Генетическое разнообразие исторических и современных популяций крупного рогатого скота холмогорской и ярославской пород тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Мишина Арина Игоревна

• Мишина Арина Игоревна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Мишина Арина Игоревна

Содержание

ВВЕДЕНИЕ

ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Молекулярно-генетические инструменты для 19 изучения аллелофонда пород сельскохозяйственных животных

Микросателлиты (STR) Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP)

20

Использование музейных образцов в молекулярно- 34 генетических исследованиях сельскохозяйственных животных

Проблемы, возникающие при выделении ДНК из 35 музейных образцов

Анализ методов, используемых для выделения ДНК из 36 древних и исторических образцов

Методы, используемые для получения достоверных 38 молекулярно-генетических данных при исследовании исторических образцов

Анализ методов, используемых для оценки 39 биоразнообразия пород животных

Оценка биоразнообразия (наблюдаемая и ожидаемая 39 гетерозиготность, аллельное разнообразие, Fis) Характеристика генетических связей между породами 40 (Fst при парном сравнении, Jost's D, генетические дистанции Нея)

Кластерный анализ (Structure, Admixture)

Пробеги гомо и гетерозиготности (ROH, MLH)

2.1.4. История происхождения и развития холмогорской и 46 ярославской пород скота

2.1.4.1. Холмогорская порода

2.1.4.2. Ярославская порода

2.2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.2.1. Материалы исследований

2.2.2. Методика исследований

2.3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ 65 И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

2.3.1. Разработка методики выделения ДНК из музейных 65 образцов костей

2.3.1.1 Описание процесса выделения ДНК из музейных

образцов

2.3.1.2. Исследование количественных и качественных

показателей ДНК, полученной с использованием авторской методики, в сравнении с другими методами

2.3.2. Оценка пригодности выделенной ДНК для 72 молекулярно-генетических исследований на примере микросателлитов

2.3.3. Создание коллекции исторических образцов ДНК 78 холмогорской и ярославской пород, датированных первой половиной XX века

2.3.4. Сравнительные исследования аллелофонда 81 исторических и современных популяций крупного рогатого скота холмогорской и ярославской пород по микросателлитам

2.3.4.1. Характеристика генетического разнообразия

2.3.4.2. Определение генетических связей между изучаемыми 85 популяциями крупного рогатого скота

2.3.4.3. Характеристика генетической структуры популяций

2.3.5. Исследование аллелофонда холмогорской и 90 ярославской пород крупного рогатого скота с использованием SNP-маркеров

2.3.5.1. Характеристика генетического разнообразия и 91 генетических связей между породами

2.3.5.2. Исследование пробегов гомозиготности (ROH)

2.3.5.3. Характеристика генетической структуры популяций

2.3.6. Поиск «следов селекции» в современных популяциях 97 холмогорского и ярославского скота

2.3.6.1. Анализ hapFLK

2.3.6.2. Идентификация 0,1% SNP с наиболее высокими 100 значениями FST при попарном сравнении пород

2.3.6.3. Определение островков ROH

2.3.6.4. Определение «следов селекции», 105 идентифицированных несколькими методами

3. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

3.1. Выводы

3.2. Рекомендации по практическому использованию 111 научных выводов

3.3. Перспективы дальнейшей разработки темы

исследований

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ 112 ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

ПРИЛОЖЕНИЕ 1. Методика выделения ДНК с

использованием перхлората натрия (перхлоратный метод)

ПРИЛОЖЕНИЕ 2. Консенсусные генотипы по

локусам микросателлитов на основе использования препаратов ДНК, полученных перхлоратным методом ПРИЛОЖЕНИЕ 3. Консенсусные генотипы по

локусам микросателлитов на основе использования препаратов ДНК, полученных по авторской методике с использованием магнитных частиц SileksMagNA ПРИЛОЖЕНИЕ 4. Консенсусные генотипы по

локусам микросателлитов на основе использования препаратов ДНК, полученных по авторской методике с использованием магнитных частиц SileksMagNA-G ПРИЛОЖЕНИЕ 5. Перечень SNP, входящих в 0,1% 149 SNP с наиболее высокими значениями ^т при попарном сравнении пород

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетическое разнообразие исторических и современных популяций крупного рогатого скота холмогорской и ярославской пород»

1. ВВЕДЕНИЕ

Актуальность. В течение многовековой истории в России были созданы породы сельскохозяйственных животных, сформировавшие уникальный аллелофонд, хорошо адаптированный к условиям определенных природно-климатических зон и регионов страны [Миддендорф А.Ф., 1884, Диомидов А.М., Жиркович Е.Ф., 1934, Эрнст Л.К. и др., 1994, FAO, 2007]. Однако, наблюдаемое в последние десятилетия драматическое снижение численности локальных генетических ресурсов во всем мире, включая Россию [DAD-IS, 2020], обусловленное ориентацией животноводства на использование ограниченного числа пород [FAO, 2015], может привести к потере ценного аллелофонда, что в итоге обусловит снижение глобального генетического разнообразия видов животных сельскохозяйственного назначения. Например, численность таких старейших отечественных пород крупного рогатого скота, как холмогорская и ярославская с 1990 по 2020 гг. сократилась в 11,4 и 14,6 раз и составляет 135,1 и 38,1 тыс. голов, соответственно [ВНИИплем, 2021]. Применительно к биоресурсам сельскохозяйственного назначения сохранение биоразнообразия является необходимым условием создания устойчивых систем производства в условиях изменяющегося климата, роста техногенной нагрузки и меняющихся требований рынка [Столповский Ю.А., 2010, Ajmone-Marsan P., 2010, Groeneveld L.F. et al., 2010, Felius M. et al., 2015, Зиновьева Н.А. и др., 2019].

Поддержание биоразнообразия требует разработки и внедрения эффективных программ сохранения видов и пород сельскохозяйственных животных [FAO, 2015]. Первым шагом разработки таких программ является выбор приоритетных пород для сохранения, а также отбор животных, сохранивших наибольшую долю аборигенных генетических компонентов [FAO, 2015, Ларкин Д.М., Юдин Н.С., 2016, Абдельманова А.С. и др., 2022]. В этой связи, проведение постоянного генетического мониторинга аллелофонда отечественных пород сельскохозяйственных животных приобретает особую значимость.

Для изучения аллелофонда пород сельскохозяйственных животных находят применение различные типы ДНК-маркеров, наибольшее распространение среди которых получили полиморфизмы митохондриальной ДНК, микросателлиты, а в последние годы - однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) [Yang W. et al., 2013, Ларкин Д.М., Юдин Н.С., 2016, Зиновьева Н.А. и др., 2019]. Микросателлиты являются также «золотым стандартом» в исследованиях достоверности происхождения сельскохозяйственных животных [Brenig B., Schütz E., 2016]. С развитием новых высокопроизводительных технологий генотипирования стало наблюдаться постепенное вытеснение микросателлитов в исследовании геномов сельскохозяйственных животных анализом SNP-маркеров [Fries R., Durstewitz G., 2001; Martinez-Arias R. et al., 2001; Xing C. et al., 2005, Зиновьева Н.А. и др., 2019]. Использование SNP в режиме полногеномного сканирования обеспечивает более плотное покрытие генома по сравнению с микросателлитами и, кроме того, позволяет проводить исследования как нейтральных, так и селекционно-зависимых локусов [Morin P.A. et al., 2004; Vignal A. et al., 2002].

Исследование с использованием ДНК-чипов различной плотности нашло широкое применение в исследованиях аллелофонда популяций крупного рогатого скота во всем мире [Decker J.E. et al., 2009, Kuehn L.A. et al., 2011, McTavish et al., 2013; Decker et al., 2014, Decker J.E. et al., 2016, Iso-Touru T. et al., 2016]. Дальнейшее развитие исследований демографической истории видов и пород животных связывают с вовлечением в исследования археологических [Edwards, C.J. et al., 2003, Gargani M. et al., 2015, Chen N. et al., 2018] и музейных [Rowe K.C. et al., 2011, Billerman S.M., Walsh J., 2019, Зиновьева Н.А. и др. 2019] образцов. Источником музейных образцов сельскохозяйственных животных для таких исследований могут служить черепа, сохраняемые в краниологических коллекциях [Боронецкая О.И. и др., 2017, Зиновьева Н.А. и др., 2019]. Одним из ключевых факторов, определяющих результативность молекулярно-генетических исследований

музейных образцов, является получение достаточных количеств ДНК [Hansen H.B. et al., 2017, Rohland N. et al., 2018, Абдельманова А.С. и др., 2019]. Использование для этих целей образцов краниологических коллекций усложнятся тем, что при подготовке к депонированию черепа подвергаются тепловой (вываривание) и химическим (например, отбеливание) обработкам, способным привести к сильной деградации ДНК [Абдельманова А.С. и др., 2019]. В этой связи, актуальным является оптимизация методик выделения ДНК из музейных образцов, позволяющих получать препараты ДНК, по своим количественным и качественным характеристикам пригодные для проведения молекулярно-генетических исследований.

Степень разработанности темы. Аллелофонд российских пород крупного рогатого скота широко исследуется, как с использованием микросателлитов [Li M.-H., Kantanen J., 2009, Киселева Т.Ю. и др., 2010, Горелов П.В. и др., 2011, Долматова И.Ю. и др., 2012, Svishcheva G. et al., 2020, Модоров М.В. и др., 2021, Столповский Ю.А. и др., 2021, Volkova V.V. et al., 2022], так и SNP-маркеров [Зиновьева Н.А. и др., 2016, Sermyagin A.A. et al., 2018, Yurchenko A. et al., 2018, Dotsev A.V. et al., 2018, Юдин Н.С., Ларкин Д.М., 2019, Столповский Ю.А. и др., 2021, Buggiotti L. et al., 2021, Игошин А.В. и др., 2022, Абдельманова А.С. и др., 2022]. В результате проведенных исследований дана характеристика генетического разнообразия, определены генетические связи, описана популяционная структура, выполнен поиск «следов селекции» в геномах ряда отечественных пород. Однако, в подавляющее большинство исследований вовлечены только современные представители пород, что несколько ограничивает информационную значимость результатов таких исследований. Исследования геномов пород на основе SNP основаны, главным образом, на применении ДНК-чипов средней плотности (50K), поэтому использование для анализа ДНК-чипов высокой плотности (150К, 700К) может стать дополнительным источником новых знаний о современном состоянии аллелофонда отечественных пород.

Объект и предмет исследования. Объектом диссертационного исследования являются музейные и современные образцы холмогорской и ярославской пород крупного рогатого скота, а также образцы голштинской породы крупного рогатого скота, используемой в качестве группы сравнения. Предметом исследований являются полиморфизмы в геноме изучаемых пород крупного рогатого скота, определенные на основании исследования микросателлитов и SNP-маркеров.

Цель и задачи исследования.

Целью работы является изучение генетического разнообразия исторических и современных популяций холмогорской и ярославской пород крупного рогатого скота.

Для достижения цели работы были поставлены и решены следующие задачи:

1. Разработать методику выделения ДНК из музейных образцов костей крупного рогатого скота.

2. Выполнить сравнительное исследование пригодности препаратов ДНК, полученных с использованием авторской методики, для проведения молекулярно-генетических исследований на примере анализа микросателлитов.

3. Создать коллекцию ДНК музейных образцов холмогорской и ярославской пород, датированных первой половиной XX века.

4. Дать характеристику генетического разнообразия, филогенетических связей и структуры исторических и современных популяций холмогорской и ярославской пород с использованием 11 локусов микросателлитов.

5. Выполнить исследование генетического разнообразия в современных популяциях холмогорской и ярославской пород в сравнении с голштинской породой на основе анализа полногеномных SNP-генотипов.

6. Исследовать «следы селекции» в геноме холмогорской и ярославской пород крупного рогатого скота.

Научная новизна работы. Впервые на основании анализа микросателлитов дана характеристика аллелофонда и описана генетическая структура исторических популяций крупного рогатого скота холмогорской и ярославской пород, датированных первой половиной XX века, в сравнении с современными популяциями вышеназванных пород. Установлены филогенетические связи между историческими и современными популяциями изучаемых пород. Показано сохранение в современных популяциях холмогорской и ярославской пород части аборигенных генетических компонентов. На основании анализа высокоплотных SNP-генотипов дана оценка генетического разнообразия и генетической структуре современных популяций холмогорского и ярославского скота в сравнении с трансграничной голштинской породой. Осуществлен поиск «следов селекции» в геномах изучаемых локальных пород.

