Многофакторный анализ в оптимизации диагностики регионарного метастазирования при раке шейки матки тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Кечерюкова Мадина Мажитовна

• Кечерюкова Мадина Мажитовна
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Кечерюкова Мадина Мажитовна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Рак шейки матки: эпидемиологические данные, современные подходы к диагностике и лечению

1.2. Соматические геномные изменения

1.3. Омиксная характеристика молекулярных подгрупп рака шейки матки

1.4. Молекулярные механизмы и маркеры регионарного

метастазирования при раке шейки матки

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Дизайн исследования

2.2. Характеристика больных раком шейки матки

2.3. Методы исследования

2.3.1. Клиническое и инструментальное обследование

2.3.2. Биоинформационный анализ данных

2.3.3. Лазерная микродиссекция с бесконтактным захватом

2.3.4. Определение показателя относительной копийности генов в опухолевых и нормальных клетках

2.3.5. Определение показателя относительной копийности генов во внДНК плазмы крови

2.4. Методы статистической обработки полученных данных

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Анализ данных проектов The Cancer Genome Atlas (TCGA)

3.2. Особенности копийности генов в клетках первичной опухоли у больных раком шейки матки без поражения регионарных лимфоузлов

3.3. Особенности копийности генов в клетках первичной опухоли у больных раком шейки матки с метастатическим поражением регионарных лимфоузлов

3.4. Особенности копийности генов в клетках метастазов в регионарных

лимфатических узлах у больных раком шейки матки

ГЛАВА 4. МАЛОИВАЗИВНАЯ ДИАГНОСТИКА МЕТАСТАТИЧЕСКОГО И НЕМЕТАСТАТИЧЕСКОГО РАКА ШЕЙКИ МАТКИ

4.1. Оценка уровня копийности генетических локусов во внеклеточной ДНК больных раком шейки матки

4.2. Малоинвазивная диагностики метастатического поражения регионарных лимфатических узлов у больных раком шейки матки на

основании уровня копийности генов во внеклеточной ДНК

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Многофакторный анализ в оптимизации диагностики регионарного метастазирования при раке шейки матки»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность и степень разработанности темы исследования

По состоянию на 2022 год рак шейки матки (РШМ) остается наиболее частой злокачественной опухолью женской репродуктивной системы и ключевой причиной летальных исходов от онкогинекологической патологии во всем мире. Так, по данным Всемирной организации здравоохранения, в мире каждый год РШМ заболевают более шестиста тысяч женщин (большая часть в развивающихся странах) и более трёхсот тысяч женщин умирают от этой патологии (Bшrmeister CA. et а1., 2022). В Российской Федерации РШМ занимает восьмое место в структуре онкологической патологии и третье место среди опухолей женской репродуктивной системы. В течение последних 10 лет регистрируется до 15 тыс. впервые заболевших. В настоящее время отмечен прирост показателей заболеваемости РШМ более чем на 20%. Летальность больных РШМ в течение года с момента установления диагноза составляет 14,3% (Каприн А.Д. и соавт., 2020). При этом в структуре заболеваемости ранние стадии рака составляют лишь немного менее 50% случаев (Давыдов М.И., Аксель Е.М., 2014).

Возникновение метастазов РШМ обусловлено первичным лимфогенным и гематогенным распространением опухоли. Уже при первой стадии метастазы в лимфоузлах диагностируют у 17% больных; при второй стадии - у 34%; при третьей стадии у более чем 50% больных. Двустороннее поражение тазовых лимфатических узлов характеризуется более неблагоприятным прогнозом, чем одностороннее: 5-летняя выживаемость составляет 22% и 70% соответственно (Максимов С.Я. и соавт., 2004).

Примерно половина всех больных РШМ являются кандидатами на хирургическое лечение в объеме радикальной гистерэктомии (РГ) III типа (Операция Вертгейма-Мейгса). В результате операции Вертгейма-Мейгса образуется большая раневая поверхность, а в забрюшинных пространствах малого таза скапливается раневой экссудат в значительных количествах, что приводит к таким побочным явлениям, как воспалительные инфильтраты

забрюшинных пространств таза и лимфатические кисты, делающие невозможным своевременное проведение у больных послеоперационной лучевой терапии (Васьковская О.В., Дигай Л.К., 2013; Kenter G., Heintz A.P., 2002).

К сожалению, на сегодняшний день все неинвазивные диагностические методы (ультразвуковая томография малого таза, магнитно-резонансная и компьютерная томография с контрастным усилением) не дают 100% точности в оценке распространенности опухоли: специфичность современных методов для выявления лимфогенных метастазов составляет не более 80%. Основной проблемой является диагностика микро-метастазов в лимфоузлах размерами до 2 мм (Трухачева Н. Г., Фролова И. Г., Коломиец Л. А., 2015).

В отечественной и зарубежной литературе приводятся данные об определении так называемых «сторожевых» лимфатических узлов при раке шейки матки. Выполнение биопсии лимфоузлов является диагностически важным подходом, используемым для определения вовлеченности лимфатических узлов первого порядка в опухолевый процесс, и влияющим на планирование дальнейшей тактики лечения. Хорошо изучен метод радионуклидного определения лимфатических узлов (Чернышова А.Л. и соавт., 2015), заключающийся в предоперационной инъекции в строму шейки матки радиоактивного препарата с последующим проведением ОФЭКТ/КТ и проведении интраоперационного скрининга при помощи портативного гамма-сканера.

С 2002 года в мировой практике отмечается использование лимфотропных красителей для картирования лимфатических узлов (Holub Z. et al., 2002). Наиболее часто применяются следующие несколько типов красителей - изосульфан синий, метиленовый синий и индигокармин. Но необходимо применение их в комбинации с радиопрепаратами, так как при применении только красителей результаты детекции были неудовлетворительными (Altgassen C. et al., 2008). В последнее десятилетие перспективным считается применение флуоресцентного препарата ICG

(индоцианин зеленый). Вскоре после того, как флуоресцентный препарат вводится в шейку матки, лимфатические протоки окрашиваются, и через некоторое время визуализируются лимфатические узлы. В проспективном исследовании Мкртчян Г.Б. с соавт. (2018) показана эффективность определения лимфатических узлов флюоресцентным методом с использованием ICG при РШМ.

Геномные изменения при раке шейки матки, в частности амплификации в хромосомах 1q, 3q и 5p, были зарегистрированы во многих исследованиях. Потенциальные гены, представляющие интерес в этих областях амплификации, включают LAMP3, CCND1, PROX1 и PRKAA1. LAMP3 находится в области, имеющей большое значение для канцерогенеза шейки матки. Высокая экспрессия этого гена связана с повышенным метастатическим потенциалом при раке шейки матки. Ген PROX1 является специфическим маркером лимфатического эндотелия, участвующим в регуляции развития лимфатической системы. PRKAA1, клеточный регулятор метаболического стресса, может способствовать росту опухолевых клеток в условиях стресса и является потенциальным маркером канцерогенеза шейки матки. CCND1 - генетический маркер клеточной пролиферации. Сверхэкспрессия CCND1 также связана с метастазами в лимфатические узлы. Т.е. результаты исследований последнего десятилетия свидетельствуют, что показатель копийности генов является потенциальным новым предиктором метастазирования в лимфатические узлы. Однако исследования по данной тематике не многочисленны и, как правило, выполнены на выборках не большого объема (Guo Y. et al., 2023; Han S. et al., 2023; He H. et al., 2024).

Таким образом, проблема своевременной диагностики и выбор оптимального режима лечения РШМ остаются актуальными и до конца не решенными.

