Новые виды аэробных метилотрофных бактерий рода Ancylobacter тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Белова Алина Александровна

• Белова Алина Александровна
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Белова Алина Александровна

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Аэробные метилотрофные бактерии как уникальная группа прокариот

1.2 Аэробные метилотрофные бактерии и их метаболизм

1.2.1 Процессы окисления С1-соединений

1.2.2 Пути ассимиляции С1-соединений

1.3 Современное состояние систематики прокариот

1.3.1 Базовые стандарты для описания новых видов

1.3.2 Основные критерии для описания новых видов

1.4 Общая характеристика метилотрофных бактерий рода Лпсу1оЪас1ет

1.4.1 Эколого-географическое распространение бактерий рода Лпсу1оЪас1ет

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объекты исследования

2.3 Микробиологические методы исследования

2.3.1 Состав питательных сред и растворов

2.3.2 Условия культивирования новых изолятов

2.3.3 Анализ ростовых параметров новых штаммов

2.3.4 Хранение чистых культур

2.4 Микроскопические методы исследования

2.5 Изучение физиолого-биохимических свойств микроорганизмов

2.6 Аналитические методы исследования

2.6.1 Детекция секреции сидерофоров

2.6.2 Выявление фосфатсолюбилизирующей способности бактерий

2.6.3 Спектрофотометрические измерения

2.7 Биохимические методы исследования

2.7.1 Определение активностей ферментов

2.7.2 Определение содержания индольных соединений (ауксинов)

2.8 Методы молекулярной биологии и биоинформатики

2.8.1 Выделение бактериальной ДНК

2.8.2 Амплификация генов 16Б рРНК и НАД+-ФДГ

2.8.3 Филогенетический анализ генов 16Б рРНК и НАД+-ФДГ

2.8.4 Секвенирование геномов и филогеномный анализ

2.8.5 Расчет геномных индексов

2.8.6 ДНК-ДНК гибридизация

2

2.8.7 Протеомный MALDI-TOF/MS анализ

2.8.8 RAPD-анализ

2.9 Определение способности бактерий к фитосимбиозу

2.9.1 Стерилизация семенного материала

2.9.2 Колонизация бактериями и культивирование растений in vitro

2.9.3 Методы оценки морфометрических показателей растений

3.1 Статистическая обработка результатов

3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Характеристика новых метилотрофных изолятов, выделенных из различных биотопов

3.1.1 Морфология клеток

3.1.2 Культуральные, физиолого-биохимические и хемотаксономические свойства

3.1.3 Филогенетический анализ

3.1.4 Секвенирование и анализ геномов

3.1.5 Филогеномный анализ и ревизия родов Starkeya, Angulomicrobium иMethylorhabdus

3.1.6 Метаболическая характеристика

3.2 Новые подходы в идентификации метилотрофных бактерий рода Ancylobacter

3.2.1 Использование MALDI-TOF/MS-анализа для межвидовой дифференциации видов Ancylobacter

3.2.2 Использование RAPD-анализа для дифференциации видов рода Ancylobacter

3.2.3 Использование генов НАД+-ФДГ для межвидовой дифференциации видов Ancylobacter

3.3 Способность новых изолятов A. radices VTX, A. crimeensis 6х-1Т и A. plantiphilus Dau2 к стимуляции роста растений

3.3.1 Выявление фосфатсолюбилизирующей способности

3.3.2 Детекция секреции сидерофоров на среде с хром азуролом S

3.3.3 Исследование влияния новых изолятов на рост и морфогенез растений in vitro

3.4 Оценка способности метилотрофных изолятов A. moscoviensis 3CT, 1A и 8Р к

биодеградации поллютантов

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новые виды аэробных метилотрофных бактерий рода Ancylobacter»

Актуальность работы

Неугасающий интерес отечественных и зарубежных исследовательских групп к аэробным метилотрофным бактериям (метилотрофам), использующим окисленные и замещенные производные метана (метанола, метиламина и др.) в качестве источников углерода и энергии, обусловлен крайне важной ролью этих бактерий в функционировании глобальных биосферных циклов углерода, азота, фосфора и, как следствие, их высоким биотехнологическим потенциалом (Троценко, Торгонская, 2012; Доронина и др., 2015; Kumar et al., 2016).

В настоящее время известно более шестидесяти родов метилотрофов, выделенных из различных местообитаний. Объектом данного исследования явились бактерии рода Ancylobacter (семейство Xanthobacteraceae, порядок Hyphomicrobiales, класс Alphaproteobacteria, фила Pseudomonadota), который к началу нашей работы включал 10 валидных видов.

Представители этого рода обнаружены в различных биотопах, в том числе имеющих сельскохозяйственное назначение, и уже доказано, что они могут выступать в виде фитосимбионтов и деструкторов ряда токсичных соединений, а также использоваться в разнообразных биотехнологических процессах для синтеза ценных метаболитов. Все это делает поиск новых видов Ancylobacter, их описание и изучение биологического разнообразия весьма актуальным. Однако высокое межвидовое сходство в пределах рода Ancylobacter, а также сходство видов рода Ancylobacter с представителями родов Starkeya, Angulomicrobium и Methylorhabdus, как по культуральным, физиолого-биохимическим и хемотаксономическим признакам, так и по последовательности нуклеотидов в пределах гена 16S рРНК (96,2-98,5 %), требует современной актуализации систематики этих бактерий с учетом GTDB (Genome Taxonomy Database, https://gtdb.ecogenomic.org/) (Yarza et al., 2014).

Степень разработанности темы

Спектр валидно описанных представителей рода Ancylobacter к началу исследований был весьма ограничен. Систематика рода Ancylobacter и ряда близких к нему родов базировались на традиционных методах и подходах и требовала корректной перестройки, включая секвенирование геномов. Вместе с этим к началу проведения диссертационной работы отсутствовали простые и надежные методы для предварительной межвидовой дифференциации представителей данного рода.

Сейчас при изучении метилотрофных бактерий все большее внимание уделяется не только установлению их таксономического статуса, но и оценке биосферной и биотехнологической значимости. Имеющиеся в литературе данные о биотехнологическом потенциале метилотрофных бактерий рода Ancylobacter фрагментарны и требуют более детального изучения. Несмотря на значительные успехи в изучении и практическом применении метилотрофов, многие вопросы, касающиеся видового разнообразия конкретных групп метилотрофных прокариот, их таксономической принадлежности, филогенетических связей, биохимии, биогеографии и биотехнологической ценности требуют проведения современных исследований.

Цель и задачи исследования

Цель работы - ревизия и расширение видового состава рода Ancylobacter. В связи с поставленной целью решались следующие задачи:

1. Провести поиск, выделение и охарактеризовать новые штаммы из различных биотопов -кандидаты на включение в род Ancylobacter;

2. Провести анализ геномов у претендентов на новые виды и у микроорганизмов близких роду Ancylobacter;

3. Охарактеризовать методами полифазной таксономии выделенные штаммы;

4. Выявить критерии идентичности для представителей рода Ancylobacter;

5. Оценить способность к фитосимбиозу у штаммов, выделенных из филлосферы и ризосферы растений.

Объект и предмет исследования

Объектами исследования явились 9 штаммов аэробных метилотрофных бактерий, выделенных из различных биотопов (пресноводное озеро, ризосфера и филлосфера различных растений, активные илы очистных сооружений).

Предмет исследования - таксономическое разнообразие и систематика бактерий рода Ancylobacter.

Научная новизна работы

Методами полифазной таксономии описаны 5 новых видов рода Ancylobacter: A. lacus sp. nov. (= ВКМ В-3280Т = DSM 106439T), A. plantiphilus sp. nov. (= ВКМ В-3219Т = DSM 106438Т), A. moscoviensis sp. nov. (= ВКМ B -3218Т = KCTC 62336Т), A. radicis sp. nov. (= ВКМ В-3255Т = CCUG 72400Т) и A. crimeensis sp. nov. (= ВКМ В-3256Т = КСТС 92567Т). Секвенированы и проанализированы геномы 4 типовых представителей новых видов (A. lacus F30LT, A. moscoviensis 3СТ, A. radices VTT, A. crimeensis 6x-1T), 4 типовых штаммов рода Ancylobacter

(A. dichloromethanicus DM16T, A. sonchi OsotT, A. oerskovii DSM 18746Т, A. defluvii SK15Tj и Starkeya koreensis Jip08T Впервые на основании обобщения физиолого-биохимических и хемотаксономических характеристик, филогенетического и филогеномного анализов проведены реклассификация родов Angulomicrobium, Starkeya и Methylorhabdus и переописание рода Ancylobacter. Впервые предложено расчетное пограничное значение средней аминокислотной идентичности (AAI) для дифференциации представителей рода Ancylobacter семейства Xanthobacteraceae. Показано, что метод MALDI-TOF/MS эффективно разделяет представителей рода Ancylobacter на видовом уровне, а RAPD-анализ выявляет генотипические отличия между штаммами.

В качестве критерия для межвидовой дифференциации бактерий рода Ancylobacter рекомендован анализ высококонсервативной аминокислотной последовательности НАД+-формиатдегидрогеназы. Разработана система олигонуклеотидных праймеров для синтеза и последующего секвенирования участка гена НАД+-формиатдегидрогеназы.

Установлено, что новые штаммы A. plantiphilus Dau2, A. radicis VTT и A. crimeensis бх-1"1, выделенные из ризосферы и филлосферы растений, являются фитосимбионтами и стимулируют рост гнотобиотических растений, синтезируя индолы, сидерофоры и солюбилизируя труднорастворимые фосфаты.

Полученные данные позволили провести ревизию и значительно расширить представления о многообразнообразии видов бактерий рода Ancylobacter.

Научно-практическое значимость работы

Выделены и детально охарактеризованы пять новых видов рода Ancylobacter, которые представлены в двух международных коллекциях и доступны мировому научному сообществу для проведения фундаментальных и прикладных исследований. Установлены последовательности нуклеотидов гена 16S рРНК у 5 новых изолятов, а также полные нуклеотидные последовательности геномов 9 видов бактерий рода Ancylobacter; полученные данные депонированы в базе NCBI GenBank. Создана с помощью MALDI-TOF/MS-анализа база данных белковых профилей типовых представителей рода Ancylobacter, показано высокая разрешающая способность этого метода для межвидовой дифференциации представителей рода Ancylobacter. Сформирован комплекс экспресс-методов, позволяющих осуществлять видовое дифференцирование штаммов рода Ancylobacter до проведения секвенирования генома.

Показано, что новые штаммы метилотрофных бактерий перспективны как деструкторы токсичных С1-соединений, а также в качестве фитосимбионтов для нужд агробиотехнологии.

Методология и методы исследования

Диссертационная работа выполнена на современном оборудовании с использованием классических и современных методов микробиологии, молекулярной биологии и биохимии

Положения, выносимые на защиту

1. Методами полифазной таксономии установлено таксономическое положение 9 новых изолятов, которые описаны как новые виды рода Ancylobacter - A. (штамм F30LT), A. plantiphilus (штаммы и Dau2), A. mosсoviensis (штаммы 3^, 1А и 8Р), A. radicis (штаммы VTT и ML), A. crimeensis (штамм 6x-1T).

2. На основании обобщения физиолого-биохимических и хемотаксономических характеристик, филогенетического и филогеномного анализов роды Starkeya, Angulomicrobium и Methylorhabdus реклассифицированы и предложено исправленное описание рода Ancylobacter.

3. Методы MALDI-TOF/ MS и филогенетический анализ функциональных генов НАД+-ФДГ позволяют проводить деффиренциацию изолятов Ancylobacter на уровне вида, а RAPD-aнализ выявить генотипические отличия между штаммами.

4. Штаммы A. plantiphilus Dau2, A. radicis VTT и A. crimeensis бх-1"1 являются фитосимбионтами и стимулируют рост гнотобиотических растений.

Личный вклад автора

Личный вклад автора состоял в поиске и анализе литературных источников по теме работы, участии в планировании и постановке конкретных задач диссертации, осуществлении экспериментальной части исследования, в обсуждении результатов, подготовке публикаций и докладов.

