Голые лобозные амебы рода Korotnevella Goodkov, 1988 (Amoebozoa, Paramoebidae): систематика, биоразнообразие и ДНК-баркодинг тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.04, кандидат наук Удалов, Илья Андреевич

• Удалов, Илья Андреевич
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Удалов, Илья Андреевич

Оглавление

Введение

Актуальность и степень разработанности темы исследования

Цель и задачи исследования

Научная новизна работы

Основные положения, выносимые на защиту

Теоретическая и практическая значимость

Апробации

Публикации

Структура

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Основные понятия, используемые при описании морфологии амеб рода Кого1пеуе11а

1.2. История изучения рода КогоШеуеПа и близких родов амеб семейства РагашоеЫёае

1.3. Положение семейства РагашоеЫёае в современной системе ЛшоеЬо2оа и его таксономический состав

Глава 2. Материал и методики

2.1. Отбор проб и установление клональных культур

2.2. Световая микроскопия

2.3. Просвечивающая электронная микроскопия

2.4. Сканирующая электронная микроскопия

2.5. Морфометрия

2.6. Выделение ДНК, секвенирование и молекулярно-филогенетический анализ

Глава 3. Результаты

3.1. Описания изученных штаммов

3.2. Обнаружение стадии цисты в жизненном цикле Кого1пеуе11а и описание нового типа строения оболочки цисты для голых лобозных амеб

3.3. Молекулярно-филогенетический анализ представителей семейства РагашоеЫёае по гену 18Б рРНК

3.4. Изменчивость сиквенсов 5' фрагмента гена СОХ1 и молекулярно-филогенетический анализ по этому гену (роды КогоШеуеПа и Р8еыёорагашоеЬа)

Глава 4. Обсуждение

4.1. Подготовка материалов для ревизии таксономического состава рода Korotnevella

4.2. Таксономическое положение вида Р8еыёорагатоеЬа microlepis

4.3. Стадия цисты у видов рода Korotnevella

4.4. Эволюция покровных структур в пределах семейства РагашоеЫёае

4.5. Оценка возможности использования гена СОХ1 в качестве ДНК-баркода для идентификации видов родов Korotnevella и Pseudoparamoeba и генетическая структура вида у амеб рода Korotnevella

Основные полученные результаты

Выводы

Заключение

Благодарности

Список литературы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Голые лобозные амебы рода Korotnevella Goodkov, 1988 (Amoebozoa, Paramoebidae): систематика, биоразнообразие и ДНК-баркодинг»

Введение

Актуальность и степень разработанности темы исследования

Виды рода Korotnevella известны исследователям достаточно давно, описания первых валидных видов, в настоящее время входящих в его состав, Mayorella bulla и Astramoeba stella, появились еще в первой половине XX века (Schaeffer, 1926). Вид Paramoeba eilhardi из ближайшего к Korotnevella рода Paramoeba был описан еще раньше (Schaudinn, 1896). Род Korotnevella в его современном понимании был установлен Пэйджем (Page, 1981), когда в результате электронно-микроскопических исследований стало понятно, что ранее считавшийся гомогенным род Mayorella в действительности объединяет две различных группы амеб.

Первая группа имела в составе клеточных покровов чешуйки, для нее Пэйдж сохранил название «Mayorella» (как впоследствии оказалось, ошибочно). Для второй группы, представители которой обладали многослойными клеточными покровами, им был установлен новый род Hollandella. Однако вскоре выяснилось, что типовой вид рода Mayorella, M. bigemma, скорее всего, имеет многослойные клеточные покровы, так называемую «кутикулу» (Page 1983b). Поэтому Пэйдж (Page, 1983a) предложил сохранить родовое название Mayorella для имеющих «кутикулу» амеб и использовать родовое название Dactylamoeba Korotneff, 1880 для амеб, имеющих чешуйки. Однако типовой вид рода Dactylamoeba, D. elongata, описан весьма кратко и не может быть надежно реизолирован, поэтому достоверно установить строение его клеточных покровов невозможно. В связи с этим в 1988 году Гудковым (1988) было предложено заменить родовое название Dactylamoeba на современное название рода — Korotnevella.

В настоящее время известно 12 видов рода Korotnevella — 3 морских (Smirnov, 1996-97; O'Kelly et al., 2001) и 9 пресноводных (Schaeffer, 1926; Smirnov, 1999; Udalov, 2015, 2016; Udalov et al., 2016; Van Wichelen et al., 2016).

Однако наличие в литературе большого количества светомикроскопических описаний коротневелла-подобных амеб (Bovee, 1953b, 1953c, 1953d, 1970a; Page, 1991) говорит о том, что реальное биоразнообразие этого рода отнюдь не исчерпывается двенадцатью описанными видами.

В современной системе голых лобозных амеб (Smirnov et al., 2011b) род Korotnevella относят к семейству Paramoebidae. В это семейство также входят роды Paramoeba, Neoparamoeba, Pseudoparamoeba и Cunea (Kudryavtsev et al., 2011; Kudryavtsev, Pawlowski, 2015). Представители рода Korotnevella являются амебами дактилоподиального морфотипа (Bovee, 1953a; Smirnov, Goodkov, 1999; Smirnov, Brown, 2004). В процессе локомоции эти амебы формируют прозрачные пальцевидные субпсевдоподии, так называемые дактилоподии. Клетка покрыта чешуйками, причем чешуйки покрывают всю ее поверхность целиком, не оставляя никаких специализированных участков свободных от чешуек (в отличие от амеб из рода Cochliopodium). Амебы одноядерные, размножаются бинарным делением. До недавнего времени, согласно литературным данным (Page 1983a, 1988; Smirnov, 1996-97, 1999; O'Kelly et al., 2001), считалось, что представители рода Korotnevella не образуют цист.

Одной из основных проблем систематики голых лобозных амеб является ограниченное количество признаков, которые могут быть использованы для описания и идентификации видов этой группы протистов (Bovee, 1953a; Page 1983a, 1988; Smirnov, Goodkov, 1999; Smirnov, Brown, 2004). В состав клеточного покрова амеб рода Korotnevella входят чешуйки, форма и размер которых считаются видоспецифичными (Pennick, Goodfellow, 1975; Page, 1981; Smirnov, 1996-97, 1999; O'Kelly et al., 2001; Van Wichelen et al., 2016). Таким образом, коротневеллы являются одним из немногих родов амеб, имеющих четкий признак, позволяющий различать их морфологические виды.

Korotnevella — не единственный род амеб, имеющих чешуйки в составе клеточных покровов. Чешуйки также входят в состав клеточных покровов амеб рода Paramoeba и (как показано в нашей работе) Pseudoparamoeba. Однако самым известным и хорошо изученным родом амеб из числа имеющих чешуйки является

род Cochliopodium (Bark, 1973; Kudryavtsev, 1999a, b, 2000, 2005, 2006, 2014; Kudryavtsev, Smirnov, 2006; Kudryavtsev et al., 2004; Tekle et al., 2013, 2015; Anderson, Tekle, 2013; Geisen et al., 2014). Чешуйки представителей этого рода долгое время считались видоспецифичными, однако недавние исследования показали, что в отдельных случаях различные виды рода Cochliopodium могут иметь практически идентичное строение чешуек. Так, C. minus (штамм CPE) и C. plurinucleolum имеют практически идентичные чешуйки; в то же время сиквенсы генов 18S рРНК и COX1 этих видов никогда не группируются на филогенетических деревьях (Geisen et al., 2014). Виды Cochliopodium minus (штамм CCAP1437/1A) и C. pentatrifurcatum, напротив, имеют практически идентичные сиквенсы гена COX1 и в то же время сильно различающиеся по своей структуре чешуйки (Tekle, 2014). Обнаружение подобных случаев говорит о необходимости дальнейшего исследования вопроса о соотношении морфологических признаков и филогенетических связей в пределах видов и родов амеб, имеющих чешуйки, одним из которых является род Korotnevella.