Цель исследования: биоинформационный и лабораторный анализ молекулярно-генетических маркеров регионарного метастазирования злокачественных опухолей шейки матки для разработки методов

малоинвазивной диагностики определения забрюшинных метастатических лимфатических узлов.

Задачи исследования

1. Провести биоинформационный анализ открытых баз данных с целью выявления панели потенциальных генетических маркеров регионарного метастазирования при раке шейки матки.

2. Валидировать выявленную в ходе биоинформационного анализа панель генов на образцах клеток (нормальных и опухолевых клеток шейки матки) больных раком шейки матки 1а2 - IIa1, IIIcl стадий, полученных путем лазерной микродиссекции с бесконтактным захватом.

3. Провести оценку показателя копийности генов, валидированных на образцах нормальных и опухолевых клеток шейки матки, во внеклеточной ДНК плазмы крови больных.

4. Разработать малоинвазивный метод на основе определения показателя копийности генов для идентификации регионарного метастазирования при раке шейки матки.

Научная новизна исследования

Впервые использована комбинация методов биоинформационного скрининга и молекулярных методов для определения перечня генетических локусов обладающих дифференциальным уровнем копийности в опухолевых клетках больных РШМ без метастатического поражения лимфатических узлов и в опухолевых клетках больных РШМ с метастатическим поражением лимфатических узлов. Выявлена дифференциальная копийность EP300, TTN, MUC4, DMD, DST, LAMP3, TORC2, TP53, FOXO3, PIK3CA, KMT2C, SPEN, ERBB3, APC, STK11, CASP8, HLA-A, IGSF1, TMTC1, PPARGC1A и CCND1 в опухолевых клетках больных РШМ без метастатического поражения лимфатических узлов, в опухолевых клетках больных РШМ с метастатическим поражением лимфатических узлов и в метастатических клетках из регионарных лимфатических узлов у больных РШМ. Установлено, что во внДНК плазмы крови больных РШМ с метастазами в регионарные лимфоузлы статистически

значимо повышена копийности генов PIK3CA, EP300, SPEN, ERBB3, APC, LAMP3, CCND1 и снижена копийность HLA-A, TTN, MUC4, DST и PPARGC1A относительно копийности этих генов во внДНК плазмы крови больных РШМ без метастазов в регионарных лимфоузлах.

Теоретическая и практическая значимость работы Полученные результаты раскрывают молекулярные механизмы развития метастазирования при раке шейки матки. Использование разработанного способа малоинвазивной диагностики забрюшинных метастатических лимфатических узлов на основе определения показателя копийности генов CCND1 и PPARGC1A во внеклеточной ДНК плазмы крови на дооперационном этапе позволит уточнить стадию заболевания и выбрать оптимальный режим лечения.

Выявленные молекулярно-генетические маркеры позволяют провести дифференциальную диагностику метастатического и не метастатического рака шейки матки, а также разработать способ малоинвазивной диагностики забрюшинных метастатических лимфатических узлов на основе определения показателя копийности генов во внеклеточной ДНК плазмы крови.

Методология и методы диссертационного исследования Работа выполнена в комбинированном дизайне биоинформационного, ретроспективного и проспективного исследования с использованием анамнестических, общеклинических, лабораторных, молекулярных и математических методов исследования. Обработка цифрового материала выполнена методами современной статистики с использованием U-критерия Манна-Уитни, критерия Краскела-Уоллиса, одностороннего точного критерия Фишера, LASSO-пенализованной логистической регрессии с помощью языка программирования R (в среде R-Studio) и пакета статистических программ Statistica 10.0 (StatSoft, США).

Основные положения, выносимые на защиту 1. Показатели копийности генов EP300, TTN, MUC4, DMD, DST, LAMP3, TORC2, TP53, FOXO3, PIK3CA, KMT2C, SPEN, ERBB3, APC, STK11,

CASP8, HLA-A, IGSF1, TMTC1, PPARGC1A и CCND1 статистически значимо отличаются в опухолевых клетках больных РШМ без метастатического поражения лимфатических узлов, в опухолевых клетках больных РШМ с метастатическим поражением лимфатических узлов и в клетках метастазов из регионарных лимфатических узлов у больных РШМ, а также имеют высокую положительную корреляцию с этими показателями во внеклеточной ДНК больных РШМ.

2. Показатели копийности генов EP300, LAMP3, TORC2, FOXO3 и TP53 обладают высоким потенциалом в качестве молекулярных маркеров для малоинвазивного выявления РШМ, а показатели копийности генов PIK3CA, SPEN, ERBB3, APC, CCND1, HLA-A, TTN, MUC4, DST и PPARGC1A - для малоинвазивного выявления метастатического поражения регионарных лимфатических узлов у больных РШМ.

Степень достоверности результатов исследования и их апробация

Определена достаточным количеством больных, включенных в исследование, формированием групп сравнения, сопоставимых по своим характеристикам, современными и разнообразными методами исследования (биоинформационный, молекулярный), корректно подобранными вариантами математической обработки. Сформулированные положения, выносимые на защиту, выводы и практические рекомендации обоснованы, аргументированы и становятся логическим заключением комплексного анализа полученных результатов.

Апробация диссертации состоялась 28 марта 2023 года на заседании проблемной комиссии Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Ростовский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации.

10

Публикации

Материалы исследования опубликованы в 7 печатных работах, из них 2 статьи - в журналах, рекомендованных ВАК при Минобрнауки России для публикации основных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата медицинских наук, получен патент РФ на изобретение.

Личный вклад автора в исследование Автором был проведен: анализ открытых баз данных для выявления панели потенциальных генетических маркеров регионарного метастазирования при раке шейки матки, а также было проведено определение показателя копийности этих генов в образцах нормальных и опухолевых клеток шейки матки и во внеклеточной ДНК больных. Заполнение выписки из протоколов обследования и лабораторных журналов, ведение компьютерной базы данных обследованных пациентов с диагнозом рак шейки матки осуществлялись лично автором в соответствии с фактическими данными, датой проведения исследования, фамилией обследуемого. Диссертантом проведены анализ статистических данных, полученной научной информации, интерпретация результатов исследования.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности Научные положения диссертации соответствуют пункту 2 направления исследований паспорта научной специальности 3.1.6. Онкология, лучевая терапия.

Объем и структура диссертации

Диссертация изложена на 103 страницах машинописного текста; состоит из введения, обзора литературы, характеристики клинического материала и методов исследования, 2 глав результатов собственных исследований, заключения, выводов, практических рекомендаций, указателя литературы, включающего 119 источников. Работа иллюстрирована 12 таблицами и 33 рисунками.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Рак шейки матки: эпидемиологические данные, современные подходы

к диагностике и лечению

Во всем мире каждый год регистрируют более 600 тысяч новых случаев рака шейки матки (РШМ) и более 300 тысяч смертей от него (Sung H. et al., 2021; Burmeister C.A. et al., 2022). В Российской Федерации РШМ у женского населения занимает пятое место (5,2%) в структуре заболеваемости злокачественными новообразованиями (ЗН). При этом у всех заболевших в возрасте до 30 лет РШМ развивается в 4,6% случаев, что занимает 4-е место из числа наиболее часто развивающихся ЗН. В структуре смертности женщин в возрастной группе 30-39 лет РШМ занимает первое место, составляя 21,3%. (Каприн А.Д. и соавт., 2022), что отмечается и в развивающихся странах (Sung H. et al., 2021).