Теоретическая и практическая значимость работы. Предложена авторская методика получения ДНК из музейных образцов костей, позволяющая получать ДНК, которая по своим количественным и качественным характеристикам пригодна для проведения молекулярно-генетических исследований. Открытый протокол и доступные реактивы делают исследования музейных образцов более независящими от иностранных поставщиков и логистических сложностей. Создан банк ДНК музейных образцов крупного рогатого скота холмогорской (п = 22) и ярославской пород (п = 19), датированных первой половиной XX века, который может быть использован для проведения исследований с использованием ДНК-маркеров. В современных популяциях, как холмогорской, так и ярославской пород выявлены животные, несущие наибольшую долю аборигенных генетических компонентов, которые могут стать приоритетными объектами для использования в программах сохранения генетических ресурсов. Выявлены и охарактеризованы «следы селекции» в геномах холмогорской и ярославской пород крупного рогатого скота.

Методология и методы исследования. В проведении исследований были использованы музейные и современные образцы холмогорской и ярославской пород крупного рогатого скота, а также образцы современных представителей трансграничной голштинской породы, используемой в качестве группы сравнения. В проведении исследований были использованы два различных типа ДНК-маркеров - микросателлиты и однонуклеотидные полиморфизмы (SNP). Одиннадцать микросателлитов (TGLA227, BM2113, TGLA53, ETH10, SPS115, TGLA122, INRA23, TGLA126, BM1818, ETH225, BM1824) были выбраны из числа локусов, рекомендованных международным обществом генетики животных (ISAG). Генотипирование SNP-маркеров проводили с использованием ДНК-чипа высокой плотности Bovine GGB HD BeadChip (GeneSeek / Illumina Inc., США), содержащего около 150 тыс. SNP. В проведении исследований были использованы современные молекулярно-генетические методы, реализованные на оборудовании ЦКП «Биоресурсы и биоинженерия сельскохозяйственных животных» ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста. Обработка полученных молекулярно-генетических данных проводилась с использованием статистических методов анализа, реализованных в программных продуктах GenAlEx 6.5, STRUCTURE 2.3.4, SplitTree 4.14.5, Admixture 1.3, fastPHASE и в программной среде R с использованием дополнительных пакетов StAMMP, detectRUNS, qqman pophelper, ggplot2, diveRsity InbreedR.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Предложенная авторская методика выделения ДНК из музейных образцов крупного рогатого скота, депонированных в краниологической коллекции, позволяет получать ДНК, пригодную для проведения молекулярно-генетических исследований.

2. Установлено сохранение части аборигенных генетических компонентов в современных популяциях холмогорской и ярославской пород крупного рогатого скота.

3. Достоверно меньшая степень геномного инбридинга у холмогорской и ярославской пород по сравнению с голштинской породой может указывать на меньшее давление отбора у российских локальных пород.

4. Наряду с перекрывающимися участками генома, находящимися под давлением отбора в геномах холмогорской, ярославской и голштинской пород, геномы исследованных локальных российских пород несут породоспецифические «следы селекции».

Степень достоверности и апробация результатов. Все работы с музейными образцами выполнялись в специализированной лаборатории, предназначенной для проведения работ с древней ДНК. Достоверность определения генотипов музейных образцов по одиннадцати локусам микросателлитов достигалась определением консенсусных генотипов на основании проведения не менее 3-х повторов для каждого из образцов и включения в последующий анализ генотипов, отвечающих установленным критериям качества генотипирования. Достоверность определения генотипов по SNP-маркерам достигалась фильтрацией первичных данных и отбором для последующего анализа SNP, отвечающих установленным критериям качества генотипирования. Анализ полученных молекулярно-генетических данных проводился с использованием общедоступных программ, традиционно используемых в аналогичных исследованиях. Для оценки достоверности разницы цифровых значений параметров между сравниваемыми группами проводили биометрическую обработку, при этом минимальный порог достоверности был установлен на уровне р < 0,05.

По материалам диссертационной работы опубликовано 17 работ, в том числе 5 - в журналах, рекомендованных ВАК РФ и к ним приравненным, 12 -в других журналах и сборниках трудов конференций. Подана одна заявка на патент.

Основные результаты диссертационной работы были представлены на 12 конференциях: Международной научной конференции «Современные достижения и проблемы генетики и биотехнологии в животноводстве»,

посвященная 90-летию академика Л.К. Эрнста и 90-летию ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста, г.о. Подольск Московской обл., 24 сентября - 1 октября 2019 г. (устный доклад); Международной научно-практической конференции «Проблемы и перспективы научно-инновационного обеспечения агропромышленного комплекса регионов», г. Курск, 11-13 сентября 2019 г. (устный доклад); научной конференции «Биоэтические проблемы развития генетических технологий в Российской Федерации», г. Москва, 10-11 ноября 2020 г. (устный онлайн-доклад); молодежной конференции «Наука о животных: традиции и инновации», г. Санкт-Петербург - Пушкин, 13-15 октября 2020 г. (устный онлайн-доклад); международной научно-практической конференции, посвященной 155-летию РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева, г. Москва 2-4 декабря 2020 г. (устный онлайн-доклад); XV международной научно-практической конференции «Актуальные проблемы повышения здоровья и продуктивности животных», г. Краснодар, 15-17 июня 2021 г. (устный онлайн-доклад); Ежегодной конференции Американского и Канадского обществ наук о животных (ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show), г. Луисвиль, 14-17 июля 2021 г. (постерная онлайн-сессия); XXI Всероссийской конференции молодых ученых с международным участием "Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии", г. Москва, 19-21 октября 2021 г. (устный онлайн-доклад); Международной научно-практической конференции "Генетика, селекция, биотехнология: интеграция науки и практики в животноводстве", г. Пушкин, 1-3 декабря 2021 г. (устный онлайн-доклад); Научно-практической конференции "Аграрная наука на современном этапе: состояние, проблемы, перспективы", г. Вологда, 21-25 февраля 2022 г. (устный доклад); Юбилейном XV Международном Биотехнологическом Форуме "РосБиоТех", г. Москва, 26-28 апреля 2022 г. (устный доклад); Всероссийской школе-конференции "Клеточные и геномные технологии для совершенствования сельскохозяйственных животных", г. Пушкин, 22-24 июня 2022 г. (устный доклад).

Список опубликованных работ по теме диссертации.

Публикации в журналах, рекомендованных ВАК РФ и к ним приравненным.

1. Абдельманова А.С., Мишина А.И., Волкова В.В., Чинаров Р.Ю., Доцев А.В., Волкова В.В., Боронецкая О.И., Петрикеева Л.В., Костюнина О.В., Брем Г., Зиновьева Н.А. Методы экстракции ДНК из костных образцов крупного рогатого скота, сохраняемых в краниологической коллекции // Сельскохозяйственная биология. - 2019. - Т. 54. - № 6. - с. 1110-1121. doi: 10.15389/agrobiology.2019.6.1110rus

2. Abdelmanova A. S., Kharzinova V. R., Volkova V. V., Mishina A.I. Dotsev A.V., Sermyagin A.A., Boronetskaya O.I., Petrikeeva L.V., Chinarov R.Yu., Brem G., Zinovieva N.A. Genetic diversity of historical and modern populations of Russian cattle breeds revealed by microsatellite analysis // Genes. -2020. - Vol. 11. - No 8. - P. 1-15. doi: 10.3390/genes11080940.

3. Abdelmanova A.S., Mishina A.I., Volkova V.V., Dotsev A.V., Sermyagin A.A., Boronetskaya O.I., Petrikeeva L.V., Chinarov R.Yu., Brem G., Zinovieva N.A. Microsatellite analysis of the historical and modern populations of the Russian local cattle breeds // Journal of Animal Science. - 2020. - Vol. 98 (S4). - P. 240. doi: 10.1093/jas/skaa278.438.

4. Mishina A.I., Abdelmanova A.S., Dotsev A.V., Sermyagin A.A., Brem G., Zinovieva N.A. Assessment of genomic inbreeding in Russian local and commercial dairy breeds of cattle // Journal of Animal Science. - 2021. - Vol. 99 (S3). - P. 227228. doi: 10.1093/jas/skab235.415.

5. Мишина А.И., Абдельманова А.С. Исследование геномного инбридинга у коров ярославской породы // Достижения науки и техники АПК. - 2021. - Т. 35. - № 8. - С. 30-34. doi: 10.53859/02352451_2021_35_8_30.

Публикации в других журналах и сборниках трудов конференций:

6. Абдельманова А. С., Доцев А. В., Мишина А. И., Шахин А.В., Зиновьева Н.А Геномная оценка инбридинга у крупного рогатого скота

холмогорской, ярославской и голштинской пород // Молочное и мясное скотоводство. - 2019. - № 8. - С. 21-23. doi: 10.33943MMS.2019.71.27.007.

7. Волкова В. В., Романенкова О. С., Денискова Т. Е., Мишина А.И., Костюнина О.В., Зиновьева Н.А. Характеристика аллелофонда холмогорской породы крупного рогатого скота с использованием STR-маркеров // Молочное и мясное скотоводство. - 2019. - № 7. - С. 3-7.

8. Мишина А.И., Доцев А.В., Абдельманова А.С., Рейер Х., Виммерс К., Брем Г., Зиновьева Н.А. Применение полногеномного SNP-анализа для оценки уровня инбридинга крупного рогатого скота // Сб. Докладов международной научно-практической конференции «Проблемы и перспективы научно-инновационного обеспечения агропромышленного комплекса регионов», г. Курск, 11-13 сентября 2019 г. - Курск: ФГБНУ "Курский федеральный аграрный научный центр". - 2019. - С. 512-516.

9. Абдельманова А.С., Мишина А.И., Волкова В.В., Доцев А.В., Сермягин А.А., Чинаров Р.Ю., Боронецкая О.И., Петрикеева Л.В., Брем Г., Зиновьева Н.А. Характеристика генетического разнообразия современных и исторических популяций КРС с использованием микросателлитных маркеров // Сб. Научных трудов международной учебно-методической и научно-практической конференции, посвященной 100-летию со дня основания ФГБОУ ВО МГАВМиБ - МВА имени К.И. Скрябина «Актуальные проблемы ветеринарной медицины, зоотехнии и биотехнологии», г. Москва, 20-22 ноября 2019 г. - ФГБОУ ВО МВА имени К.И. Скрябина. - 2019. - С. 317-319.

10. Абдельманова А. С., Мишина А. И., Волкова В. В., Доцев А.В., Сермягин А.А., Чинаров Р.Ю., Боронецкая О.И., Петрикеева Л.В., Брем Г., Зиновьева Н.А. Сравнительный анализ аллелофонда современных и исторических образцов Ярославской и холмогорской пород крупного рогатого скота по микросателлитам // Сб. Тезисов докладов 20-й Всероссийской конференции молодых учёных, посвященной памяти академика РАСХН Георгия Сергеевича Муромцева «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии», г. Москва, 27-29

октября 2020 г. - Москва: ФГБНУ ВНИИСХБ. - 2020. - С. 87-88. - doi: 10.48397/ARRIAB.2020.20.049.

11. Мишина А. И., Абдельманова А. С., Доцев А. В., Зиновьева Н. А. Оценка геномного инбридинга у чистопородных быков-производителей Ярославской породы с применением современных статистических методов // Сб. Тезисов научной конференции «Биоэтические проблемы развития генетических технологий в Российской Федерации», г. Москва, 10-11 ноября 2020 г. / Под общей редакцией А.Ю. Просекова. - Москва: Кемеровский государственный университет. - 2020. - С. 68-69.

12. Абдельманова А. С., Доцев А. В., Сермягин А. А., Мишина А.И., Зиновьева Н.А. Генетическое разнообразие российских пород крупного рогатого скота черно-пестрого корня // Сб. Тезисов научной конференции «Биоэтические проблемы развития генетических технологий в Российской Федерации», г. Москва, 10-11 ноября 2020 г. / Под общей редакцией А.Ю. Просекова. - Москва: Кемеровский государственный университет. - 2020. - С. 56-57.

13. Абдельманова А. С., Мишина А. И., Волкова В. В., Чинаров Р.Ю., Сермягин А.А., Доцев А.В., Боронецкая О.И., Петрикеева Л.В., Brem G., Зиновьева Н.А. Анализ генетического разнообразия и структуры популяции Тагильской породы в сравнении с историческими и современными образцами родственных пород черно-пестрого корня по STR-маркерам // Сб. Материалов научно-практической конференции с международным участием «Генетика, селекция и биотехнология животных: на пути к совершенству», г. Пушкин, 13-15 октября 2020 г. - Пушкин: Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных. - 2020. - С. 26-27.

