation: Implications in Abiotic Stress Tolerance / N. Begum, C. Qin, M. A. Ahanger [et al.] // Frontiers in Plant Science. - 2019. - Vol. 10. - P. 1068.

239. Root-Associated Bacterial Community Shifts in Hydroponic Lettuce Cultured with Urine-Derived Fertilizer / T. Van Gerrewey, C. El-Nakhel, S. De Pascale [et al.] - Text: electronic // Microorganisms. - 2021. - Vol. 9. - № 6. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34207399/ (date accessed: 08.02.2022).

240. Root microbiota dynamics of perennial Arabis alpina are dependent on soil residence time but independent of flowering time / N. Dombrowski, K. Schlaeppi, M. T. Agler [et al.] - Text: electronic // The ISME Journal. - 2017. - Vol. 11. - № 1. - P. 4355. - URL: https://dx.doi.org/10.1038/ismej.2016.109 (date accessed: 10.08.2024).

241. Rootstocks shape the rhizobiome: Rhizosphere and endosphere bacterial communities in the grafted tomato system / R. Poudel, A. Jumpponen, M. M. Kennelly [et al.] - Text: electronic // Applied and Environmental Microbiology. - 2019. - Vol. 85. - № 2. - URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/AEM.01765-18 (date accessed: 10.08.2024).

242. Rosenblueth, M. Bacterial endophytes and their interactions with hosts. Vol. 19 / M. Rosenblueth, E. Martinez-Romero. - The American Phytopathological Society , 2006.

243. Ruppel, S. Composition of the phyllospheric microbial populations on vegetable plants with different glucosinolate and carotenoid compositions / S. Ruppel, A. Krumbein, M. Schreiner. - Text: electronic // Microbial Ecology. - 2008. - Vol. 56. - № 2. - P. 364-372. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00248-007-9354-7 (date accessed: 04.04.2022).

244. Ryan, M. P. The Genus Ochrobactrum as Major Opportunistic Pathogens / M. P. Ryan, J. Tony Pembroke. - Text: electronic // Microorganisms 2020, Vol. 8, Page 1797. - 2020. - Vol. 8. - № 11. - P. 1797. - URL: https://www.mdpi.com/2076-2607/8/11/1797/htm (date accessed: 11.08.2024).

245. Sah, H. Degradation patterns of tetracycline antibiotics in reverse micelles and water / H. Sah, H. Sah. - Text: electronic // Biomedical Chromatography. - 2006. -Vol. 20. - № 11. - P. 1142-1149. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/bmc.662 (date accessed: 11.08.2024).

246. Sangiorgio, D. The unseen effect of pesticides: The impact on phytobiota structure and functions / D. Sangiorgio, F. Spinelli, E. Vandelle // Frontiers in Agronomy.

- 2022. - Vol. 4. - P. 936032.

247. Schalk, I. J. New roles for bacterial siderophores in metal transport and tolerance / I. J. Schalk, M. Hannauer, A. Braud. - Text: electronic // Environmental Microbiology. - 2011. - Vol. 13. - № 11. - P. 2844-2854. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1462-2920.2011.02556.x (date accessed: 20.04.2022).

248. Schardl, C. L. Epichloe festucae and Related Mutualistic Symbionts of Grasses / C. L. Schardl // Fungal Genetics and Biology. - 2001. - Vol. 33. - № 2. - P. 69-82.

249. Seed-borne endophytic Bacillus amyloliquefaciens RWL-1 produces gibberellins and regulates endogenous phytohormones of Oryza sativa / R. Shahzad, M. Waqas, A. L. Khan [et al.] - Text: electronic // Plant physiology and biochemistry : PPB.

- 2016. - Vol. 106. - P. 236-243. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27182958/ (date accessed: 05.04.2022).

250. Seed endophytic bacterial profiling from wheat varieties of contrasting heat sensitivity / K. Aswini, A. Suman, P. Sharma [et al.] // Frontiers in Plant Science. - 2023.

- Vol. 14. - P. 1101818.

