ДНК-микрочипы для генотипирования бета-лактамаз молекулярного класса А тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.06, кандидат химических наук Уляшова, Мария Морисовна

• Уляшова, Мария Морисовна
• кандидат химических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат химических наук Уляшова, Мария Морисовна

СОДЕРЖАНИЕ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ГЛАВА 1. УСТОЙЧИВОСТЬ МИКРООРГАНИЗМОВ К БЕТА-ЛАКТАМНЫМ АНТИБИОТИКАМ.

1.1. Бета-лактамные антибиотики.В

1.2. Основные механизмы устойчивости микроорганизмов к бета-лактамным антибиотикам.

1.3. Классификация бета-лактамаз.

1.4. Разнообразие основных типов бета-лактамаз расширенного спектра класса А.

1.5. Распространенность бета-лактамаз расширенного спектра класса А.

ГЛАВА 2. СОВРЕМЕННЫЕ МЕТОДЫ ДИАГНОСТИКИ И ТИПИРОВАНИЯ БЕТА-ЛАКТАМАЗ.

2.1, Фенотипические методы.

2.2. Генотипические методы.

ГЛАВА 3. ГИБРИДИЗАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ НА ДНК-МИКРОЧИПАХ.

3.1. Технологии изготовления ДНК-микрочипов.

3.2. Методы амплификации и включения метки в ДНК, используемые в технологии микрочипов.

3.3. Параметры, влияющие на гибридизацию на ДНК-микрочипах.

3.4. Детекция результатов гибридизации на ДНК-микрочипах.

ГЛАВА 4. МЕТОДЫ ГИБРИДИЗАЦИОННОГО АНАЛИЗА НА ДНК-^МИКРОЧИПАХ ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ БЕТА-ЛАКТАМАЗ.

4.1. Микрочипы для идентификации генов бета-лактамаз.

4.2. Микрочипы для определения однонуклеотидного полиморфизма генов бета-лактамаз.

4.3. ДНК-микрочипы для генотипирования бета-лактамаз расширенного спектра.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

ГЛАВА V. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

5.1. Реагенты и оборудование.

5.2. Методы исследования.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

ГЛАВА 6. МЕТОД ГИБРИДИЗАЦИОННОГО АНАЛИЗА НА ДНК-МИКРОЧИПАХ С КОЛОРИМЕТРИЧЕСКОЙ ДЕТЕКЦИЕЙ.

6.1. Иммобилизация олигонуклеотидных зондов на поверхности стекла.

6.2. Иммобилизация олигонуклеотидных зондов на поверхности мембранных носителей.

6.3. Выбор параметров печати микрочипов на стекле и мембранных носителях.

6.4. Оптимизация условий колориметрической детекции биотинилированной ДНК на поверхности микрочипов.

ГЛАВА 7. АМПЛИФИКАЦИЯ ГЕНОВ ТЕМ, 8НУ И СТХ-М БЕТА-ЛАКТАМАЗ С ОДНОВРЕМЕННЫМ ВКЛЮЧЕНИЕМ МЕТКИ.

7.1. Он гимизация выделения бактериальной ДНК.

7.2. Выбор праймеров для амплификации полноразмерных генов ТЕМ, 8НУ и СТХ-М бета-лактамаз.

7.3. Ошимизация температуры отжига праймеров для амплификации генов бета-лактамаз ТЕМ, БНУ и СТХ-М типов.

7.4. Введение биотина в качестве метки в гены амплифицируемых бета-лактамаз в процессе мультиплексной ПЦР.

7.5. Мультиплексная ПЦР для амплификации генов бета-лактамаз ТЕМ, БНУ и СТХ-М типов.

ГЛАВА 8. ДНК-МИКРОЧИПЫ С КОЛОРИМЕТРИЧЕСКОЙ ДЕТЕКЦИЕЙ ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ТЕМ И 8НУ БЕТА-ЛАКТАМАЗ.

8.1. ДНК-микрочип с колориметрической детекцией для геногипирования ТЕМ бета-лаю амаз .;.

8.2. ДНК-микрочип с колориметрической детекцией для генотипиования БНУ бета-лактамаз.

ГЛАВА 9. ДНК-МИКРОЧИП ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ СТХ-М БЕТА-ЛАКГАМАЗ.

9.1. Анализ аминокислотных и кодирующих последовательностей СТХ-М бета-лактамаз.

9.2. Молекулярный дизайн олигонуклеотидных зондов для определения однонуклеотидного полиморфизма генов СТХ-М бета-лактамаз.

9.3. Генотипирование СТХ-М бета-лактамаз на ДНК-микрочипе.

9.4. Апробация ДНК-микрочипа для генотипирования СТХ-М бета-лактамаз при тестировании клинических штаммах микроорганизмов семейства Еп(егоЬас(ег1асеае.

ГЛАВА 10. ИНТЕГРИРОВАННЫЙ ДНК-МИКРОЧИП ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ БЕТА-ЛАКТАМАЗ РАСШИРЕННОГО СПЕКТРА И ИНГИБИТОР-РЕЗИСТЕНТНЫХ

БЕТА-ЛАКТАМАЗ.

9.1. Ключевые аминокислотные мутации в ТЕМ, 1V и С'ГХ-М бета-лактамазах.

9.2. Молекулярный дизайн зондов.

9.3. Диагностика ТЕМ, БНУ и СТХ-М бета-лактамаз и ключевых мутаций в них на интегрированном ДНК-микрочипе.

