Белок-белковые взаимодействия в биолюминесцентных системах кишечнополостных Renilla muelleri и Clytia gregaria тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат биологических наук Титушин, Максим Сергеевич

• Титушин, Максим Сергеевич
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Титушин, Максим Сергеевич

Введение

ГЛАВА 1. Белок-белковые комплексы в биолюминесцентных системах кишечнополостных

1.1. Основные характеристики белок-белковых взаимодействий

1.1.1. Структура и свойства белок-белковых контактов

1.1.2. Силы, определяющие белок-белковое взаимодействие

1.1.3. Распределение свойств области белок-белкового контакта

1.2. Метод ЯМР в определении пространственных структур белок-белковых комплексов

1.2.1. Гетероядерная одноквантовая корреляционная спектроскопия (HSQC)

1.2.2. Кросс-релаксация NOESY

1.2.3. Остаточное взаимодействие диполей

1.3. Метод молекулярного докинга в расчете пространственных структур комплексов биологических макромолекул

1.3.1. Общие закономерности докинга биологических макромолекул

1.3.2. Проблема белок-белкового докинга

1.4. Белок-белковые комплексы в биолюминесцентных системах кишечнополостных

1.4.1. Фотопротеиновые системы

1.4.2. Белки системы Renilla

ГЛАВА 2. Материалы и методы

2.1. Молекулярная биология

2.2. Экспрессия и очистка белка

2.2.1. Выделение и очистка люциферазы из Renilla muelleri

2.2.2. Получение целентеразин-связывающего белка (СВР) из Renilla muelleri

2.2.3. Выделение и очистка фотопротеина клитина из Clytia gregaria

2.2.4. Выделение и очистка зеленого флуоресцентного белка (GFP) из Clytia gregaria

2.3. Спектральные измерения, определение биолюминесцентной активности и концентрации белка

2.4. ЯМР

2.4.1. Получение клитина и зеленого флуоресцентного белка (GFP), меченных изотопами 13С, ,5N и 2Н

2.4.2. Спектроскопия ЯМР

2.4.3. Титрование и определение величины возмущения химического сдвига

2.5. Расчет пространственной структуры комплекса клитин-GFP

2.5.1. Определение условий сближения и стыковки белков в комплексе

2.5.2. Метод последовательных приближений

2.5.3. Оценка результатов расчета пространственных структур

2.6. Кристаллография

2.7. Программное обеспечение

2.8. Реактивы

ГЛАВА 3. Белок-белковые взаимодействия между люциферазой и целентеразин-связывающим белком из Renilla muelleri

3.1. Характеристика целентеразин-связывающего белка (СВР)

3.1.1. Спектры полгощения СВР

3.1.2. Флуоресценция СВР

3.2. Биолюминесценция люциферазы с целентеразином и целентеразин-связывающим белком (СВР)

3.3. Расчет пространственной структуры комплекса люцифераза-СВР

3.3.1. Пространственная структура комплекса люцифераза-СВР

3.3.2. Пространственная структура комплекса люцифераза-СВР-Са2+

ГЛАВА 4. Образование белок-белкового комплекса межу клитином и зеленым флуоресцентным белком (GFP) из Clytia gregaria

4.1. Характеристика взаимодействия в системе клитин-GFP

4.1.1. Спектральные свойства клитина и GFP

4.1.2. Биолюминесценция клитина в присутствии GFP

4.1.3. Регистрация белок-белкового взаимодействия в системе кли-тин-GFP при помощи разных методов

4.2. Пространственная кристаллическая структура клитина из Clytia gregaria со связанным целентеразином

4.2.1. Кристаллизация

4.2.2. Общая структурная организация клитина

4.3. Пространственная кристаллическая структура зеленого флуоресцентного белка (GFP) из Clytia gregaria

4.4. Исследование Са2+-регулируемого фотопротеина клитина методом гетероядерного ЯМР

4.4.1. Отнесение резонансов в ^-^N HSQC спектре клитина

4.4.2. 'H-^NHSQC спектр Са2+-разряженного клитина, связанного с Са2+.

4.4.3. Определение методом ЯМР-титрования аминокислотных остатков клитина, «затронутых» взаимодействием с GFP

4.4.4. Поверхность взаимодействия клитина

4.5. Исследование GFP методом гетероядерного ЯМР

4.5.1. Отнесение резонансов в 'H-^N HSQC спектре GFP

4.5.2. Определение методом ЯМР-титрования аминокислотных остатков GFP, «затронутых» взаимодействием с клитином

4.5.3. Поверхность взаимодействия GFP

4.6. Пространственная структура комплекса клитин-GFP

4.7. Экспериментальное подтверждение структуры комплекса методом сайт-направленного мутагенеза

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Белок-белковые взаимодействия в биолюминесцентных системах кишечнополостных Renilla muelleri и Clytia gregaria»

Явление биолюминесценции широко распространено в природе. Фактически, биолюминесценция — это хемилюминесцентная реакция, в которой происходит окисление субстрата — люциферина, катализируемое специфическим ферментом люциферазой. Люциферины и люциферазы разных организмов являются соединениями различной структуры и поэтому это понятие скорее собирательное и функциональное, чем структурно-химическое.

Среди светящихся организмов подавляющее большинство представлено морскими обитателями. К настоящему времени большинство охарактеризованных биолюминесцентных систем морских животных принадлежит к так называемому целентеразин-зависимому типу, где субстратом биолюминесцентной реакции является целентеразин. Классическими представителями целентера-зин-зависимых систем являются биолюминесцентные системы мягкого коралла Reniña и медузы Aequorea.

Главным компонентом биолюминесцентной системы Aequorea является г\ |

Са -регулируемый фотопротеин акворин, который представляет собой комплекс, состоящий из белка и «преактивированного» кислородом целентеразина (2-гидропероксицелентераизна), прочно, но не ковалентно связанного с белком. Биолюминесценция инициируется добавлением ионов кальция и возникает при декарбоксилировании 2-гидропероксицелентеразина. В результате реакции образуется молекула целентерамида в возбужденном состоянии и СОг- Переход целентерамида из возбужденного в основное состояние сопровождается излучением кванта голубого света.

В биолюминесцентной системе Renilla функции фотопротеина как бы поделены между двумя белками, один из которых (Са -зависимый целентеразин-связывающий белок, СВР) хранит субстрат и реагирует на ионы кальция, а другой (люцифераза) катализирует биолюминесцентную реакцию при участии кислорода. Фактически, «субстратом» люциферазы Renilla в биолюминесцентной реакции in vivo является СВР, содержащий одну молекулу прочно связанного целентеразина. Целентеразин становится доступным для реакции с люцифера-зой и 02 только после связывания с СВР ионов кальция.

