Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции на территории Липецкой области тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Турбина, Галина Ивановна

• Турбина, Галина Ивановна
• кандидат биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Турбина, Галина Ивановна

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Структура вириона ВИЧ-1.

1.2. Организация генома ВИЧ-1.

1.3. Особенности репликации вируса.

1.3.1. Связывание вириона с поверхностью клетки.

1.3.2. Слияние клеточной и вирусной мембран.

1.3.3.Высвобождение нуклеоида и геномной РНК вируса.

1.3.4. Обратная транскрипция.

1.3.5. Интеграция.

1.3.6. Транскрипция провирусной ДНК.

1.3.7. Трансляция вирусных белков.

1.3.8. Вирусные белки.

1.3.9. Образование новых вирионов.

1.4. Механизмы генетической изменчивости ВИЧ-1.

1.4.1.Скорость репликации ВИЧ-1, квазивиды, жизнеспособность.

1.4.2. Естественный отбор.

1.4.3. Вариабельность гена env ВИЧ-1.

1.5. Классификация ВИЧ-1.

1.6. Молекулярная эпидемиология ВИЧ-1 в мире.

1.7. Эпидемия ВИЧ-1 в России. Распространение субтипов ВИЧ-1.

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.90.

2.1. Пациенты.

2.2. Забор крови и выделение лимфоцитов.

2.3. Выделение тотальной ДНК.

2.4. Проведение полимеразной цепной реакции.

2.5. Электрофорез ДНК.

2.6. Определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК.

2.7. Построение алайментов и филогенетический анализ.

2.8. Анализ вариабельности областей gag и env.

2.9. Анализ электрофоретической подвижности гетеродуплексов.

2.10. Разработка метода типирования штаммов ВИЧ-1 для области gag с использованием ПГД.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Анализ эпидемического процесса ВИЧ-инфекции на территории Липецкой области.

3.2.Молекулярно-эпидемическая характеристикавариантов ВИЧ-1, получивших распространение на территории Липецкой области.

3.2.1. Анализ генетической изменчивости области гена env ВИЧ-1, кодирующей поверхностный гликопротеин gpl20.

3.2.2. Дупликации вариабельных областей гена env, кодирующего gpl20.

3.2.3. Анализ консервативного региона ВИЧ-1.

3.2.4. Изучение вторичной структуры 5'-нетранслируемой области геномной РНК ВИЧ-1.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции на территории Липецкой области»

Распространение ВИЧ-инфекции в мире носит характер пандемии. В Российской Федерации и странах бывшего СССР в настоящее время наблюдаются одни из самых высоких в Восточной Европе темпы роста числа новых случаев ВИЧ-инфекции, что связано с началом крупномасштабной^ эпидемии в.этом регионе только в середине 90-х годов (Российский комитет защиты мира, 2006). Общее число зарегистрированных случаев* ВИЧ-инфекции в РФ на 31.08.07г. составляет 390365 человек, из них 2642 ребенка. За 8 месяцев 2007 год выявлено 28974 новых случаев ВИЧ-инфекции, что на 12% больше, чем за аналогичный период 2006 года. Большинство случаев ВИЧ-инфицирования связано с инъекционным употреблением наркотиков (70%), однако, отмечается четкая тенденция ежегодного увеличения числа случаев передачи вируса половым путем. В 2006 году он превысил 50% всех новых случаев заражения (Покровский В.В., Савченко И.Г., Ладная Н.Н., 2006).

Необходимо отметить, что эпидемия ВИЧ-инфекции в России имеет неравномерный характер распространения. ВИЧ-инфицированные граждане зарегистрированы на всех 89 административных территориях страны, однако, согласно данным Российского Федерального научно-методического Центра по профилактике и борьбе со СПИД, около 60% от абсолютного числа всех зарегистрированных случаев ВИЧ-инфекции сконцентрированы в 10 субъектах: Свердловская область (32064 чел.), Московская область (30369 чел.), г. Санкт-Петербург (33688 чел.), Самарская область (28319 чел.), г.Москва (28807 чел.), Иркутская область (22260 чел.), Челябинская область (16967 чел.), Оренбургская область (16161 чел.), ХантььМансийский АО (10832 чел.), Ленинградская область (11553 чел.). Помимо территорий с высоким уровнем ВИЧ-инфекции в РФ отмечены регионы, где количество инфицированных не превышает 50 человек на 100 тыс. населения, и таких регионов 38, в них проживает четвертая часть всего населения РФ

Цели и задачи исследования.

Целью настоящей работы было изучение особенностей течения эпидемического процесса на территории с низким уровнем превалентности ВИЧ-1, а также, исследование молекулярно-генетических и молекулярно-эпидемиологических характеристик вариантов ВИЧ-1, получивших распространение в Липецкой области. Для достижения поставленной цели решались следующие задачи:

1. Провести анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента гена gag (782-1318 но), гена env (6582-7782 но) и 5-нетранслируемой области (662-788 но) генома вариантов ВИЧ-1, получивших распространение на территории с низким уровнем превалентности ВИЧ-инфекции (координаты указаны по нуклеотидной последовательности НХВ2 GeneBank).

2. Провести субтипирование полученных первичных последовательностей вариантов ВИЧ-1 от пациентов Липецкой области.

3. На основании филогенетического анализа определить степень гомологии вариантов вируса в. изучаемой популяции от пациентов с различным эпиданамнезом, а также сравнить уровень их генетической близости с известными штаммами ВИЧ-1 международной базы данных GeneBank.

