Программируемая клеточная смерть дрожжей Saccharomyces cerevisiae, вызванная половым феромоном тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат биологических наук Кнорре, Дмитрий Алексеевич

• Кнорре, Дмитрий Алексеевич
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кнорре, Дмитрий Алексеевич

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Феномен программируемой клеточной смерти.

Характерные признаки апоптоза.

Функции апоптоза у многоклеточных.

Компоненты каскада самоубийства.

Роль митохондрий в апоптозе многоклеточных.

Терминология типов клеточной смерти.

Апоптотические домены и механизмы апоптоза в разных систематических группах.

Глава 2. Запрограммированная гибель одноклеточных организмов.

Инфузории.

Паразитиеские кинетопластиды.

Слизевики.

Одноклеточные автотрофы.

Архемонады.

Дрожжи.

Глава 3. Молекулярные механизмы программируемой клеточной смерти дрожжей.

Дрожжевая метакаспаза.

Протеаза Omi.

Роль митохондрий в программируемой клеточной смерти дрожжей.

Неспецифическая митохондриальная пора дрожжей.

Глава 4. Феромонный каскад дрожжей.

Биология дрожжей.

Клеточный ответ на половой феромон.

Гибель клеток S. cerevisiae, вызванная а-фактором.

Глава 5. Кальций в дрожжах.

Методы измерения внутриклеточного кальция в S. cerevisiae.

Поддержание кальциевого гомеостаза в S. cerevisiae.

Амиодарон.

Глава 6. Особенности митохондрий пекарских дрожжей.

Глава 7. Активные формы кислорода.

Особенности образования и детоксикации АФКу дрожжей S.cerevisiae.

МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 1. Культивирование дрожжей.

Гэнотипы использованных штаммов дрожжей.

Приготовление среды для культивации.

Условия культивации.

Глава 2. Тесты на выживание дрожжей.

Индукция ИКС.

Оценка выживаемости по количеству КОЕ.

Микроскопические методы.

Глава 3. Синхронизация культуры дрожжей.

Глава 4. Методы флуоресцентной микроскопии.

Окрашивание клеток на АФК.

Окрашивание клеток на митохондрии.

Окрашивание клеток на Са2+.

Окрашивание клеток на ДНК*.

Определение репликативного возраста клеток.

Глава 5. Выделение митохондрий из Saccharomyces cerevisiae и измерение скорости поглощения кислорода.

Глава 6. Молекулярно биологические методы.

Выделение плазмидной ДНК из E.coii на колонках Qiagen miniprep kit.

Выделение геномной ДНК дрожжей.

Расщепление и лигирование ДНК дрожжей.

Аналитический электрофорез ДНК в агарозных гелях.

Трансформация клеток E.coli методом электропорации.

Интегративная трансформация дрожжей.

Получение мутантных линий с полностью инактивированным геном.

Глава 7. Список использованных реактивов.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Глава 1. Исследование модели программируемой клеточной смерти дрожжей штамма W303-1B, вызванной избытком феромона.

Глава 2. Исследование ПКС, индуцированный высокой концентрацией феромона на линии клеток W303-1B cmd1-6.

Глава 3. Влияние ингибиторов и антиоксидантов на ПКС клеток W303

1В cmd1-6.

Глава 4. Скрининг генов, участвующих в регуляции программы самоубийства Saccharomyces cerevisiae, вызванного избытком фермона.

Описание скрининга.

Результаты скрининга.

Анализ мутантов на предмет устойчивости к ПКС, вызванной избытком феромона.

Глава 5 Индукция программируемой клеточной смерти на промежуточных этапах.

Индукция ПКС пекарских дрожжей перекисью водорода и менадионом.

Искусственное повышение концентрации цитоплазматического кальция.

А23187.

Амиодарон.

Глава 6. Характерные признаки апоптоза, наблюдаемые в клетках обработанных амиодароном.

Глава 7. Гиперполяризация митохондрий, вызванная амиодароном.

Изменения дыхания дрожжевых клеток, вызванные амиодароном.

Глава 8. Образование АФК клетками, вызванное амиодароном.

Глава 9. Фрагментация митохондрий.

Глава 10. Исследование функции гена YSP1.

ОБСУЖДЕНИЕ.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Программируемая клеточная смерть дрожжей Saccharomyces cerevisiae, вызванная половым феромоном»

Исследование механизмов программируемой клеточной смерти имеет большое теоретическое и практическое значение. Контролируемая элиминация клеток играет важную роль в онтогенезе, функционировании иммунитета и поддержании тканевого гомеостаза. До недавних пор считалось, что программируемая клеточная смерть (апоптоз) присуща только многоклеточным животным или растениям (Vaux et al., 1996, Huettenbrenner et al., 2003). Такое мнение было основано на том факте, что анализ геномов одноклеточных организмов не выявлял гены, гомологичные генам, кодирующих апоптотические белки многоклеточных животных.Однако увеличение количества полностью отсеквенированных геномов, а также обнаружение новых семейств апоптотических белков, позволило обнаружить их гомологи в одноклеточных эукариотах и даже в бактериях (Aravind et al., 1999, Koonin & Aravind, 2002). Одновременно было обнаружено, что программируемую клеточную смерть, сходную с апоптозом высших зукариот по цитологическим признакам, можно вызвать различными искусственными и природными индукторами у целого ряда одноклеточных организмов: дрожжевых грибов, кинетопластид, инфузорий, одноклеточных водорослей (см Гордеева и др., 2004).До последнего времени основным объектом исследования при изучении апоптоза были клеточные линии высших эукариот, тогда как использование дрожжей Saccharomyces cerevisiae в качестве модельного организма значительно удобнее в экспериментальном плане. Пекарские дрожжи, в отличии от клеточных линий многоклеточных, значительно более удобны для всевозможных генетических манипуляций, в том числе и для проведения широкомасштабного генетического скрининга. В 1998 году был проведен скрининг дрожжевых клеток, экспрессирующих библиотеку кДНК человека на предмет устойчивости к действию проапоптоического белка Вах, который также был экспрессирован в этих клетках. В результате этого скрининга был идентифицирован новый антиапоптотический белок, ингибитор Вах — BI1 (Хи et al., 1998). Однако подобный генетический скрининг так и не был осуществлен с естественными индукторами программируемой клеточной смерти пекарских дрожжей. Это упущение было связано с тем, что большинство известных к тому времени индукторов программируемой смерти вызывали программируемую гибель лишь в части клеток, тогда как остальные клетки гибли либо неспецифическим способом (их смерть не подавлялась ингибиторами синтеза белка), либо оставались живы (в случае гибели клеток, вызванной старением или мутаций в шапероне гистонов). Однако совсем недавно был обнаружен еще один естественный индуктор программируемой клеточной смерти пекарских дрожжей. Оказалось, что половой феромон (а-фактор) в высоких концентрациях вызывает программируемую гибель небольшой фракции клеток дрожжей дикого типа (Severin & Hyman, 2002). Но если использовать штаммы, сверхчувствительные к половому феромону, то можно создать условия, где практически все клетки, обработанные феромоном, будут нежизнеспособны. Затем, если такие гиперчувствительную штаммы трансформировать транспозонной библиотекой для инактивации случайных фрагментов генов (или целых генов) и обработать их высокой концентрацией феромона, можно идентифицировать мутантные линии с нарушенной программой самоубийства. Идентифицировав положение вставки, можно узнать, какие гены дрожжей являются необходимыми для реализации этой программы. Проведение такого скрининга и идентификация роли найденных генов в программе самоубийства дрожжей были поставлены в качестве задач настоящей работы.Для линий клеток многоклеточных животных, в ряде случаев, достаточно подробно изучен механизм реализации программы самоубийства, тогда как в случае пекарских дрожжей до сих пор были получены только предварительные сведения, не раскрывающие механизмов этой программы. Поэтому, перед нами была поставлена задача выяснить последовательность и взаимосвязь процессов, происходящих в клетке при активации программы самоубийства половым феромоном.Поскольку цитологические и молекулярные признаки программируемой гибели одноклеточных организмов во многом схожи с таковыми для клеток многоклеточных животных, то есть основание полагать, что исследование механизма программируемой гибели дрожжей позволит выявить некоторые общие закономерности апоптоза.Особый интерес в этой связи представляет собой исследование роли митохондрий в программе самоубийства дрожжевой клетки. Для клеток млекопитающих было показано, что митохондрии играют важную роль в регуляции программы самоубийства. Предполагается, что явление апоптоза могло возникнуть одновременно с возникновением митохондрий (цит. по Koonin & Aravind 2002), что объясняет важную сигнальную роль этой органеллы в апоптозе. Кроме того энергетика клетки находится в сильной зависимости от функционального состояния митохондрий. При апоптозе клеток многоклеточных животных митохондрии являются основным источником активных форм кислорода. In vitro было показано, что митохондрии дрожжей также могут образовывать АФК (Chance 1979).Однако до сих пор оставалось неизвестным, являются ли митохондрии источником АФК in vivo. Исследование этого вопроса позволило бы в определенной степени управлять процессом программируемой смерти в одноклеточных организмах. Поэтому, перед нами была также поставлена задача выяснить судьбу и роль митохондрий в программируемой клеточной смерти дрожжей.Понимание механизмов контролируемой клеточной смерти дрожжей имеет значение не только в связи с тем, что позволяет проводить аналогии с апоптозом высших эукариот. Очевидно, что механизмы самоубийства клеток грибов и млекопитающих имеют более или менее существенные отличия, что позволяет надеяться на создание новых специфических антигрибковых препаратов (Philips et al., 2003).

