Исследование механизмов проникновения вируса венесуэльского энцефаломиелита лошадей в клетку в реальном времени тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат биологических наук Колокольцов, Андрей Алексеевич

• Колокольцов, Андрей Алексеевич
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Колокольцов, Андрей Алексеевич

Введение.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Эндоцитоз в клетках млекопитающих.

1.1.1. Фагоцитоз.

1.1.2. Клатрин-зависимый эндоцитоз.

1.1.2.1. Основные белки, участвующие в формировании клатриновой почки.

1.1.2.2. Рекрутирование мембранных белков в клатрин покрытые районы.

1.1.2.3. Отщепление клатрин покрытых пузырьков.

1.1.2.4. Слияние и сортировка рецепторов в ранних эндосомах.

1.1.3. Клатрин-нсзависимый эндоцитоз

1.1.3.1. Липидные рафты.

1.1.3.2. Кавеола.

1.1.3.3. Функции кавеолина-1.

1.1.3.4. Кавеосомы.

1.1.4. Rab ГТФ-азы - регуляторы мембранного транспорта.

1.1.4.1 ГТФ-азный цикл Rab белков.

1.1.4.2. Эндосомальные Rab белки.

1. 1.4.2.1. Rab5 - регулятор слияния эндосом.

1.1.4.2.2. Rab7 и Rab9 в регуляции поздних эндосом.

1.2. Проникновение вирусов в клетки.

1.2.1. Клеточная мембрана и вирусные рецепторы.

1.2.2 Клатрин-зависимый путь проникновения вирусов в клетку.

1.2.3. Кавеола/рафт-зависимое проникновение вирусов.

1.2.4. Макропиноцитоз.

1.3. Вирус венесуэльского энцефаломиелита лошадей.

1.3.1. Классификация ВЭЛ.

1.3.2. Структура вируса ВВЭЛ и его проникновение в клетку.

1.3.3. Выход Альфавирусов из клетки.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование механизмов проникновения вируса венесуэльского энцефаломиелита лошадей в клетку в реальном времени»

Борьба с вирусными инфекциями является одной из серьезных проблем современной биологии и медицины. В настоящее время в получении противовирусных препаратов задействованы огромные человеческие ресурсы. Каждый год расширяется список используемых препаратов и способов их действия. Результатом более детального изучения и понимания вирусов и факторов, необходимых для их распространения, явилось добавление к препаратам широкого действия, таким как, например, интерферон, все более и более специфичных препаратов, направленных против конкретного вируса и против конкретного процесса. Например, для лечения ВИЧ используются как специфичные ингибиторы обратной транскриптазы и протеазы, так и ингибиторы проникновения вируса в клетку (Reeves and Pietcr, 2005). Успех лечения во многом определяется нашими знаниями природы вируса, включая особенности геномной организации, биохимического аппарата, а также способа проникновения вируса в клетку хозяина. Последнее гораздо хуже изучено из-за отсутствия количественных методов определения проникновения вируса в реальном времени.

Детальное исследование процессов проникновения вирусов в клетки и выявление факторов, необходимых для этого, имеет огромное значение не только для понимания природы вируса, по и для разработки новых противовирусных препаратов и диагностических методов. К сожалению, существующие методы определения проникновения вирусов имеют множество ограничений и не всегда применимы. Методы, основанные на измерении высвобождения содержимого вируса в клетку, обладают наибольшим потенциалом. Для ретровирусов распространенный метод основывается на факте, что синтез вирусной кДНК ограничен доступом к дезоксирибоиуклсотидам. После проникновения вируса и разборки капсида, вирусная полимераза может получит!, доступ к dNTPs, тогда синтез будет продолжен. Транскрипты могут быть детектированы с помощью ПЦР, обычно через 4 часа после контакта вируса с клеткой (Mothes el al., 2000а). Но этот метод не дает ответа на вопрос, в какое время происходит открытие генома и собственно контакт полимеразы с dNTP. Другой метод основан на присоединении фермента fJ-лактомазы к VPR белку вируса иммунодефицита человека (Cavrois et al., 2002), который пакуется в ВИЧ частицы во время сборки вируса. Это обеспечивает попадание фермента во внутрь частицы, который высвобождается в клетку после слияния вируса. По на практике этот метод не обладал достаточной чувствительностью, так как для получения адекватного количества продукта ферментативной реакции требовалось до 12 часов. Для уменьшения времени необходимо от 10 до 100 инфекционных частиц на клетку, что не является физиологичным. Таким образом. задача количественною определения вирусных частиц в клетке-хозяине после инфицирования остается нерешенной.

Вирус венесуэльского энцефаломиелита лошадей (ВВЭЛ) входит в состав семейства Тогавирусов, рода альфавирусов и имеет структуру и геномную организацию сходную с другими альфавирусами, включая Sindbis, Ross River, Eastern Equine Encephalitis и Semliki Forest (Paredes et al., 2001; Paredes et al., 2005). Наши знания об альфавирусах получены в основном при исследованиях Semliki Forest и Sindbis вирусов, в то время как мало известно о высоко вирулентном ВВЭЛ, особенно о его проникновении в клетку. Гак как существует много примеров, когда родственные вирусы используют разные нуги проникновения, (так. пикорновирусы используют как клатрин-зависимый эндоцитоз, так и кавсола). то необходимо определить, какой из этих механизмов работает у альфавирусов. К тому же было предположено, что аминокислотные различия в оболочечиых белках ВВЭЛ и SFV определяют зависимость слияния от содержания холестерина в мембране, но это никогда не было проверено на клетках млекопитающих. Для оболочечных вирусов, оболочечные белки вируса связываются со специфичными клеточными рецепторами и определяют клеточный тропизм и путь проникновения в клетки. В настоящее время общепринято, что псевдотипы используют механизм проникновения и путь донора оболочечиых белков, но не реплицируются, что позволяет изучать проникновение в клетки опасных вирусов в лабораториях с низким уровнем защиты. Использование хорошо изученных псевдотипов VSV (pH-зависимый вирус, использует клатрин-зависимый эндоцитоз) и MLV (pFI-независимый вирус, не нуждается в эндоцитозе и сливается с плазматической мембраной), позволяет оптимизировать метод измерения проникновения вируса и проверить метод на пригодность и чувствительность.

Целыо настоящей работы было изучение условий проникновения вируса ВЭЛ в клетки 293 НЕК человека.

Для достижения цели решались следующие задачи:

1. Подобрать способ включения в вирусную частицу люциферазы, как наиболее подходящего фермента для определения слияния вируса.

2. Проверить разработанный метод па псевдотипах VSV и MLV.

3. Получить нсевдотип ВВЭЛ и проверить его функциональность.

4. Адаптировать разработанный метод к ВВЭЛ псевдотипу.

5. На основании анализа люциферазной активности определить значение мембранного холестерина и ранних и поздних эндосом при проникновении ВВЭЛ в клетки.

Научная новизна работы

В работе впервые разработан метод специфичного включения фермента люциферазы в вирусную частицу. Было показано, что модифицированный вирус функционален, а люцифераза находится внутри вируса и защищена от контакта с субстратом вирусной мембраной, поэтому фермент может получить доступ к субстрату только после слияния вируса с клеткой.

Впервые разработан метод наблюдения проникновения вируса в клетку в реальном времени. Показано, что связывание вируса является рецептор специфичным, так как положительный сигнал был получен только на клетках, экспрессирующих рецептор. Использование ингибиторов эндосомального закисления доказало пригодность разработанного метода для изучения эффекта ингибиторов на проникновение вирусов, причем эффект специфичен для каждого псевдотипа тестируемого вируса и зависит от используемого оболочечного белка.

Впервые получен ВВЭЛ исевдотип, обладающий высоким титром и несущий на своей поверхности нативпые оболочечные белки ВВЭЛ. Таким образом, псевдотип повторяет путь проникновения вируса дикого типа, что позволяет использовать его для определения факторов, необходимых для проникновения в клетки ВВЭЛ дикого типа. В результате данного исследования показана необходимость наличия функциональных поздних эндосом для эффективного проникновения ВВЭЛ в клетки, а также независимость проникновения ВВЭЛ от мембранного холестерина.

Научно-практическая значимость

Результаты, полученные при изучении способов проникновения вируса ВЭЛ в клетку хозяина, имеют существенное значение для фундаментальной науки. Исследование механизмов транспорта вирусных частиц через клеточную мембрану важно для современной биохимии, изучающей мембранный транспорт. Эта проблема позволяет также подойти к пониманию механизмов инфицирования, что важно для изучения природы самого вируса и вирусного патогенеза. Так. необходимость в функциональных поздних эндоеомах говорит о том, что для слияния вирусу нужен более низкий рН, либо ему необходимы дополнительные, неизвестные факторы, которые присутствуют в поздних эидосомах, такие, как протеазы, корецепторы, или изменение плотности рецептора. Показана независимость проникновения вируса ВЭЛ в клетки от мембраного холестерина, что говорит о наличии принципиальной разницы между такими близкородствспыми вирусами, как ВВЭЛ и БРУ.

