Изучение функций различных доменов нового транскрипционного коактиватора SAYP (E(y)3) Drosophila melanogaster и поиск взаимодействующих с ним белков тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Николенко, Юлия Владимировна

• Николенко, Юлия Владимировна
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Николенко, Юлия Владимировна

ОГЛАВЛЕНИЕ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. ИНИЦИАЦИЯ ТРАНСКРИПЦИИ РНК-ПОЛИМЕРАЗОЙIIУ ЭУКАРИОТ.

1.1 РНК-полимераза П.

1.2 Локусы контроля транскрипции генов класса II.

1.3 Базальная транскрипция. Общие факторы транскрипции.

1.4 Специфические факторы транскрипции: активаторы и репрессоры.

1.5 Корегуляторы.

2. ХРОМАТИН.

2.1 Структура хроматина. Модификации гистонов.

2.2 Структурные и биохимические особенности гетерохроматина.

2.3 Гетерохроматин и транскрипция. Эффект положения гена.

2.4 Белковые комплексы, изменяющие структуру хроматина.

3. ЯДЕРНЫЕ РЕЦЕПТОРЫ.

3.1 Строение и механизмы действия ядерных рецепторов.

3.2 Ядерные рецепторы и гормональная сигнализация у D. melanogaster.

3.3 Корегуляторы ядерных рецепторов.

ОБЪЕКТ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1. МАТЕРИАЛЫ.

1.1 Штаммы и вектора S. cerevisiae и Е. coli, использованные в работе.

1.2 Библиотека кДНК.

1.3 Дрожжевые и бактериальные среды.

1.4 Ферменты и реактивы.

1.5 Праймеры.

1.6 Конструкции для анализа активации репортерных генов в дрожжах.

1.7 Конструкции pBait для двухгибридного анализа.

1.8 Конструкция для экспрессии фрагмента белка Нг46 для получения поликлональных антител.

1.9 Конструкции для анализа функций доменов белка SAYP in vivo.

2. МЕТОДЫ.

2.1 Работа с дрожжами. Скрининг библиотеки кДНК в двухгибридной системе.

2.2 Работа с ДНК.

2.3 Работа с белками.

2.4 Работа с D. melanogaster.

2.5 Использованное программное обеспечение.

РЕЗУЛЬТАТЫ.

1. Изучение роли SAY-домена белка SAYP в активации транскрипции в дрожжах.

2. Изучение влияния белка SAYP на транскрипцию в гетерохроматине.

3. Изучение влияния SAY-домена белка SAYP на выживаемости и активацию транскрипции in vivo.

4. Изучение роли PHD-доменов белка SAYP в репрессии транскрипции в гетерохроматине.

5. Поиск белков, взаимодействующих с SAYP в двухгибридной системе.

6. Подтверждение взаимодействия SAYP и Hr46(DHR3).

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение функций различных доменов нового транскрипционного коактиватора SAYP (E(y)3) Drosophila melanogaster и поиск взаимодействующих с ним белков»

Реализация наследственной информации клетки является объектом пристального изучения современной науки. Этот сложный многостадийный процесс лежит в основе жизнедеятельности и развития всех живых организмов. Механизмы экспрессии генов активно изучаются с помощью методов молекулярной биологии и генетики. Молекулярный аппарат клетки, осуществляющий чтение и реализацию генетической информации, необычайно сложно устроен. Помимо фундаментального значения, исследования в данной области имеют обширное практическое применение в медицине, фармакологии, биотехнологии, селекции.

Считается, что именно первый этап экспрессии генов - транскрипция - является наиболее важным в регуляции всего процесса. У эукариот различные наборы генов транскрибируются специализированными РНК-полимеразами; гены, кодирующие мРНК, транскрибируются РНК-полимеразой И. Многочисленные исследования показали, что на активацию транскрипции РНК-полимеразой II влияют несколько дискретных, контролируемых процессов: изменение структуры хроматина, изменение локализации гена внутри ядра и привлечение на промотор гена мультибелковых комплексов, активность которых определяется специфическими межмолекулярными взаимодействиями. К настоящему моменту исследовано большое количество разнообразных факторов, формирующих аппарат транскрипции. Выделяют общие факторы транскрипции - консервативные в эволюции белки, необходимые для экспрессии большинства генов, специфические факторы транскрипции (активаторы и репрессоры) и так называемые корегуляторы (коактиваторы и корепрессоры). Последние осуществляют связь между специфическими и общими факторами транскрипции, а также изменяют структуру хроматина (Emerson, 2002).