4. Изучить характер мутаций гипервариабельных участков исследуемых областей генома вариантов gagA/envA ВИЧ-1, получивших распространение на территории с низким уровнем превалентности ВИЧ-1 (Липецкой области).

Научная новизна работы.

1. Впервые показано, что эпидемия ВИЧ-инфекции на территориях с низким уровнем превалентности ВИЧ-1 это вялотекущий эпидпроцесс среди местного населения в основном, связанный с половыми контактами, без широкого распространения среди наркоманов. Основной вклад в увеличение численности ВИЧ-инфицированных на таких территориях вносит, так называемый, «миграционный компонент», который формируется за счет временной миграции жителей данного региона на территории с взрывным характером распространения вируса, либо за счет иммиграции населения с территорий с высоким уровнем ВИЧ-инфекции (иммигранты, сезонные рабочие и т.д.).

2. Получены молекулярно-эпидемиологические данные о вариантах вируса иммунодефицита человека 1-го типа, получивших распространение на территории Липецкой области в период с 1994 по 2006 годы. На территории области обнаружены 4 варианта ВИЧ-1 с генотипами gagA/envA (82%), gagB/envB (11%), gagC/envC (3,5%) и рекомбинант gagA/envB (3,5%). Установлена генетическая близость вариантов gagA/envA, циркулирующих на территории Липецкого региона, с изолятами, выделенными на территории Ближнего зарубежья (Украины, Молдовы). Данные филогенетического анализа образцов свидетельствуют о заносе вируса gagA/envA на территорию региона из очага ВИЧ-инфекции в Украине, который был осуществлен за счет «миграционного компонента» (сезонные рабочие, переселенцы) из этой страны.

3. При анализе генетического полиморфизма области env генома ВИЧ-1, было установлено, что кроме мутаций в виде трансзиций и трансверсий присутствуют дупликации 15-30 нуклеотидов в Р1-Р2 и Р4 областях. В 28 исследованных образцах число дупликаций и количество повторяющихся нуклеотидов было различным.

4. При изучении 5'-нетранслируемой области геномной РНК ВИЧ-1 в вариантах вируса субтипа А, выделенных от пациентов Липецкой области, было установлено, что область, охватывающая шпильки DIS, SD и отличается высоким уровнем консервативности и встречающиеся в них замены не приводят к значительным изменениям их вторичной структуры.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Изучен эпидпроцесс ВИЧ- инфекции на территории Липецкой области с низким уровнем превалентности этого заболевания. Полученные данные показывают, что динамика выявляемости ВИЧ-инфицированных в Липецкой области отражает общероссийскую ситуацию развития ВИЧ-инфекции, но эпидемический процесс имеет ряд особенностей. Установлено, что основной вклад в число выявленных ВИЧ-инфицированных вносят лица, так называемый «миграционный компонент» (сезонные работы, переселенцы из стран ближнего зарубежья, заключенные УИН) для которых основной путь инфицирования - потребление внутривенных наркотиков. Среди местных жителей распространение ВИЧ инфекции идет преимущественно за счет полового пути передачи. Таким образом, эпидемия ВИЧ-инфекции на территории РФ носит неоднородный характер, на территориях с высоким уровнем превалентности ВИЧ - в виде вспышек при попадании вируса в популяцию наркоманов, а в регионах с низким уровнем распространенности -вялотекущий эпидпроцесс среди местного населения в основном, связанный с половыми контактами, без широкого распространения среди наркоманов.

2. На основании молекулярно-эпидемиологических данных, установлено, что на территории^ области обнаружены 4 варианта ВИЧ-1 с генотипами gagA/envA, gagB/envB, gagC/envC и рекомбинант gagA/envB, Преобладающим является субтип gagA/envA , который был выявлен в 82% случаев от числа обследованных лиц.

3. Изучение первичной структуры нуклеотидной последовательности области гена env, кодирующего gpl20, вариантов ВИЧ-1 субтипа А у пациентов Липецкого региона, показало, что ранние этапы ВИЧ-инфекции характеризуются низким уровнем полиморфизма этого участка генома вируса.

4. Шпилечные структуры 5'-концевой области геномной РНК ВИЧ-1 в вариантах субтипа А вируса, выделенных от пациентов Липецкой области отличаются высоким уровнем консервативности их нуклеотидного состава и вторичных форм.

5. Полиморфизм участка гена gag, кодирующего матриксный белок р17, вариантов субтипа А ВИЧ-1 у пациентов Липецкого региона в группе ПИН достоверно превышает этот показатель среди пациентов с половой трансмиссией вируса, и составляет соответственно 1,9% и 1,2% при (р<0,05).

Апробация работы. Основные материалы диссертационной работы опубликованы в 2 статьях, 2 тезисах.

Личный вклад диссертанта заключается в проведении основной части экспериментов - сбор материала и создание банка реципрокных сывороток и лимфоцитов от ВИЧ-инфицированных пациентов, определение нуклеотидной последовательности gag и env- фрагментов и субтипирование ВИЧ-1. В международной базе данных GeneBank зарегистрированы 47 нуклеотидных последовательностей области гена gag, кодирующей матриксный белок р17 и N-концевую часть белка р24 (Ас.№ EF 119574199588, EF 121245-121272, EF 139232-129236), и 32 последовательности области генома env, кодирующей поверхностный гликопротеин gpl20 (Ac.№.EF 121273-121304), вариантов ВИЧ-1 выделенных от пациентов Липецкого региона.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Турбина, Галина Ивановна

выводы

1. Характер распространения ВИЧ-инфекции на территориях с низким уровнем превалентности этого заболевания, рассмотренный на модели Липецкой области, отличается от территорий с высоким уровнем распространенности ВИЧ-1 и имеет ряд особенностей: доминирует половой путь передачи инфекции; низкая скорость распространения ВИЧ-1 среди местных жителей; резкие изменения динамики нарастания новых случаев обусловлены, так называемым «миграционным компонентом» (сезонными рабочими, переселенцами и подопечными УИНа).

