Изменение пула протеасом в постнатальном развитии и в злокачественно трансформированных клетках грызунов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.30, кандидат биологических наук Астахова, Татьяна Михайловна

• Астахова, Татьяна Михайловна
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Астахова, Татьяна Михайловна

Список сокращений.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.И

1.1. Множественность форм протеасом, их структурная организация и физиологическая роль

1.1.1. 208-протеасомы.

1.1.2. 268-протеасомы

1.1.3. Смешанные или «гибридные» протеасомы

1.1.4. Иммунные протеасомы и их роль в иммунном ответе.

1.2. Протеасомы в развитии животных

1.3. Система полиубиквитинирования белков.

1.4. Сигналы убиквитинзависимой деградации белков.

1.5. Изменения убиквитинзависимого протеолиза, связанные со злокачественной трансформацией

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Животные и реактивы, используемые в работе.

2.2. Препаративное выделение протеасом.

2.2.1. Получение осветленного гомогенета и фракционирование протеасом сульфатом аммония.

2.2.2. Гель-фильтрация на сефарозе 2В и ультрацентрифугирование.

2.3. Аналитическое выделение протеасом.

2.4. Определение активности протеасом.

2.5. Иммуноблоттинг.

2.6. Получение 35[8]ОДК.

2.7. Гистологическое исследование селезенки.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Разработка метода разделения пулов 26S- и 208-протеасом

3.2. Особенности формирования пулов 26S- и 208-протеасом в селезенке и печени крысы в постнатальном развитии.

3.2.1. Изменение удельной активности и субъединичного состава пулов 26S- и 208-протеасом в селезенке и печени на 1, 5, 9, 12, 15, 23, 37 и 90 сутки развития крысы.

3.2.2. Динамика появления иммунных субъединиц в пулах 26S- и 20S- протеасом в селезенке и печени крысы в постнатальном развитии

3.2.3. Динамика изменения удельной активности пулов

26S- и 208-протеасом в постнатальном развитии.

3.2.4. Оценка количества протеасом в пулах 26S и 20S в селезенке и печени крысы в постнатальном развитии

3.3. Развитие белой пульпы селезенки в онтогенезе крысы.

3.4. Особенности пула протеасом в клетках асцитной карциномы Krebs-II мыши.

3.4.1. Пул 26S-npoTeacoM в селезенке, печени, легких и асцитной карциноме Krebs-II мыши.

3.4.2. Пул 208-протеасом в селезенке, печени, легких и асцитной карциноме Krebs-II мыши.

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1. Особенности формирования пула 26S- и пула 208-протеасом в печени и селезенке крысы в постнатальном развитии.

4.2. Формирование иммунных протеасом и вторичных лимфоидных органов (селезенки) крысы в постнатальном развитии.

4.3. Особенности пула протеасом в злокачественно трансформированных клетках.

4.3.1. Иммунные протеасомы злокачественных клеток.

4.3.2. Конститутивные 268-протеасомы злокачественных клеток.

4.3.3. 208-протеасомы злокачественных клеток.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изменение пула протеасом в постнатальном развитии и в злокачественно трансформированных клетках грызунов»

Актуальность темы.

Протеасомы - это мультисубъединичные и мультикаталитические протеиназные комплексы эукариотических клеток (Multicatalytic Proteinase Complex, МРС). Термин «протеасома» был предложен К. Танака и А. Голдбергом и отражает как протеолитическую (протеаза) функцию комплекса, так и его природу как дискретной частицы - сомы.

Клетки млекопитающих и человека содержат несколько форм и субтипов протеасом. Наиболее изученными формами являются 26S- и 20S-протеасомы. 268-протеасомы состоят из 208-субчастицы -протеолитического «ядра» - и фланкирующих ее 198-субчастиц. Они гидролизуют убиквитинированные белки в АТФ-зависимой реакции. 20S-протеасомы, помимо того, что являются протеолитическим «ядром» 26S-протеасом, способны, как самостоятельные частицы, гидролизовать некоторые белки без их предварительного убиквитинирования независимо от АТФ. Каждая из этих форм образована четырьмя субтипами, различающимися сочетанием конститутивных и иммунных протеолитических субъединиц.

Конститутивные 268-протеасомы участвуют в регуляции клеточных процессов, таких как репликация и репарация ДНК, транскрипция, передача сигналов, клеточный цикл, апоптоз, поскольку гидролизуют белки, осуществляющие эти процессы, строго контролируемым способом. Иммунные 268-протеасомы необходимы для развития иммунного ответа. Функции всех субтипов 208-протеасом связаны, главным образом, с уничтожением поврежденных белков.

