Эпидемиологический мониторинг и прогнозирование распространения туберкулеза тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.02.02, кандидат наук Огарков, Олег Борисович

• Огарков, Олег Борисович
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Огарков, Олег Борисович

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Туберкулез легких - широко распространенное антропонозное заболевание

1.2. Таксоны Mycobacterium tuberculosis complex, вызывающие туберкулез легких

1.3. Методы, применяемые для молекулярной таксономии штаммов Mycobacterium tuberculosis complex

1.4. Молекулярная классификация Mycobacterium tuberculosis

1.5. Глобальная эпидемиология туберкулезной инфекции

по результатам молекулярно-генетических исследований

1.6. Эпидемические генотипы Mycobacterium tuberculosis, циркулирующие на территории России и других стран

1.7. Туберкулез и ВИЧ

1.8. Полиморфизм генов человека как фактор устойчивости

к туберкулезу

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Исследование проявления эпидемического процесса туберкулеза

на территории неблагополучия

2.2. Выборочные исследования полиморфизма паразитарной системы эпидемического процесса ТБ. Популяция возбудителя

2.3. Выборочные исследования полиморфизма паразитарной системы эпидемического процесса туберкулезной инфекции. Популяция хозяина

2.4. Молекулярно-эпидемиологическое моделирование эволюционных событий распространения туберкулеза. Построение консенсусных сетей сполиготипов (сполигодеревьев)

ГЛАВА 3. АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СОВРЕМЕННОЙ ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОЙ СИТУАЦИИ

ПО ТУБЕРКУЛЕЗУ

3.1. Формулирование определения «эпидемический генотип»

3.2. Оценка глобального распределения отдельных генотипов МБТ и эпидемиологическая концепция, отражающая пути распространения инфекции на территории СССР

3.3. Моделирование процесса распространения генотипа «Пекин»

в Евразии в XX веке по молекулярно-генетическим данным

ГЛАВА 4. ОЦЕНКА СИТУАЦИИ ПО ТУБЕРКУЛЕЗУ НА ПРИМЕРЕ РЕГИОНА ЭПИДЕМИЧЕСКОГО НЕБЛАГОПОЛУЧИЯ -ИРКУТСКОЙ ОБЛАСТИ. ВЫЯВЛЕНИЕ ДОМИНИРУЮЩИХ ЭПИДЕМИЧЕСКИХ ГЕНОТИПОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

4.1. Оценка эпидемической ситуации в регионе с использованием

интегрального показателя

4.2. Филогенетическая модель распространения генотипов МБТ

в Иркутской области по результатам ERIC-PCR-генотипирования

4.3. Филогенетическая модель распространения генотипов МБТ в Иркутской области по результатам MIRU-VNTR-генотипирования. Выявление эпидемических генотипов

ГЛАВА 5. ИССЛЕДОВАНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОЛИМОРФИЗМА КАНДИДАТНЫХ ГЕНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К ТУБЕРКУЛЕЗУ

5.1. Сравнение генетического полиморфизма кандидатных генов устойчивости к туберкулезу {ACE, AT1R, AT2R, DC-SIGN,

INF-y, МСР-1) у больных туберкулезом легких и здоровых людей

5.2. Распределение генотипов человека и генотипов М. tuberculosis

у больных туберкулезом легких

5.3. Выявление «летального синергизма» между генотипом «Пекин» М. tuberculosis и аллелем -336G CD209 у больных туберкулезом легких

ГЛАВА 6. СРАВНИТЕЛЬНАЯ ОЦЕНКА АКТИВНОСТИ ПЕРЕДАЧИ РАЗЛИЧНЫХ ГЕНОТИПОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS У БОЛЬНЫХ ТУБЕРКУЛЕЗОМ ЛЕГКИХ

ГЛАВА 7. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Эпидемиологический мониторинг и прогнозирование распространения туберкулеза»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Туберкулез (ТБ) является одной из злободневных проблем практического здравоохранения во всем мире. Возбудитель туберкулезной инфекции М. tuberculosis как инфекционный агент убил больше людей, чем любой другой микробный патоген (Daniel Т.М., 2006). По данным ВОЗ, за 2012 год в мире зарегистрировано 8,7 млн. новых случаев, заболеваемость составила 125 на 100 тыс. населения (WHO, 2012). При этом подъем заболеваемости, характерный для двух последних десятилетий, имел место не только в экономически отсталых странах, но и в развитых государствах Западной Европы, а также в США (Они-щенко Г.Г., 2008). Эта неблагоприятная тенденция наблюдается и в настоящее время, несмотря на наличие эффективных схем лечения и методов диагностики (Ernst J. D. et al., 2007)

В Российской Федерации, начиная с 1990 г., отмечался рост всех основных эпидемиологических показателей по туберкулезу (ФЦСН, 2010, 2011, 2012). В 2012 г., по сравнению с 2011 г., произошло снижение заболеваемости с 73,0 до 68,1 на 100 000 населения, а пик последнего подъема пришелся на 2008 г. (85,1 на 100 000 населения). Несмотря на снижение заболеваемости, общая смертность от туберкулеза в 2012 г. составила 12,5 на 100 тыс. населения, что соответствует 56 % смертности от всех инфекционных и паразитарных заболеваний. В свою очередь, заболеваемость и смертность от туберкулеза в Сибирском Федеральном округе (СФО) являются одними из наиболее высоких в стране в 2012 г. Заболеваемость туберкулезом в СФО снизилась до 109,5 на 100 000 населения (в 2011 г. - 120,4). В Иркутской области в 2012 г. заболеваемость туберкулезом составила 137,9 на 100 000 населения (в 2011 г. - 152,5). При этом Иркутскую область, как и весь СФО, отличает крайне высокий показатель смертности от этого заболевания - 41,5 на 100 000 населения (Туберкулез в Российской Федерации, 2010, 2011,2013).

Неэффективность современных противоэпидемических мероприятий на фоне пандемии туберкулеза свидетельствует об острой необходимости изменения стратегии и тактики эпидемиологического надзора по отношению к этой инфекции.

В этой связи следует отметить, что в последнее столетие распространение туберкулеза приобрело характер пандемии (Bifani P.J. et al., 2002), важнейшим этиологическим агентом которой является генетически близкая группа штаммов, которой van Soolingen D. et al. (1995) дал название генотип Beijing («Пекин»). Штаммы этого семейства общепризнано считаются пандемическими и наиболее вирулентными, по сравнению с другими генотипами М. tuberculosis. Это явление обнаружено в последние три десятилетия, благодаря широкому применению методов молекулярно-генетического мониторинга возбудителя туберкулеза. Было однозначно показано наличие убиквитарных (пандемических) и эндемичных, ограниченных определенным географическим ареалом генотипов МБТ (Comas I. et al., 2013).

На основе результатов исследования генетического полиморфизма возбудителя туберкулеза была предложена модель возникновения и персистенции эпидемических генотипов микобактерий туберкулеза (МБТ). В рамках модели эпидемический генотип МБТ описывается как «кластеризующийся», т.е. имеющий минимальные генетические различия между штаммами, в большом количестве циркулирующими на какой-то определенной территории (Tanaka М.М. et al., 2006). Однако до настоящего времени генотипическая характеристика возбудителя туберкулеза проводится только в единичных отечественных научных исследованиях и не применяется ни в клинической, ни в эпидемиологической работе противотуберкулезной службы. Даже единичные работы по молекулярно-генетической характеристике возбудителя туберкулеза на территории России свидетельствуют о наличии целого ряда генетически близких групп штаммов, или кластеров. Изучение эпидемической значимости МБТ по принадлежности их к тем или иным генетическим группам только начинает развиваться. Первичные данные по распространенности отдельных

генотипов по регионам Российской Федерации говорят о том, что главенствующее положение занимают штаммы МБТ именно генотипа «Пекин». Несомненно, данный феномен требует многостороннего изучения и оценки роли штаммов данного генетического семейства в высокой смертности и заболеваемости туберкулезной инфекцией в РФ, тем более, что, по мнению подавляющего большинства исследователей, современная пандемия туберкулеза обусловлена именно этим генотипом.

В то же время страны Евросоюза уже используют методы молекулярного генотипирования в эпидемиологической практике борьбы с туберкулезом. Например, на ежегодном совещании Европейского бюро ВОЗ и Европейского Центра по борьбе с болезнями (ЕЦББ) в 2009 г. в Хорватии метод генотипирования туберкулеза MIRU-VNTR рекомендован как референс-метод в молекулярном эпидемиологическом надзоре за туберкулезом (WHO, 2009).

Однако, рассматривая эпидемический процесс при туберкулезе как саморегулирующийся процесс взаимодействия двух генетически гетерогенных популяций возбудителя МБТ и хозяина (Н. sapiens) (Беляков В.Д. и др., 1987), для полноценного прогнозирования мы не можем остановиться только на этапе наблюдения за циркуляцией возбудителя и изменчивостью его генотипов. Не менее важным вопросом является восприимчивость человеческой популяции к туберкулезу, а именно географическая, национальная и половая неоднородность распределения чувствительных к туберкулезу индивидуумов. В этой связи следует отметить, что более высокая чувствительность к туберкулезу показана у мужчин (Neyrolles О. et al., 2009), а также накоплены весьма обширные материалы по более высокой восприимчивости к данной инфекции у черной расы (Cain К.Р. et al., 2008). С этой точки зрения, объективный анализ и прогнозирование эпидемии инфекционного заболевания должны учитывать количество иммунных (устойчивых к инфекции) и чувствительных индивидуумов в исследуемой популяции.

Для туберкулезной инфекции наличие в анамнезе БЦЖ вакцинации не является синонимом полной защиты от инфекции (Перельман М.И., 2004). Более того,

ряд исследователей считает, что именно внедрение массовой БЦЖ вакцинации явилось толчком для пандемического распространения генотипа «Пекин» (Рапуай I. & а1., 2010). Вопрос о разработке критериев оценки восприимчивости к туберкулезу людей на популяционном уровне является приоритетной задачей современной эпидемиологии.

Одним из весьма перспективных подходов для такого рода эпидемиологической оценки является применение при анализе методологии популяционной генетики. «Изучение генетических основ предрасположенности к хроническим инфекционным заболеваниям поможет лучше понять патофизиологию инфекционных заболеваний и даст возможность идентифицировать пациентов групп риска, чтобы усовершенствовать их лечение, так как пациенты группы риска нуждаются в более агрессивной терапии. Идентификация молекулярных факторов, детерминирующих исход инфекции, может помочь найти новые терапевтические возможности для пациентов с хронической инфекцией» (Онищенко Г.Г. и др., 2008). Именно поэтому изучение генетического полиморфизма кандидатных генов устойчивости к туберкулезу в качестве инструмента позволит эпидемиологам и фтизиатрам получить прогностически значимые результаты, отражающие восприимчивость человеческой популяции к туберкулезу на уровне врожденной (неспецифической) устойчивости, что при данной инфекции зачастую более важно, чем наличие специфического иммунитета.

Цель исследования

Сформулировать и обосновать эпидемиологическую концепцию, отражающую молекулярно-генетические особенности течения эпидемического процесса туберкулезной инфекции в России и на постсоветском пространстве для оптимизации системы мониторинга и прогнозирования как составных частей эпидемиологического надзора.

Задачи исследования:

1. Сформулировать концепцию, отражающую современную эпидемиологическую ситуацию распространения туберкулеза в России и мире с учетом исторических и молекулярно-генетических данных, дать определение понятию «эпидемический генотип» Mycobacterium tuberculosis.

2. Оценить время возникновения пандемического генотипа «Пекин» М. tuberculosis в Юго-Восточной Азии методом филогенетического анализа.

3. Выявить основные эпидемические генотипы М. tuberculosis, циркулирующие на территории России, определить время их широкого распространения среди населения страны.

4. Проанализировать эпидемиологическую ситуацию по туберкулезу в регионе эпидемического неблагополучия (Иркутская область), выявить эпидемические генотипы М. tuberculosis, циркулирующие в регионе, и особенности их распределение среди населения.

5. Сформулировать молекулярно-генетическое определение генотипа «Урал» М. tuberculosis.

6. Провести исследование генетического полиморфизма больных туберкулезом легких по отдельным кандидатным генам устойчивости к туберкулезу, выявить сцепленность генотипа «Пекин» (М. tuberculosis) с генотипом хозяина (Н. sapiens) по исследуемым генам.

7. Осуществить ретроспективный анализ распространения различных генотипов М. tuberculosis в аутопсийных образцах от больных туберкулезом легких, выявить сцепленность генотипа «Пекин» (М. tuberculosis) с генотипом хозяина (Н. sapiens), исследуя генетический полиморфизм умерших от туберкулеза.

8. Выявить зависимость частоты распространения множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) среди штаммов от генотипа и субтипа М. tuberculosis.

Научная новизна

• По результатам филогенетического моделирования впервые оценено время возникновения штаммов генотипа «Пекин» на территории Юго-Восточной Азии.

• Впервые сформулирована научная концепция, объясняющая причину активного распространения пандемического генотипа «Пекин» М. tuberculosis на территории России и стран постсоветского пространства, исходя из политических и экономических событий второй половины XX века.

• Впервые сформулирована гипотеза об источниках и путях проникновения наиболее вирулентных штаммов субтипа MIT17 генотипа «Пекин» М. tuberculosis на территорию СССР из Монголии и Тувы после вхождения последней в состав СССР.

• Впервые показана взаимосвязь распределения генотипов МТБ «Пекин» и аллелей -336G и -336А гена CD209 у больных туберкулезом легких мужского пола.