Работа имеет также практическое значение, так как разработанный метод определения проникновения вируса в клетки в реальном времени позволяет определить точную кинетику этого процесса и ее изменение под действием различных факторов. Проведение измерений в реальном времени дает возможность выполнения эксперимента в присутствии токсичных ингибиторов на протяжении всего эксперимента. Разработанный метод позволяет также однозначно ответить на вопрос об эффекте ингибиторов на проникновение вируса в клетку. Это его выгодно отличает от классических экспериментов с инфицированием, где ингибитор добавляется в течение определенного времени, после чего удаляется, и вирус может проникать в клетку с задержкой, которой не будет видно на фойе продолжительной инфекции, что может быть причиной ложно негативного результата. Данный метод отражает специфические условия проникновения псевдотипированного вируса в зависимости от используемого оболочечного белка, что позволяет определять ключевые клеточные факторы, необходимые вирусу для инфицирования. Это дает возможность определять мишени для рационально разрабатываемых препаратов, что позволит в будущем создавать эффективные высоко специфичные противовирусные препараты.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Слияние люциферазы светлячка е оболочечным белком вируса обеспечивает специфичное включение фермента в вирусную частицу.

2. Включение люциферазы приводит к получению вируса с интактной мембраной, выполняющей функцию барьера, предохраняющего фермент от субстрата до момента слияния вируса с клеткой.

3. Разработанный метод отражает специфичное проникновение вируса в клетку, зависимое от оболочечного белка пссвдотипа.

4. Полученный псевдотип ВВЭЛ содержит оболочечпые белки вируса венесуэльского энцефаломиелита лошадей в нативной конформации и проникает в клетки по механизму, специфичному для ВВЭЛ.

5. Для проникновения вируса ВЭЛ в клетки требуется наличие функциональных поздних эпдосом.

6. Для слияния с клеткой ВВЭЛ не нуждается в мембранном холестерине.

Апробация работы:

Результаты работы были представленны и обсуждены на XXIII конференции Американского общества вирусологии (ASV), Montreal, Canada, 2004; На конференции регионального центра превосходства (RCE) в биозащите и возникающих инфекционных заболеваниях, Galveston, USA, 2004; на XXV конференции Американского общества вирусологии (ASV), Madison, Wisconsin, USA, 2006; на ежегодном коллоквиуме товарищества McL.aughlin. Galveston, USA, 2007.

Благодарности:

Автор выражает глубокую благодарность заведующей лабораторией молекулярных механизмов канцерогенеза, доктору биологических наук, Гуляевой Людмиле Федоровне и доктору биологических наук, профессору Robert Davey, за руководство работой на всех ее этапах.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Колокольцов, Андрей Алексеевич

ВЫВОДЫ

1. Присоединение люциферазы к С-концу оболочечного белка MLV вируса через линкерный пептид Glu-Phc обеспечивает эффективное включение люциферазы в вирусную частицу, что позволяет использовать эту конструкцию для измерения проникновения вируса в клетку в реальном времени.

2. Для проникновения вируса MLV в клетку необходим оболочечный белок дикого типа, так как добавление этою белка к белку, слитому с ферментом, приводит к получению интактпого вируса с целое гной мембраной и повышает его титр до титра вируса дикого типа.

3. Разработан новый, универсальный и чувствительный метод, с помощью которого подтверждено, что вирусы VSV и MLV входят в клетку через специфичный рецептор-зависимый механизм.

4. При использовании искусственного кодона инициации трансляции, который предшествовал открытой рамке считывания, кодирующей белки E3-EI, впервые получен псевдотип вируса ВЭЛ, имеющий высокий титр (I06 к.ф.е./мл) и несущий на своей поверхности нативные эпитопы, узнаваемые моноклональными антителами к вирусу дикою типа.

5. Впервые установлено, что присоединение люцифсразы к оболочсчному белку вируса ВЭЛ с помощью удлиненного полилинкера, состоящего из 3-х копий ПА-эпитопа, позволяет включить люциферазу в псевдотип вируса ВЭЛ. Добавление оболочечного белка дикого типа оказалось необходимым для получения вируса с ненарушенной мембраной и позволило количественно измерять проникновение ВЭЛ псевдотипа в клетку в реальном времени.

6. Впервые показано, что ВВЭЛ проникает в клетки с помощью клатрин-зависимого эндоцитоза и нуждается в функционально активных ранних и поздних эндосомах, причем процесс проникновения не зависит от холестерина.

Заключение

Изучение механизмов проникновения вирусных частиц в клетку хозяина является одной из актуальных проблем современной биохимии и вирусологии. Известно, что существует множество разнообразных механизмов проникновения, причем все они высоко специфичны для каждого конкретного вируса. Поэтому изучение специфичных потребностей вируса в клеточных факторах имеет огромное значение как для фундаментальной науки, изучающей патогенез вирусов, так и для прикладной науки, где важно выявление мишеней для рационально разрабатываемых противовирусных препаратов.

В настоящей работе для измерения слияния вирусной и клеточной мембран разработан новый метод. Этот метод основан на идее, что люцифераза, заключенная внутри вирусной оболочки, остается неактивной до того момента, пока не произойдет слияния клеточной и вирусной мембран, а люциферазный субстрат (люциферин, АТР и кислород) не получит доступ к ферменту. Такой подход имеет большое преимущество по сравнению с предыдущими методами, которые нуждаются в добавлении флюоресцентных красителей к вирусной и/или клеточной мембране, обнаружении освобождения вирусного генетического материала и прямом микроскопическом обнаружении процессов слияния. Предложенный метод является высокочувствительным, позволяющим количественно измерять процессы ранней инфекции и обеспечивающим измерение кинетики в реальном времени процесса проникновения. Кинетика проникновения VSV и ВВЭЛ, измеренная данным способом, соответствует результатам, полученным для VSV, SFV и SINV общепринятым методом подавления флюоресценции флуорофора, половина времени проникновения которых составляло 15 мин (Blumenthal el al., 1987). Так как М01, использованное в наших экспериментах, было <1, по сравнению с 10-100 для методов подавления флюоресценции, то одинаковая кинетика говорит об отсутствии кооперативное™ в проникновении альфавирусов, когда проникновение одной вирусной частицы помогает проникновению другой вирусной частицы, например с помощью привлечения необходимых для слияния факторов.

Полученные результаты показали, что метод может быть использован для изучения проникновения вирусов со вторым классом оболочечных белков. Такие вирусы, включающие флавивирусы и альфавирусы, имеют оболочечные белки со структурой, драматично отличающейся от вирусов с первым классом оболочечных белков, таких как MLV, для которых изначально был разработан метод. Для адаптации метода к альфавирусам потребовалось изменить линкер соединяющий 3' конец Е1 гена

ВВЭЛ и 5' конец гена люциферазы на линкер, кодирующий 3 копии НА эпитопа. Использование нового линкера позволило получить частицы, изначально непроницаемые для субстратов люциферазы. Эффективность использования такого линкера доказало 10-кратное увеличение люциферазиой активности после лизиса частиц в детергенте. Дополнительным преимуществом использования такого пептида являлось определение экспрессии Е1 методом иммунохимического анализа белков е использованием коммерчески доступных моноклональиых антител против НА эпитопа. Суммируя вышесказанное, можно предположить, что для приложения метода к новым вирусам необходимо учитывать три важных фактора. Во-первых, пептид, присоединяющий люциферазу к оболочечиому белку, требует оптимизации в первую очередь длины, а возможно и состава аминокислотной последовательности. Во-вторых, после специфичного попадания люциферазы, слитой с оболочечным белком, в состав вирусной частицы, продукт слияния частично гидролизовывался неидентифицированными протеазами. высвобождая свободную люциферазу и оболочечный белок. Это, в свою очередь, давало несколько преимуществ: с одной стороны люцифераза специфично попадала в состав вирусной частицы, а с другой стороны, свободно отделялась от вирусной мембраны после слияния, тем самым попадая в ци топлазму, где и получала доступ к субс трату. В-третьих, при производстве вируса важно добавлять рскомбинаптиую env-luc конструкцию вместе с избытком конструкции env дикого типа в примерном соотношении 1:5. В одиночку env-luc приводит к формированию дефективных частиц, которые имеют низкий титр и могут быть проницаемы для люциферина. С учетом всех этих факторов систему можно использовать для измерения проникновения многих других типов оболочечных вирусов.

Еще одним важным аспектом изучения механизма проникновения вирусов является использование их псевдотипов. Такой подход имеет ряд преимуществ.

Так, псевдотипы не реплицируются, поэтому они безопасны и могут быть использованы в лабораториях с низким уровнем защиты. Оболочечные белки таких вирусов не адаптируются к культуре клеток, как это часто происходит в случае вирусов дикого типа. Адаптация делает проблематичным изучение рецепторов и, как следствие, путей проникновения вирусов дикою типа, так как рецептор зачастую определяет путь проникновения. Хорошо известна адаптация ВВЭЛ в культуре клеток к использованию гепарин сульфата в виде рецептора (Bernard et al., 2000). Еще одним важным преимуществом является возможность использования псевдотипов других вирусов в качестве контролен, так как они имеют идентичную сердцевину, но разные оболочечные белки. Это позволяет изучать взаимодействия с рецептором и проникновение вируса независимо от процессов, необходимых после проникновения, как, например, репликация вирусов.