Принимая во внимание неоднозначную роль протеасом в многочисленных клеточных процессах, можно ожидать, что на разных этапах онтогенеза животных функции клеточного пула протеасом меняются, причем по-разному в различных органах и тканях. Литературные данные об изменениях пула протеасом в индивидуальном развитии животных малочисленны и разрозненны. Совсем нет сведений о функционировании протеасом в постнатальном развитии млекопитающих, сопряженном с интенсивными биохимическими и физиологическими перестройками организма. Исследования в этой области могут расширить представление о молекулярных механизмах онтогенеза и содействовать пониманию причин как врожденных, так и приобретенных заболеваний (в том числе злокачественных), связанных с нарушениями системы гидролиза белков в протеасомах.

Цели и задачи исследования.

Целью настоящей работы явилось исследование изменения пула 26S-и пула 208-протеасом в печени (нелимфоидном органе) и селезенке (лимфоидном органе) крысы в постнатальном развитии и в клетках асцитной карциномы Krebs-II мыши.

Для достижения поставленной цели требовалось решить следующие задачи:

1. Разработать метод разделения пулов 26S- и 208-протеасом для их сравнительного анализа в различных органах.

2. Изучить активность химотрипсинподобных центров и относительное количество протеасом в пулах 26S и 20S в селезенке и печени крысы в постнатальном развитии.

3. Исследовать динамику появления иммунных субъединиц LMP7 и LMP2 в пулах 26S- и 208-протеасом в селезенке и печени крысы.

4. Изучить динамику формирования периартериальных лимфоидных оболочек (муфт) белой пульпы селезенки крысы.

5. Сравнить активность, состав и относительное количество протеасом в пулах 26S и 20S в клетках асцитной карциномы Krebs-II мыши с таковыми в клетках легких здоровых животных.

Научная новизна.

В работе впервые продемонстрирована возможность аналитического изучения нативных пулов 26S- и 208-протеасом в различных органах млекопитающих, проведено детальное исследование этих пулов в первые три недели постнатального развития в печени и селезенке крысы и прослежена динамика формирования в этих органах иммунных протеасом, выявлены особенности пула 26S-npoTeacoM в опухоли.

Научная и практическая значимость работы.

Полученные результаты свидетельствуют о появлении иммунных протеасом в лимфоидных (селезенке) и нелимфоидных органах (печени) в разные сроки в течение нескольких недель после рождения и отвечают на существующий до сих пор вопрос иммунологов, почему в эмбриональном и раннем постнатальном развитии млекопитающих при наличии Т- и В-лимфоцитов нет полноценного иммунного ответа. Не менее важным в понимании развития иммунной системы млекопитающих является и установленный нами факт, что формирование четких периартериальных лимфоидных оболочек белой пульпы селезенки совпадает в сроках постнатального развития с появлением иммунных протеасом в печени. Он позволяет понять механизм складывающихся в организме взаимоотношений лимфоидных и находящихся под их защитой нелимфоидных органов. Полученные результаты раскрывают новые перспективы в изучении развития иммунной системы в онтогенезе млекопитающих, которое следует рассматривать не только как созревание и миграцию клеток иммунной системы, но и как образование иммунных протеасом во всем организме.

Проведенная нами работа по изучению особенностей пулов 26S- и 20S-npoTeacoM в клетках асцитной карциномы Krebs-II мыши дала результаты, которые представляют ценность для фундаментальной науки и со временем могут найти применение в практической медицине.

Работа полностью выполнена в Институте биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН и поддержена Российским фондом фундаментальных исследований (гранты № № 03-04-49127, 06-04-48229).

Публикация результатов исследования и апробация работы.

Материалы диссертации апробированы на коллоквиумах лаборатории биохимии Института биологии развития им. Н.К.Кольцова РАН; Школе для молодых ученых, Научная биологическая станция Института биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН «Кропотово», июнь 2005 г.; 15-ом Международном конгрессе биологов развития, Австралия, сентябрь 2005 г.; конференции «Молекулярные механизмы процессов онтогенеза: эмбриогенез, геномы, эволюция», Москва, май 2006 г.; VI симпозиуме «Химия протеолитических ферментов», Москва, апрель 2007 г.

По материалам диссертации опубликовано четыре статьи и двое тезисов, одна статья и одни тезисы находятся в печати.

Заключение диссертации по теме «Биология развития, эмбриология», Астахова, Татьяна Михайловна

выводы

1. Разработан метод разделения пулов 26S- и 208-протеасом для их сравнительного анализа в различных органах. Метод включает в себя фракционирование белков осветленных гомогенатов органов сульфатом аммония и позволяет сохранить оба пула в нативном состоянии.

