Роль белков GAF и Zeste в активации транскрипции и нейтрализации инсуляторов у Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Зобачева, Полина Юрьевна

• Зобачева, Полина Юрьевна
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Зобачева, Полина Юрьевна

1.ВВЕДЕНИЕ.

2.0Б30Р ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1. ОПРЕДЕЛЕНИЕ И ОБЩИЕ СВОЙСТВА ИНСУЛЯТОРОВ

2.2. СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ ИНСУЛЯТОРОВ 4 2.2.1.8и(Н\у)-ИНСУЛЯТОР.

2.2.2. ИНСУЛЯТОРЫ ЛОКУСА ТЕПЛОВОГО ШОКА hsp70-scJ.

2.2.3. ИНСУЛЯТОРЫ РЕГУЛЯТОРНОЙ ОБЛАСТИ Abd-B ГЕНА

2.2.4. КУРИНЫЙ Р-ГЛОБИНОВЫЙ ИНСУЛЯТОР.

2.3. МОДЕЛИ ДЕЙСТВИЯ ИНСУЛЯТОРОВ:

2.3.1.СТРУКТУРНЫЕ МОДЕЛИ.

2.3.3. ТРАНСКРИПЦИОННЫЕ МОДЕЛИ.

З.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.1. ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ

3.1.1. ЛИНИИ И МУТАЦИИDrosophila melanogaster,

ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ В ДАННОЙ РАБОТЕ

3.1.2. ГЕНЕТИЧЕСКИЕ СКРЕЩИВАНИЯ

3.1.3. ТРАНСФОРМАЦИЯ ЭМБРИОНОВ Drosophila melanogaster

И ПОЛУЧЕНИЕ ТРАНСГЕННЫХ ЛИНИЙ.

3.1.4.ФЕНОТИПИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ yellow И miniwhite В ТРАНСГЕННЫХ ЛИНИЯХ.

3.2. БИОХИМИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ. 27 3.2.1. ВЫДЕЛЕНИЕ ДНК ИЗ ДРОЗОФИЛЫ. 27 3.2.2 САУЗЕРН-БЛОТ АНАЛИЗ.

3.2.3. МЕТОД ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ (ПЦР).

3.2.4. СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПЛАЗМИД И ПЦР ПРОДУКТОВ.

3.2.5. МОЛЕКУЛЯРНОЕ КЛОНИРОВАНИЕ.

3.2.6. ТРАНСФОРМАЦИЯ БАКТЕРИАЛЬНЫХ КЛЕТОК ПЛАЗМИДАМИ.

3.2.7. ВЫДЕЛЕНИЕ ДНК ПЛАЗМИД МЕТОДОМ ЩЕЛОЧНОГО ЛИЗИСА.

3.2.8. СОЗДАНИЕ КОНСТРУКЦИЙ. 4. РЕЗУЛЬТАТЫ.

4.1. МОДЕЛЬНАЯ СИСТЕМА ДЛЯ АНАЛИЗА ФУНКЦИОНАЛЬНОГО ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МЕЖДУ БЕЛКАМИ ИНСУЛЯТОРОВ.

4.2. ИЗУЧЕНИЕ ФУНКЦИОНАЛЬНОГО ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МЕЖДУ БЕЛКАМИ. Su(Hw) ИНСУЛЯТОРА И САЙТАМИ СВЯЗЫВАНИЯ ДЛЯ GAF БЕЛКА.

4.3. САЙТЫ СВЯЗЫВАНИЯ ДЛЯ БЕЖА GAF ЧАСТИЧНО НЕЙТРАЛИЗУЮТ БЛОКИРОВАНИЕ ГЛАЗНОГО ЭНХАНСЕРА Su(Hw) ИНСУЛЯТОРОМ.

4.4. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ МЕЖДУ БЕЛКАМИ GAF И Mod(mdg4) ПРИВОДИТ К НЕЙТРАЛИЗАЦИИ Su(Hw) ИНСУЛЯТОРА В КОНСТРУКЦИИ Eye(G8)Y(S)W.