9.5. Апробация олигонуклеотидного микрочипа на клинических штаммах микроорганизмов семейства Еп1егоЬас1ег1асеае.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «ДНК-микрочипы для генотипирования бета-лактамаз молекулярного класса А»

Микроорганизмы семейства Enterobacteriacea являются одними из наиболее распространенных возбудителей инфекционных заболеваний, включая госпитальные инфекции. Для их лечения в качестве антибактериальных средств обычно применяются бста-лактамные антибио гики, которые в настоящее время составляют более половины всех используемых в мире антибактериальных препаратов. Однако -'"'все чаще встречаются случаи клинической неэффективности лекарственной терапии данным классом антибиотиков вследствие развития устойчивости микроорганизмов к их действию. Известно несколько механизмов резистентности микроорганизмов к 6e'i а-лактамным антибиотикам, однако основным из них является ферментативный гидролиз антибиотиков бета-лактамазами. Бета-лактамазы представляют собой суперсемейство генетически и функционально различных ферментов, которые объединяет способность разрушать бета-лакчамное кольцо, в результате чего антибиотик теряет свою антимикробную активность. В настоящее время внимание исследователей в большей степени привлечено к изучению 3-х основных групп бе-та-лактамаз молекулярного класса Л - ТЕМ, SHV и СТХ-М. В каждой из этих ^Fpynn бета-лактамазы отличаются от основного фермента данной группы единичными аминокислотными заменами, которые расширяют спектр их ферментативной активности или приводят к возникновению устойчивости к ингибиторам. Большинство ТЕМ, SITV и СТХ-М беш-лактамаз являются бета-лактамазами расширенного спектра (БИРС), способными расщеплять не только антибиотики ненидиллинового ряда и ранние цефалоспорины, но и антибиотики, принадлежащие к III и IV поколениям цефалоспоринов. Благодаря плазмидной локализации генов распространение этих ферменюв среди возбудителей инфекционных заболеваний человека приняло угрожающий характер. Особенно быстро растет число внутрибольничных инфекций, вызываемых патогенами, которые являются устойчивыми к современным антибиотикам. В отдельных лечебных учреждениях РФ частота продукции БЛРС среди некоторых микроорганизмов превышает 90%.

Многообразие бета-лактамаз молекулярного класса А и их широкое распространение диктует необходимость иметь методы точной и быстрой идентификации ферментов данного типа. Традиционные фенотипические методы достаточно трудоемки и длительны по времени и, кроме того, эффективность выявления БИРС с их помощью остается крайне низкой. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) является сейчас наиболее популярной для выявления генов БЛРС. однако положительный результат ПЦР-амплификации генов не всегда является достаточным для определения субтипа фермента и предполагает дальнейшее исследование генов с целью выявления возможных мутаций, определяющих расширенный спектр активности. Перспективным методом определения как с точки зрения времени получения результата анализа, так и его информативности являются методы генотипирования на ДНК-микрочинах. Данная технология имеет значительные преимущества перед традиционными методами, т.к. позволяет проводить многопараметрический анализ, "а также миниатюризировать исследуемый образец, что значительно снижает стоимость анализа и время его проведения.

Целью данной работы является разработка колориметрических ДНК-микрочипов для генотипирования бета-лактамаз молекулярного класса А на основе определения одпонуклеотидного полиморфизма кодирующих их генов.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)», Уляшова, Мария Морисовна

выводы

1. Оптимизированы условия проведения гибридизационного анализа биотинили-рованной ДНК на микрочипах с колориметрической детекцией. Предел обна

-- ружения биотинилированных олигонуклеотидов составил 0,025±0,005 нМ на микрочипах из стекла и 0,04±0,01 нМ на мембранных микрочипах. Показано, что специфичность выявления однонуклеотидного полиморфизма генов бета-лактамаз методом гибридизационного анализа ДНК с использованием биотина в качестве метки выше, чем специфичность гибридизационного анализа с использованием флуоресцентной метки СуЗ.

2. Разработан метод мультиплексной ПНР для совместной амплификации полноразмерных генов ТЕМ, SHV и СТХ-М бета-лактамаз с одновременным введением биотина в качестве метки. Метод позволяет определять 50 — 100 копий гена в одной реакции.

3. Исследовано влияние структурных параметров олигонуклеотидных зондов на . специфичность и чувствительность выявления однонуклеотидного полиморфизма генов методом гибридизационного анализа на ДНК-микрочипах. Предложены способы проведения молекулярного дизайна олигонуклеотидных зондов для анализа однонуклеотидного полиморфизма генов.

4. Разработан ДНК-микрочип для генотипирования бета-лактамаз СТХ-М типа па основе определения 67 позиций ОНП кодирующих их генов. Апробация экспериментальной серии ДНК-микрочипов на 97 клинических штаммах семейства Enterobacteriaceae показала 96% совпадение с результатами ДНК-секвенирования.

5. На основе совместного использования 'олигонуклеотидных зондов для идентификации трех типов бета-лактамаз (ТЕМ, SHV, СТХ-М) и зондов для определения ключевых мутаций в каждом из указанных типов генов разработан интегрированный ДНК-микрочип для диагностики бета-лактамаз расширенного спектра и ингибитор-резистентных бета-лактамаз. Проведена апробация микрочина на 100 клинических образцах Enterobacteriaceae, установлена хорошая корреляция полученных результатов с данными фенотипических тестов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Уляшова, Мария Морисовна, 2011 год

1. Fleming A. On the antibacterial action of cultures of a pénicillium, with special reference to their use in the isolation of B. influenzae // British Journal of Experimental Pathology. 1929. -V. 10.-P. 226-236.

2. Chain E., Florey H.W., Adelaide M.B., el al. Penicillin as a chemotherapeutic agent. 1940 // Clin Orthop Relat Res. 1993. - V. 295. - P. 3-7.

3. Elks J. Cephalosporins under development // Drugs. 1987. - V. 34 - P. 247-252.

4. Rolinson G.N. Forty years of beta-lactam research // J Antimicrob Chemother. 1998. - V. 41. -No. 6. -P. 589-603.

5. Fisher J.F., M crouch S.O., Mobashery S. Bacterial resistance to beta-lactam antibiotics: compelling opportunism, compelling opportunity // Chem Rev. 2005. - V. 105. - No. 2. - P. 395-424.

6. Poirel L., Naas T., Nordmann P. Genetic support of extended-spectrum beta-lactamases // Clin Microbiol Infect. -2008. V. 14-P. 75-81.

7. Weldhagen G.F. Intégrons and beta-lactamases a novel perspective on resistance // Int J Antimicrob Agents. - 2004. - V. 23. - No. 6. - P. 556-562.

8. Chambers H.F. Methicillin resistance in Staphylococci: molecular and biochemical basis and clinical implications//Clin Microbiol Rev. 1997.-V. 10.-No. 4.-P. 781-791.

9. James P.A., Reeves D.S. Bacterial resistance to cephalosporins as a function of outer membrane permeability and access to their target // J Chemother. 1996. - V. 8 - P. 37-47.

