Исследование структуры и функции элемента Мср, участвующего в регуляции гена AВD-B у Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Кырчанова, Ольга Викторовна

• Кырчанова, Ольга Викторовна
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кырчанова, Ольга Викторовна

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Основные уис-регуляторные элементы.

1.2 Регуляция эмбрионального развития Drosophila melanogaster.

1.3 Bithorax комплекс. Фазы регуляции.

1.4 Регуляция Abdominal-B гена.

1.4.1 Fab-7.

1.4.2 Fab-8.

1.4.3 Мер.

1.5 Существующие модели регуляции Л гена.

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1 Генетические методы.

2.1.1 Линии и мутации Drosophila melanogaster.

2.1.2 Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий.

2.1.3 Фенотипический анализ экспрессии генов yellow и miniwhite в трансгенных линиях.

2.1.4 Генетические скрещивания.

2.2 Биохимические методы.

2.2.1 Выделение ДНК из дрозофилы.

2.2.2 Саузерн-блот-анализ.

2.2.3 Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР).

2.2.4 Секвенирование плазмид и ПЦР продуктов.

2.2.5. Молекулярное клонирование.

2.2.6 Трансформация бактериальных клеток плазмидами.

2.2.7 Выделение ДНК плазмид методом щелочного лизиса.

2.2.8 Выделение фрагментов ДНК из агарозного геля.

2.2.9 Создание конструкций.

3 РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1 Мер755 содержит инсулятор.

3.2 Элементы Мер, содержащие минимальный инсулятор в своем составе, способны к функциональному взаимодействию.

3.2 Взаимная ориентация взаимодействующих Мер элементов определяет способность глазных энхансеров стимулировать ген white.

3.3 Стимуляция white промотора активатором GAL4 также зависит от взаимной ориентации взаимодействующих Мер элементов.

3.4 Мер340 способен защищать промотор от репрессирующего действия PRE.

3.5 Мер способствует репрессии, опосредованной прилегающим .сайленсером

4 ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1 Инсулятор размером 210 пн является функциональным центром Мер.

4.2 Создание модельной системы с использованием дрожжевого GAL4 активатора для проверки способности регуляторных элементов взаимодействовать на больших дистанциях.

4.3 Модель регуляции Abd-B гена.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование структуры и функции элемента Мср, участвующего в регуляции гена AВD-B у Drosophila melanogaster»

Многообразие генов высших эукариот, одни из которых должны работать в строго определенное время и только в определенных тканях, а другие наоборот, всюду и постоянно, подразумевает наличие сложной и высокоэффективной системы регуляции их экспрессии. Работу каждого гена определяют и контролируют специальные г/нс-регуляторные элементы, активирующие транскрипцию (энхансеры) или репрессирующие ее (сайленсеры). Организация и упаковка хроматина, формирование внутри ядра определенных хромосомных территорий и компартментов, содержащих регуляторные белковые комплексы, также оказывают влияние на транскрипционный статус гена. Было показано, что геном дрозофилы организован в домены одинаковыми паттернами экспрессии генов (Boutanaev et al. 2002, Spellman & Rubin 2002). Формирование независимых функциональных доменов, предполагает наличие специальных элементов, защищающих от позитивного или негативного влияния соседствующего хроматина и модулирующих энхансер-промоторные взаимоотношения. Принято считать, что функцию разграничения доменов выполняют специальные элементы, которые называются инсуляторами. Инсуляторы - это г/г/с-регуляторные элементы, которые способны функционально изолировать промотор от энхансера, если располагаются между ними, а также ограничивать распространение репрессии, то есть, защищать от эффекта положения (Cai & Levine, 1995; Gerasimova & Corces, 1996).

Обращает на себя внимание, что очень часто г/г/с-регуляторная область и промотор гена находятся на расстоянии десятков тысяч пар нуклеотидов друг от друга, кроме того, между геном и его г/морегуляторной областью может располагаться ген с другой программой экспрессии, и гены могут перекрываться.