Выполненное нами исследование позволит продвинуться в понимании закономерностей эволюции высокодифференцированных покровных структур амеб семейства Paramoebidae, понять основные этапы возникновения и видоизменения чешуек амеб рода Korotnevella, а также оценить возможность использования строения чешуек для идентификации видов коротневелл. Наша работа позволяет провести первую оценку возможностей использования генов 18S рРНК и гена COX1 в качестве ДНК-баркодов для идентификации видов коротневелл и получить первые представления о генетической структуре морфологического вида в пределах этого рода амеб. Данная работа существенно расширяет представления о разнообразии и филогении амеб рода Korotnevella и подтверждает, что существенная часть видов голых лобозных амеб в природных местообитаниях до сих пор остается неизученной и неописанной.

Цель и задачи исследования

Цель данной работы — изучить биоразнообразие, систематику и филогению амеб рода Korotnevella, а также оценить возможность использования гена COX1 в качестве ДНК-баркода для идентификации видов в пределах этого рода амеб.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Изолировать штаммы амеб, относящихся к роду Korotnevella, из природных местообитаний, установить их клональные культуры.

2. Изучить обнаруженные штаммы методами световой и электронной микроскопии. Идентифицировать их как уже известные виды или описать их как виды, новые для науки.

3. Амплифицировать и секвенировать гены 18S рРНК и COX1 имеющихся штаммов и провести филогенетический анализ.

4. Сопоставить имеющиеся данные по строению чешуек с полученными филогенетическими деревьями. Реконструировать возможные пути эволюции чешуек в пределах рода Korotnevella и всего семейства Paramoebidae. Оценить надежность использования строения чешуек для различения видов и родов амеб этого семейства.

5. Проанализировать изменчивость гена COX1, оценить возможность его использования в качестве ДНК-баркода для идентификации морфологических видов и изучения генетической структуры вида амеб рода Korotnevella.

Научная новизна работы

Методами световой и электронной микроскопии изучено 15 штаммов амеб. Четырнадцать из них относятся к роду Korotnevella и один — к роду Pseudoparamoeba. Описано 13 видов, из них только один относится к ранее описанному виду Korotnevella stella, остальные 12 видов являются новыми для науки. Для шести видов впервые получены сиквенсы гена 18S рРНК, а для 12 — первые сиквенсы 5' фрагмента гена COX1.

Ранее считалось, что роды Korotnevella и Pseudoparamoeba различаются строением клеточных покровов. Описанный нами новый вид рода Pseudoparamoeba, P. microlepis, имеет чешуйкоподобные структуры в составе клеточных покровов, напоминающие гликостили P. pagei, однако в составе этих структур нами не было обнаружено гексагонального основания, характерного для P. pagei. На основании полученных нами новых данных нами был расширен диагноз рода Pseudoparamoeba с учетом наличия чешуйкоподобных структур у нового вида.

Впервые было показано наличие стадии цисты в жизненном цикле амеб рода Korotnevella. При этом в составе оболочки цисты были обнаружены чешуйки, структура которых радикально отличалась от таковой чешуек трофозоитов. Подобные структуры — чешуйки цисты — не были ранее известны для других лобозных амеб и вероятно являются уникальными для этой группы протистов.

Нами была модифицирована классификация чешуек видов рода Korotnevella, созданная ранее О'Келли с соавторами (O'Kelly et al., 2001). Данные о морфологии чешуек были наложены на филогенетическое дерево рода, на основании чего впервые был предложен один из возможных сценариев эволюции клеточных покровов в пределах семейства Paramoebidae.

Подтверждена гипотеза о том, что чешуйки являются видоспецифичными и позволяют различать морфологические виды коротневелл. Впервые было показано, что ген COX1 является хорошим ДНК-баркодом для идентификации морфологических видов рода Korotnevella, о чем свидетельствует наличие так называемого «barcoding gap» (разницы между генетическими расстояниями в пределах вида и между видами), значение которого составило 2,88%.

Получены первые данные о генетической структуре видов Korotnevella stella и K. heteracantha. В пределах этих морфологических видов выявлено по четыре генетических линии — молекулярные операциональные таксономические единицы (MOTU). У вида K. stella одни и те же MOTU были изолированы из нескольких местообитаний, в то время как все MOTU, представляющие вид

K. heteracantha, являются эндемичными для каждого из изученных местообитаний.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Биоразнообразие амеб рода Korotnevella изучено недостаточно, значительную часть его составляют виды с похожими (но не идентичными) по строению чешуйками.

2. Корректно провести границу между родами амеб семейства Paramoebidae можно только используя молекулярно-филогенетические данные.

3. Виды амеб рода Korotnevella отличаются друг от друга по строению чешуек, однако установить их родственные связи и реконструировать эволюцию чешуек по морфологическим данным невозможно, для этого необходимо привлечение в анализ молекулярных данных.

4. На генетическом уровне локальные популяции амеб рода Korotnevella представлены ограниченным набором генетических линий (MOTU). Генетическая структура вида у амеб рода Korotnevella, по всей видимости, схожа с таковой у других изученных родов голых амеб.

Теоретическая и практическая значимость

Полученные в настоящей работе данные могут быть использованы для проведения ревизии семейства Paramoebidae. При этом должны учитываться как данные световой, просвечивающей и сканирующей электронной микроскопии, так и данные, полученные с помощью молекулярно-филогенетического анализа. Результаты нашей работы могут быть использованы для идентификации видов амеб родов Korotnevella и Pseudoparamoeba в эколого-фаунистических исследованиях, работах природоохранной направленности, а также при подготовке курсов, реализуемых в рамках соответствующих учебных программ бакалавриата, магистратуры и аспирантуры.

Апробации

Результаты работы были доложены на VII Европейском Протистологическом конгрессе, Севилья, Испания (2015), Международном Протистологическом форуме «PROTIST-2016», Москва, Россия (2016), а также на научных семинарах кафедры зоологии беспозвоночных СПбГУ.

Публикации

По теме диссертации опубликовано 6 работ. Из них 5 в журналах из списка, рекомендованного ВАК, в том числе 4 — на английском языке в журналах, входящих в списки WOS и Scopus.

Структура

Диссертация состоит из введения, четырех глав («Обзор литературы», «Материал и методики», «Результаты» и «Обсуждение»), краткого изложения основных полученных результатов, выводов, заключения и списка литературы. Общий объем составляет 229 страниц. Работа проиллюстрирована 64 рисунками и 6 таблицами. Список литературы содержит 126 источников, из них 121 на иностранных языках.

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Основные понятия, используемые при описании морфологии амеб

рода Korotnevella

При описании светомикроскопической морфологии амеб мы использовали терминологию, предложенную в ряде основополагающих работ по голым лобозным амебам (Page, 1988; Смирнов, Гудков, 2000; Smirnov, Brown, 2004).

Локомоторной формой называют активно и направленно перемещающуюся в течение продолжительного времени амебу. При локомоции клетка амебы демонстрирует динамически стабильные особенности морфологии (рис. 1В, Г), в отличие от ненаправленно и медленно перемещающихся (рис. 1Б) или неподвижно сидящих на субстрате клеток (рис. 1А). Задний конец направленно перемещающейся амебы носит название уроид. Он может быть гладким, а может формировать различные структуры; во втором случае говорят о наличии дифференцированных уроидных структур (рис. 1В). Амеба может открепляться и в течение продолжительного времени парить, пассивно перемещаясь вместе с токами воды, образуя так называемую флотирующую форму. В этом случае клетка часто подразделена на центральную цитоплазматическую массу и несколько отходящих от нее псевдоподий (рис. 1Д).

Цитоплазму клетки амеб подразделяют на оптически прозрачную и не содержащую включения и органеллы гиалоплазму и содержащую включения, органеллы и ядро гранулоплазму (рис. 1В, Г). Амебы рода Korotnevella не образуют отдельных дискретных псевдоподий в процессе локомоции клетки. В процессе локомоции клетки амеб этого рода перемещаются как единое целое. При этом вдоль переднего, лидирующего края клетки образуется так называемая фронтальная зона гиалоплазмы, зачастую продолжающаяся далее по

направлению к заднему концу клетки в виде тонкой латеральной гиалиновой каймы. Из фронтальной зоны гиалоплазмы образуются выросты гиалоплазмы, субпсевдоподии (рис. 1Г). У коротневелл и ряда близких родов (Paramoeba, Neoparamoeba, Pseudoparamoeba) субпсевдоподии тонкие, пальцевидные и тупые на концах. Субпсевдоподии такого типа часто называют дактилоподиями. Субпсевдоподии никогда не включают в свой состав гранулоплазму и не участвуют в локомоции клетки, в отличие от настоящих псевдоподий. Псевдоподии флотирующих клеток, также как и субпсевдоподии, состоят из гиалоплазмы.

