Генетический полиморфизм области гена pol, кодирующей протеазу и интегразу ВИЧ-1 в популяциях вирусов, циркулирующих на территории Российской Федерации тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Гафарова, Ирина Эриковна

• Гафарова, Ирина Эриковна
• кандидат биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Гафарова, Ирина Эриковна

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Распространение ВИЧ-инфекции в мире

1.2. Молекулярная эпидемиология ВИЧ

1.3. Патогенез ВИЧ

1.4. Структура вирусной частицы ВИЧ

1.5. Организация генома ВИЧ

1.6. Жизненный цикл ВИЧ

1.7. Лекарственная устойчивость

1.8. Протеаза ВИЧ

1.8.1. Структурная организация протеазы ВИЧ

1.8.2. Ингибиторы протеазы ВИЧ

1.9. Интеграза ВИЧ

1.9.1. Структурная организация интегразы ВИЧ

1.9.2. Субъединичная организация интегразы ВИЧ

1.9.3. Механизмы ферментативных реакций интегразы ВИЧ

1.9.4. Структура каталитического центра интегразы ВИЧ

1.9.4.1. Оценка данных рентгеноструктурного анализа интегразы ВИЧ

1.9.4.2. Модель организации активного центра интегразы ВИЧ

1.9.5. Ингибиторы интегразы ВИЧ-1 56 1.9.5.1. Мутации устойчивости интегразы к химиопрепаратам

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Пациенты

2.2. Забор крови и выделение лимфоцитов

2.3. Выделение тотальной ДНК

2.4. Выделение РНК

2.5. Проведение реакции обратной транскрипции

2.6. Проведение полимеразной цепной реакции

2.7. Электрофорез ДНК

2.8. Приготовление ДНК для секвенирования

2.9. Секвенирование ДНК

2.10. Построение алайментов и филогенетический анализ

2.11. Анализ генетического полиморфизма

2.12. Клонирование последовательностей области гена pol ВИЧ

2.12.1. Получение рекомбинантных плазмид

2.12.2. Трансформация плазмидной ДНК

2.12.3. Селекция плазмид

2.12.4. Выделение плазмидной ДНК

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Лабораторный метод определения мутаций устойчивости

3.2. Подбор праймеров для амплификации гена pol ВИЧ

3.3. Филогенетический анализ изолятов вируса Ростово-Элистинской популяции и вирусов, циркулирующих на территории

Липецкой области

3.4. Анализ генетической изменчивости области гена pol ВИЧ-1, кодирующей вирусную протеазу

3.4.1. Анализ полиморфизма области генаро/, кодирующей протеазу ВИЧ

3.5. Анализ мутаций устойчивости к ингибиторам протеазы, возникающие при химиотерапии ВИЧ-инфекции

3.6. Анализ генетической изменчивости области гена pol, кодирующей интегразу ВИЧ

3.6.1. Анализ полиморфизма гена интегразы в популяции ВИЧ-инфицированных пациентов Ростово-Элистинской вспышки

3.6.2. Сравнение уровня генетического полиморфизма гена интегразы ВИЧ-1 в популяциях вирусов субтипов А и G, циркулирующих на территории Российской Федерации

3.7. Анализ мутаций в кодонах, связанных с формированием устойчивости к ралтегравиру и элвитегравиру

ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетический полиморфизм области гена pol, кодирующей протеазу и интегразу ВИЧ-1 в популяциях вирусов, циркулирующих на территории Российской Федерации»

ВИЧ-инфекция - остается одной из наиболее актуальных проблем, вставших перед человечеством в конце XX века. Количество новых случаев. ВИЧ-инфекции, показатель зараженности населения, удельный вес женщин среди ВИЧ-инфицированных, общее число детей с ВИЧ-1, смертей от СПИДа (синдром приобретенного иммунодефицита) продолжает возрастать как в целом, мире, так и на территории нашей страны.

