Биология клетки амебофлагелляты Rhizochromulina cf. marina: особенности подвижности и амебоидно-жгутиковый переход тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Сафонов Павел Юрьевич

• Сафонов Павел Юрьевич
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Сафонов Павел Юрьевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Характеристика рода Rhizochromulina Hibberd & Chrétiennot-Dinet

1.2 Общая характеристика класса Dictyochophyceae

1.3 Филогенетическое положение класса Dictyochophyceae

1.4 Редукция жгутиковых аппаратов Dictyochophyceae как часть эволюционного тренда в группе Diatomista

1.5 Амебоидная подвижность микроорганизмов с тубулиновым цитоскелетом псевдоподий

1.6 Разнообразие амебофлагеллят и амебоидно-жгутиковый переход

1.6.1 Амебоидно-жгутиковый переход у Naegleria

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ

2.1. Выделение нового штамма Rhizochromulina из естественного местообитания и условия культивирования

2.2 Запуск перехода из амебоидной формы в жгутиковую

2.3 Светооптическая микроскопия

2.4 Иммунофлюоресцентное окрашивание тубулина

2.5 Окрашивание актина флуоресцентно-меченым фаллоидином

2.6 Визуализация флуоресценции, обработка изображений

2.7 Просвечивающая электронная микроскопия

2.8 Реконструкция филогении порядка Rhizochromulinales

2.8.1 Выделение ДНК из клеток Rhizochromulina cf. marina В44

2.8.2 Амплификация и секвенирование фрагментов генов 18S рРНК, psaA и rbcL Rhizochromulina cf. marina В44

2.8.3 Филогенетический анализ

2.9 Поиск характерных для Rhizochromulina cf. marina В44 мутаций гена 18S рРНК

2.10 Исследование подвижности амебоидных клеток Rhizochromulina cf. marina

B44

2.10.1 Подготовка культур

2.10.2 Дизайн экспериментов

2.10.3 Запись и обработка видео

2.10.4 Отслеживание подвижности клеток

2.10.5 Статистическая обработка данных

2.10.6 Флуоресцентное окрашивание клеток

2.11 Сравнительный анализ профилей экспрессии генов амебоидных и жгутиковых клеток Rhizochromulina cf. marina B44

2.11.1 Культивирование и фиксация клеток

2.11.2 Выделение тотальной РНК

2.11.3 Создание библиотек РНК и секвенирование

2.11.4 Биоинформатическая обработка и анализ данных

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Общая морфология клеток Rhizochromulina cf. marina В44

3.2 Ультраструктура клеток Rhizochromulina cf. marina В44

3.3 Филогенетическое положение Rhizochromulina cf. marina В44

3.3.1 Эволюционные отношения представителей порядка

Rhizochromulinales

3.3.1 Анализ выравнивания последовательностей гена 18S рРНК представителей порядка Rhizochromulmales

3.4 Организация цитоскелета Rhizochromulina cf. marina В44 и особенности подвижности амебоидных клеток

3.4.1 Организация тубулинового и актинового цитоскелета в нативном состоянии

3.4.2 Влияние латрункулина B и нокодазола на подвижность, морфологию и организацию цитоскелета амебоидных клеток

3.4.2.1 Статистическая модель подвижности амебоидных клеток

3.4.2.2 Изменения морфологии амебоидных клеток и пространственной

организации их цитоскелета

3.5 Исследование амебоидно-жгутикового перехода у

Rhizochromulina cf. marina В44

3.5.1 Исследование перехода на светооптическом уровне

3.5.2 Сравнение профиля экспрессии генов амебоидных и жгутиковых клеток

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ

4.1 Морфология и ультраструктура клеток Rhizochromulina cf. marina В44

4.1.1 Мероплазмодии

4.1.2 Строение хлоропласта

4.1.3 Особенности организации тубулинового и актинового цитоскелета

4.1.4 Строение жгутикового аппарата

4.2 Таксономический статус штамма В44 и рода Rhizochromulina

4.3 Экология и местообитание Rhizochromulina cf. marina В44

4.4 Подвижность амебоидных клеток Rhizochromulina cf. marina В44

4.4.1 Влияние нокодазола и латрункулина B на подвижность амебоидных клеток

4.4.2 Влияние плотности популяции на подвижность амебоидных клеток

4.5 Амебоидно-жгутиковый переход у Rhizochromulina cf. marina В44

4.5.1 Адаптационная роль амебоидно-жгутикового перехода, разделение амебоидной и жгутиковой стадий жизненного цикла

Rhizochromulina cf. marina В44

4.5.2 Различия паттернов экспрессии генов в амебоидных и жгутиковых клетках Rhizochromulina cf. marina В44

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Биология клетки амебофлагелляты Rhizochromulina cf. marina: особенности подвижности и амебоидно-жгутиковый переход»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Rhizochromulina — это род морских фотосинтезирующих микроорганизмов, который на сегодняшний день включает в себя только один описанный вид — Rhizochromulina marina Hibberd et Chretiennot-Dinet 1979. Род Rhizochromulina относится к классу диктиохофитовых водорослей (Dictyochophyceae), представители которого были обнаружены в различных частях Мирового океана. Диктиохофитовые водоросли являются важными компонентами многих пищевых цепей, в особенности в холодных и полярных широтах (Hernández-Becerril, Bravo-Sierra, 2001). Благодаря чувствительности к внешним факторам среды некоторых из них рассматривают в качестве организмов-индикаторов; описательные и экспериментальные исследования различных видов данных водорослей могут представлять собой основу для развития биоиндикационных работ.

В жизненном цикле R. marina преобладает амебоидная форма (Hibberd, Chretiennot-Dinet, 1979), соответственно, этот организм можно отнести к микрофитобентосным. Микрофитобентос — это совокупность одноклеточных водорослей, обитающих на поверхности дна водоема, либо в толще донных отложений. Микроорганизмы, входящие в соства микрофитобентоса, играют важную роль в водных экосистемах. Так, на долю микроводорослей этой группы может приходиться до 40-50% первичной продукции органического вещества мелководных сообществ в полярных широтах (Gómez et al., 2011).

Впервые вид R. marina был изолирован из супралиторальной ванны на побережье Средиземного моря. Супралитораль, или зона заплеска — участок суши на границе с морем, расположенный выше уровня максимального прилива. Таким образом в отличие от приливно-отливной зоны (литорали) супралитораль никогда не оказывается полностью покрыта водой. Вместе с тем, во время штормов морская вода может попадать в углубления рельефа, расположенные в зоне супралиторали. Это приводит к формированию супралиторальных ванн — резервуаров с морской

водой, которые могут быть изолированы от моря на протяжении долгого времени. Вследствии подобной изоляции для супралиторальных ванн характерны значительные колебания важнейших параметров среды, таких как концентрация растворенного в воде кислорода, температура, соленость и уровень кислотности воды (McGregor, 1965). Соответственно, организмы, обитающие в супралиторальных ваннах, должны быть приспособлены к подобным флуктуациям (Sze, 1981). Наблюдения за такими организмами могут быть важны для анализа влияния климатических изменений; кроме того, они являются ценными объектами для экспериментальных исследований.

Помимо экологической значимости, R. marina обладает рядом структурных и физиологических особенностей клетки, которые были отмечены при первоописании, и детальное исследование которых представляет несомненный фундаментальный интерес для сравнительной и эволюционной клеточной биологии.

Вегетативные клетки R. marina амебоидные, формируют многочисленные тонкие псевдоподии и не имеют жгутиков (Hibberd, Chretiennot-Dinet, 1979), при этом внутри псевдоподий были обнаружены микротрубочки (O'Kelly, Wujek, 1995). Схожие по строению псевдоподии, содержащие микротрубочки и в некоторых случаях актиновые микрофиламенты, в зависимости от наличия или отсутствия анастомозов подразделяют на ретикулоподии и филоподии, содержащие микротрубочки (Zlatogursky, 2021). Подобные псевдоподии описаны у представителей нескольких групп, относящихся к эволюционно далекой от диктиохофитовых водорослей кладе филогенетического древа эукариот, таких как фораминиферы, радиолярии и хлорарахниофитовые водоросли. Доступная на сегодняшний день информация о подвижности амебоидных организмов с ретикулоподиями и филоподиями с микротрубочками в основном носит описательный характер. Вместе с тем, роль актинового и тубулинового цитоскелета в подвижности амебоидных клеток подобных микроорганизмов изучена недостаточно. Экспериментальные исследования с использованием в качестве объектов представителей разных групп необходимы для понимания механизмов

подобных вариантов подвижности в частности, а также важны для формирования представлений об эволюции клеточной подвижности у эукариот в целом.

Примечательной особенностью амебоидных клеток R. marina является возможность переходить в жгутиковую форму. В процессе перехода клетки втягивают псевдоподии, формируют жгутик и переходят к активному плаванию в толще воды. Таким образом, R. marina можно отнести к амебофлагеллятам — несистематической группе протистов, клетки которых имеют жгутики и псевдоподии на одной либо на разных стадиях жизненного цикла. На сегодняшний день амебофлагелляты описаны в нескольких филогенетически удаленных группах эукариотных организмов, таких как архамебы, гетеролобозные амебы и золотистые водоросли. Клетки многих амебофлагеллят изучены на светооптическом и электронно-микроскопическом уровне, однако подробно процесс перехода из амебоидной формы в жгутиковую, в том числе на уровне изменения экспрессии генов, изучался только у гетеролобозных амеб рода Naegleria. Изучение биологии последних имеет важное практическое значение, поскольку как минимум три вида неглерий способны вызывать опасные заболевания животных и человека (De Jonckheere, 2014). Тем не менее, исследования процесса амебоидно-жгутикового перехода и его регуляции у разных видов эукариот являются основой для понимания механизмов возникновения данного феномена и его эволюционной и экологической значимости.