2. Установлено, что на территории области циркулируют 4 варианта ВИЧ-1 с генотипами gagA/envA 1, gagB/envB, gagC/envC и рекомбинапт gagAl/envB. Преобладающим является субтип gagA/envA , который был выявлен в 82% случаев от числа обследованных лиц.

3. В структуре gpl20 выявлены 4 полиморфные (Р) и 3 консервативные (К) области, которые имеют координаты К1-30-120ао, Р1-120-165ао, Р2-165-225ао, К2-225-330ао, Р3-330-390ао, Р4-390-450ао и КЗ-450-5llao. Аналогичные данные были получены при анализе полиморфизма нуклеотидных последовательностей этих областей.

4. Ранние этапы ВИЧ-инфекции характеризуются низким уровнем полиморфизма gpl20 и отсутствием вариабельности в области РЗ (330-390ао).

5. Консенсусные последовательности области гена gag, кодирующие матриксный белок р17, вариантов ВИЧ-1 от пациентов с половым и парентеральным путем трансмиссии имеют высокий процент гомологии (99,7%). Полиморфизм этого фрагмента в группе ПИН достоверно превышает этот показатель среди пациентов с половой трансмиссией вируса, и составляет соответственно 1,9% и 1,2% при (р<0,05).

Благодарности. Автор выражает особую благодарность научному руководителю доктору биологических наук, профессору Гараеву Мансуру Мухамедовичу за постоянную помощь, внимание к работе и ценную помощь при написании и оформлении диссертации.

Автор благодарит сотрудников организационно-методического отдела и отдела диспансеризации ГУЗ «Липецкий областной центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями» Кириллову Л.Д., Соломенцеву М.Л., Коннову Т.Н., Щепинову О.Н., Тонких О.С., Клевцову И.В. за помощь в сборе клинических образцов и предоставленные эпидемиологические данные.

Автор благодарит всех сотрудников лаборатории биотехнологии Научно-исследовательского института вирусологии им. Д.И. Ивановского за помощь при проведении экспериментальных работ.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Среди огромного разнообразия РНК-содержащих вирусов, вирус иммунодефицита человека обладает наибольшим уровнем генетической изменчивости. К настоящему моменту варианты ВИЧ-1 разделяют на три группы «О», «N» и «М» (Robertson, 2000). Наибольшее распространение получила группа «М», которая обеспечивает в настоящее время пандемию вируса в мире (Stanecki КА., 2004, Кожокин Е.М., Мазус А.И. и соав.2006).

Несмотря на огромное количество информации по распространению генетических вариантов вируса в мире и в России в частности, основная масса работ посвящена анализу распространения субтипов ВИЧ-1 на территориях с высоким уровнем превалентности ВИЧ-инфекции. Но практически нет данных о вариантах,ВИЧ-1, получивших распространение на территориях с низким уровнем распространенности данной инфекции. В связи с этим была предпринята попытка изучить особенности течения эпидемического процесса, а также дать оценку с точки зрения молекулярной эпидемиологии вариантов ВИЧ-1, получивших распространение в Липецкой области, регионе, где уровень распространенности ВИЧ-1 не превышает 50 человек на 100 тысяч жителей.

На первом этапе нашего исследования было установлено, что эпидемия ВИЧ-инфекции на территориях с низким уровнем превалентности ВИЧ-инфекции это вялотекущий эпидпроцесс среди местного населения в основном, связанный с половыми контактами, без широкого распространения среди наркоманов. Основной вклад в увеличение численности ВИЧ-инфицированных на таких территориях вносит, так называемый «миграционный компонент».

Данные молекулярно-эпидемиологического анализа показали, что на территории Липецкой области в период с 1994 по 2006 годы циркулировали 4 варианта ВИЧ-1 с генотипами gagA/envA (82%), gagB/envB (11%), gagC/envC (3,5%) и рекомбинант gagAl/envB (3,5%). Была установлена генетическая близость вариантов gagA/envA, циркулирующих на территории Липецкого региона, с изолятами, выделенными на территории Ближнего зарубежья (Украины, Молдовы). Данные филогенетического анализа образцов свидетельствуют о заносе вируса gagA/envA на территорию региона из очага ВИЧ-инфекции в Украине, который был осуществлен за счет «миграционного компонента».

Для получения молекулярно-генетических характеристик вариантов ВИЧ-1, получивших распространение в Липецкой области, проводили изучение полиморфизма гипервариабельных и консервативных областей генома вируса. В качестве гипервариабельной области генома ВИЧ-1 исследовали фрагмент гена env, кодирующий поверхностный гликопротеин gpl20, в качестве консервативной области - ген gag, кодирующей матриксный белок р 17 и N-концевую часть белка р24.

Анализ генетической изменчивости фрагмента гена env, кодирующего gpl20 ВИЧ-1, показал, что полиморфизм Р1-Р2 и Р4 областей, обусловлен не только мутациями в виде трансзиций и трансверсий, а также наличием дуплицированных участков нуклеотидной цепи. Повторы были обнаружены во всех 28 изученных последовательностях и отличались по числу дупликаций и их нуклеотидному составу.