Использование высокоактивной антиретровирусной терапии (ВААРТ) способствует снижению прогрессии заболевания и: супрессии; вирусной репликации. Современная; ВААРТ позволяет значительно увеличивать продолжительность, и качество жизни ВИЧ-инфицированных пациентов. Однако, широкое использование антиретровирусных препаратов (АРГ1) приводит к развитию лекарственной устойчивости, что обусловлено высокой частотой^ появления: спонтанных мутаций; в геноме ВИЧ-1. Описанные мутации устойчивости вируса к лекарственным? препаратам; применяемых в химиотерапии при ВИЧ-инфекции, расположены- в области гена pol, которая: является одной из самых консервативных в геноме : ВИЧ-1 и обеспечивает вирусную репликацию и морфогенез.

Ген pol ВИЧ-1 кодирует три специфических фермента: обратную транскриптазу (ОТ), вирусную протеазу (ВП) и интегразу (ИИ). Мутации, возникающие в процессе антиВИЧ-терапии, можно- разделить на два типа. Первые сами являются причиной лекарственной; устойчивости и считаются первичными, в то время как- другие мутации являются- вторичными, или компенсаторными. Компенсаторные мутации могут быть ассоциированы с резистентностью только в том случае, если они присутствуют в комбинации с первичными мутациями устойчивости.

В зависимости от принципа, действия и мишени современные АРП делятся на несколько классов: ингибиторы ОТ (нуклеозидные - НИОТ, ненуклеозидные - ННИОТ), ингибиторы протеазы (ИП), ингибиторы интегразы (ИИН) и ингибиторы слияния. Первыми успешно апробированными клиническими препаратами против ВИЧ-1 стали ингибиторы ОТ нуклеозидной природы (азидотимидин или AZT, одобренный в 1987 г.). Однако, как показала практика, использование одного класса ингибиторов оказалось неэффективным. По этой причине предпочтение стали отдавать комбинированным схемам терапии, в частности одновременному использованию ингибиторов ОТ и ИП. Комбинированная терапия значительно улучшает качество жизни пациентов за счет поддержания иммунной системы на уровне, препятствующем возникновению оппортунистических инфекций.

Ранее нами был проведен анализ генетического полиморфизма области гена pol, кодирующей ОТ ВИЧ-1 в когорте ВИЧ-инфицированных, имеющих в качестве источника заражения^ единственного пациента «О», а также проведена оценка уровня лекарственной устойчивости у пациентов, получающих химиотерапию ингибиторами обратной транскриптазы (Пазилин, 2007). В настоящей работе нами проведен анализ генетической изменчивости области гена pol ВИЧ-1, кодирующей ВП и ИН у пациентов, получающих химиотерапию, в том числе и ингибиторами протеазы (ИП). По литературным данным основные сведения об описанных мутациях устойчивости к ИП были получены на основе изучения различных резистентных вариантов ВИЧ-1 субтипа В, редко встречающегося на территории Российской Федерации (РФ). В отношении других субтипов ВИЧ-1 эти сведения носят отрывочный характер, поэтому нами была уточнена локализация мутаций лекарственной устойчивости в области гена pol, кодирующей ВП у вариантов вируса, циркулирующих на территории России.

В настоящее время на территории РФ предполагается широкое использование в лечении ВИЧ-инфекции ингибиторов ИН (ИИН). В связи с этим мы провели анализ генетического полиморфизма этого участка генома

ВИЧ-1 и1 выяви л и наличие предсуществующих мутаций устойчивости к ИИН в нелеченых популяциях.

Подавляющее большинство ВИЧ-позитивных в России инфицированы вариантами вируса субтипа А (вспышка 1996 г.) и субтипа G (Ростово-Элистинская вспышка в 1989 г.). Настоящее исследование было проведено на двух группах пациентов. Первую группу составили пациенты внутрибольничной вспышки ВИЧ-инфекции в г. Ростов-на-Дону и г. Элисты (субтип G), вторую исследуемую группу составили пациенты Липецкой области (субтип А).