14. Мишина А. И., Доцев А. В., Абдельманова А. С., Сермягин А.А., Зиновьева Н.А. Характеристика быков-производителей Ярославской породы на основе полногеномного SNP-генотипирования // Сб. Материалов научно-практической конференции с международным участием «Генетика, селекция

и биотехнология животных: на пути к совершенству», г. Пушкин, 13-15 октября 2020 г. - Пушкин: Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных. - 2020. - С. 202-203.

15. Мишина А.И., Абдельманова А.С. Современное состояние бестужевской породы крупного рогатого скота // Известия Санкт-Петербургского государственного аграрного университета. - 2021. - № 4 (65). - С. 80-87. doi: 10.24412/2078-1318-2021-4-80-87.

16. Зиновьева Н. А., Абдельманова А. С., Доцев А. В., Харзинова В.Р., Боронецкая О.И., Сермягин А.А., Чинаров Р.Ю., Мишина А.И. Сравнительное исследование геномной архитектуры современных и исторических образцов двух российских пород крупного рогатого скота // Сб. материалов международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», г. Москва, 26-29 октября 2021 г. - Москва: ООО "Экспо-биохим-технологии". - 2021. - С. 338-340. doi: 10.37747/2312-640Х-2021-19-338-340.

17. Мишина А.И., Абдельманова А.С., Доцев А.В. Поиск локусов под давлением селекции у КРС истобенской породы // Сб. Материалов международной научно-практической конференции «Генетика, селекция, биотехнология: интеграция науки и практики в животноводстве:», г. Пушкин, 01-03 декабря 2021 г. - Пушкин: Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных РАСХН. - 2021. - С. 106-107.

Заявки на патенты:

Метод выделения ДНК из музейных образцовы костей (авторы: Мишина А.И., Абдельманова А.С., Чинаров Р.Ю., Боронецкая О.И., Зиновьева Н.А.); заявка № 2022117594, Российская Федерация. - Дата регистрации: 29.06.2022.

Личное участие. Автором выполнен анализ научно-информационных источников по изучаемой проблеме, определены цели и задачи исследований, выбраны оптимальные методы проведения исследований; оптимизирована

методика выделения ДНК из музейных образцов, с использованием которой создана коллекция ДНК музейных образцов холмогорской и ярославской пород крупного рогатого скота; проведены молекулярно-генетические исследования, обработка, обобщение и анализ полученных результатов. Публикации по теме диссертации подготовлены самостоятельно, а также в соавторстве.

Объем и структура диссертации. Диссертация изложена на 156 страницах и содержит следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методика исследований, результаты собственных исследований и обсуждение, заключение, список литературы, включающий в себя 49 отечественных и 141 зарубежный источник, 5 приложений. Работа содержит 23 таблицы и 16 рисунков.

2. ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

2.1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1.1. Молекулярно-генетические инструменты для изучения аллелофонда пород сельскохозяйственных животных

Развитие методов молекулярной генетики привело к идентификации и использованию в исследовании геномов животных различных типов ДНК-маркеров (табл. 1) [Багиров В.А. и др., 2016].

Таблица 1

Основные типы ДНК-маркеров, используемые в исследовании генома

животных

№ п/п Аббревиатура Наименование

1 ПДРФ (RFLP) ПДРФ - полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (RFLP - restriction fragment length polymorphism)

2 RAPD Случайно амплифицированная полиморфная ДНК (randomly amplified polymorphic DNA)

3 AFLP Полиморфизм длин амплифицированных фрагментов (amplified fragment length polymorphism)

5 MS STR (син.) Микросателлиты Короткие тандемные повторы (short tandem repasts)

6 SNP Однонуклеотидный полиморфизм (single nucleotide polymorphism)

7 CNV Вариация числа копий (copy number variation)

Наибольшее распространение в исследовании геномов сельскохозяйственных животных получили микросателлиты или короткие

тандемные повторы (STR), а в последние годы - однонуклеотидные полиморфизмы (SNP).

2.1.1.1. Микросателлиты (STR)

Микросателлиты, известные также как простые повторы последовательности (SSR), короткие тандемные повторы (STR) или полиморфизмы длины простых последовательностей (SSLP), обнаруживаются как в прокариотических, так и в эукариотических организмах. Термин «микросателлит» впервые был дан Литтом и Льюти (1989 г.). [Litt M., Luty J.A., 1989]. Микросателлиты представляют собой очень короткие нуклеотидные последовательности (от двух до семи пар оснований), повторяющиеся много раз.

Многие авторы классифицируют сателлитную ДНК по числу нуклеотидных оснований: короткие повторы (30 нуклеотидов) являются микросателлитными маркерами, а длинные повторы (10 - 100 нуклеотидов) -минисателлитными маркерами. Более того, микросателлитные маркеры дополнительно классифицируется в соответствии с типом присутствующей повторяющейся последовательности (идеальные, несовершенные, составные) [Kumar R. et. al., 2018].

Микросателлитные маркеры высоко полиморфны по сравнению с другими молекулярными маркерами, а также видоспецифичны и кодоминантны [Tautz D., 1989]. Скорость мутирования микросателлитных маркеров очень высока по сравнению с другими участками генома или ДНК. В связи с этим, микросателлитные маркеры нашли широкое применение в генетических исследованиях. Данный тип ДНК-маркеров применяется для подтверждения отцовства, популяционно-генетических исследований, оценки генетического разнообразия, а также судебно-медицинских исследований. Микросателлиты используются для диагностики генетических заболеваний, как у людей, так и у животных [Phumichai C. et. al., 2015].

Микросателлиты широко распространены по всему геному, особенно в транскрипционно-активных областях, в эухроматине эукариотического генома, а также в кодирующей и не кодирующей ядерной ДНК, ДНК органелл [Pérez-Jiménez M. et al., 2013, Phumichai С. et al., 2015]. Несмотря на то, что микросателлиты не кодирующих областей мало исследованы, стоит отметить, что такие области приводят к накоплению мутаций, которые участвуют в формировании изменений от одного поколения к другому. Мутации микросателлитов в кодирующей области приводят к фенотипическим изменениям и заболеваниям, таким как синдром ломкой Х-хромосомы и болезни Хантингтона. Микросателлиты являются наиболее потенциально мощным информативным молекулярным маркером с простым и недорогим анализом посредством ПЦР [Kashi Y. et. al., 1999].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Мишина Арина Игоревна, 2022 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абдельманова, А.С. Методы экстракции ДНК из костных образцов крупного рогатого скота, сохраняемых в краниологической коллекции / А. С. Абдельманова, А. И. Мишина, В. В. Волкова, Р.Ю. Чинаров,

A.В. Доцев, В.В. Волкова, О.И. Боронецкая, Л.В. Петрикеева, О.В. Костюнина, Г. Брем, Н.А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. - 2019. - Т. 54. - № 6. - с. 1110-1121. - doi: 10.15389/agrobiology.2019.6.1110rus.

2. Абдельманова, А.С. Полногеномное исследование ассоциаций SNP с высотой в холке в популяциях локальных и трансграничных пород крупного рогатого скота в России / А. С. Абдельманова, М. С. Форнара, Н. В. Бардуков А.А. Сермягин, А.В. Доцев, Н.А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. - 2021. - Т. 56. - № 6. - с. 1111-1122. - doi: 10.15389/agrobiology.2021.6.1111rus.

3. Абдельманова, А.С. Характеристика генетического разнообразия современной и архивной популяций крупного рогатого скота черно-пестрой породы с использованием микросателлитных маркеров / А. С. Абдельманова,

B. В. Волкова, А. В. Доцев, Н. А. Зиновьева // Достижения науки и техники АПК. - 2020. - Т. 34. - № 2. - с. 34-38. - doi: 10.24411/0235-2451-2020-10207.

4. Багиров, В.А. Снежный баран Якутии: генетическое разнообразие и пути сохранения генофонда / В. А. Багиров, И. М. Охлопков, Н. А. Зиновьева, Г. Брем, К. Виммерс, Н.А. Волкова, Т.Е. Денискова, А.В. Доцев, Б.Р. Иолчиев, П.М. Кленовицкий, Н.В. Мамаев, Х. Рейер - Дубровицы: Всероссийский научно-исследовательский институт животноводства имени академика Л.К. Эрнста, 2016. - с. 272 - ISBN 978-5-902483-39-7.

5. Боронецкая, О.И. Каталог краниологической коллекции академика Е.Ф. Лискуна. Под. Ркд. Панова В.П. / Барбосова М.Е., Никифоров А.И., Быкова А.В., Михеенков В.Е., Рабаданова Г.Ш., Петрикеева Л.В., Полуротова А.И., Рукавицина Е.А. // М.: Издательство РГАУ - МСХА имени К.А. Тимирязева, - 2012, - с.149.

6. Веселовский С. Б. Несколько документов Московского главного архива Министерства иностранных дел / С. Б. Веселовский - М.: Имп. о-во истории и древностей рос. при Московском. университете, 1907. - 18 с.

7. Гладырь, Е. А. Использование микросателлитов для характеристики аллелофонда популяций крупного рогатого скота Таджикистана / Е. А. Гладырь, Н. А. Зиновьева, В. А. Багиров, Ф.С. Амиршоев, В.В. Волкова, П.М. Кленовицкий, А.П. Карпов, Л.К. Эрнст // Достижения науки и техники АПК. - 2012. - № 8. - с. 58-62.

8. Гладырь, Е. А. Характеристика аллелофонда крупного рогатого скота некоторых мясных пород, разводимых на территории Южного Урала и Западной Сибири / Е. А. Гладырь, Н. А. Зиновьева, Д. Б. Косян, В. В. Волкова, Г. М. Гончаренко, В. А. Солошенко, А. П. Карпов, Л. К. Эрнст, Г. Брем // Достижения науки и техники АПК. - 2013. - № 3. - с. 61-63.

9. Глик Б. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение пер с англ. / Б. Глик, Дж.Пастернак. - М.: Мир, -2002, - 589 с.

10. Горбенко, А.С. Аллель-специфическая полимеразная цепная реакция и электрофоретическая детекция в алгоритме выявления клинически значимых соматических мутаций в гене кальретикулина (calr) / А.С. Горбенко, М.А. Столяр, И. А. Ольховский, А.О. Абдуллаев, А.Б. Судариков, Е.А. Дунаева, К.О. Миронов, Г.А. Шипулин // Клиническая лабораторная диагностика. - 2018. - №9. - C. 588-592.

11. Горелов, П.В. Сравнительный анализ групп крови и микросателлитов в характеристике новых типов скота бурой швицкой и сычевской пород / П.В. Горелов, Д.Н. Кольцов, Н.А. Зиновьева, Е.А. Гладырь // Сельскохозяйственная биология. - 2011. -№ 6. -с. 37-40.

12. Государственная племенная книга Крупного Рогатого Скота Ярославской породы / авт.-сост. П.Ф. Ярославцев. - Ростов- Ярославский.: Издание Совета Государственной Племенной Книгу крупного рогатого скота Ярославской породы, 1930.

13. Диомидов А.М. Разведение и породы крупного рогатого скота /

A.М. Диомидов, Е.Ф. Жиркович. - М.; 1934. - 408 с.

14. Долматова, И. Ю. Характеристика аллелофонда башкирской популяции симментальского скота по микросателлитам / И. Ю. Долматова, П.

B. Горелов, А. Д. Ильясов, Е. А. Гладырь, А. А. Траспов // Актуальные проблемы гуманитарных и естественных наук. -2012. -№2. -с. 52-54.

15. Ежегодник по племенной работе в молочном скотоводстве в хозяйствах Российской Федерации (2020 год). - Лесные Поляны: ФГБНУ "Всероссийский научно-исследовательский институт племенного дела", 2021.

- с. 265.

16. Зиновьева Н. А. Генетические ресурсы животных: развитие исследований аллелофонда российских пород крупного рогатого скота -миниобзор / Н.А. Зиновьева, А.А. Сермягин, А.В. Доцев // Сельскохозяйственная биология. - 2019. - Т. 54. - № 4. - с. 631-641. - doi: 10.15389/agrobiology.2019.4.631rus.

17. Зиновьева Н. А. Изучение генетического разнообразия и популяционной структуры российских пород крупного рогатого скота с использованием полногеномного анализа SNP / А. В. Доцев, А. А. Сермягин, К. Виммерс, Х. Рейер, Й. Солкнер, Т.Е. Денискова, Г. Брем //Сельскохозяйственная биология. - 2016. - Т. 51. - № 6. - с. 788-800.