• Впервые показано наличие «летального синергизма» - неблагоприятное сочетание определенного генотипа возбудителя (М. tuberculosis) и одного из вариантов гена CD209 у человека.

• Впервые сформулировано молекулярно-генетическое определение генотипа «Урал» М. tuberculosis по данным MIRU-VNTR и сполиготипирования.

• Впервые основные генотипы возбудителя туберкулеза из Сибири были представлены в глобальной базе штаммов М. tuberculosis SITVIT.

• Впервые показано, что на территории Иркутской области штаммы субтипа MIT17 генотипа «Пекин» М. tuberculosis значимо чаще несут множественную лекарственную устойчивость.

Практическая и теоретическая значимость работы

Разработанные подходы и полученные данные позволяют оптимизировать систему эпидемиологического надзора за туберкулезной инфекцией. Представленная концепция о «взрывообразном» распространении генотипа «Пекин» по территории СССР позволяет прогнозировать дальнейшее ухудшение ситуации, вызванной штаммами этого генотипа. Более того, можно ожидать нарастание числа случаев первичной лекарственной устойчивости вызванной МБТ субтипа MIT17 генотипа «Пекин». Использование результатов молекулярно-генетического мониторинга при работе в очагах туберкулезной инфекции позволит за относительно короткий период времени при небольших материальных затратах максимально точно, на уровне генотипа, установить источники возбудителя инфекции, пути и факторы его передачи, а также временные и пространственные границы очагов. Полученные данные о «летальном синергизме» между генотипом «Пекин» и аллелем -336G CD209 гена человека у больных туберкулезом легких могут быть использованы в работе клиницистов и эпидемиологов для прогнозирования исхода туберкулеза легких.

Положения, выносимые на защиту

1. Соотношение эпидемических и неэпидемических генотипов возбудителя туберкулеза, циркулирующих в популяции населения, наиболее значительно изменяется при глобальных миграционных процессах и социальных катаклизмах. Современное соотношение генотипов возбудителя туберкулеза в России и странах постсоветского пространства установилось в средине XX века.

2. Широкое распространение штаммов генотипа «Пекин» М. tuberculosis по территории Советского Союза произошло в средине XX века через пенетенциар-ную систему страны, основным источником штаммов данного генотипа явились служащие КВЖД.

3. Углубленное генотипированне микобактерий туберкулеза на территории Иркутской области выявило наличие «сверх-трансмиссивного» высоковирулентного субтипа MIT17 генотипа «Пекин», значимо чаще являющегося носителем множественной лекарственной устойчивости, чем другие субтипы.

4. Среди исследованных кандидатных генов устойчивости к туберкулезу легких {АСЕ, AT1R, AT2R, CD209, INF-y, МСР-1) из Иркутской области и генотипов микобактерий, выделенных от этих же больных, только аллель -33 6G гена CD209 обнаружил протективные свойства относительно генотипа «Пекин» для мужчин.

5. Вероятность летального исхода от туберкулеза легких у мужчин значимо повышается при сочетании генотипа «Пекин» М. tuberculosis и аллеля -33 6G в гене CD209 больного.

Внедрение в практику

Результаты исследований внедрены в практику работы ГБУЗ «Иркутский областной противотуберкулезный диспансер».

Материалы исследований использовались при разработке пособий для врачей «Лабораторная диагностика туберкулёза» (2011), «Генетическая диагностика туберкулёза у ВИЧ-позитивных и ВИЧ-негативных больных» (2013), которые были внедрены в учебный процесс ГБОУ ДПО «Иркутская государственная медицинская академии последипломного образования» Минздрава РФ.

Материалы диссертационной работы используются в учебном процессе при чтении лекций и проведении практических занятий со студентами, интернами, ординаторами и врачами на кафедре эпидемиологии и микробиологии и на кафедре туберкулеза ГБОУ ДПО «Иркутская государственная медицинская академии последипломного образования» Минздрава РФ, со студентами и бакалаврами кафедры микробиологии ФГБОУ ВПО «Иркутский государственный университет» и ГБОУ ВПО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава РФ.

Апробация работы и публикации

Основные результаты диссертационной работы были доложены и обсуждены на: VII и IX съездах фтизиатров России (Москва, 2003, 2011); 5-й и 6-й Всероссийских научно-практических конференциях «Генодиагностика инфекционных заболеваний» (Москва, 2004, 2007); конференции «Генодиагностика инфекционных болезней» (Новосибирская обл., 2005); IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008); 8th Nordic Baltic Congress On Infectious Diseases (St. Peterburg, 2009); научной конференции с международным участием «Этиологические, эпидемиологические и клинические аспекты инфекционных болезней» (Иркутск, 2010); IX Российско-немецкой научно-практической конференции «Новые горизонты: инновации и сотрудничество в медицине и здравоохранении» (Новосибирск, 2010); Межрегиональной научно-практической конференции «Современная микробиологическая диагностика туберкулеза» (Владивосток 2010); VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика - 2010» (Москва, 2010); научно-практической конференции с международным участием «Мониторинг туберкулеза и сопутствующие заболевания» (Иркутск, 2011); научно-практической конференции «Актуальные проблемы противотуберкулезной помощи и перспективы ее совершенствования» (Улан-Удэ, 2011); 3rd Asia Pacific Región Conference of the International Union Against Tuberculosis and Lung Disease (Hong-Kong, 2011); заседании Иркутского областного общества эпидемиологов (Иркутск, 2011); заседании Иркутского областного общества фтизиатров (Иркутск, 2011); 15th International Congress on Infectious Diseases (Bangkok, Thailand, 2012); научной конференции с международным участием «Фундаментальные и прикладные аспекты инфекционной патологии» (Иркутск, 2012); IV ежегодном Всероссийском конгрессе по инфекционным болезням (Москва, 2012); межрегиональной научно-практической конференции «Совершенствование организации противотуберкулезных меро-

приятий в условиях Крайнего Севера и Дальнего Востока» (Якутск, 2013); международной конференции «Молекулярная эпидемиология актуальных инфекций» (Санкт-Петербург, 2013).

По теме диссертации опубликована 51 работа, из них 1 монография и 25 статей в журналах, включенных в перечень изданий, рекомендуемых ВАК для публикации основных результатов диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата наук, из них 2 - в зарубежных рецензируемых изданиях с им-пакт-фактором выше 3,0.

Место выполнения работы и личный вклад автора

Основные результаты получены лично автором, которым генерирована идея исследования, сформулированы цели, задачи и выводы. Самостоятельно проведено большинство лабораторных исследований, анализ и интерпретация полученных результатов, моделирование изучаемых процессов. Выделение штаммов и определение их чувствительности к противотуберкулезным препаратам было проведено в ГБУЗ «Иркутский областной противотуберкулезный диспансер», в том числе и самим автором во время работы в данном учреждении. Клинические образцы были получены в ОГАУЗ «Иркутский областной клинический консультативно-диагностический центр» как самим автором во время работы в данном учреждении, так и В.В. Синьковым (автор являлся со-руководителем его кандидатской диссертации). Аутопсийные образцы тканей получены в ГУЗ «Иркутское областное патологоанатомическое бюро» при совместной работе с сотрудником данного учреждения С.Л. Антипиной. Сполиго-типирование штаммов из Иркутской области выполнялось в ФБУН «Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» (Санкт-Петербург) и Институте Пастера (Гваделупа). Молекулярно-генетические исследования по М11Ш-У1МТ11 и генетическому полиморфизму генов человека, компьютерный и статистический анализ данных были проведены автором в лаборатории эпидемически и социально значимых инфекций

ФГБУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» СО РАМН и на кафедре эпидемиологии ГБОУ ДПО «Иркутская государственная медицинская академия последипломного образования» Минздрава РФ. Мутации, отвечающие за лекарственную устойчивость штаммов туберкулеза, определялись секвенированием в Медицинской школе Университета Вирджинии (США).

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 242 страницах машинописного текста, состоит из введения, главы обзора литературы, главы материалов и методов, четырех глав собственных исследований, главы обсуждения результатов, выводов, практических рекомендаций и списка литературы, который включает 342 источника, в том числе 80 отечественных и 262 - зарубежных. Работа содержит 36 таблиц, иллюстрирована 18 рисунками и 11 приложениями.

ГЛАВА 1.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Туберкулез легких - широко распространенное антропонозное заболевание

Род Mycobacterium возник более 150 миллионов лет. По всей видимости, ранний предок М. tuberculosis появился и коэволюционировал совместно с го-минидами на территории Восточной Африки три миллиона лет назад. Однако современные члены М. tuberculosis complex отделились от общего корня на территории Африки в период 35-70 тысяч лет назад (Gutierrez М.С. et al., 2005; Daniel Т.М., 2006).

Распространение современных генотипов возбудителя напрямую связано с расселением людей по планете (Gutierrez М.С. et al., 2005; Comas I. et al., 2013). Туберкулез как заболевание описан еще Гиппократом (460 г. до н. э.) и Галеном (III век н. э.). Палеонтологические находки пораженных костей доказывают существование туберкулезной инфекции в древнем Египте, Индии и Китае, типичные аномалии скелета в виде сколиоза и болезни Потта (туберкулезный спондилит) обнаруживаются в древнейших египетских и индейских мумиях еще доколумбовой эпохи (Daniel Т.М., 2006). Гиппократ описывал заболевание «фтизис» (чахотка) как самое распространенное заболевание своего времени. Им описаны симптомы, связанные с туберкулезом легких, такие, как лихорадка, потеря веса и кровохарканье. Наиболее ранней находкой ДНК ми-кобактерий туберкулезного комплекса считаются образцы суставной поверхности хряща бизона, датируемые по радиоуглеродному анализу сроком 17870 ± 230 лет (Rothschild В.М. et al., 2001). В России наиболее ранней находкой микобактериальной ДНК (около 2000 лет) следует считать обнаружение в костях древнего человека ДНК М. bovis, найденных на территории современной Тувы (Taylor G.M. et.al., 2007).

Структура основных генетических семейств М. tuberculosis весьма строго связана с определенными географическими регионами мира. В каждом регионе обнаружены одна или две специфические генетические группы, и только в Африке обнаружены все основные генетические семейства - как древние, так и современные (Gagneux S. et.al., 2006).

Документированная история заболеваемости и смертности от туберкулеза в России и в Европе начинается в конце XVII в. Туберкулез убивал каждого пятого взрослого в Европе и Северной Америке между XVII и XIX вв. (Wilson L.G., 2005). Однако на тот момент были известны демографические данные лишь об отдельных городах Европы. До XIX века туберкулёз был широко распространенным эпидемическим заболеванием с крайне высокой смертностью даже на фоне эпидемий оспы, сыпного и брюшного тифов, сифилиса, дифтерии и т.д. В Лондоне в XVII-XVIII вв. показатель смертности от туберкулёза составлял 1600-2800 случаев на 100 тыс. населения. Сходные данные наблюдались и в других европейских и вмериканских городах - Плимуте, Бреславле, Вене (Фтизиатрия. Национальное руководство, 2007). К началу XIX века смертность от туберкулеза в Англии все еще превышала 500 случаев на 100 тыс. населения (Murray J.F., 2004).

В XX веке туберкулёз продолжал оставаться широко распространённым и смертельным заболеванием. В 1900 г. в Париже умирали 473 человека на 100 тыс. жителей, в Вене - 379, в Стокгольме -311. До Первой мировой войны в Англии, Германии и Дании наблюдалось снижение смертности от туберкулёза, а в Австрии, Норвегии, Финляндии и Франции показатели по заболеваемости стабилизировались. Первая мировая война вновь вызвала подъем заболеваемости и смертности от ТБ во всех европейских странах. При этом в наименьшей степени пострадали дети раннего возраста, в наибольшей - дети старшего возраста и взрослое население до 30 лет. В большинстве стран сохранились характерные для мирного времени различия показателя смертности среди мужчин и женщин. По окончании Первой мировой войны на фоне восстановления экономики и стабилизации социальной сферы смертность от туберкулёза в той или иной степени сни-

зилась в большинстве стран Европы, Австралии, Новой Зеландии и США (Фтизиатрия. Национальное руководство, 2007).

Во время Второй мировой войны вновь повысилась смертность в оккупированных немецкой армией странах, в самой Германии и Японии. Смертность от туберкулёза во многих странах и в больших городах неуклонно увеличивалась по мере продолжения военных действий. Среди военнопленных, освобождённых из концентрационных лагерей и направленных в Швецию, насчитывалось от 40 до 50 % больных туберкулёзом. В то же время в большинстве стран, не принимавших участия во Второй мировой войне (например, в Швеции и Швейцарии), показатель смертности продолжал снижаться. Стабильным этот показатель был в Канаде и США, не принимавших активного участия в боевых действиях. Таким образом, эпидемические последствия Второй мировой войны в отношении туберкулёза были неодинаковы в разных странах.

В России, как и в других странах Европы, до XX века эпидемическое распространение и смертность от туберкулеза были крайне высокими, в 1835— 1842 гг. смертность от туберкулёза солдат русской армии и флота, наиболее физически крепких и относящихся к молодой и средней возрастной группе, составляла 970-1120 на 100 тыс. солдат. В военных госпиталях умирали от лёгочной чахотки примерно 1 % от списочного состава солдат армии, что составляло 25-30 % всех случаев смерти от туберкулёза. Уже через 40 лет, в 1859-1860 гг., показатель смертности солдат уменьшился примерно в два раза и стал равным 510 на 100 тыс. К 1874 г. он снизился до 200 на 100 тыс. В целом в России эпидемическая обстановка по данному заболеванию в тот период, вероятно, была ещё более тяжёлой (Фтизиатрия. Национальное руководство, 2007). Считается, что смертность от туберкулеза в России к началу Первой мировой войны могла достигать 400 на 100 тыс. Российская Империя имела 43 противотуберкулезных диспансера и 18 санаториев. Для больных туберкулезом предназначалось менее 1000 коек (Фармер П.Е. и др., 1999).