При рассмотрении межсубтиповой вариабельности и полиморфизма внутри отдельно взятого субтипа gpl20 ВИЧ-1, мы обнаружили, что области вариабельных и консервативных участков гена env gpl20 ВИЧ-1, отличаются от описанных в литературе ранее.

При изучении полиморфизма gag-области р17 вируса генотипа gagA в популяциях ВИЧ-позитивных с половым и парентеральным путем инфицирования, нам не удалось обнаружить различий между консенсусными последовательностями вариантов ВИЧ-1 в этих группах. Однако, уровень изменчивости гена gag, кодирующего р17, у внутривенных наркоманов был достоверно выше, чем у лиц, инфицированных при сексуальном контакте (1,9 и 1,2%, соответственно, при р<0,05). Эти данные показывают, что широко распространенные варианты ВИЧ-1 gagA-субтипа, которые прежде обнаруживались в основном среди ПИН, теперь появляются, с высокой частотой в гетеросексуальной популяции и становятся способными передаваться половым путем.

Изучение5-нетранслируемой области геномной РНК ВИЧ-1 вариантов вируса субтипа А, выделенных от пациентов Липецкой области, показало, что шпилечные структуры DIS, SD и формирующиеся в данном участке генома отличается очень высоким уровнем консервативности, а встречающиеся в ней замены не приводят к значительным изменениям их вторичной структуры.

Суммируя вышесказанное можно заключить, что в результате проведенной работы с использованием молекулярно-биологических и молекулярно-генетических методов исследования были установлены особенности течения эпидемического процесса на территориях с низким уровнем превалентности ВИЧ-1, изучена распространенность субтипов вируса на территории Липецкого региона, а также определены молекулярно-генетические характеристики вариантов вируса циркулирующих на данной территории.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Турбина, Галина Ивановна, 2008 год

1. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова JI.M. Молекулярная и вирусологическая специфика эпидемии ВИЧ-инфекции в России и странах СНГ. // Вестн. Рос. Акад. Мед. Наук 2003. - С.83-85.

2. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., и др. Молекулярно-генетическая характеристика ВИЧ-1 на территории России. // Вестн. Рос. Акад. Мед. Наук 2002. -№8 - С.40-42.

3. Бобков. А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова JI.M. и др. Субтипы ВИЧ-1 в России. // Ж. Микробиол.- 1999. -№4 С.43-45.

4. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., и др. Генетический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека типа I (ВИЧ-1), циркулирующих среди наркоманов в Москве и Московской области // Ж. Микробиол. Эпидемиол. Иммунол. 2000. -№4 - С. 19-21.

5. Бобков А.Ф., Покровский В.В., Селимова JI.M. и др. Генетическое разнообразие вирусов иммунодефицита человека типа I (ВИЧ-1) на территории России.// ДАН.- 1997.- Т.353.-С.822-824.

6. Зарудная М.И., Коломеец И.Н. Первичная и вторичная структуры области геномной РНК ВИЧ-1.// Биохимия клетки 2004. -№1 - С.46-49.

7. Казеннова Е.В., Бобков А.Ф. Подтипы вируса иммунодефицита человека 1-го типа: классификация, происхождение и распространение в Европе// Ж. Микробиол. Эпидемиол. Иммунол. 2003. -№1 - С.90-96.

8. Казеннова Е.В., Бобков А.Ф.,Селимова Л.М. и др. Анализ субтипов гена gag вариантов ВИЧ-1, выделенных в России методом сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов.// Вопросы вирусологии,- 2001.-Т.46.-С. 12-16.

9. Ладная Н.Н., Покровский В.В., Бобков А.Ф. и др. Распределение субтипов ВИЧ-1 в России.// Эпидемиология и инфекционные болезни.-1998.- №3.-С.19-23.

10. Покровский В.В., Савченко И.Г., Ладная Н.Н. и др. ВИЧ- инфекция.

11. Информационный бюллетень №36. Российский научно- методический центр по профилактике и борьбе со СПИД. М.,2006

12. Покровский В.В., Ерамова И.Ю. и др. Внутрибольничная вспышка ВИЧ инфекции в Элисте. // Ж. Микробиол.Эпидемиол. Иммунол. 1990. -Т.4. - с.17-23.

13. Ржанинова А.А. Антитела к основной нейтрализующей детерминанте вируса иммунодефицита человека. // Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук.

14. Суханова А.Л., Казеннова Е.Б., Бобкова М.Р. и др. Варианты вируса иммунодефицита человека 1 типа, обнаруженные в России среди инфицированных половым путем. // Вопросы вирусологии.- 2004.-№4.-С.4-7.

15. Турбина Г.И., Соломенцева М.Л.,. Кириллова Л.Д., Никитина Л.Д., Гараев М.М. Эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции на территории Липецкой области в период 1993-2005г.г. //Вопросы вирусологии.-2006.-№6.-С 19-22.

16. Шмальгаузен И.И. Пути и закономерности эволюционного процесса. Избранные труды.-М.: Наука, 1983.-360 с.

17. Ahlguist Р, Noueiry АО, Lee W-M, Kusher D.B. Host factors in positive-strand RNA-virus genome replication. //J. of Virol.- 2003.- 77(15):8181-86

18. Albert J. and Fenyo E.M. Simple, sensitive and specific detection of HIV-1 in clinical specimens by polymerase chain reaction with nested primers. // J.Clin. Microbiol. 1990. - V.28 - P. 1560-1564.