4.5. G8 ФРАГМЕНТ ЧАСТИЧНО НЕЙТРАЛИЗУЕТ ИНСУЛЯЦИЮ ЭНХАНСЕРОВ ГЕНА yellow Su(Hw) ИНСУЛЯТОРОМ.

4.6. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ МЕЖДУ БЕЛКАМИ GAF И Mod(mdg4) НЕ ВЛИЯЕТ НА НЕЙТРАЛИЗАЦИЮ АКТИВНОСТИ Su(Hw) ИНСУЛЯТОРА G8 ФРАГМЕНТОМ В КОНСТРУКЦИИ Ey(G8)(S)YW.

4.7. G8 ФРАГМЕНТ УСИЛИВАЕТ РЕПРЕССИЮ ГЕНА>>е//ои> Su(Hw) ИНСУЛЯТОРОМ В ПРИСУТСТВИИ ГОМОЗИГОТНОЙ МУТАЦИИ Mod(mdg4)ul.

4.8. РОЛЬ G8 ФРАГМЕНТА В ВОССТАНОВЛЕНИИ ЧАСТИЧНО ИНАКТИВИРОВАННОГО ПРОМОТОРА ГЕНА yellow

4.9. МУЛЬТИПЛИКАЦИЯ Zeste САЙТОВ НЕ СОЗДАЕТ ФУНКЦИОНАЛЬНОГО ИНСУЛЯТОРА.

5.0БСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ:

5.1. РОЛЬ GAF БЕЛКА В ИНСУЛЯЦИИ

5.2. НЕЙТРАЛИЗАЦИЯ Su(Hw) ИНСУЛЯТОРА G8 ФРАГМЕНТОВ МОЖЕТ ПРОИСХОДИТЬ ПО НЕСКОЛЬКИМ МЕХАНИЗМАМ.

5.3. РОЛЬ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МЕЖДУ МУЛЬТИМЕРНЫМИ БЕЛКОВЫМИ КОМПЛЕКСАМИ В ИНСУЛЯЦИИ НА ПРИМЕРЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МЕЖДУ Zeste САЙТАМИ.

5.4. АНАЛИЗ СУЩЕСТВУЮЩИХ МОДЕЛЕЙ ДЕЙСТВИЯ ИНСУЛЯТОРОВ С ТОЧКИ ЗРЕНИЯ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ.

6. ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль белков GAF и Zeste в активации транскрипции и нейтрализации инсуляторов у Drosophila melanogaster»

Геном высших эукариот содержит огромное количество генов и элементов их регуляции, таких как энхансеры и сайленсеры. Энхансеры могут активировать транскрипцию гена независимо от ориентации и, находясь от промотора на расстоянии, которое может достигать нескольких сотен тысяч пар нуклеотидов (Богве« 1999). Многие энхансеры не имеют специфичности к определенному промотору и способны активировать транскрипцию целого ряда генов. Так как в геноме гены часто располагаются достаточно близко друг к другу, существуют механизмы, обеспечивающие взаимодействие энхансера с промотором только своего гена и предотвращающие активацию других промоторов. В предотвращении взаимодействий между нежелательными энхансерами и промоторами важную роль могут играть инсуляторные элементы.

Инсуляторы - это цис-регуляторные элементы, которые способны блокировать взаимодействия между энхансером и промотором гена только в том случае, если находятся между ними. При этом ни энхансер, ни промотор не теряют своей функциональности. Изучение механизмов действия инсуляторов имеет огромное значение для понимания принципов независимой экспрессии генов, а также механизмов специфического взаимодействия между регуляторными элементами.

В настоящее время наиболее изученным инсулятором является 8и(Н\у) инсулятор, входящий в состав ретротранспозона МДГ4 у ВгоэорИИа те1сто%а$1ег. В работе инсулятора участвуют два белка 8и(Н\у) и Мос1(тё§4). Хотя оба белка клонированы и определена их структура, единого мнения о механизме действия инсулятора не существует.