Большое количество исследований в настоящее время посвящено описанию новых и детальному изучению уже известных факторов транскрипции. Имеющаяся на данный момент картина работы молекулярного аппарата транскрипции постоянно детализируется и корректируется.

В данной работе были изучены функции нового мультидоменного коактиватора транскрипции РНК полимеразы II высших эукариот SAYP (Е(у)З) и проведен поиск взаимодействующих с ним белков. Показано, что SAYP является бифункциональным фактором и участвует в активации транскрипции в эухроматине и репрессии транскрипции в гетерохроматине. Показано, что SAY-домен белка SAYP отвечает за активацию транскрипции в эухроматине, а PHD-домены - за репрессию транскрипции в гетерохроматине. В дрожжевой двухгибридной системе обнаружен ряд белков, взаимодействующих с SAYP, среди них — транскрипционный регулятор Нг46. Взаимодействие SAYP и Нг46 подтверждено при помощи других биохимических и генетических методов. Т.о. в работе изучен новый важный участник процесса регуляции транскрипции высших эукариот.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Николенко, Юлия Владимировна

выводы

1. Показано, что консервативный SAY-домен транскрипционного кофактора SAYP обеспечивает активацию транскрипции репортерных генов в дрожжах.

2. Установлено, что консервативный SAY-домен белка SAYP необходим для жизнеспособности D. melanogaster и участвует в активации транскрипции in vivo.

3. Показано, что SAYP участвует в репрессии транскрипции в гетерохроматине. За репрессию транскрипции отвечают PHD-домены белка.

4. В дрожжевой двухгибридной системе обнаружено взаимодействие белка SAYP с консервативным транскрипционным фактором Hr46(DHR3). Обнаруженное взаимодействие подтверждено другими биохимическими и генетическими методами (гель-фильтрация, иммуноокрашивание на политенных хромосомах, генетический анализ мутантных линий D. melanogaster).

5. Предложена модель, объясняющая участие SAYP в активации и репрессии транскрипции посредством разных консервативных доменов белка.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Николенко, Юлия Владимировна, 2005 год

1. Беленькая, Т., Георгиев, П. (1999) Роль генов enhancer of yellow в регуляции экспрессии гена yellow у Drosophila melanogaster, Генетика 35, 432-37.

2. Жимулев, И.Ф. (2002) Общая и молекулярная генетика. Новосибирск: Изд-во Новосиб. ун-та: Сиб. унив. изд-во. 459 стр.

3. Карпов B.JI. (2005) От чего зависит судьба гена. Природа, 3, 34-43.

4. Патрушев, Л.И. (2000) Экспрессия генов. М.: Наука. 528 стр.

5. Савина, Н.В., Даливеля, О.В., Никитченко, Н.В., Кужир, Т.Д. (2003) Биологический эффект низких доз алкилирующих агентов на развитие дрозофилы. Цитология. Генетика 37,48-55.

6. Aasland, R., Gibson, Т.J., Stewart, A.F. (1995) The PHD finger: implications for chromatin-mediated transcriptional regulation. Trends Biochem Sci 20, 56-9.

7. Aoyagi, N., Wassarman, D.A. (2000) Genes encoding Drosophila melanogaster RNA polymerase II general transcription factors: diversity in TFIIA and TFIID components contributes to gene-specific transcriptional regulation. J Cell Biol 150, F45-50.

8. Ashburner, M., Chihara, C., Meltzer, P., Richards, G. (1974) Temporal control of puffing activity in polytene chromosomes. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 38, 655-62.

9. Asturias, F.J. (2004) RNA polymerase II structure, and organization of the preinitiation complex. Curr Opin Struct Biol 14,121-9.

