Изучение механизмов взаимодействия между промотором и энхансером у Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Костюченко, Маргарита Владимировна

• Костюченко, Маргарита Владимировна
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Костюченко, Маргарита Владимировна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

1. ВВЕДЕНИЕ.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1. Базовые элементы эукариотических промоторов.

2.2. Проксимальные и дистальные регуляторные элементы эукариотических генов.

2.2.1. CpG островки.

2.2.2. UAS/URS элементы.

2.2.3. Энхансеры.

2.3. Регуляторные элементы ДНК, влияющие на экспрессию гена.

2.3.1. Пограничные последовательности.

2.3.2. Регуляторные области локусов (LCR).

2.3.3. Инсуляторы.

8и(Н\у)-инсулятор.

Инсуляторы регуляторной области Abd-B гена.

3 -глобиновый инсулятор.

2.4. Модели влияния инсуляторов на взаимодействие между энхансером и промотором.

2.5. Примеры взаимодействия энхансера и промотора на расстоянии.

2.5.1. Трансвекция.

2.5.2. Кооперативное действие цис-регуляторных элементов. GAGA-фактор.

2.5.3. Цис-регуляторные элементы в сложных локусах генов.

2.6. Исследование взаимодействия хроматина на больших дистанциях.

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

3.1. Генетические методы.

3.1.1. Линии и мутации Drosophila melanogaster, использованные в данной работе.

3.1.2. Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий.

3.1.3. Фенотипический анализ экспрессии генов yellow и miniwhite в трансгенных линиях.

3.1.4. Генетические скрещивания.

3.2. Программное обеспечение. Базы данных.

3.3. Биохимические методы.

3.3.1. Выделение ДНК из дрозофилы.

3.3.2. Саузерн-блотанализ.

3.3.3. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР).

3.3.4. Секвенирование плазмид и ПЦР продуктов.

3.3.5. Молекулярное клонирование.

3.3.6. Трансформация бактериальных клеток плазмидами.

3.3.7. Выделение ДНК плазмид методом щелочного лизиса.

3.3.8. Создание конструкций.

4. РЕЗУЛЬТАТЫ.

4.1.1. Анализ нуклеотидной последовательности 5' регуляторной области гена yellow Drosophila melanogaster.

4.1.2. Анализ цис-регуляторных элементов в области промотора гена yellow.

4.1.3. Роль регуляторных элементов промоторной области гена yellow в присутствии промотора гена white.

4.2.1. Анализ нуклеотидной последовательности 5' регуляторной области гена white Drosophila melanogaster.

4.2.2. Значение белка Zeste во взаимодействии между энхансером и промотором гена miniwhite Drosophila melanogaster зависит от расстояния между регуляторными элементами.

4.2.3. Роль белка Zeste во взаимодействии между энхансером и промотором гена miniwhite при делеции в регуляторной области гена.

4.2.4. Su(Hw) инсуляторов недостаточно для осуществления взаимодействия между энхансером и промотором гена miniwhite при делеции в регуляторной области гена.

4.2.4. Роль цис-регуляторных элементов во взаимодействии между энхансером и промотором гена miniwhite.

5.0БСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

5.1. Изучение взаимодействия между энхансером и промотором в модельной системе гена yellow.

5.2. Изучение взаимодействия между энхансером и промотором в модельной системе гена white.

6. ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение механизмов взаимодействия между промотором и энхансером у Drosophila melanogaster»