Степень достоверности результатов и апробация работы

Все полученные результаты являются оригинальными, их достоверность обусловлена большим объемом полученных данных, воспроизводимостью результатов в повторностях, использованием современных общепринятых экспериментальных методик, актуальными методами анализа, а также сопоставлением полученных данных с результатами других исследований. Степень достоверности подтверждается опубликованными по теме работы статьями в ведущих рецензируемых отечественных и зарубежных научных журналах.

Основные результаты диссертационной работы представлены на международных и всероссийских конференциях: 21, 22 и 23-й Международных школах-конференциях молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2017, 2018, 2019); V, VI, VII, VIII Пущинской школе-конференции ИБФМ РАН «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов»

(Пущино, 2018, 2019, 2021, 2022), Всероссийской научной молодежной конференции «Геномика и биотехнология микроорганизмов» (Владивосток, 2022), III Пущинской школе-конференции молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии, микробное разнообразие» (Пущино, 2023).

Публикации

По материалам диссертации опубликовано 14 печатных работ, из них 5 статей в рецензируемых научных изданиях, индексируемых в базах данных (Web of Science, Scopus) и рекомендованных ВАК при Минобрнауки РФ для защиты кандидатских диссертаций.

Структура и объем диссертации

Диссертация состоит из разделов «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы исследования», «Результаты исследований и их обсуждение», «Заключение», «Выводы», «Список сокращений», «Список используемой литературы» и «Список работ, опубликованных по теме диссертации», «Приложение 1», «Приложение 2». Объем диссертации составляет 106 страниц машинописного текста. Работа содержит 12 таблиц и 23 рисунка. Список цитируемой литературы включает 166 источников, из которых 148 - публикации в иностранных изданиях.

Место проведения работы

Работа выполнена на базе Института биохимии и физиологии микроорганизмов имени Г. К. Скрябина РАН - обособленного подразделения Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук» в лаборатории радиоактивных изотопов.

Благодарности

Автор искренне благодарен своему научному руководителю д.б.н. Н.В. Дорониной за предоставленную тему, ценные советы и неоценимую помощь на всех этапах выполнения работы, а также коллективу лаборатории радиоактивных изотопов за практическую помощь в освоении методов и интерпретации результатов.

Огромную признательность автор выражает к.б.н. Е.Н. Капаруллиной и к.б.н. Н.В. Агафоновой за постоянное содействие в работе, замечания и моральную поддержку.

Особую благодарность автор выражает сотрудникам лаборатории цитологии микроорганизмов (ИБФМ РАН, Пущино) к.б.н. В.Н. Поливцевой, к.б.н. А.В. Мачулину и к.б.н. Т.Н. Абашиной за проведение микроскопических исследований, к.б.н. А.А. Новикову и Д.С. Копицину РГУ нефти и газа (НИУ) имени И. М. Губкина, Москва) за определение

8

жирнокислотного состава клеток, к.б.н. Е.Н. Детковой (ИНМИ РАН, Москва) за проведение ДНК-ДНК гибридизации, н.с. Н.В. Присяжной (ИБФМ РАН, Пущино) за проведение MALDI-TOF/MS анализа, к.б.н. Д.С. Груздеву ^аВеаг Ои, Таллинн, Эстония) за помощь в секвенировании геномов и анализе геномных данных.

Отдельную благодарность автор выражает своим родным - И.И. Белову, Н.Б. Чемодуровой, И.В. Зудиной, а также друзьям за всестороннюю поддержку.

Работа выполнена в рамках заданий Министерства науки и высшего образования Российской Федерации, а также при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ) 16-04-00381_а и Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (грант № 075-15-2021-1051).

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. 1 Аэробные метилотрофные бактерии как уникальная группа прокариот

Аэробные метилотрофные бактерии (метилотрофы) - это крупная, физиологически и таксономически гетерогенная группа бактерий, которые в качестве источника углерода и энергии используют окисленные и замещенные производные метана (Троценко и др., 2010).

Уникальность этой группы бактерий состоит в способности синтезировать все клеточные компоненты из С1-соединений и их активном участии в поддержании экологического баланса нашей планеты. Метилотрофы встречаются в самых различных природных и антропогенных экосистемах, в том числе, экосистемах с экстремальными значениями солености, температуры и pH. В современных исследованиях биогеохимических процессов эти организмы занимают особое место благодаря их непосредственному участию в круговороте биогенных макроэлементов (С, N, P). Занимая одно из ключевых мест в цепи метаболических превращений летучих С1-соединений, они являются своеобразным биофильтром и снижают риск истощения озонового слоя нашей планеты (Троценко и др., 2010).

До середины 60-70-х годов прошлого столетия знания об этих уникальных микроорганизмах были весьма ограниченными. Выделенный на среде с метанолом в конце XIX века первый штамм розовоокрашенных палочковидных бактерий Pseudomonas sp. AM1 вскоре после открытия был утерян, и лишь позднее описан как Methylorubrum extorquens AM1 (Peel, Quayle, 1961; Green, Ardley, 2018).

Внимание к метилотрофам значительно возросло во второй половине прошлого века в связи с их потенциальным использованием в биосинтезе, биодеградации и биодетекции. В развитие такого научного направления, как метилотрофия, огромный вклад внесли J.R. Quayle, L. Zatman, C. Anthony, M. Linstrom и С. Marell, описавшие новые ферменты и гены, обслуживающие пути С1-метаболизма. В нашей стране в Институте биохимии и физиологии микроорганизмов имени Г.К. Скрябина РАН трудами исследовательской группы под руководством Ю.А. Троценко были сформулированы современные представления об уникальной биосферной роли, структурно-функциональном и таксономическом разнообразии аэробных метилотрофов, а также разработаны новые технологии биосинтеза широкого спектра продуктов из метана и метанола (ферменты, биостабилизаторы, экзополисахариды и др.), предложены и успешно испытаны методы биодеградации многих высокотоксичных одноуглеродных соединений.

В настоящее время в различных экосистемах мира обнаружено множество метилотрофов, отличающихся по морфологии, филогенетическому положению и биотехнологической значимости, в связи с чем крайне востребованы исследования их

таксономического и структурно-функционального разнообразия. Однако данные микроорганизмы вызывают интерес не только у микробиологов и исследователей смежных специальностей, но и у целого круга специалистов других областей знания с точки зрения решения практических задач в биотехнологии, медицине и сельском хозяйстве.

1.2 Аэробные метилотрофные бактерии и их метаболизм 1.2.1 Процессы окисления С1-соединений

Метилотрофные микроорганизмы в качестве источника углерода и энергии способны использовать С1-соединения.

Окисление метанола. В клетках метилотрофных бактерий, осуществляющих окисление метанола до формальдегида, действует уникальный фермент - метанолдегидрогеназа (МДГ). У грамположительных метилотрофов НАД (Ф)+-зависимая МДГ находится в цитоплазме клеток (ИЫ й а1., 2011), тогда как у грамотрицательных - в периплазме, где кофактором служит пирролохинолинхинон (Р00) (Рисунок 1) (Бкоугаи й а1., 2019).

Рисунок 1 - Структурная формула кофактора метанол - и метиламиндегидрогеназ-пирролохинолинхинона (PQQ): а) восстановленная форма - РООШ и б) окисленная форма

- Р00.

Метанолдегидрогеназа классического типа образует а2в2-тетрамерную структуру (Рисунок 2). Эта структура включает в себя две большие субъединицы, каждая из которых имеет массу 60-67 кДа, а также две меньшие субъединицы с массой 8,5 кДа. Кроме того, структура содержит две молекулы пирролохинолинхинона (PQQ) и один атом кальция Ca+2. Ген mxaF, кодирующий большую субъединицу МДГ, отличается высокой степенью консервативности. Разработанные праймеры позволяют обнаружить этот ген у таксономически разнообразных метилотрофных бактерий и его секвенирование использовать в геносистиматике метилотрофов (McDonald, Murrel, 1997). Секвенирование геномов метилотрофных бактерий выявило еще один тип PQQ-M^-XoxF, имеющий менее чем 50 % сходства с белками MxaF (Chistоserdоva et al., 1998).

Рисунок 2 - Структура а-субъединицы PQQ-зависимой МДГ (Р-структуры, состоящие из 4 антипараллельных нитей, образуют «лопасти пропеллера», но не участвуют в связывании

молекулы PQQ).

В 2011 году впервые опубликованы данные, свидетельствующие о том, что причиной слабой экспрессии и низкой каталитической активности XoxF-МДГ по отношению к метанолу в лабораторных условиях является отсутствие в обычных средах для культивирования редкоземельных элементов - лантаноидов (лантана, церия, празеодима или неодима), ионы которых белок XoxF связывает в активном центре предпочтительнее, нежели Ca2+ (Hibi et al., 2011). Открытие биологической роли редкоземельных элементов имеет большое потенциальное значение для всех областей биологии, поскольку они, несмотря на свое название, достаточно часто встречаются в земной коре и могут быть необходимы для функционирования целого ряда пока неизвестных ферментов и белков. Добавление лантаноидов в среды культивирования позволило существенно расширить спектр метилотрофов, выделяемых из природных местообитаний, и перевести некоторые некультивируемые штаммы в разряд культивируемых. Выявление Ln-зависимой XоxF-МДГ уже привело к качественному скачку в исследовании метилотрофных сообществ. Таким образом, периплазматическая PQQ зависимая XoxF-M,nr оказалась первым в истории ферментом, для которого была доказана зависимость от лантаноидов, ранее считавшихся биологически инертными вследствие своей низкой биодоступности (Chistоserdоva et al., 2011).

В настоящее время проложен путь к новым открытиям, связанным с биохимическим использованием этих элементов, позволяющим культивировать организмы, которые ранее считались некультивируемыми (Pol et а1., 2014; Skovran and Martinez-Gomez, 2015; Del Rocío Bustillos-Cristales et al., 2017; Howat et al., 2018).

Окисление триметиламина. Обнаружены два способа окислительного деалкилирования триметиламина до формальдегида и диметиламина: оксигеназный и дегидрогеназный.

(СНз)зК + О2 + НАДФН + Н+ ^ (СНз)зКО + НАДФ+ + Н2О.

Продукт монооксигеназной реакции ^окись триметиламина диметилируется без окисления альдолазой (деметилазой) ^окиси триметиламина с образованием диметиламина и формальдегида:

(СИз)зКО ^ (СНз)2^Н + СН2О.

Другой путь окисления третичных аминов обнаружен у различных штаммов родов Нур^т1сгоЫит, В^^Ьа^вг, Xanthobacter, Мв^у1орИа. Триметиламин непосредственно деметилируется дегидрогеназой третичного амина, использующей ФМС в качестве акцептора электронов:

(СНз)зК + Н2О + ФМС^ (СНз)2^Н + СН2О + ФМСН2

Окисление диметиламина. У всех ранее исследованных бактерий диметиламин окисляется в аэробных условиях монооксигеназой, использующей НАДФН или НАДН в качестве доноров электронов. Продуктами реакции являются метиламин и формальдегид: (СНз)2^Н + НАД(Ф)Н + Н+ + О2 ^ СНз № + СН2О + НАД(Ф)+ + Н2О

Окисление метиламина осуществляется посредством дегидрогеназы, аминоксидазы или ферментов N-метилглутаматного пути.

Метиламиндегидрогеназа (МАДГ, К.Ф. 1.4.99.3) - первый хинопротеин, природа которого была определена рентгеноструктурным анализом, является а2р2 гетеротетрамером (м.м. мономеров 40 и 13 кДа) с триптофантриптофилхиноном (TTQ) в качестве простетической группы (Рисунок 3).

Используя в качестве акцепторов электронов ФМС и другие красители, этот периплазматический фермент катализирует реакцию:

СНз№ + Н2О + ФМС ^ НСНО + № + ФМСН2.

Геномика ферментов прямого окисления метиламина - метиламиндегидрогеназы (МАДГ) и моноаминоксидазы (МАО) изучена детально, для МАДГ идентифицирован кластер даaw-гeнов.

Рисунок 3 - Структуры окисленного (а) и восстановленного (б) TTQ

Окисление формальдегида. В результате окисления бактериями С1-соединений образуется токсичный ФА, который далее может окисляться циклическим (РМФ) и линейными (кофактор-зависимыми) путями: 1) НАД+-зависимой ФАДГ, стимулируемой GSH; 2) ФАДГ активной с ФМС; 3) тетрагидрофолат (ТГФ)-зависимое окисление; 4) тетрагидрометаноптерин (ТГМП)-зависимое окисление; 5) тиол (глутатион/микотиол)-зависимое окисление. Кроме циклического окисления СН2О в РМФ-пути и микотиол-зависимого окисления СН2О, все эти пути ведут к окислению СН2О до СО2 через формиат.