Таким образом, Rhizochromulina представляет собой перспективный объект для исследований в рамках изучения различных вариантов подвижности клеток эукариот, а также амебоидно-жгутикового перехода.

Несмотря на то что единственным описанным видом рода Rhizochromulina на сегодняшний день остается R. marina (Hibberd, Chretiennot-Dinet, 1979), впоследствии из различных областей Средиземного моря, Тихого и Атлантического океанов было выделено множество штаммов, условно относимых к роду Rhizochromulina и иногда к виду R. marina на основании молекулярно-генетических признаков. К этому же роду относят и ряд микроорганизмов, последовательности гена 18S рРНК которых были детектированы при

метагеномном анализе проб океанической воды (Moon-van der Staay et al., 2001; Frias-Lopez et al., 2009; Li et al., 2022). Однако морфология и особенности тонкого строения клеток этих микроводорослей не были изучены, и ни одна из них не была описана как отдельный вид. В августе 2019 года из пробы морской воды и ила, взятой в супралиторальной скальной ванне на о. Ряжков, расположенном в Белом море, нами был изолирован новый штамм Rhizochromulina, обозначаемый как Rhizochromulina cf. marina B44. Поскольку Белое море относится к Арктике в соответствии с классификацией прибрежных и шельфовых регионов морей и океанов мира (Spalding et al., 2007), выявленный нами микроорганизм является первой ризохромулиной обнаруженной в арктическом местообитании.

Цель и задачи исследования

Цель исследования — изучить структурные и функциональные особенности клеток диктиохофитовой водоросли Rhizochromulina cf. marina, в том числе связанные с амебоидно-жгутиковым переходом и подвижностью амебоидных клеток.

Для достижения указанной цели были поставлены следующие задачи:

1) Описать морфологию и ультраструктуру клеток Rhizochromulina cf. marina штамма B44, впервые выделенного из арктического местообитания, а также охарактеризовать филогенетическое положение исследуемого микроорганизма.

2) Изучить организацию актинового и тубулинового цитоскелета в клетках R. cf. marina.

3) Исследовать роль актинового и тубулинового цитоскелета в движении амебоидных клеток R. cf. marina, а также влияние плотности культур на их подвижность.

4) Изучить процесс перехода между амебоидной и жгутиковой формами у R. cf. marina на светомикроскопическом уровне.

5) Провести анализ дифференциальной экспрессии генов в амебоидных и жгутиковых клетках R. cf. marina.

Основные положения, выносимые на защиту

1) Амебоидные клетки Rhizochromulina cf. marina штамма B44 способны формировать сетчатые плазмодии (мероплазмодии).

2) Структурной основой псевдоподий R. cf. marina являются микротрубочки, при этом в обеспечении подвижности амебоидных клеток участвует как тубулиновый, так и актиновый цитоскелет.

3) В жгутиковых клетках R. cf. marina на уровне экспрессии генов подавлены процессы, связанные с клеточным делением и динамикой тубулинового цитоскелета, при этом активируются механизмы, обеспечивающие повышение эффективности фотосинтеза.

4) Запуск амебоидно-жгутикового перехода у R. cf. marina происходит в ответ на стрессовое воздействие, при этом жгутиковые клетки являются расселительной стадией.

Научная новизна исследования

Амебоидные и жгутиковые клетки Rhizochromulina cf. marina B44 изучены с помощью современных методов световой и электронной микроскопии. Впервые установлено, что амебоидные клетки Rhizochromulina могут формировать мероплазмодии — ассоциации, состоящие из отдельных тел клеток и объединяющей их сети ретикулоподий. Впервые исследована организация актинового цитоскелета; показано, что псевдоподии Rhizochromulina не содержат пучков актиновых микрофиламентов. Исследование влияния латрункулина B и нокодазола на подвижность амебоидных клеток показало, что как тубулиновый, так и актиновый цитоскелет вовлечены в обеспечение этого процесса. Впервые показано влияние плотности популяции на подвижность амебоидных клеток. Впервые установлено, что длительное механическое воздействие может запускать

амебоидно-жгутиковый переход у Rhizochromulina. При помощи анализа дифференциальной экспрессии генов амебоидной и жгутиковой форм исследуемого микроорганизма впервые установлено, что на жгутиковой стадии происходит подавление процессов, связанных с репликацией ДНК, клеточным делением и динамикой тубулинового цитоскелета, при этом повышается эффективность фотосинтеза. В ходе исследования была реконструирована филогения порядка Rhizochromulinales, при этом в анализ были включены все доступные последовательностей гена 18S рРНК микроорганизмов этой группы. В результате было установлено, что исследованный нами штамм наиболее эволюционно близок к R. marina — типовому виду рода. В то же время, ряд организмов, условно относимых к роду Rhizochromulina и иногда к виду R. marina на основании молекулярно-генетических признаков, должны быть выделены в отдельные виды, а в случае некоторых штаммов, вероятно, в отдельные роды. Получены новые данные о биогеографии Rhizochromulina: изученная микроводоросль является первой ризохромулиной, обнаруженной в арктическом местообитании.

Теоретическое и прикладное значение исследования

Полученные в ходе исследования данные об особенностях организации цитоскелета R. cf. marina B44 и о влиянии латрункулина B и нокодазола на подвижность их амебоидных клеток вносят вклад в изучение подвижности микроорганизмов с микротрубочковым цитоскелетом псевдоподий в частности, а также расширяют представления об эволюции клеточной подвижности у эукариот в целом.

Результаты анализа дифференциальной экспрессии генов амебоидных и жгутиковых клеток R. cf. marina B44 проливают свет на роль амебоидно-жгутикового перехода в адаптации микроводорослей к стрессу. Эти данные, а также разработанный в ходе настоящего исследования протокол запуска перехода клеток из амебоидной формы в жгутиковую позволяют рассматривать R. cf. marina

В44 в качестве нового модельного объекта для исследования амебоидно-жгутикового перехода у эукариот.

Обнаружение нового штамма Rhizochromulina в Арктике важно для понимания биогеографии порядка Rhizochromulinales. Результаты проведенного в рамках исследования филогенетического анализа существенно углубляют понимание эволюционной структуры порядка Rhizochromulinales. Эти результаты могут послужить основанием для ревизии рода Rhizochromulina.

Результаты данной работы могут быть использованы при подготовке курсов лекций по клеточной биологии и экологии одноклеточных организмов, в частности для иллюстрации роли амебоидно-жгутикового перехода в адаптации микроводорослей к неблагоприятным условиям окружающей среды.

Личный вклад автора

Материалы, представленные в диссертации, получены лично автором. Результаты работы обсуждались и публиковались совместно с соавторами и научным руководителем.

Апробация результатов работы

Результаты работы доложены и обсуждены на V (XIII) Международной ботанической конференции молодых ученых (Санкт-Петербург, 2022), IV Всероссийской конференции с международным участием «Актуальные проблемы планктонологии» (Светлогорск, 2022), IX Европейском протистологическом конгрессе (Вена, Австрия, 2023); на заседаниях семинара Лаборатории цитологии одноклеточных организмов Института цитологии РАН (Санкт-Петербург, 2020 -2024).

Финансовая поддержка работы

Работа выполнена при финансовой поддержке Российского Научного Фонда (проект 21-74-00087) и в рамках бюджетной темы ИНЦ РАН № FMFU-2024-0012.

Публикации

По теме исследования опубликовано семь печатных работ, в том числе четыре статьи в рецензируемых журналах и трое тезисов докладов. Статьи в рецензируемых журналах:

1) Pozdnyakov I. Diversity of voltage-gated potassium channels and cyclic nucleotide-binding domain-containing channels in eukaryotes / I. Pozdnyakov, P. Safonov, S. Skarlato // Scientific Reports. - 2020. - V. 10. - № 1. - P. 17758.

2) Safonov P. Effect of cesium ions on the mycelium growth and zoospores motility in the oomycete Phytophthora infestans / P. Safonov, A. Khiutti, I. Pozdnyakov // Protistology. - 2020. - V. 14. - № 4. - P. 252-257.

3) Safonov P. The first arctic strain of Rhizochromulina: Morphology, ultrastructure, and position in the evolutionary tree of the order Rhizochromulinales (Heterokontophyta, Dictyochophyceae) / P. Safonov, M. Berdieva, E. Nassonova, S. Skarlato, I. Pozdnyakov // European Journal of Protistology. - 2024. - V. 92. -P. 126050.

4) Safonov P. Types of flagellar apparatus of diatomists: morphological diversity and evolution / P. Safonov // Protistology. - 2024. - V. 18. - № 3. - P. 177-188.

Тезисы докладов:

1) Сафонов П. Ю. Новый представитель рода Rhizochromulina из Арктики: морфология, ультраструктура и положение на эволюционном древе диктиохофитовых водорослей / П. Ю. Сафонов, М.А. Бердиева, Е.С. Насонова, И.А. Поздняков // Материалы V (XIII) Международной ботанической конференции молодых ученых. - СПб., 2022. - С. 52

2) Сафонов П. Ю. Новый представитель рода Rhizochromulina из Арктики: морфология, ультраструктура и положение на эволюционном древе диктиохофитовых водорослей / П. Ю. Сафонов, М.А. Бердиева, Е.С. Насонова, И.А. Поздняков // IV Всероссийская конференция с международным участием «Актуальные проблемы планктонологии»: материалы конференции. - Калининград: Издательство Калининградского государственного технического университета, 2022. С. 173-174.

3) Safonov P. The first arctic rhizochromuline: Morphology, ultrastructure, and position in the evolutionary tree of Rhizochromulinales (Ochrophyta, Dictyochophyceae) / P. Safonov, M. Berdieva, E. Nassonova, S. Skarlato, I. Pozdnyakov // Abstracts of IX European Congress of Protistology - ISOP joint meeting. - Vienna, Austria, 2023. - P. 346.