10. Bateman, A., et al (2004) The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res 32 Database issue, D13 8-41.

11. Becker, P.B., Horz, W. (2002) ATP-dependent nucleosome remodeling. Annu Rev Biochem 71,247-73.

12. Berger, S.L. (2002) Histone modifications in transcriptional regulation. Curr Opin Genet Dev 12,142-8.

13. Bialecki, M., Shilton, A., Fichtenberg, C., Segraves, W.A., Thummel, C.S. (2002) Loss of the ecdysteroid-inducible E75A orphan nuclear receptor uncouples molting from metamorphosis in Drosophila. Dev Cell 3,209-20.

14. Boube, M., Faucher, C., Joulia, L., Cribbs, D.L., Bourbon, H.M. (2000) Drosophila homologs of transcriptional mediator complex subunits are required for adult cell and segment identity specification. Genes Dev 14, 2906-17.

15. Bushmeyer, S., Park, K., Atchison, M.L. (1995) Characterization of functional domains within the multifunctional transcription factor, YY1. J Biol Chem 270,30213-20.

16. Capili, A.D., Schultz, D.C., Rauscherlll, F.J., Borden, K.L. (2001) Solution structure of the PHD domain from the KAP-1 corepressor: structural determinants for PHD, RING and LIM zinc-binding domains. EMBOJ. 20, 165-77.

17. Carney, G.E., Wade, A.A., Sapra, R., Goldstein, E.S., Bender, M. (1997) DHR3, an ecdysone-inducible early-late gene encoding a Drosophila nuclear receptor, is required for embryogenesis. Proc Natl Acad Sci USA 94,12024-9.

18. Carey, M., Smale, S.T. (2000) Transcriptional regulation in eucaryotes. N. Y.: CSHL Press, 640 pp.

19. Champagne, N., Bertos, N.R., Pelletier, N., Wang, A.H., Vezmar, M., Yang, Y., Heng, H.H., Yang, X.J. (1999) Identification of a human histone acetyltransferase related to monocytic leukemia zinc finger protein. J Biol Chem 274,28528-36.

20. Chawla, A., Repa, J.J., Evans, R.M., Mangelsdorf, D.J. (2001) Nuclear receptors and lipid physiology: opening the X-files. Science 294,1866-70.

21. Chen, B.S., Hampsey, M. (2002) Transcription activation: unveiling the essential nature of TFiro. Curr Biol 12, R620-2.

22. Corona, D.F., Tamkun, J.W. (2004) Multiple roles for ISWI in transcription, chromosome organization and DNA replication. Biochim Biophys Acta 1677, 113-9.

23. Cryderman, D.E., Cuaycong, M.H., Elgin, S.C., Wallrath, L.L. (1998) Characterization of sequences associated with position-effect variegation at pericentric sites in Drosophila heterochromatin. Chromosoma 107,277-285.

24. Cryderman, D.E., Morris, E.J., Biessmann, H., Elgin, S.C., Wallrath, L.L. (1999) Silencing at Drosophila telomeres: nuclear organization and chromatin structure play critical roles. EMBOJ. 18,3724-3735.

25. Detich, N., Bovenzi, V., Szyf, M. (2003) Valproate induces replication-independent active DNA demethylation. J Biol Chem 278, 27586-92.

26. Dimova, D., Nackerdien, Z., Furgeson, S., Eguchi, S., Osley, M.A. (1999) A role for transcriptional repressors in targeting the yeast Swi/Snf complex. Mol Cell 4, 75-83.

27. DiRenzo, J., Shang, Y., Phelan, M., Sif, S., Myers, M., Kingston, R., Brown, M. (2000) BRG-1 is recruited to estrogen-responsive promoters and cooperates with factors involved in histone acetylation. Mol Cell Biol 20, 7541-9.

28. Eberharter, A., Becker, P.B. (2002) Histone acetylation: a switch between repressive and permissive chromatin. Second in review series on chromatin dynamics. EMBO Rep 3, 224-9.

29. Eissenberg, J.C., Elgin, S.C. (2000) The HP1 protein family: getting a grip on chromatin. Curr Opin Genet Dev 10, 204-10.

30. Emerson, B.M. (2002) Specificity of gene regulation. Cell 109,267-70.

31. Fazzio, T.G., Kooperberg, C., Goldmark, J.P., Neal, C., Basom, R., Delrow, J., Tsukiyama, T. (2001) Widespread collaboration of Isw2 and Sin3-Rpd3 chromatin remodeling complexes in transcriptional repression. Mol Cell Biol 21, 6450-60.