2. В первые три недели постнатального развития в селезенке и печени крысы дважды происходит смена пулов 26S- и 208-протеасом. При этом качественно новые пулы протеасом, содержащие иммунные субъединицы, в селезенке формируются раньше, чем в печени.

3. Образование четко выраженных муфт белой пульпы селезенки крысы к 15-18 сут постнатального развития совпадает по времени с появлением иммунных протеасом в печени.

4. Пул 268-протеасом в клетках асцитной карциномы Krebs-II мыши превышает таковой в контрольных клетках легких вдвое; активность химотрипсинподобных центров протеасом этого пула в 7 раз выше, чем в клетках легких.

5. Уровень иммунной субъединицы LMP7 в пуле 268-протеасом в клетках асцитной карциномы Krebs-II мыши в 12 раз ниже в сравнении с таковым в клетках легких. Иммунная субъединица LMP2 в этом пуле не выявляется в отличие от пула 268-протеасом клеток легких.

6. 208-протеасомы клеток асцитной карциномы Krebs-II мыши не отличаются от 208-протеасом клеток легких по активности, количеству и субъединичному составу.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Результаты данного исследования являются оригинальными, вносят значимый вклад в биологию развития и открывают перспективы в изучении физиологической роли протеасом.

Установленные нами факты о 1) формировании иммунных протеасом в селезенке и печени в разные сроки постнатального развития и 2) образовании четких периартериальных лимфоидных оболочек белой пульпы селезенки одновременно с появлением иммунных протеасом в печени являются важными в понимании развития иммунной системы млекопитающих. Они позволяют понять механизм складывающихся в организме взаимоотношений лимфоидных и находящихся под их защитой нелимфоидных органов. В этой связи начатая нами работа определяет необходимость дальнейших исследований динамики появления иммунных протеасом в других лимфоидных и нелимфоидных органах, а также распределения иммунных протеасом в различных клетках этих органов.

В огромном количестве публикаций, вышедших за последнее время, нет ни одной работы, в которой было бы проведено детальное исследование пула протеасом в злокачественно трансформированных клетках. Актуальность таких работ очевидна, хотя бы потому, что до сих пор не совсем понятен механизм, с помощью которого злокачественно трансформированные клетки «обманывают» иммунную систему. Одна из особенностей асцитной карциномы Krebs-II мыши - исключение иммунных протеасом из клеточного пула - позволяет клеткам опухоли «уйти» из-под иммунного надзора. Является ли исключение иммунных протеасом общим для всех или большинства злокачественно трансформированных клеток свойством? Ответ на этот вопрос мы надеемся получить в дальнейших исследованиях. Очень важно, на наш взгляд, изучение механизмов регуляции экспрессии иммунных субъединиц протеасом. Эти знания могут помочь найти пути восстановления их уровня, необходимого и достаточного для распознавания злокачественных клеток иммунной системой.

Данная работа полностью выполнена в лаборатории биохимии Института биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН. Выражаю благодарность своим учителям академику Збарскому И.Б., ст.н.сотр. Бульдяевой Т.В., в.н.сотр. Кузьминой С.Н., с которыми связаны первые шаги в науке и большая интересная работа и жизнь в лаборатории. Научному руководителю Шаровой Н.П. за постоянную помощь в проведении экспериментов, обсуждении результатов, за терпение и душевную щедрость. Коллегам Михайлову B.C., Пескину А.В., Абрамовой Е.Б., Акопову С.Б., Столярову С.Д., Дмитриевой С.Б., Гореловой B.C., Ерохову П.А., Бондаревой JI.A. за участие в проведении экспериментов, помощь в оформлении иллюстративного материала и моральную поддержку. А также всем сотрудникам Института, выразившим интерес к работе. Своей семье, отнесшейся ко мне с большим вниманием в период оформления работы.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Астахова, Татьяна Михайловна, 2007 год

1. Абрамова Е.Б., Шарова Н.П., Карпов B.JI. Протеасома: разрушать, чтобы жить // Мол. биология. 2002. -Т. 36. -№ 5. -С.761-776.

2. Галактионов В.Г. Иммунология // М., Издательский центр «Академия». 2004. -523 с.

3. Малашхия Ю.А. Иммунный барьер мозга // М., Медицина. 1986. -160 с.

4. Малашхия Ю.А., Манько В.М., Гургенидзе Г.В. Иммунокомпетентные клетки спинномозговой жидкости человека в норме и при заболеваниях нервной системы // Тбилиси, Сакартвело. 1990. -192 с.