При описании чешуек, входящих в состав клеточных покровов видов рода Korotnevella, мы использовали терминологию из статьи О'Келли с соавторами (O'Kelly et al., 2001). Крупные чешуйки, лодочковидной формы, включающие в свой состав систему балок, поддерживающих ободок более или менее сложного строения (также в состав таких чешуек могут входить сетчатые структуры), мы называем корзинковидными чешуйками («basket scales») (рис. 1Е). Мелкие чешуйки, состоящие из овального основания, окруженного невысоким бортиком, носят название блюдцевидные чешуйки («dish-shaped scales») (рис. 1Ж). В состав корзинковидных чешуек входит основная часть, которая непосредственно контактирует со слоем аморфного гликокаликса и имеет овальную форму, — базальная пластина («basal plate»). Над базальной пластиной расположен так называемый перфорированный борт («fenestrated flange») с рядом отверстий. Вдоль верхнего края чешуйки идет ободок. Часто от ободка берет начало сетчатая структура с несколькими рядами отверстий, так называемая сетчатая корзинка («latticework basket» по Page, 1981). Сетчатая корзинка может иметь незамкнутое дно и содержать два ряда отверстий (как у видов K. bulla и K. monacantholepis), а может быть замкнутой и иметь форму сетчатого гамака (как, например, у вида K. stella). Ободок и сетчатую корзинку обычно поддерживают вертикальные колонки («vertical columns»). Вертикальные колонки, располагающиеся на концах чешуйки, носят название апикальных, а располагающиеся по бокам — латеральных вертикальных колонок. От верхней части апикальных колонок

могут отходить шипы. Чешуйки, имеющие овальное основание с отходящим из его центра коническим шипом, в данной работе мы называем чешуйки в форме сомбреро.

Рис. 1. Особенности морфологии клетки голых лобозных амеб рода Korotnevella (А-Д) и строение чешуек (Е, Ж). А-Г. Светомикроскопические фотографии Korotnevella limbata Udalov, 2015. Фазовый контраст. А. Неподвижная клетка. Б. Ненаправленно перемещающаяся клетка. В, Г. Локомоторные формы. Д. Штриховой рисунок флотирующей формы K. limbata. Е, Ж. Реконструкции строения чешуек Korotnevella bulla (Schaeffer, 1926) (из Page, 1981, с изменениями). Е. Корзинковидная чешуйка. Ж. Блюдцевидная чешуйка. Сокращения: апикальная вертикальная колонка (АК), базальная пластина (БП), гиалоплазма (ГИ), гранулоплазма (ГР), латеральная вертикальная колонка (ЛК), ободок (О), перфорированный борт (ПБ), псевдоподии флотирующей формы (ПФФ), сетчатая корзинка (СК), субпсевдоподии (СП), бульбовидный уроид (У), центральная масса цитоплазмы клетки, шип (Ш). Масштабная черта: А-Д — 10 мкм, Е — 0,25 мкм, Ж — 0,05 мкм.

1.2. История изучения рода Korotnevella и близких родов амеб

семейства Paramoebidae

Первое описание амебы, напоминающей по морфологии клетки виды рода Korotnevella, по-видимому, принадлежит Коротневу (Korotneff, 1880). Этот вид был назван им Dactylamoeba elongata (рис. 2). Родовое название этой амебы отсылает к характерной пальцевидной форме конических субпсевдоподий, описанной и изображенной Коротневым на его рисунке. Коротнев отметил разделение цитоплазмы на гиалоплазму и гранулоплазму. Также автор обратил внимание на то, что конические субпсевдоподии абсолютно прозрачны (то есть состоят из гиалоплазмы), сосредоточены в передней части клетки и направлены в сторону движения амебы. Гиалоплазма окружала гранулоплазму со всех сторон, сужаясь в задней части клетки до тонкой каймы. Для этого вида было описано наличие сократительных вакуолей, причем, согласно описанию автора, их положение было постоянным: одна вакуоль находилась в гиалоплазме, а другая в той части клетки, где начиналась зона гранулоплазмы. Коротнев не описал ядро у этого вида, однако справедливо отметил, что возможно оно присутствовало в клетке, однако было замаскировано большим количеством гранул, находящихся в цитоплазме. Несмотря на то, что описанная и изображенная Коротневым амеба вполне могла относиться к роду Korotnevella, степень детализации рисунка и описания не позволяют соотнести этот вид с каким-либо валидным видом этого рода или видами других, сходных по морфологии локомоторной формы, родов (например, Mayorella).

j ш.

Kjm

Ч Я а

I

Рис. 2. Оа^уШшоеЬа elongata КогоШеГ:^ 1880 (из КогоШеГ^ 1880).

В 1896 году Шаудинном (БеЬаиётп, 1896) была описана амеба из морского аквариума в Берлине, форма клетки которой напоминала таковую Оа^у1ашоеЬа elongata: для нее также было характерно наличие тупоконечных лобозных псевдоподий, отходящих от края «диска» (то есть клетки); псевдоподии были относительно короткие и длина их редко превышала половину диаметра клетки (рис. 3А). Наиболее примечательной особенностью строения клетки этого вида было наличие структуры, находящейся рядом с ядром, которую Шаудинн назвал «№Ьепкбгрег» («парасома») (рис. 3А). Он дал амебе видовой эпитет еНИатШ (в честь Франца Эйлхарда Шульце) и установил для нее новый род РагашовЬа. Шаудинн описал жизненный цикл Р. ейкагШ со стадией цисты. В цисте, согласно наблюдением автора, происходило множественное деление ядер и парасом, вокруг которых затем обособлялась цитоплазма (процесс, напоминающий мерогонию и спорогонию Лр1еошр1еха). В результате этого процесса происходило образование двужгутиковых стадий, содержащих ядро и парасому (рис. 3Б-Л). Впоследствии эти наблюдения не были подтверждены другими исследователями

(Grell, 1961).

Рис. 3. Paramoeba eilhardi Schaudinn, 1896 (из Chatton, 1953). А. Трофозоит. Б-Г. Споронты. Д-Л. Жгутиковая стадия. Сокращения: парасома (П), ядро (Я).

Яницкий (Janicki, 1912, 1928, 1932) включил в род Paramoeba два вида амеб, ранее описанных Грасси (Grassi, 1881) как Amoeba pigmentifera и Amoeba chaetognathi на основании того, что те имели парасому. Оба вида были паразитами щетинкочелюстных. Яницкий считал парасому ядром и поэтому дал ей свое название «nucleus secundus». Впоследствии Шаттон (Chatton, 1953) основываясь на том, что в отличие от Paramoeba eilhardi P. pigmentifera и P. chaetognathi имеют лимаксную локомоторную форму с виллозно-бульбовидным уроидом (рис. 4), выделил эти два вида в отдельный род Janickina.

Рис. 4. Janickina pigmentifera (Grassi, 1881) Chatton, 1953. Локомоторная форма лимаксного типа (из Chatton, 1953). Сокращения: парасома (П), ядро (Я), виллозно-бульбовидный уроид (У).