10. Jacoby G.A., Mills D.M., Chow N. Role of beta-lactamases and porins in resistance to erta-penem and other beta-lactams in Klebsiella pneumoniae // Antimicrob Agents Chemother. — 2004. V. 48. - No. 8. - P. 3203-3206.

11. Héritier C., Poirel L., Lambert T., Nordmann P. Contribution of acquit ed carbapenem-hydrolyzing oxacillinases to carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii // Antimicrob Agents Chemother. 2005. - V. 49. - No. 8. - P. 3198-3202.

12. Ziha-Zarifi I., Lianes С., Kohlcr T., et al. In vivo emergence of multidrug-resistant mutants of ^-Pseudomonas aeruginosa overexpressing the active efflux system MexA-MexB-OprM // Antimicrpb Agents Chemother. 1999. -V. 43. - No. 2. - P. 287-291.

13. Livermore D.M. Beta-lactamases in laboratory and clinical resistance // Clin Microbiol Rev. -1995. V. 8. - No. 4. - P. 557-584.

14. Bush K. The evolution of beta-lactamases // Ciba Found Symp. 1997. - V. 207. - P. 152163.

15. Livermore D.M., Pearson A. Antibiotic resistance: location, location, location // Clin Microbiol Infect. 2007. - V. - P. 7-16.

16. Harada S., Ishii Y., Yamaguchi K. Extended-spectrum beta-lactamases: implications for the clinical laboratory and therapy // Korean J Lab Med. 2008. - V. 28. - No. 6. - P. 401 -412.

17. Woodford N., Ellington M.J. The emergence of antibiotic resistance by mutation // Clin Microbiol Infect. -2007. V. 13.-No. 1.-P. 5-18.

18. Massova I., Mobashery S. Kinship and diversification of bacterial penicillin-binding proteins and beta-lactamases // Antimicrob Agents Chemother. 1998. - V. 42. - No. 1. - P. 1-17.

19. Березняков И.Г. Ингибиторозащищенные цефалоспорнны: перспективы клинического применения. // Медицина неотложных состояний. 2006. — V. 6. - Р. 1 - 5.

20. Березин А.Г., Ромашов О.М., Яковлев С.В., Сидоренко С.В. Характеристика и клиническое значение бета-лактамаз расширенного спектра // Антибиотки и химиотерапия. -2003.-V. 48.-Р. 5-13.

21. Fleming Р.С., Goldner М., Glass D.G. Observations on the nature, distribution, and significance of cephalosporinasc//Lancet. 1963. - V. l.-P. 1399-1401.

22. Richmond M.H., Sykes R.B. The beta-lactamases of gram-negative bacteria and their possible physiological role//Adv Microb Physiol. 1973.-V. 9.-No.-P. 31-88.

23. Sykes R.B., Matthew M. The beta-lactamases of gram-negative bacteria and their role in resistance to beta-Iactam antibiotics // J Antimicrob Chemother. 1976. - V. 2. - No. 2. - P. 115157.

24. Ambler R.P. The structure of beta-lactamases // Philos Trans R Soc Lond В Biol Sci. 1980. -V. 289.-No. 1036.-P. 321-331.

25. Bush K., Jacoby G.A. Updated functional classification of beta-lactamases // Antimicrob Agents Chemother. 2010. - V. 54. - No. 3. - P. 969-976.

26. Bebrone C. Metallo-beta-lactamases (classification, activity, genetic organization, structure, zinc coordination) and their superfamily // Biochem Pharmacol. 2007. - V. 74. - No. 12. - P. 1686-1701.

27. Bradford P.A. Extended-spectrum beta-lactamases in the 21st century: characterization, epidemiology, and detection of this important resistance threat // Clin Microbiol Rev. 2001. - V. 14.-No. 4.-P. 933-951.

28. Pitout J.D. Multiresistant Enterobacteriaceae: new threat of an old problem // Expert Rev Anti Infect Ther. 2008. - V. 6. - No. 5. - P. 657-669.

29. DattaN., Kontomichalou P. Penicillinase synthesis controlled by infectious R factors in Enterobacteriaceae // Nature. 1965. - V. 208. - P. 239-241.

30. Du Bois S.K., Marriott M.S., Amyes S.G. ТЕМ- and SHV-derived extended-spectrum beta-lactamases: relationship between selection, structure and function // J Antimicrob Chemother. -1995,-V. 35.-No. l.-P. 7-22.

31. Chen S.T., Clowes R.C. Variations between the nucleotide sequences of Tnl, Tn2,'and Tn3 and expression of beta-lactamase in Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli // J Bacterid. 1987,-V. 169. - No. 2. — P. 913-916.

32. Wu P.J., Shannon K., Phillips I. Mechanisms of hyperproduction of ТЕМ-1 beta-lactamase by clinical isolates of Escherichia coli // J Antimicrob Chemother. 1995. - V. 36. - No. 6. - P. 927-939.

33. Chaibi E.B., Sirot D., Paul G., Labia R. Inhibitor-resistant ТЕМ beta-lactamases: phenotypic, genetic and biochemical characteristics // J Antimicrob Chemother. 1999. - V. 43. - No. 4. - P. 447-458.

34. Huletsky A., Couture F., Levesque R.C. Nucleotide sequence and phylogeny of SHV-2 beta-lactamase // Antimicrob Agents Chemother. 1990. - V. 34. - No. 9. - P. 1725-1732.

35. Kuzin A.P., Nukaga M., Nukaga Y., el al. Structure of the SHV-1 beta-lactamase // Biochemistry. 1999. - V. 38. - No. 18. - P. 5720-5727.

36. Knothe H., Shah P., Krcmery V., et al. Transferable resistance to cefotaxime, cefoxitin, cefa-mandole and cefuroxime in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and Serratia marcescens // Infection. 1983. - V. 11.-No. 6.-P. 315-317.

37. Bonnet R. Growing group of extended-spectrum beta-lactamascs: the CTX-M enzymes // Antimicrob Agents Chemother. 2004. - V. 48.-No. l.-P. 1-14.

38. Nordmann P., Lartigue M.F., Poirel L. Beta-lactam induction of ISEcpIB-mediated mobilization of the naturally occurring bla(CTX-M) beta-lactamase gene of Kluyvera ascorbata // FEMS Microbiol Lett. 2008. - V. 288. - No. 2. - P. 247-249.