18. Зиновьева Н. А. Методические рекомендации по использованию метода полимеразной цепной реакции в животноводстве / Н. А. Зиновьева, А. Н. Попов, Л. К. Эрнст, Н.С. Марзанов, В.В. Бочкарев, Н.И. Стрекозов, Г. Брем

- Москва: Щербинская типография, 1998. - 47 с.

19. Игошин А.В. Сравнительный анализ частот ДНК-полиморфизмов, ассоциированных с заболеваниями и хозяйственно важными признаками, в геномах российских и зарубежных пород крупного рогатого скота / А.В. Игошин, Г.А. Ромашов, Е.Н. Черняева, Н.П. Елаткин, Н.С. Юдин, Д.М. Ларкин // Вавиловский журнал генетики и селекции. -2022, -Т. 26. - № 3. - с. 22-28.

20. Казаков, М. А. Автоматизации подсчета генетического сходство и генетических дистанций по критерию Нея / М. А. Казаков // Кибернетика и программирование. - 2015. - № 6. - с. 1-5. - doi: 10.7256/23064196.2015.6.16744.

21. Киселева Т.Ю. Анализ 30 микросателлитных маркеров у шести локальных популяций крупного рогатого скота / Т.Ю. Киселева, Б.Е. Подоба, Е. Е. Заблудовский, В.П. Терлецкий, Н.И. Воробьев, Ю. Кантанен // Сельскохозяйственная биология. - 2010. - Т. 45. - № 6. - с. 20-25.

22. Кольцов Д. Н. Характеристика аллелофонда сычевской породы крупного рогатого скота по ДНК микросателлитам / Д. Н. Кольцов, В. В. Волкова, Е. А. Гладырь, Н. А. Зиновьева, А. А. Пузик // Достижения науки и техники АПК. - 2012. - № 8. - С. 56-57.

23. Кощаев, А. Г. Генетическое разнообразие крупного рогатого скота, разводимого в Краснодарском крае / А. Г. Кощаев, С. Ю. Шуклин, И. В. Щукина // Аграрный вестник Урала. - 2017. - № 12(166). - с. 5.

24. Круглов А. И. Крупный рогатый скот ярославской породы / А.И. Круглов. - Ярославль, 1953.

25. Ларкин, Д. М. Значимость геномных исследований для понимания истории формирования домашних животных / Д. М. Ларкин, Н. С. Юдин // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2016. - Т. 34. - № 4. -с. 123-128. - doi: 10.18821/0208-0613-2016-34-4-123-128.

26. Лискун Е. Ф. Ярославский скот / Е.Ф. Лискун. - М.: -1931.

27. Лискун Е.Ф. Крупный рогатый скот / Е.Ф.Лискун. -М., Государственное издательство сельскохозяйственной литературы, 1951.

28. Лискун Е.Ф. Отечественные породы крупного рогатого скота / Е.Ф.Лискун. - М.: Государственное издательство сельскохозяйственной литературы, 1949.

29. Лискун Е.Ф. Русские отродья крупно-рогатого скота /Е.Ф.Лискун. - М.: Кооперативное издательство студентов сельско-хозяйственной Академии им. Тимирязева «Новый агроном», 1928. -195 с.

30. Матюков, В. С. Генетическая история и ценность генофонда исчезающей холмогорской породы / В. С. Матюков, Я. А. Жариков, Н. А. Зиновьева // Молочное и мясное скотоводство. - 2018. - № 2. - С. 2-8.

31. Миддендорф А.Ф. Исследование современного состояния скотоводства в России. Рогатый скот. Выпуск I. Министерство государственных имуществ. / А.Ф. Миддендорф. - М.: Типография М.Н. Лаврова и К., 1884. - с.226-260.

32. Мишина, А. И. Исследование геномного инбридинга у коров ярославской породы / А. И. Мишина, А. С. Абдельманова // Достижения науки и техники АПК. - 2021. - Т. 35. - № 8. - с. 30-34. - doi: 10.53859/02352451_2021_35_8_30.

33. Мишина, А. И. Современное состояние бестужевской породы крупного рогатого скота / А. И. Мишина, А. С. Абдельманова // Известия Санкт-Петербургского государственного аграрного университета. - 2021. - № 4(65). - с. 80-87. - doi: 10.24412/2078-1318-2021-4-80-87.

34. Модоров М. В. Генетическая структура популяции голштинизированного черно-пестрого скота на территории Урала / М. В. Модоров, И. В. Ткаченко, А.А. Грин, М.Ю. Севостьянов, Н.Н. Зезин // Генетика. - 2021. - Т. 57. - № 4. - с. 437-444. - doi: 10.31857/S001667582104010X.

35. Моноенков М. И. Пути совершенствования ярославской породы. Совершенствование пород крупного рогатого скота / М. И. Моноенков, А. С. Всяких. - М. 1966.

36. НАБОР РЕАГЕНТОВ «М-СОРБ-ООМ» ДЛЯ ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК И РНК ИЗ КЛИНИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ И ОБЪЕКТОВ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ (НА МАГНИТНЫХ ЧАСТИЦАХ) // Синтол URL: https://www.syntol.ru/catalog/nabory-reagentov-dlya-vydeleniya-dnk-i-rnk/nabor-reagentov-m-sorb-dlya-vydeleniya-dnk-i-rnk-iz-kmicheskih-obrazcov-i-obektov-okruzhayushchey-sredy.html (дата обращения: 24.07.2022).

37. Придорогин М. И. Крупный рогатый скот: Важнейшие породы проф. - 5-е изд., посмертное. / М. И. Придорогин. М.: Гос. техн. издательство, 1924. - 56 с.

38. Сермягин А.А. Полногеномный анализ ассоциаций с продуктивными и репродуктивными признаками у молочного скота в Российской популяции голштинской породы / А.А. Сермягин, Е.А. Гладырь, С.Н. Харитонов, А.Н. Ермилов, Н.И. Стрекозов, Г. Брем, Н.А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. - 2016. - Т. 51. - № 2. - с. 182-193. - doi: 10.15389/agrobiology.2016.2.182rus.

39. Слепцов И. И. Полиморфизм 15 микросателлитных локусов ДНК у крупного рогатого скота калмыцкой породы и аборигенного якутского скота, разводимых на территории Республики Саха (Якутия) / И.И. Слепцов, В.В. Додохов, Н.И. Павлова, Ф.Г. Каюмов // Животноводство и кормопроизводство. - 2019. - Т. 102. - с. 60-67. - doi: 10.33284/2658-3135-1022-60.

40. Столповский Ю. А. Генетическая структура аборигенного Тагильского скота по STR- и SNP-маркерам / Ю. А. Столповский, С. В. Бекетов, Е. В. Солоднева, В.М. Абсаликов, А.С. Абдельманова, Е.А. Гладырь, Н.А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. - 2021. - Т. 56. - № 6. - с. 1123-1133. - doi: 10.15389/agrobiology.2021.6.1123rus.

41. Столповский Ю. А. Дифференциация генофонда пород крупного рогатого скота по ISSR-PCR-маркерам / Ю. А. Столповский, А. Ахани, Н. В. Кол, М. Н. Рузина, К.Ю Столповский, Г. Е. Сулимова, В.И. Глазко // Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. - 2009. - № 3. - с. 89-97.

42. Столповский, Ю. А. Геномная селекция. I. Последние тенденции и возможные пути развития / Ю. А. Столповский, А. К. Пискунов, Г. Р. Свищева // Генетика. - 2020. - Т. 56. - № 9. - с. 1006-1017. - doi: 10.31857/S0016675820090143.

43. Столповский, Ю. А. Концепция и принципы генетического мониторинга для сохранения in situ пород доместицированных животных / Ю.

А. Столповский // Сельскохозяйственная биология. - 2010. - Т. 45. - № 6. - с. 38.

44. Филиппова Н. П. Микросателлитный анализ якутского скота / Н. П. Филиппова, Н. И. Павлова, Л. П. Корякина, Н. П. Степанов, Н. Н. Мордовской, Н. Н. Григорьева // Животноводство и кормопроизводство. -2018. - Т. 101. - № 4. - с. 58-63.

45. Чирвинский Н.П. Исследование современного состояния животноводства / Н.П. Чирвинский. - Спб.: Девриена, 1896, вып. 1, 158 с.

46. Шукюрова, Е. Б. Генетическая характеристика голштинского крупного рогатого скота по ДНК-микросателлитам / Е. Б. Шукюрова, А. А. Лукашина, А. Н. Бузько // Вестник Дальневосточного отделения Российской академии наук. - 2020. - № 4(212). - с. 47-52. - doi: 10.37102/08697698.2020.212.4.008.

47. Эрнст Л. К. Генетические ресурсы сельскохозяйственных животных в России и сопредельных странах / Л. К. Эрнст, Н.Г. Дмитриев, И.А. Паронян. - СПб.: ВНИИГРЖ, 1994. - 469 с.

48. Юдин, Н. С. Молекулярно-генетические маркеры экономически важных признаков у молочного скота / Н. С. Юдин, М. И. Воевода // Генетика.

- 2015. - Т. 51. - № 5. - с. 600-612. - doi: 10.7868/S0016675815050082.

49. Юдин, Н. С. Происхождение, селекция и адаптация российских пород крупного рогатого скота по данным полногеномных исследований / Н. С. Юдин, Д. М. Ларкин // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2019. -Т. 23. - № 5. - с. 559-568. - doi: 10.18699/VJ19.525.

50. Abdelmanova A.S., Mishina A.I., Volkova V.V., Dotsev A.V., Sermyagin A.A., Boronetskaya O.I., Petrikeeva L.V., Chinarov R.Yu., Brem G., Zinovieva N.A. Microsatellite analysis of the historical and modern populations of the Russian local cattle breeds // Journal of Animal Science. - 2020. - Vol. 98 (S4).

- P. 240. - doi: 10.1093/jas/skaa278.438.

51. Abdelmanova, A.S. Comparative Study of the Genetic Diversity of Local Steppe Cattle Breeds from Russia, Kazakhstan and Kyrgyzstan by

Microsatellite Analysis of Museum and Modern Samples. / A.S. Abdelmanova,; V.R. Kharzinova,; V.V. Volkova,; A.V. Dotsev,; A.A. Sermyagin,; O.I. Boronetskaya,; R.Y. Chinarov, E.M. Lutshikhina,; J. Sölkner,; , G Brem.; N.A. Zinovieva, // Diversity. - 2021. - Vol. 13. - No 8. - p. 351. - doi: 10.3390/d13080351.

52. Abdelmanova, A.S. Genetic diversity of historical and modern populations of russian cattle breeds revealed by microsatellite analysis / A.S. Abdelmanova, V.R. Kharzinova, V.V. Volkova, A.I. Mishina, A.V. Dotsev, A.A. Sermyagin, O.I. Boronetskaya, L.V. Petrikeeva, R.Y. Chinarov, G. Brem, N.A. Zinovieva// Genes. - 2020. - Vol. 11. - No 8. - p. 1-15. - doi: 10.3390/genes11080940.

53. Ajmone-Marsan, P. A global view of livestock biodiversity and conservation - GLOBALDIV / P. A. Ajmone-Marsan //Anim. Genet. - 2010. - Vol. 41, -p. 1-5. - doi: 10.1111/j.1365-2052.2010.02036.x. PMID: 20500752.

54. Alcala, N. Mathematical constraints on FST: biallelic markers in arbitrarily many populations / N. Alcala, N.A. Rosenberg // Genetics - 2017. -Vol. 206. № 3. - p. 1581-1600 - doi: 10.1534/genetics.116.199141.

55. Alexander, D.H. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals / D.H. Alexander, J. Novembre, K.Lange //Genome Res - 2009. -Vol.19. № 9. - p. 1655-1664. - doi: 10.1101/gr.094052.109.

56. Allendorf, F.W. Conservation and the genetics of populations. / F.W Allendorf, G. Luikart. - Oxford: Blackwell Publishing, 2007. - 641 p.

57. Aparicio, J.M. What should we weigh to estimate heterozygosity, alleles or loci? / J.M. Aparicio, J. Ortego, P.J. Cordero// Molecular Ecology - 2006.

- Vol. 15. № 14. - p. 4659-4665. - doi: https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2006.03111.x.

58. Barendse, W. A. Genetic linkage map of the bovine genome / W. Barendse, S.M. Armitage, L.M. Kossarek, A. Shalom, B.W. Kirkpatrick, A.M. Ryan, D. Clayton, L. Li, H.L. Neibergs, N. Zhang, et al. // Nat. Genet. - 1994. -Vol.6.