Недавно было показано, что если два Би(Н\у) инсулятора находятся между энхансером и промотором, то происходит нейтрализация их активности. Более того, взаимодействие между двумя инсуляторами может способствовать более эффективной активации промотора энхансером. Целью настоящего исследования явилось дальнейшее исследование механизмов, которые лежат в основе феномена нейтрализации Su(Hw) инсулятора.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ИНСУЛЯТОРЫ - НОВЫЕ РЕГУЛЯТОРНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ ВЫСШИХ

ЭУКАРИОТ

Энхансерами принято называть последовательности ДНК, которые способны активировать транскрипцию независимо от ориентации и расстояния до точки начала транскрипции. Ярким примером может служить энхансер wing margin локуса cut дрозофилы, который активирует транскрипцию находясь на расстоянии 85 т.п.н. от промотора (Jack et al. 1991; Dorsett 1999). Несмотря на то, что к настоящему времени описано большое количество энхансеров и промоторов, остается много вопросов относительно механизмов их взаимодействия. В частности неизвестно, каким образом белки, связывающиеся с энхансером, взаимодействуют с транскрипционным комплексом, собранным на промоторе, минуя большие расстояния, и каким образом происходит взаимодействие между "правильными" энхансером и промотором. Многие из существующих экспериментальных данных косвенно согласуются с тем, что белки, связанные с энхансером, непосредственно взаимодействуют с белками основного транскрипционного комплекса или вспомогательными белками, собранными на промоторе, при этом ДНК между ними образует петлю (Blackwood and Kadonaga 1998; West et al. 2002). Существуют также другие модели взаимодействия между энхансером и промотором. Например, одна из моделей предполагает существование белков посредников, которые способны кооперативно взаимодействовать между собой, а также с большим количеством сайтов на ДНК, что приводит к притягиванию, собранных на энхансере и промоторе белковых комплексов друг к другу (Dorsett 1999).

В понимании механизмов дальних взаимодействий между регуляторными элементами большую роль могут сыграть инсуляторы.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Зобачева, Полина Юрьевна

6.ВЫВОДЫ.

1. Создана модельная система для изучения явления нейтрализации Su(Hw) инсулятора в присутствии сайтов связывания для белка GAF у Drosophila melanogaster на основе регуляторных систем генов yellow и miniwhite.

2. Впервые продемонстрировано, что взаимодействие между белками GAF и Mod(mdg4) приводит к нейтрализации блокирования Su(Hw) инсулятором взаимодействия между энхансером глаз и промотором гена white.

3. Показано, что в нейтрализации Su(Hw) инсулятора, встроенного между энхансерами и промотором тени yellow, участвуют белки отличные от Mod(mdg4) и GAF.

4. Показано, что взаимодействие между мультиплицированными сайтами для белка Zeste не способно блокировать взаимодействие между энхансером и промотором гена yellow.

5. Впервые продемонстрировано, что GAF фрагмент усиливает репрессию гена yellow Su(Hw) инсулятором в отсутствии белка Mod(mdg4).

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Зобачева, Полина Юрьевна, 2003 год

1. Barges S., Mihaly J., Galloni M. et al. The Fab-8 boundary defines the distal limit of the bithorax complex iab-1 domain and insulated iab-1 from initiation elements and a PRE in the adjacent iab-8 domain // Development. 2000. V.127. P.779-790.

2. Bell A. C., West A. G., Felsenfeld G. The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators // Cell. 1999. V. 98. P. 387-396.

3. Bell A.C., Felsenfeld G. Stopped at the border: boundaries and insulators // Curr. Opin. Genet. Dev. 1999. V. 9. P.191-198.

4. Bell A.C., Felsenfeld G. Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene // Nature. 2000. V.405. P.482-485.

5. Bell A., West G., Felsenfeld G. Insulators and boundaries: versatile regulatory elements in the eukaryotic genome // Science. 2001. V.291. P.447-450.

6. Belozerov VE, Majumder P, P. Chen, HN Cai. A novel boundary element may facilitate independnet gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila // EMBO. 2003. V.22. P.3113-3121.