Исследование генетического полиморфизма, эволюции ВИЧ-1 и молекулярно-эпидемиологический мониторинг распространения ВИЧ-инфекции на территории РФ являются базисными для создания эффективных вакцин, диагностических тестов и новых лекарственных препаратов, способствует развитию новых подходов лечения ВИЧ-инфекции, в частности, использование ИИН.

Цель и задачи исследования.

Целью настоящего исследования было изучение генетического, полиморфизма области гена pol, кодирующей протеазу и интегразу ВИЧ-1. Для достижения поставленной4 цели было необходимо решить следующие задачи:

1. Определить первичные нуклеотидные последовательности- гена pol, кодирующие протеазу и интегразу ВИЧ-1 в популяциях вирусов, циркулирующих на территории Российской Федерации.

2. Провести анализ генетического полиморфизма области гена pol, кодирующей протеазу и интегразу ВИЧ-1: оценка уровня генетической изменчивости, характер и распределение мутаций.

3. Провести сравнение степени полимофизма гена интегразы ВИЧ-1 в популяциях вирусов, циркулирующих на территории Российской Федерации.

4. Провести анализ наличия мутаций устойчивости к ингибиторам протеазы и ингибиторам интегразы в исследуемых популяциях вирусов.

Научная новизна и практическая значимость.

1. Проведен филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей, кодирующих протеазу и интегразу ВИЧ-1, от пациентов юга России (г. Ростов-на-Дону и г. Элиста) и Липецкой области.

2. Разработана система праймеров, позволяющая амплифицировать полноразмерные гены, кодирующие протеазу и интегразу ВИЧ-1.

3. Полученные нуклеотидные последовательности, кодирующие протеазу и интегразу ВИЧ-1, депонированы в ОепеВапк.

4. Мутации устойчивости в протеазе ВИЧ-1, обеспечивающие резистентность к ингибиторам протеазы, у вариантов вируса субтипа О не отличаются от мутаций, характерных для вариантов вируса субтипа-В. Единственным исключением является замена 154У/Ь, которая возникает у вариантов вируса' субтипа О при использовании нелфинавира (№"У), в отличие от вирусов субтипа В.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Область гена ро1, кодирующая протеазу ВИЧ-1, имеет низкий уровень генетической изменчивости (2,9%). Замены, возникающие в протеазе ВИЧ-1, имеют синонимический характер.

2. Мутации, возникающие при терапии ингибиторами протеазы у вариантов вируса субтипа О, не отличаются от. соответствующих замен, характерных для субтипа В.

3. Функционально значимые участки интегразы ВИЧ-1 (район «цинковые пальцы»; БОЕ-мотив; «шарнирная петля»; аминокислоты, формирующие гидрофобную поверхность) являются высоко консервативными.

4. В популяциях ВИЧ-инфицированных пациентов, которые не подвергались действию ингибиторов интегразы, присутствуют мутации, потенциально ассоциированные с резистентностью к этому классу препаратов.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Гафарова, Ирина Эриковна

выводы

1. Проведен анализ нуклеотидных последовательностей области гена pol ВИЧ-1, кодирующей протеазу и интегразу в популяциях вирусов, циркулирующих на территории Российской Федерации.

2. Проведен филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей области гена pol ВИЧ-1, кодирующей протеазу и интегразу от пациентов Ростово-Элистинской вспышки ВИЧ-инфекции и пациентов Липецкой области.

3. Установлено, что протеаза ВИЧ-1 имеет низкий'уровень генетической изменчивости (2,9%). Замены, возникающие в протеазе ВИЧ-1, имеют синонимический характер.

4. Мутации устойчивости протеазы ВИЧ-1, обеспечивающие резистентность к ингибиторам протеазы, у вариантов вируса субтипа G не отличаются от мутаций, характерных для вариантов вируса субтипа В. Единственным исключением является замена I54V/L, которая возникает у вариантов вируса субтипа G при использовании NFV, в отличие от вирусов субтипа В.

