Модульная организация регуляторных систем транскрипции и трансляции на примерах преинициаторного ТАТА-комплекса и регуляторной ВС1 РНК тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Кондрашов, Александр Владимирович

• Кондрашов, Александр Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2001

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кондрашов, Александр Владимирович

1. ВВЕДЕНИЕ.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1. Модульность, как общий принцип организации и регулирования сложных систем.

2.2. Регуляция на уровне транскрипции.

2.2.1. Модульность в организации естественных мультикомпонентных транскрипционных систем.

2.2.2. ТАТА-бокс, его положение на промоторе, влияние ориентации на определение специфичности транскрипции.

2.2.3. ТВР как основной фактор, взаимодействующий с ТАТА-боксом, особенности данного взаимодействия.

2.2.4. Активация транскрипции на расстоянии.

2.3. Регуляция на уровне трансляции.

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

3.1. Клеточные линии.

3.2. Приготовление ядерных лизатов.

3.3. Приготовление двунитевых олигонуклеотидов.

3.4. Задержка подвижности олигонуклеотидов в геле.

3.5. ДНК матрицы для транскрипции in vitro.

3.6. Транскрипция РНК in vitro и ее очистка.

3.7. Трансляция in vitro в лизатах ретикулоцитов кролика (RRL-rabbit reticulocyte lisate) и S30 E.coli.

3.8. Получение рекомбинантного поли-А связывающего белка.

4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1. Гипотеза модульной организации транскрипционно активного комплекса.

4.1.1. Определение модуля.

4.1.2. Иерархичная структура организации модуля в момент активации транскрипции.

4.2. Проверка гипотезы в бинарной системе ретардации.

4.2.1. Выявление специфического ТАТА-бокс ассоциированного комплекса в ядерных экстрактах клеток, трансформированных онкогенами Е1А и

4.2.2. Доказательство специфичности комплексообразова

4.3. Моделирование in vitro транс-взаимодействий между промоторным и энхансерным комплексами: Рах-связывание и AdML-TATA-бокс-ассоциированная активность.

4.4. ДНК-связывающая активность ТАТА-бокс-содержащей области промотора ВС1-гена отличается от таковой для ADML-TATA.

4.5. TATA боксы из промоторов генов ВС-1 и GAP-43 являются мишенью для связывания с регулятором транскрипции Oct-1.

4.6. Нейроспецифические BCl, ВС200 и родственные транскрипты ингибируют трансляцию in vitro в системе лизатов ретикулоцитов кролика.

4.6.1. ВС1 РНК ингибирует реакцию трансляции in vitro в лизатах ретикулоцитов кролика.

4.6.2. Эффект ингибирования специфичен для эукариотической системы трансляции.

4.6.3. Ингибирование неизберательно по отношению к различным матричным РНК.

4.6.4. Структурные особенности ВС1 РНК, отвечающие за ингибиторный эффект.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Модульная организация регуляторных систем транскрипции и трансляции на примерах преинициаторного ТАТА-комплекса и регуляторной ВС1 РНК»

Структурные регуляторные элементы систем транскрипции (промоторы, энхансеры) и трансляции (мРНК) имеют модульную организацию. Взаимоотношения между отдельными модулями и взаимозаменяемость их в гомологичных системах создает условия для тонкой регуляции выполняемой каждой отдельной системой функции. В качестве хорошо известных примеров можно привести модульную структуру различных активаторов транскрипции (Frankel, Kim, 1991), строение промоторной области генов или организацию эукариотической мРНК (Sachs, Buratowski, 1997). Наличие структурного сходства между организацией регуляторной области генов и организацией матричной РНК действительно находит свое отражение и в сходных принципах регуляции таких основных этапов экспрессии генов, как транскрипция и трансляция (Sachs, Buratowski, 1997). Говоря о сходстве, следует особо отметить следующие моменты: 1 - важную роль белок-нуклеиновых взаимодействий в обоих процессах; 2 - этап инициации является лимитирующим и наиболее подверженным регуляции (что не исключает, однако, возможности регуляции на этапе элонгации или терминации); 3 - для запуска механизма необходимым является взаимодействие между двумя удаленными компонентами (модулями) системы, часто не находящимися в составе одной молекулы.

Удаленными компонентами в каждом данном транскрипционном модуле являются ДНК-белковые комплексы, образующиеся на энхансерном и коровом районах промотора. Исследование принципов взаимодействия между ними поможет понять, каким образом ограниченный набор транскрипционных факторов способен обеспечить четкую пространственную и временную регуляцию экспрессии большого числа генов (Carey, Smale, 2000). Применительно к трансляции, аналогами промоторного и энхансерного комплексов являются, соответственно, "кэп" и поли-А структуры эукариотической матричной РНК. Однако, регуляция взаимодействия между ними носит скорее общий, нежели специфический характер, а специфичность достигается благодаря локализации мРНК в соответствующих местах белкового синтеза в клетке (Mathews et al., 2000). Уникальным примером "регулятора", совмещающим особенности как специфической регуляции на уровне локализации, так и общей - на уровне взаимодействия между кэп и поли-А структурами, является ВС1 РНК. Модульность в данном случае проявляется в принципе "взаимозаменяемости компонентов", когда ВС1-РНП заменяет собой мРНК-энхансерный комплекс, что приводит к остановке процесса трансляции (показано в данной работе)

ВС1 РНК является во многих отношениях интересным и уникальным объектом для изучения. Во-первых, это малая цитоплазматическая, некодирующая белок РНК. Являясь в эволюционном измерении производной аланиновой тРНК, ВС1 РНК также транскрибируется РНК-полимеразой III (Martignetti, Brosius, 1995). Однако, что довольно редко встречается для транскриптов такого рода, паттерн экспрессии проявляет четкий тканеспецифический характер и ограничивается только нервной и репродуктивной системами. Механизм тканеспецифической регуляции экспрессии ВС1 РНК до настоящего времени остается неизвестным. Не ясным также оставался вопрос относительно функции ВС1. Опять же, исходя из ее происхождения от транспортной РНК, предполагалось участие ВС1 в трансляции. Последнее следует кроме всего и из того факта, что эта РНК после своего синтеза в нейронах головного мозга транспортируется в дендриты и колокализуется в местах локального белкового синтеза (Muslimov et al., 1997).