19. Allen P, Collins B, Brown D, Hostomsky Z, Gold L. A specific RNA structural motif mediates high affinity binding by the HIV-1 nucleocapsid protein (NCp7). //J. of Virol.- 1996.-V.225-P.306-315

20. Amara A., Litfman DR. After Hrs with HIV: master of the host cell. Genome Biology, 2001, 2 (11): http://genomebiology.eom/2001/2/l 1 /reviews/1030.1.

21. Bedinger P, Moriarty A, von Borstel RC et al. Internalization of the human immunodeficiency virus does not require the cytoplasmic domain of CD4. // Nature 1988. - V.334. - P. 162-165.

22. Bennetts, В. H., Teutsch, S. M., Buhler, M. M. et al. The CCR5 deletion mutation fails to protect againstmultiple sclerosis. // Human Immunology -1997.-V.58.-P. 52-59.

23. Berger EA, Murphy PM, Farber JM. Chemokine receptors as HIV-1 coreceptors: Roles in viral entry, tropism, and disease. // Annu. Rev. Immunol. -1999.-V.17.-P. 657-700.

24. Bobkov A.F., Cheingsong-Popov R., Selimova L. et al. An HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union caused by a homogeneous subtype A strain. // AIDS Res. Hum. Retrovirus 1997. - V. 13. - P. 19951201.

25. Bobkov A.F., Kazennova E., Selimova L. et al. Temporal trends in the HIV-1 epidemic in Russia: predominance of subtype A. // J. Med. Virol.- 2004.-V.74(2).-P.191-196.

26. Bordier B, Tarrago-Litvak L, Sallafranque-Andreola ML. et al. Inhibition of the p66/p51 form of human immunodeficiency virus reverse transcriptase by tRNA(Lys). //Nucleic Acids Res. 1990. - V.ll. -P. 429-436.

27. Bour S, Streber K. The HIV-1 Vpu pronein: a multifunctional enhancer of viral particle release. Microbes and infection, 2003, 5: 1029-1039

28. Brautigam C. A., Steitz T. A. Structural and functional insights provided by crystal structures of DNA polymerases and their substrate complexes. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1998. - V.8. - P. 54-63.

29. Bukrinsky MA. A hard way to the nucleus. // Molecular, Medicine. 2004.-№10,- C.l-6.

30. Butsch off Boris-Lowrie K. Destiny of unspliced retroviral RNA: ribosome and/or virion? // J. of Virol.- 2002.-V. 76.- P.3089-3094.

31. Catasti P, Bradbury M. E. Gupta G. Structure and Polymorphism of HIV-1 Third Variable Loops. // J. Biol. Chem. 1996. - V.271. - №.14. - P. 82368242.

32. Cen S, Niu M, Heiman L. The connection domain in reverse transcriptase facilitates the in vivo annealing of tRNALys3 to HIV-1 genomic RNA. // Retrovirology 2004. - V.19. - P.33.

33. Check E. Gene regulation: RNA to the rescue? // Nature -2004.-V.425(6953).-P.10-12

34. Cheng-Mayer C., Seto D., Tateno M. et al. Biologic features of HIV-1 that correlate with virulence in the host. // Science 1988. - V.240. - P. 80-82.

35. Clever J.L., Miranda D. et al. RNA structure and packaging signals in the 5' leader region of the human immunodeficiency virus type 1 genome. //J. Virol. -2002-V.76.-P. 12381-12387.

36. Clever J, Sassetti C, Parslow T. G. RNA secondary structure and binding sites for gag gene products in the 5' packaging signal of human immunodeficiency virus type 1. //J Virol. -1995-V.69.-P.2101-2109.

37. Coff SP. Death by Deamination: A novel host restriction system for HIV-1// Cell 2003,- V.l 14.-|P.281-283.

38. Coffin JM. HIV population dynamics in vivo: implications for genetic variation, pathogenesis, and therapy. // Science 1995. - V.267. - P. 483-489

39. Connor R. I., Sheridan К. E., Ceradini D., et al. Change in coreceptor use coreceptor use correlates with disease progression in HIV-1-infected individuals. // J. of Exp. Med. 1997. - V.185. - P. 621-628.

40. Cowley S. The biology of HIV infection. // Leprosy Review -2001- V. 7.- P.-212-220

41. Cullen S. Nuclear mRNA export: insinghts from virology. // Trends in Biochemical Sciences.- 2003 .-V.28(8).-P.419-424.

42. De Jong J., De Ronde A., Keulen W. et al. Minimal requirements for the human immunodeficiency virus type 1 V3 domain to support the syncytium-inducing phenotype: analysis by aingle amino acid aubstitution. // J. Virol. -1992. V.66. - P. 6777-6780.

43. De Martino GN, Slaughter CA. The proteasome, a novel protease regulated by multiple mechanisms. // The J. of Biological Chemistry.-1999.-V.274(32).-P.22123-22126.

44. De Ronde A., van Dooren M., van Der Hoek L. et al. Establishment of new transmissible and drug-sensitive human immunodeficiency virus type 1, wild types due to transmission of nucleoside analogue-resistant virus. // J. Virol. -2001.-V.75.-P. 595-602.

45. Dean M., Carrington M., Winkler C. et al. Genetic restriction of HIV-1 infection and progression to AIDS by a deletion allele of the CKR5 structural gene.//Science 1996.-V.273.-P. 1856-1862.