Координированная работа (экспрессия) большого числа генов у эукариот возможна лишь благодаря наличию тонких регуляторных механизмов, определяющих место, время и уровень экспрессии конкретного гена или группы генов. Для того чтобы экспрессия гена была регулируемой, он должен содержать индивидуальные последовательности ДНК, по которым компоненты генетической системы клетки могли бы безошибочно оказать на него необходимое воздействие. Благодаря факторам транскрипции и регуляторным последовательностям генов становится возможным специфический синтез РНК и осуществляется регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции (Levine et al., 2003; Butler et al., 2002). Цис-регуляторные элементы генов эукариот - это последовательности ДНК, расположенные вблизи промотора (от 30 до нескольких сотен пар оснований перед точкой инициации), а также дистальные элементы (энхансеры и сайленсеры). Оба класса таких последовательностей содержат сайты связывания белков, модулирующих транскрипцию (Cosma, 2002; Патрушев, 2000). Одной из особенностей регуляции транскрипции высших эукариот является способность энхансеров активировать транскрипцию гена независимо от ориентации, и находясь от промотора на расстоянии, которое может достигать нескольких сотен тысяч пар нуклеотидов (Dorsett, 1999). Многие энхансеры не имеют специфичности к определенному промотору и способны активировать транскрипцию целого ряда генов (Butler et al., 2001). Так как в геноме гены располагаются часто достаточно близко друг к другу, возникает вопрос, каким образом энхансер взаимодействует с промотором своего гена и как предотвращается активация нежелательных промоторов, которые могут находиться в непосредственной близости от энхансера. Несмотря на большое количество информации о различных уровнях регуляции транскрипции, механизм взаимодействия между энхансером и промотором на больших дистанциях остается до конца невыясненным.

Известно, что в ряде случаев в обеспечении коммуникации между энхансером и промотором важную роль играют цис-регуляторные последовательности ДНК, найденные в промоторных областях эукариотических генов (Hapgood et al., 2001). Характеристика таких цис-регуляторных последовательностей и связывающихся с ними белковых факторов поможет лучше понять механизм энхансер-зависимой тканеспецифичной активации генов.

В данной работе была поставлена задача картировать и изучить цис-регуляторные последовательности ДНК промоторных областей генов yellow и miniwhite Drosophila melanogaster, которые могут отвечать за взаимодействие с энхансерами.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Костюченко, Маргарита Владимировна

6. выводы

1. Созданы модельные системы для изучения взаимодействия между энхансером и промотором на основе генов yellow и miniwhite Drosophila melanogaster.

2. В области промотора гена yellow выявлены два регуляторных элемента: в положении — 85 -92 п.н. и —100 ^ -142 п.н. относительно старта транскрипции, которые участвуют в коммуникации между энхансерами и промотором гена.

3. Для гена miniwhite установлено, что белок Zeste становится необходим для эффективного взаимодействия между энхансером и промотором гена в случае, если они находятся на расстоянии 3 т.п.н. и больше и при делеции (от -111 п.н. до -33 п.н.) в области промотора.

4. В регуляторной области гена miniwhite выявлена последовательность ДНК (позиция — 59 -78 п.н.), отвечающая за коммуникацию между энхансером и промотором. Показано, что для взаимодействия энхансера и промотора гена miniwhite также важны расстояния и взаимное расположение регуляторных элементов перед промотором.

5. Показано, что цис-регуляторные элементы, участвующие во взаимодействии между энхансером и промотором в системах генов yellow и miniwhite, являются избыточными, т.е. каждый из них способен поддерживать нормальный уровень экспрессии соответствующего гена.

6. Для генов yellow и miniwhite показан вклад цис-регуляторных элементов промоторных областей в обеспечение специфичности взаимодействия между энхансером и промотором.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Костюченко, Маргарита Владимировна, 2005 год

1. Belenkaya Т., Barseguyan K., Hovahannisyan H., Biryukova I., Kochieva E., Georgiev P. Pelement sequences can compensate for a deletion of the yellow regulatory region in Drosophilamelanogaster II Mol Gen Genet. 1998. V.259(l). P.79-87.

2. Bell A., West A., Felsenfeld G. The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators // Cell. 1999. V. 98. P. 387-396.

3. Bell A., West G., Felsenfeld G. Insulators and boundaries: versatile regulatory elements in the eukaryotic genome // Science. 2001. V.291. P.447-450.

4. Bell A., Felsenfeld G. Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene // Nature. 2000. V.405. P.482-485.

5. Belozerov V., Majumder P., Shen P and Cai H. A novel boundary element may facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila II EMBO J. 2003. V.22.P.3113-3121.