7. Bi X., Broach J. UAS rpg can function as a heterochromatin boundary element in yeast //Genes Dev. 1999. V. 13. P.1089-1101.

8. Bi X., Broach J. Chromosomal boundaries in S. cerevisiae II Curr. Opin. Gen. Dev. 2001. V.l 1. P. 199-204.

9. Blackwood E., Kadonaga J. Going the distance: a current view of the enhancer action // Science. 2001. V.281. P.60-63.

10. Breiling A., Bonte S., Ferrari P. et al. The Drosophila polycomb protein interacts with nucleosomal core particles in vitro via its repression domain // Mol. Cell. Biol. 1999. V. 19. P.8451-8460.

11. Buchner K., Roth P., Schotta G., Krauss V., Saumweber H., Reuter G., Dorn R. Geneticand molecular complexity of the position effect variegation modifier mod(mdg4) in Drosophila H Genetics. 2000. V.155. P. 141-157.

12. Byrd K, Corces. VG. Visualization of chromatin domains created by the gypsy insulator of Drosophila.//J Cell Biol. 2003. V.162(4).P. 565-74.

13. Cai H., Levine M. Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators in the Drosophila embryo // Nature. 1995. V. 376. P. 533-536.

14. Cai H., Levine M. The gypsy insulator can function as a promoter-specific silencer in the Drosophila embrio //EMBO J. 1997. V.16. P. 1732-1741.

15. Cai H., Shen P. Effects of cis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity // Science. 2001. V.291. P.293-295.

16. Chen S, Corces V.G. The gypsy insulator of Drosophila affects chromatin structure in a directional manner// Genetics 2001.V.159.P. 1649-1658.

17. Chervitz S., Aravind L., Sherlock et al. Composition of the complete protein sets of worm and yeast: orthology and divergence // Science. 1998. V.282. P.2022-2028.

18. Chung J., Bell A., Felsenfeld G. Characterization of the chicken beta-globin insulator // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V.94. P.575-580.

19. Chung J., Whitely M., Felsenfeld G. A 5' element of the chicken D-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effect in Drosophila II Cell. 1993. V. 74. P. 505-514.

20. Cuvier O., Hart C., Laemmli U. Identification of a class of chromatin boundary elements // Mol. Cell. Biol. 1998. V. 18. P. 7478-7486.

21. Dhillon N, Kamakaka R. Breaking through to the other side: silencers and barriers// Cur. Opin. Genet. Dev. 2002.V.12.P.188-192.

22. Donze D., Adams C.R., Rine J. et al. The boundaries of the silenced HMR domain in Saccharomyces cerevisiae II Genes Dev. 1999. V. 13. P.698-708.

23. Donze D, Kamakaka RT. KNA polymerase III and RNA polymerase II promoter complexes are heterochromatin barriers in Saccharomyces cerevisiae// EMBO J. 2001 .V. 20.P.520-531.

24. Dorsett D. Distant liaisons: long range enhancer-promoter interactions in Drosophila II Curr. Opin.Genet. Dev. 1999. V. 9. P. 505-514.

25. Dunaway M., Hwang J., Xiong M., Yuen H. The activity of the scs and scs' insulator elements is not dependent on chromosomal context //Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P.182-189.

26. Farkas G., Leibovitch B., Elgin S. Chromatin organization and transcriptional control of gene expression in Drosophila II Gene. 2000. V.253.P. 117-136.

27. Gaszner M., Vazquez J., Schedl P. The Zw5 protein, a component of the scs chromatin domain boundary, is able to block enhancer-promoter interaction // Genes Dev. 1999. V. 13. P. 2098-2107.

28. Gdula D., Corces V. Characterization of functional domains of the Su(Hw) protein that mediate the silencing effect oimod(mdg4) mutations// Genetics. 1997. V.145. P.153-161.

29. Georgiev P., Corces V. The Su(Hw) protein bound to gypsy sequences in one chromosome can repress enhancer-promoter interactions in the paired gene located in the other homolog // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V.92. P.5184-5188.