Поэтому для правильного запуска работы гена важно, чтобы энхансер активировал только «свой» специфичный промотор. Современные экспериментальные данные подтверждают предположение, что между активаторными белками, собранными на энхансере, и преинициаторным комплексом на промоторе происходят прямые взаимодействия с выпетливанием участка ДНК, расположенного между ними (Fraser et al, 2005; Petraschek et al., 2005; de Laat & Grosveld, 2003). Однако механизмы, которые обеспечивают специфические взаимодействия между энхансерами и промоторами на больших дистанциях до сих пор неизвестны.

Одной из наиболее удобных моделей для изучения энхансер-промоторных взаимодействий и изучения роли инсуляторов в регуляции этих взаимодействий является гомеозисный ген Abdominal-B (Abd-B) Drosophila melanogaster, который отвечает за формирование с 10 по 14 брюшные парасегменты дрозофилы. Регуляторная область Abd-B гена простирается приблизительно на 50 тпн и включает в себя четыре парасегмент-специфичные г//;с-регуляторные единицы: iab-5 (infraabdominal-5), iab-6, iab-7 и iab-8, каждая из которых содержит, по меньшей мере, один энхансер и ответственна за формирование соответствующего ей парасегмента. При этом энхансеры располагаются на хромосоме в том же порядке, что и парасегменты. Молекулярно-генетический анализ выявил наличие границ между этими регуляторными единицами: Мер (Miscadestral pigmentation), Fab-7 (Frontabdominal-1) и Fab-8. Было показано, что Fab-7 и Fab-8 являются инсуляторами (Karch et al., 1994; Hagstrom et al., 1996). Кроме того, к каждой границе вплотную прилегает сайленсер, включающий сайты связывания белков группы Polycomb (Polycomb Responsible Elements или PRE). Получается, что каждый энхансер окружен инсуляторами и сайленсерами, но при этом способен активировать свой промотор в нужное время и в нужном месте. Данная противоречивая ситуация наводит на мысль о более сложной структуре граничных элементов и их особенной роли в обеспечении правильных энхансер-промоторных взаимодействий. Более пристальное изучение каждой границы по отдельности позволит понять роль этих элементов в регуляции экспрессии Abd-B гена и предположить модель, объясняющую механизм коммуникации между энхансером и промотором, разделенных несколькими инсуляторами.

Целью настоящей работы стало изучение регуляторной границы Мер, разделяющей iab-4 и iab-5 домены (Lewis, 1978; Karch et al., 1994). На основании литературных данных мы предположили структуру Мер, и, используя молекулярно-генетический анализ этого элемента, изучили функции отдельных его элементов.

Для изучения способности Мер элементов взаимодействовать друг с другом на больших дистанциях была разработана новая модельная система с использованием дрожжевого активатора GAL4 и генов yellow и white.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Основные чмс-регуляторные элементы

Каждый тип клеток сложного многоклеточного организма характеризуется собственной уникальной комбинацией белковых факторов, появление которых в ходе дифференцировки обеспечивается эффективной регуляцией активности кодирующих их генов.

Основой координированной функциональной регуляции экспрессии генов являются различные белковые факторы, которые связываются со специфическими последовательностями ДНК и оказывают влияние на сборку основного транскрипционного комплекса на промоторе. Регуляторные последовательности ДНК, находящиеся на одной хромосоме с геном, который они регулируют, называются //мс-регуляторными элементами. К ним относятся, например, энхансеры и сайленсеры, которые могут находиться как вблизи промотора (от 30 до нескольких сотен пар оснований перед точкой инициации), так и на очень больших расстояниях (иногда равных нескольким десяткам тысяч пар нуклеотидов) от регулируемых ими промоторов. Энхансеры - это последовательности ДНК, связывающие белковые факторы, способные активировать транскрипцию независимо от ориентации и расстояния до точки начала транскрипции, причем они могут быть как специфичными (что встречается редко), так и неспецифичными по отношению к определенным промоторам (Butler & Kadonaga 2001, Smale 2001). Другими г/ггс-регуляторными последовательностями являются сайленсеры, на которых происходит сборка белковых комплексов, подавляющих экспрессию генов. Условно можно выделить два основных класса сайленсеров. Первый - это гетерохроматин центромерной и теломерных областей, который может оказывать репрессирующее действие на экспрессию встроившихся в них трансгенов. Второй - это последовательности ДНК, на которых происходит сборка репрессионных комплексов, подавляющих экспрессию генов развития. К ним относятся так называемые элементы для сборки комплекса белков группы Polycomb (PRE- Polycomb Response Element). Данные белковые комплексы «выключают» ген, когда его функция уже не нужна, и поддерживают его в зарепрессированном состоянии на протяжении всей оставшейся жизни организма. Правильная организация работы этих классов регуляторных последовательностей, которые могут функционировать, находясь по соседству, обеспечивается образованием функциональных доменов, что подтверждается данными молекулярно-генетических исследований (Mihaly et al. 1998, Dillon & Sabbattini, 2000). Это предполагает наличие специальных границ, изолирующих соседние домены, находящиеся в функционально различных статусах. Эту роль играют инсуляторы, последовательности ДНК, которые связывают специальные белки, обладающие свойством блокировать функцию энхансера, если располагается между ними, а также ограничивать распространение репрессии, то есть, защищать от эффекта положения. (Sun & Elgin, 1999, Kuhn & Geyer, 2003, Cai & Levine, 1995).