К настоящему времени получено множество вирусных псевдотипов, и в каждом случае они повторяли тропизм вируса, являющегося донором оболочечпого белка. Псевдотип ВВЭЛ, полученный в настоящей работе, был тщательно охарактеризован с помощью нейтрализующих антител и ингибиторов проникновения. Показано, что он инфицировал клетки так же, как и родительский вирус. Кинетика проникновения ВВЭЛ псевдотипа была схожей с таковой для дикого типа, что подтверждает проникновение псевдотипа в клетку с помощью механизмов, идентичных вирусу дикого типа. Полученные данные указывают, что ВВЭЛ проникает в клетку очень быстро и достигает плато в течение 20 минут после контакта с клетками. Для всех вирусов, взятых в исследование, сигнал обнаруживался с 10 минутной задержкой. Гак как все измерения кинетики были произведены с использованием клеток, предварительно нагретых до 37°С, и вирус был связан с клетками в течение первой минуты, то задержка должна отражат ь важные процессы, необходимые для прохождения вируса.

Интересно отметить, что есо-МЬУ тоже имел задержку перед слиянием с клеткой. Так как этот вирус проникает в клетку через плазматическую мембрану, что делает его не зависимым от эндосомального транспорта, такая задержка предполагает либо необходимость активации нескольких рецепторов, либо проникновение в преэндосомальный мембранный микродомен. Факт, что экспрессия домипаптпо-негативных ЯаЬ5 и Ерэ 15 мутантов не оказывала влияния па проникновение есо-М1.У, говорит в пользу такого предположения.

Результаты по использованию ингибиторов эндосомального закисления показали, что ВВЭЛ проникает в клетки с помощью рН-зависимого механизма.

Каждый из использованных в работе ингибиторов проникновения: хлорид аммония, хлорохин, моненсин и Бафиломицин А1 блокировал развитие вирусной инфекции ВВЭЛ и УБУ псевдотипов, тогда как для есо-МЬУ эффекта не было.

Для более точного определения эндосомального пути, необходимого для проникновения ВВЭЛ и места его проникновения, была использована экспрессия доминантно негативных форм генов, ответственных за эндосомальный транспорт. Так как метод измеряет проникновение вируса в популяцию клеток, было важно получить равномерную экспрессию достаточного уровня в большинстве клеток. Для этой пели были использованы лентивируспые экспрессионные вектора, обеспечивающие стабильную интеграцию трапегепа I? клеточную хромосому, поячерживающие высокий уровень экспрессии с помощью сильных промоторов. Таким образом, с помощью изменения MOI можно тщательно контролировать уровень экспрессии трансгена и получать воспроизводимые результаты. Экспрессия доминантно негативных генов показала, что для проникновения ВВЭЛ, так же как и для VSV, необходим клатрин-зависимый эндоцитоз и формирование ранних эндосом. Однако ВВЭЛ отличался от VSV и от близкородственного SFV тем, что для пего было необходимым еще и функционирование поздних эндосом. что делает ВВЭЛ более похожим на вирус гриппа, нежели на SFV или VSV.

Различия могут быть обусловлены более низким рН, необходимым для слияния мембран, или зависимостью от вторичных факторов, присутствующих в поздних эндосомах. Вторым отличием от близкородственного SFV оказалась зависимость от холестерина. Ранее было показано, что слияние мембран альфавирусов Старого Света существенно зависит от холестерина и сфииголипидов в мембране клеток-мишеней (Lu el al., 1999; Phalen and Kiclian, 1991). Эти исследования были проведены с использованием искусственных мембран и клеток насекомых, в которых с помощью метил-(]-циклодекстриiia был удален холестерин. На клетках млекопитающих до сих пор подобных исследований не проводилось. Более того, был изолирован мутантный SFV, который оказался менее зависимым от холестерина. Аминокислотные замены, ответственные за чувствительность к холестерину, оказались в Е1 оболочечпом белке (Vashishtha el al., 1998). ВВЭЛ El оболочечный белок уже содержит аминокислотные остатки, которые предположительно дслаюг вирус нечувствительным к холестерину. Использование нистатина для связывания холестерина показало, что это вещество блокирует проникновение чувствительного к холестерину вируса Эбола (Empig and Goldsmith, 2002) и захват токсина холеры, который тоже является холестерин зависимым (Orlandi and Fishman, 1998). Проникновение SFV было также чувствительно к связыванию холестерина, хотя и в пс такой степени, как в случае с вирусом Эбола. Мы обнаружили, что проникновение ВВЭЛ было относительно независимо от холестерина. Этот вывод указывает па то, что результаты, полученные с использованием модельных мембран и клеток насекомых, применимы и к клеткам млекопитающих. Различия в чувствительности к холестерину могут отражать различия в композиции мембран пузырьков, с которыми вирус сливается, и из которых выходит в цитоплазму. Действительно, было показано, что поздние эндосомальные компартменты почти не содержат мембранного холестерина, в то время как ранние эндосомы и рециклинговые пузырьки обогащены холестерином (Kobayashi el al., 1998; Kobayashi el al., 2002). Роль холестерина в проникновении SFV может отражать необходимость выхода вируса из ранних эндосом, в то время как ВВЭЛ адаптировался к меньшему количеству холестерина из-за необходимости выхода из поздних эндосом, содержащих мало холестерина. В дополнение к рП, холестерин может обеспечивать для вируса новый механизм определения состояния эндосомального пузырька в процессе созревания для оптимизации условий вирусной репликации.

Помимо изучения условий проникновения вируса люциферазный метод был использован в диагностике вируса ВЭЛ по наличию нейтрализующих антител. В отличие от обычного теста на нейтрализующие антитела, который требует нескольких дней и использования опасного вируса дикого тина, люциферазный метод был относительно безопасен и давал возможность получения результатов в течение 2-х часов. Кроме скорости анализа, он был еще и очень удобен, благодаря наличию автоматизированных систем определения люциферазной активности. Разработанный метод также обладал схожей специфичностью и чувствительностью с обычным методом, основанным на подсчете вирусных бляшек (данные не приведены).

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Колокольцов, Андрей Алексеевич, 2007 год

1. Бондаренко Е. П., Протопопова Е. В. Суровцев И. В., Швалов А. Н., Локтев В. Б. (20046) Ингибирование репликации вируса венесуэльского энцефаломиелита лошадей поликлональными антителами к ламининсвязывающему белку. Вопросы вирусологии,5,32-37.

2. Acheson, N. П. and Tamrn, 1. (1967) Replication of Semliki Forest virus: an electron microscopic study. Virology, 32, 128-143.

3. Alexandrov. K„ Horiuchi, I I., Steele-Mortimer, O., Seabra, M. C. and Zerial, M. (1994) Rab escort protein-1 is a multifunctional protein that accompanies newly prenylatcd rab proteins to their target membranes. Embo J, 13, 5262-5273.

4. Ali, B. R., Wasmcier, C. Lamorcux, L, Strom. M. and Scabra, M. C. (2004) Multiple regions contribute to membrane targeting of Rab GTPases. J Cell Sci, 117, 6401-6412.

5. Andersen, К. B. and Nexo, B. A. (1983) Entry of murine retrovirus into mouse fibroblasts. Virology, 125, 85-98.

6. Anderson, H. A., Chen, Y. and Norkin, L C. (1996) Bound simian virus 40 translocates to caveolin-enriched membrane domains, and its entry is inhibited by drugs that selectively disrupt eaveolae. Molecular Biology Of The Cell, 7, 1825-1834.

7. Aridor, M. and Traub, L. M. (2002) Cargo selection in vesicular transport: the making and breaking of a coat. Traffic, 3, 537-546.

8. Barbieri, M. A., Roberts, R. L„ Mukhopadhyay, A. and Stahl, P. D. (1996) Rab5 regulates the dynamics of early endosome fusion. Bioccll, 20, 331-338.

9. Barth, B. U., Wahlberg, J. M. and Garoff. I I. (1995) The oligomerization reaction of the Semliki Forest virus membrane protein subunits. .1 Cell Biol, 128, 283-291.

10. Benmerah, A., Bayrou, M., Cerf-Bensussan, N. and Dautry-Varsat, A. (1999) Inhibition of clathrin-coated pit assembly by an Epsl5 mutant. J Cell Sci, 112 ( Pt 9), 1303-1311.

11. Bergcr, E. A., Murphy, P. M. and Farber, J. M. (1999) Chemokine receptors as IIIV-1 coreceptors: roles in viral entry, tropism, and disease. Annual Review Of Immunology, 17,657-700.

12. Bernard, K. A., Klimstra, W. B. and Johnston, R. E. (2000) Mutations in the E2 glycoprotein of Venezuelan equine encephalitis virus confer heparan sulfate interaction, low morbidity, and rapid clearance from blood of mice. Virology, 276, 93-103.

13. Bernard, K. A., Klimstra, W. B. and Johnston, R. E. (2000) Mutations in the E2 glycoprotein of Venezuelan equine encephalitis virus confer heparan sulfate interaction, low morbidity, and rapid clearance from blood of mice. Virology, 276, 93-103.

14. Blumenthal, R., Bali-Puri, A., Walter, A., Covell, D. and Eidelman, O. (1987) pH-dependent fusion of vesicular stomatitis virus with Vcro cells. Measurement by dequenching of octadecyl rhodamine fluorescence. J Biol Chem, 262, 13614-13619.

15. Bock, J. B., Matern, II. T„ Peden, A. A. and Scheller, R. H. (2001) A genomic perspective on membrane compartment organization. Nature, 409, 839-841.

16. Brault, A. C., Powers, A. M. and Weaver, S. C. (2002) Vector infection determinants of Venezuelan equine encephalitis virus reside within the E2 envelope glycoprotein. J Virol, 76,6387-6392.

17. Brown, D. A. and London, F. (1998) Structure and origin of ordered lipid domains in biological membranes. J Membr Biol, 164, 103-114.