5. Немова Н.Н., Бондарева JI.A. Протеолитические ферменты // Петрозаводск, Карельский научный центр РАН. 2005. -92 с.

6. Ротанова Т.В., Абрамова Е.Б., Шарова Н.П. От парадокса к Нобелевской премии // Биол. Мембраны. 2005. -Т. 22. -№ 2. -С. 146-151.

7. Старкова Н.Н., Королева Е.П., Ротанова Т.В. Внутриклеточный протеолиз. Сигналы селективной деградации белков // Биоорг. химия. 2000. -Т.26. -№ 2. -С.83-96.

8. Шарова Н.П. Иммунные протеасомы и иммунитет // Онтогенез. 2006. -Т. 37. -№ 3. -С. 171-178.

9. Ярилин А.А. Основы иммунологии // М., Медицина. -1999. -607 с.

10. Arendt C.S., Hochstrasser М. Identification of the yeast 20S proteasome catalytic centers and subunit interactions required for active-site formation // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. -V. 94. -P. 7156-7161.

11. Bachmair A., Finley D., Varshavsky A. In vivo half-life of a protein is a function of its amino terminal residue // Science. 1986. -V.234. -P. 179-186.

12. Bachmair A., Varshavsky A. The degradation signal in a short-lived protein // Cell. 1989. V. 56. -No. 6 -P. 1019-1032.

13. Bai C., Richman R., Elledge S.J. Human cyclin F // EMBO J. 1994. -V. 13. -No. 24. -P. 6087-98.

14. Bardag-Gorce F., Farout L., Veyrat-Durebex C., Briand Y., Briand M. Changes in 20S proteasome activity during ageing of the LOU rat // Mol. Biol. Rep.1999. -V.26. -No. 1-2. -P. 89-93.

15. Bashir Т., Pagano M. Control of the cell cycle by the ubiquitin-proteasome pathway and its deregulation in cancer // AACR Ed. Book. 2005. -V. 11. -P. 5759.

16. Baumeister W., Walz J., Zuhl F., Seemuller E. The proteasome: paradigm of a self-compartmentalizing protease // Cell. 1998. -V. 92. -P. 367-380.

17. Bochtler M., Ditzel L., Groll M., Hartmann C., Huber H. The proteasome // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999. -V. 28. -P.295-317.

18. Brooks P., Fuertes G., Murray R.Z., Bose S., Knecht E., Rechsteiner M.C., Hendil K.B., Tanaka K., Dyson J., Rivett A.J. Subcellular localization of proteasomes and their regulatory complexes in mammalian cells // Biochem. J.2000.-V. 346.-P. 155-161.

19. Burnet F.M. Immunological surveilant // N.Y., Acad. Press. 1971. 195 p.

20. Cascio P., Call M., Petre B.M., Walz Т., Goldberg A.L. Properties of the hybrid form of the 26S proteasome containing both 19S and PA28 complexes // EMBO J. 2002. -V. 21. -No 11. -P. 2636-2645.

21. Cascio P., Hilton C., Kisselev A.F., Rock K.L., Goldberg A.L. 26S proteasomes and immunoproteasomes produce mainly N-extended versions of an antigenic peptide // EMBO J. 2001. -V. 20. -P. 2357-2366.

22. Chau V., Tobias J.W., Bachmair A., Marriott D., Ecker D.J., Gonda D.K., Varshavsky A. A multiubiquitin chain is confined to specific lysine in a targeted short-lived protein // Science. 1989. -V. 243. -No. 4898. -P. 1576-1583.

23. Chen Q., Thorpe J., Dohmen J.R., Li F., Keller J.N. Umpl extends yeast lifespan and enhances viability during oxidative stress: central role for the proteasome? Free Radic. Biol. Med. 2006. -V. 40. -P. 120-126.

24. Ciechanover A. The ubiquitin-proteasome pathway: on protein death and cell life//EMBO J. 1998.-V. 17.-No. 24.-P. 7151-7160.

25. Ciechanover A., Schwartz A. The ubiquitin-proteasome pathway: The complexity and myriad functions of protein death // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998.-V. 95.-P. 2727-2730.

26. Coux О., Tanaka K., Goldberg A.L. Structure and functions of the 20S and 26S proteasomes // Annu. Rev. Biochem. 1996. -V. 65. -P. 801-847.

27. Dahlmann B. Proteasomes // Essays Biochem. 2005. -V. 41. -P. 31-48.

28. Dahlmann В., Becher В., Sobek A., Ehlers C., Kopp F., Kuehn L. In vitro activation of the 20S proteasome // Enzyme Protein. 1993. -V. 47. -P. 274-284.

