Fusarium как ключевой таксон в микобиоте корней картофеля тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Акосах Йав Абайе

• Акосах Йав Абайе
• кандидат наук
• 2021

Оглавление диссертации кандидат наук Акосах Йав Абайе

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Микробное сообщество растений: роль в физиологии растений

1.1.1 Общая характеристика и функциональный потенциал микробиоты растений

1.1.2 Разнообразие микробиоты растений

1.1.3 Факторы, влияющие на микробиоту растений

1.1.4 Микробиота корней картофеля

1.2 Картофель как важная сельскохозяйственная культура

1.2.1 Производство картофеля

1.2.2 Потери урожая картофеля от инфекционных заболеваний

1.3 Микромицеты рода Fusarium: характеристика и роль в патогенезе

1.3.1 Общая характеристика и таксономия микромицетов рода Fusarium

1.3.2 Микромицеты рода Fusarium - возбудители болезней различных растений

1.3.3 Микромицеты рода Fusarium - возбудители заболеваний картофеля

1.3.4 Fusarium как клинически значимый патоген человека

1.3.5 Микромицеты рода Fusarium как продуценты токсинов

1.3.6 Патогеномика микромицетов рода Fusarium

1.3.7 Молекулярные механизмы взаимодействия Fusarium spp. с растением-хозяина

1.4 Методы контроля фитопатогенных микромицетов рода Fusarium

1.4.1 Химический контроль фузариоза

1.4.2 Альтернативные стратегии защиты растений картофеля от фузариоза

Заключение

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 База для проведения полевых экспериментов

2.2 Метагеномный анализ грибной микробиоты почвы и корней картофеля сорта Жуковский ранний

2.2.1 Культивирование растения картофеля

2.2.2 Отбор проб почвы и корней картофеля для метагеномных исследований

2.2.3 Выделение, амплификация и секвенирование ДНК

2.2.4 Анализ данных секвенирования

2.2.5 Анализ корового компонента грибных сообществ

2.3 Выделение и культивирование микромицетов, хранение культур и получение суспензии конидий

2.3.1 Питательные среды и условия культивирования

2.3.2 Выделение микромицетов рода Fusarium из ризосферы картофеля

2.3.3 Выделение микромицетов рода Fusarium из корневой шейки картофеля

2.3.4 Выделение микромицетов рода Fusarium из клубней картофеля

2.3.5 Молекулярно-генетическая идентификация изолятов

2.3.5.1 Выделение ДНК

2.3.5.2 Полимеразная Цепная Реакция и секвенирование ампликонов

2.3.6 Получение спор грибов рода Fusarium

2.4 Взаимодействие изолятов Fusarium с растением картофеля

2.4.1 Заражение условно-здоровых клубней картофеля

2.4.2 Заражение асептических проростков растений картофеля

2.4.3 Исследование экспрессии генов растений картофеля в ответ на инфицирование изолятами Fusarium

2.4.4 Количественное определение уровня экспресии матричной РНК (мРНК) РК-генов картофеля

2.5 Влияние фунгицидов на рост штаммов F. oxysporum и экспрессию генов

2.5.1 Исследование влияние фунгицидов на рост изолятов

2.5.2 Выделение тотальной РНК, синтез кДНК и анализ экспрессии генов

CYP51A и НК1

2.6 Статистическая обработка данных

3 РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Сравнительный анализ грибной микробиоты корней картофеля сорта Жуковский ранний

3.1.1 Альфа- и бета-разнообразие грибных сообществ разных компартментов корней

3.1.2 Структура микобиоты ризосферы и ризопланы картофеля сорта Жуковский

ранний

3.2 Влияние различных факторов на структуру микобиоты корней картофеля сорта Жуковский ранний

3.2.1 Условия проведения вегетационного опыта: изменение сезонных и погодных параметров

3.2.2 Биоинформационный анализ результатов секвенирования

3.2.3 Анализ альфа- и бета-разнообразия грибных сообществ

3.2.4 Таксономический состав грибных сообществ различных компартментов корней картофеля и свободной почвы

3.2.4.1 Сравнительный анализ грибных сообществ на уровне филумов и классов

3.2.4.2 Сравнительный анализ грибных сообществ на уровне родов и видов

3.2.5 Ядро (Core) микобиоты корней картофеля сорта Жуковский ранний

3.2.6 Анализ функциональных групп грибных сообществ

3.2.7 Влияние севооборота на изменение численности популяции Fusarium spp. в грибных сообществах корней картофеля

3.3 Выделение изолятов Fusarium spp. и анализ их патогенности в отношении клубней картофеля

3.3.1 Выделение и идентификация изолятов Fusarium spp

3.3.2 Анализ восприимчивости клубней различных сортов картофеля к изолятам Fusarium spp

3.3.2.1 Восприимчивость клубней картофеля к изолятам Fusarium, выделенным из корневой шейки

3.3.2.2 Восприимчивость клубней картофеля к изолятам Fusarium, выделенным из ризосферы

3.3.2.3 Восприимчивость клубней к изолятам, выделенным из больных клубней

3.3.2.4 Восприимчивость клубней к изолятам, выделенным из латентно-инфицированных клубней

3.4 Влияние фунгицидов на рост F. oxysporum и экспрессию генов

3.4.1 Влияние флудиоксонила и пенконазола на рост штаммов F. oxysporum

3.4.2 Влияние фунгицидов на экспрессию генов CYP51A и HK1 Fusarium oxysporum

3.5 Экспрессия гипотетических генов ответа в растениях картофеля при инфекции

Fusarium spp

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Fusarium как ключевой таксон в микобиоте корней картофеля»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее изученности

Микроскопические грибы играют огромную роль в росте, развитии и продуктивности растений [Babalola et al., 2020]. Особенно важен вклад грибных сообществ корней, формирование которых зависит от многих факторов: типа и характеристик почвы, вида и сорта растения, методов агротехники, климатических условий и различных стрессовых факторов [Bao et al., 2020; Khondoker et al., 2020]. Процесс сборки корневых микробиомов из почвенных сообществ может приводить к колонизации корней представителями патогенных таксонов, вызывая развитие различных заболеваний и снижение продуктивности или гибель растений [Bukhat et al., 2020].

Фузариозное увядание и сухая гниль клубней, вызываемые микромицетами рода Fusarium, являются важными заболеваниями картофеля (Solanum tuberosum L.), распространенными в мире и приводящими к потерям урожая при вегетации и в процессе хранения [Guigon-Lopez, 2019; Rampersad, 2020]. Латентное инфицирование семенных клубней может снизить урожайность растений в следующем вегетационном цикле, за счет угнетения развития ростков картофеля и, как следствие привести к потере до 25% урожая и инфицированию более 60% клубней при хранении [Tiwari et al., 2020]. Известно, что культивары картофеля различаются устойчивостью к различным фитопатогенам [Rietman et al., 2012], что обуславливает важность селекции устойчивых сортов к фитопатогенам.

После засухи 2010 г. в разных регионах России, и в том числе и в Республике Татарстан, увеличилось распространение фузариоза картофеля [Замалиева с соавт., 2015]. Роль представителей Fusarium в развитии фузариозного увядания и сухой гнили картофеля в зарубежных регионах земного шара исследуется активно [Koike and Gordon, 2015; Heltoft et al., 2016 а; Sandipan et al., 2016]. Однако на территории Российской Федерации, и в Республики Татарстан данных о возбудителях этого заболевания картофеля мало. Также недостаточно изучены механизмы молекулярного ответа растений картофеля на фузариозное инфицирование.

Fusarium spp. широко распространены в почве и входят в состав микробиоты, ассоциированной с корнями многих сельскохозяйственных культур [Heltoft et al., 2016 б]. В настоящее время внимание исследователей привлечено к бактериальным сообществам

ризосферы картофеля [inceoglu et al., 2012; Guyer et al., 2015; Pfeiffer et al., 2017], в то время как данные о грибной микробиоте ризосферы картофеля малочисленны [Hannula et al., 2012, 2013; Zimudzi et al., 2018]; практически отсутствуют сведения о микобиоте ризопланы. Изучение грибных сообществ, ассоциированных с разными компартментами корней картофеля, исследование динамики популяции Fusarium в этих компартментах необходимо для понимания закономерностей колонизации картофеля патогенными грибами и разработки стратегии контроля фузариоза.

В связи с этим для выяснения роли разных таксонов грибов, в частности Fusarium, в физиологии и патологии картофеля актуальна проблема исследования структуры и закономерностей формирования грибных сообществ корней картофеля. Установление молекулярных механизмов влияния фунгицидов на рост и экспрессию генов гриба Fusarium и характеристика штаммов-возбудителей фузариоза картофеля, выращенного на полях РТ, является основой разработки новых стратегий контроля этого фитопатогена и представляет практический интерес для сельского хозяйства.

Цель работы - выявить закономерности формирования микобиоты корней картофеля (Solanum tuberosum L.) сорта Жуковский ранний на серых лесных почвах и охарактеризовать взаимодействия патогенных штаммов рода Fusarium с растениями картофеля.

Для достижения этой цели решались следующие задачи:

1. Провести сравнительный анализ структуры грибной микробиоты корней картофеля сорта Жуковский ранний и оценить популяцию Fusarium spp. в ризосфере и ризоплане.

2. Оценить влияние стадии вегетации на микобиоту разных компартментов корней картофеля и установить динамику изменения популяции Fusarium spp. в зависимости от стадии роста и севооборота.

3. Выделить изоляты Fusarium spp. из ризосферы, корневой шейки и клубней картофеля и провести сравнительный анализ их способности вызывать сухую гниль в клубнях разных сортов.

4. Оценить влияние фунгицидов флудиоксонила и пенконазола на рост колоний Fusarium oxysporum и экспрессию генов стерол-14-а-деметилазы (CYP51A) и гистидин киназы (HK1).

5. Определить изменение уровня экспрессии генов ответа (PR2, PR3 и PR9) картофеля при искусственном заражении изолятами Fusarium oxysporum.

Научная новизна

В работе впервые исследованы закономерности формирования и динамики структуры грибной микробиоты разных компартментов корней (ризопланы и ризосферы) картофеля сорта Жуковский ранний при культивировании его на серых лесных почвах, которые являются основным типом почвы в регионах выращивания картофеля в Республике Татарстан. Установлено, что микромицеты рода Fusarium являются одной из доминантных групп грибов в микробиоте корней этого сорта картофеля, что коррелирует с высокой чувствительностью клубней этого сорта к фузариозной сухой гнили. Впервые охарактеризованы изменения в структуре грибных сообществ корней картофеля сорта Жуковский ранний под влиянием различных факторов: сезонные изменения погоды, стадия роста растений и севооборот. Впервые показано, что фунгициды флудиоксонил и пенканазол вызывают у штаммов F. oxysporum сверхэкспрессию генов гистидин киназы (НК1) и стерол-14-а-деметилазы (CYP51A) соответственно. Установлено, что инфицирование картофеля изолятами F. oxysporum приводит к повышению уровня экспрессии генов ответа картофеля PR2, PR3 и PR9, что подтверждает участие продуктов этих генов в защите от фузариозной инфекции.

Теоретическая и практическая значимость

Полученные результаты будут способствовать более углубленному и детальному пониманию закономерностей формирования грибных сообществ серых лесных почв и корней картофеля, а также биологии патогенных микромицетов рода Fusarium -возбудителей фузариоза картофеля. Результаты метагеномных исследований актуальны для разработки современных биотехнологических стратегий агротехнологии картофеля с целью оптимизации микробных сообществ корней и почвы, использования потенциала симбиотических отношений между микробными сообществами почвы и корней сельскохозяйственных культур. Идентификация генов ответа картофеля на фузариозную инфекцию позволит создать новые тест-системы для диагностики и контроля за безопасностью сельскохозяйственной продукции, а также быть основой для селекции сортов картофеля на устойчивость к болезням и вредителям. Сравнительная характеристика

способности изолятов Fusarium вызывать сухую гниль в клубнях разных сортов картофеля и, в частности, недавно созданного в РТ сорта Регги, важна для целенаправленной селекции устойчивых сортов. Таким образом, полученные новые данные могут быть использованы для разработки новых стратегий контроля фузариоза картофеля.

Положения, выносимые на защиту:

1. Микромицеты рода Fusarium являются одной из доминирующих групп в ризосфере и ризоплане картофеля, доля которых варьирует от 9 до 15% и зависит от стадии вегетации растения, а также севооборота. Штаммы Fusarium, возбудители трахеомикозной инфекции, способны вызывать сухую гниль в клубнях различных сортов картофеля.

2. Ген гистидин киназы (HK1) Fusarium oxysporum сверхэкспрессируется в присутствии фунгицида флудиоксонила, что может обуславливать резистентность микромицетов. Фунгицид пенконазол индуцирует сверхэкспрессию гена стерол-14-a-деметилазы (CYP51A).

3. Fusarium spp. вызывают в растениях картофеля повышение экспрессии гена пероксидазы (PR9), и, в зависимости от вирулентности, в разной степени повышают экспрессию генов хитиназы IV (PR3) и ß-1,3-глюканазы (PR2).

Степень достоверности подтверждается значительным количеством лабораторных и полевых экспериментов, проведенных с использованием современного высокоточного оборудования и проанализированных с помощью соответствующих программных обеспечений, а также публикацией полученных данных в рецензируемых научных изданиях.

Апробация работы и публикации

По материалам работы опубликовано 6 статей в рецензируемых журналах, из которых 3 в журналах, индексируемых Web of Science и Scopus, 3 - в отечественных журналах, индексируемых в базе РИНЦ и рекомендованных ВАК РФ, 10 тезисов.

Материалы диссертации представлены на II Международной научной конференции «Plants and Microbes: the Future of Biotechnology» (Саратов, 2020); на Международной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2020», (Москва, 2020); на Международной Пущинской Школе-конференции «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2020); на Международном российско-германском семинаре "Interaction: from cell to human (Казань, 2019); на Международной конференции студентов, аспирантов и молодых

учёных «Ломоносов-2019», (Москва, 2019); на Международной научной конференции «Plants and Microbes: the Future of Biotechnology» (Уфа, 2018); на III Международной школе-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Материалы и Технологии XXI Века» (Казань, 2018); на 72-ой и 73-ей Всероссийских с международным участием школах-конференциях молодых ученых «БИОСИСТЕМЫ: организация, поведение, управление» (Нижный Новгород, 2019; 2020); на IV Всероссийском съезде по защите растений с международным участием «Фитосанитарные технологии в обеспечении независимости и конкурентоспособности АПК России». (Санкт-Петербург, 2019).

Место выполнения работы и личный вклад соискателя

Работа реализована на базе НИЛ Микробные биотехнологии в рамках государственной программы повышения конкурентоспособности Казанского (Приволжского) федерального университета среди ведущих мировых научно-исследовательских центров. Полевые эксперименты были проведены на опытных полях ФГБНУ «ТатНИИСХ» (Республика Татарстан, Лаишевский р-н, Большекабанское сельское поселение). Исследования проводились при поддержке гранта РФФИ No. 19-316-90028. Личный вклад автора работы заключается в анализе данных отечественной и зарубежной литературы по теме диссертации, разработке основной проблемы исследования, планировании, организации и реализации экспериментов, а также интерпретации полученных результатов.

Объём и структура диссертации

Материалы диссертации изложены на 178 страницах машинописного текста. Работа содержит 25 рисунков и 12 таблиц. Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов исследований, обсуждения результатов, заключения, выводов и списка литературы. Библиография включает 372 источника, среди которых 16 российских и 356 зарубежных источников. Приложение включает данные по таксономическому анализу грибных сообществ почвы и корней картофеля (таблицы П1-П4).

Благодарности

Автор выражает благодарность научному руководителю д.б.н., доценту кафедры микробиологии КФУ А.М. Мардановой за душевное руководство и полную поддержку; д.б.н., профессору кафедры микробиологии КФУ М.Р. Шариповой за замечания и важные

комментарии при обсуждении работы; заведующему отделом сельскохозяйственной биотехнологии (ТатНИИСХ), к.б.н. З. Сташевски и заведующему лабораторией селекции картофеля, к.б.н., с.н.с. С.Г. Вологину за помощь в проведении полевых экспериментов и предоставлении клубней картофеля разных сортов; аспирантам М.Т. Лутфуллину, Г.Ф. Лутфуллиной и З.С. Костенниковой, магистру П. С. Мишеевой, инженеру Н.К. Мочаловой за помощь в организации экспериментов, м.н.с. Д.С. Пудовой за помощь в биоинформатическом анализе полученных данных; к.б.н., с.н.с. НИЛ Экстремальная биология КФУ Е.И. Шагимардановой и к.б.н. Н.Е. Гоголевой за проведение метагеномного секвенирования образцов; сотрудникам Междисциплинарного центра геномных и протеомных исследований КФУ за секвенирование образцов ДНК. Автор выражает признательность всем сотрудникам кафедры микробиологии и НИЛ Микробные биотехнологии КФУ за полезные советы и благожелательную атмосферу.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Микробное сообщество растений: роль в физиологии

1.1.1 Общая характеристика и функциональный потенциал микробиоты растений

Роль микробиоты растений как одного из ключевых факторов, определяющих здоровье и продуктивность растений, исследуется уже более 100 лет, начиная с работ Лоренца Хилтнера в 1901 году [Hartmann et al., 2008; Sánchez-Cañizares et al., 2017]. Постоянное развитие методов исследования и, в первую очередь, таких как молекулярные методы, «omics» технологии и современные методы микроскопии, привело к важным открытиям относительно роли микроорганизмов в жизни растений [Vieites et al., 2009; Sharma et al., 2020; Tartaglia et al., 2020]. Исследования последнего десятилетия выявили очень сложные микробные сообщества, связанные с различными видами растений и их органами [Schlaeppi and Bulgarelli, 2015; Hartmann et al., 2019; Sunita et al., 2020].