- p. 227-235.

59. Barton, N. A quasi-equilibrium theory of the distribution of rare alleles in a subdivided population / N. A. Barton, M. Slatkin // Heredity (Edinb) - 1986. -Vol. 56 Pt - p. 409-15. - doi: 10.1038/hdy.1986.63.

60. Billerman, S.M. Historical DNA as a tool to address key questions in avian biology and evolution: A review of methods, challenges, applications, and future directions / S.M. Billerman, J. Walsh // Mol. Ecol. Resour. - 2019. -Vol. 19. -p. 1115-1130. - doi: https://doi.org/10.1111/1755-0998.13066.

61. Biscarini, F. DetectRUNS: Detect Runs of homozygosity and runs of heterozygosity in diploid genomes /F. Biscarini, P. Cozzi, G. Gaspa, G. Marras // R package version 0.9.5. 2018; Retrieved from https://CRAN.R-project.org/package=detectRUNS.

62. Bishop, M.D. A genetic linkage map for cattle. / M.D. Bishop, S.M. Kappes, J.W. Keele, R.T. Stone, S.L. Sunden, G.A. Hawkins, S.S.; Toldo, R. Fries, M.D. Grosz, J. Yoo, et al. // Genetics. - 1994. -Vol.136. -p.619-639.

63. Bonett D. Sample size requirements for estimating Pearson, Kendall and Spearman correlations / D. Bonett, T. Wright // Psychometrika. - 2000. -Vol. 65. — p. 23—28. - doi: 10.1007/BF02294183.

64. Bos_taurus_UMD_3.1.1 // The National Center for Biotechnology Information URL: 189. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000003055.6 (дата обращения: 24.07.2022).

65. Boussaha M, Letaief R, Yudin N, Voevoda M, Rocha D. The extent of linkage disequilibrium in the ancient Ukrainian grey cattle breed. / M. Boussaha, R. Letaief, N. Yudin, M. Voevoda, D. Rocha // Glob J Anim Breed Genet. - 2015. -Vol.3.№ 4. -p 159-163.

66. Brenig, B. Recent development of allele frequencies and exclusion probabilities of microsatellites used for parentage control in the German Holstein Friesian cattle population / B. Brenig, E. Schütz // BMC Genet. -2016. -Vol.17. -№ 18.

67. Broquet, T. Quantifying genotyping errors in noninvasive population genetics / Broquet T, Petit E. // Mol. Ecol. -2004. -Vol.13. -p.3601-3608.

68. Browett, S. Genomic Characterisation of the Indigenous Irish Kerry Cattle Breed / S. Browett, G. McHugo, I.W.Richardson, D.A Magee, S.D.E Park, A.G Fahey, J.F Kearney, C.N Correia, I.A.S. Randhawa, D.E MacHugh. // Front Genet. -2018. -Vol.19. - doi: 10.3389/fgene.2018.00051. PMID: 29520297; PMCID: PMC5827531.

69. Browning, S.R Identity by descent between distant relatives: detection and applications / S.R. Browning, B.L. Browning //Annual review of genetics. -2012. -Vol.46, -p.617-633. - doi: 10.1146/annurev-genet-110711-155534.

70. Buggiotti, L. Demographic history, adaptation, and NRAP convergent evolution in the world northernmost cattle from Siberia. / L. Buggiotti, A.A. Yurchenko, N.S. Yudin, C.J. Van der Jagt, N.V. Vorobieva, M.A. Kusliy, S.K. Vasiliev, A.N. Rodionov, O.I. Boronetskaya, N.A. Zinovieva, A.S. Graphodatsky, H.D. Daetwyler, D.M. Larkin // Molecular Biology and Evolution - 2021. -Vol.38. №8. - doi: 10.1093/molbev/msab078.

71. Caballero, A. A new method for the partition of allelic diversity within and between subpopulations / A. Caballero, S.T. Rodriguez-Ramilo // Conservation Genet. - 2010. -Vol.11. -p. 2219-2229.

72. Caballero, A. Allelic diversity and its implications for the rate of adaptation / A. Caballero, A. García-Dorado // Genetics - 2013. -Vol.195. -№4. -p.1373-1384. - doi:10.1534/genetics. 113.158410.

73. Caballero, A. Management of genetic diversity of subdivided populations in conservation programmes / A. Caballero, S.T. Rodriguez-Ramilo, V. Avila, J. Fernandez //Conservation Genet. - 2010. -Vol.11. -p. 409-419.

74. Cavalli-Sforza, L.L. Phylogenetic Analysis. Models and Estimation Procedures / L.L. Cavalli-Sforza, A.W.F. Edwards // The American Journal of Human Genetics -1967. -Vol.19. -№3. Part 1. -p.233-257.

75. Ceballos, F. Runs of homozygosity: windows into population history and trait architecture / F. Ceballos, P. Joshi, D. Clark, M. Ramsay, J.F. Wilson // Nat Rev Genet. -2018. -Vol.19. -p.220-234 - doi: https://doi.org/10.1038/nrg.2017.109.

76. Chen, N. Whole-genome resequencing reveals world-wide ancestry and adaptive introgression events of domesticated cattle in East Asia / N. Chen, Y.Cai Q. Chen, R. Li, K. Wang, Y. Huang, S. Hu, S. Huang, H. Zhang, Z .Zheng, W. Song, Z .Ma, Y .Ma, R .Dang, Z .Zhang, L. Xu, Y. Jia, S. Liu, X. Yue, W. Deng, X. Zhang, Z. Sun, X. Lan, J. Han, H. Chen, D.G. Bradley, Y. Jiang, C. Lei // Nat Commun. -2018. -Vol.9. -№1 - doi: 10.1038/s41467-018-04737-0.

77. Collins, F. S. A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation / F. S. Collins, L. D. Brooks, A. Chakravarti // Genome Res. -1998. -Vol.8. -№12. -p.1229-1231.

78. Cooper, A. DNA from museum specimens // Ancient DNA. -1994. -p. 149-165.

79. COrDIS ЭКСТРАКТ ДЕКАЛЬЦИН // Cordis URL: https://gordiz.ru/products/dna-extraction/cordis-ekstrakt-dekalczin/ (дата обращения: 24.07.2022).

80. Curik I. Inbreeding and runs of homozygosity: A possible solution to an old problem / I. Curik, M. Ferencakovic, J. Sölkner // Livestock Science. -2014. -Vol.166. -p. 26-34. - doi: https://doi.org/10.1016/j.livsci.2014.05.034.

81. Decker J.E. Origins of cattle on Chirikof Island, Alaska elucidated from genome-wide SNP genotypes /J.E, Decker, J.F. Taylor, M.A. Cronin, L.J. Alexander J. Kantanen, A. Millbrooke, R.D. Schnabel, M.D. MacNeil // Heredity. -2016. -Vol.116. -p.502-505.

82. Decker J.E., Resolving the evolution of extant and extinct ruminants with high-throughput phylogenomics / J.E. Decker, J.C. Pires, G.C. Contant, S.D. McKay, M.P. Heaton, K. Chen, A. Cooper, J. Vilkki, C.M. Seabury, A.R. Caetano, G.S. Johnson, R.A. Brenneman O. Hanotte, L.S. Eggert, P. Wiener, J.-J. Kim, K.S. Kim, T.S. Sonstegard, C.P. Van Tassell, H.L. Neibergs, J.C. McEwan, R. Brauning, L.L. Coutinho, M.E. Babar, G.A. Wilson, M.C. McClure, M.M. Rolf, J.W. Kim, R.D. Schnabel, J.F. Taylor //. PNAS. -2009. -Vol.106. -№44. -p.18644-18649.

83. Decker, J.E. Worldwide patterns of ancestry, divergence, and admixture in domesticated cattle / J.E. Decker, S.D. McKay, M.M. Rolf, J. Kim, A. Molina

Alcalá, T.S. Sonstegard, O. Hanotte, A. Gótherstróm, C.M. Seabury, L. Praharani, M.E. Babar, L.C.A. Regitano, M.A. Yildiz, M.P. Heaton, L. Wan-Sheng, C-Z Lei, J.M Reecy, M Saif-Ur-Rehman, R.D. Schnabel, J.F.Taylor //. PLoS Genet. -2014. -Vol.10. -№3.

84. Domestic Animal Diversity Information System (DAD-IS) // DAD-IS URL: https://www.fao.org/dad-is/en/ (дата обращения: 24.07.2022).

85. Dotsev A.V., Evaluation of current gene pool of Kholmogor and Black-and-white cattle breeds based on whole genome SNP analysis / A.V. Dotsev, A.A. Sermyagin, A.V. Shakhin, I.A. Paronyan, K.V. Plemyashov, H. Reyer, K. Wimmers, G. Brem, N.A. Zinovieva // Vavilov Journal of Genetics and Breeding. - 2018. -Vol. 22. - №6. - p. 742-747. - doi: 10.18699/VJ18.418.

86. Edwards, C.J. Feasibility and utility of microsatellite markers in archaeological cattle remains from a Viking Age settlement in Dublin / C.J. Edwards, J. Connellan, P.F. Wallace, S.D.E. Park, F.M. McCormick, I. Olsaker, E. Eythórsdóttir, D.E. MacHugh, J.F. Bailey, D.G. Bradley// Anim. Genet. -2003. -Vol.34. -p. 410-416. - doi:10.1046/j.0268-9146.2003.01043.x.

87. FAO. Molecular Genetic Characterization of Animal Genetic Resources; FAO Animal Production and Health Guidelines: Rome, Italy, 2011; pp. 68-69. Available online: http://www.fao.org/3Zi2413e/i2413e00.pdf (доступно на 19 июля 2022).

88. FAO. The Second Report on the State of the World's Animal Genetic Resources for Food and Agriculture; Scherf, B.D., Pilling, D., Eds.; FAO Commission on Genetic Resources for Food and Agriculture Assessments: Rome, Italy. -2015. Available online: https://www.fao.org/3/i4787e/i4787e.pdf (доступно на 19 июля 2022).

89. FAO: The state of the world's animal genetic resources for food and agriculture. Eds.: Rischkowsky B., Pilling D. // Rome, Italy: FAO. -2007. -511 p.

90. Fariello, M.I. Detecting signatures of selection through haplotype differentiation among hierarchically structured populations / M. I. Fariello, S.

Boitard, H. Naya, M. SanCristobal, B. Servin // Genetics. -2013. Vol.193. №3. -p. 929-941.

91. Felius, M. Conservation of cattle genetic resources: The role of breeds. / M. Felius, B. Theunissen, J. Lenstra// Agricultural Science -2015. Vol.153. -p.152-162. - doi: 10.1017/S0021859614000124.

92. Ferencakovic, M. Estimating autozygosity from high-throughput information: effects of SNP density and genotyping errors / M. Ferencakovic J. Sölkner, I. Curik // Genet Sel Evol. -2013. -Vol.45. -№1. doi: 10.1186/1297-968645-42.

93. Francis, R.M. Pophelper: an R package and web app to analyse and visualize population structure // Mol Ecol Resour. -2017. -Vol.17 -p. 27-32. - doi: https://doi.org/10.1111/1755-0998.12509.

94. Fries, R. Digital DNA signatures for animal tagging / R. Fries, G. Durstewitz // Nature Biotechnology. -2001. -Vol.19. -p. 508.

95. Gargani, M. European Cattle Genetic Diversity Consortium; Valentini, A. Microsatellite genotyping of medieval cattle from central Italy suggests an old origin of Chianina and Romagnola cattle / M. Gargani, L. Pariset, J.A. Lenstra, De E. Minicis, A. Valentini // Front. Genet. -2015. -Vol.6. -№68. - doi: doi:10.3389/fgene.2015.00068.

96. Groeneveld, L.F. Genetic diversity in farm animals—a review / L.F Groeneveld, J.A Lenstra, H. Eding, M.A Toro, B. Scherf, D. Pilling, R. Negrini, E.K Finlay, H. Jianlin, E. Groeneveld, S. Weigend, GLOBALDIV Consortium// Anim. Genet. -2010. -Vol.41 (Suppl. 1). -p. 6-31.

97. Halder, I. Measuring and using admixture to study the genetics of complex diseases / I. Halder, M.D Shriver // Human Genomics -2003. -Vol.1. -№52 - doi: https://doi.org/10.1186/1479-7364-1-1-52.

98. Handt, O. The retrieval of ancient human DNA sequences / O. Handt, M. Krings, R.H. Ward, S. Pääbo //Am. J. Hum. Genet. -1996. -Vol.59. -p.376-386.