Целью работы являлось моделирование in vitro трансвзаимодействий между промоторными и энхансерными комплексами в процессе инициации транскрипции и между различными компонентами (модулями) в системе трансляции белка на примере функционирования цитоплазматической РНК особого вида ВС1. Для достижения поставленных целей были сформулированы следующие экспериментальные задачи:

1. Провести моделирование взаимодействий в бинарной системе между участками ДНК, содержащими элемент регуляции базальной транскрипции - ТАТА-бокс, и предварительно собранными комппонентами энхансерного комплекса;

2. Сравнить ДНК-связывающую активность ТАТА-бокс-содержащих последовательность ДНК из промоторов генов, транскрибируемых РНК полимеразами II и III;

3. Изучить роль ВС1 РНК в негативной регуляции трансляции в системе лизатов ретикулоцитов кролика in vitro;

4. Создать генетические конструкции, позволяющие идентифицировать структурные домены ВС1 РНК, ответственные за ингибирование трансляции;

5. Изучить функционально значимые белковые факторы, образующие комплексы со специфическими участками ВС1 РНК.

В результате проведенного исследования нами был предложен подход, названный «бинарная система ретардации», позволяющий тестировать изменения в связывании белков ядерных экстрактов с ДНК-последовательностями ТАТА-бокса в присутствие различных энхансерных элементов.

Применяя этот подход к ТАТА-бокс-содержащим последовательностям ДНК промоторов генов, транскрибируемых РНК полимеразами II и III, показано, что эти последовательности способны взаимодействовать с белками, не относящимся к базальным факторам транскрипции: так, например, ТАТА-последовательности генов GAP-43 и ВС1 связываются с транскрипционным фактором OKt-1. Обосновывается предположение, что Окт-1 может выполнять роль репрессора транскрипции этих генов в клетках ненейронального происхождения;

Изучая возможную роль ВС1 РНК, как регуляторного «модульного» компонента аппарата трансляции, было показано, что ВС1 РНК принимает участие в негативной регуляции трансляции in vitro; для осуществления такого ингибирования трансляции в эукариотической системе необходимо взаимодействие белка РАВР, связывающегося с поли-А последовательностью ВС1 РНК.

Материалы работы представлялись в качестве устных или стендовых сообщений на ряде Всероссийских и международных симпозиумах: XII-м Всероссийском симпозиуме "Структура и функции клеточного ядра", Санкт-Петербург, 1996; "The 3rd International Congress On Soft Tissue Sarcoma in Children and Adolescens" Stuttgart, Germany, 1997; "The Biochemistry of RNA", DFG meeteng, Kloster-Bantz, Germany, 1999. А также неоднократно на научных семинарах Института цитологии РАН и центра молекулярной биологии воспалительных процессов (ZMBE) Университета города Мюнстер.

Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части, включающей методы, результаты исследования и их обсуждения, выводов и списка литературы, включающего 235 наименований. Работа изложена на 135 страницах машинописного текста и иллюстрирована 24 рисунками.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Кондрашов, Александр Владимирович

5.Выводы.

1. Разработана бинарная система ретардации олигонуклеотидов в геле, с помощью которой выявлен специфический ТАТА-бокс-ассоциированный комплекс, возникающий при добавлении в систему энхансерных последовательностей ДНК.

2. Показано, что транскрипционный фактор Oct-1 связывается с последовательностями ДНК, содержащими ТАТА-боксы из промоторов генов ВС1 и GAP-43, транскрибируемых соответственно РНК-полимеразами III и II.

3. Впервые получено экспериментальное подтверждение, что ВС1 РНК принимает участие в регуляции трансляции в клетках эукариот. Установлено, что функция ВС1 РНК состоит в ингибировании процесса трансляции.

4. Структурным элементом ВС1 РНК, ответственным за функцию ингибирования трансляции, является центральный поли А-обогащенный неструктурированный домен.

5. Установлена новая функция фактора трансляции, белка РАВР, который способен связываться с поли А-доменом ВС1 РНК in vitro и является обязательным компонентом ВС1 РНП in vivo.

6. ПУБЛИКАЦИИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ.

1. Кондратов А.В., Поспелов В.А. Выявление специфического ТАТА-бокс ассоциированного комплекса в ядерных экстрактах клеток, трансформированных онкогенами Е1А и ras. Доклады академии наук, 1997, том 355, N 3, с. 406408.

2. Vorobyov Е., Kondrashov A., Mertsalov I., Wilke К., Tavassoli К., Rabe Ch., Dockhorn-Dworniczak В., Dworniczak В., Kramarov V., Horst J. A cell model to study the molecular basis of alveolar rhabdomyosarcoma genesis. Am. J. Hum.Genet. 1997, v.61, No.4, p.86. The 3rd International Congress On Soft Tissue Sarcoma in Children and Adolescens, Stuttgart, Germany, April 30th - May 3rd 1997.

3. Dworniczak В., Vorobyov E., Kondrashov A., Mertsalov I., Rube C., Dockhorn-Dworniczak В., Horst J. NIH 3T3 cells transformed by a human PAX7-FKHR fusion gene - an alveolar rhabdomyosarcoma model? Med.Genet. 1997. V.9. p.123. 29th Annual Meeting of the European Society of Human Genetics Magazzini del Cotone, Porto Antico, Genoa, Italy 18th-20th May 1997

4. Vorobyov E., Kondrashov A., Mertsalov I., Wilke K., Tavassoli K., Rabe Ch., Dockhorn-Dworniczak В., Dworniczak В., Kramarov, V., Horst, J. A cell model to study the molecular basis of alveolar rhabdomyosarcoma genesis. 47th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, Baltimore, USA, 28 Oct - 2 Nov., 1997.

5. Vorobyov E., Kuryshev V., Kondrashov A., Julich A., Koscielniak E., Horst J., Dworniczak B. Identification of genes differentially expressed in response to ectopic expression of PAX7 and PAX7-FKHR. Acta Haemotologica. 1998. v.100. P.42.

6. Horst J., Vorobyov E., Kuryshev V., Kondrashov A., Julich A., Koscielniak E., Dworniczak B. Gene expression in a cell modell for alveolar rhabdomyosarcoma. Am. J. Hum.Genet. 1998, v.63, No.4, p.39

7. Кондратов А.В., Поспелов В.А., Моделирование in vitro транс-взаимодействий между промоторным и энхансерным комплексами. Цитология. 2001, Т. 43, С. 764-771.

8. Kondrachov A., Ebnet К, Brosius J. and Huettenhofer A. Neural BCl RNA, BC200 RNA and related transcripts inhibit translation in an in vitro rabbit reticulocyte system. Moll.Cell.Biol. (в печати).