Впоследствии исследователи давали парасоме различные названия: «Nebenkern» (Minchin, 1922), «paranucleus» (Faria et al., 1922), «amphosome» (Hollande, 1940; Chatton, 1953), «secondary nucleus» (Kudo, 1966; Sprague et al., 1969) и «parasome» (Page, 1970; Hollande, 1980). Долгое время они рассматривали парасому, как «паразитическое» или «вторичное ядро», то есть как органеллу в составе клетки (Janicki, 1912; Chatton, 1953; Grell, 1961; Kudo, 1966; Sprague et al., 1969). Исследования тонкого строения клетки амеб рода Paramoeba (Grell, Benwitz, 1970; Perkins, Castagna, 1971) показали, что парасома в действительности является не ядром, а симбиотическим организмом; эту точку зрения впоследствии поддержал Пэйдж (Page, 1973). В 1980 году Олланд (Hollande, 1980), изучив тонкое строение амебы Janickina pigmentifera и ее симбионта, обнаружил в составе последнего кинетопласт. Таким образом, Олланд пришел к выводу, что симбионт Janickina, по всей видимости, принадлежит к таксону Kinetoplastida. Олланд описал его как новый вид нового рода, Perkinsiella amoebae. Впоследствии молекулярно-филогенетические исследования полностью подтвердили гипотезу Олланда: сиквенс гена 18S рРНК парасомы сгруппировался с высокой бутстрэп-поддержкой с примитивным представителем кинетопластид Ichtyobodo necator (Dykova et al., 2003). Авторы изучили симбионтов, ассоциированных с видами рода Neoparamoeba (об установлении этого рода читайте далее по тексту), и не имели возможности сравнить их с таковыми рода Janickina. В связи с этим обстоятельством для этих симбионтов ими было предложено название «Perkinsiella amoebae-like organisms» (PLO). Позднее было обнаружено, что Олланд использовал родовое название, которое уже было преокупировано для рода австралийских цикадок Perkinsiella Kirkaldy, 1903 (Hemiptera, Delphacidae) (Caraguel et al., 2007; Dykova et al., 2008). В связи с этим Диковой с соавторами было предложено заменить младший омоним названием Perkinsela, а для самих симбионтов использовать название «Perkinsela amoebae-like organism» (Dykova et al., 2008).

В 1913 году Похэ (Poche, 1913) установил для рода Paramoeba (куда на тот момент входили и два вида рода Janickina) отдельное семейство Paramoebidae на

основании того, что амебы этого рода «имеют два неодинаковых ядра». Похэ не придавал значения особенностям формы клетки и псевдоподий и никак не отразил это в своем диагнозе. Более того, он включил в него присутствие в жизненном цикле жгутиковой стадии, ошибочно описанной Шаудинном.

В 1966 году Грэлль и Бенвитц (Grell, Benwitz, 1966) опубликовали короткое сообщение, посвященное строению клеточных покровов Paramoeba eilhardi. Авторы обнаружили, что кнаружи от клеточной мембраны находятся «на удивление регулярно построенные структурные элементы», которые они обозначили как «коробочки» («Kästchen»). Структуры такого типа были описаны для голых лобозных амёб в этой работе впервые. В более поздних работах их стали обозначать как «scales», то есть «чешуйки» (Bark, 1973; Pennick, Goodfellow, 1975). Чешуйки были 330-370 нм в длину и 150 нм в высоту. Сравнив множество перерезанных под разными углами чешуек, Грэлль и Бенвитц создали их детальную реконструкцию (рис. 5).

В 1970 году Грэлль и Бенвитц (Grell, Benwitz, 1970) опубликовали описание общей ультраструктуры клетки P. eilhardi. Они обнаружили чешуйки в везикулах аппарата Гольдки и заключили, что чешуйки синтезируются в этой органелле, а затем выводятся на поверхность плазматической мембраны путем экзоцитоза. Впоследствии постепенное формирование чешуек в везикулах аппарата Гольджи было показано для амеб рода Cochliopodium, которые имеют чешуйки в составе клеточных покровов на дорзальной стороне клетки (Yamaoka et al., 1984). Также Грэллем и Бенвитц был изучен штамм, очень похожий по своей морфологии на Paramoeba eilhardi и имеющий идентичные с ней чешуйки, однако лишенный парасомы.

Позднее Андерсон (Anderson, 1977) описал амебу, найденную на колониальных цианобактериях Trichodesmium thiebautii, собранных в Саргассовом море. Эта амеба имела чешуйки, идентичные по своей структуре таковым P. eilhardi. В то же время в ее цитоплазме отсутствовала парасома. Ядро на срезах имело компактное электронно-плотное ядрышко. Цитоплазма содержала митохондрии с трубчатыми кристами, аппарат Гольджи, микротельца, гладкую

ЭПР и многочисленные везикулы. Некоторые вакуоли содержали делящиеся бактериальные клетки, что позволило автору предположить, что они могут сохраняться интактными какое-то время, а затем перевариваться при необходимости. Другие вакуоли были идентифицированы как пищеварительные, так как в них находились бактерии на разных стадиях разрушения. Андерсон показал, что эти вакуоли на ранней стадии образования, помимо бактерий, содержат в себе чешуйки. Вакуоли, в которых бактериальные клетки находились на стадии переваривания, были лишены чешуек. Таким образом, по-видимому, в ходе образования фагосом происходит захват пищи вместе с чешуйками, без предварительной разборки клеточных покровов, как у амеб из родов Pellita (Smirnov, Kudryavtsev, 2005) и Dermamoeba (Smirnov et al., 2011a). Аналогичная ситуация ранее была показана для вида Chaos carolinense, имеющего филаментозный гликокаликс (Daniels, 1973). Чешуйки амебы, изученной Андерсоном, хотя и несколько отличались по размеру от описанных Грэллем и Бенвитц (длина 300 нм и высота 200 нм), имели сопоставимые с ними размеры. Андерсон предложил гипотезу о возможном функциональном предназначении чешуек. Согласно ей чешуйки могут способствовать улавливанию бактерий до начала фагоцитоза, а также заякориванию амебы на субстрате.

Рис. 5. Реконструкция чешуйки Paramoeba eilhardi Schaudinn, 1896 (из Grell, Benwitz, 1966).

В 1966 году Спрэг и Беккет (Sprague, Beckett, 1966) описали болезнь голубого краба Callinectes sapidus в Вирджинии и Мэриленде в США. Ее характерным признаком был серый цвет брюшка и конечностей, из-за чего она получила название «gray crab disease». В гемолимфе зараженных крабов содержалось большое количество амеб. Позже те же авторы идентифицировали этого паразита, как вид рода Paramoeba (Sprague, Beckett, 1968). Спрэг с соавторами (Sprague et al., 1969) провели светомикроскопическое исследование штамма Paramoeba eilhardi и штамма, изолированного из Callinectes sapidus. Авторы пришли к заключению, что последний вид является новым для науки, отличаясь от P. eilhardi меньшим числом псевдоподий, которые к тому же были менее четко выражены, меньшими размерами клетки и паразитическим образом жизни. Новый вид был назван Paramoeba perniciosa («perniciosa», лат. — «опасная»). Ультраструктура этого вида впоследствии была изучена Перкинзом и Кастагна (Perkins, Castagna, 1971).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Удалов, Илья Андреевич, 2017 год

Список литературы

1. Гудков А. В. 1988. Korotnevella nom. n. (Gymnamoebia, Paramoebidae) — новое родовое название для майорелла-подобных амеб, имеющих на своей поверхности чешуйки / А. В. Гудков // Зоол. ж. — 1988. — T. 67. № 11. C. 1728—1730.

2. Гудков А. В., Буряков В. Ю. 1988. Mayorella dactylifera sp. n. (Gymnamoebia, Paramoebidae) и краткий обзор морских видов майорелл / А. В. Гудков, В. Ю. Буряков // Зоол. ж. — 1988. — T. 67. № 6. C. 927—931.

3. Пиневич А. В. 2006. Микробиология. Биология прокариотов: Учебник / А. В. Пиневич. — СПб: Изд-во С.-Петерб. ун-та. 2006. — 352 с.

4. Смирнов А. В., Гудков А. В. 2000. Подкласс Gymnamoebia / А. В. Смирнов, А.

B. Гудков // Протисты: Руководство по зоологии. Ч. 1. — СПб: Наука. 2000. —

C. 451—467.

5. Уикли Б. 1975. Электронная микроскопия для начинающих / Б. Уикли. — М.: Мир. 1975. — 324 с.

6. Abràmoff M. D. 2004. Image processing with ImageJ / M. D. Abràmoff, P. J. Magalhâes, S. J. Ram // Biophotonics International. — 2004. — Vol. 11. Is. 7. P. 36—42.