251. Sequence and cultivation study of Muribaculaceae reveals novel species, host preference, and functional potential of this yet undescribed family / I. Lagkouvardos, T. R. Lesker, T. C. A. Hitch [et al.] - Text: electronic // Microbiome. - 2019. - Vol. 7. -№ 1. - URL: /pmc/articles/PMC6381624/ (date accessed: 11.08.2024).

252. Severns, P. M. Indicator species analysis: A useful tool for plant disease studies / P. M. Severns, E. M. Sykes. - Text: electronic // Phytopathology. - 2020. - Vol. 110. - № 12. - P. 1860-1862. - URL:

https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/PHYTO-12-19-0462-LE (date accessed: 16.08.2024).

253. Shade, A. Ecological patterns of seed microbiome diversity, transmission, and assembly / A. Shade, M.-A. Jacques, M. Barret // Current Opinion in Microbiology.

- 2017. - Vol. 37. - P. 15-22.

254. Shifts in diversity and community structure of endophytic bacteria and archaea across root, stem and leaf tissues in the common reed, Phragmites australis, along a salinity gradient in a marine tidal wetland of northern China / B. Ma, X. Lv, A. Warren, J. Gong // Antonie van Leeuwenhoek, International Journal of General and Molecular Microbiology. - 2013. - Vol. 104. - № 5. - P. 759-768.

255. Small Antimicrobial Resistance Plasmids in Livestock-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus CC398 / A. FeBler, K. Kadlec, Y. Wang [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2018. - Vol. 9. - № SEP. - P. 2063.

256. Soil-root interface influences the assembly of the endophytic bacterial community in rice plants / S. O. Samuel, K. Suzuki, R. Asiloglu, N. Harada. - Text: electronic // Biology and Fertility of Soils. - 2022. - Vol. 58. - № 1. - P. 35-48. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00374-021-01611-y (date accessed: 10.08.2024).

257. Soil Chemical and Microbiological Properties Are Changed by Long-Term Chemical Fertilizers That Limit Ecosystem Functioning / Y. C. Bai, Y. Y. Chang, M. Hussain [et al.] - Text: electronic // Microorganisms. - 2020. - Vol. 8. - № 5. - URL: /pmc/articles/PMC7285516/ (date accessed: 11.08.2024).

258. Soil washing with biodegradable chelating agents and EDTA: Effect on soil properties and plant growth / A. Kaurin, S. Gluhar, N. Tilikj, D. Lestan // Chemosphere.

- 2020. - Vol. 260. - P. 127673.

259. Sorption and desorption behavior of four antibiotics at concentrations simulating wastewater reuse in agricultural and forested soils / A. M. Franklin, C. Williams, D. M. Andrews, J. E. Watson // Chemosphere. - 2022. - Vol. 289. - P. 133038.

260. Souza, R. de. Plant growth-promoting bacteria as inoculants in agriculturalsoils / R. de Souza, A. Ambrosini, L. M. P. Passaglia. - Text: electronic //

Genetics and Molecular Biology. - 2015. - Vol. 38. - № 4. - P. 401. - URL: /pmc/articles/PMC4763327/ (date accessed: 04.04.2022).

261. Steven, B. The influence of flower anatomy and apple cultivar on the apple flower phytobiome / B. Steven, R. B. Huntley, Q. Zeng // Phytobiomes Journal. - 2018. - Vol. 2. - № 3. - P. 171-179.

262. Structure and functions of the bacterial microbiota of plants / D. Bulgarelli, K. Schlaeppi, S. Spaepen [et al.] - Text: electronic // Annual Review of Plant Biology. -2013. - Vol. 64. - P. 807-838. - URL: https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-arplant-050312-120106 (date accessed: 09.02.2022).

263. Sulfadiazine uptake and effects on salix fragilis l. and zea mays l. plants / L. Michelini, R. Reichel, W. Werner [et al.] - Text: electronic // Water, Air, and Soil Pollution. - 2012. - Vol. 223. - № 8. - P. 5243-5257. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s11270-012-1275-5 (date accessed: 11.08.2024).