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Кнорре, Дмитрий Алексеевич

выводы

1. Предложена схема событий, происходящих в клетках дрожжей S. cerevisiae при клеточной смерти, вызванной феромоном. При повышении концентрации цитоплазматического кальция амиодароном или А23187 наблюдается гиперполяризация митохондрий и образование активных форм кислорода. Показано, что повышение ДФ митохондрий является причиной образования АФК.

2. Показано, что добавление антиоксидантов предотвращает фрагментацию митохондрий и гибель клеток, вызванные амиодароном.

3. АФК являются не эпифеноменом клеточной смерти, вызванной феромоном или амиодароном, а необходимым компонентом каскада самоубийства.

4. Идентифицированы гены, предположительно участвующие в реализации или регуляции программируемой клеточной смерти у дрожжей. Показано, что функция гена YSP1 необходима для протекания программы самоубийства клеток, вызванной амиодароном или избытком феромона.

5. Идентифицирована функция гена YSP1, который оказался необходим для фрагментации митохондрий, вызываемой АФК при программируемой гибели клеток. Показана митохондриальная локализация продукта этого гена.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Knorre. D.A. Dedukhova, V.I.,. Vyssokikh, M.Yu, Mokhova, E.N. (2003) Bioscience Reports 23(2-3): 67-75 Cyclosporin A-sensitive cytochrome с release and activation of external pathway of NADH oxidation in liver mitochondria due to pore opening by acidification of phosphate-containing incubation medium

2. Кнорре. Д.А. Смирнова E.A. и Северин Ф.Ф. (2005) Биохимия 70 (2): 323326 Естественные условия для запрограммированной гибели дрожжей Saccharomyces cerevisiae

3. Pozniakovsky, A.I., Knorre. D.A. Markova, O.V., Hyman, A.A., Skulachev, V.P. and Fedor F. Severin (2005) J. Cell. Biol. 168 (2):257-269 Role of mitochondria in the pheromone- and amiodarone-induced programmed death of yeast.

4. Кнорре Д.А., Дедухова В.И., Мохова Е.Н (2002) III съезд биохимического общества (2002), Санкт-Петербург, Россия, стр. 248-249. Уменьшение рН среды инкубации вызывает активацию внешнего пути окисления экзогенного NADH, открытие Са2+-зависимой циклоспорин А чувствительной поры и выход цитохрома С из митохондрий печени крысы.

5. Knorre D.A., Pozniakowski A., Hyman А.А., Severin F.F. European Journal of Biochemistry (2003); Supplement 1 P4.8-31 Genetic screen for activators of pheromone induced apoptosis-like death in yeast

6. Кнорре Д.А., Смирнова E.A., Северин Ф.Ф. (2004) Ломоносовские чтения Роль митохондрий в запрограммированной гибели Saccharomyces cerevisiae, вызванной половым феромоном.

7. Knorre, D.A., Markova, Е.А., Smirnova, Е.А., Rikhvanov, E.G., Severin F. F. (2005) Международная конференция «Российская биоэнергетика: от молекул к клетке», Москва, МГУ, стр. 28 Fate of mitochondria in yeast programmed death

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кнорре, Дмитрий Алексеевич, 2005 год

1. Бабьева И.П., Чернов И.Ю. (1992) М: Изд-во Моск. ун-та; Биология дрожжей.

2. Горленко М.В. и др. (1976) изд. «Просвящение», Москва, т 2:91-107; Жизнь растений

3. Гривенникова В.Г., Виноградов А.Д. (2003) Успехи биологической химии 43:19-58; Митохондриальный комплекс I

4. Котельникова А.В. Звягильская Р.А. (1973) изд. «Наука», Москва; Биохимия дрожжевых митохондрий

5. Льюис К. (2005) Биохимия 70(2):327-335; Персистирующие клетки и загадка выживания биопленок

6. Колесова Г.М., Карнаухова Л.С., Ягужинский Л.С. (1991) Биохимия 56(10) :1779-1786\ Взаимодействие менадиона и дурохинина с Q-циклом в условиях работы ДТ-диафоразы

7. Кулинский В.И. (1999) Соросовский образовательный журнал (1):2-7\ Активные формы кислорода и оксидативная модификация макромолекул: польза, вред и защита

8. Самуилов В.Д., Олескин А.В., Лагунова Е.М. (2000) Биохимия 65(8):1029-1046; Программируемая клеточная смерть

9. Щербаков В.П. (2005) Журнал Общей Биологии (в печати)\ Эволюция как устойчивость к энтропии

10. Adams J.M. (2003) Genes Dev. 17(20):2481-95; Ways of dying: multiple pathways to apoptosis.

11. Alberts, Bray, Raff, Roberts and Watson (1990) 3rd Edition, Garland Publishing; Molecular Biology of the Cell

12. Aravind L„ Dixit V.M., Koonin E.V. (2001) Science. 291 (5507): 1279-84.; Apoptotic molecular machinery: vastly increased complexity in vertebrates revealed by genome comparisons.

