Особенности возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.12, кандидат наук Рауш, Екатерина Рудольфовна

• Рауш, Екатерина Рудольфовна
• кандидат наук
• 2015

Оглавление диссертации кандидат наук Рауш, Екатерина Рудольфовна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1 Внутрибольничный инвазивный кандидоз - проблемы современной

лабораторной диагностики (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1 Краткая историческая справка

1.2 Грибы рода Candida -возбудители инвазивного кандидоза

1.3 Современные подходы к видовой идентификации возбудителей инвазивного кандидоза

1.4 Чувствительность возбудителей инвазивного кандидоза к противогрибковым препаратам

1.5 Современные методы определения чувствительности Candida spp. к противогрибковым препаратам

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Объекты исследования

2.2 Подготовка культур Candida spp

2.3 Идентификация Candida spp. методом ДНК - секвенирования

2.4 Идентификация Candida spp. методом MALD1-TOF масс-

спектрометрии

2.4.1 Изучение комплекса видов С. parapsilosis

2.5 Видовая идентификация возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза с помощью тест-системы AUXACOLOR2

2.6 Изучение морфологических особенностей возбудителей инвазивного кандидоз

2.7 Методы определения чувствительности Candida spp. к противогрибковым

препаратам in vitro

2.7.1 Метод микроразведений в жидкой питательной среде - CLS1 М27-

АЗ

2.7.2 Диско-диффузионный метод определения чувствительности -М44-А

CLSI

2.7.3 Определение чувствительности с помощью микробиологического

анализатора Vitek 2 Compact

2.8 Статистическая обработка результатов

РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ГЛАВА 3 Определение видового спектра клинических изолятов Candida spp

3.1 Источники выделения возбудителей инвазивного

кандидоза

3.2 Сравнение результатов видовой идентификации Candida spp. методами ДНК-секвенирования и MALDI-TOF масс-спектрометрии

3.3 Сравнение результатов видовой идентификации штаммов Candida spp. методами MALDI-TOF масс-спектрометрии и тест-системой AUXACOLOR 2

3.4 Видовой спектр возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза в течение 2012-2014 гг

3.5 Географические особенности этиологии инвазивного кандидоза

3.6 Морфологические особенности возбудителей инвазивного кандидоза

3.7 Протеомное профилирование возбудителей инвазивного кандидоза

3.8 Молекулярно-генетические особенности возбудителей инвазивного кандидоза

ГЛАВА 4 Определение чувствительности клинических изолятов Candida spp. к противогрибковым препаратам

4.1 Результаты определения чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза методом CLSIМ27-АЗ

4.1 Л МПК противогрибковых препаратов для различных видов Candida spp

4.2 Результаты определения чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза методом CLSI М44-А

4.3Результаты определения чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза с помощью анализатора Vitek2 Compact

ГЛАВА 5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК УСЛОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Особенности возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы

Микромицеты рода Candida из состава нормальной микробиоты тела человека могут быть возбудителями внутрибольничного инвазивного кандидоза. Ежегодно в мире выявляют до 200000 пациентов с внутри-больничным инвазивным кандидозом (ИК), из которых 100000 больных умирают [115]. Несмотря на то, что основными возбудителями ИК остаются С. albicans, С. parapsilosis, С. glabrata, С. tropicalis и С. krusei, в последнее десятилетие отмечают нарастание доли С. н^-albicans видов, в том числе редких [37, 41].

Известно, что лишь у 50 - 75% больных ИК удается выявить Candida spp. при посевах крови. Даже в случаях, когда удается выделить культуру Candida, большинство используемых в микробиологической лаборатории методов видовой идентификации дрожжей обеспечивают получение результата только через 2 суток и более. Кроме того, особую проблему составляет быстрая и надежная идентификация С. нe-albicans видов [37]. В последние годы все чаще сообщают о появлении резистентных штаммов возбудителей ИК [39]. Однако, существует не только проблема устойчивости Candida spp. к противогрибковым препаратам, но и проблема выбора метода определения чувствительности клинически значимых дрожжей к антимикотикам.

Несмотря на перспективность современных методов молекулярной биологии для точной видовой идентификации и быстрого выявления резистентности грибов к противогрибковым препаратам, использование этих методов в повседневной диагностической практике ограничено.

Таким образом, быстрое установление этиологии ИК и определение чувствительности возбудителей к противогрибковым препаратам современными методами является актуальной проблемой.

Степень разработанности темы

В последние годы, благодаря внедрению современных методов, в том числе ДНК-секвенирования и технологии MALDI-TOF масс-спектрометрии,

этиология ИК в ряде зарубежных стран постоянно уточняется [35]. В исследовании РЖ в отделениях реанимации и интенсивной терапии, проводившемся в России ранее, использовали только морфологические и биохимические методы видовой идентификации возбудителей [9]. При этом до 10% штаммов Candida spp. не удавалось определить до вида.

В период с 2003 по 2008 гг. в России в рамках многоцентрового глобального исследования ARTEMIS DISK была определена чувствительность возбудителей РЖ к флуконазолу (78%) стандартизованным диско-диффузионным методом CLSI М44-А [15].

Однако отсутствуют сведения о чувствительности возбудителей РЖ в РФ к антимикотическим препаратам, в том числе сравнительно нового поколения: вориконазолу, каспофунгину и позаконазолу, полученные референтными методами. Введение новых критериев интерпретации результатов определения чувствительности для основных возбудителей РЖ, предложенных Европейским комитетом по определению чувствительности микроорганизмов к антибиотикам (EUCAST, 2012 г.) и Институтом по клиническим и лабораторным стандартам (CLSI, США, 2012 г.) обусловило необходимость проведения оценки различных методов определения чувствительности Candida spp. к противогрибковым препаратам [40].

Цель исследования - изучить особенности возбудителей внутри-больничного инвазивного кандидоза для оптимизации лабораторной диагностики.

Задачи исследования:

1. Определить видовой спектр возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза в стационарах РФ с помощью современных методов идентификации.

2. Сравнить используемые методы видовой идентификации Candida spp. и выявить наиболее эффективные для применения в рутинной практике.

3. Определить чувствительность возбудителей инвазивного кандидоза к современным антимикотикам с помощью стандартизованных методов (CLSI

М27-АЗ, CLSI M44-A) и микробиологического анализатора (VITEK 2 Compact).

4. Сравнить используемые методы определения чувствительности Candida spp. к современным антимикотикам и выявить наиболее эффективный для применения в рутинной практике.

5. Разработать алгоритм лабораторной диагностики внутрибольничного инвазивного кандидоза.

Научная новизна исследования

Впервые:

1. Установлена этиология внутрибольничного инвазивного кандидоза в РФ современными молекулярно-биологическими методами. Соотношение видов С. albicans и С. н^-albicans видов составляет 1:1,3. Выявлены географические особенности этиологии инвазивного кандидоза в различных регионах России.

2. Определены профили чувствительности возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза в России референтным методом CLSI М27-АЗ к следующим противогрибковым препаратам: флуконазолу, вориконазолу, каспофунгину, позаконазолу.

3. Установлены диапазоны МПК, МГЖ50, МПК9о флуконазола, вориконазола, каспофунгина, позаконазола для возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза в России.

4. Определены масс-спектро-профили возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза, в том числе редких видов Candida; внутри вида С. parapsilosis выявлено 5 субкластеров.

Теоретическая и практическая значимость работы

Результаты диссертационного исследования вносят вклад в изучение глобальных тенденций в этиологии внутрибольничного инвазивного кандидоза и определение чувствительности возбудителей ИК к анти-микотическим препаратам; они также важны для быстрой и точной идентификации патогенов - возбудителей внутрибольничного инвазивного канди-

доза. Собранная в результате исследования коллекция чувствительных и резистентных к противогрибковым препаратам изолятов Candida spp. от пациентов с внутрибольничным инвазивным кандидозом депонирована в Российскую коллекцию патогенных грибов и служит основой для изучения молекулярных механизмов резистентности к азоловым препаратам. Разработан алгоритм лабораторной диагностики возбудителей внутри-больничного инвазивного кандидоза с помощью современных методов.

Методология и методы исследования

Данная диссертационная работа - многоцентровое исследование. Объекты исследования — культуры Candida spp., выделенные от пациентов с внутри-больничным инвазивным кандидозом. Для выполнения работы использовали микробиологические, физико-химические, молекулярно-генетические и статистические методы.

Положения, выносимые на защиту:

1. Возбудители внутрибольничного инвазивного кандидоза в России представлены основными видами Candida spp. (96%): С. albicans, С. parapsilosis, С. glabrata, С. tropicalis, С. krusei, С. guilliermondii и редкими (4%): С. lusitanie, С. dubliniensis, С. pararugosa, С. bracarensis, С. kefyr, С. lipolytica, С. utilis, С. inconspicua.

2. Распространенность С. albicans как основного возбудителя инвазивного кандидоза в России снизилась с 54% в 2012 г. до 32,8% в 2014 г. (р=0,015), С. parapsilosis - возросла с 9,8% (2012 г.) до 27,8% (2014 г., р=0,01), тогда как уровень С. glabrata, С. tropicalis и С. krusei остается неизменным.

3. Чувствительность изолятов С. не-albicans видов к флуконазолу in vitro составила 58%, к вориконазолу - 95,7%. К каспофунгину все штаммы возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза были чувствительны.

Степень достоверности и апробация результатов диссертационного исследования

Степень достоверности результатов, полученных при проведении исследования, подтверждается достаточным и репрезентативным объёмом выборки выполненных исследований, подтверждена адекватными методами статистической обработки данных. Методы математической обработки полученных результатов соответствуют поставленным задачам.

Материалы диссертационного исследования представлены на конференциях и конгрессах:

международных — 12-я конференция Американского общества микробиологов «Candida и кандидоз», США, 2014 г.,

европейских: 23-й Европейский конгресс по клинической микробиологии и инфекционным заболеваниям, Германия, 2013г.; 6-й конгресс «Тенденции в медицинской микологии», Дания, 2013г.; 24-й Европейский конгресс по клинической микробиологии и инфекционным заболеваниям, Испания, 2014 г.,

российских: Всероссийская научно-практическая конференция по медицинской микробиологии и клинической микологии «Кашкинские чтения» (Санкт-Петербург, 2013 г., 2014 г.); отчетные сессии научных подразделений СЗГМУ им. И.И.Мечникова, (Санкт-Петербург, 2013 г., 2014 г.). По теме диссертации опубликовано 22 научные работы, в т. ч. 4 статьи в изданиях, рекомендованных ВАК.