18. Brown, D. A. and London, E. (2000) Structure and function of sphingolipid- and cholesterol-rich membrane rafts. J Biol Chem, 275, 17221-17224.

19. Bucci, C., Thomsen, P., Nicoziani, P., McCarthy, J. and van Deurs, B. (2000) Rab7: a key to Iysosome biogenesis. Mol Biol Cell, 11,467-480.

20. Byrnes, A. P. and Griffin, D. E. (2000) Large-plaque mutants of Sindbis virus show reduced binding to heparan sulfate, heightened viremia, and slower clearance from the circulation. Journal Of Virology, 74, 644-651.

21. Callaghan, J., Nixon, S. Bucci, C. Toh, B. II. and Stenmark, H. (1999) Direct interaction of EEAI with Rab5b. European journal of biochemistry / FEBS, 265, 361366.

22. Campadelli-Fiume, G., Cocchi, F. Mcnotti, L. and Lopez, M. (2000) The novel receptors that mediate the entry of herpes simplex viruses and animal alphaherpesviruses into cells. Rev Med Virol, 10,305-319.

23. Canonieo, P. G., Kendc, M., Luscri, B. J. and Muggins, J. W. (1984) In-vivo activity of antivirals against exotic RNA viral infections. J Antimicrob Chemother, 14 Suppl A, 2741.

24. Cantalupo, G., Alifano, P., Roberti, V., Bruni, C. B. and Bucci, C. (2001) Rab-interacting lysosomal protein (RILP): the Rab7 effector required for transport to lysosomes. Embo J, 20, 683-693.

25. Carbonc, R., Fre, S., Iannolo, G., Belleudi, F., Mancini, P., Pclicci, P. G., Torrisi, M. R. and Di Fiore, P. P. (1997) epsl 5 and epsI5R are essential components of the endocytic pathway. Cancer Res, 57, 5498-5504.

26. Cavrois, M., De Noronha, C. and Greene, W. C. (2002) A sensitive and specific enzyme-based assay detecting III V-1 virion fusion in primary T lymphocytes. Nat Biotechnol, 20, 1151-1154.

27. Ceresa, B. P. and Schmid, S. L. (2000) Regulation of signal transduction by endocytosis. CurrOpin Cell Biol, 12, 204-210.

28. Chamberlain, R. W„ Sudia, W. D„ Coleman, P. H. and Work, T. H. (1964) Venezuelan Equine Encephalitis Virus from South Florida. Science, 145, 272-274.

29. Chandran, K„ Sullivan, N. J. Felbor, U„ Whelan, S. P. and Cunningham, J. M. (2005) Endosomal proteolysis of the Ebola virus glycoprotein is necessary for infection. Science, 308, 1643-1645.

30. Chang, H. C., Newmyer, S. L, Hull, M. J., Ebersold, M., Schmid, S. L. and Mellnian, I. (2002) Hsc70 is required for endoeytosis and elathrin function in Drosophila. J Cell Biol, 159,477-487.

31. Chavrier, P., Parton, R. G., Hauri, H. P., Simons, K. and Zerial, M. (1990) Localization of low molecular weight GTP binding proteins to exocytic and endocytic compartments. Cell, 62, 317-329.

32. Chen, C. and Okayama, H. (1987) High-efficiency transformation of mammalian cells by plasmid DNA. Mol Cell Biol, 7, 2745-2752.

33. Chen, II., Fre, S., Slepnev, V. I., Capua, M. R., Takei, K„ Butler, M. H„ Di Fiore, P. P. and De Camilli, P. (1998) Epsin is an EH-doniain-binding protein implicated in clathrin-mediated endoeytosis. Nature, 394, 793-797.

34. Chin, L. S., Raynor, M. C„ Wei, X., Chen, II. Q. and Li, L. (2001) Hrs interacts with sorting nexin 1 and regulates degradation of epidermal growth factor receptor. J Biol Chem, 276, 7069-7078.

35. Conner, S. D. and Schmid, S. L. (2003) Regulated portals of entry into the cell. Nature, 422, 37-44.

36. Craig, F. F., Snnmonds, A. C., Watmore, D„ McCapra, F. and White, M. R. (1991) Membrane-permeable luciferin esters for assay of firefly luciferase in live intact cells. Biochem J, 276 ( Pt 3), 637-641.

37. Cupers, P., ler Haar. E., Boll, W. and Kirchhausen, T. (1997) Parallel diniers and antiparallel tetraniers formed by epidermal growth factor receptor pathway substrate clone 15. J Biol Chem, 272, 33430-33434.

38. Daecke, J., Fackler, O. T., Dittmar, M. T. and Krausslich, II. G. (2005) Involvement of clathrin-mediated endoeytosis in human immunodeficiency virus type 1 entry. J Virol, 79,1581-1594.

39. Desjardins, M., Huber, L. A., Parton, R. G. and Griffiths, G. (1994) Biogenesis of phagolysosomes proceeds through a sequential scries of interactions with the endocytic apparatus. J Cell Biol, 124, 677-688.

40. Di Fiore, P. P. and De Camilli. P. (2001) Endoeytosis and signaling, an inseparable partnership. Cell, 106, 1-4.

41. Di Fiore, P. P. and Gill, G. N. (1999) Endoeytosis and mitogenic signaling. Curr Opin Cell Biol, 11,483-488.

42. Dirac-Svejstrup, A. B„ Soldati, T., Shapiro, A. D. and Pfeffer, S. R. (1994) Rab-GDI presents functional Rab9 to the intracellular transport machinery and contributes selectivity to Rab9 membrane recruitment. J Biol Chem, 269, 15427-15430.

43. Dirac-Svejstrup, A. B„ Suniizawa, T. and Pfeffer, S. R. (1997) Identification of a GDI displacement factor that releases endosomal Rab GTPases from Rab-GDI. Embo J, 16, 465-472.

44. Dohner, K. and Sodeik, B. (2005) The role of the cytoskelelon during viral infection. Current Topics In Microbiology And Immunology, 285, 67-108.

45. Doxsey, S. J., Brodsky, F. M., Blank, G. S. and Helenius, A. (1987) Inhibition of endoeytosis by anti-clalhrin antibodies. Cell, 50, 453-463.

46. Drake, M. T., Downs, M. A. and Traub, L M. (2000) Epsin binds to clathrin by associating directly with the clathrin-terminal domain. Evidence for cooperative binding through two discrete sites. J Biol Chem, 275, 6479-6489.

47. Earp, L. J., Delos, S. E., Netter, R. C„ Bates, P. and White, J. M. (2003) The avian retrovirus avian sarcoma/lcukosis virus subtype A reaches the lipid mixing stage of fusion at neutral pi I. J Virol, 77, 3058-3066.

48. Ebert, D. H„ Deussing, J., Peters, C. and Dermody, T. S. (2002) Cathepsin L and cathepsin B mediate reovirus disassembly in murine fibroblast cells. The Journal Of Biological Chemistry, 277, 24609-24617.

49. Ehrlich, M., Boll, W., van Oijen, A., Hariharan, R., Chandran, K., Nibert, M. L. and Kirchhausen, T. (2004) Endocytosis by Random Initiation and Stabilization of Clathrin-Coated Pits. Cell, 118, 591-605.

50. Empig, C. J. and Goldsmith, M. A. (2002) Association of the caveola vesicular system with cellular entry by filoviruscs. J Virol, 76, 5266-5270.

51. Fackler, O. T. and Peterlin, B. M. (2000) Endocytic entry of HIV-1. Curr Biol, 10, 10051008.

52. Feng, Y., Press, B. and Wandinger-Ness, A. (1995) Rab 7: an important regulator of late endocytic membrane traffic. J Cell Biol, 131, 1435-1452.

53. Feng, Y., Press, B., Chen, W., Zimmerman, J. and Wandinger-Ness, A. (2001) Expression and properties of Rab7 in endosome function. Methods Enzymol. 329, 175187.

54. Foster, L. J., De Hoog, C. L. and Mann, M. (2003) Unbiased quantitative proteomics of lipid rafts reveals high specilicity for signaling factors. Proc Natl Acad Sci U S A, 100, 5813-5818.

55. Fra, A. M., Williamson, E., Simons, K. and Parton, R. G. (1995) De novo formation of caveolac in lymphocytes by expression of VIP21-caveolin. Proc Natl Acad Sci U S A. 92,8655-8659.

56. Fredericksen, B. L., Wei, B. L„ Yao, J., Luo, T. and Garcia, J. V. (2002) Inhibition of endosomal/lysosomal degradation increases the infectivity of human immunodeficicncy virus. J Virol, 76, 11440-11446.

57. Frolov, I., Frolova, E. and Schlcsinger, S. (1997) Sindbis virus replicons and Sindbis virus: assembly of chimeras and of particles deficient in virus RNA. J Virol. 71, 28192829.

58. Ganley, I. G„ Carroll, K. Bittova. L. and Pfeffer, S. (2004) Rab9 GTPase regulates late endosome size and requires effector interaction for its stability. Mol Biol Cell, 15, 54205430.

59. Garner, J. A. (2003) Herpes simplex virion entry into and intracellular transport within mammalian cells. Advanced Drug Delivery Reviews, 55, 1497-1513.

60. Garoff, H., Sjoberg, M. and Cheng, R. H. (2004) Budding of alphaviruses. Virus Res, 106, 103-116.

61. Gaullier, J. M., Simonsen, A. D'Arrigo, A., Bremnes, B., Stenmark, Fl. and Aasland, R. (1998) FYVE fingers bind PtdIns(3)P. Nature, 394,432-433.