29. Dahlmann В., Ruppert Т., Kloetzel P.-M., Kuehn L. Subtype of 20S proteasomes skeletal muscle // Biochimie. 2001. -V. 83. -P. 295-299.

30. Dahlmann В., Ruppert Т., Kuehn L., Merforth S., Kloetzel P.-M. Different proteasome subtypes in a single tissue exhibit different enzymatic properties // J. Mol. Biol. 2000. -V. 303. -P. 643-653.

31. Davies K.J., Shringarpure R. Preferential degradation of oxidized proteins by the 20S proteasome may be inhibited in aging and in inflammatory neuromuscular diseases //Neurology. 2006. -V. 66. -P. S93-S96.

32. Delp К., Momburg F., Hilmes C., Huber C., Seliger B. Functional deficiencies of components of the MHC class I antigen pathway in human tumors of epithelial origin // Bone Marrow Transplant. 2000. -V.2. -P.S88-S95.

33. Deshaies R.J. Make it or break it: the role of ubiquitin-dependent proteolysis in cellular regulation // Trends Cell Biol. 1995. -V. 5. -P.428-434.

34. Divald A., Powell S.R. Proteasome mediates removal of proteins oxidized during myocardial ischemia // Free Radic. Biol. Med. 2006. -V. 40.-P. 156-164.

35. Eleuteri A.M., Angeletti M., Lupidi G., Tacconi R., Bini L., Fioretti E. Isolation and characterization of bovine thymus multicatalytic proteinase complex // Protein Expr Purif. 2000. -V. 18. -No. 2. -P. 160-168.

36. Eytan E., Ganoth D., Armon Т., Hershko A. ATP-dependent incorporation of 20S protease into the 26S complex that degrades proteins conjugated to ubiquitin // Proc Natl Acad Sci USA. 1989. -V.86. -P.7751-7755.

37. Farout L., Lamare M.Ch., Cardozo Ch., Harrisson M., Briand Y., Briand M. Distribution of proteasomes and of the five proteolytic activities in rat tissues // Arch. Bioch. Biophys. 2000. -V.374. -No. 2. -P. 207-212.

38. Ferrell K., Wilkinson C.R.M., Dubiel W., Gordon C. Regulatory subunit interactions of the 26S proteasome, a complex problem // Trends Cell Biol. 2000. -V. 25. P. 83-88.

39. Folco E.J., Koren G. Degradation of the inducible cAMP early receptor (ICER) by the ubiquitin-proteasome pathway // Biochem. J. 1997. -V. 328. -P. 37-43.

40. Funabiki H., Yamano H., Nagao K., Tanaka H., Yasuda H., Hunt Т., Yanagida M. Fission yeast Cut2 required for anaphase has two destruction boxes // EMBO J. 1997.-V. 16.-No. 19. -P.5977-87.

41. Gallant P., Nigg E.A. Cyclin B2 undergoes cell cycle-dependent nuclear translocation and, when expressed as a non-destructible mutant, causes mitotic arrest in HeLa cells // J. Cell Biol. 1992. -V. 117. -No. 1. -P. 213-224.

42. Ganoth D., Leshinsky E., Eytan E., Hershko A. A multicomponent system that degrades proteins conjugated to ubiquitin. Resolution of factors and evidence for ATP-dependent complex formation // J.Biol. Chem. 1988. -V. 263. No. 25. -P. 12412-12419.

43. Glickman M.H., Rubin D.M., Fu H., Larsen C.N., Coux O. et al. Functional analysis of the proteasome regulatory particle // Mol. Biol. Rep. 1999. -V. 26. -P. 21-28.

44. Glotzer M., Murray A.W., Kirschner M.W. Cyclin is degraded by the ubiquitin pathway//Nature. 1991. -V. 349. -No. 6305. -P.132-138.

45. Goldberg A.L. Functions of the proteasome: from protein degradation and immune surveillance to cancer therapy // Biochem. Soc. Trans. 2007. -V.35. -P.12-17.

46. Griffin T.A., Nandi D., Cruz M., Fehling H.J., Van Kaer L., Monaco J.J., Colbert R.A. Immunoproteasome assembly: cooperative incorporation of interferon у (IFN-y)-inducible subunits // J.Exp.Med. 1998. -V. 187. -P. 97-104.

47. Grillari J., Katinger H., Voglauer R. Aging and the ubiquitinome: Traditional and non-traditional functions of ubiquitin in aging cells and tissues // Exp. Gerontol. 2006. -V. 41. -No. 11. -P. 1067-1079.

