Молекулярно-генетические особенности патогенеза регионарного метастазирования рака желудка тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.01.12, кандидат наук Татимов Мартин Замирович

• Татимов Мартин Замирович
• кандидат наук
• 2018

Оглавление диссертации кандидат наук Татимов Мартин Замирович

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. СОВРЕМЕННЫЕ АСПЕКТЫ ПАТОГЕНЕЗА РАКА ЖЕЛУДКА

(обзор литературы)

1.1. Эпидемиология и диагностика рака желудка

1.2. Молекулярно-генетические аспекты рака желудка

1.3. Изменение копийности генов при раке желудка, механизмы и ассоциации с метастазированием

1.4. Регионарное метастазирование и его потенциальные молекулярные механизмы

Глава 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Характеристика групп больных

2.2. Критерии отбора пациентов и методы диагностики

2.3. Иммуногистохимические методы исследования

2.4. Генетические методы исследования

2.5. Методы статистической обработки результатов

2.5.1. Основные статистические показатели и методы расчета

2.5.2. Относительный риск развития рака желудка и его методика расчета

Глава 3. ИЗМЕНЕНИЕ КОПИЙНОСТИ 16-ТИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЛОКУСОВ

У БОЛЬНЫХ С АДЕНОКАРЦИНОМОЙ ЖЕЛУДКА

Глава 4. ИССЛЕДОВАНИЕ ЭКСПРЕССИИ МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКИХ МАРКЕРОВ (Р53, Ы-67, БСЬ2, С-ЕЯББ-2 (ЫЕЯ2/КЕи)) В ОПУХОЛИ ЖЕЛУДКА С ПОРАЖЕНИЕМ И БЕЗ ПОРАЖЕНИЯ РЕГИОНАРНЫХ ЛИМФОУЗЛОВ

Глава 5. ОЦЕНКА ВЫЯВЛЯЕМОСТИ РАКА ЖЕЛУДКА В РОСТОВСКОМ

ОНКОЛОГИЧЕСКОМ ИНСТИТУТЕ В ПЕРИОД С 2013 ПО 2016 гг

Глава 6. СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РАЗВИТИЯ МЕТАСТАЗОВ У ПАЦИЕНТОВ С АДЕНОКАРЦИНОМОЙ ЖЕЛУДКА НА ОСНОВЕ КОМБИНИРОВАННОГО МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО (СКУ ГЕНОВ ОТ^ И И ИММУНОГИСТОХИМИЧЕСКОГО (ЭКСПРЕССИЯ БЕЛКОВ Ы-67 И ЖЯ2) ПОДХОДА

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетические особенности патогенеза регионарного метастазирования рака желудка»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность исследования

Рак желудка занимает пятое место среди наиболее распространенных злокачественных новообразований и третье место среди ведущих причин смертности от рака по всему миру (Ferlay J. et al., 2012). Аденокарцинома желудка составляет 95% от общего числа злокачественных новообразований данного органа (Dicken B.J. et al., 2005), а метастазы выявляются у 90% больных, при этом выживаемость составляет 65% на ранней стадии заболевания и менее 15% в случае поздней диагностики онкологического процесса (Takuji G. et al., 2000). Россия относится к странам с высокой заболеваемостью раком желудка - 30-40 случаев на 100 000 населения. Летальность больных в течение года с момента установления диагноза в России достигает 50% (Каприн А.Д. и соавт., 2017).

Несмотря на усовершенствование терапевтических методов за счет сочетания хирургических методов, радио- и химиотерапии, большая часть случаев рака желудка диагностируется на поздних стадиях и имеет ограниченные варианты лечения и плохой прогноз (Torre L.A. et al., 2012). В силу этого поиск более чувствительных методов детекции, а, следовательно, и предиктивных и прогностических онкомаркеров является актуальным.

В течение прошлого десятилетия предложен список молекулярных прогностических факторов, который основан на изучении механизмов, определяющие агрессивность рака желудка (Колобаев И.В., 2009; Nitti D. et al., 2008). Важную роль в онкоморфологии начали занимать методы молекулярной биологии и медицины, такие как иммуногистохимическое исследование маркеров р53, bcl-2, Ki-67, her2neu для оценки метастатической и пролиферативной активности опухолевых клеток (Петров С.В., Райхлин Н.Т., 2004).

Генетическим факторам в последние годы уделяется все большее внимание, так как они играют важную роль в определении риска развития рака желудка, и являются обязательными для понимания канцерогенеза и патогенеза метастазиро-вания в целом (Степанов И.В. и соавт., 2010). Важную роль играют исследования показателей генетической нестабильности (CNV).

Степень разработанности темы

Вариация числа копий гена - это однин из основных механизмов изменения генов-супрессоров опухолей и уровня экспрессии онкогенов и клетками рака (Chambers I., Tomlinson S.R., 2009). Copy number variation (CNV) - генетический полиморфизм , который возникает в результате несбалансированных хромосомных перестроек, таких как дупликации и делеции. Вариации могут проявиться повышением или снижением числа копий определенного гена, в результате чего повышается или понижается экспрессия продукта гена - некодирующей РНК или белка (Chen Z. et al., 2009).

Начиная с 2004 года в многочисленных исследованиях были представлены данные о наличии множества субмикроскопических вариаций числа копий сегментов ДНК. Минимум 12% человеческого генома подвергается вариациям числа копий. Вклад CNVs в вариативность генома сопоставим с вкладом однонуклеотид-ных полиморфизмов или даже превышает его (Redon R. et al., 2006).

Анализ литературы позволяет сделать заключение о том, что роль CNV в качестве фактора малигнизации тканей желудка была обнаружена в начале 2000-х годов. Публикации последних лет показывают, что CNV являются следующим уровнем в полном понимании молекулярного контекста развития опухолевого процесса, включая метастазирование (Andrews J. et al., 2010). Амлификации генов HER2, CCNE1, MYC, KRAS и EGFR обнаружены в 9, 5, 2, 1 и 1% случаев метастатического рака желудка соответственно (Kim S. et al., 2014).

CNV играют важную роль в онко-трансформации многих видов рака, таких как рак желудка, рак яичников, печеночно-клеточный рак, колоректальный рак, рак мочевого пузыря и так далее. Накопление CNV во время канцерогенеза желудка может быть результатом отбора, с помощью которого трансформированные клетки получают эволюционное преимущество. Показано, что копии генов-эффекторов апоптоза часто теряются во время развития рака, по сравнению с частой амплификации генов, связанных с пролиферацией (Liang L. et al., 2015).

Недавние исследования выявили многочисленные увеличения (амплификации) и уменьшения (потери) в копийности генов у пациентов с раком желудка,

причем амплификации более распространены, чем потери копий. Так же определены участки хромосом, где наблюдаются амплификации - 3p22, 4q25, 8q24, 11p13 и 20q13, и потери копий генов - 1p36 и 9p21, связанных с раком (CTNNB1, MYC, CDKN2A, top2a и так далее) (Deng N. et al., 2012).

CNV являются важными факторами влияния на экспрессию генов, регулирующих деятельность различных онкогенных или опухоль-подавляющих путей. Это может объяснить клиническую значимость многих CNV при раке желудка. У больных раком желудка с метастазами в лимфатические узлы имеется заметно больше CNV, чем в случаях без метастазов. Кроме того, в ряде исследований установлено, что частые амплификации наблюдаются на хромосомах 1q, 5p, 7, 8, 13 и 20, а потери копий генов наблюдаются на хромосомах 1p, 3p, 4, 5q, 9P, 17р, 18q, 19p, 21 и 22. Хотя большое количество CNV областей было идентифицировано при раке желудка, эта область по -прежнему требует дальнейшего исследования, для определения и других затронутых генов, играющих важные роли в развитии рака желудка (Liang L. et al., 2015). Это и определяет цель настоящего исследования.

Цель исследования

Выявить факторы прогноза регионарного метастазирования рака желудка на основе изучения иммуногистохимических, молекулярно-генетических особенностей первичной опухоли.

Поставленная цель достигалась решением следующих задач:

1. Изучить особенности показателей генетической нестабильности (CNV) при раке желудка с поражением и без поражения регионарных лимфоузлов.

2. Исследовать экспрессию молекулярно-биологических маркеров (р53, bcl-2, Ki-67, her2neu) в опухоли желудка с поражением и без поражения регионарных лимфоузлов.

3. Изучить влияние различных факторов на первичную распространенность у больных раком желудка

4. Разработать алгоритм прогнозирования развития регионарного мета-стазирования рака желудка с инвазией Т3-4а, на основе изучения иммуногисто-химических, молекулярно-генетических особенностей первичной опухоли.