5. Установлено, что в структуре интегразы изученных вариантов ВИЧ-1 субтипов А1 и G, консервативным доменом является С-концевой домен (частота мутаций 0,46% и 1,1%), а« вариабельным - N-концевой домен (частота мутаций 1,35% и 2,5%).

6. В популяциях ВИЧ-инфицированных пациентов, которые не подвергались действию ингибиторов интегразы, обнаружены мутации (L74M, Е138К, G163R), ассоциированные с вторичной устойчивостью к ралтегравиру и элвитегравиру. В популяции вирусов субтипа А частота выявления этих мутаций составляло 3%, а в популяциях вирусов субтипа G - 7,3%.

114

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Гафарова, Ирина Эриковна, 2010 год

1. Жданов В.М. Эволюция вирусов. М. 1990. с. 320 323.

2. Пазилин A.C., Саухат С.Р. и др. Генетическая характеристика обратной транскриптазы субтипа G ВИЧ-1 //Вопросы вирусологии. -2007.-№1.-с. 17-23.

3. Покровский В.В., Ерамова И.Ю. и др. Внутрибольничная вспышка ВИЧ инфекции в Элисте 7/ Ж. Микробиол. Эпидемиол. Иммунол. -1990. — Т.4. с. 17-23;

4. Рафальский В .В. Клиническая; фармакология атазанавира. // Фарматека 2008, № 4, С. 1-8.

5. Северцев A.C. Направленность эволюции. М. 1990. с. 272.

6. Турбина Г.И., Соломенцева М:Л;, Кириллова Л.Д., Никитина Л./!,., Гараев М.М. Эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции на территории Липецкой области в период 1993-2005г.г.//Вопросы вирусологии.-2006.-№6.-С 19-22.

7. Шмальгаузен И:И. Теория эволюции. Факторы стабилизирующего отбора. М. 1968.

8. Barbara G. et al. Highly active antiretroviral therapy: current state of the art, new agents and their pharmacological interactions useful for improving therapeutic outcome. // Curr. Pharm. Des. 2005. V. - 11. P. 1805-1843.

9. Brown A., Precious H., Whitcomb J., Simon V., Daar E., D'Aquila R., Keiser et al. Abstract 424, 8th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections, Chicago, 111., 2001.

10. Bukrinsky M. A hard way to the nucleus. //Mol. Med. 2004. V - 10. P. 1-5.

11. Check E. Gene regulation: RNA to the rescue? //Nature 2000. V. - 425 (6953). P.10-12.

12. Chen, H. & Engelman, A. The barrier-to-auto- integration protein is a host factor for fflV type 1 integration. //Proc. Natl Acad. Sci. USA 1998. V. -95. P. 15270-15274.

13. Chen J. et al. Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding. //Proc Natl Acad Sci USA 2000. V. - 97. P.8233- 8238.

14. Cherepanov P., Maertens G., Proost P., Devreese B., Van Beeumen J., Engelborghs Y.et al. HIV-1 integrase forms stable tetramers and associates with LEDGF/p75 protein in human cells. //J. Biol. Chem. 2003. V. - 278. P. 372-381.

15. Cherepanov P. et al. Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA -2005. V. 102. P. 17308-17313.

16. Chiu T.K. and Davies D.R. Structure and function of HIV-1 integrase. // Curr. Top Med. Chem. 2004. V. - 4. P. 965-977.

17. Cohen J. Therapies. Confronting the limits of success. // Science 2002. V. - 296. P. 2320-2324.

18. Cohen J. Retrovirus meeting. Novel attacks on HIV move closer to reality. // Science. 2006. V. - 311. P. 943.

19. Colonno R, Rose R, McLaren C et al. Identification of 1501 as the signature atazanavir (atv)-resistance mutation in treatmentB-naive hiv-1 infected patients receiving atv-containing regimens. // J Infect Dis 2004. V. -189. P. -1802-1810.