Окисление целентеразина в активном центре люциферазы или фотопротеина сопровождается излучением кванта голубого цвета, тогда как природное свечение Aequorea и Renilla является зеленым. Это обусловлено наличием дополнительного белка системы, зеленого флуоресцентного белка (GFP), который выступает в роли акцептора энергии возбужденного состояния продукта, це-лентерамида, с последующим излучением кванта зеленого света флуоресценции. Для описания безызлучательного переноса энергии с возбужденного продукта на хромофор GFP использовали с некоторыми ограничениями предложенный Форстером механизм индуктивно-резонансного переноса энергии. Поскольку такой перенос энергии наблюдается в сильно разбавленных растворах донорного и акцепторного белков, было сделано заключение, что перенос происходит с образованием белок-белкового комплекса. Однако достоверно образование короткоживущего комплекса удалось показать только для люциферазы и GFP из Renilla, но не для фотопротеина и GFP из Aequorea.

В лаборатории фотобиологии Института биофизики СО РАН были клонированы кДНК гены, кодирующие Са -регулируемый фотопротеин клитин и зеленый флуоресцентный белок (GFP) из светящейся медузы Clytia gregaria, а также Са -регулируемый целентеразин-связывающий белок и люцифераза из мягкого коралла Renilla muelleri, и в настоящее время проводится всестороннее исследование этих белков. В частности, для рекомбинантных белков из Clytia — фотопротеина клитина и GFP — удалось продемонстрировать безызлучательный перенос энергии in vitro при использовании микромолярных концентраций белка, что однозначно свидетельствует об образовании белок-белкового комплекса между клитином и GFP. Важно заметить, что это первый случай, когда формирование комплекса было косвенно показано для биолюминесцентной системы фотопротеинового типа. Однако в силу слабой природы взаимодействия клитина и GFP не удалось получить кристаллов комплекса, а следовательно, и определить его пространственную структуру. Пространственная структура комплекса представляет фундаментальный интерес, поскольку в рамках этого комплекса происходит безызлучательный перенос энергии, который важен не только в биолюминесцентных реакциях, но и в процессах фотосинтеза и дыхания. Другое направление было связано с исследованием биолюминесцентной системы Renilla, в которой белок-белковое взаимодействие между люциферазой и GFP было продемонстрировано в работах американских ученых более 30 лет назад. Тогда же было высказано предположение, что все 3 белка системы Renilla - люцифераза, СВР и GFP - функционируют в комплексе, однако дальнейших исследований в этом направлении проведено не было.

Целью данной работы являлось определение пространственных структур

2+ белок-белковых комплексов между Са -регулируемым фотопротеином клити-ном и зелёным флуоресцентным белком (GFP), а также Са -регулируемым це-лентеразин-связывающим белком (СВР) и люциферазой, входящими в состав биолюминесцентных систем медузы Clytia gregaria и мягкого коралла Renilla muelleri, соответственно. Выполнение исследования требовало решения следующих задач:

1. Определить биохимические и спектральные свойства СВР и кинетику биолюминесцентной реакции люциферазы Renilla с СВР в качестве «субстрата», а также, предполагая вид поверхности взаимодействия белков, рассчитать пространственную структуру комплекса при помощи программы стыковки (докинга) HADDOCK2.0.

2. Получить 13С,15Ы-меченые клитин и GFP для исследования методом ЯМР, провести отнесение резонансов в 'H-^N HSQC спектрах клитина и GFP и на основе данных ЯМР-титрования определить аминокислотные остатки обоих белков, формирующие поверхность взаимодействия.

3. Используя данные об аминокислотных остатках поверхности взаимодействия, рассчитать пространственную структуру комплекса клитин-GFP в программе HADDOCK2.0, а также с помощью мутантов клитина, полученных олигонуклеотид-направленным мутагенезом, экспериментально подтвердить правильность рассчитанной структуры комплекса.

При решении поставленных задач получены результаты, которые выносятся на защиту:

1. Исходя из кинетических характеристик реакции люциферазы с СВР, спектральных свойств СВР, а также кристаллических структур люциферазы и СВР из Renilla muelleri, рассчитана пространственная структуры комплекса люцифераза-СВР-Са*" .

2. Методом ЯМР-титрования с использованием изотопно-меченых белков определены аминокислотные остатки поверхности взаимодействия клитина и GFP.

3. На основе данных о кристаллических структурах клитина и GFP и данных об аминокислотных остатках зоны контакта рассчитана пространственная структура комплекса клитин-GFP, правильность которой подтверждена экспериментально.

Все результаты, представленные в данной работе, получены впервые и имеют фундаментальный характер, так как добавляют новую информацию к пониманию устройства и функционирования биолюминесцентных систем кишечнополостных, а также роли белок-белковых взаимодействий в этих процессах. Комплекс клитин-GFP является хорошей модельной системой для исследования деталей молекулярного механизма индуктивно-резонансного переноса энергии в белковых структурах. Полученные результаты могут найти применение и в прикладных исследованиях. Так, использование СВР в качестве «субстрата» для люциферазы Renilla может повысить чувствительность биолюминесцентного анализа. В свою очередь, система клитин-GFP является новым перспективным кандидатом для использования в BRET системах, широко используемых для прижизненной визуализации белок-белковых взаимодействий в клетках и целых организмах. Данные о пространственной структуре комплекса клитин-GFP являются основой для возможной модификации аффинности белков в комплексе с целью повышения эффективности переноса энергии и, следовательно, чувствительности BRET анализа.

Работа выполнена при поддержке грантов РФФИ 08-04-92209-ГФЕНа и 05-04-48271а, а также программы Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология».

Материалы диссертационной работы докладывались на Международной Конференции «Студент и научно-технический прогресс» (Новосибирск, 2004); Конференции молодых ученых КНЦ СО РАН (Красноярск, 2007); на Международном симпозиуме по Биолюминесценции и Хемилюминесценции (Шанхай, 2008); на семинарах лаборатории фотобиологии Института биофизики СО РАН и Национальной лаборатории биологических макромолекул Института биофизики Пекина (КНР).

Результаты исследований опубликованы в 1 статье в рецензируемом журнале и включены в международную базу данных РОВ и ВМЯВ.

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Титушин, Максим Сергеевич

ВЫВОДЫ

1. Определены кинетические характеристики ферментативной реакции, катализируемой люциферазой из коралла Renilla muelleri, с целентеразином и целентеразин-связывающим белком (СВР). Показано, что использование СВР в качестве «субстрата» в два раза повышает эффективность работы люцифе-разы.

2. На основе кристаллических структур люциферазы Renilla и СВР, связанного с кальцием, рассчитана пространственная структура комплекса люцифе-раза-СВР-Са2+, объясняющая высокую эффективность биолюминесцентной реакции с СВР в качестве «субстрата» люциферазы.

3. Впервые получены кристаллы и определена кристаллическая структура Са -регулируемого фотопротеина клитина из медузы Clytia gregaria с разрешением 1,9 Á. Показано, что пространственная структура клитина высоко гомологична структуре фотопротеина обелина.

4. Впервые получены 13С,15Ы-меченый клитин и 2Н,13С,1 "N-меченый зеленый флуоресцентный белок (GFP) и проведено полное отнесение резонансов основных цепей в 'H-^N HSQC ЯМР спектрах этих белков. С помощью ЯМР-титрования определены аминокислоты клитина и GFP, формирующие поверхность взаимодействия белков. Установлено, что основными аминокислотными остатками зоны контакта клитина являются остатки N-конца, а-спирали D и С-конца белковой молекулы. Показано, что поверхность контакта GFP более дискретна и образована аминокислотами петель S3-S4, S6-S7 и S10-S11 верхушки «бочонка».

