Эпидемиологический надзор за туберкулезом в условиях интенсификации эпидемического процесса ВИЧ-инфекции тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.02.02, доктор наук Пасечник Оксана Александровна

• Пасечник Оксана Александровна
• доктор наук
• 2019

Оглавление диссертации доктор наук Пасечник Оксана Александровна

ВВЕДЕНИЕ

1 ГЛАВА 1. ГЛОБАЛЬНАЯ СТРАТЕГИЯ ЛИКВИДАЦИИ ТУБЕРКУЛЕЗА: ПОДХОДЫ, ПРИНЦИПЫ, ПЕРСПЕКТИВЫ

1.1 Международные и национальные стратегии борьбы с туберкулезом

1.2 Бремя ВИЧ-инфекции и ее влияние на эпидемический процесс туберкулеза

1.3. Проблема лекарственной устойчивости M. tuberculosis и ее

значение в распространения туберкулеза

1.4 Распространенность современных успешных глобальных и

эндемичных клонов M. tuberculosis

2 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Материалы исследования

2.2 Методы исследования

Эпидемиологические исследования

Систематический обзор и мета-анализ

Микробиологические, молекулярно-генетические исследования и

филогенетический анализ МБТ

Геоинформационный анализ распределения эпидемических очагов туберкулеза с широкой лекарственной устойчивостью

M.tuberculosis

Статистический анализ

3 Глава 3. СОВРЕМЕННЫЕ ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЕ ПРОЯВЛЕНИЯ ТУБЕРКУЛЕЗНОЙ ИНФЕКЦИИ

3.1. Современные тенденции эпидемического процесса туберкулеза в 74 Российской Федерации

3.2. Проявления эпидемического процесса туберкулезной инфекции в Сибирском федеральном округе

3.3. Эпидемиологические проявления туберкулеза в Омской области

3.4. Эпидемиологические проявления туберкулезной инфекции в регионах Сибирского федерального округа с различной распространенностью ВИЧ-инфекции

4 ГЛАВА 4. ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЕ ПРОЯВЛЕНИЯ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

4.1. Характеристика эпидемического процесса ВИЧ-инфекции

4.2. Эпидемиологические проявления ВИЧ-инфекции в Омской

области

4.3. Бремя болезни и утраченный жизненный потенциал населения 133 вследствие ВИЧ-инфекции

4.4. Распространенность субпопуляций ВИЧ-1, циркулирующих в регионах Российской Федерации и стран Содружества независимых государств

5 ГЛАВА 5. ХАРАКТЕРИСТИКА ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ ЦИРКУЛИРУЮЩИХ ШТАММОВ M.TUBERCULOSIS

5.1. Характеристика структуры и спектра лекарственной устойчивости M. tuberculosis

5.2. Эпидемиологическая характеристика заболеваемости туберкулезом с широкой лекарственной устойчивостью M. tuberculosis

6 ГЛАВА 6. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

6.1. Распространенность эпидемиологически значимых генотипов Mycobacterium tuberculosis в Российской Федерации и странах ближнего зарубежья

6.2. Популяционная структура и распространенность основных генотипов Mycobacterium tuberculosis в Омской области

6.3. Геномный полиморфизм, клиническая и эпидемиологическая значимость штаммов M. tuberculosis генетического семейства

Beijing

7 ГЛАВА 7. СОВЕРШЕНСТВОВАНИЕ СИСТЕМЫ

ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО НАДЗОРА ЗА ТУБЕРКУЛЕЗНОЙ 201 ИНФЕКЦИЕЙ

7.1. Организационно-функциональная система эпидемиологического надзора за туберкулезом

7.2. Молекулярно-генетический мониторинг штаммов М. tuberculosis

7.3. Мониторинг территориального распределения эпидемических

очагов туберкулеза с широкой лекарственной устойчивостью

7.4. Эпидемиологический надзор за туберкулезом, ассоциированным с ВИЧ-инфекцией

7.5. Организационные технологии в системе эпидемиологического

надзора за туберкулезной инфекцией

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СЛОВАРЬ ТЕРМИНОВ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Эпидемиологический надзор за туберкулезом в условиях интенсификации эпидемического процесса ВИЧ-инфекции»

Актуальность темы исследования

На фоне значительных достижений в борьбе с туберкулезом, актуальность проблемы для общественного здравоохранения сохраняется, что определяется заболеваемостью населения, составившей в 2017 году в глобальных масштабах 10,0 [ДИ 9,0-11,1] миллионов случаев [13, 280, 303].

Всемирная организация здравоохранения выработала стратегию «Ликвидировать туберкулез», которая поставила самые амбициозные цели -снижение заболеваемости населения туберкулезом в сравнении с 2015 годом на 90% и смертности от туберкулеза на 95% к 2035 г., а также ликвидацию экономического и социального бремени, связанного с этой болезнью. Для достижения поставленных целей требуется сдвиг парадигмы в сторону усиления междисциплинарных подходов, которые продемонстрируют ускорение темпов снижения эпидемии [32, 81, 90, 105].

Достижению поставленных целей в борьбе с туберкулезом угрожает активно развивающаяся эпидемия ВИЧ-инфекции, а также распространение лекарственно-устойчивых форм заболевания, которые значительным бременем ложатся на экономику государств [104, 147, 158, 306].

По уровню распространенности случаев туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью Россия занимала третье ранговое место, все чаще регистрируют туберкулез с широкой лекарственной устойчивостью (ШЛУ), вместе с тем данные о распространенности МБТ с широкой лекарственной устойчивостью ограничены [30,84,94].

Штаммы M. tuberculosis, относящиеся к разным генетическим группам или линиям, характеризуются вариабельностью ряда биологических свойств, что в известной мере определяет эпидемиологические и клинические особенности течения туберкулезного процесса [208, 215, 240, 258].

Соотношение генотипов в популяции возбудителя туберкулеза существенно различается в разных странах и географических регионах мира [19, 21, 27, 28, 207, 213].

Генетически неоднородная российская популяция возбудителя туберкулеза насчитывает более двухсот генетических семейств/линий, среди которых доминирует эпидемиологически и клинически значимый генотип Beijing, причем его клональное распространение представляет серьезную угрозу успешной реализации национальной программы борьбы с туберкулезом [11,19,22,25,27,31,56,100].

Однако данные о структуре субпопуляций возбудителя туберкулеза на отдельных территориях России неполны, исследования о генетической структуре популяции M. tuberculosis в Омской области до настоящего времени не проводились.

Применение неадекватной химиотерапии в последние десятилетия привело к селекции более патогенных и трансмиссивных «успешных» клональных вариантов возбудителя туберкулеза в рамках глобально или локально распространенных семейств, например Beijing B0/W148, LAM RD-Rio и другие [15,27,50,139,201,219,260].

В настоящее время в мире доминирующим фактором риска заболевания туберкулезом является ВИЧ-инфекция, представляющая серьезную проблему для глобального контроля над туберкулезом [4, 6, 12, 13].

Общее количество людей в мире, заболевших ВИЧ-инфекцией с начала эпидемии оценивается в 78 млн. случаев, половина из которых закончилась летальным исходом. Эпидемия ВИЧ-инфекции самыми быстрыми темпами развивалась в Российской Федерации [147, 182].

Эпидемиологическая ситуация по ВИЧ-инфекции в России оставалась напряженной. Количество новых случаев ВИЧ-инфекции увеличивалось, при этом за последние 10 лет было выявлено 63,8 % (около 780 тыс.) всех случаев ВИЧ-инфекции среди россиян [3,57,104,126].

Прогноз развития эпидемиологической ситуации в отношении ВИЧ-инфекции остается неблагоприятным, что связано с ростом заболеваемости и пораженности населения, увеличением доли полового пути передачи ВИЧ при гетеросексуальных контактах, ростом доли больных с первичной лекарственной резистентностью ВИЧ [147,159,202,203].

Бремя ВИЧ-инфекции на глобальном уровне за период с 1990 по 2010 годы возросло на 353%, в том числе в Российской Федерации более чем на 200,0%, а туберкулеза - на 80,0% [186, 276, 297]. Изучение такого параметра как утраченный жизненный потенциал является одним из современных инструментов оценки потерь здоровья населения в социально-экономическом аспекте, что особенно важно для адекватной оценки значимости потерь, обусловленных причинами, относимыми к категории предотвратимых [187, 279].

В Сибирском федеральном округе доля ВИЧ-ассоциированного туберкулеза среди впервые выявленных больных туберкулезом возросла до 11,7% до 23,5% в субъектах с высоким кумулятивным числом случаев ВИЧ-инфекции [61,77].

Заболеваемость туберкулезом пациентов с ВИЧ-инфекцией среди постоянного населения России в 2016 г. в 51 раз выше неинфицированного населения, что связано с существенным влиянием общей эпидемиологической ситуации по туберкулезу, пораженностью и инфицированностью населения [68,69,70].

Взаимодействие двух инфекций требует особого подхода к борьбе с туберкулезом среди ВИЧ-инфицированных, подход «две эпидемии - две стратегии» не приемлем. Борьба с туберкулезом должна включать борьбу с ВИЧ-инфекцией, обеспечивающей распространение туберкулеза, а борьба с ВИЧ-инфекцией должна включать мероприятия по борьбе с туберкулезом, как ведущей причиной смертности больных ВИЧ-инфекцией [81,94,102,118,158].

Наблюдаемая ситуация требует совершенствования подходов к организации системы эпидемиологического надзора за туберкулезной инфекцией.

Степень разработанности темы исследования

Изучению эпидемического процесса туберкулеза в качественно новых эпидемиологических условиях, определяемых распространенностью ВИЧ-инфекции в различных регионах мира и Российской Федерации посвящены работы многих ученых как нашей страны (Васильева И.А., Покровский В.В., Нечаева О.Б., Фролова О.П., Зимина В.Н., Пантелеев А.М., Попов С.А., Цыбикова Э.Б., Савилов Е.Д., Мокроусов И.В., Огарков О.Б., Жданова С.Н., Зоркальцева Е.Ю., Концевая И.С., Корецкая Н.М., Нарышкина С.Л., Сергевнин В.И., Шугаева С.Н.), так и зарубежных стран (Brites D., Gagneux S., Brnchfeld J., Caws M., Comas I., Dye C., Eldholm V., Fen^ L., Egger M., Gandhi N.R., Gupta R.K., Rice B., Kapwata T., Moro M.L., Gori A.,Viegas S.O., Machado A., Zignol M.).

В мировой научной литературе представлены различные аспекты изучения эпидемиологических проявлений туберкулезной инфекции.

Изучение особенностей бактериовыделения у больных туберкулезом в современных эпидемиологических условиях позволило выявить тенденцию к нарастанию частоты случаев лекарственной резистентности микобактерий, а также изменение структуры множественной лекарственной устойчивости, связанной с увеличением доли больных с широкой лекарственной устойчивостью, что значительно снижает эффективность лечения. Однако систематические данные об эпидемиологии ШЛУ-ТБ остаются ограниченными, несмотря на актуальность данных для планирования ресурсного обеспечения обследования, лечения и осуществления противоэпидемических мероприятий в эпидемических очагах инфекции ШЛУ-ТБ.

Разработка и внедрение в практику здравоохранения новых технологий молекулярно-генетических исследований дает возможность оценить структуру популяций M.tuberculosis, циркулирующих на различных территориях, выявить локальные и глобальные клоны, определяющие особенности эпидемиологических проявлений туберкулеза в различных группах населения. Исследования, проведенные в Российской Федерации, позволили обнаружить и охарактеризовать около двухсот сполиготипов, представляющих более двадцати генетических семейств/линий, среди которых преобладает генотип Beijing (Мокроусов И.В., Нарвская О.В., Вязовая А.А., Умпелева Т.В., Огарков О.Б., Жданова С.Н., Салина Т.Ю., Морозова Т.И., Маркелов Ю.М.). Вместе с тем, данных о структуре популяции микобактерий туберкулеза в регионах Российской Федерации недостаточно. В научной литературе практически отсутствуют публикации, посвященные генотипированию микобактерий туберкулеза в таком регионе Западной Сибири, как Омская область.

ВИЧ-инфекция является одной из ведущих причин смертности от инфекционных заболеваний, вместе с тем при наличии эффективного инструмента по оценке глобального бремени болезни в отечественной научной литературе практически отсутствуют публикации, посвященные изучению социальной значимости инфекции и оценке потерь здоровья населения вследствие ВИЧ-инфекции.

Существующие стратегии борьбы с туберкулезом и модели трансмиссии возбудителя туберкулеза в значительной степени основываются на идее, что штаммы или субклоны Mycobacterium tuberculosis примерно эквивалентны по важным медицинским и биологическим признакам, что требует исследований по оценке клинической и эпидемиологической значимости циркулирующих штаммов микобактерий туберкулеза.

До настоящего времени существует научная проблема, связанная с разработкой подходов к предупреждению распространения туберкулеза в таких группах риска, как больные ВИЧ-инфекцией, не смотря на

предпринимаемые меры, сохранялась многолетняя тенденция к росту заболеваемости данной категории населения, что имеет важное социально-экономическое значение.