Выделяют три периода борьюы с туберкулезом в СССР. Первый относится к интервалу между 1917 г. и 1941 г. В этот период создавалась сеть государственных противотуберкулезных учреждений, было подготовлено большое количество специалистов, разработаны новые формы и борьбы с туберкулезом (Лапина А.И., 1969). К 1936 г. в противотуберкулезных диспансерах и санаториях работали 27000 врачей, прошедших специальную подготовку. Как и в Европе, в 20-е годы заболеваемость туберкулезом в России начала снижаться. Тем временем, сеть противотуберкулезных учреждений в СССР продолжала расширяться. Главную роль играли диспансеры. Число противотуберкулезных диспансеров и пунктов быстро увеличилось с 43 до 1048 с 1914 по 1941 гг. До появления антибиотиков противотуберкулезные мероприятия сводились к выявлению случаев активного туберкулеза среди населения, улучшению питания, санаторному и хирургическому лечению.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Огарков, Олег Борисович, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Аблажей, Н. Н. Возвращение на Родину / Н. Н. Аблажей // Наука в Сибири. - 2004. - Т. 9, № 2445. - С. 7-16.

2. Аблажей, Н. Н. Эмиграция из России (СССР) в Китай и реэмиграция в первой половине XX века : автореф. дис. ... докт. истор. наук : 07.00.02 / Аблажей Наталья Николаевна. - Новосибирск, 2008. - 45 с.

3. Аллельный полиморфизм гена IFN-гамма при туберкулезе легких / И. Наследникова, О. Уразова, О. Воронкова и др. // Медицинская иммунология. - 2010. - Т. 12, № 3. - С. 259-264.

4. Бабаева, И. Ю. Вторичные заболевания у больных туберкулезом на поздних стадиях ВИЧ-инфекции / И. Ю. Бабаева, Е. Г. Кондратьева, В. В. Шаполов-ский // Эпидем. и инфек. бол. - 2008. - № 3. - С. 42^46.

5. Балабанова, Я. М. Преобладание штаммов Mycobacterium tuberculosis семейства Beijing и факторы риска их трансмиссии в Самарской области / Я. М. Балабанова, В. В. Николаевский, М. Радди // Проблемы туберкулеза и болезней легких. - 2006. - Т. 2. - С. 31-37.

6. Богородская, Е. М. Формирование у больных туберкулезом стимулов к выздоровлению и соблюдению режима химиотерапии / Е. М. Богородская, И. Д. Данилова, О. Б. Ломакина // Пробл. туб. и болезней легких. - 2007. - № 3. -С. 46-63.

7. Боханов, А. Н. История России с начала XVIII до конца XIX века / А. Н. Боханов, М. М. Горинов ; Под ред. А. Н. Сахарова. - М. : ACT, 2001. -543 с.

8. Брико, Н. И. Глобализация и эпидемический процесс / Н. И. Брико,

B. И. Покровский // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2010. - № 4. -

C. 4-10.

9. Валиев, Р. Ш. Кпинико-иммунологические особенности течения туберкулеза в сочетании с ВИЧ-инфекцией / Р. Ш. Валиев, И. М. Хартынова, О. М. Рома-ненко // Пробл. туб. - 2005. - № 10. - С. 31-34.

10. Вартанян, Ф. Е. Туберкулез, ассоциированный с ВИЧ-инфекцией, в странах мира / Ф. Е. Вартанян, К. П. Шаховский // Эпидем. и инфек. бол. - 2007. -№ 3. - С. 42^14.

11. Василенко, Н. Российская эмиграция в Маньчжурии накануне и в годы Второй мировой войны / Н. Василенко // Россия и АТР. - 2005. - Т. 2. - С. 20-22.

12. Википедия. 39 армия в Китае // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/wiki/39-армия_в_Китае.

13. Википедия. БЦЖ // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : http://rn.wikipedia.org/wiki/BipK.

14. Википедия. Внутренняя Монголия // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : http://ru.wikipedia.org/wiki/ Внутренняя_Монголия.

15. Википедия. ГУЛаг// Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : 1ЖЬ: http://ш.wikipedia.org/ГУЛaг.

16. Википедия. История Эстонии // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : http://ru.wikipedia.org/wiki/ История_Эстонии.

17. Википедия. Калиниградская область // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : http://ru.wikipedia.org/ wiki/Kaлинингpaдcкaя_oблacть.

18. Википедия. Китайско-Восточная железная дорога // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа: http://ш.wikipedia.org/wiki/Kитaйcкo-Bocтoчнaя_жeлeзнaя_дopoгa.

19. Википедия. Латвия // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : http://ш.wikipedia.org/wiki/Лaтвия.

20. Википедия. Образование в Монголии // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : http://ru.wikipedia.org/wiki/ Образование_в_Монголии.

21. Википедия. Польша// Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа : http://m.wikipedia.org/wiki/noflbina.

22. Википедия. Саузерн-блот // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/wiki/Cayзepн-блoт.

23. Википедия. Финляндия // Википедия, свободная энциклопедия [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа: http://ш.wikipedia.org/wiki/Финляндия.

24. ВИЧ-инфекция : Информационный бюллетень 2012 [Электронный ресурс]. - Режим доступа : http://www.hivrussia.org/stat/2012.shtml.

25. Влияние генотипа М. tuberculosis на выживаемость мышей при экспериментальном туберкулезе / С. Н. Андреевская, JI. Н. Черноусова, Т. Г. Смирнова и др. // Пробл. туб. и болезней легких. - 2007. - № 7. - С. 45-50.

26. Генетическое разнообразие Mycobacterium tuberculosis и оценка факторов риска распространения заболевания туберкулезом в Сибирском регионе России методами молекулярной эпидемиологии / О. В. Норкина, В. Н. Киншт, И. В. Мокроусов и др. // Молекул, генетика, микробиология и вирусология. -2003.-№3.-С. 9-17.

27. Генотипическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis из Республики Тыва / А. Г. Матрашкин, Е. М. Месько, Н. К. Белякова и др. // Проблемы туберкулеза и болезней легких. - 2004. - № 3. - С. 37-40.

28. Гетерогенность когорты лиц, живущих с ВИЧ/СПИДом, с большим сроком инфицирования по показателям вирусологического и иммунологического мониторинга ВИЧ-инфекции / Г. Д. Каминский, И. JI. Серков, Е. В. Журова и др. // Эпидем. и инфек. бол. - 2010. - № 3. - С. 38-40.

29. Дифференциация микобактерий туберкулеза семейства W-Beijing, распространенных на территории Российской Федерации, на основе VNTR-типирования / О. В. Сурикова, Д. В. Войтих, Г. А. Кузьмичева и др. // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2005. - № 3. - С. 22-29.

30. Елисеев, Н. А. Железные дороги ГУЛАГа [Электронный ресурс] / Н. А. Елисеев // КИПС-инфо. - 2002. - Режим доступа: http://kipsinfo.ru/ index.php?mode=article_full&id=107&cat_id=4.

31. Железнодорожные войска России. Кн. 4. В период мирного строительства: 1945-1991 / Под ред. Г. И. Когатько. - М. : ООО «Русь-Стиль XXI век», 2002. - 352 с.

32. Земцов, В. И. Демография заключенных, спецпоселенцев и ссыльных в 1930-е - 1950-е / В. И. Земцов // Население России в XX веке. - М., 1998. -№ 3. - С. 27.

33. Зоркальцева, Е. Ю. Эпидемиологическая ситуация по туберкулезу на территории Иркутской области / Е. Ю. Зоркальцева, С. А. Галимов, О. А. Воробьева // Проблемы современной эпидемиологии. Перспективные средства и методы лабораторной диагностики и профилактики актуальных инфекций : Всерос. науч. конф. - СПб., 2009. - С. 177.

34. Кимура, М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности / М. Кимура. -М.: Мир, 1985.-402 с.

35. Корнилова, 3. X. Туберкулез в сочетании с ВИЧ-инфекцией / 3. X. Корнилова, И. В. Луконина, Л. П. Алексеева // Пробл. туб. и болезней легких. -2010.-№3.-С. 3-7.

36. Ладная, Н. Н. ВИЧ-инфекция и инфекции, передаваемые половым путем, в Российской Федерации в 1993-2008 гг. / Н. Н. Ладная, М. А. Иванова // Эпидем. и инфек. бол. - 2010. - № 3. - С. 4-11.

37. Лапина, А. И. Организация борьбы с туберкулезом в СССР / А. И. Лапина. - М.: Медицина, 1969. - 303 с.

38. Методический подход к оценке эпидемиологической ситуации по обобщенному критерию / Е. Д. Савилов, Г. И. Алексеева, М. В. Мальцева и др. // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2011. - № 1. - С. 17-20.

39. Мишин, В. Ю. Туберкулез у ВИЧ-инфицированных больных / В. Ю. Мишин // Consil. Med. - 2008. - Т. 10. - С. 9-14.

40. Мокроусов, И. В. Генетическое разнообразие и эволюция Mycobacterium tuberculosis : Автореф. дис. ... докт. биол. наук : 03.00.07, 14.03.03 / Игорь Владиславович Мокроусов. - СПб., 2009. - 48 с.

41. Молекулярная эпидемиология туберкулеза в четырех административных территориях Баренц-региона Российской Федерации / А. А. Баранов, А. О. Марьяндышев, Ю. М. Маркелов и др. // Экология человека. - 2007. - Т. 7. -С. 34-38.

42. Молекулярно-генетическая характеристика изолятов М. tuberculosis у больных туберкулезом легких г. Астана / М. А. Дымова, А. Р. Кушугулова, С. Е. Рахимова и др. // Бюллетень СО РАМН. - 2011. - Т. 31, № 1. - С. 107-112.

43. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих в Псковской области / А. А. Вязовая, И. В. Мокроусов, Т. Ф. Оттен и др. // Туберкулез и болезни легких. - 2012. - № 6. С. 35-39.

44. Молекулярное генотипировани штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих в Центральной России: эффективность сполиготипирования и VNTR-MIRU / В. В. Николаевский, Я. М. Балабанова, Т. Браун с соавт. // Молеку-ляр. генет. микробиол. вирусол. - 2005. - № 4. - С. 9-14.

45. Нанн, П. Глобальный подход к борьбе с ВИЧ-ассоциированным туберкулезом / П. Нанн // Пробл. туб. - 2005. - № 10. - С. 13-16.

46. Нарвская, О. В. Характеристика циркулирующих на Северо-Западе России штаммов Mycobacterium tuberculosis с использованием сполиготипирования / О. В. Нарвская, И. В. Мокроусов, Е. В. Лимешенко // Проблемы туберкулеза. -2002.-№4.-С. 44-48.

47. Онищенко, Г. Г. Генетический полиморфизм при инфекционных болезнях / Г. Г. Онищенко, А. Б. Белевитин, В. Н. Цыган // Вестник Российской военно-медицинской академии. - 2008. - № 3. - С. 16-37.

48. Онищенко, Г. Г. Глобальная профилактика туберкулеза и малярии в свете решений «Большой восьмерки» / Г. Г. Онищенко // Вестник РАМН. - 2008. -№ 3. - С. 1-16.

49. Определение лекарственной устойчивости ВИЧ у пациентов, получавших противоретровирусную терапию / Е. В. Богословская, Г. А. Шипулин, J1. Ю. Башкиров и др. // Эпидем. и инфек. бол. - 2004. - № 4. - С. 38-^0.

50. Осмо, Ю. Великое княжество Финляндское 1809-1917 / Ю. Осмо ; Под ред. А. Румянцева. - Хельсинки : Ruslania Books Оу, 2009. - 860 с.

51. Оценка эффективности различных схем ВААРТ у больных ВИЧ-инфекцией и туберкулезом / Г. Ф. Мошкович, С. В. Минаева и др. // Матер. III Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участ. - М., 2009. - С. 77-78.

52. Перельман, М. И. Туберкулез и биобезопасность / М. И. Перельман // Молекулярная медицина. - 2004. - № 3. - С. 27-31.

53. Поиск генов подверженности туберкулезу с использованием результатов полногеномного исследования болезни Крона / А. А. Рудко, М. Б. Фрейдин, Е. Ю. Брагина и др. // Бюл. сибирской медицины. - 2013. - Т. 12, № 3. - С. 61-68.

54. Покровский В. И. Общая эпидемиология с основами доказательной медицины. Руководство к практическим занятиям / В. И. Покровский, Н. И. Брико. -М.: ГЭОТАР-Медиа, 2010. - 400 с.

55. Пузырев, В. П. Генетика мультифакториальных заболеваний: между прошлым и будущим / В. П. Пузырев // Мед. генетика. - 2003. - Т. 2, № 12. -С. 498-508.

56. Пузырев, В. П. Феномно-геномные отношения и патогенетика многофакторных заболеваний / В. П. Пузырев // Вестн. РАМН. - 2011. - № 9. - С. 17-27.