Личный вклад диссертанта. Автор лично выполнил основные микробиологические исследования по теме диссертации, статистическую обработку, анализ полученных данных, обобщение и оформление результатов.

Структура и объем диссертации Диссертационная работа изложена на 146 страницах машинописного текста, состоит из введения, обзора литературы, описания методов и материалов исследования, результатов работы, заключения, выводов, практических рекомендаций. Диссертация содержит 25 таблиц и 42 рисунка. В работе использованы 30 отечественных и 154 иностранных источников литературы.

ГЛАВА 1 Проблемы современной лабораторной диагностики возбудителей инвазивного кандидоза (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1 Краткая историческая справка

История грибов рода Candida и вызываемых ими заболеваний началась более двух тысячелетий назад. Еще греческий ученый Гиппократ (460 — 377 гг. до н.э.) изучал заболевание «молочница» или aphta alba, названное так из-за белых округлых язв на слизистых оболочках полости рта. Однако идентификация возбудителя «молочницы» слизистых оболочек была проведена лишь в XIX веке [14].

В период с 1839 по 1844 годы трое европейских ученых: Fredrik Berg (г. Стокгольм), David Gruby (г. Париж), John Bennett (г. Эдинбург), независимо друг от друга, провели исследование кандидоза слизистой оболочки щек у детей. В 1841 году F. Berg в результате микроскопического выявления нитей гриба между эпителиальными клетками удалось обнаружить, что причиной афтозного поражения слизистых оболочек щек являются грибы, схожие с плесенями. В 1853 году французский биолог Charles Robin зарисовал и назвал гриб Oidium albicans (рисунок 1 ).

Рисунок 1 - Первые печатные иллюстрации Candida (Oidium) albicans: гриба молочницы (champignon du muguet) - эпителиальные фрагменты с круглыми клетками Oidium albicans и нитями псевдомицелия с бластоспорами (С. Robin, 1853 г.) [32].

В 1864 году немецкий ученый ВигсЬагЛ опубликовал результаты экспериментального микроскопического изучения возбудителя молочницы

(рисунок 2). Он изучал развитие возбудителя в препаратах эпителия на предметных стеклах в течение 2 — 3 дней и обнаружил септирование, разветвление нитей с боковыми почками, некоторые нити росли с образованием почек на концах нитей. Эти нити были названы псевдогифами [153].

Рисунок 2 — Филаментирующий рост возбудителя молочницы (Burchardt, 1864 г.) [32].

В 1869 году французский педиатр Joseph Parrot при изучении молочницы пищевода, желудка, кишечника, гортани, трахеи и легких, возникших в результате грибкового поражения ротоглотки, впервые произвел гистологическое описание проникновения гриба в ткани. В 1877 году немецкий ученый Paul Grawitz, культивируя возбудителя молочницы, обнаружил, что в кислых условиях образовались не нити гриба, а дрожжеподобные клетки, и назвал их Mycoderma vini. Одновременно немецкий ученый Max Reess, исследуя биопсийный материал от больных, описал возбудителя молочницы как дрожжеподобный микромицет, но назвал его Saccharomyces albicans. Таким образом, P. Grawitz и М. Reess первыми выявили диморфизм, характерный для Candida albicans, т.е. способность образовывать и дрожжеподобные, и нитчатые формы [14, 32]. В 1890 году немецкий ботаник Wilhelm Zopf переименовал возбудителя в Monilia albicans,

а заболевание соответственно стало именоваться «монилиаз» вплоть до 1923 года, когда датский микробиолог Christine Berkhout предложила назвать род Candida и вид Candida albicans. Название Candida albicans было образовано от двух латинских слов: toga candida (тога, которую носили кандидаты древнеримского сената) и albicans - от латинского слова albicare -«отбеливать», что связано с внешним видом колоний на питательной среде.

Хорошо известное сейчас название рода Candida было закреплено лишь в 1954 году на VIII Ботаническом конгрессе в Париже и используется до сих пор [11].

Количество видов грибов рода Candida постоянно увеличивается и в настоящее время составляет около 150 видов, а включая синонимы - почти 800. Большинство Candida spp. являются сапротрофами. Основными патогенами для человека являются около 20 видов [8].

В соответствии с классификацией патогенных грибов, сформулированной в 1996 году американским микологом K.J.Kwon-Chung [96], в основу которой положены способы размножения грибов, Candida spp. относят к классу Ascomycetes и дрожжевым грибам. Ранее Candida spp. относили к классу Fungi imperfecti (или Несовершенным грибам, для которых половая стадия не была выявлена). С развитием методов диагностики возбудителей кандидоза, включая молекулярно-генетические, у многих видов Candida выявлена способность размножаться половым путем (половая стадия

— телеоморфа). Для тех видов Candida, у которых половая стадия до сих пор не обнаружена, но молекулярно-генетическими исследованиями, характером метаболизма подтверждено, что эти грибы являются аскомицетами, введено понятие аффинитета, то есть сродства, в данном случае, к классу Ascomycetes. Названия половой стадии и бесполой (анаморфы) Candida spp. различны.

В последние годы благодаря использованию современных молекулярно

— генетических методов значительно уточнены межвидовые отношения внутри рода Candida. Так, описаны три клады в роде Candida spp.: клада 1 — Candida albicans, включает С. albicans, С. tropicalis, С. parapsilosis; клада 2 -

Clavispora — Metschnikowia, включает С. guilliermondii, С. lusitaniae, Debaryomyces hansenii; клада 3 — Saccharomycetaceae, включает Saccharomyces cerevisiae, C. glabrata, C. krusei [95].

Современная классификация грибов рода Candida выглядит следующим образом.

Надцарство — Eukaryota Царство - Fungi

Отдел — Ascomycota

Подотдел - Saccharomycotina Класс — Hemiascomycetes

Порядок — Saccharomycetales

Семейство - Saccharomycetaceae Род — Candida

Вид — Candida albicans и т.д.

[29]

1.2 Грибы рода Candida - возбудители инвазивного кандидоза

Инвазивный кандидоз — инфекция, вызванная грибами Candida spp., как правило, внутрибольничная, возникающая при наличии следующих факторов риска: долгое пребывание в отделении реанимации и интенсивной терапии, сахарный диабет, хирургические манипуляции, парентеральное питание, трансплантация органов и тканей, применение центрального венозного катетера, антибиотиков широкого спектра действия, а также иммуносупрессивной терапии и системы гемодиализа [4].

Грибы рода Candida являются важными представителями нормальной микробиоты человека. Чаще всего Candida spp. можно обнаружить в желудочно-кишечном тракте, на слизистых оболочках ротовой полости и половых органов, коже. Также они широко распространены во внешней среде (растения, почва, продукты питания) [29,69].

Дрожжи Candida spp. имеют общие характеристики: это одноклеточные микроорганизмы; образуют псевдомицелий (кроме С. glabrata и С. inconspicud)\ размножаются почкованием; размеры клеток в пределах 1,5 — 15 мкм; являются факультативными анаэробами, большинство видов растут при температуре 37°С [95].

В соответствии с санитарно-эпидемиологическими правилами, принятыми в России, «СП 1.3.2322-08. Безопасность работы с микроорганизмами III и IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней» [13], Candida spp. относят к III и IV группам патогенности, т.е. к условно-патогенньтм организмам, вызывающим оппортунистические системные микозы при понижении иммунного статуса человека (III группа) или являющимися возбудителями поверхностных микозов (IV группа). В соответствии с зарубежной классификацией по уровням биологического риска (BioSafety Level, BSL), принятой Всемирной Организацией Здравоохранения [98], Candida spp. относят к BSL-1 и BSL-2 -возбудителям низкого уровня риска, так как они вызывают глубокие микозы на фоне иммунодефицита, критического состояния (BSL-1) или среднего уровня риска (BSL-2) [11].

К основным возбудителям инвазивного кандидоза (ИК) человека относят виды: С. albicans, С. parapsilosis, С. glabrata, С. krusei, С. tropicalis. Реже встречаются: С. hisitaniae, С. guilliermondii, С. rugosa, С. inconspicua. Редкими возбудителями ИК являются С. kefyr, С. utilis, С. lipolytica, С. dubliniensis.

Самым частым возбудителем кандидоза, в том числе инвазивного, является вид С. albicans, который входит в состав нормальной микробиоты тела человека, колонизируя слизистые оболочки желудочно-кишечного тракта. Поэтому ИК обычно возникает в результате эндогенной диссеминации, реже — экзогенным путем. С. albicans растет при температуре 37 С и 45°С. При посеве на «голодные» среды (рисовый агар, голодный щелочной агар) образует терминальные хламидоспоры. При инкубировании

культуры С. albicans с сывороткой крови образуются «ростковые трубки» — короткие нити истинного мицелия. Аскоспор не образует [95].

С. parapsilosis обычно является экзогенным патогеном, обитает на коже человека. Этот вид распространен в окружающей среде больниц, на поверхностях катетеров и другом медицинском оборудовании. Образует псевдомицелий. В 2005 г. были описаны два новых вида, которые сформировали так называемый С. parapsilosis комплекс: собственно С. parapsilosis, С. orthopsilosis и С. metapsilosis. Два последних вида часто проявляют способность к формированию биопленок на биомедицинских устройствах, их идентификация возможна с помощью молекулярно-генетических методов, а также MALDI-TOF масс-спектрометрии [29, 39, 68].

С. glabrata может входить в состав нормальной микробиоты тела человека. Псевдомицелий не образует. Ассимилирует глюкозу и трегалозу. Важной особенностью С. glabrata является ее способность замещать вид С. albicans на фоне лечения инфекции, вызванной этим видом. В 2005 году с помощью ДНК-секвенирования выявлен «криптический» вид, т.е. вид не отличающийся по морфологическим и биохимическим свойствам — С. nivariensis, который является более устойчивым к азоловым противогрибковым препаратам, чем С. glabrata [121], а в 2008 описан вид С. bracarensis [29, 34].

С. krusei (телеоморфа Pichia kudriavtsevii, прежнее название -Issatchenkia orientalis) входит в состав микробиоты желудочно-кишечного тракта человека, однако может встречатся в почве и воде. Вид имеет способность к ассимиляции и ферментации глюкозы [29].