Научная новизна

В диссертационной работе впервые проанализированы особенности показателей генетической нестабильности (СКУ) в комплексе с особенностями экспрессии молекулярно-биологических маркеров (р53, Ьс1-2, Ю-67, ^Ьег2пеи) в первичной опухоли с поражением и без поражения регионарных лимфоузлов при раке желудка.

На основе полученных данных разработан алгоритм прогнозирования риска развития регионарного метастазирования при раке ^2-3 аденокарцинома) желудка с инвазией Т3-4а.

Теоретическая и практическая значимость работы

Показано влияние различных факторов внешней среды на первичную распространенность у больных раком желудка с инвазией Т3-4а.

В клиническую практику внедрен метод, позволяющий прогнозировать развитие метастазов в регионарные лимфоузлы при раке ^2-3 аденокарцинома) желудка с инвазией Т3-4а, что позволило индивидуализировать подход к адъ-ювантному лечению больных.

Предложен способ прогнозирования развития метастазов у пациентов с аде-нокарциномой желудка на основе комбинированного молекулярно-генетического (СКУ генов КЫБКВ и НЕК2) и иммуногистохимического (экспрессия белков К167 и НЕК2) подхода.

Методология и методы диссертационного исследования

Методы научного познания и последовательное их применение, явилось методологической основой диссертационной работы, которая выполнялась в дизайне открытого проспективного сравнительного исследования с использованием общеклинических, анамнестических, лабораторных и статистических методов исследования.

Степень внедрения в практику здравоохранения результатов исследования

На основании результатов данного исследования проводятся обследование больных в отделениях абдоминальной онкологии и клинико-диагностическом отделении ФГБУ «РНИОИ» Минздрава России.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Проведенный анализ роли факторов риска заболевания метастатическим раком желудка дал возможность определить степень значимости каждого фактора.

2. Проведенное ИГХ-исследование выявило достоверное различие в экспрессии клетками опухоли биологических онкомаркеров, а так же различие пролиферативного потенциала в опухоли желудка с поражением и без поражения регионарных лимфоузлов.

3. Показано, что относительная копийность (RCQ) исследованных 15-ти ядерных и одного митохондриального генетических локусов в опухолях желудка с наличием метастазов в регионарные лимфатические узлы и без них изменяется не одинаково. Были выявлены характерные для аденокарцином T3-4N1-3M0 набор и частота аберрантных RCQ.

4. Показано, возможность с высокой точностью прогнозировать течение аденокарцином желудка, с помощью разработанного алгоритм прогнозирования развития метастазов у пациентов с раком желудка на основе комбинированного молекулярно-генетического (СМУ генов №ХВ и НБЯ2) и иммуногистохимиче-ского (экспрессия белков К167 и НБЯ2) подхода.

Степень достоверности

Определяется достаточным количеством больных, включенных в исследование, адекватным формированием групп сравнения, разнообразностью методов исследования, современными методами статистической обработки. В диссертационной работе положения, выносимые на защиту, выводы и практические рекомендации сформулированы грамотно и являются логическим заключением системного анализа полученных результатов.

Апробация диссертации

На заседании Ученого Совета при ФГБУ «РНИОИ» Минздрава России, 08 июня 2017 года состоялась апробация диссертации. Материалы исследования представлены: на ESMO 18th World Congress on Gastrointestinal Cancer 29 June-2 July 2016 Barcelona, Spain; на II всероссийской конференции по молекулярной онкологии 6-8 декабря 2016, Москва.

Объем и структура диссертации

Диссертация изложена на 129 страницах машинописного текста; состоит из введения, обзора литературы, характеристики методов исследования и клинического материала, 4 глав результатов собственных исследований, заключения, выводов, практических рекомендаций, списка сокращений, указателя литературы, включающего 38 отечественных и 106 зарубежных источников. Работа иллюстрирована 33 таблицами и 27 рисунками.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Научные положения диссертационной работы соответствуют пункту 2 «Исследования по изучению этиологии и патогенеза злокачественных опухолей, основанные на достижениях ряда естественных наук (генетики, молекулярной биологии, морфологии, иммунологии, биохимии и др.)» паспорта специальности 14.01.12-«онкология».

Глава 1

СОВРЕМЕННЫЕ АСПЕКТЫ ПАТОГЕНЕЗА РАКА ЖЕЛУДКА

(обзор литературы) 1.1 Эпидемиология и диагностика рака желудка

Во всем мире в 2012 году было диагностировано более 950 тыс. случаев рака желудка, что делает данную патологию пятой наиболее распространенной формой онкологических заболеваний. Злокачественная неоплазия тканей желудка чаще встречается у пациентов мужского пола, составляя до 8,5% от всех случаев рака (в 2012 году) (World Cancer Report, 2014).

Рак желудка является третьей ведущей причиной смерти от злокачественных новообразований в мире после рака легкого и рака печени. По данным на 2012 год, ежегодно от данного заболевания умирает более 700 тыс. человек (Lozano R. et al., 2012). В структуре смертности населения России в 2012 г. число смертей от рака желудка составило 11% от числа смертей, вызванных остальными злокачественными новообразованиями (Давыдов М.И., Аксель Е.М., 2014), в 2014 году - 10,7% (30 788 человек) (Каприн А.Д. и соавт., 2016). При этом заболеваемость раком желудка снизилась на 17%, а смертность от этого заболевания - на 23% за период с 2004 по 2014 год (Каприн А.Д. и соавт., 2016).

Заболеваемость и смертность в Европе и России от рака желудка снижается, но эта патология все еще остается одной из важнейших проблем медицины.

Удельный вес больных с диагнозом рак желудка I—II стадии от числа больных с первично выявленным диагнозом рак желудка в России в 2013 г. составил 28,7%, III стадии — 26,2%, IV стадии — 45,1% больных. Смертность больных в течение года с момента постановки диагноза, в России в 2013 г. - 49,2% (Каприн

A.Д. и соавт., 2014), а Южный Федеральный округ занимает 3 место по смертности населения от рака желудка среди субъектов РФ (Каприн А.Д., Старинский

B.В., Петрова Г.В., 2016). Таким образом, высокие показатели одногодичной летальности, неудовлетворительное состояние скрининга злокачественных новообразований желудка в России по-прежнему свидетельствуют о необходимости раз-

работки и проведения мероприятий по организации лечебно-диагностической и прогностической помощи онкологическим больным.

Большое количество нерешенных вопросов возникает на каждом из этапов исследования больных раком желудка: в первую очередь имеется ввиду пато- и морфогенетические особенностии их связи с прогнозом (Авдалян А.М., 2004). Многофакторная природа рака желудка, способствует высокой степени различия его клинико-морфологических проявлений, существенно затрудняя возможность оценки прогноза заболевания, и выбора тактики лечения (Степанов И.В. и соавт., 2010).

В онкологической практике используются различные клинико-морфологические критерии для прогнозирования рака желудка, но они не всегда адекватно оценивают вероятность метастазирования, как лимфогенным, так и гематогенным путем, что свидетельствует о необходимости поиска молекулярно-биологических критериев, путем изучения патогенетически значимых для рака желудка ассоциации молекулярных факторов с клиническими проявлениями прогрессии опухоли (Степанов И.В. и соавт., 2010).

Анализ патентных источников показал наличие изобретений, позволяющих на основе иммуногистохимического исследования маркеров пролиферативной активности Кь67 и маркеров апоптоза р53, Ьс1-2 прогнозировать метастазы у больных раком желудка (Патент РФ на изобретение № 2445632 «Способ прогнозирования метастазов у больных раком желудка» от 04.07.2017 г.). Однако исследование иммуногистохимических маркеров р53, Ьс1-2, Ю-67, ^Ьег2пеи более подходит для оценки пролиферативной активности опухолевых клеток, позволяя не во всех случаях прогнозировать вероятность будущих метастазов. Важное место среди факторов, способствующих развитию рака желудка, занимает показатель нестабильности генома опухолевых клеток - изменение числа копий генов.

1.2 Молекулярно-генетические аспекты рака желудка

В последние годы широкое распространение получили иммуногистохими-ческие методы качественного и количественного определения экспрессии белков, ассоциированных с опухолевыми клетками, определяющие опухолевый фенотип

и ответственные за поведение опухоли, это дает возможность рассматривать их в качестве потенциальных онкомаркеров.

Опухолевые клетки обладают пролиферативной активность и это определяет опухолевую прогрессию. Наиболее часто используемые маркеры клеточной пролиферации: PCNA и Ki-67 - это ядерные антигены, связанные со всеми фазами клеточного цикла, кроме G0. Уровень PCNA - достигает максимального уровня в ядре во время фазы S. Белок Ki-67 начинает синтезироваться в середине фазы G1 митоза и в метафазе достигает максимального уровня, затем резко снижается в анафазе. Подсчет митотической активности традиционным способом не показывает пролиферативный потенциал опухоли, так как подготовка к митозу занимает примерно 24 часа, хотя сам процесс происходит в течение нескольких часов. (Степанов И.В. и соавт., 2010).