57. Распространенность туберкулеза в Российской Федерации / Е. М. Белиловский, С. Е. Борисов, Е. И. Скачкова и др. // Туберкулез в РФ. Аналитический обзор статистических показателей, используемых в Российской Федерации. - 2008. - С. 65-75.

58. Ресурсы и деятельность противотуберкулезных учреждений Российской Федерации за 2010-2011 годы / А. В. Городина, Н. М. Зайченко, Д. А. Кучерявая и др. // Сборник статистических материалов. - М., 2012. - 140 с.

59. Рудко, А. А. Наследственная подверженность туберкулезу / А. А. Рудко, М. Б. Фрейдин, В. П. Пузырев // Молекулярная медицина. - 2011. - № 3. - С. 3-10.

60. Сазыкин, В. JI. Комплексная оценка эпидемиологической ситуации по туберкулезу в России / В. JI. Сазыкин, И. М. Сон // Проблемы туберкулеза и болезни легких. - 2006. - № 10. - С. 65-69.

61. Саморегуляция паразитарных систем: (молекулярно-генетические механизмы) / В. Д. Беляков, Д. Б. Голубев, Г. Д. Каминский, В. В. Тец. - М.: Медицина, 1987.-240 с.

62. Система статистического учета и отчетности о случаях туберкулеза соче-танного с ВИЧ-инфекцией, в Российской Федерации / О. П. Фролова, Е. М. Белилов-ский, И. Г. Шинкарева и др. // Туберкулез в РФ. Аналитический обзор статистических показателей, используемых в Российской Федерации. - М., 2008. - С. 100-101.

63. Смертность больных туберкулезом в Российской Федерации / С. Е. Борисов, Е. М. Белиловский, Е. И. Скачкова и др. // Туберкулез в РФ. Аналитический обзор статистических показателей, используемых в Российской Федерации. - 2008. - С. 54-64.

64. Соболев, Н. П. Держись, Коля / Н. П. Соболев. - Казань : Дом печати, 2003.-454 с.

65. Сорокина, Т. Китайская иммиграция на Дальний Восток России в конце XIX - начале XX вв. / Т. Сорокина // Исторический ежегодник. - 1998. - С. 13-23.

66. Структура популяции М. tuberculosis в Монголии по результатам гено-типирования полиморфизмов больших последовательностей / Н. В. Кириллова, Е.А.Федосова, Н. Наранбат и др. // Мол. ген. микробиол. вирусол. - 2011. -№4.-С. 3-7.

67. Табаков, В. А. Оценка ситуации и прогностические аспекты заболеваемости ВИЧ-инфекцией на региональном уровне / В. А. Табаков, В. В. Никитин // Эпидем. и инфекц. бол. - 2008. - № 3. - С. 16-17.

68. Туберкулез в Российской Федерации / Н. Б. Найговзина, В. Б. Филатов, В. В. Ерохин, В. В. Пунга // Эпидем. и инфек. бол. - 2009. - № 3. - С. 4-9.

69. Туберкулез в Российской Федерации 2009 г. // Аналитический обзор статистических показателей по туберкулезу, используемых в Российской Федерации.-М., 2010.-224 с.

70. Туберкулез в Российской Федерации 2010 г. // Аналитический обзор статистических показателей по туберкулезу, используемых в Российской Федерации.-М., 2011.-280 с.

71. Туберкулез в Российской Федерации 2011 г. // Аналитический обзор статистических показателей по туберкулезу, используемых в Российской Федерации.-М., 2013.-280 с.

72. УФСИН России по Республике Тыва. История УИС Республики Тыва [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа: http://www.17.fsin.su/istoria/ 1ууа.р11р.

73. Фармер, П. Е. Полирезистентный туберкулёз: угроза человечеству / П. Е. Фармер, Кононец А. С. // Гарвардская медицинская школа. Институт «Открытое общество». - М., 1999. - 62 с.

74. Фтизиатрия. Национальное руководство / Под ред. М. И. Перельмана. -М. : ГЭОТАР-Медиа, 2007. - 512 с.

75. ФЦСН. О санитарно-эпидемиологической обстановке в Российской Федерации в 2009 году. Государственный доклад. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2010. - 456 с.

76. ФЦСН. О санитарно-эпидемиологической обстановке в Российской Федерации в 2010 году. Государственный доклад. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2011. - 431 с.

77. ФЦСН. О санитарно-эпидемиологической обстановке в Российской Федерации в 2011 году. Государственный доклад. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2012.-316 с.

78. Шилова, М. В. Эпидемическая обстановка по туберкулезу в Российской Федерации к началу 2009 г. / М. В. Шилова // Пробл. туб. и болезней легких. -2010.-№ 5.-С. 14-21.

79. Эпидемиологический анализ: Методы статистической обработки материала / Е. Д. Савилов, В. А. Астафьев, С. Н. Жданова, Заруднев Е. А. - Новосибирск : Наука-Центр, 2011. - 156 с.

80. Эффективность противодействия эпидемии ВИЧ-инфекции в Российской Федерации в 2006-2007 гг. / Н. Н. Ладная, Л. А. Дементьева и др. // Эпидем. и инфек. бол. - 2009. - № 2. - С. 10-14.

81. А 12.7 kb fragment of the Mycobacterium tuberculosis genome is not present in Mycobacterium bovis / M. Zumarraga, F. Bigi, A. Alito et al. // Microbiology. -1999. - Vol. 145. - P. 893-897.

82. A data-mining approach to spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis / M. Sebban, I. Mokrousov, N. Rastogi, C. Sola // Bioinformatics (Oxford, England). - 2002. - Vol. 18. - P. 235-243.

83. A deletion defining a common Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis associates with immune subversion / S. M. Newton, R. J. Smith, K. A. Wilkinson et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2006. - Vol. 103, N 42. - P. 15594-15598.

84. A functional promoter polymorphism in monocyte chemoattractant protein-1 is associated with increased susceptibility to pulmonary tuberculosis / P. O. Flores-Villanueva, J. A. Ruiz-Morales, С. H. Song et al. // J. Exp. Med. - 2005. - Vol. 202. -P. 1649-1658.

85. A map of recent positive selection in the human genome / B. F. Voight, S. Kudaravalli, X. Wen, J. K. Pritchard // PLoS Biol. - 2006. - Vol. 4 (3). - P. e72.

86. A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis genotypes / B. Lopez, D. Aguilar, H. Orozco et al. // Clin. Exp. Immunol. - 2003. - Vol. 133. - P. 30-37.

87. A new evolutionary scenario for the Mycobacterium tuberculosis complex / R. Brosch, S. V. Gordon, M. Marmiesse et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. -2002. - Vol. 99. - P. 3684-3689.

88. A novel pathogenic taxon of the Mycobacterium tuberculosis complex, Canetti: characterization of an exceptional isolate from Africa / D. van Soolingen, T. Hoogenboezem, P. E. de Haas et al. // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1997. - Vol. 47, N 4. - P. 1236-1245.

89. A polymorphism in human TLR2 is associated with increased susceptibility to tuberculous meningitis / N. T. Thuong, T. R. Hawn, G. E. Thwaites et al. // Genes Immun. - 2007. - Vol. 8. - P. 422-428.

90. A recently evolved sublineage of the Mycobacterium tuberculosis Beijing strain family is associated with an increased ability to spread and cause disease / M. Hanekom, G. D. van der Spuy, E. Streicher et al. // J. Clin. Microbiol. - 2007. -Vol. 45.-P. 1483-1490.

91. A variant in the CD209 promoter is associated with severity of dengue disease / A. Sakuntabhai, C. Turbpaiboon, I. Casademont et al. // Nat. Genet. - 2005. - N 5. -P. 507-513.

92. Acquired drug resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates recovered from compliant patients with human immunodeficiency virus-associated tuberculosis /F.March, X. Garriga, P.Rodriguez et al. // Clin. Infect. Dis. - 1997. - Vol.25. -P. 1044-1047.

93. Acquired rifamycin monoresistance in patients with HIV-related tuberculosis treated with once-weekly rifapentine and isoniazid. Tuberculosis Trials Consortium / A. Vernon, W. Burman, D. Benator et al. // Lancet. - 1999. - Vol. 353. -P. 1843-1847.

94. Acute infection and macrophage subversion by Mycobacterium tuberculosis require a specialized secretion system / S. A. Stanley, S. Raghavan, W. W. Hwang, J. S. Cox // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2003.-Vol. 100.-P. 13001-13006.

95. Allison, A. C. Protection afforded by sickle-cell trait against subtertian malareal infection / A. C. Allison // Br. Med. J. - 1954. - Vol. 1, N 4857. - P. 290-294.

96. An epidemiological study of tuberculosis and HIV infection in Tanzania, 1991-1993 / H. J. Chum, R. J. O'Brien, T. M. Chonde et al. // AIDS. - 1996. -Vol. 10.-P. 299-309.

97. An insertion/deletion polymorphism in the angiotensin I-converting enzyme gene accounting for half the variance of serum enzyme levels / B. Rigat, C. Hubert, F. Alhenc-Gelas et al. // Clin. Invest. - 1990. - Vol. 86. - P. 1343-1346.

98. An outbreak of multidrug-resistant tuberculosis among hospitalized patients with the acquired immunodeficiency syndrome / B. R. Edlin, J. I. Tokars, M. H. Grieco et al. // N. Engl. J. Med. - 1992. - Vol. 326. - P. 1514-1521.

99. Anand, S. P. Interferon gamma gene +874A/T polymorphism and intracellular interferon gamma expression in pulmonary tuberculosis / S. P. Anand, M. Harishankar, P. Selvaraj // Cytokine. - 2010. - Vol. 49, N 2. - P. 130-133.

100. Ancient origin and gene mosaicism of the progenitor of Mycobacterium tuberculosis / M. C. Gutierrez, S. Brisse, R. Brosch et al. // PLoS Pathog. - 2005. -Vol. 1 (l).-P. e5.

101. Andersson, D. I. Antibiotic resistance and its cost: is it possible to reverse resistance? / D. I. Andersson, D. Hughes // Nat. Rev. Microbiol. - 2010. - Vol. 8. -P. 260-271.

102. Association between angiotensin II receptor gene polymorphism and serum angiotensin converting enzyme (SACE) activity in patients with sarcoidosis / Y. Takemoto, M. Sakatani, S. Takami et al. // Thorax. - 1998. - Vol. 53. - P. 459^62.

103. Associations between Mycobacterium tuberculosis strains and phenotypes / T. Brown, V. Nikolayevskyy, P. Velji, F. Drobniewski // Emerging Infectious Diseases. - 2010. - Vol. 16, N 2. - P. 272-280.

104. Associations of Mycobacterium tuberculosis genotypes with different ethnic and migratory populations in Taiwan / H.-Y. Dou, F.-C. Tseng, J.-J. Lu et al. // Infect. Genet. Evol. - 2008. - Vol. 8, N 3. - P. 323-330.

105. At Baltic crossroads: a molecular snapshot of Mycobacterium tuberculosis population diversity in Kaliningrad, Russia / I. Mokrousov, T. Otten, T. Zozio et al. // FEMS Immunol. Med. Microbiol. - 2009b. - Vol. 55 (1). - P. 13-22.

106. Automated hight-throughput genotyping for study of global epidemiology of Mycobacterium tuberculosis based on mycobacterial interspred repeatitive units /P. Supply, S. Lesjean, E. Savine et al. // J. Clin. Mocrobiol. - 2001. - Vol.39. -P. 3563-3571.

107. Azad A.K., Sadee W., Schlesinger L.S. Innate immune gene polymorphisms in tuberculosis // Infect. Immun. - 2012. - Vol. 80, N 20. - P. 3343-3359.

108. Banchereau, J. Dendritic cells and the control of immunity / J. Banchereau, R. M. Steinman // Nature. - 1998. - Vol. 392, N 6673. - P. 245-252.

109. Bandelt, H.-J. Median-joining networks for inferring intraspeeific phylogenies / H.-J. Bandelt, P. Forster, A. Röhl // Mol. Biol. Evol. - 1999. - Vol. 16. - P. 37^18.

110. Barkhash A. V., Perelygin A. A., Babenko V. N. Single nucleotide polymorphism in the promoter region of the CD209 gene is associated with human predisposition to severe forms of tick-borne encephalitis. // Antiviral Res. — 2012. Vol. 93, N. l.P. 64-68

111. Berrington W. R., Hawn T. R. Mycobacterium tuberculosis, macrophages, and the innate immune response: does common variation matter? // Immunological Reviews. — 2007. - Vol. 219. - P. 167-186

112. Berthet F. X., Rasmussen P. B., Rosenkrands I. et al. A Mycobacterium tuberculosis operon encoding ESAT-6 and a novel low-molecular-mass culture filtrate protein (CFP-10). // Microbiology. — 1998. - Vol. 144 ( Pt 11). - P. 3195-3203.

113. Beijing/W genotype Mycobacterium tuberculosis and drug resistance / J. R. Glynn, K. Kremer, M. W. Borgdorff et al. // Emerg. Infect. Dis. - 2006. -Vol. 12.-P. 736-743.

114. Blot, M. Transposable elements and adaptation of host bacteria / M. Blot // Genetica. - 1994. - Vol. 93, N 1-3. - P. 5-12.

115. Bifani P. J., Mathema B., Liu Z. et al. Identification of a W variant outbreak of Mycobacterium tuberculosis via population-based molecular epidemiology. // JAMA. - 1999. - Vol. 282, № 24. - P. 2321-2327.