В настоящее время принято рассматривать растение и его микрофлору как единое целое, для чего предложен термин «холобионт» (holobiont) [Vandenkoornhuyse et al., 2015]. Согласно концепции холобионта, метаорганизмы представляют собой совокупность совместно эволюционирующих видов. Более того, совместная эволюция привела к формированию чрезвычайно тесных отношений между микробами и их хозяевами, которые создают специфические и стабильные микробиомы. Следовательно, все эукариоты можно рассматривать как метаорганизмы - ассоциацию макроскопических хозяев и разнообразной микробиоты, состоящей из бактерий, архей, грибов и протистов. Более того, даже протисты могут иметь свою собственную бактериальную микрофлору, поэтому предполагается, что микробиота возможно играла и до сих пор играет важную роль в эволюции многоклеточности [Inoue et al., 2000; Gast et al., 2009; McFall-Ngai et al., 2013]. Микробное сообщество выполняет важные функции для самого холобионта, а также для экосистемы [van der Heijden and Hartmann, 2016]. Интересно, что в дополнение к совместному выполнению некоторых задач многие организмы «передали на аутсорсинг» микробиоте некоторые важные функции, включая функции собственного развития [Kolodny and Schulenburg, 2020]. Микробный компонент холобионта растения, также называемый

микробиотой растения (включает все микроорганизмы) или микробиомом растения (включает все геномы микробов) в ризосфере, филлосфере и эндосфере, выполняет различные важные функции, поддерживая рост и развитие растений, устойчивость к стрессам и патогенам [Bergelson et al., 2019; Kusstatscher et al., 2019; Olanrewaju et al., 2019; Sunita et al., 2020].

Исследования микробиоты растений фактически начались с самых ранних наблюдений за симбиотическими отношениями бобовых с ризобиями и микоризой. Было обнаружено, что некоторые из азотфиксирующих эндофитных и свободноживущих ризобактерий из родов Bradyrhizobium, Azotobacter, Pseudomonas, Azospirillum, Bacillus, Burkholderia и Achromobacter оказывают положительное влияние на сельскохозяйственные культуры, увеличивая как наземную, так и подземную биомассу [Martínez-Hidalgo and Hirsch 2017; Mahmud et al. 2020]. Важными членами микробиома растений также являются некоторые фосфатосолюбилизирующие бактерии (Pseudomonas, Bacillus, Alcaligenes, Aerobactor) и грибы (Aspergillus, Penicillium, Fusarium, Chaetomium, Cephalosporium) [Elias et al., 2016; Smith et al., 2018]. Они повышают растворимость неорганического фосфора (P) за счет высвобождения протонов, OH- или CO2 и анионов органических кислот, таких как цитрат, малат и оксалат, а также могут минерализовать органический P за счет высвобождения различных фосфатаз [Mohanram and Kumar 2019]. Микроорганизмы ризосферы также способствуют усвоению микроэлементов, таких как железо (Fe) и цинк (Zn), выделяя анионы органических кислот или сидерофоры, которые хелатируют ион трехвалентного железа (Fe3+) и переносят его на поверхность клетки, где он восстанавливается до растворимого иона двухвалентного железа (Fe2+) [Saha et al., 2016]. К сидерофорам относятся энтеробактин, пиовердин и ферриоксамины, продуцируемые бактериями, и феррихромы, продуцируемые грибами [Ghosh et al., 2020]. Также известно, что ризосферные микроорганизмы (Curtobacterium, Plantibacter, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Streptomyces) мобилизуют цинк (Zn) путем подкисления среды за счет выработки глюконовой кислоты [Sultana et al., 2019]. Микроорганизмы-антагонисты подавляют патогены, производя антимикробные метаболиты или гидролитические ферменты, а также конкурируя за питательные вещества и пространство [Vejan et al., 2016; Hu et al., 2018]. Например, Pseudomonas fluorescens подавляет почвенные патогены, такие

как Meloidogyne incognita и F. oxysporum, путем производства антибиотика 2,4-диацетилфлороглюцина [Meyer et al., 2016]. Известно также, что бактерии могут паразитировать и разлагать споры грибковых патогенов растений за счет выработки ферментов, разрушающих клеточную стенку, таких как хитиназа и ß-1,3-глюканаза [Abdelmoteleb et al., 2017]. Большинство биоконтрольных микробных штаммов продуцируют более одного антибиотического соединения с разной степенью антимикробной активности [Gan et al., 2019]. В биоконтроле патогенов также эффективную роль играют бактериальные и грибные хелаторы железа, делающие его недоступным для патогенных микроорганизмов, тем самым ограничивая их рост [Chowdappa et al., 2020]. Так, сидерофоры, продуцируемые Bacillus subtilis, в значительной степени ингибируют фузариозное увядание перца, вызываемого F. oxysporum [Sarwar et al., 2018].

За последние 20 лет были сделаны важные открытия, касающиеся ассоциированных с растениями микроорганизмов. Так, в настоящее время выявлены: 1) способность корневых бактерий и грибов подавлять переносимые через почву патогены [Vejan et al., 2016; Patel et al., 2018]; 2) межкорпоративное взаимодействие между растениями и микробами [Sasse et al., 2018]; 3) специфичные для вида растений микробные сообщества ризосферы, идентифицированные с помощью генетической дактилоскопии и молекулярного анализа штаммов [Johnston-Monje and Lopez Mejia, 2020]; 4) роль ризосферы как резервуара факультативных патогенов человека [Ali et al., 2017]; 5) большое разнообразие и важность эндофитного микобиома, в частности визуализированного с помощью флуоресцентной гибридизацией in situ и микроскопии [Manzotti et al., 2020]; и 6) наличие большого количества эндофитных некультивируемых архей на растениях [Müller et al., 2015; Fadiji et al., 2020] и др.

Осознание того, что микробные сообщества колонизируют практически каждое растение и играют центральную роль в здоровье и болезнях на протяжении всего его жизненного цикла, стало революционным прорывом в биологической науке, а также направило исследования растений в сторону более целостного взгляда. Особенностью современного этапа исследований является переход от описания состава микробных сообществ и его огромного разнообразия к выяснению принципов, управляющих их формированием, динамикой и функциями [Wallenstein, 2017]. До сих пор неясными остаются

взаимодействия конкретных микроорганизмов с растением-хозяином, с другой стороны мало изучены факторы, которые позволяют растениям отличать полезные микробы от патогенных. Чтобы распутать сложную сеть генетических, микробных и метаболических взаимодействий, включая сигнальные пути, опосредующие взаимодействия микробов и хозяев, требуются комплексные подходы системной биологии [Rodriguez et al., 2019].

В обзоре [van der Heijden and Hartmann, 2016] высказано несколько гипотез о взаимосвязи продуктивности растений и разнообразия их микробиомов. Одна из гипотез состоит в том, что продуктивность растений увеличивается с увеличением разнообразия микробиома и что при определенном уровне разнообразия дальнейшее увеличение разнообразия микробиома не приводит к улучшению продуктивности растений. Согласно второй гипотезе, разнообразие микробиома растений не связано с производительностью растений, а зависит от конкретных хозяев в сочетании с таксонами микробов. Еще одна гипотеза состоит в том, что продуктивность растений зависит от присутствия конкретных видов микробов (например, ключевых видов), и что можно идентифицировать альтернативные стабильные состояния с высокой или низкой производительностью растений в зависимости от состава микробного сообщества. И наконец высказывается гипотеза о том, что существуют определенные таксоны - краеугольные камни, и что появление таких таксонов оказывает сильное влияние на сборку микробиома, а это, в свою очередь, может иметь положительное (например, при колонизации мутуалистов) или отрицательное (например, при колонизации фитопатогенов) влияние на продуктивность. Следовательно, ключевой задачей настоящего этапа исследований является установление связи состава микробиома с функцией [Babalola et al., 2020].

Таким образом, исследования, направленные на изучение структуры, закономерностей формирования микробиома растений и роли его отдельных компонентов в физиологии и продуктивности, до сегодняшнего дня являются актуальными и практически значимыми. Дальнейший прогресс этой области науки обусловлен быстрым развитием разнообразных «omics» технологий и биоинформатических методов.

1.1.2 Разнообразие микробиоты растений

Растения содержат разные микробные сообщества, специфичные для каждого органа растения, включая филлосферу [Copeland et al., 2015], ризосферу [Alzubaidy et al., 2016] и эндосферу [Akinsanya et al., 2015] (рисунок 1). Ризосфера является наиболее изученной средой обитания в связи с ее огромным потенциалом для здоровья и развития растений [Raaijmakers et al., 2009]. Уже давно было известно, что ризосфера обогащена определенными видами микробов по сравнению с почвой и внутренними тканями. Современные технологии обеспечивают гораздо более глубокое понимание и расширяют наши представления о взаимодействиях растений с микробиотой ее корней [Nicol et al., 2004; Müller et al., 2015]. Кроме того, микробиота растений имеет огромный потенциал использования в различных аспектах биотехнологии и сельского хозяйства (рисунок 1).

а

Л

PGPFs

PGPBs

PGPBs

узелки

rFrankia Rhizobium

Bacillus Azospirillum L Pseudomonas

б

Симбиотическое взаимодействие

корни

r0 »'

• AMFs

kJ 9

Trichodermu Yeasts

Микробиота/ микробиомы

Абиотический/биотический стресс

мелиорация почвы w f

и

но

'nw

Аллелохимикаты

Растения

PGPFs

здоровье растений

Вторичные метаболиты растений таксол, генсенозиды алкалоиды и др.

Рисунок 1. (а) Полезные микроорганизмы и микробиота корней растений. Полезная микробиота присутствует в ризосфере, ризоплане, филлосфере и эндосфере. Арбускулярные микоризные грибы (ЛМБ), ЕгапМа 8рр. и КЫ2вЫиш 8рр. действуют как симбионты корней растений; (б) Направления перспективных исследований микробиоты и микробиомов сельскохозяйственных культур. РОРБ8 - ростостимулирующие бактерии; РОРБ8 - ростостимулирующие грибы [Паи et а1., 2020].

Микробиота корней в основном формируется горизонтально, то есть возникает из почвенной среды, которая богата разнообразными микроорганизмами, среди которых преобладают Acidobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes, Proteobacteria, Planctomycetes и Actinobacteria [Lareen et al., 2016]. Также важным источником микроорганизмов, которые размножаются на корнях развивающегося растения, являются семена [Rathore et al., 2017; Nelson, 2018]. Показано, что формирование микробиоты корней растений обусловлено привлечением микробов в околокорневую зону питательными веществами, такими как углеводы и аминокислоты, в сочетании со специфичными для растений вторичными метаболитами [Sasse et al., 2018]. При этом экссудаты корней растений играют важную роль как химические аттрактанты, так и репелленты [Kawasaki et al., 2016]. Кроме того, этот процесс играет важную роль в передаче сигналов защиты растений от патогенов [Bukhat et al., 2020]. Известно, что экссудаты корней, такие как органические кислоты, аминокислоты, жирные кислоты, фенолы, регуляторы роста растений, нуклеотиды, сахара, путресцин, стерины и витамины, влияют на микробный состав вокруг корней, что называется «эффектом ризосферы» [Neumann and Römheld, 2000; Dennis et al., 2010]. Например, группа защитных вторичных метаболитов, таких как бензоксазиноиды (BX), высвобождаемых корнями кукурузы, изменяет состав связанной с корнями микробиоты, и было обнаружено, что микроорганизмы, принадлежащие к филумам Actinobacteria и Proteobacteria, наиболее подвержены влиянию этих метаболитов [Kudjordjie et al., 2019].

Микробный состав для определенного растительного органа, по-видимому, очень индивидуален, а также зависит от различных факторов, таких как генотип растений, климат и тип почвы [Dastogeer et al., 2020]. Если ризосфера представляет собой границу раздела почва-растение, филлосфера образует границу раздела воздух-растение. Это микроместо обитания также представляет особый интерес благодаря большой открытой площади поверхности и его связи с микробиомом воздуха, особенно с патогенами, переносимыми по воздуху [Chaudhry et al., 2021]. В микробиоме филосферы обнаружено меньшее микробное разнообразие по сравнению с ризосферой, при этом определенные таксоны присутствуют в обоих компартментах [Bao et al., 2020]. В целом листья имеют различные стратегии для запуска микробной колонизации, например, выделение (антимикробных) восковых слоев и

(антимикробных) вторичных метаболитов, а также формирование трихомов и волосков [Schlechter et al, 2019].

Микробиота эндосферы отличается от микробиоты филлосферы на уровне родов и видов. Например, структурный анализ микробиоты филлосферы или карпосферы (плодов) виноградной лозы выявил в качестве доминантных видов Pseudomonas, Sphingomonas, Frigoribacterium, Curtobacterium, Bacillus, Enterobacter, Acinetobacter, Erwinia, Citrobacter, Pantoea и Methylobacterium [Zarraonaindia et al., 2015], тогда как при анализе эндофитов ягод винограда выявили преобладание родов Ralstonia, Burkholderia, Pseudomonas, Staphylococcus, Mesorhizobium, Propionibacterium, Dyella и Bacillus [Campisano et al., 2014]. Недавно был изучен микробиом листьев кукурузы у 300 различных линий кукурузы, и обнаружено, что доминируют сфингомонады и метилобактерии [Wallace et al., 2018]. В цветах яблони исследователи идентифицировали в качестве доминирующих таксонов представителей Pseudomonas и Enterobacteriaceae [Steven et al., 2018]. В целом исследования цветов яблони, миндаля, грейпфрута, табака и тыквы показали, что Pseudomonas является наиболее распространенным родом этих органов растений [Aleklett et al., 2014]. Хотя достаточно глубоко изучены структуры микробиот таких микросред, как эндориза (корень), антосфера (цветок), спермосфера (семена) и карпосфера (плод) многих видов растений, закономерности формирования этих микробных сообществ мало изучены. При изучении бактерий, связанных с семенами, было показано, что они в основном представлены Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes и Firmicutes [Nelson, 2018]. Кроме того, семена содержат удивительно разнообразный микробиом в своей эндосфере [Truyens et al., 2015]. Микробиота семян связана с микробиотой почвы, а также с микробиотой цветов и фруктов [Compant et al., 2019]. Как правило, микробиота наземных растений в основном происходит из почвы, семян и воздуха и адаптируется к жизни на и/или внутри растительной ткани, где состав их сообществ формируется под влиянием различных факторов, включая тип почвы, окружающую среду и антропогенное воздействие.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Акосах Йав Абайе, 2021 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Анисимов, Б. В. Защита картофеля от болезней, вредителей и сорняков [Текст] / Б. В. Анисимов, Г. Л. Белов, Ю. А. Варицев, С. А. Еланский, Г. К. Журомский, С. К. Завриев, В. Н. Зейрук, В. Г. Иванюк, М. А. Кузнецова, М. П. Пляхневич, К. А. Пшеченов, Е. А. Симаков, Н. П. Склярова, З. Сташевски, А. И. Усков, И. М. Яшина -Москва : Картофелевод, 2009. - 272с. - ISBN 978-5-903906-02-4.

2. Анисимов, Б. В. Сорта картофеля, возделываемые в России [Текст] / Б. В. Анисимов, С. Н. Еланский, В. Н. Зейрук, М. А. Кузнецова, Е. А. Симаков, Н. П. Склярова, С. Н. Филиппов, И. М. Яшина - Москва: Агроспас, 2013. - 144с. - ISBN 978-5-904610-06-7.

3. Афонников, Д. А. Информационные ресурсы по коллекциям картофеля [Текст] / Д. А. Афонников, И. В. Тоцкий, З. Сташевски // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2018. - Т.22. - № 1. - C. 115-121.

4. Выприцкая, А. А. Грибы рода Fusarium Link et Fr. на подсолнечнике в Тамбовской области [Текст] / А. А Выприцкая, А. М. Пучнин, А. А. Кузнецов // Вестник Тамбовского университета. Серия Естественные и технические науки. - 2012. - Т.17. - № 1. - С. 394-398.

5. Жукова, М. И. Предпосадочная обработка клубней картофеля [Текст] / М. И. Жукова // Защита и карантин растений. - 2017. - Т.4. - C. 9-13.

6. Замалиева, Ф. Ф. Фузариозное увядание картофеля и рекомендации по защите [Текст] / Ф. Ф Замалиева, Т. В. Зайцева, Л. Ю. Рыжих, З. З Салихова // Защита картофеля. - 2015 (а). - №. 2. - C. 3-9, а.

7. Замалиева, Ф. Ф. Эпифитотия фузариозного увядания на картофеле в Среднем Поволжье [Текст] / Ф. Ф Замалиева, М. Ш. Тагиров, Т. В. Зайцева, Л. Ю. Рыжих // Нива Татарстана. - 2015 (б). - №. 1. - C. 21-24.

8. Ивашкин, В. Т. Микробиом человека в приложении к клинической практике [Текст] / В. Т. Ивашкин, К. В. Ивашкин / Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2017. - Т.27. - № 6. - С. 4-13.

9. Картофелеводство России в 2017 году, данные на август [Электронный ресурс]: экспертно-аналитический центр агробизнеса - Электрон. текстовые дан. - 2017. -

Режим доступа: http://ab-centre.ru/news/kartofelevodstvo-rossii-v-2017-godu-dannye-na-avgust - Дата доступа: 15.02.2021.

10. Котлярова, И. А. Уточнение видового состава грибов рода Fusarium на подсолнечнике [Текст] / И. А. Котлярова, Г. А. Терещенко // Масличные культуры. Научно-технический бюллетень Всероссийского научно-исследовательского института масличных культур. - 2013. - № 2. - С. 155-156.

11. Миндубаев, А.З. Возможность обезвреживания загрязнений белым фосфором при помощи микрофлоры осадка / А. З. Миндубаев, А. Д. Волошина, Н. В. Кулик, Т. А. Барсукова, Й. А. Акосах, С. Т. Минзанова // Биомика. 2019. - Т.11, №4. - С. 402-408.