7. Anderson O. R. 1977. Fine structure of a marine amoeba associated with a blue-green alga in the Sargasso Sea / O. R. Anderson // J. Protozool. — 1977. — Vol. 24. P. 370—376.

8. Anderson O. R., Tekle Y. I. 2013. A description of Cochliopodium megatetrastylus n. sp. isolated from a freshwater habitat / O.R. Anderson, Y. I. Tekle // Acta Protozool.

— 2013. — Vol. 52. P. 55—64.

9. Bark A. W. 1973. A study of the genus Cochliopodium Hertwig and Lesser 1874 / A. W. Bark // Protistologica. — 1973. — Vol. 9. P. 119—138.

10. Bovee E. C. 1951. The non-existence of and suggested abolishment of Amoeba radiosa as a separate and taxonomically valid species / E.C. Bovee // Proc. Amer. Soc. Protozool. — 1951. — Vol. 2. P. 5.

11. Bovee E. C. 1953a. Morphological identification of free-living amoebida / E.C. Bovee // Proc. Iowa Acad. Sci. — 1953. — Vol. 60. P. 599—615.

12. Bovee E. C. 1953b. A redescription of Amoeba saphirina Penard 1902, transferring it to Subulamoeba nov. gen. as type species, family Mayorellidae, order Amoebida / E.C. Bovee // T. Am. Microsc. Soc. — 1953. — Vol. 72. P. 17—23.

13. Bovee E. C. 1953c. Oscillosignum nov. gen. proboscidium nov. sp., type form of its genus, family Mayorellidae, order Amoebida / E.C. Bovee // T. Am. Microsc. Soc.

— 1953. — Vol. 72. P. 328—332.

14. Bovee E. C. 1953d. A new amoeba, Oscillosignum dakotaensis nov. sp. from the Red River of North Dakota / E.C. Bovee // T. Am. Microsc. Soc. — 1953. — Vol. 72. P. 333—336.

15. Bovee E. C. 1970a. The lobose amebas. I. A key to the suborder Conopodina Bovee and Jahn, 1966 and descriptions of thirteen new and little known Mayorella species / E.C. Bovee // Arch. Protistenkd. — 1970. — Vol. 112. P. 178—227.

16. Bovee E. C. 1970b. The Lobosia / E.C. Bovee // Handbook for identification of Protozoa — New York: Reinhold Press. 1970.

17. Cann J. P. 1981. An ultrastructural study of Mayorella viridis (Leidy) (Amoebida: Paramoebidae), a rhizopod containing zoochlorellae / J. P. Cann // Arch. Protistenkd. — 1981. — Vol. 124. P. 353—360.

18. Cann J. P., Page F. C. 1982. Fine structure of small free-living Paramoeba (Amoebida) and taxonomy of the genus / J. P. Cann, F.C. Page // J. Mar. Biol. Assoc. U.K. — 1982. — Vol. 62. P. 25—43.

19. Caraguel C. G. B. 2007. Microheterogeneity and coevolution: an examination of rDNA sequence characteristics in Neoparamoeba pemaquidensis and its prokinetoplastid endosymbiont / C. G. B. Caraguel, C. J. O'Kelly, P. Legendre, S. Frasca, R. J. Gast, B. M. Després, R. J. Cawthorn, S. J. Greenwood // J. Eukaryot. Microbiol. — 2007. — Vol. 54. Is. 5. P. 418—426.

20. Cavalier-Smith T. 2016. 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution / T. Cavalier-Smith, E. E. Chao, R. Lewis // Mol. Phylogenet. Evol. — 2016. — Vol. 99. P. 275—296.

21. Cavalier-Smith T. 2004. Molecular phylogeny of Amoebozoa and the evolutionary significance of the unikont Phalansterium / T. Cavalier-Smith, E. E.-Y. Chao, B. Oates // Eur. J. Protistol. — 2004. — Vol. 40. Is. 1. P. 21—48.

22. Chatton E. 1953. Class des Lobosa Leidy, 1879. Ordre des Amoebiens nus ou Amoebae / E. Chatton // Traité de Zoologie, T. I, Fasc. 2. — Paris: Masson et Cie. 1953. — P. 5—91.

23. Daniels E. W. 1973. Ultrastructure / E.W. Daniels // The Biology of Amoeba. — London: Academic Press. 1973. — P. 125—169.

24. Dürrschmidt M., Patterson D. J. 1987. On the organization of the Heliozoa Raphidiophrys ambigua Penard and R. pallida Schulze / M. Dürrschmidt, D. J. Patterson // Ann. Sci. Nat. Zool. — 1987. — Vol. 8. P. 135—155.

25. Dykova I. 1998. Cochliopodium minus, a scale-bearing amoeba isolated from organs of perch Perca fluviatilis / I. Dykova, J. Lom, B. Machackova // Dis. Aquat. Organ. — 1998. — Vol. 34. P. 205—210.

26. Dykova I. 2008. Neoparamoeba spp. and their eukaryotic endosymbionts similar to Perkinsela amoebae (Hollande, 1980): Coevolution demonstrated by SSU rRNA gene phylogenies / I. Dykova, I. Fiala, H. Peckova // Eur. J. Protistol. — 2008. — Vol. 44. P. 268—277.

27. Dykova I. 2011. Three new species of amoebozoan genus Vexillifera Schaeffer, 1926 / I. Dykova, M. Kostka, H. Peckova // Acta Protozool. — 2011. — Vol. 50. P. 55—63.

28. Dykova I. 2003. Perkinsiella amoebae-like endosymbionts of Neoparamoeba spp., relatives of the kinetoplastid Ichthyobodo / I. Dykova, I. Fiala, J. Lom, J. Lukes // Eur. J. Protistol. — 2003. — Vol. 39. P. 37—52.

29. Dykova I. 2005. Neoparamoeba branchipila n. sp., and related species of the genus Neoparamoeba Page, 1987: morphological and molecular characterization of

selected strains / I. Dykova, B. F. Novak, P. B. B. Crosbie, I. Fiala, H. Peckova, M.

B. Adams, B. Machakova, H. Dvorakova // J. Fish Dis. — 2005. — Vol. 28. P. 49— 64.

30. Ehrenberg C. G. 1838. Die Infusionsthierchen als vollkommene Organismen /

C.G. Ehrenberg. — Leipzig: Verlag von Leoppold Voss. 1838.

31. Faria J. G. D. 1922. Estudos sobre Protozoairos do mar / J. G. D. Faria, A. M. D. Cumha, C. Pinto // Mem. I. Oswaldo Cruz. — 1922. — Vol. 15. P. 184—208.

32. Feehan C. J. 2013. Validating the identity of Paramoeba invadens, the causative agent of recurrent mass mortality of sea urchins in Nova Scotia, Canada / C. J. Feehan, J. Johnson-Mackinnon, R. E. Scheibling, J.-S. Lauzon-Guay, A. G. Simpson // Dis. Aquat. Organ. — 2013. — Vol. 103. Is. 3. P. 209—227.

33. Fiala I., Dykova I. 2003. Molecular characterization of Neoparamoeba strains isolated from gills of Scophthalmus maximus / I. Fiala, I. Dykova // Dis. Aquat. Organ. — 2003. — Vol. 55. P. 11—16.

34. Folmer O. 1994. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates / O. Folmer, M. Black, W. Hoeh, R. Lutz, R. Vrijenhoek // Mol. Mar. Biol. Biotech. — 1994. — Vol. 3. Is. 5. P. 294—299.

35. Geisen S. 2014. Discrepancy between species borders at morphological and molecular levels in the genus Cochliopodium (Amoebozoa, Himatismenida), with the description of Cochliopodium plurinucleolum n. sp. / S. Geisen, A. Kudryavtsev, M. Bonkowski, A. Smirnov // Protist. — 2014. — Vol. 165. Is. 3. P. 364—383.

36. Gouy M. 2010. SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building / M. Gouy, S. Guindon, O. Gascuel // Mol. Biol. Evol. — 2010. — Vol. 27. Is. 2. P. 221—224.