116. Burman, W. J. Comparative pharmacokinetics and pharmacodynamics of the rifamycin antibacterials / W. J. Burman, K. Gallicano, C. Peloquin // Clin. Pharmacokinet. - 2001. - Vol. 40. - P. 327-341.

117. Caminero, J. A. Treatment of multidrug-resistant tuberculosis: evidence and controversies / J. A. Caminero // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2006. - Vol. 10. -P. 829-837.

118. Cataldi, A. Tuberculosis caused by other members of the M. tuberculosis Complex / A. Cataldi, M. I. Romano // In : Tuberculosis ; Ed. by A. Cataldi, M. I. Romano. - 2007. - P. 283-314.

119. CCL2/MCP-I genotype-phenotype relationship in latent tuberculosis infection / R. Hussain, A. Ansari, N. Talat et al. // PLoS One. - 2011. - Vol. 6, N 10. -P. e25803.

120. CCL2-2518 (A/G) polymorphisms and tuberculosis susceptibility: a metaanalysis / W.-X. Feng, P. O. Flores-Villanueva, I. Mokrousov et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2012. - Vol. 16 (2). - P. 150-156.

121. CCR2, MCP-1, SDF-la & DC-SIGN gene polymorphisms in HIV-1 infected patients with & without tuberculosis / K. Alagarasu, P. Selvaraj, S. Swaminathan et al. // The Indian J. Med. Res. - 2009. - Vol. 130, N 4. - P. 444-450.

122. CD209 genetic polymorphism and tuberculosis disease / F. O. Vannberg, S. J. Chapman, C. C. Khor et al. // PloS One. - 2008. - Vol. 3, N 1. - P. el388.

123. CDC, Centers for Disease Control and Prevention. Emergence of Mycobacterium tuberculosis with extensive resistance to second-line drugs worldwide, 2000-2004 // MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. - 2006. - Vol. 55. - P. 301-305.

124. Characteristics of drug resistance and HIV among tuberculosis patients in Mozambique / A. MacArthur, S. Gloyd, P. Perdigao et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. -2001.-Vol. 5.-P. 894-902.

125. Characteristics of drug-resistant tuberculosis in Abkhazia (Georgia), a high-prevalence area in Eastern Europe / M. Pardini, S. Niemann, F. Varaine et al. // Tuberculosis (Edinb.). - 2009. - Vol. 89. - P. 317-324.

126. Characterization of Finnish Mycobacterium tuberculosis isolates by spoligotyping / K. Puustinen, M. Marjamaki, N. Rastogi et al. // J. Clin. Microbiol. -2003. - Vol. 41. - P. 1525-1528.

127. Characterization of the phylogenetic distribution and chromosomal insertion sites of five IS6110 elements in Mycobacterium tuberculosis', non-random integration in the dnaA-dnaN region / N. E. Kurepina, S. Sreevatsan, B. B. Plikaytis et al. // Tuber. Lung Dis. - 1998. - Vol. 79. - P. 31-42.

128. Clinical outcome of individualized treatment of multidrug-resistant tuberculosis in Latvia: a retrospective cohort study / V. Leimane, V. Reikstina, T. Holtz et al. // Lancet. - 2005. - Vol. 365. - P. 318-326.

129. Clusters of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis cases, Europe /1. Devaux, K. Kremer, H. Heersma, D. V. Soolingen // Emerg. Infect. Dis. - 2009. -Vol. 15, N7.-P. 1052-1060.

130. Colijn, C. Emergent heterogeneity in declining tuberculosis epidemics / C. Colijn, T. Cohen, M. Murray // J. Theor. Biol. - 2007. - Vol. 247. - P. 765-774.

131. Community-based therapy for multidrug-resistant tuberculosis in Lima, Peru / C. Mitnick, J. Bayona, E. Palacios et al. // N. Engl. J. Med. - 2003. - Vol. 348. -P. 119-128.

132. Comparative genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis drug resistant strains from Russia / E. N. Ilina, E. A. Shitikov, L. N. Ikryannikova et al. // PLoS One. - 2013. - Vol. 8 (2). - P. e56577.

133. Comparative genomics of BCG vaccines by whole-genome DNA microarray / M. A. Behr, M. A. Wilson, W. P. Gill et al. // Science. - 1999. - Vol. 284, N 5419. -P. 1520-1523.

134. Comparison of methods based on different molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility / K. Kremer, D. van Soolingen, R. Frothingham et al. // J. Clin. Microbiol. - 1999. - Vol. 37, N 8. - P. 2607-2618.

135. Concordance of variable-number tandem repeat (VNTR) and large sequence polymorphism (LSP) analyses of Mycobacterium tuberculosis strains / E. Yokoyama, Y. Hachisu, R. Hashimoto, K. Kishida // Infection, Genetics and Evolution: J. Molec. Epidem. Evolut. Gen. Infect. Dis. - 2010. - Vol. 10, N 7. - P. 913-918.

136. Contribution of spoligotyping to the characterization of the population structure of Mycobacterium tuberculosis isolates in Portugal / S. David, D. R. Ribeiro, A. Antunes et al. // Infect. Genet. Evol. - 2007. - Vol. 7. - P. 609-617.

137. Dale J. W., Al-Ghusein H., Al-Hashmi S. Evolutionary relationships among strains of Mycobacterium tuberculosis with few copies of IS6110. // J. Bacteriol. — 2003. - Vol. 185, № 8. - P. 2555-2562.

138. Da Silva, R. C. Role of DC-SIGN and L-SIGN receptors in HIV-1 vertical transmission / R. C. da Silva, L. Segat, S. Crovella // Human Immunology. - 2011. -Vol. 72,N4.-P. 305-311.

139. Daniel, T. M. The history of tuberculosis / T. M. Daniel // Respir. Med. -2006.-Vol. 100.-P. 1862-1870.

140. Data mining of Mycobacterium tuberculosis complex genotyping results using mycobacterial interspersed repetitive units validates the clonal structure of spoligotyping-defined families / S. Ferdinand, G. Valetudie, C. Sola, N. Rastogi // Res. Microbiol. - 2004. - Vol. 155 (8). - P. 647-654.

141. DC-SIGN (CD209) Promoter -336A/G polymorphism is associated with dengue hemorrhagic fever and correlated to DC-SIGN expression and immune augmentation / L. Wang, R. Chen, J. Liu et al. // PLoS Neglected Tropical Diseases. -2011.-Vol. 5, N 1. - P. e934.

142. DC-SIGN is the major Mycobacterium tuberculosis receptor on human dendritic cells / L. Tailleux, O. Schwartz, J.-L. Herrmann et al. // J. Exp. Med. - 2003. -Vol. 197, N 1. - P. 121-127.

143. Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence / S. T. Cole, R. Brosch, J. Parkhill et al. // Nature. - 1998. - Vol. 393, N6685.-P. 537-544.

144. Decreased bioavailability of rifampin and other antituberculosis drugs in patients with advanced human immunodeficiency virus disease / P. Gurumurthy, G. Ramachandran, A. K. Hemanth Kumar et al. // Antimicrob. Agents Chemother. - 2004. - Vol. 48. - P. 4473-4475.

145. Deletion of RD1 from Mycobacterium tuberculosis mimics bacille Calmette - Guerin attenuation / K. N. Lewis, R. Liao, K. M. Guinn et al. // J. Infect. Dis.-2003.-Vol. 187.-P. 117-123.

146. Determinants of drug-resistant tuberculosis: analysis of 11 countries / M. A. Espinal, K. Laserson, M. Camacho et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2001. -Vol. 5.-P. 887-893.

147. Development of variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium bovis: comparison of results with those obtained by using existing exact tandem repeats and spoligotyping / S. Roring, A. Scott, D. Brittain et al. // J. Clin. Microbiol. - 2002. -Vol. 40.-P. 2126-2133.

148. Diamond, J. Evolution, consequences and future of plant and animal domestication / J. Diamond // Nature. - 2002. - Vol. 418. - P. 700-707.

149. Differences among sublineages of the East-Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis in genotypic clustering / M. Kato-Maeda, E. Y. Kim, L. Flores et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2010. - Vol. 14, N 5. - P. 538-544.

150. Differential serum cytokine levels are associated with cytokine gene polymorphisms in North Indians with active pulmonary tuberculosis / I. R. Abhimanyu Mangangcha, P. Jha et al. // Infection, Genetics and Evolution. - 2011. - Vol. 11 (5). -P. 1015-1022.

151. Does tuberculosis increase HIV load? / J.H.Day, A.D.Grant, K. L. Fielding et al. // J. Infect. Dis. - 2004. - Vol. 190. - P. 1677-1684.

152. Domenech P., Kolly G. S., Leon-Solis L. et al. Massive gene duplication event among clinical isolates of the Mycobacterium tuberculosis W/Beijing family // Journal of Bacteriology. — 2010. - Vol. 192, № 18. - P. 4562-4570

153. Driscoll, J. R. Spoligotyping for molecular epidemiology of the Mycobacterium tuberculosis complex / J. R. Driscoll // Methods Mol. Biol. - 2009. -Vol. 551.-P. 117-1128.

154. Drug resistance among smear-positive tuberculosis patients in Ho Chi Minh City, Vietnam / H. T. Quy, T. N. Buu, F. G. Cobelens et al. // Int. J. Tuberc. Lung. Dis. - 2006. - Vol. 10.-P. 160-166.

155. Drug resistance pattern of Mycobacterium tuberculosis in seropositive and seronegative HIV-TB patients in Pune, India / M. Pereira, S. Tripathy, V. Inamdar et al. // Indian J. Med. Res. - 2005. - Vol. 21. - P. 235-239.

156. Drug-resistant tuberculosis in South African gold miners: incidence and associated factors / G. J. Churchyard, E. L. Corbett, I. Kleinschmidt et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2000. - Vol. 4. - P. 433^140.

157. Ecotypes of the Mycobacterium tuberculosis complex / N.H.Smith, K. Kremer, J. Inwald et al. // J. Theor. Biol. - 2006. - Vol. 239. - P. 220-225.

158. Efficient differentiation of Mycobacterium tuberculosis strains of the W-Beijing family from Russia using highly polymorphic VNTR loci / O. V. Surikova, D. S. Voitech, G. Kuzmicheva et al. // Eur. J. Epidemiol. - 2005. - Vol. 20. - P. 963-974.

159. Ehlers, S. DC-SIGN and mannosylated surface structures of Mycobacterium tuberculosis: a deceptive liaison / S. Ehlers // Eur. J. Cell. Biol. - 2009. - Vol. 89 (1). -P. 95-101.

160. Emerging multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype circulating in Russia express a pattern of biological properties associated with enhanced virulence / E. Lasunskaia, S. C. Ribeiro, O. Manicheva et al. // Microbes Infect. - 2010. - Vol. 12. - P. 467^75.

161. Enterobacterial repetitive intergenic consensus sequences as molecular targets for typing of Mycobacterium tuberculosis strains / L. A. Sechi, S. Zanetti, I. Dupre et al. // J. Clin. Microbiol. - 1998. - Vol. 36 (1). - P. 128-132.

162. Epidemiological evidence of the spread of a Mycobacterium tuberculosis strain of the Beijing genotype on Gran Canaria Island / J. A. Caminero, M. J. Pena, M. I. Campos-Herrero at al. // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2001. - Vol. 164, N 7. - P. 1165-1170.

163. Ernst J. D., Trevejo-Nunez G., Banaiee N. Genomics and the evolution, pathogenesis, and diagnosis of tuberculosis. // J. Clin. Invest. — 2007. - Vol. 117, №7. -P. 1738-1745.

164. Evaluation and strategy for use of MIRU-VNTRplus, a multifunctional database for online analysis of genotyping data and phylogenetic identification of Mycobacterium tuberculosis complex isolates / C. Allix-Beguec, D. Harmsen, T. Weniger et al. // J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol. 46, N 8. - P. 2692-2699.

165. Evaluation of the tuberculin gamma interferon assay: potential to replace the Mantoux skin test / S. Pottumarthy, A. J. Morris, A. C. Harrison, V. C. Wells // J. Clin. Microbiol. - 1999. - Vol. 37. - P. 3229-3232.

166. Evolution and clonal traits of Mycobacterium tuberculosis complex in Guinea-Bissau / G. Kallenius, T. Koivula, S. Ghebremichael et al. // J. Clin. Microbiol.

- 1999. - Vol. 37, N 12. - P. 3872-3878.

167. Evolutionary pathway of the Beijing lineage of Mycobacterium tuberculosis based on genomic deletions and mutT genes polymorphisms / L. Rindi, N. Lari, B. Cuccu, C. Garzelli // Infection, Genetics and Evolution. - 2011. - Vol. 9. - P. 48-53.

168. Exogenous reinfection with multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in patients with advanced HIV infection / P. M. Small, R. W. Shafer, P. C. Hopewell et al. // N. Engl. J. Med. - 1993. - Vol. 328. - P. 1137-1144.

169. Extensively drug-resistant tuberculosis as a cause of death in patients co-infected with tuberculosis and HIV in a rural area of South Africa / N. R. Ghandi, A. Moll, A. W. Sturm et al. // Lancet. - 2006. - Vol. 368. - P. 1554-1556.

170. Felsenstein, J. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.5c. Distributed by the author [Электронный ресурс] / J. Felsenstein. - Seattle, USA, 1993.

- Режим доступа : http://cmgm.stanford.edu/phylip.

171. 113. Filliol I., Driscoll J. R., Soolingen D. V. et al. Global distribution of Mycobacterium tuberculosis spoligotypes. // Emerg. Infect. Dis. — 2002. - Vol. 8, № 11. - P. 1347-1349.