12. Миндубаев, А.З. Метаболизм соединений фосфора и таксономическое положение гриба Aspergillus niger АМ1 [Текст] / А. З. Миндубаев, Е. К. Бадеева, С. Т. Минзанова, Л. Г. Миронова, Э. В. Бабынин, И. С. Низамов, Х. Р. Хаяров, Й. А. Акосах // Бутлеровские сообщения. - 2020. - Т.62. - № 6. - С. 98-124.

13. Мухаметшин, И. Г. Реакция сортов картофеля на предпосадочную обработку клубней [Текст] / И. Г. Мухаметшин, И. Ш. Фатыхов, Д. Н. Власевский // Достижения науки и техники АПК. - 2015. - Т.29. - № 1. - С. 30-32.

14. Хадиева, Г. Ф. Анализ микромицетов рода Fusarium, изолированных из инфицированных клубней картофеля, выращенных в Республике Татарстан [Текст] / Г. Ф. Хадиева, М. Т. Лутфуллин, Й. А. Акосах, А. В. Малова, Н. К. Мочалова, С. Г. Вологин, З. Сташевски, А. М Марданова // Достижения науки и техники АПК. - 2018. - Т.32. - № 3. - С. 34-39.

15. Чернов, Т. И. Оценка различных индексов разнообразия для характеристики почвенного прокариотного сообщества по данным метагеномного анализа [Текст] / Т. И. Чернов, А. К. Тхакахова, О. В. Кутовая // Почвоведение. - 2015. - № 4. - C. 462468.

16. Шипилова, Н. П. Систематика и диагностика грибов рода Fusarium на зерновых культурах [Текст] / Н. П. Шипилова, В. Г. Иващенко. - Санкт-Петербург: ВИЗР РАСХН, 2008. - 84с.

17. Aamir, S. A rapid and efficient method of fungal genomic DNA extraction, suitable for PCR based molecular methods [Text] / S. Aamir, S. Sutar, S. K. Singh, A. Baghela // Plant Pathology & Quarantine. - 2015. - V.5 - № 2. - P. 74-81.

18. Abdallah, B. Soil-borne and Compost-borne Aspergillus Species for Biologically Controlling Post-harvest Diseases of Potatoes Incited by Fusarium sambucinum and Phytophthora erythroseptica [Text] / A. Abdallah, R. Aydi, H. Jabnoun-Khiareddine, B. Mejdoub-Trabelsi, M. Daami-Remadi // Plant Pathology & Microbiology. - 2015. - V.6. -№ 10. - P. 1-9.

19. Adavi, Z. Assessment of potato response to climate change and adaptation strategies [Text] / Z. Adavi, R. Moradi, A. H. Saeidnejad, M. R. Tadayon, H. Mansouri // Scientia Horticulturae. - 2018. - V.228. - P. 91-102.

20. Aguilera-Galvez, C. Two different R gene loci co-evolved with Avr2 of Phytophthora infestans and confer distinct resistance specificities in potato [Text] / C. Aguilera-Galvez, N. Champouret, H. Rietman, X. Lin, D. Wouters, Z. Chu, J. D. G. J. H. Vossen, R. G. F. Visser, P. J. Wolters // Studies in mycology. - 2018. - V.89. - P. 105-115.

21. Ajilogba, C. F. Integrated management strategies for tomato Fusarium wilt [Text] / C. F. Ajilogba, O. O. Babalola // Biocontrol Science. - 2013. - V.18. - № 3. - P. 117-127.

22. Akinsanya, M. A. Metagenomics study of endophytic bacteria in Aloe vera using next-generation technology [Text] / M. A. Akinsanya, J. K. Goh, S. P. Lim, A. S. Y. Ting // Genomics Data. - 2015. - V.6. - P. 159-163.

23. Akosah, Y. A. Resistance of different potato cultivars against latent infection of Fusarium spp. [Text] / Y. A. Akosah, A. V. Malova, G. F. Hadieva, M. T. Lutfullin, S. G. Vologin, A. M Mardanova // International Scientific Conference PLAMIC2018 «Plants and microbes : the future of biotechnology», Ufa, 2018. - P. 275-275.

24. Aktaruzzaman, M. First report of potato stem-end rot caused by Fusarium oxysporum in Korea [Text] / M. Aktaruzzaman, S. J. Xu, J. Y. Kim, J. H. Woo, Y. Hahm, B. S. Kim // Mycobiology. - 2014. - V.42. - № 2. - P. 206-209.

25. Aleklett, K. The microbial ecology of flowers: an emerging frontier in phyllosphere research [Text] / K. Aleklett, M. Hart, A. Shade // Botany. - 2014. - V.92. - № 4. - P. 253-266.

26. Aleklett, K. Wild plant species growing closely connected in a subalpine meadow host distinct root-associated bacterial communities [Text] / K. Aleklett, J. W. Leff, N. Fierer, M. Hart // PeerJ. - 2015. - V.3. - E804.

27. Al-Hatmi, A. M. S. Current antifungal treatment of fusariosis [Text] / A. M. S. Al-Hatmi, A. Bonifaz, S. Ranque, G. S. Hoog, P. E. Verweij, J. F. Meis // International journal of antimicrobial agents. - 2018. - V.51. - № 3. - P. 326-332.

28. Al-Hatmi, A. M. S. Global molecular epidemiology and genetic diversity of Fusarium, a significant emerging group of human opportunists from 1958 to 2015 [Text] / A. M. S. Al-Hatmi, F. Hagen, S. B. J. Menken, J. F. Meis, G. S. Hoog // Emerging microbes & infections. - 2016. - V.5. - № 12. - E124.

29. Ali, M. A. The good, the bad, and the ugly of rhizosphere microbiome [Text] / M. A. Ali, M. Naveed, A. Mustafa, A. Abbas // Probiotics and Plant Health. - 2017. - P. 253-290.

30. Almario, J. Root-associated fungal microbiota of nonmycorrhizal Arabis alpina and its contribution to plant phosphorus nutrition [Text] / J. Almario, G. Jeena, J. Wunder, G. Langen, A. Zuccaro, G. Coupland, M. Bucher // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2017. - V. 114. - № 44. - E9403-9412.

31. Al-Mughrabi, K. I. Biological control of Fusarium dry rot and other potato tuber diseases using Pseudomonas fluorescens and Enterobacter cloacae [Text] / K. I. Al-Mughrabi // Biological Control. - 2010. - V.53. - № 3. - P. 280-284.

32. Al-Mughrabi, K. I. Efficacy of Pseudomonas syringae in the management of potato tuber diseases in storage [Text] / K. I. Al-Mughrabi, A. Vikram. R. D. Peters // Biol Control. -2013. - V.64. - P. 315-322.

33. Alori, E. T. Plant-archaea relationships : a potential means to improve crop production in arid and semi-arid regions [Text] / E. T. Alori, O. C. Emmanuel, B. R. Glick, O. O. Babalola // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2020. - V.36. - № 9. - P. 1-10.

34. Alzubaidy, H. Rhizosphere microbiome metagenomics of gray mangroves (Avicennia marina) in the Red Sea [Text] / H. Alzubaidy, M. Essack, T. B. Malas, A. Bokhari, O. Motwalli, F. K. Kamanu, S. A. Jamhor, N. A. Mokhtar, A. Antunes, M. F. Simöes, I. Alam, S. Bougouffa, F. F. Lafi, V. B. Bajic, J. A. C. Archer // Gene. - 2016. - V.576. - № 2. - P. 626-636.

35. Andre, C. M. The Potato in the Human Diet : a Complex Matrix with Potential Health Benefits [Text] / C. M. Andre, S. Legay, C. Iammarino, J. Ziebel, C. Guignard, Y. Larondelle, J. F. Hausman, D. Evers, L. M. Miranda // Potato Research. - 2014. - V.57. -№ 3-4. - P. 201-214.

36. Aoki, T. Systematics of key phytopathogenic Fusarium species: current status and future challenges [Text] / T. Aoki, K. O'Donnell, D. M. Geiser // Journal of General Plant Pathology. - 2014. - V.80. - № 3. - P. 189-201.

37. Aydin, M. H. Evaluation of some Trichoderma species in biological control of potato dry rot caused by Fusarium sambucinum Fuckel isolates [Text] / M. H. Aydin // Applied Ecology and Environmental Research. - 2019. - V.17. - № 1. - P. 533-546.

38. Ayed, F. Effect of potato cultivars on incidence of Fusarium oxysporum f. sp. tuberosi and its transmission to progeny tubers [Text] / F. Ayed, M. Daami-Remadi, H. Jabnoun-Khiareddine, M. El Mahjoub // J. Agron. - 2006 (a). - V.5. - P. 430-434.

39. Ayed, F. Potato vascular Fusarium wilt in Tunisia: incidence and biocontrol by Trichoderma spp. [Text] / F. Ayed, M. Daami-Remadi, H. Jabnoun-Khiareddine, M. El Mahjoub // Plant Pathol. J. - 2006 (b). - V.5. - P. 92-98.

40. Azor, M. Less-frequent Fusarium species of clinical interest : correlation between morphological and molecular identification and antifungal susceptibility [Text] / M. Azor, J. Gene, J. Cano, P. Manikandan, N. Venkatapathy, J. Guarro // Journal of clinical microbiology. - 2009. - V.47. - № 5. - P. 1463-1468.

41. Babalola, O. O. The Nexus Between Plant and Plant Microbiome : Revelation of the Networking Strategies [Text] / O. O. Babalola, A. E. Fadiji, B. J. Enagbonma, E. T. Alori, M. S. Ayilara, A. S. Ayangbenro // Front Microbiol. - 2020. - V.11. - E548037.

42. Bai, G. H. Deoxynivalenol-nonproducing Fusarium graminearum causes initial infection, but does not cause disease spread in wheat spikes [Text] / G. H. Bai, A. E. Desjardins, R. D. Plattner // Mycopathologia. - 2002. - V. 153. - P. 91-98.

43. Bao, L. Microbial community overlap between the phyllosphere and rhizosphere of three plants from Yongxing Island, South China Sea [Text] / L. Bao, W. Cai, J. Cao, X. Zhang, J. Liu, H. Chen, Y. Wei, X. Zhuang, G. Zhuang, Z. Bai // MicrobiologyOpen. - 2020. - V.9. -№ 7. - E1048.

44. Bas, M. Tricothecenes [Text] / M. Bas, M. Tayfur // SENDROM. - 2002. - V.14. - P. 4252.

45. Beasley, V. R. Revival: Trichothecene Mycotoxicosis Pathophysiologic Effects: Volume I [Text] / V. R. Beasley. - CRC Press, 2017. - P.184.

46. Beccari, G. Development of three Fusarium crown rot causal agents and systemic translocation of deoxynivalenol following stem base infection of soft wheat [Text] / G. Beccari, A. Prodi, A. Pisi, P. Nipoti, A. Onofri, P. Nicholson, K. Pfohl, P. Karlovsky, D. M. Gardiner, L. Covarelli // Plant Pathology. - 2018. - V.67. - № 5. - P. 1055-1065.

47. Becker, E. M. Infection of corn ears by Fusarium spp. induces the emission of volatile sesquiterpenes [Text] / E. M. Becker, C. Herrfurth, S. Irmisch, T. G. Köllner, I. Feussner, P. Karlovsky, R. Splivallo // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2014. - V.62. - № 22. - P. 5226-5236.

48. Bergelson, J. Characterizing both bacteria and fungi improves understanding of the Arabidopsis root microbiome [Text] / J. Bergelson, J. Mittelstrass, M. W. Horton // Scientific reports. - 2019. - V.9. - № 1. - P. 1-11.

49. Bethke, P. C. Vine-Kill treatment and harvest date have persistent effects on tuber physiology [Text] / P. C. Bethke, J. S. Busse // American Journal of Potato Research. - 2010. - V.87. - № 3. - P. 299-309.

50. Bojanowski, A. Management of potato dry rot [Text] / A. Bojanowski, T. J. Avis, S. Pelletier, R. J. Tweddell // Postharvest Biology and Technology. - 2013. - V.84. - P. 99109.

51. Brown, D. W. Functional demarcation of the Fusarium core trichothecene gene cluster [Text] / D. W. Brown, R. B. Dyer, S. P. McCormick, D. F. Kendra, R. D. Plattner // Fungal Genetics and Biology. - 2004. - V.41. - № 4. - P. 454-462.

52. Buchholz, F. The bacterial community in potato is recruited from soil and partly inherited across generations [Text] / F. Buchholz, L. Antonielli, T. Kostic, A. Sessitsch, B. Mitter // PLoS One. - 2019. - V.14. - E0223691.

53. Buchholz, F. The potential of plant microbiota in reducing postharvest food loss [Text] / F. Buchholz, T. Kostic, A. Sessitsch, B. Mitter // Microbial Biotechnology. - 2018. - V.11. -№ 6. - P. 971-975.

54. Bukhat, S. Communication of plants with microbial world : Exploring the regulatory networks for PGPR mediated defense signaling [Text] / S. Bukhat, A. Imran, S. Javaid, M. Shahid, A. Majeed, T. Naqqash // Microbiological Research. - 2020. - V.238. - E126486.

55. Bulgarelli, D. Structure and function of the bacterial root microbiota in wild and domesticated barley [Text] / D. Bulgarelli, R. Garrido-Oter, P. C. Münch, A. Weiman, J. Dröge, Y. Pan, A. C. McHardy, P. Schulze-Lefert // Cell host & microbe. - 2015. - V.17. -№ 3. - P. 392-403.

56. Bustin, S. Standardization of qPCR and RT-qPCR [Text] / S. Bustin, J. Vandesompele, M. Pfaffl // Omics. - 2009. - V.29. - E14.

57. Campisano, A. Bacterial endophytic communities in the grapevine depend on pest management [Text] / A. Campisano, L. Antonielli, M. Pancher, S. Yousaf, M. Pindo, I. Pertot // PloS one. - 2014. - V.9. - № 11. - E112764.

58. Cao, L. The Fusarium oxysporum Avr2-Six5 Effector Pair Alters Plasmodesmatal Exclusion Selectivity to Facilitate Cell-to-Cell Movement of Avr2 [Text] / L. Cao, M. C. Blekemolen, N. Tintor, B. J. C Cornelissen, F. L. W. Takken // Molecular plant. - 2018. - V.11. - № 5. -P. 691-705.

59. Carlesse, F. Outbreak of Fusarium oxysporum infections in children with cancer : an experience with 7 episodes of catheter-related fungemia [Text] / F. Carlesse, A. P. C. Amaral, S. S. Gon?alves, H. Xafranski, M. L. M. Lee, V. Zecchin, A. S. Petrilli, A. M. Al-Hatmi, F. Hagen, J. F. Meis // Antimicrobial Resistance & Infection Control. - 2017. - V.6. - P. 93.

60. Castillo, J. D. Bacterial microbiome and nematode occurrence in different potato agricultural soils [Text] / J. D. Castillo, J. M. Vivanco, D. K. Manter // Microbial ecology. -2017. - V.74. - № 4. - P. 888-900.

61. Catanzariti, A. M. The tomato I-3 gene: a novel gene for resistance to Fusarium wilt disease [Text] / A. M. Catanzariti, G. T. T. Lim, D. A. Jones // New Phytologist. - 2015. - V.207. -№ 1. - P. 106-118.

62. Chakraborty, S. Climate change, plant diseases and food security: An overview [Text] / S. Chakraborty, A. C. Newton // Plant Pathology. - 2011. - V.60. - № 1. - P. 2-14.

63. Chandra, N. S. Prospects of molecular markers in Fusarium species diversity [Text] / N. S. Chandra, E. G. Wulff, A. C. Udayashankar, B. P. Nandini, S. R. Niranjana, C. N. Mortensen, H. S. Prakash // Appl Microbiol Biotechnol. - 2011. - V.90. - № 5. - P. 1625-1639.

64. Chang, D. C. Multistate outbreak of Fusarium keratitis associated with use of a contact lens solution [Text] / D. C. Chang, G. B. Grant, K. O'Donnell, K. A. Wannemuehler, J. Noble-Wang, C. Y. Rao, L. M. Jacobson, C. S. Crowell, R. S. Sneed, F. M. T. Lewis // Jama. -2006. - V.296. - № 8. - P. 953-963.

65. Chang, H. X. Genomic characterization of plant cell wall degrading enzymes and in silico analysis of xylanses and polygalacturonases of Fusarium virguliforme [Text] / H. X. Chang, C. R. Yendrek, G. Caetano-Anolles, G. L. Hartman // BMC Microbiolog. - 2016. - V.16. -№ 1. - P. 147.

66. Chaudhry, V. Topic : Shaping the leaf microbiota : plant-microbe-microbe interactions [Text] / V. Chaudhry, P. Runge, P. Sengupta, G. Doehlemann, J. E. Parker, E. Kemen // Journal of Experimental Botany. - 2021. - V.72. - № 1. - P. 36-56.

67. Chehri, K. Molecular characterization of pathogenic Fusarium species in cucurbit plants from Kermanshah province, Iran [Text] / K. Chehri, B. Salleh, T. Yli-Mattila, K. R. N. Reddy, S. Abbasi // Saudi Journal of Biological Sciences. - 2011. - V.18. - № 4. - P. 341351.

68. Chelkowski J. Fusarium: Mycotoxins, Taxonomy, Pathogenicity [Text] / J. Chelkowski. -Netherlands: Elsevier, 2014. - P.504.

69. Chen, Y. Characterization of Fusarium graminearum Isolates Resistant to Both Carbendazimand a New Fungicide JS399-19 [Text] / Y. Chen, M. G. Zhou // Phytopathology. - 2009 (a). - V.99. - P. 441-446.

70. Chen, Y. Monogenic Resistance to a New Fungicide, JS399-19, in Gibberella zeae [Text] / Y. Chen, C. J. Chen, M. G. Zhou, J. X. Wang, W. Z. Zhang // Plant Pathol. - 2009 (6). -V.58. - № 3. - P. 565-570.

71. Chiotta, M. L. Phylogenetic analyses of the Fusarium graminearum species complex isolated from soybean in Argentina and Brazil [Text] / M. L. Chiotta, M. S. Alaniz Zanon, G. Giaj-Merlera, D. Tessmann, G. G. Barros, S. Chulze // Australasian Plant Disease Notes. - 2015. - V.10. - № 1. - P. 32.