9. Kondrashov A, Huttenhoffer A, Ebnet K., Rozhdestvensky Т., Muslimov I., Tiedge H., Skryabin B. and Brosius J. Neuronal BCl RNA: on structure, function and knockout. Moleculare Grundlagen der Funktion und enzymatischen Aktivitat von Ribonucleinsauren rRNA Biochemie" DFG-kolloquium, Kloster Banz, p.12, 1999

10. Khanam Т., Skryabin B.V., Jordan U., Kondrashov A., Tiedge H., Brosius J., Bundman M. Heterologous Transgenic Mouse System for Studying Dendritic Transport of Primate Neuronal BC200 Small Non-messenger RNA. The 9th Otto Loewi

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кондрашов, Александр Владимирович, 2001 год

1. Курышев В.Ю. К вопросу о происхождении и эволюции гена ВС200 мастер-гена для мономерных AIu-повторов. Методология и методика естественных наук. Вып. 6. Сборник научных трудов. -Омск: ОМИПКРО, 2001, с.137-143.

2. Поспелова Т.В., Медведев А.В., Светликова С.В., Поспелов В.А. (1990) Цитология. Т.32. С.148-155.

3. Andrews, J. Н. (1998). Bacteria as modular organisms. Annu Rev Microbiol 52, 105-26.

4. Azizkhan, J. C., Jensen, D. E., Pierce, A. J., and Wade, M. (1993). Transcription from TATA-less promoters: dihydrofolate reductase as a model. Crit Rev Eukaryot Gene Expr 3, 229-54.

5. Banerji, J., Rusconi, S., and Schaffner, W. (1981). Expression of a beta-globin gene is enhanced by remote SV40 DNA sequences. Cell 27, 299-308.

6. Barr, F. G., Nauta, L. E., Davis, R. J., Schafer, B. W., Nycum, L. M., and Biegel, J. A. (1996). In vivo amplification of the PAX3-FKHR and PAX7-FKHR fusion genes in alveolar rhabdomyosarcoma. Hum Mol Genet 5, 1521.

7. Barth, J. L., Morris, J., and Ivarie, R. (1998). An Oct-like binding factor regulates Myf-5 expression in primary avian cells. Exp Cell Res 238, 430-8.

8. Bashirullah, A., Cooperstock, R. L., and Lipshitz, H. D. (1998). RNA localization in development. Annu Rev Biochem 61, 335-94.

9. Bassell, G. J., Oleynikov, Y. , and Singer, R. H. (1999). The travels of mRNAs through all cells large and small. Faseb J 13, 447-54.

10. Baumann, H., Paulsen, K., Kovacs, H., Berglund, H., Wright, A. P., Gustafsson, J. A., and Hard, T. (1993). Refined solution structure of the glucocorticoid receptor DNA-binding domain. Biochemistry 32, 13463-71.

11. Bell, S. D., and Jackson, S. P. (1998). Transcription and translation in Archaea: a mosaic of eukaryal and bacterial features. Trends Microbiol 6, 222-8.

12. Bennicelli, J. L., Advani, S., Schafer, B. W., and Barr, F. G. (1999). PAX3 and PAX7 exhibit conserved cis-acting transcription repression domains and utilize a common gain of function mechanism in alveolar rhabdomyosarcoma. Oncogene 18, 4348-56.

13. Berkhout, В., and Jeang, К. T. (1992). Functional roles for the TATA promoter and enhancers in basal and Tat-induced expression of the human immunodeficiency virus type 1 long terminal repeat. J Virol 66, 139-49.

14. Brent, R., and Ptashne, M. (1984). A bacterial repressor protein or a yeast transcriptional terminator can block upstream activation of a yeast gene. Nature 312, 612-5.

15. Brosius, J. (1999). RNAs from all categories generate retrosequences that may be exapted as novel genes or regulatory elements. Gene 238, 115-34.

16. Brosius, J., and Tiedge, H. (2001). Neuronal BCl RNA: intracellular transport and activity-dependent modulation. Results Probl Cell Differ 34, 129-38.

17. Brosius, J., and Tiedge, H. (1995). Reverse transcriptase: mediator of genomic plasticity. Virus Genes 11, 163-79.

18. Bucher, P. (1999). Regulatory elements and expression profiles. Curr Opin Struct Biol 9, 400-7.

19. Bui, N., and Strub, K. (1999). New insights into signal recognition and elongation arrest activities of the signal recognition particle. Biol Chem 380, 135-45.

20. Bulger, M., and Groudine, M. (1999). Looping versus linking: toward a model for long-distance gene activation. Genes Dev 13, 2465-77.

21. Buratowski, S. (1994). The basics of basal transcription by RNA polymerase II. Cell 77, 1-3.

22. Buratowski, S. (1997). Multiple TATA-binding factors come back into style. Cell 91, 13-5.

23. Burke, T. W., and Kadonaga, J. T. (1996). Drosophila TFIID binds to a conserved downstream basal promoterelement that is present in many TATA-box-deficient promoters. Genes Dev 10, 711-24.

24. Burley, S. K., and Roeder, R. G. (1996). Biochemistry and structural biology of transcription factor IID (TFIID). Annu Rev Biochem 65, 769-99.

25. Carcamo, J., Buckbinder, L., and Reinberg, D. (1991). The initiator directs the assembly of a transcription factor IID- dependent transcription complex. Proc Natl Acad Sci U S A 88, 8052-6.

26. Carey, M., Smale S.T. (2000). "Transcriptional regulation in Eucariotes: concepts, strategies, and techniques." Cold Spring Harbor, N.Y., Cold Spring Harbor Laboratory.

27. Carter, A. D., Felber, В. K., Walling, M. J., Jubier, M F., Schmidt, C. J., and Hamer, D. H. (1984). Duplicated heavy metal control sequences of the mouse metallothionein-I gene. Proc Natl Acad Sci U S A 81, 7392-6.

28. Chalepakis, G., and Gruss, P. (1995). Identification of DNA recognition sequences for the РахЗ paired domain. Gene 162, 267-70.

29. Chalepakis, G., Wijnholds, J., and Gruss, P. (1994). Рах-3-DNA interaction: flexibility in the DNA binding and induction of DNA conformational changes by paired domains. Nucleic Acids Res 22, 3131-7.

30. Chang, M., and Jaehning, J. A. (1997). A multiplicity of mediators: alternative forms of transcription complexes communicate with transcriptional regulators. Nucleic Acids Res 25, 4861-5.

31. Chao, D. M., Gadbois, E. L., Murray, P. J., Anderson, S. F., Sonu, M. S., Parvin, J. D., and Young, R. A. (1996). A mammalian SRB protein associated with an RNA polymerase II holoenzyme. Nature 380, 82-5.

32. Cheng, J. G., Tiedge, H., and Brosius, J. (1997). Expression of dendritic BC200 RNA, component of a 11.4S ribonucleoprotein particle, is conserved in humans and simians. Neurosci Lett 224, 206-10.