30. Georgiev P., Kozycina M. Interaction between mutations in the suppressor of Hairy wing and modifier of mdg4 genes of Drosophila melanogaster affecting the phenotype of gypsy-induced mutations // Genetics. 1996. V. 142. P. 425-436.

31. Gerasimova T., Corces V. Polycomb and Trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator // Cell. 1998. V. 92. P.511-521.

32. Gerasimova, T. I, Corces, V. G. Chromatin insulators and boundaries: effects on transcription and nuclear organization//Annu. Rev. Genet.2001.V. 35.P. 193-208.

33. Gerasimova T., Gdula D., Gerasimov D., Simonova O., Corces V. A Drosophila protein that impacts directionality on a chromatin insulator is an enhancer of position-effect variegation // Cell. 1995. V. 82. P.587-597.

34. Gerasimova T., Kyrd K., Corces V. A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA// Mol.Cell. V.6. P. 1025-1035.

35. Geyer P. The role of insulator elements in defining domains of gene expression // Curr. Opia Genet. Dev. 1997. V. 7. P. 242-248.

36. Geyer PK, Clark I. Protecting against promiscuity: the regulatory role of insulators// Cell Mol Life Sci. 2002.V.12.P.2112-27.

37. Geyer P., Corces V. Separate regulatory elements are responsible for the complex pattern of tissue-specific and developmental transcription of the yellow locus in Drosophila melanogaster // Genes Dev. 1987. V.l. P.996-1004.

38. Geyer P., Corces V. DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zincfinger protein // Genes Dev. 1992. V.6. P. 1865-1873.

39. Chen S, Corces VG. The gypsy insulator of Drosophila affects chromatin structure in a directional manner//Genetics. 2001.P. 159(4). V. 1649-58.

40. Chen JL, Huisinga KL, Viering MM, Ou SA, Wu CT, Geyer PK. Enhancer action in trans is permitted throughout the Drosophila genome// Proc Natl Acad Sci USA. 2002. V.99(6).P.3723-3728.

41. Ghosh D., Gerasimova T., Corces V. Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function // EMBO J. 2001. V.20. P.2518-2527.

42. Golic K., Lindquist S. The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome // Cell. 1989. V.59. P.499-509.

43. Gorczyca M., Popova X., Budnik V. The gene mod(mdg4) affects synapse specificity and structure in Drosophila II J.Neurobiol. 1999. V.39. P.447-460.

44. Hagstrom K., Muller M., Schedl P. Fab-7 functions as a chromatin domain boundary to ensure proper segment specification by the Drosophila bithorax complex // Genes Dev. 1996. V.10. P.3202-3215.

45. Hark A., Schoenherr C., Katz D. et al. CTCF mediates methilation-sensitive enhancer-blocking activity at the H19/Igf2 locus // Nature. 2000. V.405. P.486-489.

46. Harrison D., Gdula D., Coyne R, Corces V. A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function // Genes Dev. 1993. V.7. P. 1966-1978.

47. Hart C., Zhao K., Laemmli U. The scs' boundary element: characterization of boundary element-assaciated factors//Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P.999-1009.

48. Holdridge C., Dorsett D. Repression of hsp70 heat shock gene transcription by the suppressor of Hairy-wing protein of Drosophila melanogaster//Mol. Cell. Biol. V.ll. P.1894-1900.

49. Jack J., Dorsett D., DeLotto Y. et al. Expression of the cut locus in the Drosophila wingmargin is required for cell type specification and is regulated by a distant enhancer // Development. 1991. V.113. P.735-747.

50. Katsani K., Hajibagheri M., Verrijzer C. Cooperative DNA binding by GAGA transcription factor requires the conserved BTB/POZ domain and reorganizes promoter topology // EMBO J. 1999. V.18. P.698-708.