Ранние стадии РШМ зачастую протекают без клинических симптомов, что указывает на необходимость ранней диагностики и скрининга (Максимов С.Я. и соавт., 2008). Все неинвазивные методы, используемые в диагностике РШМ (ультразвуковая томография малого таза, магнитно-резонансная и компьютерная томография с контрастным усилением) не дают 100% точности в оценке распространенности опухоли: специфичность современных методов для выявления лимфогенных метастазов составляет не более 80%. Важной проблемой является диагностика микро-метастазов в лимфатических узлах размерами до 2 мм (Трухачева Н. Г. и соавт., 2015).

Как правило, ранние стадии рака шейки матки лечат хирургическим методом или лучевой терапией, но в настоящее время метастатический рак шейки матки имеет неблагоприятный прогноз и поэтому необходимы новые диагностические и терапевтические стратегии (Uyar D., Rader J., 2014; Guo Y. et al., 2023; He H. et al., 2024).

Порядка 95% случаев РШМ ассоциированы с персистирующими инфекциями вируса папилломы человека (ВПЧ) (World Health Organization (ВОЗ), 2020г., Schiffman M. et al., 2011). Хотя большинство инфекций ВПЧ со

временем элиминируются из тканей, некоторые сохраняются десятилетиями и экспрессируют вирусные онкогены, инактивирующие р53 и RB, что приводит к нестабильности генома и накоплению соматических мутаций (Moody C.A., Laimins L.A., 2010; Димитриади Т.А. и соавт., 2020).

Поэтому обзор литературы посвящен всестороннему анализу баз данных и литературы по инвазивному раку шейки матки, с акцентом на выявление фц клинических и молекулярных ассоциаций, а также функционально измененных сигнальных путей, которые могут стимулировать онкогенез и метастазирование, и служить прогностическими или терапевтическими маркерами.

1.2 Соматические геномные изменения

В 2021 году в работе Кечерюковой М.М. и соавторами была представлена информация об анализе 337 образцов опухолей шейки матки из базы данных TCGA. Эти образцы содержали более 40 тысяч соматических мутаций, в том числе 24551 миссенс, 2470 нонсенс, 9260 сайленс, 5841 некодирующих, 535 сплайс-сайтов, 74 нон-стоп мутаций, 475 вставок и делеций со смещением рамки считывания (Indels) и 118 инсерций в рамке считывания. Одиннадцать опухолей с наибольшей частотой мутаций (> 600 на образец) были классифицированы как «гипермутанты» (Кечерюкова М.М. и соавт., 2021).

В 2015 году Chung T.K.H. и соавторами были выделены 14 генов с наибольшей частотой мутации с использованием алгоритма MutSig2CV. В качестве новых статистически значимо мутированных генов (СМГ) при раке шейки матки были определены SHKBP1, ErbB3, Casp8, HLA-A и TGFBR2, а также было подтверждено, что PIK3CA, EP300, FBXW7, HLA-B, PTEN, NFE2L2, ARID1A, KRAS и MAPK1 являются статистически значимо мутированными, как было показано ранее Ojesina A.I. et al. (2014) (рисунок 1.1).

В таблице 1.1 показано сравнение СМГ, идентифицированных на основе данных TCGA и ранее опубликованных данных. Мутации в 7 из 14 СМГ (по данных TCGA) присутствовали по меньшей мере в одной плоскоклеточной карциноме и одной аденокарциноме. Однако, мутации в HLA-A, HLA-B,

NFE2L2, MAPK1, Casp8, SHKBP1 и TGFBR2 были найдены исключительно в плоскоклеточных опухолях.

I Да □ Нет

Рисунок 1.1. Генетические аберрации при РШМ (А - гены со значимыми мутациями, Б -изменения количества копий генов, В - образцы рака шейки матки, упорядоченные по гистологии и частоте мутаций, Г - клинические особенности исследованных образцов. (Рисунок составлен с использованием материалов размешенных в базе TCGA и работы

Chung T.K.H. и соавторов)

В гене PIK3CA выявлены в основном активирующие мутации E542K и E545K, что схоже с результатами полученными по раку мочевого пузыря (Cancer Genome Atlas Network, 2014) и ВПЧ-позитивному плоскоклеточному раку головы и шеи (HNSCs), но отличаются от данных по раку молочной железы и большинству других видов рака (Cancer Genome Atlas Network, 2015).

Одной из важных молекулярно-генетических характеристик любых злокачественных опухолей является показатель копийности генов (Copy Number Variation (CNV)). CNV - особый генетический полиморфизм, приводящий к снижению или же увеличению числа копий определенного гена, и, следовательно, изменяющий экспрессию продукта гена - белка или не кодирующей РНК (Xie C., Tammi M.T., 2009; Кутилин Д.С., Кечерюкова М.М.,

2022; Кутилин Д.С., 2020; Кутилин Д.С. и соавт., 2019; Колесников Е.Н. и соавт., 2019; Кит О.И. и соавт., 2014).

Таблица 1.1 - Сравнение результатов MUTSIG2CV (TCGA) и данных

литературы

Данные TCGA (без гипермутантов) (n=181) Данные Ojesina et al. (n=115)

Ген q-value Ген q-value

FBXW7 1.02E-12 FBXW7 7.16E-11

KRAS 1.02E-12 KRAS 0.00347

MAPK1 3.69E-08 MAPK1 0.00304

PTEN 1.17E-06 PTEN 3.29E-05

HLA-A 4.38E-06 HLA-A 0.439

HLA-B 2.95E-05 HLA-B 0.0065

ARID1A 4.76E-04 ARID1A 1.00E+00

EP300 1.35E-03 EP300 0.00418

PIK3CA 2.92E-03 PIK3CA <1.82e-11

NFE2L2 6.41E-03 NFE2L2 0.14

CASP8 3.13E-02 CASP8 0.141

ERBB3 5.80E-02 ERBB3 1.00E+00

STK11 1.00E+00 STK11 0.138

Данные TCGA (без гипермутантов) Данные Ojesina et al.

Плоскоклеточный рак (n=148) Плоскоклеточный рак (n=79)

Ген q-value Ген q-value

FBXW7 2.70E-08 FBXW7 4.03E-12

MAPK1 3.64E-08 MAPK1 6.71E-04

HLA-A 1.84E-06 HLA-A 2.81E-01

HLA-B 1.24E-05 HLA-B 1.69E-03

PTEN 2.23E-04 PTEN 6.93E-02

NFE2L2 2.85E-03 NFE2L2 5.97E-02

EP300 5.51E-03 EP300 3.54E-02

PIK3CA 6.92E-03 PIK3CA 9.08E-12

CASP8 2.68E-02 CASP8 1.10E-01

ERBB3 7.22E-02 ERBB3 1.00E+00

KRAS 7.22E-02 KRAS 1.00E+00

TGFBR2 7.22E-02 TGFBR2 1.00E+00

SHKBP1 8.45E-02 SHKBP1 1.00E+00

STK11 1.00E+00 STK11 1.20E-02

Данные TCGA (без гипермутантов) Данные Ojesina et al.

Аденокарцинома (n=30) Аденокарцинома (n=24)

Ген q-value Ген q-value

KRAS 1.38E-09 KRAS 1.31E-01

ARID1A 8.78E-04 ARID1A 9.38E-01

CBFB 1.00E+00 CBFB 3.42E-02

ELF3 1.00E+00 ELF3 3.00E-02

Рисунок 1.2. Хромосомная локализация амплификаций (красный) и делеций (синий) генов.