72. Choiseul, J. Fungi causing dry tuber rots of seed potatoes in storage in Scotland [Text] / J. Choiseul, L. Allen, S. F. Carnegie // Potato Res. - 2006. - V.49. - P. 241-253.

73. Chowdhury, S. P. Effects of Bacillus amyloliquefaciens FZB42 on Lettuce Growth and Health under Pathogen Pressure and Its Impact on the Rhizosphere Bacterial Community [Text] / S. P. Chowdhury, K. Dietel, M. Rändler, M. Schmid, H. Junge, R. Borriss, A. Hartmann, R. Grosch // PLoS ONE. - 2013. - V.8. - № 7. - E68818.

74. Chung, S. H. Host plant species determines symbiotic bacterial community mediating suppression of plant defenses [Text] / S. H. Chung, E. D. Scully, M. Peiffer, M. S. Geib, C. Rosa, K. Hoover // Scientific Reports. - 2017. - V.7. - E39690.

75. Clairmont, L. K. Site-specific differences in microbial community structure and function within the rhizosphere and rhizoplane of wetland plants is plant species dependent [Text] / L. K. Clairmont, K. J. Stevens, R. M. Slawson // Rhizosphere. - 2019. - V.9. - P. 56-68.

76. Colema, J. J. An ABC transporter and a cytochrome P450 of Nectria haematococca MPVI are virulence factors on pea and are the major tolerance mechanisms to the phytoalexin pisatin [Text] / J. J. Colema, G. J. White, M. Rodriguez-Carres, H. D. Vanetten // Molecular plant-microbe interactions. - 2011. - V.24. - № 3. - P. 368-376.

77. Coleman, D. Who's afraid of population decline? A critical examination of its consequences [Text] / D. Coleman, R. Rowthorn // Population and development review. - 2011. - V.37. -№ 1. - P. 217-248.

78. Colin, Y. Taxonomic and functional shifts in the beech rhizosphere microbiome across a natural soil toposequence [Text] / Y. Colin, O. Nicolitch, J. D. Van Nostrand, J. Z. Zhou, M. P. Turpault, S. Uroz // Scientific Reports. - 2017. - V.7. - № 1. - P. 1-17.

79. Compant, S. A review on the plant microbiome : Ecology, functions, and emerging trends in microbial application [Text] / S. Compant, A. Samad, H. Faist, A. Sessitsch // Journal of advanced research. - 2019. - V.19. - P. 29-37.

80. Copeland, J. K. Seasonal community succession of the phyllosphere microbiome [Text] / J. K. Copeland, L. Yuan, M. Layeghifard, P. W. Wang, D. S. Guttman // Molecular Plant-Microbe Interactions. - 2015. - V.28. - № 3. - P. 274-285.

81. Cray, J. A. Biocontrol agents promote growth of potato pathogens, depending on environmental conditions [Text] / J. A. Cray, M. C. Connor, A. Stevenson, J. D. R.

Houghton, D. E. N. Rangel, L. R. Cooke, J. E. Hallsworth // Microbial biotechnology. -2016. - V.9 - № 3. - P. 330-354.

82. Cullen, D. W. Use of quantitative molecular diagnostic assays to investigate Fusarium dry rot in potato stocks and soil [Text] / D. W. Cullen, I. K. Toth, Y. Pitkin, N. Boonham, K. Walsh, I. Barker, A. K. Lees // Phytopathology. - 2005. - V.95. - № 12. - P. 1462-1471.

83. D'Ippolito, S. Transcriptome profiling of Fusarium solani f. sp. eumartii -infected potato tubers provides evidence of an inducible defense response [Text] / S. D'Ippolito, M. L. Martin, M. F. Salcedo, H. M. Atencio, C. A. Casalongue, A. V. Godoy, D. F. Fiol // Physiological and Molecular Plant Pathology. - 2010. - V.75. - № 1-2. - P. 3-12.

84. Daami-Remadi, M. Potato Fusarium dry rot in Tunisia: current status and future prospects [Text] / M. Daami-Remadi // Pest Technol. - 2012. - V.6. - P. 15-22.

85. Damasceno, J. L. Risk of Fungal Infection to Dental Patients [Text] / J. L. Damasceno, R. A. dos Santos, A. H. Barbosa, L. A. Casemiro, R. H. Pires, C. H. G. Martins // The Scientific World Journal. - 2017. - V.2017. - E2982478.

86. de Bokx, J. A. Detection of potato virus Y in early-harvested potato tubers by cDNA hybridization and three modifications of ELISA [Text] / J. A. de Bokx, C. Cuperus // Bulletin OEPP. - 1987. - V.7. - P. 73-79

87. de Wit, P. J. G. M. How Plants Recognize Pathogens and Defend Themselves [Text] / P. J. G. M. de Wit // Cell. Mol. Life Sci. - 2007. - V.64. - P. 2726-2732.

88. Dean, B. Managing the Potato Production System: 734 [Text] / B. Dean // Norwood: The Harwoth Press Inc., 2018. - P.201. - ISBN 978-1560220251.

89. Dean, R. The Top 10 fungal pathogens in molecular plant pathology [Text] / R. Dean, J. A. L. Van Kan, Z. A. Pretorius, K. E. Hammond-Kosack, A. Di Pietro, P. D. Spanu, J. J. Rudd, M. Dickman, R. Kahmann, J. Ellis // Molecular plant pathology. - 2012. - V.13. - № 4. - P. 414-430.

90. Delgado, J. Trichothecene mycotoxins associated with potato dry rot caused by Fusarium graminearum [Text] / J. Delgado, P. B. Schwarz, J. Gillespie, V. V. Rivera-Varas, G. a Secor // Phytopathology. - 2010. - V.100. - № 3. - P. 290-296.

91. Deng, Z. Fungal endophytes and their interactions with plants in phytoremediation: a review [Text] / Z. Deng, L. Cao // Chemosphere. - 2017. - V.168. - P. 1100-1106.

92. Dennis, P. G. Are root exudates more important than other sources of rhizodeposits in structuring rhizosphere bacterial communities? [Text] / P. G. Dennis, A. J. Miller, P. R. Hirsch // FEMS Microbiology Ecology. - 2010. - V.72. - № 3. - P. 313-327.

93. Deshmukh, S. K. Endophytic fungi: a source of potential antifungal compounds [Text] / S. K. Deshmukh, M. K. Gupta, V. Prakash, S. Saxena // Journal of Fungi. - 2018. - V.4. - № 3. - P. 77.

94. Devaux, A. Global food security, contributions from sustainable potato agri-food systems [Text] / A. Devaux, J. P. Gofart, A. Petsakos // The potato crop. - 2020. - P. 3-35.

95. Devaux, A. Potatoes for Sustainable Global Food Security [Text] / A. Devaux, P. Kromann, O. Ortiz // Potato Research. - 2014. - V.57. - № 3-4. - P. 185-199.

96. Di, X. Uptake of the Fusarium Effector Avr2 by Tomato Is Not a Cell Autonomous Event [Text] / X. Di, J. Gomila, L. Ma, H. A. van den Burg, F. L. W. Takken // Frontiers in Plant Science. - 2016. - V.7. - P. 1915.

97. Dickson, S. D. Fatal hypersensitivity pneumonitis from exposure to Fusarium vasinfectum in a home environment: a case repor [Text] / S. D. Dickson, M. S. Tankersley // International archives of allergy and immunology. - 2015. - V.166. - № 2. - P. 150-153.

98. Dong, S. The Two-Speed Genomes of Filamentous Pathogens: Waltz with Plants [Text] / S. Dong, S. Raffaele, S. Kamoun // Curr Opin Genet Dev. - 2015. - V.35. - P. 57-65.

99. Du, M. Characterization of Fusarium spp. Causing Potato Dry Rot in China and Susceptibility Evaluation of Chinese Potato Germplasm to the Pathogen [Text] / M. Du, X. Ren, Q. Sun, Y. Wang, R. Zhang // Potato Research. - 2012. - V.55. - № 2. - P. 175-184.

100. Edel-Hermann, V. Fusarium diversity in soil using a specific molecular approach and a cultural approach [Text] / V. Edel-Hermann, N. Gautheron, A. Mounier, C. Steinberg // Journal of Microbiological Methods. - 2015. - V.111. - P. 64-71.

101. Edite Bezerra da Rocha, M. Mycotoxins and their effects on human and animal health [Text] / M. Edite Bezerra da Rocha, F. da C.O. Freire, F. Erlan Feitosa, M. Izabel Florindo Guedes, D. Rondina // Food Control. - 2014. - V.36. - № 1. - P. 159-165.

102. Edupuganti, S. Fusarium falciforme vertebral abscess and osteomyelitis : case report and molecular classification [Text] / S. Edupuganti, N. Rouphael, A. Mehta, M. Eaton, J. G.

Heller, A. Bressler, M. Brandt, K. O'Donnell // Journal of clinical microbiology. - 2011. -V.49. - № 6. - P. 2350-2353.

103. Edwards, J. Extraction and 16S rRNA sequence analysis of microbiomes associated with rice roots [Text] / J. Edwards, C. Santos-Medellin, V. Sundaresan // Bio Protocol. - 2018. -V.8. - № 12. - E2884.

104. Edwards, J. Structure, variation, and assembly of the root-associated microbiomes of rice [Text] / J. Edwards, C. Johnson, C. Santos-Medellin, E. Lurie, N. K. Podishetty, S. Bhatnagar, J. A. Eisen, V. Sundaresan // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2015. - V.112. - № 8. - E911-920.

105. El-Hassan, K. I. Variation among Fusarium spp. the causal of potato tuber dry rot in their pathogenicity and mycotoxins production [Text] / K. I. El-Hassan, M. G. El-Saman, A. A. Mosa, M. H. Mostafa // Egyptian Journal of Phytopathology. - 2007. - V.35. - № 2. - P. 5368.

106. Eranthodi, A. Enniatin Production Influences Fusarium avenaceum Virulence on Potato Tubers, but not on Durum Wheat or Peas [Text] / A. Eranthodi, D. Schneiderman, L. I. Harris, T. E. Witte, A. Sproule, A. Hermans, D. P. Overy, S. Chatterton, J. Liu, T. Li, D. G. Fundora, W. Zhao, N. A. Foroud // Pathogens. - 2020. - V.9. - № 2. - P. 75.

107. Escriva, L. In vivo toxicity studies of Fusarium mycotoxins in the last decade: a review [Text] / L. Escriva, G. Font, L. Manyes // Food and Chemical Toxicolog. - 2015. - V.78. -P. 185-206.

108. Estrada, R. Fusarium graminearum as a dry rot pathogen of potato in the USA: Prevalence, comparison of host isolate aggressiveness and factors affecting aetiology [Text] / R. Estrada, N. C. Gudmestad, V. V. Rivera, G. A. Secor // Plant Pathology. - 2010. - V.59. - № 6. - P. 1114-1120.

109. Etten, H. D. Expression of pisatin demethylating ability in Nectria haematococca [Text] / H. D. Van Etten, W. Barz // Archives of Microbiology. - 1981. - V. 129. - № 1. - P. 56-60.

110. Everts, K. L. Chemical management of Fusarium wilt of watermelon [Text] / K. L. Everts, D. S. Egel, D. Langston, X. G. Zhou // Crop Protection. - 2014. - V.66. - P. 114-119.

111. Facts and figures about the potato [Internet resource] / International Potato Center, 2007. -URL: https://hdl.handle.net/10568/87956.

112. Fadiji, A. E. Organic Farming Enhances the Diversity and Community Structure of Endophytic Archaea and Fungi in Maize Plant: a Shotgun Approach [Text] / A. E. Fadiji, A. S. Ayangbenro, O. O. Babalola // Journal of Soil Science and Plant Nutrition. - 2020. - V.20. - P. 2587-2599.

113. Figueroa-López, A. M. A high-throughput screening assay to identify bacterial antagonists against Fusarium verticillioides [Text] / A. M. Figueroa-López, J. D. Cordero-Ramírez, F. R. Quiroz-Figueroa, I. E. Maldonado-Mendoza // Journal of Basic Microbiology. - 2014. -V.54. - № 1. - P. 125-133.

114. Frqc, M. Fast and accurate microplate method (Biolog MT2) for detection of Fusarium fungicides resistance sensitivity [Text] / M. Fr^c, A. Gryta, K. Oszust, N. Kotowicz // Frontiers in microbiology. - 2016. - V.7. - P. 489.

115. Gachango, E. First Report of Fusarium torulosum Causing Dry Rot of Seed Potato Tubers in the United States [Text] / E. Gachango, W. Kirk, L. Hanson, A. Rojas, P. Tumbalam // Plant Dis. - 2011. - V.95. - № 9. - P. 1194.

116. Gachango, E. Fusarium spp. Causing Dry Rot of Seed Potato Tubers in Michigan and Their Sensitivity to Fungicides [Text] / E. Gachango, L. E. Hanson, A. Rojas, J. J. Hao, W. W. Kirk // Plant Disease. - 2012. - V.96. - № 12. - P. 1767-1774.

117. Gagkaeva, T. Yu. Phytopathogenic fungus Fusarium cerealis in Russia [Text] / T. Yu. Gagkaeva // Microbiology. - 2010. - V.79. - № 4. - P. 553-560.

118. García, C. J. Emerging mycotoxins: Enniatins (A, A1, B and B1) and beauvericin [Text] / C. J. García, J. B. Jarque // Mycotoxins & their Implications in Food Safety. - 2014. - P. 6889.

119. Garnica, M. Epidemiology of fusariosis [Text] / M. Garnica, M. Nucci // Current Fungal Infection Reports. - 2013. - V.7. - № 4. - P. 301-305.

120. Gast, R. J. Ecological strategies of protists and their symbiotic relationships with prokaryotic microbes [Text] / R. J. Gast, R. W. Sanders, D. A. Caron // Trends in microbiology. - 2009. - V.17. - № 12. - P. 563-569.

121. Gawehns, F. The Fusarium oxysporum Effector Six6 Contributes to Virulence and Suppresses I-2-Mediated Cell Death [Text] / F. Gawehns, P. M. Houterman, F. A. Ichou, C.

B. Michielse, M. Hijdra, B. J. C. Cornelissen, M. Rep, F. L. W. Takken // Molecular Plant-Microbe Interaction. - 2013. - V.27. - № 4. - P. 336-348.

122. Gong, L. Molecular strategies for detection and quantification of mycotoxin-producing Fusarium species: a review [Text] / L. Gong, Y. Jiang, F. Chen // Journal of the Science of Food and Agriculture. - 2015. - V.95. - № 9. - P. 1767-1776.

123. Gonzalez, C. F. Independent and synergistic activity of synthetic peptides against thiabendazole-resistant Fusarium sambucinum [Text] / C. F. Gonzalez, E. M. Provin, L. Zhu, D. J. Ebbole // Phytopathology. - 2002. - V.92. - № 8. - P. 917-924.

124. Gordon, T. R. Fusarium oxysporum and the Fusarium wilt syndrome [Text] / T. R. Gordon // Annual review of phytopathology. - 2017. - V.55. - P. 23-39.

125. Goswami, R. S. Heading for disaster: Fusarium graminearum on cereal crops [Text] / R. S. Goswami, H. C. Kistler // Mol Plant Pathol. - 2004. - V.5. - № 6. - P. 515-525.

126. Götz, M. Fungal endophytes in potato roots studied by traditional isolation and cultivation-independent DNA-based methods [Text] / M. Götz, H. Nirenberg, S. Krause, H. Wolters, S. Draeger, A. Buchner, J. Lottmann, G. Berg, K. Smalla // FEMS microbiology ecology. -2006. - V.58. - № 3. - P. 404-413.

127. Gould, M. Biocontrol of Fusarium sambucinum, dry rot of potato, by Serratia plymuthica [Text] / C. F. Gonzalez, E. M. Provin, L. Zhu, D. J. Ebbole // Biocontrol Science and Technology. - 2008. - V.18. - № 10. - P. 1005-1016.

128. Gruber-Dorninger, C. Multi-mycotoxin screening of feed and feed raw materials from Africa [Text] / C. Gruber-Dorninger, T. Jenkins, G. Schatzmayr // World Mycotoxin Journal. - 2018. - V.11. - № 3. - P. 369-383.

129. Guarro, J. Fusariosis, a complex infection caused by a high diversity of fungal species refractory to treatment [Text] / J. Guarro // European journal of clinical microbiology & infectious diseases. - 2013. - V.32. - № 12. - P. 1491-1500.

130. Guigon-Lopez, C. Differential development of wilt and stem rot diseases in grafted bell pepper (Capsicum annuum, L.) [Text] / C. Guigon-Lopez // European Journal of Plant Pathology. - 2019. - V.154. - № 2. - P. 347-357.

131. Guo, L. Conservation and divergence of the cyclic adenosine monophosphate-protein kinase A (cAMP-PKA) pathway in two plant-pathogenic fungi : Fusarium graminearum and

F.verticillioides [Text] / L. Guo, A. Breakspear, G. Zhao, L. Gao, H. C. Kistler, J. R. Xu, L. J. Ma // Molecular Plant Pathology. - 2016. - V.17. - № 2. - P. 196-209.

132. Guyer, A. The Anti-Phytophthora Effect of Selected Potato-Associated Pseudomonas Strains : From the Laboratory to the Field [Text] / A. Guyer, M. De Vrieze, D. Bönisch, R. Gloor, T. Musa, N. Bodenhausen // Fron Microbiol. - 2015. - V.6. - P. 1309.

133. Haase, N. U. Healthy aspects of potatoes as part of the human diet [Text] / N. U. Haase // Potato Research. - 2008. - V.51. - P. 239-258.