37. Grassi G. B. 1881. Intorno ad alcuni protisti endoparassitici: Flagellati, Lobosi, Sporozoi e Ciliati / G. B. Grassi // Atti Soc. Ital. Sc. Nat. — 1881. — Vol. 24. P. 135—224.

38. Grell K. G. 1961. Über den Nebenkörper von Paramoeba Schaudinn / K. G. Grell // Arch. Protistenkd. — 1961. — Vol. 105. P. 303—312.

39. Grell K. G., Benwitz G. B. 1966. Die Zellhulle von Paramoeba eilhardi Schaudinn / K.G. Grell, G.B. Benwitz // Z. Naturforsch. — 1966. — Vol. 21b. P. 600—601.

40. Grell K. G., Benwitz G. 1970. Ultrastruktur mariner Amöben. I. Paramoeba eilhardi Schaudinn / K.G. Grell, G.B. Benwitz // Arch. Protistenk. — 1970. — Vol. 112. P. 119—137.

41. Hall T. A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT / T. A. Hall // Nucleic Acids Symp. Ser. — 1999. — Vol. 41. P. 95—98.

42. Heidel A. J., Glöckner G. 2008. Mitochondrial genome evolution in the social amoebae / A. J. Heidel, G. Glöckner // Mol. Biol. Evol. — 2008. — Vol. 25. Is. 7. P. 1440—1450.

43. Hollande A. 1940. Le «Nebenkörper» de certains Cryptomonas et la critique du cycle de Paramoeba eilhardi selon Schaudinn / A. Hollande // B. Soc. Zool. Fr. — 1940. — Vol. 65. P. 211—216.

44. Hollande A. 1980. Identification du parasome (nebenkern) de Janickina pigmentifera a un symbionte (Perkinsiella amoebae nov gen — nov sp.) apparenté aux flagellés kinetoplastidiés / A. Hollande // Protistologica. — 1980. — Vol. 16. P. 613—625.

45. Hollande A. 1981. Vêture glycostylaire et ultrastructure d'une Amibe marine libre (Mayorella pussardi nov. sp.: Paramoebidae) observée après congélation ultrarapide suivie de cryosubstitution / A. Hollande, G. Nicolas, J. Escaig // Protistologica. — 1981. — Vol. 17. Is. 1. P. 147—154.

46. Janicki C. 1912. Paramoebenstudien (P. pigmentifera Grassi und P. chaetognatha Grassi) / C. Janicki // Z. wiss. Zool. — 1912. — Vol. 103. P. 449—518.

47. Janicki C. 1928. Studien am genus Paramoeba Schaudinn. Neue Folge, I Teil / C. Janicki // Z. wiss. Zool. — 1928. — Vol. 131. P. 588—644.

48. Janicki C. 1932. Studien am Genus Paramoeba Schaud. Neue Folge, II. Teil. Über das Trichopodium nebst einer Ergänzung zum I. Teil / C. Janicki // Z. wiss. Zool. — 1932. — Vol. 142. P. 587—623.

49. Jones G. M. 1985. Paramoeba invadens n. sp. (Amoebida, Paramoebidae), a pathogenic amoeba from sea urchin, Strongylocentrotus droebachiensis, in eastern Canada / G. M. Jones // J. Protozool. — 1985. — Vol. 32. P. 564—569.

50. Korotneff A. A. 1880. Études sur les Rhizopodes / A. A. Korotneff // Arch. Zool. Exp. Gén. — 1880. — Vol. 8. P. 467—482.

51. Kudo R. R. 1966. Protozoology. 5th ed. / R.R. Kudo. — Springfield, Illinois. 1966. — 1174 p.

52. Kudryavtsev A. 1999a. Description of Cochliopodium larifeili n. sp. (Lobosea, Himatismenida), an amoeba with peculiar scale structure, and notes on the diagnosis of the genus Cochliopodium (Hertwig and Lesser, 1874) Bark, 1973 / A. Kudryavtsev // Protistology. — 1999. — Vol. 1. Is. 2. P. 66—71.

53. Kudryavtsev A. 1999b. The first isolation of Cochliopodium gulosum Schaeffer, 1926 (Lobosea, Himatismenida) since its initial description. I. Light-microscopical investigation / A. Kudryavtsev // Protistology. — 1999. — Vol. 1. Is. 2. P. 72—75.

54. Kudryavtsev A. 2000. The first isolation of Cochliopodium gulosum Schaeffer, 1926 (Lobosea, Himatismenida) since its initial description. II. Electron-microscopical study and redescription / A. Kudryavtsev // Protistology. — 2000. — Vol. 1. Is. 3. P. 110—112.

55. Kudryavtsev A. 2005. Redescription of Cochliopodium vestitum (Archer, 1871), a freshwater spine-bearing Cochliopodium / A. Kudryavtsev // Acta Protozool. — 2005. — Vol. 44. P. 123—128.

56. Kudryavtsev A. 2006. "Minute" species of Cochliopodium (Himatismenida): description of three new fresh- and brackish-water species with a new diagnosis for Cochliopodium minus Page, 1976 / A. Kudryavtsev // Eur. J. Protistol. — 2006. — Vol. 42. P. 77—89.

57. Kudryavtsev A. 2014. Scale structure of Cochliopodium actinophorum (Auerbach, 1856) (Amoebozoa, Cochliopodiidae) and a new diagnosis of this species / A. Kudryavtsev // Acta Protozool. — 2014. — Vol. 53. P. 325—333.

58. Kudryavtsev A., Smirnov A. 2006. Cochliopodium gallicum n. sp. (Himatismenida), an amoeba bearing unique scales from cyanobacterial mats in the

Camargue (France) / A. Kudryavtsev, A. Smirnov // Eur. J. Protistol. — 2006. — Vol. 42. P. 3—7.

59. Kudryavtsev A., Pawlowski J. 2013. Squamamoeba japonica n. g. n. sp. (Amoebozoa): a deep-sea amoeba from the Sea of Japan with a novel cell coat structure / A. Kudryavtsev, J. Pawlowski // Protist. — 2013. — Vol. 164. Is. 1. P. 13—23.

60. Kudryavtsev A., Pawlowski J. 2015. Cunea n. g. (Amoebozoa, Dactylopodida) with two cryptic species isolated from different areas of the ocean / A. Kudryavtsev, J. Pawlowski // Eur. J. Protistol. — 2015. — Vol. 51. Is. 3. P. 197—209.

61. Kudryavtsev A. 2004. Cochliopodium barki n. sp. (Rhizopoda, Himatismenida) re-isolated from soil 30 years after its initial description / A. Kudryavtsev, S. Brown, A. Smirnov // Eur. J. Protistol. — 2004. — Vol. 40. Is. 4. P. 283—287.

62. Kudryavtsev A. 2011. Description of Paramoeba atlantica n. sp. (Amoebozoa, Dactylopodida) — a marine amoeba from the Eastern Atlantic, with emendation of the dactylopodid families / A. Kudryavtsev, J. Pawlowski, K. Hausmann // Acta Protozool. — 2011. — Vol. 50. P. 239—253.

63. Lahr D. J. G. 2015. Sapocribrum chincoteaguense n. gen. n. sp.: a small, scale-bearing amoebozoan with flabellinid affinities / D. J. G. Lahr, J. Grant, R. Molestina,

L. A. Katz, R. O. Anderson // J. Eukaryot. Microbiol. — 2015. — Vol. 62. Is. 4. P. 444—453.

64. Leonardi M. C. 1958. Richerche biologiche e morphologiche sulle amebe / M.C. Leonardi // Instituto Lombardo (Rend. Sc.). — 1958. — Vol. 92. P. 431—448.

65. Lonergan K. M., Gray M. W. 1996. Expression of a continuous open reading frame encoding subunits 1 and 2 of cytochrome c oxidase in the mitochondrial DNA of Acanthamoeba castellanii / K. M. Lonergan, M. W. Gray // J. Mol. Biol. — 1996.

— Vol. 257. Is. 5. P. 1019—1030.

66. Maniatis T. 1982. Molecular cloning, a laboratory manual / T. Maniatis, E. F. Fritsch, J. Sambrook. — New York: Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor. 1982.