Изменение параметров эпидемического процесса туберкулеза, развивающегося на фоне распространяющейся ВИЧ-инфекции, требуют оптимизации подходов к организации системы эпидемиологического надзора на региональном уровне, определяют недостаточную разработанность выбранной темы, делая ее областью интереса эпидемиологии.

Цель исследования:

научное обоснование подходов к организации многоуровневой системы эпидемиологического надзора за туберкулезом в условиях интенсификации эпидемического процесса ВИЧ-инфекции.

Задачи исследования:

1. Изучить многолетнюю динамику основных параметров эпидемического процесса туберкулезной инфекции в Российской Федерации.

2. Изучить эпидемиологические проявления и бремя ВИЧ-инфекции в регионах Российской Федерации.

3. Оценить обобщенную распространенность отдельных глобально распространенных штаммов M. tuberculosis генотипов Beijing и LAM на территории России и стран ближнего зарубежья.

4. Изучить популяционную структуру генетических групп/семейств циркулирующих штаммов M. tuberculosis и оценить их клинико-эпидемиологическую значимость в регионе Западной Сибири.

5. Оценить качество и эффективность системы эпидемиологического надзора и контроля туберкулеза в современных условиях.

6. Научно обосновать и разработать модель системы управления эпидемическим процессом туберкулеза с использованием комплекса

молекулярно-генетических методов и информационных технологий в условиях интенсификации эпидемического процесса ВИЧ-инфекции.

Научная новизна исследования

Сформулировано представление о современных тенденциях и особенностях развития эпидемического процесса туберкулеза, определяемых активным вовлечением больных ВИЧ-инфекцией, ростом заболеваемости и распространенности туберкулеза, ассоциированного с ВИЧ-инфекцией.

Систематизированы данные о спектре и структуре резистентности M. tuberculosis к противотуберкулезным препаратам, оценена тенденция заболеваемости туберкулезом с множественной и широкой лекарственной устойчивостью возбудителя туберкулеза.

На основе применения географических информационных систем определены особенности формирования и распространения территориальных эпидемических очагов туберкулеза с широкой лекарственной устойчивостью Mycobacterium tuberculosis на территории мегаполиса (города Омска).

Дана оценка потерь здоровья населения вследствие заболевания ВИЧ-инфекцией: величина общего бремени болезни за анализируемый период возросла в 4,9 раза и составила 12735,1 DALY, в результате преждевременной смертности и последствий ВИЧ-инфекции население на индивидуальном уровне теряло 52,5 года здоровой жизни.

Получены новые знания о структуре популяции Mycobacterium tuberculosis на территории Омского региона Западной Сибири, выявлены крупные филогенетические линии, генетические семейства и их основные сублинии, определяющие распространение туберкулезной инфекции с различной структурой лекарственной устойчивости: генотип Beijing (66,6%), non-Beijing генотипы представлены генотипом LAM (12,5%), генотипом Т (10,1%), генотипом Ural (4,7%), Haarlem (3,3%), S (0,5%), X (0,2%).

Определена эпидемиологическая и клиническая значимость доминирующих, эндемичных, редких генотипов (сполиготипов) M.

tuberculosis. Частота кластеризации штаммов M. tuberculosis составила 75,5%, что свидетельствует об активной трансмиссии возбудителя, 84,8% кластеризующихся изолятов относились к генетическому семейству Beijing.

Выявлены факторы, ассоциированные с риском неблагоприятного исхода заболевания туберкулезом: возраст в диапазоне от 18 до 44 лет, наличие коинфицирования ВИЧ, наличие множественной и широкой лекарственной устойчивости M. tuberculosis, принадлежность M. tuberculosis к генотипу Beijing.

Научно обоснован и разработан комплексный подход к совершенствованию системы эпидемиологического надзора за туберкулезом в современных условиях, с включением в информационную и аналитическую подсистемы молекулярно-генетических методов и геоинформационных технологий для решения прикладных задач эпидемиологии в профилактике социально значимых инфекций.

Теоретическая и практическая значимость работы:

Выявлены современные эпидемиологические особенности туберкулезной инфекции, протекающей на фоне значительной распространенности ВИЧ-инфекции, которые являются основой для прогнозирования интенсивности эпидемического процесса и разработки целенаправленных программ эпидемиологического надзора и профилактики.

Результаты молекулярно-генетических исследований расширили знания о популяционной структуре возбудителя туберкулеза на территории юга Западной Сибири.

Выявленные в процессе работы сполигопрофили и MIRU-VNTR профили 153 изолятов M. tuberculosis включены в международную, постоянно обновляемую компьютерную базу данных SITVITWEB и SITVIT 2 (Institut Pasteur de la Guadeloupe), что повышает представленность штаммов, циркулирующих в Российской Федерации, в международных базах данных, способствуя более эффективной реализации алгоритмов генотипирования и

филогенетического анализа при проведении глобального эпидемиологического надзора.

Предложенное техническое решение баз данных (свидетельства о государственной регистрации № 2018620659 от 04.05.18г, №2016620069 от 18.01.16г, №2017620341 от 23.03.17г, №2016621215 от 05.09.16г, № 2018621318 от 20.08.2018г, № 2019620172 от 21.01.2019г), программа для ЭВМ «Персонифицированный учет больных туберкулезом с множественной лекарственной устойчивостью» (свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2016616185 от 07.06.2016г) будут способствовать повышению качества эпидемиологического анализа, прогнозирования, оценки эффективности проводимых

противоэпидемических мероприятий, применению адекватных управленческих решений, направленных на предупреждение распространения туберкулеза.

Результаты работы положены в основу методических рекомендаций для врачей-эпидемиологов, фтизиатров, бактериологов, инфекционистов, специалистов органов, осуществляющих государственный санитарно-эпидемиологический надзор, организаторов здравоохранения «Организация эпидемиологического надзора за туберкулезом, ассоциированным с ВИЧ-инфекцией» (2017г), «Популяционная структура Mycobacterium tuberculosis в Омской области» (2018г), «Профилактика трансмиссии туберкулезной инфекции с широкой лекарственной устойчивостью возбудителя» (2018г), и внедрены в практику работы лечебно-профилактических учреждений Омской области.

Результаты диссертационного исследования внедрены в учебный процесс ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации, используются в учебном процессе в преподавании дисциплины «Эпидемиология» при чтении лекций, проведении семинарских занятий для студентов, ординаторов,

врачей-эпидемиологов, врачей-фтизиатров в цикле дополнительного профессионального образования.

Методология и методы исследования

Методологическую основу диссертационного исследования определило применение совокупности методов научного познания, в том числе эпидемиологического метода, который позволил охарактеризовать проявления эпидемического процесса туберкулеза в современных условиях.

В работе использованы эпидемиологические, микробиологические, молекулярно-генетические, геоинформационные, статистические методы исследования, в том числе филогенетический анализ данных сполиготипирования и MIRU-VNTR типирования M.tuberculosis. Молекулярно-генетическое типирование M.tuberculosis базировалось на современных, отработанных коллективами лабораторий подходах и методах, разработанных и валидированных в международных консорциумах.

Набор фактического материала для исследования проводился на базе БУЗОО «Клинический противотуберкулезный диспансер» (главный врач Татаринцева М.П.), БУЗОО «Клинический противотуберкулезный диспансер №4» (главный врач Руденко С.А.).

Молекулярно-генетические исследования изолятов M. tuberculosis проведено на базе лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики Федерального бюджетного учреждения науки «Санкт-Петербургского НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» (руководитель лаборатории д.б.н. - И.В. Мокроусов, старший научный сотрудник, к.б.н. Вязовая А.А.), а также лаборатории фармакогеномики Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (руководитель лаборатории, к.б.н М.Л. Филипенко, младший научный сотрудник, к.б.н. Дымова М.А.).

Положения, выносимые автором на защиту:

1. Современный этап развития эпидемического процесса туберкулеза характеризовался негативными тенденциями, связанными с активным вовлечением больных ВИЧ-инфекцией, ростом заболеваемости и смертности данной категории населения.

2. Циркулирующая на юге Западной Сибири популяция M. tuberculosis характеризовалась увеличением разнообразия спектра и структуры лекарственной устойчивости, генетически неоднородна и представлена штаммами глобально распространенных генетических линий и семейств, среди которых доминирует генотип Beijing, имеющий важное клиническое и эпидемиологическое значение.

3. За период исследования общее бремя ВИЧ-инфекции, связанное с последствиями заболевания и преждевременной смертностью, значительно возросло, что определяет потери здоровья населения вследствие ВИЧ-инфекции, характеризует ее социально-экономическую значимость и отражает качество профилактических и лечебно-диагностических мероприятий.

4. Включение молекулярно-генетического мониторинга, геоинформационных технологий в систему эпидемиологического надзора за туберкулезом является дополнительным инструментом для оценки текущей эпидемиологической ситуации, повышает качество эпидемиологической диагностики, эффективность профилактических и противоэпидемических мероприятий.

Апробация результатов исследования и степень их достоверности.

Диссертационная работа апробирована на совместном заседании кафедр эпидемиологии, гигиены, питания человека, общей гигиены, гигиены детей и подростков, гигиены труда, профпатологии, общественного здоровья и здравоохранения, микробиологии, вирусологии и иммунологии, фтизиатрии, фтизиохирургии и инфекционных болезней ФГБОУ ВО

«Омский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации 26.06.2019 г, протокол № 3.

Степень достоверности полученных результатов определяется достаточным объемом наблюдений, необходимых для ретроспективного эпидемиологического анализа заболеваемости, распространенности туберкулеза, ВИЧ-инфекции, исходов заболеваемости населения, оценки бремени болезни.

Репрезентативная выборка больных туберкулезом

бактериовыделителей, получение изолятов M. tuberculosis и их молекулярно-генетическое исследование проведены с использованием современных лабораторных методов, что позволило сопоставить полученные данные с результатами, опубликованными в международных базах данных, содержащих значительный объем информации о генотипах возбудителя туберкулеза, циркулирующего в различных регионах мира.

Для реализации поставленных задач были использованы классические дизайны эпидемиологического исследования, включающие описательно-оценочные и аналитические эпидемиологические исследования, а также методы статистической обработки полученных данных.

Сформулированные выводы и практические рекомендации достаточно аргументированы и логически вытекают из результатов исследования.

В ходе выполнения работы материалы диссертационного исследования представлялись на российских и международных конференциях: Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Туберкулез и ВИЧ-инфекция - угроза двойной эпидемии. Актуальные вопросы профилактики, диагностики лечения», 2-3 октября 2014г., XX-th International Open Science Conference «Modern informatization problems in simulation and social technologies» Yelm, WA, USA, 01-10 January 2015 г., VII, VIII, XI Ежегодный Всероссийском конгрессе по инфекционным болезням с международным участием, г. Москва, 2015г., 2016., 2017г., X съезд фтизиатров России, г. Воронеж, 26-28 мая 2015г.,

Российско-Китайская научно-практическая конференция по медицинской микробиологии и клинической микологии (XIX, XX Кашкинские чтения), г. Санкт-Петербург, 2016г., 2017г., V, VI Конгресс национальной ассоциации фтизиатров, г. Санкт-Петербург, 2016г., 2017г., IX Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Молекулярная диагностика 2017», г. Москва, апрель 2017г., XI Съезд Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов «Обеспечение эпидемиологического благополучия: вызовы и решения», г. Москва, 16-17 ноября 2017г., Ежегодная Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием специалистов по контролю инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи «Новые технологии в диагностике, лечении и профилактике: ИСМП, инфекции, паразитозы», Тюмень, 12-14 апреля 2018г., Всероссийский конгресс по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии, г. Санкт-Петербург, 6-8 июня 2018г, III Санкт-Петербургский форум по ВИЧ-инфекции с международным участием, г. Санкт-Петербург, 4-5 октября 2018г, Межрегиональная научно-практическая конференция «Современные подходы к профилактике, выявлению, диагностике и лечению туберкулеза», г. Омск, 9-10 октября 2018г, Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные проблемы эпидемиологии инфекционных и неинфекционных болезней», Москва, 18-19 октября 2018г, П-ой Санкт-Петербургский Симпозиум по туберкулезу и микобактериям: Молекулярный подход, г. Санкт-Петербург, 4-5 декабря 2018г, XI Ежегодный Всероссийский Конгресс по инфекционным болезням с международным участием «Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие угрозы, г. Москва, 1-3 апреля 2019г, Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «ИСМП - междисциплинарный подход к профилактике», г. Екатеринбург, 24-25 апреля 2019г.

Структура и объем диссертации

Материал диссертации изложен на 299 страницах компьютерного текста, иллюстрирован 34 таблицами и 54 рисунками. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследований, результатов собственных исследований, заключения с обсуждением результатов, выводов, рекомендаций практическому здравоохранению, приложений, списка использованной литературы, содержащего 312 источников (127 отечественных и 185- зарубежных авторов).

Личный вклад автора

Автором разработана общая концепция и дизайн исследования, планирование этапов исследования, осуществлен сбор обширного информационного материала с формированием электронных баз данных и их государственной регистрацией. Автором проведен анализ данных научной литературы, обобщение, статистическая обработка, интерпретация полученных результатов исследования, их обсуждение и внедрение в практику, систематизированы основные положения диссертационного исследования, сформулированы выводы и практические рекомендации.