Однако существуют границы, работающие в рамках одного генного локуса для разделения программ регуляции на разных этапах развития или в разных типах тканей. Примером могут служить границы в bithorax комплексе Drosophila melanogaster, которые изолируют несколько z/мс-регуляторных доменов. Эти границы также имеют в своем составе инсуляторы, но исходя из определения инсулятора, ясно, что подобные границы являются сложноустроенными, так как в ряде случаев энхансер должен активировать промотор, который отделен от него одним или несколькими инсуляторами. Таким образом, выяснение функционального устройства границ и способа их работы поможет понять механизм регуляции экспрессии генов.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Кырчанова, Ольга Викторовна

выводы

1. В составе Мер идентифицирован минимальный 210 пн инсулятор. Показано, что последовательности окружающие минимальный инсулятор усиливают его способность блокировать изолированные энхансеры.

2. Показано, что функциональное взаимодействие между двумя элементами Мер зависит от инсулятора Мер210. Впервые продемонстрировано, что взаимная ориентация взаимодействующих инсуляторов определяет способность энхансера стимулировать промотор.

3. Продемонстрировано, что инсуляторные и барьерные функции 340 пн Мер элемента

разделены.

4. Выявлена функциональная взаимозависимость инсулятора и сайленсера в составе Мер элемента

5. Разработана новая модельная система на основе GAL4 активатора, генов yellow и white, для изучения способности регуляторных элементов взаимодействовать друг с другом на больших дистанциях.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кырчанова, Ольга Викторовна, 2007 год

1. Adkins N.L., Hagerman Т.A., Georgel P. GAGA protein: a multi-facetedtranscription factor. Biochem // Cell Biol. 2006 V.84. P.559-567.

2. Badenhorst P., Voas M., Rebay I., Wu C. Biological functions of the ISWIchromatin remodeling complex NURF. // Genes Dev. 2002. V.16. P.3186-3198.

3. Bantignies F., Goodman R.H., Smolik S.M. Functional interaction between thecoactivator Drosophila CREB-binding protein and ASH1, a member of the trithorax group of chromatin modifiers I I Mol Cell Biol. 2000. V.20. P.9317-9330.

4. Bantignies F., Grimaud C., Lavrov S. et al. Inheritance of Polycomb-dependentchromosomal interactions in Drosophila II Genes Dev. 2003. V. 17. P.2406-2420.

5. Barges, S., Mihaly J., Galloni M., Hagstrom K., Muller M., Shanower G., Schedl

6. P., Gyurkovics H., and F. Karch. The Fab-8 boundary defines the distal limit of the bithorax complex iab-1 domain and insulates iab-7 from initiation elements and a PRE in the adjacent iab-8 domain // Development. 2000. V. 127. P.779-790.

7. Belozerov V.E., P. Majumder, P. Shen, and H. N. Cai. A novel boundary elementmay facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila. IIEMBO J. 2003. V.22. P.3113-3121.