33. Courey, A. J., Plon, S. E., and Wang, J. C. (1986). The use of psoralen-modified DNA to probe the mechanism of enhancer action. Cell 45, 567-74.

34. Cvekl, A., Kashanchi, F., Brady, J. N., and Piatigorsky, J. (1999). Pax-6 interactions with TATA-box-binding protein and retinoblastoma protein. Invest Ophthalmol Vis Sci 40, 1343-50.

35. De Gregorio, E., Preiss, Т., and Hentze, M. W. (1999). Translation driven by an eIF4G core domain in vivo. Embo J 18, 4865-74.

36. Desmarais, D., Filion, M., Lapointe, L., and Royal, A. (1992). Cell-specific transcription of the peripherin gene in neuronal cell lines involves a cis-acting element surrounding the TATA box. Embo J 11, 2971-80.

37. Desmarais, D., and Royal, A. (1996). The TATA motif is a target for efficient transcriptional activation and nerve growth factor induction of the peripherin gene. J Biol Chem 271, 24976-81.

38. Dignam, J. D., Lebovitz, R. M., and Roeder, R. G. (1983). Accurate transcription initiation by RNA polymerase II in a soluble extract from isolated mammalian nuclei. Nucleic Acids Res 11, 1475-89.

39. Dorsett, D. (1999). Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila. Curr Opin Genet Dev 9, 505-14.

40. Durnam, D. M., and Palmiter, R. D. (1981). Transcriptional regulation of the mouse metallothionein-I gene by heavy metals. J Biol Chem 256, 5712-6.

41. Eberhard, D., and Busslinger, M. (1999). The partial homeodomain of the transcription factor Pax-5 (BSAP) is an interaction motif for the retinoblastoma and TATA-binding proteins. Cancer Res 59, 1716s-1724s; discussion 1724s-1725s.

42. Ebneth, A., Schweers, 0., Thole, H., Fagin, U., Urbanke, C., Maass, G., and Wolfes, H. (1994). Biophysical characterization of the c-Myb DNA-binding domain. Biochemistry 33, 14586-93.

43. Ellenberger, Т. E., Brandl, C. J., Struhl, K., and Harrison, S. C. (1992). The GCN4 basic region leucine zipper binds DNA as a dimer of uninterrupted alpha helices: crystal structure of the protein-DNA complex. Cell 71, 1223-37.

44. Emami, К. H., Navarre, W. W., and Smale, S. T. (1995). Core promoter specificities of the Spl and VP16 transcriptional activation domains. Mol Cell Biol 15, 5906-16.

45. Epstein, J., Cai, J., Glaser, Т., Jepeal, L., and Maas, R. (1994). Identification of a Pax paired domain recognition sequence and evidence for DNA-dependent conformational changes. J Biol Chem 269, 8355-61.

46. Epstein, J. A., Shapiro, D. N., Cheng, J., Lam, P. Y., and Maas, R. L. (1996). РахЗ modulates expression of the c-Met receptor during limb muscle development. Proc Natl Acad Sci USA 93, 4213-8.

47. Faisst, S., and Meyer, S. (1992). Compilation of vertebrate-encoded transcription factors. Nucleic Acids Res 20, 3-26.

48. Fan, H., Sakulich, A. L., Goodier, J. L., Zhang, X., Qin, J., and Maraia, R. J. (1997). Phosphorylation of the human La antigen on serine 366 can regulate recycling of RNA polymerase III transcription complexes. Cell 88, 707-15.

49. Fitzgerald, J. C., Scherr, A. M., and Barr, F. G. (2000). Structural analysis of PAX7 rearrangements in alveolar rhabdomyosarcoma. Cancer Genet Cytogenet 117, 37-40.

50. Flanagan, P. M., Kelleher, R. J., 3rd, Sayre, M. H., Tschochner, H., and Romberg, R. D. (1991). A mediator required for activation of RNA polymerase II transcription in vitro. Nature 350, 436-8.

51. Ford, E., and Hernandez, N. (1997). Characterization of a trimeric complex containing Oct-1, SNAPc, and DNA. J Biol Chem 212, 16048-55.

52. Frankel, A. D., and Kim, P. S. (1991). Modular structure of transcription factors: implications for gene regulation. Cell 65, 717-9.

53. Fujioka, M., Miskiewicz, P., Raj, L., Gulledge, A. A., Weir, M., and Goto, T. (1996). Drosophila Paired regulates late even-skipped expression through a composite binding site for the paired domain and the homeodomain. Development 122, 2697-707.

54. Fujita, Т., Nolan, G. P., Ghosh, S., and Baltimore, D. (1992). Independent modes of transcriptional activation by the p50 and p65 subunits of NF-kappa B. Genes Dev 6, 775-87.

55. Garcia-Bellido, A. (1996). Symmetries throughout organic evolution. Proc Natl Acad Sci USA 93, 14229-32.

56. Gardiol, A., Racca, C., and Triller, A. (1999). Dendritic and postsynaptic protein synthetic machinery. J Neurosci 19, 168-79.

57. Garg, L. C., Dixit, A., and Jacob, S. T. (1989). A 37-base pair element in the far upstream spacer region can enhance transcription of rat rDNA in vitro and can bind to the core promoter- binding factor(s). J Biol Chem 264, 220-4.

58. Garrity, P. A., and Wold, B. J. (1990). Tissue-specific expression from a compound TATA-dependent and TATA-independent promoter. Mol Cell Biol 10, 5646-54.

59. Geyer, P. K. (1997). The role of insulator elements in defining domains of gene expression. Curr Opin Genet Dev 7, 242-8.

60. Goldsborough, A. S., and Kornberg, Т. B. (1996). Reduction of transcription by homologue asynapsis in Drosophila imaginal discs. Nature 381, 807-10.

61. Grant, P. A., and Workman, J. L. (1998). Transcription. A lesson in sharing? Nature 396, 410-1.

62. Green, M. R. (2000). TBP-associated factors (TAFIIs): multiple, selective transcriptional mediators in common complexes. Trends Biochem Sci 25, 59-63.

63. Gregor, P. D., Sawadogo, M., and Roeder, R. G. (1990). The adenovirus major late transcription factor USF is a member of the helix-loop-helix group of regulatory proteins and binds to DNA as a dimer. Genes Dev 4, 173040.

64. Griffith, J., Hochschild, A., and Ptashne, M. (1986). DNA loops induced by cooperative binding of lambda repressor. Nature 322, 750-2.