32. Featherstone, M. (2002) Coactivators in transcription initiation: here are your orders. Curr Opin Genet Dev 12,149-55.

33. Georgiev, P.G. (1994) Identification of mutations in three genes that interact with zeste in the control of white gene expression in Drosophila melanogaster.Gewer/cs 138, 733-9.

34. Georgiev, P.G., Gerasimova, T.I. (1989) Novel genes influencing the expression of the yellow locus and mdg4 (gypsy) in Drosophila melanogaster. Mol. Gen. Genet. 220, 121126.

35. Georgiev, P.G., Kiselev, S.L., Simonova, O.B., Gerasimova, T.I. (1990) A novel transposition system in Drosophila melanogaster depending on the Stalker mobile genetic element. EMBO J 9, 2037-2044.

36. Golic, K.G., Golic, M.M. (1996) Engineering the Drosophila genome: chromosome rearrangements by design. Genetics 144,1693-711.

37. Gotzmann J, Foisner R. (1999) Lamins and lamin-binding proteins in functional chromatin organization. Crit Rev Eukaryot Gene Expr. 9,257-65.

38. Gozani, O., et al (2003) The PHD finger of the chromatin-associated protein ING2 functions as a nuclear phosphoinositide receptor. Cell 114,99-111.

39. Green, M.R. (2000) TBP-associated factors (TAFIIs): multiple, selective transcriptional mediators in common complexes. Trends Biochem Sci 25, 59-63.

40. Grunstein, M. (1992) Histones as regulators of genes. Sci Am 267,68-74B.

41. Gu, J.Y., Park, J.M., Song, E.J., Mizuguchi, G., Yoon, J.H., Kim-Ha, J., Lee, K.J., Kim, Y.J. (2002) Novel Mediator proteins of the small Mediator complex in Drosophila SL2 cells. J Biol Chem 277, 27154-61.

42. Hall, I.M., Shankaranarayana, G.D., Noma, K., Ayoub, N., Cohen, A., Grewal, S.I. (2002) Establishment and maintenance of a heterochromatin domain. Science 297,2232-7.

43. Henikoff, S., Comai, L. (1998) A DNA methyltransferase homolog with a chromodomain exists in multiple polymorphic forms in Arabidopsis. Genetics 149,307-18.

44. Henry, K.W., et al (2003) Transcriptional activation via sequential histone H2B ubiquitylation and deubiquitylation, mediated by SAGA-associated Ubp8. Genes Dev 17, 2648-63.

45. Holstege, F.C., Jennings, E.G., Wyrick, J.J., Lee, T.I., Hengartner, C.J., Green, M.R., Golub, T.R., Lander, E.S., Young, R.A. (1998) Dissecting the regulatory circuitry of a eukaryotic genome. Cell 95, 717-28.

46. Huet, F., Ruiz, C., Richards, G. (1995) Sequential gene activation by ecdysone in Drosophila melanogaster: the hierarchical equivalence of early and early late genes. Development 121, 1195-204.

47. Huisinga, K.L., Pugh, B.F. (2004) A genome-wide housekeeping role for TFIID and a highly regulated stress-related role for SAGA in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell 13, 573- 9.

48. Hur, E., Pfaff, S.J., Payne, E.S., Gron, H., Buehrer, B.M., Fletterick, R.J. (2004) Recognition and accommodation at the androgen receptor coactivator binding interface. PLoS Biol 2, E274.

49. Ito, M., Yuan, C.X., Okano, H.J., Darnell, R.B., Roeder, R.G. (2000) Involvement of the TRAP220 component of the TRAP/SMCC coactivator complex in embryonic development and thyroid hormone action. Mol Cell 5, 683-93.

50. Jacobs SA, Taverna SD, Zhang Y, Briggs SD, Li J, Eissenberg JC, Allis CD, Khorasanizadeh S. (2001) Specificity of the HP1 chromo domain for the methylated N-terminus of histone H3. EMBOJ20, 5232-5241.

51. Jenuwein, Т., Allis, C.D. (2001) Translating the histone code. Science 293,1074-80

52. Jones DO, Cowell IG, Singh PB. (2000) Mammalian chromodomain proteins: their role in genome organisation and expression. Bioessays 22,124-37.