Молекулярно-генетические факторы, лежащие в основе канцерогенеза рака желудка разных гистологических типов, обладают рядом особенностей (Taha-ra E., 2004).

В 1960-х гг. Р. Lauren предложил оригинальную классификацию рака желудка, в которой он выделял два основных гистологических типа аденокарцином желудка: интестинальный и диффузный (Белковец А.В. и соавт., 2014).

Интестинальные опухоли, часто изъязвляются, являются экзофитными, как правило, ассоциированы с кишечной метаплазией, атрофией и гастритом тела желудка. Для диффузного типа характерен пангастрит без атрофии, и представлен клетками, которые не имеют межклеточные контакты, окружены соединительнотканной стромой и выявляются в толще стенки желудка (Белковец А.В. и соавт., 2014).

Развития интестинального типа рака желудка характеризуется уменьшением экспрессии генов р27, циклина Е и с-met, рецептора фактора роста опухоли (TGF)-P типа I и увеличением копийности гена HER2. В развитие низкодиффе-ренцированных, диффузных форм рака желудка преимущественно вовлечены мутации или потеря гетерозиготности р53 и мутация или снижение числа копий гена Е-кадгерина (Белковец А.В. и соавт., 2014).

В работе Y-D Wang с соавт. (2013) рассмотрена роль транскрипционного фактора OCT4 в опухолеобразовании при аденокарциноме желудка. Ими установлено повышение экспрессии гена OCT4 в опухолевых клетках по сравнению с прилегающими условно здоровыми тканями, тканями атрофического гастрита и желудочной язвы, а также то, что это изменение происходит совместно с изменением экспрессии генов SOX2, NANOG и C-MYC.

Наблюдаемые при раке желудка изменения уровня определенных белков и экспрессии генов, могут быть результатом как точечных мутаций (KRAS2), так и генных амплификаций (например, HER-2). Результатом амплификации является повышенная экспрессия генов в результате увеличения числа его копий в первичных раках желудка, например, в локусе 17q21 трех генов HER-2/neu, TOP2A и DARPP32 (Varis A. е1 al., 2004). Что подчеркивает важную роль изменения числа копий гена в молекулярных механизмах малигнизации тканей желудка и метаста-зировании.

1.3 Изменение копийности генов при раке желудка, механизмы и ассоциации с метастазированием

Начиная с 2004 года в многочисленных исследованиях были представлены данные о наличии множества субмикроскопических вариаций числа копий сегментов ДНК - класс известный как структурные вариации (Tuzun E. et al., 2005). Внутри этого класса наибольшей компонентой являются вариации числа копий генов (CNV), которые включают в себя несбалансированные перестройки, увеличивающие или уменьшающие содержание ДНК. На сегодняшний день термином CNV обозначают фрагменты размером, больше, чем 50 б.п.о., тогда как более мелкие элементы относят к вставкам или делециям (Zarrei M. et al., 2015).

Спектр фенотипических эффектов CNV довольно широк - от адаптивных признаков до эмбриональной летальности. Фенотипические эффекты CNV разделяют на адаптивные (CNV в гене, кодирующем альфа-амилазу характеризует возможности адаптации к изменению потребления крахмала в различных экологических условиях) и неадаптивные (например, аутизм, шизофрения, болезнь Крона,

ревматоидный артрит, диабет 1 -го типа, ожирение и многочисленные заболевания развития) (Mccarroll S.A., Altshuler D.M., 2007).

Изменение числа копий генов (CNV) может быть классифицировано на две основные группы: короткие (порядка 50 б.п.о.) и более длинные повторы. Длинные повторы включают повторы целых генов. Эта классификация, основанная на размере повтора, является наиболее очевидной, так как размер является важным фактором при изучении механизмов, которые его вызвали (Hastings P.J. et al., 2009).

Есть два основных типа молекулярных механизмов для формирования CNV: на основе гомологичной и не негомологичной рекомбинации (Hastings P.J. et al., 2009).

Одной из наиболее широко признанных теорий образования CNV, а также делеций и инверсий является теория неаллельной гомологичной рекомбинации. Этот механизм предполагает, что во время мейотической рекомбинации, гомологичные пары хромосом образуют двухконечные двухцепочечные разрывы, приводящие к формированию обычной структуры Холлидея. Однако, в процессе формирования структуры Холлидея, происходят двухцепочечные разрывы со смещением, и кроссинговер происходит в неаллельной позиции на той же хромосоме. После распада структуры Холлидея неравный кроссинговер осуществит перенос генетического материала между двумя гомологичными хромосомами, и в результате часть ДНК на обеих хромосомах повторится.

Другая разновидность механизма на основе гомологичной рекомбинации, которая может привести к CNV, индуцированными репликацией повреждений ДНК. Когда в геномной ДНК происходит двухцепочечный разрыв, клетка активирует сигнальные пути, которые обеспечивают его восстановление. Ошибки во время восстановления разрыва, подобно неаллельной гомологичной рекомбинации, могут приводить к увеличению числа копий определенного участка генома. Во время восстановления двухцепочечного разрыва поврежденный конец может переместиться на гомологичную хромосому вместо того, чтобы вернуться в исходную. Как и в механизме неаллельной гомологичной рекомбинации, дополни-

тельная копия конкретного региона переносится на другую хромосому, что приводит к дублированию (Bauters M. et al., 2008).

Анализ литературы позволяет сделать заключение о том, что роль CNV в качестве фактора малигнизации тканей желудка была обнаружена в начале 2000-х годов. Так, T. Günther с соавт. (2000) изучили и показали, что амплификация гена MDM2 при раке желудка приводит к увеличению экспрессии белка MDM2 и понижении экспрессии белка p53. Ген MDM2 - негативный регулятором функции белка р53, он локализован на хромосоме 12. Путь MDM2/P53 является важной составной частью канцерогенеза.

Публикации последних лет показывают, что CNV являются следующим уровнем в полном понимании молекулярного контекста развития опухолевого процесса, включая метастазирование (Andrews J. et al., 2010).

Амлификации генов HER2, CCNE1, MYC, KRAS и EGFR обнаружены в 9, 5, 2, 1 и 1% случаев метастатического рака желудка соответственно (Kim S. et al., 2014).

В работе О.И. Кита с соавт. (2015) показано, что точная характеристика числа копий генов, ответственных за апоптоз, онкогенез, пролиферацию и окислительное фосфорилирование в опухолевых и здоровых тканях желудка пациентов определяет возможность создания предиктивных маркеров малигнизации тканей. Было выявлено, что делеция гена-супрессора р53 и одновременная амплификация противо-апоптотического гена BCL2 характерна для перстневидноклеточного рака. Амплификация гена транскрипционного регулятора MKI67 и делеция генов факторов OCT4 и SOX2 характерна для аденокарцином стадий G1-2. При аденокарциноме стадии G3 обнаруживается делеция 12 генов, включая OCT4, SOX2 и BCL2.

В дополнение к мутациям генов CNV играют важную роль в онкогенезе многих видов рака, таких как рак желудка, рак яичников, печеночно-клеточный рак, колоректальный рак, рак мочевого пузыря и так далее. Накопление CNV во время канцерогенеза желудка может быть результатом отбора, с помощью которого трансформированные клетки получают эволюционное преимущество. Показано, что копии генов-эффекторов апоптоза часто теряются во время развития рака, по сравнению с частой амплификации генов, связанных с пролиферацией

(Liang L., Fang J-Y., Xu J., 2015). Недавние исследования выявили многочисленные увеличения (амплификации) и уменьшения (потери) в копийности генов у пациентов с раком желудка, причем амплификации более распространены, чем потери копий. Так же определены участки хромосом, где наблюдаются амплификации - 3p22, 4q25, 8q24, 11p13 и 20q13, и потери копий генов - 1p36 и 9p21, связанных с раком (CTNNB1, MYC, CDKN2A, top2a и так далее) (Deng N. et al., 2012).

CNV являются важными факторами влияния на экспрессию генов, регулирующих деятельность различных онкогенных или опухоль-подавляющих путей. Это может объяснить клиническую значимость многих вариаций числа копий генов при раке желудка. Показано, что у пациентов раком желудка с метастазами в лимфатических узлах имеется заметно больше CNV, чем в случаях без метастазов. Кроме того, в ряде исследований установлено, что частые амплификации наблюдаются на хромосомах 1q, 5p, 7,8, 13 и 20, а потери копий генов наблюдаются на хромосомах 1p, 3p, 4, 5q, 9P, 17р, 18q, 19p, 21 и 22. Хотя большое количество CNV областей было идентифицировано при раке желудка, эта область по-прежнему требует дальнейшего исследования, для определения и других затронутых генов, играющих важные роли в развитии рака желудка (Liang L., Fang J-Y., Xu J., 2015).