5. На основе кристаллических структур клитина и GFP и данных об аминокислотных остатках поверхности взаимодействия рассчитана пространственная структура комплекса клитин-GFP, отражающая взаимную ориентацию белков. Так как KD комплекса клитин-GFP, оцененная из биолюминесцентных измерений, лежит в мкМ диапазоне, а из данных ЯМР — в мМ диапазоне, еделан вывод, что структура комплекса клитин-ОБР соответствует комплексу, предшествующему «возбужденному состоянию». 6. Получены мутанты клитина с заменами некоторых аминокислот, формирующих зону контакта. С помощью ЯМР и биолюминесцентных измерений показано, что замены уменьшают эффективность образования комплекса. Это является дополнительным подтверждением правильности рассчитанной структуры комплекса клитин-ОРР.

126

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Регуляция важнейших клеточных процессов, таких как репликация ДНК, транскрипция, сплайсинг, клеточная сигнализация и др. осуществляется в рамках белок-белковых взаимодействий. Образование белок-белковых комплексов также важно для функционирования некоторых целентеразин-зависимых биолюминесцентных систем кишечнополостных, однако детали таких белок-белковых взаимодействий остаются малопонятными.

Представленная работа посвящена определению и анализу пространственных структур белок-белковых комплексов между фотопротеином клитином и зеленым флуоресцентным белком (ОРР) из медузы С1уйа ^еа^апа и между люциферазой и целентеразин-связывающим белком (СВР) из коралла ЛепШа тиеИеп. Фотопротеин клитин функционирует как биолюминесцентный белок вследствие индукции ионами кальция реакции окислительного декарбоксили-рования связанного в активном центре 2-пероксицелентеразина. Энергия возбужденного продукта реакции индуцирует флуоресценцию ОРР по индуктивно-резонансному механизму. Функцией СВР является Са -индуцированное высвобождение субстрата для реакции с ЯепШа люциферазой.

Биолюминесцентные белки С1уйа и ЯетИа образую слабые и неустойчивые белок-белковые комплексы, что накладывает существенные методологические ограничения при их исследовании. В настоящей работе были успешно применены методы рентгеноструктурного анализа, белкового ЯМР и компьютерного моделирования для определения пространственных структур комплексов клитин-ОБР и люцифераза-СВР, которые объясняют некоторые функциональные особенности биолюминесцентной реакции С1уйа и ЯетПа. Оба комплекса характеризуются относительно малым количеством межмолекулярных контактов и комплементарностью электростатического потенциала поверхностей взаимодействия белков, что является характерным свойством слабых белок-белковых комплексов, известных на сегодняшний день. Взаимодействие люциферазы с СВР формирует белковый карман, который экранирует возбужденное состояние продукта реакции целентерамида, что объясняет высокую эффективность биолюминесценции в системе люцифераза-СВР. В комплексе клитин-GFP некоторые структурные элементы белков, формирующие зону контакта, являются конформационно нестабильными, что может обеспечивать «гибкую стыковку» белковых молекул. Хромофоры обоих белков сближены на расстояние 45 А, что является достаточным условием для осуществления индуктивно-резонансного переноса энергии. Важно отметить, что индуктивно-резонансный перенос энергии на настоящий момент описан только феноменологически, тогда как физический механизм процесса малопонятен. Установленная структура комплекса клитин-GFP является удобной модельной системой для исследования процесса переноса энергии в белковых структурах.

В заключение выражаю глубокую благодарность своему научному руководителю к.б.н. Е.С. Высоцкому, моим коллегам из лаборатории фотобиологии ИБФ СО РАН за помощь в постановке и проведении экспериментов, интерес к работе и обсуждение полученных результатов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Титушин, Максим Сергеевич, 2009 год

1. Высоцкий, Е.С. Кальций-регулируемые фотопротеины морских кишечнополостных / Е.С. Высоцкий, С.В. Маркова, Л.А. Франк // молекулярная биология. - 2006. - Т. 40, №3. - С. 404-417.

2. Фримэн, М. Магнитный резонанс в химии и медицине / Р. Фримэн // Пер. с англ. М.: КРАСАНД, 2009. - 336 с.

3. Abagyan, R. High-throughput docking for lead generation / R. Abagyan, M. Totrov // Curr. Opin. Chem. Biol. 2001. - V. 5. - P. 375-382.

4. Allen, D.G. Aequorin luminescence: relation of light emission to calcium concentration a calcium independent component / D.G. Allen, J.R. Blinks, F.G. Prendergast // Science. - 1977. -V. 195. - P. 996-998.

5. Alvarez, J.C. High-throughput docking as a source of novel drug leads / J.C. Alvarez // Curr. Opin. Chem. Biol. 2004. - V. 8. - P. 365-370.

6. Andmsier, N. Principles of flexible protein-protein docking / N. Andrusier, E. Mashiach, R. Nussinov, H.J. Wolfson // Proteins. 2008. -V. 73. - P. 271289.

7. Aqvist, J. The linear interaction energy method for predicting ligand binding free energies / J. Aqvist, J. Marelius // Comb. Chem. High Throughput Screen. 2001. - V. - 4. - P. 613-626.

8. Archakov, A.I. The optical biosensor study of the protein-protein interactions with cytochrome P450s / A.I. Archakov, Y.D. Ivanov // In Biophysics of electron transfer and molecular Bioelectronics, Pleum Publication Corporation: USA.-1999.-P. 173-194.

9. Argos, P. An investigation of protein subunit and domain interfaces / P. Argos // Protein Eng. 1988. - V. 2. - P. 101-113.

10. Arunkumar, A.I. Insights into hRPA32 C-terminal domain-mediated assembly of the simian virus 40 replisome / A.I. Arunkumar, V. Klimovich, X. Jiang, R.D. Ott, L. Mizoue, E. Fanning, W.J. Chazin // Nat. Struct. Mol. Biol. -2005.-V. 12.-P. 332-339.

11. Barlow, D.J. The distribution of charged groups in proteins / D.J. Barlow, J.M. Tornton// Biopolymers. 1986. -V. 25. -P. 1717-1733.

12. Bax, A. Comparison of different modes of two-dimensional reverse-correlation NMR for the study of proteins / A. Bax, M. Ikura, L.E. Kay, D. A. Torchia, R. Tschudin // J. Magn. Reson. 1990. - V. 86. - P. 304-318.

13. Bax, A. Dipolar couplings in macromolecular structure determination / A. Bax, G. Kontaxis, N. Tjandra // Methods Enzymol. 2001. - V. 339. - P. 127-174.

14. Böhm, H.J. Prediction of binding constants of protein ligands: A fast method for the prioritization of hits obtained from de novo design or 3D database search programs / H.J. Böhm // J. Comput. Aid. Mol. Des. 1998. - V. 12. -P. 309-323.

15. Böhm, H.J. The development of a simple empirical scoring function to estimate the binding constant for a protein-ligand complex of known three-dimensional structure / H.J. Böhm // J. Comput. Aid. Mol. Des. 1994. - V. 8.-P. 243-256.