На Рисунке 4 представлены структурные формулы упомянутых кофакторов.

Рисунок 4 - Структурные формулы кофакторов, участвующих в С1-метаболизме аэробных метилотрофных бактерий: а) тетрагидрофолат (ТГФ, Н^); б) дефосфотетрагидрометаноптерин (ТГМП, Н4МРТ); в) восстановленный глутатион г) микотиол (Му8Н)

На рисунке 5 представлено циклическое окисление фомальдегида до СО2. Цепь реакций, катализируемая гексулозофосфатсинсинтазой и изомеразой 3-гексулозо-6-фосфата, изомеразой

фруктозо-6-фосфата и дегидрогеназами глюкозо-6-фосфата и 6-фосфоглюконата, завершается образованием СО2 и 2 молями НАДФН2 и восстановлением рибулозо-5-фосфата.

Окисление формиата до СО2 - это завершающая стадия цепи реакций прямого С1-окисления у метилотрофов. Оно сопряжено восстановлением НАД+ до НАДН и катализируется НАД+-формиатдегидрогеназой (НАД+-ФДГ). Следут отметить, что НАД+-ФДГ чаще встречается у метилотрофов, реализующих рибулозобисфосфатный (РБФ) цикл С1-ассимиляции, и локализована в цитоплазме клеток (Троценко и др., 2010).

Гпюкозофосфатизомераза Рисунок 5 - Диссимиляционный РМФ-цикл окисления формальдегида.

Известно, что аминокислотные последовательности НАД+-ФДГ довольно консервативны и уровень их сходства у разных организмов составляет ~ 50 %, а у растений эти ферменты имеют до 80 % идентичности (Hatrongjit, Packdibamrung, 2010; Alekseeva et al., 2011).

ФДГ принадлежат к суперсемейству D-специфичных дегидрогеназ 2-оксикислот, не содержащих ионов металлов или простетических групп в активном центре и обладающих высокой специфичностью как к НАД+, так и к иону формиата. Установлено, что ФДГ большинства бактерий, дрожжей и растений формируют димеры из двух идентичных субъединиц с массой от 35 до 50 кДа. У метилотрофных бактерий обнаружена трехмерная структура НАД+-ФДГ, которая наиболее подробно изучена у представителей вида Pseudomonas sp. 101 (Рисунок 6).

Рисунок 6 - Апо-форма (А) и холо-форма (Б) формиатдегидрогеназы из метилотрофных

бактерий Pseudomonas sp. 101. Синим цветом показаны молекулы НАД+, желтым - молекулы азида.

1.2.2 Пути ассимиляции С1-соединений

Аэробные метилотрофные бактерии используют три основные циклические пути для ассимиляции С1-соединений: рибулозомонофосфатный (РМФ), сериновый и рибулозобисфосфатный (РБФ). Кратко рассмотрим каждый из них.

Рибулозомонофосфатный цикл. Ключевой реакцией РМФ-пути является альдольная конденсация ФА и рибулозо-5-фосфата с образованием 3-гексулозо-6-фосфата (Рисунок 7).

Рисунок 7 - Рибулозомонофосфатный путь Ci-ассимиляции.

Под действием фосфогексулозоизомеразы (ФГИ) этот нестабильный продукт быстро изомеризуется во фруктозо-6-фосфат:

Специфические ферменты гексулозофосфатсинтаза (ГФС) и фосфогексулозоизомераза (ФГИ) катализируют образование С-С связей и фосфогексоз. У метилотрофов ГФС является моно- или гомодимером (32 - 47 кДа), а ФГИ - гомодимер (~ 40 кДа), кодируемые спаренными генами hps и hpi соответственно.

РМФ-путь С1-ассимиляции осуществляется посредством образования трех молекул фруктозо-6-фосфата с последующим их превращением в две молекулы триозы. Далее происходит восстановление трех молекул первичного акцептора рибулозо-5-фосфата. Однако, наряду с этим, возможны два варианта с участием транскетолазы, рибозо-5-фосфатизомеразы и рибулозо-5-фосфатэпимеразы.

Рибулозобисфосфатный путь был впервые обнаружен и описан у Pseudomonas oxilaticus (Muller et al., 1978). Как оказалось, факультативные метилотрофы способны последовательно окислять С1-соединения до СО2, который потом фиксируется в реакции карбоксилирования рибулозо-1,5-бисфосфата с образованием 3-фосфоглицерата. Данные превращения обслуживаются ферментами фосфорибулокиназой

рибулозобисфосфаткарбоксилазой (РБФК/О или РубисКО) (Рисунок 8).

и

Рисунок 8 - Рибулозобисфосфатный путь автотрофной ассимиляции СО2.

В том случае, если РБФК/О действует как оксигеназа, то образуются фосфоглицерат и фосфогликолат:

Далее фосфогликолат может превращаться через глиоксилат в глицин и затем в серин. На рисунке 9 представлен циклический сериновый путь, итогом которого является синтез ацетил-КоА из двух молекул формальдегида и одной молекулы СО2.

ADP+Pi ATP MAD

Рисунок 9 - Сериновый цикл.

Основное отличие серинового цикла от других альтернативных путей Ci-ассимиляции состоит в том, что в результате превращений промежуточными продуктами являются карбоновые кислоты и аминокислоты, а специфическими ферментами -сериноксиметилтрансфераза (GlyA), малил-КоА-лиаза, оксипируватредуктаза, серинглиоксилатаминотрансфераза (СГАТ) и глицераткиназа. При сравнении серинового пути и РБФ-цикла с точки зрения эргономичности, первый является менее энергоемким, поскольку синтез фосфотриоз в нем происходит из двух молекул ФА и одной молекулы СО2, тогда как Ci-ассимиляция в РБФ-цикле осуществляется из СО2 с серьезной затратой АТФ и восстановителей.

У некоторых метилотрофов, имеющих изоцитратлиазу, ассимиляция Ci-соединений осуществляется по изоцитратположительному (ицл+ ) варианту серинового пути (Рисунок 10 а).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Белова Алина Александровна, 2024 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Агафонова Н. В., Капаруллина Е. Н., Доронина Н. В., Троценко Ю. А. Фосфатсолюбилизирующая активность метилобактерий // Микробиол. - 2014. - Т. 83. - № 1. - С. 28-32.

2. Агафонова Н. В., Капаруллина Е. Н., Доронина Н. В. Биогеография и молекулярно-генетический полиморфизм бактерий рода Methylopila, выделенных из различных климатических зон // Известия ТулГУ. Естественные науки, Тула. -2019. - Вып. 3. - С. 79-93.

3. Агафонова Н. В., Капаруллина Е. Н., Доронина Н. В., Троценко Ю. А. Methylopila turkiensis sp. nov. - новый аэробный факультативный метилотрофный фитосимбионт // Микробиол. - 2017. - Т. 84. - № 4. - С. 456.

4. Белова А. А., Агафонова Н. В., Капаруллина Е. Н., Груздев Д. С., Копицын Д. С., Мачулин А. В., Доронина Н. В. Ancylobacter crimeensis sp. nov. - новый вид аэробных метилотрофных бактерий, выделенных из филлосферы дуба // Микробиол. - 2023. - Т.92. - № 5. - С. 1-12.

5. Дегтева Г. К., Беляева Е. В., Ермолина Г. Б. Значение хемотаксономических исследований нижегородского НИИ эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной в современной микробиологии // Вестник Нижегородского университета им. Н.И. Лобачевского. Серия Биология. Изд-во ННГУ, Нижний Новгород. - 2001. - №1. - С. 8-11.

6. Дегтярев А. П. Фосфор в биосфере и для человечества: на пороге глобального голода // Биосфера. - 2023. - Т. 15. - № 3. - С. 167-183.

7. Доронина Н. В., Говорухина И. И., Лысенко A. M., Троценко Ю. А. Анализ ДНК-ДНК гомологии у облигатно-метилотрофных бактерий // Микробиол. - 1988. - Т. 57. - №4. - С. 629-633.

8. Доронина Н. В., Федоров Д. Н., Шахсаидов М. В., Понаморева О. Н. Стимуляция роста и морфогенеза растений in vitro ассоциативными аэробными метилотрофными бактериями Methylobacterium extorquens D10, образующими цитокинины, ауксины и витамин B12 // Известия ТулГУ. Естественные науки, Тула. - 2010. - Вып. 1. - С. 215-225.

9. Доронина Н. В., Торгонская М. Л., Федоров Д. Н., Троценко Ю. А. Аэробные метилобактерии - перспективные объекты современной биотехнологии (обзор) // Прикл. биохим. и микробиол. - 2015. - Т. 51. - № 2. - С. 111-121.

10. Методы общей бактериологии: Пер. с англ. / Под ред. Ф. Герхардта и др. // М.: Мир. - 1984. - 264 с.

11. Нгуен В. Ж., Ле Д. Т., Фам Х. Х., Пыльнев В. В., Попченко М. И. Выделение эффективных штаммов эндофитных бактерий из корней растений чайного куста (<Camellia sinensis (L.) Kuntze) // ВЗ. - 2020. - №4. - С. 40-46.

12. Перт С. Д. Основы культивирования микроорганизмов и клеток / Под ред. И. Л. Работновой. Издательство «Мир». - М.: 1978. - 333 с.

13. Росс Д. В., Сузина Н. Е., Гафаров А. Б., Мачулин А. В., Есиковаа Т. З., Шорохова А. П., Дуда В. И., Боронин А. М. Характеристика ультрамелких бактерий рода Chryseobacterium FM1 и FM2, выделенных с кожных покровов шпорцевой лягушки Xenopus laevis // Микробиол. - 2019. - Т. 88. - № 2. - С. 184-196.

14. Троценко Ю. А., Доронина Н. В., Торгонская М. Л. Аэробные метилобактерии // Пущино: ОНТИ ПНЦ РАН. - 2010. - 325 с.

15. Троценко Ю. А., Торгонская М. Л. Аэробные метилотрофы - перспективные объекты современной биотехнологии // Журнал СФУ. Биология. - 2012. №3. - С. 243-279.

16. Федоров Д. Н., Доронина Н. В., Троценко Ю. А. Фитосимбиоз аэробных метилобактерий: новые факты и гипотезы // Микробиол. - 2011. - Т. 80. - № 4. - С. 435-446.

17. Чемодурова А. А., Решетников А. С., Агафонова Н. В., Доронина Н. В. Гены, кодирующие НАД+-зависимые формиатдегидрогеназы, в таксономии аэробных метилотрофных бактерий рода Ancylobacter //Микробиол.- 2023. - Т.92. - № 1. -С. 98-102.

18. Чемодурова А. А., Капаруллина Е. Н., Мачулин А. В., Бршег C., Lang E., Доронина Н. В. Ancylobacter lacus Бр.поу. и Ancylobacter plantiphilus Бр. nov.-новые аэробные факультативно-метилотрофные бактерии, использующие метанол // Микробиол. - 2020. - T. 89. - № 1. - C. 42-51.

19. Agafonova N., КарагцШпа E., Trotsenko Y., Doronina N. Ancylobacter sonchi Бр. nov., а novel шеШу^горЫс bacterium from roots of Sonchus arvensis L. // Int J Syst Evol Microbiol. - 2017.- V. 67. - P.4552-4558.

20. Agafonova N. V., Belova A. A., КаратПта E. N., Tarlachkov S. V., ^р^п D. S., Machulin A. V., Doronina N. V. Ancylobacter radicis sp.nov., a novel aerobic теШуЫшрЫс bacteria associated with рк^Б // Antonie van Leeuwenhoek. - 2023. -V. 116. - P. 855-866.

21. Alekseeva A. A., Savin S. S., Tishkov V. I. NAD+-dependent formate dehydrogenase from plants // Acta Naturae. - 2011. - V. 3. - №. 4 (11). - P. 38-54.