CNV ДНК являются значимыми факторами для экспрессии генов, которые в свою очередь могут влиять на деятельность различных онкогенных или опухоль-супрессорных путей (рисунок 1.1).

Ниже рассмотрим информацию об известных CNV генах при раке желудка (таблица 1.1).

Ген PIK3CA, расположенный на хромосоме 3q26.3, часто амплифицирован при раке желудка. Важно отметить, что избыточная экспрессия PIK3CA в результате амплификации гена увеличивает активность Р13-киназы и уровень фосфори-лирования Akt, что способствует пролиферации аберрантных клеток и непосредственно связанно с онкогенезом (Shi J., Yao D., Liu W. et al., 2012). Кроме того, амплификация PIK3CA значительно влияет на общий прогноз при раке желудка, независимо от ранней или поздней стадии опухоли.

Рисунок 1.1. Схематическое изображение генов, подверженных С^У, в сочетании с сигнальными путями при РЖ. Гены в областях С^У выделены овалом (с указанием приобретения или амплификации) или прямоугольником (утрата или делеция). Их взаимоотношения с другими сигнальными путями показаны стрелками. Для каждого гена также обозначена релевантность признакам заболевания, таргетной терапии и онкогенным функциям. Зеленая заливка соответствует всем трем характеристикам, сиреневая указывает на релевантность признакам заболевания и онкогенным функциям, и желтая - только онкогенным функциям

Таблица 1.1 - Основные участники канцерогенеза при раке желудка, подверженные СКУ

Ген Локализация Функция Тип СКУ Ссылка

HER2 Регуляция пролиферации, ангиогенеза, подвижности клеток, клеточного роста и адгезии, клеточного ответа на стимулы факторов роста амплификация К1ш Б. et а1., 2014

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Татимов Мартин Замирович, 2018 год

ЛИТЕРАТУРА

1. Авдалян, А. М. Клинико-морфологические параллели в прогнозе рака желудка: дис. канд. мед. наук: 14.00.14 / Авдалян Ашот Меружанович / - Томск, 2004. - 184 с.

2. Аксель, Е.М. Статистика заболеваемости и смертности от рака ободочной и прямой кишки / Е.М. Аксель, Т.И. Ушакова // Новое в терапии колорек-тального рака. - М., 2001. - С. 3-8.

3. Белковец, А.В. Рак желудка: современные молекулярно-генетические данные (обзор литературы) / А.В. Белковец, О.В. Решетников, С.А. Курилович, В.Н. Максимов // Сибирский онкологический журнал. - 2014. - № 2 (62). - С. 5664.

4. Белоус, Т.А. Выбор объема лимфаденэктомии у больных ранним раком желудка в зависимости от факторов прогноза / Л.А. Вашакмадзе, А.В. Бутен-ко, В.М. Хомяков, И.В. Колобаев // Хирургия. - 2009. - № 4. - С. 12-16.

5. Беспалов, В.Г. Питание и рак. Диетическая профилактика онкологических заболеваний / В.Г. Беспалов. - М., 2008. - 176 с.

6. Боровиков, В.П. STATISTICA: искусство анализа данных на компьютере. Для профессионалов / В.П. Боровиков. - СПб.: Питер, 2001. - 656 с.

7. Бохман, Я.В. Лекции по онкогинекологии / Я.В. Бохман. - Ташкент: Медицина, 1985.

8. Василенко, И.В. К вопросу об этиологии и патогенезе диффузного и кишечного типов рака желудка / И.В. Василенко, Н.Н. Сургай // Вопросы онкологии. - 2003. - Т. 49, № 2. - С. 239-244.

9. Водолажский, Д.И. Изменение копийности генов как маркер возникновения метастазов у больных раком желудка / Д.И. Водолажский, А.А. Маслов, Д.С. Кутилин, М.З. Татимов, К.В. Двадненко, О.И. Кит // II Петербургский онкологический форум «Белые Ночи - 2016». Сборник тезисов. - М., 2016. - С. 77.

10. Водолажский, Д.И. Изменение копийности генов у пациентов с диагнозом рак желудка / Д.И. Водолажский, М.З. Татимов, А.А. Маслов, Н.Н. Ти-мошкина // Материалы II Всероссийской конференции по молекулярной онколо-

гии «Успехи молекулярной онкологии». - М., 2016. - Т. 3, № 4. - С.40.

11. Водолажский, Д.И. Исследование копийности 17 генетических локу-сов у пациентов с резектабельным раком желудка / Д.И. Водолажский, Н.Н. Ти-мошкина, А.А. Маслов, Е.Н. Колесников, М.З. Татимов // Материалы IX Съезда онкологов России. - Уфа, 2017. - С.40.

12. Водолажский, Д.И. Копийность 17-ти генетических локусов пациентов с диагнозом аденокарцинома желудка / Д.И. Водолажский, Н.Н. Тимошкина,

A.А. Маслов, Е.Н. Колесников, М.З. Татимов // Современные проблемы науки и образования. - 2017. - № 3.; URL: https://science-education.ru/ru/article/view?id=26405

13. Ганьшина, И.П. Место Герцептина в онкологической практике / И.П. Ганьшина, Е.В. Степанова // РМЖ. - 2003. - №11. - С. 680.

14. Давыдов, М.И. Статистика злокачественных новообразований в России и странах СНГ в 2012 г. / М.И. Давыдов, Е.М. Аксель. - М., 2014. - 226 с.

15. Дильман, В.М. Эндокринологическая онкология / В.М. Дильман. -М., 1983. - 408 с.

16. Заридзе, Д.Г. Эпидемиология и профилактика рака / Д.Г. Заридзе // Вестник Российской Академии медицинских наук. - 2001. - № 9. - С. 6-14.

17. Зенюков, А.С. Экспрессия c-erbb-2 (HER2/neu) при раке желудка: клинико-морфологические особенности / А.С. Зенюков, Т.Ф. Боровская, И.С. Стилиди, М.П. Никулин, Э.Х. Курпас, Т.В. Зенюкова, С.В. Беков, С.Б. Сагайдак // Сибирский онкологический журнал. - 2011. - №1 (43). - С. 5-10.

18. Злокачественные новообразования в России в 2012 году (заболеваемость и смертность) / Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, Г.В. Петровой. -М., 2014.

19. Злокачественные новообразования в России в 2014 году (заболеваемость и смертность) / Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, Г.В. Петровой. -М.: РИИС ФИАН, 2016. - 250 с.

20. Зорькин, В.Т. Экспрессия Ki-67 и р53 при дисплазии и раке желудка /

B.Т. Зорькин, В.В. Лазарев, А.Ф. Климачев и др. // Архив патологии. 2006. Т. 68,

№ 3. С. 6-10.

21. Кит, О.И. Изменение копийности генетических локусов - предиктив-ный маркер метастазов у больных раком желудка / Кит О.И., Водолажский Д.И., Кутилин Д.С., Татимов М.З., Гудуева Е.Н., Маслов А.А. // Современные проблемы науки и образования. - 2015. - № 6.; URL: https://science-education.ru/ru/article/view?id=22967

22. Кит, О.И. Изменение копийности генетических локусов при раке желудка / О.И. Кит, Д.И. Водолажский, Д.С. Кутилин, Е.Н. Гудуева // Молекулярная биология. - 2015. - Т. 49, № 4. - С. 658-666.

23. Кит, О.И. Копийность генов GSTP1, NFKB1 и локуса HV2 митохон-дриальной ДНК при некоторых гистологических типах рака желудка / О.И. Кит, Д.И. Водолажский, Д.С. Кутилин, М.Л. Малейко, К.В. Двадненко, Я.С. Енин, Е.Н. Гудуева, С.А. Ильченко // Успехи современного естествознания. - 2015. - №1 (часть 6) - С. 918-921

24. Кит, О.И. Патент на изобретение № 2624505 Способ прогнозирования развития метастазов у больных раком желудка / О.И. Кит, Д.И. Водолажский, Д.С. Кутилин, М.З. Татимов, А.А. Маслов / - 04.07.2017. - Бюл. №19

25. Кит, О.И. Предиктивная диагностика метастатического поражения лимфоузлов у больных аденокарциномой желудка / О.И. Кит, Д.С. Кутилин, М.З. Татимов, А.А. Маслов, Е.М. Франциянц, Д.И. Водолажский // Медицинский вестник Юга России. - 2018. -№ 9(1). -С. 51-62. DOI: 10.21886/2219-8075-2018-91-51-62

26. Кит, О.И. CNV генов в качетсве биомаркера и терапевтической мишени при раке желудка / О.И. Кит, Д.И. Водолажский, М.З. Татимов, Н.Г. Васильчен-ко, П.А. Пушкин, К.А. Куцын, Е.Н. Колесников, А.А. Маслов, Ю.А. Геворкян, А.Ю. Максимов, М.Н. Дурицкий, Ю.А. Фоменко // Известия вузов. Северно-Кавказский регион. Естественные науки. - 2017. - № 4-2 (196) - С. 58-67.