13. Balzan R., Sapienza K., Galea D.R., Vassallo N. Frey H., Bannister W.H. (2004) Microbiology. 150(Pt 1): 109-15 ; Aspirin commits yeast cells to apoptosis depending on carbon source.

14. Barros M.H., Netto L.E., Kowaltowski A.J. (2003) Free Radic Biol Med. 35(2): 179-88 ; H(2)0(2) generation in Saccharomyces cerevisiae respiratory pet mutants: effect of cytochrome c.

15. Bettiga M„ Calzari L„ Orlandi I., Alberghina L„ Vai M. (2004) FEMS Yeast Res. 5(2):141-7; Involvement of the yeast metacaspase Yca1 in ubplODelta-programmed cell death.

16. Bodrova M.E., Dedukhova V.I., Mokhova E.N., Skulachev V.P. (1998) FEBS Lett. 435(2-3):269-74 ; Membrane potential generation coupled to oxidation of external NADH in liver mitochondria.

17. Boustany L.M., Cyert M.S. (2002) Genes Dev. 16(5):608-19 ; Calcineurin-dependent regulation of Crzlp nuclear export requires Msn5p and a conserved calcineurin docking site.

18. Bradshaw P.C., Jung D.W., Pfeiffer D.R. (2001) J Biol Chem. 276(44):40502-9 ; Free fatty acids activate a vigorous Ca(2+):2H(+) antiport activity in yeast mitochondria.

19. Brand M.D., Affourtit C., Esteves T.C., Green K., Lambert A.J., Miwa S., Pakay J.L., Parker N. (2004) Free Radic Biol Med. 37(6):755-67 ; Mitochondrial superoxide: production, biological effects, and activation of uncoupling proteins.

20. Burhans W.C., Weinberger M., Marchetti M.A., Ramachandran L., D.'Urso G., Huberman J.A. (2003) Mutat Res. 532(1-2):227-43; Apoptosis-like yeast cell death in response to DNA damage and replication defects.

21. Burke P.V., Raitt D.C., Allen L.A., Kellogg E.A., Poyton R.O. (1997) J Biol Chem. 272(23):14705-12; Effects of oxygen concentration on the expression of cytochrome с and cytochrome с oxidase genes in yeast.

22. Butler G., Kenny C„ Fagan A., Kurischko C„ Gaillardin C„ Wolfe K.H. (2004) Proc Natl Acad Sci USA. 101 (6): 1632-7; Evolution of the MAT locus and its Ho endonuclease in yeast species.

23. Camougrand N., Grelaud-Coq A., Marza E., Priault M., Bessoule J.J., Manon S. (2003) Mol Microbiol. 47(2):495-506; The product of the UTH1 gene, required for Bax-induced cell death in yeast, is involved in the response to rapamycin.

24. Carafoli E., Balcavage W.X., Lehninger A.L., Mattoon J.R. (1970) Biochim Biophys Acta. 205(1):18-26; Ca2+ metabolism in yeast cells and mitochondria.

25. Carlson K., Ehrich M. (1999) Toxicol Appl Pharmacol. 160(1):33-42 ; Organophosphorus compound-induced modification of SH-SY5Y human neuroblastoma mitochondrial transmembrane potential.

26. Del Carratore R., Delia Croce C., Simili M., Taccini E., Scavuzzo M., Sbrana S. (2002) MutatRes 513(1-2):183-; Cell cycle and morphological alterations as indicative of apoptosis promoted by UV irradiation in S. cerevisiae.

27. Chance В., Sies H„ Boveris A. (1979) Physiol Rev. 59(3):527-605 ; Hydroperoxide metabolism in mammalian organs.

28. Chauhan D., Pandey P., Ogata A., Teoh G., Krett N. Halgren R., Rosen S., Kufe D., Kharbanda S„ Anderson K. (1997) J Biol Chem. 272(48):29995-7 ; Cytochrome c-dependent and -independent induction of apoptosis in multiple myeloma cells.

29. Cheung W.L., Ajiro K., Samejima K., Kloc M., Cheung P., Mizzen C.A., Beeser A., Etkin L.D., Chernoff J., Earnshaw W.C., Allis C.D. (2003) Cell. 113(4):507-17 ; Apoptotic phosphorylation of histone H2B is mediated by mammalian sterile twenty kinase.

30. Chose O., Noel C., Gerbod D., Brenner C., Viscogliosi E., Roseto A. (2002) Exp Cell Res 276(1 ):32-9; A form of cell death with some features resembling apoptosis in the amitochondrial unicellular organism Trichomonas vaginalis.

31. Chose O., Sarde C.O., Noel C., Gerbod D., Jimenez J.C., Brenner C., Capron M., Viscogliosi E., Roseto A. (2003) Ann N Y Acad Sci. 1010:121-5 ; Cell death in protists without mitochondria.

32. Christensen S.T., Sorensen H., Beyer N.H., Kristiansen K., Rasmussen L., Rasmussen M.I. (2001) Cell Biol Int. 25(6):509-19; Cell death in Tetrahymena thermophila: new observations on culture conditions.

33. Cohen J.J., a.l.-Rubeai M (1995) Trends Biotechnol. 13(8):281-3 ; Apoptosis-targeted therapies: the 'next big thing' in biotechnology?

34. Cornillon S., Foa C., Davoust J., Buonavista N., Gross J.D., Golstein P. (1994) J Cell Sci. 107 ( Pt 10):2691-704 ; Programmed cell death in Dictyostetium.

35. Courchesne W.E. (2002) J Pharmacol Exp Ther. 300(1):195-9 ; Characterization of a novel, broad-based fungicidal activity for the antiarrhythmic drug amiodarone.

36. Courchesne W.E., Ozturk S. (2003) Mol Microbiol. 47(1):223-34 ; Amiodarone induces a caffeine-inhibited, MID1-depedent rise in free cytoplasmic calcium in Saccharomyces cerevisiae.

37. Cunningham K.W., Fink G.R. (1994) J Exp Biol. 196:157-66; Ca2+ transport in Saccharomyces cerevisiae.

38. Das M., Mukherjee S.B., Shaha C. (2001) J Cell Sci. 114(Pt 13):2461-9 ; Hydrogen peroxide induces apoptosis-like death in Leishmania donovani promastigotes.

39. Daugas E., Susin S.A., Zamzami N., Ferri K.F., Irinopoulou Т., Larochette N., Prevost M.C., Leber В., Andrews D., Penninger J., Kroemer G. (2000) FASEB J. 14(5):729-39 ; Mitochondrio-nuclear translocation of AIF in apoptosis and necrosis.