6. Bi X. and Broach J. Chromosomal boundaries in S. cerevisiae // Curr. Opin. Genet. Dev. 2001. V. 11. P. 199-204.

7. Blackwood E., Kadonaga J. Going the distance: a current view of the enhancer action // Science. 1998. V.281. P.60-63.

8. Brandeis M., Frank D., Keshet I., Siegfried Z., Mendelsohn M., Nemes A. Spl elements protect a CpG island from de novo methylation // Nature. 1994. V.371. P.435-438.

9. Brasset E. and Vaury C. Insulators are fundamental components of the eukaryotic genomes // Heredity. 2005. V.94. P.571-576.

10. Butler J., Kadonaga J.T. The RNA polymerase II core promoter: a key component in theregulation of gene expression// Genes Dev. 2002. V.16. P.2583-2592.

11. Butler J., Kadonaga J.T. Enhancer-promoter specificity mediated by DPE or TATA corepromoter motifs // Genes Dev. 2001. V.15. P.2515-2519.

12. Cai H., Levine M. Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators in the Drosophila embryo //Nature. 1995. V.376. P.533-536.

13. Cai H. and Shen P. Effects of cis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity // Science. 2001. V.291. P.493-495.

14. Calhoun V. and Levine M. Long-range enhancer-promoter interactions in the Scr-Antp interval of the Drosophila Antennapedia complex // PNAS. 2003. V.100. P.9878-9883.

15. Capelson M., Corces V. Boundary elements and nuclear organization // Biology of the Cell. 2004. V.96. P. 617-629.

16. Chen J., Pirrotta V. Multimerization of the Drosophila zeste protein is required for efficient

17. DNA binding // EMBO J. 1993. V.12(5). P.2075-83.

18. Chung J., Whiteley M. and Felsenfeld G. A 5' element of the chicken beta-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effect in Drosophila II Cell. 1993. V.74 P.505-514.

19. Chung J., Bell A., Felsenfeld G. Characterization of the chicken beta-globin insulator // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V.94. P.575-580.

20. Dean A. Chromatin remodelling and the interaction between enhancers and promoters in the beta-globin locus // Brief Funct Genomic Proteomic. 2004. V.2(4). P.344-354.

21. Dekker J., Rippe K., Dekker M. and Kleckner N. Capturing chromosome conformation // Science. 2002. V.295. P. 1306-1311.

22. Desset S., Vaury C. Transcriptional interference mediated by retrotransposons within the genome of their host: lessons from alleles of the white gene from Drosophila melanogaster II Cytogenet Genome Res. 2005. V.l 10. P.209-214.

23. Donze D. and Kamakaka R. Braking the silence: how heterochromatic gene repression is stopped in its tracks // Bioessays. 2002. V.24. P.344-349.

24. Dorsett D. Distant liaisons: long range enhancer-promoter interactions in Drosophila II Curr. Opin.Genet. Dev. 1999. V. 9. P. 505-514.

25. Duncan I. Transvection effects in Drosophila // Annu. Rev. Genet. 2002. V.36. P.521-556.

26. Engel J., Tanimoto K. Looping, linking, and chromatin activity: new insights into beta-globin locus regulation // Cell. 2000. V.l00. P.499-502.

27. Evans R., Fairley J. and Roberts S. Activator-mediated disruption of sequence-specific DNA contacts by the general transcription factor TFIIB // Genes Dev. 2001. V.15. P.2945- 2949.

28. Farkas G., Leibovitch В., Elgin S. Chromatin organization and transcriptional control of gene expression in Drosophila II Gene. 2000. V.253.P.117-136.

29. Farkas G., Gausz J., Galloni M., Reuter G., Gyurkovics H., Karch F. The Trithorax-like gene encodes the Drosophila GAGA factor // Nature. 1994. V.371. P.806-808.

30. Ferrari S., Carmine-Simmen K., Dusserre Y., Muller K., Fourel G., Gilson E. and Mermod N. Chromatin domain boundaries delimited by a histone-binding protein in yeast // J. Biol. Chem. 2004. V.279. P.55520-55530.

31. Festenstein R., Tolaini M., Corbella P., Mamalaki C., Parrington J., Miliou A. and Kioussis D. Locus control region function and heterochromatin-induced position effect variegation // Science. 1996. V.271. P.l 123-1125.

32. Fraser P., Grosveld F. Locus control regions, chromatin activation and transcription // Curr Opin Cell Biol. 1998. V.10. P.361-365.