20. Condra J., Holder D., Schleif W., Blahy O., Danovich R. et al. Genetic correlates of in vivo viral resistance to Indinavir, a human immunodeficiency virus type 1 protease inhibitor. // J. of virology. -1996. V. 70.-P. 8270-8276.

21. Cowley S. The biology of HIV infection Leprosy Review, 2001, 7:212-220.

22. Dayam R. & Neamati N. Active site binding modes of the beta-diketoacids: a multi-active site approach in HIV-1 integrase inhibitor design. //Bioorg. Med. Chem. 2004. V. - 12. P. 6371-6381.

23. De Luca L. et al. Analysis of the full-length integrase-DNA complex by a modified approach for DNA docking. //Biochem Biophys Res Commun -2003. V. — 310. P.1083-1088.

24. De Luca L. et al. Molecular dynamics studies of the full-length integrase-DNA complex. //Biochem. Biophys Res. Commun. 2005. V. - 336. P.1010-1016.

25. Deprez E., Tauc P., Leh H., Mouscadet J., Auclair C. & Brochon J. Oligomeric states of the HIV-1 integrase as measured by time-resolved fluorescence anisotropy. //Biochemistry 2000. V. - 39. P. 9275-9284.

26. Domingo E. and Holland J. RNA virus mutations and fitness for survival. //Annual Review of Microbiology. 1997. V. - 51. P. 151-178.

27. Doyon L., Croteau G., Poulin F., Piloteand L., Lamarre D. Second locus involved in human immunodeficiency virus type 1 resistance to protease inhibitors.//J. Virol.-1996.-V. 70.-P. 3763-3769.

28. Dyda F., Hickman A. B¿, Jenkins T. M., Engelman A., Craigie R. Davies D. R. Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases. // Science 1994. V. - 266. P. 1981-1986.

29. Ellison V., Gerton J., Vincent K. & Brown P. An essentia! interaction between distinct do-mains of HIV-1 integrase mediates assembly of the active multimer. //J.Biol. Chem. 1995. V. - 270. P.3320-3326.

30. EricksomJ., Burt S. Structural mechanisms of HIV drug resistance. //Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 1996. V. - 36. P. 545-571.

31. Farnet C. & Bushman F. HIV-1 cDNA integration: requirement of HMG I(Y) protein for function of preintegration complexes in vitro. // Cell. 1997. V. - 88. P. 483-492.

32. Faure A., Calméis C., Desjobert C., Castroviejo M., Caumont-Sarcos A., Tarrago- Litvak L. et al. HIV-1 integrase crosslinked oligomers are active in vitro. //Nucleic Acids Res. 2005. V. - 33; P.977-986.

33. Fletcher T., Soares M., McPhearson S., Hui H., Wiskerchen M., Muesing M. et al. Complementation of integrase function in HIV-1 virions. // O J. 1997. V.-16. P.5123-5138.

34. Friend J., Parkin. N., Lieglér T., Martin J., Deeks S. Isolated lopinavir resistance after virologic rebound of a ritonavir/lopinavir-based regimen. // AIDS 2004.- V. - 18. P. 1965-1970.

35. Fujishita T., Yoshinaga T. & Sato A. Preparation of aromatic heterocycle compounds having HIV integrase inhibiting activities. Int. Patent W02000039086 (The World Intellectual Property Organization), 2000.

36. Gao K., Butler S. & Bushman F. Human immunodeficiency virus type 1 integrase: arrangement of protein domains in active cDNA complexes. // EMBO J. 2001. V. - 20. P.3565-3576.

37. Goldgur Y., Dyda F., Hickman A., Jenkins T., Craigie R. & Davies D. Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium. //Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1998. V. - 95. P. 9150-9154.

38. Greenwald J., Le V., Butler S., Bushman F. & Choe S. The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity. // Biochemistry 1999. V. - 38. P. 8892-8898.