53. Kadonaga, J.T. (2004) Regulation of RNA polymerase II transcription by sequence-specific DNA binding factors. Cell 116,247-57.

54. Kaiser, K., Meisterernst, M. (1996 ) The human general co-factors. Trends Biochem Sci 21, 342-5.

55. Kelly, W.G., Fire, A. (1998) Chromatin silencing and the maintenance of a functional germline in Caenorhabditis elegans. Development 125, 2451-6.

56. Ketel, C.S., Fang, J., Miller, E.L., Zhang, Y., Simon, J.A. (2003) Analysis of histone methyltransferases in Drosophila. A. Dros. Res. Conf. 44, 211 A.

57. King-Jones, K., Thummel, C.S. (2005) Nuclear receptors a perspective from Drosophila. Nat Rev Genet 6,311-23.

58. Koelle, M.R., Segraves, W.A., Hogness, D.S. (1992) DHR3: a Drosophila steroid receptor homolog. Proc Natl Acad Sci USA 89, 6167-71.

59. Kouzarides, T. (2003) Wellcome Trust Award Lecture. Chromatin-modifying enzymes in transcription and cancer. Biochem Soc Trans 31, 741-3.

60. Kozlova, Т., Thummel, C.S. (2002) Spatial patterns of ecdysteroid receptor activation during the onset of Drosophila metamorphosis. Development 129,1739-50.

61. Kurdistani, S.K., Grunstein, M. (2003) Histone acetylation and deacetylation in yeast. Nat Rev Mol Cell Biol 4,276-84.

62. Kusch, Т., Guelman, S., Abmayr, S.M., Workman, J.L. ( 2003) Two Drosophila Ada2 homologues function in different multiprotein complexes. Mol Cell Biol 23, 3305-19.

63. Kwan, A.H., Gell, D.A., Verger, A., Crossley, M., Matthews, J.M., Mackay, J.P. (2003) Engineering a protein scaffold from a PHD finger. Structure (Camb) 11, 803-13.

64. Lam, G.T., Jiang, C., Thummel, C.S. (1997) Coordination of larval and prepupal gene expression by the DHR3 orphan receptor during Drosophila metamorphosis. Development 124, 1757-69.

65. Lam, G., Hall, B.L., Bender, M., Thummel, C.S. (1999) DHR3 is required for the prepupal-pupal transition and differentiation of adult structures during Drosophila metamorphosis. Dev Biol 212,204-16.

66. Lee, J.E., Kim, K., Sacchettini, J.C., Smith, C.V., Safe, S. (2005) DRIP150 coactivation of estrogen receptor alpha in ZR-75 breast cancer cells is independent of LXXLL motifs. J Biol Chem 280,8819-30.

67. Lemon, В., Tjian, R. (2000) Orchestrated response: a symphony of transcription factors for gene control. Genes Dev 14,2551-69.

68. Levine, M., Tjian, R. (2003) Transcription regulation and animal diversity. Nature 424, 147-51.

69. Leresche, A., Wolf, V.J., Gottesfeld, J.M. (1996) Repression of RNA polymerase II and III transcription during M phase of the cell cycle. Exp Cell Res 229,282-8.

70. Lewis, B.A., Reinberg, D. (2003) The mediator coactivator complex: functional and physical roles in transcriptional regulation. J Cell Sci 116, 3667-75.

71. Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, C.A., Krieger, M., Scott, M.P., Zipursky, L., and Darnell, J. (2004) Molecular Cell Biology, 5th ed. N. Y.: W.H.Freeman, 973 pp.

72. Lu, B.Y., Emtage, P.C., Duyf, B.J., Hilliker, A.J., Eissenberg, J.C. (2000) Heterochromatin protein 1 is required for the normal expression of two heterochromatin genes in Drosophila. Genetics 155,699-708.

73. Luger, K., Mader, A.W., Richmond, R.K., Sargent, D.F., Richmond, T.J. (1997) Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution. Nature 389,251-60.

74. Lusser, A., Kadonaga, J.T. (2003) Chromatin remodeling by ATP-dependent molecular machines. Bioessays 25,1192-200.

75. Majello, В., De Luca, P., Lania, L. (1997) Sp3 is a bifunctional transcription regulator with modular independent activation and repression domains. J Biol Chem 272,4021-6.