65. Grosschedl, R., and Birnstiel, M. L. (1980). Identification of regulatory sequences in the prelude sequences of an H2A histone gene by the study of specific deletion mutants in vivo. Proc Natl Acad Sci U S A 77, 1432-6.

66. Gustafsson, С. M., Myers, L. C., Li, Y., Redd, M. J., Lui, M., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., and Kornberg, R. D. (1997). Identification of Rox3 as a component of mediator and RNA polymerase II holoenzyme. J Biol Chem 272, 48-50.

67. Hagemeier, C., Cook, A., and Kouzarides, T. (1993). The retinoblastoma protein binds E2F residues required for activation in vivo and TBP binding in vitro. Nucleic Acids Res 21, 4 998-5004.

68. Hampsey, M., and Reinberg, D. (1999). RNA polymerase II as a control panel for multiple coactivator complexes. Curr Opin Genet Dev 9, 132-9.

69. Harbury, P. A., and Struhl, K. (1989). Functional distinctions between yeast TATA elements. Mol Cell Biol 9, 5298-304.

70. Hard, Т., Kellenbach, E., Boelens, R., Maler, B. A., Dahlman, K., Freedman, L. P., Carlstedt-Duke, J., Yamamoto, K. R., Gustafsson, J. A., and Kaptein, R. (1990). Solution structure of the glucocorticoid receptor DNA-binding domain. Science 249, 157-60.

71. Hay, R. Т., and Nicholson, J. (1993). DNA binding alters the protease susceptibility of the p50 subunit of NF-kappa B. Nucleic Acids Res 21, 4592-8.

72. Hazelrigg, Т., Liu, N., Hong, Y., and Wang, S. (1998). GFP expression in Drosophila tissues: time requirements for formation of a fluorescent product. Dev Biol 199, 245-9.

73. Hernandez, N. (1993). TBP, a universal eukaryotic transcription factor? Genes Dev 7, 1291-308.

74. Holstege, F. C., van der Vliet, P. C., and Timmers, H. T. (1996). Opening of an RNA polymerase II promoter occurs in two distinct steps and requires the basal transcription factors HE and IIH. Embo J 15, 1666-77.

75. Нота, F. L., Glorioso, J. C., and Levine, M. (1988). A specific 15-bp TATA box promoter element is required for expression of a herpes simplex virus type 1 late gene. Genes Dev 40-53.

76. Hoopes, В. С., LeBlanc, J. F., and Hawley, D. K. (1992). Kinetic analysis of yeast TFIID-TATA box complex formation suggests a multi-step pathway. J Biol Chem 267, 11539-47.

77. Hori, R., and Carey, M. (1994). The role of activators in assembly of RNA polymerase II transcription complexes. Curr Opin Genet Dev 4, 236-44.

78. Hori, R., and Carey, M. (1998). Transcription: TRF walks the walk but can it talk the talk? Curr Biol 8, R124-7.

79. Huang, W., Wong, J. M., and Bateman, E. (1996). TATA elements direct bi-directional transcription by RNA polymerases II and III. Nucleic Acids Res 24, 1158-63.

80. Jackson, D. A., Iborra, F. J., Manders, E. M., and Cook, P. R. (1998). Numbers and organization of RNApolymerases, nascent transcripts, and transcription units in HeLa nuclei. Mol Biol Cell 9, 1523-36.

81. Jamin, N., Gabrielsen, 0. S., Gilles, N., Lirsac, P. N., and Toma, F. (1993). Secondary structure of the DNA-binding domain of the c-Myb oncoprotein in solution. A multidimensional double and triple heteronuclear NMR study. Eur J Biochem 216, 147-54.

82. Joazeiro, C. A., Kassavetis, G. A., and Geiduschek, E. P. (1994). Identical components of yeast transcription factor IIIB are required and sufficient for transcription of TATA box-containing and TATA-less genes. Mol Cell Biol 14, 2798-808.

83. Kahn, D., and Westerhoff, H. V. (1991). Control theory of regulatory cascades. J Theor Biol 153, 255-85.

84. Kao, С. C., Lieberman, P. M., Schmidt, M. C., Zhou, Q., Pei, R., and Berk, A. J. (1990). Cloning of a transcriptionally active human TATA binding factor. Science 248, 1646-50.

85. Karzai, A. W., Roche, E. D., and Sauer, R. T. (2000). The SsrA-SmpB system for protein tagging, directed degradation and ribosome rescue. Nat Struct Biol 7, 44955.

86. Kato, K., Makino, Y., Kishimoto, Т., Yamauchi, J., Kato, S., Muramatsu, M., and Tamura, T. (1994). Multimerization of the mouse TATA-binding protein (TBP)driven by its C- terminal conserved domain. Nucleic Acids Res 22, 1179-85.

87. Keiler, К. C., Waller, P. R., and Sauer, R. T. (1996). Role of a peptide tagging system in degradation of proteins synthesized from damaged messenger RNA. Science 271, 990-3.

88. Kelleher, R. J., 3rd, Flanagan, P. M., and Kornberg, R. D. (1990). A novel mediator between activator proteins and the RNA polymerase II transcription apparatus. Cell 61, 1209-15.

89. Kim, J., Martignetti, J. A., Shen, M. R., Brosius, J., and Deininger, P. (1994). Rodent BCl RNA gene as a master gene for ID element amplification. Proc Natl Acad Sci U S A 91, 3607-11.

90. Kim, J., Shen, В., Rosen, C., and Dorsett, D. (1996). The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein. Mol Cell Biol 16, 3381-92.

91. Kim, J. L., Nikolov, D. В., and Burley, S. K. (1993). Co-crystal structure of TBP recognizing the minor groove of a TATA element. Nature 365, 520-7.

92. Kim, Y., Geiger, J. H., Hahn, S., and Sigler, P. B. (1993). Crystal structure of a yeast TBP/TATA-box complex. Nature 365, 512-20.

93. Kim, Y. J., Bjorklund, S., Li, Y., Sayre, M. H., and Kornberg, R. D. (1994). A multiprotein mediator of transcriptional activation and its interaction with the C-terminal repeat domain of RNA polymerase II. Cell 77, 599-608.

94. King, M. L., Zhou, Y., and Bubunenko, M. (1999). Polarizing genetic information in the egg: RNA localization in the frog oocyte. Bioessays 21, 546-57.

95. Kobayashi, S., Goto, S., and Anzai, K. (1991). Brain-specific small RNA transcript of the identifier sequences is present as a 10 S ribonucleoprotein particle. J Biol Chem 266, 4726-30.

96. Krebs, D., Dahmani, В., el Antri, S., Monnot, M., Convert, 0., Mauffret, 0., Troalen, F., and Fermandjian, S. (1995). The basic subdomain of the c-Jun oncoprotein. A joint CD, Fourier- transform infrared and NMR study. Eur J Biochem 231, 370-80.