39. Tzouvelekis L.S., Tzelepi E., Tassios P.T., Legakis N.J. CTX-M-type beta-lactamascs: an emerging group of extended-spectrum enzymes // Int J Antimicrob Agents. 2000. - V. 14. — No. 2.-P. 137-142.

40. Humeniuk C., Arlet G., Gautier V., et al. Beta-lactamases of Kluyvera ascorbata, probable progenitors of some plasmid-encoded CTX-M types // Antimicrob Agents Chemother. 2002.y^V. 46. No. 9. - P. 3045-3049.

41. Canton R., Novais A., Valverde A., el al. Prevalence and spread of extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in Europe // Clin Microbiol Infect. 2008. - V. 14 - P. 144-153.

42. Livermore D.M., Canton R., Gniadkowski M., et al. CTX-M: changing the face of ESBLs in Europe // J Antimicrob Chemother. 2007. - V. 59. - No. 2. - P. 165-174.

43. Bush K. Extended-spectrum beta-lactamases in North America, 1987-2006 // Clin Microbiol Infect. -2008. V. 14 Suppl l.-No.-P. 134-143.

44. Quinteros M., Radice M., Gardella N., et al. Extended-spectrum beta-lactamases in enterobacteriaceae in Buenos Aires, Argentina, public hospitals // Antimicrob Agents Chemother. -2003. V. 47. - No. 9. - P. 2864-2867.

45. Mulvey M.R., Soule G., Boyd D., et al. Characterization of the first extended-spectrum beta-^^-fectamase-producing Salmonella isolate identified in Canada // J Clin Microbiol. 2003. - V. 41.-No. 1.-P. 460-462.

46. Yu Y., Ji S., Chen Y., et al. Resistance of strains producing extended-spectrum beta-lactamases and genotype distribution in China // J Infect. 2007. - V. 54. - No. 1. - P. 53-57.

47. Hawkey P.M. Prevalence and clonality of extended-spectrum beta-lactamases in Asia// Clin Microbiol Infect. -2008. V. 14-P. 159-165.

48. Schlesinger J., Navon-Venezia S., Chmelnitsky I., et al. Extended-spectrum beta-lactamases among Enterobacter isolates obtained in Tel Aviv, Israel // Antimicrob Agents Chemother.2005.-V. 49.-No. 3.-P. 1150-1156.

49. Livermore D.M., Hawkey P.M. CTX-M: changing the face of ESBLs in the UK // J Antimicrob Chemother. -2005,- V. 56.-No. 3.-P. 451-454.

50. Lartigue M.F., Zinsius C., Wenger A., et al. Extended-spectrum beta-lactamases of the CTX-M type now in Switzerland // Antimicrob Agents Chemother. 2007. - V. 51. - No. 8. - P. 28552860.

51. Pagani L., Dell'Amico E., Migliavacca R., et al. Multiple CTX-M-type extended-spectrum beta-lactamases in nosocomial isolates of Enterobacteriaceae from a hospital in northern Italy // JjElin Microbiol. 2003. - V. 41. - No. 9. - P. 4264-4269.

52. Canton R., Coque T.M. The CTX-M beta-lactamase pandemic // Curr Opin Microbiol.2006. V. 9. - No. 5. - P. 466-475.

53. Empel J., Baraniak A., Literacka E., et al. Molecular survey of beta-lactamases conferring resistance to newer beta-lactams in Enterobacteriaceae isolates from Polish hospitals // Antimicrob Agents Chemother. 2008. - V. 52. - No. 7. - P. 2449-2454.

54. Kim S., Hu J., Gautom R., et al. CTX-M extended-spectrum beta-lactamases, Washington State // Em erg Infect Dis. 2007. - V. 13.-No. 3.-P. 513-514.

55. Meszaros А.Т., Strenkoski L.F., Firstenberg-Eden R. New options for nitrocefin-based beta-lactamase testing // Am Clin Lab. 1995.-V. 14.-No. 2.-P. 20-22.

56. Payne D.J., Farmer Т.Н. Biochemical and enzime kinetic applications for the characterization of beta-Iactamases. // Book. / Humana Press. 1998. - P. 513-535.

57. Mathew A., Harris A.M., Marshall M.J., Ross G.W. The use of analytical isoelectric focusing for detection and identification of beta-lactamases// J Gen Microbiol. 1975. - V. 88. - No. 1. -P. 169-178.

58. Arstila Т., Jacoby G.A., Huovinen P. Evaluation of five different methods to prepare bacterial extracts for the identification of beta-lactamases by isoelectric focusing // J Antimicrob Chemother. 1993. - V. 32.-No. 6.-P. 809-816.

59. Семина C.B., Сидоренко С.В., Резван С.П. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2004. - V. 6. - Р. 306-359.

60. Sanders С.С., Barry A.L., Washington J.A., et al. Detection of extended-spectrum-beta-Iactamase-producing members of the family Enterobacteriaceae with Vitek ESBL test // J Clin Microbiol. 1996.-V. 34.-No. 12. - P. 2997-3001.

61. V. 40. No. 10. - P. 3703-3711.

62. Tseng C.Y., Liu P.Y., Wu W.L., et al. Comparison of detection of extended-spectrum beta-lactamases by agar dilution method, E-test ESBL screen and double disk test // J Microbiol Immunol Infect. 1998. - V. 31. - No. 2. - P. 90-94.

63. Страчунский Jl.C. Бета-лактамазы расширенного спектра быстро растущая и плохо .^-"бсознаваемая угроза // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия.2005.-V. 7.-No. 1.-Р. 92-96.

64. Эйдельштейн М.В. Выявление бет-лактамаз расширенного спектра у грамотрицагель-пых бактерий с помощью фенотипичсских методов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2001. - V. 3. - No. 2. - Р. 183-189.

65. Cormican M.G., Marshall S.A., Jones R.N. Detection of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing strains by the Etest ESBL screen // J Clin Microbiol. 1996. - V. 34. - No. 8. -P. 1880-1884.

66. Paniara, Platsouka E., Dimopoulou II., eta/. Diversity ofbeta-lactam resistance levels among related Klebsiella pneumoniae strains isolated in an intensive care unit // J Chemother. 2000. -V. 12.-No. 3.-P. 204-207.