76. Maldonado, E., Hampsey, M., Reinberg, D. (1999) Repression: targeting the heart of the matter. Cell 99,455-8.

77. McKenna, N.J., Lanz, R.B., O'Malley, B.W. (1999) Nuclear receptor coregulators: cellular and molecular biology. Endocr Rev 20, 321-44.

78. McKenna, N.J., O'Malley, B.W. (2002) Minireview: nuclear receptor coactivators~an update. Endocrinology 143, 2461-5.

79. Miller, J. H. (1992) A Short Course in Bacterial Genetics: A Laboratory Manual and Handbook for Escherichia coli and Related Bacteria. Cold Spring Harbor Laboratory Press, p 74.

80. Morales V, Giamarchi C, Chailleux C, Moro F, Marsaud V, Le Ricousse S, Richard-Foy H. (2001) Chromatin structure and dynamics: functional implications. Biochimie 83, 102939. Review.

81. Morris, J.R., Geyer, P.K., Wu, C.T. (1999) Core promoter elements can regulate transcription on a separate chromosome in trans. Genes Dev 13, 253-8.

82. Muller, F., Tora, L. (2004) The multicoloured world of promoter recognition complexes. EMBOJ 23,2-8.

83. Myers, L.C., Gustafsson, C.M., Bushnell, D.A., Lui, M., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Romberg, R.D. (1998) The Med proteins of yeast and their function through the RNA polymerase II carboxy-terminal domain. Genes Dev 12,45-54.

84. Naar, A.M., Lemon, B.D., Tjian, R. (2001) Transcriptional coactivator complexes. Annu Rev Biochem 70,475-501.

85. Narlikar, G.J., Fan, H.Y., Kingston, R.E. (2002) Cooperation between complexes that regulate chromatin structure and transcription. Cell 108,475-87.

86. Nedialkov, Y.A., Triezenberg, S.J. (2004) Quantitative assessment of in vitro interactions implicates TATA-binding protein as a target of the VP16C transcriptional activation region. Arch Biochem Biophys 425, 77-86.

87. Nikolov, D.B., Burley, S.K. (1997) RNA polymerase II transcription initiation: a structural view. Proc Natl Acad Sci USA 94, 15-22.

88. Noma K, Allis C.D, Grewal S.I. (2001) Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries. Science 293, 1150-1155.

89. Pal-Bhadra, M., Leibovitch, B.A., Gandhi, S.G., Rao, M., Bhadra, U., Birchler, J.A., Elgin, S.C. (2004) Heterochromatic silencing and HP1 localization in Drosophila are dependent on the RNAi machinery. Science 303,669-72.

90. Pascual, J., Martinez-Yamout, M., Dyson, H.J., Wright, P.E. (2000) Structure of the PHD zinc finger from human Williams-Beuren syndrome transcription factor. J Mol Biol 304, 723-9.

91. Piacentini, L., Fanti, L., Berloco, M., Perrini, В., Pimpinelli, S. (2003) Heterochromatin protein 1 (HP1) is associated with induced gene expression in Drosophila euchromatin. J Cell Biol 161, 707-14.

92. Orphanides, G., Lagrange, Т., Reinberg, D. (1996) The general transcription factors of RNA polymerase II. Genes Dev 10, 2657-83.

93. Orphanides, G., Reinberg, D. (2002 ) A unified theory of gene expression. Cell 108, 43951.

94. Ragvin, A., et al. (2004) Nucleosome binding by the bromodomain and PHD finger of the transcriptional cofactor p300. J Mol Biol 337, 773-88.

95. Rebhan, M., Chalifa-Caspi, V., Prilusky, J., Lancet, D. (1997) GeneCards: encyclopedia for genes, proteins and diseases. Weizmann Institute of Science, Bioinformatics Unit and Genome Center (Rehovot, Israel). GeneCard for PHF10 (2003).

96. Rekdal, C., Sjottem, E., Johansen, T. (2000) The nuclear factor SPBP contains different functional domains and stimulates the activity of various transcriptional activators. J Biol Chem 275,40288-300.

97. Richards, E.J., Elgin, S.C. (2002) Epigenetic codes for heterochromatin formation and silencing: rounding up the usual suspects. Cell 108, 489-500.