99. Hänni, C. Isopropanol precipitation removes PCR inhibitors from ancient bone extracts /C. Hänni, T. Brousseau, V. Laudet, D. Stehelin, // Nucleic Acids Res. -1995. -Vol.23. -p.881-882.

100. Hansen, H.B. Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum / Henrik B. Hansen, P.B. Damgaard, A. Margaryan, J. Stenderup, N. Lynnerup, E. Willerslev, M.E. Allentoft // PLoS ONE. -2017. -Vol.12. -№1.

101. He, G. Evaluating the reliability of microsatellite genotyping from low-quality DNA templates with a polynomial distribution model / G. He, K. Huang, S.T. Guo, W.H. Ji, X.G. Qi, Y. Ren, X.L. Jin, B.G. Li, //Chinese Sci. Bull. -2011. -Vol.56. -p.2523-2530.

102. Heid C.A. Real-time quantitative PCR. // Genome Res.-1996.-№ 6. -p. 986-994.

103. Hofreiter, M. Evidence for reproductive isolation between cave bear populations / M. Hofreiter, G. Rabeder, V. Jaenicke-Després, G. Withalm, D.Nagel, M. Paunovic, G. Jambrésic, S. Pääbo// Curr. Biol. -2004. -Vol.14. -p. 40-43. - doi: 10.1016/j.cub.2003.12.035.

104. Holsinger, K.E. Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST / K.E. Holsinger B.S Weir // Nature Review Genetics. -2009. -Vol.10. -p.639-650.

105. Hu, Z-L Building a livestock genetic and genomic information knowledgebase through integrative developments of Animal QTLdb and CorrDB / Z-L Hu, C.A Park, J.M Reecy. // Nucleic Acids Research. -2019. -Vol.47. -p.701-710.

106. Iso-Touru T. Genetic diversity and genomic signatures of selection among cattle breeds from Siberia, eastern and northern Europe / T. Iso-Touru , M. Tapio , J. Vilkki , T. Kiseleva , I. Ammosov , Z. Ivanova , R. Popov , M. Ozerov , J. Kantanen // Anim Genet. -2016. -Vol.47. -№6. -p.647-657.

107. Jensen, H. Multilocus heterozygosity and inbreeding depression in an insular house sparrow metapopulation / H. Jensen E.M, Bremset T.H, Ringsby B.E.

Saether // Mol Ecol. -2007. -Vol.19. -p. 4066-4078. - doi:10.1111/j.1365-294X.2007.03452.x.

108. Kalmar, T.A simple and efficient method for PCR amplifiable DNA extraction from ancient bones. / T.A. Kalmar, C.Z. Bachrati, A. Marcsik., I. Rasko // Nucleic Acids Res. -2000. -Vol.28. -№12. - doi: 10.1093/nar/28.12.e67.

109. Kashi, Y. Functional roles of microsatellites and minisatellites. / Y. Kashi, M. Soller, C. Schlotterer (Eds) // Microsatellites: Evolution and Application. Oxford University Press: Oxford. - 1999. - p. 10-23.

110. Keenan, K. DiveRsity: An R package for the estimation of population genetics parameters and their associated errors / K. Keenan, P. McGinnity, T.F. Cross, W.W. Crozier, P.A. Prodohl // Methods in Ecology and Evolution. -2013. -Vol. 4 - p. 782-788.

111. Kuehn, L.A. Predicting breed composition using breed frequencies of 50,000 markers from the US Meat Animal Research Center 2,000 Bull Project / L.A. Kuehn, J.W. Keele, G.L. Bennett, T.G. McDaneld, T.P. Smith, W.M. Snelling, T.S. Sonstegard, R.M. Thallman// J Anim Sci. - 2011. -Vol.89 - p. 1742-1750.

112. Kumar, A. Effect of salinity and alkalinity on responses of halophytic grasses Sporobolus marginatus and Urochondra setulosa / A. Kumar, C. Lata, S. Kumar, S. Mangalassery, J.P. Singh, A.K. Mishra, D. Dayal // Indian J. Agric. Sci.-2018.-Vol.88. -№8 - p. 149-157.

113. Landegren, U.N. Ligation-based DNA diagnosis // BioAssays. -1993. -Vol.15. -№11. - p. 761-765.

114. Lawson, D.J. A tutorial on how not to over-interpret STRUCTURE and ADMIXTURE bar plots / D.J. Lawson, L. van Dorp, D. Falush. // Nat Commun. -2018. - Vol.9 - p. 1-11. - doi: doi.org/10.1038/s41467-018-05257-7.

115. Leinonen, T. Comparative studies of quantitative trait and neutral marker divergence: a meta-analysis / T. Leinonen, R.B. O'Hara, J.M. Cano, J. Merilä // Journal of evolutionary biology. - 2008. - Vol.21. - p. 1-17.

116. Leonard, J.A. Population genetics of ice age brown bears / J.A. Leonard, R.K. Wayne, A. Cooper// Proc. Natl. Acad. Sci. - 2000. -Vol.97. - p. 16511654.

117. Li, M-H. Genetic structure of Eurasian cattle (Bos taurus) based on microsatellites: clarification for their breed classification / M-H. Li, J. Kantanen // Animal Genetics. - 2009. - p. 150-158.

118. Lindahl, T. Instability and decay of the primary structure of DNA // Nature. -1993. -Vol.362. - p. 709-715.

119. Litt, M. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene / M. Litt, J.A. Luty// Am J Hum Genet. - 1989. -Vol.44. -№3. - p. 397-401.

120. Luikart, G. Distortion of allele frequency distributions provides a test for recent population bottlenecks / G. Luikart, F.W. Allendorf, J.M. Cornuet, W.B. Sherwin// J. Hered. -1998. -Vol.89. -№3. - p. 238-47.

121. Martinez-Arias, R. Sequence variability of a human pseudogene / R. Martinez-Arias, F. Calafell, E. Mateu, D. Comas, A. Andre's, J. Bertranpetit // Genome Research. -2001. - Vol. 11. - p. 1071-1085.

122. McQuillan, R. Runs of homozygosity in European populations / R. McQuillan, A.L. Leutenegger, R. Abdel-Rahman, C.S. Franklin, M. Pericic, L. Barac-Lauc, N. Smolej-Narancic, B. Janicijevic, O. Polasek, A. Tenesa, A.K. Macleod, S.M. Farrington, P. Rudan, C. Hayward, V. Vitart, I. Rudan, S.H. Wild, M.G. Dunlop, A.F. Wright, H. Campbel, J.F. Wilson // Am J Hum Genet. -2008. -Vol.83. -№3. -p. 359-372. doi: 10.1016/j.ajhg.2008.08.007.

123. McTavish, E.J. New World cattle show ancestry from multiple independent domestication events / E.J. McTavish, J.E. Decker, R.D. Schnabel, J.F. Taylor, D.M. Hillis // PNAS. -2013. -Vol.110. -p.1398-1406.

124. Miquel, C. Quality indexes to assess the reliability of genotypes in studies using noninvasive sampling and multiple-tube approach / C. Miquel, E. Bellemain, C. Poillot, J. Bessiere, A. Durand, P. Taberlet // Mol. Ecol. Notes. - 2006. - Vol.6 - p. 985-988.

125. Mishina A.I. Assessment of genomic inbreeding in Russian local and commercial dairy breeds of cattle / A.S.Abdelmanova, A.V.Dotsev, A.A.Sermyagin, G.Brem, Zinovieva N.A. // Journal of Animal Science. - 2021. - Vol. 99 (S3). - p. 227-228. - doi: 10.1093/jas/skab235.415.

126. MIXER MILL MM 400 // Retsch URL: https://www.retsch.com/products/milling/ball-mills/mixer-mill-mm-400/function-features/ (дата обращения: 24.07.2022).

127. Modi, S. Standardization and validation of a panel of cross-species microsatellites to individually identify the Asiatic wild dog (Cuon alpinus) / S. Modi, B. Habib, P. Ghaskadbi, S. Mondol // PeerJ. -2019. - Vol.7. -doi: 10.7717/peerj.7453.

128. Mondol, S. Evaluation of non-invasive genetic sampling methods for estimating tiger population size / S. Mondol, K.U. Karanth, N.S. Kumar, A.M. Gopalaswamy, A. Andheria, U. Ramakrishnan // Biol. Conserv. - 2009. - Vol.142. -p. 2350-2360.

129. Moore, S.S. Characterization of 65 bovine microsatellites / S. S. Moore, K. Byrne, K.T. Berger // Mamm. Genome. - 1994. -Vol. 5. - p. 84-90.

130. Morin, P.A. SNPs in ecology, evolution and conservation / P.A. Morin, G. Luikart, R.K. Wayne, Grp S.N.P.W // Trends Ecol. Evol. - 2004. -Vol. 19. - p. 208-216.

131. NanoDrop 8000 Spectrophotometer // Thermofisher URL: http://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/User-Manual-nd-8000-v2.2-users-manual-8.5-x-11.pdf (дата обращения: 24.07.2022).

132. Nei, M. Analysis of gene diversity in subdivided populations // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1973. - Vol.70. -№12. p. 3321-3323.

133. Nei, M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from small number of individuals // Genetics. - 1978. -Vol.89. - p. 583-590.

134. Nei, M. The bottleneck effect and genetic variability in populations / M. Nei, T. Maruyama, R. Chakraborty // Evolution. - 1975. -Vol.29. - p. 1-10.

135. Nei, M. The genetic distance between populations // American Naturalist. - 1972. -Vol. 106. - p. 283-29.

136. Nexttec™ 1-step DNA Isolation // Nexttec URL: https://www.nexttec.de/ (дата обращения: 24.07.2022).

137. Paabo, S. Ancient DNA: extraction, characterization, molecular cloning, and enzymatic amplification // Proc. Natl Acad. Sci. USA. - 1989. - Vol. 86. - p. 1939-1943. - doi:10.1073/pnas.86.6.1939.

138. Pearson, K. Notes on regression and inheritance in the case of two parents // Proceedings of the Royal Society of London. - 1895. - Vol. 58. - p. 240242.

139. Pemberton, J.M. Nonamplifying alleles at microsatellite loci: a caution for parentage and population studies / J.M. Pemberton, J. Slate, D.R. Bancroft, J.A. Barrett // Mol. Ecol. - 1995. -Vol.4. -№2. - p. 249-252. - doi: 10.1111/j.1365-294x.1995.tb00214.x.

140. Pérez-Jiménez, M. Varietal tracing of virgin olive oils based on plastid DNA variation profiling / M. Pérez-Jiménez, G. Besnard, G. Dorado, P. Hernandez // PLoS One. - 2013. -Vol.8. - doi: doi.org/10.1371/journal.pone.0070507.

141. Phillips, C. Selecting SNPs for forensic applications / C. Phillips, M. Lareu // Progress in Forensic Genetics. -2004. -Vol. 10.

142. Phumichai, C. Novel chloroplast microsatellite (cpSSR) markers for genetic diversity assessment of cultivated and wild Hevea rubber / C. Phumichai, T. Phumichai, A. Wongkaew // Plant Mol Biol Report. - 2015. -Vol.33. - p. 14861498.

143. PrepFiler™ BTA Forensic DNA Extraction Kit // Thermofisher URL: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4463352 (дата обращения: 24.07.2022).

144. Pritchard, J.K. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data / J.K. Pritchard, M. Stephens, P. Donnelly // Genetics. - 2000. -Vol.155. -№2. -p. 945-959.

145. Purcell, S. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses / S. Purcell, B. Neale, K. Todd-Brown, L. Thomas, M.A. Ferreira, D. Bender, J. Maller, P Sklar, P.I. de Bakker, M.J. Daly, P.C. Sham // Am J Hum Genet. - 2007. - Vol. 81. -№3. -p. 559-575. - doi: 10.1086/519795. Epub 2007 Jul 25. PMID: 17701901; PMCID: PMC1950838.

146. QIAamp DNA Investigator Kit // Qiagen URL: https://www.qiagen.com/us/products/human-id-and-forensics/investigator-solutions/qiaamp-dna-investigator-kit/ (дата обращения: 24.07.2022).

147. Qubit® 3.0 Fluorometer // Thermofisher URL: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/life-sciences/Laboratory%20Instruments/Files/1014/MAN0010866_Qubit%203.0_Rev A_UG_22Sep2014.pdf (дата обращения: 24.07.2022).

148. Quick User Guide // POPGENE VERSION 1.31 URL: https://sites.ualberta.ca/~fyeh/popgene.pdf (дата обращения: 24.07.2022).