67. Pitout J.D., Laupland K.B. Extended-spectium beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae: an emerging public-health concern // Lancet Infect Dis. -2008. V. 8. - No. 3. - P. 159-166.

68. Robbcrts F.J., Kohner P.C., Patel R. Unreliable extended-spectrum beta-lactamase detection in the presence of plasmid-mediated AmpC in Escherichia coli clinical isolates // J Clin Microbiol. 2009. - V. 47. - No. 2. - P. 358-361.

69. Cockerill F.R., 3rd Genetic methods for assessing antimicrobial resistance // Antimicrob Agents Chemother. 1999. - V. 43.-No. 2. - P. 199-212.

70. Tenover F.C., Huang M.B., Rashced J.K., Persing D.H. Development of PCR assays to detect ampicillin resistance genes in cerebrospinal fluid samples containing Haemophilus influenzae // J Clin Microbiol. 1994.-V. 32.-No. 11.-P. 2729-2737.

71. Monstein H.-J., Ostholm-Balkhed A., Nilsson M.V., et al. Multiplex PCR amplification assay for the detection of blaSHV, blaTEM and blaCTX-M genes in Enterobacteriaceae. // APMIS. -2007.-V. 115,- P. 1400-1408.

72. Woodford N., Fagan E.J., Ellington M.J. Multiplex PCR for rapid detection of genes encoding CTX-M extended-spectrum beta-lactamases. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy.2006.-V. 57.-No. l.-P. 154-155.

73. Xu L., Ensor V., Gossain S., et al. Rapid and simple detection of blaCTX-M genes by multiplex PCR assay. // Journal of Medical Microbiology. 2005. - V. 54. - No. l.-P. 1183-1187.

74. Birkett C.I., Ludlam H.A., Woodford N., et al. Real-time TaqMan PCR for rapid detection and typing of genes encoding CTX-M extended-spectrum beta-lactamases // J Med Microbiol.2007. V. 56. - No. 1. - P. 52-55.

75. Randegger C.C., Hachler H. Real-time PCR and melting curve analysis for reliable and rapid detection of SI IV extended-spectrum beta-lactamases // Antimicrob Agents Chemother. 2001. -V. 45.-No. 6.-P. 1730-1736.

76. Nikulin A., Alexeev Y., Edelstcin M. A single-tube real-time PCR and melting-curve analysis for dctcction and characterisation of TEM-type extended-spectrum p-lactamases // Int. J. Antimicrob. Agents. 2007. - V. 29. - No. 2. - P. 222.

77. Stcpanova M., Nikulin A., Sukhorukova M., et al. II Abstracts of 17th European Congress Clin. Microbiol, and Infect. Dis./25th Int. Congress Chemother. March 31 - April 3, 2007. Munich, Germany. P. 1732.

78. Arlet G., Brami G., Deere D., et al. Molecular characterisation by PCR-restriction fragment length polymorphism of TEM beta-lactamases // FEMS Microbiol Lett. 1995. - V. 134. - P. 203-208.

79. Xu L., Evans J., Ling T., et al. Rapid genotyping of CTX-M extended-spectrum bcta-Iactamases by denaturing high-performance liauid chromatography // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2007. - V. 51. - No. 4. - P. 1446-1454.

80. Naas T., Oxacelay C., Nordmann P. Identification of CTX-M-Type extended-spectrum beta--^Tactamase genes using real-time PCR and pyrosequencing // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2007. - V. 51. - No. 1. - P. 223-230.

81. Poirel L., Naas T., Nordmann P. Pyrosequencing as a rapid tool for identification of GES-type extended-spectrum beta-lactamases // J Clin Microbiol. 2006. - V. 44. - No. 8. - P. 30083011.

82. Southern E.M., Maskos U., Elder J.K. Analyzing and comparing nucleic acid sequences by hybridization to arrays of oligonucleotides: evaluation using experimental models // Genomics. -1992.-V. 13.-No. 4.-P. 1008-1017.

83. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis//J Mol Biol. 1975. - V. 98.-No. 3.-P. 503-517.

84. Mullis K.B. Target amplification for DNA analysis by the polymerase chain reaction // Ann Biol Clin (Paris). 1990. - V. 48. - No. 8. - P. 579-582.

85. T07. Schena M., Shalon D., Davis R.W., Brown P.O. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray // Science. 1995. - V. 270. - P. 467-470.

86. Sassolas A., Leca-Bouvier B.D., Blum L.J. DNA biosensors and microarrays // Chem Rev. -2008. — V. 108. No. l.-P. 109-139.

87. Ehrenreich A. DNA microarray technology for the microbiologist: an overview // Appl Microbiol Biotechnol. 2006. - V. 73. - No. 2. - P. 255-273.

88. Perreten V., Vorlet-Fawer L., Slickers P., et al Microarray-based detection of 90 antibiotic resistance genes of gram-positive bacteria // Journal of clinical microbiology. 2005. - V. 43. -No. 5.-P. 2291-2302.

89. Van Hal N.L., Vorst O., van Houwelingen A.M., et al. The application of DNA microarrays in gene expression analysis //J Biotechnol. -2000. V. 78. - No. 3. - P. 271-280.

90. Kolchinsky A., Mirzabekov A. Analysis of SNPs and other genomic variations using gel-based chips // 11 urn Mutat. 2002. - V. 19. - No. 4. - P. 343-360.

91. Dufva M. Fabrication of high quality microarrays // Biomol Eng. 2005. - V. 22. - No. 5-6. -P. 173-184.

92. McGall G.H., Barone A.D., Diggelmann M., et al. The efficicncy of light-directed synthesis of DNA arrays on glass substrates // J. Am. Chem. Soc. 1997. - V. 119. - P. 5081-5090.

93. Singh-Gasson S., Green R.D., Yue Y., et al. Maskless fabrication of light-directed oligonucleotide microarrays using a digital micromirror array // Nat Biotechnol. 1999. - V. 17. - No. 10. - P. 974-978.

94. Del Campo A., Bruce I.J. Substrate patterning and activation strategics for DNA chip fabrication // Top Curr. Chem. 2005. - V. 260. - P. 77-111.