Значения представлены по шкале -log10q для образцов TCGA. На пиках диаграмм указаны драйверные гены и общее количество генов в этой области. (Рисунок составлен путем компиляции материалов размешенных в базе TCGA)

Проанализировав данные TСGА по РШМ, исследователи выявили изменение копийности в среднем 88 генов на опухолевый образец, что меньше, чем значения при HNSC и раке яичников (Cancer Genome Atlas Research Network, 2011, 2013, Цандекова М.Р. и соавт., 2020). Применение алгоритма GISTIC 2.0 выявило 26 амплификаций генов и 37 делеций (рисунок 1.2). Амплификации были идентифицированы в участках 7p11.2 (EGFR , 17%),

9p24.1 (CD274 , PDCD1LG2, 21%), 13q22.1 (KLF5, 18%) и 16p13.13 (BCAR, 420%), 3q26.31 (TERC, MECOM, 78%), 3q28 (TP63, 77%), 8q24.21 (MYC, PVT1, 42%), 11q22.1 (YAP1, BIRC2, BIRC3, 17%) и 17q12 (ERBB2, 17%) (Qiu L. et al., 2022).

Делеции были идентифицированы в 3p24.1 (TGFBR2, 36%) и 18q21.2 (SMAD4, 28%), 4q35.2 (FAT1, 36%) и 10q23.31 (PTEN, 31%). Кластер с большими изменениями числа копий генов в основном содержал плоскоклеточные опухоли с амплификациями участков 11q22 (YAP1, BIRC2 , BIRC3) и 7p11.2 (EGFR), в то время как кластер с низкой частотой изменения числа копий генов, включал большинство аденокарцином и был представлен опухолями с делециями TGFBR2 и SMAD4, а также амплификациями ERBB2 и KLF5 (рисунок 1.3) (Qiu L. et al., 2022).

Примечательно, что в обеих группах выявлены амплификации CD274 (PD-L1) и PDCD1LG2 (PD-L2), которые статистически значимо коррелировали (P <0.0001) с экспрессией двух ключевых иммунных цитолитических эффекторных генов - гранзима A и перфорина (Rooney M.S. et al., 2015). Это подчеркивает потенциал иммунотерапевтических стратегий для некоторых видов рака шейки матки.

Структурные перестройки были идентифицированы с помощью данных секвенирования РНК (RNA-seq) (TCGA, n=178) и данных секвенирования всего генома (WGS) (Qiu L. et al., 2022).

RNA-seq и WGS выявили 22 структурные перестройки у 14 пациентов. В общей сложности было обнаружено 26 слияний (рисунок 1.4). Анализ данных RNA-seq выявил четыре образца с 16p13 слияниями гена ZC3H7A - BCAR4, в результате чего экзон 1 ZC3H7A был связан с последним экзоном BCAR4. WGS обнаружил тандемную дупликацию и увеличение числа копий BCAR4 на хромосоме 16p13.13 (Qiu L. et al., 2022).

Рисунок 1.3. Графики амплификаций и делеций генов по CNV-кластерам (получены с

помощью модуля GISTIC2.0)

Рисунок 1.4. Слияния генов CPSF6-C9orf3, ARL8B-ITPR1 и MYH9-TXN2, FGFR3-TACC3, обнаруженных в исследованиях RNA-seq (составлен на основании данных TCGA)

BCAR4 - это длинная некодирующая РНК, усиливающая пролиферацию клеток при резистентном к эстрогену раке молочной железы, она активирует сигнальный путь HER2/HER3, способствуя метастазированию (Godinho M.F. E., 2012). Ингибитор EGFR/HER2 - лапатиниб противодействует росту опухоли, вызванной BCAR4 in vitro, что требует дальнейших исследований для оценки потенциала этого терапевтического средства при BCAR4-позитивном раке шейки матки (Godinho M.F.E., 2012). В целом, как и исследование самих длинных некодирующих РНК при раке шейки матки, т.к. потенциал этих нуклеиновых кислот в качестве маркеров метастазирования показан при некоторых онкологических заболеваниях, например, колоректальном раке (Kutilin D.S. et all., 2021).

1.3 Омиксная характеристика молекулярных подгрупп рака шейки матки

Использование в последнее десятилетие биоинформационных подходов позволило интегрировать данные о копийности генов, метилировании, экспрессии мРНК и микроРНК и показать молекулярную гетерогенность рака шейки матки. Было идентифицировано 3 кластера, соответствующие кластерам экспрессии мРНК: кластер (к-1) - плоскоклеточный рак с высокой экспрессией семейства кератиновых генов, кластер (к-2) - плоскоклеточный рак с более

низкой экспрессией генов кератина и кластер аденокарцином (к-3). Мутации в генах KRAS, ERBB3 и HLA-A были связаны с кластерами, при этом мутации KRAS не были обнаружены в кластере с высоким уровнем экспрессии генов кератина, а мутации HLA-A отсутствовали в кластере аденокарцином (рисунок 1.5). Гены ARID1A, NFE2L2 и PIK3CA были дифференциально экспрессированы в кластерах 1 и 2 (Shen R. et al., 2009, Кечерюкова М.М. и соавт., 2020).

По уровню метилирования ДНК в настоящее время плоскоклеточный РШМ можно разделить на три группы, включая кластер CpG-островков с гиперметилированием (CIMP (CpG island methylator phenotype)-high), кластер с промежуточным уровнем CIMP и кластер с низким уровнем CIMP, которые были связаны с уровнем мРНК генов эпителиально-мезенхимального перехода (EMT) (Byers L.A., 2013).

Значительная часть исследованных образцов аденокарцином, представленных в TCGA, имеет только высокий уровень CIMP, в отличии от плоскоклеточного рака (рисунок 1.5). При сравнении опухолевых образцов шейки матки с нормальными, взятыми из 12 проектов TCGA, было идентифицировано более 1000 эпигенетически подавленных генов, включая ZNF, ADAM, ADAMTS и COL, которые были в большей степени метилированы в опухолевых тканях, чем в нормальных (Кечерюкова М.М. и соавт., 2020).

По уровню экспрессии микро-РНК выделяют 6 подгрупп-кластеров РШМ. При этом образцы аденокарцином лишь частично перекрывались с образцами плоскоклеточного рака по экспрессии микро-РНК, и отличались высокой экспрессией miR-375 и низкой экспрессией miR-205-5p и miR-944 (рисунок 1.6). Следует отметить, что уровни экспрессии miR-99a-5p и miR-203a (опухолевые супрессоры) были значительно выше в образцах с высоким уровнем экспрессии гена кератина, чем в образцах с низким уровнем экспрессии этого гена (Chakravarthy A. et al., 2022).

Среди всех микро-РНК, которые отрицательно коррелируют с 22 генами и белками, выделяются микро-РНК семейства miR-200, коррелирующие с EMT-

связанными факторами транскрипции ZEB1, ZEB2 и 3^12, генами YAP1, ERBB2, ЕКВВЗ и ЛХЬ и геном рецептора эстрогена ESR1.

Рисунок 1.5. Омиксная характеристика опухолей шейки матки

А. Результаты кластерного анализа 178 образцов РШМ с использованием данных мРНК, метилирования, микроРНК и вариации числа копий (CNV). Представленные характеристики включают гистологию, статус ВПЧ и статус интеграции ВПЧ, UCEC-подобный статус, уровень мутагенеза APOBEC, показатель мРНК EMT, чистоту опухоли и три SMG ( KRAS , ERBB3 и HLA-A ), которые значительно связаны между тремя кластерами, идентифицированными с помощью iCluster. Б. Тепловая карта кластеров (данные по мРНК, микроРНК, метилированию, CNV и PARADIGM. C1 - C6 обозначают кластеры. В. Тепловые карты мРНК, микроРНК, белков и CNV, которые либо значительно связаны с группами iCluster (Shen R., Olshen A.B., Ladanyi M., 2009).