40. Davermann D., Martinez M., McKoy J., Patel N., Averbeck D., Moore C.W. (2002) Free Radio Biol Med. 33(9):1209-20 ; Impaired mitochondrial function protects against free radical-mediated cell death.

41. Davidson J.F., Whyte В., Bissinger P.H., Schiestl R.H. (1996) Proc Natl Acad Sci USA. 93(10):5116-21 ; Oxidative stress is involved in heat-induced cell death in Saccharomyces cerevisiae.

42. Davis M.C., Ward J.G., Herrick G., Allis C.D. (1992) Dev Biol. 154(2):419-32; Programmed nuclear death: apoptotic-like degradation of specific nuclei in conjugating Tetrahymena.

43. Debrabant A., Lee N. Bertholet S., Duncan R„ Nakhasi H.L.Int J Parasitol 2003Mar;33(3):257-67 ; Programmed cell death in trypanosomatids and other unicellular organisms.

44. Debrabant A., Nakhasi H. (2003) Kinetoplastid BioI Dis. 2(1 ):7; Programmed cell death in trypanosomatids: is it an altruistic mechanism for survival of the fittest?

45. Denis V., Cyert M.S. (2002) J Cell Biol. 156(1):29-34 ; Internal Ca(2+) release in yeast is triggered by hypertonic shock and mediated by a TRP channel homologue.

46. Deryabina Y.I., Isakova E.P., Shurubor E.I., Zvyagilskaya R.A. (2004) Biochemistry (Mosc). 69(9): 1025-33; Calcium-dependent nonspecific permeability of the inner mitochondrial membrane is not induced in mitochondria of the yeast Endomyces magnusii.

47. Desagher S., Martinou J.C. (2000) Trends Cell Biol. 10(9):369-77; Mitochondria as the central control point of apoptosis.

48. Doi S., Tanabe K., Watanabe M., Yoshimura M. (1989) Arch Microbiol. 151(1):20-5; Chloroquine, a lysosomotropic agent, inhibits zygote formation in yeast.

49. Dzimiri N. Almotrefi A.A. (1993) Eur J Pharmacol. 242(2): 113-8; Actions of amiodarone on mitochondrial ATPase and lactate dehydrogenase activities in guinea pig heart preparations.

50. Earnshaw W.C., Martins L.M., Kaufmann S.H. (1999) Annu Rev Biochem. 68:383-424; Mammalian caspases: structure, activation, substrates, and functions during apoptosis.

51. Edinger A.L., Thompson C.B. (2004) Curr Opin Cell Biol. 16(6):663-9 ; Death by design: apoptosis, necrosis and autophagy.

52. Ejercito M., Wolfe J.J Eukaryot Microbiol. 2003 Nov-Dec;50(6):427-9; Caspase-like activity is required for programmed nuclear elimination during conjugation in Tetrahymena.

53. Elion E.A. (2000) Curr Opin Microbiol. 3(6):573-81; Pheromone response, mating and cell biology.

54. Erdman S., Snyder M. (2001) Genetics. 159(3):919-28 ; A filamentous growth response mediated by the yeast mating pathway.

55. Fadok V.A., Voelker D.R., Campbell P.A., Cohen J.J., Bratton D.L., Henson P.M. (1992) J Immunol. 148(7):2207-16; Exposure of phosphatidylserine on the surface of apoptotic lymphocytes triggers specific recognition and removal by macrophages.

56. Fahrenkrog В., Sauder U„ Aebi U. (2004) J Cell Sci. 117(Pt 1):115-26 ; The S. cerevisiae HtrA-like protein Nma111p is a nuclear serine protease that mediates yeast apoptosis.

57. Fang J., Beattie D.S. (2003) Free Radic Biol Med. 34(4):478-88 ; External alternative NADH dehydrogenase of Saccharomyces cerevisiae: a potential source of superoxide.

58. Fannjiang Y., Cheng W.C., Lee S.J., Q.i. В., Pevsner J., McCaffery J.M., Hill R.B., BasanezG., Hardwick J.M. (2004) Genes Dev. 18(22):2785-2797 ; Mitochondrial fission proteins regulate programmed cell death in yeast.

59. Foury F., Roganti Т., Lecrenier N„ Purnelle B. (1998) FEBS Lett. 440(3):325-31 ; The complete sequence of the mitochondrial genome of Saccharomyces cerevisiae.

60. Franklin D.J., Berges J.A. (2004) Proc R Soc Lond В Biol Sci. 271 (1553):2099-107; Mortality in cultures of the dinoflagellate Amphidinium carterae during culture senescence and darkness.

61. Gasch A.P., Spellman P.T., Kao C.M., Carmel-Harel O., Eisen M.B., Storz G„ Botstein D., Brown P.O. (2000) Mol Biol Cell. 11(12):4241-57 ; Genomic expression programs in the response of yeast cells to environmental changes.

62. Giaever G., Chu A.M., N.i. L., Connelly C., Riles L., Veronneau S., Dow S., Lucau-Danila A., Anderson K., Andre В., Arkin A.P., Astromoff A., E.l.-Bakkoury M., Bangham R., Benito R., Brachat S., Campanaro S., Curtiss M., Davis K., Deutschbauer

63. Gimeno C.J., Ljungdahl P.O., Styles C.A., Fink G.R. (1992) Cell. 68(6):1077-90; Unipolar cell divisions in the yeast S. cerevisiae lead to filamentous growth: regulation by starvation and RAS.

64. De Giorgi F., Lartigue L., Bauer M.K., Schubert A., Grimm S., Hanson G.T., Remington S.J., Youle R.J., Ichas F. (2002) FASEBJ. 16(6):607-9 ; The permeability transition pore signals apoptosis by directing Bax translocation and multimerization.

65. Godon C., Lagniel G., Lee J., Buhler J.M., Kieffer S., Perrot M., Boucherie H., Toledano M.B., Labarre J. (1998) J Biol Chem. 273(35):22480-9 ; The H202 stimulon in Saccharomyces cerevisiae.

66. Gordeeva A.V., Labas Y.A., Zvyagilskaya R.A. (2004) Biochemistry (Mosc). 69(10): 1055-66; Apoptosis in unicellular organisms: mechanisms and evolution.

67. Grant C.M., Maclver F.H., Dawes I.W. (1997) FEBS Lett. 410(2-3):219-22 ; Mitochondrial function is required for resistance to oxidative stress in the yeast Saccharomyces cerevisiae.

68. Grynkiewicz G., Poenie M„ Tsien RY (1985) J Biol Chem. 260(6):3440-50 ; A new generation of Ca2+ indicators with greatly improved fluorescence properties.

69. Gross A., Pilcher K., Blachly-Dyson E., Basso E., Jockel J., Bassik M.C., Korsmeyer S.J., Forte M. (2000) Mol Cell Biol. 20(9):3125-36. ; Biochemical and genetic analysis of the mitochondrial response of yeast to BAX and BCL-X(L).

70. Guo J., Lemire B.D. (2003) J Biol Chem. 278(48):47629-35 ; The ubiquinone-binding site of the Saccharomyces cerevisiae succinate-ubiquinone oxidoreductase is a source of superoxide.