134. Hamel, C. Mycorrhizae in Crop Production [Text] / C. Hamel. - CRC Press, 2007. - P.366.

135. Hanif, A. Fengycin Produced by Bacillus amyloliquefaciens FZB42 Inhibits Fusarium graminearum Growth and Mycotoxins Biosynthesis [Text] / A. Hanif, F. Zhang, P. Li, C. Li, Y. Xu, M. Zubair, M. Zhang, D. Jia, X. Zhao, J. Liang, T. Majid, J. Yan, A. Farzand, H. Wu, Q. Gu, X. Gao // Toxins (Basel). - 2019. - V.11. - № 5. - P. 295.

136. Hanks, G. R. Control of Fusarium oxysporum f.sp. narcissi, the cause of narcissus basal rot, with thiabendazole and other fungicides [Text] / G. R. Hanks // Crop Protection. - 1996. -V.15. - № 6. - P. 549-558.

137. Hannula, S. 13C pulse-labeling assessment of the community structure of active fungi in the rhizosphere of a genetically starch-modified potato (Solanum tuberosum) cultivar and its parental isoline [Text] / S. Hannula, H. Boschker, W. de Boer, J. Van Veen // New Phytologist. - 2012. - V.194. - № 3. - P. 784-799.

138. Hannula, S. E. Shifts in rhizosphere fungal community during secondary succession following abandonment from agriculture [Text] / S. E. Hannula, E. Morrien, M. de Hollander, W. H van der Putten, J. A van Veen, W. de Boer // The ISME Journal. - 2017. -V.11. - P. 2294-2304.

139. Hannula, S. Effect of genetic modification of potato starch on decomposition of leaves and tubers and on fungal decomposer communities [Text] / S. Hannula, W. De Boer, P. Baldrian, J. Van Veen // Soil Biology and Biochemistry. - 2013. - V.58. - P. 88-98.

140. Hao, S. Allelopathy and the active metabolites of the endophytic fungus, Alternaria J 46, from Platycladus orientalis [Text] / S. Hao, Y. Wei, J. Wang, Y. Zhou // Weed Biology and Management. - 2015. - V.15. - № 3. - P. 95-101.

141. Hartman, K. Cropping practices manipulate abundance patterns of root and soil microbiome members paving the way to smart farming [Text] / K. Hartman, M. G. A. Van Der Heijden, R. A. Wittwer, S. Banerjee, J. C. Walser, K. Schlaeppi // Microbiome. - 2018. - V.6. - P. 14.

142. Hartmann, A. Assessment of the structural and functional diversities of plant microbiota : Achievements and challenges - A review [Text] / A. Hartmann, D. Fischer, L. Kinzel, S. P. Chowdhury, A. Hofmann, J. I. Baldani, M. Rothballer // J. Adv. Res. - 2019. - V.19. - P. 313.

143. Hartmann, A. Lorenz Hiltner, a pioneer in rhizosphere microbial ecology and soil bacteriology research [Text] / A. Hartmann, M. Rothballer, M. Schmid // Plant and Soil. -2008. - V.312. - № 1-2. - P. 7-14.

144. Heijden, M. G. Networking in the plant microbiome [Text] / M. G. van der Heijden, M. Hartmann // PLoS Biology. - 2016. - V.14. - № 2. - E1002378.

145. Helena, I. First Confirmed Report on Fusarium sporotrichioides on Pinus ponderosa var. jeffreyi in Slovakia [Text] / I. Helena, H. Eudmila, P. Peter // Plant Protection Science. -2016. - V.52. - № 4. - P. 250-253.

146. Heltoft, P. Fusarium spp. Causing Dry Rot on Potatoes in Norway and Development of a Real-Time PCR Method for Detection of Fusarium coeruleum [Text] / P. Heltoft, M. B. Brurberg, M. Skogen, V. H. Le, J. Razzaghian, A. Hermansen // Potato Research. - 2016 (a).

- V.59. - № 1. - P. 67-80.

147. Heltoft, P. The relationship between soil inoculum and the development of Fusarium dry rot in potato cultivars Asterix and Saturna [Text] / P. Heltoft, J. L. Brierley, A. K. Lees // European Journal of Plant Pathology. - 2016 (6). - V.146. - P. 711-714.

148. Herrmann, M. Effect of disruption of the enniatin synthetase gene on the virulence of Fusarium avenaceum [Text] / M. Herrmann, R. Zocher, A. Haese // Mol. Plant-Microbe Interact. - 1996 (a). - V.9. - P. 226-232.

149. Herrmann, M. Enniatin production by Fusarium strains and its effect on potato tuber tissue [Text] / M. Herrmann, R. Zocher, A. Haese // Appl. Environ. Microbiol. - 1996 (6). - V.62.

- P. 393-398.

150. Hijmans, R. J. Global distribution of the potato crop [Text] / R. J. Hijmans // American Journal of Potato Research. - 2001. - V.78. - № 6. - P. 403-412.

151. Hoffland, E. Solubilization of rock phosphate by rape [Text] / E. Hoffland, G. R. Findenegg, J. A. Nelemans // Plant Soil. - 1989. - V.113. - P. 155-160.

152. Holley, J. D. Distribution of thiabendazole and thiophanate-methyl resistant strains of Helminthosporium solani and Fusarium sambucinum in Alberta potato storages [Text] / J. D. Holley, L. M. Kawchuk // Canadian Plant Disease Survey. - 1996. - V.76. - № 1. - P. 21-27.

153. Hossain, A. High temperature combined with drought affect rainfed spring wheat and barley in South-Eastern Russia : I. Phenology and growth [Text] / A. Hossain, J. A. T. da Silva, M. V. Lozovskaya, V. P. Zvolinsky // Saudi journal of biological sciences. - 2012. - V.19. - № 4. - P. 473-487.

154. Huang, Y. Cellulose and hemicellulose-degrading enzymes in Fusarium commune transcriptome and functional characterization of three identified xylanases [Text] / Y. Huang, P. K. Busk, L. Lange // Enzyme and Microbial Technology. - 2015. - V.73-74. - P. 9-19.

155. Ibrahim, N. F. Fusarium fujikuroi causing fusariosis of pineapple in peninsular Malaysia [Text] / N. F. Ibrahim, M. H. Mohd, Nor N. M. I. Mohamed, L. Zakaria // Australasian Plant Disease Notes. - 2016. - V.11. - E21.

156. Idnurm, A. Pathogenicity Genes of Phytopathogenic Fungi [Text] / A. Idnurm, B. J. Howlett // Mol. Plant. Pathol. - 2001. - V.2. - P. 241-255.

157. IFPRI Global Food Policy Report [Text] / The International Food Policy Research Institute.

- Washington, DC: International Food Policy Research Institute, 2017. - P.153.

158. Ilgen, P. Trichothecenes and Lipases Are Host-Induced and Secreted Virulence Factors of Fusarium graminearum [Text] / P. Ilgen, F. Maier, W. Schäfer // Cereal Res. Comm. - 2008.

- V.36. - P. 421-428.

159. Inami, K. A genetic mechanism for emergence of races in Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici : Inactivation of avirulence gene AVR1 by transposon insertion [Text] / K. Inami, C. Yoshioka-Akiyama, Y. Morita, M. Yamasaki, T. Teraoka, T. Arie // PLoS ONE. - 2012.

- V.7. - № 8. - E44101.

160. inceoglu, Ö. Comparative Analysis of Bacterial Communities in a Potato Field as Determined by Pyrosequencing [Text] / Ö. Inceoglu, W. A. Al-Soud, J. F. Salles, A. V. Semenov, J. D. van Elsas // PLoS ONE. - 2011. - V.6. - № 8. - E23321.

161. inceoglu, Ö. Normal operating range of bacterial communities in soil used for potato cropping [Text] / Ö. Inceoglu, L. S. van Overbeek, J. F. Salles, J. D. van Elsas // Applied and Environmental Microbiology. - 2013. - V.79. - № 4. - P. 1160-1170.

162. inceoglu, Ö. Soil and Cultivar Type Shape the Bacterial Community in the Potato Rhizosphere [Text] / Ö. inceoglu, J. Falcao Salles, J. D. van Elsas // Microb Ecol. - 2012. -V.63. - P. 460-470.

163. Ingram, J. A food systems approach to researching food security and its interactions with global environmental change [Text] / J. Ingram // Food Security. - 2011. - V.3. - № 4. - P. 417-431.

164. Inoue, T. Symbiotic associations with protists [Text] / T. Inoue, O. Kitade, T. Yoshimura, I. Yamaoka // Termites: evolution, sociality, symbioses, ecology. - 2000. - P. 275-288.

165. Ismail, Y. A fungal symbiont of plant-roots modulates mycotoxin gene expression in the pathogen Fusarium sambucinum [Text] / Y. Ismail, S. McCormick, M. Hijri // PLoS One. -2011. - V.6. - E17990.

166. Jacobs, A. Fusarium ananatum sp. nov. in the Gibberella fujikuroi species complex from pineapples with fruit rot in South Africa [Text] / A. Jacobs, P. S. Van Wyk, W. F. O. Marasas, B. D. Wingfield, M. J. Wingfield, T. A. Coutinho // Fungal Biology. - 2010. - V.114. - № 7. - P. 515-527.

167. Jain, S. Signaling via the G Protein a Subunit FGA2 Is Necessary for Pathogenesis in Fusarium oxysporum [Text] / S. Jain, K. Akiyama, R. Takata, T. Ohguchi // FEMS Microbiol. - 2005. - V.243. - P. 165-172.

168. Jestoi, M. Emerging Fusarium-mycotoxins fusaproliferin, beauvericin, enniatins, and moniliformin - A review [Text] / M. Jestoi // Crit. Rev. Food Sci. Nutr. - 2008. - V.48. - P. 21-49.

169. Jiang, C. Identification and characterization of the major antifungal substance against Fusarium sporotrichioides from Chaetomium globosum [Text] / C. Jiang, J. Song, J. Zhang,

Q. Yang // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2017. - V.33. - № 6. - P. 359-366.

170. Johnston-Monje, D. Botanical microbiomes on the cheap: Inexpensive molecular fingerprinting methods to study plant-associated communities of bacteria and fungi [Text] / D. Johnston-Monje, J. Lopez Mejia // Applications in Plant Sciences. - 2020. - V.8. - № 4.

- E11334.

171. Karlovsky, P. Impact of food processing and detoxification treatments on mycotoxin contamination [Text] / P. Karlovsky, M. Suman, F. Berthiller, J. De Meester, G. Eisenbrand, I. Perrin, I. P. Oswald, G. Speijers, A. Chiodini, T. Recker, P. Dussort // Mycotoxin Research.

- 2016. - V.32. - P. 179-205.

172. Kashiwa T. Sequencing of individual chromosomes of plant pathogenic Fusarium oxysporum / T. Kashiwa, T. Kozaki, K. Ishii, B. G. Tugeon, T. Teraoka, K. Komatsu, T. Arie // Fungal Genet Biol. - 2017. - V. 98. - P. 46-51.

173. Kawasaki, A. Microbiome and exudates of the root and rhizosphere of brachypodium distachyon, a model for wheat [Text] / A. Kawasaki, S. Donn, P. R. Ryan, U. Mathesius, R. Devilla, A. Jones, M. Watt // PLOS ONE. - 2016. - V.11. - № 10. - E0264533.

174. Kazan, K. On the Trail of a Cereal Killer : Recent Advances in Fusarium graminearum Pathogenomics and Host Resistance [Text] / K. Kazan, D. M. Gardiner, J. M. Manners // Mol. Plant. Pathol. - 2012. - V.13. - P. 399-413.

175. Khondoker, M. G. Plant microbiome - an account of the factors that shape community composition and diversity [Text] / M. G. Khondoker, K. M. Dastogeer, F. H. Tumpa, A. Sultana, M. A. Akter, A. Chakraborty // Current Plant Biology. - 2020. - V.23. - E100161.

176. Kim, H. S. Loss of cAMP-dependent protein kinase A affects multiple traits important for root pathogenesis by Fusarium oxysporum [Text] / H. S. Kim, S. Y. Park, S. Lee, E. L. Adams, K. Czymmek, S. Kang // Molecular plant-microbe interactions : MPMI. - 2011. -V.24. - № 6. - P. 719-732.

177. Kim, H. Use of Cyclone Global Navigation Satellite System (CYGNSS) observations for estimation of soil moisture [Text] / H. Kim, V. Lakshmi // Geophysical Research Letters. -2018. - V.45. - № 16. - P. 8272-8282.

178. Kim, J. C. Sambutoxin-producing isolates of Fusarium species and occurrence of sambutoxin in rotten potato tubers [Text] / J. C. Kim, Y. W. Lee, S. H. Yu // Applied and Environmental Microbiology. - 1995. - V.61. - № 10. - P. 3750-3751.

179. Kishan, G. Deciphering the mechanism of mycoparasitism of Sclerotinia sclerotiorum by Trichoderma spp. [Text] / G. Kishan, M. Kumar, R. Tiwari, P. Sharma // International Journal of Pure & Applied Bioscience. - 2017 (a). - V.5. - P. 1246-1250.

180. Kishan, G. Factors afecting mycoparasitism of Sclerotinia sclerotiorum by Trichoderma spp. [Text] / G. Kishan, R. Tiwari, P. Ganesan, D. Singh, P. Sharma // Indian Phytopathol. -2017 (6). - V.70. - P. 397-399.

181. Koike, S. T. Management of Fusarium wilt of strawberry [Text] / S. T. Koike, T. R. Gordon // Crop Protection. - 2015. - V.73. - P. 67-72.

182. Köiv, V. Microbial population dynamics in response to Pectobacterium atrosepticum infection in potato tubers [Text] / V. Köiv, M. Roosaare, E. Vedler, P. Ann Kivistik, K. Toppi, D. Schryer, M. Remm, T. Tenson, A. Mäe // Sci Rep. - 2015. - V.5. - № 1. - P. 118.

183. Kolodny, O. Microbiome-mediated plasticity directs host evolution along several distinct time scales [Text] / O. Kolodny, H. Schulenburg // Philosophical Transactions of the Royal Society B. - 2020. - V.375. - № 1808. - E20190589.

184. Kudjordjie, E. N. Maize synthesized benzoxazinoids affect the host associated microbiome [Text] / E. N. Kudjordjie, R. Sapkota, S. K. Steffensen, I. S. Fomsgaard, M. Nicolaisen // Microbiome. - 2019. - V.7. - № 1. - P. 1-17.

185. Kusstatscher, P. Disease incidence in sugar beet fields is correlated with microbial diversity and distinct biological markers [Text] / P. Kusstatscher, T. Cernava, K. Harms, J. Maier, H. Eigner, G. Berg, C. Zachow // Phytobiomes Journal. - 2019. - V.3. - № 1. - P. 22-30.

186. Kvas, M. Diversity and evolution of Fusarium species in the Gibberella fujikuroi complex [Text] / M. Kvas, W. F. O. Marasas, B. D. Wingfield, M. J. Wingfield, E. T. Steenkamp // Fungal Diversity. - 2009. - V.34. - P. 1-21.

187. LaMondia, J. A. Fusarium wilt of tobacco [Text] / J. A. LaMondia // Crop Protection. -2015. - V.73. - P. 73-77.

188. Laraba, I. Population genetic structure and mycotoxin potential of the wheat crown rot and head blight pathogen Fusarium culmorum in Algeria [Text] / I. Laraba, H. Boureghda, N. Abdallah, O. Bouaicha, F. Obanor, A. Moretti, D. M. Geiser, H. S. Kim, S. P. McCormick, R. H. Proctor // Fungal genetics and biology. - 2017. - V.103. - P. 34-41.

189. Lareen, A. Plant root-microbe communication in shaping root microbiomes [Text] / A. Lareen, F. Burton, P. Schäfer // Plant Mol Biol. - 2016. - V.90. - P. 575-587.

190. Laurence, M. H. Fusarium burgessii sp. nov. representing a novel lineage in the genus Fusarium [Text] / M. H. Laurence, B. A. Summerell, L. W. Burgess, E. C. Y. Liew // Fungal Diversity. - 2011. - V.49. - P. 101-112.

191. Laurence, M. H. Six novel species of Fusarium from natural ecosystems in Australia [Text] / M. H. Laurence, J. L. Walsh, L. A. Shuttleworth, D. M. Robinson, R. M. Johansen, T. Petrovic, T. T. H. Vu, L. W. Burgess, B. A. Summerell, E. C. Y. Liew // Fungal Diversity. -2016. - V.77. - № 1. - P. 349-366.

192. Lecomte, C. Biological control of ornamental plant diseases caused by Fusarium oxysporum: a review [Text] / C. Lecomte, C. Alabouvette, V. Edel-Hermann, F. Robert, C. Steinberg // Biological Control. - 2016. - V.101. - P. 17-30.

193. Lei, S. Analysis of the community composition and bacterial diversity of the rhizosphere microbiome across different plant taxa [Text] / S. Lei, X. Xu, Z. Cheng, J. Xiong, R. Ma, L. Zhang, X. Yang, Y. Zhu, B. Zhang, B. Tian // MicrobiologyOpen. - 2019. - V.8. - № 6. -E00762.

194. Lengeler, K. B. Signal Transduction Cascades Regulating Fungal Development and Virulence [Text] / K. B. Lengeler, R. C. Davidson, C. D'souza, T. Harashima, W. C. Shen, P. Wang, X. Pan, M. Waugh, J. Heitman // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2000. - V.64. - № 4. - P. 746-785.

195. Leslie, J. F. Fusarium laboratory workshops - A recent history [Text] / J. F. Leslie, B. A. Summerell // Mycotoxin Research. - 2006 (a). - V.22. - P. 73-74.

196. Leslie, J. F. The Fusarium Laboratory Manual [Text] / J. F. Leslie, B. A. Summerell. -Wiley-Blackwell, 2006 (b). - P.388.

197. Li, H. First report of Fusarium semitectum causing root rot of greenhouse pepper (Capsicum annuum) in China [Text] / H. Li, W. Guo, D. Liu, M. Li // Plant Disease. - 2018. - V.102. -№ 10. - P. 2032.