98. Rochette-Egly, C., Adam, S., Rossignol, M., Egly, J.M., Chambon, P. (1997) Stimulation of RAR alpha activation function AF-1 through binding to the general transcription factor TFIIH and phosphorylation by CDK7. Cell 90, 97-107.

99. Roeder, R.G. (1996) The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II. Trends Biochem Sci 21, 327-35.

100. Rouleau, M., Aubin, R.A., Poirier, G.G. (2004) Poly(ADP-ribosyl)ated chromatin domains: access granted. J Cell Sci 117, 815-25.

101. Sandaltzopoulos, R., Quivy, J.P., Becker P.B. (1995) Analysis of protein/DNA interactions by solid-phase footprinting. Methods Mol. Cell. Biol. 5,176-181.

102. Sanglier, S., Bourguet, W., Germain, P., Chavant, V., Moras, D., Gronemeyer, H., Potier, N., Van Dorsselaer, A. (2004) Monitoring ligand-mediated nuclear receptor-coregulator interactions by noncovalent mass spectrometry. Eur J Biochem 271, 4958-67.

103. Sauer, F., Fondell, J.D., Ohkuma, Y., Roeder, R.G., Jackie, H. (1995) Control of transcription by Kruppel through interactions with TFIIB and TFIIE beta. Nature 375, 162-4.

104. Segraves, W.A., Hogness, D.S. (1990) The E75 ecdysone-inducible gene responsible for the 75B early puff in Drosophila encodes two new members of the steroid receptor superfamily. Genes Dev 4,204-19.

105. Selker, E.U., Freitag, M., Kothe, G.O., Margolin, B.S., Rountree, M.R., Allis, C.D., Tamaru, H. (2002) Induction and maintenance of nonsymmetrical DNA methylation in Neurospora. Proc Natl Acad Sci USA 99 Suppl 4, 16485-90.

106. Shamay, M., Barak, O., Shaul, Y. (2002) HBXAP, a novel PHD-finger protein, possesses transcription repression activity. Genomics 19, 523-9.

107. Shidlovskii, Y.V., Krasnov, A.N., Nikolenko, J.V., Lebedeva, L.A., Kopantseva, M., Ermolaeva, M.A., Ilyin, Y.V., Nabirochkina, E.N., Georgiev, P.G., Georgieva, S.G. (2005)

108. A novel multidomain transcription coactivator SAYP can also repress transcription in heterochromatin. EMBO J. 24, 97-107.

109. Shimono, Y., Murakami, H., Kawai, K., Wade, P.A., Shimokata, K., Takahashi, M. (2003) Mi-2 beta associates with BRG1 and RET finger protein at the distinct regions with transcriptional activating and repressing abilities. J Biol Chem 278, 51638-45.

110. Schubiger, M., Truman, J.W. (2000) The RXR ortholog USP suppresses early metamorphic processes in Drosophila in the absence of ecdysteroids. Development 127, 1151-9.

111. Smale, S.T., Kadonaga, J.T. (2003) The RNA polymerase II core promoter. Annu Rev Biochem 72, 449-79.

112. Soldatov, A., Nabirochkina E., Georgieva S. Belenkaja T, Georgiev P. (1999) TAFII40 protein is encoded by the e(y)l gene: biological consequences of mutations. Mol Cell Biol 19, 3769-78.

113. Sterner, D.E., Berger, S.L. (2000) Acetylation of histones and transcription-related factors. Microbiol Mol Biol Rev 64, 435-59.

114. Sun, F.L., Cuaycong, M.H., Craig, C.A., Wallrath, L.L., Locke, J., Elgin, S.C. (2000) The fourth chromosome of Drosophila melanogaster: interspersed euchromatic and heterochromatic domains. Proc Natl Acad Sci USA97,5340-5.

115. Sun, F.L., Haynes, K., Simpson, C.L., Lee, S.D., Collins, L., Wuller, J., Eissenberg, J.C., Elgin, S.C. (2004) cis-Acting determinants of heterochromatin formation on Drosophila melanogaster chromosome four. Mol Cell Biol 24, 8210-20.

116. Svejstrup, J.Q. (2004) The RNA polymerase II transcription cycle: cycling through chromatin. Biochim Biophys Acta 1677,64-73.