27. Корниенко, И.В. Подготовка биологического материала для молеку-лярно-генетических идентификационных исследований при массовом поступлении неопознанных тел / И.В. Корниенко, Д.И. Водолажский, В.П. Вейко,

B.В.Щербаков, П.Л. Иванов. - Ростов-на-Дону: ООО «Ростиздат», 2001. - 248 с.

28. Крылов, А.Ю. Иммуногистохимический анализ синхронного первично-множественного рака желудка / А.Ю. Крылов // Вестник ВГМУ. - 2011. -Т.10, №1. - С. 112-116.

29. Петров, С.В. Руководство по иммуногистохимической диагностике опухолей человека. 4-е изд., доп. и перераб. / С.В. Петров, Н.Т. Райхлин. - Казань, 2012. - 623 с.

30. Райхлин, Н.Т. Регуляция апоптоза в физиологических условиях и в опухолях // Н.Т. Райхлин, А.Н. Райхлин // Вопросы онкологии. - 2002. - № 48 (2). - С. 159-71.

31. Руководство по иммуногистохимической диагностике опухолей человека. Прогностическое и предсказательное значение иммуногистохимических маркеров / Под ред. С.В. Петрова, Н.Т. Райхлина. - Казань, 2004.

32. Сельчук, В.Ю. Рак желудка / В.Ю. Сельчук, М.П. Никулин // Российский Медицинский Журнал. - 2003. - №11(26). - С. 1441-1448.

33. Степанов, И.В. Клинико-морфологические и молекулярно-генетические особенности интестинального и диффузного типов карцином желудка / И.В. Степанов, М.В. Завьялова, Е.С. Григорьева, Ю.А. Букурова, С.Г. Афанасьев, Н.В. Чердынцева // Сибирский онкологический журнал. - 2010. - №4 (40). -

C. 55-66.

34. Тимошкина, Н.Н. Аберрантный уровень копийности 17-ти локусов при аденокарциноме желудка / Н.Н. Тимошкина, А.А. Маслов, М.З. Татимов, Е.П. Ульянова, И.А. Новикова, Д.И. Водолажский // III Петербургский международный онкологический форум «Белые Ночи - 2017». Сборник научных работ -Санкт-Петербург, 2017. - С. 201.

35. Тимошкина, Н.Н. Изменение копийности генов при аденокарциноме желудка / Н.Н. Тимошкина, Д.И. Водолажский, А.А. Маслов, М.З. Татимов, Е.Н. Колесников // Сборник трудов IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием « Молекулярная диагностика 2017». -Москва, 2017. - Т. 1. - С.137-138.

36. Хирургические болезни / Под ред. М.И. Кузина. - М.: Медицина, 2002. - 784 с.

37. Чиссов, В.И. Состояние онкологической помощи населению России в 2010 г. / В.И. Чиссов, В.В. Старинский, Г.В. Петрова. - М., 2011. - 188 с.

38. Чумаков, П.М. Белок р53 и его универсальные функции в многоклеточном организме / П.М. Чумаков // Успехи биологической химии. - 2007. - Т. 47. - С. 3-52.

39. An, X. METamplification is not rare and predicts unfavorable clinical outcomes in patients with recurrent/metastatic gastric cancer after chemotherapy / X. An, F. Wang, Q. Shao, F.-H. Wang, Z.-Q. Wang, C. Chen et al. // Cancer. - 2014;120:675-682.

40. Anagnostopoulos, G.K. Expression of Bax protein in gastric carcinomas. A clinicopathological and immunohistochemical study / G.K. Anagnostopoulos, D. Stefa-nou, E. Arkoumani, L.Chalkley, J. Karagiannis, K. Paraskeva, N. Mathou, E. Dellaporta, E. Tsianos, N.J. Agnantis // Acta. Gastroenterol. Belg. - 2007. - Vol. 70. - P. 285-289.

41. Anastas, J.N. WNT signalling pathways as therapeutic targets in cancer / J.N. Anastas, R.T. Moon // Nature Reviews. - 2013. Cancer 13 (1): 11-26.

42. Andrews J., Kennette W., Pilon J., Hodgson A., Tuck A.B., Chambers A. F., Rodenhiser D.I. Multi-Platform Whole-Genome Microarray Analyses Refine the Epige-netic Signature of Breast Cancer Metastasis with Gene Expression and Copy Number PLoS One. 2010; 5(1).

43. Bauters, M. Nonrecurrent MECP2 duplications mediated by genomic architecture-driven DNA breaks and break-induced replication repair / M. Bauters, H.V. Esch, M.J. Friez, O. Boespflug-Tanguy, M. Zenker, A.M. Vianna-Morgante, C. Rosenberg, J. Ignatius, M. Raynaud, K. Hollanders // Genome Research. - 2008.18 (6): 847-858.

44. Beard, C.M. The epidemiology of ovarian cancer: a population - based study in Olmsted Country, Minnesota, 1935-1991 / C.M. Beard, L.C. Hartmann, E.J. Atkinson et al. // Ann. Epidemiol. - 2000 Jan; - Vol. 10 (1) - P. 14-23.

45. Bi, R. Rapid identification of mtDNA somatic mutations in gastric cancer tissues based on the mtDNA phylogeny / R. Bi, W.L. Li, M.Q. Chen, Z. Zhu, Y.G. Yao // Mutat Res. - 2011; 709-710: 15-20.

46. Bria, E. A clinical-biological risk stratification model for resected gastric cancer: prognostic impact of Her2, Fhit, and APC expression status / E. Bria, G. De Manzoni, S. Beghelli, A. Tomezzoli, S. Barbi, C. Di Gregorio et al. // Ann Oncol. -2013; 24: 693-701.

47. Buffart, T.E. High resolution analysis of DNA copy-number aberrations of chromosomes 8, 13, and 20 in gastric cancers / T.E. Buffart, N.C. van Grieken, M. Tijs-sen, J. Coffa, B. Ylstra, H.I. Grabsch, C.J. van de Velde, B. Carvalho, G.A. Meijer // Vir-chows Arch. - 2009;455(3):213-23.

48. Chambers, A.F. Dissemination and growth of cancer cells in metastatic sites / A.F. Chambers, A.C. Groom, I.C. MacDonald // Nat Rev Cancer. - 2002;2:563-572.

49. Chambers, I. The transcriptional foundation of pluripotency / I. Chambers, S.R. Tomlinson // Development. - 2009;136(14):2311-22.

50. Chen, Z. Oct4, a novel marker for human gastric cancer / Z. Chen, W.R. Xu, H. Qian, W. Zhu, X.F. Bu, S. Wang, Y.M. Yan, F. Mao, H.B. Gu, H.L. Cao, X.J. Xu // J Surg Oncol. - 2009;99(7):414-9.

51. Chia, N.-Y. Molecular classification of gastric cancer // N.-Y. Chia, P. Tan // Ann Oncol. - 2016. - Vol. 27 (5). - P. 763-769.

52. Cho, E. Premenopausal dietary carbohydrate, glycemic index, glycemic load, and fiber in relation to risk of breast cancer / E. Cho, D. Spiegelman, D.J. Hunter, W.Y. Chen, G.A. Colditz W.C. Willett // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. - 2003 Nov; 12(11 Pt 1): 1153-8.

53. Crane, R. Aurora A, meiosis and mitosis / R. Crane, B. Gadea, L. Lit-tlepage, H. Wu, J.V. Ruderman // Biol. Cell. - 2004. 96 (3): 215-29.

54. Dar, A.A. Aurora kinase inhibitors-rising stars in cancer therapeutics? / A.A. Dar, L.W. Goff, S. Majid, J. Berlin, W. El-Rifai // Mol Cancer Ther. - 2010; 9: 268-278.

55. De Souza, C.R. MYC deregulation in gastric cancer and its clinicopatholog-ical implications / C.R. de Souza, M.F. Leal, D.Q. Calcagno, E.K. Costa Sozinho, N. Borges Bdo, R.C. Montenegro et al. // PLoS One. - 2013; 8: e64420.