16. Bolon, P.J. Residual dipolar coupling derived orientational constraints on ligand geometry in a 53 kDa protein-ligand complex / P.J. Bolon, H.M. Al-Hashimi, J.H. Prestegard // J. Mol. Biol. 1999. -V. 293. - P. 107-115.

17. Bonvin, A.M. Flexible protein-protein docking / A.M. Bonvin // Curr. Opin. Struct. Biol. 2006. - V. 16. - P. 194-200.

18. Bouzida, D. A Monte-Carlo study of ligand-protein binding energy landscape with the weighted analysis histogram methods / D. Bouzida, P. Rejto, G. Verkhivker // Int. J. Quantum Chemistiy. 1999. - V. 73. - P. 113-121.

19. Braden, B.C. Structure and energetics of anti-lysozyme antibodies / B.C. Braden, R.J. Poljak // In Protein-protein recognition, Oxford University Press:1. USA. 2000. - P. 126-161.

20. G.M. Clore // J. Biol. Chem. 2003. - V. 278. - P. 25191-25206.

21. Cai, W. Protein-ligand recognition using spherical harmonic molecular surfaces: towards a fast and efficient filter for large virtual throughput screening / W. Cai, X. Shao, B. Maigret // J. Mol. Graph. Model. 2002. - Y. 20. - P. 313-328.

22. Camacho, C.J. Free energy landscapes of encounter complexes in proteinprotein association / C.J. Camacho, Z. Weng, S. Vajda, C. DeLisi // Biophysics J. 1999.-V. 76.-P. 1166-1178.

23. Campbell, A.K. Extraction, partial purification and properties of obelin, the calcium-activated luminescent protein from the hydroid Obelia geniculata / A.K. Campbell // Biochem. J. 1974. - V. 143. - P. 411-418.

24. Charbonneau, H. Ca -induced bioluminescence in Renilla reniformis. Purification and characterization of a calcium-triggered luciferin-binding protein /

25. H. Charbonneau, M.J. Cormier // J. Biol. Chem. 1979. - V. 254. - P. 769780.

26. Chaudhury, S. Conformer selection and induced fit in flexible backbone protein-protein docking using computational and NMR ensembles / S. Chaudhury, J.J. Gray// J. Mol. Biol. -2008. -V. 381. P. 1068-1087.

27. Chen, R. ZDOCK: an initial-stage protein-docking algorithm / R. Chen, L. Li, Z. Weng // Proteins. 2003. -V. 52. - P. 80-87.

28. Clore, G.M. Theory of the time-dependent nuclear Overhauser effect applications to structural analysis of ligand-protein complexes in solution / G.M. Clore, A. Crohenborn // J. Magn. Reson. - 1983. - V. 53. - P. 423-442.

29. Cody, C.W. Chemical structure of the hexapeptide chromophore of the Aequorea green-fluorescent protein / C.W. Cody, D.C. Prasher, W.M. Westler, F.G. Prendergast, W.W. Ward // Biochemistry. 1993. - V. 32. - P. 1212-1218.

30. Cole, J.C. Protein-ligand docking and virtual screening with GOLD / J.C. Cole, J. W.M. Nissink, R.D. Taylor // in Virtual Screening in Drug Discovery (Eds. B. Shoichet, J. Alvarez), Taylor & Francis CRC Press, Boca Raton, Florida, USA.-2005.

31. Connolly, M.L. Analytical molecular surface calculation / M.L. Connolly // J. Appl. Crystallogr. 1983. - V. 16. - P. 548-558.

32. Cormier, M.J. Evidence for similar biochemical requirements for bioluminescence among the coelenterates / M. J. Cormier, K. Hori, Y.D. Karkhanis, J.M. Anderson, J.E. Wampler, J.G. Morin, J.W. Hastings // J. Cell. Physiol. 1973. -V. 81.-P. 291-297.

33. Cutler, M.W. Characterization and energy transfer mechanism of green-fluorescent protein from Aequorea victoria / M.W. Cutler // Ph.D. Dissertation, Rutgers University, New Brunswick, NT, 1995.

34. Cutler, M.W. Protein-protein interaction in Aequorea bioluminescence / M.W.

35. Cutler, W.W. Ward // Bioluminescence Symposium, Maui, Hawaii, Nov. 310, 1993.

36. Davies, D.R. Interactions of protein antigen with antibodies / D.R. Davies, G.H. Cohen // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996. - V. 93. - P. 7-12.

37. DeWitte, R.S. SMoG: de novo design method based on simple, fast, and accurate free energy estimates. 1. Methodology and supporting evidence / R.S. DeWitte, E.I. Shakhnovich // J. Am. Chem. Soc. -1996. -V. 118. P. 1173311744.

38. Feher, M. BHB: a simple knowledge-based scoring function to improve the efficiency of database screening / M. Feher, E. Deretey, S. Roy // J. Chem. Inf. Comput. Sei.-2003.-V. 43.-P. 1316-1327.

39. Fernández-Recio, J. Soft protein-protein docking in internal coordinates / J. Fernández-Recio, M. Totrov, R. Abagyan // Protein Sei. — 2002. V. 11. — P. 280-291.

40. Fischer, D. A geometry-based suite of molecular docking processes / D. Fischer, S.L. Lin, H.L. Wolfson, R. Nussinov // J. Mol. Biol. 1995. - V. 248. -P. 459^177.

41. Fitzjohn, P.W. Guided docking: first step to locate potential binding sites / P.W. Fitzjohn, P.A. Bates // Proteins. 2003. - V. 52. - P. 28-32.

42. Fogolari, F. Protocol for MM/PBSA molecular dynamics simulations of proteins / F. Fogolari, A. Brigo, H. Molinari // Biophys J. 2003. - V. 85. - P. 159-166.

43. Garrett, D.S. Solution structure of the 40,000 Mr phosphoryl transfer complex between the N-terminal domain of enzyme I and HPr / D.S. Garrett, Y J. Seok, A. Peterkofsky, A.M. Gronenbom, G.M. Clore // Nat. Struct. Biol. 1999. -V. 6.-P. 166-173.

44. Giegerich, R. A discipline of dynamic programming over sequence data / R. Giegerich, R. C. Meyer, P. Steffen // Sci. Comput. Program. 2004. - V. - 51. -P. 215-263.

45. Glaser, F. Residue frequencies and pairing preferences at protein-protein interfaces / F. Glaser, D. Steinberg, I.A. Vakser, N. Ben-Tal // Proteins. 2001. -V. 43.-P. 89-102.

46. Gorovits, B.M. The molecular chaperonin cpn60 displays local flexibility that is reduced after binding with unfolded protein / B.M. Gorovits, P.M. Horowitz // J. Biol. Chem. 1995. - V. 270. - P. 13057-13062.

47. Gray, J.J. High-resolution protein-protein docking / J.J. Gray // Curr. Opin. Struct. Biol.-2006.-V. 16.-P. 183-193.

48. Gray, J.J. Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations / J.J. Gray, S. Moughon, C. Wang, O. Schueler-Furman, B. Kuhlman, C.A. Rohl, D. Baker // J. Moh Biol. 2003 - V. 331. - P. 281-299.