Заключение диссертации по теме «Другие cпециальности», Сафонов Павел Юрьевич

ВЫВОДЫ

1) Особенности морфологии и тонкого строения клеток Rhizochromulina cf. marina штамма B44, выделенного из арктического местообитания, сходны с описанием типового вида рода Rhizochromulina, за исключением способности формировать мероплазмодии. При этом результаты филогенетического анализа свидетельствуют о потенциальном разделении двух организмов на видовом уровне.

2) Структурную основу псевдоподий R. cf. marina составляет микротрубочковый цитоскелет. F-актин обнаруживается в цитоплазме клеток, при этом в псевдоподиях пучки актиновых микрофиламентов отсутствуют.

3) Как актиновый, так и тубулиновый цитоскелет вовлечен в обеспечение подвижности амебоидных клеток R. cf. marina.

4) Увеличение плотности популяции оказывает влияние на подвижность амебоидных клеток R. cf. marina в культуре, при этом характер этой зависимости нелинейный.

5) Переход из амебоидной формы в жгутиковую у R. cf. marina может быть спровоцирован длительным механическим воздействием — перемешиванием культуры; в процессе обратного перехода клетки могут как отбрасывать, так и разбирать жгутик.

6) Выявленный паттерн экспрессии генов в жгутиковых клетках R. cf. marina свидетельствует о подавлении на данной стадии процессов, связанных с клеточным делением и динамикой тубулинового цитоскелета, и активации механизмов, обеспечивающих повышение эффективности фотосинтеза. В совокупности со светооптическими наблюдениями полученные данные позволяют характеризовать жгутиковую стадию как расселительную.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Сафонов Павел Юрьевич, 2025 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Бабков А. Гидробиокомплексы Белого моря / А. Бабков, А. Голиков. -Ленинград, СССР: Зоологический институт АН СССР, 1984. - 104 p.

2. Adl S.M. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes / S.M. Adl et al. // Journal of Eukaryotic Microbiology. - 2018. - V. 66. -№ 1. - P. 4-119.

3. Andersen R.A. Ultrastructure and 18S rRNA gene sequence for Pelagomonas calceolata gen. et sp. nov. and the description of a new algal class, the Pelagophyceae classis nov. / R.A. Andersen, G.W. Saunders, M.P. Paskind, J.P. Sexton // Journal of Phycology. - 1993. - V. 29. - № 5. - P. 701-715.

4. Anderson O.R. Radiolaria / O.R. Anderson. - New York, NY: Springer New York, 1983.

5. Andersson I. Catalysis and regulation in Rubisco / I. Andersson // Journal of Experimental Botany. - 2008. - V. 59. - № 7. - P. 1555-1568.

6. Angus S.P. Retinoblastoma Tumor Suppressor Targets dNTP Metabolism to Regulate DNA Replication* / S.P. Angus, L.J. Wheeler, S.A. Ranmal, X. Zhang, M.P. Markey, C.K. Mathews, E.S. Knudsen // Journal of Biological Chemistry. - 2002. -V. 277. - № 46. - P. 44376-44384.

7. Arezi B. Eukaryotic DNA primase / B. Arezi, R.D. Kuchta // Trends in Biochemical Sciences. - 2000. - V. 25. - № 11. - P. 572-576.

8. Austin J.R. Plastoglobules Are Lipoprotein Subcompartments of the Chloroplast That Are Permanently Coupled to Thylakoid Membranes and Contain Biosynthetic Enzymes / J.R. Austin, E. Frost, P.-A. Vidi, F. Kessler, L.A. Staehelin // The Plant Cell. - 2006. - V. 18. - № 7. - P. 1693-1703.

9. Azuma T. An Enigmatic Stramenopile Sheds Light on Early Evolution in Ochrophyta Plastid Organellogenesis / T. Azuma, T. Panek, A.K. Tice, M. Kayama, M. Kobayashi, H. Miyashita, T. Suzaki, A. Yabuki, M.W. Brown, R. Kamikawa // Molecular Biology and Evolution. - 2022. - V. 39. - № 4. - P. msac065.

10. Barcyte D. Redefining Chlorobotryaceae as one of the principal and most diverse

lineages of eustigmatophyte algae / D. Barcyte, M. Zatopkova, Y. Nemcova, M. Richtar, T. Yurchenko, K. Jaske, K.P. Fawley, P. Skaloud, T. Sevcikova, M.W. Fawley, M. Elias // Molecular Phylogenetics and Evolution. - 2022. - V. 177. - P. 107607.

11. Bass D. Reticulamoeba Is a Long-Branched Granofilosean (Cercozoa) That Is Missing from Sequence Databases / D. Bass, A. Yabuki, S. Santini, S. Romac, C. Berney // PLoS ONE. - 2012. - V. 7. - № 12. - P. e49090.

12. Bengtson P. Open nomenclature / P. Bengtson // Palaeontology. - 1988. - V. 31.

- № 1. - P. 223-227.

13. Berdieva M. Actin as a cytoskeletal basis for cell architecture and a protein essential for ecdysis in Prorocentrum minimum (Dinophyceae, Prorocentrales) / M. Berdieva, I. Pozdnyakov, O. Matantseva, N. Knyazev, S. Skarlato // Phycological Research. - 2018. - V. 66. - № 2. - P. 127-136.

14. Blacque O.E. Rab GTPases in cilium formation and function / O.E. Blacque, N. Scheidel, S. Kuhns // Small GTPases. - 2018. - V. 9. - № 1-2. - P. 76-94.

15. Bolger A.M. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data / A.M. Bolger, M. Lohse, B. Usadel // Bioinformatics. - 2014. - V. 30. - № 15. - P. 21142120.

16. Bowser S.S. Reticulopodia: structural and behavioral basis for the suprageneric placement of Granuloreticulosan protists / S.S. Bowser, J.L. Travis // Journal of Foraminiferal Research. - 2002. - V. 32. - № 4. - P. 440-447.

17. Brehelin C. Plastoglobules: versatile lipoprotein particles in plastids / C. Brehelin, F. Kessler, K. Vanwijk // Trends in Plant Science. - 2007. - V. 12. - № 6. - P. 260-266.

18. Brunet T. A flagellate-to-amoeboid switch in the closest living relatives of animals / T. Brunet, M. Albert, W. Roman, M.C. Coyle, D.C. Spitzer, N. King // eLife.

- 2021. - V. 10. - P. e61037.

19. Bulankova P. Cellular Hallmarks and Regulation of the Diatom Cell Cycle / P. Bulankova, G. Bilcke, W. Vyverman, L. De Veylder // The Molecular Life of Diatoms / eds. A. Falciatore, T. Mock. - Cham: Springer International Publishing, 2022. - P. 229263.

20. Capewell L.G. Diagnosis, Clinical Course, and Treatment of Primary Amoebic

Meningoencephalitis in the United States, 1937-2013 / L.G. Capewell, A.M. Harris, J.S. Yoder, J.R. Cope, B.A. Eddy, S.L. Roy, G.S. Visvesvara, L.M. Fox, M.J. Beach // Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society. - 2015. - V. 4. - № 4. - P. e68-e75.

21. Casimiro-Soriguer C.S. Sma3s: A universal tool for easy functional annotation of proteomes and transcriptomes / C.S. Casimiro-Soriguer, A. Muñoz-Mérida, A.J. Pérez-Pulido // PROTEOMICS. - 2017. - V. 17. - № 12. - P. 1700071.

22. Cavalier-Smith T. Chromobiote phylogeny: the enigmatic alga Reticulosphaera japonensis is an aberrant haptophyte, not a heterokont / T. Cavalier-Smith, M.T.E.P. Allsopp, M.M. Hauber, G. Gothe, E.E. Chao, J.A. Couch, U.-G. Maier // European Journal of Phycology. - 1996. - V. 31. - № 3. - P. 255-263.

23. Cavalier-Smith T. Paracercomonas Kinetid Ultrastructure, Origins of the Body Plan of Cercomonadida, and Cytoskeleton Evolution in Cercozoa / T. Cavalier-Smith, S.A. Karpov // Protist. - 2012. - V. 163. - № 1. - P. 47-75.

24. Cavalier-Smith T. Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes / T. Cavalier-Smith, J.M. Scoble // European Journal of Protistology. - 2013. - V. 49. - № 3. - P. 328-353.

25. Chang F.H. Cell morphology and life history of Dictyocha octonaria (Dictyochophyceae, Ochrophyta) from Wellington Harbour, New Zealand / F.H. Chang // Phycological Research. - 2015. - V. 63. - № 4. - P. 253-264.

26. Chang F.H. Chattonella globosa is a member of Dictyochophyceae: reassignment to Vicicitus gen. nov., based on molecular phylogeny, pigment composition, morphology and life history / F.H. Chang, M. McVeagh, M. Gall, P. Smith // Phycologia. - 2012. - V. 51. - № 4. - P. 403-420.

27. Chang F.H. Taxonomic revision of Dictyochales (Dictyochophyceae) based on morphological, ultrastructural, biochemical and molecular data / F.H. Chang, J. Sutherland, J. Bradford-Grieve // Phycological Research. - 2017. - V. 65. - № 3. -P. 235-247.

28. Cheirsilp B. Enhanced growth and lipid production of microalgae under

mixotrophic culture condition: Effect of light intensity, glucose concentration and fed-batch cultivation / B. Cheirsilp, S. Torpee // Bioresource Technology. - 2012. - V. 110.

- P. 510-516.

29. Clark J. Mycosphere Essays 3. Myxomycete spore and amoeboflagellate biology: A review / J. Clark, E. Haskins // Mycosphere. - 2016. - V. 7. - № 2. - P. 86-101.

30. Cohn S.A. Ecological considerations of diatom cell motility. I. Characterization of motility and adhesion in four diatom species / S.A. Cohn, R.E. Weitzell Jr. // Journal of Phycology. - 1996. - V. 32. - № 6. - P. 928-939.