22. Anthony C., Zatman L. J. The microbial oxidation of methanol. The methanol-oxidizing enzyme of Pseudomonas sp. M27 // Biochem. J. - 1964. - V. 92. - P. 614-621.

23. Ashfaq M.Y., Da'na D.A., Al-Ghouti M.A. Application of MALDI-TOF MS for identification of environmental bacteria: A review // J Environ Manage. - 2022. -V. 305. - P. 1-24.

24. Atlas R. Handbook of Microbiological Media. Boca Raton, FL : CRC Press. - 1993.

25. Auch A. F., von Jan M., Klenk H.-P., Göker M. Digital DNA-DNA hybridization for microbial species delineation by means of genome-to-genome sequence comparison // Stand. Genomic Sci. 2010. - V. 2. - P. 117-134.

26. Aziz R. K., Bartels D., Best A. A., DeJongh M., Disz T. et al. The RAST server: rapid annotations using subsystems technology // BMC Genomics. - 2008. - V.9. - P. 1-15.

27. Baker J. C., Crumley R. E., Eckdahl T. T. Random Amplified Polymorphic DNA PCR in the Microbiology // Biochem. Mol. Biol. Education. - 2002. - V. 30. - № 6. - P. 394397.

28. Balachandar D., Raja P., Sundaram S.P. Genetic and metabolic diversity of pink-pigmented facultative methylotrophs in phyllosphere of tropical plants // Braz. J. Microbiol. - 2008. - V. 39. - P. 68- 73.

29. Banik A., Mukhopadhaya S. K., Dangar T. K. Characterization of N2- fixing plant growth promoting endophytic and epiphytic bacterial community of Indian cultivated and wild rice (Oryza spp.) genotypes // Planta. - 2016. - V. 243. - P. 799-812.

30. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A., Dvorkin M., Kulikov A., Lesin V., Nikolenko S., Pham S., Prjibelski A., Pyshkin A., Sirotkin A., Vyahhi N., Tesler G., Alekseyev M., Pevzner P. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. - 2012. - V. 19. - P.455-477.

31. Blackmore M. A., Quayle J. R. Microbial growth on oxalate by a route not involving glyoxylate carboligase // Biochem. J. - 1970. - V. 118. - P. 53-59.

32. Bolger A. M, Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. - 2014. - V.30. - №15. - P.2114-2120.

33. Bradford M. M. Rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding // Anal Biochem. - 1976. -V. 72. - P.248-254.

34. Camboum E. K. A., Tadra-Sfeir M. Z, de Souza E. M. , Pedrosa F. de O., Andrade P. P. Defluorination of sodium fluoroacetate by bacteria from soil and plants in Brazil // Sci World J. - 2012. - V. 2012. - P. 1-5.

35. Carls R.A., Hanson R.S. Isolation and characterization of tricarboxylic acid cycle mutants of Bacillus subtilis // J. Bacteriol. - 1971. - V. 106. - P. 848-855.

36. Cavalca L., Zanchi R., Corsini A., Colombo M., Romagnoli C., Canzi E., Andreoni V. Arsenic-resistant bacteria associated with roots of the wild Cirsium arvense (L.) plant from an arsenic polluted soil, and screening of potential plant growth-promoting characteristics // Systematic and Applied Microbiology. - 2010. - V. 33 (3). - P. 154164.

37. Chaumeil P.-A., Mussig A. J., Hugenholtz P., Parks D. H. GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database // Bioinformatics. - 2020. -V.36(6). - P. 1925-1927.

38. Chen I. A., Markowitz V. M., Chu K., Palaniappan K., Szeto E., Pillay M., Ratner A., Huang J., Andersen E., Huntemann M., Varghese N., Hadjithomas M., Tennessen K., Nielsen T., Ivanova N. N., Kyrpides N. C. IMG/M: integrated genome and metagenome comparative data analysis system // Nucleic Acids Res. - 2017. - V. 45. № D1. - P. D507- D516.

39. Chistoserdova L. Modularity of methylotrophy, revisited // Environ Microbiol. - 2011. -V. 13. - P.2603-2622.

40. Chistoserdova L., Vorholt J. A., Thauer R. K., Lidstrom M. E. C1 transfer enzymes and coenzymes linking methylotrophic bacteria and methanogenic archae // Science. - 1998. - V. 281. - P. 99 - 102.

41. Christensen H., Bisgaard M., Frederiksen W., Mutters R., Kuhnert P., Olsen J.E. Is characterization of a single isolate sufficient for valid publication of a new genus or species? Proposal to modify Recommendation 30b of the Bacteriological Code (1990 Revision) // Int J Syst Evol Microbiol. - 2001. - V. 51. - P. 2221-2225.

42. Chun J., Oren A., Ventosa A., Christensen H., Arahal D. R., da Costa M. S., Rooney A. P., Yi H., Xu X.-W., De Meyer S., Trujillo M. E. Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes // Int J Syst Evol Microbiol. -2018. - V. 68. - P. 461-466.

43. Claassen N., Jungk A., Bedeutung von Kaliumaufnahmerate, Würzelwachstum und Würzelhaaren für das Kaliumaneignungsvermtigen verschiedener Pflanzenarten // Zeitschrift für. Pflanzenernaehrung und Bodenkunde. - 1984. - V.147. - P. 276-289.

44. Cole J.R., Konstandinidis K., Farris R.J., Tiedje J.M. Microbial diversity and phylogeny: extending from rRNAs to genomes. In: Environmental molecular microbiology // W.-T. Liu, J.K. Jackson. - Norfolk: Caister Academic Press. - 2010. - P. 1-19.

45. Collins M. D. Analysis of isoprenoid quinines // Method Microbiol Ed Gottschalk G. N.Y.: Acad. Press. - 1985. - V. 18. - P. 329-366.

46. Criscuolo A. A fast alignment-free bioinformatics procedure to infer accurate distance-based phylogenetic trees from genome assemblies // Res Ideas Outcomes. - 2019. - V.5 :e36178 https://rioj ournal .com/article/36178/

47. Da Costa M. S., Albuquerque L., Nobre M. F., Wait R. The Identification of fatty acids in bacteria // Method Microbiol. - 2011. - V. 38. - P. 183-196.

48. De Ley J., Cattoir H., Reynaerts A. The quantitative measurement of DNA hybridization from renaturation rates // Eur J Biochem. - 1970. - V. 12. - P. 133-142.

49. Del Rocío Bustillos-Cristales M., Corona-Gutierrez I., Castañeda-Lucio M., Águila-Zempoaltécatl C., Seynos-García E., Hernández-Lucas I., Muñoz-Rojas J., Medina-Aparicio L., and Fuentes-Ramírez, L.E. Culturable facultative methylotrophic bacteria from the cactus Neobuxbaumia macrocephala possess the locus xoxF and consume methanol in the presence of Ce3+ and Ca2+ // Microbes Environ. - 2017. - V. 32. - P. 244-251.

50. Dixon G. H., Kornberg H. L. Assay methods for key enzymes of the glyoxylate cycle // Proceedings of the biochemical society. - 1959. - P. 3.

51. Doronina N. V, Kaparullina E. N, Trotsenko Yu. A. Methyloversatilis thermotolerans sp. nov., a novel thermotolerant facultative methylotroph isolated from a hot spring // Int J Syst Evol Microbiol. - 2014. - V. 64. - P.158-164.

52. Doronina N. V., Braus-Stromeyer S. A., Leisinger T., Trotsenko Y. A. Isolation and Characterization of a New Facultatively Methylotrophic Bacterium: Description of Methylorhabdus multivorans, gen. nov., sp. Nov // Systematic and Applied Microbiology. - 1995. - V. 18. - №1. - P.92-98.

53. Doronina N. V., Kaparullina E. N., Trotsenko Yu. A. The family Methylophilaceae / In: The Prokaryotes. Eds.: E. Rosenberg, DeLong E.F., Lory S., Stackebrandt E., Thompson F. // Berlin Heidelberg: Springer Verlag. - 2014. - P. 869-880.

54. Doronina N. V., Chemodurova A. A., Grouzdev D. S., Koziaeva V. V., Shi W., Wu L., Kaparullina E. N. Ancylobacter moscoviensis sp. nov., facultatively methylotrophic bacteria from activated sludge and the reclassification of Starkeya novella (Starkey 1934) Kelly et al. 2000 as Ancylobacter novellus comb. nov., Starkeya koreensis Im et

al. 2006 as Ancylobacter koreensis comb.nov., Angulomicrobium tetraedrale Vasil'eva et al. 1986 as Ancylobacter tetraedralis comb. nov., Angulomicrobium ammanitiforme Fritz et al. 2004 as Ancylobacter ammanitiformis comb. nov. // Antonie van Leeuwenhoek. - 2023. - V.116. - P. 153-170.

55. Doronina, N. V., Kaparullina, E. N., Trotsenko, Yu. A. Methylopila musalis sp. nov., an aerobic facultatively methylotrophic bacterium isolated from banana fruit // Int J Syst Evol Microbiol. - 2013. - V. 63. - P. 1847-1852.

56. Dreyfus B., Garcia J. L., Gillis M. Characterization of Azorhizobium caulinodans gen. nov., sp. nov., a stem-nodulating nitrogen-fixing bacterium isolated from Sesbania rostrata // Int J Syst Evol Microbiol. - 1988. - V. 38(1). - P. 89-98.

57. Egorov A.M., Avilova T.V., Dikov M.M., Popov V.O., Rodionov Y.V., Berezin I.V. NAD-dependent formate dehydrogenase from methylotrophic bacterium, strain 1: purification and characterization // Eur J Biochem. - 1979. - V. 99. - P. 569-576.

58. Elliot W. H., Kaplan N. O. In: Methods in Enzymol // Eds. Colowick S.P., Kaplan NO. N.Y.: Acad Press. - 1955. - V. 11. - P. 337.

59. Ferenci T., Strom T., Quayle J. R. Purification and properties of 3-hexulose phosphate synthase and phospho-3-hexuloisomerase from Methylococcus capsulatus // Biochem. J. - 1974. - V. 144. - P. 477- 486.

60. Filippova E. V., Filippova E. V., Polyakov K. M., Tikhonova T. V., Boiko K. M., Tishkov V. I., Popov V. O. Crystal structures of complexes of NAD+-dependent formate dehydrogenase from methylotrophic bacterium Pseudomonas sp. 101 with formate // Crystallography Reports. - 2006. - V. 51. №. 4. - P. 627-631.

61. Firsova J., Doronina N., Lang E., Spröer C., Vuilleumier S. et al. Ancylobacter dichloromethanicus sp. nov. - a new aerobic facultatively methylotrophic bacterium utilizing dichloromethane // Syst Appl Microbiol. - 2009. - V.32. - P.227-232.

62. Fritz I., Strömpl C., Abraham W-R. Phylogenetic relationships of the genera Stella, Labrys and Angulomicrobium within the 'Alphaproteobacteria' and description of Angulomicrobium amanitiforme sp. nov. // Int J Syst Evol Microbiol - 2004. - V. 54. -№3. - P.651-657.

63. Gordon S. A., Weber R. P. Colorimetric estimation of indoleacetic acid // Plant Physiol. - 1951. - V. 26. - P. 192-195.

64. Goris J., Konstantinidis K. T., Klappenbach J. A., Coenye T., Vandamme P., Tiedje J. M. DNA-DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities // Int J Syst Evol Microbiol. - 2007. - V. 57. - P. 81-91.

65. Green P. N., Ardley J. K. Review of the genus Methylobacterium and closely related organisms: a proposal that some Methylobacterium species be reclassified into a new genus, Methylorubrum gen. nov. // Int J Syst Evol Microbiol. - 2018. - V. 68. - P. 27272748.

66. Grouzdev D. S., Rysina M. S., Bryantseva I. A., Gorlenko V. M., Gaisin V. A. Draft genome sequences of 'Candidatus Chloroploca asiatica' and 'Candidatus Viridilinea mediisalina', candidate representatives of the Chloroflexales order: phylogenetic and taxonomic implications// Standards in Genomic Sciences. - 2018. - V. 13(1). - P.24.

67. Härtig C. Rapid identification of fatty acid methyl esters using a multidimensional gas chromatography-mass spectrometry database // Journal of chromatography A. - 2008. -V.1177. - P.159-169.