48. Groettrup M., Standera S., Stohwasser R., Kloetzel P.M. The subunits MECL-1 and LMP2 are mutually required for incorporation into the 20S proteasome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. -V. 94. -P. 8970-8975.

49. Groll M., Bajorek M., Kohler A., Moroder L., Rubin D.M., Huber R., Glickman M.H., Finley D. A gated channel into the proteasome core particle // Nat. Struct. Biol. 2000. -V. 7. -No 11. -P. 1062-1067.

50. Groll M., Ditzel L., Lowe J., Stock D., Bochtler M., Bartunik H.D., Huber R. Structure of 20S proteasome from yeast at 2.4 A resolution // Nature. 1997. -V. 386.-No. 6624. -P.463-471.

51. Grune Т. Oxidative stress, aging and the proteasomal system // Biogerontology. 2000.-V.L-No. 1.-P. 31-40.

52. Grune Т., Reinheckel Т., Davies K.J.A. Degradation of oxidized proteins in K562 human hematopoietic cells by proteasome // J. Biol. Chem. 1996. -V. 271. -No. 26.-P. 15504-15509.

53. Hayashi Т., Goto S. Age-related changes in the 20S and 26S proteasome activities in the liver of male F344 rats // Mech. Ageing Dev. 1998. V.102. -No. l.-P. 55-66.

54. Hershko A., Ciechanover A. The ubiquitin system // Annu Rev. Biochem. 1998. -V. 67. -P. 425-479.

55. Hershko A., Ciechanover A., Rose I.A. Identification of the active amino acid residue of the polypeptide of ATP-dependent protein breakdown // J. Biol. Chem. 1981. -. 256. -No. 4. -P. 1525-1528.

56. Janeway D.A., Travers P. Immunobiology. The immune system in health and disease // L. et al: Cur. Biol. Ltd: Garland Publ. Inc. 1994. -G: 19 p.

57. Johnsen A., France J., Sy M.-S., Harding C.V. Down-regulation of the transporter for antigen presentation, proteasome subunits, and class I major Histocompatibility complex in tumor cell lines // Cancer Research. 1998. -V.58. -No. 16. -P. 3660-3667.

58. King R.W., Deshaies R.J., Peters J.-M., Kirschner M.W. How proteolysis drives the cell cycle // Science. 1996. -V. 274. -P. 1652-1659.

59. Kisselev A.f., Akopian T.N., Goldberg A.L. Range of size of peptide products generated during degradation of different proteins by Archaeal proteasomes // J. Biol. Chem. 1998. -V. 273. -No. 4. -P. 1982-1989.

60. Kisselev A.F., Goldberg A.L. Proteasome inhibitors: from research tools to drug candidates // Chem. Biol. 2001. -V. 8. -P. 739-758.

61. Kisselev A.F., Songyang Z., Goldberg A.L. Why does threonine, and not serine, function as the active site nucleophile in proteasomes? // J. Biol. Chem. 2000. -V. 275. -No. 20. -P. 14831-14837.

62. Klein U., Gernold M., Kloetzel P.-M. Cell-specific accumulation of Drosophila proteasomes (MCP) during early development // J. Cell. Biol. 1990. -V. 111.-No. 6.-P. 2275-2282.

63. Kohler A., Bajorek M., Groll M., Moroder L., Rubin D.M., Huber R., Glickman M.N., Finley D. The substrate translocation channel of the proteasome // Biochimie. 2001. -V.83. -P. 325-332.

64. Kohler A., Cascio P., Leggett D.S., Woo K.M., Goldberg A.L., Finley D. The axial channel of the proteasome core particle is gated by the Rpt2 ATPase and controls both substrate entry and product release // Mol. Cell. 2001. -V. 7. -P.l 143-1152.

65. Kornitzer D., Raboy В., Kulka R.G., Fink G.R. Regulated degradation of the transcription factor Gcn4 // EMBO J. 1994. -V.13. -P. 6021-6030.

66. Mannhaupt G., Schnall R., Karpov V., Vetter I., Feldmann H. Rpn4p acts as a transcription factor by binding to PACE, a monamer box found upstream of 26S proteasomal and other genes in yeast // FEBS Letters. 1999. -V. 450. -P. 27-34.

67. Mason G.G., Hendil K.B., Rivett AJ. Phosphorylation of proteasomes in mammalian cells. Identification of two phosphorylated subunits and the effect of phosphorylation on activity // Eur. J. Biochem. 1996. -V. 238. -P. 453-462.

68. Mason G.G., Murray R.Z., Pappin D., Rivett A.J. Phosphorylation of ATPase subunits of the 26S proteasome // FEBS Letters. 1998. -V.430. -P. 269-274.