51. Kares R., Rubin G. Analysis of P transposable element functions in Drosophila II Cell. 1984. V.38. P.135-146.

52. Kellum R., Schedl P. A position-effect assay for boundaries of higher order chromosomal domains // Cell. 1991. V. 64. P.941-950.

53. Kellum R., Schedl P. A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay //MoL Cel. Biol. 1992. V. 12. P. 2424-2431.

54. Kim J., Shen B., Rosen G, Dorsett D. The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein // Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. P.3381-3392.

55. Kirpatrick, D. T., Q. Fan and T. D. Petes. Maximal stimulation of meiotic recombination by a yeast transcription factor requires the transcription activator domain and DNA-binding domain.// Genetics.l999.V.152.P.101-l 15.

56. Krebs J. E., Dunaway M. Insulator elements impart a cis requirement on enhancer-promoter interactions//Mol. Cell. 1998. V. 1. P. 301-308.

57. Kuhn EJ, Geyer PK.Genomic insulators: connecting properties to mechanism//Curr Opin Cell Biol. 2003V. 15(3)P.259-65.

58. Kuhn EJ, Viering MM, Rhodes KM, Geyer P.K. A test of insulator interactions in Drosophila/ZEMBO J. 2003. V.22(10)P.2463-71.

59. Labrador M, Corces VG. Protein determinants of insertional specificity for the Drosophila gypsy retrovirus//Genetics. 2001.V.158(3).P. 1101-10.

60. Labrador M. and Corces V.G. Setting the boundaries of chromatin domains and nuclearorganization.//Cell. 2002.V.111P. 151-154.

61. Litt MD, Simpson M, Recillas-Targa F, Prioleau MN, Felsenfeld G. Transitions in histoneacetylation.//EMBO J.2001 ,V20(9).P.2224-2235.

62. Lu L., Tower J. A transcriptional insulator element, the su(Hw) binding site, protects a chromosomal DNA replication origin from position effects // Mol. Cell. Biol. 1997. V. 17. P.2202-2206.

63. Mahmoudi T., Katsani KR, Verrijzer PC. GAGA can mediate enhancer function in trans by linking two separate DNA molecules// EMBO J.2002. V.21.P. 1775-1781.

64. Mallin D., Myung J., Patton J. et al. Polycomb group gene repression is blocked by the Drosophila suppressor of Hairy-wing Su(Hw. insulator // Genetics. 1998. V.148. P.331-339.

65. Marlor, R. L., S. M. Parkhurst and V. G. Corces. The Drosophila melanogaster gypsy transposable element encodes putative gene products homologous to retroviral proteins//Mol. Cell. Biol. 1986.V.6.P. 1129-1134.

66. Mazo A., Mizrokhi L., Karavanov A. et al. Suppression in Drosophila: su(Hw) and su(f) gene products interact with a region of mdg4 (gypsy) regulating its transcriptional activity // EMBO J. 1989. V.8. P.903-911.

67. Mihaly J., Hogga L, Barges S., Gallon M., Mishra R., Hagstrom K., Muller M., Schedl P., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics H., Karch F. Chromatin domain boundaries in the Bithorax complex//Cell. Mol. Life Sci. 1998. V. 54. P. 60-70.

68. Mongelard F., Corces V. Two insulators are not better than one // Nat. Struct, biol. 2001. V.8.P.192-194.

69. Morcillo P., Rosen G, Dorsett D. Genes regulating the remote wing margin enhancer in the Drosophila cut locus // Genetics. 1996. V. 144. P. 1143-1154

70. Morcillo P., Rosen G, Baylies M, Dorsett D. Chip, a widely expressed chromosomal protein required for segmentation and activity of a remote wing margin enhancer in Drosophila II Genes

71. Dev. 1997. V.ll. P.2729-2740.

72. Muller M., Hangstrom K., Gyurkovics H., Pirrotta V., Schedl P. The Mcp element from the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions // Genetics. 1999. V.153. P.1333-1356.

73. Muravyova, E., Golovnin, A., Gracheva, E., Parshikov, P., Belenkaya, T., Pirrotta, V. and Georgiev, P. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators// Science 2001.V.291.P.495-497.