172. First report of Mycobacterium bovis DNA in human remains from the Iron Age / G. M. Taylor, E. Murphy, R. Hopkins et al. // Microbiology. - 2007. - Vol. 153. -P. 1243-1249.

173. Frothingham, R. Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats / R. Frothingham, W. A. Meeker-0'Connell // Microbiology. - 1998. - Vol. 144. - P. 1189-1196.

174. Functional and evolutionary genomics of Mycobacterium tuberculosis'. insights from genomic deletions in 100 strains / A. G. Tsolaki, A. E. Hirsh, K. DeRiemer et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2004. - Vol. 101. - P. 4865^1870.

175. Gagneux, S. Global phylogeography of Mycobacterium tuberculosis and implications for tuberculosis product development / S. Gagneux, P. M. Small // Lancet Infect. Dis. - 2007. - Vol. 7 (5). - P. 328-337.

176. Generation of anti-DC-SIGN monoclonal antibodies capable of blocking HIV-1 gpl20 binding and reactive on formalin-fixed tissue / B. Canard, H. Vachon, T. Fontaine et al. // Immunology Letters. - 2011. - Vol. 135. - P. 165-172.

177. Genetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Ural region, Russian Federation, by MIRU-VNTR genotyping / S. Y. Kovalev, E. Y. Kamaev, M. A. Kravchenko et al. // Int. J. Tuberc. Lung. Dis. - 2005. - Vol. 9, N 7. - P. 746-752.

178. Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from Inner Mongolia, China / Q. Yu, Y. Su, B. Lu et al. // PLoS One. - 2013. - Vol. 8 (5). -P. e57660.

179. Genetic variation and evolutionary origin of the direct repeat locus of Mycobacterium tuberculosis complex bacteria / J. van Embden, T. van Gorkom, K. Kremer et al. // J. Bacteriol. - 2000. - Vol. 182, N 9. - P. 2393-2401.

180. Genetic variation in the renin-angiotensin system and abdominal adiposity in men: the Olivetti Prospective Heart Study / P. Strazzullo, R. Iacone, L. Iacoviello et al. // Annals of Internal Medicine. - 2003. - Vol. 138. - P. 17-24.

181. Genotyping and drug resistance patterns of Mycobacterium tuberculosis strains in five provinces of China / Y.-L. Guo, Y. Liu, S.-M. Wang et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2011. - Vol. 15, N 6. - P. 789-794.

182. Genotyping of genetically monomorphic bacteria: DNA sequencing in Mycobacterium tuberculosis highlights the limitations of current methodologies / I. Comas, S. Homolka, S. Niemann, S. Gagneux // PloS One. - 2009. - Vol. 4, N 11. -P. e7815.

183. Genotyping of the Mycobacterium tuberculosis complex using MIRUs: association with VNTR and spoligotyping for molecular epidemiology and evolutionary genetics / C. Sola, I. Filliol, E. Legrand et al. // Infect. Genet. Evol. - 2003. - Vol. 3. -P. 125-133.

184. Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains / P. J. Bifani, B. Mathema, N. E. Kurepina, B. N. Kreiswirth // Trends Microbiol.-2002.-Vol. 10 (4).-P. 167-168.

185. Global incidence of multidrug-resistant tuberculosis / M. Zignol, M. S. Hosseini, A. Wright et al. // J. Infect. Dis. - 2006. - Vol. 194. - P. 479^85.

186. Global phylogeny of Mycobacterium tuberculosis based on single nucleotide polymorphism (SNP) analysis: insights into tuberculosis evolution, phylogenetic accuracy of other DNA fingerprinting systems, and recommendations for a minimal standard SNP set /1. Filliol, A. S. Motiwala, M. Cavatore et al. // J. Bacteriol. - 2006. -Vol. 188, N2.-P. 759-772.

187. Gomez, L. M. Analysis of DC-SIGN (CD209) functional variants in patients with tuberculosis / L. M. Gomez, J. M. Anaya, E. Sierra-Filardi // Hum. Immunol. -2006. - Vol. 67, N 10. - P. 808-811.

188. Gonzalez, M. L. J. Multidrug-resistant tuberculosis associated with AIDS kinetics of nosocomial epidemics of multidrug-resistant tuberculosis associated with AIDS. Possible transformation into endemic disease / M. L. J. Gonzalez, F. Alberti, D. Palmero // Bull. Acad. Natl. Med. - 1999. - Vol. 183. - P. 1085-1094.

189. Groenen P. M. Nature of DNA polymorphism in the direct repeat cluster of Mycobacterium tuberculosis; application for strain differentiation by a novel typing method / Groenen P.M., Bunschoten A.E., van Soolingen D., van Embden J. // Mol Microbiol. - 1993. -Vol. 10(5). - P.1057-1065.

190. .High functional diversity in Mycobacterium tuberculosis driven by genetic drift and human demography / R. Hershberg, M. Lipatov, P. M. Small et al. // PLoS Biol. - 2008. - Vol. 6, N 12. - P. e311.

191. High prevalence of drugresistant tuberculosis, Republic of Lithuania, 2002 /P. Dewan, A. Sosnovskaja, V. Thomsen et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2005. -Vol. 9.-P. 170-174.

192. Highest prevalence of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype isolates in patients newly diagnosed with tuberculosis in the Novosibirsk oblast,

Russian Federation / M. A. Dymova, V. N. Kinsht, A. G. Cheredniehenko et al. // J. Med. Microbiol. - 2011. - Vol. 60. - P. 1003-1009.

193. High-resolution minisatellite-base typing as a portable approach to global analysis of Mycobacterium tuberculosis molecular epidemiology / E. Mazars, S. Lesjean, A.-L. Banuls et al. // PNAS. - 2001. - Vol. 98. - P. 1901-1906.

194. Hill, A. V. S. Evolution, revolution and heresy in the genetics of infectious disease susceptibility / A. V. S. Hill // Phil. Trans. R. Soc. - 2012. -Vol. 367.-P. 840-849.

195.HuGENet (Human Genome Epidemiology Network) [Электронный ресурс]. - 2013. - Режим доступа: http://www.hugenavigator.net/HuGENavigator/home.do

196. Human dendritic cell-specific intercellular adhesion molecule-grabbing nonintegrin (CD209) is a receptor for Yersinia pestis that promotes phagocytosis by dendritic cells / P. Zhang, M. Skurnik, S.-S. Zhang et al. // Infect. Immun. - 2008. -Vol. 76, N 5. - P. 2070-2079.

197. Hunter, P. R. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity / P. R. Hunter, M. A. Gaston // J. Clin. Microbiol. - 1988. - Vol. 26 (11). - P. 2465-2466.

198. Hypocholesterolemia: a major risk factor for developing pulmonary tuberculosis? / C. Perez-Guzman, M. Vargas, F. Quinonez et al. // Chest. - 2005. -V. 127.-P. 643-651.

199. Identification of MDR ТВ Beijing/W and other Mycobacterium tuberculosis genotypes in Nairobi, Kenya / W. A. Githini, A. M. Jordaan, E. S. Juna et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2004. - Vol. 8. - P. 352-360.

200. Identification of variable regions in the genomes of tubercle bacilli using bacterial artificial chromosome arrays / S. V. Gordon, R. Brosch, A. Billault et al. // Mol. Microbiol. - 1999. - Vol. 32, N 3. - P. 643-655.

201. Impact of immigration on the molecular epidemiology of tuberculosis in Rhode Island / J. Vanhomwegen, A. Kwara, M. Martin et al. // J. Clin. Microbiol. -2011.-Vol. 49, N3.-P. 834-844.

202. In vivo phenotypic dominance in mouse mixed infections with Mycobacterium tuberculosis clinical isolates / A. K. Barczak, P. Domenech, H. I. M. Boshoff et al. // J. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 192. - p. 600e6.

203. Independent origin of monorifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis in patients with AIDS / M. Lutfey, P. Della-Latta, V. Kapur et al. // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 1996.-Vol. 153.-P. 837-840.

204. Infection with Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains is associated with polymorphisms in SLC11A1/NRAMP1 in Indonesian patients with tuberculosis / van Crevel R., Parwati I., Sahiratmadja E., Marzuki S., Ottenhoff T.H., Netea M.G., van der Ven A., Nelwan R.H., van der Meer J.W., Alisjahbana B., van de Vosse E. // J. Infect. Dis. - 2009. - Vol. 200. - P. 1671-1674.

205. Influence of M. tuberculosis lineage variability within a clinical trial for pulmonary tuberculosis / P. Nahid, E. E. Bliven, E. Y. Kim et al. // PloS One. - 2010. -Vol. 5, N 5. - P. el0753.

206. Innate immune response to Mycobacterium tuberculosis Beijing and other genotypes / C.Wang, P. Peyron, O. Mestre et al. // PLoS One. - 2010b. -Vol. 25, N 5 (10). - P. el3594.

207. Insertion element IS986 from Mycobacterium tuberculosis: a useful tool for diagnosis and epidemiology of tuberculosis / P. W. Hermans, D. van Soolingen, J. W. Dale et al. // J. Clin. Microbiol. - 1990. - Vol. 28, N 9. - P. 2051-2058.

208. Interferon-g gene (T874A and G2109A) polymorphisms are associated with microscopy-positive tuberculosis / G. E. Etokebe, L. Bulat-Kardum, M. S. Johansen et al. // Scand. J. Immunol. - 2004. - Vol. 59 (5). - P. 496-503.

209. Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements / F. J. M. Mojica, C. Diez-Villasenor, J. Garcia-Martinez, E. Soria // J. Mol. Evol. - 2005. - Vol. 60. - P. 174-182.

210. IS6110 functions as a mobile, monocyte-activated promoter in Mycobacterium tuberculosis / H. Safi, P. F. Barnes, D. L. Lakey et al. // Mol. Microbiol. - 2004. - Vol. 52, N 4. - P. 999-1012.

211.IS6110, an IS-like element of Mycobacterium tuberculosis complex / D. Thierry, M. D. Cave, K. D. Eisenach et al. // Nucleic Acids Res. - 1990. - Vol. 18, N l.-P. 188.

212. IS6110-RFLP and spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Iran / M. Doroudchi, K. Kremer, E. A. Basiri et al. // Scand. J. Infect. Dis. - 2000. -Vol. 32.-P. 663-668.

213. Iwamoto, T. Population structure analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing family in Japan / T. Iwamoto // Kekkaku: Tuberculosis. - 2009. - V. 84, N 12. -P. 755-759.

214. Jenny-Avital, E. R. Acquired rifampin resistance in AIDS-related TB / E. R. Jenny-Avital // AIDS Clin. Care. - 2002. - Vol. 14. - P. 72-73.

215. Kamwi, R. PEPFAR and HIV prevention in Africa / R. Kamwi, T. Kenyon, G. Newton // Lancet. - 2006. - Vol. 367. - P. 1978-1979.

216. Kelly, J. A. The newest epidemic: a review of HIV/AIDS in Central and Eastern Europe / J.A.Kelly, Y. A. Amirkhanian // Int. J. STD AIDS. - 2003. -Vol. 14.-P. 361-371.

217. Kinander, W. Dominant Mycobacterium tuberculosis lineages in elderly patients born in Norway / W. Kinander, T. Bruvik, U. R. Dahle // PLoS One. - 2009. -Vol. 4 (12).-P. e8373.

218. Linkage disequilibrium between minisatellite loci supports clonal evolution of Mycobacterium tuberculosis in a high tuberculosis incidence area / P. Supply, R. M. Warren, A. L. Banuls et al. // Mol. Microbiol. - 2003. - Vol. 47. - P. 529-538.

219. Low antituberculosis drug concentrations in patients with AIDS / C. A. Peloquin, A. T. Nitta, W. J. Burman et al. // Ann. Pharmacother. - 1996. - Vol. 30. -P. 919-925.

220. Macrophage and T-lymphocyte apoptosis during experimental pulmonary tuberculosis: their relationship to mycobacterial virulence / V. A. Rios-Barrera, V. Campos-Pena, D. Guilar-Leon et al. // Eur. J. Immunol. - 2006. - Vol. 36. - P. 345353.

221. Major Mycobacterium tuberculosis lineages associate with patient country of origin / M. Reed et al. // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol. 47. - P. 1119-1128.

222. Mokrousov, I. Insights into the origin, emergence, and current spread of a successful Russian clone of Mycobacterium tuberculosis / I. Mokrousov // Clin. Microbiol. Rev. - 2013. - Vol. 26. - P. 342-360.

223. Mokrousov, I. The quiet and controversial: Ural family of Mycobacterium tuberculosis / I. Mokrousov // Infect. Genet. Evol. - 2012. -Vol. 12 (4).-P. 619-629.

224. Molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis isolates from different regions of Bulgaria / V. Valcheva, I. Mokrousov, N. Rastogi et al. I I J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol. 46, N 3. - P. 1014-1018.

225. Molecular detection of mutations associated with first- and second-line drug resistance compared with conventional drug susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis / P. J. Campbell, G. P. Morlock, R. D. Sikes et al. // Antimicrob. Agents Chemother.-2011.-Vol. 55 (5).-P. 2032-2041.

226. Molecular epidemiology and prevalence of mutations conferring rifampicin and isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis strains from the southern Ukraine / V. V. Nikolaevsky, T. J. Brown, Y. I. Bazhora et al. // Clin. Microbiol. Infect. - 2007. - Vol. 13. - P. 129-138.