46. Delward E.L., Sphaer E.G., McCutchan F.E. et al. Genetic relationships determined by a heteroduplecx mobility assay: analysis of HIV env genes. // Science 1993. - V.262. -P. 1257-1261.

47. Deng H, Liu R, Ellmeier W. et al., Identification of a major co-receptor for primary isolates of HIV-1. // Nature 1996. - V.20. - P. 661-666.

48. Ding J., Hughes S. H., Arnold E. Proteinnucleic acid interactions and DNA conformation in a complex of human immunode®ciency virus type 1 reverse transcriptase with a double-stranded DNA template-primer. // Biopolymers -1997.-V.44.-P. 125-138.

49. Domingo E., Holland J.J. RNA vims mutation and fitness for survival. // Annu. Rev. Microbiol.- 1997.-V.51.- P.151-178.

50. Domingo E. Quasispises theory in virology. // J. Virol. 2002. - V.76. - P. 463-465.

51. Doms R., Moore J. HIV-1 Coreceptor Use: A Molecular Window into Viral Tropism. // In: Kuiken CL, Foley B, Hahn BH et al. Human retroviruses and

52. AIDS: a compilation and analysis of nucleic and amino acid sequences. Los Alamos, NM: Los Alamos National Laboratory. 1997. - P. 492-505.

53. Doms RW. Trono D. The plasma membrane as a combat zone in the HIV battlefield. //Genes & Development. 2000. - V.14.- P.2677-2688.

54. Dragic T. An overview of the determinants of CCR5 and CXCR4 co-receptor function. // J. of Gen. Virol. 2001. - V.82. - P. 1807-1814.

55. Dragic Т., Trkola A., Lin S. W. et al. Amino-terminal substitutions in the CCR5 coreceptor impair gpl20 binding and human immunodeficiency virus type 1 entry. // J. Virol. 1998. - V.72. - P. 279-285.

56. Druilleimec S., Caneparo A., de Rocquigny H., Roques B.P. Evidence of interactions between the nucleocapsid protein NCp7 and the reverse transcriptase of HIV-1. //J. Biol. Chem. 1999. - V.16. -P. 11283-11288.

57. Eigen M. On the nature of virus quasispecies. // Trends Microbiol. 1996.-V.4(6).- P.216-218.

58. Elgavish Т., VanLoock M.S., Harvey S.C. Exploring three-dimensional structures of the HIV-1 RNA/tRNALys3 initiation complex. // J. Mol. Biol. -1999. V.285. - P. 449-453.

59. Fantini J., Tamalet C., Yahi N. Secondary structure predictions of HIV-1 reverse transcriptase provides new insights into the development of drug-resistance genotypes. // AIDS 2001. - V. 15. - P. 1191 -1192.

60. Felsenstein J. Evolutionary trees, from gene frequencies and quantitative characters: finding maximum likelihood estimates. // Evolution 1981. -V.35.-P. 1229-1242.

61. Felsenstein J. Parsimony in systematics: biological and statistical issues. // Ann. Rev. of Ecol. and System. 1983. - V.14. - P. 313-333.

62. Feng Y., Broder С. C., Kennedy P. E, Berger E. A. HIV-l entry cofactor: functional cDNA cloning of a seven-transmembrane, G protein-coupled receptor. // Science 1996. - Y.272. - P. 872-877.

63. Fouchier R.A., Groenink M., Kootstra N.A. et al. Phenotype-associated sequence variation in the third variable domain, of the human immunodeficiency virus type 1 gpl20 molecule. // J. Virol. -1992. V.66. — P; 3183-3187.

64. Freed EQ. HIV-l and the host cell: an intimate association. //Trends in Microbiology.- 2004.-V.12(4).-P.172-177.

65. Gelderblom H.R. Assembly and morphology of HIV: potential effect of structure on viral function. // AIDS 1991. - V.5. - P. 617-637.

66. Gomes P., Diogo L, Goncalves M.F., et al. Different pathways to nelfmavir genotypic resistance in HIV-l subtypes В and G. // 9th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections. 2002. - Seattle, WA. - Abst. 46

67. Goudsmit J., Boucher C.A., Meloen R.H. et al. Human antibody response to a strain-specific HIV-l gpl20 epitope associated with cell fusion inhibition. // AIDS. — 1988. V.2. - P. 157-164.(a)

68. Goudsmit J., Kuiken C.L., Nara P.L. Linear versus conformational variation of V3 neutralization domains of HIV-1 during experimental and natural infection. // AIDS 1989. - V.3. - P. 119-123.

69. Greenway AL, Hollo way G, Mc Phee DA, Ellis P, Cornall A, Lidman M.HIV-1 Nef control of cell signaling molecules: multiple strategies to promote virus replication. // J. of Biosciences.- 2003.-V. 28.-P.323-335.

70. Hansen J.I., Long A.M., Schultz. Structure RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus. // Structure.- 1997.- V.5(8).-P. 1109-1122.

71. He J., Chen Y., Farzan M., et al. CCR3 and CCR5 are co-receptors for HIV-1 infection of microglia. // Nature 1997. - V.385. - P. 645-649.

72. Holmes E.C., Zhang L.Q., Simmonds P. et al. Convergent and divergent sequence evalution in the surface evelope human immunodeficiency virus type 1 within a single infeced patient. // Proc. Natl.Acad.Sci USA.-1992.-V.89 (1 l).-P.4835-4839.