62. Gilbert, J. M. and Benjamin, T. L. (2000) Early steps of polyomavirus entry into cells. Journal Of Virology, 74, 8582-8588.

63. Glickman, J. N., Conibear, E. and Pearse, B. M. (1989) Specificity of binding of clathrin adaptors to signals on the mannose-6-phosphate/insulin-like growth factor 11 receptor. Embo J, 8, 1041-1047.

64. Gorvel, J. P., Chavrier, P., Zerial, M. and Gruenberg, J. (1991) rab5 controls early endosome fusion in vitro. Cell, 64,915-925.

65. Green, J., Griffiths, G., Louvard, D., Quinn, P. and Warren, G. (1981) Passage of viral membrane proteins through the Golgi complex. J Mol Biol, 152, 663-698.

66. Greenberg, S. (1995) Signal transduction of phagocytosis. Trends Cell Biol, 5, 93-99.

67. Greenberg, S., Chang, P. and Silverstein, S. C. (1993) Tyrosine phosphorylation is required for Fc rcceptor-niediated phagocytosis in mouse macrophages. J Exp Med, 177, 529-534.

68. Greenberg, S., Chang, lJ. and Silverstein, S. C. (1994) Tyrosine phosphorylation of the gamma subunit of Fc gamma rcceptors, p72syk, and paxillin during Fc receptor-mediated phagocytosis in macrophages. J Biol Chem, 269, 3897-3902.

69. Greenberg, S„ Chang, P., Wang, D. C„ Xavier, R. and Seed, B. (1996) Clustered syk tyrosine kinase domains trigger phagocytosis. Proc Natl Acad Sci USA. 93, 1103-1107.

70. Greene, B., Liu, S. H„ Wilde, A. and Brodsky, F. M. (2000) Complete reconstitution of clathrin basket formation with recombinant protein fragments: adaptor control ofclathrin self-assembly. Traffic, 1, 69-75.

71. Gruenberg, J. and Maxficld, F. R. (1995) Membrane transport in the endocytic pathway. CurrOpin Cell Biol, 7, 552-563.

72. Harder, T. and Simons, K. (1997) Caveolae, DIGs, and the dynamics of sphingolipid-cholesterol microdomains. Curr Opin Cell Biol, 9, 534-542.

73. Harding, C. V. and Geuze, II. J. (1992) Class II MHC molecules arc present in macrophage lysosomes and phagolysosomes that function in the phagocytic processing of Listeria monocytogenes for presentation to T cells. J Cell Biol, 119,531-542.

74. Hawley, R. J. and Eitzen, E. M., Jr. (2001) Biological weapons-a primer for microbiologists. Annu Rev Microbiol, 55. 235-253.

75. Helenius, A., Kartenbeck, J„ Simons. K. and Fries, F. (1980) On the entry of Semliki forest virus into BI IK-21 cells. .1 Cell Biol, 84, 404-420.

76. Helenius, A., Mellman, I. Wall, D. and Hubbard. A. (1983) Endosomes. Trends in Biochemical Sciences, 8, 245-250.

77. Hofmann, K. and Falquet, L. (2001) A ubiquitin-interacting motif conserved in components of the protcasonial and lysosomal protein degradation systems. Trends Biochem Sci, 26, 347-350.

78. Hogle, J. M. (2002) Poliovirus cell entry: common structural themes in viral cell entry pathways. Annual Review Of Microbiology, 56, 677-702.

79. Hu, Y., Chuang, J. Z., Xu, K„ McGraw, T. G. and Sung, C. H. (2002) SARA, a FYVE domain protein, affects Rab5-mediated endocytosis. .1 Cell Sci, 115,4755-4763.

80. Hunziker, W., Harter, C„ Matter, K. and Mellman, I. (1991) Basolateral sorting in MDCK cells requires a distinct cytoplasmic domain determinant. Cell, 66, 907-920.

81. Hutt, D. M„ Da-Silva, L. F„ Chang, L. II., Prosser, D. C. and Ngsce, J. K. (2000) PRA1 inhibits the extraction of membrane-bound rab GTPase by GDI I. J Biol Chem, 275, 18511-18519.

82. Itoh, T., Koshiba, S., Kigawa, T., Kikuchi, A., Yokoyama, S. and Takenawa, T". (2001) Role of the ENTH domain in phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding and endocytosis. Science. 291. 1047-1051.

83. Jekely, G. and Rorth, P. (2003) Hrs mediates downregulation of multiple signalling receptors in Drosophila. EMBO reports, 4, 1163-1168.

84. Jin, M., Park, J., Lee, S„ Park, B„ Shin, J., Song, K. J., Ahn, T. I., Hwang, S. Y„ Ahn, B. Y. and Ahn, K. (2002) Hantaan virus enters cells by clathrin-dependent receptor-mediated endocytosis. Virology, 294, 60-69.

85. Johnson, K. M., Shelokov, A., Peralta, P. II., Dammin, G. J. and Young, N. A. (1968) Recovery of Venezuelan equine encephalomyelitis virus in Panama. A fatal case in man. Am J Trop Med Hyg, 17, 432-440.

86. Joiner, K. A., Fuhrman, S. A., Miettinen, H. M„ Kasper, L. I I. and Mellman, I. (1990) Toxoplasma gondii: fusion competence of parasitophorous vacuoles in Fc receptor-transfected fibroblasts. Science, 249, 641-646.

87. Kalthoff, C„ Alves, J., Urbanke, C„ Knorr, R. and Ungewickell, E. J. (2002) Unusual structural organization of the endocytic proteins API 80 and epsin 1. J Biol Cliem, 277, 8209-8216.

88. Kasamatsu, H. and Nakanishi, A. (1998) How do animal DNA viruses get to the nucleus? Annual Review Of Microbiology, 52, 627-686.

89. Khosravi-Far, R., Clark, G. J., Abe. K. Cox. A. D., McLain, T„ Lutz, R. J., Sinensky, M. and Der, C. J. (1992) Ras (CXXX) and Rab (CC/CXC) prenylation signal sequences are unique and functionally distinct. J Biol Cliem. 267, 24363-24368.

90. Kielian, M. C. and Cohn, Z. A. (1980) Phagosome-lysosome fusion. Characterization of intracellular membrane fusion in mouse macrophages. J Cell Biol. 85, 754-765.

91. Kielian, M. C. and Helenius, A. (1984) Role of cholesterol in fusion of Semliki Forest virus with membranes. J Virol, 52, 281-283.

92. Klimstra, W. B., Ryman, K. D. and Johnston, R. E. (1998) Adaptation of Sindbis virus to BHK cells selects for use of heparan sulfate as an attachment receptor. Journal Of Virology, 72, 7357-7366.

93. Laemmli, U. K. (1970) Cleavage ofstructural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 227. 680-685.

94. Lakadamyali, M., Rust, M. J., Babcock, II. P. and Zhuang, X. (2003) Visualizing infection of individual influenza viruses. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America, 100, 9280-9285.

95. Lamaze, C., Dujeancourt, A., Baba, T., Lo, C. G., Benmerah, A. and Dautry-Varsat, A. (2001) Interleukin 2 receptors and detergent-resistant membrane domains define a clathrin-independent endocytic pathway. Mol Cell, 7, 661-671.

96. Lamb, R. A. (1993) Paramyxovirus fusion: a hypothesis for changes. Virology, 197, 11.

97. Lanzetti, L., Rybin, V., Malabarba, M. G., Christoforidis, S., Scita, G., Zerial, M. and Di Fiore, P. P. (2000) The Eps8 protein coordinates EGF receptor signalling through Rac and trafficking through Rab5. Nature, 408, 374-377.

98. Le Blanc, L, Luyet, P.-P., Pons, V., Ferguson, C., Emans, N., Petiot, A., Mayran, N., Demaurex, N., Faure, J. and Sadoul et, a. (2005) Endosonie-to-cytosol transport of viral nucleocapsids. Nature Cell Biology, 7, 653-664.

99. Le, P. U. and Nabi, 1. R. (2003) Distinct caveolae-niediated cndocytic pathways target the Golgi apparatus and the endoplasmic reticulum. J Cell Sci, 116, 1059-1071.

100. Le, P. U., Guay, G., Altschuler. Y. and Nabi, I. R. (2002) Caveolin-1 is a negative regulator of caveolae-mediated cndocytosis to the endoplasmic reticulum. J Biol Chem, 277,3371-3379.

101. Lee, S„ Zhao, Y. and Anderson, W. F. (1999) Receptor-mediated Moloney murine leukemia virus entry can occur independently of the clathrin-coated-pit-mediated endocytic pathway. J Virol, 73, 5994-6005.

102. Levy-Mintz, P. and Kielian, M. (1991) Mutagenesis of the putative fusion domain of the Semliki Forest virus spike protein. J Virol, 65. 4292-4300.

103. Lisanti, M. P., Tang, Z. L. and Sargiaconio, M. (1993) Caveolin forms a hetero-oligomeric protein complex that interacts with an apical GPI-linked protein: implications for the biogenesis of caveolae. .1 Cell Biol, 123, 595-604.

104. Liu, P., Rudick, M. and Anderson, R. G. (2002) Multiple functions of caveolin-1. J Biol Chem, 277,41295-41298.

105. Liu, S. II., Wong, M. L, Craik, C. S. and Brodsky, F. M. (1995) Regulation of clathrin assembly and trimerization defined using recombinant triskclion hubs. Cell, 83, 257-267.