198. Li, H. JS399-19, a new fungicide against wheat scab [Text] / H. Li, Y. Diao, J. Wang, C. Chen, J. Ni, M. Zhou // Crop Protection. - 2008. - V.27. - P. 90-95.

199. Li, J. Population dynamics of main fungal pathogens in soil of continuously cropped potato [Text] / J. Li, M. Li, N. Hui, L. Wang, Y. Ma, Y. Qi // Acta Prataculturae Sinica. - 2013. -V.22. - № 4. -P. 147-152.

200. Li, Y. Virulence mechanisms of plant-pathogenic Streptomyces species : an updated review [Text] / Y. Li, J. Liu, G. Díaz-Cruz, Z. Cheng, D. R. D. Bignell // Microbiology (Reading). - 2019. - V.165. - P. 1025-1040.

201. Lievens, B. Effector gene screening allows unambiguous identification of Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici races and discrimination from other formae speciales [Text] / B. Lievens, P. M. Houterman, M. Rep // FEMS Microbiology Letters. - 2009. - V.300. - № 2. - P. 201-215.

202. Lin, Y. Transcriptome profiling and digital gene expression analysis of sweet potato for the identification of putative genes involved in the defense response against Fusarium oxysporum f. sp. Batatas [Text] / Y. Lin, W. Zou, S. Lin, D. Onofua, Z. Yang, H. Chen, S. Wang, X. Chen // PloS one. - 2017. - V.12. - № 11. - E0187838.

203. Loebenstein, G. Virus and Virus-like Diseases of Potatoes and Production of Seed-Potatoes [Text] / G. Loebenstein, P. H. Berger, A. A. Brunt, R. H. Lawson. - Springe: Dordrecht, 2001. - P.460.

204. Loebenstein, G. Viruses of potato [Text] / G. Loebenstein, V. Gaba // Adv Virus Res. -2012. - V.84. - P. 209-246.

205. Lombard, L. Generic concepts in Nectriaceae [Text] / L. Lombard, N. A van der Merwe, J. Z. Groenewald, P. W. Crous // Studies in Mycology. - 2015. - V.80. - P. 189-245.

206. López-Errasquín, E. Real-Time RT-PCR assay to quantify the expression of fum1 and fum19 genes from the Fumonisin-producing Fusarium verticillioides [Text] / E. López-Errasquín, C. Vázquez, M. Jiménez, M. T. González-Jaén // Journal of Microbiological Methods. - 2007. - V.68. - № 2. - P. 312-317.

207. Lucas, J. A. The Evolution of Fungicide Resistance [Text] / J. A. Lucas, N. J. Hawkins, B. A. Fraaije // Advances in Applied Microbiology. - 2015. - V.90. - P. 29-92.

208. Lys0e, E. A Three-Way Transcriptomic Interaction Study of a Biocontrol Agent (Clonostachys rosea), a Fungal Pathogen (Helminthosporium solani), and a Potato Host (Solanum tuberosum) [Text] / E. Lys0e, M. W. Dees, M. B. Brurberg // Molecular plant-microbe interactions: MPMI. - 2017. - V.10. - P. 646-655.

209. Lys0e, E. The genome of the generalist plant pathogen Fusarium avenaceum is enriched with genes involved in redox, signaling and secondary metabolism [Text] / E. Lys0e, L. J. Harris, S. Walkowiak, R. Subramaniam, H. H. Divon, E. S. Riiser, C. Llorens, T. Gabaldon, H. C. Kistler, W. Jonkers // PLoS ONE. - 2014. - V.9. - № 11. - E112703.

210. Ma, L. J. Comparative Genomics Reveals Mobile Pathogenicity Chromosomes in Fusarium [Text] / L. J. Ma, H. C. van der Does, K. A. Borkovich, J. J. Coleman, M. J. Daboussi, A. Di Pietro, M. Dufresne, M. Freitag, M. Grabherr, B. Henrissat, // Nature. - 2010. - V.464. - P. 367-373.

211. Ma, L. J. Fusarium pathogenomics [Text] / L. J. Ma, D. M. Geiser, R. H. Proctor, A. P. Rooney, K. O'Donnell, F. Trail, D. M. Gardiner, J. M. Manners, K. Kazan // Annual review of microbiology. - 2013. - V.67. - P. 399-416.

212. Ma, L. J. Horizontal chromosome transfer and rational strategies to manage Fusarium vascular wilt diseases [Text] / L. J. Ma // Molecular Plant Pathology. - 2014. - V.15. - № 8. - P. 763-766.

213. Ma, L. The AVR2-SIX5 gene pair is required to activate I-2-mediated immunity in tomato [Text] / L. Ma, P. M. Houterman, F. Gawehns, L. Cao, F. Sillo, H. Richter, M. J. Clavijo-Ortiz, S. M. Schmidt, S. Boeren, J. Vervoort, B. J. C. Cornelissen, M. Re, F. L. M. Takken // New Phytologist. - 2015. - V.208. - № 2. - P. 507-518.

214. Ma, Y. Beneficial role of bacterial endophytes in heavy metal phytoremediation [Text] / Y. Ma, M. Rajkumar, C. Zhang, H. Freitas // Journal of Environmental Management. - 2016. -V.174. - P. 14-25.

215. Manzotti, A. Insights into the community structure and lifestyle of the fungal root endophytes of tomato by combining amplicon sequencing and isolation approaches with phytohormone profiling [Text] / A. Manzotti, A. Bergna, M. Burow, H. J. L. J0rgensen, T.

Cernava, G. Berg, D. B. Collinge, B. Jensen // FEMS Microbiology Ecology. - 2020. - V.96. - № 5. - E052.

216. Marburger, D. A. Crop rotation and management effect on Fusarium spp. Populations [Text] / D. A. Marburger, M. Venkateshwaran, S. P. Conley, P. D. Esker, J. G. Lauer, J. M. Ané // Crop Science. - 2015. - V.55. - № 1. - P. 365-376.

217. Mardanova, A. M. Bacillus subtilis strains with antifungal activity against the phytopatogenic fungi [Text] / A. M. Mardanova, G. F. Hadieva, M. T. Lutfullin, I. V. Khilyas, L. F. Minnullina, A. G. Gilyazeva, L. M. Bogomolnaya, M. R. Sharipova // Agricultural Sciences. - 2017. - V. 8. - P. 1-20.

218. Mardanova, A. Structure and variation of root-associated microbiomes of potato grown in alfisol [Text] / A. Mardanova, M. Lutfullin, G. Hadieva, Y. Akosah, D. Pudova, D. Kabanov, E. Shagimardanova, P. Vankov, S. Vologin, N. Gogoleva, Z. Stasevski, M. Sharipova // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2019. - V.35. - № 11. - P. 181.

219. Martinelli, F. Advanced methods of plant disease detection. A review [Text] / F. Martinelli, R. Scalenghe, S. Davino, S. Panno, G. Scuderi, P. Ruisi, P. Villa, D. Stroppiana, M. Boschetti, L. R. Goulart, C. E. Davis, A. M. Dandekar // Agron. Sustain. Dev. - 2015. -V.35. - P. 1-25.

220. Martinez-Klimova, E. Endophytes as sources of antibiotics [Text] / E. Martinez-Klimova, K. Rodríguez-Peña, S. Sánchez // Biochemical pharmacology. - 2017. - V.134. - P. 1-17.

221. Mathur, S. Fumonisin B1 is hepatotoxic and nephrotoxic in milk-fed calves [Text] / S. Mathur, P. D. Constable, R. M. Eppley, A. L. Waggoner, M. E. Tumbleson, W. M. Haschek // Toxicological Sciences. - 2001. - V.60. - № 2. - P. 385-396.

222. McFall-Ngai, M. Animals in a bacterial world, a new imperative for the life sciences [Text] / M. McFall-Ngai, M. G. Hadfield, T. C. Bosch, H. V. Carey, T. Domazet-Loso, A. E. Douglas, N. Dubilier, G. Eberl, T. Fukami, S. F. Gilbert // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2013. - V.110. - № 9. - P. 3229-3236.

223. Merlington, A. First Report of Fusarium proliferatum Causing Dry Rot in Michigan Commercial Potato (Solanum tuberosum) Production [Text] / A. Merlington, L. E. Hanson, R. Bayma, K. Hildebrandt, L. Steere, W. W. Kirk // Plant Dis. - 2014. - V.98. - № 6. - P. 843.

224. Mezzasalma, V. Geographical and cultivar features differentiate grape microbiota in Northern Italy and Spain vineyards [Text] / V. Mezzasalma, A. Sandionigi, L. Guzzetti, A. Galimberti, M. S. Grando, J. Tardaguila, M. Labra // Frontiers in Microbiology. - 2018. -V.9. - P. 946-946.

225. Michielse, C. B. Insight into the Molecular Requirements for Pathogenicity of Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici through Large-Scale Insertional Mutagenesis [Text] / C. B. Michielse, R. van Wijk, L. Reijnen, B. J. Cornelissen, M. Rep // Genome Biol. - 2009. -V.10. - № 1. - P. 1-18.

226. Minukhin, V. V. Mycosis [Text] / V. V. Minukhin, N. I. Kovalenko. - Kharkiv: Kharkiv National Medical University, 2015. - P.24.

227. Möbius, N. Fungal Phytotoxins as Mediators of Virulence [Text] / N. Möbius, C. Hertweck // Curr. Opin. Plant Biol. - 2009. - V.12. - P. 390-398.

228. Montesinos-Navarro, A. Soil fungi promote nitrogen transfer among plants involved in long-lasting facilitative interactions [Text] / A. Montesinos-Navarro, M. Verdu, J. I. Querejeta, L. Sortibran, A. Valiente-Banuet // Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics. - 2016. - V.18. - P. 45-51.

229. Moreira, S. Fungi and bacteria associated with post-harvest rot of ginger rhizomes in Espirito Santo, Brazil [Text] / S. Moreira, D. Dutra, A. Rodrigues, J. Oliveira, O. Dhingra, O. Pereira // Tropical Plant Pathology. - 2013. - V.38. - № 3. - P. 218-226.

230. Moretti, A. Mycotoxins: An underhand food problem [Text] / A. Moretti, A. F. Logrieco, A. Susca // Mycotoxigenic Fungi. - 2017. - V. 1542. - P. 3-12.

231. Muhammed, M. The role of mycelium production and a MAPK-mediated immune response in the C. elegans-Fusarium model system [Text] / M. Muhammed, B. B. Fuchs, M. P. Wu, J. Breger, J. J. Coleman, E. Mylonakis // Medical mycology. - 2012. - V.50. - № 5. - P. 488-496.

232. Müller, H. Plant genotype-specific archaeal and bacterial endophytes but similar Bacillus antagonists colonize [Text] / H. Müller, C. Berg, B. B. Landa, A. Auerbach, C. Moissl-Eichinger, G. Berg // Front. Microbiol. - 2015. - V.6 - P.138.

233. Murashige, T. A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco tissue culture [Text] / T. Murashige, F. Skoog // Physiologia Plantarum. - 1962. - V.15. - № 3. - P. 473497.

234. Nelson, E. B. The seed microbiome: origins, interactions, and impacts [Text] / E. B. Nelson // Plant and Soil. - 2018. - V.422. - № 1-2. - P. 7-34.

235. Neumann, G. The release of root exudates as affected by the plant physiological status [Text] / G. Neumann, V. Römheld // The Rhizosphere: Biochemistry and organic substances at the soil-plant interface. - 2000. - V.2. - P. 23-72.

236. Nicol, G. W. Differential response of archaeal and bacterial communities to nitrogen inputs and pH changes in upland pasture rhizosphere soil [Text] / G. W. Nicol, G. Webster, L. A. Glover, J. I. Prosser // Environmental Microbiology. - 2004. - V.6. - P. 861-867.

237. Nicot, N. Housekeeping gene selection for real-time RT-PCR normalization in potato during biotic and abiotic stress [Text] / N. Nicot, J. F. Hausman, L. Hoffmann, D. Evers // Journal of experimental botany. - 2005. - V.56. - № 421. - P. 2907-2914.

238. Niehaus, E. M. Characterization of the fusaric acid gene cluster in Fusarium fujikuroi [Text] / E. M. Niehaus, K. W. Von Bargen, J. J. Espino, A. Pfannmüller, H. U. Humpf, B. Tudzynski // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2014. - V.98. - № 4. - P. 1749-1762.

239. Niño-Sánchez, J. The FTF Gene Family Regulates Virulence and Expression of SIX Effectors in Fusarium oxysporum [Text] / J. Niño-Sánchez, V. Casado-Del Castillo, V. Tello, J. J. De Vega-Bartol, B. Ramos, S. A. Sukno, J. M. Díaz Mínguez // Mol. Plant. Pathol. -2016. - V.17. - P. 1124-1139.

240. Niu, X. The FonSIX6 gene acts as an avirulence effector in the Fusarium oxysporum f. sp. niveum-watermelon pathosystem [Text] / X. Niu, X. Zhao, K. S. Ling, A. Levi, Y. Sun, M. Fan // Scientific Reports. - 2016. - V.6. - E28146.

241. O'Donnell, K. DNA Sequence-Based Identification of Fusarium: Current Status and Future Directions [Text] / K. O'Donnell, T. J. Ward, V. A. R. G. Robert, P. W. Crous, D. M. Geiser, S. Kang // Phytoparasitica. - 2015. - V.43. - P. 583-595.

242. O'Donnell, K. Internet-accessible DNA sequence database for identifying fusaria from human and animal infections [Text] / K. O'Donnell, D. A. Sutton, M. G. Rinaldi, B. A. J.

Sarver, S. A. Balajee, H. J. Schroers, R. C. Summerbell, V. A. R. G. Robert, P. W. Crous, N. Zhang // Journal of Clinical Microbiology. - 2010. - V.48. - № 10. - P. 3708-3718.

243. O'Donnell, K. Phylogenetic analyses of RPB1 and RPB2 support a middle Cretaceous origin for a clade comprising all agriculturally and medically important fusaria [Text] / K. O'Donnell, A. P. Rooney, R. H. Proctor, D. W. Brown, S. P. McCormick, T. J. Ward, R. J. Frandsen, E. Lys0e, S. A. Rehner, T. Aoki, V. A. Robert, P. W. Crous, J. Z. Groenewald, S. Kang, D. M. Geiser // Fungal Genet Biol. - 2013. - V.52. - P. 20-31.

244. Obidiegwu, J. E. Managing potato wart : a review of present research status and future perspective [Text] / J. E. Obidiegwu, K. Flath, C. Gebhardt // Theor Appl Genet. - 2014. -V.127. - № 4. - P. 763-780.

245. Okura, Y. Fusarium falciforme infection in a patient with chronic granulomatous disease : Unique long-term course of epidural abscess [Text] / Y. Okura, N. Kawamura, M. Okano, N. Toita, S. Takezaki, M. Yamada, I. Kobayashi, T. Ariga // Pediatrics International. - 2015. - V.57. - № 1. - E4-6.

246. Olanrewaju, O. S. Plant health : feedback effect of root exudates-rhizobiome interactions [Text] / O. S. Olanrewaju, A. S. Ayangbenro, B. R. Glick, O. O. Babalola // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2019. - V.103. - № 3. - P. 1155-1166.

247. Pandey, S. K. Potato Research Priorities in Asia and the Pacific Region [Text] / S. K. Pandey // Workshop To Commemorate The International Year Of The Potato. - 2008. - E7.

248. Pandolfi, V. Gene expression profile of the plant pathogen Fusarium graminearum under the antagonistic effect of Pantoea agglomerans [Text] / V. Pandolfi, E. C. Jorge, C. M. R. Melo, C. S. Albuquerque, H. Carrer // Genetics and molecular research : GMR. - 2010. -V.9. - № 3. - P. 1298-311.

249. Park, B. Cyber infrastructure for Fusarium: Three integrated platforms supporting strain identification, phylogenetics, comparative genomics and knowledge sharing [Text] / B. Park, J. Park, K. C. Cheong, J. Choi, K. Jung, D. Kim, Y. H. Lee, T. J. Ward, K. O'Donnell, D. M. Geiser, S. Kang // Nucleic Acids Research. - 2011. - V.39. - P. 640-646.

250. Patel, D. A resourceful methodology to profile indolic auxins produced by rhizo-fungi using spectrophotometry and HPTLC [Text] / D. Patel, A. Patel, D. Vora, S. Menon, S. Vadakan, D. Acharya, D. Goswami // 3 Biotech. - 2018. - V.8 - № 10. - P. 413.

251. Peeters, N. Ralstonia solanacearum, a widespread bacterial plant pathogen in the post-genomic era [Text] / N. Peeters, A. Guidot, F. Vailleau, M. Valls // Mol Plant Pathol. - 2013.

- V.14 - № 7. - P. 651-662.

252. Peraica, M. Mycotoxicoses [Text] / M. Peraica // Environmental Mycology in Public Health.

- 2015. - P. 45-49.

253. Perfect, S. E. Infection Structures of Biotrophic and Hemibiotrophic Fungal Plant Pathogens [Text] / S. E. Perfect, J. R. Green // Mol. Plant. Pathol. - 2001. - V.2. - P. 101-108.

254. Perombelon, M. C. M. Potato diseases caused by soft rot erwinias: an overview of pathogenesis [Text] / M. C. M. Perombelon // Plant Pathol. - 2002. - V.51. - P. 1-12.

255. Peters, J. C. Characterization of Fusarium spp. responsible for causing dry rot of potato in Great Britain [Text] / J. C. Peters, A. K. Lees, D. W. Cullen, L. Sullivan, G. P. Stroud, A. C. Cunnington // Plant Pathology. - 2008. - V.57. - № 2. - P. 262-271.

256. Petit-Houdenot, Y. Complex interactions between fungal avirulence genes and their corresponding plant resistance genes and consequences for disease resistance management [Text] / Y. Petit-Houdenot, I. Fudal // Frontiers in plant science. - 2017. - V.8. - P. 10721072.