49. Gschwend, D.A. Molecular docking towards drug discovery / D.A. Gschwend, A.C. Good, I.D. Kuntz // J. Moh Recognit. 1996. - V. 9. - P. 175-186.

50. Halperin, I. Principles of docking: an overview of search algorithms and a guide to scoring functions /1. Halperin. B. Ma, H.J. Wolfson, R. Nussinov // Proteins. 2002. V. - 47. - P. 409-443.

51. Hart, R.K. Potential energy smoothing: A deterministic analog of simulated annealing / R.K. Hart, R.V. Pappu, J.W. Ponder // J. Comput. Chem. 2000. -V.-21.-P. 531-552.

52. Hastings, J.W. Calcium-triggered light emission in Renilla. A unitary biochemical scheme for coelenterate bioluminescence / J.W. Hastings, J.G. Morin // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1969. - V. 37. - P. 493-498.

53. Hastings, J.W. Intermediates in the bioluminescent oxidation of reduced flavin mononucleotide / J.W. Hastings, Q.H. Gibson // J. Biol.Chem. 1963. - V. 238.-P. 2537-2554.

54. Head, J.F. The crystal structure of the photoprotein aequorin at 2.3 A resolution // J.F. Head, S. Inouye, K. Teranishi, O. Shimomura // Nature. 2000. -V. 405.-P. 372-376.

55. Honig, B. Classical electrostatics in biology and chemistry / B. Honig, A.

56. Nicholls // Science. 1995. - V. 268. - P. 1144-1149.

57. Huang, S.Y. An iterative knowledge-based scoring function to predict protein-ligand interactions: I. Derivation of interaction potentials / S.Y. Huang, X. Zou // J. Comput. Chem. 2006. -V. 27. - P. 1866-1875.

58. Hubbard, S.J. Cavities and packing at protein interfaces / S.J. Hubbard, P. Argos //Protein Sci. 1994. -V. 3. - P. 2194-2206.

59. Inouye, S. Expression, purification and characterization of calcium-triggered luciferin-binding protein of Renilla reniformis / S. Inouye // Protein Expr. Pu-rif. 2007. - V. 52. - P. 66-73.

60. Inouye, S. Secretional luciferase of the luminous shrimp Oplophorus gracili-rostris: cDNA cloning of a novel imidazopyrazinone luciferase / S. Inouye, K. Watanabe, H. Nakamura, O. Shimomura // FEBS Lett. 2000. - V. 481. - P. 19-25.

61. Ishchenko, A.V. SMall molecule growth 2001 (SMoG2001): An improved knowledge-based scoring function for protein-ligand interactions / A.V. Ishchenko, E.I. Shakhnovich // J. Med. Chem. 2002. - V. 45. - P. 27702780.

62. Jain, A.N. Scoring functions for protein-ligand docking / A.N. Jain // Curr. Protein Pept. Sci. 2006. - V. 7. - P. 407^120.

63. Janin, J. Principles of protein-protein recognition from structure to thermodynamics / J. Janin // Biochimie. 1995. - V. 77. - P. 497-505.

64. Janin, J. The structure of protein-protein recognition sites / J. Janin, C.

65. Chothia // J. Biol. Chem. 1990. - V. 265. - P. 16027-16030.

66. Jayaram, B. Solvation free energy of biomacromolecules: Parameters for a modified generalized born model consistent with the AMBER force field / B. Jayaram, D. Sprous, D.L. Beveridge // J. Phys. Chem. B. 1998. V. - 102. -P. 9571-9576.

67. Jiang, F. "Soft docking": matching of molecular surface cubes / F. Jiang, S.H. Kim//J. Mol. Biol. 1991. -V. 219. - P. 79-102.

68. Jiang, F. SOFTDOCK: understanding of molecular recognition through a systematic docking study / F. Jiang, W. Lin, Z. Rao // Protein Eng. 2002. - V. 15.-P. 257-263.

69. Johnson, B.A. NMR view: A computer program for the visualization and analysis of NMR data / B.A. Johnson, R.A. Blevins // J. Biomol. NMR. -2004.-V. 4.-P. 603-614.

70. Johnson, F. H. Quantum efficiency of Cypridina luminescences, with a note on that of Aequorea / F.H. Johnson, O. Shimomura, Y. Saiga, L.C. Gershman,

71. G. Reynolds, J.R. Waters // J. Cell, and Comp. Physiol. 1962. - V. 60. - P. 85-103.

72. Jones, S. Principles of protein-protein interactions / S. Jones, J.M. Thornton // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996. -V. 93. - P. 13-20.

73. Jorgensen, W.L. Rusting of the lock and key model for protein-ligand binding / W.L. Jorgensen // Science. 1991. - V. 254. - P. 954-955.

74. Jung, Y.S. Mars robust automatic backbone assignment of proteins / Y.S. Jung, M. Zwecksteller // J. Biomol. NMR. - 2004. V. - 30. - P. 11-23.

75. Kahraman, A. Shape variation in protein binding pockets and their ligands / A. Kahraman, R.J Morris, R.A. Laskowski, J.M. Thornton // J. Mol. Biol. 2007. -Y.368.-P. 283-301.

76. Kamiya, N. Protein-inhibitor flexible docking by a multicanonical sampling: Native complex structure with the lowest free energy and a free-energy barrier distrinsuishing the native complex from the others / N. Kamiya, Y. Yonezawa,

77. H. Nakamura, J. Higo // Proteins. 2008. - V. 70. - P. 41-53.

78. Kang, R.S. Solution structure of a CUE-ubiquitin complex reveals a conserved mode of ubiquitin binding / R.S. Kang, C.M. Daniels, S.A. Francis, S.C. Shih, W.J. Salerno, L. Hicke, I. Radhakrishnan // Cell. 2003. - V. 113. - P. 621630.

79. Kitchen, D.B. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications / D.B. Kitchen, H. Decornez, J.R. Fun-, J. Bajorath // Nat. Rev. Drug Discov. 2004. - V. 3. - P. 935-949.

80. Krammer, A. LigScore: a novel scoring function for predicting binding affinities / A. Krammer, P.D. Kirchhoff, X. Jiang, C.M. Venkatachalam, M. Waldman // J. Mol. Graph. Model. 2005. - V. 23. - P. 395-407.

81. Kroemer, R.T. Molecular modelling probes: docking and scoring / R.T. Kroemer // Biochem. Soc. Trans. -2003. -V. 31. P. 980-984.

82. Kumar, S. Amino acid sequence of the Ca -triggered luciferin binding protein of Renilla reniformis / S. Kumar, M. Harrylock, K.A. Walsh, M.J. Cormier, H. Charbonneau // FEBS Lett. 1990. - V. 268. - P. 287-290.

83. Kumar, S. Folding funnels and conformational transitions via hinge-bending motions / S. Kumar, B. Ma, C.J. Tsai, H. Wolfson, R. Nussinov // Cell Biochem. Biophys. 1999. -V. 31. - P. 141-164.