31. Cunningham L.A. Cofactor D Functions as a Centrosomal Protein and Is Required for the Recruitment of the y-Tubulin Ring Complex at Centrosomes and Organization of the Mitotic Spindle* / L.A. Cunningham, R.A. Kahn // Journal of Biological Chemistry. - 2008. - V. 283. - № 11. - P. 7155-7165.

32. Danecek P. Twelve years of SAMtools and BCFtools / P. Danecek, J.K. Bonfield, J. Liddle, J. Marshall, V. Ohan, M.O. Pollard, A. Whitwham, T. Keane, S.A. McCarthy, R.M. Davies, H. Li // GigaScience. - 2021. - V. 10. - № 2. - P. giab008.

33. Davidson L.A. Ultrastructure, Behavior, and Algal Flagellate Affinities of the Helioflagellate Ciliophrys marina , and the Classification of the Helioflagellates (Protista, Actinopoda, Heliozoea)1 / L.A. Davidson // The Journal of Protozoology. -1982. - V. 29. - № 1. - P. 19-29.

34. De Jonckheere J.F. What do we know by now about the genus Naegleria? / J.F. De Jonckheere // SI: FLAM_2013. - 2014. - V. 145. - P. S2-S9.

35. Degen G.E. Proton Gradient Regulation 5 is required to avoid photosynthetic oscillations during light transitions / G.E. Degen, F. Pastorelli, M.P. Johnson // Journal of Experimental Botany. - 2024. - V. 75. - № 3. - P. 947-961.

36. Di Franco A. Lower Statistical Support with Larger Data Sets: Insights from the Ochrophyta Radiation / A. Di Franco, D. Baurain, G. Glöckner, M. Melkonian, H. Philippe // Molecular Biology and Evolution. - 2022. - V. 39. - № 1. - P. msab300.

37. Dietz C. Arrangement of F-actin and microtubules in the pseudopodia ofCryptochlora perforans (Chlorarachniophyta) / C. Dietz, R. Schnetter // Protoplasma.

- 1996. - V. 193. - № 1. - P. 82-90.

38. Dorrell R.G. Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes / R.G. Dorrell, A. Villain, B. Perez-Lamarque, G. Audren De Kerdrel, G. McCallum, A.K. Watson, O. Ait-Mohamed, A. Alberti, E. Corre, K.R. Frischkorn, J.J. Pierella Karlusich, E. Pelletier, H. Morlon, C. Bowler, G. Blanc // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2021. - V. 118. - № 4. -P. e2009974118.

39. Dumack K. A Novel Lineage of 'Naked Filose Amoebae'; Kraken carinae gen. nov. sp. nov. (Cercozoa) with a Remarkable Locomotion by Disassembly of its Cell Body / K. Dumack, J. Schuster, D. Bass, M. Bonkowski // Protist. - 2016. - V. 167. -№ 3. - P. 268-278.

40. Edvardsen B. Verrucophora farcimen gen. et sp. nov. (Dictyochophyceae, Heterokonta)-a bloom-forming ichthyotoxic flagellate from the Skagerrak, Norway 1 / B. Edvardsen, W. Eikrem, K. Shalchian-Tabrizi, I. Riisberg, G. Johnsen, L. Naustvoll, J. Throndsen // Journal of Phycology. - 2007. - V. 43. - № 5. - P. 1054-1070.

41. Eikrem W. Florenciella parvula gen. et sp. nov. (Dictyochophyceae, Heterokontophyta), a small flagellate isolated from the English Channel / W. Eikrem, K. Romari, M. Latasa, F.L. Gall, J. Throndsen, D. Vaulot // Phycologia. - 2004. -

V. 43. - № 6. - P. 658-668.

42. Ershov D. TrackMate 7: integrating state-of-the-art segmentation algorithms into tracking pipelines / D. Ershov, M.-S. Phan, J.W. Pylvänäinen, S.U. Rigaud, L. Le Blanc, A. Charles-Orszag, J.R.W. Conway, R.F. Laine, N.H. Roy, D. Bonazzi, G. Duménil, G. Jacquemet, J.-Y. Tinevez // Nature Methods. - 2022. - V. 19. - № 7. -

P. 829-832.

43. Esenkulova S. Indications that algal blooms may affect wild salmon in a similar way as farmed salmon / S. Esenkulova, C. Neville, E. DiCicco, I. Pearsall // Harmful Algae. - 2022. - V. 118. - P. 102310.

44. Fan T. Chapter Four - Porphyrin and heme synthesis / T. Fan, B. Grimm, G. Layer // Advances in Botanical Research / ed. B. Grimm. - Academic Press, 2019. -V. 91. - P. 89-131.

45. Farrell R.E. Chapter 6 - Quality Control for RNA Preparations / R.E. Farrell //

RNA Methodologies (Fifth Edition) / ed. R.E. Farrell. - Academic Press, 2017. -P. 167-185.

46. Frias-Lopez J. Use of stable isotope-labelled cells to identify active grazers of picocyanobacteria in ocean surface waters / J. Frias-Lopez, A. Thompson, J. Waldbauer, S.W. Chisholm // Environmental Microbiology. - 2009. - V. 11. - № 2. - P. 512-525.

47. Friso G. In-Depth Analysis of the Thylakoid Membrane Proteome of Arabidopsis thaliana Chloroplasts: New Proteins, New Functions, and a Plastid Proteome Database[W] / G. Friso, L. Giacomelli, A.J. Ytterberg, J.-B. Peltier, A. Rudella, Q. Sun, K.J.V. Wijk // The Plant Cell. - 2004. - V. 16. - № 2. - P. 478-499.

48. Fritz-Laylin L.K. Ancestral centriole and flagella proteins identified by analysis of Naegleria differentiation / L.K. Fritz-Laylin, W.Z. Cande // Journal of Cell Science. - 2010. - V. 123. - № 23. - P. 4024-4031.

49. Fritz-Laylin L.K. Naegleria: a classic model for de novo basal body assembly / L.K. Fritz-Laylin, C. Fulton // Cilia. - 2016. - V. 5. - № 1. - P. 10.

50. Fulton C. Basal bodies, but not centrioles, in Naegleria / C. Fulton, A.D. Dingle // Journal of Cell Biology. - 1971. - V. 51. - № 3. - P. 826-836.

51. Fulton C. Naegleria: A Research Partner For Cell and Developmental Biology / C. Fulton // Journal of Eukaryotic Microbiology. - 1993. - V. 40. - № 4. - P. 520-532.

52. Gantt E. Chloroplast structure of the Cryptophyceae: evidence for phycobiliproteins within intrathylakoidal spaces / E. Gantt, M.R. Edwards, L. Provasoli // The Journal of Cell Biology. - 1971. - V. 48. - № 2. - P. 280-290.

53. Geimer S. Centrin Scaffold in Chlamydomonas reinhardtii Revealed by Immunoelectron Microscopy / S. Geimer, M. Melkonian // Eukaryotic Cell. - 2005. -V. 4. - № 7. - P. 1253-1263.

54. Genova M. Tubulin polyglutamylation differentially regulates microtubule-interacting proteins / M. Genova, L. Grycova, V. Puttrich, M.M. Magiera, Z. Lansky, C. Janke, M. Braun // The EMBO Journal. - 2023. - V. 42. - № 5. - P. e112101.

55. Gibbs S.P. Nuclear envelope-chloroplast relationships in algae / S.P. Gibbs // The Journal of Cell Biology. - 1962a. - V. 14. - № 3. - P. 433-444.

56. Gibbs S.P. The ultrastructure of the pyrenoids of algae, exclusive of the green

algae / S.P. Gibbs // Journal of Ultrastructure Research. - 1962b. - V. 7. - № 3-4. -P. 247-261.

57. Gim G.H. Effects of carbon source and light intensity on the growth and total lipid production of three microalgae under different culture conditions / G.H. Gim, J. Ryu, M.J. Kim, P.I. Kim, S.W. Kim // Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. - 2016. - V. 43. - № 5. - P. 605-616.

58. Goedhart J. VolcaNoseR is a web app for creating, exploring, labeling and sharing volcano plots / J. Goedhart, M.S. Luijsterburg // Scientific Reports. - 2020. -V. 10. - № 1. - P. 20560.

59. Gómez I. Biology of Polar Benthic Algae / I. Gómez, A. Wulff, M.Y. Roleda, P. Huovinen, U. Karsten, M.L. Quartino, K. Dunton, C. Wiencke // ed. C. Wiencke. - De Gruyter, 2011. - P. 195-220.

60. Grant J. Multigene Evidence for the Placement of a Heterotrophic Amoeboid Lineage Leukarachnion sp. among Photosynthetic Stramenopiles / J. Grant, Y.I. Tekle, O.R. Anderson, D.J. Patterson, L.A. Katz // Protist. - 2009. - V. 160. - № 3. - P. 376385.

61. Grell K.G. Anzeichen sexueller Fortpflanzung bei dem plasmodialen Protisten Chlorarachnion reptans Geitler / Indications of Sexual Reproduction in the Plasmodial Protist Chlorarachnion reptans Geitler / K.G. Grell // Zeitschrift für Naturforschung C. - 1990. - V. 45. - № 1-2. - P. 112-114.

62. Guillard R.R.L. Studies of marine planktonic diatoms. I. Cyclotella nana Hustedt, and Detonula confervacea (cleve) Gran. / R.R.L. Guillard, J.H. Ryther // Canadian Journal of Microbiology. - 1962. - V. 8. - № 2. - P. 229-239.

63. Guillou L. Bolidomonas: a new genus with two species belonging to a new algal class, the Bolidophyceae (Heterokonta) / L. Guillou, M. Chrétiennot-Dinet, L.K. Medlin, H. Claustre, S.L. Goer, D. Vaulot // Journal of Phycology. - 1999. - V. 35. -№ 2. - P. 368-381.