71. Gupta S.S., Ton V.K., Beaudry V., Rulli S„ Cunningham K„ Rao R. (2003) J Biol Chem. 278(31 ):28831-9 ; Antifungal activity of amiodarone is mediated by disruption of calcium homeostasis.

72. Gustin M.C., Albertyn J., Alexander M., Davenport K. (1998) Microbiol Mol Biol Rev. 62(4): 1264-300 ; MAP kinase pathways in the yeast Saccharomyces cerevisiae.

73. H.a. H.C., Snyder S.H. (1999) Proc Natl Acad Sci U S A. 96(24): 13978-82 ; Poly(ADP-ribose) polymerase is a mediator of necrotic cell death by ATP depletion.

74. Haber J.E. (1998) Annu Rev Genet. 32:561-99 ; Mating-type gene switching in Saccharomyces cerevisiae.

75. Herker E., Jungwirth H.( Lehmann K.A., Maldener C., Frohlich K.U., Wissing S., Buttner S., Fehr M., Sigrist S., Madeo F. (2004) J Cell Biol. 164(4):501-7 ; Chronological aging leads to apoptosis in yeast.

76. Jakubowski W„ Bartosz G. (2000) Cell Biol Int. 24(10):757-60; 2,7-dichlorofluorescin oxidation and reactive oxygen species: what does it measure?

77. Jaso-Friedmann L., Leary J.H. 3rd, Evans D.L. (2000) Exp Parasitol. 96(2):75-88 ; Role of nonspecific cytotoxic cells in the induction of programmed cell death of pathogenic protozoans: participation of the Fas ligand-Fas receptor system.

78. Jeon B.W., Kim K.T., Chang S.I., Kim HY (2002) J Biochem (Tokyo) 131(5):693-9 ; Phosphoinositide 3-0H kinase/protein kinase В inhibits apoptotic cell death induced by reactive oxygen species in Saccharomyces cerevisiae.

79. Jiang Y.W., Stillman D.J. (1992) Mol Cell Biol. 12(10):4503-14; Involvement of the SIN4 global transcriptional regulator in the chromatin structure of Saccharomyces cerevisiae.

80. Jung D.W., Bradshaw P.C., Pfeiffer D.R. (1997) J Biol Chem. 272(34):21104-12; Properties of a cyclosporin-insensitive permeability transition pore in yeast mitochondria.

81. Kampranis S.C., Damianova R., Atallah M., Toby G., Kondi G., Tsichlis P.N., Makris A.M. (2000) J Biol Chem. 275(38):29207-16 ; A novel plant glutathione S-transferase/peroxidase suppresses Bax lethality in yeast.

82. Kashiwagi A., Hanada H., Yabuki M., Kanno Т., Ishisaka R., Sasaki J., Inoue M., Utsumi K. (1999) Free Radic Biol Med. 26(7-8):1001-9; Thyroxine enhancement and the role of reactive oxygen species in tadpole tail apoptosis.

83. Katzmann D.J., Stefan C.J., Babst M„ Emr SD (2003) J Cell Biol. 162(3):413-23; Vps27 recruits ESCRT machinery to endosomes during MVB sorting.

84. Kawli Т., Venkatesh B.R., Kennady P.K., Pande G„ Nanjundiah V. (2002) Differentiation. 70(6):272-81 ; Correlates of developmental cell death in Dictyostelium discoideum.

85. Kerr J.F., Wyllie A.H., Currie A.R. (1972) Br J Cancer. 26(4):239-57; Apoptosis: a basic biological phenomenon with wide-ranging implications in tissue kinetics.

86. Kirsch D.G., Doseff A., Chau B.N., Lim D.S., d.e. Souza-Pinto N.C., Hansford R., Kastan M.B., Lazebnik Y.A., Hardwick J.M. (1999) J Biol Chem. 274(30):21155-61 ; Caspase-3-dependent cleavage of Bcl-2 promotes release of cytochrome c.

87. Kluck R.M., Bossy-Wetzel E., Green D.R., NewmeyerD.D. (1997) Science. 275(5303): 1132-6 ; The release of cytochrome с from mitochondria: a primary site for Bcl-2 regulation of apoptosis.

88. Kluck R.M., Bossy-Wetzel E., Green D.R., Newmeyer D.D. (1997) Science. 275(5303):1132-6 ; The release of cytochrome с from mitochondria: a primary site for Bcl-2 regulation of apoptosis.

89. Kobayashi Т., Endoh H. (2003) Cell Death Differ. 10(6):634-40 ; Caspase-like activity in programmed nuclear death during conjugation of Tetrahymena thermophila.

90. Koonin E.V., Aravind L. (2000) Trends Biochem Sci. 25(5):223-4 ; The NACHT family a new group of predicted NTPases implicated in apoptosis and MHC transcription activation.

91. Koonin E.V., Aravind L. (2002) Cell Death Differ. 9(4):394-404 ; Origin and evolution of eukaryotic apoptosis: the bacterial connection.

92. Korshunov S.S., Skulachev V.P., StarkovA.A. (1997) FEBS Lett. 416(1):15-8 ; High protonic potential actuates a mechanism of production of reactive oxygen species in mitochondria.

93. Kroemer G., Zamzami N. Susin S.A. (1997) Immunol Today. 18(1):44-51; Mitochondrial control of apoptosis.

94. Laun P., Pichova A., Madeo F., Fuchs J., Ellinger A., Kohlwein S., Dawes I., Frohlich K.U., Breitenbach M. (2001) Mol Microbiol. 39(5): 1166-73. ; Aged mother cells of Saccharomyces cerevisiae show markers of oxidative stress and apoptosis.

95. Larroy C., Pares X., Biosca J.A. (2002) Eur J Biochem. 269(22):5738-45; Characterization of a Saccharomyces cerevisiae NADP(H)-dependent alcohol dehydrogenase (ADHVII), a member of the cinnamyl alcohol dehydrogenase family.

96. Lehninger A.L. (1951) J Biol Chem. 190(1):345-59; Phosphorylation coupled to oxidation of dihydrodiphosphopyridine nucleotide.

97. Lemeshko V.V. (2000) FEBS Lett. 472(1):5-8 ; Mg(2+) induces intermembrane electron transport by cytochrome с desorption in mitochondria with the ruptured outer membrane.

98. Lesage P., Yang X., Carlson M. (1994) Nucleic Acids Res. 22(4):597-603; Analysis of the SIP3 protein identified in a two-hybrid screen for interaction with the SNF1 protein kinase.

99. Lewis K. (2000) Microbiol Mol Biol Rev. 64(3):503-14 ; Programmed death in bacteria.

100. Li. P.F., DietzR., von Harsdorf R. (1999) EMBOJ. 18(21):6027-36 ; p53 regulates mitochondrial membrane potential through reactive oxygen species and induces cytochrome c-independent apoptosis blocked by Bcl-2.

101. LigrM., Madeo F„ Frohlich E„ HiltW., Frohlich K.U., Wolf DH (1998) FEBS Lett. 438(1-2):61-5; Mammalian Bax triggers apoptotic changes in yeast.