68. Hatrongjit R., Packdibamrung K. A novel NADP+-dependent formate dehydrogenase from Burkholderia stabilis 15516: screening, purification and characterization // Enzyme and microbial technology. - 2010. - T. 46. - №. 7. - P. 557-561.

69. Hibi Y., Asai K., Arafuka A., Hamajima M., Iwama T., Kawai K. Molecular structure of La3+ induced methanol dehydrogenase-like protein in Methylobacterium radiotolerans // J Biosci Bioeng 2011. - V. 111. - P. 547-549.

70. Hoang D. T., Chernomor O., von Haeseler A., Minh B. Q., Vinh L. S. UFBoot2: Improving the Ultrafast Bootstrap Approximation // Molecular Biology and Evolution. -2018a - V. 35 - № 2 - P. 518-522.

71. Hördt A., López M. G., Meier-Kolthoff J. P., Schleuning M., Weinhold L-M., Tindall B. J., Gronow S., Kyrpides N. C., Woyke T., Göker M. Analysis of 1,000+ type-strain genomes substantially improves taxonomic classification of Alphaproteobacteria // Frontiers in microbiol. -2020. - V. 11. P. 468.

72. Horneffer V., Haverkamp J., Janssen H.G. et al. MALDI-TOF-MS analysis of bacterial spores: Wet heat-treatment as a new releasing technique for biomarkers and the influence of different experimental parameters and microbiological handling // J Am Soc Mass Spectrom. - 2004. - V.15. - P.1444-1454.

73. Howat A. M., Vollmers J., Taubert M., Grob C., Dixon J.L., Todd J. D., Chen Y., Kaster A. K., and Murrell J. C. Comparative genomics and mutational analysis reveals a novel XoxF-utilizing methylotrophs in the Roseobacter group isolated from the marine environment // Front Microbiol. - 2018. - V. 9. - P. 766.

74. Im W-T., Aslam Z., Lee M., Ten L. N., Yang D-C., Lee S-T. Starkeya koreensis sp. nov., isolated from rice straw // Int J Syst Evol Microbiol. - 2006. - V.56. - №10. - P. 2409-2414.

75. Irgens R. L., Kersters K., Segers P., Gillis M., Staley J. T. Aquabacter spiritensis, gen. nov., sp. nov. an aerobic, gas-vacuolate aquatic bacterium // Archives of Microbiol. -1991. - V. 155(2). - P.137-142.

76. Johnson P. A., Quayle J. R. Microbial growth on C1-compounds. Oxidation of methanol, formaldehyde and formate by methanol-grown Pseudomonas AM1 // Biochem. J. - 1964. - V. 93. - P. 281- 290.

77. Kalyaanamoorthy S., Minh B. Q., Wong T. K. F., von Haeseler A., Jermiin L. S. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates // Nature Methods. - 2017. - V. 14(6). - P.587-589.

78. Kämpfer P., Glaeser S. P. 6 Prokaryote characterization and identification. In: The Prokaryotes, Prokaryotic biology and symbiotic associations // E. Rosenberg et al. -Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag. - 2013. - P. 123-147.

79. Kanehisa M., Sato Y., Kawashima M., Furumichi M., Tanabe M. KEGG as a reference resource for gene and protein annotation // Nucleic Acids Res. - 2016. - V. 44 (D1). -P.457 - 462.

80. Kappler U., Nouwens A. Metabolic adaptation and trophic strategies of soil bacteria -C1- metabolism and sulfur chemolithotrophy in Starkeya novella // Frontiers in Microbiology 4. - 2013.

81. Kelly D. P., McDonald I. R., Wood A. P. Proposal for the reclassification of Thiobacillus novellus as Starkeya novella gen. nov., comb. nov., in the alpha-subclass of the Proteobacteria // Int J Syst Evol Microbiol. - 2000. - V.50. - №5. - P.1797-1802.

82. Keltjens J. T., Pol A., Reimann J., Op den Camp H. J. PQQ-dependent methanol dehydrogenases: rareearth elements make a difference // Appl Microbiol Biotechnol. -2014. - V.98. - P. 6163-6183.

83. Kim M., Oh H.-S., Park S.-C., Chun J. Towards a taxonomic coherence between average nucleotide identity and 16S rRNA gene sequence similarity for species demarcation of prokaryotes // Int J Syst Evol Microbiol. - 2014. - V. 64. - P. 346-351.

84. Konstantinidis K. T., Rosello-Mora R., Amann R. Uncultivated microbes in need of their own taxonomy // The ISME journal. - 2017. - V. 11(11). - P. 2399-2406.

85. Konstantinidis K. T., Tiedje J. M. Genomic insights that advance the species definition for prokaryotes // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2005. - V. 102. - P. 2567-2572.

86. Konstantinidis K. T., Tiedje J. M. Towards a genome-based taxonomy for prokaryotes. // Bacteriol. - 2005. - V. 187. - P. 6258-6264.

87. Kornberg A., Horecker B. L. Glucose-6-phosphate dehydrogenase. // In: Methods in Enzymol. - 1955. - V. 1. - P. 323.

88. Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets // Molecular Biology and Evolution. - 2016. - V.33. -№7. - P. 1870-1874.

89. Kumar M., Tomar R.S., Lade H. et al. Methylotrophic bacteria in sustainable agriculture // World J Microbiol Biotechnol. - 2016. - V. 32. - № 120. https://doi.org/10.1007/s11274-016-2074-8

90. Lane D. J. 16S/23S rRNA sequencing. In Nucleic acid techniques in bacterial systematics. Eds.: Stackebrandt E., Goodfellow M. Chichester: John Wiley and Sons. -1991. - P.115-175.

91. Lang E., Swiderski J., Stackebrandt E., Schumann P., Spröer C. et al. Description of Ancylobacter oerskovii sp. nov. and two additional strains of Ancylobacter polymorphus// Int J Syst Evol Microbiol. - 2008. - V. 58. - P. 1997-2002.

92. Lapage S. P., Sneath P. H. A., Lessel E. F., Skerman V. B. D., Seeliger H. P. R., Clark W. A. International Code of Nomenclature of Bacteria (1990 Revision). Bacteriological Code // Washington DC: American Society for Microbiology. - 1992.

93. Lefort V., Desper R., Gascuel O. FastME 2.0: a comprehensive, accurate, and fast distance-based phylogeny inference program // Mol Biol Evol. - 2015. - V.32. - P. 2798-2800.

94. Letunic I., Bork P. Interactive tree of life (iTOL) v3: an online tool for the display and annotation of philogenetic and other trees // Nucl Acid Research/ - 2016. - V.44. - P. 242-245.

95. Li D., Liu C.M., Luo R., Sadakane K., Lam T.W. MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution forlarge and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph // Bioinformatics. - 2015. - V.31. - P. 1674-1676.

96. Lowry O. H., Rosebrough N. J., Farr A. L., Randall R. J. Protein measurement with the Folin phenol reagent // J Biol Chem. - 1951. - V. 193. - P. 265-275.

97. Lu P., Jin L, Liang B, Zhang J, Li S et al. Study of biochemical pathway and enzyme involved in metsulfuron-methyl degradation by Ancylobacter sp. XJ-412-1 isolated from soil // Curr Microbiol. - 2011. - V. 62. - P. 1718-1725.

98. Lugtenberg B., Kamilova F. Plant-Growth-Promoting Rhizobacteria // Annual Review of Microbiology. - 2009. - V.63. - P. 541-556.

99. Luo Ch., Rodriguez-R L. M., Konstantinidis K. T. MyTaxa: an advanced taxonomic classifier for genomic and metagenomic sequences // Nucleic Acids Research. - V. 42. -P. e73.

100. Marín P., Martirani-Von Abercron S. M., Urbina L., Pacheco-Sánchez D., Castañeda-Cataña M.A., Retegi A., Eceiza A., Marqués S. Bacterial nanocellulose production from naphthalene // Microbial Biotechnology. - 2019. - V. 12(4). - P. 662-676.

101. McDonald I. R., Murrell J. C. The methanol dehydrogenase structural gene mxaF and its use as a functional gene probe for methanotrophs and methylotrophs // Appl. Environ. Microbiol. - 1997. - V. 63. - P. 3218-3224.

102. McDonald I. R., Murrell J. C. The methanol dehydrogenase structural gene mxaF and its use as a functional gene probe for methanotrophs and methylotrophs // Appl Environ Microbiol. - 1997. - V. 63. - P. 3218-3224.

103. Medlar A. J., Toronen P., Holm L. AAI-profiler: fast proteome- wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination // Nucleic Acids Res. - 2018. - V. 46: - W479-W485.

104. Meers J. L., Tempest D. W., Brown C. M. Glutamine (amide): a-oxoglutarate aminotransferase oxidoreductase (NADP) an enzyme involved in biosynthesis of glutamate by some bacteria // J. Gen. Microbiol. - 1970. - V. 64. - P. 187-194.

105. Meier-Kolthoff J. P, Goker M. TYGS is an automatic high-throughput platform for state-of-the art genome-based taxonomy // Nature Communications. - 2019. - V. 10. - P. 3218-3224.

106. Meier-Kolthoff J. P., Auch A. F., Klenk H-P., Goker M. Genome sequence-based species delimitation with confidence intervals and improved distance functions // BMC Bioinformatics. - 2013. - V.14. - №1. - P.60.

107. Meier-Kolthoff J. P., Klenk H.-P., Goker M. Taxonomic use of DNA G+C content and DNA-DNAhybridization in the genomic age // Int J Syst Evol Microbiol. - 2014. - V. 64. - P. 352-356.

108. Muller U., Willnow P., Rusching U., Hopner T., Formate dehydrogenase from Pseudomonas oxalaticus //Eur JBiochem.- 1978. - V. 83. - P. 485-498.

109. Nanba H., Takaoka Y., Hasegawa J. Purification and characterization of formate dehydrogenase from Ancylobacter aquaticus strain KNK607M, and cloning of the gene // Bioscience, biotechnology, and biochemistry. - 2003. - V. 67. - №. 4. - P. 720-728.

110. Nguyen L-T., Schmidt H. A., von Haeseler A., Minh B. Q. IQ-TREE: A Fast and Effective Stochastic Algorithm for Estimating Maximum-Likelihood Phylogenies // Molecular Biology and Evolution. - 2015. - V. 32(1). - P. 268-274.

111. Nie W., Zheng X., Wang S., Ahmad I., Zhu B. Genome resource of Ancylobacter pratisalsi E130T: a novel plant-growth-promoting bacterium isolated from the rhizosphere. // Phytopathology. - 2022. - V. 112. - P. 729-731.

112. Oren A. The family Xanthobacteraceae // The Prokaryotes. - 2014.

113. Oren A., Arahal D. A., Göker M., Moore E. R. B., Rossello-Mora R., Sutcliffe I.C. (eds) International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2022 Revision) // Int J Syst Evol Microbiol. - 2023. - V.73. - P. 1-88.

114. 0rskov J. Beschreibung eines neuen Mikroben, Microcyclus aquaticus, mit eigentümlicher Morphologie // Zentrall Bakteriol Parasitenkd Infektionskr Hyg Abt I Orig. - 1928. - V.107. - P.180-184.

115. Peel B. D., Quayle J. R. Microbial growth on C1 compounds. Isolation and characterization of Pseudomonas AMI // Biochem J. - 1961. - V. 81. - P. 465-469.

116. Poroshina M. N., Doronina N. V., Kaparullina E. N., Kovalevskaya N. P., Trotsenko Y. A. Halophilic and halotolerant aerobic methylobacteria from the technogenic Solikamsk biotopes // Microbiology. - 2013. - V. 82. - P. 490-498.

117. Pol A., Heijmans K., Harhangi H. R., Tedesco D., Jetten M. S. M., Op den Camp H. J. M. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. -2007. - V. 450. P. 874- 878.

118. Qin Q. L., Xie B. B., Zhang X. Y., Chen X. L., Zhou B. C., Zhou J., Oren A., Zhang Y. Z. A proposed genus boundary for the prokaryotes based on genomic insights // J Bacteriol. - 2014. - V. 196. - P. 2210 - 2215.

119. Rainey F. A., Oren A. In: Taxonomy of Prokaryotes, 1st edition. Harwood C., Wipat A. Eds. // Meth Microbiol. - 2011. - V. 39. - P. 486.