8. Blastyak A., Mishra R.K., Karch F., Gyurkovics H. Efficient and specific targetingof Polycomb group proteins requires cooperative interaction between Grainyhead and Pleiohomeotic. // Mol Cell Biol. 2006. V.26. P. 1434-1444.

9. Boivin A., Dura J.-M. In Vivo Chromatin Accessibility Correlates With Gene

10. Silencing in Drosophila. II Genetics. 1998. V.150. P. 1539-1549.

11. Boulet, A. M., A. Lloyd, and S. Sakonju. Molecular definition of the morphogeneticand regulatory functions and the m-regulatory elements of the Drosophila Abd-B homeotic gene//Development. 1991. V.lll. P.393-405.

12. Brown L.J., Fritsch C., Mueller J., Kassis J.A. The Drosophila pho-like geneencodes a YYl-related DNA binding protein that is redundant with pleiohomeoticin in homeotic gene silencing // Development. 2003. V. 130. P. 285294.

13. Busturia A, Bienz M. Silencers in Abdominal-B, a homeotic Drosophila gene. //

14. EMBO J. 1993 V.12. P.1415-1425.

15. Busturia A, Vernos I, Macias A, Casanova J, Morata G. Different forms of

16. Ultrabithorax proteins generated by alternative splicing are functionally equivalent // EMBO J. 1990 V.9. P.3551-3555.

17. Busturia, A., A. Lloyd, F. Bejarano, M. Zavortink, H. Xin, and S. Sakonju. The

18. MCP silencer of the Drosophila Abd-B gene requires both Pleoihomeotic and GAGA factor for the maintenance of repression // Development. 2001. V.128. P.2163-2173.

19. Busturia, A., C. D. Wightman, and S. Sakonju. A silencer is required formaintenance of transcriptional repression throughout Drosophila development // Development. 1997. V.124. P.4343-4350.

20. Butler J.E., Kadonaga J.T. Enhancer-promoter specificity mediated by DPE or

21. TATA core promoter motifs // Genes Dev. 2001. V.15. P.2515-2519.

22. Cai H., Levine M. Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators inthe Drosophila embryo //Nature. 1995. V.376. P. 533-536.

23. Cao R., Wang L., Wang H., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Jones R.S.,

24. Zhang Y. Role of histone H3 lysine 27 methylation in Polycomb-group silencing.// Science. 2002. V.298. P. 1039-1043.

25. Casanova J., Sanchez-Herrero E., Morata G. Identification and characterization of aparasegment specific regulatory element of the Abdominal-B gene of Drosophila. II Cell. 1986. V.47. P.627-636.

26. Casares F, Bender W, Merriam J, Sanchez-Herrero E. Interactions of Drosophila

27. Ultrabithorax regulatory regions with native and foreign promoters. // Genetics. 1997 V.145. P. 123-137.

28. Cavalli G., Paro R. Chromo-domain proteins: linking chromatin structure toepigenetic regulation. // Curr Opin Cell Biol. 1998. V.10. P.354-360.

29. Celniker S.E., Sharma S., Keelan D.J., Lewis E.B. 1990. The molecular genetics ofthe bithorax complex of Drosophila: ш-regulation in the Abdominal-B domain // EMBO J. V.9. P.4277-4286.

30. Chen, Q., L. Lin, S. Smith, Q. Lin, and J. Zhou. 2005. Multiple promoter targetingsequences exist in Abdominal-B to regulate long-range gene activation 11 Dev. Biol. V.286. P.629-636.

31. Cleard, F., Moshkin Y., Karch F., Maeda R.K. Probing long-distance regulatoryinteractions in the Drosophila melanogaster bithorax complex using Dam identification//Nat. Genet. 2006. V.38. P.931-935.

32. Delorenzi M., Bienz M. Expression of Abdominal-B homeoproteins in Drosophilaembryos//Development. 1990. V.108. P.323-329.

33. Dillon N., Sabbattini P. Functional gene expression domains: defining the functionalunit of eukaryotic gene regulation // BioEssays. 2000. V.22. P.657-665.

34. Estrada B. and Sanchez-Herrero E. The Hox gene Abdominal-B antagonizesappendage development in the genital disc of Drosophila II Development. 2001. V. 128, 331-339.