97. Krebs, J. E., and Dunaway, M. (1998). The scs and scs' insulator elements impart a cis requirement on enhancer-promoter interactions. Mol Cell 1, 301-8.

98. Kremerskothen, J., Zopf, D., Walter, P., Cheng, J. G., Nettermann, M., Niewerth, U., Maraia, R. J., and Brosius, J. (1998). Heterodimer SRP9/14 is an integral part of the neural BC200 RNP in primate brain. Neurosci Lett 245, 123-6.

99. Crystallographic analysis of the interaction of the glucocorticoid receptor with DNA. Nature 352, 497-505.

100. Majello, В., Napolitano, G., De Luca, P., and Lania, L. (1998). Recruitment of human TBP selectively activates RNA polymerase II TATA- dependent promoters. J Biol Chem 273, 16509-16.

101. Majello, В., Napolitano, G., De Luca, P., and Lania, L. (1998). Recruitment of human TBP selectively activates RNA polymerase II TATA- dependent promoters. J Biol Chem 273, 16509-16.

102. Maldonado, E., Drapkin, R., and Reinberg, D. (1996). Purification of human RNA polymerase II and general transcription factors. Methods Enzymol 274, 72-100.

103. Malik, S., and Roeder, R. G. (2000). Transcriptional regulation through Mediator-like coactivators in yeast and metazoan cells. Trends Biochem Sci 25, 277-83.

104. Martignetti, J. A., and Brosius, J. (1995). BC1 RNA: transcriptional analysis of a neural cell-specific RNA polymerase III transcript. Mol Cell Biol 15, 1642-50.

105. Martignetti, J. A., and Brosius, J. (1993). BC200 RNA: a neural RNA polymerase III product encoded by a monomeric Alu element. Proc Natl Acad Sci U S A 90, 11563-7.

106. Martinez, E., Zhou, Q., L'Etoile, N. D., Oelgeschlager, Т., Berk, A. J., and Roeder, R. G. (1995). Core promoter-specific function of a mutant transcriptionfactor TFIID defective in TATA-box binding. Proc Natl Acad Sci USA 92, 11864-8.

107. Mathews, M.B., Sonenberg, N., and Hershey (2000). "Origins and Principles of Translational Control." Monogr. "Translational Control of Gene Expression" . Cold Spring Harbor, N.Y., Cold Spring Harbor Laboratory 1-31

108. Matthews, J. R., Nicholson, J., Jaffray, E., Kelly, S. M., Price, N. C., and Hay, R. T. (1995). Conformational changes induced by DNA binding of NF-kappa B. Nucleic Acids Res 23, 3393-402.

109. McBryant, S. J., Kassavetis, G. A., and Gottesfeld, J. M. (1995). Repression of vertebrate RNA polymerase III transcription by DNA binding proteins located upstream from the transcription start site. J Mol Biol 250, 31526.

110. Meierhan, D., el-Ariss, C., Neuenschwander, M., Sieber, M., Stackhouse, J. F., and Allemann, R. K. (1995). DNA binding specificity of the basic-helix-loop-helix protein MASH-1. Biochemistry 34, 11026-36.

111. Miskiewicz, P., Morrissey, D., Lan, Y., Raj, L., Kessler, S., Fujioka, M., Goto, Т., and Weir, M. (1996) Both the paired domain and homeodomain are required for in vivo function of Drosophila Paired. Development 122, 2709-18.

112. Mitchell, M. Т., Hobson, G. M., and Benfield, P. A. (1992). TATA box-mediated polymerase III transcription in vitro. J Biol Chem 267, 1995-2005.

113. Moreau, P., Hen, R., Wasylyk, В., Everett, R., Gaub, M. P., and Chambon, P. (1981). The SV40 72 base repair repeat has a striking effect on gene expression both in SV40 and other chimeric recombinants. Nucleic Acids Res9, 6047-68.

114. Muller, M. M., Gerster, Т., and Schaffner, W. (1988). Enhancer sequences and the regulation of gene transcription. Eur J Biochem 116, 485-95.

115. Munroe, D., and Jacobson, A. (1990). mRNA poly(A) tail, a 3' enhancer of translational initiation. Mol Cell Biol10, 3441-55.

116. Murphy, S., Yoon, J. В., Gerster, Т., and Roeder, R. G. (1992). Oct-1 and Oct-2 potentiate functional interactions of a transcription factor with the proximal sequence element of small nuclear RNA genes. Mol Cell Biol 12, 3247-61.

117. Muslimov, I. A., Banker, G., Brosius, J., and Tiedge, H. (1998). Activity-dependent regulation of dendritic BCl RNA in hippocampal neurons in culture. J Cell Biol 141, 1601-11.

118. Myers, L. C., Gustafsson, С. M., Bushnell, D. A., Lui, M., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., and Romberg, R. D. (1998). The Med proteins of yeast and their functionthrough the RNA polymerase II carboxy-terminal domain. Genes Dev 12, 45-54.

119. Nakajima, Т., Uchida, C., Anderson, S. F., Lee, C. G., Hurwitz, J., Parvin, J. D., and Montminy, M. (1997). RNA helicase A mediates association of СВР with RNA polymerase II. Cell 90, 1107-12.

120. Neish, A. S., Anderson, S. F., Schlegel, B. P., Wei, W., and Parvin, J. D. (1998). Factors associated with the mammalian RNA polymerase II holoenzyme. Nucleic Acids Res 26, 847-53.

121. Nikolov, D. В., and Burley, S. K. (1994). 2.1 A resolution refined structure of a TATA box-binding protein (TBP). Nat Struct Biol 1, 621-37.

122. Nikolov, D. В., Hu, S. H., Lin, J., Gasch, A., Hoffmann, A., Horikoshi, M., Chua, N. H., Roeder, R. G., and Burley, S. K. (1992). Crystal structure of TFIID TATA-box binding protein. Nature 360, 40-6.

123. Nomiyama, H., Fromental, C., Xiao, J. H., and Chambon, P. (1987). Cell-specific activity of the constituent elements of the simian virus 40 enhancer. Proc Natl Acad Sci U S A 84, 7881-5.

124. Ogg, S. C., Poritz, M. A., and Walter, P. (1992). Signal recognition particle receptor is important for cell growth and protein secretion in Saccharomyces cerevisiae. Mol Biol Cell 3, 895-911.

125. Ogryzko, V. V., Kotani, Т., Zhang, X., Schiltz, R. L., Howard, Т., Yang, X. J., Howard, В. H., Qin, J., and Nakatani, Y. (1998). Histone-like TAFs within the PCAF histone acetylase complex. Cell 94, 35-44.