Автором разработано техническое задание программы для ЭВМ «Персонифицированный учет больных туберкулезом с множественной лекарственной устойчивостью» (№ государственной регистрации 2016616185 от 07.06.2016г).

Доля участия в накоплении материала составляла 85%, в обобщении материалов - 95%.

Отдельные разделы диссертационного исследования выполнены при поддержке гранта Российского фонда фундаментальных исследований:

«Популяция Mycobacterium tuberculosis в регионе Западной Сибири: актуальная молекулярная эпидемиология в контексте макроэволюционной реконструкции», руководитель д.б.н. Мокроусов И.В. (проект № 17-0400367);

«Профилактика трансмиссии туберкулезной инфекции с широкой лекарственной устойчивостью возбудителя как способ снижения потерь здоровья населения», руководитель к.м.н. Пасечник О.А. (проект № 18-01300387),

а также внутривузовского гранта ФГБОУ ВО ОмГМУ Минздрава России «Медико-социальные последствия слияния эпидемии туберкулеза и ВИЧ-инфекции», руководитель д.м.н. Стасенко В.Л (проект №21-ВГ-2015). Публикации

Основное содержание работы отражено в 63 научных работах, из них в 40 статьях в рецензируемых изданиях, включенных в перечень, рекомендуемых ВАК для публикации основных результатов диссертаций на соискание ученой степени доктора наук, 2 статьях, опубликованных в высокорейтинговых международных журналах, базы данных - 6, программы для ЭВМ -1.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Пасечник Оксана Александровна, 2019 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ:

1. Аксютина, Л.П. Подходы к управлению эпидемическим процессом в условиях патоморфоза туберкулезной инфекции / Л.П. Аксютина, О.А. Пасечник // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2014. -Т.75,№ 2. - С. 16-20.

2. Аксютина, Л.П. Эпидемиологический надзор как основа современного методического и научного подхода к анализу эпидемиологической ситуации по туберкулезу / Л.П. Аксютина // Acta biomedica scientifica. - 2012. - Т.83, №1. - С. 86-92.

3. Анализ резистентности ВИЧ в Приволжском федеральном округе Российской Федерации / Е.В. Казеннова [и др.] // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. - 2015. -Т. 7, № 3. - С. 56-66.

4. Анализ смертности от туберкулеза, сочетанного с ВИЧ-инфекцией / О.П. Фролова [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2014. - №7. -С.32-36.

5. Бобкова, М.Р. История и некоторые результаты генотипирования ВИЧ в России / М.Р. Бобкова // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. -2015.- Т. 7, № 4.- С. 7-16.

6. Боровицкий, В.С. Туберкулез с широкой лекарственной устойчивостью микобактерий и ВИЧ-инфекция / В.С. Боровицкий // Пульмонология. - 2013. -№ 2. - С. 109-113.

7. Брико, Н.И. Основные постулаты современной парадигмы эпидемиологии/ Н.И. Брико // Медицинский альманах.- 2017.- Т.49, №4.-С. 17-22.

8. Брико, Н.И. Парадигма современной эпидемиологии / Н.И. Брико // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2013. - Т. 73, № 6. - С. 4-10.

9. Брико, Н.И. Руководство по эпидемиологии инфекционных болезней [в 2 т.].Т. 1/ Н.И. Брико, Г.Г. Онищенко, В.И. Покровский. - Москва : ООО «Издательство «Медицинское информационное агентство», 2019.-880 с. : ил.

10. Василенко, Н.В. Сполиготипирование лекарственно-устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих на территории Беларуси/ Н.В. Василенко [и др.] // Иммунопатология, аллергология, инфектология. -2006. -№4.-С. 70-74.

11. Винокурова, М.К. Основные генотипы M. tuberculosis, циркулирующие в Республике Саха (Якутия) / М.К. Винокурова [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2015.- №6. - С.38-39.

12. Влияние ВИЧ-инфекции на напряженность эпидемического процесса туберкулеза на территории высокого риска обеих инфекций / С.Н. Шугаева [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2018. - Т. 96, №2. - С. 5-10.

13. ВОЗ. Доклад о глобальной борьбе с туберкулезом 2018 год. [Электронный ресурс]. - Режим доступа: http://www.who.int/tb/publications

14. ВОЗ. Руководство по программному ведению лекарственно-устойчивого туберкулеза [Электронный ресурс].- 2007.- Режим доступа: https://www.who.int/publications/list/9241546956/ru/.

15. Высокая распространенность генотипа B0/W148 Mycobacterium tuberculosis у больных ВИЧ-инфекцией, сочетанной с туберкулёзом, в Пермском крае и Иркутской области / О.Е. Микова [и др.] //Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. -2016.-Т.1, №5.-С.142-145.

16. Высокая распространенность уникальных рекомбинантных форм вируса - особенность современной популяции ВИЧ-1 в Республике Таджикистан / Е.М.Астахова [ и др.] // Инфекционные болезни. -2017. -Т.15,-№1.- С. 24-25.

17. Высокоразрешающее типирование штаммов генотипа Веу^ российской популяции Mycobacterium tuberculosis / И.В. Мокроусов [и др.] // Туберкулез и болезни легких.- 2012. -Т. 89, № 7. - С. 46-53.

18. Выявление микобактерий туберкулеза в мокроте и массивность бактериовыделения у больных туберкулезом с различным ВИЧ-статусом / В.Н. Зимина [и др.] // Туберкулез и болезни легких. -2017.- Т.95, №7.- С. 1723.

19. Выявление убиквитарных и эндемичных генотипов Mycobacterium tuberculosis на территории Республики Бурятии/ С.Н. Жданова [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология.-2014.-№2.-С.12-16.

20. Вязовая, А.А. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих в Псковской области / А.А. Вязовая [и др.] // Туберкулез и болезни легких.-2012.-№6.-С.35-39.

21. Генетическая структура и лекарственная устойчивость популяции Mycobacterium tuberculosis в гражданском секторе Кыргызской Республики / Ж.Т. Исакова [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2014. -Т. 91,№ 3. -С. 54-58.

22. Генетическая характеристика и лекарственная устойчивость микобактерий туберкулеза у больных туберкулезом и ВИЧ-инфекцией в Иркутской области/ Е.Ю. Зоркальцева [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2014.-№6.-С.42-45.

23. Генетические варианты ВИЧ-1 в азиатской части России (2005-2010) / Е.В. Казеннова [и др.] // Вопросы вирусологии.- 2013. -Т. 58, № 4.- С. 28-35.

24. Генетические варианты ВИЧ-1, циркулирующие в Республике Кыргызстан / В.В. Ивлев [и др.] // Инфекционные болезни. - 2017. - Т.15,№1. -С. 112-113.

25. Генетические особенности возбудителя туберкулеза в Уральском федеральном округе России / Т.В. Умпелева [и др.] // Туберкулез и болезни легких.-2016.-Т.94, №8, -С.60-65.

26. Генетический полиморфизм изолятов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от ранее не леченных больных туберкулезом легких в сочетании с ВИЧ-инфекцией/ Г.В. Панов [и др.] // Туберкулез и болезни легких.-2015.-№6.-С.111-112.

27. Геноидентификация эпидемиологически и клинически значимого варианта Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 / И.В. Мокроусов [и др] // Туберкулез и болезни легких. - 2012. -Т. 89, № 10. - С. 33-36.

28. Генотипирование изолятов М. tuberculosis с широкой лекарственной устойчивостью, циркулирующих в южных регионах Казахстана / П.В. Тарлыков [и др.] // Туберкулез и болезни легких . - 2015. - № 9. - С. 41-46.

29. Далматов, В.В. Мониторинг, надзор и контроль в эпидемиологической деятельности / В.В. Далматов, В.Л. Стасенко // Инфекция и иммунитет. -2012.-Т.2, №1-2. -С.24-25.

30. Динамика распространенности туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью/ В.Б. Галкин [и др.] // Туберкулез и болезни легких. -2017. -T.95, №3. - С.5-12.

31. Дымова, М.А. Выявление генетического разнообразия Mycobacterium tuberculosis на территории стран СНГ: автореф. дис. ... канд. биол. наук: 03.01.03 / Дымова Майя Александровна. - Новосибирск, 2011. - 22 с.

32. Заболеваемость, смертность и распространенность как показатели бремени туберкулеза в регионах ВОЗ, странах мира и в Российской Федерации. Часть 1. Заболеваемость и распространенность туберкулеза / И.А Васильева [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2017. -Т. 95, № 6. - С.9-21.

33. Зуева, Л.П. Молекулярная эпидемиология возбудителей инфекционных заболеваний: контуры будущего / Л.П. Зуева, А.Е. Гончаров // Медицина в Кузбассе. - 2013.-Т.12, №2.- С. 9-12.

34. Изучение популяции Mycobacterium tuberculosis complex, циркулирующей на территории московского мегаполиса/ М.В. Альварес Фигероа [ и др.] //Молекулярная диагностика 2017: сб.труд. (материалы IX Всерос. науч.- практ.конф. с международ. уч.). - Москва, 2017.- Т.1. - С. 501502.

35. Исаева, Т.Х. Особенности течения впервые выявленного туберкулеза легких в зависимости от генотипа M. tuberculosis/ Т.Х. Исаева, И.А. Васильева, Л.Н. Черноусова //Инфекционные болезни. - 2011. -Т.9, №2. -С. 68-72.

36. Использование результатов ранжирования территорий Сибирского и Дальневосточного федеральных округов для оценки влияния

противотуберкулезных мероприятий на эпидемическую ситуацию / Т.В. Алексеева [и др.] // Туберкулез и болезни легких. -2016. - №10 (94).- С. 18-24.

37. Исследование филогенетических взаимоотношений основных генотипов Mycobacterium tuberculosis по 24 локусам MIRU-VNTR/ А.А. Лац [и др.] //Бюллетень ВСНЦ СО РАМН.-2013.- №2, ч.2.-С.144-147.

38. Клиническая значимость комплексной характеристики возбудителя туберкулеза/ О.А. Маничева [и др.] // Медицинский альянс. - 2013. - №2.-С. 29-35.

39. Корецкая, Н.М. Характеристика первичной лекарственной устойчивости и жизнеспособности микобактерий у больных туберкулезом в сочетании с ВИЧ-инфекцией / Н.М. Корецкая, И.А. Большакова // Туберкулез и болезни легких.- 2017.- Т.95, №2.- С. 16-20.

40. Котова, В.О. Анализ лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в регионах Дальневосточного федерального округа / В.О. Котова, Л.А. Балахонцева, О.Е. Троценко// ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. -2016. -Т. 8, № 3. - С. 53-58.

41. Ланг, Т.А. Как описывать статистику в медицине : руководство для авторов, редакторов и рецензентов / Т.А. Ланг, М. Сесик ; пер. с англ. под ред. В.П. Леонова. - М.: Практическая медицина, 2011.- 480 с.: ил.

42. Лекции по ВИЧ-инфекции / под ред. В. В. Покровского. - 2-е изд., перераб. и доп. - М. : ГЭОТАР-Медиа, 2018. - 848 с. : ил.

43. Маркелов, Ю.М. Эпидемиология, выявление и проблемы контроля коинфекции ВИЧ и туберкулеза в республике Карелия / Ю.М Маркелов, Е.В. Пахомова // Российский медицинский журнал. - 2016. - Т. 22, № 6. - С. 305310.

44. Методические рекомендации по использованию показателя «Потерянные годы потенциальной жизни» для обоснования приоритетных проблем здоровья населения России на федеральном, региональном и муниципальном уровнях / И.А. Красильников, А.Е. Иванова, В.Г. Семенов, Т.П. Сабгайда, Г.Н. Евдокушкина; ЦНИИОЗ.- М., 2014. - 32 с.

45. Методические рекомендации по составлению электронных баз данных по особо опасным инфекциям для ARCGIS-программ / Т.Н. Куница, У.А. Избанова, В.П. Садовская, Л.Ю. Лухнова, Е.К. Пазылов; Изд-во «ГИС-print», Алматы, 2013. - 40с.

46. Миндлина, А.Я. Направления оптимизации эпидемиологического надзора за антропонозными инфекциями в современных условиях / А.Я. Миндлина // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2013. - №3 (70). - С. 17- 23.

47. Миндлина, А.Я. Совершенствование информационных технологий и программного обеспечения - необходимая составляющая оптимизации системы эпидемиологического надзора / А.Я. Миндлина // Медицинский альманах. -2012. -№3 (22). - С. 47-50.

48. Моделирование и общие закономерности циркуляции субтипов и рекомбинантных форм ВИЧ / Н.А.Беляков [и др.] // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.- 2012. - Т4, №2.- С.7-18.

49. Мокроусов, И.В. Методологические подходы к генотипированию Mycobacterium tuberculosis для эволюционных и эпидемиологических исследований / И.В. Мокроусов // Инфекция и иммунитет. - 2012. - Т. 2, № 3. - С. 603-614.

50. Молекулярная характеристика штаммов M. tuberculosis в г. Минске / О.М. Залуцкая [и др.] // Туберкулез и болезни легких.-2013.-Т.90,№11- С.47-

51.

51. Молекулярная эпидемиология ВИЧ/СПИД в Беларуси (2008-2011) / Е.Ф. Еремин [и др.] // Здравоохранение (Минск).- 2012.- № 1.- С. 25-34.