64. Guiry M.D. Validation of the name Heterokontophyta / M.D. Guiry, R.A. Andersen, 0. Moestrup // Notulae Algarum. - 2023. - V. 297. - P. 1-5.

65. Guiry M.D. How many species of algae are there? A reprise. Four kingdoms, 14

phyla, 63 classes and still growing / M.D. Guiry // Journal of Phycology. - 2024. -V. 60. - № 2. - P. 214-228.

66. Hadziavdic K. Characterization of the 18S rRNA Gene for Designing Universal Eukaryote Specific Primers / K. Hadziavdic, K. Lekang, A. Lanzen, I. Jonassen, E.M. Thompson, C. Troedsson // PLoS ONE. - 2014. - V. 9. - № 2. - P. e87624.

67. Hall T.A. BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. / T.A. Hall. - 1999. - V. 41. - P. 95-98.

68. Heath I.B. Observations on the ultrastructure of the male gametes of Biddulhia levis Ehr / I.B. Heath, W.M. Darley // Journal of Phycology. - 1972. - V. 8. - № 1. -P. 51-59.

69. Heesch S. Affiliation of the parasite Herpodiscus durvillaeae (Phaeophyceae) with the Sphacelariales based on DNA sequence comparisons and morphological observations / S. Heesch, A.F. Peters, J.E. Broom, C.L. Hurd // European Journal of Phycology. - 2008. - V. 43. - № 3. - P. 283-295.

70. Hernandez-Becerril D.U. Planktonic Silicoflagellates (Dictyochophyceae) from the Mexican Pacific Ocean / D.U. Hernandez-Becerril, E. Bravo-Sierra // Botanica Marina. - 2001. - V. 44. - № 5. - P. 417-423.

71. Hess S. Ultrastructure of the Algivorous Amoeboflagellate Viridiraptor invadens (Glissomonadida, Cercozoa) / S. Hess, M. Melkonian // Protist. - 2014. - V. 165. -

№ 5. - P. 605-635.

72. Hibberd D.J. The ultrastructure and taxonomy of Rhizochromulina marina gen. et sp.nov., an amoeboid marine chrysophyte / D.J. Hibberd, M.-J. Chretiennot-Dinet // Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom. - 1979. - V. 59. -№ 1. - P. 179-193.

73. Hibberd D.J. Cytology and ultrastructure of Chlorarachnion reptans (Chlorarachniophyta divisio nova, Chlorarachniophyceae classis nova) / D.J. Hibberd, R.E. Norris // Journal of Phycology. - 1984. - V. 20. - № 2. - P. 310-330.

74. Hibberd D.J. Observations on the cytology and ultrastructure of Chrysamoeba radians Klebs (Chrysophyceae) / D.J. Hibberd // British Phycological Journal. - 1971. -V. 6. - № 2. - P. 207-223.

75. Hirata D. Essential role of tubulin-folding cofactor D in microtubule assembly and its association with microtubules in fission yeast / D. Hirata, H. Masuda, M. Eddison, T. Toda // The EMBO Journal. - 1998. - V. 17. - № 3. - P. 658-666.

76. Honda D. Ultrastructure and reconstruction of the flagellar apparatus architecture in Ankylochrysis lutea (Chrysophyceae, Sarcinochrysidales) / D. Honda, I. Inouye // Phycologia. - 1995. - V. 34. - № 3. - P. 215-227.

77. Horn S. Synchroma grande spec. nov. (Synchromophyceae class. nov., Heterokontophyta): An Amoeboid Marine Alga with Unique Plastid Complexes / S. Horn, K. Ehlers, G. Fritzsch, M.C. Gil-Rodríguez, C. Wilhelm, R. Schnetter // Protist. -2007. - V. 158. - № 3. - P. 277-293.

78. Hosoi-Tanabe S. Proposal of Pseudochattonella verruculosa gen. nov., comb. nov. (Dictyochophyceae) for a formar raphidophycean alga Chattonella verruculosa, based on 18S rDNA phylogeny and ultrastructural characteristics / S. Hosoi-Tanabe, D. Honda, S. Fukaya, I. Otake, Y. Inagaki, Y. Sako // Phycological Research. - 2007. -V. 55. - № 3. - P. 185-192.

79. Hummel I. Multidrug Resistance-Related Protein 1 (MRP1) Function and Localization Depend on Cortical Actin / I. Hummel, K. Klappe, C. Ercan, J.W. Kok // Molecular Pharmacology. - 2011. - V. 79. - № 2. - P. 229-240.

80. Huysman M.J. Functional characterization of the diatom cyclin-dependent kinase A2 as a mitotic regulator reveals plant-like properties in a non-green lineage / M.J. Huysman, A. Tanaka, C. Bowler, W. Vyverman, L. De Veylder // BMC Plant Biology. - 2015. - V. 15. - № 1. - P. 86.

81. Huysman M.J. Genome-wide analysis of the diatom cell cycle unveils a novel type of cyclins involved in environmental signaling / M.J. Huysman, C. Martens, K. Vandepoele, J. Gillard, E. Rayko, M. Heijde, C. Bowler, D. Inzé, Y.V. de Peer, L. De Veylder, W. Vyverman // Genome Biology. - 2010. - V. 11. - № 2. - P. R17.

82. Ichinomiya M. Diversity and oceanic distribution of the Parmales (Bolidophyceae), a picoplanktonic group closely related to diatoms / M. Ichinomiya, A.L. Dos Santos, P. Gourvil, S. Yoshikawa, M. Kamiya, K. Ohki, S. Audic, C. De Vargas, M.-H. Noël, D. Vaulot, A. Kuwata // The ISME Journal. - 2016. - V. 10. -

№ 10. - P. 2419-2434.

83. Ichinomiya M. Isolation and characterization of Parmales (Heterokonta/Heterokontophyta/Stramenopiles) from the Oyashio region, western North Pacific / M. Ichinomiya, S. Yoshikawa, M. Kamiya, K. Ohki, S. Takaichi, A. Kuwata // Journal of Phycology. - 2011. - V. 47. - № 1. - P. 144-151.

84. Idei M. Sperm ultrastructure in the diatoms Melosira and Thalassiosira and the significance of the 9 + 0 configuration / M. Idei, K. Osada, S. Sato, T. Nakayama, T. Nagumo, D.G. Mann // Protoplasma. - 2013. - V. 250. - № 4. - P. 833-850.

85. Ikegami K. Tubulin polyglutamylation is essential for airway ciliary function through the regulation of beating asymmetry / K. Ikegami, S. Sato, K. Nakamura, L.E. Ostrowski, M. Setou // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. -V. 107. - № 23. - P. 10490-10495.

86. Ivanetich K.M. Bifunctional thymidylate synthase-dihydrofolate reductase in protozoa / K.M. Ivanetich, D.V. Santi // The FASEB Journal. - 1990. - V. 4. - № 6. -P. 1591-1597.

87. Janke C. Tubulin Polyglutamylase Enzymes Are Members of the TTL Domain Protein Family / C. Janke, K. Rogowski, D. Wloga, C. Regnard, A.V. Kajava, J.-M. Strub, N. Temurak, J. van Dijk, D. Boucher, A. van Dorsselaer, S. Suryavanshi, J. Gaertig, B. Eddé // Science. - 2005. - V. 308. - № 5729. - P. 1758-1762.

88. Jensen K.G. Ultrastructure of the male gametes from two centric diatoms, Chaetoceros laciniosus and Coscinodiscus wailesii (Bacillariophyceae) / K.G. Jensen, 0. Moestrup, A.-M.M. Schmid // Phycologia. - 2003. - V. 42. - № 1. - P. 98-105.

89. Jiang E.-Y. Overexpression of plastid lipid-associated protein in marine diatom enhances the xanthophyll synthesis and storage / E.-Y. Jiang, Y. Fan, N.-V. Phung, W.Y. Xia, G.-R. Hu, F.-L. Li // Frontiers in Microbiology. - 2023. - V. 14. - P. 1143017.

90. Jiang F. NUF2 Expression Promotes Lung Adenocarcinoma Progression and Is Associated With Poor Prognosis / F. Jiang, X. Huang, X. Yang, H. Zhou, Y. Wang // Frontiers in Oncology. - 2022. - V. 12.

91. John D.E. A day in the life in the dynamic marine environment: how nutrients shape diel patterns of phytoplankton photosynthesis and carbon fixation gene

expression in the Mississippi and Orinoco River plumes / D.E. John, J.M. Lopez-Diaz, A. Cabrera, N.A. Santiago, J.E. Corredor, D.A. Bronk, J.H. Paul // Hydrobiologia. -2012. - V. 679. - № 1. - P. 155-173.

92. Jokel M. Hunting the main player enabling Chlamydomonas reinhardtii growth under fluctuating light / M. Jokel, X. Johnson, G. Peltier, E.-M. Aro, Y. Allahverdiyeva // The Plant Journal. - 2018. - V. 94. - № 5. - P. 822-835.

93. Kamada K. The GINS Complex: Structure and Function / K. Kamada // The Eukaryotic Replisome: a Guide to Protein Structure and Function / ed. S. MacNeill. -Dordrecht: Springer Netherlands, 2012. - P. 135-156.

94. Katoh K. MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability / K. Katoh, D.M. Standley // Molecular Biology and Evolution. - 2013. - V. 30. - № 4. - P. 772-780.

95. Keeling P.J. Chlorarachniophytes / P.J. Keeling // Handbook of the Protists / eds. J.M. Archibald, A.G.B. Simpson, C.H. Slamovits. - Cham: Springer International Publishing, 2017. - P. 765-781.

96. Keeling P.J. The endosymbiotic origin, diversification and fate of plastids / P.J. Keeling // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. -2010. - V. 365. - № 1541. - P. 729-748.

97. Kester D.R. Preparation of artificial seawater / D.R. Kester, I.W. Duedall, D.N. Connors, R.M. Pytkowicz // Limnology and Oceanography. - 1967. - V. 12. - № 1. -P. 176-179.