56. Deng, N. A comprehensive survey of genomic alterations in gastric cancer

reveals systematic patterns of molecular exclusivity and co-occurrence among distinct therapeutic targets / N. Deng, L.K. Goh, H. Wang, K. Das, J Tao, I.B. Tan et al. // Gut. -2012; 61:673-684.

57. DeVita VT Jr, Lawrence TS, Rosenberg SA, eds. DeVita, Hellman, and Rosenberg's Cancer: principles & practice of oncology. 8th ed. Philadelphia: Wolters Kluwer/Lippincott Williams & Wilkins, 2008.

58. Fang, Z. APC gene deletions in gastric adenocarcinomas in a Chinese population: a correlation with tumour progression / Z. Fang, Y. Xiong, J. Li, L. Liu, W. Zhang, C. Zhang et al. // Clin Transl Oncol. - 2012; 14: 60-65.

59. Fang, Z. Copy-number increase of AURKA in gastric cancers in a Chinese population: a correlation with tumor progression / Z. Fang, Y. Xiong, J. Li, L. Liu, M. Li, C. Zhang et al. // Med Oncol. - 2011; 28: 1017-1022.

60. Fassan, M. High-throughput mutation profiling identifies novel molecular dysregulation in high-grade intraepithelial neoplasia and early gastric cancers / M. Fas-san, M. Simbolo, E. Bria, A. Mafficini, S. Pilotto, P. Capelli et al. // Gastric Cancer. -2014; 17:442-449.

61. Fuse, N. Prognostic impact of HER2, EGFR, and c-MET status on overall survival of advanced gastric cancer patients / N. Fuse, Y. Kuboki, T. Kuwata, T. Nishina, S. Kadowaki, E. Shinozaki et al. // Gastric Cancer. - 2016;19(1):183-91.

62. Gravalos, C. HER2 in gastric cancer: a new prognostic factor and a novel therapeutic target / C. Gravalos, A. Jimeno // Ann. Oncol. - 2008. - Vol.19(9). - P. 1523-1529.

63. Günther, T. Mdm2 gene amplification in gastric cancer correlation with expression of Mdm2 protein and p53 alterations / T. Günther, R. Schneider-Stock, C. Häckel, H.U. Kasper, M. Pross, A. Hackelsberger, H. Lippert //A Mod Pathol. - 2000 -Vol.13(6) - P.621-626.

64. Guo, X. Homeobox gene IRX1 is a tumor suppressor gene in gastric carcinoma / X. Guo, W. Liu, Y. Pan, P. Ni, J. Ji, L. Guo et al. // Oncogene. - 2010; 29: 39083920.

65. Ha S.Y. MET overexpression assessed by new interpretation method pre-

diets gene amplification and poor survival in advanced gastric carcinomas / S.Y. Ha, J. Lee, S.Y. Kang et al. // Modern Pathology. - 2013. - Vol.26. - P. 1632-1641. doi: 10.1038/modpathol.2013.108

66. Habas, R. Dishevelled and Wnt signaling: is the nucleus the final frontier? / R. Habas, I.B. Dawid // Journal of Biology. - 2005. 4 (1): 2.

67. Hastings, P.J. Mechanisms of change in gene copy number / P.J. Hastings, J.R. Lupski, S.M. Roseberg, G. Ira // Nature Reviews Genetics. - 2009.10:551-564.

68. Hayashi, H. The OCT4 pseudogene POU5F1B is amplified and promotes an aggressive phenotype in gastric cancer / H. Hayashi, T. Arao, Y. Togashi, H. Kato, Y. Fujita, M.A. De Velasco et al. // Oncogene. - 2015;34:199-208.

69. Hong, L. Prognostic value of epidermal growth factor receptor in patients with gastric cancer: a meta-analysis / L. Hong, Y. Han, J. Yang, H. Zhang, Y. Jin, L. Brain et al. // Gene. - 2013;529:69-72.

70. Howe, L.R. Wnt signaling and breast cancer / L.R. Howe, A.M. Brown // Cancer Biology & Therapy. - 2004. 3 (1): 36-41.

71. Hung, W.Y. Somatic mutations in mitochondrial genome and their potential roles in the progression of human gastric cancer / W.Y. Hung, C.W. Wu, P.H. Yin, C.J. Chang, A.F. Li, C.W. Chi et al. // Biochim Biophys Acta. - 2010;1800:264-270.

72. Hwang-Verslues, W.W. Loss of corepressor PER2 under hypoxia up-regulates OCT1-mediated EMT gene expression and enhances tumor malignancy / W.W. Hwang-Verslues, P.H. Chang, Y.M. Jeng, W.H. Kuo, P.H. Chiang, Y.C. Chang et al. // Proc Natl Acad Sci USA. - 2013; 110:12331-12336.

73. Janjigian, Y.Y. MET expression and amplification in patients with localized gastric cancer / Y.Y. Janjigian, L.H. Tang, D.G. Coit, D.P. Kelsen, T.D. Francone, M.R. Weiser et al. // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. - 2011;20:1021-1027.

74. Johnson, M. "Selective tumorigenesis in non-parenchymal liver epithelial cell lines by hepatocyte growth factor transfection" / M. Johnson, G. Koukoulis, K. Kochhar, C. Kubo, T. Nakamura, A. Iyer // Cancer Letters. - 1995. 96 (1): 37-48.

75. Jung, K.H. Progress in cancer therapy targeting c-Met signalingpathway / K.H. Jung, B.H. Park, S.S. Hong // Arch Pharm Res. - 2012; 35: 595-604.

76. Kang, J.U. AMY2 A: A possible tumor-suppressor gene of 1p21.1 loss in gastric carcinoma / J.U. Kang, S.H. Koo, K.C. Kwon, J.W. Park // Int J Oncol. - 2010; 36: 1429-1435.

77. Kang, J.U. ORAOV1 is a probable target within the 11q13.3 amplicon in lymph node metastases from gastric adenocarcinoma / J.U. Kang, S.H. Koo // Int J Mol Med. - 2012; 29: 81-87.

78. Katsha, A. AURKA regulates JAK2-STAT3 activity in human gastric and esophageal cancers / A. Katsha, J. Arras, M. Soutto, A. Belkhiri, W. El-Rifai // Mol Oncol. - 2014; 8: 1419-1428.

79. Kim, H.K. Three-gene predictor of clinical outcome for gastric cancer patients treated with chemotherapy / H.K. Kim, I.J. Choi, C.G. Kim, H.S.Kim, A. Oshi-ma, Y. Yamada et al. // Pharmacogenomics J. - 2012. - Vol. 12. - P. 119-127.

80. Kim, J.W. Cancer's molecular sweet tooth and the Warburg effect / J.W. Kim, C.V. Dang // Cancer Res. - 2006. 66 (18): 8927-8930.

81. Kim, S. High-Throughput Sequencing and Copy Number Variation Detection Using Formalin Fixed Embedded Tissue in Metastatic Gastric Cancer / S. Kim, J. Lee, M.E. Hong, I.-G. Do, S.Y. Kang, S.Y. Ha, S.T. Kim, S.H. Park, W.K. Kang, M.-G. Choi, J.H. Lee, T.S. Sohn, J.M. Bae, S. Kim, D.-H. Kim, K.-M. Kim // PLoS One. -2014; 9(11): e111693.

82. Kit, O. Detection of gene copy number variation as predictive markers for metastases in patients with gastric cancer / O. Kit, D. Kutilin, D. Vodolazhsky, M. Tatimov, A. Maslov, L. Vladimirova // ESMO 18th World Congress on Gastrointestinal Cancer 29 June - 2 July 2016 Barcelona, Spain. doi:10.1093/annonc/mdw199.

83. Leal, M.F. MYC, TP53, and chromosome 17 copy-number alterations in multiple gastric cancer cell lines and in their parental primary tumors / M.F. Leal, D.Q. Calcagno, Borges Da Costa Jde F., T.C. Silva, A.S. Khayat, E.S. Chen et al. // J Bio-med Biotechnol. - 2011; 2011: 631268. doi: 10.1155/2011/631268. Epub 2011 Feb 23.

84. Lee, H.K. Prognostic significance of Bcl-2 and p53 expression in gastric cancer / H.K. Lee, H.S. Lee, H.K. Yang // Int. J. Colorectal. Dis. - 2003. - Vol. 18. -P.518-525.

85. Lee, J. Impact of MET amplification on gastric cancer: possible roles as a novel prognostic marker and a potential therapeutic target / J. Lee, J.W. Seo, H.J. Jun, C.S. Ki, S.H. Park, Y.S. Park et al. // Oncol Rep. - 2011. - Vol. 25. - P. 1517-1524.

86. Lee, K.E. Prognostic Significance of p53, nm23, PCNA and c-erbB-2 in Gastric Cancer / K.E. Lee, H-J. Lee, Y.H. Kim // Jap. J. Clin. Oncol. - 2003. - Vol. 33. -P. 173-179.