С. tropicalis входит в состав нормальной микробиоты человека. Образует псевдомицелий. Вызывает более тяжелые инфекции у онкогематологических больных, чем С. albicans [29, 94].

С. lusitaniae (телеоморфа Clavispora lusitaniae) может входить в состав нормальной микробиоты человека в качестве сапроба, однако может

вызывать ИК у пациентов с онкологическими заболеваниями крови и после трансплантации стволовых клеток [29].

С. guilliermondii (телеоморфа Pichia guilliermondií) входит в состав нормальной микробиоты человека, в частности, кожи и слизистых. Часто встречается как возбудитель ИК у онкологических пациентов. По биохимическим свойствам вид похож на С. famata, однако в отличие от С. famata образует псевдомицелий [29, 36].

С. rugosa может быть возбудителем ИК у пациентов ожоговых отделений. С 2006 года, после проведения молекулярно-генетической идентификации вида С. rugosa, стало известно, что данный вид образует комплекс, куда входят, кроме собственно С. rugosa, также С. mesorugosa, С. neorugosa, С. pseudorugosa. Близкородственным видом является и С. pararugosa, который отличается от С. rugosa по ряду биохимических свойств (усвоение L-сорбозы и L-арабинозы, отсутствие ассимиляции глицерина). Идентификация видов возможна также с помощью молекулярно-генетических методов, а также MALDI-TOF масс-спектрометрии [112].

С. inconspicua (телеоморфа Pichia cactophila) растет на агаре Сабуро при 37°С и 42°С. Не образует псевдомицелия. Вариабельно ферментирует глюкозу, по биохимическим свойствам похожа на С. glabrata [89].

С. kefyr (телеоморфа Kluyveromyces marxianus) является возбудителем ИК в основном у онкогематологических больных [29, 95].

С. utilis (телеоморфа Pichia jadinií) первоначально применяли в пищевой индустрии, однако в 1988 г. был описан первый случай возникновения ИК у пациента со СПИД после установления катетера [29].

С. lipolytica (телеоморфа Yarrowia lipolytica) является обитателем окружающей среды. Первое сообщение об этом виде как возбудителе ИК появилось в 1985 г., заболевание было связано с внутрисосудистой катетеризацией. Гриб не ферментирует сахара, ассимилирует только глюкозу. Вызывает заболевание у иммунодефицитных пациентов [29].

Вид С. diiblinierisis по фенотипическим свойствам близок с С. albicans, образует ростковые трубки в сыворотке крови при температуре 37°С, хламидоспоры на «голодных средах». Впервые описан в 1995 году как возбудитель орофарингеального кандидоза у больных СПИД. Является менее патогенным видом, чем С. albicans. Хотя в последнее время отмечают тенденцию к увеличению количества штаммов С. dubliniensis, устойчивых к азолам in vitro, клиническая устойчивость встречается редко. Отличается от С. albicans по максимальной температуре роста: С. albicans растет при температуре 45°С, С. dubliniensis — не растет. Отличить два этих вида надежно можно молекулярно-генетическими методами [29,118].

Из вышеперечисленных представителей рода Candida вид С. albicans является основным возбудителем ИК [128]. Однако, в последние годы отмечают снижение встречаемости этого вида как возбудителя ИК и увеличение доли С. нQ-albicans видов. Второе место по распрострененности, в зависимости от географического положения региона, профиля стацонара и других факторов, занимают С. parapsilosis и С. glabrata [37]. Замечено, что С. glabrata часто выделяют у пациентов старшего возраста [162]. В исследовании (Аргентина, 2007-2008 гг.) доля С. albicans составила 38,4%, среди С. HQ-albicans видов - С. parapsilosis (26,4%) и С. tropicalis (15,4%) [99]. В рамках исследования, проведенного в Ломбардии (Италия), выявлено, что с 1999 г. по 2009 г. доля С. glabrata возросла с 12,8% до 20,3% [16]. При исследовании возбудителей ИК, выделенных из двух университетов Айовы (США), обнаружено, что в период с 2004 по 2007 гг. доля С. albicans составила 47%, С. glabrata - 29%, С. parapsilosis — 12%, С. tropicalis - 6% [155].

Также в последние годы регистрируют возрастание доли редких видов с природно сниженной чувствительностью к одному или нескольким противогрибковым препаратам азолового ряда: С. cijferrii, С. guilliermondii, С. inconspiciia, С. hiimicola, С. lambica, С. lipolytica, С. noi'vegensis, С. palmioleophila, С. rugosa и С. valida, а также двух видов со сниженной

чувствительностью к эхинокандинам: С. fermentati и С. guilliermondii [77]. В исследовании, проведенном ранее (ARTEMIS DISK, 2005-2007 г.), доля редких видов составляла около 4%; в исследовании, проведенном в те же годы в Германии - 4,7%, а в рамках программы исследования CANDIPOP (39 госпиталей Испании) доля редких видов составляла уже более 6% [76, 131, 143].

Глобальные исследования эпидемиологии инвазивного кандидоза начали проводить в 90-х годах XX века. Так, в исследовании ARTEMIS DISK, которое проводили при участии 39 стран мира, в период 1997-2003 гг. была отмечена тенденция к снижению уровня С. albicans с 73,3% (1997 г.) до 62,3% (2003 г.), доля С. ш-albicans также постепенно возрастала. При этом уровень С. glabrata вырос с 9,7% до 12%, доля С. tropicalis - с 4.6% до 7,5%, С. parapsilosis - с 4,2% до 7,3%, С. krusei - с 1,7% до 2,7%. Таким образом, доля С. н^-albicans за 6 лет увеличилась с 26,7% до 37,7% [135].

По данным глобального исследования SENTRY, проведенного в 79 странах, в 2003 г. обнаружили, что видовой спектр возбудителей ИК в мире представлен С. albicans (48,7%), на втором месте С. glabrata и С. parapsilosis (по 17,3%), далее - С. tropicalis (10,9%). В аналогичном исследовании SENTRY в период с 2008 по 2009 гг. выявили незначительные изменения видового спектра среди штаммов С. не-albicans; так доля С. glabrata возросла до 18,2% и снизилась доля С. tropicalis — 10,6%. Наибольший процент С. albicans был определен в странах Азиатско-Тихоокеанского региона — 56,9, на втором месте были С. glabrata и С. parapsilosis - 13,7%, далее С. tropicalis — 11,7%. В европейских странах также преобладал вид С. albicans - 55,2%, далее - С. glabrata - 15,7% и С. parapsilosis - 13,7%. Однако, в странах Латинской Америки доля С. albicans была менее 50% (43,6%), штаммы С. parapsilosis составляли 25,6%, на третьем месте по встречаемости был вид С. tropicalis - 17,0% [163].

В национальных исследования видового спектра возбудителей ИК в США отмечено, что уже в период с 1995 по 1998 гг. наблюдали снижение

доли С. albicans как возбудителя ИК до 46%, а с 2008 года - до 38% с сохранением этого уровня до 2012 г. [51]. По данным других национальных исследований, в частности проведенных на территории Северной и Латинской Америки с 2001 по 2004 гг., доля С. albicans составляла 50 — 51 %, а с 2004 - 2008 гг. обнаружили снижение до 46% [66]. В Испании снижение уровня С. albicans (45,4%) было отмечено только с 2013 г. [65], тогда как в Греции такой же уровень наблюдали уже в период с 2005 по 2009 гг. В странах Азиатско-Тихоокеанского региона и Африке доля штаммов С. albicans составила от 35,6% в Тайланде до 45,9% в Южной Африке. Стоит заметить, что в странах Скандинавского региона, таких как Дания, Исландия, Финляндия, Швеция, с 2000 г. и до настоящего времени не выявлено уменьшение доли С. albicans среди возбудителей ИК - ниже 50%; в среднем доля С. albicans в этих странах находится в пределах 52,1-70 %, в Германии — 58,5% [41,99,163].

Среди С. ue-albicans видов в Северной Америке, в частности США, в Дании, Исландии, Финляндии, Швеции, Швейцарии, Германии, Великобритании в основном преобладали штаммы С. glabrata (16 — 29%), вид характеризующийся умеренной чувствительностью к противогрибковому препарату - флуконазолу. С. parapsilosis занимала второе место как возбудитель ИК в странах Средиземноморья: Греции (2005-2009 гг.) - 22,7 %, Испании - 24,9% (по настоящее время), Италии - 36,9%, Тайланде - 27,1%, Южной Африке - 25%, Китае — 23,8%. В Израиле, Латинской Америке, в Турции на втором месте по встречаемости находилась С. tropicalis 17-24,1% [64, 116]. В исследовании FUNGEMYCA (Испания, 2009-2011гг.) было выявлено, что среди возбудителей ИК доля С. albicans составила 44,6%, С. parapsilosis — 26,5%, С. glabrata - 11,4%, С. tropicalis — 8,2%, С. krusei— 1,96%, C.dubliniensis - 0,29% [160].

В многоцентровом исследовании этиологии ИК, проведенном во Франции (2007 - 2013гг.), установлено, что доля С. albicans составила 67,4%,

среди С. m-albicans второе место занимала С. glabrata - 15,3%, далее С. parapsilosis — 8,5%, С. tropicalis — 8,0%, С. krusei — 3,4% [26].

Таким образом, можно заключить, что этиология ИК в различных географических регионах не однородна. В последние десятилетия в большинстве стран мира наблюдается изменение видового спектра возбудителей ИК с увеличением распространенности С. нQ-albicans видов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Рауш, Екатерина Рудольфовна, 2015 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Баранов B.C. Геномика на пути к предиктивной медицине // Acta Nature. - 2009. - №3. - 77-86 с.

2. Выборнова И. В. Определение чувствительности Candida spp. к флуконазолу двумя вариантами диско-диффузионного метода / И. В. Выборнова, Н. В. Васильева, Т. С. Богомолова // Проблемы медицинской микологии. - 2007. - Т.9, №2. - С. 5-7.

3. Диагностика микозов/ Р. А. Аравийский, Н. В. Васильева, Н. Н. Климко // СПб.: Издательский дом СПбМАПО, 2004. - 186 е., ил

4. Диагностика и лечение микозов в отделениях реанимации и интенсивной терапии. Российские национальные рекомендации. / А.Б. Бакиров, А. В. Веселов, А. В. Власенко и др. (под ред. Климко Н. Н.) // Москва: Изд.дом «Компания Боргес», 2010 г. — 92 с.