Анализ белковых RPPA (reverse phase protein lysate microarray)-микрочипов со 192 антителами (рисунок 1.6) выявил 3 кластера, связанных с группами iCluster и экспрессий мРНК EMT. Образцы из кластера EMT были связаны с подгруппой плоскоклеточного рака с низким уровнем экспрессии кератина, тогда как образцы PI3K-AKT и гормонального кластера были связаны с подгруппой плоскоклеточного рака с высоким уровнем кератина и аденокарциномой, что указывает на активацию различных сигнальных путей в этих подтипах РШМ (Zhu X. et al., 2022).

Очевидно, что в основе молекулярного разнообразия плоскоклеточного рака шейки матки лежат дифференциальные уровни экспрессии белков p-MAPK, p-EGFR (Y1068), p-SRC (Y416), IGFBP2 и TIGAR, образующие в 2 кластера, и предполагающие различные паттерны активации RTK, MAPK, PI3K и метаболических сигнальных путей (рисунок 1.6).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Кечерюкова Мадина Мажитовна, 2024 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Выбор объема хирургического лечения у больных раком шейки матки / А.Л. Чернышова, Л.А. Коломиец, И.Г. Синилкин [и др.] // Злокачественные опухоли. - 2015. - № 2(13). - С. 64-70.

2. Дифференциальная экспрессия микроРНК и их генов-мишеней при цервикальных интраэпителиальных неоплазиях разной степени тяжести / Т.А. Димитриади, Д.В. Бурцев, Е.А. Дженкова, Д.С. Кутилин // Успехи молекулярной онкологии. - 2020. - Т.7, №2. - С.30-44

3. Зависимость общей и без рецидивной выживаемости больных от молекулярно-генетического подтипа плоскоклеточного рака пищевода / Е.Н. Колесников, А.Ю. Максимов, О.И. Кит, Д.С. Кутилин // Вопросы онкологии. -2019. - Т.65, №5. - С. 691-700.

4. Злокачественные новообразования в России в 2019 году (заболеваемость и смертность) / под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, А.О. Шахзадовой. - М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, - 2020. - илл. - 252 с.

5. Изменение копийности генов в опухолевых клетках и внеклеточной ДНК у больных аденокарциномой лёгкого / Д.С. Кутилин, Т.Г. Айрапетова, П.А. Анистратов [и др.] // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2019. - Т. 167б № 6. - С. 731-738.

6. Изменение копийности генов при малигнизации тканей желудка / О.И. Кит, Д.С. Кутилин, Д.И. Водолажский [и др.] // Евразийский онкологический журнал. - 2014. - Т.3. №3. - С. 436.

7. Изменение относительной копийности генетических локусов во внеклеточной ДНК у пациентов с аденокарциномой легкого / Д.С. Кутилин, Т.Г. Айрапетова, П.А. Анистратов [и др.] // Известия высших учебных заведений. Северо-Кавказский регион. Естественные науки. - 2017. - № 3-2 (195-2). - С. 74-82.

8. Особенности копийности генов в нормальных клетках, клетках первичной опухоли и клетках опухолевых метастазов из лимфатических узлов у больных раком шейки матки / М.М. Кечерюкова, А.В. Снежко, Е.В.

Вереникина [и др.] // Современные проблемы науки и образования. - 2021. - № 3. - URL: https://science-education.ru/ru/article/view?id=30904 (дата обращения: 23.06.2021).

9. Кутилин, Д.С. От биоинформационного скрининга генетических маркёров к малоинвазивной диагностике метастазов в лимфатических узлах у пациенток с раком шейки матки / Д.С. Кутилин, М.М. Кечерюкова // Казанский медицинский журнал. - 2022. - Т.103, №5. - C. 725-736.

10. Кутилин, Д.С. Регуляция экспрессии генов раково-тестикулярных антигенов у больных колоректальным раком / Д.С. Кутилин // Молекулярная биология. - 2020. - Т. 54, № 4. - С. 580-595.

11. Максимов, С.Я. Химиолучевая терапия рака шейки и рака тела матки / С.Я. Максимов, Л.Д. Гусейнов, С.Б. Баранов // Практическая онкология. - 2008. - Т. 9, № 1. - С. 39-46.

12. Малоинвазивная молекулярная диагностика серозной аденокарциномы яичника высокой и низкой степени злокачественности / М.Р. Цандекова, Н.В. Порханова, О.И. Кит, Д.С. Кутилин // Онкогинекология. -2021. - № 4(40). - С. 35-49.

13. МикроРНК как маркеры прогрессирования предраковых заболеваний в рак шейки матки / Т.А. Димитриади, Д.В. Бурцев, Е.А. Дженкова, Д.С. Кутилин // Современные проблемы науки и образования. -2020. - №1. - URL:http://www.science-education.ru/article/view?id=29529 (дата обращения: 11.02.2020).

14. Опыт применения флуоресцентного метода для картирования сигнальных лимфатических узлов у больных раком шейки матки / Г.Б. Мкртчян, И.В. Берлев, Ю.Н. Трифанов [и др.] // Опухоли женской репродуктивной системы. - 2018. - Т. 14, № 4. - С. 43-49.

15. Осложнения после расширенных онкогинекологических операций / О.В. Васьковская, Р.И. Асабаева, Л.К. Дигай [и др.] // Современные проблемы науки и образования. - 2013. - № 2. - URL: https://science-education.ru/ru/article/view?id=8691 (дата обращения: 10.09.2023).

16. Оценка степени распространенности рака шейки матки при использовании МРТ / Н.Г. Трухачева, И.Г. Фролова, Л.А. Коломиец [и др.] // Сибирский онкологический журнал. - 2015. - № 2. - С. 64-70.

17. Патент № 2232593 С2 Российская Федерация, МПК А61К 38/19, А6Щ 5/10, А61Р 35/00. Способ лечения рака шейки матки 1Ь-11 стадий : № 2002122053/14 : заявл. 12.08.2002 : опубл. 20.07.2004 / С. Я. Максимов, В. Н. Анисимов, А. Г. Косников [и др.] ; заявитель НИИ онкологии им. проф. Н.Н.Петрова.

18. Патент № 2683571 С1 Российская Федерация, МПК G01N 33/574, C12Q 1/68. Тест-система для прогнозирования развития метастазов у больных раком желудка на основании определения числа копий "НУ2 мтДНК" : № 2017143986 : заявл. 14.12.2017 : опубл. 29.03.2019 / О.И. Кит, Д.С. Кутилин, Е.М. Франциянц [и др.] ; заявитель федеральное государственное бюджетное учреждение "Ростовский научно-исследовательский онкологический институт" Министерства здравоохранения Российской Федерации.

19. Патент № 2686687 С1 Российская Федерация, МПК G01N 33/574, C12Q 1/6806, C12Q 1/6876. Способ прогнозирования развития метастазов в печени у больных раком толстой кишки : № 2018140139 : заявл. 13.11.2018 : опубл. 30.04.2019 / О. И. Кит, К. И. Солдатова, Е. Н. Колесников, Д. С. Кутилин ; заявитель федеральное государственное бюджетное учреждение "Ростовский научно-исследовательский онкологический институт" Министерства здравоохранения Российской Федерации.

20. Практические рекомендации по лекарственному лечению рака шейки матки / С.В. Хохлова, О.А. Кравец, К.Ю. Морхов [и др.] // Злокачественные опухоли: Практические рекомендации КиББСО. - 2022. -Т.12, #3s2. - С.240-259.

21. Состояние онкологической помощи населению России в 2022 году / Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, А.О. Шахзадовой. - М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, 2022. -илл. - 239 с.