87. Lennerz, J.K. MET amplification identifies a small and aggressive subgroup of esophagogastric adenocarcinoma with evidence of responsiveness to crizotinib / J.K. Lennerz, E.L. Kwak, A. Ackerman, M. Michael, S.B. Fox, K. Bergethon et al. // J Clin Oncol. - 2011; 29: 4803-4810.

88. Lesko, A.C. The APC tumor suppressor is required for epithelial cell polarization and three-dimensional morphogenesis / A.C. Lesko, K.H. Goss, F.F. Yang, A. Schwertner, I. Hulur, K. Onel, J.R. Prosperi // Biochimica et Biophysica Acta. - 2015. 1853 (3): 711-723.

89. Li, Z. Cilia adenomatous polyposis coli and associated diseases / Z. Li, W. Li, L. Song, W. Zhu // Oncogene. - 2012; 31: 1475-1483.

90. Liang, L. Gastric cancer and gene copy number variation: emerging cancer drivers for targeted therapy / L. Liang, J-Y. Fang, J. Xu // Oncogene. - 2015. - Vol.35. - p. 1475-1482. doi: 10.1038/onc.2015.209.

91. Lopez-Lazaro, M. The Warburg effect: why and how do cancer cells activate glycolysis in the presence of oxygen? / M. Lopez-Lazaro // Anticancer Agents Med. Chem. - 2008. 8 (3): 305-312.

92. Lozano, R. Global and regional mortality from 235 causes of death for 20 age groups in 1990 and 2010: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2010 / R. Lozano, M. Naghavi, K. Foreman, S. Lim, K. Shibuya, V. Aboyans, J. Abraham, T. Adair, R. Aggarwal, S.Y. Ahn, M. Alvarado, H.R. Anderson, L.M. Anderson, K.G. Andrews, C. Atkinson, L.M. Baddour, S. Barker-Collo, D.H. Bartels, M.L. Bell, E.J. Benjamin, D. Bennett, K. Bhalla, B. Bikbov, A. Bin Abdulhak, G. Birbeck, F. Blyth, I. Bolliger, S. Boufous, C. Bucello // Lancet. - 2012. 380 (9859): 2095-128.

93. Marumoto, T. Aurora-A kinase maintains the fidelity of early and late mitot-

ic events in HeLa cells / T. Marumoto, S. Honda, T. Hara, M. Nitta, T. Hirota, E. Kohmura, H. Saya // J. Biol. Chem. - 2003. 278 (51): 51786-95.

94. Maslov, A. A. Copy number variation of genetic loci: A predictive marker of metastasis in stomach cancer patients / Andrey A. Maslov, Oleg Ivanovich Kit, Denis S. Kutilin, Martin Zamirovich Tatimov, Irina Tishchenko, Dmitry I. Vodolazhsky // 2016 ASCO Annual Meeting. J Clin Oncol 34, 2016 (suppl; abstr e23152).

95. Matsuoka, T. Recent advances in the HER2 targeted therapy of gastric cancer / T. Matsuoka, M. Yashiro // World J Clin Cases. - 2015; 3: 42-51

96. Mccarroll, S.A. Copy-number variation and association studies of human diseases / S.A. Mccarroll, D.M. Altshuler // Nature Genetics. - 2007. 39: 37-42.

97. Micalizzi, D.S. Epithelial-mesenchymal transition in cancer: parallels between normal development and tumor progression / D.S. Micalizzi, S.M. Farabaugh, H.L. Ford // Journal of Mammary Gland Biology and Neoplasia. - 2010.15 (2): 117-34.

98. Minde, David P. Large Extent of Disorder in Adenomatous Polyposis Coli Offers a Strategy to Guard Wnt Signalling against Point Mutations / David P. Minde, Martina Radli, Frederico Forneris, Madelon M. Maurice, Stefan G.D. Rüdiger; Ashley M. Buckle - ed. // PLoS ONE. - 2013. 8 (10): e77257.

99. Nitti, D. Recent advances in conventional and molecular prognostic factors for gastric carcinoma / D. Nitti, S. Mocellin, A. Marchet, P. Pilati, M. Lise // Surg Oncol Clin N Am. - 2008;17(3):467-83.

100. Nouri, M. Androgen-targeted therapy-induced epithelial mesenchymal plasticity and neuroendocrine transdifferentiation in prostate cancer: an opportunity for intervention / M. Nouri, E. Ratther, N. Stylianou, C.C. Nelson, B.G. Hollier, E.D.Williams // Front Oncol. - 2014. 4: 370.

101. Nusse, R. Wnt signaling in disease and in development / R. Nusse // Cell Research. - 2005.15 (1): 28-32.

102. Oh, H.S. Prognostic implications of EGFR and HER-2 alteration assessed by immunohistochemistry and silver in situ hybridization in gastric cancer patients following curative resection / H.S. Oh, D.W. Eom, G.H. Kang, Y.C. Ahn, S.J. Lee, J.H. Kim et al. // Gastric Cancer. 2014; 17: 402-411.

103. ÖZdemlR, M. Detection of kinase amplifications in gastric adenocarcinomas / M. ÖZdemlR, M. ÖZnur, E. QÍFtQÍ, B. Durak Aras, H. Asian, H. Saygili et al. // Turk J Med Sci. - 2014; 44:461-470.

104. Patel, R. Targeting the EGFR-family for therapy: Biological challenges and clinical perspective / R. Patel, H.Y. Leung // Curr Pharm Des. - 2012; 18: 2672-2679.

105. Pouysségur, J. Hypoxia signalling in cancer and approaches to enforce tumour regression / J. Pouysségur, F. Dayan, N.M. Mazure // Nature. - 2006;441:437-443.

106. Qian, J. OCT1 is a determinant of synbindin-related ERK signalling with independent prognostic significance in gastric cancer // J. Qian, X. Kong, N. Deng, P. Tan, H. Chen, J. Wang et al. // Gut. - 2014; 64: 12.

107. Qian, Z. Whole genome gene copy number profiling of gastric cancer identifies PAK1 and KRAS gene amplification as therapy targets / Z. Qian, G. Zhu, L. Tang, M. Wang, L. Zhang, J. Fu et al. // Genes Chromosomes Cancer. - 2014. - Vol. 53. - P. 883-894.

108. Rao, T.P. An updated overview on Wnt signaling pathways: a prelude for more / T.P. Rao, M. Kühl // Circulation Research. - 2010.106 (12): 1798-806.

109. Redon, R. Global variation in copy number in the human genome / R. Redon, S. Ishikawa, K.R. Fitch, L. Feuk, G.H. Perry, T.D. Andrews, H. Fiegler, M.H. Shapero, A.R. Carson, W. Chen, E.K. Cho, S. Dallaire, J.L. Freeman, J.R. González, M. Gratacos, J. Huang, D. Kalaitzopoulos, D. Komura, J.R. MacDonald, C.R. Marshall, R. Mei, L. Montgomery, K. Nishimura, K. Okamura, F. Shen, M.J. Somerville, J. Tchinda, A. Valsesia, C. Woodwark, F. Yang, J. Zhang, T. Zerjal, J. Zhang, L. Armengol, D.F. Conrad, X. Estivill, C. Tyler-Smith, N.P. Carter, H. Aburatani, C. Lee, K.W. Jones, S.W. Scherer, M.E. Hurles // Nature. - 2006;444(7118):444-54.

110. Ribeiro, H.F. Cytogenetic characterization and evaluation of c-MYC gene amplification in PG100, a new Brazilian gastric cancer cell line / H.F. Ribeiro, D.F.A. Alcántara, L.A. Matos, J.M.C. Sousa, M.F. Leal, M.A.C. Smith et al. // Braz J Med Biol Res. - 2010; 43: 717-721.

111. Scatena, R. Mitochondria and cancer: a growing role in apoptosis, cancer cell metabolism and dedifferentiation / R. Scatena // Adv Exp Med Biol. - 2012. -

Vol.942. - P.287-308.

112. Sheng, W.Q. HER2 status in gastric cancers: a retrospective analysis from four Chinese representative clinical centers and assessment of its prognostic significance / W.Q. Sheng, D. Huang, J.M. Ying, N. Lu, H.M. Wu, Y.H. Liu et al. // Ann Oncol. -2013; 24:2360-2364.

113. Shi, H. Prognostic significance of expression of cyclooxygenase-2 and vascular endothelial growth factor in human gastric carcinoma / H. Shi, J.M. Xu, N.Z. Hu, H.J. Xie // World J. Gastroenterol. - 2003. - Vol. 9. - P. 1421-1426.