264. Sundin, G. W. Ultraviolet Radiation (UVR) Sensitivity Analysis and UVR Survival Strategies of a Bacterial Community from the Phyllosphere of Field-Grown Peanut (Arachis hypogeae L.) / G. W. Sundin, J. L. Jacobs. - Text: electronic // Microbial ecology. - 1999. - Vol. 38. - № 1. - P. 27-38. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10384007/ (date accessed: 26.04.2022).

265. Temporal dynamics of bacterial communities during seed development and maturation / G. Chesneau, G. Torres-Cortes, M. Briand [et al.] - Text: electronic // FEMS Microbiology Ecology. - 2020. - Vol. 96. - № 12. - URL: https://dx.doi.org/10.1093/femsec/fiaa190 (date accessed: 11.08.2024).

266. Tetracyclines: a pleitropic family of compounds with promising therapeutic properties. Review of the literature / M. O. Griffin, E. Fricovsky, G. Ceballos, F. Villarreal. - Text: electronic // American Journal of Physiology - Cell Physiology. -2010. - Vol. 299. - № 3. - P. C539. - URL: /pmc/articles/PMC2944325/ (date accessed: 11.08.2024).

267. The aeroponic rhizosphere microbiome: community dynamics in early succession suggest strong selectional forces / J. W. Edmonds, J. D. Sackett, H. Lomprey [et al.] - Text: electronic // Antonie van Leeuwenhoek. - 2020. - Vol. 113. - № 1. - P. 83-99. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31531746/ (date accessed: 10.08.2024).

268. The Cacti Microbiome: Interplay between habitat-filtering and host-specificity / C. Fonseca-Garcia, D. Coleman-Derr, E. Garrido [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2016. - Vol. 7. - № FEB. - P. 150.

269. The genome of the endophytic bacterium H. frisingense GSF30T identifies diverse strategies in the Herbaspirillum genus to interact with plants / D. Straub, M. Rothballer, A. Hartmann, U. Ludewig // Frontiers in Microbiology. - 2013. - Vol. 4. -№ JUN. - P. 168.

270. The Hidden World within Plants: Ecological and Evolutionary Considerations for Defining Functioning of Microbial Endophytes / P. R. Hardoim, L. S. van Overbeek, G. Berg [et al.] - Text: electronic // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2015. - Vol. 79. - № 3. - P. 293-320. - URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/mmbr.00050-14 (date accessed: 11.08.2024).

271. The Hydroponic Rockwool Root Microbiome: Under Control or Underutilised? / P. Thomas, O. G. G. Knox, J. R. Powell [et al.] - Text: electronic // Microorganisms 2023, Vol. 11, Page 835. - 2023. - Vol. 11. - № 4. - P. 835. - URL: https://www.mdpi.com/2076-2607/11/4/835/htm (date accessed: 10.08.2024).

272. The importance of the microbiome of the plant holobiont / P. Vandenkoornhuyse, A. Quaiser, M. Duhamel [et al.] - Text: electronic // New Phytologist. - 2015. - Vol. 206. - № 4. - P. 1196-1206. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/nph.13312 (date accessed: 05.04.2022).

273. The prokaryotes: prokaryotic communities and ecophysiology / E. Rosenberg, E. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt. - Text: electronic. - 2013. - URL: https://library.wur.nl/WebQuery/titel/2019920 (date accessed: 11.08.2024).

274. The role of strigolactone in the cross-talk between Arabidopsis thaliana and the endophytic fungus Mucor sp. / P. Rozpadek, A. M. Domka, M. Nosek [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2018. - Vol. 9. - № MAR.

275. The soil microbiome influences grapevine-associated microbiota / I. Zarraonaindia, S. M. Owens, P. Weisenhorn [et al.] - Text: electronic // mBio. - 2015. -Vol. 6. - № 2. - URL: https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/mBio.02527-14 (date accessed: 05.04.2022).