35. Farkas G., Gausz J., Galloni M., Reuter G., Gyurkovics H., Karch F. The

36. Trithorax-like gene encodes the Drosophila GAGA factor. // Nature. 1994. V.371. P.806-808.

37. Fitzgerald D.P., Bender W. Polycomb Group Repression Reduces DNA

38. Accessibility. //Mol Cell Biol. 2001. V.21. P.6585-6597.

39. Francis N.J., Saurin A. J., Shao Z., Kingston R.E. Reconstitution of a functional corepolycomb repressive complex. // Mol Cell. 2001. V.8. P. 545-556

40. Fyodorov D.V., Blower M.D., Karpen G.H., Kadonaga J.T. Acfl confers uniqueactivities to ACF/CHRAC and promotes the formation rather than disruption of chromatin in vivo. // Genes Dev. 2004. V.18. P. 170-183.

41. Galloni, M., Gyurkovics H., Schedl P., Karch F. The bluetail transposon: Evidencefor independent ш-regulatory domains and domain boundaries in the bithorax complex//EMBO J. 1993.V.12. P. 1087-1097.

42. Geyer, P.K., Corces V.G. Separate regulatory elements are responsible for thecomplex pattern of tissue-specific and developmental transcription of the yellow locus in Drosophila melanogaster II Genes Dev. 1987. V.l. P.996-1004.

43. Golic, К. G., Lindquist S. The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specificrecombination in the Drosophila genome // Cell. 1989. V.59. P.499-509.

44. Grimaud C., Bantignies F., Pal-Bhadra M., Ghana P., Bhadra U., Cavalli G. RNAicomponents are required for nuclear clustering of Polycomb group response elements. // Cell. 2006. V. 124. P. 957-971.

45. Grimaud C, Negre N, Cavalli G. From genetics to epigenetics: the tale of Polycombgroup and trithorax group genes. // Chromosome Res. 2006. V.14. P.363-375.

46. Guarente L., Hoar E. Upstream activation sites of the CYC1 gene of Saccharomycescerevisiae are active when inverted but not when placed downstream of the "TATA box" //Proc. Natl. Acad. Sci USA. 1984. V.81. P.7860-7864.

47. Gyurkovics H., Gausz J., Kummer J., Karch F. A new homeotic mutation in the

48. Drosophila bithorax complex removes a boundary separating two domains of regulation. // EMBO. 1990. V. 9. P. 2579-2585.

49. Hagstrom K., Muller M., Schedl P. A Polycomb and GAGA dependent silenceradjoins the Fab-7 boundary in the Drosophila bithorax complex // Genetics. 1997. V. 146. P. 1365-1380.

50. Hagstrom K., Muller M., Schedl P. Fab-7 functions as a chromatin domainboundary to ensure proper segment specification by the Drosophila bithorax complex // Genes Dev. 1996. V.10. P 3202-3215.

51. Hartenstein V. Atlas of Drosophila development // Cold Spring Harbor Laboratory1. Press. 1993.

52. Hogga, I., Mihaly J., Barges S., Karch F. Replacement of Fab-7 by the gypsy or scsinsulator disrupts long-distance regulatory interactions in the Abd-B gene of the bithorax complex // Mol. Cell. 2001. V.8. P.l 145-1151.

53. Horard B, Tatout C, Poux S, Pirrotta V. Structure of a polycomb response elementand in vitro binding of polycomb group complexes containing GAGA factor // Mol Cell Biol. 2000. V.20. P.3187-3197.

54. Karch F, Bender W, Weiffenbach B. abdA expression in Drosophila embryos. //

55. Genes Dev. 1990. V.4. P. 1573-1587.

56. Karch F., Galloni M., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics H., Schedl P. 1994. Мер and

57. Fab-7: molecular analysis of putative boundaries of ш-regulatory domains in the bithorax complex of Drosophila melanogaster II Nucleic Acids Res. V.22. P.3138-3146.