102. Locke E.G., Bonilla M„ Liang L., Takita Y., Cunningham K.W. (2000) Mol Cell Biol. 20(18):6686-94 ; A homolog of voltage-gated Ca(2+) channels stimulated by depletion of secretory Ca(2+) in yeast.

103. Longo V.D., Gralla E.B., Valentine J.S. (1996) J Biol Chem. 271(21):12275-80 ; Superoxide dismutase activity is essential for stationary phase survival in Saccharomyces cerevisiae. Mitochondrial production of toxic oxygen species in vivo.

104. Longo V.D., Liou L.L., Valentine J.S., Gralla E.B. (1999) Arch Biochem Biophys. 365(1):131-42.; Mitochondrial superoxide decreases yeast survival in stationary phase.

105. L.u. E., Wolfe J. (2001) Cell Death Differ. 8(3):289-297 ; Lysosomal enzymes in the macronucleus of Tetrahymena during its apoptosis-like degradation.

106. Ludovico P., Sousa M.J., Silva M.T., Leao C„ Corte-Real M. (2001) Microbiology 147(Pt 9):2409-15 ; Saccharomyces cerevisiae commits to a programmed cell death process in response to acetic acid.

107. Ludovico P., Rodrigues F., Almeida A., Silva M.T., Barrientos A., Corte-Real M (2002) Mol Biol Cell 13(8):2598-606 ; Cytochrome с release and mitochondria involvement in programmed cell death induced by acetic acid in Saccharomyces cerevisiae.

108. Madeo F„ Frohlich E., Frohlich K.U. (1997) J Cell Biol. 139(3):729-34. ; A yeast mutant showing diagnostic markers of early and late apoptosis.

109. Madeo F„ Frohlich E., Ligr M„ Grey M„ Sigrist S.J., Wolf D.H., Frohlich KU (1999) J Cell Biol 145(4):757-67 ; Oxygen stress: a regulator of apoptosis in yeast.

110. Madeo F., Engelhardt S., Herker E., Lehmann N., Maldener C., Proksch A., Wissing S„ Frohlich KUCurr Genet 2002a Jul;41(4):208-16 ; Apoptosis in yeast: a new model system with applications in cell biology and medicine.

111. Madeo F., Herker E., Maldener C., Wissing S„ Lachelt S„ Herlan M., Fehr M., Lauber K., Sigrist S.J., Wesselborg S., Frohlich K.U.Mol Cell 2002b Apr;9(4):911-7 ; A caspase-related protease regulates apoptosis in yeast.

112. Madeo F., Herker E., Wissing S., Jungwirth H., Eisenberg Т., Frohlich K.U. (2004) Curr Opin Microbiol. 7(6):655-60. ; Apoptosis in yeast.

113. MaerckerC., Kortwig H„ Nikiforov MA., Allis C.D., Lipps H.J. (1999) Mol Biol Cell. 10(9):3003-14 ; A nuclear protein involved in apoptotic-like DNA degradation in

114. Stylonychia: implications for similar mechanisms in differentiating and starved cells.

115. Majno G„ Joris I. (1995) Am J Pathol. 146(1):3-15; Apoptosis, oncosis, and necrosis. An overview of cell death.

116. Manon S., Chaudhuri В., Guerin M. (1997) FEBS Lett. 415(1):29-32 ; Release of cytochrome с and decrease of cytochrome с oxidase in Bax-expressing yeast cells, and prevention of these effects by coexpression of Bcl-xL.

117. Manon S., Roucou X., Guerin M., Rigoulet M., Guerin В (1998) J Bioenerg Biomembr. 30(5):419-29 ; Characterization of the yeast mitochondria unselective channel: a counterpart to the mammalian permeability transition pore?

118. Marek S.M., W.u. J., Louise Glass N. Gilchrist D.G., Bostock R.M. (2003) Fungal Genet Biol. 40(2):126-37 ; Nuclea r DNA degradation during heterokaryon incompatibility in Neurospora crassa.

119. D.i. Matola Т., D.'Ascoli F., Fenzi G., Rossi G., Martino E., Bogazzi F., Vitale M. (2000) J Clin Endocrinol Metab. 85(11):4323-30; Amiodarone induces cytochrome с release and apoptosis through an iodine-independent mechanism.

120. Mazzoni C., Mancini P., Verdone L., Madeo F., Serafini A., Herker E., Falcone C. (2003) MolBiol Cell 14(2):721-9 ; A Truncated Form of KILsm4p and the Absence of Factors Involved in mRNA Decapping Trigger Apoptosis in Yeast.

121. Minta A, Kao J.P., Tsien R.Y. (1989) J Biol Chem. 264(14):8171-8 ; Fluorescent indicators for cytosolic calcium based on rhodamine and fluorescein chromophores.

122. Moraitis C., Curran B.P. (2004) Yeast. 21(4):313-23 ; Reactive oxygen species may influence the heat shock response and stress tolerance in the yeast Saccharomyces cerevisiae.

123. Moser M.J., Geiser J.R., Davis T.N. (1996) Mol Cell Biol. 16(9):4824-31 ; Ca2+-calmodulin promotes survival of pheromone-induced growth arrest by activation of calcineurin and Ca2+-calmodulin-dependent protein kinase.

124. Mpoke S., Wolfe J. (1996) Exp Cell Res 225(2):357-65 ; DNA digestion and chromatin condensation during nuclear death in Tetrahymena.

125. Muller E.M., Locke E.G., Cunningham K.W. (2001) Genetics. 159(4):1527-38 ; Differential regulation of two Ca(2+) influx systems by pheromone signaling in Saccharomyces cerevisiae.

126. Muller E.M., Mackin N.A., Erdman S.E., Cunningham KW (2003) J Biol Chem. 278(40):38461-9 ; Figlp facilitates Ca2+ influx and cell fusion during mating of Saccharomyces cerevisiae.

127. Murray J., Zhang В., Taylor S.W., Oglesbee D., Fahy E., Marusich M.F., Ghosh S.S., Capaldi R.A. (2003) J Biol Chem. 278(16):13619-22; The subunit composition of the human NADH dehydrogenase obtained by rapid one-step immunopurification.

128. Myers L.C., Gustafsson C.M., Hayashibara K.C., Brown P.O., Kornberg R.D. (1999) Proc Natl Acad Sci U S A. 96(1):67-72; Mediator protein mutations that selectively abolish activated transcription.

129. Nakajima-Shimada J., lida H., Tsuji F.I., Anraku Y. (1991) Proc Natl Acad Sci U SA. 88(15):6878-82 ; Monitoring of intracellular calcium in Saccharomyces cerevisiae with an apoaequorin cDNA expression system.

130. Nakajima-Shimada J., Sakaguchi, S„ lida H„ Tsuji F.I., Anraku Y. (2000) Cell Structure and Function 25:125-131; Ca2+ signal is generated only once in the mating pheromone response pathway in Saccharomyces cerevisiae

131. Nagasawa Т., Suzuki S., Takeda Т., DeGroot L.J. (1997) Endocrinology. 138(3):1276-81 ; Thyroid hormone receptor beta 1 expression in developing mouse limbs and face.