4. Идентификация возбудителей микозов с помощью секвенирования ДНК / 10. В. Михайлова, М. В. Руднева, Г. А. Чилина и др. // Проблемы медицинской микологии. -2013. - Т. 15, №2. - С. 105-106.

5. Микологические культуральные исследования. Методические рекомендации / Н. В. Васильева, Н. П. Блинов, Т. С. Богомолова и др. // ГБОУ ВПО СЗГМУ им. И.И.Мечникова. - СПб. - 2013 г. -40с.

6. Михайлова Ю.В. Молекулярная идентификация представителей Aspergillus spp. из Российской Коллекции Патогенных Грибов / Ю. В. Михайлова, Г. А. Чилина, А. Г. Полищук // Проблемы медицинской микологии. - 2012. - Т. 14, №4. - С. 46-49.

7. Мухитов А.Р., Архипова С.С. Никольский Е.Е. Современная световая микроскопия в биологических и медицинских исследованиях. М.: Наука, 2011.-140с.

8. Патогенные и условно-патогенные макро- и микромицеты как объекты царства грибов (Fungi), их характеристика с учётом требований международного кодекса ботанической номенклатуры:

учебное пособие, выпуск I. / Н.П. Блинов, Н. В. Васильева, А. А. Маметьева и др. (под ред. Блинова Н. П. // СПб.:КОСТА, 2011. — 64 с.

9. Пестова, JI.A. Кандидемия и острый диссеминированный кандидоз у больных в отделениях интенсивной терапии: дис. канд. мед. наук 03.00.24, 14.00.37 / Пестова Любовь Альбертовна. - СПб, 2004. - 160 с.

10. ПЦР в реальном времени /Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю. и др. (под ред. Д.В. Ребрикова). // М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. — 2014. - 223 с.

11. Рациональная научно-практическая терминология патогенных и условно-патогенных грибов и вызываемых ими заболеваний: учебное пособие, выпуск III. / Н. П. Блинов, Н. В. Васильева, Б. Р. Рауш и др. (под ред. Блинова Н. П. // СПб.ЮОО «МГК», 2014. - 72 с.

12. Реброва, О.В. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ «Статистика» / О.В. Реброва - 3-е изд. — Москва: Медиа Сфера, 2006. — 312 с.

13. СП 1.3.2322-08. Безопасность работы с микроорганизмами III и IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней. - М., Российская газета, 2011. - 13 июля .

14. Candida. Кандидозы. Лабораторная диагностика / под ред. Н. П. Блинов, Н. В. Васильева, А. А. Степанова и др. ( под ред. Блинова Н.П.) // СПб.: КОСТА, 2010. - 224 с.

15. In vitro активность флуконазола и вориконазола в отношении более 10000 штаммов дрожжей: результаты 5-летнего проспективного исследования ARTEMIS Disk в России / А. В. Веселов, Н. Н. Климко, О. И. Кречикова и др. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2008. - Т. 10.,№ 4. - С. 345-354.

16. A 1-year prospective survey of candidemia in Italy and changing epidemiology over one decade / A. M. Tortorano, A. Prigitano, C. Lazzarini et al. // Infection. - 2013. - Vol.41. - P.655-662.

17. A.V. Espinel-Ingroff /Medical Mycology in the United States. A historical analysis (1894-1996)/ Kluwer Academic Publishers, the Netherlands, 2003

18. Alastruey-Izquierdo A. Antifungal susceptibility profile of cryptic species of Aspergillus. / A. Alastruey-Izquierdo, L.Alcazar-Fuoli, M.Cuenca-Estrella // Mycopathologia. - 2014. - Vol.178. - P.427-433.

19. Amino acid substitutions in the Candida albicans sterol A5,6-desaturase (Erg3p) confer azole resistance: characterization of two novel mutants with impaired virulence / F. Morio, F. Pagniez, C. Lacroix et al. // J. Antimicrob. Chemother. - 2012. - Vol.67. - P.2131-2138.

20. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics / White T. J., Bruns Т., Lee S. et al. // PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. - 1990. - P. 315-322.

21. An Implementation Strategy for the Use of Chromogenic Media in the Rapid, Presumptive Identification of Candida Species / H. J. Adam, S.E. Richardson, M. Roscoe et al. // The Open Mycology Journal. - 2010. -Vol.4.-P. 33-38.

22. Antifungal susceptibility of 205 Candida spp. isolated primarily during invasive Candidiasis and comparison of the Vitek 2 system with the CLSI broth microdilution and Etest methods / N. Bourgeois, L. Dehandschoewercker, S. Bertout et al. // J. Clin. Microbiol. — 2010. -Vol.48.-P.154-161.

23. Antifungal susceptibility testing: current role from the clinical laboratory perspective / B. Posteraro, R. Torelli, E. De Carolis // Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis. - 2014. - Vol.6. - e2014030.

24. Antifungal susceptibilities of Candida glabrata species complex, Candida krusei, Candida parapsilosis species complex and Candida tropicalis causing invasive candidiasis in China: 3 year national surveillance / M. Xiao, X. Fan, S. C. Chen et al. // J. Antimicrob. Chemother. - 2014. - Vol.3. -P. 152-161

25. Application of MALDI-TOF MS for requalification of a Candida clinical isolates culture collection / R. Lima-Neto, C. Santos, N. Lima et al. // Braz. J. Microbiol. - 2014. - Vol.45. - P. 515-522.

26. Arendrup M. Epidemiology of invasive candidiasis / M. Arendrup // Current Opinion in Critical Care. - 2010. - Vol.16. - P. 445-452.

27. Assesment of ribosomal Large-Subunit D1-D2, Internal Transcribed Spacer 1, and Internal Transcribed Spacer 2 regions as targets for molecular identification of medically important Aspergillus species / H. P. Hinrikson, S. F. Hurst, T. J. Lott et al. // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol. 43, № 5. - P. 2092-2103.

28. ATB fungus Comparative evaluation of ATB Fungus 2 and Sensititre YeastOne panels for testing in vitro Candida antifungal susceptibility / E. Eraso, M. Ruesga, M. Villar-Vidal et al. // Rev. Iberoam. Micol. - 2008. -Vol.25.-P. 3-6.

29. Atlas of clinical fungi: electronic version 3.1. [Electronic resource] / Hoog G.S. de, Guarro J., Gene J. et al. - Utrecht, Reus, 2011. - (CD-ROM).

30. AUXACOLOR2. User manual book. BioRad - USA. - 2003. - 79 p.

31. Balashov S. V. Assessing resistance to the echinocandin antifungal drug caspofungin in Candida albicans by profiling mutations in FKS1 / S. V. Balashov, S. Park, D. S. Perlin // Antimicrob. Agents Chemother. - 2006. -Vol.50.-P. 2058-2063.

32. Barnett J. A. A history of research on yeasts 12: medical yeasts part 1, Candida albicans / J. A. Barnett // Yeast. - 2008. - Vol.25. - P.385^117.

33. Candida bloodstream infections: comparison of species distributions and antifungal resistance patterns in community-onset and nosocomial isolates in the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program, 2008-2009 / M. A Pfaller, G. J. Moet, S. A. Messer et al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. -2011. -Vol. 55. - P. 561-566.

34. Candida bracarensis detected among isolates of Candida glabrata by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization: susceptibility data

and documentation of presumed infection / J. A. Bishop, N. Chase, S. S. Magi 11 et al. // J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol.46. - P. 443-446.

35. Candida identification: a journey from conventional to molecular methods in medical mycology / M. Z. Alam, Q. Alam, A. Jiman-Fatani et al. // World J. Microbiol. Biotechnol. - 2014. - Vol. 30. - P. 1437-1451.

36. Candida guilliermondii, an Opportunistic Fungal Pathogen with Decreased Susceptibility to Fluconazole: Geographic and Temporal Trends from the ARTEMIS DISK Antifungal Surveillance Program / M. A. Pfaller, D. J. Diekema, M. Mendez et al. // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol.44. -P.3551-3556.

37. Candidiasis: New Insights for the Healthcare Professional / Q. Ashton Acton (eds.) - Scholarly Editions, Atlanta, 2013. - P.57

38. Candida parapsilosis sensu stricto and the closely related species Candida orthopsilosis and Candida metapsilosis in vulvovaginal candidiasis / Y. Zhu, Y. Shan, S. Fan et al. // Mycopathologia. - 2014. - Vol. 17. - P. 17-23

39. Candida parapsilosis,Candida orthopsilosis, and Candida metapsilosis virulence in the non-conventional host Galleria mellonella / S. Gago, R. GarcHa-Rodas, I.Cuesta et al. // Virulence. - 2014. - Vol. 5 - P.278-285.

40. Candida species distribution and antifungal susceptibility testing according to European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing and new vs. old Clinical and Laboratory Standards Institute clinical breakpoints: a 6-year prospective candidaemia survey from the fungal infection network of Switzerland / C. Orasch, O. Marchetti, J. Garbino et al. // Clin. Microbiol, and Infect. - 2014. - Vol.20. - P. 698-705.

41. Candidemia in Europe: epidemiology and resistance. / A. M. Tortorano, C. Kibbler, J. Peman et al. // Int J Antimicrob Agents. - 2006. - Vol.27. -P.359-366.

42. Candidemia at intensive care units (ICU) in Saint-Petersburg, Russia / L. Pestova, N. Klimko, T. Bogomolova et al. // Clinical microbiology and infection. - 2004. - Vol. 10. - P. 639-640.

43. Candidemia epidemiology and susceptibility profile in the largest Brazilian teaching hospital complex / A. Lopes Motta, G. Madeira, D. de Almeida et al. //Braz. J. Infect. Dis. -2010. - Vol.14. - P. 15-24.

44. Candidaemia associated with decreased in vitro fluconazole susceptibility: is Candida speciation predictive of the susceptibility pattern? / D. A. Oxman, J.K. Chow, G.Frendl et al. // J. Antimicrob. Chemother. - 2010. -Vol.65.-P.1460-1465.

45. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference method for antifungal disk diffusion susceptibility testing of yeasts; approved guideline // CLSI document M44-A. - 2004. - CLSI, Wayne, PA, USA.

46. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts: third edition // CLSI document M27-A3. - 2008. - CLSI, Wayne, PA, USA.

47. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts: third edition // CLSI document 3rd Informational Supplement M27-S3. - 2008. - CLSI, Wayne, PA, USA.

48. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts: third edition // CLSI document 3rd Informational Supplement M27-S4. - 2012. - CLSI, Wayne, PA, USA.

49. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Interpretive criteria for identification of bacteria and fungi by DNA target sequencing; approved guideline. // CLSI document MM18-A. - 2008. - CLSI, Wayne, PA, USA.

50. Clinically achievable caspofungin, micafiingin and anidulafiingin concentrations within the bloodstream:experience from a mycology reference laboratory /N. P. Wiederhold, , D. A. Sutton, A. W. Fothergill et al. // Mycoses. - 2013. - Vol. 56. -P. 58.

51. Clinical practice guidelines for the management of candidiasis: 2009 update by the Infectious Diseases Society of America / P. G. Pappas, C. A.

Kauffman, D. Andes et al. // Clinic. Infect. Dis. - 2009. - Vol.48. - P. 503535.

52. Comparison of results of fluconazole and voriconazole disk diffusion testing for Candida spp. with results from a central reference laboratory in the ARTEMIS DISK Global Antifungal Surveillance Program / M. A. Pfaller, L. Boykena, R. J. Hollisa et al. // J. Clin. Microbiol. - 2009. -Vol.48. -P.1358-1365.

53. Comparison of minimal inhibitory concentration elevation in Candida dubliniensis and Candida albicans after fluconazole exposure in vitro / K. Chaicumpar, S. Srichangwang, K. Samerpitak et al. // Mycoses. - 2013. -Vol.56.-P.63.

54. Crist A.E. Jr. Comparison of the MUREX C. albicans, albicans-Sure, and BactiCard Candida test kits with the germ tube test for presumptive identification of Candida albicans / A.E.Jr. Crist, T.J. Dietz, K. Kampschroer//J. Clin. Microbiol. - 1996.-Vol. 34.-P. 2616-2618.

55. Cuenca-Estrella M. Antifungal drug resistance mechanisms in pathogenic fungi: from bench to bedside / M. Cuenca-Estrella // Clin. Microbiol. Infect. - 2014. - Vol. 20, Suppl. 6. - P.54-59.

56. Direct MALDI-TOF Mass Spectrometry Assay of Blood Culture Broths for Rapid Identification of Candida Species Causing Bloodstream Infections: an Observational Study in Two Large Microbiology Laboratories / T. Spanu, B. Posteraro, B. Fiori et al. // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 176179.

57. Distinct roles of Candida albicans drug resistance transcription factors TAC1, MRR1, and UPC2 in virulence / A. Lohberger, A. T. Coste, D. Sanglard et al. //Eukaryot. Cell -2014. - Vol.13. -P.127-142.

58. Delaloye J Invasive candidiasis as a cause of sepsis in the critically ill patient /Delaloye J, Calandra T // Virulence. - 2014. - Vol.5. - P. 161-169.

59. Doyle, J. J. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue / J. J. Doyle, J. L. Doyle // Phytochem. Bull. - 1987. - Vol.19. -P. 11-15.

60. Doyle S. Fungal proteomics: from identifcation to function / S. Doyle // Jour. Federation of European Microbiological Societies. - 2011. - Vol.321. — P. 18-23.

61. Eksi F. In Vitro Susceptibility of Candida Species to Four Antifungal Agents Assessed by the Reference Broth Microdilution Method / F. Eksi, E. D. Gayyurhan, I. Balci // The Scientific World Journal - 2013. - Vol. 6 . -P.214-219.

62. Elucidating drug resistance in human fungal pathogens / J.L. Xie , E.J. Polvi, T. Shekhar-Guturja // Future Microbiol. - 2014. - Vol.9. - P.523-542.

63. ESCMID guideline for the diagnosis and management of Candida diseases 2012: diagnostic procedure / M. Cuenca-Estrella, P. E. Verweij, M. C. Arendrup et al. //Clinical Microbiology and Infection diseases. - 2012. — Vol.l8.suppl. 7. -P.9-18.

64. Epidemiology of invasive fungal infections in the intensive care unit: Results of a multicenter Italian survey (AURORA Project) / M.T. Montagna, G. Caggiano, G. Lovero et al. // Infection. - 2013. - Vol.41. - P. 645-653.

65. Epidemiology and predictive factors for early and late mortality in Candida bloodstream infections: a population-based surveillance in Spain / M. Puig-Asensio, B. Padilla, J. Garnacho-Montero et al. // Clin Microbiol Infect. — 2014. - Vol.20. - 0245-254.

66. Epidemiology and outcomes of candidemia in 3648 patients: data from the Prospective Antifungal Therapy (PATH Alliance) registry, 2004-2008 / M. Pfaller, D. Diekema, H.-U. Meier-Kriesche et al. // Diagnostic Microbiology & Infectious Disease. - 2012. - Vol.74. - P.323-331.

67. Evaluation of New Colorimetric Vitek 2 Yeast Identification Card by Use of Different Source Media / G. Valenza, J. Strasen, F. Schäfer et al. // J. Clin. Microbiol. -2008. - Vol.46. -P.3784-3787.

68. Evolution of Mating within the Candida parapsilosis Species Group / S. Sixiang , L. M. Holland, C. F. McGee et al. // Eukaryot Cell. -2011. -Vol.10.-P. 578-587.

69. Evolution of pathogenicity and sexual reproduction in eight Candida genomes / G. Butler, M. D. Rasmussen, M. F. Lin et al H Nature. - 2009. -Vol. 459. -P.657-662.

70. Espinel-Ingroff A.V. Medical Mycology in the United States. A historical analysis (1894-1996) / A.V. Espinel-Ingroff// Mycopathologia - 2005. -Vol/160/-P. 187-188.

71. Espinel-Ingroff A. EUCAST and CLSI: Working Together Towards a Harmonized Method for Antifungal Susceptibility Testing / A. Espinel-Ingroff, M.Cuenca-Estrella, E. Cantón // Clinical Microbiology and Infection. - 2013. - Vol.7. - p 59-67

72. Epidemiology, management, and risk factors for death of invasive Candida infections in critical care: A multicenter, prospective, observational study in France (2005-2006) / O. Leroy, J.-P. Gangneux et al. // Crit. Care Med. -2009.-Vol.37.-P. 1612-1618.

73. Espinel-Ingroff A. International and multicenter comparison of EUCAST and CLSI M27-A2 broth microdilution methods for testing susceptibilities of Candida spp. to fluconazole, itraconazole, posaconazole, and voriconazole / A. Espinel-Ingroff, F. Barchiesi, M. Cuenca-Estrella // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol.43. - P.3884-3889.

74. Espinel-Ingroff A. EUCAST and CLSI: Working Together Towards a Harmonized Method for Antifungal Susceptibility Testing / A. Espinel-Ingroff, M. Cuenca-Estrella, E. Cantyn // Clinical Microbiology and Infection. - 2013. - Vol.7. - P.59-67

75. European Committee for Antifungal Susceptibility Testing (EUCAST). Method for the determination of broth dilution MICs of antifungal agents for fermentative yeasts // EUCAST definitive document EDef 7.1. - 2004. -EUCAST, Geneva.

76. Evaluation of VITEK 2 and RapID yeast plus systems for yeast species identification: experience at a large clinical microbiology laboratory. / M. Sanguinetti, Porta, M. Sali et al. // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol.45. -P.1343-1346.

77. First report of a clinical isolate of Candida haemulonii in Brazil / J.Nobrega de Almeida, A. Lopes Motta, F. Rossi et al. // Clinics (Sao Paulo). - 2012. Vol.67.-P. 1229-1231.

78. Fleck R. In vitro susceptibility of Candida species to five antifungal agents in a German university hospital assessed by the reference broth microdilution method and Etest. / R. Fleck, D. Annebarbel, H. Herbert // J. Antimicrob. Chemother. - 2007. - Vol.59. - P. 767-771.

79. FUNGEMYCA Study Group Epidemiology, species distribution and in vitro antifungal susceptibility of fungaemia in a Spanish multicentre prospective survey / J. Peman, E. Canton, G. Quindos, et al. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2012. - Vol. 67. - Suppl. 5. - P. 11811187.

80. Genetic dissection of azole resistance mechanisms in Candida albicans and their validation in a mouse model of disseminated infection / D. M. MacCallum, A. Coste, F. Ischer et al. // Antimicrob. Agents Chemother. -2010. - Vol. 54. - P. 1476-1483.

81. Gundes S. G. Comparative performance of Fungichrom I, Candifast and API 20C Aux systems in the identification of clinically significant yeasts / S. G. Gundes, S. Gulenc, R. Bingol // J. Med. Microbiol. - 2011. - Vol. 50. -p.l 105-1110.

82. Guinea J. Global trends in the distribution of Candida species causing candidemia / J. Guinea // Clin. Microbiol, and Infect. - 2014. - Vol.20, Suppl.6. — P.5-10.

83. Hameed S. Novel regulatory mechanisms of pathogenicity and virulence to combat MDR in Candida albicans / S. Hameed, Z. Fatima // Int. J. Microbiol. - 2013. - Vol.2013 - P.l-10.

84. Hidden Killers: Human Fungal Infections / G. D. Brown, D. W. Denning, A. R. Gow et al. //Sci. Transl. Med. -2012. - Vol. 4. - P. 165

85. Improved clinical laboratory identification of human pathogenic yeasts by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry / O. Bader, M. Weig, L. Taverne-Ghadwal et al. // Clin Microbiol Infect. -2011.-Vol.17.-P.1359-65.

86. Incidence of bloodstream infections due to Candida species and in vitro susceptibilities of isolates collected from 1998 to 2000 in a population-based active surveillance program / R. A. Hajjeh, A. N. Sofair, L. H. Harrison et al. // J. Clin. Microbiol. - 2004. - Vol.42. - P. 1519-1527.

87. Invasive candidiasis in pediatric intensive care in Greece: a nationwide study / L. Vogiatzi, S. Ilia, G. Sideri et al. // Intensive Care Medicine. — 2013. - Vol. 39. - P. 2188 - 2195.

88. Invasive candidemia in Norway a comparison of 2 decades / L. Hesstvedt, P. Gaustad, R. Hannula et al. // Mycoses. - 2013. - Vol.56. - 15.

89. Invasive infections due to Candida norvegensis and Candida inconspicua: report of 12 cases and review of the literature / J. Guitard, A. Agoulvant, V. Letscher-Bru et al. // Medical Mycology. - 2013. - Vol.51. - P.795-799.