149. Reynolds, J. Estimation of the coancestry coefficient: Basis for a short-term genetic distance / J. Reynolds, B.S. Weir, C.C. Cockerham // Genetics. - 1983. - Vol.105. - p. 767-779.

150. Rohland, N. Comparison and optimization of ancient DNA extraction / N. Rohland, M. Hofreiter // BioTechniques. - 2007. -Vol.42. -№3. - p. 343-352.

151. Rohland, N. Extraction of highly degraded DNA from ancient bones, teeth and sediments for high-throughput sequencing / N. Rohland, I. Glocke, A. Aximu-Petri, M. Meyer // Nat. Protoc. - 2018. - Vol.13. - p. 2447-2461.

152. Rohland, N. Partial uracil-DNA-glycosylase treatment for screening of ancient DNA / N. Rohland, E. Harney, S. Mallick, S. Nordenfelt, D. Reich //Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. - 2015. -Vol.370.

153. Rowe, K.C. Museum genomics: Low-cost and high-accuracy genetic data from historical specimens / K.C. Rowe, S. Singhal, M.D. Macmanes, J.F. Ayroles, T.L. Morelli, E.M. Rubidge, K. Bi, C.C. Moritz // Mol. Ecol. Resour. -2011. - Vol.11. - p. 1082-1092.

154. Ruvinskiy, D. Resequencing the Yaroslavl cattle genomes reveals signatures of selection and a rare haplotype on BTA28 likely to be related to breed phenotypes / D. Ruvinskiy, A. Igoshin, A. Yurchenko, A.V. Ilina, D.M. Larkin // Anim Genet. - 2022. - doi: 10.1111/age.13230. Epub ahead of print. PMID: 35711120.

155. Schoen, D.J. Conservation of allelic richness in wild crop relatives is aided by assessment of genetic markers / D.J. Schoen, A.H. Brown // Proc Natl Acad Sci USA.- 1993. - Vol.15. - №90 (22). - p. 10623-10627. - doi: 10.1073/pnas.90.22.10623.

156. Sermyagin, A.A. Whole-genome SNP analysis elucidates the genetic structure of Russian cattle and its relationship with Eurasian taurine breeds / A.A. Sermyagin, A.V. Dotsev, E.A. Gladyr, A.A. Traspov, T.E. Deniskova, O.V. Kostyunina, H. Reyer, K. Wimmers, M. Barbato, I.A. Paronyan, K.V. Plemyashov, J. Solkner, R.G. Popov, G. Brem, N.A. Zinovieva // Genetics Selection Evolution. -2018. - Vol. 50. - №37. - p. 1. - doi 10.1186/s12711-018-0408-8.

157. Simianer, H. Using expected allele number as objective function to design between and within breed conservation of farm animal biodiversity / H. Simianer // Anim Breed Genet. - 2005. - Vol. 122. - №3. - p. 177-87. - doi: 10.1111/j.1439-0388.2005.00523.x.

158. Slatkin, M Rare alleles as indicators of gene flow / M. Slatkin // Evolution. - 1985. - Vol. 39. - №1. - p. 53-65. - doi: 10.1111/j.1558-5646.1985.tb04079.x.

159. Sobrino, B. SNPs in forensic genetics: a review on SNP typing methodologies / B. Sobrino, M. Brion, A. Carracedo // Forensic Sci Int. - 2005. -Vol. 25. - № 154(2-3). - p. 181-94. doi: 10.1016/j.forsciint.2004.10.020.

160. Sobrino, J.A. Surface temperature retrieval from Along Track Scanning Radiometer 2 data: Algorithms and validation / J.A.Sobrino, G. Soria, A.J. Prata // J. Geophys. Res. - 2004. - Vol. 109. - doi:10.1029/2003JD004212.

161. Soubrier, J. Early cave art and ancient DNA record the origin of European bison / J. Soubrier, G. Gower, K. Chen, S.M. Richards, B. Llamas, K.J.

Mitchell, S.Y.W. Ho, P. Kosintsev, M.S.Y. Lee, G. Baryshnikov, R. Bollongino, P. Bover, J. Burger, D. Chivall, E. Cregut-Bonnoure, J.E. Decker, V.B. Doronichev, K. Douka, D.A. Fordham, F. Fontana, C. Fritz, J. Glimmerveen, L.V. Golovanova, C. Groves, A. Guerreschi, W. Haak, T. Higham, E. Hofman-Kaminska, A. Immel, M-A. Julien, J. Krause, O. Krotova, F. Langbein, G. Larson, A. Rohrlach, A. Scheu, R.D. Schnabel, J.F. Taylor, M. Tokarska, G. Tosello, J. van der Plicht, A. van Loenen, J-D. Vigne, O. Wooley, L. Orlando, R. Kowalczyk, B. Shapiro, A. Cooper // Nat Commun. - 2016. - Vol. 7. - p. 13158. - doi: 10.1038/ncomms13158.

162. Steffen, P. Isolation and mapping of polymorphic microsatellites in cattle / P. Steffen, A. Eggen, A.B. Dietz, J.E. Womack, G. Stranzinger, R. Fries // Anim. Genet. 2009. - Vol. 24. - p. 121-124. - doi: 10.1111/j.1365-2052.1993.tb00252.x.

163. Student, The probable error of a mean / Student // Biometrika. - 1908. -Vol. 6. - № 1. - p. 1-25. - doi: 10.1093/biomet/6.1.1.

164. Suffys, P. Inhibition of the polymerase chain reaction by sputum samples from tuberculosis patients after processing using a silica-guanidiniumthiocyanate DNA isolation procedure / P. Suffys, P.R. Vanderborght, P.B. Santos, L.A. Correa, Y. Bravin, A.L. Kritski // Mem Inst Oswaldo Cruz. - 2001. - Vol. 96. - №8. - p. 1137-9. - doi: 10.1590/s0074-02762001000800019.

165. Sunden, S.L. A highly polymorphic bovine microsatellite locus: BM2113 / S.L Sunden, R.T. Stone, M.D. Bishop, S.M. Kappes, J.W. Keele, C.W Beattie // Anim Genet. - 1993. - Vol. 24. - №1. - p. 69. - doi: 10.1111/j.1365-2052.1993.tb00924.x.

166. Svishcheva, G. Microsatellite Diversity and Phylogenetic Relationships among East Eurasian Bos taurus Breeds with an Emphasis on Rare and Ancient Local Cattle / G. Svishcheva, O. Babayan, B. Lkhasaranov, A. Tsendsuren, A. Abdurasulov, Y. Stolpovsky // Animals. - 2020. - Vol. 10. - №10. - p. 1493. - doi: 10.3390/ani10091493.

167. Tamura, K. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 / K. Tamura, G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski, S. Kumar // Molecular

Biology and Evolution. - 2013. - Vol. 30. - p. 2725-2729. - doi: 10.1093/molbev/mst197.

168. Tautz, D Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers / D. Tautz // Nucleic Acids Research. - 1989. - Vol. 17. - p. 6463-6471. - doi: 10.1093/nar/17.16.6463.

169. The Animal Quantitative Trait Loci // Animal QTLdb URL: http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/index (дата обращения: 24.07.2022).

170. The gene database // Genecards URL: http://www.genecards.org/ (дата обращения: 24.07.2022).

171. The R Project for Statistical Computing // R Project ORG URL: 186. https://www.r-project.org/ (дата обращения: 24.07.2022).

172. Toldo, S.S. Physically mapped, cosmid-derived microsatellite markers as anchor loci on bovine chromosomes / S.S. Toldo, R. Fries, P. Steffen, H.L. Neiberg, W. Barendse, J.E. Womack, D.J.S. Hetzel, G. Stranzinger // Mamm. Genome. - 1993. - Vol. 4. - p. 720-727.

173. Turner, S.D. qqman: an R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots / S.D. Turner // bioRxiv preprint. - 2014. - doi: https://doi.org/10.1101/005165.

174. Ugozzoli, L. Allele-specific polymerase chain reaction / L. Ugozzoli, R. B. Wallace. - 1991. - Vol. 2, Issue 1. - p. 42-48 doi.org/10.1016/S1046-2023(05)80124-0.

175. Vaiman, D. A set of 99 cattle microsatellites: characterization, synteny mapping, and polymorphism / D. Vaiman, D. Mercier, K. Moazami-Goudarzi, A. Eggen, R. Ciampolini, A. Lepingle, R. Velmala, J. Kaukinen, S.L. Varvio, P. Martin, H. Leveziel, G. Guerin // Mamm. Genome. - 1994. - Vol. 5. - p. 288-297.

176. Vignal, A. A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics / A. Vignal , D. Milan, M. SanCristobal, A. Eggen // Genetics Selection Evolution. - 2002. - Vol. 34. - p. 275-305. - doi: 10.1186/12979686-34-3-275.

177. Volkova, V.V. Investigation of the Genetic Diversity of Dagestan Mountain Cattle Using STR-Markers / V.V. Volkova, A.S. Abdelmanova, T.E. Deniskova, O.S. Romanenkova, A.A. Khozhokov, A.A. Ozdemirov, A.A. Sermyagin, N.A. Zinovieva // Diversity. - 2022. - Vol. 14. - p. 569. doi: 10.3390/d14070569.

178. Weir, B.S. Estimating F-statistics for the analysis of population structure / B.S. Weir, C.C. Cockerham // Evolution. - 1984. - Vol. 38. - p. 13581370. doi: 10.1111/j.1558-5646.1984.tb05657.x.

179. Whitlock, R. An objective, rapid and reproducible method for scoring AFLP peak-height data that minimizes genotyping error / R. Whitlock, H. Hipperson, M. Mannarelli, R.K. Butlin, T. Burke // Molecular ecology resources. -2008. - Vol. 8. - p. 725-35. - doi: 10.1111/j.1755-0998.2007.02073.x.

180. Wickham, H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. 2nd Edition // H. Wickham // Springer, New York. - 2009. - doi: 10.1007/978-0-387-98141-3.

181. Wright, S. Evolution and the Genetics of Populations, Volume 2, Theory of Gene Frequencies / S. Wright // The University of Chicago Press, Chicago, Illinois. - 1969. - p. 520.

182. Wright, S. Evolution and the Genetics of Populations: Vol. 4. Variability within and among Natural Populations. / S. Wright // The University of Chicago Press, Chicago, Illinois. - 1978. - p. 590.

183. Wright, S. Isolation by Distance / S. Wright // Genetics. - 1943. - Vol. 28. - № 2. - p. 114-38. - doi: 10.1093/genetics/28.2.114.

184. Xing, C Comparison of microsatellites, single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and composite markers derived from SNPs in linkage analysis / C. Xing, F.R. Schumacher, G. Xing, Q. Lu, T. Wang, R.C. Elston // BMC Genetics. - 2005. - Vol. 6. - S29. - doi:10.1186/1471-2156-6-S1-S29.

185. Yang, W. Review on the development of genotyping methods for assessing farm animal diversity / W. Yang, X. Kang, Q. Yang, Y. Lin, M. Fang // Journal of Animal Science and Biotechnology. - 2013. - Vol. 4. - p. 2-6. - doi: 10.1186/2049-1891-4-2.

186. Yurchenko, A. Genome-wide genotyping uncovers genetic profiles and history of the Russian cattle breeds / A. Yurchenko, N. Yudin, R. Aitnazarov, A. Plyusnina, V. Brukhin, V. Soloshenko, B. Lhasaranov, R. Popov, I.A. Paronyan, K.V. Plemyashov, D.M. Larkin // Heredity (Edinb). - 2018. - Vol. 120. - № 2. - p. 125-137. - doi: 10.1038/s41437-017-0024-3.

187. Zhao, F. Detection of selection signatures in dairy and beef cattle using high-density genomic information / F. Zhao, S. McParland, F. Kearney, L. Du, D.P. Berry// Genet Sel Evol. - 2015. - Vol. 47:49. - doi: 10.1186/s12711-015-0127-3.

188. Zhao, J. Microsatellite markers for animal identification and meat traceability of six beef cattle breeds in the Chinese market / J. Zhao, C. Zhu, Z. Xu, X. Jiang, S. Yang, A. Chen // Food Control. - 2017. - Vol. 78. - p. 469-475. - doi: 10.1016/j.foodcont.2017.03.017.