74. Mutskov VJ, Farrell CM, Wade PA, Wolffe AP, Felsenfeld G. The barrier function of an insulator couples high histone acetylation levels with specific protection of promoter DNA from methylation. //Genes Dev.2002.V. 16P. 1540-1554.

75. Nabirochkin S., Ossokina M., Heidmann T. A nuclear matrix/scaffold attachment region co-localizes with the gypsy retrotransposon insulator sequence // J.Biol.Chem. 1998. V.273. P.2473-2479.

76. Ohtsuki S., Levine M. GAGA mediates the enhancer blocking activity of the eve promoter in the Drosophila embryo // Genes Dev. 1998. V. 12. P.3325-3330

77. Oki, M., R. T. Kamakaka . Blockers and barriers to transcription: competing activities? //Curr. Opin. Cell Biol.2002.V. 14 P.299-304.

78. Orihara M., Hosono C., Kojima T., Saigo K. Identification of engrailed promoter elements essential for interactions with a stripe enhancer in Drosophila embryos // Genes Cells. 1999. V. 4. P.205-218.

79. Pai CY, Corces VG. The nuclear pore complex and chromatin boundaries// Trends Cell Biol. 2002.V.12(10).P.452-5.

80. Palla F., Melfi R., Anello L., Di Bernardo M., Spinelli G. Enhancer blocking activity located near the 3' end of the sea urchin early H2A histone gene // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V.94. P.2272-2277.

81. Parnell T., Geyer P. Differences in insulator properties revealed by enhancer blocking assays on episomes//EMBO J. 2000. V.19. P.5864-5874.

82. Pikaart M., Recillas-targa F., Felsenfeld G. Loss of transcriptional activity of a transgene is accompanied by DNA methilation and histone deacetylation and is prevented by insulators // Genes Dev. 1998. V.12. P.2852-2862.

83. Pirrotta V., Steller H., Bozzetti M. Multiple upstream regulatory elements control the expression of the Drosophila white gene // EMBO J. 1985. V.4. P.3501-3508.

84. Pirrotta V., Manrt E., Hardon E., Bickel S., Benson M. Structure and sequence of the Drosophila zeste gene // EMBO J. 1987. V.6. P.791-799.

85. Pirrotta V. PcG complexes and chromatin silencing // Curr.Opin.Gen.Dev. 1997. V.7. P.249-258.

86. Pirrotta V. Polycomb silencing and the maintenance of stable chromatin states // Results Probl. Cell Differ. 1999. V.25. P.205-228.

87. Qian S., Varjavand B., Pirrotta V. Molecular analysis of the zeste-white interaction reveals a promoter-proximal element essential for distant enhancer-promoter communication // Genetics. 1992. V. 13l.P.79-90.

88. Recillas-Targa F., Bell A., Felsenfeld G. Positional enhancer-blocking activity of the chicken (3 -globin insulator in transiently transfected cells // Proc.Natl.Acad.Sci. USA. 1999. V.96. P. 1435414359.

89. Robertson, H. M., C R Prestson, R M. Phillips, D. Johnson-Schlitz, W. K Benz and W.REngels. A stable genomic source of P element transposase in Drosophila melanogaster. //Genetics. 1988. V. 118.P.461-470.

90. Robinett C., O'Connor A., Dunaway M. The repeat organizer, a specialized insulator element within the intergenic spacer of the Xenopus rRNA genes // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P.2866-2875.

91. Rollins S., Morsillo P., Dorsett D. Nipped-B, a Drosophila homologue of chromosomal adherins, participates in activation by remote enhancers in the cut and Ultrabithorax genes // Genetics. 1999. V.152. P.577-593.

92. Roseman R, Pirrotta V., Geyer P. The Su(Hw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position-effects // EMBO J. 1993. V. 12. P.435-442.