95. Fixe F., Dufva M., Telleman P., Christensen C.B. Functionalization of poly(methyl metha-crylate) (PMMA) as a substrate for DNA microarrays // Nucleic Acids Res. 2004. - V. 32. -No. 1. - P. e9.

96. Bertucci F., Bernard K., Loriod B., et al. Sensitivity issues in DNA array-based expression measurements and performance of nylon microarrays for small samples // Hum Mol Genet.1999.-V. 8.-No. 9.-P. 1715-1722.

97. T21. Moorcroft M.J., Meuleman W.R., Latham S.G., et al. In situ oligonucleotide synthesis on paly(dimethylsiloxane): a flexible substrate for microarray fabrication // Nucleic Acids Res. -2005.-V. 33.-No. 8.-P. e75.

98. Zammatteo N., Jeanmart L., Hamels S., et al. Comparison between different strategies of covalent attachment of DNA to glass surfaces to build DNA microarrays // Anal Biochem.2000,-V. 280.-No. l.-P. 143-150.

99. Sakata T., Maruyama S., Ueda A., et al. Stable immobilization of an oligonucleotide probe on a gold substrate using tripodal thiol derivatives // Langmuir. 2007. - V. 23. — No. 5. — P. 2269-2272.

100. Hackler L., Jr., Dorman G., Kele Z., et al. Development of chemically modified glass surfaces for nucleic acid, protein and small molecule microarrays // Mol Divers. 2003. — V. 7. -No. l.-P. 25-36.

101. Preininger C., Bodrossy L., Sauer U., et al. ARChip Epoxy and ARChip UV for covalent on-chip immobilization of pmoA gene-speciWc oligonucleotides // Analytical Biochemistry. -2004,-V. 330.-P. 29-36.

102. Heise C., Bier F.F. Immobilization of DNA on Microarrays // Top Cuit. Chem. 2006. - V. ^261.- P. 1-25.

103. Rubina A.Y., Pan'kov S.V., Dementieva E.I., et al. Hydrogel drop microchips with immobilized DNA: properties and methods for large-scale production // Anal Biochem. 2004. - V. 325. -No. l.-P. 92-106.

104. Wei Q., Liu S., Huang J., et al. Comparison of hybridization behavior between double and single strands of targets and the application of asymmetric PCR targets in cDNA microarray // J Biochem Mol Biol. 2004. - V. 37. - No. 4. - P. 439-444.

105. Lind Т., Thorland E.C., Sommer S.S. Genomic amplification with transcript sequencing (GAWTS) // Methods Mol Biol. 1996. - V. 65. - P. 193-200.

106. T31. Grimm V., Ezaki S., Susa M., et al. Use of DNA microarrays for rapid genotyping of ТЕМ beta-lactamascs that confer resistance // Journal of clinical microbiology. 2004. - V. 42. - No. 8. - P. 3766-3774.

107. Leinberger D.M., Grimm V., Rubtsova M., et al. Integrated detection of extended-spectrum-beta-lactam resistance by DNA microarray-based genotyping of ТЕМ, SHV, and CTX-M genes // J Clin Microbiol. 2009. - V. 48. - No. 2. - P. 460-471.

108. Monecke S., Ehricht R. Rapid genotyping of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates using miniaturised oligonucleotide arrays // Clin Microbiol Infect. 2005. - V. 11.-No. 10.-P. 825-833.

109. Volokhov D., Chizhikov V., Chumakov K., Rasooly A. Microarray analysis of erythromycin resistance determinants // J Appl Microbiol. 2003. - V. 95. - No. 4. - P. 787-798.

110. Franke-Whittle I.H., Klammer S.H., Mayrhofer S., Insam H. Comparison of different labeling methods for the production of labeled target DNA for microarray hybridization // J Microbiol Methods.-2006.-V. 65.-No. l.-P. П 7-126.

111. Pinkel D., Segraves R., Sudar D., et al. High resolution analysis of DNA copy number variation using comparative genomic hybridization to microarrays // Nat Genet. 1998. - V. 20. - No.2.-P. 207-211.

112. Raap A.K., van der Burg M.J., Knijnenburg J., et al. Array comparative genomic hybridization with cyanin cis-platinum-labeled DNAs // Biotechniques. 2004. - V. 37. - No. l.-P. 130134.

113. He Z., Wu L., Li X., et al. Empirical establishment of oligonucleotide probe design criteria // Appl Environ Microbiol. 2005. - V. 71. - No. 7. - P. 3753-3760.

114. Suzuki S., Ono N., Furusawa C., et al. Experimental optimization of probe length to increase the sequence specificity of high-density oligonucleotide microarrays // BMC Genomics. 2007. -V. 8.-P. 373.

115. Shchepinov M.S., Case-Green S.C., Southern E.M. Steric factors influencing hybridisation of nucleic acids to oligonucleotide arrays // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - No. 6. - P. 1155-1161.

116. Peterson A.W., Ileaton R.J., Georgiadis R.M. The effect of surface probe density on DNA hybridization // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29. - No. 24. - P. 5163-5168.

117. Чечеткин B.P., Прокопенко Д.В., Макаров A.A., Заседателей A.C. Биочипы для медицинской диагностики // Российские нанотехнологии. -2006. V. I. — No. 2. - Р. 13-27.

118. Bilitewski U. DNA microarrays: an introduction to the technology // Methods Mol Biol. —2009.-V. 509.-P. 1-14.

119. Relögio A., Schwager С., Richter A., et al. Optimization of oligonucleotide-based DNA microarrays. // Nucleic Acids Research. 2002. - V. 30. - No. 11. - P. e51.

120. Borden J.R., Paredes C.J., Papoutsakis E.T. Diffusion, mixing, and associated dye effects in ^JDNA-microarray hybridizations // Biophys J. 2005. - V. 89. - No. 5. - P. 3277-3284.

121. Sethi A.A., Tybjaerg-Hansen A., Andersen R.V., Nordestgaard B.G. Nanogen microelectronic chip for large-scale genotyping // Clin Chem. 2004. - V. 50. - No. 2. - P. 443-446.

122. Dai H., Meyer M., Stepaniants S., et al. Use of hybridization kinetics for differentiating specific from non-specific binding to oligonucleotide microarrays //Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30.-No. 16.-P. e86.