276. The Structure of Bacterial and Fungal Communities in the Rhizosphere and Root-Free Loci of Gray Forest Soil / M. Semenov, D. Nikitin, A. Stepanov, V. Semenov // Eurasian Soil Science. - 2019. - Vol. 3. - P. 355-369.

277. The Use of PGPB to Promote Plant Hydroponic Growth / A. A. Stegelmeier, D. M. Rose, B. R. Joris, B. R. Glick. - Text: electronic // Plants. - 2022. - Vol. 11. - № 20. - P. 2783. - URL: https://www.mdpi.com/2223-7747/11/20/2783/htm (date accessed: 10.08.2024).

278. Thomas, P. Vertical Transmission of Diverse Cultivation-Recalcitrant Endophytic Bacteria Elucidated Using Watermelon Seed Embryos / P. Thomas, P. K. Sahu. - Text: electronic // Frontiers in Microbiology. - 2021. - Vol. 12. - URL: /pmc/articles/PMC8634838/ (date accessed: 15.04.2022).

279. Tian, B. Y. Metagenomic insights into communities, functions of endophytes and their associates with infection by root-knot nematode, Meloidogyne incognita, in tomato roots / B. Y. Tian, Y. Cao, K. Q. Zhang. - Text: electronic // Scientific Reports 2015 5:1. - 2015. - Vol. 5. - № 1. - P. 1-15. - URL: https://www.nature.com/articles/srep17087 (date accessed: 05.04.2022).

280. Tiwari, P. Trends in harnessing plant endophytic microbiome for heavy metal mitigation in plants: a perspective / P. Tiwari, H. Bae. - Text: electronic // Plants. - 2023. - Vol. 12. - № 7. - URL: /pmc/articles/PMC10097340/ (date accessed: 09.01.2024).

281. Transfer of antibiotic resistance from manure-amended soils to vegetable microbiomes / Y. J. Zhang, H. W. Hu, Q. L. Chen [et al.] // Environment International. -2019c. - Vol. 130. - P. 104912.

282. Transmission of Seed and Soil Microbiota to Seedling / A. Rochefort, M. Simonin, C. Marais [et al.] - Text: electronic // mSystems. - 2021. - Vol. 6. - № 3. -

URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/msystems.00446-21 (date accessed: 13.08.2024).

283. Turner, G. M. A comparison of The Limits to Growth with 30 years of reality / G. M. Turner // Global Environmental Change. - 2008. - Vol. 18. - № 3. - P. 397-411.

284. Unlocking the bacterial and fungal communities assemblages of sugarcane microbiome / R. S. C. De Souza, V. K. Okura, J. S. L. Armanhi [et al.] - Text: electronic // Scientific Reports 2016 6:1. - 2016. - Vol. 6. - № 1. - P. 1-15. - URL: https://www.nature.com/articles/srep28774 (date accessed: 05.04.2022).

285. Unveiling the microbiome of hydroponically cultivated lettuce: impact of Phytophthora cryptogea infection on plant-associated microorganisms / L. Vlasselaer, S. Crauwels, B. Lievens, B. De Coninck. - Text: electronic // FEMS Microbiology Ecology.

- 2024. - Vol. 100. - № 3. - P. 10. - URL: /pmc/articles/PMC10872686/ (date accessed: 10.08.2024).

286. Uptake, Translocation, and Stability of Oxytetracycline and Streptomycin in Citrus Plants / F. Al-Rimawi, F. Hijaz, Y. Nehela [et al.] - Text: electronic // Antibiotics 2019, Vol. 8, Page 196. - 2019. - Vol. 8. - № 4. - P. 196. - URL: https://www.mdpi.com/2079-6382/8/4/196/htm (date accessed: 11.08.2024).

287. Varieties of Lettuce Forming Distinct Microbial Communities Inhabiting Roots and Rhizospheres with Various Responses to Osmotic Stress / J. Ziarovska, L. Urbanova, D. Moravcikova [et al.] - Text: electronic // Horticulturae. - 2022. - Vol. 8.