84. Larsen, T.A. Morphology of protein-protein interfaces / T.A. Larsen, A .J. Olson, D.S. Goodsell // Structure. 1998. - V. 6. - P. 421-427.

85. Lee, B. The interpretation of protein structures: estimation of static accessibility / B. Lee, F.M. Richards // J. Mol. Biol. 1971. - 55. - P. 379^100.

86. Lee, J. Protein conformational changes in obelin shown by 15N-HSQC nuclear magnetic resonance / J. Lee, J.N. Glushka, S.V. Markova, E.S. Vysotsi // Bioluminescence and Chemiluminescence 2000. World Scientific Publishing Co., Singapore, 2001. P. 99-102.

87. Lengauer, T. Computational methods for biomolecular docking / T. Lengauer, M. Rarey // Curr. Op. in Struct. Biol. 1996. - V. 6. - P. 402-406.

88. Li, X.D. Comparative studies of 14 binding free energies scoring functions / X.D. Li, T.J. Hou, X.J. Xu // J. Acta Phys. Chim. Sin. 2005. - V. - 21. - P. 504-507.

89. Liang, S. A simple reference state makes a significant improvement in near-native selections from structurally refined docking decoys / S. Liang, S. Liu, C. Zhang, Y. Zhou // Proteins. 2007. - V. 69. - V. 244-253.

90. Lijnzaad, P. Hidrophobic patches on protein subunit interfaces: Characteristics and prediction / P. Lijnzaad, P. Argos // Proteins. 1997. - V. 28. P. 333-343.

91. Liu, Z.J. Structure of the Ca2+-regulated photoprotein obelin at 1.7 A resolution determined directly from its sulfur substructure / Z.J. Liu, E.S. Vysotski, C.J. Chen, J. Rose, J. Lee, B.C. Wang // Protein Sci. 2000. - V. 9. - P. 2085-2093.

92. Lo Conte, L. The atomic structure of protein-protein recognition sites / L. Lo Conte, C. Chothia, J. Janin // J. Mol. Biol. 1999. - V. 285. - P. 2177-2198.

93. Lorenz, W.W. Isolation and expression of a cDNA encoding Renilla reni-formis luciferase / W.W. Lorenz, R.O. McCann, M. Longiaru, M.J. Cormier //

94. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991. -V. 88. - P. 4438^1442.

95. Lu, H. Development of unified statistical potentials describing protein-protein interactions / H. Lu, L. Lu, J. Skolnick // Biophys. J. 2003. - V. 84. - P. 1895-1901.

96. Lyskov, S. The RosettaDock server for local protein-protein docking / S. Ly-skov, J.J. Gray // Nucleic Acids Research. 2008. - V. 36 (Web Server Issue). -P. W233-W238.

97. Ma, J. Simulated annealing using the classical density distribution / J. Ma, J.E. Straub //J. Chem. Phys. 1994. -V. 101. -P. 533-541.

98. Markova, S.V. Cloning and expression of cDNA for a luciferase from the marine copepod Metridia longa / S.V. Markova, S. Golz, L.A. Frank, B. Kalthof, E.S. Vysotski // J. Biol. Chem. -2004. -V. 279. P. 3212-3217.

99. Massova, I. Computational alanine scanning to probe protein-protein interactions: A novel approach to evaluate binding free energies /1. Massova, P.A. Kollman //J. Am. Chem. Soc. 1999. -V. 121. - P. 8133-8143.

100. Matthews, J.C. Purification and properties of Renilla reniformis luciferase / J.C. Matthews, K. Hori, M.J. Cormier // Biochemistry. 1977. - V. 16. - P. 85-91.

101. McCapra, F. The chemiluminescence of Cypridina analogue / F. McCapra, Y.C. Chang // Chem. Commun. 1967. -P. 1011-1012.

102. McCoy, A.J. Electrostatic complementarity at protein/protein interfaces / A.J. McCoy, E.V. Chandana, P.M. Colman // J. Mol. Biol. 1997. - V. 268. - P. 570-584.

103. McCoy, M.A. Structures of protein-protein complexes are docked using only NMR restraints from residual dipolar coupling and chemical shift perturbations / M.A. MacCoy, D.F. Wyss // J. Am. Chem. Soc. 2002. V. 124. - P. 2104-2105.

104. Meng, E.C. Automated docking with grid-based energy evaluation / E.C. Meng, B.K. Shoichet, I.D. Kuntz // J. Comp. Chem. 1992. - V. 13. - P. 505524.

105. Miller, D.W. Ligand binding to proteins: the binding landscape model / D.W. Miller, K.A. Dill //Prot. Sci. 1997. -V. 6. - P. 2166-2179.

106. Mohan, V. Docking: successes and challenges / V. Mohan, A.C. Gibbs, M.D. Cummings, E.P. Jaeger, R.L. DesJarlais // Curr. Pharm. Des. 2005. - V. 11, -P. 323-333.

107. Moont, G. Use of pair potentials across protein interfaces in screening predicted docked complexes / G. Moont, H.A. Gabb, M.J. Sternberg // Proteins. -1999.-V. 35.-P. 364-373.

108. Morin, J. G. Biochemistry of the bioluminescence of colonial hydroids and other coelenterates / J.G. Morin, J.W. Hastings // J. Cell. Physiol. 1971. - V. 77.-P. 305-312.

109. Morin, J.G. Coelenterate bioluminescence / J.G. Morin; edited by L.

110. Muscatine, H.M. Lenhoff // Coelenterate Biology: Reviews and New Perspectives. New York: Academic press, 1974. - P. 397-438.

111. Morise, H. Intermolecular energy transfer in the bioluminescent system of Aequorea / H. Morise, O. Shimomura, F.H. Johnson, J. Winant // Biochemistry. 1974. -V. 13. - P. 2656-2662.

112. Morris, G.M. Automated docking using a lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function / G.M. Morris, D.S. Goodsell, R.S. Halliday, R. Huey, W.E. Hart, R.K. Belew, A.J. Olson // J. Comput. Chem. -1998.-V. 19.-P. 1639-1662.

113. Morris, R.J. Real spherical harmonic expansion coefficients as 3D shape descriptors for protein binding pocket and ligand comparisons / R.J. Morris, R. J. Najmanovich, A. Kahraman, J. M. Thornton // Bioinformatics. — 2005. — V. 21.-P. 2347-2355.

114. Muegge, I. Evaluation of PMF scoring in docking weak ligands to the FK506 binding protein /1. Muegge, Y.C. Martin, P.J. Hajduk, S.W. Fesik // J. Med. Chem. 1999. -V. 42. - P. 2498-2503.

115. Muegge, I. PMF scoring revisited /1. Muegge //. J. Med. Chem. 2006. - V. 49.-P. 5895-5902.

116. Northrup, S.H. Kinetics of protein-protein association explained by Brownian dinamics computer simulation / S.H. Northrup, H.P. Erickson // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992. -V. 89. - P. 3338-3342.

117. Nussinov, R. Efficient detection of three-dimensional structural motifs in biological macromolecules by computer vision techniques / R. Nussinov, H.J. Wolfson//Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991. -V. 88. -P. 10495-10499.