52. Молекулярная эпидемиология и фармакорезистентность ВИЧ-1 у пациентов с неэффективностью АРВТ в Великом Новгороде / М.А. Чурина [и др.] // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. -2017.- Т. 9, № 1. - С. 82-92.

53. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 на территории Киргизии / В.Ю. Лага [и др.] // Вопросы вирусологии. - 2012.-Т.57,№5.-С.26-32.

54. Молекулярно-генетическая характеристика изолятов M. tuberculosis у больных туберкулезом легких г. Астана / М.А. Дымова [и др.] // Сибирский научный медицинский журнал.- 2011.-Т.31,№ 1.-С. 107-112.

55. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих на территории Уральского региона России / Т.В. Умпелева [и др.] // Инфекция и иммунитет.- 2013.- Т. 3, № 1,- С. 21-28.

56. Молекулярно-генетические исследования возбудителя в системе эпидемиологического надзора за туберкулезом / О.В. Нарвская [и др.] // Медицинский альянс. - 2014. - № 1. - С. 75-85.

57. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика распространения ВИЧ-инфекции на юге России / Н.М. Гашникова [и др.] // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.- 2013. -Т. 5, № 4. - С. 73-81.

58. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика штаммов M. tuberculosis семейства S в Саха (Якутии) / О.Б. Огарков [и др.] // Сибирский медицинский журнал (Иркутск). -2014. -Т. 129, № 6. -С. 109-111.

59. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в Казахстане в 20092013 гг / И.А. Лаповок [и др.] // Вопросы вирусологии.- 2015. -Т. 60, № 4. -С. 29-37.

60. Молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии ВИЧ-инфекции в Благовещенске и Хабаровске (Дальний Восток России)/ Е.В. Казеннова [и др.] // Вопросы вирусологии. -2014. -Т. 59, № 4. - С. 31-36.

61. Нарышкина, С.Л. Туберкулез, сочетанный с ВИЧ-инфекцией, в Сибирском федеральном округе в 2010-2012 гг / С.Л. Нарышкина, О.В Ревякина, Т.В. Алексеева // Туберкулез и болезни легких. - 2014.- №5. - С. 50-55.

62. Некоторые подходы к оценке эффективности региональной фтизиатрической службы / Б.И. Гельцер [и др.] // Туберкулез и болезни легких. -2017.- Т.95, №12. - С. 28-34.

63. Нечаева, О.Б. Индикативное сопровождение организации противотуберкулезной помощи населению Российской Федерации:

методические рекомендации / О.Б. Нечаева, И. М. Сон, А.В. Гордина ; ФГБУ «ЦНИИОИЗ» МЗРФ.- М., 2014. - 32 с.

64. Нечаева, О.Б. Индикаторы качества оказания медицинской помощи при туберкулезе [Электронный научный журнал] / О.Б. Нечаева, Е.И. Скачкова, О.К. Бирагова // Социальные аспекты здоровья населения.- 2012.- № 6 (28). -Режим доступа : http://vestnik.mednet.ru/content/view/449/30/lang,ru.

65. Нечаева, О.Б. Перспективы и возможности развития противотуберкулезной службы Российской Федерации [Электронный научный журнал] / О.Б.Нечаева, Е.И Скачкова, О.К. Бирагова // Социальные аспекты здоровья населения. - 2012. - № 1 (23).- Режим доступа: http: //vestnik.mednet.ru/content/view/391/30/lang,ru.

66. Нечаева, О.Б. Ситуация по туберкулезу в России в 2015 году [Электронный ресурс] / О.Б. Нечаева // Режим доступа: http://mednet.ru/ru/czentr-monitoringa-tuberkuleza/analiticheskie-obzory.html.

67. Нечаева, О.Б. Целевые индикаторы и показатели государственной программы развития здравоохранения России до 2020 г. / О.Б Нечаева, С.А. Стерликов, Н.Б. Хуриева // Туберкулез и болезни легких.- 2014.- №12.- С.25-34.

68. Нечаева, О.Б. Эпидемическая ситуация по туберкулезу в России / О.Б. Нечаева // Туберкулез и болезни легких.- 2018. -Т.96, № 8. - С.15-24.

69. Нечаева, О.Б. Эпидемическая ситуация по туберкулезу в России [Электронный ресурс]. - Режим доступа : http://mednet.ru/images/stories/files/ CMTY2016tb.pdf.

70. Нечаева, О.Б. Эпидемическая ситуация по туберкулезу среди лиц с ВИЧ-инфекцией в Российской Федерации / О.Б. Нечаева // Туберкулез и болезни легких. - 2017. - Т.95, №3. - С.13-19.

71. Никишова, Е.И. Мониторинг туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью в Архангельской области / Е.И. Никишова, А.О. Марьяндышев // Туберкулез и болезни легких. - 2012. - № 12. - С. 3-7.

72. О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации : приказ от 21.03.2003 № 109 / Минздрав РФ// КонсультантПлюс : справ.-правовая система.- Электрон. дан.

73. Об утверждении методических рекомендаций по совершенствованию диагностики и лечения туберкулеза органов дыхания : приказ от 29 декабря 2014 г. № 951 / Минздрав РФ // КонсультантПлюс : справ.-правовая система. -Электрон. дан.

74. Об утверждении порядка оказания медицинской помощи больным туберкулезом: приказ от 15 ноября 2012 № 932н / Минздрав РФ// КонсультантПлюс : справ.-правовая система.- Электрон. дан.

75. Онищенко Г.Г. Роль государственной санитарно-эпидемиологической службы России в защите здоровья / Г.Г. Онищенко // Здравоохранение Российской Федерации. - 2013. - № 12. - С. 3-7.

76. Определение лекарственной устойчивости к рифампицину у больных туберкулезом, находящихся на стадии вторичных заболеваний ВИЧ-инфекции /Е.А. Долгова [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2014. - № 4. - С. 129-130.

77. Основные показатели противотуберкулезной деятельности в Сибирском и Дальневосточном федеральных округах. Сборник статистических показателей / О.В. Ревякина [и др.]. - Новосибирск, ФГБУ «ННИИТ » МЗРФ , 2016. - 92 с

78. Оценка эффективности модифицированного ИФА-метода идентификации противотуберкулезных антител для прогноза развития и диагностики туберкулеза у больных ВИЧ-инфекцией / А.П. Цибулькин [и др] // Туберкулез и болезни легких. -2018.- Т.96, №4. -С. 20-26.

79. Пасечник, О.А. Межведомственное взаимодействие в вопросах профилактики туберкулеза, сочетанного с ВИЧ-инфекцией, в Омской области / О.А. Пасечник, С.Н. Руднева, М.П. Татаринцева // Туберкулез и болезни легких. -2014. -Т. 91, № 9. - С. 54-55.

80. Пасечник, О.А. Эпидемиологический надзор за туберкулезом, ассоциированным с ВИЧ-инфекцией, в Омской области / О.А. Пасечник, Т.А. Шахова, Ю.А. Пневский // Инфекция и иммунитет.- 2017.- №4, Приложение.

- С.843.

81. План действий по борьбе с туберкулезом для Европейского региона ВОЗ на 2016-2020 гг. [Электронный ресурс]. — Режим доступа: http://www.euro.who.int/en/about-us/regional-commLttee-for-europe/65th-session.

82. Покровский, В.И. Роль эпидемиологии в сохранении здоровья нации / В.И. Покровский, Б.Л. Черкасский // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2003. - № 1. - С. 4-10.

83. Понамарева, О.А. Генетическое разнообразие ВИЧ-1 на территории Иркутской области / О.А. Понамарева [и др.] // Лабораторная служба. -2016.-№1. - С.33-37

84. Попов, С.А. Оценка взаимосвязи ВИЧ-инфекции и туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью возбудителя / С.А. Попов, Т.П. Сабгайда, Т.С. Радина // Туберкулез и болезни легких.- 2018.- Т.96, №7.

- С. 25-32.

85. Правила ведения Федерального регистра лиц, инфицированных ВИЧ, и Федерального регистра лиц, больных туберкулёзом: постановление от 8 апреля 2017 года №426 / Правительство РФ // КонсультантПлюс : справ. -правовая система.- Электрон. дан.

86. Предупреждение и борьба с социально значимыми заболеваниями (2007 - 2011 годы): постановление от 10.05.2007 г №280 /Правительство РФ // КонсультантПлюс : справ.-правовая система.- Электрон. дан.

87. Применение методов математической статистики при проведении эпидемиологического анализа: учебное пособие / В.В. Далматов, Р.Н. Готвальд, В.Л. Стасенко; Омский гос. мед.ун-т - Омск, 2002. - 80с.

88. Прогностическое значение результатов генотипирования вирусов иммунодефицита человека, выделенных от больных первичной ВИЧ-инфекцией в 2009 и 2011 годах в Санкт-Петербурге / Б.В. Мусатов [и др.] //

Вестник Санкт-Петербургского университета.-2013, Сер.11, Вып.1.-С.171-178.

89. Пути оптимизации диагностики и дифференциальной диагностики диссеминированного туберкулеза легких / О.В. Демихова [и др.]// Вестник Российской академии медицинских наук. -2012.- Vol.67, №11. - P.15-21.

90. Равильоне, М.К. Ликвидация туберкулеза - новая стратегия ВОЗ в эру целей устойчивого развития, вклад Российской Федерации / М.К. Равильоне, А. А. Коробицын // Туберкулёз и болезни лёгких. -2016.- Т.94, № 11. - С. 715.

91. Развитие и использование геоинформационных технологий в противоэпидемической практике. Цели, задачи, методы, результаты /Е.И. Ефимов [и др.] // Медицинский альманах. -2009. -№2. -С.43-47.

92. Распространенность генетических групп Mycobacterium tuberculosis по районам Самарской области / И.С. Концевая [и др.] // Известия Самарского научного центра Российской академии наук. -2014- Т. 16, № 1.-С.317-320.

93. Распространенность мутаций резистентности ВИЧ-1 к препаратам АРВТ в Приморском крае / В.С. Елисеева [и др.] // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.- 2015. -Т. 7, № 2. - С. 49-54.

94. Результаты лечения больных туберкулезом, сочетанным с ВИЧ-инфекцией. [Электронный научный журнал] / В.В. Пунга [и др.] // Социальные аспекты здоровья населения. - 2017. № 1 (53). - Режим доступа: http: //vestnik. mednet. ru/content/category/5/90/30/lang,ru.

95. Российская база данных по рождаемости и смертности. Центр демографических исследований Российской экономической школы, Москва (Россия) [Электронный ресурс]. - Режим доступа: http: //demogr.nes.ru/index.php/ru/demogr_indicat/data.

96. Сабгайда, Т.П. Адаптация расчета DALY для анализа потерь здоровья населения вследствие сердечно-сосудистых болезней, не приводящих к смертельному исходу [Электронный научный журнал] / Т.П. Сабгайда, Н.П.

Протасова, И.П. Артюхов // Социальные аспекты здоровья населения. - 2015. № 1 (41). - Режим доступа: http://vestnik.mednet.ru/content/view/643/30/

97. Савилов, Е.Д. Коморбидность в эпидемиологии - новый тренд в исследованиях общественного здоровья / Е.Д. Савилов, С.И. Колесников, Н.И. Брико// Журнал микробиологии. - 2016.- № 4. - С. 66-75.

98. Савилов, Е.Д. Эпидемиология туберкулеза на Евро-Азиатском континенте: оценка глобального движения штаммов генотипа «Пекин»/ Е.Д. Савилов, В.В. Синьков, О.Б. Огарков - Иркутск: РИО ГБОУ ДПО ИГМАПО,

2013. - 120 с.

99. Салина, Т.Ю. Молекулярно-генетический анализ и спектр мутаций в генах katG, inhA, rpoB, кодирующих лекарственную устойчивость к изониазиду и рифампицину у больных туберкулезом и ВИЧ-инфекцией/ Т.Ю.Салина, С.А.Чуркин, Т.И. Морозова // Туберкулез и болезни легких. -2016.- Т.94, №8. - С. 54-59.

100. Салина, Т.Ю. Распространенность, региональные особенности генетической структуры и лекарственная устойчивость микобактерий туберкулеза семейства Haarlem среди больных туберкулезом Саратовской области / Т.Ю. Салина, Т.И. Морозова //Туберкулез и болезни легких.- 2017. - Т.95, №5. - С. 60-64.

101. Симонова, Е.Г. Концепция управления эпидемическим процессом - от теории к практике/ Е.Г. Симонова // Медицинский альманах. -2012. -Т.22, №3.- С.43-46.

102. Состояние контингента больных туберкулезом, сочетанным с ВИЧ-инфекцией, в Российской Федерации, межсекторальное и межведомственное взаимодействие при организации противотуберкулезной помощи больным ВИЧ-инфекцией / О.П. Фролова [и др.] // Туберкулез и болезни легких. -

2014. - № 4. - С. 26-31.

103. Спектр первичной лекарственной устойчивости микобактерий у больных туберкулезом органов дыхания в сочетании с ВИЧ-инфекцией В.Н. Зимина [и др.]// Туберкулез и болезни легких. - 2011. - № 8. - С. 31-35.