114. Shi, J. Highly frequent PIK3CA amplification is associated with poor prognosis in gastric cancer / J. Shi, D. Yao, W. Liu, N. Wang, H. Lv, G. Zhang et al. // BMC Cancer. - 2012; 12: 50.

115. Shim, J.H. The effect of Helicobacter pylori CagA on the HER-2 copy number and expression in gastric cancer / J.H. Shim, J.H. Yoon, S.S. Choi, H. Ashktorab, D.T. Smoot, K.Y. Song et al. // Gene. - 2014; 546: 288-296.

116. Shinmura, K. TNK2 gene amplification is a novel predictor of a poor prognosis in patients with gastric cancer / K. Shinmura, S. Kiyose, K. Nagura, H. Igarashi, Y. Inoue, S. Nakamura et al. // J Surg Oncol. - 2014; 109: 189-197.

117. Song, Y. Correlation of HER-2/neu gene amplification and protein expression with the prognosis of advanced gastric patients / Y. Song, J. Huang, J.-W. Wang // Chin. J. Cancer. - 2010. - Vol. 29. - P. 71-75.

118. Sonoda, A. Genetic lineages of undifferentiated-type gastric carcinomas analysed by unsupervised clustering of genomic DNA microarray data / A. Sonoda, K. Mukaisho, T. Nakayama, V.T. Diem, T. Hattori, A. Andoh et al. // BMC Med Genomics. - 2013; 6: 25.

119. Stahl, P. Heterogeneity of amplification of HER2, EGFR, CCND1 and MYC in gastric cancer / P. Stahl, C. Seeschaaf, P. Lebok, A. Kutup, M. Bockhorn, J.R. Izbicki et al. // BMC Gastroenterol. - 2015. - Vol. 15. - P. 7.

120. Sugai, T. Analysis of genetic alterations associated with DNA diploidy, an-euploidy and multiploidy in gastric cancers / T. Sugai, W. Habano, Y.F. Jiao, M. Suzuki, A. Takagane, S. Nakamura // Oncology. - 2005;68(4-6):548-57.

121. Tahara, E. Genetic pathways of two types of gastric cancer / E. Tahara // IARC Sci. Publ. - 2004. - P. 327-349.

122. Takuji, G. Incidence in lymph node metastasis from early gastric cancer: estimation with a large number of cases at two large centers / G. Takuji, A. Yanagisawa, M. Sasako, H. Ono, Y. Nakanishi, T. Shimoda, Y. Kato // Gastric Cancer. - 2000. -Vol.3. - P. 219-225.

123. Teng, L. cMET as a potential therapeutic target in gastric cancer (Review) / L. Teng, J. Lu // Int J Mol Med. - 2013; 32: 1247-1254.

124. Trifanov, V.S. Study of copy number variations of OCT4 and SOX2 plu-ripotency genes in stomach tumors / Vladimir Sez Trifanov, Tanzila Beksultanovna Kazieva, Konstantin Vladimirovich Dvadnenko, Martin Zamirovich Tatimov, Alexander V. Snezhko, Sergey Vladimirovich Sanamyanc, Nikolai Borisovich Chizhikov, Oleg Ivanovich Kit. // 2015 ASCO Annual Meeting. J Clin Oncol 33, 2015 (suppl; ab-str e15095).

125. Tsai, P.C. The association between DNA copy number aberrations at chromosome 5q22 and gastric cancer / P.C. Tsai, S.W. Huang, H.L. Tsai, C.J. Ma, M.F. Hou, L.P. Yang et al. // PLoS One. - 2014; 9(9):e106624.

126. Tsugawa, K. Amplification of the c-met, c-erbB-2 and epidermal growth factor receptor gene in human gastric cancers: correlation to clinical features / K. Tsuga-wa, Y. Yonemura, Y. Hirono, S. Fushida, M. Kaji, K. Miwa, I. Miyazaki, H. Yamamoto // Oncology. - 1998. - Vol. 55. - P. 475-481.

127. Tuzun, E. Fine-scale structural variation of the human genome / E. Tuzun, et al. // Nature Genet. - 2005. 37, 727-732.

128. Varis, A. Coamplified and overexpressed genes at ERBB2 locus in gastric cancer / A. Varis, A. Zaika, P. Puolakkainen // Int. J. Cancer. - 2004. - Vol. 109. - P. 548-553.

129. Vidal, O. High preoperative serum vascular endothelial growth factor levels predict poor clinical outcome after curative resection of gastric cancer / O. Vidal, J.P. Metges, I. Elizalde, M. Valentini, A. Volant, R. Molina, A. Castells, M. Pera // Br. J. Surg. - 2009. - Vol. 96. - P. 1443-1451.

130. Wang, J. ArhGAP30 promotes p53 acetylation and function in colorectal cancer / J. Wang, J. Qian, Y. Hu, X. Kong, H. Chen, Q. Shi et al. // Nat Commun. -2014; 5: 4735

131. Wang, X. Recurrent amplification of MYC and TNFRSF11B in 8q24 is associated with poor survival in patients with gastric cancer / X. Wang, Y. Liu, D. Shao, Z. Qian, Z. Dong, Y. Sun et al. // Gastric Cancer. - 2016;19(1):116-27.

132. Wang, Y-D. OCT4 promotes tumorigenesis and inhibits apoptosis of cervical cancer cells by miR-125b/BAK1 pathway / Y-D. Wang, N. Cai1, X-L. Wu, H-Z. Cao, L-L. Xie, P-S. Zheng // Cell Death and Disease. - 2013. - Vol.4. e760.

133. World Cancer Report 2014. Chapter 1.1.World Health Organization. 2014. ISBN 9283204298

134. Wu, C-S. Predictive Role of Nuclear Factor-KB Activity in Gastric Cancer: A Promising Adjuvant Approach WithCaffeic Acid Phenethyl Ester / C-S. Wu, M-F. Chen, I-L. Lee, S-Y. Tung // Journal of Clinical Gastroenterology. - 2007. - Vol. 41(10). - P. 894-900.

135. Xu, J. Unequal prognostic potentials of p53 gain-of-function mutations in human cancers associate with drug metabolizing activity / J. Xu, J. Wang, Y. Hu, J. Qian,

B. Xu, H. Chen et al. // Cell Death Dis. - 2014; 5: e1108.

136. Yen, C.C. Integrating bioinformatics and clinicopathological research of gastrointestinal stromal tumors: identification of aurora kinase A as a poor risk marker /

C.C. Yen, C.N. Yeh, C.T. Cheng, S.M. Jung, S.C. Huang, T.W. Chang et al. // Ann Surg Oncol 2012; 19: 3491-3499.

137. Yoon, J.H. Inactivation of the Gastrokine 1 gene in gastric adenomas and carcinomas / J.H. Yoon, J.H. Song, C. Zhang, M. Jin, Y.H. Kang, S.W. Nam et al. // J Pathol. - 2011; 223:618-625.

138. Yoon, J.H.The role of gastrokine 1 in gastric cancer / J.H. Yoon, W.S. Choi, O. Kim, W.S. Park // J Gastric Cancer. - 2014. - Vol.14(3). - P. 147-155. doi: 10.5230/jgc.2014.14.3.147.

139. Yoshida, S. Gene amplification of ribosomal protein S6 kinase-1 and -2 in gastric cancer / S. Yoshida, K. Matsumoto, T. Arao, H. Taniguchi, I. Goto, T. Hanafusa

et al. // Anticancer Res. - 2013; 33: 469-475.

140. Zarrei, M. A copy number variation map of the human genome / M. Zarrei, J.R. MacDonald, D. Merico, S.W. Scherer // Nature Reviews Genetics. - 2015.

141. Zhang, L. The impact of C-MYC gene expression on gastric cancer cell / L. Zhang, Y. Hou, H. Ashktorab, L. Gao, Y. Xu, K. Wu et al. // Mol Cell Biochem. - 2010; 344: 125-135.

142. Zhang, X.L. Comparative study on overexpression of HER2/neu and HER3 in gastric cancer / X.L. Zhang, Y.S. Yang, D.P. Xu, J.H. Qu, M.Z. Guo, Y. Gong, J. Huang // World J. Surg. - 2009. - Vol. 33. - P. 2112-2118.

143. Zhao, S. Expression of OCT4 pseudogenes in human tumours: lessons from glioma and breast carcinoma / S. Zhao, Q. Yuan, H. Hao, Y. Guo, S. Liu, Y. Zhang et al. // J Pathol. - 2011; 223: 672-682.

144. Zhu, G.J. Detection of Her-2/neu expression in gastric cancer: Quantitative PCR versus immunohistochemistry / G.J. Zhu, C.W. Xu, M.Y. Fang, Y.P. Zhang, Y. Li // Exp Ther Med. - 2014; 8: 1501-1507.