90. Iwen P.C. Utilization of the internal transcribed spacer regions as molecular targets to detect and identify human fungal pathogens / P. C. Iwen, S. H. Hinrichs, M. E. Rupp//Med Mycol. - 2002.- Vol. 40.-P.87-109.

91. Jamal W. Y. Comparative evaluation of two matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)

systems for the identification of clinically significant yeasts / W.Y. Jamal, S. Ahmad // Intern. J. Infect. Dis. -2014. - Vol.26. - P. 14-21.

92. Khardori N. Future of diagnostic microbiology / N. Khardori // Indian J Med Microbiol. - 2014. - Vol. 32. - P. 371-377.

93. Kofteridis D.P. Caspofiingin-non-susceptible Candida isolates in cancer patients / D.P. Kofteridis, R. E. Lewis, D. P. Kontoyiannis // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2010. - Vol.65. - P. 293-295.

94. Non-albicans Candida spp. causing fungaemia: pathogenicity and antifungal resistance / A. J. Barnes // J. hosp.infect. - 2002. - Vol.50. — P.243-260.

95. Kurtzman C. P. Systematics and taxonomy of yeasts / C. P. Kurtzman // Contrib. Microbiol. - 2000. - Vol.51. - P. 14.

96. Kwon-Chung K. J. Phylogenetic spectrum of fungi that are pathogenic to humans / K.J. Kwon-Chung // Clinical Infect. Dis. - 1996. - Vol.19. - P. 1-7.

97. Lachance M.-A. Kluyveromyces van der Walt (1971)/ M.-A. Lachance, T. Boekhout, J.W. Fell // The yeasts: a taxonomic study / C.P. Kurtzman, J.W.Fell, T. Boekhout (eds.) - Elsevier Science & Technology, Amsterdam, 2011.-P. 477-479.

98. Laboratory biosafety manual. WHO. 3rd ed - Geneva, 2004. - 170 p.

99. Latin American Invasive Mycosis Network. Epidemiology of candidemia in Latin America: a laboratory-based survey / M. Nucci, F. Queiroz-Telles, T. Alvarado-Matute et al. // PLoS ONE. - 2013. - Vol.8. - e59373.

100. Li T. Y. Characterization of Aspergillus spores by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry / T. Y. Li, B. H. Liu, Y. C. Chen // Rapid Commun. Mass Spectrom. - 2000. - Vol.14. - P.2393-2400.

101. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for fast and reliable identification of clinical yeast isolates / G. Marklein, M. Josten, U. Klanke et al. // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol.47. -P.2912-2917.

102. Matrix-assisted ultraviolet-laser desorption of nonvolatile compounds / M. Karas, D. Bachmann, D. Bahr et al. //Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. -1987.-Vol. 78.-P. 53-68.

103. MALDI Biotyper 3.1. User manual revision 1. Bruker Daltonics. - Bremen. — 2012. — 212 p.

104. MALDI-TOF MS: an upcoming tool for rapid detection of antibiotic resistance in microorganisms / M. Kostrzewa, K. Sparbier, T. Maier et al. // Prot. Clin. Appl. - 2013. -Vol.7. - P.767-778.

105. Mcllroy, M. A. Failure of fluconazole to suppress fungemia in a patient with fever, neutropenia, and typhilitis / M. A. Mcllroy // J. Infect. Dis. — 1991. - Vol. 163. - P.420-421.

106. MFS multidrug transporters in pathogenic fungi: do they have real clinical impact? / C. Costa, P. J. Dias, I. Sa-Correia et al. // Front. Physiol. - 2014. -Vol. 5.-P.197.

107. Mnichowska-Polanowska M. In vitro susceptibility testing of Candida albicans by using Micronaut-Am method / M. Mnichowska-Polanowska // Mycoses - 2013. - Vol. 56. - P.68.

108. Multicenter Evaluation of the New VITEK 2 Advanced Colorimetric Yeast Identification Card / D. J. Hata, L. Hall, A.W. Fothergill et al. // J Clin Microbiol. -2007. - Vol. 45. - P. 1087-1092.

109. Multicenter Comparison of the Vitek 2 Antifungal Susceptibility Test with the CLSI Broth Microdilution Reference Method for Testing Caspofungin, Micafiingin, and Posaconazole against Candida spp. / J. F. Peterson, M. A. Pfaller, D. J. Diekema et al. // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol.49. -P. 1765-1771.

110. Messer S.A. International surveillance of Candida spp. and Aspergillus spp.: report from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (2003) / S. A. Messer, R. N. Jones, T.R. Fritsche // J. Clin. Microbiol. - 2006. -Vol.44.-P. 1782-1787.

111. Metabolic control of antifungal drug resistance / N. Robbins , C. Collins , J. Morhayim et al. // Fungal Genet. Biol. - 2010. - Vol. 47. - P.81-93.

112. Molecular Identification and Antifungal Susceptibility Testing of Clinical Isolates of the Candida rugosa Species Complex and Proposal of the New Species Candida neorugosa / K. Paredes, A. Deanna, J. Sutton et al. //J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 2397-2403.

113. Molecular Identification and Antifungal Susceptibility of Yeast Isolates Causing Fungemia Collected in a Population-Based Study in Spain in 2010 and 2011/ J. Guinea, O. Zaragoza, P. Escribano et al. // Antimicrob Agents Chemother. -2013. - Vol.58. - P. 1529-1537.

114. Moran G, Coleman D, Sullivan D. An introduction to the medically important Candida Species / R. A. Calderone, C. J. Clancy // Candida and Candidiasis / R. A. Calderone, C. J. Clancy, (eds). - ASM Press, Washington, DC, 2002. - P. 11- 27.

115. National surveillance of fungemia in Denmark (2004 to 2009) / M. C. Arendrup, B. Bruun, J. J. Christensen et al. // J Clin Microbiol. - 2011. -Vol.49.-P.325-334.

116. No increase in primary nosocomial candidemia in 682 German intensive care units during 2006 to 2011/ E. Meyer, C. Geffers, P. Gastmeier et al. // Euro Surveill. - 2013. - Vol. 18. - P. 10-12.

117. Odds F. C. One year prospective survey of Candida bloodstream infections in Scotland / F. C. Odds, M. F. Hanson, A. D. Davidson // J. Med. Microbiol. -2007.-Vol.56.-P. 1066-1075.

118. Page B. T. Rapid identification of Candida species and other clinically important yeast species by flow cytometry / B. T. Page, C. P. Kurtzman // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol.43. - P.4507-4514.

119. Pappas P. G. Antifungal Clinical Trials and Guidelines: What We Know and Do Not Know / P. G. Pappas // Cold Spring Harbor Perspectives in medicine.-2014.-Vol. 12.-P. 15-21

120. Pappas PG. Clinical practice guidelines for the management of candidiasis: 2009 update by the Infectious Diseases Society of America / Pappas PG, Kauffman CA, Andes D, Benjamin DK Jr // Clinical Infection Diseases. -2009.-Vol.48.-P.503-535.

121. PCR protocol for specific identification of Candida nivariensis, a recently described pathogenic yeast / J. Alcoba-Flórez , M. del Pilar, F.J. A. González-Paredes et al. // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol.43. - P. 61946196.

122. Perlin D.S. Antifungal drug resistance: do molecular methods provide a way forward? / D. S. Perlin // Curr. Opin. Infect. Dis. - 2009. - Vol.22. - P.568-573.

123. Perlroth J. Nosocomial fungal infections: epidemiology, diagnosis, and treatment / J. Perlrot, B. Choi, B. Spellberg // Medical Mycology. - 2007. -Vol.45.-P. 321-346.

124. Pestova L. Candidemia at intensive care units (ICU) in Saint-Petersburg, Russia / Pestova L., Klimko N., Bogomolova T. et al. // Clinical microbiology and infection. - 2004. - Vol. 10. - P.639-640.

125. Pfaller M.A. Antifungal drug resistance: mechanisms, epidemiology, and consequences for treatment / M. A. Pfaller // Am. J. Med. - 2012. -Vol.125.-S3-S13.

126. Pfaller M. A. Comparison of EUCAST and CLSI broth microdilution methods for the susceptibility testing of 10 Systemically active antifungal agents when tested against Candida spp. / M. A. Pfaller, M. Castanheira // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. - 2014. - Vol.79. -P. 198204.

127. Pfaller M. A. Triazole and Echinocandin MIC Distributions with Epidemiological Cutoff Values for Differentiation of Wild-Type Strains from Non-Wild-Type Strains of Six Uncommon Species of Candida / M. A. Pfaller, M. Castanheira, D. J. Diekema // J. Clin. Microbiol. - 2011. -Vol.49.-P. 3800-3804.

128. Pfaller M. A. Epidemiology of Invasive Candidiasis: a Persistent Public Health Problem / M. A. Pfaller,D. J. Diekema // Clin. Microbiol. Rev. -2007.-Vol.20.-P.133-163.

129. Pfaller M. A. Candida giulliermondii, an Opportunistic Fungal Pathogen with Decreased Susceptibility to Fluconazole: Geographic and Temporal Trends from the ARTEMIS DISK Antifungal Surveillance Program IM. A. Pfaller, D. J. Diekema, M. Mendez // J.Clin.Microbiol. - 2006. - Vol. 44. -P.3551-3556.

130. Population structure and properties of Candida albicans, as determined by multilocus sequence typing / A. Tavanti, A.D. Davidson, M.J. Fordyce et al. // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol. 43. - P.5601-5613.

131. Prevalence of Candida bracarensis and Candida nivariensis in a Spanish collection of yeasts: comparison of results from a reference centre and from a population-based surveillance study of candidemia / M. Cuenca-Estrella, A. Gomez-Lopez, G. Isla et al. // Med Mycol. - 2011. -Vol. 49. - P.525-529.

132. Protein and polymer analyses up to m/z 100000 by laser ionization time-offlight mass-spectrometry / K. Tanaka, H. Waki, Y. Ido et al. // Rapid Commun. Mass Spectrom. - 1988.-Vol. 2. - P. 151-153.

133. Qiao-Ting C. Comparison of the Accuracy of Two Conventional Phenotypic Methods and Two MALDI-TOF MS Systems with That of DNA Sequencing Analysis for Correctly Identifying Clinically Encountered Yeasts / C. Qiao-Ting, L.Tai-Fen, T. Shih-Hua // J Clin Microbiol. - 2014. -Vol.60.-P. 3225-3235.