123. Bishop J., Blair S., Chagovetz A.M. A competitive kinetic model of nucleic acid surface hybridization in the presence of point mutants // Biophys J. 2006. - V. 90. - No. 3. - P. 831-840.

124. Ilerwig R., Aanstad P.; Clark M., Lehrach H. Statistical evaluation of differential expression on cDNA nylon arrays with replicated experiments // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29. - No. 23.-P.clI7.

125. Hacia J.G., Brody L.C., Chee M.S., et al. Detection of heterozygous mutations in BRCA1 using high density oligonucleotide arrays and two-colour fluorescence analysis // Nat Genet. — 1996. V. 14.-No. 4.-P. 441-447.

126. Marras S.A. Selection of fluorophore and quencher pairs for fluorescent nucleic acid hybridization probes // Methods Mol Biol. 2006. - V. 335. - P. 3-16.

127. Medintz I.L., Uyeda H.T., Goldman E.R., Mattoussi H. Quantum dot bioconjugates for imaging, labelling and sensing // Nat Mater. 2005. - V. 4. - No. 6. - P. 435-446.

128. Gerion D., Chen F., Kannan B., et al. Room-temperature single-nucleotide polymorphism and multiallele DNA detection using fluorescent nanocrystals and microarrays // Anal Chem. — 2003. V. 75. - No. 18. - P. 4766-4772.

129. Ryan O., Smyth M.R., Fagain C.O. Horseradish peroxidase: the analyst's friend // Essays Biochem.- 1994. V. 28. - P: 129-146.

130. Marquette C.A., Thomas D., Degiuli A., Blum L.J. Design of luminescent biochips based on enzyme, antibody, or DNA composite layers // Anal Bioanal Chem. 2003. - V. 377. - No. 5. -P. 922-928.

131. Mallard F., Marchand G., Ginot F., Campagnolo R. Opto-electronic DNA chip: high performance chip reading with an all-electric interface // Biosens Bioelectron. 2005. - V. 20. - No. 9. - P. 1813-1820.

132. Li W., Zhao B., Jin Y., Ruan K. Development of a low-cost detection method for miRNA microarray // Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 2010. - V. 42. - No. 4. - P. 296-301.

133. Dufva M., Poulscn L. Genotyping of mutation in the beta-globin gene using DNA microarrays // Methods Mol Biol. 2009. - V. 509. - P. 47-56.

134. Marquette C.A., Blum L.J. Conducting elastomer surface texturing: a path to electrode spotting. Application to the biochip production // Biosens Bioelectron. 2004. - V. 20. - No. 2. - P. 197-203.

135. Bao Y.P., Huber M., Wei T.F., et al. SNP identification in unamplified human genomic DNA with gold nanoparticle probes //Nucleic Acids Res. 2005. - V. 33. - No. 2. - P. el5.

136. Blab G.A., Cognet L., Berciaud S., et al. Optical readout of gold nanoparticle-based DNA microarrays without silver enhancement// Biophys J. -2006. V. 90. - No. 1. - P. LI 3-15.

137. Lytton-Jean А.К., Han M.S., Mirkin C.A. Microarray detection of duplex and triplex DNA binders with DNA-modified gold nanoparticles // Anal Chem. 2007. - V. 79. - No. 15. - P. 6037-6041.

138. Tansil N.C., Gao Z. Nanoparticles in biomolecular detection //Nanotoday. -2006. V. 1. -No. I.-P. 28-37.

139. Liao J.C., Mastali M., Gau V., el al. Use of electrochemical DNA biosensors for rapid molecular identification of uropathogens in clinical urine specimens // J Clin Microbiol. 2006. - V. 44.-No. 2.-P. 561-570.

140. Ghindilis A.L., Smith M.W., Schwarzkopf K.R., et al. CombiMatrix oligonucleotide arrays: genotyping and gene expression assays employing electrochemical detection // Biosens Bioelec-tron. 2007. - V. 22,- P. 1853-1860.

141. Park S.J., Taton T.A., Mirkin C.A. Array-based electrical detection of DNA with nanoparticle probes // Science. 2002. - V. 295. - P. 1503-1506.

142. Malic L., Cui В., Veres Т., Tabrizian M. Enhanced surface plasmon resonance imaging detection of DNA hybridization on periodic gold nanoposts // Opt Lett. 2007. - V. 32. - No. 21.1. P. 3092-3094.

143. Mannelli I., Lecerf L., Guerrouache M., et al. DNA immobilisation procedures for surface plasmon resonance imaging (SPRI) based microarray systems // Biosens Bioelectron. 2007. — V. 22.-No. 6.-P. 803-809.

144. Nelson B.P., Grimsrud Т.Е., Liles M.R., et al. Surface plasmon resonance imaging measurements of DNA and RNA hybridization adsorption onto DNA microarrays // Anal Chem. -2001.-V. 73.-No. l.-P. 1-7.

145. Kick A., Bonsch M., Katzschner В., et al. DNA microarrays for hybridization detection by surface plasmon resonance spectroscopy // Biosens Bioelectron. 2010. - V. 26 - No. 4 - P. 1543-1547.

146. Moon S., Kim D.J., Kim K., et al. Surface-enhanced plasmon resonance detection of nano-particle-conjugated DNA hybridization 11 Appl Opt. 2010. - V. 49. - No. 3. - P. 484-491.

147. Lee Y., Lee C.S., Kim Y.J., et al. Development of DNA chip for the simultaneous detection ^-of various beta-lactam antibiotic-resistant genes // Mol Cells. — 2002. V. 14. - No. 2. - P. 192197.

148. Chen S., Zhao S., McDermott P.F., et al. A DNA microarray for identification of virulence and antimicrobial resistance genes in Salmonella serovars and Escherichia coli // Mol Cell Probes. 2005. - V. 19.-No. 3.-P. 195-201.

149. Cleven B.E., Palka-Santini M., Gielen J., et al. Identification and characterization of bacterial pathogens causing bloodstream infections by DNA microarray // J Clin Microbiol. 2006. - V. 44.-No. 7.-P. 2389-2397.

150. Cassonc M., D'Andrca M.M., Iannelli F., et al. DNA microarray for detection of macrolide resistance genes // Antimicrob Agents Chemother. 2006. - V. 50. - No. 6. - P. 2038-2041.