22. Статистика злокачественных новообразований в России и странах СНГ в 2012 г. / под ред. М.И. Давыдова и Е.М. Аксель. - М., Издательская группа РОНЦ. - 2014. - 226 с.

23. Транскриптомная активность эстроген-регуляторных генов при малигнизации тканей тела матки. Политематический сетевой электронный научный журнал / О.И. Кит, Д.И. Водолажский, Д.С. Кутилин [и др.] // Кубанского государственного аграрного университета. - 2016. - № 115. - С. 294-304.

24. Цандекова, М.Р. Молекулярная характеристика серозной аденокарциномы яичника: значение для диагностики и лечения / М.Р. Цандекова, Н.В. Порханова, Д.С. Кутилин // Современные проблемы науки и образования. 2020. - № 1. - URL: http://www.science-education.ru/ru/article/view?id=29428 (дата обращения: 19.04.2020).

25. Чернышова А.Л. Радикальная трахелэктомия при раке шейки матки / А.Л. Чернышова, Л.А. Коломиец, В.И. Чернов; Рос. акад. наук, Сиб. отд-ние, НИИ онкологии Томского НИМЦ. - Новосибирск: СО РАН, 2020. - 147 с.

26. Юрьева, Е.А. Генетические и транскриптомные регуляторы функционального состояния печени у пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой и жировым гепатозом / Е.А. Юрьева, А.В. Шапошников, Д.С. Кутилин // Современные проблемы науки и образования. - 2023. - № 6. - URL: https://science-education.ru/ru/article/view?id=33038 (дата обращения: 17.05.2021).

27. Adipose tissue macrophages: implications for obesity-associated cancer / B. Li, S. Sun, J.J. Li [et al.] // Mil Med Res. - 2023. - Vol.10, №1. - P.1.

28. Aguilar, A. Therapeutic Strategies to Activate p53 / A. Aguilar, S. Wang // Pharmaceuticals (Basel). - 2022. - Vol.16, №1. - P.24.

29. Akt promotes cell survival by phosphorylating and inhibiting a Forkhead transcription factor / A. Brunet, A. Bonni, M.J. Zigmond [et al.] // Cell. - 1999. -Vol.96, №6. - P. 857-868.

30. Back to the Future: Schauta-Amreich Radical Vaginal Hysterectomy Assisted by Laparoscopy with Sentinel Lymph Node Biopsy for Early-stage Cervical

Cancer / C. Ferrier, R. Pellevoizin, C. Touboul [et al.] // J Minim Invasive Gynecol. -2021. - Vol.28, №1. - P.131-136.

31. Byers, L.A. An epithelial-mesenchymal transition gene signature predicts resistance to EGFR and PI3K inhibitors and identifies Axl as a therapeutic target for overcoming EGFR inhibitor resistance / L.A. Byers // Clin. Cancer Res. -2013. - №19. - P.279-290.

32. Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas // Nature. - 2015. -№517. - P.576-582.

33. Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive molecular characterization of urothelial bladder carcinoma // Nature. - 2014. - №507. - P.315-322.

34. Cancer Genome Atlas Research Network. Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma // Nature. - 2011. - №474. - P.609-615.

35. Cancer Genome Atlas Research Network. Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma // Nature. - 2013. - №497. - P.67-73.

36. CD208/dendritic cell lysosome-associated membrane protein is a marker for normal and transformed type II pneumocytes / B. Salaun, B. Saint-Vis, N. Pacheco [et al.] // Am J Pathol. - 2004. - Vol.164, №3). - P.861-871.

37. Cervical cancer therapies: Current challenges and future perspectives C.A. Burmeister, S.F. Khan, G. Schäfer [et al.] // Tumour Virus Res. - 2022. - №13 - P.200238.

38. Characterization of the Genomic Landscape in Cervical Cancer by Next Generation Sequencing / L. Qiu, H. Feng, H. Yu [et al.] // Genes (Basel). - 2022. -Vol.13, №2. - P.287.

39. Characterization of the microRNA profile in early-stage cervical squamous cell carcinoma by next-generation sequencing / W. Lin, M. Feng, G. Chen [et al.] // Oncol Rep. - 2017. - Vol.37, №3. - P.1477-1486.

40. Cheng, A. More TORC for the gluconeogenic engine / A. Cheng, A.R. Saltiel // BioEssays. - 2006. - Vol.28, №3. - P.231-234.

41. Chung, T.K.H. Genomic aberrations in cervical adenocarcinomas in Hong Kong Chinese women / T.K.H. Chung // Int. J. Cancer. - 2015. - № 137. - P. 776-783.

42. Communication Of Cancer Cells And Lymphatic Vessels In Cancer: Focus On Bladder Cancer / Z.S. Wu, W. Ding, J. Cai [et al.] // Onco Targets Ther. -2019. - №12. - P.8161-8177.

43. Copy number variations in primary tumor, serum and lymph node metastasis of bladder cancer patients treated with radical cystectomy / A. Soave, L. Kluwe, H. Yu [et al.] // Sci Rep. - 2020. - Vol.10, №1. - P.21562.

44. Cyclin D1 in oral premalignant lesions and oral squamous cell carcinoma: An immunohistochemical study / R.B. Moharil, S. Khandekar, A. Dive, A. Bodhade // J Oral Maxillofac Pathol. - 2020. - Vol.24, №2. - P.397.

45. Defining a metabolic landscape of tumours: genome meets metabolism / C. Seth Nanda, S.V. Venkateswaran, N. Patani, M. Yuneva // Br J Cancer. - 2020. -Vol. 122, №2. - P.136-149

46. Delayed Hematogenous Metastasis Versus Second Primary Squamous Cell Carcinoma of the Neck in a Patient With Previous Cancer of the Cervix / P. Coriell, K. Engledow, S. Roy [et al.] // Am Surg. - 2022. - Vol.88, №5. - P.989-991.

47. den Boon, J.A. Molecular transitions from papillomavirus infection to cervical precancer and cancer: role of stromal estrogen receptor signaling / J.A. den Boon // Proc. Natl Acad. Sci. USA. - 2015. - №112. - P.3255-3264.

48. Diehl, J.A. Cycling to cancer with cyclin D1 / J.A. Diehl // Cancer Biology & Therapy. - 2002. - Vol.1, №3. - P.226-231.

49. Differential expression of long noncoding RNAs in patients with metastatic and nonmetastatic colorectal cancer / D.S. Kutilin, M.A. Gusareva, N.G. Kosheleva [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2021. - Vol. 39, № 15_suppl. -Abstract e15023.

50. Dorn, G.W. Mitochondrial biogenesis and dynamics in the developing and diseased heart / G.W. Dorn, R.B. Vega, D.P. Kelly // Genes Dev. - 2015. -Vol.29, №19. - P.1981-1991.

51. Fluorescence in situ hybridization markers for prediction of cervical lymph node metastases / D. Wangsa, K. Heselmeyer-Haddad, P. Ried [et al.] // Am J Pathol. - 2009. - Vol.175, №6. - P.2637-2645.

52. FOXC2 as a prognostic marker and a potential molecular target in patients with human solid tumors / L. Zhang, Y. He, X. Tu [et al.]// Front Surg. -2022. - №9. - P.960698.

53. FOXO3 Depletion as a Marker of Compression-Induced Apoptosis in the Ligature Mark: An Immunohistochemical Study / A. Maiese, A.C. Manetti, P. Santoro [et al.] // Int J Mol Sci. - 2023. - Vol.24, №2. - P.1396.

54. FOXO3 promotes quiescence in adult muscle stem cells during the process of self-renewal / S.D. Gopinath, A.E. Webb, A. Brunet, T.A. Rando // Stem Cell Reports. - 2014. - Vol.2, № 4. - P.414-426.