73. Jacks Т., Power M.D., Masiarz F.R. et al., Characterization of ribosomal frameshifting in HIV-1 gag-pol expression. // Nature 1988. - V.21. - P. 280-2873.

74. Jacks Т., Varmus H.E. Expression of the Rous sarcoma virus pol gene by ribosomal frameshifting. // Science 1985. - V.230. - P. 1237-1242.

75. Kantor R., Katzenstein D., Camacho R. et al. Genotypic analyses of RT and protease sequences from persons infected with non-subtype В HIV-1. // 10th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections. 2003. - Boston, MA. - abst. 623 (a)

76. Kuiken C.L., Foley В., Hahn B.H. et al. Human retroviruses and AIDS: a compilation and analysis of nucleic and amino acid sequences. // Los Alamos, NM: Los Alamos National Laboratory. 2003.

77. Kwong P.D., Wyatt R., Robinson J. et al. Structure of an HIV gpl20 envelope glycoprotein in complex with the CD4 receptor and a neutralizing human antibody. // Nature 1998. - V.393. - P. 648-659.

78. Lake JA, Carr J. et all The role of Vif during HIV-1 infection: interaction with novel host cellular factors. //J. of Clinical virology.- 2003.-V. 26.-P.143-152.

79. Lame J. The phisiological relevance of CD4 receptor down-modulation during HIV infection. // Current HIV Research. 2003. - V. 1.-P. 167-184.

80. Leigh Braun A.J. Sequence variability in the human immunodeficiency viruses: pattern and process in viral evolution. // AIDS. 1992. - V.6. — P.1178-1184.

81. Levy J.A. Pathogenesis of human immunodeficiency virus infection. // Microbiol. Rev. 1993. - V.57. P. 183-289.

82. Liang C, Wainderg MA. The role of Tat in HIV-1 replication: an activator and/of a suppressor? // AIDS Reviews. 2002.-V. 4.-P.41-49.

83. Lukashov V.V., de Ronde A., de Jong J. et al. 2000 Epidemiology of HIV-1 and emerging problems. // Internat. Journal of antimicob. Agents. 2000.-V. 16.-P.463-466. .

84. Lukashov V.V., Karamov E.V., Eremin V.F. et al. Extreme founder effect in an HIV type 1 subtype A epidemic among drug users in Svetlogorsk, Belarus. // AIDS Res. Hum. Retroviruses 1998. - V.20. - P. 1299-1303.

85. Lukashov V.V., Kuiken C.L., Goudsmit J. et al. Intrahost human immunodeficiency virus type 1 evalution is related to length of the immunocompetent type 1 period. // J. Virol.-1995.-V.69(l 1).-P.6911-6916.

86. Lusio JP, Rous DA ed-all. Lysosome endosome fusion and lysosome biogenesis. // J. of Cell Science - 2000. - V.l 13.-P.1515-1524.

87. Mabara IG. Transport into and out of the Nucleus. //Microbiology and Molecular Biology Reviews. 2001.- V.65(4). - P.570-594.

88. Maddon P.J., McDougal J.S., Clapham P.R. et al. HIV infection does not require endocytosis of its receptor, CD4. // Cell 1988. - V.54. - P. 865-874.

89. Mansky L.M. Retrovirus mutation rates and their role in genetic variation. // J. Gen. Virol. 1998.-V.79.-P. 1337-1345.

90. Martin-Serrano J, Zang T. Bieniasz PD. Role of ESCRT-I in retroviral budding. //J. of Virology 2003.- V.77(8).-P. 4794-4804.

91. Юб.Мс. Michael AJ., Row land-Jones S.L. Cellular immune responses to HIV. //Nature 2001.- V. 410.-P.980-987.

92. McNearney Т., Hornickova Z., Markham R. et al. Relationship of human immunodeficiency virus type 1 sequence heterogeneity to stage of disease. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992. - V.89. -P. 10247-10251.

93. Meltzer M.S. Skillman D.R., Hoover D.L. et al. Macrophages and the human immunodeficiency virus. // Immunol Today. 1990. - V. 11. - P. 217-223.

94. Mendoza C.D., Rodriguez С., Corral A. et al. Evidence for a different transmission efficiency of viruses with distinct drug-resistant genotypes // Antiviral Therapy 2003. -V.8. - P. 144.

95. Montal M. Structure function correlates of Vpu, a membrane protein of HIV-1. // FEBS Letters - 2003. - V.552.-P.47-53.

96. Moore J.P., Nara P.L. The role of the V3 loop of gpl20 in HIV infection. // AIDS. 1991.-V.5.-P. 21-33.

97. Muesing M.A., Smith D.H., Cabradilla C.D. et al. Nucleic acid structure and expression of the human AIDS/lymphadenopathy retrovirus. // Nature 1985. -V.7.-P. 450-458.

98. Muthumani K., Choo AY. et. all. Mechanism of HIV-1 viral protein R-induced apoptosis.// Biochemical and Biophisical Research Communications.-2003.-V. 304.-P.583-592.

99. Nowak M., Schuster P. Erroe threshold of replication in finite populations mutations frequencies and the onset of Muller' raschet. // J. Theor. Biol.-1989.-V. 137(4).- P.379-395.

100. O'Brien W., Koyanagi Y., Namazie A. et. al. HIV-1 tropism for mononuclear phagocytes can be dermined by region of gp 120 outside the CD4-biding domain. // Nature 1998. - V.348. - P. 69-73.

101. Palker T.J., Clark M.E., Langlois AJ. et al. Type-specific neutralization of the human immunodeficiency virus with antibodies to env-encoded synthetic peptides. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988. - V.85. - P. 1932-1936.