227. Molecular epidemiology of tuberculosis in Tula area, central Russia, before DOTS / S. Dubiley, A. Ignatova, T. Mukhina et al. // Clin. Microbiol. Infect. - 2010. -Vol. 16.-P. 1421-1426.

228. Molecular epidemiology of tuberculosis: current insights / B. Mathema, N. E. Kurepina, P. J. Bifani, B. N. Kreiswirth // Clin. Microbiol. Rev. - 2006. -Vol. 19.-P. 658-685.

229. Morehead, R. S. Delayed death from pulmonary tuberculosis: unsuspected subtherapeutic drug levels / R. S. Morehead // South. Med. J. - 2000. - Vol. 93. -P. 507-510.

230. Multidrug- and extensively drug-resistant tuberculosis, Germany / B. Eker, J. Ortmann, G. B. Migliori et al. // Emerg. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 14. - P. 1700-1706.

231. Multidrug-resistant tuberculosis in prison inmates, Azerbaijan / Pfyffer G. E., Strassle A., van Gorkum T. et al. // Emerg. Infect. Dis. - 2001. - Vol. 7, N 5. -P. 855-861

232. Multidrug-resistant tuberculosis in Russia: clinical characteristics, analysis of second-line drug resistance and development of standardized therapy / Y. Balabanova, M. Ruddy, J. Hubb et al. // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2005. -Vol. 24.-P. 136-139.

233. Multidrug-resistant tuberculosis management in resource-limited settings / E. Nathanson, C. Lambregts van Weezenbeek, M.L. Rich et al. // Emerg. Infect. Dis. -2006.-Vol. 12.-P. 1389-1397.

234. Munoz-Elias, E. J. Mycobacterium tuberculosis isocitrate lyases 1 and 2 are jointly required for in vivo growth and virulence / E. J. Munoz-Elias, J. D. McKinney // Nature Medicine. - 2005. - V. 11. - P. 638-644.

235. Murray, C. J. Tuberculosis in developing countries: burden, intervention and cost / C. J. Murray, K. Styblo, A. Rouillon // Bull. Int. Union Tuberc. Lung Dis. -1990.-Vol. 65, N1.-P. 6-24.

236. Murray, J. F. A century of tuberculosis / J. F. Murray // Am. J. Respirat. Crit. Care Med. - 2004. - Vol. 169. - P. 1181-1186.

237. Mycobacterium tuberculosis 6-kDa early secreted antigenic target (ESAT-6) protein downregulates lipopolysaccharide induced c-myc expression by modulating the extracellular signal regulated kinases 1/2 / N. Ganguly, P. H. Giang, S. K. Basu et al. // BMC Immunol. - 2007. - Vol. 8. - P. 24-36.

238. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and risk for treatment failure and relapse, Vietnam / Lan N. T.. Lien H. T, B. Tung le Borgdorff MW, Kremer K, van Soolingen D. // Emerg. Infect. Dis. - 2003. - Vol. 9. - P. 1633-1635.

239. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype emerging in Vietnam / D. D. Anh, M. W. Borgdorff, L. N. Van et al. // Emerg. Infect. Dis. - 2000. - Vol. 6. - P. 302-305.

240. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: atemplate for success /M. Hanekom, N.C.Gey van Pittius, C. McEvoy et al. // Tuberculosis. - 2011. -Vol. 91.-P. 510-523.

241. Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage favors the spread of multidrugresistant tuberculosis in the Republic of Georgia / S. Niemann, R. Diel, G. Khechinashvili et al. // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - P. 3544-3550.

242. Mycobacterium tuberculosis complex detection in human remains: Tuberculosis spread since the 17th century in Rio de Janeiro, Brazil / L. H. Jaeger, D. Leles, V. D. S. Lima et al. // Infect. Genet. Evol. - 2012. - Vol. 12, N 4. - P. 642648.

243. Mycobacterium tuberculosis complex DNA from an extinct bison dated 17,000 years before the present / B. M. Rothschild, L. D. Martin, G. Lev et al. // Clin. Infect. Dis. - 2001. - Vol. 33. - P. 305-311.

244. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology / K. Brudey, J. R. Driscoll, L. Rigouts et al. // BMC Microbiol. -2006. - Vol. 6. - P. 23—40.

245. Mycobacterium tuberculosis strains potentially involved in the TB epidemic in Sweden a century ago / R. Groenheit, S. Ghebremichael, A. Pennhag et al. // PLoS One. - 2012. - V. 7 (10). - P. e46848.

246. Mycobacterium tuberculosis strains with the Beijing genotype demonstrate variability in virulence associated with transmission / D. L. Aguilar, M. Hanekom, D. Mata et al. // Tuberculosis (Edinb). - 2010. - Vol. 90 (5). - P. 319-325.

247. Neel, J. V. Diabetes mellitus: a thrifty genotype rendered detrimental by "progress"? / J. V. Neel // Am. J. Hum. Genet. - 1962. - V. 14. - P. 353-362.

248. Nerlich, A. G. Paleopathology of human tuberculosis and the potential role of climate / A. G. Nerlich, S. Losch // Interdiscip. Perspect. Infect. Dis. - 2009. -doi: 10.1155/2009/437187241.

249. Neyrolles, O. Sexual inequality in tuberculosis / O. Neyrolles, L. Quintana-Murci // PLoS Med. - 2009. - Vol. 6 (12). - P. el000199.

250. Neyrolles, O. Towards a crucial role for DC-SIGN in tuberculosis and beyond / O. Neyrolles, B. Gicquel, L. Quintana-Murci // TRENDS in Microbiology. -2006. - Vol. 14. - P. 383-387.

251. Nicol, M. P. The clinical consequences of strain diversity in Mycobacterium tuberculosis / M. P. Nicol, R. J. Wilkinson // Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. - 2008. -Vol. 102.-P. 955-965.

252. Non-Beijing strains of Mycobacterium tuberculosis in China / X. Li, P. Xu, X. Shen et al. // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49. - P. 392-395.

253. Nosocomial outbreak of multidrug-resistant tuberculosis caused by a strain of Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family in St. Petersburg, Russia / O. Narvskaya, T. Otten, E. Limeschenko et al. // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. -2002. - Vol. 21. - P. 596-602.

254. Nosocomial spread of human immunodeficiency virus-related multidrug-resistant tuberculosis in Buenos Aires / V. Ritacco, M. Di Lonardo, A. Reniero et al. // J. Infect. Dis. - 1997. - Vol. 176. - P. 637-642.

255. Occurrence and stability of insertion sequences in Mycobacterium tuberculosis complex strains; evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis / D. van Soolingen, P.W.M. Hermans, P. E. W. Haas et al. // J. Clin. Microbiol. - 1991. - Vol.29. -P. 2578-2586.

256. Ochman, H. Genes lost and genes found: evolution of bacterial pathogenesis and symbiosis / H. Ochman, N. A. Moran // Science. - 2001. - Vol. 292, N 5519. -P. 1096-1099.

257. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography / I. Mokrousov, H. M. Ly, T. Otten et al. // Genome Res. - 2005. - Vol. 15 (10). - P. 1357-1364.

258. Origin, spread and demography of the Mycobacterium tuberculosis complex / T. Wirth, F. Hildebrand, C. Allix-Beguec et al. // PLoS Pathog. - 2008. - Vol. 4, N9.-P. el000160.

259. Outcome of MDR-TB patients, 1983-1993: prolonged survival with appropriate therapy / M. M. Park, A. L. Davis, N. W. Schluger et al. // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 1996. - Vol. 153. - P. 317-324.

260. Outcomes of patients with multidrug-resistant pulmonary tuberculosis treated with ofloxacin/levofloxacin-containing regimens / W. W. Yew, C. K. Chan,

C. H. Chau et al. // Chest. - 2000. - Vol. 117. - P. 744-751.

261. Out-of-Africa migration and Neolithic coexpansion of Mycobacterium tuberculosis with modern humans / I. Comas, M. Coscolla, T. Luo et al. // Nature Genetics. - 2013. - doi:10.1038/ng.2744.

262. Paleopathological and biomolecular study of tuberculosis in a medieval skeletal collection from England / S. Mays, G. M. Taylor, A. J. Legge et al. // Am. J. Phys. Anthrop. - 2001. - Vol. 114. - P. 298-311.

263. Parwati, I. Possible underlying mechanisms for successful emergence of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains / I. Parwati, R. van Crevel,

D. van Soolingen // Lancet Infect. Dis. - 2010. - Vol. 10. - P. 103-111.

264. Patterns of anti-tuberculosis drug resistance among HIV-infected patients in Maputo, Mozambique, 2002-2003 / E. A. Nunes, E. M. De Capitani, E. Coelho et al. // Int. J. Tuberc. Lung. Dis. - 2005. - Vol. 9. - P. 494-500.

265. Penitentiary population of Mycobacterium tuberculosis in Kyrgyzstan: exceptionally high prevalence of the Beijing genotype and its Russia-specific subtype /1. Mokrousov, V. Valcheva, N. Sovhozova et al. // Infect. Genet. Evol. - 2009a. -Vol. 9.-P. 1400-1405.

266. Phylogenetic reconstruction within Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in northwestern Russia / I. Mokrousov, O. Narvskaya, T. Otten et al. // Res. Microbiol. - 2002. - Vol. 153. - P. 629-637.

267. Podlekareva, D. Factors associated with the development of opportunistic infections in HIV-1-infected adults with high CD4+ cell counts: a EuroSIDA study /D. Podlekareva, A. Mocroft, U. B. Dragsted // J. Infect. Dis. - 2006. - Vol. 194. -P. 633-641.

268. Population structure of mixed Mycobacterium tuberculosis infection is strain genotype and culture medium dependent / M. Hanekom, E. M. Streicher, D. van de Berg et al. // PLoS One. - 2013. - Vol. 8 (7). - P. e70178.

269. Posada, D. Intraspecific gene genealogies: trees grafting into networks / D. Posada, K. A. Crandall // Trends Ecol. Evol. - 2001. - Vol. 16 (1). - P. 37-45.

270. Predictors of smear-negative pulmonary tuberculosis in HIV-infected patients, Battambang, Cambodia / A. Tamhane, P. Chheng, T. Dobbs et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2009. - Vol. 13. - P. 347-354.

271. Predominance of a single genotype of Mycobacterium tuberculosis in countries of East Asia / D. van Soolingen, L. Qian, P. E. de Haas et al. // J. Clin. Microbiol. - 1995. - Vol. 33. - P. 3234-3238.

272. Predominance of multi-drug-resistant LAM and Beijing family strains among Mycobacterium tuberculosis isolates recovered from prison inmates in Tula region, Russia / A. Ignatova, S. Dubiley, V. Stepanshina, I. Shemyakin // J. Med. Microbiol. - 2006. - Vol. 55. - P. 1413-1418.

273. Promoter variation in the DC-SIGN-encoding gene CD209 is associated with tuberculosis / L. B. Barreiro, O. Neyrolles, C. L. Babb et al. // PLoS Med. -2006. - Vol. 3 (2). - P. e20.

274. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis / P. Supply, C. Allix, S. Lesjean et al. // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44, N 12. -P. 4498^1510.

275. R Development Core Team. A language and environment for statistical computing [Электронный ресурс] // R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. - Режим доступа : http://www.R-project.org.

276. Rajbhandary, S. S. Costs of patients hospitalized for multidrug-resistant tuberculosis / S. S. Rajbhandary, S. M. Marks, N. N. Bock // Int. J. Tuberc. Lung Dis. -2004. - Vol. 8. - P. 1012-1016.

277. Rapid method for identification of six common species of mycobacteria based on multiplex SNP analysis / H. Wang, J. Yue, M. Han et al. // J. Clin. Microbiol. - 2010a. - Vol. 48, N 1. - P. 247-250.

278. Reaven, G. Role of insulin resistance in human disease / G. Reaven // Diabetes. - 1988. - Vol. 37. - P. 1595-1607.

279. Recent transmission of W-Beijing family Mycobacterium tuberculosis in rural eastern China / W. Wang, Y. Hu, B. Mathema et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. -2012.-Vol. 16.-P. 306-311.

280. Relationship between CT findings of pulmonary tuberculosis and the number of acid-fast bacilli on sputum smears / S. Matsuoka, K. Uchiyama, H. Shima et al. // Clin. Imaging. - 2004. - Vol. 28. - P. 119-123.

281. Relationship between Mycobacterium tuberculosis genotype and the clinical phenotype of pulmonary and meningeal tuberculosis / G. Thwaites, M. Caws, T. T. Chau et al. // J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol. 46. - P. 1363-1368.

282. Relationship between polymorphism of DC-SIGN (CD209) gene and the susceptibility to pulmonary tuberculosis in an eastern Chinese population / R. Zheng, Y. Zhou, L. Qin et al. // Human Immunology. - 2011. - Vol. 72, N 2. -P. 183-186.

283. Restricted structural gene polymorphism in the Mycobacterium tuberculosis complex indicates evolutionarily recent global dissemination / S. Sreevatsan, X. Pan, K. E. Stockbauer et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 1997. - V. 4. - P. 9869-9874.

284. Retrospective analysis of the Beijing family of Mycobacterium tuberculosis in preserved lung tissues / L. Qian, J. D. V. van Embden, A. G. V. D. Zanden et al. // J. Clin. Microbiol. - 1999. - Vol. 37. - P. 471-474.

285. Rifampicin and isoniazid resistance mutations in Mycobacterium tuberculosis strains isolated from patients in Kazakhstan / D. Hillemann, T. Kubica, R. Agzamova et al. // Int. J. Tuberc. Lung. Dis. - 2005. - Vol. 9, N 10. - P. 1161-1167.