55. Gene expression in early stage cervical cancer / P. Biewenga, M.R. Buist, P.D. Moerland [et al.]// Gynecol Oncol. - 2008. - №108. - P.520-526.

56. Gene expression profiling for the prediction of lymph node metastasis in patients with cervical cancer / T.J. Kim, J.J. Choi, W.Y. Kim [et al.] // Cancer Sci. 2008. - №99. - P.31-38.

57. Genetic analysis of cervical cancer with lymph node metastasis / H. He, M. He, Q. Zhou [et al.] // J Gynecol Oncol. - 2024. - №35. - P.e102.

58. Genome-wide prediction and functional characterization of the genetic basis of autism spectrum disorder / A. Krishnan, R. Zhang, V. Yao [et al.] // Nature Neuroscience. 2016. - Vol.19, №11. - P.1454-1462.

59. Genome-wide screening of DNA copy number alterations in cervical carcinoma patients with CGH+SNP microarrays and HPV-FISH / P. Kuglik, J. Smetana, V. Vallova [et al.] // International Journal of Clinical and Experimental Pathology. - 2014. - Vol. 7, №8. - P.5071-5082.

60. Global cancer statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries / H. Sung, J. Ferlay, Siegel, R.L. [et al.] // Cancer J. Clin. - 2021. - Vol. 71, №3. - P. 209-249.

61. Godinho, M.F.E. BCAR4 induces antioestrogen resistance but sensitises breast cancer to lapatinib / M.F.E. Godinho // Br. J. Cancer. - 2012. - №107. - P. 947-955.

62. Haslehurst, A.M. EMT transcription factors snail and slug directly contribute to cisplatin resistance in ovarian cancer / A.M. Haslehurst // BMC Cancer.

- 2012. - №12. - P.91.

63. Hoadley, K.A. Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin / K.A. Hoadley // Cell. -2014. - №158. - P.929-944.

64. Holub, Z. Comparison of two procedures for sentinel lymph node detection in patients with endometrial cancer: a pilot study / Z. Holub, A. Jabor, L. Kliment // Eur J Gynecol Oncol. - 2002. - №23. - P.53-57.

65. Human papillomavirus testing in the prevention of cervical cancer / M. Schiffman, N. Wentzensen, S. Wacholder [et al.] // J. Natl. Cancer Inst. - 2011. -Vol. 103, №5. - P.368-383.

66. Integrated analysis of cervical squamous cell carcinoma cohorts from three continents reveals conserved subtypes of prognostic significance / A. Chakravarthy, I. Reddin, S. Henderson [et al.] // Nat Commun. - 2022. - Vol.13, №1.

- P.5818.

67. Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal / J. Gao, B.A. Aksoy, U. Dogrusoz [et al.] // Sci Signal. - 2013.

- Vol.6, №269. - P.pl1.

68. Jares P., Colomer D., Campo E. Genetic and molecular pathogenesis of mantle cell lymphoma: perspectives for new targeted therapeutics / P. Jares, D. Colomer, E. Campo // Nature Reviews. Cancer. - 2007. - Vol.7, №10. - P.750-762.

69. Kenter, G.G. Surgical treatment of low stage cervical carcinoma: back to the old days? / G.G. Kenter, A.P. Heintz // Int J Gynecol Cancer. - 2002. - Vol.12, №5. - P.429-434.

70. Klein, M.A. Biological and catalytic functions of sirtuin 6 as targets for small-molecule modulators / M.A. Klein, J.M. Denu // Journal of Biological Chemistry. - 2020. - Vol.295, №32. - P. 11021-11041.

71. LAMP3 transfer via extracellular particles induces apoptosis in Sjögren's disease / T. Tanaka, H. Nakamura, D.T. Tran [et al.] // Scientific Reports. - 2023. -Vol.13, №1. - P.2595.

72. Landscape of genomic alterations in cervical carcinomas / A.I. Ojesina, L. Lichtenstein, S.S. Freeman [et al.] // Nature. - 2014. - Vol. 506, №7488. - P. 371375.

73. Learning subgroup-specific regulatory interactions and regulator independence with PARADIGM / A.J. Sedgewick, S.C. Benz, S. Rabizadeh [et al.] // Bioinformatics. - 2013. - №29. - P.62-70.

74. Lymph node metastasis-related gene signature shows good performance in predicting prognosis and immune infiltration in cervical cancer / Y. Guo, L. Wang, Z. Xu [et al.] // Front Oncol. - 2023. - №13. - P.1190251.

75. Massague, J. TGFß signalling in context / J. Massague // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. - 2012. - №13. - P. 616-630.

76. Metformin inhibits hepatocellular carcinoma development by inducing apoptosis and pyroptosis through regulating FOXO3 / Z. Shen, H. Zhou, A. Li [et al.] // Aging (Albany NY). - 2021. - Vol.13, - №18. - P.22120-22133.

77. miR-200c: a versatile watchdog in cancer progression, EMT, and drug resistance / M. Mutlu, U. Raza, Ö. Saatci [et al.] // J Mol Med (Berl). - 2016. -Vol.94, №6. - P.629-644.

78. Mitochondrial dynamics, mitophagy and biogenesis in neonatal hypoxic-ischaemic brain injury / C. Thornton, A. Jones, S. Nair [et al.] // FEBS Lett. - 2018. -Vol.592, №5. - P.812-830.

79. Molecular and genetic properties of tumors associated with local immune cytolytic activity / M.S. Rooney, S.A. Shukla, Wu C.J. [et al.] // Cell. -2015. - №160. - P. 48-61.

80. Molecular Mechanisms in Genetic Aortopathy-Signaling Pathways and Potential Interventions / C.X. Dong, C. Malecki, E. Robertson [et al.] // Int J Mol Sci. - 2023. - Vol.24, №2. - P.1795.

81. Montalto, F.I. Cyclin D1 in Cancer: A Molecular Connection for Cell Cycle Control, Adhesion and Invasion in Tumor and Stroma / F.I. Montalto, De F. Amicis // Cells. 2020. - Vol.9, - №12. - P.2648.

82. Moody, C.A. Human papillomavirus oncoproteins: pathways to transformation / C.A. Moody, L.A. Laimins // Nat. Rev. Cancer. - 2010. - №10. -P.550-560.

83. Multicenter validation study of the sentinel lymph node concept in cervical cancer: AGO Study Group / C. Altgassen, H. Hertel, A. Brandstädt [et al.] // J Clin Oncol. - 2008. - Vol.26, №18. - P.2943-2951.

84. Mutual exclusivity analysis identifies oncogenic network modules / G. Ciriello, E. Cerami, C. Sander, N. Schultz // Genome Res. - 2012. - №22. - P.398-406.

85. Myatt, S.S. The emerging roles of forkhead box (Fox) proteins in cancer / S.S. Myatt, E.W. Lam // Nature Reviews Cancer. - 2007. - Vol.7, №11. - P.847-859.

86. New mechanisms and biomarkers of lymph node metastasis in cervical cancer: reflections from plasma proteomics / S. Han, X. Liu, S. Ju [et al.] // Clin Proteomics. - 2023. - Vol.20, №1. - P.35.

87. Oncogenic ERBB3 mutations in human cancers / B.S. Jaiswal, N.M. Kljavin, E.W. Stawiski [et al.] // Cancer Cell. - 2013. - Vol. 23, №5. - P. 603-617.

88. Overexpression of cyclin DI contributes to malignant properties of esophageal tumor cells by increasing VEGF production and decreasing Fas expression / M. Shintani, A. Okazaki, T. Masuda [et al.] // Anticancer Research. -2002. - Vol.22, №2A. - P.639-647.