98. Kim E.-H. Fibrillin 5 Is Essential for Plastoquinone-9 Biosynthesis by Binding to Solanesyl Diphosphate Synthases in Arabidopsis / E.-H. Kim, Y. Lee, H.U. Kim // The Plant Cell. - 2015. - P. tpc.15.00707.

99. Kim I. Genome-Wide Identification and Expression Analyses of the Fibrillin Family Genes Suggest Their Involvement in Photoprotection in Cucumber / I. Kim, S.-C. Lee, E.-H. Kim, K. Song, T.-J. Yang, H.U. Kim // Plants. - 2018. - V. 7. - № 3. -P. 50.

100. Kim I. The mysterious role of fibrillin in plastid metabolism: current advances in understanding / I. Kim, H.U. Kim // Journal of Experimental Botany. - 2022. - V. 73. -

№ 9. - P. 2751-2764.

101. Kirk J.T.O. Light and Photosynthesis in Aquatic Ecosystems / J.T.O. Kirk. - 2. -Cambridge: Cambridge University Press, 1994. - 491 p.

102. Kitazato H. Locomotion of some benthic foraminifera in and on sediments / H. Kitazato // The Journal of Foraminiferal Research. - 1988. - V. 18. - № 4. - P. 344349.

103. Koutoulis A. Spine-scale reorientation in Apedinella radians (Pedinellales, Chrysophyceae): the microarchitecture and immunocytochemistry of the associated cytoskeleton / A. Koutoulis, G.I. McFadden, R. Wetherbee // Protoplasma. - 1988. -V. 147. - № 1. - P. 25-41.

104. Koutoulis A. Cytoskeletal dynamics of Apedinella radians (Pedinellophyceae) I. Pre-division development and the formation of spine-scales and body scales / A. Koutoulis, R. Wetherbee // Protoplasma. - 1993. - V. 175. - № 1-2. - P. 17-28.

105. Kristiansen J. Chrysophyta / J. Kristiansen, P. Skaloud // Handbook of the Protists / eds. J.M. Archibald, A.G.B. Simpson, C.H. Slamovits. - Cham: Springer International Publishing, 2017. - P. 331-366.

106. Laoukili J. Differential expression and cellular distribution of centrin isoforms during human ciliated cell differentiation in vitro / J. Laoukili, E. Perret, S. Middendorp, O. Houcine, C. Guennou, F. Marano, M. Bornens, F. Tournier // Journal of Cell Science. - 2000. - V. 113. - № 8. - P. 1355-1364.

107. Larsen J. Ultrastructure and taxonomy of Actinomonas pusilla , a heterotrophic member of the Pedinellales (Chrysophyceae) / J. Larsen // British Phycological Journal.

- 1985. - V. 20. - № 4. - P. 341-355.

108. Laviale M. Response of intertidal benthic microalgal biofilms to a coupled light-temperature stress: evidence for latitudinal adaptation along the Atlantic coast of Southern Europe / M. Laviale, A. Barnett, J. Ezequiel, B. Lepetit, S. Frankenbach, V. Méléder, J. Serodio, J. Lavaud // Environmental Microbiology. - 2015. - V. 17. - № 10.

- P. 3662-3677.

109. Lefebvre P.A. Increased levels of mRNAs for tubulin and other flagellar proteins after amputation or shortening of Chlamydomonas Flagella / P.A. Lefebvre, C.D.

Silflow, E.D. Wieben, J.L. Rosenbaum // Cell. - 1980. - V. 20. - № 2. - P. 469-477.

110. Leister D. Enhancing the light reactions of photosynthesis: Strategies, controversies, and perspectives / D. Leister // Molecular Plant. - 2023. - V. 16. - № 1. -P. 4-22.

111. Leliaert F. DNA-based species delimitation in algae / F. Leliaert, H. Verbruggen, P. Vanormelingen, F. Steen, J.M. Lopez-Bautista, G.C. Zuccarello, O. De Clerck // European Journal of Phycology. - 2014. - V. 49. - № 2. - P. 179-196.

112. Lepere C. Whole-genome amplification (WGA) of marine photosynthetic eukaryote populations: Whole-genome amplification of photosynthetic eukaryotes / C. Lepere, M. Demura, M. Kawachi, S. Romac, I. Probert, D. Vaulot // FEMS Microbiology Ecology. - 2011. - V. 76. - № 3. - P. 513-523.

113. Lewis S.A. The a- and ß-tubulin folding pathways / S.A. Lewis, G. Tian, N.J. Cowan // Trends in Cell Biology. - 1997. - V. 7. - № 12. - P. 479-484.

114. Li H. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM / H. Li // arXiv: Genomics. - 2013. - P. 1303.3997v2.

115. Li Q. Broad phylogenetic and functional diversity among mixotrophic consumers of Prochlorococcus / Q. Li, K.F. Edwards, C.R. Schvarcz, G.F. Steward. - Ecology, 2022.

116. Linam W.M. Successful Treatment of an Adolescent With Naegleriafowleri Primary Amebic Meningoencephalitis / W.M. Linam, M. Ahmed, J.R. Cope, C. Chu, G.S. Visvesvara, A.J. da Silva, Y. Qvarnstrom, J. Green // Pediatrics. - 2015. - V. 135. - № 3. - P. e744-e748.

117. Loges N.T. Deletions and Point Mutations of LRRC50 Cause Primary Ciliary Dyskinesia Due to Dynein Arm Defects / N.T. Loges, H. Olbrich, A. Becker-Heck, K. Häffner, A. Heer, C. Reinhard, M. Schmidts, A. Kispert, M.A. Zariwala, M.W. Leigh, M.R. Knowles, H. Zentgraf, H. Seithe, G. Nürnberg, P. Nürnberg, R. Reinhardt, H. Omran // The American Journal of Human Genetics. - 2009. - V. 85. - № 6. - P. 883889.

118. Love M.I. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 / M.I. Love, W. Huber, S. Anders // Genome Biology. - 2014. - V. 15. -

№ 12. - P. 550.

119. Lundquist P.K. The Functional Network of the Arabidopsis Plastoglobule Proteome Based on Quantitative Proteomics and Genome-Wide Coexpression Analysis / P.K. Lundquist, A. Poliakov, N.H. Bhuiyan, B. Zybailov, Q. Sun, K.J. Van Wijk // Plant Physiology. - 2012. - V. 158. - № 3. - P. 1172-1192.

120. Mann D.G. Bacillariophyta / D.G. Mann, R.M. Crawford, F.E. Round // Handbook of the Protists / eds. J.M. Archibald, A.G.B. Simpson, C.H. Slamovits. -Cham: Springer International Publishing, 2017. - P. 205-266.

121. Marshall H.G. Neuston / H.G. Marshall // Encyclopedia of Estuaries / ed. M.J. Kennish. - Dordrecht: Springer Netherlands, 2016. - P. 454-454.

122. Martin L. Tubulin folding cofactor D is a microtubule destabilizing protein / L. Martin, M.L. Fanarraga, K. Aloria, J.C. Zabala // FEBS Letters. - 2000. - V. 470. -№ 1. - P. 93-95.

123. Marzluff W.F. Metabolism and regulation of canonical histone mRNAs: life without a poly(A) tail / W.F. Marzluff, E.J. Wagner, R.J. Duronio // Nature Reviews Genetics. - 2008. - V. 9. - № 11. - P. 843-854.

124. McGregor D.D. Physical ecology of some New Zealand supralittoral pools / D.D. McGregor // Hydrobiologia. - 1965. - V. 25. - № 1. - P. 277-284.

125. Mikrjukov K.A. Taxonomy and phylogeny of Heliozoa. III. Actinophryids / K.A. Mikrjukov, D.J. Patterson // Acta Protozoologica. - 2001. - V. 40. - P. 3-25.

126. Miller M.A. Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees / M.A. Miller, W. Pfeiffer, T. Schwartz // 2010 Gateway Computing Environments Workshop (GCE) 2010 Gateway Computing Environments Workshop (GCE). - New Orleans, LA, USA: IEEE, 2010. - P. 1-8.

127. Milyutina I.A. The unusually long small subunit ribosomal RNA gene found in amitochondriate amoeboflagellate Pelomyxa palustris: its rRNA predicted secondary structure and phylogenetic implication / I.A. Milyutina, V.V. Aleshin, K.A. Mikrjukov, O.S. Kedrova, N.B. Petrov // Gene. - 2001. - V. 272. - № 1. - P. 131-139.

128. Minge M. Evolutionary position of breviate amoebae and the primary eukaryote divergence / M. Minge, J.D. Silberman, R.J.S. Orr, T. Cavalier-Smith, K. Shalchian-

Tabrizi, F. Burki, Â. Skjœveland, K.S. Jakobsen // Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2008. - V. 276. - № 1657. - P. 597-604.

129. Moch M. Hemidesmosome-Related Keratin Filament Bundling and Nucleation / M. Moch, R.E. Leube // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. - V. 22. -№ 4. - P. 2130.

130. Moestrup 0. Current status of chrysophyte 'splinter groups': synurophytes, pedinellids, silicoflagellates / 0. Moestrup // Chrysophyte Algae / eds. C.D. Sandgren, J.P. Smol, J. Kristiansen. - Cambridge University Press, 1995. - Current status of chrysophyte 'splinter groups.' - P. 75-92.

131. Moestrup 0. The flagellate cytoskeleton: introduction of a general terminology for microtubular flagellar roots in protists / 0. Moestrup // The Flagellates: Unity, Diversity and Evolution / eds. B.S.C. Leadbeater, J.C. Green. - London: Taylor&Franscis, 2000. - P. 69-94.

132. Moestrup 0. Dictyocha speculum (Silicoflagellata, Dictyochophyceae). Studies on armoured and unarmoured stages. / 0. Moestrup, H. Thomsen // Biologiske Skrifter. Kongelige Danske videnskabernes Selskab. - 1990. - V. 37. - P. 1-57.