- № 12. - P. 1174. - URL: https://www.mdpi.com/2311-7524/8/12/1174/htm (date accessed: 13.08.2024).

288. Virulence of Plant Pathogenic Bacteria Attenuated by Degradation of Fatty Acid Cell-to-Cell Signaling Factors / K. L. Newman, S. Chatterjee, K. A. Ho, S. E. Lindow. - Text: electronic // International Society for Plant-Microbe Interactions. -2008. - Vol. 21. - № 3. - P. 326-334. - URL: https://apsjournals.apsnet.org/doi/abs/10.1094/MPMI-21-3-0326 (date accessed: 21.04.2022).

289. Volatile Organic Compounds Produced by Cacao Endophytic Bacteria and Their Inhibitory Activity on Moniliophthora roreri / N. De la Cruz-Lopez, L. Cruz-Lopez,

F. Holguin-Melendez [et al.] - Text: electronic // Current Microbiology 2021 79:2. -2022. - Vol. 79. - № 2. - P. 1-11. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s00284-021-02696-2 (date accessed: 21.04.2022).

290. Volatiles produced by soil-borne endophytic bacteria increase plant pathogen resistance and affect tritrophic interactions / M. D'Alessandro, M. Erb, J. Ton [et al.] - Text: electronic // Plant, Cell and Environment. - 2014. - Vol. 37. - № 4. - P. 813-826. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/pce.12220 (date accessed: 21.04.2022).

291. Weakening Effect of Cell Permeabilizers on Gram-Negative Bacteria Causing Biodeterioration / H. L. Alakomi, A. Paananen, M. L. Suihko [et al.] - Text: electronic // Applied and Environmental Microbiology. - 2006. - Vol. 72. - № 7. - P. 4695. - URL: /pmc/articles/PMC1489302/ (date accessed: 11.08.2024).

292. Weisskopf, L. Microbial volatile organic compounds in intra-kingdom and inter-kingdom interactions / L. Weisskopf, S. Schulz, P. Garbeva. - Text: electronic // Nature Reviews Microbiology 2021 19:6. - 2021. - Vol. 19. - № 6. - P. 391-404. - URL: https://www.nature.com/articles/s41579-020-00508-1 (date accessed: 21.04.2022).

293. What is there in seeds? Vertically transmitted endophytic resources for sustainable improvement in plant growth / R. Shahzad, A. L. Khan, S. Bilal [et al.] // Frontiers in Plant Science. - 2018. - Vol. 9. - P. 319267.

294. Wheat Growth and Photosynthesis as Affected by Oxytetracycline as a Soil Contaminant / Z. J. Li, X. Y. Xie, S. Q. Zhang, Y. C. Liang // Pedosphere. - 2011b. -Vol. 21. - № 2. - P. 244-250.

295. Where less may be more: how the rare biosphere pulls ecosystems strings / A. Jousset, C. Bienhold, A. Chatzinotas [et al.] - Text: electronic // The ISME Journal 2017 11:4. - 2017. - Vol. 11. - № 4. - P. 853-862. - URL: https://www.nature.com/articles/ismej2016174 (date accessed: 05.04.2022).

296. Ye, W. Microbe associated molecular pattern signaling in guard cells / W. Ye, Y. Murata // Frontiers in Plant Science. - 2016. - Vol. 7. - № MAY2016. - P. 583.

297. Zhang, H. Plant growth, antibiotic uptake, and prevalence of antibiotic resistance in an endophytic system of pakchoi under antibiotic exposure / H. Zhang // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2017. - Vol. 14. -№ 11. - P. 1336.

298. Феоктистова, Н.В Марданова, А.М. Хадиева, Г.Ф. Шарипова, М. Р. Ризосферные бактерии / М. Р. Феоктистова, Н.В Марданова, А.М. Хадиева, Г.Ф. Шарипова. - Text: electronic // Ученые записки Казанского государственного университета /Естественные науки. - 2016. - P. 207-224. - URL: https://cyberleninka.ru/article/n/rizosfernye-bakterii/viewer (date accessed: 10.08.2024).