257. Pfeiffer, S. Rhizosphere microbiomes of potato cultivated in the High Andes show stable and dynamic core microbiomes with different responses to plant development [Text] / S. Pfeiffer, B. Mitter, A. Oswald, B. Schloter-Hai, M. Schloter, S. Declerck, A. Sessitsch // FEMS microbiology ecology. - 2017. - V.93. - № 2. - E242.

258. Phan, H. T. Gibberella gaditjirrii (Fusarium gaditjirrii) sp. nov., a new species from tropical grasses in Australia [Text] / H. T. Phan, L. W. Burgess, B. A. Summerell, S. Bullock, E. C. Y. Liew, J. L. Smith-White, J. R. Clarkson // Studies in Mycology. - 2004. - V.50. -P. 261-272.

259. Pietro, A. A MAP kinase of the vascular wilt fungus Fusarium oxysporum is essential for root penetration and pathogenesis [Text] / A. Di. Pietro, F. I. Garcia-Maceira, E. Meglecz, M. I. G. Roncero // Molecular Microbiology. - 2001. - V.39. - № 5. - P. 1140-1152.

260. Pitt, W. M. Evaluation of fungicides for the management of Botryosphaeria canker of grapevines [Text] / W. M. Pitt, M. R. Sosnowski, R. Huang, Y. Qiu, C. C. Steel, S. Savocchia // Plant Disease. - 2012. - V.96. - № 9. - P. 1303-1308.

261. Plissonneau, C. Using Population and Comparative Genomics to Understand the Genetic Basis of Effector-Driven Fungal Pathogen Evolution [Text] / C. Plissonneau, J. Benevenuto, N. Mohd-Assaad, S. Fouche, F. E. Hartmann, D. Croll // Front. Plant Sci. - 2017. - V.8. -P. 119.

262. Ploetz, R. C. Fusarium Wilt of Banana [Text] / R. C. Ploetz // Phytopathology. - 2015. -V.105. - № 12. - P. 1512-1521.

263. Powell, J. J. The Fusarium crown rot pathogen Fusarium pseudograminearum triggers a suite of transcriptional and metabolic changes in bread wheat (Triticum aestivum L.) [Text] / J. J Powell, J. Carere, T. L. Fitzgerald, J. Stiller, L. Covarelli, Q. Xu, F. Gubler, M. L. Colgrave, D. M. Gardiner, J. M. Manners // Annals of botany. - 2017. - V.119. - № 5. - P. 853-867.

264. Qin, S. Analysis on fungal diversity in rhizosphere soil of continuous cropping potato subjected to different furrow-ridge mulching managements [Text] / S. Qin, S. Yeboah, X. Xu, Y. Liu, B. Yu // Frontiers in Microbiology. - 2017. - V.8. - P. 845-845.

265. Raaijmakers, J. M. The rhizosphere: a playground and battlefield for soilborne pathogens and beneficial microorganisms [Text] / J. M. Raaijmakers, T. C. Paulitz, C. Steinberg, C. Alabouvette, Y. Moenne-Loccoz // Plant and soil. - 2009. - V.321. - № 1-2. - P. 341-361.

266. Rampersad, S. N. Pathogenomics and Management of Fusarium Diseases in Plants [Text] / S. N. Rampersad // Pathogens. - 2020. - V.9. - № 5. - P. 340.

267. Rana, A. Fusarium oxysporu: Genomics, diversity and plant-host interaction [Text] / A. Rana, M. Sahgal, B. N. Johri // Developments in Fungal Biology and Applied Mycology. -2017. - P. 159-199.

268. Rasche, F. Rhizosphere bacteria affected by transgenic potatoes with antibacterial activities compared with the effects of soil, wild-type potatoes, vegetation stage and pathogen exposure [Text] / F. Rasche, V. Hödl, C. Poll, E. Kandeler, M. H. Gerzabek, J. D. van Elsas, A. Sessitsch // FEMS Microbiol Ecol. - 2006. - V.56. - P. 219-235.

269. Rathore, R. Crop establishment practices are a driver of the plant microbiota in winter oilseed rape (Brassica napus) [Text] / R. Rathore, D. N. Dowling, P. D. Forristal, J. Spink, P. D. Cotter, D. Bulgarelli, K. J. Germaine // Frontiers in Microbiology. - 2017. - V.8. - P. 1489.

270. Ray, D. K. Increasing global crop harvest frequency: Recent trends and future directions [Text] / D. K. Ray, J. A. Foley // Environmental Research Letters. - 2013. - V.8. - № 4. -E044041.

271. Recep, K. Biological control of the potato dry rot caused by Fusarium species using PGPR strains [Text] / K. Recep, S. Fikrettin, D. Erkol, E. Cafer // Biological Control. - 2009. -V.50. - № 2. - P. 194-198.

272. Reddy, K. An overview of mycotoxin contamination in foods and its implications for human health [Text] / K. Reddy, B. Salleh, B. Saad, H. Abbas, C. Abel, W. Shier // Toxin Reviews. - 2010. - V.29. - № 1. - P. 3-26.

273. Reddy, K. E. Effects of High Levels of Deoxynivalenol and Zearalenone on Growth Performance, and Hematological and Immunological Parameters in Pigs [Text] / K. E. Reddy, J. Song, H. J. Lee, M. Kim, D. W. Kim, H. J. Jung, B. Kim, Y. Lee, D. Yu, D. W. Kim // Toxins. - 2018. - V.10. - № 3. - P. 114-199.

274. Reiter, B. Response of Endophytic Bacterial Communities in Potato Plants to Infection with Erwinia carotovora subsp. Atroseptica [Text] / B. Reiter, U. Pfeifer, H. Schwab, A. Sessitsch // Appl Environ Microbiol. - 2002. - V.68. - P. 2261-2268.

275. Rep, M. The genomic organization of plant pathogenicity in Fusarium species [Text] / M. Rep, H. C. Kistler // Current Opinion in Plant Biology. - 2010. - V.13. - № 4. - P. 420-426.

276. Ries, N. Potato ontology: Surviving postsocialism in Russia [Text] / N. Ries // Cultural Anthropology. - 2009. - V.24. - № 2. - P. 181-212.

277. Rietman, H. Qualitative and Quantitative Late Blight Resistance in the Potato Cultivar Sarpo Mira Is Determined by the Perception of Five Distinct RXLR Effectors [Text] / H. Rietman, G. Bijsterbosch, L. M. Cano, H. R. Lee, J. H. Vossen, E. Jacobsen, R. G. F. Visser, S. Kamoun, V. G. A. A. Vleeshouwers // Molecular Plant-Microbe Interactions. - 2012. -V.25. - № 7. - P. 910-919.

278. Rizzello, I. Successful treatment of bilateral endogenous Fusarium solani endophthalmitis in a patient with acute lymphocytic leukaemia [Text] / I. Rizzello, F. Castagnetti, P. G. Toschi, P. Bertaccini, L. Primavera, M. Paolucci, L. Faccioli, L. Spinardi, R. E. Lewis, M. Cavo, M. Stanzani // Mycoses. - 2018. - V.61. - № 1. - P. 53-60.

279. Rodriguez, P. A. Systems Biology of Plant-Microbiome Interactions [Text] / P. A. Rodriguez, M. Rothballer, S. P. Chowdhury, T. Nussbaumer, C. Gutjahr, P. Falter-Braun // Mol Plant. - 2019. - V.12. - № 6. - P. 804-821.

280. Rosegrant, M. W. Global food security: challenges and policies [Text] / M. W. Rosegrant, S. A. Cline // Science. - 2003. - V.302. - № 5652. - P. 1917-1919.

281. Russell, P. E. The Development of Commercial Disease Control [Text] / P. E. Russell // Plant Pathol. - 2006. - V.55. - P. 585-594.

282. Salomon, S. The Secreted Lipase FGL1 Is Sufficient to Restore the Initial Infection Step to the Apathogenic Fusarium graminearum MAP Kinase Disruption Mutant Agpmk1 [Text] / S. Salomon, A. Gácser, S. Frerichmann, C. Kröger, W. Schäfer, C. A. Voigt // Eur. J. Plant Pathol. - 2012. - V.134. - P. 23-37.

283. Sánchez-Cañizares, C. Understanding the holobiont : the interdependence of plants and their microbiome [Text] / C. Sánchez-Cañizares, B. Jorrín, P. S. Poole, A. Tkacz // Current Opinion in Microbiology. - 2017. - V.38. - P. 188-196.

284. Sanders, R. Improving the standardization of mRNA measurement by RT-qPCR [Text] / R. Sanders, S. Bustin, J. Huggett, D. Mason // Biomolecular Detection and Quantification. -2018. - V.15. - P. 13-17.

285. Sandipan, P. B. Efficacy of Different Fungicides Against Dry Rot Pathogen of Potato Caused by Fusarium sp. under In vitro Condition [Text] / P. B. Sandipan, B. P. Solanki, N. N. Patel, R. L. Patel, P. D. Verma, H. R. Desai // Cercetari Agronomice in Moldova. - 2016. - V.49. - № 4. - P. 69-74.

286. Sandoval-Denis, M. Symptomatic Citrus trees reveal a new pathogenic lineage in Fusarium and two new Neocosmospora [Text] / M. Sandoval-Denis, V. Guarnaccia, G. Polizzi, P. W. Crous // Persoonia. - 2018. - V.40. - P. 1-25.

287. Saraiya, A. Angioinvasive opportunistic filamentous mycoses in immunocompromised patients [Text] / A. Saraiya, M. Weinstein, S. Khetarpal, A. Kyei, M. Piliang // Dermatology online journal. - 2015. - V.21. - E5.

288. Saremi, H. Fusarium diseases as the main soil borne fungal pathogen on plants and their control management with soil solarization in Iran [Text] / H. Saremi, S. M. Okhovvat, S. J. Ashrafi // African Journal of Biotechnology. - 2011. - V.10. - № 80. - P. 18391-18398.

289. Sasse, J. Feed your friends: do plant exudates shape the root microbiome? [Text] / J. Sasse, E. Martinoia, T. Northen // Trends in plant science. - 2018. - V.23. - № 1. - P. 25-41.

290. Satoh, K. Characterization of fungi isolated from the equipment used in the International Space Station or Space Shuttle [Text] / K. Satoh, T. Yamazaki, T. Nakayama, Y. Umeda, M. M. Alshahni, M. Makimura, K. Makimura // Microbiology and immunology. - 2016. - V.60. - № 5. - P. 295-302.

291. Schisler, D. A. Appraisal of selected osmoprotectants and carriers for formulating gramnegative biocontrol agents active against Fusarium dry rot on potatoes in storage [Text] / D. A. Schisler, P. J. Slininger, N. L. Olsen // Biol Control. - 2016. - V.98. - P. 1-10.

292. Schlaeppi, K. The Plant Microbiome at Work [Text] / K. Schlaeppi, D. Bulgarelli // Molecular Plant-Microbe Interactions. - 2015. - V.28. - №. 3. - P. 212-217.

293. Schlechter, R. O. Driving factors of epiphytic bacterial communities: A review [Text] / R. O. Schlechter, M. Miebach, M. N. Remus-Emsermann // Journal of advanced research. -2019. - V.19. - P. 57-65.

294. Schoeman, A. Pathogenicity and toxigenicity of Fusarium verticillioides isolates collected from maize roots, stems and ears in South Africa [Text] / A. Schoeman, B. C. Flett, B. J. Schoeman, B. J. van Rensburg, E. Ncube, A. Viljoen, E. Ncube // European Journal of Plant Pathology. - 2018. - V.152. - № 3. - P. 677-689.

295. Scholthof, K. B. Top 10 plant viruses in molecular plant pathology [Text] / K. B. Scholthof, S. Adkins, H. Czosnek, P. Palukaitis, E. Jacquot, T. Hohn, B. Hohn, K. Saunders, T. Candresse, P. Ahlquist, C. Hemenway, G. D. Foster // Mol Plant Pathol. - 2011. - V.12. -№ 9. - P. 938-954.

296. Schroers, H. J. Epitypification of Fusisporium (Fusarium) solani and its assignment to a common phylogenetic species in the Fusarium solani species complex [Text] / H. J. Schroers, G. J. Samuels, N. Zhang, D. P. G. Short, J. Juba, D. M. Geiser // Mycologia. -2016. - V.108. - № 4. - P. 806-819.

297. Schroers, H. J. Taxonomy and phylogeny of the Fusarium dimerum species group [Text] / H. J. Schroers, K. O'Donnell, S. C. Lamprecht, P. L. Kammeyer, S. Johnson, D. a Sutton, M. G. Rinaldi, D. M. Geiser, R. C. Summerbell // Mycologia. - 2009. - V.101. - № 1. - P. 44-70.

298. Secor, G. A. Seed tuber health before and during planting. In: Potato health management [Text] / G. A. Secor, S. B. Johnson// The American Phytopathological Society. - 2008. - P. 45-53.

299. Secor, G. A. The canon of potato science: 13. Phytoplasma Diseases [Text] / G. A. Secor // Potato Res. - 2007 - V.50. - P. 255 -257.

300. Segura, R. A. Managing the interactions between soil abiotic factors to alleviate the effect of Fusarium wilt in bananas [Text] / R. A. Segura, J. J Stoorvogel, J. Z. Samuels, J. A Sandoval // X International Symposium on Banana: ISHS-ProMusa Symposium on Agroecological Approaches to Promote Innovative Banan. - 2016. - V.1196. - P. 163-168.

301. Seifert, K. A. The genera of Hyphomycetes - 2011 update [Text] / K. A Seifert, W. Gams // Persoonia. - 2011. - V.27. - P. 119-129.

302. Senés-Guerrero, C. A conserved arbuscular mycorrhizal fungal core-species community colonizes potato roots in the Andes [Text] / C. Senés-Guerrero, A. Schüßler // Fungal Diversity. - 2016. - V.77. - P. 317-333.

303. Senés-Guerrero, C. Potato-associated arbuscular mycorrhizal fungal communities in the Peruvian Andes [Text] / C. Senés-Guerrero, G. Torres-Cortés, S. Pfeiffer, M. Rojas, A. Schüßler // Mycorrhiza. - 2014. - V.24. - P. 405-417.

304. Sessitsch, A. Endophytic bacterial communities of field-grown potato plants and their plant-growth-promoting and antagonistic abilities [Text] / A. Sessitsch, B. Reiter, G. Berg / Can J Microbiol. - 2004. - V.50. - P. 239-249.

305. Shams, M. Isolation and characterization of a new less-toxic derivative of the Fusarium mycotoxin diacetoxyscirpenol after thermal treatment [Text] / M. Shams, R. Mitterbauer, R. Corradini, G. Wiesenberger, C. Dall'Asta, R. Schuhmacher, R. Krska, G. Adam, F. Berthiller // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2011. - V.59. - № 17. - P. 9709-9714.

306. Shang, Y. Divergent and Convergent Evolution of Fungal Pathogenicity [Text] / Y. Shang, G. Xiao, P. Zheng, K. Cen, S. Zhan, C. Wang // Genome Biol. Evol. - 2016. - V.8. - P. 1374-1387.

307. Sharma, M. Deciphering the Omics of Plant-Microbe Interaction: Perspectives and New Insights [Text] / M. Sharma, S. Sudheer, Z. Usmani, R. Rani, P. Gupta // Curr Genomics. -2020. - V.21. - № 5. - P. 343-362.

308. Sieber, C. M. K. The Fusarium graminearum genome reveals more secondary metabolite gene clusters and hints of horizontal gene transfer [Text] / C. M. K. Sieber, W. Lee, P. Wong, M. Münsterkötter, H. W. Mewes, C. Schmeitzl, E. Varga, F. Berthiller, G. Adam, U. Güldener // PloS one. - 2014. - V.9. - № 10. - E110311.

309. Simbaqueba, J. Analysis of Fusarium oxysporum effectors shared between strains that infect cape gooseberry and tomato: Thesis (PhD) [Text] / Jaime Simbaqueba. - 2017. -P.144.

310. Singh, K. P. Postharvest application of fungicides, antagonists and plant products for controlling storage scab and rots of apple fruits [Text] / K. P. Singh, S. Amitabh, R. K. Prasad, J. Kumar. // Indian Phytopathology. - 2017. - V.70. - № 3. - P. 315-321.

311. Sinha, R. Impact of drought stress on simultaneously occurring pathogen infection in field-grown chickpea [Text] / R. Sinha, V. Irulappan, B. Mohan-Raju, A. Suganthi, M. Senthil-Kumar // Scientific Reports. - 2019. - V.9. - № 1. - P. 1-15.

312. Smith, S. E. Mycorrhizal associations and phosphorus acquisition: from cells to ecosystems [Text] / S. E. Smith, I. C. Anderson, F. A. Smith // Annual Plant Reviews online. - 2018. -P. 409-439.

313. Someya, N. Molecular Characterization of the Bacterial Community in a Potato Phytosphere [Text] / N. Someya, Y. O. Kobayashi, S. Tsuda, S. Ikeda // Microbes Environ. - 2013. -V.28. - P. 295-305.

314. Song, H. H. Diversity in beauvericin and enniatins H, I, and MK1688 by Fusarium oxysporum isolated from potato [Text] / H. H. Song, H. S. Lee, J. H. Jeong, H. S. Park, C. Lee // Int. J. Food Microbiol. - 2008. - V.122. - P. 296-301.

315. Soto-alvear, S. Characterization of the bull's eye rot of apple in Chile [Text] / S. Soto-alvear, M. Lolas, I. M. Rosales, E. R. Chavez, B. Latorre // Plant Disease. - 2013. - V.97. - № 4. -P. 485-490.

316. Srivastava, V. Biodiversity of mycoflora in rhizosphere and rhizoplane of some Indian herbs [Text] / V. Srivastava, A. Kumar // Biol Forum Int J. - 2013. - V.5. - P. 123-125.

317. Steinberg, C. Adaptation of Fusarium oxysporum and Fusarium dimerum to the specific aquatic environment provided by the water systems of hospitals [Text] / C. Steinberg, J.