133. Moon-van der Staay S.Y. Oceanic 18S rDNA sequences from picoplankton reveal unsuspected eukaryotic diversity / S.Y. Moon-van der Staay, R. De Wachter, D. Vaulot // Nature. - 2001. - V. 409. - № 6820. - P. 607-610.

134. Morelle J. The Photoprotective Behavior of a Motile Benthic Diatom as Elucidated from the Interplay Between Cell Motility and Physiological Responses to a Light Microgradient Using a Novel Experimental Setup / J. Morelle, A. Bastos, S. Frankenbach, J.C. Frommlet, D.A. Campbell, J. Lavaud, J. Serôdio // Microbial Ecology. - 2024. - V. 87. - № 1. - P. 40.

135. Munekage Y. PGR5 Is Involved in Cyclic Electron Flow around Photosystem I and Is Essential for Photoprotection in Arabidopsis / Y. Munekage, M. Hojo, J. Meurer, T. Endo, M. Tasaka, T. Shikanai // Cell. - 2002. - V. 110. - № 3. - P. 361-371.

136. Mylnikov A. Review of diversity and taxonomy of cercomonads / A. Mylnikov, S. Karpov // Protistology. - 2004. - V. 3. - № 4. - P. 201-217.

137. Nguyen L.-T. IQ-TREE: A Fast and Effective Stochastic Algorithm for

Estimating Maximum-Likelihood Phylogenies / L.-T. Nguyen, H.A. Schmidt, A. von Haeseler, B.Q. Minh // Molecular Biology and Evolution. - 2015. - V. 32. - № 1. -P. 268-274.

138. Oakley B.R. y-Tubulin: the microtubule organizer? / B.R. Oakley // Trends in Cell Biology. - 1992. - V. 2. - № 1. - P. 1-5.

139. O'Kelly C.J. The Evolutionary Origin Of The Brown Algae: Information From Studies Of Motile Cell Ultrastructure / C.J. O'Kelly // The Chromophyte Algae: Problems and Perspectives / eds. J.C. Green, B.S.C. Leadbeater, W.L. Diver. - Oxford: Clarendon Press, 1989. - P. 255-278.

140. O'Kelly C.J. Status of the Chrysamoebales (Chrysophyceae): observations on Chrysamoeba pyrenoidifera, Rhizochromulina marina and Lagynion delicatulum / C.J. O'Kelly, D.E. Wujek // Chrysophyte Algae: Ecology, Phylogeny and Development / eds. C.D. Sandgren, J.P. Smol, J. Kristiansen. - Cambridge: Cambridge University Press, 1995. - P. 361-372.

141. Okonechnikov K. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit / K. Okonechnikov, O. Golosova, M. Fursov // Bioinformatics. - 2012. - V. 28. - № 8. -P. 1166-1167.

142. Omran H. NPHP proteins: gatekeepers of the ciliary compartment / H. Omran // Journal of Cell Biology. - 2010. - V. 190. - № 5. - P. 715-717.

143. Ota S. Taxonomic study of Bigelowiella longifila sp nov (Chlorarachniophyta) and a time-lapse video observation of the unique migration of amoeboid cells / S. Ota, K. Ueda, K. Ishida // Journal of Phycology. - 2007. - V. 43. - № 2. - P. 333-343.

144. Panek T. Heterolobosea / T. Panek, A.G.B. Simpson, M.W. Brown, B. Dexter Dyer // Handbook of the Protists / eds. J.M. Archibald et al. - Cham: Springer International Publishing, 2017. - P. 1-42.

145. Patterson D.J. Insights into the evolution of heliozoa (Protozoa, Sarcodina) as provided by ultrastructural studies on a new species of flagellate from the genus Pteridomonas / D.J. Patterson, T. Fenchel // Biological Journal of the Linnean Society. - 1985. - V. 24. - № 4. - P. 381-403.

146. Payo D.A. Extensive cryptic species diversity and fine-scale endemism in the

marine red alga Portieria in the Philippines / D.A. Payo, F. Leliaert, H. Verbruggen, S. D'hondt, H.P. Calumpong, O. De Clerck // Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2013. - V. 280. - № 1753. - P. 20122660.

147. Pazour G.J. The DHC1b (DHC2) Isoform of Cytoplasmic Dynein Is Required for Flagellar Assembly / G.J. Pazour, B.L. Dickert, G.B. Witman // Journal of Cell Biology.

- 1999. - V. 144. - № 3. - P. 473-481.

148. Peränen J. Rab8 GTPase as a regulator of cell shape / J. Peränen // Cytoskeleton.

- 2011. - V. 68. - № 10. - P. 527-539.

149. Pichard S. Regulation of Ribulose Bisphosphate Carboxylase Gene Expression in Natural Phytoplankton Communities .1. Diel Rhythms / S. Pichard, L. Campbell, J. Kang, F. Tabita, J. Paul // Marine Ecology-progress Series - MAR ECOL-PROGR SER.

- 1996. - V. 139. - P. 257-265.

150. Pozdnyakov I. Diversity of voltage-gated potassium channels and cyclic nucleotide-binding domain-containing channels in eukaryotes / I. Pozdnyakov, P. Safonov, S. Skarlato // Scientific Reports. - 2020. - V. 10. - № 1. - P. 17758.

151. Prego R. Oceanographical Context of the First Bloom of the Silicoflagellate Octactis speculum (Ehrenberg) Recorded to Cause Salmon Mortality in a Galician Ria: Was This Bloom a Rare Event in the Iberian Coast? / R. Prego, R. Carballeira, Y. Pazos, R. Bao // Toxins. - 2023. - V. 15. - № 7.

152. R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. / R Core Team. - R Foundation for Statistical Computing, 2024.

153. Reed D.C. Variation in Algal Dispersal and Recruitment: The Importance of Episodic Events / D.C. Reed, D.R. Laur, A.W. Ebeling // Ecological Monographs. -1988. - V. 58. - № 4. - P. 321-335.

154. Rey P. Over-expression of a pepper plastid lipid-associated protein in tobacco leads to changes in plastid ultrastructure and plant development upon stress / P. Rey, B. Gillet, S. Römer, F. Eymery, J. Massimino, G. Peltier, M. Kuntz // The Plant Journal. -2000. - V. 21. - № 5. - P. 483-494.

155. Rij J. van. itsadug: Interpreting Time Series and Autocorrelated Data Using GAMMs. R package version 2.4.1. / J. van Rij, M. Wieling, R. Baayen, H. van Rijn. -

2022.

156. Ronquist F. MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice Across a Large Model Space / F. Ronquist, M. Teslenko, P. van der Mark, D.L. Ayres, A. Darling, S. Höhna, B. Larget, L. Liu, M.A. Suchard, J.P. Huelsenbeck // Systematic Biology. - 2012. - V. 61. - № 3. - P. 539-542.

157. Rüdiger W. The Last Steps of Chlorophyll Synthesis / W. Rüdiger // The Porphyrin Handbook. - 2003. - V. 13. - P. 71-108.

158. Safonov P. Effect of cesium ions on the mycelium growth and zoospores motility in the oomycete Phytophthora infestans / P. Safonov, A. Khiutti, I. Pozdnyakov // Protistology. - 2020. - V. 14. - № 4. - P. 252-257.

159. Safonov P. The first arctic strain of Rhizochromulina: Morphology, ultrastructure, and position in the evolutionary tree of the order Rhizochromulinales (Heterokontophyta, Dictyochophyceae) / P. Safonov, M. Berdieva, E. Nassonova, S. Skarlato, I. Pozdnyakov // European Journal of Protistology. - 2024. - V. 92. -

P. 126050.

160. Safonov P. Types of flagellar apparatus of diatomists: morphological diversity and evolution / P. Safonov // Protistology. - 2024. - V. 18. - № 3. - P. 177-188.

161. Schmidt M. Guanchochroma wildpretii gen. et spec. nov. (Ochrophyta) Provides New Insights into the Diversification and Evolution of the Algal Class Synchromophyceae / M. Schmidt, S. Horn, K. Ehlers, C. Wilhelm, R. Schnetter // PLOS ONE. - 2015. - V. 10. - № 7. - P. e0131821.

162. Schmidt M. Synchroma pusillum sp. nov. and other New Algal Isolates with Chloroplast Complexes Confirm the Synchromophyceae (Ochrophyta) as a Widely Distributed Group of Amoeboid Algae / M. Schmidt, S. Horn, K. Flieger, K. Ehlers, C. Wilhelm, R. Schnetter // Protist. - 2012. - V. 163. - № 4. - P. 544-559.

163. Schoch C.L. NCBI Taxonomy: a comprehensive update on curation, resources and tools / C.L. Schoch, S. Ciufo, M. Domrachev, C.L. Hotton, S. Kannan, R. Khovanskaya, D. Leipe, R. Mcveigh, K. O'Neill, B. Robbertse, S. Sharma, V. Soussov, J.P. Sullivan, L. Sun, S. Turner, I. Karsch-Mizrachi // Database. - 2020. - V. 2020. -P. baaa062.

164. Sekiguchi H. A taxonomic re-evaluation of the Pedinellales (Dictyochophyceae), based on morphological, behavioural and molecular data / H. Sekiguchi, M. Kawachi, T. Nakayama, I. Inouye // Phycologia. - 2003. - V. 42. - № 2. - P. 165-182.

165. Signor D. Role of a Class Dhc1b Dynein in Retrograde Transport of Ift Motors and Ift Raft Particles along Cilia, but Not Dendrites, in Chemosensory Neurons of Living Caenorhabditis elegans / D. Signor, K.P. Wedaman, J.T. Orozco, N.D. Dwyer, C.I. Bargmann, L.S. Rose, J.M. Scholey // Journal of Cell Biology. - 1999. - V. 147. -№ 3. - P. 519-530.