67. Medlin L. 1988. The characterization of enzymatically amplified eukaryotic 16S-like rRNA-coding regions / L. Medlin, H. J. Elwood, S. Stickel, M. L. Sogin // Gene.

— 1988. — Vol. 71. P. 491—499.

68. Melville R. V. 1985. Mayorella Schaeffer, 1926 given nomenclatural precedence over Dactylamoeba Korotneff, 1880 (Rhizopoda, Amoebida) / R. V. Melville // Bull. Zool. Nomencl. — 1985. — Vol. 42. P. 269—270.

69. Miller M. A. 2010. Creating the CIPRES science gateway for inference of large phylogenetic trees / M. A. Miller, W. Pfeiffer, T. Schwartz // Proceedings of the Gateway Computing Environment Workshop (GCE), 14 Nov. 2010. — New Orleans, LA. 2010. — P. 1—8.

70. Minchin E. A. 1922. An Introduction to the Study of the Protozoa / E.A. Minchin.

— London: Arnold. 1922. — 517 p.

71. Mullen T. E. 2005. Nuclear small-subunit ribosomal RNA gene-based characterization, molecular phylogeny and PCR detection of the Neoparamoeba from western Long Island Sound lobster / T. E. Mullen, K. R. Nevis, C. J. O'Kelly, R. J. Gast, S. Frasca // J. Shellfish. Res. — 2005. — Vol. 24. P. 719—731.

72. Nassonova E. 2010. Barcoding amoebae: comparison of SSU, ITS and COI genes as tools for molecular identification of naked lobose amoebae / E. Nassonova, A. Smirnov, J. Fahrni, J. Pawlowski // Protist. — 2010. — Vol. 161. Is. 1. P. 102—115.

73. O'Kelly C. J. 2001. Korotnevella hemistylolepis n. sp. and Korotnevella monacantholepis n. sp. (Paramoebidae), two new scale-covered mesohaline amoebae / C. J. O'Kelly, M. T. Peglar, M. N. D. Black, T. S. Sawyer, T. A. Nerad // J. Eukaryot. Microbiol. — 2001. — Vol. 48. Is. 6. P. 655—662.

74. Page F. C. 1968. Generic criteria for Flabellula, Rugipes, and Hyalodiscus, with descriptions of species / F. C. Page // J. Protozool. — 1968. — Vol. 15. P. 9—26.

75. Page F. C. 1970. Two new species of Paramoeba from Maine / F. C. Page // J. Protozool. — 1970. — Vol. 17. P. 421—427.

76. Page F. C. 1972. A study of two Mayorella species and proposed union of the families Mayorellidae and Paramoebidae (Rhizopodea, Amoebida) / F. C. Page // Arch. Protistenkd. — 1972. — Vol. 114. P. 404—420.

77. Page F. C. 1973. Paramoeba: a common marine genus / F. C. Page // Hydrobiologia. — 1973. — Vol. 41. P. 183—188.

78. Page F. C. 1976. A revised classification of the Gymnamoebia (Protozoa, Sarcodina) / F. C. Page // Zool. J. Linn. Soc. — 1976. — Vol. 58. P. 61—77.

79. Page F. C. 1979. Two genera of marine amoebae (Gymnamoebia) with distinctive surface structures: Vannella Bovee, 1965, and Pseudoparamoeba n. gen., with two new species of Vannella / F. C. Page // Protistologica. — 1979. — Vol. 15. P. 245— 254.

80. Page F. C. 1981. Mayorella Schaeffer, 1926, and Hollandella n. g. (Gymnamoebia), distinguished by surface structure and other characters, with comparisons of three species / F. C. Page // Protistologica. — 1981. — Vol. 17. P. 543—562.

81. Page F. C. 1982. Mayorella Schaeffer, 1926 (Rhizopoda, Amoebida): proposed conservation / F. C. Page // Bull. Zool. Nomencl. — 1982. — Vol. 39. P. 214—217.

82. Page F. C. 1983a. Marine gymnamoebae / F.C. Page. — Cambridge: Institute of Terrestrial Ecology. 1983. — 54 p.

83. Page F. C. 1983b. Three freshwater species of Mayorella (Amoebida) with a cuticle / F.C. Page // Arch. Protistenkd. — 1983. — Vol. 127. P. 203—233.

84. Page F. C. 1987. The classification of 'naked' amoebae (phylum Rhizopoda) / F. C. Page // Arch. Protistenkd. — 1987. — Vol. 133. Is. 3-4. P. 199—217.

85. Page F. C. 1988. A new key to freshwater and soil gymnamoebae with instructions for culture / F. C. Page. — Ambleside: Freshwater Biological Association. 1988. — 122 p.

86. Page F. C. 1991. Nackte Rhizopoda / F. C. Page // Nackte Rhizopoda und Heliozoea (Protozoenfauna Band 2). — Stuttgart, New York: Gustav Fisher Verlag. 1991. — P. 3—170.

87. Page F. C., Blakey S. M. 1979. Cell surface structure as a taxonomic character in the Thecamoebidae (Protozoa: Gymnamoebia) / F. C. Page, S. M. Blakey // Zool. J. Linn. Soc. — 1979. — Vol. 66. P. 113—135.

88. Patterson D. J. 1979. On organization and classification of the protozoon Actinophrys sol Ehrenberg, 1830 / D. J. Patterson // Microbios. — 1979. — Vol. 26. P. 165—208.

89. Patterson D. J. 1985. On the organization and affinities of the amoeba, Pompholyxophrys punicea Archer, based on ultrastructural examination of individual cells from wild material / D. J. Patterson // J. Protozool. — 1985. — Vol. 32. Is. 2. P. 241—246.

90. Pawlowski J. 2000. Introduction to the molecular systematics of foraminifera / J. Pawlowski // Micropaleontology. — 2000. — Vol. 46 (Suppl. 1). P. 1—12.

91. Peglar M. T. 2003. Two new small-subunit ribosomal RNA gene lineages within the subclass Gymnamoebia / M. T. Peglar, L. A. Amaral Zettler, O. R. Anderson, T. A. Nerad, P. M. Gillevet, T. E. Mullen, S. J. Frasca, J. D. Silberman, C. J. O'Kelly, M. L. Sogin // J. Eukaryot. Microbiol. — 2003. — Vol. 50. P. 224—232.

92. Pennick N., Goodfellow L. 1975. Some observations on the cell surface structures of species of Mayorella and Paramoeba / N. Pennick, L. Goodfellow // Arch. Protistenkd. — 1975. — Vol. 118. P. 221—226.

93. Perkins F. O., Castagna M. 1971. Ultrastructure of the Nebenkörper or «secondary» nucleus of the parasitic amoeba Paramoeba perniciosa (Amoebida, Paramoebidae) / F. O. Perkins, M. Castagna // J. Invertebr. Pathol. — 1971. — Vol. 17. P. 186—193.

94. Poche F. 1913. Das System der Protozoa / F. Poche // Arch. Protistenkd. — 1913. — Vol. 30. P. 125—321.

95. Prescott D. M., James T. W. 1955. Culturing of Amoebaproteus on Tetrahymena / D. M. Prescott, T. W. James // Exp Cell Res. — 1955. — Vol. 88. P. 256—258.

96. Rainer H. 1968. Urtiere, Protozoa; Wurzelfüßler, Rhizopoda; Sonnentierchen, Heliozoa / H. Rainer // Die Tierwelt Deutschlands und der angrenzenden Meeresteile. Teil 56. — Jena: Gustav Fisher Verlag. 1968. — 176 p.

97. Ronquist F., Huelsenbeck J. P. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models / F. Ronquist, J. P. Huelsenbeck // Bioinformatics. — 2003. — Vol. 19. Is. 12. P. 1572—1574.

98. Sawyer T. K. 1975. Marine amoebae from surface waters of Chincoteague Bay, Virginia: two new genera and nine new species within the families Mayorellidae, Flabellulidae and Stereomyxidae / T. K. Sawyer // T. Am. Microsc. Soc. — 1975. — Vol. 94. Is. 1. P. 71—92.