58. Karch F., Weiffenbach В., Peifer M., Bender W., Duncan I., Celniker S., Crosby

59. M., Lewis E.B. The abdominal region of the bithorax complex // Cell. 1985. V.43. P.81-96.

60. Kares R.E., Rubin G.M. Analysis of P transposable element functions in Drosophila

61. Cell. 1984. V.38. P. 135-146.

62. Kennison J.A. Tamkun J.W. Dosage-dependent modifiers of polycomb andantennapedia mutations in Drosophila. II Proc Natl Acad Sci USA. 1988. V.85. P.8136-8140.

63. Kuhn E.J., Geyer P.K. Genomic insulators: connecting properties to mechanism //

64. Curr Opin Cell Biol. 2003. V.15. P.259-265.

65. Kuziora M.A., McGinnis W. Altering the regulatory targets of the Deformed proteinin Drosophila embryos by substituting the Abdominal-B homeodomain. // Mech Dev. 1990. V.33. P.83-93.

66. Lewis E.B. A gene complex controlling segmentation in Drosophila II Nature. 1978.1. V. 276. P.565-570.

67. Lewis E.B. The bithorax complex: the first fifty years // Int. J. Dev. Biol. 1998. V.42: 403-415.

68. Lin Q, Chen Q, Lin L, and J. Zhou. The promoter targeting sequence mediatesepigenetically heritable transcription memory // Genes Dev. 2004. V.18. P.2639-2651.

69. Lin Q, D. Wu, and J. Zhou. The promoter targeting sequence facilitates and restrictsa distant enhancer to a single promoter in the Drosophila embryo // Development. 2003. V. 130. P.519-526.

70. Lindsley D., Zimm G. The genome of Drosophila melanogaster. // Academic1. Press, New York. 1992.

71. Lu Q., Leibovitch B.A., Benjamin L.R., Liu Y., Gilmour D.S., Elgin S.C. GAGAfactor and the TFIID complex collaborate in generating an open chromatin structure at the Drosophila melanogaster hsp26 promoter // Mol Cell Biol. 2002. V. 22. P.6148-6157.

72. Macias A, Casanova J, Morata G. Expression and regulation of the abd-A gene of

73. Drosophila II Development. 1990 Dec; 110(4): 1197-207

74. Mahmoudi, Т., Katsani K.R., Verrijzer C.P. GAGA can mediate enhancer functionin trans by linking two separate DNA molecules // EMBO J. 2002. V.21. P. 17751781.

75. McCall K, Bender W. Probes of chromatin accessibility in the Drosophila bithoraxcomplex respond differently to Polycomb-mediated repression. // EMBO J. 1996. V. 15. P.569-580.

76. McCall К., O'Connor M.B., Bender W. Enhancer traps in the Drosophila bithoraxcomplex mark parasegmental domains // Genetics. 1994. V.138. P.387-399.

77. McGinnis W., Krumlauf R. Homeobox genes and axial patterning. // Cell. 1992 .1. V.68. P. 283-302.

78. Mihaly J, Barges S, Sipos L, Maeda R, Cleard F, Hogga I, Bender W, Gyurkovics

79. H, Karch F. Dissecting the regulatory landscape of the Abd-B gene of the bithorax complex. // Development. 2006. V.133. P.2983-2993.

80. Mihaly J., Hogga I., Barges S., Galloni M., Mishra R.K., Hagstrom K., Muller M.,

81. Schedl P., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics H., Karch F. Chromatin domain boundaries in the bithorax complex //. Cell Mol. Life Sci. 1998. V.54. P.60-70.

82. Mihaly J., Hogga I., Gausz J., Gyurkovics H. Karch F. In situ dissection of the Fab7 region of the bithorax complex into a chromatin domain boundary and a Polycomb-response element//Development. 1997. V.124. P. 1809-1820.

83. Muller J., Hart C.M., Francis N.J., Vargas M.L., Sengupta A., Wild В., Miller

84. E.L., O'Connor M.B., Kingston R.E., Simon J.A. Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex. // Cell. 2002. V. 111. P. 197-208.

85. Muller M., Hagstrom K., Gyurkovics H., Pirrotta V., Schedl P. The Мер elementfrom the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions//Genetics. 1999. V.153. P.1333-1356.