33. Geyer P. The role of insulator elements in defining domains of gene expression // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997. V.7. P.242-248.

34. Geyer P., Corces V. DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein // Genes Dev. 1992. V.6. P.1865-1873.

35. Geyer P., Corces V. Separate regulatory elements are responsible for the complex pattern of tissue-specific and developmental transcription of thq yellow locus in Drosophila melanogaster II Genes Dev. 1987. V.l. P.996-1004.

36. Geyer P., Green M., Corces V. Tissue-specific transcriptional enhancers may act in trans on the gene located in the homologous chromosome: the molecular basis of transvection in Drosophila IIEMBO J. 1990. V.9. P.2247-2256.

37. Golic K., Lindquist S. The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome 11 Cell. 1989. V.59. P.499-509.

38. Grosveld F. Activation by locus control regions? // Curr Opin Genet Dev. 1999. V.9. P. 152157.

39. Guarente L. Transcriptional coactivators in yeast and beyond // Trends Biochem. Sci. 1995. V.20. P.517-521.

40. Gubb D., Ashburner M., Roote J., Davis T. A novel transvection phenomenon affecting the white gene of Drosophila melanogaster I I Genetics. 1990. V.126. P.167—176.

41. Hapgood J., Riedemann J. and Scherer D. Regulation of gene expression by GC-rich DNA cis-elements. // Cell Biology International. 2001. V.25(l). P.17-31.

42. Hardison R. and Groudine M. A complex chromatin landscape revealed by patterns of nuclease sensitivity and histone modification within the mouse beta-globin locus // Mol. Cell. Biol. 2003. V.23. P.5234-5244.

43. Hark A., Schoenherr C., Katz D. CTCF mediates methilation-sensitive enhancer-blocking activity at the H19/Igf2 locus // Nature. 2000. V.405. P.486-489.

44. Hu S. and Manley J. DNA sequence required for initiation of transcription in vitro from the major late promoter of adenovirus 2 // Proc. Nat. Acad. Sci. USA Biochemistry. 1981. V.78(2). P. 820-824.

45. Ishii K., Arib G., Lin C., Van Houwe G. and Laemmli U. Chromatin boundaries in budding yeast: the nuclear pore connection // Cell. 2002. V.109. P.551-562.

46. Jack J., Dorsett D., DeLotto Y. Expression of the cut locus in the Drosophila wing margin is required for cell type specification and is regulated by a distant enhancer // Development. 1991. V. 113. P.735-747.

47. Kares R., Rubin G. Analysis of P transposable element functions in Drosophila II Cell. 1984.1. V.38. P.135-146.

48. Kassis JA. Pairing-sensitive silencing, polycomb group response elements, and transposon homing in Drosophila II Adv Genet. 2002. V.46. P.421-438.

49. Katsani K., Hajibagheri M., Verrijzer C. Cooperative DNA binding by GAGA transcription factor requires the conserved BTB/POZ domain and reorganizes promoter topology // EMBO J. 1999. V.18. P.698-708.

50. Kellum R., Schedl P. A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay//Mol. Cel. Biol. 1992. V.12. P.2424-2431.

51. Kennison J., Southworth J. Transvection in Drosophila II Adv. Genet. 2002. V.46. P.399-420.

52. Kennison J. The Polycomb and trithorax group proteins of Drosophila: trans-regulators of homeotic gene function//Annu. Rev. Genet. 1995. V.29. P.289-303.

53. Kioussis D. and Festensteint R. Locus control regions: overcoming heterochromatin-gene inactivation in mammals // Curr. Opin. Genetics & Development. 1997.V.7.P.614-619.

54. Kioussis D., Vanin E., deLange Т., Flavell R. and Grosveld F. Beta-globin gene inactivationby DNA translocation in gamma beta-thalassaemia // Nature. 1983. V.306. P.662-666.

55. Kornezos A, Chia W. Apical secretion and association of the Drosophila yellow gene product with developing larval cuticle structures during embryogenesis // Mol Gen Genet. 1992. V.235(2-3). P.397-405.