106. Lloyd, T. E., Atkinson, R„ Wu, M. N„ Zhou, Y„ Pennetta, G. and Bellen, H. J. (2002) Firs regulates cndosome membrane invagination and tyrosine kinase receptor signaling in Drosophila. Cell, 108, 261-269.

107. Lu, Y. E., Cassese, T. and Kielian, M. (1999) The cholesterol requirement for sindbis virus entry and exit and characterization of a spike protein region involved in cholesterol dependence. J Virol, 73,4272-4278.

108. Ludwig, G. V., Kondig, J. P. and Smith, J. F. (1996) A putative receptor for Venezuelan equine encephalitis virus from mosquito cells. J Virol, 70, 5592-5599.

109. Machleidt, T., Li, W. P., Liu, P. and Anderson, R. G. (2000) Multiple domains in caveolin-1 control its intracellular traffic. J Cell Biol, 148, 17-28.

110. Marechal, V., Prevost, M. C„ Petit, C„ Perret, E., Heard, J. M. and Schwartz, O. (2001) Human immunodeficiency virus type 1 entry into macrophages mediated by macropinocytosis. J Virol, 75, 11166-11177.

111. Marsh, M. and Flelenius, A. (1989) Virus entry into animal cells. Advances In Virus Research, 36, 107-151.

112. McBride, H. M., Rybin, V., Murphy, C„ Giner, A., Teasdale, R. and Zerial, M. (1999) Oligomeric complexes link Rab5 effectors with NSF and drive membrane fusion via interactions between EEA1 and syntaxin 13. Cell, 98, 377-386.

113. McClure, M. 0., Sommcrfelt, M. A., Marsh, M. and Weiss, R. A. (1990) The pH independence of mammalian retrovirus infection. J Gen Virol, 71 ( Pt 4), 767-773.

114. McDonald, D., Vodicka, M. A., Lucero, G., Svitkina, T. M., Borisy, G. G. Emerman, M. and Hope, T. J. (2002) Visualization of the intracellular behavior of HIV in living cells. J Cell Biol, 159,441-452.

115. Meier, 0., Boucke, K., Hammer, S. V., Keller, S„ Stidwill, R. P., Henimi, S. and Grebcr, U. F. (2002) Adenovirus triggers macropinocytosis and endosonial leakage together with its clathrin-mediated uptake. J Cell Biol, 158, 1119-1131.

116. Meier, O., Boucke, K„ Hammer, S. V., Keller, S„ Stidwill, R. P., Henimi. S. and Greber, U. F. (2002) Adenovirus triggers macropinocytosis and endosonial leakage together with its clathrin-mediated uptake. J Cell Biol, 158, 1119-1131.

117. Melancon, P. and Garoff, H. (1987) Processing of the Semliki Forest virus structural polyprotein: role of the capsid protease. J Virol, 61, 1301-1309.

118. Mellman, I. (1996) Endocytosis and molecular sorting. Annu Rev Cell Dev Biol, 12, 575-625.

119. Mellnian, I. S„ Plutner, 11., Steinman, R. M„ Unkeless, J. C. and Colin, Z. A. (1983) Internalization and degradation of macrophage Fc receptors during rcccptor-mediated phagocytosis. J Cell Biol, 96, 887-895.

120. Mettenleitcr, T. C. (2002) Brief overview on cellular virus receptors. Virus Res, 82, 3-8.

121. Mettenleiter, T. C. (2002) Brief overview on cellular virus receptors. Virus Res, 82, 3-8.

122. Mishra, S. K., Keyel, P. A., 1 lawryluk, M. J., Agostinelli, N. R., Watkins, S. C. and Traub, L. M. (2002) Disabled-2 exhibits the properties of a cargo-selective endocytic clathrin adaptor. Embo J, 21, 4915-4926.

123. Monier, S„ Parton, R. G., Vogcl, F., Belilke, J., Henske, A. and Kurzchalia, T. V. (1995) VIP2l-caveolin, a membrane protein constituent of the caveolar coat, oligomerizes in vivo and in vitro. Mol Biol Cell, 6, 911-927.

124. Morris, S. M. and Cooper, J. A. (2001) Disabled-2 colocalizes with the LDLR in clathrin-coated pits and interacts with AP-2. Traffic, 2, 111-123.

125. Mothes, W., Boerger, A. L., Narayan, S., Cunningham, J. M. and Young, J. A. (2000a) Retroviral entry mediated by rcceptor priming and low pH triggering of an envelope glycoprotein. Cell, 103, 679-689.

126. Mothes, W., Boerger, A. L., Narayan, S., Cunningham, J. M. and Young, J. A. T. (2000b) Retroviral Entry Mediated by Receptor Priming and Low pll Triggering of an Envelope Glycoprotein. Cell, 103, 679-689.

127. Muller, W. A., Steinman, R. M. and Cohn, Z. A. (1983) Membrane proteins of the vacuolar system. III. Further studies on the composition and recycling of endocytic vacuole membrane in cultured macrophages. J Cell Biol, 96, 29-36.

128. Mundy, D. I., Maehleidt, T„ Ying, Y. S„ Anderson, R. G. and Bloom, G. S. (2002) Dual control of caveolar membrane traffic by microtubules and the actin cytoskeleton. J Cell Sci, 115,4327-4339.

129. Murata, M., Peranen, J., Sehreiner, R., Wieland, F., Kurzchalia, T. V. and Simons, K. (1995) VIP21/caveolin is a cholesterol-binding protein. Proc Natl Acad Sci USA, 92, 10339-10343.

130. Nabi, I. R. and Lc, P. U. (2003) Caveolae/raft-dependent endocytosis. J Cell Biol, 161, 673-677.

131. Naldini, L., Blomer, U., Gage, F. H„ Trono, D. and Verma, I. M. (1996) Efficient transfer, integration, and sustained long-term expression of the transgene in adult rat brains injected with a lentiviral vector. Proc Natl Acad Sci USA, 93, 11382-11388.

132. Naslavsky, N., Boehm, M., Backlund, P. S., Jr. and Caplan, S. (2004) Rabenosyn-5 and EHD1 interact and sequentially regulate protein recycling to the plasma membrane. Mol Biol Cell, 15,2410-2422.

133. Nemerow, G. R. (2000) Cell receptors involved in adenovirus entry. Virology, 274, 1-4.

134. Nichols, B. J. (2002) A distinct class of endosome mediates clathrin-independent endocytosis to the Golgi complex. Nat Cell Biol, 4, 374-378.

135. Nichols, B. J. and Lippincotl-Schwartz, .1. (2001) Endocytosis without clathrin coats. Trends Cell Biol, 11,406-412.

136. Nichols, B. J., Kenworthy, A. K„ Polishchuk, R. S„ Eodge, R„ Roberts, T. H„ Hirschberg, K., Phair, R. D. and Lippineott-Schwartz, .1. (2001) Rapid cycling of lipid raft markers between the cell surface and Golgi complex. J Cell Biol, 153, 529-541.

137. Nossal, R. (2001) Energetics of clathrin basket assembly. Traffic, 2, 138-147.

138. Oldstone, M. B., Ilomann, D„ Lewicki, 11. and Stevenson, D. (2002) One, two, or three step: measles virus receptor dance. Virology, 299, 162-163.

139. Oleinikov, A. V., Zhao, J. and Makker, S. P. (2000) Cytosolic adaptor protein Dab2 is an intracellular Iigand of endocytic rcccptor gp600/megalin. Biochem J, 347 Pt 3, 613-621.

140. Olkkonen, V. M. and Stcnmark, H. (1997) Role of Rab GTPases in membrane traffic. Int Rev Cytol, 176, 1-85.

141. Orlandi, P. A. and Fishman, P. H. (1998) Filipin-depcndent inhibition of cholera toxin: evidence for toxin internalization and activation through caveolae-like domains. J Cell Biol, 141,905-915.

142. Owen, D. J. (2004) Linking endocytic cargo to clathrin: structural and functional insights into coated vesicle formation. Biochem Soc Trans. 32, 1-14.

143. Owen, D. J., Vallis, Y. Noble, M. E„ Hunter, J. B., Daflbrn, T. R„ Evans, P. R. and McMahon, I I. T. (1999) A structural explanation for the binding of multiple ligands by the alpha-adaptin appendage domain. Cell, 97, 805-815.

144. Pagano, A., Crottet, P., Prescianotto-Baschong, C. and Spiess, M. (2004) In vitro formation of recycling vesicles from endosomes requires adaptor protein-1/clathrin and is regulated by rab4 and the connector rabaptin-5. Mol Biol Cell, 15, 4990-5000.

145. Page, L. J. and Robinson, M. S. (1995) Targeting signals and subunit interactions in coated vesicle adaptor complexes. J Cell Biol, 131,619-630.

146. Paredes, A., Alwell-Warda, K„ Weaver, S. C., Cliiu, W. and Watowich, S. .1. (2001) Venezuelan equine encephalomyelitis virus structure and its divergence from old world alphaviruses. J Virol, 75, 9532-9537.

147. Paredes, A., Weaver, S., Watowich, S. and Chiu, W. (2005) Structural biology of old world and new world alphaviruses. Archives of virology, 179-185.

148. Parker, J. S. and Parrish, C. R. (2000) Cellular uptake and infection by canine parvovirus involves rapid dynamin-regulated clathrin-mediated endocytosis, followed by slower intracellular trafficking. J Virol, 74, 1919-1930.