134. Quantitation of Candida CFU in Initial Positive Blood Cultures /Christopher D. Pfeiffer, Gregory P. Samsa et al. // Journal of Clinical Microbiology. - 2011. - Vol.49, p.2879-2883.

135. Results from the ARTEMIS DISK Global Antifungal Surveillance Study: a 6.5-Year Analysis of Susceptibilities of Candida and Other Yeast Species to Fluconazole and Voriconazole by Standardized Disk Diffusion Testing / M.

A. Pfaller, D. J. Diekema,M. G. Rinaldi et al. //J. Clin. Microbiol. - 2005. -Vol.43.-P.5848-5859.

136. Raju S.B. Isolation and Identification of Candida from the Oral Cavity / S.

B. Raju, Rajappa S. // International Scholarly Research Notices. - 2011. -Vol. 201.-P. 1-8.

137. Rapid Emergence of Echinocandin Resistance during Candida kejyr Fungemia Treatment with Caspofungin / A. Fekkar, I. Meyer, J. Y. Brossas // Antimicrob. Agents Chemother. - 2013. - Vol.57. - P.2380-2382.

138. Rapid antifungal susceptibility testing by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry analysis / A. Vella, E. De Carolis, L. Vaccaro et al. / J. Clin. Microbiol. - 2013. - Vol.51. - P. 29642969.

139. Rapid identification and susceptibility testing of Candida spp. from positive blood cultures by combination of direct MALDI-TOF mass spectrometry and direct inoculation of Vitek 2 / E. A. Idelevich, C. M. Grunewald, J. Wüllenweber et al. // (2014) PLoS ONE 9: el 14834].

140. Recommendations for the diagnosis of candidemia in Latin America / A. Lopes Colombo, J. A. Cortes J. Zurita et al. // Revista Iberoamericana de Micología. -2013. - Vol. 30. - P. 150-157.

141. Reiss E., Shadomy H.J., Lyon G.M. Fundamental medical mycology. -2011. - 624p.

142. Resistance of Candida spp. to antifungal drugs in the ICU: where are we now? / D. Maubon, C. Garnaud, T. Calandra et al. // Intensive Care Med. -2014. - Vol.40. - P.1241-1255.

143. Results from the ARTEMIS DISK Global Antifungal Surveillance Study, 1997 to 2007: a 10.5-Year Analysis of Susceptibilities of Candida Species to Fluconazole and Voriconazole as Determined by CLSI Standardized Disk Diffusion / M.A. Pfaller, D.J. Diekema, D. L. Gibbs et al. // J Clin Microbiol. - 2010. - Vol.48. - P. 1366-1377.

144. Risk prediction for invasive candidiasis / A. Ahmed, A. Azim, A. K. Baronia et al. // Indian Journal of Critical Care Medicine. - 2014. - Vol. 18, P. 682-688.

145. Sanglard D. Antifungal drug resistance mechanisms in fungal pathogens from the perspective of transcriptional gene regulation / D. Sanglard, A. Coste, S. Ferrari // FEMS Yeast Res. - 2009. - Vol. 9. - P. 1029-1050

146. Screening for amino acid substitutions in the Candida albicans Erg 11 protein of azole-susceptible and azole-resistant clinical isolates: new substitutions and a review of the literature / F. Morio, C. Loge, B. Besse et al. // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2010. - Vol. 66. - P.373-384.

147. Seminational Surveillance of Fungemia in Denmark: Notably High Rates of Fungemia and Numbers of Isolates with Reduced Azole Susceptibility / M. C. Arendrup, K. Fuursted, B.Gahrn-Hansen et al. // J. Clin. Microbiol. — 2005. - Vol.43. - P. 4434-4440.

148. Species distribution and antifungal resistance profiles among Candida spp. isolated from bloodstream infections in a Belgian university hospital / I. Montesinos, A. Cardentey-Reyes, M.Dodemont et al. // Mycoses. - 2013. Vol.56.-P.21.

149. Species identification and antifungal susceptibility of Candida bloodstream isolates from population-based surveillance in two US cities: 2008-2011 / S. R. Lockhart, N. Iqbal, A. M. Ahlquist et al. // J. Clin. Microbiol. - 2012. -Vol.50.-P.3435-3442.

150. Species distribution and susceptibility profile of Candida species in a Brazilian public tertiary hospital / A. Bruder, N.'Carlos, H. Camargo et al. // BMC Research Notes.-2010.-Vol.3. - P. 514-518.

151. Species distribution and susceptibility profile of Candida species in a Brazilian public tertiary hospital / A Bruder-Nascimento, CH Camargo, MF Sugizaki et al.// BCM Res Notes. - 2010. - Vol.3. - P. 1-5.

152. Shawn R. Lockhart Lodderomyces elongisporus Masquerading as Candida parapsilosis as a Cause of Bloodstream Infections / S. R. Lockhart, M. A.

Pfaller, D.J. Diekema // Journal of Clinical Microbiology. - 2008. - Vol.46. -P. 1374-1376.

153. Sudbery P. The distinct morphogenic states of Candida albicans / P. Sudbery, N. Gow, J. Berman // Trends in Microbiology. - 2004. - Vol.12. -P.317- 324.

154. St-Germain G. Epidemiology and antifungal susceptibility of bloodstream Candida isolates in Quebec: Report on 453 cases between 2003 and 2005 / G. St-Germain, M. Laverdiére, R. Pelletier // Infection Diseases and Medical Microbiology. - 2008. - Vol.19. - P. 55-62.

155. The epidemiology of candidemia in two United States cities: results of a population-based active surveillance / A. S. Kao, M. E. Brandt, W. R. Pruitt et al. // Clin. Infect. Dis. - 1999. - Vol.29. - P. 1164-1170.

156. The changing epidemiology of healthcare-associated candidemia over three decades / D. Diekema, S. Arbefeville, L. Boyken et al. // Diagn Microbiol Infect Dis. - 2012. - Vol.73. - P.45-48.

157. The ROCANET study: preliminary results from anprospective observational survey of candidaemia in the Rome city / M. Sanguinetti, N. Petrosillo, B. Posteraro et al. // Mycoses - 2013. - Vol. 56. - P. 101.

158. Use of the VITEK 2 system to identify and test the antifungal susceptibility of clinically relevant yeast species / M.S.C. Melhem, A. Bertoletti, H.R.L. Lucca et al. // Braz. J. Microbiol. - 2013. - Vol.44. -P.1257-1266.

159. Variation in Candida spp. distribution and antifungal resistance rates among bloodstream infection isolates by patient age: report from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (2008-2009) / M. A. Pfaller, M. Castanheira, S. A. Messer et al. // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2010. -Vol. 68.-P. 278-283.

160. Variación de la epidemiología de las fungemias y de la sensibilidad a fluconazol de los aislamientos en los últimos 10 años en España: resultados del estudio FUNGEMYCA. J. Pemán, E. Cantón, M. J. Linares-Sicilia et al. // Rev. Iberoam. Micol. - 2011. - Vol.28. - P.91-99.

161. van Veen S. Q. High-Throughput Identification of Bacteria and Yeast by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry in Conventional Medical Microbiology Laboratories / S. Q. van Veen, E. C. J. Claas, E. J. Kuijper // J Clin Microbiol. - 2010. - Vol.48. -P. 900-907.

162. Variation in Susceptibility of Bloodstream Isolates of Candida glabrata to Fluconazole According to Patient Age and Geographic Location in the United States in 2001 to 2007 / M. A. Pfaller, S. A. Messer, R. J. Hollis et al. // J Clin Microbiol. - 2009. - Vol.47. - P. 3185-3190.

163. Yapar N. Epidemiology and risk factors for invasive candidiasis / N. Yapar// Ther. Clin. Risk Manag. - 2014. - Vol.10. - P.95-105.

Работы по теме диссертации:

164. Видовая идентификация возбудителей инвазивного кандидоза методом MALDI-TOF масс-спектрометрии / Е.Р. Рауш, Ю.В. Михайлова, Н.В. Васильева и др. // Фундаментальные исследования в современной медицине: достижения и перспективы. Сборник материалов 1-ой отчетной сессии научных подразделений СЗГМУ им. И.И.Мечникова.-СПб.,2013. - С.25-26.

165. Идентификация Candida spp. с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии / Е.Р. Рауш, Н.В. Васильева, Е.В. Шагдилеева и др. // Проблемы медицинской микологии. - 2013. - Т 15, №2. — С. 115-116.

166. Инвазивный кандидоз на отделениях реанимации и интенсивной терапии Ленинградской областной клинической больницы / Е.Р. Рауш, Е.В. Шагдилеева, Н.В. Васильева и др. // Проблемы медицинской микологии. - 2014. - Т 16, №2. - С. 147

167. Определение видов возбудителей инвазивного кандидоза: в поиске быстрых решений / Е.Р. Рауш, Н.В. Васильева, Н.Н. Климко и др. // Проблемы медицинской микологии. - 2013. — Т 15, №4. - С. 87-91.

168. Случай успешного лечения микст-микоза - инвазивного кандидоза (кандидемии) и инвазивного аспергиллеза (легких, придаточных пазух и мягких тканей носа) у пациента с неходжкинской лимфомой / Е.Р. Рауш, Е.В. Шагдилеева, С.Н. Хостелиди и др. // Проблемы медицинской микологии. -2013. -Т 15, №1. - С. 22-28.

169. Определение чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза к противогрибковым препаратам методами CLSI М27-АЗ и CLSI М44-А / Е.Р. Рауш, Т.С. Богомолова, Н.В. Васильева и др. // Фундаментальные исследования в современной медицине: достижения и перспективы. Сборник материалов 1-ой отчетной сессии научных подразделений СЗГМУ им. И.И.Мечникова.- СПб., 2013. - С.24-25.

170. Определение чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза к флуконазолу и вориконазолу по международным стандартам / Е.Р. Рауш, Н.В. Васильева, Т.С. Богомолова и др. // Проблемы медицинской микологии. - 2013. - Т 15, №1. - С. 60-63.