56. Kutach A. and Kadonaga J.T. The downstream promoter element DPE appears to be as widely used as the TATA box in Drosophila core promoters // Mol. Cell. Biol. 2000. V.20. P.4754-4764.

57. Lagrange Т., Kapanidis A., Tang H., Reinberg D. and Ebright R. New core promoter element in RNA polymerase Il-dependent transcription: Sequence-specific DNA binding by transcription factor IIB // Genes Dev. 1998. V.12. P.34-44.

58. Lehmann M. Anything else but GAGA: a nonhistone protein complex reshapes chromatin structure // Trends in Genetics. 2004. V.20(l). P. 15.-22.

59. Levine M., Tjian R. Transcription regulation and animal diversity // Nature. 2003. V.424. P.147-151.

60. Lewis E. The theory and application of a new method of detecting chromosomal rearrangements in Drosophila melanogaster И Am. Nat. 1954. V.88. P.225-239.

61. Li L., He S., Sun J., Davie J. Gene regulation by Spl and Sp3 // Biochem Cell Biol. 2004. V.82(4). P.460-471.

62. Li Q., Kenneth R. Fang X. and Stamatoyannopoulos G. Locus control regions // Blood. 2002. V. 100(9). P.3077-3086.

63. Li R., Knight D., Jackson S., Tjian R. and Botchan M. Direct interaction between Spl and the BPV enhancer E2 protein mediates synergistic activation of transcription // Cell. 1991. V.65. P.493-505.

64. Lin Q., Wu D. and Zhou J. The promoter targeting sequence facilitates and restricts a distant enhancer to a single promoter in the Drosophila embryo // Development. 2003. V.130. P.519-526.

65. Lindsley D., Zimm G. The genome of Drosophila melanogaster И Academic Press, New1. York. //1992.

66. Lis J. Promoter-associated pausing in promoter architecture and postinitiation transcriptional regulation//Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1998. V.63. P.347-356.

67. Lu L., Tower J. A transcriptional insulator element, the su(Hw) binding site, protects a chromosomal DNA replication origin from position effects // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P.2202-2206.

68. Mahmoudi T. and Verrijzer C. Chromatin silencing and activation by Poly comb and trithorax group proteins // Oncogene. 2001. V.20. P.3055-3066.

69. Mahmoudi Т., Katsany K., Verrijzer C. GAGA can mediate enhancer function in trans by linking two separate DNA molecules // EMBO J. 2002. V.21. P. 1775-1781.

70. Marshall W., Fung J., Sedat J. Deconstructing the nucleus: global architecture from local interactions // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997. V.7. P.259-263.

71. Martin M., Meng YB., Chia W. Regulatory elements involved in the tissue-specificexpression of the yellow gene of Drosophila II Mol Gen Genet. 1989. V.218(1). P. 118-26.

72. Martinez-Laborda A., Gonzalez-Reyes A., Morata G. Trans regulation in the Ultrabithorax gene of Drosophila: alterations in the promoter enhance transvection // EMBO J. 1992. V.l 1. P.3645-3652.

73. Mazo A., Mizrokhi L., Karavanov A. Suppression in Drosophila: su(Hw) and su(f) gene products interact with a region of mdg4 (gypsy) regulating its transcriptional activity // EMBO J. 1989. V.8. P.903-911.

74. Mihaly J., Hogga I., Barges S., Gallon M., Mishra R., Hagstrom К., Muller M., Schedl P., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics H., Karch F. Chromatin domain boundaries in the Bithorax complex // Cell. Mol. Life Sci. 1998. V.54. P.60-70.

75. Milot E., Strouboulis J., Trimborn Т., Wijgerde M., de Boer E., Langeveld A., Tan-Un K., Vergeer W., Yannoutsos N, Grosveld F. Heterochromatin effects on the frequency andduration of LCR-mediated gene transcription // Cell. 1996. V.87. P.105-114.

76. Morris J., Petrov D., Lee A., Chao-ting Wu. Enhancer choice in Cis and in Trans in

77. Drosophila melanogaster. role of the promoter // Genetics. 2004. V167. P.1739—1747

78. Morris J., Chen J., Filandrinos S., Dunn R., Fisk R., Geyer P., Wu C. An analysis of transvection at thq yellow locus of Drosophila melanogaster II Genetics. 1999. V.151. P.633-651.