39. Hazuda D., Felock P., Witmer M., Wolfe A., Stillmock K., Grobler J. et al. Inhibitors of strand transfer that prevent integration and inhibit HIV-1 replication in cells. // Science 2000. V. - 287. P.646-650.

40. Hoffinann C., Kamps B. HIV Medicine 2006.

41. Jacks T., Power M.D., Masiarz F.R. et al., Characterization of ribosomal frameshifting in HIV-1 gag-pol expression. // Nature 1988. - V.21. - P. 280- 287.

42. Jenkins T., Engelman A., Ghirlando R. & Craigie R. A soluble active mutant of HIV-1 integrase: involvement of both the core and carboxyl-terminal domains in multimerization. //J. Biol. Chem. 1996. V. - 271. P.7712-7718.

43. Johnson A. et al. HIV-1 integrase inhibitors: a decade of research and two drugs in clinical trial. // Curr. Top Med. Chem. 2004. V. - 4. P. 1059-1077.

44. Johnson M, Grinsztejn B, Rodriguez C et al. Atazanavir plus ritonavir or saquinavir, and lopinavir/ritonavir in patients experiencing multiple virological failures. //Aids 2005. - V.19. - P. 685-694.

45. Johnson V., Brun-Vezinet F., Clotet B. Update of the drug resistance mutations in hiv-1: Spring 2008. // Top HIV Med. 2008. - V. 16. - P. 6268.

46. Johnson V., Brun-Vezinet F., Clotet B. Update of the drug resistance mutations in hiv-1: December 2009. // Top HIV Med 2009. -V. 17. P. USUS.

47. Kagan R, Shenderovich M., Heseltine P., Ramnarayan K. Structural analysis of an HIV-1 protease I47A mutant resistant to the protease inhibitor lopinavir. // Protein Sci. -2005. V. 14. P. 1870-1878.

48. Kalpana G., Marmon S., Wang W., Crabtree G. & Goff S. Binding and stimulation of HIV-1 integrase by a human homolog of yeast transcription factor SNF5. // Science. 1994. V. - 266. P. 2002-2006.

49. Karki R. et al. Model of full-length HIV-1 integrase complexed with viral DNA as template for anti-HIV drug design. // J. Comput. Aided Mol. Des. -2004. V.-18. P. 739-760.

50. Keseru G. & Kolossvary I. Fully flexible low-mode docking: application to induced fit in HIV integrase. //J. Am. Chem. Soc. 2001. V. - 123. P. 12708-12709.

51. Kim R, Baxter JD. Protease inhibitor resistance update: Where are we now? AIDS Patient Care STDS 2008. V. - 22. P. 267-277.

52. Kuritzkes DR. Hiv resistance: Frequency, testing, mechanisms. //Top HIV Med 2007. V. — 15. P. 150-154.

53. Lee M. & Craigie R. Protection of retroviral DNA from autointegration: involvement of a cellular factor. //Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1994. V. -91. P. 9823-9827.

54. Loeb D., Hutchison C., Edgell M., Farmerie W., Swanstrom R. Mutational analysis of human immunodeficiency virus type I protease suggests functional homology with aspartic proteinses. // J. Virol. -1989. V. 63. - P. 111-121.

55. Mansky L.M. Retrovirus mutation rates and their role in genetic variation. // J: Gen. Virol. 1998. - V.79. - P. 1337-1345.

56. Marcelin AG, Chazallon C, Gerard L et all External validation of atazanavir/ritonavir genotypic score in hiv-1 protease inhibitor-experienced patients. //J Acquir Immune Defic Syndr 2006: V. - 42. P. - 127-128:

57. Marchand C., Zhang X., Pais G., Cowansage K., Neamati N., Burke T. Structural determinants for HIV-1 integrase inhibition by beta-diketo acids. //J. Biol. Chem. 2002. V. - 277. P. 12596-12603.