149. Parton, R. G. (1996) Caveolae and cavcolins. Curr Opin Cell Biol, 8, 542-548.

150. Parton, R. G. and Richards, A. A. (2003) Lipid rafts and caveolae as portals for endocytosis: new insights and common mcchanisms. Traffic, 4, 724-738.

151. Parton, R. G., Joggcrst, B. and Simons, K. (1994a) Regulated internalization ofcavcolae. The Journal Of Cell Biology, 127, 1199-1215.

152. Parton, R. G., Joggerst, B. and Simons, K. (1994b) Regulated internalization of caveolae. J Cell Biol, 127, 1199-1215.

153. Paternostre, M. T„ Lowy, R. J. and Blumenthal, R. (1989) pH-dependent fusion of reconstituted vesicular stomatitis virus envelopes with Vero cells. Measurement by dequenching of fluorescence. FEBS Lett, 243, 251-258.

154. Pearse, B. M. (1988) Receptors compete for adaptors found in plasma membrane coated pits. EmboJ, 7,3331-3336.

155. Pearse, B. M. F., Smith, C. J. and Owen, D. J. (2000) Clathrin coat construction in endocytosis. Current Opinion in Structural Biology, 10, 220-228.

156. Pelkmans, L. and Helenius, A. (2002) Endocytosis via caveolae. Traffic, 3, 311-320.

157. Pelkmans, L., Fava, E„ Grabner, H., Hannus, M. Habermann, B., Krausz, E. and Zerial, M. (2005) Genome-wide analysis of human kinases in clathrin- and caveolae/raft-mediated endocytosis. Nature, 436, 78-86.

158. Pelkmans, L., Kartenbeck, J. and Helenius, A. (2001) Caveolar endocytosis of simian virus 40 reveals a new two-step vesicular-transport pathway to the ER. Nat Cell Biol, 3, 473-483.

159. Pelkmans, L., Puntencr, D. and Helenius. A. (2002) Local actin polymerization and dynaniin recruitment in SV40-induced internalization of caveolae. Science, 296, 535539.

160. Peter, M., Chavrier, P., Nigg, E. A. and Zerial. M. (1992) Isoprenylation of rab proteins on structurally distinct cysteine motifs. J Cell Sci, 102 ( Pt 4), 857-865.

161. Petiot, A., Faure, J., Stenmark, H. and Gruenberg, J. (2003) PI3P signaling regulates receptor sorting but not transport in the cndosomal pathway. .1 Cell Biol, 162, 971-979.

162. Pfeffer, S. and Aivazian, D. (2004) Targeting Rab GTPases to distinct membrane compartments. Nat Rev Mol Cell Biol, 5, 886-896.

163. Pfeffer, S. R. (2001) Rab GTPases: specifying and deciphering organelle identity and function. Trends Cell Biol, 11, 487-491.

164. Pfeifer, J. D„ Wick, M. J., Harding, C. V. and Normark, S. J. (1993) Processing of defined T-cell epitopes after phagocytosis of intact bacteria by macrophages. Infect Agents Dis, 2, 249-254.

165. Pietiainen, V., Marjomaki, V. Upla, P., Pelkmans, L., Helenius, A. and Hyypia, T. (2004) Echovirus 1 endocytosis into caveosonies requires lipid rafts, dynamin II, and signaling events. Molecular Biology Of The Cell, 15, 4911-4925.

166. Prior, I. A., Harding, A., Yan, .1. Sluimer, J., Parton. R. G. and Hancock, J. F. (2001) GTP-dcpendent segregation of H-ras from lipid rafts is required for biological activity. Nat Cell Biol, 3,368-375.

167. Que, X., Kim, D., Alagon, A., l lirata, K., Shike, H., Shimizu, C., Gonzalez, A., Burns, J. C. and Reed, S. L. (1999) Pantropic retroviral vectors mediate gene transfer and expression in Entamoeba histolytica. Mol Biochem Parasitol, 99, 237-245.

168. Rabinowitz, S., Horstmann, 11., Gordon, S. and Griffiths, G. (1992) Immunocytochemical characterization of the endocytic and phagolysosomal compartments in peritoneal macrophages. J Cell Biol, 116. 95-112.

169. Racaniello, V. R. (1996) Early events in poliovirus infection: virus-receptor interactions. Proc Natl Acad Sci USA, 93, 11378-11381.

170. Raiborg, C., Bremnes, B., Mehlum, A., Gillooly, D. .!., D'Arrigo, A., Stang, E. and Stenmark, H. (2001) FYVE and coiled-coil domains determine the specific localisation of Hrs to early endosomes. J Cell Sci, 114, 2255-2263.

171. Reeves, J. D. and Piefer. A. .1. (2005) Emerging drug targets for antiretroviral therapy. Drugs, 65, 1747-1766.

172. Roberts, R. L., Barbieri, M. A., Pryse, K. M., C'hua, M„ Morisaki, J. H. and Stahl, P. D. (1999) Endosome fusion in living cells overexpressing GKP-rab5. J Cell Sci, 112 ( Pt 21), 3667-3675.

173. Roehrig, J. T. and Mathews, J. II. (1985) The neutralization site on the E2 glycoprotein of Venezuelan equine encephalomyelitis (TC-83) virus is composed of multiple conformationally stable epitopes. Virology, 142, 347-356.

174. Rohde, G., Wcnzel, D. and Haucke, V. (2002) A phosphatidylinositol (4,5)-bisphosphate binding site within mu2-adaptin regulates clathrin-mediated endocytosis. J Cell Biol, 158,209-214.

175. Rothberg, K. G., Heuser, J. E., Donzell, W. C., Ying, Y. S., Glenney, J. R. and Anderson, R. G. (1992) Caveolin, a protein component of cavcolae membrane coats. Cell, 68, 673682.

176. Rothberg, K. G., Ying, Y. S„ Kamen, B. A. and Anderson, R. G. (1990) Cholesterol controls the clustering of the glycophospholipid-anchored membrane receptor for 5-methyltctrahydrofolate. J Cell Biol, 111, 2931 -2938.

177. Royle, S. J. (2006) The cellular functions of clathrin. Cell Mol Life Sci, 63, 1823-1832.

178. Russell, P. K. (1999) Vaccines in civilian defense against bioterrorism. Emerg Infect Dis, 5,531-533.

179. Rust, M. J., Lakadamyali, M., Zhang, F. and Zhuang, X. (2004) Assembly of endocytic machinery around individual influenza viruses during viral entry. Nature Structural & Molecular Biology, 11, 567-573.

180. Salcini, A. E„ Chen, H„ lannolo, G., De Camilli. P. and Di Fiore, P. P. (1999) Epidermal growth factor pathway substrate 15, lips 15. Int J Biochem Cell Biol, 31, 805-809.

181. Salonen, A., Ahola, T. and Kaariainen, L. (2005) Viral RNA replication in association with cellular membranes. Current Topics In Microbiology And Immunology, 285, 139173.

182. Sanders, D. A. (2002) No false start for novel pseudotyped vectors. Curr Opin Biotechnol, 13,437-442.

183. Sanguinetti, A. R. and Mastick, C. C. (2003) c-Abl is required for oxidative stress-induced phosphorylation of caveolin-1 on tyrosine 14. Cell Signal, 15, 289-298.

184. Scherer, W. F., Dickerman, R. W., Chia, C. W., Ventura, A., Moorhouse, A. and Geiger, R. (1964) Venezuelan Equine Encephalitis Virus in Veracruz, Mexico, and the Use of Hamsters as Sentinels. Science. 145, 274-275.

185. Schmid, S. L. (1997) Clathrin-coated vesicle formation and protein sorting: an integrated process. Annu Rev Biochem, 66, 511-548.

186. Schmidt, C. W. (2000) Bordering on environmental disaster. Environ Health Perspect, 108, A308-315.

187. Seabra, M. C. (1998) Membrane association and targeting of prenylated Ras-like GTPases. Cell Signal, 10, 167-172.

188. Seabra, M. C. and Wasmeier, C. (2004) Controlling the location and activation of Rab GTPases. Curr Opin Cell Biol, 16,451-457.

189. Segev, N. (2001) Ypt and Rab GTPases: insight into functions through novel interactions. Curr Opin Cell Biol, 13, 500-511.

190. Shope, R. E„ Causey, O. R. and De Andrade, A. I I. (1964) The Venezuelan Equine Encephalomyelitis Complex of Group a Arthropod-Borne Viruses, Including Mucambo and Pixuna from the Amazon Region of Brazil. Am J Trop Med llyg, 13, 723-727.

191. Shukla, D„ Liu, J., Blaiklock, P., Shworak. N. W., Bai, X., Esko, J. D„ Cohen, G. I I., Eisenberg, R. J., Rosenberg. R. I), and Spear. P. G. (1999) A novel role for 3-O-sulfated heparan sulfate in herpes simplex virus 1 entry. Cell, 99, 13-22.

192. Sieczkarski, S. B. and Whittaker. G. R. (2002) Influenza virus can enter and infect cells in the absence of clathrin-mediated cndocytosis. J Virol, 76, 10455-10464.

193. Sieczkarski, S. B. and Whittaker, G. R. (2002) Influenza virus can enter and infect cells in the absence of clathrin-mediated cndocytosis. J Virol, 76, 10455-10464.