102. Piper RC, Luzio JP. Late endosomes: sorting and partitioning in multivesicular bodies. //Traffic 2001. - V.2.-P.612-621.

103. Pollakis G., Abebe A., Kliphuis A. et al. Phenotypic and genotypic comparisons of CCR5- and CXCR4-tropic human immunodeficiency virus type 1 biological clones isolated from subtype C-infected individuals. // J. Virol. 2004. - V.78. - P. 2841-2852.

104. Pollakis G., Kang S., Kliphuis A. N-Linked Glycosylation of the HIV Type-1 gpl20 Envelope Glycoprotein as a Major Determinant of CCR5 and

105. CXCR4 Coreceptor Utilization. // J. Biol. Chem. 2001. - V.276. - P. 1343313441.

106. Ptak RC. HIV-1 regulatory proteins: targets for novel drug development. // Expert Opinion on Investigational Drugs.- 2002.- V.l 1(8).-P.l099-1115.

107. Restle Т., Pawlita M., Sczakiel G. et al., Structure-function relationships of HIV-1 reverse transcriptase determined using monoclonal antibodies. // J. Biol. Chem. 1992.-V.267.-P. 14654-14661.

108. Rhee S.Y., Gonzales M.J., Kantor R. et al. Human immunodeficiency virus reverse transcriptase and protease sequence database. // Nucleic Acids Res. -2003.-V.31.-P. 298-303.

109. Rini J.M., Schulze-Gahmen U., Wilson I. A. Structural evidence for induced fit as a mechanism for antibody-antigen recognition. // Science 1992. -V.255.-P. 959-965.

110. Rini J.M., Stanfield R.L., Stura E.A. et al., Crystal structure of a human immunodeficiency virus type 1 neutralizing antibody, 50.1, in complex with its V3 loop peptide antigen. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993. - V.90. - P. 6325-6329.

111. Robert-Guroff M., Goedert J.J., Naugle C.J. et al. Spectrum of HIV-1 neutralizing antibodies in a cohort of homosexual men: results of a 6 year prospective study. // AIDS Res. Hum. Retroviruses 1988. - V.4. - P. 343350.

112. Rodgers D.W., Gamblin S.J., Harris B.A. et al. The structure of unliganded reverse transcriptase from the human immunodeficiency virus type 1. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995. - V.92. - P. 1222-1226.

113. Ross T.M., Cullen B.R. The ability of HIV type 1 to use CCR-3 as a coreceptor is controlled by envelope V1/V2 sequences acting in conjunction with a CCR-5 tropic V3 loop. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998. - V.95. -P. 7682-7686.

114. Ruiz-Jarabo C.M., Arias A., Baranowski E. et al. Memory in viral quasispacies// J. Virol. 2000. - V.74 (8). - P. 3543-3547.

115. Sawaya M., Prasad R, Wilson S.H. et al. Crystal structures of human DNA polymerase beta complexed with gapped and nicked DNA: evidence for an induced fit mechanism. // Biochemistry 1997. - V.16. - P. 11205-11215.

116. Sherman MP, Greene WC. Slipping through the door: HIV entry into the nucleus. //Microbes and infection.- 2002.-V.4.-P.67-73.

117. Sonigo P., Alizon M., Staskus K. S. et al. Nucleotide sequence of the visna lentivirus: relationship to the AIDS virus. // Cell 1985. - V.42. - P. 369-382.

118. Stremlau M, Owens C.M. et all. The cytoplasmis body component TRIM 5 alpha restricts HIV- infection in old wold monkeys. // Nature.-2004.-V.427.-P.848-883.

119. Strannicova N., Ray C.S., Livingston R.A. Convergent evolution within the V3 loop domain of human immunodeficiency virus type 1 in association with disease progression// J. Virol. 1995. - V.69 (12). - P. 7548-7558.

120. Tolstrup M, Ostergaard L. et all. HIV/SIV escapes from immune surveillance focus on Nef Current HIV. // Rescach 2004-V.2.-P.141-151.

121. Wang Z. X., Berson J. F., Zhang T. Y. et al. CXCR4 sequences involved in coreceptor determination of human immunodeficiency virus type-1 tropism. Unmasking of activity with M-tropic Env glycoproteins. // J. Biol. Chem. -1998.-273.-P. 15007-15015.

122. White-Scharf M.E., Potts B.J., Smith L.M. et al. Broadly neutralizing monoclonal antibodies to the V3 region of HIV-1 can be elicited by peptide immunization. // J.Virol. 1993. - V.192. - P. 197-206.

123. Willey R.L., Rutledge R.A., Dias S. et al. Identification of conserved and divergent domains within the envelope gene of the acquired immunodeficiency syndrome retrovirus. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986. -V.83.-P. 5038-5042.

124. Wyatt R., Sodroski J. The HIV-1 envelope glycoproteins: fusogens, antigens and immunogens. // Science 1998. - V.280. - P. 1884-1888.

125. Yeni P.G., Hammer S.M., Hirsch M.S. et al. Treatment for adult HIV infection: 2004 recommendations of an internatinal AIDS Society-USA Panel. // JAMA.-2004.-V.292.-P.251-265.

126. Zhang S, Grosse F. Multiple Functions of Nuclear DNA Helicase II (RNA Helicase A) in Nucleic Acid Metabolism. // Acta Biochimica et Biophysica Sinica 2004.-V.3 6(3).-P. 177-183.