118. Obiol-Pardo, C. Comparative evaluation of MMPBSA and XSCORE to compute binding free energy in XIAP-peptide complexes / C. Obiol-Pardo, J. Rubio-Martinez // J. Chem. Inf. Model. 2007. - V. 47. - P. 134-142.

119. Ohashi, W. Backbone 1II, l3C and l3N resonance assignments for the Mg2+-bound form of the Ca~ -binding photoprotein aequorin / W. Ohashi, S. Inouye, T. Yamazaki, H. Hirota // J. Biomol. NMR. 2005. - V. 31. - P. 375-376.

120. Ormô, M. Crystal structure of the Aequorea victoria green-fluorescent protein / M. Ormô, A.B. Cubitt, K. Kallio, L.A. Gross, R.Y. Tsien, S.J. Remington. -Science. 1996. - V. 273. - P. 1392-1395.

121. Palma, P.N. BiGGER: a new (soft) docking algorithm for predicting protein interactions / P.N. Palma, L. Krippahl, J.E. Wampler, J.J. Moura // Proteins. -2000.-V. 39.-P. 372-384.

122. Pappu, R.V. A potential smoothing algorithm accurately predicts transmembrane helix packing / R.V. Pappu, G.R. Marshall, J. W. Ponder // Nature Struct. Biol. 1999. - V. 6. - P. 50-55.

123. Pawson, T. Protein modules and signalling networks / T. Pawson // Nature. -1995.-V. 373.-P. 573-580.

124. Prestegard, J.H. Residual dipolar couplings in structure determination of bio-molecules / J.H. Prestegard, C.M. Bougault, A.I. Kishore // Chem. Rev. -2004.-V. 104.-P. 3519-3540.

125. Ritchie, D.W. Recent progress and future directions in protein-protein docking / D.W. Ritchie // Curr. Protein Pept. Sci. 2008. - V. 9. - P. 1-15.

126. Shaul, Y. Exploring the charge space of protein-protein association: a proteo-mic study / Y. Shaul, G. Schreiber // Proteins. 2005. - V. 60. - P. 341-352.

127. Shimomura, O. Bioluminescence: Chemical principles and methods / O. Shi-momura. Singapore: World Scientific Publishing Co., 2006. - p. 470.

128. Shimomura, O. Extraction, purification and properties of aequorin, a bioluminescent protein from the luminous hydromedusan, Aequorea / O. Shimomura, F.H. Johnson, Y. Saiga // J. Cell. Comp. Physiol. 1962. - V. 59. - P. 223239.

129. Shimomura, O. Isolation and properties of the luciferase stored in the ovary of the scyphozoan medusa Periphylla periphylla / O. Shimomura, P.R. Flood, S. Inouye, B. Bryan, A. Shimomura // Biol. Bull. 2001. - V. 201. - P. 339-347

130. Shimomura, O. Peroxidized coelenterazine, the active group in the photoprotein aequorin / O. Shimomura, F.H. Johnson // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1978. V. 75. - P. 2611-2615.

131. Shoemaker, B.A. Speeding molecular recognition by using the folding funnel: the fly-casting mechanism / B.A. Shoemaker, J.J. Portman, P.G. Wolynes // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000. - V. 97. - P. 8868-8873.

132. Shoichet, B.K. Lead discovery using molecular docking / B.K. Shoichet, S.L. McGovern, B. Wei, J.J. Irwin // Curr. Opin. Chem. Biol. 2002. - V. 6. - P. 439^446.

133. Shoichet, B.K. Molecular docking using shape descriptors / B.K. Schoichet, D.L. Bodian, I.D. Kuntz // J. Comp. Chem. 1992. - V. 13. - P. 380-397.

134. Sitkoff, D. Accurate calculation of hydration free energies using macroscopicsolvent models / D. Sitkoff, K.A. Sharp, B. Honig // J. Phys. Chem. 1994. -V. 98.-P. 1978-1988.

135. Smith, G.R. Prediction of protein-protein interactions by docking methods / G.R. Smith, M.J. Sternberg // Curr. Opin. Struct. Biol. 2002. -V. 12. - P. 28-35.

136. Sousa, S.F. Protein-ligand docking: current status and future challenges / S.F. Sousa, P. A. Fernandes, M. J. Ramos // Proteins. V. 65. — P. 15-26.

137. Srinivasan, J. Continuum solvent studies of the stability of DNA, RNA, and phosphoramidate-DNA helices / J. Srinivasan, T.E. Cheatham, P. Cieplak, P.A. Kollman, D.A. Case // J. Am. Chem. Soc. 1998. -V. 120. - P. 94019409.

138. Stanfield, R.L. Antigen-induced conformational changes in antibodies: a problem for structural prediction and design / R.L. Stanfield, I.A. Wilson // Trends Biotechnol. 1994. - V. 12. - P. 275-279.

139. Stepanyuk, G.A. Structure based mechanism of the Ca~ -induced release of coelenterazine from the Renilla binding protein / G.A. Stepanyuk, Z.J. Liu, E.S. Vysotski, J. Lee, J.P. Rose, B.C. Wang // Proteins. 2009. - V. 74. - P. 583-593.

140. Sternberg, M.J. Predictive docking of protein-protein and protein-DNA complexes / M.J. Strenberg, H.A. Gabb, R.M. Jackson // Curr. Opin. Struct. Biol. 1998.-V. 8.-P. 250-256.

141. Stites, W.E. Protein-protein interactions: interface structure, binding thermodynamics, and mutational analysis / W.E. Stites, I.A. Wilson // Chem. Rev. -1997. -V. 97. P. 1233-1250.

142. Takahashi, H. A novel NMR method for determining the interfaces of large protein-protein complexes / H. Takahashi, T. Nakanishi, K. Kami, Y. Arata, I.

143. Shimada // Nat. Struct. Biol. 2000. - V. 7. - P. 220-223.

144. Taylor, R.D. A review of protein-small molecule docking methods / R.D. Taylor, P.J. Jewsbury, J.W. Essex // J. Comp. Aid. Mol. Design. 2002. - V. 16. -P. 151-166.

145. Thomson, C.M. The widespread occurrence and tissue distribution of the imi-dazolopyrazine luciferins / C.M. Thomson, P.J. Herring, A.K. Campbell // J. Biolum. Chemilum. 1997. -V. 12. -P. 87-91.

146. Tortov, M. Detailed ab initio prediction of lysozyme-antibody complex with 1.6 À accuracy / M. Totrov, R. Abagyan // Nat. Struct. Biol. 1994. - V. 1. -P. 259-263.

147. Tovchigrechko, A. How common is the funnel-like energy landscape in protein-protein interactions? / A. Tovchigrechko, I.A. Vakser // Protein Sci. -2001.-V. 10.-P. 1572-1583.

148. Trosset, J.Y. PRODOCK: a new software package for protein modeling and docking / J.Y. Trosset, H.A. Scheraga // J. of Comp. Chem. 1999. - V. 20. -P. 412-427.

149. Trosset, J.Y. Reaching the global minimum in docking simulations: A Monte Carlo energy minimization approach using Bezier splines / J.Y. Trosset, H. A. Scheraga//Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998. V. - 95.-P. 8011-8015.