86. Orlando V., Jane E.P., Chinwalla V., Harte P.J., Paro R. Binding of trithorax and

87. Polycomb proteins to the bithorax complex: dynamic changes during early Drosophila embryogenesis // EMBO J. 1998. V.17. P.5141-5150.

88. Papoulas О, Веек SJ, Moseley SL, McCallum CM, Sarte M, Shearn A, Tamkun JW.

89. The Drosophila trithorax group proteins BRM, ASH1 and ASH2 are subunits of distinct protein complexes. // Development. 1998. V.125. P. 3955-3966.

90. Paro R. Imprinting a determined state into the chromatin of Drosophila. //Trends

91. Genet. 1990. V. 6. P. 416-421.

92. Petrascheck M., Escher D., Mahmoudi Т., Verrijer C.P., Schaffner W., Barberis A.

93. DNA looping induced by a transcriptional enhancer in vivo // Nucleic Acids Res. 2005. V.33. P.3743-3750.

94. Petruk S., Sedkov Y., Riley K.M., Hodgson J., Schweisguth F., Hirose S., Jaynes

95. J.B., Brock H.W., Mazo A. Transcription of bxd noncoding RNAs promoted by trithorax represses Ubx in cis by transcriptional interference. // Cell. 2006. V. 127. P. 1209-1221.

96. Petruk S., Sedkov Y., Smith S., Tillib S., Kraevski V., Nakamura Т., Canaani E.,

97. Croce C.M., Mazo A. Trithorax and dCBP acting in a complex to maintain expression of a homeotic gene. // Science. 2001. V.294. P. 1331-1334.

98. Pirrotta V., Steller H., Bozzetti M. Multiple upstream regulatory elements controlthe expression of the Drosophila white gene // EMBO J. 1985. V.4. P. 3501-3508.

99. Pirrotta V. The genetics and molecular biology of zeste in Drosophila melanogaster.

100. Adv Genet. 1991. V.29. P.301-348.

101. Pirrotta V. PcG complexes and chromatin silencing // Curr.Opin.Gen.Dev. 1997.1. V.7. P.249-258.

102. Pirrotta V. Polycomb silencing and the maintenance of stable chromatin states //

103. Results Probl. Cell Differ. 1999. V.25. P.205-228.

104. Rank, G., Prestel M., Paro R. Trnascription through intergenc chromosomalmemory elements of the Drosophila bithorax complex correlates with an epigenetic switch// Mol. Cell. Biol. 2002. V.22. P.8026-8034.

105. Rastelli L., Chan C.S., Pirrotta V. Related chromosome binding sites for Zeste,

106. Suppressors of zeste and Polycomb group proteins in Drosophila and their dependence on Enhancer of zeste function. // EMBO J. 1993. V.12. P.1513-1522.

107. Recillas-Targa F., Pikaart M.J., Burgess-Beusse В., Bell A.C., Litt M.D., West

108. A.G., Gaszner M., Felsenfeld G. Position-effect protection and enhancer blocking by the chicken beta-globin insulator are separable activities // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V. 99. P. 6883-6888.

109. Rodin S., Georgiev P. Handling three regulatory elements in one transgene:

110. Combined use of cre-lox, FLP-FRT and l-Scel recombination systems // BioTechniques. 2005. V.39. P.871-875.

111. Rubin G., Sprandling A. Genetic transformation of Drosophila with transposableelement vectors // Science. 1982. V.218. P.348-353.

112. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning: a Laboratory Manual, Ed.2.

113. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY1989.

114. Sanchez-Eisner Т., Gou D., Kremmer E., Sauer F. Noncoding RNAs of trithoraxresponse elements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax II Science. 2006. V.311. P.l 118-1123.

115. Sanchez-Herrero E. Control of the expression of the bithorax complex abdominal-Aand Abdominal-B by c/'s-regulatory regions in Drosophila embryos II Development. 1991. V.lll. P.437-448.

116. Sanger F., Nicken S., Coulson A. DNA sequencing with chain-terminatinginhibitors // Proc Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V.74. P.5463-5487.

117. Saurin AJ, Shao Z, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Kingston RE. A Drosophila

118. Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins. // Nature. 2001. V.412. P.655-660.