69. Murakami Y., Matsufuji S., Kameji Т., Hayashi S., Igarashi K., Tamura Т., Tanaka K., Ichihara A. Ornithine decarboxylase is degraded by the 26S proteasome without ubiquitination // Nature. 1992. -V. 360. -P.597-599.

70. Nabhan J.F., Ribeiro P. The 19S proteasomal subunit POH1 contributes to the regulation of c-Jun ubiquitination, stability, and subcellular localization // J. Biol. Chem. 2006. -V. 281. -No. 23. -P. 16099-16107.

71. Nakagawa K., Yokosawa H. Degradation of transcription factor IRF-1 by the ubiquitin-proteasome pathway. The C-terminal region governs the protein stability // Eur. J. Biochem. 2000. -V.267. -P. 1680-1686.

72. Nil A., Firat E., Sobek V., Eichmann K., Niedermann G. Expression of housekeeping and immunoproteasome subunit genes is differentially regulated in positively and negatively selecting thymic stroma subsets // Eur. J. Immunol. 2004.-V. 34.-P. 2681-2689.

73. Ni-NTA Spin Handbook. Qiagen. 1998. No. 3.

74. Noda C., Tanahashi N., Shimbara N., Hendil K.B., Tanaka K. Tissue distribution of constitutive proteasomes, immunoproteasomes, and PA28 in rats // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000. -V. 277. -P. 348-354.

75. Orlowski M. The multicatalytic proteinase complex, a major extralysosomal proteolytic system //Biochemistry. 1990. -V. 29. -P. 10289-10297.

76. Pal J.K., Martins de Sa C., Scherrer K. Differential synthesis and cytolocalization of prosomes in chick embryos during development // Int. J. Dev. Biol. 1994. -V. 38. -No. 3. -P. 525-534.

77. Peters J.M., Franke W.W., Kleinschmidt J.A. Distinct 19S and 20S subcomplexes of the 26S proteasome and their distribution in the nucleus and the cytoplasm //J. Biol. Chem. 1994. -V.269. -No. 10. -P.7709-7718.

78. Pickart C.M. Targeting of substrates to the 26S proteasome // FASEB J. 1997. -V. 11.-P. 1055-1066.

79. Ravi R., Mookerjee В., Bhujwalla Z.M., Sutter C.H., Artemov D., Zeng Q., Dillehay L.E., Madan A., Semenza G.L., Bedi A. Regulation of tumor angiogenesis by p53-induced degradation of hypoxia-inducible factor la // Genes Devel. 2000. -V.14. -P. 34-44.

80. Rechsteiner M., Hill C.P. Mobilizing the proteolytic machine: cell biological roles of proteasome activators and inhibitors // Trends Cell Biology. 2005. -V. 15.-No. l.-P. 27-33.

81. Rechsteiner M., Rogers S.W. PEST sequences and regulation by proteolysis // Trends Biochem Sci. 1996. -V. 21. -No. 7. -P. 267-271.

82. Rock K.L., Goldberg A.L. Degradation of cell proteins and the generation of MHC class I-presented peptides // Annu. Rev. Immunol. 1999. -V. 17. -P. 739779.

83. Rogers S., Wells R., Rechsteiner M. Amino acid sequences common to rapidly degraded proteins: the PEST hypothesis // Science. 1986. -V. 234. -No. 4774. -P. 364-368.

84. Rubin D.M., Finley D. Proteolysis. The proteasome: a protein-degrading organelle? // Curr. Biol. 1995. -V. 5. -No. 8. -P. 854-858.

85. Satoh K., Sasajima H., Nyoumura K., Yokosawa H., Sawada H. Assembly of the 26S proteasome is regulated by phosphorylation of the p45/Rpt6 ATPase subunit//Biochemistry. 2001. -V. 40. -P.314-319.

86. Schmidtke G., Schmidt M., Kloetzel P.M. Maturation of mammalian 20S proteasome: purification and characterization of 13S and 16S proteasome precursor complexes // J. Mol. Biol. 1997. -V. 268. -P. 95-106.

87. Schwartz A.L., Ciechanover A. The ubiquitin-proteasome pathway and pathogenesis of human diseases // Annu. Rev. Med. // 1999. -V.50. -P. 57-74.

88. Seliger В., Wollscheid U., Momburg F., Blankenstein Т., Huber C. Coordinate downregulation of multiple MHC class I antigen processing genes in chemical-induced murine tumor cell lines of distinct origin // Tissue Antigens. 2000. -V. 56. -P. 327-336.