58. Markowitz M, Mohri H, Mehandru S et al. Infection with multidrug resistant, dual- tropic hiv-1 and rapid progression to aids: A case report. Lancet-2005. 365. P. 1031-1038.

59. McColl D., Fransen S., Gupta S., Parkin N., Margot N., et al. Resistance analysis of a phase 2 study of the integrase inhibitor elvitegravir (GS-913 7). 11th European AIDS Conference, 2007, Madrid, Spain.

60. Miller M., Jaskolski M., Rao J., Leis J., Wlodawer A. Crystal structure of a retroviral protease proves relationship to aspartic protease family. // Nature —1989. -V. 337. P. 576-579.

61. Miller M., Farnet C. & Bushman,F. Human immunodeficiency virus type 1 preintegration complexes: studies of organization and composition. //J. Virol. 1997. V.-71. P. 5382-8390.

62. Naeger LK, Struble KA. Effect of baseline protease genotype and phenotype on hiv response to atazanavir/ritonavir in treatment-experienced patients. //AIDS 2006. V. -20. P. 847-853.

63. Nicholls A., Sharp K. & Honig B. Protein folding and association: insights from the interfacial and thermodynamic properties of hydrocarbons. // Proteins: Struct. Funct.Genet. 1991. V. - 11. P.281-296.

64. Nijhuis M., Schuurman R., de Jong D. Increased fitness of drug resistant hiv-1 protease as a result of acquisition of compensatory mutations during suboptimal therapy. //AIDS. 1999. - V. 13. - P. 2349-2359.

65. Nowotny M., Yang W. Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate desta-bilization to product release. //EMBO J. -2006. V. — 25. P.1924-1933.

66. Ode H., Neya S., HataM., Sugiura W., Hoshino T. Computational simulations of HIV-1 Proteases -multi-drug resistance due to nonactive site mutation L90M. //J. Am. Chem. Soc. 2006, V.128 (24). - P. 7887-7895.

67. Oz Gleenberg I. et al. Peptides derived from the reverse transcriptase of human immunodeficiency virus type 1 as novel inhibitors of the viral integrase. //J. Biol. Chem. 2005. V. - 280. P.21987-21996.

68. Pechik I., Gustchina A., Andreeva N., Fedorov A. Possible role of some groups in the structure and function of HIV-1 protease as revealed by molecular modeling studies. FEBS Lett. -1989. -V.247. -P.l 18-122.

69. Perno CF, Moyle G, Tsoukas C et al. Overcoming resistance to existing therapies in hiv-infected patients: The role of new antiretroviral drugs. // J. Med. Virol 2008; V.80-P. 565-576.

70. Petit C., Schwartz O. & Mammano F. Oligomerization within virions and subcellular localization of human immunodeficiency virus type 1 integrase. //J. Virol. 1999. V. - 73. P.5079-5088.

71. Pommier Y. et al. Integrase inhibitors to treat HIV/AIDS. //Nat. Rev. Drug Discov. 2005. V. - 4. P. 236-248.

72. Pommier Y., Marchand C. Interfacial inhibitors of protein-nucleic acid interactions. //Curr. Med. Chem. Anticancer Agents 2005. V. - 5. P.421-429.

73. Rhee SY., Taylor J., Wadhera G. et al. Genotypic predictors of human immunodeficiency virus type 1 drug resistance. // Proc Natl Acad Sei. -2006. V. 103. P. 17355-17360.

74. Santos A., Abecasis A., Vandamme A., Camacho R., Soares M. Discordant genotypic interpretation and phenotypic role of protease mutations in HIV-1 subtypes B and G. et al. Abstract 2008:

75. Sato, M. et al. Novel HIV-1 integrase inhibitors derived from quinolone antibiotics. //J. Med. Chem; 2006. V. - 49. P. 1506-1508.

76. Savarino A. et al. In-silico docking of HIV-1 integrase inhibitors reveals a novel drug type acting on an enzyme/DNA reaction intermediate. // Retrovirology 2007. V. - 4. P. 21.