104. Справка. ВИЧ-инфекция в Российской Федерации на 31 декабря 2016 г. [Электронный ресурс]. - М. - 2017. - Режим доступа: http://docplayer.ru/53897054-Spravka-na-1-dekabrya-2016-g.html.

105. Стратегия ВОЗ по ликвидации туберкулеза: цели и показатели [Электронный ресурс]. - 2017. - Режим доступа: http://www.who.int/tb/strategy/

106. Стремительное распространение рекомбинантной формы CRF02_AG ВИЧ-1 на территории России и сопредельных стран / Ф.Ф. Москалейчик [и др.] // Вопросы вирусологии. - 2015. - Т.60,№6. - С.14-19.

107. Структура популяции Mycobacterium tuberculosis на территории Калининградской области / А.А. Вязовая [и др.] // Инфекция и иммунитет. -

2016. - Т.6, №3.- С.16.

108. ТБ/ВИЧ в Российской Федерации. Эпидемиология, особенности клинических проявлений и результаты лечения : под ред. С.А. Стерликова.-М.: РИО ЦНИИОИЗ, 2017.- 52 с.

109. Территориальные особенности распространения генетических вариантов ВИЧ-1 в Сибирском федеральном округе / А.Г.Казачинская[и др.] // Медицина и образование в Сибири. -2013.- № 3. -С. 12.

110. Туберкулез в Российской Федерации, 2012/2013/2014 гг. Аналитический обзор статистических показателей, используемых в Российской Федерации и в мире.- М., 2015. - 312 с

111. Туберкулез в Сибирском и Дальневосточном федеральных округах (2007-2016 гг.) / Т.В. Алексеева [и др.] // Туберкулез и болезни легких. -

2017.- №8(95).-С.12-17.

112. Туберкулез, сочетанный с ВИЧ-инфекцией, в странах мира и в Российской Федерации / И.А Васильева[и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2017.- Т.95, № 9.- С.8-18.

113. Характеристика популяции Mycobacterium tuberculosis в Республике Карелия / А.А. Вязовая [и др.] // Туберкулез и болезни легких.-2016.-№8.-С.48-53.

114. Характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis (по материалам 15-летнего наблюдения в Ленинградской области) / А.А. Вязовая [и др.] // Инфекция и иммунитет.-2017.-№1, Т.7.- С-34-40.

115. Цинзерлинг, В.А., Свистунов В.В. Туберкулез в сочетании с ВИЧ-инфекцией: клинико-морфологические аспекты / В.А. Цинзерлинг, В.В. Свистунов // Туберкулез и болезни легких. - 2014.- №6. - С. 56-60.

116. Циркуляция на территории Томской области М. tuberculosis генетического семейства Beijing / Татьков С.И.[и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2008. - №4. - С. 13-17.

117. Цыбикова, Э.Б. Анализ смертности от туберкулеза и ВИЧ-инфекции в субъектах Российской Федерации с использованием матрицы / Э.Б. Цыбикова Э.Б., А.В. Владимиров // Туберкулез и болезни легких.- 2015.-№12.- С. 37-43.

118. Цыбикова, Э.Б. Туберкулез, сочетанный с ВИЧ-инфекцией, в России: статистика и взаимосвязи / Э.Б.Цыбикова, В.В.Пунга, Л.И.Русакова // Туберкулез и болезни легких. - 2018.- Т.96, №12.- С. 9-17.

119. Черкасский, Б.Л. Современные представления о системе управления эпидемическим процессом/ Б.Л. Черкасский, Е.Г. Симонова // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2006. - №5. - С.4-7

120. Черкасский, Б.Л. Эпидемиологический диагноз / Б.Л. Черкасский. -Ленинград: Медицина, 1990.-208 с.: ил.

121. Черкасский, Б.Л. Эпидемиологический надзор: Лекция / Б.Л. Черкасский. - Москва : Федеральный центр госсанэпиднадзора Минздрава России, 2000.- 24 с.

122. Шаханина, И.Л. Задачи эпидемиологического надзора в системе социально-гигиенического мониторинга / И.Л. Шаханина // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2002. - № 2. - С. 4-6.

123. Шаханина, И.Л. Экономические потери от инфекционной заболеваемости в России: величины и тенденции / И.Л. Шаханина, Л.А.

Осипова // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2005. - № 4. - С. 1921.

124. Шкарин, В.В. О концепции развития отечественной эпидемиологии / В.В. Шкарин, О.В. Ковалишена // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2012. - № 1. - С. 9 - 14.

125. Эпидемиология и профилактика туберкулеза: учебно-методический комплекс. Под ред. Н.И. Брико.- М.:Р. Валент, 2011.- 234с.

126. Эпидемические проявления ВИЧ-инфекции на территории Сибирского федерального округа: описательное исследование / Г.А. Калачева [и др.] // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. -2015.- Т. 7, № 3.- С 110-117.

127. Юнкеров, В.И. Математико-статистическая обработка данных медицинских исследований / В.И. Юнкеров, С.Г. Григорьев - Спб.: ВМедА, 2002. - 266 с.

128. A data-mining approach to spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis. / M. Sebban [et al.] // Bioinformatics .- 2002.- Vol. 18.- P. 235-243.

129. A Mycobacterium tuberculosis Beijing strain persists at high rates and extends its geographic boundaries 20 years after importation / L. Pérez-Lago [et al.] // Sci. Rep.- 2019.- Vol. 9, №1. -P.4687.

130. A national study of the molecular epidemiology of HIV-1 in Australia 20052012/ A. Castley [et al.] // PLoS ONE. - 2017. -Vol. 12, №.5.- e.0170601.

131. A Newly Emerging HIV-1 Recombinant Lineage (CRF58_01B) Disseminating among People Who Inject Drugs in Malaysia / Chow W.Z. [et al.] // PLoS ONE. -2014. - Vol.9, №1.- e.85250.

132. A Rapid Expansion of HIV-1 CRF63_02A1 Among Newly Diagnosed HIV-Infected Individuals in the Tomsk Region, Russia / N. Gashnikova [et al.] // AIDS Research and Human Retroviruses. -2015.- Vol.31,№4. -P. 456-460.

133. Acquired resistance to bedaquiline and delamanid in therapy for tuberculosis / G.V. Bloemberg [et al.] // N. Engl. J. Med. - 2015.- Vol. 373, №20. - P. 19861988.

134. An outbreak of multidrug-resistant tuberculosis involving HIV-infected patients of two hospitals in Milan, Italy / M.L. Moro [et al.] // AIDS. -1998.- №12. -P.1095-1102

135. Association between Mycobacterium tuberculosis Beijing/W lineage strain infection and extrathoracic tuberculosis: Insights from epidemiologic and clinical characterization of the three principal genetic groups of M. tuberculosis clinical isolates / Y. Kong [et al.] // Journal of clinical microbiology. -2007.-Vol. 45, №2.-P. 409-414.

136. Associations between human leukocyte antigen class I variants and the Mycobacterium tuberculosis subtypes causing disease / M. Salie [et al.] // J. Infect. Dis. -2014.- Vol. 209.- P. 216-223.

137. Beijing genotype of Mycobacterium tuberculosis is significantly associated with human immunodeficiency virus infection and multidrug resistance in cases of tuberculous meningitis/ M. Caws [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2006. -Vol.44, №11. - P.3934-3939.

138. Beijing and H4/Ural genotypes of M tuberculosis are predominating among M/XDR-TB patients in Moldova / V. Crudu [et al.] // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2014.-Vol.18.- P.157

139. Biological and epidemiological consequences of MTBC diversity / M. Coscolla // Adv. Exp. Med. Biol. -2017.- Vol.1019. -P.95-116.

140. Brites, D. Co-evolution of Mycobacterium tuberculosis and Homo sapiens / D. Brites, S. Gagneux // Immunol. Rev. -2015.-Vol. 264, №1. -P. 6-24.

141. Brites, D. Old and new selective pressures on Mycobacterium tuberculosis / D. Brites, S. Gagneux // Infect. Genet. Evol. -2012.- Vol. 2, №4. -P. 678-685.

142. Brites, D. The Nature and Evolution of Genomic Diversity in the Mycobacterium tuberculosis Complex / D. Brites, S. Gagneux // Advances in Experimental Medicine and Biology. -2017. - Vol. 1019.

143. British Medical Research Council. Streptomycin treatment of pulmonary tuberculosis. A Medical Research Council investigation. BMJ. - 1948. - №. 2. -P. 769- 783.

144. Brodley, C.E. Open meta-analyst [Electronic resource] / C.E. Brodley, J. Lau, C.H. Schmid. - Available on : http://www.cebm.brown.edu/ /open_meta_analyst_win8.zip.

145. Brouqui, P. Old antibiotics for emerging multidrug-resistant/extensively drug-resistant tuberculosis (MDR/XDR-TB) / P. Brouqui, F. Quenard, M. Drancourt // Int .J Antimicrob. Agents. -2017.- Vol. 49, № 5. - P. 554-557.

146. Bruchfeld, J. Tuberculosis and HIV Coinfection / J. Bruchfeld, M. Correia-Neves, G. Källenius // Cold Spring Harb. Perspect. Med. -2015.- Vol. 5, №7:a017871.

147. Burden of HIV in Iran: Insights from the Global Burden of Disease Study 2010 / A. Noori [et al.] // Archives of Iranian Medicine.- 2016.- Vol. 19, №. 5. - P. 329.

148. Calculating expected years of life lost for assessing local ethnic disparities in causes of premature death / T.J. Aragon [et al.] //BMC Public Health. -2008.-Vol. 8, №. 1. - P. 116.

149. Characterization of HIV-1 subtypes and drug resistance mutations among individuals infected with HIV in Georgia / N. Dvali [et al.] // J. Med. Virol.- 2012.-vol. 84, №. 7. -P. 1002-1008.

150. Characterization of the emerging HIV type 1 and HCV epidemics among injecting drug users in Dushanbe, Tajikistan / C. Beyrer [et al.] // AIDS Res. Hum. Retroviruses. - 2009 .- Vol. 25, №. 9. - P. 853-860.

151. Clinical characteristics and treatment outcomes of patients with isoniazid monoresistant tuberculosis / A. Cattamanchi [et al.] // Clin. Infect. Dis. -2009.-№ 48. -P. 179- 85.

152. Comas, I. A role for systems epidemiology in tuberculosis research / I. Comas, S. Gagneux // Trends Microbiol. - 2011.-№19. P. 492-500.

153. Coscolla, M. Consequences of genomic diversity in Mycobacterium tuberculosis/ Seminars in immunology// M. Coscolla, S. Gagneux. - 2014.-Vol. 26, №.6 - P.431-44.

154. Crofton, J. Streptomycin resistance in pulmonary tuberculosis / J. Crofton, D.A. Mitchison // BMJ. - 1948.- № 2. - P.1009- 1015.

155. David, H.L. Probability distribution of drug resistant mutants in unselected populations of Mycobacterium tuberculosis / H.L. David // Appl. Microbiol. -1970. -Vol. 20. P. 810- 814.

156. Disability-Adjusted Life Years for Communicable Disease in the Korean Burden of Disease Study 2012 / Y.R. Lee [et al.] //Journal of Korean Medical Science. - 2016. - Vol. 31. - №. Suppl 2. - P. 178-183.

157. Disability-Adjusted Life-Years (DALYs) for 315 Diseases and Injuries and Healthy Life Expectancy (HALE) in Iran and its Neighboring Countries, 19902015: Findings from Global Burden of Disease Study 2015/ S.G. Sepanlou [et al.] //Arch. Iran. Med. 2017.-Vol.2, №7. - P.403-418.

158. Does antiretroviral therapy reduce HIV-associated tuberculosis incidence to background rates? A national observational cohort study from England, Wales, and Northern Ireland / R.K. Gupta [et al.] // The Lancet HIV. - 2015. №2. -e243-251.

159. Dual HIV-1 infection associated with rapid disease progression / G.S. Gottlieb [et al.] // Lancet.- 2004.- Vol. 363.- P. 619-622.

160. Dye, C. Did we reach the 2005 targets for tuberculosis control? / C. Dye, M. Hosseini, C. Watt // Bull World Health Organ.- 2007.-№ 85.-P. 364-369.

161. Dye, C. Doomsday postponed? Preventing and reversing epidemics of drugresistant tuberculosis / C. Dye // Nat. Rev. - 2009.- №7. -P. 81- 87.

162. Empirical treatment of community acquired pneumonia and the development of fluoroquinolone resistant tuberculosis / R. Long [et al.] // Clin. Infect. Dis. -2009. - №48. -P. 1354- 1360.

163. Estimating the future burden of multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis in India, the Philippines, Russia, and South Africa: a mathematical modelling study / A.Sharma [et al.]// The Lancet. Infectious diseases. - 2017.- Vol.17, №7. - P. 707-715.

164. Evolution of drug resistance in different sublineages of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype / I. Mokrousov [et al.] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2006. - № 50(8). - P. 2820-2823.

165. Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage / M. Merker [et al.] // Nat. Genet. - 2015. - Vol.47, № 3. - P. 242249.

166. Evolutionary History and Ongoing Transmission of Phylogenetic Sublineages of Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype in China / Q.Q. Yin [et al.] // Sci Rep. -2016.-№6. -P.34353.

167. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis / E. Shitikov [et al.] // Sci. Rep. - 2017. -Vol. 23, № 7(1).- P. 9227.

168. Extensively drug-resistant tuberculosis in the United States, 1993-2007 / N.S. Shah [et al.]// JAMA. -2008. - Vol.300. - P.2153-2160.

169. Faster Progression to AIDS and AIDS-Related Death Among Seroincident Individuals Infected With Recombinant HIV-1 A3/CRF02_AG Compared With Sub-Subtype A3 / A.A.Palm [et al.]// Journal of Infectious Diseases. - 2013. -Vol.209. - P. 721-728.

170. First tuberculosis cases in Italy resistant to all tested drugs / G.B. Migliori [et al.] // Euro Surveil. -2007.- Vol.12, №20. - P. 3194.

171. Fitness of Mycobacterium tuberculosis Strains of the W-Beijing and Non-W-Beijing genotype/ A.V. Groll [et al.] // PLoSOne. - 2010. - Vol. 5, № 4. -e.10191.

172. Fluoroquinolones: are they essential to treat multidrugresistant tuberculosis? / G.B. Migliori [et al.]// Eur. Respir. J. - 2008.- №31.- P. 904- 910.

173. Fox, W. A five year assessment of patients in a controlled trial of streptomycin, paraaminosalicylic acid, and streptomycin plus paraaminosalicylic acid, in pulmonary tuberculosis. Report to the Tuberculosis Chemotherapy Trials Committee of the Medical Research Council / W. Fox, I. Sutherland // Q. J. Med. New Ser. -1956.-№25. -P. 221- 243.

174. Fox, W. Studies on the treatment of tuberculosis undertaken by the British Medical Research Council Tuberculosis Units, 1946-1986, with relevant subsequent publications/ W. Fox, G.A. Ellard, D.A.Mitchison // Int. J. Tuberc. Lung Dis.-1999. - Vol.3, №2.- P.231- 279.

175. From multidrug - to extensively drug-resistant tuberculosis: upward trends as seen from a 15-year nationwide study/ K. Stoffels [et al.] // PloS One.- 2013.-Vol.8, №5. -e63128.

176. Gagneux, S. Host-pathogen coevolution in human tuberculosis // Philos Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. - 2012. -№ 367. - P 850-859.

177. Genetic Diversity of Mycobacterium tuberculosis Isolates from Assam, India: Dominance of Beijing Family and Discovery of Two New Clades Related to CAS1_Delhi and EAI Family Based on Spoligotyping and MIRU-VNTR Typing/ K.R. Devi [et al.] //PLoS ONE. -2015.-Vol. 10, №12.- e.0145860.

178. Genetic variation of Mycobacterium tuberculosis circulating in Kharkiv Oblast, Ukraine/ M.A. Dymova [et al.] // BMC Infect. Dis.-2011. - №11.-P.77.

179. Genetics of human susceptibility to active and latent tuberculosis: present knowledge and future perspectives / Abel L. [et al.] // Lancet Infect. Dis. - 2018.-Vol.18, №3.- P. 64-75.

180. Genotyping of the Mycobacterium tuberculosis complex using MIRUs: association with VNTR and spoligotyping for molecular epidemiology and evolutionary genetics. Infect/ C. Sola [et al.] //Genet. Evol. -2003.-Vol. 3,№2. - P.-125-33.

181. Geospatial distribution of Mycobacterium tuberculosis genotypes in Africa / V.N. Chihota [et al.] // PLoS One. -2018. - Vol. 13, № 8- e.0200632.

182. Global AIDS Response Progress Reporting 2016 [Electronic resource].-Available on : https://aidsreportingtool.unaids.org//GARPR_Guidelines_2016.

183. Global Burden of Disease Collaborative Network. Global Burden of Disease Study 2015 (GBD 2015) Reference Life Table. Seattle, United States: Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME), 2016.

184. Global incidence of multidrugresistant tuberculosis / M. Zignol [et al.] //J. Infect. Dis. -2006.- Vol.194.- P. 479- 485.

185. Global variation in bacterial strains that cause tuberculosis disease: a systematic review and meta-analysis / K.E. Wiens [et al.] // BMC Med. -2018.-Vol.16, №1. -P.196.

186. Global, regional and national disability-adjusted life years (DALYs) for 306 diseases and injuries and healthy life expectancy for 188 countries, 1990-2013: quantifying the epidemiological transition / C.J.L. Murray [et al.] // Lancet. -

2015.- Vol. 386, №. 10. - P. 2145-2191.

187. Global, regional, and national life expectancy, all-cause mortality, and cause-specific mortality for 249 causes of death, 1980-2015: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2015/ H. Wang [et al.] //The Lancet. -

2016. - T. 388. - №. 10053. - C. 1459-1544.

188. Günther, G. Multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis: a review of current concepts and future challenges / G. Günther // Clin. Med. (Lond). - 2014.- Vol.14, №3. - P.279-285.

189. Hassarangsee, S. Spatial Pattern Detection of Tuberculosis: A Case. Study of Si Sa Ket Province, Thailand / S. Hassarangsee, N.K Tripathi, M. Souris// International Journal of Environmental Research and Public Health. -2015. -Vol.12, №12. -P.16005-16018.

190. HIV infection-associated tuberculosis: The epidemiology and the response / H. Getahun [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2010.- Vol. 50. -P.201-207.

191. HIV Type 1 Subtype A1 Dominates in Armenia / V. Laga [et al.] // Current HIV Research. - 2015. - Vol.13, №3. - P. 219-225.

192. HIV-1 CRF01_AE strain is associated with faster HIV/AIDS progression in Jiangsu Province/ M.Chu [et al.] // Nature. Scientific Reports. 2017.-Vol.7, №1.-P. 1570.

193. HIV-1 epidemiology, genetic diversity, and primary drug resistance in the Tyumen oblast, Russia / N. Gashnikova [et al.] // Biomed Res Int.- 2016.- №4.-P.1-13.

194. HIV/TB co-infection in mainland China: a meta-analysis / L. Gao [et al.] // PloS one.- 2010. № 5. - e10736.

195. Human immunodeficiency virus associated tuberculosis more often due to recent infection than reactivation of latent infection / R.M. Houben [et al.] // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2011.- №15.- P. 24-31F

196. Hunter, P.R. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: An application of Simpson's index of diversity / P.R. Hunter, M.A. Gaston // .J. Clin. Microbiol. -1988.- №26.- P. 2465- 2466.

197. Impact of HIV co-infection on the evolution and transmission of multidrug-resistant tuberculosis / V. Eldholm [et al.] // Elife. - 2016. - № 9. - e.16644.

198. Impact of HIV infection on the recurrence of tuberculosis in South India / S. Narayanan [et al.] //. J Infect Dis.-2010.- Vol.201.- P. 691-703.

199. Increased resistance to ciprofloxacin and ofloxacin in multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from patients seen at a tertiary hospital in the Philippines / E.R. Grimaldo [et al.] // Int. J. Tuberc. Lung Dis. -2001.-№ 5. -P. 546- 550.

200. Increasing incidence of fluoroquinolone resistant Mycobacterium tuberculosis in Mumbai / D. Agrawal [et al.] // Lung Dis. -2009.- № 13. - P. 7983.

201. Latin - American-Mediterranean lineage of Mycobacterium tuberculosis: Human traces across pathogen's phylogeography / I. Mokrousov [et al.] // Mol. Phylogenet. Evol. - 2016. - Vol. 99. -P.133-143.

202. Lau, K.A. Current Trends of HIV Recombination Worldwide/ K.A. Lau, J.L. Wong // Infect Dis Rep. -2013.- Vol.6, № 5. - e4.

203. Life expectancy of HIV-positive people after starting combination antiretroviral therapy: a meta-analysis /S. Teeraananchai [et al.] //HIV Med.-2016.- №. 18. - P. 256-266.

204. Lives saved by tuberculosis control and prospects for achieving the 2015 global target for reducing tuberculosis mortality / Ph. Glaziou [et al.] //Bulletin of the World Health Organization.- 2011.- Vol.89. -P.573-582.

205. Lo Bue, P. Plan to combat extensively drug-resistant tuberculosis: recommendations of the Federal Tuberculosis Task Force / P. Lo Bue, C. Sizemore, K.G. Castro // MMWR Recomm Rep. -2009.- Vol.13, №58. - P.1-43.

206. Long-term outcomes of patients with extensively drug-resistant tuberculosis in South Africa: a cohort study/ E.Pietersen [et al.] // Lancet. -2014. -Vol.383(9924). -P. 1230-1239.

207. Lytras T., Kalkouni O. The global tuberculosis epidemic: turning political will into concrete action / T. Lytras, O. Kalkouni // J. Thorac. Dis. -2018. - Vol.10. (Suppl 26). -P. 3149-3152.

208. Major Mycobacterium tuberculosis outbreak caused by one specific genotype in a low-incidence country: Exploring gene profile virulence explanations/ D.B. Folkvardsen [et al.] // Scientific reports. -2018. - Vol.8, №.1.-P.11869.

209. Measuring inconsistency in meta-analysis/ J.P. Higgins [et al.] // British Medical Journal.- 2003.- №327.- P. 557-560.

210. Measuring tuberculosis burden, trends, and the impact of control programmes / C. Dye [et al.] // Lancet Infect Dis. - 2008. -№ 8. - P. 233-243.

211. Meta-analysis of prevalence / J.J. Barendregt [et al.] // J. Epidemiol. Community Health. - 2013. - № 67. - P. 974-978.

212. Mitchison, D.A. Problems of drug resistance / D.A. Mitchison // Br. Med. Bull. -1954.- № 10. -P. 115- 124.

213. Mokrousov, I. Molecular structure of Mycobacterium tuberculosis population in Russia and its interaction with neighboring countries / I. Mokrousov // Int. J. Mycobacteriol. -2015.- № 4 (Suppl.1) . - P. 56-57.

214. Mokrousov, I. Mycobacterium tuberculosis Latin American-Mediterranean Family and Its Sublineages in the Light of Robust Evolutionary Markers / I. Mokrousov, A. Vyazovaya, O. Narvskaya // Journal of Bacteriology. - 2014. -Vol.196, №10. - P.1833-1841.

215. Mokrousov, I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen's pathobiology: Insights from Beijing and Ural families / I. Mokrousov // Tuberculosis. -2015. -№ 95, №1. - P.167-176.

216. Mokrousov, I. The quiet and controversial: Ural family of Mycobacterium tuberculosis / I. Mokrousov //Infection, Genetics and Evolution. - 2012. - Vol.12, № 4. - P. 619-629.

217. Molecular and genomic typing for tuberculosis surveillance: A survey study in 26 European countries /M.Andres [et al.] // PLoS One. - 2019. - Vol.14, №3: e0210080.

218. Molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from TB patiens in Estonia/A.A.Vyazovaya [et al.] // 38 Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology, 2017 Sibenik, Croatia, Scientific Program including Abstracts. - P.74.

219. Molecular snapshot of mycobacterium tuberculosis population in Kazakhstan: a country-wide study / Y. Skiba [et al.] // Tuberculosis. - 2015. - Vol. 95, № 5. - P. 538-546.

220. Molecular surveillance of multi- and extensively drug-resistant tuberculosis transmission in the European Union from 2003 to 2011. Euro surveillance: bulletin Europeen sur les maladies transmissibles / J.L. De Beer [et al.] // European communicable disease bulletin. -2014.- Vol.19, №11.

221. Molecular typing for surveillance of multidrug-resistant tuberculosis in the EU/EEA. - Stockholm, ECDC, 2017.

222. Molecular typing for surveillance of multidrug-resistant tuberculosis in the EU/EEA [Electronic resource]. - 2016. - Stockholm: European Centre for Disease Prevention and Control, 2016. Available on: http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/multidrug-resistant-tuberculosis-molecular-typing-surveillance.pdf

223. Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis circulated in Moscow, Russian Federation / M.V. Afanas'ev [et al.] // Eur J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2011. - № 3. - P.181-91.

224. Multidrug and extensively drug-resistant TB (M/XDR-TB): 2010 Global report on surveillance and response [Electronic resource]. -Available on: http://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/44286/9789241599191_eng.pdf.

225. Multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis: a threat to global control of tuberculosis / N.R. Gandhi [et al.] // Lancet. - 2010. - Vol. 22, № 375. - P. 1830-1843.

226. Multidrug-resistant tuberculosis in Belarus: the size of the problem and associated risk factors. / A. Skrahina [et al.] // Bull WHO.- 2013.-Vol.91. -P.36-45.

227. Musser, J.M. Negligible genetic diversity of mycobacterium tuberculosis host immune system protein targets: evidence of limited selective pressure/ J.M. Musser, A. Amin, S. Ramaswamy // Genetics. -2000.- Vol. 155. - P.7-16.

228. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype is associated with HIV infection in Mozambique/ S.O. Viegas [et al.] // PLoS One. - 2013.- Vol.8, №.8.-P. - e71999.

229. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: A template for success/ N.C. Gey van Pittius [et al.] // Tuberculosis. - 2011. - Vol.91, № 6. - P. 510-523.