89. Shibatani Т., Nazir M., Ward W.F. Alteration of rat liver 20S proteasome activities by age and food restriction // J. Gerontol. A. Biol. Sci. Med. Sci. 1996. -V. 51. -No. 5. -P. B316-B322.

90. Shimbara N., Nakajima H., Tanahashi N., Ogawa K., Niwa S., Uenaka A., Nakayama E., Tanaka K. Double-cleavage production of the CTL epitope by proteasomes and PA28: role of the flanking region // Genes Cells. 1997. -V.2. -No. 12.-P. 785-800.

91. Singh V., Agrewala J.N. Regulatory role of pro-Thl and pro-Th2 cytokines in modulating the activity of Thl and Th2 cells when В cell and macrophages are used as antigen presenting cells // BMC Immunol. 2006. -Vol.7 -P. 17-26.

92. Staub O., Gautschi I., Ishikawa Y., Breitschopf K., Ciechanover A., Schild L., Rotin D. Regulation of stability and function of the epithelial Na+ channel (ENaC) by ubiquitination // EMBO J. 1997. -V. 16. -P. 6325-6336.

93. Strehl В., Seifert U., Kruger E., Heink S., Kuckelkorn U., Kloetzel P.M. Interferon-y, the functional plasticity of the ubiquitin-proteasome system and MHC class I antigen processing // Immunol. Rev. 2005. -V. 207. -P. 19-30.

94. Tanahashi N., Murakami Y., Minami Y., Shimbara N., Hendil K.B., Tanaka K. Hybrid Proteasomes // J. Biol. Chem. 2000. -V. 275. -P. 14336-14345.

95. Tanaka K. Molecular biology of the proteasome // Biochem Biophys Res Commun. 1998. -V. 247. -No. 3. -P. 537-541.

96. Tewari M.K., Sinnathamby G., Rajagopal D., Eisenlohr L.C. A cytosolic pathway for MHC class II-restricted antigen processing that is proteasome and

97. TAP dependent 11 Nat. Immunol. 2005 -V. 6. -No. 3. -P. 287-294.

98. Toes R.E.M., Nussbuam A.K., Degermann S. et. al. Discrete cleavage motifs of constitutive and immunoproteasomes revealed by quantitative analysis of cleavage products // J. Exp. Med. 2001. -V. 194. -P. 1-12.

99. Tokumoto Т., Tokumoto M., Seto K., Horiguchi R., Nagahama Y., Yamada S., Ishikawa K., Lohka M.J. Disappearance of a novel protein component of the 26S proteasome during Xenopus oocyte maturation // Exp. Cell Res. 1999. -V. 247.-No. 2. —P.313-319.

100. Tyers M., Tokiwa G., Nash R., Futcher B. The Cln3-Cdc28 kinase complex of S. cerevisiae is regulated by proteolysis and phosphorylation // EMBO J. 1992. -V. 11.-No. 5.-P. 1773-1784.

101. Van Rees E.P., Dijkstra C.D., Sminia T. Ontogeny of the rat immune system: an immunohistochemical approach // DeveI.Comp.Immunol.1990. -V. 14.-P. 9-18.

102. Varshavsky A. The N-end rule // Cell. 1992. -V.69. -No. 5. -P. 725-735. Varshavsky A. The ubiquitin system // Trends Biochem. Sci. 1997. -V. 22. -No. 10.-P. 383-387.

103. Voges D., Zwickl P., Baumeister W. The 26S proteasome: a molecular machine designed for controlled proteolysis // Annu. Rev. Biochem. 1999. -V. 68. -P. 1015-1068.

104. Wilk S., Orlowski M. Evidence that pituitary cation-sensitive neutral endopeptidase is a multicatalytic protease complex // J. Neurochem. 1983. -V. 40. -P. 842-849.

105. Yang Y., Fruh K., Ahn K., Peterson P.A. In vivo assembly of the proteasomal complexes, implications for antigen processing // J. Biol. Chem. 1995. -V. 270. -P. 27687-27694.

106. Yerlikaya A. Cellular functions of the 26S proteasome // Turk. J. Biol. 2004. -V. 28.-P. 31-38.

107. Yew P.R. Ubiquitin-mediated proteolysis of vertebrate Gl- and S-phase regulators //J. Cell. Physiol. 2001. -V. 187. -P. 1-10.

108. Zbarsky I.B., Kuzmina S.N., Buldyaeva T.V., Bazarnova (Astakhova) T.M. High molecular weight proteins of the tumor cell nuclear matrix // In: «Nuclear structure and function». Plenum Press. 1990. -P. 355-359.