120. Raj H. D. Proposal of Ancylobacter gen. nov. as a substitute for the bacterial genus Microcyclus 0rskov 1928// Int J Syst Bacteriol. - 1983. - V.33. - P.397-398.

121. Ramachandran A., Walsch D. A. Investigation of XoxF methanol dehydrogenases reveals new methylotrophic bacteria in pelagic marine and freshwater ecosystems // FEMS Microbiol. Ecol. - 2015. - V. 91. - P. fiv105.

122. Richter M., Rossello-Mora R. Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition // Proc Natl Acad Sci USA. - 2009. - V.106. - P.19126-19131.

123. Richter M., Rossello-Mora R. Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009. - V. 106. - P. 19126-19131.

124. Rodriguez-R L. M., Gunturu S., Harvey W. T., Rossello-Mora R., Tiedje J. M., Cole J. R., Konstantinidis K. T. The Microbial Genomes Atlas (MiGA) webserver: taxonomic and gene diversity analysis of Archaea and Bacteria at the whole genome level // Nucleic Acids Res. - 2018. - V. 46. - P. 282-288.

125. Rossello-Mora R., Amann R. Past and future species definitions for Bacteria and Archaea // Syst. Appl. Microbiol. - 2015. - V. 38. № 4. - P. 209-216.

126. Rosselló-Móra R., Amann R. The species concept for prokaryotes // FEMS Microbiol Rev. - 2001. - V. 25. - P. 39-67.

127. Sandrin T.R., Goldstein J.E., Schumaker S. MALDI TOF-MS profiling of bacteria at the strain level: A review // Mass Spectrom. Rev. - 2013. - V. 32. - № 3. - P. 188-217.

128. Sant'Anna F. H., Bach E., Porto R. Z., Guella F., Sant'Anna E. H. and Passaglia L. M. P.. Genomic metrics made easy: what to do and where to go in the new era of bacterial taxonomy // Critical Reviews in Microbiology. - 2019. - V. 45 (2). - P. 182200.

129. Schloss P.D., Girard R.A., Martin T., Edwards J., Thrash J.C. Status of the archaeal and bacterial census: an update // MBio. - 2016. - V. 7. - № 3. - P. e00201-16.

130. Schwyn B., Neilands J. B. Universal chemical assay for the detection & determination of siderophores // Analytical Biochemistry. - 1987. - V. 160. - P. 47-56.

131. Skovran E. and Martinez-Gomez N. C. Just add lanthanides // Science. - 2015. - V. 348 - P. 862-863.

132. Skovran E., Raghuraman Ch. and Martinez-Gomez N. C. Lanthanides in Methylotrophy // Curr Issues Mol Biol. - 2019. - V. 33 № 1 - P. 101-116.

133. Slobodkina G.B, Merkel A.Y, Novikov A.A, Bonch-Osmolovskaya E.A, Slobodkin A. I. Pelomicrobium methylotrophicum gen. nov., sp. nov. a moderately thermophilic, facultatively anaerobic, lithoautotrophic and methylotrophic bacterium isolated from a terrestrial mud volcano // Extremophiles. - 2020. - V. 24. - P.177-185.

134. Soria-Carrasco V., Valens-Vadell M., Pena A., Antón P., Amann R., Castresana J., Rosselló-Móra R. Phylogenetic position of Salinibacter ruber based on concatenated protein alignments // Syst Appl Microbiol. - 2007. - V. 30. - P. 171-179.

135. Stackebrandt E. and Ebers J. Taxonomic Parameters Revisited: Tarnished Gold Standards. //Microbiol today. - 2006. - V.33. - P. 152-155.

136. Stackebrandt E., Frederiksen W., Garrity G.M., Grimont P.A.D., Kämpfer P., Maiden M. C. J., Nesme X., Rosselló-Móra R., Swings J., Trüper H.G., Vauterin L., Ward A. C., Whitman W.B. Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology // Int J Syst Evol Microbiol. - 2002. - V. 52. - P. 1043-1047.

137. Stackebrandt E., Goebel B.M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology // Int J Syst Bacteriol. - 1994. - V. 44. - P. 846-849.

138. Stackebrandt E., Schüngel M., Martin D., Smith D. The microbial resource research infrastructure MIRRI: strength through coordination // Microorganisms. - 2015. - V. 3. -P. 890-902.

139. Starkey R. L. Cultivation of Organisms Concerned in the Oxidation of Thiosulfate // Journal of Bacteriology. - 1934. - V.28. - №4. - P.365-386.

140. Strand S. E., Dykeys J., Chiang V. Aerobic microbial degradation of glucoisosaccharinic acid // Appl Environ Microbiol. - 1984. - V.47. - P.268-271.

141. Suarez Ch., Ratering S., Spröer J., Schnell S. Ancylobacter pratisalsi sp.nov. with plant growth promotion abilities frrom the rhizosphere of Plantago winteri Wirtg // Int J Syst Evol Microbiol. - 2017. - V. 67. - P.4500-4506.

142. Sun L., Zhu S., Yang Z., Chen Q., Liu H., Zhang J., Hu G., Li S., Hong Q. Degradation of monocrotophos by Starkeya novella YW6 isolated from paddy soil // Environmental Science and Pollution Research. - 2016. - V. 23(4). - P. 3727-3735.

143. Suzuki K., Sasaki J., Uramoto M., Nakase T., Komagata K. Cryobacterium psychrophilum gen. nov., sp. nov., nom. rev., comb. nov., an obligately psychrophilic actinomycete to accommodate "Curtobacterium psychrophilum" Inoue and Komagata 1976 // Int J Syst Bacteriol. - 1997. - V. 47. - № 2. - P. 474-478.

144. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA 6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol Biol Evol - 2013. - V. 30. - P. 27252729.

145. Tani A., Sahin N., Matsuyama Y., Enomoto T., Nishimura N. High-throughput identification and screening of novel Methylobacterium species using Whole-Cell MALDI-TOF/MS analysis // PLoS ONE. - 2012. - V. 7. № 7. - P. e40784.

146. Tatusova T., DiCuccio M., Badretdin A., Chetvernin V., Nawrocki EP. et al. NCBI prokaryotic genome annotation pipeline// Nucleic Acids Res. - 2016. - V.44. - P. 66146624.

147. Taubert M., Grob C., Howat A.M., Burns O. J., Dixon J. L., Chen Y., Murrell J. C. XoxF encoding an alternative methanol dehydrogenase is widespread in coastal marine environments // Environ. Microbiol. - 2015. - V. 17. - P. 3937-3948.

148. Tindall B. J., Rossello-Mora R., Busse, H.-J., Ludwig W., Kämpfer P. Notes on the characterization of prokaryote strains for taxonomic purposes // Int J Syst Evol Microbiol. - 20106. - V. 60. - P. 249-266.

149. Tindall B.J., Kämpfer P., Euzeby J.P., Oren A. Valid publication of names of prokaryotes according to the rules of nomenclature: past history and current practice // Int J. Syst Evol Microbiol. - 2010a. - V. 60. - P. 249-266.

150. Trotsenko Yu. A. Reclassification of Methylarcula marina Doronina et al. 2000 as Paracoccus methylarcula nom. nov. // Microbiol. - 2020. - V. 89. - No. - 2. - P. 197204.

151. Trujillo M. E., Oren A. Avoiding 'salami slicing' in publications describing new prokaryotic taxa // Int J Syst Evol Microbiol. - 2018. - V. 68. - P. 977-978.

152. van den Wijngaard A. J., Prins J., Smal A. J., Janssen D. B. Degradation of 2-chloroethylvinylether by Ancylobacter aquaticus AD25 and AD27 // Appl Environ Microbiol. - 1993. - V. 59. - P.2777-2783.

153. van den Wijngaard A. J., van der Kamp K. W., van der Ploeg J., Pries F., Kazemier B., Janssen D. B. Degradation of 1,2-dichloroethane by Ancylobacter aquaticus and other facultative methylotrophs // Appl Environ Microbiol. - 1992. - V. 58. - P.976-983.

154. Varghese N. J., Mukherjee S., Ivanova N., Konstantinidis K. T., Mavrommatis K., Kyrpides N.C., Pati A. Microbial species delineation using whole genome sequences // Nucleic Acids Research. - 2015. - V. 43(14). - P. 6761-6771.

155. Vasil'eva L., Lafitskaya T., Namsaraev B. Angulomicrobium tetraedrale, a new genus of budding bacteria with radial cell symmetry // Microbiology (Russian). - 1979. - V.48. - P.1033-1039.

156. Vasilyeva L., Semenov A. M. Labrys monahos, a new budding prosthecate bacterium with radial symmetry // Mikrobiol. - 1984. - V. 53. - P. 85-92.

157. Vorholt J. A., Marx C. J., Lidstrom M. E., Thauer R. K. Novel formaldehyde-activating enzyme in Methylobacterium extorquens AM1 required for growth on methanol // J Bacteriol. - 2000. - V. 182. - P. 6645-6650.

158. Wang P., Sheng H., Hong Yi, Debnath S. Ch., Cen Yan, Li K., Chen G., Xu J., Wu F., Guo Zh., Zheng D. Ancylobacter gelatini sp. nov., isolated from beach sediment of Zhairuo Island,China // Archives of Microbiology. - 2022. - V. 204 № 7. - P. 430.

159. Wellner S., Lodders N., Glaeser S. P., Kämpfer P. Methylobacterium trifolii sp. nov. and Methylobacterium thuringiense sp. nov., methanol-utilizing, pink-pigmented bacteria isolated from leaf surfaces // Int J Syst Evol Microbiol. - 2013. - V. 63. - P. 2690-2699.

160. Wiegel J., Wilke D., Baumgarten J., Opitz R., Schlegel H. G. Transfer of the Nitrogen-Fixing Hydrogen bacterium corynebacterium autotrophicum Baumgarten et al. to Xanthobacter gen. nov. // Int J Syst Evol Microbiol. - 1978. -V. 28(4). - P. 573-581.

161. Wu L., Ma J. The Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain sequencing project: providing services to taxonomists for standard genome sequencing and annotation // Int J Syst Evol Microbiol. - 2019. - V.69. - №4. - P. 895-898.

162. Xin Y.H., Zhou Y.G., Chen W.X. Ancylobacterpolymorphus sp. nov. and Ancylobacter vacuolatus sp. Nov // Int J Syst Evol Microbiol. - 2006. - V. 56. - P.1185-1188.

163. Xin Y.H., Zhou Y.G., Zhou H.L., Chen W.X. Ancylobacter rudongensis sp. nov., isolated from roots of Spartina anglica // Int J Syst Evol Microbiol. - 2004. - V. 54. -P.385-388.

164. Yarza P., Yilmaz P., Pruesse E., Glöckner F.O., Ludwig W., Schleifer K.H., Whitman W.B., Euzeby J., Amann R., Rossello-Mora R. Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences // Nat Rev Microbiol. - 2014. - V. 12(9). - P.635-645.

165. Yoon S.H., Ha S.M., Kwon S., Lim J., Kim Y., Seo, H., Chun J. Introducing EzBioCloud: A taxonomically united database of 16S rRNA and whole genome assemblies // Int J Syst Evol Microbiol. - 2017. - V. 67. - № 5. - P. 1613-1617.

166. Yurimoto H.; Kato N.; Sakai Y. Assimilation, Dissimilation and Detoxification of Formaldehyde, a Central Metabolic Intermediate of Methylotrophic Metabolism // Chem Rec. - 2005. - V.5. - P. 367-375.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ Статьи в рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК для защиты

кандидатских диссертаций

1. Чемодурова А.А. (Белова А.А.), Капаруллина Е.Н., Мачулин А.В., Spröer C., Lang E., Доронина Н.В. Ancylobacter lacus sp.nov. и Ancylobacter plantiphilus sp. nov.- новые аэробные факультативно-метилотрофные бактерии, использующие метанол // Микробиология. - 2020. - T. 89. - № 1. - C. 42-51.