89. Oxidative metabolism and PGC-1beta attenuate macrophage-mediated inflammation / D. Vats, L. Mukundan, J.I. Odegaard [et al.] // Cell Metab. - 2006. -Vol.4, №1. - P.13-24.

90. p53 mutations in human cancers / M. Hollstein, D. Sidransky, B. Vogelstein, C.C. Harris // Science. - 1991. - Vol.253, №5015. - P.49-53.

91. Park, M.K. Post-Translational Modification of ZEB Family Members in Cancer Progression / M.K. Park, H. Lee, C.H. Lee // Int J Mol Sci. - 2022. - Vol.23, 23. - P.15127.

92. Prognosis of early cervical cancer (FIGO Stages IA2, IB, and IIA) in northern Norway predicted by malignancy grading score and objective morphometric image analysis / T. Eggen, M. Arnes, B. Moe [et al.] // Int J Gynecol Pathol. - 2007. - Vol.26, №4. - P.447-456.

93. Prognostic Potential of Cyclin D1 Expression in Colorectal Cancer / S.Y. Jun, Kim J., N. Yoon [et al.] // J Clin Med. - 2023. - Vol. 12, №2. - P.572.

94. Prognostic Significance of Cyclins A2, B1, D1, and E1 and CCND1 Numerical Aberrations in Oral Squamous Cell Carcinomas / L.S. Monteiro, Diniz-M. Freitas, S. Warnakulasuriya [et al.] // Anal Cell Pathol (Amst). 2018. - № 2018. -P.7253510.

95. RB loss determines selective resistance and novel vulnerabilities in ERpositive breast cancer models / V. Kumarasamy, R. Nambiar, J. Wang [et al.] // Oncogene. - 2022. - Vol. 41, №27. - P.3524-3538.

96. Relationship between Tumor Infiltrating Immune Cells and Tumor Metastasis and Its Prognostic Value in Cancer / H.X. Li, S.Q. Wang, Z.X. Lian [et al.] // Cells. - 2022. - Vol.12, №1. - P.64.

97. Sentinel lymph node mapping with indocyanine green in cervical cancer patients undergoing open radical hysterectomy: a single-institution series / N. Bizzarri, P.A. Luigi, G. Ferrandina [et al.] // J Cancer Res Clin Oncol. - 2021. -Vol.147, №3. - P.649-659.

98. Seton-Rogers, S. Oncogenes: all eyes on YAP1 / S. Seton-Rogers // Nat. Rev. Cancer. - 2014. - №14. - P.514-515.

99. Shao, D.D. KRAS and YAP1 converge to regulate EMT and tumor survival / D.D. Shao // Cell. - 2014. - №158. - P.171-184.

100. Shen, R. Integrative clustering of multiple genomic data types using a joint latent variable model with application to breast and lung cancer subtype analysis / R. Shen, A.B. Olshen, M. Ladanyi // Bioinformatics. - 2009. - №25. - P.2906-2912

101. Solares, M.J. Complete Models of p53 Better Inform the Impact of Hotspot Mutations / M.J. Solares, D.F. Kelly // Int J Mol Sci. - 2022. - Vol.23, №23. - P.15267.

102. Standard ultra-staging compared to one-step nucleic acid amplification for the detection of sentinel lymph node metastasis in endometrial cancer patients: a retrospective cohort comparison / F. Fanfani, G. Monterossi, M.L. Di Meo [et al.] // Int J Gynecol Cancer. - 2020. - Vol.30, №3. - P.372-377.

103. Standard ultrastaging compared to one-step nucleic acid amplification (OSNA) for the detection of sentinel lymph node metastases in early stage cervical cancer / A. Santoro, G. Angelico, F. Inzani [et al.] // Int J Gynecol Cancer. - 2020. -Vol.30, №12. - P.1871-1877.

104. Subtyping of Human Papillomavirus-Positive Cervical Cancers Based on the Expression Profiles of 50 Genes / X. Zhu, S. Li, J. Luo [et al.] // Front Immunol. -2022. - №13. - P.801639.

105. Taube, J.H. Core epithelial-to-mesenchymal transition interactome geneexpression signature is associated with claudin-low and metaplastic breast cancer subtypes / J.H. Taube // Proc. Natl Acad. Sci. USA. - 2010. - №107. - P.15449-15454.

106. The Akt-regulated forkhead transcription factor FOXO3a controls endothelial cell viability through modulation of the caspase-8 inhibitor FLIP / C. Skurk, H. Maatz, H.S. Kim [et al.] // The Journal of Biological Chemistry. - 2004. -Vol.279, №2. - P.1513-1525.

107. The BH3-only protein Puma plays an essential role in cytokine deprivation induced apoptosis of mast cells / M. Ekoff, T. Kaufmann, M. Engström [et al.] // Blood. - 2007. - Vol. 110, №9. - P. 3209-3217.

108. The Cancer Genome Atlas. https://portal.gdc.cancer.gov/

109. The CREB coactivator CRTC2 promotes oncogenesis in LKB1-mutant non-small cell lung cancer / L. Rodon, R.U. Svensson, E. Wiater [et al.] // Science Advances. - 2019. - Vol.5, №7. - P. eaaw6455.

110. The potent roles of salt-inducible kinases (SIKs) in metabolic homeostasis and tumorigenesis / Z. Sun, Q. Jiang, J. Li, J. Guo // Signal Transduct Target Ther. - 2020. - Vol.5, №1. - P.150.

111. The Role of HPV in Determining Treatment, Survival, and Prognosis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma / I. Sharkey Ochoa, E. O'Regan, M. Toner [et al.] // Cancers (Basel). - 2022. - Vol.14, №17. - P.4321.

112. The role of the PI3K/Akt/mTOR signalling pathway in human cancers induced by infection with human papillomaviruses / L. Zhang, J. Wu, M.T. Ling [et al.] // Mol Cancer. - 2015. - №14. - P.87.

113. Thomas, G.R. Molecular predictors of clinical outcome in patients with head and neck squamous cell carcinoma / G.R. Thomas, H. Nadiminti, J. Regalado // International Journal of Experimental Pathology. - 2005. - Vol.86, №6. - P.347-363.

114. Urinary Exosomal and cell-free DNA Detects Somatic Mutation and Copy Number Alteration in Urothelial Carcinoma of Bladder / D.H. Lee, H. Yoon, S. Park [et al.] // Sci Rep. - 2018. - Vol.8, №1. - P.14707.

115. Uyar, D. Genomics of cervical cancer and the role of human papillomavirus pathobiology / D. Uyar, J. Rader // Clin. Chem. - 2014. - №. 60. -P.144-146.

116. Value of sentinel node mapping in cancer of the cervix / M. Roy, G. Bouchard-Fortier, I. Popa [et al.] // Gynecol Oncol. - 2011. - Vol.122, №2. - P.269-74.

117. Vaske, C.J. Inference of patient-specific pathway activities from multidimensional cancer genomics data using PARADIGM / C.J. Vaske // Bioinformatics.

- 2010. - №26. - P.237-245.

118. WNT2 Promotes Cervical Carcinoma Metastasis and Induction of Epithelial-Mesenchymal Transition / Y. Zhou, Y. Huang, X. Cao [et al.] // PLoS One.

- 2016. - Vol.11, №8. - P. e0160414.

119. Xie, C. CNV-seq, a new method to detect copy number variation using high-throughput sequencing / C. Xie, M.T. Tammi // BMC Bioinformatics. - 2009. -№10. - P.80.