126. Ossipow, V., Tassan, J. P., Nigg, E. A., and Schibler, U. (1995). A mammalian RNA polymerase II holoenzyme containing all components required for promoter-specific transcription initiation. Cell 83, 137-46.

127. Park, J. M., Hatfield, D. L., and Lee, B. J. (1997). Cross-competition for TATA-binding protein between TATA boxes of the selenocysteine tRNASer.Sec promoter and RNA polymerase II promoters. Mol Cells 7, 72-7.

128. Parkhurst, К. M., Brenowitz, М., and Parkhurst, L. J. (1996). Simultaneous binding and bending of promoter DNA by the TATA binding protein: real time kinetic measurements. Biochemistry 35, 7459-65.

129. Patel, L., Abate, C., and Curran, T. (1990). Altered protein conformation on DNA binding by Fos and Jun. Nature 347, 572-5.

130. Petersen, J. M., Skalicky, J. J., Donaldson, L. W., Mcintosh, L. P., Alber, Т., and Graves, B. J. (1995). Modulation of transcription factor Ets-1 DNA binding: DNA-induced unfolding of an alpha helix. Science 269, 1866-9.

131. Petri, V., Hsieh, M., and Brenowitz, M. (1995). Thermodynamic and kinetic characterization of the binding of the TATA binding protein to the adenovirus E4 promoter. Biochemistry 34, 9977-84.

132. Petterson, M., and Schaffner, W. (1987). A purine-rich DNA sequence motif present in SV40 and lymphotropic papovavirus binds a lymphoid-specific factor and contributes to enhancer activity in lymphoid cells. Genes Dev 1, 962-72.

133. Picard, D., and Schaffner, W. (1985). Cell-type preference of immunoglobulin kappa and lambda gene promoters. Embo J 4, 2831-8.

134. Plon, S. E., and Wang, J. C. (1986). Transcription of the human beta-globin gene is stimulated by an SV40enhancer to which it is physically linked but topologically uncoupled. Cell 45, 575-80.

135. Preiss, Т., and Hentze, M. W. (1998). Dual function of the messenger RNA cap structure in poly(A)-tail-promoted translation in yeast. Nature 392, 516-20.

136. Ptashne, M. (1986). Gene regulation by proteins acting nearby and at a distance. Nature 322, 697-701.

137. Ptashne, M. (1988). How eukaryotic transcriptional activators work. Nature 335, 683-9.

138. Quinlan, M. P. (1989). The Ad5 12S growth factor induces F9 cell proliferation and differentiation. Oncogene 4, 1051-5.

139. Rhoads, R. E. (1999). Signal transduction pathways that regulate eukaryotic protein synthesis. J Biol Chem 274, 30337-40.

140. Roeder, R. G. (1996). The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II. Trends Biochem Sci 21, 327-35.

141. Sachs, А. В., and Buratowski, S. (1997). Common themes in translational and transcriptional regulation. Trends Biochem Sci 22, 189-92.

142. Sambrook, J., T. Maniatis, et al. (1989). Molecular cloning : a laboratory manual. Cold Spring Harbor, N.Y., Cold Spring Harbor Laboratory.

143. Saudek, V., Pasley, H. S., Gibson, Т., Gausepohl, H., Frank, R., and Pastore, A. (1991). Solution structure of the basic region from the transcriptional activator GCN4. Biochemistry 30, 1310-7.

144. Sayre, M. H., Tschochner, H., and Kornberg, R. D. (1992). Reconstitution of transcription with five purified initiation factors and RNA polymerase II from Saccharomyces cerevisiae. J Biol Chem 267, 23376-82.

145. Schirm, S., Jiricny, J., and Schaffner, W. (1987). The SV40 enhancer can be dissected into multiple segments, each with a different cell type specificity. Genes Dev 1, 65-14.

146. Schlosser, G., and Thieffry, D. (2000). Modularity in development and evolution. Bioessays 22, 1043-5.

147. Schreiber, E., Matthias, P., Muller, M. M., and Schaffner, W. (1989). Rapid detection of octamer binding proteins with 'mini-extracts', prepared from a small number of cells. Nucleic Acids Res 17, 6419.

148. Schwabe, J. W., Chapman, L., Finch, J. Т., and Rhodes, D. (1993). The crystal structure of the estrogen receptor DNA-binding domain bound to DNA: how receptors discriminate between their response elements. Cell 75, 567-78.

149. Schwabe, J. W., Chapman, L., and Rhodes, D. (1995). The oestrogen receptor recognizes an imperfectly palindromicresponse element through an alternative side-chain conformation. Structure 3, 201-13.

150. Serfling, E., Lubbe, A., Dorsch-Hasler, K., and Schaffner, W. (1985). Metal-dependent SV40 viruses containing inducible enhancers from the upstream region of metallothionein genes. Embo J 4, 3851-9.

151. Sheng, G., Harris, E., Bertuccioli, C., and Desplan, C. (1997). Modular organization of Pax/homeodomain proteins in transcriptional regulation. Biol Chem 378, 863-72.

152. Shivji, M. K., and La Thangue, N. B. (1991). Multicomponent differentiation-regulated transcription factors in F9 embryonal carcinoma stem cells. Mol Cell Biol 11, 1686-95.

153. Shuman, J. D., Vinson, C. R., and McKnight, S. L. (1990). Evidence of changes in protease sensitivity and subunit exchange rate on DNA binding by C/EBP. Science 249, 771-4.

154. Simon, M. C., Fisch, Т. M., Benecke, B. J., Nevins, J. R., and Heintz, N. (1988). Definition of multiple, functionally distinct TATA elements, one of which is a target in the hsp70 promoter for E1A regulation. Cell 52, 723-9.

155. Skryabin, В. V., Kremerskothen, J., Vassilacopoulou, D., Disotell, T. R., Kapitonov, V. V., Jurka, J., and Brosius, J. (1998). The BC200 RNA gene and its neural expression are conserved in Anthropoidea (Primates). J Mol Evol 47, 677-85.

156. Steward, 0. (1997). mRNA localization in neurons: a multipurpose mechanism? Neuron 18, 9-12.

157. Steward, 0., and Levy, W. B. (1982). Preferential localization of polyribosomes under the base of dendritic spines in granule cells of the dentate gyrus. J Neurosci 2, 284-91.

158. Struhl, K. (1998). Histone acetylation and transcriptional regulatory mechanisms. Genes Dev 12, 599-606.

159. Sutcliffe, J. G., Milner, R. J., Bloom, F. E., and Lerner, R. A. (1982). Common 82-nucleotide sequence unique to brain RNA. Proc Natl Acad Sci U S A 79, 49426.