119. Schweinsberg S, Hagstrom K, Gohl D, Schedl P, Kumar RP, Mishra R, Karch F.

120. The enhancer-blocking activity of the Fab-7 boundary from the Drosophila bithorax complex requires GAGA-factor-binding sites. // Genetics. 2004 . V.168. P. 1371-1384.

121. Schweinsberg S., Schedl P. Developmental modulation of Fab-7 boundary function

122. Development. 2004. V.131. P.4743-4749.

123. Sipos, L., Mihaly J., Karch F., Schedl P., Gausz J., Gyurkovics H. Transvection inthe Drosophila Abd-B domain: extensive upstream sequences are involved in anchoring distant ш-regulatory regions to the promoter // Genetics. 1998. V.149. P.1031-1050.

124. Smale S.T. Core promoters: active contributors to combinatorial gene regulation.//

125. Genes Dev. 2001. V.15. P.2503-2508.

126. Smith S.T., Petruk S., Sedkov Y., Cho E., Tillib S., Canaani E., Mazo A.

127. Modulation of heat shock gene expression by the TAC1 chromatin-modifying complex. // Nat Cell Biol. 2004. V. 6. P. 162-167.

128. Spellman P.T., Rubin G.M. Evidence for large domains of similarly expressed genesin the Drosophila genome // J Biol. 2002. 1:5.

129. Struhl K. Genetic properties and chromatin structure of the yeast GAL regulatoryelement: an enhancer-like sequence. // Proc Natl Acad Sci USA. 1984 V.81. P.7865-7869.

130. Su, W., Jackson S., Tjian R., Echols H. DNA looping between sites fortranscriptional activation: self-association of DNA-bound Spl. // Genes Dev. 1991. V.5. P.820-826.

131. Sun F.-L., Elgin S. Putting boundaries on silence // Cell. 1999. V.99. P.459-462

132. Tie F., Furuyama Т., Prasad-Sinha J., Jane E,. Harte P.J. The Drosophila Polycomb

133. Group proteins ESC and E(Z) are present in a complex containing the histone-binding protein p55 and the histone deacetylase RPD3. // Development. 2001. V.128. P.275-286.

134. Tillib S, Petruk S, Sedkov Y, Kuzin A, Fujioka M, Goto T, Mazo A. Trithorax- and

135. Polycomb-group response elements within an Ultrabithorax transcription maintenance unit consist of closely situated but separable sequences. // Mol Cell Biol. 1999. V.19. P.5189-5202.

136. Vazquez, J., M. Muller, V. Pirrotta, and J.W. Sedat. The Мер element mediatesstable long-range chromosome-chromosome interactions in Drosophila.// Mol. Biol. Cell. 2006. V.17. P.2158-2165.

137. Wang L., Brown J.L., Cao R., Zhang Y., Kassis J.A., Jones R.S. Hierarchicalrecruitment of polycomb group silencing complexes. // Mol Cell. 2004. V.14. P. 63 7-646.

138. West A. G., Fraser P. Remote control of gene transcription. // Hum. Mol. Genet.2005.V. 14. P.I0I-111.

139. Zavortinnk M., Sakonju S. The morphogenetic and regulatory Functions of the

140. Drosophila Abdominal-B gene are encoded in overlapping RNAs transcribed from separate promoters. // Genes Dev. 1989. V.3. P. 1969-1981.

141. Zhou J., Ashe H., Burks C. et al. Characterization of the transvection mediatingregion of the Abdominal-B locus in Drosophila II Development. 1999. V.126. P.3057-3065

142. Zhou J., Levine M. A novel cis-regulatory element, the PTS, mediates an antiinsulator activity in the Drosophila embryo // Cell. 1999. V. 99. P.567-575.

143. Zhou, J., S. Barolo, P. Szymanski, and M. Levine. The Fab-7 element of thebithorax complex attenuates enhancer-promoter interactions in the Drosophila embryo. // Genes Dev. 1996. V.10. P.3195-3201.

144. Zink D, Paro R. Drosophila Polycomb-group regulated chromatin inhibits theaccessibility of a trans-activator to its target DNA. // EMBO J. 1995. V. 14. P.5660-5671.