166. Simpson A.G.B. The organisation of Mastigamoeba schizophrenia n. sp.: More evidence of ultrastructural idiosyncrasy and simplicity in pelobiont protists / A.G.B. Simpson, C. Bernard, T. Fenchel, D.J. Patterson // European Journal of Protistology. -1997. - V. 33. - № 1. - P. 87-98.

167. Simpson G.L. gratia: Graceful ggplot-Based Graphics and Other Functions for GAMs Fitted using mgcv. R package version 0.9.0-9009 / G.L. Simpson. - 2024.

168. Singh D.K. Fibrillin protein function: the tip of the iceberg? / D.K. Singh, T.W. McNellis // Trends in Plant Science. - 2011. - V. 16. - № 8. - P. 432-441.

169. Spalding M.D. Marine Ecoregions of the World: A Bioregionalization of Coastal and Shelf Areas / M.D. Spalding, H.E. Fox, G.R. Allen, N. Davidson, Z.A. Ferdana, M. Finlayson, B.S. Halpern, M.A. Jorge, A. Lombana, S.A. Lourie, K.D. Martin, E. McManus, J. Molnar, C.A. Recchia, J. Robertson // BioScience. - 2007. - V. 57. - № 7. - P. 573-583.

170. Spector I. Latrunculins—novel marine macrolides that disrupt microfilament organization and affect cell growth: I. Comparison with cytochalasin D / I. Spector, N.R. Shochet, D. Blasberger, Y. Kashman // Cell Motility. - 1989. - V. 13. - № 3. -P. 127-144.

171. Stancheva R. First record of the rare freshwater alga Tetrasporopsis fuscescens (Chrysomerophyceae, Ochrophyta) in North America / R. Stancheva, P. Skaloud, M. Pusztai, C.L. Loflen, R.G. Sheath // Fottea. - 2019. - V. 19. - № 2. - P. 163-174.

172. Strassert J.F.H. New Phylogenomic Analysis of the Enigmatic Phylum Telonemia Further Resolves the Eukaryote Tree of Life / J.F.H. Strassert, M. Jamy, A.P. Mylnikov,

D.V. Tikhonenkov, F. Burki // Molecular Biology and Evolution. - 2019. - V. 36. -№ 4. - P. 757-765.

173. Suorsa M. PROTON GRADIENT REGULATION Is Essential for Proper Acclimation of Arabidopsis Photosystem I to Naturally and Artificially Fluctuating Light Conditions / M. Suorsa, S. Järvi, M. Grieco, M. Nurmi, M. Pietrzykowska, M. Rantala, S. Kangasjärvi, V. Paakkarinen, M. Tikkanen, S. Jansson, E.-M. Aro // The Plant Cell. - 2012. - V. 24. - № 7. - P. 2934-2948.

174. Sze P. Observations on Microalgae in Supralittoral Rockpools in New England (USA): Botanica Marina / P. Sze. - 1981. - V. 24. - № 6. - P. 337-342.

175. Thakur R. Taxon-rich Multigene Phylogenetic Analyses Resolve the Phylogenetic Relationship Among Deep-branching Stramenopiles / R. Thakur, T. Shiratori, K. Ishida // Protist. - 2019. - V. 170. - № 5. - P. 125682.

176. Theriot E.C. A preliminary multigene phylogeny of the diatoms (Bacillariophyta): challenges for future research / E.C. Theriot, M. Ashworth, E. Ruck, T. Nakov, R.K. Jansen // Plant Ecology and Evolution. - 2010. - V. 143. - № 3. -

P. 278-296.

177. Thomsen H.A. Ultrastructural studies of the flagellate and cyst stages of Pseudopedinella tricostata (Pedinellales, Chrysophyceae) / H.A. Thomsen // British Phycological Journal. - 1988. - V. 23. - № 1. - P. 1-16.

178. Tinevez J.-Y. TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking / J.-Y. Tinevez, N. Perry, J. Schindelin, G.M. Hoopes, G.D. Reynolds, E. Laplantine, S.Y. Bednarek, S.L. Shorte, K.W. Eliceiri // Methods. - 2017. - V. 115. -P. 80-90.

179. Travis J.L. A new model of reticulopodial motility and shape: Evidence for a microtubule-based motor and an actin skeleton / J.L. Travis, S.S. Bowser // Cell Motility. - 1986. - V. 6. - № 1. - P. 2-14.

180. Tsirigos K.D. The TOPCONS web server for consensus prediction of membrane protein topology and signal peptides / K.D. Tsirigos, C. Peters, N. Shu, L. Käll, A. Elofsson // Nucleic Acids Research. - 2015. - V. 43. - № W1. - P. W401-W407.

181. Vogel P. Tubulin Tyrosine Ligase-Like 1 Deficiency Results in Chronic

Rhinosinusitis and Abnormal Development of Spermatid Flagella in Mice / P. Vogel, G. Hansen, G. Fontenot, R. Read // Veterinary Pathology. - 2010. - V. 47. - № 4. -P. 703-712.

182. Wang J. The conserved domain database in 2023 / J. Wang, F. Chitsaz, M.K. Derbyshire, N.R. Gonzales, M. Gwadz, S. Lu, G.H. Marchler, J.S. Song, N. Thanki, R.A. Yamashita, M. Yang, D. Zhang, C. Zheng, C.J. Lanczycki, A. Marchler-Bauer // Nucleic Acids Research. - 2023. - V. 51. - № D1. - P. D384-D388.

183. Wang Y. Wheat PROTON GRADIENT REGULATION 5 is Involved in Tolerance to Photoinhibition / Y. Wang, X. He, W. Ma, X. Zhao, B. Li, Y. Tong // Journal of Integrative Agriculture. - 2014. - V. 13. - № 6. - P. 1206-1215.

184. Wein H. DSK1, a novel kinesin-related protein from the diatom Cylindrotheca fusiformis that is involved in anaphase spindle elongation. / H. Wein, M. Foss, B. Brady, W.Z. Cande // Journal of Cell Biology. - 1996. - V. 133. - № 3. - P. 595-604.

185. Weisenberg R.C. Microtubule Formation in vitro in Solutions Containing Low Calcium Concentrations / R.C. Weisenberg // Science. - 1972. - V. 177. - № 4054. -P. 1104-1105.

186. Wickham H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. ggplot2 / H. Wickham. - New York, NY: Springer New York, 2009.

187. Williams C.L. MKS and NPHP modules cooperate to establish basal body/transition zone membrane associations and ciliary gate function during ciliogenesis / C.L. Williams, C. Li, K. Kida, P.N. Inglis, S. Mohan, L. Semenec, N.J. Bialas, R.M. Stupay, N. Chen, O.E. Blacque, B.K. Yoder, M.R. Leroux // Journal of Cell Biology. - 2011. - V. 192. - № 6. - P. 1023-1041.

188. Wood S.N. Generalized Additive Models: an introduction with R / S.N. Wood. -2. - Chapman and Hall/CRC, 2017.

189. Wu X. The key cyclic electron flow protein PGR5 associates with cytochrome b6f, and its function is partially influenced by the LHCII state transition / X. Wu, J. Wu, Y. Wang, M. He, M. He, W. Liu, S. Shu, J. Sun, S. Guo // Horticulture Research. -2021. - V. 8. - № 1. - P. 55.

190. Yang E.C. Evidence for two independent lineages of Griffithsia (Ceramiaceae,

Rhodophyta) based on plastid protein-coding psaA, psbA, and rbcL gene sequences / E.C. Yang, S.M. Boo // Molecular Phylogenetics and Evolution. - 2004. - V. 31. - № 2.

- P. 680-688.

191. Yang E.C. Supermatrix Data Highlight the Phylogenetic Relationships of Photosynthetic Stramenopiles / E.C. Yang, G.H. Boo, H.J. Kim, S.M. Cho, S.M. Boo, R.A. Andersen, H.S. Yoon // Protist. - 2012. - V. 163. - № 2. - P. 217-231.

192. Yang Z. Bayesian species delimitation using multilocus sequence data / Z. Yang, B. Rannala // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - V. 107. -№ 20. - P. 9264-9269.

193. Yoon H.S. A single origin of the peridinin- and fucoxanthin-containing plastids in dinoflagellates through tertiary endosymbiosis / H.S. Yoon, J.D. Hackett, D. Bhattacharya // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2002. - V. 99. -№ 18. - P. 11724-11729.

194. Yoon H.S. Stramenopiles / H.S. Yoon, R.A. Andersen, S.M. Boo, D. Bhattacharya // Encyclopedia of Microbiology (Third Edition) / ed. M. Schaechter. -Oxford: Academic Press, 2009. - P. 721-731.

195. Zhao X. Progress of Psf1 and prospects in the tumor: A review / X. Zhao, B. Duan, L. Zhou // Medicine. - 2022. - V. 101. - № 48.

196. Zhou L. Photosynthesis acclimation under severely fluctuating light conditions allows faster growth of diatoms compared with dinoflagellates / L. Zhou, S. Wu, W. Gu, L. Wang, J. Wang, S. Gao, G. Wang // BMC Plant Biology. - 2021. - V. 21. - № 1.

- P. 164.

197. Zhu M. DNA primase subunit 1 deteriorated progression of hepatocellular carcinoma by activating AKT/mTOR signaling and UBE2C-mediated P53 ubiquitination / M. Zhu, M. Wu, S. Bian, Q. Song, M. Xiao, H. Huang, L. You, J. Zhang, J. Zhang, C. Cheng, W. Ni, W. Zheng // Cell & Bioscience. - 2021. - V. 11. -№ 1. - P. 42.

198. Zlatogursky V.V. Microtubular cytoskeleton-based cell outgrowths: from pseudopodia to axons and dendrites / V.V. Zlatogursky // Protistology. - 2021. - V. 15. - № 4.