160. Taggart, A. K., and Pugh, B. F. (1996). Dimerization of TFIID when not bound to DNA. Science 272, 1331-3.

161. Tan, S., and Richmond, T. J. (1998). Crystal structure of the yeast MATalpha2/МСМ1/DNA ternary complex. Nature 391, 660-6.

162. Tan, S., and Richmond, T. J. (1990). DNA binding-induced conformational change of the yeast transcriptional activator PRTF. Cell 62, 367-77.

163. Tan, S., and Richmond, T. J. (1990). DNA binding-induced conformational change of the yeast transcriptional activator PRTF. Cell 62, 367-77.

164. Thalmeier, K., Synovzik, H., Mertz, R., Winnacker, E. L., and Lipp, M. (1989). Nuclear factor E2F mediates basic transcription and trans-activation by Ela of the human MYC promoter. Genes Dev 3, 527-36.

165. Theveny, В., Bailly, A., Rauch, C., Rauch, M., Delain, E., and Milgrom, E. (1987). Association of DNA-bound progesterone receptors. Nature 329, 79-81.

166. Thompson, С. M., and Young, R. A. (1995). General requirement for RNA polymerase II holoenzymes in vivo. Proc Natl Acad Sci USA 92, 4587-90.

167. Tiedge, H., Bloom, F. E., and Richter, D. (1999). RNA, whither goest thou? Science 283, 186-7.

168. Tiedge, H., and Brosius, J. (1996). Translational machinery in dendrites of hippocampal neurons in culture. J Neurosci 16, 7171-81.

169. Tiedge, H., Chen, W., and Brosius, J. (1993). Primary structure, neural-specific expression, and dendritic location of human BC200 RNA. J Neurosci 13, 2382-90.

170. Tiedge, H., Fremeau, R. Т., Jr., Weinstock, P. H., Arancio, 0., and Brosius, J. (1991). Dendritic location of neural BC1 RNA. Proc Natl Acad Sci U S A 88, 2093-7.

171. Tjian, R., and Maniatis, T. (1994). Transcriptional activation: a complex puzzle with few easy pieces. Cell 77, 5-8.

172. Toney, J. H., Wu, L., Summerfield, A. E., Sanyal, G., Forman, В. M., Zhu, J., and Samuels, H. H. (1993). Conformational changes in chicken thyroid hormone receptor alpha 1 induced by binding to ligand or to DNA. Biochemistry 32, 2-6.

173. Vandoolaeghe, P., and Rousseau, G. G. (1997). C/EBP binds over the TATA box and can activate the M promoterof 6- phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase. Biochem Biophys Res Commun 232, 247-50.

174. Vidal, F., Mougneau, E., Glaichenhaus, N., Vaigot, P., Darmon, M., and Cuzin, F. (1993). Coordinated posttranscriptional control of gene expression by modular elements including Alu-like repetitive sequences. Proc Natl Acad Sci U S A 90, 208-12.

175. Volanakis, J. E. (1995). Transcriptional regulation of complement genes. Annu Rev Immunol 13, 277-305.

176. Voliva, C. F., Aronheim, A., Walker, M. D., and Peterlin, В. M. (1992). B-cell factor 1 is required for optimal expression of the DRA promoter in В cells. Mol Cell Biol 12, 2383-90.

177. Voorma, H. 0. (1983). Regulatory steps in the initiation of protein synthesis. Horiz Biochem Biophys 7, 139-53.

178. Wang, Y., Jensen, R. C., and Stumph, W. E. (1996). Role of TATA box sequence and orientation in determining RNA polymerase II/III transcription specificity. Nucleic Acids Res 24, 3100-6.

179. Wang, Y., and Stumph, W. E. (1995). RNA polymerase II/III transcription specificity determined by TATA box orientation. Proc Natl Acad Sci USA 92, 8606-10.

180. Watson, J. В., and Sutcliffe, J. G. (1987). Primate brain-specific cytoplasmic transcript of the Alu repeat family. Mol Cell Biol 7, 3324-7.

181. Weber, J. R., and Skene, J. H. (1997). Identification of a novel repressive element that contributes to neuron-specific gene expression. J Neurosci 17, 7583-93.

182. Weber-Hall, S., McManus, A., Anderson, J., Nojima, Т., Abe, S., Pritchard-Jones, K., and Shipley, J. (1996). Novel formation and amplification of the PAX7-FKHR fusion gene in a case of alveolar rhabdomyosarcoma. Genes Chromosomes Cancer 17, 7-13.

183. Wegner, M. (2000). Transcriptional control in myelinating glia: flavors and spices. Glia 31, 1-14.

184. Weis, L., and Reinberg, D. (1992). Transcription by RNA polymerase II: initiator-directed formation of transcription-competent complexes. Faseb J 6, 3300-9.

185. Weiss, M. A. (1990). Thermal unfolding studies of a leucine zipper domain and its specific DNA complex: implications for scissor's grip recognition. Biochemistry 29, 8020-4.

186. Wells, S. E., Hillner, P. E., Vale, R. D., and Sachs, A. B. (1998). Circularization of mRNA by eukaryotic translation initiation factors. Mol Cell 2, 135-40.

187. Whitehall, S. K., Kassavetis, G. A., and Geiduschek, E. P. (1995). The symmetry of the yeast U6 RNA gene's TATA box and the orientation of the TATA-binding protein in yeast TFIIIB. Genes Dev 9, 2974-85.8. БЛАГОДАРНОСТИ.1. Я хотел бы поблагодарить:

188. Моих научных руководителей Поспелова Валерия Анатольевича и Юргена Брозиуса за предоставленную возможность выполнения данной работы, поддержку в процессе ее выполнения и плодотворные обсуждения ркзультатов.

189. Моих друзей и коллег Ермилова Сашу и Воробьева Женю, непосредственно принимавших участие в реализации и претворении в реальность идеи модульности. Володю Курышева за отеческую поддержку а также внимательное прочтение и корректирование рукописи.

190. Сотрудников лаборатории МОДК Института цитологии РАН, где была начата эта работа, за неизменную доброжелательность и интерес к моей результатам.

191. Моик коллег из Института экспериментальной патологии города Мюнстера за поддержку и интересные дискуссии, стимулировавшие завершение этой работы.

192. Моих учителей Владимира Владимировича Аленина и Андрея Петровича Перевозчикова, которые открыли мне дверь в восхитительный мир научных изысканий.

193. Моей семье и родителям за то, что они всегда верили вменя.