79. Morris J., Chen J., Geyer P., Wu C. Two modes of transvection: enhancer action in trans and bypass of a chromatin insulator in cis II Proc Natl Acad Sci USA. 1998. V.95. P.10740-10745.

80. Muravyova E., Golovnin A., Gracheva E., Parshikov A., Belenkaya Т., Pirrotta V., Georgiev

81. P. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulator // Science. 2001. V.291.1. P.495-498.

82. Mutskov V., Farrell C., Wade P., Wolffe A. and Felsenfeld G. The barrier function of an insulator couples high histone acetylation levels with specific protection of promoter DNA from methylation // Genes Dev. 2002. V.16. P. 1540-1554.

83. Nash N., Yarkin R. Genetic regulation and pattern formation: a study of the yellow locus in Drosophila melanogaster II Genet Res. 1974. V.24(l). P.l9-26

84. Orihara M., Hosono C., Kojima Т., Saigo K. Identification of engrailed promoter elements essential for interactions with a stripe enhancer in Drosophila embryos // Genes Cells. 1999. V. 4. P.205-218.

85. Osborne C., Chakalova L., Brown K., Carter D., Horton A., Debrand E., Goyenechea В., Mitchell J., Lopes S., Reik W. Active genes dynamically colocalize to shared sites of ongoing transcription//Nat. Genet. 2004. V.36. P.1065-1071.

86. Palla F., Melfi R., Anello L., Di Bernardo M., Spinelli G. Enhancer blocking activity located near the 31 end of the sea urchin early H2A histone gene // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V.94. V.2212-2211.

87. Parnell Т., Geyer P. Differences in insulator properties revealed by enhancer blocking assays on episomes // EMBO J. 2000. V.19. P.5864-5874.

88. Pikaart M., Recillas-targa F., Felsenfeld G. Loss of transcriptional activity of a transgene is accompanied by DNA methilation and histone deacetylation and is prevented by insulators // Genes Dev. 1998. V.12. P.2852-2862.

89. Pirrotta V. The genetics and molecular biology of zeste in Drosophila melanogaster II Adv Genet. 1991. V.29. P.301-348.

90. Pirrotta V. Transvection and chromosomal trans-interaction effects // Biochim. Biophys. Acta. 1999. V.1424. P.M1-M8.

91. Pirrotta V., Manrt E., Hardon E., Bickel S., Benson M. Structure and sequence of the Drosophila zeste gene // EMBO J. 1987. V.6. P.791-799.

92. Pirrotta V., Steller H., Bozzetti M. Multiple upstream regulatory elements control the expression of the Drosophila white gene // EMBO J. 1985. V.4. P.3501-3508.

93. Qian S, Pirrotta V. Dosage compensation of the Drosophila white gene requires both the X chromosome environment and multiple intragenic elements // Genetics. 1995. V.139(2).P.733-744.

94. Qian S., Varjavand В., Pirrotta V. Molecular analysis of the zeste-white interaction reveals a promoter-proximal element essential for distant enhancer-promoter communication // Genetics. 1992. V.131(1). P.79-90.

95. Raff J., Kellum R., Alberts B. The Drosophila GAGA transcriptional factor is associated with specific regions of heterochromatin throughout the cell cycle // EMBO J. 1994. V.13. P.5977-5983.

96. Reuter G, Spierer P. Position effect variegation and chromatin proteins // Bioessays. 1992.1. V.14. P.605-612.

97. Ringrose L., Chabanis S., Angrand P., Woodroofe C., Stewart A. Quantitative comparison of DNA looping in vitro and in vivo: chromatin increases effective DNA flexibility at short distances // EMBO J. 1999.V.18. P.6630-6641.

98. Rippe K. Making contacts on a nucleic acid polymer // Trends Biochem. Sci. 2001.V.26. P. 733-740.

99. Robinett C., O'Connor A., Dunaway M. The repeat organizer, a specialized insulator element within the intergenic spacer of the Xenopus rRNA genes // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P.2866-2875.