151. Yu X., Susa M., Knabbe C., et al. Development and validation of a diagnostic DNA micro-array to detect quinolone-resistant Escherichia coli among clinical isolates // J Clin Microbiol. -2004. V. 42. - No. 9. - P. 4083-4091.

152. Strommenger B., Schmidt C., Werner G., et al. DNA microarray for the detection of therapeutically relevant antibiotic resistance determinants in clinical isolates of Staphylococcus aureus // Mol Cell Probes. 2007. - V. 21. - No. 3. - P. 161 -170.

153. Gryadunov D., Mikhailovich V., Lapa S., et al. Evaluation of hybridisation on oligonucleotide microarrays for analysis of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis // Clin Microbiol Infect. 2005. - V. 11.-No. 7.-P. 531-539.

154. Ensor V.M., Livermorc D.M., Hawkey P.M. A novel reverse-line hybridization assay for identifying genotypes of CTX-M-type extendcd-spectrum bcta-lactamases. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2007. - V. 59. - No. 1. - P. 387-395.

155. Shibata N., Kurokawa H., Doi Y., et al. PCR classification of CTX-M-type bcta-lactamasc genes identified in clinically isolated gram-negative bacilli in Japan // Antimicrob Agents Chemother. 2006. - V. 50. - No. 2. - P. 791 -795.

156. Pitout J.D.D., Hamilton, Church D.L., et al. Development and clinical validation of a molecular diagnostic assay to detcct CTX-M-type bcta-lactamases in Enterobacteriaceae. // Clinical Microbiology and Infection. 2006. - V. 13. - No. 3. - P. 291-297.

157. Schmitt J., Jacobs E., Schmidt H. Molecular characterization of extended-spectrum beta-lactamases in Enterobacteriaceae from patients of two hospitals in Saxony, Germany // J Med

158. Microbiol. 2007. - V. 56. - No. 2. - P. 241-249.

159. Jacoby G.A., Sutton L. Properties of plasmids responsible for production' of extended-spectrum beta-lactamases // Antimicrob Agents Chemother. 1991. - V. 35. - No. 1. - P. 164169.

160. Leflon-Guibout V., Heym B., Nicolas-Chanoine M. Updated sequence information and proposed nomenclature for bla(TEM) genes and their promoters // Antimicrob Agents Chemother. -2000. V. 44. - No. 11. - P. 3232-3234.

161. Edelstein M., Suvorov M., Edelstein I., Kozlov R. Identification of the naturally occurring '^variant genes blaTEM-ld and blaTEM-70 encoding broad-spectrum TEM-type beta-lactamases //

162. Abstracts of 10th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 2000. -P. 278.

163. Randegger C.C., Keller A., Irla M., el al. Contribution of natural amino acid substitutions in SHV extended-spectrum beta-lactamases to resistance against various beta-lactams // Antimicrob Agents Chemother. 2000. - V. 44. - No. 10. - P. 2759-2763.

164. Bauernfeind A., Casellas J.M., Goldberg M., et al. A new plasmidic cefotaximase from pa--"""Tients infected with Salmonella typhimurium // Infection. 1992. - V. 20. - No. 3. - P. 158-163.

165. Sabate M., Tarrago R., Navarro F., et al. Cloning and sequence of the gene encoding a novel cefotaxime-hydrolyzing beta-lactamase (CTX-M-9) from Escherichia coli in Spain // Antimicrob Agents Chemother. -2000. V. 44. - No. 7. - P. 1970-1973.

166. McKimm-Breschkin J.L. The use of tetramethylbenzidine for solid phase immunoassays // J Immunol Methods.-1990.-V. 135.-No. 1-2.-P. 277-280.

167. Yatsimirskaya E.A., Gavrilova E.M., Egorov A.M. Detection system for membrane immunoassay based on the trapping of a highly colored intermediate of the peroxidase reaction // Anal Biochem. 1993. - V. 211. - No. 2. - P. 274-278.

168. Conyers S.M., Kidwell D.A. Chromogenic substrates for horseradish peroxidase // Anal Biochem. 1991,-V. 192.-No. l.-P. 207-211.

169. Rychlik W., Spencer W.J., Rhoads R.E. Optimization of the annealing temperature for DNA amplification in vitro //Nucleic Acids Res. 1990. - V. 18. - No. 21. - P. 6409-6412.

170. Grimm V., Susa M., Knabbe C., et al. Microarray and method for genotyping SHV beta-lactamases // Patent US 2006/0210999.

171. Bodrossy L., Stralis-Pavese N., Murrell J.C., et al. Development and validation of a diagnos-•^Tic microbial microarray for methanotrophs // Environ Microbiol. 2003. - V. 5. - No. 7. - P.566.582.

172. Connors T.D., Burn T.C., VanRaay T., et al. Evaluation of DNA sequencing ambiguities using tetramethylammonium chloride hybridization conditions // Biotechniqucs. 1997. - V. 22. -No. 6.-P. 1088-1090.

173. Mir K.U., Southern E.M. Determining the influence of structure on hybridization using oligonucleotide arrays //Nat Biotechnol. 1999. - V. 17. -No. 8. - P. 788-792.

174. Guo Z., Guilfoyle R.A., Thiel A.J., et al. Direct fluorescence analysis of genetic polymorphisms by hybridization with oligonucleotide arrays on glass supports // Nucleic Acids Res. -1994. V. 22. - No. 24. - P. 5456-5465.

175. Breslauer K.J., Frank R., Blocker H., Marky L.A. Predicting DNA duplex stability from the base sequence // Proc Natl Acad Sci USA. 1986. - V. 83. - No. 11. - P. 3746-3750.

176. Lee I., Dombkowski A.A., Athey B.D. Guidelines for incorporating non-perfectly matched oligonucleotides into target-specific hybridization probes for a DNA microarray // Nucleic Acids Research. 2004. - V. 32. - No. 2. - P. 681 -690.

177. Werntges H., Steger G., Riesner D., Fritz H.J. Mismatches in DNA double strands: thermos-dynamic parameters and their correlation to repair efficiencies //Nucleic Acids Res. — 1986. V.14.-No. 9.-P. 3773-3790.

178. Martinez-Martinez L. Extended-spectrum beta-lactamases and the permeability barrier // Clin Microbiol Infect. 2008. - V. 14 - P. 82-89.\ \