93. Rubin G., Sprandling A. Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors // Science. 1982. V.218. P.348-353.

94. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning: a Laboratory Manual, Ed. 2. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY // 1989

95. Sanger F., Nicken S., Coulson A. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V.74. P.5463-5487.

96. Scott K., Geyer P. Effects of the Su(Hw) insulator protein on the expression of the divergently transcribed Drosophila yolk protein genes // EMBO J. 1995. V. 14. P.6258-6279.

97. Scott K., Taubman A., Geyer P. Enhancer blocking by the Drosophila gypsy insulator depends upon insulator anatomy and enhancer strength // Genetics. 1999. V.153. P.787-798.

98. Shao Z., Raible R, Mollaaghababa R. et al. Stabilization of chromatin structure by PRCl, a polycomb complex// Cell. 1999. V.98. P.37-46.

99. Siegal, M. L. and Hartl, D. L. Application of Cre/loxP in Drosophila. Site-specific recombination and transgene coplacement // Methods Mol. Biol. 2000.V.136P. 487-495.

100. Sigrist C, Pirrotta V. Chromatin insulator elements block the silencing of a target gene by the Drosophila Polycomb Response Element (PRE) but allow trans interactions between PREs on different chromosomes//Genetics. 1997. V.147. P.209-221.

101. Smith P., Corces V. The suppressor of Hairy-wing binding region is required for gypsy mutagenesis // Mol.Gen.Genet. 1992. V.233. P.65-70.

102. Spana C., Harrison D., Corces V. The Drosophila melanogaster supressor of Hairy wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon // Genes Dev. 1988. V.2. P. 14141423.

103. Spana C., Corces V. DNA bending is a determinant of binding specificity for a Drosophila zink finger protein // Genes Dev. 1990. V.4. P. 1505-1515.

104. Sun F.-L., Elgin S. Putting boundaries on silence // Cell. 1999. V.99. P.459-462.

105. Udvardy A., Maine E., Schedl P. The 87A7 chromomere. Identification of novel chromatin structures flanking the heat shock locus that may define the boundaries of higher order domains // J. Mol. Biol. 1985. V.185. P.341-358.

106. Udvardy A. Dividing the empire: boundary chromatin elements delimit the territory of enhancers//EMBO J. 1999. V.18. P.l-8.

107. Van der Vlag J., Otte A. Transcriptional repression mediated by the human polycomb-group protein EED involves histone deacetylation//Nat. Genet. 1999. V.23. P.474-478.

108. Vazquez J., Schedl P. Deletion of an insulator element by the mutation facet-strawberry in Drosophila melanogaster II Genetics. 2000. V. 155. P. 1297-1311.

109. Webber A., Ingrain R., Levorse J. et al. Location of enhancers is essential for imprinting of H19 and lgf2 II Nature. 1998. V.391. P.711-715.

110. West, A.G., Gaszner, M. and Felsenfeld, G. Insulators: many functions, many mechanisms//Genes Dev.2002.V. 16.P.271-288.

111. Yoshida C., Tokumasu F., Hohmura K. et al. Long range interaction of cis-DNA elements mediated by architectural transcription factor Bachl // Genes Cells. 1999. V. 4 P.643-655

112. Zhao K., Hart C M, Laemmli U. Visualization of chromosomal domains with boundary element-associated factor BEAF-32//Cell. 1995. V. 81. P. 879-889.

113. Zhong X., Krangel M. An enhancer-blocking element between alpha and delta gene segments within the human T cell receptor alpha/delta locus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V.94. P.5219-5224.

114. Zhou J., Barolo S., Szymanski P. et al. The Fab-7 element of the bithorax complex attenuates enhancer-promoter interactions in the Drosophila embryo // Genes Dev. 1996. V. 10. P.3195-3201.

115. Zhou J., Ashe H., Burks C. et al. Characterization of the transvection mediating region of the Abdominal-B locus in Drosophila II Development. 1999. V. 126. P.3057-3065.

116. Zhou J., Levine M. A novel cis-regulatory element, the PTS, mediates an anti-insulator activity in the Drosophila embryo // Cell. 1999. V. 99. P.567-575.