194. Silvcrstein, S. C., Steinman, R. M. and Cohn, Z. A. (1977) Endocytosis. Annu Rev Biochem, 46, 669-722.

195. Simons, K. and Toomre, D. (2000) Lipid rafts and signal transduction. Nat Rev Mol Cell Biol, 1,31-39.

196. Simonsen, A., Gaullier, J. M„ D'Arrigo. A. and Stenmark, H. (1999) The Rab5 effector EEA1 interacts directly with syntaxin-6. .1 Biol Chem, 274, 28857-28860.

197. Sivars, U., Aivazian, D. and Pfetter, S. R. (2003) Yip3 catalyses the dissociation of endosomal Rab-GDI complexes. Nature, 425, 856-859.

198. Smart, E. J., Ying, Y., Donzell. W. C. and Anderson, R. G. (1996) A role for caveolin in transport of cholesterol from endoplasmic reticulum to plasma membrane. J Biol Chem, 271,29427-29435.

199. Smit, J. M., Bittman, R. and Wilschut, J. (1999) Low-pH-dependent fusion of Sindbis virus with receptor-free cholesterol- and sphingolipid-containing liposomes. J Virol, 73, 8476-8484.

200. Soldati, Т., Rancano, С., Geissler, H. and Pfeffer, S. R. (1995) Rab7 and Rab9 are recruited onto late endosomes by biochemically distinguishable processes. J Biol Chem, 270,25541-25548.

201. Soldati, Т., Riederer, M. A. and Pfeffer, S. R. (1993) Rab GDI: a solubilizing and recycling factor for rab9 protein. Mol Biol Cell, 4, 425-434.

202. Sonisel Rodman, J. and Wandinger-Ness, A. (2000) Rab GTPases coordinate endocytosis. J Cell Sci, 113 Pt 2, 183-192.

203. Sonnichsen, В., De Renzis, S., Nielsen, E„ Rietdorf, J. and Zerial, M. (2000) Distinct membrane domains on endosomes in the recycling pathway visualized by multicolor imaging of Rab4, Rab5, and Rab 11. J Cell Biol, 149, 901-914.

204. Stahl, P. D. and Barbieri, M. A. (2002) Multivesicular bodies and multivesicular endosomes: the "ins and outs" of cndosomal traffic. Sci STKE, 2002, PE32.

205. Stang, E., Kartenbeck, J. and Parton, R. G. (1997) Major histocompatibility complex class I molecules mediate association of SV40 with caveolae. Molecular Biology Of The Cell, 8, 47-57.

206. Steinman, R. M., Mellman, I. S„ Muller. W. A. and Colin, Z. A. (1983) Endocytosis and the recycling of plasma membrane. J Cell Biol. 96, 1-27.

207. Stenmark, H„ Valencia, A., Martinez, O. Ullrich, 0., Goud. B. and Zerial, M. (1994) Distinct structural elements of rab5 define its functional specificity. The EMBO journal, 13, 575-583.

208. Stroupe, C. and Brunger, A. T. (2000) Crystal structures of a Rab protein in its inactive and active conformations. J Mol Biol, 304, 585-598.

209. Swanson, J. A. and Watts, C. (1995) Macropinocytosis. Trends in Cell Biology, 5, 424428.

210. Takai, Y„ Kaibuchi, K„ Kikuchi, A., Sasaki, T. and Shirataki, H. (1993) Regulators of small G TPases. Ciba Foundation symposium, 176, 128-138; discussion 138-146.

211. Takai, Y., Sasaki, T. and Matozaki, T. (2001) Small GTP-binding proteins. Physiological reviews, 81, 153-208.

212. Tall, G. G„ Barbieri, M. A., Stahl, P. 1). and Horazdovsky. B. F. (2001) Ras-activated endocytosis is mediated by the Rab5 guanine nucleotide exchange activity of RINI. Developmental ccll, 1, 73-82.

213. Thomsen, P., Roepstorff, K., Stahlhut, M. and van Dcurs, B. (2002) Caveolae are highly immobile plasma membrane microdomains, which are not involved in constitutive endocytic trafficking. Mol Biol Cell, 13, 238-250.

214. Trigatti, B. L., Anderson, R. G. and Gerber, G. E. (1999) Identification of caveolin-l as a fatty acid binding protein. Biochem Biophys Res Commun, 255, 34-39.

215. Trowbridge, I. S., Collawn, J. F. and Hopkins, C. R. (1993) Signal-dependent membrane protein trafficking in the endocytic pathway. Annu Rev Cell Biol, 9, 129-161.

216. Tsai, В., Gilbert, J. M., Stehle, Т., Lencer, W., Benjamin, T. L. and Rapoport, T. A. (2003) Gangliosides are receptors for murine polyoma virus and SV40. The EMBO Journal, 22,4346-4355.

217. Ugolini, S„ Mondor, I. and Sattentau, Q. J. (1999) 1-1IV-1 attachment: another look. Trends in Microbiology, 7, 144-149.

218. Uittenbogaard, A. and Smart, E. J. (2000) Palmitoylation of caveolin-l is required for cholesterol binding, chaperone complex formation, and rapid transport of cholesterol to caveolae. J Biol Chcm, 275, 25595-25599.

219. Vashishtha, M., Phalen, T., Marquardt, M. I'., Ryu, .1. S., Ng, A. C. and Kielian, M. (1998) A single point mutation controls the cholesterol dependence of Semliki Forest virus entry and exit. J Cell Biol, 140, 91-99.

220. Vlasak, M., Goesler, I. and Blaas, D. (2005) Human rhinovirus type 89 variants use heparan sulfate proteoglycan for cell attachment. Journal Of Virology, 79, 5963-5970.

221. Vonderheit, A. and Ilelenius. A. (2005) Rab7 associates with early endosomes to mediate sorting and transport of Semliki forest virus to late endosomes. PLoS Biol, 3, e233.

222. Wahlberg, J. M., Boere, W. A. and Garoff, H. (1989) The heterodimeric association between the membrane proteins of Semliki Forest virus changes its sensitivity to low pH during virus maturation. J Virol, 63,4991-4997.

223. Wang, E., Brault, A. C„ Powers, A. M., Kang, W. and Weaver, S. C. (2003) Glycosaminoglycan binding properties of natural Venezuelan equine encephalitis virus isolates. J Virol, 77, 1204-1210.

224. Warnock, D. E. and Schmid. S. L. (1996) Dynamin GTPasc, a force-generating molecular switch. Bioessays, 18, 885-893.

225. Weaver, S. C., Ferro, C„ Ban-era. R„ Boshell, J. and Navarro, J. C. (2004) Venezuelan equine encephalitis. Annu Rev Entomol. 49, 141-174.

226. Weaver, S. C., Salas, R„ Rico-llesse. R. Ludwig, G. V., Oberste, M. S., Boshell, J. and Tesh, R. B. (1996) Re-emergence of epidemic Venezuelan equine encephalomyelitis in South America. VEE Study Group. Lancet. 348, 436-440.

227. White, J. and Helenius, A. (1980) pH-dependcnt fusion between the Semliki Forest virus membrane and liposomes. Proc Natl Acad Sci USA, 77, 3273-3277.

228. Xiao, G. H„ Shoarinejad, F„ Jin, F„ Golemis, E. A. and Yeung, R. S. (1997) The tuberous sclerosis 2 gene product, tubcrin, functions as a Rab5 GTPase activating protein (GAP) in modulating endocytosis. J Biol Chem, 272, 6097-6100.

229. Yamada, E. (1955) The line structure of the gall bladder epithelium of the mouse. J Biophys Biochem Cytol, I, 445-458.

230. Yanagi, Y., Ono, N., Tatsuo, H., Hashimoto, K. and Minagawa, H. (2002) Measles virus receptor SLAM (CD 150). Virology, 299, 155-161.

231. Ybc, J. A., Greene, B„ Liu. S. 11., Plcy. U„ Parham, P. and Brodsky, F. M. (1998) Clathrin self-assembly is regulated by three light-chain residues controlling the formation of critical salt bridges. Embo J. 17. 1297-1303.

232. Young, N. A. and Johnson, K. M. (1969) Antigenic variants of Venezuelan equine encephalitis virus: their geographic distribution and epidemiologic significance. Am J Epidemiol, 89, 286-307.

233. Zaratc, M. L., Scherer, W. F. and Dickerman, R. W. (1970) Venezuelan equine encephalitis virus as a human infection determinant. Description of a fatal case occurring in Jaltipan, Ver., in 1965. Rev Invest Salud Publica. 30, 296-302.

234. Zerial, M. and MeBride, H. (2001) Rab proteins as membrane organizers. Nat Rev Mol Cell Biol, 2, 107-117.

235. Zhong, Q., Lazar, C. S., Tronchere, H., Sato, T., Meerloo, T., Yeo, M., Songyang, Z., Emr, S. D. and Gill, G. N. (2002) Endosomal localization and function of sorting nexin 1. Proc Natl Acad Sci USA, 99, 6767-6772.

236. Zhu, G., Zhai, P., Liu, J., Terzyan, S., Li, G. and Zhang, X. C. (2004) Structural basis of Rab5-Rabaptin5 interaction in endocytosis. Nat Struct Mol Biol, 11, 975-983.

237. Zhu, N. L„ Cannon, P. M„ Chen, D. and Anderson, W. F. (1998) Mutational analysis of the fusion peptide of Moloney murine leukemia virus transmembrane protein pI5E. J Virol, 72, 1632-1639.