77. Sawaya M., Prasad R., Wilson S., Kraut J. & Pelletier H. Crystal structures of human DNA polymerase beta complexed with gapped and nicked DNA: evidence for an-induced fit mechanism. //Biochemistry 1997. V. - 36. P.11205-11215.

78. Schames J., Henchman R., Siegel J., Sotriffer C., Ni H.& McCarnmon J. Discovery of a novel binding trench in HIV integrase. // J. Med. Chem. -2004. V.-47. P. 1879- 1881.

79. Shafer R. et al. Genotypic Testing for Human Immunodeficiency Virus Type 1 Drug Resistance. // Clin Microbiol Rev. 2002: V. - 15. P. 247-277.

80. Shafer RW, Rhee SY, Pillay D et al. Hiv-1 protease and reverse transcriptase mutations for drug resistance surveillance. //AIDS 2007. V. -21. P. 215-230.

81. Sherman MP, Greene WC. Slipping'through the door: HIV entry into the nucleus. //Microbes and infection 2002. V. - 4. P.67-73.

82. Sonigo P., Alizon M., Staskus K. S. et al. Nucleotide sequence of the visna lentivirus: relationship to the AIDS virus. // Cell 1985. - V.42. - P. 369382.

83. SugiuraW., Matsuda Z., Yokomaku Y., Hertogs K., Larder B. et al. Interference between D30N and L90M in Selection and Development of

84. Protease Inhibitor-Resistant Human Immunodeficiency Virus Type 1. //Antimicrobial Agents and Chemotherapy 2002, V. 46. - P. 708-715.

85. Turner D, Wainberg MA. Hiv transmission and primary drug resistance. //AIDS Rev 2006. V. - 8. P. 17-23.

86. Van Maele, B. et al. Cellular co-factors of HIV-1 integration. // Sci. -2006.- V.-31. P.-98-105.

87. Verschueren W., Dierynck I., Amssoms K., Hu., Boonants P., Pille G. et al. Design and optimization of tricyclic phtalimide analogues as novel inhibitors of HIV-1 integrase. //J. Med. Chem. 2005. V. - 48. P. 19301940.

88. Violot S., HongS., RakotobeD., Petit C., Gay B., Moreau K. et al. The human polycomb group EED protein interacts with the integrase of human immunodeficiency virus type 1. //J. Virol. — 2003. V. 77. P. 1250712522.

89. Wai J., Egbertson M., Payne L., Fisher T., Embrey M., Tran L. et al. 4-Aryl-2,4-dioxobutanoic acid inhibitors of HIV-1 integrase and viral replication in cells. //J. Med. Chem. 2000. V. - 43. P.4923-4926.

90. Wang J., Ling H., Yang W. & Craigie R. Structure of a two-domain fragment of HIV-1 inte-grase: implications for domain organization in the intact protein. //EMBO J. 2001. V. - 20. P. 7333-7343.

91. Wang L. et al. Constructing HIV-1 integrase tetramer and exploring influences of metal ions on forming integrase-DNA complex. // Biochem. Biophys Res. Commun. 2005. V. - 337. P. 313-319.

92. Wlodawer A., Vondrasek J. Inhibitors of HIV-1 protease: a major success of structure-assisted drug design. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. -1998. -V.27.-P. 249-284.

93. Yu F., Jones G., Hung M., Wagner A., MacArthur H., Liu X. et al. HIV-1 Integrase Preassembled on Donor DNA IS Refractory to Activity Stimulation by LEDGF/p75. //J. Mol. Biol. 2007. V. - 46. P.2899-2908.

94. Yung E., Sorin M., Pal A., Craig E., Morozov A., Delattre O. et al. Inhibition of HIV-1 virion production by a transdominant mutant of integrase interactor 1. //Nat. Med. 2001. V. - 7. P. 920-926.