230. Mycobacterium tuberculosis Beijing Lineage Favors the Spread of Multidrug-Resistant Tuberculosis in the Republic of Georgia / S. Niemann [et al.] // Journal of clinical microbiology. -2010. - № 10.- P. 3544-3550.

231. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU/Latvian border region / I. Mokrousov [et al.] // PLoS One. -2012. -№ 7(7). - e41318.

232. Mycobacterium tuberculosis RD-Rio Strain in Kazakhstan / Y.Skiba [et al.] // Emerg Infect. Dis. -2019.- Vol. 25,№3. -P. 604-606.

233. Mycobacterium tuberculosis transmission in a country with low tuberculosis incidence: role of immigration and HIV infection / L. Fenner [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2012. - №Vol. 50, №2. - P. 388-395.

234. Mycobacterium tuberculosis Strains of the Modern Sublineage of the Beijing Family Are More Likely To Display Increased Virulence than Strains of the

Ancient Sublineage / S.C. Ribeiro [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. -2014. - Vol. 52, №.7.- P. 2615-2624.

235. New epidemic cluster of pre-extensively drug resistant isolates of Mycobacterium tuberculosis Ural family emerging in Eastern Europe / V. Sinkov [et al.] // BMC Genomics. - 2018. - Vol.19, №1. - P.762.

236. Nosocomial Transmission of Extensively Drug-Resistant Tuberculosis in a Rural Hospital in South Africa/ N.R. Gandhi [et al.] //J. Infect. Diss. - 2013.-Vol.207, №1. P.9-17.

237. Novel vaccine candidates against Mycobacterium tuberculosis / S. Khoshnood [et al.] // Int. J. Biol. - 2018. - Vol.120.- P.180-188.

238. Nunes, C. Tuberculosis incidence in Portugal: spatiotemporal clustering / C. Nunes //International Journal of Health Geographics.- 2007.-№6.-P.30.

239. On the spread and control of MDR-TB epidemics: an examination of trends in anti-tuberculosis drug resistance surveillance data/ T. Cohen [et al.] // Drug resistance updates: reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy. - 2014. Vol. 17, №4 - 6.- P. 105-23.

240. Orgeur, M. Evolution of virulence in the Mycobacterium tuberculosis complex / M. Orgeur, R. Brosch // Curr. Opin. Microbiol. - 2018.-Vo.41. -P. 68-75.

241. Ortblad, K.F. The burden of HIV: insights from the Global Burden of Disease Study 2010/ K.F. Ortblad, R. Lozano, C.J.L. Murray // AIDS. -2013.-Vol. 27, №13. - P. 2003-2017.

242. Parwati, I. Possible underlying mechanisms for successful emergence of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains / I. Parwati, R. van Crevel, D. van Soolingen // Lancet Infect Dis. -2010. -Vol.10, № 2. - P. 103-111.

243. Peeters, M. Genetic diversity of HIV infection worldwide and its consequences / M. Peeters, E. Delaporte // Med. Trop. (Mars). -1999.- Vol.59. - P. 449-455.

244. Penitentiary population of Mycobacterium tuberculosis in Kyrgyzstan: Exceptionally high prevalence of the Beijing genotype and its Russia-specific

subtype / I. Mokrousov [et al.] // Infect. Genet. Evol. - 2009. - № 9(6). - P. 14001405.

245. Phylogenetic reconstruction within Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in northwestern Russia / I. Mokrousov [et al.] // Res. Microbiol. -2002. -№153. - P. 629-637

246. Population structure analysis of the Mycobacterium tuberculosis Beijing family indicates an association between certain sublineages and multidrug resistance / T. Iwamoto [et al.] // Antimicrob Agents Chemother. - 2008. - №52.-P.3805-3809.

247. Predominance of a single genotype of Mycobacterium tuberculosis in countries of east Asia / D. Van Soolingen [et al.] // J. Clin. Microbiol. -1995.-Vol.33, №12. - P.3234-38.

248. Predominance of CRF63_02A1 and multiple patterns of unique recombinant forms of CRF63_A1 among individuals with newly diagnosed HIV-1 infection in Kemerovo Oblast, Russia/ N.M. Gashnikova [et al.] // Arch. Virol.- 2017.- Vol. 162, №. 2. - P. 379-390.

249. Prevalence and occurrence rate of Mycobacterium tuberculosis Haarlem family multi-drug resistant in the worldwide population: A systematic review and meta-analysis / R. Ramazanzadeh [et al.] // J. Res. Med. Sci. -2015.- Vol.20, №1. -P.78-88.

250. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis / P. Supply [et al.] // J. ClinMicrobiol. - 2006. - №.44. -P. 44984510.

251. Pustovyi, Y.G. Results of spoligotyping in the study of Mycobacterium tuberculosis genotypes circulating in Lugansk region/ Y.G. Pustovyi, V.V. Baranova, O.Y. Manohina // 3arantHa naTonorm Ta naTonorinHa $i3ionorm. -2014.- Vol. 9, №1. -P. 89 -96.

252. Pustylnikov, S.V. Predominance of CRF63_02A1 and multiple patterns of unique recombinant forms of CRF63_A1 among individuals with newly

diagnosed HIV-1 infection in Kemerovo Oblast, Russia / S.V. Pustylnikov, E.F. Bocharov, A.V. Totmenin // Arch. Virol.- 2017.- Vol. 162, №. 2. -P.379-390.

253. Rahman, M.A. Extensively Drug-resistant Tuberculosis (XDR-TB): A daunting challenge to the current End TB Strategy and policy recommendations / M.A. Rahman, A. Sarkar // Indian J. Tuberc.-2017.- Vol.64, №3. -P.153-160.

254. Ramazanzadeh, R. Prevalence of Beijing family in Mycobacterium tuberculosis in world population: Systematic Review and Meta-Analysis / R. Ramazanzadeh, K. Sayhemiri // Int. J. Mycobacteriol. -2014.- № 3. -P. 41-45.

255. Rapid Assay for Detection of the Epidemiologically Important Central Asian/Russian Strain of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype / I. Mokrousov [et al.] // J Clin Microbiol. - 2018.- Vol. 24, №56(2). - e 01551-17.

256. Realtime PCR assay for rapid detection of epidemiologically and clinically significant Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype isolates/ I. Mokrousov [et al.] // Journal of clinical microbiology.- 2014.- Vol. 52.-P.1691-1693.

257. Recurrent TB: Relapse or reinfection? The effect of HIV in a general population cohort in Malawi / A.C. Crampin [et al.] // AIDS.-2010.-Vol.24.- P. 417-426.

258. Relationship between Mycobacterium tuberculosis genotype and the clinical phenotype of pulmonary and meningeal tuberculosis / G. Thwaites [et al.] // J. Clin. Microbiol. -2008. - Vol.46, №4. - P.1363-1368.

259. Reynaud, Y. Genetic Structuration, Demography and Evolutionary History of Mycobacterium tuberculosis LAM9 Sublineage in the Americas as Two Distinct Subpopulations Revealed by Bayesian Analyses / Y. Reynaud, J. Millet, N. Rastogi // PLoS ONE. - 2015.- Vol.10.- e0140911.

260. Russian "successful" clone B0/W148 of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multiplex PCR assay for rapid detection and global screening / I. Mokrousov [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2012. - Vol.50, №11. -P. 3757-3759.

261. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology / J. Kamerbeek [et al.] // J. Clin. Microbiol.-1997. - Vol. 35, №. 4.- P. 907-914.

262. Siroka, A. Association between spending on social protection and tuberculosis burden: a global analysis/ A. Siroka, N.A. Ponce, K. Lönnroth // Lancet Infect. Dis. - 2016.- №16. - P. 473-479.

263. SITVITWEB-a publicly available international multimarker database for studying Mycobacterium tuberculosis genetic diversity and molecular epidemiology / C. Demay [et al.] // Infect. Genet. Evol. - 2012. - № 12(4). - P. 755-766.

264. Southern East Asian origin and coexpansion of Mycobacterium tuberculosis Beijing family with Han Chinese / T. Luo [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2015. - Vol. 30, №112(26). - P. 8136-8141.

265. Spatial Clustering of Tuberculosis Incidence in the North of Iran / J. Yazdani-Charati [et al.] // Global Journal of Health Science.- 2014. -Vol.6, №6. -P.288-294.

266. Spatial distribution of extensively drug-resistant tuberculosis (XDR TB) patients in KwaZulu-Natal, South Africa / T. Kapwata [et al.] // PLoS One.-2017.-Vol.12, №10. - e.0181797.

267. Spatio-temporal clustering of road accidents: GIS based analysis and assessment / V. Prasannakumar [et al.] // Procedia Social and Behavioral Sciences. -2011. -Vol. 21. - P. 317-325.

268. Spoligotype-based comparative population structure analysis of multidrug-resistant and isoniazid-monoresistant Mycobacterium tuberculosis complex clinical isolates in Poland / T. Jagielski [et al.] //J Clin Microbiol. -2010.-Vol.48, №11.-P. 3899-3909.

269. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology / J.D. van Embden [et al.] // J. Clin. Microbiol. -1993.- Vol.31. - P. 406-409.

270. Strain-based HLA association analysis identified HLA-DRB1*09:01 associated with modern strain tuberculosis/ L. Toyo-oka [et al.] //HLA. -2017.-Vol. 90. -P.149-56.

271. Targeting HIV Prevention Based on Molecular Epidemiology Among Deeply Sampled Subnetworks of Men Who Have Sex With Men / X. Wang [et al.] // Clin. Infect. Dis. -2015. - №.61(9). - P. 1462-1468.

272. TB impact measurement: policy and recommendations for how to assess the epidemiological burden of TB and the impact of TB control(WHO/HTM/TB/2009.416). Geneva: World Health Organization, 2009.

273. Tebit, D.M. Tracking a century of global expansion and evolution of HIV to drive understanding and to combat disease/ D.M. Tebit, E.J. Arts // Lancet Infect. Dis. -2011.- Vol.11, №1. - P. 45-56.

274. Temporal Trends in the Swedish HIV-1 Epidemic: Increase in Non-B Subtypes and Recombinant Forms Over Three Decades/ U. Neogi [et al.] // PLoS One.-2014. - Vol.9, №6. - e99390.

275. The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia / H.S. Cox [et al.] // Respiratory Research. -2005.- Vol. 6, №1. -P.134.

276. The Burden of HIV in Iran: Insights from the Global Burden of Disease Study 2010 / Noori A. [et al.] // Archives of Iranian medicine. - 2016. - Vol. 19, №. 5. - P. 329.

277. The CRyPTIC consortium and the 100,000 Genomes Project Prediction of susceptibility to first-line tuberculosis drugs by DNA sequencing/ C. Allix-Beguec [et al.] // N. Engl. J. Med. - 2018.- Vol.379. -P.1403-1415.

278. The Genetic Variability of HIV-1 in Kyrgyzstan: The Spread of CRF02_AG and Subtype A1 Recombinants / V. Laga [et al.] // J. HIV AIDS. -2015.- Vol.1, № 2.

279. The global burden of tuberculosis: results from the Global Burden of Disease Study 2015 / H.H. Kyu [et al.] // Lancet Infect Dis. -2018.- №18. - P. 261-284.

280. The global tuberculosis epidemic and progress in care, prevention, and research: an overview in year 3 of the End TB era / K. Floyd [et al.] // Lancet Respir. Med. - 2018.- Vol. 6, №4. -P. 299-314.

281. The impact of migration on tuberculosis epidemiology and control in high-income countries: a review / M. Pareek [et al.] // BMC Med.- 2016.- Vol.14.- P. 48.

282. The influence of host and bacterial genotype on the development of disseminated disease with Mycobacterium tuberculosis / M. Caws [et al.] // PLoS Pathog. - 2008.- Vol. 4, №3.-e.1000034.

283. The population biology of tuberculosis /C. Dye. - Princeton: Princeton University Press, 2015.- 296 p.

284. The relationship between transmission time and clustering methods in Mycobacterium tuberculosis epidemiology / C.J. Meehan [et al.] // EBioMedicine. -2018. - №37. -P. 410-416.

285. Toungoussova O.S. Epidemic of tuberculosis in the former Soviet Union: social and biological reasons / O.S. Toungoussova, G. Bjune, D.A. Caugant // Tuberculosis. -2006. - № 86(1). - P. 1-10.

286. Transmissible Mycobacterium tuberculosis strains share genetic markers and immune phenotype/ H. Nebenzahl-Guimaraes [et al.] // Am J Respir Crit Care Med. -2016. - Vol.195. -P.1519-1527.

287. Transmission of Extensively Drug-Resistant Tuberculosis in South Africa / N.S. Shah [et al.] // The New England journal of medicine.-2017.- Vol.376, №3.-P. 243-253.

288. Transmission of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Shanghai, China: a retrospective observational study using whole-genome sequencing and epidemiological investigation / C. Yang [et al.]// Lancet Infect. Diss. -2017.- Vol.17, №3. -P. 275-284.

289. Transmission of Mycobacterium Tuberculosis in Households and the Community: A Systematic Review and Meta-Analysis / L. Martinez [et al.] // Am. J.Epidemiol. -2017.- Vol. 185, №12. - P. 1327-1339.