2. Doronina N.V., Chemodurova A.A. (Belova A. A.), Grouzdev D.S., Koziaeva V.V., Shi W., Wu L., Kaparullina E. N. Ancylobacter moscoviensis sp. nov., facultatively methylotrophic bacteria from activated sludge and the reclassification of Starkeya novella (Starkey 1934) Kelly et al. 2000 as Ancylobacter novellus comb. nov., Starkeya koreensis Im et al. 2006 as Ancylobacter koreensis comb.nov., Angulomicrobium tetraedrale Vasil'eva et al. 1986 as Ancylobacter tetraedralis comb. nov., Angulomicrobium ammanitiforme Fritz et al. 2004 as Ancylobacter ammanitiformis comb. nov. // Antonie van Leeuwenhoek - 2023. - V. 116. - P.153-170.

3. Чемодурова А.А. (Белова А.А.), Решетников А.С., Агафонова Н.В., Доронина Н. В. Гены, кодирующие НАД+-зависимые формиатдегидрогеназы, в таксономии аэробных метилотрофных бактерий рода Ancylobacter //Микробиология. - 2023. -Т.92. - № 1. - С. 98-102.

4. Agafonova N. V., Belova A.A., Kaparullina E.N., Tarlachkov S.V., Kopitsyn D.S., Machulin A.V., Doronina N.V. Ancylobacter radicis sp.nov., a novel aerobic methylotrophic bacteria associated with plants // Antonie van Leeuwenhoek. - 2023. - V. 116. - P. 855-866.

5. Белова А.А., Агафонова Н.В., Капаруллина Е.Н., Груздев Д.С., Копицын Д.С., Мачулин А.В., Доронина Н.В. Ancylobacter crimeensis sp. nov. - новый вид аэробных метилотрофных бактерий, выделенных из филлосферы дуба // Микробиология. - 2023. - Т.92. - № 5. - С. 1-12.

Публикации в сборниках трудов и материалов научных конференций

1. Чемодурова А.А. (Белова A.A.), Агафонова Н.В., Доронина Н.В. Ancylobacter

plantiphilus sp.nov.-новый метилотрофный фитосимбионт // Сборник тезисов 21-ой Международной Пущинской школы-конференции молодых ученых «Биология -наука 21 века». - Пущино. - 2018. - С. 323.

2. Чемодурова А. А (Белова A. A), Капаруллина Е.Н., Доронина Н.В. Ancylobacter lacus sp.nov. - новый вид аэробных метилотрофных бактерий из пресного озера //

Сборник тезисов V Пущинской школы-конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов». - Пущино. - 2018. - С.167-169.

3. Чемодурова А. А. (Белова A. A), Капаруллина Е.Н., Доронина Н.В. Ancylobacter crimeensis sp. nov. - новый вид аэробных метилотрофных бактерий, ассоциированных с филлосферой дуба пушистого // Сборник тезисов 21-ой Международной Пущинской школы-конференции молодых ученых «Биология -наука 21 века». - Пущино. - 2019. - C. 460.

4. Чемодурова А. А. (Белова A. A), Капаруллина Е.Н., Доронина Н.В. Новый вид аэробных метилотрофных бактерий рода Starkeya из активных илов // Сборник тезисов V Пущинской школы -конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов». - Пущино. - 2019. - С.48-50.

5. Чемодурова А.А. (Белова A.A), Решетников А.С., Доронина Н.В. «Функциональные» гены НАД (+) - зависимых формиатдегидрогеназ в таксономии метилотрофных бактерий рода Ancylobacter // Сборник тезисов VII Пущинской школы-конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов». - Пущино. - 2021. - С.105-106.

6. Капаруллина Е.Н., Чемодурова А.А. (Белова A.A), Агафонова Н.В., Доронина Н.В. Секвенирование генома и анализ путей первичного метаболизма метанола у нового представителя рода Ancylobacter // Сборник тезисов VII Пущинской школы-конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов». -Пущино. - 2021. - C.153-154.

7. Капаруллина Е.Н., Чемодурова А.А., Агафонова Н.В., Доронина Н.В. Новый вид аэробных метилотрофных бактерий из филлосферы дуба // Сборник тезисов Всероссийской научной молодежной конференции «Геномика и биотехнология микроорганизмов». - Владивосток. - 2022.- С. 19.

8. Белова А.А., Капаруллина Е.Н., Агафонова Н.В., Доронина Н.В. Новые подходы в идентификации бактерий рода Ancylobacter и реклассификация родов Starkeya, Angulomicrobium и Methylorhabdus // Сборник тезисов VIII Пущинской школы-конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов». -Пущино. - 2022. - С. 22-24.

9. Белова А.А., Доронина Н.В. Аэробные метилотрофные бактерии рода Ancylobacter как фитосимбионты растений // Сборник тезисов III Пущинской школы-конференции молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии, микробное разнообразие». - Пущино. - 2023. - С. 17-19. DOI: 10.34756/GE0S.2023.17.3875

ПРИЛОЖЕНИЕ 1

Исправленное описание рода Ancylobacter

Ancylobacter (An.cylo.bac'ter. Gr. masc. adj. anculos, изогнутый; N.L. masc. n. bacter, палочка; N.L. masc. n.. Ancylobacter, изогнутая палочка).

Клетки являются грамотрицательными, строго аэробными, в основном неподвижными. Не образуют спор, палочковидные, кокковидные, эллипсоидные или тетраэдрические, с радиальной симметрией, вариабельные по образованию капсул или газовых везикул.

Образуют колонии от белого до кремового цвета. Способны расти в диапазоне температур 10-45 °С (оптимальные температуры 22-37 °С) и рН 6,0-9,0 (оптимальное значение рН 6,8-8,0). Хемоорганотрофы (используют сахара, аминокислоты, соли органических кислот), некоторые из них хемолитотрофы (Н2), факультативные метилотрофы (использует метанол, формиат, метилированные амины). Не растут на метане. Некоторые представители этого рода могут использовать тиосульфат, тиоцианат или тетратионат в качестве источника энергии и являются факультативными хемолитоавтотрофами. Используют аммоний, нитраты или метилированные амины и некоторые аминокислоты в качестве источников азота. Дрожжевой экстракт или некоторые витамины (биотин, пантотенат) стимулируют рост. Обычно не гидролизуют крахмал и желатин. Оксидазо- и каталазоположительны.

В фосфолипидных профилях многих представителей обнаружены фосфатидилхолин, фосфатидилмонометилэтаноламин, фосфатидилглицерин, дифосфатидилглицерин и фосфатидилэтаноламин. Основными жирными кислотами клеток являются С18:1ю7е и С19:0 cyclo, а также, в незначительных количествах, С12:0, С16:0 и С18:0 жирные кислоты; некоторые штаммы содержат 3-ОН Сю:0 или 3-ОН C14:0. Основной убихинон - Q-10. Содержание Г+Ц пар в ДНК составляет 66,0-69,0 мол. %. Представители выделены из различных источников, включая пресную воду, донные отложения, засоленые почвы, сельскохозяйственные и загрязненные почвы, активные илы, а также ризосферу многих растений.

Типовой вид Ancylobacter aquaticus (0rskov 1928) Raj 1983, (a.qua'ti.cus L. прил. aquaticus, обитающий в воде).

Типовой штамм 0rskov = ATCC 25396T = CCUG 1820T = CCUG 30551T = DSM 101T = JCM 20518T = LMG 4052T = NBRC 102453T = ВКМ B-1287T встречается в пресной воде и почве. Размер генома - 4,8 млн п.н., содержание Г+Ц пар в ДНК - 67,0 %.

Описание Ancylobacter novellus comb. nov. Doronina et el., 2023

Ancylobacter novellus (no.vel'lus. L.. прил. novelus, новый).

Базоним: Starkeya novella (Starkey 1934) Kelly et al. 2000 (Thiobacillus novellus Starkey 1934).

Описание вида совпадает с описанием рода. Для хорошего роста на большинстве сyбстратов типовому штаммy требyется биотин; в некоторых слyчаях биотин можно заменить липоевой кислотой или коферментом А; для роста на метаноле требуется пантотенат или дрожжевой экстракт, но не биотин.

Типовой штамм ATCC 8G93T (=NCIMB 10456t=NCIMB 9113t =DSM 506t = IAM 12100T = IFO 12443T = CCM 1077T), выделен из почвы. Размер генома - 4,7 млн п.н., содержание Г+Ц пар в ДНК - 67,9 %.

Номер доступа GenBank/EMBL/DDBJ для генома - CP002026.

Описание Ancylobacter koreensis comb. nov. Doronina et el., 2023

Ancylobacter koreensis (ko.re.en'sis. N.L.fem.adj. koreensis, относящийся к Корее, место выделения микроорганизма).

Базоним: Starkeya koreensis Im et al. 2006.

Описание вида совпадает с описанием, предоставленным Im et al. (2006). Типовым штаммом является JipG8T (= KCTC 12212T = NBRC 100963T = IAM 15215T), выделен из рисовой соломы. Размер генома - 4,G млн п.н., содержание Г+Ц пар в ДНК - 6S,9 %. Номер доступа GenBank/EMBL/DDBJ для генома - JALKCG000000000.

Описание Ancylobacter tetraedralis comb. nov. Doronina et el., 2023

Ancylobacter tetraedralis (te.tra.e.dra'lis. греч. прил. tetraedros, имеющий четыре грани; прил. tetraedralis, тетраэдрический)

Базоним: Angulomicrobium tetraedrale Vasil'eva et al., 1986. Описание вида совпадает с описанием, представленным Vasil'eva et al. (1979, 2005).

Типовой штамм - Z-2S21T (= ВКМ B-1335T = DSM 5S95T) выделен из болотистой почвы. Размер генома - 5,0 млн п.н., содержание Г+Ц пар в ДНК - 67,6 % (геномные данные). Номер доступа GenBank/EMBL/DDBJ для генома - JACICD000000000.

Описание Ancylobacter amanitiformis comb. nov. Doronina et el., 2023

Ancylobacter amanitiformis (a.ma.ni.ti.for'mis. N.L. fem. n. Amanita, название рода грибов; L. adj. suff. -formis -is -e, -подобный, формы; N.L. masc прил amanitiformis формируется как поганка).

Базоним: Angulomicrobium amanitiforme Fritz et al. 2004

Описание вида совпадает с описанием, предоставленным Fritz et al. (2004). Типовой штамм - NCIMB 1785T (= DSM 15561T) выделен из пруда с пресной водой. Содержание Г+Ц пар в ДНК - 67,7 мол.% (Тпл.).

Номер доступа GenBank/EMBL/DDBJ для генома - JAUSVR000000000.

Описание Ancylobacter multivorans comb. nov. Doronina et el., 2023

Ancylobacter multivorans (mul.ti.vo'rans. L. masc. прил. multus, много; L. pres. part. vorans, пожирающий, поедающий; прил. multivorans, пожирающий многие соединения). Базоним: Methylorhabdus multivorans Doronina et al. 1995

Описание вида совпадает с описанием, предоставленным Doronina et al. (1995). Типовой штамм - DM13T (= ATCC 51890T = CIP 104898T = BKM B-2030T). Содержание Г+Ц пар в ДНК штамма DM13T составляет 66,2 мол. % (Tra).

ПРИЛОЖЕНИЕ 2

Диагнозы новых таксонов

Ancylobacter lacus (la'cus. L. masc. gen. n. lacus из озера, указывающий на источник выделения этого организма).

Грамотрицательные, неспорообразующие, неподвижные грушевидные клетки (1,0-1,5x2,0-2,2 мкм), размножаются бинарным делением. На минеральной агаризованной среде с метанолом колонии точечные, матовые, белые, с выпуклым профилем, гладкой поверхностью и однородной структурой.