132. Nagy G., Koncz A., Perl A. (2003) J Immunol. 171(10):5188-97 ; T cell activation-induced mitochondrial hyperpolarization is mediated by Ca2+-and redox-dependent production of nitric oxide.

133. Narasimhan M.L., Damsz В., Coca M.A., Ibeas J.I., Yun D.J., Pardo J.M., Hasegawa P.M., Bressan R.A. (2001) Mol Cell. 8(4):921-30; A plant defense response effector induces microbial apoptosis.

134. Nicholson D.W., Stuart R.A, Neupert W. (1989) J Biol Chem. 264(17): 1015668 ; Biogenesis of cytochrome c1. Role of cytochrome c1 heme lyase and of the two proteolytic processing steps during import into mitochondria.

135. Nicotera P., Melino G. (2004) Oncogene. 23(16):2757-65 ; Regulation of the apoptosis-necrosis switch.

136. Norbury C.J., Zhivotovsky B. (2004) Oncogene. 23(16):2797-808 ; DNA damage-induced apoptosis.

137. Olie R.A., Durrieu F., Cornillon S., Loughran G., Gross J., Earnshaw W.C., Golstein P. (1998) Curr Biol 8(17):955-8 ; Apparent caspase independence of programmed cell death in Dictyostelium.

138. Osorio H., Moradas-Ferreira P., Gunther Sillero M.A., Sillero A. (2004) Arch Microbiol. 181(3):231-6; In Saccharomyces cerevisiae, the effect of H202 on ATP, but not on glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, depends on the glucose concentration.

139. Overkamp K.M., Bakker B.M., Kotter P., van Tuijl A., d.e. Vries S., van Dijken J.P., Pronk J.T. (2000) J Bacterid. 182(10):2823-30 ; In vivo analysis of the mechanisms for oxidation of cytosolic NADH by Saccharomyces cerevisiae mitochondria.

140. Overton M.C., Blumer K.J. (2000) CurrBiol. 10(6):341-4 ; G-protein-coupled receptors function as oligomers in vivo.

141. Palmer C.P., Zhou X.L., Lin J., Loukin S.H., Kung C„ Saimi Y. (2001) Proc Natl Acad Sci USA. 98(14):7801-5 ; A TRP homolog in Saccharomyces cerevisiae forms an intracellular Ca(2+)-permeable channel in the yeast vacuolar membrane.

142. Papa S., Skulachev V.P. (1997) Mol Cell Biochem. 174(1-2):305-19; Reactive oxygen species, mitochondria, apoptosis and aging.

143. Pastorino J.G., Tafani M., Rothman R.J., Marcinkeviciute A., Hoek J.В., Farber J.L. (1999) J Biol Chem. 274(44):31734-9 ; Functional consequences of the sustained or transient activation by Bax of the mitochondrial permeability transition pore.

144. Perl A., Gergely P. J.г., Nagy G., Koncz A., Banki K. (2004) Trends Immunol. 25(7):360-7; Mitochondrial hyperpolarization: a checkpoint of T-cell life, death and autoimmunity.

145. Phillips A.J., Sudbery I., Ramsdale M. (2003) Proc Natl Acad Sci USA. 100(24):14327-32; Apoptosis induced by environmental stresses and amphotericin В in Candida albicans.

146. Piacenza L„ PeluffoG., Radi R. (2001) Proc Natl Acad Sci U S A. 98(13):7301-6 ; L-arginine-dependent suppression of apoptosis in Trypanosoma cruzi: contribution of the nitric oxide and polyamine pathways.

147. L.a. Piana G., Marzulli D., Gorgoglione V., Lofrumento N.E. (2005) Arch Biochem Biophys. 436(1):91-100 ; Porin and cytochrome oxidase containing contact sites involved in the oxidation of cytosolic NADH.

148. S.t.-Pierre J., Buckingham J.A., Roebuck S.J., Brand M.D. (2002) J Biol Chem. 277(47):44784-90 ; Topology of superoxide production from different sites in the mitochondrial electron transport chain.

149. Posas F„ Takekawa M., Saito H. (1998) CurrOpin Microbiol. 1(2):175-82 ; Signal transduction by MAP kinase cascades in budding yeast.

150. Punj V., Chakrabarty A.M. (2003) Cell Microbiol. 5(4):225-31 ; Redox proteins in mammalian cell death: an evolutionarily conserved function in mitochondria and prokaryotes.

151. Q.i. H., L.i. Т.К., Kuo D„ Nur-E-Kamal A, Liu L.F. (2003) J Biol Chem. 278(17):15136-41 ; Inactivation of Cdc13p triggers MEC1 -dependent apoptotic signals in yeast.

152. Raff M. (1998) Nature. 396(6707):119-22 ; Cell suicide for beginners.

153. Reers M„ Smith T.W., Chen L.B. (1991) Biochemistry. 30(18):4480-6; J-aggregate formation of a carbocyanine as a quantitative fluorescent indicator of membrane potential.

154. Rikhvanov E.G., Rachenko E.I., Varakina N.N., Rusaleva T.M., Borovski G.B., Voinikov V.K. (2004) Russ. J. Genetics. 40(4) 341-347; The induction of Sacharomyces cerevisiae Hsp104 synthesis by heat shock is controlled by mitochondria

155. Sanchez-Alcazar J.A., Ault J.G., Khodjakov A., Schneider E. (2000) Cell Death Differ. 7(11):1090-100 ; Increased mitochondrial cytochrome с levels and mitochondrial hyperpolarization precede camptothecin-induced apoptosis in Jurkat cells.

156. Sarin A., Williams M.S., Alexander-Miller M.A., Berzofsky J.A., Zacharchuk C.M., Henkart P.A. (1997) Immunity. 6(2):209-15; Target cell lysis by CTL granule exocytosis is independent of ICE/Ced-3 family proteases.

157. Saupe S.J. (2000) Microbiol Mol Biol Rev. 64(3):489-502 ; Molecular genetics of heterokaryon incompatibility in filamentous ascomycetes.

158. Sedlak T.W., Oltvai Z.N., Yang E., Wang K., Boise L.H., Thompson C.B., Korsmeyer S.J. (1995) Proc Natl Acad Sci USA. 92(17):7834-8 ; Multiple Bcl-2 family members demonstrate selective dimerizations with Bax.

159. Segovia M., Haramaty L., Berges J.A., Falkowski P.G. (2003) Plant Physiol. 132(1):99-105 ; Cell death in the unicellular chlorophyte Dunaliella tertiolecta. A hypothesis on the evolution of apoptosis in higher plants and metazoans.

160. Severin F.F., Hyman A.A. (2002) Curr Biol 12(7):R233-5 ; Pheromone induces programmed cell death in S. cerevisiae.

161. Sherman F., Stewart J.W., Helms C., Downie J.A. (1978) Proc Natl Acad Sci U SA. 75(3):1437-41; Chromosome mapping of the CYC7 gene determining yeast iso-2-cytochrome c: structural and regulatory regions.