117. Syntichaki, P., Topalidou, I., Thireos, G. (2000) The Gcn5 bromodomain co-ordinates nucleosome remodelling. Nature 404,414-7.

118. Taatjes, D.J., Naar, A.M., Andel, F. 3rd, Nogales, E., Tjian, R. (2002) Structure, function, and activator-induced conformations of the CRSP coactivator. Science 295,1058-62.

119. Takeyama, K., Masuhiro, Y., Fuse, H., Endoh, H., Murayama, A., Kitanaka, S., Suzawa, M., Yanagisawa, J., Kato, S. (1999) Selective interaction of vitamin D receptor with transcriptional coactivators by a vitamin D analog. Mol Cell Biol 19, 1049-55.

120. Thiagalingam, S., Cheng, K.H., Lee, H.J., Mineva, N., Thiagalingam, A., Ponte, J.F. (2003) Histone deacetylases: unique players in shaping the epigenetic histone code. Ann N YAcad Sci 983, 84-100.

121. Thornton, J.W. (2003) Nonmammalian nuclear receptors: evolution and endocrine disruption. Pure Appl Chem 75,1827-1839.

122. Tsukiyama, T. (2002) The in vivo functions of ATP-dependent chromatin-remodelling factors. Nat Rev Mol Cell Biol 3,422-9.

123. Tupler, R., Perini, G., Green, M.R. (2001) Expressing the human genome. Nature 409, 832-3.

124. Veenstra, G.J., Wolffe, A.P. (2001 ) Gene-selective developmental roles of general transcription factors. Trends Biochem Sci 26, 665-71.

125. Verrijzer, C.P., Chen, J.L., Yokomori, K., Tjian, R. (1995) Binding of TAFs to core elements directs promoter selectivity by RNA polymerase II. Cell 81,1115-25.

126. Verrijzer, C.P., Tjian, R. (1996) TAFs mediate transcriptional activation and promoter selectivity. Trends Bioch em Sci 21,338-42.

127. Vignali, M., Hassan, A.H., Neely, K.E., Workman, J.L. (2000) ATP-dependent chromatin-remodeling complexes. Mol Cell Biol 20, 1899-910.

128. Wallrath, L.L., Elgin, S.C. (1995) Position effect variegation in Drosophila is associated with an altered chromatin structure. Genes Dev 9, 1263-1277.

129. Wallrath, L.L. (1998) Unfolding the mysteries of heterochromatin. Curr Opin Genet Dev 8,147-53.

130. Wanker, E.E., Rovira, С., Scherzinger, E., Hasenbank, R., Walter, S., Tait, D., Colicelli, J., Lehrach, H. (1997) HIP-I: a huntingtin interacting protein isolated by the yeast two-hybrid system. Hum. Mol. Genet. 6,487-495.

131. Wassarman, D.A., Aoyagi, N. Pile, L.A., Schlag, E.M. (2000) TAF250 is required for multiple developmental events in Drosophila. Proc Natl Acad Sci US A 97, 1154-9.

132. Weiler, K.S., Wakimoto, B.T. (1995) Heterochromatin and gene expression in Drosophila. Annu Rev Genet. 29, 577 605.

133. White, K.P., Hurban, P., Watanabe, Т., Hogness, D.S. (1997) Coordination of Drosophila metamorphosis by two ecdysone-induced nuclear receptors. Science 276,114-7.

134. Woychik, N.A., Hampsey, M. (2002) The RNA polymerase II machinery: structure illuminates function. Cell 108,453-63.

135. Yao, T.P., Forman, B.M., Jiang, Z., Cherbas, L., Chen, J.D., McKeown, M., Cherbas, P., Evans, R.M. (1993) Functional ecdysone receptor is the product of EcR and Ultraspiracle genes. Nature 366,476-9.

136. Zhang, Y. (2003) Transcriptional regulation by histone ubiquitination and deubiquitination. Genes Dev 17,2733-40.

137. Zheng, C., Brownlie, R., Babiuk, L.A., van Drunen Littel-van den Hurk, S. (2004) Characterization of nuclear localization and export signals of the major tegument protein VP8 of bovine herpesvirus-1. Virology 324, 327-39.