286. Rifampin-monoresistant tuberculosis in New York City, 1993-1994 / S. S. Munsiff, S. Joseph, A. Ebrahimzadeh, T. R. Frieden // Clin. Infect. Dis. - 1997. -Vol. 25.-V. 1465-1467.

287. Risk factors and outcome of human immunodeficiency virus-infected patients with sporadic MDR ТВ in New York City / S. B. Mannheimer, K. A. Sepkowitz, M. Stoeckle et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 1997. - Vol. 1. -P. 319-325.

288. Risk factors for rifampin mono-resistant tuberculosis / R. Ridzon, C. G. Whitney, M. T. McKenna et al. // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 1998. -Vol. 157.-P. 1881-1884.

289. Role of IFN-gamma +874 T/A single nucleotide polymorphism in the tuberculosis outcome among Brazilians subjects / L. H. L. V. Amim, A. G. Pacheco, J. Fonseca-Costa et al. // Molecular Biology Reports. - 2008. - V. 35, N 4. - P. 563-566.

290. Schneider, S. Arlequin: A software for population genetics data analysis. Ver. 2.000 [Электронный ресурс] / S. Schneider, D. Roessli, L. Excoffier. - Geneva, Switzerland, 2000. - Режим доступа: http://tomato.biol.trinity.edu/programs/index.php/Arlequin.

291. Schoenborn, J. R. Regulation of interferon-gamma during innate and adaptive immune responses / J. R. Schoenborn, С. B. Wilson // Advances in Immunology. - 2007. - Vol. 96. - P. 41-101.

292. Sensitivity to antituberculosis drugs in HIV-positive and negative patients in Addis Ababa / M. Demissie, E. Lemma, M. Gebeyehu, B. Lindtjorn // Scand. J. Infect. Dis. - 2001. - Vol. 33. - P. 914-919.

293. Serum concentrations of antimycobacterial drugs in patients with pulmonary tuberculosis in Botswana / J. W. Tappero, W. Z. Bradford, Т. B. Agerton et al. // Clin. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 41. - P. 461-469.

294. Shi, H. Molecular adaptation of modern human populations / H. Shi, B. Su // Int. J. Evol. Biol. - 2011. - Vol. 2011. - P. 484769.

295. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology / J. Kamerbeek, L. Schouls, A. Kolk et al. // J. Clin. Microbiol. - 1997. - Vol. 35, N 4. - P. 907-914.

296. SITVITWEB - A publicly available international multimarker database for studying Mycobacterium tuberculosis genetic diversity and molecular epidemiology

/ С. Demaya, В. Liensa, Т. Burguierea et al. // Infection, Genetics and Evolution. -2012.-Vol. 12.-P. 755-766.

297. Snapshot of moving and expanding clones of Mycobacterium tuberculosis and their global distribution assessed by spoligotyping in an international study /1. Filliol, J. R. Driscoll, D. van Soolingen et al. // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41, N5.-P. 1963-1970.

298. Spoligotype-based comparative population structure analysis of multidrag-resistant and isoniazid-monoresistant Mycobacterium tuberculosis complex clinical isolates in Poland / T. Jagielski, E. Augustynowicz-Kopec, T. Zozio et al. // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48, N 11. - P. 3899-3909.

299. Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis from different provinces of China / H. Dong, Z. Liu, B. Lv et al. // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48, N. 11. -P. 4102-4106.

300. SpolTools: online utilities for analyzing spoligotypes of the Mycobacterium tuberculosis complex / C. Tang, J. F. Reyes, F. Luciani et al. // Bioinformatics. -2008. - Vol. 24, N 20. - P. 2414-2415.

301. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia / O. S. Toungoussova, P. Sandven, A. O. Mariandyshev et al. // J. Clin. Microbiol. - 2002. - Vol. 40, N 6. - P. 1930-1937.

302. Spread of drug-resistant pulmonary tuberculosis in Estonia / A. Kruuner, S. E. Hoffner, H. Sillastu et al. // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 39. - P. 3339-3345.

303. Steinman, R. M. The dendritic cell system and its role in immunogenicity / R. M. Steinman // Ann. Rev. Immunol. - 1991. - Vol. 9. - P. 271-296.

304. Strimmer, K. Exploring the demographic history of DNA sequences using the generalized Skyline Plot / K. Strimmer, O. G. Pybus // Mol. Biol. Evol. - 2001. -V. 18.-P. 2298-2305.

305. Strimmer, K. PUZZLE: Maximum likelihood analysis for nucleotide, amino acid, and two-state data, ver. 4.0 [Электронный ресурс] / К. Strimmer, A. von Haeseler. - Munich, Germany, 1997. - Режим доступа : http://www.tree-puzzle.de.

306. Survey of tuberculosis drug resistance in South Africa: final report [Электронный ресурс] / К. Weyer, M. van der Walt, J. Brand et al. - Pretoria: Medical Research Council, 2003. - Режим доступа: http://www.mrc.ac.za/operationaltb/reports.htm.

307. Tanaka, M. M. Detecting emerging strains of tuberculosis by using spoligotypes / M. M. Tanaka, A. R. Francis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2006. -V. 103, N41.-P. 15266-15271.

308. The "bear trap": the colliding epidemics of tuberculosis and HIV in Russia / Drobniewski F. A., R. Atun, I. Fedorin et al. // Int. J. STD AIDS. - 2004. - Vol. 5. -P. 641-646.

309. The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia / H. S. Cox, T. Kubica, D. Doshetov et al. // Respir. Res. - 2005. -Vol. 6.-P. 134-143.

310. The Beijing genotype is a major cause of drug-resistant tuberculosis in Kazakhstan / T. Kubica, R. Agzamova, A. Wright et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. -2005.-Vol. 9.-P. 646-653.

311. The epidemiology of tuberculosis in New South Wales 1975-1995: The effects of immigration in a low prevalence population / Т. C. Heath, C. Roberts, M. Winks, A. G. Capon // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 1998. - Vol. 2, N 8. - P. 647-654.

312. The impact of human immunodeficiency virus type 1 on infectiousness of tuberculosis: a meta-analysis / M. Cruciani, M. Malena, O. Bosco et al. // Clin. Infect. Dis. - 2001. - Vol. 33 (11). - P. 1922-1930.

313. The influence of host and bacterial genotype on the development of disseminated disease with Mycobacterium tuberculosis / M. Caws, G. Thwaites, S. Dunstan et al. I I PLoS. Pathog. - 2008. - Vol. 4. - P. el000034.

314. The MCP-1 (CCL2) -2518 GG genotype is associated with protection against pulmonary tuberculosis in Moroccan patients / N. Arji, M. Busson, G. Iraqi at al. // J. Infect. Dev. Ctries. - 2012. - Vol. 6, N 1. - P. 73-78.

315. The Type I IFN response to infection with Mycobacterium tuberculosis requires ESX-1 -mediated secretion and contributes to pathogenesis / S. A. Stanley,

J. E. Johndrow, P. Manzanillo, J. S. Cox // J. Immunol. - 2007. - Vol.178. -P. 3143-3152.

316. Thoen, C. The importance of Mycobacterium bovis as a zoonosis / C. Thoen, P. Lobue, I. de Kantor // Vet. Microbiol. - 2006. - Vol. 112. - P. 339-345.

317. Three-year longitudinal study of genotypes of Mycobacterium tuberculosis isolates in Tuscany, Italy / N. Lari, L. Rindi, D. Bonanni et al. // J. Clin. Microbiol. -2007. - Vol. 45. - P. 1851-1857.

318. Toungoussova, O. S. Epidemic of tuberculosis in the former Soviet Union: social and biological reasons / O. S. Toungoussova, G. Bjune, D. A. Caugant // Tuberculosis (Edinb.). - 2006. - Vol. 86. - P. 1-10.

319. Towards a definition of the Haarlem genotype of Mycobacterium tuberculosis / K. Kremer, R. de Zwaan, A. van den Brandt et al. // 27th Ann. Meeting of the European Society of Mycobacteriology, London, UK. - 2006. - P. 21.

320. Towards universal access to HIV prevention, treatment, care, and support: the role of TB/HIV collaboration / A. Reid, F. Scano, H. Getahun et al. // Lancet Infect. Dis. - 2006. - Vol. 6. - P. 483^*95.

321. Transmission models of tuberculosis in heterogeneous population / Z. W. Jia, X. W. Li, D. Feng, W. C. Cao // Chin. Med. J. (Engl.). - 2007. - Vol. 120, N 15.-P. 1360-1365.

322. Transmission of Mycobacterium tuberculosis to contacts of HIV-infected tuberculosis patients / A. C. Carvalho, K. DeRiemer, Z. B. Nunes // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2001. - Vol. 164. - P. 2166-2171.

323. Treatment outcomes for HIV-infected tuberculosis patients in Latvia, 1999-2004 / I. Morozova, V. Riekstina, T. Holtz et al. // Program and abstracts of the XVI International AIDS Conference (Toronto). - Geneva : International AIDS Society, 2006. - P. 78.

324. Treatment outcomes in an integrated civilian and prison MDR-TB treatment program in Russia / S. S. Shin, A. D. Pasechnikov, I. Y. Gelmanova et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2006. - Vol. 10. - P. 402-408.

325. Treatment outcomes of patients with multidrug-resistant tuberculosis in South Africa using a standardized regimen, 1999-2000 [abstract 584] / A. F. Finlay, M. van der Walt, T. H. Holtz et al. // Program and abstracts of the Infectious Diseases Society of America 2004 Annual Meeting, Alexandria. - 2004. - P. 155.

326. Tuberculosis among foreign-born persons in the United States / K. P. Cain, S. R. Benoit, C. A. Winston, W. R. M. Kenzie // JAMA. - 2008. - Vol. 300, N 4. -P. 405^412.

327. Use of mouse models to study the variability in virulence associated with specific genotypic lineages of Mycobacterium tuberculosis / R. Hernandez-Pando, B. Marquina-Castillo, J. Barrios-Payán, D. Mata-Espinosa // Infect. Genet. Evol. -2012.-Vol. 12.-P. 725-731.

328. Use of spoligotyping to study the evolution of the direct repeat locus by IS6110 transposition in Mycobacterium tuberculosis / E. Legrand, I. Filliol, C. Sola, N. Rastogi // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 39. - P. 1595-1596.

329. Van de Peer, Y. Construction of evolutionary distance trees with TREECON for Windows: accounting for variation in nucleotide substitution rate among sites / Y. van de Peer, R. de Wächter // Comput. Applic. Biosci. - 1997. - Vol. 13. - P. 227-230.

330. Variable host-pathogen compatibility in Mycobacterium tuberculosis / S. Gagneux, K. DeRiemer, T. Van et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2006. -Vol. 103, N 8. - P. 2869-2873.

331. Variable human minisatellite-like regions in the Mycobacterium tuberculosis genome / P. Supply, E. Mazars, S. Lesjean et al. // Mol. Microbiol. - 2000. - Vol. 36. -P. 762-771.

332. Wang, R. Angiotensin II induced apoptosis in human and rat alveolar epithelial cells / R. Wang, A. Zagariya, O. Ibarra-Sunga // Am. J. Physiol. - 1999. -Vol. 276. - P. 885-889.

333. White, V. L. Resource implications of patients with multidrug resistant tuberculosis / V. L. White, J. Moore-Gillon // Thorax. - 2000. - Vol. 55. - P. 962-963.

334. WHO Report. Global tuberculosis control - surveillance, planning, financing [Электронный ресурс]. - 2008. - Режим доступа: http ://www. who ,int/tb/publications/global_report/2008/summary/en/#

335. WHO Tuberculosis Factsheet (2010/2011 tuberculosis global facts) [Электронный ресурс]. - 2010. - Режим доступа: http://www.who.int/tb/publications/ 2010/factsheet_tb_2010.pdf.

336. WHO. Annual meeting of the European Network for ТВ Surveillance in Europe (Dubrovnik, Croatia 25-26 May) : Tech. rep. [Электронный ресурс]. - WHO, 2009. - Режим доступа: http://www.euro.who.int/_data/assets/pdf_file/0018/68202/E92976.pdf.

337. WHO. Global tuberculosis report [Электронный ресурс]. - 2012. - Режим доступа: http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/75938/l/9789241564502_eng.pdf.

338. WHO. Guidelines for the programmatic management of drug-resistant tuberculosis. WHO/HTM/TB/2006.361 [Электронный ресурс]. - Geneva : WHO, 2006. -Режим доступа : http://whqlibdoc.who.int/publications/2011/ 9789241501583_eng.pdf.

339. Why the tuberculosis incidence rate is not falling in New Zealand / D. Das, M. Baker, K. Venugopal, S. McAllister // N.-Z. Med. J. - 2006. - Vol. 119, N 1243. -P. U2248.

340. Wilson, L. G. Commentary: medicine, population, and tuberculosis / L. G. Wilson // Int. J. Epidemiol. - 2005. - Vol. 34. - P. 521-524.

341. Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review / J. R. Glynn, J. Whiteley, P. J. Bifani et al. // Emerg. Infect. Dis. -2002. - Vol. 8, N 8. - P. 843-849.

342. Zwolinska, K. Retroviruses-derived sequences in the human genome. Human endogenous retroviruses (HERVs) / K. Zwolinska // Postepy Hig. Med. Dosw. (Online). - 2006. - Vol. 60. - P. 637-652.