Аэроб, образует каталазу, оксидазу и уреазу. Оптимально растет при 25-29 °C , pH 7,0-7,5 и 0,5 % (об./об.) метанола, в присутствии 0,05-1,5 % NaCl. Растет на глюкозе, лактозе, мальтозе, раффинозе, фруктозе, сукцинате натрия, манните, инозите, сорбите, DL-пролине, этаноле и метаноле. Слабо растет на ксилозе, сахарозе, малате, ацетамиде и №ацетил^-глюкозамине. Не обнаружен рост в атмосфере H2/O2/CO2, на дихлорметане, глюконате, арабинозе, а-кетоглутарате, формиате натрия, серине, метиламине, диметиламине, формальдегиде, диметилсульфоксиде и глицерине. В качестве источников азота использует соли аммония и нитраты. Синтезирует индолы из триптофана на среде, содержащей нитраты в качестве источников азота. Желатин не разжижает, не выделяет H2S. Образует ацетоин. Крахмал не гидролизует. Реализует рибулозобисфосфатный путь Ci-метаболизма. В ассимиляции NH4+ принимают участие глутаматдегидрогеназа и глутаматный цикл (глутаматсинтаза, глутаминсинтетаза). Клетки устойчивы к действию тетрациклина, стрептомицина, налидиксовой кислоты, пеницилина, линкомицина, хлоромфинекола. Чувствительны к новобиоцину, неомицину, эритромицину, гентамицину, канамицину. В жирнокислотном составе клеток преобладают Ci8:i«7c (91,6 %), Ci6:0 (2,4 %) и Ci8:0 (1,1 %) кислоты. Основной убихинон^ю. В фосфолипидном составе клеток преобладают фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, фосфатидилглицерин и дифосфатидилглицерин. Содержание Г+Ц пар в ДНК штамма F30LT составляет 67,5 мол. % (Тпл).

Типовой штамм F30LT (=ВКМ В-3280'^DSM 106439Т) изолирован из воды пресного озера г. Пущино (Московская область, Россия). Последовательность гена 16S рРНК штамма F30LT депонирована в GenBank под номером MK931436. Размер генома штамма F30LT - 4.6 млн п.н. Содержание Г+Ц пар в ДНК - 69,7 %. Полный геном штамма F30LT депонирован в GenBank под номером JAHBGE000000000.

Ancylobacter plantiphilus (plan.ti.phi'lus, L.n. planta, a plant; Gr. aji. philos, loving; M. L. masc. n. plantiphilus, plant-loving, живущий, растущий или находящийся на растениях).

Грамотрицательные, неспорообразующие, неподвижные короткие овоидные палочки (G,5-0,6*1,0-l,2 мкм), размножаются бинарным делением. На минеральной агаризованной среде с метанолом колонии точечные, непрозрачные, светло-бежевые, блестящие, круглые, с выпуклым профилем, гладкой поверхностью и однородной структурой.

Строгий аэроб, образует каталазу, оксидазу, уреазу. Оптимально растет при 2529 °C, pH 7,0-7,5 и G,5 % (об./об.) метанола, в присутствии G-0,5 % NaCl. Растет на арабинозе, глюкозе, ксилозе, лактозе, мальтозе, фруктозе, малате, манните, инозите, ацетамиде, аланине, диметилсульфоксиде, метаноле, метиламине, диметиламине, этаноле и глицерине. Не растет в атмосфере H2/O2/CO2, на сахарозе, дихлорметане, а-кетоглутарате и серине. В качестве источников азота использует соли аммония, нитраты, метиламин. Синтезирует индолы из триптофана на среде, содержащей нитраты в качестве источников азота. Желатин не разжижает, не выделяет сероводород. Не образует ацетоин. Крахмал не гидролизует. Реализует рибулозобисфосфатный путь С1-метаболизма. В ассимиляции NH4+ принимают участие глутаматдегидрогеназа и глутаматный цикл (глутаматсинтаза, глутаминсинтетаза). Клетки устойчивы к действию налидиксовой кислоты, пеницилина, линкомицина, эритромицина, хлорамфенекола. Чувствительны к тетрациклину, стрептомицину, новобиоцину, неомицину, канамицину, гентамицину. В жирнокислотном составе клеток преобладают Сш 1 m 7с (S2,6 %), С^ю^ cyclo (9,9 %) и Сш0 (5,4 %) кислоты. Основной убихинон^ю. В фосфолипидном составе преобладают фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, фосфатидилглицерин и дифосфатидилглицерин. Содержание Г+Ц пар в ДНК штамма 1ТСТ - 67,1 мол. % (Тпл).

Типовой штамм 1ТСТ (= ВКМ В-3219Т = DSM 10643S1) изолирован из ризосферы клевера белого (Trifolium repens L.), г. Москва (Россия). Последовательность гена 16S рРНК штамма 1ТСТ депонирована в GenBank под номером MK931437.

К данному виду относится также штамм Dau2, выделенный из ризосферы моркови дикой (Daucus carota L.) (= ВКМ В-3227 = CCUG71988). Последовательность гена 16S рРНК штамма Dau2 депонирована в GenBank под номером MG947384.

Ancylobacter moscoviensis (mos.co.vi.en'sis, L. adj. moscoviensis, назван по выделения).

Грамотрицательные, неспорообразующие, неподвижные короткие палочки (0,4-0,8^0,8-2,0 мкм), размножаются бинарным делением. На агаризованной минеральной среде с метанолом колонии белые, блестящие, непрозрачные, с выпуклым профилем и гладкой поверхностью, после 3-5 дней роста при 28 °С диаметр колоний <1 мм. Растет при 17-40 °С (оптимально 28-30 °С), при рН 6,0-8,5 (оптимально 6,8-7,5) и в присутствии 0-1,0 % NaCl (оптимально 0,1 %). Образует оксидазу и каталазу. Крахмал и твин не гидролизует, целлюлозу не разлагает, желатин не разжижает, нитраты не восстанавливает до нитритов, молоко не пептонизирует. Не образует H2S. Использует метанол в качестве единственного источника углерода и энергии. Реализует рибулозобисфосфатный путь Ci-метаболизма. Факультативный метилотроф и гетеротроф, использующий широкий спектр углеродных субстратов (аминокислоты, сахара, органические кислоты, спирты). Клетки штамма 3CT устойчивы к тетрациклину, стрептомицину, новобиоцину, налидиксовой кислоте, канамицину, пенициллину, линкомицину, эритромицину, хлорамфениколу, но чувствительны к неомицину. В жирнокислотном составе клеток преобладают Ci8:i m7c (57,0 %), Ci9:0 cyclo (25,0 %), Ci6:0 (13,0 %) и Ci8:0 (4,0 %) кислоты. В фосфолипидном составе клеток преобладают фосфатидилхолин, фосфатидилглицерин, фосфатидилэтаноламин фосфатидилмонометилэтаноламин и дифосфатидилглицерин. Основной убихинон - Qi0.

Типовой штамм 3CT (= VKM B-32i8T = KCTC 62336T) выделен из активного ила очистных сооружений (г. Москва, Россия). К этому виду также относятся штаммы 1А и 8Р. Размер генома типового штамма 3CT - 4,2 млн п.н. Содержание Г+Ц пар в ДНК -68,2 %.

Номера последовательностей гена 16S рРНК штаммов 3CT, 1A, 8P в базе данных GenBank - MN497247, MN497246, MN497248 соответственно. Полный геном штамма 3CT депонирован в DDBJ/ENA/GenBank под номером VMBP00000000.

Ancylobacter radicis (ra'di.cis L. gen. n. radicis, корень, источник выделения типового штамма).

Грамотрицательные, аэробные, неподвижные, неспорообразующие,

некапсулирующиеся, палочки (0,3-0,5x0,9-i,6 мкм), размножаются бинарным

делением. На минеральной среде с метанолом на 3-5 сутки роста колонии блестящие,

белые, выпуклые, круглые, гладкие, 1 мм в диаметре. Оптимально растет при 28-30 °C,

pH 6,5-8,0, в присутствии 1,0 % NaCl и 0,5 % (об./об.) метанола. Образует оксидазу,

каталазу, уреазу, аргининдегидролазу, ß-галактозидазу, продуцирует ацетоина и индол.

Не продукцирует H2S. Эскулин и желатин не гидролизует. Растет на D-фруктозе, D-

галактозе, D-фукозе, a-D-глюкозе, D-сорбите, D-манните, D-арабитоле, глицерине, L-

i04

аланине, L-аспарагиновой кислотае, L-серине, D-глюконовой кислоте, метилпирувате, L-молочной кислоте, L-яблочной кислоте, а-гидроксимасляной кислоте, Р-гидрокси-D,L-масляной кислоте, пропионовой кислоте, уксусной кислоте и муравьиной кислоте, метаноле, L-арабинозе, мальтозе и D-ксилозе; слабо растет на метиламине, диметиламине, триметиламине, диметилсульфоксиде, этилацетате, диметилформамиде, ацетоне, тиоцианатной жидкой среде и в атмосфере H2/O2/CO2. Инулин, валин, треонин, эритрит, метионин, пентанол, лейцин, лизин не использует. При использовании тиосульфата и дихлорметана или газовых смесей CH4/O2 в качестве источников углерода и энергии рост не наблюдался.

Штамм VTT устойчив к новобиоцину, налидиксовой кислоте, пенициллину, линкомицину, хлорамфениколу, эритромицину, окситоцину, но чувствителен к тетрациклину, стрептомицину, неомицину, канамицину и гентамицину. Основными фосфолипидами являются фосфатидилхолин, фосфатидилглицерин,

фосфатидилэтаноламин, дифосфатидилглицерин. Доминирующими жирными кислотами являются Cis;iro7c (87,7 %) и С19:осус1о (6,3 %). Основной убихинон Q-10. Размер генома типового штамма VTT - 4,2 млн п.н., содержание Г+Ц - 67,3 %.

Типовой штамм VTT (= ВКМ В-3255Т = CCUG 72400T) выделен из корней лапчатки (Potentilla sp.), собранной на пойменном берегу Голубого озера в окрестностях г. Казани, Россия. Номер последовательности гена 16S рРНК штамма VTT в базе данных GenBank - MT982345. Полный геном штамма VTT депонирован в DDBJ/ENA/GenBank под номером JAHCQH000000000.

Ancylobacter crimeensis (cri.me.en'sis N.L., adj. crimeensis, pertaining to Crimea, относящийся к Крыму).

Аэробные, грамотрицательные, неспорообразующие, неподвижные, короткие овоидные палочки (0,5-0,6*1,0-1,2 мкм), размножаются бинарным делением. На минеральной среде с метанолом на 3-5 сутки роста колонии кремовые, круглые, матовые, с выпуклым профилем, ровным краем, однородной структурой и гладкой поверхностью. Образует каталазу, оксидазу и уреазу. Оптимально растет при 28-29 °C и pH 7,2-7,5 в присутствии в среде 0,5 % метанола и 0,5 % NaCl, ингибируется 1,5 % NaC1. Растет на арабинозе, ксилозе, раффинозе, фруктозе, сукцинате, манните, сорбите, метаноле, метиламине и этаноле, а также в газовой смеси H2/O2/CO. Слабо растет на глюкозе, лактозе, мальтозе, сахарозе, малате, пирувате натрия, формиате натрия, серине, инозите. Рост не обнаружен в атмосфере метана, на диметиламине, формальдегиде, диметилсульфоксиде, глицерине и а-кетоглуторате. Растет на R2A, TSA и LB aгаре. Обладает активностью триптофандеаминазы и Р-галактозидазы. Не

105

продуцирует ШБ. Синтезирует индолы из триптофана на среде, содержащей нитраты в качестве источников азота. Желатин не разжижает. Не образует ацетоин. Крахмал не гидролизует. Штамм 6х-1т устойчив к действию новобиоцина, налидиксовой кислоты, пенициллина, линкомицина, эритромицина и хлоромфинекола, но чувствителен к тетрациклину, стрептомицину, неомицину, канамицину и гентамицину.

В жирнокислотном составе клеток преобладают С18:1ю7с (87,4 %), С19:1ю5с (7,3 %) и С16:0 (3,4 %) кислоты Основными фосфолипидами являются фосфатидилэтаноламин, фосфатидилмонометилэтаноламин и дифосфатидилглицерин. Основной убихинон - Рю. Размер генома типового штамма 6х-1т - 4,3 млн. п.н.. Содержание Г+Ц в геноме -67,3 %.

Типовой штамм 6х-1т (= ВКМ В-3256т = КСТС 92567т) изолирован из филлосферы дуба пушистого (Quercus pubescens Willd.j. Образец отобран вблизи поселка городского типа Никита (Крым, Россия). Номер последовательности гена 16Б рРНК штамма 6х-1т депонирован в базе данных ОепБапк - МК929090. Полный геном штамма 6х-1т депонирован в БББТ/ЕКЛ/ОепБапк под номером 1ЛЬКСИ000000000 (Белова и др., 2023).