171. Первое описание случая успешного лечения микотического менингита, обусловленного Candida albicans и Trichosporon asahii / E.B. Шагдилеева, Е.Р. Рауш, Н.В. Васильева и др. // Проблемы медицинской микологии.-2013.-Т 15, №2.-С. 138-139

172. Случай успешного лечения микст-микоза, обусловленного Candida krusei и Aspergillus flavus / Е.Р. Рауш, E.B. Шагдилеева, С.Н. Хостелиди и др. // Сборник научных трудов Всероссийской конференции с международным участием Пятые научные чтения, посвященные памяти член-корр. РАМН, з.д.н. РФ, профессора O.K. Хмельницкого "Современные подходы в клинико- морфологической диагностике и лечении заболеваний человека". - 2013. - С. 374-375.

173. Случай успешного лечения рецидивирующего диссеминированного кандидоза с поражением ободочной кишки и легких у пациентки, получающей хронический гемодиализ / Е.В. Шагдилеева, Е.Р. Рауш,

Т.С. Богомолова и др. // Научное издание «Успехи медицинской микологии». - 2014. - Т. XIII. - Гл. 11. - С. 280-281.

174. Случаи микст-микозов (инвазивных кандидоза и аспергиллеза) у гематологических больных / Е.Р. Рауш, Е.В. Шагдилеева, Т.С. Богомолова и др. // Проблемы медицинской микологии. — 2014. - Т 16, №2.- С. 147-148.

175. Случай успешного лечения микотического перитонита (возбудитель -Candida albicans) у пациентки с острым панкреонекрозом / Е.Р. Рауш, Е.В. Шагдилеева, Т.С. Богомолова и др. // Проблемы медицинской микологии.-2014. - Т. 16. - № 2. - С. 131-132.

176. Случай успешного лечения кандидозного перитонита (возбудитель-Candida albicans) у пациентки с острым панкреонекрозом / Е.Р. Рауш, С.Н. Хостелиди, Е.В. Шагдилеева и др. // Проблемы медицинской микологии.-2014.-Т 16, №3.- С. 26-31.

177. Успешное лечение сочетанного микоза - инвазивного кандидоза и инвазивного аспергиллеза у пациента с неходжкинской лимфомой / Е.Р. Рауш, Е.В. Шагдилеева, С.Н. Хостелиди и др. // Сборник материалов 86-ой конференции « Мечниковские чтения-2013» (г. Санкт- Петербург, 23 апреля 2013 г.).- Санкт-Петербург, 2013. - С.94-95

178. Antifungal susceptibility profiles of pathogens of invasive candidiasis in Russia / E. Raush, N. Vasilyeva, E.Shagdileeva et al. // Final Program European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (Barcelona, Spain, 10-13 May 2014) - P. 103

179. Combination of invasive candidiasis and invasive aspergillosis in hematological patients / E. R.Raush, S. N. Khostelidi, T. S. Bogomolova et al. // Final Programm and Abstracts 12th ASM Conference on Candida and Candidiasis (New Orleans, Louisiana, USA, 26-30 March 2014) -P.107

180. Combination of invasive aspergollosis and invasive candidiasis in hematological / E.Raush, S.Khostelidi, T. Bogomolova et al. // 6th advances against aspergillosis. - 2014. - P. 164.

181. Identification of the etiologic agents of invasive candidosis by matrixassisted laser desorption/ionisationtime of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) / N.V. Vasilyeva, E.R. Raush, S.V. Sidorenko et al. // Final Programm European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (Berlin, Germany, 29 April 2013) -P.148

182. Invasive candidiasis in intensive care units of the tertiary hospital in St. Petersburg, Russia./ E. R. Raush, E. V. Shagdileeva, N.V. Vasilyeva et al. // Final Programm and Abstracts 12th ASM Conference on Candida and Candidiasis (New Orleans, Louisiana, USA, 26-30 March 2014) -P. 106107

183. Species distribution and antifungal susceptibility profiles among Candida spp. in Russia / E. Raush, N. Vasilyeva, E.Shagdileeva et al. // Final Programm and Abstracts 12th ASM Conference on Candida and Candidiasis (New Orleans, Louisiana, USA, 26-30 March 2014) - P. 87

184. Susceptibility testing of invasive candidosis pathogens to fluconazole by CLSI M27-A3 method / E. Raush, N.V.Vasilyeva, E.Shagdileeva et al. // Mycoses.- 2013.-Volume 56, Supplement 3.-P.109

185. Successful treatment of combination of invasive candidiasis (C. krusei) and aspergillosis (A. flavus) in haematological patient / E.R. Raush, E.Shagdileeva, T.S.Bogomolova et al. // Mycoses.- 2013.-Volume 56, Supplement 3.- P.l 16

г

'i о:

На, ■

«УТВЕРЖДАЮ»

Проректор по учебной работе Государственного бюджетного образовательного учреждения высшего црофесоцрнального образования «Северо-Западный г ос уд а р ст iie ш п е д и ц и н с к и й университет ' имени И.И. Мечникова» Министерства здравоохранения Р0ССИИСК0Й;^д|шЦЙИ Л Мс доктор медицинских шук/профессор

' Л, г ■ ! /ч /1/11 Г, А. М. Лила

АКТ ВНЕДРЕНИЯ

в учебный процесс кафедры медицинской микробиологии медико-профилактического факультета Государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова» Министерства здравоохранения Российской Федерации результатов научной работы по результатам кандидатской диссертации на тему: «Особенности возбудителей внутриболыгачного инвазивного кандидоза» аспиранта Рауш Екатерины Рудольфовны НИИ медицинской микологии имени П.Н.Кашкина ГБОУ ВПО СЗГМУ им. И.И.Мечникова Минздрава России.

Мы, нижеподписавшиеся, комиссия в составе: председателя, проректора по медико-профилактическому направлению д.м.н., профессора Мельцера A.B., заведующего кафедрой медицинской микробиологии д.б.н., профессора Васильевой Н.В. и заведующего учебной частью к.б.н, доцента Богомоловой Т.С. удостоверяем, что результаты диссертационного исследования на тему: «Особенности возбудителей внутриболышчного инвазивного кандидоза» аспиранта Рауш Е. Р. НИИ медицинской микологии имени П.Н.Кашкина ГБОУ ВПО СЗГМУ им. И.И. Мечникова Минздрава России действительно внедрены в практические занятия кафедры медицинской микробиологии: семинары «Кандида и кандидоз», «Видовая идентификация возбудителей кандидоза», «Референсные и коммерческие методы определения чувствительности грибов к антимикотикам», «Методы определения чувствительности грибов к антимикотикам» и лекция «Внутрибольничные микозы». Проректор по медико-профилактическому направлению

д.м.н., профессор ^ '_ Мельцер A.B.

Заведующий кафедрой медицинской

микробиологии д.б.н., профессор '_____ Васильева Н.В.

Заведующий учебной частью кафедры

медицинской микробиологии к.б.н, доцент ^¿L Богомолова Т.С.

уу,

«УТВЕРЖДАЮ»

Главный врач

ФГБУЗ КБ № 122 им. Л.Г.Соколова ФМБА России Накатис Я.А.

/

<' и " г * /1

2014г.

АКТ О ВНЕДРЕНИИ

Комиссия в составе: Заместитель главного врача по медицинской части Ратников В.А., заведующая отделением профилактической дезинфекции-врач-эпидемиолог Разумова Д.В. удостоверяют, что результаты диссертационного исследования на соискание ученой степени кандидата медицинских наук Рауш Е.Р. на тему «Особенности возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза» внедрены в практику ФГБУЗ КБ № 122 им. Л.Г. Соколова ФМБА России, а именно:

1. внедрен в рутинную практическую деятельность ЛПУ алгоритм для проведения быстрой и точной лабораторной диагностики возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза.

Внедрение вышеизложенного инновационного решения позволило совершенствовать меры инфекционной безопасности пациентов и персонала ЛПУ, повысить качество медицинского обслуживания.

Члены комиссии:

Заместитель главного врача по медицинской части

Ратников В.А.

Заведующая отделением профилактической дезинфекции-врач-эпидемиолог

Разумова Д.В.

АКТ ВНЕДРЕНИЯ

Предложение « Дифференциальный подход к быстрой и точной видовой идентификации возбудителей внутриболышчного ипвазнвиого кандидоза в pyTiiiiiioii лабораторной практике»

Составители: сотрудники кафедры медицинской микробиологии ГБОУ.ВПО СЗГМУ им. И.И. Мечникова и НИИ медицинской микологии им. П.Н Кашкина ГБОУ ВПО СЗГМУ им. И.И. Мечникова Рауш Е.Р., профессор, д.б.н. Васильева Н.В.

Аннотация. Инвазивный кандидоз (ИК) является наиболее распространенным внутрибольничным инвазивным микозом и представляет серьезную проблему для пациентов отделений реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ), онкологических, гематологических, ожоговых отделений, а также недоношенных новорожденных. По данным мировых экспертов ежегодно в мире ИК возникает у 300000 пациентов, 46-75% из которых умирает. С позиции лабораторной диагностики высокая летальность может быть вызвана двумя основными проблемами. Во-первых, в условиях лаборатории до 50 % посевов крови от больных ИК являются отрицательными, даже при наличии клинических признаков заболевания. Во-вторых, традиционные методы идентификации возбудителей ИК позволяют получить результат только через 48 часов и более, в то время как «диагностическое окно», т.е. время с момента выделения возбудителя, когда результаты идентификации наиболее важны, составляет 12 часов.

Мы апробировали дифференциальный подход к быстрой и точной видовой идентификации возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза биохимическим методом, MALDI-TOF масс-спектрометрией, ДНК-секвенированием (референс метод).

Форма внедрения Практическое использование в лабораторных условиях

Раздел внедрения Лабораторная диагностика

Срок внедрения 2014 г.

База внедрения: ФГБУ НИИДИ ФМБА России. 197022, г. Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.9.

Эффективность внедрения: медицинская. Сравнение результатов видовой идентификации 322 клинических изолятов грибов рода Candida spp., выделенных от пациентов ОРИТ биохимическим методом, MALDI-TOF масс-спектрометрией, ДНК-секвенированием выявило совпадение результатов MALDI-TOF масс-спектрометрии и ДНК-секвенирования в 98,97% случаев. Метод MALDI-TOF масс-спектрометрии позволил выявить редкие не идентифицированные биохимическим методом виды. Несомненным преимуществом MALDI-TOF масс-спектрометрии является и время идентификации -10-15 минут против 48 часов остальными методами.

Руководитель отдела молекулярной м

Главный врач клиники

И.Г. Самойлова

С.В. Сидоренко

/