99. Sawyer T. K., Griffin J. L. 1975. A proposed new family Acanthamoebidae n. fam. (order Amoebida), for certain cyst-forming filose amoebae / T. K. Sawyer, J. L. Griffin // T. Am. Microsc. Soc. — 1975. — Vol. 94. P. 93—98.

100. Schaeffer A. A. 1918. Three new species of amebas: Amoeba bigemma nov. spec., Pelomyxa lentissima nov. spec., and P. schiedti nov. spec. / A. A. Schaeffer // T. Am. Microsc. Soc. — 1918. — Vol. 37. P. 79—96.

101. Schaeffer A. A. 1926. Taxonomy of the Amebas / A. A. Schaeffer // Papers Dept. Mar. Biol. Carnegie Inst. Wash. — 1926. P. 3—112.

102. Schaudinn F. 1896. Über den Zeugungskreis von Paramoeba eilhardi n. g., n. sp. / F. Schaudinn // Sitzungsber. Kgl. Preuß. Akad. Wiss. Berlin. — 1896. — Vol. 14. P. 31—41.

103. Smirnov A. V. 1996-97. Two new species of marine amoebae: Hartmannella lobifera n. sp. and Korotnevella nivo n. sp. (Lobosea, Gymnamoebia) / A. V. Smirnov // Arch. Protistenkd. — 1996-97. — Vol. 147. P. 283—292.

104. Smirnov A. V. 1999. Korotnevella diskophora n. sp. (Gymnamoebia, Paramoebidae) — small freshwater amoeba with peculiar scales / A. V. Smirnov // Protistology. — 1999. — Vol. 1. P. 30—33.

105. Smirnov A. V., Goodkov A. V. 1996. Systematic diversity of gymnamoebae in the bottom sediments of a freshwater lake in Karelia (Lobosea, Gymnamoebia) / A.V. Smirnov, A.V. Goodkov // Zoosyst. Ross. — 1996. — Vol. 4. Is. 2. P. 201—203.

106. Smirnov A. V., Goodkov A. V. 1999. An illustrated list of the basic morphotypes of Gymnamoebia (Rhizopoda, Lobosea) / A.V. Smirnov, A.V. Goodkov // Protistology. — 1999. — Vol. 1. P. 20—29.

107. Smirnov A. V., Brown S. 2004. Guide to the methods of study and identification of soil gymnamoebae / A. V. Smirnov, S. Brown // Protistology. — 2004. — Vol. 3. P. 148—190.

108. Smirnov A. V., Kudryavtsev A. A. 2005. Pellitidae n. fam. (Lobosea, Gymnamoebia) — a new family, accommodating two amoebae with an unusual cell coat and an original mode of locomotion, Pellita catalonica n. g., n. sp. and Pellita digitata comb. nov. / A. V. Smirnov, A. A. Kudryavtsev // Eur. J. Protistol. — 2005. — Vol. 41. Is. 4. P. 257—267.

109. Smirnov A. V. 2011a. Dermamoeba algensis n. sp. (Amoebozoa, Dermamoebidae) — An algivorous lobose amoeba with complex cell coat and

unusual feeding mode / A. V. Smirnov, O. M. Bedjagina, A. V. Goodkov // Eur. J. Protistol. — 2011. — Vol. 47. P. 67—78.

110. Smirnov A. 2011b. A revised classification of naked lobose amoebae (Amoebozoa: Lobosa) / A. Smirnov, E. Chao, E. S. Nassonova, T. Cavalier-Smith // Protist. — 2011. — Vol. 162. P. 545—570.

111. Smirnov A. V. 2005. Molecular phylogeny and classification of the lobose amoebae / A. V. Smirnov, E. S. Nassonova, C. Berney, J. Fahrni, I. Bolivar, J. Pawlowski // Protist. — Vol. 156. — P. 129—142.

112. Sprague V., Beckett R. L. 1966. A disease of blue crabs (Callinectes sapidus) in Maryland and Virginia / V. Sprague, R. L. Beckett // J. Invertebr. Pathol. — 1966. — Vol. 8. P. 287—289.

113. Sprague V., Beckett R. L. 1968. Note on the nature of the etiological agent of «gray crab» disease / V. Sprague, R. L. Beckett // J. Invertebr. Pathol. — 1968. — Vol. 11. P. 503.

114. Sprague V. 1969. A new species of Paramoeba (Amoebida, Paramoebidae) parasitic in the crab Callinectes sapidus / V. Sprague, R. L. Beckett, T. K. Sawyer // J. Invertebr. Pathol. — 1969. — Vol. 14. P. 167—174.

115. Stamatakis A. 2006. RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models / A. Stamatakis // Bioinformatics. — 2006. — Vol. 22. Is. 21. P. 2688—2690.

116. Tekle Y. I. 2014. DNA barcoding in amoebozoa and challenges: the example of Cochliopodium / Y. I. Tekle // Protist. — 2014. — Vol. 165. Is. 4. P. 473—484.

117. Tekle Y. I. 2015. Cochliopodium arabianum n. sp. (Amorphea, Amoebozoa) / Y. I. Tekle, L. A. Gorfu, R. O. Anderson // J. Eukaryot. Microbiol. — 2015. — Vol. 62. Is. 5. P. 623—628.

118. Tekle Y. I. 2013. A new freshwater amoeba: Cochliopodium pentatrifurcatum n. sp. (Amoebozoa, Amorphea) / Y. I. Tekle, A. O. Roger, A. F. Lecky, S. D. Kelly // J. Eukaryot. Microbiol. — 2013. — Vol. 60. Is. 4. P. 342—349.

119. Udalov I. A. 2015. Cyst-forming amoebae of the genus Korotnevella Goodkov, 1988 (Amoebozoa: Dactylopodida), with description of two new species / I. A. Udalov // Eur. J. Protistol. — 2015. — Vol. 51. Is. 5. P. 480—493.

120. Udalov I. A. 2016. Pseudoparamoeba microlepis n. sp., Korotnevella fousta n. sp. (Amoebozoa, Dactylopodida), with notes on the evolution of scales among dactylopodid amoebae / I. A. Udalov // Eur. J. Protistol. — 2016. — Vol. 54. P. 33— 46.

121. Udalov I. A. 2016. A new freshwater naked lobose amoeba Korotnevella venosa n. sp. (Amoebozoa, Discosea) / I. A. Udalov, V. V. Zlatogursky, A. V. Smirnov // J. Eukaryot. Microbiol. — 2016. — Vol. 63. Is. 6. P. 834—840.

122. Van Wichelen J. 2016. A hotspot of amoebae diversity: 8 new naked amoebae associated with the planktonic bloom-forming cyanobacterium Microcystis / J. Van Wichelen, S. D'Hondt, M. Claeys, W. Vyverman, C. Berney, D. Bass, P. Vanormelingen // Acta Protozool. — 2016. — Vol. 55. P. 61—87.

123. Yamaoka I. 1984. Scale formation in an Amoeba, Cochliopodium sp. / I. Yamaoka, N. Kawamura, M. Mizuno, Y. Nagatani // J. Protozool. — 1984. — Vol. 31. Is. 2. P. 267—272.

124. Young N. D. 2007. Neoparamoeba perurans n. sp., an agent of amoebic gill disease of Atlantic salmon (Salmo salar) / N. D. Young, P. B. B. Crosbie, M. B. Adams, B. F. Nowak, R. N. Morrison // Int. J. Parasitol. — 2007. — Vol. 37. P. 1469—1481.

125. Zlatogursky V. V. 2013. Puzzle-like cyst wall in centrohelid heliozoans Raphidiophrys heterophryoidea and Raineriophrys erinaceoides / V. V. Zlatogursky // Acta Protozool. — 2013. — Vol. 52. Is. 4. P. 229—236.

126. Zlatogursky V. V. 2016. Genetic structure of a morphological species within the amoeba genus Korotnevella (Amoebozoa: Discosea), revealed by the analysis of two genes / V. V. Zlatogursky, A. Kudryavtsev, I. A. Udalov, N. Bondarenko, J. Pawlowski, A. Smirnov // Eur. J. Protistol. — 2016. — Vol. 56. P. 102—111.