Laurent, V. Edel-Hermann, M. Barbezant, N. Sixt, F. Dalle, S. Aho, A. Bonnin, P. Hartemann, M. Sautour // Water research. - 2015. - V.76. - P. 53-65.

318. Steven, B. The influence of flower anatomy and apple cultivar on the apple flower phytobiome [Text] / B. Steven, R. B. Huntley, Q. Zeng // Phytobiomes. - 2018. - V.2. - № 3. - P. 171-179.

319. Sturz, A. V. Endophytic bacterial communities in the periderm of potato tubers and their potential to improve resistance to soil-borne plant pathogens [Text] / A. V. Sturz, B. R. Christie, B. G. Matheson, W. J. Arsenault, N. A. Buchanan // Plant Pathol. - 1999. -V.48. -P. 360-369.

320. Sunita, K. Secondary Metabolites From Halotolerant Plant Growth Promoting Rhizobacteria for Ameliorating Salinity Stress in Plants [Text] / K. Sunita, I. Mishra, J. Mishra, J. Prakash, N. K. Arora // Front Microbiol. - 2020. - V.11. - P. 2619.

321. Tartaglia, M. Soil Metaproteomics for the Study of the Relationships between Microorganisms and Plants: A Review of Extraction Protocols and Ecological Insights [Text] / M. Tartaglia, F. Bastida, R. Sciarrillo, C. Guarino // Int J Mol Sci. - 2020. - V.21. -№ 22. - P. 8455.

322. Taylor, A. Identification of pathogenicity-related genes in Fusarium oxysporum f. sp. Cepae [Text] / A. Taylor, V. Vagany, A. C. Jackson, R. J. Harrison, A. Rainoni, J. P. Clarkson // Molecular plant pathology. - 2016. - V. 17. - № 7. - P. 1032-1047.

323. Tian, L. Research Advances of Beneficial Microbiota Associated with Crop Plants [Text] / L. Tian, X. Lin, J. Tian, L. Ji, Y. Chen, L. S. P. Tran, C. Tian // International journal of molecular sciences. - 2020. - V.21. - № 5. - P. 1792.

324. Tillmann, M. Crop rotation effects on incidence and diversity of Fusarium species colonizing stem bases and grains of winter wheat [Text] / M. Tillmann, A. von Tiedemann, M. Winter // Journal of Plant Diseases and Protection. - 2017. - V.124. - № 2. - P. 121-130.

325. Tiwari, R. K. Potato dry rot disease : current status, pathogenomics and management [Text] / R. K. Tiwari, R. Kumar, S. Sharma, V. Sagar, R. Aggarwal, K. C. Naga, M. K. Lal, K. N. Chourasia, D. Kumar, M. Kumar // 3 Biotech. - 2020. - V.10. - № 11. - P. 503.

326. Tomilova, O. G. Entomopathogenic fungi decrease Rhizoctonia disease in potato in field conditions [Text] / O. G. Tomilova, E. M. Shaldyaeva, N. A. Kryukova, Y. V. Pilipova, N. S. Schmidt, V. P. Danilov, V. Y. Kryukov, V. V. Glupov_// PeerJ. - 2020. - V.8. - E9895.

327. Torrance, L. Potato Virus Y Emergence and Evolution from the Andes of South America to Become a Major Destructive Pathogen of Potato and Other Solanaceous Crops Worldwide [Text] / L. Torrance, M. E. Talianksy // Viruses. - 2020. - V.12. - № 12. - P. 1430.

328. Toth, I. K. Dickeya species : an emerging problem for potato production in Europe [Text] / I. K. Toth, J. M. van der Wolf, G. Saddler, E. Lojkowska, V. Helias, M. Pirhonen, L. Tsror, J. G. Elphinstone // Plant Pathol. - 2001. - V.60. - P. 385-399.

329. Truyens, S. Bacterial seed endophytes : genera, vertical transmission and interaction with plants [Text] / S. Truyens, N. Weyens, A. Cuypers, J. Vangronsveld // Environmental Microbiology Reports. - 2015. - V.7. - № 1. - P. 40-50.

330. Tupaki-Sreepurna, A. Fusarium: The versatile pathogen [Text] / A. Tupaki-Sreepurna, A. J. Kindo // Indian journal of medical microbiology. - 2018. - V.36. - №1. - P. 8-17.

331. Urbaniak, C. Draft Genome Sequences of Two Fusarium oxysporum Isolates Cultured from Infected Zinnia hybrida Plants Grown on the International Space Station [Text] / C. Urbaniak, G. Massa, M. Hummerick, C. Khodadad, A. Schuerger, K. Venkateswaran // Genome announcements. - 2018. - V.6. - E20.

332. Vaahtera, L. Cell wall integrity maintenance during plant development and interaction with the environment [Text] / L. Vaahtera, J. Schulz, T. Hamann // Nature plants. - 2019. - V.5. - № 9. - P. 924-932.

333. van Bruggen, A. H. Soil health indicators and Fusarium wilt suppression in organically and conventionally managed greenhouse soils [Text] / A. H. van Bruggen, K. Sharm, E. Kaku, S. Karfopoulos, V. V. Zelenev, W. J. Blok // Applied Soil Ecology. - 2015. - V.86. - P. 192201.

334. van Dam, P. A mobile pathogenicity chromosome in Fusarium oxysporum for infection of multiple cucurbit species [Text] / P. van Dam, L. Fokkens, Y. Ayukawa, M. van der Gragt, A. ter Horst, B. Brankovics, P. M. Houterman, T. Arie, M. Rep // Sci. Rep. - 2017. - V.7. -№ 1. - P. 9042.

335. van De Wouw, A. P. Fungal Pathogenicity Genes in the Age of 'Omics' [Text] / A. P. van De Wouw, B. J. Howlett // Mol. Plant Pathol. - 2011. - V.12. - P. 507-514.

336. van der Does, H. C. Transcription Factors Encoded on Core and Accessory Chromosomes of Fusarium oxysporum Induce Expression of Effector Genes [Text] / H. C. van der Does, L. Fokkens, A. Yang, S. M. Schmidt, L. Langereis, J. M. Lukasiewicz, T. R. Hughes, M. Rep // PLoS Genet. - 2016. - V.12. - E1006401.

337. van der Putten, W. H. Plant-soil feedbacks : the past, the present and future challenges [Text] / W. H. Van der Putten, R. D. Bardgett, J. D. Bever, T. M. Bezemer, B. B. Casper, T. Fukami, P. Kardol, J. N. Klironomos, A. Kulmatiski, J. A. Schweitzer // Journal of Ecology.

- 2013. - V.101. - № 2. - P. 265-276.

338. van Diepeningen, A. D. Azole susceptibility and resistance in Fusarium spp. [Text] / A. D. van Diepeningen, A. Al-Hatmi, B. Cilo, D. Giosa, W. J. Bartstra, G. S. de Hoog // Mycoses.

- 2015. - V.58. - P. 75-75.

339. Vandenkoornhuyse, P. The importance of the microbiome of the plant holobiont [Text] / P. Vandenkoornhuyse, A. Quaiser, M. Duhamel, A. Le Van, A. Dufresne // New Phytologist.

- 2015. - V.206. - № 4. - P. 1196-1206.

340. Vatankhah, M. Biological control of Fusarium dry rot of potato using some probiotic bacteria [Text] / M. Vatankhah, R. Saberi Riseh, M. Moradzadeh Eskandari, E. Sedaghati, H. Alaie, H. Afzali //J Agric Sci Technol. - 2019. - V.21. - № 5. - P. 1301-1312.

341. Vejan, P. Role of plant growth promoting rhizobacteria in agricultural sustainability - a review [Text] / P. Vejan, R. Abdullah, T. Khadiran, S. Ismail, A. Nasrulhaq Boyce // Molecules. - 2016. - V.21. - № 5. - P. 573.

342. Vieites, J. M. Metagenomics approaches in systems microbiology [Text] / J. M. Vieites, M. E. Guazzaroni, A. Beloqui, P. N. Golyshin, M. Ferrer // FEMS Microbiology Reviews. -2009. - V.33. - № 1. - P. 236-255.

343. Voigt, C. A. A Secreted Lipase of Fusarium graminearum is a Virulence Factor Required for Infection of Cereals: Lipase as a Virulence Factor [Text] / C. A. Voigt, W. Schäfer, S. Salomon // Plant J. - 2005. - V.42. - P. 364-375.

344. Vurro, M. Emerging infectious diseases of crop plants in developing countries: Impact on agriculture and socio-economic consequences [Text] / M. Vurro, B. Bonciani, G. Vannacci // Food Security. - 2010. - V.2 - P. 113-132.

345. Walkowiak, S. Whole genome sequencing and comparative genomics of closely related Fusarium Head Blight fungi : Fusarium graminearum, F. meridionale and F. asiaticum [Text] / S. Walkowiak, O. Rowland, N. Rodrigue, R. Subramaniam // BMC Genomics. -2016. - V.17. - № 1. - P. 1-15.

346. Wallace, J. G. Quantitative genetics of the maize leaf microbiome [Text] / J. G. Wallace, K. A. Kremling, L. L. Kovar, E. S Buckler // Phytobiomes Journal. - 2018. - V.2. - № 4. - P. 208-224.

347. Wallenstein, M. D. Managing and manipulating the rhizosphere microbiome for plant health: a systems approach [Text] / M. D. Wallenstein // Rhizosphere. - 2017. - V.3. - P. 230-232.

348. Walsh, J. L. Fusarium : Two endophytic novel species from tropical grasses of northern Australia [Text] / J. L. Walsh, M. H. Laurence, E. C. Y. Liew, A. E. Sangalang, L. W. Burgess, B. A. Summerell, T. Petrovic // Fungal Diversity. - 2010. - V.44. - P. 149-159.

349. Wang, J. Plant growth stages and fertilization regimes drive soil fungal community compositions in a wheat-rice rotation system [Text] / J. Wang, G. Rhodes, Q. Huang, Q. Shen. // Biology and Fertility of Soils. - 2018. - V.54. - P. 731-742.

350. Weidenbörner, M. Mycotoxins in Plants and Plant Products: Cereals and Cereal Products [Text] / M. Weidenbörner. // Springer, 2017. - P.877.

351. Weinert, N. Bacterial diversity on the surface of potato tubers in soil and the influence of the plant genotype [Text] / N. Weinert, R. Meincke, C. Gottwald, H. Heuer, M. Schloter, G. Berg, K. Smalla // FEMS Microbiol Ecol. - 2010. - V.74. - P. 114-123.

352. Weinert, N. PhyloChip hybridization uncovered an enormous bacterial diversity in the rhizosphere of different potato cultivars : many common and few cultivar-dependent taxa [Text] / N. Weinert, Y. Piceno, G. C. Ding, R. Meincke, H. Heuer, G. Berg, M. Schloter, G. Andersen, K. Smalla // FEMS Microbiology Ecology. - 2011. - V.75. - № 3. - P. 497-506.

353. Weinert, N. Rhizosphere Communities of Genetically Modified Zeaxanthin-Accumulating Potato Plants and Their Parent Cultivar Differ Less than Those of Different Potato Cultivars

[Text] / N. Weinert, R. Meincke, C. Gottwald, H. Heuer, N. C. M. Gomes, M. Schloter, G. Berg, K. Smalla // Applied and Environmental Microbiology. - 2009. - V.75. - № 12. - P. 3859-3865.

354. Whisson, S. C. The cell biology of late blight disease [Text] / S. C. Whisson, P. C. Boevink, S. Wang, P. R. J. Birch // Curr Opin Microbiol. - 2016. - V.34. - P. 127-135.

355. Whitworth, J. L. Distribution of Potato virus Y Strains in Tubers during the Post-Harvest Period [Text] / J. L. Whitworth, P. B. Hamm, P. Nolte // American Journal of Potato Research. - 2012. - V.89. - № 2. - P. 136-141.

356. Williams, A. H. Comparative genomics and prediction of conditionally dispensable sequences in legume-infecting Fusarium oxysporum formae specials facilitates identification of candidate effectors [Text] / A. H. Williams, M. Sharma, L. F. Thatcher, S. Azam, J. K. Hane, J. Sperschneider, B. N. Kidd, J. P. Anderson, R. Ghosh, G. Garg, J. Lichtenzveig, H. Corby Kistler, T. Shea, S. Young, S. A. G. Buck, L. G. Kamphuis, R. Saxena, S. Pande, L. J. Ma, R. K. Varshney, K. B. Singh // BMC Genom. - 2016. - V. 17. - E191.

357. Wittebolle, L. Initial community evenness favours functionality under selective stress [Text] / L. Wittebolle, M. Marzorati, L. Clement, A. Balloi, D. Daffonchio, K. Heylen, P. De Vos, W. Verstraete, N. Boon // Nature. - 2009. - V.458. - № 7238. - P. 623-626.

358. Wollenberg, R. D. Phenamacril Is a Reversible and Noncompetitive Inhibitor of Fusarium Class I Myosin [Text] / R. D. Wollenberg, M. H. Taft, S. Giese, C. Thiel, Z. Balazs, H. Giese, D. J. Manstein, T. E. Sondergaard // J. Biol. Chem. - 2019. - V.294. - P. 1328-1337.

359. Woloshuk, C. P. Mechanism by which contact with plant cuticle triggers cutinase gene expression in the spores of Fusarium solani f. sp. pisi. [Text] / C. P. Woloshuk, P. E. Kolattukudy // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1986. - V.83. - № 6. - P. 1704-1708.

360. Wu, Q. Trichothecenes: structure-toxic activity relationships [Text] / Q. Wu, V. Dohnal, K. Kuca, Z. Yuan // Current drug metabolism. - 2013. - V. 14. - № 6. - P. 641-660.

361. Xia, R. Impact of the Improvements in Fusarium Head Blight and Agronomic Management on Economics of Winter Wheat [Text] / R. Xia, A. W. Schaafsma, F. Wu, D. C. Hooker // World Mycotoxin J. - 2020. - V.13. - № 3. - P. 423-439.

362. Xiros, C. Factors affecting cellulose and hemicellulose hydrolysis of alkali treated brewers spent grain by Fusarium oxysporum enzyme extract [Text] / C. Xiros, P. Katapodis, P. Christakopoulos // Bioresource Technology. - 2011. - V. 102. - № 2. - P. 1688-1696.

363. Yli-Mattila, T. Molecular and morphological diversity of Fusarium species in Finland and north- western Russia [Text] / T. Yli-Mattila, S. Paavanen-Huhtala, P. Konstantinova, T. Y. Gagkaeva // European Journal of Plant Pathology. - 2004. - V.110. - P. 573-585.

364. Zarraonaindia, I. The soil microbiome influences grapevine-associated microbiota [Text] / I. Zarraonaindia, S. M. Owens, P. Weisenhorn, K. West, J. Hampton-Marcell, S. Lax, N. A. Bokulich, D. A. Mills, G. Martin, S. Taghavi // MBio. - 2015. - V.6. - E2.

365. Zhang, D. Genome sequence of the potato pathogenic fungus Alternaria solani HWC-168 reveals clues for its conidiation and virulence [Text] / D. Zhang, J. Y. He, P. Haddadi, J. H. Zhu, Z. H. Yang, L. Ma // BMC Microbiol. - 2018. - V.18 - № 1. - P. 176.

366. Zhang, K. Identification of Pathogens from Rotted Potato Tubers in Ventilated Storage House of Huade County, Inner Mongolia during the Storage Period [Text] / K. Zhang, X. Wang, J. Sun, Q. Yang, H. Sun // Agricultural Biotechnology. - 2017 (a). - V.6. - № 5. - P. 61-65.

367. Zhang, Y. Huanglongbing impairs the rhizosphere-to-rhizoplane enrichment process of the citrus root-associated microbiome [Text] / Y. Zhang, J. Xu, N. Riera, T. Jin, J. Li, N. Wang // Microbiome. - 2017 (b). - V.5. - № 1. - P. 97.

368. Zhang, Y. Y. Mutation in cyp51b and overexpression of cyp51a and cyp51b confer multiple resistant to DMIs fungicide prochloraz in Fusarium fujikuroi [Text] / Y. Y. Zhang, C. X. Mao, X. Y. Zhai, P. A. Jamieson, C. Q. Zhang // Pest Management Science. - 2021. - V.77. - № 2. - P. 824-33.

369. Zheng, B. B. Paralogous Cyp51s mediate the differential sensitivity of Fusarium oxysporum to sterol demethylation inhibitors [Text] / B. B. Zheng, L. Yan, W. Liang, Q. Yang // Pest management science. - 2019. - V.75. - № 2. - P. 396-404.

370. Zimudzi, J. Temporal shifts of fungal communities in the rhizosphere and on tubers in potato fields [Text] / J. Zimudzi, J. E. Van der Waals, T. A. Coutinho, D. A. Cowan, A. Valverde // Fungal biology. - 2018. - V.122. - № 9. - P. 928-934.

371. Zrenner, R. Necrotrophic lifestyle of Rhizoctonia solani AG3-PT during interaction with its host plant potato as revealed by transcriptome analysis [Text] / R. Zrenner, F. Genzel, B. Verwaaijen, D. Wibberg, R. Grosch // Sci Rep. - 2020. - V.10. - № 1. - P. 12574.

372. Zutter, N. The plant response induced in wheat ears by a combined attack of Sitobion avenae aphids and Fusarium graminearum boosts fungal infection and deoxynivalenol production [Text] / N. De Zutter, K. Audenaert, M. Ameye, M. De Boevre, S. De Saeger, G. Haesaert, G. Smagghe // Molecular Plant Pathology. - 2017. - V.18. - № 1. - P. 98-109.

ПРИЛОЖЕНИЕ

Таблица П1. Представленность микромицетов в летних и осенних образцах серой лесной почвы и ризосферы и ризопланы картофеля сорта Жуковский ранний на уровне филумов

Таксон (фила) Почва Ризосфера Ризоплана

Лето Осень Лето Осень Лето Осень

1. Ascomycota 85.29±2.14 94.84±2.85 79.41±1.21 88.82±4.67 90.53±2.77 91.67±5.08