162. Sherman F. (2002) Method Enzymol. 75(3): 1437-41; Getting started with yeast

163. Shi Y. (2002) Mol Cell. 9(3):459-70 ; Mechanisms of caspase activation and inhibition during apoptosis.

164. Shuster JR (1982) Mol Cell Biol. 2(9):1052-63; Mating-defective ste mutations are suppressed by cell division cycle start mutations in Saccharomyces cerevisiae.

165. Skulachev V.P. (1996) FEBS Lett. 397(1 ):7-10 ; Why are mitochondria involved in apoptosis? Permeability transition pores and apoptosis as selective mechanisms to eliminate superoxide-producing mitochondria and cell.

166. Skulachev VP (1998) FEBS Lett. 423(3):275-80; Cytochrome с in the apoptotic and antioxidant cascades.

167. Skulachev V.P. (1999) Mol Aspects Med. 20(3):139-84 ; Mitochondrial physiology and pathology; concepts of programmed death of organelles, cells and organisms.

168. Skulachev VP. (2002) FEBS Lett. 528(1-3):23-6 ; Programmed death in yeast as adaptation?

169. Skulachev V.P. (2002) Ann N Y Acad Sci. 959:214-37; Programmed death phenomena: from organelle to organism.

170. Small W.C., McAlister-Henn L. (1998) J Bacteriol. 180(16):4051-5 ; Identification of a cytosolically directed NADH dehydrogenase in mitochondria of Saccharomyces cerevisiae.

171. Sperandio S., d.e. Belle I., Bredesen D.E. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A. 97(26):14376-81; An alternative, nonapoptotic form of programmed cell death.

172. Sprague G.F. J.r., Blair L.C., Thorner J. (1983) Annu Rev Microbiol. 37:623-60 ; Cell interactions and regulation of cell type in the yeast Saccharomyces cerevisiae.

173. Sugioka R., Shimizu S„ Tsujimoto Y. (2004) J Biol Chem. 279(50):52726-34 ; Fzo1, a protein involved in mitochondrial fusion, inhibits apoptosis.

174. Starkov A.A. (1997) Biosci Rep. 17(3):273-9; "Mild" uncoupling of mitochondria.

175. Steinmetz L.M., Scharfe C., Deutschbauer A.M., Mokranjac D., Herman Z.S., Jones Т., Chu A.M., Giaever G„ Prokisch H„ Oefner P.J., Davis R.W. (2002) Nat Genet. 31(4):400-4 ; Systematic screen for human disease genes in yeast.

176. Tao W., Kurschner C„ Morgan J.i: (1998) J Biol Chem. 273(37):23704-8; Bcl-xS and Bad potentiate the death suppressing activities of Bcl-xL, Bcl-2, and A1 in yeast.

177. Varbiro G., Toth A., Tapodi A., Veres В., Sumegi В., Gallyas F. J.r. (2003) Biochem Pharmacol. 65(7):1115-28 ; Concentration dependent mitochondrial effect of amiodarone.

178. Vardi A., Berman-Frank I., Rozenberg Т., Hadas O., Kaplan A., Levine A. (1999) Curr Biol. 9(18):1061-4 ; Programmed cell death of the dinoflagellate Peridinium gatunense is mediated by CO(2) limitation and oxidative stress.

179. Vaux D.L., Strasser A. (1996) Proc Natl Acad Sci USA. 93(6):2239-44; The molecular biology of apoptosis.

180. Viladevall L., Serrano R., Ruiz A., Domenech G., Giraldo J., Barcelo A., Arino J. (2004) J Biol Chem. 279(42):43614-24 ; Characterization of the calcium-mediated response to alkaline stress in Saccharomyces cerevisiae.

181. Vincent A.M., Olzmann J A, Brownlee M„ Sivitz W.I., Russell J.W. (2004) Diabetes. 53(3):726-34; Uncoupling proteins prevent glucose-induced neuronal oxidative stress and programmed cell death.

182. Vitols E., North R.J., Linnane A.W. (1961) J Biophys Biochem Cytol. 9:689-99; Studies on the oxidative metabolism of Saccharomyces cerevisiae. I. Observations on the fine structure of the yeast cell.

183. WadaT., Penninger J.M. (2004) Oncogene. 23(16):2838-49 ; Mitogen-activated protein kinases in apoptosis regulation.

184. Wang X., Yang C„ Chai J., Shi Y., Xue D. (2002) Science. 298(5598): 1587-92 ; Mechanisms of AlF-mediated apoptotic DNA degradation in Caenorhabditis elegans.

185. Wiens M., Krasko A., MullerC.I., Muller W.E. (2000) J Mol Evol. 50(6):520-31 ; Molecular evolution of apoptotic pathways: cloning of key domains from sponges (Bcl-2 homology domains and death domains) and their phylogenetic relationships.

186. Withee J.L., Mulholland J., Jeng R„ Cyert M.S. (1997) Mol Biol Cell. 8(2):263-77; An essential role of the yeast pheromone-induced Ca2+ signal is to activate calcineurin.

187. Witte C„ Jensen R.E., Yaffe M.P., Schatz G. (1988) EMBO J. 7(5):1439-47; MAS1, a gene essential for yeast mitochondrial assembly, encodes a subunit of the mitochondrial processing protease.

188. Wysocki R„ Kron S.J. (2004) J Cell Biol. 166(3):311-6; Yeast cell death during DNA damage arrest is independent of caspase or reactive oxygen species.

189. Wright M.E., Han D.K., Carter L„ Fields S„ Schwartz S.M., Hockenbery D.M. (1999) FEBS Lett. 446(1):9-14; Caspase-3 inhibits growth in Saccharomyces cerevisiae without causing cell death.

190. X.u. Q., Reed J.C. (1998) Mol Cell. 1(3):337-46; Bax inhibitor-1, a mammalian apoptosis suppressor identified by functional screening in yeast.

191. Yamaki M., Umehara Т., Chimura Т., Horikoshi M. (2001) Genes Cells6(12): 1043-54 ; Cell death with predominant apoptotic features in Saccharomyces cerevisiae mediated by deletion of the histone chaperone ASF1/CIA1.

192. Yang J., Liu X., Bhalla K„ Kim C.N., Ibrado A.M., Cai J., Peng T.I., Jones D.P., Wang X. (1997) Science. 275(5303): 1129-32; Prevention of apoptosis by Bcl-2: release of cytochrome с from mitochondria blocked.

193. Yuan J„ Shaham S„ Ledoux S„ Ellis H.M., Horvitz H.R. (1993) Cell. 75(4):641-52; The C. elegans cell death gene ced-3 encodes a protein similar to mammalian interleukin-1 beta-converting enzyme.

194. Zangger H., Mottram J.C., Fasel N. (2002) Cell Death Differ. 9(10):1126-39 ; Cell death in Leishmania induced by stress and differentiation: programmed cell death or necrosis?

195. Zou H„ Li. Y„ Liu X., Wang X. (1999) J Biol Chem. 274(17): 11549-56 ; An APAF-1.cytochrome с multimeric complex is a functional apoptosome that activates procaspase-9.