189. Zinovieva, N.A. Genome-wide SNP analysis clearly distinguished the Belarusian Red cattle from other European cattle breeds / N.A. Zinovieva, I.P. Sheiko, A.V. Dotsev, R.I. Sheiko, M.E. Mikhailova, A.A. Sermyagin, A.S. Abdelmanova, V.R. Kharzinova, H. Reyer, K. Wimmers, J. Solkner, N.V. Pleshanov, G. Brem // Anim Genet. - 2021. - Vol. 52. - p. 720-724. - doi: 10.1111/age.13102.

190. Zinovieva, N.A. Selection signatures in two oldest Russian native cattle breeds revealed using high-density single nucleotide polymorphism analysis / N.A. Zinovieva, A.V. Dotsev, A.A. Sermyagin, T.E. Deniskova, A.S. Abdelmanova, V.R. Kharzinova, J. Solkner, H. Reyer, K. Wimmers, G. Brem // PLoS ONE. - 2020. -Vol.15. -№11. - doi: 10.1371/journal.pone.0242200.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Методика выделения ДНК с использованием перхлората натрия

(перхлоратный метод)

Используемые реагенты:

1. Реагент В (хранить при комнатной температуре) 400 мМ Трис-НС1, рН=8.0; 60 мМ ЭДТА, рН=8.0; 150 мМ NaCl; 1% SDS

2. Раствор перхлората натрия (хранить при комнатной температуре) 5 М Na-перхлорат

3. Раствор протеиназы К (хранить при +4°C) 20 мг/мл растворенный в дистиллированной воде.

4. CIA (хранить при +4°C) Для приготовления необходимо смешать 24 об. хлороформа с 1 об. изоамилового спирта.

5. Буфер ТЕ (хранить при комнатной температуре) 10 мМ Трис-НС1, рН=7.5; 1 мМ ЭДТА, рН=8.0.

6. ДДТ 13 мкл 1М DTT

Предварительная подготовка образца.

Перед распилом образцы очищали от видимых загрязнений и обрабатывали детергентом - пероксидом водорода. После распиливания электрической пилой фрагменты зубов облучали ультрафиолетовым светом в ламинаре с экспозицией 10-15 минут. Дентин из фрагментов зубов высверливали бором с алмазной крошкой. Высверливание производили на самой низкой скорости (5 тыс. оборотов) с перерывами для предупреждения чрезмерного нагрева дентина и уничтожения ДНК под действием высоких температур. Образующийся костный порошок взвешивали, пересыпали в предварительно облученные под УФ эппендорфы, которые помещали в стерильные пакеты с зип-локом.

Протокол экстракции

День 1. Лизис образца.

1. Поместить 50 г предварительно подготовленного костного порошка в 1.5 мл пробирки. Добавить 150 мкл реагента В, 5 мкл протеиназы К (20 мг/мл) и инкубировать при 60 °C в течении 8-12 часов.

День 2. Выделение ДНК.

1. К клеточному лизату добавить 0.33 об. (50 мкл) 5М раствора Na-перхлората и хорошо перемешать.

2. Добавить 1.5 об. (300 мкл) CIA, поместить пробирки в термошейкер и интенсивно перемешать в течении 3-5 мин.

3. Центрифугировать образцы в течении 5 мин при 15000 об/мин. Верхнюю ДНК-содержащую фазу осторожно, не затрагивая промежуточного слоя, перенести в чистую пробирку и при необходимости провести повторную очистку CIA.

4. К ДНК-содержащей фазе добавить 2 об. (600 мкл) 100% этилового спирта для осаждения ДНК, интенсивно перемешать. После внесения спирта должен быть визуализирован шарик ДНК. В случае отсутствия шарика ДНК пробирки центрифугировать 2-3 мин при 15000 об/мин.

5. После визуализации шарика надосадочную жидкость удалить, добавить 0.5-1.0 мл 70% этанола (охлажденного до -20°C) и инкубировать 510 мин при комнатной температуре.

6. После удаления спирта пробирки перевернуть и высушить шарик ДНК в течение 20-30 мин при комнатной температуре.

7. Содержимое пробирки ресуспендировать в 50-100 мкл дистиллированной воды или буфера ТЕ.

Консенсусные генотипы по 11 локусам микросателлитов на основе

использования препаратов ДНК, полученных перхлоратным методом

Образец № Aллель 1 Аллель 2 Score +PCR Het Het+ ADO FA

TGLA227

14 93 97 100 3,00 1 3 0,00 0,00

19 81 101 100 6,00 1 6 0,00 0,00

29 89 93 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 81 89 75 4,00 1 4 1,00 0,00

42 83 93 100 6,00 1 6 0,00 0,00

48 81 93 100 3,00 1 3 0,00 1,00

50 79 81 100 5,00 1 5 0,00 0,00

55 83 87 100 4,00 1 4 0,00 0,00

56 87 91 100 2,00 1 2 1,00 1,00

71 79 97 100 4,00 1 4 0,00 0,00

BM2113

14 135 137 100 4,00 1 4 0,00 0,00

19 137 139 100 6,00 1 6 0,00 0,00

29 137 139 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 127 133 100 2,00 1 2 0,00 0,00

42 135 139 100 6,00 1 6 0,00 0,00

48 127 137 33,33333 3,00 1 3 2,00 1,00

50 125 125 100 5,00 0 0,00 0,00

55 135 137 100 4,00 1 4 0,00 0,00

56 135 141 100 2,00 1 2 1,00 1,00

71 129 139 100 5,00 1 5 0,00 0,00

TGLA53

14 160 164 100 3,00 1 3 0,00 0,00

19 162 168 100 5,00 1 5 0,00 0,00

29 154 160 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 0 0 0 1,00 0 0,00 1,00

42 176 184 83,33333 6,00 1 6 1,00 0,00

48 160 160 100 1,00 0 0,00 0,00

50 160 180 80 5,00 1 5 1,00 0,00

55 154 162 100 2,00 1 2 0,00 0,00

56 0 0 0 0,00 0 1,00 1,00

71 160 170 80 5,00 1 5 1,00 0,00

ETH10

14 217 219 100 3,00 1 3 0,00 0,00

19 219 219 100 5,00 0 0,00 0,00

29 213 219 100 3,00 1 3 0,00 0,00

30 219 219 100 1,00 0 0 0,00 0,00

42 221 221 100 6,00 0 0 0,00 0,00

48 217 217 100 2,00 0 0 0,00 0,00

Образец № Aллель 1 Аллель 2 Score +PCR Het Het+ ADO FA

50 217 217 100 5,00 0 0 0,00 0,00

55 0 0 0 2,00 0 0 2,00 0,00

56 0 0 0 0,00 0 0 1,00 1,00

71 217 225 100 5,00 1 5 0,00 0,00

SPS115

14 248 256 100 3,00 1 3 0,00 0,00

19 248 254 50 4,00 1 4 2,00 0,00

29 248 248 100 4,00 0 0 0,00 0,00

30 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

42 248 252 100 6,00 1 6 0,00 0,00

48 260 260 100 1,00 0 0 0,00 0,00

50 252 260 75 4,00 1 4 1,00 0,00

55 0 0 0 1,00 0 0 1,00 0,00

56 0 0 0 0,00 0 0 0,00 1,00

71 248 254 80 5,00 1 5 1,00 0,00

TGLA122

14 141 143 100 4,00 1 4 0,00 0,00

19 143 151 83,33333 6,00 1 6 1,00 0,00

29 143 153 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

42 151 153 100 6,00 1 6 0,00 0,00

48 143 143 100 3,00 0 0 0,00 0,00

50 151 157 100 5,00 1 5 0,00 0,00

55 151 153 66,66667 3,00 1 3 1,00 0,00

56 0 0 0 1,00 0 0 1,00 0,00

71 153 153 100 5,00 0 0 0,00 0,00

INRA23

14 214 214 100 3,00 0 0 0,00 0,00

19 198 212 100 4,00 1 4 0,00 0,00

29 214 214 100 4,00 0 0 0,00 0,00

30 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

42 214 214 100 6,00 0 0 0,00 0,00

48 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

50 208 208 100 5,00 0 0 0,00 0,00

55 206 214 100 2,00 1 2 0,00 0,00

56 206 214 0 0,00 1 0 0,00 1,00

71 198 206 100 5,00 1 5 0,00 0,00

TGLA126

14 117 119 100 3,00 1 3 0,00 0,00

19 115 115 100 6,00 0 0 0,00 0,00

29 117 123 100 3,00 1 3 0,00 0,00

30 115 117 100 4,00 1 4 0,00 0,00

42 115 117 100 6,00 1 6 0,00 0,00

48 115 115 100 3,00 0 0 1,00 1,00

50 117 123 100 5,00 1 5 0,00 0,00

Образец № Aллель 1 Аллель 2 Score +PCR Het Het+ ADO FA

33 117 119 100 4,00 1 4 0,00 0,00

36 121 123 100 1,00 1 1 0,00 0,00

71 113 117 80 3,00 1 3 1,00 0,00

BM1818

14 262 266 30 2,00 1 2 1,00 0,00

19 266 266 100 3,00 0 0 0,00 0,00

29 266 266 100 4,00 0 0 0,00 0,00

30 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

42 266 266 100 6,00 0 0 0,00 0,00

48 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

30 266 266 80 4,00 0 0 0,00 0,00

33 262 264 100 1,00 1 1 0,00 0,00

36 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

71 266 266 100 3,00 0 0 0,00 0,00

ETH223

14 130 130 100 4,00 0 0 0,00 0,00

19 144 144 100 6,00 0 0 0,00 0,00

29 148 130 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 130 130 100 2,00 0 0 0,00 0,00

42 146 130 100 6,00 1 6 0,00 0,00

48 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

30 140 146 100 3,00 1 3 0,00 0,00

33 146 130 30 4,00 1 4 2,00 0,00

36 130 130 100 1,00 0 0 0,00 0,00

71 148 160 80 3,00 1 3 0,00 1,00

BM1824

14 178 182 100 4,00 1 4 0,00 0,00

19 180 180 100 6,00 0 0 0,00 0,00

29 180 188 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

42 182 182 100 6,00 0 0 0,00 0,00

48 0 0 0 3,00 0 0 3,00 0,00

30 180 188 100 3,00 1 3 0,00 0,00

33 178 182 100 3,00 1 3 0,00 0,00

36 0 0 0 0,00 0 0 0,00 0,00

71 182 188 100 3,00 1 3 0,00 0,00

Консенсусные генотипы по 11 локусам микросателлитов на основе использования препаратов ДНК, полученных по авторской методике с

использованием магнитных частиц SileksMagNA

Образец № Аллель 1 Аллель 2 Score +PCR Het Het+ ADO FA

TGLA227

14 93 97 100 2,00 1 2 0,00 0,00

19 81 101 100 6,00 1 6 0,00 0,00

29 89 93 100 4,00 1 4 0,00 3,00

30 81 89 100 5,00 1 5 0,00 0,00

42 83 93 80 5,00 1 5 0,00 1,00

48 0 0 0 1,00 0 1,00 0,00

50 79 81 100 5,00 1 5 0,00 0,00

55 83 87 100 5,00 1 5 0,00 0,00

56 87 91 100 4,00 1 4 0,00 0,00

71 79 97 100 4,00 1 4 0,00 0,00

BM2113

14 135 137 100 5,00 1 5 0,00 0,00

19 137 139 100 6,00 1 6 0,00 0,00

29 137 139 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 127 133 60 5,00 1 5 1,00 1,00

42 135 139 100 5,00 1 5 0,00 0,00

48 0 0 0 0,00 0 0,00 0,00

50 125 125 100 5,00 0 0,00 0,00

55 135 137 100 5,00 1 5 0,00 0,00

56 135 141 100 4,00 1 4 0,00 0,00

71 129 139 100 4,00 1 4 0,00 0,00

TGLA53

14 160 164 75 4,00 1 4 1,00 0,00

19 162 168 100 6,00 1 6 0,00 0,00

29 154 160 100 4,00 1 4 0,00 0,00

30 0 0 0 1,00 0 0,00 0,00

42 176 184 100 5,00 1 5 0,00 0,00

48 0 0 0 0,00 0 0,00 0,00

50 160 180 20 5,00 1 5 4,00 0,00

55 154 162 80 5,00 1 5 1,00 0,00

56 160 170 100 3,00 1 3 0,00 0,00

71 160 170 100 4,00 1 4 0,00 0,00

ETH10

14 217 219 100 4,00 1 4 0,00 0,00

19 219 219 80 5,00 0 0,00 1,00

29 213 219 75 4,00 1 4 1,00 0,00

30 219 219 100 4,00 0 0 0,00 0,00

Образец № Аллель 1 Аллель 2 Score +PCR Het Het+ ADO FA

42 221 221 100 3,00 0 0 0,00 0,00