100. Roseman R, Pirrotta V., Geyer P. The Su(Hw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position-effects // EMBO J. 1993. V.12. P.435-442.

101. Rubin G., Sprandling A. Genetic transformation of Drosophila with transposable elementvectors // Science. 1982. V.218. P.348-353.

102. Sabbattini P., Georgiou A., Sinclair C., Dillon N. Analysis of mice with single and multiple copies of transgenes reveals a novel arrangement for the lambda5-VpreBl locus control region // Mol Cell Biol. 1999. V.19. P.671-679.

103. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning: a Laboratory Manual, Ed.2. Cold

104. Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY // 1989.

105. Sanger F., Nicken S., Coulson A. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc

106. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V.74. P.5463-5487.

107. Scott K., Geyer P. Effects of the Su(Hw) insulator protein on the expression of the divergently transcribed Drosophila yolk protein genes // EMBO J. 1995. V.14. P.6258-6279.

108. Siegal M., Hartl D. Application of Cre/loxP in Drosophila. Site-specific recombination andtransgene coplacement//Methods Mol Biol. 2000. V.136. P.487-495.

109. Su W., Jackson S., Tjian R., Echols H. DNA looping between sites for transcriptional activation: self-association of DNA-bound Spl // Genes Dev. 1991.V.5 P.820-826.

110. Suzuki Y., Tsunoda Т., Sese J., Taira H., Mizushima-Sugano J., Hata H., Ota Т., Isogai Т., Tanaka Т., Nakamura Y. Identification and characterization of the potential promoter regions of 1031 kinds of human genes // Genome Res. 2001. V.l 1. P.677-684.

111. Tolhuis В., Palstra R., Splinter E., Grosveld F. and de Laat W. Looping and interaction between hypersensitive sites in the active beta-globin locus // Mol. Cell. 2002. V.10. P. 1453— 1465.

112. Travers A. Chromatin modification by DNA tracking // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V.96. P.13634-13637.

113. Udvary A. Dividing the empire: Boundary chromatin elements delimit the territory of enhancers // EMBO J. 1999. V.l8. P. 1-8.

114. Walter M., Black В., Afshar G., Kermabon A., Wright Т., Biessmann H. Temporal andspatial expression of the yellow gene in correlation with cuticle formation and dopadecarboxylase activity in Drosophila development. // Dev Biol. 1991. V.147.P.32-45.

115. Webber A., Ingram R., Levorse J. et al. Location of enhancers is essential for imprinting of HI9 and Ig/2 // Nature. 1998. V.391. P.711-715.

116. West A. and Fraser P. Remote control of gene transcription // Human Molecular Genetics.2005. V.14(l). P.101-111.

117. West A., Gaszner M. and Felsenfeld G. Insulators: many functions, many mechanisms // Genes Dev. 2002. V.16. P.271-288.

118. Wilkins R. and Lis J. Dynamics of potentiation and activation: GAGA factor and its role in heat shock gene regulation // Nucleic Acids Res. 1997. V.25. P.3963-3968.

119. Wimmer E., Jackie H., Pfeifle C., Cohen S. A Drosophila homologue of human Spl is ahead-specific segmentation gene // Nature.1993. V.16(6456). P.690-694.

120. Wu C. and Morris J. Transvection and other homology effects // Curr. Opin. Genet. Dev. 1999. V.9. P.237-246.

121. Zhao C., Meng A. Spl-like transcription factors are regulators of embryonic development in vertebrates // Dev Growth Differ. 2005. V.47(4).P.201-211.

122. Zhong X., Krangel M. An enhancer-blocking element between alpha and delta gene segments within the human T cell receptor alpha/delta locus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V.94. P.5219-5224.

123. Zhou J., Levine M. A novel cis-regulatory element, the PTS, mediates an anti-insulator activity in the Drosophila embiyo // Cell. 1999. V. 99. P.567-575.

124. Муравьева E., Головнин А., Паршиков А., Георгиев П. Новые свойства Su(Hw) инсулятора // ДАН. 2001. т.378. №3. с.398-402

125. Патрушев Л.И. Экспрессия генов. Наука. Москва// 2000

126. Сингер М., Берг П. Гены и геномы. Мир. Москва // 1998