150. Tsai, C.J. Studies of protein-protein interfaces: a statistical analysis of hydrophobic effect / C.J. Tsai, S.L. Lin, H.J. Wolfson, R. Nissinov // Protein Sci. — 1997a.-V. 6.-P. 53-64.

151. Tsai, C.J. Structural motifs at protein-protein interfaces: protein cores versus two-state and three-state model complexes / C.J. Tsai, D. Xu, R. Nissinov // Protein Sci. 1997b. - V. 6. - P. 1797-1809.

152. Tsai, C.J. Hydrophobic folding units at protein-protein interfaces: Implications to protein folding and to protein-protein association / C.J. Tsai, R. Nissinov // Protein Sci. 1997. - V. 6. - P. 1426-1437.

153. Tsai, C.J. Protein-protein interfaces: Architectures and interactions in proteinprotein interfaces and in protein cores. Their similarities and differences / C.J.

154. Tsai, S.L. Lin, HJ. Wolfson, R. Nissinov II Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol.1996.-V. 31.-P. 127-152. i

155. Tsuji, F.I. Molecular evolution of the Ca -binding photoproteins of the Hydrozoa / F.I. Tsuji, Y, Ohmiya, T.F. Fagan, H. Toh, S. Inouye // Photochem. Photobiol. 1995. -V. 62. - P. 657-661.

156. Vakser, I.A. A systematic study of low-resolution recognition in proteinprotein complexes / I.A. Vakser, O.G. Matar, C.F. Lam // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999. -V. 96. - P. 8477-8482.

157. Vakser, I.A. Long-distance potentials: An approach to the multiple-minima problem in ligand-receptor interaction / I.A. Vakser // Protein Eng. 1999. -V. 9. - P. 37^41.

158. Verdonk, M.L. Improved protein-ligand docking using GOLD / M.L. Verdonk, J.C. Cole, M.J. Hartshorn, C.W. Murray, R.D. Taylor // Proteins. -2003.-V. 52.-P. 609-623.

159. Vysotski, E.S. Ca -regulated photoproteins: structural insight into the bioluminescence mechanism /E.S. Vysotski, J. Lee // Acc. Chem. Res. — 2004. -V.37.-P. 405-415.

160. Vysotski, E.S. Extraction and purification of obelin, the Ca -dependent photoprotein from the hydroid Obelia longissima /E.S. Vysotski, V.S. Bondar, V.N. Letunov // Biochemistry-Moscow. 1989. - V. 54. - P. 965-973.

161. Wampler, J.E. Structured bioluminescence. Two emitters during both the in vitro and the in vivo bioluminescence of the sea pansy, Renilla / J.E. Warnpier, K. Hori, J.W. Lee, M.J. Cormier // Biochemistry. 1971. - V. 10. - P. 2903-2909.

162. Wang, C. RosettaDock in CAPRI rounds 6-12 / C. Wang, O. Schueler-Furman, I. Andre, N. London, S.J. Fleishman, P. Bradley, B. Qian, D. Baker// Proteins. 2007. - V. 69. - P. 758-763.

163. Wang, R. An extensive test of 14 scoring functions using the PDBbind refined set of 800 protein-ligand complexes / R. Wang, Y. Lu, X. Fang, S. Wang // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004. - V. 44. - P. 2114-2125.

164. Wang, R. Comparative evaluation of 11 scoring functions for molecular docking / R. Wang, Y. Lu, S. Wang // J. Med. Chem. 2003. - V. 46. - P. 22872303.

165. Wang, R. Further development and validation of empirical scoring functions for structure-based binding affinity prediction / R. Wang, L. Lai, S. Wang // J. Comput. Aid. Mol. Des. 2002. - V. 16. - P. 11-26.

166. Wang, R. SCORE: a new empirical method for estimating the bind affinity of a protein-ligand complex / R. Wang, L. Liu, L. Lai, Y. Tang // J. Mol. Model. 1998.-V. 4.-P. 379-394.

167. Ward, W. W. Biochemical and physical properties of green fluorescent protein. In, Chalfie, M. & Kain, S. (eds.) Green Fluorescent Protein, P. 45-75 Wiley-Liss, New York (1998).

168. Ward, W.W. In vivo energy transfer in Renilla bioluminescence / W.W. Ward, M.J. Cormier // J. Phys. Chem. 1976. - V. 80. - P. 2289-2291.

169. Ward, W.W. Properties of mneopsin and berovin, calcium-activated photoproteins from the ctenophores Mnemiopsis sp. / W.W. Ward, H.H. Seliger // Biochemistry. 1974. -V. 13. - P. 1500-1510.

170. Webster, D.M. Antibody-antigen interactions / D.M. Webster, A.H. Henry, A.R. Rees // Curr. Opin. Struc. Biol. 1994. - V. 4. - P. 123-129.

171. Weis, A. Ligand affinities predicted with the MM/PBSA method: dependence on the simulation method and the force field / A. Weis, K. Katebzadeh, P. Söderhjelm, I. Nilsson, U. Ryde // J. Med. Chem. 2006. V. - 49. - P. 65966606.

172. Wells, J.A. Binding in the growth hormone receptor complex / J.A. Wells // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1996. - V. 93. - P. 1-6.

173. Wiehe, K. The performance of ZDOCK and ZRANK in rounds 6-11 of CAPRI / K. Wiehe, B. Pierce, W.W. Tong, H. Hwang, J. Mintseris, Z. Weng // Proteins. 2007. - V. 69. - P. 719-725.

174. Wilson, I.A. Antibody-antigen interactions / I.A. Wilson, R.L. Stanfield // Curr. Opin. Struct. Biol. 1993. - V. 3. - P. 113-118.

175. Xu, D. Hydrogen bonds and salt bridges across protein-protein interfaces / D. Xu, C.J. Tsai, R. Nissinov // Protein Eng. 1997b. - V. 10. - P. 999-1012.

176. Xu, D. Protein binding versus protein folding: the role of hydrophilic bridges in protein associations / D. Xu, S.L. Lin, R. Nissinov // J. Mol. Biol. 1997a. -V. 265.-P. 68-84.

177. Yang, F The molecular structure of green fluorescent protein / F. Yang, L.G. Moss, G.N. Phillips Jr. // Nature Biotechnol. 1996. - V. 14. - P. 1246-1251.

178. Zeden-Lutz, G. Thermodynamic analysis of antigen-antibody binding using biosensor measurements at different temperatures / G. Zeden-Lutz, E. Zuber, J. Witz, M.H. Van Regenmortel //Anal. Biochem. 1997. - V. 246. - P. 123132.

179. Zhang, C. Protein-protein recognition: exploring the energy funnels near the binding sites / C. Zhang, J. Chen, C. DeLisi // Proteins. 1999. - V. 34. - P.255.267.

180. Zhang, N. NMR-based model reveals the structural determinants of mammalian arylamine N-acetyltransferase substrate specificity / N. Zhang, L. Liu, F. Liu, C.R. Wagner, P.E. Hanna, K.J. Walters // J. Mol. Biol. 2006. - V. 363. -P. 188-200.