290. Tuberculosis control in China: use of modelling to develop targets and policies / H.H. Lin [et al.] //Bull. World Health Organ. - 2015. - Vol.1, № 93(11). - P. 790-798.

291. Tuberculosis elimination: Where are we now? / A. Matteelli [et al.] // Eur. Respir. Rev. - 2018. - №27. - P.180035.

292. Tuberculosis in the Americas 2018. Pan American Health Organisation; Washington, USA, 2018 [Electronic resource]. - Available on : www.paho.org.

293. Tuberculosis surveillance and monitoring in Europe 2018. - WHO, 2018. -141 pp.

294. Tuberculosis surveillance and monitoring in Europe, 2017. Stockholm: European Centre for Disease prevention and Control / WHO Regional Office for Europe; 2017.

295. Tuberculosis vaccines: opportunities and challenges / B. Zhu [et al.] // Respirology. - 2018. -№ 23. - P.35.

296. Udwadia, Z.F. MDR, XDR, TDR tuberculosis: ominous progression / Z.F. Udwadia // Thorax. 2012. -№ 67. - P. 286-288.

297. Use of DALYs in economic analyses on interventions for infectious diseases: a systematic review / A.J. Oostvogels [et al.] // Epidemiol. Infect. -2015. -Vol. 143 (9). - P. 1791-1802.

298. Valcheva, V. Prevalence of Latin-American-Mediterranean genetic family in population structure of Mycobacterium tuberculosis in Bulgaria / V.Valcheva, N. Rastogi, I. Mokrousov // Int. J. Mycobacteriol.- 2015.- №4. - P.191-195.

299. Variable host-pathogen compatibility in Mycobacterium tuberculosis / S. Gagneux [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2006.- Vol.103, №8. -P. 28692873.

300. Vereshagin, D.I. The application of information technologies in the system of prevention of socially significant diseases / D.I.Vereshagin, O.A. Pasechnik //Modern informatization problems in simulation and social technologies Proceedings of the XX-th International Open Science Conference (Yelm, WA, USA). - 2015. - P. 217-221.

301. Wada, T. Genetic diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing family in East Asia revealed through refined population structure analysis / T. Wada, T. Iwamoto, S. Maeda // FEMS Microbiol Lett. -2009. -Vol.291, №.1.-P. 35-43.

302. WHO. Disability weights, discounting and age weighting of DALYs [electronic resource]. - Available on: http://www.who.int/healthinfo/ daly_disability_weight/en/.

303. WHO. Global tuberculosis report, 2016, WH0/HTM/TB/2016.13.

304. WHO. Guidelines for the surveillance of drug resistance in tuberculosis. Fourth edition. World Health Organization Document 2009; WH0/HTM/TB/2009.442.

305. WHO. Moscow declaration to end TB. In: First WHO Ministerial Conference to Ending TB in the Sustainable Development Era: A Multisectoral Response, 2017.

306. WHO Policy on Collaborative TB/HIV Activities: Guidelines for National Programmes and Other Stakeholders. Geneva, 2012.- 36p.

307. Whole genome sequencing identifies bacterial factors affecting transmission of multidrug-resistant tuberculosis in a high-prevalence setting/ A. Dixit [et al.] //Sci Rep. -2019.- Vol. 9, №1. - P.5602.

308. Whole-genome sequencing to delineate Mycobacterium tuberculosis outbreaks: A retrospective observational study / T.M. Walker [et al.] // Lancet Infect. Dis. -2013.-№13. -P.137-146.

309. Woodman, M. Tuberculosis Genetic Epidemiology: A Latin American Perspective/ M. Woodman, I.L. Haeusler, L. Grandjean // Genes (Basel). -2019.-Vol.10, №1. -P.53.

310. Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review / J.R. Glynn [et al.] // Emerg. Infect. Dis. -2002. -Vol.8, №8. -P. 843-849.

311. Zhang, Y. Mechanisms of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis / Y. Zhang, W.W. Yew // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2009.- №13. -P. 1320- 1330.

312. 125 years after Robert Koch's discovery of the tubercle bacillus: the new XDR-TB threat. Is "science" enough to tackle the epidemic? / G. B. Migliori [et al.] // Eur Respir J. -2007.-Vol. 29, № 3. -P. 423-427.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение 1- Распространенность циркулирующих субпопуляций ВИЧ-1 в регионах Российской Федерации и стран СНГ

Дата Количество

Территория сбора материала Подгру ппа обследованных Выявлены рекомбинантные формы ВИЧ-1 (абс.)

Автор Публикац ии сбора материала пациентов/ выявлены рекомбинантые формы Ссылка

Российская Федерация

Елисеева В.С. 2015 2013-2014 Приморский край ДФО 53/3 СЯБ02 АО (1), СЯБ АЕ (1), СЯБ В/А (1) [93]

Казеннова Е.В. (1) 2013 1998-2007 Республика Якутия (Саха) ДФО 45/0 - [23]

Казеннова Е.В. (4) 2013 2005 Хабаровский край ДФО 34/0 - [23]

Казеннова Е.В. (5) 2013 2005 Магаданская область ДФО 23/1 СЯБ03 АВ (1) [23]

Казеннова Е.В. (8) 2014 2002-2012 Хабаровский край ДФО 34/0 - [60]

Казеннова Е.В. (9) 2013 2002-2012 Благовещенск Дфо 40/2 СЯБ02 АО (2) [60]

Котова ВО. 2016 2013-2015 Дальневосточный ФО Дфо 140/26 СЯБ02 АО (22), СЯБ03 АВ(1),СКБ11 срх(1), СЯБ01 АЕ(2) [40]

ОавЬшкоуаК М. (4) 2016 2000-2015 Тюмень УФО 72/4 СЯБ03 АВ (1), СЯБ63 02А1(1), ШБ63 А1(2) [193]

Казеннова Е.В. (2) 2013 1995-2010 Ямало-Ненецкий АО УФО 130/10 СЯБ03 АВ (8), СЯБ АЕ (2) [23]

Казеннова Е.В. (6) 2013 2006 Курганская область УФО 19/3 СЯБ03 АВ (3), [23]

ОавЬшкоуаК М. (1) 2015 2013 Томск СФО 61/58 СЯБ63 02А1(55), ШБ63 А1(3) [132]

Гашникова Н.М. (3) 2016 2015 Кемеровская область СФО 53/49 СЯБ63 02А1(38), №Б63 А1(11) [248]

Казачинская А.Г. (1) 2013 2010-2013 Новосибирск СФО 250/194 СЯБ02 АО (5), СЯБ02 АО/А (189) [109]

Казачинская А.Г. (2) 2013 2010-2013 Чита СФО 25/0 - [109]

Казачинская А.Г. 2013 2010-2013 Новокузнецк СФО 29/6 СЯБ02_АО/А (6) [109]

(3)

Казеннова Е.В. (10) 2013 2005-2009 Красноярский край СФО 99/0 - [23]

Казеннова Е.В. (3) 2013 2005 Алтайский грай СФО 69/0 - [23]

Казеннова Е.В. (7) 2013 2006-2007 Республика Тыва СФО 8/0 - [23]

Пономарева О.А. 2016 2014-2016 Иркутская область СФО 65/2 CRF02 AG (2), [83]

Москалейчик Ф.Ф. (1) 2015 2008 Москва ЦФО 13/2 CRF02_AG (2), [106]

Беляков НА. 2012 2006-2011 Санкт-Петербург СЗФО 1055/18 CRF02 AG (2), CRF03 AB(5), CRF06_cpx (11) [48]

Мусатов Б.В. 2013 2009-2011 Санкт-Петербург СЗФО 68/0 - [88]

Чурина М.А. 2017 2014-2016 Великий Новгород СЗФО 25/1 CRF03 AB (1) [52]

Казеннова Е.В. (11) 2015 2011-2013 Приволжский ФО ПФО 236/4 CRF02 AG (1), CRF03 AB (3) [60]

Москалейчик Ф.Ф. (2) 2015 2011 Пермь ПФО 10/0 - [106]

Страны СНГ

Еремин Е.Ф. 2012 2008-2011 Республика Беларусь Европе йская 139/8 CRF02 AG (1), CRF03 AB (4) CRF06_cpx (2) [51]

Беугег С. 2009 2004 Республика Таджикистан Средне азиатск ая 20/10 CRF02_AG (9), URF02_A1 (1), [150]

Лага В.Ю. (1) 2012 2003-2009 Республика Кыргызстан Средне азиатск ая 22/6 CRF02_AG (6) [190]

Ьа§а V .(2) 2015 2009-2010 Республика Кыргызстан Средне азиатск ая 57/34 CRF02 AG (26) , CRF02 AG/A (7), CRF03_AB (1) [278]

Лаповок И.А. (1) 2015 2009 Республика Казахстан Средне азиатск ая 50/26 CRF02 AG (21) , CRF03 AB (2), CRF63_02A1 (3) [59]

Лаповок И.А. (2) 2015 2012-2013 Республика Казахстан Средне азиатск ая 155/54 СЯБ02 АО (51), СЯБ03 АБ (1), СЯБ63_02А1 (1), СЯБ07_БС(1) [59]

БуаН К, 2012 2006-2008 Республика Грузия Закавка зская 153/1 СЯБ03_АБ (1) [149]

Ьа§а V. (3) 2015 2009-2013 Республика Армения Закавка зская 78/3 СЯБ02_А0 (3) [191]

Приложение 2 - Характеристика исследований, включенных в систематический обзор и мета-анализ распространенности эпидемиологически значимых генотипов Mycobacterium tuberculosis в Российской Федерации и странах ближнего

зарубежья

Авторы Период Территория сбора материала Подгруппа Количест во обследов анных пациенто в Генотип Beijing Генот ип LAM Методы генотипи-рования M.tuberculosis Ссыл ка

Публика ции сбора материал а от больных

Российская Федерация

Альварес Фигероа М.В. с соавт. 2017 20082009 г. Москва, Центральный ФО 95 62 12 ПЦР, сполиготипирование [34]

Afanas'ev M.V. etal. 2011 20052006 г. Москва Центральный ФО 115 76 18 24MIRU-VNTR, сполиготипирование [223]

Маничева О.А. с соавт. 2013 20052012 г. Санкт-Петербург Северо-Западный ФО 108 57 22 ПЦР, сполиготипирование [38]

Вязовая А.А. с соавт. 2017 20132014 Республика Карелия Северо-Западный ФО 78 43 8 ПЦР, сполиготипирование, 12MIRU-VNTR [113]

Вязовая А.А. с соавт. 2012 20082009 Псковская область Северо-Западный ФО 90 40 19 ПЦР, сполиготипирование, 12MIRU-VNTR [20]

Вязовая А.А. с соавт. 2016 2015 Калининградск ая область Северо-Западный ФО 93 61 11 ПЦР, сполиготипирование [107]

Вязовая А.А. с соавт. 2017 20102014 Ленинградская область Северо-Западный Ф 68 51 7 сполиготипирование, 12MIRU-VNTR [114]

Салина Т. Ю. с соавт. 2017 20152016 г. Саратов Приволжский ФО 152 68 3 Сполиго-биочип типирование [100]

Концевая И.С. с соавт. 2014 20082010 г. Самара Приволжский ФО 1304 934 116 сполиготипирование, 9 и 17 MIRU-VNTR [92]

Микова О.Е. с соавт. 2016 20102015 г.Пермь Уральский ФО 64 59 2 24MIRU-VNTR [15]

Умпелева Т.В. с соавт. 2016 20092011 Уральский ФО Уральский ФО 256 161 30 сполиготипирование, 15MIRU-VNTR [25]

Панов Г.В. с соавт. 2015 20122013 Свердловская область Уральский ФО 264 180 24 сполиготипирование [26]

Лац А.А. с соавт. 2013 2012 Республика Бурятия Сибирский ФО 31 21 5 24MIRU-VNTR [37]

Жданова С.Н. с соавт. 2014 20102012 Республика Бурятия Сибирский ФО 283 188 37 12MIRU-VNTR [19]

Зоркальцева Е.Ю. с соавт. 2014 20122013 Иркутская область Сибирский ФО 233 159 16 12MIRU-VNTR [22]

Дымова М.А. 2011 20062007 Новосибирская область Сибирский ФО 106 45 17 15MIRU-VNTR [31]

Пасечник О.А. с соавт. 2017 2017 Омская область Сибирский ФО 120 77 14 ПЦР, сполиготипирование [80]

Огарков ОБ. с соавт. 2014 20102013 Республика Якутия (Саха) Дальневосточный ФО 215 70 11 24MIRU-VNTR [58]

Дымова М.А. 2011 2005 г. Владивосток Дальневосточный ФО 104 48 13 15MIRU-VNTR [31]

Винокурова М.К. с соавт. 2015 20102012 Республика Якутия (Саха) Дальневосточный ФО 343 158 16 24MIRU-VNTR [11]

СтраныСНГ и ближнего зарубежья

Pustovyi Yu.G. etal. 2014 2013 Украина, Луганская область Европейская 85 54 7 ПЦР, сполиготипирование [251]

Dymova M.A. etal. 2011 2004 Украина, Харьковская область Европейская 98 32 23 15MIRU-VNTR [178]

Залуцкая О.М. 2013 20092011 Беларусь, г.Минск Европейская 163 59 13 ПЦР, сполиготипирование [50]